JP2023001488A - Nucleic acid extraction method - Google Patents
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Abstract
Description
本開示は、核酸抽出方法に関する。 The present disclosure relates to nucleic acid extraction methods.
生命科学分野等において、生物の細胞やウイルスに含まれる核酸(リボ核酸(RNA)又はデオキシリボ核酸(DNA))の解析が行われることがある。解析対象となる核酸は、細胞やウイルスから抽出される。 In the field of life sciences, nucleic acids (ribonucleic acid (RNA) or deoxyribonucleic acid (DNA)) contained in living cells and viruses are sometimes analyzed. Nucleic acids to be analyzed are extracted from cells or viruses.
細胞やウイルスからの核酸の抽出は、通常、試料に含まれる細胞の細胞膜や細胞壁、又は、ウイルスゲノムを覆うタンパク質の殻(カプシド)等を物理的又は化学的に破砕した後、試料中のタンパク質を取り除き、核酸を分離することにより行われる。 Extraction of nucleic acids from cells and viruses is usually performed by physically or chemically disrupting the cell membranes and cell walls of cells contained in the sample, or the protein shell (capsid) that covers the viral genome, and then extracting the proteins in the sample. is removed and the nucleic acids are isolated.
特許文献1には、緩衝液で希釈した試料を超音波処理することで試料中の細胞膜等の膜を物理的に破砕した後、試料に含まれる核酸以外の物質を吸着担体に吸着させることで、試料中の核酸を分離することが記載されている。 In Patent Document 1, a sample diluted with a buffer solution is subjected to ultrasonic treatment to physically crush membranes such as cell membranes in the sample, and then substances other than nucleic acids contained in the sample are adsorbed onto an adsorption carrier. , describes separating nucleic acids in a sample.
特許文献2には、界面活性剤等の薬剤を用いて試料中の細胞膜等を化学的に破砕するとともにタンパク質を変性又は分解させてから、試料中の核酸を分離することが記載されている。 Patent Document 2 describes chemically disrupting cell membranes and the like in a sample using an agent such as a surfactant and denaturing or degrading proteins, and then isolating nucleic acids in the sample.
細胞やウイルスに含まれる核酸の解析を適切に行うため、あるいは、このような解析をより効率的に行うため、細胞やウイルスからの核酸の回収率を向上することが望まれる。 In order to appropriately analyze nucleic acids contained in cells and viruses, or to perform such analyzes more efficiently, it is desirable to improve the recovery rate of nucleic acids from cells and viruses.
上述の事情に鑑みて、本発明の少なくとも一実施形態は、細胞又はウイルスからの核酸の回収率を向上可能な核酸抽出方法を提供することを目的とする。 In view of the circumstances described above, it is an object of at least one embodiment of the present invention to provide a nucleic acid extraction method capable of improving the recovery rate of nucleic acids from cells or viruses.
本発明の少なくとも一実施形態に係る核酸抽出方法は、
細胞又はウイルスから核酸を抽出するための方法であって、
前記細胞又は前記ウイルスを基材に吸着させる吸着ステップと、
前記基材に吸着された前記細胞又は前記ウイルスを破砕するステップと、
破砕された前記細胞又は前記ウイルスから前記核酸を回収するステップと、
を備える。
The nucleic acid extraction method according to at least one embodiment of the present invention comprises
A method for extracting nucleic acids from cells or viruses, comprising:
an adsorption step of adsorbing the cells or the virus to a substrate;
disrupting the cells or viruses adsorbed to the substrate;
recovering the nucleic acid from the disrupted cells or virus;
Prepare.
本発明の少なくとも一実施形態によれば、細胞又はウイルスからの核酸の回収率を向上可能な核酸抽出方法が提供される。 According to at least one embodiment of the present invention, there is provided a nucleic acid extraction method capable of improving recovery of nucleic acids from cells or viruses.
以下、添付図面を参照して本発明の幾つかの実施形態について説明する。ただし、実施形態として記載されている又は図面に示されている構成部品の寸法、材質、形状、その相対的配置等は、本発明の範囲をこれに限定する趣旨ではなく、単なる説明例にすぎない。 Several embodiments of the present invention will now be described with reference to the accompanying drawings. However, the dimensions, materials, shapes, relative arrangements, etc. of the components described as embodiments or shown in the drawings are not intended to limit the scope of the present invention, and are merely illustrative examples. Absent.
(核酸抽出方法のフロー)
幾つかの実施形態に係る核酸抽出方法では、細胞又はウイルスを含む試料液から、該細胞又はウイルスに含まれる核酸を抽出する。試料液は、唾液又はぬぐい液等の動物由来の液体、植物由来の液体、食品から採取される液体、土壌、海、湖、河川等から採取される液体等の液体、又は、該液体について解析対象の核酸を含む細胞又はウイルスを培養によって増殖させたものであってもよい。
(Flow of nucleic acid extraction method)
In the nucleic acid extraction method according to some embodiments, nucleic acids contained in cells or viruses are extracted from a sample solution containing the cells or viruses. The sample liquid is an animal-derived liquid such as saliva or swab liquid, a plant-derived liquid, a liquid collected from food, a liquid such as a liquid collected from soil, the sea, a lake, a river, or the like, or the liquid is analyzed. Cells or viruses containing the nucleic acid of interest may be propagated by culturing.
幾つかの実施形態に係る核酸抽出方法で抽出された核酸は、例えば、PCR(Polymerase Chain Reaction)法やLAMP(Loop-Mediated Isothermal Amplification)法等の核酸増幅反応や、他の分子生物学的処理に適用することができる。 Nucleic acid extracted by the nucleic acid extraction method according to some embodiments is subjected to nucleic acid amplification reactions such as PCR (Polymerase Chain Reaction) method and LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification) method, and other molecular biological treatments. can be applied to
図1は、一実施形態に係る核酸抽出方法のフローチャートである。同図に示すように、幾つかの実施形態に係る核酸抽出方法は、試料液中の細胞又はウイルスを基材に吸着させるステップ(S4)と、基材に吸着された細胞又はウイルスを破砕するステップ(S6)と、破砕された細胞又はウイルスから核酸を回収するステップ(S8,S10)と、を備える。幾つかの実施形態では、ステップS4の前に、細胞又はウイルスを含む試料液から不純物を除去するステップ(S2)を行ってもよい。 FIG. 1 is a flow chart of a nucleic acid extraction method according to one embodiment. As shown in the figure, the nucleic acid extraction method according to some embodiments comprises a step of adsorbing cells or viruses in a sample liquid to a substrate (S4); It comprises a step (S6) and a step (S8, S10) of recovering nucleic acids from the disrupted cells or viruses. In some embodiments, a step (S2) of removing impurities from the sample solution containing cells or viruses may be performed before step S4.
ステップS2では、試料液に含まれる不純物を、例えば遠心分離等の手法により除去する。ここで、不純物とは、評価対象の細胞又はウイルス以外の物質を含み、例えば、油脂、糖類、塩、又は、培地を構成する物質等であってもよい。 In step S2, impurities contained in the sample liquid are removed by a technique such as centrifugation. Here, impurities include substances other than the cells or viruses to be evaluated, and may be, for example, fats and oils, sugars, salts, or substances that constitute the medium.
ステップS4では、試料液中の細胞又はウイルスを基材に吸着させる。ステップS4では、試料液と基材とを接触させることにより、試料液中の細胞又はウイルスを基材に吸着させてもよい。より具体的には、ステップS4では、基材を試料液に浸漬させることにより、試料液中の細胞又はウイルスを基材に吸着させてもよい。この場合、基材を試料液に浸漬させる時間は、基材の種類によるが、後述するセルロースを基材として用いる場合、30分以上6時間以内であってもよい。 In step S4, cells or viruses in the sample liquid are adsorbed to the substrate. In step S4, cells or viruses in the sample liquid may be adsorbed onto the substrate by bringing the sample liquid into contact with the substrate. More specifically, in step S4, cells or viruses in the sample liquid may be adsorbed on the substrate by immersing the substrate in the sample liquid. In this case, the time for which the base material is immersed in the sample solution depends on the type of base material, but may be 30 minutes or more and 6 hours or less when cellulose, which will be described later, is used as the base material.
ステップS4において試料液中の細胞又はウイルスを浸漬などにより基材に吸着させている間、細胞又はウイルスの培養を行い細胞又はウイルスを増殖させてもよい。 While the cells or viruses in the sample liquid are adsorbed to the base material by immersion or the like in step S4, the cells or viruses may be cultured to grow the cells or viruses.
上述の基材として、細胞又はウイルスを吸着しやすい材料で形成された基材を用いることができる。 As the base material described above, a base material formed of a material that easily adsorbs cells or viruses can be used.
上述の基材は、例えば、セルロース又はセルロースを含む材料で形成された基材であってもよい。基材を構成するセルロースの種類や形態は特に限定されない。基材を構成するセルロースは、セルロース(綿、麻又はパルプ等)、セルロースを部分的に変性した変性セルロース(セルロース誘導体)、又は、セルロースを化学的に処理して得られる再生セルロース(レーヨン、ポリノジック、キュプラ又はリヨセル等の化学繊維等)を含んでもよい。また、上述の基材は、吸水性を有する材料であってもよく、例えば、ナイロン、アクリル又はポリアセタール等を含む材料で形成された基材であってもよい。 The aforementioned substrate may be, for example, a substrate made of cellulose or a material containing cellulose. The type and form of cellulose constituting the substrate are not particularly limited. The cellulose constituting the base material is cellulose (cotton, hemp, pulp, etc.), modified cellulose obtained by partially modifying cellulose (cellulose derivative), or regenerated cellulose obtained by chemically treating cellulose (rayon, polynosic , chemical fibers such as cupra or lyocell). Moreover, the above-mentioned base material may be a material having water absorption properties, and may be a base material formed of a material containing nylon, acrylic, polyacetal, or the like.
上述の基材は、セルロース等の上述の材料から形成された繊維の布を含んでもよい。セルロース繊維等の布は、織布又は不織布であってもよい。セルロース繊維等の布は扱いやすく、また、セルロース繊維等の布を含む基材を用いることで、後段の手順(ステップS8)において試料液から基材を比較的容易に分離することができる。 The substrate described above may comprise a fabric of fibers formed from the materials described above, such as cellulose. Fabrics such as cellulose fibers may be woven or non-woven. Cloth such as cellulose fiber is easy to handle, and by using a base material containing cloth such as cellulose fiber, the base material can be separated from the sample liquid relatively easily in the subsequent procedure (step S8).
基材としての布のサイズは、試験系のスケールにもよるが、およそ1cm2から10cm2の範囲内が適している。上述の基材として、1枚又は複数枚の布を使用してもよい。試料液の量が1.0mL~2.0mL程度の場合、1cm2サイズの布を1枚使用してもよい。試料液の量が10mL~100mL程度の場合、10cm2サイズの布を1枚使用してもよく、あるいは、1cm2サイズの布を複数枚(例えば10枚)使用してもよい。 Depending on the scale of the test system, the size of the cloth as the substrate is suitable within the range of approximately 1 cm 2 to 10 cm 2 . One or more fabrics may be used as the substrate described above. If the amount of the sample liquid is about 1.0 mL to 2.0 mL, one cloth of 1 cm 2 size may be used. When the amount of the sample liquid is about 10 mL to 100 mL, one cloth of 10 cm 2 size may be used, or a plurality of cloths of 1 cm 2 size (for example, 10 cloths) may be used.
基材としての布の厚さは、3mm以下であってもよく、1mm以下、又は、0.3mm以下であってもよい。この場合、布が厚過ぎないため、布に浸み込んだ細胞やウイルスからの核酸の回収率低下を抑制することができる。 The thickness of the fabric as the substrate may be 3 mm or less, 1 mm or less, or 0.3 mm or less. In this case, since the cloth is not too thick, it is possible to suppress a decrease in recovery rate of nucleic acids from cells or viruses that have permeated the cloth.
上述の基材は、セルロース等の上述の材料から形成された粒子を含んでもよい。セルロース等の粒子は、ビーズ状粒子又は粉末状粒子であってもよい。セルロース等の粒子の平均粒子径は、0.2mm以上5.0mm以下であってもよい。この場合、セルロース等の粒子が小さすぎないため、後段の手順(ステップS8)において試料液から基材を比較的容易に分離することができる。また、この場合、セルロース等の粒子が大き過ぎないため、セルロール等の粒子に浸み込んだ細胞やウイルスからの核酸の回収率低下を抑制することができる。 The substrates described above may include particles formed from the materials described above, such as cellulose. Particles such as cellulose may be beaded particles or powdered particles. The average particle size of particles such as cellulose may be 0.2 mm or more and 5.0 mm or less. In this case, since the particles of cellulose or the like are not too small, the substrate can be separated relatively easily from the sample liquid in the subsequent procedure (step S8). Moreover, in this case, since the particles of cellulose or the like are not too large, it is possible to suppress the decrease in recovery rate of nucleic acids from cells or viruses that have penetrated the particles of cellulose or the like.
なお、本明細書において、平均粒子径は、レーザー回折・散乱法によって求めた粒度分布における積算値50%での粒子径(D50)を意味する。 In the present specification, the average particle size means the particle size (D50) at an integrated value of 50% in the particle size distribution determined by the laser diffraction/scattering method.
上述の基材として、予め洗浄剤等で洗浄したものを用いてもよい。セルロースを含む基材の場合、蒸留水で洗浄したものを用いてもよい。このように予め基材を洗浄して基材から不純物を取り除いてから、基材と試料液とを接触させることで、試料液中の細胞又はウイルスを効果的に基材に吸着させることができる。 As the substrate described above, a substrate that has been previously washed with a cleaning agent or the like may be used. Substrates containing cellulose may be used after washing with distilled water. By washing the substrate in advance to remove impurities from the substrate in this way and then contacting the substrate with the sample liquid, the cells or viruses in the sample liquid can be effectively adsorbed onto the substrate. .
上述の基材として、アンモニウム塩が結合したシラン化合物で予め処理されたものを用いてもよい。このような前処理は、該シラン化合物を含む液体に基材を浸漬させることで、あるいは、該シラン化合物を含む液体を基材に塗りこむことで行ってもよい。 The aforementioned substrate may be pretreated with an ammonium salt-bonded silane compound. Such pretreatment may be performed by immersing the substrate in a liquid containing the silane compound, or by coating the substrate with a liquid containing the silane compound.
アンモニウム塩が結合したシラン化合物は、細胞膜等の表層のタンパク質を吸着しやすい性質を有する。このため、アンモニウム塩が結合したシラン化合物で処理されて、該シラン化合物で表面が覆われた基材を用いることにより、細胞又はウイルスをより効果的に基材に吸着させることができる。 A silane compound to which an ammonium salt is bound has the property of easily adsorbing proteins on the surface of cell membranes and the like. Therefore, by using a substrate treated with a silane compound to which an ammonium salt is bound and the surface of which is covered with the silane compound, cells or viruses can be more effectively adsorbed to the substrate.
上述のアンモニウム塩は、一般的に消毒薬の消毒成分として機能するアンモニウム塩であってもよい。上述のアンモニウム塩は、第4級アンモニウム塩であってもよい。上述のアンモニウム塩は、アンモニウムクロライド、塩化ベンザルコニウム、アンモニウムヒドロキシド、アンモニウムフルオリド、アンモニウムブロミド又はアンモニウムヨージドであってもよい。 The ammonium salt mentioned above may be an ammonium salt that generally functions as a disinfecting component of a disinfectant. The ammonium salts mentioned above may be quaternary ammonium salts. The ammonium salts mentioned above may be ammonium chloride, benzalkonium chloride, ammonium hydroxide, ammonium fluoride, ammonium bromide or ammonium iodide.
上述のシラン化合物は、シランカップリング剤として一般的に用いられる物質であってもよい。上述のシラン化合物は、例えば、ビニル基、エポキシ基、スチリル基、メタクリル基、アクリル基、アミノ基、イソシアヌレート基、ウレイド基、メルカプト基又はイソシアネート基を有するシラン化合物であってもよく、これらの基を有するアルコキシシランであってもよい。上述のシラン化合物は、例えば、ビニルトリメトキシシラン、ビニルトリエトキシシラン、2-(3,4-エポキシシクロヘキシル)エチルトリメトキシシラン、3-グリシドキシプロピルメチルジメトキシシラン、3-グリシドキシプロピルトリメトキシシラン、3-グリシドキシプロピルメチルジエトキシシラン、3-グリシドキシプロピルトリエトキシシラン、p-スチリルトリメトキシシラン、3-メタクリロキシプロピルメチルジメトキシシラン、3-メタクリロキシプロピルトリメトキシシラン、3-メタクリロキシプロピルメチルジエトキシシラン、3-メタクリロキシプロピルトリエトキシシラン、3-アクリロキシプロピルトリメトキシシラン、N-2-(アミノエチル)-3-アミノプロピルメチルジメトキシシラン、N-2-(アミノエチル)-3-アミノプロピルトリメトキシシラン、3-アミノプロピルトリメトキシシラン、3-アミノプロピルトリエトキシシラン、3-トリエトキシシリル-N-(1,3-ジメチル-ブチリデン)プロピルアミン、N-フェニル-3-アミノプロピルトリメトキシシラン、N-(ビニルベンジル)-2-アミノエチル-3-アミノプロピルトリメトキシシランの塩酸塩、トリス-(トリメトキシシリルプロピル)イソシアヌレート、3-ウレイドプロピルトリアルコキシシラン、3-メルカプトプロピルメチルジメトキシシラン、3-メルカプトプロピルトリメトキシシラン、3-イソシアネートプロピルトリエトキシシラン、又は3-トリメトキシシリルプロピルコハク酸無水物であってもよい。 The silane compound described above may be a substance commonly used as a silane coupling agent. The silane compound mentioned above may be, for example, a silane compound having a vinyl group, an epoxy group, a styryl group, a methacrylic group, an acrylic group, an amino group, an isocyanurate group, a ureido group, a mercapto group or an isocyanate group. It may be an alkoxysilane having a group. The aforementioned silane compounds are, for example, vinyltrimethoxysilane, vinyltriethoxysilane, 2-(3,4-epoxycyclohexyl)ethyltrimethoxysilane, 3-glycidoxypropylmethyldimethoxysilane, 3-glycidoxypropyltri methoxysilane, 3-glycidoxypropylmethyldiethoxysilane, 3-glycidoxypropyltriethoxysilane, p-styryltrimethoxysilane, 3-methacryloxypropylmethyldimethoxysilane, 3-methacryloxypropyltrimethoxysilane, 3 -methacryloxypropylmethyldiethoxysilane, 3-methacryloxypropyltriethoxysilane, 3-acryloxypropyltrimethoxysilane, N-2-(aminoethyl)-3-aminopropylmethyldimethoxysilane, N-2-(amino ethyl)-3-aminopropyltrimethoxysilane, 3-aminopropyltrimethoxysilane, 3-aminopropyltriethoxysilane, 3-triethoxysilyl-N-(1,3-dimethyl-butylidene)propylamine, N-phenyl -3-aminopropyltrimethoxysilane, N-(vinylbenzyl)-2-aminoethyl-3-aminopropyltrimethoxysilane hydrochloride, tris-(trimethoxysilylpropyl)isocyanurate, 3-ureidopropyltrialkoxysilane , 3-mercaptopropylmethyldimethoxysilane, 3-mercaptopropyltrimethoxysilane, 3-isocyanatopropyltriethoxysilane, or 3-trimethoxysilylpropylsuccinic anhydride.
上述のアンモニウム塩が結合したシラン化合物は、例えば、オクタデシルジメチル(3-トリメトキシシリルプロピル)アンモニウムクロライドであってもよい。 The ammonium salt-bonded silane compound described above may be, for example, octadecyldimethyl(3-trimethoxysilylpropyl)ammonium chloride.
ステップS6では、ステップS4で基材に吸着された細胞又はウイルスを破砕する。即ち、ステップS6では、基材に細胞又はウイルスを吸着させた状態で、該細胞の細胞膜又は細胞壁、又は、該ウイルスの殻(カプシド)等、核酸を覆う膜や殻等(以下、細胞膜等ともいう。)を破壊する。ステップS6では、試料液と基材とを接触させたままの状態で、細胞又はウイルスの破砕処理を行ってもよい。 In step S6, the cells or viruses adsorbed to the substrate in step S4 are disrupted. That is, in step S6, in a state in which the cells or viruses are adsorbed to the base material, the cell membrane or cell wall of the cells, or the shell (capsid) of the virus, or the like covering the nucleic acid, such as a membrane or shell (hereinafter also referred to as the cell membrane or the like) ) is destroyed. In step S6, the cell or virus may be disrupted while the sample liquid and the base material are kept in contact with each other.
ステップS6における細胞又はウイルスの破砕は公知の方法で行うことができる。例えば、ステップS6では、細胞又はウイルスを、超音波、ビーズ又は圧力等により物理的に破砕してもよい。あるいは、ステップS6では、細胞又はウイルスを、薬品を用いた溶解処理等により、化学的に破砕してもよい。 Disruption of cells or viruses in step S6 can be performed by a known method. For example, in step S6, cells or viruses may be physically disrupted by ultrasound, beads, pressure, or the like. Alternatively, in step S6, the cells or viruses may be chemically disrupted, such as by lysing with chemicals.
核酸を回収するステップ(S8,S10)では、ステップS6で破砕された細胞又はウイルスから核酸を回収する。核酸を回収するステップ(S8,S10)は、基材及び/又はタンパク質(破砕された細胞膜等)と核酸とを分離するステップ(S8)と、核酸を精製するステップ(S10)と、を含んでもよい。 In the step of recovering nucleic acids (S8, S10), nucleic acids are recovered from the cells or viruses disrupted in step S6. The step of recovering nucleic acid (S8, S10) may include a step of separating the substrate and/or protein (crushed cell membranes, etc.) from the nucleic acid (S8), and a step of purifying the nucleic acid (S10). good.
ステップS8では、遠心分離により、基材及び/又はタンパク質と核酸とを分離してもよい。 In step S8, centrifugation may be used to separate the base material and/or the protein from the nucleic acid.
なお、細胞又はウイルスを吸着させる上述の基材としてセルロースを用いる場合、セルロースの比重は約1.5gであるため、遠心分離における遠心分離機の回転数は10000rpm以上とすることが望ましい。 When cellulose is used as the base material for adsorbing cells or viruses, the centrifugal speed is preferably 10000 rpm or more because the specific gravity of cellulose is about 1.5 g.
ステップS8では、酢酸ナトリウム等の変性剤等を用いてタンパク質を変性させてから、遠心分離等の分離操作を行ってもよい。ステップS8では、試料中に溶解したタンパク質が含まれる状態で、遠心分離等の分離操作を行ってもよい。 In step S8, the protein may be denatured using a denaturing agent such as sodium acetate, and then subjected to a separation operation such as centrifugation. In step S8, a separation operation such as centrifugation may be performed while the sample contains the dissolved protein.
ステップS10では、任意の方法(例えば、有機溶媒抽出法、スピンカラム法、磁性ビーズ法等)により核酸を精製してもよい。 In step S10, the nucleic acid may be purified by any method (eg, organic solvent extraction method, spin column method, magnetic bead method, etc.).
ステップS10では、試料液中の核酸を固相に吸着又は結合させた後、溶出液に溶出させることにより、核酸を精製してもよい。上述の固相として、シリカまたはガラスファイバーのフィルターメンブレン、又は、セルロース等を使用してもよい。 In step S10, the nucleic acid may be purified by adsorbing or binding the nucleic acid in the sample liquid to the solid phase and then eluting it with an eluent. Silica or glass fiber filter membranes, cellulose, or the like may be used as the solid phase.
ステップS10では、試料液中に残存する色素成分等の除去すべき成分を、適切な方法で除去してもよい。 In step S10, components to be removed such as dye components remaining in the sample liquid may be removed by an appropriate method.
上述のステップS8とステップS10は並行して行ってもよい。例えば、核酸を吸着又は結合させるための固相に試料液を接触させた状態で、試料液及び基材の遠心分離操作を行ってもよい。 Steps S8 and S10 described above may be performed in parallel. For example, the sample liquid and the substrate may be centrifuged while the sample liquid is in contact with a solid phase for adsorbing or binding nucleic acids.
本発明者らの鋭意検討の結果、細胞又はウイルスを基材に吸着させた状態で破砕することで、細胞又はウイルスを基材に吸着させないで破砕する場合に比べて核酸の回収率が増大することが分かった。この理由は、以下のように考えられる。すなわち、細胞又はウイルスを基材に吸着させた状態では、細胞又はウイルスが基材に吸着されている一方、細胞やウイルスは自己の形態を維持しようとするため、細胞又はウイルスの界面が不安定な状態になっている。このように不安定な状態の界面に試薬又は物理的な力を作用させることで、細胞膜等が破壊されやすくなり、これにより細胞膜等から核酸が出てきやすくなる。このため、核酸の回収率が向上すると考えられる。 As a result of intensive studies by the present inventors, the recovery rate of nucleic acids is increased by crushing cells or viruses while they are adsorbed to a substrate, compared to crushing cells or viruses without adsorbing them to a substrate. I found out. The reason for this is considered as follows. In other words, when cells or viruses are adsorbed to the substrate, the cells or viruses are adsorbed to the substrate, while the cells or viruses try to maintain their own morphology, so the cell or virus interface is unstable. is in a good state. By applying a reagent or a physical force to the interface in such an unstable state, cell membranes and the like are easily destroyed, thereby facilitating release of nucleic acids from the cell membranes and the like. Therefore, it is considered that the nucleic acid recovery rate is improved.
上述した実施形態に係る方法によれば、細胞又はウイルスを基材に吸着させた状態で破砕するようにしたので、細胞又はウイルスからの核酸の回収率を向上することができる。 According to the method according to the embodiment described above, cells or viruses are crushed in a state of being adsorbed to the base material, so the recovery rate of nucleic acids from cells or viruses can be improved.
以下、本発明の実施例により細胞又はウイルスからの核酸の回収率を向上する効果が得られたことを説明する。 The effect of improving the recovery rate of nucleic acids from cells or viruses by Examples of the present invention will be described below.
以下に説明する試験例1~5(表1参照)のうち、試験例1~4は本発明の実施例であり、試験例5は比較例である。試験例1~5では、所定量の試料液について、後述する工程A~Cの少なくとも何れかを行うことで核酸を抽出した。また、試料液からの核酸回収量を計測した。 Among Test Examples 1 to 5 (see Table 1) described below, Test Examples 1 to 4 are examples of the present invention, and Test Example 5 is a comparative example. In Test Examples 1 to 5, nucleic acid was extracted by performing at least one of steps A to C described later on a predetermined amount of sample liquid. Also, the amount of nucleic acid recovered from the sample solution was measured.
(試料液)
宿主細胞VeroE6/TMPRSS2にSARS-CoV-2ウイルスを感染させ、Eagle's Minimum Essential培地(EMEM)を加え37℃で所定時間培養後、4℃、1,000×gの条件で15分間遠心分離した上清を試料液とした。各試験例において、試料液2μLを使用した。
(Sample solution)
Infect host cells VeroE6/TMPRSS2 with SARS-CoV-2 virus, add Eagle's Minimum Essential medium (EMEM) and culture at 37°C for a predetermined time, then centrifuge at 4°C and 1,000 x g for 15 minutes. The supernatant was used as a sample solution. In each test example, 2 μL of sample solution was used.
(基材)
試験例1では、基材として下記基材Aを蒸留水で洗浄し乾燥させたものを使用した。
試験例2では、基材として下記基材Bを蒸留水で洗浄し乾燥させたものを使用した。
試験例3では、基材として下記基材Aを蒸留水で洗浄し乾燥させた後、下記前処理剤を塗りこんだものを使用した。
試験例4では、基材として下記基材Bを蒸留水で洗浄し乾燥させた後、下記前処理剤を塗りこんだものを使用した。
試験例5では基材を使用しなかった。
基材A:40ブロード(コットン(セルロース)100%、織布)、1cm×1cm(1cm2)、厚さ:約0.2~0.3mm、1枚
基材B:20×16オックス(コットン(セルロース)100%、織布)、1cm×1cm(1cm2)、厚さ:約0.5~0.6mm、1枚
前処理剤:オクタデシルジメチル(3-トリメトキシシリルプロピル)アンモニウムクロライド(4級アンモニウム塩が結合したシラン化合物)
(Base material)
In Test Example 1, the following base material A washed with distilled water and dried was used as the base material.
In Test Example 2, the following base material B washed with distilled water and dried was used as the base material.
In Test Example 3, the following substrate A was washed with distilled water, dried, and coated with the following pretreatment agent.
In Test Example 4, the following substrate B was washed with distilled water, dried, and coated with the following pretreatment agent.
In Test Example 5, no substrate was used.
Base material A: 40 broadcloth (cotton (cellulose) 100%, woven fabric), 1 cm x 1 cm (1 cm 2 ), thickness: about 0.2 to 0.3 mm, 1 sheet Base material B: 20 x 16 ox (cotton (Cellulose) 100%, woven fabric), 1 cm x 1 cm (1 cm 2 ), thickness: about 0.5 to 0.6 mm, 1 sheet Pretreatment agent: Octadecyldimethyl (3-trimethoxysilylpropyl) ammonium chloride (4 silane compounds bound with ammonium salts)
(試験手順)
試験例1~4については、それぞれ、下記工程A~Cを行った。試験例5については、下記工程B~Cを行った。
(Procedure of test)
For Test Examples 1 to 4, the following steps A to C were performed, respectively. For Test Example 5, the following steps B to C were performed.
〔工程A〕
試料液に基材を浸漬させ、25℃の温度条件で6時間静置した(上述のステップS4相当の工程)。その後、リン酸緩衝生理食塩水998μLで基材を洗浄し、洗い出し液(液体)と基材とに分離した。
[Step A]
The base material was immersed in the sample solution and allowed to stand at a temperature of 25° C. for 6 hours (process corresponding to step S4 described above). After that, the base material was washed with 998 μL of phosphate buffered saline, and separated into a washing solution (liquid) and the base material.
〔工程B〕
工程B及び後述の工程Cでは、市販の核酸抽出キットである、シカジーニアス(登録商標)DNA/RNAプレップキット(ウイルス用)(関東化学株式会社製)を用い、基本的には、当該核酸抽出キットの取扱説明書の記載に沿った手順を実施した。以下の記載における試薬や器具の名称は、当該核酸抽出キットの取扱説明書に記載されたものである。
[Step B]
In step B and step C described later, a commercially available nucleic acid extraction kit, Cika Genius (registered trademark) DNA/RNA prep kit (for viruses) (manufactured by Kanto Kagaku Co., Ltd.) is used to basically extract the nucleic acid. The procedure was performed according to the instruction manual of the kit. The names of reagents and instruments in the following description are those described in the instruction manual of the nucleic acid extraction kit.
行程Bでは、上述の洗い出し液及び基材(試験例1~4)、又は、試料液(試験例5)に含まれる(又は吸着した)ウイルスを化学的に破砕した(上述のステップS6相当の工程)。以下、洗い出し液、基材、及び、試料液を、それぞれサンプルと呼ぶ。 In process B, the viruses contained in (or adsorbed to) the above-described washing solution and base material (Test Examples 1 to 4), or the sample solution (Test Example 5) were chemically disrupted (equivalent to step S6 above). process). Hereinafter, the washing liquid, the base material, and the sample liquid are each referred to as a sample.
具体的には、サンプルを1.5mLチューブに入れ、該チューブに規定量のBuffer V(試薬)及びCarrier RNA(試薬)を加えて撹拌した。このチューブを室温で10分間静置した後、スピンダウンを行い、チューブ内壁についた液を落とした。チューブに所定量のBuffer RB1を加えて撹拌した。このようにして、サンプル中のウイルスを化学的に破砕した。 Specifically, the sample was placed in a 1.5 mL tube, and specified amounts of Buffer V (reagent) and Carrier RNA (reagent) were added to the tube and stirred. After the tube was allowed to stand at room temperature for 10 minutes, it was spun down to remove liquid adhering to the inner wall of the tube. A predetermined amount of Buffer RB1 was added to the tube and stirred. In this way the virus in the sample was chemically disrupted.
〔工程C〕
行程Cでは、上述のチューブ内に存在するウイルスを回収した(上述のステップS8,S10相当の工程)。
[Step C]
In step C, the virus present in the above tube was collected (steps corresponding to steps S8 and S10 above).
具体的には、工程Bが完了したチューブ内の液体及び固形物(試験例1~4の基材を含む)をSV mini Column type V(以下、カラム)に移し、室温で30秒間10,000×gで遠心し、ろ液を捨て、コレクションチューブにカラムを再度セットした。
規定量のBuffer RBW(試薬)を上述のカラムに加え、室温で30秒間10,000×gで遠心し、ろ液を捨て、コレクションチューブに上述のカラムを再度セットした。
規定量のBuffer RNW(試薬)上述のカラムに加え、室温で30秒間10,000×gで遠心し、ろ液を捨て、コレクションチューブに上述のカラムを再度セットした。
室温で1分間10,000×gで遠心し、チューブ内壁についた液を完全に除去した後、上述のカラムを新しい1.5 mLチューブにセットした。該カラムのメンブレンの中心に規定量のNuclease-free water(試薬)を加え、室温で1分間静置した。その後、1分間10,000×gで遠心し、ろ液(RNA溶液)を回収した。
Specifically, the liquids and solids (including the substrates of Test Examples 1 to 4) in the tube where step B is completed are transferred to an SV mini Column type V (hereinafter referred to as column), and 10,000 for 30 seconds at room temperature. After centrifugation at ×g, the filtrate was discarded, and the column was set again in the collection tube.
A specified amount of Buffer RBW (reagent) was added to the above column, centrifuged at 10,000 xg for 30 seconds at room temperature, the filtrate was discarded, and the above column was set again in the collection tube.
A specified amount of Buffer RNW (reagent) was added to the above-mentioned column, centrifuged at 10,000 xg for 30 seconds at room temperature, the filtrate was discarded, and the above-mentioned column was set again in the collection tube.
After centrifugation at 10,000×g for 1 minute at room temperature to completely remove the liquid adhering to the inner wall of the tube, the column described above was set in a new 1.5 mL tube. A specified amount of Nuclease-free water (reagent) was added to the center of the membrane of the column, and the mixture was allowed to stand at room temperature for 1 minute. After that, it was centrifuged at 10,000×g for 1 minute, and the filtrate (RNA solution) was recovered.
なお、工程Cの開始時点でチューブ内に存在するタンパク質は、工程Cにおいて、ろ液として分離される。また、試験例1~4において工程Cの開始時点でチューブ内に存在する基材は、工程Cを通してカラムの中に存在し、工程Cにおいて核酸が含まれるRNA溶液と分離される。 The protein present in the tube at the start of step C is separated as a filtrate in step C. In Test Examples 1 to 4, the base material present in the tube at the start of step C remained in the column throughout step C, and was separated from the RNA solution containing the nucleic acid in step C.
(核酸回収量の測定)
試験例1~5について、各サンプル(洗い出し液及び基材(試験例1~4)、及び、試料液(試験例6))について得られたRNA溶液に含まれるRNA(SARS-CoV-2ウイルスのRNA)の量(RNA回収量)をPCR法で測定した。RNA回収量の測定において、PCR試薬としてSARS-CoV-2 Detection Kit -N1 set-(東洋紡株式会社製)を用い、計測装置としてThermal Cycler Dice Real Time System(タカラバイオ株式会社製)を用いた。測定結果を下記表1に示す。なお、下記表1において、「RNA回収量」欄のカッコ内の数値は、試験例5におけるRNA回収量を100とした場合の相対値である。
(Measurement of nucleic acid recovery amount)
For Test Examples 1 to 5, the RNA (SARS-CoV-2 virus The amount of RNA) (RNA recovery amount) was measured by the PCR method. In measuring the amount of recovered RNA, SARS-CoV-2 Detection Kit -N1 set- (manufactured by Toyobo Co., Ltd.) was used as a PCR reagent, and Thermal Cycler Dice Real Time System (manufactured by Takara Bio Inc.) was used as a measuring device. The measurement results are shown in Table 1 below. In Table 1 below, the values in parentheses in the column of "Amount of RNA recovered" are relative values when the amount of RNA recovered in Test Example 5 is set to 100.
表1に示されるように、工程Bにおいてウイルスを基材(コットン(セルロース)の織布)に吸着させた状態で破砕した試験例1~4では、ウイルスを基材に吸着させないで破砕した試験例5に比べて核酸の回収量(合計)が多い。このことから、ウイルスを基材に吸着させた状態で破砕することにより、ウイルスからの核酸の回収率を向上できることが確認できた。 As shown in Table 1, in Test Examples 1 to 4, in which viruses were crushed while being adsorbed to a base material (cotton (cellulose) woven fabric) in step B, the viruses were crushed without being adsorbed to the base material. Compared to Example 5, the recovery amount (total) of nucleic acids is large. From this, it was confirmed that the recovery rate of the nucleic acid from the virus can be improved by crushing the virus while it is adsorbed to the base material.
基材Aを用いた試験例1と試験例3とを比較すると、基材の前処理(前処理剤の塗りこみ)を行った試験例3は、基材の前処理を行わなかった試験例1に比べて核酸の回収量(合計)が多い。これは、試験例3においては、基材の表面が、ウイルスの殻のタンパク質を吸着しやすい前処理剤(第4級アンモニウム塩が結合したシラン化合物)で覆われていたため、工程Aにおいて、ウイルスがより効果的に基材に吸着されたためであると考えられる。 When comparing Test Example 1 and Test Example 3 using the base material A, Test Example 3 in which the base material was pretreated (applying a pretreatment agent) was a test example in which the base material was not pretreated. Compared to 1, the recovery amount (total) of nucleic acids is large. This is because, in Test Example 3, the surface of the substrate was covered with a pretreatment agent (a silane compound to which a quaternary ammonium salt is bound) that easily adsorbs virus shell proteins. was more effectively adsorbed on the substrate.
一方、基材Bを用いた試験例2と試験例4とを比較すると、基材の前処理を行った試験例4は、基材の前処理を行わなかった試験例2に比べて核酸の回収量(合計)が小さい。これは、試験例4においては、基材の表面が前処理剤で覆われていたが、基材がオックスであり比較的厚手の布であることにより、工程Aにおいてウイルスの一部が繊維の奥まで入り込み、ウイルスの核酸が出てき難くなり、その分ウイルスRNAが回収できなかったためであると考えられる。 On the other hand, when comparing Test Example 2 and Test Example 4 using the base material B, Test Example 4 in which the base material was pretreated has a higher concentration of nucleic acids than Test Example 2 in which the base material was not pretreated. Collected amount (total) is small. This is because in Test Example 4, the surface of the base material was covered with the pretreatment agent, but because the base material was made of ox and was a relatively thick cloth, part of the virus was transferred to the fiber in step A. It is thought that this is because the viral nucleic acid is hard to come out due to the infiltration to the depths, and the viral RNA cannot be recovered accordingly.
なお、上述の実施例の試験例1~4では、工程Aにおいて試料液に基材を浸漬させてウイルスを基材に吸着させた後、リン酸緩衝生理食塩水で基材を洗浄し、洗い出し液と基材とを分離する操作を行ったが、本発明の実施形態では、このような洗浄を行わなくてもよい。すなわち、幾つかの実施形態では、ステップS4にて細胞又はウイルスを基材に吸着させた後、ステップS6では、基材及び基材と接触させた試料液を一緒に破砕処理してもよい。また、ステップS8では、基材及び基材と接触させた試料液を一緒に遠心分離することにより、基材及び/又はタンパク質と核酸とを分離してもよい。 In Test Examples 1 to 4 of the above-described Examples, after the substrate was immersed in the sample solution in step A to adsorb the virus to the substrate, the substrate was washed with phosphate buffered saline and washed out. Although the operation of separating the liquid and the substrate was performed, such washing may not be performed in the embodiment of the present invention. That is, in some embodiments, after the cells or viruses are adsorbed to the base material in step S4, the base material and the sample liquid contacted with the base material may be crushed together in step S6. Further, in step S8, the substrate and/or the protein and the nucleic acid may be separated by centrifuging the substrate and the sample liquid brought into contact with the substrate together.
上記各実施形態に記載の内容は、例えば以下のように把握される。 The contents described in each of the above embodiments are understood as follows, for example.
(1)本発明の少なくとも一実施形態に係る核酸抽出方法は、
細胞又はウイルスから核酸を抽出するための方法であって、
前記細胞又は前記ウイルスを基材に吸着させる吸着ステップ(S4)と、
前記基材に吸着された前記細胞又は前記ウイルスを破砕するステップ(S6)と、
破砕された前記細胞又は前記ウイルスから前記核酸を回収するステップ(S8,10)と、
を備える。
(1) The nucleic acid extraction method according to at least one embodiment of the present invention comprises
A method for extracting nucleic acids from cells or viruses, comprising:
an adsorption step (S4) of adsorbing the cells or the virus to a substrate;
a step of crushing the cells or viruses adsorbed to the substrate (S6);
recovering the nucleic acid from the disrupted cells or virus (S8, 10);
Prepare.
本発明者らの鋭意検討の結果、細胞又はウイルスを基材に吸着させた状態で破砕することで、細胞又はウイルスを基材に吸着させないで破砕する場合に比べて核酸の回収率が増大することが分かった。上記(1)の方法によれば、細胞又はウイルスを基材に吸着させた状態で破砕するようにしたので、細胞又はウイルスからの核酸の回収率を向上することができる。 As a result of intensive studies by the present inventors, the recovery rate of nucleic acids is increased by crushing cells or viruses while they are adsorbed to a substrate, compared to crushing cells or viruses without adsorbing them to a substrate. I found out. According to the above method (1), cells or viruses are disrupted while adsorbed to the base material, so the recovery rate of nucleic acids from cells or viruses can be improved.
(2)幾つかの実施形態では、上記(1)の方法において、
前記吸着ステップでは、セルロースを含む前記基材に前記細胞又は前記ウイルスを吸着させる。
(2) In some embodiments, in the method of (1) above,
In the adsorption step, the cells or viruses are adsorbed to the substrate containing cellulose.
セルロースは、細胞やウイルスを吸着しやすい性質を有する。上記(2)の方法によれば、細胞又はウイルスを吸着させる基材はセルロースを含むので、細胞又はウイルスを効果的に基材に吸着させることができる。 Cellulose has the property of easily adsorbing cells and viruses. According to the method (2) above, since the base material for adsorbing cells or viruses contains cellulose, cells or viruses can be effectively adsorbed to the base material.
(3)幾つかの実施形態では、上記(1)又は(2)の方法において、
前記吸着ステップでは、セルロース繊維の布を含む前記基材に前記細胞又は前記ウイルスを吸着させる。
(3) In some embodiments, in the above method (1) or (2),
In the adsorption step, the cells or viruses are adsorbed to the base material including cloth of cellulose fibers.
上記(3)の方法によれば、細胞又はウイルスを吸着させる基材はセルロース繊維の布を含むので、細胞又はウイルスを効果的に基材に吸着させることができる。また、セルロース繊維の布は扱いやすく、例えば、核酸回収時に試料液から容易に分離することができる。 According to the above method (3), since the base material for adsorbing cells or viruses contains cloth of cellulose fibers, cells or viruses can be effectively adsorbed to the base material. In addition, the cellulose fiber cloth is easy to handle and can be easily separated from the sample liquid during nucleic acid recovery, for example.
(4)幾つかの実施形態では、上記(1)又は(2)の方法において、
前記吸着ステップでは、セルロース粒子を含む前記基材に前記細胞又は前記ウイルスを吸着させる。
(4) In some embodiments, in the above method (1) or (2),
In the adsorption step, the cells or viruses are adsorbed to the substrate containing cellulose particles.
上記(4)の方法によれば、細胞又はウイルスを吸着させる基材はセルロース粒子を含むので、細胞又はウイルスを効果的に基材に吸着させることができる。また、セルロース粒子は扱いやすく、例えば、核酸回収時に試料液から容易に分離することができる。 According to the method (4) above, since the base material for adsorbing cells or viruses contains cellulose particles, cells or viruses can be effectively adsorbed to the base material. In addition, cellulose particles are easy to handle, and can be easily separated from a sample solution during nucleic acid recovery, for example.
(5)幾つかの実施形態では、上記(1)乃至(4)の何れかの方法において、
前記吸着ステップでは、アンモニウム塩が結合したシラン化合物で処理された前記基材に前記細胞又は前記ウイルスを吸着させる。
(5) In some embodiments, in any of the methods (1) to (4) above,
In the adsorption step, the cells or viruses are adsorbed to the substrate treated with a silane compound to which an ammonium salt is bound.
アンモニウム塩が結合したシラン化合物は、細胞膜等の表層のタンパク質を吸着しやすい性質を有する。上記(5)の方法によれば、アンモニウム塩が結合したシラン化合物で処理されて、該シラン化合物で表面が覆われた基材を用いるので、細胞又はウイルスをより効果的に基材に吸着させることができる。 A silane compound to which an ammonium salt is bound has the property of easily adsorbing proteins on the surface of cell membranes and the like. According to the method (5) above, since the substrate is treated with a silane compound to which an ammonium salt is bound and the surface of which is covered with the silane compound is used, cells or viruses are more effectively adsorbed to the substrate. be able to.
以上、本発明の実施形態について説明したが、本発明は上述した実施形態に限定されることはなく、上述した実施形態に変形を加えた形態や、これらの形態を適宜組み合わせた形態も含む。 Although the embodiments of the present invention have been described above, the present invention is not limited to the above-described embodiments, and includes modifications of the above-described embodiments and modes in which these modes are combined as appropriate.
本明細書において、「ある方向に」、「ある方向に沿って」、「平行」、「直交」、「中心」、「同心」或いは「同軸」等の相対的或いは絶対的な配置を表す表現は、厳密にそのような配置を表すのみならず、公差、若しくは、同じ機能が得られる程度の角度や距離をもって相対的に変位している状態も表すものとする。
例えば、「同一」、「等しい」及び「均質」等の物事が等しい状態であることを表す表現は、厳密に等しい状態を表すのみならず、公差、若しくは、同じ機能が得られる程度の差が存在している状態も表すものとする。
また、本明細書において、四角形状や円筒形状等の形状を表す表現は、幾何学的に厳密な意味での四角形状や円筒形状等の形状を表すのみならず、同じ効果が得られる範囲で、凹凸部や面取り部等を含む形状も表すものとする。
また、本明細書において、一の構成要素を「備える」、「含む」、又は、「有する」という表現は、他の構成要素の存在を除外する排他的な表現ではない。
As used herein, expressions such as "in a certain direction", "along a certain direction", "parallel", "perpendicular", "center", "concentric" or "coaxial", etc. express relative or absolute arrangements. represents not only such arrangement strictly, but also the state of being relatively displaced with a tolerance or an angle or distance to the extent that the same function can be obtained.
For example, expressions such as "identical", "equal", and "homogeneous", which express that things are in the same state, not only express the state of being strictly equal, but also have tolerances or differences to the extent that the same function can be obtained. It shall also represent the existing state.
Further, in this specification, expressions representing shapes such as a quadrilateral shape and a cylindrical shape not only represent shapes such as a quadrilateral shape and a cylindrical shape in a geometrically strict sense, but also within the range in which the same effect can be obtained. , a shape including an uneven portion, a chamfered portion, and the like.
Moreover, in this specification, the expressions “comprising”, “including”, or “having” one component are not exclusive expressions excluding the presence of other components.
Claims (5)
前記細胞又は前記ウイルスを基材に吸着させる吸着ステップと、
前記基材に吸着された前記細胞又は前記ウイルスを破砕するステップと、
破砕された前記細胞又は前記ウイルスから前記核酸を回収するステップと、
を備える核酸抽出方法。 A method for extracting nucleic acids from cells or viruses, comprising:
an adsorption step of adsorbing the cells or the virus to a substrate;
disrupting the cells or viruses adsorbed to the substrate;
recovering the nucleic acid from the disrupted cells or virus;
A nucleic acid extraction method comprising:
請求項1に記載の核酸抽出方法。 2. The nucleic acid extraction method according to claim 1, wherein in the adsorption step, the cells or the virus are adsorbed to the substrate containing cellulose.
請求項1又は2に記載の核酸抽出方法。 3. The nucleic acid extraction method according to claim 1 or 2, wherein in the adsorption step, the cells or the virus are adsorbed to the base material including cellulose fiber cloth.
請求項1又は2に記載の核酸抽出方法。 3. The nucleic acid extraction method according to claim 1, wherein in the adsorption step, the cells or the virus are adsorbed to the substrate containing cellulose particles.
請求項1乃至4の何れか一項に記載の核酸抽出方法。 5. The nucleic acid isolation method according to any one of claims 1 to 4, wherein in the adsorption step, the cells or viruses are adsorbed to the substrate treated with a silane compound to which an ammonium salt is bound.
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