JP6011036B2 - デバイス - Google Patents

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Description

本発明は、核酸抽出用又は分注用のデバイスに関する。
生化学の分野において、PCR(Polymerase Chain Reaction:ポリメラーゼ連鎖反応)の技術が確立されている。最近、PCR法における増幅の精度や検出感度は向上してきており、極微量の検体(DNA等)を増幅し、検出・解析することができるようになってきた。PCRは、増幅の対象とする核酸(標的核酸)及び試薬を含む溶液(反応液)に熱サイクルを施すことで、標的核酸を増幅させる手法である。PCRの熱サイクルとしては、2段階又は3段階の温度で熱サイクルを施す手法が一般的である。
一方、医療の現場におけるインフルエンザ等の感染症の診断は、現状ではイムノクロマト等の簡易検査キットを用いることが主流である。しかしこのような簡易検査では、精度が不十分となる場合があり、より高い検査精度を期待できるPCRを感染症の診断に適用することが望まれている。また、医療機関における一般外来等では、診察の時間が制限される関係から、検査に費やすことのできる時間は短時間に制限される。そのため、例えばインフルエンザの検査は、検査の精度を犠牲にして、簡易的なイムノクロマト等の検査により短時間化して行われているのが現状である。
このような事情から、医療の現場で、より高い精度を期待できるPCRによる検査を実現するためには反応に要する時間を短縮する必要があった。PCRの反応を短時間で行うための装置として、例えば特許文献1には、反応液と、反応液と混和せず反応液よりも比重の小さい液体とが充填された生体試料反応用チップを、水平方向の回転軸の周りに回転させることで、反応液を移動させて熱サイクルを施す生体試料反応装置が開示されている(特許文献1)。また、PCRの一手法として、磁性ビーズを用いた方法(特許文献2)や、磁性ビーズを液滴の移動手段として用い、基板上の温度変化領域での液滴を移動させることによりPCRの熱サイクルを行う方法(特許文献3)等の開示がある。
さらに、PCRに用いる検体や試薬は、稀少であり高価であることが多いので、PCRの反応液の量(体積)が小さいほど費用及び効率の面で好ましい。したがって、PCRの反応液の液量を、できるだけ小さくして取り扱うことができる手法が望まれる。微量の液体を取り扱う方法の例としては、特許文献4に、対象とする液体を、該液体と混和せず相分離をする送液用の液体を用いて、細い管の中で移送する方法が開示されている。また、特許文献5には、遺伝子解析装置として、PCRの反応液を流路内で移動させてPCRを行う装置と、その使用方法が開示されている。
特開2009−136250号公報 特開2009−207459号公報 特開2008−012490号公報 特開2004−025148号公報 特開2007−175002号公報
上述のようにPCRの熱サイクルに要する時間を短縮する検討は進められているものの、検体から鋳型となる核酸を抽出してPCRを開始することのできる状態にするために要する時間を短縮する技術は、必ずしも十分に開発されたとはいえない状況である。例えば、PCRを行うためには検体(血液、鼻腔粘液、口腔粘膜など)から鋳型となる核酸(DNA:Deoxyribonucleic Acid、及び/又はRNA:Ribonucleic Asid)を抽出する処理(以下、単に「前処理」ということがある。)が必要であるが、PCRの熱サイクルに要する時間を短縮できたとしても、核酸を抽出する(前処理)に要する時間を短縮できなければ、医療の現場での要求には十分応えることはできない。
通常はカラムや磁性ビーズを使った前処理が行われているが、試薬の分注や撹拌・遠心作業などをすべて手作業で行うか、自動抽出装置等の高価で大掛かりな装置が必要である。そしてそのいずれの方法であっても前処理に少なくとも30分以上の時間と手間がかかっている。したがって仮にPCRの熱サイクルのみを短時間(例えば15分以内)で行うことができても、前処理のために要する時間を合わせると、検体の採取から検査結果が出るまでの全体の検査時間は短くても1時間程度を要してしまうのが現状である。
したがって、診療時間等の制限のある現場で核酸の抽出(前処理)からPCRの熱サイクルまでを一貫して行うことは現実的には難しかった。このような事情がPCRによる検査手法の医療機関への普及のための障害の一つとなっていた。すなわち、PCRそのものと前処理にかかる時間及び煩雑さが、PCRがイムノクロマトより高感度、高精度な検査方法であるにもかかわらず、医療の現場で普及しにくい原因の一つとなっていた。
また上記先行技術文献に開示された方法は、対象とする液体を0.5μL(マイクロリットル)より大きい体積で取り扱うものである。そのため、対象となる液体自体は、別途さらに大きい規模で調製されていた。したがって、対象となる液体の調製は、例えば、市販の機器や実験器具を用いて行うことができた。ところが、PCRでは微量反応の技術の向上や、低コスト化の要望の高まりによって、対象となる液体を、1μL程度の体積で調製することが求められている。このような場合には、ナノリットル(nL)のオーダー(1μL未満)の検体や試薬の溶液を正確な体積で、計量、送液等して取り扱う必要があるが、従来の分注方法では、微量の液体の精密な取り扱いが難しかった。例えば、比較的精密とされる手動のピペットを用いた場合でも、液体の体積が0.2μL未満となると、もはや精度よく計量、送液、分注することは困難であった。
本発明の幾つかの態様に係る目的の一つは、PCRのための前処理に要する時間を短縮できるデバイスを提供することにある。また本発明の幾つかの態様に係る目的の一つは、微量の液体を精度よく分注することのできるデバイスを提供することにある。
本発明は前述の課題の少なくとも一部を解決するためになされたものであり、以下の態様又は適用例として実現することができる。
[適用例1]本発明に係るデバイスの一態様は、第1部分及び前記第1部分よりも内径の小さい第2部分を有するチューブと、前記第1部分の内面に嵌合可能な筒状部、及び前記筒状部に支持された前記第2部分の内面に嵌合可能な棒状部を有し、前記チューブの前記第1部分側から挿入可能なプランジャーと、を含み、前記第1部分の内面に前記筒状部が嵌合した場合に、前記第2部分の内面と前記棒状部とが離間している第1状態、及び前記第2部分の内面と前記棒状部が嵌合している第2状態が形成され、前記第1状態では、前記第2部分の内部と前記筒状部の内部とを連通させる連通路が形成され、前記第2状態では、前記連通路が遮断されるものである。
本適用例のデバイスは、第1状態とすることにより、検体等を、筒状部を介してチューブの第2部分に導入することができる。そして、第1状態から第2状態に移行させることによって、チューブの第2部分においてシリンジ(注射器)を構成することができる。そのため検体等の汚染を抑制しつつ非常に簡易な操作で、例えばPCRの核酸抽出操作を行うことができる。また、第2状態とした後、検体等を正確にチューブの第2部分から吐出することができ、他の容器等に正確に検体等を分注することができる。このようなことから、本適用例のデバイスによれば、例えばPCRの前処理を簡易化及び精密化でき、また、PCRに要する時間を短縮することができる。
[適用例2]適用例1において、前記第2部分の内部に、オイルからなる第1プラグ、オイルと混和しない溶出液からなる第2プラグ、及びオイルからなる第3プラグが、前記第1部分側から当該順で配置されていてもよい。
本適用例のデバイスによれば、PCRのための前処理に要する時間と手間を大幅に削減することができる。具体的には、チューブの第2部分に、オイル、溶出液及びオイルがプラグ状に順に配置されるので、例えば、検体等が標的核酸を吸着させた磁性粒子であれば、第1状態において、デバイスの外部から磁力を印加して、磁性粒子をデバイス内部で移動させ筒状部を介してチューブの第2部分に導入することができる。そのため、例えば核酸が吸着した磁性粒子を、プランジャー内に導入し、第1プラグを通過させ第2プラグまで移動させることができる。これにより核酸の抽出操作をさらに正確かつ短時間で行うことができる。また、必要に応じて第1状態のまま磁性粒子をチューブの第2部分から他の部分へと移動させることができる。その後、第2状態とし、プランジャーをチューブ内で移動させれば、第3プラグ及び溶出液を当該順でチューブの第2部分から吐出させることができる。これにより、高い純度で核酸を含有する溶出液を得るための手間を大幅に省くことができる。
なお、本明細書において、液体の「プラグ」とは、チューブの長手方向において、実質的に当該液体のみが内部を占める形状となったものを指し、液体によってチューブの内部の空間が区画されている状態を指す。ここでの実質的にとの表現は、プラグの周囲すなわち、チューブの内壁に少量(例えば薄膜状)の他の物質(液体等)が存在していてもよいことを指している。また、チューブとは、内部に空洞を有する筒状の物体を指す。本適用例では、チューブは液体が当該チューブ内でプラグを維持できる程度の内部空洞を少なくとも第2部分において有している。
また、本適用例のデバイスは、チューブ内で溶出液が、オイルの各プラグによって封止されている。そのため、チューブの第2部分側の先端が大気等に開放されたとしても、溶出液の蒸発を防ぐことができる。これにより、例えば、溶出液の体積を所定の大きさに安定させることができ、溶出液における核酸の濃度の定量性を維持することができる。
[適用例3]適用例1又は適用例2において、前記筒状部に接続可能な容器をさらに含んでもよく、前記筒状部に前記容器が接続された場合に、前記筒状部の内部と前記容器の内部とが連通されてもよい。
本適用例のデバイスは、容器内に粒子等と検体とを収容すれば、容器内で粒子等に核酸を吸着させることができる。そして、容器を筒状部に接続すれば、当該粒子等をチューブ内に導入することができる。また、本適用例のデバイスは、容器を有するため、容器を独立して振とうすることができ、容器内の液体を十分に撹拌することができる。これにより迅速に粒子等に核酸を吸着させることができる。
また、第1プラグないし第3プラグを配置した場合には、容器を接続することにより、核酸が吸着された粒子等をチューブの第1プラグ側から導入して、第2プラグまで移動させることが容易である。これにより、核酸の抽出を、汚染を抑制しながら短時間で容易に行うことができる。より詳細には、核酸が吸着された粒子等を容器内で調製し、第1状態のデバイスのプランジャーの筒状部に容器を接続して、粒子等を筒状部を介してチューブ内に導入し、第1プラグのオイル内を通過させ、第2プラグの溶出液において粒子等から核酸を溶出させることができる。そのため、本適用例のデバイスによれば、PCRのための前処理に要する時間と手間を大幅に削減することができる。
[適用例4]適用例1又は適用例2において、前記チューブ及び前記プランジャーを複数有してもよく、複数の前記プランジャー及び複数の前記チューブは、連動して前記第1状態及び前記第2状態を形成してもよい。
本適用例のデバイスによれば、複数のチューブ及び複数のプランジャーの配置を同時に第1状態とすることができ、その状態で各プランジャーの筒状部を介してそれぞれのチューブの第2部分に検体等を導入することができる。そして、複数のチューブ及び複数のプランジャーの配置を同時に第1状態から第2状態に移行させることができ、これにより、各チューブの第2部分においてそれぞれシリンジを構成することができる。そのため、検体等の汚染を抑制しつつ簡易な操作で、例えばPCRの前処理を行うことができる。また、各チューブ及び各プランジャーを連動させることが容易であるため、検体等を正確に各チューブの第2部分から吐出することができ、複数の容器等にそれぞれ正確に検体等を分注することができる。このようなことから、本適用例のデバイスによれば、例えばPCRの前処理をより簡易化及び精密化でき、また、PCRに要する時間を短縮することができる。
[適用例5]適用例4において、複数の前記プランジャーの各前記筒状部に接続可能なマニホールドをさらに含んでもよく、各前記筒状部に前記マニホールドが接続された場合に、各前記筒状部の内部と前記マニホールドの内部とが連通され、前記マニホールドは、各前記筒状部に接続する複数の個別通路、及び各前記個別通路に接続する共通通路を有してもよい。
本適用例のデバイスによれば、マニホールドを有するため、粒子等を各プランジャーの筒状部に均等に導入しやすい。そのため、例えばPCRに要する時間をさらに短縮することができる。
[適用例6]適用例5において、各前記個別通路の体積は、実質的に等しくてもよい。
本適用例のデバイスによれば、簡易な操作によって各プランジャーの筒状部に実質的に同体積の液体を容易に分配して導入することができる。なお、ここでの「実質的に等しい」との文言は、部材の寸法精度や操作における誤差により、多少の差がある場合を含むことを意味している。すなわち実質的に等しい体積とは、例えば、比較される体積の差が、±10%以内、好ましくは±5%以内の範囲にあることを指す。
[適用例7]適用例5又は適用例6において、前記マニホールドの前記共通通路に接続可能な容器をさらに含んでもよく、前記マニホールドに前記容器が接続された場合に、前記マニホールドの内部と前記容器の内部とが連通されてもよい。
本適用例のデバイスは、容器内に粒子等と検体とを収容すれば、容器内で粒子等に核酸を吸着させることができる。そして、容器をマニホールドに接続すれば、当該粒子等を各チューブ内にそれぞれ導入することができる。また、本適用例のデバイスは、容器を有するため、容器を独立して振とうすることができ、容器内の液体を十分に撹拌することができる。これにより迅速に粒子等に核酸を吸着させることができる。
また、容器を接続することにより、第1プラグないし第3プラグを配置した場合には、核酸が吸着された粒子等をチューブの第1プラグ側から導入して、第2プラグまで移動させることが容易である。これにより、核酸の抽出をきわめて短時間で容易に行うことができる。より詳細には、核酸が吸着された粒子等を容器内で調製し、第1状態のデバイスのマニホールドに容器を接続して、粒子等を筒状部を介してチューブ内に導入し、第1プラグのオイル内を通過させ、第2プラグの溶出液において粒子等から核酸を溶出させることができる。そして、複数の他の容器に溶出液を分注することができる。そのため、本適用例のデバイスによれば、PCRのための前処理に要する時間と手間を大幅に削減することができる。
デバイス100のチューブ10を模式的に示す図。 デバイス100のプランジャー20を模式的に示す図。 デバイス100の第1状態を模式的に示す図。 デバイス100の第2状態を模式的に示す図。 デバイス110を模式的に示す図。 デバイス120を模式的に示す図。 デバイス130を模式的に示す図。 デバイス140を模式的に示す図。 デバイス150を模式的に示す図。 デバイス200の第1状態を模式的に示す図。 デバイス200の第2状態を模式的に示す図。 デバイス210の第1状態を模式的に示す図。 デバイス210の第2状態を模式的に示す図。 デバイスを用いた核酸抽出方法の各工程を模式的に示す図。 デバイスを用いた核酸抽出方法の各工程を模式的に示す図。
以下に本発明のいくつかの実施形態について説明する。以下に説明する実施形態は、本発明の例を説明するものである。本発明は以下の実施形態になんら限定されるものではなく、本発明の要旨を変更しない範囲において実施される各種の変形形態も含む。なお以下で説明される構成の全てが本発明の必須構成要素であるとは限らない。
1.デバイス
本発明に係るデバイスは、チューブと、プランジャーと、を含む。
図1は、本実施形態のデバイス100のチューブ10を概念的に示す図である。図2は、本実施形態のデバイス100のプランジャー20を概念的に示す図である。図3及び図4は、それぞれデバイス100が第1状態及び第2状態を採っている様子を模式的に示す図である。図1ないし図4は、いずれも本発明に係るデバイスの説明のために簡略化して描いた模式図である。
1.1.チューブ
図1に示すように、チューブ10は、両端が開放された筒状の形状を有する。チューブ10の形状は、貫通する内部空洞13を有し、以下に説明する第1部分11及び第2部分12を有すれば、特に限定されない。チューブ10の内部空洞13は、液体が導入された場合に、液体をチューブ10の長手方向に流通させることのできる空間となっている。チューブ10は、プランジャー20が挿入された場合に、プランジャー20の一部分、複数部分、又は全体に包接することができる形状を有する。チューブ10は、シリンダーとしての機能を有し、プランジャー20が挿入された場合に、プランジャー20との包接位置より先端側に位置する内部空洞13の体積を、スライド(滑動)により変化させることができる。
チューブ10は、長手方向を有するが、屈曲してもよい。チューブ10の内部空洞13の、長手方向に直交する断面の形状は、円、楕円、多角形等とすることができ特に限定されない。また、チューブ10の内部空洞13の長手方向に垂直な断面の形状は、チューブ10の長手方向に沿って変化してもよい。液体が導入された場合に、チューブ10内でプラグ形状を維持できるかどうかについては、チューブ10の材質、液体の種類等の条件に依存するので、チューブ10の長手方向に垂直な断面の形状は、必要に応じて液体がチューブ10内でプラグ形状を維持できる範囲内で適宜に設計される。またチューブ10は、プランジャー20をスライド(密着しながら滑動)させることができる限りにおいて、屈曲していてもよく、可撓性を有してもよい。
チューブ10の外形の長手方向に垂直な断面の形状も限定されない。さらにチューブ10の肉厚(内部空洞13の側面から外部の表面までの長さ)も特に限定されず、チューブ10の長手方向に沿って変化してもよい。チューブ10の内部空洞13の長手方向に垂直な断面が円形である場合、チューブ10の内径(内部空洞13の長手方向に垂直な断面における円の直径)は、例えば、0.5mm以上5mm以下とすることができる。チューブ10の内径がこの範囲であると、例えば、チューブ10の材質、液体の種類において広範な範囲で液体のプラグを形成しやすいのでより好ましい。
チューブ10の材質は、特に限定されないが、例えば、ガラス、高分子、金属などとすることができる。しかし、チューブ10の材質にガラスや高分子などの可視光において透明性を有する材質を選択すると、チューブ10の外部から内部(内部空洞13)を観察することができるのでより好ましい。また、チューブ10の材質に、磁力を透過する物質や非磁性体を選択すると、チューブ10に磁性粒子を導入する場合などに、チューブ10の外部から磁力を与えることによってこれを行うことが容易化されるため好ましい。
チューブ10は、第1部分11及び第2部分12を有する。第1部分11は、チューブ10の一方の開口に端部を有し、チューブ10の長手方向に延びる領域である。第2部分12は、チューブ10の他方の開口に端部を有し、チューブ10の長手方向に延びる領域である。第1部分11及び第2部分12は、互いに接続していてもよいし、離間していてもよい。
第1部分11における、内部空洞13の長手方向に直交する断面の面積は、第2部分12における、内部空洞13の長手方向に直交する断面の面積よりも大きい。内部空洞13の長手方向に直交する断面が円形である場合には、第1部分11におけるチューブ10の内径は、第2部分12におけるチューブ10の内径よりも大きい。
第1部分11は、プランジャー20がチューブ10に挿入された場合に、プランジャー20の筒状部21と嵌合する部分である。すなわちチューブ10の第1部分11の内面に、プランジャー20の筒状部21が嵌合する。そして、チューブ10の第1部分11の内面に、プランジャー20の筒状部21が嵌合した状態で、プランジャー20をチューブ10に対して密着しながらスライド(滑動)させることができる。
チューブ10の長手方向における第1部分11の長さは、後述する第1状態及び第2状態を形成することができ、これらの状態においてプランジャー20をスライドさせることができる範囲であれば任意である。
第2部分12は、プランジャー20がチューブ10に挿入された場合に、プランジャー20の棒状部22と嵌合する部分である。すなわちチューブ10の第2部分12の内面に、プランジャー20の棒状部22が嵌合する。そして、チューブ10の第2部分12の内面に、プランジャー20の棒状部22が嵌合した状態で、プランジャー20をチューブ10に対して密着しながらスライド(滑動)させることができる。
チューブ10の長手方向における第2部分12の長さは、後述する第1状態及び第2状態を形成することができ、これらの状態においてプランジャー20をスライドさせることができる範囲であれば任意である。
図1の例では、第1部分11及び第2部分12は、連続しており、第1部分11及び第2部分12の接続する部分において、内部空洞13の内径が変化している。図1の例では、第1部分11の内部空洞13に対して、第2部分12の内部空洞13は、中心からずれた位置に接続されているが、このような配置には限定されず、第1部分11の内部空洞13に対して、第2部分12の内部空洞13は、中心位置を共有して接続されてもよい。また、図1の例では、第1部分11及び第2部分12の接続位置において、チューブ10の内径が急峻に変化しているが、なだらかに変化していてもよい。この場合、チューブ10の内径がなだらかに変化する部分は、第1部分11と見なしてもよいし、第1部分11と第2部分12との間に形成される他の部分と見なしてもよい。さらに、図1の例では、チューブ10の肉厚は各部分においてほぼ一定に描かれているが、例えば、第2部分12において肉厚を大きくして、第1部分11及び第2部分12の外形がなめらかに変化する用にしてもよい。例えば、チューブ10の外形は、第1部分11及び第2部分12で同じ径を有する円柱形としてもよい。
1.2.プランジャー
図2に示すように、プランジャー20は、筒状部21及び棒状部22を有する。プランジャー20は、筒状部21に棒状部22が支持されたロッド状の形状を有する。プランジャー20は、棒状部22を先端として、チューブ10の第1部分11側から挿入することができる。チューブ10に挿入された場合には、筒状部21の少なくとも一部がチューブ10の第1部分11に内接することができる。また、棒状部22は、チューブ10に挿入された場合に、チューブ10の第2部分12に内接することができる。プランジャー20は、チューブ10に挿入された場合に、チューブ10内でスライド(滑動)することができる。
プランジャー20は、シリンジのピストン(活塞)として機能することができる。すなわち、プランジャー20と、チューブ10とが接触する位置より、プランジャー20の先端側に位置するチューブ10の内部空洞13の体積を、プランジャー20をスライドさせることにより変化させることができる。なお、チューブ10及びプランジャー20が、後述する第2配置を採っている場合には、プランジャー20のチューブ10と接触する位置は、棒状部22であるため、プランジャー20の棒状部22とチューブ10の第2部分12とがシリンジを構成することになる。
筒状部21及び棒状部22は、それぞれ、上述したチューブ10の第1部分11及び第2部分12にそれぞれ内接することができる。筒状部21及び棒状部22は、プランジャー20が上述の機能を有する限り、チューブ10に対して、全体が接触してもよいし、部分的に接触してもよい。また、図2では、筒状部21及び棒状部22の側面全体がチューブ10の内面に接する例を示しているが、筒状部21及び棒状部22は、チューブ10に対して、ガスケットやOリングを介して接触してもよいし、筒状部21及び棒状部22に凸部を形成して当該凸部により接触してもよい。
筒状部21は、チューブ10の第1部分11の内面に嵌合することができる。筒状部21は、長手方向に貫通する内部空洞23を有する。内部空洞23は、液体が導入された場合に、液体をプランジャー20の内部で長手方向に流通させることのできる空間となっている。筒状部21の内部空洞23は、筒状部21の一端側から他端側に貫通しており、後述の第1配置を採った場合に、デバイス100の外部及び内部を連通させる空間となる。より具体的には、筒状部21の内部空洞23は、デバイス100が、第1配置を採った場合に、プランジャー20の長手方向の筒状部21側の端部から、プランジャー20の棒状部22の側方に連通する空間を形成することができる。
棒状部22は、チューブ10の第2部分12の内面に嵌合することができる。棒状部22は、デバイス100が第2状態となった場合に、チューブ10の第2部分12の内面に嵌合しデバイス100の長手方向にスライドすることができる。これにより、チューブ10の第2部分12と、プランジャー20の棒状部22と、により、シリンジ(注射器)を構成することができ、この場合、プランジャー20の棒状部22がピストン(活塞)となり、チューブ10の第2部分12がシリンダーとなる。
棒状部22の長手方向に直交する断面の形状は、チューブ10の第2部分12の内壁に嵌合できるかぎり、円、楕円、多角形等とすることができ特に限定されない。
プランジャー20は、長手方向を有するが、チューブ10にあわせて屈曲してもよい。プランジャー20の筒状部21及び棒状部22の材質は、特に限定されないが、例えば、ガラス、高分子、金属などとすることができる。また、プランジャー20の筒状部21及び棒状部22は、同じ材質で一体的に形成されてもよいし、別の材質で形成されてもよい。また、筒状部21に棒状部22が支持される態様についても特に限定されず、一体的に形成された状態で支持されてもよいし、別体として形成されて他の部材により結合されてもよいし、又は支持部材等の構成を一体又は別体として有し該支持部材を介して筒状部21に棒状部22が支持されてもよい。
なお、例えば、フィルム等によって、チューブ10の第1部分11側の端が封止されている場合には、プランジャー20を挿入する際に、当該フィルムをプランジャー20の棒状部22によって突き破って挿入する態様としてもよい。
1.3.チューブ及びプランジャーの位置関係
図3は、デバイス100が第1状態にある場合の、チューブ10及びプランジャー20の配置を示す模式図である。図4は、デバイス100が第2状態にある場合の、チューブ10及びプランジャー20の配置を示す模式図である。
既述の通り、プランジャー20は、棒状部22を先端として、チューブ10の第1部分11側から、チューブ10に挿入されることができる。プランジャー20が挿入されると、まず、チューブ10の第1部分11の内面にプランジャー20の筒状部21が嵌合する。この状態では、チューブ10の第2部分12とプランジャー20の棒状部22は、離間している(第1状態)。そして、プランジャー20が、チューブ10にさらに挿入されると、チューブ10の第1部分11の内面にプランジャー20の筒状部21が嵌合するとともに、チューブ10の第2部分12の内面にプランジャー20の棒状部22が嵌合する状態が形成される(第2状態)。本実施形態に係るデバイス100は、図3に例示するような第1状態と、図4に例示するような第2状態を採ることができる。
図3に例示するように、第1状態では、チューブ10の第1部分11の内面にプランジャー20の筒状部21が嵌合した場合に、チューブ10の第2部分12の内面とプランジャー20の棒状部22とが離間している。また、図4に例示するように、第2状態では、チューブ10の第1部分11の内面にプランジャー20の筒状部21が嵌合し、かつ、チューブ10の第2部分12の内面とプランジャー20の棒状部22とが勘合している。このように、第1状態では、チューブ10の第2部分12の内部とプランジャー20の筒状部21の内部とを連通させる連通路が形成され、第2状態では、当該連通路が遮断されている。
なお、図3及び図4は、それぞれ、第1状態及び第2状態の一例を示しており、上記説明した位置関係となる状態は、図3及び図4に示した例に限られない。また、図3及び図4に示す例では、チューブ10の第1部分11及び第2部分12の長さとプランジャー20の筒状部21及び棒状部22の長さとが同じに描かれているが、これらの長さは、第1状態及び第2状態を形成できる限り適宜変更することができる。
本実施形態に係るデバイス100では、第1状態を採った場合に、外界から、プランジャー20の筒状部21を介して、チューブ10の第2部分12の内部まで連通する空間を形成することができる。また、本実施形態に係るデバイス100では、第2状態を採った場合に、プランジャー20の棒状部22及びチューブ10の第2部分12によって、シリンジを構成することができる。
1.4.作用効果
本実施形態のデバイス100は、デバイス100の外部から、第1状態においてプランジャー20の筒状部21を介してチューブ10の第2部分12に、検体等を導入することができる。そして、チューブ10に対してプランジャー20をスライドさせることにより、第1状態から第2状態に移行させることができる。これにより、チューブ10の第2部
分12においてシリンジ(注射器)を構成することができる。そのため外部から導入された検体等の汚染を抑制しつつ非常に簡易な操作で、例えばPCRのための核酸抽出操作や分注操作を行うことができる。また、第2状態とした後、検体等を正確にチューブ10の第2部分12から吐出することができ、他の反応容器等に正確に検体等を分注することができる。したがってデバイス100によれば、例えばPCRの前処理を簡易化及び精密化でき、また、PCRに要する時間を短縮することができる。
1.5.その他の構成
本実施形態に係るデバイスは、上述のチューブ10及びプランジャー20の他に、以下に述べるプラグ、容器、栓等の種々の構成を含んでもよい。また、以下に述べる構成は、それぞれ組み合わせて適用することができる。
1.5.1.プラグ
図5は、プラグが配置されたデバイス110を模式的に示す図である。デバイス110では、チューブ10の第2部分12の内部に、オイルからなる第1プラグ31、オイルと混和しない溶出液からなる第2プラグ32、溶出液と混和しないオイルからなる第3プラグ33が、チューブ10の第1部分11側から当該順で配置されている。
1.5.1.1.第1プラグ及び第3プラグ
第1プラグ31及び第3プラグ33は、いずれもオイルからなる。第1プラグ31及び第3プラグ33のオイルは、互いに異なる種類のオイルであってもよい。オイルとしては、例えば、ジメチルシリコーンオイル等のシリコーン系オイル、パラフィン系オイル及びミネラルオイル並びにそれらの混合物から選択される一種を挙げることができる。また、第1プラグ31、第2プラグ32、及び第3プラグ33の隣り合うプラグを形成する液体は、互いに混和しないように選択される。
第1プラグ31と第3プラグ33の間には、第2プラグ32が配置される。第1プラグ31の第2プラグ32と反対側の領域には、他の液体のプラグが配置されてもよいし、プランジャー20の筒状部21あるいはチューブ10の第1部分11から導入された他の液体が配置されてもよい。第1プラグ31の中には、気泡や他の液体がないことが好ましいが、核酸を吸着させた粒子等が第1プラグ31を通過できる限りにおいて、気泡や他の液体が存在してもよい。また、第1プラグ31と第2プラグ32の間には、気泡や他の液体がないことが好ましいが、核酸を吸着させた粒子等が第1プラグ31から第2プラグ32へと通過できる限りにおいて、気泡や他の液体が存在してもよい。同様に、第2プラグ32と第3プラグ33の間には、気泡や他の液体がないことが好ましいが、核酸を吸着させた粒子等が第2プラグ32から第3プラグ33へと通過できる限りにおいて、気泡や他の液体が存在してもよい。
第3プラグ33の、第2プラグ32と反対側の領域にも、他の液体のプラグが配置されてもよい。第3プラグ33の中には、気泡や他の液体がないことが好ましいが、気泡や他の液体が存在してもよい。
第1プラグ31、及び第3プラグ33のチューブ10の長手方向における長さは、プラグが形成可能な範囲であれば、いずれも特に限定されない。第1プラグ31、及び第3プラグ33のチューブ10の長手方向における具体的な長さとしては、1mm以上50mm以下であり、粒子等の移動距離を大きくしすぎないように、1mm以上30mm以下が好ましく、5mm以上20mm以下がさらに好ましい。これらのうち第1プラグ31のチューブ10の長手方向における長さを長くすると、第2プラグ32をチューブ10の第2部分12端から吐出する場合に、第1プラグ31よりもチューブ10の第1部分11側に配置された液体等を吐出しにくくすることができる。この場合、第1プラグ31の具体的な長さとしては、10mm以上50mm以下とすることができる。
第1プラグ31及び第3プラグ33は、チューブ10の少なくとも一方の端が開放されたとしても、溶出液(第2プラグ32)の、蒸発等の外気との物質交換や、外部からの汚染を防ぐ機能を有している。そのため、チューブ10の少なくとも一方の端が外気に開放されたとしても、溶出液の体積を一定に保つことができ、液体の濃度の変動や汚染を抑制することができる。これにより、核酸抽出における核酸や各種の薬剤の濃度の精度を高めることができる。
1.5.1.2.第2プラグ
第2プラグ32は、チューブ10の第2部分12内の第1プラグ31と第3プラグ33との間の位置に配置される。第2プラグ32は、溶出液からなる。溶出液とは、粒子等に吸着した核酸を、粒子から脱離させて液中に溶離させる液体のことを指す。溶出液としては、例えば、滅菌水、蒸留水、イオン交換水等の精製された水、又はそのような水に対して、酵素、dNTP、プローブ、プライマー及びバッファーの少なくとも一種を溶解させた水溶液を挙げることができる。溶出液は、第1プラグ31を構成するオイル及び第3プラグ33を構成するオイルのいずれとも混和しない液体である。
溶出液を水又は水溶液とすれば、核酸が吸着された粒子等が溶出液に浸漬されることで、粒子等に吸着した核酸を遊離(溶出)させることができる。また、溶出液に酵素、dNTP、プローブ、プライマー及びバッファーの少なくとも一種を溶解させた水溶液を選択すると、粒子等に吸着した核酸を遊離(溶出)させるとともに、PCRの反応液に必要な成分の一部又は全部を溶出液に含有させることができるので、溶出液を用いてPCRの反応液を調製する際の時間と手間をさらに省くことができる。第2プラグ32の溶出液に酵素、dNTP、プローブ、プライマー及びバッファーの少なくとも一種を溶解させる場合の濃度は特に限定されず、調製するPCRの反応液に合わせて設定できる。
なお、ここで、dNTPは、4種類のデオキシリボヌクレオチド三リン酸(deoxynucleotide triphosphate)(dATP(Deoxyadenosine triphosphate)、dCTP(Deoxycytidine triphosphate)、dGTP(Deoxyguanosine triphosphate)、及びdTTP(Thymidine triphosphate)を混合したもの)を表す。
第2プラグ32の体積は、特に限定されず、核酸を吸着させた粒子等の量などを指標として適宜設定することができる。例えば、粒子等の体積が、0.5μLである場合には、第2プラグ32の体積は、0.5μL以上であれば十分であり、0.8μL以上5μL以下とすることが好ましく、1μL以上3μL以下とすることがさらに好ましい。第2プラグ32の体積が、この範囲であれば、粒子等の体積が、0.5μLである場合に粒子等からの核酸の溶出を十分に行うことができる。なお、粒子等からの核酸の溶出には、第2プラグ32の体積は、チューブ10の第2部分12の長さや太さ、及びPCRの熱サイクルの迅速性を考慮して、反応液の熱容量が大きくなりすぎないように考慮して適宜に設定することができる。
1.5.1.3.作用効果
デバイス110は、チューブ10の第2部分12の内部に、第1プラグ31、第2プラ
グ32、第3プラグ33が、チューブ10の第1部分11側から当該順で配置されている
ので、PCRのための前処理に要する時間と手間を大幅に削減することができる。
具体的には、チューブ10の第2部分12に、オイル、溶出液及びオイルがプラグ状に順に配置されるので、例えば、検体等が標的核酸を吸着させた磁性粒子であれば、第1状態において、デバイス110の外部から磁力を印加して、磁性粒子をデバイス110内部で移動させプランジャー20の筒状部21を介してチューブ10の第2部分12に導入することができ、磁性粒子を、第1プラグ31を通過させ第2プラグ32(溶出液)まで移動させることができる。これにより核酸の抽出操作を、汚染を抑制しつつ正確に短時間で行うことができる。また、必要に応じて第1状態のまま磁性粒子をチューブ10の第2部分12から他の部分へと移動させることができる。その後、デバイス110を第2状態とし、プランジャー20をチューブ10内でスライドさせれば、第3プラグ33及び第2プラグ32(溶出液)を当該順でチューブ10の第2部分12側から吐出させることができる。これにより、高い純度で核酸を含有する溶出液を得るための手間を大幅に省くことができる。
また、デバイス110のように、チューブ10の第2部分12の内部に、第1プラグ31、第2プラグ32、第3プラグ33が、チューブ10の第1部分11側から当該順で配置されると、チューブ10内で溶出液が、オイルのプラグによって封止されたものとなる。そのため、チューブ10の第2部分12側の先端が大気等に開放されていても、溶出液の蒸発を防ぐことができる。これにより、例えば、溶出液の体積を所定の大きさに安定させることができ、溶出液における核酸の濃度の定量性を維持することができる。
1.5.2.容器
図6は、本発明に係るデバイスの構成の一例であるデバイス120を模式的に示す図で
ある。図6に例示するように、デバイス120として例示するように、プランジャー20
の筒状部21側の端に内部を連通させて接続できる、脱着自在の容器40をさらに有して
もよい。
容器40は、独立した部材とすることができる。容器40は、内部に液体を収容することができる。容器40は、液体や固体を出し入れできる開口41を有する。また、図6の例では、容器40の開口41が、プランジャー20の筒状部21側の端に内部を連通させて接続される態様となっている。また、図示しないが容器40は、開口41を複数有してもよく、この場合の開口41の1つをプランジャー20の筒状部21側の端に内部を連通させて接続される態様としてもよい。
また、例えば、フィルム等によって、プランジャー20の筒状部21側の端が封止されている場合には、容器40を接続する際に、当該フィルムを容器40の接続部分によって突き破るなどして接続することもできる。さらに、その逆として、フィルム等によって、容器40の開口41が封止されている場合には、プランジャー20に接続する際に、当該フィルムをプランジャー20の筒状部21によって突き破るなどして接続することもできる。
容器40の内容積は、特に限定されないが、例えば、0.1mL以上100mL以下とすることができる。容器40の開口41は、プランジャー20に接続しない状態では、必要に応じて蓋等によって封止できるようにしてもよい。容器40の材質は、特に限定されず、高分子、金属等とすることができる。
容器40の開口41は、プランジャー20の筒状部21側の端に接続することができるが、容器40とプランジャー20との間の接続は、内容物が漏出しない態様である限り特に限定されない。また、容器40は、プランジャー20に接続するために、例えば、継ぎ手などの他の部材を含んでもよい。容器40とプランジャー20とが接続された場合には、容器40の内部とプランジャー20の内部とが連通することができる。
デバイス120は、容器40を備えることにより、容器40内において、例えば、粒子等と、吸着液と、検体と、を収容し、粒子等に核酸を吸着させることができる。容器40をプランジャー20の筒状部21側の端に接続し、デバイス120を第1状態とすれば、当該粒子等を、プランジャー20の筒状部21を介して、チューブ10の第2部分12まで容易に導入することができる。
なお、吸着液とは、粒子(磁性粒子M)に核酸を吸着させる場となる液体のことを指し、例えば、カオトロピック剤を含む水溶液である。吸着液には、キレート剤、界面活性剤等が含まれてもよい。具体的には、吸着液には、エチレンジアミン四酢酸二水素二ナトリウムやその二水和物などが溶解されていてもよいし、ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレートなどが含まれてもよい。
また、カオトロピック剤とは、水分子間の相互作用を減少させ、それによって水分子の構造を不安定化させる物質のことを指し、具体的には、グアニジニウムイオン、尿素、ヨウ化物イオンなどが挙げられる。水中にカオトロピック剤が存在することによって、水中の核酸は、水分子に囲まれて存在するよりも、固体に吸着して存在するほうが熱力学的に有利となるため、粒子等の表面に吸着することとなる。カオトロピック剤を水中に発生させうる物質としては、グアニジン塩酸塩、ヨウ化ナトリウムなどが挙げられる。
容器40は、チューブ10に接続していない状態では、振とうすることができ、容器40内の液体を十分に撹拌することができる。これにより、例えば、迅速に粒子等に核酸を吸着させることができる。
また、図示の例では、デバイス120に上述のプラグが配置されたているが、このようにすれば、容器40に導入する検体の量とチューブ10内の液体(特に第2プラグ32)の体積とを適宜変更することによって、検体中の核酸を第2プラグ32の溶出液において定量的に濃縮することもできる。
また、容器40には、図示しないガス抜きのための機構(弁等)を設けてもよく、これにより、デバイス120を第1状態から第2状態にする際に、内部の圧力が上昇することを抑制することができる。
1.5.3.
図7は、本発明に係るデバイス130を模式的に示す図である。デバイス130は、図示のように、チューブ10の第2部分12側の端を封止する栓50をさらに有している。栓50は、例えば、ゴムやエラストマー、高分子等の成形体、フィルム等によりなることができる。栓50は、フィルム状であってもよく、シールされた状態から、剥離できるような態様であってもよい。栓50によってチューブ10が封止される場合、栓50は、第3プラグ33と接してもよいし、第3プラグ33と栓50の間に空気等の気体が配置されてもよい。また、栓50は脱着自在とすることができるが、その機構は特に限定されない。図3の例では、栓50の一部がチューブ10の内部に挿入されて固定される態様を示しているが、栓50はキャップ状であっても、フィルム状であってもよい。
デバイス130において、栓50が外された場合には、チューブ10の第2部分12側の端が開放して、上述した図6のデバイス120の態様となり、デバイス130が図示のように各プラグを含む場合には、例えばPCRのための反応容器等に、標的核酸を含む溶出液(第2プラグ32)を容易に分注することができる。また、栓50によってチューブ10の第2部分12側の端が封止された状態(図7に示す状態)であれば、各プラグのチューブ10内での移動を抑制する効果が得られ、これにより、例えば、粒子等をチューブ10内で移動させる場合や、デバイス130を、第1状態と第2状態との間で状態を変化させる場合に、プラグが移動することを抑制することができる。
1.6.複数のデバイスを有する構成
本実施形態に係るデバイスは、上述のチューブ10及びプランジャー20をそれぞれ複数有する構成としてもよい。図8は、2つのチューブ10及び2つのプランジャー20を有するデバイス140を示す模式図である。
2つのチューブ10は、長手方向を互いに平行に配置され、連結部材14により、連結されている。また、2つのプランジャー20は、長手方向を互いに平行に配置され、連結部材24により、連結されている。このように配置することで、2つのプランジャー20をそれぞれ対応する2つのチューブ10内で連動してスライドさせることができる。各チューブ10及び各プランジャー20の構造、機能、材質、変形等は、上述したと同様であるので、詳細な説明を省略する。
図8の例では、チューブ10及びプランジャー20を2つずつ有する例を示しているが、チューブ10及びプランジャー20の組の数は制限されず、3つ以上でもよい。また、チューブ10及びプランジャー20を3つ以上有する場合には、これらが平行して配置される態様についても任意であり、それぞれの長手方向が1つの平面を共有するように配置されてもよいし、長手方向から見てマトリックス状(二次元的)に配置されてもよい。
複数のプランジャー20及び複数のチューブ10は、それぞれ互いに連動するため、各チューブ10及び各プランジャー20によって構成される組は、上述の第1状態及び第2状態を同時に形成することができる。
デバイス140によれば、複数のチューブ10及び複数のプランジャー20の配置を同時に第1状態とすることができ、その状態で各プランジャー20の筒状部21を介してそれぞれのチューブ10の第2部分12に検体等を導入することができる。そして、複数のチューブ10及び複数のプランジャー20の配置を同時に第1状態から第2状態に移行させることができ、これにより、各チューブ10の第2部分12においてそれぞれシリンジを構成することができる。そのため、検体等の汚染を抑制しつつ簡易な操作で検体を分配することができ、複数のPCRの反応液を製造することを容易化することができる。また、各チューブ10及び各プランジャー20を連動させることができるため、検体等を正確に各チューブ10の第2部分12からそれぞれ吐出することができ、複数の容器等にそれぞれ検体等を実質的に等しい量で分注することができる。したがって、デバイス140によれば、例えばPCRの前処理をより簡易化及び精密化でき、また、PCRに要する時間をさらに短縮することができる。
図9は、2つのチューブ10及び2つのプランジャー20を有し、さらに、2つのプランジャー20の各筒状部21に接続可能なマニホールド60を含むデバイス150を示す模式図である。
マニホールド60は、2つのプランジャー20の各筒状部21に接続された場合に、各筒状部21の内部とマニホールド60の内部とを連通することができる。そして、マニホールド60は、各筒状部21に接続する複数の個別通路61、及び各個別通路61に接続し、これらを1つに合流させる共通通路62を有することができる。
ここでは、個別通路61を2つ有する例を示すが、上述のデバイス140で説明したと同様に、個別通路61は、プランジャー20の数に応じて3つ以上設けられてもよい。
デバイス150によれば、マニホールド60を有するため、粒子等を各プランジャー20の筒状部21に1つの共通通路62から個別通路61に分岐させて導入することができる。そのため、例えばPCRにおいて、複数の反応容器に反応液等を一度に分注することができるので、PCRに要する時間をさらに短縮することができる。
また、マニホールド60の複数の個別通路61の体積は、互いに実質的に等しくすることができる。複数の個別通路61の体積は、例えば、個別通路61間を仕切る間仕切り63の、プランジャー20からの長さを揃え、かつ、個別通路61の内径を実質的に等しくすることによって、互いに実質的に等しくすることができる。
このようにすれば、共通通路62から液体を導入する場合に、各プランジャー20に対して、実質的に等しい体積の液体を分配することが容易になる。具体的には、例えば、マニホールド60をプランジャー20に接続した状態で、共通通路62から液体を導入した場合に、デバイス150を傾斜させるなどして、目視により各個別通路61に導入された液体の上面が、同じ高さに揃うようにすれば、各個別通路61に対して実質的に等しい体積の液体を分配することができる。
ここで、デバイス150において、棒状部22が存在しない場合には、プランジャー20が各チューブ10に押し込まれた場合に、各チューブ10内の圧力は、互いに均一に印加される。しかし、チューブ10の第2部分12は、液体が流通するための抵抗が存在し、複数のチューブ10に対して圧力が印加されることになるため、わずかな抵抗の違いによって、いずれかのチューブ10において最初に流動が生じることがある。そうすると、流動したチューブ10以外のチューブ10内の圧力が相対的に低下して他のチューブ10からの吐出が行われない又は吐出が不安定になることがある。これに対して、デバイス150のように、各プランジャー20に棒状部22が設けられていれば、各チューブ10に対して、機械的に独立して均等に圧力を印加することができるため、各チューブ10からの内容物の吐出を非常に精密に行うことができる。
図示しないが、デバイス150は、マニホールド60の共通通路62に接続可能な容器40をさらに含んでもよい。容器40は、「1.4.2.容器」で述べた容器40と同様であるが、この場合には、容器40の開口41が、マニホールド60の共通通路62に内部を連通させて接続される。そして、容器40をマニホールド60に接続し、デバイス150を第1状態とすれば、当該粒子等を各チューブ10内にそれぞれ導入することができる。
2.デバイスの具体例
次に、本発明に係るデバイスのより具体的な例を説明する。本発明に係る具体例の一実施形態として、以下に示すデバイス200を例示する。デバイス200は、チューブ10と、プランジャー20と、を含む。図10及び図11は、それぞれデバイス200が第1状態及び第2状態を形成している様子を模式的に示す図である。本項では、「1.デバイス」の項で述べたと同様の作用機能を有する部材については、同様の符号を付して、その詳細な説明を省略する。
2.1.チューブ
デバイス200におけるチューブ10は、「1.デバイス」の項で述べたと同様であるが、図10及び図11に示す例では、チューブ10の内部空洞13の、長手方向に直交する断面の形状は、円となっている。また、デバイス200におけるチューブ10の外形の長手方向に垂直な断面の形状は、円形であり、チューブ10の肉厚(内部空洞13の側面から外部の表面までの長さ)は、第2部分12の先端を除きほぼ一定となっている。また、デバイス200におけるチューブ10では、第1部分11側の端に、縁部101が形成されている。縁部101は、チューブ10の取り扱いを容易化するとともにチューブ10の強度を高める作用を有している。
デバイス200におけるチューブ10の材質は、高分子(ポリプロピレン)であり、チューブ10に磁性粒子を通過させる場合などに、チューブ10の外部から磁力を与えることによって、磁性粒子の移動を行うことができる。また、チューブ10は、射出成形により形成されることができ、例示しているデバイス200においては、チューブ10は、金型からの取り出しが容易な形状の一例を示している。
デバイス200におけるチューブ10では、第1部分11及び第2部分12は、離間しており、両者の間にテーパー状の部分が形成されて接続されている。そして、「1.デバイス」の項で述べたと同様に、チューブ10の第1部分11の内面に、プランジャー20の筒状部21が嵌合した状態で、プランジャー20をチューブ10に対して密着しながらスライド(滑動)させることができる構造となっている。また、デバイス200におけるチューブ10では、第1部分11の内部空洞13に対して、第2部分12の内部空洞13は、中心を一致させて接続されている。
2.2.プランジャー
デバイス200におけるプランジャー20は、「1.デバイス」の項で述べたと同様であるが、図10に示す例では、プランジャー20は、筒状部21及び棒状部22を有し、筒状部21に対して、2つの支持部202によって棒状部22が支持されている。この例においても、プランジャー20の筒状部21には、長手方向に貫通する内部空洞23が形成されている。デバイス200におけるプランジャー20の筒状部21及び棒状部22は、チューブ10の第1部分11及び第2部分12に内接することができるが、それぞれガスケットの作用を有する凸部203を有している。デバイス200では、凸部203が形成されているので、内部の液体等の漏れをより低減することができる。
デバイス200におけるプランジャー20の筒状部21及び棒状部22の長手方向に直交する断面の形状は、円形であり、チューブ10の第1部分11及び第2部分12の内壁に嵌合することができる。デバイス200におけるプランジャー20では、筒状部21側の端に、縁部201が形成されている。縁部201は、プランジャー20の取り扱いを容易化するとともにプランジャー20の強度を高める作用を有している
デバイス200におけるプランジャー20の材質は、高分子(ポリプロピレン)である。また、プランジャー20は、射出成形により形成されることができ、デバイス200におけるプランジャー20は、縁部201、支持部202及び凸部203を含めて、金型からの取り出しが容易な形状の一例を示している。デバイス200では、プランジャー20の筒状部21、棒状部22、縁部201、支持部202、及び凸部203は、同じ材質で一体的に形成されている。
2.3.チューブ及びプランジャーの位置関係
図10は、デバイス200が、第1状態に配置されている様子を示している。図11は、デバイス200が、第2状態に配置されている様子を示す模式図である。
「1.デバイス」の項の説明で述べたと同様に、デバイス200においてもプランジャー20は、棒状部22を先端として、チューブ10の第1部分11側から、チューブ10に挿入されることができる。プランジャー20が挿入されると、まず、チューブ10の第1部分11の内面にプランジャー20の筒状部21が嵌合する。そして、プランジャー20が、チューブ10にさらに挿入されると、チューブ10の第2部分12の内面にプランジャー20の棒状部22が嵌合する状態が形成される。換言すると、本実施形態に係るデバイス200は、図10に例示するような第1状態と、図11に例示するような第2状態を採ることができる。
デバイス200においても、第1状態を採った場合に、外界から、プランジャー20の筒状部21を介して、チューブ10の第2部分12の内部まで連通する空間を形成することができる。また、デバイス200においても、第2状態を採った場合に、外界から、プランジャー20の棒状部22及びチューブ10の第2部分12によって、シリンジを構成することができる。
2.4.その他の構成
デバイス200は、「1.デバイス」の項の説明において述べたデバイス100と同様に、チューブ10及びプランジャー20の他に、プラグ、容器、栓等の種々の構成を含んでもよく、これらの構成を組み合わせて適用することができる。
2.5.複数のデバイスを有する構成
図12及び図13は、3つのチューブ10及び3つのプランジャー20を有するデバイス210を示す模式図である。各チューブ10及び各プランジャー20の構造、機能、材質、変形等は、上述したデバイス140,150と同様であるので、同様の部材には同様の符号を付して詳細な説明を省略する。また、図12及び図13は、それぞれ、デバイス210が第1状態及び第2状態を採った場合を模式的に示している。
複数のプランジャー20及び複数のチューブ10は、連動するため、各チューブ10及び各プランジャー20によって構成される組は、それぞれ第1状態及び第2状態を同期して採ることができる。
図12及び図13は、複数のチューブ10及び複数のプランジャー20を有し、さらに、複数のプランジャー20の各筒状部21に接続可能なマニホールド60と、マニホールド60の共通通路62に接続可能な容器と、を含むデバイス210を示している。
マニホールド60は、複数のプランジャー20の各筒状部21に接続された場合に、各筒状部21の内部とマニホールド60の内部とを連通することができる。そして、マニホールド60は、各筒状部21に接続する複数の個別通路61、及び各個別通路61に接続し、これらを1つに合流させる共通通路62を有することができる。
デバイス210によれば、マニホールド60を有するため、粒子等を各プランジャー20の筒状部21に1つの共通通路62から個別通路61に分岐させて導入することができる。そのため、例えばPCRにおいて、反応液等を複数の反応容器に分配して一度に分注することができるので、PCRに要する時間をさらに短縮することができる。
さらに、デバイス210によれば、各チューブ10に対して、同時に第2状態を形成し、棒状部22を連動してスライドすることができる。そのため、各チューブ10からの内容物の吐出を正確に行うことができる。言い換えると、デバイス210において、棒状部22が存在しない場合には、プランジャー20が各チューブ10に押し込まれた場合に、各チューブ10内の圧力は、互いに均一に印加される。しかし、チューブ10の第2部分12は、液体が流通するための抵抗が存在し、複数のチューブ10に対して圧力が印加されることになるため、わずかな抵抗の違いによって、いずれかのチューブ10に流動が生じることがある。そうすると、流動したチューブ10以外のチューブ10内の圧力が相対的に低下して他のチューブ10からの吐出が不安定になることがある。これに対して、デバイス210のように、各プランジャー20に棒状部22が設けられていれば、各チューブ10に対して、独立して均等に圧力を印加することができるため、各チューブ10からの内容物の吐出を精密に行うことができる。
また、マニホールド60の複数の個別通路61の体積は、互いに実質的に等しくすることができる。複数の個別通路61の体積は、例えば、個別通路61間を仕切る間仕切り63の、プランジャー20からの長さを揃え、かつ、個別通路61の内径を実質的に等しくすることによって、互いに実質的に等しくすることができる。
このようにすれば、共通通路62から液体を導入する場合に、各プランジャー20に対して、実質的に等しい体積の液体を分配することが容易になる。具体的には、例えば、マニホールド60をプランジャー20に接続した状態で、共通通路62から核酸が吸着された磁性粒子を含む液体を導入した場合に、デバイス210を傾斜させるなどして、目視により各個別通路61に導入された液体の上面が、同じ高さに揃うようにすれば、各個別通路61に対して実質的に等しい体積の液体を分配することができる。
さらに、図12及び図13に示すように、マニホールド60の共通通路62に接続可能な容器40をさらに含んでもよい。容器40は、「1.4.2.容器」で述べた容器40と同様であるが、この場合には、容器40の開口は、マニホールド60の共通通路62に内部を連通させて接続される。そして、容器40内に粒子等と検体とを収容すれば、容器40内で粒子等に核酸を吸着させることができる。容器40をマニホールド60に接続し、デバイス210を第1状態とすれば、当該粒子等を各チューブ10内にそれぞれ導入することができる。
3.デバイスの使用方法
以下に、容器40、第1プラグ31、第2プラグ32、及び第3プラグ33を含むデバイスを用いて、PCRの前処理(核酸の抽出及びPCRの反応液の分注)を行う核酸抽出方法を一実施形態として例示する。
図14及び図15は、デバイスを用いた核酸抽出方法の各工程を模式的に示す図である。ここで例示するPCRの前処理方法は、磁性粒子M及び吸着液が収容された容器40に、核酸を含有する検体を導入する工程と、容器40を揺動して核酸を磁性粒子Mに吸着させる工程と、プランジャー20の筒状部21側の端に容器40を接続する工程と、磁力を印加して容器40内部からプランジャー20の筒状部21の内部を通過させてチューブ10の第2プラグ32の位置まで、磁性粒子Mを移動させる工程と、第2プラグ32の溶出液に対して磁性粒子Mから核酸を溶出させる工程と、を含む。
核酸を吸着させる粒子としては、吸着液を用いて核酸を吸着させることのできる粒子であって、デバイス内を移動させることのできる粒子であれば、各種(例えばシリカ粒子、ポリマー粒子、磁性粒子等)の粒子を用いることができる。以下に説明する核酸抽出方法の一実施形態では、磁性体を含有する粒子であって、粒子表面に核酸を吸着できる磁性粒子Mを使用する。なお、磁性粒子M以外の粒子等をデバイス内で移動させる場合は、例えば、重力や電位差を利用して本核酸抽出方法を行うことができる。
本実施形態の核酸抽出方法では、容器40、プランジャー20及びチューブ10に磁力を透過する材質を選び、外部から磁力を印加することによって磁性粒子Mをデバイス200の内部で移動させる。
検体には標的となる核酸が含まれている。以下、これを単に標的核酸ということがある。標的核酸は、例えば、DNAやRNA(DNA:Deoxyribonucleic Acid、及び/又はRNA:Ribonucleic Asid)である。標的核酸は、本実施形態の核酸抽出方法によって検体から抽出され、溶出液に溶出された後、例えばPCRの鋳型として利用される。検体としては、血液、鼻腔粘液、口腔粘膜、その他各種の生体試料などが挙げられる。
3.1.容器に検体を導入する工程
容器40に検体を導入する工程は、例えば、綿棒に検体を付着させ、容器40の開口41から、当該綿棒を差し入れ、吸着液にこれを浸漬して行うことができる。また、検体は、ピペット等によって容器40の開口41から導入してもよい。また検体がペースト状や固体状であれば、例えば、容器40の開口41から匙やピンセット等により容器40の内壁に付着させたり投入してもよい。図14の(a)は、容器40の開口41がフィルム43によってシールされた状態を示している。本工程において、フィルム43を剥がし、図14(c)に矢印で模式的に示したように検体を導入する。
3.2.核酸を磁性粒子に吸着させる工程
核酸を吸着させる工程は、容器40を揺動させて行われる。すなわち、本工程は、図14の(c)に示す状態で容器40を揺動させて行う。なお、本工程は、容器40の開口41を封止する蓋等があれば、これを用いて容器40を封止して行うことにより、漏洩を防ぎ効率的に行うことができる。この工程により、標的核酸は、カオトロピック剤の作用により、磁性粒子Mの表面に吸着される。本工程では、磁性粒子Mの表面には、標的核酸の他に標的核酸以外の核酸や蛋白質が吸着してもよい。
容器40を揺動させる方法としては、ボルテックスシェイカーなどの装置を用いてもよいし、作業者の手で振り混ぜてもよい。また、磁性粒子Mの磁性を利用して、外部から磁場を与えながら容器40を揺動してもよい。容器40を揺動させる時間は、適宜設定されうるが、例えば容器40のおよその形状が、直径が20mm高さが30mm程度の円筒状である場合には、容器40を10秒間手で振って揺動する程度で十分に撹拌され、核酸を磁性粒子Mの表面に吸着させることができる。
3.3.プランジャーに容器を接続する工程
次に図14の(d)に示すように、プランジャー20の筒状部21側の端に容器40を接続する。この例では、プランジャー20がチューブ10に挿入された状態で接続する例を示しているが、プランジャー20がチューブ10に挿入されていない状態で、容器40内の液体が漏洩しないように、プランジャー20に接続してもよい。また、図14に示す例では、容器40には、ニップル42が接続されており、容器40は、ニップル42を介してプランジャー20に接続される。
なお、本工程を行うことにより、チューブ10内の各プラグが移動する恐れがある場合には、チューブ10に栓50を設けたり、デバイスの内圧を開放する図示しない弁等を設けて行ってもよい。また、チューブ10内の各プラグは、チューブ10の第2部分12内で流動するための抵抗がある。そのため、容器40を接続する程度の内圧の増加では移動しにくく栓50や弁等は必須とは限らない。容器40及びプランジャー20は、内容物が漏出しないように接続され、容器40内部とプランジャー20の内部との間で内容物が流通可能なように連通される。
3.4.磁性粒子を移動させる工程
上記工程を経ると、図14(d)に示すように、容器40内の核酸が吸着した磁性粒子Mがプランジャー20の筒状部21に流通できる状態となっている。本工程は、デバイスを第1状態として行う。すなわち、容器40の内部、プランジャー20の筒状部21の内部、及びチューブ10の第2部分12の内部が空間的に連通している状態で行われる。
核酸が吸着した磁性粒子Mを、容器40から、プランジャー20の筒状部21を介してチューブ10の第2部分12に導く手法としては、重力や遠心力を利用する方法を用いてもよく、特に制限されないが、本実施形態ではデバイスの外部から磁力を印加して行う。磁力は、例えば、永久磁石、電磁石等により印加することができるが、発熱等を生じない点で、永久磁石を用いて印加することがより好ましい。図示の例では、永久磁石70を用いている。また、永久磁石70を用いる場合には、作業者の手で磁石を動かして行ってもよいし、機械装置等を利用して行ってもよい。磁性粒子Mは、磁力によって引き寄せられる性質を有しているため、この性質を利用して、デバイスと、永久磁石70の相対的な配置を変化させて、容器40内からチューブ10の第2部分12に移動させる。これにより、第1プラグ31を通って、図14(e)に示すように第2プラグ32まで磁性粒子Mが移動される。磁性粒子Mが第1プラグ31を通過するときの第1プラグ31における滞在時間は特に限定されないし、第2プラグ32内でチューブ10の長手方向に沿って往復するようにして移動させてもよい。
3.5.核酸を溶出させる工程
磁性粒子Mが第2プラグ32に到達すると、溶出液の作用により、磁性粒子Mに吸着された核酸が、第2プラグ32の溶出液に溶出する。本工程を経ると、検体から溶出液に対して核酸が溶出し、検体から核酸が抽出された状態となる。
3.6.作用効果
本実施形態の核酸抽出方法によれば、核酸の抽出をきわめて短時間で容易に行うことができる。本実施形態の核酸抽出方法は、核酸が吸着された磁性粒子Mをデバイス内において移動させることによって、高い純度で核酸を含有する溶出液を得ることができる。本実施形態の核酸抽出方法によれば、PCRのための前処理に要する時間と手間を大幅に削減することができる。
3.7.第2プラグをチューブから吐出させる工程
本実施形態の核酸抽出方法は、デバイスを第2状態にした後、第3プラグ33及び第2プラグ32をチューブ10の第2部分12の端から吐出させる工程を含んでもよい。本工程は「3.5.核酸を溶出させる工程」の後、図15(f)に示すように、デバイスを第2状態とし、プランジャー20の棒状部22とチューブ10の第2部分12とがシリンジを形成した状態で、チューブ10に対してプランジャー20をチューブ10へ押し込む(スライドさせる)ことによって行うことができる。第2プラグ32を吐出するときには第3プラグ33が先に吐出される。なお、チューブ10の第2部分12側を封止している栓50がある場合には、本工程に先立ってこれを取り除き、チューブ10の第2部分12側の端を開放しておく。
そして、図15(g)に示すように、第2状態において、チューブ10に対してプランジャー20をスライドさせると、チューブ10の第2部分12に配置された各プラグが、チューブ10の他端側に向かって移動する。これにより、チューブ10の第2部分12側の端から、第3プラグ33及び第2プラグ32の順に吐出される。第1プラグ31は、吐出されてもされなくてもよい。
第2プラグ32及び第3プラグ33は、例えば、PCRのための反応容器に対して吐出される。そのため、PCRのための反応容器には、溶出液とオイルが分注されるが、通常オイルは、PCRの反応に影響を与えないため、例えば、PCRの反応容器にあらかじめ第3プラグ33のオイルと同種のオイルを収容しておくこともできる。また、その場合、チューブ10の先端がオイル内にある状態で本工程を行うと、標的核酸が含まれる溶出液を外気に接触させることなくPCRの反応容器に導入することができる。本実施形態の核酸抽出方法が本工程を含む場合には、例えばPCRのための反応容器等に、標的核酸を含む溶出液を容易に分注することができる。
3.8.変形例
3.8.1.核酸を溶出させる工程の変形
上述の「3.5.核酸を溶出させる工程」では、第2プラグ32を加熱して行ってもよい。第2プラグ32を加熱する方法としては、例えば、チューブ10の第2プラグ32に対応する位置に、ヒートブロック等の熱媒体を接触させる方法や、ヒーター等の熱源を用いる方法、電磁加熱による方法などを例示することができる。
第2プラグ32を加熱する場合には、第2プラグ32以外のプラグも加熱されてもよいが、デバイスが洗浄液を含んでいる場合には、核酸が吸着された磁性粒子Mが、洗浄液内に存在する状態では、当該プラグは加熱されないことが好ましい。第2プラグ32を加熱する場合の到達温度としては、溶出の効率の観点及び溶出液にPCRの酵素を含む場合に該酵素の失活を抑制する観点から、35℃以上85℃以下が好ましく、より好ましくは40℃以上80℃以下、さらに好ましくは45℃以上75℃以下である。
核酸を溶出させる工程において、第2プラグ32を加熱すると、磁性粒子Mに吸着された核酸を、溶出液に対して、より効率的に溶出させることができる。また、洗浄液と、溶出液の組成が同一又は類似していても、洗浄液に対して溶出せずに磁性粒子Mに残って吸着している核酸を溶出液に対して溶出させることができる。すなわち、核酸が吸着した磁性粒子Mを洗浄液によって洗浄した後でも、溶出液に対して核酸をさらに溶出させることができる。これにより、洗浄液の組成と、溶出液の組成が同一又は類似していても、十分な洗浄と、溶出液への十分な濃度での溶出とを両立ことができる。
3.8.2.第2プラグをチューブから吐出させる工程の変形
上述の「3.7.第2プラグをチューブから吐出させる工程」を採用する場合、係る工程において、図15(h)に示すように、溶出液に対して、核酸を溶出し終えた磁性粒子Mは、PCRの反応に支障のない限り、溶出液とともに吐出されてもよい。しかし、第1状態において、さらに、磁力を印加することによって、第1プラグ31内、チューブ10の第2部分12よりも容器40側の位置、又は容器40の中まで移動させ、その後第2状態としてから行ってもよい。図15(i)に示す例では、第1状態において、磁性粒子Mが、チューブ10の第1部分11まで、永久磁石70によって移動されている。このようにすれば、溶出液に磁性粒子Mが含まれない状態で、第2プラグ32をチューブ10から吐出することができる。図15(f)及び図15(g)に示す例は、図15(i)に示した状態に引き続いて行われる場合を示している。また、磁性粒子Mを移動させる先は、チューブ10の第1部分11又は容器40とすれば、磁力を取り去っても、第1プラグ31のオイルを磁性粒子Mが通過しにくいため、第2プラグ32をチューブ10から吐出することをより容易にすることができる。
4.キット
本実施形態のキットは、上述したデバイスの要部を構成する部品を含む。上記で説明した構成と同様の構成については、同じ符号を付して詳細な説明は省略する。
キットは、チューブ10及びプランジャー20を含む。また、キットは、容器40、栓50、蓋、取扱説明書、試薬、及びケースの少なくとも1つを含んでもよい。また、キットにおいて、チューブ10及びプランジャー20は、チューブ10にプランジャー20が挿入された状態で含まれてもよいし、別個の状態で含まれてもよい。同様に、キットが、容器40、栓50、蓋、及び試薬等を含む場合には、別個の状態で含まれてもよいし、適宜に互いに組み合わされて含まれてもよい。例えば、チューブ10の両端は、栓50によって封止されていてもよい。チューブ10内にプラグがある場合などに、チューブ10の両端が栓50によって封止されていれば、キットの保管、移送がより容易になる。また、プランジャー20の筒状部21の両端についても、必要に応じて栓等により封止されていてもよい。さらに、チューブ10にプランジャー20が挿入され、第1状態となっている状態で、チューブ10の第2部分12の端及びプランジャー20の筒状部21の端がそれぞれ栓等によって封止された状態であってもよい。
さらに、容器40の開口41は蓋やフィルム等によって封止(シール)されてもよく、容器40内に、試薬等が封入された状態であってもよい。さらに容器40には、吸着液の成分の一部又は全部が収容されていてもよい。また、容器40は、吸着液及び磁性粒子を収容していてもよい。このようにすれば、検体を容器40に導入した際、検体に含まれる核酸を磁性粒子に吸着させる工程を、容器40において行うことができる。これにより、他の容器を用意する必要がなく、さらに迅速にPCRの前処理を行うことができる。
本発明は、上述した実施形態に限定されるものではなく、さらに種々の変形が可能である。例えば、本発明は、実施形態で説明した構成と実質的に同一の構成(例えば、機能、方法及び結果が同一の構成、あるいは目的及び効果が同一の構成)を含む。また、本発明は、実施形態で説明した構成の本質的でない部分を置き換えた構成を含む。また、本発明は、実施形態で説明した構成と同一の作用効果を奏する構成又は同一の目的を達成することができる構成を含む。また、本発明は、実施形態で説明した構成に公知技術を付加した構成を含む。
10…チューブ、11…第1部分、12…第2部分、13,23…内部空洞、14,24…連結部材、20…プランジャー、21…筒状部、22…棒状部、31…第1プラグ、32…第2プラグ、33…第3プラグ、40…容器、41…開口、42…ニップル、43…フィルム、50…栓、60…マニホールド、61…個別通路、62…共通通路、63…間仕切り、70…永久磁石、100,110,120,130,140,150,200,210…デバイス、101,201…縁部、202…支持部、203…凸部、M…磁性粒子

Claims (6)

  1. 第1部分及び前記第1部分よりも内径の小さい第2部分を有するチューブと、
    前記第1部分の内面に嵌合可能な筒状部、及び前記筒状部に支持された前記第2部分の内面に嵌合可能な棒状部を有し、前記チューブの前記第1部分側から挿入可能なプランジャーと、
    を含み、
    前記第1部分の内面に前記筒状部が嵌合した場合に、前記第2部分の内面と前記棒状部とが離間している第1状態、及び前記第2部分の内面と前記棒状部が嵌合している第2状態が形成され、
    前記第1状態では、前記第2部分の内部と前記筒状部の内部とを連通させる連通路が形成され、前記第2状態では、前記連通路が遮断される、デバイス。
  2. 請求項1において、
    前記第2部分の内部に、オイルからなる第1プラグ、オイルと混和しない溶出液からなる第2プラグ、及びオイルからなる第3プラグが、前記第1部分側から当該順で配置されている、デバイス。
  3. 請求項1乃至2のいずれか1項において、
    前記筒状部に接続可能な容器をさらに含み、
    前記筒状部に前記容器が接続された場合に、前記筒状部の内部と前記容器の内部とが連通される、デバイス。
  4. 請求項1乃至3のいずれか1項において、
    前記チューブ及び前記プランジャーを複数有し、
    複数の前記プランジャー及び複数の前記チューブは、連動して前記第1状態及び前記第2状態を形成する、デバイス。
  5. 請求項4において、
    複数の前記プランジャーの各前記筒状部に接続可能なマニホールドをさらに含み、
    各前記筒状部に前記マニホールドが接続された場合に、各前記筒状部の内部と前記マニホールドの内部とが連通され、
    前記マニホールドは、各前記筒状部に接続する複数の個別通路、及び各前記個別通路に接続する共通通路を有する、デバイス。
  6. 請求項4又は請求項5において、
    前記マニホールドの前記共通通路に接続可能な容器をさらに含み、
    前記マニホールドに前記容器が接続された場合に、前記マニホールドの内部と前記容器の内部とが連通される、デバイス。
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