JP4913331B2 - 結腸直腸癌の予後 - Google Patents
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Description
本発明は、生物学的サンプルの遺伝子発現プロフィールに基づいての結腸直腸癌についての予後に関する。
結腸直腸癌は、複雑な起源を有する異種疾患である。患者が結腸直腸癌について処理されると、再発の傾向は、腸壁を通しての腫瘍侵入の程度及び結節関与の存在又は不在に関連する。それらの特徴は、デュウク(Duke)の分類により定義される現病期分類システムに基づかれる。デュウクのA疾患は、結腸又は直腸の粘膜下組織層に限定される。デュウクのB腫瘍は、筋層を通して侵入し、そして結腸又は直腸の壁を侵入する。デュウクのC疾患は、局部リンパ節転移を伴ってのいずれかの程度の腸壁侵入を包含する。
本発明の1つの観点においては、遺伝子発現プロフィールは、少なくとも3種の遺伝子を含む。
本発明のもう1つの観点においては、遺伝子発現プロフィールは、少なくとも4種の遺伝子を含む。
遺伝子発現プロフィールを同定するために使用される製品はまた、遺伝子発現を捕獲し、そしてその存在、不在又は程度を示すために、支持体又は表面を包含することができる。
本発明のさらにもう1つの観点においては、キットは、結腸直腸再発の予後の遺伝子発現分析を行うための試薬を包含する。
それらの変換された比率を含んで成る予備処理されたデータは、それが財政分析目的のために使用される場合、Wagnerソフトウェアに通常使用されるリターン値の代わりに入力として使用される。
1.基線種類を選択し:
2.基線種類のサンプルンついての個々の遺伝子の平均及び標準偏差を計算し;
3.個々の遺伝子について(X*標準偏差+平均)を計算する。これは、すべての他のサンプルが比較される基線読み取りである。Xは緊縮変数であり、高いX値は、低いX値よりも緊縮性である。
4.個々の実験サンプル−対−段階3で計算された基線読み取り間の比率を計算し;
5.1以下の比率が負であるように比率を変換し(例えば、対数底10を用いて)。(ダウンレギュレートされた遺伝子が現在、MV最適化のために必要な負の値を正確に有する);
7.前記ソフトウェアは、効果的な境界をプロットし、そしてその効果的な境界にそってのいずれかの点での最適化されたポートフォリオを戻し;
8.前記効果的な境界上の所望するリターン又は分散を選択し;
9.ポートフォリオ選択アルゴリズムにより生成される重量による、個々の遺伝子の強度値の積を要約することにより、個々のサンプルについてのポートフォリオ値を計算し;
10.(Y×基線のポートフォリオ値の標準差)+平均ポートフォリオ値により境界値を計算する。この境界値よりも大きな値は、実験種類として分類されるであろう;
11.任意には、最良の予測正確度が得られるまで、この工程を反復することができる。
最適なポートフォリオを定義するために追加の境界条件を設定することがまた可能である。例えば、ポートフォリオサイズは、固定された範囲又は多くのマーカーに制限され得る。これは、データ予備選択基準をより厳重にすることにより(例えば、下記式:
加重された投票(Weighted voting):
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Ramaswamy, S., Tamayo, P., Rifkin, R., Mukherjee, S., Yeang, CH., Angelo, M., Ladd, C., Reich, M., Latulippe, E., Mesirov, JP., Poggio, T., Gerald, W., Loda, M., Lander, ES., Gould, TR. Multiclass cancer diagnosis using tumor gene expression signatures Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA 98: 15149-15154, 2001;
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本発明は、次の非制限的例によりさらに例示される。
新鮮な凍結された組織サンプルを、結腸直腸癌に関する手術を行った患者から採取した。使用されたサンプルは、標準の臨床学的診断学及び病理学に従ってのデュウクのB分類の段階の63人の患者からであった。患者の臨床学的結果は知られている。前記患者の36人は3年以上の間、疾病を有さないまま存続し、そして27人の患者は3年以内に腫瘍再発を有した。
LCMにおける使用の前、膜(LPC-MEMBRANE PEN FOIL, 1.35μm No8100, P.A.L.M. GmbH Mikrolaser Technologies, Bernried, Germany) 及びスライドを、RNアーゼを破壊し、そしてフィルムへの組織サンプルの結合を増強するために前処理した。手短に言及すれば、スライドをDEP水により洗浄し、そしてフィルムを、RNase AWAY (Molecular Bioproducts, Inc., San Diego, CA) により洗浄し、そしてDEP水によりすすいだ。
Zymo-Spinカラム(Zymo Research, Orange, CA 92867)を用いて、LCM捕獲されたサンプルから全RNAを抽出した。約2ngの全RNAを、10μlの水に再懸濁し、そして2回のT7 RNAポリメラーゼに基づく増幅を行い、約50μgの増幅されたRNAを生成した。
約23,000のヒトcDNAクローンから成る1組のcDNAマイクロアレイを用いて、Affymetrix, Inc. から得られ、そして市販されているhumanU133aチップの使用によりサンプルを試験した。上記に概略されているように得られ、そして調製された全RNAを、チップに適用し、そして製造業者のプロトコールに従ってAgilent BioAmlyzerに分析した。すべての63のサンプルは品質対照標準を通過し、そしてデータがマーカー選択のために使用された。
不平等分散t−試験を、訓練組に対して行った。有意な補正されたp値を有する一連の28の遺伝子から、MHC II−DR−Bを選択した。それらの遺伝子を、再発者においてダウンレギュレートした。MHC II−DR−B(配列番号2)はまた、最小のp−値を有した(図3a)。
Claims (11)
- (a)配列番号1、配列番号2、配列番号3及び配列番号4の遺伝子、又は(b)配列番号2、配列番号3及び配列番号4の遺伝子、における個々の遺伝子の発現の差異であって、正常集団における同じ遺伝子発現に対するもの、を同定することを含んで成る対象者の結腸直腸癌状態の評価を補助する方法において、対象者における遺伝子の発現が正常集団における同じ遺伝子発現より高いことが結腸直腸癌状態の存在を意味する、ことを特徴とする結腸直腸癌状態の評価を補助する方法。
- 前記遺伝子が、配列番号1、配列番号2、配列番号3及び配列番号4の遺伝子である請求項1記載の方法。
- 前記遺伝子が、配列番号2、配列番号3及び配列番号4の遺伝子である請求項1記載の方法。
- 前記遺伝子の発現の差異が少なくとも2倍である請求項1記載の方法。
- 発現の差異を示すp−値が0.05末満である請求項1記載の方法。
- (a)配列番号1、配列番号2、配列番号3及び配列番号4の遺伝子、又は(b)配列番号2、配列番号3及び配列番号4の遺伝子、における単離された核酸又はそれらの相補体を検出するための材料を含んで成り、当該材料が前記単離された核酸又はそれらの相補体とハイブリダイズする核酸試薬である、結腸直腸癌患者の予後を決定するためのキット。
- 前記遺伝子が、配列番号2、配列番号3及び配列番号4の遺伝子である請求項6記載のキット。
- 前記遺伝子が、配列番号1、配列番号2、配列番号3及び配列番号4の遺伝子である請求項6記載のキット。
- 媒体をさらに含んで成り、それを通して、前記核酸又はそれらの相補体がアッセイされる請求項6記載のキット。
- (a)配列番号1、配列番号2、配列番号3及び配列番号4の遺伝子、又は(b)配列番号2、配列番号3及び配列番号4の遺伝子、における対象者の個々の遺伝子の発現の差異であって、正常集団における同じ遺伝子発現に対するもの、を同定することを含んで成る結腸直腸癌についての治療に対する応答の評価を補助するための方法において、対象者の個々の遺伝子の発現量が、治療前に比べて、正常集団における同じ遺伝子発現量に近い場合に治療効果の存在を意味する、ことを特徴とする方法。
- (a)配列番号1、配列番号2、配列番号3及び配列番号4の遺伝子、又は(b)配列番号2、配列番号3及び配列番号4の遺伝子、における核酸又はそれらの相補体を同定するための材料を含んで成り、当該材料が前記単離された核酸又はそれらの相補体とハイブリダイズする核酸試薬である、結腸直腸癌状態の評価のための製品。
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