JP5719433B2 - 質量スペクトルを分析するための方法、コンピュータ・プログラム、およびシステム - Google Patents
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Description
− meに匹敵する(またはそれより小さい)ビン・サイズの場合、異なるスペクトルの所与のイオンのピークは異なるビンに蓄積されるであろう。
− meより大きいビン・サイズの場合、一般に、同様の質量を有する2つ以上のイオンのピークはたまたま同じビンに蓄積される。しかし、これらのイオンは物質濃度に対してまったく異なる線形依存性を有する可能性があり、上記の影響により、同じビンは、異なるスペクトルの全域で異なるイオンからの貢献分を蓄積することができる。
− 質量スペクトル・データ・ファイルのセット内の第1の質量スペクトル・データ・ファイルからピークの座標を読み取ることと、
− 2つのピーク間の近接性を認定する距離関数(distance function)を計算することにより、第1の質量スペクトル・データ・ファイル以外の前記質量スペクトル・データ・ファイルのそれぞれから、第1の質量スペクトルから読み取られたピーク座標に近いピーク座標を選択することと、
− シーケンス内のすべてのピークが同じタイプの物理イオンによって生成された可能性を認定するスコア関数(score
function)を計算することにより、第1の質量スペクトルから読み取られたピークと、それぞれの他の質量スペクトルから選択された1つのピークとを含む、複数ピークの最高スコアのシーケンスを決定することと、
− 最高スコア/2番目に高いスコアのシーケンスの比率がリミット比を上回る場合にのみ、最高スコアのシーケンスを保管することと、
− 前記第1の質量スペクトル・データ・ファイルから1つの他のピークの座標を読み取り、前記質量スペクトルからのすべてのピークが読み取られるまで先行する選択ステップ、決定ステップ、および保管ステップを実行し、その結果のシーケンスのそれぞれが、同じ物理イオンによって生成されるものとして識別されたピークを、それぞれの質量スペクトルについて1つずつ含むこと
を含む、方法によって達せられる。
− 保管されたシーケンスのうち、同じ質量スペクトルの同じピークを含むことが判明したシーケンスの任意のサブセットを抑制すること
をさらに含む、請求項1記載の方法によって達せられる。
イオンに対応する結果のピーク・シーケンスを識別するための方法1のステップが、どちらもピークの質量および強度に依存する第1の距離関数および第1のスコア関数を使用して、所与のc濃度に関する質量スペクトルの第1のセットについて実行され、
前記方法が、
− 質量スペクトルの追加のセットについて先行ステップを繰り返すことであって、前記第1および追加のセットの質量スペクトルが異なる濃度に対応することと、
− それぞれの溶液濃度について先行ステップを実行した結果得られるそれぞれのシーケンスについて平均質量強度ピーク座標を計算し、それぞれの濃度について一連の仮想ピークを求めることと、
− 請求項1記載の方法のステップを仮想質量スペクトルのセットに適用することであって、それぞれの仮想質量スペクトルが1つの濃度に対応し、それぞれの仮想質量スペクトルが計算された一連の仮想ピークを含み、ピークの質量に依存する2つのピーク間の第2の距離関数と、ピークの質量とピーク濃度強度相関の組み合わせに依存する第2のスコア関数を使用し、結果のシーケンスが異なる「仮想質量スペクトル」で1つのイオンに対応するピークであり、それぞれの「仮想質量スペクトル」が1つの溶液濃度に対応すること
をさらに含む、請求項1または2記載の方法によって達せられる。
であり、Rがy座標およびx座標に関連する相対誤差間の比率である、請求項5記載の方法によって達せられる。
1/max d(p1,p2)
であり、ここでp1、p2がシーケンス内の任意の2つのピークであり、d(p1,p2)がそれらの間の距離である、請求項5および6のいずれか1項記載の方法によって達せられる。
d(p1,p2)=絶対値(x1−x2)
である、請求項5ないし7のいずれか1項記載の方法によって達せられる。
であり、ここでp1、p2がシーケンス内の任意の2つのピークであり、d(p1,p2)がそれらの間の距離である、請求項5ないし8のいずれか1項記載の方法によって達せられる。
1/max d(p1,p2)
であり、ここでp1およびp2はシーケンス内の任意の2つのピークである。
d(p1,p2)=abs(x1−x2)
ここでabs()は絶対値関数である。
であり、ここでp1、p2はシーケンス内の任意の2つのピークであり、d(p1,p2)はそれらの間の距離である。
・ 第1の入力スペクトルの行503のピーク
・ 第2の入力スペクトルの行506のピーク
・ など
が段階1のプロセスによって「識別」されていることを意味するものであり、したがって、これらのピークが同じ物理イオンによって生成されたことを間違いなく想定することができる。
Claims (11)
- 特定の濃度の少なくとも1つの物質を含む溶液のサンプルについて得られるM個の質量スペクトル・データ・ファイルのセットに含まれる、誤差を持って測定されたすべてのピークの質量および強度座標を分析することにより、特定の濃度の少なくとも1つの物質を含む溶液中で異なる物理イオンによって生成されたピークを識別するためにコンピュータ上で実行される方法であって、前記方法が、
− 質量スペクトル・データ・ファイルの前記セット内の第1の質量スペクトル・データ・ファイルから一つのピークの座標を読み取ることと、
− 2つのピーク間の近接性を与える距離関数を計算することにより、前記第1の質量スペクトル・データ・ファイル以外の前記質量スペクトル・データ・ファイルのそれぞれから、前記第1の質量スペクトルから前記読み取られたピークの座標に近いピークを選択するステップであって、該読み取られたピークと選択された該ピークからなるシーケンスを複数作成する、選択ステップと、
− 作成された複数の前記シーケンス内のすべてのピークが同じタイプの物理イオンによって生成された可能性を与えるスコア関数を計算することにより、前記第1の質量スペクトルから前記読み取られたピークと、それぞれの他の質量スペクトルから選択された1つのピークとを含む、複数ピークの最高スコアのシーケンスを決定する決定ステップと、
− 最高スコア/2番目に高いスコアの比率がリミット比を上回る場合にのみ、該最高スコアのシーケンスを保管する保管ステップと、
− 前記第1の質量スペクトル・データ・ファイルから1つの他のピークの座標を読み取り、前記質量スペクトルからのすべての前記ピークが読み取られるまで前記先行する選択ステップ、決定ステップ、および保管ステップを実行し、その結果のシーケンスのそれぞれが、同じ物理イオンによって生成されるものとして識別されたピークを、それぞれの質量スペクトルについて1つずつ含むこと
を含む、方法。 - − 保管された前記シーケンスのうち、同じ質量スペクトルの同じピークを含むことが判明したシーケンスの任意のサブセットを抑制すること
をさらに含む、請求項1記載の方法。 - 2つのピーク間の前記距離関数および前記スコア関数が前記2つのピークの前記質量および強度に依存する、請求項1または2記載の方法。
- 2つのピーク間の前記距離関数が前記ピークの前記質量に依存し、前記スコア関数が前記ピークの前記質量と前記ピークの濃度と強度の相関係数の組み合わせに依存する、請求項1または2記載の方法。
- イオンに対応する前記結果のピーク・シーケンスを識別するための請求項1の記載の方法の前記ステップを、どちらも前記ピークの前記質量および強度に依存する第1の距離関数および第1のスコア関数を使用して、N通りの濃度に関する質量スペクトルのN個のセットについて実行するステップと、
− 前記N個のセットについて請求項1の記載の方法の前記ステップを実行した結果得られるそれぞれのシーケンスについて平均質量強度ピーク座標を計算し、それぞれの濃度について一連の仮想ピークを求めることによって、それぞれの濃度に対応したN個の仮想質量スペクトルのセットを生成するステップであって、それぞれの仮想質量スペクトルが前記計算された一連の仮想ピークを含む、ステップと、
− 請求項1記載の方法の前記ステップを仮想質量スペクトルの前記セットに適用するステップであって、前記仮想ピークの前記質量に依存する2つの仮想ピーク間の第2の距離関数と、前記仮想ピークの前記質量と前記仮想ピークの濃度と強度の相関係数の組み合わせに依存する第2のスコア関数を使用し、前記結果のシーケンスが異なる「仮想質量スペクトル」で1つのイオンに対応する前記ピークである、ステップ
を含む、方法。 - 座標x1およびy1を有するピークp1と座標x2およびy2を有するピークp2という2つの質量スペクトル・ピーク間の前記第1の距離関数が
- シーケンスの前記第1のスコア関数が
1/max d(p1,p2)
であり、ここでp1、p2が前記シーケンス内の任意の2つのピークであり、d(p1,p2)がそれらの間の距離である、請求項5および6のいずれか1項記載の方法。 - 座標x1およびy1を有するピークp1と座標x2およびy2を有するピークp2という2つの質量スペクトル・ピーク間の前記第2の距離関数が
d(p1,p2)=絶対値(x1−x2)
である、請求項5ないし7のいずれか1項記載の方法。 - シーケンスの前記第2のスコア関数が
- 請求項1ないし9のいずれか1項記載の方法の前記ステップを実行するように適合された手段を含むシステム。
- コンピュータ・プログラムがコンピュータ上で実行されるときに、請求項1ないし9のいずれか1項記載の方法の前記ステップを実行するための命令を含むコンピュータ・プログラム。
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