JP2021534764A - 細菌の核酸を検出し、細菌性膣炎を診断するための組成物および方法 - Google Patents
細菌の核酸を検出し、細菌性膣炎を診断するための組成物および方法 Download PDFInfo
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Abstract
Description
この出願は、2018年8月24日に出願された米国仮特許出願第62/722,627号の優先権の利益を主張し、これは、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
BVスコア=C0+WLMax(LS,FLS)+WGAMax(AS,GS,FGAS)+WICLog2(IC比)、
式中、C0は、調整定数であり、WLは、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の加重定数であり、Max(LS,FLS)は、LSおよびFLSの大きい方であり、式中、LSは、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種についての観察された標準化定量値であり、FLSは、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種についての課せられた最小の標準化定量値であり、WGAは、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)についての重み付け定数であり、Max(AS,GS,FGAS)は、AS、GS、およびFGASの大きい方であり、式中、ASは、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)についての観察された標準化定量値であり、GSは、ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)についての観察された標準化定量値であり、FGASは、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)についての化された最小の標準化定量値であり(例えば、0)、WICは、内部標準(IC)の重み付け定数であり、IC比は、(i)検出アッセイから生成された観察された内部標準(IC)値と、(ii)検出アッセイの予想IC値の比率である。
(1)サンプルと以下とを接触させること、
ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1、第2、第3、および第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号7のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iii)第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号8のヌクレオチド配列に実質的に対応する第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iv)第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号9のヌクレオチド配列に実質的に対応する第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号17のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号14のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
(2)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出すること。
(1)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)のうちの少なくとも1種を含む疑いがあるサンプルと以下とを接触させること、
(a)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1、第2、第3、および第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号7のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iii)第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号8のヌクレオチド配列に実質的に対応する第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iv)第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号9のヌクレオチド配列に実質的に対応する第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
(b)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号17のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
(c)ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号14のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
(2)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の有無を決定すること。
(a)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1、第2、第3、および第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号7のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iii)第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号8のヌクレオチド配列に実質的に対応する第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iv)第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号9のヌクレオチド配列に実質的に対応する第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
(b)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号17のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
(c)ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号14のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含む。
(1)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種を含む疑いがあるサンプルと、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1、第2、第3、および第4の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、(i)第1の増幅オリゴマーは、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1の標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)増幅オリゴマーは、配列番号7のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2の標的ハイブリダイズ配列を含み、(iii)第3の増幅オリゴマーは、配列番号8のヌクレオチド配列に実質的に対応する第3の標的ハイブリダイズ配列を含み、(iv)第4の増幅オリゴマーは、配列番号9のヌクレオチド配列に実質的に対応する第4の標的ハイブリダイズ配列を含み、
(2)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の有無を決定すること。
(1)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)を含む疑いがあるサンプルと、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、(i)第1の増幅オリゴマーは、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1の標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2の増幅オリゴマーは、配列番号17のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2の標的ハイブリダイズ配列を含み、
(2)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の有無を決定すること。
(1)ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)を含む疑いがあるサンプルと、ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、(i)第1の増幅オリゴマーは、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1の標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2の増幅オリゴマーは、配列番号14のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2の標的ハイブリダイズ配列を含み、
(2)ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の有無を決定すること。
(1)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)のうちの少なくとも1種を含む疑いがあるサンプルと以下とを接触させること、
(a)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1、第2、第3、および第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号7のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iii)第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号8のヌクレオチド配列に実質的に対応する第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iv)第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号9のヌクレオチド配列に実質的に対応する第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
(b)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号17のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
(c)ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号14のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
(2)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の有無を決定すること。
(1)第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列を含み、
(2)第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号7のヌクレオチド配列を含み、
(3)第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号8のヌクレオチド配列を含み、
(4)第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号9のヌクレオチド配列を含み、
(5)第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列を含み、
(6)第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号17のヌクレオチド配列を含み、
(7)第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列を含み、および/または
(8)第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号14のヌクレオチド配列を含む。
(1)第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列からなり、
(2)第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号7のヌクレオチド配列からなり、
(3)第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号8のヌクレオチド配列からなり、
(4)第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号9のヌクレオチド配列からなり、
(5)第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列からなり、
(6)第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号17のヌクレオチド配列からなり、
(7)第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列からなり、および/または
(8)第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号14のヌクレオチド配列からなる。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号10のヌクレオチド配列を含み、
第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号18のヌクレオチド配列を含み、および/または
第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号15の残基9〜52のヌクレオチド配列を含む。
第1の捕捉プローブオリゴマーは、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、第2の捕捉プローブハイブリダイズ配列は、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、
第1および第2の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の各々は、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合している。
第1の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号6の残基1〜19のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
第1の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号6のヌクレオチド配列を含み、および/または
第2の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号13のヌクレオチド配列を含む。
標的ハイブリダイズしたラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的検出プローブ、および/またはガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的検出プローブの有無を検出することを含む。
第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号19の残基6〜21のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および/または
第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号16の残基1〜18のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号19の残基6〜21のヌクレオチド配列を含み、および/または
第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号16の残基1〜18のヌクレオチド配列を含む。
方法は、ラクトバシラス・ガセリ(L.gasseri)の標的核酸の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブと、1つまたは複数の増幅産物とを接触させることをさらに含む。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号11の残基1〜17のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および/または
第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号12の残基7〜23のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号11の残基1〜17のヌクレオチド配列を含み、および/または
第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号12の残基7〜23のヌクレオチド配列を含む。
(a)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1、第2、第3、および第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号7のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iii)第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号8のヌクレオチド配列に実質的に対応する第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iv)第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号9のヌクレオチド配列に実質的に対応する第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
(b)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号17のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
(c)ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号14のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含む。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列を含み、
第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号7のヌクレオチド配列を含み、
第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号8のヌクレオチド配列を含み、
第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号9のヌクレオチド配列を含み、
第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列を含み、
第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号17のヌクレオチド配列を含み、
第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列を含み、および/または
第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号14のヌクレオチド配列を含む。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列からなり、
第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号7のヌクレオチド配列からなり、
第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号8のヌクレオチド配列からなり、
第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号9のヌクレオチド配列からなり、
第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列からなり、
第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号17のヌクレオチド配列からなり、
第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列からなり、および/または
第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号14のヌクレオチド配列からなる。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマー、第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマー、および第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーのうちの少なくとも1つは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して5’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号10のヌクレオチド配列を含み、
第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号18のヌクレオチド配列を含み、および/または
第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号15の残基9〜52のヌクレオチド配列を含む。
第1および第2の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の各々は、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合している。
第1の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号6の残基1〜19のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
第1の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号6のヌクレオチド配列を含み、および/または
第2の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号13のヌクレオチド配列を含む。
第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号19の残基6〜21のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および/または
第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号16の残基1〜18のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号19の残基6〜21のヌクレオチド配列を含み、および/または
第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号16の残基1〜18のヌクレオチド配列を含む。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号11の残基1〜17のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および/または
第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号12の残基7〜23のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号11の残基1〜17のヌクレオチド配列を含み、および/または
第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号12の残基7〜23のヌクレオチド配列を含む。
(a)BVを有することが疑われる対象からのサンプルを提供すること、
(b)サンプル中のラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)を検出するためのアッセイを行うこと、
(c)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の各々について、検出アッセイに基づいて定量値を割り当てること、
(d)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の定量値およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の定量値の大きい方から、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の定量値を差し引くこと、
(e)ステップ(d)に基づいて単一のBVスコアを割り当てること、および
(f)BVスコアとカットオフ値との比較に基づいて、対象のBVの有無を決定すること。
BVスコア=C0+WLMax(LS,FLS)+WGAMax(AS,GS,FGAS)+WICLog2(IC比)、
C0は調整定数であり、
WLは、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種についての重み付け定数であり、
Max(LS,FLS)は、LSおよびFLSの大きい方であり、式中、LSは、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種についての観察された標準化定量値であり、FLSは、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種についての課せられた最小の標準化定量値であり、
WGAは、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)についての重み付け定数であり、
Max(AS,GS,FGAS)は、AS、GS、およびFGASの大きい方であり、式中、ASは、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)についての観察された標準化定量値であり、GSは、ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)についての観察された標準化定量値であり、FGASは、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)についての化された最小の標準化定量値であり、
WICは、内部標準(IC)の重み付け定数であり、
IC比は、(i)検出アッセイから生成された観察された内部標準(IC)値と、(ii)検出アッセイの予想IC値の比率である。
(a)ヌクレオチド位置約40からヌクレオチド位置約265までの配列番号1の領域に対応するラクトバシラス・クリスパタス(L.crispatus)16S rRNA領域、
(b)ヌクレオチド位置約43からヌクレオチド位置約247までの配列番号2の領域に対応するラクトバシラス・ジェンセニ(L.jensenii)16S rRNA領域
(c)ヌクレオチド位置約93からヌクレオチド位置約298までの配列番号3の領域に対応するラクトバシラス・ガセリ(L.gasseri)の16S rRNA領域、
(d)ヌクレオチド位置約540からヌクレオチド位置約625までの配列番号4の領域に対応するアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の16S rRNA領域、および/または
(e)ヌクレオチド位置約172からヌクレオチド位置約227までの配列番号5の領域に対応するガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の16S rRNA領域。
(1)サンプルと以下とを接触させること、
ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1、第2、第3、および第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号7のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iii)第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号8のヌクレオチド配列に実質的に対応する第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iv)第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号9のヌクレオチド配列に実質的に対応する第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号17のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号14のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
(2)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出すること。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列を含み、
第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号7のヌクレオチド配列を含み、
第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号8のヌクレオチド配列を含み、
第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号9のヌクレオチド配列を含み、
第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列を含み、
第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号17のヌクレオチド配列を含み、
第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列を含み、および/または
第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号14のヌクレオチド配列を含む。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列からなり、
第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号7のヌクレオチド配列からなり、
第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号8のヌクレオチド配列からなり、
第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号9のヌクレオチド配列からなり、
第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列からなり、
第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号17のヌクレオチド配列からなり、
第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列からなり、および/または
第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号14のヌクレオチド配列からなる。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマー、第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマー、および第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーのうちの少なくとも1つは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して5’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号10のヌクレオチド配列を含み、
第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号18のヌクレオチド配列を含み、および/または
第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号15の残基9〜52のヌクレオチド配列を含む。
第1の捕捉プローブオリゴマーは、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、第2の捕捉プローブハイブリダイズ配列は、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、
第1の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号6の残基1〜19のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
第1の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号6のヌクレオチド配列を含み、および/または
第2の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号13のヌクレオチド配列を含む。
標的ハイブリダイズしたラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的検出プローブ、および/またはガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的検出プローブの有無を検出することを含む。
第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号19の残基6〜21のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および/または
第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号16の残基1〜18のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号19の残基6〜21のヌクレオチド配列を含み、および/または
第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号16の残基1〜18のヌクレオチド配列を含む。
方法は、ラクトバシラス・ガセリ(L.gasseri)の標的核酸の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブと、1つまたは複数の増幅産物とを接触させることをさらに含む。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号11の残基1〜17のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および/または
第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号12の残基7〜23のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号11の残基1〜17のヌクレオチド配列を含み、および/または
第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号12の残基7〜23のヌクレオチド配列を含む。
(1)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種を含む疑いがあるサンプルと、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1、第2、第3、および第4の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、(i)第1の増幅オリゴマーは、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1の標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)増幅オリゴマーは、配列番号7のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2の標的ハイブリダイズ配列を含み、(iii)第3の増幅オリゴマーは、配列番号8のヌクレオチド配列に実質的に対応する第3の標的ハイブリダイズ配列を含み、(iv)第4の増幅オリゴマーは、配列番号9のヌクレオチド配列に実質的に対応する第4の標的ハイブリダイズ配列を含み、
(2)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の有無を決定すること。
第1の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列を含み、
第2の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号7のヌクレオチド配列を含み、
第3の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号8のヌクレオチド配列を含み、および/または
第4の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号9のヌクレオチド配列を含む。
第1の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列からなり、
第2の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号7のヌクレオチド配列からなり、
第3の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号8のヌクレオチド配列からなり、および/または
第4の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号9のヌクレオチド配列からなる。
第1の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号6の残基1〜19のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
標的ハイブリダイズ検出プローブの有無を検出することを含む。
方法は、ラクトバシラス・ガセリ(L.gasseri)の標的核酸の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第2の検出プローブと、1つまたは複数の増幅産物とを接触させることをさらに含む。
第1の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号11の残基1〜17のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および/または
第2の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号12の残基7〜23のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
第1の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号11の残基1〜17のヌクレオチド配列を含み、および/または
第2の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号12の残基7〜23のヌクレオチド配列を含む。
(1)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)を含む疑いがあるサンプルと、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、(i)第1の増幅オリゴマーは、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1の標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2の増幅オリゴマーは、配列番号17のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2の標的ハイブリダイズ配列を含み、
(2)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の有無を決定すること。
実施形態152は、実施形態151の方法であり、
第1の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列を含み、および/または
第2の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号17のヌクレオチド配列を含む。
第1の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列からなり、および/または
第2の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号17のヌクレオチド配列からなる。
標的ハイブリダイズ検出プローブの有無を検出することを含む。
(1)ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)を含む疑いがあるサンプルと、ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、(i)第1の増幅オリゴマーは、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1の標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2の増幅オリゴマーは、配列番号14のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2の標的ハイブリダイズ配列を含み、
(2)ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の有無を決定すること。
実施形態173は、実施形態172の方法であり、
第1の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列を含み、および/または
第2の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号14のヌクレオチド配列を含む。
第1の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列からなり、および/または
第2の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号14のヌクレオチド配列からなる。
標的ハイブリダイズ検出プローブの有無を検出することを含む。
他に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、記載される方法および組成物に関連する当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書で使用される場合、以下の用語および語句は、特に明記しない限り、それらに帰する意味を有する。
BVスコア=C0+WLMax(LS,FLS)+WGAMax(AS,GS,FGAS)+WICLog2(IC比)、
式中、式の要素は表1に説明されているとおりである。
例1:BV多変量アルゴリズム
1.結果解釈の概要
簡略化されたスコア=最大(Gvag,Avag)・L.spp
スコア=C0+WL*Max(L−ML,FL−ML)+WAG*Max(G−MG,A−MA,FGA−MG)+WIC*log2(IC/calIC)
検体の解釈は、妥当性基準の評価、BVスコアの計算、およびスコアの解釈からなる。この例の説明は、内部標準(IC)シグナルのTTime値と、評価する各検体のL.spp、Gvag、およびAvag(L、G、A)のログコピー/mL定量値から始まる。
妥当性基準(ここでは説明されていない)を満たす検体の場合、BVスコアを計算する。BVスコアの計算は、1)分析物の標準化、2)IC比の計算、および3)一般方程式の適用の3つのステップからなる。
2.1.1 分析物の標準化
1)(上記のように)濃度数を平準化し、
2)トレーニングされた定数の信頼区間を改善する。
IC比は、偽陰性の呼び出しの可能性を減らすために、検体の阻害を補償する項の一部として一般方程式で使用される。IC比は、内部標準(IC)TTimeの観測値をIC TTimeの期待値で除算したものである。反応が阻害される(反応が予想よりも遅い)場合、IC比は1を超えている。予想されるIC TTimeは、有効なKitCalibratorレプリケートの平均観測IC TTimeとして計算される。
IC比=観測されたIC TTime 最大IC比=ICd
予想されるIC TTime
APTIMA(登録商標) BVの結果を解釈するためにPANTHER(登録商標)ソフトウェアにコード化された式は、一般方程式と呼ばれる。この式で、下付き文字「S」は、関連する分析物の母集団中央値を差し引くことによって標準化された値を指す。
BVスコア=C0+WLMax(LS,FLS)+WAMax(AS,FAS)+WGMax(GS,FGS)+WGAMax(AS,GS,FGAS)+WICLog2(IC比)
BVスコア=C0+WLMax(LS,FLS)+WGAMax(AS,GS,FGAS)+WICLog2(IC比)
BV陽性またはBV陰性の状態(報告された呼び出し)を決定するために、数値のBVスコアを、単一のカットオフ値(現在はゼロに設定されている)と比較する。検体のBVスコアがカットオフ値よりも小さい場合、検体はBV陰性として報告される。スコアがカットオフ値以上の場合、検体はBV陽性と報告される。
表4に示すように、BVの臨床転帰を解釈するために、「真の結果」は、Amsel Criteriaで決定された中級を使用したNugentスコアによって決定した。
増幅オリゴは、好ましい検体タイプに高力価で存在する可能性のある他の生物からの干渉を最小限に抑えて、標的種の16S rRNAを特異的に検出することが望ましい。G.vagと他の膣内生物との16S rRNA配列のアラインメントは、G.vagとビフィドバクテリア(Bifidobacteria)の配列の間に類似性を示し、ビフィドバクテリア(Bifidobacteria)または他の関連生物による干渉が、一部の検体でG.vagの検出に影響を与える可能性があることを示唆している。さらなるG.vag増幅オリゴは、干渉の可能性を減らすために設計した。
ラクトバシラス(Lactobacillus)種の標的捕捉オリゴの初期設計(配列番号257)を改善するために、1E4 CFU/mLのラクトバシラス・クリスパタス(L.crispatus)、ラクトバシラス・ガセリ(L.gasseri)、またはラクトバシラス・ジェンセニ(L.jensenii)を含むサンプルについて、既存の設計と並行してさらなる設計を行い、スクリーニングした。増幅および検出オリゴ(すべての条件に共通)は、配列番号258、配列番号10、配列番号259、および配列番号11であった。スクリーニングは、手動RT−TMA形式で、条件ごとに3反復で行い、平均正規化Ttime値が示されている。
G.vag、A.vag、およびラクトバシラス(Lactobacillus)種を検出するためのRT−TMA試薬のマルチプレックス構成は、表12のオリゴを利用して構築した。
A.vagの感度を高めるために、マルチプレックス試験は、2つのA.vagシステム、(1)長いアンプリコンを備えた二相性A.vagシステムを使用したLacto−A.vag−G.vagマルチプレックス(「LAG−5」)、および(2)短いアンプリコンを備えた非二相性A.vagシステムを使用したLacto−A.vag−G.vagマルチプレックス(「LAG−6」)と並行して行った。これらのA.vagシステムは、表16に示すオリゴから開始された。
表18に示すヌクレオチド配列を有するオリゴマーを、ラクトバシラス・クリスパタス(L.crispatus)、ラクトバシラス・ジェンセニ(L.jensenii)、ラクトバシラス・ガセリ(L.gasseri)、ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)、およびアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)ならびに一般的な内部標準(GIC)の増幅および検出について、マルチプレックスAPTIMA(登録商標)細菌性膣炎(ABV)アッセイで評価した。
1)TCR:HEPES遊離酸二水和物(250mM)、水酸化リチウム一水和物(310mM)、塩化リチウム(1.883M)、EDTA遊離酸(100mM)、ポリdT14 Mag粒子(0.03%w/v)、水酸化リチウムおよびpH用の塩酸、ならびに体積用の水、
2)酵素:HEPES遊離酸(57.46mM)、EDTA遊離酸(0.98mM)、Triton X−100(0.10v/v)、塩化カリウム(49.61mM)、無水グリセロール(0.2v/v)、EDTA二ナトリウム二水和物(0.39mM)、N−アセチル−L−システイン(49.58mM)、無水D(+)トレハロース(0.03w/v)、クローン化MMLV酵素(224MR/L)、T7 RNAポリメラーゼ酵素(140MU/L)、体積用の水、
3)増幅およびプロモーター試薬:塩化カリウム(23.3mM)、無水グリセロール(3.33%)、酢酸亜鉛二水和物(0.05mM)、Pro clin 300保存剤(0.02%)、Tween−20(1%)、トリズマ塩基(11.61mM)、塩酸トリズマ(14.94mM)、塩化マグネシウム(31mM)、dATP(0.83mM)、dCTP(0.83mM)、dGTP(0.83mM)、dTTP(0.83mM)、ATP(7mM)、CTP(7mM)、GTP(7mM)、UTP(8mM)、水(体積用)。
5つのアッセイ標的(A.vag、G.vag、L.crisp、L.gas、およびL.jen)の各々について直線性試験を行った。各分析物について、2セットのパネルを調製した。1つのパネルは、培養溶解物を検体輸送培地、STM(リン酸ナトリウム一塩基一水和物(2.07g/L)、ラウリル硫酸リチウム(30g/L)、EDTA二ナトリウム二水和物(0.372g/L)、EGTA遊離酸(0.38g/L)、リン酸水素二ナトリウム(2.13g/L))に添加することにより調製した。2つ目のパネルは、インビトロ転写産物(IVT)をSTMに添加することにより調製した。各パネルは、PANTHERシステムで5反復で試験した。パネル濃度を表20に示す。
交差反応性試験をサポートするために、泌尿生殖器の正常細菌叢またはAPTIMA BV標的と密接に関連する生物を表す細菌または酵母材料からなる17のプールを構築した(表27参照)。各生物の濃度は、1.00E+06CFU/mLまたは細胞当量/mLを目標としており、これは予想濃度の上限以上である。
FAMチャネル(Lacto種)は、プール#16(ラクト・アシドフィルス(Lacto acidophilus))に陽性シグナルを示した。この陽性の結果は、L.crispに対する試験生物の実質的な配列同一性のために予想された。ラクトバシラス・アシドフィルス(L.acidophilus)は、上部消化管に見られ、膣内細菌叢には存在しない可能性が高いため、この交差反応性は許容範囲内である。
標的アッセイ分析物(L.crisp、L.jen、L.gas、A.vag、またはG.vag)を表27の17のプールの各々に添加した。陽性分析物は、約3xLOD濃度で添加され、プールごとにパネルごとに5反復で試験した。分析物の添加濃度を表28に示す。添加されたSTM(プール0)は、比較のための対照として試験した。
臨床検体試験は、STMで収集した100の臨床膣スワブ検体のセットを使用して行った。10の臨床現場からの症候性女性からのサンプルは、PANTHER機器のAPTIMA BVアッセイで試験した。サンプルごとに1反復を試験した。
包括性試験は、5つのアッセイ標的の各々について、1つの対照株および利用可能なすべての多型IVT株を使用して行った。試験は、各菌株の低濃度および中濃度で行った。低パネルの結果を使用して、分析物の感度に対する多型の影響を決定し、中間パネルの結果を分析して、分析物のTtimeに対する多型の影響を決定した。
Claims (6)
- サンプル中のラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の各々の有無を決定するためのマルチプレックス法であって、前記方法が、
(1)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)のうちの少なくとも1種を含む疑いがあるサンプルと以下とを接触させること、
(a)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1、第2、第3、および第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号7のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iii)第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号8のヌクレオチド配列に実質的に対応する第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iv)第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号9のヌクレオチド配列に実質的に対応する第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、
(b)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号17のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、
(c)ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号14のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、
(2)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の有無を決定すること
を含む、方法。 - サンプル中のラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の各々の有無を決定するための組成物またはキットであって、前記組成物またはキットが以下を含む、
(a)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1、第2、第3、および第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号7のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iii)第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号8のヌクレオチド配列に実質的に対応する第3のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(iv)第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的増幅オリゴマーは、配列番号9のヌクレオチド配列に実質的に対応する第4のラクトバシラス(Lactobacillus)特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、
(b)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的増幅オリゴマーは、配列番号17のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、
(c)ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマー、ここで、(i)第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的増幅オリゴマーは、配列番号14のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、組成物またはキット。 - 対象における細菌性膣炎(BV)の有無を決定するための方法であって、前記方法が、
(a)BVを有することが疑われる対象からのサンプルを提供すること、
(b)サンプル中のラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)を検出するためのアッセイを行うこと、
(c)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)、およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の 各々について、検出アッセイに基づいて定量値を割り当てること、
(d)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の定量値およびガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の定量値の大きい方から、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の定量値を差し引くこと、
(e)ステップ(d)に基づいて単一のBVスコアを割り当てること、および
(f)BVスコアとカットオフ値との比較に基づいて、対象のBVの有無を決定すること
を含む、方法。 - サンプル中のラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の有無を決定するための方法であって、前記方法が、
(1)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種を含む疑いがあるサンプルと、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1、第2、第3、および第4の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、(i)第1の増幅オリゴマーは、配列番号10の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1の標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)増幅オリゴマーは、配列番号7のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2の標的ハイブリダイズ配列を含み、(iii)第3の増幅オリゴマーは、配列番号8のヌクレオチド配列に実質的に対応する第3の標的ハイブリダイズ配列を含み、(iv)第4の増幅オリゴマーは、配列番号9のヌクレオチド配列に実質的に対応する第4の標的ハイブリダイズ配列を含む、
(2)ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のラクトバシラス(Lactobacillus)菌種の有無を決定すること
を含む、方法。 - サンプル中のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の有無を決定するための方法であって、前記方法が、
(1)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)を含む疑いがあるサンプルと、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、(i)第1の増幅オリゴマーは、配列番号18の残基28〜45のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1の標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2の増幅オリゴマーは、配列番号17のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2の標的ハイブリダイズ配列を含む、
(2)アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、アトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のアトポビウム・ヴェギナエ(A.vaginae)の有無を決定すること
を含む、方法。 - サンプル中のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の有無を決定するための方法であって、前記方法が、
(1)ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)を含む疑いがあるサンプルと、ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸の標的領域を増幅するための、第1および第2の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、(i)第1の増幅オリゴマーは、配列番号15の残基36〜52のヌクレオチド配列に実質的に対応する第1の標的ハイブリダイズ配列を含み、(ii)第2の増幅オリゴマーは、配列番号14のヌクレオチド配列に実質的に対応する第2の標的ハイブリダイズ配列を含む、
(2)ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の標的領域に対応する1つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
(3)1つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のガードネレラ・ヴァギナリス(G.vaginalis)の有無を決定すること、を含む方法。
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