JP6374964B2 - 特別なキャプチャープローブ(heatseq)を使用したシークエンスキャプチャー法 - Google Patents
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Description
用語“a”、“an”および“the”は、一般に、そうではないことが内容から明らかに示されない限り複数表記を含む。
本明細書中で用いる用語“エンリッチした”は、一般に、ターゲット核酸を含む試料を処理するいずれかの方法であって、ターゲット核酸を試料中に存在する他の材料の少なくとも一部から分離できる方法に関係する。したがって、“エンリッチメント”は他の材料より多量のターゲット核酸の生成であると解釈される。
用語“ハイブリダイズ”は、一般に、それらのヌクレオチド配列が調和する異なる核酸分子間の塩基対合を表わす。用語“ハイブリダイズ”と“アニール”は互換性をもって使用できる。
“ターゲット核酸”は、本明細書中で試料中の分析すべき核酸、すなわち試料中のその存在、非存在、核酸配列および/または量を決定すべき核酸を表わすために用いられる。ターゲット核酸はゲノム配列、たとえば特定の遺伝子の一部、RNA、cDNA、または他のいずれの形態の核酸配列であってもよい。ある態様において、ターゲット核酸はウイルス性または微生物性のものであってもよい。
MIP−前駆体からMIPへの変換のためのプロトコルを図1に詳述する。図1AはMIP−前駆体分子に関する一例を示す。この例では、MIP前駆体はアレイ表面に前駆体が形成されるようにMASユニット上での合成により形成された。この例におけるMIP前駆体分子は2つの15merプライマー部位を5’および3’末端に含む。末端プライマー部位に隣接して、ターゲット特異的領域である2つの20mer部位、X20およびY20があり、それらは試料中の特定のターゲット領域の境界をなす特定部位に対して相補的である。X20とY20の間にリンカー領域(この場合は30mer配列)があり、それはこれら2つのターゲット特異的配列を互いに連結している。
前記の実施例1からのプロトコルにより、ゲノムDNAへのハイブリダイゼーションに有用な70−mer MIPが得られる。これらの例の目的について、このプールをMIP480ミックスと表示した。そのようなMIPを、cDNA、RNAなどを含めた他の形態の核酸ターゲットについて使用するために調製できることも容易に認識される。MIPプローブをゲノムDNAに接触させるハイブリダイゼーション工程および伸長工程を図3に示す。
キャプチャーされたDNA配列(この場合はエキソン)を次いで環化した。リガーゼおよびポリメラーゼ酵素のミックス10μlを調製し、それぞれ25μlのキャプチャー反応に添加した。このリガーゼ/ポリメラーゼミックスは下記の試薬を含む。
下記の試薬(すべてNew England Biosciencesから)を用いてエキソヌクレアーゼの混合物を調製した。
この例では、使用したMIPプローブは20〜30ヌクレオチドの可変XおよびY領域長さをもつ。この態様において、TmはXとYの融解温度がほぼ等しくなるように標準式を用いて計算される。
5’−(X20)AGATCGGAAGAGCACATCCGACGGTAGTGT(Y20),XおよびYは2つの20ヌクレオチド長さのターゲット特異的領域を表わす。本発明の態様においては、MIPプローブは可変領域をもち、下記のように表わすことができる:
5’−(X20〜30)AGATCGGAAGAGCACATCCGACGGTAGTGT(Y20〜30),ここで、X領域とY領域は必ずしも同一長さをもつ必要はない。固定長20−ntのプローブおよびTm平衡化した20〜30−ntプローブのTm分布を図5に示す。図5において、X−軸はプローブの融解温度を示し、一方、Y軸はプローブ数を示す。これから分かるように、プローブのTmを変化させると、集団はXおよびY領域の長さを固定した場合より狭い融点範囲に集中する。下記の表は図5に用いたデータを含む。
UID配列を含むMIP前駆体についての一般的フォーマットを図7Aに表わす。この例では、MIPプローブは、NNNNNN(N6)として表記されるUID領域を含むリンカーで連結された可変長ターゲット領域XおよびYをもつ。UID領域はもちろん6ヌクレオチド以外の鎖長で合成でき、個々の実験または用途に必要なランダム性を誘導するのに十分な長さでありさえすればよい。このセグメントは、各プローブにおいて合成されるランダム生成配列である(すなわち、各プローブがそれ自体のランダムUID配列をもつ)。この配列は、シークエンシングワークフローの終了付近で、いずれか特定のプローブターゲットが増幅バイアス、遺伝子座増幅/提示バイアス、および特定のシークエンシングプラットフォームに関連する系統的アーチファクトによって過剰提示されているかを判定するために使用できる。前記と同様なワークフローで、MIPプローブを合成し、次いでプライマーを用いて増幅し(図7Bを参照)、次いで制限酵素でニッキングし、一本鎖MIPプールとして放出させる(図7Cを参照)。
この態様において、ゲノムDNAにハイブリダイズしたMIPは、Phusionポリメラーゼでギャップ充填した後にAmpligaseにより環化された。リガーゼ/ポリメラーゼミックスは下記の試薬を用いて調製された。
線状DNAを消化するために、下記の試薬からなるエキソヌクレアーゼミックスで試料を処理した。
実施例5:エキソーム(Exome)キャプチャーのためのMIP設計
この例では、前記の実施例4に記載したものと同じプロトコルを用い、ただし474 MIPプローブのプールを合成する代わりに、個々のプローブ上にXおよびYターゲット領域について20〜30ヌクレオチドの可変長をもち、平衡化TmおよびN6 UID配列をもつ437,202のMIPプローブを含むようにプールを増加した(“437Kプール”)。
UIDはシークエンシング結果における特定のプローブの過剰提示または過小提示を判定するために使用でき、個々のプローブに関係する特定のリードのトラッキングがデータ解析のために重要である他の目的にも有用である。1態様において、UIDは、図10に示すように増幅により導入された潜在的な対立遺伝子バイアスの存在下で接合状態(zygosity)を判定するために用いられる。各MIPプローブについて、シークエンシングリードはそのプローブについて合成されたUID配列(リード1、リード2、または両方に現われる可能性がある)を示し、かつ目的とするキャプチャー配列を含むであろう(図10Aを参照)。
Claims (6)
- MIPプローブを調製する方法であって、下記を含む前記方法:
a)アレイ上でMIP前駆体を合成することであって、ここでMIP前駆体は;
i)5’及び3’末端に2つのプライマー結合部位を含み;
ii)前記プライマー結合部位の内側の一方の末端付近に第1末端ターゲット配列、および反対側の末端付近に第2末端ターゲット配列を含み;
iii)前記第1末端ターゲット配列、および前記第2末端ターゲット配列の間にリンカー領域を含み;
iv)MIPプローブ鎖上の5’末端側のターゲット配列の5’末端にニッキングのための酵素が認識する部位を有し;ならびに、
v)MIPプローブ鎖上の3’末端側のターゲット配列の3’末端にニッキングのための酵素が認識する部位を有する;
b)前記2つのプライマー結合部位に結合するプライマーを用いて、MIP前駆体を溶液中で増幅すること;
c)溶液を採集すること;
d)増幅した前駆体を1種類以上のニッキングのための酵素を使用して消化して、MIPプローブを形成すること、ここで前記酵素はMIP前駆体中の前記ニッキングのための酵素が認識する部位を認識するものである;
e)前記MIPプローブを、一本鎖のMIPプローブのリンカー領域に相補的なブロッキングオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること。 - MIP前駆体のリンカー領域が固有識別子(UID)配列を含む、請求項1に記載の方法。
- アレイ合成がマスクレス・アレイ合成を使用して実施される、請求項1又は2に記載の方法。
- 第1末端ターゲット配列および/または第2末端ターゲット配列の配列長さを、これら2種類のターゲット配列の融解温度を近接させるために変更する、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- ターゲット配列の一部を同定する方法であって、下記を含む前記方法:
f)請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法でMIPプローブを調製すること;
g)MIPプローブを核酸試料にハイブリダイズさせること;
h)核酸試料の一部が複製されて環化MIPプローブに組み込まれるように、MIPプローブをポリメラーゼで環化すること;
i)エキソヌクレアーゼを使用して線状核酸を実質的に消化すること;および、
j)MIPプローブの配列を決定すること。 - さらに、MIPプローブが固有識別子(UID)配列を含む場合に、MIPプローブの配列を評価し、いずれかのUID配列が予想結果と比較して過剰提示または過小提示されているかを判定することを含む、請求項5に記載の方法。
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