JP2023524997A - Ｃｌｅｃ１２ａを標的とする抗体及びその使用 - Google Patents

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Abstract

細胞上のＣＬＥＣ１２Ａを標的とする抗原結合部位を形成するように対合され得る抗体重鎖及び軽鎖可変ドメインを有するタンパク質、このようなタンパク質を含む医薬組成物、並びに癌の治療などのために、このようなタンパク質及び医薬組成物を使用する治療方法が、開示される。

Description

本出願は、全体が参照により本明細書に援用される、２０２０年５月６日に出願された米国仮特許出願第６３／０２０，８０６号明細書に対する優先権を主張するものである。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩテキスト形式における配列表のコンピュータ可読形態（ＣＲＦ）の全体を参照により援用する。配列表のテキストファイルは、「１４２４７－５３９－２２８＿ＳＥＱ＿ＬＩＳＴＩＮＧ」と題され、２０２１年５月３日に作成され、１４７，６７４バイトのサイズである。
本出願は、細胞上のＣＬＬ－１／ＣＬＥＣ１２Ａを標的とする抗原結合部位を形成するように対合され得る抗体重鎖及び軽鎖可変ドメインを有するタンパク質、このようなタンパク質を含む医薬組成物、並びに癌の治療などのために、このようなタンパク質及び医薬組成物を使用する治療方法を提供する。
癌は、この疾患の治療について文献に報告されるかなりの研究努力及び科学の進歩にもかかわらず、重大な健康問題であり続けている。成人において最も高い頻度で診断される癌のいくつかとしては、前立腺癌、乳癌、及び肺癌が挙げられる。血液悪性腫瘍は、固形癌より頻度が低いが、低い生存率を有する。これらの癌のための現在の治療選択肢は、全ての患者に有効であるわけではなく、及び／又はかなりの有害な副作用を有し得る。他のタイプの癌も、既存の治療選択肢を用いて治療するには依然として難しい。
Ｃ型レクチン様分子－１（ＣＬＬ－１）又は骨髄阻害性Ｃ型レクチン様受容体（ＭＩＣＬ）として知られているＣ型レクチンドメインファミリー１２メンバーＡ（ＣＬＥＣ１２Ａ）は、Ｃ型レクチン／Ｃ型レクチン様ドメイン（ＣＴＬ／ＣＴＬＤ）スーパーファミリーのメンバーである。このファミリーのメンバーは、共通のタンパク質折り畳みを共有し、細胞粘着、細胞間シグナル伝達、糖タンパク質代謝回転、並びに炎症及び免疫応答における役割などの多様な機能を有する。ＣＬＥＣ１２Ａ、ＩＩ型膜貫通糖タンパク質が、急性骨髄性白血病患者の９０％超において、白血病幹細胞上で過剰発現されるが、正常な造血細胞上では過剰発現されない。
いくつかのバイオテクノロジー及び製薬会社によって行われた多くの取り組みにもかかわらず、特定のＣＬＥＣ１２Ａを標的とした生物製剤の開発が、良好な開発可能性（ｄｅｖｅｌｏｐａｂｉｌｉｔｙ）特性を有する抗体の非存在によって妨げられる。ＣＬＥＣ１２Ａ抗体を開発する困難さは、抗原の複雑性に起因し得る。ＣＬＥＣ１２Ａは、２０１のアミノ酸を有する細胞外ドメイン内に６つの可能なＮ－グリコシル化部位を有する単量体高度グリコシル化タンパク質である。６つのうち４つのＮ－グリコシル化部位が、分子の膜近位ドメインに密集しており、細胞表面における標的の提示に関与する可能性が高い。様々な細胞型の表面におけるＣＬＥＣ１２Ａのグリコシル化状態の変化が報告されている（非特許文献１）。したがって、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する新たな有用な抗体、特に、グリコシル化に関係なくＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗体が、当該技術分野で依然として必要とされている。
Ｍａｒｓｈａｌｌ ｅｔ ａｌ，（２００６）Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．３６（８）：２１５９－６９
本出願は、ヒトＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位を提供する。これらの抗原結合部位は、ＣＬＥＣ１２Ａの細胞外ドメイン中の様々なエピトープに結合し、それらのいくつかは、グリコシル化に関係なくＣＬＥＣ１２Ａに結合する。このような抗原結合部位を含有するタンパク質及びタンパク質コンジュゲート、例えば、抗体、抗体－薬物コンジュゲート、二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）、及び免疫サイトカイン、並びにこのような抗原結合部位（例えば、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ））を含有するタンパク質を発現する免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞）は、癌などのＣＬＥＣ１２Ａ関連疾患を治療するのに有用である。
したがって、一態様において、本出願は、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
（ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含む、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）、相補性決定領域２（ＣＤＲ２）、及び相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）；並びに
（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）
を含む、抗原結合部位を提供する。
ある実施形態において、ＶＨは、配列番号４９のアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１７のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、ＶＨは、配列番号４５と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１４０と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、ＶＨは、配列番号４５のアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１４０のアミノ酸配列を含む。ある実施形態において、ＶＨ及びＶＬはそれぞれ、配列番号９及び１０；１３及び１０；１１０及び１０；４５及び１０；１２２及び１０；９及び３０；９及び３４；９及び３８；又は４１及び４２のアミノ酸配列を含む。
別の態様において、本出願は、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
（ａ）それぞれ配列番号１１７、６３、及び１１２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
（ｂ）それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
を含む、抗原結合部位を提供する。
ある実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号５９、６３、及び７９のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含み；ＶＬは、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。ある実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号５９、６３、及び５４のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含み、ＶＬは、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。ある実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号６２、６３、及び５４のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含み、ＶＬは、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＨは、配列番号１１５のアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１１６のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、ＶＨ及びＶＬは、それぞれ配列番号２９及び６９；１４及び６９；７６及び６９；２９及び８４；１４及び８４；又は７６及び８４のアミノ酸配列を含む。
別の態様において、本出願は、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
（ａ）それぞれ配列番号８７、３３、及び８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
（ｂ）それぞれ配列番号１０６、９２、及び４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
を含む、抗原結合部位を提供する。
別の態様において、本出願は、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
（ａ）それぞれ配列番号７２、３３、及び１０７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
（ｂ）それぞれ配列番号１１１、１０５、及び４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
を含む、抗原結合部位を提供する。
別の態様において、本出願は、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
（ａ）それぞれ配列番号８７、１０２、及び８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
（ｂ）それぞれ配列番号１８、９２、及び４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
を含む、抗原結合部位を提供する。
別の態様において、本出願は、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
（ａ）それぞれ配列番号２６、３７、及び５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
（ｂ）それぞれ配列番号５３、５５、及び５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
を含む、抗原結合部位を提供する。
別の態様において、本出願は、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
（ａ）それぞれ配列番号６４、６８、及び７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
（ｂ）それぞれ配列番号７７、７８、及び８０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
を含む、抗原結合部位を提供する。
別の態様において、本出願は、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
（ａ）それぞれ配列番号８６、８８、及び１２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
（ｂ）それぞれ配列番号９０、９１、及び９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
を含む、抗原結合部位を提供する。
別の態様において、本出願は、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
（ａ）それぞれ配列番号９６、９７、及び９８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
（ｂ）それぞれ配列番号９９、１００、及び１０１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
を含む、抗原結合部位を提供する。
別の態様において、本出願は、上に開示される抗原結合部位と競合する抗原結合部位を提供する。
上記の態様のある実施形態において、抗原結合部位は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって測定される際、２０ｎＭ以下の解離定数（ＫＤ）でヒトＣＬＥＣ１２Ａに結合する。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ＳＰＲによって測定される際、１ｎＭ以下のＫＤでヒトＣＬＥＣ１２Ａに結合する。ある実施形態において、抗原結合部位は、グリコシル化に関係なくＣＬＥＣ１２Ａに結合する。ある実施形態において、抗原結合部位は、Ｋ２４４Ｑ突然変異を含むヒトＣＬＥＣ１２Ａに結合する。
ある実施形態において、抗原結合部位は、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）として存在する。特定の実施形態において、ｓｃＦｖは、配列番号３、１２、１５、１６、１９、２０、２３、２４、２７、２８、３１、３２、３５、３６、３９、４０、４３、４４、４７、４８、５１、５２、７０、７１、７４、７５、８１、８２、１１８、１１９、１２０、１２１、１３２、１３３、１３８、及び１３９から選択されるアミノ酸配列を含む。
別の態様において、本出願は、グリコシル化に関係なくＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位を提供する。
別の態様において、本出願は、本明細書に開示される抗原結合部位を含むタンパク質を提供する。ある実施形態において、タンパク質は、抗体重鎖定常領域をさらに含む。特定の実施形態において、抗体重鎖定常領域は、ヒトＩｇＧ重鎖定常領域である。特定の実施形態において、抗体重鎖定常領域は、ヒトＩｇＧ１重鎖定常領域である。特定の実施形態において、前記抗体重鎖定常領域の各ポリペプチド鎖が、配列番号２１と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、抗体重鎖定常領域の少なくとも１つのポリペプチド鎖は、ＥＵ番号付けシステムにしたがって番号付けされた、Ｑ３４７、Ｙ３４９、Ｌ３５１、Ｓ３５４、Ｅ３５６、Ｅ３５７、Ｋ３６０、Ｑ３６２、Ｓ３６４、Ｔ３６６、Ｌ３６８、Ｋ３７０、Ｎ３９０、Ｋ３９２、Ｔ３９４、Ｄ３９９、Ｓ４００、Ｄ４０１、Ｆ４０５、Ｙ４０７、Ｋ４０９、Ｔ４１１、及びＫ４３９から選択される１つ以上の位置で、配列番号２１に対する１つ以上の突然変異を含む。特定の実施形態において、抗体重鎖定常領域の少なくとも１つのポリペプチド鎖は、ＥＵ番号付けシステムにしたがって番号付けされた、Ｑ３４７Ｅ、Ｑ３４７Ｒ、Ｙ３４９Ｓ、Ｙ３４９Ｋ、Ｙ３４９Ｔ、Ｙ３４９Ｄ、Ｙ３４９Ｅ、Ｙ３４９Ｃ、Ｌ３５１Ｋ、Ｌ３５１Ｄ、Ｌ３５１Ｙ、Ｓ３５４Ｃ、Ｅ３５６Ｋ、Ｅ３５７Ｑ、Ｅ３５７Ｌ、Ｅ３５７Ｗ、Ｋ３６０Ｅ、Ｋ３６０Ｗ、Ｑ３６２Ｅ、Ｓ３６４Ｋ、Ｓ３６４Ｅ、Ｓ３６４Ｈ、Ｓ３６４Ｄ、Ｔ３６６Ｖ、Ｔ３６６Ｉ、Ｔ３６６Ｌ、Ｔ３６６Ｍ、Ｔ３６６Ｋ、Ｔ３６６Ｗ、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ｅ、Ｌ３６８Ａ、Ｌ３６８Ｄ、Ｋ３７０Ｓ、Ｎ３９０Ｄ、Ｎ３９０Ｅ、Ｋ３９２Ｌ、Ｋ３９２Ｍ、Ｋ３９２Ｖ、Ｋ３９２Ｆ、Ｋ３９２Ｄ、Ｋ３９２Ｅ、Ｔ３９４Ｆ、Ｄ３９９Ｒ、Ｄ３９９Ｋ、Ｄ３９９Ｖ、Ｓ４００Ｋ、Ｓ４００Ｒ、Ｄ４０１Ｋ、Ｆ４０５Ａ、Ｆ４０５Ｔ、Ｙ４０７Ａ、Ｙ４０７Ｉ、Ｙ４０７Ｖ、Ｋ４０９Ｆ、Ｋ４０９Ｗ、Ｋ４０９Ｄ、Ｔ４１１Ｄ、Ｔ４１１Ｅ、Ｋ４３９Ｄ、及びＫ４３９Ｅから選択される、配列番号２１に対する１つ以上の突然変異を含む。
特定の実施形態において、抗体重鎖定常領域の１つのポリペプチド鎖は、Ｑ３４７、Ｙ３４９、Ｌ３５１、Ｓ３５４、Ｅ３５６、Ｅ３５７、Ｋ３６０、Ｑ３６２、Ｓ３６４、Ｔ３６６、Ｌ３６８、Ｋ３７０、Ｋ３９２、Ｔ３９４、Ｄ３９９、Ｓ４００、Ｄ４０１、Ｆ４０５、Ｙ４０７、Ｋ４０９、Ｔ４１１及びＫ４３９から選択される１つ以上の位置で、配列番号２１に対する１つ以上の突然変異を含み；抗体重鎖定常領域の他のポリペプチド鎖は、ＥＵ番号付けシステムにしたがって番号付けされたＱ３４７、Ｙ３４９、Ｌ３５１、Ｓ３５４、Ｅ３５６、Ｅ３５７、Ｓ３６４、Ｔ３６６、Ｌ３６８、Ｋ３７０、Ｎ３９０、Ｋ３９２、Ｔ３９４、Ｄ３９９、Ｄ４０１、Ｆ４０５、Ｙ４０７、Ｋ４０９、Ｔ４１１、及びＫ４３９から選択される１つ以上の位置で、配列番号２１に対する１つ以上の突然変異を含む。特定の実施形態において、抗体重鎖定常領域の１つのポリペプチド鎖は、配列番号２１に対するＫ３６０Ｅ及びＫ４０９Ｗ置換を含み；抗体重鎖定常領域の他のポリペプチド鎖は、ＥＵ番号付けシステムにしたがって番号付けされた、配列番号２１に対するＱ３４７Ｒ、Ｄ３９９Ｖ及びＦ４０５Ｔ置換を含む。特定の実施形態において、抗体重鎖定常領域の１つのポリペプチド鎖は、配列番号２１に対するＹ３４９Ｃ置換を含み；抗体重鎖定常領域の他のポリペプチド鎖は、ＥＵ番号付けシステムにしたがって番号付けされた、配列番号２１に対するＳ３５４Ｃ置換を含む。
別の態様において、本出願は、本明細書に開示されるタンパク質及び薬物部分を含む抗体－薬物コンジュゲートを提供する。特定の実施形態において、薬物部分は、アウリスタチン、Ｎ－アセチル－γカリケアミシン、メイタンシノイド、ピロロベンゾジアゼピン、及びＳＮ－３８からなる群から選択される。
別の態様において、本出願は、本明細書に開示される抗原結合部位及びサイトカインを含む免疫サイトカインを提供する。特定の実施形態において、サイトカインは、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＴＮＦ、及びＩＦＮαからなる群から選択される。
別の態様において、本出願は、本明細書に開示される抗原結合部位及びＣＤ３に結合する抗原結合部位を含む二重特異性Ｔ細胞エンゲージャーを提供する。
別の態様において、本出願は、
（ａ）本明細書に開示される抗原結合部位；
（ｂ）膜貫通ドメイン；及び
（ｃ）細胞内シグナル伝達ドメイン
を含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を提供する。
ある実施形態において、膜貫通ドメインは、Ｔ細胞受容体のα、β又はζ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３ε、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５２、及びＣＤ１５４の膜貫通領域から選択される。特定の実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ζ、共通ＦｃＲγ（ＦＣＥＲ１Ｇ）、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃＲβ（ＦｃεＲ１ｂ）、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ε、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＤＡＰ１０、及びＤＡＰ１２の機能的シグナル伝達ドメインを含む一次シグナル伝達ドメインを含む。特定の実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激性受容体の機能的シグナル伝達ドメインを含む共刺激性シグナル伝達ドメインをさらに含む。特定の実施形態において、共刺激性受容体は、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ－１、ＣＤ２、ＣＤ７、ＣＤ２５８、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、ＣＤ８３に結合するリガンド、ＩＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ及び４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、又はそれらの任意の組合せからなる群から選択される。
別の態様において、本出願は、本明細書に開示されるＣＡＲをコードする単離核酸を提供する。
別の態様において、本出願は、本明細書に開示される単離核酸を含む発現ベクターを提供する。
別の態様において、本出願は、本明細書に開示される核酸又は発現ベクターを含む免疫エフェクター細胞を提供する。
別の態様において、本出願は、本明細書に開示されるＣＡＲを発現する免疫エフェクター細胞を提供する。ある実施形態において、免疫エフェクター細胞は、Ｔ細胞である。特定の実施形態において、Ｔ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞、ＣＤ４＋ Ｔ細胞、又はＮＫＴ細胞である。ある実施形態において、免疫エフェクター細胞は、ＮＫ細胞である。
別の態様において、本出願は、本明細書に開示されるタンパク質、抗体－薬物コンジュゲート、免疫サイトカイン、二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー、又は免疫エフェクター細胞；及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を提供する。
別の態様において、本出願は、癌を治療する方法であって、それを必要とする対象に、有効量の、本明細書に開示されるタンパク質、抗体－薬物コンジュゲート、免疫サイトカイン、二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー、免疫エフェクター細胞、又は医薬組成物を投与することを含む、方法を提供する。
ある実施形態において、癌は、血液悪性腫瘍である。特定の実施形態において、血液悪性腫瘍は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、骨髄増殖性腫瘍（ＭＰＮ）、リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、及び古典的ホジキンリンパ腫からなる群から選択される。
特定の実施形態において、ＡＭＬは、未分化急性骨髄芽球性白血病、最小の成熟を伴う急性骨髄芽球性白血病、成熟を伴う急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病（ＡＰＬ）、急性骨髄単球性白血病、好酸球増加症を伴う急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、急性赤白血病、急性巨核芽球性白血病（ＡＭＫＬ）、急性好塩基球性白血病、線維症を伴う急性汎骨髄症、及び芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍（ＢＰＤＣＮ）から選択される。特定の実施形態において、ＡＭＬは、ＡＭＬ白血病幹細胞（ＬＳＣ）におけるＣＬＥＣ１２Ａの発現によって特徴付けられる。特定の実施形態において、ＬＳＣは、ＣＤ３４、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＴＩＭ３、ＣＤ２５、ＣＤ３２、及びＣＤ９６から選択される膜マーカーをさらに発現する。
ある実施形態において、ＡＭＬは、微小残存病変（ＭＲＤ）である。特定の実施形態において、ＭＲＤは、ＦＬＴ３－ＩＴＤ（（Ｆｍｓ様チロシンキナーゼ３）内部縦列重複（ＩＴＤ））、ＮＰＭ１（ヌクレオフォスミン１）、ＤＮＭＴ３Ａ（ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ遺伝子ＤＮＭＴ３Ａ）、及びＩＤＨ（イソクエン酸デヒドロゲナーゼ１及び２（ＩＤＨ１及びＩＤＨ２））から選択される突然変異の存在又は非存在によって特徴付けられる。特定の実施形態において、ＭＤＳは、多血球系異形成を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＭＬＤ）、単一血球系統異形成を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＳＬＤ）、環状鉄芽球を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＲＳ）、芽球増加を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＥＢ）、単離ｄｅｌ（５ｑ）を伴うＭＤＳ、及び分類不能ＭＤＳ（ＭＤＳ－Ｕ）から選択される。特定の実施形態において、ＭＤＳは、一次性ＭＤＳ又は二次性ＭＤＳである。
ある実施形態において、ＡＬＬは、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）及びＴ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｔ－ＡＬＬ）から選択される。特定の実施形態において、ＭＰＮは、真性赤血球増加症、本態性血小板血症（ＥＴ）、及び骨髄線維症から選択される。特定の実施形態において、非ホジキンリンパ腫は、Ｂ細胞リンパ腫及びＴ細胞リンパ腫から選択される。特定の実施形態において、ここで、リンパ腫は、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、リンパ芽球性リンパ腫（ＬＰＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、バーキットリンパ腫（ＢＬ）、原発性縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、有毛細胞白血病、形質細胞性骨髄腫（ＰＣＭ）又は多発性骨髄腫（ＭＭ）、成熟Ｔ／ＮＫ細胞腫瘍、及び組織球性腫瘍から選択される。特定の実施形態において、癌は、ＣＬＥＣ１２Ａを発現する。
本出願に記載される抗原結合部位のこれらの及び他の態様並びに利点は、以下の図、詳細な説明及び特許請求の範囲によって示される。
本出願は、以下の図面を参照してより完全に理解され得る。
ｈＣＬＥＣ１２Ａに結合するマウスハイブリドーマ上清から収集された抗体のバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）プロファイルを示す一連のトレースである。 同上。 同上。
ｈＣＬＥＣ１２Ａ（図２Ａ）及びｃＣＬＥＣ１２Ａ（図２Ｂ）に結合するマウスｍＡｂサブクローンから収集された抗体のＳＰＲプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 同上。
ＰＬ２１ ＡＭＬ細胞株に対する精製ＣＬＥＣ１２Ａサブクローンの結合を示す折れ線グラフである。
グリコシル化、脱グリコシル化、及び脱シアル化ｈＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗体１６Ｂ８．Ｃ８及び９Ｆ１１．Ｂ７のＳＰＲプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
抗体１６Ｂ８．Ｃ８に由来する抗原結合部位を含有する多特異的結合タンパク質のＳＰＲプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。 同上。 同上。 同上。
ｈＣＬＥＣ１２Ａ発現細胞株ＲＭＡ－ｈＣＬＥＣ１２Ａに対するｈＣＬＥＣ１２Ａ標的化Ｆ３’－１３０４、Ｆ３’－１２９５及び対照ＣＬＥＣ１２Ａ標的化多特異的結合タンパク質の結合を示す折れ線グラフである。
多特異的結合タンパク質Ｆ３’－１２９５及びＦ３’－１６０２のＳＰＲプロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
ｈＣＬＥＣ１２Ａ発現細胞株Ｂａ／Ｆ３（図８Ａ）、野生型Ｂａ／Ｆ３（図８Ｂ）、癌株ＨＬ６０（図８Ｃ）、及び癌株ＰＬ２１（図８Ｄ）に対するｈＣＬＥＣ１２Ａ標的化多特異的結合タンパク質Ｆ３’－１２９５、Ｆ３’－１６０２、及び対照ＣＬＥＣ１２Ａ標的化多特異的結合タンパク質の結合を示す折れ線グラフである。 同上。
Ｆ３’－１６０２及びＦ３’－１２９５のフローサイトメトリーベースの多特異性試薬（ＰＳＲ）分析を示す。
Ｂａ／Ｆ３発現ｈＣＬＥＣ１２Ａ（図１０Ａ）、癌株ＨＬ６０（図１０Ｂ）、及び野生型Ｂａ／Ｆ３（図１０Ｃ）に対するｈＦ３’－１６０２及びＡＢ００１０の結合を示す折れ線グラフである。
Ｂａ／Ｆ３発現ｈＣＬＥＣ１２Ａ（図１１Ａ）及び癌株ＨＬ６０（図１１Ｂ）に対する９Ｆ１１．Ｂ７及びｈＦ３’－１６０２及びＡＢ００１０に由来する多特異的結合タンパク質の結合を示す折れ線グラフである。
ヒトＣＬＥＣ１２Ａに結合するｈＦ３’－１６０２のＳＰＲ特異性プロファイルを示す一連のセンサーグラムである。
ＳＰＲによる組み換えｈＣＬＥＣ１２Ａ－Ｈｉｓに対するｈＦ３’－１６０２結合の特異性（図１３Ａ）；ＳＰＲによる５つの非関連組み換え標的に対する結合（図１３Ｂ）；ＳＰＲからの未加工データの定量化（図１３Ｃ）；フローサイトメトリーによるＢａ／Ｆ３－ＣＬＥＣ１２Ａ細胞に対する結合（図１Ｄ）；及びフローサイトメトリーによるＢａ／Ｆ３親細胞に対する結合（図１３Ｅ）を示すグラフである。 同上。
Ｆ３’－１６０２のフローサイトメトリーベースの多特異性試薬（ＰＳＲ）分析を示す。
ヒトプロテオームマイクロアレイ全体と比較した、ヒトＣＬＥＣ１２Ａに対する１のＦ３’－１６０２の相対的結合（Ｚスコア）を示す棒グラフである。
ｈＦ３’－１６０２ ＣＬＥＣ１２Ａ結合アームにおける疎水性パッチのモデルを示す。
ｈＦ３’－１６０２ ＣＬＥＣ１２Ａ結合アームにおけるＣＤＲ長さ、表面疎水性、及び表面電荷のモデルに基づく棒グラフである。
ｈＣＬＥＣ１２Ａに結合するｈＦ３’－１６０２の配列易障害性（ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｌｉａｂｉｌｉｔｙ）修正変異体を示す一連のフローサイトメトリープロットである。 同上。
本出願は、ヒトＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位を提供する。これらの抗原結合部位は、ＣＬＥＣ１２Ａの細胞外ドメイン中の様々なエピトープに結合する。このような抗原結合部位を含有するタンパク質及びタンパク質コンジュゲート、例えば、抗体、抗体－薬物コンジュゲート、二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）、及び免疫サイトカイン、並びにこのような抗原結合部位（例えば、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ））を含有するタンパク質を発現する免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞）は、癌などのＣＬＥＣ１２Ａ関連疾患を治療するのに有用である。
本出願は、癌細胞上のＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合タンパク質及びこのようなタンパク質を含む医薬組成物、並びに癌の治療などのために、このようなタンパク質及び医薬組成物を使用する治療方法を提供する。本出願に記載される抗原結合部位の様々な態様が、以下の節に記載されるが；１つの特定の節に記載される本出願に記載される抗原結合部位の態様は、いずれかの特定の節に限定されるべきではない。
本出願の理解を容易にするために、いくつかの用語及び語句が、以下に定義される。
本明細書において使用される際の「１つの（ａ）」及び「１つの（ａｎ）」という用語は、「１つ以上」を意味し、文脈上不適切でない限り、複数を含む。
本明細書において使用される際、「抗原結合部位」という用語は、抗原結合に関与する免疫グロブリン分子の一部を指す。ヒト抗体において、抗原結合部位は、重（「Ｈ」）及び軽（「Ｌ」）鎖のＮ末端可変（「Ｖ」）領域のアミノ酸残基によって形成される。重鎖及び軽鎖のＶ領域内の３つの高度に異なる区画は、「超可変領域」と呼ばれ、これは、「フレームワーク領域」、又は「ＦＲ」として知られているより保存的な隣接区画の間に介在する。したがって、「ＦＲ」という用語は、免疫グロブリンにおける超可変領域の間及び超可変領域に隣接して天然に見られるアミノ酸配列を指す。ヒト抗体分子において、軽鎖の３つの超可変領域及び重鎖の３つの超可変領域は、３次元空間において互いに対して配置されて、抗原結合表面を形成する。抗原結合表面は、結合した抗原の３次元表面に対して相補的であり、重鎖及び軽鎖のそれぞれの３つの超可変領域は、「相補性決定領域」、又は「ＣＤＲ」と呼ばれる。ラクダ及び軟骨魚類などの特定の動物において、抗原結合部位は、「単一ドメイン抗体」を提供する単一抗体鎖によって形成される。抗原結合部位は、インタクトな抗体中、抗原結合表面を保持する抗体の抗原結合フラグメント中、又はｓｃＦｖなどの組み換えポリペプチド中に存在し得、ペプチドリンカーを用いて、単一ポリペプチド中で、重鎖可変ドメインを軽鎖可変ドメインに結合する。本明細書に開示される重鎖又は軽鎖可変領域における全てのアミノ酸位置は、Ｋａｂａｔ番号付けにしたがって番号付けされる。
抗原結合部位のＣＤＲは、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５２，６６０９－６６１６（１９７７）及びＫａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｉｎｔｅｒｅｓｔ．（１９９１）、Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７（１９８７）、及びＭａｃＣａｌｌｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２：７３２－７４５（１９９６）に記載される方法によって決定され得る。これらの定義下で決定されるＣＤＲは、典型的に、互いに対して比較したとき、アミノ酸残基の重複又はサブセットを含む。特定の実施形態において、「ＣＤＲ」という用語は、ＭａｃＣａｌｌｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２：７３２－７４５（１９９６）及びＭａｒｔｉｎ Ａ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｖａｒｉａｂｌｅ Ｄｏｍａｉｎｓ，ｉｎ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ ａｎｄ Ｄｕｂｅｌ，ｅｄｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ ３１，ｐｐ．４２２－４３９，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ，Ｂｅｒｌｉｎ（２００１）によって定義されるようなＣＤＲである。特定の実施形態において、「ＣＤＲ」という用語は、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５２，６６０９－６６１６（１９７７）及びＫａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｉｎｔｅｒｅｓｔ．（１９９１）によって定義されるようなＣＤＲである。特定の実施形態において、抗体の重鎖ＣＤＲ及び軽鎖ＣＤＲは、様々な慣例を用いて定義される。例えば、特定の実施形態において、重鎖ＣＤＲは、ＭａｃＣａｌｌｕｍ（上記を参照）にしたがって定義され、軽ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ（上記を参照）にしたがって定義される。ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２及びＣＤＲＨ３は、重鎖ＣＤＲを示し、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２及びＣＤＲＬ３は、軽鎖ＣＤＲを示す。
本明細書において使用される際、「対象」及び「患者」という用語は、本明細書に記載される方法及び組成物によって治療される生物を指す。このような生物としては、好ましくは、限定はされないが、哺乳動物（例えば、マウス、サル、ウマ、ウシ、ブタ、イヌ、ネコなど）が挙げられ、より好ましくは、ヒトが挙げられる。
本明細書において使用される際、「有効量」という用語は、有益な又は所望の結果をもたらすのに十分な化合物（例えば、本出願に記載される化合物）の量を指す。有効量は、１回以上の投与、適用又は投薬で投与され得、特定の製剤又は投与経路に限定されることは意図されていない。本明細書において使用される際、「治療すること」という用語は、任意の効果、例えば、病態、疾患、障害などを減少させ、低減し、調節し、改善し、又はなくすことを含み、これは、それらの症状の改善、又は改善することをもたらす。
本明細書において使用される際、「医薬組成物」という用語は、組成物を、インビボ又はエクスビボでの診断又は治療的使用に特に適したものにする、不活性又は活性担体との活性薬剤と組合せを指す。
本明細書において使用される際、「薬学的に許容される担体」という用語は、リン酸緩衝生理食塩水、水、エマルジョン（例えば、水中油滴型又は油中水型エマルジョンなど）、及び様々なタイプの湿潤剤などの標準的な医薬担体のいずれかを指す。組成物は、安定剤及び防腐剤も含み得る。担体、安定剤及び補助剤の例については、例えば、Ｍａｒｔｉｎ，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１５ｔｈ Ｅｄ．，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌ．Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡ［１９７５］を参照されたい。
本明細書において使用される際、「薬学的に許容される塩」という用語は、対象に投与すると、本出願に記載される化合物を提供することが可能である、本出願に記載される化合物の任意の薬学的に許容される塩（例えば、酸又は塩基）、又はその活性代謝産物若しくは残基を指す。当業者に公知であるように、本出願に記載される化合物の「塩」は、無機又は有機酸及び塩基から誘導され得る。例示的な酸としては、限定はされないが、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、過塩素酸、フマル酸、マレイン酸、リン酸、グリコール酸、乳酸、サリチル酸、コハク酸、トルエン－ｐ－スルホン酸、酒石酸、酢酸、クエン酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ギ酸、安息香酸、マロン酸、ナフタレン－２－スルホン酸、ベンゼンスルホン酸などが挙げられる。それ自体で薬学的に許容されないシュウ酸などの他の酸が、本出願に記載される化合物及びそれらの薬学的に許容される酸付加塩を得る際の中間体として有用な塩の調製に用いられ得る。
例示的な塩基としては、限定はされないが、アルカリ金属（例えば、ナトリウム）水酸化物、アルカリ土類金属（例えば、マグネシウム）水酸化物、アンモニア、及び式ＮＷ４ ＋の化合物（式中、Ｗが、Ｃ１～４アルキルである）などが挙げられる。
例示的な塩としては、限定はされないが：酢酸塩、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスパラギン酸塩、安息香酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、重硫酸塩、酪酸塩、クエン酸塩、ショウノウ酸塩、カンファースルホン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、フマル酸塩、フルコヘプタノエート（ｆｌｕｃｏｈｅｐｔａｎｏａｔｅ）、グリセロリン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩、２－ヒドロキシエタンスルホン酸塩、乳酸塩、マレイン酸塩、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、シュウ酸塩、パモ酸塩（ｐａｌｍｏａｔｅ）、ペクチン酸塩、過硫酸塩、フェニルプロピオン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、コハク酸塩、酒石酸塩、チオシアネート、トシル酸塩、ウンデカン酸塩などが挙げられる。塩の他の例としては、Ｎａ＋、ＮＨ４ ＋、及びＮＷ４ ＋（式中、Ｗが、Ｃ１～４アルキル基である）などの好適なカチオンと配合された本出願に記載される化合物のアニオンなどが挙げられる。
治療的使用のために、本出願に記載される化合物の塩は、薬学的に許容されると考えられる。しかしながら、薬学的に許容されない酸及び塩基の塩も、例えば、薬学的に許容される化合物の調製又は精製において利用され得る。
本明細書において使用される際、「ＣＬＥＣ１２Ａ」（ＣＬＬ－１、ＤＣＡＬ－２、ＭＩＣＬ、及びＣＤ３７１としても知られている）は、Ｕｎｉｐｒｏｔ受託番号Ｑ５ＱＧＺ９のタンパク質及び関連するアイソフォームを指す。
本明細書全体を通して、組成物が、特定の成分を有する、含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）、若しくは含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）と記載される場合、又はプロセス及び方法が、特定の工程を有する、含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）、若しくは含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）と記載される場合、さらに、記載される成分から本質的になる、又はそれからなる、本出願に記載される組成物があること、並びに記載される処理工程から本質的になる、又はそれからなる本出願に記載されるプロセス及び方法があることが考えられる。
一般的な事項として、パーセンテージを規定している組成物は、特に規定されない限り、重量基準である。さらに、変数に、定義が伴わない場合、変数についての前の定義が適用される。
本出願に記載される抗原結合部位の様々な特徴及び態様が、以下により詳細に説明される。
Ｉ．抗原結合部位
一態様において、本出願は、ヒトＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位を提供する。例示的な抗原結合部位のＶＨ、ＶＬ、ＣＤＲ、及びｓｃＦｖ配列が、表１に列挙される。ＣＤＲ配列は、Ｃｈｏｔｈｉａ番号付けスキームにしたがって識別される。
Figure 2023524997000001
Figure 2023524997000002
Figure 2023524997000003
Figure 2023524997000004
Figure 2023524997000005
Figure 2023524997000006
Figure 2023524997000007
Figure 2023524997000008
Figure 2023524997000009
Figure 2023524997000010
Figure 2023524997000011
Figure 2023524997000012
Figure 2023524997000013
Figure 2023524997000014
Figure 2023524997000015
Figure 2023524997000016
Figure 2023524997000017
Figure 2023524997000018
Figure 2023524997000019
Figure 2023524997000020
特定の実施形態において、本出願の抗原結合部位は、表１に開示される抗体のＶＨと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）と同一であるアミノ酸配列を含む抗体重鎖可変ドメイン（ＶＨ）、及び表１に開示される同じ抗体のＶＨと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む抗体軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、Ｋａｂａｔ（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２，Ｂｅｔｈｅｓｄａを参照）、Ｃｈｏｔｈｉａ（例えば、Ｃｈｏｔｈｉａ Ｃ ＆ Ｌｅｓｋ Ａ Ｍ，（１９８７），Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ １９６：９０１－９１７を参照）、ＭａｃＣａｌｌｕｍ（ＭａｃＣａｌｌｕｍ Ｒ Ｍ ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２６２：７３２－７４５を参照）、又は、表１に開示される抗体のＶＨ及びＶＬ配列の、当該技術分野において公知の任意の他のＣＤＲ決定方法で決定される、重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３並びに軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、表１に開示される抗体の重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３及び軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、１６Ｂ８．Ｃ８に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号２と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ｓｃＦｖ－１２９２又はｓｃＦｖ－１３０１に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１０と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号３又は１２と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ｓｃＦｖ－１２９３又はｓｃＦｖ－１３０２に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号１３と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１０と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号１５又は１６と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ｓｃＦｖ－１２９４又はｓｃＦｖ－１３０３に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号１１０と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１０と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号１９又は２０と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ｓｃＦｖ－１２９５又はｓｃＦｖ－１３０４に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号４５と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１０と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号２３又は２４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ｓｃＦｖ－１２９６又はｓｃＦｖ－１３０５に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号１２２と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１０と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号２７又は２８と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ｓｃＦｖ－１２９７又はｓｃＦｖ－１３０６に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号３０と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号３１又は３２と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ｓｃＦｖ－１２９８又はｓｃＦｖ－１３０７に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号３４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号３５又は３６と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ｓｃＦｖ－１２９９又はｓｃＦｖ－１３０８に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号３８と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号３９又は４０と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ｓｃＦｖ－１３００又はｓｃＦｖ－１３０９に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号４１と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号４２と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号４３又は４４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ｓｃＦｖ－１６０２又はｓｃＦｖ－２６０１に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号４５と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１４０と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号４７又は４８と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号４７と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ヒト化１６Ｂ８．Ｃ８に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号４９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１７と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＡＢ０３０５又はＡＢ５０３０に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号１２８と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１２９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号１４７と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１４８と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、１３０、及び１３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、１３０、及び１３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号１３２又は１３３と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＡＢ０１４７又はＡＢ７４１０に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号１３４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１３５と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１、１３６、及び１３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１、１３６、及び１３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号１３８又は１３９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、９Ｆ１１．Ｂ７に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号６０と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号６１と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号５９、６３、及び５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号５９、６３、及び５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＡＢ０１９１又はＡＢ０１８５に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号２９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号６９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号５９、６３、及び５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号５９、６３、及び５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号５１又は５２と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＡＢ０１９２又はＡＢ０１８６に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号１４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号６９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号６２、６３、及び５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号６２、６３、及び５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号７０又は７１と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＡＢ０１９３又はＡＢ０１８７に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号７６と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号６９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号５９、６３、及び７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号５９、６３、及び７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号７４又は７５と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＡＢ０１９４又はＡＢ０１８８に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号２９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号８４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号５９、６３、及び５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号５９、６３、及び５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号８１又は８２と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＡＢ０１９５又はＡＢ０１８９に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号１４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号８４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号６２、６３、及び５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号６２、６３、及び５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号１１８又は１１９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＡＢ０１９６又はＡＢ０１９０に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号７６と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号８４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号５９、６３、及び７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号５９、６３、及び７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ｓｃＦｖとして存在し、ここで、ｓｃＦｖは、配列番号１２０又は１２１と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ヒト化９Ｆ１１．Ｂ７に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号１１５と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１１６と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号１１７、６３、及び１１２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号１１７、６３、及び１１２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、３０Ａ９．Ｅ９に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号１１３と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１１４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号８７、３３、及び８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号１０６、９２、及び４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号８７、３３、及び８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号１０６、９２、及び４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、２３Ａ５．Ｈ８に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号１０８と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１０９と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号７２、３３、及び１０７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号１１１、１０５、及び４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号７２、３３、及び１０７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号１１１、１０５、及び４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、２０Ｄ６．Ｈ８に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号１０４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号１０３と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号８７、１０２、及び８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号１８、９２、及び４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号８７、１０２、及び８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号１８、９２、及び４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、１５Ａ１０．Ｇ８に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号２２と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号２５と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号２６、３７、及び５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号５３、５５、及び５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号２６、３７、及び５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号５３、５５、及び５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、１３Ｅ１．Ａ４に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号５７と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号５８と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号６４、６８、及び７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号７７、７８、及び８０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号６４、６８、及び７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号７７、７８、及び８０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、１２Ｆ８．Ｈ７に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号８３と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号８５と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号８６、８８、及び１２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号９０、９１、及び９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号８６、８８、及び１２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号９０、９１、及び９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、９Ｅ４．Ｂ７に由来する。例えば、特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、配列番号９４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、及び配列番号９５と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の実施形態において、ＶＨは、それぞれ配列番号９６、９７、９８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、ＶＬは、それぞれ配列番号９９、１００、１０１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、（ａ）それぞれ配列番号９６、９７、９８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに（ｂ）それぞれ配列番号９９、１００、１０１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬを含む。
上記の実施形態のそれぞれにおいて、一緒にＣＬＥＣ１２Ａに結合するＶＨ及び／又はＶＬ配列が、ＣＬＥＣ１２Ａに結合するそれらの能力にあまり影響を与えずに、ＶＨ及び／又はＶＬのフレームワーク領域内にアミノ酸改変（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、若しくは１０のアミノ酸置換、欠失、又は付加）を含み得ることが、本明細書において考えられる。
特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって測定される際（例えば、以下の実施例１に記載される方法を用いて）又はバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）によって、１ｎＭ以下、５ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１５ｎＭ以下、若しくは２０ｎＭ以下のＫＤ（すなわち、解離定数）でヒトＣＬＥＣ１２Ａに結合し、及び／又は対象の体液、組織、及び／若しくは細胞に由来するＣＬＥＣ１２Ａに結合する。特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＳＰＲによって測定される際（例えば、以下の実施例１に記載される方法を用いて）又はＢＬＩによって、１×１０－５、１×１０－４、１×１０－３、５×１０－３、０．０１、０．０２、又は０．０５ １／ｓ以下のＫｄ（すなわち、Ｋｏｆｆとも呼ばれるオフレート）を有する。
特定の実施形態において、１５Ａ１０．Ｇ８又は２０Ｄ６．Ａ８に由来する抗原結合部位は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって測定される際（例えば、以下の実施例１に記載される方法を用いて）又はバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）によって、５ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１５ｎＭ以下、２０ｎＭ以下、若しくは３０ｎＭ以下のＫＤ（すなわち、解離定数）でカニクイザルＣＬＥＣ１２Ａに結合し、及び／又は対象の体液、組織、及び／若しくは細胞に由来するＣＬＥＣ１２Ａに結合する。特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＳＰＲによって測定される際（例えば、以下の実施例１に記載される方法を用いて）又はＢＬＩによって、１×１０－３、５×１０－３、０．０１、０．０２、又は０．０３ １／ｓ以下のＫｄ（すなわち、Ｋｏｆｆとも呼ばれるオフレート）を有する。
様々な細胞型の表面におけるＣＬＥＣ１２Ａのグリコシル化状態の変化が、報告されている（Ｍａｒｓｈａｌｌ ｅｔ ａｌ，（２００６）Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．３６（８）：２１５９－６９）。様々な患者に由来するＡＭＬ細胞の表面において発現されるＣＬＥＣ１２Ａは、同様に様々なグリコシル化パターンを有し得る。さらに、分岐グリカンが、ＣＬＥＣ１２Ａのタンパク質成分に対するアクセス性を制限して、利用可能なエピトープの多様性を制限し得る。本出願に記載される特定の抗原結合部位は、グリコシル化の変化を克服し得る。特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位、例えば、１６Ｂ８．Ｃ８、ヒト化１６Ｂ８．Ｃ８、９Ｆ１１．Ｂ７、又はヒト化９Ｆ１１．Ｂ７に由来する抗原結合部位は、グリコシル化に関係なく、ＣＬＥＣ１２Ａ（例えば、ヒトＣＬＥＣ１２Ａ）に結合し、すなわち、グリコシル化ＣＬＥＣ１２Ａ及び脱グリコシル化ＣＬＥＣ１２Ａの両方に結合する。特定の実施形態において、抗原結合部位が脱グリコシル化ＣＬＥＣ１２Ａに結合するＫＤの、抗原結合部位がグリコシル化ＣＬＥＣ１２Ａに結合するＫＤに対する比率は、１：１０～１０：１の範囲内（例えば、１：５～５：１、１：３～３：１、又は１：２～２：１の範囲内）である。特定の実施形態において、比率は、約１：５、約１：３、約１：２、約１：１．５、約１：１、約１．５：１、約２：１、約３：１、又は約５：１である。特定の実施形態において、比率は、約１：１である。別の態様において、本開示は、グリコシル化に関係なく、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位（例えば、ヒトＣＬＥＣ１２Ａ）を提供する。
Ｋ２４４Ｑ置換を含むＣＬＥＣ１２Ａは、ヒト集団の約３０％において多型変異体である。ある実施形態において、本明細書に開示される抗原結合部位は、ＣＬＥＣ１２Ａ－Ｋ２４４Ｑに結合する。特定の実施形態において、抗原結合部位がＣＬＥＣ１２Ａ－Ｋ２４４Ｑに結合するＫＤの、抗原結合部位が野生型ＣＬＥＣ１２Ａに結合するＫＤに対する比率は、１：２～２：１の範囲内である。特定の実施形態において、比率は、約１：２、約１：１．５、約１：１、約１．５：１、又は約２：１である。特定の実施形態において、比率は、約１：１である。
別の態様において、本出願は、上述される抗原結合部位とＣＬＥＣ１２Ａ（例えば、ヒトＣＬＥＣ１２Ａ）に対する結合について競合する抗原結合部位を提供する。特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＣＬＥＣ１２Ａに対する結合について、上に開示される１６Ｂ８．Ｃ８に由来する抗原結合部位と競合する。一実施形態において、抗原結合部位は、ＣＬＥＣ１２Ａに対する結合について、１６Ｂ８．Ｃ８と競合する。特定の実施形態において、本出願の抗原結合部位は、ＣＬＥＣ１２Ａに対する結合について、上に開示されるヒト化１６Ｂ８．Ｃ８に由来する抗原結合部位と競合する。一実施形態において、抗原結合部位は、ＣＬＥＣ１２Ａに対する結合について、ヒト化１６Ｂ８．Ｃ８と競合する。特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＣＬＥＣ１２Ａに対する結合について、上に開示される９Ｆ１１．Ｂ７に由来する抗原結合部位と競合する。一実施形態において、抗原結合部位は、ＣＬＥＣ１２Ａに対する結合について、９Ｆ１１．Ｂ７と競合する。特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＣＬＥＣ１２Ａに対する結合について、上に開示されるヒト化９Ｆ１１．Ｂ７に由来する抗原結合部位と競合する。一実施形態において、抗原結合部位は、ＣＬＥＣ１２Ａに対する結合について、ヒト化９Ｆ１１．Ｂ７と競合する。特定の実施形態において、本出願に記載される抗原結合部位は、ＣＬＥＣ１２Ａに対する結合について、上に開示される１２Ｆ８．Ｈ７、１３Ｅ１．Ａ４、１５Ａ１０．Ｅ８、２０Ｄ６．Ｈ８、又は２３Ａ５．Ｈ８に由来する抗原結合部位と競合する。ある実施形態において、抗原結合部位は、ＣＬＥＣ１２Ａに対する結合について、１２Ｆ８．Ｈ７、１３Ｅ１．Ａ４、１５Ａ１０．Ｅ８、２０Ｄ６．Ｈ８、又は２３Ａ５．Ｈ８と競合する。
抗原結合部位を有するタンパク質
本明細書に開示される抗原結合部位は、抗体又はその抗原結合フラグメント中に存在し得る。抗体は、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ダイアボディ、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、又はＦ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆｖ、二重特異性抗体、二重特異性Ｆａｂ２、二重特異性（ｍａｂ）２、ヒト化抗体、人工的に生成されたヒト抗体、二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー、二重特異性ＮＫ細胞エンゲージャー、一本鎖抗体（例えば、一本鎖Ｆｖフラグメント若しくはｓｃＦｖ）、トリオマブ（ｔｒｉｏｍａｂ）、共通の軽鎖を有するノブイントゥーホール（ｋｎｏｂｓ－ｉｎｔｏ－ｈｏｌｅｓ）（ｋｉｈ）ＩｇＧ、クロスマブ、オルト－ＦａｂＩｇＧ、ＤＶＤ－Ｉｇ、２イン１－ＩｇＧ、ＩｇＧ－ｓｃＦｖ、ｓｄＦｖ２－Ｆｃ、ビ－ナノボディ、ｔａｎｄＡｂ、二重親和性再標的化抗体（ＤＡＲＴ）、ＤＡＲＴ－Ｆｃ、ｓｃＦｖ－ＨＳＡ－ｓｃＦｖ（ここで、ＨＳＡ＝ヒト血清アルブミンである）、又はドックアンドロック（ｄｏｃｋ－ａｎｄ－ｌｏｃｋ）（ＤＮＬ）－Ｆａｂ３であり得る。
特定の実施形態において、本明細書に開示される抗原結合部位は、抗体定常領域、例えば、特に、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４の（例えば、ヒト）重鎖定常領域から選択される；ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＭ、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＤ、及びＩｇＥの重鎖定常領域と少なくとも９０％（例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列に連結される。別の実施形態において、本明細書に開示される抗原結合部位は、例えば、κ又はλの（例えば、ヒト）軽鎖定常領域から選択される軽鎖定常領域に連結され得る。定常領域は、抗体の特性を変更するために（例えば、Ｆｃ受容体結合、抗体グリコシル化、システイン残基の数、エフェクター細胞機能、及び／若しくは補体機能の１つ以上を増加又は減少させるために）改変、例えば、突然変異され得る。一実施形態において、抗体は、エフェクター機能を有し、補体を結合し得る。他の実施形態において、抗体は、エフェクター細胞を動員せず、又は補体を結合しない。別の実施形態において、抗体は、Ｆｃ受容体に結合する減少した能力を有するか又はそのような能力を有さない。例えば、それは、Ｆｃ受容体に対する結合を補助しない、アイソタイプ又はサブタイプ、フラグメント又は他の突然変異体であり、例えば、それは、突然変異又は欠失したＦｃ受容体結合領域を有する。
特定の実施形態において、抗原結合部位は、ＣＨ１ドメインとともに又はＣＨ１ドメインを伴わずに、ヒンジ、ＣＨ２及びＣＨ３ドメインを含むＩｇＧ定常領域に連結される。ある実施形態において、定常領域のアミノ酸配列は、ヒト抗体定常領域、例えば、ヒトＩｇＧ１定常領域、ヒトＩｇＧ２定常領域、ヒトＩｇＧ３定常領域、又はヒトＩｇＧ４定常領域と少なくとも９０％（例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一である。一実施形態において、ＣＤ１６に結合するのに十分な抗体Ｆｃドメイン又はその部分は、野生型ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ配列
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 と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。ある他の実施形態において、定常領域のアミノ酸配列は、別の哺乳動物、例えば、ウサギ、イヌ、ネコ、マウス、又はウマに由来する抗体定常領域と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一である。例えば、Ｑ３４７、Ｙ３４９、Ｌ３５１、Ｓ３５４、Ｅ３５６、Ｅ３５７、Ｋ３６０、Ｑ３６２、Ｓ３６４、Ｔ３６６、Ｌ３６８、Ｋ３７０、Ｎ３９０、Ｋ３９２、Ｔ３９４、Ｄ３９９、Ｓ４００、Ｄ４０１、Ｆ４０５、Ｙ４０７、Ｋ４０９、Ｔ４１１及び／又はＫ４３９において、ヒトＩｇＧ１定常領域と比較して、１つ以上の突然変異が、定常領域に組み込まれ得る。例示的な置換としては、例えば、Ｑ３４７Ｅ、Ｑ３４７Ｒ、Ｙ３４９Ｓ、Ｙ３４９Ｋ、Ｙ３４９Ｔ、Ｙ３４９Ｄ、Ｙ３４９Ｅ、Ｙ３４９Ｃ、Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｋ、Ｌ３５１Ｄ、Ｌ３５１Ｙ、Ｓ３５４Ｃ、Ｅ３５６Ｋ、Ｅ３５７Ｑ、Ｅ３５７Ｌ、Ｅ３５７Ｗ、Ｋ３６０Ｅ、Ｋ３６０Ｗ、Ｑ３６２Ｅ、Ｓ３６４Ｋ、Ｓ３６４Ｅ、Ｓ３６４Ｈ、Ｓ３６４Ｄ、Ｔ３６６Ｖ、Ｔ３６６Ｉ、Ｔ３６６Ｌ、Ｔ３６６Ｍ、Ｔ３６６Ｋ、Ｔ３６６Ｗ、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ｅ、Ｌ３６８Ａ、Ｌ３６８Ｄ、Ｋ３７０Ｓ、Ｎ３９０Ｄ、Ｎ３９０Ｅ、Ｋ３９２Ｌ、Ｋ３９２Ｍ、Ｋ３９２Ｖ、Ｋ３９２Ｆ、Ｋ３９２Ｄ、Ｋ３９２Ｅ、Ｔ３９４Ｆ、Ｔ３９４Ｗ、Ｄ３９９Ｒ、Ｄ３９９Ｋ、Ｄ３９９Ｖ、Ｓ４００Ｋ、Ｓ４００Ｒ、Ｄ４０１Ｋ、Ｆ４０５Ａ、Ｆ４０５Ｔ、Ｙ４０７Ａ、Ｙ４０７Ｉ、Ｙ４０７Ｖ、Ｋ４０９Ｆ、Ｋ４０９Ｗ、Ｋ４０９Ｄ、Ｔ４１１Ｄ、Ｔ４１１Ｅ、Ｋ４３９Ｄ、及びＫ４３９Ｅが挙げられる。
特定の実施形態において、抗原結合部位は、ＣＤ１６に結合するのに十分な抗体Ｆｃドメインの部分に連結される。Ｆｃドメイン内で、ＣＤ１６結合が、ヒンジ領域及びＣＨ２ドメインによって媒介される。例えば、ヒトＩｇＧ１内で、ＣＤ１６との相互作用が、主に、ＣＨ２ドメイン中のアミノ酸残基Ａｓｐ ２６５－Ｇｌｕ ２６９、Ａｓｎ ２９７－Ｔｈｒ ２９９、Ａｌａ ３２７－Ｉｌｅ ３３２、Ｌｅｕ ２３４－Ｓｅｒ ２３９、及び炭水化物残基Ｎ－アセチル－Ｄ－グルコサミンに集中している（Ｓｏｎｄｅｒｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，４０６（６７９３）：２６７－２７３を参照）。公知のドメインに基づいて、突然変異が、ファージディスプレイライブラリー若しくは酵母表面ディスプレイｃＤＮＡライブラリーを用いることなどによって、ＣＤ１６に対する結合親和性を促進するか又は低下させるように選択され得、又は相互作用の公知の３次元構造に基づいて設計され得る。
特定の実施形態において、ヒトＩｇＧ１定常領域のＣＨ１に組み込まれ得る突然変異は、アミノ酸Ｖ１２５、Ｆ１２６、Ｐ１２７、Ｔ１３５、Ｔ１３９、Ａ１４０、Ｆ１７０、Ｐ１７１、及び／又はＶ１７３において起こり得る。特定の実施形態において、ヒトＩｇＧ１定常領域のＣκに組み込まれ得る突然変異は、アミノ酸Ｅ１２３、Ｆ１１６、Ｓ１７６、Ｖ１６３、Ｓ１７４、及び／又はＴ１６４において起こり得る。
ある実施形態において、抗体定常ドメインは、ＩｇＧ抗体、例えば、ヒトＩｇＧ１抗体のＣＨ２ドメイン及びＣＨ３ドメインを含む。ある実施形態において、突然変異は、別の抗体定常ドメインによるヘテロ二量体化を可能にするために、抗体定常ドメインに導入される。例えば、抗体定常ドメインが、ヒトＩｇＧ１の定常ドメインに由来する場合、抗体定常ドメインは、ヒトＩｇＧ１抗体のアミノ酸２３４～３３２と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含み得、Ｑ３４７、Ｙ３４９、Ｌ３５１、Ｓ３５４、Ｅ３５６、Ｅ３５７、Ｋ３６０、Ｑ３６２、Ｓ３６４、Ｔ３６６、Ｌ３６８、Ｋ３７０、Ｎ３９０、Ｋ３９２、Ｔ３９４、Ｄ３９９、Ｓ４００、Ｄ４０１、Ｆ４０５、Ｙ４０７、Ｋ４０９、Ｔ４１１、及びＫ４３９からなる群から選択される１つ以上の位置において異なる。本明細書に開示されるＦｃドメイン又はヒンジ領域における全てのアミノ酸位置は、ＥＵ番号付けにしたがって番号付けされる。
非対称タンパク質の形成を促進するために、Ｆｃドメインヘテロ二量体化が想定される。ヘテロ二量体化を促進するＦｃドメインにおける突然変異（例えば、アミノ酸置換）は、例えば、国際出願公開番号国際公開第２０１９１５７３６６号パンフレットに記載され、これは、参照により本明細書に援用されない。
上述されるタンパク質は、当業者に周知の組み換えＤＮＡ技術を用いて作製され得る。例えば、第１の免疫グロブリン重鎖をコードする第１の核酸配列が、第１の発現ベクターへとクローニングされ得；第２の免疫グロブリン重鎖をコードする第２の核酸配列が、第２の発現ベクターへとクローニングされ得；第１の免疫グロブリン軽鎖をコードする第３の核酸配列が、第３の発現ベクターへとクローニングされ得；第２の免疫グロブリン軽鎖をコードする第４の核酸配列が、第４の発現ベクターへとクローニングされ得；第１、第２、第３及び第４の発現ベクターが、宿主細胞内に一緒に安定的にトランスフェクトされて、多量体タンパク質を生成し得る。
タンパク質の最高の収率を達成するために、第１、第２、第３及び第４の発現ベクターの様々な比率が、宿主細胞内へのトランスフェクションのための最適な比率を決定するために調査され得る。トランスフェクションの後、単一のクローンが、限界希釈法、ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ、顕微鏡法、又はＣｌｏｎｅｐｉｘなどの、当該技術分野において公知の方法を用いて、細胞バンク作成のために単離され得る。
クローンが、バイオリアクタースケールアップ及び本明細書に開示される抗原結合部位を含むタンパク質の維持された発現に好適な条件下で培養され得る。タンパク質は、遠心分離、深層ろ過、細胞溶解、均質化、凍結融解、親和性精製、ゲルろ過、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性相互作用交換クロマトグラフィー、及びミックスモードクロマトグラフィーを含む、当該技術分野において公知の方法を用いて単離及び精製され得る。
したがって、別の態様において、本出願は、上記の抗体のいずれか１つの免疫グロブリン重鎖及び／又は免疫グロブリン軽鎖可変領域をコードする配列を含む１つ以上の単離核酸を提供する。本出願は、上記の抗体のいずれか１つの免疫グロブリン重鎖及び／又は免疫グロブリン軽鎖可変領域を発現する１つ以上の発現ベクターを提供する。同様に、本出願は、上記の発現ベクター及び／又は単離核酸の１つ以上を含む宿主細胞を提供する。
特定の実施形態において、抗体は、標準的な結合アッセイ、例えば、表面プラズモン共鳴又はバイオレイヤー干渉法を用いて測定される際、２５ｎＭ、２０ｎＭ、１５ｎＭ、１０ｎＭ、９ｎＭ、８ｎＭ、７ｎＭ、６ｎＭ、５ｎＭ、４ｎＭ、３ｎＭ、２ｎＭ、１ｎＭ、０．１ｎＭ又はそれ以下のＫＤで、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する。特定の実施形態において、抗体は、対象の体液、組織及び／又は細胞に由来するＣＬＥＣ１２Ａに結合する。
抗体が、開示される抗体と同じエピトープに結合するかどうか、又は開示される抗体との結合について競合するかどうかを決定するための競合アッセイが、当該技術分野において公知である。例示的な競合アッセイとしては、免疫測定法（例えば、ＥＬＩＳＡアッセイ、ＲＩＡアッセイ）、表面プラズモン共鳴（例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ分析）、バイオレイヤー干渉法、及びフローサイトメトリーが挙げられる。
典型的に、競合アッセイは、固体表面に結合されるか又は細胞表面上で発現される抗原（例えば、ヒトＣＬＥＣ１２Ａタンパク質又はそのフラグメント）、試験ＣＬＥＣ１２Ａ結合抗体及び参照抗体の使用を含む。参照抗体は、標識され、試験抗体は、標識されない。競合阻害は、試験抗体の存在下で固体表面又は細胞に結合された標識された参照抗体の量を決定することによって測定される。通常、試験抗体は、過剰に存在する（例えば、１倍、５倍、１０倍、２０倍又は１００倍）。競合アッセイによって識別される抗体（例えば、競合抗体）は、参照抗体と同じエピトープ、又は同様の（例えば、重複する）エピトープに結合する抗体、及び立体障害が起こるように参照抗体によって結合されたエピトープに十分近位である隣接するエピトープに結合する抗体を含む。
競合アッセイは、標識の存在が、結合を妨げない又は阻害しないことを確実にする両方の方向で行われ得る。例えば、第１の方向において、参照抗体は、標識され、試験抗体は、標識されず、第２の方向において、試験抗体は、標識され、参照抗体は、標識されない。
過剰な１つの抗体（例えば、１倍、５倍、１０倍、２０倍又は１００倍）が、例えば、競合結合アッセイにおいて測定される際、少なくとも５０％、７５％、９０％、９５％又は９９％だけ他の抗体の結合を阻害する場合、試験抗体は、抗原に対する特異的な結合について参照抗体と競合する。
１つの抗体の結合を減少させるか又はなくす抗原における実質的に全てのアミノ酸突然変異が、他の結合を減少させるか又はなくす場合、２つの抗体が、同じエピトープに結合することが決定され得る。１つの抗体の結合を減少させるか又はなくすアミノ酸突然変異のサブセットのみが、他の結合を減少させるか又はなくす場合、２つの抗体が、重複するエピトープに結合することが決定され得る。
本明細書に開示される抗体は、親和性及び／若しくは特異性を含む生化学的特性を改善し、凝集、安定性、沈殿及び／若しくは非特異的相互作用を含む生物物理学的特性を改善し、及び／又は免疫原性を低下させるように、さらに最適化され得る（例えば、親和性成熟される）。親和性－成熟手順は、当業者の技能の範囲内である。例えば、多様性が、ＤＮＡシャッフリング、チェーンシャッフリング、ＣＤＲシャッフリング、ランダム突然変異誘発及び／又は部位特異的突然変異によって、免疫グロブリン重鎖及び／又は免疫グロブリン軽鎖に導入され得る。
特定の実施形態において、単離されたヒト抗体は、１つ以上の体細胞突然変異を含む。これらの場合、抗体は、（例えば、生殖細胞系列形成（ｇｅｒｍｌｉｎｉｎｇ）と呼ばれるプロセスによって）抗体を最適化するように、ヒト生殖細胞系列配列へと修飾され得る。
一般に、最適化された抗体は、それが由来する非最適化（又は親）抗体と、少なくとも同じ、又は実質的に同じ、抗原に対する親和性を有する。好ましくは、最適化された抗体は、親抗体と比較したとき、抗原に対するより高い親和性を有する。
抗体が、治療薬として使用するためのものである場合、それは、標準的なインビトロ共役化学を用いて、小分子毒素又は放射性核種などのエフェクター剤に共役され得る。エフェクター剤が、ポリペプチドである場合、抗体は、エフェクターに化学的に共役されるか、又は融合タンパク質としてエフェクターに結合され得る。融合タンパク質の構築は、当業者の技能の範囲内である。
抗体は、標準的なインビトロ共役化学を用いて、小分子毒素又は放射性核種などのエフェクター部分に共役され得る。エフェクター部分が、ポリペプチドである場合、抗体は、エフェクターに化学的に共役されるか、又は融合タンパク質としてエフェクターに結合され得る。融合タンパク質の構築は、当業者の技能の範囲内である。
ＣＡＲ Ｔ細胞、ＣＬＥＣ１２Ａ／ＣＤ３指向性二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー、免疫サイトカイン、抗体－薬物コンジュゲート、及び免疫毒素
本出願の別の態様は、本明細書に開示されるＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位を含む分子又は複合体を提供する。例示的な分子又は複合体としては、限定はされないが、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、Ｔ細胞エンゲージャー（例えば、ＣＬＥＣ１２Ａ／ＣＤ３指向性二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー）、免疫サイトカイン、抗体－薬物コンジュゲート、及び免疫毒素が挙げられる。
本明細書に開示されるＣＬＥＣ１２Ａに結合する任意の抗原結合部位が、使用され得る。特定の実施形態において、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位のＶＨ、ＶＬ、及び／又はＣＤＲ配列は、表１に示される。特定の実施形態において、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位は、ｓｃＦｖである。特定の実施形態において、ｓｃＦｖは、配列番号３、１２、１５、１６、１９、２０、２３、２４、２７、２８、３１、３２、３５、３６、３９、４０、４３、４４、４７、４８、５１、５２、７０、７１、７４、７５、８１、８２、１１８、１１９、１２０、１２１、１３２、１３３、１３８、及び１３９から選択されるアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％）同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、ｓｃＦｖは、配列番号３、１２、１５、１６、１９、２０、２３、２４、２７、２８、３１、３２、３５、３６、３９、４０、４３、４４、４７、４８、５１、５２、７０、７１、７４、７５、８１、８２、１１８、１１９、１２０、１２１、１３２、１３３、１３８、及び１３９から選択されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、分子又は複合体におけるＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位（例えば、ＣＡＲ、Ｔ細胞エンゲージャー、免疫サイトカイン、抗体－薬物コンジュゲート、又は免疫毒素）は、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列によって表されるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３配列を含む重鎖可変ドメイン；並びにそれぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列によって表されるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、配列番号４５のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン；及び配列番号１４０のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、配列番号４７又は配列番号４８と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むｓｃＦｖを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、配列番号４７と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むｓｃＦｖを含む。
キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）
特定の実施形態において、本出願は、本明細書に開示されるＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位（例えば、表１を参照）を含むＣＬＥＣ１２Ａ標的化ＣＡＲを提供する。ＣＬＥＣ１２Ａ標的化ＣＡＲは、Ｆａｂフラグメント又はｓｃＦｖを含み得る。
「キメラ抗原受容体」或いは「ＣＡＲ」という用語は、少なくとも細胞外抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び刺激性分子に由来する機能的シグナル伝達ドメイン（本明細書において「一次シグナル伝達ドメイン」とも呼ばれる）を含む細胞内シグナル伝達ドメインを含む組み換えポリペプチド構築物を指す。
したがって、特定の実施形態において、ＣＡＲは、本明細書に開示されるＣＬＥＣ１２Ａに結合する細胞外抗原結合部位、膜貫通ドメイン、及び一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含む。特定の実施形態において、ＣＡＲは、少なくとも１つの共刺激性分子に由来する１つ以上の機能的シグナル伝達ドメイン（本明細書において「共刺激性シグナル伝達ドメイン」とも呼ばれる）をさらに含む。
特定の実施形態において、ＣＡＲは、細胞外抗原結合ドメインとしての本明細書に開示されるＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位（例えば、ＣＬＥＣ１２Ａ結合ｓｃＦｖ）、膜貫通ドメイン、及び一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。特定の実施形態において、ＣＡＲは、細胞外抗原結合ドメインとしての本明細書に開示されるＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位（例えば、ＣＬＥＣ１２Ａ結合ｓｃＦｖ）、膜貫通ドメイン、並びに共刺激性シグナル伝達ドメイン及び一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。特定の実施形態において、ＣＡＲは、細胞外抗原結合ドメインとしての本明細書に開示されるＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位（例えば、ＣＬＥＣ１２Ａ結合ｓｃＦｖ）、膜貫通ドメイン、並びに２つの共刺激性シグナル伝達ドメイン及び一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。特定の実施形態において、ＣＡＲは、細胞外抗原結合ドメインとしての本明細書に開示されるＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位（例えば、ＣＬＥＣ１２Ａ結合ｓｃＦｖ）、膜貫通ドメイン、並びに少なくとも２つの共刺激性シグナル伝達ドメイン及び一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。
例えば、特定の実施形態において、細胞外抗原結合ドメインは、それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列によって表されるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３配列を含む重鎖可変ドメイン；並びにそれぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列によって表されるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３配列を含む軽鎖可変ドメインを含む抗原結合部位（例えば、ｓｃＦｖ）を含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、配列番号４５のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン；及び配列番号１４０のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、配列番号４７又は配列番号４８と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むｓｃＦｖを含む。特定の実施形態において、抗原結合部位は、配列番号４７と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含むｓｃＦｖを含む。
膜貫通ドメインに関して、様々な実施形態において、ＣＡＲは、ＣＡＲの細胞外ドメインに融合される膜貫通ドメインを含むように設計される。一実施形態において、膜貫通ドメインは、ＣＡＲ中のドメインの１つと天然に結合されるものである。ある場合には、膜貫通ドメインは、このようなドメインの、同じか又は異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインに対する結合を避けて、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小限に抑えるために、アミノ酸置換によって選択又は修飾され得る。別の実施形態において、膜貫通ドメインは、ＣＡＲ Ｔ細胞表面上の別のＣＡＲとともにホモ二量体化することが可能である。別の実施形態において、膜貫通ドメインのアミノ酸配列は、同じＣＡＲ Ｔ細胞中に存在する天然の結合パートナーの結合ドメインとの相互作用を最小限に抑えるように、修飾又は置換され得る。
膜貫通ドメインは、任意の天然の膜結合又は膜貫通タンパクに由来し得る。一実施形態において、膜貫通領域は、ＣＡＲが標的に結合されたときはいつでも、細胞内ドメインにシグナルを伝達することが可能である。ある実施形態において、膜貫通ドメインは、ＴＣＲ α鎖、ＴＣＲ β鎖、ＴＣＲ ζ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３ε、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、及びＣＤ１５４からなる群から選択される１つ以上のタンパク質の膜貫通領域を含む。ある実施形態において、膜貫通ドメインは、ＫＩＲＤＳ２、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ、ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＧＩＴＲ、ＣＤ４０、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ（ＬＩＧＨＴＲ）、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４６、ＣＤ１６０、ＣＤ１９、ＩＬ２Ｒβ、ＩＬ２Ｒγ、ＩＬ７Ｒα、ＩＴＧＡ１、ＶＬＡ１、ＣＤ４９ａ、ＩＴＧＡ４、ＩＡ４、ＣＤ４９Ｄ、ＩＴＧＡ６、ＶＬＡ－６、ＣＤ４９ｆ、ＩＴＧＡＤ、ＣＤ１１ｄ、ＩＴＧＡＥ、ＣＤ１０３、ＩＴＧＡＬ、ＣＤ１１ａ、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＡＭ、ＣＤ１１ｂ、ＩＴＧＡＸ、ＣＤ１１ｃ、ＩＴＧＢ１、ＣＤ２９、ＩＴＧＢ２、ＣＤ１８、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＢ７、ＴＮＦＲ２、ＤＮＡＭ１（ＣＤ２２６）、ＳＬＡＭＦ４（ＣＤ２４４、２Ｂ４）、ＣＤ８４、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＲＴＡＭ、Ｌｙ９（ＣＤ２２９）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＰＳＧＬ１、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＳＬＡＭＦ６（ＮＴＢ－Ａ、Ｌｙ１０８）、ＳＬＡＭ（ＳＬＡＭＦ１、ＣＤ１５０、ＩＰＯ－３）、ＢＬＡＭＥ（ＳＬＡＭＦ８）、ＳＥＬＰＬＧ（ＣＤ１６２）、ＬＴＢＲ、ＰＡＧ／Ｃｂｐ、ＮＫＧ２Ｄ、及びＮＫＧ２Ｃからなる群から選択される１つ以上のタンパク質の膜貫通領域を含む。
細胞外ＣＬＥＣ１２Ａ結合ドメイン（例えば、ＣＬＥＣ１２Ａ結合ｓｃＦｖドメイン）ドメインは、ヒンジ領域によって膜貫通ドメインに結合され得る。限定はされないが、ヒトＩｇ（免疫グロブリン）ヒンジ（例えば、ＩｇＧ４ヒンジ、ＩｇＤヒンジ）、Ｇｌｙ－Ｓｅｒリンカー、ａ（Ｇ４Ｓ）４リンカー、ＫＩＲ２ＤＳ２ヒンジ、及びＣＤ８αヒンジを含む様々なヒンジが用いられ得る。
本出願に記載されるＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＡＲが設置された免疫細胞の特殊な機能（例えば、Ｔ細胞の、サイトカインの分泌を含む、細胞溶解活性又はヘルパー活性）の少なくとも１つに関与する。したがって、本明細書において使用される際、「細胞内シグナル伝達ドメイン」という用語は、エフェクター機能シグナルを伝達し、特殊な機能を行うように細胞を指向する、タンパク質の部分を指す。通常、細胞内シグナル伝達ドメイン全体が、用いられ得るが、多くの場合、鎖全体を使用する必要はない。細胞内シグナル伝達ドメインの切断部分が使用される程度まで、このような切断部分は、それがエフェクター機能シグナルを伝達する限り、インタクトな鎖の代わりに使用され得る。したがって、細胞内シグナル伝達ドメインという用語は、エフェクター機能シグナルを伝達するのに十分な細胞内シグナル伝達ドメインの任意の切断部分を含むことが意図される。
ＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメイン（すなわち、刺激性分子に由来する機能的シグナル伝達ドメイン）及び１つ以上の共刺激性シグナル伝達ドメイン（すなわち、少なくとも１つの共刺激性分子に由来する機能的シグナル伝達ドメイン）を含む。
本明細書において使用される際、「刺激性分子」という用語は、免疫細胞シグナル伝達経路の少なくともいくつかの態様のための刺激性の方法において免疫細胞の活性化を調節する細胞質シグナル伝達配列を提供する、免疫細胞、例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、又はＢ細胞によって発現される分子を指す。一実施形態において、シグナルは、例えば、ペプチドが充填されたＭＨＣ分子によるＴＣＲ／ＣＤ３複合体の結合によって開始され、限定はされないが、増殖、活性化、分化などを含む、Ｔ細胞応答の媒介をもたらす一次シグナルである。
刺激性の方法で作用する一次シグナル伝達ドメインは、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ又はＩＴＡＭとして知られているシグナル伝達モチーフを含有し得る。本出願における特定の使用のためのものである細胞質シグナル伝達配列を含有するＩＴＡＭの例としては、ＣＤ３ζ、共通ＦｃＲγ（ＦＣＥＲ１Ｇ）、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃＲβ（ＦｃεＲ１ｂ）、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ε、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＤＡＰ１０、及びＤＡＰ１２に由来するものが挙げられる。一実施形態において、本出願に記載されるいずれか１つ以上のＣＡＲにおける一次シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３－ζに由来する細胞質シグナル伝達配列を含む。
ある実施形態において、一次シグナル伝達ドメインは、ＴＣＲζ、ＦｃＲγ、ＦｃＲβ、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ε、ＣＤ５、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ６６ｄ、４－１ＢＢ、及び／又はＣＤ３－ζの機能的シグナル伝達ドメインである。一実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ζ、共通ＦｃＲγ（ＦＣＥＲ１Ｇ）、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃＲβ（ＦｃεＲ１ｂ）、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ε、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＤＡＰ１０、及び／又はＤＡＰ１２の機能的シグナル伝達ドメインを含む。特定の実施形態において、一次シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞受容体複合体と結合されたζ鎖の機能的シグナル伝達ドメインである。
本明細書において使用される際、「共刺激性分子」という用語は、共刺激性リガンドと特異的に結合し、それによって、限定はされないが、増殖などの、Ｔ細胞による共刺激性応答を媒介するＴ細胞における同種結合パートナーを指す。共刺激性分子は、抗原に対するリンパ球の効率的な応答に必要な抗原受容体又はそのリガンド以外の細胞表面分子である。このような分子の例としては、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＯＸ４０、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ－１、ＩＣＯＳ、リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１、ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、及びＣＤ８３に特異的に結合するリガンドなどが挙げられる。このような共刺激性分子のさらなる例としては、ＣＤ５、ＩＣＡＭ－１、ＧＩＴＲ、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ（ＬＩＧＨＴＲ）、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４６、ＣＤ１６０、ＣＤ１９、ＣＤ４、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＩＬ２Ｒ β、ＩＬ２Ｒ γ、ＩＬ７Ｒ α、ＩＴＧＡ４、ＶＬＡ１、ＣＤ４９ａ、ＩＴＧＡ４、ＩＡ４、ＣＤ４９Ｄ、ＩＴＧＡ６、ＶＬＡ－６、ＣＤ４９ｆ、ＩＴＧＡＤ、ＣＤ１１ｄ、ＩＴＧＡＥ、ＣＤ１０３、ＩＴＧＡＬ、ＣＤ１１ａ、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＡＭ、ＣＤ１１ｂ、ＩＴＧＡＸ、ＣＤ１１ｃ、ＩＴＧＢ１、ＣＤ２９、ＩＴＧＢ２、ＣＤ１８、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＢ７、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＫＧ２Ｃ、ＴＮＦＲ２、ＴＲＡＮＣＥ／ＲＡＮＫＬ、ＤＮＡＭ１（ＣＤ２２６）、ＳＬＡＭＦ４（ＣＤ２４４、２Ｂ４）、ＣＤ８４、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＲＴＡＭ、Ｌｙ９（ＣＤ２２９）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＰＳＧＬ１、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ６９、ＳＬＡＭＦ６（ＮＴＢ－Ａ、Ｌｙ１０８）、ＳＬＡＭ（ＳＬＡＭＦ１、ＣＤ１５０、ＩＰＯ－３）、ＢＬＡＭＥ（ＳＬＡＭＦ８）、ＳＥＬＰＬＧ（ＣＤ１６２）、ＬＴＢＲ、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ、ＳＬＰ－７６、ＰＡＧ／Ｃｂｐ、及びＣＤ８３に特異的に結合するリガンドが挙げられる。ある実施形態において、ＣＡＲの共刺激性シグナル伝達ドメインは、本明細書に記載される共刺激性分子、例えば、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ－１、ＣＤ２、ＣＤ７、ＣＤ２５８、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、ＣＤ８３に結合するリガンド、ＩＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ及び４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、又はそれらの任意の組合せの機能的シグナル伝達ドメインである。
本明細書において使用される際、「シグナル伝達ドメイン」という用語は、細胞内に情報を伝達して、第２のメッセンジャーを生成することによって、又はこのようなメッセンジャーに応答することによってエフェクターとして機能することによって定義されたシグナル伝達経路を介して細胞活性を調節することによって作用するタンパク質の機能的部分を指す。
本出願に記載されるＣＡＲの細胞質シグナル伝達部分内の細胞質シグナル伝達配列は、ランダムな又は規定の順序で互いに連結され得る。任意に、例えば、２～１０アミノ酸長の短いオリゴ－又はポリペプチドリンカーが、連結を形成し得る。
本出願の別の態様は、本明細書に開示されるＣＬＥＣ１２Ａ標的化ＣＡＲをコードする核酸を提供する。核酸は、核酸を細胞に導入することによって、エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞）内でＣＡＲを発現するのに有用である。
例えば、コドン縮退表にしたがってコドンの１つ以上を変化させることによって、同等の又は改善された変異体を生成するために、修飾が、配列内で行われ得る。ＤＮＡコドン縮退表は、表２に示される。
Figure 2023524997000022
特定の実施形態において、核酸は、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡ分子）である。特定の実施形態において、核酸は、ＣＡＲコード配列に動作可能に連結された発現制御配列（例えば、プロモーター及び／又はエンハンサー）をさらに含む。特定の実施形態において、本出願は、核酸を含むベクターを提供する。ベクターは、ウイルスベクター（例えば、ＡＡＶベクター、レンチウイルスベクター、又はアデノウイルスベクター）又は非ウイルスベクター（例えば、プラスミド）であり得る。
特定の実施形態において、核酸は、ＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ分子）である。トランスフェクションに使用するためのｍＲＮＡを生成するための方法が、特別に設計されたプライマーによる鋳型のインビトロ転写、続いて、ポリＡ付加により、３’及び５’非翻訳配列、５’キャップ及び／又は内部リボソーム侵入部位（ＩＲＥＳ）、発現される核酸、及び典型的に５０～２０００塩基長のポリＡテールを含有するＲＮＡ構築物を生成することを含み得る。例えば、米国特許第８，２７８，０３６号明細書；同第８，８８３，５０６号明細書、及び同第８，７１６，４６５号明細書に開示されるように、ＲＮＡ分子は、翻訳効率及び／又は安定性を増加させるためにさらに修飾され得る。このように生成されたＲＮＡ分子は、様々な種類の細胞を効率的にトランスフェクトし得る。
一実施形態において、核酸は、ＣＡＲのアミノ末端においてシグナルペプチドを含むアミノ酸配列をコードする。このようなシグナルペプチドは、それがエフェクター細胞内で発現されるとき、ＣＡＲの細胞表面局在化を促進し得、細胞プロセシング中にＣＡＲから切断される。一実施形態において、核酸は、細胞外ＣＬＥＣ１２Ａ結合ドメイン（例えば、ＣＬＥＣ１２Ａ結合ｓｃＦｖドメイン）のＮ末端においてシグナルペプチドを含むアミノ酸配列をコードする。
ＲＮＡ又はＤＮＡは、いくつかの様々な方法のいずれか、例えば、限定はされないが、エレクトロポレーション、リポフェクションを用いたカチオン性リポソーム媒介性トランスフェクション、ポリマー封入、ペプチド媒介性トランスフェクション、又は「遺伝子銃」などのバイオリスティック粒子送達システムを含む商業用の方法を用いて、標的細胞内に導入され得る（例えば、Ｎｉｓｈｉｋａｗａ，ｅｔ ａｌ．Ｈｕｍ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．，１２（８）：８６１－７０（２００１）を参照）。
別の態様において、本出願は、ＣＬＥＣ１２Ａ標的化ＣＡＲを発現する免疫エフェクター細胞を提供する。ＣＬＥＣ１２Ａ標的化ＣＡＲをコードする核酸を含む免疫エフェクター細胞も提供される。免疫エフェクター細胞としては、限定はされないが、Ｔ細胞及びＮＫ細胞が挙げられる。特定の実施形態において、Ｔ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞、ＣＤ４＋ Ｔ細胞、及びＮＫＴ細胞から選択される。Ｔ細胞又はＮＫ細胞は、初代細胞又は細胞株であり得る。
免疫エフェクター細胞は、当該技術分野において公知の方法によって、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位由来の組織、腹水、胸水、脾臓組織、及び腫瘍を含むいくつかの供給源から得られる。免疫エフェクター細胞はまた、多能性又は多分化能細胞（例えば、造血幹細胞）からインビトロで分化され得る。ある実施形態において、本出願は、ＣＬＥＣ１２Ａ標的化ＣＡＲを発現する（例えば、細胞膜上でＣＡＲを発現する）又は本明細書に開示される核酸を含む多能性若しくは多分化能細胞（例えば、造血幹細胞）を提供する。
特定の実施形態において、免疫エフェクター細胞は、単離及び／又は精製される。例えば、制御性Ｔ細胞は、ＣＤ２５結合リガンドを用いてＴ細胞集団から除去され得る。チェックポイントタンパク質（例えば、ＰＤ－１、ＬＡＧ－３、又はＴＩＭ－３）を発現するエフェクター細胞は、同様の方法によって除去され得る。特定の実施形態において、エフェクター細胞は、正の選択工程によって単離される。例えば、Ｔ細胞の集団は、抗ＣＤ３／抗ＣＤ２８共役ビーズを用いたインキュベーションによって単離され得る。ＩＦＮ－７、ＴＮＦ－α、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ－１０、ＩＬ－１３、グランザイムＢ、及びパーフォリンなどの他の細胞表面マーカーも、正の選択に使用され得る。
免疫エフェクター細胞は、例えば、米国特許第６，３５２，６９４号明細書；同第６，５３４，０５５号明細書；同第６，９０５，６８０号明細書；同第６，６９２，９６４号明細書；同第５，８５８，３５８号明細書；同第６，８８７，４６６号明細書；同第６，９０５，６８１号明細書；同第７，１４４，５７５号明細書；同第７，０６７，３１８号明細書；同第７，１７２，８６９号明細書；同第７，２３２，５６６号明細書；同第７，１７５，８４３号明細書；同第５，８８３，２２３号明細書；同第６，９０５，８７４号明細書；同第６，７９７，５１４号明細書；同第６，８６７，０４１；並びに米国特許出願公開第２００６／０１２１００５号明細書及び同第２０１６／０３４０４０６号明細書に記載されるように、一般に、当該技術分野において公知の方法を用いて、活性化及び増殖され得る。例えば、特定の実施形態において、Ｔ細胞は、Ｔ細胞の増殖を刺激するのに適切な条件下で、抗ＣＤ３抗体及び抗ＣＤ２８抗体との接触によって、増殖及び／又は活性化され得る。細胞は、数時間（例えば、約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、１８、２１数時間）から約１４日間（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３又は１４日間）の期間にわたって培養液中で増殖され得る。一実施形態において、細胞は、４～９日間の期間にわたって増殖される。複数サイクルの刺激が、長期の細胞培養（例えば、６０日間以上の期間にわたる培養）に望ましい場合がある。特定の実施形態において、細胞培養物は、血清（例えば、ウシ胎児又はヒト血清）、インターロイキン－２（ＩＬ－２）、インスリン、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－４、ＩＬ－７、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＴＧＦβ、ＴＮＦ－α、又はそれらの組合せを含む。当業者に公知の、細胞の増殖のための他の添加剤、例えば、界面活性剤、プラスマネート（ｐｌａｓｍａｎａｔｅ）、並びにＮ－アセチル－システイン及び２－メルカプトエタノールなどの還元剤も、細胞培養物に含まれ得る。特定の実施形態において、本出願の免疫エフェクター細胞は、インビトロ増殖から得られる細胞である。
ＣＬＥＣ１２Ａ標的化ＣＡＲ（例えば、調節可能なＣＡＲ）、ＣＡＲをコードする核酸、及びＣＡＲを発現するか又は核酸を含むエフェクター細胞のさらなる実施形態が、米国特許第７，４４６，１９０号明細書及び同第９，１８１，５２７号明細書、米国特許出願公開第２０１６／０３４０４０６号明細書及び同第２０１７／００４９８１９号明細書、並びに国際特許出願公開番号国際公開第２０１８／１４０７２５号パンフレットに示される。
ＣＬＥＣ１２Ａ／ＣＤ３指向性二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー
特定の実施形態において、本出願は、本明細書に開示されるＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位を含むＣＬＥＣ１２Ａ／ＣＤ３指向性二重特異性Ｔ細胞エンゲージャーを提供する。特定の実施形態において、ＣＬＥＣ１２Ａ／ＣＤ３指向性二重特異性Ｔ細胞エンゲージャーは、配列番号３、１２、１５、１６、１９、２０、２３、２４、２７、２８、３１、３２、３５、３６、３９、４０、４３、４４、４７、４８、５１、５２、７０、７１、７４、７５、８１、８２、１１８、１１９、１２０、１２１、１３２、１３３、１３８、及び１３９から選択されるアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、サイトカインは、直接又はリンカーを介してＦｃドメインに結合される。
特定の実施形態において、ＣＬＥＣ１２Ａ／ＣＤ３指向性二重特異性Ｔ細胞エンゲージャーは、ＣＤ３に結合する抗原結合部位をさらに含む。ＣＤ３に結合する例示的な抗原結合部位が、国際特許出願公開番号国際公開第２０１４／０５１４３３号パンフレット及び国際公開第２０１７／０９７７２３号パンフレットに開示される。
本出願の別の態様は、ＣＬＥＣ１２Ａ／ＣＤ３指向性二重特異性Ｔ細胞エンゲージャーの少なくとも１つのポリペプチドをコードする核酸を提供し、ここで、ポリペプチドは、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位を含む。特定の実施形態において、核酸は、発現されるとき、ＣＬＥＣ１２Ａ／ＣＤ３指向性二重特異性Ｔ細胞エンゲージャーのポリペプチドの１つ以上のＮ末端にある、シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列をさらに含む。核酸、核酸又はベクターを含む産生細胞、及びＣＬＥＣ１２Ａ／ＣＤ３指向性二重特異性Ｔ細胞エンゲージャーを発現する産生細胞を含むベクター（例えば、ウイルスベクター）も提供される。
免疫サイトカイン
特定の実施形態において、本出願は、本明細書に開示されるＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位及びサイトカインを含む免疫サイトカインを提供する。限定はされないが、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＴＮＦ、ＩＦＮα、ＩＦＮγ、及びＧＭ－ＣＳＦを含む、当該技術分野において公知の任意のサイトカイン（例えば、炎症性サイトカイン）が使用され得る。さらなる例示的なサイトカインが、米国特許第９，５６７，３９９号明細書に開示される。特定の実施形態において、抗原結合部位は、化学的結合（例えば、共有又は非共有化学的結合）によってサイトカインに結合される。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ポリペプチドの融合によってサイトカインに結合される。免疫サイトカインは、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位に結合されるＦｃドメインをさらに含み得る。特定の実施形態において、免疫サイトカインは、配列番号３、１２、１５、１６、１９、２０、２３、２４、２７、２８、３１、３２、３５、３６、３９、４０、４３、４４、４７、４８、５１、５２、７０、７１、７４、７５、８１、８２、１１８、１１９、１２０、１２１、１３２、１３３、１３８、及び１３９から選択されるアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、サイトカインは、直接又はリンカーを介してＦｃドメインに結合される。
別の態様において、本出願は、免疫サイトカインの少なくとも１つのポリペプチドをコードする核酸を提供し、ここで、ポリペプチドは、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位を含む。特定の実施形態において、核酸は、発現されるとき、免疫サイトカインのポリペプチドの１つ以上のＮ末端にある、シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列をさらに含む。核酸、核酸又はベクターを含む産生細胞、及び免疫サイトカインを発現する産生細胞を含むベクター（例えば、ウイルスベクター）も提供される。
抗体－薬物コンジュゲート
特定の実施形態において、本出願は、本明細書に開示されるＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位及び細胞傷害性薬物部分を含む抗体－薬物コンジュゲートを提供する。例示的な細胞傷害性薬物部分は、国際特許出願公開番号国際公開第２０１４／１６０１６０号パンフレット及び国際公開第２０１５／１４３３８２号パンフレットに開示される。特定の実施形態において、細胞傷害性薬物部分は、アウリスタチン、Ｎ－アセチル－γカリケアミシン、メイタンシノイド、ピロロベンゾジアゼピン、及びＳＮ－３８から選択される。抗原結合部位は、化学的結合（例えば、共有又は非共有化学的結合）によって細胞傷害性薬物部分に結合され得る。特定の実施形態において、抗体－薬物コンジュゲートは、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位に結合されるＦｃドメインをさらに含む。特定の実施形態において、抗体－薬物コンジュゲートは、配列番号３、１２、１５、１６、１９、２０、２３、２４、２７、２８、３１、３２、３５、３６、３９、４０、４３、４４、４７、４８、５１、５２、７０、７１、７４、７５、８１、８２、１１８、１１９、１２０、１２１、１３２、１３３、１３８、及び１３９から選択されるアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、細胞傷害性薬物部分は、直接又はリンカーを介してＦｃドメインに結合される。
免疫毒素
特定の実施形態において、本出願は、本明細書に開示されるＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位及び細胞傷害性ペプチド部分を含む免疫毒素を提供する。限定はされないが、リシン、ジフテリア（Ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ）毒素、及びシュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）外毒素Ａを含む、当該技術分野において公知の任意の細胞傷害性ペプチド部分が使用され得る。さらなる例示的な細胞傷害性ペプチドが、国際特許出願公開番号国際公開第２０１２／１５４５３０号パンフレット及び国際公開第２０１４／１６４６８０号パンフレットに開示される。特定の実施形態において、細胞傷害性ペプチド部分は、化学的結合（例えば、共有又は非共有化学的結合）によってタンパク質に結合される。特定の実施形態において、細胞傷害性ペプチド部分は、ポリペプチドの融合によってタンパク質に結合される。免疫毒素は、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位に結合されるＦｃドメインをさらに含み得る。特定の実施形態において、免疫毒素は、配列番号３、１２、１５、１６、１９、２０、２３、２４、２７、２８、３１、３２、３５、３６、３９、４０、４３、４４、４７、４８、５１、５２、７０、７１、７４、７５、８１、８２、１１８、１１９、１２０、１２１、１３２、１３３、１３８、及び１３９から選択されるアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、細胞傷害性ペプチド部分は、直接又はリンカーを介してＦｃドメインに結合される。
別の態様において、本出願は、免疫毒素の少なくとも１つのポリペプチドをコードする核酸を提供し、ここで、ポリペプチドは、ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位を含む。特定の実施形態において、核酸は、発現されるとき、免疫毒素のポリペプチドの１つ以上のＮ末端にある、シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列をさらに含む。核酸を含むベクター（例えば、ウイルスベクター）、核酸又はベクターを含む産生細胞、及び免疫毒素を発現する産生細胞も提供される。
ＩＩ．治療用組成物及びそれらの使用
本出願は、本明細書に開示される抗原結合部位を含むタンパク質、コンジュゲート、若しくは細胞及び／又は本明細書に記載される医薬組成物を用いて癌を治療するための方法を提供する。本方法は、それを必要とする患者に、治療有効量の、本明細書に開示される抗原結合部位を含むタンパク質、コンジュゲート、又は細胞を投与することによって、ＣＬＥＣ１２Ａを発現する様々な癌を治療するのに使用され得る。
治療方法は、治療される癌にしたがって特徴付けられ得る。例えば、特定の実施形態において、癌は、急性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、胸腺腫、腺様嚢胞癌、消化管癌、腎臓癌、乳癌、膠芽細胞腫、肺癌、卵巣癌、脳腫瘍、前立腺癌、膵臓癌、又は黒色腫である。ある実施形態において、癌は、血液悪性腫瘍又は白血病である。特定の実施形態において、癌は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、骨髄異形成、骨髄異形成症候群、急性Ｔリンパ芽球性白血病、又は急性前骨髄球性白血病、慢性骨髄単球性白血病、又は慢性骨髄性白血病の骨髄芽球性急性転化である。
特定の実施形態において、ＡＭＬは、微小残存病変（ＭＲＤ）である。特定の実施形態において、ＭＲＤは、ＣＬＥＣ１２Ａ－ＩＴＤ（（Ｆｍｓ様チロシンキナーゼ３）内部縦列重複（ＩＴＤ））、ＮＰＭ１（ヌクレオフォスミン１）、ＤＮＭＴ３Ａ（ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ遺伝子ＤＮＭＴ３Ａ）、及びＩＤＨ（イソクエン酸デヒドロゲナーゼ１及び２（ＩＤＨ１及びＩＤＨ２））から選択される突然変異の存在又は非存在によって特徴付けられる。特定の実施形態において、ＭＤＳは、多血球系異形成を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＭＬＤ）、単一血球系統異形成を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＳＬＤ）、環状鉄芽球を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＲＳ）、芽球増加を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＥＢ）、単離ｄｅｌ（５ｑ）を伴うＭＤＳ、及び分類不能ＭＤＳ（ＭＤＳ－Ｕ）から選択される。特定の実施形態において、ＭＤＳは、一次性ＭＤＳ又は二次性ＭＤＳである。
特定の実施形態において、ＡＬＬは、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）及びＴ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｔ－ＡＬＬ）から選択される。特定の実施形態において、ＭＰＮは、真性赤血球増加症、本態性血小板血症（ＥＴ）、及び骨髄線維症から選択される。特定の実施形態において、非ホジキンリンパ腫は、Ｂ細胞リンパ腫及びＴ細胞リンパ腫から選択される。特定の実施形態において、リンパ腫は、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、リンパ芽球性リンパ腫（ＬＰＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、バーキットリンパ腫（ＢＬ）、原発性縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、有毛細胞白血病、形質細胞性骨髄腫（ＰＣＭ）又は多発性骨髄腫（ＭＭ）、成熟Ｔ／ＮＫ細胞腫瘍、及び組織球性腫瘍から選択される。
特定の実施形態において、癌は、固形腫瘍である。特定の他の実施形態において、癌は、脳腫瘍、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、白血病、肺癌、肝臓癌、黒色腫、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、直腸癌、腎臓癌、胃癌、精巣癌、又は子宮癌である。さらに他の実施形態において、癌は、血管新生腫瘍、扁平上皮細胞癌、腺癌、小細胞癌、黒色腫、神経膠腫、神経芽細胞腫、肉腫（例えば、血管肉腫又は軟骨肉腫）、喉頭癌、耳下腺癌、胆道癌、甲状腺癌、末端性黒子性黒色腫、日光角化症、急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、腺様嚢胞癌、腺腫、腺肉腫、腺扁平上皮癌、肛門管癌、肛門癌、肛門直腸癌、星細胞系腫瘍、バルトリン腺癌、基底細胞癌、胆道癌、骨肉腫、骨髄癌、気管支癌、気管支腺癌、カルチノイド、胆管癌、軟骨肉腫、脈絡叢乳頭腫／癌腫、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、明細胞癌、結合組織癌、嚢胞腺腫、消化器系癌、十二指腸癌、内分泌系癌、内胚葉洞腫瘍、子宮内膜増殖症、子宮内膜間質肉腫、類内膜腺癌、内皮細胞癌、上衣癌、上皮細胞癌、ユーイング肉腫、眼及び眼窩の癌、女性生殖器癌、限局性結節性過形成、胆嚢癌、胃前庭部癌、胃底部癌、ガストリノーマ、膠芽細胞腫、グルカゴノーマ、心臓癌、血管芽腫、血管内皮腫、血管腫、肝腺腫、肝腺腫症、肝胆道癌、肝細胞癌、ホジキン病、回腸癌、インスリノーマ、上皮内新生物、上皮間（ｉｎｔｅｒｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ）扁平上皮新生物、肝内胆管癌、浸潤性扁平上皮細胞癌、空腸癌、関節癌、カポジ肉腫、骨盤癌、大細胞癌、大腸癌、平滑筋肉腫、悪性黒子黒色腫、リンパ腫、***癌、悪性黒色腫、悪性中皮腫、髄芽腫、髄様上皮腫、髄膜癌、中皮癌、転移性癌、口腔（ｍｏｕｔｈ）癌、粘表皮癌、多発性骨髄腫、筋肉癌、鼻道癌、神経系癌、神経上皮腺癌、結節型黒色腫、非上皮皮膚癌、非ホジキンリンパ腫、燕麦細胞癌、乏突起膠癌、口腔（ｏｒａｌ ｃａｖｉｔｙ）癌、骨肉腫、乳頭状漿液性腺癌、陰茎癌、咽頭癌、下垂体部腫瘍、形質細胞腫、偽肉腫、肺芽腫、直腸癌、腎細胞癌、呼吸器系癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、肉腫、漿液性癌、副鼻腔癌、皮膚癌、小細胞癌、小腸癌、平滑筋癌、軟組織癌、ソマトスタチン分泌腫瘍、脊椎癌、扁平上皮細胞癌、横紋筋癌、中皮下（ｓｕｂｍｅｓｏｔｈｅｌｉａｌ）癌、表在拡大型黒色腫、Ｔ細胞白血病、舌癌、未分化癌、尿管癌、尿道癌、膀胱癌、泌尿器系癌、子宮頸部癌、子宮体癌、ブドウ膜黒色腫、膣癌、疣贅性癌、ビポーマ、外陰癌、高分化癌、又はウィルムス腫瘍である。
特定の他の実施形態において、癌は、非ホジキンリンパ腫、例えば、Ｂ細胞リンパ腫又はＴ細胞リンパ腫である。特定の実施形態において、非ホジキンリンパ腫は、Ｂ細胞リンパ腫、例えば、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、節外性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、脾性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫、有毛細胞白血病、又は原発性中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫である。特定の他の実施形態において、非ホジキンリンパ腫は、Ｔ細胞リンパ腫、例えば、前駆Ｔリンパ芽球性リンパ腫、末梢Ｔ細胞リンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、血管免疫芽球性Ｔ細胞リンパ腫、節外性ナチュラルキラー／Ｔ細胞リンパ腫、腸症型Ｔ細胞リンパ腫、皮下脂肪織炎様Ｔ細胞リンパ腫、未分化大細胞リンパ腫、又は末梢Ｔ細胞リンパ腫である。
治療される癌は、癌細胞の表面上で発現される特定の抗原の存在にしたがって特徴付けられ得る。特定の実施形態において、癌細胞は、ＣＬＥＣ１２Ａに加えて以下のうちの１つ以上を発現し得る：ＣＤ２、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ３０、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ５２、ＣＤ７０、ＥＧＦＲ／ＥＲＢＢ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＨＥＲ３／ＥＲＢＢ３、ＨＥＲ４／ＥＲＢＢ４、ＭＵＣ１、ＴＲＯＰ２、ｃＭＥＴ、ＳＬＡＭＦ７、ＰＳＣＡ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＴＲＡＩＬＲ１、ＴＲＡＩＬＲ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＣＴＬＡ４、及びＰＤ１。
ある実施形態において、治療される癌は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、骨髄増殖性腫瘍（ＭＰＮ）、リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、及び古典的ホジキンリンパ腫から選択される。
ある実施形態において、治療される癌は、ＡＭＬである。本出願のある実施形態において、ＡＭＬは、未分化急性骨髄芽球性白血病、最小の成熟を伴う急性骨髄芽球性白血病、成熟を伴う急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病（ＡＰＬ）、急性骨髄単球性白血病、好酸球増加症を伴う急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、急性赤白血病、急性巨核芽球性白血病（ＡＭＫＬ）、急性好塩基球性白血病、線維症を伴う急性汎骨髄症、及び芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍（ＢＰＤＣＮ）から選択される。ある実施形態において、本出願は、ＡＭＬ白血病幹細胞（ＬＳＣ）におけるＣＬＬ－１の発現によって特徴付けられるＡＭＬの治療を提供する。本出願のある実施形態において、ＡＭＬ対象におけるＬＳＣは、ＣＤ３４、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＴＩＭ３、ＣＤ２５、ＣＤ３２、及びＣＤ９６から選択される膜マーカーをさらに発現する。本出願のある実施形態において、ＡＭＬは、微小残存病変（ＭＲＤ）として特徴付けられる。本出願のある実施形態において、ＡＭＬのＭＲＤは、ＦＬＴ３－ＩＴＤ（（Ｆｍｓ様チロシンキナーゼ３）内部縦列重複（ＩＴＤ））、ＮＰＭ１（ヌクレオフォスミン１）、ＤＮＭＴ３Ａ（ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ遺伝子ＤＮＭＴ３Ａ）、及びＩＤＨ（イソクエン酸デヒドロゲナーゼ１及び２（ＩＤＨ１及びＩＤＨ２））から選択される突然変異の存在又は非存在によって特徴付けられる。
本出願の特定の実施形態において、癌は、多血球系異形成を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＭＬＤ）、単一血球系統異形成を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＳＬＤ）、環状鉄芽球を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＲＳ）、芽球増加を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＥＢ）、単離ｄｅｌ（５ｑ）を伴うＭＤＳ、及び分類不能ＭＤＳ（ＭＤＳ－Ｕ）から選択されるＭＤＳである。
本出願の特定の実施形態において、治療されるＡＬＬは、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）及びＴ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｔ－ＡＬＬ）から選択される。本出願の特定の実施形態において、治療されるＭＰＮは、真性赤血球増加症、本態性血小板血症（ＥＴ）、及び骨髄線維症から選択される。本出願の特定の実施形態において、治療される非ホジキンリンパ腫は、Ｂ細胞リンパ腫及びＴ細胞リンパ腫から選択される。本出願の特定の実施形態において、治療されるリンパ腫は、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、リンパ芽球性リンパ腫（ＬＰＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、バーキットリンパ腫（ＢＬ）、原発性縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、有毛細胞白血病、形質細胞性骨髄腫（ＰＣＭ）又は多発性骨髄腫（ＭＭ）、成熟Ｔ／ＮＫ細胞腫瘍、及び組織球性腫瘍から選択される。
本開示のタンパク質、コンジュゲート、細胞、及び／又は医薬組成物は、癌細胞がＣＬＥＣ１２Ａを発現する癌に限定されない様々な癌を治療するのに使用され得ると考えられる。例えば、特定の実施形態において、本明細書に開示されるタンパク質、コンジュゲート、細胞、及び／又は医薬組成物は、ＣＬＥＣ１２Ａ発現免疫細胞に関連する癌を治療するのに使用され得る。ＣＬＥＣ１２Ａは、多くの骨髄細胞系列において発現され、腫瘍浸潤骨髄細胞（例えば、腫瘍関連マクロファージ）は、癌の進行及び転移の一因となり得る。したがって、本明細書に開示される方法は、癌細胞上か又は免疫細胞上かにかかわらずＣＬＥＣ１２Ａが発現される様々な癌を治療するのに使用され得る。
ＩＩＩ．組合せ療法
別の態様において、本出願は、組合せ療法を提供する。本明細書に記載される抗原結合部位を含むタンパク質、コンジュゲート、及び細胞が、癌を治療するためにさらなる治療剤と組み合わせて使用され得る。
癌を治療する際に組合せ療法の一環として使用され得る例示的な治療剤としては、例えば、放射線、マイトマイシン、トレチノイン、リボムスチン、ゲムシタビン、ビンクリスチン、エトポシド、クラドリビン、ミトブロニトール、メトトレキサート、ドキソルビシン、カルボクオン、ペントスタチン、ニトラクリン、ジノスタチン、セトロレリクス、レトロゾール、ラルチトレキセド、ダウノルビシン、ファドロゾール、フォテムスチン、チマルファシン、ソブゾキサン、ネダプラチン、シタラビン、ビカルタミド、ビノレルビン、ベスナリノン、アミノグルテチミド、アムサクリン、プログルミド、エリプチニウム酢酸塩、ケタンセリン、ドキシフルリジン、エトレチナート、イソトレチノイン、ストレプトゾシン、ニムスチン、ビンデシン、フルタミド、ドロゲニル、ブトシン、カルモフール、ラゾキサン、シゾフィラン、カルボプラチン、ミトラクトール、テガフール、イホスファミド、プレドニムスチン、ピシバニール、レバミゾール、テニポシド、インプロスルファン、エノシタビン、リスリド、オキシメトロン、タモキシフェン、プロゲステロン、メピチオスタン、エピチオスタノール、ホルメスタン、インターフェロン－α、インターフェロン－２α、インターフェロン－β、インターフェロン－γ、コロニー刺激因子－１、コロニー刺激因子－２、デニロイキンジフチトクス、インターロイキン－２、黄体形成ホルモン放出因子、並びにその同種受容体に対する異なる結合、及び増加又は減少した血清半減期を示し得る上記の薬剤の変形が挙げられる。
癌を治療する際に組合せ療法の一環として使用され得るさらなるクラスの薬剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。例示的な免疫チェックポイント阻害剤としては、（ｉ）細胞傷害性Ｔ－リンパ球関連抗原４（ＣＴＬＡ４）、（ｉｉ）プログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ１）、（ｉｉｉ）ＰＤＬ１、（ｉｖ）ＬＡＧ３、（ｖ）Ｂ７－Ｈ３、（ｖｉ）Ｂ７－Ｈ４、及び（ｖｉｉ）ＴＩＭ３のうちの１つ以上を阻害する薬剤が挙げられる。ＣＴＬＡ４阻害剤イピリムマブは、黒色腫の治療について米国食品医薬品局（Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｆｏｏｄ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）によって承認されている。
癌を治療する際に組合せ療法の一環として使用され得るさらに他の薬剤は、非チェックポイント標的を標的とするモノクローナル抗体薬剤（例えば、ハーセプチン）及び非細胞傷害性薬（例えば、チロシン－キナーゼ阻害剤）である。
抗癌剤のさらに他のカテゴリーは、例えば：（ｉ）ＡＬＫ阻害剤、ＡＴＲ阻害剤、Ａ２Ａアンタゴニスト、塩基除去修復阻害剤、Ｂｃｒ－Ａｂｌチロシンキナーゼ阻害剤、ブルトン型チロシンキナーゼ阻害剤、ＣＤＣ７阻害剤、ＣＨＫ１阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ＤＮＡ－ＰＫ阻害剤、ＤＮＡ－ＰＫ及びｍＴＯＲの両方の阻害剤、ＤＮＭＴ１阻害剤、ＤＮＭＴ１阻害剤プラス２－クロロ－デオキシアデノシン、ＨＤＡＣ阻害剤、ヘッジホッグシグナル伝達経路阻害剤、ＩＤＯ阻害剤、ＪＡＫ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＭＥＬＫ阻害剤、ＭＴＨ１阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤、ホスホイノシタイド３－キナーゼ阻害剤、ＰＡＲＰ１及びＤＨＯＤＨの両方の阻害剤、プロテアソーム阻害剤、トポイソメラーゼ－ＩＩ阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＶＥＧＦＲ阻害剤、及びＷＥＥ１阻害剤から選択される阻害剤；（ｉｉ）ＯＸ４０、ＣＤ１３７、ＣＤ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ２７、ＨＶＥＭ、ＴＮＦＲＳＦ２５、又はＩＣＯＳのアゴニスト；並びに（ｉｉｉ）ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＧＭ－ＣＳＦ、及びＧ－ＣＳＦから選択されるサイトカインを含む。
本出願に記載されるタンパク質はまた、原発病変の外科的除去の補助として使用され得る。
本明細書に開示されるタンパク質、コンジュゲート、又は細胞及びさらなる治療剤の量並びに投与の相対的タイミングは、所望の組合せ治療効果を達成するために選択され得る。例えば、組合せ療法を、このような投与を必要とする患者に投与する場合、組合せにおける治療剤、又は治療剤を含む１つ若しくは複数の医薬組成物が、例えば、連続して、並行して、一緒に、同時になど、任意の順序で投与され得る。さらに、例えば、本明細書に開示されるタンパク質、コンジュゲート、又は細胞は、さらなる治療剤が、その予防又は治療効果を及ぼすときに投与され得、又は逆もまた同様である。
ＩＶ．医薬組成物
本開示はまた、治療有効量の、本明細書に記載されるタンパク質を含有する医薬組成物を特徴とする。組成物は、様々な薬物送達システムにおいて使用するために製剤化され得る。１つ以上の生理学的に許容される賦形剤又は担体も、適切な製剤のために組成物に含まれ得る。本開示に使用するのに好適な製剤は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，Ｐａ．，１７ｔｈ ｅｄ．，１９８５に見出される。薬物送達のための方法の簡潔な概説については、例えば、Ｌａｎｇｅｒ（Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：１５２７－１５３３，１９９０）を参照されたい。
一態様において、本開示は、本明細書に記載されるＣＬＥＣ１２Ａ結合部位を含有するタンパク質、及び薬学的に許容される担体の製剤を提供する。
特定の実施形態において、医薬組成物は、配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号２のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号９のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号１３のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号１１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号４５のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号１２２のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号９のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号３０のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号１３４のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号１３５のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号１２８のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号１２９のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号１４７のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号１４８のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号９のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号３４のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号９のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号３８のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号４１のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号４２のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号４５のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号１４０のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号６０のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号６１のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号２９のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号６９のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号６９のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号７６のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号６９のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号２９のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号８４のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号８４のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号７６のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号８４のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号１１３のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号１１４のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号１０８のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号１
０９のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号１０４のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号１０３のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号５７のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号５８のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号８３のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号８５のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。特定の実施形態において、製剤は、配列番号９４のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号９５のアミノ酸配列と少なくとも９０％（例えば、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一であるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを有する抗原結合部位を含むタンパク質を含む。
組成物は、様々な薬物送達システムにおいて使用するために製剤化され得る。１つ以上の生理学的に許容される賦形剤又は担体は、適切な製剤のために組成物に含まれ得る。本開示に使用するのに好適な製剤は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，Ｐａ．，１７ｔｈ ｅｄ．，１９８５に見出される。薬物送達のための方法の簡潔な概説については、例えば、Ｌａｎｇｅｒ（Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：１５２７－１５３３，１９９０）を参照されたい。
例えば、本開示は、製剤を形成する緩衝液中に治療有効量のタンパク質を含む水性医薬製剤において存在し得る。水性担体は、注射用滅菌水（ＳＷＦＩ）、注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、ｐＨ緩衝液（例えばリン酸緩衝生理食塩水）、滅菌生理食塩溶液、リンゲル液又はデキストロース溶液を含み得る。特定の実施形態において、ｐＨ緩衝液中に本明細書に開示されるタンパク質を含む水性製剤が調製される。製剤のｐＨは、典型的に、３～１１、より好ましくは、５～９又は６～８、最も好ましくは、７～８、例えば、７～７．５であろう。上に記載されるｐＨの中間の範囲も、本開示の一部であることが意図される。例えば、上限及び／又は下限として上に記載される値のいずれかの組合せを用いた値の範囲が、含まれることが意図される。ｐＨをこの範囲内に制御する緩衝液の例としては、アセテート（例えば、酢酸ナトリウム）、スクシネート（コハク酸ナトリウムなど）、グルコネート、ヒスチジン、シトレート及び他の有機酸緩衝液が挙げられる。特定の実施形態において、緩衝系は、クエン酸一水和物、クエン酸ナトリウム、リン酸二ナトリウム二水和物、及び／又はリン酸二水素ナトリウム二水和物を含む。特定の実施形態において、緩衝系は、約１．３ｍｇ／ｍＬのクエン酸（例えば、１．３０５ｍｇ／ｍＬ）、約０．３ｍｇ／ｍＬのクエン酸ナトリウム（例えば、０．３０５ｍｇ／ｍＬ）、約１．５ｍｇ／ｍＬのリン酸二ナトリウム二水和物（例えば１．５３ｍｇ／ｍＬ）、約０．９ｍｇ／ｍＬのリン酸二水素ナトリウム二水和物（例えば、０．８６）、及び約６．２ｍｇ／ｍＬの塩化ナトリウム（例えば、６．１６５ｍｇ／ｍＬ）を含む。特定の実施形態において、緩衝系は、１～１．５ｍｇ／ｍＬのクエン酸、０．２５～０．５ｍｇ／ｍＬのクエン酸ナトリウム、１．２５～１．７５ｍｇ／ｍｌのリン酸二ナトリウム二水和物、０．７～１．１ｍｇ／ｍＬのリン酸二水素ナトリウム二水和物、及び６．０～６．４ｍｇ／ｍＬの塩化ナトリウムを含む。液体製剤のｐＨは、薬学的に許容される酸及び／又は塩基の添加によって設定され得る。特定の実施形態において、薬学的に許容される酸は、塩酸であり得る。特定の実施形態において、塩基は、水酸化ナトリウムであり得る。
ある実施形態において、製剤は、薬学的に許容され（ヒトへの投与のために安全及び非毒性である）、液体製剤の調製のために有用である水性担体を含む。例示的な担体としては、注射用滅菌水（ＳＷＦＩ）、注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、ｐＨ緩衝液（例えば、リン酸緩衝生理食塩水）、滅菌生理食塩溶液、リンゲル液又はデキストロース溶液が挙げられる。
等張化剤（ｔｏｎｉｃｉｆｉｅｒ）として作用し、抗体を安定させ得るポリオールも、製剤に含まれ得る。ポリオールは、製剤の所望の等張性に関して変化し得る量で製剤に加えられる。特定の実施形態において、水性製剤は、等張であり得る。加えられるポリオールの量も、ポリオールの分子量に関して改変され得る。例えば、二糖（トレハロースなど）と比較してより少ない量の単糖（例えば、マンニトール）が加えられ得る。特定の実施形態において、等張化剤として製剤において使用され得るポリオールは、マンニトールである。特定の実施形態において、マンニトール濃度は、約５～約２０ｍｇ／ｍＬであり得る。特定の実施形態において、マンニトールの濃度は、約７．５～約１５ｍｇ／ｍＬであり得る。特定の実施形態において、マンニトールの濃度は、約１０～約１４ｍｇ／ｍＬであり得る。特定の実施形態において、マンニトールの濃度は、約１２ｍｇ／ｍＬであり得る。特定の実施形態において、ポリオールソルビトールが、製剤に含まれ得る。
洗浄剤又は界面活性剤も、製剤に加えられ得る。例示的な洗浄剤としては、ポリソルベート（例えば、ポリソルベート２０、８０など）又はポロキサマー（例えば、ポロキサマー１８８）などの非イオン性洗浄剤が挙げられる。加えられる洗浄剤の量は、それが、製剤化される抗体の凝集を減少させ、及び／又は製剤中の粒子状物質の形成を最小限に抑え、及び／又は吸着を減少させるような量である。特定の実施形態において、製剤は、ポリソルベートである界面活性剤を含み得る。特定の実施形態において、製剤は、洗浄剤ポリソルベート８０又はＴｗｅｅｎ ８０を含有し得る。Ｔｗｅｅｎ ８０は、ポリオキシエチレン（２０）ソルビタンモノオレエートを表すのに使用される用語である（Ｆｉｅｄｌｅｒ，Ｌｅｘｉｋｏｎ ｄｅｒ Ｈｉｆｓｓｔｏｆｆｅ，Ｅｄｉｔｉｏ Ｃａｎｔｏｒ Ｖｅｒｌａｇ Ａｕｌｅｎｄｏｒｆ，４ｔｈ ｅｄｉ．，１９９６を参照）。特定の実施形態において、製剤は、約０．１ｍｇ／ｍＬ～約１０ｍｇ／ｍＬのポリソルベート８０、又は約０．５ｍｇ／ｍＬ～約５ｍｇ／ｍＬを含有し得る。特定の実施形態において、約０．１％のポリソルベート８０が、製剤に加えられ得る。
特定の実施形態において、本開示の液体製剤は、安定させるレベルで糖と組み合わせて１０ｍｇ／ｍＬの濃度の溶液として調製され得る。特定の実施形態において、液体製剤は、水性担体中で調製され得る。特定の実施形態において、安定剤が、静脈内投与に望ましくない又は適していない粘度をもたらし得る量以下の量で加えられ得る。特定の実施形態において、糖は、二糖、例えば、スクロースであり得る。特定の実施形態において、液体製剤は、緩衝剤、界面活性剤、及び細菌作用を低下させるために本明細書において製剤に加えられる防腐剤のうちの１つ以上も含み得る。防腐剤の添加は、例えば、複数回使用（複数回投与）製剤の製造を促進し得る。
ある実施形態において、本開示は、マンニトール、クエン酸一水和物、クエン酸ナトリウム、リン酸二ナトリウム二水和物、リン酸二水素ナトリウム二水和物、塩化ナトリウム、ポリソルベート８０、水、及び水酸化ナトリウムと組み合わせて、本開示のタンパク質を含む、長期の貯蔵寿命を有する製剤を提供する。
脱アミド化は、発酵、収集／細胞清澄化、精製、製剤原料／薬物製品貯蔵中、及び試料分析中に生じ得るペプチド及びタンパク質の一般的な生成物変異である。脱アミド化は、加水分解を起こし得るスクシンイミド中間体を形成するタンパク質からのＮＨ３の喪失である。スクシンイミド中間体は、親ペプチドの１７ダルトン質量減少をもたらす。その後の加水分解は、１８ダルトン質量増加をもたらす。スクシンイミド中間体の単離は、水性条件下での不安定性のため難しい。したがって、脱アミド化は、典型的に、１ダルトン質量増加として検出可能である。アスパラギンの脱アミド化は、アスパラギン酸又はイソアスパラギン酸のいずれかをもたらす。脱アミド化の速度に影響を与えるパラメータは、ｐＨ、温度、溶媒誘電率、イオン強度、一次配列、局所的なポリペプチド構造及び三次構造を含む。ペプチド鎖中のＡｓｎに隣接するアミノ酸残基は、脱アミド化速度に影響を与える。タンパク質配列中のＡｓｎの後のＧｌｙ及びＳｅｒは、脱アミド化に対するより高い感受性をもたらす。特定の実施形態において、本開示の液体製剤は、タンパク質産物の脱アミノ化を防ぐｐＨ及び湿度の条件下で保存され得る。
ある実施形態において、製剤は、凍結乾燥製剤である。特定の実施形態において、製剤は、フリーズドライ（凍結乾燥）され、約１２～６０個のバイアルに含まれる。特定の実施形態において、製剤は、凍結乾燥され、４５ｍｇのフリーズドライ製剤が、１つのバイアルに含まれ得る。特定の実施形態において、約４０ｍｇ～約１００ｍｇのフリーズドライ製剤が、１つのバイアルに含まれる。特定の実施形態において、１２、２７、又は４５個のバイアルフリーズドライ製剤が組み合わされて、静脈内薬物製剤中の治療用量のタンパク質が得られる。製剤は、液体製剤であり得る。ある実施形態において、液体製剤は、約２５０ｍｇ／バイアルから約１０００ｍｇ／バイアルとして貯蔵される。特定の実施形態において、液体製剤は、約６００ｍｇ／バイアルとして貯蔵される。特定の実施形態において、液体製剤は、約２５０ｍｇ／バイアルとして貯蔵される。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤は、本明細書に記載されるタンパク質及び凍結乾燥保護剤を含む。凍結乾燥保護剤は、糖、例えば、二糖であり得る。特定の実施形態において、凍結乾燥保護剤は、スクロース又はマルトースであり得る。凍結乾燥製剤は、緩衝剤、界面活性剤、増量剤、及び／又は防腐剤のうちの１つ以上も含み得る。凍結乾燥薬物製品の安定化に有用なスクロース又はマルトースの量は、少なくとも１：２のタンパク質対スクロース又はマルトースの重量比であり得る。特定の実施形態において、タンパク質対スクロース又はマルトースの重量比は、１：２～１：５であり得る。
特定の実施形態において、製剤のｐＨは、凍結乾燥の前に、薬学的に許容される酸及び／又は塩基の添加によって設定され得る。特定の実施形態において、薬学的に許容される酸は、塩酸であり得る。特定の実施形態において、薬学的に許容される塩基は、水酸化ナトリウムであり得る。凍結乾燥の前に、本開示のタンパク質を含有する溶液のｐＨは、６～８で調整され得る。特定の実施形態において、凍結乾燥薬物製品のｐＨ範囲は、７～８であり得る。
特定の実施形態において、「増量剤」が、加えられ得る。「増量剤」は、凍結乾燥混合物に質量を追加し、凍結乾燥ケーキの物理的構造に寄与する（例えば、開放孔構造を維持する実質的に均一な凍結乾燥ケーキの生成を促進する）化合物である。例示的な増量剤としては、マンニトール、グリシン、ポリエチレングリコール及びソルビトールが挙げられる。本出願に記載される抗原結合部位を含むタンパク質の凍結乾燥製剤は、このような増量剤を含有し得る。
特定の実施形態において、凍結乾燥タンパク質製品は、水性担体とともに構成される。本明細書における対象とする水性担体は、薬学的に許容され（例えば、ヒトへの投与のために安全及び非毒性である）、凍結乾燥の後、液体製剤の調製に有用であるものである。例示的な希釈剤としては、注射用滅菌水（ＳＷＦＩ）、注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、ｐＨ緩衝液（例えば、リン酸緩衝生理食塩水）、滅菌生理食塩溶液、リンゲル液又はデキストロース溶液が挙げられる。特定の実施形態において、本開示の凍結乾燥薬物製品は、注射用滅菌水、ＵＳＰ（ＳＷＦＩ）又は０．９％の塩化ナトリウム注射液、ＵＳＰのいずれかで再構成される。再構成中、凍結乾燥粉末は、溶液へと溶解する。特定の実施形態において、本開示の凍結乾燥タンパク質製品は、約４．５ｍＬの注射用水へと構成され、０．９％の生理食塩溶液（塩化ナトリウム溶液）で希釈される。
タンパク質組成物は、従来の滅菌技術によって滅菌され得、又は滅菌ろ過され得る。得られた水溶液は、そのまま、又は凍結乾燥されて、使用のために包装され得、凍結乾燥製剤は、投与の前に、滅菌水性担体と組み合わされる。固体形態の得られた組成物は、複数の単回用量ユニット中に包装され得、それぞれ、一定量の上記の１つ又は複数の薬剤を含有する。固体形態の組成物はまた、フレキシブルな量のために容器中に包装され得る。
本出願に記載される抗原結合部位を含むタンパク質の医薬組成物中の有効成分の実際の投与量レベルは、患者に毒性であることなく、特定の患者、組成、及び投与方法のための所望の治療反応を達成するのに有効な有効成分の量を得るように変化され得る。
特定の用量は、各患者について均一な用量、例えば、５０～５０００ｍｇのタンパク質であり得る。或いは、患者の用量は、患者のおよその体重又は表面積に合わせて調整され得る。適切な投与量を決定する際の他の要因は、治療若しくは予防される疾患若しくは病態、疾患の重症度、投与経路、並びに患者の年齢、性別及び医学的状態を含み得る。治療のための適切な投与量を決定するのに必要な計算のさらなる精密化は、特に、本明細書に開示される投与量情報及びアッセイを考慮して、当業者によって日常的に行われる。投与量はまた、適切な用量反応データとともに使用される投与量を決定するための公知のアッセイの使用によって決定され得る。個々の患者の投与量は、疾患の経過が監視されるにつれて調整され得る。患者における標的化可能な構築物又は複合体の血中濃度は、投与量が有効濃度に到達するか又はそれを維持するように調整される必要があるかどうかを調べるために測定され得る。薬理ゲノミクスを用いて、どの標的化可能な構築物及び／又は複合体、並びにその投与量が、所与の個体にとって有効である可能性が最も高いかを決定し得る（Ｓｃｈｍｉｔｚ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａ．Ｃｈｉｍｉｃａ．Ａｃｔａ．３０８：４３－５３，２００１；Ｓｔｅｉｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａ．Ｃｈｉｍｉｃａ．Ａｃｔａ．３０８：３３－４１，２００１）。
一般に、体重に基づく投与量は、約０．０１μｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重、例えば、約０．０１μｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１μｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１μｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１μｇ～約１ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１μｇ～約１００μｇ／ｋｇ体重、約０．０１μｇ～約５０μｇ／ｋｇ体重、約０．０１μｇ～約１０μｇ／ｋｇ体重、約０．０１μｇ～約１μｇ／ｋｇ体重、約０．０１μｇ～約０．１μｇ／ｋｇ体重、約０．１μｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重、約０．１μｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ体重、約０．１μｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ体重、約０．１μｇ～約１ｍｇ／ｋｇ体重、約０．１μｇ～約１００μｇ／ｋｇ体重、約０．１μｇ～約１０μｇ／ｋｇ体重、約０．１μｇ～約１μｇ／ｋｇ体重、約１μｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重、約１μｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ体重、約１μｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ体重、約１μｇ～約１ｍｇ／ｋｇ体重、約１μｇ～約１００μｇ／ｋｇ体重、約１μｇ～約５０μｇ／ｋｇ体重、約１μｇ～約１０μｇ／ｋｇ体重、約１０μｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重、約１０μｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ体重、約１０μｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ体重、約１０μｇ～約１ｍｇ／ｋｇ体重、約１０μｇ～約１００μｇ／ｋｇ体重、約１０μｇ～約５０μｇ／ｋｇ体重、約５０μｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重、約５０μｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ体重、約５０μｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ体重、約５０μｇ～約１ｍｇ／ｋｇ体重、約５０μｇ～約１００μｇ／ｋｇ体重、約１００μｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重、約１００μｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ体重、約１００μｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ体重、約１００μｇ～約１ｍｇ／ｋｇ体重、約１ｍｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重、約１ｍｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ体重、約１ｍｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ体重、約１０ｍｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重、約１０ｍｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ体重、約５０ｍｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重である。用量は、１日に、週に、月に又は年に１回以上、或いは２～２０年に１回与えられ得る。当業者は、体液又は組織中の標的化可能な構築物又は複合体の測定された滞留時間及び濃度に基づいて、投与の反復率を容易に推定することができる。本出願に記載される抗原結合部位を含むタンパク質の投与は、静脈内、動脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、胸膜内、髄腔内、腔内、カテーテルを通したかん流によって又は直接病巣内注射によって行われ得る。これは、１日１回以上、週に１回以上、月に１回以上、及び年に１回以上投与され得る。
上記の説明は、本出願に記載される抗原結合部位を含むタンパク質の複数の態様及び実施形態を説明する。本出願は、態様及び実施形態の全ての組合せ及び置換を特に想定している。
本明細書全体を通して、組成物が、特定の成分を有する、含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）、若しくは含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）と記載される場合、又はプロセス及び方法が、特定の工程を有する、含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）、若しくは含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）と記載される場合、さらに、記載される成分から本質的になる、又はそれからなる、本出願に記載される抗原結合部位を含むタンパク質の組成物があること、並びに記載される処理工程から本質的になる、又はそれからなる本出願に係るプロセス及び方法があることが考えられる。
本出願において、要素又は成分が、含まれるか、及び／又は記載される要素若しくは成分のリストから選択されると記載される場合、要素又は成分は、記載される要素若しくは成分のいずれか１つであり得るか、又は要素又は成分は、記載される要素又は成分の２つ以上からなる群から選択され得ることが理解されるべきである。
さらに、本明細書に記載される組成物又は方法の要素及び／又は特徴が、本明細書において明示されているか又は黙示されているかにかかわらず、本出願の趣旨及び範囲から逸脱せずに、様々な方法で組み合わされ得ることが理解されるべきである。例えば、特定の化合物が言及される場合、その化合物は、文脈から他の形で理解されない限り、本出願に記載される抗原結合部位を含むタンパク質の組成物の様々な実施形態において、及び／又は本出願に記載される抗原結合部位を含むタンパク質の方法において使用され得る。言い換えると、本出願内で、実施形態は、明白な及び簡潔な出願が記載され、描かれるのを可能にするように記載され、示されているが、その実施形態が、本発明の教示から逸脱せずに、様々に組み合わされるか又は分離され得ることが意図され、理解されるであろう。例えば、本明細書に記載され、示される全ての特徴が、本明細書に記載され、示される抗原結合部位を含むタンパク質の全ての態様に適用可能であり得ることが理解されるであろう。
「の少なくとも１つ」という表現が、文脈及び使用から他の形で理解されない限り、その表現の後の記載される対象物のそれぞれを個々に、及び記載される対象物の２つ以上の様々な組合せを含むことが理解されるべきである。３つ以上の記載される対象物に関連する「及び／又は」という表現は、文脈から他の形で理解されない限り、同じ意味を有することが理解されるべきである。
「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「有する（ｈａｖｅ）」、「有する（ｈａｓ）」、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｓ）」、又は「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」という用語（それらの文法的な同等語を含む）の使用は、特に記載されない限り、又は文脈から他の形で理解されない限り、一般に、オープンエンドであり、非限定的であり、例えば、記載されていないさらなる要素又は工程を除外しないことが理解されるべきである。
「約」という用語の使用が、定量的な値の前にある場合、本出願は、特に記載されない限り、特定の定量的な値自体も含む。本明細書において使用される際、「約」という用語は、特に示されるか又は示唆されない限り、公称値からの±１０％の変動を指す。
本出願に記載される抗原結合部位を含むタンパク質が動作可能なままである限り、工程の順序又は特定の動作を行う順序は、重要でないことが理解されるべきである。さらに、２つ以上の工程又は動作が、同時に行われ得る。
本明細書におけるあらゆる例、又は例示的な文言、例えば、「など（ｓｕｃｈ ａｓ）」又は「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」の使用は、本出願に記載される抗原結合部位を含むタンパク質をよりよく例示することが意図されるに過ぎず、権利請求されない限り、本出願に記載される抗原結合部位を含むタンパク質の範囲に限定を課すものではない。本明細書におけるいずれの文言も、任意の権利請求されていない要素を、本出願の実施に必須であると示すものと解釈されるべきではない。
以下の実施例は、例示的なものであるに過ぎず、本出願の範囲又は内容を限定することは決して意図されていない。
実施例１．選択されたハイブリドーマクローンの上清の特性評価
ＢＡＬＢ／ｃマウスを、ｈＣＬＥＣ１２Ａ－Ｈｉｓ融合タンパク質で免疫化することによって、ＣＬＥＣ１２Ａ特異的抗体を生成した。１６のハイブリドーマの上清を、ＯｃｔｅｔＲｅｄ３８４（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を用いて、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）結合によって、ＣＬＥＣ１２Ａ結合について評価した。これらの１６のハイブリドーマを、同系細胞の細胞表面上で発現されるヒト及びカニクイザルＣＬＥＣ１２Ａに対する結合についてさらに分析し；カニクイザルＣＬＥＣ１２Ａに対する結合は、観察されなかった。推定動態パラメータが、表３に示され、結合トレースが、図１に示される。９つのクローンを、さらなる試験のために選択した。これらの９つのクローンがｈＣＬＥＣ１２Ａ－Ｈｉｓ ＲＭＡ及びＣＬＥＣ１２Ａ発現癌細胞株Ｕ９３７及びＰＬ２１に結合する能力を、高解像度表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によってさらに分析した。実験を、Ｂｉａｃｏｒｅ ８Ｋ機器を用いて、生理的温度を模倣する３７℃で行った。
Figure 2023524997000023
参照ｍＡｂと比較したハイブリドーマ融合のビニングを、ＯｃｔｅｔＲｅｄ３８４（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を用いて、ＢＬＩによって行った。簡潔に述べると、ハイブリドーマ上清を、１５分間にわたって抗マウスＩｇＧ捕捉センサーチップに充填し、ＰＢＳＦ中で５分間にわたって平衡化した。センサーを、２００ｎＭのｈＣＬＥＣ１２Ａ－Ｈｉｓ中に浸漬させ、１８０秒間にわたって結合させた後、１００ｎＭの参照ＣＬＥＣ１２Ａ ｍＡｂ中に浸漬させた。反応単位の増加は、ハイブリドーマが、参照ｍＡｂの競合相手でないことを示した一方、ハイブリドーマが参照ｍＡｂと競合することを示したシグナルの増加はなかった。これらの参照抗体のＶＨ及びＶＬ配列が、表４に示される。
Figure 2023524997000024
ビニング分析は、ハイブリドーマの５つ、すなわち、１２Ｆ８．Ｇ３、１３Ｅ０１、１５Ａ１０．Ｇ８、２０Ｄ６．Ａ８、及び２３Ａ５．Ｄ４から生成された抗体が、ｈＣＬＥＣ１２Ａ－Ｈｉｓに対する結合について参照抗体と競合しなかったことを実証した。同系ヒトＣＬＥＣ１２Ａ（ｈＣＬＥＣ１２Ａ）に対するハイブリドーマの結合及びカニクイザルＣＬＥＣ１２Ａ（ｃＣＬＥＣ１２Ａ）との交差反応性も、ＣＬＥＣ１２Ａを発現する同系ＲＭＡ細胞及びＵ９３７ ＡＭＬ癌細胞株に対する抗体の結合を測定することによって評価した。
簡潔に述べると、ＲＭＡ細胞に、ｃＣＬＥＣ１２Ａ又はｈＣＬＥＣ１２Ａをコードするレトロウイルスベクターを形質導入した。ｈＣＬＥＣ１２Ａ又はｃＣＬＥＣ１２Ａ同系細胞株、並びにＣＬＥＣ１２Ａ＋ Ｕ９３７（ＡＴＣＣカタログ番号ＣＲＬ－１５９３．２）癌細胞株に対する、粗ハイブリドーマ採取物由来のα－ＣＬＥＣ１２Ａ ｍＡｂの結合を、以下のように行った。９６ウェル丸底プレートのウェル当たり１００，０００個のＲＭＡ又はＵ９３７細胞を加えた。細胞を沈降させ、ペレットを、ボルテックスすることによって穏やかに解離させた。ウェル当たり１００μＬのＺｏｍｂｉｅ ｌｉｖｅ／ｄｅａｄ色素（ＰＢＳ＋１：２０００色素）を加え、２０分間にわたって室温で、暗所でインキュベートした。細胞を、２００μＬのＦＡＣＳ緩衝液（ＰＢＳ＋２％のＦＢＳ）で洗浄した。５０μＬのハイブリドーマ上清を、洗浄された細胞に加え、混合物を、暗所で、氷上で３０分間インキュベートした。細胞を、ＦＡＣＳ緩衝液中で２回洗浄し、５０μＬの抗マウスＦｃ－ＰＥ二次試薬（１：２００希釈）を加え、混合物を、暗所で、氷上で２０分間インキュベートした。インキュベーションの後、細胞を、ＦＡＣＳ緩衝液中で洗浄し、次に、氷上で１５分間にわたって５０μＬの４％のパラホルムアルデヒドで固定した。固定された細胞を洗浄し、次に、２００μＬのＦＡＣＳ緩衝液中で再懸濁させ、取得の準備が整うまで４℃で貯蔵した。ＦＡＣＳ緩衝液中で再懸濁された細胞の試料を、ＨＴＳ（ハイスループットサンプラー）を備えたＢＤ ＦＡＣＳＣｅｌｅｓｔａにおいて泳動させて、ＣＬＥＣ１２Ａを発現する同系ＲＭＡ細胞及びＵ９３７ ＡＭＬ癌細胞株に対する抗体の結合親和性を決定した。
ＰＬ２１ ＡＭＬ癌細胞（ＤＳＭＺカタログ番号ＡＣＣ５３６）、ＣＬＥＣ１２Ａを発現することが報告されたヒトＡＭＬ細胞株に対するハイブリドーマ上清の結合親和性も測定した。上記の表３に示されるように、クローンの９つが、ｈＣＬＥＣ１２Ａを発現する癌細胞に対する結合親和性を示した。ｃＣＬＥＣ１２Ａに対する結合は観察されなかった。
実施例２．精製抗ＣＬＥＣ１２Ａマウス抗体の分析
この実施例において、精製抗ＣＬＥＣ１２Ａマウス抗体の動態パラメータ及び結合親和性を分析した。実施例１に記載される分析に基づいて、８つのハイブリドーマ（９Ｆ１１．Ｂ７、１２Ｆ８．Ｇ３、１６Ｂ８．Ｃ８、１５Ａ１０．Ｇ８、２０Ｄ６．Ａ８、９Ｅ４．Ｂ７、１３Ｅ１．Ａ４、及び２３Ａ５．Ｄ４）を、サブクローニング及びシーケンシングのために選択した。各サブクローンを、ハイブリドーマ培養物から精製し、ｈＣＬＥＣ１２Ａ－Ｈｉｓ及びｃＣＬＥＣ１２Ａ－Ｈｉｓに対する結合を、ＳＰＲによって評価した。これらの実験からのデータが、図２に示される。抗体９Ｅ４．Ｂ７、９Ｆ１１．Ｂ７、１２Ｆ８．Ｇ３、及び１６Ｂ８．Ｃ８は、ｈＣＬＥＣ１２Ａのみに結合した一方（図２Ａ）；抗体１３Ｅ１．Ａ４、１５Ａ１０．Ｇ８、２０Ｄ６．Ａ８、及び２３Ａ５．Ｄ４は、ｈＣＬＥＣ１２Ａ及びｃＣＬＥＣ１２Ａの両方に結合した（図２Ｂ）。精製マウスサブクローンｍＡｂに対するｈＣＬＥＣ１２Ａ及びｃＣＬＥＣ１２Ａの速度定数及び結合親和性が、表５に示される。
Figure 2023524997000025
８つの精製サブクローンｍＡｂが、細胞を発現するＣＬＥＣ１２Ａに結合する能力を、ヒトＣＬＥＣ１２Ａ＋ ＰＬ２１癌細胞株を用いたＦＡＣＳ分析によって評価した。図３に示されるように、９Ｅ４．Ｂ７、９Ｆ１１．Ｂ７及び１６Ｂ８．Ｃ８は全て、サブナノモルのＥＣ５０値で、ＰＬ２１細胞株に結合したが；９Ｆ１１．Ｂ７及び１６Ｂ８．Ｃ８のみは、組み換えタンパク質結合及び細胞結合基準の両方を達成し、９Ｅ４．Ｂ７は、組み換えｈＣＬＥＣ１２Ａ－Ｈｉｓに対する低親和性不均一結合を実証した（表６）。１５Ａ１０．Ｇ８、１３Ｅ１．Ａ４、２０Ｄ６．Ａ８及び２３Ａ５．Ｄ４は、ＳＰＲアッセイにおいて組み換えヒト及びカニクイザルＣＬＥＣ１２Ａに対する結合を示したが、これらのｍＡｂは、癌細胞を認識することができず、これは、組み換え及び細胞表面発現ＣＬＥＣ１２Ａの間の結合エピトープの立体配座の相違を示唆している。実証されるように、Ｍｅｒｕｓ－ＣＬＬ１及びＧｅｎｅｎｔｅｃｈ－ｈ６Ｅ７ ｍＡｂは両方とも、新規なＣＬＥＣ１２Ａハイブリドーマクローンと比較して、かなり劣ったＥＣ５０値でＰＬ２１に結合した。
Figure 2023524997000026
ｍＡｂが、グリコシル化に関係なくＣＬＥＣ１２Ａに結合するかどうかを評価するために、グリコシル化、脱シアル化及びＰＮＧａｓｅ処理されたｈＣＬＥＣ１２Ａに対するクローン１６Ｂ８．Ｃ８及び９Ｆ１１．Ｂ７の結合を、ＳＰＲによって評価した。図４中のセンサーグラム及び表７中の定量化によって実証されるように、１６Ｂ８．Ｃ８及び９Ｆ１１．Ｂ７は両方とも、親和性の低下を伴わずに、ｈＣＬＥＣ１２Ａの脱シアル化及び脱グリコシル化形態に結合し、これは、ｈＣＬＥＣ１２Ａとの抗体相互作用が、標的のグリコシル化状態によって影響されないことを示唆している。
Figure 2023524997000027
実施例３．推定配列易障害性分析
１６Ｂ８．Ｃ８及び９Ｆ１１．Ｂ７抗体のＣＤＲ（Ｃｈｏｔｈｉａで識別される）における潜在的な配列易障害性を調べた。以下の潜在的な易障害性が考えられた：Ｍ（潜在的な酸化部位）；ＮＧ、ＮＳ及びＮＴ配列モチーフ（潜在的な脱アミド化部位）；ＤＧ、ＤＳ及びＤＴ配列モチーフ（潜在的な異性化部位）；ＤＰ配列モチーフ（化学的加水分解の潜在的な部位）。結果が、表８に要約されている。
Figure 2023524997000028
これらの抗体の変異体を、推定配列易障害性モチーフを除去するように設計した。
実施例４．サブクローンのヒト化
組み換えｈＣＬＥＣ１２Ａタンパク質に対する動態及び親和性、細胞表面発現ｈＣＬＥＣ１２Ａに対する結合、及びＡＭＬ癌細胞株に対する結合に関して収集されたデータに基づいて、２つのマウスハイブリドーマサブクローン、すなわち、１６Ｂ８．Ｃ８及び９Ｆ１１．Ｂ７を、ヒト化のために選択した。
１６Ｂ８．Ｃ８抗体をヒト化した。復帰突然変異を、フレームワーク領域に導入して、ｓｃＦｖ－１２９２～ｓｃＦｖ－１３０９、及びｓｃＦｖ－１６０２及びｓｃＦｖ－２０６１のＶＨ及びＶＬ配列を有する変異体を生成した。
９Ｆ１１．Ｂ７抗体をヒト化した。復帰突然変異を、フレームワーク領域に導入して、変異体ＡＢ０１８６～ＡＢ０１９６を生成した。
実施例５．ヒト化ＣＬＥＣ１２Ａバインダー分析
ｈＣＬＥＣ１２Ａに対するクローン１６Ｂ８．Ｃ８の１８ヒト化ｓｃＦｖ変異体の結合親和性、及び前記変異体に由来する多特異的結合タンパク質を、スクリーニングにおいてＳＰＲによって評価した。多特異的結合タンパク質は、ＣＬＥＣ１２Ａに結合するｓｃＦｖ、非関連タンパク質に結合する少なくとも１つの抗原結合部位、及び抗体Ｆｃ領域を含む。以下の実施例に記載される多特異的結合タンパク質は、本明細書においてｈＦ３’又はＦ３’と呼ばれ、その後、それが含むＣＬＥＣ１２Ａ ｓｃＦｖ変異体が続き、例えば、ｈＦ３’－１６０２は、ｓｃＦｖ－１６０２を含む。
８つの多特異的結合タンパク質に対する結合シグナルは、５ＲＵ未満（このアッセイにおいて実験される予測されるシグナルの約１５％）であり、したがって、これらの多特異的結合タンパク質は、ｈＣＬＥＣ１２Ａに対する非バインダーであると見なされた。残りの１０の多特異的結合タンパク質は、図５及び表９に示されるように、＜１０ｎＭの親和性でｈＣＬＥＣ１２Ａに結合した。しかしながら、潜在的なＮ－グリコシル化部位が、Ｈ８５位にマウス復帰突然変異Ｎを導入することによって、１０のうち８つの多特異的結合タンパク質において意図せず導入された。構築物Ｆ３’－１２９５及びＦ３’－１３０４（Ｈ８５位にＡを含有する）のみが、Ｎ－グリコシル化配列易障害性を示さず；したがって、これらの２つの構築物のみが、さらなる特性評価のために進められた。
Figure 2023524997000029
Ｆ３’－１２９５及びＦ３’－１３０４を、図６に示されるように、ｈＣＬＥＣ１２Ａ ＋ＲＭＡ細胞に対する同系の結合について試験した。細胞表面発現ｈＣＬＥＣ１２Ａに対するＦ３’－１２９５の結合が、上に記載されるＭｅｒｕｓ抗体に由来するｈｃＦＡＥ－Ａ４９．ＣＬＬ１－Ｍｅｒｕｓ対照多特異的結合タンパク質と同等であった一方、細胞表面発現ｈＣＬＥＣ１２Ａに対するＦ３’－１３０４の結合は、ｈｃＦＡＥ－Ａ４９．ＣＬＬ１－Ｍｅｒｕｓ対照多特異的結合タンパク質と比較してより不十分であった。
Ｌ４３位におけるヒト残基が、Ｆ３’－１３０６及びＦ３’－１２９７の両方において、熱安定性の増加に関与していたかどうかを決定するために、マウス残基Ｉ（Ｌ４３）を、元のヒトフレームワーク残基Ａ（Ｌ４３）に戻した。さらに、Ｆ３’－１２９５のＬ４３位におけるマウスＩｌｅを、ヒトＡｌａで置換し、それによって、Ｆ３’－１６０２を生成した。Ｉ（Ｌ４３）Ａ置換が、ｈＣＬＥＣ１２Ａに対する多特異的結合タンパク質親和性に対する影響を有していたかどうかを理解するために、Ｆ３’－１２９５及びＦ３’－１６０２に対するｈＣＬＥＣ１２Ａの結合を、上記の実施例１に記載される方法を用いて、３７℃でＳＰＲ（Ｂｉａｃｏｒｅ）によって決定した（図７）。速度定数及び平衡結合親和性が、表１０に列挙される。両方の多特異的結合タンパク質が、非常に類似したオフレートを有するが、Ｆ３’－１６０２は、そのより速いオンレートのため、約２倍低いＫＤを示す。したがって、Ｉ（Ｌ４３）Ａ置換は、ＫＤに対する影響を有していた。
Figure 2023524997000030
Ｆ３’－１２９５及びＦ３’－１６０２を、親Ｂａ／Ｆ３細胞（図８Ａに示され、データが表１１に列挙される）と比較して、ヒトＣＬＥＣ１２Ａを発現する同系Ｂａ／Ｆ３細胞に結合するそれらの能力について試験した。Ｆ３’－１６０２は、約Ｆ３’－１２９５と比較して２倍低いＥＣ５０値であるが、同様の最大結合ＭＦＩで、ｈＣＬＥＣ１２Ａ＋ Ｂａ／Ｆ３に結合することができた。ＣＬＥＣ１２Ａの発現を欠く親Ｂａ／Ｆ３細胞に対する結合は、Ｆ３’－１２９５又はＦ３’－１６０２（図８Ｂ）のいずれによっても検出されず、これは、ｈＣＬＥＣ１２Ａに対する多特異的結合タンパク質の高特異性結合を示唆している。
Figure 2023524997000031
Ｆ３’－１２９５及びＦ３’－１６０２を、ＨＬ６０（図８Ｃ）及びＰＬ２１（図８Ｄ）ＡＭＬ癌細胞株に結合するそれらの能力についてさらに試験した。Ｆ３’－１６０２は、Ｆ３’－１２９５と比較してより低いＥＣ５０値であるが、同様の最大結合ＭＦＩで、両方の細胞株に結合することができた。
薬物のオフターゲット効果は、タンパク質治療薬を開発する場合に、評価される必要がある。フローサイトメトリーベースの多特異性試薬（ＰＳＲ）アッセイは、非特異的に結合するより高い確率を有する抗体の決定を可能にする。Ｆ３’－１２９５及びＦ３’－１６０２を、ＰＳＲアッセイにおいて洗浄剤可溶化ＣＨＯ細胞膜タンパク質の調製物に対する非特異的結合について試験した。ヒト化Ｆ３’－１６０２及びＦ３’－１２９５が両方とも、ＰＳＲに結合するわけではなく（右へのシフトのシグナルなし）、図９において実証されるように、ＰＳＲ対照トラスツズマブと非常に類似したプロファイルを示し、これは、多特異的結合タンパク質の高い特異性を示唆している。リツキシマブを、このアッセイにおいて陽性対照として使用した。Ｆ３’－１６０２を、以下の実験において記載されるさらなる多特異的結合タンパク質とさらに比較するために選択した。
様々な多特異的結合タンパク質形式の影響を、有効性の変化について実験的に試験した。様々な形式の多特異的結合タンパク質、Ｆ３’－１６０２及びＡＢ００１０を、ヒトＣＬＥＣ１２Ａを発現するＢａ／Ｆ３細胞（図１０Ａ）及びＡＭＬ癌細胞株（図１０Ｂ）に結合するそれらの能力について試験した。ＡＢ００１０は、ｓｃＦｖではなくＦａｂ形式のｓｃＦｖ－１６０２を含み；非関連タンパク質バインダーは、対照的に、ｓｃＦｖとして存在する。Ｆ３’－１６０２についてのＥＣ５０値は、ＨＬ－６０細胞においてＡＢ００１０より優れており、約２倍減少した（表１２）。ＡＢ００１０もＦ３’－１６０２も、親Ｂａ／Ｆ３細胞に対する何らの結合も示さず、これは、ＣＬＥＣ１２Ａ（図１０Ｃ）に対する結合の高い特異性を実証している。
Figure 2023524997000032
９Ｆ１１．Ｂ７多特異的結合タンパク質の生成のために、９Ｆ１１．Ｂ７の全ての１２のｓｃＦｖ変異体を、非関連タンパク質バインダー及び抗体Ｆｃドメインと組み合わせた。ｈＣＬＥＣ１２Ａに対する１０の半精製（タンパク質Ａ）多特異的結合タンパク質の親和性を、表１３に示されるスクリーニングモードにおいてＳＰＲによって評価した。３つの（ＡＢ０１９０、ＡＢ０１９３及びＡＢ０１９６）９Ｆ１１．Ｂ７をベースとする多特異的結合タンパク質は、不均一結合を示し、高い信頼性で１：１動態モデルに適合することができなかった。残りの７つの多特異的結合タンパク質の結合動態は、キメラ親マウス９Ｆ１１．Ｂ７ ｍＡｂと同様であり、これは、Ｆａｂのヒト化もｓｃＦｖへの転化も、ｈＣＬＥＣ１２Ａに対する親和性に影響を与えなかったことを示唆している。
Figure 2023524997000033
図１１Ａ及び図１１Ｂに示される、ｈＣＬＥＣ１２Ａ＋Ｂａ／Ｆ３及びＨＬ６０ ＡＭＬ癌細胞株に対する９つの完全精製ヒト化９Ｆ１１．Ｂ７多特異的結合タンパク質の結合を、ＦＡＣＳによって試験した。ＡＢ０１９０、ＡＢ０１９３及びＡＢ０１９６は、両方の細胞株について劣った結合ＥＣ５０値を示し（表１４）、これは、表１２に記載されるＳＰＲにおける劣った挙動と相関する。残りの６つのクローンについてのＥＣ５０値は、同様であり、これは、ＳＰＲデータとの相関を示す。
Figure 2023524997000034
実施例６．Ｆ３’－１６０２の分子形式及び設計、構造、親和性、効力、特異性及び交差反応性分析
表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）
組み換えヒトＣＬＥＣ１２Ａ（ｈＣＬＥＣ１２Ａ）又はカニクイザルＣＬＥＣ１２Ａ（ｃＣＬＥＣ１２Ａ）に対するＦ３’－１６０２の結合親和性を、３７℃の生理的温度で、Ｂｉａｃｏｒｅ ８Ｋ機器を用いてＳＰＲによって測定した。簡潔に述べると、ヒトＦｃ特異的抗体を、ＣＭ５バイオセンサーチップのカルボキシメチルデキストランマトリックスにおいて約８０００～１００００レゾナンスユニット（ＲＵ）の密度で共有結合的に固定して、抗ｈＦｃ ＩｇＧチップを生成した。Ｆ３’－１６０２試料を、６０秒間にわたって１０μＬ／分の流量で抗ｈＦｃ ＩｇＧチップに注入して、約２５０ ＲＵ補足レベルを達成した。ｈＣＬＥＣ１２Ａ－Ｈｉｓ又はｃＣＬＥＣ１２Ａ－Ｈｉｓを、ランニングバッファーで、３倍希釈で連続希釈し（１００ｎＭ～０．１４ｎＭ）、捕捉された被験物質にわたって３０μｌ／分の流量で注入した。結合を３００秒間にわたって監視し、解離を９００秒間にわたって監視した。１００μＬ／分で２０秒間にわたって注入される１０ｍＭのグリシン－ＨＣｌ（ｐＨ１．７）の３つのパルスを含むサイクル間で、表面を再生した。
速度定数及び平衡結合親和性が、表１５に示され、未加工データ及び適合が、図１２に示される。Ｆ３’－１６０２及びヒトＣＬＥＣ１２Ａの間の複合体が、緩速解離定数４．９４±０．０９×１０－４ｓ－１から明らかであるように強力である。Ｆ３’－１６０２についての平衡結合親和性ＫＤは、０．５９±０．０１ｎＭであった。
Figure 2023524997000035
多型変異体ＣＬＥＣ１２Ａ－Ｋ２４４Ｑは、集団の３０％においてよく見られる。ＣＬＥＣ１２Ａ－Ｋ２４４Ｑに対するＦ３’－１６０２の結合を、ＳＰＲによって調べ、野生型ＣＬＥＣ１２Ａに対するその親和性と比較した。表１６に示されるように、Ｆ３’－１６０２野生型及びＣＬＥＣ１２ＡのＫ２４４Ｑ変異体の結合動態は、同様である。
Figure 2023524997000036
非関連組み換えタンパク質に対する結合及び細胞結合特異性
ＣＬＥＣ１２Ａに対する特異性を、５００ｎＭもの濃度で５つの異なる非関連タンパク質に対してＳＰＲによって試験し、これが、図１３に示される。非関連組み換え標的（図１３Ｂ、図１３Ｃ）のいずれに対する非特異的結合も観察されなかった一方、陽性対照（ＣＬＥＣ１２Ａ）は、１００ｎＭの濃度で５０ＲＵの結合を示した（図１３Ａ）。特異性はまた、Ｂａ／Ｆ３細胞株の表面上で発現されるタンパク質に対して試験された。Ｂａ／Ｆ３親細胞株に対する３３３ｎＭの濃度でのＦ３’－１６０２の非特異的結合が観察されなかった一方（図１３Ｅ）、陽性対照として使用される、ＣＬＥＣ１２Ａを発現するように操作されたＢａ／Ｆ３細胞株は、フローサイトメトリーによってＦＡＣＳプロットにおけるかなりのシフトを示し（図１３Ｄ）、これは、後者に対するＦ３’－１６０２の結合が、ＣＬＥＣ１２Ａ特異的であったことを示唆している。
多特異的試薬（ＰＳＲ）に対する非特異的結合
フローサイトメトリーベースのＰＳＲアッセイは、非関連タンパク質に非特異的に結合するより高い確率を有する抗体を取り除くのを可能にする。開発可能性評価の一環として、Ｆ３’－１６０２を、ＰＳＲアッセイにおいて洗浄剤可溶化膜タンパク質の調製物に対する非特異的結合について試験した（図１４）。ＰＳＲアッセイは、抗体溶解度の代わりである交差相互作用クロマトグラフィーと、並びにインビボクリアランスの代わりであるバキュロウイルス粒子酵素結合免疫吸着法とよく相関する（Ｘｕ ｅｔ．ａｌ（２０１３）．Ａｄｄｒｅｓｓｉｎｇ ｐｏｌｙｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｓｅｌｅｃｔｅｄ ｆｒｏｍ ａｎ ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｙｅａｓｔ ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ：ａ ＦＡＣＳ－ｂａｓｅｄ，ｈｉｇｈ－ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ ａｎａｌｙｔｉｃａｌ ｔｏｏｌ．Ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，２６，６６３－６７０）。
ＰＢＳＦ中の５０μＬの１００ｎＭのＦ３’－１６０２又は対照ｍＡｂを、室温で３０分間にわたって予め洗浄された５μＬのタンパク質Ａダイナビーズスラリー（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログ番号１０００１Ｄ）とともにインキュベートした。多特異的結合タンパク質又はｍＡｂ結合電磁ビーズを、６０秒間にわたって磁気ラック上に静置させ、上清を廃棄した。結合ビーズを、１００μＬのＰＢＳＦで洗浄した。ビーズを、原液から２５倍希釈された５０μＬのビオチン化ＰＳＲ試薬とともに、氷上で２０分間インキュベートした（Ｘｕ ｅｔ．ａｌ．２０１３）。試料を、磁気ラック上に置き、上清を廃棄し、１００μＬのＰＢＳＦで洗浄した。多特異的結合タンパク質又は対照ｍＡｂに対するビオチン化ＰＳＲ試薬の結合を検出するための二次ＦＡＣＳ試薬を、以下のように作製した：１：２５０μＬのストレプトアビジン－ＰＥ（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、カタログ番号４０５２０４）及び１：１００のロバ抗ヒトＦｃを、ＰＢＳＦ中で組み合わせた。各試料に、１００μＬの二次試薬を加え、氷上で２０分間インキュベートさせた。ビーズを１００μＬのＰＢＳＦで２回洗浄し、試料をＦＡＣＳ Ｃｅｌｅｓｔａ（ＢＤ）において分析した。２つのＰＳＲ対照、リツキシマブ（ＰＳＲ陽性）及びトラスツズマブ（ＰＳＲクリーン）を、アッセイにおいて使用した。
ＨｕＰｒｏｔ（商標）ヒトプロテオームアッセイにおけるＨｉｇｈ－Ｓｐｅｃ（登録商標）交差反応性アッセイ
Ｆ３’－１６０２の特異性を調べるために、タンパク質アレイ技術を使用した。ＨｕＰｒｏｔ（商標）ヒトプロテオームマイクロアレイは、単一の顕微鏡スライドガラス上の個々に精製されたヒト完全長タンパク質の最大のデータベースを提供する。２２，０００個の完全長ヒトタンパク質からなるアレイが、酵母Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）において発現され、精製され、その後、マイクロアレイスライドガラス上にデュプリケートでプリントされ、これが、何千もの相互作用をハイスループットでプロファイリングするのを可能にする。
Ｆ３’－１６０２の特異性を、標準的な手順にしたがって、ＣＤＩ ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ）においてマイクロスライドに埋め込まれた天然Ｈｕｐｒｏｔヒトプロテオームアレイに対して０．１μｇ／ｍｌ及び１μｇ／ｍｌの濃度で試験した。
図１５は、ヒトプロテオームマイクロアレイ全体と比較した、ヒトＣＬＥＣ１２Ａに対する１μｇ／ｍｌのＦ３’－１６０２の相対的結合（Ｚスコア）を示す。Ｚスコアは、所与のタンパク質の２つのデュプリケートの平均結合スコアである。比較のために、Ｆ３’－１６０２に結合する残留バックグラウンドを有する上位２４個のタンパク質がまた、図１５に示された。表１７は、ヒトＣＬＥＣ１２Ａ及びマイクロアレイからの上位６個のタンパク質に対するＦ３’－１６０２のＺ及びＳスコアを示す。Ｓスコアは、所与のタンパク質のＺスコアの差及びその１つ下の順位である。上位ヒットのＳスコアが、＞３である場合、抗体は、その標的に対して高度に特異的であると見なされる。Ｚ及びＳスコア基準に基づいて、Ｆ３’－１６０２は、ＨｕＰｒｏｔ（商標）ヒトプロテオームアッセイにおいて、ヒトに対する高い特異性及びオフターゲット結合の欠如を示した。
Figure 2023524997000037
分子モデリング
Ｆ３’－１６０２の抗ＣＬＥＣ１２Ａ結合アームを、ＳＡｂＰｒｅｄウェブサイトで入手可能な治療用抗体プロファイラー（ＴＡＰ）を用いて、３７７のフェーズＩ後の生物学的製剤分子を用いて評価した。ＴＡＰは、ＡＢｏｄｙＢｕｉｌｄｅｒを使用して、ＰＥＡＲＳによって側鎖を有するＦ３’－１６０２のモデルを作成した。ＣＤＲＨ３を、その多様性のため、ＭＯＤＥＬＬＥＲによって構築した。
５つの異なるパラメータを評価した：
－総ＣＤＲ長さ
－ＣＤＲ近位にわたる表面疎水性（ＰＳＨ）のパッチ
－ＣＤＲ近位にわたる正電荷（ＰＰＣ）のパッチ
－ＣＤＲ近位にわたる負電荷（ＰＮＣ）のパッチ
－構造的Ｆｖ荷電共役対称性パラメータ（ｓＦｖＣＳＰ）
次に、Ｆ３’－１６０２のこれらのパラメータを、開発可能性及び下流の問題を引き起こし得る何らかの潜在的な問題を予測するために、治療用抗体のプロファイル分布と比較した。
図１６は、３つの異なる配向におけるＣＬＥＣ１２Ａ結合ｓｃＦｖの線図モデル（上側パネル）及び同じ配向のそれらの対応する表面電荷分布（下側パネル）を示す。抗ＣＬＥＣ１２Ａ ｓｃＦｖの電荷分布を分極化し（「上側の図」、下側パネル）、ここで、負荷電残基は、主にＣＤＲＨ３及びＣＤＲＬ２内に存在する。パラトープにおける静電パッチの不均一な分布は、標的に関連する可能性が高く、その同種エピトープにおける電荷分布の相補性を反映し、これが、ＣＬＥＣ１２ＡとＦ３’－１６０２のｓｃＦｖとの間の高い親和性相互作用に寄与し得る可能性が高い。
図１７は、Ｆ３’－１６０２のｓｃＦｖ ＣＬＥＣ１２Ａ標的化アームのＣＤＲ長さ及び表面疎水性分析を示す。Ｆ３’－１６０２のＣＬＥＣ１２Ａ結合アームに対するＣＤＲの長さは、後期の治療用抗体に典型的である。
モノクローナル抗体の疎水性は、治療用へのその開発可能性に関連する重要な生物物理的特性である。抗体のＣＤＲの疎水性パッチ分析は、その挙動を予測する。Ｆ３’－１６０２のＣＬＥＣ１２Ａアームは、他の参照分子と比較して、はるかに低い疎水性を有する。モデリングに基づいて、Ｆ３’－１６０２のＣＬＥＣ１２Ａ結合アームの表面におけるかなりのサイズの疎水性パッチはない。
抗ＣＬＥＣ１２Ａ ｓｃＦｖの電荷分布を分極化し、ここで、負荷電残基は、主にＣＤＲＨ３及びＣＤＲＬ２内に存在する（図１６に示されるように）。正荷電パッチ及び荷電共役対称性が、基準内であるが、理論に制約されるのを望むものではないが、パラトープにおける異なる負荷電パッチが、標的に関連し、その同種エピトープにおける電荷分布の相補性を反映し、これが、ＣＬＥＣ１２Ａとのその高い親和性相互作用に寄与し得ると仮定される。
実施例７．推定配列易障害性のＦ３’－１６０２分析
Ｆ３’－１６０２の３つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列を、上記の実施例３に記載されるように、推定配列易障害性について分析した。推定配列易障害性が、表１８に示される。
Figure 2023524997000038
易障害性を調べるために、加速安定性（４０℃で４週間）及び強制分解試験を行った。ＶＨ－ＣＨ１－ＦｃのＣＤＲＨ３中のＤＰは、加速安定性試験又は強制分解試験において修飾されず、したがって、さらなる分析は必要でなかった。しかしながら、ｓｃＦｖ中のＣＤＲＨ３中のＤＳの修飾が、加速安定性試験においてＦ３’－１６０２のＣＬＥＣ１２Ａ結合の減少をもたらしたことが観察された。
ＣＤＲＨ３中のＤＳを置換するために、酵母ディスプレイを行って、ＤＳ部位を有さない代替的な配列モチーフを識別した。３つの変異体、すなわち、
Figure 2023524997000039
 は、親ｓｃＦｖ
Figure 2023524997000040
 と比較してより弱い結合シグナルを有するが、ｈＣＬＥＣ１２Ａに対する結合を示したことが確認された一方、変異体
Figure 2023524997000041
 は、非バインダーであることが確認された。結合分析に基づいて、変異体のみ
Figure 2023524997000042
 が、哺乳動物の生成及びさらなる特性評価のために考えられる。ｈＣＬＥＣ１２Ａ－Ｈｉｓに対するＡＢ００５３及びＡＢ００８５の結合を、３７℃で表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を用いて特性評価した。ＤＳ配列易障害性を取り除くために導入された両方の突然変異は、ｈＣＬＥＣ１２Ａ－Ｈｉｓに対する結合に対する影響を有さなかった（表１９）。図１８は、ＣＤＲＨ３における配列易障害性を取り除くために導入された酵母ライブラリーを用いた、ｈＣＬＥＣ１２Ａ－ｈｉｓに対する結合のＦＡＣＳ分析を実証する。データは、ＤＩ操作変異体に対するＤＳにおける結合の完全な低下を示した（ＡＢ００８５）。ＤＳ（ＡＢ００５３）の代わりにＤＡの導入は、結合を完全には取り除かなかったが、結合センサーグラムにおいて明らかな不均一性をもたらした。
組み換えヒトＣＬＥＣ１２Ａに対するＦ３’－１６０２の結合親和性を、Ｂｉａｃｏｒｅ ８Ｋ機器を用いて、３７℃でＳＰＲによって測定した。簡潔に述べると、ヒトＦｃ特異的抗体を、アミンカップリング化学によってＣＭ５バイオセンサーチップのカルボキシメチルデキストランマトリックスにおいて約８０００～１００００レゾナンスユニット（ＲＵ）の密度で共有結合的に固定して、抗ｈＦｃ ＩｇＧチップを生成した。Ｆ３’－１６０２試料を、６０秒間にわたって１０μＬ／分の流量で、１．５μｇ／ｍＬの濃度で抗ｈＦｃ ＩｇＧチップにおいて捕捉して、約１５０～２５０ＲＵの捕捉レベルを達成した。ｈＣＬＥＣ１２Ａ－Ｈｉｓを、０．１ｍｇ／ｍＬのウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）とともにＨＢＳ－ＥＰ＋緩衝液（１倍；１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭのＮａＣｌ、３ｍＭのＥＤＴＡ、０．０５％のＰ２０ ｐＨ７．４）を用いた３倍希釈で連続希釈し（１００ｎＭ～０．０４６ｎＭ）、捕捉された被験物質にわたって３０μｌ／分の流量で注入した。結合を３００秒間にわたって監視し、解離を６００秒間にわたって監視した。１００μｌ／分で２０秒間にわたって注入される１０ｍＭのグリシン－ＨＣｌ、ｐＨ１．７の３つのパルスを含むサイクル間で、表面を再生した。０．１ｍｇ／ｍｌのＢＳＡ緩衝液とともにＨＢＳ－ＥＰ＋（１倍）を、実験全体を通して使用した。データを、Ｂｉａｃｏｒｅ ８Ｋ Ｉｎｓｉｇｈｔ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェア（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を用いて分析した。
Figure 2023524997000043
ライブラリー手法が、唯一のヒットとしてＡＢ００５３を生成し、そのヒットが、Ｆ３’－１６０２と有意に異なるｈＣＬＥＣ１２Ａに対する結合の動態を実証したため、ＤＳモチーフが、ＣＤＲＨ３の構造を維持するのに必要であり、したがって、有効に除去することができないことが結論付けられた。
参照による援用
矛盾する記載がない限り、本明細書において言及される特許文献及び科学論文のそれぞれの全開示内容が、あらゆる目的のために参照により援用される。
均等物
本出願に記載される抗原結合部位は、その趣旨又は本質的特徴から逸脱せずに、他の特定の形態で実施され得る。したがって、上記の実施形態は、あらゆる点で、本明細書に記載される抗原結合部位に対する限定ではなく例示であると見なされるべきである。したがって、本出願の範囲は、上記の明細書によってではなく、添付の特許請求の範囲によって示され、特許請求の範囲の意味及び均等物の範囲内に含まれる全ての変形が、本出願の範囲内に含まれることが意図される。
Figure 2023524997000044
Figure 2023524997000045
Figure 2023524997000046
Figure 2023524997000047
Figure 2023524997000048
Figure 2023524997000049
Figure 2023524997000050
Figure 2023524997000051

Claims (69)

  1. ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
    （ａ）それぞれ配列番号１１、４、及び５のアミノ酸配列を含む、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）、相補性決定領域２（ＣＤＲ２）、及び相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）；並びに
    （ｂ）それぞれ配列番号６、７、及び８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）
    を含む、抗原結合部位。
  2. 前記ＶＨが、配列番号４９のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが、配列番号１７のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の抗原結合部位。
  3. 前記ＶＨが、配列番号４５と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが、配列番号１４０と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項１又は２に記載の抗原結合部位。
  4. 前記ＶＨが、配列番号４５のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが、配列番号１４０のアミノ酸配列を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  5. 前記ＶＨ及び前記ＶＬが、それぞれ、配列番号９及び１０；１３及び１０；１１０及び１０；４５及び１０；１２２及び１０；９及び３０；９及び３４；９及び３８；又は４１及び４２のアミノ酸配列を含む、請求項１又は２に記載の抗原結合部位。
  6. ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
    （ａ）それぞれ配列番号１１７、６３、及び１１２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
    （ｂ）それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
    を含む、抗原結合部位。
  7. 前記ＶＨが、それぞれ配列番号５９、６３、及び７９のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含み；前記ＶＬが、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む、請求項６に記載の抗原結合部位。
  8. 前記ＶＨが、それぞれ配列番号５９、６３、及び５４のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含み、前記ＶＬが、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む、請求項６に記載の抗原結合部位。
  9. 前記ＶＨが、それぞれ配列番号６２、６３、及び５４のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含み、前記ＶＬが、それぞれ配列番号６５、６６、及び６７のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む、請求項６に記載の抗原結合部位。
  10. 前記ＶＨが、配列番号１１５のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが、配列番号１１６のアミノ酸配列を含む、請求項６～９のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  11. 前記ＶＨ及び前記ＶＬが、それぞれ配列番号２９及び６９；１４及び６９；７６及び６９；２９及び８４；１４及び８４；又は７６及び８４のアミノ酸配列を含む、請求項１０に記載の抗原結合部位。
  12. ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
    （ａ）それぞれ配列番号８７、３３、及び８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
    （ｂ）それぞれ配列番号１０６、９２、及び４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
    を含む、抗原結合部位。
  13. ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
    （ａ）それぞれ配列番号７２、３３、及び１０７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
    （ｂ）それぞれ配列番号１１１、１０５、及び４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
    を含む、抗原結合部位。
  14. ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
    （ａ）それぞれ配列番号８７、１０２、及び８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
    （ｂ）それぞれ配列番号１８、９２、及び４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
    を含む、抗原結合部位。
  15. ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
    （ａ）それぞれ配列番号２６、３７、及び５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
    （ｂ）それぞれ配列番号５３、５５、及び５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
    を含む、抗原結合部位。
  16. ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
    （ａ）それぞれ配列番号６４、６８、及び７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
    （ｂ）それぞれ配列番号７７、７８、及び８０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
    を含む、抗原結合部位。
  17. ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
    （ａ）それぞれ配列番号８６、８８、及び１２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
    （ｂ）それぞれ配列番号９０、９１、及び９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
    を含む、抗原結合部位。
  18. ＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位であって、
    （ａ）それぞれ配列番号９６、９７、及び９８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
    （ｂ）それぞれ配列番号９９、１００、及び１０１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＶＬ
    を含む、抗原結合部位。
  19. 請求項１３～１７のいずれか一項に記載の抗原結合部位と競合する抗原結合部位。
  20. 前記抗原結合部位が、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって測定される際、２０ｎＭ以下の解離定数（ＫＤ）でヒトＣＬＥＣ１２Ａに結合する、請求項１～１１、１４～１５、及び１７のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  21. 前記抗原結合部位が、ＳＰＲによって測定される際、１ｎＭ以下のＫＤでヒトＣＬＥＣ１２Ａに結合する、請求項１～４のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  22. 前記抗原結合部位が、グリコシル化に関係なくＣＬＥＣ１２Ａに結合する、請求項１～１１のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  23. 前記抗原結合部位が、Ｋ２４４Ｑ突然変異を含むヒトＣＬＥＣ１２Ａに結合する、請求項１～５及び２０～２２のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  24. 前記抗原結合部位が、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）として存在する、請求項１～２３のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  25. 前記ｓｃＦｖが、配列番号３、１２、１５、１６、１９、２０、２３、２４、２７、２８、３１、３２、３５、３６、３９、４０、４３、４４、４７、４８、５１、５２、７０、７１、７４、７５、８１、８２、１１８、１１９、１２０、１２１、１３２、１３３、１３８、及び１３９から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２４に記載の抗原結合部位。
  26. グリコシル化に関係なくＣＬＥＣ１２Ａに結合する抗原結合部位。
  27. 請求項１～２６のいずれか一項に記載の抗原結合部位を含むタンパク質。
  28. 抗体重鎖定常領域をさらに含む、請求項２７に記載のタンパク質。
  29. 前記抗体重鎖定常領域が、ヒトＩｇＧ重鎖定常領域である、請求項２８に記載のタンパク質。
  30. 前記抗体重鎖定常領域が、ヒトＩｇＧ１重鎖定常領域である、請求項２９に記載のタンパク質。
  31. 前記抗体重鎖定常領域の各ポリペプチド鎖が、配列番号２１と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項２９又は３０に記載のタンパク質。
  32. 前記抗体重鎖定常領域の少なくとも１つのポリペプチド鎖が、ＥＵ番号付けシステムにしたがって番号付けされた、Ｑ３４７、Ｙ３４９、Ｌ３５１、Ｓ３５４、Ｅ３５６、Ｅ３５７、Ｋ３６０、Ｑ３６２、Ｓ３６４、Ｔ３６６、Ｌ３６８、Ｋ３７０、Ｎ３９０、Ｋ３９２、Ｔ３９４、Ｄ３９９、Ｓ４００、Ｄ４０１、Ｆ４０５、Ｙ４０７、Ｋ４０９、Ｔ４１１、及びＫ４３９から選択される１つ以上の位置で、配列番号２１に対する１つ以上の突然変異を含む、請求項２９～３１のいずれか一項に記載のタンパク質。
  33. 前記抗体重鎖定常領域の少なくとも１つのポリペプチド鎖が、ＥＵ番号付けシステムにしたがって番号付けされた、Ｑ３４７Ｅ、Ｑ３４７Ｒ、Ｙ３４９Ｓ、Ｙ３４９Ｋ、Ｙ３４９Ｔ、Ｙ３４９Ｄ、Ｙ３４９Ｅ、Ｙ３４９Ｃ、Ｌ３５１Ｋ、Ｌ３５１Ｄ、Ｌ３５１Ｙ、Ｓ３５４Ｃ、Ｅ３５６Ｋ、Ｅ３５７Ｑ、Ｅ３５７Ｌ、Ｅ３５７Ｗ、Ｋ３６０Ｅ、Ｋ３６０Ｗ、Ｑ３６２Ｅ、Ｓ３６４Ｋ、Ｓ３６４Ｅ、Ｓ３６４Ｈ、Ｓ３６４Ｄ、Ｔ３６６Ｖ、Ｔ３６６Ｉ、Ｔ３６６Ｌ、Ｔ３６６Ｍ、Ｔ３６６Ｋ、Ｔ３６６Ｗ、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ｅ、Ｌ３６８Ａ、Ｌ３６８Ｄ、Ｋ３７０Ｓ、Ｎ３９０Ｄ、Ｎ３９０Ｅ、Ｋ３９２Ｌ、Ｋ３９２Ｍ、Ｋ３９２Ｖ、Ｋ３９２Ｆ、Ｋ３９２Ｄ、Ｋ３９２Ｅ、Ｔ３９４Ｆ、Ｄ３９９Ｒ、Ｄ３９９Ｋ、Ｄ３９９Ｖ、Ｓ４００Ｋ、Ｓ４００Ｒ、Ｄ４０１Ｋ、Ｆ４０５Ａ、Ｆ４０５Ｔ、Ｙ４０７Ａ、Ｙ４０７Ｉ、Ｙ４０７Ｖ、Ｋ４０９Ｆ、Ｋ４０９Ｗ、Ｋ４０９Ｄ、Ｔ４１１Ｄ、Ｔ４１１Ｅ、Ｋ４３９Ｄ、及びＫ４３９Ｅから選択される、配列番号２１に対する１つ以上の突然変異を含む、請求項２９～３２のいずれか一項に記載のタンパク質。
  34. 前記抗体重鎖定常領域の１つのポリペプチド鎖が、Ｑ３４７、Ｙ３４９、Ｌ３５１、Ｓ３５４、Ｅ３５６、Ｅ３５７、Ｋ３６０、Ｑ３６２、Ｓ３６４、Ｔ３６６、Ｌ３６８、Ｋ３７０、Ｋ３９２、Ｔ３９４、Ｄ３９９、Ｓ４００、Ｄ４０１、Ｆ４０５、Ｙ４０７、Ｋ４０９、Ｔ４１１及びＫ４３９から選択される１つ以上の位置で、配列番号２１に対する１つ以上の突然変異を含み；前記抗体重鎖定常領域の他のポリペプチド鎖が、ＥＵ番号付けシステムにしたがって番号付けされた、Ｑ３４７、Ｙ３４９、Ｌ３５１、Ｓ３５４、Ｅ３５６、Ｅ３５７、Ｓ３６４、Ｔ３６６、Ｌ３６８、Ｋ３７０、Ｎ３９０、Ｋ３９２、Ｔ３９４、Ｄ３９９、Ｄ４０１、Ｆ４０５、Ｙ４０７、Ｋ４０９、Ｔ４１１、及びＫ４３９から選択される１つ以上の位置で、配列番号２１に対する１つ以上の突然変異を含む、請求項２９～３３のいずれか一項に記載のタンパク質。
  35. 前記抗体重鎖定常領域の１つのポリペプチド鎖が、配列番号２１に対するＫ３６０Ｅ及びＫ４０９Ｗ置換を含み；前記抗体重鎖定常領域の他のポリペプチド鎖が、ＥＵ番号付けシステムにしたがって番号付けされた、配列番号２１に対するＱ３４７Ｒ、Ｄ３９９Ｖ及びＦ４０５Ｔ置換を含む、請求項３４に記載のタンパク質。
  36. 前記抗体重鎖定常領域の１つのポリペプチド鎖が、配列番号２１に対するＹ３４９Ｃ置換を含み；前記抗体重鎖定常領域の他のポリペプチド鎖が、ＥＵ番号付けシステムにしたがって番号付けされた、配列番号２１に対するＳ３５４Ｃ置換を含む、請求項３４又は３５に記載のタンパク質。
  37. 請求項２７～３６のいずれか一項に記載のタンパク質及び薬物部分を含む抗体－薬物コンジュゲート。
  38. 前記薬物部分が、アウリスタチン、Ｎ－アセチル－γカリケアミシン、メイタンシノイド、ピロロベンゾジアゼピン、及びＳＮ－３８からなる群から選択される、請求項３７に記載の抗体－薬物コンジュゲート。
  39. 請求項１～２６のいずれか一項に記載の抗原結合部位及びサイトカインを含む免疫サイトカイン。
  40. 前記サイトカインが、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＴＮＦ、及びＩＦＮαからなる群から選択される、請求項３９に記載の免疫サイトカイン。
  41. 請求項１～２６のいずれか一項に記載の抗原結合部位及びＣＤ３に結合する抗原結合部位を含む二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー。
  42. （ａ）請求項１～２６のいずれか一項に記載の抗原結合部位；
    （ｂ）膜貫通ドメイン；及び
    （ｃ）細胞内シグナル伝達ドメイン
    を含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）。
  43. 前記膜貫通ドメインが、Ｔ細胞受容体のα、β又はζ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３ε、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５２、及びＣＤ１５４の膜貫通領域から選択される、請求項４２に記載のＣＡＲ。
  44. 前記細胞内シグナル伝達ドメインが、ＣＤ３ζ、共通ＦｃＲγ（ＦＣＥＲ１Ｇ）、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃＲβ（ＦｃεＲ１ｂ）、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ε、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＤＡＰ１０、及びＤＡＰ１２の機能的シグナル伝達ドメインを含む一次シグナル伝達ドメインを含む、請求項４２又は４３に記載のＣＡＲ。
  45. 前記細胞内シグナル伝達ドメインが、共刺激性受容体の機能的シグナル伝達ドメインを含む共刺激性シグナル伝達ドメインをさらに含む、請求項４２～４４のいずれか一項に記載のＣＡＲ。
  46. 前記共刺激性受容体が、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ－１、ＣＤ２、ＣＤ７、ＣＤ２５８、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、ＣＤ８３に結合するリガンド、ＩＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ及び４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、又はそれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項４５に記載のＣＡＲ。
  47. 請求項４２～４６のいずれか一項に記載のＣＡＲをコードする単離核酸。
  48. 請求項４７に記載の単離核酸を含む発現ベクター。
  49. 請求項４７に記載の核酸又は請求項４８に記載の発現ベクターを含む免疫エフェクター細胞。
  50. 請求項４２～４６のいずれか一項に記載のＣＡＲを発現する免疫エフェクター細胞。
  51. 前記免疫エフェクター細胞が、Ｔ細胞である、請求項４９又は５０に記載の免疫エフェクター細胞。
  52. 前記Ｔ細胞が、ＣＤ８＋ Ｔ細胞、ＣＤ４＋ Ｔ細胞、又はＮＫＴ細胞である、請求項５１に記載の免疫エフェクター細胞。
  53. 前記免疫エフェクター細胞が、ＮＫ細胞である、請求項４９又は５０に記載の免疫エフェクター細胞。
  54. 請求項２７～３６のいずれか一項に記載のタンパク質、請求項３７又は３８に記載の抗体－薬物コンジュゲート、請求項３９又は４０に記載の免疫サイトカイン、請求項４１に記載の二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー、又は請求項４９～５３のいずれか一項に記載の免疫エフェクター細胞；及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
  55. 癌を治療する方法であって、それを必要とする対象に、有効量の、請求項２７～３６のいずれか一項に記載のタンパク質、請求項３７又は３８に記載の抗体－薬物コンジュゲート、請求項３９又は４０に記載の免疫サイトカイン、請求項４１に記載の二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー、請求項４９～５３のいずれか一項に記載の免疫エフェクター細胞、又は請求項５４に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
  56. 前記癌が、血液悪性腫瘍である、請求項５５に記載の方法。
  57. 前記血液悪性腫瘍が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、骨髄増殖性腫瘍（ＭＰＮ）、リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、及び古典的ホジキンリンパ腫からなる群から選択される、請求項５６に記載の方法。
  58. 前記ＡＭＬが、未分化急性骨髄芽球性白血病、最小の成熟を伴う急性骨髄芽球性白血病、成熟を伴う急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病（ＡＰＬ）、急性骨髄単球性白血病、好酸球増加症を伴う急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、急性赤白血病、急性巨核芽球性白血病（ＡＭＫＬ）、急性好塩基球性白血病、線維症を伴う急性汎骨髄症、及び芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍（ＢＰＤＣＮ）から選択される、請求項５７に記載の方法。
  59. 前記ＡＭＬが、ＡＭＬ白血病幹細胞（ＬＳＣ）におけるＣＬＥＣ１２Ａの発現によって特徴付けられる、請求項５７又は５８に記載の方法。
  60. 前記ＬＳＣが、ＣＤ３４、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＴＩＭ３、ＣＤ２５、ＣＤ３２、及びＣＤ９６から選択される膜マーカーをさらに発現する、請求項５９に記載の方法。
  61. 前記ＡＭＬが、微小残存病変（ＭＲＤ）である、請求項５７～６０のいずれか一項に記載の方法。
  62. 前記ＭＲＤが、ＦＬＴ３－ＩＴＤ（（Ｆｍｓ様チロシンキナーゼ３）内部縦列重複（ＩＴＤ））、ＮＰＭ１（ヌクレオフォスミン１）、ＤＮＭＴ３Ａ（ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ遺伝子ＤＮＭＴ３Ａ）、及びＩＤＨ（イソクエン酸デヒドロゲナーゼ１及び２（ＩＤＨ１及びＩＤＨ２））から選択される突然変異の存在又は非存在によって特徴付けられる、請求項６１に記載の方法。
  63. 前記ＭＤＳが、多血球系異形成を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＭＬＤ）、単一血球系統異形成を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＳＬＤ）、環状鉄芽球を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＲＳ）、芽球増加を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＥＢ）、単離ｄｅｌ（５ｑ）を伴うＭＤＳ、及び分類不能ＭＤＳ（ＭＤＳ－Ｕ）から選択される、請求項５７に記載の方法。
  64. 前記ＭＤＳが、一次性ＭＤＳ又は二次性ＭＤＳである、請求項５７に記載の方法。
  65. 前記ＡＬＬが、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）及びＴ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｔ－ＡＬＬ）から選択される、請求項５７に記載の方法。
  66. 前記ＭＰＮが、真性赤血球増加症、本態性血小板血症（ＥＴ）、及び骨髄線維症から選択される、請求項５７に記載の方法。
  67. 前記非ホジキンリンパ腫が、Ｂ細胞リンパ腫及びＴ細胞リンパ腫から選択される、請求項５７に記載の方法。
  68. 前記リンパ腫が、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、リンパ芽球性リンパ腫（ＬＰＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、バーキットリンパ腫（ＢＬ）、原発性縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、有毛細胞白血病、形質細胞性骨髄腫（ＰＣＭ）又は多発性骨髄腫（ＭＭ）、成熟Ｔ／ＮＫ細胞腫瘍、及び組織球性腫瘍から選択される、請求項５７に記載の方法。
  69. 前記癌が、ＣＬＥＣ１２Ａを発現する、請求項５５～６８のいずれか一項に記載の方法。
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