JP5350215B2 - 複合タンパク質混合物中の被分析タンパク質および/または被分析ペプチドを検出および/または濃縮するための方法 - Google Patents
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Description
− 二次元電気泳動を用いて種々のタンパク質を電気泳動により二次元に分離した後、分離したタンパク質について規定のタンパク質分解を行い、それぞれのタンパク種をペプチド質量による質量分析によって同定する、方法。
− あるプロテオームにおけるすべてのタンパク質に対して規定のタンパク質分解を行い、これから一次元または多次元クロマトグラフ分離によりペプチドを分離し、タンデム質量分析により分離したペプチドを同定した後、タンパク質またはゲノムデータベースを介したバイオインフォマティクスにより、ペプチド断片をプロテオームの元のタンパク質に割り当てる、方法。
a) 試料混合物を提供する工程、および、該混合物に含有されるタンパク質を必要に応じて規定のペプチドに断片化する工程、
b) 前記種々の被分析タンパク質および/または被分析ペプチドのうち少なくとも1種類のペプチドエピトープに特異的な第1の結合分子を提供する工程であって、このペプチドエピトープに含まれるアミノ酸が5個以下、好ましくは2〜3個である工程、
c) 前記第1の結合分子を前記試料混合物とともにインキュベートする工程、ならびに
d) 前記第1の結合分子に結合した種々の被分析タンパク質および/または被分析ペプチドを検出および/または濃縮する工程、
によって達成される。
市販の抗体である抗C末端Hisタグ抗体3D5(Invitrogen、Carlsbad、CA)の結合選択性について調査した。この抗体は、6個のヒスチジンをC末端に有する融合タンパク質でマウスに免疫付与することによって作製したものである(Lindnerら、“Specific detection of his−tagged proteins with recombinant anti−His tag scFv−phosphatase or scFv−phage fusions”,Biotechniques 22,140−149(1997)参照)。該抗体が認識するエピトープ、および個々のアミノ酸残基に対する結合の選択性を、ペプチドアレイを用いて調べた。末端6ヒスチジンペプチドのバリアントを提示するペプチドライブラリを、ミクロスフェア上に指向性を有するよう固定化した(Poetzら、“Protein microarrays for antibody profiling:Specificity and affinity determination on a chip”,Proteomics 5,2402−2411(2005)参照)。これには、6個の末端ヒスチジンの各々に対して規定のアミノ酸ではなく、可能な20種のあらゆる組み合わせを有するペプチド位置ライブラリの使用が必要となる。完全な6ヒスチジン配列を有するがその末端に遊離COOH基ではなくアミド化C末端を有するペプチドを使用することにより、結合に対するカルボキシル末端の影響を調べることができた(表1参照)。
ペプチドエピトープ(表2参照)に特異的な抗体(1種類または複数種)を、標準的な手順によってミクロスフェア上に固定化した。上記のペプチドを個々に、種々の濃度で血清に添加した。該ペプチドは、最初にペプチドエピトープ特異的抗体によって、次いでHisタグ抗体によって検出した。
Hisタグ抗体3D5をカルボキシメチルセルロース上に化学的に固定化した。この物質は、上記のペプチドを複合混合物から精製するための親和性マトリックスとしての機能を果たした。C末端Hisタグおよび遊離カルボキシル基を有するペプチドのみが、その後、質量分析計において検出された。
Wntシグナル伝達経路は、どの動物種の胚発生過程においても、非常に重要である。このシグナル伝達経路が異常に活性化されると、腫瘍の形成に至る。大腸腺腫性ポリポーシス(APC)またはβ−カテニンタンパク質における変異により、β−カテニンタンパク質の核蓄積が生じる。T細胞因子/リンパ系増強因子(TCF/LEF)との複合体において、β−カテニンは、細胞増殖に正の影響を及ぼす転写因子の遺伝子を活性化し、無制御な細胞増殖を促進する。
β−カテニンタンパク質をトリプシンにより、EDPプログラム(http://www.expasy.org/tools/peptidecutter/)を用いてインシリコで消化した。断片を長さの順に並べた(表3参照)。
断片および末端を種々の観点から調査した。第一に、サンドイッチ型イムノアッセイの構築を可能にするため、断片が20以上のアミノ酸長を有することが意図された。断片がこれより短いと、立体構造上の理由により検出できないようであるが、これは、ペプチド抗原の2つのエピトープが、アッセイにおける必要時に、第1および第2の結合分子(捕捉および検出抗体)による結合に対して、同時には利用可能でないからである。
ヒトの非重複タンパク質データベースを、選択したペプチド断片の末端特異的配列(N末端の3個のアミノ酸およびC末端の4個のアミノ酸)について検索した。その結果、ヒトプロテオームのトリプシン消化によって生成され得る可能なあらゆるN末端およびC末端が示された。このようなサブプロテオームは、親和性精製の後、作製した末端特異的抗体によって、たとえば質量分析を用いて解析できる。
β−カテニンのインシリコ消化により同定された断片末端を、該ペプチドの最後の3個または4個のアミノ酸および末端に結合する末端特異的抗体の作製に使用した。これらの抗体は、ペプチドアレイとインキュベートすることによって特性決定した。
表5に示す断片末端(トリプシン消化ペプチド断片のC末端またはN末端における最後の3個または4個のアミノ酸)を、標準的なペプチド化学により合成した。3つのスペーサ(8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸、DOA)を、標的とする3個または4個のアミノ酸の抗原に付加した。該ペプチドの非標的末端には、システイン基を付加した(たとえば、C−Doa−Doa−Doa−AMTR;配列番号86)。システインのチオール基により、二官能性リンカー(たとえば、m−マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシスルホスクシンイミドエステル、スルホ−MBS)を介した担体タンパク質(たとえば、キーホールリンペットヘモシアニンまたはオボアルブミン)への指向型コンジュゲートが可能となった。ペプチド担体タンパク質コンジュゲートを用いて標準的な免疫付与手順を実行し、ウサギおよびラットにおいてポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を生成させた。
生成した抗血清またはモノクローナル抗体を、ペプチドアレイを用いて特異性および交差反応性について試験した。各アレイは、mycペプチドおよびhaペプチドに融合させた標的配列である免疫原(遊離末端および3個または4個のアミノ酸およびスペーサ)を含有するペプチドから構成されたものであった。また、他のペプチドに融合させた標的配列のN−またはC−末端を、それぞれ、アセチル化またはアミド化によりブロックした。
ポリクローナルウサギ抗体ならびにモノクローナルラット抗体を、ペプチドまたはプロテインGアフィニティカラムのいずれかを使用し、標準的な手順に従って精製した。
該精製抗体の捕捉能を、単純なイムノアッセイ装置において試験した。インシリコ消化により同定された標的化ペプチド断片を、ビオチン化形態で合成した。該ペプチドを、複合ペプチド混合物(6量体ペプチドライブラリ)の存在下、ミクロスフェア上に固定化した抗体とともにインキュベートした。捕捉されたペプチドを、蛍光標識ストレプトアビジンを用いて検出した。
該抗体を、親和性質量分析実験により試験した。AMTR特異的末端抗体をカラム上に固定化した。AMTRをC末端に含むペプチドを4種類の異なるペプチドと混合し、アフィニティカラムに負荷した。グリシン緩衝剤(pH2.5)で溶出後、フロースルー分である溶出画分および出発混合物(注入した試料)を、質量分析計により分析した。AMTR特異的標的ペプチドを混合物から定量的に捕捉し、グリシン緩衝剤を用いて溶出した。その他のペプチドはいずれも、抗AMTR Abアフィニティカラムからの溶出画分中から検出できなかった。さらに、抗AMTR AbカラムにおけるAMTRペプチドの親和性捕捉の結果、HPLC−ESI質量分析において5倍を超えるシグナルの増大が見られた。
Claims (8)
- タンパク質および/またはペプチドを含む試料混合物中から種々の被分析タンパク質および/または被分析ペプチドを検出および/または濃縮するための方法であって、
a)試料混合物を提供する工程および、該混合物中に含有されるタンパク質を規定のペプチドに断片化する工程、
b)前記種々の被分析タンパク質および/または被分析ペプチドの少なくとも1種類のペプチドエピトープに特異的な第1の結合分子を提供する工程であって、該ペプチドエピトープに含まれるアミノ酸が5個以下である工程、
c)前記第1の結合分子を前記試料混合物とともにインキュベートする工程、ならびに
d)種々の被分析タンパク質および/または被分析ペプチドのペプチドエピトープに特異的であり、前記第1の結合分子に結合された被分析タンパク質および/または被分析ペプチドを特異的に認識する第2の結合分子を使用して、前記第1の結合分子に結合された被分析タンパク質および/または被分析ペプチドを検出および/または濃縮する工程であって、前記ペプチドエピトープに含まれるアミノ酸が5個以下である工程、
を含み、前記工程b)において使用される前記第1の結合分子が前記被分析ペプチドの2つの末端ペプチドエピトープの一方に特異的であり、該末端ペプチドエピトープが遊離NH2基または遊離COOH基および3〜5個のアミノ酸を含むこと、ならびに前記第2の結合分子が前記被分析ペプチドの他方の末端ペプチドエピトープに特異的であり、該他方の末端ペプチドエピトープが遊離NH2基または遊離COOH基および3〜5個のアミノ酸を含むことを特徴とする方法。 - 前記工程a)において、変性被分析タンパク質および/または被分析ペプチドを含む試料混合物を提供することを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 前記工程a)において、前記試料混合物中に存在するタンパク質および/またはペプチドを、少なくとも1種類の特異的プロテアーゼおよび/または化学的断片化によって切断し、規定のペプチドとすることを特徴とする、請求項1または2に記載の方法。
- 前記第1の結合分子が支持体上に固定化されていることを特徴とする、請求項1〜3のいずれかに記載の方法。
- 前記支持体が、マイクロアレイ、アフィニティカラム用支持体材料、クロマトグラフィ材料、マイクロチャネル構造物、キャピラリー表面、センサー表面、高分子多孔質海綿状構造物、ビーズを含む群から選択されることを特徴とする、請求項4に記載の方法。
- 前記工程d)における検出および/または濃縮を、FRET及び近接ライゲーションアッセイからなる群から選ばれる方法による前記被分析タンパク質および/または被分析ペプチドの異なるエピトープに対する2つの異なる結合分子の同時結合によって行うことを特徴とする、請求項1〜5のいずれかに記載の方法。
- 前記第1および第2の結合分子を溶液状態で試料とともにインキュベートすることを特徴とする、請求項1〜6のいずれかに記載の方法。
- 抗体、抗体断片、アプタマー、組換え結合分子が第1および/または第2の結合分子として使用されることを特徴とする、請求項1〜7のいずれかに記載の方法。
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