JP2023506381A - 細胞外小胞をプログラムするための組換えポリペプチド - Google Patents

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Abstract

細胞外小胞(EV)を少なくとも1つの標的細胞に導くための組換えポリペプチドをコードする核酸を含む組換え腫瘍選択性ウイルス粒子であって、前記組換えポリペプチドは、前記EVを前記少なくとも1つの標的細胞によって発現された前記少なくとも1つの標的分子に導くための少なくとも1つの標的化部分;少なくとも1つのEVアンカーポリペプチド;及び少なくとも1つの小胞内ポリペプチドを含む、腫瘍選択性ウイルス粒子が本明細書に提供される。ウイルス粒子は、腫瘍溶解性ウイルスに由来してもよい。特定分子を標的にするようにEVをプログラムするための組換えポリペプチドも提供される。例えばワクチン又は無細胞「CAR-T」様適用におけるペイロードポリペプチド(及び/又はカーゴ分子)を標的細胞に送達するための治療用EVについても、EV媒介性BiTE様適用における免疫細胞を標的細胞に動員するためのEVとともに記載される。さらに、腫瘍溶解性ウイルスは、腫瘍細胞に感染させ、プログラムされたEVを投与することで、さらなる治療効果をもたらすように改変されてもよい。

Description

関連出願の相互参照
本願は、2019年11月28日に出願された「細胞外小胞をプログラムするための組換えポリペプチド」という表題の米国仮特許出願第62/941,768号の優先権の利益を主張し、それは参照により本明細書で援用される。本明細書中で言及される全ての刊行物、特許、及び特許出願、並びに添付文書は、各個別の刊行物、特許、又は特許出願が参照により援用されることが具体的且つ個別に指示される場合と同程度まで、参照により本明細書中に援用される。
分野
本開示は、一般に分子の細胞への送達に関する。より詳細には、本開示は、分子の細胞への標的化送達に関する。
背景
生体系内部への治療用分子の標的化送達は、疾患治療の重要な構成要素である。しかし、分子の特定の細胞型への標的化送達は、不安定性、標的細胞に至る前のオフターゲット効果、他の状況下での分子の毒性に起因する課題及び他の課題が残る。
したがって、標的細胞のみを治療する安定な標的化治療用分子を提供することが望ましい。
概要
先行手法の少なくとも1つの不利益を除去又は軽減することが本開示の目的である。
第1の態様では、本開示は、腫瘍選択性のある組換えウイルス粒子であって、細胞外小胞(EV)を少なくとも1つの標的細胞に導くための組換えポリペプチドをコードする核酸を含み、前記組換えポリペプチドは、前記EVを前記少なくとも1つの標的細胞によって発現された前記少なくとも1つの標的分子に導くための少なくとも1つの標的化部分、少なくとも1つのEVアンカーポリペプチド、及び少なくとも1つの小胞内ポリペプチドを含む、腫瘍選択性のある組換えウイルス粒子を提供する。
別の態様では、細胞外小胞(EV)を少なくとも1つの標的細胞に導くための組換えポリペプチドであって、前記EVを前記少なくとも1つの標的細胞によって発現された前記少なくとも1つの標的分子に導くための少なくとも1つの標的化部分、少なくとも1つのEVアンカーポリペプチド、及び少なくとも1つの小胞内ポリペプチドを含む組換えポリペプチドが提供される。
一態様では、本明細書のとおりの組換えポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸を含むベクターが提供される。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸を含む組換えウイルスゲノムが提供される。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸を含むウイルス粒子が提供される。
一態様では、定義されるとおりの核酸、ベクター、組換えウイルスゲノム、又は本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子を含む宿主細胞が提供される。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの組換えポリペプチドを含む標的化細胞外小胞(EV)が提供される。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVを;薬学的に許容できる賦形剤、希釈剤、又は担体と一緒に含む組成物が提供される。
一態様では、標的化部分を標的細胞の標的分子に結合させる方法であって、前記標的細胞を本明細書で定義されるとおりの標的化EVと接触させることを含む方法が提供される。
一態様では、ペイロード分子を標的細胞に送達する方法であって、前記標的細胞を本明細書で定義されるとおりの標的化EVと接触させることを含む方法が提供される。
一態様では、カーゴ分子を標的細胞に送達する方法であって、前記標的細胞を本明細書で定義されるとおりの標的化EVと接触させることを含む方法が提供される。
一態様では、抗原に対する免疫応答を刺激する方法であって、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVを対象に投与することを含み、ここで前記標的細胞は免疫細胞を含み、且つ前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは抗原を含む、方法が提供される。
一態様では、標的細胞を殺傷する方法であって、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVを対象に投与することを含み、ここで前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは細胞傷害性分子を含む、方法が提供される。
一態様では、免疫細胞を再プログラムする方法であって、免疫細胞を、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVと接触させることを含み、ここで少なくとも1つのEV治療用ペイロード分子は免疫調節分子を含む、方法が提供される。
一態様では、標的疾患細胞に対する免疫応答を導く方法であって、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVを対象に投与することを含み、ここで前記組換えポリペプチドは、少なくとも2つの異なる標的分子に各々が特異的に結合する少なくとも2つの標的化部分を含み、前記少なくとも2つの異なる標的分子は各々、免疫細胞及び疾患細胞により発現される、方法が提供される。
一態様では、対象における治療標的化EVを調製する方法であって、対象から得られた細胞を、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、又は本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子と接触させることと、標的化EVを収集することと、を含む方法が提供される。
一実施形態では、標的化EVを作製する方法であって、本明細書で定義されるとおりの核酸を細胞内で発現させるか、又は本明細書で定義されるとおりの宿主細胞を培養することでEVを作製することと;EVを収集することと、を含む方法が提供される。
本開示の他の態様及び特徴は、貼付の図面と併せて、具体的な実施形態の以下の説明のレビュー時、当業者にとって明白となる。
本開示の実施形態は、ここではあくまで例として、貼付の図面を参照しながら説明されることになる。
本開示によって検討された異なる構築物の模式図を示す。 PD1標的化部分、LAMP2B膜貫通ドメイン及びHAタグ小胞内ポリペプチドが本発明に従う細胞外小胞内に包埋されたポリペプチドの模式図(パネルA)並びに全細胞ライセート及び単離された細胞外小胞中のワクシニアウイルスプラットフォームからのパネルAに示されるポリペプチドの発現の成功を示す免疫ブロット(パネルB)を示す。 図2に示されるポリペプチド中のPD1標的化部分の形態が正確である(外部指向的である)ことを示す免疫ブロットを示す。 パネルAでは、パネルBにおけるデータを得るために実施された競合的結合ELISA実験設計の模式図を示し、図2に示されるとおりのポリペプチド中のPD1部分がそのPDL-1受容体にうまく結合することを示す。 パネルAでは、パネルBで表されるデータにおけるタイムラインを示し、図2の構築物が、ウイルスで発現されるとき、T細胞をうまく活性化することを示す。 パネルAでは、2つの異なる細胞型(1つががん、1つが免疫性の殺傷細胞)を標的にするEVに包埋された二重特異性のテトラスパニンに基づく構築物を示す模式図を示し、パネルBでは、腫瘍細胞がパネルAの構築物でトランスフェクトされ、次に免疫細胞と組み合わされるとき、細胞死が増強されたことを示す明視野顕微鏡画像を示す。 細胞のトランスフェクション時の本発明に従う6つの異なる構築物の発現を示すウエスタンブロットを示す。 細胞のトランスフェクション時の本発明に従う5つの異なる構築物の発現を示すウエスタンブロットを示す。 細胞のトランスフェクション時の本発明に従う6つの異なる構築物の適切な発現を示すウエスタンブロットを示す。 細胞のトランスフェクション時の本発明に従う4つの異なる構築物の適切な発現を示すウエスタンブロットを示す。 樹状細胞上のDEC205に標的化された4つの異なる構築物のウエスタン免疫ブロットを示し、CdaAペイロードを有する小さいEV、又は標的化EVがDEC205表面分子を有する樹状細胞内のSTING経路を活性化することを示す。 細胞表面上にDEC205を有しないマウス線維芽細胞が、CdaAペイロードを有するDEC205を標的にする図11の構築物を有する小さいEV、又は標的化EVで処理されるときに活性化されたSTING経路を有しないことを示すウエスタン免疫ブロットを示す。 樹状細胞上のDEC205を標的にする本発明に従う3つの構築物を示すウエスタン免疫ブロットを示し、CdaAペイロードを有するエキソソーム、又は標的化EVが樹状細胞内のSTING経路を活性化することを示す。 パネルAでは、本発明に従う2つの構築物の適切な発現を示すウエスタンブロットを示し、パネルBでは、樹状細胞を標的にする本発明に従う構築物の発現を示す免疫蛍光画像を示す。 ロタウイルス抗原ペイロードを有する樹状細胞を標的にする本発明に従う構築物の細胞発現を示す免疫蛍光画像を示す。 例えば構築物が腫瘍選択性ウイルスにより発現される場合における免疫毒素媒介性細胞死(アポトーシス)及び腫瘍退縮(ウイルス媒介性細胞死)のための細胞傷害性ペイロードを運搬する本発明に従うプログラムされた単一標的化(mono-targeting)細胞外小胞の作用機構を図示する模式図を示す。 VSVG膜貫通ドメイン及びmGZMBペイロードとともに、癌胎児性抗原(CEA)又は炭酸脱水酵素IX(CA9)を標的にする一本鎖可変断片(scFv)標的化部分を有するキメラ融合構築物の模式図を示す。 3つの異なる細胞型における、プラスミド又はウイルスから発現され、且つ単離された細胞外小胞、又は標的化EV内に豊富に存在する、本発明に従う2つの構築物の適切な発現を示すウエスタンブロットを示す。 細胞傷害性ペイロードを有する本発明に従うワクシニアウイルス(vaccinia virus)から発現された2つの構築物についての陰性対照に対して低下した細胞生存度を示す棒グラフを示す。 細胞表面上に標的表面分子を提示する細胞であって、これらの細胞表面分子を標的にし、本発明に従う細胞傷害性ペイロードを運搬する構築物がトランスフェクトされた細胞における細胞死の増強を示す明視野顕微鏡画像を示す。 本発明に従う細胞傷害性ペイロードを運搬する2つの構築物における、非トランスフェクト細胞、標的化部分が欠如した構築物及び細胞傷害性ペイロードが欠如した構築物と比較しての陰性対照に対して低下した細胞生存度を示す棒グラフを示す。 2つの異なる細胞型における本発明に従う細胞傷害性ペイロードを運搬する2つの構築物についての陰性対照に対して低下した細胞生存度を示す棒グラフを示す。 上清移植についての方法を示す模式図を示す。 上清移植実験における細胞の明視野顕微鏡画像を示し、MC38細胞を標的にする構築物を含有する上清(細胞外小胞画分)を受けるMC38細胞に限られる細胞死を示す。 上清移植実験における細胞の明視野顕微鏡画像を示し、本発明に従う構築物を発現するウイルスで感染させた細胞からの上清で処理されるときの、標的化細胞表面分子を提示する細胞に限られる細胞死を示す。 mCherryペイロードを有するhCEAを標的にする本発明に従う構築物の発現を示す上清移植実験における細胞の免疫蛍光顕微鏡画像を示し、上パネルでは、構築物を発現するウイルスで感染させたCEA陰性細胞がその構築物を発現し、2つの下パネルでは、CEA標的表面マーカーを有し、上清移植を受ける細胞のみがこの細胞表面分子を標的にする構築物を取り込むことを示す。 インビボ、インサイチュ又はインビトロで、本発明に従うプログラムされた細胞外小胞をプロデューサー細胞株から生成するための本発明の一態様の概要を提示する模式図を示す。 テトラスパニンに基づく膜貫通ドメインを有し、且つ細胞傷害性ペイロードを運搬する、本発明に従う5つの異なる構築物を図示する模式図を示す。 図26に図示される5つの構築物の発現の成功を示すウエスタンブロットを示す。 図示された構築物の6つに対する1つのペイロード、及び7つの図示された構築物の1つに対する2つのペイロード及びフューリン切断部位とともに、CD19及びCD20を標的にするCD63テトラスパニンに基づく膜貫通ドメインを有する、本発明に従う7つの異なる構築物を図示する模式図を示す。 CTX標的化部分、VSVG膜貫通ドメイン及びNanoluc(商標)ペイロードを有する本発明に従う構築物が、HEK293T細胞にトランスフェクトされたプラスミドから十分に発現されることを示すウエスタンブロットを示す。 上清移植実験における発光を示す棒グラフを示し、ここでは図29Aに示されるとおりの構築物を発現する細胞の上清中に限って蛍光が認められる。 6つの異なるヒト神経膠芽腫細胞株に移された図29Bの上清を示す棒グラフを示し、細胞における発光は、専ら適切な標的化部分を含む構築物における、処理された細胞の外側に提示された標的細胞表面マーカーの割合に対応する。 ワクシニアウイルス(vaccinia virus)(VacV)で感染させた786-Oがん細胞が非感染細胞よりも多くのEVを生成することを示すグラフを示す。 ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)で感染させたいくつかのがん細胞型が非感染細胞よりも多くのEVを生成することを示すウエスタンブロットを示す。 細胞のトランスフェクション時、単離されたEV画分での本発明に従う4つの異なる構築物の発現を示すウエスタンブロットを示す。 細胞のトランスフェクション時、単離されたEV画分での本発明に従う構築物の発現を示すウエスタンブロットを示す。 細胞のトランスフェクション時、単離されたEV画分での本発明に従う4つの異なる構築物の発現を示すウエスタンブロットを示す。 RNA結合モチーフに融合されたLDLRT(LDLR標的)-VSV-を有するプラスミドが、Nanoluc(商標)(Nluc)に融合された青色蛍光タンパク質(BFP)をコードするmRNAをパッケージ化し、それをLDLR標的について陽性のレシピエント細胞に送達し得ることを示す蛍光顕微鏡画像を示す。 レシピエント細胞におけるNanoluc(商標)活性が測定された、35Aと同じ実験の定量的読み出し。 線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)陽性の膵臓線維芽細胞(PanFib)、膵がん細胞(BxPC3)、及びaFAP-VSVG-mGZMB EVで処理された患者サンプル(P025、P032)の細胞生存度のグラフ表示を示す。 樹状細胞上のDEC205を標的にし、CdaAペイロードを有するaDEC205-mCD63-CdaAを発現するPEVが、樹状細胞内のSTING経路を活性化する能力があることを示すウエスタン免疫ブロットを示す。 マクロファージ上のMARCOに標的化された3つの異なる構築物のウエスタン免疫ブロットを示し、CdaAペイロードを有する小さいEV、又は標的化EVが、細胞表面上にMACROを発現する骨髄由来マクロファージ内のSTING経路を活性化することを示す。 抗MarcOに連結されたCdaA PEV構築物の、インターフェロン(IFN)シグナル伝達経路の刺激における効力を実証するアッセイを示す。 αCD3構築物を有するEVの存在下で、モック対照と比較して、マウス脾細胞によるMC38細胞の細胞死が増強されること(脾細胞:MC38が10:1)を実証するヒストグラムを示す。 ナイーブEV、又はaDEC205-VSVGTM-OVA若しくはaDEC205-CD63D-CdaA-Flag及びaDEC205-VSVGTM-OVAの双方で装飾されたEVを用いるワクチン接種実験の結果の棒グラフを示し、両方の樹状細胞標的化抗原[例えば、オバルブミン(OVA)]及び免疫アジュバント(例えばCdaA酵素)の組み合わせがインビボで免疫応答を誘導することを実証する。 インターフェロン応答を刺激することにより免疫アジュバントとして作用する樹状細胞由来のPEV構築物を示すアッセイを示す。
詳細な説明
一般に、本開示は、細胞外小胞(EV)を少なくとも1つの標的細胞に導くための組換えポリペプチドをコードする核酸を含む組換え腫瘍選択性ウイルス粒子であって、前記組換えポリペプチドは、前記EVを前記少なくとも1つの標的細胞によって発現された前記少なくとも1つの標的分子に導くための少なくとも1つの標的化部分;少なくとも1つのEVアンカーポリペプチド;及び少なくとも1つの小胞内ポリペプチドを含む、組換え腫瘍選択性ウイルス粒子を提供する。ウイルス粒子は、腫瘍溶解性ウイルスに由来してもよい。さらに、細胞外小胞(EV)を少なくとも1つの標的細胞に導くための組換えポリペプチドであって、前記EVを前記少なくとも1つの標的細胞によって発現された前記少なくとも1つの標的分子に導くための少なくとも1つの標的化部分、少なくとも1つのEVアンカーポリペプチド、及び少なくとも1つの小胞内ポリペプチドを含む組換えポリペプチドが提供される。
EVプログラミング組換えポリペプチドを含むウイルス粒子
一態様では、細胞外小胞(EV)を少なくとも1つの標的細胞に導くための組換えポリペプチドをコードする核酸を含む組換え腫瘍選択性ウイルス粒子であって、前記組換えポリペプチドは、
-前記EVを前記少なくとも1つの標的細胞によって発現された前記少なくとも1つの標的分子に導くための少なくとも1つの標的化部分、
-少なくとも1つのEVアンカーポリペプチド、及び
-少なくとも1つの小胞内ポリペプチド
を含む、ウイルス粒子が提供される。
一実施形態では、組換え腫瘍選択性ウイルス粒子は、腫瘍溶解性ウイルスに属する。
組換えポリペプチド
一態様では、細胞外小胞(EV)を少なくとも1つの標的細胞に導くための組換えポリペプチドであって、
-前記EVを前記少なくとも1つの標的細胞によって発現された前記少なくとも1つの標的分子に導くための少なくとも1つの標的化部分、
-少なくとも1つのEVアンカーポリペプチド、及び
-少なくとも1つの小胞内ポリペプチド
を含む組換えポリペプチドが提供される。
「単一特異性」単一膜貫通(TM)ドメイン構築物
一実施形態では、前記少なくとも1つのEVアンカーポリペプチドは、前記少なくとも1つの標的化部分に連結されたEV誘導性膜貫通ポリペプチドを含む。
一実施形態では、前記EV誘導性膜貫通ポリペプチドは、LAMP2b、VSVG、CD81、CD82、又はLAMP1からの膜貫通ドメインを含む。
一実施形態では、前記EV誘導性膜貫通ポリペプチドは、フニンウイルス糖タンパク質、ラッサ熱ウイルス糖タンパク質、LCMV(リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス)糖タンパク質、SARS-CoV-2糖タンパク質、タミアミウイルス糖タンパク質、グアナリトウイルス糖タンパク質、パラナウイルス糖タンパク質、マチュポウイルス糖タンパク質、サビアウイルス糖タンパク質、又はCdaAからの膜貫通ドメインを含む。
一実施形態では、EV誘導性膜貫通ポリペプチドは、ラブドウイルス糖タンパク質からの膜貫通ドメインを含む。
一実施形態では、EV誘導性膜貫通ポリペプチドは、アレナウイルス糖タンパク質からの膜貫通ドメインを含む。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的細胞は、哺乳動物細胞を含む。
一実施形態では、前記哺乳動物細胞は、ヒト細胞である。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的細胞は、腫瘍細胞、腫瘍間質細胞、又は免疫細胞である。
一実施形態では、前記腫瘍間質細胞は、がん関連線維芽細胞を含む。
一実施形態では、前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、マクロファージである。一実施形態では、前記少なくとも1つの標的分子は、マクロファージ受容体(MARCO)である。
一実施形態では、前記T細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的分子は、細胞表面マーカー又は細胞表面受容体である。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的分子は、TNF-αファミリー受容体、インテグリン、C型レクチン受容体、レプチン、癌胎児性抗原、CD抗原、炭酸脱水酵素、FAP、MMP2、DEC205、DC40、CLEC9、CD3、グリコサミノグリカン、多糖、又は脂質である。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的分子は、
-健常対照細胞によってではなく、疾患細胞により発現される、又は
-前記疾患細胞により、前記健常対照細胞と比較してより多量に発現される
疾患特異的細胞表面分子を含む。
一実施形態では、前記疾患特異的細胞表面分子は、腫瘍関連抗原を含む。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的分子は、DEC205、CLEC9A、CEACAM5、CTLA4、CD3、CD7、CD11c、CD19、CD20、CD22、CD40、CD44、CD206、EGFR、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、CA9、MMP-2、PD-L1、SIRPa、コンドロイチン硫酸、αvインテグリン、又は葉酸受容体を含む。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的化部分は、受容体リガンド、抗体若しくはその機能断片、scFv、単一ドメイン抗体又はDARPinを含む。
一実施形態では、前記抗体は、単一ドメイン抗体である。
一実施形態では、前記抗体は、ヒト化抗体である。
一実施形態では、前記機能断片は、Fab’又はF(ab’)2である。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的化部分は、抗DEC205、抗Clec9A、抗FAP、抗CEA、抗CA9、抗CTL4、抗CD3、抗CD206、抗CD19、抗CD20、抗CD22、抗CD44、抗CD7、SIRPα外部ドメイン、GE11ペプチド、CTX、VAR2Δ、CD40リガンド、CD40標的化ペプチド、iRGD、PD1を含む。
一実施形態では、前記小胞内ポリペプチドは、小胞内空間に突出するための短いアミノ酸尾部を含んでもよい。前記小胞内ポリペプチドは、少なくとも9アミノ酸を含んでもよい。前記小胞内ポリペプチドは、少なくとも10アミノ酸を含んでもよい。前記小胞内ポリペプチドは、少なくとも11アミノ酸を含んでもよい。前記小胞内ポリペプチドは、少なくとも12アミノ酸を含んでもよい。前記小胞内ポリペプチドは、少なくとも13アミノ酸を含んでもよい。前記小胞内ポリペプチドは、少なくとも14アミノ酸を含んでもよい。前記小胞内ポリペプチドは、少なくとも15アミノ酸を含んでもよい。前記小胞内ポリペプチドは、少なくとも9アミノ酸を含んでもよい。前記小胞内ポリペプチドは、9~15アミノ酸を含んでもよい。
一実施形態では、前記小胞内ポリペプチドは、前記EVアンカーポリペプチドを介して前記少なくとも1つの標的化部分に連結された少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドを含む。EVペイロードポリペプチドは、例えば、治療用ポリペプチド、イメージング用のポリペプチド、診断用ポリペプチド、自殺タンパク質、又はバイオマーカー用の受容体を含んでもよい。
一実施形態では、少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドは、少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドを含む。
「単一特異性」テトラスパニン構築物
一実施形態では、前記EVアンカーポリペプチド及び前記小胞内ポリペプチドは、それらの2つの膜貫通ドメイン間に挿入された前記少なくとも1つの標的化部分を含むEV誘導性組換えテトラスパニンを一緒に含む。
一実施形態では、前記組換えテトラスパニンは、ヒトCD63又はCD9を含むか又はそれに由来する。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的細胞は、哺乳動物細胞を含む。
一実施形態では、前記哺乳動物細胞は、ヒト細胞である。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的細胞は、腫瘍細胞、腫瘍間質細胞、又は免疫細胞である。
一実施形態では、前記腫瘍間質細胞は、がん関連線維芽細胞を含む。
一実施形態では、前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、マクロファージである。一実施形態では、前記少なくとも1つの標的分子は、マクロファージ受容体(MARCO)である。
一実施形態では、前記T細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的分子は、細胞表面マーカー又は細胞表面受容体である。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的分子は、TNF-αファミリー受容体、インテグリン、C型レクチン受容体、レプチン、癌胎児性抗原、CD抗原、炭酸脱水酵素、FAP、MMP2、DEC205、DC40、CLEC9、CD3、グリコサミノグリカン、多糖、又は脂質である。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的分子は、
-健常対照細胞によってではなく、疾患細胞により発現される、又は
-前記疾患細胞により、前記健常対照細胞と比較してより多量に発現される
疾患特異的細胞表面分子を含む。
一実施形態では、前記疾患特異的細胞表面分子は、腫瘍関連抗原を含む。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的分子は、DEC205、CLEC9A、CEACAM5、CTLA4、CD3、CD7、CD11c、CD19、CD20、CD22、CD40、CD44、CD206、EGFR、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、CA9、MMP-2、PD-L1、SIRPa、コンドロイチン硫酸、αvインテグリン、又は葉酸受容体を含む。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的化部分は、受容体リガンド、抗体若しくはその機能断片、scFv、単一ドメイン抗体、又はDARPinを含む。
一実施形態では、前記抗体は、単一ドメイン抗体である。
一実施形態では、前記抗体は、ヒト化抗体である。
一実施形態では、前記機能断片は、Fab’又はF(ab’)2である。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的化部分は、抗DEC205、抗Clec9A、抗FAP、抗CEA、抗CA9、抗CTL4、抗CD3、抗CD206、抗抗CD19、抗CD20、抗CD22、抗CD44、抗CD7、SIRPa外部ドメイン、GE11ペプチド、CTX、VAR2Δ、CD40リガンド、CD40標的化ペプチド、iRGD、PD1を含む。
一実施形態では、組換えポリペプチドは、前記組換えテトラスパニンのN末端及び/又はC末端に連結された少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドをさらに含む。EVペイロードポリペプチドは、例えば、治療用ポリペプチド、イメージング用ポリペプチド、診断用ポリペプチド、自殺タンパク質、又はバイオマーカーに対する受容体を含んでもよい。
一実施形態では、少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドは、少なくとも1つのEV治療ポリペプチドを含む。
「二重特異性」テトラスパニン構築物
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的化部分は、少なくとも2つの標的化部分を含み、ここで前記EVアンカーポリペプチド及び前記小胞内ポリペプチドは、N末端からC末端へ、1、2、3、及び4と付番された4つの膜貫通ドメインを含むEV誘導性組換えテトラスパニンを一緒に含み、ここで前記2つの標的化部分の第1は、膜貫通ドメイン1及び2の間に挿入され、且つ前記2つの標的化部分の第2は、膜貫通ドメイン3及び4の間に挿入される。
一実施形態では、前記EV誘導性組換えテトラスパニンは、ヒトCD63又はCD9に由来する。
一実施形態では、前記少なくとも2つの標的化部分は、少なくとも2つの異なる標的分子に特異的に結合する。
同じ標的細胞の標的化
一実施形態では、前記少なくとも2つの異なる標的分子は、同じ標的細胞によって発現される。
一実施形態では、前記標的細胞は、哺乳動物細胞を含む。
一実施形態では、前記哺乳動物細胞は、ヒト細胞を含む。
一実施形態では、前記標的細胞は、腫瘍細胞、腫瘍間質細胞、又は免疫細胞を含む。
一実施形態では、前記腫瘍間質細胞は、がん関連線維芽細胞を含む。
一実施形態では、前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、マクロファージである。一実施形態では、前記少なくとも1つの標的分子は、マクロファージ受容体(MARCO)である。
一実施形態では、前記T細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である。
一実施形態では、前記少なくとも2つの標的分子の各々は、細胞表面分子である。
一実施形態では、前記少なくとも2つの標的分子の各々は、TNF-αファミリー受容体、インテグリン、C型レクチン受容体、レプチン、癌胎児性抗原、CD抗原、炭酸脱水酵素、FAP、MMP2、DEC205、DC40、CLEC9、CD3、グリコサミノグリカン、多糖、又は脂質である。
一実施形態では、前記少なくとも2つの標的分子の各々は、
-健常対照細胞によってではなく、疾患細胞により発現される、又は
-前記疾患細胞により、前記健常対照細胞と比較してより多量に発現される
疾患特異的細胞表面分子を含む。
一実施形態では、前記疾患特異的細胞表面分子は、腫瘍関連抗原を含む。
一実施形態では、前記少なくとも2つの標的分子の各々は、独立して、DEC205、CLEC9A、CEACAM5、CTLA4、CD3、CD7、CD11c、CD19、CD20、CD22、CD40、CD44、CD206、EGFR、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、CA9、MMP-2、PD-L1、SIRPa、コンドロイチン硫酸、αvインテグリン、又は葉酸受容体を含む。
一実施形態では、前記少なくとも2つの標的化部分の各々は、独立して、受容体リガンド、抗体若しくはその機能断片、scFv、単一ドメイン抗体又はDARPinを含む。
一実施形態では、前記抗体は、単一ドメイン抗体である。
一実施形態では、前記抗体は、ヒト化抗体である。
一実施形態では、前記機能断片は、Fab’又はF(ab’)2である。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的化部分は、抗DEC205、抗Clec9A、抗FAP、抗CEA、抗CA9、抗CTL4、抗CD3、抗CD206、抗CD19、抗CD20、抗CD22、抗CD44、抗CD7、SIRPα外部ドメイン、GE11ペプチド、CTX、VAR2Δ、CD40リガンド、CD40標的化ペプチド、iRGD、PD1を含む。
異なる標的細胞の標的化
一実施形態では、前記少なくとも2つの異なる標的分子は、異なる標的細胞によって発現される。
一実施形態では、前記異なる標的細胞は、疾患細胞及び免疫細胞を含み、ここで前記少なくとも2つの標的化部分は各々、疾患細胞表面分子及び免疫細胞表面分子に導かれる。
一実施形態では、前記異なる標的細胞は、腫瘍細胞及び免疫細胞を含み、ここで前記少なくとも2つの標的化部分は各々、腫瘍細胞表面分子及び免疫細胞表面分子に導かれる。
一実施形態では、前記免疫細胞は、T細胞であり、前記免疫細胞表面マーカーは、T細胞表面分子である。
一実施形態では、前記T細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞であり、前記免疫細胞表面マーカーは、NK細胞表面分子である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、B細胞であり、前記免疫細胞表面マーカーは、B細胞表面分子である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、マクロファージであり、前記免疫細胞表面マーカーは、マクロファージ細胞表面分子である。一実施形態では、前記少なくとも1つの標的分子は、マクロファージ受容体(MARCO)である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、樹状細胞であり、前記免疫細胞表面マーカーは、樹状細胞表面分子である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、好中球であり、前記免疫細胞表面マーカーは、好中球細胞表面分子である。
一実施形態では、前記腫瘍細胞表面分子は、腫瘍関連抗原を含む。
一実施形態では、前記腫瘍細胞表面分子は、CEACAM5、CD19、CD20、CD22、EGFR、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、CA9、MMP-2、PD-L1、SIRPα、コンドロイチン硫酸、αvインテグリン、又は葉酸受容体の1つを含む。
一実施形態では、前記少なくとも1つの標的化部分は、抗体若しくはその機能断片、scFv、単一ドメイン抗体又はDARPinを含む。
一実施形態では、前記抗体は、単一ドメイン抗体である。
一実施形態では、前記抗体は、ヒト化抗体である。
一実施形態では、前記機能断片は、Fab’又はF(ab’)2である。
一実施形態では、組換えポリペプチドは、少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドをさらに含む。EVペイロードポリペプチドは、例えば、治療用ポリペプチド、イメージング用ポリペプチド、診断用ポリペプチド、自殺タンパク質、又はバイオマーカーに対する受容体を含んでもよい。
一実施形態では、少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドは、少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドを含む。
一実施形態では、前記EV治療用ペイロードポリペプチドは、前記組換えテトラスパニンの前記N末端及び/又はC末端に連結される。
ペイロード
これらのペイロードは、必要に応じて、本明細書に記載の実施形態に対して意図される。
一実施形態では、前記少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドは、前記少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドを放出するための切断部位を介して連結される。
一実施形態では、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドを放出するための切断部位を介して連結される。
一実施形態では、前記切断部位は、自己切断ペプチド、pH依存性切断部位、又は酵素切断のための部位を含む。
一実施形態では、前記EV治療用ペイロードポリペプチドは、活性医薬成分(API)を含む。
一実施形態では、前記EV治療用ペイロードポリペプチドは、細胞傷害性分子を含む。
一実施形態では、前記細胞傷害性分子は、ヒトGZMB R201K、マウスGZMB、ジフテリア毒素、シュードモナス外毒素AからのPE38ドメイン、又はヒトTRAILを含む。
一実施形態では、前記ペイロードポリペプチドは、免疫調節分子を含む。
一実施形態では、免疫調節分子は、免疫原性分子を生成する酵素を含む。
一実施形態では、前記免疫調節分子は、STING又はERAdP経路活性化剤を含む。
一実施形態では、前記STING又はERAdP経路活性化剤は、細菌のジヌクレオチドシクラーゼを含む。
一実施形態では、前記細菌のジヌクレオチドシクラーゼは、CdaAを含む。
一実施形態では、前記ペイロードポリペプチドは、酵素を含む。
一実施形態では、前記ペイロードポリペプチドは、核酸結合ドメインを含む。
一実施形態では、前記核酸結合ドメインは、RNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、核酸結合ドメインは、Cas13ファミリーメンバータンパク質からのRNA結合モチーフを含む。一実施形態では、RNA結合モチーフは、Cas13aからのRNA結合モチーフを含む。一実施形態では、RNA結合モチーフは、Cas13bからのRNA結合モチーフを含む。一実施形態では、RNA結合モチーフは、Cas13dからのRNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、RNA結合モチーフは、PumからのRNA結合モチーフ(Pumilio相同性ドメイン1)を含む。
一実施形態では、RNA結合モチーフは、Stu1(Staufen-1)からのRNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、RNA結合モチーフは、アルファウイルスカプシドタンパク質L72AEからのRNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、核酸結合は、MS2コートタンパク質(本明細書中で「MS2」)からのRNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、RNA結合モチーフは、VEEVカプシドタンパク質からのRNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、前記RNA結合モチーフは、核酸リガンドシステムを含む。
一実施形態では、前記ペイロードポリペプチドは、抗原を含む。
一実施形態では、前記抗原は、腫瘍関連抗原である。
一実施形態では、前記抗原は、病原体に由来する。
一実施形態では、前記EV治療用ペイロードポリペプチドは、アジュバントをさらに含む。
一実施形態では、前記アジュバントは、STING又はERAdP経路活性化剤を含む。
一実施形態では、前記STING又はERAdP経路活性化剤は、細菌のジヌクレオチドシクラーゼを含む。
一実施形態では、前記細菌のジヌクレオチドシクラーゼは、CdaAを含む。
一実施形態では、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは、少なくとも1つのさらなるEVペイロードポリペプチドに連結される。
一実施形態では、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは、切断部位により、前記少なくとも1つのさらなるEVペイロードポリペプチドに連結される。
一実施形態では、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは、少なくとも2つのEV膜貫通ドメインにより、前記少なくとも1つのさらなるEVペイロードポリペプチドから分離される。
核酸分子
一態様では、本明細書のとおりの組換えポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。
一実施形態では、前記核酸は、別々のEVカーゴ分子をさらにコードする。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、核酸を含む。
一実施形態では、前記核酸は、RNAを含む。
一実施形態では、RNAは、表12中の配列からの標的配列を含む。一実施形態では、組換えポリペプチドは、カーゴの標的配列に対応する表12中の配列からのRNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、前記RNAは、mRNA、miRNA、又はshRNAを含む。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、ポリペプチドを含む。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの、本明細書で定義されるとおりのEVペイロードを含む組換えポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの、本明細書で定義されるとおりのEV治療用ペイロードを含む組換えポリペプチドをコードする核酸分子が提供される。
一実施形態では、前記核酸は、別々のEVカーゴ分子をさらにコードする。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、核酸を含む。
一実施形態では、前記核酸は、RNAを含む。
一実施形態では、前記RNAは、mRNA、miRNA、又はshRNAを含む。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、ポリペプチドを含む。
ベクター
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸を含むベクターが提供される。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸を含むベクターが提供され、ここで組換えポリペプチドは、EV治療用ペイロードを含む。
組換えウイルスゲノム
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸を含む組換えウイルスゲノムが提供される。
一実施形態では、ウイルスゲノムは、レンチウイルス(lentivirus)、ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)のTian Tan株、又はアデノ随伴ウイルス(adeno-associated virus)(AAV)に由来する。
一実施形態では、ウイルスゲノムは、腫瘍選択的であるウイルスに由来する。
一実施形態では、前記ウイルスゲノムは、腫瘍溶解性ウイルスに由来する。
一実施形態では、前記腫瘍溶解性ウイルスは、水疱性口内炎ウイルス(vesicular stomatitis virus)(VSV)、ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)、単純ヘルペスウイルス1型(Herpes virus simplex 1)(HSV-1)、ヘルペスウイルス2型(Herpes virus 2)(HSV-2)、アデノウイルス(adenovirus)である。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸を含む組換えウイルスゲノムが提供され、ここで組換えポリペプチドは、EV治療用ペイロードを含む。
一実施形態では、ウイルスゲノムは、腫瘍選択的であるウイルスに由来する。
一実施形態では、前記ウイルスゲノムは、腫瘍溶解性ウイルスに由来する。
一実施形態では、前記腫瘍溶解性ウイルスは、水疱性口内炎ウイルス(vesicular stomatitis virus)(VSV)、ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)、単純ヘルペスウイルス1型(Herpes virus simplex 1)(HSV-1)、ヘルペスウイルス2型(Herpes virus 2)(HSV-2)、アデノウイルス(adenovirus)である。
ウイルス粒子
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸を含むウイルス粒子が提供される。
一実施形態では、前記ウイルス粒子は、レンチウイルス(lentivirus)、ワクシニアウイルス(vaccinia virus)のTian Tan株、又はアデノ随伴ウイルス(adeno-associated virus)(AAV)に属する。
一実施形態では、前記ウイルス粒子は、腫瘍選択的ウイルスに属する。
一実施形態では、前記ウイルス粒子は、腫瘍溶解性ウイルスに属する。
一実施形態では、前記腫瘍溶解性ウイルスは、水疱性口内炎ウイルス(vesicular stomatitis virus)(VSV)、ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)、単純ヘルペスウイルス1型(Herpes virus simplex 1)(HSV-1)、ヘルペスウイルス2型(Herpes virus 2)(HSV-2)、アデノウイルス(adenovirus)である。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸を含むウイルス粒子が提供され、ここで組換えポリペプチドは、EV治療用ペイロードを含む。
一実施形態では、前記ウイルス粒子は、腫瘍選択的ウイルスに属する。
一実施形態では、前記ウイルス粒子は、腫瘍溶解性ウイルスに属する。
一実施形態では、前記腫瘍溶解性ウイルスは、水疱性口内炎ウイルス(vesicular stomatitis virus)(VSV)、ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)、単純ヘルペスウイルス1型(Herpes virus simplex 1)(HSV-1)、ヘルペスウイルス2型(Herpes virus 2)(HSV-2)、アデノウイルス(adenovirus)である。
宿主細胞
一態様では、定義されるとおりの核酸、ベクター、組換えウイルスゲノム、又は本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子を含む宿主細胞が提供される。
一実施形態では、宿主細胞は、原核細胞である。
一実施形態では、宿主細胞は、真核細胞である。
一実施形態では、宿主細胞は、酵母細胞又は昆虫細胞である。
一実施形態では、宿主細胞は、哺乳動物細胞である。
一実施形態では、宿主細胞は、ヒト細胞である。
一実施形態では、宿主細胞は、免疫細胞である。
一実施形態では、宿主細胞は、B細胞、T細胞、樹状細胞、マクロファージ又は好中球である。
一実施形態では、宿主細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である。
一実施形態では、前記宿主細胞は、別々のEVカーゴ分子をさらにコードする。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、核酸を含む。
一実施形態では、前記核酸は、RNAを含む。
一実施形態では、核酸結合ドメインは、Cas13ファミリーメンバータンパク質からのRNA結合モチーフを含む。一実施形態では、RNA結合モチーフは、Cas13aからのRNA結合モチーフを含む。一実施形態では、RNA結合モチーフは、Cas13bからのRNA結合モチーフを含む。一実施形態では、RNA結合モチーフは、Cas13dからのRNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、RNA結合モチーフは、Pum(Pumilio相同性ドメイン1)からのRNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、RNA結合モチーフは、Stu1(Staufen-1)からのRNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、RNA結合モチーフは、アルファウイルスカプシドタンパク質L72AEからのRNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、核酸結合は、MS2コートタンパク質(本明細書中で「MS2」)からのRNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、RNA結合モチーフは、VEEVカプシドタンパク質からのRNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、組換えポリペプチドは、上記のRNA結合モチーフの1つを含み、EVカーゴは、RNA結合モチーフにおける同族RNA標的配列を含む。RNA結合モチーフ及び同族標的配列の例が表12の配列に提示される。
一実施形態では、前記RNAは、mRNA、miRNA、又はshRNAを含む。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、ポリペプチドを含む。
一態様では、定義されるとおりの核酸、ベクター、組換えウイルスゲノム、又は本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子を含む宿主細胞が提供され、ここで組換えポリペプチドは、EV治療用ペイロードを含む。
一実施形態では、宿主細胞は、原核細胞である。
一実施形態では、宿主細胞は、真核細胞である。
一実施形態では、宿主細胞は、酵母細胞又は昆虫細胞である。
一実施形態では、宿主細胞は、哺乳動物細胞である。
一実施形態では、宿主細胞は、ヒト細胞である。
一実施形態では、宿主細胞は、免疫細胞である。
一実施形態では、宿主細胞は、B細胞、T細胞、樹状細胞、マクロファージ又は好中球である。
一実施形態では、宿主細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である。
一実施形態では、前記宿主細胞は、別々のEVカーゴ分子をさらにコードする。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、核酸を含む。
一実施形態では、前記核酸は、RNAを含む。
一実施形態では、前記RNAは、mRNA、miRNA、又はshRNAを含む。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、ポリペプチドを含む。
標的化細胞外小胞(EV)
一態様では、本明細書で定義されるとおりの組換えポリペプチドを含む標的化細胞外小胞(EV)が提供される。
一実施形態では、標的化EVは、別々のEVカーゴ分子をさらに含む。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、核酸を含む。
一実施形態では、前記核酸は、RNAを含む。
一実施形態では、RNAは、表12中の配列からの標的配列を含む。一実施形態では、組換えポリペプチドは、カーゴの標的配列に対応する表12中の配列からのRNA結合モチーフを含む。
一実施形態では、前記RNAは、mRNA、miRNA、又はshRNAを含む。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、ポリペプチドを含む。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、APIを含む。
一実施形態では、標的化EVは、エキソソームである。
一実施形態では、標的化EVは、マイクロベシクルである。
一実施形態では、標的化EVは、エクトソームである。
一実施形態では、標的化EVは、アポトーシス小体である。
一実施形態では、標的化EVは、ウイルス様粒子である。
一実施形態では、標的化EVは、マクロベシクル(macrovesicle)である。
一実施形態では、標的化EVは、オンコソームである。
一実施形態では、標的化EVは、ゲシクル(gesicles)である。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの組換えポリペプチドを含む標的化細胞外小胞(EV)が提供され、ここで組換えポリペプチドは、EV治療用ペイロードを含む。
一実施形態では、標的化EVは、別々のEVカーゴ分子をさらに含む。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、核酸を含む。
一実施形態では、前記核酸は、RNAを含む。
一実施形態では、前記RNAは、mRNA、miRNA、又はshRNAを含む。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、ポリペプチドを含む。
一実施形態では、前記EVカーゴ分子は、APIを含む。
一実施形態では、標的化EVは、エキソソームである。
一実施形態では、標的化EVは、マイクロベシクルである。
一実施形態では、標的化EVは、エクトソームである。
一実施形態では、標的化EVは、アポトーシス小体である。
医薬組成物
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVを、薬学的に許容できる賦形剤、希釈剤、又は担体と一緒に含む組成物が提供される。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVを、薬学的に許容できる賦形剤、希釈剤、又は担体と一緒に含む組成物が提供され、ここで組換えポリペプチドは、EV治療用ペイロードを含む。
方法及び使用
標的への結合
一態様では、標的化部分を標的細胞の標的分子に結合させる方法であって、前記標的細胞を本明細書で定義されるとおりの標的化EVと接触させることを含む方法が提供される。
一態様では、標的化部分を標的細胞の標的分子に結合させるための本明細書で定義されるとおりの標的化EVの使用が提供される。
一態様では、標的化部分の標的細胞の標的分子への結合における使用のための本明細書で定義されるとおりの標的化EVが提供される。
ペイロードの送達
一態様では、ペイロード分子を標的細胞に送達する方法であって、前記標的細胞を本明細書で定義されるとおりの標的化EVと接触させることを含む方法が提供される。
一態様では、ペイロード分子を標的細胞に送達するための本明細書で定義されるとおりの標的化EVの使用が提供される。
一態様では、ペイロード分子の標的細胞への送達における使用のための本明細書で定義されるとおりのEVが提供される。
カーゴの送達
一態様では、カーゴ分子を標的細胞に送達する方法であって、前記標的細胞を本明細書で定義されるとおりの標的化EVと接触させることを含む方法が提供される。
一態様では、カーゴ分子を標的細胞に送達するための本明細書で定義されるとおりの標的化EVの使用が提供される。
一態様では、カーゴ分子の標的細胞への送達における使用のための本明細書で定義されるとおりの標的化EVが提供される。
免疫応答の刺激
一態様では、抗原に対する免疫応答を刺激する方法であって、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVを対象に投与することを含み、ここで前記標的細胞は免疫細胞を含み、且つ前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは抗原を含む、方法が提供される。
一実施形態では、前記抗原は、疾患細胞特異的抗原を含む。
一実施形態では、前記抗原は、腫瘍特異抗原を含む。
一実施形態では、前記抗原は、病原体に由来する。
一実施形態では、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは、アジュバントをさらに含む。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVの抗原に対する免疫応答を刺激するための使用であって、前記標的細胞は免疫細胞を含み、且つ前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは抗原を含む、使用が提供される。
一実施形態では、前記抗原は、疾患細胞特異的抗原を含む。
一実施形態では、前記抗原は、腫瘍特異抗原を含む。
一実施形態では、前記抗原は、病原体に由来する。
一実施形態では、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは、アジュバントをさらに含む。
一態様では、抗原に対する免疫応答の刺激における使用のための、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVが提供され、ここで前記標的細胞は免疫細胞を含み、且つ前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは抗原を含む。
一実施形態では、前記抗原は、疾患細胞特異的抗原を含む。
一実施形態では、前記抗原は、腫瘍特異抗原を含む。
一実施形態では、前記抗原は、病原体に由来する。
一実施形態では、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは、アジュバントをさらに含む。
標的細胞の殺傷
一態様では、標的細胞を殺傷する方法であって、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVを対象に投与することを含み、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは細胞傷害性分子を含む、方法が提供される。
一実施形態では、前記細胞傷害性分子は、ヒトGZMB R201K、マウスGZMB、ジフテリア毒素、シュードモナス外毒素AからのPE38ドメイン、又はヒトTRAILを含む。
一実施形態では、前記標的細胞は、疾患細胞を含む。
一実施形態では、前記疾患細胞は、腫瘍細胞である。
一態様では、標的細胞を殺傷するための、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVの使用であって、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは細胞傷害性分子を含む、使用が提供される。
一実施形態では、前記細胞傷害性分子は、ヒトGZMB R201K、マウスGZMB、ジフテリア毒素、シュードモナス外毒素AからのPE38ドメイン、又はヒトTRAILを含む。
一実施形態では、前記標的細胞は、疾患細胞を含む。
一実施形態では、前記疾患細胞は、腫瘍細胞である。
一態様では、標的細胞の殺傷における使用のための、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVが存在し、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは細胞傷害性分子を含む。
一実施形態では、前記細胞傷害性分子は、ヒトGZMB R201K、マウスGZMB、ジフテリア毒素、シュードモナス外毒素AからのPE38ドメイン、又はヒトTRAILを含む。
一実施形態では、前記標的細胞は、疾患細胞を含む。
一実施形態では、前記疾患細胞は、腫瘍細胞である。
免疫細胞の再プログラム
一態様では、免疫細胞を再プログラムする方法であって、免疫細胞を本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVと接触させることを含み、少なくとも1つのEV治療用ペイロード分子は免疫調節分子を含む、方法が提供される。
一実施形態では、前記免疫調節分子は、STING又はERAdP経路活性化剤を含む。
一実施形態では、前記STING又はERAdP経路活性化剤は、細菌のジヌクレオチドシクラーゼを含む。
一実施形態では、前記細菌のジヌクレオチドシクラーゼは、CdaAを含む。
一実施形態では、前記免疫細胞は、B細胞、T細胞、NK細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球を含む。一実施形態では、前記免疫細胞は、マクロファージを含む。
一実施形態では、前記免疫調節分子は、STING経路活性化剤を含み、前記免疫細胞は、マクロファージを含み、且つ前記少なくとも1つの標的分子は、マクロファージ受容体(MARCO)である。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVを有する免疫細胞の、免疫細胞を再プログラムするための使用であって、少なくとも1つのEV治療用ペイロード分子は免疫調節分子を含む、使用が提供される。
一実施形態では、前記免疫調節分子は、STING又はERAdP経路活性化剤を含む。
一実施形態では、前記STING又はERAdP経路活性化剤は、細菌のジヌクレオチドシクラーゼを含む。
一実施形態では、前記細菌のジヌクレオチドシクラーゼは、CdaAを含む。
一実施形態では、前記免疫細胞は、B細胞、T細胞、NK細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球を含む。一実施形態では、前記免疫細胞は、マクロファージを含む。
一実施形態では、前記免疫調節分子は、STING経路活性化剤を含み、前記免疫細胞は、マクロファージを含み、且つ前記少なくとも1つの標的分子は、マクロファージ受容体(MARCO)である。
一態様では、免疫細胞の再プログラミングにおける使用のための、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVを有する免疫細胞であって、少なくとも1つのEV治療用ペイロード分子は免疫調節分子を含む、免疫細胞が提供される。
一実施形態では、前記免疫調節分子は、STING又はERAdP経路活性化剤を含む。
一実施形態では、前記STING又はERAdP経路活性化剤は、細菌のジヌクレオチドシクラーゼを含む。
一実施形態では、前記細菌のジヌクレオチドシクラーゼは、CdaAを含む。
一実施形態では、前記免疫細胞は、B細胞、T細胞、NK細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球を含む。一実施形態では、前記免疫細胞は、マクロファージを含む。
一実施形態では、前記免疫調節分子は、STING経路活性化剤を含み、前記免疫細胞は、マクロファージを含み、且つ前記少なくとも1つの標的分子は、マクロファージ受容体(MARCO)である。
標的に対する免疫応答の誘導
一態様では、標的疾患細胞に対する免疫応答を導く方法であって、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVを対象に投与することを含み、前記組換えポリペプチドは、各々が少なくとも2つの異なる標的分子に特異的に結合する少なくとも2つの標的化部分を含み、ここで前記少なくとも2つの異なる標的分子は各々、免疫細胞及び疾患細胞によって発現される、方法が提供される。
一実施形態では、前記疾患細胞は、腫瘍細胞を含む。
一実施形態では、前記少なくとも2つの異なる標的分子の一方は、腫瘍関連抗原を含む。
一実施形態では、前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球を含む。
一実施形態では、前記免疫細胞は、T細胞である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、NK細胞である。
一態様では、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVの、標的疾患細胞に対する免疫応答を導くための使用であって、前記組換えポリペプチドは、各々が少なくとも2つの異なる標的分子に特異的に結合する少なくとも2つの標的化部分を含み、ここで前記少なくとも2つの異なる標的分子は各々、免疫細胞及び疾患細胞によって発現される、使用が提供される。
一実施形態では、前記疾患細胞は、腫瘍細胞を含む。
一実施形態では、前記少なくとも2つの異なる標的分子の一方は、腫瘍関連抗原を含む。
一実施形態では、前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球を含む。
一実施形態では、前記免疫細胞は、T細胞である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、NK細胞である。
一態様では、標的疾患細胞に対する免疫応答の誘導における使用のための、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子、又は本明細書で定義されるとおりの標的化EVが提供され、前記組換えポリペプチドは、各々が少なくとも2つの異なる標的分子に特異的に結合する少なくとも2つの標的化部分を含み、ここで前記少なくとも2つの異なる標的分子は各々、免疫細胞及び疾患細胞によって発現される。
一実施形態では、前記疾患細胞は、腫瘍細胞を含む。
一実施形態では、前記少なくとも2つの異なる標的分子の一方は、腫瘍関連抗原を含む。
一実施形態では、前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球を含む。
一実施形態では、前記免疫細胞は、T細胞である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、NK細胞である。
治療標的化EVの調製
一態様では、対象における治療標的化EVを調製する方法であって、
-対象から得られた細胞を、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、又は本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子と接触させることと、
-標的化EVを回収することと、
を含む方法が提供される。
一実施形態では、前記細胞は、腫瘍細胞である。
一実施形態では、前記細胞は、免疫細胞である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球を含む。
一態様では、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、又は本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子の、対象における治療標的化EVを調製するための使用が提供される。
一実施形態では、前記細胞は、腫瘍細胞である。
一実施形態では、前記細胞は、免疫細胞である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球を含む。
一態様では、対象における治療標的化EVの調製における使用のための、本明細書で定義されるとおりの核酸、本明細書で定義されるとおりのベクター、本明細書で定義されるとおりの組換えウイルスゲノム、又は本明細書で定義されるとおりのウイルス粒子が提供される。
一実施形態では、前記細胞は、腫瘍細胞である。
一実施形態では、前記細胞は、免疫細胞である。
一実施形態では、前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球を含む。
作製方法
一実施形態では、標的化EVを作製する方法であって、本明細書で定義されるとおりの核酸を細胞内で発現させる、又は本明細書で定義されるとおりの宿主細胞を培養することで、EVを生成することと;EVを回収することと、を含む方法が提供される。
定義及び実施形態
以下の定義は、本明細書で用いられる用語の理解を促進するため、提供される。
「腫瘍選択的」ウイルスは、腫瘍細胞内で優先的に増殖又は複製するウイルスを意味する。
「腫瘍溶解性ウイルス」は、活性があるとき、インビトロ又はインビボで腫瘍細胞を複製及び殺滅することが示されている多くのウイルスのいずれか1つを意味する。これらのウイルスは、天然には腫瘍溶解性ウイルス、又は腫瘍溶解活性をもたらし、若しくは改善するように修飾されているウイルスであってもよい。腫瘍溶解性ウイルスは、ラブドウイルス(Rhabdoviruses)を含む。ラブドウイルス(Rhabdoviruses)は、カラジャス(Carajas)ウイルス、チャンディプラ(Chandipura)ウイルス、コカル(Cocal)ウイルス、イスファハン(Isfahan)ウイルス、ピリー(Piry)ウイルス、水疱性口内炎アラゴアス(Alagoas)ウイルス、BeAn157575ウイルス(BeAn157575)、ボテケ(Boteke)ウイルス、カルチャキ(Calchaqui)ウイルス、ウナギウイルスアメリカン(EelvirusAmerican)、グレイロッジ(Gray Lodge)ウイルス、ユロナ(Jurona)ウイルス、クラマス(Klamath)ウイルス、クワッタ(Kwatta)ウイルス、ラ・ホージャ(La Joya)ウイルス、マルパイススプリング(Malpais Spring)ウイルス、マウントエルゴン(MountElgon)コウモリウイルス、ペリネト(Perinet)ウイルス、チュパイア(Tupaia)ウイルス、ファーミントン(Farmington)、バヒア・グランデ(Bahia Grande)ウイルス、ムイル・スプリングス(Muir Springs)ウイルス、リードランチ(Reed Ranch)ウイルス、ハートパーク(Hart Park)ウイルス、フランダース(Flanders)、カメセ(Kamese)ウイルス、モスケイロ(Mosqueiro)ウイルス、モスリル(Mossuril)ウイルス、バルー(Barur)ウイルス、フクオカ(Fukuoka)ウイルス、カーン峡谷(Kern Canyon)ウイルス、コルビッソン(Nkolbisson)ウイルス、ルダンテック(Le Dantec)ウイルス、キューラリバ(Keuraliba)ウイルス、コネチカット(Connecticut)ウイルス、ニューミント(New Minto)ウイルス、ソーグラス(Sawgrass)ウイルス、チャコ(Chaco)ウイルス、セナ・マドレイラ(SenaMadureira)ウイルス、ティンボ(Timbo)ウイルス、アルムピウォー(Almpiwar)ウイルス、アルアク(Aruac)ウイルス、バンゴラン(Bangoran)ウイルス、ビンボ(Bimbo)ウイルス、ビベンスアーム(Bivens Arm)ウイルス、ブルークラブ(Blue crab)ウイルス、チャールビル(Charleville)ウイルス、海岸平野(Coastal Plains)ウイルス、DakArK7292ウイルス、エントアメーバ(Entamoeba)ウイルス、ガルバ(Garba)ウイルス、ゴサス(Gossas)ウイルス、ハンプティドゥー(Humpty Doo)ウイルス、ジョインジャカカ(Joinjakaka)ウイルス、カンナマンガラム(Kannamangalam)ウイルス、コロンゴ(Kolongo)ウイルス、コールピンヤ(Koolpinyah)ウイルス、コトンコン(Kotonkon)ウイルス、ランジャ(Landjia)ウイルス、マニトバ(Manitoba)ウイルス、マルコ(Marco)ウイルス、ナソウル(Nasoule)ウイルス、ナバロ(Navarro)ウイルス、ガインガン(Ngaingan)ウイルス、オークベール(Oak-Vale)ウイルス、オボジャング(Obodhiang)ウイルス、オイタ(Oita)ウイルス、オウァンゴ(Ouango)ウイルス、パリークリーク(Parry Creek)ウイルス、リオグランデカワスズメ(RioGrandecichlid)ウイルス、サンジンバ(Sandjimba)ウイルス、シグマ(Sigma)ウイルス、スリプル(Sripur)ウイルス、スイートウォーターブランチ(Sweetwater Branch)ウイルス、チブロガルガン(Tibrogargan)ウイルス、キシブレマ(Xiburema)ウイルス、ヤタ(Yata)ウイルス、ロードアイランド(Rhode Island)、アデレードリバー(AdelaideRiver)ウイルス、ベリマー(Berrimah)ウイルス、キンバレー(Kimberley)ウイルス、マラバ(Maraba)ウイルス、ウシ流行熱(Bovine ephemeral fever)ウイルス、又はその改変された変異体を含む。
「細胞外小胞」(EV)は、エキソソーム、マイクロベシクル、ウイルス様粒子、マクロベシクル、オンコソーム、ゲシクル、及びアポトーシス小体を含む、細胞由来の膜状構造である。これらの細胞外小胞は、一般に、それらのサイズ、特定のマーカー、細胞起源及び生合成プロセスに基づいてカテゴリー化される。エキソソームは、多胞体(MVB)膜の原形質膜との融合時、細胞から放出されるエンドソーム起源の30~160nmの小胞である。エキソソームは、あらゆる細胞型により生成され、それらの放出は、ストレス、低酸素、細胞死、及びウイルス感染を含む種々の刺激により誘導され得る。古典的なマイクロベシクル(微小粒子としても公知)は、原形質膜の脱落により細胞から放出される100nm~1μmの小胞である。がん細胞は、オンコソームと称されるより大きいマイクロベシクル(>1μm)も分泌し得、専らそれらのサイズに関して古典的なマイクロベシクルと異なる。エキソソーム同様、マイクロベシクルの放出は、ストレス及びウイルス感染により誘導される可能性があり、それらの内容物は異質性である。アポトーシス小体は、小疱形成によりアポトーシス細胞から放出される大きいEVであり、サイズが200nm~5μmの範囲である。これらのホスファチジルセリン及びアネキシンVでコーティングされたEVは、死細胞からの細胞質内容物を含有する。伝統的に、100,000gでペレット化したEVはエキソソームと称されたが、実際、このペレットは、マイクロベシクル及びエキソソームの組み合わせを含有する。それらの生合成経路は異なるが、エキソソームとマイクロベシクルは多くの類似性を有し、一旦細胞から放出されると、互いに識別することは困難である。近年、国際細胞外ベシクル会議(International Society for Extracellular Vesicles)は、小さいEV(sEV)という用語が、サイズが200nm未満の粒子に使用されるべきである一方で、大きいEV(lEV)という用語が、200nmより大きい粒子に使用されるべきであることを提案した。
用語「プログラムされたEV」(PEV)及び「標的化EV」は、本明細書で定義されるとおり、組換えポリペプチドを含み、それ故、標的分子に対する(標的化部分によって提供される)改変され、獲得された親和性を有するEVを指すように本明細書で同義的に使用される。
「組換え」は、異なる起源のセグメントを有する核酸又はポリペプチド分子、例えば(限定はされないが)組換えDNA技術による遺伝子工学の産物を意味する。
「EVアンカーポリペプチド」は、組換えポリペプチドをEV膜に係留するポリペプチドを意味する。
「EV誘導性膜貫通ポリペプチド」は、EVのリン脂質二重層膜の全体にわたり、且つEV膜を生得的に標的にする(それに輸送される)膜貫通タンパク質の一部を意味する。
かかるEV誘導性膜貫通ドメインを有するタンパク質は、ウイルス(例えばVSVG)に由来し得る、又は細胞(例えばCD63及びIamp2b)に由来し得る。ドメインにわたる膜は、単一通過であってもよく、又は膜を複数回、例えば4回通過(4パス、又はテトラスパニン)してもよい。
単一通過及びテトラスパニンドメインは、単一又は複数のペイロードを保有するようにリンカー配列を介して改変可能であり、単一通過ドメインは、単一又は複数の標的化部分をタンデムに保有するように同様に改変され得る。
同様に、「EV誘導性テトラスパニン」は、EV膜に輸送されるテトラスパニンのサブセットを意味する。テトラスパニンは、全ての多細胞真核生物中に見出され、膜貫通4スーパーファミリー(TM4SF)タンパク質とも称される膜タンパク質のファミリーである。それらは、4つの膜貫通αヘリックス及び2つの細胞外ドメイン、1つの短い細胞外ドメイン又はループ、及び1つのより長い細胞外ドメイン/ループを有する。いくつかのタンパク質ファミリーが4つの膜貫通αヘリックスを有するが、テトラスパニンは、EC2ドメイン内に4つ以上のシステイン残基に加え、高度に保存された「CCG」モチーフ内に2つのシステイン残基を含む保存的アミノ酸配列によって定義される。
テトラスパニンは、直接的には、最大で2つの標的化部分、及び最大で2つのペイロード、又は一緒に連結される場合にはより多くを保有するように改変され得る。
表1は、EV膜に特異的に導き、及びEV膜内に豊富に存在するタンパク質の数例を提示する。これらの例は、単一通過及びテトラスパニンドメインを含む。
Figure 2023506381000002
Figure 2023506381000003
「~に由来する」は、組換えテトラスパニンとの関連で、天然テトラスパニンが、外因性配列、例えば細胞外ループの一方若しくは双方に挿入される標的化部分及び/又はテトラスパニンに連結されたペイロードを含むように修飾されることが理解されるであろう。
「標的化部分」は、標的分子を発現する標的細胞に対してEVを標的にすることができるような十分な親和性及び特異性で標的分子に結合する能力がある分子を意味する。標的化部分の非限定例として、抗体、その機能断片、その改変された断片、(受容体を標的にする)リガンド、(標的タンパク質に結合する)設計されたアンキリンリピートタンパク質(DARPin)、及び特定のタンパク質-タンパク質相互作用を媒介するドメインが挙げられる。組換えポリペプチドの標的化部分が、EVとの関連で、外部指向的であることが意図されることは理解されるであろう。
表2は、標的化部分の数例を示す。
Figure 2023506381000004
Figure 2023506381000005
Figure 2023506381000006
Figure 2023506381000007
Figure 2023506381000008
ナノボディとしても公知の「単一ドメイン抗体」(sdAb)は、単一単量体可変抗体ドメインからなる抗体断片である。全抗体と同様、それは特異的抗原に選択的に結合することができる。分子量がわずか12~15kDaである単一ドメイン抗体は、2つの重鎖及び2つの軽鎖からなる共通抗体よりもはるかに小さい。sdABは、ヒトコブラクダ、ラクダ、ラマ、アルパカ若しくはサメの免疫により産生されるか、又は4つの鎖を有する共通IgGから設計可能である。
「機能断片」は、(相補性決定領域、即ちCDRを含む)パラトープを維持し、且つその由来元である親抗体と同じ標的分子に結合する能力がある抗体の一部を意味する。例として、Fab及びF(ab’)2断片が挙げられる。
「改変された断片」は、親抗体に由来し、且つパラトープを保持することから、親抗体と同じ標的分子に結合することができる組換えポリペプチドを意味する。一例が、典型的には10~約25アミノ酸の短いリンカーペプチドと接続された、免疫グロブリンの重鎖(V)及び軽鎖(V)の可変領域の融合タンパク質である、一本鎖可変断片(scFv)である。
「DARPin」は、通常は33アミノ酸のいくつかの反復構造ドメイン(一般に4~6リピート)を含むリピートタンパク質である。DARPinは、それらの標的抗原に高い親和性及び特異性で結合し得ることから、特異的標的化における代替的なスキャフォールドとして選択及び使用され得る。モノクローナル抗体と比較してDARPinを使用する主な利点は、DARPinが一般に低い分子量を有し、40~100の間のアミノ酸残基を有することである。例えば、HER2は、乳がん細胞内で頻繁に過剰発現される。HER2の細胞外ドメインに結合するDARPinは、HER2を発現する悪性細胞の方へ治療用EVを導くため、選択及び使用され得る。
「標的分子」は、標的化部分が結合する対象の分子を意味する。かかる分子は、標的化部分により特異的に結合され得る細胞表面分子、例えば、ポリペプチド、脂質、又は多糖などであってもよい。
「標的細胞」は、標的化部分によって結合され、且つペイロード(適用可能な場合)及び/又はカーゴ(適用可能な場合)が導かれる対象の、標的分子を発現する細胞を意味する。
「小胞内ポリペプチド」は、内部的にEVに広がる組換えポリペプチドのポリペプチド部分を意味する。血管内ポリペプチドが小胞内空間に突出する(例えば少なくとも9アミノ酸の)短いポリペプチドを含んでもよいことは理解されるであろう。しかし、本明細書に記載の他の立体配置では、血管内ポリペプチドがEVペイロードポリペプチドを含んでもよいことは理解されるであろう。さらに他の立体配置では、EV誘導性膜貫通ドメイン及び血管内ポリペプチドは、N末端及び/又はC末端に連結されてもよい、少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドを含んでも又は含まなくてもよい、EV誘導性組換えテトラスパニンを一緒に含んでもよい。
「単一標的化された」は、EVの集団が標的分子に標的化されることを示す。しかし、「少なくとも1つ」の標的が特定される場合、これが2つ以上の標的分子に導かれたEVを包含し、それ故、EVが最低でも単一標的化されることも意図されることは理解されるであろう。
同様に、「二重特異性」は、EVが2つの標的分子を標的にすることを意味する。「少なくとも2つ」が特定される場合、これが3つ以上の標的分子に導かれたEVを包含し、EVが最小に二重特異性であることも意図されることは理解されるであろう。
「細胞表面分子」は、細胞表面に固定される、又はそうでなければそれと会合させ、標的化部分を介する組換えポリペプチドによる細胞の標的化を可能にする任意の分子を意味する。かかる分子は、例えば、ポリペプチド、多糖、又は脂質を含んでもよい(ポリペプチドに対する多糖及び脂質修飾を含む)。例として、膜内在性タンパク質、表在性膜タンパク質、及びそれらの修飾が挙げられる。
「細胞表面マーカー」は、特定の細胞型に特有の(又は内部に豊富に存在する)細胞表面分子である。細胞表面マーカー又は細胞表面マーカーの組み合わせは、所与の細胞型、又は細胞状態(病態など)に特有であってもよい。
「腫瘍間質」は、例えばがん関連線維芽細胞など、がん細胞自身以外の腫瘍環境下の細胞を意味する。
「腫瘍関連抗原」(TAA)は、腫瘍細胞に関連し、且つ健常細胞又は(適用及び要求に応じた)対応する健常細胞に不在であるか又は大して豊富でない、任意の免疫原を意味する。例えば、腫瘍関連抗原は、生物との関連で、腫瘍細胞に特有であってもよい。TAAは、例えば、腫瘍特異的突然変異、異常にスプライスされたタンパク質、がん胎児抗原、又は内因性レトロウイルスタンパク質であってもよい。TAAは、ネオエピトープを含むネオ抗原であってもよい。ネオ抗原は、免疫系によって以前に認識されていない新規に形成された(非自家)抗原であり、例えば腫瘍突然変異から生じ得る。
用語「ペイロード」及び「カーゴ」は、ここでは区別して使用される。前者が組換えポリペプチドの一部である一方で、後者はEV内で運搬されるべき別の分子であることが意図される。
「EVペイロードポリペプチド」は、組換えポリペプチド自身の一部であり、それ故、同じ核酸分子により共コードされる、任意のポリペプチドを意味する。EVペイロードポリペプチドは、EVを負荷する又はEV媒介性の標的化若しくは送達が望ましい場合の任意のポリペプチドを含む。
「EV治療用ペイロードポリペプチド」は、組換えポリペプチド自身の一部であり、それ故、同じ核酸分子により共コードされる、治療用ポリペプチドを意味する。ペイロードのカテゴリーは、(限定はされないが)細胞傷害性分子(例えば、GZMB変異体、ジフテリア毒素、pe38(シュードモナス外毒素Aからのドメイン)、又はTRAIL)、免疫リプログラミング分子(例えばSTING又はERAdP経路活性化剤、例えば細菌シクラーゼ)、酵素、ヌクレオチド結合ドメイン、及び抗原(腫瘍抗原、又は感染性病原体、例えばデングウイルス(dengue virus)、マラリア(Malaria)、又はロタウイルス(Rotavirus)からの抗原など)を含む。非限定例が表3に提示される。
Figure 2023506381000009
Figure 2023506381000010
それに対し、「EVカーゴ」は、EV内で運搬される対象であるが、それ以外のEVを標的に導く組換えポリペプチドと異なる分子を意味する。したがって、カーゴは、組換えポリペプチドをコードする同じ又は異なる核酸によってコードされてもよい(後者の場合、それらは別のポリペプチドとして発現されると理解されるであろう)。例えば、組換えポリペプチドを発現するように操作された宿主細胞は、カーゴを別々にコードし得る(又は発現するように修飾され得る)と予想される(又はその逆もいえる)。カーゴ分子は、組換えポリペプチドに対して別々の分子であることで、ポリペプチドである必要がない。例えば、カーゴ分子の場合、小分子、例えば小分子薬又はイメージング剤であり得る。カーゴの場合、核酸、例えばmRNA、miRNA、shRNA、又はsiRNAであり得る。例えばペイロードが核酸結合ドメインを含む実施形態では、核酸は優先的に小胞に負荷され得る。かかる結合ドメインは、核酸分子内部の配列モチーフに対して配列特異的な結合であってもよい。カーゴ分子は、ポリペプチド、例えば、細胞傷害性分子、免疫リプログラミング分子、酵素、又は抗原であっても含み得る。
用語「連結される」は、2つの部分が共有結合的に連結されることを示すが、かかる連結は直接的である必要がない。例えば、「A」及び「B」が「連結される」場合、連結が追加的なアミノ酸残基又はポリペプチドを含み得ることは理解されるであろう。同様に、ある特徴、例えばリンカーポリペプチド又はペイロード「を介して」連結されるは、その特徴が組換えポリペプチドとの関連で「A」及び「B」の間に位置する(そしてそれらを分離させる)ことを示す。しかし、「A」と「B」のいずれでもないは、介在する特徴に直接的に結合される必要がある。
「アジュバント」は、抗原に対する免疫応答を増強し、及び/又はそれを所望される免疫応答に向けて調節する分子であると理解されるであろう。
核酸及びアミノ酸分子が本明細書中で参照される場合、その配列変異体を包含する実施形態についても明示的に検討されることは理解されるであろう。例えば、かかる配列変異体は、それらの由来元である親分子と実質的に同じ機能、又は同じ機能を保持するポリペプチド(又はポリペプチドをコードする核酸分子)を意図してもよい。かかる配列変異体は、親分子に対して少なくとも70%同一であってよい。それらは、親分子に対して少なくとも80%同一であってよい。それらは、親分子に対して少なくとも90%同一であってよい。それらは、親分子に対して少なくとも95%同一であってよい。それらは、親分子に対して少なくとも96%同一であってよい。それらは、親分子に対して少なくとも97%同一であってよい。それらは、親分子に対して少なくとも98%同一であってよい。それらは、親分子に対して少なくとも99%同一であってよい。本明細書で検討される配列変異体は、保存的アミノ酸置換(又はそれらをコードする核酸配列変化)を含んでもよい。本明細書で検討される配列変異体は、サイレント突然変異を含んでもよい。
実施例
以下の実施例は、本発明の実施形態及び/又は本発明に関して実施した試験を概説する。実施例は例示的であるが、本発明は、決して以下の例示的実施形態に限定されない。
実施例の紹介
高価であり、エクスビボであることが求められ、時間がかかる(例えばエレクトロポレーションを介する)可能性があり、且つ長期保存ができず、検証が不十分である、複数の分子、機構及び手段を用いて治療薬を運搬又は送達するため、EVをプログラムする試みがなされている。
それ故、分子を細胞に、例えば限定はされないが、治療薬及び毒素をインビボで標的化細胞に送達するための手段が求められ、又はそれはインビボ、インビトロ、若しくはエクスビボで簡素、安価、安定な方法で簡素且つ継続的に調製される。
組換えペプチドは、分子の細胞への標的化送達を意図して設計している。
図1は、本明細書で検討された構築物の立体配置例の概要を提供する:
図1、パネル(a)-単一標的-ペイロードなし
図1、パネル(b)-2つの標的-ペイロードなし
図1、パネル(c)-2つの標的-ペイロードを有する
図1、パネル(d)-単一標的-ペイロードを有する
図1、パネル(e)-対照-標的なし、単一ペイロード
図1、パネル(f)-対照-膜貫通ドメインなし
実施例1
単一標的化-ペイロードなし(2部分構築物)
適用:細胞表面受容体の機能を遮断又は活性化する。
これらのプラットフォームの作動様式:それらは競合的結合又は遮断薬として作用し得る。
利点:安定性及び免疫原性の欠如。PEVがウイルスプラットフォームから作製される場合、これはインサイチュ送達の可能性を有する。偶然にも、該手法はまた、これらの解決策のおかげで対費用効果がより優れている。
送達/作製様式:ウイルスに基づくプラットフォーム(例えば、ワクシニアウイルス(vaccinia virus)、レンチウイルス(lentivirus)、アデノ随伴ウイルス(adeno-associated virus)[AAV]、VSV、HSV-1など)。プラスミド(例えばpcDNA3.1)及び遊離PEV。
実施例1(a):プログラム細胞死タンパク質1(PD1)は、T,B,NK細胞、及び骨髄由来樹状細胞などの免疫細胞内で優先的に発現された表面タンパク質である。PD1は、そのリガンドPD-L1との会合時、免疫阻害シグナルを伝達する。PD1及びPD-L1への結合によりPD1:PD-L1相互作用に拮抗する分子(モノクローナル抗体)は、腫瘍細胞のT細胞媒介性殺傷を促進することが示されている。これらの方法がいくつかの臨床的適応において陽性結果を示している一方、これらの手法は、自らの最終目的地/使用(例えばPD-L1を発現するエキソソーム)に至らせない消費された抗原を大量にもたらす傾向がある。これらの要素は、生物学的利用率を減少させ、抗PD1及び抗PD-L1モノクローナル抗体の毒性リスクを増加させる。
そのようにして、PD1をPD-L1とともに標的化部分として標的にし、それによりその機能を遮断するPEVについてここで検討する。標的化部分:(ICIにおける適用/アジュバントを遮断する)PD-L1。
ペイロード:不在又は任意選択的。
膜貫通ドメイン(TDドメイン):表1中に列記される全ての例が使用可能であった。
実施例1(b):同様に、T細胞は、CD3標的化部分、例えば抗CD3抗体を使用し、CD3表面タンパク質を介して活性化可能であった(T細胞活性化/エンゲージャーの適用)。
ペイロード:不在又は任意選択的。
膜貫通ドメイン(TDドメイン):表1中に列記される全ての例が使用可能であった。
Figure 2023506381000011
結果:PD1標的化についてのデータは、図2~5に見出すことができる。
図2:腫瘍溶解性ワクシニアウイルス(vaccinia virus)(VV又はVacV)は、PD1の外部ドメインをコードする「キメラブロッキング構築物」によりEVをプログラム可能である。VV骨格を作出し、EVがマウスPD-1外部ドメイン(mPD-1)をEVの表面上に提示させるようにプログラム可能にするPEV構築物を発現させた。PD-1を提示するこれらのEVは、マウス内でPD-L1を表面上に発現する腫瘍細胞に特異的に結合し得る。
図2A:「キメラブロッキング構築物」であって、それによりmPD-1はPEVの細胞外表面上に提示され、標的化部分として作用する場合の模式図である。mPD-1は、構築物のPEVへの往復を援助する膜貫通LAMP2Bドメインに融合される。注目すべきは、LAMP2bは、一般にEV内に豊富に存在する。この全PEV構築物は、キメラ導入遺伝子構築物の細胞内部分上でHA標識され、PEVの追跡及び可視化を可能にする。
図2B:ヒト腎細胞がん786-O細胞は、VV-Exo対照(この対照構築物は構築物のC末端上でLAMP2B膜貫通ドメイン及びHAタグを発現するが、EV標的化部分はFLAGタグで置換された)、又はVV-Exo-PD1でモック感染又は感染させた(パネル図2Aに示すPEV構築物、1のMOI(感染多重度)で48時間)。感染の48時間後、免疫ブロット分析のため、細胞を収集し、溶解させた。同様に、細胞外小胞を連続遠心分離法により培地から単離した。次に、(適切なキメラ導入遺伝子発現を確認するため)EV画分及び全細胞ライセート(WCL)のウエスタンブロット解析をmPD-1に対する抗体及びHAタグを用いて実施した。EV単離及びVV感染の各々を適切に示すため、EVマーカーAlix、及びVV抗原A27Lについても試験した。
図3:図2Aに示される構築物を発現するPEVが抗PD1抗体を用いて単離可能であることを示し、免疫ブロットは、キメラタンパク質構築物がEVに組み込み、外部に標的化部分を有するPEVを形成することを示す。抗PD1抗体に結合された分子は、Alix及びフロチリン(EVマーカー)を発現し、それらがEVに組み込まれることを示す。腫瘍溶解性ワクシニアウイルス(vaccinia virus)(VV)は、PD1をそれらの表面上に提示する「キメラブロッキング構築物」により感染細胞由来のEVをプログラムし得る。図2中の上記のキメラPEV構築物及びその対照を発現するVVプラットフォームを用いて、786がん細胞を1のMOIで48時間感染させ、次に細胞ライセート及びEVを単離した。この図面中の画像は、抗PD1抗体を用いるインタクトなEVの免疫沈降(IP)プルダウン後に収集したEV画分の免疫ブロットを示す。生じているWCLも示す。EV及びWCLをモック又は感染細胞(1のMOIで48時間)から収集した。さらに、膜をEVマーカーAlix及びフロチリン1でプローブした。交差反応性に起因する抗体の重鎖の検出は、各条件における負荷対照として使用した。
mPD-1-LAMP2B-HAタグ構築物を発現するVVに感染させた細胞に由来するEVのみが抗PD1抗体でプルダウンされたことは注目される。このデータは、該構築物がEVに発現され、組み込まれるだけでなく、EV内のPEV構築物の「形態又は配向性」が予想とおりであることを示す。
図4は、結合パートナーPD-L1に特異的に結合するPD1を提示するように、VVがEVを「PEVブロッキング構築物」でプログラム可能であることを示す。
図4A:パネルBに示されるデータを得るための実施した競合的結合ELISAセットアップの模式図:SA-ストレプトアビジン;HRP-西洋わさびペルオキシダーゼ。この実験セットアップでは、ビオチンにコンジュゲートされたmPD-L1タンパク質は、Exo-PD1構築物からのmPD-1に対照としてのB14Rとともに結合し、定量化可能な蛍光シグナルをもたらし;それ故、(Exo-PD1キメラの不在に起因し)mPD-1の発現を欠いているサンプルは、mPD-L1に結合しないはずであり、蛍光シグナルをほとんど又は全くもたらさない。これは、図4Bに示されるデータを得るために使用された競合的結合の酵素結合免疫吸着測定(ELISA)実験の模式図を示す。ここで細胞ライセートは、抗mPD1抗体で覆われたウェルプレート全体にわたり洗浄される。したがって、mPD1を提示する構築物は、プレートに結合することになる。プレートを洗浄することで、結合された構築物のみが残存し、次にそれらを、ビオチンと融合されたPD1の天然結合リガンドmPD-L1とともにインキュベートする。このインキュベーション後、次に2-SA-HRP(2はこれが二次抗体洗浄であることを表し、一次はPD1である)はプレート全体にわたり洗浄され、それはビオチンと相互作用し、定量化可能な蛍光シグナルを生成する。そのようなことから、機能的PD-1を細胞ライセートEVの外部に提示するウェルプレートは、図4bに示すとおり、蛍光を示すはずである。
図4B:Exo-PD1キメラがmPD-L1に結合し得るか否かを実証するため、図2中の本明細書に記載のキメラPEV構築物及びその対照を発現するVVプラットフォームを使用した。マウス結腸直腸CT26がん細胞を10のMOIで48時間感染させ、次に細胞ライセートを調製した。細胞ライセートは、パネルAに図示のとおりの適応させた競合的結合ELISAにおいて使用した。この結合ELISAにおいて、各条件におけるサンプルを最初にビシンコニン酸タンパク質アッセイ(BCA)分析にかけ、タンパク質濃度を決定した。この分析に基づき、既知の総入力タンパク質濃度を各条件に使用した。各ウイルス処置においては、ライセートを抗mPD-1抗体とともにELISAセットアップへの添加前の2時間プレインキュベートする場合の追加的な実験条件(陰性対照)を含め;これは(Exo-PD1キメラの)mPD-1とmPD-L1との間の相互作用を遮断するために実施し、観察された任意の蛍光がこの相互作用に起因することを確認した。各条件における陰性対照に対する吸光度読み取り値を、指定どおり、CT26細胞ライセートサンプル中の総入力タンパク質の関数としてプロットした。細胞ライセートサンプルを抗mPD-1抗体とともに2時間プレインキュベートする場合の追加的な条件を含めた。パネルBに示す結果は、観察された最大蛍光シグナルがVV-Exo-PD1条件に対応したことを示す。VV-Exo-PD1条件における蛍光シグナルが、ライセートを抗mPD-1抗体(陰性対照)とともにプレインキュベートするときに失われることを認め;それ故、観察されたシグナルがmPD-1のmPD-L1への結合に起因することを確認することも重要である。これは、モック感染及びVV対照ウイルス条件(抗PD-1抗体の存在下及び不在下)において、吸光度における差異がほとんど又は全く認められないという観察結果によりさらに確認される(***P<0.001)。この図面は、入力タンパク質の濃度による蛍光を示し、PD1を発現する(抗PD1の同時発現を伴わない)ワクシニアウイルス(Vaccinia Virus)がタンパク質の濃度増加に伴う蛍光増強を示すことが示される。
図5は、実験の時間経過におけるタイムラインの模式図、及びPD-1を発現するPEVがT細胞上のPD-L1にうまく結合し、それによりこれらのT細胞内で様々なmRNAの免疫マーカーを活性化することを示すデータを提供する。
図5のパネルa):パネルBに示されるPEV処理時、T細胞活性化のqPCR分析における実験の時間経過セットアップの模式図。要するに、T細胞をマウス脾臓から単離し;次に細胞を抗CD3e及び抗CD28抗体による一晩活性化を施した。並行して、モック感染、VV-Exo対照ウイルスで感染、又はVV-Exo-PD1ウイルス(図2に記載)で10のMOIで48時間感染のいずれかのCT26細胞からEVを収集した。EVを各条件における分画遠心により精製し、次に活性化T細胞に48時間かけて移した。次に、RNAをT細胞から抽出し、qPCR分析にかけた。さらに、EVを活性化T細胞に全く移さない場合(T細胞単独)の追加的な実験条件、並びにTGF-β mRNAレベル(このマーカーは、PD1:PD-L1阻害系によって改変されることが知られるサイトカインの1つでないことから非標的化対照として機能する)の分析を含めた。EVを移す前、各条件におけるEVを正規化したことで、等しい濃度を各条件に使用したことを言及することは重要である。
図5のパネルB:Exo-PD1 EVがマウスT細胞において様々な免疫マーカーをmRNAレベルで活性化できることを示すデータ。マウスT細胞から収集したmRNAのqPCR分析を、等しい濃度のEVによる処理後、実施した。EVは、グラフに示すとおり、処理したCT26-WT細胞(モック感染細胞又は対照VVウイルス若しくはVV-exo-PD1で感染させた細胞)から収集した。この試験で使用した免疫T細胞活性化マーカーは、IL-2、IFN-γ、TNF-α、及びIL-12である。TGF-βは、非標的対照として含めた。P<0.05,**P<0.01,***P<0.001。
実施例2
2部分構築物の多重標的化-(EV-BiKe及びEV-BiTe)(ペイロードなし)
背景:天然には、主要組織適合複合体(MHC)は、T細胞が腫瘍細胞を認識し、殺傷するために必要である。しかし、大部分の腫瘍は、(MHC)の発現を下方制御し、免疫攻撃を回避する。当該技術分野における腫瘍の回避機構を回避するための既存の一方法は、T細胞及び腫瘍細胞を近傍に導くように改変された二重特異性抗体によるものである。これらの二重特異性抗体は、二重特異性T細胞エンゲージャー又はBiTEとも称される。
これらのBiTEは、T細胞の、腫瘍細胞をMHC非依存的様式で認識し、殺傷する能力を媒介することができる。BiTEは、T細胞抗原CD3及び特定の腫瘍関連抗原(TAA)に特異的な連結された可変鎖抗体断片からなる。同様に、二重特異性NK細胞エンゲージャー又はBiKEは、NK細胞上の活性化受容体及び表面腫瘍抗原への同時結合を媒介することで、腫瘍細胞のNK細胞依存性殺傷を促進し得る。既存のBiKE及びBiTE技術は有望であるが、現在臨床開発段階にある多くが、全身投与中の関連毒性を伴う課題、薬剤安定性の課題(短い半減期)、及び大部分の固形がんにおいて有効である程度に十分高い局所濃度に至らせるという課題を有する。
適用:2つの標的化部分:T(又はNK)細胞標的を認識する一方、及び腫瘍細胞(がん細胞又はCAF)を標的にする他方、を有するPEV構築物。
これらプラットフォームの作動様式:これらのPEVは、T細胞と腫瘍細胞との間又はNK細胞と腫瘍細胞との間の対合を促進することで、これらの免疫細胞型による腫瘍細胞の直接的殺傷を促進することになる。
利点:BiTE及びBiKEのPEV形式での提示は、二重特異性抗体構築物よりも安定である。
特別な特徴:一般に、ペイロードなしのPEV構築物自身は、T又はNK細胞をがん細胞に接近させる、安定な二重特異性細胞エンゲージャーである。これらのPEVは、インビボ又はエクスビボで生成され得る。
送達様式:患者における送達媒体としてOVを使用し、感染がん細胞においてBiTE及びBiKEを分泌させる。そのようにして、PEVは、必要とされる正確な部位に送達され、ひいてはピコモル濃度、即ち現行の二重特異性抗体手法よりも低い用量の治療で有効である可能性が高い。ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)(VacV又はVVで略される)、レンチウイルス(lentivirus)、アデノ随伴ウイルス(adeno-associated virus)[AAV]、VSV、HSV-1などのウイルスに基づくプラットフォームが使用可能であった。
ウイルス及び感染細胞を調製するとともに、単離されたPEVを作製するためのプラスミド(例えばpcDNA3.1)についても検討する。
標的化部分:上記のとおりの一本鎖可変断片又はナノボディ。これらは、
-腫瘍細胞:表面腫瘍抗原標的(例えば、抗CEA、抗CA9、抗FAPなど)と、
-T細胞:T細胞に結合する分子(例えば、CD3標的、抗CD3 scFV標的化部分を介する)、又は
-NK細胞:NK細胞受容体標的に結合する分子(例えば、抗CD16又は抗NKG2D)
のいずれかに結合する。
ペイロード:なし
膜貫通ドメイン:表1中に列記した全ての例が使用可能であった。ここで含めた例として、テトラスパニンタンパク質が挙げられるが、単一通過TMタンパク質に「多量体化技術」を使用してもよい(詳細については特別な特徴を参照)。
Figure 2023506381000012
結果:
図6:がん細胞の表面におけるCEA及びT細胞の表面上のCD3を標的にするEXO-bite PEV構築物は、がん細胞死の増強をもたらす。ExoBiTE構築物(即ち、がん細胞及びT細胞各々の表面上のCEACAM5及びCD3を認識する抗体を提示する抗CEA+抗CD3-CD63構築物であり、EVにおけるExo-bite構築物及びその形態を示す模式図を左パネルに示す)をHT-29細胞にトランスフェクトしたか又はトランスフェクトしなかった。次に、細胞をマウス脾細胞(1:3の比)と48時間共インキュベートしたか又は共インキュベートしなかった。Exo-bite構築物をトランスフェクトし、次に脾細胞と共培養したHT-29細胞が細胞死の増強(約50%)をもたらすことに注目されたい。大きく囲ったパネルを参照されたい。
図6の左パネルは、T細胞及びがん細胞を標的にするテトラスパニンに基づくキメラ構築物を伴うPEVの一例の模式図を示す。図6の右パネルは、T細胞をがん細胞に導く二重特異性PEVを細胞にトランスフェクトするとき、細胞死が増強されることを示す。
実施例3
単一標的化-免疫アジュバントのペイロード
背景/状況:自然免疫プロセスの薬理学的刺激は、ウイルス複製の阻害、抗腫瘍免疫のブースト、及びワクチン免疫原性の増強などの複数の治療成績を達成するための興味深い方法を表す。本明細書に記載のプラットフォームは、感染症及びがんワクチンにより各々誘起される細胞性及び腫瘍性免疫応答を増強し、延長するための有効な手段を表すことがある。
適用:免疫アジュバント(例えば、免疫系を刺激する免疫原性分子を生成するSTING又はERAdP活性化剤)ペイロードは、樹状細胞(DC)などの抗原提示細胞(APC)に、特定のDC表面分子の標的化により特異的に送達され得る。
これらのプラットフォームの作動様式:抗原提示細胞(APC)、例えばDCは、多くは未熟な又は免疫学的に寛容化する表現型(提示された抗原を受容する、又は免疫応答性を抑制するように作用するにはまだ機能的に準備ができていない)を示す。免疫アジュバント(即ち、STING又はERAdP経路活性化剤、例えば細菌のジヌクレオチドシクラーゼ、例えば、c-di-AMPシクラーゼであるCdaA及びMtbDisa、及びc-di-GMPシクラーゼであるVCA0848、又はマウス/ヒトcGAS)のDCへのPEVを介した送達は、STING及び/又はERAdPの活性化をもたらし、DCの抗原提示能を増強し、且つT細胞同時刺激分子の発現を増強し、それによりAPC活性をブーストすることがある。場合によっては、これらのプラットフォームは、ワクチン手法と併用することができる。
利点:安定性、オフターゲット毒性の低下、個別化された送達。
標的化部分:標的は、特定のモノクローナル抗体、scFv、単一ドメイン抗体、ナノボディ(即ち、抗DEC205、抗Clec9A、抗CD11c、抗レクチン受容体)を含む標的化部分を通じた、限定はされないが、CD40、TNF-αファミリー受容体、DEC-205、C型レクチン受容体及びインテグリン受容体CD11cを含む抗原提示細胞表面分子である。ペプチド及びリガンドは、活性標的剤としての抗体に対する好適な代替物(例えば、CD40リガンド又はCD40標的化ペプチド)を表す。
ペイロード:細菌のジヌクレオチドシクラーゼ(即ちCdaAなど)(注:これらのペイロードは酵素であることから、これらの例は機能活性酵素もPEVにより送達可能であることを示す)。
膜貫通ドメイン:表1中に列記される全ての例が使用可能であった。これまで、我々の全ての例はVSV-G及びCD63で構築される。
送達/作製様式:ワクシニアウイルス(vaccinia virus)、レンチウイルス(lentivirus)、アデノ随伴ウイルス(adeno-associated virus)[AAV]、VSV、HSV-1などのウイルスに基づくプラットフォームが使用可能であった。組換えウイルス及びトランスフェクト細胞を調製するためのプラスミド(例えばpcDNA3.1)、並びに作製され、単離されたPEVについても検討する。
Figure 2023506381000013
結果:
図7~10は、pcDNA3.1プラスミドから、及びVVからの細胞及びEVにおける構築物の発現を示すウエスタンブロットを提示する。HEK293T(ヒト胚性腎)細胞が単にトランスフェクションの容易性から一例として選択され、いくつもの細胞型を代表するものであることに注目されたい。これらの図面が、下記のとおり、がんワクチンとして作用する構築物も表すことに注目されたい。
図7:細胞のトランスフェクション時、様々なキメラPEV構築物が適切に発現される。HEK293T細胞は、トランスフェクトしないままか、又は抗DEC205標的化部分及び異なるペイロード[CD63の第2ループ内に挿入された]を有する指定のCD63プラスミド(全ての構築物はそれらのC末端においてFlagタグ化される)をトランスフェクトした。24時間後、細胞ライセートを収集し、指定抗体(抗Flag、又は負荷対照としての抗βアクチン)に対して免疫ブロットし、プローブした。赤卵形は、所望されるバンドを示す。
図8:細胞のトランスフェクション時、様々なキメラPEV構築物を適切に発現させる。HEK293T細胞は、トランスフェクトしないままか、又は抗DEC205標的化部分及び異なるペイロード[CD63の第1ループ内に挿入された]を有する指定のCD63プラスミド(全ての構築物はそれらのC末端においてFlagタグ化される)をトランスフェクトした。24時間後、細胞ライセートを収集し、指定抗体(抗Flag、又は負荷対照としての抗βアクチン)に対して免疫ブロットした。赤卵形は、所望されるバンドを示す。
図9:細胞のトランスフェクション時、様々なキメラPEV構築物を適切に発現させる。HEK293T細胞は、トランスフェクトしないままか、又は抗DEC205標的化部分のVSV-G TMドメイン、及び異なるペイロードを有する指定のpcDNA3.1プラスミド(全ての構築物はそれらのC末端においてFlagタグ化される)をトランスフェクトした。24時間後、細胞ライセートを収集し、指定抗体(抗Flag、又は負荷対照としての抗βアクチン)に対して免疫ブロットし、プローブした。赤卵形は、所望されるバンドを示す。
図10:細胞のトランスフェクション時、様々なキメラPEV構築物を適切に発現させる。HEK293T細胞は、トランスフェクトしないままか、又は抗DEC205若しくは抗CLEC9A標的化部分(VSV-G)及び異なるペイロード(CdaA又はmCherry)を有する指定のpcDNA3.1プラスミド(外部ドメイン陰性及びFlagタグ化)をトランスフェクトした。24時間後、細胞ライセートを収集し、指定抗体(抗Flag、又は負荷対照としての抗βアクチン)に対して免疫ブロットし、プローブした。赤卵形は、所望されるバンドを示す。
図11~13は、Dec205を標的にするキメラ構築物を有する単離されたPEVが、VSVG膜貫通ドメイン及びCdaAペイロード(STING及び/又はERAdP経路活性化剤)とともに、樹状細胞内のSTING又はERAdPを用量依存的様式でうまく活性化する(図11)が、非標的マウス線維芽細胞(図12、c-di-AMP及びB-DNA陽性対照を有するL929細胞)内のSTINGを活性化しないことを示す、3つのパネルのウエスタン免疫ブロットを示す。このジヌクレオチドシクラーゼのDCへの送達は、TBK1のリン酸化によって示されるとおり、STINGシグナル伝達系の活性化をもたらす(図13)。これらの図面は、STINGリン酸化がDC内で生じること(活性化)を示す。
抗DEC205-VSVG-CdaAキメラ構築物を有する単離されたPEVが、用量依存的様式でSTINGの活性化をもたらす。STING(インターフェロン遺伝子の刺激物質)経路は、DCを含む抗原提示細胞の活性化に寄与する。STINGの活性化は、そのリン酸化によって媒介される。DCでは、STINGの活性化は、IFN-βの発現及びIL-12の産生、並びに活性化マーカーCD40及びCD86の表面発現にとって重要である。cGAS-STING経路の役割は、病原体の検出及びがん免疫において重要である。STINGの活性化、及びERAdPの活性化は、免疫細胞の腫瘍微小環境への動員において不可欠な構成要素であると思われ、それは腫瘍の免疫除去にとって最高である。STINGの活性化は、ワクチン接種中、同様にアジュバント機能をもたらす。
ここで示されるデータは、抗DEC205-VSVG-CdaA構築物で装飾されたEVのみが、指定のPEV構築物及び対照をコードするpcDNA3.1プラスミドがトランスフェクトされたHEK293T細胞から単離された指定量のEVによる24時間処理後、一次マウス樹状細胞におけるSTING-TBK1-IRF3シグナル伝達系を活性化し得る(図11)が、マウス線維芽細胞においては活性化し得えず(図12)、それが細胞表面においてDEC205を発現しないが古典的なSTINGアゴニストc-di-AMP及びB-DNAに応答可能であることを示す。本明細書でのSTINGの活性化が、セリン365でリン酸化されたSTINGを認識する抗体を用いて実証されることに注目されたい。負荷対照は、全STING及びβアクチンを含む。図13:指定されたとおり、VSVGプラスミドがトランスフェクトされたHEK293T細胞から単離されたEVによる24時間処理後の、一次マウスDCにおけるSTING-TBK1-IRF3シグナル伝達系の活性化。リン酸化によるSTING及びTBK1の活性化は、リン酸化部位特異的抗体を用いてウエスタンブロットにより実証する。さらに、STING及びTBK1の全レベルは、負荷対照として示す。STINGは、細胞質核酸、特に病原体及びウイルスに由来するdsDNA並びに内因性二次メッセンジャー、例えば環状di-GMP及び-AMP)の検出に必要とされる決定的なシグナル伝達分子として同定されている。これらの事象は、TBK1を含む細胞性キナーゼによるIRF3及びNF-κB経路の活性化(リン酸化)を通じた自然免疫応答遺伝子の生成をもたらす。TBK1の活性は、そのSer172の自己リン酸化により調節される。パネルCにおいて、抗DEC205-VSVG-CdaA構築物を運搬するPEVのみが、マウス樹状細胞において、STINGの活性化(リン酸化)をもたらすだけでなく、下流分子(TBK1)のリン酸化(=活性化)をもたらすことに注目されたい。
実施例4
単一標的化-がんワクチンペイロード
背景/状況:腫瘍関連抗原及び/又は免疫リプログラミング部分(例えば、STING又はERAdP経路活性化剤)は、APC、例えば樹状細胞上の表面分子にPEVを介して特異的に送達され得る。この構築物であれば、PEVをDC(樹状細胞)に標的にするための標的化部分を発現することになり、また1つ又は複数のペイロードを同時に運搬することができる。
適用:これらのプラットフォームは、頑強な腫瘍抗原特異的免疫を誘発するための有効な手段を表すことになる。
これらのプラットフォームの作動様式:DCは、多くは未熟な又は寛容化する表現型を呈する。(ペイロード又はカーゴとしての)PEVを介する腫瘍抗原送達は、アジュバント(抗CD40mAbアゴニスト、ポリ(I:C)、シトシン-リン酸-グアニン(CpG)、リポ多糖(LPS)、又はToll様受容体7/8(TLR7/8)アゴニストなどのDC成熟刺激)の同時投与、又は上記のとおりのSTING若しくはERAdP経路活性化剤(例えば細菌のジヌクレオチドシクラーゼ、例えば、c-di-AMPシクラーゼであるCdaA及びMtbDisa、及びc-di-GMPシクラーゼであるVCA0848)を有するPEVの標的化共送達と併せて、腫瘍関連抗原の提示能の増強及びT細胞同時刺激分子の発現増強をもたらす。
単独の又はアジュバントと組み合わせた又は免疫リプログラミング部分(例えばSTING又はERAdP経路活性化剤)と組み合わせた腫瘍関連抗原は、PEVを介して樹状細胞上の表面分子に特異的に送達され得る。
標的化部分:標的:CD40、TNF-αファミリー受容体、DEC205、C型レクチン受容体(CLEC9)及びインテグリン受容体CD11cを含む抗原提示細胞表面分子は、特定のモノクローナル抗体、scFv、単一ドメイン抗体、ナノボディ(即ち、抗DEC205、抗Clec9A、抗CD11c)、リガンド又は標的化ペプチド(例えば、CD40リガンド又はCD40標的化ペプチド)を含む標的化部分により標的にされる。
ペイロード:特定の腫瘍関連抗原(マウス腫瘍モデルにおける概念実証用:DCT及びOVAが検討中である)。臨床試験にとって重要なヒト腫瘍関連抗原が使用可能である(例えば、HPV-E6及びE7、NY-ESO-1など)。がん特異的ネオ抗原も使用可能である。
特定の疾患細胞抗原、例えば腫瘍関連/特異抗原(例えば、OVA、DCT、mERKm9など)の同時発現が検討される。さらに、STING又はERAdP活性化剤などのアジュバント分子であれば、疾患特異的抗原又は腫瘍関連/特異抗原と同時に送達することができる。
膜貫通ドメイン:表1中に列記される全ての例が使用可能であった。これまで、我々の全ての例はVSV-Gで構築される。
送達/作製様式:ワクシニアウイルス(vaccinia virus)、レンチウイルス(lentivirus)、アデノ随伴ウイルス(adeno-associated virus)[AAV]、VSV、HSV-1などのウイルスに基づくプラットフォームが使用可能であった。細胞をトランスフェクトするためのプラスミド(例えばpcDNA3.1)、並びに作製され、単離されたPEVについても検討する。
Figure 2023506381000014
結果:
図7~9は、トランスフェクション後のpcDNA3.1ベクタープラスミドからの細胞及びEVにおける構築物の発現を示すウエスタンブロットを提示する。
図14:図14のパネルAは、樹状細胞を標的にするPEV(標的化部分-抗Dec205)とVSVGに基づく膜貫通ドメイン及びmCherry(対照)又はOVA(がん標的)の発現を示すウエスタンブロットである。図14のパネルBは、この構築物をコードするプラスミドのトランスフェクション時の、抗DEC205-VSVG-OVAの細胞発現を示す免疫蛍光画像である。これらの図面は、DEC205を標的化し、オバルブミン(OVA)抗原を運搬するキメラPEV構築物が細胞のトランスフェクション時に適切に発現されることを示す。
図14のパネルA:HEK293T細胞に、抗DEC205-VSVG-OVA又は抗DEC205-VSVG-mCherry対照構築物をコードする指定のpcDNA3.1プラスミドをトランスフェクトした。両構築物がN末端においてHISタグ化されることに注目されたい。トランスフェクションから24時間後、細胞ライセートを収集し、HISタグ及び負荷対照GAPDHに対する特異的抗体による免疫ブロットのために調製した。
図14のパネルB:HEK293T細胞に、抗DEC205-VSVG-OVA構築物をコードする指定のpcDNA3.1プラスミドをトランスフェクトした。両構築物がN末端においてHISタグ化されることに注目されたい。トランスフェクションから24時間後、細胞を固定し、抗HIS抗体(緑色)による免疫蛍光染色のために調製した。核をDAPI(青色)で染色した。
実施例5
単一標的化-感染症ワクチンペイロード
背景/状況:病原体特異抗原及び/又は免疫リプログラミング部分(例えばSTING又はERAdP経路活性化剤)は、樹状細胞上の表面分子にPEVを介して特異的に送達され得る。この構築物であれば、PEVをDCに調整するための標的化部分を発現することになり、また複数のペイロードを同時に運搬することができる。
適用:これらのプラットフォームは、頑強な病原体特異抗原駆動性免疫を誘発するための有効な手段を表すことになる。
これらのプラットフォームの作動様式:上と同様、DCは、多くは未熟な表現型を呈する。PEVを介する病原体特異抗原送達は、アジュバント(抗CD40mAbアゴニスト、ポリ(I:C)、シトシン-リン酸-グアニン(CpG)、リポ多糖(LPS)、又はToll様受容体7/8(TLR7/8)アゴニストなどのDC成熟刺激)の同時投与、又はSTING若しくはERAdP経路活性化剤(例えば、細菌のジヌクレオチドシクラーゼ、例えば、c-di-AMPシクラーゼであるCdaA及びMtbDisa、及びc-di-GMPシクラーゼであるVCA0848)を有するPEVの標的化共送達と併せて、病原体特異抗原の提示能の増強及びT細胞同時刺激分子の発現増強をもたらす。
標的化部分:標的は、CD40、TNF-oファミリー受容体、DEC-205、C型レクチン受容体及びインテグリン受容体CD11cを含む抗原提示細胞表面分子を含み、特定のモノクローナル抗体、scFv、単一ドメイン抗体、ナノボディ(即ち、抗DEC205、抗Clec9A、抗CD11c)、リガンド又は標的化ペプチド(例えば、CD40リガンド又はCD40標的化ペプチド)などの標的化部分により標的にされる。
ペイロード:病原体特異抗原(例えば、デングPM及びE抗原、マラリアCS30、ロタウイルスVP6など)。ワクチン接種活性をブーストするため、特定の感染症関連抗原とSTING又はERAdP活性化剤などのアジュバント分子との同時発現について探究することができた。
膜貫通ドメイン:表1中に列記される全ての例が使用可能であった。これまで、発明者の全ての例はVSV-Gで構築される。
送達/作製様式:ウイルスに基づくプラットフォーム(例えば、ワクシニアウイルス(vaccinia virus)、レンチウイルス(lentivirus)、アデノ随伴ウイルス(adeno-associated virus)[AAV]、VSVなど)。プラスミド(例えばpcDNA3.1)及び遊離PEV。
Figure 2023506381000015
結果:
図15は、ロタウイルス抗原である、抗DEC205-VSVG-VP6の、この構築物をコードするプラスミドのトランスフェクション時の細胞発現を示す免疫蛍光画像である。細胞のトランスフェクション時、DEC205を標的にし、ロタウイルス抗原(VP6)を保有するキメラPEV構築物が適切に発現される。HEK293T細胞に、抗DEC205-VSVG-VP6構築物をコードする指定のpcDNA3.1プラスミドをトランスフェクトした。24時間後、細胞を固定し、抗HIS抗体(緑色)による免疫蛍光染色のために調製した。核をDAPI(青色)で染色した。両方の抗DEC205-VSVG-VP6構築物がN末端においてHISタグ化されることに注目されたい。
実施例6
単一標的化-免疫リプログラミングペイロード
背景/状況:免疫リプログラミング分子(例えば、サイトカイン、miRNA)は、ペイロード又はカーゴとして特定の免疫細胞集団上の表面分子標的にPEVを介して特異的に送達され得る。この構築物であれば、PEVを特定の免疫細胞集団に調整するための標的化部分を発現することになり、また複数のペイロードを同時に運搬することができる。
適用:これらのプラットフォームは、免疫細胞を再プログラム又は教育する(例えば、活性化する、その表現型を変化させるなど)ことで、特定の機能を果たし、ひいては炎症性疾患及びがんと戦うための有効な手段を表す。さらに、これらのPEVであれば、がん細胞の免疫細胞に対する可視性(免疫原性)を増強する(例えば免疫原性細胞死を促進する)ため、使用することができる。
実施例6(a):M1/M2の不均衡
これらのプラットフォームの作動様式:免疫抑制性M2マクロファージは、腫瘍細胞を貪食する準備ができた免疫ブーストM1マクロファージに変化することになる。さらに、マクロファージの特定のサブセットは、喘息、アテローム性動脈硬化症、関節リウマチ、変形性関節症、子宮内膜症、1型及び2型糖尿病、及び肥満などの炎症性疾患を引き起こすのに重要である。マクロファージのリプログラミングは、PEVにより行うことができる。
標的化部分:一本鎖可変断片又はCD206(マンノース受容体)に対する結合ペプチドは、M2マクロファージ(腫瘍促進性マクロファージとしても公知)を特異的に標的にするため、使用可能である。
ペイロード:カーゴを伴うペイロードなし、又はマクロファージ分極化を修飾するカーゴを特異的に捕捉し、RNAiを通じて炎症性遺伝子発現を低減するためのRNA結合モチーフであるペイロードのいずれかは、複数の遺伝子として、同時に下方制御され得る。カーゴ標的は、炎症性メディエーター、例えば、サイトカイン(例えば、TNF-α、IL-6、IL-1β)、ケモカイン(例えば、CCL2、CCL3、CCL5)、及び炎症を促進することに関与する形質導入標的、例えばNF-κBシグナル伝達カスケードのメンバーを含んでもよい。IκBα、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼキナーゼ4(Map4k4)に特異的なsiRNAを標的にするmiRNAカセットは、マクロファージ中のTnf-α mRNAを低減することにより、全身性炎症を低下させた。
実施例6(b):Treqのリプログラミング:
これらのプラットフォームの作動様式:制御性T細胞(Treg)は、エフェクターT細胞の機能を制限することが知られている。がんとの関連で、Tregは、抗腫瘍免疫の強力な阻害剤であり、腫瘍微小環境におけるこれらの細胞の存在は、腫瘍増殖をもたらす。PEVによるTregにおける調節分子の直接標的化は、これらの細胞のIFNg分泌エフェクター細胞(抗がん細胞)への変換をもたらすことになる。
標的化部分:免疫抑制性T細胞の表面上のCTL4(細胞傷害性Tリンパ球関連抗原4)に特異的な一本鎖可変断片。
ペイロード:カーゴを伴うペイロードなし、又はCARMA1及び/又はMALT1を下方制御することにより免疫抑制制御性T細胞(Treg)を抗がんT細胞に変換するカーゴを特異的に捕捉するためのRNA結合モチーフであるペイロードのいずれか。例えば、CARMA1及び/又はMALT1に対するshRNAを有するmiRNAカセット。T細胞活性化。これらのmiRNAカセットは、ペイロードのRNA結合モチーフ認識部位に対応するRNA配列の存在下又は不在下のEV誘導性miRNAカセットであってもよい。或いは、これらのmiRNAカセットは、ペイロードのRNA結合モチーフ認識部位に対応するRNA配列を含む、規則的な非EV誘導性カセットであってもよい。
膜貫通ドメイン:表1中に列記される全ての例が使用可能であった。
送達/作製様式:ウイルスに基づくプラットフォーム(例えば、ワクシニアウイルス(vaccinia virus)、レンチウイルス(lentivirus)、アデノ随伴ウイルス(adeno-associated virus)[AAV]、VSVなど)。プラスミド(例えばpcDNA3.1)及び遊離PEV。
実施例6(c):T細胞活性化
これらのプラットフォームの作動様式:T細胞機能の低下が、慢性ウイルス、細菌及び寄生虫感染並びにがんにおいて記載がなされている。免疫系における抗疾患T細胞の活性を刺激するため、CD3標的化PEVが使用可能である。
標的化部分:T細胞活性化:T細胞上のCD3を標的にする一本鎖可変断片又は単一ドメイン抗体。
ペイロード:CD3標的化構築物は、ペイロードなしである。T細胞におけるCD3との会合は、それらを活性化し、それらを動員し、がん細胞を殺傷するために十分な場合がある。抗CD3モノクローナル抗体(mAb)は、ホスファチジルイノシトール経路、PKCの活性化、及び細胞内カルシウム(Cai2+)の増加を含む、T細胞受容体(TCR)を通じたTリンパ球の活性化をもたらすシグナルを開始させる。
実施例7
単一標的化及び多重標的化-EV-CAR様、細胞傷害性ペイロードによる
背景/状況:これらは(CAR-T療法に類似するが、それからT細胞を除く)標的化細胞傷害性T細胞のように機能するEVを提供する。これは、我々のPEVにより、高度に免疫抑制性の、免疫学的に「冷たい」腫瘍及びMHC-I欠損がんの殺傷を可能にする。
適用:以下の例に記載のとおり、特定の腫瘍細胞型を標的にする薬剤として使用される、細胞傷害性機能を有するPEV。他の細胞型を検討可能であった。
これらのプラットフォームの作動様式:図16は、ウイルスに基づくプラットフォームによる細胞傷害性ペイロードを運搬する単一標的化EVの提起された作用機構を表す。ここでワクシニアウイルス(vaccinia virus)を単一標的化部分で表す一方で、これは、プラスミド発現(即ちpcDNA3.1)及び遊離PEVを通じて、他のウイルス(レンチウイルス(lentivirus)、アデノ随伴ウイルス(adeno-associated virus)、水疱性口内炎ウイルス(vesicular stomatitis virus)など)などの他の送達/作製様式に拡張することができる。要するに、改変されたワクシニアウイルス(vaccinia virus)であれば、がん細胞に感染することになる。感染細胞において、ウイルスゲノムは、転写及び翻訳により、さらなるウイルス子孫を創出し、それらは放出されて隣接する腫瘍細胞に感染し、腫瘍退縮又はウイルス媒介性細胞死をもたらすことになる。並行して、ウイルスゲノムにコードされている導入遺伝子であれば、さらに感染細胞により翻訳されることになる。この導入遺伝子は、細胞傷害性ペイロード(緑色)を運搬することになる膜貫通リンカードメイン(灰色)に融合された標的化部分(紫色)からなる。膜貫通ドメイン、即ちVSVGは、構築物をPEVに優先的に往復させることで、標的化ドメインはPEVの細胞外表面上に存在する一方で、ペイロードは細胞内に隔離される。次に、これらのPEVは、感染細胞により分泌される。次に、PEVは、細胞外標的化部分を通じて、隣接するがん細胞上の標的抗原に結合し、これらのPEVの取り込み、及びそれらの細胞傷害性ペイロードのレシピエント細胞への放出をもたらし、抗原陽性標的細胞の死滅をもたらす。
利点:非自家、安定、特異的標的化、ウイルス性送達が可能又は長期保存可能に作製可能。
標的化部分:一本鎖可変断片又は単一ドメイン抗体(即ち、抗CD19、抗CD20、抗CD22、抗EGFR、抗FAP、抗CEA、抗CA9)であるか又は標的化ペプチド[即ち、MMP2標的化クロロトキシン(CTX)、プロテオグリカン標的化VAR2Δ(VAR2ΔはVAR2CSAとも称され、胎盤において排他的に発現され且つ高い割合でがん細胞上でも見出される、異なるタイプのコンドロイチン硫酸(CS)に結合する)、高親和性にEGFRを標的にするGE11ペプチド]を介するもの。
ペイロード:マウスグランザイムB(mGZMB)、ヒトグランザイムB(hGZMB R201K)(R201K突然変異が内因性ヒトグランザイムB阻害剤に対する耐性を付与するためであることに注目されたい)、ジフテリア毒素(DT)、TRAIL(主に腫瘍細胞における細胞死を引き起こすサイトカイン)、及び切断されたシュードモナス外毒素38(PE38)などの細胞傷害性ペイロード。
膜貫通ドメイン:表1中に列記される全ての例が使用可能であった。
送達/作製様式:ウイルスに基づくプラットフォーム(例えば、ワクシニアウイルス(vaccinia virus)、レンチウイルス(lentivirus)、アデノ随伴ウイルス(adeno-associated virus)[AAV]、VSVなど)。プラスミド(例えばpcDNA3.1)及び遊離PEV。
Figure 2023506381000016
Figure 2023506381000017
Figure 2023506381000018
Figure 2023506381000019
結果:
図17は、癌胎児性抗原(CEA)又は炭酸脱水酵素IX(CA9)を標的にする一本鎖可変断片(scFv)標的化部分を、VSVG膜貫通ドメイン及びmGZMBペイロードとともに有するキメラ融合構築物の模式図を示す。紫色、重鎖及び軽鎖からなる一本鎖可変断片(scFv)、又は単一ドメイン抗体、又はナノボディ又は他の標的化様式による構築物の標的化ドメイン;灰色、単一通過膜貫通リンカードメイン(VSV-G);緑色、グランザイムBペイロード。標的化部分が、scFv以外のペプチド、単一ドメイン抗体又はナノボディ、例えば、MMP2標的化クロロトキシン、若しくはプロテオグリカン標的化VAR2Δからも構成され得ることに注目されたい。His及びFlagは、キメラ構築物の発現を可視化及び追跡するためのタグの機能を果たす。
図18は、HEK293T細胞のトランスフェクション時のpcDNA3.1プラスミドから、ヒト骨肉腫U2OS細胞のウイルス感染から、さらにはウイルス感染786-Oヒト腎臓細胞腺がん細胞から単離された小さいEVにおける、図17に示される構築物の発現が成功したものを示す免疫ブロットを示す。これらの実験で使用した陰性対照は、キメラ構築物配列の場所において発現されたeGFPである。これは、トランスフェクト細胞及び感染細胞各々におけるプラスミドによる及びウイルスによるPEVの発現の成功、並びにそれらがトランスフェクト細胞及び感染細胞に由来するEVにおける包埋の成功を示す。全てのブロットが抗グランザイムB抗体でプローブされた。ブロットは、次における抗CEA-VSVG-mGZMB及び抗CA9-VSVG-mGZMBの発現を示す。
左ブロット-構築物をコードするpcDNA3.1プラスミドがトランスフェクトされた293T細胞
中間ブロット-これらの構築物をコードするワクシニアウイルス(vaccinia virus)(VACV)に感染したU2OSヒト骨肉腫細胞
右ブロット-ウイルスに感染した786-Oヒト腎細胞腺がん細胞から単離された小さい細胞外小胞(sEV)
予想どおり、グランザイムBタンパク質を全く発現しないVACV-eGFPで感染させた細胞においてシグナルは得られない。
これらのブロットは、プラスミドによって発現されたキメラグランザイムB融合構築物であるだけでなく、膜貫通VSVGリンカーを通じたsEVにおける選別及びパッケージ化の成功も示す。
図19A、図19B、及び図19Cは、図17及び図18のPEVを発現するワクシニアウイルス(vaccinia virus)によってウイルス感染されたCEA又はCA9を提示するがん細胞が、レシピエント細胞上のCEA又はCA9を各々標的にするPEVによって運搬される細胞傷害性ペイロードによって媒介される細胞死を増強していることを示す。
図19A:表面上に高レベルのCEA及びCA9を発現することが知られるヒト結腸がん細胞株(HT-29)における、細胞傷害性グランザイムBペイロードを運搬するヒトCEA又はCA9のいずれかに由来する単一標的化PEVをコードするワクシニアウイルス(vaccinia virus)の細胞傷害性。要するに、HT-29細胞を0.1のMOIで個別のウイルスに感染させた。感染の48時間後、細胞生存度をAlamar Blue(商標)生存度アッセイにより評価した(n=4の生物学的複製)。eGFP対照ウイルスが細胞死を確かに誘導した一方で、この細胞株では、CEA標的化及びCA9標的化ウイルスによる感染後、細胞死の程度がさらに大幅に大きかった。これは、HT-29がCEA及びCA9抗原双方を細胞表面レベルで発現するという事実を仮定すれば、想定どおりであった。
図19B:hCEA-VSVG-mGZMBトランスフェクトHCT116細胞は、トランスフェクション時、上清中にPEVを生成するが、EVの取り込みに必要とされるCEACAM5を発現しないことから死滅しない。それに対し、CEACAM5を発現するトランスフェクトHT-29細胞は、トランスフェクション時、上清中にEVを生成するが、細胞の過半数(約60%)がGZMBを含有するEVを取り込むことから死滅する。
図19C:指定の細胞株のプラスミドトランスフェクション時に生成されるhCEA-VSVG-mGZMB及びCA9-VSVG-mGZMBを有するPEVを取り込むことから死滅する、MDA-MB-231及びMDA-MB-231-CA9を過剰発現する細胞の細胞生存度の定量化。細胞は、mGZMB又は標的化対象の抗体を欠いているPEV対照への曝露時、死滅しない。
図20は、2つのがん細胞株が、VAR2Δを提示し、mGZMBを運搬するPEVへの曝露時、細胞死の増強を示すことを示す。細胞にVAR2-VSVG-mGZMBキメラ構築物を発現するプラスミドをトランスフェクトした。プラスミドトランスフェクション時に生成される、VAR2-VSVG-mGZMBを有するPEVを取り込むことから死滅するHT-29(ヒト結腸直腸がん細胞株)及びBxPC3細胞(ヒト膵がん細胞株)の細胞生存度の定量化。
図21は、上清移植のための方法を示す模式図である(データ及び結果については図6を参照)。要するに、0日目、786-O細胞を翌日に集密度に達するように播種する。次に、(1)VACV-eGFP、(2)VACV αCEA-VSVG-mGZMB、又は(3)VACV αCA9-VSVG-mGZMBに細胞をMOI=0.1で感染させる。これらの細胞は、EVのためのプロデューサー細胞株と考えられる。次に、感染の2時間後、細胞上の培地をDMEM+10%エキソソーム枯渇FBSと交換する。次に、プレートを37℃+5%CO2で48時間(その時点でウイルスの複製及びキメラグランザイムB構築物の生成及びEVにおけるそれらの後のパッケージ化及び分泌を可能にする)インキュベートする。48時間後、上清を収集し、4℃、2000×gで20分間遠心沈殿し、細胞片及び死細胞を除去する。次に、上清を0.2μmのフィルターを通過させ、サイズ排除によりワクシニアウイルス(vaccinia virus)を除去することで、濾過された上清がウイルスを含まず、EVのみを含有する。次に、上清をレシピエント細胞株に移す。
図22は、2つのPEV構築物(VSVG膜貫通ドメインとともに抗CEA-mGZMBを発現するワクシニアウイルス(vaccinia virus)、及びVSVG膜貫通ドメインとともに抗CA9-mGZMBを発現するワクシニアウイルス(vaccinia virus))における上記のとおりの上清移植実験の結果を示す。対照は、非感染細胞及びeGFPを発現するワクシニアウイルス(vaccinia virus)である。それは図21に記載の方法に従う。全てのPEV構築物がeGFPを発現する。対照は3つである(非感染、eGFPのみ及び抗CA9構築物)。観察可能な細胞死を伴うMC38-CEA細胞(ヒトCEAを発現するように遺伝子改変されたマウス結腸直腸がん細胞株)のみは、hCEA-VSVG-mGZMB PEV(3番目のパネル)を含有する上清を受けたものであり、それはモックを受けた対照MC38細胞(非感染及びeGFPのみ)である左2つのパネル、及びCA9標的化PEV(左から4番目のパネルで、MC38-CEAがヒトCA9を発現しないことに注目されたい)と比較される。緑色のチャネルは、濾過ステップ中に通過する感染性ウイルス粒子がなく(eGFPは全てのベクターから発現)、且つ観察可能な結果が上清移植単独の結果であることを実証するために示される。第4のパネルは、標的細胞(MC38-CEA)が表面上で発現されたCA9を有しないことから、CA9を標的にするPEVが効果を有しないことをさらに実証する。
図23は、抗CEA-VSVG-mGZMBプラスミドがトランスフェクトされた786-O細胞からの上清、又は陰性対照としての非トランスフェクト786-O細胞からの上清を用いる別の上清移植実験を示す。上清は、野生型(CEA陰性)である、又はCEAを発現したMC38細胞、及びCEAを発現するHT-29細胞に移す。786-O細胞は、PEVプロデューサー細胞株として使用し、hCEA-VSVG-mGZMBプラスミドをトランスフェクトする。24時間後、上清(即ちPEVを含有する)を、標的抗原、この場合はhCEAを発現する細胞株又は発現しない細胞株のいずれかに移す。MC38 WT細胞は、CEA陰性であり、非トランスフェクト786-O細胞からのモック上清を受けた後とhCEA-VSVG-mGZMBプラスミドをトランスフェクトした786-O細胞からの上清を受けた後とで有意差を示さなかった。MC38-hCEA及びHT-29細胞の双方は、CEA陽性細胞株であり、hCEA-VSVG-mGZMBをトランスフェクトした786-Oからの上清を受けたとき、モック上清と比較して有意な細胞死を示し、これは標的細胞に対する(上清中の)PEVにおける標的化部分の特異性を示唆した。
図24は、CEA陰性又はCEA陽性のいずれかである細胞上のCEAを標的にするPEVにおけるペイロードとしてmCherryを用いる上清移植実験を示す。CEA陰性である293T細胞にhCEA-VSVG-mCherryをコードするプラスミドをトランスフェクトし、hCEA-VSVG-mCherry PEVを生成した(上パネル)。これらの細胞からの上清を収集し、新しい293T(CEA陰性、中パネル)細胞及びHT-29(CEA陽性、下パネル)細胞を24時間処理するために使用した。CEA陽性細胞は、有意なmCherryシグナルを示し、PEVが標的細胞のみ(CEA陽性)により組み込まれることを示唆した。
図25は、PEVがドナー細胞から生成される場合のEV-CAR(キメラ抗原受容体)プラットフォームの概要を提示する模式図を示す。(例えばレトロウイルス形質導入を通じて)EV-CAR構築物を安定に発現するように作製されているプロデューサー細胞株は、所望される構築物を運搬するEVを生成することになる。この例において、構築物は、CD63膜貫通ドメインスキャフォールド(テトラスパニン)と、腫瘍関連抗原(TAA)(例えば、CD19、CD20)に特異的な少なくとも1つの一本鎖可変断片(scFv)標的化部分、及び細胞傷害性ペイロード(例えばグランザイムB)とから構成される。プロデューサー細胞株により生成されたPEVは、単離することで、患者に投与することができる。PEV(EV-CAR)が腫瘍細胞に達するとき、TAAの認識により、PEVを貪食する受容体介在性エンドサイトーシスが生じる。取り込み後、PEVはキメラ構築物/EV内容物、ひいては細胞傷害性ペイロードを放出し、腫瘍細胞におけるアポトーシスの誘導をもたらす。図面の説明は、がん細胞を標的化する場合の具体例を提示する。
図26は、テトラスパニンCD63膜貫通ドメインを有する異なる構築物であって、2つの標的化部分及び単一のペイロードを有する1つの構築物、1つの標的化部分及び単一のペイロードを有する2つの構築物(ここで標的化部分は構築物中の異なる位置に位置する)、2つの標的化部分を有し、ペイロードを有しない1つの構築物、並びに標的化部分を有せず、単一のペイロードを有する対照構築物といった異なる構築物の模式図を示す。
図27は、プラスミドによって発現された図26に表される全長構築物のタンパク質発現の成功を実証するため、グランザイムBについてプローブしたウエスタンブロットを示す。
図28は、調製されており、実験的検証の最中である種々の二重特異性テトラスパニンに基づくキメラ構築物の模式図を示す。これらは、6つの異なるペイロードを含み、1つは構築物の反対側の第2のペイロードにおいてフューリン切断可能部位を有する構築物である。
実施例8
単一標的化及び多重標的化-腫瘍細胞プログラミングペイロード
背景/状況:リプログラミング部分は、遊離カーゴ(治療用miRNA、mRNA)として、又は特定腫瘍上の表面分子標的(例えば、免疫細胞集団、CAF又はがん細胞)にPEVを介して連結されたRNA結合タンパク質/ドメインペイロード(例えば、RNA結合タンパク質/ドメインMS2、CAS13、又はその他)への結合によって、特異的に送達され得る。この構築物であれば、PEVを所望される細胞型に調整するための標的化部分を発現することになり、単一若しくは複数のペイロードを同時に運搬することができ、及び/又はこれらの構築物は、対応する配列を有する特定のカーゴと組み合わせることができる。
適用:これらのプラットフォームは、腫瘍常在細胞を再プログラム又は教育する(例えば、活性化する、その表現型を変化させるなど)ことで、特定の機能を果たし、ひいてはがんと戦うための有効な手段を表す。
これらのプラットフォームの作動様式:例えば、これらのPEVであれば、免疫細胞に対するがん細胞の可視性(免疫原性)を増強する(例えば、免疫原性細胞死を促進する)ため、使用することができ、又は腫瘍微小環境下、インサイチュでT細胞をCAR-T細胞として再プログラムするため、使用することができる。
特別な特徴:「RNA結合ペイロード(例えば、MS2、CAS13)とRNA結合ペイロードにより結合された「マッチング」RNA結合モチーフ(RNAリガンドドメイン)を有する治療用RNA分子カーゴ(即ち、mRNA、IncRNA、マイクロRNA)との間の「核酸リガンドシステム」。
標的化部分:上に列記される全ての例。
ペイロード:RNA結合タンパク質又はそれらのRNA結合モチーフ(例えば、Cas13、MS2コートタンパク質、Staufen-1、ヒトPumilio相同性ドメイン1)。
膜貫通ドメイン:表1中に列記される全ての例が使用可能であった。
送達/作製様式:ウイルスに基づくプラットフォーム(例えば、ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)、レンチウイルス(lentivirus)、アデノ随伴ウイルス(adeno-associated virus)[AAV]、VSVなど)。プラスミド(例えばpcDNA3.1)及び遊離PEV。
結果:
図29Cは、CTX-VSVG-Nanoluc(商標)を有するPEVが、受け取り細胞を特異的に再プログラムし、ルシフェリン(基質)による酵素反応中(Nanoluc(商標)が酵素である)、「発光」可能であることを示す。Nanoluc(商標)が酵素であり、このデータがPEVを介したNanoluc(商標)の標的化送達だけでなく、機能的酵素の送達も示すことに注目されたい。
図13は、CdaA酵素がPEVを介してDCに特異的に送達され得、且つ酵素がレシピエント細胞内であれば機能的に活性があることを示す。
実施例9
カーゴの同時発現(様々なPEV構築物と組み合わせ可能である)
背景/状況:用語「カーゴ」は、同時発現されるが、キメラタンパク質構築物の一部でない分子として本明細書で定義される。そのようなものとして、カーゴは、構築物中にペイロードが存在するか否かにかかわらず、包含/同時発現され得る。カーゴは、EVに優先的に導かれる核酸若しくはタンパク質、及び/又はPEV構築物中に含まれる特定のRNAを認識するペイロードによって認識される特定配列を含んでもよいRNAであり得る。
適用:分子の標的細胞への標的化が適する可能性がある場合、特にそれらがPEV構築物中で活性/機能を維持できない場合、いずれの適用も可能である。それ以外の場合、EVカーゴ分子の特異的送達が促進され得る。
特別な特徴:RNAは、RNA結合モチーフペイロードに結合するためのRNA結合モチーフ認識部位を有するか、又はEVを導くモチーフを有するかのいずれかであり得る。タンパク質は、特定配列(それらを標的にすることが当該技術分野で公知である)により、EVに優先的に導かれてもよい。
標的化部分:状況に応じて様々である
ペイロード:RNA結合モチーフ、例えばカーゴがRNA結合モチーフ認識配列を有する場合。
調整された、目的の特定の核酸分子(カーゴ;例えばマイクロRNA及びmRNA)を同時に運搬するEVを生成するため、PEVを1つ以上のRNA結合ドメイン(RBD)を有するペイロードを運搬するように設計することができる。RNAカーゴは、(RNAリガンドドメインとも称される)RBDによって認識される結合モチーフを提示し、それ故、特異的に相互作用し、RBDを有するPEVにより運搬され得る(「RNA核酸リガンドシステム」系)。例えば、RRM、KH、低温刺激ドメイン(CSD)、及びZnフィンガーCCHCドメインなどの細胞のRNA結合タンパク質中に見出される十分に特徴づけられたRNA結合ドメインであれば使用可能である。同様に、ウイルスコート又はカプシドタンパク質(例えばMS2バクテリオファージコートタンパク質)又は細菌のRNA結合Casタンパク質(例えばCas13)中に見出されるRNA結合ドメインは、RNAを運搬する又は核酸リガンドシステムとして機能するPEV構築物中のペイロードの一部として設計することができる。同族RNA結合リガンドは、RNAカーゴ分子中に含まれることになる。
膜貫通ドメイン:PEVは、本文書中に概説された他のカテゴリーに従う任意の膜貫通ドメインを有し得る一方、カーゴは、本明細書に記載のキメラ構築物の一部でない。
Figure 2023506381000020
実施例10
対照構築物
これらの構築物は、複数のカテゴリーにおいて様々な実験用の対照として使用する。これらの一部は、独立的に概念実証用の構築物であり、例えば、機能的ペイロードの送達(mCherry又はNanoluc(商標))又は単一標的に対するテトラスパニン膜貫通ドメイン内への標的分子の配置が挙げられる。
Figure 2023506381000021
Figure 2023506381000022
Figure 2023506381000023
Figure 2023506381000024
結果:
図29A、29B、及び29Cは概念実証であり、がん細胞の表面上のMMP-2を標的にするPEV(PEV標的化部分:CTX)が機能的ペイロード、この場合は酵素Nanoluc(商標)を送達し得ることを示す。
図29A:HEK293T細胞は、トランスフェクトしないか、又はクロロトキシン(CTX)標的化部分及びレポーターペイロード(Nanoluc(商標))の存在下若しくは不在下で指定のPEVプラスミド(Flagタグ化)をトランスフェクトした。全ての構築物がVSVG膜貫通ドメイン及びC末端にFLAGタグを有する。トランスフェクションの24時間後、細胞ライセートを収集し、指定抗体(Flag、又は負荷対照としてのβアクチン)に対して免疫ブロットした。データは、所望される実験構築物(CTX-VSVG-Nanoluc(商標))及びその各々の陰性対照[VSVG-Nanoluc(商標)(標的化部分なし)又はCTX-VSVG(ペイロードなし)]の発現を示す。
図29B:(A)に示したとおり、HEK293T細胞をトランスフェクトし、EV枯渇培地で培養した。24時間後及び48時間後、上清を収集し、ルミノメーター及び標準ルシフェラーゼ検出アッセイを用いて発光レベルを測定した。略称:UT:非トランスフェクト;VC:CTX-VSVG構築物;VN:VSVG-Nanoluc(商標)構築物;CVN:CTX-VSVG-Nanoluc(商標)構築物。Nanoluc(商標)シグナルが、VSVG-Nanoluc(商標)及びCTX-VSVG-Nanoluc(商標)構築物がトランスフェクトされた細胞に由来する(EVを含有する)上清中に限って検出されることに注目されたい。
図29C:トランスフェクションの48時間後、トランスフェクトHEK293T細胞から収集された上清を使用し、様々なヒト神経膠芽腫細胞株を治療した。条件培地移動の8時間後、Nanoluc(商標)基質(ルシフェラーゼアッセイ)及びルミノメーターを使用し、細胞ライセートにおける発光を測定した。CTX-VSVG-Nanoluc(商標)を提示するEVの取り込みは、特にU87MG細胞内で増強されたことに注目されたい。この細胞株は、MMP-2(CTXが結合する対象のタンパク質)を高レベルで発現する。
実施例10
ウイルス感染がEV分泌を増強する
ウイルス感染(例えばワクシニアウイルス(Vaccinia virus)感染)が小さいEVの分泌を増強することは実証されている。
図30は、ナノ粒子追跡分析システム(ZetaView(登録商標)ソフトウェア)を使用し、非感染(モック)又はワクシニアウイルス(vaccinia virus)(VacV)で感染させた786-Oがん細胞株から生成された小さいEV全体を分析したことを示すグラフを示す。P<0.05,**P<0.01。
図31は、モック感染(M)、又は1のMOIでのCopWT感染(VACV)(V)に続く、感染の48時間後の、Vero、786-O、及びHT-29細胞からのEV及び全細胞ライセート(WCL)のウエスタンブロット解析を示す。膜を、EVマーカー(Alix、TSG101、及びフロチリン1)、細胞/非EVマーカー(GM130、カルレティキュリン、Tom20)、及びVacVのA27Lタンパク質についてプローブした。
実施例11
EV誘導性膜貫通ポリペプチドとしての代替的なウイルス糖タンパク質
結果:
図32は、細胞のトランスフェクション時、単離されたEV画分中の4つの異なる構築物の発現を示すウエスタンブロットを示し、VSV、LCMV(リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス(lymphocytic choriomeningitis virus))、Lassa(ラッサ熱ウイルス(Lassa fever virus))、及びフニンウイルス(Junin virus)(アルゼンチン・マムアレナウイルス(Argentinian mammarenavirus)としても公知)に由来するウイルス糖タンパク質(G)が、ペイロード(Flagタグ)をEV内部に往復させるための膜貫通ドメインとして使用可能であることを示す。要するに、HEK293T細胞に、VSV-G、LCMV-G、ラッサウイルス-G、フニンウイルス-G、又は対照(モック)としての空のベクターを発現するpCDNA3.1プラスミドをトランスフェクトした。48時間後、RIPA緩衝液を用いて、細胞ライセートを収集し、製造のプロトコルに従い、EXO-quick-TC試薬(System Biosciences)を用いて、EVをトランスフェクト細胞の上清から収集した。次に、細胞ライセート及び精製したEVを、抗Flag抗体を用いて、SDS-PAGE及びウエスタンブロットした。注目すべきは、全ての糖タンパク質構築物がそれらのC末端においてFlagタグを提示し、検出を容易にする。
図33は、細胞のトランスフェクション時、単離されたEV画分中の構築物の発現を示すウエスタンブロットを示し、SARS-CoV-2に由来するウイルス糖タンパク質が、ペイロードをEV内部に往復させるための膜貫通ドメインとして使用可能であることを示す。要するに、HEK293T細胞に、SARS-CoV-2 Spikeタンパク質又は対照(モック)としての空のベクターを発現するpCDNA3.1プラスミドをトランスフェクトした。48時間後、RIPA緩衝液を用いて、細胞ライセートを収集し、製造のプロトコルに従い、EXO-quick-TC試薬(System Biosciences)を用いて、EVをトランスフェクト細胞の上清から収集した。次に、細胞ライセート及び精製したEVを、抗Spike抗体を用いて、SDS-PAGE及びウエスタンブロットした。
図34は、細胞のトランスフェクション時、単離されたEV画分中の4つの異なる構築物の発現を示すウエスタンブロットを示し、タミアミ(Tamiami)、グアナリト(Guanarito)ウイルス、パラナ(Parana)ウイルス、マチュポ(Machupo)ウイルス、及びサビア(Sabia)ウイルスに由来するウイルス糖タンパク質が、ペイロード(Flagタグ)をEV内部に往復させるための膜貫通ドメインとして使用可能であることを示す。要するに、HEK293T細胞に、タミアミウイルス-G、グアナリトウイルス-G、パラナウイルス-G、マチュポウイルス-G、サビアウイルスG又は対照(モック)としての空のベクターを発現するpCDNA3.1プラスミドをトランスフェクトした。48時間後、RIPA緩衝液を用いて、細胞ライセートを収集し、製造のプロトコルに従い、EXO-quick-TC試薬(System Biosciences)を用いて、EVをトランスフェクト細胞の上清から収集した。次に、細胞ライセート及び精製したEVを、抗HA抗体を用いて、SDS-PAGE及びウエスタンブロットした。注目すべきは、全ての糖タンパク質構築物がそれらのC末端においてHAタグを提示し、検出を容易にする。
実施例12
カーゴの同時発現
実施例9において前述したとおりである。
背景/状況:カーゴは、構築物中にペイロードがあるか否かにかかわらず、包含/同時発現され得る。
適用:分子の標的細胞への標的化が適するかもしれない場合、特にそれらがPEV構築物中で活性/機能を維持できない場合、いずれの適用も可能である。それ以外の場合、EVカーゴ分子の標的細胞への特異的送達が促進され得る。
特別な特徴:カーゴRNA分子は、RNA結合モチーフペイロードに結合するためのRNA結合モチーフ認識部位を有するか、又はEVを導くモチーフを有するかのいずれかであり得る。タンパク質は、特定配列(それらを標的にすることが当該技術分野で公知である)により、EVに優先的に導かれてもよい。
標的化部分:適用に応じて様々である。
ペイロード:RNA結合モチーフ、例えばカーゴがRNA結合モチーフ認識配列を有する場合。
調整された、目的の特定の核酸分子(カーゴ、例えばマイクロRNA及びmRNA)を同時に運搬するEVを生成するため、PEVを1つ以上のRNA結合ドメイン(RBD)を有するペイロードを運搬するように設計することができる。RNAカーゴは、(RNAリガンドドメインとも称される)RBDによって認識される結合モチーフを提示し、それ故、特異的に相互作用し、RBDを有するPEVにより運搬され得る(「RNA核酸リガンドシステム」系)。例えば、RRMドメイン、K相同性(KH)ドメイン、低温刺激ドメイン(CSD)、及びZnフィンガーCCHCドメインなどの細胞のRNA結合タンパク質中に見出される十分に特徴づけられたRNA結合ドメインであれば使用可能である。同様に、ウイルスコート又はカプシドタンパク質(例えばMS2バクテリオファージコートタンパク質)又は細菌のRNA結合Casタンパク質(例えばCas13)中に見出されるRNA結合ドメインは、RNAを運搬する又は核酸リガンドシステムとして機能するPEV構築物中のペイロードの一部として設計することができる。同族RNA結合リガンドは、RNAカーゴ分子中に含まれることになる。
膜貫通ドメイン:PEVは、本文書中に概説された他のカテゴリーに従う任意の膜貫通ドメインを有し得る一方、カーゴは、本明細書に記載のキメラ構築物の一部でない。
結果:
表12は、図35において特定の標的RNA配列に特異的に結合することが実験的に示されたアミノ酸モチーフ(RNA結合モチーフ)を提示する。RNA配列は、それらの各々のRNA結合モチーフにより選択的に認識され、バイオインフォマティクス分析により判定されたとおり、ヒトゲノム中に存在しない。これらのRNA結合モチーフは、本発明に記載のとおり、また下の図面で示されるとおり、ペイロードとして使用可能である。
Figure 2023506381000025
Figure 2023506381000026
Figure 2023506381000027
Figure 2023506381000028
Figure 2023506381000029
Figure 2023506381000030
Figure 2023506381000031
Figure 2023506381000032
Figure 2023506381000033
図35A.異なるPEV構築物が負荷されたEVで教育されたレシピエント細胞におけるNanoluc(商標)活性の定量的読み取り値。次に、Nanoluc(商標)活性を定量化することで、RNA結合モチーフに融合されたLDLRT(LDLR標的)-VSVG膜貫通ドメイン(VSVGTM)を有するプラスミドが、Nanoluc(商標)(Nluc)に融合された青色蛍光タンパク質(BFP)をコードするmRNAをパッケージし、それを細胞表面上のLDLRについて陽性のレシピエント細胞に送達し得ることを実証した。要するに、これらの実験においてトランスウェル(商標)システムを使用し、そこで(図面中、ドナー細胞として表される)トランスウェル(商標)インサートに播種したHEK293T細胞に、LDLR-VSVGTM-dCas13a+gRNAモチーフ-BFP_NLuc又はLDLR-VSVGTM-dCas13a+BFP_NLuc-3XCBD又はLDLR-VSVGTM-dCas13d+gRNAモチーフ-BFP_NLuc又はLDLR-VSVGTM-dCas13d+BFP_NLuc-3XCBD又はLDLR-VSVGTM-Pum+BFP_NLuc-3XPBD又はLDLR-VSVGTM-Stuf+BFP_NLuc-3XSBD又はLDLR-VSVGTM-SD-VEEV+BFP_NLuc-3XPS又はLDLR-VSVGTM-L72AE+BFP_NLuc-3XC/D Box又はLDLR-VSVGTM-MS2+BFP_NLuc-3XHAMを発現するプラスミドを同時トランスフェクトした。トランスフェクション後、トランスウェル(商標)を、(トランスウェル(商標)システムの底部に蒔いた)レシピエント細胞とともに24時間インキュベートし、次にトランスウェル(商標)システムの底部区画における細胞(レシピエント細胞)を収集し、レシピエント細胞におけるNanoluc(商標)活性を製造業者の提案されたプロトコル(Promega)に従って測定した。
図35B.図35Aに示された同じ実験の代表的な蛍光顕微鏡画像。図35Aに示したようなトランスフェクション後、トランスウェル(商標)を、(トランスウェル(商標)システムの底部に蒔いた)レシピエント細胞とともに24時間インキュベートし、次にトランスウェル(商標)システムの底部及び上部区画における細胞を、EVOS蛍光顕微鏡を使用して画像化し、トランスフェクト細胞(ドナー)内だけでなくレシピエント細胞内でも(実際の青色蛍光の代わりに淡灰色シグナルとして図面中に示される)BFPの発現を検出した。注目すべきは、図35Bは、レシピエント細胞の明視野画像を示し、細胞はモック対照条件下であったが、発現としてBFP発現がなかったことを実証する。
実施例13
細胞傷害性ペイロードによる単一標的化
実施例7において前述したとおりである。
適用:細胞傷害性分子[例えばグランザイムB(GZMB)]の標的細胞への標的化が適するかもしれない場合、いずれの適用も可能であり、本実施例では、標的化細胞は、がん関連線維芽細胞又は活性化線維芽細胞、がん細胞及び線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)を発現する膵がん患者腫瘍サンプルである。
結果
図36.抗FAP-VSVG-mGZMBを負荷したEVで処理した線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)が陽性の膵臓線維芽細胞(PanFib)、膵がん細胞(BxPC3)、及び膵がん患者由来のサンプル(P025、P032)の細胞生存度をこの図面に示す。要するに、HEK293T細胞に、抗FAP-VSVG-mGZMBを発現するプラスミドをトランスフェクトしたか、又はモック陰性対照としてトランスフェクトしないままであった。24時間後、トランスフェクト細胞からの上清を収集し、細胞片を1000×gで10分間の遠心分離により予め排除した。次に、上清をFAPを発現することが知られた様々な細胞型に移し、Alamar Blueを使用し、製造業者の使用説明書に従い、細胞生存度を測定した。抗FAP-VSVG-mGZMBをトランスフェクトしたドナー細胞に由来する上清に曝露した細胞の生存度を、陰性対照上清に曝露した細胞と比較した生存度の変化(%)として計算した。
実施例14
単一標的化-免疫アジュバントペイロード
実施例3において前述したとおりである。
図37は、抗DEC205標的化部分及びCdaAペイロード[CD63の第1ループ内に挿入された]を負荷したEV(それらの発現は図8に示す)が、単離された一次樹状細胞におけるSTING経路の活性化時に効率的であることを示す。HEK293T細胞に、(図面中、CD63 EVとして表示した)pcDNA3.1ベクター内のPEV構築物aDEC205-CD63D-CdaA-Flagをトランスフェクトしたか、又はトランスフェクトしないままであり、次いで48時間後、EVを連続超遠心分離により精製し、さらに使用するまで-80℃で保存した。C57BL/6マウスの大腿骨及び脛骨からの骨髄前駆細胞を、マウスGM-CSF(PeproTech#315-03、最終濃度が40ng/ml)とともにRPMI中で6日間培養した。7日目、分化したDCを蒔き、非トランスフェクトエキソソーム又は指定のCD63 EVのいずれかで24時間処理した。その後、処理したDCにおけるSTINGリン酸化(S365)を、STINGリン酸化状態特異的抗体(Cell Signaling Technology#72971)を用いるウエスタンブロットにより評価した。全STINGタンパク質レベルをSTING抗体(Cell Signaling Technology#13647)により評価した。βアクチンを負荷対照として使用した。
実施例15
単一標的化-免疫リプログラミングペイロード
実施例3、4、及び実施例6aにおいて前述したとおりである。
適用:「免疫リプログラミング」分子の標的免疫細胞への標的化が適するかもしれない場合、いずれの適用も可能である。本実施例では、標的化細胞は、一次マクロファージである。この特定例では、マクロファージは、PEV構築物が負荷されたEVであって、これらのEVが(抗Marco標的化部分を介して)マクロファージを特異的に標的にし、STING経路活性化剤の細菌酵素CdaAを同時に送達する、PEV構築物が負荷されたEVで処理される。注目すべきは、マクロファージ、特に、高レベルのMARCOをそれらの表面上で発現することを特徴とする腫瘍関連マクロファージ、即ちTAMは、STING活性化時、炎症促進性表現型に再プログラム(又は分極化)されることが文献において公知である。
結果
図38.この図面では、以下に説明のとおり、3つの異なるPEV構築物が負荷されたEVで処理された活性化された一次マクロファージにおけるSTINGの活性化を示すウエスタンブロットを示す。要するに、抗MARCO-VSVGTM-CdaA又は抗MARCO-SARS2TM-CdaA又は抗MARCO-CdaATM-CdaAベクターをHEK293T細胞内で発現させた。48時間後、上清を収集し、EVを連続超遠心分離により単離した。ペレット化したEVをPBSに再懸濁し、さらに使用するまで-80℃で保存した。C57BL/6マウスの大腿骨及び脛骨からの骨髄前駆細胞を、マウスM-CSF(PeproTech#315-02-25ng/mlの最終濃度)を有するDMEM中で6日間培養した。7日目、分化したマクロファージを蒔き、処理しないままか、又は5EU単位/mlのリポ多糖(LPS)で24時間前処理し、MARCOのこれら細胞の表面上での発現を誘導した。その後、前処理したマクロファージは、モック処理のまま又は様々なEV製剤での24時間処理のいずれかにした。その後、処理したマクロファージにおけるSTINGリン酸化(S365)を、STINGリン酸化状態特異抗体(Cell Signaling Technology#72971)を用いるウエスタンブロットにより評価した。対照として、全STINGタンパク質レベルをSTING抗体(Cell Signaling Technology#13647)により評価した。βアクチンを負荷対照として使用した。
図39.様々な抗Marcoに連結されたCdaA PEV構築物(即ち、抗MARCO-VSVGTM-CdaA又は抗MARCO-SARS2TM-CdaA又は抗MARCO-CdaATM-CdaAベクター)のインターフェロン(IFN)シグナル伝達経路の刺激における効力を実証する実験を示す。細菌シクラーゼCdaAの様々なMARCO-CdaA融合タンパク質における機能的効力を、c-di-AMP-STINGシグナル伝達応答を生成することについて評価した。この目的のため、HEK293T細胞は、モックであるか、又は指定のとおりの様々なMARCOプラスミドを24時間トランスフェクトした。その後、c-di-AMPを含有するライセートを調製し、THP1-Blue-ISG IRF(IFN制御因子)レポーター細胞(InvivoGen)に適用し、STING-IRFシグナル伝達系を24時間刺激し、製造のプロトコルに従い、Quanti-Blueアッセイを可能にした。
実施例16
多重標的化2部分構築物(EV-BiTE)
実施例2において前述したとおりである。
背景:主要組織適合複合体(MHC)は、T細胞が腫瘍細胞を認識し、殺傷するために必要である。しかし、大部分の腫瘍が、(MHC)の発現を下方制御することで、免疫攻撃を回避する。腫瘍の回避機構を回避するための当該技術分野で既存の一方法は、T細胞及び腫瘍細胞をすぐ近傍に導くように改変された二重特異性抗体によるものである。これらの二重特異性抗体は、二重特異性T細胞エンゲージャー又はBiTEとも称される。
BiTEは、T細胞の、腫瘍細胞をMHC非依存的様式で認識し、殺傷する能力を媒介することができる。BiTEは、T細胞抗原CD3及び特定の腫瘍関連抗原(TAA)に特異的な連結された可変鎖抗体断片からなる。同様に、二重特異性NK細胞エンゲージャー又はBiKEは、NK細胞上の活性化受容体及び表面腫瘍抗原への同時結合を媒介することで、腫瘍細胞のNK細胞依存性殺傷を促進し得る。既存のBiKE及びBiTE技術は有望であるが、現在臨床開発段階の多くが、全身投与中の関連毒性を伴う課題、薬剤安定性の課題(短い半減期)、及び大部分の固形がんにおいて有効である程度に十分高い局所濃度に至らせるという課題を有する。
適用:2つの標的化部分:T細胞標的を認識する一方、及び腫瘍細胞(がん細胞又はCAF)を標的にする他方、を有するPEV構築物。
これらのプラットフォームの作動様式:これらのPEVは、T細胞と腫瘍細胞との間の対合を促進することで、これらの免疫細胞型による腫瘍細胞の直接的殺傷を促進する。
利点:BiTE及びBiKEのPEV形式での提示は、二重特異性抗体構築物よりも安定である。
特別な特徴:一般に、ペイロードなしのPEV構築物自身は、T又はNK細胞をがん細胞に接近させる、安定な二重特異性細胞エンゲージャーである。これらのPEVは、インビボ又はエクスビボで生成され得る。
送達様式:患者における送達媒体として腫瘍選択性のウイルスを使用し、感染がん細胞においてBiTE及びBiKEを分泌させる。そのようにして、PEVは、必要とされる正確な部位に送達され、ひいてはピコモル濃度、即ち現行の二重特異性抗体手法よりも低い用量の治療で有効である可能性が高い。ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)、レンチウイルス(lentivirus)、アデノ随伴ウイルス(adeno-associated virus)[AAV]、VSV、HSV-1などのウイルスに基づくプラットフォームが使用可能であった。
ウイルス及び感染細胞を調製するとともに、単離されたPEVを作製するためのプラスミド(例えばpcDNA3.1)についても検討する。
標的化部分:上記のとおりの一本鎖可変断片又はナノボディ。これらは、表面腫瘍抗原標的(例えば、抗CEA、抗CA9、抗FAPなど)を通じて腫瘍細胞と、T細胞に結合する分子(例えば、CD3標的、抗CD3 scFV標的化部分を介する)を通じてT細胞とに結合する。
ペイロード:なし
膜貫通ドメイン:表1中に列記される全ての例が使用可能であった。ここで含めた例として、テトラスパニンタンパク質が挙げられるが、単一通過TMタンパク質に「多量体化技術」を使用してもよい(詳細については特別な特徴を参照)。
結果
図40は、ナイーブEV又はαCD3-VSVG、αCD3-αFAP-CD63、若しくはαCD3-αCEA-CD63で装飾されたEVの存在下で、マウス脾細胞と共培養したMC38(WT及びCEA発現)細胞(脾細胞:MC38の比が10:1)における細胞生存度を示す。EV上のExo-BiTE構築物は、ナイーブEVと比較して脾細胞により細胞死を増強する。要するに、αCD3-VSVG、αCD3-αFAP-CD63、又はαCD3-αCEA-CD63をコードするベクターをHEK293T細胞内で発現させた。48時間後、上清を収集し、EVを連続超遠心分離により単離した。ペレット化したEVをPBSに再懸濁し、さらに使用するまで-80℃で保存した。脾細胞を均質化したマウス脾臓から収集し、新しく使用した。
実施例17
単一標的化-がんワクチンペイロード
実施例3及び4において前述したとおりである。
背景/状況:腫瘍関連抗原及び/又は免疫リプログラミング部分(例えば、STING又はERAdP経路活性化剤)は、APC、例えば樹状細胞上の表面分子にPEVを介して特異的に送達され得る。この構築物であれば、PEVをDC(樹状細胞)に標的にするための標的化部分を発現することになり、また1つ又は複数のペイロードを同時に運搬することができる。
適用:これらのプラットフォームは、頑強な腫瘍抗原特異的免疫を誘発するための有効な手段を表すことになる。
これらのプラットフォームの作動様式:DCは、多くは未熟な又は寛容化する表現型を呈する。(ペイロード又はカーゴとしての)PEVを介する腫瘍抗原送達は、アジュバント(抗CD40mAbアゴニスト、ポリ(I:C)、シトシン-リン酸-グアニン(CpG)、リポ多糖(LPS)、又はToll様受容体7/8(TLR7/8)アゴニストなどのDC成熟刺激)の同時投与、又は上記のとおりのSTING若しくはERAdP経路活性化剤(例えば細菌のジヌクレオチドシクラーゼ、例えば、c-di-AMPシクラーゼであるCdaA及びMtbDisa、及びc-di-GMPシクラーゼであるVCA0848)を有するPEVの標的化共送達と併せて、腫瘍関連抗原の提示能の増強及びT細胞同時刺激分子の発現増強をもたらす。
単独の又はアジュバントと組み合わせた若しくは免疫リプログラミング部分(例えばSTING又はERAdP経路活性化剤)と組み合わせた腫瘍関連抗原は、PEVを介して樹状細胞上の表面分子に特異的に送達され得る。
標的化部分:標的:CD40、TNF-αファミリー受容体、DEC205、C型レクチン受容体(CLEC9)及びインテグリン受容体CD11cを含む抗原提示細胞表面分子は、特定のモノクローナル抗体、scFv、単一ドメイン抗体、ナノボディ(即ち、抗DEC205、抗Clec9A、抗CD11c)、リガンド又は標的化ペプチド(例えば、CD40リガンド又はCD40標的化ペプチド)を含む標的化部分により標的にされる。
ペイロード:特定の腫瘍関連抗原(マウス腫瘍モデルにおける概念実証用:DCT及びOVAが検討中である)。臨床試験にとって重要なヒト腫瘍関連抗原が使用可能である(例えば、HPV-E6及びE7、NY-ESO-1など)。がん特異的ネオ抗原も使用可能である。
特定の疾患細胞抗原、例えば腫瘍関連/特異抗原(例えば、OVA、DCT、mERKm9など)の同時発現が検討される。さらに、STING又はERAdP活性化剤などのアジュバント分子であれば、疾患特異的抗原又は腫瘍関連/特異抗原と同時に送達することができる。
膜貫通ドメイン:表1中に列記される全ての例が使用可能であった。
送達/作製様式:ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)、レンチウイルス(lentivirus)、アデノ随伴ウイルス(adeno-associated virus)[AAV]、VSV、HSV-1などのウイルスに基づくプラットフォームが使用可能であった。細胞をトランスフェクトするためのプラスミド(例えばpcDNA3.1)、並びに作製され、単離されたPEVについても検討する。
結果
図41.ナイーブEV、又はaDEC205-VSVGTM-OVA(図中、「OVA」と称される)若しくはaDEC205-CD63D-CdaA-Flag及びaDEC205-VSVGTM-OVAの双方(図中、OVA+シクラーゼと称される)で装飾されたEV(これらの構築物は以前に図8、14、及び38に示したことも注目されたい)によるワクチン接種実験は、樹状細胞標的化抗原[例えば、オバルブミン(OVA)]及び免疫アジュバント(例えばCdaA酵素)の双方の組み合わせがインビボで免疫応答を誘導することを示した。要するに、aDEC205-CD63D-CdaA-Flag及び/又は抗DEC205-VSVGTM-OVAをコードするベクターをHEK293T細胞内で発現させた。空のベクターのトランスフェクションは、陰性モックEV対照として含めた。48時間後、上清を収集し、EVを連続超遠心分離により単離し、750ulのPBSに再懸し、さらに使用するまで-80℃で保存した。次に、マウスIVあたり200ulの各EV製剤をマウスにワクチン接種した(ナイーウ n=5、OVAのみ n=3及び卵細胞+シクラーゼ n=3)。14日後、脾細胞を収集し、SIINFEKL四量体で染色した。データは、ナイーブマウスに見られたバックグラウンド染色に対する全CD8+T細胞の百分率により四量体+CD8+T細胞として表示する。
実施例18
単一標的化-免疫アジュバントペイロード
実施例3において前述したとおりである。
ゲオバクター・スルフレデュセンス(Geobacter sulfurreducens)の「応答レシーバーで調節されたジグアニル酸シクラーゼ」[GsPCA]は、この一般的な土壌細菌中で環状AMP-GMP(3’,3’-cGAMP)を生成する。REC(シグナル受信/二量体化)調節ドメインが欠失され、ジグアニル酸シクラーゼ(DGC)又はGGDEFドメインが発現され、特有の構成的活性型をもたらした。この活性型が、抗DEC205 scFVにより樹状細胞に標的化され、VSVG膜貫通ドメインによりEVに負荷されたPEV構築物中で発現されたとき、インターフェロン応答の機能的活性化が認められた。
図42.この図面は、報告された細胞株中でインターフェロン応答を刺激することにより免疫アジュバントとして作用し得る、樹状細胞に導かれたPEV構築物を示す。Quanti-Blue比色分析アッセイを用いる、哺乳動物細胞THP1-Blue-ISG系における野生型及び様々な変異型c-di-GMP及びc-di-AMP細菌のシクラーゼ酵素の機能的特徴づけ。以下に詳述するとおりの様々なコドン最適化導入遺伝子構築物をHEK293T細胞に48時間トランスフェクトした。細胞ライセートを収集し、IFN-βプロモーター-SEAPレポーター細胞[THP1-Blue-ISG IRF(IFN制御因子)レポーター細胞(InvivoGen)]に移し、STING-IRFシグナル伝達系を24時間刺激することで、製造業者のプロトコルに従い、Quanti-Blueアッセイを可能にした。図42では、GsPCA:抗DEC205-VSVGTM-GsPCA-FLAG-pcDNA3.1(+)プラスミド。陽性対照は、(1)CdaA:CD63_抗DEC205_CD63_CdaA_FLAG-pcDNA3.1(+)プラスミド及び(2)c-di-AMP:10pg/mlを含む。陰性対照は、モックトランスフェクト細胞を含む。
特徴が本明細書で名付けられるとき、特徴に対応する配列例(又はそれを含む配列)が表13中に見出され得ることは理解されるであろう。
Figure 2023506381000034
Figure 2023506381000035
Figure 2023506381000036
Figure 2023506381000037
Figure 2023506381000038
Figure 2023506381000039
Figure 2023506381000040
Figure 2023506381000041
Figure 2023506381000042
Figure 2023506381000043
Figure 2023506381000044
Figure 2023506381000045
Figure 2023506381000046
Figure 2023506381000047
Figure 2023506381000048
Figure 2023506381000049
Figure 2023506381000050
Figure 2023506381000051
Figure 2023506381000052
Figure 2023506381000053
Figure 2023506381000054
Figure 2023506381000055
Figure 2023506381000056
Figure 2023506381000057
Figure 2023506381000058
Figure 2023506381000059
Figure 2023506381000060
Figure 2023506381000061
Figure 2023506381000062
Figure 2023506381000063
Figure 2023506381000064
Figure 2023506381000065
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Figure 2023506381000068
Figure 2023506381000069
Figure 2023506381000070
Figure 2023506381000071
Figure 2023506381000072
Figure 2023506381000073
Figure 2023506381000074
Figure 2023506381000075
機能的変異体がいくつかの実施形態に包含されることは理解されるであろう。機能的変異体は、表13に示される配列例に対して少なくとも80%同一である配列を含んでもよく、前記変異体は、それらの由来元の親分子と実質的に同じ機能を保持する。機能的変異体は、各々の親分子に対して少なくとも90%同一であってもよい。機能的変異体は、各々の親分子に対して少なくとも95%同一であってもよい。機能的変異体は、各々の親分子に対して少なくとも96%同一であってもよい。機能的変異体は、各々の親分子に対して少なくとも97%同一であってもよい。機能的変異体は、各々の親分子に対して少なくとも98%同一であってもよい。機能的変異体は、各々の親分子に対して少なくとも99%同一であってもよい。同様に、特定の実施形態は、それらの由来元の全長親分子と実質的に同じ機能を保持する機能断片を包含する。
前述において、説明を目的として、実施形態の徹底的理解を可能にするため、ありとあらゆる詳細が示される。しかし、これらの具体的詳細が必要とされないことは当業者にとって明らかであろう。
上記の実施形態は、例にすぎないことが意図される。当業者により、特定の実施形態に変更、修飾及びバリエーションがもたらされる。特許請求の範囲の範囲は、本明細書中に示される特定の実施形態により限定されるべきでないが、全体的に本明細書に矛盾のない様式で解釈されるべきである。本明細書中で参照される全ての参考文献は、それら全体が参照により援用される。
参照
Stickney,Z.,Losacco,J.,McDevitt,S.,Zhang,Z.,and Lu,B.(2016) Development of exosome surface display technology in living human cells.Biochem Biophys Res Commun.472(1):53-9.
Meyer,C.,Losacco,J.,Stickney,Z.,Li,L,Marriott,G.,and Lu,B.(2017) Pseudotyping exosomes for enhanced protein delivery in mammalian cells.Int J Nanomedicine.12:3153-3170.
米国特許第10,617,768号
米国特許第10,758,486号
米国特許出願第16/900,383号

Claims (220)

  1. 細胞外小胞(EV)を少なくとも1つの標的細胞に導くための組換えポリペプチドをコードする核酸を含む組換え腫瘍選択性ウイルス粒子であって、前記組換えポリペプチドは、
    -前記EVを前記少なくとも1つの標的細胞によって発現された前記少なくとも1つの標的分子に導くための少なくとも1つの標的化部分、
    -少なくとも1つのEVアンカーポリペプチド、及び
    -少なくとも1つの小胞内ポリペプチド
    を含む、組換え腫瘍選択性ウイルス粒子。
  2. 腫瘍溶解性ウイルスに属する、請求項1に記載の組換え腫瘍選択性ウイルス粒子。
  3. 細胞外小胞(EV)を少なくとも1つの標的細胞に導くための組換えポリペプチドであって、
    -前記EVを前記少なくとも1つの標的細胞によって発現された前記少なくとも1つの標的分子に導くための少なくとも1つの標的化部分、
    -少なくとも1つのEVアンカーポリペプチド、及び
    -少なくとも1つの小胞内ポリペプチド
    を含む組換えポリペプチド。
  4. 前記少なくとも1つのEVアンカーポリペプチドは、前記少なくとも1つの標的化部分に連結されたEV誘導性膜貫通ポリペプチドを含む、請求項3に記載の組換えポリペプチド。
  5. 前記EV誘導性膜貫通ポリペプチドは、LAMP2b、VSVG、CD81、CD82、又はLAMP1からの膜貫通ドメインを含む、請求項4に記載の組換えポリペプチド。
  6. 前記EV誘導性膜貫通ポリペプチドは、フニンウイルス糖タンパク質、ラッサ熱ウイルス糖タンパク質、LCMV(リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス)糖タンパク質、SARS-CoV-2糖タンパク質、タミアミウイルス糖タンパク質、グアナリトウイルス糖タンパク質、パラナウイルス糖タンパク質、マチュポウイルス糖タンパク質、サビアウイルス糖タンパク質又はCdaAからの膜貫通ドメインを含む、請求項4に記載の組換えポリペプチド。
  7. 前記少なくとも1つの標的細胞は、哺乳動物細胞を含む、請求項3~6のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  8. 前記哺乳動物細胞は、ヒト細胞である、請求項7に記載の組換えポリペプチド。
  9. 前記少なくとも1つの標的細胞は、腫瘍細胞、腫瘍間質細胞、又は免疫細胞である、請求項3~8のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  10. 前記腫瘍間質細胞は、がん関連線維芽細胞を含む、請求項9に記載の組換えポリペプチド。
  11. 前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球である、請求項9に記載の組換えポリペプチド。
  12. 前記T細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である、請求項11に記載の組換えポリペプチド。
  13. 前記少なくとも1つの標的分子は、細胞表面マーカー又は細胞表面受容体である、請求項3~12のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  14. 前記少なくとも1つの標的分子は、TNF-αファミリー受容体、インテグリン、C型レクチン受容体、レプチン、癌胎児性抗原、CD抗原、炭酸脱水酵素、FAP、MMP2、DEC205、DC40、CLEC9、CD3、グリコサミノグリカン、多糖、又は脂質である、請求項3~13のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  15. 前記少なくとも1つの標的分子は、
    -健常対照細胞によりではなく、疾患細胞により発現される、又は
    -前記疾患細胞により、前記健常対照細胞と比較してより多量に発現される
    疾患特異的細胞表面分子を含む、請求項3~14のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  16. 前記疾患特異的細胞表面分子は、腫瘍関連抗原を含む、請求項15に記載の組換えポリペプチド。
  17. 前記少なくとも1つの標的分子は、DEC205、CLEC9A、CEACAM5、CTLA4、CD3、CD7、CD11c、CD19、CD20、CD22、CD40、CD44、CD206、EGFR、EGFRvIII、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、CA9、MMP-2、PD-L1、SIRPa、コンドロイチン硫酸、αvインテグリン、又は葉酸受容体を含む、請求項3~16のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  18. 前記少なくとも1つの標的化部分は、受容体リガンド、抗体若しくはその機能断片、scFv、単一ドメイン抗体又はDARPinを含む、請求項3~17のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  19. 前記抗体は、単一ドメイン抗体である、請求項18に記載の組換えポリペプチド。
  20. 前記抗体は、ヒト化抗体である、請求項18又は19に記載の組換えポリペプチド。
  21. 前記機能断片は、Fab’又はF(ab’)2である、請求項18に記載の組換えポリペプチド。
  22. 前記少なくとも1つの標的化部分は、抗DEC205、抗Clec9A、抗FAP、抗CEA、抗CA9、抗CTL4、抗CD3、抗CD206、抗EGFRViii、抗CD19、抗CD20、抗CD22、抗CD44、抗CD7、SIRPα外部ドメイン、GE11ペプチド、CTX、VAR2Δ、CD40リガンド、CD40標的化ペプチド、iRGD、又はPD1を含む、請求項18に記載の組換えポリペプチド。
  23. 前記小胞内ポリペプチドは、前記EVアンカーポリペプチドを介して前記少なくとも1つの標的化部分に連結された少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドを含む、請求項3~22のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  24. 前記少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドは、少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドを含む、請求項23に記載の組換えポリペプチド。
  25. 前記EVアンカーポリペプチド及び前記小胞内ポリペプチドは、それらの2つの膜貫通ドメイン間に挿入された前記少なくとも1つの標的化部分を含むEV誘導性組換えテトラスパニンを一緒に含む、請求項3に記載の組換えポリペプチド。
  26. 前記組換えテトラスパニンは、ヒトCD63又はCD9を含むか又はそれに由来する、請求項25に記載の組換えポリペプチド。
  27. 前記少なくとも1つの標的細胞は、哺乳動物細胞を含む、請求項25又は26に記載の組換えポリペプチド。
  28. 前記哺乳動物細胞は、ヒト細胞である、請求項27に記載の組換えポリペプチド。
  29. 前記少なくとも1つの標的細胞は、腫瘍細胞、腫瘍間質細胞、又は免疫細胞である、請求項27又は28に記載の組換えポリペプチド。
  30. 前記腫瘍間質細胞は、がん関連線維芽細胞を含む、請求項29に記載の組換えポリペプチド。
  31. 前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球である、請求項29に記載の組換えポリペプチド。
  32. 前記T細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である、請求項31に記載の組換えポリペプチド。
  33. 前記少なくとも1つの標的分子は、細胞表面マーカー又は細胞表面受容体である、請求項25~32のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  34. 前記少なくとも1つの標的分子は、TNF-αファミリー受容体、インテグリン、C型レクチン受容体、レプチン、癌胎児性抗原、CD抗原、炭酸脱水酵素、FAP、MMP2、DEC205、DC40、CLEC9、CD3、グリコサミノグリカン、多糖、又は脂質である、請求項25~33のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  35. 前記少なくとも1つの標的分子は、
    -健常対照細胞によりではなく、疾患細胞により発現される、又は
    -前記疾患細胞により、前記健常対照細胞と比較してより多量に発現される
    疾患特異的抗原を含む、請求項25~34のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  36. 前記疾患特異的抗原は、腫瘍関連抗原を含む、請求項35に記載の組換えポリペプチド。
  37. 前記少なくとも1つの標的分子は、DEC205、CLEC9A、CEACAM5、CTLA4、CD3、CD7、CD11c、CD19、CD20、CD22、CD40、CD44、CD206、EGFR、EGFRvIII、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、CA9、MMP-2、PD-L1、SIRPa、コンドロイチン硫酸、αvインテグリン、又は葉酸受容体を含む、請求項25~36のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  38. 前記少なくとも1つの標的化部分は、受容体リガンド、抗体若しくはその機能断片、scFv、単一ドメイン抗体又はDARPinを含む、請求項25~37のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  39. 前記抗体は、単一ドメイン抗体である、請求項38に記載の組換えポリペプチド。
  40. 前記抗体は、ヒト化抗体である、請求項38又は39に記載の組換えポリペプチド。
  41. 前記機能断片は、Fab’又はF(ab’)2である、請求項38に記載の組換えポリペプチド。
  42. 前記少なくとも1つの標的化部分は、抗DEC205、抗Clec9A、抗FAP、抗CEA、抗CA9、抗CTL4、抗CD3、抗CD206、抗EGFRViii、抗CD19、抗CD20、抗CD22、抗CD44、抗CD7、SIRPa外部ドメイン、GE11ペプチド、CTX、VAR2Δ、CD40リガンド、CD40標的化ペプチド、iRGD、又はPD1を含む、請求項38に記載の組換えポリペプチド。
  43. 前記組換えテトラスパニンのN末端及び/又はC末端に連結された少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドをさらに含む、請求項25~42のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  44. 前記少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドは、少なくとも1つのEV治療ポリペプチドを含む、請求項43に記載の組換えポリペプチド。
  45. 前記少なくとも1つの標的化部分は、少なくとも2つの標的化部分を含み、ここで前記EVアンカーポリペプチド及び前記小胞内ポリペプチドは、N末端からC末端にかけて1、2、3、及び4に付番された4つの膜貫通ドメインを含むEV誘導性組換えテトラスパニンを一緒に含み、ここで前記2つの標的化部分の第1は、膜貫通ドメイン1及び2の間に挿入され、且つ前記2つの標的化部分の第2は、膜貫通ドメイン3及び4の間に挿入される、請求項3に記載の組換えポリペプチド。
  46. 前記EV誘導性組換えテトラスパニンは、ヒトCD63又はCD9に由来する、請求項45に記載の組換えポリペプチド。
  47. 前記少なくとも2つの標的化部分は、少なくとも2つの異なる標的分子に特異的に結合する、請求項45又は46に記載の組換えポリペプチド。
  48. 前記少なくとも2つの異なる標的分子は、同じ標的細胞により発現される、請求項47に記載の組換えポリペプチド。
  49. 前記標的細胞は、哺乳動物細胞を含む、請求項48に記載の組換えポリペプチド。
  50. 前記哺乳動物細胞は、ヒト細胞を含む、請求項49に記載の組換えポリペプチド。
  51. 前記標的細胞は、腫瘍細胞、腫瘍間質細胞、又は免疫細胞を含む、請求項48~50のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  52. 前記腫瘍間質細胞は、がん関連線維芽細胞を含む、請求項51に記載の組換えポリペプチド。
  53. 前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球である、請求項51に記載の組換えポリペプチド。
  54. 前記T細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である、請求項53に記載の組換えポリペプチド。
  55. 前記少なくとも2つの標的分子の各々は、細胞表面分子である、請求項48~54のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  56. 前記少なくとも2つの標的分子の各々は、TNF-αファミリー受容体、インテグリン、C型レクチン受容体、レプチン、癌胎児性抗原、CD抗原、炭酸脱水酵素、FAP、MMP2、DEC205、DC40、CLEC9、CD3、グリコサミノグリカン、多糖、又は脂質である、請求項48~55のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  57. 前記少なくとも2つの標的分子の各々は、
    -健常対照細胞によりではなく、疾患細胞により発現される、又は
    -前記疾患細胞により、前記健常対照細胞と比較してより多量に発現される
    疾患特異的細胞表面分子を含む、請求項48~56のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  58. 前記疾患特異的細胞表面分子は、腫瘍関連抗原を含む、請求項57に記載の組換えポリペプチド。
  59. 前記少なくとも2つの標的分子の各々は、独立して、DEC205、CLEC9A、CEACAM5、CTLA4、CD3、CD7、CD11c、CD19、CD20、CD22、CD40、CD44、CD206、EGFR、EGFRvIII、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、CA9、MMP-2、PD-L1、SIRPa、コンドロイチン硫酸、αvインテグリン、又は葉酸受容体を含む、請求項48~58のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  60. 前記少なくとも2つの標的化部分の各々は、独立して、受容体リガンド、抗体若しくはその機能断片、scFv、単一ドメイン抗体、又はDARPinを含む、請求項48~59のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  61. 前記抗体は、単一ドメイン抗体である、請求項60に記載の組換えポリペプチド。
  62. 前記抗体は、ヒト化抗体である、請求項60又は61に記載の組換えポリペプチド。
  63. 前記機能断片は、Fab’又はF(ab’)2である、請求項60に記載の組換えポリペプチド。
  64. 前記少なくとも1つの標的化部分は、抗DEC205、抗Clec9A、抗FAP、抗CEA、抗CA9、抗CTL4、抗CD3、抗CD206、抗EGFRViii、抗CD19、抗CD20、抗CD22、抗CD44、抗CD7、SIRPα外部ドメイン、GE11ペプチド、CTX、VAR2Δ、CD40リガンド、CD40標的化ペプチド、iRGD、又はPD1を含む、請求項60に記載の組換えポリペプチド。
  65. 前記少なくとも2つの異なる標的分子は、異なる標的細胞により発現される、請求項47に記載の組換えポリペプチド。
  66. 前記異なる標的細胞は、疾患細胞及び免疫細胞を含み、且つ前記少なくとも2つの標的化部分は各々、疾患細胞表面分子及び免疫細胞表面分子に導かれる、請求項65に記載の組換えポリペプチド。
  67. 前記異なる標的細胞は、腫瘍細胞及び免疫細胞を含み、且つ前記少なくとも2つの標的化部分は各々、腫瘍細胞表面分子及び免疫細胞表面分子に導かれる、請求項65に記載の組換えポリペプチド。
  68. 前記免疫細胞は、T細胞であり、且つ前記免疫細胞表面分子は、T細胞表面分子である、請求項67に記載の組換えポリペプチド。
  69. 前記T細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である、請求項68に記載の組換えポリペプチド。
  70. 前記免疫細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞であり、且つ前記免疫細胞表面分子は、NK細胞表面分子である、請求項67に記載の組換えポリペプチド。
  71. 前記免疫細胞は、B細胞であり、且つ前記免疫細胞表面分子は、B細胞表面分子である、請求項67に記載の組換えポリペプチド。
  72. 前記免疫細胞は、マクロファージであり、且つ前記免疫細胞表面分子は、マクロファージ細胞表面分子である、請求項67に記載の組換えポリペプチド。
  73. 前記免疫細胞は、樹状細胞であり、且つ前記免疫細胞表面分子は、樹状細胞表面分子である、請求項67に記載の組換えポリペプチド。
  74. 前記免疫細胞は、好中球であり、且つ前記免疫細胞表面分子は、好中球細胞表面分子である、請求項67に記載の組換えポリペプチド。
  75. 前記腫瘍細胞表面分子は、腫瘍関連抗原を含む、請求項67~74のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  76. 前記腫瘍細胞表面分子は、CEACAM5、CD19、CD20、CD22、EGFR、EGFRvIII、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、CA9、MMP-2、PD-L1、SIRPα、コンドロイチン硫酸、αvインテグリン、又は葉酸受容体の1つを含む、請求項67~74のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  77. 前記少なくとも1つの標的化部分は、抗体若しくはその機能断片、scFv、単一ドメイン抗体、又はDARPinを含む、請求項65~76のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  78. 前記抗体は、単一ドメイン抗体である、請求項77に記載の組換えポリペプチド。
  79. 前記抗体は、ヒト化抗体である、請求項77又は78に記載の組換えポリペプチド。
  80. 前記機能断片は、Fab’又はF(ab’)2である、請求項77に記載の組換えポリペプチド。
  81. 少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドをさらに含む、請求項45~80のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  82. 前記少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドは、少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドを含む、請求項81に記載の組換えポリペプチド。
  83. 前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは、前記組換えテトラスパニンの前記N末端及び/又はC末端に連結される、請求項82に記載の組換えポリペプチド。
  84. 前記少なくとも1つのEVペイロードポリペプチドは、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドを放出するための切断部位を介して連結される、請求項23、43、及び81のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  85. 前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドを放出するための切断部位を介して連結される、請求項24、44、及び82のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  86. 前記切断部位は、自己切断ペプチド、pH依存性切断部位、又は酵素切断のための部位を含む、請求項84又は85に記載の組換えポリペプチド。
  87. 前記EV治療用ペイロードポリペプチドは、活性医薬成分(API)を含む、請求項24、44、及び82のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  88. 前記EV治療用ペイロードポリペプチドは、細胞傷害性分子を含む、請求項24、44、及び82のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  89. 前記細胞傷害性分子は、ヒトGZMB R201K、マウスGZMB、ジフテリア毒素、シュードモナス外毒素AからのPE38ドメイン、又はヒトTRAILを含む、請求項88に記載の組換えポリペプチド。
  90. 前記ペイロードポリペプチドは、免疫調節分子を含む、請求項24、44、及び82のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  91. 前記免疫調節分子は、STING又はERAdP経路活性化剤を含む、請求項90に記載の組換えポリペプチド。
  92. 前記STING経路活性化剤は、細菌のジヌクレオチドシクラーゼを含む、請求項91に記載の組換えポリペプチド。
  93. 前記細菌のジヌクレオチドシクラーゼは、CdaAを含む、請求項92に記載の組換えポリペプチド。
  94. 前記ペイロードポリペプチドは、酵素を含む、請求項24、44、及び82のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  95. 前記ペイロードポリペプチドは、核酸結合ドメインを含む、請求項24、44、及び82のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  96. 前記核酸結合ドメインは、RNA結合モチーフを含む、請求項95に記載の組換えポリペプチド。
  97. 前記RNA結合モチーフは、核酸リガンドシステムを含む、請求項96に記載の組換えポリペプチド。
  98. 前記ペイロードポリペプチドは、抗原を含む、請求項24、44、及び82のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  99. 前記抗原は、腫瘍関連抗原である、請求項98に記載の組換えポリペプチド。
  100. 前記抗原は、病原体に由来する、請求項98に記載の組換えポリペプチド。
  101. 前記EV治療用ペイロードポリペプチドは、アジュバントをさらに含む、請求項98~100のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  102. 前記アジュバントは、STING又はERAdP経路活性化剤を含む、請求項101に記載の組換えポリペプチド。
  103. 前記STING経路活性化剤は、細菌のジヌクレオチドシクラーゼを含む、請求項102に記載の組換えポリペプチド。
  104. 前記細菌のジヌクレオチドシクラーゼは、CdaAを含む、請求項103に記載の組換えポリペプチド。
  105. 前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは、少なくとも1つのさらなるEVペイロードポリペプチドに連結される、請求項24、44、及び82のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
  106. 前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは、前記少なくとも1つのさらなるEVペイロードポリペプチドに切断部位により連結される、請求項105に記載の組換えポリペプチド。
  107. 前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは、前記少なくとも1つのさらなるEVペイロードポリペプチドから少なくとも2つのEV膜貫通ドメインにより分離される、請求項105に記載の組換えポリペプチド。
  108. 請求項1~22、25~42、及び45~80のいずれか一項に定義されるとおりの組換えポリペプチドをコードする核酸分子。
  109. 別々のEVカーゴ分子をさらにコードする、請求項108に記載の核酸。
  110. 前記EVカーゴ分子は、核酸を含む、請求項109に記載の核酸。
  111. 前記核酸は、RNAを含む。請求項109に記載の核酸。
  112. 前記RNAは、mRNA、miRNA、又はshRNAを含む、請求項111に記載の核酸。
  113. 前記EVカーゴ分子は、ポリペプチドを含む、請求項109に記載の核酸。
  114. 請求項24、44、及び82~107のいずれか一項に定義されるとおりの組換えポリペプチドをコードする核酸分子。
  115. 前記核酸は、別々のEVカーゴ分子をさらにコードする、請求項114に記載の核酸。
  116. 前記EVカーゴ分子は、核酸を含む、請求項115に記載の核酸。
  117. 前記核酸は、RNAを含む、請求項116に記載の核酸。
  118. 前記RNAは、mRNA、miRNA、又はshRNAを含む、請求項117に記載の核酸。
  119. 前記EVカーゴ分子は、ポリペプチドを含む、請求項114に記載の核酸。
  120. 請求項108又は109に定義されるとおりの核酸を含むベクター。
  121. 請求項114~119のいずれか一項に定義されるとおりの核酸を含むベクター。
  122. 請求項108~113のいずれか一項に定義されるとおりの核酸、又はそれに相補的な核酸を含む組換えウイルスゲノム。
  123. 腫瘍選択的ウイルスに由来する、請求項122に記載の組換えウイルスゲノム。
  124. 腫瘍溶解性ウイルスに由来する、請求項122又は123に記載の組換えウイルスゲノム。
  125. 前記腫瘍溶解性ウイルスは、水疱性口内炎ウイルス(vesicular stomatitis virus)(VSV)、ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)、単純ヘルペスウイルス1型(Herpes virus simplex 1)(HSV-1)、ヘルペスウイルス2型(Herpes virus 2)(HSV-2)、アデノウイルス(adenovirus)である、請求項124に記載の組換えウイルスゲノム。
  126. 請求項114~119のいずれか一項に定義されるとおりの核酸、又はそれに相補的な核酸を含む組換えウイルスゲノム。
  127. 腫瘍選択的ウイルスに由来する、請求項126に記載の組換えウイルスゲノム。
  128. 腫瘍溶解性ウイルスに由来する、請求項126又は127に記載の組換えウイルスゲノム。
  129. 前記腫瘍溶解性ウイルスは、水疱性口内炎ウイルス(vesicular stomatitis virus)(VSV)、ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)、単純ヘルペスウイルス1型(Herpes virus simplex 1)(HSV-1)、ヘルペスウイルス2型(Herpes virus 2)(HSV-2)、アデノウイルス(adenovirus)]である、請求項127に記載の組換えウイルスゲノム。
  130. 請求項108~113のいずれか一項に定義されるとおりの核酸、又はそれに相補的な核酸を含むウイルス粒子。
  131. 腫瘍選択的であるウイルスに属する、請求項130に記載のウイルス粒子。
  132. 腫瘍溶解性ウイルスに属する、請求項130又は131に記載のウイルス粒子。
  133. 前記腫瘍溶解性ウイルスは、水疱性口内炎ウイルス(vesicular stomatitis virus)(VSV)、ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)、単純ヘルペスウイルス1型(Herpes virus simplex 1)(HSV-1)、ヘルペスウイルス2型(Herpes virus 2)(HSV-2)、アデノウイルス(adenovirus)]である、請求項132に記載のウイルス粒子。
  134. 請求項114~119のいずれか一項に定義されるとおりの核酸、又はそれに相補的な核酸を含むウイルス粒子。
  135. 腫瘍選択的であるウイルスに属する、請求項134に記載のウイルス粒子。
  136. 腫瘍溶解性ウイルスに属する、請求項134又は135に記載のウイルス粒子。
  137. 前記腫瘍溶解性ウイルスは、水疱性口内炎ウイルス(vesicular stomatitis virus)(VSV)、ワクシニアウイルス(Vaccinia virus)、単純ヘルペスウイルス1型(Herpes virus simplex 1)(HSV-1)、ヘルペスウイルス2型(Herpes virus 2)(HSV-2)、アデノウイルス(adenovirus)である、請求項136に記載のウイルス粒子。
  138. 請求項108~113のいずれか一項に定義されるとおりの核酸、請求項120に定義されるとおりのベクター、請求項122~125のいずれか一項に記載の組換えウイルスゲノム、又は請求項130~133のいずれか一項に定義されるとおりのウイルス粒子を含む宿主細胞。
  139. 原核細胞である、請求項138に記載の宿主細胞。
  140. 真核細胞である、請求項138に記載の宿主細胞。
  141. 酵母細胞又は昆虫細胞である、請求項140に記載の宿主細胞。
  142. 哺乳動物細胞である、請求項140に記載の宿主細胞。
  143. ヒト細胞である、請求項142に記載の宿主細胞。
  144. 免疫細胞である、請求項138に記載の宿主細胞。
  145. 前記免疫細胞は、B細胞、T細胞、樹状細胞、マクロファージ又は好中球である、請求項144に記載の宿主細胞。
  146. 制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である、請求項145に記載の宿主細胞。
  147. 別々のEVカーゴ分子をさらにコードする、請求項138~146のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  148. 前記EVカーゴ分子は、核酸を含む、請求項147に記載の宿主細胞。
  149. 前記核酸は、RNAを含む、請求項148に記載の宿主細胞。
  150. 前記RNAは、mRNA、miRNA、又はshRNAを含む、請求項149に記載の宿主細胞。
  151. 前記EVカーゴ分子は、ポリペプチドを含む、請求項147に記載の宿主細胞。
  152. 請求項114~119のいずれか一項に定義されるとおりの核酸、請求項121に定義されるとおりのベクター、請求項126~129のいずれか一項に記載の組換えウイルスゲノム、又は請求項131~137のいずれか一項に定義されるとおりのウイルス粒子を含む宿主細胞。
  153. 原核細胞である、請求項152に記載の宿主細胞。
  154. 真核細胞である、請求項152に記載の宿主細胞。
  155. 酵母細胞又は昆虫細胞である、請求項154に記載の宿主細胞。
  156. 哺乳動物細胞である、請求項154に記載の宿主細胞。
  157. ヒト細胞である、請求項156に記載の宿主細胞。
  158. 免疫細胞である、請求項152に記載の宿主細胞。
  159. 前記免疫細胞は、B細胞、T細胞、樹状細胞、マクロファージ又は好中球である、請求項158に記載の宿主細胞。
  160. 制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である、請求項159に記載の宿主細胞。
  161. 前記宿主細胞は、別々のEVカーゴ分子をさらにコードする、請求項152~160のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  162. 前記EVカーゴ分子は、核酸を含む。請求項161に記載の宿主細胞。
  163. 前記核酸は、RNAを含む。請求項162に記載の宿主細胞。
  164. 前記RNAは、mRNA、miRNA、又はshRNAを含む。請求項163に記載の宿主細胞。
  165. 前記EVカーゴ分子は、ポリペプチドを含む。請求項161に記載の宿主細胞。
  166. 請求項1~22、25~42、及び45~80のいずれか一項に定義されるとおりの組換えポリペプチドを含む標的化細胞外小胞(EV)。
  167. 別々のEVカーゴ分子をさらに含む、請求項166に記載の標的化EV。
  168. 前記EVカーゴ分子は、核酸を含む、請求項167に記載の標的化EV。
  169. 前記核酸は、RNAを含む、請求項168に記載の標的化EV。
  170. 前記RNAは、mRNA、miRNA、又はshRNAを含む、請求項169に記載の標的化EV。
  171. 前記EVカーゴ分子は、ポリペプチドを含む、請求項168に記載の標的化EV。
  172. 前記EVカーゴ分子は、APIを含む、請求項167に記載の標的化EV。
  173. 請求項23、24、43、44、及び81~107のいずれか一項に定義されるとおりの組換えポリペプチドを含む標的化細胞外小胞(EV)。
  174. 別々のEVカーゴ分子をさらに含む、請求項173に記載の標的化EV。
  175. 前記EVカーゴ分子は、核酸を含む、請求項174に記載の標的化EV。
  176. 前記核酸は、RNAを含む、請求項175に記載の標的化EV。
  177. 前記RNAは、mRNA、miRNA、又はshRNAを含む、請求項176に記載の標的化EV。
  178. 前記EVカーゴ分子は、ポリペプチドを含む。請求項174に記載の標的化EV。
  179. 前記EVカーゴ分子は、APIを含む、請求項174に記載の標的化EV。
  180. エキソソームである、請求項166~179のいずれか一項に記載の標的化EV。
  181. マイクロベシクルである、請求項166~179のいずれか一項に記載の標的化EV。
  182. エクトソームである、請求項166~179のいずれか一項に記載の標的化EV。
  183. アポトーシス小体である、請求項166~179のいずれか一項に記載の標的化EV。
  184. 請求項108~113のいずれか一項に定義されるとおりの核酸、請求項120に定義されるとおりのベクター、請求項122~125のいずれか一項に記載の組換えウイルスゲノム、請求項130~133のいずれか一項に定義されるとおりのウイルス粒子、又は請求項166~172のいずれか一項に記載の標的化EVを;薬学的に許容できる賦形剤、希釈剤、又は担体と一緒に含む組成物。
  185. 請求項114~118のいずれか一項に定義されるとおりの核酸、請求項121に定義されるとおりのベクター、請求項126~130のいずれか一項に記載の組換えウイルスゲノム、請求項134~137のいずれか一項に定義されるとおりのウイルス粒子、又は請求項173~177のいずれか一項に記載の標的化EVを;薬学的に許容できる賦形剤、希釈剤、又は担体と一緒に含む組成物。
  186. 標的化部分を標的細胞の標的分子に結合させる方法であって、前記標的細胞を請求項166~179のいずれか一項に定義されるとおりの標的化EVと接触させることを含む方法。
  187. 標的化部分を標的細胞の標的分子に結合させるための、請求項166~179のいずれか一項に定義されるとおりの標的化EVの使用。
  188. 標的化部分の標的細胞の標的分子への結合における使用のための、請求項166~179のいずれか一項に定義されるとおりの標的化EV。
  189. ペイロード分子を標的細胞に送達する方法であって、前記標的細胞を請求項173~179のいずれか一項に定義されるとおりの標的化EVと接触させることを含む方法。
  190. ペイロード分子を標的細胞に送達するための、請求項173~179のいずれか一項に定義されるとおりの標的化EVの使用。
  191. ペイロード分子の標的細胞への送達における使用のための、請求項173~179のいずれか一項に定義されるとおりのEV。
  192. カーゴ分子を標的細胞に送達する方法であって、前記標的細胞を請求項167~172及び174~179のいずれか一項に定義されるとおりの標的化EVと接触させることを含む方法。
  193. カーゴ分子を標的細胞に送達するための、請求項167~172及び174~179のいずれか一項に定義されるとおりの標的化EVの使用。
  194. カーゴ分子の標的細胞への送達における使用のための、請求項167~172及び174~179のいずれか一項に定義されるとおりの標的化EV。
  195. 抗原に対する免疫応答を刺激する方法であって、請求項114~116のいずれか一項に定義されるとおりの核酸、請求項121に定義されるとおりのベクター、請求項126~129のいずれか一項に記載の組換えウイルスゲノム、請求項134~137のいずれか一項に定義されるとおりのウイルス粒子、又は請求項173~177のいずれか一項に記載の標的化EVを対象に投与することを含み、前記標的細胞は免疫細胞を含み、且つ前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは抗原を含む、方法。
  196. 前記抗原は、疾患細胞特異的抗原を含む、請求項195に記載の方法。
  197. 前記抗原は、腫瘍特異抗原を含む、請求項195に記載の方法。
  198. 前記抗原は、病原体に由来する、請求項195に記載の方法。
  199. 前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは、アジュバントをさらに含む、請求項195~198のいずれか一項に記載の方法。
  200. 標的細胞を殺傷する方法であって、請求項114~119のいずれか一項に定義されるとおりの核酸、請求項121に定義されるとおりのベクター、請求項126~130のいずれか一項に記載の組換えウイルスゲノム、請求項133~137のいずれか一項に定義されるとおりのウイルス粒子、又は請求項173~185のいずれか一項に記載の標的化EVを対象に投与することを含み、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロードポリペプチドは細胞傷害性分子を含む、方法。
  201. 前記細胞傷害性分子は、ヒトGZMB R201K、マウスGZMB、ジフテリア毒素、シュードモナス外毒素AからのPE38ドメイン、又はヒトTRAILを含む、請求項200に記載の方法。
  202. 前記標的細胞は、疾患細胞を含む、請求項200又は201に記載の方法
  203. 前記疾患細胞は、腫瘍細胞である、請求項202に記載の方法
  204. 免疫細胞を再プログラムする方法であって、前記免疫細胞を、請求項114~119のいずれか一項に定義されるとおりの核酸、請求項121に定義されるとおりのベクター、請求項126~130のいずれか一項に記載の組換えウイルスゲノム、請求項133~137のいずれか一項に定義されるとおりのウイルス粒子、又は請求項173~185のいずれか一項に記載の標的化EVと接触させることを含み、前記少なくとも1つのEV治療用ペイロード分子は免疫調節分子を含む、方法。
  205. 前記免疫調節分子は、STING又はERAdP経路活性化剤を含む、請求項204に記載の方法。
  206. 前記STING又はERAdP経路活性化剤は、細菌のジヌクレオチドシクラーゼを含む、請求項205に記載の方法。
  207. 前記細菌のジヌクレオチドシクラーゼは、CdaAを含む、請求項206に記載の方法。
  208. 前記免疫細胞は、B細胞、T細胞、NK細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球を含む、請求項204~207のいずれか一項に記載の方法。
  209. 標的疾患細胞に対する免疫応答を導く方法であって、請求項108~119のいずれか一項に定義されるとおりの核酸、請求項120又は121に定義されるとおりのベクター、請求項122~129のいずれか一項に記載の組換えウイルスゲノム、請求項130~137のいずれか一項に定義されるとおりのウイルス粒子、又は請求項166~179のいずれか一項に記載の標的化EVを対象に投与することを含み、前記組換えポリペプチドは、各々が少なくとも2つの異なる標的分子に特異的に結合する少なくとも2つの標的化部分を含み、前記少なくとも2つの異なる標的分子は各々、免疫細胞及び疾患細胞によって発現される、方法。
  210. 前記疾患細胞は、腫瘍細胞を含む、請求項209に記載の方法。
  211. 前記少なくとも2つの異なる標的分子の一方は、腫瘍関連抗原を含む、請求項210に記載の方法。
  212. 前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球を含む、請求項209~211のいずれか一項に記載の方法。
  213. 前記免疫細胞は、T細胞である、請求項212に記載の方法。
  214. 前記免疫細胞は、制御性T細胞又は細胞傷害性T細胞である、請求項213に記載の方法。
  215. 前記免疫細胞は、NK細胞である、請求項212に記載の方法。
  216. 対象における治療標的化EVを調製する方法であって、
    -接触・対象から得られた細胞を、請求項108~119のいずれか一項に定義されるとおりの核酸、請求項120若しくは121に定義されるとおりのベクター、請求項122~129のいずれか一項に記載の組換えウイルスゲノム、又は請求項130~137のいずれか一項に定義されるとおりのウイルス粒子と接触させることと、
    -前記標的化EVを回収することと、
    を含む方法。
  217. 前記細胞は、腫瘍細胞である、請求項216に記載の方法。
  218. 前記細胞は、免疫細胞である、請求項216に記載の方法。
  219. 前記免疫細胞は、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、マクロファージ、又は好中球を含む、請求項218に記載の方法。
  220. 標的化EVを作製する方法であって、
    -細胞内の請求項108~119のいずれか一項に定義されるとおりの核酸を発現するか、又は請求項138~165のいずれか一項に定義されるとおりの宿主細胞を培養することで、EVを生成することと、
    -EVを回収することと、
    を含む方法。
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