JP2023533857A - 抗klk2抗体に対する抗イディオタイプ抗体 - Google Patents
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Abstract
特定の態様では、本開示は、KL2B413含有タンパク質に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分、例えば、抗体又はその抗原結合部分に関する。いくつかの態様では、本開示の抗イディオタイプ抗体及び抗原結合部分は、KL2B413を含むキメラ抗原受容体を発現する細胞を検出及び定量するための方法において使用することができる。
Description
(関連出願の相互参照)
本出願は2020年7月17日に出願された米国仮特許出願第63/053,275号の優先権を主張するものである。前述の出願の全内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は2020年7月17日に出願された米国仮特許出願第63/053,275号の優先権を主張するものである。前述の出願の全内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
(配列表)
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出済みである、その全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。上記ASCIIコピーは、2021年7月7日に作成され、名称はJBI6351WOPCT1_SL.txtであり、サイズは36,187バイトである。
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出済みである、その全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。上記ASCIIコピーは、2021年7月7日に作成され、名称はJBI6351WOPCT1_SL.txtであり、サイズは36,187バイトである。
(発明の分野)
本発明は、KL2B413含有タンパク質に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分、例えば、抗体又はその抗原結合部分に関する。KL2B413を含むキメラ抗原受容体を発現する細胞を検出及び定量する方法も提供される。
本発明は、KL2B413含有タンパク質に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分、例えば、抗体又はその抗原結合部分に関する。KL2B413を含むキメラ抗原受容体を発現する細胞を検出及び定量する方法も提供される。
標的ゲノムへのゲノム材料の送達及び統合の理解における最近の進歩は、標準治療を多様な疾患に合わせて変化させる大きな可能性を有している。T細胞療法では、特定の腫瘍関連抗原に対する特異性を高めるために遺伝子改変され単離されたT細胞を利用する。遺伝子改変は、キメラ抗原受容体(CAR)又は外因性T細胞受容体の発現を伴い、T細胞上に新たな抗原特異性を提供し得る。キメラ抗原受容体を発現するT細胞(CAR-T細胞)は、腫瘍免疫反応性を誘導することができる。
関心のある特定のCAR標的の1つは、カリクレイン関連ペプチダーゼ2(hK2、HK2)である。これは、アンドロゲン受容体(AR)に駆動されて前立腺組織及び前立腺がんに特異的に発現するトリプシン様酵素である。hK2は、膜貫通プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)によって活性化され、前立腺の管に分泌され、そこで、***液中の細胞外マトリクスであるセメノゲリンを切断して***の運動性を増強するカスケードを開始させる。hK2発現は、前立腺及び前立腺がん組織に限定されるが、最近、ステロイドホルモンによりAR経路が適切に活性化された後の乳がん株及び一次患者サンプルでhK2が検出可能であったことが証明された(米国特許出願公開第2018/0326102号)。肥大又は悪性形質転換時に前立腺の高度に構造化された組織が損なわれた場合に、触媒的に不活性なhK2の血液への逆行性放出が生じる。
したがって、前立腺がんを治療するためのCAR-T細胞療法が必要とされている。CARを発現するタンパク質及び細胞を検出、精製、又は選択するために、このようなCARに向けられた抗イディオタイプ抗体も必要とされている。
本開示は、KL2B413含有タンパク質に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分、例えば、抗体又はその抗原結合部分を提供する。本開示はまた、抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分をコードする核酸、抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分を産生する方法、抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分を使用してKL2B413(又はKL2B413を発現する細胞)を検出する方法、並びに抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分を含むキットも提供する。
一態様では、本開示は、KL2B413を含む標的抗体などの抗hK2標的抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分を提供する。いくつかの実施形態では、標的抗体又は抗原結合部分は、配列番号41を含むアミノ酸配列を有するVHドメインと、配列番号42を含むアミノ酸配列を有するVLドメインとを含む。
他の実施形態では、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分は、生体試料中のKL2B413の検出において使用するためのものであり、検出が、(a)生体試料を準備することと、(b)生体試料を抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出することとを含む。
別の態様では、本開示は、配列番号4~7からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR1、配列番号11~14からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR2及び配列番号19~20からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR3を含む重鎖可変(VH)ドメインを含み、配列番号25~26からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR1、配列番号29~30からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR2及び配列番号33~34からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR3を含む軽鎖可変(VL)ドメインを更に含む、KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を提供する。
いくつかの実施形態では、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分は、配列番号45に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するVHドメインを含み、VLドメインは、配列番号46と少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分は、配列番号37に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖を含み、配列番号39に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖を更に含む。いくつかの実施形態では、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分は、配列番号45に対して少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するVHドメインを含む。いくつかの実施形態では、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分は、配列番号46に対して少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するVLドメインを含む。
いくつかの実施形態では、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分は、配列番号45のアミノ酸配列を有するVHドメインと、配列番号46のアミノ酸配列を有するVLドメインとを含む。いくつかの他の実施形態では、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分は、配列番号37のアミノ酸配列を含む重鎖を含み、配列番号39のアミノ酸配列を含む軽鎖を更に含む。
いくつかの実施形態では、抗原結合部分は、Fab、F(ab’)2、又はscFvから選択される。いくつかの実施形態では、抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、キメラ抗体である。いくつかの実施形態では、キメラ抗体は、マウスIgG2aフレームワークを含む。いくつかの他の実施形態では、抗体は、完全ヒト抗体である。いくつかの実施形態では、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分はKL2B413に特異的であり、KL2B413は、キメラ抗原受容体(CAR)の細胞外部分の抗原結合ドメイン内にある。いくつかの実施形態では、KL2B413はscFvであり、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分は、CARのscFv中のエピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、KL2B413は、KLK2に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、抗体又は抗原結合部分は、他のKLK2抗体又は他のKLK2結合CARと交差反応しない。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号43~44からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する。
いくつかの実施形態では、本開示は、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分の重鎖、軽鎖、又はその両方をコードする核酸を提供する。
別の態様では、本開示は、KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分の重鎖、軽鎖、又はその両方をコードする核酸であって、配列番号38のヌクレオチド配列、配列番号40のヌクレオチド配列、又はその両方を含む、核酸を提供する。別の態様では、本開示は、核酸配列を含むベクターを提供する。いくつかの実施形態では、ベクターは、発現ベクターである。別の態様では、本開示は、ベクターを含む宿主細胞を提供する。いくつかの実施形態では、宿主細胞は哺乳動物細胞である。
別の態様では、本開示は、KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分を産生する方法であって、当該抗体又は当該抗原結合部分を発現させる条件下で、抗体又は抗原結合部分の重鎖及び軽鎖をコードするヌクレオチド配列を含む宿主細胞を培養することと、培養物から当該抗体又は当該抗原結合部分を単離することとを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分をコードする核酸を含むベクターをコードする。
別の態様において、本開示は、生体試料中のKL2B413を検出するための方法であって、(a)生体試料を準備することと、(b)生体試料を抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出することとを含む、方法を提供する。
別の態様では、本開示は、生体試料中のKL2B413を含むキメラ抗原受容体(CAR)の発現を検出するための方法であって、(a)生体試料を準備することと、(b)生体試料を抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出し、それによってCARの発現を検出することとを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、抗体は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出する前に、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出可能な標識と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、生体試料は、血液、血清又は尿である。
いくつかの態様では、本開示は、生体試料中のKL2B413を検出するためのキットであって、(a)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と、(b)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出するための説明書とを含む、キットを提供する。
他の態様では、本開示は、試料からKL2B413を精製する方法であって、(a)KL2B413を含む生体試料を準備することと、(b)生体試料を本開示の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を捕捉し、それによってKL2B413を精製することとを含む、方法を提供する。
他の態様では、本開示は、細胞集団からCAR-T細胞を選択する方法であって、(a)CAR-T細胞を含む生体試料を準備することと、(b)生体試料を抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を捕捉し、それによってCAR-T細胞を選択することとを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分は、KL2B413に特異的である。
本開示は、前述の態様及び実施形態のうちのいずれかの全ての組み合わせ、並びに詳細な説明及び実施例に記載の実施形態のうちのいずれかとの組み合わせを企図する。
本発明を説明する目的で、本開示のある特定の実施形態が図面に示されている。しかしながら、本開示は、図面に示された実施形態の精密な配置及び手段に限定されるものではない。
ポリクローナルELISAで検出された4ラウンドのパニング後のKL2B513又はKL2B610特異的結合濃縮のグラフ表示である。
GCDB734カウンタースクリーニング試薬結合アッセイと比較した、KL2B513又はKL2B610標的結合アッセイからのモノクローナルFab結合スクリーニングの結果のグラフ表示である。
モノクローナル抗体がscFvトランスフェクトSupT1細胞への結合においてスクリーニングされた、細胞ベースの結合アッセイのグラフ表示である。
KL2B413-LH SupT1細胞へのA002B39の用量依存的結合のグラフ表示である。
KL2B413-LH scFv-Fc融合タンパク質による、KL2B413-LH SupT1細胞へのPE-A002B39の用量依存的結合のブロッキングのグラフ表示である。
全血中にスパイクされたKL2B413-LH-SupT1細胞のPE-A002B39検出のグラフ表示である。
KL2B413-LH-SupT1と同様の結合プロファイルを有するPE-A002B39の2つの異なるロットのグラフ表示である。
概説
本開示は、KL2B413含有タンパク質に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分、例えば、抗体又はその抗原結合部分を提供する。本開示の抗イディオタイプ抗体及び抗原結合部分は、KL2B413を含むCARを発現する細胞を検出及び定量するための方法において使用することができる。このような方法により、研究者は、in vitroで生成されたCAR-T細胞の所与のバッチが所望のCARを発現したかどうか、したがって、細胞が所望のタンパク質を標的とするのに治療上有用であるかどうかを判断できることがある。本開示において、抗イディオタイプ抗体及び抗原結合部分は、KL2B413を標的とし、これはそれ自体、前立腺組織に関連するタンパク質であるKLK2を標的とする。
本開示は、KL2B413含有タンパク質に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分、例えば、抗体又はその抗原結合部分を提供する。本開示の抗イディオタイプ抗体及び抗原結合部分は、KL2B413を含むCARを発現する細胞を検出及び定量するための方法において使用することができる。このような方法により、研究者は、in vitroで生成されたCAR-T細胞の所与のバッチが所望のCARを発現したかどうか、したがって、細胞が所望のタンパク質を標的とするのに治療上有用であるかどうかを判断できることがある。本開示において、抗イディオタイプ抗体及び抗原結合部分は、KL2B413を標的とし、これはそれ自体、前立腺組織に関連するタンパク質であるKLK2を標的とする。
定義
本明細書及び添付の「特許請求の範囲」において使用される場合、「a」、「an」、及び「the」という単数形は、その内容について別途明確に指示されない限り、複数の指示対象を包含する。したがって、例えば、「細胞(a cell)」という言及には、2つ又は3つ以上の細胞の組み合わせなどが含まれる。
本明細書及び添付の「特許請求の範囲」において使用される場合、「a」、「an」、及び「the」という単数形は、その内容について別途明確に指示されない限り、複数の指示対象を包含する。したがって、例えば、「細胞(a cell)」という言及には、2つ又は3つ以上の細胞の組み合わせなどが含まれる。
移行句「備える/含む(comprising)」、「から本質的になる(consisting essentially of)」、及び「からなる(consisting of)」は、特許用語において一般的に受け入れられている意味を含意することを意図しており、すなわち、(i)「備える/含む(comprising)」は、「含む」、「含有する」、又は「特徴とする」と同義であり、包括的又は非制限的なものであり、その他の列挙されていない要素又は方法工程を除外するものではなく、(ii)「からなる(consisting of)」は、特許請求の範囲において特定されていない、あらゆる要素、工程、又は成分を除外し、並びに(iii)「から本質的になる」は、特定される材料又は工程、並びに、特許請求される発明の「基本的かつ新しい特徴に実質的に影響しないもの」に、特許請求の範囲を制限する。語句「備える/含む」(又はその同等語)を伴って記載される実施形態はまた、「からなる」及び「から本質的になる」を伴って独立して記載される実施形態として提供する。
「活性化」又は「刺激」又は「活性化された」又は「刺激された」とは、活性化マーカーの発現、サイトカイン産生、又は標的細胞の増殖若しくは細胞傷害性の媒介をもたらす、細胞の生物学的状態の変化の誘導を指す。細胞は、一次刺激シグナルによって活性化され得る。共刺激シグナルは、一次シグナルの大きさを増幅し、初期刺激後の細胞死を抑制することができ、その結果、より耐久性のある活性化状態、ひいてはより高い細胞傷害能をもたらす。「共刺激シグナル」は、TCR/CD3ライゲーションなどの一次シグナルと組み合わせて、T細胞及び/若しくはNK細胞の増殖並びに/又は鍵となる分子のアップレギュレーション若しくはダウンレギュレーションを引き起こすシグナルを指す。
「抗イディオタイプ抗体」又は「抗イディオタイプの抗体」は、別の抗体の可変領域に特異的に結合する抗体を指す。KLK2の場合、抗イディオタイプ抗体は、抗KLK2抗体に特異的に結合する。
「抗原結合部分」、「抗原結合断片」又は「抗原結合ドメイン」は、抗原に結合するタンパク質の部分を指す。抗原結合部分は、合成ポリペプチド、酵素的に入手可能なポリペプチド、又は遺伝的に操作されたポリペプチドであってよく、これには、抗原に結合する免疫グロブリンの一部、例えば、VH、VL、VH及びVL、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fd及びFv断片、1つのVHドメイン又は1つのVLドメインからなるドメイン抗体(dAb)、サメ可変IgNARドメイン、ラクダ化VHドメイン、VHHドメイン、FR3-CDR3-FR4部分などの抗体のCDRを模倣するアミノ酸残基からなる最小認識ユニット、HCDR1、HCDR2、及び/又はHCDR3、並びにLCDR1、LCDR2、及び/又はLCDR3、抗原に結合するオルタナティブスカフォールド、並びに抗原結合部分を含む多重特異性タンパク質が挙げられる。抗原結合部分(VH及びVLなど)は、合成リンカーを介して互いに連結して、VH及びVLドメインが別々の一本鎖により発現された場合にVH/VLドメインが分子内又は分子間で対合して一価の抗原結合ドメイン、例えば一本鎖Fv(scFv)又はダイアボディを形成することができる、様々な種類の一本鎖抗体設計を形成することができる。抗原結合部分はまた、二重特異性及び多重特異性タンパク質を遺伝子操作するために、単一特異性又は多重特異性であり得る他の抗体、タンパク質、抗原結合部分、又はオルタナティブスカフォールドにコンジュゲートされてもよい。
「がん」は、身体における異常細胞の制御されていない成長を特徴とする様々な疾患の広範な群を指す。制御されていない細胞***及び成長は、隣接組織を浸潤する悪性腫瘍の形成をもたらし、リンパ系又は血流を介して身体の遠位部分にも転移し得る。「がん」又は「がん組織」は、腫瘍を含み得る。
「完全長抗体」は、ジスルフィド結合によって相互に接続された、2本の重鎖(HC)及び2本の軽鎖(LC)、並びにこれらの多量体(例えば、IgM)で構成される。各重鎖は、重鎖可変ドメイン(VH)及び重鎖定常ドメインで構成され、重鎖定常ドメインは、サブドメインCH1、ヒンジ、CH2及びCH3で構成される。各軽鎖は、軽鎖可変ドメイン(VL)及び軽鎖定常ドメイン(CL)で構成される。VH及びVLは、フレームワーク領域(FR)が散在している、相補性決定領域(Complementarity determining regions、CDR)と呼ばれる超可変性の領域に更に細分化され得る。各VH及びVLは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって以下の順序:FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、及びFR4で配置された、3つのCDR及び4つのFRセグメントで構成される。
「相補性決定領域(CDR)」は、抗体における抗原結合部位である。CDRは、様々な用語を使用して定義され得る:(i)VH内に3つ(HCDR1、HCDR2、HCDR3)及びVL内に3つ(LCDR1、LCDR2、LCDR3)の相補性決定領域(CDR)は、配列多様性に基づいている(Wu and Kabat,J Exp Med 132:211-50,1970;Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.,1991)。(ii)VH内に3つ(H1、H2、H3)及びVL内に3つ(L1、L2、L3)の「超可変性領域」、「HVR」、又は「HV」は、Chothia及びLesk(Chothia and Lesk Mol Biol 196:901-17,1987)によって定義されるとおり、構造において超可変性である、抗体可変ドメインの領域を指す。International ImMunoGeneTics(IMGT)データベース(http://www_imgt_org)は、抗原結合部位についての標準的番号及び定義を提供する。CDR、HV、及びIMGT概要説明の対応が、Lefranc et al.,Dev Comparat Immunol 27:55-77,2003に記載されている。本明細書で使用されている「CDR」、「HCDR1」、「HCDR2」、「HCDR3」、「LCDR1」、「LCDR2」、及び「LCDR3」という用語は、本明細書において別途記載のない限り、上掲のKabat、Chothia、又はIMGTにより記載されている方法のいずれかによって定義されるCDRを含む。
「ヒト抗体」は、ヒト対象に投与されるときに、最小の免疫応答を有するように最適化された抗体を意味する。ヒト抗体の可変領域は、ヒト免疫グロブリン配列に由来する。ヒト抗体が定常領域又は定常領域の一部を含む場合、その定常領域もヒト免疫グロブリン配列に由来する。ヒト抗体は、ヒト抗体の可変領域がヒト生殖系列免疫グロブリン又は再編成された免疫グロブリン遺伝子を使用する系から得られた場合、ヒト起源の配列に「由来する」重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む。このような例示的な系は、ファージにディスプレイされたヒト免疫グロブリン遺伝子ライブラリ、及びヒト免疫グロブリン遺伝子座を保有するトランスジェニック非ヒト動物、例えばマウス又はラットを含む。「ヒト抗体」は、典型的には、ヒト抗体及びヒト免疫グロブリン遺伝子座を得るために使用した系の違い、フレームワーク若しくはCDRへの体細胞変異の導入若しくは置換の意図的な導入、又はこれらの両方により、ヒトで発現した免疫グロブリンと比較したときにアミノ酸の違いを含有する。典型的には、「ヒト抗体」は、ヒト生殖系列免疫グロブリン又は再編成された免疫グロブリン遺伝子によってコードされているアミノ酸配列に対して、アミノ酸配列が少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%同一である。場合によっては、「ヒト抗体」は、例えばKnappik et al.,(2000)J Mol Biol 296:57-86に記載されるヒトフレームワーク配列分析から得られたコンセンサスフレームワーク配列、又は例えばShi et al.,(2010)J Mol Biol 397:385-96及び国際公開第2009/085462号に記載される、ファージ上に提示されたヒト免疫グロブリン遺伝子ライブラリに組み込まれた合成HCDR3を含有し得る。少なくとも1つのCDRが非ヒト種に由来する抗体は、「ヒト抗体」の定義には含まれない。
「ヒト化抗体」は、少なくとも1つのCDRが非ヒト種に由来し、少なくとも1つのフレームワークがヒト免疫グロブリン配列に由来する抗体を意味する。ヒト化抗体は、フレームワークに置換を含むことができるため、フレームワークは、発現したヒト免疫グロブリン又はヒト免疫グロブリン生殖細胞系列遺伝子配列の厳密なコピーではない場合がある。
「単離/単離された」とは、組み換え細胞などにおける分子が産生される系の他の成分から実質的に分離及び/又は精製された分子の均質な集団(例えば、合成ポリヌクレオチド又はポリペプチド)、並びに少なくとも1つの精製又は単離工程に供されたタンパク質を指す。「単離/単離された」とは、他の細胞材料及び/又は化学物質を実質的に含まない分子を指し、より高い純度、例えば80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の純度まで単離された分子を包含する。
「調節する」は、対照又はビヒクルによって媒介される応答と比較したときに、より多い又はより少ない応答を媒介する(すなわち、下流効果)試験分子の増強された又は低減された能力のいずれかを指す。
「ナチュラルキラー細胞」及び「NK細胞」は、本明細書では互換的かつ同義的に使用される。NK細胞とは、CD16+CD56+及び/又はCD57+TCR-表現型を有する分化リンパ球を指す。NK細胞は、特定の細胞溶解性酵素の活性化によって「自己」MHC/HLA抗原を発現できない細胞に結合し、殺傷する能力、腫瘍細胞又はNK活性化受容体のリガンドを発現する他の疾患細胞を殺傷する能力、及び免疫応答を刺激又は阻害するサイトカインと呼ばれるタンパク質分子を放出する能力を特徴とする。
「特異的に結合する」、「特異的結合」、「特異的に結合している」、又は「結合する」とは、タンパク質性分子が、抗原又は抗原内のエピトープに、他の抗原に対する親和性よりも高い親和性で結合することを指す。典型的には、タンパク質性分子は、約1×10-7M以下、例えば約5×10-8M以下、約1×10-8M以下約1×10-9M以下、約1×10-10M以下、約1×10-11M以下、又は約1×10-12M、1×10-13M、1×10-14M、1×10-15M以下の平衡解離定数(KD)で抗原又は抗原内のエピトープに結合し、典型的には、KDは、非特異的抗原(例えば、BSA、カゼイン)への結合についてのKDよりも少なくとも100倍小さい。本明細書に記載の前立腺ネオ抗原の文脈において、「特異的結合」とは、タンパク質性分子が、前立腺ネオ抗原がその変異体である野生型タンパク質に検出可能には結合することなく、前立腺ネオ抗原に結合することを指す。
「腫瘍細胞」又は「がん細胞」とは、in vivo、ex vivo、又は組織培養のいずれかにおいて、自然発生的な又は導入された表現型の変化を有するがん性、前がん性、又は形質転換細胞を指す。これらの変化は、必ずしも新たな遺伝物質の取り込みを伴うものではない。形質転換は、形質転換ウイルスの感染及び新たなゲノム核酸の組み込み、外因性核酸の取り込みにより発生させることもでき、自然発生的に又は発がん物質に曝露した後に発生し、それによって内因性の遺伝子が変異する場合もある。形質転換/がんは、in vitro、in vivo、及びex vivoにおける、形態学的変化、細胞の不死化、異常な増殖制御、病巣の形成、増殖、悪性病変、腫瘍特異的マーカーレベルの調節、浸潤性、ヌードマウスなどの好適な動物宿主における腫瘍の増殖などによって例示される。
用語「キメラ抗原受容体」又は「CAR」は、本明細書で使用するとき、全て天然では単一のタンパク質において一緒にみられることのない組み合わせで、細胞外標的結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞内シグナル伝達ドメインを含む細胞表面受容体として定義される。これには、特に、細胞外ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインが天然では単一の受容体タンパク質において一緒にみられることのない受容体が含まれる。本発明のキメラ抗原受容体は、主に、T細胞及びナチュラルキラー(NK)細胞などのリンパ球での使用が意図される。
用語「T細胞」及び「Tリンパ球」は、互換的であり、本明細書において同義的に使用される。本明細書で使用するとき、T細胞は、胸腺細胞、ナイーブTリンパ球、未成熟Tリンパ球、成熟Tリンパ球、休止Tリンパ球、又は活性化Tリンパ球を含む。T細胞は、Tヘルパー(T helper、Th)細胞、例えば、Tヘルパー1(Th1)又はTヘルパー2(Th2)細胞であり得る。T細胞は、ヘルパーT細胞(HTL、CD4+T細胞)、CD4+T細胞、細胞傷害性T細胞(cytotoxic T cell、CTL、CD8+T細胞)、腫瘍浸潤細胞傷害性T細胞(TIL、CD8+T細胞)、CD4+CD8+T細胞、又はT細胞の任意の他のサブセットであってもよい。特定の実施形態で使用するのに好適なT細胞の他の例示的な集団としては、ナイーブT細胞及びメモリT細胞が挙げられる。また、「NKT細胞」も含まれ、これは、半不変αβT細胞受容体を発現するだけでなく、NK1.1などの典型的にはNK細胞に関連する様々な分子マーカーも発現する、T細胞の特殊な集団を指す。NKT細胞としては、NK1.1+及びNK1.1-、並びにCD4+、CD4-、CD8+、及びCD8細胞が挙げられる。NKT細胞のTCRは、MHC I様分子CD Idによって提示される糖脂質抗原を認識するという点で独特である。NKT細胞は、炎症又は免疫寛容のいずれかを促進するサイトカインを産生する能力により、保護効果又は有害効果のいずれかを有し得る。また、「ガンマデルタT細胞(γδT細胞)」も含まれ、これは、それらの表面に異なるTCRを有するT細胞の小さなサブセットの特殊な集団を指し、TCRがα及びβ-TCR鎖と表記される2つの糖タンパク質鎖から構成されるT細胞の大部分とは異なる。γδT細胞におけるTCRは、γ鎖及びδ鎖から構成される。γδT細胞は、免疫監視及び免疫調節において役割を果たすことができ、IL-17の重要な供給源であること、及び活発なCD8+細胞傷害性T細胞応答を誘導することが見出された。また、異常又は過剰な免疫応答を抑制し、免疫寛容において役割を果たすT細胞を指す「制御性T細胞」又は「Treg」も含まれる。Tregは、典型的には、転写因子Foxp3陽性CD4+T細胞であり、また、IL-10産生CD4+T細胞である転写因子Foxp3陰性制御性T細胞も含み得る。
本明細書で使用するとき、用語「抗原」とは、T細胞受容体が結合することができる任意の剤(例えば、タンパク質、ペプチド、多糖類、糖タンパク質、糖脂質、核酸、これらの一部、又はこれらの組み合わせ)分子を指す。抗原は、免疫応答を惹起することもできる。免疫応答の例は、限定するものではないが、抗体産生、若しくは特定の免疫学的コンピテント細胞の活性化、又はその両方を伴い得る。当業者は、抗原が決して「遺伝子」によってコードされている必要はないことを理解するであろう。抗原は、合成で作製されてもよく、又は生物学的試料に由来していてもよく、又はポリペプチド以外の巨大分子であってもよいことは容易に明らかである。このような生物学的試料としては、組織試料、腫瘍試料、細胞、又は他の生物学的成分、生物、タンパク質/抗原のサブユニット、殺傷若しくは不活性化された全細胞若しくは溶解物を含む流体を挙げることができるが、これらに限定されない。
用語「抗体」とは、モノクローナル抗体、多重特異性抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、一本鎖Fv(scFv)、一本鎖抗体、Fab断片、F(ab’)断片、ジスルフィド連結Fv(sdFv)、イントラボディ、ミニボディ、ダイアボディ、及び抗イディオタイプ(抗Id)抗体(例えば、抗原特異的TCRに対する抗Id抗体を含む)、及び上記のいずれかのエピトープ結合部分を指す。「抗体」及び「抗体」という用語はまた、米国特許出願公開第2007/0004909号に記載のものなどの共有結合性ダイアボディ、及び米国特許出願公開第2009/0060910号に開示されているものなどのIg-DARTSを指す。TCR結合分子として有用な抗体としては、免疫グロブリン分子及び免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な断片、すなわち、抗原結合部位を含有する分子が挙げられる。免疫グロブリン分子は、任意の種類(例えば、IgG、IgE、IgM、IgD、IgA、及びIgY)、クラス(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM1、IgM2、IgA1、及びIgA2)、又はサブクラスであってよい。
用語「宿主細胞」は、異種核酸を含有する任意の細胞を意味する。異種核酸は、ベクター(例えば、発現ベクター)であり得る。例えば、宿主細胞は、細胞による物質の産生、例えば、遺伝子、DNA若しくはRNA配列、タンパク質、又は酵素の細胞による発現のための、任意の方法で選択、改変、形質転換、成長、使用、又は操作される任意の生物由来の細胞であってよい。適切な宿主を決定することができる。例えば、宿主細胞は、ベクター骨格及び所望の結果に基づいて選択され得る。例として、プラスミド又はコスミドは、いくつかのタイプのベクターを複製するために原核生物宿主細胞に導入され得る。DH5α、JM109、及びKCBなどであるが、これらに限定されない細菌細胞、SURE(登録商標)コンピテント細胞、並びにSOLOPACK Gold細胞を、ベクター複製及び/又は発現のための宿主細胞として使用することができる。更に、大腸菌LE392などの細菌細胞を、ファージウイルスの宿主細胞として使用することができる。宿主細胞として使用され得る真核細胞には、酵母(例えば、YPH499、YPH500及びYPH501)、昆虫及び哺乳動物が含まれるが、これらに限定されない。ベクターの複製及び/又は発現のための哺乳類真核宿主細胞の例としては、HeLa、NIH3T3、Jurkat、293、COS、CHO、Saos、及びPC12が挙げられるが、これらに限定されない。
用語「発現する」及び「発現」は、遺伝子又はDNA配列の情報が生成されることを可能にするか又は生成させること、例えば、対応する遺伝子又はDNA配列の転写及び翻訳に関与する細胞機能を活性化することによってタンパク質を生成することを意味する。DNA配列は、細胞内に又は細胞によって発現して、タンパク質などの「発現産物」を形成する。発現産物自体、例えば、得られたタンパク質は、細胞によって「発現された」と言うこともできる。発現産物は、細胞内、細胞外、又は膜貫通として特徴付けることができる。
「トランスフェクション」という用語は、組み換えDNA技術を使用して「外来」(すなわち、外因性又は細胞外)核酸を細胞に導入することを意味する。「遺伝子改変」という用語は、宿主細胞が、導入された遺伝子又は配列を発現して、所望の物質、通常、導入された遺伝子又は配列によってコードされるタンパク質又は酵素を生成するように、「外来」(すなわち、外因性又は細胞外)遺伝子、DNA又はRNA配列の宿主細胞への導入を意味する。導入された遺伝子又は配列はまた、「クローニングされた」又は「外来」遺伝子又は配列と呼ばれる場合もあり、開始、終止、プロモーター、シグナル、分泌、又は細胞の遺伝機構によって使用される他の配列などのキメラ抗原受容体をコードしているポリヌクレオチドに操作可能に連結した調節配列又は制御配列を含んでいてよい。遺伝子又は配列は、既知の機能を有さない非機能的配列を含んでいてよい。導入されたDNA又はRNAを受け取って発現する宿主細胞は、「遺伝的に操作されている」。宿主細胞に導入されたDNA又はRNAは、宿主細胞と同じ属若しくは種の細胞を含む任意の起源、又は異なる属若しくは種に由来し得る。
用語「形質導入」とは、ウイルスベクターを使用する外来核酸の細胞への導入を意味する。
用語「制御エレメント」は、核酸配列の発現のいくつかの態様を制御する任意のシス作用性遺伝要素を指す。いくつかの実施形態では、用語「プロモーター」は、本質的に、転写を開始するために必要な最小配列を含む。いくつかの実施形態では、用語「プロモーター」は、転写を開始させるための配列を含み、加えて、それぞれ一般的に「エンハンサーエレメント」及び「リプレッサーエレメント」と呼ばれる転写をアップレギュレート又はダウンレギュレートすることができる配列も含む。
本明細書で使用するとき、「操作可能であるように連結された」及び類似の語句は、核酸又はアミノ酸に関して使用される場合、それぞれ、互いに機能的な関係で配置された核酸配列又はアミノ酸配列の操作可能であるような連結を指す。例えば、操作可能であるように連結されたプロモーター、エンハンサーエレメント、オープンリーディングフレーム、5’及び3’UTR、並びにターミネーター配列は、核酸分子(例えば、RNA)の正確な産生をもたらす。いくつかの実施形態では、操作可能であるように連結された核酸エレメントは、オープンリーディングフレームの転写及び最終的にはポリペプチドの生成(すなわち、オープンリーディングフレームの発現)をもたらす。別の例として、操作可能であるように連結されたペプチドは、機能ドメインが互いに適切な距離で配置されて、各ドメインの意図された機能を付与するものを指す。
「増強する」又は「促進する」又は「増加する」又は「拡大する」又は「改善する」は、全般的に、ビヒクル又は対照分子/組成物のいずれかによって引き起こされる応答と比較して、より大きな生理学的応答を生じさせるか、誘発するか、又は引き起こす(すなわち、下流効果)、本明細書で企図される組成物の能力を指す。測定可能な生理学的応答は、特に当該技術分野及び本明細書の記載の理解から明らかなように、T細胞の拡大、活性化、エフェクタ機能、持続性の増加、及び/又はがん細胞死殺傷能力の増加を含み得る。特定の実施形態では、「増加した」又は「増強された」量は、「統計的に有意な」量であり得、ビヒクル又は対照組成物によって生じた応答の1.1、1.2、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、30倍、又はそれ以上(例えば、500、1000倍)(全ての整数及び間の小数点、かつ1超、例えば、1.5、1.6、1.7。1.8などを含む)の増加を含み得る。
「減少する」又は「より低い」又は「より少なくする」又は「低下させる」又は「弱める」は、一般に、ビヒクル又は対照分子/組成物のいずれかによって引き起こされる応答と比較して、より少ない生理学的応答(即ち、下流効果)を生じさせるか、誘発するか、又は引き起こす、本明細書で企図される組成物の能力を指す。特定の実施形態では、「減少する」又は「低減された」量は、「統計的に有意な」量であり得、ビヒクル、対照組成物によって生じた応答(参照応答)、又は特定の細胞系譜における応答の1.1、1.2、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、30倍、又はそれ以上(例えば、500、1000倍)(全ての整数及び間の小数点、かつ1超、例えば、1.5、1.6、1.7。1.8などを含む)の減少を含み得る。
用量又は量に適用される「有効な」という用語は、それを必要とする被験体への投与時に所望の活性をもたらすのに十分な化合物又は医薬組成物の量を指す。活性成分の組み合わせを投与するとき、その組み合わせの有効量は、個々に投与された場合に有効であろう各成分の量を含んでいる場合もあり、含んでいない場合もあることに留意されたい。正確な必要量は、種、年齢、及び全身状態、治療される病態の重症度、用いられる具体的な薬物、投与の様式などに応じて、対象によって異なる。
本明細書に記載の組成物に関連して使用される「医薬的に許容される」という語句は、生理学的に許容可能であり、哺乳動物(例えば、ヒト)に投与されたときに通常は有害な反応を生じない分子実体及びそのような組成物の他の成分を指す。好ましくは、用語「医薬的に許容される」とは、哺乳類、より具体的にはヒトにおける使用について、連邦政府若しくは州政府の規制機関によって認可されているか、又は米国薬局方若しくは他の全般的に認められている薬局方に記載されていることを意味する。
用語「タンパク質」は、本明細書で使用するとき、全ての長さのタンパク質断片を含む天然及び合成のタンパク質、融合タンパク質、並びに糖タンパク質に加えて、全ての他の種類の修飾タンパク質(例えば、リン酸化、アセチル化、ミリストイル化、パルミトイル化、グリコシル化、酸化、ホルミル化、アミド化、ポリグルタミル化、ADP-リボシル化、ペグ化、ビオチン化などから得られるタンパク質)を含むがこれに限定されない修飾タンパク質の全ての種類を包含する。
用語「核酸」、「ヌクレオチド」、及び「ポリヌクレオチド」は、別途明記しない限り、DNA及びRNAの両方を包含する。「核酸配列」又は「ヌクレオチド配列」とは、アミノ酸をコードしている核酸配列を意味し、これらの用語はまた、リンカーによってコードされている任意のアミノ酸を含む、クローニングのアーチファクトとして付加される任意のアミノ酸をコードしている部分を含む核酸配列を指す場合もある。
用語「担体」は、化合物が一緒に投与される希釈剤、補助剤、賦形剤、又はビヒクルを指す。このような医薬担体は、落花生油、大豆油、鉱油、ゴマ油などの、石油、動物、植物、又は合成起源のものを含む、水及び油などの滅菌液体であってよい。水又は水溶液、生理食塩水、並びにデキストロース及びグリセリン水溶液が、特に注射溶液用の担体として好ましく用いられる。代替的に、担体は、バインダー(圧縮丸剤用)、流動促進剤、封入剤、風味剤、及び着色剤のうちの1つ以上を含むがこれらに限定されない固体剤形担体であってもよい。好適な医薬用担体の例は、E.W.Martinによる「Remington’s Pharmaceutical Sciences」に記載されている。
用語「約」又は「およそ」は、値の統計的に意味のある範囲内にあることを含む。このような範囲は、所与の値又は範囲の1桁以内、好ましくは50%以内、より好ましくは20%以内、更により好ましくは10%以内、更により好ましくは5%以内であり得る。用語「約」又は「およそ」によって包含される許容可能な変動は、研究中の具体的なシステムに依存し、当業者によって容易に理解され得る。
「カリクレイン関連ペプチダーゼ2」、「hK2」、「KLK2」、又は「klk2」とは、カリクレイン-2、顆粒状カリクレイン2、又はHK2とも呼ばれる既知のタンパク質を指す。hK2は、プレプロタンパク質として生成され、タンパク質分解中に切断されて活性プロテアーゼを生成する。全てのhK2アイソフォーム及び変異体が、「hK2」に包含される。様々なアイソフォームのアミノ酸配列は、GenBankアクセッション番号NP_005542.1、NP_001002231.1、及びNP_001243009から検索可能である。配列番号47における完全長ヒトhK2のアミノ酸配列を示す。配列は、シグナルペプチド(残基1~18)及びプロペプチド領域(残基19~24)を含む。
「KL2B413」という用語は、CARを含む、KL2B413 VH(配列番号41)及びKL2B413 VL(配列番号42)に由来する可変領域を含有する、任意の抗体、その抗原結合部分、又は任意の他のタンパク質を指す。特定の実施形態では、本開示の抗イディオタイプ抗体は、配列番号41に示されるVHドメイン及び/又は配列番号42に示されるVLドメインを含むタンパク質に特異的に結合する。特定の実施形態では、本開示の抗イディオタイプ抗体は、配列番号41に示されるVHドメインの3つのCDR及び配列番号42に示されるVLドメインの3つのCDRを含むタンパク質に特異的に結合する。
「KL2B513」という用語は、VL-VH方向の可変領域を有するKL2B413由来のscFv融合タンパク質を指す。KL2B513は、KL2B413-LH-scFvと互換的に呼ばれる場合がある。
「KL2B610」という用語は、VH-VL方向の可変領域を有するKL2B413由来のscFv融合タンパク質を指す。KL2B610は、KL2B413-HL-scFvと互換的に呼ばれる場合がある。
「A002B39」という用語は、KL2B413を標的とするヒトVH/VL及びマウスIgG2a/kを有するキメラmAbを指す。A002B39は、A002M39と互換的に呼ばれる場合がある。
本明細書で使用される用語は、あくまで特定の実施形態を説明する目的のものに過ぎず、限定を目的としたものではない。本明細書で使用される場合、文脈により別途明確に示されない限り、冠詞「a」、「an」及び「the」は、複数の指示物を含むものと理解されたい。
本開示は、本明細書に記載の抗体、核酸、ポリペプチド、及びタンパク質の変異体、例えば機能的変異体を更に提供する。「変異体」は、例えば、置換、挿入、又は欠失といった1つ以上の改変によって参照ポリペプチド又は参照ポリヌクレオチドと異なるポリペプチド又はポリヌクレオチドを指す。本明細書で使用される「機能的変異体」という用語は、親抗体、ポリペプチド、又はタンパク質と実質的又は有意な配列同一性又は類似性を有する抗体、ポリペプチド、又はタンパク質を指し、この機能的変異体は、変異体である抗体、ポリペプチド、又はタンパク質の生物活性を保持する。機能的変異体は、親抗体、ポリペプチド、又はタンパク質と同様の程度、同程度、又はより高い程度で標的細胞を認識する能力を保持する、例えば、本明細書に記載の抗体、ポリペプチド、又はタンパク質(親抗体、ポリペプチド、又はタンパク質)の変異体を包含する。親抗体、ポリペプチド、又はタンパク質に関して、機能的変異体は、例えば、親抗体、ポリペプチド、又はタンパク質に対して、アミノ酸配列が少なくとも約30%、約40%、約50%、約60%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、又はそれ以上同一であり得る。
本明細書では、ポリペプチドの構造は、列挙された参照配列(所与の配列番号を有する)との%配列同一性に基づいて定義された場所にある。これに関連して、2つのアミノ酸配列間の%配列同一性は、最適な方法でアラインメントされたこれらの2つの配列を比較することによって判定することができ、比較されるアミノ酸配列は、これらの2つの配列間における最適なアラインメントのために参照配列に対して付加又は欠失を含み得る。同一性の百分率は、2つの配列間のアミノ酸残基が同一である同一位置の数を判定し、この同一位置の数を比較ウィンドウ内の位置の総数で除算し、得られた結果に100を乗算し、これら2つの配列間における同一性の百分率を得るようにすることにより計算される。典型的には、比較ウィンドウは、比較される配列の全長に対応する。例えば、BLASTプログラム、「BLAST 2配列」(Tatusova et al,「Blast 2 sequences-a new tool for comparing protein and nucleotide sequences」,FEMS Microbiol Lett.174:247-250)を使用することが可能であり、サイトhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.htmlで入手可能であり、使用されるパラメータは、デフォルト(具体的には、パラメータ「オープンギャップペナルティ」:5、及び「エクステンションギャップペナルティ」:2;選択されたマトリックスは、例えば、プログラムによって提案されるマトリックス「BLOSUM 62」)で与えられているパラメータであり、比較される2つの配列間における同一性の百分率は、プログラムによって直接計算される。クエリ配列の参照配列に対する配列同一性の判定は、当業者の能力の範囲内であり、BLAST(商標)などの市販の解析ソフトウェアを使用して実行することができる。
機能的変異体は、例えば、少なくとも1つの保存的アミノ酸置換を有する親抗体、ポリペプチド、又はタンパク質のアミノ酸配列を含み得る。別の実施形態では、機能的変異体は、少なくとも1つの非保存的アミノ酸置換を有する親抗体、ポリペプチド、又はタンパク質のアミノ酸配列を含み得る。この場合、非保存的アミノ酸置換は、機能的変異体の生物活性を抑制又は阻害することができない。非保存的アミノ酸置換により、機能的変異体の生物活性を向上させることができ、その結果、機能的変異体の生物活性は、親抗体、ポリペプチド、又はタンパク質と比較して増強する。
本発明の抗体のアミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換であり得る。保存的アミノ酸置換は、当該技術分野において既知であり、特定の物理的及び/又は化学的特性を有する1つのアミノ酸を、同じ又は類似の化学的又は物理的特性を有する別のアミノ酸と交換するアミノ酸置換を含む。例えば、保存的アミノ酸置換は、別の酸性アミノ酸で置換された酸性アミノ酸(例えば、Asp又はGlu)、非極性側鎖を有する別のアミノ酸で置換された非極性側鎖を有するアミノ酸(例えば、Ala、Gly、Val、Ile、Leu、Met、Phe、Pro、Trp、Valなど)、別の塩基性アミノ酸で置換された塩基性アミノ酸(Lys、Argなど)、極性側鎖を有する別のアミノ酸で置換された極性側鎖を有するアミノ酸(Asn、Cys、Gln、Ser、Thr、Tyrなど)等であり得る。
本発明の実施形態の抗体、ポリペプチド、及びタンパク質(本発明の機能的部分及び機能的変異体を含む)は、1つ以上の天然に存在するアミノ酸の代わりに合成アミノ酸を含むことができる。かかる合成アミノ酸は、当該技術分野において既知であり、例としては、アミノシクロヘキサンカルボン酸、ノルロイシン、α-アミノn-デカン酸、ホモセリン、S-アセチルアミノメチル-システイン、トランス-3-及びトランス-4-ヒドロキシプロリン、4-アミノフェニルアラニン、4-ニトロフェニルアラニン、α-(2-アミノ-2-ノルボルナン)-カルボン酸、α,γ-ジアミノ酪酸、α,β-ジアミノプロピオン酸、ホモフェニルアラニン、4-クロロフェニルアラニン、4-カルボキシフェニルアラニン、β-フェニルセリンβ-ヒドロキシフェニルアラニン、フェニルグリシン、α-ナフチルアラニン、シクロヘキシルアラニン、シクロヘキシルグリシン、N’-ベンジル-N’-メチル-リジン、N’,N’-ジベンジル-リジン、6-ヒドロキシリジン、オルニチン、α-アミノシクロペンタンカルボン酸、α-アミノシクロヘキサンカルボン酸、α-アミノシクロヘプタンカルボン酸、インドリン-2-カルボン酸、1,2,3,4-テトラヒドロイソキノリン-3-カルボン酸、アミノマロン酸、アミノマロン酸モノアミド、及びα-tert-ブチルグリシンが挙げられる。
本発明の実施形態の抗体、ポリペプチド、及びタンパク質(機能的部分及び機能的変異体を含む)は、翻訳後修飾を受けることができる。これらは、グリコシル化、エステル化、N-アシル化、アミド化、カルボキシル化、リン酸化、エステル化、例えば、ジスルフィド架橋を介して環化することができ、又は酸付加塩に変換することができる。いくつかの実施形態では、これらは、二量体化若しくはポリマー化、又はコンジュゲートされている。
本発明の実施形態の抗体、ポリペプチド、及び/又はタンパク質(機能的部分及びその機能的変異体を含む)は、当該技術分野において既知の方法によって得ることができる。ポリペプチド及びタンパク質をde novo合成する好適な方法は、Chan et al.,Fmoc Solid Phase Peptide Synthesis,Oxford University Press,Oxford,United Kingdom,2000、Peptide and Protein Drug Analysis,ed.Reid,R.,Marcel Dekker,Inc.,2000、及びEpitope Mapping,ed.Westwood et al.,Oxford University Press,Oxford,United Kingdom,2001などの参考文献に記載されている。また、ポリペプチド及びタンパク質は、標準的な組み換え方法を使用して本明細書に記載の核酸を使用して、組み換えにより産生され得る。例えば、Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,3rd ed.,Cold Spring Harbor Press,Cold Spring Harbor,N.Y.2001、及びAusubel et al.,Current Protocols in Molecular Biology,Greene Publishing Associates and John Wiley & Sons,NY,1994を参照されたい。更に、本発明の抗体、ポリペプチド、及びタンパク質(機能的部分及びその機能的変異体を含む)の一部は、植物、細菌、昆虫、哺乳動物などの供給源から単離及び/又は精製することができる。単離及び精製の方法は、当該技術分野において既知である。代替的に、本明細書に記載の抗体、ポリペプチド、及び/又はタンパク質(機能的部分及びその機能的変異体を含む)は、商業的に合成することができる。この点において、抗体、ポリペプチド、及びタンパク質は、合成、組み換え、単離、及び/又は精製することができる。
本開示の方法及び使用
本開示は、KL2B413含有タンパク質に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分、例えば、抗体又はその抗原結合部分を提供する。例えば、抗イディオタイプ抗体は、特異的結合を促進するためにKL2B413抗体の部分に相補的なアミノ酸配列を含み得る。本開示はまた、抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分をコードする核酸、抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分を産生する方法、抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分を使用してKL2B413を検出する方法、並びに抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分を含むキットを提供する。例えば、抗イディオタイプ抗体は、他の試薬を含むキットに含めることができ、所与の生体試料が、例えばCAR中のT細胞の表面に発現するKL2B413抗体又はその断片を含むかどうかを判定するために使用され得る。
本開示は、KL2B413含有タンパク質に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分、例えば、抗体又はその抗原結合部分を提供する。例えば、抗イディオタイプ抗体は、特異的結合を促進するためにKL2B413抗体の部分に相補的なアミノ酸配列を含み得る。本開示はまた、抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分をコードする核酸、抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分を産生する方法、抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分を使用してKL2B413を検出する方法、並びに抗イディオタイプ抗体及びその抗原結合部分を含むキットを提供する。例えば、抗イディオタイプ抗体は、他の試薬を含むキットに含めることができ、所与の生体試料が、例えばCAR中のT細胞の表面に発現するKL2B413抗体又はその断片を含むかどうかを判定するために使用され得る。
KL2B413の任意の機能的部分に結合する能力について抗体を試験する方法は、当該技術分野において既知であり、任意の抗体-抗原結合アッセイ、例えば、ラジオイムノアッセイ(radioimmunoassay、RIA)、ウエスタンブロット、酵素結合免疫吸着アッセイ(enzyme-linked immunosorbent assay、ELISA)、免疫沈降、及び競合阻害アッセイなどが挙げられる。
抗体を作製する好適な方法は、当該技術分野において既知である。例えば、標準的なハイブリドーマ法は、例えば、Kohler and Milstein,Eur.J.Immunol.,5,511-519(1976),Harlow and Lane(eds.),Antibodies:A Laboratory Manual,CSH Press(1988)、及びC.A.Janeway et al.(eds.),Immunobiology,5th Ed.,Garland Publishing,New York,N.Y.(2001))に記載されている。代替的に、他の方法、例えば、EBV-ハイブリドーマ法(Haskard and Archer,J.Immunol.Methods,74(2),361-67(1984)、及びRoder et al.,Methods Enzymol.,121,140-67(1986))、及びバクテリオファージベクター発現系(例えば、Huse et al.,Science,246,1275-81(1989)を参照されたい)などが当該技術分野において既知である。更に、非ヒト動物において抗体を産生する方法は、例えば、米国特許第5,545,806号、同第5,569,825号及び同第5,714,352号、並びに米国特許出願公開第2002/0197266(A1)号に記載されている)。
ファージディスプレイを使用して、抗体を生成することもできる。これに関して、抗体の抗原結合可変(V)ドメインをコードするファージライブラリは、標準的な分子生物学及び組み換えDNA技術を使用して生成することができる(例えば、Sambrook et al.(上記)、及びAusubel et al.(上記)を参照されたい)。所望の特異性を有する可変領域をコードするファージは、所望の抗原への特異的結合のために選択され、選択された可変ドメインを含む完全又は部分的な抗体が再構成される。再構成された抗体をコードする核酸配列は、ハイブリドーマ産生に使用される骨髄腫細胞などの好適な細胞株に導入され、その結果、モノクローナル抗体の特性を有する抗体が細胞によって分泌される(例えば、Janeway et al.(上記)、Huse et al.(上記)、及び米国特許第6,265,150号を参照されたい)。
一態様では、本開示は、KL2B413を含む標的抗体又はCARに特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分を提供する。例えば、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分は、VH及びVLを含む断片抗原結合領域(Fab)の1つ以上のドメインに特異的に結合し得る。いくつかの実施形態では、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分は、配列番号45のアミノ酸配列を有するVHドメインと、配列番号46のアミノ酸配列を有するVLドメインとを含む。
他の実施形態では、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分は、生体試料中のKL2B413の検出において使用するためのものであり、検出が、(a)生体試料を準備することと、(b)生体試料を抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出することとを含む。例えば、抗イディオタイプ抗体は、組織試料、腫瘍試料、細胞又は他の生物学的成分を含む液体、生物、タンパク質/抗原のサブユニット、死滅又は不活性化した全細胞又は溶解物を含む、任意の生体試料に添加することができる。抗イディオタイプ抗体は、緩衝剤、安定剤、及び/又はポリマーを含むがこれらに限定されない、医薬的に許容される試薬を含む溶液に含有され得る。抗イディオタイプ抗体は、生体試料とのピペッティング及び/又は混合によって接触させることができる。次いで、抗イディオタイプ抗体は、生体試料中のKL2B413含有タンパク質、例えば、抗体又はその抗原結合部分に特異的に結合し得る。一例として、抗イディオタイプ抗体がKL2B413に結合したかどうかは、結合していない抗イディオタイプ抗体を洗浄し、複合体化した抗イディオタイプ抗体のみを残すことによって判断することができる。この例を続けると、抗イディオタイプ抗体は、生体試料中のKL2B413の量に比例するシグナルを与えるように照射され得るフルオロフォアを含み得る。KL2B413に対する抗イディオタイプ抗体の結合複合体の検出は、以下に更に記載される。
別の態様では、本開示は、配列番号4~7からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR1、配列番号11~14からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR2、及び配列番号19~20からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR3を含む重鎖可変(VH)ドメインを含み、配列番号25~26からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR1、配列番号29~30からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR2、及び配列番号33~34からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR3を含む軽鎖可変(VL)ドメインを更に含む、抗KLK2抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を提供する。6つのCDRは、任意の既知の方法に従って選択され得る。Kabat法、AbM法、Chothia法、及び接触法に従って決定されたVH及びVL CDRを表3に示す。
特定の実施形態では、本開示は、配列番号4のアミノ酸配列を有するVH CDR1、配列番号11のアミノ酸配列を有するVH CDR2、及び配列番号19のアミノ酸配列を有するVH CDR3を含む重鎖可変(VH)ドメインを含み、配列番号25のアミノ酸配列を有するVL CDR1、配列番号29のアミノ酸配列を有するVL CDR2、及び配列番号33のアミノ酸配列を有するVL CDR3を含む軽鎖可変(VL)ドメインを更に含む、抗KLK2抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を提供する。
特定の実施形態では、本開示は、配列番号5のアミノ酸配列を有するVH CDR1、配列番号12のアミノ酸配列を有するVH CDR2、及び配列番号19のアミノ酸配列を有するVH CDR3を含む重鎖可変(VH)ドメインを含み、配列番号25のアミノ酸配列を有するVL CDR1、配列番号29のアミノ酸配列を有するVL CDR2、及び配列番号33のアミノ酸配列を有するVL CDR3を含む軽鎖可変(VL)ドメインを更に含む、抗KLK2抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を提供する。
特定の実施形態では、本開示は、配列番号6のアミノ酸配列を有するVH CDR1、配列番号13のアミノ酸配列を有するVH CDR2、及び配列番号19のアミノ酸配列を有するVH CDR3を含む重鎖可変(VH)ドメインを含み、配列番号25のアミノ酸配列を有するVL CDR1、配列番号29のアミノ酸配列を有するVL CDR2、及び配列番号33のアミノ酸配列を有するVL CDR3を含む軽鎖可変(VL)ドメインを更に含む、抗KLK2抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を提供する。
特定の実施形態では、本開示は、配列番号7のアミノ酸配列を有するVH CDR1、配列番号14のアミノ酸配列を有するVH CDR2、及び配列番号20のアミノ酸配列を有するVH CDR3を含む重鎖可変(VH)ドメインを含み、配列番号26のアミノ酸配列を有するVL CDR1、配列番号30のアミノ酸配列を有するVL CDR2、及び配列番号34のアミノ酸配列を有するVL CDR3を含む軽鎖可変(VL)ドメインを更に含む、抗KLK2抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を提供する。
いくつかの実施形態では、抗KLK2抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分は、配列番号45に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するVHドメインを含み、VLドメインは、配列番号46に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、抗KLK2抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分は、配列番号37に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖を含み、配列番号39に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖を更に含む。
いくつかの実施形態では、抗KLK2抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分は、配列番号45のアミノ酸配列を有するVHドメインと、配列番号46のアミノ酸配列を有するVLドメインとを含む。いくつかの他の実施形態では、抗KLK2抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分は、配列番号37のアミノ酸配列を含む重鎖を含み、配列番号39のアミノ酸配列を含む軽鎖を更に含む。
いくつかの実施形態では、抗原結合部分は、Fab、F(ab’)2、又はscFvから選択される。いくつかの実施形態では、抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、キメラ抗体である。いくつかの実施形態では、キメラ抗体は、マウスIgG2aフレームワークを含む。特定の実施形態では、マウスIgG2aフレームワークは、配列MAWVWTLLFLMAAAQSIQA(配列番号48)を含む混合FVB/N、C57BL/6J由来のマウスIg重鎖シグナルペプチドを含み得る。
いくつかの他の実施形態では、抗体は、完全ヒト抗体である。例えば、完全ヒト抗体は、IgG、IgM、IgA、IgE、又はIgDであり得る。いくつかの実施形態では、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分は、KL2B413に特異的であり、KL2B413は、キメラ抗原受容体(CAR)の細胞外部分の抗原結合ドメイン内にある。例えば、KL2B413をコードする核酸をin vitroでT細胞に導入することができ、その後、その少なくとも一部がCARの細胞外部分で発現される。次いで、抗イディオタイプ抗体は、CARの細胞外部分に特異的に結合し得る。いくつかの実施形態では、KL2B413はscFvであり、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分は、CARのscFv中のエピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、KL2B413は、KLK2に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、抗体又は抗原結合部分は、他のKLK2抗体又は他のKLK2結合CARと交差反応しない。例えば、KL2B413がCARの細胞外部分に発現しているかどうかを判定するためのアッセイにおいて偽陽性を防ぐために、抗イディオタイプ抗体は、KL2B413に特異的であり得、その標的KLK2又はKL2B413ではない他のKLK2標的化リガンドへの認識可能な結合を有さない場合がある。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号43~44からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する。
いくつかの実施形態では、本開示は、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分の重鎖、軽鎖、又はその両方をコードする核酸を提供する。例えば、核酸は、DNA、RNA、及びそれらに対する任意の化学修飾(例えば、ヌクレオシド修飾)であり得る。
別の態様では、本開示は、KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分の重鎖、軽鎖、又はその両方をコードする核酸であって、配列番号38のヌクレオチド配列、配列番号40のヌクレオチド配列、又はその両方を含む、核酸を提供する。別の態様では、本開示は、核酸配列を含むベクターを提供する。例えば、ベクターは、自己複製核酸構造であってもよく、又はそれが導入された宿主細胞のゲノムに組み込まれてもよい。いくつかの実施形態では、ベクターは、発現ベクターである。別の態様では、本開示は、ベクターを含む宿主細胞を提供する。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、哺乳動物細胞である。
別の態様では、本開示は、KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分を産生する方法であって、当該抗体又は当該抗原結合部分を発現させる条件下で、抗体又は抗原結合部分の重鎖及び軽鎖をコードするヌクレオチド配列を含む宿主細胞を培養することと、培養物から当該抗体又は当該抗原結合部分を単離することとを含む、方法を提供する。例えば、抗イディオタイプ抗体は、深タンク撹拌発酵槽、灌流タンクシステム、エアリフト反応器、及び連続培養システムでの均質な懸濁培養によって産生され得る。抗イディオタイプ抗体は、プロテインA又はGを使用したアフィニティ分離、サイズ排除クロマトグラフィ、及び電荷分離を含む物理的又は化学的分離手順によって、反応混合物及び/又は増殖混合物から単離することができる。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分をコードする核酸を含むベクターをコードする。
別の態様において、本開示は、生体試料中のKL2B413を検出するための方法であって、(a)生体試料を準備することと、(b)生体試料を抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出することとを含む。例えば、抗イディオタイプ抗体は、生体試料において発現されたKL2B413に結合し得る。結合した複合体は、化学的検出方法及び物理的検出方法の両方を含む任意の検出方法によって検出することができる。例えば、検出方法は、生体試料中の目的の抗体の単なる存在を同定するために使用され得るか、又は試料中の目的の抗体が検出可能なレベルで存在するかどうかを試験するために使用され得るか、又は試料中の目的の抗体の量を定量し、更に異なる試料からの抗体レベルを比較するために使用され得る。例えば、検出方法は、免疫沈降、免疫細胞化学、免疫ブロッティング、及び免疫吸着アッセイのうちの1つ以上であり得る。具体例として、免疫吸着アッセイは、生体試料が洗浄される結合抗イディオタイプ抗体又はその断片を含む、ELISA又はELISA型アッセイであり得る。
別の態様では、本開示は、生体試料中のKL2B413を含むキメラ抗原受容体(CAR)の発現を検出するための方法であって、(a)生体試料を準備することと、(b)生体試料を抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出し、それによってCARの発現を検出することとを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、抗体は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出する前に、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出可能な標識と接触させることを更に含む。例えば、検出可能な標識は、抗イディオタイプ抗体と一体化するか、抗イディオタイプ抗体と結合するか、又はそうでなければ抗イディオタイプ抗体と複合体を形成し、固有の同定可能なシグナルを発するか、若しくはそうでなければシグナルを提供する任意の化学タグ又は成分であり得る。例えば、検出可能な標識は、同位体マーカー、比色バイオセンサー、フォトクロミック化合物、蛍光標識、蛍光発生標識、又は電気化学センサーであり得る。具体例として、蛍光標識は、緑色蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質、青色蛍光タンパク質、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、シアニン、フィコエリスリン、及びそれらの誘導体であり得る。
いくつかの実施形態では、生体試料は、血液、血清又は尿である。例えば、生体試料は、全血、血清、血漿、尿、糞便、脳脊髄液、腹水等であり得る。いくつかの実施形態では、生体試料は、この解析のために所与の時間に採取された生体材料などの新鮮な生体材料である。生体試料はまた、この目的又は他の目的のために、患者の治療中の別の時点で採取された生体材料、又はアーカイブされた患者材料を使用した生体材料であり得る。生体試料は、新たに得られたものでも、前もって得られていたものでもよく、前もって得られていたものは、使用前に保存されていてもよい(例えば、室温、冷蔵、又は凍結)。
いくつかの態様では、本開示は、生体試料中のKL2B413を検出するためのキットであって、(a)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と、(b)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出するための説明書とを含む、キットを提供する。例えば、キットは、固体粉末、凍結乾燥粉末、液体溶液又は混合して溶液を形成する液体成分として、又は固体支持体に結合された抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を含んでもよい。キットは、生体試料のアッセイにおいてキットの使用を容易にするために必要な、安定剤、緩衝剤、及び他の医薬的に許容される賦形剤を含む、追加の試薬を含んでもよい。キットはまた、アッセイの実施方法について使用者に指示する説明書を含み得る。
他の態様では、本開示は、試料からKL2B413を精製する方法であって、(a)KL2B413を含む生体試料を準備することと、(b)生体試料を本開示の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)KL2B413を含有するCAR又は他のタンパク質を含む抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を捕捉し、それによってKL2B413を精製することとを含む、方法を提供する。例えば、物理的及び化学的方法を含む任意の分離方法を使用して、抗イディオタイプ抗体を捕捉することができる。具体的には、イオン交換クロマトグラフィ、ゲル濾過クロマトグラフィ、限外濾過、電気泳動、及び抗イディオタイプ抗体の特定のエピトープに特異的な抗体を用いた免疫親和性精製を含む、タンパク質を精製するための当技術分野で公知の技術を用いて、細胞培養培地、宿主細胞、又はその両方からKL2B413を捕捉及び単離することができる。いくつかの実施形態では、抗イディオタイプ抗体は、その精製を容易にするドメインを含有する融合タンパク質である。特定の実施形態では、精製されたKL2B413組成物は、KL2B413を含有しないタンパク質から実質的に単離される。いくつかの実施形態では、精製されたKL2B413組成物は、100%純粋、99%純粋、98%純粋、97%純粋、96%純粋、95%純粋、又は90%純粋又はそれ以上のものである。
他の態様では、本開示は、細胞集団からCAR-T細胞を選択する方法であって、(a)CAR-T細胞を含む生体試料を準備することと、(b)生体試料を抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を捕捉し、それによってCAR-T細胞を選択することとを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分は、KL2B413に特異的である。
実施形態
本発明の特定の非限定的な実施形態は、以下の番号付けされた項に記載されている。
1.KL2B413を含む標的抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分。
2.標的抗体又はその抗原結合部分が、配列番号41のアミノ酸配列を有するVHドメインと、配列番号42のアミノ酸配列を有するVLドメインとを含む、項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
3.KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分であって、配列番号4~7からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR1、配列番号11~14からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR2及び配列番号19~20からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR3を含む重鎖可変(VH)ドメインを含み、配列番号25~26からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR1、配列番号29~30からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR2及び配列番号33~34からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR3を含む軽鎖可変(VL)ドメインを更に含む、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分。
4.VHドメインが、配列番号45に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有し、VLドメインが、配列番号46に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
5.配列番号37に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖を含み、配列番号39に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖を更に含む、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
6.VHドメインが、配列番号45のアミノ酸配列を有し、VLドメインが、配列番号46のアミノ酸配列を有する、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
7.配列番号37のアミノ酸配列を含む重鎖を含み、配列番号39のアミノ酸配列を含む軽鎖を更に含む、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
8.抗原結合部分が、Fab、F(ab’)2、又はscFvから選択される、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
9.抗体が、モノクローナル抗体である、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
10.抗体が、キメラ抗体である、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
11.抗体が、マウスIgG2aフレームワークを含む、項10に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
12.抗体が、完全ヒト抗体である、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
13.項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分の重鎖、軽鎖、又はその両方をコードする核酸。
14.KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分の重鎖、軽鎖、又はその両方をコードする核酸であって、
a)配列番号38のヌクレオチド配列、
b)配列番号40のヌクレオチド配列、
c)a)及びb)の両方、を含む、核酸。
15.項14に記載の核酸を含む、ベクター。
16.ベクターが、発現ベクターである、項15に記載のベクター。
17.項16に記載のベクターを含む、宿主細胞。
18.細胞が、哺乳動物細胞である、項17に記載の宿主細胞。
19.KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分を産生する方法であって、当該抗体又は当該抗原結合部分を発現させる条件下で、抗体又は抗原結合部分の重鎖及び軽鎖をコードするヌクレオチド配列を含む、項17に記載の宿主細胞を培養することと、培養物から当該抗体又は当該抗原結合部分を単離することとを含む、方法。
20.生体試料中のKL2B413を検出するための方法であって、(a)生体試料を準備することと、(b)生体試料を、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出することとを含む、方法。
21.生体試料中のKL2B413を含むキメラ抗原受容体(CAR)の発現を検出するための方法であって、(a)生体試料を準備することと、(b)生体試料を、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出し、それによってCARの発現を検出することとを含む、方法。
22.抗体が、検出可能な標識を含む、項20に記載の方法。
23.抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出する前に、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出可能な標識と接触させることを更に含む、項20に記載の方法。
24.生体試料が、血液、血清又は尿である、項20に記載の方法。
25.KL2B413が、キメラ抗原受容体(CAR)の細胞外部分の抗原結合ドメイン内にある、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
26.KL2B413がscFvであり、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分がCARのscFv中のエピトープに特異的に結合する、項25に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
27.KL2B413が、KLK2に結合する、項25に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
28.抗体又は抗原結合部分が、他のKLK2抗体又は他のKLK2結合CARと交差反応しない、項25に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
29.CARが、配列番号43~44からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、項25に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
30.生体試料中のKL2B413を検出するためのキットであって、(a)項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と、(b)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出するための説明書とを含む、キット。
31.生体試料中のKL2B413の検出において使用するための、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分であって、検出が、(a)生体試料を準備することと、(b)生体試料を抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出することとを含む、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
32.試料からKL2B413を精製する方法であって、(a)KL2B413を含む生体試料を準備することと、(b)生体試料を、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を捕捉し、それによってKL2B413を精製することとを含む、方法。
33.細胞集団からCAR-T細胞を選択する方法であって、(a)CAR-T細胞を含む生体試料を準備することと、(b)生体試料を、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を捕捉し、それによってCAR-T細胞を選択することとを含む、方法。
本発明の特定の非限定的な実施形態は、以下の番号付けされた項に記載されている。
1.KL2B413を含む標的抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分。
2.標的抗体又はその抗原結合部分が、配列番号41のアミノ酸配列を有するVHドメインと、配列番号42のアミノ酸配列を有するVLドメインとを含む、項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
3.KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分であって、配列番号4~7からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR1、配列番号11~14からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR2及び配列番号19~20からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR3を含む重鎖可変(VH)ドメインを含み、配列番号25~26からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR1、配列番号29~30からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR2及び配列番号33~34からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR3を含む軽鎖可変(VL)ドメインを更に含む、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分。
4.VHドメインが、配列番号45に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有し、VLドメインが、配列番号46に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
5.配列番号37に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖を含み、配列番号39に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖を更に含む、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
6.VHドメインが、配列番号45のアミノ酸配列を有し、VLドメインが、配列番号46のアミノ酸配列を有する、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
7.配列番号37のアミノ酸配列を含む重鎖を含み、配列番号39のアミノ酸配列を含む軽鎖を更に含む、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
8.抗原結合部分が、Fab、F(ab’)2、又はscFvから選択される、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
9.抗体が、モノクローナル抗体である、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
10.抗体が、キメラ抗体である、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
11.抗体が、マウスIgG2aフレームワークを含む、項10に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
12.抗体が、完全ヒト抗体である、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
13.項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分の重鎖、軽鎖、又はその両方をコードする核酸。
14.KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分の重鎖、軽鎖、又はその両方をコードする核酸であって、
a)配列番号38のヌクレオチド配列、
b)配列番号40のヌクレオチド配列、
c)a)及びb)の両方、を含む、核酸。
15.項14に記載の核酸を含む、ベクター。
16.ベクターが、発現ベクターである、項15に記載のベクター。
17.項16に記載のベクターを含む、宿主細胞。
18.細胞が、哺乳動物細胞である、項17に記載の宿主細胞。
19.KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分を産生する方法であって、当該抗体又は当該抗原結合部分を発現させる条件下で、抗体又は抗原結合部分の重鎖及び軽鎖をコードするヌクレオチド配列を含む、項17に記載の宿主細胞を培養することと、培養物から当該抗体又は当該抗原結合部分を単離することとを含む、方法。
20.生体試料中のKL2B413を検出するための方法であって、(a)生体試料を準備することと、(b)生体試料を、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出することとを含む、方法。
21.生体試料中のKL2B413を含むキメラ抗原受容体(CAR)の発現を検出するための方法であって、(a)生体試料を準備することと、(b)生体試料を、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出し、それによってCARの発現を検出することとを含む、方法。
22.抗体が、検出可能な標識を含む、項20に記載の方法。
23.抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出する前に、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出可能な標識と接触させることを更に含む、項20に記載の方法。
24.生体試料が、血液、血清又は尿である、項20に記載の方法。
25.KL2B413が、キメラ抗原受容体(CAR)の細胞外部分の抗原結合ドメイン内にある、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
26.KL2B413がscFvであり、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分がCARのscFv中のエピトープに特異的に結合する、項25に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
27.KL2B413が、KLK2に結合する、項25に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
28.抗体又は抗原結合部分が、他のKLK2抗体又は他のKLK2結合CARと交差反応しない、項25に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
29.CARが、配列番号43~44からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、項25に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
30.生体試料中のKL2B413を検出するためのキットであって、(a)項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と、(b)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出するための説明書とを含む、キット。
31.生体試料中のKL2B413の検出において使用するための、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分であって、検出が、(a)生体試料を準備することと、(b)生体試料を抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を検出することとを含む、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
32.試料からKL2B413を精製する方法であって、(a)KL2B413を含む生体試料を準備することと、(b)生体試料を、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を捕捉し、それによってKL2B413を精製することとを含む、方法。
33.細胞集団からCAR-T細胞を選択する方法であって、(a)CAR-T細胞を含む生体試料を準備することと、(b)生体試料を、項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分を捕捉し、それによってCAR-T細胞を選択することとを含む、方法。
実施例1:KL2B513又はKL2B610結合Fabの決定
Shi et al.,J Mol Biol 397:385-96,2010、国際公開第2009/085462号、米国特許出願公開第2010/0021477号)に記載されているように、KL2B413由来scFv融合タンパク質結合Fabを、2セットのde novo Fab-pIXファージディスプレイライブラリから選択した。2つのKL2B413由来のscFv融合タンパク質、すなわち、KL2B513(VL-VH)及びKL2B610(VH-VL)が存在し、scFv内のVH及びVLの方向が異なる。
Shi et al.,J Mol Biol 397:385-96,2010、国際公開第2009/085462号、米国特許出願公開第2010/0021477号)に記載されているように、KL2B413由来scFv融合タンパク質結合Fabを、2セットのde novo Fab-pIXファージディスプレイライブラリから選択した。2つのKL2B413由来のscFv融合タンパク質、すなわち、KL2B513(VL-VH)及びKL2B610(VH-VL)が存在し、scFv内のVH及びVLの方向が異なる。
精製組み換え抗原を使用したファージ選択では、ビオチン化KL2B513又はKL2B610を「ベイト」として使用して、ファージバインダーを捕捉及び固定した。数回の選択ラウンド後、精製抗原を用いるポリクローナルファージELISAを実施して、個々のパニング実験の特異的濃縮(enrichment)を検出した。KL2B513又はKL2B610に対するバインダーの濃縮を示したこれらのパニング実験から収集されたファージを、一次スクリーニングのために大腸菌で発現させた。濃縮FabライブラリからモノクローナルFab溶解物を調製し、KL2B513又はKL2B610への結合についてELISAでスクリーニングしたが、同様の陰性対照scFv融合タンパク質GC5B734又はGCDB332への結合についてはスクリーニングしなかった。選択されたFabを配列決定して、固有のFabクローンを同定し、それらのV領域遺伝子を単離した。固有のFab V領域を哺乳動物発現ベクターにクローニングして、マウスIgG2a/マウスカッパ定常領域を有するキメラmAbを発現させた。KL2B513又はKL2B610 scFv融合タンパク質中のscFvに対応するSupT1細胞上に発現されたKL2B413由来のscFvへの特異的結合についてキメラmAbを評価し、SPRを用いて結合動態を測定した。
ファージパニング
個別のV3.0及びV5.0 de novo Fabファージライブラリを使用した6つの個別のパニング実験を、標準プロトコルに従ってビオチン化KL2B513又はKL2B610に対して行った(Cheadle,E.J.et al.Antibody Engineering.907,645-666(2012)。簡単に説明すると、ファージライブラリと常磁性ストレプトアビジン(SA)ビーズを、50%Chemiblocker(Milliporeカタログ番号2170)/50%1×TBST(Teknovaカタログ番号T0310)で1時間ブロッキングした。ライブラリをSAビーズに添加して、ビーズに非特異的に結合するクローンを吸着させた。SAビーズを廃棄し、100nMのGP5B305の存在下でビオチン化KL2B513又はKL2B610に、予め吸着したライブラリを加えた。SAビーズを添加してビーズ/抗原/ファージ複合体を形成し、1×TBSTで洗浄することによりバインダーを回収した。最後の洗浄後、対数期TG1大腸菌細胞(OD600nm=0.4~0.6)の感染によりファージをレスキューした。ファージ感染したTG1細胞を、75μg/mLカルベニシリンと1%グルコースを含有する150mm LB/寒天プレート3枚に広げ、37℃で一晩培養した。ファージを生成し、追加のパニングに供した。選択圧を高めるために、その後のラウンドごとに室温で抗原濃度を下げた:R1 100nM、1時間;R2 50nM 1時間;R3 10nM 1時間、R4 5nM 1時間とした。
個別のV3.0及びV5.0 de novo Fabファージライブラリを使用した6つの個別のパニング実験を、標準プロトコルに従ってビオチン化KL2B513又はKL2B610に対して行った(Cheadle,E.J.et al.Antibody Engineering.907,645-666(2012)。簡単に説明すると、ファージライブラリと常磁性ストレプトアビジン(SA)ビーズを、50%Chemiblocker(Milliporeカタログ番号2170)/50%1×TBST(Teknovaカタログ番号T0310)で1時間ブロッキングした。ライブラリをSAビーズに添加して、ビーズに非特異的に結合するクローンを吸着させた。SAビーズを廃棄し、100nMのGP5B305の存在下でビオチン化KL2B513又はKL2B610に、予め吸着したライブラリを加えた。SAビーズを添加してビーズ/抗原/ファージ複合体を形成し、1×TBSTで洗浄することによりバインダーを回収した。最後の洗浄後、対数期TG1大腸菌細胞(OD600nm=0.4~0.6)の感染によりファージをレスキューした。ファージ感染したTG1細胞を、75μg/mLカルベニシリンと1%グルコースを含有する150mm LB/寒天プレート3枚に広げ、37℃で一晩培養した。ファージを生成し、追加のパニングに供した。選択圧を高めるために、その後のラウンドごとに室温で抗原濃度を下げた:R1 100nM、1時間;R2 50nM 1時間;R3 10nM 1時間、R4 5nM 1時間とした。
ポリクローナルファージELISA
ポリクローナルファージELISAによる各パニング実験から、バインダーの濃縮を求めた。簡単に説明すると、1×TBS(Teknovaカタログ番号T9530)で希釈した20nMの非ビオチン化KL2B513又はKL2B610を100μL、NAコーティングプレート(Thermoカタログ番号15217)に捕捉した。37℃で1時間インキュベーションした後、300μLの1×TBSTで3回プレートを洗浄した。300μLのブロッキング緩衝液(50%Chemiblocker/50%1×TBST)をプレートの各ウェルに加え、室温で1時間インキュベートした。ブロッキング後、300μLの1×TBSTで3回プレートを洗浄した。アッセイ緩衝液、10%Chemiblocker/90%TBSTで1/100に希釈した各パニングラウンドからのポリクローナルファージアウトプット100μLを、ELISAプレートに加え、室温で1時間インキュベートして、ファージ粒子上に提示されたFabを固定化KL2B513又はKL2B610に結合させた。インキュベーション後、1×TBSTで3回プレートを洗浄した。アッセイ緩衝液で1:2500に希釈した100μLのHRPコンジュゲート抗M13(pVIII)抗体(GE Healthcareカタログ番号27942101)をプレートに加え、室温でインキュベートした。1時間のインキュベーション後、300μLの1×TBSTで6回プレートを洗浄した。100μLの調製したBM化学発光ELISA基質(Rocheカタログ番号11582950001)をプレートに添加した。化学発光又は相対光単位(RLU)をEnvisionプレートリーダーによって測定した。
ポリクローナルファージELISAによる各パニング実験から、バインダーの濃縮を求めた。簡単に説明すると、1×TBS(Teknovaカタログ番号T9530)で希釈した20nMの非ビオチン化KL2B513又はKL2B610を100μL、NAコーティングプレート(Thermoカタログ番号15217)に捕捉した。37℃で1時間インキュベーションした後、300μLの1×TBSTで3回プレートを洗浄した。300μLのブロッキング緩衝液(50%Chemiblocker/50%1×TBST)をプレートの各ウェルに加え、室温で1時間インキュベートした。ブロッキング後、300μLの1×TBSTで3回プレートを洗浄した。アッセイ緩衝液、10%Chemiblocker/90%TBSTで1/100に希釈した各パニングラウンドからのポリクローナルファージアウトプット100μLを、ELISAプレートに加え、室温で1時間インキュベートして、ファージ粒子上に提示されたFabを固定化KL2B513又はKL2B610に結合させた。インキュベーション後、1×TBSTで3回プレートを洗浄した。アッセイ緩衝液で1:2500に希釈した100μLのHRPコンジュゲート抗M13(pVIII)抗体(GE Healthcareカタログ番号27942101)をプレートに加え、室温でインキュベートした。1時間のインキュベーション後、300μLの1×TBSTで6回プレートを洗浄した。100μLの調製したBM化学発光ELISA基質(Rocheカタログ番号11582950001)をプレートに添加した。化学発光又は相対光単位(RLU)をEnvisionプレートリーダーによって測定した。
図1は、ポリクローナルファージELISAの結果を示す。12回のパニング実験からのラウンド1~ラウンド4のパニングアウトプットを、KL2B513又はKL2B610、及び陰性対照GCDB332への結合において、NAコーティングプレート上でスクリーニングした。特異的濃縮を伴うパニングアウトプットを、モノクローナルFab産生のために選択した。A002B39は、APD316XP_19パニング実験に由来した。
Fab産生
プラスミドDNAを、KL2B513又はKL2B610に対するバインダーの濃縮を示すために同定されたファージパニング実験の特定のラウンドのグリセロールストックから単離及び精製し、TG-1大腸菌細胞に形質転換し、LB/寒天プレート上で一晩培養させた。一晩の培養物を、(i)コロニーPCR及びV領域の配列決定、並びに(ii)Fab産生用の開始培養に使用した。Fab産生のために、一晩の培養物を新しい培地で10~100倍希釈し、37℃にて5~6時間増殖させた。Fab産生は、IPTGを含有する新鮮な培地を添加することにより誘発し、培養物を30℃にて一晩増殖させた。培養物をスピンダウンし、細菌ペレットをBugBuster(商標)(Millipore)を用いて溶解し、可溶性Fabタンパク質を放出させた。細胞溶解物をスピンダウンし、上清をFab ELISAに使用した。
プラスミドDNAを、KL2B513又はKL2B610に対するバインダーの濃縮を示すために同定されたファージパニング実験の特定のラウンドのグリセロールストックから単離及び精製し、TG-1大腸菌細胞に形質転換し、LB/寒天プレート上で一晩培養させた。一晩の培養物を、(i)コロニーPCR及びV領域の配列決定、並びに(ii)Fab産生用の開始培養に使用した。Fab産生のために、一晩の培養物を新しい培地で10~100倍希釈し、37℃にて5~6時間増殖させた。Fab産生は、IPTGを含有する新鮮な培地を添加することにより誘発し、培養物を30℃にて一晩増殖させた。培養物をスピンダウンし、細菌ペレットをBugBuster(商標)(Millipore)を用いて溶解し、可溶性Fabタンパク質を放出させた。細胞溶解物をスピンダウンし、上清をFab ELISAに使用した。
一次スクリーニング
KL2B513又はKL2B610に対するバインダーの濃縮を示したパニング実験から収集されたファージを、一次スクリーニングのために大腸菌で発現させた。MSD 384ウェルストレプトアビジンプレート(Meso Scale #L21SA-5)を、50μL/ウェルのSuperBlock T20(TBS)ブロッキング緩衝液(Thermo #37536)で室温で30分間ブロッキングし、その後吸引した。2.5nMのビオチン化ScFv-Fc融合抗原、標的抗原KL2B513若しくはKL2B610、又はカウンタースクリーニング試薬GCDB734を、ブロッキングした384ウェルMSDプレートに加え、振盪機上で室温で30分間インキュベートした。プレートを、Tween洗剤を含む1×リン酸緩衝生理食塩水(「1×PBST」)で80μL/ウェルで2回洗浄し、96ウェルプレートにおける大腸菌発現からの粗Fab溶解物を、384ウェルアッセイプレートに二重にスタンプし、振盪機上で室温で1時間インキュベートした。アッセイプレートを80μL/ウェルの1×PBSTで1回洗浄し、次に6nMのSULFO-TAG抗ヒト/NHPカッパ抗体(Meso Scale #D20TF-6)を20μL/ウェルで加え、プレートを振盪機上で室温で1時間インキュベートした。プレートを80μL/ウェルの1×PBSTで1回洗浄し、35μL/ウェルの1×MSD Read Buffer T(Meso Scale #R92TC-1)を各ウェルに加え、プレートをMSD Sector S600プレートリーダーで解析した。全ての液体処理をAgilent Bravoシステムで行い、384ウェルプレートの洗浄をBioTek 405 Selectプレート洗浄機で行った。
KL2B513又はKL2B610に対するバインダーの濃縮を示したパニング実験から収集されたファージを、一次スクリーニングのために大腸菌で発現させた。MSD 384ウェルストレプトアビジンプレート(Meso Scale #L21SA-5)を、50μL/ウェルのSuperBlock T20(TBS)ブロッキング緩衝液(Thermo #37536)で室温で30分間ブロッキングし、その後吸引した。2.5nMのビオチン化ScFv-Fc融合抗原、標的抗原KL2B513若しくはKL2B610、又はカウンタースクリーニング試薬GCDB734を、ブロッキングした384ウェルMSDプレートに加え、振盪機上で室温で30分間インキュベートした。プレートを、Tween洗剤を含む1×リン酸緩衝生理食塩水(「1×PBST」)で80μL/ウェルで2回洗浄し、96ウェルプレートにおける大腸菌発現からの粗Fab溶解物を、384ウェルアッセイプレートに二重にスタンプし、振盪機上で室温で1時間インキュベートした。アッセイプレートを80μL/ウェルの1×PBSTで1回洗浄し、次に6nMのSULFO-TAG抗ヒト/NHPカッパ抗体(Meso Scale #D20TF-6)を20μL/ウェルで加え、プレートを振盪機上で室温で1時間インキュベートした。プレートを80μL/ウェルの1×PBSTで1回洗浄し、35μL/ウェルの1×MSD Read Buffer T(Meso Scale #R92TC-1)を各ウェルに加え、プレートをMSD Sector S600プレートリーダーで解析した。全ての液体処理をAgilent Bravoシステムで行い、384ウェルプレートの洗浄をBioTek 405 Selectプレート洗浄機で行った。
図2は、一次スクリーニングの結果を示す。KL2B513又はKL2B610への結合について、MSDプレート上でモノクローナルFabをスクリーニングした。KL2B513又はKL2B610標的結合アッセイで平均バックグラウンドシグナルに標準偏差の3倍を加えたものより大きいシグナルを有し、GCDB734カウンター試薬結合アッセイで平均バックグラウンドシグナルに標準偏差の3倍を加えたものより小さいシグナルを有するクローンを、配列決定のために選択した。星印によって同定されているクローンは、A002B39のVH及びVLの親クローンである。
実施例2:KL2B413-LH/HL-scFv(A002B39)に対するモノクローナル抗体の作製
Fab選択
一次スクリーニングから選択されたFabを配列決定して、V領域配列を決定し、固有のクローンを同定した。固有のFab V領域を哺乳動物発現ベクターにクローニングして、マウスIgG2a/マウスカッパ定常領域を有するキメラmAbとして発現させた。
Fab選択
一次スクリーニングから選択されたFabを配列決定して、V領域配列を決定し、固有のクローンを同定した。固有のFab V領域を哺乳動物発現ベクターにクローニングして、マウスIgG2a/マウスカッパ定常領域を有するキメラmAbとして発現させた。
A002B39の可変領域を、可溶性scFv-Fc融合タンパク質KL2B513又はKL2B610に対するヒトFab-pIX de novoライブラリを用いたファージディスプレイによって同定した。これらのV領域は、いかなる親和性成熟も受けなかった。DNA配列は、コドン最適化なしでde novo Fabライブラリから取得された。
VH及びVLのクローニング
2つのpcDNA3.1由来哺乳動物発現ベクター(vDR000368及びvDR000961)を用いて、キメラmAbの重鎖(HC)又は軽鎖(LC)をコードする単一遺伝子構築物を生成した。各ベクターは、HC及びLCの発現を駆動するヒトサイトメガロウイルス(hCMV)プロモーターを含有し、両方ともクローニングを容易にするアンピシリン耐性遺伝子(Amp(R))を含有する。vDR000368は、クローニングのための固有のHindIII及びDraIII制限酵素部位、並びにマウスIgG2a定常領域も有する。vDR000961は、クローニングのための固有のHindIII及びTth111I制限酵素部位、並びにマウスカッパ定常領域も有する。
2つのpcDNA3.1由来哺乳動物発現ベクター(vDR000368及びvDR000961)を用いて、キメラmAbの重鎖(HC)又は軽鎖(LC)をコードする単一遺伝子構築物を生成した。各ベクターは、HC及びLCの発現を駆動するヒトサイトメガロウイルス(hCMV)プロモーターを含有し、両方ともクローニングを容易にするアンピシリン耐性遺伝子(Amp(R))を含有する。vDR000368は、クローニングのための固有のHindIII及びDraIII制限酵素部位、並びにマウスIgG2a定常領域も有する。vDR000961は、クローニングのための固有のHindIII及びTth111I制限酵素部位、並びにマウスカッパ定常領域も有する。
HC(VH)又はLC(VL)の可変領域を含むDNA断片を合成し、HCベクターvDR000368及びLCベクターvDR000961にライゲーションした。HC合成断片は、HindIII制限酵素部位、Kozak配列、シグナルペプチド、VH及びCH1の一部をコードするDNA配列、並びにDraIIIクローニング部位を含んでいた。LC合成断片は、HindIII制限酵素部位、Kozak配列、シグナルペプチド、VL、及びカッパ定常領域の一部をコードするDNA配列、並びにTth111I制限クローニング部位を含んでいた。最終的なHC構築物はPBD000105920であり、LC構築物はPBD000105921である。2つの構築物を哺乳動物発現細胞株HEK293 Expi又はCHOに共トランスフェクトして、A002B39を作製した。
タンパク質発現
HC構築物PBD000105920及びLC構築物PBD000105921を、トランスフェクション前に配列検証した。Expi293(商標)発現培地(Thermoカタログ番号A1435101)で増殖させたHEK Expi293(商標)細胞(Thermoカタログ番号A14527)。細胞を8%CO2下で125RPMで振盪しながら37℃で増殖させた。Expi293(商標)発現キット(Thermoカタログ番号A14524)を使用して細胞を1mL当たり2.5×106個でトランスフェクトした。トランスフェクトした細胞1Lにつき、1mgの全DNAを25mLのOpti-MEM(Thermoカタログ番号319850620)に希釈し、2.6mLのExpi293(商標)試薬を25mLのOpti-MEMに希釈し、室温で5分間インキュベートした。希釈したDNAと希釈したExpi293試薬を加え合わせ、室温で20分間インキュベートした。次に、このDNA複合体を細胞に加えた。細胞を振盪インキュベーターに一晩入れた。トランスフェクションの翌日、5mLのEnhancer1を50mLのEnhancer2に希釈し、2つのEnhancerの全量を細胞に加えた。トランスフェクトした細胞をインキュベーター内に再び4日間戻してから収穫した。4,500gで35分間の遠心分離によって細胞を除去し、次いで0.2μmフィルタで濾過してから発現レベルを確認した。
HC構築物PBD000105920及びLC構築物PBD000105921を、トランスフェクション前に配列検証した。Expi293(商標)発現培地(Thermoカタログ番号A1435101)で増殖させたHEK Expi293(商標)細胞(Thermoカタログ番号A14527)。細胞を8%CO2下で125RPMで振盪しながら37℃で増殖させた。Expi293(商標)発現キット(Thermoカタログ番号A14524)を使用して細胞を1mL当たり2.5×106個でトランスフェクトした。トランスフェクトした細胞1Lにつき、1mgの全DNAを25mLのOpti-MEM(Thermoカタログ番号319850620)に希釈し、2.6mLのExpi293(商標)試薬を25mLのOpti-MEMに希釈し、室温で5分間インキュベートした。希釈したDNAと希釈したExpi293試薬を加え合わせ、室温で20分間インキュベートした。次に、このDNA複合体を細胞に加えた。細胞を振盪インキュベーターに一晩入れた。トランスフェクションの翌日、5mLのEnhancer1を50mLのEnhancer2に希釈し、2つのEnhancerの全量を細胞に加えた。トランスフェクトした細胞をインキュベーター内に再び4日間戻してから収穫した。4,500gで35分間の遠心分離によって細胞を除去し、次いで0.2μmフィルタで濾過してから発現レベルを確認した。
Octet機器を用いて発現を定量した。マウスIgG2(Sigmaカタログ番号M9144)を標準として使用した。プロテインAバイオセンサーを使用した。試料及び標準を使用済みExpi293培地で希釈した。標準曲線は、2倍希釈で100μg/mLから開始した。試料を1:10に希釈した。標準曲線は直線点曲線であった。計算は、Forte Biosystemsソフトウェアによって行った。
実施例3:抗イディオタイプ抗体A002B39の結合アッセイ
Biacoreによる可溶性タンパク質を用いた結合アッセイ
M5センサーチップ上に直接固定化された抗マウスFc抗体。約20~50RUに達するように1μg/mLに希釈したライブラリ抗体(マウスIgG2a)。抗原(scFV Fc融合)を、500nM~0.8nM、1:5希釈で3分間会合させる。30分間解離させる。アッセイの結果(以下の表2)は、ProteOnを用いてみられたものと同様のKLB513に対する結合親和性を示す。
Biacoreによる可溶性タンパク質を用いた結合アッセイ
M5センサーチップ上に直接固定化された抗マウスFc抗体。約20~50RUに達するように1μg/mLに希釈したライブラリ抗体(マウスIgG2a)。抗原(scFV Fc融合)を、500nM~0.8nM、1:5希釈で3分間会合させる。30分間解離させる。アッセイの結果(以下の表2)は、ProteOnを用いてみられたものと同様のKLB513に対する結合親和性を示す。
Proteon及びBiacoreによる可溶性タンパク質を使用した結合アッセイ
ProteOn XPR36システム(BioRad)を使用して、結合アッセイを行った。ProteOn GLCチップ(BioRad、カタログ番号176-5011)を、抗マウスFc抗体でコーティングした。ライブラリ抗体(マウスIgG2a)を、0.25μg/mL~1μg/mLに希釈して、約100~200RLにした。抗原(scFv-Fc融合)を、1000nM~0.4nM、1:4希釈で3分間会合させ、続いて30分間解離させた。アッセイの結果(以下の表1)は、KLB513及びKLB610の両方に対するA002B39の同様の結合親和性を示す。
ProteOn XPR36システム(BioRad)を使用して、結合アッセイを行った。ProteOn GLCチップ(BioRad、カタログ番号176-5011)を、抗マウスFc抗体でコーティングした。ライブラリ抗体(マウスIgG2a)を、0.25μg/mL~1μg/mLに希釈して、約100~200RLにした。抗原(scFv-Fc融合)を、1000nM~0.4nM、1:4希釈で3分間会合させ、続いて30分間解離させた。アッセイの結果(以下の表1)は、KLB513及びKLB610の両方に対するA002B39の同様の結合親和性を示す。
M5センサーチップに直接固定化された抗マウスFc抗体。ライブラリ抗体(マウスIgG2a)を、1μg/mLに希釈し、約40~80RUにした。抗原(scFV Fc融合)を、500nM~0.8nM、1:5希釈で3分間会合させる。30分間解離させる。アッセイの結果(以下の表2)は、A002B39のKLB513との結合親和性を示す。
細胞結合アッセイ
ScFvトランスフェクトSupT1-KL2B413 HL、SupT1-KL2B413 LH、又はSupT1-CD9B337-HL細胞を、RMPI 1640、10%FBS、1%非必須アミノ酸、1mMのピルビン酸ナトリウム、2mMのL-グルタミン、10mMのHEPES、0.1%炭酸水素塩中で培養した。細胞培養サプリメントは、ThermoFisher Scientific Gibco製品であった。mAbを染色緩衝液(BSA)(BD Pharmingenカタログ番号554657)中で6マイクログラム/mLに希釈した。scFv発現SupT1細胞を固定可能なLive/Dead染色(Molecular Probes #L34974)で標識し、384ウェルV底マイクロプレート(Greiner Bio-One #781281)に50,000細胞/ウェルで添加した。
ScFvトランスフェクトSupT1-KL2B413 HL、SupT1-KL2B413 LH、又はSupT1-CD9B337-HL細胞を、RMPI 1640、10%FBS、1%非必須アミノ酸、1mMのピルビン酸ナトリウム、2mMのL-グルタミン、10mMのHEPES、0.1%炭酸水素塩中で培養した。細胞培養サプリメントは、ThermoFisher Scientific Gibco製品であった。mAbを染色緩衝液(BSA)(BD Pharmingenカタログ番号554657)中で6マイクログラム/mLに希釈した。scFv発現SupT1細胞を固定可能なLive/Dead染色(Molecular Probes #L34974)で標識し、384ウェルV底マイクロプレート(Greiner Bio-One #781281)に50,000細胞/ウェルで添加した。
正規化したmAb試料を20μL/ウェルの量で穏やかに混合しながら細胞懸濁液に添加し、細胞を氷上で30分間インキュベートした。細胞懸濁液を70μL/ウェルの氷冷の染色緩衝液(BSA)で希釈し、細胞を400×g、4℃で5分間ペレット化し、上清を吸引した。細胞ペレットを70μL/ウェルの氷冷の染色緩衝液(BSA)でもう一度洗浄した。3μg/mLのAF488抗マウスIgG(H+L)特異的ヤギF(ab’)2(Jackson ImmunoResearch #115-546-062)を細胞ペレットに40μL/ウェルで穏やかに混合しながら添加し、細胞を氷上、暗所で30分間インキュベートした。細胞を前述のように洗浄し、40μL/ウェルのBD Cytofix(BD Pharmingen #554655)を用いて氷上で20分間固定した。固定した細胞を上記のように洗浄し、細胞ペレットを20μLの染色緩衝液に再懸濁し、iQue PLUS VBRフローサイトメーターで解析した。細胞を、生存集団及び一重項集団に対してゲーティングし、BL1-H(AF488)チャネルにおける抗体結合について解析した。全ての液体処理をAgilent Bravoシステムで行い、384ウェルプレートの吸引をBioTek 405 Selectプレート洗浄機で行った。
図3に示すように、scFvトランスフェクトSupT1細胞への結合において、多数の候補mAbをスクリーニングした。A002B39(A002M39と標識)は、SupT1-KL2B413 HL、SupT1-KL2B413 LH細胞の両方への特異的結合を示したが、陰性対照SupT1-CD9B337-HLへの特異的結合は示さなかった。
実施例4:CAR+SupT1細胞上のKLK2 CAR KL2B413-LH(タンパク質ID#A002B39)に対する検出抗体の特性評価
NK細胞及びT細胞上に発現するKLK2 CAR(KL2B413-LH)を検出する抗体を、ファージディスプレイスクリーニングに由来するタンパク質のパネルから同定した。前述の実施例で論じたように、最初に組み換えCARタンパク質への結合についてタンパク質を試験し、潜在的なバインダーをスケールアップした。タンパク質を精製し、フローサイトメトリーによってそれぞれKL2B413-LHを発現するSupT1細胞への用量依存的結合について試験した。Fc-KL2B413-LH融合タンパク質との競合結合実験及び親SupT1細胞への結合の欠如により、CARに特異的な結合であることが判明した。最良のバインダーを選択した後、CAR検出試薬として使用するために、抗体を組み換えフィコエリトリン(「PE」)に直接コンジュゲートした。抗体を精製してPE:抗体の比を1:1とし、受容体計数試験を可能とした(細胞表面上に発現されるCARの数)。
NK細胞及びT細胞上に発現するKLK2 CAR(KL2B413-LH)を検出する抗体を、ファージディスプレイスクリーニングに由来するタンパク質のパネルから同定した。前述の実施例で論じたように、最初に組み換えCARタンパク質への結合についてタンパク質を試験し、潜在的なバインダーをスケールアップした。タンパク質を精製し、フローサイトメトリーによってそれぞれKL2B413-LHを発現するSupT1細胞への用量依存的結合について試験した。Fc-KL2B413-LH融合タンパク質との競合結合実験及び親SupT1細胞への結合の欠如により、CARに特異的な結合であることが判明した。最良のバインダーを選択した後、CAR検出試薬として使用するために、抗体を組み換えフィコエリトリン(「PE」)に直接コンジュゲートした。抗体を精製してPE:抗体の比を1:1とし、受容体計数試験を可能とした(細胞表面上に発現されるCARの数)。
精製
細胞培養上清をMabSelectカラムにロードし、100mM酢酸ナトリウムpH3.0などの低pH緩衝液で溶出し、続いてSephadex G-25カラムを使用して1×SSC、8.5%スクロースpH7.0に緩衝液交換した。タンパク質を含有する画分を回収した。精製後、SDS-PAGE法、SEC-HPLC法、及びLC-MS法を使用してタンパク質のQCを行った。
細胞培養上清をMabSelectカラムにロードし、100mM酢酸ナトリウムpH3.0などの低pH緩衝液で溶出し、続いてSephadex G-25カラムを使用して1×SSC、8.5%スクロースpH7.0に緩衝液交換した。タンパク質を含有する画分を回収した。精製後、SDS-PAGE法、SEC-HPLC法、及びLC-MS法を使用してタンパク質のQCを行った。
フィコエリトリン標識
Modifier試薬1μLを、標識する抗体10μLごとに添加し、穏やかに混合した。抗体試料(Modifier試薬を加えたもの)を凍結乾燥したPE(Expedeon、カタログ番号703-0015)に直接ピペットで移し、穏やかに再懸濁し、室温(20~25℃)の暗所で1時間インキュベートした。Quencher試薬1μLを、使用した抗体10μLごとに加え、30分間インキュベートした。
Modifier試薬1μLを、標識する抗体10μLごとに添加し、穏やかに混合した。抗体試料(Modifier試薬を加えたもの)を凍結乾燥したPE(Expedeon、カタログ番号703-0015)に直接ピペットで移し、穏やかに再懸濁し、室温(20~25℃)の暗所で1時間インキュベートした。Quencher試薬1μLを、使用した抗体10μLごとに加え、30分間インキュベートした。
標識後、サイズ排除クロマトグラムカラム上でPE抗体コンジュゲートを精製した。画分を回収し、SEC-HPLCで解析した。1つのPEを有する1つの抗体のみを含有する画分を一緒にプールし、必要に応じて濃縮した。最終生成物をSEC-HPLCで解析した。
KLK2 CAR(KL2B413-LH)抗イディオタイプ抗体A002B39の特性評価
KL2B413LHを発現するSupT1細胞を親CAR-SupT1細胞と比較した。細胞(100,000細胞/ウェル)をLIVE/DEAD Fixable Near-IR生存性色素(Life Technologies L10119)で染色し、A002B39の濃度を上げながら氷上で30分間インキュベートした。インキュベーション後、試料をBSA染色緩衝液(BD Biosciences #554657)で洗浄し、PEヤギ抗マウスIgGポリクローナル抗体(Biolegend #405307)で染色して、生CAR+SupT1細胞上の結合抗体を検出した。インキュベーション、洗浄、及び固定(Cytofix、BD Biosciences)の後、試料を10色のFACSCanto II(BD Biosciences)フローサイトメーターで取得した。FlowJoを用いて解析を行い、生存SupT1細胞のPE中央蛍光強度を図4にプロットする。図4に示すように、KL2B413-LH SupT1細胞へのA002B39の用量依存的結合が観察された。CAR-SupT1親細胞では結合は検出されなかった。
KL2B413LHを発現するSupT1細胞を親CAR-SupT1細胞と比較した。細胞(100,000細胞/ウェル)をLIVE/DEAD Fixable Near-IR生存性色素(Life Technologies L10119)で染色し、A002B39の濃度を上げながら氷上で30分間インキュベートした。インキュベーション後、試料をBSA染色緩衝液(BD Biosciences #554657)で洗浄し、PEヤギ抗マウスIgGポリクローナル抗体(Biolegend #405307)で染色して、生CAR+SupT1細胞上の結合抗体を検出した。インキュベーション、洗浄、及び固定(Cytofix、BD Biosciences)の後、試料を10色のFACSCanto II(BD Biosciences)フローサイトメーターで取得した。FlowJoを用いて解析を行い、生存SupT1細胞のPE中央蛍光強度を図4にプロットする。図4に示すように、KL2B413-LH SupT1細胞へのA002B39の用量依存的結合が観察された。CAR-SupT1親細胞では結合は検出されなかった。
A002B39を上記のようにR-PEにコンジュゲートし、10μg/mLのKL2B413-LH scFv Fc融合タンパク質の存在下又は非存在下でKL2B413-LH SupT1への結合について試験して、KL2B413 CARへのA002B39結合の特異性を評価した。KL2B413-LH SupT1細胞(100,000細胞/ウェル)をLIVE/DEAD Fixable Near-IR生存性色素(Life Technologies L10119)で染色し、PE-A002B39及び10μg/mL KL2B413-LH scFv Fcの濃度を上げながら氷上で30分間インキュベートした。インキュベーション、洗浄、及び固定の後、試料を10色のFACSCanto IIフローサイトメーター上で取得した。FlowJo解析ソフトウェアを用いて解析を行い、生存SupT1細胞のPE中央蛍光強度を図5にプロットする。図5に示すように、KL2B413-LH SupT1細胞へのPE-A002B39の用量依存的結合は、KL2B413-LH CARに特異的であり、10μg/mLのKL2B413-LH scFv-Fcによってブロッキングすることができる。
臨床試料中のCAR細胞の検出を反映するために、KL2B413LH SupT1細胞を全血にスパイクした。以下の図3に示すように、PE-A002B39によるKL2B413-LH CAR検出は、全血の存在下では阻害されなかった。KL2B413LH SupT1細胞をLIVE/DEAD Fixable Near-IR生存性色素で染色し、洗浄し、染色緩衝液又は新鮮な全血(n=2)に懸濁して、100,000個のKL2B413LH SupT1細胞を50μL/ウェルで播種し、PE-A002B39の濃度を上げながら氷上で30分間インキュベートした。インキュベーション、洗浄、及び固定の後、試料を10色のFACSCanto IIフローサイトメーターで取得した。FlowJoソフトウェアを使用して解析を行い、生存SupT1細胞のPE中央蛍光強度を図6にプロットする。図6に示すように、全血中にスパイクされたKL2B413-LH-SupT1細胞のPE-A002B39検出。
PE-A002B39の複数のロットを比較して、バッチ間のKL2B413LH-SupT1細胞への結合の差を評価した。KL2B413-LH SupT1細胞(200,000細胞/ウェル)をLIVE/DEAD Fixable Near-IR生存性色素で染色し、PE-A002B39の濃度を上げながら氷上で30分間インキュベートした。インキュベーション、洗浄、及び固定の後、試料を10色のFACSCanto IIフローサイトメーター上で取得した。FlowJo解析ソフトウェアを用いて解析を行い、生存SupT1細胞のPE中央蛍光強度を図7にプロットする。図7に示すように、PE-A002B39の2つの異なるロットは、KL2B413-LH-SupT1に対して同様の結合プロファイルを有する。
配列
配列番号37:muIgG2aを有するA002B39の重鎖(アミノ酸)
EVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSSYAISWVRQAPGQGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADESTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARVQWGLDYWGQGTLVTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPRGPTIKPCPPCKCPAPNLLGGPSVFIFPPKIKDVLMISLSPIVTCVVVDVSEDDPDVQISWFVNNVEVHTAQTQTHREDYNSTLRVVSALPIQHQDWMSGKEFKCKVNNKDLPAPIERTISKPKGSVRAPQVYVLPPPEEEMTKKQVTLTCMVTDFMPEDIYVEWTNNGKTELNYKNTEPVLDSDGSYFMYSKLRVEKKNWVERNSYSCSVVHEGLHNHHTTKSFSRTPGK
EVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSSYAISWVRQAPGQGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADESTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARVQWGLDYWGQGTLVTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPRGPTIKPCPPCKCPAPNLLGGPSVFIFPPKIKDVLMISLSPIVTCVVVDVSEDDPDVQISWFVNNVEVHTAQTQTHREDYNSTLRVVSALPIQHQDWMSGKEFKCKVNNKDLPAPIERTISKPKGSVRAPQVYVLPPPEEEMTKKQVTLTCMVTDFMPEDIYVEWTNNGKTELNYKNTEPVLDSDGSYFMYSKLRVEKKNWVERNSYSCSVVHEGLHNHHTTKSFSRTPGK
配列番号38:muIgG2aを有するA002B39の重鎖(DNA)
GAAGTGCAGCTGGTGCAGAGCGGCGCGGAAGTGAAAAAACCGGGCAGCAGCGTGAAAGTGAGCTGCAAAGCGAGCGGCGGCACCTTTAGCAGCTATGCGATTAGCTGGGTGCGCCAGGCGCCGGGCCAGGGCCTGGAATGGATGGGCGGCATTATTCCGATTTTTGGCACCGCGAACTATGCGCAGAAATTTCAGGGCCGCGTGACCATTACCGCGGATGAAAGCACCAGCACCGCGTATATGGAACTGAGCAGCCTGCGCAGCGAAGATACCGCGGTGTATTATTGCGCGCGCGTGCAGTGGGGCTTGGACTATTGGGGCCAGGGCACCCTGGTGACCGTGAGCAGCGCCAAAACAACAGCACCAAGTGTCTATCCACTGGCCCCTGTGTGTGGAGATACAACTGGCTCCTCGGTGACTCTAGGATGCCTGGTCAAGGGTTATTTCCCTGAGCCAGTGACCTTGACCTGGAACTCTGGATCCCTGTCCAGTGGTGTGCACACCTTCCCAGCTGTCCTGCAGTCTGACCTCTACACCCTCAGCAGCTCAGTGACTGTAACCTCGAGCACCTGGCCCAGCCAGTCCATCACCTGCAATGTGGCCCACCCGGCAAGCAGCACCAAGGTGGACAAGAAAATTGAGCCCAGAGGGCCCACAATCAAGCCCTGTCCTCCATGCAAATGCCCAGCACCTAACCTCTTGGGTGGACCATCCGTCTTCATCTTCCCTCCAAAGATCAAGGATGTACTCATGATCTCCCTGAGCCCCATAGTCACATGTGTGGTGGTGGATGTGAGCGAGGATGACCCAGATGTCCAGATCAGCTGGTTTGTGAACAACGTGGAAGTACACACAGCTCAGACACAAACCCATAGAGAGGATTACAACAGTACTCTCCGGGTGGTCAGTGCCCTCCCCATCCAGCACCAGGACTGGATGAGTGGCAAGGAGTTCAAATGCAAGGTCAACAACAAAGACCTCCCAGCGCCCATCGAGAGAACCATCTCAAAACCCAAAGGGTCAGTAAGAGCTCCACAGGTATATGTCTTGCCTCCACCAGAAGAAGAGATGACTAAGAAACAGGTCACTCTGACCTGCATGGTCACAGACTTCATGCCTGAAGACATTTACGTGGAGTGGACCAACAACGGGAAAACAGAGCTAAACTACAAGAACACTGAACCAGTCCTGGACTCTGATGGTTCTTACTTCATGTACAGCAAGCTGAGAGTGGAAAAGAAGAACTGGGTGGAAAGAAATAGCTACTCCTGTTCAGTGGTCCACGAGGGTCTGCACAATCACCACACGACTAAGAGCTTCTCCCGGACTCCGGGTAAA
GAAGTGCAGCTGGTGCAGAGCGGCGCGGAAGTGAAAAAACCGGGCAGCAGCGTGAAAGTGAGCTGCAAAGCGAGCGGCGGCACCTTTAGCAGCTATGCGATTAGCTGGGTGCGCCAGGCGCCGGGCCAGGGCCTGGAATGGATGGGCGGCATTATTCCGATTTTTGGCACCGCGAACTATGCGCAGAAATTTCAGGGCCGCGTGACCATTACCGCGGATGAAAGCACCAGCACCGCGTATATGGAACTGAGCAGCCTGCGCAGCGAAGATACCGCGGTGTATTATTGCGCGCGCGTGCAGTGGGGCTTGGACTATTGGGGCCAGGGCACCCTGGTGACCGTGAGCAGCGCCAAAACAACAGCACCAAGTGTCTATCCACTGGCCCCTGTGTGTGGAGATACAACTGGCTCCTCGGTGACTCTAGGATGCCTGGTCAAGGGTTATTTCCCTGAGCCAGTGACCTTGACCTGGAACTCTGGATCCCTGTCCAGTGGTGTGCACACCTTCCCAGCTGTCCTGCAGTCTGACCTCTACACCCTCAGCAGCTCAGTGACTGTAACCTCGAGCACCTGGCCCAGCCAGTCCATCACCTGCAATGTGGCCCACCCGGCAAGCAGCACCAAGGTGGACAAGAAAATTGAGCCCAGAGGGCCCACAATCAAGCCCTGTCCTCCATGCAAATGCCCAGCACCTAACCTCTTGGGTGGACCATCCGTCTTCATCTTCCCTCCAAAGATCAAGGATGTACTCATGATCTCCCTGAGCCCCATAGTCACATGTGTGGTGGTGGATGTGAGCGAGGATGACCCAGATGTCCAGATCAGCTGGTTTGTGAACAACGTGGAAGTACACACAGCTCAGACACAAACCCATAGAGAGGATTACAACAGTACTCTCCGGGTGGTCAGTGCCCTCCCCATCCAGCACCAGGACTGGATGAGTGGCAAGGAGTTCAAATGCAAGGTCAACAACAAAGACCTCCCAGCGCCCATCGAGAGAACCATCTCAAAACCCAAAGGGTCAGTAAGAGCTCCACAGGTATATGTCTTGCCTCCACCAGAAGAAGAGATGACTAAGAAACAGGTCACTCTGACCTGCATGGTCACAGACTTCATGCCTGAAGACATTTACGTGGAGTGGACCAACAACGGGAAAACAGAGCTAAACTACAAGAACACTGAACCAGTCCTGGACTCTGATGGTTCTTACTTCATGTACAGCAAGCTGAGAGTGGAAAAGAAGAACTGGGTGGAAAGAAATAGCTACTCCTGTTCAGTGGTCCACGAGGGTCTGCACAATCACCACACGACTAAGAGCTTCTCCCGGACTCCGGGTAAA
配列番号39:muKappaを有するA002B39の軽鎖(アミノ酸)
EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVDSALAWYQQKPGQAPRLLIYGASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQRFNWPITFGQGTKVEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC
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配列番号40:muKappaを有するA002B39の軽鎖(DNA)
GAAATTGTGCTGACCCAGAGCCCGGCGACCCTGAGCCTGAGCCCGGGCGAACGCGCGACCCTTAGCTGCCGTGCAAGTCAGAGTGTGGACAGCGCGCTGGCGTGGTATCAGCAGAAACCGGGCCAGGCGCCGCGCCTGCTGATTTATGGTGCGAGCAACCGCGCGACCGGCATTCCGGCGCGCTTTAGCGGCAGCGGCAGCGGCACCGATTTTACCCTGACCATTAGCAGCCTGGAACCGGAAGATTTTGCGGTGTATTATTGCCAGCAGCGTTTCAACTGGCCGATCACCTTTGGCCAGGGCACCAAAGTGGAAATTAAACGGGCTGATGCTGCACCGACTGTGTCCATCTTCCCACCATCCAGTGAGCAGTTAACATCTGGAGGTGCCTCAGTCGTGTGCTTCTTGAACAACTTCTACCCCAAAGACATCAATGTCAAGTGGAAGATTGATGGCAGTGAACGACAAAATGGCGTCCTGAACAGTTGGACTGATCAGGACAGCAAAGACAGCACCTACAGCATGAGCAGCACCCTCACGTTGACCAAGGACGAGTATGAACGACATAACAGCTATACCTGTGAGGCCACTCACAAGACATCAACTTCACCCATTGTCAAGAGCTTCAACAGGAATGAGTGT
GAAATTGTGCTGACCCAGAGCCCGGCGACCCTGAGCCTGAGCCCGGGCGAACGCGCGACCCTTAGCTGCCGTGCAAGTCAGAGTGTGGACAGCGCGCTGGCGTGGTATCAGCAGAAACCGGGCCAGGCGCCGCGCCTGCTGATTTATGGTGCGAGCAACCGCGCGACCGGCATTCCGGCGCGCTTTAGCGGCAGCGGCAGCGGCACCGATTTTACCCTGACCATTAGCAGCCTGGAACCGGAAGATTTTGCGGTGTATTATTGCCAGCAGCGTTTCAACTGGCCGATCACCTTTGGCCAGGGCACCAAAGTGGAAATTAAACGGGCTGATGCTGCACCGACTGTGTCCATCTTCCCACCATCCAGTGAGCAGTTAACATCTGGAGGTGCCTCAGTCGTGTGCTTCTTGAACAACTTCTACCCCAAAGACATCAATGTCAAGTGGAAGATTGATGGCAGTGAACGACAAAATGGCGTCCTGAACAGTTGGACTGATCAGGACAGCAAAGACAGCACCTACAGCATGAGCAGCACCCTCACGTTGACCAAGGACGAGTATGAACGACATAACAGCTATACCTGTGAGGCCACTCACAAGACATCAACTTCACCCATTGTCAAGAGCTTCAACAGGAATGAGTGT
配列番号41:KL2B413 VH
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配列番号42:KL2B413 VL
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配列番号43-CAR1(KL2B413_HL;pBD000091628)
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配列番号44-CAR2(KL2B413_LH;pBD000091623)
EIVLTQSPSFLSASVGDRVTITCRASQGISSYLSWYQQKPGKAPKLLIYATSTLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCQQLNSYPRTFGQGTKVEIKGGSEGKSSGSGSESKSTGGSEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMTWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSERYYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDQNYDILTGHYGMDVWGQGTTVTVSSTSTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYKQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR
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配列番号45:A002B39の重鎖可変ドメイン(アミノ酸)
EVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSSYAISWVRQAPGQGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADESTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARVQWGLDYWGQGTLVTVSS
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配列番号46:A002B39の軽鎖可変ドメイン(アミノ酸)
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配列番号47-ヒトカリクレイン-2配列(シグナル配列:アミノ酸1-18)
MWDLVLSIALSVGCTGAVPLIQSRIVGGWECEKHSQPWQVAVYSHGWAHCGGVLVHPQWVLTAAHCLKKNSQVWLGRHNLFEPEDTGQRVPVSHSFPHPLYNMSLLKHQSLRPDEDSSHDLMLLRLSEPAKITDVVKVLGLPTQEPALGTTCYASGWGSIEPEEFLRPRSLQCVSLHLLSNDMCARAYSEKVTEFMLCAGLWTGGKDTCGGDSGGPLVCNGVLQGITSWGPEPCALPEKPAVYTKVVHYRKWIKDTIAANP
MWDLVLSIALSVGCTGAVPLIQSRIVGGWECEKHSQPWQVAVYSHGWAHCGGVLVHPQWVLTAAHCLKKNSQVWLGRHNLFEPEDTGQRVPVSHSFPHPLYNMSLLKHQSLRPDEDSSHDLMLLRLSEPAKITDVVKVLGLPTQEPALGTTCYASGWGSIEPEEFLRPRSLQCVSLHLLSNDMCARAYSEKVTEFMLCAGLWTGGKDTCGGDSGGPLVCNGVLQGITSWGPEPCALPEKPAVYTKVVHYRKWIKDTIAANP
参照による組み込み
本明細書において言及される全ての刊行物及び特許出願は、各個々の刊行物又は特許出願が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示された場合と同程度まで、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書において言及される全ての刊行物及び特許出願は、各個々の刊行物又は特許出願が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示された場合と同程度まで、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
主題の開示の特定の実施形態について論じてきたが、上の明細書は例示的であり、限定的ではない。本明細書及び以下の特許請求の範囲を考察すると、本開示の多くの変形が当業者には明らかになるであろう。等価物の全範囲と共に特許請求の範囲、及びそのような変形と共に明細書を参照することによって、本開示の全範囲は決定されるべきである。
Claims (33)
- KL2B413を含む標的抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分。
- 前記標的抗体又はその抗原結合部分が、配列番号41のアミノ酸配列を有するVHドメインと、配列番号42のアミノ酸配列を有するVLドメインとを含む、請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分であって、配列番号4~7からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR1、配列番号11~14からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR2及び配列番号19~20からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVH CDR3を含む重鎖可変(VH)ドメインを含み、配列番号25~26からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR1、配列番号29~30からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR2及び配列番号33~34からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するVL CDR3を含む軽鎖可変(VL)ドメインを更に含む、抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分。
- 前記VHドメインが、配列番号45に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有し、前記VLドメインが、配列番号46に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する、請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- 配列番号37に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖を含み、配列番号39に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖を更に含む、請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- 前記VHドメインが、配列番号45のアミノ酸配列を有し、前記VLドメインが、配列番号46のアミノ酸配列を有する、請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- 配列番号37のアミノ酸配列を含む重鎖を含み、配列番号39のアミノ酸配列を含む軽鎖を更に含む、請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- 前記抗原結合部分が、Fab、F(ab’)2、又はscFvから選択される、請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- 前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- 前記抗体が、キメラ抗体である、請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- 前記抗体が、マウスIgG2aフレームワークを含む、請求項10に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- 前記抗体が、完全ヒト抗体である、請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- 請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分の前記重鎖、前記軽鎖、又はその両方をコードする核酸。
- KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分の前記重鎖、前記軽鎖、又はその両方をコードする核酸であって、
a)配列番号38のヌクレオチド配列、
b)配列番号40のヌクレオチド配列、
c)a)及びb)の両方、を含む、核酸。 - 請求項14に記載の核酸を含む、ベクター。
- 前記ベクターが、発現ベクターである、請求項15に記載のベクター。
- 請求項16に記載のベクターを含む、宿主細胞。
- 前記細胞が、哺乳動物細胞である、請求項17に記載の宿主細胞。
- KL2B413に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体又はその抗原結合部分を産生する方法であって、前記抗体又は前記抗原結合部分を発現させる条件下で、前記抗体又は前記抗原結合部分の前記重鎖及び前記軽鎖をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項17に記載の宿主細胞を培養することと、前記培養物から前記抗体又は前記抗原結合部分を単離することとを含む、方法。
- 生体試料中のKL2B413を検出するための方法であって、(a)生体試料を準備することと、(b)前記生体試料を、請求項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)前記抗イディオタイプ抗体又は前記抗原結合部分を検出することとを含む、方法。
- 生体試料中のKL2B413を含むキメラ抗原受容体(CAR)の発現を検出するための方法であって、(a)生体試料を準備することと、(b)前記生体試料を、請求項1~3のいずれか一項に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)前記抗イディオタイプ抗体又は前記抗原結合部分を検出し、それによって前記CARの前記発現を検出することとを含む、方法。
- 前記抗体が、検出可能な標識を含む、請求項20に記載の方法。
- 前記抗イディオタイプ抗体又は前記抗原結合部分を検出する前に、前記抗イディオタイプ抗体又は前記抗原結合部分を検出可能な標識と接触させることを更に含む、請求項20に記載の方法。
- 前記生体試料が、血液、血清又は尿である、請求項20に記載の方法。
- KL2B413が、キメラ抗原受容体(CAR)の細胞外部分の抗原結合ドメイン内にある、請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- KL2B413がscFvであり、前記抗イディオタイプ抗体又は前記抗原結合部分が前記CARの前記scFv中のエピトープに特異的に結合する、請求項25に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- KL2B413が、KLK2に結合する、請求項25に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- 前記抗体又は前記抗原結合部分が、他のKLK2抗体又は他のKLK2結合CARと交差反応しない、請求項25に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- 前記CARが、配列番号43~44からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項25に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- 生体試料中のKL2B413を検出するためのキットであって、(a)請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と、(b)前記抗イディオタイプ抗体又は前記抗原結合部分を検出するための説明書とを含む、キット。
- 生体試料中のKL2B413の検出において使用するための、抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分であって、前記検出が、(a)生体試料を準備することと、(b)前記生体試料を前記抗イディオタイプ抗体又は前記抗原結合部分と接触させることと、(c)前記抗イディオタイプ抗体又は前記抗原結合部分を検出することとを含む、請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分。
- 試料からKL2B413を精製する方法であって、(a)KL2B413を含む生体試料を準備することと、(b)前記生体試料を、請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)前記抗イディオタイプ抗体又は前記抗原結合部分を捕捉し、それによってKL2B413を精製することとを含む、方法。
- 細胞集団からCAR-T細胞を選択する方法であって、(a)CAR-T細胞を含む生体試料を準備することと、(b)前記生体試料を、請求項1に記載の抗イディオタイプ抗体又は抗原結合部分と接触させることと、(c)前記抗イディオタイプ抗体又は前記抗原結合部分を捕捉し、それによってCAR-T細胞を選択することとを含む、方法。
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