JP5420247B2 - 肝細胞癌腫分類および予後判定のための方法 - Google Patents
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Description
a)RAB1A、REG3A、NRAS、RAMP3、MERTK、PIR、EPHA1、LAMA3、G0S2、HN1、PAK2、AFP、CYP2C9、CDH2、HAMP、SAE1、ADH6、DCN、FLJ10159、ALDH1L1、IGF1、LECT2、SLC38A1、SPARCL1、CTNNA2、GLUL、LEF1、MATN2、MME、PFN2、SPINT2、TBX3、およびFGFR2からなる群より選択される少なくとも8、少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、または少なくとも16の遺伝子の組合せを含んでなる、またはこれらからなる発現プロファイルを決定し、
b)該発現プロファイルから六つのサブグループの距離を計算し、そして
c)サブグループの距離が最短であるサブグループにHCC腫瘍を分類する
ことを含んでなり、ここで六つのサブグループG1、G2、G3、G4、G5、およびG6が表2において記載された、それらの臨床的および遺伝的特徴により規定される、HCCに罹患した対象の肝臓HCCサンプルからの六つのサブグループ間におけるHCC腫瘍のインビトロ分類の方法に関する。
a)ALDH1L1、CD24、CD74、CFHR3、CYP4F12、DNAJA3、DSCR1、EPHA1、EPHB4、FAAH、FGFR2、FLJ10159、GLT8D1、HAL、MATN2、MRPS7、PAK2、PLXNB1、RAB1A、RHOQ、SLC27A5、SLPI、SMARCE1、STRA13からなる群より選択される少なくとも8、少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、または24の遺伝子の組合せを含んでなる、またはこれらからなる発現プロファイルを決定し、
b)該発現プロファイルから六つのサブグループの距離を計算し、そして
c)サブグループの距離が最短であるサブグループにHCC腫瘍を分類する、
ことを含んでなり、ここで六つのサブグループG1、G2、G3、G4、G5、およびG6が、表2において記載されたそれらの臨床的および遺伝的特徴により規定される、HCCに罹患した対象の肝臓HCCサンプルからの六つのサブグループ間におけるHCC腫瘍のインビトロ分類の他の方法にも関する。
-nは発現プロファイルにおける遺伝子の数を表し、
-各遺伝子tについて、μ(クラスk,遺伝子t)およびσ(遺伝子t)は遺伝子の選択組合せに依存するパラメーターであり、本願の実施例2において更に詳細に記載されているような、HCC腫瘍のトレーニング群における最適化、次いでHCC腫瘍の検定群におけるバリデーションにより計算される。
-nは発現プロファイルにおける遺伝子の数を表し、
-各遺伝子tについて、y(サンプルi,遺伝子t)はサンプルi中における遺伝子tの標準化強度値を表し、および
-各遺伝子tおよびクラスkについて、c(遺伝子t,クラスk)、μ(遺伝子t)、およびσ(遺伝子t)は、遺伝子の選択組合せに依存するパラメーターであり、本願の実施例2において更に詳細に記載されているような、HCC腫瘍のトレーニング群における最適化、次いでHCC腫瘍の検定群におけるバリデーションにより計算されてもよい。
a)NRCAM、PIR、RAMP3、SLC21A2、TAF9、TNA、HN1、PSMD1、MRPS7、CDC20、ENO1、HLF、STRA13、RAGD、NRAS、ARFGEF2、RAB1A、G0S2、SMAD3、DNAJA3、HELO1、RHOQ、C14orf156、NPEPPS、PDCD2、PHB、KIAA0090、IMP-3、KPNA2、KIAA0268、UNQ6077、LOC440751、G6PD、STK6、TFRC、GLA、TRIP13、SPP1、AKR1C1、AKR1C2、GIMAP5、ADM、CCNB1、TKT、AGPS、RAN、NUDT9、HRASLS3、HLA-DQA1、NEU1、RARRES2、PAPOLA、ABCB6、BIRC5、FLJ20273、C14orf109、CHKA、TUBB2、HMGB3、TXNRD1、IFITM1、KIAA0992、MPPE1、KLRB1、CCL5、SYNE1、DNASE1L3、CYP2C18、PACSIN2、PON3、およびPPP2R1Bからなる群より選択される少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、または少なくとも5の遺伝子の組合せを含んでなる発現プロファイルを決定し、
b)該発現プロファイルから総合生存(global survival)スコアおよび/または非再発生存(survival without relapse)スコアを計算し、そして
c)得られた総合生存スコアおよび/または非再発生存スコアを閾値と各々比較することを含んでなり、ここで
-該閾値より厳密に劣る総合生存/非再発生存スコアは良い生存/非再発生存予後を示し、一方
-該閾値より優れたまたはそれに等しい総合生存/非再発生存スコアは悪い生存/非再発生存予後を示す、
HCCに罹患した対象の肝臓HCCサンプルからの総合生存および/または非再発生存のインビトロ予後判定の方法にも関する。
-TAF9、PIR、NRCAM、およびRAMP3
-TAF9、NRCAM、SLC21A2、およびPSMD1
-TAF9、NRCAM、RAMP3、およびPSMD1
-TAF9、NRCAM、NRAS、RAMP3、およびPSMD1、または
-TAF9、NRCAM、RAMP3、PSMD1、およびARFGEF2
から選択される遺伝子の組合せを含んでなる、好ましくはこれらからなる。
-TAF9、NRCAM、RAMP3、PSMD1、およびARFGEF2
を含んでなる、好ましくはこれらからなる。
-TAF9およびG0S2
-TAF9、NRCAM、およびRAMP3
-TAF9、G0S2、およびRAMP3
-TAF9、NRCAM、DNAJA3、およびRAMP3、または
-TAF9、NRCAM、G0S2、DNAJA3、およびRAMP3
から選択される遺伝子の組合せを含んでなる、好ましくはこれらからなる。
-TAF9、NRCAM、およびRAMP3
を含んでなる、好ましくはこれらからなる。
-nは、発現プロファイルにおける遺伝子の数を表し、
-各遺伝子tについて、β(遺伝子t)およびμ(遺伝子t)は、遺伝子の選択組合せに依存するパラメーターであり、本願の実施例3において更に詳細に記載されているような、HCC腫瘍のトレーニング群における最適化、次いでHCC腫瘍の検定群におけるバリデーションにより計算されてもよい。
-そのスコアが該閾値より優れるまたはそれに等しいならば、悪い予後であり、または
-そのスコアが該閾値より厳密に劣るならば、良い予後
である。
-nは組合せにおける遺伝子の数を表し、
-tは下記表8で示された組合せにおける各遺伝子の数を表し、並びに
-各β(遺伝子t)およびμ(遺伝子t)係数の値は、下記表8において示された値から10%、好ましくは9%、8%、7%、6%、5%、または更には4%、3%、2%、または1%の区間内にある。
-nは、組合せにおける遺伝子の数を表し、
-tは、下記表9において示された組合せにおける各遺伝子の数を表し、および
-各β(遺伝子t)およびμ(遺伝子t)係数の値は、下記表9において示された値から10%、好ましくは9%、8%、7%、6%、5%、または更には4%、3%、2%、または1%の区間内にある。
a)本発明によるいずれかの方法に従い、生存および/または非再発生存予後を判定し、そして
b)該予後判定からアジュバント療法の妥当性を決める:
-悪い予後である場合には、アジュバント療法が勧められ、一方
-悪い予後でない場合には、アジュバント療法が勧められない、
HCCに罹患した対象の肝臓HCCサンプルからのアジュバント療法の妥当性のインビトロ診断決定の方法に関する。
-TAF9、PIR、NRCAM、およびRAMP3
-TAF9、NRCAM、SLC21A2、およびPSMD1
-TAF9、NRCAM、RAMP3、およびPSMD1
-TAF9、NRCAM、NRAS、RAMP3、およびPSMD1、または
-TAF9、NRCAM、RAMP3、PSMD1、およびARFGEF2
のうち一つを含んでなる、またはこれらからなる発現プロファイルのインビトロ決定のための試薬を含んでなる。
-TAF9、NRCAM、RAMP3、PSMD1、およびARFGEF2
を含んでなる、またはこれら発現プロファイルのインビトロ決定のための試薬を含んでなる。
-TAF9およびG0S2
-TAF9、NRCAM、およびRAMP3
-TAF9、G0S2、およびRAMP3
-TAF9、NRCAM、DNAJA3、およびRAMP3、または
-TAF9、NRCAM、G0S2、DNAJA3、およびRAMP3
のうち一つを含んでなる、またはこれらからなる発現プロファイルのインビトロ決定のための試薬を含んでなる。
-TAF9、NRCAM、およびRAMP3
を含んでなる、またはこれらからなる発現プロファイルのインビトロ決定のための試薬を含んでなる。
1)例えば、必要な処方および様々なパラメーター値を付すことにより、ユーザー自身に分類または予後判定を行なわせてもよく、または
2)キットに装備された、または例えば、インターネットでアクセスしうる専用ソフトウェアへその発現データを入力するようユーザーに指示してもよい。
a)本発明の方法に従い該対象の肝臓HCCサンプルから総合生存および/または非再発生存を決定し、そして
b)悪い予後である場合には該対象にアジュバント療法を施し、一方悪い予後でない場合にはこのようなアジュバント療法を施さない
ことを含むHCCに罹患した対象の治療の方法に関する。
a)HCC腫瘍サンプルを用意し、
b)本発明の方法に従い該HCC腫瘍サンプルを分類し、そして
c)該HCCサブグループで分類されたHCC腫瘍サンプルのインビトロ成長を阻害しうる化合物の能力を検定する、
本発明による六つのHCCサブグループの一つの治療に有用な化合物のインビトロスクリーニングの方法にも関する。
a)HCC腫瘍サンプルを本発明による六つのサブグループの一つに分類し、そして
b)そのHCC腫瘍サンプルが属するHCCサブグループを標的とした治療上の処置を対象に施す
ことを含むHCCに罹患した対象の治療の方法に関する。
腫瘍およびサンプル,臨床データ
一連の120肝細胞癌腫および3肝細胞腺腫を、それらの対応非腫瘍組織と共に、1992年〜1999年に3箇所のフランス外科部門において肝臓切除により治療された患者123例から集めた。この研究に含まれるすべての場合において、全臨床データおよび追跡調査が入手しえた。これらすべての腫瘍は、既に記載されたように、臨床的に特徴づけられた(Laurent-Puig,P.et al.Gastroenterology 120,1763-73(2001))。性別比(M:F)は1:4であり、患者の平均年齢は60歳(年齢中央値=63歳,18〜85歳の範囲)であった。患者は、フランス(92例)、サハラ以南アフリカ(11例)、地中海エリア(7例)、アンティル(4例)、およびアジア(4例)において生まれた。B型肝炎ウイルス、C型肝炎ウイルス、アルコール乱飲、およびヘモクロマトーシスのHCCの危険因子が、腫瘍の36、30、40、および6%で各々生じた。25例においてHCCが公知の危険因子の非存在下で進行し、16例において、少なくとも二つの危険因子がみられた。腫瘍分化の組織学的グレードは、EdmondsonおよびSteinerグレーディングシステムに従い、グレードI(7%)、II(49%)、III(39%)、およびIV(4%)と判定された。103例において、手術前α-フェトプロテイン血清レベルが入手でき、患者37例について100IU/mL以上であった。肉眼的および/または微視的血管侵襲がケースの37%において記録された。主腫瘍から1cm以内でみられる結節で規定される衛星腫瘍がケースの41%で記録された。肝臓移植で治療されたまたは術後3月間以内で死んだ患者を除外した後、R0完全切除の患者99例で全および無疾患生存が評価された。肝硬変で第二非関連腫瘍の発生の影響を最少化するために、我々は5年後の生存データを考慮に入れなかった。全シリーズにおける平均追跡調査は38月間(範囲3〜60月間)であり、それはなお生存する患者の場合49月間であった。二つの質的予後変数により構成される:(1)“早期再発”yesまたはnoは肝臓切除後2年以内における腫瘍再発の存在および術後4年間にわたる再発の欠如により規定された、(2)“早期死亡”yesまたはnoは肝臓切除後3年以内における死亡の発生および術後5年間にわたる死亡の欠如により規定された。Affymetrix解析においては、アルコール性肝硬変(プール1)、アルコール非硬変肝(プール2)、HBV非硬変肝(プール3)、HCV肝硬変(プール4)、およびHBV肝硬変(プール5)を含めて、解析腫瘍に対応する5プールの3非腫瘍肝臓組織が用いられた。QRT-PCR実験においては、これらの15の非腫瘍RNAおよび六つの追加正常非腫瘍肝臓RNAが個別に解析された。妊娠の異なる段階(11〜29週の妊娠期間範囲)にある19のヒト胎児肝臓サンプルも集められた。該研究は地元の倫理委員会(CCPPRB Paris Saint-Louis)により承認され、インフォームド・コンセントがフランス法に従い得られた。
出発物質として各サンプルの全RNA5μgおよびHG-U133A Affymetrix GeneChipアレイのハイブリダイゼーション(GeneChip Fluidics Station 400)当たりcRNA20μgを用いて、マイクロアレイ解析を行った。各アレイからの像はHP GeneArray 2500を用いて作成し、製造業者のプロトコールに従い解析した(http://www.affymetrix.com/support/technical/manual/expression manual.affx)。指示された場合を除き、すべてのトランスクリプトーム解析はBioconductor(v1.1.1)のものを含めたRシステムソフトウェア(v1.9.0)パッケージの各種取合せまたはオリジナルRコードを用いて行なった。Rパッケージおよびバージョンは適宜に表示されている。65Affymetrix HG-U133A GeneChipマイクロアレイからの未処理特徴データを標準化し、頑健性マルチアレイ平均(パッケージaffy V1.4.32)を用いて各ブローブセットに関するlog2強度発現サマリー値を計算した。コントロール遺伝子に対応するまたは“ x ”アノテーションを有するブローブセットをマスクして、更なる解析に利用しうる全部で19,787のブローブセットを得た。
2.1 材料および方法
遺伝子突然変異、染色体不均衡、HBVゲノムの定量およびDNAメチル化
全サンプルについて、腫瘍および非腫瘍DNAを取り出し、QiaquickおよびRneasy抽出キット(Qiagen)を各々用いるDNAおよびRNA抽出まで−80℃において貯蔵した。DNAはフルオロメトリー(Fluoroskan Thermo Lab-system)により定量し、RNAはスペクトロフォトメーター(Nanodrop)を用いて260nmで定量した。DNAおよびRNAの質は、ゲル電気泳動、次いで臭化エチジウム染色およびAgilent 2100バイオアナライザーにより制御した。28S/18S比がAffymetrix実験で1.5より大きく、定量的RT-PCR解析で1より大きければ、RNAが適格とされた。遺伝子突然変異は、3100 Applied Biosystemsシークエンサーを用いて腫瘍DNAを直接配列決定することにより、TP53エキソン2〜11、β-カテニンエキソン2〜4についてコードするCTNNB1、AXIN1エキソン1〜10、PIK3CAエキソン1〜20で調べた。アレル損失および染色体不均衡は、既に記載されたように(Laurent-Puig,P.et al.Gastroenterology 120,1763-73(2001))、LMS2マイクロサテライトパネル(Applied Biosystems)からのゲノタイピング400マーカーにより調べた。血清学的結果またはウイルスDNA増幅(Laurent-Puig,P.et al.Gastroenterology 120,1763-73(2001))によりHBV感染と関連づけられた全サンプルについて、DNAのHBSおよびHBXコピーがSyberグリーン法(Applied Biosystems)を用いて腫瘍および非腫瘍DNAにより定量された。定量に用いられたプライマーがウイルス多型性または突然変異のない領域で選択されるよう保証するために、HBSおよびHBX DNAの配列は全腫瘍で決定した。ウイルスDNAの定量は染色体22PCR増幅と関連していた。PCR増幅の効力は、HBS、HBX、および染色体22レファレンスについて各々95、97、および94%で測定した。腫瘍および非腫瘍DNAサンプルは更にHoechstのフルオリメトリーを用いて慎重に定量し、濃度はアガロースゲル電気泳動により調べた。腫瘍において低数のウイルスDNAコピーは、0.5より劣るHBX/レファレンスおよびHBS/レファレンス比(平均:0.01,範囲:0.002〜0.5,標準誤差:0.14)で規定された。腫瘍において高数のウイルスDNAコピーは、1.5より優れたHBX/レファレンスおよびHBS/レファレンス比(平均:25,範囲:1.6〜212,標準誤差:46)で規定された。CDH1およびCDKN2AプロモーターにおけるDNAメチル化は、既に記載されたように(Lee,S.et al.Am J Pathol 163,1371-8(2003)、Zochbauer-Muller,S.et al.Cancer Res 61,249-55(2001))、重亜硫酸DNAおよびメチル化特異的増幅を用いて調べた。
定量的RT-PCR解析では、高性能Archiveキットおよびランダムヘキサマー(Applied Biosystems)を用いて3μgの全RNAを逆転写した。各サンプルおよび検定遺伝子について、TaqMan Low Density ArrayおよびABI PRISM 7900HT Systems(Applied Biosystems)を用いて、2ngの逆転写RNAに相当する1μLのcDNAをTaqMan PCR解析により二重に解析した。cDNAの質はリアルタイムPCR(全シリーズで偏差7%の係数)によりR18S定量を用いて評価した。サンプル中における検定mRNAの相対量は2−ΔΔCT法を用いて調べた:ΔΔCT=(CT検定−CTR18S)サンプル−(CT検定−CTR18S)カリブレーター(Livak,K.J.& Schmittgen,T.D.Methods 25,402-8(2001))。簡単には、遺伝子の発現結果は、内部コントロールリボソーム18S、相対的には、内部コントロールリボソーム18Sに対して標準化された非腫瘍サンプルにおける対応遺伝子の平均発現レベルに相当するカリブレーターに対して標準化された。表およびグラフで示された値は、非腫瘍組織の平均と比較した、検定サンプルにおける遺伝子発現のn倍比率を表している。
凍結させた組織を500μL氷冷RIPA Lysis緩衝液(Santa Cruz)中でDounceとホモゲナイズし、タンパク質濃度をBCAタンパク質アッセイキット(Pierce)により調べた。イムノブロット解析は、SDS6%ポリアクリルアミドゲル上で移動するタンパク質50μg、ポリクローナルE-カドヘリン抗体(SC-7870,1:500,Santa Cruz)、ペルオキシダーゼ複合化二次抗体(1:2000,Santa Cruz)、および増強化学発光剤(ELC,Pierce)を用いて行なった。免疫染色は、モノクローナル抗β-カテニン(1:400,BD Biosciences 610153)、ビオチニル化抗マウス(1:200,Vector Laboratories BA-2000)、Vectastain ABC Elite標準キット(Vector Laboratories PK-6100)、DaBキット(Vector Laboratories SK-4100)を用いて、ホルマリン固定パラフィン包埋肝臓サンプルの5μm断片で行なった。免疫染色前に、内在性ペルオキシダーゼを遮断し、抗原検索を圧力釜(Biogenex)中0.001Mクエン酸緩衝液pH7で行なった。
65サンプルの分類は、距離メトリックとして1-Pearson相関(パッケージクラスV7.2-2)を用い、八つのデータサブセットおよび三つの異なるリンケージ法(平均,完全,およびWard’s)から得られた、一連の24階層クラスタ解析に基づいていた。八つのデータサブセットは最も変化する発現プロファイルの8非管理選択に対応した。この選択に関する基準は、分散中央値(P<0.01)と比較した所定プローブセットに関する分散の有意差、並びに偏差閾値の異なる“頑健性”係数(rCV,最低および最高値を除外したn-2サンプルに関するプローブセットlog2強度値の平均で標準偏差を割り計算される)であった。99〜6712プローブセットを選択した(第99.5および第60rCV百分位数)。初期24系統樹の安定性は、摂動/リサンプリング後に得られたクラスタ結果と互いに比較することにより評価した(各々100反復,安定性スコアの詳細については補足情報参照)。異なる初期クラスタ数(k=7..15)でk-meansクラスタリングアプローチを用いて、モデルも検定した。各kについて200中のベストラン(即ち、kグループ間で最大距離のもの)を用いて、サンプルを六つのHCCサブグループのサブセットに従いまたはとして一貫的にグループ分けした。
異なる臨床および遺伝子変数と六つのHCC腫瘍サブグループ間の関連の有意性を調べるために、Fisher正確確率検定を行なった。リンケージ法および遺伝子リストの全組合せから得られたクラスタ結果を検定した。加えて、多数モダリティー(例えば、HBT)の変数を二項値へ記録し、各組合せを検定した。QRT-PCR結果(表1参照)を用いた総合プレディクターでは、表中で0のPがP<0.001に等しいことを意味するオリジナルP値を補正するために、クラスラベルの1000ランダム順列を用いた。
Affymetrixデータプレディクター
マルチクラスプレディクターを確立するために、65サンプルをトレーニングセット(n=36,各クラスタ群について6,ランダムに選択)および検定セット(n=24腫瘍+5非腫瘍サンプル)に分けた。次いで、6工程ラーニング戦略:(1)F検定を用いてトレーニングサンプルに基づく遺伝子管理選択(n=376プローブセット)、(2)サブサンプリング、全強度レベルおよびリダンダントHUGO遺伝子記号および偽発見率コントロールに基づく遺伝子プローブセットフィルタリング(n=258)、(3)遺伝子クラスタビンで区分された(またはされていない)、8〜25遺伝子のランダムサブ選択、(4)五つの予測アルゴリズムを用いたルールラーニング、(5)検定セットを予測する成功率に基づくルール選択、(6)予測グループに対する臨床および遺伝子因子間の関連性を評価するためにRT-PCRデータおよびFisher正確確率検定を用いたルールバリデーションを用いた。
1.遺伝子選択および2.遺伝子プローブセットフィルタリング:S1を用いて、我々は、マルチ検定(BRB ArrayToolsv3.0.beta2)について補正するために、サンプルラベルの1000順列に基づく多変量順列検定を用いるF検定を行なった。この検定から、10未満の偽発見を含む1041プローブセットを得た。我々はS1における18サンプル(グループ当たり三つのランダム選択ケース)のサブ選択で同様の検定を行い、515の有意なプローブセットを見つけた(ここでは、順列検定を信頼できないものにする低数のサンプル/クラスのせいで、閾値基準としてp値<0.001を用いた)。これら2リストの対比と、合計6のHCCクラスタ群で100単位未満の最大強度を有するプローブセットの選別により、258プローブセットを得た。同一HUGO遺伝子記号に相当するプローブセットについて、低F統計値を有するプローブセットを除外してリストを225プローブセットに減らすことにより、我々は1プローブセット/記号を守った。
AffymetrixデータからPCRデータへ移された24遺伝子プレディクターの部分的成功に基づき、QRT-PCRで解析された140遺伝子の中で103遺伝子の初期リストからの工程を出発して、新たなプレディクターを捜した。これらの103遺伝子は、Affymetrixデータセットで全65のサンプルを用いる、異なるクラスタ群を比較する管理統計学的検定に対応した。次いで、Affymetrixデータ:遺伝子のランダムサブ選択、ルールラーニング、ルール選択、ルールバリデーションにおいて記載されたものと同様のラーニング戦略に従った。ランダムに、リスト当たりk数のプローブセット(k=5..16)の500サブリスト(合計で6000のサブリスト)を作成した。ΔCtデータ(コントロール遺伝子18S)を用いて、五つの予測アルゴリズム(SVM、PAM、kNN、DQDA、およびDLDA)をセットS1でトレーニングし、30,000プレディクターを得た。各アルゴリズムについて、kの各値と組み合わせて、検定セットS2を分類するために(セットS1でトレーニングされた)対応プレディクターの成功率に基づき、500の中で最良のサブリストを選択した(同等の場合には、出会う最初のサブリストが保存された)、この選択は60プレディクターを与えた。これらの中で、検定セットS2を分類する上で、三つのプレディクターが最高の成功率を示し、そのうち一つは三つの異なるアルゴリズムで88%より高い(S2の)成功率を示し、したがって最良とみなされた。このプレディクターはDLDAアルゴリズムで得られ、セットS1を100%成功率およびセットS2を94%成功率で予測した。選択プレディクターのバリデーションとして、セットS3に関する予測クラスの関連性を、予測クラス(1,2,3 vs 4,5,6)とFAL(P=8.5 10−4)並びに予測クラス(4 vs 5,6)とCTNNB1突然変異(P=5 10−5)との関連のレベルを測るFisher正確確率検定のP値から評価した。
19,787プローブセットに関するlog2-変換強度値でBRB ArrayTools(v3.2b5)を用いて、すべての単変量tおよびF検定を行なった。10偽発見未満のP<0.001および90%信頼の各単変量検定の名目有意レベルを、1000順列を用いた多変量検定に基づき表した。所定サブグループ(またはサブグループの組合せ)と残りサンプル(Gx vs Gnon-x)との間で並びに五つのプールされた非腫瘍サンプル(Gx vs 非腫瘍)間で示差的に発現されることがわかった遺伝子を特定するために、すべてのグループ間t検定を行なった。所定サブグループ(他のグループ間比較ではない)について両検定タイプにより見つけられた、ANOVA解析(前記のF検定)で有意(P<0.001,記載されたように10偽発見未満)であった遺伝子は、HCCサブグループ(またはサブグループの組合せ)特異的遺伝子であるとみなされた。
摂動のために、ランダムGaussianノイズ(μ=0,σ=1.5xデータセットから計算された分散中央値)を所定のデータセットに加えた。各系統樹をkグループ(k=2..18)に区分し、初期系統樹と比較して各グループに置かれたサンプル-ペアの割合を安定性スコアとして用いた(1のスコアが摂動(またはリサンプリング)を意味する0〜1のスコア範囲は、クラスタ群のメンバーシップに影響を有しなかった)。
非管理トランスクリプトーム解析は臨床および遺伝子改変と密接に関連した腫瘍のクラスタを規定する
Affymetrix HG-U133A GeneChipアレイを用いて、57HCC、3肝細胞腺腫および5サンプルのプールされた非腫瘍組織を解析した。非管理解析に基づき、各々がFisher正確確率検定に基づく臨床的および遺伝的因子(前記の表1および2参照)と高度に関連した六つのサブグループ(図2)にHCC腫瘍を区分する、HCC分類の頑健性モデルを我々は開発した。実施された解析に基づき、各々がより小さな三つのサブグループに更に細分される2大グループ(ここではG1〜G6と称される)に60腫瘍サンプルを細分する。この分類は摂動/リサンプリング検定と照合したときに極めて頑健性であり(各クラスタ解析の平均再現性スコアは、二つの大きなグループおよび六つのサブグループについて少なくとも0.9であるとわかった)、反復k-meansクラスタ解析と一致することを見出した(材料および方法の欄参照)。更に、サンプル区分のトポロジーは異なる遺伝子リストとクラスタリンケージ法にまたがり保存された。G1〜G3はG4〜G6より有意に高い断片的アレル損失(FAL)を示したことから(P<10−3,表2)、2大グループは染色体不安定(G1、G2、およびG3)および安定(G4、G5、およびG6)サンプルに相当する。加えて、G1〜G3グループに属するHCCはG4〜G6のHCCと比較して早い再発および早い死亡とやや関連していた(P=0.05,表2)。異なるサブグループが、低数のHBV DNAコピー(G1)およびCTNNB1遺伝子突然変異(G5およびG6)と共に、TP53突然変異(G2およびG3)、HBV感染(G1およびG2)で特徴づけられた。一次腫瘍から1cm以内で離れてみられる遠位癌性結節の存在は、G6と関連し(P=0.04,表2)、これら腫瘍の局部侵襲の高い可能性を示した。非腫瘍肝臓組織の5サンプルプールはしっかりと一緒にクラスタ化し、20腫瘍を含む大きな異種グループ(G4)内でみられ、そのうち四つは同一小クラスタにおいてTCF1突然変異を有した(3腺腫および1HCC)。
この分類のサブグループと診断ポテンシャルとで臨床的関連性があるとすれば、本発明者らの目的は、より時間およびコスト効率的な技術の定量的逆転写酵素PCR(QRT-PCR)を用いることにより、臨床環境により適合したクラス-プレディクターを特定することであった。六つのHCCサブグループへのクラスメンバーシップを予測しうる遺伝子を求めるために、最初にAffymetrixデータを用いてプレディクターを構築した(材料および方法と下記表10参照)。この解析から、Affymetrixデータを用いるとクラス予測の高い成功率(93.1%)を示すが、QRT-PCRデータを用いたのではさほど満足しえない(81%)ことが判明した、第一の24遺伝子プレディクター(ALDH1L1、CD24、CD74、CFHR3、CYP4F12、DNAJA3、DSCR1、EPHA1、EPHB4、FAAH、FGFR2、FLJ10159、GLT8D1、HAL、MATN2、MRPS7、PAK2、PLXNB1、RAB1A、RHOQ、SLC27A5、SLPI、SMARCE1、STRA13)を特定した。
異なるHCCサブグループに関与するキー経路を特定するために、一以上のHCCサブグループで特に脱調節される1560遺伝子が、ANOVAと組み合わされた全グループ式t検定解析からの結果に基づき特定された。HCCサブグループに特異的な遺伝子の全リストについて、既知経路における遺伝子の関連性も調べた。染色体不安定サンプルに相当する、サブグループG1〜G3で特に過剰発現される細胞周期/増殖/DNA代謝遺伝子の豊富化が観察された(P<0.01)。特に過剰発現される高数の遺伝子がG1サブグループ(低数のウイルスDNAにおけるHBV感染、AXIN1突然変異、若年齢、高血清レベルのAFPおよび頻出アフリカ起源と関連,表1および2)で観察された。それらの中で、発生に際して発現されるタンパク質をコードする遺伝子が見出された:ミオシン重鎖IIb、MYH4、転写因子SOX9およびSOX4、ならびに親性刷込み遺伝子:インスリン様成長因子2(IGF2)、父系発現1、3、および10(PEG1、PEG3、およびPEG10)、α-フェトプロテイン(AFP)およびサルコグリカンε(SGCE)。これらすべての遺伝子の差異的発現が、109腫瘍においてQRT-PCRを用いて確証された(図3a)。検定された刷込み遺伝子は正常胎児肝臓で高度に過剰発現された(図3a)。H19 mRNAもG1サンプルのみならず胎児サンプルでも過剰発現され、これら2グループにおいてIGF2と相関していた(各々R2=0.4および0.6)。
非管理ゲノムワイドアプローチを用いて、本発明者らは、これら腫瘍の大きな自然多様性を反映する、六つの主要サブグループにおけるHCCの頑健性分類を得た(Bosch.F.X.,et al.Gastroenterology 127,S5-S16(2004)、El-Serag,H.B.Gastroenterology 127,S27-34(2004))。加えて、この分類はQRT-PCRで解析された16遺伝子のみを用いて再現でき、更に重要なことに、腫瘍の独立セットにおいて確認された。
3.1 材料および方法
定量的RT-PCR解析
実施例2の材料および方法の項目において記載されているように、定量的RT-PCR解析を行った。
Affymetrix GeneChipで解析された一連の42サンプルから135遺伝子の2−ΔCt値(ΔCt=Ct検定−CtR18S)に基づき、予後状態(60ヶ月における総合生存)と関連するトップ16遺伝子(最大logrank P≦10−2)が単変量Coxモデル(パッケージ生存V2.15)を用いて特定された。同42サンプルを用いて、これら16遺伝子の中で5遺伝子以下の最良組合せ(最大logrank P<10−5)が全可能組合せから多変量Coxモデルを用いて選択された。次いで、これらのモデルを確証するために第二シリーズの53独立HCCを用い(最大logrank P<10−3)、それらのうち42を留保した。各モデルの頑健性が更に下記リサンプリングアプローチにより評価された:我々は1000回にわたりランダムに95腫瘍の全シリーズを各47および48サンプルの二群へ分ける(両グループ間で死亡事象の数を均衡させる)ことにより1000サンプリングを得て、次いで、遺伝子の42リストの各々を用いて、各サンプリングの両群について、多変量Coxモデルを構築し、両モデルから計算されたlogrank P値を留置した。(これら1000サンプリングの中で)両グループで最低中央値logrank Pに至る遺伝子の組合せを保存し、次いでプレディクターをこの組合せから得た。
予後を予測する遺伝子の特定およびバリデーション
診断には有用であるが、16遺伝子分類シグネチャー(実施例2参照)は、腫瘍の二つの主なグループ(G1〜G3 vs G4〜G6)または個別的な六つのサブグループを各々検定した場合、ログランク検定が(P=0.2および0.1)の高いp値を生じたことから、HCC予後を予測する上で十分でなかった。結果として、予後の特定プレディクターが材料および方法の項目において記載されたように構築された。
トランスクリプトーム分類の解明は臨床適用上、特に興味深い。特に、グループG1〜G3に属するHCCはG4〜G6のHCCと比較して早い再発および早い死亡とやや関連し、分類と予後がともかく関連することを示す可能性がある。
Claims (23)
- a)RAB1A、REG3A、NRAS、RAMP3、MERTK、PIR、EPHA1、LAMA3、G0S2、HN1、PAK2、AFP、CYP2C9、CDH2、HAMP、およびSAE1の16遺伝子の組合せを含んでなる、またはこれらからなる発現プロファイルを決定し、
b)該発現プロファイルから六つのサブグループの距離を計算し、そして
c)サブグループの距離が最短であるサブグループに肝細胞癌腫瘍を分類することを含んでなり、
ここで六つのサブグループG1、G2、G3、G4、G5、およびG6が、下記表の臨床的および遺伝的特徴により規定される、肝細胞癌に罹患した対象の肝臓の肝細胞癌サンプルからの六つのサブグループ間における、肝細胞癌腫瘍のインビトロ分類の方法:
- 前記発現プロファイルが、次の16遺伝子組合せ:RAB1A、REG3A、NRAS、RAMP3、MERTK、PIR、EPHA1、LAMA3、G0S2、HN1、PAK2、AFP、CYP2C9、CDH2、HAMP、およびSAE1からなる、請求項1に記載の方法。
- 前記発現プロファイルが定量的PCRを用いて核酸レベルにおいて決定される、請求項1または2に記載の方法。
- 前記発現プロファイルが次の16遺伝子組合せ:RAB1A、REG3A、NRAS、RAMP3、MERTK、PIR、EPHA1、LAMA3、G0S2、HN1、PAK2、AFP、CYP2C9、CDH2、HAMP、およびSAE1からなり、クラスkまでのサンプルiの各距離が下記式を用いて計算される、請求項3に記載の方法:
- d)ALDH1L1、CD24、CD74、CFHR3、CYP4F12、DNAJA3、DSCR1、EPHA1、EPHB4、FAAH、FGFR2、FLJ10159、GLT8D1、HAL、MATN2、MRPS7、PAK2、PLXNB1、RAB1A、RHOQ、SLC27A5、SLPI、SMARCE1、STRA13の24遺伝子の組合せを含んでなる、またはこれらからなる発現プロファイルを決定し、
e)該発現プロファイルから六つのサブグループの距離を計算し、そして
f)サブグループの距離が最短であるサブグループに前記肝細胞癌腫瘍を分類することを含んでなり、
ここで六つのサブグループG1、G2、G3、G4、G5、およびG6が、請求項1の表において記載されたそれらの臨床的および遺伝的特徴により規定される、肝細胞癌に罹患した対象の肝臓の肝細胞癌サンプルからの六つのサブグループ間における、肝細胞癌腫瘍のインビトロ分類の方法。 - 前記発現プロファイルが、次の24遺伝子組合せ:ALDH1L1、CD24、CD74、CFHR3、CYP4F12、DNAJA3、DSCR1、EPHA1、EPHB4、FAAH、FGFR2、FLJ10159、GLT8D1、HAL、MATN2、MRPS7、PAK2、PLXNB1、RAB1A、RHOQ、SLC27A5、SLPI、SMARCE1、STRA13からなる、請求項5に記載の方法。
- 前記発現プロファイルが核酸マイクロアレイを用いて核酸レベルにおいて決定される、請求項5または6に記載の方法。
- 前記発現プロファイルが次の24遺伝子の組合せ:ALDH1L1、CD24、CD74、CFHR3、CYP4F12、DNAJA3、DSCR1、EPHA1、EPHB4、FAAH、FGFR2、FLJ10159、GLT8D1、HAL、MATN2、MRPS7、PAK2、PLXNB1、RAB1A、RHOQ、SLC27A5、SLPI、SMARCE1、STRA13からなり、クラスkまでのサンプルiの各距離が下記式を用いて計算される、請求項7に記載の方法:
- 前記肝臓の肝細胞癌サンプルが肝臓の肝細胞癌バイオプシーまたは肝細胞癌腫瘍外科切除によるものである、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
- a)下記遺伝子の組合せを含んでなる、またはこれらからなる発現プロファイルを決定し:
− TAF9、NRCAM、RAMP3、PSMD1、およびARFGEF2、
b)該発現プロファイルから総合生存スコアを計算し、ここで、スコアは、HCC腫瘍のトレーニング群における最適化、次いでHCC腫瘍の検定群におけるバリデーションにより計算されてもよいパラメーターにより加重される、肝臓の肝細胞癌サンプルの各遺伝子の発現プロファイルの発現レベルを考慮に入れたロジスティック関数であり、そして
c)得られた総合生存スコアを閾値と比較する
ことを含んでなり、ここで
-該閾値より厳密に劣る総合生存スコアは、良い生存予後を示し、一方
-該閾値より優れたまたはそれに等しい総合生存スコアは、悪い生存予後を示す、
肝細胞癌に罹患した対象の肝臓の肝細胞癌サンプルからの総合生存のインビトロ予後の分析方法。 - d)下記遺伝子の組合せを含んでなる、またはこれらからなる発現プロファイルを決定し:
− TAF9、NRCAM、およびRAMP3、
e)該発現プロファイルから非再発生存スコアを計算し、ここで、スコアは、HCC腫瘍のトレーニング群における最適化、次いでHCC腫瘍の検定群におけるバリデーションにより計算されてもよいパラメーターにより加重される、肝臓の肝細胞癌サンプルの各遺伝子の発現プロファイルの発現レベルを考慮に入れたロジスティック関数であり、そして
f)得られた非再発生存スコアを閾値と比較する
ことを含んでなり、ここで
-該閾値より厳密に劣る非再発生存スコアは、良い非再発生存予後を示し、一方
-該閾値より優れたまたはそれに等しい非再発生存スコアは、悪い非再発生存予後を示す、
肝細胞癌に罹患した対象の肝臓の肝細胞癌サンプルからの非再発生存のインビトロ予後の分析方法。 - 前記発現プロファイルが定量的PCRを用いて核酸レベルにおいて決定される、請求項10に記載の方法。
- 前記発現プロファイルが次の遺伝子組合せ:TAF9、NRCAM、RAMP3、PSMD1、およびARFGEF2からなり、下記式が用いられる、請求項12に記載の方法:
-nは、組合せにおける遺伝子の数を表し、
-tは、下記表において示された組合せにおける各遺伝子の数を表し、並びに
- 前記予後判定に用いられる前記閾値が、−0.393から10%の区間内にある、請求項13に記載の方法。
- 前記発現プロファイルが定量的PCRを用いて核酸レベルにおいて決定される、請求項11に記載の方法。
- 前記発現プロファイルが次の遺伝子組合せ:TAF9、NRCAM、およびRAMP3からなり、下記式が用いられる、請求項15に記載の方法:
-nは、組合せにおける遺伝子の数を表し、
-tは、下記表において示された組合せにおける各遺伝子の数を表し、ならびに
- 前記予後判定に用いられる閾値が、−0.461において示された値から10%の区間内にある、請求項16に記載の方法。
- 前記肝臓の肝細胞癌サンプルが肝臓の肝細胞癌バイオプシーまたは肝細胞癌腫瘍外科切除によるものである、請求項10〜17のいずれか一項に記載の方法。
- a)請求項10〜18のいずれか一項に記載の方法に従い総合生存および/または非再発生存予後を分析し、そして
b)該予後判定からアジュバント療法の妥当性を決める:
ことを含んでなり、ここで
-悪い予後である場合には、アジュバント療法が勧められ、一方
-悪い予後でない場合には、アジュバント療法が勧められない、
肝細胞癌に罹患した対象の肝臓の肝細胞癌サンプルからのアジュバント療法の妥当性のインビトロの分析方法。 - RAB1A、REG3A、NRAS、RAMP3、MERTK、PIR、EPHA1、LAMA3、G0S2、HN1、PAK2、AFP、CYP2C9、CDH2、HAMP、およびSAE1の16遺伝子の組合せを含んでなる、またはこれらからなる発現プロファイルの決定のための試薬を含んでなる、肝細胞癌に罹患した対象の肝臓の肝細胞癌サンプルからの六つのサブグループ間における肝細胞癌腫瘍のインビトロ分類のためのキットであり、ここで六つのサブグループG1、G2、G3、G4、G5、およびG6が、請求項1の表において記載されたそれらの臨床的および遺伝的特徴により規定される、キット。
- ALDH1L1、CD24、CD74、CFHR3、CYP4F12、DNAJA3、DSCR1、EPHA1、EPHB4、FAAH、FGFR2、FLJ10159、GLT8D1、HAL、MATN2、MRPS7、PAK2、PLXNB1、RAB1A、RHOQ、SLC27A5、SLPI、SMARCE1、STRA13の24遺伝子の組合せを含んでなる、またはこれらからなる発現プロファイルの決定のための試薬を含んでなる、肝細胞癌に罹患した対象の肝臓の肝細胞癌サンプルからの六つのサブグループ間における肝細胞癌腫瘍のインビトロ分類のためのキットであり、ここで六つのサブグループG1、G2、G3、G4、G5、およびG6が、請求項1の表において記載されたそれらの臨床的および遺伝的特徴により規定される、キット。
- 下記遺伝子の組合せを含んでなる、またはこれらからなる発現プロファイルの決定のための試薬を含んでなる、肝細胞癌に罹患した対象の肝臓の肝細胞癌サンプルからの総合生存のインビトロ予後判定のためのキット:
− TAF9、NRCAM、RAMP3、PSMD1、およびARFGEF2。 - 下記遺伝子の組合せを含んでなる、またはこれらからなる発現プロファイルの決定のための試薬を含んでなる、肝細胞癌に罹患した対象の肝臓の肝細胞癌サンプルからの非再発生存のインビトロ予後判定のためのキット:
− TAF9、NRCAM、およびRAMP3。
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Cited By (8)
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KR20180081277A (ko) * | 2017-01-06 | 2018-07-16 | 강원대학교산학협력단 | P53의 전사적 활성 저해에 의한 암 검출용 바이오마커, 키트 또는 조성물, 이를 이용한 정보 제공 방법, 약물 스크리닝 방법, 및 악성 형질전환 모델 |
KR20190100136A (ko) * | 2019-08-20 | 2019-08-28 | 강원대학교산학협력단 | P53의 전사적 활성 저해에 의한 암 검출용 바이오마커, 키트 또는 조성물, 이를 이용한 정보 제공 방법, 약물 스크리닝 방법, 및 악성 형질전환 모델 |
KR20190139186A (ko) * | 2019-12-09 | 2019-12-17 | 강원대학교산학협력단 | P53의 전사적 활성 저해에 의한 암 검출용 바이오마커, 키트 또는 조성물, 이를 이용한 정보 제공 방법, 약물 스크리닝 방법, 및 악성 형질전환 모델 |
KR20200123050A (ko) * | 2020-10-14 | 2020-10-28 | 강원대학교산학협력단 | P53의 전사적 활성 저해에 의한 암 검출용 바이오마커, 키트 또는 조성물, 이를 이용한 정보 제공 방법, 약물 스크리닝 방법, 및 악성 형질전환 모델 |
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Families Citing this family (30)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8285719B1 (en) | 2008-08-08 | 2012-10-09 | The Research Foundation Of State University Of New York | System and method for probabilistic relational clustering |
EP2352847B1 (en) | 2008-11-10 | 2014-01-08 | The United States of America, as represented by The Secretary, Department of Health and Human Services | Gene signature for predicting prognosis of patients with solid tumors |
KR100964193B1 (ko) * | 2009-04-17 | 2010-06-16 | 씨비에스바이오사이언스 주식회사 | 간암 예후 마커 |
WO2011122021A1 (ja) * | 2010-03-30 | 2011-10-06 | 国立大学法人山口大学 | 肝細胞癌の再発予測用マーカー |
CN103347520A (zh) | 2010-10-13 | 2013-10-09 | 波士顿大学管理委员会 | 用作癌症化学治疗的晚期sv40因子(lsf)的抑制剂 |
JP6355555B2 (ja) * | 2011-04-01 | 2018-07-11 | キアゲン | Wnt/b−カテニンシグナル伝達経路に関する遺伝子発現シグネチャーおよびその使用 |
WO2013025322A2 (en) * | 2011-08-15 | 2013-02-21 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Marker-based prognostic risk score in liver cancer |
BR112014029338A2 (pt) * | 2012-05-31 | 2017-06-27 | Bayer Pharma AG | biomarcadores para determinação da resposta eficaz dos tratamentos de pacientes com carcinoma hepatocelular (hcc) |
JP2014027898A (ja) * | 2012-07-31 | 2014-02-13 | Yamaguchi Univ | 肝細胞がん発症リスクの判定方法 |
CA2885518A1 (en) * | 2012-09-21 | 2014-03-27 | Integragen | A method for prognosis of global survival and survival without relapse in hepatocellular carcinoma |
US20150232943A1 (en) * | 2012-09-21 | 2015-08-20 | Singapore Health Services Pte Ltd | Methods of diagnosing liver cancer in a subject and a kit for diagnosing liver cancer |
CN104755627A (zh) | 2012-09-21 | 2015-07-01 | 英特盖根公司 | 用于肝样本的分类和局灶性结节不典型增生、肝细胞腺瘤和肝细胞癌的诊断的新方法 |
TWI500770B (zh) * | 2013-02-20 | 2015-09-21 | Univ Taipei Medical | Hoxa9基因作為檢測肝癌生物標記的用途 |
US20150024517A1 (en) * | 2013-07-19 | 2015-01-22 | Texas Instruments Incorporated | Plasma etcher chuck band |
GB201317609D0 (en) | 2013-10-04 | 2013-11-20 | Cancer Rec Tech Ltd | Inhibitor compounds |
JP6008063B1 (ja) | 2015-03-24 | 2016-10-19 | 住友大阪セメント株式会社 | 静電チャック装置 |
GB201505658D0 (en) | 2015-04-01 | 2015-05-13 | Cancer Rec Tech Ltd | Inhibitor compounds |
GB201617103D0 (en) | 2016-10-07 | 2016-11-23 | Cancer Research Technology Limited | Compound |
WO2018181988A1 (ja) * | 2017-03-31 | 2018-10-04 | 公立大学法人福島県立医科大学 | 相互依存性の特定方法 |
WO2018189215A1 (en) * | 2017-04-12 | 2018-10-18 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Method for predicting the survival time of a patient suffering from hepatocellular carcinoma |
CN108333366B (zh) * | 2018-01-26 | 2020-06-12 | 南通大学附属医院 | 一种实验性监测肝细胞恶性转化过程大鼠模型的建立方法 |
CN112301125A (zh) * | 2019-07-30 | 2021-02-02 | 立森印迹诊断技术(无锡)有限公司 | 一种肿瘤标志物及其应用 |
CN111676282B (zh) * | 2020-01-13 | 2022-05-06 | 中南大学湘雅医院 | G0s2基因在检测重症肌无力患者病情和治疗情况中的应用 |
CN111458509B (zh) * | 2020-04-14 | 2023-09-22 | 中国人民解放军海军军医大学第三附属医院 | 肝细胞癌预后评估的生物标志物及其试剂盒和方法 |
CN111537719B (zh) * | 2020-06-04 | 2022-10-04 | 复旦大学附属中山医院 | 血清Sparcl1蛋白在非酒精性脂肪性肝炎诊断中的应用 |
CN111705132A (zh) * | 2020-07-03 | 2020-09-25 | 南方医科大学南方医院 | 一种ddPCR检测肝癌预后标志物TP53 R249S的引物探针组、试剂盒和方法 |
CN113913525A (zh) * | 2021-11-24 | 2022-01-11 | 广州医科大学 | Dnase1l3基因作为肝癌侵袭转移的检测和/或防治靶点的应用 |
CN114106097B (zh) * | 2021-11-24 | 2023-12-22 | 中国科学院微生物研究所 | 用于治疗肝细胞癌的多肽及其应用 |
WO2023196998A2 (en) * | 2022-04-07 | 2023-10-12 | The Board Of Regents Of The University Of Texas System | COMPOSITIONS AND METHODS FOR TREATING LIVER DISEASES WITH siRNAS TARGETING TBX3 |
CN117604108B (zh) * | 2024-01-23 | 2024-04-09 | 杭州华得森生物技术有限公司 | 用于肝癌诊断和预后判断的生物标志物及其应用 |
Family Cites Families (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU3762699A (en) * | 1998-04-27 | 1999-11-16 | Pacific Northwest Cancer Foundation | (nr-cam) gene, nucleic acids and nucleic acid products for therapeutic and diagnostic uses for tumors |
US20020009730A1 (en) * | 1999-11-17 | 2002-01-24 | Alex Chenchik | Human stress array |
WO2004074301A2 (en) * | 2003-02-14 | 2004-09-02 | Smithkline Beecham Corporation | Differentially expressed nucleic acids that correlate with ksp expression |
AU2003226452A1 (en) | 2003-04-08 | 2004-11-01 | F.Hoffmann-La Roche Ag | Method of defining the differentiation grade of tumor |
EP1631682A1 (en) * | 2003-06-04 | 2006-03-08 | Agency for Science, Technology and Research | Differentially regulated hepatocellular carcinoma genes and uses thereof |
CA2528669A1 (en) * | 2003-06-09 | 2005-01-20 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
US20050089895A1 (en) * | 2003-08-13 | 2005-04-28 | Cheung Siu T. | Compositions and methods for prognosis and therapy of liver cancer |
-
2005
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2014
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Cited By (17)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR20180081277A (ko) * | 2017-01-06 | 2018-07-16 | 강원대학교산학협력단 | P53의 전사적 활성 저해에 의한 암 검출용 바이오마커, 키트 또는 조성물, 이를 이용한 정보 제공 방법, 약물 스크리닝 방법, 및 악성 형질전환 모델 |
KR102014951B1 (ko) * | 2017-01-06 | 2019-08-27 | 강원대학교산학협력단 | P53의 전사적 활성 저해에 의한 암 검출용 바이오마커, 키트 또는 조성물, 이를 이용한 정보 제공 방법, 약물 스크리닝 방법, 및 악성 형질전환 모델 |
KR20190100136A (ko) * | 2019-08-20 | 2019-08-28 | 강원대학교산학협력단 | P53의 전사적 활성 저해에 의한 암 검출용 바이오마커, 키트 또는 조성물, 이를 이용한 정보 제공 방법, 약물 스크리닝 방법, 및 악성 형질전환 모델 |
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