JP5378202B2 - 脳・神経に特異的あるいは神経分化に特異的なバイオマーカー - Google Patents
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Description
Ota,T. et al., Nat. Genet. 36 (1), 40-45 (2004) Strausberg, R.L. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26), 16899-16903 (2002) Staal, S.P., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84 (14), 5034-5037 (1987) Staal, S.P. et al., Genomics 2 (1), 96-98 (1988) Wakioka, T. et al., Nature 412 (6847), 647-651 (2001) Kato, R. et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 302 (4), 767-772 (2003) Marie-Cardine, A. et al., FEBS Lett. 435 (1), 55-60 (1998) Kouroku, Y. et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 252 (3), 738-742 (1998) Kochersperger, L.M. et al., J. Neurosci. Res. 16 (4), 601-616 (1986) Bach, A.W. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85 (13), 4934-4938 (1988) Chen, S.L. et al., Oncogene 12 (4), 741-751 (1996) Byrne, J.A. et al., Genomics 35 (3), 523-532 (1996) Lingrel, J.B. et al., Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 38, 37-89 (1990) Malik, N. et al., J. Biol. Chem. 271 (37), 22754-22758 (1996) Kopito, R.R. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 77 (10), 5738-5740 (1980) Schafer, B.L. et al., J. Biol. Chem. 267 (19), 13229-13238 (1992) Wu, X. et al., Genomics 80 (6), 553-557 (2002) Bach, I. et al., Nat. Genet. 22 (4), 394-399 (1999) Katoh, M. et al., Int. J. Mol. Med. 13 (4), 607-613 (2004)
以上の知見に基づき、本発明者らは本発明を完成するに至った。
〔1〕以下1)〜10)のいずれかのポリペプチド又はその特異的な部分ペプチド:
1)配列番号18若しくは配列番号10で表されるアミノ酸配列、又はそれらと実質的に同一のアミノ酸配列を有するポリペプチド;
2)配列番号43で表されるアミノ酸配列、又はそれと実質的に同一のアミノ酸配列を有するポリペプチド;
3)配列番号58で表されるアミノ酸配列、又はそれと実質的に同一のアミノ酸配列を有するポリペプチド;
4)配列番号74で表されるアミノ酸配列、又はそれと実質的に同一のアミノ酸配列を有するポリペプチド;
5)配列番号89若しくは配列番号99で表されるアミノ酸配列、又はそれらと実質的に同一のアミノ酸配列を有するポリペプチド;
6)配列番号118で表されるアミノ酸配列、又はそれと実質的に同一のアミノ酸配列を有するポリペプチド;
7)配列番号133で表されるアミノ酸配列、又はそれと実質的に同一のアミノ酸配列を有するポリペプチド;
8)配列番号152若しくは配列番号159で表されるアミノ酸配列、又はそれらと実質的に同一のアミノ酸配列を有するポリペプチド;
9)配列番号184若しくは配列番号190で表されるアミノ酸配列、又はそれらと実質的に同一のアミノ酸配列を有するポリペプチド;あるいは
10)配列番号207、配列番号213、配列番号219、配列番号225、配列番号231若しくは配列番号236で表されるアミノ酸配列、又はそれらと実質的に同一のアミノ酸配列を有するポリペプチド。
〔2〕該ポリペプチドが以下1)〜10)のいずれかのポリペプチドである、上記〔1〕のポリペプチド又はその特異的な部分ペプチド:
1)配列番号18若しくは配列番号10で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド;
2)配列番号43で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド;
3)配列番号58で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド;
4)配列番号74で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド;
5)配列番号89若しくは配列番号99で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド;
6)配列番号118で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド;
7)配列番号133で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド;
8)配列番号152若しくは配列番号159で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド;
9)配列番号184若しくは配列番号190で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド;あるいは
10)配列番号207、配列番号213、配列番号219、配列番号225、配列番号231若しくは配列番号236で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド。
〔3〕異種アミノ酸配列からなるポリペプチドと融合している、上記〔1〕又は〔2〕のポリペプチド又はその特異的な部分ペプチド。
〔4〕以下1)〜10)のいずれかの部分ペプチドである、脳・神経特異的遺伝子1〜10によりコードされるポリペプチドに特異的な部分ペプチド:
1)配列番号12、配列番号15、配列番号20若しくは配列番号22で表されるアミノ酸配列、又はそれらの部分アミノ酸配列からなる部分ペプチド;
2)配列番号264で表されるアミノ酸配列、又はその部分アミノ酸配列からなる部分ペプチド;
3)配列番号60で表されるアミノ酸配列を有する部分ペプチド;
4)配列番号265で表されるアミノ酸配列、又はその部分アミノ酸配列からなる部分ペプチド;
5)配列番号93、配列番号94、配列番号96、若しくは配列番号266で表されるアミノ酸配列、又はそれらの部分アミノ酸配列からなる部分ペプチド;
6)配列番号120で表されるアミノ酸配列、又はその部分アミノ酸配列からなる部分ペプチド;
7)配列番号135、配列番号138若しくは配列番号139で表されるアミノ酸配列、又はそれらの部分アミノ酸配列からなる部分ペプチド;
8)配列番号156、配列番号161若しくは配列番号163で表されるアミノ酸配列、又はそれらの部分アミノ酸配列からなる部分ペプチド;
9)配列番号186若しくは配列番号192で表されるアミノ酸配列、又はそれらの部分アミノ酸配列からなる部分ペプチド;あるいは
10)配列番号209、配列番号215、配列番号221若しくは配列番号227で表されるアミノ酸配列、又はそれらの部分アミノ酸配列からなる部分ペプチド、あるいは配列番号238で表されるアミノ酸配列を有する部分ペプチド。
〔5〕上記〔1〕〜〔3〕のいずれかのポリペプチド、又は上記〔1〕〜〔4〕のいずれかの特異的な部分ペプチドをコードするポリヌクレオチド。
〔6〕以下1)〜10)のいずれかのポリヌクレオチド又はその特異的な部分ヌクレオチド:
1)配列番号16若しくは配列番号8で表される核酸配列、又はそれらのORF対応核酸配列、あるいはそれらと実質的に同一の核酸配列を有するポリヌクレオチド;
2)配列番号41で表される核酸配列、又はそのORF対応核酸配列、あるいはそれらと実質的に同一の核酸配列を有するポリヌクレオチド;
3)配列番号56で表される核酸配列、又はそのORF対応核酸配列、あるいはそれらと実質的に同一の核酸配列を有するポリヌクレオチド;
4)配列番号72で表される核酸配列、又はそのORF対応核酸配列、あるいはそれらと実質的に同一の核酸配列を有するポリヌクレオチド;
5)配列番号87若しくは配列番号97で表される核酸配列、又はそれらのORF対応核酸配列、あるいはそれらと実質的に同一の核酸配列を有するポリヌクレオチド;
6)配列番号116で表される核酸配列、又はそのORF対応核酸配列、あるいはそれらと実質的に同一の核酸配列を有するポリヌクレオチド;
7)配列番号131で表される核酸配列、又はそのORF対応核酸配列、あるいはそれらと実質的に同一の核酸配列を有するポリヌクレオチド;
8)配列番号150若しくは配列番号157で表される核酸配列、又はそれらのORF対応核酸配列、あるいはそれらと実質的に同一の核酸配列を有するポリヌクレオチド;
9)配列番号182若しくは配列番号188で表される核酸配列、又はそれらのORF対応核酸配列、あるいはそれらと実質的に同一の核酸配列を有するポリヌクレオチド;あるいは
10)配列番号205、配列番号211、配列番号217、配列番号223、配列番号229若しくは配列番号234で表される核酸配列、又はそれらのORF対応核酸配列、あるいはそれらと実質的に同一の核酸配列を有するポリヌクレオチド。
〔7〕該1)〜10)のいずれかのポリヌクレオチドが以下1)〜10)のいずれかのポリヌクレオチドである、上記〔6〕のポリヌクレオチド又はその特異的な部分ヌクレオチド:
1)配列番号16若しくは配列番号8で表される核酸配列、又はそれらのORF対応核酸配列からなるポリヌクレオチド;
2)配列番号41で表される核酸配列、又はそのORF対応核酸配列からなるポリヌクレオチド;
3)配列番号56で表される核酸配列、又はそのORF対応核酸配列からなるポリヌクレオチド;
4)配列番号72で表される核酸配列、又はそのORF対応核酸配列からなるポリヌクレオチド;
5)配列番号87若しくは配列番号97で表される核酸配列、又はそれらのORF対応核酸配列からなるポリヌクレオチド;
6)配列番号116で表される核酸配列、又はそのORF対応核酸配列からなるポリヌクレオチド;
7)配列番号131で表される核酸配列、又はそのORF対応核酸配列からなるポリヌクレオチド;
8)配列番号150若しくは配列番号157で表される核酸配列、又はそれらのORF対応核酸配列からなるポリヌクレオチド;
9)配列番号182若しくは配列番号188で表される核酸配列、又はそれらのORF対応核酸配列からなるポリヌクレオチド;あるいは
10)配列番号205、配列番号211、配列番号217、配列番号223、配列番号229若しくは配列番号234で表される核酸配列、又はそれらのORF対応核酸配列からなるポリヌクレオチド。
〔8〕以下1)〜10)のいずれかの部分ヌクレオチドである、脳・神経特異的遺伝子1〜10によりコードされるポリヌクレオチドに特異的な部分ヌクレオチド:
1)配列番号11、配列番号13、配列番号19、配列番号21、配列番号25、配列番号29、配列番号33、配列番号39若しくは配列番号40で表される核酸配列、又はそれらの部分核酸配列からなる部分ヌクレオチド;
2)配列番号44、配列番号45、配列番号48、配列番号51若しくは配列番号55で表される核酸配列、又はそれらの部分核酸配列からなる部分ヌクレオチド;
3)配列番号59、配列番号61、配列番号64、配列番号67若しくは配列番号71で表される核酸配列、又はそれらの部分核酸配列からなる部分ヌクレオチド;
4)配列番号75、配列番号76、配列番号79、配列番号82若しくは配列番号86で表される核酸配列、又はそれらの部分核酸配列からなる部分ヌクレオチド;
5)配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号95、配列番号100、配列番号101、配列番号104、配列番号107、配列番号110、配列番号114若しくは配列番号115で表される核酸配列、又はそれらの部分核酸配列からなる部分ヌクレオチド;
6)配列番号119、配列番号123、配列番号126若しくは配列番号130で表される核酸配列、又はそれらの部分核酸配列からなる部分ヌクレオチド;
7)配列番号134、配列番号136、配列番号137、配列番号142、配列番号145若しくは配列番号149で表される核酸配列、又はそれらの部分核酸配列からなる部分ヌクレオチド;
8)配列番号153、配列番号154、配列番号155、配列番号160、配列番号162、配列番号166、配列番号170、配列番号174、配列番号180若しくは配列番号181で表される核酸配列、又はそれらの部分核酸配列からなる部分ヌクレオチド;
9)配列番号185、配列番号187、配列番号191、配列番号193、配列番号199、配列番号203若しくは配列番号204で表される核酸配列、又はそれらの部分核酸配列からなる部分ヌクレオチド;あるいは
10)配列番号208、配列番号210、配列番号214、配列番号216、配列番号220、配列番号222、配列番号226、配列番号228、配列番号232、配列番号233、配列番号237、配列番号239、配列番号242、配列番号245、配列番号248、配列番号251、配列番号254、配列番号258、配列番号259、配列番号260、配列番号261、配列番号262若しくは配列番号263で表される核酸配列、又はそれらの部分核酸配列からなる部分ヌクレオチド。
〔9〕上記〔5〕〜〔7〕のいずれかのポリヌクレオチド、又は上記〔6〕〜〔8〕のいずれかの特異的な部分ヌクレオチド、及びそれに機能可能に連結されたプロモーターを含む、上記〔1〕〜〔3〕のいずれかのポリペプチド、又は上記〔1〕〜〔4〕のいずれかの特異的な部分ペプチドの発現ベクター。
〔10〕上記〔9〕の発現ベクターが導入された形質転換体。
〔11〕上記〔7〕又は〔8〕の特異的な部分ヌクレオチドの核酸配列に相補的な核酸配列を含み、かつ脳・神経特異的遺伝子1〜10によりコードされるいずれかのポリペプチドの発現を抑制し得る、アンチセンス分子。
〔12〕上記〔7〕又は〔8〕の特異的な部分ヌクレオチドの核酸配列からなるセンス鎖、及びそれに相補的な核酸配列からなるアンチセンス鎖から構成され、かつセンス鎖及びアンチセンス鎖の一方又は双方の5’末端及び/又は3’末端においてオーバーハングを有していてもよい、脳・神経特異的遺伝子1〜10によりコードされるいずれかのポリペプチドの発現を抑制し得る、RNAi誘導性核酸。
〔13〕RNAi誘導性核酸がsiRNAである、上記〔12〕のRNAi誘導性核酸。
〔14〕上記〔2〕〜〔4〕のいずれかの特異的な部分ペプチドに対応する領域を介して、脳・神経特異的遺伝子1〜10によりコードされるいずれかのポリペプチドに結合し得る、アプタマー。
〔15〕上記〔2〕〜〔4〕のいずれかの特異的な部分ペプチドに対応する領域を介して、脳・神経特異的遺伝子1〜10によりコードされるいずれかのポリペプチドに結合し得る、抗体。
〔16〕抗体が以下i)〜iii)のいずれかである、上記〔15〕の抗体:
i)ポリクローナル抗体;
ii)モノクローナル抗体又はその一部;
iii)キメラ抗体、ヒト化抗体又はヒト抗体。
〔17〕上記〔15〕又は〔16〕の抗体を産生する、細胞。
〔18〕細胞がハイブリドーマである、上記〔17〕の細胞。
〔19〕上記〔1〕〜〔3〕のいずれかのポリペプチド、上記〔11〕のアンチセンス分子、上記〔12〕又は〔13〕のRNAi誘導性核酸、上記〔14〕のアプタマー、上記〔15〕又は〔16〕の抗体、あるいはそれらの発現ベクター、及び医薬として許容され得る担体を含む、組成物。
〔20〕上記〔1〕〜〔3〕のいずれかのポリペプチドの発現又は機能が調節された、哺乳動物細胞又は非ヒト哺乳動物。
〔21〕以下(a)又は(b)を含む、脳・神経特異的遺伝子1〜10によりコードされるいずれかのポリヌクレオチド又はその特異的な部分ヌクレオチドに特異的なプライマーセット:
(a)上記〔7〕のポリヌクレオチド、あるいは上記〔7〕又は〔8〕の特異的な部分ヌクレオチドの第1の核酸配列に対応するセンスプライマー;及び
(b)上記〔7〕のポリヌクレオチド、あるいは上記〔7〕又は〔8〕の特異的な部分ヌクレオチドの第2の核酸配列に相補的な核酸配列に対応するアンチセンスプライマー。
〔22〕以下(a)又は(b)のいずれかである、脳・神経特異的遺伝子1〜10によりコードされるいずれかのポリヌクレオチド又はその特異的な部分ヌクレオチドに特異的な核酸プローブ:
(a)上記〔7〕又は〔8〕の特異的な部分ヌクレオチドの核酸配列に相補的な核酸配列を含む一本鎖ポリヌクレオチド;又は
(b)上記〔7〕又は〔8〕の特異的な部分ヌクレオチドの核酸配列を含むセンス鎖、及びそれに相補的な核酸配列を含むアンチセンス鎖から構成される二本鎖ポリヌクレオチド。
〔23〕上記〔14〕のアプタマー、上記〔15〕又は〔16〕の抗体、上記〔21〕のプライマーセット及び上記〔22〕の核酸プローブから選ばれる1以上の物質又はセットを含む、脳・神経特異的遺伝子1〜10によりコードされるいずれかのポリペプチド又はポリヌクレオチドの検出又は定量用試薬又はキット。
〔24〕神経細胞の分化の判定用試薬又はキットである、上記〔23〕の試薬又はキット。
〔25〕哺乳動物から得られた生体試料、あるいは細胞又は組織培養物において、脳・神経特異的遺伝子1〜10によりコードされるいずれかのポリペプチド又はポリヌクレオチドの発現を測定することを含み、かつ該生体試料又は該培養物が神経細胞又は脳内の組織を含む、該ポリペプチド又はポリヌクレオチドの検出又は定量方法。
〔26〕哺乳動物から得られた生体試料、あるいは細胞又は組織培養物において、上記〔2〕又は〔3〕のポリペプチドあるいは上記〔7〕のポリヌクレオチドの発現を測定することを含む、該ポリペプチド又は該ポリヌクレオチドの検出又は定量方法。
〔27〕該生体試料又は該培養物が神経細胞又は脳内の組織を含む、上記〔26〕の検出又は定量方法。
本発明のポリヌクレオチド及び本発明の部分ヌクレオチドは、例えば、脳・神経に特異的あるいは神経細胞分化に特異的なバイオマーカーとして、並びに本発明のポリヌクレオチド又は既知ポリヌクレオチドを特異的に認識し得る物質、あるいは本発明のポリヌクレオチド及び既知ポリヌクレオチドの双方を包括的に認識し得る物質、及び本発明のポリペプチド又は既知ポリペプチドの発現を特異的に調節し得る物質、あるいは本発明のポリペプチド及び既知ポリペプチドの双方の発現を包括的に調節し得る物質の開発に有用であり得る。
本発明の関連物質(例、アンチセンス分子、siRNA等のRNAi誘導性核酸、アプタマー及び抗体、並びにそれらの発現ベクター)は、例えば、医薬又は試薬として有用であり得る。
本発明の細胞は、例えば、本発明のポリペプチド及び本発明の部分ペプチド、並びに本発明の抗体の産生に有用であり得る。本発明の細胞はまた、医薬(例、神経細胞の障害に基づく疾患の予防又は治療薬)の開発、脳・神経に特異的あるいは神経細胞分化に特異的なさらなるマーカー遺伝子の同定、及び神経細胞の分化に関連する機構の解析に有用であり得る。
本発明の動物は、例えば、医薬の開発、脳・神経に特異的あるいは神経細胞分化に特異的なさらなるマーカー遺伝子の同定、及び神経細胞の分化に関連する機構の解析に有用であり得る。
本発明の測定用手段(例、プライマーセット、核酸プローブ、抗体、アプタマー)及び測定方法は、例えば、本発明のポリヌクレオチド若しくは既知ポリヌクレオチド、又は本発明のポリペプチド若しくは既知ポリペプチドの特異的な検出及び定量、あるいは本発明のポリヌクレオチド及び既知ポリヌクレオチド、又は本発明のポリペプチド及び既知ポリペプチドの双方の包括的な検出及び定量に有用であり得る。このような手段及び方法はまた、神経細胞の分化状態の判定、並びに医薬、試薬又は食品のスクリーニングに利用できる。
本発明の遺伝子は、任意の哺乳動物に由来する遺伝子であり得る。哺乳動物としては、例えば、霊長類及びげっ歯類、並びに実験用動物、家畜、使役動物、ペット等が挙げられる。詳細には、哺乳動物としては、例えば、ヒト、サル、ラット、マウス、ウサギ、ウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、イヌ、ネコなどが挙げられる。好ましくは、哺乳動物はヒトである。
本発明は、配列番号Xで表されるアミノ酸配列又はそれと実質的に同一のアミノ酸配列(必要に応じて「配列番号Xで表されるアミノ酸配列等」と省略)を有するポリペプチドを提供する。
D-BRACE3000012.1(配列番号18)
D-UTERU2026184.1(配列番号10)
脳・神経特異的遺伝子1の既知バリアントとしては、例えば、実施例中に開示されるバリアント(ヒトジンクフィンガータンパク質418(ZNF418);ORF核酸配列中のヌクレオチドの総数:2031個;タンパク質中のアミノ酸の総数:676個;GenBankアクセッション番号:NM_133460.1参照)が報告されている。脳・神経特異的遺伝子1の既知バリアントは、所定の機能(例、転写調節能)を有し得る(例、Ota,T. et al., Nat. Genet. 36 (1), 40-45 (2004) 参照)。通常、単一のローカスから生じる複数のバリアント(スプライシングバリアント)はそれぞれ、その程度こそ異なり得るものの、同様の機能を有することが知られている。従って、脳・神経特異的遺伝子1の新規バリアントもまた、これらの機能を有し得る。
D-NT2RP8004156.1(配列番号43)
脳・神経特異的遺伝子2の既知バリアントとしては、例えば、実施例中に開示されるバリアント(ヒトv−aktマウス胸腺腫ウイルスオンコジーンホモログ1(AKT1);ORF核酸配列中のヌクレオチドの総数:1443個;タンパク質中のアミノ酸の総数:480個;GenBankアクセッション番号:NM_005163.1参照)が報告されている。脳・神経特異的遺伝子2の既知バリアントは、脳・神経特異的遺伝子2の既知バリアントは、所定の機能(例、キナーゼ活性、抗アポトーシス活性、あるいは細胞周期調節能)を有することが報告されている(例、Mirza, A.M. et al., Mol. Cell. Biol. 24 (24), 10868-10881 (2004); Koga, M. et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 324 (1), 321-325 (2004) 参照)。通常、単一のローカスから生じる複数のバリアント(スプライシングバリアント)はそれぞれ、その程度こそ異なり得るものの、同様の機能を有することが知られている。従って、脳・神経特異的遺伝子2の新規バリアントもまた、これらの機能を有し得る。
D-NT2RI3005525.1(配列番号58)
脳・神経特異的遺伝子3の既知バリアントとしては、例えば、実施例中に開示されるバリアント(ヒト出芽関連,EVH1ドメイン含有2(SPRED2);ORF核酸配列中のヌクレオチドの総数:1257個;タンパク質中のアミノ酸の総数:418個;GenBankアクセッション番号:NM_181784.1参照)が報告されている。脳・神経特異的遺伝子3の既知バリアントは、所定の機能(例、MAPキナーゼ活性化の阻害能、チロシンキナーゼ媒介Erk活性化の阻害能)を有することが報告されている(例、Nobuhisa, I. et al., J. Exp. Med. 199 (5), 737-742 (2004); Kato, R. et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 302 (4), 767-772 (2003) 参照)。通常、単一のローカスから生じる複数のバリアント(スプライシングバリアント)はそれぞれ、その程度こそ異なり得るものの、同様の機能を有することが知られている。従って、脳・神経特異的遺伝子3の新規バリアントもまた、これらの機能を有し得る。
D-NT2RP8004592.1(配列番号74)
脳・神経特異的遺伝子4の既知バリアントとしては、例えば、実施例中に開示されるバリアント(ヒトsrcキナーゼ関連ホスホタンパク質2(SKAP2);ORF核酸配列中のヌクレオチドの総数:1080個;タンパク質中のアミノ酸の総数:359個;GenBankアクセッション番号:NM_003930.3参照)が報告されている。脳・神経特異的遺伝子4の既知バリアントは、所定の機能(例、α−シヌクレイン(α-synuclein)リン酸化の阻害能)を有することが報告されている(例、Takahashi, T. et al., J. Biol. Chem. 278 (43), 42225-42233 (2003) 参照)。通常、単一のローカスから生じる複数のバリアント(スプライシングバリアント)はそれぞれ、その程度こそ異なり得るものの、同様の機能を有することが知られている。従って、脳・神経特異的遺伝子4の新規バリアントもまた、これらの機能を有し得る。
D-NT2RI2014164.1(配列番号89)
D-BRAMY2029564.1(配列番号99)
脳・神経特異的遺伝子5の既知バリアントとしては、例えば、実施例中に開示されるバリアント(ヒトモノアミンオキシダーゼB(MAOB);ORF核酸配列中のヌクレオチドの総数:1563個;タンパク質中のアミノ酸の総数:520個;GenBankアクセッション番号:NM_000898.3参照)が報告されている。脳・神経特異的遺伝子5の既知バリアントは、所定の機能(例、モノアミンオキシダーゼ活性)を有することが報告されている(例、Bach, A.W. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85 (13), 4934-4938 (1988) 参照)。通常、単一のローカスから生じる複数のバリアント(スプライシングバリアント)はそれぞれ、その程度こそ異なり得るものの、同様の機能を有することが知られている。従って、脳・神経特異的遺伝子5の新規バリアントもまた、これらの機能を有し得る。
D-BRHIP2003515.1(配列番号118)
脳・神経特異的遺伝子6の既知バリアントとしては、例えば、実施例中に開示されるバリアント(ヒト腫瘍タンパク質D52(TPD52);ORF核酸配列中のヌクレオチドの総数:555個;タンパク質中のアミノ酸の総数:184個;GenBankアクセッション番号:NM_005079.1参照)が報告されている。脳・神経特異的遺伝子6の既知バリアントは、所定の機能(例、アネキシンVIとのCa2+依存的な相互作用能)を有することが報告されている(例、Tiacci, E. et al., Blood 105 (7), 2812-2820 (2005) 参照)。通常、単一のローカスから生じる複数のバリアント(スプライシングバリアント)はそれぞれ、その程度こそ異なり得るものの、同様の機能を有することが知られている。従って、脳・神経特異的遺伝子6の新規バリアントもまた、これらの機能を有し得る。
D-BRACE2044661.1(配列番号133)
脳・神経特異的遺伝子7の既知バリアントとしては、例えば、実施例中に開示されるバリアント(ヒトATPase,Na+/K+輸送性,β3ポリペプチド(ATP1B3);ORF核酸配列中のヌクレオチドの総数:840個;タンパク質中のアミノ酸の総数:279個;GenBankアクセッション番号:NM_001679.2参照)が報告されている。脳・神経特異的遺伝子7の既知バリアントは、所定の機能(例、Na+、K+等のイオンの存在下におけるATPの加水分解活性)を有することが報告されている(例、Malik, N. et al., J. Biol. Chem. 271 (37), 22754-22758 (1996) 参照)。通常、単一のローカスから生じる複数のバリアント(スプライシングバリアント)はそれぞれ、その程度こそ異なり得るものの、同様の機能を有することが知られている。従って、脳・神経特異的遺伝子7の新規バリアントもまた、これらの機能を有し得る。
D-3NB692002462.1(配列番号152)
D-BRCAN2027778.1(配列番号159)
脳・神経特異的遺伝子8の既知バリアントとしては、例えば、実施例中に開示されるバリアント(ヒトメバロン酸キナーゼ(MVK);ORF核酸配列中のヌクレオチドの総数:1191個;タンパク質中のアミノ酸の総数:396個;GenBankアクセッション番号:NM_000431.1参照)が報告されている。脳・神経特異的遺伝子8の既知バリアントは、所定の機能(例、メバロン酸キナーゼ活性)を有することが報告されている(例、Hogenboom, S. et al., J. Cell. Sci. 117 (PT 4), 631-639 (2004) 参照)。通常、単一のローカスから生じる複数のバリアント(スプライシングバリアント)はそれぞれ、その程度こそ異なり得るものの、同様の機能を有することが知られている。従って、脳・神経特異的遺伝子8の新規バリアントもまた、これらの機能を有し得る。
D-NT2RI3001005.1(配列番号184)
D-NT2RI3005261.1(配列番号190)
脳・神経特異的遺伝子9の既知バリアントとしては、例えば、実施例中に開示されるバリアント(ヒト溶質キャリアファミリー2(促進性グルコーストランスポータ),メンバー14(SLC2A14);ORF核酸配列中のヌクレオチドの総数:1563個;タンパク質中のアミノ酸の総数:520個;GenBankアクセッション番号:NM_153449.2参照)が報告されている。脳・神経特異的遺伝子9の既知バリアントは、所定の機能(例、グルコース輸送能)を有し得る(例、Wu, X. et al., Genomics 80 (6), 553-557 (2002) 参照)。通常、単一のローカスから生じる複数のバリアント(スプライシングバリアント)はそれぞれ、その程度こそ異なり得るものの、同様の機能を有することが知られている。従って、脳・神経特異的遺伝子9の新規バリアントもまた、これらの機能を有し得る。
D-OCBBF2010718.1(配列番号207)
D-OCBBF3004194.1(配列番号213)
D-NT2RP8000826.1(配列番号219)
D-NT2RP7007268.1(配列番号225)
D-BRAWH3008172.1(配列番号331)
D-BRAWH3011965.1(配列番号236)
脳・神経特異的遺伝子10の既知バリアントとしては、例えば、実施例中に開示されるバリアント(ヒトPDZドメイン含有RINGフィンガー3(PDZRN3);ORF核酸配列中のヌクレオチドの総数:3201個;タンパク質中のアミノ酸の総数:1066個;GenBankアクセッション番号:NM_015009.1参照)が報告されている。脳・神経特異的遺伝子10の既知バリアントは、所定の機能(例、ニューロリギン(neuroligin)等の細胞表面タンパク質に対する、そのPDZドメインを介した結合能)を有し得る(例、Meyer,G. et al., Neuropharmacology 47 (5), 724-733 (2004) 参照)。通常、単一のローカスから生じる複数のバリアント(スプライシングバリアント)はそれぞれ、その程度こそ異なり得るものの、同様の機能を有することが知られている。従って、脳・神経特異的遺伝子10の新規バリアントもまた、これらの機能を有し得る。
本発明は、配列番号Yで表される核酸配列、又は核酸配列Y1若しくは核酸配列Y2、あるいはそれらと実質的に同一の核酸配列(必要に応じて「配列番号Yで表される核酸配列等」と省略)を有するポリヌクレオチドを提供する。
D-BRACE3000012.1(配列番号16又は配列番号17、及び465〜2558番目)
D-UTERU2026184.1(配列番号8又は配列番号9、及び191〜2119番目)
D-NT2RP8004156.1(配列番号41又は配列番号42、及び131〜1387番目)
D-NT2RI3005525.1(配列番号56又は配列番号57、及び45〜1292番目)
D-NT2RP8004592.1(配列番号72又は配列番号73、及び620〜1183番目)
D-NT2RI2014164.1(配列番号87又は配列番号88、及び162〜1397番目)
D-BRAMY2029564.1(配列番号97又は配列番号98、及び143〜1657番目)
D-BRHIP2003515.1(配列番号116又は配列番号117、及び84〜707番目)
D-BRACE2044661.1(配列番号131又は配列番号132、及び297〜878番目)
D-3NB692002462.1(配列番号150又は配列番号151、及び343〜951番目)
D-BRCAN2027778.1(配列番号157又は配列番号158、及び52〜1086番目)
D-NT2RI3001005.1(配列番号182又は配列番号183、及び22〜1629番目)
D-NT2RI3005261.1(配列番号188又は配列番号189、及び22〜1629番目)
D-OCBBF2010718.1(配列番号205又は配列番号206、及び144〜2495番目)
D-OCBBF3004194.1(配列番号211又は配列番号212、及び129〜2480番目)
D-NT2RP8000826.1(配列番号217又は配列番号218、及び95〜2461番目)
D-NT2RP7007268.1(配列番号223又は配列番号224、及び95〜2461番目)
D-BRAWH3008172.1(配列番号229又は配列番号330、及び281〜2452番目)
D-BRAWH3011965.1(配列番号234又は配列番号235、及び300〜1574番目)
本発明は、本発明のポリペプチド及び本発明の部分ペプチド、並びに本発明のポリヌクレオチド及び本発明の部分ヌクレオチドに基づき開発が可能となる一連の関連物質を提供する。以下に記載される本発明の関連物質は、例えば、医薬として有用であり得る。本発明の関連物質が医薬である場合、対象疾患は、例えば、神経細胞の障害に基づく疾患であり得る。詳細には、このような疾患としては、パーキンソン病、ハンチントン舞踏病、アルツハイマー病、虚血性脳疾患(例、脳卒中)、てんかん、脳外傷、運動神経疾患、多発性硬化症、筋萎縮性側索硬化症、神経毒物の障害に起因する疾患などが挙げられる。
本発明は、アンチセンス分子を提供する。
本発明は、RNAi誘導性核酸を提供する。
本発明は、アプタマーを提供する。
本発明は、抗体を提供する。
本発明は、上述の物質の発現ベクターを提供する。
本発明は、上述の物質を含む組成物を提供する。
本発明は、本発明のポリペプチド又は本発明の部分ペプチドを産生する形質転換体、本発明の抗体の産生細胞、及び本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチドの発現又は機能が調節された細胞を提供する。
本発明の形質転換体は、本発明のポリペプチド又は本発明の部分ペプチドを発現する、本発明の発現ベクターで形質転換された細胞であり得る。形質転換体の作製に用いられる宿主細胞としては、発現ベクターに適合し、目的のポリヌクレオチド又はポリペプチド等を発現し得るものであれば特に限定されず、例えば、初代培養細胞又は細胞株が挙げられる。詳細には、このような宿主細胞としては、例えば、大腸菌、バチルス属菌(例、枯草菌)、放線菌等の原核生物細胞、並びに酵母、昆虫細胞、鳥類細胞、哺乳動物細胞(例、上述の哺乳動物に由来する細胞:例、CHO細胞)等の真核生物細胞が挙げられる。本発明の形質転換体は、自体公知の方法により作製できる(例、Molecular Cloning, 2nd edition, Sambrook et al., Cold Spring Harbor Lab. Press (1989)参照)。
本発明の抗体の産生細胞は、本発明の抗体を産生する任意の細胞であり得る。本発明の抗体産生細胞としては、上述のハイブリドーマ、及び上述の抗体の発現ベクターが導入された形質転換細胞が挙げられる。本発明の抗体産生細胞が形質転換細胞である場合、形質転換細胞の作製に用いられる発現ベクター及び宿主細胞、並びに細胞培養等の詳細は、上述と同様であり得る。
本発明は、本発明のポリペプチドの発現又は機能が調節された細胞を提供する。
本発明は、本発明のポリペプチドの発現又は機能が調節された動物を提供する。
本発明は、標的ポリヌクレオチド及びポリペプチドの測定用手段(例、プライマーセット、核酸プローブ、抗体、アプタマー)及び測定方法を提供する。
本発明のプライマーセットは、本発明のポリヌクレオチド又は既知ポリヌクレオチドの特異的な検出及び定量、あるいは本発明のポリヌクレオチド及び既知ポリヌクレオチドの双方の包括的な検出及び定量に使用できる。例えば、このような検出及び定量は、生体試料からの総RNAの調製後、PCR(例、RT−PCR、リアルタイムPCR、定量的PCR)、LAMP(Loop-mediated isothermal amplification)(例、WO00/28082参照)、ICAN(Isothermal and Chimeric primer-initiated Amplification of Nucleic acids)(例、WO00/56877参照)等の遺伝子増幅法を利用して行うことができる。遺伝子増幅法の種類に応じて必要とされるプライマー数が異なるため、プライマー数は特に限定されないが、例えば、本発明のプライマーセットは、センス及びアンチセンスプライマーから構成される2以上のプライマーを含み得る。2以上のプライマーは、予め混合されていても、混合されていなくてもよい。センス及びアンチセンスプライマーはそれぞれ、標的領域を特異的に増幅し得るようなサイズである限り特に限定されないが、12個(例えば少なくとも約15個、好ましくは少なくとも約18個、より好ましくは少なくとも約20個など)の連続するヌクレオチド残基からなる。センス及びアンチセンスプライマーは、それらにより増幅されるポリヌクレオチドのサイズが視認的に検出される場合には、視認的に検出可能であるように設計され得る。視認的に検出可能なサイズは、特に限定されないが、例えば少なくとも約50個、好ましくは少なくとも70個、より好ましくは少なくとも約100個、さらにより好ましくは少なくとも約150個、最も好ましくは少なくとも約200個、約300個、約400個、約500個又はそれ以上のヌクレオチド残基長であり得る。センス及びアンチセンスプライマーはまた、それらにより増幅されるポリヌクレオチドが視認的に検出される必要はなく、リアルタイムPCRにおいて汎用されるように、蛍光シグナル等により検出されてもよい。
本発明の核酸プローブは、本発明のポリヌクレオチド又は既知ポリヌクレオチドの特異的な検出及び定量、あるいは本発明のポリヌクレオチド及び既知ポリヌクレオチドの双方の包括的な検出及び定量に使用できる。例えば、このような検出及び定量は、生体試料からの総RNAの調製後、ノザンブロッティング、本発明の核酸プローブが固定化された核酸アレイなどを利用して行うことができる。核酸プローブはDNA、RNA、修飾核酸又はそれらのキメラ分子などであり得るが、安定性、簡便性等を考慮するとDNAが好ましい。核酸プローブはまた、1本鎖又は2本鎖ポリヌクレオチドのいずれでもよい。核酸プローブのサイズは、標的遺伝子の転写産物に特異的にハイブリダイズし得る限り特に限定されないが、例えば少なくとも約15個又は16個、好ましくは約15個〜約1000個、より好ましくは約20個〜約500個、さらにより好ましくは約25個〜約300個である。本発明の核酸プローブが1本鎖ポリヌクレオチドである場合、本発明の核酸プローブは本発明のアンチセンス分子と同様であり得る。本発明の核酸プローブが2本鎖ポリヌクレオチドである場合、本発明の核酸プローブは、本発明のアンチセンス分子及びそれに相補的なポリヌクレオチド分子から構成され得る。
本発明の抗体及びアプタマーは、本発明のポリペプチド、既知ポリペプチド、又は本発明のポリペプチド及び既知ポリペプチドの双方の特異的な検出及び定量に使用できる。例えば、このような検出及び定量は、生体試料からの抽出液の調製後、又は生体試料を用いて、免疫学的手法により又は親和性を利用した方法により行なうことができる。このような免疫学的手法としては、例えば、酵素免疫測定法(EIA)(例、直接競合ELISA、間接競合ELISA、サンドイッチELISA)、放射免疫測定法(RIA)、蛍光免疫測定法(FIA)、免疫クロマト法、ルミネッセンス免疫測定法、スピン免疫測定法、ウエスタンブロット法、免疫組織化学的染色法が挙げられる。親和性を利用した方法は、上述の免疫学的手法に準じて行うことができる。本発明のポリペプチド、既知ポリペプチド、又は本発明のポリペプチド及び既知ポリペプチドの双方の測定に用いられる抗体及びアプタマーは、上述の本発明の抗体及びアプタマーと同様であり得る。
本発明の測定用手段は、必要に応じて、標識用物質で標識された形態で提供され得る。標識用物質としては、例えば、FITC、FAM等の蛍光物質、ルミノール、ルシフェリン、ルシゲニン等の発光物質、3H、14C、32P、35S、123I等の放射性同位体、ビオチン、ストレプトアビジン等の親和性物質などが挙げられる。
本発明はまた、本発明の測定用手段を用いた、標的ポリペプチド又はポリヌクレオチドの検出又は定量方法を提供する。
(1)改良オリゴキャップ法によるcDNAライブラリーの作製と配列解析
1)mRNA抽出と購入
ヒト組織(下記に示す)より、文献(J. Sambrook, E. F. Fritsch & T. Maniatis, Molecular Cloning Second edition, Cold Spring harbor Laboratory Press, 1989)記載の方法により全RNAとしてmRNAを抽出した。また、ヒト培養細胞やヒト初代培養細胞(下記に示す)をカタログ記載の方法で培養後、文献(J. Sambrook, E. F. Fritsch & T. Maniatis, Molecular Cloning Second edition, Cold Spring harbor Laboratory Press, 1989)記載の方法により全RNAとしてmRNAを抽出した。
以下にライブラリー名とその由来の関係を、「ライブラリー名:由来」の順に示した。サブトラクションしたものについては、サブトラクトライブラリーの作り方も示した。
NTONG:正常舌(Tongue);CTONG:舌癌(Tongue, Tumor);FCBBF:胎児脳(Brain, Fetal);OCBBF:胎児脳(Brain, Fetal);PLACE:胎盤(Placenta);SYNOV:滑膜組織(Synovial membrane tissue from rheumatioid arthritis);CORDB:臍帯血(Cord blood)。
BNGH4:H4細胞(ATCC #HTB-148);IMR32:IMR32細胞(ATCC #CCL-127);SKNMC:SK-N-MC細胞(ATCC #HTB-10);3NB69:NB69細胞(RCB #RCB0480);BGGI1:GI1細胞(RCB #RCB0763);NB9N4:NB9細胞(RCB #RCB0477);SKNSH:SK-N-SH細胞(RCB #RCB0426);AHMSC:HMSC細胞(間葉細胞, Human mesenchymal cell);CHONS:軟骨細胞(Chondrocyte);ERLTF:TF-1細胞(赤白血病細胞, erythroleukemia);HELAC:HeLa細胞;JCMLC:白血病細胞(Leukemia, myelogenous);MESTC:間葉系幹細胞(Mesenchyme stem cell);N1ESE:間葉系幹細胞(Mesenchymal stem cell);NCRRM:胎生期癌細胞(Embryonal carcinoma);NCRRP:胎生期癌細胞(Embryonal carcinoma)をレチノイン酸(RA)処理誘導;T1ESE:間葉系幹細胞(Mesenchymal stem cell) をトリコスタチンと5アザシチジン処理誘導;NT2RM:NT2細胞(STARATAGENE #204101);NT2RP:NT2細胞をレチノイン酸(RA)処理誘導5週間;NT2RI:NT2細胞をRA処理誘導5週間後、生育阻害剤処理2週間;NT2NE:NT2細胞をRA処理と生育阻害剤処理により神経分化後、神経を濃縮回収(NT2 Neuron);NTISM:NT2細胞(STARATAGENE #204101)をRA処理誘導5週間後、生育阻害剤処理を2週間したmRNAから作製したcDNAライブラリーから、未分化NT2細胞のmRNAと重複するcDNAをSubtract Kit (Invitrogen #K4320-01)を用いてサブトラクトしたライブラリー(NT2RI−NT2RM)。RCBは、理化学研究所ジーンバンク・細胞開発銀行より分譲をうけたものであり、ATCCは、American Type Culture Collectionより分譲をうけたものである。
ASTRO:正常神経膠星状細胞(Normal Human Astrocyte) NHA5732, 宝酒造 #CC2565;DFNES:新生児正常皮膚繊維芽細胞(Normal Human Dermal Fibroblasts (Neonatal Skin); NHDF-Neo) NHDF2564, 宝酒造 #CC2509;MESAN:正常メサンギウム細胞(Normal human mesangial cells) NHMC56046-2, 宝酒造 #CC2559;NHNPC:正常神経前駆細胞(Normal human neural progenitor cells) NHNP5958, 宝酒造 #CC2599;PEBLM:正常末梢血単核細胞(Human peripheral blood mononuclear cells) HPBMC5939, 宝酒造 #CC2702;HSYRA:滑膜細胞HS-RA(Human synoviocytes from rheumatioid arthritis), 東洋紡 #T404K-05;PUAEN:正常肺動脈内皮細胞(Human pulmonary artery endothelial cells), 東洋紡 #T302K-05;UMVEN:正常臍帯静脈内皮細胞(Human umbilical vein endothelial cells) HUVEC, 東洋紡 #T200K-05;HCASM:正常冠動脈平滑筋細胞HCASMC(Human coronary artery smooth muscle cells), 東洋紡 #T305K-05;HCHON:正常軟骨細胞HC(Human Chondrocytes), 東洋紡 #T402K-05;HHDPC:正常頭髪毛乳頭細胞HDPC(Human dermal papilla cells), 東洋紡#THPCK-001;CD34C:CD34+細胞(AllCells, LLC #CB14435M);D3OST:CD34+細胞を破骨細胞分化因子(ODF)処理誘導3日間;D6OST:CD34+細胞をODF処理誘導6日間;D9OST:CD34+細胞をODF処理誘導9日間;ACTVT:活性化T細胞(Activated T-cell);LYMPB:リンパ芽球(Lymphoblast, EB virus transferred B cell);NETRP:好中球(Neutrophil)。
ADRGL:副腎(Adrenal gland), CLONTECH #64016-1;BRACE:小脳(Brain, cerebellum), CLONTECH #64035-1;BRAWH:全脳(Brain, whole), CLONTECH #64020-1;FEBRA:胎児脳(Brain, Fetal), CLONTECH #64019-1;FELIV:胎児肝臓(Liver, Fetal), CLONTECH #64018-1;HEART:心臓(Heart), CLONTECH #64025-1;HLUNG:肺(Lung), CLONTECH #64023-1;KIDNE:腎臓(Kidney), CLONTECH #64030-1;LIVER:肝臓(Liver), CLONTECH #64022-1;MAMGL:乳腺(Mammary Gland), CLONTECH #64037-1;PANCR:膵臓(Pancreas), CLONTECH #64031-1;PROST:前立腺(Prostate), CLONTECH #64038-1;SALGL:唾液腺(Salivary Gland), CLONTECH #64026-1;SKMUS:骨格筋(Skeletal Muscle), CLONTECH #64033-1;SMINT:小腸(Small Intestine), CLONTECH #64039-1;SPLEN:脾臓(Spleen), CLONTECH #64034-1;STOMA:胃(Stomach), CLONTECH #64090-1;TBAES:乳癌(Breast, Tumor), CLONTECH #64015-1;TCERX:子宮頸管癌(Cervix, Tumor), CLONTECH #64010-1;TCOLN:結腸癌(Colon, Tumor), CLONTECH #64014-1;TESTI:精巣(Testis), CLONTECH #64027-1;THYMU:胸腺(Thymus), CLONTECH #64028-1;TLUNG:肺癌(Lung, Tumor), CLONTECH #64013-1;TOVAR:卵巣癌(Ovary, Tumor), CLONTECH #64011-1;TRACH:気管(Trachea), CLONTECH #64091-1;TUTER:子宮癌(Uterus, Tumor), CLONTECH #64008-1;UTERU:子宮(Uterus), CLONTECH #64029-1;ADIPS:脂肪組織(Adipose), Invitrogen #D6005-01;BLADE:膀胱(Bladder), Invitrogen #D6020-01;BRALZ:アルツハイマー患者大脳皮質(Brain, cortex, Alzheimer), Invitrogen #D6830-01;CERVX:子宮頸管(Cervix), Invitrogen #D6047-01;COLON:結腸(Colon), Invitrogen #D6050-0;NESOP:食道(Esophagus), Invitrogen #D6060-01;PERIC:心膜(Pericardium), Invitrogen #D6105-01;RECTM:直腸(Rectum), Invitrogen #D6110-01;TESOP:食道癌(Esophageal, Tumor), Invitrogen #D6860-01;TKIDN:腎臓癌(Kidney, Tumor), Invitrogen #D6870-01;TLIVE:肝臓癌(Liver, Tumor), Invitrogen #D6880-01;TSTOM:胃癌(Stomach, Tumor), Invitrogen #D6920-01;BEAST:成人***(Adult Breast), STARATAGENE #735044;FEHRT:胎児心臓(Heart, Fetal), STARATAGENE #738012;FEKID:胎児腎臓(Kidney, Fetal), STARATAGENE #738014;FELNG:胎児肺(Lung, Fetal), STARATAGENE #738020;NOVAR:成人卵巣(Adult Ovary), STARATAGENE #735260;BRASW:アルツハイマー患者大脳皮質組織[BRALZ:アルツハイマー患者大脳皮質(Brain, cortex, Alzheimer), Invitrogen #D6830-01]のmRNAから作製したcDNAライブラリーから、全脳組織[BRAWH:全脳(Brain, whole), CLONTECH #64020-1]のmRNAと重複するcDNAをSubtract Kit (Invitrogen #K4320-01)を用いてサブトラクトしたライブラリー(BRALZ−BRAWH)。
BRAMY:扁桃(Brain, amygdala), CLONTECH #6574-1;BRCAN:尾状核(Brain, caudate nucleus), CLONTECH #6575-1;BRCOC:脳梁(Brain, corpus callosum), CLONTECH #6577-1;BRHIP:海馬(Brain, hippocampus), CLONTECH #6578-1;BRSSN:黒質(Brain, substantia nigra), CLONTECH #6580-1;BRSTN:視床下核(Brain, subthalamic nucleus), CLONTECH #6581-1;BRTHA:視床(Brain, thalamus), CLONTECH #6582-1。
それぞれのRNAよりオリゴキャプ法 [M. Maruyama and S. Sugano, Gene, 138: 171-174 (1994)] を改良した方法 (WO 01/04286) によりcDNAライブラリーを作製した。Oligo-cap linker(配列番号:1)及びOligo dT primer(配列番号:2)を用いて、WO 01/04286に記載したようにBAP(Bacterial Alkaline Phosphatase)処理、TAP(Tobacco Acid Pyrophosphatase)処理、RNAライゲーション、第一鎖cDNAの合成とRNAの除去を行った。次いで、5'(配列番号:3)と3'(配列番号:4)のPCRプライマーを用いPCR (polymerase chain reaction)により2本鎖cDNAに変換し、SfiIで切断した。次いで、通常は2kb以上(場合によっては3kb以上)に分画したcDNA断片をDraIIIで切断したベクターpME18SFL3(GenBank AB009864, Expression vector)にcDNAの方向性を決めてクローニングし、cDNAライブラリーを作製した。
cDNAの5’-末端配列解析に用いたcDNAライブラリー名とその由来の関係を表1-1〜1-6に示した。また、ヒトゲノムにマップ後の各cDNAライブラリーのcDNAの5’-末端配列数も表1に示した。
各cDNAライブラリーより取得したcDNAの5'-末端の核酸配列をDNAシーケンシング試薬(BigDye Terminator Cycle Sequencing FS Ready Reaction Kit, PE Biosystems社製)を用い、マニュアルに従ってシーケンシング反応後、DNAシーケンサー(ABI PRISM 3700, PE Biosystems社製)で解析した。得られたデータについてはデータベース化を行った。改良オリゴキャップ法で作製した各cDNAライブラリーの5'-末端の全長率は、平均90%で高全長率であった(既知mRNAのタンパク質コード領域を指標にして算出した)。
全長cDNA核酸配列解析に選抜されたcDNAについて各々全長cDNAの核酸配列を決定した。核酸配列は、主にカスタム合成DNAプライマーを用いたダイデオキシターミネーター法によるプライマーウォーキング法によって決定した。すなわち、カスタム合成DNAプライマーを用い、PE Biosystem社製のDNAシーケンシング試薬でマニュアルに従ってシーケンシング反応後、同社製のシーケンサーを用いてDNA核酸配列を解析した。全長核酸配列は上記方法により決定された部分核酸配列を完全にオーバーラップさせ最終的に確定した。次に、決定された全長cDNA核酸配列から、タンパク質への翻訳領域を推定しアミノ酸配列を求めた。
1)オリゴキャップ法によるcDNAライブラリーの作製
ヒト胎児精巣由来のテラトカルシノーマ細胞でレチノイン酸処理により神経細胞に分化可能なNT-2神経前駆細胞(Stratagene社より購入)を、添付のマニュアルにしたがって次のように処理したものを用いた。
・NT-2細胞をレチノイン酸で誘導しないで培養(NT2RM)
・NT-2細胞を培養後、レチノイン酸を添加して誘導後、2日間及び2週間培養(NT2RP)
また、ヒト培養細胞SK-N-MC(ATCC HTB-10)(SKNMC)、ヒト培養細胞Y79 (ATCC HTB-18)(Y79AA)、ヒト培養細胞GI1(RCB RCB0763)(BGGI1)、ヒト培養細胞H4(ATCC HTB-148)(BNGH4)、ヒト培養細胞IMR32(ATCC CCL-127)(IMR32)、ヒト培養細胞NB9(RCB #RCB0477)(NB9N4)をカタログ記載の方法で培養した。RCBは、理化学研究所ジーンバンク・細胞開発銀行より分譲をうけたものであり、ATCCは、American Type Culture Collectionより分譲をうけたものである。
以上の培養細胞をそれぞれ集めて、文献(J. Sambrook, E. F. Fritsch & T. Maniatis, Molecular Cloning Second edition, Cold Spring harbor Laboratory Press 1989)記載の方法によりmRNAを抽出した。さらに、オリゴdTセルロースでpoly(A)+ RNAを精製した。
同様に、ヒト胎盤組織(PLACE)、ヒト卵巣癌組織(OVARC)、ヒト10週令胎児より頭部を多く含む組織(HEMBA)、ヒト10週令胎児より胴体部分を多く含む組織(HEMBB)、ヒト乳腺組織(MAMMA)、ヒト甲状腺組織(THYRO)、ヒト血管内皮組織の初代培養細胞(VESEN)より、文献(J. Sambrook, E. F. Fritsch & T. Maniatis, Molecular Cloning Second edition, Cold Spring harbor Laboratory Press, 1989)記載の方法によりmRNAを抽出した。さらに、オリゴdTセルロースでpoly(A)+ RNAを精製した。
以上の全てのpoly(A)+ RNAよりオリゴキャプ法 [M. Maruyama and S. Sugano, Gene, 138: 171-174 (1994)] により、それぞれcDNAライブラリーを作製した。Oligo-cap linker(配列番号:1)及びOligo dT primer(配列番号:2)を用いて文献 [鈴木・菅野, 蛋白質 核酸 酵素, 41: 197-201 (1996)、 Y. Suzuki et al., Gene, 200: 149-156 (1997)] に書いてあるようにBAP(Bacterial Alkaline Phosphatase)処理、TAP(Tobacco Acid Phosphatase)処理、RNAライゲーション、第一鎖cDNAの合成とRNAの除去を行った。次いで、5'(配列番号:3)と3'(配列番号:4)のPCRプライマーを用いPCR (polymerase chain reaction)により2本鎖cDNAに変換し、SfiI切断した。次いで、DraIIIで切断したベクターpUC19FL3(NT2RMとNT2RPの一部のみ)又はpME18SFL3(GenBank AB009864, Expression vector)にcDNAの方向性を決めてクローニングし、cDNAライブラリーを作製した。
cDNAの5’-末端配列解析に用いたcDNAライブラリー名とその由来の関係を表1-1〜1-6に示す。また、ヒトゲノムにマップ後の各cDNAライブラリーのcDNAの5’-末端配列数も表1-1〜1-6に示す。
各cDNAライブラリーより取得したcDNAの5’-端又は3'-端の核酸配列をDNAシーケンシング試薬(Dye Terminator Cycle Sequencing FS Ready Reaction Kit, dRhodamine Terminator Cycle Sequencing FS Ready Reaction Kit又はBigDye Terminator Cycle Sequencing FS Ready Reaction Kit, PE Biosystems社製)を用い、マニュアルに従ってシーケンシング反応後、DNAシーケンサー(ABI PRISM 377, PE Biosystems社製)でDNA核酸配列を解析した。得られたデータをデータベース化した。オリゴキャップ法で作製した各cDNAライブラリーの5'-末端の全長率は、平均60%であった(既知mRNAのタンパク質コード領域を指標にして算出した)。
全長cDNA核酸配列解析に選抜されたcDNAについて各々全長cDNAの核酸配列を決定した。核酸配列は、主にカスタム合成DNAプライマーを用いたダイデオキシターミネーター法によるプライマーウォーキング法によって決定した。すなわち、カスタム合成DNAプライマーを用い、PE Biosystem社製のDNAシーケンシング試薬でマニュアルに従ってシーケンシング反応後、同社製のシーケンサーを用いてDNA核酸配列を解析した。一部のクローンについては、Licor社製DNAシーケンサーも利用した。また、一部のcDNAについてはカスタムプライマーを用いずcDNAが含まれるプラスミドをランダムに切断するショットガン法を用いて同様にDNAシーケンサーでDNA核酸配列を決定した。全長核酸配列は上記方法により決定された部分核酸配列を完全にオーバーラップさせ最終的に確定した。次に、決定された全長核酸配列から、タンパク質への翻訳領域を推定しアミノ酸配列を求めた。
(1)配列データセット
以下の配列をデータセットとして使用した。
・ヒトゲノム配列:UCSC hg 17 (NCBI Build 35)(http://www.genome.ucsc.edu/)
・我々が新たに取得し全長cDNA配列解析を行ったヒト全長cDNA 19,265配列
・我々が取得し全長cDNA配列解析を行い既存の公共データベース(DDBJ / GenBank / EMBL)に登録済みのヒト全長cDNA配列(アクセッション番号: AB038269, AB045981, AB056476, AB056477, AK000001〜AK002212, AK021413〜AK027260, AK027263〜AK027902, AK054561〜AK058202, AK074029〜AK074481, AK074483〜AK075325, AK075326〜AK075566, AK090395〜AK098842, AK122580〜AK129030, AK129488〜AK131107, AK131190〜AK131575, AK160364〜AK160386, AK172724〜AK172740, AK172741〜AK172866)のうちゲノムマッピングに使用可能な30,754配列
・2005年2月3日までに財団法人かずさDNA研究所のデータベースHUGEに登録されていた2039配列(http://www.kazusa.or.jp/huge/)
・2005年1月30日までにMammalian Gene Collection (http://mgc.nci.nih.gov/) のWebページのFull Length Clone Listに記載され、かつGenBank gbpri (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/) に含まれていたヒト全長cDNA 20,878配列
・2005年1月30日までのGenBank gbpriにDeutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ)として登録のあったヒト全長cDNA 9,280配列
・2005年1月31日版のヒトRefSeq配列(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/)の構成配列でmRNAとして登録され、かつGenBank gbpri に含まれていたヒト全長cDNA 13,984配列
・2005年1月31日版のヒトRefSeq配列(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/)28,931配列
・2005年2月10日のEnsembl(http://www.ensembl.org/)のヒトゲノムアセンブル配列(NCBI35.nov_26.35)のうち、UCSC(University of California, Santa Cruz, http://www.genome.ucsc.edu/)にてhg 17ヒトゲノムへマッピング済みであった NCBI35.nov_26.35の33,666配列
・我々のプロジェクトにおいて配列解析を行ったヒトcDNA 5'末端配列 1,456,213配列、及び 3'末端配列 109,283配列 (うち公開済み配列アクセッション番号:AU116788〜AU160826, AU279383〜AU280837, DA000001〜DA999999, DB000001〜DB384947)
上記データセットをBLASTN(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/)を用いて相同性(Identity) 95%以上、コンセンサス長50塩基対(bp)以上の条件下でゲノムマッピングを行った。マッピングに使用したデータセットの約99%の配列がゲノムマッピングできた。
ゲノムマッピング後、ゲノム領域に含まれる配列群を1つの固まりとしてクラスターを形成させた。つまり、各クラスターは、配列群の各ゲノム領域の両端の外側が各ゲノム領域にマップされた配列に重なりがなくなるように選択されたものである。その結果、全部で 87,173クラスター存在した。そこから我々のプロジェクトにおいて取得し配列解析を行ったヒトcDNA 3'末端配列のみによって構成される17,535クラスターを除外すると、69,638クラスターとなった。このうち、36,782クラスターは、我々のプロジェクトにおいて取得し配列解析を行ったヒトcDNA 5'末端配列のみによって構成されていたので除外した(全長cDNA、RefSeq、Ensembl配列が存在しないものは除外した)。この結果、全長cDNA、RefSeq、Ensembl配列を1つでも含むクラスターは、32,856クラスターであった。そのうち一定水準以上の信頼性のあるORF(open reading frame, 翻訳領域)が予測される全長cDNA、RefSeq、Ensembl配列を1本以上含むクラスターを選択することにより、21,703クラスターを取得した。この21,703クラスターについて発現特異性判別を行った。
(1)鋳型 (Template) cDNAの合成
1)ヒトmRNA(Human Total RNA)を鋳型に用いた場合
Human Total RNA 50μgに対して150μlの系にて反応を行った。
87μlのH2Oに溶解した50μg のTotal RNAに10μlのランダムプライマー(濃度65ng/μl)と7.5μlのdNTP Mix(濃度10mM each dNTP Mix)を加えた。65℃ 5分インキュベート、氷上で1分インキュベートした。30μlの5×反応緩衝液(Invitrogen SuperScript III RTキットに添付)と7.5μlの0.1M DTTと3μlのRNase Inhibitor(STRATAGENE)と5μlのSuperScript III RT(Invitrogen)を加えた。25℃ 5分インキュベート、50℃ 60分インキュベート、70℃ 15分インキュベートした。反応後、フェノール・クロロホルム抽出を行い、酵素を失活させた。3μlのEDTA(0.5M)と22.5μlの0.1N NaOHを加えることでアルカリ処理を行い、RNAの分解を行った。30μlのTris(1M pH 7.8)を加えて、反応液を中和した後、エタノール沈殿を行い、100μlのTE緩衝液に溶解した。
mRNAソースからのヒトmRNA(Human Total RNA)については、実施例1に記載した方法により取得した。
実験に使用したヒトmRNAのリストを表2に示す。
Human PolyA RNA 5μgに対して100μlの系にて反応を行った。
58μlのH2Oに溶解した5μgのPolyA(+) RNAに5μlのランダムプライマー(濃度65ng/μl)と5μlのdNTP Mix(濃度10mM each dNTP Mix)を加えた。65℃ 5分インキュベート、氷上で1分インキュベートした。20μlの5×反応緩衝液(Invitrogen SuperScript III RTキットに添付)と5μlの0.1M DTTと2μlのRNase Inhibitor (STRATAGENE)と5μlのSuperScript III RT(Invitrogens)を加えた。25℃ 5分インキュベート、50℃ 60分インキュベート、70℃ 15分インキュベートした。反応後、フェノール・クロロホルム抽出を行い、酵素を失活させた。2μlのEDTA(0.5M)と15μlの0.1N NaOHを加えることでアルカリ処理を行い、RNAの分解を行った。20μlのTris(1M pH 7.8)を加えて、反応液を中和した後、エタノール沈殿を行い、50μlのTE緩衝液に溶解した。
実験に使用したヒトmRNAのリストを表2に示す。
Applied Biosystems社のリアルタイムPCR 7500 Fastに付属されているPrimer設計ソフト Primer Express software 3.0を用いて、ソフトが推奨する条件内で比較検討したいcDNAと同じ染色体領域から転写されるほかのスプライスパターンをもつcDNAを個別に検出できるように、変化領域の境界となる部分の配列を用いて、Primer、Probeの設計を行った。また、それらの設計したPrimerを用いて、リアルタイムPCRを行い、それらのバンドが単一であり、1種類のcDNAのみを特異的に検出できることについては、確認を行った。
1)使用したmRNA
使用したmRNAは全てヒト由来である。
10の実験系のうちクラスターchr14-45、chr7-2007、chr12-1875、chr3-1507の4クラスターの実験ではリアルタイムPCRの反応系としてSYBR GREENを用い、テンプレートcDNAとして、NT2細胞[NT2 RA(-)]、NT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導24時間[NT2 RA(+) 24hr]、NT2細胞をレチノイン酸(RA)処理誘導48時間[NT2 RA(+) 48hr]、NT2細胞をレチノイン酸(RA)処理誘導1週間[NT2 RA(+) 1week]、NT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導5週間[NT2 RA(+)]、NT2細胞をRA処理誘導5週間後、生育阻害剤処理2週間[NT2 RA(+) Inh(+)]、NT2細胞をRA処理と生育阻害剤処理により神経分化後、神経を濃縮回収 (NT2 Neuron)、胎児脳(Brain, Fetal)、脳(Brain, whole)、アルツハイマー患者大脳皮質(ALZ Visual Cortex Occipital)、内臓組織混合物 (Mix, viscus tissues)[心臓(Heart)、腎臓(Kidney)、肝臓(Liver)、肺(Lung)、結腸(Colon)、胃(Stomach)]、血球系混合物 (Mix, blood cells and related tissues)[骨髄(Bone Marrow)、胸腺(Thymus)、脊髄(Spinal Cord)、脾臓(Spleen)]、腫瘍組織混合物 (Mix, tumor tissues)[結腸癌(Colon Tumor)、腎臓癌(Kidney Tumor)、肝臓癌(Liver Tumor)、肺癌(Lung Tumor)、卵巣癌(Ovary Tumor)、胃癌(Stomach Tumor)、子宮癌(Uterus Tumor)、舌癌(Tongue Tumor)]、正常組織混合物 (Mix, normal tissues[結腸 (Colon)、腎臓(Kidney)、肝臓(Liver)、肺(Lung)、卵巣(Ovary)、胃(Stomach)、子宮(Uterus)、舌(Tongue)]、全脳ポリA(+)RNA [Brain, whole PolyA(+) RNA]、海馬(Brain, hippocampus)計16種のサンプルを用いた実験を行った。
クラスターchr12-1875については上記16種に加え、結腸(Colon)、腎臓(Kidney)、肝臓(Liver)、肺(Lung)、卵巣(Ovary)、胃(Stomach)、子宮(Uterus)、舌(Tongue)、結腸癌(Colon Tumor)、腎臓癌(Kidney Tumor)、肝臓癌(Liver Tumor)、肺癌(Lung Tumor)、卵巣癌(Ovary Tumor)、胃癌(Stomach Tumor)、子宮癌(Uterus Tumor)、舌癌(Tongue Tumor)を追加した実験も行った。
クラスターchr3-1507については上記16種に加え、小脳(Brain cerebellum)、扁桃(Brain, amygdala)、尾状核(Brain, caudate nucleus)、脳梁(Brain, corpus callosum)、黒質(Brain, substantia nigra)、視床(Brain, thalamus)、視床下核(Brain, subthalamic nucleus)を追加した実験も行った。
10の実験系のうちクラスターchr19-32、chr12+1658の2クラスターの実験ではリアルタイムPCRの反応系としてApplied Biosystems社製のTaqManを用い、テンプレートcDNAとして、NT2細胞[NT2 RA(-)]、NT2細胞をレチノイン酸(RA)処理誘導24時間[NT2 RA(+) 24hr]、NT2細胞をレチノイン酸(RA)処理誘導48時間[NT2 RA(+) 48hr]、NT2細胞をレチノイン酸(RA)処理誘導1週間[NT2 RA(+) 1week]、NT2細胞をレチノイン酸(RA)処理誘導5週間[NT2 RA(+)]、NT2細胞をRA処理誘導5週間後、生育阻害剤処理2週間[NT2 RA(+) Inh(+)]、NT2細胞をRA処理と生育阻害剤処理により神経分化後、神経を濃縮回収 (NT2 Neuron)、胎児脳(Brain, Fetal)、脳(Brain, whole)、アルツハイマー患者大脳皮質(ALZ Visual Cortex Occipital)、内臓組織混合物 (Mix, viscus tissues)[心臓(Heart)、腎臓(Kidney)、肝臓(Liver)、肺(Lung)、結腸(Colon)、胃(Stomach)]、血球系混合物 (Mix, blood cells and related tissues) [骨髄(Bone Marrow)、胸腺(Thymus)、脊髄(Spinal Cord)、脾臓(Spleen)]、腫瘍組織混合物 (Mix, tumor tissues) [結腸癌(Colon Tumor)、腎臓癌(Kidney Tumor)、肝臓癌(Liver Tumor)、肺癌(Lung Tumor)、卵巣癌(Ovary Tumor)、胃癌(Stomach Tumor)、子宮癌(Uterus Tumor)、舌癌(Tongue Tumor)]、正常組織混合物 (Mix, normal tissues)[結腸(Colon)、腎臓(Kidney)、肝臓(Liver)、肺(Lung)、卵巣(Ovary)、胃(Stomach)、子宮(Uterus)、舌(Tongue)]、全脳ポリA(+)RNA [Brain, whole PolyA(+) RNA]、海馬(Brain, hippocampus)計16種のサンプルを用いた実験を行った。
10の実験系のうちクラスターchr2-2324、chrX-900、chr8-916、chr3+2014の4クラスターの実験ではリアルタイムPCRの反応系としてSYBR GREENを用い、テンプレートcDNAとして、NT2細胞[NT2 RA(-)]、NT2細胞をレチノイン酸(RA)処理誘導24時間[NT2 RA(+) 24hr]、NT2細胞をレチノイン酸(RA)処理誘導48時間[NT2 RA(+) 48hr]、NT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導1週間[NT2 RA(+) 1week]、NT2細胞をレチノイン酸(RA)処理誘導5週間[NT2 RA(+)]、NT2細胞をRA処理誘導5週間後、生育阻害剤処理2週間[NT2 RA(+) Inh(+)]、NT2細胞をRA処理と生育阻害剤処理により神経分化後、神経を濃縮回収(NT2 Neuron) 、胎児脳(Brain, Fetal)、脳(Brain, whole)、アルツハイマー患者大脳皮質(ALZ Visual Cortex Occipital)、内臓組織混合物 (Mix, viscus tissues)[心臓(Heart)、腎臓(Kidney)、肝臓(Liver)、肺(Lung)、結腸(Colon)、胃(Stomach)]、血球系混合物 (Mix, blood cells and related tissues) [骨髄(Bone Marrow)、胸腺(Thymus)、脊髄(Spinal Cord)、脾臓(Spleen)]、腫瘍組織混合物 (Mix, tumor tissues)[結腸癌(Colon Tumor)、腎臓癌(Kidney Tumor)、肝臓癌(Liver Tumor)、肺癌(Lung Tumor)、卵巣癌(Ovary Tumor)、胃癌(Stomach Tumor)、子宮癌(Uterus Tumor)、舌癌(Tongue Tumor)]、正常組織混合物 (Mix, normal tissues)[結腸(Colon)、腎臓(Kidney)、肝臓(Liver)、肺(Lung)、卵巣(Ovary)、胃(Stomach)、子宮(Uterus)、舌(Tongue)]、全脳ポリA(+)RNA [Brain, whole PolyA(+) RNA]、海馬(Brain, hippocampus)、小脳(Brain cerebellum)、扁桃(Brain, amygdala)、尾状核(Brain, caudate nucleus)、脳梁(Brain, corpus callosum)、黒質(Brain, substantia nigra)、視床(Brain, thalamus)、視床下核(Brain, subthalamic nucleus)計23種のサンプルを用いた実験を行った。
SYBR GREEN I DyeアッセイケミストリーはSYBR GREENが2本鎖DNAに結合することで強い蛍光を発する特徴を利用した実験系である。PCR反応時、DNAが一本鎖に変性する際SYBR GREENはDNAから遊離し蛍光は急激に減少するが、その後のアニーリング・伸張反応に伴い2本鎖DNAに結合し再び蛍光を発する。SYBR GREEN I DyeアッセイケミストリーではPCRサイクル毎に増加する蛍光強度を検出するものである。
鋳型としてそれぞれの組織由来のcDNA 0.2μl(Total RNAに換算して100ng相当)に、Forward Primer(最終濃度250nM)、Reverse Primer(最終濃度250nM)、SYBR Green PCR Master Mix (ABI 4309155) を加えて全量を20μlにした。内在性コントロールとして常に全てのテンプレートにGAPDH (Accession No; NM_002046.2) を反応コントロールとしておいた。
Applied Biosystems社のリアルタイムPCR 7500 Fastの標準プロトコールである以下の条件でPCRを行った。初期ステップ 50℃ 2分、95℃ 10分後、変性95℃ 15秒、アニール伸長60℃ 1分を40サイクル繰り返した。
GAPDH-F (配列番号5):内在性コントロールGAPDHのForward Primer
GAPDH-R (配列番号6):内在性コントロールGAPDHのReverse Primer
TaqManアッセイケミストリーは、3’末端をリン酸化したプローブの5’末端にFluorescenin系の蛍光色素(リポーター)、3’末端にRhodamine系の蛍光色素(クエンチャー)をラベルしたTaqManプローブを用いる実験系である。TaqManプローブは単体で存在する際にはリポーターの励起光を照射しても蛍光波長がクエンチャーと近似している為、リポーターの蛍光エネルギーがクエンチャーの励起エネルギーとして使用され、リポーターの蛍光が抑制される。しかし、PCR反応時プライマーよりの伸張反応中、TaqManプローブがDNAポリメラーゼの5’-3’エキソヌクレアーゼ活性により分解されると、リポーター蛍光色素がTaqManプローブの5’末端より遊離し、クエンチャー蛍光色素と距離が離れる事で蛍光を発する。TaqManアッセイケミストリーでは、PCRサイクル毎に増加するリポーターの発する蛍光強度を検出するものである。
鋳型としてそれぞれの組織由来のcDNA 0.2μl(Total RNAに換算して 100ng相当)に、Forward Primer(最終濃度900nM)、Reverse Primer(最終濃度900nM)、TaqMan Probe (最終濃度250nM)、TaqMan Fast Universal PCR Master Mix (ABI 466073) を加えて全量を20μlにした。内在性コントロールとして常に全てのテンプレートにGAPDHの反応コントロールをおいた。
Applied Biosystems社のリアルタイムPCR 7500 FastのFastプロトコールである以下の条件でPCRを行った。酵素Activation 95℃ 20秒後、変性95℃ 3秒、アニール伸長60℃ 30秒を40サイクル繰り返した。
GAPDH-Probe (配列番号7) :内在性コントロールGAPDHのTaqMan Probe
相対定量方法を用いて結果を解析した。
Applied Biosystems社のリアルタイムPCR 7500 FastのRQ studyソフトを用いて、増幅曲線の指数関数的増幅領域に閾値 (Threshold)を設定。その時のサイクル数をCt (Threshold cycle) とした。初期RNA量を補正するために、得られたCtから内在性コントロールであるGAPDHのCtを引いた値を算出、それをdCtとした[dCt = Target Ct - ENDOGENUS Ct (GAPDH)]。得られたdCtからさらに基準となるサンプル(コントロール)のdCtを引いた値を算出、それをddCtとした。[ddCt = Target dCt - Control dCt]その値をもとに、相対値を算出、それをRQとした。[RQ = 2 -ddCt]その結果をもとに、ログ系でグラフを作成、それぞれのPrimer、Probeでの増幅量つまり発現量を比較した。
各実施例において、RQ及びLog10RQの解析結果を示した。RQの数値は小数点1桁で表示した。リアルタイムPCRで検出出来なかったものについては、RQ数値及びLog10RQの数値のところに”Undet.”と記載した。Log10RQの数値は小数点2桁で表示した。ただし、コントロールの正常内臓組織を混合させたサンプル(Mix, viscus tissues)(RQ数値“1.0”)については、Log10RQの数値のところに“0.0”と記載した。
(1)クラスターの解析
1)クラスターの特徴
クラスターchr19-32 (Human genome UCSC hg18 (NCBI Build34) 染色体19番、63,124,000 bp〜63,140,000 bp) にゲノムマッピングされた8配列の全長cDNA [D-UTERU2026184.1, D-BRACE3000012.1 , AB075836.1, AY695825.1, C-NT2RI2001083, ENST00000358502, ENST00000361044, NM_133460.1] について解析を行った。それらは、発現パターンの違いにより以下のように3種類に分類できた。
[1] D-UTERU2026184.1
[2] D-BRACE3000012.1
[3] AB075836.1, AY695825.1, C-NT2RI2001083 (AK056113.1), ENST00000358502, ENST00000361044, NM_133460.1
[1]、[2]は、我々が新たに取得し全長cDNA配列解析を行ったcDNAであり、既存の公共DB(DDBJ / Genbank / EMBL) に登録されていた[3]とORFが異なっていた。
[1]は、既知の[3]と比較すると、ORF領域内に、[3]の第2、第3エクソンに相当する部分が欠失しているため、ORF領域が異なっていた。
[2]は、既知の[3]と比較すると、ORF領域内に、他のパターンと異なるエクソンが挿入されているため、翻訳開始点が変化し、ORF領域が異なっていた。
[1]〜[3]の3種類のcDNAパターンがもつORF領域は、同じ染色体領域より、エクソンが欠失・挿入といった異なるパターンのスプライシングが起こることでアミノ酸配列が変化し、多様性をもつタンパクやmRNAが生みだされていることが判った。
103_[1]_1-N0 (配列番号8) : D-UTERU2026184.1の核酸配列全領域
103_[1]_1-NA0 (配列番号9) : D-UTERU2026184.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記103_[1]_1-A0 (配列番号10) : D-UTERU2026184.1のアミノ酸配列全領域
既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_133460.1の213〜425塩基に存在する213塩基のエクソン (配列番号13) がD-UTERU2026184.1の223〜224塩基の領域には存在せず欠失している。またNM_133460.1の520〜521塩基に存在する2塩基 (配列番号14) がD-UTERU2026184.1の317〜318塩基の領域には存在せず欠失している (配列番号11)。NM_133460.1の翻訳開始点は128塩基の挿入エクソン上に存在するが、D-UTERU2026184.1はNM_133460.1と共有する第1エクソン上に存在する為、NM_133460.1と比較するとN末端のアミノ酸が43残基異なっていた。
103_[1]_1-N1 (配列番号11) : D-UTERU2026184.1の欠失核酸配列領域
103_[1]_1-A1 (配列番号12) : D-UTERU2026184.1の欠失によって変化したアミノ酸領域
103_[1]_1-N2 (配列番号11と同一) : D-UTERU2026184.1の欠失核酸領域中のORF核酸領域
103_[1]_1-A2 (配列番号12と同一) : D-UTERU2026184.1の欠失核酸領域に関わるORFアミノ酸領域
103_[1]_C-N1 (配列番号13) : D-UTERU2026184.1の223〜224塩基の領域に挿入されるNM_133460.1の213〜425塩基に存在する213塩基の挿入核酸配列
103_[1]_C-N2 (配列番号14) : D-UTERU2026184.1の317〜318塩基の領域に挿入されるNM_133460.1の520〜521塩基に存在する2塩基の挿入核酸配列
103_[1]_C-A1 (配列番号15) : D-UTERU2026184.1の223〜224塩基の領域及びに317〜318塩基の領域に挿入されるNM_133460.1の213〜425塩基及び520〜521塩基の挿入核酸配列に関わるアミノ酸領域。
この変化に伴い、コントロールとなるNM_133460.1の5〜45アミノ酸目に存在しているPfam モチーフ ”KRAB box” がD-UTERU2026184.1では消失していた(http://pfam.janelia.org/)。
103_[2]_1-N0 (配列番号16) : D-BRACE3000012.1の核酸配列全領域
103_[2]_1-NA0 (配列番号17) : D-BRACE3000012.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
103_[2]_1-A0 (配列番号18) : D-BRACE3000012.1のアミノ酸配列全領域
D-BRACE3000012.1の314〜533塩基 (配列番号19) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_133460.1では存在しないエクソンが挿入するバリアントで、挿入するエクソン上に翻訳開始点と存在する為、NM_133460.1と比較するとN末端のアミノ酸が23残基 (配列番号20) 異なっていた。
103_[2]_1-N1 (配列番号19) : D-BRACE3000012.1の220塩基の挿入核酸配列領域
103_[2]_1-A1 (配列番号20) : D-BRACE3000012.1の23残基の挿入アミノ酸配列領域
103_[2]_1-N2 (配列番号21) : D-BRACE3000012.1の220塩基の挿入領域中のORF核酸配列領域
103_[2]_1-A2 (配列番号22) : D-BRACE3000012.1の220塩基の挿入領域に関わるORFアミノ酸領域
上記で示されたような特徴的な領域を明確に区別して、それぞれの発現量を調べるために、以下のような領域を検出領域とした。その検出領域の発現量を比較することにより、個々の発現量を比較することが可能であると思われた。
103_01 - [1]のcDNAパターンのエクソンが欠失している領域の境界にある配列情報を利用して特異的に抽出した領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターンにおいて、ORFを変化させているエクソンの欠失領域
→Primer103_01F (配列番号23) とPrimer103_01R (配列番号24) によって増幅される断片103_01 (配列番号25)
使用したTaqManプローブ103_01TP:(配列番号26)
103_02 - [2]のcDNAパターンのエクソンが挿入している領域の配列情報を利用して特異的に抽出した領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[2]のcDNAパターンにおいて、ORFを変化させているエクソンの挿入領域
→Primer103_02F (配列番号27) とPrimer103_02R (配列番号28) によって増幅される断片103_02 (配列番号29)
使用したTaqManプローブ103_02TP:(配列番号30)
103_03 -既存の公共DBに登録されている[3]のcDNAパターンの[1]の欠失領域、[2]の挿入領域と比較した場合にどちらとも区別できるような特異的な領域であり、[1]、[2]を比較検討するためのコントロール
→Primer103_03F (配列番号31) とPrimer103_03R (配列番号32) によって増幅される断片103_03 (配列番号33)
使用したTaqManプローブ103_03TP:(配列番号34)
103_04 -[1]〜[3]全てが共有する共通領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]、[2]のcDNAパターン、さらには既存の公共DBに登録されている[3]のcDNAパターンの全体としての発現量を比較するためにコントロールとなる全てのパターンが共通している領域→Primer103_04F (配列番号35) とPrimer103_04R (配列番号36) によって増幅される断片103_04 (配列番号37)
使用したTaqManプローブ103_04TP:(配列番号38)
上記に示された[1]、[2]、[3]のcDNAパターンのそれぞれに特異的なエクソン領域は、オリゴキャップ法を用いて取得した約144万配列の5’末端配列をヒトゲノム配列にマップし比較解析することにより下記のような頻度で発現している結果を得た。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[1]のパターンでは5’末端配列が1配列存在し、その由来は子宮 (Uterus) が1配列(解析母数49,561)であった。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[2]のパターンでは5’末端配列が2配列存在し、小脳 (Brain, cerebellum) が1配列(解析母数 82,880)、NT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導(NT2RP)が1配列(解析母数 39,242)であった。
既存の公共DBに登録されているcDNA の[3]のパターンでは5’末端配列が14配列存在し、その由来はNT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導5週間(NT2RP) が4配列(解析母数 39,242)、NT2細胞をRA処理誘導5週間後、生育阻害剤処理2週間 (NT2RI) が2配列(解析母数 32,662)、小脳 (Brain, cerebellum) が1配列(解析母数 82,880)、扁桃(Brain, amygdala)が1配列(解析母数58,640)、海馬 (Brain, hippocampus) が1配列(解析母数 57,918)、黒質(Brain, substantia nigra) が1配列(解析母数 15,897)、新生児正常皮膚繊維芽細胞 (Normal Human Dermal Fibroblasts) が1配列(解析母数 10,103)、胎児脳 (Brain, Fetal) が2配列(解析母数 79,560)、子宮 (Uterus) が1配列(解析母数 49,561)であった。
この結果より、[1]のエクソンが欠失するパターンは子宮 (Uterus) での発現、また、[2]のエクソンが挿入するパターンは、小脳 (Brain, cerebellum) やNT2細胞をレチノイン酸誘導したもの(NT2RP)で発現している事が判った。[3]の既知の配列は、NT2細胞をレチノイン酸誘導したもの (NT2RP) や脳組織での発現が多い事が判った。
エクソンの選択性によるタンパク質発現の多様性の変化を検出するために、発現量の詳細をリアルタイムPCRにて解析した。結果を表3に示す。
103_01 (配列番号25) と103_02 (配列番号29) で比較されるエクソンの挿入・欠失の選択性によってORFが変化する比率は、以下の脳、NT2細胞の分化段階で大きく変化していた。
103_01 (配列番号25) で表されるエクソンの欠失するパターンの発現は、未分化のNT2細胞NT2RA (-) とレチノイン酸を添加して分化誘導をした初期のステージであるNT2RA (+) 48hrまでは発現が低く、分化誘導後期のNT2RA(+) 1week からNT2RA (+) 5weeks, Inh (+) までの発現が多く、NT2 Neuronになると低くなっていた。また、胎児脳 (Brain, Fetal) での発現も低かった(表3)。
103_02 (配列番号29) で表されるエクソンの挿入されるパターンの発現は、未分化のNT2細胞NT2RA(-) とレチノイン酸を添加して分化誘導をした初期のステージからNT2RA (+) 5weeks, Inh (+) までの発現が多く、NT2 Neuronになると低くなっていた(表3)。また、胎児脳 (Fetal Brain) だけでなく脳全体での発現が低かった(表3)。
これらの結果より、103_01 (配列番号25) 及び103_02 (配列番号29) という検出領域で示される新たに取得したcDNAの選択的なエクソン領域103_[1]_1-N1 (配列番号11) 及び103_[2]_1-N1 (配列番号19) の発現を比較することにより神経細胞の分化又は再生の段階を検出する分化マーカーとして用いることが可能になることが立証された。また、特異性を示す領域を標的とした化合物、抗体、siRNA等による新薬開発も可能と思われる。
また以下の領域についても神経細胞の分化又は再生の段階を検出する分化マーカーとして有用であると思われる。
[1]のcDNAパターンのD-UTERU2026184.1においてPrimer103_01R (配列番号24) がプライミングする285〜306塩基目を含む上流配列062_[1]_1-N3 (配列番号39)。
[2]のcDNAパターンのD-BRACE3000012.1においてPrimer103_02R (配列番号28) がプライミングする521〜541塩基目を含む上流配列062_[1]_1-N3 (配列番号40)。
[1]のcDNAパターンにおいてPrimer103_01F (配列番号23) とPrimer103_01R (配列番号24)によって増幅される領域103_01 (配列番号25)
[2]のcDNAパターンにおいてPrimer103_02F (配列番号27) とPrimer103_02R (配列番号28)によって増幅される領域103_02 (配列番号29)
(1)クラスターの解析
1)クラスターの特徴
クラスターchr14-45 (Human genome UCSC hg18 (NCBI Build34) 染色体14番、104,305,000 bp〜104,335,000 bp) にゲノムマッピングされた13配列の全長cDNA [D-NT2RP8004156.1, BC000479.2, BC084538.1, BX647722.1, BX648205.1, C-BRACE2006105, C-BRHIP2019884, C-PLACE7003657, C-TESTI4021482, ENST00000310523, ENST00000349310, M63167.1, NM_005163.1] について解析を行った。それらは、発現パターンの違いにより7種類に分類されるが、主なものとして以下の2種類が存在した。
[1] D-NT2RP8004156.1
[2] BC000479.2, BC084538.1, BX648205.1, C-PLACE7003657 (AK122894.1), ENST00000310523, M63167.1, NM_005163.1
[1]は、我々が新たに取得し全長cDNA配列解析を行ったcDNAであり、既存の公共DBに登録されていた[2]とORFが異なっていた。
[1]は、既知の[2]よりも下流にある染色体領域より発現するため、ORF領域が異なっていた。
[1]〜[2]の2種類のcDNAパターンが持つORF領域は、同じ染色体領域より、異なる転写開始点から発現を行うことにより、アミノ酸配列が変化し、多様性をもつタンパクやmRNAが生みだされていることが判った。
019_[1]_1-N0 (配列番号41) : D-NT2RP8004156.1の核酸配列全領域
019_[1]_1-NA0 (配列番号42) : D-NT2RP8004156.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
019_[1]_1-A0 (配列番号43) : D-NT2RP8004156.1のアミノ酸配列全領域
D-NT2RP8004156.1の1〜119塩基 (配列番号44) は既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_005163.1では存在しないエクソンでありNM_005163.1と相同性がない。
この変化に伴いD-NT2RP8004156.1の翻訳開始点はNM_005163.1に比べ3’側にシフトし、D-NT2RP8004156.1の131塩基目が翻訳開始点となる。その為、NM_005163.1よりN末端のアミノ酸配列が62残基短くなっていた(配列番号264)。
019_[1]_1-N1 (配列番号44) : D-NT2RP8004156.1の119塩基の挿入核酸配列領域
019_[1]_1-N2 (配列番号45) : D-NT2RP8004156.1の131塩基目を翻訳開始点とするORFの5’UTR領域130塩基
019_[1]_C-A1(配列番号264):NM_005163.1に存在するD-NT2RP8004156.1の62残基の欠失アミノ酸配列領域
この変化に伴いNM_005163.1の6〜108アミノ酸目に存在しているPfamモチーフ ”PH domain”がD-NT2RP8004156.1では消失していた。
上記で示されたような特徴的な領域を明確に区別して、それぞれの発現量を調べるために、以下のような領域を検出領域とした。その検出領域の発現量を比較することにより、個々の発現量を比較することが可能であると思われた。
019_01 - [1]のcDNAパターンのN末側に存在する特異的な領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターンの転写開始領域であり、既存の公共DBに登録されていない新規性のある領域
→Primer019_01F (配列番号46) とPrimer019_01R (配列番号47) によって増幅される断片019_01 (配列番号48)
019_02 - 既存の公共DBに登録されている[2]の転写開始点領域、[1]を比較検討するためのコントロール
→Primer019_02F (配列番号49) とPrimer019_02R (配列番号50) によって増幅される断片019_02 (配列番号51)
019_03 - [1]〜[2]全てが共有する共通領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターン、さらには既存の公共DBに登録されている[2]のcDNAパターンの全体としての発現量を比較するためにコントロールとなる全てのパターンが共通している領域
→Primer019_03F (配列番号52) とPrimer019_03R (配列番号53) によって増幅される断片019_03 (配列番号54)
上記に示された[1]〜[2]のcDNAパターンのそれぞれに特異的なエクソン領域は、オリゴキャップ法を用いて取得した約144万配列の5’末端配列をヒトゲノム配列にマップし比較解析することにより下記のような頻度で発現している結果を得た。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[1]のパターンでは5’末端配列が4配列存在し、その由来は全てNT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導(NT2RP)であった。
既存の公共DBに登録されているcDNA の[2]のパターンでは5’末端配列が11配列存在し、脳組織由来が4配列、その他複数の臓器などから7配列発現している事が判った。
この結果より、[1]の転写開始点は、分化後のNT2細胞でのみ特異的に発現していることが判った。また、[2]の転写開始点からは、様々な臓器からの発現が見られた。これにより、分化後のNT2細胞という神経細胞の分化段階でのみ、この染色体領域において転写の機構が異なり、用いられている転写開始点も異なる可能性が考えられた。
どのような状態の時に発現に使われる転写開始点が変化するのかを知るために、発現量の詳細をリアルタイムPCRにて解析した。結果を表4及び表5に示す。
019_01 (配列番号48) と019_02 (配列番号51) で比較される転写開始点の選択性によってORFが変化する比率は、NT2細胞の分化段階で大きく変化する。NT2細胞の分化について詳細に比較すると、未分化のNT2細胞 NT2RA (-) とレチノイン酸を添加して分化誘導をした初期のステージであるNT2RA (+) 48hrまでは、019_01 (配列番号48) と019_02 (配列番号51) で表される2種類の転写開始点に大きな差は見られなかった(表4・表5)。しかし、分化のステージが進むNT2RA (+) 1week より差が大きくなりNT2RA (+) 5weeksでは、019_01 (配列番号48) で表される下流の転写開始点からの転写の割合がかなり多くなる(表4・表5)。しかし、その後NT2RA (+) 5weeks, Inh (+) ではその差が縮まり、NT2 Neuronでは、逆に019_02 (配列番号51) で表される既知の転写開始点からの転写の割合が多くなっていた(表4・表5)。他の組織では大きな差は見られなかった。
これらの結果より、019_01 (配列No.019-8) という検出領域で示される新たに取得したcDNA領域の5’-末端領域 (転写開始点付近の領域)019_[1]_1-N1 (配列番号44) の発現を比較することにより、神経細胞の分化又は再生の段階でも特に神経分化又は再生の後期の状態になっている細胞を検出する分化マーカーとして用いることが可能になることが立証された。また、特異性を示す領域を標的とした化合物、抗体、siRNA等による新薬開発も可能と思われる。
また以下の領域についても神経分化又は再生の後期の状態になっている細胞を検出する分化マーカーとして有用であると思われる。
[1]のcDNAパターンのD-NT2RP8004156.1においてPrimer019_01R (配列番号47) がプライミングする195〜213塩基目を含む上流配列019_[1]_1-N3 (配列番号55)。
[1]のcDNAパターンにおいてPrimer019_01F (配列番号46) とPrimer019_01R (配列番号47)によって増幅される領域019_01 (配列番号48)
(1)クラスターの解析
1)クラスターの特徴
クラスターchr2-2324 (Human genome UCSC hg18 (NCBI Build34) 染色体2番、65,440,000 bp〜65,580,000 bp) にゲノムマッピングされた7配列の全長cDNA [D-NT2RI3005525.1, D-TRACH3029063.1, AY299090.1, C-HEP03447, C-NT2RP7004925, ENST00000356388, NM_181784.1] について解析を行った。それらは、発現パターンの違いにより5種類に分類されるが、主なものとして以下の2種類が存在した。
[1] D-NT2RI3005525.1
[2] AY299090.1, C-NT2RP7004925 (AK056479.1), NM_181784.1
[1]は、我々が新たに取得し全長cDNA配列解析を行ったcDNAであり、既存の公共DBに登録されていた[2]とORFが異なっていた。
[1]は、既知の[2]よりも下流にある染色体領域より発現し、[2]と相同性のない新しいエクソン上に翻訳開始点が存在するため、ORF領域が異なっていた。
[1]〜[2]の2種類のcDNAパターンが持つORF領域は、同じ染色体領域より、異なる転写開始点から発現を行うことにより、アミノ酸配列が変化し、多様性をもつタンパクやmRNAが生みだされていることが判った。
031_[1]_1-N0 (配列番号56) : D-NT2RI3005525.1の核酸配列全領域
031_[1]_1-NA0 (配列番号57) : D-NT2RI3005525.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
031_[1]_1-A0 (配列番号58) : D-NT2RI3005525.1のアミノ酸配列全領域
D-NT2RI3005525.1の1〜61塩基 (配列番号59) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_181784.1では存在しないエクソンが挿入するバリアントで、挿入するエクソン上に翻訳開始点と存在する為、NM_181784.1と比較するとN末端のアミノ酸が6残基 (配列番号60) 異なっていた。
031_[1]_1-N1 (配列番号59) : D-NT2RI3005525.1の61塩基の挿入核酸配列領域
031_[1]_1-A1 (配列番号60) : D-NT2RI3005525.1の6残基の挿入アミノ酸配列領域
031_[1]_1-N2 (配列番号61) : D-NT2RI3005525.1の61塩基の挿入領域中のORF核酸配列領域
031_[1]_1-A2 (配列番号60と同一) : D-NT2RI3005525.1の61塩基の挿入領域に関わるORFアミノ酸領域
上記で示されたような特徴的な領域を明確に区別して、それぞれの発現量を調べるために、以下のような領域を検出領域とした。その検出領域の発現量を比較することにより、個々の発現量を比較することが可能であると思われた。
031_01 - [1]のcDNAパターンのN末側に存在する特異的な領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターンの転写開始領域であり、既存の公共DBに登録されていない新規性のある領域
→Primer031_01F (配列番号62) とPrimer031_01R (配列番号63) によって増幅される断片031_01 (配列番号64)
031_02 - 既存の公共DBに登録されている[2]の転写開始点領域、[1]を比較検討するためのコントロール
→Primer031_02F (配列番号65) とPrimer031_02R (配列番号66) によって増幅される断片031_02 (配列番号67)
031_03 - [1]〜[2]全てが共有する共通領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターン、さらには既存の公共DBに登録されている[2]のcDNAパターンの全体としての発現量を比較するためにコントロールとなる全てのパターンが共通している領域
→Primer031_03F (配列番号68) とPrimer031_03R (配列番号69) によって増幅される断片031_03 (配列番号70)
上記に示された[1]、[2]のcDNAパターンのそれぞれに特異的なエクソン領域は、オリゴキャップ法を用いて取得した約144万配列の5’末端配列をヒトゲノム配列にマップし比較解析することにより下記のような頻度で発現している結果を得た。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[1]のパターンでは5’末端配列が28配列存在し、全脳(Brain, whole) が13配列(解析母数 59,069)、海馬 (Brain, hippocampus) が8配列(解析母数 57,918)、扁桃(Brain, amygdala) が5配列(解析母数58,640)、正常頭髪毛乳頭細胞HDPC (Human dermal papilla cells) が1配列(解析母数 8,453)、NT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導5週間後、生育阻害剤処理2週間 (NT2RI) が1配列(解析母数 32,662)であった。
既存の公共DBに登録されているcDNA の[2]のパターンでは5’末端配列が35配列存在し、その由来は全脳 (Brain, whole) が10配列(解析母数 59,069)、小脳(Brain, cerebellum) が5配列(解析母数82,880)、胎児脳 (Brain, Fetal) が5配列(解析母数 47,574)、海馬 (Brain, hippocampus) が3配列(解析母数 57,918)、気管(Trachea) が3配列(解析母数 52,352)、視床 (Brain, thalamus) が2配列(解析母数 53,267)、NT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導 (NT2RP) が2配列(解析母数 39,242)、胸腺 (Thymus) が2配列(解析母数 70,578)、NT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導5週間後、生育阻害剤処理2週間 (NT2RI) が1配列(解析母数 32,662)、精巣 (Testis) が1配列(解析母数 90,188)、子宮(Uterus) が1配列(解析母数 49,561)であった。
この結果より、[1]の転写開始点は、脳の中でも特に海馬や扁桃での発現が多いことが判った。また[2]の転写開始点でも、脳での発現は多く見られるが、[1]の転写開始点に比べ様々な組織において発現している事が判った。この結果より、脳の中でも特定の部位においては、この染色体領域における転写の機構が異なり、用いられている転写開始点も異なる可能性が考えられた。
どのような部位で、どのような状態のときに発現に使われる転写開始点が変化するのかを知るために、発現量の詳細をリアルタイムPCRにて解析した。結果を表6及び表7に示す。
031_01 (配列番号64) と031_02 (配列番号67) で比較される転写開始点の選択性によってORFが変化する比率は、以下の脳部位、NT2細胞の分化段階で大きく変化していた。
脳の中でも特に海馬 (Brain, hippocampus) と扁桃 (Brain, amygdala) において、031_01 (配列番号64) で表される下流の転写開始点からの転写が多かった(表6・表7)。他の脳部位では、大きな差は見られなかった。
さらに、NT2細胞の分化について詳細に比較すると、未分化のNT2細胞NT2RA (-) とレチノイン酸を添加して分化誘導をした初期のステージであるNT2RA (+) 1weekまでは、031_02 (配列番号67) で表される既存の公共DBに登録されている転写開始点から転写されるmRNAが多かったが、神経細胞に分化後のものが多く含まれると予測されるNT2RA (+) 5weeksではその発現量が逆転し、それ以降のNT2RA (+) 5weeks, Inh (+)、NT2 Neuronでは031_01 (配列番号64) で表される下流の転写開始点から転写されるmRNAが多かった(表6・表7)。
これらの結果より、031_01 (配列番号64) という検出領域で示される新たに取得したcDNAの5’-末端領域(転写開始点付近の領域)031_[1]-N1 (配列番号59) の発現を比較することにより脳の中でも特に海馬 (Brain, hippocampus) などの神経が多い部位に特異的なマーカー (神経分化、神経再生マーカー等)として、神経細胞の分化又は再生の段階でも特に神経に分化した細胞を検出する分化マーカーとして用いることが可能になることが立証された。また、特異性を示す領域を標的とした化合物、抗体、siRNA等による新薬開発も可能と思われる。
また以下の領域についても脳の中でも特に海馬 (Brain, hippocampus) などの神経が多い部位に特異的なマーカー(神経分化、神経再生マーカー等)として、神経細胞の分化又は再生の段階でも特に神経に分化した細胞を検出する分化マーカーとして有用であると思われる。
[1]のcDNAパターンのD-NT2RI3005525.1においてPrimer031_01R (配列番号63) がプライミングする80〜101塩基目を含む上流配列031_[1]_1-N3 (配列番号71)。
[1]のcDNAパターンにおいてPrimer031_01F (配列番号62) とPrimer031_01R (配列番号63)によって増幅される領域031_01 (配列番号64)
(1)クラスターの解析
1)クラスターの特徴
クラスターchr7-2007 (Human genome UCSC hg18 (NCBI Build34) 染色体7番、26,400,000 bp〜 26,850,000 bp) にゲノムマッピングされた10配列の全長cDNA [D-NT2RP8004592.1, D-NT2RP7010844.1, Z-NT2RP7020087-01, BC002893.2, BC036044.1, ENST00000338865, ENST00000345317, NM_003930.3, XM_498174.1, XM_499404.1] について解析を行った。それらは、発現パターンの違いにより5種類に分類されるが、主なものとして以下の2種類が存在する。
[1] D-NT2RP8004592.1
[2] BC002893.2, BC036044.1, NM_003930.3
[1]は、我々が新たに取得し全長cDNA配列解析を行ったcDNAであり、既存の公共DBに登録されていた[2]とORFが異なっていた。
[1]は、既知の[2]よりも下流にある染色体領域より発現し、翻訳開始点がC末側にずれるため、[2]とORF領域が異なっていた。
[1]〜[2]の2種類のcDNAパターンがもつORF領域は、同じ染色体領域より、異なる転写開始点から発現を行うことにより、アミノ酸配列が変化し、多様性をもつタンパクやmRNAが生みだされていることが判った。
067_[1]_1-N0 (配列番号72) : D-NT2RP8004592.1の核酸配列全領域
067_[1]_1-NA0 (配列番号73) : D-NT2RP8004592.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
067_[1]_1-A0 (配列番号74) : D-NT2RP8004592.1のアミノ酸配列全領域
D-NT2RP8004592.1の1〜169塩基 (配列番号75) のエクソン(第1エクソン)は既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_003930.3には存在しないエクソンであり相同性がない。またNM_003930.3の1〜359塩基のエクソン(第1エクソン)はD-NT2RP8004592.1には存在しないエクソンであり相同性がない。第2エクソン以降は両cDNA共に共通して存在している。NM_003930.3のORFの翻訳終止点はD-NT2RP8004592.1と同じだが、翻訳開始点はD-NT2RP8004592.1に存在しない第1エクソン上に存在するため、ORFのN末端が異なっていた。D-NT2RP8004592.1の翻訳開始点はNM_003930.3と共有する第6エクソン上に存在するため、NM_003930.3に比べN末端側のアミノ酸が172残基短くなっていた(配列番号265)。
067_[1]_1-N 1 (配列番号75) : D-NT2RP8004592.1の169塩基の挿入核酸配列領域
067_[1]_1-N 2 (配列番号76) : D-NT2RP8004592.1の620塩基目を翻訳開始点とするORFの5’UTR領域619塩基
067_[1]_C-A1(配列番号265):NM_003930.3に存在するD-NT2RP8004592.1の172残基の欠失アミノ酸配列領域
上記で示されたような特徴的な領域を明確に区別して、それぞれの発現量を調べるために、以下のような領域を検出領域とした。その検出領域の発現量を比較することにより、個々の発現量を比較することが可能であると思われた。
067_01 - [1]のcDNAパターンのN末側に存在する特異的な領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターンの転写開始領域であり、既存の公共DBに登録されていない新規性のある領域
→Primer067_01F (配列番号77) とPrimer067_01R (配列番号78) によって増幅される断片067_01 (配列番号79)
067_03 - 既存の公共DBに登録されている[2]の転写開始点領域、[1]を比較検討するためのコントロール
→Primer067_03F (配列番号80) とPrimer067_03R (配列番号81) によって増幅される断片067_03 (配列番号82)
067_04 - [1]〜[2]全てが共有する共通領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターン、さらには既存の公共DBに登録されている[2]のcDNAパターンの全体としての発現量を比較するためにコントロールとなる全てのパターンが共通している領域
→Primer067_04F (配列番号83) とPrimer067_04R (配列番号84) によって増幅される断片067_04 (配列番号85)
上記に示された[1]〜[2]のcDNAパターンのそれぞれに特異的なエクソン領域は、オリゴキャップ法を用いて取得した約144万配列の5’末端配列をヒトゲノム配列にマップし比較解析することにより下記のような頻度で発現している結果を得た。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[1]のパターンでは5’末端配列が18配列存在し、その由来はNT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導 (NR2RP) が16配列(解析母数39,242)、NT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導5週間後、生育阻害剤処理2週間(NT2RI) が2配列(解析母数 32,662)と、全て分化後のNT2細胞由来であった。
既存の公共DBに登録されているcDNA の[2]のパターンでは5’末端配列が122配列存在し、その由来はNT2細胞由来45配列、脳組織由来が25配列、その他由来が47配列であった。
この結果より、[1]の転写開始点は、分化後のNT2細胞で特異的に発現していることが判った。また、[2]の転写開始点からは、NT2細胞や脳組織の他、様々な組織から発現が見られた。これにより、分化後のNT2細胞という神経細胞の分化が起こっているという状況の時だけ、この染色体領域において、転写の機構が異なり、用いられている転写開始点も異なる可能性が考えられた。
どのような状態のときに発現に使われる転写開始点が変化するのかを知るために、発現量の詳細をリアルタイムPCRにて解析した。結果を表8及び表9に示す。
067_01 (配列番号79) と067_03 (配列番号82) で比較される転写開始点の選択性によってORFが変化する比率は、NT2細胞の分化段階で大きく変化していた。NT2細胞の分化について詳細に比較すると、未分化のNT2細胞 NT2RA (-) とレチノイン酸を添加して分化誘導をした初期のステージであるNT2RA (+) 48hrまでに比べ、分化のステージが進むNT2RA (+) 1week からNT2RA (+) 5weeks では067_01 (配列番号79) で表される転写開始点の方が067_03 (配列番号82) で表される転写開始点より転写の割合が多くなっていた(表8・表9)。その後NT2RA (+) 5weeks, Inh (+)でその差が縮まるが、NT2 Neuronでは067_01 (配列番号79) 表される転写の割合が再び増加していた(表8・表9)。
これらの結果より、067_01 (配列番号79) という検出領域で示される新たに取得したcDNAの5’-末端領域(転写開始点付近の領域)067_[1]-N1 (配列番号75) の発現を比較することにより、神経細胞の分化又は再生の段階でも特に神経に分化した細胞を検出する分化マーカーとして用いることが可能になることが立証された。また、特異性を示す領域を標的とした化合物、抗体、siRNA等による新薬開発も可能と思われる。
また以下の領域についても神経細胞の分化又は再生の段階でも特に神経に分化した細胞を検出する分化マーカーとして有用であると思われる。
[1]のcDNAパターンのD-NT2RP8004592.1においてPrimer067_01R (配列番号78) がプライミングする65〜84塩基目を含む上流配列067_[1]_1-N3 (配列番号86)。
[1]のcDNAパターンにおいてPrimer067_01F (配列番号77) とPrimer067_01R (配列番号78)によって増幅される領域067_01 (配列番号79)。
(1)クラスターの解析
1)クラスターの特徴
クラスターchrX-900 (Human genome UCSC hg18 (NCBI Build34) 染色体X番、43,380,000 bp〜43,500,000 bp) にゲノムマッピングされた7本の全長cDNA [D-NT2RI2014164.1, D-BRAMY2029564.1, D-BRAMY2029564.1, BC022494.1, ENST00000265833, M69177.1, NM_000898.3] について解析を行った。それらは、発現パターンの違いにより4種類に分類されるが、主なものとして下記の3種類が存在した。
[1] D-NT2RI2014164.1
[2] D-BRAMY2029564.1
[3] BC022494.1, ENST00000265833, M69177.1, NM_000898.3
[1]は我々が新たに取得し全長cDNA配列解析を行ったcDNAであり、既知の[3]よりも下流にある染色体領域より発現し、既存の公共DBに登録されていた[3]とORFが異なっていた。
[2]は我々が新たに取得し全長cDNA配列解析を行ったcDNAであり、既知の[3]と比較すると[3]のORF領域内に他のパターンと異なるエクソンが挿入されているため、ORFが異なっていた。
[1]〜[3]の3種類のcDNAパターンがもつORF領域は、同じ染色体領域より、異なる転写開始点から発現を行うことや、エクソンが挿入といった異なるスプライスパターンをもつことにより、アミノ酸配列が変化し、多様性をもつタンパクやmRNAが生みだされていることが判った。
122_[1]_1-N0 (配列番号87) : D-NT2RI2014164.1の核酸配列全領域
122_[1]_1-NA0 (配列番号88) : D-NT2RI2014164.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
122_[1]_1-A0 (配列番号89) : D-NT2RI2014164.1のアミノ酸配列全領域
D-NT2RI2014164.1の1〜156塩基 (配列番号90) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_000898.3 では存在しないエクソンでありNM_000898.3と相同性がない。この変化に伴い、D-NT2RI2014164.1の翻訳開始点はNM_000898.3に比べ3’側にシフトし、D-NT2RI2014164.1の162塩基目が翻訳開始点となる。その為、NM_000898.3よりアミノ酸配列が16残基短くなっていた (配列番号266)。
またNM_000898.3の1,274〜1,371塩基に存在する98塩基のエクソン (配列番号95) がD-NT2RI2014164.1の1,250〜1,251塩基の領域には存在せず欠失している (配列番号92)。
この変化に伴い、翻訳のフレームが変化しNM_000898.3とは異なる終止コドンでORFが終わるためNM_000898.3と比較をするとC末端のアミノ酸が48残基 (配列番号93) 異なっていた。
122_[1]_1-N1 (配列番号90) : D-NT2RI2014164.1の156塩基の挿入核酸配列領域
122_[1]_1-N2 (配列番号91) : D-NT2RI2014164.1の162基目を翻訳開始点とするORFの5’UTR領域161塩基
122_[1]_1-N3 (配列番号92) : D-NT2RI2014164.1の欠失核酸配列領域
122_[1]_1-A1 (配列番号93) : D-NT2RI2014164.1の欠失により変化したアミノ酸配列領域122_[1]_1-N4 (配列番号92と同一) : D-NT2RI2014164.1の欠失領域中のORF核酸領域
122_[1]_1-A2 (配列番号94) : D-NT2RI2014164.1の欠失領域に関わるORFアミノ酸配列領域
122_[1]_C-N1 (配列番号95) : D-NT2RI2014164.1の1,250〜1,251塩基の領域に挿入されるNM_000898.3の1,274〜1,371に存在する98塩基のエクソン核酸配列
122_[1]_C-A1 (配列番号96) : D-NT2RI2014164.1の1,250〜1,251塩基の領域に挿入されるNM_000898.3の1,274〜1,371に存在する98塩基のエクソン核酸配列に関わるアミノ酸配列33残基
122_[1]_C-A2(配列番号266):NM_000898.3に存在するD-NT2RI2014164.1の16残基の欠失アミノ酸配列領域
122_[2]_1-N0 (配列番号97) : D-BRAMY2029564.1の核酸配列全領域
122_[2]_1-NA0 (配列番号98) : D-BRAMY2029564.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
122_[2]_1-A0 (配列番号99) : D-BRAMY2029564.1のアミノ酸配列全領域
D-BRAMY2029564.1の90〜140塩基 (配列番号100) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_000898.3 では存在しないエクソンでありNM_000898.3と相同性がない。この変化に伴い、D-BRAMY2029564.1の翻訳開始点はNM_000898.3に比べ3’側にシフトし、D-BRAMY2029564.1の143塩基目が翻訳開始点となる。その為、NM_000898.3よりアミノ酸配列が16残基短くなっていた (配列番号266と同一)。
122_[2]_1-N1 (配列番号100) : D-BRAMY2029564.1の43塩基の挿入核酸配列領域
122_[2]_1-N2 (配列番号101) : D-BRAMY2029564.1の143基目を翻訳開始点とするORFの5’UTR領域142塩基
122_[2]_C-A1(配列番号266と同一): NM_000898.3に存在するD-BRAMY2029564.1の16残基の欠失アミノ酸配列領域
上記で示されたような特徴的な領域を明確に区別して、それぞれの発現量を調べるために、以下のような領域を検出領域とした。その検出領域の発現量を比較することにより、個々の発現量を比較することが可能であると思われた。
122_01 - [1]のcDNAパターンのN末側に存在する特異的な領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターンの転写開始領域であり、既存の公共DBに登録されていない新規性のある領域
→Primer122_01F (配列番号102) とPrimer122_01R (配列番号103) によって増幅される断片122_01 (配列番号104)
122_02 - [2]のcDNAパターンのエクソンが挿入している領域の配列情報を利用して特異的に抽出した領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[2]のcDNAパターンにおいて、ORFを変化させているエクソンの挿入領域
→Primer122_02F (配列番号105) とPrimer122_02R (配列番号106) によって増幅される断片122_02 (配列番号107)
122_03 -既存の公共DBに登録されている[3]の転写開始点領域、[1]、[2]を比較検討するためのコントロール
→Primer122_03F (配列番号108) とPrimer122_03R (配列番号109) によって増幅される断片122_03 (配列番号110)
122_04 - [1]〜[3]全てが共有する共通領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]、[2]のcDNAパターン、さらには既存の公共DBに登録されている[3]のcDNAパターンの全体としての発現量を比較するためにコントロールとなる全てのパターンが共通している領域
→Primer122_04F (配列番号111) とPrimer122_04R (配列番号112) によって増幅される断片122_04 (配列番号113)
上記に示された[1]〜[3] のcDNAパターンのそれぞれに特異的なエクソン領域は、オリゴキャップ法を用いて取得した約144万配列の5’末端配列をヒトゲノム配列にマップし比較解析することにより下記のような頻度で発現している結果を得た。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[1]のパターンでは5’末端配列が4配列存在し、その由来はNT2細胞をレチノイン酸(RA)処理と生育阻害剤処理により神経分化後、神経を濃縮回収 (NT2NE) が2配列 (解析母数 16,337)、NT2細胞をレチノイン酸(RA)処理誘導5週間後、生育阻害剤処理2週間 (NT2RI) が2配列 (解析母数 32,662) であった。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[2]のパターンでは5’末端配列が2配列存在し、その由来は扁桃 (Brain, amygdala) が2配列 (解析母数 58,640) であった。
既存の公共DBに登録されているcDNA の[3]のパターンでは5’末端配列が59配列存在し、その由来は子宮(Uterus)が11配列(解析母数 49,561)、脳組織由来が19配列の他、様々な組織で存在していた。
この結果より、[1]の転写開始点は、分化したNT2細胞での発現が多いことが判った。また、[2]のエクソンが挿入するパターンは、脳での発現が多いことが判った。[3]の転写開始点は、様々な組織で発現が見られた。これにより、脳や分化後の神経細胞といった特定の組織において、この染色体領域では、転写の機構やスプライスのパターンの変化することでアミノ酸が変化し、異なるタンパク質を発現させるようなmRNAのパターン変化の選択機構が働く可能性が考えられた。
組織間でおこる転写開始点やエクソンの選択性によるタンパク質発現の多様性の変化を検出するために、発現量の詳細をリアルタイムPCRにて解析した。結果を表10及び表11に示す。
122_01 (配列番号104) 、122_02 (配列番号107) 及び122_03 (配列番号110) で比較される転写開始点の選択性とエクソンの選択性によってORFが変化する比率は、以下のように脳、NT2細胞の分化段階で大きく変化する。
全ての脳部位で、122_03 (配列番号110) に比べ122_02 (配列番号107) で表されるエクソンの挿入が起こるパターンでの発現が多かった(表10・表11)。
122_01 (配列番号104) で表される下流の転写開始点については、NT2細胞の分化段階で発現量が大きく変化することがわかった。NT2細胞の分化について詳細に比較すると、未分化のNT2細胞 NT2RA (-) の段階では、挿入がおこるパターンの発現量は、おこらないパターンと同じであるが、特にレチノイン酸を添加して分化誘導をした初期のステージであるNT2RA (+) 24hr、NT2RA (+) 48hr、NT2RA(+)1weekといった分化の初期段階では、下流の転写開始点を選択する率が大きく増え、分化の後期では、その差が少なくなっていることがわかった(表10・表11)。
これらの結果より、122_01 (配列番号104) という検出領域で示される新たに取得したcDNAの5’-末端領域 (転写開始点付近の領域)122_[1]-N1 (配列番号90) の発現や、122_02 (配列番号107) という検出領域で示される新たに取得したcDNA領域122_[2]-N1 (配列番号100) の発現を比較することにより、神経細胞の分化又は再生の段階でも特に神経細胞への分化の初期段階を検出する分化マーカーとして用いることが可能になることが立証された。また、特異性を示す領域を標的とした化合物、抗体、siRNA等による新薬開発も可能と思われる。
また以下の領域についても神経細胞の分化又は再生の段階でも特に神経細胞への分化の初期段階を検出する分化マーカーとして有用であると思われる。
[1]のcDNAパターンのD-NT2RI2014164.1においてPrimer122_01R (配列番号103) がプライミングする138〜162塩基目を含む上流配列031_[1]_1-N3 (配列番号114)。
[2]のcDNAパターンのD-BRAMY2029564.1においてPrimer122_02R (配列番号106) がプライミングする177〜198塩基目を含む上流配列031_[1]_1-N3 (配列番号115)。
[1]のcDNAパターンにおいてPrimer122_01F (配列番号102) とPrimer122_01R (配列番号103) によって増幅される領域122_01 (配列番号104)。
[2]のcDNAパターンにおいてPrimer122_02F (配列番号105) とPrimer122_02R (配列番号106) によって増幅される領域122_02 (配列番号107)。
(1)クラスターの解析
1)クラスターの特徴
クラスターchr8-916 (Human genome UCSC hg18 (NCBI Build34) 染色体8番、81,100,000 bp〜81,325,000 bp) にゲノムマッピングされた10配列の全長cDNA [D-BRHIP2003515.1 , D-COLON2003937.1, Z-BRCOC2013886-01, BC018117.1, BX640835.1, C-SMINT1000078, ENST00000263850, NM_005079.1, U18914.1, XM_374275.1] について解析を行った。それらは、発現パターンの違いにより4種類に分類されるが、主なものとして下記の2種類が存在した。
[1] D-BRHIP2003515.1
[2] BC018117.1, NM_005079.1, U18914.1
[1]は、我々が新たに取得し全長cDNA配列解析を行ったcDNAであり、既存の公共DBに登録されていた[2]とORFが異なっていた。
[1]は、既知の[2]と比較すると、ORF領域内に、他のパターンと異なるエクソンが挿入されているためアミノ酸配列が変化し、ORF領域が異なっていた。
[1]〜[2]の2種類のcDNAパターンが持つORF領域は、同じ染色体領域より、異なるスプライスパターンをもつことにより、アミノ酸配列が変化し、多様性をもつタンパクやmRNAが生みだされていることが判った。
124_[1]_1-N0 (配列番号116) : D-BRHIP2003515.1の核酸配列全領域
124_[1]_1-NA0 (配列番号117) : D-BRHIP2003515.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
124_[1]_1-A0 (配列番号118) : D-BRHIP2003515.1のアミノ酸配列全領域
D-BRHIP2003515.1の471〜539塩基 (配列番号119) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_005079.1では存在しないエクソンが挿入するバリアントである。D-BRHIP2003515.1の翻訳開始点と翻訳終止点はNM_005079.1と同じだが、D-BRHIP2003515.1に69塩基のエクソンの挿入する事によりNM_005079.1よりアミノ酸長が23残基 (配列番号120) 長くなっていた。
124_[1]_1-N 1 (配列番号119) : D-BRHIP2003515.1の69塩基の挿入核酸配列領域
124_[1]_1-A 1 (配列番号120) : D-BRHIP2003515.1の23残基の挿入アミノ酸配列領域
124_[1]_1-N 2 (配列番号119と同一) : D-BRHIP2003515.1の69塩基の挿入領域中のORF核酸配列領域
124_[1]_1-A 2 (配列番号120と同一) : D-BRHIP2003515.1の69塩基の挿入領域に関わるORFアミノ酸領域
上記で示されたような特徴的な領域を明確に区別して、それぞれの発現量を調べるために、以下のような領域を検出領域とした。その検出領域の発現量を比較することにより、個々の発現量を比較することが可能であると思われた。
124_04 - [1]のcDNAパターンのエクソンが挿入している領域を境界にある配列情報を利用して特異的に抽出した領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターンにおいて、ORFを変化させているエクソンの挿入領域
→Primer124_04F (配列番号121) とPrimer124_04R (配列番号122) によって増幅される断片124_04 (配列番号123)
124_05 - 既存の公共DBに登録されている[2]のcDNAパターンの[1]の挿入領域と比較した場合に欠失領域に相当する特異的な領域であり、[1]を比較検討するためのコントロール
→Primer124_05F (配列番号124) とPrimer124_05R (配列番号125) によって増幅される断片124_05 (配列番号126)
124_06 - [1]〜[2]全てが共有する共通領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターン、さらには既存の公共DBに登録されている[2]のcDNAパターンの全体としての発現量を比較するためにコントロールとなる全てのパターンが共通している領域
→Primer124_06F (配列番号127) とPrimer124_06R (配列番号128) によって増幅される断片124_06 (配列番号129)
上記に示された[1]〜[2] のcDNAパターンのそれぞれに特異的なエクソン領域は、オリゴキャップ法を用いて取得した約144万配列の5’末端配列をヒトゲノム配列にマップし比較解析することにより下記のような頻度で発現している結果を得た。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[1]のパターンでは5’末端配列が21配列存在し、その由来は扁桃 (Brain, amygdala)、小脳 (Brain, cerebellum)、海馬 (Brain, hippocampus) などの脳組織由来が18配列、腎臓癌 (Kidney, Tumor) 由来が3配列であった。
既存の公共DBに登録されているcDNA の[2]のパターンでは5’末端配列が51配列存在し、その由来は黒質 (Brain, substantia nigra)、海馬 (Brain, hippocampus) 、扁桃 (Brain, amygdala) 、脳梁 (Brain, corpus callosum) などの脳組織由来が17配列、舌癌 (Tongue, Tumor) 、腎臓癌 (Kidney, Tumor) などの腫瘍組織由来が9配列、その他肺 (Lung)、小腸(Small Intestine)、気管 (Trachea) など正常組織由来が25配列であった。
この結果より、[1]のエクソンが挿入するパターンは、脳での発現が多いことが判った。また、[2]のエクソンが欠失するパターンは、脳だけでなく様々な組織で発現していることがわかった。つまり、この染色体領域において、[1]のパターンのように、エクソンが挿入されることでアミノ酸が変化し、異なるタンパク質を発現させるような機構が働くのは、特定の組織でおこる可能性が考えられた。
組織間でおこるエクソンの選択性によるタンパク質発現の多様性の変化を検出するために、発現量の詳細をリアルタイムPCRにて解析した。結果を表12及び表13に示す。
124_04 (配列番号123) と124_05 (配列番号126) で比較されるエクソンの挿入・欠失の選択性によってORFが変化する比率は、以下の組織、NT2細胞の分化段階で大きく変化した。
脳の全ての部位において、124_04 (配列番号123) で表されるエクソンの挿入されるパターンの発現が多かった(表12・表13)。
また、NT2細胞では、分化の段階によりエクソンの選択性が大きく変化することがわかった。NT2細胞の分化について詳細に比較すると、未分化のNT2細胞 NT2RA (-) とNT2細胞にレチノイン酸を添加して分化誘導をした初期のステージであるNT2RA (+) 1weekまでは、124_04 (配列番号123) と124_05 (配列番号126)の2つのパターンにほとんど差がなかったが、NT2RA (+) 5weeks以降からNT2 Neuronでは、124_04 (配列番号123) で表されるエクソンの挿入されるパターンの発現がかなり多かった(表12・表13)。
これらの結果より、124_04 (配列番号123) という検出領域で示される新たに取得したcDNAの選択的なエクソン領域124_[1]_1-N1 (配列番号119) の発現を比較することにより脳に特異的なマーカーとして、神経細胞の分化又は再生の段階でも特に神経分化後又は神経再生後の細胞を検出する分化マーカーとして用いることが可能になることが立証された。また、特異性を示す領域を標的とした化合物、抗体、siRNA等による新薬開発も可能と思われる。
また以下の領域についても脳に特異的なマーカーとして、神経細胞の分化又は再生の段階でも特に神経分化後又は神経再生後の細胞を検出する分化マーカーとして有用であると思われる。
[1]のcDNAパターンのD-BRHIP2003515.1においてPrimer124_04R (配列番号122) がプライミングする472〜491塩基目を含む上流配列124_[1]_1-N3 (配列番号130)。
[1]のcDNAパターンにおいてPrimer124_04F (配列番号121) とPrimer124_04R (配列番号122) によって増幅される領域124_04 (配列番号123)
(1)クラスターの解析
1)クラスターの特徴
クラスターchr3+2014 (Human genome UCSC hg18 (NCBI Build34) 染色体3番、143,070,000 bp〜 143,130,000 bp) にゲノムマッピングされた7本の全長cDNA [D-BRACE2044661.1, BC011835.2, C-BRAMY2022929, C-PRS09188, ENST00000286371, NM_001679.2, U51478.1] について解析を行った。それらは、発現パターンの違いにより4種類に分類されるが、主なものとして下記の2種類が存在した。
[1] D-BRACE2044661.1
[2] BC011835.2, ENST00000286371, NM_001679.2, U51478.1
[1]は、我々が新たに取得し全長cDNA配列解析を行ったcDNAであり、既存の公共DBに登録されていた[2]とORFが異なっていた。
[1]は、既知の[2]と比較すると、ORF領域内に、他のパターンと異なるエクソンが挿入されているため、翻訳開始点が変化し、ORFが異なっていた。
[1]〜[2]の2種類のcDNAパターンがもつORF領域は、同じ染色体領域より、異なるスプライスパターンをもつことにより、アミノ酸配列が変化し、多様性をもつタンパクやmRNAが生みだされていることが判った。
112_[1]_1-N0 (配列番号131) : D-BRACE2044661.1の核酸配列全領域
112_[1]_1-NA0 (配列番号132) : D-BRACE2044661.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
112_[1]_1-A0 (配列番号133) : D-BRACE2044661.1のアミノ酸配列全領域
D-BRACE2044661.1の272〜363塩基 (配列番号134) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_001679.2では存在しないエクソンでありNM_001679.2と相同性がない。このエクソン上に翻訳開始点が存在する為、N末端側のアミノ酸が23残基 (配列番号135) 変化していた。
112_[1]_1-N1 (配列番号134) : D-BRACE2044661.1の92塩基の挿入核酸配列領域
112_[1]_1-A1 (配列番号135) : D-BRACE2044661.1の23残基の挿入アミノ酸配列領域
112_[1]_1-N2 (配列番号136) : D-BRACE2044661.1の92塩基の挿入領域中のORF核酸配列領域
112_[1]_1-A2 (配列番号135と同一) : D-BRACE2044661.1の92塩基の挿入領域中のORFアミノ酸配列領域
また、D-BRACE2044661.1の837〜856塩基 (配列番号137) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_001679.2では存在しないエクソンでありNM_001679.2と相同性がない。この挿入配列により翻訳フレームが変化するため、C末端側のアミノ酸が13残基 (配列番号138) 変化していた。
112_[1]_1-N3 (配列番号137) : D-BRACE2044661.1の20塩基の挿入核酸配列領域
112_[1]_1-A3 (配列番号138) : D-BRACE2044661.1の13残基の挿入アミノ酸配列領域
112_[1]_1-N4 (配列番号137と同一) : D-BRACE2044661.1の20塩基の挿入領域中のORF核酸配列領域
112_[1]_1-A4 (配列番号139) : D-BRACE2044661.1の20塩基の挿入領域中のORFアミノ酸配列領域
上記で示されたような特徴的な領域を明確に区別して、それぞれの発現量を調べるために、以下のような領域を検出領域とした。その検出領域の発現量を比較することにより、個々の発現量を比較することが可能であると思われた。
112_01 - [1]のcDNAパターンのエクソンが挿入している領域を境界にある配列情報を利用して特異的に抽出した領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターンにおいて、ORFを変化させているエクソンの挿入領域
→Primer112_01F (配列番号140) とPrimer112_01R (配列番号141) によって増幅される断片112_01 (配列番号142)
112_02 - 既存の公共DBに登録されている[2]のcDNAパターンの[1]の挿入領域と比較した場合に欠失領域に相当する特異的な領域であり、[1]を比較検討するためのコントロール
→Primer112_02F (配列番号143) とPrimer112_02R (配列番号144) によって増幅される断片112_02 (配列番号145)
112_03 - [1]〜[2]全てが共有する共通領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターン、さらには既存の公共DBに登録されている[2]のcDNAパターンの全体としての発現量を比較するためにコントロールとなる全てのパターンが共通している領域
→Primer112_03F (配列番号146) とPrimer112_03R (配列番号147) によって増幅される断片112_03 (配列番号148)
上記に示された[1]〜[2]の2種類のcDNAパターンのそれぞれの特異的な領域は、オリゴキャップ法を用いて取得した約144万配列の5’末端配列をヒトゲノム配列にマップし比較解析することにより下記のような頻度で発現している結果を得た。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[1]のパターンでは5’末端配列が6配列存在し、その由来は小脳 (Brain, cerebellum) が3配列 (解析母数 82,880)、アルツハイマー患者大脳皮質 (Brain, cortex, Alzheimer) が1配列 (解析母数 16,360)、扁桃(Brain, amygdala) が1配列 (解析母数 58,640)、10週令胎児より頭部を多く含む組織(whole embryo, mainly head)が1配列 (解析母数 7,033) であった。
既存の公共DBに登録されているcDNA の[2]のパターンでは5’末端配列が24配列存在し、その由来は胎盤 (Placenta) が4本 (解析母数 46,090)、NT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導 (NT2RP) が3本 (解析母数39,242)、舌癌 (Tongue, Tumor) が2本 (解析母数31,371)、IMR32細胞 (Neuroblastoma) が2本(解析母数 16964)、NT2細胞をレチノイン酸処理と生育阻害剤処理により神経分化後、神経を濃縮回収 (NT2NE) が2本 (解析母数 16,337) など様々な組織で発現していた。
この結果より、[1]のエクソンが挿入するパターンは、脳での発現が多いことがわかった。また、[2]のエクソンが欠失するパターンは、脳だけでなく様々な組織で発現していることがわかった。つまり、この染色体領域において、[1]のパターンのように、エクソンが挿入されることで、N末側のアミノ酸が変化し、異なるタンパクを発現させるようなmRNAのパターン変化の選択機構が働くのは、特定の組織でおこる可能性が考えられた。
組織間でおこるエクソンの選択性によるタンパク発現の多様性の変化を検出するために、発現量の詳細をリアルタイムPCRにて解析した。結果を表14に示す。
112_01 (配列番号142) と112_02 (配列番号145) で比較されるエクソンの挿入・欠失の選択性によってORFが変化する比率は、以下の脳部位、NT2細胞の分化段階で大きく変化する。
脳の中でも特に小脳 (Brain, cerebellum) 、海馬 (Brain, hippocampus)と扁桃 (Brain, amygdala)、尾状核 (Brain,caudate nucleus)、黒質 (Brain, substantia nigra)、視床 ( Brain, thalamus) において、112_01 (配列番号142) で表されるエクソンの挿入されるパターンの発現が多くみられた(表14)。
また、NT2細胞では、分化の段階によりエクソンの選択性が大きく変化することがわかった。NT2細胞の分化について詳細に比較すると、未分化のNT2細胞 NT2RA (-) とレチノイン酸を添加し分化誘導をした初期のステージであるNT2RA (+) 48hr, NT2RA (+) 1week では、112_02 (配列番号145) で表される既存の公共DBに登録されているエクソンの欠失したパターンの発現の方が多いが、神経細胞に分化後のものが多く含まれると予測されるNT2RA (+) 5weeksでその発現量が逆転し、NT2RA (+) 5weeks, Inh (+) 及び NT2 Neuron でも112_01 (配列番号142) で表されるエクソンの挿入されるパターンの発現が多くみられた(表14)。
これらの結果より、112_01 (配列番号142) という検出領域で示される新たに取得したcDNAの選択的なエクソン領域112_[1]-N1 (配列番号134) の発現を比較することにより脳の中でも特に小脳 (Brain, cerebellum)、海馬 (Brain, hippocampus)と扁桃 (Brain, amygdala)、尾状核 (Brain, caudate nucleus)、黒質 (Brain, substantia nigra)、視床 (Brain, thalamus) などの部位に特異的なマーカーとして、神経細胞の分化又は再生の段階でも特に神経に分化又は再生した細胞を検出する分化マーカーとして用いることが可能になることが立証された。また、特異性を示す領域を標的とした化合物、抗体、siRNA等による新薬開発も可能と思われる。
また以下の領域についても分化マーカーとして有用であると思われる。
[1]のcDNAパターンのD-BRACE2044661.1においてPrimer112_01R (配列番号141) がプライミングする363〜390塩基目を含む上流配列112_[1]_1-N5 (配列番号149)。
[1]のcDNAパターンにおいてPrimer112_01F (配列番号140) とPrimer112_01R (配列番号141) によって増幅される領域112_01 (配列番号142) 。
(1)クラスターの解析
1)クラスターの特徴
クラスターchr12+1658 (Human genome UCSC hg18 (NCBI Build34) 染色体12番、108,470,000 bp〜 108,500,000 bp) にゲノムマッピングされた7配列の全長cDNA [D-BRCAN2027778.1, D-3NB692002462.1, BC016140.1, C-NT2RP3000875, ENST00000228510, M88468.1, NM_000431.1] について解析を行った。それらは、発現パターンの違いにより以下のように主に3種類に分類できた。
[1] D-3NB692002462.1
[2] D-BRCAN2027778.1
[3] BC016140.1, ENST00000228510, M88468.1, NM_000431.1
[1]、[2]は、我々が新たに取得し全長cDNA配列解析を行ったcDNAであり、既存の公共DBに登録されていた[3]とORFが異なっていた。
[1]は、既知の[3]と比較すると、ORF領域内に、[3]の第3、第4エクソンに相当する部分が欠失しているため、ORF領域が異なっていた。
[2]は、既知の[3]と比較すると、ORF領域内に、[3]の第4エクソンに相当する部分が欠失しているため、ORF領域が異なっていた。
[1]〜[3]の3種類のcDNAパターンがもつORF領域は、同じ染色体領域より、エクソンが欠失といった異なるスプライスパターンをもつことにより、アミノ酸配列が変化し、多様性をもつタンパクやmRNAが生みだされていることが判った。
095_[1]_1-N0 (配列番号150) : D-3NB692002462.1の核酸配列全領域
095_[1]_1-NA0 (配列番号151) : D-3NB692002462.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
095_[1]_1-A0 (配列番号152) : D-3NB692002462.1のアミノ酸配列全領域
既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_000431.1の303〜603塩基に存在する301塩基のエクソン (配列番号155) がD-3NB692002462.1の287〜288塩基の領域には存在せず欠失している (配列番号153)。NM_000431.1の翻訳開始点はD-3NB692002462.1と共有する第1エクソン上に存在するが、D-3NB692002462.1では301塩基の欠失によりフレームが変化するため翻訳開始点がNM_000431.1に比べ3’側にシフトし、D-3NB692002462.1の343塩基目が翻訳開始点となる。その為、NM_000431.1よりN末端のアミノ酸配列が194残基短くなっていた。
095_[1]_1-N1 (配列番号153) : D-3NB692002462.1の欠失核酸配列領域
095_[1]_1-N2 (配列番号154) : D-3NB692002462.1の343基目を翻訳開始点とするORFの5’UTR領域342塩基
095_[1]_C-N1 (配列番号155) : D-3NB692002462.1の287〜288塩基の領域に挿入されるNM_000431.1の303〜603塩基の領域に存在する301塩基のエクソン核酸配列
095_[1]_C-A1 (配列番号156) : D-3NB692002462.1の1,250〜1,251塩基の領域に挿入されるNM_000431.1の303〜603塩基の領域に存在する301塩基のエクソン核酸配列に関わるアミノ酸配列101残基
この変化に伴いNM_000431.1の128〜346アミノ酸目に存在しているPfamモチーフ ”GHMP kinase putative ATP-binding protein” がD-3NB692002462.1では消失していた。
095_[2]_1-N0 (配列番号157) : D-BRCAN2027778.1の核酸配列全領域
095_[2]_1-NA0 (配列番号158) : D-BRCAN2027778.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
095_[2]_1-A0 (配列番号159) : D-BRCAN2027778.1のアミノ酸配列全領域
既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_000431.1の448〜603塩基に存在する156塩基のエクソン (配列番号162) がD-BRCAN2027778.1の422〜423塩基の領域には存在せず欠失している (配列番号160)。
095_[2]_1-N1 (配列番号160) : D-BRCAN2027778.1の欠失核酸配列領域
095_[2]_1-A1 (配列番号161) : D-BRCAN2027778.1の変化しているアミノ酸配列領域
095_[2]_1-N2 (配列番号160と同一) : D-BRCAN2027778.1の欠失領域中のORF核酸配列領域
095_[2]_1-A2 (配列番号161と同一) : D-BRCAN2027778.1の欠失領域に関わるORFアミノ酸領域
095_[2]_C-N1 (配列番号162) : D-BRCAN2027778.1の422〜423塩基の領域に挿入されるNM_000431.1の448〜603塩基の領域に存在する156塩基のエクソン核酸配列
095_[2]_C-A1 (配列番号163) : D-BRCAN2027778.1の423〜424塩基の領域に挿入されるNM_000431.1の448〜603塩基の領域に存在する156塩基のエクソン核酸配列に関わるアミノ酸配列101残基
上記で示されたような特徴的な領域を明確に区別して、それぞれの発現量を調べるために、以下のような領域を検出領域とした。その検出領域の発現量を比較することにより、個々の発現量を比較することが可能であると思われた。
095_01 - [1]のcDNAパターンのエクソンが欠失している領域の境界にある配列情報を利用して特異的に抽出した領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターンにおいて、ORFを変化させているエクソンの欠失領域
→Primer095_01F (配列番号164) とPrimer095_01R (配列番号165) によって増幅される断片095_01 (配列番号166)
使用したTaqManプローブ095_01TP:(配列番号167)
095_02 - [2]のcDNAパターンのエクソンが欠失している領域の境界にある配列情報を利用して特異的に抽出した領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[2]のcDNAパターンにおいて、ORFを変化させているエクソンの欠失領域
→Primer095_02F (配列番号168) とPrimer095_02R (配列番号169) によって増幅される断片095_02 (配列番号170)
使用したTaqManプローブ095_02TP:(配列番号171)
095_03 -既存の公共DBに登録されている[3]のcDNAパターンの[1]、[2]の欠失領域と比較した場合にどちらとも区別できるような特異的な領域であり、[1]、[2]を比較検討するためのコントロール
→Primer095_03F (配列番号172) とPrimer095_03R (配列番号173) によって増幅される断片095_03 (配列番号174)
使用したTaqManプローブ095_03TP:(配列番号175)
095_04 -[1]〜[3]全てが共有する共通領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]、[2]のcDNAパターン、さらには既存の公共DBに登録されている[3]のcDNAパターンの全体としての発現量を比較するためにコントロールとなる全てのパターンが共通している領域
→Primer095_04F (配列番号176) とPrimer095_04R (配列番号177) によって増幅される断片095_04 (配列番号178)
使用したTaqManプローブ095_04TP:(配列番号179)
上記に示された[1]〜[3] のcDNAパターンのそれぞれに特異的なエクソン領域は、オリゴキャップ法を用いて取得した約144万配列の5’末端配列をヒトゲノム配列にマップし比較解析することにより下記のような頻度で発現している結果を得た。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[1]のパターンでは5’末端配列が3配列存在し、その由来はNB69細胞が1配列 (解析母数 8,153)、NT2細胞をレチノイン酸(RA) 処理誘導 (NT2RP) が1配列 (解析母数 39,242)、SK-N-MC細胞 (Neuroepithelioma) が1配列 (解析母数 7,700) であった。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[2]のパターンでは5’末端配列が3配列存在し、その由来はアルツハイマー患者大脳皮質組織[BRALZ:アルツハイマー患者大脳皮質 (Brain, cortex, Alzheimer)]のmRNAから作製したcDNAライブラリーから、全脳組織 [BRAWH:全脳 (Brain, whole)]のmRNAと重複するcDNAをサブトラクトしたライブラリー (BRALZ−BRAWH) が1配列 (解析母数 157)、尾状核(Brain, caudate nucleus) が1配列 (解析母数25,786)、NT2細胞をレチノイン酸処理と生育阻害剤処理により神経分化後、神経を濃縮回収 (NT2NE) が1配列 (解析母数 16,337) であった。
既存の公共DBに登録されているcDNA の[3]のパターンでは5’末端配列が34配列存在し、その由来は小脳 (Brain, cerebellum) が4配列 (解析母数 82,880)、精巣 (Testis) が4配列 (解析母数 90,188)、NT2細胞をRA処理と生育阻害剤処理により神経分化後、神経を濃縮回収(NT2NE)が3配列 (解析母数 16,337)、全脳 (Brain, whole) が2配列 (解析母数 59,069)、視床下核 (Brain, subthalamic nucleus) が2配列 (解析母数 16,308)、腎臓(Kidney) が2配列 (解析母数 17,008)、胸腺 (Thymus) が2配列 (解析母数 70,578)など様々な組織で発現していた。
この結果より、[1]のエクソンが欠失するパターンは、分化したNT2細胞などで発現している事がわかった。また、[2]のエクソンが欠失するパターンは、脳での発現が多いことがわかった。[3]の既知の配列は、[1]、[2]のパターンに比べ様々な臓器での発現が見られた。つまり、この染色体領域において、[1]、[2]のパターンように、エクソンの選択性で、アミノ酸配列が変化し、異なるタンパク質を発現させるようなmRNAのパターン変化の選択機構が特定の組織で起こる可能性が考えられた。
組織間でおこるエクソンの選択性によるタンパク質発現の多様性の変化を検出するために、発現量の詳細をリアルタイムPCRにて解析した。結果を表15に示す。
095_01 (配列番号166) と095_02 (配列番号170) で比較されるエクソンの欠失の選択性によってORFが変化する比率は、以下の脳、NT2細胞の分化段階で大きく変化していた。
095_01 (配列番号166) で表されるエクソンの欠失するパターンの発現は、未分化のNT2細胞 NT2RA (-) とレチノイン酸を添加して分化誘導をした初期のステージであるNT2RA (+) 1weekまでは発現が多い。分化誘導後期のNT2RA (+) 5weeksからNT2RA(+) 5weeks, Inh (+) まで発現が低くなるが、NT2 Neuronになると再び多く発現していた(表15)。
095_02 (配列番号170) で表されるエクソンの欠失するパターンの発現は、未分化のNT2細胞 NT2RA (-) とレチノイン酸を添加して分化誘導をした初期のステージであるNT2RA (+) 24hrまでは発現が多い。分化誘導後期のNT2RA (+) 5weeksからNT2RA (+) 5weeks, Inh (+)、NT2 Neuronになると発現量は低くなっていた(表15)。
これらの結果より、095_01 (配列番号166)、095_02 (配列番号170) という検出領域で示される新たに取得したcDNAの選択的なエクソン領域095_[1]_1-N1(配列番号153)、095_[2]_1-N1 (配列番号160) の発現を比較することにより神経細胞の分化又は再生の段階でも特に神経細胞への分化の初期段階を検出する分化マーカーとして用いることが可能になることが立証された。
さらに、095_01 (配列No.095-17)という検出領域で示される新たに取得したcDNAの選択的なエクソン領域095_[1]_1-N1 (配列番号153) は脳に特異的なマーカーとして、神経細胞の分化又は再生の段階でも特に神経分化後又は神経再生後の細胞を検出する分化マーカーの一つとして用いることが可能になることが立証された。また、特異性を示す領域を標的とした化合物、抗体、siRNA等による新薬開発も可能と思われる。
また以下の領域についても神経細胞の分化又は再生を検出する分化マーカーとして有用であると思われる。
[1]のcDNAパターンのD-3NB692002462.1においてPrimer095_01R (配列番号165) がプライミングする304〜326塩基目を含む上流配列095_[1]_1-N3 (配列番号180)。
[2]のcDNAパターンのD-BRCAN2027778.1においてPrimer095_02R (配列番号169) がプライミングする444〜466塩基目を含む上流配列095_[2]_1-N3 (配列番号181)。
[1]のcDNAパターンにおいてPrimer095_01F (配列番号164) とPrimer095_01R (配列番号165) によって増幅される領域095_01 (配列番号166)
[2]のcDNAパターンにおいてPrimer095_02F (配列番号168) とPrimer095_02R (配列番号169) によって増幅される領域095_02 (配列番号170)
(1)クラスターの解析
1)クラスターの特徴
クラスターchr12-1875 (Human genome UCSC hg18 (NCBI Build34) 染色体12番、7,840,000 bp〜 7,960,000 bp) にゲノムマッピングされた10配列の全長cDNA [D-NT2RI3001005.1, D-NT2RI3005261.1, AF481879.1, AL110298.1, AL832448.1, BC060766.1, C-TESTI1000257, C-TESTI4028880, ENST00000340749, NM_153449.2] について解析を行った。それらは、発現パターンの違いにより4種類に分類されるが、主なものとして下記の2種類が存在した。
[1] D-NT2RI3001005.1, D-NT2RI3005261.1
[2] AF481879.1, C-TESTI4028880 (AK126026.1), NM_153449.2
[1]は我々が新たに取得し全長cDNA配列解析を行ったcDNAであり、既知の[2]よりも上流にある染色体領域より発現し、[2]と相同性のない新しいエクソン上に翻訳開始点をもつため、ORF領域が異なっていた。
[1]、[2]の2種類のcDNAパターンがもつORF領域は、同じ染色体領域より、異なる転写開始点から発現を行うことにより、アミノ酸配列が変化し、多様性をもつタンパクやmRNAが生みだされていることが判った。
017_[1]_1-N0 (配列番号182) : D-NT2RI3001005.1の核酸配列全領域
017_[1]_1-NA0 (配列番号183) : D-NT2RI3001005.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
017_[1]_1-A0 (配列番号184) : D-NT2RI3001005.1のアミノ酸配列全領域
D-NT2RI3001005.1の1〜153塩基 (配列番号185) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_153449.2では存在しないエクソンでありNM_153449.2と相同性がない。このエクソン上に翻訳開始点が存在する為、N末端側のアミノ酸が44残基 (配列番号186) 変化していた。
017_[1]_1-N1 (配列番号185) : D-NT2RI3001005.1の153塩基の挿入核酸配列領域
017_[1]_1-A1 (配列番号186) : D-NT2RI3001005.1の44残基の挿入アミノ酸配列領域
017_[1]_1-N2 (配列番号187) : D-NT2RI3001005.1の153塩基の挿入領域中のORF核酸配列領域
017_[1]_1-A2 (配列番号186と同一) : D-NT2RI3001005.1の153塩基の挿入領域中のORFアミノ酸配列領域
017_[1]_2-N0 (配列番号188) : D-NT2RI3005261.1の核酸配列全領域
017_[1]_2-NA0 (配列番号189) : D-NT2RI3005261.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
017_[1]_2-A0 (配列番号190) : D-NT2RI3005261.1のアミノ酸配列全領域
D-NT2RI3005261.1の1〜153塩基 (配列番号191) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_153449.2では存在しないエクソンでありNM_153449.2と相同性がない。このエクソン上に翻訳開始点が存在する為、N末端側のアミノ酸が44残基 (配列番号192) 変化していた。
017_[1]_2-N1 (配列番号191) : D-NT2RI3005261.1の153塩基の挿入核酸配列領域
017_[1]_2-A1 (配列番号192) : D-NT2RI3005261.1の44残基の挿入アミノ酸配列領域
017_[1]_2-N2 (配列番号193) : D-NT2RI3005261.1の153塩基の挿入領域中のORF核酸配列領域
017_[1]_2-A2 (配列番号192と同一) : D-NT2RI3005261.1の153塩基の挿入領域中のORFアミノ酸配列領域
017_[2]_1-N0 (配列番号194) : C-TESTI4028880の核酸配列全領域
017_[2]_1-NA0 (配列番号195) : C-TESTI4028880の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
017_[2]_1-A0 (配列番号196) : C-TESTI4028880のアミノ酸配列全領域
上記で示されたような特徴的な領域を明確に区別して、それぞれの発現量を調べるために、以下のような領域を検出領域とした。その検出領域の発現量を比較することにより、個々の発現量を比較することが可能であると思われた。
017_01 - [1]のcDNAパターンのN末側に存在する特異的な領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターンの転写開始領域であり、既存の公共DBに登録されていない新規性のある領域
→Primer017_01F (配列番号197) とPrimer017_01R (配列番号198) によって増幅される断片017_01 (配列番号199)
017_03 - [1]〜[2]全てが共有する共通領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターン、さらには既存の公共DBに登録されている[2]のcDNAパターンの全体としての発現量を比較するためにコントロールとなる全てのパターンが共通している領域
→Primer017_03F (配列番号200) とPrimer017_03R (配列番号201) によって増幅される断片017_03 (配列番号202)
上記に示された[1]〜[2]の2種類のcDNAパターンのそれぞれの特異的な領域は、オリゴキャップ法を用いて取得した約144万配列の5’末端配列をヒトゲノム配列にマップし比較解析することにより下記のような頻度で発現している結果を得た。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[1]のパターンでは5’末端配列が14配列存在し、その由来はNT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導5週間後、生育阻害剤処理2週間(NT2RI) が13配列 (解析母数 32,662)、NT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導 (NT2RP) が1配列 (解析母数 39,242) であった。
既存の公共DBに登録されているcDNA の[2]のパターンでは5’末端配列が86配列存在し、その由来は精巣 (Testis) が85配列 (解析母数 90,188)、NT2細胞をRA処理誘導5週間後、生育阻害剤処理2週間 (NT2RI) が1配列 (解析母数 32,662) であった。
この結果より、[1]の転写開始点は、分化後のNT2細胞で特異的に発現していることがわかった。また、[2]の転写開始点からは、精巣 (Testis) での発現が非常に多い。これにより、分化後のNT2細胞という神経細胞の分化が起こっているという状況の時だけ、この染色体領域において、転写の機構が異なり、用いられている転写開始点も異なる可能性が考えられた。
どのような状態のときに発現に使われる転写開始点が変化するのかを知るために、発現量の詳細をリアルタイムPCRにて解析した。結果を表16及び表17に示す。
017_01 (配列番号199) で表される転写開始点は、NT2細胞において選択的に使われる。つまりNT2細胞では未分化、分化にかかわらず全ての段階で上流の転写開始点からの転写の割合がかなり多くなっていた(表16・表17)。
これらの結果より、017_01 (配列番号199) という検出領域で示される新たに取得したcDNA領域の5’-末端領域(転写開始点付近の領域)017_[1]_1-N1 (配列番号185) 及び017_[1]_2-N1 (配列番号191) の発現を検出することにより、神経細胞のマーカーとして用いることが可能になることが立証された。また、特異性を示す領域を標的とした化合物、抗体、siRNA等による新薬開発も可能と思われる。
また以下の領域についても神経細胞のマーカーとしてとして有用であると思われる。
[1]のcDNAパターンのD-NT2RI3001005.1においてPrimer017_01R (配列番号198) がプライミングする143〜159塩基目を含む上流配列017_[1]_1-N3 (配列番号203)。
[1]のcDNAパターンのD-NT2RI3005261.1においてPrimer017_01R (配列番号198) がプライミングする143〜159塩基目を含む上流配列017_[1]_2-N3 (配列番号204)。
[1]のcDNAパターンにおいてPrimer017_01F (配列番号197) とPrimer017_01R (配列番号198) によって増幅される領域017_01 (配列番号199)。
(1)クラスターの解析
1)クラスターの特徴
クラスターchr3-1507 (Human genome UCSC hg18 (NCBI Build34) 染色体3番、73,500,000 bp〜 73,800,000 bp) にゲノムマッピングされた15配列の全長cDNA [D-OCBBF2010718.1, D-OCBBF3004194.1, D-NT2RP8000826.1, D-NT2RP7007268.1, D-BRAWH3008172.1, D-BRAWH3011965.1, AB029018.1, AL049958.1, AL157498.1, BC014432.1, C-HEMBA1005489, ENST00000263666, ENST00000308537, ENST00000319719, NM_015009.1] について解析を行った。それらは、発現パターンの違いにより8種類に分類されるが、主なものとして以下の5種類が存在した。
[1] D-OCBBF2010718.1, D-OCBBF3004194.1
[2] D-NT2RP8000826.1, D-NT2RP7007268.1
[3] D-BRAWH3008172.1
[4] D-BRAWH3011965.1
[5] AB029018.1, ENST00000263666, NM_015009.1
[1]、[2]、[3]、[4]は、我々が新たに取得し全長cDNA配列解析を行ったcDNAであり、既存の公共DBに登録されていた[5]とORFが異なっていた。
[1]、[2]、[3]、[4]は、既知の[5]よりも下流にある染色体領域より発現し、[5]とは異なる翻訳開始点をもつため、ORF領域が異なっていた。
[1]〜[5]の5種類のcDNAパターンがもつORF領域は、同じ染色体領域より、異なる転写開始点から発現を行うことにより、アミノ酸配列が変化し、多様性をもつタンパクやmRNAが生みだされていることが判った。
023_[1]_1-N0 (配列番号205) : D-OCBBF2010718.1の核酸配列全領域
023_[1]_1-NA0 (配列番号206) : D-OCBBF2010718.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
023_[1]_1-A0 (配列番号207) : D-OCBBF2010718.1のアミノ酸配列全領域
D-OCBBF2010718.1の1〜212塩基 (配列番号208) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_015009.1では存在しないエクソンでありNM_015009.1と相同性がない。このエクソン上に翻訳開始点が存在する為、N末端側のアミノ酸が23残基 (配列番号209) 変化していた。
023_[1]_1-N1 (配列番号208) : D-OCBBF2010718.1の212塩基の挿入核酸配列領域
023_[1]_1-A1 (配列番号209) : D-OCBBF2010718.1の23残基の挿入アミノ酸配列領域
023_[1]_1-N2 (配列番号210) : D-OCBBF2010718.1の212塩基の挿入領域中のORF核酸配列領域
023_[1]_1-A2 (配列番号209と同一) : D-OCBBF2010718.1の212塩基の挿入領域中のORFアミノ酸配列領域
023_[1]_2-N0 (配列番号211) : D-OCBBF3004194.1の核酸配列全領域
023_[1]_2-NA0 (配列番号212) : D-OCBBF3004194.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
023_[1]_2-A0 (配列番号213) : D-OCBBF3004194.1のアミノ酸配列全領域
D-OCBBF3004194.1の1〜197塩基 (配列番号214) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_015009.1では存在しないエクソンでありNM_015009.1と相同性がない。このエクソン上に翻訳開始点が存在する為、N末端側のアミノ酸が23残基 (配列番号215) 変化していた。
023_[1]_2-N1 (配列番号214) : D-OCBBF3004194.1の197塩基の挿入核酸配列領域
023_[1]_2-A1 (配列番号215) : D-OCBBF3004194.1の23残基の挿入アミノ酸配列領域
023_[1]_2-N2 (配列番号216) : D-OCBBF3004194.1の197塩基の挿入領域中のORF核酸配列領域
023_[1]_2-A2 (配列番号215と同一) : D-OCBBF3004194.1の197塩基の挿入領域中のORFアミノ酸配列領域
023_[2]_1-N0 (配列番号217) : D-NT2RP8000826.1の核酸配列全領域
023_[2]_1-NA0 (配列番号218) : D-NT2RP8000826.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
023_[2]_1-A0 (配列番号219) : D-NT2RP8000826.1のアミノ酸配列全領域
D-NT2RP8000826.1の1〜178塩基 (配列番号220) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_015009.1では存在しないエクソンでありNM_015009.1と相同性がない。このエクソン上に翻訳開始点が存在する為、N末端側のアミノ酸が28残基 (配列番号221) 変化していた。
023_[2]_1-N1 (配列番号220) : D-NT2RP8000826.1の178塩基の挿入核酸配列領域
023_[2]_1-A1 (配列番号221) : D-NT2RP8000826.1の28残基の挿入アミノ酸配列領域
023_[2]_1-N2 (配列番号222) : D-NT2RP8000826.1の178塩基の挿入領域中のORF核酸配列領域
023_[2]_1-A2 (配列番号221と同一) : D-NT2RP8000826.1の178塩基の挿入領域中のORFアミノ酸配列領域
023_[2]_2-N0 (配列番号223) : D-NT2RP7007268.1の核酸配列全領域
023_[2]_2-NA0 (配列番号224) : D-NT2RP7007268.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
023_[2]_2-A0 (配列番号225) : D-NT2RP7007268.1のアミノ酸配列全領域
D-NT2RP7007268.1の1〜178塩基 (配列番号226) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_015009.1では存在しないエクソンでありNM_015009.1と相同性がない。このエクソン上に翻訳開始点が存在する為、N末端側のアミノ酸が28残基 (配列番号227) 変化していた。
023_[2]_2-N1 (配列番号226) : D-NT2RP7007268.1の178塩基の挿入核酸配列領域
023_[2]_2-A1 (配列番号227) : D-NT2RP7007268.1の28残基の挿入アミノ酸配列領域
023_[2]_2-N2 (配列番号228) : D-NT2RP7007268.1の178塩基の挿入領域中のORF核酸配列領域
023_[2]_2-A2 (配列番号227と同一) : D-NT2RP7007268.1の178塩基の挿入領域中のORFアミノ酸配列領域
023_[3]_1-N0 (配列番号229) : D-BRAWH3008172.1の核酸配列全領域
023_[3]_1-NA0 (配列番号230) : D-BRAWH3008172.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
023_[3]_1-A0 (配列番号231) : D-BRAWH3008172.1のアミノ酸配列全領域
D-BRAWH3008172.1の1〜169塩基 (配列番号232) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_015009.1では存在しないエクソンでありNM_015009.1と相同性がない。この変化に伴い、D-BRAWH3008172.1の翻訳開始点はNM_015009.1に比べ3’側にシフトし、D-BRAWH3008172.1の281塩基目が翻訳開始点となる。その為、NM_015009.1よりアミノ酸配列が343残基短くなっていた。
023_[3]_1-N1 (配列番号232) : D-BRAWH3008172.1の169塩基の挿入核酸配列領域
023_[3]_1-N2 (配列番号233) : D-BRAWH3008172.1の281基目を翻訳開始点とするORFの5’UTR領域280塩基
023_[4]_1-N0 (配列番号234) : D-BRAWH3011965.1の核酸配列全領域
023_[4]_1-NA0 (配列番号235) : D-BRAWH3011965.1の核酸配列全領域とアミノ酸配列の併記
023_[4]_1-A0 (配列番号236) : D-BRAWH3011965.1のアミノ酸配列全領域
D-BRAWH3011965.1の1〜311塩基 (配列番号237) は、既存の公共DBに登録されているコントロールとなるNM_015009.1では存在しないエクソンでありNM_015009.1と相同性がない。このエクソン上に翻訳開始点が存在する為、N末端側のアミノ酸が4残基 (配列番号238)変化していた。
023_[4]_1-N1 (配列番号237) : D-BRAWH3011965.1の311塩基の挿入核酸配列領域
023_[4]_1-A1 (配列番号238) : D-BRAWH3011965.1の4残基の挿入アミノ酸配列領域
023_[4]_1-N2 (配列番号239) : D-BRAWH3011965.1の311塩基の挿入領域中のORF核酸配列領域
023_[4]_1-A2 (配列番号238と同一) : D-BRAWH3011965.1の311塩基の挿入領域中のORFアミノ酸配列領域
上記で示されたような特徴的な領域を明確に区別して、それぞれの発現量を調べるために、以下のような領域を検出領域とした。その検出領域の発現量を比較することにより、個々の発現量を比較することが可能であると思われた。
023_01 - [1]のcDNAパターンのN末側に存在する特異的な領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]のcDNAパターンの転写開始領域であり、既存の公共DBに登録されていない新規性のある領域
→Primer023_01F (配列番号240) とPrimer023_01R (配列番号241) によって増幅される断片023_01 (配列番号242)
023_02 - [2]のcDNAパターンのN末側に存在する特異的な領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[2]のcDNAパターンの転写開始領域であり、既存の公共DBに登録されていない新規性のある領域
→Primer023_02F (配列番号243) とPrimer023_02R (配列番号244) によって増幅される断片023_02 (配列番号245)
023_03 - [3]のcDNAパターンのN末側に存在する特異的な領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[3]のcDNAパターンの転写開始領域であり、既存の公共DBに登録されていない新規性のある領域
→Primer023_03F (配列番号246) とPrimer023_03R (配列番号247) によって増幅される断片023_03 (配列番号248)
023_04 - [4]のcDNAパターンのN末側に存在する特異的な領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[4]のcDNAパターンの転写開始領域であり、既存の公共DBに登録されていない新規性のある領域
→Primer023_04F (配列番号249) とPrimer023_04R (配列番号250) によって増幅される断片023_04 (配列番号251)
023_05 -既存の公共DBに登録されている[5]のcDNAパターンの[1]、[2]、[3]、[4]のどれとも区別できるような特異的な領域であり、[1]、[2]、[3]、[4]を比較検討するためのコントロール
→Primer023_05F (配列番号252) とPrimer023_05R (配列番号253) によって増幅される断片023_05 (配列番号254)
023_06 -[1]〜[5]全てが共有する共通領域 : 我々が新たに全長cDNA配列解析を行った[1]、[2]、[3]、[4]のcDNAパターン、さらには既存の公共DBに登録されている[5]のcDNAパターンの全体としての発現量を比較するためにコントロールとなる全てのパターンが共通している領域
→Primer023_06F (配列番号255) とPrimer023_06R (配列番号256) によって増幅される断片023_06 (配列番号257)
上記に示された[1]〜[2]の2種類のcDNAパターンのそれぞれの特異的な領域は、オリゴキャップ法を用いて取得した約144万配列の5’末端配列をヒトゲノム配列にマップし比較解析することにより下記のような頻度で発現している結果を得た。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[1]のパターンでは5’末端配列が32配列存在し、その由来はNT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導 (NT2RP) が21配列 (解析母数 39,242)、胎児脳 (Brain, Fetal) が8配列 (解析母数 103,138)、NT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導5週間後、生育阻害剤処理2週間(NT2RI) が1配列 (解析母数 32,662)、海馬 (Brain, hippocampus) が1配列 (解析母数 57,918)、扁桃 (Brain, amygdala) が1配列 (解析母数 58,640) であった。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[2]のパターンでは5’末端配列が20配列存在し、その由来はNT2細胞をレチノイン酸 (RA) 処理誘導 (NT2RP) が20配列 (解析母数39,242)であった。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[3]のパターンでは5’末端配列が16配列存在し、その由来は全脳 (Brain, whole) が8配列(解析母数 59,069)、扁桃 (Brain, amygdala) が5配列 (解析母数 58,640)、腎臓癌 (Kidney, Tumor) が1配列 (解析母数 15,970)、視床 (Brain, thalamus) が1配列 (解析母数 53,267)、精巣(Testis) が1配列 (解析母数 90,188) であった。
我々が新たに取得し解析したcDNAの[4]のパターンでは5’末端配列が5配列存在し、その由来は全脳 (Brain, whole) が3配列(解析母数 59,069)、海馬 (Brain, hippocampus)が1配列 (解析母数 57,918)、視床 (Brain, thalamus) が1配列 (解析母数 53,267) であった。
既存の公共DBに登録されているcDNA の[5]のパターンでは5’末端配列が2配列存在し、その由来は胃癌 (Stomach, Tumor) が1配列 (解析母数 2,757)、前立腺 (Prostate) が1配列 (解析母数 16,671) であった。
この結果より、[1]の転写開始点は、分化したNT2細胞と胎児脳での発現が多いことがわかった。[2]の転写開始点は、分化したNT2細胞での発現が多いことがわかった。[3]、[4]の転写開始点は、脳での発現が多いことがわかった。[5]の既知の配列は、胃癌や前立腺での発現が見られた。つまり、この染色体領域において、様々な臓器、細胞の状態により転写の機構が異なり、用いられている転写開始点も異なる可能性が考えられた。
どのような状態のときに発現に使われる転写開始点が変化するのかを知るために、発現量の詳細をリアルタイムPCRにて解析した。結果を表18-1、18-2及び表19-1、19-2に示す。
023_01 (配列番号242)、023_02 (配列番号245)、023_04 (配列番号251) で表される転写開始点は分化後のNT2細胞、特に分化のステージが進むNT2RA (+) 1week で多く発現し、023_01 (配列番号242)はNT2RA (+) 5weeksで最も多く発現していた(表18-1、18-2・表19-1、19-2)。また、脳組織では023_01 (配列番号242)、023_03 (配列番号248)、023_04 (配列番号251) で表される転写開始点からの発現が多く、特に胎児脳での発現が多かった(表18-1、18-2・表19-1、19-2)。
これらの結果より、023_01 (配列番号242)、023_02 (配列番号245)、023_03 (配列番号248)、023_04 (配列番号251) という検出領域で示される新たに取得したcDNAの転写開始点領域023_[1]_1-N1 (配列番号208)、023_[1]_2-N1 (配列番号214)、023_[2]_1-N1 (配列番号220)、023_[2]_2-N1 (配列番号226)、023_[3]_1-N1 (配列番号232)、023_[4]_1-N1 (配列番号237) の発現を比較することにより、神経細胞の分化又は再生の段階を検出する分化マーカーや脳に特異的なマーカーとして用いることが可能になることが立証された。また、特異性を示す領域を標的とした化合物、抗体、siRNA等による新薬開発も可能と思われる。
また以下の領域についても神経細胞の分化又は再生の段階を検出する分化マーカーや脳に特異的なマーカーとして有用であると思われる。
[1]のcDNAパターンのD-OCBBF2010718.1において Primer023_01R (配列番号241) がプライミングする191〜219塩基目を含む上流配列023_[1]_1-N3 (配列番号258)。
[1]のcDNAパターンのD-OCBBF3004194.1において Primer023_01R (配列番号241) がプライミングする181〜204塩基目を含む上流配列023_[1]_2-N3 (配列番号259)。
[2]のcDNAパターンのD-NT2RP8000826.1において Primer023_02R (配列番号244) がプライミングする158〜179塩基目を含む上流配列023_[2]_1-N3 (配列番号260)。
[2]のcDNAパターンのD-NT2RP7007268.1においてPrimer023_02R (配列番号244) がプライミングする161〜180塩基目を含む上流配列023_[2]_2-N3 (配列番号261)。
[3]のcDNAパターンのD-BRAWH3008172.1においてPrimer023_03R (配列番号247) がプライミングする293〜316塩基目を含む上流配列023_[3]_1-N3 (配列番号262)。
[4]のcDNAパターンのD-BRAWH3011965.1において Primer023_04R (配列番号250) がプライミングする65〜84塩基目を含む上流配列023_[4]_1-N3 (配列番号263)。
[1]のcDNAパターンにおいてPrimer023_01F (配列番号240) とPrimer023_01R (配列番号241) によって増幅される領域023_01 (配列番号242) 。
[2]のcDNAパターンにおいてPrimer023_02F (配列番号243) とPrimer023_02R (配列番号244) によって増幅される領域023_02 (配列番号245) 。
[3]のcDNAパターンにおいてPrimer023_03F (配列番号246) とPrimer023_03R (配列番号247) によって増幅される領域023_03 (配列番号248) 。
[4]のcDNAパターンにおいてPrimer023_04F (配列番号249) とPrimer023_04R (配列番号250) によって増幅される領域023_04 (配列番号251) 。
我々が新たに取得し全長cDNA配列解析行った19配列の全長cDNAの機能を知るためにORF予測とアノテーション解析を行った。アノテーション解析結果は比較するデータベースや解析ソフトがバージョンアップされた時には更新することができる。それにより、アノテーションが記載されていないものにも同一条件で新たに付けることが可能となることがある。
ATGpr (A. Salamov et al. (1998) Bioinformatics 14: 384-390) 、TRins (K. Kimura et al. (2003) Genome Informatics 14: 456-457) などのORF予測・評価システムを用い全長cDNA配列からORFを予測した。全長cDNA配列から予測したORF領域情報を以下に示す。
ORF領域の記載方法は「DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table Definition」(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/collab/FT/index.html) の規則に則って記載した。ORF開始位置はメチオニンをコードする塩基である ”ATG” の一文字目であり、終止位置は終止コドンの3文字目を示している。これを「..」で区切り記載した。ただし、終止コドンが現れないORFについては記載規則に則って” > ” を用いて終止位置を記載した。
cDNA配列名 ORF領域
- - - - - - - - - - - - - -
D-UTERU2026184.1 191..2119
D-BRACE3000012.1 465..2558
D-NT2RP8004156.1 131..1387
D-NT2RI3005525.1 45..1292
D-NT2RP8004592.1 620..1183
D-NT2RI2014164.1 162..1397
D-BRAMY2029564.1 143..1657
D-BRHIP2003515.1 84..707
D-BRACE2044661.1 297..878
D-3NB692002462.1 343..951
D-BRCAN2027778.1 52..1086
D-NT2RI3001005.1 22..1629
D-NT2RI3005261.1 22..1629
D-OCBBF2010718.1 144..2495
D-OCBBF3004194.1 129..2480
D-NT2RP8000826.1 95..2461
D-NT2RP7007268.1 95..2461
D-BRAWH3008172.1 281..2452
D-BRAWH3011965.1 300..>1574
- - - - - - - - - - - - - -
実施例14の1)に記載した19配列のORFについてBLASTP (blastall 2.2.6; ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/) を用い、2006年8月22日のバージョンのSwissProt (ftp://us.expasy.org/databases/swiss-prot/) に対して相同性解析を行った。相同性解析を行った結果より最も高い相同性を示したものでE-valueの値が1E-10以下の相同性を示すものを以下に記載する。ただし、次の条件に当てはまる時は該当候補を選択せず次候補を記載した。
「Alu subfamily」で始まるdefinitionのもの
「!!!! ALU SUBFAMILY」で始まるdefinitionのもの
「B-CELL GROWTH FACTOR PRECURSOR」で始まるdefinitionのもの
「NRK2」を含むdefinitionのもの
「PROLINE-RICH」で始まるdefinitionのもの
「GLYCINE-RICH」で始まるdefinitionのもの
「EXTENSIN PRECURSOR」で始まるdefinitionのもの
「COLLAGEN」で始まるdefinitionのもの
「100KD」で始まるdefinitionのもの
「RETROVIRUS-RELATED POL POLYPROTEIN」で始まるdefinitionのもの
「CUTICLE COLLAGEN」で始まるdefinitionのもの
「HYPOTHETICAL」で始まるdefinitionのもの
「Hypothetical」で始まるdefinitionのもの
「SALIVARY PROLINE-RICH PROTEIN」で始まるdefinitionのもの
「IMMEDIATE-EARLY PROTEIN」で始まるdefinitionのもの
アクセッションNoが「P49646」であるもの
D-BRACE3000012.1// 465..2558// Q8TF45// Zinc finger protein 418// DNA-binding; Metal-binding; Nuclear protein; Repeat; Repressor; Transcription; Transcription regulation; Zinc; Zinc-finger.// 0// 674// 99
D-NT2RP8004156.1// 131..1387// P31749// RAC-alpha serine/threonine-protein kinase (EC2.7.11.1) (RAC-PK-alpha) (Protein kinase B) (PKB)(C-AKT)// 3D-structure; Apoptosis; ATP-binding; Carbohydrate metabolism; Glucose metabolism; Glycogen biosynthesis; Glycogen metabolism; Kinase; Nuclear protein; Nucleotide-binding; Phosphorylation; Serine/threonine-protein kinase; Sugar transport; Transferase; Translation regulation; Transport.// 0// 418// 100
D-NT2RI3005525.1// 45..1292// Q7Z698// Sprouty-related, EVH1 domain-containingprotein 2 (Spred-2)// Membrane; Phosphorylation.// 0// 409// 99
D-NT2RI2014164.1// 162..1397// P27338// Amine oxidase [flavin-containing] B (EC1.4.3.4) (Monoamine oxidase type B) (MAO-B)// 3D-structure; Acetylation; Direct protein sequencing; FAD; Flavoprotein; Membrane; Mitochondrion; Oxidoreductase; Transmembrane.// 0// 367// 93
D-BRAMY2029564.1// 143..1657// P27338// Amine oxidase [flavin-containing] B (EC1.4.3.4) (Monoamine oxidase type B) (MAO-B)// 3D-structure; Acetylation; Direct protein sequencing; FAD; Flavoprotein; Membrane; Mitochondrion; Oxidoreductase; Transmembrane.// 0// 504// 100
D-BRHIP2003515.1// 84..707// P55327// Tumor protein D52 (N8 protein)// Coiled coil.// 7E-93// 184// 88
D-BRACE2044661.1// 297..878// P54709// Sodium/potassium-transporting ATPase subunitbeta-3 (Sodium/potassium- dependent ATPase beta-3subunit) (ATPB-3) (CD298 antigen)// Glycoprotein; Ion transport; Membrane; Potassium; Potassium transport; Signal-anchor; Sodium; Sodium transport; Sodium/potassium transport; Transmembrane; Transport.// 1E-90// 158// 97
D-3NB692002462.1// 343..951// Q03426// Mevalonate kinase (EC 2.7.1.36) (MK)// ATP-binding; Cataract; Cholesterol biosynthesis; Disease mutation; Kinase; Lipid synthesis; Nucleotide-binding; Peroxisome; Polymorphism; Steroid biosynthesis; Sterol biosynthesis; Transferase.// 1E-112// 202// 100
D-BRCAN2027778.1// 52..1086// Q03426// Mevalonate kinase (EC 2.7.1.36) (MK)// ATP-binding; Cataract; Cholesterol biosynthesis; Disease mutation; Kinase; Lipid synthesis; Nucleotide-binding; Peroxisome; Polymorphism; Steroid biosynthesis; Sterol biosynthesis; Transferase.// 0// 343// 86
D-NT2RI3001005.1// 22..1629// Q8TDB8// Solute carrier family 2, facilitated glucosetransporter member 14 (Glucose transporter type 14)// Alternative splicing; Developmental protein; Differentiation; Glycoprotein; Membrane; Spermatogenesis; Sugar transport; Transmembrane; Transport.// 0// 490// 99
D-NT2RI3005261.1// 22..1629// Q8TDB8// Solute carrier family 2, facilitated glucosetransporter member 14 (Glucose transporter type 14)// Alternative splicing; Developmental protein; Differentiation; Glycoprotein; Membrane; Spermatogenesis; Sugar transport; Transmembrane; Transport.// 0// 491// 100
D-OCBBF2010718.1// 144..2495// Q9UPQ7// PDZ domain-containing RING finger protein 3(Ligand of Numb-protein X 3) (Semaphorin cytoplasmicdomain-associated protein 3) (SEMACAP3 protein)// 3D-structure; Alternative splicing; Coiled coil; Metal-binding; Polymorphism; Repeat; Zinc; Zinc-finger.// 0// 758// 99
D-OCBBF3004194.1// 129..2480// Q9UPQ7// PDZ domain-containing RING finger protein 3(Ligand of Numb-protein X 3) (Semaphorin cytoplasmicdomain-associated protein 3) (SEMACAP3 protein)// 3D-structure; Alternative splicing; Coiled coil; Metal-binding; Polymorphism; Repeat; Zinc; Zinc-finger.// 0// 760// 99
D-NT2RP8000826.1// 95..2461// Q9UPQ7// PDZ domain-containing RING finger protein 3(Ligand of Numb-protein X 3) (Semaphorin cytoplasmicdomain-associated protein 3) (SEMACAP3 protein)// 3D-structure; Alternative splicing; Coiled coil; Metal-binding; Polymorphism; Repeat; Zinc; Zinc-finger.// 0// 759// 99
D-NT2RP7007268.1// 95..2461// Q9UPQ7// PDZ domain-containing RING finger protein 3(Ligand of Numb-protein X 3) (Semaphorin cytoplasmicdomain-associated protein 3) (SEMACAP3 protein)// 3D-structure; Alternative splicing; Coiled coil; Metal-binding; Polymorphism; Repeat; Zinc; Zinc-finger.// 0// 759// 99
D-BRAWH3008172.1// 281..2452// Q9UPQ7// PDZ domain-containing RING finger protein 3(Ligand of Numb-protein X 3) (Semaphorin cytoplasmicdomain-associated protein 3) (SEMACAP3 protein)// 3D-structure; Alternative splicing; Coiled coil; Metal-binding; Polymorphism; Repeat; Zinc; Zinc-finger.// 0// 722// 99
D-BRAWH3011965.1// 300..>1574// Q9UPQ7// PDZ domain-containing RING finger protein 3(Ligand of Numb-protein X 3) (Semaphorin cytoplasmicdomain-associated protein 3) (SEMACAP3 protein)// 3D-structure; Alternative splicing; Coiled coil; Metal-binding; Polymorphism; Repeat; Zinc; Zinc-finger.// 0// 421// 99
実施例14の1)に記載した19配列のORFについてBLASTP (blastall 2.2.6; ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/) を用い、2006年7月15日のバージョンのRefSeq (human, mouse, rat; ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/) に対して相同性解析を行った。相同性解析を行った結果より最も高い相同性を示したものでE-valueの値が1E-10以下の相同性を示すものを以下に記載する。ただし、次の条件に当てはまる時は該当候補を選択せず次候補を記載した。
「KIAA」で始まるdefinitionのもの
「hypothetical protein DKFZ」で始まるdefinitionのもの
「DKFZ」で始まるdefinitionのもの
「RIKEN cDNA」で始まるdefinitionのもの
「hypothetical protein MGC」で始まるdefinitionのもの
「hypothetical protein」 であるdefinitionのもの
「hypothetical protein PP」で始まるdefinitionのもの
「neuronal thread protein」であるdefinitionのもの
「clone FLB」で始まるdefinitionのもの
「hypothetical protein PRO」で始まるdefinitionのもの
「PRO0483 protein」であるdefinitionのもの
「MNC」を含むdefinitionのもの
「MOST-1」を含むdefinitionのもの
「similar to」で始まるdefinitionのもの
「TPR gene on Y」を含むdefinitionのもの
「HSPC」で始まるdefinitionのもの
「CGI-」で始まるdefinitionのもの
D-BRACE3000012.1// 465..2558// NP_597717.1// zinc finger protein 418 [Homo sapiens]// 0// 674// 99
D-NT2RP8004156.1// 131..1387// NP_005154.2// v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1 [Homo sapiens]// 0// 418// 100
D-NT2RI3005525.1// 45..1292// NP_861449.1// sprouty-related protein with EVH-1 domain 2 [Homo sapiens]// 0// 408// 99
D-NT2RP8004592.1// 620..1183// NP_003921.2// src family associated phosphoprotein 2 [Homo sapiens]// 1E-110// 187// 100
D-NT2RI2014164.1// 162..1397// NP_000889.3// amine oxidase (flavin-containing) [Homo sapiens]// 0// 367// 93
D-BRAMY2029564.1// 143..1657// NP_000889.3// amine oxidase (flavin-containing) [Homo sapiens]// 0// 504// 100
D-BRHIP2003515.1// 84..707// NP_001020424.1// tumor protein D52 isoform 2 [Homo sapiens]// 1E-110// 207// 100
D-BRACE2044661.1// 297..878// NP_001670.1// Na+/K+ -ATPase beta 3 subunit [Homo sapiens]// 5E-91// 158// 97
D-3NB692002462.1// 343..951// NP_000422.1// mevalonate kinase [Homo sapiens]// 1E-112// 202// 100
D-BRCAN2027778.1// 52..1086// NP_000422.1// mevalonate kinase [Homo sapiens]// 0// 343// 86
D-NT2RI3001005.1// 22..1629// NP_703150.1// glucose transporter 14 [Homo sapiens]// 0// 490// 99
D-NT2RI3005261.1// 22..1629// NP_703150.1// glucose transporter 14 [Homo sapiens]// 0// 491// 100
D-OCBBF2010718.1// 144..2495// NP_055824.1// PDZ domain containing RING finger 3 [Homo sapiens]// 0// 758// 99
D-OCBBF3004194.1// 129..2480// NP_055824.1// PDZ domain containing RING finger 3 [Homo sapiens]// 0// 760// 99
D-NT2RP8000826.1// 95..2461// NP_055824.1// PDZ domain containing RING finger 3 [Homo sapiens]// 0// 759// 99
D-NT2RP7007268.1// 95..2461// NP_055824.1// PDZ domain containing RING finger 3 [Homo sapiens]// 0// 759// 99
D-BRAWH3008172.1// 281..2452// NP_055824.1// PDZ domain containing RING finger 3 [Homo sapiens]// 0// 722// 99
D-BRAWH3011965.1// 300..>1574// NP_055824.1// PDZ domain containing RING finger 3 [Homo sapiens]// 0// 421// 99
実施例14の1)に記載した19配列のORFについてPfam (ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Pfam/)を用い、モチーフ相同性解析を行った。解析プログラムにはhmmpfam v2.3.2を使用し、2005年11月バージョンのPfam19.0に対して解析を実施した。相同性解析を行った結果より最も高い相同性を示したものでE-valueの値が1E-10以下の相同性を示すものを以下に記載する。
各データは、cDNA配列名、ORF領域に続き、ヒットデータのアクセッション番号、ヒットデータの名前、ヒットデータのDescription、E-value、InterPro ID、順に”¥”で区切ったものをヒットデータの数だけの”//” 区切りで繰り返し記載した。
D-NT2RP8004156.1// 131..1387// PF00069.14\Pkinase\Protein kinase domain\1.6e-113\IPR000719// PF07714.5\Pkinase_Tyr\Protein tyrosine kinase\1.3e-18\// PF00433.12\Pkinase_C\Protein kinase C terminal domain\1.4e-11\IPR000961
D-NT2RI3005525.1// 45..1292// PF05210.2\Sprouty\Sprouty protein (Spry)\2.7e-11\IPR007875
D-NT2RI2014164.1// 162..1397// PF01593.12\Amino_oxidase\Flavin containing amine oxidoreductase\9.2e-57\IPR002937
D-BRAMY2029564.1// 143..1657// PF01593.12\Amino_oxidase\Flavin containing amine oxidoreductase\5.8e-103\IPR002937
D-BRHIP2003515.1// 84..707// PF04201.4\TPD52\Tumour protein D52 family\1.5e-119\IPR007327
D-BRACE2044661.1// 297..878// PF00287.7\Na_K-ATPase\Sodium / potassium ATPase beta chain\3.1e-32\IPR000402
D-NT2RI3001005.1// 22..1629// PF00083.13\Sugar_tr\Sugar (and other) transporter\6.3e-200\IPR005828// PF07690.5\MFS_1\Major Facilitator Superfamily\1.1e-14\IPR011701
D-NT2RI3005261.1// 22..1629// PF00083.13\Sugar_tr\Sugar (and other) transporter\5.5e-200\IPR005828// PF07690.5\MFS_1\Major Facilitator Superfamily\1.1e-14\IPR011701
D-OCBBF2010718.1// 144..2495// PF00595.12\PDZ\PDZ domain (Also known as DHR or GLGF)\2e-14\IPR001478
D-OCBBF3004194.1// 129..2480// PF00595.12\PDZ\PDZ domain (Also known as DHR or GLGF)\7.1e-16\IPR001478
D-NT2RP8000826.1// 95..2461// PF00595.12\PDZ\PDZ domain (Also known as DHR or GLGF)\7.1e-16\IPR001478
D-NT2RP7007268.1// 95..2461// PF00595.12\PDZ\PDZ domain (Also known as DHR or GLGF)\7.1e-16\IPR001478
D-BRAWH3008172.1// 281..2452// PF00595.12\PDZ\PDZ domain (Also known as DHR or GLGF)\7.1e-16\IPR001478
D-BRAWH3011965.1// 300..>1574// PF00595.12\PDZ\PDZ domain (Also known as DHR or GLGF)\7.1e-16\IPR001478
実施例14の1)に記載した19配列のORFについてSOSUI(http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/)を用い、膜貫通ドメイン予測解析を行った。解析にはSOSUIバージョン1.5を用いた。SOSUI解析において膜貫通ドメインが予測できたものについて以下に記載する。
各データは、cDNA配列名、ORF領域、膜貫通ドメイン回数を”//” 区切りで記載した。
D-BRACE2044661.1// 297..878// 2
D-NT2RI3001005.1// 22..1629// 11
D-NT2RI3005261.1// 22..1629// 11
実施例14の1)に記載した19配列のORFについてPSORT (http://psort.nibb.ac.jp/) を用い、N末端分泌シグナル配列予測を行った。解析にはPSORT IIを用いた。
PSORT解析においてN末端分泌シグナル配列が予測できたものはなかった。
実施例14の1)に記載した19配列のORFについてSignalP (http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/) を用い、N末端分泌シグナル配列予測を行った。解析にはSignalP バージョン3.0を用いた。SignalP解析においてN末端分泌シグナル配列が予測できたものについて以下に記載する。
各データは、cDNA配列名、ORF領域を”//” 区切りで記載した。
D-BRACE2044661.1// 297..878
ヒトゲノム研究の進展により、ヒトの染色体配列の解析は大幅に進んだが、それによりヒト遺伝子機能の全てが明らかになったわけではない。我々は、ヒトの遺伝子をその多様性に重点をおいて解析することにより、多様性が遺伝子の機能の変化に大きく関連していることを解明した。
ヒトゲノムの配列情報とそこから転写された産物であるヒトcDNAのデータを比較することにより、染色体のある領域から複数のmRNAが転写されていることがわかった。それらは、タンパク質をコードすると予測されるORF領域に違いがあり異なるタンパク質ができると予測される場合と、非翻訳領域である5’UTR領域や3’UTR領域に違いがありタンパク質としては同じものとなる場合が存在した。我々は、その中でも特にすでに解析されている既知のcDNAと異なるタンパク質をコードすると予測されるcDNAに重点をおいて、そのようなcDNAの探索と配列解析を行った。すると、多様性が生み出される原因は、主に転写開始点の選択性とエクソンの選択性にあることがわかった。転写開始点の選択性では、ある染色体領域において使われる転写因子が変化することにより、転写の始まる位置が異なり、cDNAに多様性が生じていた。また、エクソンの選択性では、転写されスプライシングが起こる際に、同じ染色体領域から転写していても使われるエクソンが増えたり減ったりすることでcDNAに多様性が生じていた。
遺伝子の多様性が機能とどのような関連があるのかを我々のもつ約150万のヒトcDNAの5’末端配列(5’-onepass配列)によるmRNAの発現頻度情報をもとに解析した。すると、ある臓器のみ選択的に転写開始領域が異なっていたり、ある病態になった時のみエクソンが欠失するなどといった多様性が機能に大きく影響していると思われる例が多数見つかった。我々は、脳の組織部位や神経細胞の分化段階により多様性に変化が現れる遺伝子を見つけ出して詳細な解析を行った。
解析方法としては、リアルタイムPCR(polymerase chain reaction)を用いてその発現量を比較した。例えば、神経細胞に分化後のみ選択的に挿入されると予測されるエクソンがある場合、そのエクソン領域を特異的に検出するPrimer (01)を設計、またそのエクソンが挿入されないパターンのみを特異的に検出するPrimer (02)を設計、さらにどちらのパターンも共有してもつ領域を検出するPrimer (03)を設計する。これらの3種類のPrimerを使って、神経細胞の分化の各段階での増幅量を比較する。共有領域の03の増幅量をコントロールとして、特異的な領域の検出結果である01、02の神経細胞の分化の各段階での比較をすることで、神経細胞の分化によりエクソンの選択性がどのように変化したのかを知ることができる。つまり、エクソンの選択性と組織特異的な発現の相関をみることが出来るのである。
この方法によって、我々は、遺伝子の多様性が組織特異的な発現と関連している遺伝子を多く見つけ出した。発現している組織に特異性があるということは、多様性がその遺伝子の機能に大きく影響していることが示唆される。つまり、多様性が生じている特異的な領域を遺伝子マーカーとして使用することにより、脳の特定の部位の機能解明に用いたり、神経細胞の分化あるいは再生の段階を詳細に検出することが可能になると思われる。さらには、例えば神経細胞の分化あるいは再生のある段階のみに発現する特異的な領域をもつタンパク質を標的にして医薬品の開発を進めることにより、より副作用の少なく効果の高い医薬品の開発が可能になると思われる。
神経細胞の分化に関するmRNA(神経系の細胞を分化誘導して発現変化するmRNA)は、神経疾患の治療・診断マーカーとして有用なものであると考えられる。ヒト培養細胞NT2を神経細胞へ分化誘導(レチノイン酸(RA)刺激又はRA刺激後さらに増殖阻害剤処理)する過程で発現変化するmRNAを探索することにより、そのようなmRNAを見出すことができる。また、このようなmRNAは神経再生にも関与していると考えられる。
1)海馬(hippocampus)
脳組織の中で海馬は記憶を扱う非常に重要な部位であり、得た情報の要・不要を判断して、他の脳部位に記憶を蓄えさせる、記憶固定の働きがある。臨床的知見より、海馬に異常をきたしたり最悪海馬が無くなると、短時間しか新しいことを覚えていられなくなる。また認知症患者の一部はこの海馬に異常をきたしていると考えられている。脳組織全体と海馬とを比較した時、発現に差のあるmRNAは記憶に関与したり、認知症に関係するmRNAであり、記憶のメカニズム解明や治療・診断マーカーとして有用であると考えられる。
海馬系統は空間認知に関わる記憶に重要な部位である。空間認知は場所を覚える記憶とも言われている。それに対し、尾状核(caudate nucleus)は習慣から覚える記憶(習慣記憶)に重要な部位だと言われていている。
扁桃は脳の感情中枢である。扁桃を通過した情報は感情反応、例えばパニックや恐怖反応などを引き起こす。刺激が扁桃で情動評価されて強い恐怖を生じたとき、扁桃は脳の各部に警戒信号を出す。その結果、手の平の発汗、心悸亢進、血圧上昇、アドレナリンの急激分泌等の反応が起きる。いわば扁桃体は身体に警戒信号を送り、その結果として体を警戒態勢に入らせる一種の防衛本能を司っている組織とも言える。脳組織全体と扁桃とを比較した時、発現に差のあるmRNAは情動反応に関与するmRNAであり、感情反応や恐怖反応、パニックなどの分子メカニズム解明に有用であると考えられる。
小脳は平衡感覚と筋肉運動、運動学習の中枢である。この領域は運動の調節に関与していると考えられており、小脳が動作することによって無意識的にスムーズな運動をすることが可能になる。また、運動だけでなく読み書きなどより高次な運動の慣れにも小脳が関与していることも解明されつつある。脳組織全体と小脳とを比較した時、発現に差のあるmRNAは平衡感覚や運動機能に関与するmRNAであり、脳が制御する運動機能の分子メカニズム解明に有用であると考えられる。
視床は、大脳と結びつきの強い神経細胞が集まった部分であり、脊髄などから伝わってきた感覚情報を大脳の関係部分に伝えたり、大脳の運動の指令を調節する。例えば視覚では映像を大きさ、形、色に分け、聴覚では音声を音量、耳障りの良し悪しで分け、大脳皮質の感覚野に送る。脳組織全体と視床とを比較した時、発現に差のあるmRNAは感覚器からの情報伝達に関与するmRNAであり、脳が制御する情報伝達の分子メカニズム解明に有用であると考えられる。
黒質は中脳の一部を占める神経核である。黒質は、緻密部と、網様部(及び外側部)とによって、大きく二群に大別されるが、いずれも大脳基底核を構成する中心的な要素である。大脳基底核は小脳とともに、随意運動の発現と制御に重要な役割を担う高次中枢として知られている。大脳基底核は大別すると、線条体、淡蒼球、黒質、視床下核の4つの神経核から成り、さらに、線条体は尾状核と被殻に、淡蒼球は外節と内節に、黒質は緻密部と網様部に分類される。これらの神経核を「入力」、「出力」、及び「相互連絡」という情報伝達の面から再分類すると、線条体は大脳基底核の入力部に相当し、淡蒼球内節と黒質網様部はその出力部に相当する。また、入力部と出力部を間接的につなぐ淡蒼球外節と視床下核は大脳基底核の介在部であり、線条体の神経活動をドーパミンにより修飾する黒質緻密部は大脳基底核の修飾部であると考えることができる。
脳内の黒質で作られるドーパミンという神経伝達物質が十分量作られなくなり、その結果、手が震え、筋肉の動きが固くなって身体の動きが鈍くなる等の運動障害を引き起こす脳神経系の疾患がパーキンソン病であると言われている。脳の神経細胞は通常、歳を取るにつれて少しずつ減少するが、パーキンソン病では黒質の神経細胞が普通よりも早く著しく減少する。
脳組織全体と黒質とを比較した時、発現に差のあるmRNAは以上のようなことに関与するmRNAであると考えられる。
アルツハイマー病とは記憶力が低下し、進行すれば生活が困難となり介護が必要となる脳神経系の疾患であり、進行すれば脳そのものが萎縮する。その発症の要因はストレスなどの環境因子、高血圧やコレステロール血症などの血管因子も関わりがあるといわれているが、未だ十分な解明が完了していない。したがって、正常脳組織とアルツハイマーの病態組織を比較した時、発現に差のあるmRNAはアルツハイマー病に関係するmRNAであり、病態の発症メカニズムの解明や、治療・診断マーカーとして有用であると考えられる。
Claims (11)
- 配列番号58で表されるアミノ酸配列を有する単離されたポリペプチドからなる、神経細胞分化に特異的なバイオマーカー。
- 該ポリペプチドが配列番号58で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、請求項1記載のバイオマーカー。
- 異種アミノ酸配列からなるポリペプチドと融合している、請求項1又は2記載のバイオマーカー。
- 配列番号60で表されるアミノ酸配列からなる単離された部分ペプチドである、脳・神経特異的遺伝子3によりコードされるポリペプチドに特異的な部分ペプチドからなる、神経細胞分化に特異的なバイオマーカー。
- 請求項1〜4のいずれか1項記載のバイオマーカーをコードする単離されたポリヌクレオチド。
- 配列番号56で表される核酸配列、又はそれらのORF対応核酸配列を有する単離されたポリヌクレオチドからなる、神経細胞分化に特異的なバイオマーカー。
- 該ポリヌクレオチドが配列番号56で表される核酸配列、又はそれらのORF対応核酸配列からなるポリヌクレオチドである、請求項6記載のバイオマーカー。
- 請求項5〜7のいずれか1項記載のポリヌクレオチド及びそれに機能可能に連結されたプロモーターを含む、請求項1〜4のいずれか1項記載のバイオマーカーの発現ベクター。
- 請求項8記載の発現ベクターが導入された形質転換体。
- 以下(a)及び(b)を含む、脳・神経特異的遺伝子3によりコードされるポリヌクレオチドに特異的なプライマーセット:
(a)請求項7記載のバイオマーカーの部分ヌクレオチドに存在する核酸配列又は部分ヌクレオチドの5’に存在する核酸配列に対応するセンスプライマー;及び
(b)請求項7記載のバイオマーカーの部分ヌクレオチドに存在する上記(a)と異なる核酸配列又は部分ヌクレオチドの3’に存在する核酸配列に相補的な核酸配列に対応するアンチセンスプライマー。 - 請求項10記載のプライマーセットを含む、神経細胞の分化の判定用試薬又はキット。
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