JP6479777B2 - 生物学的に活性な特異的カーゴペプチドと結合したヒト由来の細胞透過性ペプチドの構造、製造および使用 - Google Patents

生物学的に活性な特異的カーゴペプチドと結合したヒト由来の細胞透過性ペプチドの構造、製造および使用 Download PDF

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Description

配列表
本明細書にはＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出した配列表が含まれており、参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。２０１５年９月１６日作成のかかるアスキーファイルのコピーファイル名は８９３５２-８００２.ＷＯ００_ＳＬ.ｔｘｔであり、サイズは１８０,９６４バイトである。
本明細書に開示する実施形態は、一般に、細胞透過性ペプチド複合体を投与することによってさまざまな状態または疾患を治療するための組成物および方法に関し、特に、限定されるわけではないが非限定的に、その形態が、ヒトホメオボックス（ＨＯＸ）遺伝子および細胞透過化特性を備えるホメオドメインを含有する他のヒト遺伝子によりコードされるホメオドメインのアミノ酸配列に由来するペプチドを使用した、融合タンパク質またはタンパク質／核酸複合体であることに関する。より詳細には、諸実施形態は、１以上の機能性もしくは調節性のペプチドまたはタンパク質に連結された、ヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部を含む送達系に関する。これらのペプチドにより、組織、細胞および細胞の核への侵入が促進されるため、生物学的に活性な第２の領域、すなわち「カーゴ（積み荷）」を含んだ融合タンパク質または複合体を治療のための作用部位に到達させることができる。
遺伝子機能の異常または機能低下による症状を呈する疾患では、遺伝子は、核酸、ペプチドおよびタンパク質などの生物学的活性分子がそれらの細胞内および核内での作用部位に直接送達されることで制御されて、転写、翻訳または転写因子の産生と作用への直接または間接的な干渉を介して遺伝子発現に影響を与えており、また、欠失または欠陥のあるタンパク産物は置換され、上記の生物学的活性分子が生殖細胞系列変異または体細胞変異を有する個体に提供される。遺伝的に欠損のある個体では、こうした生物学的に重要なタンパク質の直接置換は、（ｉ）これらのタンパク質が、通常の機能場所である中枢神経系（ＣＮＳ）などの細胞内部位および組織部位に到達することができないこと、および（ｉｉ）これらのタンパク質の免疫原性が障害となっている。
本明細書に開示する実施形態および修正範囲は、融合タンパク質などの複合体のための組成物、およびそれらを使用してさまざまな状態を治療する方法を提供する。かかる複合体または融合タンパク質には、ヒトＨＯＸ遺伝子に由来する６０のアミノ酸からなる配列もしくは多様体、またはヒトホメオドメインもしくは多様体もしくはその一部と非人工的には会合していない、他のヒトホメオドメイン配列もしくは多様体もしくはその一部が組み込まれ、複合体の暴露および／または有効性を低下させる、または臨床有害事象を引き起こすような望ましくない免疫応答を誘発せずに、機能性および調節性の分子を、細胞膜および核膜を通過して意図される作用部位へ移行させる。さらに、このような複合体および融合タンパク質は、血液脳関門通過の促進によるＣＮＳへの侵入、およびそれに続くミクログリアおよび神経細胞などのＣＮＳ細胞への侵入も可能にするとともに、これらの機能性または調節性の分子が、細胞質内および核内の標的に結合できるようにもする。（ｉ）対象遺伝子の発現産物または（ｉｉ）遺伝子機能を制御できる新規な分子を直接細胞内に送達できることから、医療分野での応用範囲は広い。
生物学的活性分子を局所（外用）および全身の細胞内および核内の標的に送達しやすくするほか、ヒトＨＯＸ遺伝子由来のペプチド配列により血液脳関門を通過する輸送も促進されるため、これらのＨＯＸ遺伝子配列を含有する分子に対してＣＮＳ細胞内が暴露される。現在の薬物送達の障害（血液脳関門などの）を通過して治療薬を送達するこの技術用途を開発すれば、全身投与でも薬物を血液脳関門を通過させて送達し中枢神経系の癌を標的にすることが可能である。このような用途例が、アドリアマイシン、ドキソルビシンまたはＨｅｒ２などの癌細胞を標的とするモノクローナル抗体（例えば、トラスツズマブ）と結合した、脳転移ＨＥＲ２陽性乳癌を治療するためのＨＯＸ遺伝子由来ペプチドである。さらに、普通ではＣＮＳ中濃度が治療的レベルに達しない抗菌薬および抗ウイルス薬でも、血液脳関門を通過して入り込むことができるため、動物モデルにおいて細胞内および細胞外の細菌性およびウイルス性ＣＮＳ感染の治療を成功させることができる。
ある実施形態では、複合体は、配列番号１〜１９のいずれかに記載の配列または多様体またはその一部を有し、かかる第１の領域と非人工的には会合していない第２の領域に結合している第１の領域を含み、これにおいて、第２の領域は、配列番号２０、２３、２６、３０、３３、３６、３９、４２、４５、４８、５１、５４、５７、６０、６３、６６、６９、および７２のいずれか１つに記載の配列を有するポリペプチド、または多様体、または多様体もしくはその一部である。ある実施形態では、第１の領域はヒト遺伝子由来である。
ある実施形態では、複合体は、
（ａ）ＨＯＸ Ｃ１２およびＨＯＸ Ｄ１２のどちらか１つのＨＯＸ遺伝子の、アミノ酸６０個からなるドメインまたはその多様性部分を含む第１の領域、および
（ｂ）かかる第１の領域に非人工的には会合していない第２の領域を含み、ここで、少なくとも第１の領域は非変性である。
ある実施形態によると、第２の領域は核酸を含んでよい。これは、アジド基とアルキン基間の「クリック反応」として知られる、特異的なＨｕｉｓｇｅｎの１,３-双極子付加環化反応を介した会合であってよく、ペプチド-オリゴヌクレオチド複合体の合成に利用される。あるいは、この実施形態は、第２の領域が、複合体部分として核酸を結合できる核酸結合ドメインを含み得る、タンパク質／核酸複合体として見られる場合がある。
別の実施形態によれば、第１および第２の領域は、特異的なＨｕｉｓｇｅｎの１,３-双極子付加環化反応（すなわち、「クリック反応」）を介して会合し、これにおいて、オリゴヌクレオチドは、遺伝子発現に影響を与えるためにｍｉＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの拮抗因子として作用する。これらのオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ（locked nucleic acid：ロックド核酸）、ＰＮＡ（peptide nucleic acid：ペプチド核酸）または他の核酸を含んでよい。
さらなる実施形態によれば、第１および第２の領域は、核酸塩基がホスホジエステル骨格にではなく、むしろペプチド骨格に結合している、標準的ペプチド結合を介して結合している。これらの核酸塩基の一部またはすべては、細胞内の他の核酸とハイブリダイズして遺伝子発現に影響を与えることができる。これらの核酸塩基は、ＰＮＡ、γＰＮＡであるかまたは同様の特性を有する他の側鎖を含んでよい。
さらに別の実施形態では、ペプチドまたはペプチド-核酸複合体を使用してｍｉＲＮＡの活性に影響を与えることができ、例えば、ｍｉＲＮＡ-１３２を拮抗してＲａｓ経路および癌を阻害すること、ｍｉＲ-２１を拮抗して癌またはＮＦ-κＢ経路および炎症を阻害すること、または健康状態に有害なおよび／または望ましくない影響を及ぼし得る、他のｍｉＲＮＡの機能および経路へ影響を与えることが含まれるが、これらに限定されない。
さらなる実施形態によれば、複合体は融合タンパク質の形態である。この実施形態では、第２の領域は機能性または調節性タンパク質である。
別の実施形態では、複合体は、
（ａ）細胞透過化能力を有するヒトホメオドメインを含む第１の領域と、
（ｂ）これを連結して、かかる第１の領域に非人工的には会合していない、機能酵素などのタンパク質を含む第２の領域とを含むことができる。
別の実施形態では、組成物は、複合体または融合タンパク質を含み、これらは、吸入可能な組成物；局所用または注射用の点眼などの眼用組成物；浣腸；外用組成物；または持続的に放出させるための注射可能なインプラントを含む注射可能な組成物、の任意の形態を取り得る。
別の開示実施形態は、１以上の生物学的に活性なペプチドまたはタンパク質を含有する複合体または融合タンパク質がＣＮＳ細胞に移行できるようにする工程を含む方法である。
他の実施形態は、複合体または融合タンパク質として意図される細胞質ゾルまたは核の作用部位へ送達される、他の場合には抗原性となるタンパク質の免疫原性を防ぐ方法を含む。
これらおよび他の実施形態を以下に詳細に開示する。
図１は、「カーゴ」ペプチドＮ末端における６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメイン（第１の領域）（配列番号１）または多様体またはその一部の一例を示す。
図２は、６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたは多様体またはその一部のＮ末端におけるカーゴペプチド（第２の領域）（配列番号２）の一例を示す。
図３ａは、Ｃ末端（配列番号１０７〜１０８、それぞれ、出現順）に「カーゴ」ペプチド（第２および第３の領域）を有している、６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（第１の領域）または多様体またはその一部の一例を示し、これにおいて、かかる第３の領域を使用して、特定の組織または細胞種へ向かわせるために構造全体を標的とすることができる。
図３ｂは、Ｎ末端に（配列番号１０７〜１０８、それぞれ、出現順）「カーゴ」ペプチド（第２および第３の領域）を有している、６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（第１の領域）または多様体またはその一部の一例を示し、これにおいて、かかる第３の領域を使用して、特定の組織または細胞種へ向けるために構造全体を標的とすることができる。
図４は、「カーゴ」ペプチドのＮ末端（第２の領域）における６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメイン（第１の領域）または多様体またはその一部（配列番号１０９〜１１０、それぞれ、出現順）、およびＧＳリンカー（配列番号１１１）を介してＣ末端に結合しているＨｉｓ尾部の一例を示す。
図５は、ＮＢＤ「カーゴ」ペプチド（第２の領域）Ｎ末端において６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（第１の領域）または多様体またはその一部（配列番号１１２および１０８、それぞれ、出現順）、およびＧＳリンカー（配列番号１１１）を介してＣ末端に結合しているＨｉｓ尾部の一例を示す。
図６は、転移配列ＳＡＡを伴う６ＨＩＳリーダー配列（配列番号８０）の後にＴＥＶ切断部位（ＥＮＬＹＦＱＳ）（配列番号８１）が続いて配列番号２１（ＰＰＬ-００２とも呼ぶ）をなす、適切なＮ末端を有するプラスミドｐＪ４１１：１２９９２５の配列の一例を示す。図は、ＤＮＡおよびタンパク質の完全長配列を、それぞれ、配列番号１１５および１１６として開示している。
図７は、転移配列ＳＡＡを伴う６ＨＩＳリーダー配列（配列番号８０）の後にＴＥＶ切断部位（ＥＮＬＹＦＱＳ）（配列番号８１）が続いて配列番号２２（ＰＰＬ-００３とも呼ぶ）をなす、適切なＮ末端を有するプラスミドｐＪ４１１：１２９９２６の配列の一例を示す。図は、ＤＮＡおよびタンパク質の完全長配列を、それぞれ、配列番号１１５および１１６として開示している。
図８ａは、マウスのＲＡＷ２６４.７細胞におけるＮＦ-κＢ活性化阻害を示す（ＬＰＳで４時間刺激）。エラーバーは平均標準誤差（ＳＥＭ）を表す。
図８ｂは、ヒト胎児由来腎臓（ＨＥＫ）２９３細胞におけるＮＦ-κＢ活性化阻害を示す（ＴＮＦ-αで４時間刺激）。エラーバーは平均標準誤差（ＳＥＭ）を表す。
図９は、ＮＢＤカーゴ含有する細胞透過性ペプチドによる、ＨＥＫ２９３ＮＦ-κＢルシフェラーゼレポーター細胞における、ＴＮＦ-αの刺激によるＮＦ-κＢ活性化阻害を示す。図１０：ＮＢＤカーゴ-含有細胞透過性ペプチドのインビボ活性測定のタイムライン：マウスにペプチドで前処置を行い、リポ多糖（ＬＰＳ）注射を行い、サイトカインアッセイ用に指定時間に血液試料を採取した。
図１１ａは、ＬＰＳ注射およびペプチドまたはデキサメタゾン（Ｄｅｘ）による前処置を行った後のＴＮＦ-α応答を示す。各データポイントはマウス１匹についての値を表す。
図１１ｂは、ＬＰＳ注射およびペプチドまたはデキサメタゾン（Ｄｅｘ）による前処置を行った後のＩＰ-１０応答を示す。各データポイントはマウス１匹についての値を表す。
図１２は、ＬＰＳ注射およびペプチドまたはデキサメタゾン（Ｄｅｘ）による前処置を行った後のＩＬ-１０応答を示す。各データポイントはマウス１匹についての値を表す。
図１３は、ＰＰＬ-００３を５００、１０００、および２０００マイクログラム投与後の血漿中濃度を示す。
図１４は、ＰＰＬ-００３の用量ごとの血漿中Ｃｍａｘを示し、Ｃｍａｘ（３０分）時の平均値および中央値を示す。
図１５ａおよび１５ｂは、ＬＰＳ刺激の０、３０および６０分前に２０００マイクログラムのＰＰＬ-００３で前処置してから行ったＬＰＳ投与後２時間のアミロイドＡタンパク質（ＳＡＡ）の応答を示す。図１５ａにおいてエラーバーは平均標準誤差（ＳＥＭ）を表し、また、図１５ｂにおいて、データポイントは個々のマウスのものであり、水平ラインは中央値である。
図１６ａおよび１６ｂは、用量５００、１０００、および２０００マイクログラムのＰＰＬ-００３による前処置後のＬＰＳに対するアミロイドＡタンパク質（ＳＡＡ）の応答を示す。図１６ａにおいてエラーバーは平均標準誤差（ＳＥＭ）を表し、また、図１６ｂにおいて、データポイントは個々のマウスのものであり、水平ラインは中央値である。パーセント値は、ビヒクル／ＬＰＳに対する阻害パーセントである。
図１７ａおよび１７ｂは、ＬＰＳ刺激の０、３０および６０分前に２０００マイクログラムのＰＰＬ-００３を投与した後の、ＩＬ-１０およびマウスＫｃの応答をそれぞれ示す。エラーバーは平均標準誤差（ＳＥＭ）を表す。
図１８ａおよび１８ｂは、ＬＰＳ刺激０、３０および６０分前に２０００マイクログラムのＰＰＬ-００３またはＰＰＬ-００４を投与した後の、それぞれのＧＭ-ＣＳＦ応答阻害を示す。エラーバーは平均標準誤差（ＳＥＭ）を表す。
ヒトＨＯＸ遺伝子および他のホメオドメインをコードする遺伝子は胚発生において重要であり、これらの遺伝子は遺伝子アンテナペディア（Ａｎｔｐ）に相同な配列の短い領域を含んでいるが、ここには、ヒト固有の配列に含まれ、それらの機能を促進するほとんどのアミノ酸が含まれている。アンテナペディアのタンパク質配列は、特異的なＤＮＡの標的配列・因子に結合する、６０のアミノ酸からなるモチーフ（ホメオドメイン）の存在を特徴とする。Ａｎｔｐホメオドメイン（米国特許第７,９６８,５１２号を参照のこと）およびＡｎｔｐ遺伝子のさらに短い配列は、生物学的に活性な（「カーゴ（積み荷）」）ペプチドが組織および細胞へ侵入して、治療のためのそれらの作用部位まで到達できるよう促進することが示された。
Ａｎｔｐのホメオドメインおよびより短い領域は、インビトロおよび動物モデルにおいて機能性および調節性タンパク質などのタンパク質を移行させるのに使用することができるが、ヒトＨＯＸ遺伝子および特定の他のヒトホメオドメイン配列に由来のペプチド配列は、ペプチド、タンパク質およびヌクレオチドのような生物学的活性分子の細胞内および核内作用部位への輸送促進も可能で、その際、（ｉ）複合体の暴露および／または有効性を低下させる、または有害事象を発生させるような、望ましくない免疫応答を誘発することがなく、かつ、（ｉｉ）Ａｎｔｐ複合体および融合タンパク質より有効性が高い。対象遺伝子の発現産物を含めた生物学的活性分子を細胞内に直接送達できることの応用範囲は、特に医療分野において広い。ＨＯＸおよび他のヒトホメオドメインのペプチドは、核酸を移行させることもできる。このことは、遺伝子制御機構を利用する応用に特に有利である。
開示の実施形態およびそれらの修正形態の幾つかは、新規な複合体に関し、これらは融合タンパク質の形態をとってよく、各タンパク質には、ヒトＨＯＸ遺伝子または細胞透過化特性を備えるホメオドメインを含有する他のヒト遺伝子に由来し、第２の領域（２）に連結（例えば、図１に示す１２または１３）している、アミノ酸６０個のペプチドまたは多様体またはその一部（例えば、図１に示す１）と、本明細書に開示する生物学的に活性な「カーゴ（積み荷）」ペプチドの少なくとも１つとが含まれる。図１は、６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメイン（「第１の領域」）（１）が、そのＣ末端（４）で、生物学的に活性なカーゴペプチド（「第２の領域」）（２）のＮ末端（５）に連結していることを含む一実施形態を示す。図２は、６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（「第１の領域」）（１）が、そのＮ末端（３）で、生物学的に活性であるカーゴペプチド（「第２の領域」）（２）のＣ末端（６）に連結していることを含む別の実施形態を示す。両実施形態における各連結は、単純なペプチド結合（１３）または当技術分野で公知のリンカー配列（１２）であってよいが、その場合、配列付加により融合タンパク質または複合体の機能が損なわれないこととする。
「損なわれる」という用語は、本明細書に記載の任意の転帰について治療有効性を低下させるような、実施形態の複合体の機能低下をいい、例えば、機能が損なわれると、（１）融合タンパク質の形態をとった複合体、または（２）別のリンカーを含む複合体で観察される免疫原性低下に比べ、免疫原性低下が弱いものになる可能性がある。
「カーゴ」ペプチドには、治療を目的として細胞内へ入る、小さい合成ペプチド、および抗体または抗体の結合領域のようにより大きなタンパク質のいずれも含まれる。（Schutze-Redelmeier M-P et al. “Introduction of exogenous antigens into the MHC class 1 processing and presentation pathway by Drosophila antennapedia homeodomain primes cytotoxic T cells in vivo. J. Imunol. 157(2):650-55, July 15, 1996；M.J. May et al. “Selective inhibition of NF-κB activation by a peptide that blocks the interaction of NEMO with the IκB kinase complex” Science 289:1550-54, Sept. 1, 2000；I Strickland and S Ghosh. “Use of cell permeable NBD peptides for suppression of inflammation” Ann. Rheum. Dis. 65(Suppl 3):iii75-iii82, 2006；C. Avignolo et al. “Internalization via Antennapedia protein transduction domain of an scFv antibody toward c-Myc protein” FASEB J. 22:1237-45, 2008.）
「ペプチド（複数可）」、「タンパク質（複数可）」、および「ポリペプチド（複数可）」という用語は、同義で使用される。
「ヒトホメオドメイン」という用語は、（１）表３にそれぞれ、配列番号１および配列番号２として示されるＨＯＸ Ｃ１２およびＨＯＸ Ｄ１２配列などのヒトＨＯＸ由来のホメオドメインまたは多様体またはそれらの一部；および（２）配列番号３〜１９のような、細胞透過化活性を有する他の任意のヒトホメオドメイン、または多様体またはそれらの一部をいう。
「非人工的には会合していない」という語句は、複合体または融合タンパク質の全体配列が天然では見られない配列であること、また、かかる全体配列が天然に見られる単一遺伝子でコードされないことを意味する。
「機能的に連結された」という語句は、第２の領域が細胞膜を移行することができるように第１および第２の領域が連結していることを意味する。このような結合を、「クリック」ケミストリー法または当技術分野で公知の他法の応用により作製してよく、または、ペプチド結合を有する融合タンパク質として領域間に組み込んでもよい。
分子生物学／生物工学技術分野の当業者であれば、表３および４に示した配列についての多数の変形が、本明細書に開示の実施形態の範囲に入ることを理解されるであろう。本明細書で使用する場合、相同性とは、ヌクレオチドまたはアミノ酸の配列が同一である、または同一に近いことをいう。従来技術で理解されているように、コドンの第３塩基の箇所、すなわち、ゆらぎのある塩基で、アミノ酸置換が行われないまま翻訳後ポリペプチド配列中にある、ヌクレオチドのミスマッチが起こり得る。また、遺伝子配列の特定領域におけるヌクレオチドわずかな修正（例えば、置換、挿入または欠失）は、このような修正で変更されたアミノ酸配列が最終遺伝子産物の機能性を変えない配列であればいつでも許容され得る。特定のＤＮＡ配列の相同体は、当業者であれば核酸のクロスハイブリダイゼーションをテストする方法をストリンジェンシー条件下で使用して同定することができ、当該技術分野でよく理解されているとおりである（Hames et al., Nucleic Acid Hybridisation, (1985) IRL Press, Oxford, UKに記載）。相同性の程度は、比較配列間の同一性パーセンテージで測定されることが多い。
「多様体」という用語は、基準とするポリペプチドまたはタンパク質と異なってはいるが、本質的な特性を維持しているポリペプチドまたはタンパク質をいう。ポリペプチドの多様体の典型例では、別の基準ポリペプチドとアミノ酸配列が異なっている。一般に、基準ポリペプチドと多様体の配列の違いは、両配列が全体的に酷似し（相同である）、多くの領域において同一となるよう制限される。多様体と基準ポリペプチドは、アミノ酸配列が１以上の修正（例えば、置換、付加、および／または欠失）により異なっていてよい。置換または挿入されたアミノ酸残基は、遺伝暗号によりコードされるものであっても、されないものであってもよい。ポリペプチドの多様体は、アレル多様体などの非人工的に存在するもの、または非人工的に存在することが知られていない多様体であってよい。
本開示のポリペプチドおよびタンパク質の構造に修正および変更を行い、なおかつ、かかるポリペプチドと同様の特徴を有する分子とすることができる（例えば、保存的アミノ酸置換）。例えば、活性を大きく喪失させずに、配列内の特定のアミノ酸で別のアミノ酸を置換することができる。ポリペプチドまたはタンパク質の生物学的機能活性を定義するのは、そのポリペプチドの相互作用的な能力と性質であることから、ポリペプチドまたはタンパク質配列に特定のアミノ酸配列置換を行い、それでもなお、同様の特性を有するポリペプチドまたはタンパク質を得ることが可能である。
アミノ酸置換は、一般に、アミノ酸側鎖の置換基の相対的類似性、例えば、その疎水性、親水性、荷電、サイズなどに基づいて行われる。上述の特徴を１つまたは複数考慮した例示的置換は当業者に周知であり、それらには、（元の残基：例示的置換）：（Ａｌａ：Ｇｌｙ、Ｓｅｒ）、（Ａｒｇ：Ｌｙｓ）、（Ａｓｎ：Ｇｌｎ、Ｈｉｓ）、（Ａｓｐ：Ｇｌｕ、Ｃｙｓ、Ｓｅｒ）、（Ｇｌｎ：Ａｓｎ）、（Ｇｌｕ：Ａｓｐ）、（Ｇｌｙ：Ａｌａ）、（Ｈｉｓ：Ａｓｎ、Ｇｌｎ）、（Ｉｌｅ：Ｌｅｕ、Ｖａｌ）、（Ｌｅｕ：Ｉｌｅ、Ｖａｌ）、（Ｌｙｓ：Ａｒｇ）、（Ｍｅｔ：Ｌｅｕ、Ｔｙｒ）、（Ｓｅｒ：Ｔｈｒ）、（Ｔｈｒ：Ｓｅｒ）、（Ｔｉｐ：Ｔｙｒ）、（Ｔｙｒ：Ｔｒｐ、Ｐｈｅ）、および（Ｖａｌ：Ｉｌｅ、Ｌｅｕ）が含まれるが、これらに制限されない。したがって、本開示の実施形態では、機能的または生物学的に同等なポリペプチドまたはタンパク質は、上記に記載したものとみなしている。特に、ポリペプチドおよびタンパク質の実施形態は、対象とするポリペプチドおよびタンパク質に対し、約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、および９５％の配列同一性を有する多様体を含むことができる。
当技術分野で公知の「同一性」とは、２つまたはそれ以上のポリペプチドまたはタンパク質配列を比較して測定した場合のかかる配列間の関係である。当該技術分野では、「同一性」とは、ポリペプチド同士またはタンパク質同士の配列関連性の程度をいい、かかる配列同士の文字列の一致により測定される。「同一性」は、生物情報による公知の方法で容易に計算可能である。
第１の領域：開示の複合体または融合タンパク質の実施形態の第１の領域は、例えば、配列番号３〜１９、または多様体またはそれらの一部のような、ＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２遺伝子または細胞透過化活性を有する他の任意のヒトホメオドメインに由来する、非人工的または合成のアミノ酸６０個のペプチドまたは多様体またはその一部を含んでよい。
ある実施形態では、ＨＯＸ Ｃ１２（配列番号１）アミノ酸配列は、
ＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬ
である。
別の実施形態では、ＨＯＸ Ｄ１２（配列番号２）アミノ酸配列は、
ＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶ
である。
あるいは、他の実施形態には、複合体および融合タンパク質を細胞内および核内に送達できるようにするため、透過化特性を有する、アミノ酸６０個のヒトホメオドメイン配列のさらなる１７配列のうちいずれか１配列または多様体またはそれらの一部が含まれることになる。さらに、これらの追加配列の各々により、それ以外の配列では血液脳関門を貫通しないであろうと考えられる分子が、ＣＮＳへ浸透できるようになる。これらの複合体および融合タンパク質のアミノ酸配列で、第１の領域にＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメインを有する配列、およびＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインを有する配列の例を表３に示すが（配列番号２１〜２２、２４〜２５、２７〜２８、３１〜３２、３４〜３５、３７〜３８、４０〜４１、４３〜４４、４６〜４７、４９〜５０、５２〜５３、５５〜５６、５８〜５９、６１〜６２、６４〜６５、６７〜６８.７０〜７１、および７３〜７４、または多様体またはそれらの一部）、他の任意のヒトホメオドメインまたは多様体またはそれらの一部（配列番号３〜１９）およびこれらの配列の変形をＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメインおよびＤ１２ホメオドメインの代わりに用いてよい。各ヒトホメオドメイン配列は、アミノ酸６０個のＡｎｔｐ配列に対する同一性が５０％未満であるため、構造的には別個の配列であり、固有のヒトの特性を有する。その上、表に示したホメオドメイン配列はすべてヒト由来のものなので、ヒトにおいて抗原性になることはない。各ヒトホメオドメイン配列の一覧を、由来するヒト遺伝子名の略語とともに下記表３に示す（配列番号１〜１９）。カーゴ配列は、それらに意図される機能に応じて、ヒト由来または非ヒト由来のいずれでもよい。
さらに、膜を移行させる能力が保持されるのであれば、合成多様体を使用してよい。合成多様体は、一般に、非人工的に存在するタンパク質とは置換、特に保存的置換において異なるであろう。本明細書の「保存的アミノ酸変更」という語句は、アミノ酸群、すなわち疎水性アミノ酸、極性アミノ酸、酸性または塩基性アミノ酸のうち１群の１アミノ酸を、同一群内の１アミノ酸に置き換えることを意味する。このような変更の一例として、バリンのメチオニンへの置換、およびその逆の置換がある。保存的置換の他の例は、下記表１を参照してよい。
Figure 0006479777
このような多様体は、直接合成するか、または部位特異的変異誘発などの標準的な組換えＤＮＡ技術を使用して調製してよい。挿入が行われる箇所では、合成ＤＮＡは、挿入箇所をコードするほか、挿入部位の両側にくる天然配列に対応した、両端の５'および３'領域をコードする。かかる両端の５'および３'領域には、配列を適切な酵素（複数可）で切り取り、その切り取られた部分に合成ＤＮＡを結合できるよう、天然配列の制限部位に対応する好都合な制限部位が含有されることになる。その後、こうして結合されたＤＮＡが発現し、コードしたタンパク質を作る。これらの方法は、当技術分野で公知の多数の標準的なＤＮＡ配列操作技術の実例にすぎず、他の公知技術を使用してもよい。ＨＯＸ-Ｃ１２およびＨＯＸ-Ｄ１２に由来する請求の範囲のアミノ酸６０個の配列または多様体またはそれらの一部との少なくとも５０％の配列同一性を保持する多様体は、その細胞透過性という特徴を維持し、かつ、ヒトの特徴を保持することにより、免疫原性となる可能性が低くなるであろうと考えられる。非人工的に存在するＨＯＸ配列または合成ＨＯＸ配列が膜を移行する能力は、当技術分野で公知の日常的方法で試験してよい。配列番号１〜１９（表３）のアミノ酸をコードする任意のポリヌクレオチドまたは多様体またはその一部を本明細書の融合タンパク質または複合体で使用できる。
第２の領域のペプチドまたはタンパク質：開示した、複合体または融合タンパク質の実施形態の第２の領域は、第１の領域と非人工的には会合していない任意のペプチドまたはタンパク質の配列を含んでよい。第１の領域をコードする遺伝子は、その他に第２の領域もコードするか、またはコードしなくてもよい。また、第２の領域も、第１の領域と同一種由来、非同一種由来のいずれでもよい。ただし、第１および第２の領域は、非人工的な状況とは異なった態様で複合体または融合タンパク質の実施形態に現れることになる。
融合タンパク質または複合体の実施形態の第２の領域は、融合タンパク質または複合体に含めた場合に標的上で生物学的に活性であるかぎり、任意の長さのペプチドまたはタンパク質であってよい。
第２の領域の核酸：第２の領域は、治療的に活性な任意の核酸を含んでよい。ある実施形態では、核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡであり得る。別の実施形態では、核酸はオリゴヌクレオチドまたはＰＮＡである。
ある実施形態では、第２の領域は、核酸塩基が標準アミノ酸を置換するＰＮＡなどの任意のペプチド核酸を含んでよく、また、第２の領域は、遺伝子発現または他の生物学的プロセスに影響を与えるために、ｍｉＲＮＡの拮抗または活性化を介して作用することを含め、治療的に活性であり得る。
別の実施形態では、第２の領域は、ＰＮＡなどの任意のペプチド核酸を含んでよく、これにおいて、前記第２の領域は、遺伝子発現または他の生物学的プロセスに影響を与えるためにスプライシングまたは翻訳を活性化または抑制することによって、ｍＲＮＡの拮抗または活性化を介して作用するなど治療的に活性であってよい。
タンパク質／核酸複合体を含むある実施形態では、複合体は、細胞内にあるときにＲＩＳＣ複合体またはｍｉＲＮＡに結合する第２の領域の一部として、核酸またはＰＮＡをさらに含むことができる。例えば、ｍｉＲ１３２というｍｉＲＮＡに結合すると、癌またはＮＦ-κＢが抑制され得る。このようなｍｉＲＮＡ分子への結合により安定な複合体が形成され得るが、これにおいて、未結合ｍｉＲＮＡであれば通常は見られたであろう、遺伝子の発現に対するｍｉＲＮＡ分子の影響力を不能にすることができる。
タンパク質／核酸複合体を含むいくつかの実施形態では、複合体は、細胞内にあるときにゲノムＤＮＡに結合する第２の領域の一部として、核酸またはＰＮＡをさらに含むことができる。例えば、転写因子結合部位でＤＮＡに結合させると、転写因子の結合および／または活性を防いで、遺伝子の転写に影響を与え得る。
タンパク質／核酸複合体を含むさらなる実施形態では、複合体は、細胞内にあるときにメッセンジャーＲＮＡに結合する第２の領域の一部として、核酸、ＬＮＡまたはＰＮＡをさらに含むことができる。例えば、ＤＹＲＫ１ｂメッセンジャーＲＮＡに結合させると、ＤＹＲＫ１ｂの発現および／または翻訳を下方制御することができる。
タンパク質／核酸複合体を含むさらなる実施形態では、複合体は、第２の領域の一部として、核酸（またはＤＮＡ）結合ドメインをさらに含むことができる。ある実施形態では、核酸結合ドメインを、特異的高親和性、およびタンパク質の構成要素と核酸またはＰＮＡの構成要素との非共有結合的相互作用を仲介するために機能させてよい。
核酸結合ドメインは、ＲＮＡ結合領域またはＤＮＡ結合領域、例えば、転写因子、特に酵母またはヒト転写因子のＤＮＡ結合領域であってよい。例えば、ＧＡＬ４誘導可能ドメインは、ＤＮＡ配列ＣＧＧＡＧＧＡＣＡＧＴＣＣＴＣＣＧ（配列番号８２）に対するタンパク質の選択的結合を仲介する（Cavey et al J Mol Biol 209：423、1989）。さらに、ＤＮＡ結合領域はＧＡＬ４アミノ酸２〜１４７個からなる。ＤＮＡ結合領域は、第２のドメイン上で一本鎖ＤＮＡまたは二本鎖ＤＮＡに結合してよい。
開示した、複合体または融合タンパク質の実施形態の他の用途として、抗菌性および抗ウイルス性処置の開発が含まれる。例えば、ＨＯＸ遺伝子由来または他のヒトホメオドメイン由来の細胞透過性ペプチドを使用して、組換え抗体、非人工的に存在する自然免疫エフェクター分子またはＤＮＡ結合分子を感染細胞の細胞質内で輸送することができ、これにより、細菌、寄生虫の破壊、または細菌もしくはウイルスが複製する重要な段階の妨害を行う。
好適なペプチドおよびタンパク質としては、治療および／または診断に応用されるものが含まれ、例えば、サイトカイン、ケモカイン、ホルモン、抗体、人工の免疫グロブリン様分子、一本鎖抗体、複合体、酵素、免疫共刺激分子、免疫調節分子、アンチセンスＲＮＡ、標的タンパク質のトランスドミナントネガティブ変異体、毒素、例えば、エンドトキシンＡ、コリシンＡ、ｄ-エンドトキシン、ジフテリア毒素、桿菌アントロクス（anthrox）毒素、コレラ毒素、百日咳毒素、大腸菌の各種毒素、志賀毒素または志賀毒素様毒素、条件付き毒素などの毒素、抗原、腫瘍抑制タンパク質および成長因子、膜タンパク質、血管作動性タンパク質およびペプチド、抗ウイルスタンパク質およびリボザイム、並びに誘導体といった用途が含まれるが、これらに限定されない。このようなコード配列が含まれている場合、これらの配列は、典型的に、好適なプロモーターに機能的に連結されてよく、そのような好適なプロモーターは、リボザイム（複数可）の発現を駆動するプロモーター、または異なるプロモーター（単数または複数）であってよい。
１以上の実施形態により、動物またはヒトの個体を遺伝子治療で治療するための医薬組成物を提供することができ、これにおいて、かかる組成物は、治療的有効量の複合体または融合タンパク質を含む。典型的には、個々の被検体に最も好適と考えられる実際の用量は医師により決定され、また、その個体ごとの年齢、体重および応答に応じて異なってくる。
１以上の治療的分子、例えば、遺伝子またはタンパク質を送達する、融合タンパク質または複合体の実施形態を単独で、または他の治療もしくは治療成分と組み合わせて使用してよい。治療し得る疾患として、癌、神経疾患、遺伝性疾患、心疾患、脳卒中、関節炎、ウイルス性および細菌性感染症、並びに免疫系疾患が挙げられるが、これらに制限されない。好適な治療的遺伝子には、腫瘍抑制タンパク質、酵素、プロドラッグ活性化酵素、免疫調節分子、抗体、人工免疫グロブリン様分子、複合体、ホルモン、膜タンパク質、血管作動性タンパク質またはペプチド、サイトカイン、ケモカイン、抗ウイルスタンパク質、アンチセンスＲＮＡおよびリボザイムをコードする遺伝子が含まれる。
複合体は、サイトカインをコードする核酸またはサイトカインを１つまたは複数含んでもよい。好適なサイトカインおよび成長因子として、ＡｐｏＥ、Ａｐｏ-ＳＡＡ、ＢＤＮＦ、カルディオトロフィン-１、ＥＧＦ、ＥＮＡ-７８、エオタキシン、エオタキシン２が挙げられるが、これらに限定されない。Ｅｘｏｄｕｓ-２、ＦＧＦ酸性、ＦＧＦ塩基性、線維芽細胞増殖因子１０（Ｍａｒｓｈａｌｌ １９９８ Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １６： １２９）。ＦＬＴ３リガンド（Ｋｉｍｕｒａら（１９９７）、フラクタルカイン（ＣＸ３Ｃ）、ＧＤＮＦ、Ｇ-ＣＳＦ、ＧＭ-ＣＳＦ、ＧＦ-β１、インスリン、ＩＦＮ-γ、ＩＧＦ-Ｉ ＩＧＦ-ＩＩ、ＩＬ-１α、ＩＬ-１β、ＩＬ-２、ＩＬ-３、ＩＬ-４、ＩＬ-５、ＩＬ-６、ＩＬ-７、ＩＬ-８（７２ａ．ａ．）、ＩＬ-８（７７ａ．ａ．）、ＩＬ-９、ＩＬ-１０、ＩＬ-１１、ＩＬ-１２、ＩＬ-１３、ＩＬ-１５、ＩＬ-１６、ＩＬ-１７、ＩＬ-１８（ＩＧＩＦ）、インヒビンα、インヒビンβ、ＩＰ-１０、ケラチノサイト成長因子２（ＫＧＦ-２）、ＫＧＦ.レプチン、ＬＩＦ、リンホタクチン、ミュラ-管抑制物質、単球コロニー抑制因子、単球走化性タンパク質（Ｍａｒｓｈａｌｌ １９９８ ｉｂｉｄ）、Ｍ-ＣＳＦ、ＭＤＣ（６７ａ．ａ．）、ＭＤＣ（６９ａ．ａ．）、ＭＣＰ-１（ＭＣＡＦ）、ＭＣＰ-２、ＭＣＰ-３、ＭＣＰ４、ＭＤＣ（６７ａ．ａ）、ＭＤＣ（６９ａ．ａ．）、ＭＩＧ、ＭＩＰ-１α、ＭＩＰ-１β、ＭＩＰ-３α、ＭＩＰ-３β、ＭＩＰ４、骨髄前駆細胞阻害因子１（ＭＰＩＦ-１）、ＮＡＰ-２、ニュールツリン、神経成長因子、β-ＮＧＦ、ＮＴ-３、ＮＴ-４、オンコスタチンＭ、ＰＤＧＦ-ＡＡ、ＰＤＧＦ-ＡＢ、ＰＤＧＦ-ＢＢ、ＰＦ-４、ＲＡＮＴＥＳ、ＳＤＦ１α、ＳＤＦ１β、ＳＣＦ、ＳＣＧＦ、幹細胞因子（ＳＣＦ）、ＴＡＲＣ、ＴＧＦ-α、ＴＧＦ-β、ＴＧＦ-β２、ＴＧＦ-β３、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、ＴＮＦ-α、ＴＮＦ-β、ＴＮＦ-１、ＴＰＯ、ＶＥＧＦ、ＧＣＰ-２ＧＲＯ／ＩＭＧＳＡ、ＧＲＯ-β、ＧＲＯ-γ、ＨＣＣ１、および１-３０９。相同であるサイトカインおよび成長因子は、好適な動物系におけるカーゴとして、研究用または獣医用途に使用することができる。
開示した、融合タンパク質または複合体の実施形態は、当業者に公知のさらに好適なドメインを含んでよい。例えば、小胞体残留シグナルは、取り込まれた複合体またはタンパク質／核酸複合体の細胞内経路に影響を与えるよう機能する。好適な小胞体残留シグナルは、哺乳類の小胞体残留シグナルであってよい。
また、核酸またはタンパク質の細胞小胞系からの流出を促進して、この経路による核酸輸送を増強するよう機能する、移行ドメインが存在してもよい。このドメインは、タンパク質／核酸が標的細胞に取り込まれた後にリソソームでの分解を受けづらくする、または受けないよう機能し得る。好適な移行ドメインは、毒素、特に、外毒素Ａ、コリシンＡ、ｄ-エンドトキシン、ジフテリア毒素、炭疽菌毒素、コレラ毒素、ペルッシス（Perussis）毒素、大腸菌毒素の各種毒素、志賀毒素または志賀毒素様毒素のような細菌毒素から誘導可能である。
第１の結合ドメインは、核以外に細胞部位も標的とするよう修飾してよい。
さらに、または代替として、細胞表面構造を認識する標的細胞特異的結合ドメイン、例えば、標的細胞上の受容体タンパク質または表面抗原などを存在させてよい。
本明細書の「複合体」または「複合体」という用語には、アミノ酸６０個のヒトホメオドメイン配列または多様体またはその一部である第１の領域が、共有結合および非共有結合などのペプチド結合または別の結合を介して直接結合している、融合タンパク質などの構造部類が含まれる。複合体は、ホメオドメイン配列と、第１の領域に非人工的には会合していない、機能性または調節性のペプチドまたはタンパク質（「カーゴ（積み荷）」ペプチド）である第２の領域とを結合するリンカー領域を含んでよい。当技術分野で公知の多種多様なリンカー（短い結合配列）の任意のリンカーを利用して複合体を形成してよいが、その際、リンカーの付加により複合体の機能が損なわれないことが条件となる。これにより、第２の領域は細胞膜または核膜を通って移行可能になる。例えば、当技術分野で公知の多種多様なリンカーについては、Chen et al. “Fusion protein linkers: property, design and functionality.” Advanced Drug Delivery Reviews. http://dx.doi.org/10.1016/J.addr.2012.09.039を参照のこと。別の実施形態では、「融合タンパク質」という用語の使用により、複合体の形成に上記のようなリンカーを使用せず、ドメイン同士が完全にペプチド結合で連結されている場合に存在する、複合体の特定下位部類を意味する。
第１の（ＨＯＸまたは他のヒトホメオドメイン）領域および第２の（カーゴ）領域を、切断可能なリンカー領域で連結してよく、このリンカー領域は、その付加により複合体の機能が損なわれない限り、リンカーの目的に好適な任意の領域であってよい。切断可能なリンカー領域は、プロテアーゼで切断可能なリンカーであるが、例えば、低分子で切断可能な他のリンカーを使用してよい。これらのリンカーには、臭化シアンで切断可能なＭｅｔ-Ｘ部位、ヒドロキシルアミンで切断可能なＡｓｎ-Ｇｌｙ、弱酸で切断可能なＡｓｐ-Ｐｒｏ、および特に、ＮＢＳ-スカトールで切断可能なＴｒｐ-Ｘが含まれる。プロテアーゼによる切断部位は、より穏やかな切断条件を必要とし、例えば、第Ｘａ因子、トロンビンおよびコラゲナーゼに見られる。これらのいずれを使用してもよい。正確な配列は当該技術分野で利用可能であり、当業者は問題なく好適な切断部位を選択するであろう。一例として、第Ｘａ因子が標的とする、プロテアーゼによる切断領域はＩ Ｅ Ｇ Ｒ（配列番号８３）である。エンテロキナーゼが標的とする、プロテアーゼによる切断領域はＤ Ｄ Ｄ Ｄ Ｋ（配列番号８４）である。トロンビンが標的とする、プロテアーゼによる切断領域はＬ Ｖ Ｐ Ｒ Ｇ（配列番号８５）である。切断可能なリンカー領域は、細胞内プロテアーゼが標的とするリンカー領域であってよい。リンカーは、機能に必要というわけではないが、第１領域と第２の領域の間にリンカーを含めて、機能を損なうことなく第２の領域を標的に合わせて放出させる、またはリンカーの切断で第２の領域の生物学的活性を高めてよい。
Figure 0006479777
開示の実施形態により、具体的な治療処置用に同定済みの多数のペプチドのうち任意のものを細胞内および核内の作用部位へ効率的に移行させることを含む、高い治療的作用を得ることができ、これにおいて、（ｉ）標的組織はＣＮＳであり、かつ、（ｉｉ）標的組織を問わず、かかる移行により、複合体の暴露および／もしくは有効性を減じる、または有害なもしくは望ましくない臨床的事象を発生させるような、望ましくない免疫応答を生じさせることがない。「第２の領域」の生物学的に活性なペプチドは、ヒトホメオドメイン配列または多様体またはその一部（「第１の領域」）に結合される前は、それらに非人工的には会合していない。
さらに、さまざまな実施形態では、複合体または融合タンパク質は、やはりカーゴペプチドを含む第３の領域を含んでよい。図３ａおよび３ｂは、アミノ酸６０個のヒトホメオドメイン（「第１の領域」、ここでは短縮して表示）を含む別の実施形態、および、融合タンパク質または複合体に、それらが作用する細胞部位を標的にさせ得るさらなるカーゴタンパク質を示す。図３ａにおいて、左にあるヒトＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（１）は、そのＣ末端（４）で、関心対象である生物学的に活性なカーゴペプチド（「第２の領域」）（２）のＮ末端（５）に連結しており、一方、関心対象である第３のカーゴペプチド（「第３の領域」）（７）は、そのＮ末端（８）で「第２の領域」（２）のＣ末端（６）に連結している。この第３の領域は、融合タンパク質全体にペプチド結合を介して連結または融合した状態のままであるか、または、標的とした組織内の特定部位への取り込みもしくは結合終了後に除去するよう設計してよい。
図３ｂは別の実施形態を示しており、右にあるヒトＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（１）は、そのＮ末端（３）で第２の領域（２）のＣ末端（６）に連結しており、一方、第３の領域のカーゴペプチド（７）は、第２の領域（２）のＮ末端（５）で連結している。連結は、単純なペプチド結合（１３）または当技術分野で公知のリンカー配列（１２）、またはこれらの組み合わせであってよいが、その際、リンカー配列の付加により複合体の機能が損なわれないことが条件となる。第２のカーゴペプチド（「第３の領域」）（７）は、複合体または融合タンパク質に、それが作用する細胞部位を標的にさせ得る。実施例２を参照のこと。
本明細書の複合体および融合タンパク質の実施形態は、文献に記載の任意の標準的分子生物学技術にしたがって作製してよい。例えば、Ausubel et al. (2002) Short Protocols in Molecular Biology: A Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology, 5th Ed. John Wiley & Sonsを参照のこと。使用できる精製方法などの製造方法は、米国特許第７,９６８,５１２号にも開示されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
「発現ベクター（複数可）」または「プラスミド（複数可）」（本明細書では同じ意味で使用される）を使用して、異種ＤＮＡを宿主細胞に導入して発現または複製させるための複合体またはその構成要素を作製してよい。当業者が選択する適切なベクターは、その意図した用途、すなわち（ＤＮＡ増幅またはＤＮＡ発現）、ベクターに挿入するべきＤＮＡのサイズ、およびベクターによる形質転換の対象となる宿主細胞に応じて異なる。各ベクターは、その意図した用途に応じたさまざまな構成要素を含有し、これには、複製起点、１以上のマーカー遺伝子、エンハンサーエレメント、プロモーター、転写終結配列およびシグナル配列、が１つまたは複数含まれる。
核酸の供給源は、公表されている文献またはＮＣＢＩもしくはＥＭＢＬなどの組織から提供されているデータバンクを参照して確認できる。目的配列の同定は、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＴ、または他の相同性検索アルゴリズムを使用して達成できる。さらに、所望する第１または第２の領域をコードする核酸は、材料提供に積極的な学術的供給者または商用供給者から入手するか、または、配列データしか利用可能でない場合は適切な配列の合成もしくはクローニングにより得てよい。その場合は、一般に、対象遺伝子のクローニングに関する記載のある文献情報を参照して実施してよい。あるいは、利用可能な配列データが限られている場合、または公知の核酸と相同であるかもしくは別に関連している核酸の発現が所望される場合、例示的な核酸を、当技術分野で公知の核酸配列にハイブリダイズさせるヌクレオチド配列として特徴づけることができる。
「ハイブリダイゼーションのストリンジェンシー」という語句は、高分子核酸のハイブリッドが安定でいられる条件をいう。このような条件は当業者に明らかである。また、当業者に理解されているとおり、ハイブリッドの安定性は、配列相同性が１％低下するごとに約１〜１.５℃下がる、ハイブリッドの融解温度（Ｔｍ）に反映される。一般に、ハイブリッドの安定性とは、ナトリウム＋の濃度と温度の関数である。ハイブリダイゼーション反応は、典型的には、高ストリンジェンシー条件下で実施され、その後、異なるストリンジェンシーで洗浄を行う。
本明細書で使用する場合、「高ストリンジェンシー」という語句は、Ｎａ＋を１Ｍ、６５〜６８℃で安定なハイブリッドを形成する核酸配列のみがハイブリダイゼーションされるような条件をいう。高ストリンジェンシー条件は、例えば、６＊ＳＳＣ、５＊デンハルト溶液、１％ＳＤＳ（ドデシル硫酸ナトリウム）、０.１ピロリン酸ナトリウム＋および非特異的競合因子としての０.１ｍｇ／ｍｌ変性サケ***ＤＮＡを含有する水溶液中でハイブリダイゼーションすることにより得ることができる。ハイブリダイゼーション後に、高ストリンジェンシーでの洗浄を幾つかの工程に分けて行い、０.２〜０.１＊ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中でハイブリダイゼーション温度にて最終洗浄（約３０分）を行ってよい。
「中等度のストリンジェンシー」という語句は、温度が約６０〜６２℃である点を除いて、上記溶液中でのハイブリダイゼーションと同等の条件をいう。その場合、最終洗浄は、ハイブリダイゼーション温度にて１＊ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中で実施する。
低ストリンジェンシーとは、上記溶液中で約５０〜５２℃でのハイブリダイゼーションと同等の条件をいう。その場合、最終洗浄は、ハイブリダイゼーション温度にて２＊ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中で実施する。
これらの条件は、さまざまな緩衝剤、例えば、ホルムアミド系緩衝剤、およびさまざまな温度を使用して適用および再現され得ることが理解される。デンハルト溶液およびＳＳＣは、他の好適なハイブリダイゼーション緩衝剤同様、当業者には周知である（例えば、Sambrook, et al., eds. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New YorkまたはAusubel, et al., eds. (1990) Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc.を参照のこと）。最適ハイブリダイゼーション条件は、プローブの長さおよびＧＣ含量も関与しているため、経験的に決定されなければならない。
ある実施形態では、複合体または融合タンパク質を、例えば、植物細胞（藻類を含む）内、大腸菌などの細菌内、またはチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞もしくは酵母細胞などの真核細胞内で組換え合成を行うための核酸配列およびプロモーターを含む発現ベクターを使用することにより作製してよい。
別の実施形態では、宿主細胞を発現ベクターで形質転換する。
さらに別の実施形態では、核酸配列は、組換え技術により合成および製造を行うために、複合体または融合タンパク質をコードする。
いくつかの実施形態では、複合体または融合タンパク質は非変性であり、これは、複合体または融合タンパク質が無傷細胞内のタンパク質に見られる３次元構造をとっている、天然の状態で存在し得ることを意味する。
「非変性」という用語は、特定の非変性化工程も示し得るが、必ずしも必要ではない。変性により、タンパク質分子の３次元形状が変わり、タンパク質分子のペプチド結合は破断されないが、ジスルフィド結合の破断、または、変性させる過程に、その３次元構造全体の変更も伴う場合はタンパク質の特定の群の化学的修飾が起こり得る。
別の実施形態では、複合体または融合タンパク質を再生させる、すなわち、変性タンパク質を変性前の元のコンホメーションに戻す過程を行う。可逆的変性は、ペプチドの場合は一般にジスルフィド結合の還元剤および尿素によって、また、核酸の場合は熱および塩によって起こる。
ある実施形態では、第１の領域は第２の領域のＮ末端にある。別の実施形態では、第１の領域は第２の領域のＣ末端にある。
複合体および融合タンパク質の調製過程で、例えば、Zachariou, M.（2010）Affinity Chromatography: Methods and Protocols, 2nd Ed. Totoua, NJ:Humana Pressに記載のような開示の実施形態にしたがって、当技術分野で公知の精製方法を使用してよい。複合体または融合タンパク質は、細菌または真核細胞の溶解物から得ることができ、変性試薬、ｐＨのわずかな変化、および浸透圧差が、ペプチドの移行特性に影響を与え得る。ＨＯＸ由来のペプチドを含め、ヒトホメオドメインペプチドを得て精製するための条件を本明細書に開示する。
ＨＯＸペプチド-複合体が細胞表面の膜を通って移行する能力は、組換えタンパク質のコンホメーションに依存し得る。例えば、細菌細胞抽出物、または少量の界面活性剤（イオン性および非イオン性）もしくは変性剤（尿素またはグアニジヌイム（guanidinuim））に暴露された精製タンパク質を使用してポリペプチドを移行させると、移行が防げられるまたは抑制され得る。このコンホメーション依存的な特性は、ＨＯＸペプチド-複合体または他のヒトホメオドメイン複合体を天然条件下で精製すると保存することができる。
ある実施形態では、第１の領域（ヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部）および第２の領域（生物学的に活性なペプチドまたはタンパク質）はいずれも、細菌溶解物から精製する。別の実施形態では、複合体または融合タンパク質は、植物細胞溶解物から精製する。さらに別の実施形態では、複合体または融合タンパク質は、真核細胞溶解物、培地または発酵ブロスから精製する。
ある実施形態は、複合体または融合タンパク質の調製方法であり、
（ａ）宿主細胞内の発現ベクターから前記複合体を発現させる条件下で宿主細胞を培養すること、および
（ｂ）前記複合体を回収することを含み、これにおいて、回収は、
（ｉ）アミノ酸尾部または別の特異的リガンドを前記複合体に融合させ、ここで、尾部は、少なくとも１つの基質に結合することができるが別の基質には結合せず、また、前記複合体または融合タンパク質は、少なくとも１つの基質に尾部を介して結合させられ、かつ、前記宿主細胞の構成要素はこの基質に結合しない、および
（ｉｉ）前記複合体および残りの宿主細胞構成要素を別の基質と接触させ、その別の基質に前記複合体は結合しないが残りの宿主細胞構成要素は結合するようにすることを含む、複合体または融合タンパク質の調製方法である。
別の実施形態は、複合体または融合タンパク質の調製方法であり、
（ｉ）プロモーターに機能的に連結され、融合タンパク質をコードする核酸を含む発現ベクターにより形質転換した宿主細胞を培養し、これにおいて、
（ａ）第１の領域は、ＨＯＸペプチドまたは他のヒトホメオドメインペプチドを含み、
（ｂ）前記第１の領域に非人工的には会合していない第２の領域は、前記宿主細胞内の発現ベクターから前記融合タンパク質を発現させる条件下で、ペプチドまたはタンパク質を含むこと、および
（ｉｉ）前記融合タンパク質を回収し、かかる回収方法は、アミノ酸尾部または別のリガンドを前記複合体に融合させることを含み、ここで、尾部は、少なくとも１つの基質に結合することができるが別の基質には結合せず、また、前記複合体を少なくとも１つの基質に尾部を介して結合させ宿主細胞の構成要素がこの基質に結合しないようにすること、および、前記複合体を別の基質と接触させ、その別の基質に前記複合体は結合しないが残りの宿主細胞の構成要素は結合するようにすることを含む、複合体または融合タンパク質の調製方法である。
アフィニティー精製過程に含まれる別の実施形態では、複合体または融合タンパク質に結合している尾部またはリガンドの使用が実施形態に含まれ、これにより、陽性および陰性いずれの精製工程も可能である。
第１および第２の領域の結合配列すべてに、精製を行いやすくするために、さらなるアミノ酸配列をアミノ末端またはカルボキシ末端いずれにでも加えることができる。このような配列は、ＦＬＡＧタグ（ＤＹＫＤＤＤＤＫ）（配列番号１０２）、ｍｙｃタグ（ＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬ）（配列番号１０３）、Ｈｉｓタグ（ＨＨＨＨＨＨ（配列番号８０）、ＨＨＨＨＨＨＧＳ（配列番号１０４）などで、後者はＧＳリンカーを利用している。図４および５を参照のこと）、および他に当業者に公知の同様のタグを含んでよい。さらに、ビオチン受容タンパク質（ＧＬＮＤＩＦＥＡＱＫＩＥＷＨＥ）（配列番号１０５）などのリガンドを活性ＢｉｒＡタンパク質とともに使用してよい。Ｎ末端を開始するメチオニンを含む配列については、Ｎ末端精製ドメインを付加した場合は、メチオニンは、ヒトホメオドメインペプチドの第１の領域のＮ末端にくるのではなく精製ドメインのＮ末端にくることになる。いずれのタグについても、当技術分野で公知のペプチドリンカーを使用し精製後に特異的プロテアーゼで除去してよい。
ある実施形態では、アミノ酸尾部またはリガンドを複合体のＣ末端に融合させる。例えば、図４は、生物学的に活性であるカーゴペプチド（２）を含む実施形態を示しており、かかるペプチドは、そのＣ末端（６）でペプチド結合（１３）または当技術分野で公知のリンカー配列（１２）いずれかにより、ここでは短縮表示したヒトホメオドメインの「第１の領域」（１）のＮ末端（３）に連結している。Ｈｉｓタグ（「尾部」）の付いたＧＳリンカー（１４）がカーゴペプチド（２）のＣ末端（６）に示されている。リンカーは、複合体の機能を損なわせないかぎり任意のリンカーを使用してよい。
ある実施形態では、固定化基質はニッケルカラムもしくはコバルトカラム、アビジンカラム、またはアミノ酸尾部に対する親和性を有する抗体カラムである。別の実施形態では、複合体のアミノ酸尾部を、尾部と親和性のある少なくとも２つの固定化基質に連続的に接触させるが、その場合、ニッケルカラムもしくはコバルトカラムおよび／またはアビジンおよび／または抗体を任意の順序で使用してよい。
別の実施形態では、複合体の精製方法は、アミノ酸尾部またはリガンドを、複合体または融合タンパク質に融合させることを含み、ここで、尾部は、少なくとも１つの基質に結合することができるが不純物は第２の基質にしか結合できず、また、かかる複合体を別の基質と接触させて、その別の基質に複合体は結合されないが残りの不純物は結合するようにすることを含む。
別の実施形態によれば、アミノ酸６０個のヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部を含む、複合体または融合タンパク質、および生物学的に活性であるペプチドまたはタンパク質を作製および精製するための方法は、複合体または融合タンパク質を発現ベクターから発現させるために宿主細胞を培養し、その後、当技術分野で公知のアフィニティー精製技術を使用して複合体または融合タンパク質を回収することを含む。
第２の領域がＤＮＡ結合領域である場合は、核酸を用いて形成した複合体を混合することによって核酸を有する複合体を形成してよい。
さらなる実施形態には、本明細書に開示した実施形態の複合体または融合タンパク質を含む医薬組成物、および複合体または融合タンパク質を疾患治療用薬物の調製に使用する方法が含まれる。
ある実施形態では、複合体または融合タンパク質は、ヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部に連結している、機能酵素である生物学的に活性なペプチドまたはタンパク質を含む。
他の実施形態は、同定されている状態または疾患を治療するためのあらゆる製剤を含む。
配列番号２１および配列番号２２の上流の作製.標的タンパク質の発現を制御でき、ＴＥＶで切断可能なＮ末端のＨｉｓタグが付いた、ホメオボックス候補の２タンパク質ＰＰＬ-００２（配列番号２１、表３）とＰＰＬ-００３（配列番号２２、表３）の細菌発現構成体を、Ｔ７ベクター系において作製した。Ｔ７発現系は、動物での効力試験のための材料作製に好適であるが、他の発現ベクター／発現系も企図され、分子生物学／生物工学技術分野の当業者には公知である。
合成により作製し、コドンを最適化した遺伝子配列をベクターにクローニングし、カナマイシン選択法で選択したタンパク質の誘導発現を行った。ホメオボックスタンパク質ＰＰＬ-００２（例えば、プラスミドｐＪ４１１：１２９９２５）およびＰＰＬ-００３（例えば、ｐＪ４１１：１２９９２６）のＤＮＡ配列および対応するアミノ酸配列を、それぞれ、図６および図７に示す。発現したタンパク質の各々は、ＳＡＡの転移配列の付いた６ＨＩＳリーダー配列（配列番号８０）、およびそれに続くＴＥＶ切断部位（ＥＮＬＹＦＱＳ）（配列番号８１）を含有し、適切なＮ末端を有するＰＰＬ-００２またはＰＰＬ-００３配列を与える。
ＤＨ５αへの形質転換の際、各構成体につき６クローンを、挿入部の存在について制限酵素消化により試験した。合成したＤＮＡ配列の配列決定を確認のため行った。各タンパク質について発現が検証・確認された構成体を使用して、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎから市販されている菌株、大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）（www.lifetechnologies.com/us/en/home/brands/invitrogen）を形質転換し、発現が最良のクローンそれぞれについてＰＤグリセロール細胞ストックを調製した。
発現最適化の予備試験をフラスコ振盪培養で実施した。小規模培養槽への移動時、細胞増殖のさらなる最適化を実施した。初期の酸素供給およびｐＨ設定値約７.１が最適であった。導入温度を約１８℃で最適化した。
本明細書に開示する組成物の実施形態は、薬理学的に許容される担体、希釈剤または賦形剤を含んでよい。「薬理学的に許容される担体、希釈剤または賦形剤」という用語は、それ自体は治療剤ではないが、治療剤を被検体に送達するための担体またはビヒクルとして使用される物質、または、医薬組成物への添加によりその組成物の取扱いもしくは保管特性が改善されるかまたは組成物の単位用量の形成が可能もしくは容易になる物質であり、忍容できない毒性または組成物の他成分との相互作用を生じることのないあらゆる物質をいう。
薬理学的に許容される担体、賦形剤または希釈剤をどれにするかは、製剤および意図される投与経路、並びに標準的薬務に基づいて選択してよい。このような組成物は、体内コンパートメント、組織、細胞内もしくは核内の標的部位への侵入を助長、調節、放出または増強し得る任意の薬剤、例えば、結合剤（複数可）、滑沢剤（複数可）、懸濁剤（複数可）、コーティング剤（複数可）、溶解補助剤（複数可）などの薬剤を含んでよい。長時間暴露および作用させるために、タンパク質を持続的に放出させる注射可能なインプラントを使用してもよい。「持続的放出」という用語は、複合体が緩徐に放出され活性濃度での長期間暴露が可能な放出をする製剤をいう。
本明細書に開示する複合体または融合タンパク質を１以上含む組成物は、治療すべき状態または他の考慮すべき事項に応じて、あらゆる方法、例えば、非限定的に、以下の１以上の任意の方法で投与することができる：（１）吸入；（２）坐剤またはペッサリーの形態；（３）外用のローション、溶液、クリーム、軟膏または撒布粉剤の形態；（４）皮膚パッチの使用；（５）デンプンまたはラクトースなどの賦形剤を含有する錠剤形態、または、カプセルもしくはオビュール（ovule）（賦形剤との混合剤または単剤）、または、矯味剤もしくは着色剤を含有するエリキシル剤、溶液もしくは懸濁液の形態での経口投与；（６）例えば、陰茎海綿体内、静脈内、筋肉内もしくは皮下への非経口注入；（７）眼疾患用に、点眼剤として、もしくは眼内注射用に製剤化し得る；（８）非経口投与用には、例えば、溶液を血液と等張にするために適切な塩もしくは単糖類成分を含む他の物質、または緩徐な放出を可能にする物質を含有し得る、滅菌水溶液または注射可能なインプラントの形態であってよい；（９）バッカルまたは舌下投与では、組成物は、一般的方法で製剤化できる錠剤または薬用ドロップの形態で投与し得る。
ある実施形態では、複合体は、
（１）ヒトＨＯＸ遺伝子、または（２）配列番号１〜１９のいずれかに記載の配列を有する他のヒト遺伝子に由来する構造を含んでおり、これにおいて、１〜２０、１〜１５、または１〜１０個のアミノ酸残基が置換、欠失、付加、および／または挿入されている第１の領域、および
第２の領域は、第１の領域に非人工的には会合していない、機能性または調節性のポリペプチドまたはタンパク質であること、を含む。さまざまな実施形態では、第２の領域は、ＮＢＤペプチド、ＰＣ１ ＣＴＴ由来ｐ２００、ＰＣ１ ＣＴＴ由来ｐ２１、グルコセレブロシダーゼ、アルファ-Ｌ-イズロニダーゼ、イズロニデート（iduronidate）-２-スルファターゼ、網膜のグアニル酸シクラーゼ、ＺＦ６ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１ジンクフィンガーペプチド構成体、ＺＦ１２ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１ジンクフィンガーペプチド構成体、およびＺＦ１８ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１ジンクフィンガーペプチド構成体からなる群から選択される。
ある実施形態では、複合体は、
（１）ヒトＨＯＸ遺伝子、または（２）配列番号１〜１９のいずれかに記載の配列を有する他のヒト遺伝子に由来する構造を含んでおり、これにおいて、１〜２０、１〜１５、または１〜１０個のアミノ酸残基が置換、欠失、付加、および／または挿入されており、また、前記アミノ酸は、（ｉ）ヒトホメオドメイン活性を有するアミノ酸、（ｉｉ）ヒトＨＯＸ遺伝子または細胞透過化特性を備えるホメオドメインを含有する他のヒト遺伝子のヘリックス領域が持つ細胞透過化活性を維持するアミノ酸である、第１の領域、および
第２の領域は、第１の領域に非人工的には会合していない、機能性または調節性のポリペプチドまたはタンパク質であることを含む。さまざまな実施形態では第２の領域は、ＮＢＤペプチド、ＰＣ１ ＣＴＴ由来ｐ２００、ＰＣ１ ＣＴＴ由来ｐ２１、グルコセレブロシダーゼ、アルファ-Ｌ-イズロニダーゼ、イズロニデート（iduronidate）-２-スルファターゼ、網膜グアニル酸シクラーゼ、ＺＦ６ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１ジンクフィンガーペプチド構成体、ＺＦ１２ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１ジンクフィンガーペプチド構成体、およびＺＦ１８ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１ジンクフィンガーペプチド構成体、からなる群から選択される。
ある実施形態では、細胞培養における融合タンパク質または複合体の活性濃度は、約１１５μＭ未満、約１００μＭ未満、約９０μＭ未満、約８０μＭ未満、約７０μＭ未満、約６５μＭ未満、約６０μＭ未満、約５５μＭ未満、約５０μＭ未満、約４５μＭ未満、約４０μＭ未満、約３５μＭ未満、約３０μＭ未満、約２５μＭ未満、約２０μＭ未満、約１５μＭ未満、約１０μＭ未満、約５μＭ未満、または約１μＭ未満であり、例えば、約１μＭ未満〜約３μＭ、約１μＭ未満〜約６μＭ、約１μＭ未満〜約８μＭ、約１μＭ未満〜約１５μＭ、約１μＭ未満〜約２５μＭ、約１μＭ未満〜約５０μＭ、約１μＭ未満〜約７０μＭ、約１μＭ未満〜約８５μＭ、約１μＭ未満〜約１１０μＭ、約１０μＭ未満〜約１１０μＭ、約１５μＭ未満〜約７０μＭ、約１５μＭ未満〜約６０μＭ、約２０μＭ未満〜約５５μＭ、または約２５μＭ未満〜約４５μＭである。
別の実施形態では、マウスモデルにおいて（マウス２０ｇあたり）（１）静脈内（ｉ.ｖ.）または腹腔内（ｉ.ｐ.）注射、（２）局所製剤、または（３）吸入製剤により送達される用量（連日または必要に応じ）は、少なくとも５００μｇ、少なくとも４５０μｇ、少なくとも４００μｇ、少なくとも３５０μｇ、少なくとも３００μｇ、少なくとも２５０μｇ、少なくとも２００μｇ、少なくとも１５０μｇ、少なくとも１００μｇ、少なくとも８０μｇ、少なくとも７０μｇ、少なくとも６０μｇ、少なくとも５０μｇ、少なくとも４０μｇ、少なくとも３０μｇ、少なくとも２０μｇ、少なくとも１０μｇ、または、少なくとも１μｇであり、例えば、約１μｇ〜約５００μｇ、約１０μｇ〜約４５０μｇ、約２０μｇ〜約４００μｇ約３０μｇ〜約３５０μｇ、約３０μｇ〜約２００μｇ、約３０μｇ〜約１００μｇ、約４０μｇ〜約３００μｇ、約４０μｇ〜約２００μｇ、約５０μｇ〜約１００μｇ、約５０μｇ〜約９０μｇ、約５５μｇ〜約８５μｇ、約６０μｇ〜約８０μｇ、約６０μｇ〜約１００μｇ；約１μｇ〜約２００μｇ；約１μｇ〜約１００μｇ、約１μｇ〜約９０μｇ、約１μｇ〜約８０μｇ、約１μｇ〜約７０μｇ、約１〜約６０μｇ、約１〜約５０μｇ、約１〜約４０μｇ、約１〜約３０μｇ、約１〜約２０μｇ、約１〜約１５μｇ、約１〜約１２μｇ、約１〜約１０μｇ、約１〜約８μｇ約１〜約６μｇ、約１〜約４μｇ、または約１〜約３μｇである。
別の実施形態では、マウスモデルにおいて静脈内（ｉ.ｖ.）または腹腔内（ｉ.ｐ.）注射により送達される用量（連日または必要に応じ）は、少なくとも１００ｍｇ／ｋｇ、約８０ｍｇ／ｋｇ未満、約４５ｍｇ／ｋｇ未満、約４０ｍｇ／ｋｇ未満、約３０ｍｇ／ｋｇ未満、約２５ｍｇ／ｋｇ未満、約２０ｍｇ／ｋｇ未満、約１５ｍｇ／ｋｇ未満、約１２ｍｇ／ｋｇ未満、約１０ｍｇ／ｋｇ未満、約８ｍｇ／ｋｇ未満、約４ｍｇ／ｋｇ未満、約２ｍｇ／ｋｇ未満、または約１ｍｇ／ｋｇ未満であり、例えば、約１ｍｇ／ｋｇ未満〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ〜約４０ｍｇ／ｋｇ、約８ｍｇ／ｋｇ〜約３０ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ〜約２０ｍｇ／ｋｇ、または約１２ｍｇ／ｋｇ〜約１５ｍｇ／ｋｇ、約８ｍｇ／ｋｇ〜約１２ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ〜約９ｍｇ／ｋｇ、約３ｍｇ／ｋｇ〜約６ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ〜約４ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ〜約３ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ〜約２.０ｍｇ／ｋｇである。
別の実施形態では、ヒトにおいて（体重７０ｋｇ）吸入製剤により送達される用量（連日または必要に応じ）は、少なくとも約６００ｍｇ、少なくとも約５００ｍｇ、少なくとも約４５０ｍｇ、少なくとも約４００ｍｇ、少なくとも約３５０ｍｇ、少なくとも約３００ｍｇ、少なくとも約２５０ｍｇ、少なくとも約２００ｍｇ、少なくとも約１５０ｍｇ、少なくとも約１２５ｍｇ、少なくとも約１００ｍｇ、少なくとも約７５ｍｇ、少なくとも約５０ｍｇ、少なくとも約２５ｍｇ、少なくとも約２０ｍｇ、少なくとも約１５ｍｇ、少なくとも約１０ｍｇ、少なくとも約５ｍｇ、少なくとも約１ｍｇ、少なくとも約５００μｇ、少なくとも約４５０μｇ、少なくとも約４００μｇ、少なくとも約３５０μｇ、少なくとも約３００μｇ、少なくとも約２５０μｇ、少なくとも約２００μｇ、少なくとも約１５０μｇ、少なくとも約１００μｇ、少なくとも約８０μｇ、少なくとも約７０μｇ、少なくとも約６０μｇ、少なくとも約５０μｇ、少なくとも約４０μｇ、少なくとも約３０μｇ、少なくとも約２０μｇ、少なくとも約１０μｇ、または、少なくとも約１μｇであり、例えば、約１μｇ〜約７５０μｇ；約１μｇ〜約５００μｇ、約１０μｇ〜約４５０μｇ、約２０μｇ〜約４００μｇ、約３０μｇ〜約３５０μｇ、約３０μｇ〜約２００μｇ、約３０μｇ〜約１００μｇ、約４０μｇ〜約３００μｇ、約４０μｇ〜約２００μｇ、約５０μｇ〜約１００μｇ、約５０μｇ〜約９０μｇ、約５５μｇ〜約８５μｇ、約６０μｇ〜約８０μｇ、約６０μｇ〜約１００μｇ；約１μｇ〜約２００μｇ；約１μｇ〜約１００μｇ、約１μｇ〜約９０μｇ、約１μｇ〜約８０μｇ、約１μｇ〜約７０μｇ、約１〜約６０μｇ、約１〜約５０μｇ、約１〜約４０μｇ、約１〜約３０μｇ、約１〜約２０μｇ、約１〜約１５μｇ、約１〜約１２μｇ、約１〜約１０μｇ、約１〜約８μｇ約１〜約６μｇ、約１〜約４μｇ、約１μｇ〜約３μｇ、約１μｇ〜約１ｍｇ、約１μｇ〜約２ｍｇ、約１μｇ〜約５ｍｇ；約１μｇ〜約１０ｍｇ；約１ｍｇ〜約１０ｍｇ、約１ｍｇ〜約１５ｍｇ；約２ｍｇ〜約２０ｍｇ、約３ｍｇ〜約３０ｍｇ、約４ｍｇ〜約４０ｍｇ、約５ｍｇ〜約５０ｍｇ、約５ｍｇ〜約８０ｍｇ、約５ｍｇ〜約１１０ｍｇ、約１０ｍｇ〜約１５０ｍｇ、約１０ｍｇ〜約８０ｍｇ、約２０ｍｇ〜約７０ｍｇ、約２０ｍｇ〜約６０ｍｇ、約３０ｍｇ〜約６０ｍｇ、約１２０ｍｇ〜約１９０ｍｇ、約１３０ｍｇ〜約１８０ｍｇ、約１３０ｍｇ〜約２００ｍｇ、約１４０ｍｇ〜約２５０ｍｇ、約１８０ｍｇ〜約３００ｍｇ、約１９０ｍｇ〜約３５０ｍｇ、約２２０ｍｇ〜約４００ｍｇ、約２５０ｍｇ〜約４２５ｍｇ、約２８０ｍｇ〜約４６０ｍｇ、約３００ｍｇ〜約４８０ｍｇ、約３５０ｍｇ〜約４９０ｍｇ、約３８０ｍｇ〜約５５０ｍｇ、約４００ｍｇ〜約５８０ｍｇ、約４８０ｍｇ〜約５９０ｍｇ、または約５２０ｍｇ〜約６００ｍｇである。
別の実施形態では、マウスモデルおよびヒトにおいて局所製剤により送達される用量（連日または必要に応じ）は、約５ｗｔ／ｖｏｌ未満％、約４.５ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約３.５ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約２.５ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約１.５ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.５ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.４ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.３ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.２％未満、約０.１ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.０９ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.０８ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.０７ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.０６ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.０５ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.０４ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.０３ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.０２ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.０１ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.００８ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.００６ｗｔ／ｖｏｌ％未満、約０.００４ｗｔ／ｖｏｌ％未満、または約０.００２ｗｔ／ｖｏｌ％未満であり、例えば、範囲は約０.００２ｗｔ／ｖｏｌ％〜約５ｗｔ／ｖｏｌ％、約０.０１ｗｔ／ｖｏｌ％〜約４ｗｔ／ｖｏｌ％、約０.０５ｗｔ／ｖｏｌ％〜約３ｗｔ／ｖｏｌ％、約０.０２ｗｔ／ｖｏｌ％〜約２.５ｗｔ／ｖｏｌ％、約０.０３ｗｔ／ｖｏｌ％〜約２ｗｔ／ｖｏｌ％、約０.０５ｗｔ／ｖｏｌ％〜約１ｗｔ／ｖｏｌ％、約０.０６ｗｔ／ｖｏｌ％〜約０.９ｗｔ／ｖｏｌ％、約０.０７ｗｔ／ｖｏｌ％〜約０.６ｗｔ／ｖｏｌ％、約０.０８ｗｔ／ｖｏｌ％〜約０.４ｗｔ／ｖｏｌ％、約０.０９ｗｔ／ｖｏｌ％〜約０.２ｗｔ／ｖｏｌ％、または約０.０９ｗｔ／ｖｏｌ〜約０.１ｗｔ／ｖｏｌ％である。
別の実施形態では、ヒトにおいて（体重７０ｋｇ）局所製剤により送達される用量（連日または必要に応じ）は、約７０μｇ未満、約５０μｇ未満、約４５μｇ未満、約４０μｇ未満、約３０μｇ未満、約２５μｇ未満、約２０μｇ未満、約１５μｇ未満、約１２μｇ未満、約１０μｇ未満、約８μｇ未満、約４μｇ未満、約２μｇ未満、または、約１μｇ未満であり、例えば、約１μｇ〜約５０μｇ、約５μｇ〜約４０μｇ、約８μｇ〜約３０μｇ、約１０μｇ〜約２０μｇ、または約１２μｇ〜約１５μｇ、約８μｇ〜約１２μｇ、約５μｇ〜約９、約３μｇ〜約６μｇ、約２μｇ〜約５μｇ、または約１μｇ未満〜約３μｇである。
別の実施形態では、ヒトにおいて、静脈内、皮下もしくは筋肉内への注射または徐放性製剤用の注射可能なインプラントにより送達される全身用量（連日または必要に応じ）は、約１００ｍｇ／ｋｇ未満、約８０ｍｇ／ｋｇ未満、約４５ｍｇ／ｋｇ未満、約４０ｍｇ／ｋｇ未満、約３０ｍｇ／ｋｇ未満、約２５ｍｇ／ｋｇ未満、約２０ｍｇ／ｋｇ未満、約１５ｍｇ／ｋｇ未満、約１２ｍｇ／ｋｇ未満、約１０ｍｇ／ｋｇ未満、約８ｍｇ／ｋｇ未満、約４ｍｇ／ｋｇ未満、約２ｍｇ／ｋｇ未満、約１ｍｇ／ｋｇ未満、約０.１ｍｇ／ｋｇ未満、または約０.０１ｍｇ／ｋｇ未満であり、例えば、約０.０１ｍｇ／ｋｇ未満〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ未満〜約４０ｍｇ／ｋｇ、約８ｍｇ／ｋｇ未満〜約３０ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ未満〜約２０ｍｇ／ｋｇ、または約１２ｍｇ／ｋｇ未満〜約１５ｍｇ／ｋｇ、約８ｍｇ／ｋｇ未満〜約１２ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ未満〜約９ｍｇ／ｋｇ、約３ｍｇ／ｋｇ未満〜約６ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ未満〜約５ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ未満〜約４ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ未満〜約３ｍｇ／ｋｇ、約０.２ｍｇ／ｋｇ未満〜約２.０ｍｇ／ｋｇ、約０.１ｍｇ／ｋｇ未満〜約１.５ｍｇ／ｋｇ、または約０.０１ｍｇ／ｋｇ未満〜約２.００ｍｇ／ｋｇである。
別の実施形態では、静脈内、皮下、もしくは筋肉内注射または持続的放出用注射可能インプラント、吸入もしくは局所製剤以外の任意の製剤によりヒト（体重７０ｋｇを基準）に送達される用量（連日または必要に応じ）は、少なくとも約６００ｍｇ、少なくとも約５００ｍｇ、少なくとも約４５０ｍｇ、少なくとも約４００ｍｇ、少なくとも約３５０ｍｇ、少なくとも約３００ｍｇ、少なくとも約２５０ｍｇ、少なくとも約２００ｍｇ、少なくとも約１５０ｍｇ、少なくとも約１２５ｍｇ、少なくとも約１００ｍｇ、少なくとも約７５ｍｇ、少なくとも約５０ｍｇ、少なくとも約２５ｍｇ、少なくとも約２０ｍｇ、少なくとも約１５ｍｇ、少なくとも約１０ｍｇ、少なくとも約５ｍｇ、少なくとも約１ｍｇ、少なくとも約５００μｇ、少なくとも約４５０μｇ、少なくとも約４００μｇ、少なくとも約３５０μｇ、少なくとも約３００μｇ、少なくとも約２５０μｇ、少なくとも約２００μｇ、少なくとも約１５０μｇ、少なくとも約１００μｇ、少なくとも約８０μｇ、少なくとも約７０μｇ、少なくとも約６０μｇ、少なくとも約５０μｇ、少なくとも約４０μｇ、少なくとも約３０μｇ、少なくとも約２０μｇ、少なくとも約１０μｇ、または、少なくとも約１μｇであり、例えば、範囲は約１μｇ〜約７５０μｇ；約１μｇ〜約５００μｇ、約１０μｇ〜約４５０μｇ、約２０μｇ〜約４００μｇ約３０μｇ〜約３５０μｇ、約３０μｇ〜約２００μｇ、約３０μｇ〜約１００μｇ、約４０μｇ〜約３００μｇ、約４０μｇ〜約２００μｇ、約５０μｇ〜約１００μｇ、約５０μｇ〜約９０μｇ、約５５μｇ〜約８５μｇ、約６０μｇ〜約８０μｇ、約６０μｇ〜約１００μｇ；約１μｇ〜約２００μｇ；約１μｇ〜約１００μｇ、約１μｇ〜約９０μｇ、約１μｇ〜約８０μｇ、約１μｇ〜約７０μｇ、約１〜約６０μｇ、約１〜約５０μｇ、約１〜約４０μｇ、約１〜約３０μｇ、約１〜約２０μｇ、約１〜約１５μｇ、約１〜約１２μｇ、約１〜約１０μｇ、約１〜約８μｇ約１〜約６μｇ、約１〜約４μｇ、約１μｇ〜約３μｇ、約１μｇ〜約１ｍｇ、約１μｇ〜約２ｍｇ、約１μｇ〜約５ｍｇ；約１μｇ〜約１０ｍｇ；約１ｍｇ〜約１０ｍｇ、約１ｍｇ〜約１５ｍｇ；約２ｍｇ〜約２０ｍｇ、約３ｍｇ〜約３０ｍｇ、約４ｍｇ〜約４０ｍｇ、約５ｍｇ〜約５０ｍｇ、約５ｍｇ〜約８０ｍｇ、約５ｍｇ〜約１１０ｍｇ、約１０ｍｇ〜約１５０ｍｇ、約１０ｍｇ〜約８０ｍｇ、約２０ｍｇ〜約７０ｍｇ、約２０ｍｇ〜約６０ｍｇ、約３０ｍｇ〜約６０ｍｇ、約１２０ｍｇ〜約１９０ｍｇ、約１３０ｍｇ〜約１８０ｍｇ、約１３０ｍｇ〜約２００ｍｇ、約１４０ｍｇ〜約２５０ｍｇ、約１８０ｍｇ〜約３００ｍｇ、約１９０ｍｇ〜約３５０ｍｇ、約２２０ｍｇ〜約４００ｍｇ、約２５０ｍｇ〜約４２５ｍｇ、約２８０ｍｇ〜約４６０ｍｇ、約３００ｍｇ〜約４８０ｍｇ、約３５０ｍｇ〜約４９０ｍｇ、約３８０ｍｇ〜約５５０ｍｇ、約４００ｍｇ〜約５８０ｍｇ、約４８０ｍｇ〜約５９０ｍｇ、または約５２０ｍｇ〜約６００ｍｇである。
ある実施形態では、製剤を、所望の利益を誘導するか、そうではなくても治療的効果を提供するために、全身または局所的に（例えば、眼内注射、浣腸製剤、吸入）６時間、１２時間、連日または隔日または１週間もしくは１か月に１回の間隔で投与する。別の実施形態では、製剤を、所望の利益を誘導するか、そうではなくても治療的効果を提供するために、必要に応じて投与する。
別の実施形態では、心筋梗塞後（ＭＩ）心拍出量の改善は、超音波で評価される。別の実施形態では、脳卒中後の神経学的機能の改善は、発症後１か月のＮＩＨＳＳスコアが１７未満の患者の割合を測定することにより評価される。別の実施形態では、ヒトホメオドメインもしくは多様体もしくはその一部の複合体または融合タンパク質の免疫原性は、リンパ球による３Ｈ-チミジンの取り込みを測定することにより評価される。別の実施形態では、ヒトホメオドメインもしくは多様体もしくはその一部の複合体または融合タンパク質の免疫原性は、レシピエントの動物またはヒトで産生された特異抗体濃度の測定により評価される。別の実施形態では、虚血再灌流傷害度は、脳卒中モデルにおける壊死組織領域を調べるための公知の組織病理学的技術を使用して評価される。さらに別の実施形態では、ＧＡＧ蓄積は、公知の組織病理学的技術を使用して評価される。別の実施形態では、ハンチントン舞踏病のマウスモデルにおける行動および運動障害は、公開されている、ビームテスト用ロータロッド上で協調性を評価する方法および前足握力を評価する方法を使用して評価される。別の実施形態では各転帰は、公知の方法で評価される。
ある実施形態では、ヒトまたは動物の被検体１個体以上を、融合タンパク質または複合体の任意の開示実施形態で治療の際、被検体（複数可）１以上の以下の転帰を示すと考えられる：
（ａ）息切れまたは呼吸困難の減少；
（ｂ）サイトカイン産生の低下；
（ｃ）ＴＮＦ-αの血中濃度の低下；
（ｄ）ＩＬ-１の血中濃度の低下；
（ｅ）ＩＬ-６の血中濃度の低下；
（ｆ）気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）の炎症細胞数の減少；
（ｇ）ＢＡＬＦサイトカインレベル（例えば、ＴＮＦ-α、ＩＬ-１、ＩＬ-６、ＩＬ-８）の低下；
（ｈ）肺機能（例えば、ＦＥＶ１）の改善；
（ｉ）機能的（運動を含む）能力の改善；
（ｊ）救急の治療または入院を要するＣＯＰＤ増悪の低下；
（ｋ）涙液分泌の正常値への回復；
（ｌ）脱毛の減少；
（ｍ）毛髪の成長促進；
（ｎ）ＭＲＩにおける脳組織の壊死領域の縮小；
（ｏ）Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）の減少；
（ｐ）急性の死亡率（すなわち、発症後１か月）の低下；
（ｑ）超音波測定による心筋梗塞後（ＭＩ）心拍出量の改善；
（ｒ）発症後１か月のＮＩＨＳＳスコアが１７未満である患者の割合を測定して求めた、脳卒中後の神経学的機能の改善；
（ｓ）腎肥大の抑制；
（ｔ）カーゴである第２の領域のみを使用した先の治療に比較して、アミノ酸６０個のヒトホメオドメイン（または多様体またはその一部）の複合体または融合タンパク質に対するアレルギー反応および輸注反応の軽減；
（ｕ）抗カーゴペプチド特異性抗体レベルの低下；
（ｖ）ＧＣａｓｅ基質のグリコシルセラミド（glycosylceramide）の蓄積の減少；
（ｗ）デルマタン硫酸の尿中***の減少；
（ｘ）ヘパラン硫酸の尿中***の減少；
（ｙ）網膜電図（ＥＲＧ）に見る機能の回復；
（ｚ）標準的臨床方法で測定した視力の回復；
（ａａ）ハンチントン病統一評価尺度（ＵＨＤＲＳ）の合計運動スコア、および／または臨床的に検証済みの他のスコアリング方法を使用して評価した場合の正常化または運動障害の改善；
（ｂｂ）成長および発育を評価する標準的な小児科技術により評価した際の骨格発達の正常化；
（ｃｃ）標準的な小児科技術により評価した際の脳の発達の正常化；
（ｄｄ）ＭＲＩで評価した腎嚢胞の肥大化および数の増加の遅延；
（ｅｅ）血液中の抗炎症性インターロイキン１０（ＩＬ-１０）レベルの上昇；
（ｆｆ）ＢＡＬＦ中の抗炎症性インターロイキン１０（ＩＬ-１０）レベルの上昇；
（ｇｇ）血液中のＩＰ-１０レベルの低下；
（ｈｈ）ＢＡＬＦ中のＩＰ-１０レベルの低下；および／または
（ｉｉ）血液中のアミロイドＡタンパク質（ＳＡＡ）の低下；
（ｊｊ）血中またはＢＡＬＦ中のマウスＫｃまたはヒトＩＬ-８の低下；
（ｋｋ）血中またはＢＡＬＦ中のＧＭ-ＣＳＦの低下；
（ｌｌ）硝子体混濁の段階および／または前房内細胞の段階の進行予防；
（ｍｍ）視力の悪化予防；
（ｎｎ）腫瘍細胞の増殖抑制および／または腫瘍の増殖抑制；
（ｏｏ）ＤＹＲＫ１ｂの発現抑制；および／または
（ｐｐ）ＮＦ-κＢの調節を受けた遺伝子の活性化抑制。
別の実施形態では、患者は、例えば、約１日から生涯の期間、約１日〜約２００週間、約１日〜約１００週間、約１日〜約８０週間、約１日〜約５０週間、約１日〜約４０週間、約１日〜約２０週間、約１日〜約１５週間、約１日〜約１２週間、約１日〜約１０週間、約１日〜約５週間、約１週間〜約４週間、約２週間〜約３週間、約１日〜約２週間、約１週間、約１〜５日、約１〜３日、または約１〜２日の期間にわたり、治療を受けることになる。
提供した実施例における計画されている任意の研究、ヒトおよび動物に応用するための動物調査研究など他の調査研究および治療、並びに獣医学的治療において使用する融合タンパク質製剤または複合体製剤を含む別の実施形態では、治療群を構成する対象者、または治療群（複数可）は、特に明記しない限り、それぞれベースラインまたは対照と比較して、１以上の以下の転帰を示すと考えられる：
（ａ）ＮＦ-κＢの転写活性の阻害；
（ｂ）サイトカイン産生の低下；
（ｃ）ＴＮＦ-αの血中濃度の抑制；
（ｄ）ＩＬ-１の血中濃度の抑制；
（ｅ）ＩＬ-６の血中濃度の抑制；
（ｆ）気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）の炎症細胞数の減少；
（ｇ）気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）のサイトカインレベル（例えば、ＴＮＦ-α、ＩＬ-１、ＩＬ-６、ＩＬ-８）の減少；
（ｈ）角膜上皮の杯細胞浸潤の低下；
（ｉ）結膜杯細胞の消失の減弱；
（ｊ）リンパ管新生の低下；
（ｋ）涙液分泌の正常値への回復；
（ｌ）脱毛の減少または毛髪成長促進；
（ｍ）ＭＲＩにより評価した脳組織の壊死領域の減少；
（ｎ）Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）の減少；
（ｏ）急性の死亡率（すなわち、１か月）の低下；
（ｐ）超音波測定による心筋梗塞後（ＭＩ）心拍出量の改善；
（ｑ）脳卒中発症後１か月のＮＩＨＳＳスコアが１７未満である患者の割合により測定した脳卒中後の神経学的機能の改善；
（ｒ）腎肥大の抑制；
（ｓ）ヒトホメオドメイン-ｐ２００の融合タンパク質または複合体、例えば、ＨＯＸ Ｃ１２-ｐ２００またはＨＯＸ Ｄ１２-ｐ２００を用いた治療で誘導された変化と比較した場合の、オステオカルシン血中濃度の弱い変化；
（ｔ）リンパ球による３Ｈ-チミジンの取り込みから評価した、アミノ酸６０個のヒトホメオドメイン（または多様体またはその一部）の複合体または融合タンパク質に対するアレルギー反応および輸注反応の軽減；
（ｕ）抗カーゴペプチド特異性抗体レベルの減少；
（ｖ）ＧＣａｓｅ基質のグリコシルセラミド（glycosylceramide）の蓄積の減少；
（ｗ）脳におけるα-シヌクレイン／ユビキチン凝集体の蓄積の減少；
（ｘ）デルマタン硫酸の尿中***の減少；
（ｙ）ヘパラン硫酸の尿中***の減少；
（ｚ）組織病理学により測定したデルマタン硫酸の低下；
（ａａ）組織病理学により測定したヘパラン硫酸の低下；
（ｂｂ）網膜電図（ＥＲＧ）に見る機能の回復；
（ｃｃ）標準的臨床方法で測定した視力の回復；
（ｄｄ）ＨＤマウスモデルにおける変異型ハンチンチン遺伝子の発現の低下または抑制；
（ｅｅ）ハンチントン病統一評価尺度（ＵＨＤＲＳ）の合計運動スコアを使用して評価した、患者の運動障害の正常化または改善；
（ｆｆ）公開されている、ビームテスト用ロータロッド上で協調性を評価する方法および前足握力を評価する方法を使用して評価した、マウスの運動障害の正常化または改善；
（ｇｇ）ＨＤマウスモデルにおいて分子的手法および組織学的解析により評価した、神経細胞の消失および／または線条体細胞の容積縮小の減少；
（ｈｈ）血液中の抗炎症性インターロイキン１０（ＩＬ-１０）レベルの上昇；
（ｉｉ）ＢＡＬＦ中の抗炎症性インターロイキン１０（ＩＬ-１０）レベルの上昇；
（ｊｊ）血液中のＩＰ-１０レベルの低下；
（ｋｋ）ＢＡＬＦ中のＩＰ-１０レベルの低下；
（ｌｌ）血液中の血清アミロイドＡタンパク質（ＳＡＡ）の低下；
（ｍｍ）血中またはＢＡＬＦ中のヒトＩＬ-８の減少；
（ｎｎ）血中またはＢＡＬＦ中のＧＭ-ＣＳＦの低下；
（ｏｏ）硝子体混濁の段階および／または前房内細胞の段階の進行予防；
（ｐｐ）視力の悪化予防；
（ｑｑ）腫瘍細胞の増殖抑制および／または腫瘍の増殖抑制；
（ｒｒ）ＤＹＲＫ１ｂの発現抑制；および／または
（ｓｓ）ＮＦ-κＢの調節を受けた遺伝子の活性化抑制。
別の実施形態では、臨床試験において融合タンパク質および／または複合体の開示実施形態を含む製剤を用いた治療は、例えば、約１日〜約５２週間、約１日〜約２６週間、約１日〜約１６週間、約１日〜約１２週間、約１日〜約１０週間、約１日〜約５週間、約１週間〜約４週間、約２週間〜約３週間、約１日〜約２週間、約１週間、約１〜６日、約１〜４日、または約１〜２日の期間にわたり延長されることが考えられる。
別の実施形態では、融合タンパク質および／または複合体の開示実施形態を含む製剤を用いた治療に際し、動物モデルにおけるマウスなどの実験動物を含む、実施例の試験に開示の（１）患者（複数可）または（２）治療群（複数可）は、対照と比較して以下の転帰を１以上示す：
（ａ）ＮＦ-κＢの転写活性が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））抑制される；
（ｂ）血中および／またはＢＡＬＦ中のサイトカイン産生および／または濃度が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｃ）ＴＮＦ-α血中濃度および／またはＢＡＬＦ中濃度が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｄ）ＩＬ-１血中濃度および／またはＢＡＬＦ中濃度が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｅ）ＩＬ-６血中濃度および／またはＢＡＬＦ中濃度が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｆ）気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）の炎症細胞数が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））減少する；
（ｇ）気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）のサイトカイン（例えば、ＴＮＦ-α、ＩＬ-１、ＩＬ-６、ＩＬ-８）が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｈ）角膜上皮の杯細胞浸潤が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））減少する；
（ｉ）結膜杯細胞の消失が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））減弱する；
（ｊ）リンパ管新生が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｋ）シルマー試験により測定した、シルマー試験紙の濡れる長さが、２０ｍｍ以上、１５ｍｍ以上、１０ｍｍ以上、５ｍｍ以上、例えば、５ｍｍ〜２０ｍｍ、１０ｍｍ〜２０ｍｍ、５ｍｍ〜１５ｍｍ、５ｍｍ〜１０ｍｍまたは１５ｍｍ〜２０ｍｍ（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））の範囲で長くなり、涙液分泌が正常値へ向け回復する；
（ｌ）脱毛の減少または毛髪成長促進が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））である；
（ｍ）脳組織の壊死領域が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））減少する；
（ｎ）血清Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｏ）急性の死亡率（すなわち、１か月）が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｐ）超音波で測定した場合の心筋梗塞後（ＭＩ）心拍出量が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））改善する；
（ｑ）発症後１か月ののＮＩＨＳＳスコアが１７未満である患者の割合により測定した、脳卒中後の神経学的機能が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））改善する；
（ｒ）腎肥大が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））抑制される；
（ｓ）ＨＯＸ Ｃ１２-ｐ２１、ＨＯＸ Ｄ１２-ｐ２１、またはｐ２１を含有する他の融合タンパク質もしくは複合体を使用し、細胞膜透過化特性が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（例えば、ＨＯＸ Ｃ１２-ｐ２００の融合タンパク質もしくは複合体、または細胞膜透過化特性を有するヒトホメオドメインを含む、他のｐ２００含有融合タンパク質もしくは複合体を用いた治療により誘導された変化と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））であるヒトホメオドメインを含む血液中のオステオカルシン濃度の変化が弱い；
（ｔ）アミノ酸６０個のヒトホメオドメイン（または多様体またはその一部）複合体または融合タンパク質に対するアレルギー反応および輸注反応の低下を、これらのカーゴタンパク質のみ輸注した場合と比較し、リンパ球による３Ｈ-チミジンの取り込み評価が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（実際の変化（％）または変化の中央値（％）ベースラインまたは対照を基準）である；
（ｕ）アミノ酸６０個のヒトホメオドメイン（または多様体またはその一部）複合体または融合タンパク質を用いた治療後の抗カーゴペプチド特異性抗体レベルを、これらのカーゴタンパク質のみを用いた治療と比較した場合、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（実際の変化（％）または変化の中央値（％）ベースラインまたは対照を基準）低下する；
（ｖ）ＧＣａｓｅ基質のグリコシルセラミド（glycosylceramide）の蓄積が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｗ）α-シヌクレイン／ユビキチン凝集体の脳内蓄積が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｘ）デルマタン硫酸の尿中***が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｙ）ヘパラン硫酸の尿中***が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｚ）組織病理学的に測定したデルマタン硫酸が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ａａ）組織病理学的に測定したヘパラン硫酸が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｂｂ）網膜電図（ＥＲＧ）に見る機能が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））が回復する；
（ｃｃ）標準的臨床方法で測定した視力が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））が回復する；
（ｄｄ）ＨＤマウスモデルにおける変異型ハンチンチン遺伝子の発現が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下するまたは抑制される；
（ｅｅ）患者の運動障害をハンチントン病統一評価尺度（ＵＨＤＲＳ）の合計運動スコアを使用して評価した場合に、絶対量で、少なくとも約４ポイント、少なくとも約３ポイント、少なくとも約２ポイント、少なくとも約１.５ポイント、少なくとも約１ポイント、少なくとも約０.５ポイント、少なくとも約０.４ポイント、少なくとも約０.３ポイント、または、少なくとも約０.２ポイント、例えば、約０.５〜約２ポイント、約１〜約２ポイント、または約１.５〜約２.５ポイントの正常化もしくは改善があり、さらに／または合計運動スコアが、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、約１０％〜約８０％、約１０％〜約３０％、約１０％〜約２０％、約２０％〜約４０％、約３０％〜約５０％（ベースラインおよび未治療対照群と比較）改善する；
（ｆｆ）マウスにおける運動障害を、公開されている、ビームテスト用ロータロッド上で協調性を評価する方法および前足握力を評価する方法を使用して評価した場合に、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、約１０％〜約８０％、約１０％〜約３０％、約１０％〜約２０％、約２０％〜約４０％、約３０％〜約５０％（ベースラインおよび未治療対照群と比較）正常化または改善する；
（ｇｇ）ＨＤマウスモデルにおいて分子的手法および組織学的解析により評価した場合に、神経細胞消失の減少および／または線条体細胞の容積縮小が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））である；
（ｈｈ）血漿中（血中）および／またはＢＡＬＦ中のＩＬ-１０が、少なくとも約３,０００％、少なくとも約２,０００％、少なくとも約１,０００％、少なくとも約５００％、少なくとも約３８０％、少なくとも約３６０％、少なくとも約３４０％、少なくとも約３２０％、少なくとも約３００％、少なくとも約２８０％、少なくとも約２６０％、少なくとも約２４０％、少なくとも約２２０％、少なくとも約２００％、少なくとも約１８０％、少なくとも約１６０％、少なくとも約１４０％、少なくとも約１２０％、少なくとも約１１０％、少なくとも約１００％、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約４００％〜約５００％、約４５０％〜約５００％、約４２０％〜約４８０％、約３００％〜約４５０％、約３５０％〜約４３０％、約３２０％〜約３８０％、約２００％〜約３５０％、約２５０％〜約３３０％、約２２０％〜約２８０％、約１００％〜約２５０％、約１５０％〜約２３０％、約１２０％〜約１８０％、約５０％〜約１５０％、約６０％〜約１３０％、約８０％〜約１１０％、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））増加する；
（ｉｉ）血中またはＢＡＬＦ中のＩＬ-１０が、最少約３００ｐｇ／ｍＬまで、少なくとも約４００ｐｇ／ｍＬまで、最少約５００ｐｇ／ｍＬまで、最少約６００ｐｇ／ｍＬまで、最少約８００ｐｇ／ｍＬまで、最少約１０００ｐｇ／ｍＬまで、最少約１２００ｐｇ／ｍＬまで、最少約１４００ｐｇ／ｍＬまで、最少約１６００ｐｇ／ｍＬまで、最少約１８００ｐｇ／ｍＬまで、最少約２０００ｐｇ／ｍＬまで、最少約２２００ｐｇ／ｍＬまで、最少約２４００ｐｇ／ｍＬまで、最少約２６００ｐｇ／ｍＬまで、最少約２８００ｐｇ／ｍＬまで、最少約３０００ｐｇ／ｍＬまで、少なくとも約４０００ｐｇ／ｍｌまで、例えば、約３００ｍｇ／ｍＬ〜約３９００ｐｇ／ｍＬ、約３８０ｐｇ／ｍＬ〜約２９００ｐｇ／ｍＬ、約４００ｐｇ／ｍＬ〜約２８００ｐｇ／ｍＬ、約４５０ｐｇ／ｍＬ〜約２５００ｐｇ／ｍＬ、約５００ｐｇ／ｍＬ〜約２４００ｐｇ／ｍＬ、約８００ｐｇ／ｍＬ〜約３０００ｐｇ／ｍＬ、約９００ｐｇ／ｍＬ〜約２９００ｐｇ／ｍＬ、約１２００ｐｇ／ｍＬ〜約２９００ｐｇ／ｍＬ、約１４００ｐｇ／ｍＬ〜約２９００ｐｇ／ｍＬ、約１８００ｐｇ／ｍＬ〜約２９００ｐｇ／ｍＬ、約２０００ｐｇ／ｍＬ〜約２９００ｐｇ／ｍＬ、約２２００ｐｇ／ｍＬ〜約２９００ｐｇ／ｍＬ、約２２００ｐｇ／ｍＬ〜約３０００ｐｇ／ｍＬ、約２５００ｐｇ／ｍＬ〜約３０００ｐｇ／ｍＬ、または約２５００ｐｇ／ｍＬ〜約３０００ｐｇ／ｍＬ増加する。
（ｊｊ）血中およびＢＡＬＦ中のＩＰ-１０レベルが、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））減少する、
（ｋｋ）血液（血漿）中の血清アミロイドＡタンパク質（ＳＡＡ）が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｌｌ）血中および／またはＢＡＬＦ中のマウスＫｃまたはヒトＩＬ-８が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｍｍ）；血中またはＢＡＬＦ中のＧＭ-ＣＳＦが、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））低下する；
（ｎｎ）当該分野の専門家に公知の一般的に認められている臨床基準に基づいた、硝子体混濁の段階および／または前房内細胞の段階の臨床上有意な進行を予防する。
（ｏｏ）当該分野の専門家に公知の一般的に使用され認められている基準に基づいた、臨床上有意な視力変化の悪化を予防する；
（ｐｐ）腫瘍細胞の増殖抑制および／または腫瘍の増殖抑制が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））である；および／または
（ｒｒ）ＤＹＲＫ１ｂの発現抑制が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））である；および／または
（ｓｓ）ＮＦ-κＢの調節を受けた遺伝子の活性化が、少なくとも約９９％、少なくとも約９５％、少なくとも約９０％、少なくとも約８０％、少なくとも約７０％、少なくとも約６０％、少なくとも約５０％、少なくとも約４０％、少なくとも約３５％、少なくとも約３０％、少なくとも約２０％、少なくとも約１５％、少なくとも約１０％、または、少なくとも約５％、例えば、約３０％〜約９９％、約８０％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約５％〜約８５％、または約１０％〜約８０％（ベースラインまたは対照と比較した、実際の変化（％）または変化の中央値（％））抑制される。
開示実施形態およびそれらの修正形態によれば、複合体または融合タンパク質を単独で、または他の治療の別の治療剤もしくは成分と組み合わせて使用してよい。治療され得る疾患および障害または状態としては、癌、炎症または炎症性疾患、皮膚障害、発熱、心血管系作用、出血、凝固および急性期応答、悪液質、拒食症、急性感染症、ＨＩＶ感染症、ショック状態、移植片対宿主反応、自己免疫疾患、再潅流傷害、髄膜炎、片頭痛およびアスピリン依存的抗血栓状態；腫瘍の増殖、浸潤および進展、血管新生、転移、悪性、腹水および悪性胸水；脳虚血、虚血性心疾患、変形性関節症、関節リウマチ、骨粗鬆症、喘息、多発性硬化症、神経変性、アルツハイマー病、アテローム性動脈硬化、脳卒中、血管炎、クローン病および潰瘍性大腸炎；歯周炎、歯肉炎；乾癬、アトピー性皮膚炎、慢性潰瘍、表皮水疱症；角膜潰瘍、網膜症および手術創治癒；鼻炎、アレルギー性結膜炎、湿疹、アナフィラキシー；再狭窄、うっ血性心不全、子宮内膜症、アテローム性動脈硬化またはエンドサイエローシス（endoscierosis）、サイトカインおよび細胞増殖活性／細胞分化活性；免疫抑制活性または免疫賦活薬活性（例えば、ヒト免疫不全ウイルス感染症などの免疫不全治療のため；リンパ球増殖調節のため；癌および多くの自己免疫疾患の治療のため、および移植拒絶の予防または腫瘍免疫の誘発のため）；造血調節、例えば、骨髄系またはリンパ系の疾患の治療；骨、軟骨、腱、靭帯および神経の組織の成長促進、例えば、創傷の治癒、熱傷、潰瘍および歯周病の治療、および神経変性：卵胞刺激ホルモンの阻害または活性化（妊孕性の調節）；走化性／化学走性活性（例えば、特定の細胞種を傷害部位または感染部位に動員するため）；止血活性および血栓溶解活性（例えば、血友病および脳卒中の治療のため）；抗炎症活性（例えば、敗血症性ショックまたはクローン病の治療のため）；抗菌剤として：例えば、代謝または挙動の調節因子；鎮痛薬として；特定の欠乏障害の治療；ヒトの、例えば、乾癬治療、または獣医療；マクロファージ抑制活性および／またはＴ細胞抑制活性による抗炎症作用；抗免疫活性、すなわち無関係の応答を含む、細胞性および／または液性の免疫応答に対する抑制作用；マクロファージおよびＴ細胞の細胞外マトリックス構成要素およびフィブロネクチンへの結合能の抑制、ならびに上方制御を受けたｆａｓ受容体のＴ細胞での発現抑制；望ましくない免疫反応および炎症の抑制、例えば、関節リウマチなどの関節炎、過敏性に関連する炎症、アレルギー反応、喘息、全身性エリテマトーデス、膠原病および他の自己免疫疾患、アテローム性動脈硬化、動脈硬化、アテローム動脈硬化性心疾患、再潅流傷害、心停止、心筋梗塞、血管の炎症性障害、呼吸窮迫症候群または他の心肺疾患に関連する炎症、消化性潰瘍、潰瘍性大腸炎および他の消化管疾患に関連する炎症、肝線維症、肝硬変または他の肝疾患、甲状腺炎または他の腺性疾患、糸球体腎炎または他の腎疾患および泌尿器疾患、耳炎または他の耳鼻咽喉疾患、皮膚炎または他の皮膚疾患、歯周病または他の歯科疾患、精巣炎またはエピディディモ（epididimo）-精巣炎、不妊症、ｏｒｃｈｉｄａｌ外傷または他の免疫関連精巣疾患、胎盤機能障害、胎盤機能不全、習慣流産、子癇、子癇前症および他の免疫疾患および／または炎症関連婦人科領域疾患、後部ぶどう膜炎、中間部ぶどう膜炎、前部ぶどう膜炎、結膜炎、脈絡網膜炎、網膜ぶどう膜炎、視神経炎、眼内炎症、例えば、網膜炎または嚢胞様黄斑浮腫、交感性眼炎、サイエリティス（scieritis）、網膜色素変性、変性フォンデュス（fondus）疾患の免疫性および炎症性構成要素、眼外傷の炎症性構成要素、感染による眼の炎症、増殖性硝子体網膜症、急性虚血性視神経症、例えば、緑内障濾過手術後の過渡の瘢痕化、眼内インプラントに対する免疫性および／または炎症性反応および他の免疫関連および炎症関連眼疾患、中枢神経系（ＣＮＳ）でも他の任意の器官でも免疫および／または炎症の抑制による利益が考えられる自己免疫性の疾患または状態または障害に関連する炎症、パーキンソン病、パーキンソン病の治療による合併症および／または副作用、ＡＩＤＳ関連認知症複合ＨＩＶ関連脳症、デビック病、シデナム舞踏病、アルツハイマー病および他のＣＮＳ変性の疾患、状態または障害、脳卒中の炎症性構成要素、ポリオ後症候群、精神障害の免疫構成要素および炎症構成要素、脊髄炎、脳炎、亜急性硬化性全脳炎、脳脊髄炎、急性神経障害、亜急性神経障害、慢性神経障害、ギレム（Guillaim）-バレー症候群、シデナム・コラ（chora）、重症筋無力症、偽脳腫瘍、ダウン症候群、ハンチントン舞踏病、筋萎縮性側索硬化症、ＣＮＳの圧迫またはＣＮＳの外傷またはＣＮＳの感染の、炎症性構成要素、筋萎縮症および筋ジストロフィの炎症性構成要素、および免疫関連および炎症関連の中枢神経系および末梢神経系の疾患、状態または障害、外傷後炎症、敗血症性ショック、感染症、外科手術に伴う炎症性の合併症または副作用、骨髄移植または他の移植に伴う合併症および／または副作用、例えば、ウイルス性キャリア感染、またはＡＩＤＳ関連性炎症による、遺伝子治療に伴う炎症性および／または免疫性の合併症および副作用、液性および／または細胞性免疫応答を抑制または阻害すること、角膜、骨髄、臓器、レンズ、ペースメーカー、非人工または人工の皮膚組織のような非人工または人工の細胞、組織および臓器を移植した場合の移植片拒絶の予防および／または治療のために単球または白血球の増殖性疾患、例えば、白血病を、単球またはリンパ球の量を減少させることによって治療または改善すること、が挙げられるが、これらに制限されない。
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以下に、さまざまな特徴および実施形態および選択修正について、非限定的な実施例として記載する。組換え合成ができるように完全配列に開始因子メチオニンを含んでいるすべての実施例では、開始因子メチオニンは、指定したヒトホメオドメイン配列を有する活性生成物を誘導するために精製中に除去してよい。完全な複合体の使用について記載した段落内の参照配列番号は、開始因子メチオニンを除去した後の複合体を指している。
実施例１
アミノ酸６０個のヒトホメオドメインおよびＮＦ-κＢ転写因子生成を抑制するカーゴＮＢＤペプチドで構成される複合体または融合ペプチドまたはタンパク質は、タンパク質-タンパク質相互作用に干渉することにより遺伝子発現を調節する実施形態例である。
ある実施形態では、ＨＯＸ Ｃ１２アミノ酸配列の第１の領域は配列番号１：
ＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬ
である。
別の実施形態では、ＨＯＸ Ｄ１２アミノ酸配列の第１の領域は配列番号２：
ＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶ
である。
これらの２つの実施形態では、この第１の領域は、ＮＦ-κＢ必須修飾因子（ＮＥＭＯ）結合領域、略してＮＢＤ（NEMO binding domain）という、「カーゴ（積み荷）」ペプチドに、単純なペプチド結合または、代替としは、当技術分野で公知のリンカー（表２を参照のこと）を介して連結している。リンカーは、その付加により複合体の機能が損なわれない限り、任意のリンカーを使用してよい。ＮＢＤアミノ酸配列は、配列番号２０の第２の領域であり：
ＴＡＬＤＷＳＷＬＱＴＥ
ＨＯＸ Ｃ１２の第１の領域（配列番号１）を組み込んだ、２領域の連結にペプチド結合のみを含有する、融合タンパク質全体の配列の実施形態は：
配列番号２１
ＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬＴＡＬＤＷＳＷＬＱＴＥ
である。ＨＯＸ Ｄ１２の第１の領域（配列番号２）を組み込んだ、２領域の連結にペプチド結合のみを含有する、融合タンパク質全体の配列の実施形態は：
配列番号２２：
ＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶＴＡＬＤＷＳＷＬＱＴＥ
である。
配列番号２１および２２それぞれのサイズにより、融合タンパク質全体の人工的合成が可能である。配列番号２１および２２、または多様体またはそれらの一部の組換え合成により作製する場合は、Ｎ末端のメチオニンを含んでよい。リンカーは、機能には必要ではないが、複合体の機能を損なわない限り、別の実施形態における第１および第２の領域間にリンカーを含めてよい。その末端には、この複合体の実施形態を得るために当技術分野で公知の任意のリンカー（例えば、表２を参照のこと）を使用してよく、リンカー配列がこれら第１および第２の領域をつなぐ程度まで、配列番号２１および２２は、少なくとも一部、改変されることが考えられる。
なおさらなる実施形態では、精製を行いやすくするために、さらなるアミノ酸配列（「尾部」）をアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれにでも付加することができる。このような配列に、ＦＬＡＧタグ（ＤＹＫＤＤＤＤＫ）（配列番号１０２）、ｍｙｃタグ（ＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬ）（配列番号１０３）、Ｈｉｓタグ（ＨＨＨＨＨＨ）（配列番号８０）、および当業者に公知の他の同様のタグを含めてよい。このようなタグにリンカーを含めてもよいし、含めなくてもよい。さらに、ビオチン受容タンパク質（ＧＬＮＤＩＦＥＡＱＫＩＥＷＨＥ）などのリガンド（配列番号１０５）を活性ＢｉｒＡタンパク質とともに使用してよい。Ｎ末端を開始するメチオニンを含む配列については、Ｎ末端精製ドメインを付加した場合は、メチオニンは、ヒトホメオドメインペプチドの第１の領域のＮ末端にくるのではなく精製ドメインのＮ末端にくることになる。図５は、ＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインがＮＢＤカーゴペプチドに結合し、それがさらにＧＳリンカー一によりＨｉｓタグに結合している実施形態を示す。
さまざまな実施形態では、配列番号２１および２２またはその一部は、炎症性疾患治療の全身送達または局所送達用に製剤化され得る。局所送達の実施形態には、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）用の吸入液体または乾燥粉末製剤、結腸および／または直腸のインメント（inment）の付いた潰瘍性大腸炎またはクローン病（炎症性腸疾患）用の結腸浣腸製剤、ドライアイ（乾性ケラトコンジュンティヴィティス（keratoconjuntivitis））、ぶどう膜炎および強膜炎などの炎症性眼疾患用の点眼製剤、並びに乾癬および円形脱毛症などの炎症性および自己免疫性皮膚疾患用の外用軟膏およびクリーム製剤などの例が含まれる。全身投与用製剤には、関節リウマチ、潰瘍性大腸炎、クローン病、乾癬等のような慢性炎症性疾患の治療、並びに、急性心筋梗塞（冠動脈血栓症）および脳卒中の予防、脳卒中および心筋梗塞（梗塞サイズ縮小および機能回復）並びに臓器移植患者（臓器機能の回復）における虚血再灌流傷害の予防のための、炎症性アテローム性プラークの不安定性のような急性炎症性状態の治療を目的とした、静脈内、皮下および筋肉内注射製剤および持続的放出のための注射可能インプラント製剤を含む。ＮＦ-?Ｂ炎症経路活性化が、例えば、結腸癌、肺癌および一部の皮膚癌において文献で広く報告されているように、特定の癌の病因および進行に関与している場合、全身投与には癌治療が含まれる。
配列番号２１（記載にある試験ではＰＰＬ-００２とラベル表示）および配列番号２２（記載にある試験ではＰＰＬ-００３とラベル表示）を化学的に合成し、それぞれの物理的および生物学的特性を明らかにしたうえで、先に記載のある、１１アミノ酸ＮＥＭＯ結合ドメイン（ＮＢＤ）カーゴ（配列番号２０）（M.J. May et al. “Selective inhibition of NF-κB activation by a peptide that blocks the interaction of NEMO with the IκB kinase complex” Science 289:1550-54, Sept. 1, 2000；IStrickland and S Ghosh.“Use of cell permeable NBD peptides for suppression of inflammation” Ann. Rheum. Dis.65（Suppl3）：iii75-iii82、2006）を同一に有する２つのアンテナペディア系細胞透過性膜構成体と比較した。これらの融合ペプチドの１つは、アンテナペディアホメオドメインの１７アミノ酸配列のＮ末端および１１アミノ酸ＮＢＤペプチドをそのＣ末端に使用し、これを、当該試験でＰＰＬ-００４とラベル表示した。アンテナペディア系構成体のもう一つは、アンテナペディアの６０アミノ酸ホメオドメインおよび先と同一の１１アミノ酸ＮＢＤカーゴを結合する融合ペプチドであり、これを、当該試験でＰＰＬ-００１とラベル表示した。
物理的特性：配列番号２２（ＰＰＬ-００３）は、その溶解度および塩の相互作用において配列番号２１（ＰＰＬ-００２）とは異なり、製剤開発用にさらに至適になる。これらの特性は、公開されているアンテナペディア系ＮＢＤペプチド（ＰＰＬ-００４）および別のアンテナペディア系ＮＢＤペプチドＰＰＬ-００１とも異なっている。
ＰＰＬ-００１、ＰＰＬ-００２およびＰＰＬ-００４ペプチドは、水に可溶性であるが、医薬ビヒクルまたは配合物として一般に使用される緩衝剤を含有した塩に対しては溶解性を示さなかった。従来より薬事行政で使用されている１０ｍＭトリス緩衝生理食塩水（ｐＨ７.４）中で、ＰＰＬ-００３は被験最高濃度の５ｍｇ／ｍＬ（０.５６６ｍＭ）でも澄明な溶液となって可溶性であったのに対し、ＰＰＬ-００２（１ｍｇ／ｍＬ）は懸濁溶液となり、これはペプチドの荷電基と塩との相互作用によることが考えられる。アンテナペディア系ＮＢＤペプチド（ＰＰＬ-００１およびＰＰＬ-００４）もまたこの緩衝生理食塩液には不溶性であった。１ｍＭ０.０１％アルギニンおよび０.１％Ｔｗｅｅｎ２０を使用する、またはトリス緩衝生理食塩水にヒスチジンを加えてクエン酸緩衝溶液を使用することでも、ＰＰＬ-００１、ＰＰＬ-００２またはＰＰＬ-００４の溶解特性は改善されなかった。ＰＰＬ-００２およびアンテナペディア系ペプチドに比べ、ＰＰＬ-００３の溶解特性に違いがでることは、構造的違いを見た限りでは予測されていなかった。さらに、ＰＰＬ-００３のみが５ｍｇ／ｍＬでｐＨ７.４リン酸緩衝生理食塩液に完全溶解した。
開示した、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ＮＢＤ透過化ペプチド（融合タンパク質）の特定の実施形態を、細胞とプレインキュベーションしてから当技術分野で公知の技術を用いてエンドトキシン刺激を行い、かかる実施形態がＮＦ-κＢ活性化および腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ-α）などのサイトカインの形成を阻害する能力を検討した。配列番号２１および／または配列番号２２、または、その一部であって、その部分について、ＴＮＦ-αの刺激によるＮＦ-κＢ転写活性が測定され、かつ、エンドトキシン刺激によるサイトカイン産生について試験済みである、一部を含む実施形態を使用してインビトロ試験を実施した。
ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（配列番号２１および／もしくは２２または多様体またはその一部）に結合しているＮＢＤカーゴペプチドの実施形態は、約５０μＭ〜約２００μＭのさまざまな濃度で行ったいずれのホメオドメインのインビトロアッセイでも活性であり、ＴＮＦ-αの刺激によるＮＦ-κＢの転写活性および／またはサイトカイン産生を公知の方法で測定して対照群と比較した。
ＮＦ-κＢルシフェラーゼレポーター細胞株使用時のインビトロ活性：ＴＮＦ-αで刺激したヒト胎児由来腎臓細胞株（ＨＥＫ２９３）およびエンドトキシン（ＬＰＳ）で刺激したマウスのマクロファージ様細胞株（ＲＡＷ２６４.７）を、それぞれＮＦ-κＢルシフェラーゼレポーター遺伝子とともに使用して、ＮＦ-κＢ活性化阻害を測定するインビトロアッセイにより、ＮＢＤカーゴを有する細胞透過性ペプチドの実施形態の生物活性を測定した（Park et al. Phosphoinositide-dependent kinase 1 integrates T cell receptor and CD28 co-receptor signaling to effect NF-κB induction and T cell activation.Nat Immunol. 10(2):158-166, Feb. 2009）。（図８ａおよび８ｂ）。
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初めの実験では、これらのペプチドをまずＤＭＳＯに溶解してからリン酸緩衝生理食塩液で希釈したうえで、ＮＦ-κＢルシフェラーゼレポーター細胞株を含有する組織培養完全培地に付加した。これらの試験では、ＰＰＬ-００３は、ＰＰＬ-００４および同一構造を有する市販製品ＰＰＬ-００４と同様の活性を有することがわかった。ある試験では、ＮＢＤ配列を変更してＮＢＤ標的配列に結合できないようにした対照変異型ペプチドは非活性であり、カーゴとして使用したＮＢＤ配列に対するその試験の特異的性が示された。
すべてのペプチドについてＤＭＳＯ最終濃度を１％に調整し、ヒトＴＮＦ-αの刺激による（５ｎｇ／ｍＬ）ＮＦ-κＢ活性化に対する阻害能をＨＥＫ２９３細胞を用いて測定したところ、すべてのペプチドについて明らかな用量-反応があった。しかしながら、同じ最低濃度５０マイクロモルでＰＰＬ-００３は他よりも強力なようであった。図９は、ＴＮＦ-αの刺激を受けた、ペプチドによる前処置を行っていない細胞の割合（％）でルシフェラーゼシグナルを表している。
げっ歯類-全身性経静脈的エンドトキシン投与モデルにおいて、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（配列番号２１および／または２２）に結合しているＮＢＤカーゴペプチドを含む実施形態製剤を、以下に記載したように、マウスに全身性経静脈的（ｉ.ｖ.）または腹腔内（ｉ.ｐ.）に投与して前処置を行った。なお、今後の試験では、用量はマウス２０ｇあたり１μｇから少なくとも２,０００μｇまたはそれ以上とする。複数の炎症性および抗炎症性サイトカインおよび急性期タンパク質の血清アミロイドＡ（ＳＡＡ）の血中レベルを測定し、結果をビヒクル陰性対照群およびデキサメタゾンで前処置した陽性対照群と比較した。
ＮＢＤカーゴ-含有細胞透過性ペプチドのインビボ活性：初めの試験は、マウスにエンドトキシン（ＬＰＳ）５０マイクログラム／ｋｇを注射投与する３０分前に、マウス１匹あたり５００マイクログラム（μｇ）（１０ｍｇ／ｋｇ）の用量のペプチドｉ.ｐ.注射またはデキサメタゾン（３ｍｇ／ｋｇ）で前処置したマウスで実施した。ペプチドで前処置することによる、ＬＰＳに対する炎症性サイトカイン応答の阻害能力または抗炎症性サイトカイン応答の刺激能力を、ＬＰＳ注射の２時間後に測定した（図１０）。
ＬＰＳ注射後２時間のマウスの血漿中サイトカインレベルは、ＮＢＤ含有ペプチドで処置したマウスで低下していた。（図１１ａおよび１１ｂ）。例えば、ＴＮＦ-αおよびＩＰ-１０（ＣＸＣＬ１０）のレベルはともにＰＰＬ-００３を用いた前処置により説得力を持って低下しており、マウスによっては、これらのサイトカインレベルがデキサメタゾン投与群と同様に低下していた。興味深いことに、ＰＰＬ-００３はＩＰ-１０の応答を低下させる能力に関してはＰＰＬ-００４とは明らかに異なっていた。ＩＰ-１０レベルは、ＰＰＬ-００３を用いたｉ.ｐ.前処置では、デキサメタゾン処置後に測定したレベルと同様レベルまで低下したのに対し、ＰＰＬ-００４のｉ.ｐ.前処置ではＩＰ-１０血漿値への作用は見られなかった。特定サイトカインに対するこうした選択的作用には、ＰＰＬ-００３の炎症性疾患用治療剤としての重要な意味が含まれ得る。
ＰＰＬ-００２およびＰＰＬ-００３の実施形態を用いた前処置で、抗炎症性サイトカインであるインターロイキン１０（ＩＬ-１０）レベルの上昇ももたらされた。エンドトキシン（ＬＰＳ）５０マイクログラム／ｋｇを注射投与する３０分前に、マウス１匹あたり５００マイクログラム（１０ｍｇ／ｋｇ）の用量のペプチドをｉ.ｐ.およびｉ.ｖ.で投与した。デキサメタゾン３ｍｇ／ｋｇのｉ.ｐ.投与ではＩＬ-１０レベルへの作用はなかったが、ＰＰＬ-００２（配列番号２１）でｉ.ｐ.前処置することによりＩＬ-１０の有意な増加がもたらされた（ｐ＜０.０１）。ＰＰＬ-００２（配列番号２１）およびＰＰＬ-００３（配列番号２２）の実施形態でｉ.ｖ.前処置をした場合もＩＬ-１０レベルが上昇した。興味深いことに、ＬＰＳ投与後にＩＬ-１０レベルを上昇させる、こうした能力は、アンテナペディアホメオドメインの１７アミノ酸配列Ｎ末端および１１アミノ酸ＮＢＤペプチドＣ末端を有する、公開されているＮＢＤ細胞透過性ペプチドであるＰＰＬ-００４を用いて前処置したマウスでは見られず（図１２）、ＰＰＬ-００４前処置群とビヒクル前処置群間に検出可能な差はなかった。
大腸菌由来組換え型ＰＰＬ-００３の活性および薬物動態.大腸菌で作製し、前述のように精製した（配列番号２１および配列番号２２の上流の作製を参照のこと）組換え型ＰＰＬ-００３（配列番号２２）実施形態を、１０ｍＭトリス緩衝生理食塩液（ｐＨ７.４）に入れ腹腔内注射でマウスに投与し、配列番号２０のＮＢＤカーゴに対してアフィニティー精製ウサギ抗体を用いたＥＬＩＳＡ法でＰＰＬ-００３の血漿濃度を測定した。マウスに５００μｇ［マイクログラム］、１,０００μｇまたは２,０００μｇのＰＰＬ-００３を注射し、指定した各タイムポイントで血液を採取した（図１３）。血液にＥＤＴＡで抗凝固処理をし血漿を遠心分離により分離した。ＰＰＬ-００３レベルをＥＬＩＳＡで測定し、化学合成した純粋ＰＰＬ-００３の標準曲線を用いて計算した。血漿ＰＰＬ-００３濃度は投与後５分から測定可能であり、また、Ｃｍａｘは投与後約３０分から測定し、投与後約２４０分には最低検出限界に達した（図１３〜１４）。
前述のように、マウスに組換え型ＰＰＬ-００３を投与してからＬＰＳを投与し、ＬＰＳ注射に対する複数のサイトカイン応答をＬＰＳ投与の２時間後に測定した。ＰＰＬ-００３投与は、ＬＰＳ投与と同時、ＬＰＳ投与の３０分前または６０分前に行った。比較のため、デキサメタゾンをＬＰＳ投与３０分前に注射した。
ＬＰＳ刺激を受けた、アミロイドＡタンパク質（ＳＡＡ）、ＴＮＦα、ＩＰ-１０、ＧＭ-ＣＳＦ、ＩＬ-６、ＫＣ（ヒトＩＬ-８、ＣＸＣＬ１と同等）およびＭＣＰ-１の血漿値は、デキサメタゾンの前処置で達成されたレベルを下回るレベルまで低下したが、抗炎症性サイトカインのＩＬ-１０レベルは有意に上昇した。概して、最も阻害が大きかったのは、投与をＬＰＳ投与３０分前に行った場合であったが、ＳＡＡ阻害の最大阻害はＰＰＬ-００３とＬＰＳを同時に注射した場合であった（図１５ａ、１５ｂ、１６ａおよび１６ｂ）。ＳＡＡ濃度の平均低下率は、図１６ａの横線上に示されている。ＩＬ-１０促進およびＫｃ抑制は、ＬＰＳ注射６０分前に投与した時が最大であった。（図１７ａおよび１７ｂ）
図１８ａおよび１８ｂは、マウスへのＰＰＬ-００３注射（ｉ.ｐ.）を、ＬＰＳ投与の６０分前、３０分前、およびＬＰＳ投与と同時（０分）に行った場合の、ｉ.ｖ.ＬＰＳ（エンドトキシン）投与に対するＧＭ-ＣＳＦ応答を示す。ＧＭ-ＣＳＦの低下は、わずかな阻害しか見せなかったデキサメタゾンによる前処置の場合より大きい。同等量マイクログラムではＰＰＬ-００４のモル用量は、ＰＰＬ-００３の約３倍でありながら、同一マイクログラム用量では、ＰＰＬ-００３はＰＰＬ-００４より強力である。
ＮＢＤペプチド含有融合タンパク質の場合、局所送達または外用送達により、感染症感受性をもたらしかねない、望ましくない全身活性が予防されるであろう。慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）などの炎症性気道疾患を治療するための吸入製剤の場合、開示した、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ＮＢＤ複合体または融合タンパク質の実施形態（配列番号２１または２２、またはその一部）の１以上の気道炎症応答阻害能の評価は、詳細な記載があるげっ歯類動物モデル（マウスおよびラット）でこれらの化合物を吸入させて前処置をし、その後、エンドトキシンを吸入させて行われることになる。具体的には、我々は、ヒトホメオドメイン-ＮＢＤ融合タンパク質または複合体の実施形態の１つ以上をさまざまな濃度、例えば、約１μＭ〜約１１５μＭで使用して試験を実施し、エンドトキシンによる刺激を受けたＢＡＬＦ中の細胞およびサイトカインの応答に対する、対応する最大阻害を評価していく。さらに、配列番号２１および／または２２、またはその一部を含む２製剤、すなわち、（ｉ）ネブライザーで送達する液体製剤の実施形態、および（ｉｉ）乾燥粉末製剤の実施形態を評価するため、小用量のエンドトキシン吸入を行ったヒトにおいての試験が計画されている。これらの製剤および送達系実施形態は、ＣＯＰＤのような炎症性気道疾患の患者に有効となる。
げっ歯類にエンドトキシン吸入投与を行う際に吸入製剤としてマウスに投与するのは、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（例えば、配列番号２１および／または２２、またはその一部）に結合しているＮＢＤカーゴペプチドを含む実施形態であり、マウス１匹あたり少なくとも１μｇ〜少なくとも約２００μｇまたはそれ以上の用量で与える。気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）流体中のＴＮＦ-αおよびＩＬ-６濃度について、公知方法による測定、および結果と対照群との比較が行われる。
また、げっ歯類にエンドトキシン吸入投与を行う際に吸入製剤としてマウスに投与するのは、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたは多様体またはその一部（例えば、配列番号２１および／または２２、またはその一部）に結合しているＮＢＤカーゴペプチドを含む別の実施形態であり、マウス１匹あたり少なくとも１μｇ〜少なくとも約２００μｇまたはそれ以上の用量で与える。気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）の炎症細胞数について、公知方法による測定、および結果と対照群との比較が行われる。
ヒトにエンドトキシン吸入投与を行う際の吸入製剤実施形態は、健常ボランティアに投与が行われ、ヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部（例えば、配列番号２１および／または２２、またはその一部）に結合しているＮＢＤカーゴペプチドが、ヒト７０ｋｇにつき少なくとも１μｇ〜少なくとも約６００ｍｇまたはそれ以上の用量で含まれることになる。気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）中のＴＮＦ-α、ＩＬ-６、およびＩＬ-１濃度および炎症細胞数について、公知方法による測定、および結果と対照群との比較が行われる。
ドライアイ（乾性結膜炎）は、局所的な炎症により涙液産生が低下する医学的状態である。その極端な例では、角膜損傷が起こる。ドライアイの症状としては、灼熱感、痛み、乾燥空気または風が吹いている時の反射性の流涙などが非常に多く、軽度な例は「人工涙液」で治療する。しかし、中等度から重度の症例には、例えば、アラガン社（Ａｌｌｅｒｇａｎ）製シクロスポリン点眼剤（Ｒｅｓｔａｓｉｓ（登録商標））のような局所の免疫抑制治療が必要である。最近、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）シグナル伝達の重要性が示唆されており、マウスモデルが作製された（Redfern et.al. “Toll-Like Receptor Expression and Activation in Mice with Experimental Dry Eye”that appeared inInvest. Ophthalmol. Vis. Sci. 54(2):1554-63, Feb. 28, 2013）。初めに、我々は、実験的ドライアイ（ＥＤＥ）マウスモデルで試験を実施するが、その試験では、炎症性バイオマーカーおよび病理学的変化を評価することができる。例えば、ＮＢＤペプチド含有融合タンパク質または複合体の実施形態１つ以上を局所製剤にして投与した場合に、（１）杯細胞の角膜上皮への浸潤および結膜における消失；（２）涙液分泌および（３）リンパ管新生、並びに／または（４）涙腺組織内の炎症細胞の蓄積に及ぼされる作用について評価が行われる。
ＥＤＥげっ歯類モデルで、局所製剤とともに連日、隔日、または毎週、長期間投与するのは、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたは多様体またはその一部（配列番号２１および／または２２、またはその一部）に結合しているＮＢＤカーゴペプチドを含む別の実施形態であり、マウス１匹あたり少なくとも１μｇ〜少なくとも約５００μｇまたはそれ以上（溶解されるかぎり）の用量で与える。涙液産生、角膜上皮への杯細胞の浸潤および結膜での杯細胞の消失について、公知方法による評価および結果と対照との比較が行われる。
より重度のドライアイげっ歯類モデルにおいて、局所製剤とともに連日、隔日、または毎週投与されるのは、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ２ホメオドメインまたは多様体またはその一部（例えば、配列番号２１および／または２２、またはその一部）に結合しているＮＢＤカーゴペプチドを、マウス２０ｇあたり少なくとも１μｇ〜少なくとも約５００μｇまたはそれ以上（溶解されるかぎり）の用量で含む、別の実施形態である。リンパ管新生および角膜病理について、公知方法による評価および結果と対照との比較が行われる。
ヒトにおいて、局所製剤とともに連日、隔日、または毎週投与されるのは、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたは多様体またはその一部（例えば、配列番号２１および／または２２、またはその一部）に結合しているＮＢＤカーゴペプチドを、ヒト７０ｋｇにつき１μｇ未満〜約１００μｇの用量で含む別の実施形態であり、プラセボで治療を受けている対照被検者と比較した、正常値へ向かう涙液分泌量の変化をシルマー試験により測定する。
円形脱毛症は、毛髪および体毛が抜ける一般的な自己免疫性皮膚疾患である。最初は、頭皮に小さく滑らかな円形斑が１以上現れるのが普通で、進行して頭皮全体の脱毛（全頭脱毛症）または体毛の完全な脱毛（全身性脱毛症）となり得る。円形脱毛症は、人口全体の約２パーセントが罹患し、米国だけでも５００万人以上が罹患している。この一般的な皮膚疾患はほとんど予測が不可能で、しかも周期的である。毛髪の再発毛または再脱毛がいつでも起こり得る上、疾患経過は人により異なる。
頭皮および他の脱毛領域に塗布するために適切なシャンプー剤または局所製剤に製剤化し、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ＮＢＤ融合タンパク質の実施形態、またはそれに替わるＮＢＤタンパク質含有複合体の実施形態が、（１）Ｔ細胞由来のサイトカインに対する下流の炎症応答（皮膚生検による評価）、（２）脱毛、および（３）毛髪再生に与える影響について評価を行う。円形脱毛症患者のこの二重盲検試験では、脱毛の進行が同一段階にあるペア信号病変は、プラセボ（局所製剤単剤）およびヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ＮＢＤペプチド含有製剤で治療を行う。毛髪の成長および毛包の炎症について、両病変での測定、および未治療病変での比較を行う。別の並行群間比較試験において、信号病変の脱毛および発毛および新たな病変数の測定を行い、治療群間の比較を行う。
円形脱毛症のげっ歯類モデル、例えば、Ｄｕｎｄｅｅ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｂａｌｄ Ｒａｔ （ＤＥＢＲ）モデル、および円形脱毛症患者において、局所製剤とともに連日、隔日、または毎週、長期投与するのは、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたは多様体またはその一部（配列番号２１および／または２２、またはその一部）に結合しているＮＢＤカーゴペプチドを、約０.０１ｗｔ／ｖｏｌ％未満〜約５ｗｔ／ｖｏｌ未満％の用量で含む実施形態である。脱毛および毛髪成長を、公知の方法により治療病変と未治療病変で評価する。
ｉ.ｖ.またはｉ.ｐ.製剤での投与では、記載した、ヒト遺伝子由来の透過化ＮＢＤ融合タンパク質または複合体（配列番号２１および／または２２、またはその一部）の実施形態でげっ歯類動物に前処置をした場合の虚血再灌流傷害に対する作用について、脳卒中モデルなど詳細な記載のある動物モデルにおいて評価を行う。具体的には、公知の組織病理学的技術により、虚血再灌流傷害の指標となる壊死組織領域についてこの脳卒中モデルで調べる。
げっ歯類脳卒中モデルでは、虚血イベントから１時間以内に投与を開始し、６時間ごと、１２時間ごとまたは連日といった間隔で１〜３日間継続する）亜急性投与をｉ.ｖ.またはｉ.ｐ.製剤で行う際、別の実施形態は、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたは多様体またはその一部（配列番号２１および／または２２、またはその一部）に結合しているＮＢＤカーゴペプチドを約０.１ｍｇ／ｋｇ未満〜約１００ｍｇ／ｋｇ未満の用量で含む。治療群での壊死した脳組織領域について、公知の組織病理学方法による評価が行われる。
ぶどう膜炎は、眼の一般的炎症状態である。ぶどう膜炎の種類は多く、視力を脅かす、眼の各種炎症性疾患であり得る。実験的自己免疫網膜ぶどう膜炎（ＥＡＵ）はヒトぶどう膜炎の動物モデルとされている。ヒトぶどう膜炎治療に使用される免疫抑制剤は、このような動物モデルにおいて有効である。さらに、ＨＯＸ Ｃ１２およびＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ＮＢＤ融合タンパク質の標的であるＮＦ-κＢ炎症経路は、ＥＡＵの病因に関与しているという報告がある。その上、家族性肉芽腫性ぶどう膜炎の特殊な型であるブラウ症候群は、ヒトＮＯＤ２遺伝子の特異的変異が原因である可能性があり、ＮＦ-κＢによる炎症に直接関連している。
眼への局所投与として製剤化した場合のヒトＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ＮＢＤ融合タンパク質の実施形態を、ぶどう膜炎動物モデルでの炎症低下能について評価を行う。ＮＯＤ２欠失マウスにムラミルジペプチド（ＭＤＰ）の水晶体内注射をし、虹彩内で血管内応答を測定することができ、イントロヴィタル（intrvital）顕微鏡および組織学的に細胞浸潤の評価が可能である。または、局所的有効性の予備検査として、マウスにおける、ＬＰＳエンドトキシン投与で発生させた眼の炎症を低下させる融合タンパク質の能力を評価することができる。ぶどう膜炎動物モデルで有効性が示唆されれば、より一般的な種類のぶどう膜炎でヒトを対象とした臨床試験が考慮され得るだろうと予想される。ぶどう膜炎臨床試験で用いる臨床的エンドポイントには、治療１６週間後の、硝子体混濁の段階のベースラインからの平均変化量および前房内細胞の段階のベースラインからの平均変化量が含まれる。悪化の予防は、ベースラインから、硝子体混濁の２段階以上の進行が観察されないこと、前房内細胞の２段階以上の進行が予防されていること、または３ｌｏｇＭＡＲ以上の視力悪化が予防されていることにより示される。
ある実施形態では、記載した、ヒト由来の透過化ＮＢＤ複合体（配列番号２１および／または２２、またはその一部）の静脈投与用製剤を用いたヒト被検者での治療効果は、血管内血栓症および不安定狭心症をもたらすアテローム性プラークの不安定性、急性心筋梗塞、ならびに急性脳卒中の臨床経過について評価できる。不安定狭心症、急性ＭＩおよび／または急性脳卒中の症状を呈するヒト被検者では、基礎病理は、アテローム硬化病変内のマクロファージによるプロトロンビン因子の産生をともなう炎症性のアテローム性プラークの不安定性に関連し、血栓形成および部分的または完全な血管閉塞をもたらす。具体的には、急性期医療施設の受診時から評価を開始できる。詳細な評価として、急性期および亜急性期の治療を１〜５日間行い、受信後２４時間のＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）などの炎症バイオマーカーに与える効果の観察／測定が挙げられる。米国国立衛生研究所脳卒中スケール（National Institutes of Health Stroke Scale；NIHSS）で測定した、死亡率、心機能（急性ＭＩの場合は駆出率）および神経学的機能（急性脳卒中の場合）などの臨床転帰を受信してから約１か月後に評価することができる。ＮＩＨＳＳは、脳卒中関連の神経障害を定量的に測定できる系統的評価ツールである。例えば、ＮＩＨＳＳ値が１２〜１４を下回る脳卒中患者は、良好または優れた転帰の可能性が８０％とされ、また、ＮＩＨＳＳ値が２０〜２６を上回る患者は良好または優れた転帰の可能性が２０％未満である。したがって、これらの試験において、１か月後のＮＩＨＳＳスコアが割合１７を下回るヒト被検者を神経学的機能のエンドポイントとして使用してよい。
別の実施形態では、ヒト遺伝子由来の細胞透過化ＮＢＤ複合体（配列番号２１および／または２２、またはその一部）を１日あたり約０.１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ未満で連日静脈内投与する治療について評価することができる。２４時間後の血清中ＣＲＰ濃度の評価を公知の方法により行う。さらに、受診から１か月後に、（１）ＮＩＨＳＳが１７未満の患者の割合により測定した脳卒中後の神経学的機能；（２）超音波測定によるＭＩ後の心拍出量；および（３）急性の死亡率レベルの評価を行う。結果を対照と比較する。
配列番号１〜１９、または多様体またはそれらの一部、結合しているＮＢＤペプチドを含む別の実施形態には、当技術分野で公知の任意のリンカーを１以上含んでいる、さまざまな融合タンパク質または複合体が含まれるが、その際、配列付加により融合タンパク質または複合体の機能が損なわれないことが条件となる。
実施例２
多発性嚢胞腎のＰＣ１細胞質内Ｃ末端尾部ペプチド
タンパク質-タンパク質相互作用を抑制する、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（または多様体またはその一部）融合タンパク質の別の実施形態は、第２の領域がアミノ酸２００からなるペプチドで構成されているもので、これにおいて、かかるペプチドの配列は、ｐ２００とも呼ばれる、ＰＣ１タンパク質の細胞質内Ｃ末端尾部領域（ＰＣ１ ＣＴＴ）に由来している（Lal et al. “Polycystin-1 C-terminal tail associates with β-catenin and inhibits canonical Wnt Signaling” Hum. Mol. Genet. 17(20):3105-17, Oct. 15, 2008、補足資料を含む）。ＰＣ１遺伝子および／またはＰＣ２遺伝子は、一般に、多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）では変異している。これらの変異は、遺伝性または体細胞変異の結果またはこれらの組み合わせによるもので、ＰＣ１タンパク質のＣ末端の細胞質内尾部領域から切断された転写因子により遺伝子の活性化が調節されなくなる。ｐ２００タンパク質は、この転写因子の作用を遮断するが、このタンパク質の尿細管細胞内作用部位まで有効に送達できれば、ＰＫＤ患者の尿細管の発達を正常に戻すことが可能であり得る。
ある実施形態では、第１の領域のヒトＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメインの６０アミノ酸配列は、
配列番号１（表３）：
ＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬ
である。
別の実施形態では、第１の領域のヒトＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインの６０アミノ酸配列は、
配列番号２（表３）：
ＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶ
であり、それに連結している第２の領域は、ＰＣ１ ＣＴＴ配列由来のｐ２００ペプチドであり、この第２部分のアミノ酸配列は、
配列番号２３（表３）：
ＶＩＬＲＷＲＹＨＡＬＲＧＥＬＹＲＰＡＷＥＰＱＤＹＥＭＶＥＬＦＬＲＲＬＲＬＷＭＧＬＳＫＶＫＥＦＲＨＫＶＲＦＥＧＭＥＰＬＰＳＲＳＳＲＧＳＫＶＳＰＤＶＰＰＰＳＡＧＳＤＡＳＨＰＳＴＳＳＳＱＬＤＧＬＳＶＳＬＧＲＬＧＴＲＣＥＰＥＰＳＲＬＱＡＶＦＥＡＬＬＴＱＦＤＲＬＮＱＡＴＥＤＶＹＱＬＥＱＱＬＨＳＬＱＧＲＲＳＳＲＡＰＡＧＳＳＲＧＰＳＰＧＬＲＰＡＬＰＳＲＬＡＲＡＳＲＧＶＤＬＡＴＧＰＳＲＴＰＬＲＡＫＮＫＶＨＰＳＳＴ
である。さらに他の実施形態では、第２の領域は、ここに示したカーゴ配列の変形配列である。開始因子メチオニンを付加した、ＨＯＸ Ｃ１２を含む融合タンパク質全体の配列の実施形態を、配列番号２４として示す（表３）：
ＭＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬＶＩＬＲＷＲＹＨＡＬＲＧＥＬＹＲＰＡＷＥＰＱＤＹＥＭＶＥＬＦＬＲＲＬＲＬＷＭＧＬＳＫＶＫＥＦＲＨＫＶＲＦＥＧＭＥＰＬＰＳＲＳＳＲＧＳＫＶＳＰＤＶＰＰＰＳＡＧＳＤＡＳＨＰＳＴＳＳＳＱＬＤＧＬＳＶＳＬＧＲＬＧＴＲＣＥＰＥＰＳＲＬＱＡＶＦＥＡＬＬＴＱＦＤＲＬＮＱＡＴＥＤＶＹＱＬＥＱＱＬＨＳＬＱＧＲＲＳＳＲＡＰＡＧＳＳＲＧＰＳＰＧＬＲＰＡＬＰＳＲＬＡＲＡＳＲＧＶＤＬＡＴＧＰＳＲＴＰＬＲＡＫＮＫＶＨＰＳＳＴ
また、開始因子メチオニンを付加した、ＨＯＸ Ｄ１２を含む融合タンパク質全体の配列の実施形態を、配列番号２５として示す（表３）：
ＭＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶＶＩＬＲＷＲＹＨＡＬＲＧＥＬＹＲＰＡＷＥＰＱＤＹＥＭＶＥＬＦＬＲＲＬＲＬＷＭＧＬＳＫＶＫＥＦＲＨＫＶＲＦＥＧＭＥＰＬＰＳＲＳＳＲＧＳＫＶＳＰＤＶＰＰＰＳＡＧＳＤＡＳＨＰＳＴＳＳＳＱＬＤＧＬＳＶＳＬＧＲＬＧＴＲＣＥＰＥＰＳＲＬＱＡＶＦＥＡＬＬＴＱＦＤＲＬＮＱＡＴＥＤＶＹＱＬＥＱＱＬＨＳＬＱＧＲＲＳＳＲＡＰＡＧＳＳＲＧＰＳＰＧＬＲＰＡＬＰＳＲＬＡＲＡＳＲＧＶＤＬＡＴＧＰＳＲＴＰＬＲＡＫＮＫＶＨＰＳＳＴ。
リンカーは機能には必要ではないが、機能が損なわれなければ、配列番号１と、配列番号２３もしくはその一部との間、または配列番号２と、配列番号２３、もしくはその一部との間にリンカーを含めてよい。当技術分野で公知のリンカーを使用してよいが、それにより、配列番号２４および２５の実施形態は、リンカー配列で各複合体の第１と第２の領域がつながる程度に、少なくとも一部、改変されることが考えられる。
別の実施形態では、ｐ２００ペプチドは、配列番号３〜１９のいずれに結合してもよい。
なおさらなる実施形態では、精製を行いやすくするために、さらなるアミノ酸配列をアミノ末端またはカルボキシ末端いずれにでも加えることができる。このような配列は、ＦＬＡＧタグ（ＤＹＫＤＤＤＤＫ）（配列番号１０２）、ｍｙｃタグ（ＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬ）（配列番号１０３）、Ｈｉｓタグ（ＨＨＨＨＨＨ）（配列番号８０）、および当業者に公知の他の同様のタグを含んでよい。このようなタグにリンカーを含めてもよいし、含めなくてもよい。さらに、ビオチン受容タンパク質（ＧＬＮＤＩＦＥＡＱＫＩＥＷＨＥ）（配列番号１０５）などのリガンドを活性ＢｉｒＡタンパク質とともに使用してよい。Ｎ末端を開始するメチオニンを含む配列については、Ｎ末端精製ドメインを付加した場合は、メチオニンは、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインのＮ末端にくるのではなく精製ドメインのＮ末端にくることになる。
ＰＣ１ ＣＴＴ ｐ２００ペプチドを第２の領域に有する、６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたは多様体またはその一部を含む、融合タンパク質の実施形態は、静脈内、皮下、筋肉内および注射可能な持続放出用インプラント製剤などの全身投与用製剤に含められことになる。また、これらの製剤を、糸球体でろ過されネフロンに入った後、尿細管細胞により再吸収させるか、または血液を介して腎嚢胞細胞を標的にすることができるバソプレシン２受容体（Ｖ２Ｒ、下記を参照のこと）のような特異的受容体を介して標的にするような、特異構造を含むよう製剤化してもよい。このような構造を表す第３の領域は、例えば、図３を参照のこと。留意されるとおり、融合タンパク質の生物学的活性は、ｃｙｓｔ様構造の形成が阻害されているＰＫＤ変異のある腎尿細管細胞培養のインビトロで、また、嚢胞形成および腎肥大の進行が阻害されているＰＫＤげっ歯類モデルにおいても示すことができる（Ｌａｌら、２００８年）。融合タンパク質の実施形態（配列番号２４もしくは２５、もしくはその一部であって開始因子メチオニンを含まないもの、または、別のＰＣ１ ＣＴＴ ｐ２００ペプチド含有複合体実施形態）が嚢胞形成に及ぼす効果を、これらの尿細管細胞培養のインビトロで、また、ＰＫＤ動物モデル（例えば、ＰＫＤ１トランスジェニックマウス（Ｐｋｄ２Ｗ５２５／-））においても評価していく。このＰＫＤ-１トランスジェニックマウスモデルでは、腎の拡大阻害（すなわち、腎肥大阻害）について超音波測定を行う。ＰＣ１ ＣＴＴ ｐ２００ペプチドを第２の領域に含む、融合タンパク質および／または複合体の開示実施形態のうち１以上の医薬製剤を使用するＰＫＤ患者において、総腎容積および嚢胞の大きさと数の増減をＭＲＩで評価する。
ＰＫＤを治療するための、ＰＣ１ ＣＴＴペプチド含有融合タンパク質または複合体の別の実施形態では、タンパク質の第２の領域は、ｐ２００のすべてではないが一部の生物学的活性を保持する、ｐ２００分子の一部、ｐ２１である。表３の配列番号２６を参照のこと。ｐ２１ペプチドを上記のＰＫＤ腎尿細管細胞培養中で遺伝子発現させると、これらの細胞にｐ２００ペプチド全体を発現させた場合に似た状態で正常な管様の表現型を細胞に回復させる。ｐ２１アミノ酸をｐ２００構成体から除去すると、ｐ２００の発現により、培養中のこれらの細胞のｃｙｓｔ様表現型を修正する機能も消失する。ｐ２００とは異なり、ｐ２１はＷｎｔシグナル伝達経路を活性化しないことから、骨芽細胞の活性が誘発されない可能性がある。こうした違いは、オステオカルシンのような骨芽細胞の骨形成バイオマーカーを使用してＰＫＤマウスモデルにおけるインビボで測定が可能であり、このモデルで、腎嚢胞形成の進行に対する有益な効果および腎の大きさを超音波で測定することも可能である。
６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメインの第１の領域のアミノ酸配列（配列番号１）は、先に示したとおりである。このドメインの第２の領域ｐ２１のアミノ酸配列（配列番号２６）は、
ＩＲＲＩＲＬＷＭＧＬＳＫＶＫＥＦＲＨＫＶＲ
である。さらに他の実施形態では、第２の領域は、ここで示したカーゴ配列の変形配列である。
ＨＯＸ Ｃ１２およびＨＯＸ Ｄ１２を含有する融合タンパク質のような特定の実施形態で開始因子メチオニンを有するものを、下記表３にそれぞれ配列番号２７および２８で示す。
配列番号２７：
ＭＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬＩＲＲＩＲＬＷＭＧＬＳＫＶＫＥＦＲＨＫＶＲ
配列番号２８：
ＭＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶＩＲＲＩＲＬＷＭＧＬＳＫＶＫＥＦＲＨＫＶＲ。
リンカーは、機能には必要ではないが、例えば、配列番号１と２７または２８との間、および配列番号２と２７または２８との間に、機能を損なわせることなくリンカーを含めてよい。当技術分野で公知の任意のリンカーを使用してよいが、配列番号２７および２８の実施形態は、リンカー配列で第１と第２の領域がつながる程度に、少なくとも一部、改変されることが考えられる。
別の実施形態では、ｐ２１ペプチドは、配列番号３〜１９のいずれに結合してもよい。
ＰＫＤ-１トランスジェニックマウスモデルにおいて、我々は、（１）我々ヒトのＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２００の融合タンパク質または複合体の実施形態、および（２）我々ヒトのＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２１融合タンパク質または複合体の実施形態を含む製剤をｉ.ｐ.またはｉ.ｖ.で長期間連日注射した場合の腎の大きさに対する効果を超音波により評価する。
ＰＫＤ-１トランスジェニックマウスモデルにおいて、ＰＣ１ ＣＴＴカーゴペプチド（ｐ２００（配列番号２３）またはｐ２１（配列番号２６）いずれか）が、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（ｐ２１の場合は配列番号２７および２８、また、ｐ２００の場合は配列番号２４および２５）に結合している実施形態、または、リンカーの種類が異なる（リンカーがある場合）別のＰＣ１ ＣＴＴペプチド含有実施形態を、マウス１匹あたり少なくとも約１μｇ〜少なくとも５００μｇまたはそれ以上（溶解されるかぎり）の用量で与える。腎の大きさおよび肥大速度を超音波で評価し、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２１治療製剤の投与を受けている群から得られた結果を、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２００の融合タンパク質または複合体の治療製剤投与を受けている群、および対照群と比較する。
ＰＫＤ-１トランスジェニックマウスモデルにおいて、我々は、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２１の融合タンパク質または複合体、およびヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２００の融合タンパク質または複合体を含む別の実施形態が腎肥大を低下させる能力を対照群との比較によりさらに評価し、ヒトホメオドメイン-ｐ２１およびヒトホメオドメイン-ｐ２００双方が血液中のオステオカルシンのような骨芽細胞の骨バイオマーカーの変化に及ぼす効果を比較する。ＴｈｅヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２１およびヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２００の融合タンパク質または複合体の実施形態を、製剤にして、マウス１匹あたり少なくとも約１μｇ〜少なくとも５００μｇまたはそれ以上（溶解されるかぎり）の用量で投与する。オステオカルシン血中濃度を公知の方法で評価し、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２１治療製剤などの実施形態の投与を受けている群から得られた結果を、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２００の融合タンパク質または複合体の治療製剤などの実施形態の投与を受けている群および対照群と比較する。
上記製剤の長期連日投与で全身性治療を受けているＰＫＤ患者において、ＰＣ１ ＣＴＴカーゴペプチド（ｐ２００（配列番号２３）またはｐ２１（配列番号２６）またはその一部のいずれか）が、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたは多様体またはその一部（例えば、ｐ２１の場合は、配列番号２７〜２８の完全配列実施形態または多様体またはその一部、および、ｐ２００の場合は、配列番号２４〜２５の完全配列実施形態または多様体またはその一部）にペプチド結合を介して結合している実施形態、または、リンカーの種類が異なる（リンカーがある場合）別のＰＣ１ ＣＴＴペプチド含有複合体実施形態を、約０.０１ｍｇ／ｋｇ未満〜約１００ｍｇ／ｋｇ未満の用量で投与する。腎肥大速度を公知の方法で評価し、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２１治療製剤実施形態の投与を受けている群から得られた結果をヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２００の融合タンパク質または複合体の治療製剤の実施形態の投与を受けている群および対照群と比較する。
腎嚢胞を標的にする：ＰＫＤにおける嚢胞の一部または大部分は腎の集合管に最初に発生すると考えられている。集合管細胞はバソプレシン２受容体（Ｖ２Ｒ）を発現する。いくつかの実施形態にペプチドＶ２Ｒ拮抗因子を連結して含めるか、またはペプチドＶ２Ｒ拮抗因子を融合タンパク質のさらなるセグメントとして付加することにより、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインペプチドまたは多様体またはその一部を第１の領域に有し、ｐ２００またはｐ２１を第２の領域に有する融合タンパク質および複合体実施形態に、集合管を起源とする腎嚢胞を標的にさせることが可能であり得る。いくつかの実施形態では、リンカーの付加により複合体の機能が損なわれることがなければ、除去可能なリンカーを使用してよい。非競合的ペプチドＶ２Ｒ拮抗因子の一例が、Rihakova, et al. "VRQ397 (CRAVKY): a novel noncompetitive V2 receptor antagonist" Am. J. Physiol. Integr. Comp. Physiol. 297:R1009-R1018, 2009 ("CRAVKY" disclosed as SEQ ID NO: 29）により報告された。露出されたヒトホメオドメイン領域が一旦細胞の細胞質まで侵入を促進した後は連結解除または溶解するよう設計されたリンカーを有する、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２００および／またはヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２１の融合（複合体）タンパク質の実施形態のＮ末端またはＣ末端に、非競合的ペプチドＶ２Ｒ拮抗因子であるＶＲＱ３９７（ＣＲＡＶＫＹ）（表３に示す配列番号２９）を付加する試験を行い、有効性（腎の大きさの変化など）並びに作用部位への送達効率を得るための必要用量について評価を行いたいと考えている。さらに、ペプチドＶ２Ｒ拮抗因子が異なる機序を介して融合タンパク質または複合体の実施形態の有効性に影響を与えるのかどうかについて調べていく。
配列番号２９（表３）：ペプチドＶ２Ｒ ６アミノ酸拮抗因子：ＣＲＡＶＫＹ。
さまざまな実施形態では、ＰＫＤ治療たのめに標的としたペプチドは、以下のいずれでもよい：ＣＲＡＶＫＹ-（リンカー）-ｐ２００-ヒトホメオドメイン（配列番号２９として開示した"ＣＲＡＶＫＹ"）；ＣＲＡＶＫＹ-（リンカー）-ｐ２１-ヒトホメオドメイン（配列番号２９として開示した"ＣＲＡＶＫＹ"）；ヒトホメオドメイン-ｐ２００-（リンカー）-ＣＲＡＶＫＹ（配列番号２９として開示した"ＣＲＡＶＫＹ"）；ヒトホメオドメイン-ｐ２１-（リンカー）-ＣＲＡＶＫＹ（配列番号２９として開示した"ＣＲＡＶＫＹ"）。このうち、最初の２つの実施例ではＣＲＡＶＫＹ配列（配列番号２９）はタンパク質のＮ末端にあり、残りの２つの実施例ではタンパク質のＣ末端にある。
例えば、ＣＲＡＶＫＹペプチド（配列番号２９）連結の有無による、ｐ２１ペプチドおよびｐ２００ペプチドを含む実施形態の相対活性を、上記のようにＰＫＤ嚢胞細胞培養でインビトロ評価することができる。ただし、これらの細胞は、細胞表面にＶ２Ｒを発現するようにも操作された細胞である。例えば、上記のような、記載されたさまざまなＣＲＡＶＫＹ含有融合タンパク質（配列番号２９として開示した"ＣＲＡＶＫＹ"）または複合体の実施形態に対するインビトロでの用量反応は、細胞培養のインビトロ表現型をｃｙｓｔ様から管様に変化させる能力を、ＣＲＡＶＫＹ（配列番号２９）のない、同一の融合タンパク質または複合体の実施形態と比較して行うことができる。さらに、これらの構成体を、腎の肥大を低減させる相対的な能力について上記のＰＫＤマウスモデルで試験することもできる。
（１）ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２１の融合タンパク質製剤もしくは複合体製剤の実施形態および／またはヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ｐ２００の融合タンパク質製剤または複合体製剤の実施形態のＰＫＤ嚢胞細胞培養における有効性が認められる場合、および（２）上記のＰＤＫ-１トランスジェニックマウスモデルにおいて、ＣＲＡＶＫＹペプチド（配列番号２９）を使用して標的とさせた場合に、より大きな効力（すなわち、用量-反応曲線の左への移動）が認められる場合は、配列番号２４、２５、２７および／もしくは２８（または多様体またはその一部）、または対応するそれらの複合体ではなく、配列番号２９を含む上記の配列実施形態の少なくとも１つについて、ＰＤＫ-１トランスジェニックマウスモデル並びに罹患者で試験を行う。腎肥大速度は、公知の方法で評価される。
配列番号１〜１９の任意の配列、または多様体またはそれらの一部を含み（１）ｐ２００ペプチドまたは（２）ｐ２１ペプチドに結合している実施形態など、別の実施形態には、当技術分野で公知の任意のリンカーを実施形態の機能を損なうことなく１以上含んでいるさまざまな融合タンパク質または複合体が含まれ、これらにさらにＣＲＡＶＫＹペプチド（配列番号２９）を含めてよい。
実施例３
リソソーム蓄積症の細胞透過性ペプチド酵素補充療法
細胞透過性ペプチドは抗体などの大きな「カーゴ（積み荷）」ペプチドまたはタンパク質が細胞に侵入できるようにすことができるという強力な証拠がある。ＨＯＸ由来ペプチド、または開示に類似する、他のヒトホメオドメインの細胞透過性ペプチドを含む複合体もしくは融合タンパク質の実施形態は、大きい分子が細胞膜を通過して細胞内の作用部位へ入るのを助ける（chaperone）ことができる。これらの実施形態は、他の場合には抗原性となるカーゴペプチドおよびタンパク質の免疫原性も低下させるため、こうしたペプチドおよびタンパク質が血液脳関門を通過してＣＮＳへ入ることができる。したがって、開示した実施形態およびそれらの修正形態形態は、複合体または融合タンパク質の第１の領域がアミノ酸６０個のヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部であり、第２の領域が活性酵素である実施形態も含む。これらの化合物により、リソソーム蓄積症などの先天性酵素欠損の患者の酵素機能が回復されるであろう。ここに、リソソーム蓄積症および関連「カーゴ（積み荷）」構造の３実施例を含めるが（（１）ゴーシェ病のための、例えば、配列番号３０に示すグルコセレブロシダーゼ（ＧＣａｓｅ）、（２）ハーラー症候群のための、例えば、配列番号４５に示すアルファ-Ｌ-イズロニダーゼ；および（３）ハンター症候群のための、例えば、配列番号４８に示すイズロン酸-２-スルファターゼ）、他のリソソーム蓄積症において欠如しているまたは欠陥のある酵素を積んだ他の「カーゴ（積み荷）」を有するヒトホメオドメイン融合タンパク質または複合体に対しても同一の原則が適用される。
リソソーム蓄積症は、一般に、主にどのような物質が関与し蓄積されるかにより分類され、大まかに以下のように分けられる：（ＩＣＤ-１０コードがあるものは、併せて記載した）。
・（Ｅ７５）脂質蓄積症、主にスフィンゴリピドーシス（ゴーシェ病およびニーマン-ピック病（Ｅ７５.０-Ｅ７５.１）を含む）、ガングリオシドーシス（テイ-サックス（Ｅ７５.２）白質ジストロフィ。
・（Ｅ７６.０）ムコ多糖症（ハンター症候群およびハーラー病を含む）
・（Ｅ７７）糖タンパク代謝障害
・（Ｅ７７.０-Ｅ７７.１）ムコリピドーシス
また、糖原病ＩＩ型（ポンペ病）も、ＩＣＤ-１０でその他のＥ７４.０に分類されてはいるがリソソーム代謝障害である。
ゴーシェ病
ゴーシェ病は、ＧＢＡ１遺伝子の欠如または変異が原因で起こる先天性のリソソーム蓄積障害であり、そのためにＧＢＡ１産物であるグルコセレブロシダーゼ（ＧＣａｓｅ）の欠損を招く。ＧＣａｓｅの静脈内投与によりゴーシェ病患者の症状が一部軽減される。ＧＣａｓｅの欠損はパーキンソン病の遺伝性の型の一部にも寄与する。
ある実施形態では、第１の領域のヒトＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメインの６０アミノ酸配列は、
配列番号１（表３）：
ＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬ
である。別の実施形態では、第１の領域のヒトＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインの６０アミノ酸配列は、
配列番号２（表３）：
ＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶ
であり、
いくつかの実施形態では、それに連結する第２の部分はＧＣａｓｅアミノ酸配列：
配列番号３０（表３）：
ＡＲＰＣＩＰＫＳＦＧＹＳＳＶＶＣＶＣＮＡＴＹＣＤＳＦＤＰＰＴＦＰＡＬＧＴＦＳＲＹＥＳＴＲＳＧＲＲＭＥＬＳＭＧＰＩＱＡＮＨＴＧＴＧＬＬＬＴＬＱＰＥＱＫＦＱＫＶＫＧＦＧＧＡＭＴＤＡＡＡＬＮＩＬＡＬＳＰＰＡＱＮＬＬＬＫＳＹＦＳＥＥＧＩＧＹＮＩＩＲＶＰＭＡＳＣＤＦＳＩＲＴＹＴＹＡＤＴＰＤＤＦＱＬＨＮＦＳＬＰＥＥＤＴＫＬＫＩＰＬＩＨＲＡＬＱＬＡＱＲＰＶＳＬＬＡＳＰＷＴＳＰＴＷＬＫＴＮＧＡＶＮＧＫＧＳＬＫＧＱＰＧＤＩＹＨＱＴＷＡＲＹＦＶＫＦＬＤＡＹＡＥＨＫＬＱＦＷＡＶＴＡＥＮＥＰＳＡＧＬＬＳＧＹＰＦＱＣＬＧＦＴＰＥＨＱＲＤＦＩＡＲＤＬＧＰＴＬＡＮＳＴＨＨＮＶＲＬＬＭＬＤＤＱＲＬＬＬＰＨＷＡＫＶＶＬＴＤＰＥＡＡＫＹＶＨＧＩＡＶＨＷＹＬＤＦＬＡＰＡＫＡＴＬＧＥＴＨＲＬＦＰＮＴＭＬＦＡＳＥＡＣＶＧＳＫＦＷＥＱＳＶＲＬＧＳＷＤＲＧＭＱＹＳＨＳＩＩＴＮＬＬＹＨＶＶＧＷＴＤＷＮＬＡＬＮＰＥＧＧＰＮＷＶＲＮＦＶＤＳＰＩＩＶＤＩＴＫＤＴＦＹＫＱＰＭＦＹＨＬＧＨＦＳＫＦＩＰＥＧＳＱＲＶＧＬＶＡＳＱＫＮＤＬＤＡＶＡＬＭＨＰＤＧＳＡＶＶＶＶＬＮＲＳＳＫＤＶＰＬＴＩＫＤＰＡＶＧＦＬＥＴＩＳＰＧＹＳＩＨＴＹＬＷＲＲＱ
である。さらに他の実施形態では、第２の領域はここで示したカーゴ配列の変形配列である。開始因子メチオニンを付加した別の実施形態では、ＨＯＸ Ｃ１２を有する融合タンパク質のペプチド全体配列は
配列番号３１（表３）：
ＭＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬＡＲＰＣＩＰＫＳＦＧＹＳＳＶＶＣＶＣＮＡＴＹＣＤＳＦＤＰＰＴＦＰＡＬＧＴＦＳＲＹＥＳＴＲＳＧＲＲＭＥＬＳＭＧＰＩＱＡＮＨＴＧＴＧＬＬＬＴＬＱＰＥＱＫＦＱＫＶＫＧＦＧＧＡＭＴＤＡＡＡＬＮＩＬＡＬＳＰＰＡＱＮＬＬＬＫＳＹＦＳＥＥＧＩＧＹＮＩＩＲＶＰＭＡＳＣＤＦＳＩＲＴＹＴＹＡＤＴＰＤＤＦＱＬＨＮＦＳＬＰＥＥＤＴＫＬＫＩＰＬＩＨＲＡＬＱＬＡＱＲＰＶＳＬＬＡＳＰＷＴＳＰＴＷＬＫＴＮＧＡＶＮＧＫＧＳＬＫＧＱＰＧＤＩＹＨＱＴＷＡＲＹＦＶＫＦＬＤＡＹＡＥＨＫＬＱＦＷＡＶＴＡＥＮＥＰＳＡＧＬＬＳＧＹＰＦＱＣＬＧＦＴＰＥＨＱＲＤＦＩＡＲＤＬＧＰＴＬＡＮＳＴＨＨＮＶＲＬＬＭＬＤＤＱＲＬＬＬＰＨＷＡＫＶＶＬＴＤＰＥＡＡＫＹＶＨＧＩＡＶＨＷＹＬＤＦＬＡＰＡＫＡＴＬＧＥＴＨＲＬＦＰＮＴＭＬＦＡＳＥＡＣＶＧＳＫＦＷＥＱＳＶＲＬＧＳＷＤＲＧＭＱＹＳＨＳＩＩＴＮＬＬＹＨＶＶＧＷＴＤＷＮＬＡＬＮＰＥＧＧＰＮＷＶＲＮＦＶＤＳＰＩＩＶＤＩＴＫＤＴＦＹＫＱＰＭＦＹＨＬＧＨＦＳＫＦＩＰＥＧＳＱＲＶＧＬＶＡＳＱＫＮＤＬＤＡＶＡＬＭＨＰＤＧＳＡＶＶＶＶＬＮＲＳＳＫＤＶＰＬＴＩＫＤＰＡＶＧＦＬＥＴＩＳＰＧＹＳＩＨＴＹＬＷＲＲＱ
である。開始因子メチオニンを付加したさらに別の実施形態では、ＨＯＸ Ｄ１２を有する融合タンパク質のペプチド全体配列は
配列番号３２（表３）：
ＭＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶＡＲＰＣＩＰＫＳＦＧＹＳＳＶＶＣＶＣＮＡＴＹＣＤＳＦＤＰＰＴＦＰＡＬＧＴＦＳＲＹＥＳＴＲＳＧＲＲＭＥＬＳＭＧＰＩＱＡＮＨＴＧＴＧＬＬＬＴＬＱＰＥＱＫＦＱＫＶＫＧＦＧＧＡＭＴＤＡＡＡＬＮＩＬＡＬＳＰＰＡＱＮＬＬＬＫＳＹＦＳＥＥＧＩＧＹＮＩＩＲＶＰＭＡＳＣＤＦＳＩＲＴＹＴＹＡＤＴＰＤＤＦＱＬＨＮＦＳＬＰＥＥＤＴＫＬＫＩＰＬＩＨＲＡＬＱＬＡＱＲＰＶＳＬＬＡＳＰＷＴＳＰＴＷＬＫＴＮＧＡＶＮＧＫＧＳＬＫＧＱＰＧＤＩＹＨＱＴＷＡＲＹＦＶＫＦＬＤＡＹＡＥＨＫＬＱＦＷＡＶＴＡＥＮＥＰＳＡＧＬＬＳＧＹＰＦＱＣＬＧＦＴＰＥＨＱＲＤＦＩＡＲＤＬＧＰＴＬＡＮＳＴＨＨＮＶＲＬＬＭＬＤＤＱＲＬＬＬＰＨＷＡＫＶＶＬＴＤＰＥＡＡＫＹＶＨＧＩＡＶＨＷＹＬＤＦＬＡＰＡＫＡＴＬＧＥＴＨＲＬＦＰＮＴＭＬＦＡＳＥＡＣＶＧＳＫＦＷＥＱＳＶＲＬＧＳＷＤＲＧＭＱＹＳＨＳＩＩＴＮＬＬＹＨＶＶＧＷＴＤＷＮＬＡＬＮＰＥＧＧＰＮＷＶＲＮＦＶＤＳＰＩＩＶＤＩＴＫＤＴＦＹＫＱＰＭＦＹＨＬＧＨＦＳＫＦＩＰＥＧＳＱＲＶＧＬＶＡＳＱＫＮＤＬＤＡＶＡＬＭＨＰＤＧＳＡＶＶＶＶＬＮＲＳＳＫＤＶＰＬＴＩＫＤＰＡＶＧＦＬＥＴＩＳＰＧＹＳＩＨＴＹＬＷＲＲＱ
である。
リンカーは、機能に必要というわけではないが、機能を損なわせないかぎり、特定の実施形態において、例えば、配列番号１と３０の間、または配列番号２と３０の間にリンカーを含めてよい。当技術分野で公知の任意のリンカーを使用してよいが、その付加により複合体の機能が損なわれないことが条件となる。配列番号３１および３２の実施形態、または多様体またはそれらの一部は、リンカー配列がそれぞれの第１および第２の領域をつなぐ程度まで、少なくとも一部、改変されることが考えられる。
タンパク質のグリコシル化も最終構造において改変され得る。幾つかのグリコシル化部位でマンノースが露出されると、例えば、配列番号３１および／もしくは３２または多様体またはそれらの一部を含む実施形態がリソソームをより優れて標的にすることができる。
なおさらなる実施形態では、精製を行いやすくするために、さらなるアミノ酸配列をアミノ末端またはカルボキシ末端いずれにでも加えることができる。このような配列は、ＦＬＡＧタグ（ＤＹＫＤＤＤＤＫ）（配列番号１０２）、ｍｙｃタグ（ＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬ）（配列番号１０３）、Ｈｉｓタグ（ＨＨＨＨＨＨ）（配列番号８０）、および当業者に公知の他の同様のタグを含んでよい。このようなタグにリンカーを含めてもよいし、含めなくてもよい。さらに、ビオチン受容タンパク質（ＧＬＮＤＩＦＥＡＱＫＩＥＷＨＥ）（配列番号１０５）などのリガンドを活性ＢｉｒＡタンパク質とともに使用してよい。Ｎ末端を開始するメチオニンを含む配列については、Ｎ末端精製ドメインを付加した場合は、メチオニンは、ヒトホメオドメインまたはＨＯＸペプチド第１の領域のＮ末端にくるのではなく精製ドメインのＮ末端にくることになる。
ヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部、および、例えば、第２の領域のＧＣａｓｅ配列を含む複合体または融合タンパク質の実施形態は、静脈内、皮下、筋肉内投与および注射が可能な持続的放出用インプラント製剤などの全身投与用製剤中に含まれることになる。ヒトの変異型がマウスＧＣａｓｅ配列に組み込まれているゴーシェ病マウスモデルでは、これらの融合タンパク質は、さまざまな組織における基質の蓄積を予防し、ゴーシェ病の神経学的症状を予防する。
６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（または多様体またはその一部）の複合体または融合タンパク質の実施形態の免疫原性を、当技術分野で周知のリンパ球増殖アッセイを用いて調べていく。例えば、６０アミノ酸ヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部が、他の場合には免疫原となるタンパク質の免疫原性を取り除く一般的能力を検討するため、破傷風トキソイドに免疫のある被検者から単離されたヒト単核球を、約１μＭ〜約１１５μＭの範囲のさまざまな判定対象濃度のヒトホメオドメイン（または多様体またはその一部）ペプチド-破傷風トキソイド複合体または破傷風トキソイドとともにインビトロで３日間インキュベートする。その後、培養リンパ球による３Ｈ-チミジン取り込み量を測定する。
さらに、酵素融合タンパク質または複合体の実施形態のインビトロでの免疫原性を評価する。具体的には、公知の輸注反応を生じ酵素に対する抗体が形成される患者から単核白血球の単離を行う。当技術分野で周知の技術を使用して、これらの細胞を、培地のみと、並びにさまざまな濃度の標準酵素製剤と、並びにさまざまな濃度のヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインペプチド融合タンパク質および／または、例えば、１μＭ〜約１１５μＭのＧＣａｓｅ配列または多様体またはその一部のような複合体の実施形態とともに、インビトロでインキュベートを行う。リンパ球による３Ｈ-チミジンの取り込みをリンパ球免疫応答を測定して求める。
例えば、融合タンパク質のインビトロ試験では、６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたは多様体またはその一部（例えば、配列番号２４、２５、２７および／または２８、または多様体またはそれらの一部を含む実施形態）に結合しているＧＣａｓｅカーゴペプチドを含む実施形態の評価が行われる。ある実施形態では、ＧＣａｓｅペプチドを含有する、６０アミノ酸ヒトホメオドメイン複合体または融合タンパク質の免疫原性と、その酵素のみの免疫原性との比較を、酵素単独で治療すると免疫介在性の公知の輸注反応を生じる患者から単離されたヒト単核白血球のリンパ球増殖アッセイを使用して行う。インビトロでのインキュベーションを判定対象とした最適マイクロモル濃度で３〜５日間行う。６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（または多様体またはその一部）の複合体または融合タンパク質を含む実施形態の免疫原性を評価し、リンパ球による３Ｈ-チミジンの取り込みを調べ、結果と対照との比較を行う。
臨床試験後期には、ＧＣａｓｅ配列を含む、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインペプチド融合タンパク質または複合体を含むさまざまな実施形態について、臨床上有意な輸注反応も、機能的に重要な抗ＧＣａｓｅ抗体産生も伴わずに機能を回復させる能力に基づく評価が行われる。
細胞アッセイ実施例は２例あり、これらを使用して、ヒトホメオドメイン-ＧＣａｓｅ複合体実施形態の有効性、および有効濃度を測定することができる。正常細胞では、例えば、培養中線維芽細胞にＧＣａｓｅの基質を付加すると、酵素が活性化し基質（ゴーシェ病では蓄積される）が減少する。ＧＢＡ１遺伝子に欠陥または欠如のある線維芽細胞では、ＧＣａｓｅの基質を付加しても基質の代謝回転は起こらない。しかし、これらの細胞の培養に、露出したマンノース残基またはヒトホメオドメイン-ＧＣａｓｅ複合体を有する増加量のヒトホメオドメイン-ＧＣａｓｅを付加することにより、より多くの酵素が細胞に送りこまれ、例えば、放射能標識した基質が減少する。あるいは、ゴーシェ病患者から採取した細胞、例えば、白血球において、蛍光ベータ-グルコシダーゼアッセイ（fluorometric beta-glucosidase assay）で疾患の診断にＧＣａｓｅ相対活性を測定するが、これは、ヒトホメオドメイン-ＧＣａｓｅ融合タンパク質または複合体などの実施形態の酵素活性回復における有効性を示すためのヒトの細胞アッセイとしても使用できる。
Ｇｂａ１遺伝子変異のある線維芽細胞培養では、融合タンパク質としてヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（例えば、配列番号１および／もしくは２またはその一部）に結合させたＧＣａｓｅカーゴペプチド（例えば、配列番号３０）は、このインビトロアッセイにおいて約１μＭ〜約１１５μＭのさまざまな濃度で活性となる。ＧＣａｓｅ基質であるグリコシルセラミド（glycosylceramide）の蓄積を対照培養のものと比較して測定する。
マウスＧＢＡ１遺伝子の点変異により信頼できるゴーシェ病モデルが作製された。このマウスモデルにおいて、ヒトホメオドメイン-ＧＣａｓｅ融合タンパク質または複合体を含む実施形態のｉ.ｖ.またはｉ.ｐ.連日投与を２か月を最高として行い、グルコシルセラミド（ＧＣａｓｅの基質）の蓄積を評価する。ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（例えば、配列番号１および／もしくは２またはその一部）に融合タンパク質として結合したＧＣａｓｅカーゴペプチド（例えば、配列番号３０）の投与を、マウス１匹あたり少なくとも約１μｇ〜少なくとも約５００μｇまたはそれ以上の用量で行う。再び、ＧＣａｓｅ基質であるグルコシルセラミドの蓄積を対照群のものと比較して評価する。
中枢神経系の症状を呈する別のゴーシェ病マウスモデルでは、α-シヌクレインの蓄積およびタウ封入体が脳の領域に生じ、これらはパーキンソン病などの神経変性疾患の特徴でる。例えば、マウスのＧｂａ１座位（Ｇｂａ１Ｄ４０９Ｖ／Ｄ４０９Ｖ）における単一点変異の場合、α-シヌクレイン／ユビキチン凝集体がＣＮＳにの蓄積し、測定可能な海馬記憶障害をもたらす。このマウスモデルでは、α-シヌクレイン／ユビキチン凝集体の脳内蓄積の抑制を目標に、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ＧＣａｓｅ融合タンパク質または複合体を含む実施形態が、血液脳関門を通過し、パーキンソン病の構造上の関連を予防できる酵素を送達する能力について、酵素のみを全身投与した場合と比較して評価を行う。このゴーシェ病マウスモデルでは、ヒトホメオドメイン（例えば、配列番号１〜１９、またはその一部）に融合タンパク質として結合したＧＣａｓｅカーゴペプチド（例えば、配列番号３０）を、マウス１匹あたり少なくとも約１μｇ〜少なくとも約５００μｇの用量で静脈内または腹腔内に２か月を最高として投与する。脳内のα-シヌクレイン／ユビキチン凝集体の蓄積について、公知の方法により対照群のものと比較して評価を行う。
配列番号１〜１９、または多様体またはそれらの一部のいずれでも、ＧＣａｓｅペプチドに結合している別の実施形態には、当技術分野で公知のリンカーを１つ以上含むさまざまな融合タンパク質または複合体が含まれるが、複合体の機能が損なわれないことが条件となる。
ハーラー症候群
もう一つのリソソーム蓄積症であるムコ多糖症Ｉ型（ＭＰＳ Ｉ）のハーラー症候群はムコ多糖症の一種で、グリコサミノグリカン（ＧＡＧ）、すなわちムコ多糖類の分解に関与する、リソソームの特異的酵素の欠損に起因する遺伝性疾患の一群である。部分的に分解されたＧＡＧが蓄積すると、細胞、組織、および臓器機能での障害が引き起こされる。ハーラー症候群は、ＩＤＵＡ遺伝子構造またはＩＤＵＡ遺伝子調節の異常によりアルファ-Ｌ-イズロニダーゼが先天的に欠損していることによるもので、認められている臨床・病型は、主に、ハーラー（ＭＰＳ ＩＨ）症候群、シャイエ（ＭＰＳ ＩＳ；６０７０１６）症候群、およびハーラー-シャイエ（ＭＰＳ ＩＨ／Ｓ）症候群の３つに大別され、広範な表現型を引き起こし得る。ハーラー症候群およびシャイエ症候群は、それぞれ、重症型ＭＰＳ Ｉ型および軽症型ＭＰＳ Ｉ型の臨床像を呈する表現型であり、ハーラー-シャイエ症候群はその中間型の表現型を発症する。
ムコ多糖症１Ｈ型（ＭＰＳ１Ｈ）は、デルマタン硫酸およびヘパラン硫酸の尿中***を伴う身体的悪化の進行を特徴とするムコ多糖症１型の重症型である。ＭＰＳ１Ｈの患者は通常、生後１年以内に、肝脾腫大、骨格変形、角膜の混濁および重度の精神遅滞の組み合わせを発症する。閉塞性気道疾患、呼吸器感染症および心臓合併症は、通常、１０歳前に死亡に至る。
ムコ多糖症１Ｈ／Ｓ（ＭＰＳ１Ｈ／Ｓ）は、デルマタン硫酸およびヘパラン硫酸の尿中***を伴う身体的悪化の進行を特徴とするムコ多糖症１型である。ＭＰＳ１Ｈ／Ｓは、ＭＰＳ１の臨床像の中間的な表現型を表す。神経学的症状は比較的少ないが、重症型ＭＰＳ１に記載されるほとんどの身体症状を１０代前半から半ばに発症し、運動能が大幅に失われる。
ムコ多糖症１Ｓ（ＭＰＳ１Ｓ）は、デルマタン硫酸およびヘパラン硫酸の尿中***を伴う身体的悪化の進行を特徴とするムコ多糖症１型の軽症型である。ＭＰＳ１Ｓの患者は、神経学的症状がほとんどまたはまったくないことがあり、身長および寿命は普通であるが、関節のこわばり、軽度の肝脾腫大、大動脈弁疾患および角膜の混濁が発症する。ここでは、我々は、これらすべての臨床表現型をハーラー症候群またはＭＰＳ Ｉということにする。ＭＰＳ Ｉ型はＭＰＳ ＩＩ型（ハンター症候群）より頻度が高く、角膜の混濁は見られず緩やかな経過をたどる（下記を参照のこと）。
ある実施形態では、ＨＯＸ Ｃ１２アミノ酸配列の第１の領域は配列番号１である：
ＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬ。
別の実施形態では、ＨＯＸ Ｄ１２アミノ酸配列の第１の領域は配列番号２である：
ＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶ。第２の領域は、例えば、配列番号４５（表３）：
ＭＲＰＬＲＰＲＡＡＬＬＡＬＬＡＳＬＬＡＡＰＰＶＡＰＡＥＡＰＨＬＶＨＶＤＡＡＲＡＬＷＰＬＲＲＦＷＲＳＴＧＦＣＰＰＬＰＨＳＱＡＤＱＹＶＬＳＷＤＱＱＬＮＬＡＹＶＧＡＶＰＨＲＧＩＫＱＶＲＴＨＷＬＬＥＬＶＴＴＲＧＳＴＧＲＧＬＳＹＮＦＴＨＬＤＧＹＬＤＬＬＲＥＮＱＬＬＰＧＦＥＬＭＧＳＡＳＧＨＦＴＤＦＥＤＫＱＱＶＦＥＷＫＤＬＶＳＳＬＡＲＲＹＩＧＲＹＧＬＡＨＶＳＫＷＮＦＥＴＷＮＥＰＤＨＨＤＦＤＮＶＳＭＴＭＱＧＦＬＮＹＹＤＡＣＳＥＧＬＲＡＡＳＰＡＬＲＬＧＧＰＧＤＳＦＨＴＰＰＲＳＰＬＳＷＧＬＬＲＨＣＨＤＧＴＮＦＦＴＧＥＡＧＶＲＬＤＹＩＳＬＨＲＫＧＡＲＳＳＩＳＩＬＥＱＥＫＶＶＡＱＱＩＲＱＬＦＰＫＦＡＤＴＰＩＹＮＤＥＡＤＰＬＶＧＷＳＬＰＱＰＷＲＡＤＶＴＹＡＡＭＶＶＫＶＩＡＱＨＱＮＬＬＬＡＮＴＴＳＡＦＰＹＡＬＬＳＮＤＮＡＦＬＳＹＨＰＨＰＦＡＱＲＴＬＴＡＲＦＱＶＮＮＴＲＰＰＨＶＱＬＬＲＫＰＶＬＴＡＭＧＬＬＡＬＬＤＥＥＱＬＷＡＥＶＳＱＡＧＴＶＬＤＳＮＨＴＶＧＶＬＡＳＡＨＲＰＱＧＰＡＤＡＷＲＡＡＶＬＩＹＡＳＤＤＴＲＡＨＰＮＲＳＶＡＶＴＬＲＬＲＧＶＰＰＧＰＧＬＶＹＶＴＲＹＬＤＮＧＬＣＳＰＤＧＥＷＲＲＬＧＲＰＶＦＰＴＡＥＱＦＲＲＭＲＡＡＥＤＰＶＡＡＡＰＲＰＬＰＡＧＧＲＬＴＬＲＰＡＬＲＬＰＳＬＬＬＶＨＶＣＡ ＲＰＥＫＰＰＧＱＶＴＲＬＲＡＬＰＬＴＱＧＱＬＶＬＶＷＳＤＥＨＶＧＳＫＣＬＷＴＹＥＩＱＦＳＱＤＧＫＡＹＴＰＶＳＲＫＰＳＴＦＮＬＦＶＦＳＰＤＴＧＡＶＳＧＳＹＲＶＲＡＬＤＹＷＡＲＰＧＰＦＳＤＰＶＰＹＬＥＶＰＶＰＲＧＰＰＳＰＧＮＰの６５３アミノ酸アルファ-Ｌ-イズロニダーゼ配列（２７アミノ酸シグナルペプチドを含む）であり得る。さらに他の実施形態では、第２の領域はここで示したカーゴ配列の変形配列である。また、開始因子メチオニンを有するＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメインを含むこの実施形態の完全配列は、例えば、配列番号４６（表３）：
ＭＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬＭＲＰＬＲＰＲＡＡＬＬＡＬＬＡＳＬＬＡＡＰＰＶＡＰＡＥＡＰＨＬＶＨＶＤＡＡＲＡＬＷＰＬＲＲＦＷＲＳＴＧＦＣＰＰＬＰＨＳＱＡＤＱＹＶＬＳＷＤＱＱＬＮＬＡＹＶＧＡＶＰＨＲＧＩＫＱＶＲＴＨＷＬＬＥＬＶＴＴＲＧＳＴＧＲＧＬＳＹＮＦＴＨＬＤＧＹＬＤＬＬＲＥＮＱＬＬＰＧＦＥＬＭＧＳＡＳＧＨＦＴＤＦＥＤＫＱＱＶＦＥＷＫＤＬＶＳＳＬＡＲＲＹＩＧＲＹＧＬＡＨＶＳＫＷＮＦＥＴＷＮＥＰＤＨＨＤＦＤＮＶＳＭＴＭＱＧＦＬＮＹＹＤＡＣＳＥＧＬＲＡＡＳＰＡＬＲＬＧＧＰＧＤＳＦＨＴＰＰＲＳＰＬＳＷＧＬＬＲＨＣＨＤＧＴＮＦＦＴＧＥＡＧＶＲＬＤＹＩＳＬＨＲＫＧＡＲＳＳＩＳＩＬＥＱＥＫＶＶＡＱＱＩＲＱＬＦＰＫＦＡＤＴＰＩＹＮＤＥＡＤＰＬＶＧＷＳＬＰＱＰＷＲＡＤＶＴＹＡＡＭＶＶＫＶＩＡＱＨＱＮＬＬＬＡＮＴＴＳＡＦＰＹＡＬＬＳＮＤＮＡＦＬＳＹＨＰＨＰＦＡＱＲＴＬＴＡＲＦＱＶＮＮＴＲＰＰＨＶＱＬＬＲＫＰＶＬＴＡＭＧＬＬＡＬＬＤＥＥＱＬＷＡＥＶＳＱＡＧＴＶＬＤＳＮＨＴＶＧＶＬＡＳＡＨＲＰＱＧＰＡＤＡＷＲＡＡＶＬＩＹＡＳＤＤＴＲＡＨＰＮＲＳＶＡＶＴＬＲＬＲＧＶＰＰＧＰＧＬＶＹＶＴＲＹＬＤＮＧＬＣＳＰＤＧＥＷＲＲＬＧＲＰＶＦＰＴＡＥＱＦＲＲＭＲＡＡＥＤＰＶＡＡＡＰＲＰＬＰＡＧＧＲＬＴＬＲＰＡＬＲＬＰＳＬＬＬＶＨＶＣＡ ＲＰＥＫＰＰＧＱＶＴＲＬＲＡＬＰＬＴＱＧＱＬＶＬＶＷＳＤＥＨＶＧＳＫＣＬＷＴＹＥＩＱＦＳＱＤＧＫＡＹＴＰＶＳＲＫＰＳＴＦＮＬＦＶＦＳＰＤＴＧＡＶＳＧＳＹＲＶＲＡＬＤＹＷＡＲＰＧＰＦＳＤＰＶＰＹＬＥＶＰＶＰＲＧＰＰＳＰＧＮＰ
であり得る。開始因子メチオニンを有するＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインを含む別の実施形態の完全配列は、例えば、配列番号４７（表３）：
ＭＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶＭＲＰＬＲＰＲＡＡＬＬＡＬＬＡＳＬＬＡＡＰＰＶＡＰＡＥＡＰＨＬＶＨＶＤＡＡＲＡＬＷＰＬＲＲＦＷＲＳＴＧＦＣＰＰＬＰＨＳＱＡＤＱＹＶＬＳＷＤＱＱＬＮＬＡＹＶＧＡＶＰＨＲＧＩＫＱＶＲＴＨＷＬＬＥＬＶＴＴＲＧＳＴＧＲＧＬＳＹＮＦＴＨＬＤＧＹＬＤＬＬＲＥＮＱＬＬＰＧＦＥＬＭＧＳＡＳＧＨＦＴＤＦＥＤＫＱＱＶＦＥＷＫＤＬＶＳＳＬＡＲＲＹＩＧＲＹＧＬＡＨＶＳＫＷＮＦＥＴＷＮＥＰＤＨＨＤＦＤＮＶＳＭＴＭＱＧＦＬＮＹＹＤＡＣＳＥＧＬＲＡＡＳＰＡＬＲＬＧＧＰＧＤＳＦＨＴＰＰＲＳＰＬＳＷＧＬＬＲＨＣＨＤＧＴＮＦＦＴＧＥＡＧＶＲＬＤＹＩＳＬＨＲＫＧＡＲＳＳＩＳＩＬＥＱＥＫＶＶＡＱＱＩＲＱＬＦＰＫＦＡＤＴＰＩＹＮＤＥＡＤＰＬＶＧＷＳＬＰＱＰＷＲＡＤＶＴＹＡＡＭＶＶＫＶＩＡＱＨＱＮＬＬＬＡＮＴＴＳＡＦＰＹＡＬＬＳＮＤＮＡＦＬＳＹＨＰＨＰＦＡＱＲＴＬＴＡＲＦＱＶＮＮＴＲＰＰＨＶＱＬＬＲＫＰＶＬＴＡＭＧＬＬＡＬＬＤＥＥＱＬＷＡＥＶＳＱＡＧＴＶＬＤＳＮＨＴＶＧＶＬＡＳＡＨＲＰＱＧＰＡＤＡＷＲＡＡＶＬＩＹＡＳＤＤＴＲＡＨＰＮＲＳＶＡＶＴＬＲＬＲＧＶＰＰＧＰＧＬＶＹＶＴＲＹＬＤＮＧＬＣＳＰＤＧＥＷＲＲＬＧＲＰＶＦＰＴＡＥＱＦＲＲＭＲＡＡＥＤＰＶＡＡＡＰＲＰＬＰＡＧＧＲＬＴＬＲＰＡＬＲＬＰＳＬＬＬＶＨＶＣＡ ＲＰＥＫＰＰＧＱＶＴＲＬＲＡＬＰＬＴＱＧＱＬＶＬＶＷＳＤＥＨＶＧＳＫＣＬＷＴＹＥＩＱＦＳＱＤＧＫＡＹＴＰＶＳＲＫＰＳＴＦＮＬＦＶＦＳＰＤＴＧＡＶＳＧＳＹＲＶＲＡＬＤＹＷＡＲＰＧＰＦＳＤＰＶＰＹＬＥＶＰＶＰＲＧＰＰＳＰＧＮＰ
であり得る。
いくつかの実施形態では、タンパク質のグリコシル化は、最終構造においても改変され得る。幾つかのグリコシル化部位でマンノースが露出されると、アルファ-Ｌ-イズロニダーゼを含有する融合タンパク質または複合体の実施形態がリソソームをより優れて標的にすることができる。
６０アミノ酸ヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部および活性アルファ-Ｌ-イズロニダーゼ酵素で構成される融合タンパク質および複合体の実施形態、または１以上のリンカーを有する、アルファ-Ｌ-イズロニダーゼを含有する融合タンパク質または複合体の代替実施形態について、これらが（１）脳組織、（２）関節軟骨内の軟骨細胞、および（３）長管骨の成長板軟骨における、（１）ＧＡＧ蓄積部位に到達する能力をマウスモデルで評価する。
ハーラー症候群ＭＰＳ１-Ｈノックインマウスモデルは、ハーラー症候群患者で見られる変異（ＩＤＵＡ-Ｗ４０２Ｘ）に似た変異を保有しており、ＭＰＳ１-Ｈマウスは、以前使用されていたハーラー症候群動物モデルにおける異常、およびハーラー症候群患者の中でもアルファ-Ｌ-イズロニダーゼ欠損の最も重篤な型において見られる異常と相関する、生化学的、代謝的および形態学的に異常な表現型を示す。Wang et al. “Characterization of an MPS 1-K knock-in mouse that carries a nonsense mutation analogous to the human IDUA-W402X mutation” Molecular Genetics and Metabolism 99:62-71, 2010。
このモデルでは、ヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部に結合させたアルファ-Ｌ-イズロニダーゼ酵素を含む製剤実施形態、または１以上のリンカーを有する、アルファ-Ｌ-イズロニダーゼを含有する融合タンパク質または複合体の代替実施形態を、マウス１匹あたり１μｇ〜少なくとも５００μｇの用量（溶解されるかぎり）でｉ.ｖ.またはｉ.ｐ.注射により投与する。ＧＡＧ（ヘパラン硫酸およびデルマタン硫酸）の蓄積を組織病理学的技術を用いて評価し、これらの結果を対照群の結果と比較する。
ハーラー症候群の患者において、活性アルファ-Ｌ-イズロニダーゼ酵素を含む融合タンパク質または複合体の実施形態のＧＡＧ蓄積に対する効果を、ヘパラン硫酸およびデルマタン硫酸を含め、ＧＡＧの尿中***の低下を測定することにより評価する。具体的には、ハーラー症候群の患者に、６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたは多様体またはその一部に結合させたアルファ-Ｌ-イズロニダーゼ酵素を含む製剤実施形態、または１以上のリンカーを有する、アルファ-Ｌ-イズロニダーゼを含有する融合タンパク質または複合体の代替実施形態を、約０.０１ｍｇ／ｋｇ未満〜約１００ｍｇ／ｋｇ未満の用量で長期連日投与する全身性治療を行う。ＧＡＧ尿中***（ヘパラン硫酸およびデルマタン硫酸）を公知の方法で評価し、結果を、融合タンパク質または複合体以外の形態でアルファ-Ｌ-イズロニダーゼ酵素を含む製剤実施形態の投与を受けた患者のものと比較する。さらに、我々は、骨格および脳の発達について、成長および発育を評価する標準的な小児科技術で測定して評価する。
ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインとアルファ-Ｌ-イズロニダーゼとの融合タンパク質または複合体を含むさまざまな実施形態について、ハーラー症候群に罹患して出生した患者で生じるＩＤＵＡ遺伝子のホモ接合変異を有する線維芽細胞株培養でのインビトロ試験を行う。これらの培養において、活性酵素並びにデルマタン硫酸およびヘパラン硫酸のリソソーム蓄積の減少を確認するため、融合タンパク質または複合体の実施形態を有する場合とそうでない場合のＧＡＧ代謝回転を測定する。
ＩＤＵＡ遺伝子のホモ接合変異のある線維芽細胞培養では、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインとアルファ-Ｌ-イズロニダーゼとの融合タンパク質を含む一実施形態、または１つ以上のリンカーを含む、アルファ-Ｌ-イズロニダーゼ含有の融合タンパク質もしくは複合体の代替実施形態は、このインビトロアッセイにおいて最適濃度約１μＭ〜約１１５μＭで活性となる。再び、ＧＡＧ基質の蓄積、デルマタン硫酸およびヘパリン硫酸を測定し、その結果を対照培養と比較する。
ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインとアルファ-Ｌ-イズロニダーゼとの融合タンパク質または複合体の実施形態の免疫原性について、酵素補充療法中の輸注反応の記録があるＭＰＳ Ｉ患者の末梢血単核球を使用したリンパ球培養でさらに評価する。
ある実施形態では、アルファ-Ｌ-イズロニダーゼペプチドを含有する、６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（または多様体またはその一部）の複合体または融合タンパク質の免疫原性と、酵素単独の免疫原性との比較を、標準的なアルファ-Ｌ-イズロニダーゼ酵素補充療法を受けた場合にアレルギー性（輸注）反応があることが知られている患者から単離されたヒト単核白血球でリンパ球増殖アッセイを使用して行う。最適酵素濃度約１μＭ〜約１１５μＭで３〜５日間のインビトロのインキュベーションを行った後、３Ｈ-チミジンの取り込みを測定する。６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（または多様体またはその一部）の複合体または融合タンパク質を含む実施形態の免疫原性を、リンパ球による３Ｈ-チミジンの取り込みを調べて評価し、結果を酵素単独治療群と比較する。
ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインと酵素との融合タンパク質および／または複合体の実施形態の臨床における免疫原性と、標準的な酵素補充タンパク質の免疫原性との比較を、アレルギー性輸注反応の発生およびＩｇＧ抗酵素抗体産生を比較することにより行う。
例えば、配列番号１〜１９、または多様体またはそれらの一部の任意のものをα-Ｌ-イズロニダーゼペプチドに結合させて含む別の実施形態にはさまざまな融合タンパク質または複合体の実施形態が含まれ、それらに当技術分野で公知の任意のリンカー１以上をさらに含めることができるが、その際、１以上のリンカー（複数可）を付加しても複合体の機能が損なわれないことが条件となる。
ハンター症候群
ハンター症候群またはムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳ ＩＩ）は、リソソーム酵素のイズロン酸-２-スルファターゼの欠損に起因するまれなＸ連鎖劣性疾患であり、ほぼすべての細胞種、組織、および臓器にグリコサミノグリカンが徐々に蓄積されていく。ＭＰＳ ＩＩ型患者では、過剰な量のコンドロイチン硫酸Ｂ（デルマタン硫酸）およびヘパリチン硫酸（ヘパラン硫酸）が尿中に***される。ＭＰＳ ＩＩ型は多系統疾患である。ＭＰＳ２の患児は重症型を呈し、骨格変形、肝脾腫大、および進行性の心肺状態の悪化を含む早期の身体異常を伴う。顕著特徴は神経学的損傷であり、発達遅滞および活動性亢進として現れるが精神遅滞および認知症へと進行する。患児は、通常、閉塞性気道疾患または心不全のため１５歳までに死亡する。対照的に、ＭＰＳ２の軽症型の患児は成人期まで生存する場合があり、軽症の身体的合併症を伴い、また、精神遅滞を伴わないことが多い（Wraith, J. E. et al. “Mucopolysaccharidosis type II (Hunter syndrome): a clinical review and recommendations for treatment in the era of enzyme replacement therapy” Europ. J. Pediat. 167: 267-277, 2008）。
ある実施形態では、第１の領域のヒトＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメインの６０アミノ酸配列は、
配列番号１（表３）：
ＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬ
である。別の実施形態では、第１の領域のヒトＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインの６０アミノ酸配列は、
配列番号２（表３）：
ＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶ
である。また、第２の領域は、例えば、配列番号４８：
ＭＰＰＰＲＴＧＲＧＬＬＷＬＧＬＶＬＳＳＶＣＶＡＬＧＳＥＴＱＡＮＳＴＴＤＡＬＮＶＬＬＩＩＶＤＤＬＲＰＳＬＧＣＹＧＤＫＬＶＲＳＰＮＩＤＱＬＡＳＨＳＬＬＦＱＮＡＦＡＱＱＡＶＣＡＰＳＲＶＳＦＬＴＧＲＲＰＤＴＴＲＬＹＤＦＮＳＹＷＲＶＨＡＧＮＦＳＴＩＰＱＹＦＫＥＮＧＹＶＴＭＳＶＧＫＶＦＨＰＧＩＳＳＮＨＴＤＤＳＰＹＳＷＳＦＰＰＹＨＰＳＳＥＫＹＥＮＴＫＴＣＲＧＰＤＧＥＬＨＡＮＬＬＣＰＶＤＶＬＤＶＰＥＧＴＬＰＤＫＱＳＴＥＱＡＩＱＬＬＥＫＭＫＴＳＡＳＰＦＦＬＡＶＧＹＨＫＰＨＩＰＦＲＹＰＫＥＦＱＫＬＹＰＬＥＮＩＴＬＡＰＤＰＥＶＰＤＧＬＰＰＶＡＹＮＰＷＭＤＩＲＱＲＥＤＶＱＡＬＮＩＳＶＰＹＧＰＩＰＶＤＦＱＲＫＩＲＱＳＹＦＡＳＶＳＹＬＤＴＱＶＧＲＬＬＳＡＬＤＤＬＱＬＡＮＳＴＩＩＡＦＴＳＤＨＧＷＡＬＧＥＨＧＥＷＡＫＹＳＮＦＤＶＡＴＨＶＰＬＩＦＹＶＰＧＲＴＡＳＬＰＥＡＧＥＫＬＦＰＹＬＤＰＦＤＳＡＳＱＬＭＥＰＧＲＱＳＭＤＬＶＥＬＶＳＬＦＰＴＬＡＧＬＡＧＬＱＶＰＰＲＣＰＶＰＳＦＨＶＥＬＣＲＥＧＫＮＬＬＫＨＦＲＦＲＤＬＥＥＤＰＹＬＰＧＮＰＲＥＬＩＡＹＳＱＹＰＲＰＳＤＩＰＱＷＮＳＤＫＰＳＬＫＤＩＫＩＭＧＹＳＩＲＴＩＤＹＲＹＴＶＷＶＧＦＮＰＤＥＦＬＡＮＦＳＤＩＨＡＧＥＬＹＦＶＤＳＤＰＬＱＤＨＮＭＹＮＤＳＱＧＧＤＬＦＱＬＬＭＰのイズロン酸-２-スルファターゼ酵素（２５アミノ酸シグナル配列を含む５５０アミノ酸）であり得る。さらに他の実施形態では、第２の領域はここで示したカーゴ配列の変形配列である。第１の（ＨＯＸ Ｃ１２）と開始因子メチオニンを有する第２の領域とを組み合わせた完全なアミノ酸配列実施形態は、例えば、配列番号４９：
ＭＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬＭＰＰＰＲＴＧＲＧＬＬＷＬＧＬＶＬＳＳＶＣＶＡＬＧＳＥＴＱＡＮＳＴＴＤＡＬＮＶＬＬＩＩＶＤＤＬＲＰＳＬＧＣＹＧＤＫＬＶＲＳＰＮＩＤＱＬＡＳＨＳＬＬＦＱＮＡＦＡＱＱＡＶＣＡＰＳＲＶＳＦＬＴＧＲＲＰＤＴＴＲＬＹＤＦＮＳＹＷＲＶＨＡＧＮＦＳＴＩＰＱＹＦＫＥＮＧＹＶＴＭＳＶＧＫＶＦＨＰＧＩＳＳＮＨＴＤＤＳＰＹＳＷＳＦＰＰＹＨＰＳＳＥＫＹＥＮＴＫＴＣＲＧＰＤＧＥＬＨＡＮＬＬＣＰＶＤＶＬＤＶＰＥＧＴＬＰＤＫＱＳＴＥＱＡＩＱＬＬＥＫＭＫＴＳＡＳＰＦＦＬＡＶＧＹＨＫＰＨＩＰＦＲＹＰＫＥＦＱＫＬＹＰＬＥＮＩＴＬＡＰＤＰＥＶＰＤＧＬＰＰＶＡＹＮＰＷＭＤＩＲＱＲＥＤＶＱＡＬＮＩＳＶＰＹＧＰＩＰＶＤＦＱＲＫＩＲＱＳＹＦＡＳＶＳＹＬＤＴＱＶＧＲＬＬＳＡＬＤＤＬＱＬＡＮＳＴＩＩＡＦＴＳＤＨＧＷＡＬＧＥＨＧＥＷＡＫＹＳＮＦＤＶＡＴＨＶＰＬＩＦＹＶＰＧＲＴＡＳＬＰＥＡＧＥＫＬＦＰＹＬＤＰＦＤＳＡＳＱＬＭＥＰＧＲＱＳＭＤＬＶＥＬＶＳＬＦＰＴＬＡＧＬＡＧＬＱＶＰＰＲＣＰＶＰＳＦＨＶＥＬＣＲＥＧＫＮＬＬＫＨＦＲＦＲＤＬＥＥＤＰＹＬＰＧＮＰＲＥＬＩＡＹＳＱＹＰＲＰＳＤＩＰＱＷＮＳＤＫＰＳＬＫＤＩＫＩＭＧＹＳＩＲＴＩＤＹＲＹＴＶＷＶＧＦＮＰＤＥＦＬＡＮＦＳＤＩＨＡＧＥＬＹＦＶＤＳＤＰＬＱＤＨＮＭＹＮＤＳＱＧＧＤＬＦＱＬＬＭＰ
である。第１の（ＨＯＸ Ｄ１２）と開始因子メチオニンを有する第２の領域とを組み合わせた完全なアミノ酸配列実施形態は、例えば配列番号５０：
ＭＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶＭＰＰＰＲＴＧＲＧＬＬＷＬＧＬＶＬＳＳＶＣＶＡＬＧＳＥＴＱＡＮＳＴＴＤＡＬＮＶＬＬＩＩＶＤＤＬＲＰＳＬＧＣＹＧＤＫＬＶＲＳＰＮＩＤＱＬＡＳＨＳＬＬＦＱＮＡＦＡＱＱＡＶＣＡＰＳＲＶＳＦＬＴＧＲＲＰＤＴＴＲＬＹＤＦＮＳＹＷＲＶＨＡＧＮＦＳＴＩＰＱＹＦＫＥＮＧＹＶＴＭＳＶＧＫＶＦＨＰＧＩＳＳＮＨＴＤＤＳＰＹＳＷＳＦＰＰＹＨＰＳＳＥＫＹＥＮＴＫＴＣＲＧＰＤＧＥＬＨＡＮＬＬＣＰＶＤＶＬＤＶＰＥＧＴＬＰＤＫＱＳＴＥＱＡＩＱＬＬＥＫＭＫＴＳＡＳＰＦＦＬＡＶＧＹＨＫＰＨＩＰＦＲＹＰＫＥＦＱＫＬＹＰＬＥＮＩＴＬＡＰＤＰＥＶＰＤＧＬＰＰＶＡＹＮＰＷＭＤＩＲＱＲＥＤＶＱＡＬＮＩＳＶＰＹＧＰＩＰＶＤＦＱＲＫＩＲＱＳＹＦＡＳＶＳＹＬＤＴＱＶＧＲＬＬＳＡＬＤＤＬＱＬＡＮＳＴＩＩＡＦＴＳＤＨＧＷＡＬＧＥＨＧＥＷＡＫＹＳＮＦＤＶＡＴＨＶＰＬＩＦＹＶＰＧＲＴＡＳＬＰＥＡＧＥＫＬＦＰＹＬＤＰＦＤＳＡＳＱＬＭＥＰＧＲＱＳＭＤＬＶＥＬＶＳＬＦＰＴＬＡＧＬＡＧＬＱＶＰＰＲＣＰＶＰＳＦＨＶＥＬＣＲＥＧＫＮＬＬＫＨＦＲＦＲＤＬＥＥＤＰＹＬＰＧＮＰＲＥＬＩＡＹＳＱＹＰＲＰＳＤＩＰＱＷＮＳＤＫＰＳＬＫＤＩＫＩＭＧＹＳＩＲＴＩＤＹＲＹＴＶＷＶＧＦＮＰＤＥＦＬＡＮＦＳＤＩＨＡＧＥＬＹＦＶＤＳＤＰＬＱＤＨＮＭＹＮＤＳＱＧＧＤＬＦＱＬＬＭＰ
である。
いくつかの実施形態では、タンパク質のグリコシル化は、最終構造においても改変され得る。幾つかのグリコシル化部位でマンノースが露出されると、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインとイズロン酸-２-スルファターゼとの融合タンパク質または複合体の実施形態がリソソームをより優れて標的にすることができる。
ＩＤＳ遺伝子のホモ接合変異がある線維芽細胞培養において、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインとイズロン酸-２-スルファターゼとの融合タンパク質のような実施形態、または１つ以上のリンカーを含む、イズロン酸-２-スルファターゼ含有の融合タンパク質または複合体の代替実施形態は、このインビトロアッセイにおいて約１μＭ〜約１１５μＭのさまざまな濃度で活性となる。再び、ＧＡＧ基質の蓄積を測定し、その結果を対照培養と比較する。
実験的遺伝子治療法を評価するためにすでに使用されている、ＭＰＳＩＩ型（ハンター症候群）のマウスモデル（ｉｄｓｙ／-）において、全体的な形態学的表現型の発症は、３〜４月齢で発現し、進行してさらに重症となり６０〜７０週齢で死亡する。この表現型には、体重増加の低下、頭蓋顔面部および筋骨格系の異常が含まれ、短頭蓋および脱毛および指の肥厚を伴う。さらに、これらのマウスは、オープンフィールドテストで不規則歩行、歩行パターンの異常並びに歩行および探索能力不良を示す。このマウスモデルでのＩＤＳ活性は、野生型組織におけるこの酵素の活性と比較すると、肝臓、脾臓、肺、心臓、腎臓、骨格筋、脳および眼において検出不可能となる。しかしながら、ＩＤＳはデルマタン硫酸およびヘパラン硫酸ＧＡＧの異化を開始する。ＩＤＳ活性の喪失により生後数日ですでにＧＡＧがすべての組織内に蓄積され始め、成人期には劇的な量の増加が見られる。これにより、細胞の空胞形成が進行し、その後の細胞死をもたらす。ＭＰＳＩＩ型マウスは３か月齢および９か月齢で、細胞内のＧＡＧ蓄積高値を示すが、Ｘ線評価で示されるように、進行性にＧＡＧが蓄積したことにより骨格の変形も生じており、これが歩行テストの成績に影響を与えた。（Polito, VA et al. “Correction of Hunter syndrome in the MPSII mouse model by AAV2/8-mediated gene delivery.” Hum. Mol. Genet. 15(7):1225-36, April 1, 2006）。
これらのＭＰＳＩＩ型マウスの組織ホモジネートから調製したタンパク質抽出液中のＧＡＧ蓄積を、４-メチルウンベリフェリル-α-イズロン酸-２-スルファート（4-methylumbelliferyl-α-iduronate-2-sulfate）蛍光基質を使用して可視化し定量することによりＩＤＳ活性を調べる。これらのマウスの肝臓、脾臓、肺、心臓、腎臓および骨格筋のパラフィン包埋切片をアルシアンブルー染色することによりＧＡＧを組織内で観察することができる。さらに、タンパク質にジメチルメチレンブルー法を使用してＧＡＧ濃度を測定する。
ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（または多様体またはその一部）に結合させたイズロン酸-２-スルファターゼペプチドを含む製剤実施形態を、オスｉｄｓｙ／-マウスに、マウス１匹あたり１μｇ〜少なくとも５００μｇまたはそれ以上（溶解されるかぎり）の用量でｉ.ｖ.またはｉ.ｐ.注射により投与する。組織病理学的技術を用いてＧＡＧ（ヘパラン硫酸およびデルマタン硫酸）の蓄積を評価し、これらの結果を対照群のものと比較する。
ハンター症候群患者において、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインとイズロン酸-２-スルファターゼとの融合タンパク質または複合体を含む製剤実施形態を用いた治療による、疾患の全身症状、例えば、ＣＮＳ、骨、および関節などに対する効果について、正常な発達の場合と比較して評価を行いたいと考えている。ハンター症候群患者に対し、例えば、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたは多様体またはその一部に結合させたイズロン酸-２-スルファターゼ酵素を含む製剤実施形態、またはイズロン酸-２-スルファターゼ配列および１以上のリンカーを含む融合タンパク質もしくは複合体の代替実施形態を、約０.０１ｍｇ／ｋｇ未満〜約１００ｍｇ／ｋｇ未満の用量で長期連日投与する全身性治療を行う。ＧＡＧ尿中***（ヘパラン硫酸およびデルマタン硫酸）を公知の方法で評価し、結果を、融合タンパク質または複合体以外の形態でイズロン酸-２-スルファターゼ酵素を含む製剤の投与を受けた患者のものと比較する。さらに、骨格および脳の発達について、成長および発育を評価する標準的な小児科技術で測定して評価する。
ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインとイズロン酸-２-スルファターゼとの融合タンパク質または複合体の実施形態のインビトロでの免疫原性について、治療群と対照（プラセボ）群それぞれの増殖反応を比較することにより、さらなる評価を行う。リンパ球培養を、酵素補充療法中の輸注反応の記録があるＭＰＳ ＩＩ患者の末梢血単核球を使用して調製する。これらの細胞を３〜５日間培養した後、３Ｈ-チミジンの取り込みを測定して増殖反応を測定する。ある実施形態では、ヒトホメオドメイン-イズロン酸-２-スルファターゼペプチドを含有する、６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（または多様体またはその一部）の複合体または融合タンパク質の免疫原性と、酵素単独の免疫原性との比較を、約１μＭ〜約１１５μＭの範囲内の判定すべき最適濃度で３〜５日間インビトロのインキュベーションを行った後、単離されたヒト単核白血球でのリンパ球増殖アッセイを使用して行う。６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（または多様体またはその一部）の複合体または融合タンパク質を含む実施形態の免疫原性は、リンパ球による３Ｈ-チミジンの取り込みを調べて評価する。
例えば、配列番号１〜１９、または多様体またはそれらの一部の任意のものをイズロン酸-２-スルファターゼペプチドに結合させた別の実施形態にはさまざまな融合タンパク質または複合体が含まれ、１以上のリンカー（複数可）を付加しても複合体の機能が損なわれることがなければ当技術分野で公知の任意のリンカーを１以上含むことができる。
実施例４
先天盲における網膜グアニル酸シクラーゼ（ＲｅｔＧＣ-１）補充療法
レーバー先天性黒内障１型（ＬＣＡ１）：ヒトＲｅｔＧＣ-１は、アミノ酸１１０３個のタンパク質であり、シグナルペプチドがなくても酵素のみをコードするアミノ酸５２〜１１０３を含む。ＲｅｔＧＣ-１は、ＲＰＥ６５の遺伝子産物であり、欠如または変異があると失明する。この疾患では、保存された錐体-光受容体の視力は変異体の生化学的特性と相関しており、このことは、網膜のＲｅｔＧＣ-１酵素活性を回復させることができれば視力回復の達成が可能であることを示す。したがって、本明細書に開示する実施形態およびそれらの修正形態は、細胞透過性ペプチドである６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（または多様体またはその一部）を含む融合タンパク質または複合体と、カーゴペプチドとしてのＲｅｔＧＣ-１酵素とを含み、任意の数または製剤の実施形態においてこれらを定期的に眼内注射または局所投与することができる。
ある実施形態では、第１の領域のヒトＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメインの６０アミノ酸配列は、
配列番号１（表３）：
ＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬ
である。別の実施形態では、第１の領域のヒトＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインの６０アミノ酸配列は、
配列番号２（表３）：
ＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶ
であり、連結される第２の領域は、例えば、
配列番号３３（表３）：
ＡＶＦＴＶＧＶＬＧＰＷＡＣＤＰＩＦＳＲＡＲＰＤＬＡＡＲＬＡＡＡＲＬＮＲＤＰＧＬＡＧＧＰＲＦＥＶＡＬＬＰＥＰＣＲＴＰＧＳＬＧＡＶＳＳＡＬＡＲＶＳＧＬＶＧＰＶＮＰＡＡＣＲＰＡＥＬＬＡＥＥＡＧＩＡＬＶＰＷＧＣＰＷＴＱＡＥＧＴＴＡＰＡＶＴＰＡＡＤＡＬＹＡＬＬＲＡＦＧＷＡＲＶＡＬＶＴＡＰＱＤＬＷＶＥＡＧＲＳＬＳＴＡＬＲＡＲＧＬＰＶＡＳＶＴＳＭＥＰＬＤＬＳＧＡＲＥＡＬＲＫＶＲＤＧＰＲＶＴＡＶＩＭＶＭＨＳＶＬＬＧＧＥＥＱＲＹＬＬＥＡＡＥＥＬＧＬＴＤＧＳＬＶＦＬＰＦＤＴＩＨＹＡＬＳＰＧＰＥＡＬＡＡＬＡＮＳＳＱＬＲＲＡＨＤＡＶＬＴＬＴＲＨＣＰＳＥＧＳＶＬＤＳＬＲＲＡＱＥＲＲＥＬＰＳＤＬＮＬＱＱＶＳＰＬＦＧＴＩＹＤＡＶＦＬＬＡＲＧＶＡＥＡＲＡＡＡＧＧＲＷＶＳＧＡＡＶＡＲＨＩＲＤＡＱＶＰＧＦＣＧＤＬＧＧＤＥＥＰＰＦＶＬＬＤＴＤＡＡＧＤＲＬＦＡＴＹＭＬＤＰＡＲＧＳＦＬＳＡＧＴＲＭＨＦＰＲＧＧＳＡＰＧＰＤＰＳＣＷＦＤＰＮＮＩＣＧＧＧＬＥＰＧＬＶＦＬＧＦＬＬＶＶＧＭＧＬＡＧＡＦＬＡＨＹＶＲＨＲＬＬＨＭＱＭＶＳＧＰＮＫＩＩＬＴＶＤＤＩＴＦＬＨＰＨＧＧＴＳＲＫＶＡＱＧＳＲＳＳＬＧＡＲＳＭＳＤＩＲＳＧＰＳＱＨＬＤＳＰＮＩＧＶＹＥＧＤＲＶＷＬＫＫＦＰＧＤＱＨＩＡＩＲＰＡＴＫＴＡＦＳＫＬＱＥＬＲＨＥＮＶＡＬＹＬＧＬＦＬＡＲＧＡＥＧＰＡＡＬＷＥＧＮＬＡＶＶＳＥＨＣＴＲＧＳＬＱＤＬＬＡＱＲＥＩＫＬＤＷＭＦＫＳＳＬＬＬＤＬＩＫＧＩＲＹＬＨＨＲＧＶＡＨＧＲＬＫＳＲＮＣＩＶＤＧＲＦＶＬＫＩＴＤＨＧＨＧＲＬＬＥＡＱＫＶＬＰＥＰＰＲＡＥＤＱＬＷＴＡＰＥＬＬＲＤＰＡＬＥＲＲＧＴＬＡＧＤＶＦＳＬＡＩＩＭＱＥＶＶＣＲＳＡＰＹＡＭＬＥＬＴＰＥＥＶＶＱＲＶＲＳＰＰＰＬＣＲＰＬＶＳＭＤＱＡＰＶＥＣＩＬＬＭＫＱＣＷＡＥＱＰＥＬＲＰＳＭＤＨＴＦＤＬＦＫＮＩＮＫＧＲＫＴＮＩＩＤＳＭＬＲＭＬＥＱＹＳＳＮＬＥＤＬＩＲＥＲＴＥＥＬＥＬＥＫＱＫＴＤＲＬＬＴＱＭＬＰＰＳＶＡＥＡＬＫＴＧＴＰＶＥＰＥＹＦＥＱＶＴＬＹＦＳＤＩＶＧＦＴＴＩＳＡＭＳＥＰＩＥＶＶＤＬＬＮＤＬＹＴＬＦＤＡＩＩＧＳＨＤＶＹＫＶＥＴＩＧＤＡＹＭＶＡＳＧＬＰＱＲＮＧＱＲＨＡＡＥＩＡＮＭＳＬＤＩＬＳＡＶＧＴＦＲＭＲＨＭＰＥＶＰＶＲＩＲＩＧＬＨＳＧＰＣＶＡＧＶＶＧＬＴＭＰＲＹＣＬＦＧＤＴＶＮＴＡＳＲＭＥＳＴＧＬＰＹＲＩＨＶＮＬＳＴＶＧＩＬＲＡＬＤＳＧＹＱＶＥＬＲＧＲＴＥＬＫＧＫＧＡＥＤＴＦＷＬＶＧＲＲＧＦＮＫＰＩＰＫＰＰＤＬＱＰＧＳＳＮＨＧＩＳＬＱＥＩＰＰＥＲＲＲＫＬＥＫＡＲＰＧＱＦＳなどのＲｅｔＧＣ-１酵素配列である。さらに他の実施形態では、第２の領域はここで示したカーゴ配列の変形配列である。また、開始因子メチオニンを付加した別の実施形態では、ＨＯＸ Ｃ１２を含む融合タンパク質のペプチド全体配列は、例えば：
配列番号３４（表３）：
ＭＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬＡＶＦＴＶＧＶＬＧＰＷＡＣＤＰＩＦＳＲＡＲＰＤＬＡＡＲＬＡＡＡＲＬＮＲＤＰＧＬＡＧＧＰＲＦＥＶＡＬＬＰＥＰＣＲＴＰＧＳＬＧＡＶＳＳＡＬＡＲＶＳＧＬＶＧＰＶＮＰＡＡＣＲＰＡＥＬＬＡＥＥＡＧＩＡＬＶＰＷＧＣＰＷＴＱＡＥＧＴＴＡＰＡＶＴＰＡＡＤＡＬＹＡＬＬＲＡＦＧＷＡＲＶＡＬＶＴＡＰＱＤＬＷＶＥＡＧＲＳＬＳＴＡＬＲＡＲＧＬＰＶＡＳＶＴＳＭＥＰＬＤＬＳＧＡＲＥＡＬＲＫＶＲＤＧＰＲＶＴＡＶＩＭＶＭＨＳＶＬＬＧＧＥＥＱＲＹＬＬＥＡＡＥＥＬＧＬＴＤＧＳＬＶＦＬＰＦＤＴＩＨＹＡＬＳＰＧＰＥＡＬＡＡＬＡＮＳＳＱＬＲＲＡＨＤＡＶＬＴＬＴＲＨＣＰＳＥＧＳＶＬＤＳＬＲＲＡＱＥＲＲＥＬＰＳＤＬＮＬＱＱＶＳＰＬＦＧＴＩＹＤＡＶＦＬＬＡＲＧＶＡＥＡＲＡＡＡＧＧＲＷＶＳＧＡＡＶＡＲＨＩＲＤＡＱＶＰＧＦＣＧＤＬＧＧＤＥＥＰＰＦＶＬＬＤＴＤＡＡＧＤＲＬＦＡＴＹＭＬＤＰＡＲＧＳＦＬＳＡＧＴＲＭＨＦＰＲＧＧＳＡＰＧＰＤＰＳＣＷＦＤＰＮＮＩＣＧＧＧＬＥＰＧＬＶＦＬＧＦＬＬＶＶＧＭＧＬＡＧＡＦＬＡＨＹＶＲＨＲＬＬＨＭＱＭＶＳＧＰＮＫＩＩＬＴＶＤＤＩＴＦＬＨＰＨＧＧＴＳＲＫＶＡＱＧＳＲＳＳＬＧＡＲＳＭＳＤＩＲＳＧＰＳＱＨＬＤＳＰＮＩＧＶＹＥＧＤＲＶＷＬＫＫＦＰＧＤＱＨＩＡＩＲＰＡＴＫＴＡＦＳＫＬＱＥＬＲＨＥＮＶＡＬＹＬＧＬＦＬＡＲＧＡＥＧＰＡＡＬＷＥＧＮＬＡＶＶＳＥＨＣＴＲＧＳＬＱＤＬＬＡＱＲＥＩＫＬＤＷＭＦＫＳＳＬＬＬＤＬＩＫＧＩＲＹＬＨＨＲＧＶＡＨＧＲＬＫＳＲＮＣＩＶＤＧＲＦＶＬＫＩＴＤＨＧＨＧＲＬＬＥＡＱＫＶＬＰＥＰＰＲＡＥＤＱＬＷＴＡＰＥＬＬＲＤＰＡＬＥＲＲＧＴＬＡＧＤＶＦＳＬＡＩＩＭＱＥＶＶＣＲＳＡＰＹＡＭＬＥＬＴＰＥＥＶＶＱＲＶＲＳＰＰＰＬＣＲＰＬＶＳＭＤＱＡＰＶＥＣＩＬＬＭＫＱＣＷＡＥＱＰＥＬＲＰＳＭＤＨＴＦＤＬＦＫＮＩＮＫＧＲＫＴＮＩＩＤＳＭＬＲＭＬＥＱＹＳＳＮＬＥＤＬＩＲＥＲＴＥＥＬＥＬＥＫＱＫＴＤＲＬＬＴＱＭＬＰＰＳＶＡＥＡＬＫＴＧＴＰＶＥＰＥＹＦＥＱＶＴＬＹＦＳＤＩＶＧＦＴＴＩＳＡＭＳＥＰＩＥＶＶＤＬＬＮＤＬＹＴＬＦＤＡＩＩＧＳＨＤＶＹＫＶＥＴＩＧＤＡＹＭＶＡＳＧＬＰＱＲＮＧＱＲＨＡＡＥＩＡＮＭＳＬＤＩＬＳＡＶＧＴＦＲＭＲＨＭＰＥＶＰＶＲＩＲＩＧＬＨＳＧＰＣＶＡＧＶＶＧＬＴＭＰＲＹＣＬＦＧＤＴＶＮＴＡＳＲＭＥＳＴＧＬＰＹＲＩＨＶＮＬＳＴＶＧＩＬＲＡＬＤＳＧＹＱＶＥＬＲＧＲＴＥＬＫＧＫＧＡＥＤＴＦＷＬＶＧＲＲＧＦＮＫＰＩＰＫＰＰＤＬＱＰＧＳＳＮＨＧＩＳＬＱＥＩＰＰＥＲＲＲＫＬＥＫＡＲＰＧＱＦＳ
である。また、開始因子メチオニンを付加したさらに別の実施形態では、ＨＯＸ Ｄ１２を含む融合タンパク質のペプチド全体配列は、例えば：
配列番号３５（表３）：
ＭＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶＡＶＦＴＶＧＶＬＧＰＷＡＣＤＰＩＦＳＲＡＲＰＤＬＡＡＲＬＡＡＡＲＬＮＲＤＰＧＬＡＧＧＰＲＦＥＶＡＬＬＰＥＰＣＲＴＰＧＳＬＧＡＶＳＳＡＬＡＲＶＳＧＬＶＧＰＶＮＰＡＡＣＲＰＡＥＬＬＡＥＥＡＧＩＡＬＶＰＷＧＣＰＷＴＱＡＥＧＴＴＡＰＡＶＴＰＡＡＤＡＬＹＡＬＬＲＡＦＧＷＡＲＶＡＬＶＴＡＰＱＤＬＷＶＥＡＧＲＳＬＳＴＡＬＲＡＲＧＬＰＶＡＳＶＴＳＭＥＰＬＤＬＳＧＡＲＥＡＬＲＫＶＲＤＧＰＲＶＴＡＶＩＭＶＭＨＳＶＬＬＧＧＥＥＱＲＹＬＬＥＡＡＥＥＬＧＬＴＤＧＳＬＶＦＬＰＦＤＴＩＨＹＡＬＳＰＧＰＥＡＬＡＡＬＡＮＳＳＱＬＲＲＡＨＤＡＶＬＴＬＴＲＨＣＰＳＥＧＳＶＬＤＳＬＲＲＡＱＥＲＲＥＬＰＳＤＬＮＬＱＱＶＳＰＬＦＧＴＩＹＤＡＶＦＬＬＡＲＧＶＡＥＡＲＡＡＡＧＧＲＷＶＳＧＡＡＶＡＲＨＩＲＤＡＱＶＰＧＦＣＧＤＬＧＧＤＥＥＰＰＦＶＬＬＤＴＤＡＡＧＤＲＬＦＡＴＹＭＬＤＰＡＲＧＳＦＬＳＡＧＴＲＭＨＦＰＲＧＧＳＡＰＧＰＤＰＳＣＷＦＤＰＮＮＩＣＧＧＧＬＥＰＧＬＶＦＬＧＦＬＬＶＶＧＭＧＬＡＧＡＦＬＡＨＹＶＲＨＲＬＬＨＭＱＭＶＳＧＰＮＫＩＩＬＴＶＤＤＩＴＦＬＨＰＨＧＧＴＳＲＫＶＡＱＧＳＲＳＳＬＧＡＲＳＭＳＤＩＲＳＧＰＳＱＨＬＤＳＰＮＩＧＶＹＥＧＤＲＶＷＬＫＫＦＰＧＤＱＨＩＡＩＲＰＡＴＫＴＡＦＳＫＬＱＥＬＲＨＥＮＶＡＬＹＬＧＬＦＬＡＲＧＡＥＧＰＡＡＬＷＥＧＮＬＡＶＶＳＥＨＣＴＲＧＳＬＱＤＬＬＡＱＲＥＩＫＬＤＷＭＦＫＳＳＬＬＬＤＬＩＫＧＩＲＹＬＨＨＲＧＶＡＨＧＲＬＫＳＲＮＣＩＶＤＧＲＦＶＬＫＩＴＤＨＧＨＧＲＬＬＥＡＱＫＶＬＰＥＰＰＲＡＥＤＱＬＷＴＡＰＥＬＬＲＤＰＡＬＥＲＲＧＴＬＡＧＤＶＦＳＬＡＩＩＭＱＥＶＶＣＲＳＡＰＹＡＭＬＥＬＴＰＥＥＶＶＱＲＶＲＳＰＰＰＬＣＲＰＬＶＳＭＤＱＡＰＶＥＣＩＬＬＭＫＱＣＷＡＥＱＰＥＬＲＰＳＭＤＨＴＦＤＬＦＫＮＩＮＫＧＲＫＴＮＩＩＤＳＭＬＲＭＬＥＱＹＳＳＮＬＥＤＬＩＲＥＲＴＥＥＬＥＬＥＫＱＫＴＤＲＬＬＴＱＭＬＰＰＳＶＡＥＡＬＫＴＧＴＰＶＥＰＥＹＦＥＱＶＴＬＹＦＳＤＩＶＧＦＴＴＩＳＡＭＳＥＰＩＥＶＶＤＬＬＮＤＬＹＴＬＦＤＡＩＩＧＳＨＤＶＹＫＶＥＴＩＧＤＡＹＭＶＡＳＧＬＰＱＲＮＧＱＲＨＡＡＥＩＡＮＭＳＬＤＩＬＳＡＶＧＴＦＲＭＲＨＭＰＥＶＰＶＲＩＲＩＧＬＨＳＧＰＣＶＡＧＶＶＧＬＴＭＰＲＹＣＬＦＧＤＴＶＮＴＡＳＲＭＥＳＴＧＬＰＹＲＩＨＶＮＬＳＴＶＧＩＬＲＡＬＤＳＧＹＱＶＥＬＲＧＲＴＥＬＫＧＫＧＡＥＤＴＦＷＬＶＧＲＲＧＦＮＫＰＩＰＫＰＰＤＬＱＰＧＳＳＮＨＧＩＳＬＱＥＩＰＰＥＲＲＲＫＬＥＫＡＲＰＧＱＦＳ
である。
リンカーは機能に必要というわけではないが、機能を損なわせなければさまざまな実施形態において、例えば、配列番号１と３３の間、または配列番号２と３３の間、または多様体またはそれらの一部にリンカーを含めてよい。当技術分野で公知の任意のリンカーを使用してよいが、その付加により複合体の機能が損なわれないことが条件となる。例えば、配列番号３４および／もしくは３５または多様体またはそれらの一部などの実施形態は、リンカー配列で第１と第２の領域がつながる程度に、少なくとも一部、改変されることが考えられる。
なおさらなる実施形態では、精製を行いやすくするために、さらなるアミノ酸配列をアミノ末端またはカルボキシ末端いずれにでも加えることができる。このような配列は、ＦＬＡＧタグ（ＤＹＫＤＤＤＤＫ）（配列番号１０２）、ｍｙｃタグ（ＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬ）（配列番号１０３）、Ｈｉｓタグ（ＨＨＨＨＨＨ）（配列番号８０）、および当業者に公知の他の同様のタグを含んでよい。このようなタグにリンカーを含めてもよいし、含めなくてもよい。さらに、ビオチン受容タンパク質（ＧＬＮＤＩＦＥＡＱＫＩＥＷＨＥ）などのリガンド（配列番号１０２）を活性ＢｉｒＡタンパク質とともに使用してよい。Ｎ末端を開始するメチオニンを含む配列については、Ｎ末端精製ドメインを付加した場合は、メチオニンは、ヒトホメオドメインまたはＨＯＸペプチド第１の領域のＮ末端にくるのではなく精製ドメインのＮ末端にくることになる。
通常は酵素が少ないまたは欠如している細胞内に酵素がうまく機能的移行を果たしたかどうか、例えば、ＨＥＫ２９３細胞内の酵素の移行は、酵素の基質を与えてグアニル酸シクラーゼ活性標準的な方法で測定することにより判定することができる。グアニル酸シクラーゼ活性の上昇を示す証拠が認められた場合、それは、細胞透過化能力を有するヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインなどの実施形態がヒト細胞に機能酵素を送達することができるという実験的証拠として捉えられるであろう。
例えば、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインとＲｅｔＧＣ-１酵素との融合タンパク質または複合体を含む実施形態をノックアウトマウスモデルで評価する。ＬＣＡ１に最も近い動物モデルは、ＲｅｔＧＣ-１をコードする遺伝子Ｇｕｃｙ２ｅをノックアウトさせたマウスである。このマウスは、錐体光受容体の無反応を示し、ＬＣＡ１表現型を示す。Jacobson et al. "Determining consequences of retinal membrane guanylyl cyclase (RetGC1) deficiency in human Leber congenital amaurosis en route to therapy: residual cone-photoreceptor vision correlates with biochemical properties of the mutants." Human Molecular Genetics 22(1):168-83, 2013。
ヒトホメオドメインとＲｅｔＧＣ-１との複合体または融合タンパク質の実施形態を網膜（球後）注射または点眼剤（すなわち、局所投与）によりノックアウトマウスに投与し、網膜電図（ＥＲＧ）に見る機能回復を視力の戻りとして評価する。結果を、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン-ＲｅｔＧＣ-１を含まない緩衝液を投与した対照群のものと比較する。ある実施形態では、マウスに、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたは多様体またはその一部に結合させたＲｅｔＧＣ-１ペプチドを含む製剤、または１つ以上のリンカーを含んだ、融合タンパク質または複合体を含むＲｅｔＧＣ-１の代替実施形態を、マウス２０ｇあたり少なくとも約１μｇ〜少なくとも約５００μｇの用量で、網膜（球後）注射または点眼剤によりタンパク質を投与する。ＥＲＧで見た機能の回復について、未治療の対照群と比較して調べる。
レーバー先天性黒内障１型（ＬＣＡ１）の患児において、視力および網膜電図機能の変化について、ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたは多様体またはその一部に結合させたＲｅｔＧＣ-１ペプチドを含む眼科用製剤の実施形態、またはＲｅｔＧＣ-１配列および１以上のリンカーを含む融合タンパク質もしくは複合体の代替実施形態を、約０.０１ｍｇ／ｋｇ未満〜約１００ｍｇ／ｋｇ未満の用量で用いて長期間（連日、隔日、週２回、毎週またはそれ以下の頻度）治療した後、評価する。１日、３日、１週間、２週間、３週間または４週間またはそれ以上など、さまざまな治療期間経過後、融合タンパク質または複合体の治療を受けた患者を、それぞれの治療前の値と比較し、非限定的にＥＲＧ機能などの視力評価用の標準的臨床方法を使用して視機能に臨床上意義のある改善が見られたかどうか評価する。
配列番号１〜１９、または多様体またはそれらの一部の任意のものをＲｅｔＧＣ-１ペプチドに結合させてを含む別の実施形態には、当技術分野で公知の任意のリンカーを１以上含むさまざまな融合タンパク質または複合体が含まれるが、リンカーを付加しても複合体の機能が損なわれないことが条件となる。
実施例５
ハンチントン舞踏病（ＨＤ）のための調節ペプチド
ハンチントン舞踏病（ＨＤ）は、筋協調に障害を与え認知力低下をもたらす遺伝性神経変性疾患であり、変異型ハンチンチン遺伝子（ＨＴＴ）の発現により引き起こされる。３０代半ばから４０代前半にかけて発現することが多いが、早期に身体的および精神的能力の経時的低下を伴う場合があり、徐々に協調運動が非常に困難になる。臨床的には、眼球運動、発話および認知力の問題を含むわずかな障害もＨＤ患者で多数観察されている。変異型ＨＴＴの発現は、脳の一部であり運動を制御する線条体に特異的であり、線条体での神経細胞の消失および／または炎症がＨＤの臨床徴候の根底にあると考えられる。
ＺＦ６ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１は、長いＣＡＧリピートを結合し変異型ＨＴＴ遺伝子の発現を抑制する、特別設計のジンクフィンガータンパク質である。ＺＦ１２ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１およびＺＦ１８ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１などの他の長さのジンクフィンガータンパク質も可能であるが、これらに限定されない。細胞透過性ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインペプチドを有する融合タンパク質もしくは複合体の実施形態により、ＺＦ６ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１、ＺＦ１２ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１、ＺＦ１８ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１、および関連タンパク質が細胞および核に侵入し有効かつ選択的に変異型ＨＴＴ遺伝子発現を下方制御することが可能となる。６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインとジンクフィンガーとの融合タンパク質または複合体を含むさまざまな実施形態の神経学的病理に対する効果を評価する。このために、ハンチントン舞踏病患者にヒトホメオドメイン-ジンクフィンガー実施形態を含む静脈投与用製剤の投与を行う。具体的には、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインペプチドが血液脳関門を通過して中枢神経系へ入る能力の評価を行う。
ある実施形態では、第１の領域のヒトＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメインの６０アミノ酸配列は、
配列番号１（表３）：
ＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬ
である。別の実施形態では、第１の領域のヒトＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインの６０アミノ酸配列は、
配列番号２（表３）：
ＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶ
であり、
連結される第２の領域は、例えば、ＺＦ６ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１配列；
配列番号３６（表３）：
ＴＧＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＳＳＬＳＰＱＨＳＡＶＴＱＧＩＩＫＮＫＥＧＭＤＡＫＳＬＴＡＷＳＲＴＬＶＴＦＫＤＶＦＶＤＦＴＲＥＥＷＫＬＬＤＴＡＱＱＩＶＹＲＮＶＭＬＥＮＹＫＮＬＶＳＬＧＹＱＬＴＫＰＤＶＩＬＲＬＥＫＧＥＥＰＷＬＶＥＲＥＩＨＱＥＴＨＰＤＳＥＴＡＦＥＩＫＳＳＶ
である。さらに他の実施形態では、第２の領域はここで示したカーゴ配列の変形配列である。また、開始因子メチオニンを付加した別の実施形態では、ＨＯＸ Ｃ１２ペプチドを含む融合タンパク質のペプチド全体配列は、例えば：
配列番号３７（表３）：
ＭＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬＴＧＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＳＳＬＳＰＱＨＳＡＶＴＱＧＩＩＫＮＫＥＧＭＤＡＫＳＬＴＡＷＳＲＴＬＶＴＦＫＤＶＦＶＤＦＴＲＥＥＷＫＬＬＤＴＡＱＱＩＶＹＲＮＶＭＬＥＮＹＫＮＬＶＳＬＧＹＱＬＴＫＰＤＶＩＬＲＬＥＫＧＥＥＰＷＬＶＥＲＥＩＨＱＥＴＨＰＤＳＥＴＡＦＥＩＫＳＳＶ
であり、開始因子メチオニンを付加したさらに別の実施形態では、ＨＯＸ Ｄ１２ペプチドを含む融合タンパク質のペプチド全体配列は、例えば：
配列番号３８（表３）：
ＭＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶＴＧＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＳＳＬＳＰＱＨＳＡＶＴＱＧＩＩＫＮＫＥＧＭＤＡＫＳＬＴＡＷＳＲＴＬＶＴＦＫＤＶＦＶＤＦＴＲＥＥＷＫＬＬＤＴＡＱＱＩＶＹＲＮＶＭＬＥＮＹＫＮＬＶＳＬＧＹＱＬＴＫＰＤＶＩＬＲＬＥＫＧＥＥＰＷＬＶＥＲＥＩＨＱＥＴＨＰＤＳＥＴＡＦＥＩＫＳＳＶ
である。
さらなる実施形態（複数可）では、それぞれ１２および１８の繰り返しを有するこれらの第２の構成要素の実施例に示すように、ジンクフィンガーの繰り返しをさらに増やして含めてよい。
ＺＦ１２ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１、例えば：
配列番号３９（表３）：
ＴＧＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＧＴＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＳＳＬＳＰＱＨＳＡＶＴＱＧＩＩＫＮＫＥＧＭＤＡＫＳＬＴＡＷＳＲＴＬＶＴＦＫＤＶＦＶＤＦＴＲＥＥＷＫＬＬＤＴＡＱＱＩＶＹＲＮＶＭＬＥＮＹＫＮＬＶＳＬＧＹＱＬＴＫＰＤＶＩＬＲＬＥＫＧＥＥＰＷＬＶＥＲＥＩＨＱＥＴＨＰＤＳＥＴＡＦＥＩＫＳＳＶ
ＺＦ１８ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１、例えば：
配列番号４２（表３）：
ＴＧＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＧＴＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＧＴＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＳＳＬＳＰＱＨＳＡＶＴＱＧＩＩＫＮＫＥＧＭＤＡＫＳＬＴＡＷＳＲＴＬＶＴＦＫＤＶＦＶＤＦＴＲＥＥＷＫＬＬＤＴＡＱＱＩＶＹＲＮＶＭＬＥＮＹＫＮＬＶＳＬＧＹＱＬＴＫＰＤＶＩＬＲＬＥＫＧＥＥＰＷＬＶＥＲＥＩＨＱＥＴＨＰＤＳＥＴＡＦＥＩＫＳＳＶ
さらなる実施形態では、ジンクフィンガーの繰り返しを増やしたこれらの配列を、例えば、開始因子メチオニン残基のついた配列を含む実施形態に含まれているヒトホメオドメインペプチドとともに示す。
ヒトＨＯＸ Ｃ１２-ＺＦ１２ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１、例えば：
配列番号４０（表３）：
ＭＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬＴＧＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＧＴＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＳＳＬＳＰＱＨＳＡＶＴＱＧＩＩＫＮＫＥＧＭＤＡＫＳＬＴＡＷＳＲＴＬＶＴＦＫＤＶＦＶＤＦＴＲＥＥＷＫＬＬＤＴＡＱＱＩＶＹＲＮＶＭＬＥＮＹＫＮＬＶＳＬＧＹＱＬＴＫＰＤＶＩＬＲＬＥＫＧＥＥＰＷＬＶＥＲＥＩＨＱＥＴＨＰＤＳＥＴＡＦＥＩＫＳＳＶ
ヒトＨＯＸ Ｄ１２-ＺＦ１２ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１、例えば：
配列番号４１（表３）：
ＭＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶＴＧＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＧＴＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＳＳＬＳＰＱＨＳＡＶＴＱＧＩＩＫＮＫＥＧＭＤＡＫＳＬＴＡＷＳＲＴＬＶＴＦＫＤＶＦＶＤＦＴＲＥＥＷＫＬＬＤＴＡＱＱＩＶＹＲＮＶＭＬＥＮＹＫＮＬＶＳＬＧＹＱＬＴＫＰＤＶＩＬＲＬＥＫＧＥＥＰＷＬＶＥＲＥＩＨＱＥＴＨＰＤＳＥＴＡＦＥＩＫＳＳＶ
ヒトＨＯＸ Ｃ１２-ＺＦ１８ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１、例えば：
配列番号４３（表３）：
ＭＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬＴＧＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＧＴＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＧＴＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＳＳＬＳＰＱＨＳＡＶＴＱＧＩＩＫＮＫＥＧＭＤＡＫＳＬＴＡＷＳＲＴＬＶＴＦＫＤＶＦＶＤＦＴＲＥＥＷＫＬＬＤＴＡＱＱＩＶＹＲＮＶＭＬＥＮＹＫＮＬＶＳＬＧＹＱＬＴＫＰＤＶＩＬＲＬＥＫＧＥＥＰＷＬＶＥＲＥＩＨＱＥＴＨＰＤＳＥＴＡＦＥＩＫＳＳＶ
ヒトＨＯＸ Ｄ１２-ＺＦ１８ｘＨｕｎｔ-Ｋｏｘ-１、例えば：
配列番号４４（表３）：
ＭＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶＴＧＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＧＴＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＧＴＡＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＴＧＳＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＱＲＡＴＬＱＲＨＩＲＴＨＴＧＥＫＰＦＡＣＤＩＣＧＲＫＦＡＱＲＡＴＬＱＲＨＴＫＩＨＬＲＱＫＤＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＱＬＶＳＳＬＳＰＱＨＳＡＶＴＱＧＩＩＫＮＫＥＧＭＤＡＫＳＬＴＡＷＳＲＴＬＶＴＦＫＤＶＦＶＤＦＴＲＥＥＷＫＬＬＤＴＡＱＱＩＶＹＲＮＶＭＬＥＮＹＫＮＬＶＳＬＧＹＱＬＴＫＰＤＶＩＬＲＬＥＫＧＥＥＰＷＬＶＥＲＥＩＨＱＥＴＨＰＤＳＥＴＡＦＥＩＫＳＳＶ
別の実施形態では、第２の領域は、上記のカーゴ配列のいずれの変形配列であってもよい。
リンカーは機能に必要というわけではないが、機能を損なわせなければさまざまな実施形態において、例えば、配列番号１と３６、３９、または４２との間、または配列番号２と３６、３９、または４２との間、またはその一部にリンカーを含めてよい。当技術分野で公知の任意のリンカーを使用してよいが、その付加により複合体の機能が損なわれないことが条件となる。例えば、表２を参照のこと。配列番号３７、３８、４０、４１、４３および／または４４などの実施形態は、リンカー配列で第１と第２の領域がつながる程度に、少なくとも一部、改変されることが考えられる。
なおさらなる実施形態では、精製を行いやすくするために、さらなるアミノ酸配列をアミノ末端またはカルボキシ末端いずれにでも加えることができる。このような配列は、ＦＬＡＧタグ（ＤＹＫＤＤＤＤＫ）（配列番号１０２）、ｍｙｃタグ（ＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬ）（配列番号１０３）、Ｈｉｓタグ（ＨＨＨＨＨＨ）（配列番号８０）、および当業者に公知の他の同様のタグを含んでよい。さらに、ビオチン受容タンパク質（ＧＬＮＤＩＦＥＡＱＫＩＥＷＨＥ）（配列番号１０５）などのリガンドを活性ＢｉｒＡタンパク質とともに使用してよい。Ｎ末端を開始するメチオニンを含む配列については、Ｎ末端精製ドメインを付加した場合は、メチオニンは、ヒトホメオドメインまたはＨＯＸペプチド第１の領域のＮ末端にくるのではなく精製ドメインのＮ末端にくることになる。ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインとジンクフィンガーとの融合タンパク質または複合体の実施形態について、構成体が機能的に移行すること、および変異型ＨＴＴ遺伝子が抑制されることを測定するため、適切な細胞株で試験を行う。マウスＨＴＴ遺伝子の第１エキソンを、１１１ＣＡＧリピート（ＳＴＨｄｈＱ１１１／ＨｄｈＱ１１１またはＳＴＨｄｈＱ７／ＨｄｈＱ１１１）を有するヒトエキソンで置換したＳＴＨｄｈノックイン細胞を使用する。
ある実施形態では、融合タンパク質または複合体を含有する６０アミノ酸ヒトＨＯＸ Ｃ１２もしくはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン（または多様体またはその一部）を用いたジンクフィンガーカーゴタンパク質の移行について、ＳＴＨｄｈノックイン細胞を、最適マイクロモル濃度の判定対象と考えられる約１μＭ〜約１１５μＭで１時間、２時間、３時間、４時間、６時間、または２４時間などのさまざまな期間インキュベーションした後の培養中のジンクフィンガーカーゴタンパク質の存在を調べる。変異型ＨＴＴ遺伝子の発現を公知の方法により評価し、結果と対照培養と比較する。
Ｒ６／２マウスは、最も広く使用されているＨＤ動物モデルである。このＨＤノックインマウスモデルは、ヒト患者で障害が知られている脳内部位、線条体でヒトＨＴＴ遺伝子を過剰発現する。Ｒ６／２マウスは、ＨＤ患者の徴候および症状に似た運動障害を表現型として示し、例えば、Ｒ６／２マウスは前足の爪で物をとる能力が欠如している。
ある実施形態では、３〜４週齢以降に、Ｒ６／２マウスの運動技能の評価を行う。半数を治療群、残りの半数を対照群とする。マウスには、例えば、配列番号３７、３８、４０、４１、４２、もしくは４３の任意の配列、またはその任意の一部を含んだ、ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインとジンクフィンガーとの融合タンパク質または複合体の実施形態の製剤を、ｉ.ｖ.またはｉ.ｐ.注射により連日、隔日または３日おきに１〜２週間投与する。４〜６週齢時、運動技能を再度評価し、直後に組織学的解析のために屠殺する。組織学的解析は２部に分けて行われる。第１部では、ｒｔＰＣＲを使用して、治療群および対照群のマウスそれぞれの線条体での変異型ＨＴＴの発現を評価する。第２部では、線条体神経細胞の消失の証拠について治療群と未治療対照群のマウスの線条体を評価する。神経細胞の消失および／または線条体細胞容積の減少について、神経組織学（neurohistology）研究機関で周知の技術を用いて評価し、一般倍率での顕微鏡標準視野あたりの神経細胞密度として報告を行う。したがって、変異型ＨＴＴ遺伝子の発現と、脳の線条体における神経細胞消失証拠の双方を公知の方法で評価し、運動障害の評価を行ってから、治療を受けたＲ６／２マウスと未治療Ｒ６／２対照群マウスの結果を比較する。また、各群の治療後の運動障害スコアをそれぞれのベースラインスコアとさらに比較する。
ハンチントン舞踏病患者の臨床試験では、ＨＤ治療臨床試験で患者の評価に使用される臨床ツールであるハンチントン病統一評価尺度（ＵＨＤＲＳ）の合計運動スコアを使用して運動障害の評価が行われる。このスコアによりＨＤにおける治療利益の定量的評価が得られ、多数の運動障害に基づいた複合スコアが得られる。ハンチントン研究グループ（Huntington Study Group）著者ら、"Unified Huntington's Disease Rating Scale: Reliability and Consistency" Movement Disorders 11(2):136-142, 1996。治療前後の全体的な運動スコア変化が１ポイント以上であれば臨床上有意であるとみなされる。
ヒトＨＯＸ Ｃ１２またはＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインとジンクフィンガーとの融合タンパク質または複合体を含む製剤実施形態を投与後のＨＤ患者の運動技能変化への反映で疾患の進行を評価する。例えば、配列番号３７、３８、４０、４１、４２、もしくは４３、またはその一部の任意の配列。まず、これらの患者のこの治療群のＵＨＤＲＳスコアを評価し、次いで、６〜８週間にわたり、融合タンパク質製剤または複合体の製剤実施形態を、体重１ｋｇあたり少なくとも０.０１ｍｇ〜少なくとも約５００ｍｇの範囲を判定対象の最適用量として静脈内または皮下注射で連日投与する。運動機能のほか、評価を行った他のＨＤ障害について、ハンチントン病統一評価尺度（ＵＨＤＲＳ）の合計運動スコアに基づいて治療後に評価し、結果をベースラインスコアと比較する。ＵＨＤＲＳを、未治療対照群または同時期の既存対照に対する改善割合について評価する。
配列番号１〜１９、または多様体またはそれらの一部の任意の配列を、先に述べた任意のジンクフィンガーペプチドに結合させて含む別の実施形態には、当技術分野で公知の任意のリンカーを１以上含んだ、さまざまな融合タンパク質または複合体が含まれるが、その際、リンカーを付加しても複合体の機能が損なわれないことが条件となる。
実施例６
細胞膜透過性ペプチドおよびワクチン用途.細胞膜透過性ペプチド（ＣＰＰ）は、樹状細胞などの抗原提示細胞の細胞質内への抗原エピトープの送達を促進して、ＣＤ８およびＣＤ４それぞれのＴ細胞に依存的に、対応する主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはクラスＩＩにおける抗原プロセッシングと抗原提示を可能にし、有効な免疫応答を引き起こすことが示されている（Brooks, et al. Cell-penetrating peptides: Application in vaccine delivery, Biochimica et Biophysica Acta 1805:25-34, 2010）。抗原エピトープとの結合にフリン感受性リンカーを使用するＣＰＰは、ＣｐＧモチーフ含有オリゴデオキシヌクレオチドとともに投与した場合にＣＤ８Ｔ細胞の抗原特異的な細胞傷害性応答を誘発するうえで有効であることが示されている（Lu et al. TAP-independent presentation of CTL epitopes by Trojan antigens, J. Immunol. 166:7063-7071, 2001.）。抗原性カーゴを抗原提示細胞に放出させることができる他の結合方法には、細胞質グルタチオンで開裂されるジスルフィド結合の使用（Kim et al. Introduction of soluble proteins into the MHC class I pathway by conjugation to an HIV tat peptide, J. Immunol. 159:1666-68, 1997）、およびスルホスクシンイミジル４-マレイミドメチルシクロヘキサンカルボン酸（ＳＭＣＣ）（sulfosuccinimidyl 4-maleimidomethylcyclohexane carboxylate）で処理した後にＣ末端をシステイン修飾したＣＰＰと反応させた抗原ペプチドの使用が挙げられる（Apostolopoulos et.al. Delivery of tumor associated antigens to antigen presenting cells using penetratin induces potent immune responses, Vaccine 24:3191-202, 2006）。リンカーを持たないＣＰＰ融合タンパク質も、腫瘍抗原に対する特異的なＴ細胞応答を発生させるために使用され成功している（Batchu et.al. Protein transduction of dendritic cells for NY-ESO-1-based immunotherapy of myeloma, Cancer Res. 65:10041-49, 2005、Scheller et.al. Human cytomegalovirus protein pp65: an efficient protein carrier system into human dendritic cells, Gene Ther. 15:318-325, 2008、Viehl et.al. Tat mammaglobin fusion protein transduced dendritic cells stimulate mammaglobin-specific CD4 and CD8 T cells, Breast Cancer Res. Treat.91:271-78, 2005）。
従来より、ワクチンはアジュバントに依存しており、抗原に樹状細胞を標的とさせて免疫応答を増強させるためｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲｓ）のリガンドであることが多い。結核予防または転帰改善のためのワクチンの場合はこの方法ではうまくいっていない。おそらく理由の１つには、ＭＨＣクラスＩＩ依存性である抗原提示がＴＬＲ２依存的に阻害されることがあり、これがマクロファージ内のマイコバクテリア感染を持続させる重要なメカニズムであることも報告されている（Harding, C.V and Boom, W.H., Regulation of antigen presentation by Mycobacterim tuberculosis: a roll for Toll-like receptors. Nat Rev Microbiol. 8(4):296-307, 2010）。このことから、細胞膜透過性ペプチドを使用することにより、樹状細胞の効率的な抗原プロセッシングおよび抗原提示が促進され、ＴＬＲ２作動薬のこうした望ましくない作動作用が回避される可能性があり、そうした作動薬にはアデノウイルスベクターに依存するワクチンなど現在の結核ワクチンの多くが該当するが（Appledorn et.al. Adenovirus Vector-Induced Innate Inflammatory Mediators, MAPK Signaling, As Well As Adaptive Immune Responses Are Dependent upon Both TLR2 and TLR9 In Vivo. J Immunol 181:2134-44, 2008）アジュバントは該当しない（Frick, M. The Tuberculosis Vaccines Pipeline, June 2013 http://www.pipelinereport.org/2013/tb-vaccine and Rowland, R. and McShane. Expert Rev Vaccines 10(5):645-58, 2011）。
あるワクチン実施形態では、複合体は、例えば、配列番号１〜１９または多様体またはその一部に記載の任意の配列を有する、ヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部を含む第１の領域を、かかる第１の領域と非人工的には会合していない第２の領域に結合させて含み、これにおいて、前記第２の領域がペプチド抗原または抗原エピトープである抗原の一部である。さまざまな実施形態では、結合は、融合タンパク質（ペプチド結合）としての結合であるか、またはフリン感受性リンカー（ＲＶＫＲ）（配列番号１１７）などのリンカー、ジスルフィド結合、もしくは当技術分野で公知の他の種類のタンパク質間結合を使用してよい。
結核ワクチン抗原８５Ａおよびそのエピトープ.抗原８５複合体は、マイコバクテリアで主に分泌される極めて類似した幾つかのタンパク質をコードする多重遺伝子族である。シグナルペプチドは成熟したＡｇ８５タンパク質で開裂する。Ａｇ８５Ａは、アミノ酸３３８個からなる分子量３５.７ｋＤａ、予測ｐＩ値６.５のペプチドである。細胞外α-抗原とも呼ばれ、細胞壁合成において重要なｍｙｃｏｌｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ活性を有する。組換え型アデノウイルスベクター、組換え型Ａｇ８５Ａそのものまたは重複１５ｍｅｒペプチドセットを使用してマウスの経鼻および全身免疫化を行った後（単一Ｂａｌｂ／ｃ Ｈ-２Ｄ拘束エピトープ）、Ｂａｌｂ／ｃマウスにおける低分子ペプチドエピトープの免疫原性および防御活性についての解析（Tchilian et. al. Immunization with different formulations of Mycobacterium tuberculosis antigen 85A induces immune responses with different specificity and protective efficacy. Vaccine 31:4624-31, 2013）では、経鼻の免疫化後の結核菌（Ｍｔｂ）投与に対する優れた防御が示された。ＣＤ４ ８５Ａ９９-１１８およびＣＤ８ ８５Ａ７０-７８の応答は防御的であったがＣＤ８ ８５Ａ１４５-１５２に対する応答は防御的ではなかった。
乳児におけるＢＣＧワクチンの有効性を高めるための、アデノウイルスＡｇ８５Ａワクチンを用いたヒトワクチン臨床試験では、わずかな免疫応答しか誘導されず、臨床的有効性はなかった（Tameris et.al. Safety and efficacy of MVA85A, a new tuberculosis vaccine, in infants previously vaccinated with BCG: a randomised, placebo-controlled phase 2b trial. The Lancet 381:1021-1028, 2013）。これは、免疫応答を下方制御するＩＬ-１０応答を誘発することが示されているアデノウイルス成分がもつＴＬＲ２作動特性の抑制作用のため、またはいくつかのＡｇ８５Ａエピトープに対する非防御的応答のためである可能性がある。
結核ワクチン.防御的ヒト結核ワクチンの現在の実施形態は、複合体または複合体混合物を吸入、経鼻または非経口的注射経路で投与するものである。ある実施形態では、吸入経路により肺の局所免疫が提供される。
Ｂａｌｂ／ｃマウスでは、複合体または複合体混合物が、第１の領域である、配列番号１〜１９または多様体またはその一部のいずれかに記載の配列を含むが、これらに限定されない、ヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部が、かかる第１の領域と非人工的には会合していない第２の領域に結合して構成されているという概念について検討する。ある実施形態では、第２の領域は、Ａｇ８５Ａ９９-１１８エピトープ全体に広がる４ペプチドのうち１以上のペプチドである（表３を参照のこと）：
Ａｇ８５Ａ９９-１１８エピトープの４ペプチドうちの１ペプチドは配列番号５１：
ＥＴＦＬＴＳＥＬＰＧＷＬＱＡＮ
であり；
Ａｇ８５Ａ９９-１１８エピトープの４ペプチドうちの２ペプチドは配列番号５４：
ＳＥＬＰＧＷＬＱＡＮＲＨＶＫＰ
であり；
Ａｇ８５Ａ９９-１１８エピトープの４ペプチドうちの３ペプチドは配列番号５７：
ＷＬＱＡＮＲＨＶＫＰＴＧＳＡＶ
であり；
Ａｇ８５Ａ９９-１１８エピトープの４ペプチドうちの４ペプチドは配列番号６０：
ＲＨＶＫＰＴＧＳＡＶＶＧＬＳＭ
である。さらに他の実施形態では、第２の領域は、これらの４ペプチドのうちの１以上についての変形ペプチドである。これらの複合体の幾つかの配列番号を表３に示す。例えば、ある実施形態では、第１の領域（ＨＯＸ Ｃ１２）および第２の領域の配列番号５１を組み合わせた、Ａｇ８５Ａ９９-１１８エピトープの完全アミノ酸配列は配列番号５２：
ＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬＥＴＦＬＴＳＥＬＰＧＷＬＱＡＮ
である。同様に、別の実施形態では、第１の領域（ＨＯＸ Ｄ１２）および第２の領域の配列番号５１を組み合わせた、Ａｇ８５Ａ９９-１１８エピトープの完全アミノ酸配列は配列番号５３：
ＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶＥＴＦＬＴＳＥＬＰＧＷＬＱＡＮ
である。
Ｂａｌｂ／ｃマウスで試験を行うための第２の複合体または複合体混合物は、第１の領域である、配列番号１〜１９のいずれかに記載の配列または多様体またはその一部を有する、ヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部を、かかる第１の領域と非人工的には会合していない第２の領域に結合させて構成されている。ある実施形態では、第２の領域は、Ａｇ８５Ａ７０-７８エピトープ全体に広がる３ペプチドのうち１以上のペプチドである（表３を参照のこと）：
Ａｇ８５Ａ７０-７８エピトープの３ペプチドのうちの１ペプチドは配列番号６３：
ＱＳＧＬＳＶＶＭＰＶＧＧＱＳＳ
であり；
Ａｇ８５Ａ７０-７８エピトープの３ペプチドのうちの２ペプチドは配列番号６６：
ＶＶＭＰＶＧＧＱＳＳＦＹＳＤＷ
であり；
Ａｇ８５Ａ７０-７８エピトープの３ペプチドのうちの３ペプチドは配列番号６９：
ＧＧＱＳＳＦＹＳＤＷＹＱＰＡＣ
である。さらに他の実施形態では、第２の領域は、これらの３つのペプチドのうちの１以上についての変形ペプチドである。これらの複合体の幾つかの配列番号も表３に示す。例えば、ある実施形態では、第１の領域（ＨＯＸ Ｃ１２）および第２の領域の配列番号６３を組み合わせた、Ａｇ８５Ａ７０-７８エピトープの完全アミノ酸配列は配列番号６４：
ＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬＱＳＧＬＳＶＶＭＰＶＧＧＱＳＳ
である。同様に、別の実施形態では、第１の領域（ＨＯＸ Ｄ１２）および第２の領域の配列番号６３を組み合わせた、Ａｇ８５Ａ７０-７８エピトープの完全アミノ酸配列は配列番号６５：
ＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶＱＳＧＬＳＶＶＭＰＶＧＧＱＳＳ
である。
したがって、マウスおよびその後のヒトにおいて試験対象であるワクチン全体は、複合体混合物で構成され、これにおいて、各複合体は、さまざまな実施形態におけるカーゴとして、これらの低分子ペプチドまたはその変形ペプチドを有するとともに、Ａｇ８５Ａ９９-１１８に対する確固たるＣＤ４応答およびＡｇ８５Ａ７０-７８に対する確固たるＣＤ８応答を提供する。
ヒト用ワクチンのある実施形態では、ワクチンは、第１の領域である、配列番号１〜１９または多様体またはその一部のいずれかに記載の配列などを含むが、これらに制限されない、ヒトホメオドメインまたは多様体またはその一部を、かかる第１の領域と非人工的には会合していない第２の領域に結合させて構成され、これにおいて、前記第２の領域が、ある実施形態では、Ａｇ８５Ａ３３８-アミノ酸ペプチド全体、または適切なヒト被検者において免疫応答を引き起こすことが示された、Ａｇ８５Ａの１以上の特異的ＨＬＡ拘束エピトープのようなＡｇ８５ＡのＨＬＡ拘束エピトープである（表３を参照のこと）。Ａｇ８５Ａペプチド、またはそのヒトエピトープを、上記のように第１の領域に連結させてよい。別の実施形態では、ＨＬＡクラスＩおよびクラスＩＩのゲノタイプが異なる被検者に対し単一ワクチン構成体を提供するため、Ａｇ８５Ａ全体配列は第１の領域に連結している。Ａｇ８５Ａ配列は：
ＭＱＬＶＤＲＶＲＧＡ ＶＴＧＭＳＲＲＬＶＶ ＧＡＶＧＡＡＬＶＳＧ ＬＶＧＡＶＧＧＴＡＴ ＡＧＡＦＳＲＰＧＬＰ ＶＥＹＬＱＶＰＳＰＳ ＭＧＲＤＩＫＶＱＦＱ ＳＧＧＡＮＳＰＡＬＹ ＬＬＤＧＬＲＡＱＤＤ ＦＳＧＷＤＩＮＴＰＡ ＦＥＷＹＤＱＳＧＬＳ ＶＶＭＰＶＧＧＱＳＳ ＦＹＳＤＷＹＱＰＡＣ ＧＫＡＧＣＱＴＹＫＷ ＥＴＦＬＴＳＥＬＰＧ ＷＬＱＡＮＲＨＶＫＰ ＴＧＳＡＶＶＧＬＳＭ ＡＡＳＳＡＬＴＬＡＩ ＹＨＰＱＱＦＶＹＡＧ ＡＭＳＧＬＬＤＰＳＱ ＡＭＧＰＴＬＩＧＬＡ ＭＧＤＡＧＧＹＫＡＳ ＤＭＷＧＰＫＥＤＰＡ ＷＱＲＮＤＰＬＬＮＶ ＧＫＬＩＡＮＮＴＲＶ ＷＶＹＣＧＮＧＫＰＳ ＤＬＧＧＮＮＬＰＡＫ ＦＬＥＧＦＶＲＴＳＮ ＩＫＦＱＤＡＹＮＡＧ ＧＧＨＮＧＶＦＤＦＰ ＤＳＧＴＨＳＷＥＹＷ ＧＡＱＬＮＡＭＫＰＤ ＬＱＲＡＬＧＡＴＰＮ ＴＧＰＡＰＱＧＡ：
（配列番号１０６）である。
ここで、太字で示した長い配列領域および下線上のフォントはシグナルペプチドであり、成熟したＡｇ８５Ａ配列が作製されると開裂する（残り２９６アミノ酸ペプチド）。フィブロネクチン結合ドメインは太字で示し、その直下に斜体で示し、その下の太字に下線を引いた斜体フォントの３アミノ酸は触媒ドメインにある。
ある実施形態では、第２の領域のＡｇ８５Ａのアミノ酸配列（シグナルペプチドなし）は：
ＡＦＳＲＰＧＬＰ ＶＥＹＬＱＶＰＳＰＳ ＭＧＲＤＩＫＶＱＦＱ ＳＧＧＡＮＳＰＡＬＹ ＬＬＤＧＬＲＡＱＤＤ ＦＳＧＷＤＩＮＴＰＡ ＦＥＷＹＤＱＳＧＬＳ ＶＶＭＰＶＧＧＱＳＳ ＦＹＳＤＷＹＱＰＡＣ ＧＫＡＧＣＱＴＹＫＷ ＥＴＦＬＴＳＥＬＰＧ ＷＬＱＡＮＲＨＶＫＰ ＴＧＳＡＶＶＧＬＳＭ ＡＡＳＳＡＬＴＬＡＩ ＹＨＰＱＱＦＶＹＡＧ ＡＭＳＧＬＬＤＰＳＱ ＡＭＧＰＴＬＩＧＬＡ ＭＧＤＡＧＧＹＫＡＳ ＤＭＷＧＰＫＥＤＰＡ ＷＱＲＮＤＰＬＬＮＶ ＧＫＬＩＡＮＮＴＲＶ ＷＶＹＣＧＮＧＫＰＳ ＤＬＧＧＮＮＬＰＡＫ ＦＬＥＧＦＶＲＴＳＮ ＩＫＦＱＤＡＹＮＡＧ ＧＧＨＮＧＶＦＤＦＰ ＤＳＧＴＨＳＷＥＹＷ ＧＡＱＬＮＡＭＫＰＤ ＬＱＲＡＬＧＡＴＰＮ ＴＧＰＡＰＱＧＡ
と考えられる。このＡｇ８５Ａカーゴペプチドの配列番号（配列番号７２）を表３に示すが、それとともに、Ａｇ８５Ａカーゴペプチドまたは変形ペプチドが複合体もしくは融合タンパク質の第２の領域を含んでいる、数ある可能な実施形態のうちの２形態、すなわち、第１の領域にＨＯＸ Ｃ１２（配列番号７３）配列またはＨＯＸ Ｄ１２（配列番号７４）配列を含有するものを示す。分子生物学／生物工学技術分野の当業者であれば、表３に示すこれらおよび他のあらゆる配列の多数の変形が本明細書に開示の実施形態の範囲に入ることを理解されるであろう。
ワクチンで誘導された免疫応答の測定.アデノウイルスベクターＡｇ８５Ａワクチンに対する免疫応答を第Ｉ相臨床試験で測定するため、特異抗体とのインビトロ全血培養およびＩ型サイトカイン応答の測定を使用し、成功した（Smaill et.al. A Human Type 5 Adenovirus-Based Tuberculosis Vaccine Induces Robust T Cell Responses in Humans Despite Preexisting Anti-Adenovirus Immunity. Sci. Transl. Med. 5, 205: 1-11, 2013）。この手法を使用して、ＣＰＰ系Ａｇ８５Ａエピトープワクチン混合物に対するヒトの免疫応答を測定できる。マウスモデルにおいて、同様の方法を使用することができ、処置後の秘蔵リンパ球培養およびＢａｌｂ／ｃマウスにおけるサイトカイン応答を記載のエピトープを用いて行う。
特異抗原エピトープに対して反応性のＣＤ４Ｔ細胞数をＩＦＮ-γ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイで定量化することができ、また、ＣＤ４およびＣＤ８のＴ細胞応答は、細胞内のサイトカイン染色法により測定でき、末梢血リンパ球培養でのＴ細胞サブタイプ分類もできる（Smaill et.al.2013）。
実施例７
ヒト由来のＣＰＰ構造には、ＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメイン、ＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメイン、または表３に記載の構造（配列番号１〜１９）のような他の第１の領域の構造を含むことができる第１の領域が含まれるが、これらに制限されない。第１の領域を第２の領域に結合させ、第１の領域に、疾患状態で異常発現の可能性のある細胞内および／または核内の標的まで「カーゴ（積み荷）」を運ばせるように使用することができる。このような標的には、遺伝子、メッセンジャーＲＮＡおよびｍｉＲＮＡなどの核酸構造が含まれ得る。ここで、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、ＰＮＡ、γＰＮＡ、他の標準的もしくは修飾を受けた核酸またはこれらの構成要素の組み合わせを設計して、これらの細胞内および／または核内の標的に結合し、疾患状態の異常な発現または活性化特性を抑制することができる。表４はヌクレオチド配列を示し、以下に３実施例を記載する。
Figure 0006479777
Ｒａｓ経路への影響：１以上の実施形態では、第２の領域のカーゴはｍｉＲＮＡ１３２標的配列に結合しＲａｓ経路に影響を及ぼす。
Ｒａｓ経路は多くの種類の癌で異常発現しており、経路に影響を与える構成体なら経路依存性の腫瘍の増殖を抑えられると考えられる。診断テストを行えば、この治療に反応する可能性が高いであろう腫瘍のある患者が同定されるであろう。活性化したＲａｓ経路を有すると既知である腫瘍細胞株を使用して、以下に記載のＲａｓ阻害構成体の生物学的活性を示すことができる。それらの構成体により、インビトロでのこれらの腫瘍細胞の増殖が抑えられ、全身処置後にこれらの細胞を使用する異種移植マウスモデルで腫瘍の増殖が抑えられる。
ある実施形態では、ＨＯＸ Ｃ１２アミノ酸配列の第１の領域は配列番号１：
ＳＲＫＫＲＫＰＹＳＫＬＱＬＡＥＬＥＧＥＦＬＶＮＥＦＩＴＲＱＲＲＲＥＬＳＤＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＬＬ
である。別の実施形態では、ＨＯＸ Ｄ１２アミノ酸配列の第１の領域は配列番号２：
ＡＲＫＫＲＫＰＹＴＫＱＱＩＡＥＬＥＮＥＦＬＶＮＥＦＩＮＲＱＫＲＫＥＬＳＮＲＬＮＬＳＤＱＱＶＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＫＲＶＶ
である。
別の実施形態では、第２の領域のカーゴは、例えば、核酸配列番号７６（表４）（またはその多様体）であり得る。
５’-ＴＣＡＡＣＡＴＣＡＧＴＣＴＧＡＴＡＡＧＣＴＡ-３’さらに別の実施形態では、例えば、完全な複合体は配列番号１および７６を含む。
多くの癌における腫瘍抑制因子の経路への影響：第２の領域のカーゴは、ｍｉＲＮＡ２１標的配列に結合し、多くの種類の癌に見られる腫瘍抑制因子の経路に影響を及ぼす。上記のＲａｓ経路の実施例同様、さまざまな実施形態において、第１の領域のホメオドメイン配列は、例えば、ＨＯＸ Ｃ１２（配列番号１）またはＨＯＸ Ｄ１２（配列番号２）（表３を参照のこと）であり得る。１以上の実施形態では、複合体の第２の領域のカーゴはｍｉＲＮＡ２１標的配列に結合し、この配列には配列番号７７（表４）、またはそれらの任意の多様体がふくまれるが、これらに限定されない。したがって、ある実施形態では、第２の領域のカーゴ、例えば、５’-ＣＧＡＣＣＡＴＧＧＣＴＧＴＡＧＡＣＴＧＴＴＡ-３'（配列番号７８）は、ｍｉＲＮＡ２１標的配列、例えば、５’-ＴＡＧＣＴＴＡＴＣＡＧＡＣＴＧＡＴＧＴＴＧＡ-３’（配列番号７７）に結合して、多くの種類の癌に見られる腫瘍抑制因子の経路に影響を及ぼす。
インビトロでのこれらの構成体および異種移植腫瘍マウスモデルの試験で、腫瘍細胞の増殖抑制および腫瘍増殖を測定することにより活性を確認することができる。このｍｉＲＮＡが異常発現している腫瘍があるとわかった癌患者を治療することで、臨床的利益がもたらされるであろう。ある実施形態では、第２の領域のカーゴ配列（配列番号７９）は標的配列ＤＹＲＫ１ｂに結合する。別の実施形態では、配列番号７９の変形配列はＤＹＲＫ１ｂ、またはその機能的多様体に結合する。
遺伝子発現への影響：１以上の実施形態では、第２の領域のカーゴはＤＹＲＫ１ｂに結合して遺伝子発現を抑制する。
この遺伝子の過剰発現は、肺癌および膵癌など多くの癌に存在する。発現増加をもたらすＤＹＲＫ１ｂの変異も、ＩＩ型糖尿病、中心性肥満および早期の冠動脈疾患、メタボリック症候群のすべての特徴の家族性遺伝に関連している。この経路が、一般母集団におけるＩＩ型糖尿病および肥満の病因に寄与していると考えられる。そのため、以下に記載するようなＤＹＲＫ１ｂ阻害剤による全身治療は、ＤＹＲＫ１ｂを異常に高発現する癌のほか、ＩＩ型糖尿病およびメタボリック症候群の他の特徴を発症している患者においても有効となるであろう。特に、過剰発現をもたらすＤＹＲＫ１ｂの変異が同定された患者では有効であろう。前述したＲａｓ経路および腫瘍抑制因子の経路の実施例同様、さまざまな実施形態で、第１の領域のホメオドメイン配列は、例えば、ＨＯＸ Ｃ１２（配列番号１）またはＨＯＸ Ｄ１２（配列番号２）であり得る（表３を参照のこと）。ある実施形態では、配列５'-ＧＴＧＧＴＧＡＡＡＧＣＣＴＡＴＧＡＴＣＡＴ-３'（配列番号７９、表４を参照のこと）またはその変形配列はＤＹＲＫ１ｂに結合する。別の実施形態では、配列番号７９の変形配列はＤＹＲＫ１ｂ、またはその機能的変形配列に結合する。
上記実施例に記載の試験で報告した特定の群間比較では、有意性をｐ＜０.０５で試験した。
以上の記載より、本明細書では具体的な実施形態が説明を目的として記載されているが、本開示の趣旨および範囲から逸脱することなくさまざまな修正が可能であることは認識されよう。したがって、本開示は添付の請求の範囲に定める場合を除き制限されるものではない。
本件出願は、以下の構成の発明を提供する。
（構成１）
ホメオドメイン構造を含み、配列番号１〜１９に記載のいずれか１つのポリペプチド配列またはその多様体を有する第１の領域、および
前記第１の領域に非人工的には会合していない、機能性または調節性のポリペプチドもしくはタンパク質を含む第２の領域、を含む複合体。
（構成２）
ＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインまたはＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメインを少なくとも１つ含む第１の領域、および
前記第１の領域に非人工的には会合していない、機能性または調節性のポリペプチドもしくはタンパク質を含む第２の領域、を含む複合体。
（構成３）
前記第２の領域が、ＮＥＭＯ結合ドメイン、ＰＣ１ ＣＴＴ由来の融合タンパク質、先天的な酵素欠損を有する被検者の酵素機能を回復させる酵素、ＲＰＥ６５遺伝子産物、ジンクフィンガーペプチド、Ａｇ８５Ａ９９-１１８エピトープペプチド、またはＡｇ８５Ａ７０-７８エピトープペプチドの少なくとも１つを含む、構成１または構成２に記載の複合体。
（構成４）
前記ＮＥＭＯ結合ドメインが、配列番号２０に記載のポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成３に記載の複合体。
（構成５）
前記ＰＣ１ ＣＴＴ由来の融合タンパク質が、配列番号２３または２６の少なくとも１つに記載のポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成３に記載の複合体。
（構成６）
先天的な酵素欠損を有する被検者の酵素機能を回復させる酵素が、配列番号３０、４５、もしくは４８の少なくとも１つのポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成３に記載の複合体。
（構成７）
前記ＲＰＥ６５遺伝子産物が、少なくとも配列番号３３またはその多様体を含むポリペプチド配列を有する、構成３に記載の複合体。
（構成８）
前記ジンクフィンガーペプチド配列が、配列番号３６、２９、もしくは４２またはその多様体を少なくとも１つ含む、構成３に記載の複合体。
（構成９）
前記Ａｇ８５Ａ９９-１１８エピトープペプチドが、配列番号５１、５４、５７、もしくは６０またはその多様体を少なくとも１つ含む配列を有する、構成３に記載の複合体。
（構成１０）
前記Ａｇ８５Ａ７０-７８エピトープペプチドが、配列番号６３、６６、もしくは６９またはその多様体を少なくとも１つ含む配列を有する、構成３に記載の複合体。
（構成１１）
前記第２の領域が、前記第１の領域のＣ末端に結合している、構成１または構成２に記載の複合体。
（構成１２）
前記第２の領域が、前記第１の領域のＮ末端に結合している、構成１または構成２に記載の複合体。
（構成１３）
融合タンパク質の形態にある、構成１および構成２のいずれか１に記載の複合体。
（構成１４）
前記第２の領域が、細胞内標的および／または核内標的と相互作用する、構成１および構成２のいずれか１に記載の複合体。
（構成１５）
前記第２の領域と前記細胞内標的および／または前記核内標的との相互作用が、ＮＦ-κＢ活性化、ぶどう膜炎、多発性嚢胞腎変異を有する尿細管細胞のＰＣ１転写因子活性、ＧＣａｓｅのゴーシェ病変異を有する細胞のグルコセレブロシダーゼ基質、ハーラー症候群またはハンター症候群被検者のグリコサミノグリカン、網膜グアニル酸シクラーゼが欠損している網膜細胞の網膜グアニル酸シクラーゼ基質、ハンチントン舞踏病変異を有する細胞の変異ハンチンチン遺伝子の転写調節、および、感染症に暴露されている被検者の結核を予防するための結核ワクチンのようなワクチン実施形態において有効な免疫応答を誘発するための、抗原提示細胞の細胞質内への抗原エピトープの送達、の１つ以上に影響を与える、構成１４に記載の複合体。
（構成１６）
前記第２の領域が、配列番号２３もしくは２６またはその多様体を含むポリペプチド配列を有し、かつ、前記複合体が非競合的Ｖ２受容体拮抗因子をさらに含む、構成１または構成２いずれかに記載の複合体。
（構成１７）
前記第２の領域が、配列番号２０、２３、２６、３０、３３、３６、３９、４２、４５、４８、５１、５４、５７、６０、６３、６６、６９、および７２からなる群から選択されるポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成１または構成２に記載の複合体。
（構成１８）
前記第１および第２の領域間にリンカー配列をさらに含む、構成１または構成２に記載の複合体。
（構成１９）
前記第１および第２の領域の組み合わせが、配列番号２１、２２、２４、２５、２７、２８、３１、３２、３４、３５、３７、３８、４０、４１、４３、４４、４６、４７、４９、並びに５０、５２、５３、５５、５６、５８、５９、６１、６２、６４、６５、６７、６８、７０、７１、７３および７４からなる群から選択されるポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成１に記載の複合体。
（構成２０）
前記配列の開始因子メチオニン残基は、活性剤および／または治療剤として使用する前に除去される、構成１９に記載の複合体。
（構成２１）
前記第１および第２の領域の組み合わせが、ホメオドメイン構造および少なくとも１つのＮＥＭＯ結合ドメイン、ＰＣ１ ＣＴＴ由来の融合タンパク質、先天的な酵素欠損を有する被検者の酵素機能を回復させる酵素、ＲＰＥ６５遺伝子産物、ジンクフィンガーペプチド、Ａｇ８５Ａ９９-１１８エピトープペプチド、並びにＡｇ８５Ａ７０-７８エピトープペプチドを含む配列を有する、構成１に記載の複合体。
（構成２２）
前記第２の領域が、細胞内標的および／または核内標的と相互作用する、構成２１に記載の複合体。
（構成２３）
前記第２の領域と細胞内標的および／または核内標的との相互作用が、ＮＦ-κＢ活性化、ぶどう膜炎、多発性嚢胞腎変異を有する尿細管細胞のＰＣ１転写因子活性、ＧＣａｓｅのゴーシェ病変異を有する細胞のグルコセレブロシダーゼ基質、ハーラー症候群またはハンター症候群被検者のグリコサミノグリカン、網膜グアニル酸シクラーゼが欠損している網膜細胞の網膜グアニル酸シクラーゼ基質、ハンチントン舞踏病変異を有する細胞の変異ハンチンチン遺伝子の転写調節、および、例えば、感染症に暴露されている被検者の結核を予防するための結核ワクチン内のようにワクチン活性成分として有効な免疫応答を誘発するための、抗原提示細胞の細胞質内への抗原エピトープの送達、の１以上に影響を与える、構成２２に記載の複合体。
（構成２４）
前記第１および第２の領域間にリンカー配列をさらに含む、構成１９または構成２１に記載の複合体。
（構成２５）
構成１に記載の複合体および薬理学的に許容される担体を含む組成物。
（構成２６）
構成２に記載の複合体および薬理学的に許容される担体を含む組成物。
（構成２７）
前記組成物が、吸入可能な組成物、局所用または注射用の点眼製剤他の眼用組成物、浣腸剤、外用組成物、または持続的放出のための注射可能なインプラントなどの注射可能な組成物の形態である、構成２５または構成２４に記載の組成物。
（構成２８）
製剤で被検者に投与した場合に、前記複合体が中枢神経系に侵入する、構成１または構成２に記載の複合体。
（構成２９）
製剤で被検者に投与した場合に、前記複合体が、前記第１の領域に結合させない場合の前記第２の領域によって誘発される望ましくない免疫応答よりも、前記被検者の望ましくない免疫応答の抑制を誘導する、構成１または構成２に記載の複合体。
（構成３０）
構成１または構成２に記載の複合体を含む製剤を前記被検者に投与することを含み、これにおいて、前記複合体が被検者の前記中枢神経系に侵入する、被検者の状態の治療方法。
（構成３１）
構成２１に記載の複合体を含む製剤を前記被検者に投与することを含み、これにおいて、前記複合体が前記被検者の前記中枢神経系に侵入する、被検者の状態の治療方法。
（構成３２）
構成１または構成２に記載の複合体を含む製剤を前記被検者に投与することを含み、これにおいて、前記複合体は、（ａ）ペプチド暴露の有意な低下がないこと、および（ｂ）免疫介在性の有害な臨床事象の発生率に有意な増加がないこと、の少なくとも１つが見られるよう、抗原ペプチドに対する被検者の免疫応答を予防または改善する、被検者の状態の治療方法。
（構成３３）
構成１または構成２に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第１の領域がＮＥＭＯ結合ドメインに結合している、被検者のドライアイの治療方法。
（構成３４）
前記ＮＥＭＯ結合ドメインが、配列番号２０に記載のポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成３３に記載の方法。
（構成３５）
構成１に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＮＥＭＯ結合ドメインである、被検者の自己免疫および炎症関連の脱毛の治療方法。
（構成３６）
構成２に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＮＥＭＯ結合ドメインである、被検者の自己免疫および炎症関連の脱毛の治療方法。
（構成３７）
前記ＮＥＭＯ結合ドメインが、配列番号２０に記載のポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成３５または構成３６に記載の方法。
（構成３８）
構成１に記載の複合体を含む吸入可能な製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＮＥＭＯ結合ドメインである、被検者の炎症性気道疾患の治療方法。
（構成３９）
構成２に記載の複合体を含む吸入可能な製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＮＥＭＯ結合ドメインである、被検者の炎症性気道疾患の治療方法。
（構成４０）
前記炎症性気道疾患は慢性閉塞性肺疾患である、構成３８または構成３９に記載の方法。
（構成４１）
前記ＮＥＭＯ結合ドメインが配列番号２０に記載のポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成３８に記載の方法。
（構成４２）
構成１に記載の複合体を含む浣腸製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＮＥＭＯ結合ドメインである、被検者の結腸直腸炎症性腸疾患の治療方法。
（構成４３）
構成２に記載の複合体を含む浣腸製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＮＥＭＯ結合ドメインである、被検者の結腸直腸炎症性腸疾患の治療方法。
（構成４４）
前記ＮＥＭＯ結合ドメインが、配列番号２０に記載のポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成４２または構成４３に記載の方法。
（構成４５）
構成１に記載の複合体を含む全身投与用製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＮＥＭＯ結合ドメインである、被検者の状態の治療方法。
（構成４６）
構成２に記載の複合体を含む全身投与用製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＮＥＭＯ結合ドメインである、被検者の状態の治療方法。
（構成４７）
前記状態が、不安定狭心症、急性心筋梗塞および急性脳卒中の少なくとも１つである、構成４５または構成４６に記載の方法。
（構成４８）
前記ＮＥＭＯ結合ドメインが、配列番号２０に記載のポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成４５または構成４６に記載の方法。
（構成４９）
構成１に記載の複合体を含む全身投与用製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＮＥＭＯ結合ドメインである、被検者における一過性の虚血の後の虚血再潅流傷害の治療方法。
（構成５０）
構成２に記載の複合体を含む全身投与用製剤を投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＮＥＭＯ結合ドメインである、被検者における一過性の虚血の後の虚血再潅流傷害の治療方法。
（構成５１）
前記虚血再潅流傷害が脳、腎臓または心臓にある、構成４９または構成５０に記載の方法。
（構成５２）
前記ＮＥＭＯ結合ドメインが、配列番号２０に記載のポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成４９または構成５０に記載の方法。
（構成５３）
構成１に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域が、ＰＣ１ ＣＴＴ由来の融合タンパク質、ＰＣ１ ＣＴＴ由来のｐ２００ペプチドまたはＰＣ１ ＣＴＴ由来のｐ２１ペプチドである、被検者の多発性嚢胞腎の治療方法。
（構成５４）
構成２に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域が、ＰＣ１ ＣＴＴ由来の融合タンパク質、ＰＣ１ ＣＴＴ由来のｐ２００ペプチドまたはＰＣ１ ＣＴＴ由来のｐ２１ペプチドである、被検者の多発性嚢胞腎の治療方法。
（構成５５）
第２の領域が、配列番号２３または２６の少なくとも１つに記載のポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成５３または構成５４に記載の方法。
（構成５６）
複合体が、集合管細胞の腎嚢胞を標的にするために、さらに非競合的Ｖ２受容体拮抗因子に結合している、構成５３または構成５４に記載の方法。
（構成５７）
構成１に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記複合体の前記第２の領域が、先天的な酵素欠損を有する被検者の酵素機能を回復させる酵素を含む、被検者のリソソーム蓄積症の治療方法。
（構成５８）
構成２に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記複合体の前記第２の領域が、先天的な酵素欠損を有する被検者の酵素機能を回復させる酵素を含む、被検者のリソソーム蓄積症の治療方法。
（構成５９）
酵素が、グルコセレブロシダーゼ、アルファ-Ｌ-イズロニダーゼ、およびイズロニデート（iduronidate）-２-スルファターゼからなる群から選択される、構成５７または構成５８に記載の方法。
（構成６０）
酵素が、配列番号３０、４５、もしくは４８の少なくとも１つに記載のポリペプチド配列またはその多様体を含む、構成５７または構成５８に記載の方法。
（構成６１）
構成１に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＲＰＥ６５遺伝子産物を含む、被検者のレーバー・コンジェンティタル黒内障（Leber Congentital Amourosis）１型の治療方法。
（構成６２）
構成２に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＲＰＥ６５遺伝子産物を含む、被検者のレーバー・コンジェンティタル黒内障（Leber Congentital Amourosis）１型の治療方法。
（構成６３）
ＲＰＥ６５遺伝子産物が、配列番号３３に記載のポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成６１または構成６２に記載の方法。
（構成６４）
構成１に記載の複合体を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がジンクフィンガーペプチドを含む、被検者ハンチントン舞踏病の治療方法。
（構成６５）
構成２に記載の複合体を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がジンクフィンガーペプチドを含む、被検者ハンチントン舞踏病の治療方法。
（構成６６）
前記ジンクフィンガーペプチド配列が、配列番号３６、２９、もしくは４２またはその多様体を少なくとも１つ含む、構成６４または構成６５に記載の方法。
（構成６７）
構成１に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＡｇ８５Ａ９９-１１８エピトープペプチドを含む、被検者の結核の治療方法。
（構成６８）
構成２に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＡｇ８５Ａ９９-１１８エピトープペプチドを含む、被検者の結核の治療方法。
（構成６９）
前記Ａｇ８５Ａ９９-１１８エピトープペプチド配列が、配列番号５１、５４、５７、もしくは６０またはその多様体を少なくとも１つ含む、構成６７または構成６８に記載の方法。
（構成７０）
構成１に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＡｇ８５Ａ７０-７８エピトープペプチドを含む、被検者の結核の治療方法。
（構成７１）
構成２に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＡｇ８５Ａ７０-７８エピトープペプチドを含む、被検者の結核の治療方法。
（構成７２）
前記Ａｇ８５Ａ７０-７８エピトープペプチド配列が、配列番号６３、６６、もしくは６９またはその多様体を少なくとも１つ含む、構成７０または構成７１に記載の方法。
（構成７３）
複数工程を含む方法により調製される複合体であって、
構成１に記載の複合体をコードする核酸を含む発現ベクターで形質転換した宿主細胞を、その宿主細胞内に前記複合体が発現される条件下で培養し、
前記複合体をアフィニティー精製により回収する、方法で調整される複合体。
（構成７４）
ホメオドメイン構造を含む第１の領域、および
第１の領域に非人工的には会合していない、機能性もしくは調節性の核酸またはペプチド核酸を含む第２の領域、を含む複合体。
（構成７５）
前記第１の領域がＨＯＸ Ｄ１２ホメオドメインである、構成７４に記載の複合体。
（構成７６）
前記第１の領域がＨＯＸ Ｃ１２ホメオドメインである、構成７４に記載の複合体。
（構成７７）
配列番号１〜１９のいずれか１つに記載のポリペプチド配列またはその多様体を有するホメオドメイン構造を含む第１の領域、および
前記第１の領域に非人工的には会合していない、機能性もしくは調節性の核酸またはペプチド核酸を含む第２の領域、を含む複合体。
（構成７８）
前記第２の領域が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、ＰＮＡ、γＰＮＡ、または細胞内での生物学的活性を有する、これらの構成要素の組み合わせを含む、構成７４〜７７のいずれか１に記載の複合体。
（構成７９）
前記第２の領域が、ｍｉＲＮＡ２１またはＤＹＲＫ１ｂに結合する核酸を含む、構成７４〜７７のいずれか１に記載の複合体。
（構成８０）
前記第２の領域が、配列番号７６、７８、もしくは７９の少なくとも１つに記載のヌクレオチド配列またはその多様体を有する、構成７４〜７８のいずれか１に記載の複合体。
（構成８１）
前記第２の領域が、前記第１の領域のＣ末端に結合している、構成７４〜７９のいずれか１に記載の複合体。
（構成８２）
前記第２の領域が、前記第１の領域のＮ末端に結合している、構成７４〜７９のいずれか１に記載の複合体。
（構成８３）
前記第１の領域が、前記第２の領域にペプチド結合で連結している、構成７４〜７９のいずれか１に記載の複合体。
（構成８４）
前記第２の領域が、前記第１の領域に非ペプチド結合を介して結合している、構成７４〜７９のいずれか１に記載の複合体。
（構成８５）
前記第２の領域が細胞内標的および／または核内標的と相互作用する、構成７４〜７９のいずれか１に記載の複合体。
（構成８６）
前記第２の領域が、細胞内標的および／または核内標的との相互作用を、ｍｉＲＮＡまたはｍｉＲＮＡを結合するタンパク質複合体との相互作用を介して行う、構成８５に記載の複合体。
（構成８７）
前記第２の領域が、Ｒａｓ経路に影響を与えるためにｍｉＲＮＡ１３２に結合する、核酸またはＰＮＡである、構成８６に記載の複合体。
（構成８８）
前記第２の領域が、配列番号７５に記載のｍｉＲＮＡヌクレオチド配列またはその多様体に安定にハイブリダイズする核酸配列もしくはＰＮＡである、構成８６に記載の複合体。
（構成８９）
前記第２の領域が、配列番号７８に記載のヌクレオチド配列、または、ｍｉＲＮＡ１３２に安定にハイブリダイズする前記配列の一部もしくはその多様体のヌクレオチド配列を有する、構成８８に記載の複合体。
（構成９０）
前記第２の領域が、ｍｉＲＮＡ１３２との相互作用の特異性に基づいて選択される、構成８８に記載の複合体。
（構成９１）
前記第２の領域が、安定性向上または分解抑制のために修飾ヌクレオチドで構成される、構成８８に記載の複合体。
（構成９２）
前記第２の領域が、腫瘍抑制因子の経路または腫瘍増殖に影響を与えるためにｍｉＲＮＡ２１に結合する核酸配列もしくはＰＮＡである、構成８６に記載の複合体。
（構成９３）
前記第２の領域が、配列番号７６に記載のヌクレオチド配列またはその多様体を含むか、または配列番号７７に記載のヌクレオチド配列またはその多様体に安定にハイブリダイズ可能である、構成９２に記載の複合体。
（構成９４）
前記第１の領域のホメオドメイン構造が、配列番号２に記載のポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成７４、７５および構成７７〜９３のいずれか１に記載の複合体。
（構成９５）
前記第２の領域が、細胞内標的および／または核内標的との相互作用を、スプライシングまたはタンパク質翻訳に影響を与えるためにメッセンジャーＲＮＡとの相互作用を介して行う、構成７４〜７９のいずれか１に記載の複合体。
（構成９６）
前記第２の領域がＤＹＲＫ１ｂに結合する、構成９５に記載の複合体。
（構成９７）
前記第２の領域が、配列番号７９に記載のヌクレオチド配列またはその多様体を有する、構成９６に記載の複合体。
（構成９８）
前記第１の領域および前記第２の領域が、「クリックケミストリー」を介して結合している、構成７４に記載の複合体。
（構成９９）
前記第２の領域がＰＮＡを含み、かつ、前記第１の領域と前記第２の領域とがペプチド結合を介して結合している、構成７４に記載の複合体。
（構成１００）
構成７４に記載の複合体を含む製剤を患者に投与することを含む、被検者の癌の治療方法。
（構成１０１）
構成９５に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含む、被検者の癌の治療方法。
（構成１０２）
構成９６に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含む、被検者の癌の治療方法。
（構成１０３）
構成９７に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含む、被検者の癌の治療方法。
（構成１０４）
構成７４に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含む、被検者のメタボリック症候群、脂質障害および／または肥満の治療方法。
（構成１０５）
構成９５に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含む、被検者のメタボリック症候群、脂質障害および／または肥満の治療方法。
（構成１０６）
構成９６に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含む、被検者のメタボリック症候群、脂質障害および／または肥満の治療方法。
（構成１０７）
構成９７に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含む、被検者のメタボリック症候群、脂質障害または肥満の治療方法。
（構成１０８）
静脈投与用液としての製剤を投与することを含む、構成１００に記載の癌の治療方法。
（構成１０９）
持続的放出形態の製剤を投与することを含む、構成１０４に記載のメタボリック症候群、脂質障害および／または肥満の治療方法。
（構成１１０）
構成１に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、第２の領域が、Ａｇ８５Ａ９９-１１８エピトープペプチドまたはＡｇ８５Ａ７０-７８エピトープペプチドの１つの少なくとも一部を含む、被検者の結核の治療方法。
（構成１１１）
構成１１０に記載の被検者の結核の治療方法であって、
前記製剤を、吸入経路、経鼻経路を介して、および／または筋肉内、皮内または皮下の注射により少なくとも１日１回前記被検者に投与すること、および
前記製剤の投与により、結核菌による活発な肺感染症が前記被検者に発症するのを防ぐ防御的免疫応答が引き起こされること、を含む結核の治療方法。
（構成１１２）
構成１に記載の複合体を含む製剤を被検者に投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域が、配列番号５１、５４、５７、６０、６３、６６、６９および７２の少なくとも１つに記載のポリペプチド配列またはその多様体を有する、被検者の結核の治療方法。
（構成１１３）
被検者において、ドライアイ、自己免疫関連脱毛、炎症関連脱毛、慢性閉塞性肺疾患、炎症性気道疾患、不安定狭心症、急性心筋梗塞、急性脳卒中、および臓器への虚血再潅流傷害のうち任意の１以上を治療する方法であって、
構成１に記載の複合体を含む製剤を少なくとも１日１回投与することを含み、これにおいて、前記第２の領域がＮＥＭＯ結合ドメインを含み、
これにおいて、前記製剤の投与により、ＮＦ-κＢ活性阻害、ＴＮＦ-α、ＩＰ-１０、ＳＡＡ、ＩＬ-６、Ｋｃおよび／またはＧＭ-ＣＳＦの血中濃度の低下、並びに／または血中インターロイキン１０レベルの上昇がもたらされる、治療方法。
（構成１１４）
前記第２の領域が、配列番号２０に記載のポリペプチド配列またはその多様体を有する、構成１１３に記載の方法。
（構成１１５）
前記第１の領域が、配列番号１または２に記載の任意のポリペプチド配列またはその多様体を含む、構成１１３に記載の方法。
（構成１１６）
前記第１の領域がヒト遺伝子由来のポリペプチド配列を含む、構成１、２、７４および７７のいずれか１に記載の複合体。
（構成１１７）
前記第２の領域が、ヒト遺伝子またはその多様体に由来するポリペプチド配列を含む、構成１１６に記載の複合体。
（構成１１８）
前記第２の領域が、ヒト遺伝子またはその多様体に由来する核酸配列を含む、構成１１６に記載の複合体。
（構成１１９）
前記被検者がヒトである、構成３０〜７２および１００〜１１５のいずれか１に記載の方法。

以上

Claims (7)

  1. 配列番号２２のポリペプチド配列からなる、細胞膜透過性ペプチド複合体。
  2. 前記細胞膜透過性ペプチドが、細胞内標的および／または核内標的と相互作用する、請求項１に記載の細胞膜透過性ペプチド複合体。
  3. 前記細胞膜透過性ペプチドと前記細胞内標的および／または前記核内標的との相互作用が、ＮＦ-κＢ活性化、および／またはぶどう膜炎に影響を与える、請求項２に記載の細胞膜透過性ペプチド複合体。
  4. 前記配列の開始因子メチオニン残基は、活性剤および／または治療剤として使用する前に除去される、請求項１に記載の細胞膜透過性ペプチド複合体。
  5. 請求項１記載の細胞膜透過性ペプチド複合体を含む、組成物。
  6. 前記組成物が、吸入可能な組成物、局所用または注射用の点眼製剤他の眼用組成物、浣腸剤、外用組成物、または持続的放出のための注射可能なインプラントを含む注射可能な組成物の形態である、請求項５に記載の組成物。
  7. ドライアイまたは他の炎症性眼状態の治療に使用するための、請求項１〜４のいずれか一項に記載の細胞膜透過性ペプチド複合体、または請求項５もしくは６に記載の組成物。
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