JP5130418B2 - 糖鎖構造の予測方法及び予測プログラム - Google Patents
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Description
予測対象糖:Pentose、DeOxyHexose、Hexose、HexNAc
予測対象構造:糖鎖の糖数が1〜10であり、かつ、糖鎖構造は直鎖型もしくは2分岐を1箇所もつ分岐構造
これらの条件を用いた場合、評価対象となる糖鎖構造データ数は12,804,130通りとなる。
11 演算処置部(CPU)
12 メモリ部
13 記録部
14 インタフェース部(IF部)
15 内部バス
2 操作装置
3 表示装置
4 質量分析装置
Claims (4)
- 分析対象の試料を開裂して質量分析することによって得られるMS/MSデータを用いる糖鎖構造の予測方法であって、
測定によって得られた前記MS/MSデータ中の所定のピークを基準として、該ピークよりも質量が小さい所定範囲に存在する複数のピークを選択する第1ステップと、
選択された複数の前記ピーク間の質量差を求め、該質量差を用いて糖の質量の情報を含むデータベースを検索し、検出された複数の糖を接続して第1糖鎖を作成する第2ステップと、
前記第2ステップで作成された前記第1糖鎖が複数種類ある場合、前記第1糖鎖の各々に関して、非還元末端糖を削除して第2糖鎖を生成する第3ステップと、
同じ非還元末端糖を複数含む前記第2糖鎖に関して、還元末端に最も近い前記非還元末端糖のみを残し、その他の前記非還元末端糖を削除して、第3糖鎖を生成する第4ステップと、
前記第3糖鎖の各々において、前記非還元末端糖の非還元末端側に位置する糖を削除して第4糖鎖を生成する第5ステップと、
全ての前記第4糖鎖を対象として、還元末端糖から数えて同じ順位に位置する同じ糖の全てを1つのグループとする第6ステップとを含むことを特徴とする糖鎖構造の予測方法。 - 前記第6ステップの後に、
特定の前記グループの非還元末端側に隣接する2つのグループが存在する場合、糖鎖が分岐していると決定し、
1つのグループのみが存在する場合、分岐していない直鎖であると決定する第7ステップをさらに含むことを特徴とする請求項1に記載の糖鎖構造の予測方法。 - 分析対象の試料を開裂して質量分析することによって得られるMS/MSデータを用いる糖鎖構造の予測プログラムであって、コンピュータに、
測定によって得られた前記MS/MSデータ中の所定のピークを基準として、該ピークよりも質量が小さい所定範囲に存在する複数のピークを選択する第1の機能と、
選択された複数の前記ピーク間の質量差を求め、該質量差を用いて糖の質量の情報を含むデータベースを検索し、検出された複数の糖を接続して第1糖鎖を作成する第2の機能と、
前記第2の機能で作成された前記第1糖鎖が複数種類ある場合、前記第1糖鎖の各々に関して、非還元末端糖を削除して第2糖鎖を生成する第3の機能と、
同じ非還元末端糖を複数含む前記第2糖鎖に関して、還元末端に最も近い前記非還元末端糖のみを残し、その他の前記非還元末端糖を削除して、第3糖鎖を生成する第4の機能と、
前記第3糖鎖の各々において、前記非還元末端糖の非還元末端側に位置する糖を削除して第4糖鎖を生成する第5の機能と、
全ての前記第4糖鎖を対象として、還元末端糖から数えて同じ順位に位置する同じ糖の全てを1つのグループとする第6の機能とを実現させることを特徴とする糖鎖構造の予測プログラム。 - 前記第6の機能の後に、
特定の前記グループの非還元末端側に隣接する2つのグループが存在する場合、糖鎖が分岐していると決定し、
1つのグループのみが存在する場合、分岐していない直鎖であると決定する第7の機能を、さらにコンピュータに実現させることを特徴とする請求項3に記載の糖鎖構造の予測プログラム。
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