JP6731702B2 - 親和性成熟化ヒト抗体の同定 - Google Patents
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Description
本願は、2011年7月12日出願の米国仮特許出願第61/506,749号明細書からの優先権を主張する。
本願は、EFS−Webを介してASCII方式で提出され、その全体において参照により本明細書によって組み込まれる配列表を含有する。2012年7月12日作成の前記ASCIIコピーのファイル名は54070121.txtであり、サイズは40,628バイトである。
従来の免疫学的および分子生物学的技術を含む方法を本明細書中で記載する。免疫学的方法(例えば、抗原−Ab複合体の検出および局在に関するアッセイ、免疫沈降、免疫ブロッティングなど)は、一般に当技術分野で公知であり、Current Protocols in Immunology,Coligan et al.,ed.,John Wiley & Sons,New Yorkなどの、手法に関する専門書に記載されている。分子生物学の技術は、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2nd ed.,vol.1−3,Sambrook et al.,ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,2001;およびCurrent Protocols in Molecular Biology,Ausubel et al.,ed.,Greene Publishing and Wiley−Interscience,New Yorkなどの専門書に詳細に記載されている。Ab法は、Handbook of Therapeutic Abs,Dubel,S.,ed.,Wiley−VCH,2007に記載されている。
Ag特異的なIg V領域を同定するための従来からのファージおよび酵母ディスプレイ法において、重および/または軽Ig鎖のV領域に対応する核酸配列を増幅するためにPCRが使用される。PCR増幅過程を開始させるフォワードプライマーは、V領域をコードするcDNAが増幅されるように、各V領域の5’生殖系列末端の相補体である核酸配列を有する。5’V遺伝子セグメントが、体細胞高頻度突然変異ゆえに生殖系列と異なる場合、このPCR過程は、選択的にファージおよび酵母ディスプレイライブラリにおいて多様性の喪失を導く5’生殖系列配列を有する産物を増幅する。
本発明のある態様は、それらのリーダー配列をコードするヌクレオチドから重鎖および軽鎖ヒトIg V領域を増幅するためのフォワードPCRプライマーを含む。配列決定されたこれらの100%未満(例えば70から99、70から75、75から80、80から85、85から90、90から95または95から99%)を捕捉するプライマーのセットも使用され得るものの、低頻度V領域を捕捉するためには、これらの配列の100%を増幅するために使用され得るこのようなプライマーのセット(例えば2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30以上)が好ましい。これらのプライマーのセットの例は、下記の表1A、1Bおよび1Cに記載される。これらのプライマーセット(または表1A、1Bおよび1Cのものと実質的に相同であるプライマーとのプライマーセット)および適切なリバースプライマーを用いると、リーダー配列がV領域遺伝子のすぐ上流にあるので、大規模な5’末端突然変異があるものを含め、全V領域配列が増幅され得る。
V領域ライブラリを生成させるために、PCRにおいて前出のプライマーを用いて作製される重鎖および軽鎖Ig増幅産物を使用し得る。例えばIg鎖をコードする核酸をベクターに挿入し得、ライブラリを作製するために、生じたコンストラクトを宿主細胞(例えば細菌などの原核細胞または酵母もしくは哺乳動物細胞などの真核細胞)に導入し得る。
重鎖および軽鎖を含有する、Fab、scFvまたは他のAb様コンストラクトを提示する細胞の他のライブラリを作製するために、重鎖および軽鎖ライブラリを使用し得る。上述の方法によるかまたはこれらの核酸を既存のV領域ライブラリから再精製することによる重鎖および軽鎖コード核酸の単離によって、このようなライブラリを作製し得る。単離された重鎖および軽鎖コード核酸を適切なベクターに挿入し、これらのコンストラクトを宿主細胞中で発現させることによって、Ag結合について重鎖および軽鎖の組み合わせを評価し、および/または高親和性がある標的Agに結合するものを同定するために複数回の選択ラウンドに供し得る。これらは、配列決定によって特徴を調べることができる。例えばClackson et al.,Nature 352:624−628,1991;McCafferty et al.,Nature 348:552−554, 1990;およびKang et al.,Proc.Nat’l Acad. Sci.88:4363−4366,1991を参照のこと。
全長Ab、Ab断片、改変Abおよび融合タンパク質を含むAgを標的とするコンストラクトを作製するために、特定の標的Agへの結合に関与するものとして同定される重鎖および/または軽鎖V領域(またはCDRなどのそれらの一部)を使用し得る。全長Abおよび他のAgを標的とするコンストラクトは、特定のアイソタイプまたはサブクラス、例えばIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgD、IgA1、IgA2、IgEまたはIgMに特異的なIg配列をコードする非V領域配列を含み得る。Fab断片は、Fab’、F(ab)2、F(ab’)2、F(ab)3、Fv、scFv)、dsFv、FdまたはdAbであり得る。改変Abは、ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディまたはカッパボディであり得る。例えば核酸レベルでV領域またはCDRがコンストラクトの残りの部分に移植される組み換えまたはタンパク質改変技術を用いて、Ag結合コンストラクトを作製し得る。
前述のものに加えて、プロテオミクスアプローチも使用され、ここで、既知の技術(例えばプロテインG、プロテインA、プロテインLまたはイオン交換クロマトグラフィーと、それに続くAgアフィニティークロマトグラフィー)を用いて、ドナー組織試料(例えば血漿IgG)中のAg特異的Abが単離される。例えばキャピラリー等電点電気泳動によって、得られたAg特異的Ab混合物をさらに分離する。次に、Igをプロテアーゼで消化し、MSによってペプチド断片アミノ酸配列を決定する。次に、ライブラリスクリーニング過程においてAg特異的V領域が正しく同定されたことを確認するために、ペプチド配列を使用し得、前に調製したライブラリからAg特異的V領域を増幅するために、PCRプライマーを消化することもできる。
使用のための説明書を含み得るキット中に本明細書中に記載のPCRプライマーのセットおよび/または本明細書中に記載のライブラリの1以上を包装し得る。
ここで図1を参照して、重鎖に対する3ラウンドのPCRおよび軽鎖に対する2ラウンドのPCRを行う。ヒトPBMCから作製されるcDNAライブラリを鋳型として使用し、様々なリーダーフォワードプライマー(表1A参照)および重鎖のCH2領域中に位置するリバースプライマーを用いて第一ラウンドのPCRを行う。得られたPCR産物の大きさは、IgGのサブクラスに依存して、905から1046である。第二ラウンドのPCRは、第一ラウンドと同じフォワードプライマーを使用するが、リバースプライマーは、表4で列挙されるリバースプライマーを用いたIgG重鎖の4つの異なるクラスのヒンジ領域に位置する。この段階の結果、サブクラス特異的な重鎖の増幅が起こる。図2を参照して、重鎖に対する第三のPCRラウンドは、V領域の5’末端に位置するフォワードプライマー(表3参照)およびCH1ドメインの5’末端に位置するリバースプライマーを使用する。フォワードプライマーは、ScFv断片に対する長いリンカーを導入するアダプターを有し、リバースプライマーは、Sfi I部位を導入するアダプターを有する。
ファージ結合におけるリーダー配列の効果を試験するために、次の実験を行った。重鎖および軽鎖リーダーありまたはなしで、試験ScFv断片を作製し、ファージ上で発現させた。特異的な抗原に対してELISAにおいてファージを使用した。図5は、重鎖可変または軽鎖可変領域の何れかの上流にリーダーペプチドが存在することによって、ScFv断片の、その抗原に対する結合が阻害されたことを示す。
上記の方法および組成物を用いて、ヒトサイトカインに対する2つの異なるモノクローナル抗体をコードするヒト重鎖および軽鎖遺伝子を同定した。これらのモノクローナル抗体は両者とも、(ナノモル濃度からピコモル濃度の範囲で)抗原に対して高い結合親和性を示した。このことから、本発明の方法および組成物は、ヒトゲノムからの低頻度(この場合は、抗体が自己抗原に対するものであった)抗体を同定するために有用であることが明らかとなる。
本発明の詳細な説明と組み合わせて本発明を説明してきたが、前出の説明は、添付の特許請求の範囲により定められる本発明の範囲を例示するものであり、限定するものではないことを理解されたい。他の態様、長所および変更は次の請求項の範囲内である。
Claims (7)
- ヒト免疫グロブリン可変領域ヌクレオチド配列のライブラリを作成するための方法であって、
前記方法が:
(a)関心のある抗原に特異的な抗体を保持すると既に決定されたヒトドナーから得られたヒト末梢血単核細胞の試料から作製されたcDNAライブラリからヒト免疫グロブリン重鎖および軽鎖のリーダーおよび可変領域のヌクレオチド配列を増幅するためにPCRを使用する段階であって、前記PCR増幅においてリーダー特異的プライマーが使用され、前記リーダー特異的プライマーが、各々が異なった核酸配列の相補体にストリンジェントなハイブリッド形成条件下で結合する、配列番号1から76から成る群からの10種以上の異なったポリヌクレオチドのセットを含む段階;
(b)前記PCR段階から増幅産物を単離する段階;
(c)前記PCR段階からの単離された前記増幅産物を発現ベクターに挿入することによって、コンストラクトのセットを作製する段階;および
(d)ヒト免疫グロブリン可変領域ヌクレオチド配列のライブラリを作製するために、前記コンストラクトのセットを宿主細胞のセットに導入する段階であって、前記ライブラリが、
ヒト免疫グロブリン可変領域であって、そのN末端の最初の8アミノ酸において体細胞高頻度突然変異を有し、関心のある抗原に特異的に結合するものを含むヒト免疫グロブリン可変領域
をコードするヌクレオチド配列を含む段階;
を備えることを特徴とする方法。 - 関心のある抗原へ結合する免疫グロブリンの可変領域をコードする核酸配列を決定するための方法であって、
前記方法が:
(a)関心のある抗原に特異的な抗体を保持すると既に決定されたヒトドナーから得られたヒト末梢血単核細胞の試料から作製されたcDNAライブラリからヒト免疫グロブリン重鎖および軽鎖のリーダーおよび可変領域のヌクレオチド配列を増幅するために第一のPCRを使用する段階であって、前記PCR増幅においてリーダー特異的プライマーのセットを使用する段階;
(b)前記第一のPCR段階から増幅産物を単離する段階;
(c)前記第一のPCR段階からの単離された前記増幅産物を発現ベクターに挿入することによって、コンストラクトの第一のセットを作製する段階;
(d)ヒト免疫グロブリンヌクレオチド配列の第一のライブラリを作製するために、前記コンストラクトの第一のセットを宿主細胞の第一のセットに導入する段階;
(e)前記第一のライブラリまたは前記試料からヒト免疫グロブリンヌクレオチド配列を増幅するために第二のPCRを使用する段階であって、前記PCR増幅において可変領域特異的プライマーを使用する段階;
(f)前記第二のPCR段階から増幅産物の第二のセットを単離する段階;
(g)単離された前記増幅産物の第二のセットを発現ベクターに挿入することによって、コンストラクトの第二のセットを作製する段階;
(h)ヒト免疫グロブリンヌクレオチド配列の第二のライブラリを作製するために、前記コンストラクトの第二のセットを宿主細胞の第二のセットに導入する段階;
(i)標的抗原に特異的に結合する可変領域をコードするヌクレオチド配列について前記第二のライブラリをスクリーニングする段階;
(j)標的抗原に特異的に結合する可変領域をコードする前記ヌクレオチド配列の配列を得る段階;
(k)標的抗原に特異的に結合する可変領域をコードする前記ヌクレオチド配列に特異的なリバースプライマーを作製するために、得られた配列情報を使用する段階;
(l)前記試料中のBリンパ球における免疫グロブリンの可変領域の配列に対応するヌクレオチド配列を前記第一のライブラリから増幅するために、第三のPCRにおいて前記リバースプライマーおよび前記リーダー特異的プライマーを使用する段階であって、前記試料中のBリンパ球における免疫グロブリンの可変領域の配列が前記関心のある抗原へ結合する段階;および
(m)前記第三のPCR段階で増幅された前記ヌクレオチド配列の核酸配列を決定する段階;
を備えることを特徴とする方法。 - 請求項2に記載の方法で使用するための、少なくとも50種の異なるプライマーを含むリーダー特異的プライマーのセットであって、異なるプライマーのそれぞれが、配列番号1から76から成る群から選択される異なる核酸を含む、セット。
- 請求項2に記載の方法で使用するための、32種の異なるプライマーを含むリーダー特異的プライマーのセットであって、異なるプライマーのそれぞれが、配列番号1から32から成る群から選択される異なる核酸を含む、セット。
- 請求項2に記載の方法で使用するための、16種の異なるプライマーを含むリーダー特異的プライマーのセットであって、異なるプライマーのそれぞれが、配列番号33から48から成る群から選択される異なる核酸を含む、セット。
- 請求項2に記載の方法で使用するための、28種の異なるプライマーを含むリーダー特異的プライマーのセットであって、異なるプライマーのそれぞれが、配列番号49から76から成る群から選択される異なる核酸を含む、セット。
- 請求項1に記載の方法によって得られる、ヒト免疫グロブリンをコードする核酸のライブラリー。
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