JP2023526498A - グルコース-6-ホスファターゼ(G6Pase-a)をコードする遺伝子治療用ベクター - Google Patents
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Abstract
本発明は、ヒトα-1抗トリプシン(hAAT)プロモーターに作動可能に連結されている、グルコース-6-ホスファターゼ-a(G6Pase-a)をコードする核酸配列を含む、細胞内でG6Pase-aを発現させるための核酸構築物を含むアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター、本発明のベクターで形質転換された細胞、本発明のベクターまたは細胞を含む組成物、およびにその使用に関する。
Description
本発明は、細胞内でグルコース-6-ホスファターゼ-a(G6Pase-a)を発現させるための核酸構築物を含み、糖原病Ia(GSD-Ia)の治療に有益なアデノ随伴ウイルス(AAV)に関し、上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、ヒトα-1抗トリプシン(hAAT)プロモーターに作動可能に連結されている。
糖原病Ia型(GSD-Iaまたはフォン・ギールケ病)は、主に肝臓、腎臓、および腸で発現される酵素であるグルコース-6-ホスファターゼ-a(G6Pase-a)の欠乏によって生じる。G6PC遺伝子によりコードされるG6Pase-aは、9個の膜貫通ヘリックスによって小胞体(ER)に固定された疎水性タンパク質である。この酵素は、グリコーゲン分解および糖新生の末端段階におけるグルコース-6-リン酸(G6P)のグルコースおよび無機リン酸への加水分解を触媒する。GSD-Iaを患う患者はグルコースホメオスタシスを維持することができず、空腹時低血糖、発育遅延、肝腫大、腎肥大、高脂血症、高尿酸血症、および乳酸血症を示す。
大抵の場合、低血糖は、患者が正常に近い成長および思春期発育を達成することができるような食事療法を用いて管理することができる。しかしながら、長期的な臨床合併症およびその根本的な病理過程は未修正のままである。最も重大な慢性的なリスクの一つは肝細胞腺腫(HCA)であり、25歳を超えるGSD-I患者のうち70~80%で発生する。GSD-Ia患者のHCAは多発性かつ非被包性で、局所圧迫および腫瘍内出血を含む合併症を伴う。GSD-Ia患者の10%では、HCAが悪性化して肝細胞癌(HCC)になる。
よって、GSD-Iaおよびその関連する合併症の治療用に改良された治療ベクターが必要とされている。
これまで、GSD-Iaの動物モデルにおいてG6Pase-aを保有する組み換えアデノ随伴ウイルス(AAV)を用いた遺伝子治療研究が行われてきた。特に、従来技術では、G6PCプロモーター/エンハンサー(GPE)に作動可能に連結されたG6Pase-aをコードする核酸配列を含む核酸構築物の使用が開示されている。
ベクターに対する免疫応答に関連した治療による合併症は、遺伝子治療におけるAAVベクターの使用についての重大な障害を表している。一般に、AAVベクターの投与量を低減して投与すると、免疫応答の活性化が低下し、導入遺伝子の発現の安定性が良好となる[15]。従って、AAVベクターの使用に伴う副作用の発生を低減するために、対象者において治療的に有効な効果が得られるのに十分な最低量のAAVベクターを投与することが好ましい。
よって、遺伝子治療においてG6Pase-aの発現および活性を高めて、対象者における治療効果を達成するのに必要なAAVベクターの量を低減することができる改良された核酸構築物が必要とされている。
本発明者らは、驚くべきことに、特にAAV遺伝子治療の設定において、hAATプロモーターの制御下でG6Pase-aをコードする核酸は、hGPEプロモーターと比べて、G6Pase-a発現およびG6Pase-a活性を増加させ、これにより、GSDIaマウスにおいて表現型レスキューを可能にすることを示した。これは、GSDIaを治療するために様々な種に由来する天然G6Paseプロモーター(GPE)の様々な形態を用いた従来技術の観点からは特に予測されなかったことである。
また、本発明者らは、hAATプロモーターの制御下でG6Pase-aをコードする同核酸は、遺伝子治療においてhGPEプロモーターと比べた場合、HCAおよびHCCなどの腫瘍形成のリスクを低減することも示した。これも、より高い活性を持つプロモーターほど遺伝子治療後にHCAおよびHCCのリスクを高めやすいと予想する従来技術の観点からは特に予測されなかったことである[1]。
よって、第一の側面では、本発明は、細胞内でグルコース-6-ホスファターゼ-a(G6Pase-a)を発現させるための核酸構築物を含むアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターであって、上記構築物は、上記G6Pase-aをコードする核酸配列を含み、上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、ヒトα-1抗トリプシン(hAAT)プロモーターに作動可能に連結されている、AAVベクターに関する。
第二の側面では、本発明は、本発明のベクターで形質転換された細胞に関する。
第三の側面では、本発明は、本発明のベクターまたは本発明の細胞を含む組成物に関する。
第四の側面では、本発明は、薬剤として使用するための、特に糖原病Ia(GSD-Ia)の治療に使用するための本発明のベクター、細胞、または組成物に関する。
定義
用語「グルコース-6-ホスファターゼα」または「G6Pase-a」は、G6pc遺伝子によりコードされる酵素に関する。この酵素は、グリコーゲン分解および糖新生の末端段階におけるグルコース-6-リン酸(G6P)のグルコースおよび無機リン酸への加水分解を触媒する。本発明によれば、G6Pase-aは野生型G6Pase-aまたは改変G6Pase-aであってもよく、特に、ホスホヒドロラーゼ活性が高められた改変G6Pase-aであってもよい。改変G6Pase-aはWO2016106303および[16]に開示されている。例えば、G6Pase-aは、配列番号1、配列番号12であってもよく、あるいは配列番号29~配列番号44から選択されるアミノ酸配列を有する何れかの改変G6Pase-aであってもよい。
用語「グルコース-6-ホスファターゼα」または「G6Pase-a」は、G6pc遺伝子によりコードされる酵素に関する。この酵素は、グリコーゲン分解および糖新生の末端段階におけるグルコース-6-リン酸(G6P)のグルコースおよび無機リン酸への加水分解を触媒する。本発明によれば、G6Pase-aは野生型G6Pase-aまたは改変G6Pase-aであってもよく、特に、ホスホヒドロラーゼ活性が高められた改変G6Pase-aであってもよい。改変G6Pase-aはWO2016106303および[16]に開示されている。例えば、G6Pase-aは、配列番号1、配列番号12であってもよく、あるいは配列番号29~配列番号44から選択されるアミノ酸配列を有する何れかの改変G6Pase-aであってもよい。
本発明によれば、「同一性」は比較ウィンドウにおいてアライメントした2つの配列を比較することにより算出される。配列のアライメントによって、比較ウィンドウにおいて2つの配列に共通する位置(ヌクレオチドまたはアミノ酸)の数を決定することができる。従って、共通する位置の数を比較ウィンドウにおける位置の総数で除して100を乗じることで同一性の百分率が得られる。配列同一性の百分率は手動で、またはよく知られたコンピュータプログラムを用いて求めることができる。本発明の特定の一実施形態では、同一性または相同性は、相互作用する結合能を大きく失うことがない限り、アミノ酸残基の少なくとも1個の置換、例えば、1個、2個、3個、4個、5個の置換に対応する。好ましくは、上記少なくとも1個の置換は保存的アミノ酸置換である。「保存的アミノ酸置換」とは、あるアミノ酸を類似の側鎖を有する他のアミノ酸で置換することができることを意味する。類似の側鎖を有するアミノ酸のファミリーは当該分野で規定されており、塩基性側鎖(例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、無電荷極性側鎖(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン)、非極性側鎖(例えば、グリシン、システイン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、β分岐状側鎖(例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン)、および芳香族側鎖(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)が挙げられる。
本発明によれば、用語「核酸配列」は、一本鎖または二本鎖の形態のDNAまたはRNA分子、特にDNAを言う。
本発明によれば、用語「G6Pase-aをコードする核酸配列」は、G6Pase-a、すなわち野生型G6Pase-aまたは改変G6Pase-aのいずれかをコードする核酸配列を言う。改変G6Pase-aをコードする改変核酸配列は、参考文献[16]およびWO2016106303に開示されている。例えば、野生型G6Pase-aをコードする核酸配列は、配列番号2、配列番号3、配列番号45、または配列番号46のヌクレオチド配列を有する。例えば、改変G6Pase-aをコードする核酸配列は、配列番号4または配列番号5のヌクレオチド配列を有する。従って、例えば、G6Pase-aをコードする核酸配列は、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号45、配列番号46、または配列番号13~配列番号28から選択される改変G6Pase-aをコードする何れかの核酸配列であってもよい。
用語「核酸構築物」は、導入遺伝子を発現させるための、例えば、細胞内でG6Pase-aを発現させるための標的細胞に移植される人工的に構築された核酸セグメントを言う。核酸構築物は、G6Pase-aの発現を向上させる発現制御核酸配列および/若しくは他の核酸配列、並びに/またはG6Pase-aの分泌を高める核酸配列、並びに/またはG6Pase-aの組織への取り込みを高める核酸配列を1種以上含んでいてもよく、上記核酸配列は導入遺伝子(例えば、G6Pase-a)をコードする配列に作動可能に連結されていてもよい。本明細書で用いられる用語「作動可能に連結」は、機能的関係でのポリヌクレオチド要素の連結を言う。核酸配列が他の核酸配列と機能的関係に置かれる場合、「作動可能に連結」される。例えば、プロモーターまたは他の転写調節核酸配列は、導入遺伝子(例えば、G6Pase-a)をコードする核酸配列の転写に影響を及ぼすのであれば、該核酸配列に作動可能に連結されている。そのような発現制御核酸配列は当該分野で周知であり、例えば、プロモーター、エンハンサー(例えば、シス調節モジュール(CRM))、イントロン、ポリAシグナルなどが挙げられる。
用語「α-1抗トリプシン」または「AAT」は、セルピンスーパーファミリーに属するタンパク質に関する。これは、ヒトにおいてSERPINA1遺伝子によりコードされている。用語「hAAT」はヒトAATに関する。
用語「プロモーター」は、核酸配列(例えば、遺伝子)の転写を指示/開始するDNAの領域を言う。プロモーターは転写の開始部位付近に必要な核酸配列を含む。典型的には、プロモーターは、転写する遺伝子の付近に位置している。
用語「hAATプロモーター」は、hAATのプロモーター、すなわち野生型hAATプロモーターまたは改変hAATプロモーターの何れかに関する。
本発明による用語「ベクター」は、遺伝子治療におけるG6Pase-aの発現など、遺伝子治療において導入遺伝子の発現に好適なベクターを意味する。
本発明の文脈において、用語「遺伝子治療」は、疾患の治療を目的とした遺伝子/核酸の個体の細胞への送達を含む対象者の治療を言う。
本明細書で用いられる場合、用語「対象者」、「患者」、または「個体」は、糖原病Ia(GSD-Ia)に罹患しているまたは罹患しやすいヒトまたは非ヒト哺乳類(例えば、げっ歯類(マウス、ラット)、ネコ、イヌ、または霊長類)を言う。好ましくは、対象者はヒト、男性または女性である。
用語「糖原病」または「GSD」は、典型的には筋肉内および/または肝臓細胞内での、グリコーゲン合成、グリコーゲン分解、または解糖に影響を及ぼす酵素欠乏により生じる代謝障害を言う。GSDは、GSD 0型からGSD XV型まで様々な種類に分類される。GSD-Iは、2つの常染色体劣性疾患であるGSD-IaおよびGSD-Ibからなる。GSD-Iaはグルコース-6-ホスファターゼ-aの欠乏によって生じる。グルコース-6-リン酸トランスポーター(G6PT)の欠乏はGSD-Ibに関与する。本発明によれば、GSDはGSD-Ia(フォン・ギールケ病;OMIM #232240)である。
用語「治療する」または「治療」は、この用語が適用される疾患若しくは異常、または該疾患若しくは異常の1つ以上の症状の進行を反転、軽減、阻害するか、あるいはこれらを予防することを意味する。特に、疾患の治療は、GSDにおける機能障害を治療すること、好ましくは対象者において血糖制御を向上させることからなっていてもよい。
用語「医薬的に許容可能な」は、連邦政府または州政府の規制機関によって承認されているか、あるいは動物およびヒトに用いるための米国若しくは欧州薬局方または他の一般に認知された薬局方にリストされていることを意味する。
「医薬組成物」は、医薬的に許容可能な担体を含む組成物を意味する。例えば、担体は、治療薬を投与するのに用いられる希釈剤、アジュバント、賦形剤、または媒体であってもよい。そのような医薬品担体は無菌液体であってもよく、例えば、水および油(石油、動物、植物、または合成由来のもの、例えば、ピーナッツ油、大豆油、鉱油、ごま油など)が挙げられる。医薬組成物が静脈内投与される場合、水が好ましい担体である。生理食塩水、ブドウ糖水溶液、およびグリセロール水溶液もまた、液体の担体として、特に注射可能な溶液用に用いることができる。好適な医薬品賦形剤としては、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、乾燥スキムミルク、グリセロール、プロピレングリコール、水、エタノールなどが挙げられる。医薬組成物が経口投与に適合している場合、錠剤またはカプセルは、結着剤(例えば、トウモロコシα化デンプン、ポリビニルピロリドン、またはヒドロキシプロピルメチルセルロース);充填剤(例えば、ラクトース、微結晶性セルロース、またはリン酸水素カルシウム);潤滑剤(例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルク、またはシリカ);崩壊剤(例えば、ジャガイモデンプン、またはデンプングリコール酸ナトリウム);あるいは湿潤剤(例えば、ラウリル硫酸ナトリウム)などの医薬的に許容可能な賦形剤を用いて従来の手段により調製することができる。錠剤は、当該分野でよく知られた方法でコーティングされていてもよい。経口投与用の液体製剤は、例えば、溶液、シロップ、または懸濁液の形態を取っていてもよく、あるいは使用前に水または他の好適な媒体で構成するための乾燥品として提供されてもよい。そのような液体製剤は、懸濁剤(例えば、ソルビトールシロップ、セルロース誘導体、または水添食用脂);乳化剤(例えば、レシチンまたはアラビアゴム);非水性媒体(例えば、アーモンド油、油性エステル、エチルアルコール、または植物分別油);および保存料(例えば、メチル若しくはプロピル-p-ヒドロキシベンゾアート、またはソルビン酸)などの医薬的に許容可能な添加剤を用いて従来の手段により調製されてもよい。製剤はまた、適宜、緩衝塩、風味剤、着色剤、および甘味剤を含んでいてもよい。本発明による組成物は、好ましくは医薬組成物である。
核酸構築物
本明細書は、細胞内でグルコース-6-ホスファターゼ(G6Pase-a)を発現させるための核酸構築物に関し、上記構築物は、上記G6Pase-aをコードする核酸配列を含み、上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、ヒトα-1抗トリプシン(hAAT)プロモーターに作動可能に連結されている。
本明細書は、細胞内でグルコース-6-ホスファターゼ(G6Pase-a)を発現させるための核酸構築物に関し、上記構築物は、上記G6Pase-aをコードする核酸配列を含み、上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、ヒトα-1抗トリプシン(hAAT)プロモーターに作動可能に連結されている。
本明細書によれば、上記核酸配列は、野生型G6Pase-a、例えば配列番号1のアミノ酸配列を有するG6Pase-a、または改変G6Pase-a、好ましくはホスホヒドロラーゼ活性が高められた改変G6Pase-a、例えば配列番号1と少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたは有するG6Pase-aをコードしていてもよい。上記改変G6Pase-aは、タンパク質が酵素活性を保持する限り、1つ以上のアミノ酸変異(置換または欠失など)を含み得る。実施形態によっては、上記改変G6Pase-aは、ヒトG6Pase-aの298位のアミノ酸においてセリンのシステインへの置換を含む(本明細書では、野生型ヒトG6Pase-aのアミノ酸配列を配列番号1と記載する)。上記改変G6Pase-aは、タンパク質が酵素活性を保持する限り、他の残基に変異を含み得る。例えば、上記改変G6Pase-aは、他の残基に置換を含むことができ、そのような残基としては、ヒトG6Pase-a(配列番号1と記載)の3、54、139、196、199、242、247、292、301、318、324、332、347、349、350、および/または353位が挙げられる。改変G6Pase-aはWO2016/106303および[16]に開示されている。例えば、G6Pase-aは、配列番号1、配列番号12であってもよく、あるいは配列番号29~配列番号44から選択されるアミノ酸配列を有する何れかの改変G6Pase-aであってもよい。
上記G6Pase-aは、配列番号1と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたは有していてもよい。
従って、G6Pase-aをコードする核酸配列は、野生型G6Pase-a(配列番号2、配列番号3、配列番号45、または配列番号46、好ましくは配列番号45)または改変G6Pase-aの何れかをコードしていてもよい。改変G6Pase-aをコードする核酸配列は、配列番号4、配列番号5、配列番号13~配列番号28の何れか、配列番号52、または配列番号54から選択される何れかの核酸配列であってもよい。
上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、配列番号2と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有するヌクレオチド配列を含んでいてもよい。
従って、例えば、上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、配列番号2、配列番号3、配列番号4、またはWO2016106303の番号6~7の何れかの核酸配列であってもよい。
上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、配列番号45と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有するヌクレオチド配列を含んでいてもよい。
上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、配列番号46と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有するヌクレオチド配列を含んでいてもよい。
上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、ヒトα-1抗トリプシン(hAAT)プロモーターに作動可能に連結されている。
上記hAATプロモーターは、野生型hAATプロモーター、例えば配列番号8の核酸配列を有するhAATプロモーター、または改変hAATプロモーター、例えば配列番号8と少なくとも90%の同一性を有する核酸配列を含むかまたは有するhAATプロモーターであってもよい。上記改変hAATプロモーターは、該プロモーターがG6Pase-aの転写を依然として指示/開始する限り、1つ以上の核酸変異(置換または欠失など)を含むことができる。
上記hAATプロモーターは、配列番号8と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有するヌクレオチド配列を含むかまたは有していてもよい。
上記hAATプロモーターは、好ましくは、ApoEエンハンサー(例えば、配列番号9)などのエンハンサーが前に配置されている。例えば、上記核酸構築物は配列番号7を含む。
上記核酸構築物は、イントロン、特に、上記hAATプロモーターと上記G6Pase-aをコードする核酸配列との間に置かれたイントロンを含んでいてもよい。イントロンは、mRNAの安定性およびG6Pase-aの産生を高めるために導入されていてもよい。有利には、上記核酸構築物は、上記hAATプロモーターと上記G6Pase-aをコードする核酸配列との間に置かれたヒトβグロビン遺伝子(例えば、HBB2)に由来するイントロンを含み、好ましくは上記核酸構築物に含まれるイントロンは配列番号47で示される配列を有する。配列番号47の配列を有するイントロンはWO2015/162302に開示されている。あるいは、上記イントロンは、上記G6Pase-aをコードする核酸配列の3’末端の後に置かれている。
本明細書の核酸構築物は、5’から3’の方向に、ApoEエンハンサー(例えば、配列番号9)などのエンハンサーが前に配置されてもよいhAATプロモーター、必要に応じてヒトβグロビン遺伝子のイントロン(例えば、配列番号47)などのイントロン、G6Pase-aをコードする核酸配列、およびポリアデニル化シグナル(ウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナル、HBB2ポリアデニル化シグナル、SV40ポリアデニル化シグナル、または他の天然若しくは人工ポリアデニル化シグナル)を含んでいてもよい。有利には、本発明の核酸構築物は、5’から3’の方向に、ApoEエンハンサー(例えば、配列番号9)などのエンハンサーが前に配置されてもよいhAATプロモーター、イントロン(特に、上で規定したイントロン)、G6Pase-aをコードする核酸分子、およびポリアデニル化シグナルを含む。
上記核酸構築物は、配列番号11、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号53、配列番号55、または配列番号56と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有するヌクレオチド配列を含むかまたは有していてもよい。好ましい一実施形態では、上記核酸構築物は、配列番号48と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有するヌクレオチド配列を含むかまたは有していてもよい。
用語「核酸構築物」は、上記細胞内でG6Pase-aを発現させるための標的細胞に導入されるものである。好ましくは、上記標的細胞は肝臓細胞、腎臓細胞、または腸細胞である。
ベクター
用語「本明細書の核酸構築物」または「本明細書による核酸構築物」は、本明細書に開示されている核酸構築物、特に上で開示されている核酸構築物を意味する。
用語「本明細書の核酸構築物」または「本明細書による核酸構築物」は、本明細書に開示されている核酸構築物、特に上で開示されている核酸構築物を意味する。
本明細書はまた、本明細書の核酸構築物を含むベクターに関する。
上記ベクターはプラスミドベクターであってもよい。上記ベクターはまた、本発明の核酸構築物を含むナノ粒子であってもよい。上記ベクターはまた、機能亢進性Sleeping Beauty(SB100X)トランスポゾンシステムなど、標的細胞のゲノムに本発明の核酸構築物を組み込むことができるトランスポゾンに基づくシステムであってもよい[2]。上記ベクターは遺伝子治療に好適なウイルスベクターであってもよい。上記ベクターは、肝臓細胞、腎臓細胞、または腸細胞など、任意の対象細胞を標的としてもよい。
上記ベクターは、レンチウイルスベクターまたはアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターなどのウイルスベクターであってもよい。
本発明は、本明細書の核酸構築物を含むAAVベクターに関する。特に好ましい実施形態では、本発明の実践において実施されるAAVベクターは、AAV8またはAAV9、好ましくはAAV8である。
よって、本明細書の核酸構築物はまた、当該分野で十分に開示されているように、効率的なウイルスベクターを得るために好適な配列を含んでいてもよい。
上記核酸構築物は、本明細書によるレンチウイルスベクター、または一本鎖若しくは二本鎖自己相補的AAVベクターなどの本発明によるAAVベクターなどのベクターに挿入されてもよい。本発明のさらに好ましい実施形態では、上記AAVベクターは、肝臓細胞に形質導入するのに好適なAAVベクターであり、より具体的には、AAV-1、AAV-2およびAAV-2変異体([3]に開示されているY44+500+730F+T491Vの変更を有する遺伝子操作されたカプシドを含む四重変異体カプシド最適化AAV-2など)、AAV-3およびAAV-3変異体(Vercauteren et al.[4]に開示されている2つのアミノ酸の変更S663V+T492Vを有する遺伝子操作されたAAV-3カプシドを含むAAV3-ST変異体など)、AAV-3BおよびAAV-3B変異体、AAV-4、AAV-5、AAV-6およびAAV-6変異体([5]に開示されている三重変異AAV-6カプシドY731F/Y705F/T492V形態を含むAAV-6変異体など)、AAV-7、AAV-8、AAV-9、AAV-10(例えば、AAV-cy10およびAAV-rh10)、AAV-rh74、AAV-dj、Anc80、LK03、AAV-2i8、ブタAAV血清型(例えば、AAV-po4およびAAV-po6)などである。当該分野で知られているように、使用が考慮される特定のウイルスベクターによっては、機能ウイルスベクターを得るために本明細書の核酸構築物に追加の好適な配列が導入されることとなる。好ましい配列としては、AAVベクターに対してはAAV ITR、あるいはレンチウイルスベクターに対してはLTRが挙げられる。よって、本明細書はまた、それぞれの側でITRまたはLTRと隣接している上述した核酸構築物に関する。
また、他の非天然の遺伝子操作された変異体およびキメラAAVも有用であり得る。AAVウイルスは、これら粒子を核酸配列の細胞特異的送達、免疫原性の最小化、安定性および粒子寿命の調節、効率的な分解、核への正確な送達について最適化することができる従来の分子生物学技術を用いて遺伝子操作されていてもよい。ベクターへと組み立てるのに望ましいAAV断片としては、vp1、vp2、vp3、および超可変領域を含むcapタンパク質、rep78、rep68、rep52、およびrep40を含むrepタンパク質、並びにこれらのタンパク質をコードする配列が挙げられる。これらの断片は、様々なベクターシステムおよび宿主細胞において容易に利用できる。Repタンパク質を欠いたAAV系組み換えベクターは、低い有効性で宿主のゲノムに組み込まれて、標的細胞内で何年も存続することができる安定した円形エピソームとして主に存在する。AAV天然血清型を用いるのに代えて、本発明の文脈において人工AAV血清型を用いてもよく、例えば、非天然カプシドタンパク質を有するAAVが挙げられるが、これに限定されない。そのような人工カプシドは、任意の好適な技術によって、選択されたAAV配列(例えば、vp1カプシドタンパク質の断片)を、選択された異なるAAV血清型、同AAV血清型の非近接部分、非AAVウイルス源、または非ウイルス源から得ることができる異種配列と組み合わせて生成できる。人工AAV血清型は、特に限定されないが、キメラAAVカプシド、組み換えAAVカプシド、または「ヒト化」AAVカプシドであってもよい。
本発明の文脈において、上記AAVベクターは、対象の標的細胞、特に肝細胞に形質導入することができるAAVカプシドを含む。さらに特定の一実施形態では、上記AAVベクターは偽型ベクターである。すなわち、そのゲノムおよびカプシドは異なる血清型のAAVに由来する。例えば、上記偽型AAVベクターは、ゲノムが上述したAAV血清型の1つに由来し、カプシドが他の血清型に由来するベクターであってもよい。
特定の一実施形態によれば、上記AAVカプシドは、AAV-1、-2、AAV-2変異体(Ling et al,2016に開示されているY44+500+730F+T491Vの変更を有する遺伝子操作されたカプシドを含む四重変異体カプシド最適化AAV-2など)、-3およびAAV-3変異体(Vercauteren et al.,2016に開示されている2つのアミノ酸の変更S663V+T492Vを有する遺伝子操作されたAAV3カプシドを含むAAV3-ST変異体など)、-3BおよびAAV-3B変異体、-4、-5、-6およびAAV-6変異体(Rosario et al.,2016に開示されている三重変異AAV6カプシドY731F/Y705F/T492V形態を含むAAV6変異体など)、-7、-8、-9およびAAV-9変異体(AAVhu68など)、-2G9、-10(例えば、-cy10および-rh10)、-rh39、-rh43、-rh74、-dj、Anc80、LK03、AAV.PHP、AAV2i8、ブタAAV(例えば、AAVpo4およびAAVpo6)、並びにAAV血清型のチロシン、リジン、およびセリンカプシド変異体から選択される。また、上記AAVカプシドは、シャッフリング、合理的設計、エラープローンPCR、および機械学習技術によって得られる他の非天然の遺伝子操作された変異体(AAV-spark100など)、キメラAAV、またはAAV血清型から選択される。特定の一実施形態では、Cap遺伝子は、少なくとも2つの異なるAAV血清型に由来するVPカプシドタンパク質をコードしているか、あるいは少なくとも2種のAAV血清型に由来するVPタンパク質領域またはドメインを組み合わせた少なくとも1種のキメラVPタンパク質をコードしている。例えば、キメラAAVカプシドは、AAV8カプシド配列と、AAV8血清型とは異なるAAV血清型(例えば、具体的に上述したものの何れか)の配列とを組み合わせて得ることができる。他の実施形態では、上記AAVベクターのカプシドは、1種以上の変異体VPカプシドタンパク質、例えばWO2015013313に記載されたもの、特に、RHM4-1、RHM15-1、RHM15-2、RHM15-3/RHM15-5、RHM15-4、およびRHM15-6カプシド変異体を含む。特定の一実施形態では、上記AAVベクターのカプシドは、AAV血清型9(AAV9)およびAAV血清型74(AAVrh74)カプシドタンパク質のハイブリッドである。例えば、上記AAV血清型は、WO2019/193119に開示されている-rh74-9血清型(例えば、WO2019/193119の実施例で記載されているハイブリッドCap rh74-9血清型;本明細書ではrh74-9血清型は「-rh74-9」、「AAVrh74-9」、または「AAV-rh74-9」とも言う)、またはWO2019/193119に開示されている-9-rh74血清型(例えば、WO2019/193119の実施例で記載されているハイブリッドCap 9-rh74血清型;本明細書では-9-rh74血清型は「-9-rh74」、「AAV9-rh74」、「AAV-9-rh74」、または「rh74-AAV9」とも言う)であってもよい。例えば、上記AAVベクターのカプシドは、PCT/EP2019/076958に記載されているようなAAV血清型9(AAV9)およびAAV血清型74(AAVrh74)カプシドタンパク質のペプチド改変ハイブリッドであり、例えば、PCT/EP2019/076958Fの実施例で記載されているP1ペプチドで改変したAAV9-rh74ハイブリッドカプシドまたはAAVrh74-9ハイブリッドカプシドが挙げられる。他の例としては、上記AAV血清型は、PCT/EP2020/061380に開示されているようなハイブリッドAAV2/13であってもよい。
例えば、上記偽型ベクターのゲノムは、AAV8、AAV9、AAVrh74、またはAAV2i8血清型に由来するカプシドを有していてもよく、そのゲノムは異なる血清型に由来していてもよい。特定の一実施形態では、上記AAVベクターは、AAV8、AAV9、またはAAVrh74血清型のカプシド、特にAAV8またはAAV9血清型のカプシド、さらに特にAAV8血清型のカプシドを有している。
特定の一実施形態では、上記ベクターは「AAV8mut5」と言うベクターである。AAV8mut5ベクターは、配列番号57のアミノ酸配列を有し、配列番号58のポリヌクレオチドによりコードされている。
上記ベクターが導入遺伝子を筋肉細胞に送達するのに用いられる特定の一実施形態では、上記AAVベクターは、とりわけ、AAV8、AAV9、およびAAVrh74からなる群において選択されてもよい。
上記ベクターが導入遺伝子を肝臓細胞に送達するのに用いられる他の特定の実施形態では、上記AAVベクターは、とりわけ、AAV5、AAV8、AAV9、AAV-LK03、AAV-Anc80、およびAAV3Bからなる群において選択されてもよい。
他の実施形態では、上記カプシドは改変カプシドである。本発明の文脈では、「改変カプシド」は、1種以上の野生型AAV VPカプシドタンパク質に由来する1種以上の変異体VPカプシドタンパク質を含むキメラカプシドまたはカプシドであってもよい。
特定の一実施形態では、上記AAVベクターはキメラベクターである。すなわち、そのカプシドは、少なくとも2つの異なるAAV血清型に由来するVPカプシドタンパク質を含むか、あるいは少なくとも2種のAAV血清型に由来するVPタンパク質領域またはドメインを組み合わせた少なくとも1種のキメラVPタンパク質を含む。肝臓細胞に形質導入するのに有用なこのようなキメラAAVベクターの例は、[6]および[7]に記載されている。例えば、キメラAAVベクターは、AAV8またはAAV9カプシド配列と、AAV8またはAAV9血清型とは異なるAAV血清型(例えば、具体的に上述したものの何れか)の配列とを組み合わせて得ることができる。他の実施形態では、上記AAVベクターのカプシドは、1種以上の変異体VPカプシドタンパク質、例えばWO2015013313に記載されたもの、特に、RHM4-1、RHM15-1、RHM15-2、RHM15-3/RHM15-5、RHM15-4、およびRHM15-6カプシド変異体(高い肝臓指向性を示す)を含む。
他の実施形態では、上記改変カプシドは、(例えば、[8]または[9]に記載されているように)エラープローンPCRおよび/またはペプチド挿入によって挿入されたカプシド変異に由来していてもよい。また、カプシド変異体は、(例えば、[10]に記載されているように)チロシン変異体など、単一のアミノ酸の変更を含んでいてもよい。他の例は、[11]に記載されているAAV VP2カプシドタンパク質のN末端へのアントプロイリン-Bの融合である。
また、上記AAVベクターのゲノムは、一本鎖または自己相補的二本鎖ゲノムの何れかであってもよい[12]。自己相補的二本鎖AAVベクターは、AAV末端反復の1つから末端解離部位(trs)を削除することによって生成される。これらの改変ベクターは、複製するゲノムが野生型AAVゲノムの長さの半分であるが、DNA二量体をパッケージする傾向がある。
好ましい一実施形態では、本発明の実践において実施されるAAVベクターは一本鎖ゲノムを有し、さらに好ましくは、AAV8、AAV9、AAVmut5、AAVrh74、またはAAV2i8カプシド、特にAAV8、AAV9、またはAAVrh74カプシド、例えばAAV8またはAAV9カプシド、さらに特にAAV8カプシドを含む。
細胞
用語「本発明のベクター」または「本発明によるベクター」は、本発明で開示されているベクター、特に上で開示されているベクターを意味する。
用語「本発明のベクター」または「本発明によるベクター」は、本発明で開示されているベクター、特に上で開示されているベクターを意味する。
本明細書は、本明細書の核酸分子または本明細書によるベクターで形質転換された細胞に関する。
本発明は、本発明のAAVベクターで形質転換された細胞に関する。
例えば、宿主細胞は、ベクターの産生、例えばAAVの産生に適した細胞(または細胞株)であり得る。実施例によっては、上記宿主細胞は、HEK-293、BHK、Vero、RD、HT-1080、A549、Cos-7、ARPE-19、またはMRC-5細胞などの哺乳類細胞である。
上記宿主細胞はまた、肝臓細胞、腎臓細胞、または腸細胞など、遺伝子治療の標的である細胞であり得る。
実施形態によっては、上記細胞は単離細胞である。
組成物
用語「本明細書の細胞」または「本明細書による細胞」は、本明細書で開示されている細胞、特に上で開示されている細胞を意味する。
用語「本明細書の細胞」または「本明細書による細胞」は、本明細書で開示されている細胞、特に上で開示されている細胞を意味する。
本明細書は、本明細書の核酸構築物、本明細書のベクター、または本明細書の細胞を含む組成物に関する。本明細書の組成物は好ましくは医薬組成物である。
本発明は、本発明のベクターまたは本発明の細胞を含む組成物に関する。本発明の組成物は好ましくは医薬組成物である。
上記組成物は、溶液、懸濁液、乳液、錠剤、丸薬、カプセル、粉末、徐放性製剤などの形態を取ることができる。
そのような組成物は、対象者に適切に投与できるような形態を提供するように好適な量の担体と共に、治療有効量の本発明の核酸構築物、本発明のベクター、または本発明の細胞を、好ましくは精製された形態で含むこととなる。特定の一実施形態では、本発明の核酸構築物、ベクター、または細胞は、0.25%のヒト血清アルブミンを補充したリン酸緩衝生理食塩水を含む組成物に製剤化されている。他の特定の実施形態では、本発明の核酸構築物、ベクター、または細胞は、乳酸リンゲル液および非イオン性界面活性剤(プルロニック(登録商標)F68など)を最終濃度が組成物全体の0.01~0.0001重量%(例えば、0.001重量%の濃度)で含む組成物に製剤化されている。上記製剤は、さらに血清アルブミン、特にヒト血清アルブミン、例えば0.25%のヒト血清アルブミンを含んでいてもよい。保存または投与の何れかに適切な他の製剤は当該分野、特にWO2005/118792で知られている。
好ましい一実施形態では、上記組成物は、ヒトへの静脈内投与または髄腔内投与に適合した医薬組成物として、通常の手順に従って製剤化されている。典型的には、静脈内投与用の組成物は、無菌等張水性緩衝液の溶液である。必要に応じて、上記組成物はまた、可溶化剤、および注射部位の痛みを緩和するための局部麻酔薬(リグノカインなど)を含んでいてもよい。
治療法
用語「本明細書の組成物」または「本明細書による組成物」は、本明細書で開示されている組成物、特に上で開示されている組成物を意味する。
用語「本明細書の組成物」または「本明細書による組成物」は、本明細書で開示されている組成物、特に上で開示されている組成物を意味する。
本明細書は、薬剤として使用するための本明細書の核酸構築物、本明細書のベクター、本明細書の細胞、または本明細書の組成物に関する。
本明細書はまた、糖原病Ia(GSD-Ia)の治療に使用するための本明細書の核酸構築物、本明細書のベクター、本明細書の細胞、または本明細書の組成物に関する。
本発明は、薬剤として使用するための本発明のベクター、本発明の細胞、または本発明の組成物に関する。
本発明はまた、糖原病Ia(GSD-Ia)の治療に使用するための本発明のベクター、本発明の細胞、または本発明の組成物に関する。
本発明の核酸構築物、ベクター、細胞、または組成物は、何れかの有効な経路で対象者に投与できる。投与の例示的な経路としては、注射(皮下注射、筋肉内注射、皮内注射、腹腔内注射、髄腔内注射、および静脈内注射など)、経口、管内、舌下、直腸、経皮、経鼻、膣、および吸入経路が挙げられるが、これらに限定されない。
上記核酸構築物、上記ベクター、上記細胞、または上記組成物は、治療有効量、すなわち、治療される対象者または細胞において所望の効果が達成される十分な量で対象者に投与できる。上記核酸構築物、上記ベクター、上記細胞、または上記組成物の有効量は、いくつかの因子に依存することになり、例えば、治療される対象者または細胞、および投与方法が挙げられるが、これらに限定されない。
GSD-Iaなどの疾患の治療に有効となる治療薬(すなわち、核酸構築物、ベクター、または細胞)の量は、標準的な臨床技術により決定することができる。また、必要に応じて、インビボおよび/またはインビトロアッセイを用いて最適な投与量範囲を予測する助けとしてもよい。組成物において用いられる正確な投与量は、投与経路および疾患の重篤度にも依存することになり、医師の判断および各患者の状況に応じて決定されなければならない。必要とする対象者に投与される上記核酸、上記ベクター、または上記細胞の投与量は、いくつかの因子に基づいて変化し、例えば、投与経路、治療される具体的な疾患、対象者の年齢、または治療効果を求めるのに必要な発現量が挙げられるが、これらに限定されない。当業者であれば、この分野の知識に基づき、これらの因子などに基づいて必要とされる投与量範囲を容易に決定することができる。AAVベクターなどのウイルスベクターを対象者に投与することを含む治療の場合、上記ベクターの典型的な投与量は、体重1キログラム当たり少なくとも1×108ベクターゲノム(vg/kg)、例えば、少なくとも1×109vg/kg、少なくとも1×1010vg/kg、少なくとも1×1011vg/kg、少なくとも1×1012vg/kg、少なくとも1×1013vg/kg、または少なくとも1×1014vg/kgである。
本発明の治療薬(すなわち、核酸構築物、ベクター、または細胞)は、所望の治療結果のために適宜、単回投与または複数回投与(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、または10回の投与)で投与することができる。
コドン最適化されたG6Pase-a
上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、インビボでのG6Pase-aの発現が最適化されてもよい。配列の最適化は、コドン最適化、GC含有量の増加、CG二量体の減少、CpGアイランド数の減少、代替のオープンリーディングフレーム(ARF)数の減少、および/またはスプライスドナーおよびスプライスアクセプター部位の数の減少を含む核酸配列の多数の変更を含んでいてもよい。遺伝暗号の縮重のため、異なる核酸分子が同じタンパク質をコードしてもよい。また、様々な生物の遺伝暗号が、しばしば、同じアミノ酸をコードするいくつかのコドンのうちの1つを他のものよりも用いるようにバイアスされていることがよく知られている。コドン最適化によって、所与の細胞文脈に存在するコドンバイアスを利用して、得られるコドン最適化ヌクレオチド配列が、そのような所与の細胞文脈において、非コドン最適化配列に比べて比較的高いレベルで発現されやすくなる変更をヌクレオチド配列に導入する。もちろん、当業者にはよく知られているように、配列最適化は、これらすべてのパラメータ間のバランスであるので、最適化配列が導入遺伝子の向上(例えば、発現の向上および/またはインビボでの導入遺伝子に対する免疫応答の減少)をもたらす限り、上記パラメータの少なくとも1つが向上し、他のパラメータの1つ以上が向上しなくても、配列は最適化されたとみなされ得ることを意味する。
上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、インビボでのG6Pase-aの発現が最適化されてもよい。配列の最適化は、コドン最適化、GC含有量の増加、CG二量体の減少、CpGアイランド数の減少、代替のオープンリーディングフレーム(ARF)数の減少、および/またはスプライスドナーおよびスプライスアクセプター部位の数の減少を含む核酸配列の多数の変更を含んでいてもよい。遺伝暗号の縮重のため、異なる核酸分子が同じタンパク質をコードしてもよい。また、様々な生物の遺伝暗号が、しばしば、同じアミノ酸をコードするいくつかのコドンのうちの1つを他のものよりも用いるようにバイアスされていることがよく知られている。コドン最適化によって、所与の細胞文脈に存在するコドンバイアスを利用して、得られるコドン最適化ヌクレオチド配列が、そのような所与の細胞文脈において、非コドン最適化配列に比べて比較的高いレベルで発現されやすくなる変更をヌクレオチド配列に導入する。もちろん、当業者にはよく知られているように、配列最適化は、これらすべてのパラメータ間のバランスであるので、最適化配列が導入遺伝子の向上(例えば、発現の向上および/またはインビボでの導入遺伝子に対する免疫応答の減少)をもたらす限り、上記パラメータの少なくとも1つが向上し、他のパラメータの1つ以上が向上しなくても、配列は最適化されたとみなされ得ることを意味する。
上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、同じG6Pase-aをコードする非コドン最適化ヌクレオチド配列に比べてヒト細胞における発現が向上するようにコドン最適化されていてもよい。野生型G6Pase-aをコードする野生型核酸配列は、配列番号2で示されている通りである。同じG6Pase-aをコードするコドン最適化配列の例は、配列番号3、配列番号45、または配列番号46に示されている通りである。改変G6Pase-aをコードする配列最適化核酸の他の例は、配列番号12の改変G6Paseをコードする配列番号5、配列番号52、および配列番号54であり、いずれも、配列番号4の核酸配列に比べて上記パラメータの1つについて最適化されている。
G6Paseをコードする本発明の核酸配列は、コドン最適化されていてもよく、かつ/または配列番号1のG6Pase-aなどの同じG6Pase-aアミノ酸配列をコードする野生型ヌクレオチド配列に比べてGC含有量が低下していてもよく、かつ/またはCG二量体の数が減少していてもよい。上記G6Paseをコードする核酸配列はまた、コドン最適化されていてもよく、かつ/または配列番号2のヌクレオチド配列に比べてGC含有量が低下していてもよく、かつ/またはCG二量体の数が減少していてもよい。あるいは、そのようなG6Paseをコードする核酸配列は、配列番号45または配列番号46、好ましくは配列番号45の配列を有していてもよい。
本明細書はまた、配列番号45と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有するヌクレオチド配列を含むG6Pase-aをコードする核酸配列を開示する。
本明細書はまた、細胞内でG6Pase-aを発現させるための核酸構築物を開示し、上記構築物は、G6Pase-aをコードする核酸配列を含み、上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、配列番号45と少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む。上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、好ましくはプロモーターに作動可能に連結されている。
本明細書はまた、本項(すなわち、「コドン最適化されたG6Pase-a」の項)で開示されている核酸構築物を含むベクターを開示する。上記ベクターは、レンチウイルスベクターまたはアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター、例えば、AAV8、AAV9、またはAAVmut5、好ましくはAAV8であってもよい。
本明細書はまた、本項で開示されている核酸分子または本項で開示されているベクターで形質転換された細胞を開示する。上記細胞は肝臓細胞、腸細胞、または腎臓細胞であってもよい。
本明細書はまた、本項で開示されている核酸構築物、ベクター、または細胞を含む組成物を開示する。
本明細書はまた、薬剤として使用するための本項で開示されている核酸構築物、ベクター、細胞、または組成物を開示する。
本明細書はまた、糖原病Ia(GSD-Ia)の治療に使用するための本項で開示されている核酸構築物、ベクター、細胞、または組成物を開示する。
材料および方法
実施例1、2、および3において、以下の各種プロモーターの制御下でG6Pase-aをコードするヒトG6pc遺伝子wt(配列番号2)を含む2種類の核酸構築物(以降、「導入遺伝子発現カセット」)を作製した。
・α-1-抗トリプシン(hAAT)プロモーター。この発現カセットの核酸配列は配列番号11である。
・ヒトG6pc遺伝子の内在性プロモーター(hGPE)。この発現カセットの核酸配列は配列番号10である。
実施例1、2、および3において、以下の各種プロモーターの制御下でG6Pase-aをコードするヒトG6pc遺伝子wt(配列番号2)を含む2種類の核酸構築物(以降、「導入遺伝子発現カセット」)を作製した。
・α-1-抗トリプシン(hAAT)プロモーター。この発現カセットの核酸配列は配列番号11である。
・ヒトG6pc遺伝子の内在性プロモーター(hGPE)。この発現カセットの核酸配列は配列番号10である。
これら導入遺伝子発現カセットを図1Aに示す。
これら2種類の導入遺伝子発現カセットをAAV9において偽型化して、2つの異なるAAVベクター、すなわちAAV9-hAAT-hG6PCおよびAAV9-hGPE-hG6PCを得た。
肝臓特異的G6pcノックアウトマウスモデル(L.G6pc-/-、[13])、すなわちGSD-Iaマウスにおいて、これら2種類のベクターまたはPBS(陰性対照)を独立して試験した。陽性対照として、WTマウス(L.G6pc+/+)にPBSを注入した。
実施例4では、α-1-抗トリプシン(hAAT)プロモーターの制御下でG6Pase-aをコードするヒトG6pc遺伝子wt(配列番号2)を含む核酸構築物(以降、「導入遺伝子発現カセット」)を作製した。この発現カセットの核酸配列は配列番号56であった。
ヒトG6pc遺伝子wtの発現カセットをAAV9、AAV8、およびAAVmut5において偽型化した。
肝臓特異的G6pcノックアウトマウスモデル(L.G6pc-/-、[13])、すなわちGSD-Iaマウスにおいて、これら3種のベクターまたはPBS(陰性対照)を独立して試験した。陽性対照として、WTマウス(L.G6pc+/+)にPBSを注入した。
実施例5では、α-1-抗トリプシン(hAAT)プロモーターの制御下で、それぞれG6Pase-aをコードするヒトG6pc遺伝子wt(配列番号2)および2種のコドン最適化ヒトG6pc遺伝子(co1、co2、およびco3、それぞれ配列番号45、配列番号46、および配列番号3)を含む4種の核酸構築物(以降、「導入遺伝子発現カセット」)を作製した。
ヒトG6pc遺伝子wtの発現カセットの核酸配列は、配列番号11または配列番号56であった。ヒトG6pc遺伝子co1、ヒトG6pc遺伝子co2、およびヒトG6pc遺伝子co3の発現カセットの核酸配列は、それぞれ配列番号48、配列番号49、および配列番号50であった。
ヒトG6pc遺伝子wtの発現カセットをAAV8(配列番号56)およびAAV9(配列番号11)において偽型化した。
ヒトG6pc遺伝子co1およびG6pc遺伝子co2の発現カセットをAAV8において偽型化した。
ヒトG6pc遺伝子co3の発現カセットをAAV9において偽型化した。
肝臓特異的G6pcノックアウトマウスモデル(L.G6pc-/-、[13])、すなわちGSD-Iaマウスにおいて、5種のベクターまたはPBS(陰性対照)を独立して試験した。陽性対照として、WTマウス(L.G6pc+/+)にPBSを注入した。
インビボでの研究
マウスに標準固形飼料(A04飼料、Safe)、またはL.G6pc-/-マウスにおいて肝腫瘍形成を促進させることが知られている高脂肪高ショ糖飼料(INRAE製、ジュイ=アン=ジョザス)の何れかを与えた。36%の脂肪からなる改変した固形飼料(INRA)をマウスに与えることにより、腫瘍の形成傾向がマウスにおいて誘発された[14]。
マウスに標準固形飼料(A04飼料、Safe)、またはL.G6pc-/-マウスにおいて肝腫瘍形成を促進させることが知られている高脂肪高ショ糖飼料(INRAE製、ジュイ=アン=ジョザス)の何れかを与えた。36%の脂肪からなる改変した固形飼料(INRA)をマウスに与えることにより、腫瘍の形成傾向がマウスにおいて誘発された[14]。
AAVベクターをL.G6pc-/-マウスの尾静脈から静脈内投与した。野生型マウス(C57Bl/6Jマウス、Charles Rivers)には尾静脈からPBSを注射した。血糖測定器(Roche Diagnostic)を用いて、6時間絶食後に末梢血の血糖を測定した。犠牲死時、肝臓を回収し、重さをはかって肝臓重量/体重の比を測定し、さらなる評価のために瞬間凍結した。
犠牲死時のGSDIaマウスの腫瘍を目視による観察で評価した。2mmより大きい腫瘍のみを計測の対象とした。
AAVの産生
250mLの無血清培地の懸濁液中でHEK293T細胞を増殖させた。これらの細胞を、i)発現カセットに隣接するAAV2 ITRを含む導入遺伝子プラスミド、ii)AAVの産生に必要なアデノウイルス配列を含むヘルパープラスミドpXX6、およびiii)AAVの血清型を規定するAAV RepおよびCap遺伝子を含むプラスミドという3種類のプラスミドで遺伝子導入した。遺伝子導入後2日目に、これら細胞を溶解してAAV粒子を放出させた。
250mLの無血清培地の懸濁液中でHEK293T細胞を増殖させた。これらの細胞を、i)発現カセットに隣接するAAV2 ITRを含む導入遺伝子プラスミド、ii)AAVの産生に必要なアデノウイルス配列を含むヘルパープラスミドpXX6、およびiii)AAVの血清型を規定するAAV RepおよびCap遺伝子を含むプラスミドという3種類のプラスミドで遺伝子導入した。遺伝子導入後2日目に、これら細胞を溶解してAAV粒子を放出させた。
ウイルス溶解液を親和性クロマトグラフィーで精製した。AAVベクターゲノムのITRに対応するプライマーおよびプローブを用いて、TaqManリアルタイムPCRアッセイによりウイルスゲノムを定量した[17]。
G6Pase酵素活性の測定
既に[13]に報告されているように、凍結固定された肝臓のホモジネートにおいてG6Pase酵素活性を測定した。つまり、組織ホモジネートをグルコース-6-リン酸(Sigma)と共に37℃で15分間インキュベートした。トリクロロ酢酸を加えて反応を停止し、放出されたリン酸をモリブデン酸アンモニウムおよびクエン酸亜ヒ酸塩と錯体化することにより測定した。得られた吸光度は700nmで測定された。
既に[13]に報告されているように、凍結固定された肝臓のホモジネートにおいてG6Pase酵素活性を測定した。つまり、組織ホモジネートをグルコース-6-リン酸(Sigma)と共に37℃で15分間インキュベートした。トリクロロ酢酸を加えて反応を停止し、放出されたリン酸をモリブデン酸アンモニウムおよびクエン酸亜ヒ酸塩と錯体化することにより測定した。得られた吸光度は700nmで測定された。
グリコーゲン含有量の測定
アスペルギルス・ニガーのアミログルコシダーゼ(Sigma)で全体を消化した後に放出されたグルコースとして組織ホモジネート中のグリコーゲン含有量を間接的に測定した。試料を0.3MのNaOHの存在下、95℃で20分間インキュベートし、次いで4℃で冷却した。次いで、試料にアミログルコシダーゼを加え、37℃で90分間インキュベートした。放出されたグルコースを市販のグルコースアッセイキットで測定した。
アスペルギルス・ニガーのアミログルコシダーゼ(Sigma)で全体を消化した後に放出されたグルコースとして組織ホモジネート中のグリコーゲン含有量を間接的に測定した。試料を0.3MのNaOHの存在下、95℃で20分間インキュベートし、次いで4℃で冷却した。次いで、試料にアミログルコシダーゼを加え、37℃で90分間インキュベートした。放出されたグルコースを市販のグルコースアッセイキットで測定した。
ベクターゲノムコピー数(VGCN)の定量
試料中のベクターゲノムコピー数(VGCN)の定量については、KingFisher(Thermo Fisher Scientific)を用いて試料からDNAを抽出した。上述したAAVベクター滴定のプロトコルを用いて、1μLのDNAにリアルタイムPCRを行った。titin遺伝子のエクソンMex5をゲノムDNAローディングコントロールとして用いた。
試料中のベクターゲノムコピー数(VGCN)の定量については、KingFisher(Thermo Fisher Scientific)を用いて試料からDNAを抽出した。上述したAAVベクター滴定のプロトコルを用いて、1μLのDNAにリアルタイムPCRを行った。titin遺伝子のエクソンMex5をゲノムDNAローディングコントロールとして用いた。
実施例1:ヒトG6Pase-aを発現するAAVベクターの静脈内注射後15日目のGSD-Iaマウスにおける肝臓表現型の修正
標準飼料を与えたL.G6pc-/-マウスに上記2種類のAAV9ベクターを独立して1×1011vg/マウスの投与量で注射した(図1A)。
標準飼料を与えたL.G6pc-/-マウスに上記2種類のAAV9ベクターを独立して1×1011vg/マウスの投与量で注射した(図1A)。
ベクター注射後15日目に、6時間の絶食後に血液中のグルコース濃度を測定した。上記2種類のベクターを注射したマウスにおいて、血糖は完全に正規化された(図1B)。
次いで、肝臓でG6PC活性を測定した。AAV9-hGPE-hG6PCベクターと比べた場合、AAV9-hAAT-hG6PCベクターは超生理学的活性を達成し、最も高い活性を示した(図1C)。
また、グリコーゲン濃度も測定した。AAV9-hAAT-hG6PCでは、グリコーゲン蓄積および肝腫大の完全な修正が得られたが、hGPEプロモーターを保有するベクターでは得られなかった(それぞれ、図1D、図1E)。これは、hAATプロモーターを保有するAAV9ベクターで治療したマウスにおいてより高いG6Pase活性が達成されたことを反映している。上記2種類のAAVベクターを注射したマウスで測定された二倍体ゲノム当たりの類似したベクターゲノムコピー数(図1F)は、肝臓における類似した形質導入の有効性を示している。
実施例2:ヒトG6Pase-aを発現するAAVベクターの静脈内注射後のGSD-Iaマウスにおける肝臓表現型の長期的な修正
上記2種類のベクターの長期的な有効性を評価するために、7ヶ月の研究を行った。標準飼料を与えたL.G6pc-/-マウスに2.5×1011vg/マウスの投与量でベクターを注射した(図2A)。ベクター注射後7ヶ月目に、6時間の絶食後に血液中のグルコース濃度を測定した。G6PC発現ベクターを投与された動物はすべて、血糖が修正された(図2B)。重要なことには、AAV9-hAAT-hG6PCで治療したL.G6pc-/-マウスは、AAV9-hGPE-hG6PCで治療したL.G6pc-/-マウスで測定された活性よりも著しく高い超生理学的な肝臓G6Pase-a活性を示した(図2C)。
上記2種類のベクターの長期的な有効性を評価するために、7ヶ月の研究を行った。標準飼料を与えたL.G6pc-/-マウスに2.5×1011vg/マウスの投与量でベクターを注射した(図2A)。ベクター注射後7ヶ月目に、6時間の絶食後に血液中のグルコース濃度を測定した。G6PC発現ベクターを投与された動物はすべて、血糖が修正された(図2B)。重要なことには、AAV9-hAAT-hG6PCで治療したL.G6pc-/-マウスは、AAV9-hGPE-hG6PCで治療したL.G6pc-/-マウスで測定された活性よりも著しく高い超生理学的な肝臓G6Pase-a活性を示した(図2C)。
上記2種類のベクターを注射された動物においてグリコーゲン蓄積および肝腫大は完全にレスキューされた(図2D、図2E)。AAV9-hGPE-hG6PCベクターを注射されたマウスでは、測定された二倍体ゲノム当たりのベクターゲノムコピー数が高かった(図2F)。これは、おそらく、AAV9-hAAT-hG6PCベクターで達成された肝臓の形質導入がわずかに低かったことを反映している。
まとめると、これらの結果から、G6Pase-aの発現はhAATプロモーターによって増加することが示された。よって、hAATプロモーターは、hGPEプロモーターよりも優れた効力を有し、GSD-IaのAAV遺伝子治療に好適である。
実施例3:hGPEに向けられた遺伝子治療は、高脂肪高ショ糖飼料を与えられたL.G6pc -/- マウスでの肝腫瘍形成を促進する
腺腫形成は、10代、20代の罹患した個体のほとんどで報告されている、ヒトのGSD-Iaの特徴の1つである。L.G6pc-/-マウスでは、標準飼料を与えたほとんどすべてのマウスが18月齢までに肝臓腺腫を形成した[13]。このゆっくりとした過程は、高脂肪/高ショ糖(HF/HS)飼料により促進され得る。HF/HS飼料を与えたL.G6pc-/-マウスの約85%が、9月齢で複数の肝腫瘍を形成した[14]。よって、HF/HS飼料を与えたL.G6pc-/-マウスは、GSDIaにおける腫瘍形成の予防において遺伝子置換戦略の有効性および安全性を評価するロバストなモデルを表す。
腺腫形成は、10代、20代の罹患した個体のほとんどで報告されている、ヒトのGSD-Iaの特徴の1つである。L.G6pc-/-マウスでは、標準飼料を与えたほとんどすべてのマウスが18月齢までに肝臓腺腫を形成した[13]。このゆっくりとした過程は、高脂肪/高ショ糖(HF/HS)飼料により促進され得る。HF/HS飼料を与えたL.G6pc-/-マウスの約85%が、9月齢で複数の肝腫瘍を形成した[14]。よって、HF/HS飼料を与えたL.G6pc-/-マウスは、GSDIaにおける腫瘍形成の予防において遺伝子置換戦略の有効性および安全性を評価するロバストなモデルを表す。
従って、HF/HS飼料を与えたL.G6pc-/-マウスにおいてAAV9-hAAT-hG6PCおよびAAV9-hGPE-hG6PCベクターを試験した(図3A)。治療後8ヶ月目に、hAATプロモーターを保有するベクターだけが血糖症を完全にレスキューした(図3B)。HF/HS飼料下では、AAVで治療した動物のG6Pase活性レベルが、L.G6pc+/+動物で測定されたものよりも著しく低かった。AAV9-hAAT-hG6PCで治療した動物は高いG6Pase活性レベルを示したが、AAV9-hGPE-hG6PCベクターで治療したL.G6pc-/-マウスと比べた場合、統計的有意性には達しなかった(図3C)。AAVで治療したマウスにおいて、二倍体ゲノム当たりの類似したベクターゲノムコピー数が測定された(図3D)。
興味深いことに、マウスの死体解剖によって、AAV9-hAAT-hG6PCを投与されたマウスに比べて、hGPE保有AAVベクターで治療したマウスの肝臓において腫瘍の数が多いことが分かった(図3E)。これらの結果は、AAV9-hGPE-hG6PCに比べて、AAV9-hAAT-hG6PCの使用は肝細胞の形質転換率を低減し、その結果、腺腫の頻度を低下させ得ることを示唆している。
図3Aについて得られたデータは、1群当たりのマウスの数を増やして完成させた(図4および表1)。図4は、より大きなコホートにおいて、hAAT駆動ベクターが著しく高いG6Pase活性を達成したことを示している。表1に示されたデータより、AAV9-hGPE-hG6PCに比べてAAV9-hAAT-hG6PCを用いると腺腫の頻度が低下したことが確認された。
実施例4:様々なAAV血清型でのマウス肝臓におけるG6Pase wtの発現
hAATプロモーターの制御下で野生型ヒトG6pc遺伝子wt(配列番号2)を発現する3つの異なるAAVベクター、すなわちAAV9、AAV8、AAVmut5を作製した。
hAATプロモーターの制御下で野生型ヒトG6pc遺伝子wt(配列番号2)を発現する3つの異なるAAVベクター、すなわちAAV9、AAV8、AAVmut5を作製した。
肝臓特異的G6pcノックアウトマウスモデル(L.G6pc-/-、[13])、すなわちGSD-Iaマウスにおいて、1×1012vg/kgの投与量でこれら3種のベクターまたはPBS(陰性対照)を独立して試験した。陽性対照として、WTマウス(L.G6pc+/+)にPBSを注入した。ベクター注入後15日目に、肝臓で各ベクターのG6Pase活性を評価した。上記3種のAAVベクターを注射された群は、類似したG6Pase活性を示したが、野生型動物で測定されたものよりも高いレベルであった(図5)。これにより、様々なAAVベクターによってマウス肝臓で導入遺伝子を発現できる可能性が確認された。
実施例5:様々なコドン最適化G6pc配列でのマウス肝臓におけるG6Paseの発現
2つの独立した実験を行って、マウス肝臓でのG6Paseの発現におけるCG二量体の低減とともにコドン最適化の有効性を評価した。
2つの独立した実験を行って、マウス肝臓でのG6Paseの発現におけるCG二量体の低減とともにコドン最適化の有効性を評価した。
様々な方法を用いてG6pc wt配列(配列番号2)をコドン最適化した。G6pc co1は、wt配列との類似性が最も高く、CG二量体の含有量が低い。G6pc co2は、GC含有量が最も高く、G6pc co1と比べてCG二量体の含有量が高い。G6pc co3は、wt配列との類似性が低く、CG二量体の含有量が最も高い(表2)。
野生型hG6pc配列(wt)および3種のコドン最適化配列(co1、co2、およびco3)に対して配列分析を行った。
aスプライシングドナー(SD)およびスプライシングアクセプター(SA)は、オンラインツール(www.fruitfly.org)を用いて最低スコアを0.8として予測された。
bGC含有量は、オンライン分子生物学ツール(www.genscript.com)を用いて算出された。
cGC含有量の閾値が60%である100bp未満のCpGアイランドは、オンラインツールMethPrimerDB(www.urogene.org)を用いて予測された。
第一の実験では、hAATプロモーターの制御下で以下の導入遺伝子を発現する3種のAAV8ベクターを作製した。
・hG6pc:ヒトG6pc遺伝子wt(配列番号2)
・hG6pc Co1:コドン最適化されたヒトG6pc遺伝子(配列番号45)、および
・hG6pc Co2:コドン最適化されたヒトG6pc遺伝子(配列番号46)
・hG6pc:ヒトG6pc遺伝子wt(配列番号2)
・hG6pc Co1:コドン最適化されたヒトG6pc遺伝子(配列番号45)、および
・hG6pc Co2:コドン最適化されたヒトG6pc遺伝子(配列番号46)
次いで、肝臓特異的G6pcノックアウトマウスモデル(L.G6pc-/-、[13])、すなわちGSD-Iaマウスにおいて1×1012vg/kgの投与量でこれら3種のAAV8ベクターを試験した。陽性対照として、WTマウス(L.G6pc+/+)にPBSを注入した。ベクター注入後15日目に、肝臓でG6Pase活性を評価した。上記3種のAAV8ベクターを注射した群は、超生理学的なG6Pase活性を示し、野生型動物で測定されたものよりも高いレベルであった(図6A)。重要な点としては、hG6pc Co1を発現するAAV8ベクターは、hG6pc Co2を発現する同じベクターと比べた場合、G6Pase活性のレベルが著しく高くなった(図6A)。
第二の実験では、hAATプロモーターの制御下で以下の導入遺伝子を発現する2種のAAV9ベクターを作製した。
・hG6pc:ヒトG6pc遺伝子wt(配列番号2)
・hG6pc Co3:コドン最適化されたヒトG6pc遺伝子(配列番号3)
・hG6pc:ヒトG6pc遺伝子wt(配列番号2)
・hG6pc Co3:コドン最適化されたヒトG6pc遺伝子(配列番号3)
次いで、肝臓特異的G6pcノックアウトマウスモデル(L.G6pc-/-、[13])、すなわちGSD-Iaマウスにおいて1×1011vg/マウスの投与量でこれら2種のAAV9ベクターを試験した。陽性対照として、WTマウス(L.G6pc+/+)にPBSを注入した。ベクター注入後15日目に、肝臓でG6Pase活性を評価した。重要な点としては、hG6pc野生型配列を保有するAAV9ベクターを注射した動物群のみが、超生理学的なG6Pase活性を示し、野生型動物で測定されたものよりも高いレベルであった(図6B)。hG6pc Co3を発現するAAV9ベクターを注射した動物は、hG6pcの野生型バージョンを発現するAAV9ベクターを注射した動物と比べた場合、G6Pase活性が低下する傾向を示した(p=0.06、図6B)。
「[参照番号]」の形態で引用された参考文献
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[17]Rohr et al.,J.Virol.Methods,2002,106,81-88)
Claims (15)
- 細胞内でグルコース-6-ホスファターゼ-a(G6Pase-a)を発現させるための核酸構築物を含むアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターであって、上記構築物は、上記G6Pase-aをコードする核酸配列を含み、上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、ヒトα-1抗トリプシン(hAAT)プロモーターに作動可能に連結されている、AAVベクター。
- 上記G6Pase-aは、配列番号1と少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を有する、請求項1に記載のAAVベクター。
- 上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、配列番号2と少なくとも90%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項1または2の何れかに記載のAAVベクター。
- 上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、コドン最適化されており、好ましくは、上記G6Pase-aをコードする核酸配列は、上記G6Pase-aをコードする核酸配列中のGC含有量およびGC二量体を低減することによりコドン最適化されている、請求項1~3の何れか一項に記載のAAVベクター。
- 上記hAATプロモーターは、配列番号8と少なくとも90%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項1~4の何れか一項に記載のAAVベクター。
- 上記hAATプロモーターは、ApoEエンハンサー(例えば、配列番号9)などのエンハンサーが前に配置され、好ましくは、上記核酸構築物は配列番号7を含む、請求項1~4の何れか一項に記載のAAVベクター。
- 上記核酸構築物は、配列番号11、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号53、配列番号55、または配列番号56と少なくとも90%の同一性を有するヌクレオチド配列、好ましくは、配列番号48と少なくとも90%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項1~6の何れか一項に記載のAAVベクター。
- 上記核酸構築物は5’から3’の方向に
(i)ApoEエンハンサー(例えば、配列番号9)などのエンハンサーが前に配置されているhAATプロモーター、
(ii)必要に応じて、ヒトβグロビン遺伝子のイントロン(例えば、配列番号47)などのイントロン、
(iii)上記G6Pase-aをコードする核酸配列、および
(iv)ウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナル、HBB2ポリアデニル化シグナル、SV40ポリアデニル化シグナル、または他の天然若しくは人工のポリアデニル化シグナルなどのポリアデニル化シグナル
を含む、請求項1~7の何れか一項に記載のAAVベクター。 - 上記細胞は、肝臓細胞、腎臓細胞、または腸細胞である、請求項1~8の何れか一項に記載のAAVベクター。
- AAV血清型8(AAV8)ベクター、AAV9ベクター、AAVrh74ベクター、AAV2i8ベクター、またはAAVmut5ベクター、好ましくはAAV8ベクターである、請求項1~9の何れか一項に記載のベクター。
- 請求項1~10の何れか一項に記載のベクターで形質転換された細胞。
- 肝臓細胞、腸細胞、または腎臓細胞である、請求項11に記載の細胞。
- 請求項1~10の何れか一項に記載のベクターまたは請求項11~12の何れか一項に記載の細胞を含む組成物。
- 薬剤として使用するための請求項1~10の何れか一項に記載のベクター、請求項11~12の何れか一項に記載の細胞、または請求項13に記載の組成物。
- GSD-Iaなどの糖原病(GSD)の治療に使用するための請求項1~10の何れか一項に記載のベクター、請求項11~12の何れか一項に記載の細胞、または請求項13に記載の組成物。
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