JP2022526301A - 尋常性白斑のバイオマーカー - Google Patents

尋常性白斑のバイオマーカー Download PDF

Info

Publication number
JP2022526301A
JP2022526301A JP2021556551A JP2021556551A JP2022526301A JP 2022526301 A JP2022526301 A JP 2022526301A JP 2021556551 A JP2021556551 A JP 2021556551A JP 2021556551 A JP2021556551 A JP 2021556551A JP 2022526301 A JP2022526301 A JP 2022526301A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
human subject
jak inhibitor
biological sample
concentration
administration
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2021556551A
Other languages
English (en)
Other versions
JPWO2020191041A5 (ja
Inventor
ディ ハウエル,マイケル
オーウェンズ,シェリー
ランバーガー,ベス
リウ,フイチン
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Incyte Corp
Original Assignee
Incyte Corp
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Incyte Corp filed Critical Incyte Corp
Publication of JP2022526301A publication Critical patent/JP2022526301A/ja
Publication of JPWO2020191041A5 publication Critical patent/JPWO2020191041A5/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P17/00Drugs for dermatological disorders
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6863Cytokines, i.e. immune system proteins modifying a biological response such as cell growth proliferation or differentiation, e.g. TNF, CNF, GM-CSF, lymphotoxin, MIF or their receptors
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33Heterocyclic compounds
    • A61K31/395Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/495Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with two or more nitrogen atoms as the only ring heteroatoms, e.g. piperazine or tetrazines
    • A61K31/505Pyrimidines; Hydrogenated pyrimidines, e.g. trimethoprim
    • A61K31/519Pyrimidines; Hydrogenated pyrimidines, e.g. trimethoprim ortho- or peri-condensed with heterocyclic rings
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6863Cytokines, i.e. immune system proteins modifying a biological response such as cell growth proliferation or differentiation, e.g. TNF, CNF, GM-CSF, lymphotoxin, MIF or their receptors
    • G01N33/6866Interferon
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6863Cytokines, i.e. immune system proteins modifying a biological response such as cell growth proliferation or differentiation, e.g. TNF, CNF, GM-CSF, lymphotoxin, MIF or their receptors
    • G01N33/6869Interleukin
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/20Dermatological disorders
    • G01N2800/207Pigmentation disorders

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Dermatology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Abstract

対象体のJAK阻害剤に対する反応性に関連するかまたは該反応性を予測させるバイオマーカーが提供される。本明細書に記載の該バイオマーカー、組成物および方法は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体に対して適切な処置様式を選択するのに有用である。

Description

関連出願の相互参照
本願は、2019年3月19日出願の米国仮出願第62/820,647号および2019年8月29日出願の米国仮出願第62/893,532号の優先権を主張する。上記の各出願の内容は、出典明示によりその全体として本明細書の一部とする。
技術分野
本発明は、概して、バイオマーカーおよび尋常性白斑(vitiligo)に関する。
尋常性白斑は、メラニンを産生する細胞が死滅または機能停止した場合に発生し、結果として皮膚の色素沈着が斑状に失われる。非分節型尋常性白斑は、全身の皮膚の斑点状の色素脱失を伴う。色素脱失は、典型的には、顔、首および頭皮、ならびに身体の開口部周辺に生じる。色素沈着の喪失は、手および腕など、摩擦、衝撃または他の外傷を受けやすい領域でも頻繁に見られる。分節型尋常性白斑は、限られた領域で体の片側に現れる色素脱失した皮膚の小さな斑点に関連している。
ヤヌスキナーゼ(JAK)阻害剤は、尋常性白斑の処置のための薬剤として開発されてきた。しかしながら、いずれの治療薬についても、JAK阻害剤は尋常性白斑を有するすべての対象体に等しく効果があるとは限らない。JAK阻害剤による処置から最も利益を得ることができる尋常性白斑を有するこれら対象体を同定する手段、およびJAK阻害剤による処置に対して治療反応を示すこれら対象体を同定する手段が必要とされている。
本願は、少なくとも部分的に、JAK阻害剤に対する治療反応を起こした対象体を同定するバイオマーカー、および尋常性白斑対象体のJAK阻害剤に対する反応性を予測するバイオマーカーの同定に基づいている。処置の経過中の特定のタンパク質のレベルの変化は、JAK阻害剤に対する反応性の有用な識別子であると同定されている。さらに、処置前の特定のタンパク質のベースラインレベルおよび特定の遺伝子のベースライン発現レベルは、JAK阻害剤への反応性の有用な予測因子であると同定されている。したがって、本明細書に記載のバイオマーカーおよび組成物は、例えば、JAK阻害剤による処置から利益を得ることができるかまたは利益を得ている、尋常性白斑を有するかその疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある患者または患者のサブセットを同定、層別化、および/または選択するのに有用である。さらに、本明細書に記載の方法は、例えば、尋常性白斑に罹患しているかその疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体に対して適切な処置様式(例えば、JAK阻害剤)を選択するのに有用である。
本開示は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のCXCL9および/またはCXCL10の濃度を測定すること;該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;ならびに、第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のCXCL9および/またはCXCL10の濃度を測定することによる処置方法を特徴とする。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤の投与を継続する。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のCXCL9の濃度を測定すること;該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;および、第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のCXCL9の濃度を測定することを必要とする。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤の投与を継続する。
いくつかの実施態様では、CXCL9の濃度が、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも5%低い。
いくつかの実施態様では、CXCL9の濃度が、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも10%低い。
いくつかの実施態様では、CXCL9の濃度が、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも15%低い。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のCXCL10の濃度を測定すること;該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;および、第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のCXCL10の濃度を測定することを必要とする。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤の投与を継続する。
いくつかの実施態様では、CXCL10の濃度が、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも5%低い。
いくつかの実施態様では、CXCL10の濃度が、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも10%低い。
いくつかの実施態様では、CXCL10の濃度が、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも15%低い。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のCXCL9およびCXCL10の濃度を測定すること;該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;ならびに、第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のCXCL9およびCXCL10の濃度を測定することを必要とする。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤の投与を継続する。
いくつかの実施態様では、CXCL9およびCXCL10の濃度が、各々、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも5%低い。
いくつかの実施態様では、CXCL9およびCXCL10の濃度が、各々、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも10%低い。
いくつかの実施態様では、CXCL9およびCXCL10の濃度が、各々、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも15%低い。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、例えば、少なくとも12週間(例えば、少なくとも3か月間、少なくとも4か月間、少なくとも5か月間、少なくとも6か月間、少なくとも7か月間、少なくとも8か月間、少なくとも9か月間、少なくとも10か月間、少なくとも11か月間、または少なくとも12か月間)、週に少なくとも1回、ヒト対象体に投与される。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、例えば、少なくとも12週間(例えば、少なくとも3か月間、少なくとも4か月間、少なくとも5か月間、少なくとも6か月間、少なくとも7か月間、少なくとも8か月間、少なくとも9か月間、少なくとも10か月間、少なくとも11か月間、または少なくとも12か月間)、1日に少なくとも1回、ヒト対象体に投与される。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、例えば、少なくとも12週間(例えば、少なくとも3か月間、少なくとも4か月間、少なくとも5か月間、少なくとも6か月間、少なくとも7か月間、少なくとも8か月間、少なくとも9か月間、少なくとも10か月間、少なくとも11か月間、または少なくとも12か月間)、毎日少なくとも2回、ヒト対象体に投与される。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、ヒト対象体に局所投与される。
いくつかの実施態様では、第2の生物学的試料は、JAK阻害剤の1回目の投与から少なくとも12週間後にヒト対象体から得られる。
いくつかの実施態様では、第2の生物学的試料は、JAK阻害剤の1回目の投与から少なくとも24週間後にヒト対象体から得られる。
いくつかの実施態様では、第2の治療剤が、JAK阻害剤と併せて、ヒト対象体に投与される。
別の態様では、本開示は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する治療反応(例えば、目に見える皮膚の改善の前の治療反応)の同定方法であって、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のCXCL9および/またはCXCL10の濃度を測定すること;およびJAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のCXCL9および/またはCXCL10の濃度を測定することによる同定方法であり、第2の生物学的試料中のCXCL9および/またはCXCL10の濃度が第1の生物学的試料と比較して低いことが、該ヒト対象体がJAK阻害剤に対する治療反応(例えば、目に見える皮膚の改善の前の治療反応)を起こしたことを示している、同定方法を特徴とする。
いくつかの実施態様では、CXCL9の濃度が、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも5%低い。いくつかの実施態様では、CXCL10の濃度が、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも5%低い。いくつかの実施態様では、CXCL9およびCXCL10の濃度が、各々、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも5%低い。
いくつかの実施態様では、CXCL9の濃度が、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも10%低い。いくつかの実施態様では、CXCL10の濃度が、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも10%低い。いくつかの実施態様では、CXCL9およびCXCL10の濃度が、各々、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも10%低い。
いくつかの実施態様では、CXCL9の濃度が、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも15%低い。いくつかの実施態様では、CXCL10の濃度が、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも15%低い。いくつかの実施態様では、CXCL9およびCXCL10の濃度が、各々、第2の生物学的試料中では、第1の生物学的試料と比較して少なくとも15%低い。
別の態様では、本開示は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、FUCA1、ITGAV、ITGB5、THBS4、CD207、GDF-8、CDH6、MRC2、ICOSLG、TNXB、EDIL3、OSMR、GPC1、MIC-A/B、TGFR-2、LRRN1、TLR3、KIM1、ROBO2、CD70、CLMP、N-CDase、FCRL5、CTSV、SCARF2、PLXDC1、PRTG、ERBB4、MAGED1、CEACAM1、TSHB、PTK7、TGFR-2、ADAM22、CTSC、DLK-1、USP8、SCARF2、TNFRSF13B、MB、TMPRSS5、NUDT5、MMP-3、MAEA、NEMO、IFN-γ、IL18、AKT1S1、CASP-8、PPP1R2、ST2、VSIG4、SCGB3A2、HDGF、ICA1、IL13、PEBP1、PARK7、MAP4K5、FLI1、MMP-10、CCL24、TIMP4、MBL2、REG4、およびCPA2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定すること;該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;ならびに、第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、FUCA1、ITGAV、ITGB5、THBS4、CD207、GDF-8、CDH6、MRC2、ICOSLG、TNXB、EDIL3、OSMR、GPC1、MIC-A/B、TGFR-2、LRRN1、TLR3、KIM1、ROBO2、CD70、CLMP、N-CDase、FCRL5、CTSV、SCARF2、PLXDC1、PRTG、ERBB4、MAGED1、CEACAM1、TSHB、PTK7、TGFR-2、ADAM22、CTSC、DLK-1、USP8、SCARF2、TNFRSF13B、MBおよびTMPRSS5からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度、および/または、第1の生物学的試料と比較して高い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のNUDT5、MMP-3、MAEA、NEMO、IFN-γ、IL18、AKT1S1、CASP-8、PPP1R2、ST2、VSIG4、SCGB3A2、HDGF、ICA1、IL13、PEBP1、PARK7、MAP4K5、FLI1、MMP-10、CCL24、TIMP4、MBL2、REG4およびCPA2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定することによる処置方法を特徴とする。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤の投与を継続する。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、NUDT5、MMP-3およびMAEAからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5または6種類のタンパク質)の濃度を測定すること;該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;ならびに、第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のFAP、RETおよびCNTN5からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2または3種類のタンパク質)の濃度、および/または、第1の生物学的試料と比較して高い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のNUDT5、MMP-3およびMAEAからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2または3種類のタンパク質)の濃度を測定することを必要とする。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤の投与を継続する。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のFAP、RET、NUDT5およびMMP-3からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1種類、2種類、3種類または4種類のタンパク質)の濃度を測定すること;該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;ならびに、第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のFAPおよびRETからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1または2種類のタンパク質)の濃度、および/または第1の生物学的試料と比較して高い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のNUDT5およびMMP-3からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1または2種類のタンパク質)の濃度を測定することを必要とする。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤の投与を継続する。
別の態様では、本開示は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する治療反応(例えば、目に見える皮膚の改善の前の治療反応)の同定方法であって、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、FUCA1、ITGAV、ITGB5、THBS4、CD207、GDF-8、CDH6、MRC2、ICOSLG、TNXB、EDIL3、OSMR、GPC1、MIC-A/B、TGFR-2、LRRN1、TLR3、KIM1、ROBO2、CD70、CLMP、N-CDase、FCRL5、CTSV、SCARF2、PLXDC1、PRTG、ERBB4、MAGED1、CEACAM1、TSHB、PTK7、TGFR-2、ADAM22、CTSC、DLK-1、USP8、SCARF2、TNFRSF13B、MB、TMPRSS5、NUDT5、MMP-3、MAEA、NEMO、IFN-γ、IL18、AKT1S1、CASP-8、PPP1R2、ST2、VSIG4、SCGB3A2、HDGF、ICA1、IL13、PEBP1、PARK7、MAP4K5、FLI1、MMP-10、CCL24、TIMP4、MBL2、REG4およびCPA2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定すること;ならびに、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、FUCA1、ITGAV、ITGB5、THBS4、CD207、GDF-8、CDH6、MRC2、ICOSLG、TNXB、EDIL3、OSMR、GPC1、MIC-A/B、TGFR-2、LRRN1、TLR3、KIM1、ROBO2、CD70、CLMP、N-CDase、FCRL5、CTSV、SCARF2、PLXDC1、PRTG、ERBB4、MAGED1、CEACAM1、TSHB、PTK7、TGFR-2、ADAM22、CTSC、DLK-1、USP8、SCARF2、TNFRSF13B、MB、TMPRSS5、NUDT5、MMP-3、MAEA、NEMO、IFN-γ、IL18、AKT1S1、CASP-8、PPP1R2、ST2、VSIG4、SCGB3A2、HDGF、ICA1、IL13、PEBP1、PARK7、MAP4K5、FLI1、MMP-10、CCL24、TIMP4、MBL2、REG4およびCPA2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定することによる同定方法であり、第2の生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、FUCA1、ITGAV、ITGB5、THBS4、CD207、GDF-8、CDH6、MRC2、ICOSLG、TNXB、EDIL3、OSMR、GPC1、MIC-A/B、TGFR-2、LRRN1、TLR3、KIM1、ROBO2、CD70、CLMP、N-CDase、FCRL5、CTSV、SCARF2、PLXDC1、PRTG、ERBB4、MAGED1、CEACAM1、TSHB、PTK7、TGFR-2、ADAM22、CTSC、DLK-1、USP8、SCARF2、TNFRSF13B、MBおよびTMPRSS5からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度が第1の生物学的試料と比較して低いこと、および/または、第2の生物学的試料中のNUDT5、MMP-3、MAEA、NEMO、IFN-γ、IL18、AKT1S1、CASP-8、PPP1R2、ST2、VSIG4、SCGB3A2、HDGF、ICA1、IL13、PEBP1、PARK7、MAP4K5、FLI1、MMP-10、CCL24、TIMP4、MBL2、REG4およびCPA2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度が第1の生物学的試料と比較して高いことが、該ヒト対象体がJAK阻害剤に対する治療反応(例えば、目に見える皮膚の改善の前の治療反応)を起こしたことを示している、同定方法を特徴とする。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、NUDT5、MMP-3およびMAEAからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5または6種類のタンパク質)の濃度を測定すること;ならびに、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、NUDT5、MMP-3およびMAEAからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5または6種類のタンパク質)の濃度を測定することを必要とし、ここで、第2の生物学的試料中のFAP、RETおよびCNTN5からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2または3種類のタンパク質)の濃度が第1の生物学的試料と比較して低いこと、および/または、第2の生物学的試料中のNUDT5、MMP-3およびMAEAからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2または3種類のタンパク質)の濃度が第1の生物学的試料と比較して高いことは、該ヒト対象体がJAK阻害剤に対する治療反応(例えば、目に見える皮膚の改善の前の治療反応)を起こしたことを示している。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のFAP、RET、NUDT5およびMMP-3からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3または4種類のタンパク質)の濃度を測定すること;ならびに、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のFAP、RET、NUDT5およびMMP-3からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3または4種類のタンパク質)の濃度を測定することを必要とし、ここで、第2の生物学的試料中のFAPおよびRETからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1または2種類のタンパク質)の濃度が第1の生物学的試料と比較して低いこと、および/または、第2の生物学的試料中のNUDT5およびMMP-3からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1または2種類のタンパク質)の濃度が第1の生物学的試料と比較して高いことは、該ヒト対象体がJAK阻害剤に対する治療反応(例えば、目に見える皮膚の改善の前の治療反応)を起こしたことを示している。
別の態様では、本開示は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、SCARA5、GDF-8、BOC、PAEP、ARTN、CDNF、TMPRSS5、FLRT2、ROBO2、SIGLEC10、PRTG、SCARF2、CDH3、GFR-α-1、TSHB、CD200R1、RGMB、KYNU、HS3ST3B1、CHRDL2、CNTN1、VSIG4、ARHGAP1、B4GAT1、STX8、CRELD2、ARSA、BCAM、SCARF1、CA13、DAG1、LAIR1、GUSB、PMVK、PEAR1、GP1BA、TACC3、PARK7、ARHGEF12、SEMA7A、ESAM、FKBP5、ARHGAP1、SCAMP3、ABL1、EGF、TACC3、FKBP5、BID、PRDX5、STX8、CD63、SCARF1、PTPN1、CLEC1B、ARSB、FKBP1B、YES1、SRC、TNFSF14、PLXNB3、LRMP、CD164、DAG1、PVALB、NAA10、TRIM5、ARHGEF12、HGF、CA13、SNAP23、SORT1、GP6、CTSS、PPIB、CRKL、MAP2K6、MANF、PMVK、ABHD14B、GUSB、FATC1、MAD1L1、EDAR、CEACAM8、GLB1、ST3GAL1、ARSA、ADAM8、CD40、IFI30、ECE1、AXIN1、WFDC2、TBCB、CXCL13、ST1A1、KIF1BP、DPP7、VEGFA、CETN2、TGF-α、CD84、SNAP29、CASP-8、S100A11、GSTP1、CRADD、PRKAB1、HGF、STK4、RNASE3、SERPINB6、OSM、MK、FADD、CLEC11A、CD69、LOX-1、ITGA6、CLEC5A、BCAM、FES、TXNDC5、LAT2、CXCL11、PARP-1、APBB1IP、GZMBおよびCRNNからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定すること;該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;ならびに、第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、SCARA5、GDF-8、BOC、PAEP、ARTN、CDNF、TMPRSS5、FLRT2、ROBO2、SIGLEC10、PRTG、SCARF2、CDH3、GFR-α-1、TSHB、CD200R1、RGMB、KYNU、HS3ST3B1、CHRDL2およびCNTN1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度、および/または、第1の生物学的試料と比較して高い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のVSIG4、ARHGAP1、B4GAT1、STX8、CRELD2、ARSA、BCAM、SCARF1、CA13、DAG1、LAIR1、GUSB、PMVK、PEAR1、GP1BA、TACC3、PARK7、ARHGEF12、SEMA7A、ESAM、FKBP5、ARHGAP1、SCAMP3、ABL1、EGF、TACC3、FKBP5、BID、PRDX5、STX8、CD63、SCARF1、PTPN1、CLEC1B、ARSB、FKBP1B、YES1、SRC、TNFSF14、PLXNB3、LRMP、CD164、DAG1、PVALB、NAA10、TRIM5、ARHGEF12、HGF、CA13、SNAP23、SORT1、GP6、CTSS、PPIB、CRKL、MAP2K6、MANF、PMVK、ABHD14B、GUSB、FATC1、MAD1L1、EDAR、CEACAM8、GLB1、ST3GAL1、ARSA、ADAM8、CD40、IFI30、ECE1、AXIN1、WFDC2、TBCB、CXCL13、ST1A1、KIF1BP、DPP7、VEGFA、CETN2、TGF-α、CD84、SNAP29、CASP-8、S100A11、GSTP1、CRADD、PRKAB1、HGF、STK4、RNASE3、SERPINB6、OSM、MK、FADD、CLEC11A、CD69、LOX-1、ITGA6、CLEC5A、BCAM、FES、TXNDC5、LAT2、CXCL11、PARP-1、APBB1IP、GZMBおよびCRNNからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定することによる処置方法を特徴とする。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、VSIG4、ARHGAP1およびB4GAT1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5または6種類のタンパク質)の濃度を測定すること;該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;ならびに、第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のDDR1、NTRK2およびCES2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2または3種類のタンパク質)の濃度、および/または、第1の生物学的試料と比較して高い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のVSIG4、ARHGAP1およびB4GAT1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2または3種類のタンパク質)の濃度を測定することを必要とする。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、VSIG4およびARHGAP1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1種類、2種類、3種類または4種類のタンパク質)の濃度を測定すること;該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;ならびに、第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のDDR1およびNTRK2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1または2種類のタンパク質)の濃度、および/または、第1の生物学的試料と比較して高い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のVSIG4およびARHGAP1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1または2種類のタンパク質)の濃度を測定することを必要とする。
別の態様では、本開示は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する治療反応の同定方法であって、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、SCARA5、GDF-8、BOC、PAEP、ARTN、CDNF、TMPRSS5、FLRT2、ROBO2、SIGLEC10、PRTG、SCARF2、CDH3、GFR-α-1、TSHB、CD200R1、RGMB、KYNU、HS3ST3B1、CHRDL2、CNTN1、VSIG4、ARHGAP1、B4GAT1、STX8、CRELD2、ARSA、BCAM、SCARF1、CA13、DAG1、LAIR1、GUSB、PMVK、PEAR1、GP1BA、TACC3、PARK7、ARHGEF12、SEMA7A、ESAM、FKBP5、ARHGAP1、SCAMP3、ABL1、EGF、TACC3、FKBP5、BID、PRDX5、STX8、CD63、SCARF1、PTPN1、CLEC1B、ARSB、FKBP1B、YES1、SRC、TNFSF14、PLXNB3、LRMP、CD164、DAG1、PVALB、NAA10、TRIM5、ARHGEF12、HGF、CA13、SNAP23、SORT1、GP6、CTSS、PPIB、CRKL、MAP2K6、MANF、PMVK、ABHD14B、GUSB、FATC1、MAD1L1、EDAR、CEACAM8、GLB1、ST3GAL1、ARSA、ADAM8、CD40、IFI30、ECE1、AXIN1、WFDC2、TBCB、CXCL13、ST1A1、KIF1BP、DPP7、VEGFA、CETN2、TGF-α、CD84、SNAP29、CASP-8、S100A11、GSTP1、CRADD、PRKAB1、HGF、STK4、RNASE3、SERPINB6、OSM、MK、FADD、CLEC11A、CD69、LOX-1、ITGA6、CLEC5A、BCAM、FES、TXNDC5、LAT2、CXCL11、PARP-1、APBB1IP、GZMBおよびCRNNからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定すること;ならびに、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、SCARA5、GDF-8、BOC、PAEP、ARTN、CDNF、TMPRSS5、FLRT2、ROBO2、SIGLEC10、PRTG、SCARF2、CDH3、GFR-α-1、TSHB、CD200R1、RGMB、KYNU、HS3ST3B1、CHRDL2、CNTN1、VSIG4、ARHGAP1、B4GAT1、STX8、CRELD2、ARSA、BCAM、SCARF1、CA13、DAG1、LAIR1、GUSB、PMVK、PEAR1、GP1BA、TACC3、PARK7、ARHGEF12、SEMA7A、ESAM、FKBP5、ARHGAP1、SCAMP3、ABL1、EGF、TACC3、FKBP5、BID、PRDX5、STX8、CD63、SCARF1、PTPN1、CLEC1B、ARSB、FKBP1B、YES1、SRC、TNFSF14、PLXNB3、LRMP、CD164、DAG1、PVALB、NAA10、TRIM5、ARHGEF12、HGF、CA13、SNAP23、SORT1、GP6、CTSS、PPIB、CRKL、MAP2K6、MANF、PMVK、ABHD14B、GUSB、FATC1、MAD1L1、EDAR、CEACAM8、GLB1、ST3GAL1、ARSA、ADAM8、CD40、IFI30、ECE1、AXIN1、WFDC2、TBCB、CXCL13、ST1A1、KIF1BP、DPP7、VEGFA、CETN2、TGF-α、CD84、SNAP29、CASP-8、S100A11、GSTP1、CRADD、PRKAB1、HGF、STK4、RNASE3、SERPINB6、OSM、MK、FADD、CLEC11A、CD69、LOX-1、ITGA6、CLEC5A、BCAM、FES、TXNDC5、LAT2、CXCL11、PARP-1、APBB1IP、GZMBおよびCRNNからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定することによる同定方法であり、第2の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、SCARA5、GDF-8、BOC、PAEP、ARTN、CDNF、TMPRSS5、FLRT2、ROBO2、SIGLEC10、PRTG、SCARF2、CDH3、GFR-α-1、TSHB、CD200R1、RGMB、KYNU、HS3ST3B1、CHRDL2およびCNTN1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度が第1の生物学的試料と比較して低いこと、および/または、第2の生物学的試料中のVSIG4、ARHGAP1、B4GAT1、STX8、CRELD2、ARSA、BCAM、SCARF1、CA13、DAG1、LAIR1、GUSB、PMVK、PEAR1、GP1BA、TACC3、PARK7、ARHGEF12、SEMA7A、ESAM、FKBP5、ARHGAP1、SCAMP3、ABL1、EGF、TACC3、FKBP5、BID、PRDX5、STX8、CD63、SCARF1、PTPN1、CLEC1B、ARSB、FKBP1B、YES1、SRC、TNFSF14、PLXNB3、LRMP、CD164、DAG1、PVALB、NAA10、TRIM5、ARHGEF12、HGF、CA13、SNAP23、SORT1、GP6、CTSS、PPIB、CRKL、MAP2K6、MANF、PMVK、ABHD14B、GUSB、FATC1、MAD1L1、EDAR、CEACAM8、GLB1、ST3GAL1、ARSA、ADAM8、CD40、IFI30、ECE1、AXIN1、WFDC2、TBCB、CXCL13、ST1A1、KIF1BP、DPP7、VEGFA、CETN2、TGF-α、CD84、SNAP29、CASP-8、S100A11、GSTP1、CRADD、PRKAB1、HGF、STK4、RNASE3、SERPINB6、OSM、MK、FADD、CLEC11A、CD69、LOX-1、ITGA6、CLEC5A、BCAM、FES、TXNDC5、LAT2、CXCL11、PARP-1、APBB1IP、GZMBおよびCRNNからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度が第1の生物学的試料と比較して高いことが、該ヒト対象体がJAK阻害剤に対する治療反応を起こさなかったことを示している、同定方法を特徴とする。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、VSIG4、ARHGAP1およびB4GAT1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5または6種類のタンパク質)の濃度を測定すること;ならびに、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、VSIG4、ARHGAP1およびB4GAT1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5または6種類のタンパク質)の濃度を測定することを必要とし、ここで、第2の生物学的試料中のDDR1、NTRK2およびCES2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2または3種類のタンパク質)の濃度が第1の生物学的試料と比較して低いこと、および/または、第2の生物学的試料中のVSIG4、ARHGAP1およびB4GAT1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2または3種類のタンパク質)の濃度が第1の生物学的試料と比較して高いことは、該ヒト対象体がJAK阻害剤に対する治療反応を起こさなかったことを示している。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、VSIG4およびARHGAP1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3または4種類のタンパク質)の濃度を測定すること;ならびに、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、VSIG4およびARHGAP1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3または4種類のタンパク質)の濃度を測定することを必要とし、ここで、第2の生物学的試料中のDDR1およびNTRK2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1または2種類のタンパク質)の濃度が第1の生物学的試料と比較して低いこと、および/または、第2の生物学的試料中のVSIG4およびARHGAP1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1または2種類のタンパク質)の濃度が第1の生物学的試料と比較して高いことは、該ヒト対象体がJAK阻害剤に対する治療反応を起こさなかったことを示している。
別の態様では、本開示は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与することを含む処置方法であり、該ヒト対象体が、(i)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSCF、CPA2、P4HB、SPARCL1、ST2、SCF、CNDP1、TRAIL、KIRREL2、EGFR、ISLR2、PPP3R1、FCGR3B、MMP-3、IL-18BP、Flt3L、PPY、LTA4H、ITGB2、PTN、GPNMB、SIRPB1、PLTP、PSP-D、COMP、PAMR1、VASN、F11、IL10、CA3、CXCL10、Notch3、NCAM1、PROC、CLEC14A、IL-12B、IL10、CD40およびIFN-γからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)のベースライン濃度が対照よりも低いこと、および/または、(ii)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSERPINA12、GHRL、PREB、IL-20RAおよびPON2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4または5種類のタンパク質)のベースライン濃度が対照よりも高いことが予め判定されている、処置方法を特徴とする。
いくつかの実施態様では、当該方法は、該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与することを必要とし、ここで、該ヒト対象体は、(i)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSCF、CPA2およびP4HBからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2または3種類のタンパク質)のベースライン濃度が対照よりも低いこと、および/または、(ii)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSERPINA12、GHRLおよびPREBからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2または3種類のタンパク質)のベースライン濃度が対照よりも高いことが予め判定されている。
いくつかの実施態様では、当該方法は、該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与することを必要とし、ここで、該ヒト対象体は、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のIL-20RAおよびPON2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1または2種類のタンパク質)のベースライン濃度が対照よりも低いことが予め判定されている。
別の態様では、本開示は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、対照と比較して低い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSCF、CPA2、P4HB、SPARCL1、ST2、SCF、CNDP1、TRAIL、KIRREL2、EGFR、ISLR2、PPP3R1、FCGR3B、MMP-3、IL-18BP、Flt3L、PPY、LTA4H、ITGB2、PTN、GPNMB、SIRPB1、PLTP、PSP-D、COMP、PAMR1、VASN、F11、IL10、CA3、CXCL10、Notch3、NCAM1、PROC、CLEC14A、IL-12B、IL10、CD40およびIFN-γからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度、および/または、対照と比較して高い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSERPINA12、GHRL、PREB、IL-20RAおよびPON2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、5または5種類のタンパク質)の濃度を測定すること;ならびに、該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与することによる処置方法を特徴とする。
いくつかの実施態様では、当該方法は、対照と比較して低い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSCF、CPA2およびP4HBからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2または3種類のタンパク質)の濃度、および/または、対照と比較して高い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSERPINA12、GHRLおよびPREBからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2または3種類のタンパク質)の濃度を測定すること;ならびに、該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与することを必要とする。
いくつかの実施態様では、当該方法は、対照と比較して高い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のIL-20RAおよびPON2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1または2種類のタンパク質)の濃度を測定すること;ならびに、該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与することを必要とする。
別の態様では、本開示は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する反応の予測方法であって、JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSCF、CPA2、P4HB、SPARCL1、ST2、SCF、CNDP1、TRAIL、KIRREL2、EGFR、ISLR2、PPP3R1、FCGR3B、MMP-3、IL-18BP、Flt3L、PPY、LTA4H、ITGB2、PTN、GPNMB、SIRPB1、PLTP、PSP-D、COMP、PAMR1、VASN、F11、IL10、CA3、CXCL10、Notch3、NCAM1、PROC、CLEC14A、IL-12B、IL10、CD40、IFN-γ、SERPINA12、GHRL、PREB、IL-20RAおよびPON2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定することによる予測方法であり、SCF、CPA2、P4HB、SPARCL1、ST2、SCF、CNDP1、TRAIL、KIRREL2、EGFR、ISLR2、PPP3R1、FCGR3B、MMP-3、IL-18BP、Flt3L、PPY、LTA4H、ITGB2、PTN、GPNMB、SIRPB1、PLTP、PSP-D、COMP、PAMR1、VASN、F11、IL10、CA3、CXCL10、Notch3、NCAM1、PROC、CLEC14A、IL-12B、IL10、CD40およびIFN-γのうち少なくとも1種類(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類)の濃度が対照と比較して低いこと、および/または、SERPINA12、GHRL、PREB、IL-20RAまたはPON2のうちの少なくとも1種類(例えば、少なくとも1、2、3、4または5種類)の濃度が対照と比較して高いことが、対象体がJAK阻害剤に反応することを予測させるものである、予測方法を特徴とする。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSCF、CPA2、P4HB、SERPINA12、GHRLおよびPREBからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5または6種類のタンパク質)の濃度を測定することを必要とし、ここで、SCF、CPA2またはP4HBのうち少なくとも1種類(例えば、少なくとも1、2または3種類)の濃度が対照と比較して低いこと、および/または、SERPINA12、GHRLまたはPREBのうち少なくとも1種類(例えば、少なくとも1、2または3種類)の濃度が対照と比較して高いことは、対象体がJAK阻害剤に反応することを予測させるものである。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のIL-20RAおよびPON2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1または2種類のタンパク質)の濃度を測定することを必要とし、ここで、IL-20RAおよびPON2のうち少なくとも1種類(例えば、少なくとも1または2種類)の濃度が対照と比較して低いことは、対象体がJAK阻害剤に反応することを予測させるものである。
別の態様では、本開示は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する反応の予測方法であって、JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のEPHA10、GH2、PARP-1、GLRX、ARSB、SCAMP3、t-PA、LDL受容体、DLK-1、SELE、EPHB4、GFRA2、PLC、LTBR、PAMR1、TACSTD2、FS、ICAM-2、AXL、PRSS8、SPINK5、AMN、NOMO1、PAIおよびCPMからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定することによる予測方法であり、EPHA10、GH2、PARP-1、GLRX、ARSBおよびSCAMP3のうち少なくとも1種類(例えば、少なくとも1、2、3、4、5または6種類)の濃度が対照と比較して低い、および/または、t-PA、LDL受容体、DLK-1、SELE、EPHB4、GFRA2、PLC、LTBR、PAMR1、TACSTD2、FS、ICAM-2、AXL、PRSS8、SPINK5、AMN、NOMO1、PAIおよびCPMのうち少なくとも1種類(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類)の濃度が対照と比較して高いことが、対象体がJAK阻害剤に反応しないことを予測させるものである、予測方法を特徴とする。
いくつかの実施態様では、当該方法は、JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のEPHA10、GH2、PARP-1、t-PA、LDL受容体、DLK-1およびSELEからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5または6種類のタンパク質)の濃度を測定することを必要とし、ここで、EPHA10、GH2またはPARP-1のうち少なくとも1種類(例えば、少なくとも1、2または3種類)の濃度が対照と比較して低いこと、および/または、t-PA、LDL受容体またはDLK-1のうち少なくとも1種類(例えば、少なくとも1、2または3種類)の濃度が対照と比較して高いことは、対象体がJAK阻害剤に反応しないことを予測させるものである。
本開示はまた、試料中のタンパク質の量の測定方法であって、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体から得られた生物学的試料を準備すること;ならびに、該生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、FUCA1、ITGAV、ITGB5、THBS4、CD207、GDF-8、CDH6、MRC2、ICOSLG、TNXB、EDIL3、OSMR、GPC1、MIC-A/B、TGFR-2、LRRN1、TLR3、KIM1、ROBO2、CD70、CLMP、N-CDase、FCRL5、CTSV、SCARF2、PLXDC1、PRTG、ERBB4、MAGED1、CEACAM1、TSHB、PTK7、TGFR-2、ADAM22、CTSC、DLK-1、USP8、SCARF2、TNFRSF13B、MB、TMPRSS5、NUDT5、MMP-3、MAEA、NEMO、IFN-γ、IL18、AKT1S1、CASP-8、PPP1R2、ST2、VSIG4、SCGB3A2、HDGF、ICA1、IL13、PEBP1、PARK7、MAP4K5、FLI1、MMP-10、CCL24、TIMP4、MBL2、REG4およびCPA2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定することによる測定方法を特徴とする。ここに記載された方法のいくつかの実施態様では、50、40、30、20、15、10または5種類以下のタンパク質の濃度が測定される。
本開示はまた、試料中のタンパク質の量の測定方法であって、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体から得られた生物学的試料を準備すること;ならびに、該生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、SCARA5、GDF-8、BOC、PAEP、ARTN、CDNF、TMPRSS5、FLRT2、ROBO2、SIGLEC10、PRTG、SCARF2、CDH3、GFR-α-1、TSHB、CD200R1、RGMB、KYNU、HS3ST3B1、CHRDL2、CNTN1、VSIG4、ARHGAP1、B4GAT1、STX8、CRELD2、ARSA、BCAM、SCARF1、CA13、DAG1、LAIR1、GUSB、PMVK、PEAR1、GP1BA、TACC3、PARK7、ARHGEF12、SEMA7A、ESAM、FKBP5、ARHGAP1、SCAMP3、ABL1、EGF、TACC3、FKBP5、BID、PRDX5、STX8、CD63、SCARF1、PTPN1、CLEC1B、ARSB、FKBP1B、YES1、SRC、TNFSF14、PLXNB3、LRMP、CD164、DAG1、PVALB、NAA10、TRIM5、ARHGEF12、HGF、CA13、SNAP23、SORT1、GP6、CTSS、PPIB、CRKL、MAP2K6、MANF、PMVK、ABHD14B、GUSB、FATC1、MAD1L1、EDAR、CEACAM8、GLB1、ST3GAL1、ARSA、ADAM8、CD40、IFI30、ECE1、AXIN1、WFDC2、TBCB、CXCL13、ST1A1、KIF1BP、DPP7、VEGFA、CETN2、TGF-α、CD84、SNAP29、CASP-8、S100A11、GSTP1、CRADD、PRKAB1、HGF、STK4、RNASE3、SERPINB6、OSM、MK、FADD、CLEC11A、CD69、LOX-1、ITGA6、CLEC5A、BCAM、FES、TXNDC5、LAT2、CXCL11、PARP-1、APBB1IP、GZMBおよびCRNNからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定することによる測定方法を特徴とする。ここに記載された方法のいくつかの実施態様では、50、40、30、20、15、10または5種類以下のタンパク質の濃度が測定される。
本開示はまた、試料中のタンパク質の量の測定方法であって、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体から得られた生物学的試料を準備すること;ならびに、該生物学的試料中のSCF、CPA2、P4HB、SPARCL1、ST2、SCF、CNDP1、TRAIL、KIRREL2、EGFR、ISLR2、PPP3R1、FCGR3B、MMP-3、IL-18BP、Flt3L、PPY、LTA4H、ITGB2、PTN、GPNMB、SIRPB1、PLTP、PSP-D、COMP、PAMR1、VASN、F11、IL10、CA3、CXCL10、Notch3、NCAM1、PROC、CLEC14A、IL-12B、IL10、CD40、IFN-γ、SERPINA12、GHRL、PREB、IL-20RAおよびPON2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定することによる測定方法を特徴とする。ここに記載された方法のいくつかの実施態様では、50、40、30、20、15、10または5種類以下のタンパク質の濃度が測定される。
本開示はまた、試料中のタンパク質の量の測定方法であって、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体から得られた生物学的試料を準備すること;ならびに、該生物学的試料中のEPHA10、GH2、PARP-1、GLRX、ARSB、SCAMP3、t-PA、LDL受容体、DLK-1、SELE、EPHB4、GFRA2、PLC、LTBR、PAMR1、TACSTD2、FS、ICAM-2、AXL、PRSS8、SPINK5、AMN、NOMO1、PAIおよびCPMからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類のタンパク質)の濃度を測定することによる測定方法を特徴とする。ここに記載された方法のいくつかの実施態様では、50、40、30、20、15、10または5種類以下のタンパク質の濃度が測定される。
別の態様では、本開示は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与することを含む処置方法であり、ヒト対象体が、(i)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSLFN12、DLEU1、EDARADD、SH3BGR、IGFN1、APOBEC3G、TRPM2、RNF148、HMMR、SKA1、AHRR、LDHAL6A、SHCBP1、GBP3、RFC4、CTF1、RAB3IL1、GINS1、CD5、PRKG1、SRSF12、FAXC、PDIA5、TGIF2、EED、GORAB、NPAS3、AVPR1A、C9orf64、C1orf74、ACAN、RNF180、BCL2L12、XK、IQCGおよびZNF43からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類の遺伝子)のベースライン発現レベルが対照よりも低いこと、および/または、(ii)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のOVCH2、ANKRD2、KCNJ1、TAS1R3、PPIAL4G、ZSCAN1、CACNA1F、IL17B、C1QL1、OR10A4、TAF1L、STK16、RFNG、CSAG1、PRR21、NHSL2、ZNF787、ZNRF1、PALD1、ZNF444、FAM219A、TMEM208、NMRK1、ARID3B、MPLKIP、CAB39L、ALKBH3、PLCE1、C12orf29、LSAMP、SMIM5、UQCC2、FAM96B、GID4、AKAP10、HMGCLおよびC11orf49からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類の遺伝子)のベースライン発現レベルが対照よりも高いことが予め判定されている、処置方法を特徴とする。
本開示はまた、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、対照と比較して低い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSLFN12、DLEU1、EDARADD、SH3BGR、IGFN1、APOBEC3G、TRPM2、RNF148、HMMR、SKA1、AHRR、LDHAL6A、SHCBP1、GBP3、RFC4、CTF1、RAB3IL1、GINS1、CD5、PRKG1、SRSF12、FAXC、PDIA5、TGIF2、EED、GORAB、NPAS3、AVPR1A、C9orf64、C1orf74、ACAN、RNF180、BCL2L12、XK、IQCGおよびZNF43からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類の遺伝子)の発現レベル、および/または、対照と比較して高い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のOVCH2、ANKRD2、KCNJ1、TAS1R3、PPIAL4G、ZSCAN1、CACNA1F、IL17B、C1QL1、OR10A4、TAF1L、STK16、RFNG、CSAG1、PRR21、NHSL2、ZNF787、ZNRF1、PALD1、ZNF444、FAM219A、TMEM208、NMRK1、ARID3B、MPLKIP、CAB39L、ALKBH3、PLCE1、C12orf29、LSAMP、SMIM5、UQCC2、FAM96B、GID4、AKAP10、HMGCLおよびC11orf49からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類の遺伝子)の発現レベルを測定すること;ならびに、該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与することを含む、処置方法を特徴とする。
本開示はまた、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する反応の予測方法であって、JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のOVCH2、ANKRD2、KCNJ1、TAS1R3、PPIAL4G、ZSCAN1、CACNA1F、IL17B、C1QL1、OR10A4、TAF1L、STK16、RFNG、CSAG1、PRR21、NHSL2、ZNF787、ZNRF1、PALD1、ZNF444、FAM219A、TMEM208、NMRK1、ARID3B、MPLKIP、CAB39L、ALKBH3、PLCE1、C12orf29、LSAMP、SMIM5、UQCC2、FAM96B、GID4、AKAP10、HMGCL、C11orf49、SLFN12、DLEU1、EDARADD、SH3BGR、IGFN1、APOBEC3G、TRPM2、RNF148、HMMR、SKA1、AHRR、LDHAL6A、SHCBP1、GBP3、RFC4、CTF1、RAB3IL1、GINS1、CD5、PRKG1、SRSF12、FAXC、PDIA5、TGIF2、EED、GORAB、NPAS3、AVPR1A、C9orf64、C1orf74、ACAN、RNF180、BCL2L12、XK、IQCGおよびZNF43からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類の遺伝子)の発現レベルを測定することを含む予測方法であり、SLFN12、DLEU1、EDARADD、SH3BGR、IGFN1、APOBEC3G、TRPM2、RNF148、HMMR、SKA1、AHRR、LDHAL6A、SHCBP1、GBP3、RFC4、CTF1、RAB3IL1、GINS1、CD5、PRKG1、SRSF12、FAXC、PDIA5、TGIF2、EED、GORAB、NPAS3、AVPR1A、C9orf64、C1orf74、ACAN、RNF180、BCL2L12、XK、IQCGおよびZNF43のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して低いこと、および/または、OVCH2、ANKRD2、KCNJ1、TAS1R3、PPIAL4G、ZSCAN1、CACNA1F、IL17B、C1QL1、OR10A4、TAF1L、STK16、RFNG、CSAG1、PRR21、NHSL2、ZNF787、ZNRF1、PALD1、ZNF444、FAM219A、TMEM208、NMRK1、ARID3B、MPLKIP、CAB39L、ALKBH3、PLCE1、C12orf29、LSAMP、SMIM5、UQCC2、FAM96B、GID4、AKAP10、HMGCLおよびC11orf49のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して高いことが、対象体がJAK阻害剤に反応することを予測させるものである、予測方法を特徴とする。
本開示はまた、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する反応の予測方法であって、JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のOVCH2、ANKRD2、KCNJ1、TAS1R3、PPIAL4G、ZSCAN1、CACNA1F、IL17B、C1QL1、OR10A4、TAF1L、STK16、RFNG、CSAG1、PRR21、NHSL2、ZNF787、ZNRF1、PALD1、ZNF444、FAM219A、TMEM208、NMRK1、ARID3B、MPLKIP、CAB39L、ALKBH3、PLCE1、C12orf29、LSAMP、SMIM5、UQCC2、FAM96B、GID4、AKAP10、HMGCL、C11orf49、SLFN12、DLEU1、EDARADD、SH3BGR、IGFN1、APOBEC3G、TRPM2、RNF148、HMMR、SKA1、AHRR、LDHAL6A、SHCBP1、GBP3、RFC4、CTF1、RAB3IL1、GINS1、CD5、PRKG1、SRSF12、FAXC、PDIA5、TGIF2、EED、GORAB、NPAS3、AVPR1A、C9orf64、C1orf74、ACAN、RNF180、BCL2L12、XK、IQCGおよびZNF43からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類の遺伝子)の発現レベルを測定することを含む予測方法であり、OVCH2、ANKRD2、KCNJ1、TAS1R3、PPIAL4G、ZSCAN1、CACNA1F、IL17B、C1QL1、OR10A4、TAF1L、STK16、RFNG、CSAG1、PRR21、NHSL2、ZNF787、ZNRF1、PALD1、ZNF444、FAM219A、TMEM208、NMRK1、ARID3B、MPLKIP、CAB39L、ALKBH3、PLCE1、C12orf29、LSAMP、SMIM5、UQCC2、FAM96B、GID4、AKAP10、HMGCLおよびC11orf49のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して低いこと、および/または、SLFN12、DLEU1、EDARADD、SH3BGR、IGFN1、APOBEC3G、TRPM2、RNF148、HMMR、SKA1、AHRR、LDHAL6A、SHCBP1、GBP3、RFC4、CTF1、RAB3IL1、GINS1、CD5、PRKG1、SRSF12、FAXC、PDIA5、TGIF2、EED、GORAB、NPAS3、AVPR1A、C9orf64、C1orf74、ACAN、RNF180、BCL2L12、XK、IQCGおよびZNF43のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して高いことが、対象体がJAK阻害剤に反応しないことを予測させるものである、予測方法を特徴とする。
別の態様では、本開示は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与することを含む処置方法であり、該ヒト対象体が、(i)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSTK16、RFNG、ZNRF1、ARID3B、WSB2、JAK1、IL1RL2、PALD1、S100A1、BCL2L12、FAM219AおよびTSHZ1からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12種類の遺伝子)のベースライン発現レベルが対照よりも低いこと、および/または、(ii)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のPPIAL4G、CD5、IFI6、CCR4、CNTF、CD28およびRAB3IL1からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6または7種類の遺伝子)のベースライン発現レベルが対照よりも高いことが予め判定されている、処置方法を特徴とする。
本開示はまた、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、対照と比較して低い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSTK16、RFNG、ZNRF1、ARID3B、WSB2、JAK1、IL1RL2、PALD1、S100A1、BCL2L12、FAM219AおよびTSHZ1からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12種類の遺伝子)の発現レベル、および/または、対照と比較して高い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のPPIAL4G、CD5、IFI6、CCR4、CNTF、CD28およびRAB3IL1からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6または7種類の遺伝子)の発現レベルを測定すること;ならびに、該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与することを含む、処置方法を特徴とする。
本開示はまた、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する反応の予測方法であって、JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のPPIAL4G、CD5、IFI6、CCR4、CNTF、CD28、RAB3IL1、STK16、RFNG、ZNRF1、ARID3B、WSB2、JAK1、IL1RL2、PALD1、S100A1、BCL2L12、FAM219AおよびTSHZ1からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18または19種類の遺伝子)の発現レベルを測定することを含む予測方法であり、STK16、RFNG、ZNRF1、ARID3B、WSB2、JAK1、IL1RL2、PALD1、S100A1、BCL2L12、FAM219AおよびTSHZ1のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して低いこと、および/または、PPIAL4G、CD5、IFI6、CCR4、CNTF、CD28およびRAB3IL1のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して高いことが、対象体がJAK阻害剤に反応することを予測させるものである、予測方法を特徴とする。
本開示はまた、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する反応の予測方法であって、JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のPPIAL4G、CD5、IFI6、CCR4、CNTF、CD28、RAB3IL1、STK16、RFNG、ZNRF1、ARID3B、WSB2、JAK1、IL1RL2、PALD1、S100A1、BCL2L12、FAM219AおよびTSHZ1からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18または19種類の遺伝子)の発現レベルを測定することを含む予測方法であり、PPIAL4G、CD5、IFI6、CCR4、CNTF、CD28およびRAB3IL1のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して低いこと、および/または、STK16、RFNG、ZNRF1、ARID3B、WSB2、JAK1、IL1RL2、PALD1、S100A1、BCL2L12、FAM219AおよびTSHZ1のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して高いことが、対象体がJAK阻害剤に反応しないことを予測させるものである、予測方法を特徴とする。
本明細書に記載された方法のいくつかの実施態様では、生物学的試料は、血液、血清、血漿、尿、髄液、唾液、涙液または汗である。いくつかの実施態様では、生物学的試料は、血液、血清または血漿である。
本明細書に記載された方法のいくつかの実施態様では、タンパク質の濃度は、免疫学的方法(例えば、酵素結合免疫吸着測定法、酵素免疫測定法、放射免疫測定法、化学発光免疫測定法、電気化学発光免疫測定法、ラテックス比濁免疫測定法、ラテックス測光免疫測定法、免疫クロマトグラフィー測定法およびウエスタンブロッティングからなる群から選択されるもの)によって測定される。
本明細書に記載された方法のいくつかの実施態様では、タンパク質の濃度は、質量分析法によって測定される。
本明細書に記載された方法のいくつかの実施態様では、遺伝子の発現レベルは、RNA配列解析または定量的PCRによって測定される。
本明細書に記載された方法のいくつかの実施態様では、JAK阻害剤はルキソリチニブである。いくつかの実施態様では、ルキソリチニブは、少なくとも0.15%のルキソリチニブを含むクリームで、少なくとも1日1回、ヒト対象体に局所投与される。いくつかの実施態様では、ルキソリチニブは、少なくとも0.15%のルキソリチニブを含むクリームで、少なくとも1日2回、ヒト対象体に局所投与される。いくつかの実施態様では、ルキソリチニブは、少なくとも0.5%のルキソリチニブを含むクリームで、少なくとも1日1回、ヒト対象体に局所投与される。いくつかの実施態様では、ルキソリチニブは、少なくとも0.5%のルキソリチニブを含むクリームで、少なくとも1日2回、ヒト対象体に局所投与される。いくつかの実施態様では、ルキソリチニブは、少なくとも1.5%のルキソリチニブを含むクリームで、少なくとも1日1回、ヒト対象体に局所投与される。いくつかの実施態様では、ルキソリチニブは、少なくとも1.5%のルキソリチニブを含むクリームで、少なくとも1日2回、ヒト対象体に局所投与される。
本明細書に記載された方法のいくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、イタシチニブ、4-[3-(シアノメチル)-3-(3',5'-ジメチル-1H,1'H-4,4'-ビピラゾール-1-イル)アゼチジン-1-イル]-2,5-ジフルオロ-N-[(1S)-2,2,2-トリフルオロ-1-メチルエチル]ベンズアミドもしくはその薬学的に許容される塩、または(2R,5S)-5-{2-[(1R)-1-ヒドロキシエチル]-1H-イミダゾ[4,5-d]チエノ[3,2-b]ピリジン-1-イル}テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)アセトニトリルもしくはその薬学的に許容される塩である。
タンパク質の「ベースライン濃度」という用語は、JAK阻害剤による処置の開始前の対象体におけるタンパク質の濃度をいう。
遺伝子の「ベースライン発現レベル」という用語は、JAK阻害剤による処置の開始前の対象体における遺伝子の発現レベルをいう。
「低い濃度」という用語は、分析されているタンパク質の濃度が、対照または前の試料中のそのタンパク質の濃度よりも低いことを意味する。例えば、分析されているタンパク質の濃度は、対照中のそのタンパク質の濃度の少なくとも1.5分の1、2分の1、3分の1、4分の1、5分の1、6分の1、7分の1、8分の1、9分の1、10分の1、20分の1、25分の1、50分の1、75分の1もしくは100分の1であり得るか、または、対照中のそのタンパク質の濃度よりも少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1,000%、1,500%、2,000%、2,500%、3,000%、3,500%、4,000%、4,500%もしくは5,000%低いものであり得る。
「低い発現レベル」という用語は、分析されている遺伝子の発現レベルが、対照中のその遺伝子の発現レベルよりも低いことを意味する。例えば、分析されている遺伝子の発現レベルは、対照中のその遺伝子の発現レベルの少なくとも1.5分の1、2分の1、3分の1、4分の1、5分の1、6分の1、7分の1、8分の1、9分の1、10分の1、20分の1、25分の1、50分の1、75分の1もしくは100分の1であり得るか、または、対照中のその遺伝子の発現レベルよりも少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1,000%、1,500%、2,000%、2,500%、3,000%、3,500%、4,000%、4,500%もしくは5,000%低いものであり得る。
「高い濃度」という用語は、分析されているタンパク質の濃度が、対照または前の試料中のそのタンパク質の濃度よりも高いことを意味する。例えば、分析されているタンパク質の濃度は、対照中のそのタンパク質の濃度の少なくとも1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、25倍、50倍、75倍もしくは100倍であり得るか、または、対照中のそのタンパク質の濃度よりも少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1,000%、1,500%、2,000%、2,500%、3,000%、3,500%、4,000%、4,500%もしくは5,000%高いものであり得る。
「高い発現レベル」という用語は、分析されている遺伝子の発現レベルが、対照中のその遺伝子の発現レベルよりも高いことを意味する。例えば、分析されている遺伝子の発現レベルは、対照中のその遺伝子の発現レベルの少なくとも1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、25倍、50倍、75倍もしくは100倍であり得るか、または、対照中のその遺伝子の発現レベルよりも少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1,000%、1,500%、2,000%、2,500%、3,000%、3,500%、4,000%、4,500%もしくは5,000%高いものであり得る。
「治療に対して反応する」という用語は、治療を施された対象体が、提供されたJAK阻害剤治療に対して陽性反応を示すことを意味する。
特に定義されていない限り、本明細書で使用されているすべての技術的および科学的用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されているものと同じ意味を有する。本明細書に記載されたものと同様または同等の方法および材料を本発明の実施または試験に使用することができるが、例示的な方法および材料を以下に記載する。本明細書に記載されているすべての刊行物、特許出願、特許、およびその他の参考文献は、出典明示によりその全体として本明細書の一部とする。矛盾が生じた場合は、定義を含めて本願が優先される。材料、方法および実施例は例示的なものであり、限定することを意図したものではない。
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明、および特許請求の範囲から明らかになる。
図1は、ビヒクル対照またはルキソリチニブ含有組成物による治療後、12週目および24週目におけるCXCL9レベルのベースラインからの変化率を示すグラフである。 図2は、ビヒクル対照またはルキソリチニブ含有組成物による治療後、12週目および24週目におけるCXCL10レベルのベースラインからの変化率を示すグラフである。 図3は、ベースラインのF-VASIと正の相関がある循環中のタンパク質を示している。 図4は、処置群別に、ベースラインから24週目までの特定の炎症性メディエーターの倍数変化および対応のあるt検定のp値を示している。
詳細な説明
本開示は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体をJAK阻害剤で処置するための方法および組成物を提供する。本開示は、JAK阻害剤に対する治療反応(例えば、目に見える皮膚の改善の前の治療反応)を起こした、尋常性白斑を有するこれら対象体を同定するための薬力学バイオマーカー(例えば、タンパク質発現レベル)を提供する。本開示はまた、JAK阻害剤の投与が有効である可能性が高い尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるこれら対象体を同定する予測バイオマーカー(例えば、タンパク質発現レベル)を提供する。
JAK阻害剤に対する治療反応性を同定する方法
実施例1に記載されるように、尋常性白斑を有する対象体をJAK阻害剤で処置することにより、循環CXCL9およびCXCL10レベルが低い。したがって、処置の過程の間のCXCL9およびCXCL10レベルの変化は、尋常性白斑を有する対象体のJAK阻害剤に対する治療反応性(例えば、疾患スコア改善および/または疾患解消)を同定するのに使用することができる。JAK阻害剤で処置した後に該対象体から得られた生物学的試料中のCXCL9および/またはCXCL10タンパク質濃度がJAK阻害剤で処置する前に対象体から得られた生物学的試料(例えば、血漿または血清)中のベースラインCXCL9および/またはCXCL10発現レベルと比較して低いことは、対象体がJAK阻害剤に対する治療反応(例えば、目に見える皮膚の改善の前の治療反応)を起こしたことを示している。
実施例2~4に記載されるように、プロテオミクスプロファイリングは、JAK阻害剤による処置に対して反応する対象体における発現レベルが、処置の経過の間に変化し、したがって、尋常性白斑を有する対象体のJAK阻害剤に対する治療反応性(例えば、疾患スコア改善および/または疾患解消)を同定するのに有用である、多数のタンパク質を同定した。さらに、JAK阻害剤による処置に対して反応しなかった対象体における発現レベルが、処置の経過の間に変化し、したがって、尋常性白斑を有する対象体のJAK阻害剤に対する非反応性(例えば、疾患スコアの非改善および/または疾患解消の欠如)を同定するのに有用である、多数のタンパク質が同定された。
JAK阻害剤で処置した後に該対象体から得られた生物学的試料(例えば、血漿または血清)中のFAP、RET、CNTN5、FUCA1、ITGAV、ITGB5、THBS4、CD207、GDF-8、CDH6、MRC2、ICOSLG、TNXB、EDIL3、OSMR、GPC1、MIC-A/B、TGFR-2、LRRN1、TLR3、KIM1、ROBO2、CD70、CLMP、N-CDase、FCRL5、CTSV、SCARF2、PLXDC1、PRTG、ERBB4、MAGED1、CEACAM1、TSHB、PTK7、TGFR-2、ADAM22、CTSC、DLK-1、USP8、SCARF2、TNFRSF13B、MBまたはTMPRSS5のうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類)のタンパク質濃度がJAK阻害剤で処置する前に対象体から得られた生物学的試料中のベースライン発現レベルと比較して低いことは、該対象体がJAK阻害剤に対する治療反応(例えば、目に見える皮膚の改善の前の治療反応)を起こしたことを示している。
JAK阻害剤で処置した後に該対象体から得られた生物学的試料(例えば、血漿または血清)中のNUDT5、MMP-3、MAEA、NEMO、IFN-γ、IL18、AKT1S1、CASP-8、PPP1R2、ST2、VSIG4、SCGB3A2、HDGF、ICA1、IL13、PEBP1、PARK7、MAP4K5、FLI1、MMP-10、CCL24、TIMP4、MBL2、REG4またはCPA2のうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類)のタンパク質濃度がJAK阻害剤で処置する前に対象体から得られた生物学的試料中のベースライン発現レベルと比較して高いことは、該対象体がJAK阻害剤に対する治療反応(例えば、目に見える皮膚の改善の前の治療反応)を起こしたことを示している。
JAK阻害剤で処置した後に該対象体から得られた生物学的試料(例えば、血漿または血清)中のNUDT5、MMP-3、MAEA、NEMO、IFN-γ、IL18、AKT1S1、CASP-8、PPP1R2、ST2、VSIG4、SCGB3A2、HDGF、ICA1、IL13、PEBP1、PARK7、MAP4K5、FLI1、MMP-10、CCL24、TIMP4、MBL2、REG4またはCPA2のうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類)のタンパク質濃度がJAK阻害剤で処置する前に対象体から得られた生物学的試料中のベースライン発現レベルと比較して高いことと組み合わせた、JAK阻害剤で処置した後に該対象体から得られた生物学的試料(例えば、血漿または血清)中のFAP、RET、CNTN5、FUCA1、ITGAV、ITGB5、THBS4、CD207、GDF-8、CDH6、MRC2、ICOSLG、TNXB、EDIL3、OSMR、GPC1、MIC-A/B、TGFR-2、LRRN1、TLR3、KIM1、ROBO2、CD70、CLMP、N-CDase、FCRL5、CTSV、SCARF2、PLXDC1、PRTG、ERBB4、MAGED1、CEACAM1、TSHB、PTK7、TGFR-2、ADAM22、CTSC、DLK-1、USP8、SCARF2、TNFRSF13B、MBまたはTMPRSS5のうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類)のタンパク質濃度がJAK阻害剤で処置する前に対象体から得られた生物学的試料中のベースライン発現レベルと比較して低いことは、該対象体がJAK阻害剤に対する治療反応(例えば、目に見える皮膚の改善の前の治療反応)を起こしたことを示している。
JAK阻害剤で処置した後に該対象体から得られた生物学的試料(例えば、血漿または血清)中のDDR1、NTRK2、CES2、SCARA5、GDF-8、BOC、PAEP、ARTN、CDNF、TMPRSS5、FLRT2、ROBO2、SIGLEC10、PRTG、SCARF2、CDH3、GFR-α-1、TSHB、CD200R1、RGMB、KYNU、HS3ST3B1、CHRDL2またはCNTN1のうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類)のタンパク質濃度がJAK阻害剤で処置する前に対象体から得られた生物学的試料中のベースライン発現レベルと比較して低いことは、該対象体がJAK阻害剤に対する治療反応を起こさなかったことを示している。
JAK阻害剤で処置した後に該対象体から得られた生物学的試料(例えば、血漿または血清)中のVSIG4、ARHGAP1、B4GAT1、STX8、CRELD2、ARSA、BCAM、SCARF1、CA13、DAG1、LAIR1、GUSB、PMVK、PEAR1、GP1BA、TACC3、PARK7、ARHGEF12、SEMA7A、ESAM、FKBP5、ARHGAP1、SCAMP3、ABL1、EGF、TACC3、FKBP5、BID、PRDX5、STX8、CD63、SCARF1、PTPN1、CLEC1B、ARSB、FKBP1B、YES1、SRC、TNFSF14、PLXNB3、LRMP、CD164、DAG1、PVALB、NAA10、TRIM5、ARHGEF12、HGF、CA13、SNAP23、SORT1、GP6、CTSS、PPIB、CRKL、MAP2K6、MANF、PMVK、ABHD14B、GUSB、FATC1、MAD1L1、EDAR、CEACAM8、GLB1、ST3GAL1、ARSA、ADAM8、CD40、IFI30、ECE1、AXIN1、WFDC2、TBCB、CXCL13、ST1A1、KIF1BP、DPP7、VEGFA、CETN2、TGF-α、CD84、SNAP29、CASP-8、S100A11、GSTP1、CRADD、PRKAB1、HGF、STK4、RNASE3、SERPINB6、OSM、MK、FADD、CLEC11A、CD69、LOX-1、ITGA6、CLEC5A、BCAM、FES、TXNDC5、LAT2、CXCL11、PARP-1、APBB1IP、GZMBまたはCRNNのうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類)のタンパク質濃度がJAK阻害剤で処置する前に対象体から得られた生物学的試料中のベースライン発現レベルと比較して高いことは、該対象体がJAK阻害剤に対する治療反応を起こさなかったことを示している。
JAK阻害剤で処置した後に該対象体から得られた生物学的試料(例えば、血漿または血清)中のVSIG4、ARHGAP1、B4GAT1、STX8、CRELD2、ARSA、BCAM、SCARF1、CA13、DAG1、LAIR1、GUSB、PMVK、PEAR1、GP1BA、TACC3、PARK7、ARHGEF12、SEMA7A、ESAM、FKBP5、ARHGAP1、SCAMP3、ABL1、EGF、TACC3、FKBP5、BID、PRDX5、STX8、CD63、SCARF1、PTPN1、CLEC1B、ARSB、FKBP1B、YES1、SRC、TNFSF14、PLXNB3、LRMP、CD164、DAG1、PVALB、NAA10、TRIM5、ARHGEF12、HGF、CA13、SNAP23、SORT1、GP6、CTSS、PPIB、CRKL、MAP2K6、MANF、PMVK、ABHD14B、GUSB、FATC1、MAD1L1、EDAR、CEACAM8、GLB1、ST3GAL1、ARSA、ADAM8、CD40、IFI30、ECE1、AXIN1、WFDC2、TBCB、CXCL13、ST1A1、KIF1BP、DPP7、VEGFA、CETN2、TGF-α、CD84、SNAP29、CASP-8、S100A11、GSTP1、CRADD、PRKAB1、HGF、STK4、RNASE3、SERPINB6、OSM、MK、FADD、CLEC11A、CD69、LOX-1、ITGA6、CLEC5A、BCAM、FES、TXNDC5、LAT2、CXCL11、PARP-1、APBB1IP、GZMBまたはCRNNのうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類)のタンパク質濃度がJAK阻害剤で処置する前に対象体から得られた生物学的試料中のベースライン発現レベルと比較して高いことと組み合わせた、JAK阻害剤で処置した後に該対象体から得られた生物学的試料(例えば、血漿または血清)中のDDR1、NTRK2、CES2、SCARA5、GDF-8、BOC、PAEP、ARTN、CDNF、TMPRSS5、FLRT2、ROBO2、SIGLEC10、PRTG、SCARF2、CDH3、GFR-α-1、TSHB、CD200R1、RGMB、KYNU、HS3ST3B1、CHRDL2またはCNTN1のうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20種類)のタンパク質濃度がJAK阻害剤で処置する前に対象体から得られた生物学的試料中のベースライン発現レベルと比較して低いことは、該対象体がJAK阻害剤に対する治療反応を起こさなかったことを示している。
いくつかの実施態様では、尋常性白斑は非分節型尋常性白斑である。他の実施態様では、尋常性白斑は分節型尋常性白斑である。
JAK阻害剤に対する治療反応性を予測する方法
実施例において、ベースライン発現レベルが尋常性白斑を有する対象体のJAK阻害剤に対する反応性(例えば、疾患スコア改善および/または疾患解消)を予測するのに有用であるいくつかのタンパク質を同定した。さらに、ベースライン発現レベルが尋常性白斑を有する対象体のJAK阻害剤に対する非反応性(例えば、疾患スコアの非改善および/または疾患解消の欠如)を予測するのに有用であるいくつかのタンパク質を同定した。
SCF、CPA2、P4HB、SPARCL1、ST2、SCF、CNDP1、TRAIL、KIRREL2、EGFR、ISLR2、PPP3R1、FCGR3B、MMP-3、IL-18BP、Flt3L、PPY、LTA4H、ITGB2、PTN、GPNMB、SIRPB1、PLTP、PSP-D、COMP、PAMR1、VASN、F11、IL10、CA3、CXCL10、Notch3、NCAM1、PROC、CLEC14A、IL-12B、IL10、CD40またはIFN-γのうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14種類)のベースラインタンパク質濃度(例えば、血漿または血清中)が対照と比較して低いことは、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体がJAK阻害剤に反応することを示している/予測させるものである。例えば、JAK阻害剤で処理する前に対象体から得られた生物学的試料中のSPARCL1タンパク質の(対照と比較して)低い濃度は、対象体がJAK阻害剤に反応することを予測させるものである。
SERPINA12、GHRL、PREB、IL-20RAまたはPON2のうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2または3種類)のベースラインタンパク質濃度(例えば、血漿または血清中)が対照と比較して高いことは、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体がJAK阻害剤に反応することを示している/予測させるものである。例えば、JAK阻害剤で処理する前に対象体から得られた生物学的試料中のSERPINA12タンパク質の濃度が(対照と比較して)高いことは、対象体がJAK阻害剤に反応することを予測させるものである。
SERPINA12、GHRL、PREB、IL-20RAまたはPON2のうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2または3種類)のベースラインタンパク質濃度が対照と比較して高いことと組み合わせた、SCF、CPA2、P4HB、SPARCL1、ST2、SCF、CNDP1、TRAIL、KIRREL2、EGFR、ISLR2、PPP3R1、FCGR3B、MMP-3、IL-18BP、Flt3L、PPY、LTA4H、ITGB2、PTN、GPNMB、SIRPB1、PLTP、PSP-D、COMP、PAMR1、VASN、F11、IL10、CA3、CXCL10、Notch3、NCAM1、PROC、CLEC14A、IL-12B、IL10、CD40またはIFN-γのうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14種類)のベースラインタンパク質濃度(例えば、血漿または血清中)が対照と比較して低いことは、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体がJAK阻害剤に反応することを示している/予測させるものである。例えば、JAK阻害剤で処理する前に対象体から得られた生物学的試料中のSPARCL1タンパク質の濃度が(対照と比較して)低く、かつ、SERPINA12タンパク質の濃度が(対照と比較して)高いことは、対象体がJAK阻害剤と反応することを予測させるものである。
EPHA10、GH2、PARP-1、GLRX、ARSBまたはSCAMP3のうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5または6種類)のベースラインタンパク質濃度(例えば、血漿または血清中)が対照と比較して低いことは、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体がJAK阻害剤と反応しないことを示している/予測させるものである。例えば、JAK阻害剤で処理する前に対象体から得られた生物学的試料中のEPHA10タンパク質の濃度が(対照と比較して)低いことは、対象体がJAK阻害剤に反応しないことを予測させるものである。
t-PA、LDL受容体、DLK-1、SELE、EPHB4、GFRA2、PLC、LTBR、PAMR1、TACSTD2、FS、ICAM-2、AXL、PRSS8、SPINK5、AMN、NOMO1、PAIまたはCPMのうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14種類)のベースラインタンパク質濃度(例えば、血漿または血清中)が対照と比較して高いことは、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体がJAK阻害剤に反応しないことを示している/予測させるものである。例えば、JAK阻害剤で処理する前に対象体から得られた生物学的試料中のEPHB4タンパク質の濃度が(対照と比較して)高いことは、対象体がJAK阻害剤に反応しないことを予測させるものである。
t-PA、LDL受容体、DLK-1、SELE、EPHB4、GFRA2、PLC、LTBR、PAMR1、TACSTD2、FS、ICAM-2、AXL、PRSS8、SPINK5、AMN、NOMO1、PAIまたはCPMのうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14種類)のベースラインタンパク質濃度(例えば、血漿または血清中)が対照と比較して高いことと組み合わせた、EPHA10、GH2、PARP-1、GLRX、ARSBまたはSCAMP3のうち1種類以上(例えば、少なくとも1、2、3、4、5または6種類)のベースラインタンパク質濃度(例えば、血漿または血清中)が対照と比較して低いことは、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体がJAK阻害剤に反応しないことを示している/予測させるものである。例えば、JAK阻害剤で処理する前に対象体から得られた生物学的試料中のEPHA10タンパク質の濃度が(対照と比較して)低く、かつ、EPHB4タンパク質の濃度が(対照と比較して)高いことは、対象体がJAK阻害剤に反応しないことを予測させるものである。
いくつかの実施態様では、尋常性白斑は非分節型尋常性白斑である。他の実施態様では、尋常性白斑は分節型尋常性白斑である。
対照
上記のとおり、本発明の方法は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体からの生物学的試料中の1種類以上のタンパク質の濃度を測定することを含むことができ、ここで、対照と比較した1種類以上のタンパク質の濃度は、JAK阻害剤に対する対象体の反応を予測する。ある種の実施態様では、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体からの生物学的試料中の本明細書に記載のタンパク質の濃度が対照よりも低い場合、対象体は、JAK阻害剤に反応する可能性が高いと識別される。他の実施態様では、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体からの生物学的試料中の本明細書に記載のタンパク質の濃度が対照よりも高い場合、対象体は、JAK阻害剤に反応する可能性が高いと識別される。この文脈では、「対照」という用語は、JAK阻害剤に反応しないことが知られている対象体から得られた(同じ組織型からの)試料を含む。「対照」という用語は、また、JAK阻害剤に反応しないことが知られている対象体から過去に得られ、治療反応性が予測される対象体から採取された試験試料との将来の比較の参照として使用される、(同じ組織型からの)試料を含む。特定の細胞種または組織中の特定のタンパク質の「対照」発現レベル/濃度は、JAK阻害剤による処置に反応しなかった同一種の1人以上(例えば、2人、3人、4人、5人、6人、7人、8人、9人、10人、15人、20人、25人、30人、35人もしくは40人またはそれ以上)の対象体におけるタンパク質発現の分析によって予め確立され得る。次いで、この予め確立された参照値(治療に反応しなかった複数の対象体から得られた発現レベル/濃度平均値または中央値であり得る)は、試験試料との比較において、タンパク質の「対照」濃度/発現レベルに使用され得る。このような比較では、分析されているタンパク質の発現レベルが予め確立された参照よりも低いかまたは高い場合、対象体はJAK阻害剤に反応すると予測される。
別法として、特定の細胞種または組織中の特定のタンパク質の「対照」濃度は、JAK阻害剤による処置に反応した1人以上の対象体におけるタンパク質発現の分析によって予め確立され得る。次いで、この予め確立された参照値(治療に反応しなかった複数の対象体から得られた発現レベル平均値または中央値であり得る)は、試験試料との比較において、「対照」発現レベルとして使用され得る。このような比較では、分析されているタンパク質の濃度が予め確立された参照と同一であるかまたは同等(例えば、少なくとも85%であるが100%未満)である場合、対象体はJAK阻害剤に反応すると予測される。
ある種の実施態様では、「対照」は、予め確立されたカットオフ値である。カットオフ値は、典型的には、上または下が目的の治療に対する対象体の反応性を予測させるものであると考えられるタンパク質の濃度である。したがって、本明細書に記載の方法および組成物に従って、参照タンパク質濃度は、JAK阻害剤に対する反応性を予測させるものであるカットオフ値と同定される。本明細書に記載の方法で使用するために決定されたカットオフ値は、例えば、公表された濃度範囲と比較することができるが、使用される方法論および患者集団に個別化することができる。
いくつかの実施態様では、分析されているタンパク質の濃度は、対照におけるそのタンパク質の濃度と比較して低い。例えば、分析されているタンパク質の濃度は、対照におけるそのタンパク質の濃度の少なくとも1.5分の1、2分の1、3分の1、4分の1、5分の1、6分の1、7分の1、8分の1、9分の1、10分の1、20分の1、25分の1、50分の1、75分の1もしくは100分の1であり得るか、または該濃度よりも少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1,000%、1,500%、2,000%、2,500%、3,000%、3,500%、4,000%、4,500%もしくは5,000%低いものであり得る。
いくつかの実施態様では、分析されているタンパク質の濃度は、対照におけるそのタンパク質の濃度と比較して高い。例えば、分析されているタンパク質の濃度は、対照におけるそのタンパク質の濃度の少なくとも1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、25倍、50倍、75倍もしくは100倍であり得るか、または該濃度よりも少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1,000%、1,500%、2,000%、2,500%、3,000%、3,500%、4,000%、4,500%もしくは5,000%高いものであり得る。
生物学的試料
本明細書に記載の方法に好適な生物学的試料としては、目的のタンパク質を含む、生体液、細胞、組織またはそれらの画分が挙げられる。生物学的試料は、例えば、ヒト対象体から得られた標本であり得るか、または、このような対象体から誘導され得る。例えば、生物学的試料は、血液、血清、血漿、尿、髄液、唾液、涙液もしくは汗などの生体液、または基板(例えば、ガラス、ポリマーまたは紙)に吸収されたそのような試料であり得る。
生物学的試料は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体から得ることができる。ある種の実施態様では、対象体は非分節型尋常性白斑を有する。いくつかの実施態様では、対象体は分節型尋常性白斑を有する。
試料中の分子(例えば、タンパク質)の活性または完全性を維持する該試料の取得および/または貯蔵方法は当業者に周知である。例えば、生物学的試料は、試料中の分子の変化を維持または最小化する、緩衝剤および/または阻害剤(ヌクレアーゼ、プロテアーゼおよびホスファターゼ阻害剤のうち1種類以上を含む)などの1種類以上のさらなる薬剤と接触させることができる。
バイオマーカーの発現レベル/濃度の決定
遺伝子産物の発現レベル(量)は、遺伝子のタンパク質発現のレベルを検出および/または測定することによって決定することができる。
一の実施態様では、遺伝子の発現は、遺伝子によってコードされるタンパク質の発現および/または濃度を検出および/または測定することによって決定することができる。タンパク質発現/濃度を決定する方法は当該技術分野で周知である。一般的に使用される方法は、目的の標的タンパク質に対して特異的な抗体の使用を含む。例えば、タンパク質発現を決定する方法としては、ウエスタンブロット解析もしくはドットブロット解析、免疫組織化学(例えば、定量的免疫組織化学)、免疫細胞化学、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)、酵素結合免疫吸着スポット(ELISPOT;Coligan, J. E., et al., eds. (1995) Current Protocols in Immunology. Wiley, New York)、放射免疫測定法、化学発光免疫測定法、電気化学発光免疫測定法、ラテックス比濁免疫測定法、ラテックス測光免疫測定法、免疫クロマトグラフィー測定法および抗体アレイ解析法(例えば、米国特許出願公開第20030013208号および第2004171068号を参照(各々の開示内容は、出典明示によりその全体として本明細書の一部とする))が挙げられるが、これらに限定されない
一の例では、遺伝子のタンパク質発現の存在または量は、ウエスタンブロッティング技術を用いて決定することができる。例えば、生物学的試料からライセートを調製することができるか、または、生物学的試料自体をレムリバッファーと接触させ、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS-PAGE)にかけることができる。次いで、サイズによって分離されたSDS-PAGE分離タンパク質をフィルター膜(例えば、ニトロセルロース)に移し、目的のタンパク質に特異的な検出可能標識抗体を使用したイムノブロッティング技術にかけることができる。結合した検出可能標識抗体の存在または量は、生物学的試料中のタンパク質の存在または量を示す。
別の例では、遺伝子のタンパク質発現を検出および/または測定するためにイムノアッセイを使用することができる。上記のように、検出の目的で、検出部分(例えば、蛍光剤または酵素)を有する抗体を用いてイムノアッセイを行うことができる。生物学的試料からのタンパク質は、固相マトリックス(例えば、マルチウェルアッセイプレート、ニトロセルロース、アガロース、セファロース、コード化された粒子、または磁気ビーズ)に直接コンジュゲートすることができるか、または、特異的な結合対の第2のメンバー(例えば、ストレプトアビジンまたはビオチン)との結合により固相マトリックスに付着する特異的結合対(例えばビオチンまたはストレプトアビジン)の第1のメンバーとコンジュゲートすることができる。このような固相マトリックスへの付着により、検出抗体との接触前に生物学的試料の他の干渉成分または無関係な成分からタンパク質を精製することが可能になり、また、未結合抗体を後から洗浄することが可能になる。ここで、上記のように、結合した検出可能標識抗体の存在または量は、生物学的試料中のタンパク質の存在または量を示す。
抗体の形態に関しては特に制限はなく、本開示は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を包含する。ウサギのような動物をタンパク質またはそのフラグメントで免疫化することによって得られる抗血清、ならびに全てのクラスのポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体、ヒト抗体、および遺伝子組換えによって作製されたヒト化抗体も含まれる。1つ以上のバイオマーカーによってコードされたタンパク質に対して特異的な抗体または抗体フラグメントは、ファージデスプレイなどのインビトロ法によって生成することもできる。さらにまた、抗体は、本発明のバイオマーカーによってコードされるタンパク質に結合する限り、抗体フラグメントまたは修飾抗体であり得る。例えば、H鎖FvおよびL鎖Fvがリンカーによって好適に連結されている、Fab、F(ab')2、Fv、または一本鎖Fv(scFv)(Huston et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85:5879-5883, (1988))は、抗体フラグメントとして与えられ得る。
抗体は、蛍光物質、放射性物質および発光物質などの様々な分子とコンジュゲートすることができる。このような分子を抗体に付着させる方法はすでに確立しており、当該技術分野では慣用的である(例えば、米国特許第5,057,313号および第5,156,840号を参照)。
抗体の抗原結合活性をアッセイする方法の例としては、例えば、吸光度の測定、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)、酵素免疫測定法(EIA)、放射免疫測定法(RIA)および/または免疫蛍光法が挙げられる。例えば、ELISAを用いる場合、本開示の抗体を塗布したプレートに、本発明のバイオマーカーによってコードされるタンパク質を添加し、次いで、抗体試料、例えば、抗体産生細胞の培養上清、または精製抗体を添加する。次いで、アルカリホスファターゼおよびこのような酵素によって標識される、一次抗体を認識する二次抗体を添加し、該プレートをインキュベートし、洗浄し、p-ニトロフェニルホスフェートなどの酵素基質を添加した後に吸光度を測定して、抗原結合活性を評価する。タンパク質として、タンパク質フラグメント、例えば、C末端を含むフラグメント、またはN末端を含むフラグメントを使用することができる。本発明の抗体の活性を評価するために、BIAcore(GE Healthcare)を使用することができる。
これらの方法を使用することにより、抗体と、目的のタンパク質を含むと推定される試料とを接触させ、上記抗体とタンパク質との間で形成される免疫複合体を検出またはアッセイすることにより、本発明のバイオマーカーによってコードされるタンパク質を検出またはアッセイする。
質量分析ベース定量アッセイ法、例えば、限定されるわけではないが、安定な同位体標識内部標準と組み合わせた複数反応モニタリング(MRM)ベースアプローチは、タンパク質の定量的測定のためのイムノアッセイの代替法である。これらのアプローチは、抗体の使用を必要としていない(例えば、Addona et al., Nat. Biotechnol., 27:633-641, 2009;Kuzyk et al., Mol. Cell Proteomics, 8:1860-1877, 2009;Paulovich et al., Proteomics Clin. Appl., 2:1386-1402, 2008を参照)。さらに、MRMは優れた多重化機能を提供し、これにより、多数のタンパク質を並行して同時に定量することができる。これらの方法の基本理論は十分に確立されており、小分子の薬物代謝および薬物動態分析に広く利用されている。
いくつかの実施態様では、2種類のタンパク質、3種類のタンパク質、4種類のタンパク質、5種類のタンパク質、6種類のタンパク質、7種類のタンパク質、8種類のタンパク質、9種類のタンパク質、10種類のタンパク質、11種類のタンパク質、12種類のタンパク質、13種類のタンパク質もしくは14種類のタンパク質、または、少なくとも2種類のタンパク質、少なくとも3種類のタンパク質、少なくとも4種類のタンパク質、少なくとも5種類のタンパク質、少なくとも6種類のタンパク質、少なくとも7種類のタンパク質、少なくとも8種類のタンパク質、少なくとも9種類のタンパク質、少なくとも10種類のタンパク質、少なくとも11種類のタンパク質、少なくとも12種類のタンパク質、少なくとも13種類のタンパク質、少なくとも14種類のタンパク質、少なくとも15種類のタンパク質、少なくとも16種類のタンパク質、少なくとも17種類のタンパク質、少なくとも18種類のタンパク質、少なくとも19種類のタンパク質もしくは少なくとも20種類のタンパク質の濃度を評価および/または測定することができる。
JAK阻害剤
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、JAK1、JAK2、JAK3および/またはTYK2を阻害する化合物である。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、JAK3およびTYK2よりもJAK1およびJAK2に対して選択性がある。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、JAK2、JAK3およびTYK2よりもJAK1に対して選択的である。例えば、本明細書に記載の化合物のいくつか、またはその薬学的に許容される塩は、JAK2、JAK3およびTYK2のうちの1つ以上よりもJAK1を優先的に阻害する。いくつかの実施態様では、該化合物または塩は、JAK2よりも優先的にJAK1を阻害する(例えば、JAK2/JAK1 IC50比>1を有する)。いくつかの実施態様では、該化合物または塩は、JAK2よりもJAK1に対して約10倍選択的である。いくつかの実施態様では、該化合物または塩は、1mM ATPでIC50を測定することによって算出した場合、JAK2よりもJAK1に対して約3倍、約5倍、約10倍、約15倍または約20倍選択的である。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、3-シクロペンチル-3-[4-(7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4-イル)-1H-ピラゾール-1-イル]プロパンニトリルである。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、(3R)-3-シクロペンチル-3-[4-(7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4-イル)-1H-ピラゾール-1-イル]プロパンニトリル(ルキソリチニブ;INCB018424としても知られている)である。
3-シクロペンチル-3-[4-(7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4-イル)-1H-ピラゾール-1-イル]プロパンニトリルおよびルキソリチニブは、2006年12月12日出願の米国特許第7,598,257号(実施例67)に記載の手順で製造することができる(出典明示によりその全体として本明細書の一部とする)。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、(3R)-3-シクロペンチル-3-[4-(7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4-イル)-1H-ピラゾール-1-イル]プロパンニトリル・リン酸塩である。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、バリシチニブ(barcitinib)、トファシチニブ、オクラシチニブ、フィルゴチニブ、ガンドチニブ、レスタウルチニブ、モメロチニブ、パクリチニブ(bacritinib)、PF-04965842、ウパダシチニブ、ペフィシチニブ、フェドラチニブ、ククルビタシンI、ATI-501(Aclaris)、ATI-502(Aclaris)、JTE052(Leo Pharmaおよび日本たばこ産業株式会社)、またはCHZ868である。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、同位体的標識化合物またはその薬学的に許容される塩であり得る。「同位体的」または「放射性標識」化合物とは、1つ以上の原子が、自然界で典型的に見られる(すなわち、天然に存在する)原子質量または質量数とは異なる原子質量または質量数を有する原子で置き換えられるかまたは置換されている本開示の化合物である。。本開示の化合物に組み込まれ得る好適な放射性核種としては、2H(ジュウテリウムのDとも記載される)、3H(トリチウムのTとも記載される)、11C、13C、14C、13N、15N、15O、17O、18O、18F、35S、36Cl、82Br、75Br、76Br、77Br、123I、124I、125Iおよび131Iが挙げられるが、これらに限定されない。例えば、本開示の化合物中の1個以上の水素をジュウテリウム原子で置き換えることができる(例えば、式(I)のC1-6アルキル基の1個以上の水素原子は、-CH3の代わりに-CD3など、ジュウテリウム原子で置換されていてもよい)。
本明細書に記載の化合物の1個以上の構成原子を天然または非天然に豊富な該原子の同位体で置き換え得るかまたは置換することができる。いくつかの実施態様では、該化合物は、少なくとも1個のジュウテリウム原子を含む。いくつかの実施態様では、該化合物は、2個以上のジュウテリウム原子を含む。いくつかの実施態様では、該化合物は、1~2個、1~3個、1~4個、1~5個、または1~6個のジュウテリウム原子を含む。いくつかの実施態様では、化合物中の水素原子の全てがジュウテリウム原子で置き換え得るかまたは置換され得る。
有機化合物内に同位体を含ませるための合成方法は当該技術分野で知られている(Deuterium Labeling in Organic Chemistry by Alan F. Thomas (New York, N.Y., Appleton-Century-Crofts, 1971;The Renaissance of H/D Exchange by Jens Atzrodt, Volker Derdau, Thorsten Fey and Jochen Zimmermann, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 7744-7765;The Organic Chemistry of Isotopic Labelling by James R. Hanson, Royal Society of Chemistry, 2011)。同位体的標識化合物は、NMR分光法、代謝実験および/またはアッセイなどの種々の研究で使用することができる。
ジュウテリウムなどの重い同位体での置換は、より大きな代謝安定性、例えばインビボ半減期の増加または必要な投与量の減少により生じる特定の治療上の利点を与えることができ、いくつかの状況によっては好ましい場合がある。(例えば、AA. Kerekes et. al. J. Med. Chem. 2011, 54, 201-210;R. Xu et. al. J. Label Compd. Radiopharm. 2015, 58, 308-312を参照)。特に、1か所以上の代謝部位での置換は、治療上の利点の1つ以上をもたらし得る。
したがって、いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、化合物中の1個以上の水素原子がジュウテリウム原子に置き換えられている化合物、またはその薬学的に許容される塩である。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、1個以上の水素原子がジュウテリウム原子で置き換えられているルキソリチニブ、またはその薬学的に許容される塩である。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、米国特許第9,249,149号(出典明示によりその全体として本明細書の一部とする)に記載の化合物のいずれか、またはその薬学的に許容される塩である。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、CTP-543、またはその薬学的に許容される塩である。いくつかの実施態様では、該化合物は、式I:
Figure 2022526301000001
[式中、
1は、HおよびDから選択され;
各R2は、独立して、HおよびDから選択されるが、ただし、同一の炭素原子に結合している各R2は、同一であり;
各R3は、独立して、HおよびDから選択されるが、ただし、同一の炭素原子に結合している各R3は、同一であり;
4は、HおよびDから選択され;
各R5は、同一であり、HおよびDから選択され;かつ
6、R7およびR8は、各々独立して、HおよびDから選択されるが;ただし、R1がHであり、各R2および各R3がHであり、R4がHであり、かつ、R6、R7およびR8の各々がHである場合、各R5はDである]
で示される化合物、またはその薬学的に許容される塩である。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、下記の表における以下の化合物100~130から選択される式Iの化合物(R6、R7およびR8の各々がHである)、またはその薬学的に許容される塩である。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、下記の表における以下の化合物200~231から選択される式Iの化合物(R6、R7およびR8の各々がDである)、またはその薬学的に許容される塩である。
Figure 2022526301000002
Figure 2022526301000003
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、1個以上の水素原子がジュウテリウム原子で置き換えられているバリシチニブ、またはその薬学的に許容される塩である。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、米国特許第9,540,367号(出典明示によりその全体として本明細書の一部とする)における化合物のいずれか、またはその薬学的に許容される塩である。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、表Aの化合物、またはその薬学的に許容される塩である。表Aにおける化合物は、(JAK2、JAK3およびTYK2よりも選択的な)選択的JAK1阻害剤である。
Figure 2022526301000004
Figure 2022526301000005
Figure 2022526301000006
Figure 2022526301000007
Figure 2022526301000008
Figure 2022526301000009
Figure 2022526301000010
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、{1-{1-[3-フルオロ-2-(トリフルオロメチル)イソニコチノイル]ピペリジン-4-イル}-3[4-(7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4-イル)-1H-ピラゾール-1-イル]アゼチジン-3-イル}アセトニトリルまたはその薬学的に許容される塩である。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、{1-{1-[3-フルオロ-2-(トリフルオロメチル)イソニコチノイル]ピペリジン-4-イル}-3[4-(7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4-イル)-1H-ピラゾール-1-イル]アゼチジン-3-イル}アセトニトリル・アジピン酸塩である。
{1-{1-[3-フルオロ-2-(トリフルオロメチル)イソニコチノイル]ピペリジン-4-イル}-3[4-(7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4-イル)-1H-ピラゾール-1-イル]アゼチジン-3-イル}アセトニトリルおよび同化合物のアジピン酸塩の合成方法および製造方法は、例えば、2011年3月9日出願の米国特許出願公開第2011/0224190号、2012年9月6日出願の米国特許出願公開第2013/0060026号、および2014年3月5日出願の米国特許出願公開第2014/0256941号(各々、出典明示によりその全体として本明細書の一部とする)に見ることができる。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、4-[3-(シアノメチル)-3-(3',5'-ジメチル-1H,1'H-4,4'-ビピラゾール-1-イル)アゼチジン-1-イル]-2,5-ジフルオロ-N-[(1S)-2,2,2-トリフルオロ-1-メチルエチル]ベンズアミドまたはその薬学的に許容される塩である。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、4-[3-(シアノメチル)-3-(3',5'-ジメチル-1H,1'H-4,4'-ビピラゾール-1-イル)アゼチジン-1-イル]-2,5-ジフルオロ-N-[(1S)-2,2,2-トリフルオロ-1-メチルエチル]ベンズアミド・リン酸塩である。
4-[3-(シアノメチル)-3-(3',5'-ジメチル-1H,1'H-4,4'-ビピラゾール-1-イル)アゼチジン-1-イル]-2,5-ジフルオロ-N-[(1S)-2,2,2-トリフルオロ-1-メチルエチル]ベンズアミドおよび同化合物のリン酸塩の合成方法および製造方法は、例えば、2014年5月16日出願の米国特許出願公開第米国特許出願公開第2014/0343030号(出典明示によりその全体として本明細書の一部とする)に見ることができる。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、((2R,5S)-5-{2-[(1R)-1-ヒドロキシエチル]-1H-イミダゾ[4,5-d]チエノ[3,2-b]ピリジン-1-イル}テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)アセトニトリルまたはその薬学的に許容される塩である。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、((2R,5S)-5-{2-[(1R)-1-ヒドロキシエチル]-1H-イミダゾ[4,5-d]チエノ[3,2-b]ピリジン-1-イル}テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)アセトニトリル一水和物である。
((2R,5S)-5-{2-[(1R)-1-ヒドロキシエチル]-1H-イミダゾ[4,5-d]チエノ[3,2-b]ピリジン-1-イル}テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)アセトニトリルの合成方法ならびに同化合物の無水物および一水和物の特徴付けは、2013年10月31日出願の米国特許出願公開第2014/0121198号および2015年4月29日出願の米国特許出願公開第2015/0344497号(各々、出典明示によりその全体として本明細書の一部とする)に記載されている。
いくつかの実施態様では、表Aの化合物は、2011年3月9日出願の米国特許出願公開第2011/0224190号、2014年5月16日出願の米国特許出願公開第2014/0343030号、2013年10月31日出願の米国特許出願公開第2014/0121198号、2010年5月21日出願の米国特許出願公開第2010/0298334号、2010年8月31日出願の米国特許出願公開第2011/0059951号、2011年11月18日出願の米国特許出願公開第2012/0149681号、2011年11月18日出願の米国特許出願公開第2012/0149682号、2012年6月19日出願の米国特許出願公開第2013/0018034号、2012年8月17日出願の米国特許出願公開第2013/0045963号、および2013年5月17日出願の米国特許出願公開第2014/0005166号(各々、出典明示によりその全体として本明細書の一部とする)に記載の合成手順によって製造される。
いくつかの実施態様では、JAK阻害剤は、2011年3月9日出願の米国特許出願公開第2011/0224190号、2014年5月16日出願の米国特許出願公開第2014/0343030号、2013年10月31日出願の米国特許出願公開第2014/0121198号、2010年5月21日出願の米国特許出願公開第2010/0298334号、2010年8月31日出願の米国特許出願公開第2011/0059951号、2011年11月18日出願の米国特許出願公開第2012/0149681号、2011年11月18日出願の米国特許出願公開第2012/0149682号、2012年6月19日出願の米国特許出願公開第2013/0018034号、2012年8月17日出願の米国特許出願公開第2013/0045963号、および2013年5月17日出願の米国特許出願公開第2014/0005166号(各々、出典明示によりその全体として本明細書の一部とする)の化合物またはその薬学的に許容される塩から選択される。
処置の方法
本明細書に開示されている方法は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体が、JAK阻害剤に反応するかまたは反応する可能性が高い(例えば、疾患の重症度の低下および/または疾患の寛解/回復によって証明されるように疾患がより改善される可能性がある)か否かの評価を可能にする。JAK阻害剤に反応する可能性がある、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体には、JAK阻害剤(例えば、ルキソリチニブ)が投与され得る。逆に、JAK阻害剤(例えば、ルキソリチニブ)に反応する可能性が低い、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体には、尋常性白斑の処置に好適なさらなる療法を施すことができる。
本開示の方法は、また、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがある対象体を、JAK阻害剤を含む処置から利益を得る可能性が高い対象体の群と、JAK阻害剤を含む処置から利益を得る可能性が低い対象体の群に層別化することを可能にする。JAK阻害剤による処置を検討されている尋常性白斑対象体のプールからそのような対象体を選択する能力は、対象体に有効な処置を施すのに有益である。
一の実施態様では、JAK阻害剤(例えば、ルキソリチニブ)で処置されるべき対象体は、尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症する可能性がある。ある種の実施態様では、JAK阻害剤(例えば、ルキソリチニブ)で処置されるべき対象体は、非分節型尋常性白斑を有するかまたは非分節型尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは非分節型尋常性白斑を発症する可能性がある。他の実施態様では、JAK阻害剤(例えば、ルキソリチニブ)で処置されるべき対象体は、分節型尋常性白斑を有するかまたは分節型尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは分節型尋常性白斑を発症する可能性がある。
尋常性白斑を有する対象体がJAK阻害剤に反応する可能性が高い場合、該対象体にJAK阻害剤(例えば、ルキソリチニブ)の有効量を投与することができる。JAK阻害剤の有効量は、好適には、例えば、患者の特徴(年齢、性別、体重、人種等)、疾患の進行、および該薬剤への事前の曝露を考慮して、医療従事者が決定することができる。対象体がJAK阻害剤に反応する可能性が低い場合には、該対象体にJAK阻害剤を含まない療法を施してもよい。
当該方法は、また、尋常性白斑を発症するリスクがある個体に適用することができる。
対象体がJAK阻害剤に反応する可能性が高いかまたは低いかに基づいて対象体を層別化または選択した後、医療従事者(例えば、医師)は、対象体に適切な治療様式を施すことができる。JAK阻害剤の投与方法は当該技術分野において周知である。
尋常性白斑を有しており、かつ、JAK阻害剤に反応すると予測される対象体が、以前に1種類以上の非JAK阻害剤療法を施されていた場合、JAK阻害剤は、事前にまたは現在施されている療法を置き換えることができるかまたは増強することができる。例えば、JAK阻害剤により処置する際に、1つ以上の非JAK阻害剤療法を施すことを中止または減少させることができ、例えば、より低いレベルで投与することができる。JAK阻害剤を投与している間、以前の治療法の施しを維持することができる。いくつかの実施態様では、JAK阻害剤のレベルが治療効果をもたらすのに十分なレベルに達するまで、以前の治療法を維持することができる。
本明細書に記載の方法に従ってJAK阻害剤(例えば、ルキソリチニブ)で処置された対象体は、尋常性白斑の処置に有効な1種類以上のさらなる組成物と組み合わせて処置され得る。そのような併用処置に使用することができる組成物の例としては、コルチコステロイド(例えば、メチルプレドニゾロンまたはプレドニゾン)、カルシニューリン(alcineurin)阻害剤、ビタミンDアナログ、シュードカタラーゼ、脱色剤、タクロリムス、ピメクロリムス、オクソラレン、ソラレン、ケリンが挙げられる。
以下は、本発明の実施の例である。それらは、いかなる場合も本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきではない。
実施例1: ルキソリチニブで処置された尋常性白斑を有する被験者におけるヒト血清CXCL9、CXCL10およびIFN-γレベル
研究被験者は尋常性白斑の臨床診断を受けており、脱色素領域は手掌(または手形)法(手掌プラス5本の指)を使用して得られる顔面の総体表面積の少なくとも0.5%および非顔面領域の総体表面積の少なくとも3%を含んでいた。
ベースライン時(処置前)と、以下の5つのうち1つのレジメによる局所処置後12週目および24週目に134人の尋常性白斑被験者の血清中のCXCL9、CXCL10およびIFN-γレベルを評価した:ルキソリチニブクリーム0.15%QD(1日1回)、ルキソリチニブクリーム0.5%QD(1日1回)、ルキソリチニブクリーム1.5%QD(1日1回)、ルキソリチニブクリーム1.5%BID(1日2回)、およびビヒクルBID(1日2回)。種々の処置における「%」とは、ルキソリチニブであるクリームの総重量のパーセントをいう。
各被験者から8.5mL血清分離管(SST)中に血清を採取した。回収した直後、SSTを5回反転させて、該血液と凝血アクチベーターを混合した。垂直位置で室温にて30分間血液を凝固させた。次いで、SSTを、室温(約25℃)にて、1100~1300×gで、スイングヘッドユニットについては10分間、角度固定型ユニットについては15分間、遠心分離した。SSTから血清を回収し、アリコートを作成して凍結し、試験するまで-70℃で保存した。
Simple Plexカートリッジキット(カタログ番号SPCKC-PS-002038;Protein Simple-Biotechne, San Jose, CA)を製造者のガイドラインに従って使用して、各被験者の血清中のCXCL9、CXCL10およびIFN-γタンパク質濃度を測定した。試料は2回繰り返して試験し、各被験者について2回の平均で表された。Graph Pad Prism(San Diego, CA)を使用して統計学的解析を行った。データは、平均±標準誤差で表示されている。マン・ホイットニー検定を用いてビヒクルと各処置群との統計学的差異を評価した。具体的には、研究の各処置群内の個々の被験者について、CXCL9、CXCL10およびIFN-γのベースラインレベルを算出し、統計学的差異についてビヒクル処置被験者と比較した。各個体についてCXCL9、CXCL10およびIFN-γレベルのベースラインからの変化率を算出し、各群について平均した。ノンパラメトリックマン・ホイットニー検定を用いて、各処置群とビヒクルとを比較することにより、ベースラインからの変化率の統計学的差異を決定した。
この研究で試験された134人の被験者のベースラインCXCL9濃度は、151.7~13,016pg/mLの範囲であり、中央値濃度は479.3pg/mLであった。処置群間で、ベースラインCXCL9濃度の統計学的有意差は観察されなかった。
各処置群のベースラインから24週目までのCXCL9レベルの平均変化率が図1に示されている。各処置群でほとんどの被験者のCXCL9のレベルが所定の範囲内に収まった;しかしながら、ビヒクル群(n=1)、0.15%QD群(n=1)、0.5%QD群(n=1)、1.5%QD群、および1.5%BID群(n=1)に外れ値があった。これらの外れ値にもかかわらず、ルキソリチニブクリーム1.5%BIDを24週間塗布すると、ビヒクルと比較して循環中のCXCL9レベルが有意に低下した(p<0.05)(図1)。外れ値を除去しても、観察された有意性に変化は生じなかった。さらに、CXCL9レベルの変化の方向性を比較すると、ルキソリチニブクリーム1.5%QD処置群では24人中17人(71%)、ルキソリチニブクリーム1.5%BID処置群では30人中24人(80%)が、ベースラインと24週目との間に循環CXCL9レベルの低下が見られた。対照的に、ビヒクル処置被験者は26人中13人(50%)だけが、ルキソリチニブクリーム0.15%QD処置被験者は26人中15人(58%)だけが、ルキソリチニブクリーム0.5%QD処置被験者は28人中10人(36%)だけが同様の動きをした。
この研究で試験した被験者134人のベースラインCXCL10濃度は、56.5~507.3pg/mLの範囲であり、中央値濃度は145.6pg/mLであった。処置群間で、ベースラインCXCL10濃度の統計学的有意差は観察されなかった。
各処置群のベースラインから24週目までのCXCL10レベルの平均変化率が図2に示されている。各処置群でほとんどの被験者のCXCL10のレベルが所定の範囲内に収まった;しかしながら、ルキソリチニブクリーム1.5%QD群(n=2)に外れ値があった。これらの外れ値にもかかわらず、ルキソリチニブクリーム1.5%QDまたはBIDを24週間塗布すると、ビヒクルと比較して循環中のCXCL10レベルが有意に低下した(p<0.05)(図2)。外れ値を除去しても、観察された有意性に変化は生じなかった。さらに、CXCL10レベルの変化の方向性を比較すると、ルキソリチニブクリーム1.5%QD処置群では24人中20人(83%)、ルキソリチニブクリーム1.5%BID処置群では30人中23人(77%)が、ベースラインと24週目との間に循環CXCL10レベルの低下が見られた。対照的に、ビヒクル処置被験者は26人中13人(50%)だけが、ルキソリチニブクリーム0.15%QD処置被験者は26人中15人(58%)だけが、ルキソリチニブクリーム0.5%QD処置被験者は28人中15人(54%)だけが同様の動きをした。
ベースラインから24週目までの、絶対値と変化率に反映された血清CXCL9およびCXCL10レベルの変化が表Bに示されている。
Figure 2022526301000011
被験者137人中16人のベースラインIFN-γ濃度は、検出下限値を超えていた。これら16人の被験者のベースラインレベルは、1.14~5.07pg/mLの範囲であり、中央値濃度は1.78pg/mLであった。各処置群間でベースラインIFN-γ濃度の統計学的有意差は観察されなかった。各処置群のベースラインから12週目および24週目までのIFN-γレベルの平均変化率が表Cに示されている。各群間でIFN-γの変化率の有意差は観察されなかった。
Figure 2022526301000012
a 平均±標準誤差で表されたデータ
実施例2: ルキソリチニブで処置された尋常性白斑患者において有意に調節されたタンパク質の同定
実施例1に記載の研究に登録された個体から血清試料を採取した。血清試料は、採取されると、1000種類を超えるタンパク質の分析を可能にするOLINKTMを用いる広範なプロテオミクスプロファイリングを受けた。試料を局所ルキソリチニブによる処置群に基づいてグループ分けした。各グループ内で、血清の広範なプロテオミック分析により、ベースラインから12週目および/または24週目までに有意に調節されたタンパク質を同定した。表1A~表7Bを参照。ダウンレギュレートしたタンパク質は、発現が経時的に減少したタンパク質であり、アップレギュレートしたタンパク質は、発現が経時的に増加したタンパク質である。処置後タンパク質発現レベル(12週目または24週目)と処置前発現レベル(ベースライン)との比率である発現の倍数変化が各タンパク質について示されている。1よりも大きい値はベースラインからの増加を示し、1よりも小さい値はベースラインからの減少を示す。
Figure 2022526301000013
Figure 2022526301000014
Figure 2022526301000015
Figure 2022526301000016
Figure 2022526301000017
Figure 2022526301000018
Figure 2022526301000019
Figure 2022526301000020
Figure 2022526301000021
Figure 2022526301000022
Figure 2022526301000023
Figure 2022526301000024
Figure 2022526301000025
Figure 2022526301000026
Figure 2022526301000027
Figure 2022526301000028
Figure 2022526301000029
Figure 2022526301000030
Figure 2022526301000031
Figure 2022526301000032
Figure 2022526301000033
Figure 2022526301000034
Figure 2022526301000035
Figure 2022526301000036
Figure 2022526301000037
Figure 2022526301000038
Figure 2022526301000039
Figure 2022526301000040
Figure 2022526301000041
Figure 2022526301000042
Figure 2022526301000043
Figure 2022526301000044
Figure 2022526301000045
Figure 2022526301000046
Figure 2022526301000047
循環中の炎症性メディエーターの発現に対するルキソリチニブクリームの局所処置の効果を調べた。ベースラインおよび24週目の試料を用いて参加者130人(n=23 ビヒクル、n=26 0.15% 1日1回[QD]、n=27 0.5% QD、n=24 1.5% QD、n=30 1.5% 1日2回[BID])からの血清を分析し、広範なプロテオミクスの変化を調べた。対応のあるt検定により、p<0.05のカットオフ値で処置群内の有意な変化が確立された。スピアマン相関関係を用いて、ベースラインバイオマーカーと顔面尋常性白斑面積スコアリング指数(facial Vitiligo Area Scoring Index)(F-VASI)の有意性を評価した。ベースラインF-VASIと正の相関を示した循環中のタンパク質を図3に示す。特定の炎症性メディエーターのベースラインから24週目までの倍数変化を図4に示す(1より大きい値は増加を示し、1より小さい値は減少を示す)。全体として、ルキソリチニブクリームによる局所処置、および関連する皮膚の改善は、循環する炎症性メディエーターの用量依存的な調節に対応していた。すべての炎症性メディエーターは、ビヒクルBID処置では安定した状態を維持するか、またはわずかに増加した。ルキソリチニブクリームの投与量が増えると、炎症性メディエーターはより有意に減少した。
実施例3: 顔面尋常性白斑面積スコアリング指数の変化率と、ベースライン時のタンパク質、ベースラインから12週目までの倍数変化、およびベースラインから24週目までの倍数変化との相関
顔面尋常性白斑面積スコアリング指数(VASI)の変化率と、ベースライン時のタンパク質、ベースラインから12週目までの倍数変化、およびベースラインから24週目までの倍数変化との相関を調べた。スピアマン相関値>|0.3|、p値>0.05は、中程度の相関を示した。a)すべての患者、b)反応者、およびc)非反応者について相関関係が完成した。すべての相関計算は、ビヒクルコホートを除外した。顔面VASIの変化率と中程度の相関があるタンパク質を提示する。
以下の表は、顔面VASIの変化率と、a)ベースラインタンパク質レベル、b)ベースラインから12週目までのタンパク質発現の倍数変化、およびc)ベースラインから24週目までのタンパク質発現の倍数変化との関連を記載する。相関のカットオフ値は、スピアマン相関>|0.3|、およびp<0.05であり、中程度に有意な相関を示した。
Figure 2022526301000048
Figure 2022526301000049
Figure 2022526301000050
Figure 2022526301000051
Figure 2022526301000052
Figure 2022526301000053
Figure 2022526301000054
Figure 2022526301000055
Figure 2022526301000056
Figure 2022526301000057
実施例4: 12週目および24週目における反応者間および反応者内のベースラインからのプロテオミクス変化
12週目および24週目における反応者間および反応者内のベースラインからのプロテオミクス変化を調べた。対応のあるt検定を実施し、p<0.05で有意とした。以下の表は、反応者と非反応者の間で有意に異なるプロテオミクス変化を示している。反応とは、顔面VASIの変化率が>50%であると定義した。
Figure 2022526301000058
Figure 2022526301000059
Figure 2022526301000060
Figure 2022526301000061
Figure 2022526301000062
Figure 2022526301000063
実施例5: ケラチノサイトにおけるインターフェロンγおよび腫瘍壊死因子α(Tumor Necrosis-Alpha)誘発ヤヌスキナーゼ発現およびそれに続く炎症性メディエーターの産生
形質転換ヒトケラチノサイト(HaCaT)細胞をAddexBioから購入し(カタログ番号T0020001)、10%ウシ胎仔血清(Hyclone、カタログ番号16140-071)および1xペニシリン/ストレプトマイシン(Gibco、カタログ番号15140-122)を添加した最適化ダルベッコ変法イーグル培地(AddexBio、カタログ番号C0003-02)で培養した。細胞が密集度80~90%に達したら、それを1x DPBSで洗浄し、次いで、0.25%トリプシン(Gibco、カタログ番号25200-056)を用いて37℃/5%CO2で3~5分間インキュベートすることにより組織培養フラスコから剥がした。トリプシン処理した細胞に細胞培養培地を加え、次いで、細胞懸濁液を15mL滅菌遠心分離管に移し、1300rpmで10分間スピンダウンした。トリプシンを含有する培地を細胞ペレットから吸引し、次いで、ペレットを細胞培養用培地10mLに再懸濁した。細胞を、Countess II自動セルカウンターを用いて計数し、次いで、組織培養で処理した24ウェルプレートに4×104細胞/mLの濃度で播種し、37℃/5%CO2で48時間培養した。48時間後、培地を除去し、細胞培養用培地または組換えヒトインターフェロンγ(R&D Systems、カタログ番号285-IF-100)と組換えヒト腫瘍壊死因子α(R&D Systems、カタログ番号210-TA-020)との組合せ刺激剤(combinatory stimulation)のいずれか500uLに置き換えた。該組合せサイトカイン刺激剤(combinatory cytokine stimulation)で処理したHaCaT細胞を、各サイトカインの最終濃度10ng/mL、25ng/mL、50ng/mLまたは100ng/mLで処理した。処理したプレートを30秒間穏やかに攪拌して混合し、次いで、37℃/5%CO2で24時間インキュベートした。24時間のインキュベーション終了後、直ちに各プレートから培地を除去した。
QuantiGene Plex Assay試薬およびプロトコル(Affymetrix、カタログ番号QGP-232-M18042302)を用いてHaCaT細胞からRNAを単離した。細胞を1×DPBSで洗浄し、次いで、付属のQuantiGene溶解バッファーを用いて50~55℃で30分間インキュベートして溶解した。細胞ライセートを、目的の標的からのmRNAに特異的にハイブリダイズするように設計されたキャプチャービーズおよびプローブセットとともに、55℃で18~24時間インキュベートした。32種類の目的ターゲットのパネルには、結果の正規化に使用されるハウスキーピング遺伝子が含まれていた。18~24時間のインキュベーションの後、製造元の手順(Affymetrix、カタログ番号QGP-232-M18042302)に従って、分岐DNA法を用いてシグナルを増幅した。ハイブリダイゼーション工程および洗浄工程の後、Luminex 200でアッセイプレートを読み取り、データを正味中央値蛍光強度(Net Median Fluorescence Intensity)として表した。次いで、データをハウスキーピング遺伝子HPRT1の正味中央値蛍光強度に正規化した(表12)。
Figure 2022526301000064
Figure 2022526301000065
Figure 2022526301000066
Figure 2022526301000067
ProCarta Multiplex Immunoassay試薬およびプロトコル(Invitrogen、カタログ番号EPX450-12171-901)を用いて、培地中の目的の標的タンパク質を検出し、定量した。特定の標的タンパク質のエピトープに結合し、ビーズの特徴的なスペクトルパターンによって結合したタンパク質を同定するように設計された抗体結合ビーズとともに培地をインキュベートした。同じ標的タンパク質の異なるエピトープに結合するように設計されたビオチン化検出抗体、およびストレプトアビジン-PEをアッセイプレートに添加して、標的タンパク質の量を定量する。Luminex 200でアッセイプレートを読み取り、データを正味中央値蛍光強度で表した。製造元の手順(Invitrogen、カタログ番号EPX450-12171-901)に従って作成した抗原標準曲線の正味中央値蛍光強度値を、各標準の予想濃度に対してプロットした。各タンパク質の濃度を抗原標準曲線から外挿し、濃度をpg/mLで表した(表13)。
Figure 2022526301000068
Figure 2022526301000069
Figure 2022526301000070
Figure 2022526301000071
Figure 2022526301000072
Figure 2022526301000073
実施例6: ヤヌスキナーゼ阻害剤は、ケラチノサイトにおけるインターフェロンγおよび腫瘍壊死因子α媒介性炎症を妨害する
形質転換されたヒトケラチノサイト(HaCaT)細胞をAddexBio(カタログ番号T0020001)から購入し、実施例5で概略記載したように培養した。4種類の化合物A~D(化合物A: ルキソリチニブ、化合物B: イタシチニブ({1-{1-[3-フルオロ-2-(トリフルオロメチル)イソニコチノイル]ピペリジン-4-イル}-3[4-(7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4-イル)-1H-ピラゾール-1-イル]アゼチジン-3-イル}アセトニトリル)、化合物C: 4-[3-(シアノメチル)-3-(3',5'-ジメチル-1H,1'H-4,4'-ビピラゾール-1-イル)アゼチジン-1-イル]-2,5-ジフルオロ-N-[(1S)-2,2,2-トリフルオロ-1-メチルエチル]ベンズアミド、化合物D: ((2R,5S)-5-{2-[(1R)-1-ヒドロキシエチル]-1H-イミダゾ[4,5-d]チエノ[3,2-b]ピリジン-1-イル}テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)アセトニトリル)をDMSOで再構成し、次いで、各化合物を細胞培養培地で400nM、200nM、100nMおよび50nMの濃度に希釈した。48時間後、24ウェルプレートから細胞培養培地を除去し、段階希釈した薬剤を含む培地250uLに置き換え、次いで、37℃/5%CO2で15分間インキュベートした。薬剤のインキュベーション後、組換えヒトインターフェロンγ(R&D Systems、カタログ番号285-IF-100)と組換えヒト腫瘍壊死因子α(R&D Systems、カタログ番号210-TA-020)を含む組合せ刺激剤250uLをプレートに加えた。組換えヒトインターフェロンγおよび組換えヒト腫瘍壊死因子αの最終濃度は、各サイトカインとも25ng/mLであった。薬剤を含有するウェルに添加したサイトカイン刺激剤により、各薬剤処置の最終濃度は25nM、50nM、100nMおよび200nMとなった。処置したプレートを30秒間穏やかに撹拌して混合し、次いで、37℃/5%CO2で24時間インキュベートした。24時間のインキュベーション後、直ちに各プレートから培地を除去した。
製造元のガイドラインに従ってQuantiGene Plex Assay試薬およびプロトコル(Affymetrix、カタログ番号QGP-232-M18042302)を用いてHaCaT細胞からRNAを単離した。細胞を1×DPBSで洗浄し、次いで、付属のQuantiGene溶解バッファーを用いて50~55℃で30分間インキュベートして溶解した。細胞ライセートを、目的の標的からのmRNAに特異的にハイブリダイズするように設計されたキャプチャービーズおよびプローブセットとともに、55℃で18~24時間インキュベートした。遺伝子には、結果の正規化に使用されるハウスキーピング遺伝子(例えば、HPRT1およびGAPDH)が含まれていた。18~24時間のインキュベーションの後、製造元の手順(Affymetrix、カタログ番号QGP-232-M18042302)に従って、分岐DNA法を用いてシグナルを増幅した。ハイブリダイゼーション工程および洗浄工程の後、Luminex 200でアッセイプレートを読み取り、データを正味中央値蛍光強度として表した。次いで、データをハウスキーピング遺伝子HPRT1の正味中央値蛍光強度に正規化した(表14)。
Figure 2022526301000074
Figure 2022526301000075
Figure 2022526301000076
Figure 2022526301000077
Figure 2022526301000078
Figure 2022526301000079
Figure 2022526301000080
Figure 2022526301000081
Figure 2022526301000082
Figure 2022526301000083
ProCarta Multiplex Immunoassay試薬およびプロトコル(Invitrogen、カタログ番号EPX450-12171-901)を用いて、培地中の目的の標的タンパク質を検出し、定量した。特定の標的タンパク質のエピトープに結合し、ビーズの特徴的なスペクトルパターンによって結合したタンパク質を同定するように設計された抗体結合ビーズとともに培地をインキュベートした。同じ標的タンパク質の異なるエピトープに結合するように設計されたビオチン化検出抗体、およびストレプトアビジン-PEをアッセイプレートに添加して、標的タンパク質の量を定量する。Luminex 200でアッセイプレートを読み取り、データを正味中央値蛍光強度で表した。製造元の手順(Invitrogen、カタログ番号EPX450-12171-901)に従って作成した抗原標準曲線の正味中央値蛍光強度値を、各標準の予想濃度に対してプロットした。各タンパク質の濃度を抗原標準曲線から外挿し、濃度をpg/mLで表した(表15)。
Figure 2022526301000084
Figure 2022526301000085
Figure 2022526301000086
Figure 2022526301000087
Figure 2022526301000088
Figure 2022526301000089
Figure 2022526301000090
Figure 2022526301000091
Figure 2022526301000092
Figure 2022526301000093
Figure 2022526301000094
Figure 2022526301000095
Figure 2022526301000096
Figure 2022526301000097
実施例7: ルキソリチニブクリームによる処置に対する完全な反応者である尋常性白斑患者において差次的に発現する遺伝子の同定
尋常性白斑の臨床診断を受けており、脱色素領域が手掌(または手形)法(手掌+指5本)を使用して得られる顔面の総体表面積の少なくとも0.5%および非顔面領域の総体表面積の少なくとも3%を含んでいた被験者の処置のためのルキソリチニブクリーム(INCB018424)の試験に登録した尋常性白斑を有する各被験者から皮膚組織を、非侵襲的スキンテープを用いて採取した。被験者は全て、皮膚組織の採取に同意しており、臨床プロトコルに概略記載されている試験対象者基準および除外基準を満たしていた。さらなる分析のために、採取された皮膚組織を非侵襲的スキンテープからリボ核酸(RNA)に加工処理し、その後、RNA配列解析を用いて分析した。試料を、局所INCB018424による処置に対する臨床反応に基づいて2つのグループに分けた。具体的には、処置の24週目の治療反応に基づいて、試料を「反応者」または「非反応者」に分類した(「F-VASI」とは、顔面尋常性白斑面積および重症度指数をいう)。個々に、INCB018424を0.15%、0.5%または1.5%の用量強度で1日1回または2回、局所的に塗布した。クリーム製剤では、1日2回の塗布は少なくとも10時間離れていた。
北京ジェノミクス研究所(Beijing Genomics Institute)にて、Illumina HiSeq 4000システムを用いて、すべての生検標本に対してRNA配列解析を実施した。次いで、OmicSoft Array StudioでヒトゲノムB38ライブラリーを用いてデータのアラインメントと品質管理を行った。マッピングされたリード100万あたりの転写産物1キロベースあたりのフラグメント(Fragments Per Kilobase of transcript per Million)(FPKM)(転写産物の相対的発現)が生成され、すべてのダウンストリーム解析に使用された。ANOVA検定を用いて、グループ間で差次的に発現する遺伝子の有意差を確認した。RNA配列解析により、ベースラインでの反応者群と非反応者群との間で差次的に発現した遺伝子が同定された(生のp値<0.05)。反応者は、非反応者と比較して、369個の遺伝子が増加し、339個の遺伝子が減少した(表16)。
Figure 2022526301000098
Figure 2022526301000099
Figure 2022526301000100
Figure 2022526301000101
Figure 2022526301000102
Figure 2022526301000103
Figure 2022526301000104
Figure 2022526301000105
Figure 2022526301000106
実施例8: 処置の経過中の遺伝子発現の特徴
実施例7の臨床試験に登録した個々からベースライン時および24週目に皮膚組織および対応するRNA試料を採取した。表17および表18は、ベースラインと24週目の間の処置により反応者および非反応者においてそれぞれ有意に調節された(P<0.05)遺伝子を記載している。これらの遺伝子は、治療反応と相関する可能性のあるバイオマーカーを表している。
Figure 2022526301000107
Figure 2022526301000108
Figure 2022526301000109
Figure 2022526301000110
Figure 2022526301000111
Figure 2022526301000112
Figure 2022526301000113
Figure 2022526301000114
Figure 2022526301000115
Figure 2022526301000116
Figure 2022526301000117
Figure 2022526301000118
Figure 2022526301000119
Figure 2022526301000120
Figure 2022526301000121
Figure 2022526301000122
Figure 2022526301000123
Figure 2022526301000124
Figure 2022526301000125
Figure 2022526301000126
Figure 2022526301000127
Figure 2022526301000128
Figure 2022526301000129
Figure 2022526301000130
Figure 2022526301000131
Figure 2022526301000132
Figure 2022526301000133
Figure 2022526301000134
Figure 2022526301000135
表19は、試験期間中、反応者において安定して発現し、ベースラインから24週目までの処置によって有意に調節されなかった差次的に発現した遺伝子を記載している。
Figure 2022526301000136
Figure 2022526301000137
Figure 2022526301000138
Figure 2022526301000139
Figure 2022526301000140
Figure 2022526301000141
Figure 2022526301000142
Figure 2022526301000143
実施例9: ルキソリチニブによる処置に対する反応性を予測する遺伝子の同定
実施例7および8のRNA-Seqデータからバイオマーカーを選択することにより、ロバストな薬剤反応ゲノムシグネチャーを同定した。具体的には、反応者と非反応者における発現の間に2.0より大きい絶対倍数変化があり、かつp<0.05である場合、実施例7からベースライン遺伝子を選択した。さらに、得られた遺伝子を解析して、ベースラインと24週目の間で有意に調節されなかった(絶対倍数変化が1.5よりも小さく、かつp>0.05)遺伝子を選択した。表20は、この基準を満たした遺伝子を示している。
Figure 2022526301000144
Figure 2022526301000145
実施例10: ルキソリチニブクリームによる処置に反応した尋常性白斑患者で差次的に発現する遺伝子の同定
尋常性白斑の臨床診断を受けており、脱色素領域が手掌(または手形)法(手掌+指5本)を使用して得られる顔面の総体表面積の少なくとも0.5%および非顔面領域の総体表面積の少なくとも3%を含んでいた被験者の処置のためのルキソリチニブクリーム(INCB018424)の試験に登録した尋常性白斑を有する被験者123人から皮膚組織を、非侵襲的スキンテープを用いて採取した。被験者は全て、皮膚組織の採取に同意しており、臨床プロトコルに概略記載されている試験対象者基準および除外基準を満たしていた。さらなる分析のために、採取された皮膚組織を非侵襲的スキンテープからリボ核酸(RNA)に加工処理し、その後、RNA配列解析を用いて分析した。試料を、局所INCB018424による処置に対する臨床反応に基づいて2つのグループに分けた。具体的には、処置の24週目の治療反応に基づいて、試料を「反応者」(もしくは「早期反応者(early responder)」という)または「非反応者」(もしくは「後期反応者(late responder)」という)に分類した(「F-VASI」とは、顔面尋常性白斑面積および重症度指数をいう)。個々に、INCB018424を0.15%、0.5%または1.5%の用量強度で1日1回または2回、局所的に塗布した。クリーム製剤では、1日2回の塗布は少なくとも10時間離れていた。
実施例7および8から126個の遺伝子を同定し、Illumina HiSeq 4000システムを用いて各被験者からのRNAで評価した。表21を参照。次いで、OmicSoft Array StudioでヒトゲノムB38ライブラリーを用いてデータのアラインメントと品質管理を行った。マッピングされたリード100万あたりの転写産物1キロベースあたりのフラグメント(FPKM)(転写産物の相対的発現)が生成され、すべてのダウンストリーム解析に使用された。
Figure 2022526301000146
表21に概略記載した126個の遺伝子のいずれにおいても測定可能な遺伝子発現がなかったRNA試料は、さらなる解析から除外された。3つの処置アーム(0.5%QD、1.5%BID、1.5%QD)のうち、早期反応者27人および後期反応者25人の合計52人のベースラインRNA試料が解析に利用可能であった。ベースラインでは、反応者は非反応者と比較して25個の遺伝子が増加し、11個の遺伝子が減少した(表22)。
Figure 2022526301000147

Claims (41)

  1. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、
    JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のCXCL9、CXCL10、CCL19、IL2-RA、CCL18、IL12、MMP12、GZMBおよび/またはGal-9の濃度を測定すること;
    該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;および
    第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のCXCL9、CXCL10、CCL19、IL2-RA、CCL18、IL12、MMP12、GZMBおよび/またはGal-9の濃度を測定すること
    を含む、方法。
  2. JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のCXCL9の濃度を測定すること;
    該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;および
    第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のCXCL9の濃度を測定すること
    を含む、請求項1記載の方法。
  3. JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のCXCL10の濃度を測定すること;
    該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;および
    第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のCXCL10の濃度を測定すること
    を含む、請求項1記載の方法。
  4. JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のCXCL9およびCXCL10の濃度を測定すること;
    該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;および
    第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のCXCL9およびCXCL10の濃度を測定すること
    を含む、請求項1記載の方法。
  5. JAK阻害剤が、少なくとも12週間、少なくとも1日1回、ヒト対象体に投与される、上記の請求項のいずれか1項記載の方法。
  6. JAK阻害剤が、少なくとも12週間、少なくとも1日2回、ヒト対象体に投与される、上記の請求項のいずれか1項記載の方法。
  7. JAK阻害剤がヒト対象体に局所投与される、上記の請求項のいずれか1項記載の方法。
  8. 第2の生物学的試料が、JAK阻害剤の1回目の投与から少なくとも12週間後にヒト対象体から得られる、上記の請求項のいずれか1項記載の方法。
  9. 第2の生物学的試料が、JAK阻害剤の1回目の投与から少なくとも24週間後にヒト対象体から得られる、上記の請求項のいずれか1項記載の方法。
  10. 第2の治療剤が、JAK阻害剤と併せて、ヒト対象体に投与される、上記の請求項のいずれか1項記載の方法。
  11. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する治療反応の同定方法であって、
    JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のCXCL9、CXCL10、CCL19、IL2-RA、CCL18、IL12、MMP12、GZMBおよび/またはGal-9の濃度を測定すること;および
    JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のCXCL9、CXCL10、CCL19、IL2-RA、CCL18、IL12、MMP12、GZMBおよび/またはGal-9の濃度を測定すること
    を含む方法であり、
    第2の生物学的試料中のCXCL9、CXCL10、CCL19、IL2-RA、CCL18、IL12、MMP12、GZMBおよび/またはGal-9の濃度が第1の生物学的試料と比較して低いことが、ヒト対象体がJAK阻害剤に対する治療反応を起こしたことを示している、
    方法。
  12. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、
    JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、FUCA1、ITGAV、ITGB5、THBS4、CD207、GDF-8、CDH6、MRC2、ICOSLG、TNXB、EDIL3、OSMR、GPC1、MIC-A/B、TGFR-2、LRRN1、TLR3、KIM1、ROBO2、CD70、CLMP、N-CDase、FCRL5、CTSV、SCARF2、PLXDC1、PRTG、ERBB4、MAGED1、CEACAM1、TSHB、PTK7、TGFR-2、ADAM22、CTSC、DLK-1、USP8、SCARF2、TNFRSF13B、MB、TMPRSS5、NUDT5、MMP-3、MAEA、NEMO、IFN-γ、IL18、AKT1S1、CASP-8、PPP1R2、ST2、VSIG4、SCGB3A2、HDGF、ICA1、IL13、PEBP1、PARK7、MAP4K5、FLI1、MMP-10、CCL24、TIMP4、MBL2、REG4およびCPA2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度を測定すること;
    該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;および
    第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、FUCA1、ITGAV、ITGB5、THBS4、CD207、GDF-8、CDH6、MRC2、ICOSLG、TNXB、EDIL3、OSMR、GPC1、MIC-A/B、TGFR-2、LRRN1、TLR3、KIM1、ROBO2、CD70、CLMP、N-CDase、FCRL5、CTSV、SCARF2、PLXDC1、PRTG、ERBB4、MAGED1、CEACAM1、TSHB、PTK7、TGFR-2、ADAM22、CTSC、DLK-1、USP8、SCARF2、TNFRSF13B、MBおよびTMPRSS5からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度、および/または第1の生物学的試料と比較して高い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のNUDT5、MMP-3、MAEA、NEMO、IFN-γ、IL18、AKT1S1、CASP-8、PPP1R2、ST2、VSIG4、SCGB3A2、HDGF、ICA1、IL13、PEBP1、PARK7、MAP4K5、FLI1、MMP-10、CCL24、TIMP4、MBL2、REG4およびCPA2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度を測定すること
    を含む、方法。
  13. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する治療反応の同定方法であって、
    JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、FUCA1、ITGAV、ITGB5、THBS4、CD207、GDF-8、CDH6、MRC2、ICOSLG、TNXB、EDIL3、OSMR、GPC1、MIC-A/B、TGFR-2、LRRN1、TLR3、KIM1、ROBO2、CD70、CLMP、N-CDase、FCRL5、CTSV、SCARF2、PLXDC1、PRTG、ERBB4、MAGED1、CEACAM1、TSHB、PTK7、TGFR-2、ADAM22、CTSC、DLK-1、USP8、SCARF2、TNFRSF13B、MB、TMPRSS5、NUDT5、MMP-3、MAEA、NEMO、IFN-γ、IL18、AKT1S1、CASP-8、PPP1R2、ST2、VSIG4、SCGB3A2、HDGF、ICA1、IL13、PEBP1、PARK7、MAP4K5、FLI1、MMP-10、CCL24、TIMP4、MBL2、REG4およびCPA2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度を測定すること;および
    JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、FUCA1、ITGAV、ITGB5、THBS4、CD207、GDF-8、CDH6、MRC2、ICOSLG、TNXB、EDIL3、OSMR、GPC1、MIC-A/B、TGFR-2、LRRN1、TLR3、KIM1、ROBO2、CD70、CLMP、N-CDase、FCRL5、CTSV、SCARF2、PLXDC1、PRTG、ERBB4、MAGED1、CEACAM1、TSHB、PTK7、TGFR-2、ADAM22、CTSC、DLK-1、USP8、SCARF2、TNFRSF13B、MB、TMPRSS5、NUDT5、MMP-3、MAEA、NEMO、IFN-γ、IL18、AKT1S1、CASP-8、PPP1R2、ST2、VSIG4、SCGB3A2、HDGF、ICA1、IL13、PEBP1、PARK7、MAP4K5、FLI1、MMP-10、CCL24、TIMP4、MBL2、REG4およびCPA2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度を測定すること
    を含む方法であり、
    第2の生物学的試料中のFAP、RET、CNTN5、FUCA1、ITGAV、ITGB5、THBS4、CD207、GDF-8、CDH6、MRC2、ICOSLG、TNXB、EDIL3、OSMR、GPC1、MIC-A/B、TGFR-2、LRRN1、TLR3、KIM1、ROBO2、CD70、CLMP、N-CDase、FCRL5、CTSV、SCARF2、PLXDC1、PRTG、ERBB4、MAGED1、CEACAM1、TSHB、PTK7、TGFR-2、ADAM22、CTSC、DLK-1、USP8、SCARF2、TNFRSF13B、MBおよびTMPRSS5からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度が第1の生物学的試料と比較して低いこと、および/または、第2の生物学的試料中のNUDT5、MMP-3、MAEA、NEMO、IFN-γ、IL18、AKT1S1、CASP-8、PPP1R2、ST2、VSIG4、SCGB3A2、HDGF、ICA1、IL13、PEBP1、PARK7、MAP4K5、FLI1、MMP-10、CCL24、TIMP4、MBL2、REG4およびCPA2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度が第1の生物学的試料と比較して高いことが、ヒト対象体がJAK阻害剤に対する治療反応を起こしたことを示している、
    方法。
  14. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、
    JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、SCARA5、GDF-8、BOC、PAEP、ARTN、CDNF、TMPRSS5、FLRT2、ROBO2、SIGLEC10、PRTG、SCARF2、CDH3、GFR-α-1、TSHB、CD200R1、RGMB、KYNU、HS3ST3B1、CHRDL2、CNTN1、VSIG4、ARHGAP1、B4GAT1、STX8、CRELD2、ARSA、BCAM、SCARF1、CA13、DAG1、LAIR1、GUSB、PMVK、PEAR1、GP1BA、TACC3、PARK7、ARHGEF12、SEMA7A、ESAM、FKBP5、ARHGAP1、SCAMP3、ABL1、EGF、TACC3、FKBP5、BID、PRDX5、STX8、CD63、SCARF1、PTPN1、CLEC1B、ARSB、FKBP1B、YES1、SRC、TNFSF14、PLXNB3、LRMP、CD164、DAG1、PVALB、NAA10、TRIM5、ARHGEF12、HGF、CA13、SNAP23、SORT1、GP6、CTSS、PPIB、CRKL、MAP2K6、MANF、PMVK、ABHD14B、GUSB、FATC1、MAD1L1、EDAR、CEACAM8、GLB1、ST3GAL1、ARSA、ADAM8、CD40、IFI30、ECE1、AXIN1、WFDC2、TBCB、CXCL13、ST1A1、KIF1BP、DPP7、VEGFA、CETN2、TGF-α、CD84、SNAP29、CASP-8、S100A11、GSTP1、CRADD、PRKAB1、HGF、STK4、RNASE3、SERPINB6、OSM、MK、FADD、CLEC11A、CD69、LOX-1、ITGA6、CLEC5A、BCAM、FES、TXNDC5、LAT2、CXCL11、PARP-1、APBB1IP、GZMBおよびCRNNからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度を測定すること;
    該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること;および
    第1の生物学的試料と比較して低い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、SCARA5、GDF-8、BOC、PAEP、ARTN、CDNF、TMPRSS5、FLRT2、ROBO2、SIGLEC10、PRTG、SCARF2、CDH3、GFR-α-1、TSHB、CD200R1、RGMB、KYNU、HS3ST3B1、CHRDL2およびCNTN1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度、および/または第1の生物学的試料と比較して高い、JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のVSIG4、ARHGAP1、B4GAT1、STX8、CRELD2、ARSA、BCAM、SCARF1、CA13、DAG1、LAIR1、GUSB、PMVK、PEAR1、GP1BA、TACC3、PARK7、ARHGEF12、SEMA7A、ESAM、FKBP5、ARHGAP1、SCAMP3、ABL1、EGF、TACC3、FKBP5、BID、PRDX5、STX8、CD63、SCARF1、PTPN1、CLEC1B、ARSB、FKBP1B、YES1、SRC、TNFSF14、PLXNB3、LRMP、CD164、DAG1、PVALB、NAA10、TRIM5、ARHGEF12、HGF、CA13、SNAP23、SORT1、GP6、CTSS、PPIB、CRKL、MAP2K6、MANF、PMVK、ABHD14B、GUSB、FATC1、MAD1L1、EDAR、CEACAM8、GLB1、ST3GAL1、ARSA、ADAM8、CD40、IFI30、ECE1、AXIN1、WFDC2、TBCB、CXCL13、ST1A1、KIF1BP、DPP7、VEGFA、CETN2、TGF-α、CD84、SNAP29、CASP-8、S100A11、GSTP1、CRADD、PRKAB1、HGF、STK4、RNASE3、SERPINB6、OSM、MK、FADD、CLEC11A、CD69、LOX-1、ITGA6、CLEC5A、BCAM、FES、TXNDC5、LAT2、CXCL11、PARP-1、APBB1IP、GZMBおよびCRNNからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度を測定すること
    を含む、方法。
  15. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する治療反応の同定方法であって、
    JAK阻害剤を投与する前に該ヒト対象体から得られた第1の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、SCARA5、GDF-8、BOC、PAEP、ARTN、CDNF、TMPRSS5、FLRT2、ROBO2、SIGLEC10、PRTG、SCARF2、CDH3、GFR-α-1、TSHB、CD200R1、RGMB、KYNU、HS3ST3B1、CHRDL2、CNTN1、VSIG4、ARHGAP1、B4GAT1、STX8、CRELD2、ARSA、BCAM、SCARF1、CA13、DAG1、LAIR1、GUSB、PMVK、PEAR1、GP1BA、TACC3、PARK7、ARHGEF12、SEMA7A、ESAM、FKBP5、ARHGAP1、SCAMP3、ABL1、EGF、TACC3、FKBP5、BID、PRDX5、STX8、CD63、SCARF1、PTPN1、CLEC1B、ARSB、FKBP1B、YES1、SRC、TNFSF14、PLXNB3、LRMP、CD164、DAG1、PVALB、NAA10、TRIM5、ARHGEF12、HGF、CA13、SNAP23、SORT1、GP6、CTSS、PPIB、CRKL、MAP2K6、MANF、PMVK、ABHD14B、GUSB、FATC1、MAD1L1、EDAR、CEACAM8、GLB1、ST3GAL1、ARSA、ADAM8、CD40、IFI30、ECE1、AXIN1、WFDC2、TBCB、CXCL13、ST1A1、KIF1BP、DPP7、VEGFA、CETN2、TGF-α、CD84、SNAP29、CASP-8、S100A11、GSTP1、CRADD、PRKAB1、HGF、STK4、RNASE3、SERPINB6、OSM、MK、FADD、CLEC11A、CD69、LOX-1、ITGA6、CLEC5A、BCAM、FES、TXNDC5、LAT2、CXCL11、PARP-1、APBB1IP、GZMBおよびCRNNからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度を測定すること;および
    JAK阻害剤を投与した後に該ヒト対象体から得られた第2の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、SCARA5、GDF-8、BOC、PAEP、ARTN、CDNF、TMPRSS5、FLRT2、ROBO2、SIGLEC10、PRTG、SCARF2、CDH3、GFR-α-1、TSHB、CD200R1、RGMB、KYNU、HS3ST3B1、CHRDL2、CNTN1、VSIG4、ARHGAP1、B4GAT1、STX8、CRELD2、ARSA、BCAM、SCARF1、CA13、DAG1、LAIR1、GUSB、PMVK、PEAR1、GP1BA、TACC3、PARK7、ARHGEF12、SEMA7A、ESAM、FKBP5、ARHGAP1、SCAMP3、ABL1、EGF、TACC3、FKBP5、BID、PRDX5、STX8、CD63、SCARF1、PTPN1、CLEC1B、ARSB、FKBP1B、YES1、SRC、TNFSF14、PLXNB3、LRMP、CD164、DAG1、PVALB、NAA10、TRIM5、ARHGEF12、HGF、CA13、SNAP23、SORT1、GP6、CTSS、PPIB、CRKL、MAP2K6、MANF、PMVK、ABHD14B、GUSB、FATC1、MAD1L1、EDAR、CEACAM8、GLB1、ST3GAL1、ARSA、ADAM8、CD40、IFI30、ECE1、AXIN1、WFDC2、TBCB、CXCL13、ST1A1、KIF1BP、DPP7、VEGFA、CETN2、TGF-α、CD84、SNAP29、CASP-8、S100A11、GSTP1、CRADD、PRKAB1、HGF、STK4、RNASE3、SERPINB6、OSM、MK、FADD、CLEC11A、CD69、LOX-1、ITGA6、CLEC5A、BCAM、FES、TXNDC5、LAT2、CXCL11、PARP-1、APBB1IP、GZMBおよびCRNNからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度を測定すること
    を含む方法であり、
    第2の生物学的試料中のDDR1、NTRK2、CES2、SCARA5、GDF-8、BOC、PAEP、ARTN、CDNF、TMPRSS5、FLRT2、ROBO2、SIGLEC10、PRTG、SCARF2、CDH3、GFR-α-1、TSHB、CD200R1、RGMB、KYNU、HS3ST3B1、CHRDL2およびCNTN1からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度が第1の生物学的試料と比較して低いこと、および/または、第2の生物学的試料中のVSIG4、ARHGAP1、B4GAT1、STX8、CRELD2、ARSA、BCAM、SCARF1、CA13、DAG1、LAIR1、GUSB、PMVK、PEAR1、GP1BA、TACC3、PARK7、ARHGEF12、SEMA7A、ESAM、FKBP5、ARHGAP1、SCAMP3、ABL1、EGF、TACC3、FKBP5、BID、PRDX5、STX8、CD63、SCARF1、PTPN1、CLEC1B、ARSB、FKBP1B、YES1、SRC、TNFSF14、PLXNB3、LRMP、CD164、DAG1、PVALB、NAA10、TRIM5、ARHGEF12、HGF、CA13、SNAP23、SORT1、GP6、CTSS、PPIB、CRKL、MAP2K6、MANF、PMVK、ABHD14B、GUSB、FATC1、MAD1L1、EDAR、CEACAM8、GLB1、ST3GAL1、ARSA、ADAM8、CD40、IFI30、ECE1、AXIN1、WFDC2、TBCB、CXCL13、ST1A1、KIF1BP、DPP7、VEGFA、CETN2、TGF-α、CD84、SNAP29、CASP-8、S100A11、GSTP1、CRADD、PRKAB1、HGF、STK4、RNASE3、SERPINB6、OSM、MK、FADD、CLEC11A、CD69、LOX-1、ITGA6、CLEC5A、BCAM、FES、TXNDC5、LAT2、CXCL11、PARP-1、APBB1IP、GZMBおよびCRNNからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度が第1の生物学的試料と比較して高いことが、該ヒト対象体がJAK阻害剤に対する治療反応を起こさなかったことを示している、
    方法。
  16. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与することを含む方法であり、ヒト対象体が、(i)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSCF、CPA2、P4HB、SPARCL1、ST2、SCF、CNDP1、TRAIL、KIRREL2、EGFR、ISLR2、PPP3R1、FCGR3B、MMP-3、IL-18BP、Flt3L、PPY、LTA4H、ITGB2、PTN、GPNMB、SIRPB1、PLTP、PSP-D、COMP、PAMR1、VASN、F11、IL10、CA3、CXCL10、Notch3、NCAM1、PROC、CLEC14A、IL-12B、IL10、CD40およびIFN-γからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質のベースライン濃度が対照よりも低いこと、および/または、(ii)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSERPINA12、GHRL、PREB、IL-20RAおよびPON2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質のベースライン濃度が対照よりも高いことが予め判定されている、方法。
  17. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、
    対照と比較して低い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSCF、CPA2、P4HB、SPARCL1、ST2、SCF、CNDP1、TRAIL、KIRREL2、EGFR、ISLR2、PPP3R1、FCGR3B、MMP-3、IL-18BP、Flt3L、PPY、LTA4H、ITGB2、PTN、GPNMB、SIRPB1、PLTP、PSP-D、COMP、PAMR1、VASN、F11、IL10、CA3、CXCL10、Notch3、NCAM1、PROC、CLEC14A、IL-12B、IL10、CD40およびIFN-γからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度、および/または、対照と比較して高い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSERPINA12、GHRL、PREB、IL-20RAおよびPON2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度を測定すること;および
    該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること
    を含む、方法。
  18. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する反応の予測方法であって、
    JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSCF、CPA2、P4HB、SPARCL1、ST2、SCF、CNDP1、TRAIL、KIRREL2、EGFR、ISLR2、PPP3R1、FCGR3B、MMP-3、IL-18BP、Flt3L、PPY、LTA4H、ITGB2、PTN、GPNMB、SIRPB1、PLTP、PSP-D、COMP、PAMR1、VASN、F11、IL10、CA3、CXCL10、Notch3、NCAM1、PROC、CLEC14A、IL-12B、IL10、CD40、IFN-γ、SERPINA12、GHRL、PREB、IL-20RAおよびPON2からなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度を測定すること
    を含む方法であり、
    SCF、CPA2、P4HB、SPARCL1、ST2、SCF、CNDP1、TRAIL、KIRREL2、EGFR、ISLR2、PPP3R1、FCGR3B、MMP-3、IL-18BP、Flt3L、PPY、LTA4H、ITGB2、PTN、GPNMB、SIRPB1、PLTP、PSP-D、COMP、PAMR1、VASN、F11、IL10、CA3、CXCL10、Notch3、NCAM1、PROC、CLEC14A、IL-12B、IL10、CD40またはIFN-γのうち少なくとも1種類の濃度が対照と比較して低いこと、および/または、SERPINA12、GHRL、PREB、IL-20RAまたはPON2のうち少なくとも1種類の濃度が対照と比較して高いことが、対象体がJAK阻害剤に反応することを予測させるものである、
    方法。
  19. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する反応の予測方法であって、
    JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のEPHA10、GH2、PARP-1、GLRX、ARSB、SCAMP3、t-PA、LDL受容体、DLK-1、SELE、EPHB4、GFRA2、PLC、LTBR、PAMR1、TACSTD2、FS、ICAM-2、AXL、PRSS8、SPINK5、AMN、NOMO1、PAIおよびCPMからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度を測定すること
    を含む方法であり、
    EPHA10、GH2、PARP-1、GLRX、ARSBおよびSCAMP3のうち少なくとも1種類の濃度が対照と比較して低いこと、および/または、 t-PA、LDL受容体、DLK-1、SELE、EPHB4、GFRA2、PLC、LTBR、PAMR1、TACSTD2、FS、ICAM-2、AXL、PRSS8、SPINK5、AMN、NOMO1、PAIおよびCPMのうち少なくとも1種類の濃度が対照と比較して高いことが、対象体がJAK阻害剤に反応しないことを予測させるものである、
    方法。
  20. タンパク質の濃度が免疫学的方法によって測定される、上記の請求項のいずれか1項記載の方法。
  21. 免疫学的方法が、酵素結合免疫吸着測定法、酵素免疫測定法、放射免疫測定法、化学発光免疫測定法、電気化学発光免疫測定法、ラテックス比濁免疫測定法、ラテックス測光免疫測定法、免疫クロマトグラフィー測定法およびウエスタンブロット法からなる群から選択される、請求項20記載の方法。
  22. タンパク質の濃度が質量分析法によって測定される、請求個1~19いずれか1項記載の方法。
  23. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与することを含む方法であり、ヒト対象体が、(i)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSLFN12、DLEU1、EDARADD、SH3BGR、IGFN1、APOBEC3G、TRPM2、RNF148、HMMR、SKA1、AHRR、LDHAL6A、SHCBP1、GBP3、RFC4、CTF1、RAB3IL1、GINS1、CD5、PRKG1、SRSF12、FAXC、PDIA5、TGIF2、EED、GORAB、NPAS3、AVPR1A、C9orf64、C1orf74、ACAN、RNF180、BCL2L12、XK、IQCGおよびZNF43からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子のベースライン発現レベルが対照よりも低いこと、および/または、(ii)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のOVCH2、ANKRD2、KCNJ1、TAS1R3、PPIAL4G、ZSCAN1、CACNA1F、IL17B、C1QL1、OR10A4、TAF1L、STK16、RFNG、CSAG1、PRR21、NHSL2、ZNF787、ZNRF1、PALD1、ZNF444、FAM219A、TMEM208、NMRK1、ARID3B、MPLKIP、CAB39L、ALKBH3、PLCE1、C12orf29、LSAMP、SMIM5、UQCC2、FAM96B、GID4、AKAP10、HMGCLおよびC11orf49からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子のベースライン発現レベルが対照よりも高いことが予め判定されている、
    方法。
  24. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、
    対照と比較して低い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSLFN12、DLEU1、EDARADD、SH3BGR、IGFN1、APOBEC3G、TRPM2、RNF148、HMMR、SKA1、AHRR、LDHAL6A、SHCBP1、GBP3、RFC4、CTF1、RAB3IL1、GINS1、CD5、PRKG1、SRSF12、FAXC、PDIA5、TGIF2、EED、GORAB、NPAS3、AVPR1A、C9orf64、C1orf74、ACAN、RNF180、BCL2L12、XK、IQCGおよびZNF43からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子の発現レベル、および/または、対照と比較して高い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のOVCH2、ANKRD2、KCNJ1、TAS1R3、PPIAL4G、ZSCAN1、CACNA1F、IL17B、C1QL1、OR10A4、TAF1L、STK16、RFNG、CSAG1、PRR21、NHSL2、ZNF787、ZNRF1、PALD1、ZNF444、FAM219A、TMEM208、NMRK1、ARID3B、MPLKIP、CAB39L、ALKBH3、PLCE1、C12orf29、LSAMP、SMIM5、UQCC2、FAM96B、GID4、AKAP10、HMGCLおよびC11orf49からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子の発現レベルを測定すること;および
    該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること、
    を含む、方法。
  25. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する反応の予測方法であって、
    JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のOVCH2、ANKRD2、KCNJ1、TAS1R3、PPIAL4G、ZSCAN1、CACNA1F、IL17B、C1QL1、OR10A4、TAF1L、STK16、RFNG、CSAG1、PRR21、NHSL2、ZNF787、ZNRF1、PALD1、ZNF444、FAM219A、TMEM208、NMRK1、ARID3B、MPLKIP、CAB39L、ALKBH3、PLCE1、C12orf29、LSAMP、SMIM5、UQCC2、FAM96B、GID4、AKAP10、HMGCL、C11orf49、SLFN12、DLEU1、EDARADD、SH3BGR、IGFN1、APOBEC3G、TRPM2、RNF148、HMMR、SKA1、AHRR、LDHAL6A、SHCBP1、GBP3、RFC4、CTF1、RAB3IL1、GINS1、CD5、PRKG1、SRSF12、FAXC、PDIA5、TGIF2、EED、GORAB、NPAS3、AVPR1A、C9orf64、C1orf74、ACAN、RNF180、BCL2L12、XK、IQCGおよびZNF43からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子の発現レベルを測定すること
    を含む方法であり、
    SLFN12、DLEU1、EDARADD、SH3BGR、IGFN1、APOBEC3G、TRPM2、RNF148、HMMR、SKA1、AHRR、LDHAL6A、SHCBP1、GBP3、RFC4、CTF1、RAB3IL1、GINS1、CD5、PRKG1、SRSF12、FAXC、PDIA5、TGIF2、EED、GORAB、NPAS3、AVPR1A、C9orf64、C1orf74、ACAN、RNF180、BCL2L12、XK、IQCGおよびZNF43のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して低いこと、および/または、OVCH2、ANKRD2、KCNJ1、TAS1R3、PPIAL4G、ZSCAN1、CACNA1F、IL17B、C1QL1、OR10A4、TAF1L、STK16、RFNG、CSAG1、PRR21、NHSL2、ZNF787、ZNRF1、PALD1、ZNF444、FAM219A、TMEM208、NMRK1、ARID3B、MPLKIP、CAB39L、ALKBH3、PLCE1、C12orf29、LSAMP、SMIM5、UQCC2、FAM96B、GID4、AKAP10、HMGCLおよびC11orf49のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して高いことが、対象体がJAK阻害剤に反応することを予測させるものである、
    方法。
  26. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する反応の予測方法であって、
    JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のOVCH2、ANKRD2、KCNJ1、TAS1R3、PPIAL4G、ZSCAN1、CACNA1F、IL17B、C1QL1、OR10A4、TAF1L、STK16、RFNG、CSAG1、PRR21、NHSL2、ZNF787、ZNRF1、PALD1、ZNF444、FAM219A、TMEM208、NMRK1、ARID3B、MPLKIP、CAB39L、ALKBH3、PLCE1、C12orf29、LSAMP、SMIM5、UQCC2、FAM96B、GID4、AKAP10、HMGCL、C11orf49、SLFN12、DLEU1、EDARADD、SH3BGR、IGFN1、APOBEC3G、TRPM2、RNF148、HMMR、SKA1、AHRR、LDHAL6A、SHCBP1、GBP3、RFC4、CTF1、RAB3IL1、GINS1、CD5、PRKG1、SRSF12、FAXC、PDIA5、TGIF2、EED、GORAB、NPAS3、AVPR1A、C9orf64、C1orf74、ACAN、RNF180、BCL2L12、XK、IQCGおよびZNF43からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子の発現レベルを測定すること
    を含む方法であり、
    OVCH2、ANKRD2、KCNJ1、TAS1R3、PPIAL4G、ZSCAN1、CACNA1F、IL17B、C1QL1、OR10A4、TAF1L、STK16、RFNG、CSAG1、PRR21、NHSL2、ZNF787、ZNRF1、PALD1、ZNF444、FAM219A、TMEM208、NMRK1、ARID3B、MPLKIP、CAB39L、ALKBH3、PLCE1、C12orf29、LSAMP、SMIM5、UQCC2、FAM96B、GID4、AKAP10、HMGCLおよびC11orf49のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して低いこと、および/または、SLFN12、DLEU1、EDARADD、SH3BGR、IGFN1、APOBEC3G、TRPM2、RNF148、HMMR、SKA1、AHRR、LDHAL6A、SHCBP1、GBP3、RFC4、CTF1、RAB3IL1、GINS1、CD5、PRKG1、SRSF12、FAXC、PDIA5、TGIF2、EED、GORAB、NPAS3、AVPR1A、C9orf64、C1orf74、ACAN、RNF180、BCL2L12、XK、IQCGおよびZNF43のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して高いことが、対象体がJAK阻害剤に反応しないことを予測させるものである、
    方法。
  27. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与することを含む方法であり、ヒト対象体が、(i)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSTK16、RFNG、ZNRF1、ARID3B、WSB2、JAK1、IL1RL2、PALD1、S100A1、BCL2L12、FAM219AおよびTSHZ1からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子のベースライン発現レベルが対照よりも低いこと、および/または、(ii)該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のPPIAL4G、CD5、IFI6、CCR4、CNTF、CD28およびRAB3IL1からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子のベースライン発現レベルが対照よりも高いことが予め判定されている、
    方法。
  28. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体の処置方法であって、
    対照と比較して低い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のSTK16、RFNG、ZNRF1、ARID3B、WSB2、JAK1、IL1RL2、PALD1、S100A1、BCL2L12、FAM219AおよびTSHZ1からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子の発現レベル、および/または、対照と比較して高い、該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のPPIAL4G、CD5、IFI6、CCR4、CNTF、CD28およびRAB3IL1からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子の発現レベルを測定すること;および
    該ヒト対象体にJAK阻害剤を投与すること
    を含む、方法。
  29. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する反応の予測方法であって、
    JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のPPIAL4G、CD5、IFI6、CCR4、CNTF、CD28、RAB3IL1、STK16、RFNG、ZNRF1、ARID3B、WSB2、JAK1、IL1RL2、PALD1、S100A1、BCL2L12、FAM219AおよびTSHZ1からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子の発現レベルを測定すること
    を含む方法であり、
    STK16、RFNG、ZNRF1、ARID3B、WSB2、JAK1、IL1RL2、PALD1、S100A1、BCL2L12、FAM219AおよびTSHZ1のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して低いこと、および/または、PPIAL4G、CD5、IFI6、CCR4、CNTF、CD28およびRAB3IL1のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して高いことが、対象体がJAK阻害剤に反応することを予測させるものである、
    方法。
  30. 尋常性白斑を有するかまたは尋常性白斑を有する疑いがあるかまたは尋常性白斑を発症するリスクがあるヒト対象体のJAK阻害剤に対する反応の予測方法であって、
    JAK阻害剤の投与の前に該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のPPIAL4G、CD5、IFI6、CCR4、CNTF、CD28、RAB3IL1、STK16、RFNG、ZNRF1、ARID3B、WSB2、JAK1、IL1RL2、PALD1、S100A1、BCL2L12、FAM219AおよびTSHZ1からなる群から選択される少なくとも1種類の遺伝子の発現レベルを測定すること
    を含む方法であり、
    PPIAL4G、CD5、IFI6、CCR4、CNTF、CD28およびRAB3IL1のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して低いこと、および/または、STK16、RFNG、ZNRF1、ARID3B、WSB2、JAK1、IL1RL2、PALD1、S100A1、BCL2L12、FAM219AおよびTSHZ1のうち少なくとも1種類の発現レベルが対照と比較して高いことが、対象体がJAK阻害剤に反応しないことを予測させるものである、
    方法。
  31. 少なくとも1種類の遺伝子の発現レベルがRNA配列解析または定量的PCRによって測定される、請求項23~30いずれか1項記載の方法。
  32. 生物学的試料が血液、血清、血漿、尿、髄液、唾液、涙液または汗である、上記の請求項のいずれか1項記載の方法。
  33. 生物学的試料が血液、血清または血漿である、上記の請求項のいずれか1項記載の方法。
  34. JAK阻害剤がルキソリチニブである、上記の請求項のいずれか1項記載の方法。
  35. ルキソリチニブが少なくとも0.15%のルキソリチニブを含むクリームでヒト対象体に局所投与される、請求項34記載の方法。
  36. ルキソリチニブが少なくとも1.5%のルキソリチニブを含むクリームでヒト対象体に局所投与される、請求項34記載の方法。
  37. JAK阻害剤が、イタシチニブ、4-[3-(シアノメチル)-3-(3',5'-ジメチル-1H,1'H-4,4'-ビピラゾール-1-イル)アゼチジン-1-イル]-2,5-ジフルオロ-N-[(1S)-2,2,2-トリフルオロ-1-メチルエチル]ベンズアミドもしくはその薬学的に許容される塩、または((2R,5S)-5-{2-[(1R)-1-ヒドロキシエチル]-1H-イミダゾ[4,5-d]チエノ[3,2-b]ピリジン-1-イル}テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)アセトニトリルもしくはその薬学的に許容される塩である、請求項1~33いずれか1項記載の方法。
  38. 尋常性白斑を有するヒト対象体の疾患の重症度の評価方法であって
    該ヒト対象体から得られた生物学的試料中のFUCA1、GFRA2、LDL受容体、AXL、t-PA、IL-1RT1、EPHB4、TR-AP、PTPRF、PON2、DLK-1およびIL-20RAからなる群から選択される少なくとも1種類のタンパク質の濃度を測定すること
    を含む方法であり、
    該タンパク質のうち少なくとも1種類の濃度が対照と比較して高いことが、ヒト対象体における尋常性白斑の重症度を示している、
    方法。
  39. 該タンパク質のうち少なくとも1種類、2種類、3種類、4種類、5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、11種類または全ての濃度が測定される、請求項38記載の方法。
  40. 生物学的試料が血液、血清、血漿、尿、髄液、唾液、涙液または汗である、請求項38または39記載の方法。
  41. 生物学的試料が血液、血清または血漿である、請求項38または39記載の方法。
JP2021556551A 2019-03-19 2020-03-18 尋常性白斑のバイオマーカー Pending JP2022526301A (ja)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201962820647P 2019-03-19 2019-03-19
US62/820,647 2019-03-19
US201962893532P 2019-08-29 2019-08-29
US62/893,532 2019-08-29
PCT/US2020/023347 WO2020191041A2 (en) 2019-03-19 2020-03-18 Biomarkers for vitiligo

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2022526301A true JP2022526301A (ja) 2022-05-24
JPWO2020191041A5 JPWO2020191041A5 (ja) 2023-03-28

Family

ID=70296020

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2021556551A Pending JP2022526301A (ja) 2019-03-19 2020-03-18 尋常性白斑のバイオマーカー

Country Status (5)

Country Link
US (2) US11624751B2 (ja)
EP (1) EP3941474A2 (ja)
JP (1) JP2022526301A (ja)
TW (1) TW202102222A (ja)
WO (1) WO2020191041A2 (ja)

Families Citing this family (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
NZ707495A (en) 2012-11-01 2019-01-25 Incyte Holdings Corp Tricyclic fused thiophene derivatives as jak inhibitors
AU2019221667A1 (en) 2018-02-16 2020-10-01 Incyte Corporation JAK1 pathway inhibitors for the treatment of cytokine-related disorders
EP3934651A1 (en) 2019-03-05 2022-01-12 Incyte Corporation Jak1 pathway inhibitors for the treatment of chronic lung allograft dysfunction
TW202237089A (zh) * 2020-12-08 2022-10-01 美商英塞特公司 用於治療白斑病之jak1途徑抑制劑
CN114507729A (zh) * 2022-03-16 2022-05-17 中南大学湘雅二医院 Ocln基因或其蛋白作为靶点在制备白癜风诊断试剂盒或药物中的应用
FR3135992A1 (fr) * 2022-05-25 2023-12-01 L'oreal Signature moléculaire du lentigo actinique associée à la gestion des vésicules

Family Cites Families (23)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5156840A (en) 1982-03-09 1992-10-20 Cytogen Corporation Amine-containing porphyrin derivatives
US5057313A (en) 1986-02-25 1991-10-15 The Center For Molecular Medicine And Immunology Diagnostic and therapeutic antibody conjugates
EP1379545A2 (de) 2001-04-19 2004-01-14 Gesellschaft für biotechnologische Forschung mbH (GBF) Verfahren zur herstellung stabiler, regenerierbarer antikörper-arrays
US20030013208A1 (en) 2001-07-13 2003-01-16 Milagen, Inc. Information enhanced antibody arrays
HUE030235T2 (en) 2005-12-13 2017-04-28 Incyte Holdings Corp Heteroaryl-substituted pyrrolo [2,3-b] pyridines and pyrrolo [2,3-b] pyrimidines as Janus kinase inhibitors
AR076794A1 (es) 2009-05-22 2011-07-06 Incyte Corp Derivados de n-(hetero)aril-pirrolidina de pirazol-4-il-pirrolo [2,3-d]pirimidinas y pirrol-3-il-pirrolo [2,3-d ]pirimidinas como inhibidores de la quinasa janus y composiciones farmaceuticas que los contienen
AR078012A1 (es) 2009-09-01 2011-10-05 Incyte Corp Derivados heterociclicos de las pirazol-4-il- pirrolo (2,3-d) pirimidinas como inhibidores de la quinasa janus
MX347851B (es) 2010-03-10 2017-05-16 Incyte Corp Derivados de piperidin-4-il azetidina como inhibidores de janus cinasa 1 (jak1).
SG190839A1 (en) 2010-11-19 2013-07-31 Incyte Corp Cyclobutyl substituted pyrrolopyridine and pyrrolopyrimidine derivatives as jak inhibitors
EP2640725B1 (en) 2010-11-19 2015-01-07 Incyte Corporation Heterocyclic-substituted pyrrolopyridines and pyrrolopyrimidines as jak inhibitors
AR086983A1 (es) 2011-06-20 2014-02-05 Incyte Corp Derivados de azetidinil fenil, piridil o pirazinil carboxamida como inhibidores de jak
TW201313721A (zh) 2011-08-18 2013-04-01 Incyte Corp 作為jak抑制劑之環己基氮雜環丁烷衍生物
UA111854C2 (uk) 2011-09-07 2016-06-24 Інсайт Холдінгс Корпорейшн Способи і проміжні сполуки для отримання інгібіторів jak
AR091079A1 (es) 2012-05-18 2014-12-30 Incyte Corp Derivados de pirrolopirimidina y pirrolopiridina sustituida con piperidinilciclobutilo como inhibidores de jak
US20150197525A1 (en) 2012-06-15 2015-07-16 Concert Pharmaceuticals, Inc. Deuterated derivatives of ruxolitinib
BR112015003153A2 (pt) 2012-08-17 2017-07-04 Concert Pharmaceuticals Inc baricitinib deuterado
NZ707495A (en) 2012-11-01 2019-01-25 Incyte Holdings Corp Tricyclic fused thiophene derivatives as jak inhibitors
AU2014225938B2 (en) 2013-03-06 2018-07-19 Incyte Holdings Corporation Processes and intermediates for making a JAK inhibitor
DK3786162T3 (da) 2013-05-17 2023-10-09 Incyte Holdings Corp Bipyrazolderivater som jak-inhibitorer
TW201625643A (zh) 2014-04-30 2016-07-16 英塞特公司 製備jak1抑制劑之方法及其新形式
NZ751284A (en) * 2016-10-03 2022-09-30 Hangzhou Highlightll Pharmaceutical Co Ltd Novel jak1 selective inhibitors and uses thereof
JP2019534304A (ja) 2016-11-10 2019-11-28 ガラパゴス・ナムローゼ・フェンノートシャップGalapagos N.V. 炎症性疾患の治療のための化合物及びその医薬組成物
US11957931B2 (en) * 2017-04-26 2024-04-16 Yale University Compositions and methods for treating vitiligo

Also Published As

Publication number Publication date
EP3941474A2 (en) 2022-01-26
US11624751B2 (en) 2023-04-11
US20230220478A1 (en) 2023-07-13
WO2020191041A3 (en) 2020-10-29
TW202102222A (zh) 2021-01-16
WO2020191041A2 (en) 2020-09-24
US20200348313A1 (en) 2020-11-05

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2022526301A (ja) 尋常性白斑のバイオマーカー
US11584961B2 (en) Biomarkers for inflammatory skin disease
US11372003B2 (en) Biomarkers for graft-versus-host disease
JP6411432B2 (ja) レンバチニブ化合物に対する甲状腺癌対象及び腎臓癌対象の反応性を予測及び評価するためのバイオマーカー
EP1934377B1 (en) Methods for identifying biomarkers useful in diagnosis of biological states
JP2006514554A (ja) 腎細胞癌および他の固形腫瘍の診断法
JP2013503643A (ja) 関節リウマチの治療、診断及びモニターするための方法
WO2021072098A1 (en) Biomarkers for graft-versus-host disease
Mager et al. Plasma homocysteine, methylenetetrahydrofolate reductase genotypes, and age at onset of symptoms of myocardial ischemia
CA3180628A1 (en) Treatments for a sub-population of inflammatory bowel disease patients
EP4041204A1 (en) Biomarkers for graft-versus-host disease
CA3200256A1 (en) Methods and systems of stratifying inflammatory disease patients
JPWO2020191041A5 (ja)
EA046211B1 (ru) Биомаркеры реакции трансплантат против хозяина
JP2001050964A (ja) 関節炎関連メラノトランスフェリンの測定方法および試薬
Fernández-Torres et al. Relationship between rs4349859 and rs116488202 polymorphisms close to MHC-I region and serum urate levels in patients with gout
金村宙昌 et al. The Tumor Immune Microenvironment and Frameshift Neoantigen Load Determine Response to PD-L1 Blockade in Extensive-Stage SCLC
Testa et al. IS IT POSSIBLE TO PREDICT TUMOR PROGRESSION THROUGH GENOMIC CHARACTERIZATION OF MONOCLONAL GAMMOPATHY AND SMOLDERING MULTIPLE MYELOMA? MONOCLONAL GAMMOPATHY AND SMOLDERING MULTIPLE MYELOMA
KR100761005B1 (ko) 티미딜레이트 합성효소 인핸서 부위의 유전자 다형성인자를 이용한 고 호모시스테인혈증에 의한 무증상뇌경색과 뇌경색 발병을 예측 또는 진단하는 방법
John Liu et al. EPCO-01. EPIGENETIC REPROGRAMMING SHAPES THE MOLECULAR AND CELLULAR LANDSCAPE OF SCHWANNOMA
KR20230064502A (ko) 상피 나트륨 채널 관련 유전자들의 자궁경부암 진단 또는 예후 예측 용도
JP2021105537A (ja) 冠動脈イベント予測のための方法及び試薬
Katz et al. Pharmacogenetics: an opportunity for codevelopment of pharmaceuticals and diagnostics
WO2018132673A1 (en) Methods and materials for identifying and treating graft-versus-host disease
WO2017031342A1 (en) Circulating biomarker for brugada syndrome

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20230317

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20230317

A977 Report on retrieval

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007

Effective date: 20231221

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20240109

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20240408