JP2022544108A

JP2022544108A - 一塩基多型及びその使用

Info

Publication number: JP2022544108A
Application number: JP2022507346A
Authority: JP
Inventors: ジー．エヌ．ガルシアジョー
Original assignee: アリゾナボードオブリージェンツオンビハーフオブザユニバーシティーオブアリゾナ
Priority date: 2019-08-07
Filing date: 2020-08-07
Publication date: 2022-10-17
Also published as: EP4010486A4; CN114616345A; US20220290246A1; AU2020327035A1; WO2021026487A1; EP4010486A1; CA3147009A1

Abstract

炎症状態に関連するＮＡＭＰＴプロモータ内の一塩基多型（ＳＮＰ）を同定する方法が提供される。被験者の炎症状態を診断及び治療する方法も提供される。

Description

関連出願
本願は、２０１９年８月７日に出願された米国仮出願第６２／８８３９３４号の優先権を主張ものであり、その全体が参照により本明細書に組み込まれるものとする。

配列表
本願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。２０２０年８月７日に作成された上記ＡＳＣＩＩコピーは、Ａ１１０８０８＿１０４０ＷＯ＿Ｓｅｑ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ＿ＳＴ２５．ｔｘｔと命名され、サイズが１５０５４バイトである。

本発明は、一般に、炎症、癌及び分子生物学の分野に関する。本発明は、一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する方法、炎症性疾患及び癌の発症リスクの増大を予測する方法、及びＳＮＰを使用して治療に対する患者（癌又は他）の応答性を決定する方法を提供する。

炎症性疾患は、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、放射線誘発肺損傷（ＲＩＬＩ）、肺高血圧症又は肺線維症を含む炎症を特徴とする一連の障害及び状態を含む。そのような状態を診断及び治療するための改善された方法が当技術分野で必要とされている。

更に、癌は、ほとんどの先進国で罹患率及び死亡率の主要原因である。しかし、癌のリスクを予測し、特定の治療レジメンに対する被験者の応答性と癌の診断後の効果的な治療オプションを予測するための特定の方法はほとんど知られていないため、多くの研究が前述の要因に対処する方法の改善に焦点を合わせている。

特に前立腺癌（ＰＣａ）は、ＰＣａの進行及び再発を止める療法の満たされていない要求を表す。ＰＣａは一般に、最初がアンドロゲン抑制療法（ＡＤＴ）の一次治療を行った後に無痛性腫瘍であるが、ＡＤＴ療法の５－１０年後に広範囲によく再発する（８５％）。臓器限定性ＰＣａ（９５％の生存率）から浸潤性及び転移性癌（３０％の生存率）への移行をターゲットにすることは、ＰＣａの致死性に影響を与えることに最も重要である。アンドロゲン非依存性原発腫瘍に対する細胞毒性癌療法は、転移性病変を根絶するのに効果がある。無痛性疾患からカプセルから脱出して転移する侵襲性癌の表現型へのＰＣａ移行の基礎の現在の概念は、炎症性シグナル伝達経路の重要な役割を含む。

ＰＣａの罹患率及び死亡率の低下には、ＰＣａの腺脱出及び転移進行に影響を与える人種特有の危険因子の同定と、この進行を予告する人種特有のバイオマーカーの同定と、この進行を軽減する、新規で効果的な個別化アプローチの開発と、が含まれる。新規な人種特有のバイオマーカーの欠如、人種特有のＰＣａ危険因子に関する情報の不足、及び効果的な個別化療法の欠如は、ＰＣａの進行と致命的な疾患の発症と闘うための深刻な満たされていない要求である。

自然免疫の調節及び癌腫瘍に関連する炎症性損傷の低減、特にＮＦｋＢ依存性炎症カスケードの調節は、前立腺癌の発生及び治療抵抗性の両方に重要であってもよい。

ＰＣａの治療及び生存率を改善するために、特にＰＣａの進行を阻害するために、特定の療法に対する患者の応答性を予測するバイオマーカーが必要である。このようなマーカーの非限定的な例には、ビスファチンとも呼ばれるニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＮＡＭＰＴ）などのサイトカインを調節する遺伝子の一塩基多型（ＳＮＰ）が含まれる。本発明の少なくともいくつかの実施形態では、無痛性から侵襲性前立腺癌への移行に関連するＮＡＭＰＴプロモータ内のＳＮＰを同定する。本発明の少なくともいくつかの実施形態は、ＰＣａ疾患の進行のリスクのある可能性がある患者を同定するための手段を提供する。被験者の前立腺癌を診断及び治療する方法も提供される。

いくつかの実施形態では、侵襲性前立腺癌を発症するリスクのある被験者を同定する方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）無痛性前立腺癌を有する被験者からサンプルを採取するステップと、（ｂ）サンプル中のヒトニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＮＡＭＰＴ）に関連する少なくとも１つの一塩基多型（ＳＮＰ）の存在を検出するステップと、を含む。少なくとも１つのＳＮＰは、ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２、ｒｓ５９７４４５６０、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ１３１９５０１、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択される。

いくつかの実施形態では、被験者は、遺伝性の無痛性前立腺癌を有する。

いくつかの実施形態では、被験者は、ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２、ｒｓ５９７４４５６０、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ１３１９５０１、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択された少なくとも２つのＳＮＰ、少なくとも３つのＳＮＰ、少なくとも４つのＳＮＰ、少なくとも５つのＳＮＰ、少なくとも６つのＳＮＰ、少なくとも７つのＳＮＰＳ、又は８つのＳＮＰを有する。具体的な実施形態では、該方法は、ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２、ｒｓ５９７４４５６０、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ１３１９５０１、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択された少なくとも２つのＳＮＰを検出するステップを含む。

いくつかの実施形態では、該方法は、ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２及びｒｓ５９７４４５６０からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰを検出するステップを含む。

いくつかの実施形態では、該方法は、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰを検出するステップを含む。

侵襲性前立腺癌を発症するリスクのある被験者を同定する方法のいくつかの実施形態では、被験者はアフリカ系である。

侵襲性前立腺癌を発症するリスクのある被験者を同定する方法のいくつかの実施形態では、検出は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＳＮＰマイクロアレイ、ＳＮＰ制限断片長多型（ＳＮＰ－ＲＦＬＰ）、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）、プライマー伸長（ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ）質量分析、一本鎖高次構造多型及び／又は次世代シーケンシング（ＮＧＳ）の使用を含む。

侵襲性前立腺癌を発症するリスクのある被験者を同定する方法のいくつかの実施形態では、検出は、ＳＮＰを含むヌクレオチド配列又はそれに相補的なヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブとサンプルとを接触させることと、オリゴヌクレオチドプローブの選択的ハイブリダイゼーションを検出することとを含む。ある実施形態では、ＳＮＰを含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブは、ＳＮＰを取り囲む各側に２００塩基対を含む。いくつかの実施形態では、配列番号１８に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ７７８９０６６を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズし、配列番号１９に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ６１３３００８２を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズし、配列番号２０に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ９７７０２４２を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズし、配列番号２１に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ５９７４４５６０を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズし、及び／又は配列番号２２に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ１３１９５０１を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズする。

いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、検出可能な標識を含み、プローブの選択的ハイブリダイゼーションを検出することは、検出可能な標識を検出することを含む。具体的な実施形態では、検出可能な標識は、蛍光標識、発光標識、放射性核種、又は化学発光標識を含む。他の実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、蛍光部分及び蛍光消光剤を含む、二重標識されたオリゴヌクレオチドプローブを含む。

いくつかの実施形態では、侵襲性前立腺癌を発症するリスクのある被験者を同定する方法は、ベースラインＮＡＭＰＴプロモータ活性レベルよりも高いＮＡＭＰＴプロモータ活性レベルに関連する１つ以上の追加のＳＮＰを検出するステップを更に含む。

侵襲性前立腺癌を発症するリスクのある被験者を同定する前述の方法のいくつかの実施形態では、サンプルは血漿サンプルである。

いくつかの実施形態は、無痛性前立腺癌を有する被験者を治療する方法を提供し、該方法は、（ａ）無痛性前立腺癌を有する被験者からサンプルを採取するステップと、（ｂ）ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２、ｒｓ５９７４４５６０、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ１３１９５０１、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択されたサンプル中の少なくとも１つのＳＮＰの有無を検出するステップと、（ｃ）（ｉ）有効量のｅＮＡＭＰＴ阻害剤及び／又は（ｉｉ）放射線療法（例えば、外部ビーム放射線及び／又は近接照射療法）、黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨ－ＲＨ）アゴニスト（例えば、リュープロレリン、ゴセレリン、トリプトレリン及び／又はヒストレリン）などのホルモン療法、又は体がテストステロン（例えば、ケトコナゾール及び／又はアビラテロン）を産生するのを防ぐ他の薬物療法、抗アンドロゲン（例えば、ビカルタミド、ニルタミド、フルタミド及び／又はエンザルタミド）、化学療法、及び生物学的療法（例えば、シプロイセルＴ）の１つ以上を、侵襲性前立腺癌を発症するリスクのある被験者に投与して、無痛性前立腺癌を有する被験者を治療するステップと、を含む。少なくとも１つのＳＮＰの存在は、被験者が侵襲性前立腺癌を発症するリスクがあることを示す。

無痛性前立腺癌を有する被験者を治療する方法のいくつかの実施形態では、サンプルは血漿サンプルである。

無痛性前立腺癌を有する被験者を治療する方法のいくつかの実施形態では、該方法は、ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２、ｒｓ５９７４４５６０、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ１３１９５０１、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択された少なくとも２つのＳＮＰ、少なくとも３つのＳＮＰ、少なくとも４つのＳＮＰ、少なくとも５つのＳＮＰ、少なくとも６つのＳＮＰ、少なくとも７つのＳＮＰＳ、又は８つのＳＮＰを検出するステップを含む。いくつかの実施形態では、ＳＮＰは、ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２及びｒｓ５９７４４５６０からなる群から選択される。他の実施形態では、ＳＮＰは、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択される。

無痛性前立腺癌を有する被験者を治療する方法のいくつかの実施形態では、被験者はアフリカ系である。

無痛性前立腺癌を有する被験者を治療する方法のいくつかの実施形態では、検出は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＳＮＰマイクロアレイ、ＳＮＰ制限断片長多型（ＳＮＰ－ＲＦＬＰ）、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）、プライマー伸長（ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ）質量分析、一本鎖高次構造多型及び／又は次世代シーケンシング（ＮＧＳ）の使用を含む。いくつかの実施形態では、ＳＮＰの存在は、ＳＮＰを含むヌクレオチド配列又はそれに相補的なヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブとサンプルとを接触させることと、オリゴヌクレオチドプローブの選択的ハイブリダイゼーションを検出することとにより決定される。ある実施形態では、ＳＮＰを含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブは、ＳＮＰを取り囲む各側に２００塩基対を含む。特定の実施形態では、配列番号１８に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ７７８９０６６を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズし、配列番号１９に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ６１３３００８２を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズし、配列番号２０に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ９７７０２４２を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズし、配列番号２１に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ５９７４４５６０を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズし、及び／又は配列番号２２に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ１３１９５０１を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズする。

いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、検出可能な標識を含み、プローブの選択的ハイブリダイゼーションを検出することは、検出可能な標識を検出することを含む。特定の実施形態では、検出可能な標識は、蛍光標識、発光標識、放射性核種、又は化学発光標識を含む。更なる実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、蛍光部分及び蛍光消光剤を含む、二重標識されたオリゴヌクレオチドプローブを含む。

無痛性前立腺癌を有する被験者を治療する方法のいくつかの実施形態では、該方法は、ベースラインＮＡＭＰＴプロモータ活性レベルよりも高いＮＡＭＰＴプロモータ活性レベルに関連する１つ以上の追加のＳＮＰを検出するステップを更に含む。具体的な実施形態では、ベースラインＮＡＭＰＴプロモータ活性レベルは、無痛性前立腺癌に関連するレベルである。

無痛性前立腺癌を有する被験者を治療する方法のいくつかの実施形態では、該方法は、ｅＮＡＭＰＴ阻害剤を投与するステップを含み、ｅＮＡＭＰＴ阻害剤は抗ｅＮＡＭＰＴ抗体である。具体的な実施形態では、抗ｅＮＡＭＰＴ抗体は、それぞれ配列番号４、５及び６のアミノ酸配列に示されたＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３ドメインを含む可変領域を含む重鎖と、それぞれ配列番号７、８及び９のアミノ酸配列に示されたＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３ドメインを含む可変領域を含む軽鎖と、を含む。別の具体的な実施形態では、重鎖可変領域は、配列番号２に示されたアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域は、配列番号３に示されたアミノ酸配列を含む。異なる実施形態では、抗ｅＮＡＭＰＴ抗体は、それぞれ配列番号１２、１３及び１４のアミノ酸配列に示されたＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３ドメインを含む可変領域を含む重鎖と、それぞれ配列番号１５、１６及び１７のアミノ酸配列に示されたＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３ドメインを含む可変領域を含む軽鎖と、を含む。更に別の具体的な実施形態では、重鎖可変領域は、配列番号１０に示されたアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域は、配列番号１１に示されたアミノ酸配列を含む。

低侵襲性前立腺癌（ＰＣａ）、高侵襲性ＰＣａ、又は正常前立腺組織におけるＮＡＭＰＴの免疫組織化学的（ＩＨＣ）染色結果を示す。正常前立腺組織における非常に低いＮＡＭＰＴ発現を示す代表的な顕微鏡写真である。臓器限局性前立腺腺癌における、著しく増加したが中程度であるＮＡＭＰＴ発現を示す代表的な顕微鏡写真である。平滑筋被膜の前立腺外空間への浸透及び浸潤を伴う２つの別個の前立腺腺癌における腫瘍細胞内の強いＮＡＭＰＴ発現を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。正常（良性の）前立腺組織又は臓器限定性及び被膜浸潤性疾患を有するＰＣａ患者におけるＮＡＭＰＴ発現の累積分析を示すグラフである。＊はｐ＜０．０５を示し、＊＊はｐ＜０．００５を示す。健常対照者、ＰＣａ患者、又はハイリスク被験者における血漿ＮＡＭＰＴレベルのグラフ表示である。ＰＣａ患者（９５％信頼区間（ＣＩ）：２２．４～４１））、ハイリスク被験者（９５％ＣＩ：１５．９～１９．５）、又は健常対照者（９５％ＣＩ：１２．３～１７．５）の血漿ＮＡＭＰＴレベルを示すグラフである。臓器限定性ＰＣａ（９５％ＣＩ：１７．６～２１．８）又は前立腺外ＰＣａ（９５％ＣＩ：２３．１～５２．１）の患者の血漿ＮＡＭＰＴレベルを示すグラフである。＊はｐ＜０．０５を示し、＊＊＊はｐ＜０．００１を示す。重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）マウスで評価された、ヒトＰＣａ細胞浸潤に対するヒト化抗ＮＡＭＰＴモノクローナル抗体（ｍＡｂ）の効果を示す。高転移性のヒトＰＣａ細胞であるＰＣ３の注射後のＳＣＩＤマウスにおける平滑筋層（浸潤部位：２６、浸潤深さ：１００μｍ）を介した癌細胞浸潤を伴う腹膜の重度散在を示す代表的な顕微鏡写真である。侵入細胞におけるＮＡＭＰＴ発現は著しく増加する。図３Ａに説明したものと同じＳＣＩＤマウスモデルを利用するが、異なる実験からの癌細胞浸潤の部位の拡大画像を提供する。ヒト化抗ＮＡＭＰＴｍＡｂの毎週の腹腔内（ｉ．ｐ．）注射を受けたＰＣ３チャレンジＳＣＩＤマウスにおけるＰＣ３細胞浸潤の阻害を示す代表的な顕微鏡写真である。ヒト化抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ又はビヒクル対照が注射されたＰＣ３チャレンジＳＣＩＤマウスにおける腫瘍浸潤パーセントを示すグラフである。ヒト化抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ又はビヒクル対照が注射されたＰＣ３チャレンジＳＣＩＤマウスにおける腫瘍浸潤深さ（μｍ）を示すグラフである。＊はｐ＜０．０５を示す。急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）及び他の急性炎症状態におけるＮＡＭＰＴ及び他の炎症性サイトカイン（ＩＬ－６、ＩＬ－８及びマクロファージ遊走阻害因子（ＭＩＦ）など）の血漿レベルをグラフで表す。ＣＯＶＩＤ－１９感染、ＡＲＤＳ又は外傷を有する患者、又は健常対照者（「Ｃｔｌ」）における血漿ＮＡＭＰＴレベルを示すグラフである。は、生存及び死亡したＡＲＤＳ患者におけるＮＡＭＰＴ、ＩＬ－６、ＩＬ－８及びＭＩＦの血漿レベルを示すグラフであり、これらの炎症性サイトカインの血漿レベルをＡＲＤＳ死亡率に相関させるものである。＊＊＊はｐ＜０．００１を示す。健常対照者又は膵炎患者における血漿ＮＡＭＰＴレベルのグラフ表示である。健常対照者又は膵炎患者における血漿ＮＡＭＰＴレベルを示すグラフである。軽度、中程度又は重度の膵炎を有する患者における血漿ＮＡＭＰＴレベルを示すグラフである。健常対照者又は敗血症患者における血漿ＮＡＭＰＴレベルのグラフ表示である。健常対照者又は敗血症患者における血漿ＮＡＭＰＴレベルを示すグラフである。敗血症性ショックを伴う又は伴わない敗血症患者における血漿ＮＡＭＰＴレベルを示すグラフである。＊＊＊はｐ＜０．００１を示す。ＡＲＤＳ死亡率指数と血漿ＮＡＭＰＴレベル、ＮＡＭＰＴＳＮＰ及び臨床共変量遺伝子型との相関を示すグラフである。対照に対して正規化された、ＡＲＤＳリスク及びＡＲＤＳ死亡率に対するＮＡＭＰＴＳＮＰの相関をグラフで表す。図８の左側パネルは、単一のＮＡＭＰＴＳＮＰ（オッズ比：３．１）及び２つのＮＡＭＰＴＳＮＰハプロタイプ（オッズ比：７．７）とＡＲＤＳリスクとの相関を示すグラフを提供する。図８の中央パネルは、単一のＮＡＭＰＴＳＮＰ（オッズ比：１．３）及び２つのＮＡＭＰＴＳＮＰハプロタイプ（オッズ比：１．６）とＡＲＤＳ死亡率との相関を示すグラフを提供する。図８の右側パネルは、単一のＮＡＭＰＴＳＮＰ（オッズ比：４．３）とＡＲＤＳ死亡率との相関を示すグラフを提供する。＊はｐ＜０．０５を示す。放射線誘発肺損傷（ＲＩＬＩ）のマウスモデルで評価された、ＮＡＭＰＴ発現に対する放射線の影響を示す。非照射対照マウス（図９Ａの左側パネル）又は２０Ｇｙ放射線被曝の１週間後（図９Ａの中央パネル）又は４週間後（図９Ａの右側パネル）の照射ＲＩＬＩマウスの肺組織におけるＮＡＭＰＴのＩＨＣ染色を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。放射線被曝の１週間後又は４週間後の照射マウスの肺組織におけるＮＡＭＰＴ発現（％面積）のグラフ表示である。陰性対照としてのグラフには、非照射マウスの肺組織におけるＮＡＭＰＴ発現が示される。ヒト組織及び血液におけるＮＡＭＰＴ発現に対する放射線の影響を示す。非照射（図１０Ａの左側パネル）の又は８Ｇｙ電離放射線（ＩＲ）に２４時間被曝した（図１０Ａの右側パネル）ヒト扁桃上皮組織におけるＮＡＭＰＴのＩＨＣ染色を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。対照被験者又は乳癌若しくは肺癌の放射線療法を受けている被験者におけるＮＡＭＰＴの血漿レベルを示すグラフである。対照被験者又は放射線性肺炎の患者におけるＮＡＭＰＴの血漿レベルを示すグラフである。＊はｐ＜０．０５を示す。ＲＩＬＩのマウスモデルにおける（ヘマトキシリン・エオジン（Ｈ＆Ｅ））染色で評価される）肺の炎症、気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）タンパク質の量、及びＢＡＬ発現細胞の数を示す。非照射対照マウス（図１１Ａの左側パネル）又は放射線被曝の１週間後（図１１Ａの左側パネル）又は４週間後（図１１Ａの右側パネル）の照射ＲＩＬＩマウスの肺組織におけるＨ＆Ｅ染色を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。非照射対照マウス又は放射線被曝の１週間後又は４週間後の、照射ＲＩＬＩマウスの肺組織におけるＨ＆Ｅ染色（％面積）のグラフ表示である。非照射対照マウス又は放射線被曝の１週間後又は４週間後の照射ＲＩＬＩマウスの肺組織におけるＢＡＬタンパク質レベル（μｇ／ｍｌ）のグラフ表示である。非照射対照マウス又は放射線被曝の１週間後又は４週間後の照射ＲＩＬＩマウスの肺組織におけるＢＡＬ発現細胞のグラフ表示である。非照射対照マウス又は放射線被曝の１週間後又は４週間後の照射ＲＩＬＩマウスのＲＩＬＩ重症度スコアのグラフ表示である。野生型（ＷＴ）及びＮＡＭＰＴヘテロ接合型（Ｎａｍｐｔ^＋／－）マウスを利用したＲＩＬＩのマウスモデルにおける（Ｈ＆Ｅ染色で評価される）肺の炎症、ＢＡＬタンパク質の量、及びＢＡＬ発現細胞の数を示す。非照射（対照）ＷＴマウス（図１２Ａの挿入図の左側パネル）、照射（ＲＩＬＩ）ＷＴマウス（図１２Ａの左側パネル）、又は照射（ＲＩＬＩ）Ｎａｍｐｔ^＋／－マウス（図１２Ａの右側パネル）マウスの肺組織におけるＨ＆Ｅ染色を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。非照射（対照）ＷＴマウス、非照射（対照）Ｎａｍｐｔ^＋／－マウス、照射（ＲＩＬＩ）ＷＴマウス、又は照射（ＲＩＬＩ）Ｎａｍｐｔ^＋／－マウスの肺組織におけるＨ＆Ｅ染色（％面積）のグラフ表示である。非照射（対照）ＷＴマウス、非照射（対照）Ｎａｍｐｔ^＋／－マウス、照射（ＲＩＬＩ）ＷＴマウス、又は照射（ＲＩＬＩ）Ｎａｍｐｔ^＋／－マウスの肺組織におけるＢＡＬタンパク質レベル（μｇ／ｍｌ）のグラフ表示である。非照射（対照）ＷＴマウス、非照射（対照）Ｎａｍｐｔ^＋／－マウス、照射（ＲＩＬＩ）ＷＴマウス、又は照射（ＲＩＬＩ）Ｎａｍｐｔ^＋／－マウスの肺組織におけるＢＡＬ発現細胞のグラフ表示である。非照射（対照）ＷＴマウス、非照射（対照）Ｎａｍｐｔ^＋／－マウス、照射（ＲＩＬＩ）ＷＴマウス、又は照射（ＲＩＬＩ）Ｎａｍｐｔ^＋／－マウスの急性肺損傷（ＡＬＩ）重症度スコアのグラフ表示である。ＲＩＬＩのマウスモデルで評価された、（Ｈ＆Ｅ染色で評価される）肺の炎症、ＢＡＬタンパク質の量、及びＢＡＬ発現細胞の数に対するＮＡＭＰＴ中和抗体の効果を示す。非照射対照マウス（図１３Ａの挿入図の左側パネル）、又は放射線被曝後にビヒクル対照（図１３Ａの左側パネル）、抗ＮＡＭＰＴポリクローナル抗体（ｐＡｂ）（図１３Ａの中央パネル）若しくは抗ＮＡＭＰＴモノクローナル抗体（ｍＡｂ）（図１３Ａの右側パネル）が注射された照射ＲＩＬＩマウスの肺組織におけるＨ＆Ｅ染色を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。非照射対照マウス又はビヒクル対照、抗ＮＡＭＰＴｐＡｂ又は抗ＮＡＭＰＴｍＡｂが注射された照射ＲＩＬＩマウスの肺組織におけるＨ＆Ｅ染色（％面積）のグラフ表示である。非照射対照マウス又はビヒクル対照、抗ＮＡＭＰＴｐＡｂ又は抗ＮＡＭＰＴｍＡｂが注射された照射ＲＩＬＩマウスの肺組織におけるＢＡＬタンパク質レベル（μｇ／ｍｌ）のグラフ表示である。非照射対照マウス又はビヒクル対照、抗ＮＡＭＰＴｐＡｂ又は抗ＮＡＭＰＴｍＡｂが注射された照射ＲＩＬＩマウスの肺組織におけるＢＡＬ発現細胞の数のグラフ表示である。非照射対照マウス又はビヒクル対照、抗ＮＡＭＰＴｐＡｂ又は抗ＮＡＭＰＴｍＡｂが注射された照射ＲＩＬＩマウスのＡＬＩ重症度スコアのグラフ表示である。＊はｐ＜０．０５を示す。 ^９９ｍＴｃ標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂプローブによるＮＡＭＰＴ発現の検出を示す。非照射対照マウス（図１４Ａの左側パネル）又は８Ｇｙ部分照射に被曝した照射（ＲＩＬＩ）マウス（ＰＢＩ）（図１４Ａの右側パネル）における^９９ｍＴｃ標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂプローブによるＮＡＭＰＴ発現の検出を示す代表的なオートラジオグラフ画像を提供する。非照射対照マウス（図１４Ｂの上側パネル）又は照射（ＲＩＬＩ）マウス（図１４Ｂの下側パネル）における^９９ｍＴｃ標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂプローブによるＮＡＭＰＴ発現の検出を示す代表的なオートラジオグラフ画像を提供する。非照射対照マウス又は照射（ＲＩＬＩ）マウスの左肺及び右肺からの組織バックグラウンドに対する肺活動の比率のグラフ表示である。非照射対照マウス又は照射（ＲＩＬＩ）マウスの肺組織における放射能（％ＩＤ／ｇ）のグラフ表示である。＊はｐ＜０．０５を示す。２０Ｇｙ放射線被曝の１８週間後のＲＩＬＩのマウスモデルで評価された、ＢＡＬ細胞数、コラーゲン沈着及び肺組織平滑筋アクチン（ＳＭＡ）の発現に対するヒト化抗ＮＡＭＰＴｍＡｂの効果を示す。抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ又はビヒクル対照が腹腔内注射された照射ＲＩＬＩマウスの肺組織におけるＢＡＬ発現細胞の数を示すグラフである。抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ又はビヒクル対照が腹腔内注射された照射ＲＩＬＩマウスの肺組織ホモジネートにおけるＳＭＡの発現を示すウェスタンブロット分析からの代表的な画像を提供する。抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ又はビヒクル対照が腹腔内注射された照射ＲＩＬＩマウスの肺組織における、トリクローム染色によって検出されたコラーゲン沈着を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。＊はｐ＜０．０５を示す。外傷（爆傷）／人工呼吸誘発性肺損傷（ＶＩＬＩ）のラットモデルで評価された、炎症細胞浸潤、浮腫及び肺損傷スコアに対するヒト化抗ＮＡＭＰＴｍＡｂの効果を示す。ビヒクル対照が注射された外傷／ＶＩＬＩチャレンジラットの肺又は肺組織切片を示す代表的な画像及び顕微鏡写真を提供する。図１６Ａの左側パネルは、ビヒクル対照が注射された外傷／ＶＩＬＩチャレンジラットからの肺の代表的な画像を提供する。図１６Ａの中央パネル及び右側パネルは、ビヒクル対照が注射された外傷／ＶＩＬＩチャレンジラットにおける、Ｈ＆Ｅ染色によって評価された、炎症細胞浸潤及び浮腫を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。図１６Ａの最も右側パネルの挿入図は、外傷／ＶＩＬＩでチャレンジされないラットの肺組織におけるＨ＆Ｅ染色を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。抗ＮＡＭＰＴｍＡｂが注射された外傷／ＶＩＬＩチャレンジラットの肺又は肺組織切片を示す代表的な画像及び顕微鏡写真を提供する。図１６Ｂの左側パネルは、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂが注射された外傷／ＶＩＬＩチャレンジラットからの肺の代表的な画像を提供する。図１６Ｂの中央パネル及び右側パネルは、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂが注射された外傷／ＶＩＬＩチャレンジラットにおける、Ｈ＆Ｅ染色によって評価された炎症細胞浸潤及び浮腫を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ又はビヒクル対照が注射された外傷／ＶＩＬＩチャレンジラットの肺損傷スコアを示すグラフである。マウスＬＰＳ／ＶＩＬＩ肺損傷モデルで評価された、炎症細胞浸潤、浮腫及び肺損傷スコアに対するＮＡＭＰＴ中和抗体の効果を示す。ビヒクル対照が注射されたＬＰＳ／ＶＩＬＩチャレンジマウスにおける、Ｈ＆Ｅ染色によって評価された炎症細胞浸潤及び浮腫を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。図１７Ａの挿入図は、ＬＰＳ／ＶＩＬＩでチャレンジされないマウスの肺組織におけるＨ＆Ｅ染色を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。抗ＮＡＭＰＴｍＡｂが注射されたＬＰＳ／ＶＩＬＩチャレンジマウスにおける、Ｈ＆Ｅ染色によって評価された炎症細胞浸潤及び浮腫を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ、抗ＮＡＭＰＴｐＡｂ又はビヒクル対照（ＰＢＳ）が注射されたＬＰＳ／ＶＩＬＩチャレンジマウスで評価されたＡＬＩ重症度スコアを示すグラフである。図１７Ｃのグラフは、ＬＰＳ／ＶＩＬＩでチャレンジされない対照マウスのＡＬＩ重症度スコアも示す。＊はｐ＜０．０５を示し、＊＊＊はｐ＜０．００１を示す。 ^９９ｍＴｃ標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂプローブによるＮＡＭＰＴ発現の検出を示す。２０Ｇｙの全肺照射（ＷＴＬＩ）に被曝したマウスにおける^９９ｍＴｃ標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂプローブ（ＰＲＯＮＡＭＰＴＯＲ）（図１８Ａの右側パネル）又は放射性標識ＩｇＧ対照Ａｂ（図１８Ａの左側パネル）によるＮＡＭＰＴ発現の検出を示す代表的なオートラジオグラフ画像を提供する。ＬＰＳチャレンジ後の３時間でのＬＰＳチャレンジマウス（図１８Ｂの右側パネル）又は非チャレンジ対照マウス（図１８Ｂの左側パネル）における^９９ｍＴｃ標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂプローブによるＮＡＭＰＴ発現の検出を示す代表的なオートラジオグラフ画像を提供する。ＬＰＳチャレンジ後の３時間でのＬＰＳチャレンジマウスの肺（図１８Ｃの下側パネル）又は非チャレンジ対照マウスの肺（図１８Ｃの上側パネル）における^９９ｍＴｃ標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂプローブによるＮＡＭＰＴ発現の検出を示す代表的なオートラジオグラフ画像を提供する。ＬＰＳチャレンジ後の３時間及び１８時間でのＬＰＳチャレンジマウスの肺組織又は非チャレンジ対照マウスの肺組織における、放射能（％ＩＤ／ｇ）によって評価された放射性標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂプローブの取り込みのグラフ表示である。＊はｐ＜０．０５を示す。特発性肺線維症（ＩＰＦ）患者の肺組織におけるＮＡＭＰＴのＩＨＣ染色を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。矢印は、ＩＰＦ肺組織の線維性領域内の線維芽細胞におけるＮＡＭＰＴ発現を示す。上側パネルは４×倍率の顕微鏡写真を提供し、下側パネルは４０×倍率の顕微鏡写真を提供する。ＩＰＦ患者の血漿及び肺組織におけるＮＡＭＰＴ発現を示す。ＩＰＦ患者又は健常対照者からの血漿サンプル中のＮＡＭＰＴレベルのグラフ表示である。死亡したＩＰＦ患者、生存しているＩＰＦ患者、治療されたＩＰＦ患者又は未治療のＩＰＦ患者からの血漿サンプル中のＮＡＭＰＴレベルのグラフ表示である。進行期のＩＰＦ患者又は初期のＩＰＦ患者から単離された線維芽細胞におけるＮａｍｐｔｍＲＮＡレベルのグラフ表示である。＊はｐ＜０．０５を示す。ブレオマイシンチャレンジＷＴマウス又はブレオマイシンチャレンジＮａｍｐｔ^＋／－マウスの肺全体における線維症を示す可溶性コラーゲン（μｇ／肺）のグラフ表示である。グラフはまた、ブレオマイシンでチャレンジされない対照ＷＴマウス又は対照Ｎａｍｐｔ^＋／－マウスの全肺可溶性コラーゲンを示す。＊はｐ＜０．０５を示す。肺動脈高血圧症（ＰＡＨ）患者におけるＮＡＭＰＴ発現及びＮＡＭＰＴＳＮＰを示す。特発性肺動脈高血圧症（ＩＰＡＨ）患者からの肺組織におけるＮＡＭＰＴのＩＨＣ染色を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。図２２Ａの挿入図は、健常対照者からの肺組織におけるＮＡＭＰＴのＩＨＣ染色を示す代表的な顕微鏡写真を提供する。ＰＡＨ患者、非ＰＡＨの肺疾患を有する患者、又は健常対照被験者から採取された血漿サンプル中のＮＡＭＰＴレベルのグラフ表示である。ＩＰＡＨ患者又は健常対照被験者（「Ｎｏｒ」）の肺組織におけるＮＡＭＰＴの発現を示すウェスタンブロット分析からの代表的な画像を提供する。ＮＡＭＰＴプロモータＳＮＰと右心室（ＲＶ）指数との相関のグラフ表示である。ＰＡＨのラットモノクロタリン（ＭＣＴ）モデルで評価されたような、右心室収縮期圧（ＲＶＳＰ）及び肺動脈の厚さに対するヒト化抗ＮＡＭＰＴｍＡｂの効果を示す。抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ又はビヒクル対照（対照ＭＣＴマウス）が注射されたＭＣＴチャレンジラットにおけるＲＶＳＰのグラフ表示である。抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ（図２３Ｂの右側パネル）又はビヒクル対照（図２３Ｂの左側パネル）が注射されたＭＣＴチャレンジラットにおけるＨ＆Ｅ染色によって評価された肺動脈の厚さを示す代表的な顕微鏡写真を提供する。＊はｐ＜０．０５を示す。

定義
本発明をより容易に理解できるようにするために、特定の用語を最初に定義する。なお、パラメータの値又は値の範囲が列挙されるたびに、列挙された値の中間の値及び範囲も本発明の一部であることに留意されたい。本明細書に使用された単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈上、明らかに他のことを示さない限り、複数形も含むことに留意されたい。

本明細書において交換可能に使用された用語「一塩基多型」又は「ＳＮＰ」は、ゲノム内の単一ヌクレオチド（又は他の共有配列）が種のメンバー間（又は個体の対合染色体間）で異なる場合に生じるＤＮＡ配列変異を指す。ＳＮＰは、生物のゲノムのコード領域又は非コード領域で発生する可能性がある。

本明細書において交換可能に使用された用語「ＮＡＭＰＴ」又は「ｅＮＡＭＰＴ」は、非分泌型（例えば、細胞内ＮＡＭＰＴ又はＮＡＭＰＴ核酸）に関連することが特に言及されない限り、分泌型のニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＮＡＭＰＴ）を指す。分泌されたヒトＮＡＭＰＴ（ヒトｅＮＡＭＰＴとも呼ばれる）のアミノ酸配列は、配列番号１として以下に提供される（ＮＣＢＩ遺伝子参照番号ＮＣ＿０００００７．１４及びタンパク質参照番号ＮＰ＿００５７３７．１も参照）。

ＭＮＰＡＡＥＡＥＦＮＩＬＬＡＴＤＳＹＫＶＴＨＹＫＱＹＰＰＮＴＳＫＶＹＳＹＦＥＣＲＥＫＫＴＥＮＳＫＬＲ
ＫＶＫＹＥＥＴＶＦＹＧＬＱＹＩＬＮＫＹＬＫＧＫＶＶＴＫＥＫＩＱＥＡＫＤＶＹＫＥＨＦＱＤＤＶＦＮＥＫＧ
ＷＮＹＩＬＥＫＹＤＧＨＬＰＩＥＩＫＡＶＰＥＧＦＶＩＰＲＧＮＶＬＦＴＶＥＮＴＤＰＥＣＹＷＬＴＮＷＩＥＴ
ＩＬＶＱＳＷＹＰＩＴＶＡＴＮＳＲＥＱＫＫＩＬＡＫＹＬＬＥＴＳＧＮＬＤＧＬＥＹＫＬＨＤＦＧＹＲＧＶＳＳ
ＱＥＴＡＧＩＧＡＳＡＨＬＶＮＦＫＧＴＤＴＶＡＧＬＡＬＩＫＫＹＹＧＴＫＤＰＶＰＧＹＳＶＰＡＡＥＨＳＴＩ
ＴＡＷＧＫＤＨＥＫＤＡＦＥＨＩＶＴＱＦＳＳＶＰＶＳＶＶＳＤＳＹＤＩＹＮＡＣＥＫＩＷＧＥＤＬＲＨＬＩＶ
ＳＲＳＴＱＡＰＬＩＩＲＰＤＳＧＮＰＬＤＴＶＬＫＶＬＥＩＬＧＫＫＦＰＶＴＥＮＳＫＧＹＫＬＬＰＰＹＬＲＶ
ＩＱＧＤＧＶＤＩＮＴＬＱＥＩＶＥＧＭＫＱＫＭＷＳＩＥＮＩＡＦＧＳＧＧＧＬＬＱＫＬＴＲＤＬＬＮＣＳＦＫ
ＣＳＹＶＶＴＮＧＬＧＩＮＶＦＫＤＰＶＡＤＰＮＫＲＳＫＫＧＲＬＳＬＨＲＴＰＡＧＮＦＶＴＬＥＥＧＫＧＤＬ
ＥＥＹＧＱＤＬＬＨＴＶＦＫＮＧＫＶＴＫＳＹＳＦＤＥＩＲＫＮＡＱＬＮＩＥＬＥＡＡＨＨ（配列番号１）
ＮＡＭＰＴは、プレＢ細胞コロニー増強因子（ＰＢＥＦ）又はビスファチンとも呼ばれる。

本明細書で使用された用語「ベースライン」は、参照又は対照測定、例えば、健康被験者（即ち、前立腺癌を患っていない被験者）又は無痛性前立腺癌を有する被験者からのＮＡＭＰＴ発現の対照レベルを指す。

本明細書で使用された「ＮＡＭＰＴ阻害剤」又は「ＮＡＭＰＴの阻害剤」は、ＮＡＭＰＴ活性を低減又は防止する薬剤を指す。いくつかの実施形態では、ＮＡＭＰＴ阻害剤は、ＮＡＭＰＴに結合し、その結果、ＮＡＭＰＴの生物学的活性を阻害する。

本明細書で使用されるように、本明細書で交換可能に使用された用語「ＮＡＭＰＴ抗体」又は「抗ＮＡＭＰＴ抗体」又は「抗ｅＮＡＭＰＴ抗体」は、分泌型のＮＡＭＰＴ（本明細書においてｅＮＡＭＰＴとも呼ばれる）に特異的に結合する抗体を指す。好ましい実施形態では、抗体は、ヒトＮＡＭＰＴ（ｈＮＡＭＰＴ）に特異的に結合する。好ましくは、ＮＡＭＰＴ抗体は、ＮＡＭＰＴの生物学的活性を阻害する。修飾されたＮＡＭＰＴ活性は、当技術分野で認められた技術を使用して直接測定されてもよく、改変された活性が下流に及ぼす影響によって測定されてもよいことが理解されたい。

本明細書で使用された用語「侵襲性前立腺癌」は、転移性前立腺癌又はグリーソン重症度スコアが７から１０であると定義された前立腺癌を指す。

用語「無痛性前立腺癌」は、グリーソン重症度スコアが６以下の低悪性度の前立腺癌を指す。

本明細書で使用された用語「レベル」又は「量」は、バイオマーカーの測定可能な量、例えば、ＮＡＭＰＴ発現のレベルを指す。量は、（ａ）単位体積又は細胞あたりの分子、モル又は重量で測定される絶対量、又は（ｂ）例えば、デンシトメトリー分析によって測定された相対量のいずれかであってもよい。

本明細書で使用された用語「サンプル」は、被験者から採取された材料（例えば、類似の細胞又は組織の集合体）を指す。サンプルは、新鮮な、凍結された、及び／又は保存された器官又は組織サンプル、或いは生検又は吸引物からの固形組織；血液又は血液成分；或いは血液、血清、血漿、尿、唾液、汗、滑液などの体液であってもよい。いくつかの実施形態では、滑膜炎バイオマーカーは、血清サンプルから得られる。いくつかの実施形態では、軟骨分解バイオマーカーは、尿サンプルから得られる。

用語「患者」、「個人」又は「被験者」は、本明細書で交換可能に使用され、哺乳動物、特にヒトを指す。患者は、病気がなくてもよく、軽度、中程度、又は重度の疾患を有してもよい。患者は、治療未経験であることも、あらゆる形態の治療に反応することも、又は難治性であることもある。患者は、治療を必要とする個体、又は特定の症状又は家族歴に基づく診断を必要とする個体であってもよい。いくつかの実施形態では、被験者は、非侵襲性又は無痛性前立腺癌と診断された、以前に治療された、又はその症状を有するヒト被験者である。他の実施形態では、被験者は、前立腺癌と診断されていない、以前に治療されていない、又はその症状を有さない健康なヒト被験者である。更に別の実施形態では、被験者は、侵襲性前立腺癌と診断された、以前に治療された、又はその症状を有するヒト被験者である。

「治療する」又は「治療」又は「治療するため」又は「軽減する」又は「軽減するため」などの用語は、既存の診断された病的状態又は障害の症状を治し、遅延させ、軽減し、及び／又はその進行を停止又は遅らせる治療対策を指す。

「予防する」などの用語は、標的とする病的状態又は障害の発症を予防する予防的又はプリベンタティブ対策を指す。

用語「有効量」又は「治療有効量」は、本明細書で交換可能に使用され、特定の生物学的結果を達成するのに有効な薬剤の量を指す。このような結果は、ＮＡＭＰＴの発現又は活性、或いは当技術分野で適切な任意の手段によって決定されたＮＡＭＰＴの下流にあるシグナル伝達分子の発現又は活性の阻害を含んでもよいが、これらに限定されない。

疾患／状態
ＮＡＭＰＴ発現に関連する状態を発症するリスクを決定する方法が提供される。そのような状態を診断及び／又は治療する方法も提供される。いくつかの実施形態では、ＮＡＭＰＴ関連状態は、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、放射線誘発肺損傷（ＲＩＬＩ）、肺高血圧症、又は肺線維症などの炎症状態である。いくつかの実施形態では、ＮＡＭＰＴ関連状態は、前立腺癌である。

ＡＲＤＳは、肺の広範囲の炎症を特徴とする呼吸器障害である。症状は、息切れ、呼吸促迫、青みがかった皮膚の色、低血圧、錯乱、極度の倦怠感などを含む。理論に束縛されることなく、ＡＲＤＳは、肺の血管から血液が酸素化された肺胞嚢に液体が漏れることによって引き起こされると考えられる（通常、保護膜がこの液体を血管内に保持する）。更に、そのような漏出は、敗血症、有害物質（例えば、煙、化学煙霧、溺水、嘔吐物吸引）の吸入、重度の肺炎、頭、胸、又はその他の重大な傷害（例えば、肺に損傷を与える転倒又は自動車事故）、コロナウイルス疾患２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）、膵炎、輸血、及び火傷の１つ以上によって引き起こされる可能性があると考えられる。ＡＲＤＳに関連する有害な結果は、血栓、肺の虚脱（気胸）、感染症、瘢痕（肺線維症）、長期の呼吸障害（２か月以上、２年以上、又は生涯続く）、うつ病、記憶又は明瞭な思考の問題、倦怠感、及び筋力低下を含む。ＡＲＤＳについては、ＮａｔｕｒｅＲｅｖｉｅｗｓＤｉｓｅａｓｅＰｒｉｍｅｒｓ．５（１８）：１－２２（２０１９）におけるＭａｔｔｈａｙらによる「急性呼吸窮迫症候群」で詳しく説明され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

ＲＩＬＩは、電離放射線への被曝の結果としての肺への損傷を特徴とする。症状は、呼吸困難、咳、発熱、胸痛の１つ以上を含む。理論に束縛されることなく、ＲＩＬＩは、直接的なＤＮＡ損傷、又は活性酸素種の生成という２つの主要なメカニズムのいずれか１つによって引き起こされると考えられる。ＲＩＬＩに関連する有害な結果は、肺炎、組織線維症、壊死、萎縮及び血管損傷を含む。ＲＩＬＩは、ＦｒｏｎｔｉｅｒｓｉｎＯｎｃｏｌｏｇｙ、９（Ａｒｔｉｃｌｅ８７７）：１－１６（２０１９）におけるＧｉｕｒａｎｎｏらによる「放射線誘発肺損傷（ＲＩＬＩ）」でより詳しく説明され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

肺高血圧症は、肺及び／又は心臓の右側の動脈に影響を与える高血圧の一種である。肺高血圧症の１つの形態である肺動脈性肺高血圧症では、肺の血管が狭くなるか、塞がれるか、又は破壊される。肺高血圧症の症状は、息切れ（呼吸困難）、疲労感、眩暈若しくは失神発作（失神）、胸部圧迫感若しくは疼痛、足首、脚、及び／又は腹部（腹水）の腫れ（浮腫）、唇及び／又は皮膚の青みがかった色（チアノーゼ）、及び／又は脈拍亢進又は心臓動悸を含む。理論に束縛されることなく、肺高血圧症は、遺伝子突然変異、やせ薬又はメタンフェタミンなどの違法薬物の使用、心臓の問題（例えば、先天性心疾患）、結合組織障害（例えば、強皮症、狼瘡など）、ＨＩＶ感染、慢性肝疾患（肝硬変）、左側の心臓弁膜症、左下心腔の障害、慢性閉塞性肺疾患、肺線維症、閉塞性睡眠時無呼吸、高地への長期暴露、血液障害（例えば、赤血球増加症、本態性血小板血症）、炎症性疾患（例えば、サルコイドーシス、血管炎）、代謝障害（例えば、糖原病）、腎臓病、及び肺動脈を圧迫する腫瘍によって引き起こされると考えられる。肺高血圧症に関連する有害な結果は、心臓の肥大、心不全、血栓、不整脈、肺の出血及び妊娠合併症を含む。肺高血圧症は、ＣＭＡＪ，１８８（１１）：８０４－８１２（２０１６）におけるＨａｍｂｌｙらによる「肺高血圧症：診断アプローチ及び最適な管理」でより詳しく説明され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

肺線維症は、肺組織が損傷して瘢痕化したときに発生する肺疾患である。肺線維症は、肺の肺胞の周囲及び肺胞間の組織が肥厚して、血流中に酸素を通過させることが困難となることを特徴とする。肺線維症の症状は、呼吸困難、乾性咳、疲労感、不明な体重減少、筋肉及び関節の痛み、及び手や足の指先の広がりや丸み（ばち状指）を含む。理論に束縛されることなく、肺線維症は、職業的及び環境的要因（例えば、シリカ粉塵、アスベスト繊維、硬質金属粉塵、石炭粉塵、穀物粉塵、又は鳥／動物の糞への曝露）、放射線治療（例えば、肺又は乳癌の放射線療法）、薬物療法（例えば、メトトレキサート若しくはシクロホスファミドなどの化学療法薬、アミオダロンなどの心臓薬、及び／又はニトロフラントイン若しくはエタンブトールなどの抗生物質）、リツキシマブ若しくはスルファサラジンなどの抗炎症薬）、及び／又は病状（例えば、皮膚筋炎、多発性筋炎、混合性結合組織病、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、サルコイドーシス、強皮症、及び／又は肺炎）によって引き起こされると考えられる。肺線維症に関連する有害な結果は、肺高血圧症、肺性心、呼吸不全、肺癌、肺血栓、肺感染症及び肺の虚脱を含む。肺線維症については、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．，７（８）：１－２１（２０１８）におけるＢａｒａｔｔらによる「特発性肺線維症（ＩＰＦ）：概要」で詳しく説明され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

コロナウイルス疾患２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）は、コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）によって引き起こされる重症急性呼吸器症候群である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、直径が６０ｎｍ～１４０ｎｍで、９ｎｍ～１２ｎｍの範囲の特徴的なスパイクがあり、ビリオンに太陽コロナの外観を与える。コロナウイルスは、遺伝子組換え及び変異を介して新しい宿主に適応して感染することができる。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染は、無症候性である可能性があり、或いは広範囲の症状を引き起こす可能性がある。例示的な症状は、発熱、咳、息切れ、脱力感、疲労感、吐き気、嘔吐、味覚及び嗅覚の変化などを含む。有害な結果は、広汎性血管内凝固症候群、炎症を起こした肺組織及び肺内皮細胞、深部静脈血栓症、肺塞栓症、血栓性動脈合併症（例えば、肢虚血、虚血性脳卒中、心筋梗塞）、敗血症及び多臓器不全を含む。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染については、（２０２０年７月１０日にオンラインで公開された）ＪＡＭＡ．ｄｏｉ：１０．１００１／ｊａｍａ．２０２０．１２８３９におけるＷｉｅｒｓｉｎｇａらによる「コロナウイルス疾患の病態生理学、感染、診断及び治療２０１９（ＣＯＶＩＤ－２０１９）：レビュー」で詳しく説明され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

前立腺癌は、前立腺に発生する癌である。前立腺癌の症状は、排尿困難、尿の流れの力の低下、***中の血、骨盤領域の不快感、骨の痛み、及び***不全を含む。理論に束縛されることなく、前立腺癌は、異常細胞を蓄積して近傍組織に浸潤及び／又は体の他の部分に転移できる腫瘍を形成することにより、細胞を正常細胞よりも急速に成長させて***させる異常な細胞のＤＮＡの変異によって引き起こされると考えられる。前立腺癌の有害な結果は、（例えば、血流又はリンパ系を介して）他の臓器又は骨への転移、失禁、及び***不全を含む。前立腺癌については、ＪＡＭＡ．３１７（２４）：２５３２－２５４２（２０１７）におけるＬｉｔｗｉｎらによる「前立腺癌の診断及び治療：レビュー」で詳しく説明され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

バイオマーカー、一塩基多型、及びそれらの使用
ＮＡＭＰＴ発現に関連する状態を発症するリスクを決定する方法が提供される。そのような状態を診断する方法も提供される。いくつかの実施形態は、ＮＡＭＰＴ関連状態の進行を決定することを含む。いくつかの実施形態は、ＮＡＭＰＴ関連状態の治療の有効性を決定することを含む。

いくつかの実施形態では、ＮＡＭＰＴ関連状態は、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、放射線誘発肺損傷（ＲＩＬＩ）、肺高血圧症又は肺線維症などの炎症状態である。いくつかの実施形態では、ＮＡＭＰＴ関連状態は、前立腺癌である。いくつかの実施形態では、被験者は無痛性前立腺癌を有し、より攻撃的な形態の前立腺癌を発症するリスクを有してもよい。

いくつかの実施形態は、サンプル中のＮＡＭＰＴの有無を検出することを含む。いくつかの実施形態は、サンプル中のＮＡＭＰＴのレベルを検出することを含む。いくつかの実施形態では、被験者は、サンプル中のＮＡＭＰＴの存在又はレベル（例えば、増加したレベル）に基づいて、状態を有するか又は発症するリスクがあると決定される。いくつかの実施形態では、被験者は、サンプル中のＮＡＭＰＴの欠如又は低レベルや低下したレベルに基づいて、状態を有さないか又は発症するリスクがないと決定される。

いくつかの実施形態は、サイトカインケモカイン（例えば、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＬ－１ｂ、及び／又はＩＬ－ＲＡ）などの１つ以上の追加のバイオマーカー、マクロファージ遊走阻止因子などの二重機能酵素、血管損傷マーカー（例えば、ＶＥＧＲＡ、Ｓ１ＰＲ３、及び／又はアンジオポエチン２）、及び／又は終末糖化産物経路マーカー（例えば、ＨＭＧＢ１及び／又は可溶性ＲＡＧＥ）の有無又はレベルを検出することを含む。いくつかの実施形態は、前述のマーカーの１つ以上のレベル（例えば、上昇したレベル又は低下したレベル）に基づいて（例えば、ＮＡＭＰＴの有無又はレベルと組み合わせて）、被験者が状態を有するか又は発症する増加又は低下したリスクを決定することを含む。

一塩基多型（ＳＮＰ）は、遺伝子プロモータ、エクソン、イントロン及び５’－及び３’－非翻訳領域（ＵＴＲ）に存在し、様々なメカニズムによって遺伝子発現に影響を与える。ヒトＮＡＭＰＴ遺伝子のプロモータ領域に位置するＳＮＰが提供される。

いくつかの実施形態では、以下のＳＮＰのうちの１つ以上は、炎症状態又は前立腺癌（例えば、侵襲性前立腺癌）に関連する：ｒｓ７７８９０６６（位置：ｃｈｒ７：１０６２８７３０６（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））；ｒｓ１１６６４７５０６（位置：ｃｈｒ７：１０６２８７１８０（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））；ｒｓ６１３３００８２（位置：ｃｈｒ７：１０６２８６４１９（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））；ｒｓ１１４３８２４７１（位置：ｃｈｒ７：１０６２８６２８８（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））；ｒｓ９７７０２４２（位置：ｃｈｒ７：１０６２８５８８５（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））；ｒｓ５９７４４５６０（位置：ｃｈｒ７：１０６２８５８３２（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））；ｒｓ１９０８９３１８３（位置：ｃｈｒ７：１０６２８５６６３（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））；及びｒｓ１３１９５０１（位置：ｃｈｒ７：１０６２８５３０７（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））。これらのＳＮＰ、及び様々な疾患のある被験者におけるこれらのＳＮＰの存在を表１に示す。

いくつかの実施形態は、ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ１１４３８２４７１、ｒｓ９７７０２４２、ｒｓ５９７４４５６０、ｒｓ１９０８９３１８３及びｒｓ１３１９５０１からなる群から選択された２、３、４、５、６、７、又は８つのＳＮＰを検出することを含む。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法で使用されたＳＮＰは、ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２及び／又はｒｓ５９７４４５６０である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法で使用されたＳＮＰは、ｒｓ１１６６４７５６０、ｒｓ１１４３８２４７１、ｒｓ１９０８９３１８３及び／又はｒｓ１３１９５０１である。

理論に束縛されることなく、本明細書に記載のＳＮＰは、炎症性シグナル伝達経路の調節不全（例えば、ＮＦｋＢ依存性炎症カスケード）を含む細胞プロセスの調節不全に寄与し、細胞の進行又は転移を引き起こし、炎症状態及び／又は癌（例えば、前立腺癌）をもたらす可能性があると考えられる。ヒトＮＡＭＰＴのプロモータ領域内で発生するＳＮＰは、ＮＡＭＰＴプロモータ活性の増加を引き起こすと考えられる。増加した活性は、ＮＡＭＰＴの発現の増加を引き起こし、続いて、ＮＡＭＰＴの血漿レベルの増加を引き起こす。ＮＡＭＰＴのレベルの可能な増加は、トール様受容体４（ＴＬＲ４）を介して進化的に保存されたＮＦｋＢ依存性炎症カスケードを活性化する。サイトカインの産生増強は、次いで、炎症性表現型又は浸潤性前立腺癌表現型への移行を増強して、被験者が炎症状態又は前立腺癌を発症するリスクを増加させる。ＮＡＭＰＴは、腫瘍／宿主のクロストークにも関与して、微小環境と前立腺癌の浸潤及び転移に影響を与える。

炎症状態（例えば、ＡＲＤＳ、ＲＩＬＩ、肺高血圧症、又は肺線維症）又は侵襲性前立腺癌を発症するリスクのある被験者を同定する方法が提供される。いくつかの実施形態では、そのような被験者の同定は、炎症状態又は侵襲性前立腺癌を発症するリスクのある可能性がある被験者からサンプルを採取し、続いてサンプル中の前述のＳＮＰの少なくとも１つの有無について試験することを含む。いくつかの実施形態では、サンプル中の少なくとも１つのＳＮＰの存在は、被験者が炎症状態を発症するリスクがあることを示す。いくつかの実施形態では、サンプル中の少なくとも１つのＳＮＰの存在は、被験者が侵襲性前立腺癌を発症するリスクがあることを示す。

侵襲性前立腺癌を発症するリスクのある可能性がある被験者の例は、無痛性前立腺癌を有する被験者である。したがって、無痛性前立腺癌を有する患者における本明細書に記載のＳＮＰの同定は、患者が侵襲性前立腺癌を発症する可能性又はリスクがあるかを予測するために使用することができる。いくつかの実施形態では、ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ１１４３８２４７１、ｒｓ９７７０２４２、ｒｓ５９７４４５６０、ｒｓ１９０８９３１８３及びｒｓ１３１９５０１からなる群から選択された２、３、４、５、６、７、又は８つのＳＮＰの存在は、被験者が前立腺癌を有するか又は発症するリスクがあることを示す。いくつかの実施形態は、１つ以上のＳＮＰの存在に基づいて、被験者が前立腺癌を有すると診断することを含む。

いくつかの実施形態では、無痛性前立腺癌は散発性又は遺伝性である。遺伝性前立腺癌では、アフリカ系又はヨーロッパ系の被験者は、前立腺癌を発症するリスクが高い。

いくつかの実施形態では、サンプルからのＮＡＭＰＴのプロモータ要素における少なくとも１つのＳＮＰの検出は、ＳＮＰジェノタイピングによって達成することができる。一般に、ＳＮＰジェノタイピングは、例えば、被験者から生物学的サンプル（例えば、生検された組織、細胞、体液、分泌物などのサンプル）を収集するステップと、サンプルの細胞から核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ又はその両方）を単離するステップと、標的核酸領域のハイブリダイゼーション及び増幅が起こるような条件下で、標的ＳＮＰを含む単離された核酸の領域に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーと核酸とを接触させるステップと、目的のＳＮＰ位置に存在するヌクレオチドを決定するか、又は一部のアッセイ（特定のＳＮＰ対立遺伝子が存在するか、又は存在しない場合にのみ、ハイブリダイゼーション及び／又は増幅が起こるようにアッセイが設計され得る）では、増幅産物の有無を検出するステップと、を含む。ＳＮＰジェノタイピングは、ホモ接合型又はヘテロ接合型のＳＮＰＳを同定することができる。本明細書に記載の方法のいくつかの実施形態では、少なくとも１つのＳＮＰはホモ接合型である。他の実施形態では、少なくとも１つのＳＮＰはヘテロ接合型である。

ＳＮＰを検出する他の方法は当技術分野で知られており、本発明の方法に適用することができる。例えば、１つ以上のＳＮＰのヌクレオチド出現を同定するために使用できる市販のアッセイシステムは、ＳＮＰ－ＩＴ(登録商標)アッセイシステム（ＯｒｃｈｉｄＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．；ＰｒｉｎｃｅｔｏｎＮ．Ｊ．）である。一般的に、ＳＮＰ－ＩＴ(登録商標)法は３段階のプライマー伸長反応である。最初の段階では、標的核酸分子が、捕捉プライマーへのハイブリダイゼーションによりサンプルから単離されることにより、第１のレベルの特異性を提供する。第２の段階では、捕捉プライマーが、標的ＳＮＰサイトの終結ヌクレオチド三リン酸から伸長することにより、第２のレベルの特異性を提供する。第３の段階では、伸長されたヌクレオチド三リン酸は、例えば、直接蛍光、間接蛍光、間接比色分析、質量分析又は蛍光偏光などの様々な既知の形式を使用して検出され得る。反応は、ＳＮＰｓｔｒｅａｍ(登録商標)装置（ＯｒｃｈｉｄＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．）を使用して、自動形式の３８４ウェル形式で容易に処理され得る。

被験者から採取されたサンプルからの核酸サンプルは、当業者に公知の方法で、目的のＳＮＰの存在及び同一性を決定するためにジェノタイピングされ得る。隣接する配列は、キット形式で任意に実装されたオリゴヌクレオチドプローブなどのＳＮＰ検出試薬を設計するために使用され得る。例示的なＳＮＰジェノタイピング方法は、ＰｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓＪ．２００３；３（２）：７７－９６におけるＣｈｅｎｅｔらによる「一塩基多型のジェノタイピング：生化学、プロトコル、コスト、及びスループット」、ＣｕｒｒＩｓｓｕｅｓＭｏｌ．Ｂｉｏｌ．２００３年４月；５（２）：４３－６０におけるＫｗｏｋらによる「一塩基多型の検出」、ＡｍＪＰｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ．２００２；２（３）：１９７－２０５におけるＳｈｉによる「個々のジェノタイピングのための技術：薬物標的及び疾患遺伝子における遺伝子多型の検出」、及びＡｎｎｕＲｅｖＧｅｎｏｍｉｃｓＨｕｍＧｅｎｅｔ２００１；２：２３５－５８におけるＫｗｏｋによる「一塩基多型のジェノタイピングの方法」に記載されている。ハイスループットＳＮＰジェノタイピングの例示的な技術は、ＣｕｒｒＯｐｉｎＤｒｕｇＤｉｓｃｏｖＤｅｖｅｌ．２００３年５月；６（３）：３１７－２１におけるＭａｒｎｅｌｌｏｓによる「遺伝的関連研究のためのハイスループットＳＮＰ分析」に記載されている。一般的なＳＮＰジェノタイピング方法には、ＴａｑＭａｎアッセイ、分子ビーコンアッセイ、核酸アレイ、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、配列プライマー伸長、ホモジニアスプライマー伸長アッセイ、質量分析による検出を伴うプライマー伸長、パイロシーケンシング、遺伝子アレイでソートされた多重スプライマー伸長、ローリングサークル増幅を伴うライゲーション、均質ライゲーション、ＯＬＡ（米国特許第４，９８８，１６７号）、遺伝子アレイでソートされた多重ライゲーション反応、制限酵素断片長多型、単一塩基伸長タグアッセイ、及びインベーダーアッセイが含まれるが、これらに限定されない。このような方法は、例えば、発光又は化学発光検出、蛍光検出、時間分解蛍光検出、蛍光共鳴エネルギー移動、蛍光分極、質量分析及び電気的検出などの検出メカニズムと組み合わせて使用されてもよい。多型を検出する様々な方法には、切断剤からの保護を利用してＲＮＡ／ＲＮＡ又はＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖のミスマッチの塩基を検出する方法（Ｍｙｅｒｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ２３０：１２４２（１９８５）；Ｃｏｔｔｏｎら、ＰＮＡＳ８５：４３９７（１９８８）；及びＳａｌｅｅｂａら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６－２９５（１９９２））、変異型及び野生型核酸分子の電気泳動移動度を比較する方法（Ｏｒｉｔａら、ＰＮＡＳ８６：２７６６（１９８９）；Ｃｏｔｔｏｎら、Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５－１４４（１９９３）；及びＨａｙａｓｈｉら、Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３－７９（１９９２））、及び変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用して、変性剤の勾配を含むポリアクリルアミドゲルにおける多型又は野生型フラグメントの移動をアッセイする方法（Ｍｙｅｒｓら、Ｎａｔｕｒｅ３１３：４９５（１９８５））が含まれるが、これらに限定されない。特定の場所での配列の変化は、ＲＮａｓｅ及びＳＩ保護などのヌクレアーゼ保護アッセイ又は化学的切断法によっても評価され得る。

いくつかの実施形態では、ＮＡＭＰＴプロモータ配列中のＳＮＰを検出することは、被験者からのサンプルを、ＳＮＰを含むヌクレオチド配列又はそれに相補的なヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブと接触させること、及びオリゴヌクレオチドプローブの選択的ハイブリダイゼーションを検出することを含む。ある実施形態では、ＳＮＰを含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブは、ＳＮＰを取り囲む各側に１００～５００（例えば、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、又は５００）塩基対を含む。例えば、ＳＮＰを含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブは、ＳＮＰを取り囲む各側に２００塩基対を含み得る。特定の実施形態では、配列番号１８に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ７７８９０６６を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズし、配列番号１９に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ６１３３００８２を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズし、配列番号２０に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ９７７０２４２を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズし、配列番号２１に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ５９７４４５６０を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズし、及び／又は配列番号２２に示されたヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプローブは、ｒｓ１３１９５０１を含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズする。ＳＮＰを含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズできる例示的なオリゴヌクレオチドプローブは、以下の表２に提供される：

いくつかの実施形態では、ＳＮＰジェノタイピングは、５’ヌクレアーゼアッセイとしても知られたＴａｑＭａｎアッセイを使用して実施される（米国特許第５，２１０，０１５号及び第５，５３８，８４８号）。ＴａｑＭａｎアッセイは、ＰＣＲ中に特定の増幅産物の蓄積を検出する。ＴａｑＭａｎアッセイは、蛍光レポーター色素とクエンチャー色素で標識されたオリゴヌクレオチドプローブを利用する。レポーター色素は、適切な波長での照射によって励起され、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）と呼ばれるプロセスを介して同じプローブ内のクエンチャー色素にエネルギーを伝達する。プローブに結合する場合、励起されたレポーター色素はシグナルを発する。無傷プローブのクエンチャー色素がレポーター色素に近接すると、レポーターの蛍光が減少する。レポーター色素とクエンチャー色素は、それぞれ５’最末端と３’最末端にある場合があり、その逆の場合もある。或いは、レポーター色素は、クエンチャー色素が内部ヌクレオチドに結合している間、５’又は３’最末端にある場合があり、その逆の場合もある。更に別の実施形態では、レポーター及びクエンチャーの両方は、レポーターの蛍光が低減されるように、互いに離れた位置で内部ヌクレオチドに結合してもよい。ＰＣＲ中、ＤＮＡポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性がプローブを切断することで、レポーター色素とクエンチャー色素を分離し、レポーターの蛍光を増加させる。ＰＣＲ産物の蓄積は、レポーター色素の蛍光の増加を監視することにより直接検出される。ＤＮＡポリメラーゼは、プローブがＰＣＲ中に増幅された標的ＳＮＰ含有テンプレートにハイブリダイズする場合にのみ、レポーター色素とクエンチャー色素との間にプローブを切断し、プローブは、特定のＳＮＰ対立遺伝子が存在する場合にのみ、標的ＳＮＰサイトにハイブリダイズするように設計される。この方法のいくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、蛍光部分及び蛍光消光剤を含む、二重標識されたオリゴヌクレオチドプローブを含む。

好ましいＴａｑＭａｎプライマー及びプローブ配列は、本明細書で提供されたＳＮＰ及び関連する核酸配列情報を使用して容易に決定され得る。ＰｒｉｍｅｒＥｘｐｒｅｓｓ（ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、ＦｏｓｔｅｒＣｉｔｙ、Ｃａｌｉｆ．）などの多くのコンピュータプログラムを使用して、最適なプライマー／プローブセットを迅速に採取することができる。当業者には明らかなように、本発明のＳＮＰを検出するためのそのようなプライマー及びプローブは、癌、特に前立腺癌を含む様々な障害の予後アッセイに有用であり、キット形式に容易に組み込まれ得る。本発明はまた、分子ビーコンプローブ（米国特許第５，１１８，８０１号及び第５，３１２，７２８号）及び他の変異体形式（米国特許第５，８６６，３３６号及び第６，１１７，６３５号）の使用などの当技術分野で周知のＴａｑｍａｎアッセイの改変を含む。

ＳＮＰはまた、ミスマッチ検出技術を使用して検出されてもよく、この技術は、リボプローブを使用するＲＮａｓｅ保護法（Ｗｉｎｔｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．ＡｃａｄＳｃｉ．ＵＳＡ８２：７５７５，１９８５；Ｍｅｙｅｒｓら，Ｓｃｉｅｎｃｅ２３０：１２４２，１９８５）と、大腸菌ｍｕｔＳタンパク質などのヌクレオチドミスマッチを認識するタンパク質（Ｍｏｄｒｉｃｈ、Ｐ．Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．２５：２２９－２５３，１９９１）を含むが、これらに限定されない。或いは、ＳＮＰは一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析（Ｏｒｉｔａら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ５：８７４－８７９，１９８９；Ｈｕｍｐｈｒｉｅｓら、ＭｏｌｅｃｕｌａｒＤｉａｇｎｏｓｉｓｏｆＧｅｎｅｔｉｃＤｉｓｅａｓｅｓ，Ｒ．Ｅｌｌｅｓ，ｅｄ．，ｐｐ．３２１－３４０，１９９６）、又は変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）（Ｗａｒｔｅｌｌら、Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．１８：２６９９－２７０６，１９９０；Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８６：２３２－２３６，１９８９）によって同定され得る。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＳＮＰは、質量分析に基づく方法を使用して検出され得る。質量分析は、ＤＮＡの４つのヌクレオチドのそれぞれの固有の質量を利用する。ＳＮＰは、ＳＮＰを欠く対照被験者からのサンプルと比較して、ＳＮＰを有する核酸の質量の差を測定することにより、質量分析によって明確に検出され得る。ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化－飛行時間）質量分析技術は、ＳＮＰなどの分子量の非常に正確な測定に適する。質量分析に基づいて、ＳＮＰ分析への多くのアプローチが開発されている。ＳＮＰジェノタイピングの好ましい質量分析ベースの方法は、従来のゲルベースのフォーマットやマイクロアレイなどの他のアプローチと組み合わせて利用され得たプライマー伸長アッセイを含む。

ＳＮＰジェノタイピングは、多くの用途に有用であり、これらの用途は、ＳＮＰ疾患関連分析、疾患素因スクリーニング、疾患診断、疾患予後、疾患進行モニタリング、個人の遺伝子型に基づく治療戦略の決定、疾患又は薬物に反応する可能性に関連するＳＮＰ遺伝子型に基づく効果的な治療薬（例えば、抗ｅＮＡＭＰＴ抗体）の開発、及び治療レジメンの臨床試験のための患者集団の層別化を含むが、これらに限定されない。

治療方法
ＮＡＭＰＴ発現に関連する状態を有するか又は発症するリスクのある被験者を治療する方法も提供される。いくつかの実施形態は、ＮＡＭＰＴ発現に関連する状態を有するか又は発症するリスクのある被験者を同定すること、及び状態の発症又は進行を予防又は低減するように被験者を治療することを含む。いくつかの実施形態では、ＮＡＭＰＴ関連状態は、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、放射線誘発肺損傷（ＲＩＬＩ）、肺高血圧症、又は肺線維症などの炎症状態である。いくつかの実施形態では、ＮＡＭＰＴ関連状態は、前立腺癌である。

いくつかの実施形態では、被験者は、（例えば、ＮＡＭＰＴのレベルを低下させ、及び／又はＮＡＭＰＴ活性を低下させるために）被験者にＮＡＭＰＴ阻害剤を投与することにより治療される。いくつかの実施形態では、ＮＡＭＰＴ阻害剤は、抗ＮＡＭＰＴ抗体である。例示的な抗ＮＡＭＰＴ抗体は、以下の表３に記載された、Ａｂ１及びＡｂ２、又はそれらの抗原結合部分を含む。

いくつかの実施形態では、ＡＲＤＳ治療は、肺保護換気、呼吸補助（例えば、酸素補給、陽圧換気）、流体、栄養補給剤、抗菌剤、ステロイド（例えば、メチルプレドニゾロンなどの糖質コルチコイド）、肺血管拡張薬（例えば、一酸化窒素、プロスタグランジン）、β_２－アドレナリン作動薬、プロスタグランジンＥ_１、活性化プロテインＣ、抗酸化剤、オメガ３脂肪酸、ケトコナゾール、リソフィリン、組換えヒト因子ＶＩＩａ、ＩＦＮβ１α、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子及びスタチンの１つ以上の投与を含む。いくつかの実施形態では、上記の治療法の１つ以上は、１つ以上のｅＮＡＭＰＴ阻害剤（例えば、抗体）と組み合わせて投与される。

ＲＩＬＩの治療は、放射線防護剤（例えば、アミフォスチン、マンガンスーパーオキシドジスムターゼ－プラスミドリポソームなどの人工ナノ粒子、ゲニスタイン、ベルベリン及び／又はペントキシフィリン）、放射線緩和剤（例えば、メチルプレドニゾン、ＡＣＥ（アンジオテンシン変換酵素）阻害剤、アンジオテンシン－２拮抗薬、クルクミン及び／又はケラチノサイト成長因子などの成長因子）の１つ以上の投与と、細胞ベースの治療法（例えば、骨髄由来間葉系幹細胞及び／又は人工多能性幹細胞）とを含む。いくつかの実施形態では、上記治療法の１つ以上は、１つ以上のｅＮＡＭＰＴ阻害剤（例えば、抗体）と組み合わせて投与される。

肺高血圧症の治療は、血管拡張薬、抗凝固剤（例えば、ワルファリン）、利尿薬、酸素、ジゴキシン、内皮受容体拮抗薬（例えば、ボセンタン、アンブリセンタン及び／又はマシテンタン）、ホスホジエステラーゼ５阻害剤（例えば、シルデナフィル及び／又はタダラフィル）、プロスタグランジン（例：エポプロステノール、イロプロスト及び／又はトレプロスチニル）、可溶性グアニル酸シクラーゼ刺激薬（例、リオシグアト）、及びカルシウムチャネル遮断剤（例えば、ニフェジピン、ジルチアゼム、ニカルジピン及び／又はアムロジピン）の１つ以上の投与を含む。いくつかの実施形態では、上記治療法の１つ以上は、１つ以上のｅＮＡＭＰＴ阻害剤（例えば、抗体）と組み合わせて投与される。

肺線維症の治療は、免疫抑制剤（例えば、プレドニゾロン及び／又はアザチオプリン）、抗酸化剤（例えば、Ｎ－アセチルシステイン）、抗線維薬（例えば、ピルフェニドン及び／又はニンテダニブ）、制酸薬、酸素、結合組織成長因子（ＣＴＦＧ）阻害剤、αｖβ６インテグリン阻害剤、オートタキシン阻害剤、ＩＬ－１３阻害剤及びガレクチン－３阻害剤の１つ以上の投与を含む。いくつかの実施形態では、上記治療法の１つ以上は、１つ以上のｅＮＡＭＰＴ阻害剤（例えば、抗体）と組み合わせて投与される。

ＣＯＶＩＤ－１９の治療は、ＡＣＥ阻害剤、アンジオテンシン受容体遮断剤、レムデシビル、酸素、ＰＩＫｆｙｖｅキナーゼ阻害剤（例：ａｐｉｌｉｍｏｄ）及びシステインプロテアーゼ阻害剤（例えば、ＭＤＬ－２８１７０、ＺＬＶＧＣＨＮ２、ＶＢＹ－８２５及び／又はＯＮＯ５３３４）の１つ以上の投与を含む。いくつかの実施形態では、上記治療法の１つ以上は、１つ以上のｅＮＡＭＰＴ阻害剤（例えば、抗体）と組み合わせて投与される。

前立腺癌の治療は、手術（例えば、前立腺若しくは睾丸の切除又は癌細胞を殺すための凍結手術）と、放射線療法（例えば、外部ビーム放射線及び／又は近接照射療法）、黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨ－ＲＨ）アゴニスト（例えば、リュープロレリン、ゴセレリン、トリプトレリン及び／又はヒストレリン）などのホルモン療法、又は体がテストステロン（例えば、ケトコナゾール及び／又はアビラテロン）を産生するのを防ぐ他の薬物療法、抗アンドロゲン（例えば、ビカルタミド、ニルタミド、フルタミド及び／又はエンザルタミド）、化学療法、及び生物学的療法（例えば、シプロイセルＴ）の１つ以上の投与と、を含む。いくつかの実施形態では、上記治療法の１つ以上は、１つ以上のｅＮＡＭＰＴ阻害剤（例えば、抗体）と組み合わせて投与される。

以下の実施例は、本開示の組成物及び方法を更に説明及び実証する。実施例は、いかなる方法でも開示を制限することを意図するものではない。他の態様は、当業者には明らかであろう。例えば、本明細書の各例において、用語「含む」、「本質的に～からなる」及び「からなる」のいずれかを、他の２つの用語のいずれかで置き換えることができ、更に、本明細書に開示された特徴を参照して、任意の用語を使用することができる。

実施例１．前立腺癌に関連するＳＮＰの同定
ＮＡＭＰＴプロモータＳＮＰは、前立腺癌のリスク及び／又は重症度が高い患者を同定するために使用される指標として同定される。

１２つのＮＡＭＰＴＳＮＰは、著しく過剰表現されたアフリカ系の数人で、前立腺癌の進行のリスクを評価するためにレビュー及び改良された。ＡＲＤＳの感受性及び死亡率に寄与するＮＡＭＰＴＳＮＰも同定された。ＳＮＰは、ｒｓ７７８９０６６（位置：ｃｈｒ７：１０６２８７３０６（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））、ｒｓ１１６６４７５０６（位置：ｃｈｒ７：１０６２８７１８０（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））、ｒｓ６１３３００８２（位置：ｃｈｒ７：１０６２８６４１９（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））、ｒｓ１１４３８２４７１（位置：ｃｈｒ７：１０６２８６２８８（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））、ｒｓ９７７０２４２（位置：ｃｈｒ７：１０６２８５８８５（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））、ｒｓ５９７４４５６０（位置：ｃｈｒ７：１０６２８５８３２（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））、ｒｓ１９０８９３１８３（位置：ｃｈｒ７：１０６２８５６６３（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））、及びｒｓ１３１９５０１（位置：ｃｈｒ７：１０６２８５３０７（ＧＲＣｈ３８．ｐ１２））である。

これらのＮＡＭＰＴＳＮＰは、低酸素誘導転写因子ＨＩＦ２αによる重要な関与と、－１５３５Ｇではなく、ＡＲＤＳの保護ＳＮＰであるＮＡＭＰＴプロモータＳＮＰ－９４８Ｔ、－１００１Ｇ及び－２４２２Ｇによる大きな影響と伴い、ＡＲＤＳ感受性に寄与し、その後、機械的ストレスと、低酸素とに応答して、ＮＡＭＰＴプロモータ活性を複製及び変化させる。正常な前立腺細胞（ＲＷＰＥ－１）及びＰＣａ細胞（ＰＣ３、ＤＵ－１４５）における基礎及び放射線誘発ＮＡＭＰＴプロモータ活性を評価した。基礎ＮＡＭＰＴＴプロモータ活性は、正常な前立腺細胞よりも前立腺癌細胞の方が著しく大きく、放射線（８Ｇｙ、４ｈｒｓ）により更に増大した。これは、活性酸素種に応答してＮＡＭＰＴ発現を刺激して前立腺癌の進行を促進する潜在的なメカニズムを示す。

実施例２．侵襲性前立腺癌のリスクを同定するためのＮＡＭＰＴジェノタイピング及び血漿ｅＮＡＭＰＴアッセイ
この実施例は、侵襲性前立腺癌のバイオマーカーとしてのＮＡＭＰＴプロモータＳＮＰ及び／又は増加したｅＮＡＭＰＴの血漿レベルを示す。ｅＮＡＭＰＴレベルの上昇及び／又はＮＡＭＰＴＳＮＰの存在が前立腺癌の死亡率及び疾患の進行の増加に関連することを実証するために、ＮＡＭＰＴジェノタイピングアッセイパネルと、前立腺生検結果、ＰＳＡレベル、骨スキャン及びＭＲＩ前立腺イメージングを含む表現型情報を含む、以前に前立腺癌臨床試験に登録された被験者からのバイオバンク標本における血漿ベースのｅＮＡＭＰＴＥＬＩＳＡ値とを評価する。被験者は第ＩＩ／ＩＩＩ相ＰＣａ研究に登録され、前立腺癌の生検が最初に陰性である１６６人の個体と、３～５年間に採取された約２０つの血漿サンプルとを含む。このコホートの半分以上（５５％）は、最終的に生検により証明された前立腺癌を発症するため、ＮＡＭＰＴＳＮＰ及びｅＮＡＭＰＴレベルがＰＣａのリスク及び進行を予測するかを決定するための貴重な標本セットを提供する。アフリカ系アメリカ人の被験者から得られたペアのＤＮＡと複数の血漿サンプルとの第２のセットを評価して前立腺癌の進行及び致死性をもたらす疾患予測因子を決定する。

実施例３．ヒト浸潤性ＰＣａにおけるＮＡＭＰＴ発現
ＰＣａの浸潤性及び進行に対するＮＡＭＰＴの役割を評価するために、ＰＣａ組織においてＮＡＭＰＴ発現を研究した。正常前立腺組織、前立腺に限局し被膜浸潤を伴わない前立腺腺癌（即ち、臓器限定性ＰＣａ）、及び前立腺外脂肪組織（即ち、浸潤性ＰＣａ）への被膜浸潤を伴う前立腺腺癌における免疫組織化学的（ＩＨＣ）染色によってＮＡＭＰＴの発現を評価した。代表的な顕微鏡写真は、図１Ａ～１Ｃに提供される。図１Ｄは、図１Ａ～１Ｃの顕微鏡写真から評価されたＮＡＭＰＴ染色をまとめたものである。

正常な組織及びＰＣａ組織のＩＨＣ分析によれば、正常前立腺組織におけるＮＡＭＰＴ発現の事実上の欠如（図１Ａ～１Ｄ）と、前立腺に限局し被膜浸潤を伴わない前立腺腺癌におけるＮＡＭＰＴのかなりの発現（図１Ｂ及び１Ｄ、ｐ＜０．０５）が示された。対照的に、前立腺外脂肪組織への被膜浸潤を伴う前立腺腺癌は、著しく強いＮＡＭＰＴ染色を示した（図１Ｃ及び１Ｄ、ｐ＜０．０５）。

ＰＣＡ浸潤性及び進行におけるＮＡＭＰＴの役割を更に評価するために、健常対照者、ＰＣａ患者、及び上昇したＰＳＡレベルを示すが前立腺生検で陰性であるハイリスク被験者から得られた血漿サンプルにおいて、ＥＬＩＳＡによって細胞外ＮＡＭＰＴ発現を評価した。分析の結果を図２Ａに示す。図２Ａに示すように、ＰＣａ患者は、ハイリスク被験者よりＮＡＭＰＴ血漿レベルが高かった（ｐ＜０．０５）。また、ＰＣａ患者及びハイリスク患者のＮＡＭＰＴ血漿レベルは、健常対照者からのものと比較した場合に高いことが分かった（ｐ＜０．０５）。更に、臓器限定性ＰＣａ（又は非浸潤性ＰＣａ）の患者と前立腺外ＰＣａ（又は浸潤性ＰＣａ）の患者のＮＡＭＰＴ血漿レベルを比較した。比較分析は、図２Ｂに示すように、臓器限定性又は非浸潤性ＰＣａの患者と比較して、前立腺外又は浸潤性ＰＣａの患者のＮＡＭＰＴ血漿レベルが著しく高かったことを示す。

したがって、図１Ａ～１Ｄ、２Ａ、及び２Ｂに概説した結果は、浸潤性ＰＣａにおけるＮＡＭＰＴの発現の増加を示し、ＰＣａの浸潤性におけるＮＡＭＰＴの重要な役割を強調する。

実施例４．ＰＣａ細胞浸潤に対するヒト化抗ＮＡＭＰＴ抗体の効果
前述の例で概説した結果は、ＰＣａの浸潤性におけるＮＡＭＰＴの役割を示し、浸潤性ＰＣａの潜在的な治療標的としてのＮＡＭＰＴを強調する。浸潤性ＰＣａの治療標的としてのＮＡＭＰＴの役割を更に検証するために、ＰＣａ細胞浸潤に対するヒト化抗ＮＡＭＰＴモノクローナル抗体（ｍＡｂ）の効果を評価した。そのために、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）マウス中のヒトＰＣａ細胞の腹膜浸潤を評価した。

まず、転移性ヒトＰＣａ細胞ＰＣ３をＳＣＩＤマウスに腹腔内注射（Ｉ．Ｐ．）した。具体的な実験では、マウスに２μｇのヒト化抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ又はビヒクルのみを週に２回注射した。ＰＣ３細胞注射の６週間後にＰＣ３細胞の腹膜浸潤を評価した。代表的な顕微鏡写真を図３Ａ～３Ｃに示し、結果のグラフ要約を図３Ｄ及び３Ｅに示す。

図３Ａ～３Ｃに示すように、ヒトＰＣａ細胞株の注射により、浸潤癌細胞内の顕著なＮＡＭＰＴ染色に関連する実質的な腹膜筋浸潤を引き起こし（図３Ａ及び３Ｂ）、これに対して、ヒト化抗ＮＡＭＰＴｍＡｂが投与されたＰＣ３チャレンジＳＣＩＤマウスは、平滑筋腹膜へのＰＣ３浸潤の著しい減少を示した（図３Ｃ）。図３Ｄ及び３Ｅにまとめたように、ヒト化抗ＮＡＭＰＴｍＡｂが投与されたＰＣ３チャレンジＳＣＩＤマウスは、著しく低下した腫瘍浸潤率（図３Ｄ、ｐ＜０．０５）及び腫瘍浸潤深度（図３Ｅ、ｐ＜０．０５）を示した。

したがって、この研究からの観察は、ＰＣａ細胞の浸潤性におけるＮＡＭＰＴの役割と、この浸潤性の挙動を緩慢にするためのヒト化抗ＮＡＭＰＴ抗体の重要な可能性を強く示唆する。

実施例５．ヒトＡＲＤＳの診断／予後バイオマーカーとしての血漿ＮＡＭＰＴレベル
血漿サンプルは、ＣＯＶＩＤ－１９感染、ＡＲＤＳ又は外傷を有する患者、又は健常対照者（「Ｃｔｌ」）から得られ、血漿サンプル中のＮＡＭＰＴレベルはＥＬＩＳＡによって評価された。結果は、図４Ａに示すように、ＣＯＶＩＤ－１９感染、ＡＲＤＳ又は外傷などの急性炎症状態を有する患者の血漿ＮＡＭＰＴレベルが、健常対照者の血漿ＮＡＭＰＴレベルと比較して著しく高かった（ｐ＜０．００１）ことを示す。次に、生存及び死亡したＡＲＤＳ患者におけるＮＡＭＰＴ、及びＩＬ－６、ＩＬ－８、マクロファージ遊走阻害因子（ＭＩＦ）などの他の炎症性サイトカインの血漿レベルを評価して、これらの炎症性サイトカインの血漿レベルとＡＲＤＳ死亡率との相関を評価した。この結果は、図４Ｂに示すように、死亡したＡＲＤＳ患者におけるＮＡＭＰＴ、及びＩＬ－６、ＩＬ－８、ＭＩＦなどの他の炎症性サイトカインの血漿レベルが高いことを示し、これによって、これらのサイトカインのより高い血漿レベルは、ＡＲＤＳ死亡率と関連することを示す。

したがって、その結果は、ＡＲＤＳ及び他の急性炎症状態におけるＮＡＭＰＴ発現の調節不全を示し、これによって、ＡＲＤＳにおける診断／予後バイオマーカーとしてのＮＡＭＰＴの可能性を示す。

実施例６．膵炎の診断／予後バイオマーカーとしての血漿ＮＡＭＰＴレベル
実施例５は、ＡＲＤＳ及び他の炎症状態の診断／予後バイオマーカーとしてのＮＡＭＰＴを確立する。膵臓の実質性炎症を特徴とする状態である膵炎がＡＲＤＳに関連することが多いという事実を考慮すると、膵炎の診断／予後バイオマーカーとしてのＮＡＭＰＴの可能性を評価した。

そのために、まず、膵炎患者及び健常対照者から得られたサンプルにおいて、ＥＬＩＳＡによってＮＡＭＰＴ血漿レベルを評価した。結果は、図５Ａに示すように、健常対照者と比較して、膵炎患者の血漿ＮＡＭＰＴレベルが著しく高かった（ｐ＜０．０００１）ことを示し、これによって、膵炎におけるＮＡＭＰＴ発現の調節不全を示す。次に、軽度、中程度、又は重度膵炎患者から得られたサンプルにおいて、ＥＬＩＳＡによってＮＡＭＰＴ血漿レベルを評価した。図５Ｂに示すように、軽度膵炎患者と比較して、中程度膵炎患者は、血漿ＮＡＭＰＴレベルが著しく高かったが、重度膵炎患者は血漿ＮＡＭＰＴレベルが更に高いことを示した。したがって、図５Ｂは、膵炎の重症度の増加に伴う血漿ＮＡＭＰＴの増加を示す。

したがって、図５Ａ及び５Ｂに概説した結果は、膵炎の病因及び進行におけるＮＡＭＰＴの役割を実証し、膵炎及び膵炎関連ＡＲＤＳの診断／予後バイオマーカーとしてのＮＡＭＰＴの可能性を強調する。

実施例７．敗血症の診断／予後バイオマーカーとしての血漿ＮＡＭＰＴレベル
実施例５は、ＡＲＤＳにおける診断／予後バイオマーカーとしてのＮＡＭＰＴを確立する。重症敗血症がＡＲＤＳの最も一般的な病因であるという事実を考慮すると、敗血症の診断／予後バイオマーカーとしてのＮＡＭＰＴの可能性を評価した。

健常対照者又は敗血症患者から得られたサンプルにおいて、ＥＬＩＳＡによってＮＡＭＰＴ血漿レベルを評価した。図６Ａに示すように、健常対照者と比較して、敗血症患者は、血漿ＮＡＭＰＴレベルが著しく高かった（ｐ＜０．０００１）ことを示し、これによって、敗血症におけるＮＡＭＰＴ発現の調節不全を示す。次に、敗血症性ショックの有無にかかわらず敗血症患者から得られたサンプルにおいて、ＥＬＩＳＡによってＮＡＭＰＴ血漿レベルを評価した。図６Ｂに示すように、敗血症性ショックのない敗血症患者と比較して、敗血症性ショックのある敗血症患者は、血漿ＮＡＭＰＴレベルが著しく高かった。これらの結果は、敗血症の重症度の増加に伴う血漿ＮＡＭＰＴレベルの増加を示す。したがって、データは、敗血症の病因及び進行におけるＮＡＭＰＴの役割を実証し、敗血症及び敗血症誘発性ＡＲＤＳの診断／予後バイオマーカーとしてのＮＡＭＰＴの可能性を強調する。

実施例８．ＮＡＭＰＴの遺伝的変異によるＡＲＤＳ重症度の予測
遺伝子の一塩基多型（ＳＮＰ）は、ＮＡＭＰＴなどのサイトカインを調節する。あるＳＮＰの存在は、細胞外ＮＡＭＰＴの存在を示す。前述の例では、血漿ＮＡＭＰＴをＡＲＤＳの診断／予後バイオマーカーとして確立したので、遺伝子内のある（ＳＮＰ）の検出及び測定を使用してＮＡＭＰＴを検出し、ＡＲＤＳのリスクに相関させるかを評価した。そのために、ＡＲＤＳ患者又は健常対照者からのＤＮＡサンプルは、ＮＡＭＰＴプロモータに関連するあるＳＮＰについて評価された。

図７に示すように、ＮＡＭＰＴＳＮＰｒｓ６１３３００８２及びｒｓ９７７０２４２は、より高い血漿ＮＡＭＰＴレベル及びより高いＡＲＤＳ死亡率と関連することが見出された。更に、ＡＲＤＳ死亡率指数は、血漿ＮＡＭＰＴレベル、ＮＡＭＰＴＳＮＰ及び臨床共変量遺伝子型を統合することが見出された。したがって、図７に記載された結果は、ＮＡＭＰＴ遺伝子型がより高い血漿ＮＡＭＰＴレベル及びより高いＡＲＤＳ死亡率を効果的に予測できることを実証する。

更に、ＮＡＭＰＴシークエンシングにより、アフリカ系の被験者に過剰発現されたＳＮＰを含む、ＡＲＤＳを発症するリスクが高い５つのＳＮＰを同定した。ＮＡＭＰＴＳＮＰとＡＲＤＳリスク及びＡＲＤＳ死亡率との相関を確立するために、単一のＮＡＭＰＴＳＮＰ及び２つのＮＡＭＰＴＳＮＰを有するＡＲＤＳ患者を、ＮＡＭＰＴＳＮＰを有さない対照ＡＲＤＳ患者（即ち、野生型ＮＡＭＰＴ対立遺伝子を有するＡＲＤＳ患者）と比較した。結果は、図８に記載される。図８に示すように、ＮＡＭＰＴＳＮＰは、対照者におけるＡＲＤＳリスク及びＡＲＤＳ死亡率との著しい相関を示した（ｐ＜０．０５）。また、２つのＮＡＭＰＴＳＮＰを有するハプロタイプは、単一のＮＡＭＰＴＳＮＰを有するハプロタイプと比較して、ＡＲＤＳリスク（図８の左側パネル）及びＡＲＤＳ死亡率（図８の中央パネル）との高い相関を示した。したがって、図８に記載された結果は、「ハイリスク」ＮＡＭＰＴ遺伝子型（ＳＮＰ）がＡＲＤＳリスクとＡＲＤＳの重症度及び死亡率とを効果的に予測できることを実証する。

したがって、ＮＡＭＰＴ遺伝的変異（ＳＮＰ）は、ＮＡＭＰＴ血漿レベル、最終的にはＡＲＤＳリスク及びＡＲＤＳ死亡率を予測するのに効果的である。

実施例９．放射線性肺炎のインビボモデルを使用したＮＡＭＰＴ発現に対する放射線の影響の評価
ＲＩＬＩにおけるＮＡＭＰＴの役割を評価するために、ＮＡＭＰＴ発現に対する放射線の影響を研究した。そのために、ＷＴＣ５７／Ｂ６マウスを２０Ｇｙの全胸肺照射（ＷＴＬＩ）に被曝し、４週間にわたって所定の時点で評価した。結果は、図９に記載される。

図９Ａに示すように、対照マウス（図９Ａの左側パネルに示された非照射マウス）と比較して、ＷＴＬＩに被曝したＷＴマウスは、特に肺胞マクロファージ及び上皮細胞におけるＮＡＭＰＴ発現の増加と、２０ＧｙＷＴＬＩの１週間後（図９Ａの中央パネル）及び４週間後（図９Ａの右側パネル）の炎症、血管漏出及び炎症性肺損傷の増加とを示した。図９Ｂは、ＩＲ被曝の１週間後及び４週間後のＷＴＬＩ被曝マウスの肺組織、又は対照マウス（非照射マウス）の肺組織におけるＮＡＭＰＴ染色をまとめたものである。

したがって、その結果は、放射線誘発性のＮＡＭＰＴ発現の増加を示し、これによって、ＲＩＬＩの病因におけるＮＡＭＰＴの役割と、ＲＩＬＩのバイオマーカーとしてＮＡＭＰＴを使用する可能性を示す。

実施例１０．ヒト組織及び血液におけるＮＡＭＰＴ発現に対する放射線の影響
ＲＩＬＩにおけるＮＡＭＰＴの役割を更に調査するために、ヒト組織及び血液におけるＮＡＭＰＴ発現に対する放射線の影響を調査した。結果は、図１０Ａ～Ｃに記載される。

ＮＡＭＰＴ発現に対する放射線の影響を評価するために、ヒト扁桃上皮組織を８Ｇｙ電離放射線（ＩＲ）に２４時間被曝した。図１０Ａに示すように、ヒト扁桃腺組織におけるＮＡＭＰＴ発現は、８ＧｙのＩＲ被曝後に急速かつ著しくアップレギュレートされた。放射線療法を受けている癌患者におけるＮＡＭＰＴ発現を研究することにより、ＮＡＭＰＴ発現に対する放射線の影響を更に評価した。図１０Ｂに示すように、乳癌又は肺癌のための放射線療法を受けている被験者は、対照被験者と比較して、ＮＡＭＰＴの血漿レベルの著しい増加を示した（ｐ＜０．０５）。放射線性肺炎患者のＮＡＭＰＴ発現を研究することにより、ＮＡＭＰＴ発現に対する放射線の影響を評価した。図１０Ｃに記載されるように、放射線性肺炎患者は、対照被験者よりも４～５倍高いＮＡＭＰＴ血漿レベルを示した（ｐ＜０．０５）。

したがって、その結果は、ヒトＲＩＬＩにおけるＮＡＭＰＴ発現及び分泌の調節不全を示す。

実施例１１．ＲＩＬＩにおけるＮＡＭＰＴの役割の調査
Ｃ５７／Ｂ６マウスでのインビボ実験によって、ＲＩＬＩにおけるＮＡＭＰＴの役割を更に評価した。マウスの第１の群は、２０Ｇｙの胸部放射線を受けた野生型（ＷＴ）マウスからなる。非照射マウスを陰性対照（「対照」又は「Ｃｔｒｌ」）とした。４週間にわたって所定の時間にマウスから肺組織を採取した。気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）タンパク質の量を測定し、ＢＡＬ発現細胞の数を求めた。また、肺の炎症を評価するために、肺組織にヘマトキシリン・エオシン（Ｈ＆Ｅ）染色をかけた。更に、ＢＡＬ指数及びＨ＆Ｅ染色に基づいて、ＲＩＬＩ重症度スコアを評価した。対応する分析の結果を図１１Ａ～Ｅに示す。

図１１Ａに示すように、マウスにおけるＲＩＬＩの発生は、非照射対照の肺組織（図１１Ａの挿入図の左側パネル）と比較して、放射線被曝の１週間後（図１１Ａの左側パネル）及び４週間後の急性びまん性肺胞損傷（図１１Ａの右側パネル）を示した肺組織のＨ＆Ｅ染色によって確認された。図１１Ｂは、非照射対照マウスの肺組織と比較する、ＩＲ被曝の１週間後と４週間後の照射マウスの肺組織におけるＨ＆Ｅ染色をまとめたものである。図１１Ｂに示すように、ＩＲ被曝の４週間後の照射マウスの肺組織では、Ｈ＆Ｅ染色領域の著しい増加が見られ（ｐ＜０．００１）、これはＲＩＬＩの効率的な発生を示唆する。図１１Ｃは、非照射対照マウスの肺組織と比較する、ＩＲ被曝の１週間後と４週間後の照射マウスの肺組織におけるＢＡＬタンパク質レベルを示す。図１１Ｃに示すように、対照マウスと比較して、放射線に被曝したマウスは、放射線被曝後の１週目からＢＡＬタンパク質レベルの増加を示し、照射の４週間後のＢＡＬタンパク質レベルの著しい増加が見られた（ｐ＜０．０５）。同様に、図１１Ｄに示すように、放射線に被曝したマウスにＢＡＬ発現細胞（ＢＡＬ細胞）の数が増加し、放射線被曝の４週間後のＢＡＬ細胞数の著しい増加が観察された（ｐ＜０．０５）。更に、図１１Ｅに示すように、対照マウスと比較して、放射線に被曝したマウスは、放射線被曝後の１週目からＲＩＬＩ重症度スコアの増加を示し、照射の４週間後のＲＩＬＩ重症度スコアの著しい増加が観察された（ｐ＜０．０５）。

第２の群は、２０Ｇｙの胸部放射線を受けて４週間観察されたＮＡＭＰＴヘテロ接合型（Ｎａｍｐｔ^＋／－；「Ｎａｍｐｔｈｅｔ」）マウスからなる。非照射ＷＴ及びＮＡＭＰＴヘテロ接合型マウスと、照射ＷＴマウスを対照として使用した。ＢＡＬタンパク質の量を測定し、ＢＡＬ発現細胞の数を求めた。また、肺の炎症を評価するために、肺組織にＨ＆Ｅ染色をかけた。更に、ＢＡＬ指数及びＨ＆Ｅ染色に基づいて、急性肺損傷（ＡＬＩ）重症度スコアを評価した。対応する分析の結果を図１２Ａ～Ｅに示す。

図１２Ａに示すように、非照射ＷＴマウスからの肺組織（図１２Ａの左側パネルの挿入図）と比較して、照射ＷＴマウスからの肺組織のＨ＆Ｅ染色は、放射線被曝の４週間後の肺胞損傷（図１２Ａの左側パネル）を示した。対照的に、Ｎａｍｐｔ^＋／－マウスの肺組織（図１２Ａの右側パネル）は、低下したＨ＆Ｅ染色を示し、これによって、放射線被曝後のＮａｍｐｔ^＋／－マウスの肺胞損傷が少ないことを示す。図１２Ｂは、照射又は非照射のＷＴ及びＮａｍｐｔ^＋／－マウスの肺組織におけるＨ＆Ｅ染色をまとめたものである。図１２Ｂに示すように、照射ＷＴマウスと比較して、照射Ｎａｍｐｔ^＋／－マウスの肺組織では、Ｈ＆Ｅ染色領域の減少が観察され、ＲＩＬＩの病因におけるＮＡＭＰＴの役割を示す。図１２Ｃは、照射又は非照射のＷＴ及びＮａｍｐｔ^＋／－マウスの肺組織におけるＢＡＬタンパク質レベルを示す。図１２Ｃに示すように、非照射対照マウスと比較して、放射線に被曝したマウスは、増加したＢＡＬタンパク質レベルを示した。しかし、照射Ｎａｍｐｔ^＋／－マウスは、照射ＷＴ対照マウスと比較して、低下したＢＡＬタンパク質レベルを示した。同様に、照射Ｎａｍｐｔ^＋／－マウスは、照射ＷＴ対照マウスと比較して著しく減少したＢＡＬ細胞数を示したが、放射線に被曝したマウスでは、ＢＡＬ細胞の数が増加した。更に、図１２Ｅに記載されるように、対照マウスと比較して、放射線に被曝したマウスが増加したＡＬＩ重症度スコアを示したが、照射Ｎａｍｐｔ^＋／－マウスは、照射ＷＴ対照マウスと比較して、低下したＡＬＩ重症度スコアを示した。したがって、その結果は、Ｎａｍｐｔ^＋／－マウスにおけるＲＩＬＩの発現の減少を示し、これによって、ＲＩＬＩの発症及び進行におけるＮＡＭＰＴの役割を示す。

第３の群は、２０Ｇｙの胸部放射線を受け、ポリクローナルＮＡＭＰＴ中和抗体（ｐＡｂ）又はモノクローナル抗ＮＡＭＰＴ抗体（ｍＡｂ）を腹腔内注射した放射マウスからなる。非照射マウス及びビヒクルのみを注射した照射マウスを対照（「Ｃｔｒｌ」）として使用した。ＢＡＬタンパク質の量を測定し、ＢＡＬ発現細胞の数を求めた。また、肺の炎症を評価するために、肺組織にＨ＆Ｅ染色をかけた。更に、ＢＡＬ指数及びＨ＆Ｅ染色に基づいて、急性肺損傷（ＡＬＩ）重症度スコアを評価した。対応する分析の結果を図１３Ａ～Ｅに示す。

図１３Ａに記載されるように、非照射対照マウスからの肺組織（図１３Ａの左側パネルの挿入図）と比較して、（ビヒクルのみが注射された）照射対照マウスからの肺組織のＨ＆Ｅ染色は、放射線被曝の４週間後にびまん性肺胞損傷（図１３Ａの左側パネル）を示した。対照的に、抗ＮＡＭＰＴｐＡｂ（図１３Ａの中央パネル）又は抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ（図１３Ａの右側パネル）が注射されたマウスからの肺組織は、減少したＨ＆Ｅ染色を示し、これによって、放射線被曝後の抗ＮＡＭＰＴＡｂ治療マウスの肺胞損傷が少ないことを示す。図１３Ｂは、非照射対照マウス、照射対照マウス、及び抗ＮＡＭＰＴｐＡｂ又はｍＡｂが注射された照射マウスの肺組織におけるＨ＆Ｅ染色をまとめたものである。図１３Ｂに示すように、非照射対照マウスと比較して、Ｈ＆Ｅ染色領域は、照射対照マウスの肺組織で増加した。しかしながら、照射対照マウスと比較して、抗ＮＡＭＰＴｐＡｂ又はｍＡｂが注射されたマウスからの肺組織でＨ＆Ｅ染色領域の著しい減少が観察され（ｐ＜０．０５）、これは、ＲＩＬＩの発症におけるＮＡＭＰＴの役割を示唆する。図１３Ｃは、非照射対照マウス、照射対照マウス、及び抗ＮＡＭＰＴｐＡｂ又はｍＡｂが注射された照射マウスの肺組織におけるＢＡＬタンパク質レベルをまとめたものである。図１３Ｃに示すように、非照射対照マウスと比較して、放射線に被曝したマウスは、増加したＢＡＬタンパク質レベルを示した。しかしながら、照射対照マウスと比較して、抗ＮＡＭＰＴｐＡｂ又はｍＡｂが注射された照射マウスは、著しく低下したＢＡＬタンパク質レベルを示し（ｐ＜０．０５）、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂで治療された照射マウスにおいてより顕著な低下が観察された。同様に、ＢＡＬ細胞の数は、放射線に被曝したマウスで増加したが、抗ＮＡＭＰＴｐＡｂ又はｍＡｂが注射された照射マウスは、照射対照マウスと比較して、著しく減少したＢＡＬ細胞数を示し（ｐ＜０．０５）、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂで治療された照射マウスにおいてより顕著な減少が観察された。更に、図１３Ｅに示すように、対照マウスと比較して、放射線に被曝したマウスは、増加したＡＬＩ重症度スコアを示したが、抗ＮＡＭＰＴｐＡｂ又はｍＡｂが注射された照射マウスは、照射対照マウスと比較して、著しく低下したＡＬＩ重症度スコアを示し、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂで治療された照射マウスにおいてより顕著な低下が観察された。したがって、図１３Ａ～Ｅに記載された結果は、抗ＮＡＭＰＴＡｂｓによる治療後のＲＩＬＩの軽減を示し、これによって、ＲＩＬＩの潜在的な治療標的としてのＮＡＭＰＴを強調する。

したがって、その結果は、ＲＩＬＩにおけるＮＡＭＰＴの発現及び分泌の調節不全を実証し、ＮＡＭＰＴが、肺組織における放射線誘発損傷の病理生物学に寄与するＲＩＬＩの新規バイオマーカー及び治療標的であることを示す。

実施例１２．炎症を起こした肺組織における増加したＮＡＭＰＴ発現の、放射性標識抗ＮＡＭＰＴ抗体による同定
放射性標識抗ＮＡＭＰＴ抗体は、様々な組織におけるＮＡＭＰＴシグナル伝達経路及びＮＡＭＰＴ発現をインビボで非浸潤的に検出することを目的として開発された。放射性標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂを使用してＲＩＬＩを有するマウスモデルを画像化すると、治療的介入として抗ＮＡＭＰＴｍＡｂを成長させる最適な時間を定義し、そして原子力事故などで全身照射（ＴＢＩ）又は部分照射（ＰＢＩ）の後に、他の特定の放射性標識を使用して炎症アポトーシス及び細胞アポトーシスについて主要な臓器を調査することができる。放射性標識抗ＮＡＭＰＴ抗体によるＮＡＭＰＴ発現の検出を試験するために、^９９ｍＴｃ標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂプローブを、対照マウス及び８ＧｙのＰＢＩに被曝したマウスに注射し、迅速なオートラジオグラフイメージングを実施した。分析の結果は、図１４Ａ～Ｄに記載される。

図１４Ａ～Ｂに示すように、非照射対照マウスと比較して、照射マウスの肺においてより高い放射性取り込みが観察され、ＲＩＬＩによって誘発されたより高いＮＡＭＰＴ発現を示す。更に、放射性標識抗ＮＡＭＰＴ抗体の取り込みを、照射マウス又は非照射対照マウスの肺活動の基準として使用した。図１４Ｃに示すように、非照射対照マウスからの右肺及び左肺と比較して、照射マウスからの右肺と左肺の両方において組織バックグラウンドを超える肺活動の著しい増加が観察された（ｐ＜０．０５）。更に、照射マウス又は非照射対照マウスにおける放射能のレベルを決定して、放射性標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂの取り込みを評価した。図１４Ｄに示すように、非照射対照マウスと比較して、照射マウスにおいて放射能の著しい増加が観察された（ｐ＜０．０５）ため、照射マウスにおける放射性標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂの取り込みの増加が確認された。

したがって、放射性標識抗ＮＡＭＰＴ抗体は、炎症を起こした肺組織における増加したＮＡＭＰＴ発現を検出するのに効果的であった。これは、放射性標識抗ＮＡＭＰＴ抗体をＮＡＭＰＴの検出ツールとして利用する可能性を強調し、ＲＩＬＩのバイオマーカーとしてのＮＡＭＰＴを使用する上で極めて重要である可能性がある。

実施例１３．放射線誘発性肺線維症のインビボモデルを使用したＲＩＬＩの治療標的としてのＮＡＭＰＴの検証
ＲＩＬＩの治療標的としてのＮＡＭＰＴを更に検証するために、ＷＴＣ５７／Ｂ６マウスを２０ＧｙのＷＴＬＩに被曝した。照射マウスに、１０μｇの抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ又はビヒクル対照を腹腔内注射した。ＢＡＬ細胞数と、コラーゲン沈着と、筋線維芽細胞移行及び線維症の反映である肺組織平滑筋アクチン（ＳＭＡ）の発現とを評価することにより、放射線被曝の１８週間後に放射線誘発性肺線維症（ＲＩＬＦ）についてマウスを評価した。結果は、図１５Ａ～Ｃに示される。

図１５Ａ～Ｃに示すように、ビヒクルで治療された対照マウスと比較して、Ａｂで治療されたマウスにおいて、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂがＩＲ誘導ＲＩＬＩを著しく減少させ、この減少は、ＢＡＬ細胞数の減少（図１５Ａ）、（ウェスタンブロット分析で検出され、図１５Ｂに示される）肺組織ＳＭＡの発現の減少、及び（肺組織のトリクローム染色によって検出され、図１５Ｃに示される）コラーゲン沈着の減少に反映される。

したがって、その結果は、ＲＩＬＦの軽減における抗ＮＡＭＰＴＡｂの役割を強調し、ＲＩＬＩの治療標的としてのＮＡＭＰＴを更に検証する。

実施例１４．肺損傷の前臨床モデルにおける抗ＮＡＭＰＴｍＡｂの有効性の評価
外傷（爆傷）／人工呼吸器誘発性肺損傷（ＶＩＬＩ）のラットモデルで抗ＮＡＭＰＴｍＡｂの有効性を検証した。ＳｐｒａｇｕｅＤａｗｌｅｙラットは外傷（爆傷）／ＶＩＬＩでチャレンジされ、爆傷の３０分後に１００μｇの抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ（ＡＬＴ－１００）を静脈内（ＩＶ）注射した。外傷（爆傷）／ＶＩＬＩに被曝し、ビヒクルが注射されたラットは、対照として機能した。そして、ラットの肺は、人工呼吸の４時間後に、損傷について評価した。また、ヘマトキシリン・エオジン（Ｈ＆Ｅ）染色によって、肺組織における浮腫及び炎症細胞浸潤を肺損傷の読み取り値として評価した。この外傷（爆傷）／ＶＩＬＩ肺損傷モデルの結果は、図１６Ａ～Ｃに提供される。

図１６Ａに示すように、非チャレンジラット（図１６Ａの最も右側のボックス中の挿入図）と比較して、ビヒクルが注射された対照外傷／ＶＩＬＩラットからの肺組織は、炎症細胞浸潤及び浮腫を示し、これによって、外傷／ＶＩＬＩ誘発性肺損傷を示す。対照的に、図１６Ｂに示すように、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂで治療された外傷／ＶＩＬＩラットからの肺組織が炎症細胞浸潤及び浮腫の著しい減少を示したので、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂによる外傷／ＶＩＬＩ誘発性肺損傷の軽減を示す。外傷／ＶＩＬＩ誘発性肺損傷に対する抗ＮＡＭＰＴｍＡｂの効果は、Ｈ＆Ｅ染色指数から評価されたように、ラットの肺損傷スコアを示す図１６Ｃに要約された。図１６Ｃに示すように、ビヒクル対照が注射されたラットと比較して、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂで治療されたラットで肺損傷スコアが著しく減少した（ｐ＜０．０５）。したがって、図１６Ａ～Ｃに概説された結果は、外傷／ＶＩＬＩ誘発性肺損傷の軽減におけるＮＡＭＰＴ中和ｍＡｂの有効性を示す。

次に、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂの有効性をＬＰＳ／ＶＩＬＩのマウスモデルで検証した。マウスにＬＰＳを１８時間チャレンジした後、人工呼吸を４時間行った。ＬＰＳチャレンジの１時間後に、１０μｇ（ＩＶ）の抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ（ＡＬＴ－１００）、抗ＮＡＭＰＴポリクローナル抗体（ｐＡｂ、ＩＶ）、又はビヒクル対照（ＰＢＳ）をマウスに注射した。ＬＰＳ／ＶＩＬＩに被曝しないマウスは、対照として機能した。次に、マウスからの肺組織における浮腫及び炎症細胞浸潤を、肺損傷の読み出しとして、Ｈ＆Ｅ染色によって評価した。このＬＰＳ／ＶＩＬＩ肺損傷モデルの結果は、図１７Ａ～Ｃに提供される。

図１７Ａに示すように、非チャレンジマウス（図１７Ａの挿入図）と比較して、ビヒクルが注射された対照マウスからの肺組織は、炎症細胞浸潤及び浮腫を示し、これによって、ＬＰＳ／ＶＩＬＩ誘発性肺損傷を示す。対照的に、図１７Ｂに示すように、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂで治療されたマウスからの肺組織が炎症細胞浸潤及び浮腫の著しい減少を示したので、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂによるＬＰＳ／ＶＩＬＩ誘発性肺損傷の軽減を示す。外傷／ＶＩＬＩ誘発性肺損傷に対する抗ＮＡＭＰＴｍＡｂの効果は、Ｈ＆Ｅ染色指数から評価されたように、マウスの急性肺損傷（ＡＬＩ）重症度スコアを示す図１７Ｃに要約された。図１７Ｃに示すように、ビヒクルが注射されたマウスと比較して、抗ＮＡＭＰＴｐＡｂ又はｍＡｂで治療されたマウスにおいてＡＬＩが著しく減少し、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂで治療されたマウスにおいてＡＬＩ重症度スコアの最も強力な減少が観察された（ｐ＜０．００１）。したがって、図１７Ａ～Ｃに概説された結果は、外傷／ＶＩＬＩ誘発性肺損傷の軽減におけるＮＡＭＰＴ中和ｍＡｂの有効性を示す。

よって、その結果は、前臨床のインビボ肺損傷モデルにおける肺損傷の減少における抗ＮＡＭＰＴｍＡｂの有効性を示す。

実施例１５．炎症を起こした肺組織における増加したＮＡＭＰＴ発現の、放射性標識抗ＮＡＭＰＴ抗体による同定
ヒト化抗ＮＡＭＰＴｍＡｂを放射性標識して、様々な組織におけるＮＡＭＰＴシグナル伝達経路及びＮＡＭＰＴ発現をインビボで非浸潤的に検出できるイメージングプローブを開発した。急性炎症状態（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９、ＡＲＤＳ及び肺損傷）における診断及び／又は予後バイオマーカーとしてのＮＡＭＰＴの可能性を考慮すると、放射性標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂは、このような状態を発症するリスクのある被験者に、診断ツールとして使用されるか、又は肺線維症、放射線障害及び心臓線維症などの慢性状態を含むこのような炎症状態の抗ＮＡＭＰＴｍＡｂによる治療に反応する可能性が高い被験者を選択するために使用され得る。この例では、放射性標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂを使用した、ＬＰＳチャレンジ及び電離放射線被曝肺などの炎症組織におけるＮＡＭＰＴ発現の検出が説明される。

まず、放射性標識抗ＮＡＭＰＴ抗体によるＮＡＭＰＴ発現の検出を試験するために、^９９ｍＴｃ標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂプローブ又は放射性標識ＩｇＧ対照Ａｂを２０Ｇｙ全胸肺照射（ＷＴＬＩ）に被曝したマウスに注射し、高速オートラジオグラフイメージングを実行した。

図１８Ａに示すように、放射性標識ＩｇＧ対照が注射された照射マウス（図１８Ａの左側パネル）と比較して、放射性標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂＰＲＯＮＡＭＰＴＯＲが注射された照射マウス（図１８Ａの右側パネル）において著しく高い放射性取り込みが観察された。したがって、図１８Ａに示される結果は、放射線誘発性ＮＡＭＰＴ発現の検出における放射性標識抗ＮＡＭＰＴイメージングプローブの能力を示す。

放射性標識抗ＮＡＭＰＴイメージングプローブによるＮＡＭＰＴ発現の検出を更に評価するために、^９９ｍＴｃ標識抗ＮＡＭＰＴｍＡｂをビヒクルチャレンジ対照マウス又はＬＰＳチャレンジマウスにＬＰＳチャレンジの３時間又は１８時間後に注射し、迅速なオートラジオグラフイメージングを実施した。分析の結果は、図１８Ｂ～Ｄに示される。

図１８Ｂに示すように、対照マウス（図１８Ｂの左側パネル）と比較して、ＬＰＳチャレンジマウスは、ＬＰＳチャレンジの３時間後に放射性標識抗ＮＡＭＰＴイメージングプローブの著しく高い取り込みを示した（図１８Ｂの右側パネル）。ＬＰＳチャレンジマウス又は対照マウスからの肺のオートラジオグラフイメージングにより、この観察が更に確認され、対照マウス（図１８Ｃの左側パネル）と比較して、ＬＰＳチャレンジマウスの肺は、ＬＰＳチャレンジの３時間後に放射性標識抗ＮＡＭＰＴイメージングプローブの著しく高い取り込みを示した（図１８Ｃの右側パネル）。更に、図１８Ｄに示すように、対照マウスと比較して、ＬＰＳチャレンジマウスは、ＬＰＳチャレンジの３時間後及び１８時間後に著しく高い放射能を示し（ｐ＜０．０５）、これは、放射性標識抗ＮＡＭＰＴイメージングプローブの取り込みが高いことを示した。したがって、図１８Ｂ～Ｄに記載されている結果は、ＬＰＳ誘発性ＮＡＭＰＴ発現の検出における放射性標識抗ＮＡＭＰＴイメージングプローブの能力を示す。

よって、放射性標識抗ＮＡＭＰＴ抗体は、炎症を起こした組織におけるＮＡＭＰＴ発現の増加を検出するのに効果的であった。これは、放射性標識抗ＮＡＭＰＴ抗体をＮＡＭＰＴの検出ツールとして利用する可能性を強調し、急性炎症状態において診断及び／又は予後バイオマーカーとしてＮＡＭＰＴを使用する上で極めて重要である可能性がある。更に、炎症組織におけるＮＡＭＰＴ発現の増加を検出することにより、この放射性標識抗ＮＡＭＰＴイメージングプローブは、中和抗ＮＡＭＰＴｍＡｂによる急性炎症状態の治療に反応する可能性が高い被験者を選択するために使用され得る。

実施例１６．ヒトＩＰＦにおけるＮＡＭＰＴの発現
肺線維症におけるＮＡＭＰＴの役割を評価するために、特発性肺線維症（ＩＰＦ）患者の肺組織及び血漿でＮＡＭＰＴの発現を評価した。結果は、図１９及び図２０Ａ～Ｃに示される。そのために、ＩＰＦの診断が確認された患者から肺組織を単離し、免疫組織化学的（ＩＨＣ）染色によってＮＡＭＰＴ発現について評価した。図１９に示すように、ＮＡＭＰＴは、ＩＨＣ染色を介してＩＰＦ肺組織の線維性領域内の線維芽細胞で特異的に発現することがわかり、これによって、ＩＰＦの病態生理学におけるＮＡＭＰＴの役割を示す。次に、血漿サンプルをＩＰＦ患者と健常対照者から採取し、ＮＡＭＰＴの発現をＥＬＩＳＡによって評価した。図２０Ａに示すように、健常対照者の血漿サンプルと比較して、ＩＰＦ患者の血漿サンプルは、ＮＡＭＰＴレベルの著しい増加を示した。ＩＰＦにおけるＮＡＭＰＴ血漿レベルを更に評価するために、ＮＡＭＰＴの発現を、死亡したＩＰＦ患者、生存しているＩＰＦ患者、治療されたＩＰＦ患者及び未治療のＩＰＦ患者からの血漿サンプルで評価した。図２０Ｂに示すように、ＮＡＭＰＴレベルの違いは、死亡したＩＰＦ患者、生存しているＩＰＦ患者及び未治療のＩＰＦ患者からの血漿サンプル間で明らかではなかった。しかし、治療を受けたＩＰＦ患者は、ＮＡＭＰＴ血漿レベルが著しく低下し、これによって、ＩＰＦ病因におけるＮＡＭＰＴの役割を強調する。ＩＰＦの病因及び進行におけるＮＡＭＰＴの役割は、進行したＩＰＦ患者と初期のＩＰＦ患者から単離された線維芽細胞のＮａｍｐｔｍＲＮＡレベルを評価することにより更に評価された。図２０Ｃに示すように、初期ＩＰＦ患者の線維芽細胞と比較して、ＮａｍｐｔｍＲＮＡレベルの著しい増加が、進行したＩＰＦ患者の線維芽細胞において観察され（ｐ＜０．０５）、これによって、ＩＰＦ重症度の増加に伴うＮＡＭＰＴ発現の増加を示す。

したがって、その結果は、ＩＰＦにおけるＮＡＭＰＴの発現及び分泌の調節不全を示し、これによって、肺線維症の病因及び進行におけるＮＡＭＰＴの役割を示す。

実施例１７．ブレオマイシン誘発マウス肺線維症モデルを使用したＩＰＦにおけるＮＡＭＰＴの役割の調査
ＩＰＦにおけるＮＡＭＰＴの役割は、ブレオマイシン誘発マウス肺線維症モデルを使用して更に調査された。そのために、ＮＡＭＰＴヘテロ接合型（Ｎａｍｐｔ^＋／－；「Ｎａｍｐｔｈｅｔ」）マウス又はＷＴマウスをブレオマイシンでチャレンジし、ブレオマイシンでチャレンジされなかったＷＴ及びＮａｍｐｔ^＋／－マウスを対照として使用した。肺全体の可溶性コラーゲンを評価することにより、ブレオマイシンチャレンジ群と非チャレンジ対照群における肺線維症を評価した。

図２１に示すように、対照ＷＴマウスと比較して、ブレオマイシンチャレンジＷＴマウスは、肺全体の可溶性コラーゲンに反映された肺線維症の顕著な増加を示した（ｐ＜０．０５）。しかし、ブレオマイシンチャレンジＮａｍｐｔ^＋／－マウスの肺全体の可溶性コラーゲンは、ブレオマイシンチャレンジＷＴマウスよりも著しく少なく（ｐ＜０．０５）、これによって、Ｎａｍｐｔ^＋／－マウスがブレオマイシン誘発性の肺損傷及び肺線維症から保護されることを示す。

したがって、その結果は、Ｎａｍｐｔのインビボターゲティングが肺線維症からの保護につながり、肺線維症の効果的な治療標的としてのＮＡＭＰＴを強調するという概念実証を示す。

実施例１８．ＰＡＨ患者におけるＮＡＭＰＴ発現とＮＡＭＰＴＳＮＰの評価
肺動脈高血圧症（ＰＡＨ）におけるＮＡＭＰＴの役割を評価するために、特発性肺動脈高血圧症（ＩＰＡＨ）患者の肺組織及び血漿におけるＮＡＭＰＴの発現を評価した。結果は、図２２Ａ～Ｃに示される。図２２Ａに示すように、健常対照者の肺組織と比較して、ＩＰＡＨ患者の肺組織は、ＮＡＭＰＴ発現の著しい増加を示した（図２２Ａの挿入図）。次に、ＰＡＨ患者、非ＰＡＨ肺疾患の患者及び健常対照被験者から血漿サンプルを採取し、ＮＡＭＰＴ血漿レベルをＥＬＩＳＡによって評価した。結果は、図２２Ｂに示される。健常対照者と比較して、ＰＡＨ患者と非ＰＡＨ肺疾患の患者の両方がＮＡＭＰＴ血漿レベルの増加を示したが、ＰＡＨ患者においてはＮＡＭＰＴ血漿レベルの顕著な増加が観察された。ＩＰＡＨ患者におけるＮＡＭＰＴ発現を更に確認するために、ＩＰＡＨ患者又は正常な健常対照者の肺組織から調製された溶解物に対してウェスタンブロット分析を行った。図２２Ｃに示すように、正常な健常対照者の肺組織と比較して、ＩＰＡＨ患者の肺組織においてＮＡＭＰＴ発現の顕著な増加が観察された。したがって、その結果は、ＰＡＨにおけるＮＡＭＰＴの発現及び分泌の調節不全を示し、これによって、ＰＡＨの病因におけるＮＡＭＰＴの役割を示す。

次に、ＩＰＡＨ患者からのＤＮＡを分析して、ゲノムワイド関連解析（ＧＷＡＳ）でＮＡＭＰＴプロモータＳＮＰと右心室（ＲＶ）インデックスとの相関を確認した。図２２Ｄに示すように、ＮＡＭＰＴプロモータＳＮＰｒｓ５９７４４５６０は、ＲＶインデックスと著しく相関し、これによって、ＮＡＭＰＴプロモータＳＮＰを、ＰＡＨの遺伝的バイオマーカー、ＰＡＨ重症度の予測因子、及びｅＮＡＭＰＴ中和ｍＡｂ療法に反応する可能性が高い持続性ＰＡＨ（ｐＰＡＨ）患者を同定するメカニズムとして使用する可能性を示す。

実施例１９．ラットモデルにおけるＰＡＨ発現の抗ＮＡＭＰＴ抗体による減少
ＰＡＨの治療標的としてのＮＡＭＰＴの可能性を調査するために、ＰＡＨのラットモノクロタリン（ＭＣＴ）モデルを使用した。ＭＣＴの１回用量（６０ｍｇ／ｋｇ体重）をＳｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラット（１９０－２００ｇ）に皮下注射した。次に、ＭＣＴチャレンジラットに、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂ（毎週、１００μｇ／ラット、腹腔内（ｉ．ｐ．））又はビヒクル対照（対照ＭＣＴラット）を注射した。次に、ラットの右心室収縮期圧（ＲＶＳＰ）と肺動脈リモデリングを評価した。結果は、図２３Ａ及び２３Ｂに示される。

Ｍｉｌｌａｒ圧力トランスデューサカテーテルを使用した右心カテーテル検査により、抗ＮＡＭＰＴＡｂで治療されたＭＣＴラット又は対照ＭＣＴラットにおいてＲＶＳＰを測定した。図２３Ａに示すように、対照ＭＣＴラットと比較して、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂで治療されたＭＣＴラットでＲＶＳＰの著しい減少が観察された（ｐ＜０．０５）。

抗ＮＡＭＰＴｍＡｂで治療されたＭＣＴラット又は対照ＭＣＴラットからの肺をＨ＆Ｅで染色した後、ＡｐｅｒｉｏＩｍａｇｅＳｃｏｐｅソフトウェアを使用して肺動脈リモデリングを評価した。図２３Ｂに示すように、対照ＭＣＴラットと比較して、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂで治療されたＭＣＴラットにおいて肺動脈の厚さの顕著な減少が観察された。

その結果は、抗ＮＡＭＰＴｍＡｂによるＮＡＭＰＴの中和が、ＰＡＨのラットモデルにおける血管リモデリング及びＲＶ機能不全を逆転させることを示し、これによって、ＰＡＨの治療標的としてのＮＡＭＰＴの有効性を示す。

Claims

侵襲性前立腺癌を発症するリスクのある被験者を同定する方法であって、
（ａ）無痛性前立腺癌を有する被験者からサンプルを採取するステップと、
（ｂ）前記サンプル中のヒトニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＮＡＭＰＴ）に関連する少なくとも１つの一塩基多型（ＳＮＰ）の存在を検出するステップと、を含み、
前記ＳＮＰは、ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２、ｒｓ５９７４４５６０、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ１３１９５０１、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択される、方法。
前記被験者は、遺伝性の無痛性前立腺癌を有する、請求項１に記載の方法。
前記被験者は、ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２、ｒｓ５９７４４５６０、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ１３１９５０１、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択された少なくとも２つのＳＮＰ、少なくとも３つのＳＮＰ、少なくとも４つのＳＮＰ、少なくとも５つのＳＮＰ、少なくとも６つのＳＮＰ、少なくとも７つのＳＮＰＳ、又は８つのＳＮＰを有する、請求項１又は２に記載の方法。
ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２、ｒｓ５９７４４５６０、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ１３１９５０１、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択された少なくとも２つのＳＮＰを検出するステップを含む、請求項１又は２に記載の方法。
ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２及びｒｓ５９７４４５６０からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰを検出するステップを含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰを検出するステップを含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
前記被験者はアフリカ系である、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
前記検出は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＳＮＰマイクロアレイ、ＳＮＰ制限断片長多型（ＳＮＰ－ＲＦＬＰ）、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）、プライマー伸長（ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ）質量分析、一本鎖高次構造多型、及び／又は次世代シーケンシング（ＮＧＳ）の使用を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
前記検出は、前記ＳＮＰを含むヌクレオチド配列又はそれに相補的なヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブと前記サンプルとを接触させることと、前記オリゴヌクレオチドプローブの選択的ハイブリダイゼーションを検出することとを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
前記オリゴヌクレオチドプローブは、検出可能な標識を含み、前記プローブの選択的ハイブリダイゼーションを検出することは、前記検出可能な標識を検出することを含む、請求項９に記載の方法。
前記検出可能な標識は、蛍光標識、発光標識、放射性核種、又は化学発光標識を含む、請求項１０に記載の方法。
前記オリゴヌクレオチドプローブは、蛍光部分及び蛍光消光剤を含む、二重標識されたオリゴヌクレオチドプローブを含む、請求項９に記載の方法。
ベースラインＮＡＭＰＴプロモータ活性レベルよりも高いＮＡＭＰＴプロモータ活性レベルに関連する１つ以上の追加のＳＮＰを検出するステップを更に含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
前記サンプルは血漿サンプルである、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法。
無痛性前立腺癌を有する被験者を治療する方法であって、
（ａ）無痛性前立腺癌を有する被験者からサンプルを採取するステップと、
（ｂ）前記サンプル中の少なくとも１つのＳＮＰの有無を検出するステップであって、前記ＳＮＰは、ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２、ｒｓ５９７４４５６０、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ１３１９５０１、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択され、前記少なくとも１つのＳＮＰの存在は、前記被験者が侵襲性前立腺癌を発症するリスクがあることを示す、ステップと、
（ｃ）（ｉ）有効量のｅＮＡＭＰＴ阻害剤及び／又は（ｉｉ）放射線療法（例えば、外部ビーム放射線、及び／又は近接照射療法）、黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨ－ＲＨ）アゴニスト（例えば、リュープロレリン、ゴセレリン、トリプトレリン及び／又はヒストレリン）などのホルモン療法、又は体がテストステロン（例えば、ケトコナゾール及び／又はアビラテロン）を産生するのを防ぐ他の薬物療法、抗アンドロゲン（例えば、ビカルタミド、ニルタミド、フルタミド及び／又はエンザルタミド）、化学療法、及び生物学的療法（例えば、シプロイセルＴ）の１つ以上を、侵襲性前立腺癌を発症するリスクのある被験者に投与して、無痛性前立腺癌を有する被験者を治療するステップと、を含む、方法。
前記サンプルは血漿サンプルである、請求項１５に記載の方法。
ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２、ｒｓ５９７４４５６０、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ１３１９５０１、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択された少なくとも２つのＳＮＰ、少なくとも３つのＳＮＰ、少なくとも４つのＳＮＰ、少なくとも５つのＳＮＰ、少なくとも６つのＳＮＰ、少なくとも７つのＳＮＰＳ、又は８つのＳＮＰを検出するステップを含む、請求項１５又は１６に記載の方法。
前記ＳＮＰは、ｒｓ７７８９０６６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ９７７０２４２及びｒｓ５９７４４５６０からなる群から選択される、請求項１５～１７のいずれか一項に記載の方法。
前記ＳＮＰは、ｒｓ１１６６４７５０６、ｒｓ６１３３００８２、ｒｓ１１４３８２４７１及びｒｓ１９０８９３１８３からなる群から選択される、請求項１５～１８のいずれか一項に記載の方法。
前記被験者はアフリカ系である、請求項１５～１９のいずれか一項に記載の方法。
前記検出は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＳＮＰマイクロアレイ、ＳＮＰ制限断片長多型（ＳＮＰ－ＲＦＬＰ）、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）、プライマー伸長（ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ）質量分析、一本鎖高次構造多型、及び／又は次世代シーケンシング（ＮＧＳ）の使用を含む、請求項１５～２０のいずれか一項に記載の方法。
前記ＳＮＰの存在は、前記ＳＮＰを含むヌクレオチド配列又はそれに相補的なヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブと前記サンプルとを接触させることと、前記オリゴヌクレオチドプローブの選択的ハイブリダイゼーションを検出することとにより決定される、請求項１５～２１のいずれか一項に記載の方法。
前記オリゴヌクレオチドプローブは、検出可能な標識を含み、前記プローブの選択的ハイブリダイゼーションを検出することは、前記検出可能な標識を検出することを含む、請求項２２に記載の方法。
前記検出可能な標識は、蛍光標識、発光標識、放射性核種、又は化学発光標識を含む、請求項２３に記載の方法。
前記オリゴヌクレオチドプローブは、蛍光部分及び蛍光消光剤を含む、二重標識されたオリゴヌクレオチドプローブを含む、請求項２２に記載の方法。
ベースラインＮＡＭＰＴプロモータ活性レベルよりも高いＮＡＭＰＴプロモータ活性レベルに関連する１つ以上の追加のＳＮＰを検出するステップを更に含む、請求項１５～２５のいずれか一項に記載の方法。
前記ベースラインＮＡＭＰＴプロモータ活性レベルは、無痛性前立腺癌に関連するレベルである、請求項１３又は２６に記載の方法。
ｅＮＡＭＰＴ阻害剤を投与するステップを含み、前記ｅＮＡＭＰＴ阻害剤は抗ｅＮＡＭＰＴ抗体である、請求項１５～２７のいずれか一項に記載の方法。
前記抗ｅＮＡＭＰＴ抗体は、それぞれ配列番号４、５及び６のアミノ酸配列に示されたＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３ドメインを含む可変領域を含む重鎖と、それぞれ配列番号７、８及び９のアミノ酸配列に示されたＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３ドメインを含む可変領域を含む軽鎖と、を含む、請求項２８に記載の方法。
前記重鎖可変領域は、配列番号２に示されたアミノ酸配列を含み、前記軽鎖可変領域は、配列番号３に示されたアミノ酸配列を含む、請求項２９に記載の方法。
前記抗ｅＮＡＭＰＴ抗体は、それぞれ配列番号１２、１３及び１４のアミノ酸配列に示されたＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３ドメインを含む可変領域を含む重鎖と、それぞれ配列番号１５、１６及び１７のアミノ酸配列に示されたＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３ドメインを含む可変領域を含む軽鎖と、を含む、請求項２８に記載の方法。
前記重鎖可変領域は、配列番号１０に示されたアミノ酸配列を含み、前記軽鎖可変領域は、配列番号１１に示されたアミノ酸配列を含む、請求項３１に記載の方法。