JP2023512250A - IL13Rα2陽性悪性腫瘍の治療のための標的キメラ抗原受容体修飾T細胞 - Google Patents
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Abstract
変異型IL-13を含むキメラ抗原受容体分子に関する。変異型IL-13はIL13Rα1への結合が弱いため、IL13Rα1よりもIL13Rα2に対して選択的である。キメラ抗原受容体は、IL13Rα2を発現するがんの治療に使用できる。
Description
優先権の主張
本出願は、2020年1月31日に出願された米国仮出願No.62/968,975の利益を主張する。上記のすべての内容は、参照によりここに組み込まれる。
本出願は、2020年1月31日に出願された米国仮出願No.62/968,975の利益を主張する。上記のすべての内容は、参照によりここに組み込まれる。
技術分野
本開示は、IL13受容体に結合するように設計されたキメラ抗原受容体(CAR)、当該CARを発現するT細胞、当該CAR T細胞を製剤化する方法、及び抗がん剤としての使用方法に関する。
本開示は、IL13受容体に結合するように設計されたキメラ抗原受容体(CAR)、当該CARを発現するT細胞、当該CAR T細胞を製剤化する方法、及び抗がん剤としての使用方法に関する。
IL Rα2(非特許文献1)は、正常組織での発現が稀であること(非特許文献2)、多形性膠芽腫(GBM)(非特許文献3)、膵管腺がん(非特許文献4)、黒色腫(非特許文献5)、卵巣がん(非特許文献6)、明細胞腎細胞がん(非特許文献7)、乳がん(非特許文献8)、肺がん(非特許文献9)等多くのヒトのがんで過剰発現することから、汎用性のある治療標的である。2番目のIL13受容体ファミリーメンバーであるIL13Rα1は、より低い親和性でIL13と相互作用し(非特許文献1)、健康な組織に普遍的に発現する(非特許文献2)。さらに、IL13Rα1とIL 4 Rαは、IL13に高い親和性で結合し(非特許文献1)、JAK/STAT6経路を介したシグナル伝達を仲介する受容体ペアであり(非特許文献10)、肺組織で共発現している(非特許文献11)。IL13結合パートナーが健常組織においてこのように広く発現しているにもかかわらず、IL13-リガンド系CARは、GBM(非特許文献12及び13)での局所領域中枢神経系(CNS)送達系を用いた臨床試験中にヒトでの安全性を示しており、オンターゲット/オフディジーズ結合による毒性がこの文脈で問題にならないことを示唆する。
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しかしながら、全身性疾患の治療では、病変組織外のIL13結合パートナーの広範な発現がIL13系治療のシンクとして機能する可能性があり、その結果、安全性が懸念され、疾患部位への輸送が阻害される可能性がある。この分野の以前の研究では、IL13Rα1/IL4Rαから離れて直接結合する変異を含むIL13変異体に由来するCARを生成することによって、この問題に対処しようとした。E13の変異は、IL13Rα1(非特許文献14及び15)よりもIL13Rα2に対する選択性を向上させたが、E13Y変異では、組換え抗原と抗原発現がん細胞の両方の状況において、IL13Rα1の測定可能な認識が依然として可能である(非特許文献15)。IL13系CARにE13KとR109Kの両方の変異を加えると、IL13Rα2を発現するがん細胞と比較して、IL13Rα1を発現するがん細胞の認識が弱まることも示された(非特許文献16)。これらの例は有望であるが、IL13Rα2特異的IL13変異体を発生させるにはさらなる変異が必要であろう。このような分子を開発する上での課題は、CARを含むIL13の機能に対するIL13変異の影響を予測できないことである。
本開示は、様々ながんを治療するための変異型IL13(「変異型IL13CAR」)を含むIL13Rα2標的CARである。
本開示の変異型IL13 CARには、以下のアミノ酸配列:
本開示は、配列番号26又は27で表されるアミノ酸配列、スペーサー(例えば、配列番号9、10、11又は12を含む)、膜貫通ドメイン(例えば、配列番号14、15又は22を含む)、4-1BB共刺激ドメイン(構成配列番号42)及びCD3ゼータ細胞質ドメイン(配列番号21)を含む変異型IL13を含むIL13CARである。
本開示は、キメラ抗原受容体(CAR)をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、当該キメラ抗原受容体は、配列番号26又は配列番号27を含む標的ドメイン、スペーサー、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン、及びCD3ζシグナル伝達ドメインを含む、核酸分子である。様々な実施形態では、膜貫通ドメインは、1~5個のアミノ酸が修飾されたCD4膜貫通ドメイン又はその変異体、1~5個のアミノ酸が修飾されたCD8膜貫通ドメイン又はその変異体、1~5個のアミノ酸が修飾されたCD 28膜貫通ドメイン又はその変異体から選択され、ここで、IL13受容体標的ドメインは配列番号26又は配列番号27のアミノ酸配列からなり;共刺激ドメインは、1~5個のアミノ酸が修飾された4-1BB共刺激ドメイン又はその変異体、1~5個のアミノ酸が修飾されたCD 28共刺激ドメイン又はその変異体から選択され、ここで、共刺激ドメインは4-1BB共刺激ドメインであり;4-1BB共刺激ドメインは、配列番号24のアミノ酸配列又は1~5個のアミノ酸が修飾されたその変異体を含み;CD3ζシグナル伝達ドメインは、配列番号21のアミノ酸配列を含み;3~15個のアミノ酸のリンカーは、4-1BB共刺激ドメインとCD3ζシグナル伝達ドメイン又はその変異体の間に位置し;当該CARは、配列番号28~39のアミノ酸配列、又は1~5個のアミノ酸が修飾されたその変異体を含み;当該CARは、配列番号28で表されるアミノ酸配列と約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるアミノ酸配列を含み;当該CARは、配列番号29で表されるアミノ酸配列と約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるアミノ酸配列を含み;当該CARは、配列番号30で表されるアミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるアミノ酸配列を含み;当該CARは、配列番号31で表されるアミノ酸配列と約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるアミノ酸配列を含み;当該CARは、配列番号32で表されるアミノ酸配列と約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるアミノ酸配列を含み;当該CARは、配列番号33で表されるアミノ酸配列と約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるアミノ酸配列を含み;当該CARは、配列番号34で表されるアミノ酸配列と約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるアミノ酸配列を含み;当該CARは、配列番号35で表されるアミノ酸配列と約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるアミノ酸配列を含み;当該CARは、配列番号36で表されるアミノ酸配列と約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるアミノ酸配列を含み;当該CARは、配列番号37で表されるアミノ酸配列と約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるアミノ酸配列を含み;当該CARは、配列番号38で表されるアミノ酸配列と約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるアミノ酸配列を含み;当該CARは、配列番号39で表されるアミノ酸配列と少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であるアミノ酸配列を含む。本開示はまた、上記の核酸分子のいずれかを含む発現ベクターである。
本開示は、上記の核酸分子のいずれかを含むウイルスベクターである。
本開示はまた、上記の核酸分子のいずれかを含むヒトT細胞の集団である。本開示はまた、当該発現ベクター又はウイルスベクターのいずれかを含むヒトT細胞の集団である。様々な実施形態では、ヒトT細胞の集団は、セントラルメモリーT細胞、ナイーブメモリーT細胞、パンT細胞、又はCD25+細胞及びCD14+細胞に対して実質的に枯渇したPBMCを含む。
本開示はまた、膠芽腫、膵管腺がん、黒色腫、卵巣がん、腎細胞がん、乳がん又は肺がんに罹患している患者を治療する方法であって、ここに記載されている核酸がある自己又は同種のヒトT細胞の集団を投与することを含む方法である。様々な実施形態では、キメラ抗原受容体は、局所的又は全身的に投与される;キメラ抗原受容体を単回又は反復投与する。様々な実施形態では、キメラ抗原受容体は、IL13Rα2を発現しないIL13Rα1を発現する細胞を実質的に回避する。
本開示はまた、自己又は同種ヒトT細胞の集団を提供し、請求項1の核酸分子を含むベクターによってT細胞を形質導入することを含むCAR T細胞を調製する方法である。
本開示はまた、変異型IL13 CARを発現するベクターを備えるT細胞である。様々な実施形態では、形質導入されたヒトT細胞の少なくとも20%、30%、又は40%は、セントラルメモリーT細胞であり;形質導入されたヒトT細胞の少なくとも30%は、CD4+及びCD62L+又はCD8+及びCD62L+である。様々な実施形態では、ヒトT細胞集団は、配列番号27、29、30、及び31から選択されるアミノ酸配列を含むキメラ抗原受容体を発現するベクター、又は1~5個(例:1又は2)のアミノ酸が修飾された(例えば置換)その変異体を含む。
様々な実施形態では、ヒトT細胞の集団は、配列番号27、29、30若しくは31から選択されるアミノ酸配列を含むキメラ抗原受容体を発現するベクター、又は1~5個のアミノ酸が修飾された(例えば、1若しくは2個)その変異体(例えば、置換)を含むベクターを含み;ヒトT細胞の集団はセントラルメモリーT細胞(TCM細胞)を含むが例えば、少なくとも20%、30%、40%、50% 60%、70%、80%の細胞がTCM細胞である、又は、T細胞の集団がセントラルメモリーT細胞、ナイーブT細胞及び幹セントラルメモリー細胞(TCM/SCM/N細胞)の組み合わせで構成されている、例えば、少なくとも20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%の細胞がTCM/SCM/N細胞である。
ある実施形態では、T細胞の集団は、CD4+細胞及びCD8+細胞をともに含む(例えば、CD3+T細胞の少なくとも20%がCD4+であり、CD3+T細胞の少なくとも3%がCD8+であり、少なくとも70、80、又は90%がCD4+又はCD8+のいずれかである;細胞の少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、50%、60%がCD4+であり、CD3+細胞の少なくとも4%、5%、8%、10%、20%がCD8+細胞である)。ある実施形態では、ヒトT細胞の集団は患者に対して自己由来である。ある実施形態では、ヒトT細胞の集団は患者と同種である。
IL13Rα2標的CAR
本開示の変異型IL13 CARには、以下のアミノ酸配列:
本開示の変異型IL13 CARには、以下のアミノ酸配列:
有用なIL13変異体CARは、配列番号29、32、35又は38(シグナル配列欠損成熟CAR)のアミノ酸配列を含むか又はからなることができ、IL13変異体CARは、配列番号30、33、36又は39(GMCSFRaシグナル配列含有未成熟CAR)のアミノ酸配列を含むか又はからなることができる。したがって、CAR及びシグナル配列は、例えばヒトGM-CSF受容体αシグナル配列(MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIP;配列番号1)のようなシグナル配列を含む形で発現することができる。CARは、発現をモニタリングするのに有用なさらなる配列、例えば、T2Aスキップ配列及び切断型EGFRtで発現されることができる。CARは、発現をモニタリングするのに有用なさらなる配列、例えば、T2Aスキップ配列及び切断型CD19t、例えば、配列番号28、31、34及び37で発現されることができる。変異型IL13 CARは、最大1、2、3、4又は5個のアミノ酸が変化(できれば保存的アミノ酸変化)した配列番号28~29のいずれかのアミノ酸配列含むか又はからなることができる。
ある実施形態では、アミノ酸配列番号28及び29をコードする核酸は、ヒト細胞における発現用に最適化されたコドンである。
スペーサー領域
本開示によるCARは、変異型IL13ドメイン(すなわち、配列番号xC4又は配列番号xD7を含む変異型IL13)と膜貫通ドメインの間に位置するスペーサーを含むことができる。それらのいくつかは、ヒトFc領域の少なくとも部分、例えば、ヒトFc領域のヒンジ部分、若しくはCH3ドメイン又はその変異体を含む。以下の表1は、本明細書に記載されるCARにおいて用いられることができる様々なスペーサーを提供する。
表1:スペーサーの例
本開示によるCARは、変異型IL13ドメイン(すなわち、配列番号xC4又は配列番号xD7を含む変異型IL13)と膜貫通ドメインの間に位置するスペーサーを含むことができる。それらのいくつかは、ヒトFc領域の少なくとも部分、例えば、ヒトFc領域のヒンジ部分、若しくはCH3ドメイン又はその変異体を含む。以下の表1は、本明細書に記載されるCARにおいて用いられることができる様々なスペーサーを提供する。
表1:スペーサーの例
ヒンジ/リンカー領域はまた、配列がESKYGPPCPSCP(配列番号4)又はESKYGPPCPPCP(配列番号3)であるIgG4ヒンジ領域を含むことができる。当該ヒンジ/リンカー領域はまた、配列ESKYGPPCPPCP(配列番号3)、続いてリンカー配列GGGSSGGGSG(配列番号2)、続いてIgG4 CH3配列GQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(配列番号12)を含むことができる。従って、当該リンカー/スペーサー領域全体は、ESKYGPPCPPCPGGGSSGGGSGGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(配列番号11)という配列を含むことができる。ある場合では、配列番号10又は11と比較して、スペーサーに1、2、3、4、又は5つの単一のアミノ酸が変化(例えば保存的変化)する。ある場合では、IgG4のFcヒンジ/リンカー領域が2つの位置(L235E;N297Q)で変異し、Fc受容体(FcRs)による結合が減少する(例えば、配列番号10又は11を含むか又はからなる)。
膜貫通ドメイン
様々な膜貫通ドメインを用いることができる。表2には、適当な膜貫通ドメインが例示されている。
スペーサー領域が存在する場合、膜貫通ドメイン(TM)は、スペーサー領域のカルボキシ末端に位置する。
表2:膜貫通ドメインの例
様々な膜貫通ドメインを用いることができる。表2には、適当な膜貫通ドメインが例示されている。
スペーサー領域が存在する場合、膜貫通ドメイン(TM)は、スペーサー領域のカルボキシ末端に位置する。
表2:膜貫通ドメインの例
共刺激ドメインは、CD3ζシグナル伝達ドメインと共に用いるのに適したいかなるドメインでありうる。ある場合、共シグナル伝達ドメインは、KRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCEL(配列番号24)と、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%又はと同一である配列があげられる4-1BB共シグナル伝達ドメインである。ある場合、当該4-1BB共シグナル伝達ドメインは、配列番号24と比較して、1、2、3、4又は5個のアミノ酸が変化(好ましくは、保存的)している。
共刺激ドメインは、膜貫通ドメインとCD3ζシグナル伝達ドメインの間に位置する。表3は、CD3ζシグナル伝達ドメインの配列と適当な共刺激ドメインを例示する。
表3:CD3ζドメインと共刺激ドメインの例
表3:CD3ζドメインと共刺激ドメインの例
CD3ζシグナル伝達ドメイン
CD3ζシグナル伝達ドメインは、CD3ζシグナル伝達ドメインと共に用いるのに適したいかなるドメインであってよい。ある場合では、CD3ζシグナル伝達ドメインは、以下の配列:RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号21)と少なくとも90%、少なくとも95%、又は少なくとも98%同一又は同一である配列を含む。ある場合、CD3ζシグナル伝達は、配列番号21と比較して、1、2、3、4又は5個のアミノ酸が変化(好ましくは、保存的)している。
CD3ζシグナル伝達ドメインは、CD3ζシグナル伝達ドメインと共に用いるのに適したいかなるドメインであってよい。ある場合では、CD3ζシグナル伝達ドメインは、以下の配列:RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号21)と少なくとも90%、少なくとも95%、又は少なくとも98%同一又は同一である配列を含む。ある場合、CD3ζシグナル伝達は、配列番号21と比較して、1、2、3、4又は5個のアミノ酸が変化(好ましくは、保存的)している。
切断型EGFR及び切断型CD19
CD3ζシグナル伝達ドメインの後には、リボソームスキップ配列(例:LEGGEGRGSLLTCGDVEENPGPR;配列番号40)及び、以下の
CD3ζシグナル伝達ドメインの後には、リボソームスキップ配列(例:LEGGEGRGSLLTCGDVEENPGPR;配列番号40)及び、以下の
あるいはCD3ζシグナル伝達ドメインの後には、リボソームスキップ配列(例:LEGGEGRGSLLTCGDVEENPGPR;配列番号40)及び、以下の
「アミノ酸修飾」とは、タンパク質又はペプチド配列におけるアミノ酸置換、挿入、及び/又は欠失を意味する。「アミノ酸置換」又は「置換」とは、親ペプチド又はタンパク質配列中の特定の位置のアミノ酸を他のアミノ酸で置換することをいう。当該置換は、非保存的様式(すなわち、コドンを、ある特定の大きさ又は特性があるアミノ酸群に属するアミノ酸から他の群に属するアミノ酸に変化させる)又は保存的様式(すなわち、コドンを、ある特定の大きさ又は特性があるアミノ酸の群に属するアミノ酸から同じ群に属するアミノ酸に変化させる)で、得られたタンパク質中のアミノ酸を変化させることができる。当該保存的変化では、一般に、結果として生じるタンパク質の構造及び機能の変化がより少なくなる。アミノ酸の分類の例として、1)非極性R基があるアミノ酸:アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン、メチオニン;2)極性R基が非電荷であるアミノ酸:グリシン、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、グルタミン;3)極性R基があるアミノ酸(pH6.0で負に帯電):アスパラギン酸、グルタミン酸;4)塩基性アミノ酸(pH6.0で正に帯電):リジン、アルギニン、ヒスチジン(pH6.0)があげられる。他のグループとして、フェニルアラニン、トリプトファン、チロシンといったフェニル基があるアミノ酸があげられる。
ある場合、CARは、CARオープンリーディングフレームの後にT2Aリボソームスキップ配列及び細胞質シグナル伝達尾部が欠失した切断型EGFR(EGFRt)又は切断型CD19(CD19Rt)が続くベクターを用いて作製することができる。
サイトカインストーム及び標的外毒性を回避するための増殖の効率的な制御は、T細胞免疫療法の成功にとって重要なハードルである。この配置により、EGFRt又はCD19Rtの共発現は、遺伝子組換え細胞を正確に測定することができる、不活性で非免疫原性の表面マーカーを提供することで、遺伝子組換え細胞を積極的に選択し、かつ養子移入後のインビボにおける治療用T細胞を効率的に追跡することができる。サイトカインストームとオフターゲット毒性を回避するために増殖を効率的に制御することは、T細胞免疫療法の成功にとって重要なハードルである。レンチウイルスベクターに組み込まれたEGFRt又はCD19Rtは、治療関連の毒性がある場合、CAR+T細胞を切除するための自殺遺伝子として作用することができる。
本開示のCARは、好ましくは組換えDNA技術を用いて製造されるが、当技術分野で公知のいかなる手段により製造されうる。キメラ受容体のいくつかの領域をコードする核酸は、当技術分野で公知の分子クローニングの標準的な技術(ゲノムライブラリースクリーニング、オーバーラップPCR、プライマー支援ライゲーション、部位特異的突然変異誘発等)により、簡便に調製し、完全なコード配列を構築することができる。得られたコード領域は、好ましくは発現ベクターに挿入され、好適な発現宿主細胞系、好ましくはTリンパ球、最も好ましくは自己Tリンパ球の形質転換に用いられる。末梢血単核細胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMC)からセントラルメモリーT細胞を単離するには、CD45RO+/CD62L+細胞を選択し、例えば免疫磁気学的に目的の受容体を発現する細胞を選択するCliniMACS(登録商標)装置を用いることができる。セントラルメモリーT細胞が富化された細胞は、例えば、当該CARの発現を指示するレンチウイルスベクター、ならびに生体内検出、アブレーション、及び潜在的な生体外(ex vivo)選択用の非免疫原性表面マーカーで形質導入された抗CD3/CD28で活性化することができる。活性化/遺伝子組換えCAR T細胞は、IL-2/IL-15で生体外増殖され、及び次いで凍結保存することができる。CAR T細胞を調製するさらなる方法は、PCT/US2016/043392に記載されている。
特段の場合以外は、本明細書中で用いられる全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者により一般に理解されるものと同義である。本発明で用いる方法及び材料は本明細書に記載されるが、当該技術分野で公知の他の適当な方法及び材料も用いてよい。材料、方法、及び実施例は、例示に過ぎず、限定することを意図しない。本明細書に記載されている全ての刊行物、特許出願、特許、配列、データベース表示、及び他の参考文献は、全ての目的のため、その全体が参照され援用される。矛盾がある場合、定義がある場合は本明細書の記載が優先される。本発明の他の特徴及び利点は、以下の記載及び図面、並びに特許請求の範囲から明らかであろう。
本開示では、IL13Rα2を標的とする変異IL13ドメインがあるCARの生成と抗腫瘍効果が記載される。CAR T細胞はL13Rα2発現ヒトがん株に対して強力な抗原依存性細胞毒性を示した。マウス腫瘍モデルにおけるCAR T細胞のインビボ送達により、抗原陽性疾患が除去され、かつ、全生存期間が延長された。
IL13Rα2標的CAR
本開示のCARには、以下のアミノ酸配列:
本開示のCARには、以下のアミノ酸配列:
有用なIL13変異体CARは、配列番号29、32、35又は38(シグナル配列欠損成熟CAR)のアミノ酸配列を含むか又はからなることができ、IL13変異体CARは、配列番号30、33、36又は39(GMCSFRaシグナル配列含有未成熟CAR)のアミノ酸配列を含むか又はからなることができる。したがって、CAR及びシグナル配列は、例えばヒトGM-CSF受容体αシグナル配列(MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIP;配列番号1)のようなシグナル配列を含む形で発現することができる。CARは、発現をモニタリングするのに有用なさらなる配列、例えば、T2Aスキップ配列及び切断型EGFRtで発現されることができる。CARは、発現をモニタリングするのに有用なさらなる配列、例えば、T2Aスキップ配列及び切断型CD19t、例えば、配列番号28、31、34及び37で発現されることができる。変異型IL13 CARは、最大1、2、3、4又は5個のアミノ酸が変化(できれば保存的アミノ酸変化)した配列番号28~29のいずれかのアミノ酸配列含むか又はからなることができる。
ある実施形態では、アミノ酸配列配列番号28及び29をコードする核酸は、ヒト細胞における発現用に最適化されたコドンである。
スペーサー領域
本開示によるCARは、変異型IL13ドメイン(すなわち、配列番号xC4又は配列番号xD7を含む変異型IL13)と膜貫通ドメインの間に位置するスペーサーを含むことができる。様々な異なるスペーサーを用いることができる。それらのいくつかは、ヒトFc領域の少なくとも部分、例えば、ヒトFc領域のヒンジ部分、若しくはCH3ドメイン又はその変異体を含む。以下の表1は、本明細書に記載されるCARにおいて用いられることができる様々なスペーサーを提供する。
表1:スペーサーの例
本開示によるCARは、変異型IL13ドメイン(すなわち、配列番号xC4又は配列番号xD7を含む変異型IL13)と膜貫通ドメインの間に位置するスペーサーを含むことができる。様々な異なるスペーサーを用いることができる。それらのいくつかは、ヒトFc領域の少なくとも部分、例えば、ヒトFc領域のヒンジ部分、若しくはCH3ドメイン又はその変異体を含む。以下の表1は、本明細書に記載されるCARにおいて用いられることができる様々なスペーサーを提供する。
表1:スペーサーの例
ヒンジ/リンカー領域はまた、配列がESKYGPPCPSCP(配列番号4)又はESKYGPPCPPCP(配列番号3)であるIgG4ヒンジ領域を含むことができる。当該ヒンジ/リンガー領域はまた、配列ESKYGPPCPPCP(配列番号3)、続いてリンカー配列GGGSSGGGSG(配列番号2)、続いてIgG4 CH3配列GQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(配列番号12)を含むことができる。従って、当該リンカー/スペーサー領域全体は、ESKYGPPCPPCPGGGSSGGGSGGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(配列番号11)という配列を含むことができる。ある場合では、当該スペーサーには、配列番号11と比較して、1、2、3、4又は5個の単一のアミノ酸が変化(例えば、保存的変化)している。ある場合では、IgG4 Fcヒンジ/リンカー領域は、Fc受容体(FcR)による結合が低下するように、2つの位置(L235E;N297Q)で変異する。
膜貫通ドメイン
様々な膜貫通ドメインを用いることができる。表2には、適当な膜貫通ドメインが例示されている。
スペーサー領域が存在する場合、膜貫通ドメイン(TM)は、スペーサー領域のカルボキシ末端に位置する。
表2:膜貫通ドメインの例
様々な膜貫通ドメインを用いることができる。表2には、適当な膜貫通ドメインが例示されている。
スペーサー領域が存在する場合、膜貫通ドメイン(TM)は、スペーサー領域のカルボキシ末端に位置する。
表2:膜貫通ドメインの例
共刺激ドメインは、CD3ζシグナル伝達ドメインと共に用いるのに適したいかなるドメインでありうる。ある場合、共シグナル伝達ドメインは、KRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCEL(配列番号24)と、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%又はと同一である配列があげられる4-1BB共シグナル伝達ドメインである。ある場合、当該4-1BB共シグナル伝達ドメインは、配列番号24と比較して、1、2、3、4又は5個のアミノ酸が変化(好ましくは、保存的)している。
共刺激ドメインは、膜貫通ドメインとCD3ζシグナル伝達ドメインの間に位置する。表3は、CD3ζシグナル伝達ドメインの配列と適当な共刺激ドメインを例示する。
表3:CD3ζドメインと共刺激ドメインの例
表3:CD3ζドメインと共刺激ドメインの例
CD3ζシグナル伝達ドメイン
CD3ζシグナル伝達ドメインは、CD3ζシグナル伝達ドメインと共に用いるのに適したいかなるドメインであってよい。ある場合では、CD3ζシグナル伝達ドメインは、以下の配列:RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号21)と少なくとも90%、少なくとも95%、又は少なくとも98%同一又は同一である配列を含む。ある場合、CD3ζシグナル伝達は、配列番号21と比較して、1、2、3、4又は5個のアミノ酸が変化(好ましくは、保存的)している。
CD3ζシグナル伝達ドメインは、CD3ζシグナル伝達ドメインと共に用いるのに適したいかなるドメインであってよい。ある場合では、CD3ζシグナル伝達ドメインは、以下の配列:RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号21)と少なくとも90%、少なくとも95%、又は少なくとも98%同一又は同一である配列を含む。ある場合、CD3ζシグナル伝達は、配列番号21と比較して、1、2、3、4又は5個のアミノ酸が変化(好ましくは、保存的)している。
切断型EGFR及び切断型CD19
CD3ζシグナル伝達ドメインの後には、リボソームスキップ配列(例:LEGGEGRGSLLTCGDVEENPGPR;配列番号40)及び、以下の
CD3ζシグナル伝達ドメインの後には、リボソームスキップ配列(例:LEGGEGRGSLLTCGDVEENPGPR;配列番号40)及び、以下の
あるいはCD3ζシグナル伝達ドメインの後には、リボソームスキップ配列(例:LEGGEGRGSLLTCGDVEENPGPR;配列番号40)及び、以下の
「アミノ酸修飾」とは、タンパク質又はペプチド配列におけるアミノ酸置換、挿入、及び/又は欠失を意味する。「アミノ酸置換」又は「置換」とは、親ペプチド又はタンパク質配列中の特定の位置のアミノ酸を他のアミノ酸で置換することをいう。当該置換は、非保存的様式(すなわち、コドンを、ある特定の大きさ又は特性があるアミノ酸群に属するアミノ酸から他の群に属するアミノ酸に変化させる)又は保存的様式(すなわち、コドンを、ある特定の大きさ又は特性があるアミノ酸の群に属するアミノ酸から同じ群に属するアミノ酸に変化させる)で、得られたタンパク質中のアミノ酸を変化させることができる。当該保存的変化では、一般に、結果として生じるタンパク質の構造及び機能の変化がより少なくなる。アミノ酸の分類の例として、1)非極性R基があるアミノ酸:アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン、メチオニン;2)極性R基が非電荷であるアミノ酸:グリシン、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、グルタミン;3)極性R基があるアミノ酸(pH6.0で負に帯電):アスパラギン酸、グルタミン酸;4)塩基性アミノ酸(pH6.0で正に帯電):リジン、アルギニン、ヒスチジン(pH6.0)があげられる。他のグループとして、フェニルアラニン、トリプトファン、チロシンといったフェニル基があるアミノ酸があげられる。
ある場合、CARは、CARオープンリーディングフレームの後にT2Aリボソームスキップ配列及び細胞質シグナル伝達尾部が欠失した切断型EGFR(EGFRt)又は切断型CD19(CD19Rt)が続くベクターを用いて作製することができる。
サイトカインストーム及び標的外毒性を回避するための増殖の効率的な制御は、T細胞免疫療法の成功にとって重要なハードルである。この配置により、EGFRt又はCD19Rtの共発現は、遺伝子組換え細胞を正確に測定することができる、不活性で非免疫原性の表面マーカーを提供することで、遺伝子組換え細胞を積極的に選択し、かつ養子移入後のインビボにおける治療用T細胞を効率的に追跡することができる。サイトカインストームとオフターゲット毒性を回避するために増殖を効率的に制御することは、T細胞免疫療法の成功にとって重要なハードルである。レンチウイルスベクターに組み込まれたEGFRt又はCD19Rtは、治療関連の毒性がある場合、CAR+T細胞を切除するための自殺遺伝子として作用することができる。
本開示のCARは、好ましくは組換えDNA技術を用いて製造されるが、当技術分野で公知のいかなる手段により製造されうる。キメラ受容体のいくつかの領域をコードする核酸は、当技術分野で公知の分子クローニングの標準的な技術(ゲノムライブラリースクリーニング、オーバーラップPCR、プライマー支援ライゲーション、部位特異的突然変異誘発等)により、簡便に調製し、完全なコード配列を構築することができる。得られたコード領域は、好ましくは発現ベクターに挿入され、好適な発現宿主細胞系、好ましくはTリンパ球、最も好ましくは自己Tリンパ球の形質転換に用いられる。
患者から分離された様々なT細胞サブセットをCAR発現用ベクターで形質導入することができる。セントラルメモリーT細胞は有用なT細胞サブセットの一つである。末梢血単核細胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMC)からセントラルメモリーT細胞を単離するには、CD45RO+/CD62L+細胞を選択し、例えば免疫磁気学的に目的の受容体を発現する細胞を選択するCliniMACS(登録商標)装置を用いることができる。セントラルメモリーT細胞が富化された細胞は、例えば、当該CARの発現を指示するレンチウイルスベクター、ならびに生体内検出、アブレーション、及び潜在的な生体外(ex vivo)選択用の非免疫原性表面マーカーで形質導入された抗CD3/CD28で活性化することができる。活性化/遺伝子組換えCAR T細胞は、IL-2/IL-15で生体外増殖され、及び次いで凍結保存することができる。CAR T細胞を調製するさらなる方法は、PCT/US2016/043392に記載されている。
本発明は、特許請求の範囲に記載されている発明の範囲を限定しない以下の例にさらに記載されている。
IL13変異体はIL13Rα2に選択的に結合する
IL13C4及びIL13D7は、野生型IL13(WT)(Moraga,Richter et al.2015)と比較してIL13Rα1に対する親和性が低下した変異体である。IL13Rα1及びIL13Rα2はIL13(図1A)上で極めて類似した結合インターフェースを共有するため、IL13C4及びIL13D7はIL13Rα2に対して同様の親和性低下を示す可能性がある。受容体結合を評価するため、WT、C4、D7を各々酵母の表面に表示した。酵母を組換えIL13Rα1又はIL13Rα2とインキュベートし、フローサイトメトリー(図1B)によって結合を分析した。予想通り、WTはIL13Rα1とIL13Rα2にともに強く結合した。C4とD7はいずれもWTと同等のIL13Rα2結合を示したが、試験した濃度ではIL13Rα1との結合は検出できなかった。表面プラズモン共鳴の研究は、これらの観察をさらに確認した(図1C及び図2A-F)。WT、C4、D7はいずれもIL13Rα2(各々0.001nM、0.393nM、0.003nM)に対してナノモル以下の親和性を示す。しかし、3つの変異体はIL13Rα1への結合親和性が大きく異なり、以前の報告(Moraga,Richter et al.2015)を裏付けている。これらの違いにより、IL13Rα1と比較してIL13Rα2の選択性は数logの範囲となり、WT、C4、D7はIL13Rα1と比較してIL13Rα2に対して440倍、92,000倍、140万倍強い親和性を示すことが明らかである。
IL13C4及びIL13D7は、野生型IL13(WT)(Moraga,Richter et al.2015)と比較してIL13Rα1に対する親和性が低下した変異体である。IL13Rα1及びIL13Rα2はIL13(図1A)上で極めて類似した結合インターフェースを共有するため、IL13C4及びIL13D7はIL13Rα2に対して同様の親和性低下を示す可能性がある。受容体結合を評価するため、WT、C4、D7を各々酵母の表面に表示した。酵母を組換えIL13Rα1又はIL13Rα2とインキュベートし、フローサイトメトリー(図1B)によって結合を分析した。予想通り、WTはIL13Rα1とIL13Rα2にともに強く結合した。C4とD7はいずれもWTと同等のIL13Rα2結合を示したが、試験した濃度ではIL13Rα1との結合は検出できなかった。表面プラズモン共鳴の研究は、これらの観察をさらに確認した(図1C及び図2A-F)。WT、C4、D7はいずれもIL13Rα2(各々0.001nM、0.393nM、0.003nM)に対してナノモル以下の親和性を示す。しかし、3つの変異体はIL13Rα1への結合親和性が大きく異なり、以前の報告(Moraga,Richter et al.2015)を裏付けている。これらの違いにより、IL13Rα1と比較してIL13Rα2の選択性は数logの範囲となり、WT、C4、D7はIL13Rα1と比較してIL13Rα2に対して440倍、92,000倍、140万倍強い親和性を示すことが明らかである。
この選択性をさらに確認するために、IL13 WT、IL13C4、及びIL13D7を、IL13Rα1を介した活性化が機能的出力をもたらす様々な生物学的アッセイでテストした。まず、可溶性IL13変異体をIL13応答性A549細胞に対して15分間滴定し、STAT6のリン酸化をフローサイトメトリー(図3A)によって評価した。WTと比較して、D7とC4はどちらもSTAT6リン酸化の減衰を示し、後者はより顕著であった。次に、ヒト線維芽細胞をIL13変異体で8時間刺激し、CCL26遺伝子のアップレギュレーションをqPCR(図3B)で評価した。いずれの濃度でも、WTはCCL26の強いアップレギュレーションを誘導した。D7は減弱反応を示し、高濃度の1μg/mLではアップレギュレーションのみを誘導した。C4は試験した両濃度で基本的に反応を示さなかった。最後に、IL13変異体をTF-1に対して96時間滴定し、細胞増殖を(図3C)追跡した。WTと比較して、D7とC4による治療では増殖が弱まり、後者の方がより顕著であった。
変異体IL13 CAR
C4 IL13、D7 IL13、E12Y IL13又はWT IL13を含むCARを作製した。4つのCARはそれ以外は同一であり、CD28共刺激性があった。CARには、Fc受容体結合を軽減させるためにCH2領域内の2つの部位(L235E;N297Q)で変異させたIgG4-Fcリンカー、CD28膜貫通ドメイン、及びCD3ζ(図4A)と直列のCD28の細胞内シグナル伝達ドメインが含まれた。発明者らのグループや他の研究者らは、CD28系共刺激を伴うIL13系CAR(Brombacher,Nono et al.2017)がIL13Rα1発現をより高感度に認識することを見出した。そこで、IL13Rα2特異性をよりよく識別するために、CARバックボーンの一部としてCD 28共刺激を用いた。さらに、CARカセットには、T2Aリボソームスキップ配列に続いて、レンチウイルストランスダクション効率、細胞追跡、及びエンリッチメントのマーカーとして用いられる切断型CD19がある。細胞形質導入用のCD19RtとCAR検出用のIgG4-Fcのフローサイトメトリー分析により、4つのIL13-CAR変異体(図4B)について同等の発現が確認された。すべてのインビトロ及びインビボ研究において、IL13-CARはナイーブ/メモリーT細胞(Tn/mem)で操作された。Tn/memは、ナイーブT細胞(Tn)とともに、セントラルメモリー(Tcm)と幹細胞メモリー(Tscm)の集団をともに含む、濃縮されたCD62L+ナイーブ及びメモリーT細胞である。
C4 IL13、D7 IL13、E12Y IL13又はWT IL13を含むCARを作製した。4つのCARはそれ以外は同一であり、CD28共刺激性があった。CARには、Fc受容体結合を軽減させるためにCH2領域内の2つの部位(L235E;N297Q)で変異させたIgG4-Fcリンカー、CD28膜貫通ドメイン、及びCD3ζ(図4A)と直列のCD28の細胞内シグナル伝達ドメインが含まれた。発明者らのグループや他の研究者らは、CD28系共刺激を伴うIL13系CAR(Brombacher,Nono et al.2017)がIL13Rα1発現をより高感度に認識することを見出した。そこで、IL13Rα2特異性をよりよく識別するために、CARバックボーンの一部としてCD 28共刺激を用いた。さらに、CARカセットには、T2Aリボソームスキップ配列に続いて、レンチウイルストランスダクション効率、細胞追跡、及びエンリッチメントのマーカーとして用いられる切断型CD19がある。細胞形質導入用のCD19RtとCAR検出用のIgG4-Fcのフローサイトメトリー分析により、4つのIL13-CAR変異体(図4B)について同等の発現が確認された。すべてのインビトロ及びインビボ研究において、IL13-CARはナイーブ/メモリーT細胞(Tn/mem)で操作された。Tn/memは、ナイーブT細胞(Tn)とともに、セントラルメモリー(Tcm)と幹細胞メモリー(Tscm)の集団をともに含む、濃縮されたCD62L+ナイーブ及びメモリーT細胞である。
IL13-CAR T細胞の標的特異性を評価するため、組換えヒトIL13Rα2及びIL13Rα1に対する結合親和性を用量反応曲線(図4C)で評価した。示されたIL13系構築物を安定的に発現するT細胞をビオチニル化したIL13Rα1又はIL13Rα2で4°Cで1時間滴定し、IL13に結合する受容体のレベルを、細胞をAlexa Fluor-647に結合させたストレプトアビジンとインキュベートすることによって測定した。E12Y及びD7 CAR T細胞はWTと同様の親和性でIL13Rα2に結合するが、すなわち、各々1.8nM(95%信頼区間:1.0-3.7nM)、4.2nM(95%信頼区間:2.8-6.3nM)及び1.7nM(95%信頼区間:1.2-2.4nM)であり、C4はより弱い親和性である29nM(95%信頼区間:23-36)を示した(図4C右パネル)。特に、IL13由来CARのIL13Rα2に対する親和性は、遊離タンパク質よりも2~3桁弱い。対照的に、D7及びC4 CAR T細胞は、分析された濃度範囲でIL13Rα1に最小の結合を示したが、WTとE12Yはほぼ同じ親和性(34nM;95% CI:両変異株とも21-54nM)を示した(図4C左パネル)。
IL13Rα2標的化におけるC4及びD7 IL13変異体CAR T細胞の機能的特性化
IL13野生型及び変異型CAR T細胞のIL13Rα2標的化能を抗原特異的T細胞活性化の検討により評価した。これらの機能研究のために、3つのIL13Rα2発現ヒトがん細胞株を用いた。患者由来の原発性神経膠芽腫腫瘍系統PBT 030-2及びヒト神経膠腫系統U251Tは、内因的にIL13Rα2を高レベルで発現しており、病理学的状態での過剰発現と一致している(図5A-5C)。IL13受容体ファミリー陰性ヒト線維肉腫細胞株HT 1080は、IL13Rα2(HT 1080-IL13Rα2)を過剰発現するように操作された。細胞株におけるIL13Rα2の発現は、フローサイトメトリー、ウェスタンブロット及びqPCR(図5A-5C)によって確認された。CD107aを脱顆粒のマーカーとして用い、3つのIL13Rα2発現細胞株とエフェクター対標的(E:T)比1:1で5時間共培養した後、CAR T細胞のエフェクター機能を評価した。WT、E12Y、D7、及びC4 CAR T細胞は、陽性細胞の割合として測定されたIL13Rα2を発現するすべての細胞株に対して同等のCD 107 a発現を示し、模擬(非形質導入)T細胞(図6A)ではごくわずかなCD 107 a発現が見られた。T細胞活性の別の尺度として、フローサイトメトリーによる細胞内IFN-γ産生(図6B)と、固定化組換えヒトIL13Rα2-Fc(図6C)の濃度上昇に応答して分泌されるIFN-γの両方のサイトカイン産生を評価した。IL13Rα2を発現する細胞株とE:T 1:1で5時間培養した後の細胞内IFN-γ陽性細胞の割合は、WT、E12Y、D7、及びC4 CAR T細胞全体で同程度であり、模擬T細胞ではIFN-γの産生はごくわずかであった。IL13Rα2濃度の関数として分泌されるIFN-γのレベルはCAR T細胞の種類によって異なり、WT及びE12Y CAR T細胞が最も高いIFN-γ濃度を分泌し、次いでD7、C4 CAR T細胞の順であった。
IL13野生型及び変異型CAR T細胞のIL13Rα2標的化能を抗原特異的T細胞活性化の検討により評価した。これらの機能研究のために、3つのIL13Rα2発現ヒトがん細胞株を用いた。患者由来の原発性神経膠芽腫腫瘍系統PBT 030-2及びヒト神経膠腫系統U251Tは、内因的にIL13Rα2を高レベルで発現しており、病理学的状態での過剰発現と一致している(図5A-5C)。IL13受容体ファミリー陰性ヒト線維肉腫細胞株HT 1080は、IL13Rα2(HT 1080-IL13Rα2)を過剰発現するように操作された。細胞株におけるIL13Rα2の発現は、フローサイトメトリー、ウェスタンブロット及びqPCR(図5A-5C)によって確認された。CD107aを脱顆粒のマーカーとして用い、3つのIL13Rα2発現細胞株とエフェクター対標的(E:T)比1:1で5時間共培養した後、CAR T細胞のエフェクター機能を評価した。WT、E12Y、D7、及びC4 CAR T細胞は、陽性細胞の割合として測定されたIL13Rα2を発現するすべての細胞株に対して同等のCD 107 a発現を示し、模擬(非形質導入)T細胞(図6A)ではごくわずかなCD 107 a発現が見られた。T細胞活性の別の尺度として、フローサイトメトリーによる細胞内IFN-γ産生(図6B)と、固定化組換えヒトIL13Rα2-Fc(図6C)の濃度上昇に応答して分泌されるIFN-γの両方のサイトカイン産生を評価した。IL13Rα2を発現する細胞株とE:T 1:1で5時間培養した後の細胞内IFN-γ陽性細胞の割合は、WT、E12Y、D7、及びC4 CAR T細胞全体で同程度であり、模擬T細胞ではIFN-γの産生はごくわずかであった。IL13Rα2濃度の関数として分泌されるIFN-γのレベルはCAR T細胞の種類によって異なり、WT及びE12Y CAR T細胞が最も高いIFN-γ濃度を分泌し、次いでD7、C4 CAR T細胞の順であった。
IL13野生型と変異型CAR T細胞の機能的差異をさらに調べるために、インビトロでの腫瘍殺傷試験を行った。CAR T細胞を腫瘍標的PBT 030-2、U251T、HT 1080-IL13Rα2とE:T 1:10で2日間共培養し、生残腫瘍細胞をフローサイトメトリーで計数し、結果は模擬T細胞と培養後の腫瘍細胞数に正規化した比率で表された。CAR T細胞(WT、E12Y、D7、及びC4)の全ては、同様の効率で腫瘍細胞を殺した (図6 D)。CAR T細胞の機能的特徴は、各実験内の4つの異なる健康なドナーで一貫していた。長期殺菌試験では、PBT 030-2とE:T 1:50で共培養したCAR T細胞は、IL13変異体に関係なく、4つのドナー(図6E)にわたって同様の細胞溶解活性を示した。重要なことに、IL-13ムテインCARを用いて観察された細胞毒性は、模擬T細胞及び非T細胞対照よりも有意に高かった(全例でp<0.005)。同じ実験から、7日間の共培養後の生きたCAR T細胞の分析は、生きたT細胞が観察されなかった(図6F)非T細胞及び模擬対照と比較して、野生型及び変異型CAR T細胞における持続性/増殖を示した。注目すべきことに、C4は他のIL13 CARと比較してCAR T細胞の持続/拡大のレベルが低く、抗原依存性増殖の可能性が低いことが示唆された。
例5:患者由来IL13Rα2+異種移植マウスモデルはIL13変異CAR T細胞による治療後の生存率の改善を示す
ホタルルシフェラーゼ(ffluc)レポーター遺伝子(Brown,Starr et al.2012)を発現するように改変したIL13Rα2 PBT 030-2細胞を用いて、以前に確立した異種移植脳腫瘍モデルにおいて、CAR T細胞のインビボ抗腫瘍効果を評価した。3つの独立した実験では、腫瘍を持つNSGマウス(頭蓋内に注入された1×106個の腫瘍細胞;9±1日生着)に腫瘍内(i.t.)を0.3×106の模擬T細胞(非形質導入)に注入すると、非処理対照と同様に腫瘍増殖と生存が認められたが、WT、E12Y、C4、及びD7 CAR T細胞による処理は、腫瘍量を効率的に減少させた(図7A)。カプランマイヤ―生存分析は、IL13野生型及び変異型CAR T細胞で処理したマウスの生存率の改善を示しており(図7Bと図8)、150日目までにIL13野生型及び変異型CAR T細胞で処理したマウスでは、腫瘍のないマウスと腫瘍が再発したマウスの数は同程度であった(図7C)。総合すると、これらの結果は、C4及びD7 CAR T細胞が、WT及びE12Y CAR T細胞処理と比較して、IL13Rα2発現腫瘍に対して同様のインビボ抗腫瘍活性を示すことを示している。
ホタルルシフェラーゼ(ffluc)レポーター遺伝子(Brown,Starr et al.2012)を発現するように改変したIL13Rα2 PBT 030-2細胞を用いて、以前に確立した異種移植脳腫瘍モデルにおいて、CAR T細胞のインビボ抗腫瘍効果を評価した。3つの独立した実験では、腫瘍を持つNSGマウス(頭蓋内に注入された1×106個の腫瘍細胞;9±1日生着)に腫瘍内(i.t.)を0.3×106の模擬T細胞(非形質導入)に注入すると、非処理対照と同様に腫瘍増殖と生存が認められたが、WT、E12Y、C4、及びD7 CAR T細胞による処理は、腫瘍量を効率的に減少させた(図7A)。カプランマイヤ―生存分析は、IL13野生型及び変異型CAR T細胞で処理したマウスの生存率の改善を示しており(図7Bと図8)、150日目までにIL13野生型及び変異型CAR T細胞で処理したマウスでは、腫瘍のないマウスと腫瘍が再発したマウスの数は同程度であった(図7C)。総合すると、これらの結果は、C4及びD7 CAR T細胞が、WT及びE12Y CAR T細胞処理と比較して、IL13Rα2発現腫瘍に対して同様のインビボ抗腫瘍活性を示すことを示している。
例6:IL13変異CAR T細胞はIL13Rα1発現腫瘍に対するエフェクター活性の低下を示す
IL13Rα1の発現が異なるあるヒトがん細胞株を用いて、IL13野生型及び変異型CAR T細胞の相対的エフェクター活性を評価した。ヒト肺腺がん細胞株A549は内因的に中程度のIL13Rα1を発現するが、IL13Rα2やIL4Rαは検出されない。IL13Rα1、IL13Rα2、又はIL4Rαを発現しないヒト線維肉腫細胞系HT 1080は、IL13Rα1(HT1080-IL13Rα1と表記)又はIL13Rα1とIL4Rα(HT 1080-IL13Rα1-IL 4 Rαと表記)をともに、のいずれかを過剰発現するように操作された(図5A-5C)。CAR T細胞とIL13Rα1発現腫瘍細胞(A549とHT 1080-IL13Rα1)を1:1 E:Tで5時間共培養すると、WTとE12YはC4とD7よりもCD107a(図9A)の表面発現とIFN-γ(図9B)の細胞内発現を有意に多く誘導した(全ての比較でp<0.05)。対照的に、CAR T細胞をHT 1080-ILRα1-IL4Rαと共培養した場合、E12YとD7は表面CD107aと細胞内IFN-γの類似した発現を示したが、C4はどちらのアッセイにおいてもE12Yと比較して減弱応答を示した(いずれもp<0.05)。特に、HT 1080-IL13Rα1-IL4Rα細胞に対して、すべてのムテインCAR T細胞(E12Y、C4、及びD7)は、WT CAR T細胞と比較して、IFN-γ産生細胞の頻度が有意に低かった。プレート結合IL13Rα1による培養後に分泌されたIFN-γを評価したところ、CAR変異体の間でT細胞活性に明確な違いがあることが明らかになった。WTとE12YはいずれもC4及びD7と比較して有意に高いIFN-γレベルを分泌し、C4及びD7はほとんど検出できなかった(図9C)。IL13Rα1を発現するがん細胞株に対する長期殺処分試験の結果は、脱顆粒及びサイトカイン産生試験の結果を反映しており、C4及びD7 CAR T細胞は、WT及びE12Yと比較して殺処分の減少を示した(図9D)。HT 1080-ILRα1-IL4Rαに対して、D7はE12Y及びWTと同程度に殺腫瘍性を示したが、C4は有意に殺腫瘍性が低かった(全ての比較でp<0.05)。
IL13Rα1の発現が異なるあるヒトがん細胞株を用いて、IL13野生型及び変異型CAR T細胞の相対的エフェクター活性を評価した。ヒト肺腺がん細胞株A549は内因的に中程度のIL13Rα1を発現するが、IL13Rα2やIL4Rαは検出されない。IL13Rα1、IL13Rα2、又はIL4Rαを発現しないヒト線維肉腫細胞系HT 1080は、IL13Rα1(HT1080-IL13Rα1と表記)又はIL13Rα1とIL4Rα(HT 1080-IL13Rα1-IL 4 Rαと表記)をともに、のいずれかを過剰発現するように操作された(図5A-5C)。CAR T細胞とIL13Rα1発現腫瘍細胞(A549とHT 1080-IL13Rα1)を1:1 E:Tで5時間共培養すると、WTとE12YはC4とD7よりもCD107a(図9A)の表面発現とIFN-γ(図9B)の細胞内発現を有意に多く誘導した(全ての比較でp<0.05)。対照的に、CAR T細胞をHT 1080-ILRα1-IL4Rαと共培養した場合、E12YとD7は表面CD107aと細胞内IFN-γの類似した発現を示したが、C4はどちらのアッセイにおいてもE12Yと比較して減弱応答を示した(いずれもp<0.05)。特に、HT 1080-IL13Rα1-IL4Rα細胞に対して、すべてのムテインCAR T細胞(E12Y、C4、及びD7)は、WT CAR T細胞と比較して、IFN-γ産生細胞の頻度が有意に低かった。プレート結合IL13Rα1による培養後に分泌されたIFN-γを評価したところ、CAR変異体の間でT細胞活性に明確な違いがあることが明らかになった。WTとE12YはいずれもC4及びD7と比較して有意に高いIFN-γレベルを分泌し、C4及びD7はほとんど検出できなかった(図9C)。IL13Rα1を発現するがん細胞株に対する長期殺処分試験の結果は、脱顆粒及びサイトカイン産生試験の結果を反映しており、C4及びD7 CAR T細胞は、WT及びE12Yと比較して殺処分の減少を示した(図9D)。HT 1080-ILRα1-IL4Rαに対して、D7はE12Y及びWTと同程度に殺腫瘍性を示したが、C4は有意に殺腫瘍性が低かった(全ての比較でp<0.05)。
C4及びD7ムテインCAR T細胞の選択性をインビボで調べるために、IL13Rα1発現腫瘍細胞を用いた異種移植モデルにおいてCAR T細胞の抗腫瘍活性を調べた。CAR T細胞活性の小さな違いをより高い感度で検出するために、注射前に腫瘍とT細胞を2時間一緒にインキュベートすることによってエフェクター活性を直接評価するWinn分析を使用した(1960勝1961勝)。1×106 WT、E12Y、C4及びD7 CAR T細胞を0.1×106A549細胞と2時間共培養し、その後、共培養細胞をNSGマウスに生着させた(図9E)。60日間にわたる腫瘍増殖動態に続いて、WT CAR T細胞はIL13Rα1発現腫瘍の生着を除去した。すべてのCAR T細胞変異体は、PBS及び模擬T細胞処理腫瘍と比較して、生着にある程度の遅延を示した。その後の時点で、C4 CAR T細胞はWT及びE58Yよりも有意に低い増殖阻害を示した(54日目と日目のすべての比較でp<0.05)。
高親和性対IL13Rα1/IL4Rαを発現する腫瘍に対するCAR T細胞変異体を評価するために、NSGマウスに0.5×106 HT 1080-IL13Rα1-IL4Rαを皮下に異種移植し、4日後に生着させた。マウスは、(図9F)腫瘍内注射によって、モック、WT、E12Y、C4、及びD7 CAR T細胞、又はPBSで処理された。ここでも、C4 CAR T細胞の抗腫瘍活性は最も低く、腫瘍増殖はPBS処理マウスや模擬T細胞処理マウスに匹敵した(図9F)。インビトロ殺傷アッセイと同様に、D7及びE12Y CAR T細胞処理は、WT CAR T細胞と比較して同等の抗腫瘍活性の低下を示した(16日目以降のすべての比較でp<0.05)。
高親和性対IL13Rα1/IL4Rαを発現する腫瘍に対するCAR T細胞変異体を評価するために、NSGマウスに0.5×106 HT 1080-IL13Rα1-IL4Rαを皮下に異種移植し、4日後に生着させた。マウスは、(図9F)腫瘍内注射によって、モック、WT、E12Y、C4、及びD7 CAR T細胞、又はPBSで処理された。ここでも、C4 CAR T細胞の抗腫瘍活性は最も低く、腫瘍増殖はPBS処理マウスや模擬T細胞処理マウスに匹敵した(図9F)。インビトロ殺傷アッセイと同様に、D7及びE12Y CAR T細胞処理は、WT CAR T細胞と比較して同等の抗腫瘍活性の低下を示した(16日目以降のすべての比較でp<0.05)。
実施例で用いられる方法
腫瘍株
PBT 030-2は、NOD/Scid IL 2 RγCnull(NSG)マウス(Brown,Starr et al.2012)で2回異所性継代された患者由来の原発性膠芽腫腫瘍球系統である。Brown,Starr et al.2012)。確立されたヒト腫瘍株A549(肺がん)及びHT 1080(線維肉腫)は、American Tissue Culture Collection(ATCC)から得られ、10% FBS、2mM L-グルタミン、及び25mM HEPESを補充したDMEM(ギブコ、ニューヨーク州グランドアイランド)で維持された。HT-1080は、IL13Rα1、IL13Rα1とIL4Rαの両方、又はIL13Rα2を発現するようにレンチウイルス修飾された。U251Tグリオーマ系統はDr.Waldemar Debinskiからの贈与であり、上記のように増殖させた(Brown,Warden et al.2013)。細胞株TF-1(赤白血病)を10% FBS、ペニシリン-ストレプトマイシン、2mM L-グルタミン、GM-CSFを含むRPMIで増殖させ、増殖と生存を促進した。すべての細胞株は5%のCO2で37°Cに維持された。
腫瘍株
PBT 030-2は、NOD/Scid IL 2 RγCnull(NSG)マウス(Brown,Starr et al.2012)で2回異所性継代された患者由来の原発性膠芽腫腫瘍球系統である。Brown,Starr et al.2012)。確立されたヒト腫瘍株A549(肺がん)及びHT 1080(線維肉腫)は、American Tissue Culture Collection(ATCC)から得られ、10% FBS、2mM L-グルタミン、及び25mM HEPESを補充したDMEM(ギブコ、ニューヨーク州グランドアイランド)で維持された。HT-1080は、IL13Rα1、IL13Rα1とIL4Rαの両方、又はIL13Rα2を発現するようにレンチウイルス修飾された。U251Tグリオーマ系統はDr.Waldemar Debinskiからの贈与であり、上記のように増殖させた(Brown,Warden et al.2013)。細胞株TF-1(赤白血病)を10% FBS、ペニシリン-ストレプトマイシン、2mM L-グルタミン、GM-CSFを含むRPMIで増殖させ、増殖と生存を促進した。すべての細胞株は5%のCO2で37°Cに維持された。
フローサイトメトリー
細胞内ホスホ‐STAT6染色は氷冷メタノール(100% v/v)透過後にpSTAT6‐Alexa488(BDバイオサイエンス1:50)で行った。STAT6リン酸化の誘導は、刺激された試料の平均蛍光強度(MFI)を刺激されていない試料の平均蛍光強度から差し引くことによって計算された。正規化した値をサイトカイン濃度に対してプロットして用量反応曲線を作成し、そこからEC50値をS字曲線にフィットする非線形最小二乗回帰に基づいて計算した。
細胞内ホスホ‐STAT6染色は氷冷メタノール(100% v/v)透過後にpSTAT6‐Alexa488(BDバイオサイエンス1:50)で行った。STAT6リン酸化の誘導は、刺激された試料の平均蛍光強度(MFI)を刺激されていない試料の平均蛍光強度から差し引くことによって計算された。正規化した値をサイトカイン濃度に対してプロットして用量反応曲線を作成し、そこからEC50値をS字曲線にフィットする非線形最小二乗回帰に基づいて計算した。
CARの発現は、ビオチニル化抗Fc(Jackson ImmunoResearch,West Gove,PA1:100)抗体に続いてストレプトアビジン-PE(BD Bioscience,San Jose,CA,1:20)を用いて、CD19-PE-Cy7(BD Bioscience,cl,SJ25C1,1:100)で切断型CD19細胞外配列を染色することによって評価した。IL13Rα2-PE(Biolegend,cl.SHM38,1:100)、IL13Rα1(Biolegend,cl.SS12B,1:100)、IL-4Rα-PE(BD Pharmingen,cl.hIL4R-M57,1:20)で標的株を染色した。他のアッセイでは、CD107a-FITC(BD Biosciences,cl.H4A3,1:9)、CD45PerCP(BD Biosciences,cl.2D1,1:20)、CD3-VioBlue(Milentyi Biotec,Inc,1:20)、CD8APC-C7(BD Biosciences,cl.SK1,1:50)、及びIFNγ-APC(BD Biosciences,cl.B27,1:100)というさらなる抗体を指定通りに用いた。細胞を染色するために、細胞を洗浄し、FACS Stain Solution(HBSS、20%v/vFBS、0.1%w/vNaN3)に再懸濁し、抗体と4°Cで30分間インキュベートし、必要に応じて二次染色を行った後、洗浄し、MACSQuant(Miltenyi Biotec,Bergisch Gladbach,Germany)上で実行し、FlowデータをFBS Express 4(De Novo Software,Los Angeles,CA)で分析した。
タンパク質の発現と精製
ヒトIL-13とIL-13変異体は、(LaPorte,Juo et al.2008)に記載されているように、N末端gp67シグナル配列とC末端ヘキサヒスチジンタグを持つフレームでpAcGP67-Aベクター(BD Biosciences)にクローン化され、バキュロウイルス発現システムを使用して生産された。バキュロウイルス株はSF900II培地(Invitrogen)で増殖させたSpodoptera frugiperda(Sf9)細胞でのトランスフェクションと増幅によって調製し、タンパク質発現はInsectXpress培地(Lonza)で増殖させたTrichoplusiani(High Five)懸濁細胞で行った。発現後、ニッケル-NTAアガロース(Qiagen)アフィニティークロマトグラフィーによって48時間後にHigh Five上清からタンパク質質を捕捉し、濃縮した後、150mM NaClを含む10mM HEPES(pH7.2)中で平衡化されたSuperdex200カラム(GE Healthcare)上でサイズ排除クロマトグラフィーによって精製した。組換えサイトカインは98%以上の均一性に精製された。ビオチニル化受容体発現のために、IL13Rα1/IL13Rα2エクトドメインをC末端ビオチン受容体ペプチド(BAP)-LNDIFEAQKIEWHWとそれに続くヘキサヒスチジンタグでpAcGP 67-Aベクターにクローン化した。過剰なビオチン(10μM)の存在下で受容体をBirAリガーゼと共発現させた。タンパク質質濃度はナノドロップ2000分光計(Thermo Scientific)を用いて280nmのUV分光法で定量した。
ヒトIL-13とIL-13変異体は、(LaPorte,Juo et al.2008)に記載されているように、N末端gp67シグナル配列とC末端ヘキサヒスチジンタグを持つフレームでpAcGP67-Aベクター(BD Biosciences)にクローン化され、バキュロウイルス発現システムを使用して生産された。バキュロウイルス株はSF900II培地(Invitrogen)で増殖させたSpodoptera frugiperda(Sf9)細胞でのトランスフェクションと増幅によって調製し、タンパク質発現はInsectXpress培地(Lonza)で増殖させたTrichoplusiani(High Five)懸濁細胞で行った。発現後、ニッケル-NTAアガロース(Qiagen)アフィニティークロマトグラフィーによって48時間後にHigh Five上清からタンパク質質を捕捉し、濃縮した後、150mM NaClを含む10mM HEPES(pH7.2)中で平衡化されたSuperdex200カラム(GE Healthcare)上でサイズ排除クロマトグラフィーによって精製した。組換えサイトカインは98%以上の均一性に精製された。ビオチニル化受容体発現のために、IL13Rα1/IL13Rα2エクトドメインをC末端ビオチン受容体ペプチド(BAP)-LNDIFEAQKIEWHWとそれに続くヘキサヒスチジンタグでpAcGP 67-Aベクターにクローン化した。過剰なビオチン(10μM)の存在下で受容体をBirAリガーゼと共発現させた。タンパク質質濃度はナノドロップ2000分光計(Thermo Scientific)を用いて280nmのUV分光法で定量した。
IL-13の酵母ディスプレイ
一般的な酵母ディスプレイ方法論は、以前に記載されたプロトコル(Boder and Wittrup 1997)から変更した。ヒトIL-13cDNAを酵母ディスプレイベクターpCT302にクローニングした。S.cerevisiaeEBY100株をpCT302_IL-4ベクターで形質転換し、SDCAAプレート上で30°Cで二日間培養した。IL-13表示酵母の個々のコロニーをSDCAA液体培地(pH4.5)で30°Cで一晩培養した後、SGCAA培地(pH4.5)で20°Cで2日間誘導し、酵母をビオチニル化IL13Rα1又はIL13Rα2で染色した後、ストレプトアビジン対を用いてAlexa-647色素とインキュベートした。蛍光はAccuriC6フローサイトメーターで分析した。
一般的な酵母ディスプレイ方法論は、以前に記載されたプロトコル(Boder and Wittrup 1997)から変更した。ヒトIL-13cDNAを酵母ディスプレイベクターpCT302にクローニングした。S.cerevisiaeEBY100株をpCT302_IL-4ベクターで形質転換し、SDCAAプレート上で30°Cで二日間培養した。IL-13表示酵母の個々のコロニーをSDCAA液体培地(pH4.5)で30°Cで一晩培養した後、SGCAA培地(pH4.5)で20°Cで2日間誘導し、酵母をビオチニル化IL13Rα1又はIL13Rα2で染色した後、ストレプトアビジン対を用いてAlexa-647色素とインキュベートした。蛍光はAccuriC6フローサイトメーターで分析した。
表面プラズモン共鳴
SPR実験は、BiacoreSAセンサーチップ(GE Healthcare)を用いてBiacoreT100機器で行った。ビオチニル化されたIL13Rα1/IL13Rα2を低密度(50-100応答ユニット(RU))で捕捉し、30μL/分で動態測定を行った。非血縁ビオチニル化タンパク質質をSAセンサーチップの基準表面として固定化し、RUを実験表面に一致させた。すべての測定は、IL-13作動薬をランニングバッファー(1xHBS-P、0.1%BSA)で3倍に連続希釈して行った。チップ表面に結合したIL‐13Rα1/IL‐13Rα2を7mMグリシン(pH3.0)と250mM NaClで再生した。IL-13アゴニスト会合時間120秒から190秒、解離時間20秒から1200秒を用いて、速度パラメータを決定した。すべてのデータフィッティングは、1:1のLangmuir結合モデルを備えるBiacoreT100評価ソフトウェアバージョン2.0を用いて行った。
SPR実験は、BiacoreSAセンサーチップ(GE Healthcare)を用いてBiacoreT100機器で行った。ビオチニル化されたIL13Rα1/IL13Rα2を低密度(50-100応答ユニット(RU))で捕捉し、30μL/分で動態測定を行った。非血縁ビオチニル化タンパク質質をSAセンサーチップの基準表面として固定化し、RUを実験表面に一致させた。すべての測定は、IL-13作動薬をランニングバッファー(1xHBS-P、0.1%BSA)で3倍に連続希釈して行った。チップ表面に結合したIL‐13Rα1/IL‐13Rα2を7mMグリシン(pH3.0)と250mM NaClで再生した。IL-13アゴニスト会合時間120秒から190秒、解離時間20秒から1200秒を用いて、速度パラメータを決定した。すべてのデータフィッティングは、1:1のLangmuir結合モデルを備えるBiacoreT100評価ソフトウェアバージョン2.0を用いて行った。
TF-1細胞増殖試験
2000個/ウェルのTF-1細胞を96ウェルプレートに播種し、指示された用量のIL-13wtと選択されるIL-13アゴニストで刺激した。96時間の刺激後、細胞を採取し、AccuriC6フローサイトメーターによるフローサイトメトリーに基づく計数法を用いて細胞数を決定した。各アゴニストで得られた細胞数をサイトカイン濃度に対してプロットしてS字状の用量/反応曲線を得、そこからTF-1増殖EC50値を算出した。
2000個/ウェルのTF-1細胞を96ウェルプレートに播種し、指示された用量のIL-13wtと選択されるIL-13アゴニストで刺激した。96時間の刺激後、細胞を採取し、AccuriC6フローサイトメーターによるフローサイトメトリーに基づく計数法を用いて細胞数を決定した。各アゴニストで得られた細胞数をサイトカイン濃度に対してプロットしてS字状の用量/反応曲線を得、そこからTF-1増殖EC50値を算出した。
CARの構成要素
コドン最適化IL-13(E13Y)変異体CAR配列は以前に記述されていた(非特許文献12)。リーダーペプチドから得られた切断されたCD19Rt配列へのPCRスプライス重複拡張により、リボソームスキップT2A配列(Donnelly,Luke et al.2001)をCD19含有プラスミドの膜貫通構成要素(すなわち、塩基対1-972)に融合させた。IL13-variantとT2A-CD19Rt断片を前に記載したepHIV7レンチウイルスベクター(Wang,Naranjo et al.2012)に連結した。次に、CD28共刺激配列をスプライス重複拡張PCRによって挿入し、その後、その構築物は、CAR変異体を生成するためにQuikChangeII XLキット(Agilent Technologies,Santa Clara,CA)を用いて順次部位特異的変異誘発を受けた。
コドン最適化IL-13(E13Y)変異体CAR配列は以前に記述されていた(非特許文献12)。リーダーペプチドから得られた切断されたCD19Rt配列へのPCRスプライス重複拡張により、リボソームスキップT2A配列(Donnelly,Luke et al.2001)をCD19含有プラスミドの膜貫通構成要素(すなわち、塩基対1-972)に融合させた。IL13-variantとT2A-CD19Rt断片を前に記載したepHIV7レンチウイルスベクター(Wang,Naranjo et al.2012)に連結した。次に、CD28共刺激配列をスプライス重複拡張PCRによって挿入し、その後、その構築物は、CAR変異体を生成するためにQuikChangeII XLキット(Agilent Technologies,Santa Clara,CA)を用いて順次部位特異的変異誘発を受けた。
濃縮Tn/mem細胞の単離
血液製剤は、City of Hope(COH)Internal Review Boardによって承認されたプロトコルに基づいて、健康なドナーから採取された。末梢血単核細胞(PBMC)をFicoll-Paque(GE Healthcare,Little Chalfont,UK)上で密度勾配遠心法により分離した。PBMCを臨床グレードの抗CD25及び抗CD14マイクロビーズ(Miltenyi Biotec,Bergisch Gladbach,Germany)と共に、10%のウシ胎児血清(FBS)(HyClone、GEヘルスケア)を含むXVivo15培地(BioWhittaker,Walkersville,MD)で室温(RT)で30分間インキュベートした。その後、CD25+及びCD14+細胞は、メーカーの指示(Miltenyi Biotec)に従って、CliniMACS枯渇モードを用いてすぐに枯渇させた。遠心分離後、細胞の非標識陰性分画を0.5%ヒト血清アルブミン(HSA)(CSL Behring,King of Prussia,PA)を含むCliniMACS PBS/EDTA緩衝液(Miltenyi Biotec)に再懸濁し、次に臨床グレードのビオチニル化DREG56モノクローナル抗体(mAb)(City of Hope Center for Biomedicine and Genetics)を用いて0.1μg/106細胞で、RTで30分間標識した。その後、細胞を洗浄し、0.5%のHSAを含む100mLの最終容量のCliniMACS PBS/EDTAに再懸濁した。1.25mLのアンチビオチンマイクロビーズ(Miltenyi Biotec)と30分間インキュベートした後、CD62L+画分(Tn/mem)をメーカーの指示に従ってCliniMACS上で、ポジティブセレクションで精製し、10%FBSを含むX-Vivo15培地に再懸濁した。
血液製剤は、City of Hope(COH)Internal Review Boardによって承認されたプロトコルに基づいて、健康なドナーから採取された。末梢血単核細胞(PBMC)をFicoll-Paque(GE Healthcare,Little Chalfont,UK)上で密度勾配遠心法により分離した。PBMCを臨床グレードの抗CD25及び抗CD14マイクロビーズ(Miltenyi Biotec,Bergisch Gladbach,Germany)と共に、10%のウシ胎児血清(FBS)(HyClone、GEヘルスケア)を含むXVivo15培地(BioWhittaker,Walkersville,MD)で室温(RT)で30分間インキュベートした。その後、CD25+及びCD14+細胞は、メーカーの指示(Miltenyi Biotec)に従って、CliniMACS枯渇モードを用いてすぐに枯渇させた。遠心分離後、細胞の非標識陰性分画を0.5%ヒト血清アルブミン(HSA)(CSL Behring,King of Prussia,PA)を含むCliniMACS PBS/EDTA緩衝液(Miltenyi Biotec)に再懸濁し、次に臨床グレードのビオチニル化DREG56モノクローナル抗体(mAb)(City of Hope Center for Biomedicine and Genetics)を用いて0.1μg/106細胞で、RTで30分間標識した。その後、細胞を洗浄し、0.5%のHSAを含む100mLの最終容量のCliniMACS PBS/EDTAに再懸濁した。1.25mLのアンチビオチンマイクロビーズ(Miltenyi Biotec)と30分間インキュベートした後、CD62L+画分(Tn/mem)をメーカーの指示に従ってCliniMACS上で、ポジティブセレクションで精製し、10%FBSを含むX-Vivo15培地に再懸濁した。
CAR T細胞の活性化、レンチウイルストランスダクション、ex vivoでの増殖
Tn/mem細胞を、細胞対ビーズ比1:3のDynabeads Human T expanderCD3/CD28(Invitrogen,Carlsbad,CA)で刺激し、10%FBS(Hyclone Laboratories,Logan,UT)と100μg/mLの硫酸プロタミン(APP Pharmaceuticals,Schaumburg,IL)、50U/mLの組換えヒト(rh)IL-2、及び0.5ng/mLのrhIL-15を含むX-Vivo15において、1.5-3の感染多重度で、レンチウイルスで形質導入した。その後、細胞密度を6×105細胞/mL前後に維持するために必要に応じてX-Vivo15培地(10%FBS)を添加し、週3回サイトカインを補充しながら、培養を37°C、5%CO2で維持した。培養7日目に、CD3/CD28ダイナビーズを、DynaMag5磁石(Invitrogen)を用いて培養物から除去した。T細胞株を14日目頃にEasySepTMCD19選択キットII(Stemcell,Cambridge,MA)で濃縮し、凍結保存の前に19日から24日の間増殖させた。
Tn/mem細胞を、細胞対ビーズ比1:3のDynabeads Human T expanderCD3/CD28(Invitrogen,Carlsbad,CA)で刺激し、10%FBS(Hyclone Laboratories,Logan,UT)と100μg/mLの硫酸プロタミン(APP Pharmaceuticals,Schaumburg,IL)、50U/mLの組換えヒト(rh)IL-2、及び0.5ng/mLのrhIL-15を含むX-Vivo15において、1.5-3の感染多重度で、レンチウイルスで形質導入した。その後、細胞密度を6×105細胞/mL前後に維持するために必要に応じてX-Vivo15培地(10%FBS)を添加し、週3回サイトカインを補充しながら、培養を37°C、5%CO2で維持した。培養7日目に、CD3/CD28ダイナビーズを、DynaMag5磁石(Invitrogen)を用いて培養物から除去した。T細胞株を14日目頃にEasySepTMCD19選択キットII(Stemcell,Cambridge,MA)で濃縮し、凍結保存の前に19日から24日の間増殖させた。
サイトカイン産生アッセイ
脱顆粒と細胞内IFN-γ評価のために、サイトカインを含まないX-Vivo15培地でCAR T細胞と腫瘍をエフェクター対標的比1:1で共培養した。37°Cで5時間培養する前に、CD107aとゴルジストップ(BD Biosciences,1:1500v/v)を共培養に加え、その後、無傷の細胞をヒトCD45、CD3、CD8、CD19、IL13Rα2抗体で染色した。その後、細胞を固定し、製造業者の指示に従ってCytofix/Cytoperm(BD Biosciences)を用いて透過させ、IFN-γについて染色して分析した。
脱顆粒と細胞内IFN-γ評価のために、サイトカインを含まないX-Vivo15培地でCAR T細胞と腫瘍をエフェクター対標的比1:1で共培養した。37°Cで5時間培養する前に、CD107aとゴルジストップ(BD Biosciences,1:1500v/v)を共培養に加え、その後、無傷の細胞をヒトCD45、CD3、CD8、CD19、IL13Rα2抗体で染色した。その後、細胞を固定し、製造業者の指示に従ってCytofix/Cytoperm(BD Biosciences)を用いて透過させ、IFN-γについて染色して分析した。
ELISAでは、500,250,125、62.5又は31.25ng/wellのrhIL13Rα1-Fcキメラ又はIL13Rα2-Fcキメラ(R&D Systems,Minneapolis,MN)でコーティングした平底96ウェルプレート上で、T細胞を5x103エフェクター/ウェルで一晩培養した。その後、製造業者の指示に従ってLegend MaxELISAキット(BioLegend,San Diego,CA)を用いて、上清のIFN-γレベルを評価した。
細胞毒性試験
T細胞と腫瘍を96ウェルプレートで2日間、サイトカインを添加せずにX-Vivo15培地で、エフェクター対標的比1:10で共培養した。長時間殺菌分析では、エフェクターと標的をサイトカインの非存在下で7日間1:50の比率で共培養し、3-4日ごとに新鮮な培地を補充した。分析の最後に、付着腫瘍をトリプシン(Corning,Corning,NY)を用いて酵素的に採取した。次に、細胞をヒトCD45、CD8、CD19及びIL13Rα2で染色し、流れによって評価した。CAR T細胞による腫瘍死滅は、モック(非形質導入)T細胞で観察されたものと比較して、生存可能なCD45陰性細胞数を比較することによって計算した。
T細胞と腫瘍を96ウェルプレートで2日間、サイトカインを添加せずにX-Vivo15培地で、エフェクター対標的比1:10で共培養した。長時間殺菌分析では、エフェクターと標的をサイトカインの非存在下で7日間1:50の比率で共培養し、3-4日ごとに新鮮な培地を補充した。分析の最後に、付着腫瘍をトリプシン(Corning,Corning,NY)を用いて酵素的に採取した。次に、細胞をヒトCD45、CD8、CD19及びIL13Rα2で染色し、流れによって評価した。CAR T細胞による腫瘍死滅は、モック(非形質導入)T細胞で観察されたものと比較して、生存可能なCD45陰性細胞数を比較することによって計算した。
異種移植モデル
すべてのマウス実験は、COH Institute Animal Care and Use Committeeによって承認された。同位体モデルでは、ffLuc+PBT 030-2細胞(1×105)を、0日目にNSGマウスの右前脳に定位移植した。次に、各実験で示されたように、マウスに0.2-2.0×106のCAR T細胞を腫瘍内に投与した。その後、マウスのグループを、上記のようなゼノゲン非侵襲的光学画像法(非特許文献14)による腫瘍生着、又は米国獣医師会ガイドラインに従って安楽死を適用した生存について監視した。皮下モデルは、HT 1080腫瘍(5×105、50μl)を50%v/vのMatrigel(登録商標)(Corning,Corning,NY)でNSGマウスの脇腹に注射することによって確立された。腫瘍生着の4日後、CAR T細胞(5×106)を腫瘍内に注入し、腫瘍の大きさをキャリパーでモニターした。Winn分析を行うために、A549腫瘍(1×105)とCAR T細胞(1×106)を37°Cで2時間、培地中で共培養した。次に、細胞混合物を50%v/vのMatrigel(登録商標)と混合し、NSGマウスの脇腹に注入した。
すべてのマウス実験は、COH Institute Animal Care and Use Committeeによって承認された。同位体モデルでは、ffLuc+PBT 030-2細胞(1×105)を、0日目にNSGマウスの右前脳に定位移植した。次に、各実験で示されたように、マウスに0.2-2.0×106のCAR T細胞を腫瘍内に投与した。その後、マウスのグループを、上記のようなゼノゲン非侵襲的光学画像法(非特許文献14)による腫瘍生着、又は米国獣医師会ガイドラインに従って安楽死を適用した生存について監視した。皮下モデルは、HT 1080腫瘍(5×105、50μl)を50%v/vのMatrigel(登録商標)(Corning,Corning,NY)でNSGマウスの脇腹に注射することによって確立された。腫瘍生着の4日後、CAR T細胞(5×106)を腫瘍内に注入し、腫瘍の大きさをキャリパーでモニターした。Winn分析を行うために、A549腫瘍(1×105)とCAR T細胞(1×106)を37°Cで2時間、培地中で共培養した。次に、細胞混合物を50%v/vのMatrigel(登録商標)と混合し、NSGマウスの脇腹に注入した。
統計解析
統計的有意性は、GraphPad Prism(GraphPad Software,San Diego,CA)におけるスチューデントt検定(2群)、一方向分散分析(>3群、ボンフェローニ調整)又はログランク(カプランマイヤ―生存曲線、マントルコックス補正)によって決定された。有意水準は*で表され、P<0.05;**、P<0.01であった;***、P<0.001であった;nsは有意でないことを示す。
統計的有意性は、GraphPad Prism(GraphPad Software,San Diego,CA)におけるスチューデントt検定(2群)、一方向分散分析(>3群、ボンフェローニ調整)又はログランク(カプランマイヤ―生存曲線、マントルコックス補正)によって決定された。有意水準は*で表され、P<0.05;**、P<0.01であった;***、P<0.001であった;nsは有意でないことを示す。
その他の実施形態
発明は、その詳細な説明と併せて説明されているが、上記の説明は、添付された特許請求の範囲によって定義される発明の範囲を説明することを意図しており、制限するものではないことを理解すべきである。その他の側面、利点、及び変更は、次のクレームの範囲内にある。すべての参考文献は、あらゆる目的のためにその全体がここに援用される。
発明は、その詳細な説明と併せて説明されているが、上記の説明は、添付された特許請求の範囲によって定義される発明の範囲を説明することを意図しており、制限するものではないことを理解すべきである。その他の側面、利点、及び変更は、次のクレームの範囲内にある。すべての参考文献は、あらゆる目的のためにその全体がここに援用される。
Claims (14)
- キメラ抗原受容体(CAR)をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記キメラ抗原受容体は、配列番号29~37から選択されるアミノ酸配列と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はからなる、核酸分子。
- キメラ抗原受容体は、配列番号29~37から選択されるアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はからなる、請求項1に記載の核酸分子。
- キメラ抗原受容体は、配列番号29、32、35及び38から選択されるアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はからなる、請求項1に記載の核酸分子。
- 配列番号29~37から選択されるアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はからなる、キメラ抗原受容体。
- 配列番号29~37から選択されるアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はからなる、請求項4に記載のキメラ抗原受容体。
- 配列番号配列番号29、32、35及び38から選択されるアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はからなる、請求項4に記載のキメラ抗原受容体。
- 請求項1に記載の核酸分子を含む発現ベクター。
- 請求項1に記載の核酸分子を含むウイルスベクター。
- 請求項1に記載の核酸分子を含むベクターによって形質導入されたヒトT細胞の集団。
- セントラルメモリーT細胞、ナイーブメモリーT細胞、パンT細胞、又はCD 25+細胞及びCD 14+細胞に対して実質的に枯渇したPBMCを含む、請求項9に記載のヒトT細胞集団。
- 膠芽腫、膵管腺がん、黒色腫、卵巣がん、腎細胞がん、乳がん又は肺がんに罹患している患者を治療する方法であって、請求項1に記載の核酸分子を含むベクターによって形質導入された自己又は同種のヒトT細胞の集団を投与することを含む方法。
- 細胞を局所的又は全身的に投与する、請求項11に記載の方法。
- 細胞を単回又は反復投与する、請求項12に記載の方法。
- 自己又は同種のヒトT細胞の集団を提供し、請求項1に記載の核酸分子を含むベクターによってT細胞を形質導入することを含む、CAR T細胞を調製する方法。
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