JP2020521479A - キメラ抗原受容体細胞の作製及びその使用 - Google Patents

キメラ抗原受容体細胞の作製及びその使用 Download PDF

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Abstract

本発明は、キメラ抗原受容体を含む細胞を提供すること;及び前記CARの細胞外ドメインが結合する試薬の存在下で前記細胞を培養してCAR細胞を得ることを含むCAR−T細胞を調製する方法と共に、その生成物を提供する。

Description

関連出願の交差引用
本出願は、2018年3月8日に提出された米国仮出願番号62/640,523、発明の名称「リンパ球系及びその使用」、2017年12月13日に提出された米国仮出願番号62/598,024、発明の名称「キメラ抗原受容体細胞の作製及びその使用」、2017年6月30日に提出された米国仮出願番号62/527,649、発明の名称「キメラ抗原受容体細胞の作製及びその使用」、2017年6月30日に提出された米国仮出願番号62/527,140、発明の名称「修飾されたリンパ球系及びその使用」、及び2017年6月1日に提出された米国仮出願番号62/513,781、発明の名称「リンパ球系及びその使用」の権益を要求し、それらの仮出願が引用により全体としてここに組み込まれる。
配列リスト情報
2018年5月3日ごろ作成されたキメラ抗原受容体細胞の作製及びその使用という名称で約24.5KBのファイルサイズのコンピュータ可読テキストファイル「I071−0029US Sequence Listing.txt」は、本出願の配列リストを含み、引用により全体としてここに組み込まれる。
本開示は、修飾細胞に関し、具体的には、修飾細胞を含む組成物、並びにその疾患及び病状の治療への使用に関する。
25年以上前、科学者は、T細胞で発現するためのキメラ抗原受容体(CAR)を開発した。キメラ抗原受容体(CAR)技術により、特定の抗体の抗原認識ドメインとT細胞受容体(TCR)の細胞内ドメインとを結合させる。ある悪性腫瘍を標的とするためにCAR遺伝子で修飾されたT細胞は、良好な臨床的効果を示した。CAR T細胞療法において、医師は、患者の血液を抽出し、その細胞障害性T細胞を回収する。その後、実験室で細胞を再設計することで、どのように患者ごとに特定の癌を攻撃するかが知られる。既存の若干の免疫細胞を除去するために、通常、CAR T細胞療法の前又はCAR T細胞療法中に患者に化学療法を実施する。しかし、化学療法により、患者のT細胞が著しく減少する。多くの患者は、9ヶ月内で回復し、その免疫細胞も化学療法を受ける前のレベルに戻れるが、一部の患者は、持続的なCAR T細胞療法に十分なT細胞を生じることができない可能性があるので、危険な状況になる。また、CAR T療法において、患者体内のCAR T細胞の長時間維持は、腫瘍治療における患者の予後にとって非常に重要である。例えば、CAR T細胞の長時間存在を維持できれば、この技術により腫瘍の再発を効果的に低減できる。
本明細書に記載される実施形態は、遺伝子修飾されたCAR細胞を含む組成物、並びにその疾患及び病状の治療への使用に関する。
本開示に係るいくつかの実施形態は、細胞を提供することと、CARをコードする核酸配列と、hTERT、SV40LT又はその組合せをコードする核酸配列と、を細胞に導入することと、CARの細胞外ドメインに認識される試薬の存在下で細胞を培養することで、修飾されたCAR細胞を生じさせることと、を含む方法に関する。
いくつかの実施形態において、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸又はその組合せの組込みは、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸又はその組合せのゲノム組込み、及びhTERT、SV40LT又はその組合せの構成的発現を含む。いくつかの実施形態において、hTERT、SV40LT又はその組合せの発現は、誘導性発現系により調節される。いくつかの実施形態において、前記方法は、自殺遺伝子をコードする核酸配列を細胞に導入し、自殺遺伝子の発現が許容されるように、自殺遺伝子を含むCAR細胞及びCARをコードする核酸をヌクレオシド類似体と一緒に培養することにより、ヌクレオシド類似体に細胞毒性を持たせることをさらに含んでもよい。いくつかの実施形態において、細胞は、T細胞又はナチュラルキラー(NK)細胞である。
いくつかの実施形態において、CARは、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含む。いくつかの実施形態において、細胞内ドメインは、CD27、CD28、4−1BB、OX40、CD30、CD40、PD−1、ICOS、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7−H3、及びそれらのいずれかの組合せからなる群より選択される共刺激分子の細胞内ドメインを含む共刺激シグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態において、前記試薬は、CARの細胞外成分と結合して細胞応答を媒介する調節化合物、CARの細胞外ドメインと結合するリガンド、CARの細胞外ドメインが結合する抗原、又はCARの細胞外ドメインが結合する抗原の細胞外ドメインである。いくつかの実施形態において、抗原は、上皮成長因子受容体(EGFR)、上皮成長因子受容体の変異体III(EGFRvIII)、ヒト上皮成長因子受容体2(HER2)、メソテリン(MSLN)、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、ジシアロガングリオシド2(GD2)、インターロイキン−13Ra2(IL13Rα2)、グリピカン−3(GPC3)、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、L1細胞接着分子(L1−CAM)、癌抗原125(CA125)、分化クラスター133(CD133)、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、癌・精巣抗原1B(CTAG1B)、ムチン1(MUC1)、葉酸受容体α(FR−α)、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、B細胞成熟抗原(BCMA)、又はCD4である。
いくつかの実施形態において、前記試薬は、CARの細胞外ドメインに結合する抗体である。いくつかの実施形態において、抗体は、ヒトIgG抗体であり、及び/又はヒトIgGのFab断片と結合する。いくつかの実施形態において、調節化合物は、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、又はCD4からの少なくとも一種の細胞外ドメインを含む。いくつかの実施形態において、調節化合物は、配列番号41〜47のアミノ酸配列の少なくとも一種を含む。いくつかの実施形態において、調節化合物は、配列番号21及び48〜53のアミノ酸配列の少なくとも一種と結合する。いくつかの実施形態において、CAR細胞は、配列番号38、35、39、及び40の少なくとも一種を含む。
いくつかの実施形態において、試薬の不存在下で培養されるCAR細胞と比べ、試薬の存在下で培養されるCAR細胞は、細胞成長が約1.5〜2倍増加したことを示す。いくつかの実施形態において、試薬の不存在下で培養されるCAR細胞と比べ、試薬の存在下で培養されるCAR細胞は、細胞成長が約1.5〜3倍増加したことを示す。いくつかの実施形態において、試薬の不存在下で培養されるCAR細胞と比べ、試薬の存在下で培養されるCAR細胞は、細胞成長が約2倍増加したことを示す。いくつかの実施形態において、培地におけるCAR細胞の細胞密度は、少なくとも約25×10細胞/mL培地である。いくつかの実施形態において、培地におけるCAR細胞の細胞密度は、約200×10細胞/mL培地より小さい。いくつかの実施形態において、培地におけるCAR細胞の細胞密度は、約50×10〜約200×10細胞/mL培地にある。いくつかの実施形態において、培地におけるCAR細胞の細胞密度は、約50×10〜約100×10細胞/mL培地にある。
いくつかの実施形態において、CAR細胞は、細胞培地に由来するテトラサイクリンに敏感である。いくつかの実施形態において、CAR細胞は、リバーステトラサイクリントランス活性化因子(rtTA)をコードする第3の核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、hTERT又はSV40LTの発現は、rtTAによって調節されることで、hTERT又はSV40LTをテトラサイクリンの存在下で発現させる。いくつかの実施形態において、細胞培地におけるテトラサイクリンの濃度は、約2μg/ml以上である。いくつかの実施形態において、テトラサイクリンは、テトラサイクリン、デメクロサイクリン、メクロサイクリン、ドキシサイクリン、リメサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、ロリテトラサイクリン及びクロルテトラサイクリンからなる群より選択される。いくつかの実施形態において、テトラサイクリンは、ドキシサイクリンである。
いくつかの実施形態において、CAR細胞は、自殺遺伝子をコードする第4の核酸配列を含むことで、ヌクレオシド類似体の存在下で自殺遺伝子の発現が許容されるようにCAR細胞を培養している時、CAR細胞に対してヌクレオシド類似体が細胞毒性を有するようになる。いくつかの実施形態において、自殺遺伝子は、単純ヘルペスウィルスのチミジンキナーゼ、水痘・帯状疱疹ウィルスのチミジンキナーゼ及び細菌由来シトシンデアミナーゼからなる群より選択される。いくつかの実施形態において、自殺遺伝子は、単純ヘルペスウィルスのチミジンキナーゼである。いくつかの実施形態において、ヌクレオシド類似体は、ガンシクロビル、アシクロビル、ブシクロビル、ファムシクロビル、ペンシクロビル、バラシクロビル、トリフルオロチミジン、1−[2−デオキシ,2−フルオロ,β−D−アラビノフラノシル]−5−ヨードウラシル、ビダラビン(ara−A)、チミジンアラビノシド(araT)1−β−D−アラビノフラノシルチミン、5−エチル−2’−デオキシウリジン、5−ヨード−5’−アミノ−2,5’−ジデオキシウリジン、イドクスウリジン、AZT、AIU、ジデオキシシチジン、及びAraCからなる群より選択される。いくつかの実施形態において、ヌクレオシド類似体は、ガンシクロビルである。
いくつかの実施形態は、本明細書に記載される方法を用いて得られた単離細胞に関する。いくつかの実施形態は、単離細胞集団を含有する組成物に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載される組成物の有効量を投与することを含む、被験体においてT細胞応答を増強させる、及び/又は被験体の腫瘍を治療する方法に関する。
いくつかの実施形態は、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸、又はその組合せを含む修飾細胞に関し、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸、又はその組合せの組込みは、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸、又はその組合せのゲノム組込み、及びhTERT、SV40LT、又はその組合せの構成的発現を含む。
いくつかの実施形態において、修飾細胞は、T細胞であり、CARをコードする核酸配列をさらに含み、且つ細胞がCARによって認識される抗原を発現することを抑制できる。いくつかの実施形態において、CARをコードする核酸及びhTERTをコードする核酸、SV40LTをコードする核酸又はその組合せは、別々のポリペプチドの遺伝子生成物として発現される。
いくつかの実施形態において、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸、又はその組合せの発現は、誘導性発現系により調節される。いくつかの実施形態において、誘導性発現系は、SV40LT遺伝子、hTERT遺伝子、又はその組合せの発現を増加又は活性化するrtTA−TRE系である。いくつかの実施形態において、修飾細胞は、自殺遺伝子をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、修飾細胞は、T細胞又はNK細胞である。いくつかの実施形態において、自殺遺伝子はHSV−TK系である。いくつかの実施形態において、修飾細胞は増殖性T細胞である。いくつかの実施形態において、CARは、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含み、かつ細胞外ドメインが腫瘍抗原と結合する。いくつかの実施形態において、腫瘍抗原は、HER2、CD19、CD20、CD22、κ又は軽鎖、CD30、CD33、CD123、CD38、ROR1、ErbB3/4、EGFR、EGFRvIII、EphA2、FAP、癌胎児性抗原、EGP2、EGP40、メソテリン、TAG72、PSMA、NKG2Dリガンド、B7−H6、IL−13受容体α2、IL−11受容体α、MUC1、MUC16、CA9、GD2、GD3、HMW−MAA、CD171、Lewis Y、G250/CAIX、HLA−AI MAGE A1、HLA−A2 NY−ESO−1、PSC1、葉酸受容体−α、CD44v7/8、8H9、NCAM、VEGF受容体、5T4、胎児性AchR、NKG2Dリガンド、CD44v6、TEM1、又はTEM8を含む。いくつかの実施形態において、細胞内ドメインは、CD27、CD28、4−1BB、OX40、CD30、CD40、PD−1、ICOS、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7−H3、及びそのいずれかの組合せからなる群より選択される共刺激分子の細胞内ドメインを含む共刺激シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態において、細胞内ドメインはCD3ζシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態において、T細胞のTCR遺伝子が破壊され、内在性TCRの発現が低下する。いくつかの実施形態において、TCR遺伝子に関連する標的ベクターがT細胞のゲノムに組み込まれることにより、内在性TCRの発現が消去される。いくつかの実施形態において、T細胞のCD4遺伝子が破壊され、内在性CD4の発現が低下する。いくつかの実施形態において、CARの抗原結合ドメインがHIV表面上の分子に結合する。いくつかの実施形態において、hTERTが配列番号6の配列を有し、かつSV40LTが配列番号7の配列を有する。
いくつかの実施形態は、増殖性T細胞を得るように1又は複数の核酸配列をT細胞に転移させてT細胞を増殖させることと、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞内ドメインを含むCARをコードする核酸配列を、増殖されたT細胞に導入することでCAR T細胞を得ることを含む、CAR T細胞を生成する方法に関する。
いくつかの実施形態において、増殖されたT細胞は、本明細書に記載されるいずれかの修飾されたT細胞である。いくつかの実施形態において、1又は複数の核酸配列は、Tet誘導性HPV16−E6/E7発現系を含む。いくつかの実施形態において、T細胞は、被験体から抽出された初代T細胞である。いくつかの実施形態において、T細胞は、T細胞注入に応答する対応野生型T細胞に比べて低下した免疫原性を有するT細胞である。いくつかの実施形態は、ヒト患者に本明細書に記載される修飾細胞を含む医薬組成物を投与することを含む、疾患又は病状を治療する方法に関する。いくつかの実施形態において、疾患又は病状は、AIDSであり、医薬組成物は、HIV表面上の分子に結合する抗原結合ドメインを有するCARを含む細胞を包含する。いくつかの実施形態において、疾患又は病状は癌であり、医薬組成物は、CARを含む修飾細胞を包含し、CARの抗原結合ドメインが癌細胞上の分子に結合し、細胞上の内在性TCR数が減少する。いくつかの実施形態において、CARをコードする核酸がT細胞のゲノムに組み込まれる。
いくつかの実施形態は、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン,及び細胞内ドメインを含むCARをコードする核酸配列を包含する、CAR T細胞に関し、前記細胞内ドメインがCD3−ζシグナル伝達ドメイン及び共刺激分子のシグナル伝達ドメインを含み、T細胞のTCR遺伝子が破壊され、TCRの発現が低下又は消去する。いくつかの実施形態において、CAR T細胞は、本明細書に記載される修飾されたT細胞を含む。
いくつかの実施形態は、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含むCARをコードする核酸配列を包含する、CAR T細胞に関し、前記細胞内ドメインがCD3−ζシグナル伝達ドメイン及び共刺激分子のシグナル伝達ドメインを含み、T細胞のCD4遺伝子が破壊され、内在性CD4の発現が低下する。いくつかの実施形態において、CARの抗原結合ドメインがHIV表面上の分子に結合する。いくつかの実施形態において、CAR−T細胞は、本明細書に記載される修飾されたT細胞を含む。
いくつかの実施形態は、増殖性T細胞を得るように1又は複数の核酸配列をT細胞に転移することを含む、制限増殖性T細胞を生成する方法に関し、1又は複数の核酸配列がペプチドをコードし、ペプチドの発現によりT細胞を増殖性T細胞に転化させ、前記ペプチドが誘導性発現系、誘導性自殺系又はその組合せにより調節される。いくつかの実施形態において、ペプチドは、hTERT、SV40LT、又はその組合せである。いくつかの実施形態において、誘導性発現系は、rtTA−TRE系である。いくつかの実施形態において、誘導性自殺系は、HSV−TK系又は誘導性カスパーゼ−9系である。
いくつかの実施形態は、本明細書に記載される方法を用いて制限増殖性T細胞を作製することと、テトラサイクリン又はドキシサイクリンを含有する培地を使用して制限増殖性T細胞を培養することと、テトラサイクリン又はドキシサイクリンのいずれかも含まない培地を使用して制限増殖性T細胞を培養することと、そのSV40LT遺伝子又はhTERT遺伝子の発現が低下したT細胞を得ることと、それを必要とする被験体に前記T細胞を含む医薬組成物を投与することとを含む、疾患又は病状を治療する方法に関する。
いくつかの実施形態は、疾患又は病状を治療するための、本明細書に記載される方法を用いて得られた増殖性T細胞を含む医薬組成物に関し、前記医薬組成物の疾患又は病状を治療するための方法は、本明細書に記載される方法を用いて制限増殖性T細胞を作製することと、テトラサイクリン又はドキシサイクリンを含有する培地を使用して制限増殖性T細胞を培養することと、テトラサイクリン又はドキシサイクリンを含まない培地を使用して制限増殖性T細胞を培養することと、そのSV40LT遺伝子又はhTERT遺伝子の発現が低下したT細胞を得ることと、被験体に前記T細胞を含む医薬組成物を投与することとを含む。いくつかの実施形態において、前記方法は、ある所定の条件に応答する被験体にガンシクロビルを投与することをさらに含んでもよい。
いくつかの実施形態は、修飾細胞を含むT細胞集団に関し、修飾細胞のTCR遺伝子の生合成又は輸送経路に関連する内在性遺伝子が破壊され、内在性TCRの発現が低下する。
いくつかの実施形態は、修飾細胞を含むT細胞集団に関し、修飾細胞のPD−1遺伝子の生合成又は輸送経路に関連する内在性遺伝子が破壊され、PD−1遺伝子の発現が低下する。いくつかの実施形態において、修飾細胞が、プログラム死リガンド1(PD−L1)のヒトT細胞に対する阻害作用を低減した短縮PD−1をコードする核酸配列を含む。
いくつかの実施形態は、CARを含む細胞を提供し、CARの細胞外ドメインが認識する試薬の存在下で細胞を培養することでCAR細胞を得ることを含む方法に関する。
いくつかの実施形態は、細胞を提供することと、CARをコードする核酸配列を細胞に導入することでCAR細胞を得ることと、CARの細胞外ドメインが認識する試薬の存在下でCAR細胞を培養することでCAR細胞を得ることとを含む、インビトロでCAR細胞を作製するための方法に関する。
いくつかの実施形態は、細胞を提供することと、CARをコードする核酸配列を細胞に導入することでCARを発現する細胞(CAR細胞)と発現しない細胞を得ることと、CARの細胞外ドメインに結合する試薬の存在下でCAR細胞を培養することでCARを発現する細胞を濃縮することとを含む、CARを発現する細胞を濃縮するための方法に関する。
いくつかの実施形態は、(a)CARをコードする核酸配列を細胞に導入することでCAR細胞を得る工程と、(b)第1の培地を使用してCAR細胞を所定の時間培養する工程と、(c)第2の培地を使用してCAR細胞を培養する工程と、を順に含み、第1の培地が試薬を含まず、第2の培地が試薬を含み、前記試薬がCARの細胞外ドメインに結合する、インビトロでCAR細胞を作製するための方法に関する。
いくつかの実施形態において、前記試薬は、CARの細胞外ドメインに結合して細胞応答を媒介する調節化合物である。いくつかの実施形態において、調節化合物は、CARの細胞外ドメインのリガンド又はCARの細胞外ドメインが結合する抗原である。いくつかの実施形態において、前記試薬は、CARの細胞外ドメインが結合する抗原の細胞外ドメインである。いくつかの実施形態において、抗原は、上皮成長因子受容体(EGFR)、上皮成長因子受容体の変異体III(EGFRvIII)、ヒト上皮成長因子受容体2(HER2)、メソテリン(MSLN)、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、ジシアロガングリオシド2(GD2)、インターロイキン−13Ra2(IL13Rα2)、グリピカン−3(GPC3)、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、L1細胞接着分子(L1−CAM)、癌抗原125(CA125)、分化クラスター133(CD133)、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、癌・精巣抗原1B(CTAG1B)、ムチン1(MUC1)、葉酸受容体α(FR−α)、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、B細胞成熟抗原(BCMA)、又はCD4である。いくつかの実施形態において、調節化合物は、CARの細胞外ドメインに結合する抗体である。いくつかの実施形態において、抗体は、ヒトIgG抗体であり、及び/又はヒトIgGのFab断片と結合する。いくつかの実施形態において、調節化合物は、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、又はCD4からの少なくとも一種の細胞外ドメインを含む。いくつかの実施形態において、調節化合物は、配列番号41〜47及び61〜63のアミノ酸配列の少なくとも一種を含む。いくつかの実施形態において、調節化合物は、配列番号55、21、48、49、40、51〜53及び56〜60のアミノ酸配列の少なくとも一種に結合する。いくつかの実施形態において、調節化合物は、GCC、B7−H4、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、IL13Rα、her−2、CD19、CD20、CD22、CD123、NY−ESO−1、HIV−I Gag、Lewis Y、Mart−I、gp100、チロシナーゼ、WT−I、h TERI、MUC16、メソテリン、MIC−A、MIC−B、エストロゲン、プロゲステロン、RON、又はULBP/RAETlファミリーの1又は複数のメンバーの少なくとも一種を含む。
いくつかの実施形態において、CARの共刺激分子は、CD27、CD28、4−1BB、OX40、CD30、CD40、PD−L ICOS、リンパ球機能関連抗原−I(LFA−1)、CD2、CD7、 LIGHT、NKG2C、又はB7−H3の少なくとも一種を含む。いくつかの実施形態において、CARは、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含み、前記細胞内ドメインは、CD3−ζシグナル伝達ドメイン及び共刺激分子のシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態において、細胞は、NK細胞、T細胞、又はその組合せである。いくつかの実施形態において、調節化合物は、真核細胞系又は細菌発現系から生成される可溶性抗原である。
いくつかの実施形態において、試薬を用いてCAR細胞を培養した後、試薬の量とCAR細胞の数量との比が1:50〜1:5(μg/10細胞)、1:500〜1:5(μg/10細胞)、又は1:5000〜10:5(μg/10細胞)である。いくつかの実施形態において、細胞の培養は、抗CD3ビーズ、抗CD28ビーズ、及びIL2の少なくとも一種を含む培地を用いて細胞を培養することを含む。いくつかの実施形態において、試薬を用いてCAR細胞を培養した後、試薬の量とCAR細胞の数量との比が1:50〜1:5(μg/10細胞)である。いくつかの実施形態において、試薬の存在下で培養したCAR細胞においてCARのコピー数は、試薬の不存在下でCAR細胞を培養する場合の数より大きい。いくつかの実施形態において、試薬の存在下で培養する場合のCARを発現する細胞数とCARを発現しない細胞数との比が試薬の不存在下で細胞を培養する場合の比より大きい。いくつかの実施形態において、試薬の存在下でCAR細胞を培養することは、試薬の存在下でCAR細胞を所定の期間培養すること、或いは、試薬の存在下でCAR細胞を少なくとも10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30日間培養することを含む。いくつかの実施形態において、所定の期間は、7〜100日間である。いくつかの実施形態において、試薬の存在下で培養する場合に記憶T細胞表現型を生じるCAR細胞数は、試薬の不存在下でCAR細胞を培養する場合の数より大きい。いくつかの実施形態において、試薬の存在下で培養する場合にCAR細胞より産生されるサイトカインの量は、試薬の不存在下でCAR細胞を培養する場合にCAR細胞より産生されるサイトカインの量より多い。
いくつかの実施形態において、CAR細胞は健常ドナーに由来し、内在性TCR遺伝子及び/又はHLA Iの発現低下がある。いくつかの実施形態において、CAR細胞は健常ドナーに由来し、同一のヒトドナーから単離される初代ヒトT細胞により引き起こされるGVHD応答に比べ、ヒトレセプターにおいて移植片対宿主病(GVHD)応答を引き起こせず、或いは、低下したGVHD応答を引き起こし、内在性TCR遺伝子及び/又はHLA Iの発現が低下しておらず、或いは、内在性TCR遺伝子及び/又はHLA Iの発現が破壊されておらず、内在性TCR遺伝子及び/又はHLA Iが正常に発現されている。いくつかの実施形態において、CAR T細胞は、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸又はその組合せを含むT細胞である。
いくつかの実施形態において、CAR細胞は、hTERTをコードする核酸配列とSV40LTをコードする核酸を含む。いくつかの実施形態において、hTERTの発現は、誘導性発現系により調節される。いくつかの実施形態において、SV40LT遺伝子の発現は、誘導性発現系により調節される。いくつかの実施形態において、誘導性発現系は、SV40LT遺伝子、hTERT遺伝子、又はその組合せの発現を増加又は活性化するrtTA−TREである。いくつかの実施形態において、CAR細胞は、自殺遺伝子をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、自殺遺伝子はHSV−TK系である。
いくつかの実施形態は、前記方法で得られる単離細胞に関する。
いくつかの実施形態は、前記方法で得られる単離細胞を含む医薬組成物に関する。
いくつかの実施形態は、それを必要とする被験体に医薬組成物の有効量を投与することを含む、被験体において抗腫瘍免疫応答を刺激するための方法に関する。いくつかの実施形態は、癌を治療するための医薬組成物に関し、前記医薬組成物の癌を治療するための方法は、それを必要とする被験体に医薬組成物の有効量を投与することを含む。いくつかの実施形態において、CARのスペーサードメインは、配列番号68又は69のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、CARの膜貫通ドメインは、配列番号72又は75のアミノ酸配列を含み、CARのスペーサードメインは、配列番号68のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態は、それを必要とする被験体にCARを含むT細胞の有効量を投与することでT細胞応答を提供することと、CARの細胞外ドメインが認識できる可溶性試薬を発現する提示細胞の有効量を投与することと、を含む方法に関する。
いくつかの実施形態は、被験体にCARを含むT細胞の有効量を投与することでT細胞応答を提供することと、CARの細胞外ドメインが認識できる可溶性試薬を発現する提示細胞の有効量を投与することで被験体におけるT細胞応答を増強させることと、を含む被験体におけるT細胞応答を増強させる方法に関する。いくつかの実施形態において、被験体におけるT細胞応答を増強させることは、CARを含むT細胞の増殖を選択的に増強させることを含む。
いくつかの実施形態は、CAR細胞を用いて被験体病状に対する治療を増強させる方法に関する。いくつかの実施形態において、前記方法は、被験体に試薬を発現する細胞集団及びCAR細胞集団を投与することを含む。別の実施形態において、前記方法は、被験体に試薬から誘導されるワクチン及びCAR細胞集団を投与することを含む。CAR細胞は、CARをコードする核酸配列を含み、CARの細胞外ドメインは、前記試薬を認識する。
いくつかの実施形態は、疾患に罹患した被験体におけるCAR細胞増殖を増強させる方法に関する。前記方法は、CARを含む細胞を作製することと、被験体にCAR細胞の有効量を投与することと、CARの細胞外ドメインが認識できる試薬をコードする核酸配列を細胞に導入することで修飾細胞を得、被験体に修飾細胞の有効量を投与することと、を含む。
いくつかの実施形態において、試薬は、CARの細胞外ドメインのリガンドである。いくつかの実施形態において、試薬は、CARの細胞外ドメインが結合する抗原であり、上皮成長因子受容体(EGFR)、上皮成長因子受容体の変異体III(EGFRvIII)、ヒト上皮成長因子受容体2(HER2)、メソテリン(MSLN)、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、ジシアロガングリオシド2(GD2)、インターロイキン−13Ra2(IL13Rα2)、グリピカン−3(GPC3)、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、L1細胞接着分子(L1−CAM)、癌抗原125(CA125)、分化クラスター133(CD133)、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、癌・精巣抗原1B(CTAG1B)、ムチン1(MUC1)、葉酸受容体α(FR−α)、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、又はCD4からの少なくとも一種の細胞外ドメインを含む。いくつかの実施形態において、試薬は、配列番号41〜47及び61〜63のアミノ酸配列の少なくとも一種を含む。いくつかの実施形態において、試薬は、配列番号55、21、48、49、40、51〜53及び56〜60のアミノ酸配列の少なくとも一種に結合する。いくつかの実施形態において、試薬は、GCC、B7−H4、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、IL13Rα、her−2、CD19、CD20、CD22、CD123、NY−ESO−1、HIV−I Gag、Lewis Y、Mart−I、gp100、チロシナーゼ、WT−I、h TERI、MUC16、メソテリン、MIC−A、MIC−B、エストロゲン、プロゲステロン、RON、又はULBP/RAETlファミリーの1又は複数のメンバーの少なくとも一種を含む。いくつかの実施形態において、CARの共刺激分子は、CD27、CD28、4−1BB、OX40、CD30、CD40、PD−L ICOS、リンパ球機能関連抗原−I(LFA−1)、CD2、CD7、 LIGHT、NKG2C、又はB7−H3の少なくとも一種を含む。いくつかの実施形態において、CARは、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含み、前記細胞内ドメインは、CD3−ζシグナル伝達ドメイン及び共刺激分子のシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態において、試薬は細胞により発現され、試薬の発現は、誘導性発現系により調節される。いくつかの実施形態において、CAR細胞と試薬を発現する細胞とを一緒に培養し、試薬は、前記細胞により発現され、試薬の発現は、誘導性自殺遺伝子発現系により調節される。いくつかの実施形態において、前記細胞は、野生型細胞に比べて同種異系CAR療法に対して低下した免疫原性を有する修飾細胞である。いくつかの実施形態において、試薬は、可溶性抗原であるので、抗原は試薬を発現する細胞から放出される。いくつかの実施形態において、試薬を発現する細胞は、生弱毒化されて複製不全である。いくつかの実施形態において、γ線照射又は化学的不活性化により、試薬を発現する細胞は、生弱毒化されて複製不全である。いくつかの実施形態において、試薬を発現する細胞又は単離される修飾細胞は、被験体の末梢血単核細胞(PBMC)から取得される。いくつかの実施形態において、試薬を発現する細胞は、被験体のT細胞である。いくつかの実施形態において、試薬を発現する細胞は、ワクチンとして作製されるT細胞である。いくつかの実施形態において、試薬を発現する細胞は、弱毒化された腫瘍細胞である。いくつかの実施形態において、CARのスペーサードメインは、配列番号68又は69のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、CARの膜貫通ドメインは、配列番号72又は75のアミノ酸配列を含み、CARのスペーサードメインは、配列番号68のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態は、細胞外ドメイン、スペーサードメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含むCARをコードする単離核酸配列に関する。CARの細胞外ドメインは、腫瘍抗原に結合し、スペーサードメインは、配列番号67又は68のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態は、細胞外ドメイン、スペーサードメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含むCARをコードする単離核酸配列に関する。CARの細胞外ドメインは、腫瘍抗原に結合し、スペーサードメインは、配列番号69のアミノ酸配列を含み、膜貫通ドメインは、配列番号73又は74のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、CARの抗原結合ドメインは抗体、リガンド又はその抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態において、抗原結合断片はFab又はscFvを含む。いくつかの実施形態において、腫瘍抗原は、HER2、CD19、CD20、CD22、κ又は軽鎖、CD30、CD33、CD123、CD38、ROR1、ErbB3/4、EGFR、EGFRvIII、EphA2、FAP、癌胎児性抗原、EGP2、EGP40、メソテリン、TAG72、PSMA、NKG2Dリガンド、B7−H6、IL−13受容体α2、IL−11受容体α、MUC1、MUC16、CA9、GD2、GD3、HMW−MAA、CD171、Lewis Y、G250/CAIX、HLA−AI MAGE A1、HLA−A2 NY−ESO−1、PSC1、葉酸受容体−α、CD44v7/8、8H9、NCAM、VEGF受容体、5T4、胎児性AchR、NKG2Dリガンド、CD44v6、TEM1、又はTEM8を含む。いくつかの実施形態において、CARの細胞内ドメインは、CD27、CD28、4−1BB、OX40、CD30、CD40、PD−1、ICOS、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7−H3、及びそれらのいずれかの組合せからなる群より選択される共刺激分子の細胞内ドメインを含む共刺激シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態において、CARの細胞内ドメインはCD3ζシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態は、前記単離核酸配列を含むベクターに関する。
いくつかの実施形態は、前記単離核酸配列を含む細胞に関する。
いくつかの実施形態は、前記単離核酸配列を含むT細胞集団を含有する組成物に関する。
いくつかの実施形態は、被験体において抗腫瘍免疫応答を刺激する、又は病状を治療するための方法に関する。前記方法は、前記単離核酸配列を含むヒトT細胞集団を含有する医薬組成物の有効量を被験体に投与することを含む。
いくつかの実施形態は、前記単離核酸配列を含む細胞を提供することと、CARの細胞外ドメインが認識する試薬の存在下で細胞を培養することとを含む方法に関する。
いくつかの実施形態は、インビトロでCAR細胞を作製するための方法に関する。前記方法は、細胞を提供することと、いずれかの前記単離核酸配列を細胞に導入することでCAR細胞を得ることと、CARの細胞外ドメインが認識する試薬の存在下でCAR細胞を培養することと、を含む。
いくつかの実施形態は、CARを発現する細胞を濃縮するための方法に関する。前記方法は、細胞を提供することと、いずれかの前記単離核酸配列を細胞に導入することでCARを発現する細胞(CAR細胞)及びCARを発現しない細胞を得ることと、CARの細胞外ドメインに結合する試薬の存在下でCAR細胞を培養することでCARを発現する細胞を濃縮することと、を含む。
いくつかの実施形態において、試薬は、CARの細胞外ドメインのリガンドである。いくつかの実施形態において、試薬は、CARの細胞外ドメインが結合する抗原である。いくつかの実施形態において、試薬は、抗原の細胞外ドメインである。いくつかの実施形態において、抗原は、上皮成長因子受容体(EGFR)、上皮成長因子受容体の変異体III(EGFRvIII)、ヒト上皮成長因子受容体2(HER2)、メソテリン(MSLN)、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、ジシアロガングリオシド2(GD2)、インターロイキン−13Ra2(IL13Rα2)、グリピカン−3(GPC3)、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、L1細胞接着分子(L1−CAM)、癌抗原125(CA125)、分化クラスター133(CD133)、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、癌・精巣抗原1B(CTAG1B)、ムチン1(MUC1)、葉酸受容体α(FR−α)、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、又はCD4である。いくつかの実施形態において、試薬は、CARの細胞外ドメインに結合する抗体である。いくつかの実施形態において、抗体は、ヒトIgG抗体である。いくつかの実施形態において、抗体は、ヒトIgGのFab断片と結合する。いくつかの実施形態において、試薬は、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、又はCD4からの少なくとも一種の細胞外ドメインを含む。いくつかの実施形態において、試薬は、配列番号22及び34のアミノ酸配列の少なくとも一種を含む。いくつかの実施形態において、試薬は、配列番号55、21、48、49、40及び50〜60のアミノ酸配列の少なくとも一種に結合する。いくつかの実施形態において、試薬は、CARを活性化する、及び/又は細胞の共刺激応答を引き起こす。いくつかの実施形態において、抗原を発現する細胞は、NK細胞、T細胞、又はその組合せである。
本発明の内容は、保護を要求する主旨の重要な特徴や必要な特徴を標識することも、保護を要求する主旨の範囲を制限することも意図していない。
図面を参照して具体的な実施形態を説明する。異なる図面において、類似又は同じ項目に同じ符号を付する。
抗原の存在又は不存在下でT細胞を培養する模式図を示し、本開示の実施形態に係る試薬の不存在下での培地を用いる非形質導入T細胞及びCAR T細胞の細胞増幅結果を表すヒストグラムを示す。 抗原の存在又は不存在下で培養されるT細胞の各種パラメーター付の表を示す。 CD19によるCAR T 19細胞活性の維持を表すフローサイトメトリー解析の結果を示す。 CD19によるCAR T細胞の記憶細胞表現型の産生の刺激及び/又は誘導を表すフローサイトメトリー解析の結果を示す。 CD19によるCAR T細胞の記憶細胞表現型の産生の刺激及び/又は誘導を表すフローサイトメトリー解析の結果を示す。解析結果から、CD19により細胞の状態を安定化することができることが分かる。図4の402及び406はそれぞれ、CD19の存在及び不存在下で培養される細胞の細胞片のレベルを示す。図4の404及び408はそれぞれ、CD19の存在及び不存在下で培養される細胞について細胞片の割合を示す。 CD19によりIFNγの放出能を増強できることを表すヒストグラムを示す。 CD19によるCAR T細胞存在の維持を表すフローサイトメトリー解析の結果を示す。 TSHRによるCAR T−TSHR細胞活性の維持を表すフローサイトメトリー解析の結果を示す。 CART−TSHR細胞のΔMFI(平均蛍光強度)を示す。MFIは、細胞集団の平均蛍光をいい、数値として算出する。 TSHRによるCAR T−TSHR細胞活性の維持を表す他のフローサイトメトリー解析の結果を示す。 TSHRの存在及び不存在下で培養されるCAR T−TSHR細胞の細胞形態を示す。 例としてCAR分子及び細胞膜の一部構造の模式図を示す。 CARの各種構築物及びCARを有するT細胞の増幅結果を示す。CARの各種構築物を有するT細胞をそれぞれ所定の時間培養する。1日目及び15日目に培養されるT細胞に対してフローサイトメトリー解析を行い、細胞増幅率を測定する。ヒストグラムではCD19細胞外ドメインのある又はない場合に培養されるCAR T細胞の増幅倍数を示す。 図13に示す4つのグループにおいてCAR T細胞増幅のフローサイトメトリー解析を示す。前記CAR T細胞は、CD19細胞外ドメインのない場合に15日間培養される。 図13に示す4つのグループにおいてCAR T細胞増幅のフローサイトメトリー解析を示す。前記CAR T細胞は、CD19細胞外ドメインのある場合に15日間培養される。 図13に示す4つのグループにおいてCAR T細胞でのCAR発現レベルのフローサイトメトリー解析を示す。前記CAR T細胞は、CD19細胞外ドメインのない場合に15日間培養される。 図13に示す4つのグループにおいてCAR T細胞でのCAR発現レベルのフローサイトメトリー解析を示す。前記CAR T細胞は、CD19細胞外ドメインのある場合に20日間培養される。 CAR T細胞におけるCD4/CD8表現型変化のフローサイトメトリー解析を示す。 CAR T細胞におけるCD4/CD8表現型変化のフローサイトメトリー解析を示す。 図13に示す2つのグループにおいてCAR T細胞でのCAR発現レベルのフローサイトメトリー解析を示す。前記CAR T細胞は、CD19細胞外ドメインのある場合に17日間培養される。 CAR T細胞傷害試験のフローサイトメトリー解析を示す。 CAR T細胞のIFN−g放出のフローサイトメトリー解析を示す。 複数のDNA構築物の模式図を示す。 T細胞傷害作用の蛍光写真を示す。 T細胞傷害作用の蛍光写真を示す。 T細胞傷害作用の蛍光写真を示す。 複数の不死化単一細胞シーケンシング解析のグラフを示す。 複数の不死化単一細胞シーケンシング解析のグラフを示す。 複数の不死化単一細胞シーケンシング解析のグラフを示す。 複数の不死化単一細胞シーケンシング解析のグラフを示す。 複数の不死化単一細胞シーケンシング解析のグラフを示す。 不死化T細胞におけるCAR発現のフローサイトメトリー結果を示す。上の図中の二つの縦座標は、CARの発現を示す。横座標は、CD279(PD1)の発現を示す。左はアイソタイプコントロールであり、右はCAR抗体である。ef1a−TK−IRES−rtTa−TRE−hTERTのDNAを含むベクター及びhCD19 CARをコードするDNAを含むベクターを使用してT細胞を感染させる。培養中、T細胞の成長を刺激するためにCD19ペプチドを加える。細胞CARの発現が82.87%であると認めた。それは、定性的+定量的な結果である。下表にCARのコピー数実験を示す。CAR T細胞においてgDNAの1μgごとに224,1151個のCARコピーが存在することが認められ、それにより発現系におけるhCD19の発現が誘導され、それは定量的な結果である。「dt混合物」とは、ef1a−TK−IRES−rtTA−TRE−hTERTのみで形質導入された、抗CD19 CARをコードするDNAを有さない細胞を含むコントロールのことを指す。 細胞がデュアルスイッチT細胞CD8+モノクローナル細胞(Dox濃度が2μg/mLである)を表すグラフを示す。rTetRは抗CD19 CAR増殖性T細胞の構築に用いられる。そのため、ドキシサイクリン(Dox)を培養物に加えたとき、hTERTが発現される。Doxを加えないとき、hTERTが発現されず、細胞が徐々に死亡する。 二重安全T/CAR T細胞1+/−TK(ガンシクロビル)を表すグラフを示す。 二重安全T/CAR T細胞1+/−TK(ガンシクロビル)を表すフローサイトメトリー解析結果を示す。 二重安全T/CAR T細胞1+/−TK(ガンシクロビル)を表すフローサイトメトリー解析結果を示す。実験細胞:CD8+CZY−1 SDS−T及びNT細胞。TK用法:24時間ごとに一回注射し、成人体内濃度が71.45ng/ml/5000ng/kgである。インビトロ実験濃度勾配:357.2ng/ml、142.9ng/ml、71.45ng/ml、35.725ng/ml、14.28ng/ml、3.6ng/ml。例として、図36には、コントロール及び実験では35.725ng/mlを使用することが示される。200wの50w/mlの細胞密度で出発細胞を培養する。 濃度勾配での培養機能の測定を示し、前記測定にCD8+デュアルスイッチCAR T細胞を示す。 最適培養濃度:50w/ml〜100w/mlを示し、低濃度又は高濃度でデュアルスイッチT細胞の成長を抑制できる。w/mlとはミリリットルごとに1万である。 デュアルスイッチCART細胞傷害試験結果を示す。 細胞傷害分析の結果を示す。 細胞傷害分析の結果を示す。図26及び27は傷害分析の結果(初代t細胞cd3をノックアウトした結果)である。ノックアウトしてCAR及びhTERTをトランスフェクトした後、汎用CARTとする。フローチャート:左の32.17%がcd3ノックアウトcd3細胞であり、左の79.16%も同様である。顕著な1つのピークからシーケンシングピークの図が認められ、ノックアウトされたことが証明される。 ZFNを使用して得られたCD3マイクロビーズで精製されたCD3陰性細胞を示す。精製された後、APC−CD3抗体をCD3陰性細胞に接種し、フローサイトメトリーの結果からノックアウトしたことが分かり、そのうちの99.7%の細胞がCD3−である。そして、デュアルスイッチhTERT及びCARのレンチウィルスコピーによりこれらのCD3陰性細胞をこれらの細胞のゲノムにトランスフェクトさせる。 各種CAR T細胞の生存及び成長を示す。第1グループ(hTert CD19 CAR)において、CD19 CARをコードする核酸配列及びhTERTをコードする核酸配列で健常ドナーからの初代T細胞を形質導入する。第2グループ(CD19 CAR)において、CD19 CARをコードする核酸配列で初代T細胞を形質導入する。hTERTをコードする核酸配列を含むCAR T細胞は長時間生存を示した。これらのCAR T細胞において、CD19 ECDを含む細胞培地で培養された細胞は、CD19 ECDを含まない細胞培地で培養された細胞よりも細胞成長速度が高い。hTERTをコードする核酸配列を含まないCAR T細胞は、CARをコードする核酸配列で形質導入された後の約20日間後に死亡し始める。 異なる条件での各グループのCAR T細胞の細胞成長を示す。A:第1グループ(hTERT+DOX+CD19):ECD CD19及びDoxを含む培地で増殖性CD19 CAR T細胞(hTERT)を培養する。第2グループ(hTERT+DOX):Doxを含むがECD CD19を含まない培地で増殖性CD19 CAR T細胞(hTERT)を培養する。第3グループ(hTERT CD19CAR−Tなし):Dox及びECD CD19を含まない培地でCD19 CAR T細胞を培養する。B:第1グループ:ECD CD19及びDoxを含まない培地でCD19 CAR T細胞(h19CAR)を培養する。第2グループ:Doxを含むがECD CD19を含まない培地でデュアルスイッチ(デュアルスイッチh19CAR+dox)を有する増殖性CD19 CAR T細胞を培養する。第3グループ:Dox及びECD CD19を含む培地でデュアルスイッチ(デュアルスイッチh19CAR+dox+cd19)を有する増殖性CD19 CAR T細胞を培養する。これらの結果から、試薬及び/又は増殖的修飾はインビトロCAR T細胞の長時間維持に寄与することが分かる。 抗TSHR CAR分子のT細胞での発現を表すフローサイトメトリー解析(単一生細胞でゲートされる)を示す。抗TSHR CAR T細胞を構築し、フローサイトメトリーによりCAR分子の発現を検出する。非形質導入T細胞に比べ、CAR分子の発現が観察された。 TSHRのT細胞での過剰発現を表すフローサイトメトリー解析(単一生細胞でゲートされる)を示す。レンチウィルスベクターは抗原過剰発現T細胞(TSHR)の構築に用いられる。TSHR分子のT細胞表面での発現(左はIgG、右は抗TSHR FITC)が観察された。 マウス末梢血中のサイトカイン放出(IL−2)を示す。 マウス末梢血中のサイトカイン放出(IFN−γ)を示す。 マウス末梢血中のサイトカイン放出(IL−4)を示す。
他に定義されない限り、本明細書において使用する全ての技術用語及び科学用語は、本開示が属する当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載されているものと類似又は等価な任意の方法及び材料を、本開示の実施又は試験において使用することができるが、好ましい方法及び材料を記載する。本開示の目的のために、以下の用語を下記に定義する。
冠詞「1つの(a/an)」は、本明細書では、1又は複数の(即ち、少なくとも1つの)該冠詞の文法的目的語を指すために使用される。例として、「ある要素」は、1つの要素又は複数の要素を意味する。
「約」とは、基準分量、レベル、値、数値、頻度、百分率、寸法、サイズ、総量、重量、又は長さに対して20%、15%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、又は1%ほど変動した分量、レベル、値、数値、頻度、百分率、寸法、サイズ、総量、重量又は長さを意味する。
本明細書で使用する「活性化」という用語は、検出可能な細胞増殖を誘導するために十分に刺激された細胞の状態を指す。活性化はまた、誘導されたサイトカイン産生及び検出可能なエフェクター機能に関連し得る。「活性化T細胞」という用語は、とりわけ、細胞***を受けているT細胞を指す。
用語「抗体」は、最も広い意味で使用され、モノクローナル抗体(完全長モノクローナル抗体を含む)、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体(例えば、二重特異性抗体)及び所望の生物学的活性又は機能を示す限り抗体断片を含む。本開示における抗体は、例えば、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、Fv、Fab、及びF(ab)、並びに一本鎖抗体及びヒト化抗体を含むさまざまな形態で存在し得る(Harlowら、1999年、Using Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,NY;Harlowら、1989年、Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor,New York;Houstonら、1988年、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883;Birdら、1988年、Science 242:423-426頁)。
「抗体断片」は、完全長抗体の一部、例えば、抗体の抗原結合領域又は可変領域を指す。抗体断片の他の例には、Fab、Fab’、F(ab’)、及びFv断片;二重抗体;線形抗体;一本鎖抗体分子;並びに抗体断片から形成される多重特異性抗体が含まれる。
「Fv」は、完全な抗原認識部位及び抗原結合部位を含む最小抗体断片である。この断片は、緊密で非共有結合的な、1つの重鎖及び1つの軽鎖可変領域ドメインの二量体からなる。これらの2つのドメインの折りたたみから、抗原結合のためのアミノ酸残基に寄与し、抗原結合特異性を抗体に与える6つの超可変ループ(それぞれH鎖及びL鎖から3ループ)が生じる。しかし、単一の可変ドメイン(又は抗原に特異的な3つの相補性決定領域(CDR)のみを含むFvの半分)であっても抗原を認識して結合する能力を有するが、結合部位全体(二量体)よりも親和性は低い。
本明細書において使用する「抗体重鎖」は、天然に存在する立体配座の全抗体分子中に存在する2つの型のポリペプチド鎖のうち大きい方を指す。本明細書において使用する「抗体軽鎖」は、天然に存在する立体配座の全抗体分子中に存在する2つの型のポリペプチド鎖のうち小さい方を指す。κ及びλ軽鎖は、2つの主要な抗体軽鎖アイソタイプを指す。
「合成抗体」という用語は、例えば、バクテリオファージによって発現される抗体のような、組換えDNA技術を用いて作製される抗体を意味する。この用語はまた、抗体をコードするDNA分子を合成して発現することで得られる抗体、又は抗体をコードするアミノ酸を得て作製される抗体を含む。利用可能であって本分野において周知である技術を用いて合成DNAを得る。
「抗原」という用語は、抗体産生若しくは特異的な免疫学的コンピテント細胞の活性化、又はその両方に関与できる、免疫応答を誘発する分子として定義される。抗原は、すべてのタンパク質又はペプチドを含む任意の高分子、或いは、組換えDNA又はゲノムDNAに由来する分子を含む。例えば、免疫応答を誘発するタンパク質又はペプチドをコードするヌクレオチド配列又は部分ヌクレオチド配列を含むDNAが、それ故に、本明細書において使用する用語「抗原」をコードする。抗原は、遺伝子の完全長ヌクレオチド配列によってのみコードされる必要はない。抗原は、組織試料、腫瘍試料、細胞又は生物学的液体を含む生体試料から生成、合成又は誘導することができる。
本明細書において使用する「抗腫瘍作用」という用語は、腫瘍体積の減少、腫瘍細胞の数の減少、転移の数の減少、腫瘍細胞増殖の減少、腫瘍細胞生存の減少、腫瘍細胞を有する被験体の期待余命の延長又は癌状態に関連する様々な生理学的症状の改善に関連する生物学的作用を指す。「抗腫瘍作用」はまず、腫瘍発生の予防において本開示のペプチド、ポリヌクレオチド、細胞及び抗体の能力によっても明らかにされ得る。
用語「自己抗原」は、免疫系によって誤って外来であると認識された抗原を指す。自己抗原には、細胞タンパク質、リンタンパク質、細胞表面タンパク質、細胞脂質、核酸、糖タンパク質(細胞表面受容体を含む)が含まれる。
「自己」という用語は、後に被験体に再導入される、同じ被験体に由来する材料を説明するために用いられる。
「同種異系」という用語は、同じ種の異なる被験体に由来する移植片を表すために使用される。例として、ドナー被験体は、相関でも非相関でも、レセプター被験体でもよいが、レセプター被験体と類似する免疫系マーカーを有する。
「異種性」という用語は、異なる種の被験体由来の移植片を説明するために用いられる。例として、ドナー被験体とレセプター被験体は、異なる種に由来し、遺伝学的及び免疫学的不和合であってもよい。
「癌」という用語は、異常細胞の迅速且つ制御されない増殖によって特徴付けられる疾患として定義される。癌細胞は、局所的に、又は血流及びリンパ系を通じて体の他の部分に広がることができる。様々な癌の例としては、乳癌、前立腺癌、卵巣癌、子宮頸癌、皮膚癌、膵臓癌、結腸直腸癌、腎臓癌、肝臓癌、脳癌、リンパ腫、白血病、肺癌等が含まれる。
本明細書を通じて、文脈が他の意味を要求しない限り、「含む(comprise)」、「含む(includes)」、及び「含む(including)」という用語は、記載された工程もしくは要素、又は工程もしくは要素の群を含むが、任意の他の工程もしくは要素又は工程もしくは要素の群を排除しないことを意味すると理解されるものとする。
「・・からなる」という用語は、「・・からなる」という語句に続く全てのものを含み、これに限定されることを意味する。従って、「・・からなる」という用語は、列挙された要素が必要又は必須であり、他の要素が存在してはいけないことを示す。
「実質的に・・からなる」という用語は、その語句の後に列挙される任意の要素を含み、列挙された要素に関して本開示において特定された活性若しくは作用に干渉しないか、又は寄与する他の要素を含んでもよいことを意味する。従って、「実質的に・・からなる」という用語は、列挙された要素が必要又は必須であるが、他の要素は任意選択であり、列挙された要素の活性若しくは作用に影響を及ぼすか否かに依存して存在しても、又は存在しなくてもよいことを表す。
「相補的」及び「相補性」という用語は、塩基対形成規則により関連するポリヌクレオチド(即ち、ヌクレオチドの配列)を指す。例えば、配列「A-G-T」は、配列「T-C-A」に相補的である。相補性は、核酸の塩基の一部のみが塩基対形成規則に従って一致する「部分的」なものであってもよい。あるいは、核酸間に「完全な」又は「全体的な」相補性が存在してもよい。核酸鎖間の相補性の程度は、核酸鎖間のハイブリダイゼーションの効率及び強度に有意な効果を有する。
「に対応する(corresponds to)」又は「に対応している(corresponding to)」という用語は、(a)参照ポリヌクレオチド配列の全部若しくは一部と実質的に同一若しくは相補的であるヌクレオチド配列を有するか、又はペプチド若しくはタンパク質中のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド、あるいは(b)参照ペプチド又はタンパク質中のアミノ酸配列と実質的に同一であるアミノ酸配列を有するペプチド又はポリペプチドを意味する。
「共刺激リガンド」という用語は、T細胞上の同族共刺激分子に特異的に結合し、それによって、例えば、TCR/CD3複合体とペプチドが負荷されたMHC分子との結合によって提供される一次シグナルに加えて、増殖、活性化、分化及び他の細胞応答の少なくとも一種を含むT細胞応答を媒介するシグナルを提供する、抗原提示細胞(例えば、APC、樹状細胞、B細胞など)上の分子を指す。共刺激リガンドとしては、B7−1(CD80)、B7−2(CD86)、PD−L1、PD−L2、4−1BBL、OX40L、誘導性共刺激リガンド(ICOS−L)、細胞間接着分子(ICAM)、CD30L、CD40、CD70、CD83、HLA−G、MICA、MICB、HVEM、リンホトキシンβ受容体、3/TR6、ILT3、ILT4、HVEM、CD7のリガンド、Tollリガンド受容体に結合するアゴニスト又は抗体、及びB7−H3と特異的に結合するリガンドが含まれてもよい。共刺激リガンドは、とりわけ、T細胞上に存在する共刺激分子、例えば、CD27、CD28、4−1BB、OX40、CD30、CD40、PD−1、ICOS、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7−H3、及びCD83と特異的に結合するリガンドと特異的に結合するアゴニスト又は抗体も包含する。
「共刺激分子」という用語は、共刺激リガンドと特異的に結合して、それによって増殖等のT細胞による共刺激応答を媒介するT細胞上の同族結合パートナーを指す。共刺激分子には、MHCクラスI分子、BTLA、及びToll様受容体が含まれる。
「共刺激シグナル」という用語は、TCR/CD3ライゲーション等の一次シグナルと組み合わせて、T細胞増殖及び/又は主要分子の上方制御又は下方制御を導くシグナルを指す。「疾患」及び「状態」という用語は互換的に使用することができ、又は特定の病症若しくは状態が既知の原因物質を有さず(よって、病因が未だ解明されておらず)、従って、未だ疾患として認識されていないが、望ましくない状態又は症候群としてのみ認識され、多かれ少なかれ特異的な症状のセットが臨床医によって同定されているという点で異なっていてもよい。「疾患」という用語は、被験体が恒常性を維持できず、疾患が改善されない場合、被験体の健康が悪化し続ける被験体の健康状態である。対照的に、被験体における「障害」は、動物が恒常性を維持できるが、その動物の健康状態は、障害のない場合よりも好ましくない健康状態である。未治療のまま放置しても、障害が必ずしも動物の健康状態を更に低下させるとは限らない。
「有効な」という用語は、所望の、期待された、又は意図された結果を達成するのに適切であることを意味する。例えば、治療背景における「有効量」は、治療的又は予防的な利益を生じるのに十分な化合物の量であり得る。
「コードする」という用語は、所定のヌクレオチド配列(即ち、rRNA、tRNA、及びmRNA)又は所定のアミノ酸配列のいずれかを有する、生物学的プロセス中の他のポリマー及び巨大分子の合成のための鋳型として機能するポリヌクレオチド中の特定のヌクレオチド配列、例えば、遺伝子、cDNA又はmRNAの固有な特性並びにそれから生じる生物学的特性を指す。従って、その遺伝子に対応するmRNAの転写及び翻訳が、細胞又は他の生物学的系においてタンパク質を産生する場合、前記遺伝子は前記タンパク質をコードする。ヌクレオチド配列がmRNA配列と同じであり(「T」の代わりに「U」を使用することを除く)、通常は配列リストに提供されるコード鎖及び遺伝子又はcDNAの転写の鋳型として使用される非コード鎖の両方が、タンパク質又はその遺伝子もしくはcDNAの他の産物をコードすると言うことができる。
「外因性」という用語は、野生型細胞又は生物において天然に存在しないが、通常分子生物学的技術によって細胞に導入される分子を指す。外因性ポリヌクレオチドの例には、所望のタンパク質をコードするベクター、プラスミド及び/又は人工核酸構築物が含まれる。ポリヌクレオチド及びタンパク質に関して、「内因性」又は「天然」という用語は、所与の野生型細胞又は生物に見出すことができる天然に存在するポリヌクレオチド又はアミノ酸配列を指す。また、第1の生物から単離され、分子生物学的技術によって第2の生物に移入される特定のポリヌクレオチド配列は、通常、第2の生物に対して「外因性」ポリヌクレオチド又はアミノ酸配列とみなされる。具体的な実施形態において、ポリヌクレオチド配列は、分子生物学的技術によって、そのようなポリヌクレオチド配列を既に含む微生物に「導入」することができ、例えば、もともと天然に存在するポリヌクレオチド配列の1又は複数の別のコピーを作製し、それによってコードされたポリペプチドの過剰発現を促進することができる。
「発現」という用語は、そのプロモータによって駆動される特定のヌクレオチド配列の転写及び/又は翻訳を指す。
「発現ベクター」という用語は、発現されるヌクレオチド配列に動作可能に連結された発現制御配列を含む組換えポリヌクレオチドを含むベクターを指す。発現ベクターは、発現のための十分なシス作用性要素を含み、発現のための他の要素は、宿主細胞によって、又はインビトロ発現系において供給され得る。発現ベクターには、組換えポリヌクレオチドを組み込んだコスミド、プラスミド(例えば、裸の又はリポソームに含まれる)、及びウィルス(例えば、レンチウィルス、レトロウィルス、アデノウィルス、及びアデノ随伴ウィルス)等、本分野で知られているもの全てが含まれる。
「相同の」(homologous)という用語は、2つのポリペプチド間又は2つのポリヌクレオチド間の配列類似性又は配列同一性を指す。2つの比較される配列の両方のある位置が同じ塩基又はアミノ酸モノマーサブユニットによって占有される場合(例えば、2つのDNA分子のそれぞれの位置がアデニンによって占有される場合)、この分子はその位置において相同である。2つの配列間の相同性パーセンテージは、2つの配列によって共有される一致数又は相同位置数を、比較した位置の数で割って100を掛けた関数である。例えば、2つの配列中の10の位置のうち6が一致又は相同である場合、2つの配列は60%相同である。例として、DNA配列ATTGCC及びTATGGCは、50%の相同性を共有する。2つの配列が最大の相同性を与えるように整列された場合に比較が行われる。
「免疫グロブリン」又は「Ig」という用語は、抗体として機能するタンパク質のクラスを指す。このクラスのタンパク質に含まれる5つのメンバーは、IgA、IgG、IgM、IgD、及びIgEである。IgAは、唾液、涙、母乳、胃腸分泌物等の身体分泌物並びに呼吸器及び泌尿生殖路の粘液分泌物に存在する一次抗体である。IgGは最も一般的な循環抗体である。IgMは、ほとんどの被験体において、一次免疫応答において産生される主要な免疫グロブリンである。それは、凝集、補体固定、及び他の抗体応答において最も効率的な免疫グロブリンであり、細菌及びウィルスに対する防御において重要である。IgDは、既知の抗体機能を有さないが、抗原受容体として機能し得る免疫グロブリンである。IgEは、アレルゲンへの暴露時に肥満細胞及び好塩基球からメディエーターを放出させることにより、即時過敏症を媒介する免疫グロブリンである。
「単離」という用語は、天然の状態で通常それに付随する成分を実質的に又は本質的に含まない材料を意味する。前記材料は、タンパク質又は核酸のような細胞又は高分子であってもよい。例えば、本明細書において使用する「単離ポリヌクレオチド」は、天然に存在する状態でそれに隣接する配列から精製されたポリヌクレオチド、例えば、通常は断片に隣接する配列から取り外されたDNA断片を指す。あるいは、本明細書において使用する「単離ペプチド」又は「単離ポリペプチド」等は、その天然の細胞環境及び細胞の他の関連要素からのペプチド又はポリペプチド分子のインビトロ単離及び/又は精製を指す。
「実質的に精製される」という用語は、天然状態で通常それと会合している成分を実質的に含まない材料を意味する。例えば、実質的に精製された細胞は、天然に存在する状態又は天然状態で通常会合している他の細胞型から単離された細胞である。場合によっては、実質的に精製された細胞の集団とは、均質な細胞集団を意味する。別の場合には、この用語は、それらが天然状態で自然に会合している細胞から単離された細胞を単に指す。いくつかの実施形態において、細胞はインビトロで培養される。他の実施形態において、細胞はインビトロで培養されない。
本開示の文脈において、一般的に存在する核酸塩基に関して以下の略語を使用する。「A」はアデノシンを示し、「C」はシトシンを示し、「G」はグアノシンを示し、「T」はチミジンを示し、「U」はウリジンを示す。
他に特定されない限り、「アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列」は、互いに縮重したバージョンであり、同じアミノ酸配列をコードする全てのヌクレオチド配列を含む。タンパク質又はRNAをコードするヌクレオチド配列という語句はまた、タンパク質をコードするヌクレオチド配列が同じバージョンで1又は複数のイントロンを含み得る範囲でイントロンを含むことができる。
「レンチウィルス」という用語は、レトロウィルス科の属を指す。レンチウィルスは、非***細胞を感染することができるレトロウィルス間で独特であり、宿主細胞のDNAに相当量の遺伝情報を送達することができるので、遺伝子送達ベクターの最も効率的な方法の1つである。HIV、SIV、及びFIVは、全てレンチウィルスの例である。レンチウィルス由来のベクターは、インビボで有意なレベルの遺伝子移入を達成する手段を提供する。
「調節する」という用語は、治療又は化合物が存在しない被験体における応答のレベルと比較した、及び/又は他の点では同一であるが治療されていない被験体における応答のレベルと比較した、被験体における応答のレベルの検出可能な増加又は減少を媒介することを意味する。この用語は、天然のシグナル又は応答を混乱させ、及び/又は影響を及ぼし、それにより、被験体、好ましくはヒトにおいて有益な治療応答を媒介することを包含する。
核酸は、別の核酸配列と機能的関係に置かれた場合、「動作可能に連結される」。例えば、プレ配列又は分泌リーダー配列のためのDNAは、ポリペプチドの分泌に関与するプレタンパク質として発現される場合、ポリペプチドのDNAに動作可能に連結され、プロモータ又はエンハンサーは、その配列の転写に影響を及ぼす場合にはコード配列に動作可能に連結され、或いは、リボソーム結合部位は、翻訳を容易にするように配置される場合、コード配列に動作可能に連結される。
「転写制御下」という用語は、プロモータが、RNAポリメラーゼによる転写の開始及びポリヌクレオチドの発現を制御するためにポリヌクレオチドに動作可能に連結され、ポリヌクレオチドに対して正しい位置及び方向にあることを意味する。
「過剰発現」腫瘍抗原又は腫瘍抗原の「過剰発現」という用語は、患者の特定の組織又は器官内の疾患領域(例えば固形腫瘍)由来の細胞における、その組織又は器官からの正常細胞における発現レベルと比較して、異常な発現レベルの腫瘍抗原の発現を示すことを意図している。腫瘍抗原の過剰発現を特徴とする固形腫瘍又は血液悪性腫瘍に罹患した患者は、本分野で公知の標準的なアッセイによって決定することができる。
免疫原性組成物の「非経口」投与には、例えば、皮下(s.c.)、静脈内(i.v.)、筋肉内(i.m.)、又は胸骨内の注射若しくは注入技術が含まれる。
「患者」、「被験体」及び「個体」等の用語は本明細書において互換的に使用され、本明細書に記載の方法を受けることができる任意のヒト、動物又は生体を指す。特定の非限定的な実施形態において、患者、被験体又は個体はヒト又は動物である。いくつかの実施形態において、用語「被験体」は、免疫応答が誘発され得る生体(例えば、哺乳動物)を含むことが意図される。被験体の例には、ヒトや動物、例えばイヌ、ネコ、マウス、ラット及びそれらのトランスジェニック種が含まれる。
治療の必要がある、又はそれを必要とする被験体は、治療の必要がある疾患、病状又は障害に罹患した被験体を含む。それを必要とする被験体は、疾患、病状又は障害を予防するために治療を必要とする被験体をさらに含む。
「ポリヌクレオチド」又は「核酸」という用語は、mRNA、RNA、cRNA、rRNA、cDNA、又はDNAを指す。この用語は、通常、少なくとも10塩基長のポリマー型ヌクレオチドの、リボヌクレオチド若しくはデオキシヌクレオチドのいずれか、又はいずれかのタイプのヌクレオチドの改変型のいずれかを指す。この用語は、あらゆる形態の核酸を含み、一本鎖及び二本鎖形態の核酸を含む。
「ポリヌクレオチド変異体」及び「変異体」等という用語は、参照ポリヌクレオチド配列と実質的な配列同一性を示すポリヌクレオチド、又は以下に定義される厳格な条件で参照配列とハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドを指す。これらの用語はまた、少なくとも1つのヌクレオチドの付加、欠失又は置換によって参照ポリヌクレオチドと区別されるポリヌクレオチドを包含する。従って、用語「ポリヌクレオチド変異体」及び「変異体」には、1又は複数のヌクレオチドが付加又は欠失しているか、又は異なるヌクレオチドで置換されているポリヌクレオチドが含まれる。これに関して、変異、付加、欠失及び置換を含む特定の改変を参照ポリヌクレオチドに対して行い、改変されたポリヌクレオチドが参照ポリヌクレオチドの生物学的機能又は活性を保持するか、又は参照ポリヌクレオチドと比較して活性を増加(即ち、最適化)させることが可能であることは当該分野において周知のことである。ポリヌクレオチド変異体には、例えば、本明細書に記載の参照ポリヌクレオチド配列と、少なくとも50%(及び少なくとも51%〜少なくとも99%及びその間の全ての整数百分率、例えば90%、95%又は98%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドが含まれる。「ポリヌクレオチド変異体」及び「変異体」という用語はまた、天然の対立遺伝子変異体及びオルソログも含む。
「ポリペプチド」、「ポリペプチド断片」、「ペプチド」及び「タンパク質」は、本明細書において互換的に使用され、アミノ酸残基のポリマー並びにそれらの変異体及び合成類似体を指す。従って、これらの用語は、1又は複数のアミノ酸残基が合成の非天然アミノ酸、例えば、対応する天然アミノ酸の化学的類似体であるアミノ酸ポリマー、並びに天然に存在するアミノ酸ポリマーに適用される。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、通常様々な化学反応を触媒する(即ち、その速度を増加させる)酵素ポリペプチド又は「酵素」を含み得る。
「ポリペプチド変異体」という用語は、少なくとも1つのアミノ酸残基の付加、欠失又は置換によって参照ポリペプチド配列と区別されるポリペプチドを指す。特定の実施形態において、ポリペプチド変異体は、保存的又は非保存的であり得る1又は複数の置換によって参照ポリペプチドと区別される。特定の実施形態において、ポリペプチド変異体は保存的置換を含み、この点で、ポリペプチドの活性の性質を変化させることなく、いくつかのアミノ酸を広く類似の性質を有する他のものに変更できることが本分野において周知のことである。ポリペプチド変異体はまた、1又は複数のアミノ酸が付加若しくは欠失しているか、又は異なるアミノ酸残基で置換されたポリペプチドを包含する。
「プロモータ」という用語は、ポリヌクレオチド配列の特異的転写の開始に必要とされる、細胞の合成機構又は導入された合成機構によって認識されるDNA配列を指す。「発現制御配列」という用語は、特定の宿主生物において動作可能に連結されたコード配列の発現に必要なDNA配列を指す。原核生物に適した制御配列は、例えば、プロモータ、場合によりオペレーター配列及びリボソーム結合部位を含む。真核細胞は、プロモータ、ポリアデニル化シグナル及びエンハンサーを利用することが知られている。
「結合する(bind)」、「結合する(binds)」、又は「・・・と相互作用する」という用語は、1つの分子が、試料又は生物中の特定の第2分子を認識するして付着するが、試料中の他の構造的に無関係の分子は実質的に認識又は付着しないことを意味する。抗体に関して本明細書において使用する「特異的に結合する」という用語は、特異的抗原を認識するが試料中の他の分子を実質的に認識又は結合しない抗体を意味する。例えば、1つの種由来の抗原に特異的に結合する抗体はまた、1又は複数の種由来のその抗原に結合してもよい。しかし、そのような異種間反応性は、それ自体は特異的な抗体の分類を変更するものではない。別の例において、抗原に特異的に結合する抗体は、異なる対立遺伝子型の抗原に結合してもよい。しかし、そのような交差反応性は、それ自体は特異的な抗体の分類を変更するものではない。場合によっては、「特異的な結合(specific binding)」又は「特異的に結合(specifically binding)」という用語は、抗体、タンパク質又はペプチドと、第2の化学種との相互作用に関して使用され、この相互作用が前記化学種の特定の構造(例えば、抗原決定基又はエピトープ)の存在に依存すること、例えば、抗体が特定のタンパク質構造を他の任意のタンパク質より認識し、結合することを意味する。抗体がエピトープ「A」に特異的である場合、標識された「A」と抗体とを含む反応においてエピトープA(又は遊離の非標識A)を含む分子の存在は、抗体に結合される標識されたAの量を減少させる。
「統計的に有意な」とは、結果が偶然に発生した可能性が低いことを意味する。統計学的有意性は、本分野で公知の任意の方法によって決定することができる。有意性の一般的に使用される尺度には、帰無仮説が当てはまる場合、観察される事象が起こる頻度又は確率であるp値が含まれる。得られたp値が有意水準よりも小さい場合、帰無仮説は棄却される。単純な場合、有意水準はp値0.05以下で定義される。「低減した」又は「減少した」又は「より少ない」量は、通常「統計的に有意な」又は生理的に有意な量であり、約1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、6、7、8、9、10、15、20、30、40若しくは50倍又はそれ以上(例えば、100、500、1000倍)(1より大きい全ての整数及びその間の小数点、例えば1.5、1.6、1.7、1.8等を含む)の本明細書に記載された量又はレベルの減少量を含み得る。
「刺激」という用語は、刺激分子(例えば、TCR/CD3複合体)とその同族リガンドとの結合、その結果のTCR/CD3複合体を介したシグナル伝達等のシグナル伝達事象の媒介によって誘導される一次応答を意味する。刺激は、TGF−βの下方制御及び/又は細胞骨格構造の再編成等の、特定の分子の発現変化を媒介することができる。
「刺激分子」という用語は、抗原提示細胞に存在する同族刺激リガンドと特異的に結合するT細胞上の分子を指す。例えば、刺激分子由来の機能的シグナル伝達ドメインは、T細胞受容体複合体と結合するζ鎖である。
「刺激リガンド」という用語は、抗原提示細胞(例えば、APC、樹状細胞、B細胞等)に存在する場合、T細胞の同族結合パートナー(本明細書において、「刺激分子」と称される)と特異的に結合し、それにより活性化、免疫応答の開始、増殖及び類似過程を含むT細胞による一次応答を媒介することができるリガンドを指す。刺激リガンドは、本分野において周知であり、とりわけ、ペプチドが負荷されたMHCクラスI分子、抗CD3抗体、スーパーアゴニスト抗CD28抗体、及びスーパーアゴニスト抗CD2抗体を包含する。
「治療用」という用語は、治療及び/又は予防を意味する。治療効果は、疾患状態の抑制、寛解又は根絶、或いは疾患状態の症状の軽減によって得られる。
「治療有効量」という用語は、研究者、獣医、医師又は他の臨床医が求める組織、系又は被験体の生物学的又は医学的応答を誘発する本発明の化合物の量を指す。「治療有効量」という用語は、投与されると、治療される障害又は疾患の1又は複数の徴候又は症状の発症を予防するか、或いはある程度緩和するのに十分な化合物の量を含む。治療有効量は、化合物、疾患及びその重症度並びに治療される被験体の年齢、体重等に応じて変化する。
「疾患を治療する」という用語は、被験体が経験する疾患又は障害の少なくとも1つの徴候又は症状の頻度又は重症度を低減させることを意味する。
「トランスフェクトされた」又は「形質転換された」又は「形質導入された」という用語は、外因性核酸が宿主細胞に移入又は導入されるプロセスを指す。「トランスフェクトされた」、「形質転換された」又は「形質導入された」細胞は、外因性核酸によりトランスフェクト、形質転換又は形質導入された細胞である。前記細胞は、初代被験体細胞及びその子孫を含む。
「ベクター」は、単離核酸を含み、単離核酸を細胞の内部に送達するために使用できるポリヌクレオチドである。線形ポリヌクレオチド、イオン性又は両親媒性化合物に関連するポリヌクレオチド、プラスミド及びウィルスを含む多くのベクターが本分野において公知である。従って、「ベクター」という用語は、自律的に複製するプラスミド又はウィルスを含む。この用語はまた、細胞への核酸の移入を促進する非プラスミド性及び非ウィルス性化合物、例えばポリリジン化合物、リポソーム等を含む。ウィルスベクターの例としては、アデノウィルスベクター、アデノ随伴ウィルスベクター、レトロウィルスベクター等が含まれる。例えば、レンチウィルスは複雑なレトロウィルスであり、一般的なレトロウィルス遺伝子gag、pol、及びenvに加えて、調節機能又は構造機能を有する他の遺伝子を含む。レンチウィルスベクターは、本分野において周知である。レンチウィルスのいくつかの例には、ヒト免疫不全ウィルス:HIV−1、HIV−2、及びシミアン免疫不全ウィルス:SIVが含まれる。レンチウィルスベクターは、HIV毒性遺伝子を多重に弱毒化することによって生成されており、例えば遺伝子env、vif、vpr、vpu、及びnefが欠失しており、ベクターを生物学的に安全にしている。
範囲:本開示を通じて、この開示のさまざまな態様を範囲形式で提示することができる。範囲の形式での記述は、単に便宜上及び簡潔さのためのものであり、本開示の範囲に対する柔軟性のない限定として解釈されるべきではないことを理解されたい。従って、範囲の記載は、その範囲内の全ての可能な部分範囲及び個々の数値を具体的に開示したものとみなされるべきである。例えば、1〜6のような範囲の記載は、具体的に開示した部分範囲、例えば、1〜3、1〜4、1〜5、2〜4、2〜6、3〜6など、ならびにその範囲内の個々の数値、例えば1、2、2.7、3、4、5、5.3、及び6を有するとみなすべきである。このことは、範囲の幅に関係なく適用される。
本開示は、単離核酸配列、当該単離核酸配列を含むベクター、修飾細胞及びこれらの細胞を用いて癌を治療する方法に関する。
本開示はいくつかの側面において、試薬を用いてインビトロでCAR細胞を培養することで、CAR細胞の効果及び/又はCAR細胞の作製効率を増強し、CAR細胞の長時間インビトロ保持を実現することができる、及び/又はCAR T細胞が記憶T細胞表現型を生じることを誘導することができるという驚くべき発見に関する。これらの場合、CAR細胞により発現されたCARは、試薬を認識及び/又は結合する。いくつかの実施形態において、前記試薬は、CARの細胞外成分と結合する、及び/又はCARのシグナル伝達経路を活性化させることによりCARを発現するT細胞を刺激する調節化合物である。例えば、調節化合物は、T細胞のCARと結合し、活性化、免疫応答の開始及び/又は増殖を含むT細胞応答を媒介することができる。
本開示はいくつかの側面において、数回増殖可能な修飾されたT細胞/CAR T細胞(即ち、増殖性細胞又は長寿細胞)に関する。このような増殖性細胞は、細胞治療機能のような、正常T細胞/CAR T細胞の機能を保持している。いくつかの実施形態において、デュアルスイッチを設計することで増殖性T細胞/CAR T細胞の成長を調節することができる。本明細書に係る実施形態は、一つ又は二つの制御スイッチを含む機構を設計する。第1のスイッチは、rtTA−TRE−hTERT/SV40LTを含む。rtTA−TREは、真核細胞により誘導される調節遺伝子の発現である。テトラサイクリンを加えてhTERT(ヒトテロメラーゼ逆転写酵素)又はSV40LT(SV40大型T抗原)の発現を誘導することで、不死化表現型を生じさせることができる。第2の調節スイッチは、EF1a−TKである。TK遺伝子は自殺遺伝子である。ガンシクロビルを加えた場合、当該試薬により自殺遺伝子を機能させて細胞自体を死亡させるように調節する。いくつかの実施形態において、一つ又は二つの制御スイッチを有するCAR T細胞により、CAR T細胞は、より長時間生存し関連する生物学的機能を保持するとともに、有効性と安全性を維持することができるようになる。そして、レンチウィルス以外に、本発明に含まれる様々な他の方法、例えば、ゲノムを別のゲノムに挿入するノックイン方法及び他のベクター(例えば、レトロウィルスベクター)の使用によりT細胞を生じることができる。
本開示の実施形態は、キメラ抗原受容体(CAR)細胞を用いて病状を治療するための組成物及び方法に関する。「キメラ抗原受容体」、又は、代替的に、「CAR」という用語は、少なくとも細胞外抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、細胞質ドメイン)を含む組換えポリペプチド構築物を指す。いくつかの実施形態において、CARポリペプチド構築物におけるドメインは、同一のポリペプチド鎖に存在し(例えば、キメラ融合タンパク質を含む)、又はそれら同士が連続していない(例えば、異なるポリペプチド鎖に存在する)。
いくつかの実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、上述した刺激分子及び/又は共刺激分子に由来する機能的シグナル伝達ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメイン(例えば、CD3−ζの一次シグナル伝達ドメイン)に由来する機能的シグナル伝達ドメインを含む。別の実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、少なくとも一種の共刺激分子に由来する1又は複数の機能的シグナル伝達ドメインをさらに含む。共刺激シグナル伝達ドメインは、共刺激分子の細胞内ドメインを含むCARの一部を指す。共刺激分子は、抗原に対するリンパ球の効率的な応答に必要とされる抗原受容体又はそのリガンド以外の細胞表面分子である。
CARの細胞外ドメインと膜貫通ドメインとの間にスペーサードメイン(即ち、ヒンジドメイン)が組み込まれていてもよい。本明細書において使用する場合、用語「スペーサードメイン」は、膜貫通ドメインを、ポリペプチド鎖中の細胞外ドメイン又は細胞質ドメインのいずれかに連結するように機能する任意のオリゴペプチド又はポリペプチドを意味する。スペーサードメインは、300アミノ酸まで、好ましくは10〜100アミノ酸、最も好ましくは25〜50アミノ酸を含むことができる。
CARの細胞外ドメインは、特定の腫瘍マーカー(例えば、腫瘍抗原)を標的とする抗原結合ドメイン(例えば、scFv、単一ドメイン抗体又はTCR(例えば、TCRα結合ドメイン又はTCRβ結合ドメイン))を含んでもよい。腫瘍抗原は、免疫応答、特にT細胞媒介免疫応答を誘発する、腫瘍細胞によって産生されるタンパク質である。腫瘍抗原は本分野において周知であり、例えば、神経膠腫関連抗原、癌胎児性抗原(CEA)、β-ヒト絨毛性ゴナドトロピン、アルファフェトプロテイン(AFP)、レクチン反応性AFP、チログロブリン、RAGE−1、MN−CA IX、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、RU1、RU2(AS)、腸管カルボキシルエステラーゼ、mut hsp70−2、M−CSF、プロスターゼ(prostase)、前立腺特異抗原(PSA)、PAP、NY−ESO−1、LAGE−1a、p53、プロステイン(prostein)、PSMA、Her2/neu、サバイビン及びテロメラーゼ、前立腺癌腫瘍抗原−1(PCTA−1)、MAGE、ELF2M、好中球エラスターゼ、エフリンB2、CD22、インスリン成長因子(IGF)−I、IGF−II、IGF−I受容体、並びにメソテリンを含む。例えば、腫瘍抗原がCD19である場合、そのCARがCD19 CARと称され、対応するCAR細胞がCD19 CAR細胞(例えば、CD19 CAR T細胞)と称される。
いくつかの実施形態において、細胞外リガンド結合ドメインは、フレキシブルリンカーによって接続された標的抗原特異的モノクローナル抗体の軽鎖可変(V)領域及び重鎖可変(V)領域を含むscFvを包含する。短リンカーペプチドを用いて軽鎖可変領域及び/又は重鎖可変領域を連結することで一本鎖可変領域断片を作製する(Birdら、Science 242:423-426,1988)。リンカーペプチドの例として、1つの可変領域のカルボキシル末端ともう1つの可変領域のアミノ末端との間を約3.5nmブリッジする、アミノ酸配列(GGGGS)(配列番号76)を有するGSリンカーがある。他の配列のリンカーが既に設計されて使用されている(Birdら、1988、上記と同様)。通常、リンカーは、短いフレキシブルポリペプチドであってもよく、好ましくは約20以下のアミノ酸残基を含む。逆に、リンカーに対しては、修飾を実施することにより別の機能、例えば、薬物の付着や固体支持体への付着を実現することができる。一本鎖変異体は、組換え又は合成により産生される。scFvの合成産生には、自動合成機を用いてもよい。scFvの組換え産生には、scFvをコードするポリヌクレオチドを含む適切なプラスミドを適切な宿主細胞に導入してもよく、前記宿主細胞は、酵母、植物、昆虫又は哺乳動物細胞などの真核生物でも、大腸菌などの原核生物でもよい。目的とするscFvをコードするポリヌクレオチドは、通常の操作、例えばポリヌクレオチドの連結により作製される。得られたscFvは、本分野において既知の標準タンパク質精製技術により単離される。
いくつかの実施形態において、腫瘍抗原は、HER2、CD19、CD20、CD22、κ又は軽鎖、CD30、CD33、CD123、CD38、ROR1、ErbB3/4、EGFR、EGFRvIII、EphA2、FAP、癌胎児性抗原、EGP2、EGP40、メソテリン、TAG72、PSMA、NKG2Dリガンド、B7−H6、IL−13受容体α2、IL−11受容体α、MUC1、MUC16、CA9、GD2、GD3、HMW−MAA、CD171、Lewis Y、G250/CAIX、HLA−AI MAGE A1、HLA−A2 NY−ESO−1、PSC1、葉酸受容体−α、CD44v7/8、8H9、NCAM、VEGF受容体、5T4、胎児性AchR、NKG2Dリガンド、CD44v6、TEM1、TEM8、又は腫瘍により発現されるウィルス関連抗原を含む。いくつかの実施形態において、CARの結合要素は、その相同抗原と結合するときに、成長できなくなるように、若しくは、死亡又は減少が促進されるように、腫瘍細胞に影響を及ぼす、任意の抗原結合部分を含んでもよい。
いくつかの実施形態は、遺伝子修飾された細胞に関する。いくつかの実施形態において、修飾細胞は、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸又はその組合せを含んでもよい。特定の実施形態において、修飾細胞は、hTERTをコードする第1の核酸配列及び/又はSV40LTをコードする第2の核酸配列を含んでもよい。例えば、hTERTをコードする核酸配列が配列番号6の配列を有し、かつSV40LTをコードする核酸配列が配列番号7の配列を有する。
いくつかの実施形態において、修飾細胞は、T細胞又はNK細胞である。特定の実施形態において、修飾細胞は増殖性T細胞である。増殖性細胞は、野生型細胞よりも高い増殖能力を有する遺伝子修飾された細胞を指す。以下の技術により増殖性細胞が得られる。例えば、hTERT、SV40LT、及び/又は他の遺伝子を細胞に移入して増殖性細胞が得られる。いくつかの実施形態において、mRNAコード構築物(例えば、hTERT及び/又はSV40LT)を細胞に注入してこれらの細胞において一過性遺伝子発現を実現してもよい。別の実施形態において、構築物(例えば、hTERT及び/又はSV40LT)をコードするベクターを細胞に導入して増殖性細胞が得られる。例えば、ベクターの少なくとも一部が細胞のゲノムに組み込まれてもよい。これらの場合、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸又はその組合せの組込みは、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸又はその組合せのゲノム組込み、及びhTERT、SV40LT、又はその組合せの構成的発現を含む。
以上のように、いくつかの実施形態は増殖能力の多段階制御に関する。例えば、真核細胞により誘導される発現系は、T細胞の増殖能力を調節するために用いられる。「テトラサイクリン」をこれらの細胞に持続的に加えることで、hTERT及び/又はSV40LTを発現できるが、テトラサイクリンの供給を停止させると、hTERT及び/又はSV40LTを発現しない場合がある。そのため、この増幅を停止させてもよい。いくつかの実施形態において、Ef1αとTK自殺遺伝子は、増殖能力の調節に用いられる。TK自殺遺伝子の機能は、試薬に敏感な遺伝子であるため、この系を用いて転移される細胞は、試薬の存在下で死になる場合がある。よって、安全で有効な方式でT細胞の増殖能力を調節できる。
いくつかの実施形態において、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸、又はその組合せの発現は、誘導性発現系により調節される。例えば、誘導性発現系は、SV40LT遺伝子、hTERT遺伝子又はその組合せの発現を増加又は活性化するrTTA−TREである。誘導性発現系において、遺伝子の時間空間的制御による活性化及び/又は発現が許容される。例えば、テトラサイクリンにより制御される転写活性化は、誘導型遺伝子の発現方法であり、そのうち転写が、抗生物質テトラサイクリン又はその誘導体(例えばドキシサイクリン)の存在下で可逆的に開始又は停止される。例えば、誘導性自殺遺伝子発現系において時間空間的制御による自殺遺伝子の活性化及び/又は発現が許容され、それによりアポトーシスで細胞自体が殺される。
いくつかの実施形態において、修飾細胞は、自殺遺伝子をコードする核酸配列を含んでもよい。例えば、自殺遺伝子はHSV−TK系である。
いくつかの実施形態において、修飾細胞は、CARをコードする核酸配列を含んでもよい。例えば、CARは、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含み、かつ細胞外ドメインが腫瘍抗原と結合してもよい。特定の実施形態において、腫瘍抗原には、HER2、CD19、CD20、CD22、κ又は軽鎖、CD30、CD33、CD123、CD38、ROR1、ErbB3/4、EGFR、EGFRvIII、EphA2、FAP、癌胎児性抗原、EGP2、EGP40、メソテリン、TAG72、PSMA、NKG2Dリガンド、B7−H6、IL−13受容体α2、IL−11受容体α、MUC1、MUC16、CA9、GD2、GD3、HMW−MAA、CD171、Lewis Y、G250/CAIX、HLA−AI MAGE A1、HLA−A2 NY−ESO−1、PSC1、葉酸受容体−α、CD44v7/8、8H9、NCAM、VEGF受容体、5T4、胎児性AchR、NKG2Dリガンド、CD44v6、TEM1、又はTEM8が含まれる。特定の実施形態において、細胞内ドメインは、CD27、CD28、4−1BB、OX40、CD30、CD40、PD−1、ICOS、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7−H3及びそのいずれかの組合せからなる群より選択される共刺激分子の細胞内ドメインを含んでもよい、共刺激シグナル伝達ドメインを含む。例えば、細胞内ドメインはCD3ζシグナル伝達ドメインを含んでもよい。特定の実施形態において、CARをコードする核酸、hTERTをコードする核酸、SV40LTをコードする核酸又はその組合せは別々のポリペプチドの遺伝子生成物として発現される。
いくつかの実施形態において、T細胞のTCR遺伝子が破壊され、内在性TCRの発現が低下する。特定の実施形態において、TCR遺伝子に関連する標的ベクターがT細胞のゲノムに組み込まれることにより、内在性TCRの発現が消去される。
いくつかの実施形態において、T細胞のCD4遺伝子が破壊され、内在性CD4の発現が低下する。特定の実施形態において、CARの抗原結合ドメインがHIV表面上の分子に結合する。
いくつかの実施形態は、CARを有する修飾細胞(CAR細胞)を作製するための方法に関する。いくつかの実施形態において、前記方法は、細胞を提供することと、CARをコードする核酸配列及びhTERT、SV40LT、又はその組合せをコードする核酸配列を細胞に導入することとを含んでもよい。いくつかの実施形態において、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸、又はその組合せの組込みは、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸、又はその組合せのゲノム組込み、及びhTERT、SV40LT、又はその組合せの構成的発現を含む。いくつかの実施形態において、hTERT、SV40LT、又はその組合せをコードする核酸配列の発現は、誘導性発現系により調節される。いくつかの実施形態において、前記方法は、CARの細胞外ドメインが認識する試薬の存在下でCAR細胞を培養することをさらに含んでもよい。
いくつかの実施形態において、前記方法は、自殺遺伝子をコードする核酸配列を細胞に導入することをさらに含んでもよい。特定の実施形態において、試薬は、CARの細胞外成分に結合して細胞応答を媒介する調節化合物である。例えば、調節化合物は、CARの細胞外ドメインのリガンド又はCARの細胞外ドメインが結合する抗原である。特定の実施形態において、試薬は、CARの細胞外ドメインが結合する抗原の細胞外ドメインである。例えば、抗原は、上皮成長因子受容体(EGFR)、上皮成長因子受容体の変異体III(EGFRvIII)、ヒト上皮成長因子受容体2(HER2)、メソテリン(MSLN)、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、ジシアロガングリオシド2(GD2)、インターロイキン−13Ra2(IL13Rα2)、グリピカン−3(GPC3)、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、L1細胞接着分子(L1−CAM)、癌抗原125(CA125)、分化クラスター133(CD133)、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、癌・精巣抗原1B(CTAG1B)、ムチン1(MUC1)、葉酸受容体α(FR−α)、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、B細胞成熟抗原(BCMA)、又はCD4である。特定の実施形態において、試薬は、CARの細胞外ドメインに結合する抗体である。例えば、抗体は、ヒトIgG抗体であり、及び/又はヒトIgGのFab断片と結合する。特定の実施形態において、調節化合物は、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、又はCD4からの少なくとも一種の細胞外ドメインを含む。場合によっては、調節化合物は、配列番号41〜47のアミノ酸配列の少なくとも一種を含む。場合によっては、調節化合物は、配列番号21及び48〜53のアミノ酸配列の少なくとも一種と結合する。場合によっては、CAR細胞は、配列番号38、35、39及び40のアミノ酸配列の少なくとも一種の配列を含んでもよい。
いくつかの実施形態において、試薬の不存在下で培養されるCAR細胞に比べ、前記CAR細胞は、細胞成長が約1.5〜2倍増加したことを示す。特定の実施形態において、試薬の不存在下で培養されるCAR細胞に比べ、前記CAR細胞は、細胞成長が約1.5〜3倍増加したことを示す。特定の実施形態において、試薬の不存在下で培養されるCAR細胞に比べ、前記CAR細胞は、細胞成長が約2倍増加したことを示す。
いくつかの実施形態において、培地におけるCAR細胞の細胞密度は、少なくとも25細胞/ml細胞培地である。特定の実施形態において、CAR細胞の細胞密度は、200×10細胞/ml細胞培地より小さい。特定の実施形態において、CAR細胞の細胞密度は、50×10〜200細胞/ml細胞培地にある。特定の実施形態において、CAR細胞の細胞密度は、50×10〜100×10細胞/ml細胞培地にある。
いくつかの実施形態において、CAR細胞は、細胞培地におけるテトラサイクリンに敏感である。例えば、CAR細胞は、リバーステトラサイクリントランス活性化因子(rtTA)をコードする第3の核酸配列を含む。特定の実施形態において、hTERT、SV40LTの発現は、rtTAによって調節されることで、hTERT、SV40LTをテトラサイクリンの存在下で発現させる。例えば、テトラサイクリンは、テトラサイクリン、デメクロサイクリン、メクロサイクリン、ドキシサイクリン、リメサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、ロリテトラサイクリン及びクロルテトラサイクリンからなる群より選択される。具体的な実施形態において、テトラサイクリンは、ドキシサイクリンである。特定の実施形態において、細胞培地におけるテトラサイクリンの濃度は、2μg/ml以上である。
いくつかの実施形態において、CAR細胞は、自殺遺伝子をコードする第4の核酸配列を含むことで、自殺遺伝子の発現が許容されるようにCAR細胞とヌクレオシド類似体とが培養され、ヌクレオシド類似体に細胞毒性を持たせてもよい。例えば、自殺遺伝子は、単純ヘルペスウィルスのチミジンキナーゼ、水痘・帯状疱疹ウィルスのチミジンキナーゼ及び細菌由来シトシンデアミナーゼからなる群より選択される。具体的な実施形態において、自殺遺伝子は、単純ヘルペスウィルスのチミジンキナーゼである。特定の実施形態において、ヌクレオシド類似体は、ガンシクロビル、アシクロビル、ブシクロビル、ファムシクロビル、ペンシクロビル、バラシクロビル、トリフルオロチミジン、1−〔2−デオキシ,2−フルオロ,β−D−アラビノフラノシル〕−5−ヨードウラシル、ビダラビン(ara−A)、チミジンアラビノシド(araT)1−β−D−アラビノフラノシルチミン、5−エチル−2’−デオキシウリジン、5−ヨード−5’−アミノ−2,5’−ジデオキシウリジン、イドクスウリジン、AZT、AIU、ジデオキシシチジン、及びAraCからなる群より選択される。具体的な実施形態において、ヌクレオシド類似体は、ガンシクロビルである。
いくつかの実施形態は、前記方法で得られた単離細胞に関する。いくつかの実施形態において、単離細胞集団を含有する組成物を提供する。いくつかの実施形態において、被験体においてT細胞応答を増強させる、及び/又は被験体の腫瘍を治療する方法は、組成物の有効量を投与することを含んでもよい。
いくつかの実施形態は、CAR T細胞を生成する方法に関する。前記方法は、増殖性T細胞を得るように1又は複数の核酸配列をT細胞に転移させてT細胞を増殖させることと、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含むCARをコードする核酸配列を、増殖されたT細胞に導入することでCAR T細胞を得ることと、を含んでもよい。例えば、前記1又は複数の核酸配列は、Tet誘導性HPV16−E6/E7発現系を含む。
いくつかの実施形態において、T細胞は、被験体から抽出された初代T細胞である。いくつかの実施形態において、T細胞は、T細胞注入に応答する対応野生型T細胞に比べて低下した免疫原性を有するT細胞である。
いくつかの実施形態は、疾患又は病状を治療する方法に関する。前記方法は、ヒト患者に本明細書に記載される医薬組成物(例えば、修飾されたT細胞集団)を投与することを含んでもよい。特定の実施形態において、疾患又は病状は、AIDSであり、CARの抗原結合ドメインがHIV表面上の分子に結合する。特定の実施形態において、疾患又は病状は癌であり、CARの抗原結合ドメインが癌細胞上の分子に結合し、内在性TCR数が減少する。
いくつかの実施形態は、CAR T細胞に関し、前記CAR T細胞は、CARをコードする核酸配列を含み、前記CARは、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含み、前記細胞内ドメインは、CD3−ζシグナル伝達ドメイン及び共刺激分子のシグナル伝達ドメインを含み、T細胞のTCR遺伝子が破壊され、TCRの発現が消去される。
いくつかの実施形態は、CAR T細胞に関し、前記CAR T細胞は、CARをコードする核酸配列を含み、前記CARは、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含み、前記細胞内ドメインは、CD3−ζシグナル伝達ドメイン及び共刺激分子のシグナル伝達ドメインを含み、T細胞のCD4遺伝子が破壊され、内在性CD4の発現が低下する。例えば、CARの抗原結合ドメインがHIV及び/又は腫瘍細胞表面上の分子に結合する。
いくつかの実施形態は、制限増殖性T細胞を生成する方法に関する。前記方法は、増殖性T細胞を得るように1又は複数の核酸配列をT細胞に転移することを含み、1又は複数の核酸配列がペプチドをコードし、ペプチドの発現によりT細胞を増殖性T細胞に転化させ、前記ペプチドが誘導性発現系、誘導性自殺系又はその組合せにより調節される。いくつかの実施形態において、ペプチドは、hTERT、SV40LT、又はその組合せである。特定の実施形態において、誘導性発現系はrtTA−TREである。特定の実施形態において、誘導性自殺系は、HSV−TK系又は誘導性カスパーゼ−9系である。
いくつかの実施形態は、疾患又は病状を治療する方法に関する。前記方法は、本明細書に記載される方法を用いて制限増殖性T細胞を作製することと、テトラサイクリン又はドキシサイクリンを含有する培地を使用して制限増殖性T細胞を培養することと、テトラサイクリン又はドキシサイクリンのいずれも含まない培地を使用して制限増殖性T細胞を培養し、そのSV40LT遺伝子又はhTERT遺伝子の発現が低下したT細胞を得ることと、被験体に得られたT細胞を含む医薬組成物を投与することとを含む。
いくつかの実施形態は、疾患又は病状を治療するための、本明細書に記載される方法を用いて得られた医薬組成物に関し、前記医薬組成物が疾患又は病状を治療するための方法は、前記方法を用いて制限増殖性T細胞を作製することと、テトラサイクリン又はドキシサイクリンを含有する培地を使用して制限増殖性T細胞を培養することと、テトラサイクリン又はドキシサイクリンを含まない培地を使用して制限増殖性T細胞を培養し、そのSV40LT遺伝子又はhTERT遺伝子の発現が低下したT細胞を得ることと、被験体に得られたT細胞を含む医薬組成物を投与することと、を含む。特定の実施形態において、前記方法は、ある所定の条件に応答して被験体にガンシクロビルを投与することをさらに含んでもよい。
いくつかの実施形態において、修飾細胞のTCR遺伝子の生合成又は輸送経路に関連する内在性遺伝子が破壊され、内在性TCRの発現が低下する。
いくつかの実施形態は、本明細書に記載される修飾細胞を含むT細胞集団に関する。いくつかの実施形態において、修飾細胞のPD−1遺伝子の生合成又は輸送経路に関連する内在性遺伝子が破壊され、内在性PD−1の発現が低下する。特定の実施形態において、修飾細胞が、プログラム死リガンド1(PD−L1)のヒトT細胞に対する阻害作用を低減した短縮PD−1をコードする核酸配列を含む。
いくつかの実施形態は、修飾細胞を作製するための方法に関する。いくつかの実施形態において、前記方法は、キメラ抗原受容体(CAR)を含む細胞を得ることと、CARの細胞外ドメインが認識する試薬の存在下で前記細胞を培養することとを含んでもよい。いくつかの実施形態において、前記方法は、インビトロでのCAR細胞の作製のために実施されてもよい。前記方法は、細胞を提供することと、CARをコードする核酸配列を細胞に導入することでCAR細胞を得ることと、CARの細胞外ドメインが認識する試薬の存在下でCAR細胞を培養することとを含んでもよい。いくつかの実施形態において、前記方法は、CARを発現する細胞を濃縮するために実施されてもよい。前記方法は、細胞を提供することと、CARをコードする核酸配列を細胞に導入することでCARを発現する細胞(CAR細胞)と発現しない細胞を得ることと、CARの細胞外ドメインに結合する試薬の存在下でCAR細胞を培養することでCARを発現する細胞を濃縮することとを含んでもよい。いくつかの実施形態において、前記方法は、インビトロでのCAR細胞の作製のために実施されてもよい。前記方法は、(a)CARをコードする核酸配列を細胞に導入することでCAR細胞を得る工程と、(b)第1の培地を使用してCAR細胞を所定の時間培養する工程と、(c)第2の培地を使用してCAR細胞を培養する工程とを順に含んでもよく、第1の培地が試薬を含まず、第2の培地が試薬を含み、前記試薬がCARの細胞外ドメインに結合する。
いくつかの実施形態は、前記方法で得られる単離細胞及び単離細胞を含む医薬組成物に関する。いくつかの実施形態は、被験体において抗腫瘍免疫応答を刺激するための方法に関する。前記方法は、被験体に医薬組成物の有効量を投与することを含む。いくつかの実施形態は、癌を治療するための医薬組成物に関し、前記医薬組成物が癌を治療するための方法は、被験体に医薬組成物の有効量を投与することを含む。
いくつかの実施形態において、試薬は、CARの細胞外成分に結合して細胞応答を媒介する調節化合物である。特定の実施形態において、調節化合物は、CARの細胞外ドメインのリガンド又はCARの細胞外ドメインが結合する抗原である。特定の実施形態において、調節化合物は、CARの細胞外ドメインに結合する抗体である。場合によっては、抗体は、ヒトIgG抗体であり、及び/又はヒトIgGのFab断片と結合する。特定の実施形態において、調節化合物は、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、又はCD4からの少なくとも一種の細胞外ドメインを含んでもよい。特定の実施形態において、調節化合物は、配列番号41〜47及び61〜63のアミノ酸配列の少なくとも一種を含む。特定の実施形態において、調節化合物は、配列番号55、21、48、49、40、51〜53及び56〜60のアミノ酸配列の少なくとも一種に結合する。特定の実施形態において、調節化合物は、GCC、B7−H4、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、IL13Rα、her−2、CD19、CD20、CD22、CD123、NY−ESO−1、HIV−I Gag、Lewis Y、Mart−I、gp100、チロシナーゼ、WT−I、h TERI、MUC16、メソテリン、MIC−A、MIC−B、エストロゲン、プロゲステロン、RON、又はULBP/RAETlファミリーの1又は複数のメンバーの少なくとも一種を含む。特定の実施形態において、調節化合物は、真核細胞系又は細菌発現系から生成される可溶性抗原である。
いくつかの実施形態において、「可溶性抗原」は細胞膜に結合しないポリペプチドである。可溶性抗原は、最も一般的には、膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインを欠くリガンド結合ポリペプチド(例えば受容体)である。可溶性抗原は、他のアミノ酸残基、例えば、ポリペプチドの精製のために提供する、或いは、ポリペプチドを基質又は免疫グロブリンの定常領域配列に付着させる部位を提供するアフィニティータグを含んでもよい。可溶性抗原ポリペプチドが、膜アンカリング又はシグナル伝達をそれぞれ提供するための、十分な膜貫通及び細胞内ポリペプチドセグメント部を欠いている場合、可溶性抗原ポリペプチドがこれらのセグメント部を実質的に含まないと言われる。例えば、多くの細胞表面受容体が天然に存在しているが、可溶性対応物がタンパク質加水分解によって生成される。
いくつかの実施形態において、前記試薬は、CARの細胞外ドメインが結合する抗原の細胞外ドメインである。特定の実施形態において、抗原は、上皮成長因子受容体(EGFR)、上皮成長因子受容体の変異体III(EGFRvIII)、ヒト上皮成長因子受容体2(HER2)、メソテリン(MSLN)、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、ジシアロガングリオシド2(GD2)、インターロイキン−13Ra2(IL13Rα2)、グリピカン−3(GPC3)、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、L1細胞接着分子(L1−CAM)、癌抗原125(CA125)、分化クラスター133(CD133)、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、癌・精巣抗原1B(CTAG1B)、ムチン1(MUC1)、葉酸受容体α(FR−α)、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、B細胞成熟抗原(BCMA)、又はCD4である。
いくつかの実施形態において、CARは、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含み、前記細胞内ドメインは、CD3−ζシグナル伝達ドメイン及び共刺激分子のシグナル伝達ドメインを含む。特定の実施形態において、CARの共刺激分子は、CD27、CD28、4−1BB、OX40、CD30、CD40、PD−L ICOS、リンパ球機能関連抗原−I(LFA−1)、CD2、CD7、 LIGHT、NKG2C、又はB7−H3の少なくとも一種を含む。
いくつかの実施形態において、細胞は、NK細胞、T細胞又はその組合せである。例えば、細胞は、健常ドナー又は被験体から得られる初代T細胞から誘導されるT細胞である。
いくつかの実施形態において、試薬を用いてCAR細胞を培養した後、試薬の量とCAR細胞の数量との比が1:50〜1:5(μg/10細胞)、1:500〜1:5(μg/10細胞)、又は1:5000〜10:5(μg/10細胞)である。特定の実施形態において、試薬の量とCAR細胞の数量との比が1:50〜1:5(μg/10細胞)である。
いくつかの実施形態において、培地は、抗CD3ビーズ、抗CD28ビーズ、及びIL2の少なくとも一種を含む。
いくつかの実施形態において、CAR細胞においてCARのコピー数は、試薬の不存在下でCAR細胞を培養する場合の数より大きい。特定の実施形態において、CARを発現する細胞とCARを発現しない細胞との数量比が試薬の不存在下で細胞を培養する場合の比より大きい。
いくつかの実施形態において、試薬の存在下でCAR細胞を所定の期間培養し、或いは、試薬の存在下でCAR細胞を少なくとも7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30日間培養してもよい。例えば、所定の期間は7〜100日間である。別の実施形態において、CARをコードする核酸配列を含むベクターを細胞に導入した後、試薬の不存在下でCAR細胞を少なくとも8、9、10、11、12又は13日間培養した後、試薬で培養してもよい。具体的な実施形態において、CARをコードする核酸配列を含むベクターを細胞に導入した後、試薬の不存在下でCAR細胞を約10日間培養した後、試薬で培養してもよい。特定の実施形態において、試薬の存在下でT細胞を培養することは、CARをコードする核酸配列を含むベクターをT細胞に導入した後、試薬の存在又は不存在下でT細胞を少なくとも8日間培養し、その後、前記少なくとも8日間後、試薬でT細胞を培養することを含む。特定の実施形態において、試薬の存在下でT細胞を培養することは、CARをコードする核酸配列を含むベクターをT細胞に導入した後、試薬の存在又は不存在下でT細胞を少なくとも10日間培養し、その後、前記少なくとも10日間後、試薬でT細胞を培養することを含む。
いくつかの実施形態において、試薬の存在下で培養する場合に記憶T細胞表現型を生じるCAR細胞数は、試薬の不存在下でCAR細胞を培養する場合の数より大きい。
いくつかの実施形態において、試薬の不存在下でCAR細胞を培養する場合に、CAR細胞より産生されるサイトカインの量は、CAR細胞より産生されるサイトカインの量より大きい。
いくつかの実施形態において、CAR細胞は、健常ドナーに由来し、内在性TCR遺伝子及び/又はHLA Iの低下した発現がある。特定の実施形態において、CAR細胞は、健常ドナーに由来し、同一のヒトドナーから単離される初代ヒトT細胞により引き起こされるGVHD応答に比べ、ヒトレセプターにおいて移植片対宿主病(GVHD)応答を引き起こせず、或いは、低下したGVHD応答を引き起こし、内在性TCR遺伝子及び/又はHLA Iの発現が低下しておらず、或いは、内在性TCR遺伝子及び/又はHLA Iの発現が破壊されておらず、内在性TCR遺伝子及び/又はHLA Iが正常に発現されている。
いくつかの実施形態において、CAR T細胞は、hTERTをコードする核酸配列、SV40LTをコードする核酸、又はその組合せを含むT細胞である。特定の実施形態において、CAR T細胞は、hTERTをコードする核酸配列とSV40LTをコードする核酸を含んでもよい。特定の実施形態において、hTERTの発現は、誘導性発現系により調節される。特定の実施形態において、SV40LT遺伝子の発現は、誘導性発現系により調節される。特定の実施形態において、誘導性発現系は、SV40LT遺伝子、hTERT遺伝子、又はその組合せの発現を増加又は活性化するrtTA−TREである。
いくつかの実施形態において、CAR細胞は、自殺遺伝子をコードする核酸配列を含んでもよい。特定の実施形態において、自殺遺伝子はHSV−TK系である。
いくつかの実施形態は、インビボでの細胞の増幅方法に関する。いくつかの実施形態において、前記方法は、被験体にCARを含むT細胞の有効量を投与することでT細胞応答を提供することと、CARの細胞外ドメインが認識できる可溶性試薬を発現する提示細胞の有効量を投与することとを含む。いくつかの実施形態において、前記方法は、被験体におけるT細胞応答を増強させるために実施されてもよい。前記方法は、被験体にCARを含むT細胞の有効量を投与することでT細胞応答を提供することと、CARの細胞外ドメインが認識できる可溶性試薬を発現する提示細胞の有効量を投与することで被験体におけるT細胞応答を増強させることとを含んでもよい。特定の実施形態において、提示細胞はT細胞、樹状細胞及び/又は抗原提示細胞である。特定の実施形態において、被験体におけるT細胞応答を増強させることは、CARを含むT細胞の増殖を選択的に増強させることを含む。いくつかの実施形態において、前記方法は、CAR細胞を用いて被験体病状に対する治療を増強させるために用いられてもよい。前記方法は、試薬を発現する細胞集団又はワクチンとして作製される試薬を投与することを含んでもよい。これらの場合、CAR細胞はCARをコードする核酸配列を含み、CARの細胞外ドメインが前記試薬を認識できる。いくつかの実施形態において、前記方法は、疾患に罹患した被験体においてCAR細胞の増殖を増強させるために実施されてもよい。前記方法は、CARを含む細胞を作製することと、被験体にCAR細胞の有効量を投与することと、CARの細胞外ドメインが認識できる試薬をコードする核酸配列を細胞に導入し、被験体に細胞の有効量を投与することとを含んでもよい。
被験体におけるT細胞応答は、ヘルパーT細胞、キラーT細胞、制御性T細胞及び他のタイプのT細胞に関連する細胞媒介免疫である。例えば、T細胞応答は、例えば、免疫過程において他の白血球を補助する、ウィルス感染細胞及び腫瘍細胞を同定して破壊する活動を含んでもよい。被験体におけるT細胞応答は、様々な指標、例えば、T細胞により傷害された多くのウィルス感染細胞及び/又は腫瘍細胞、ウィルス感染細胞及び/又は腫瘍細胞と共に培養される場合にT細胞から放出されるサイトカインの量、被験体におけるT細胞の増殖レベル、T細胞の表現型変化(例えば、記憶T細胞への変化)及び被験体におけるT細胞の長寿又は寿命レベルにより測定することができる。
いくつかの実施形態において、CAR T細胞と抗原陽性細胞とを共培養してCAR T細胞の傷害効果を測定することでインビトロ傷害試験を行うことができる。対応抗原を発現しないコントロール細胞に比べ、CAR T細胞と共培養される対応抗原陽性細胞の数量減少及びIFNγ、TNFα等の放出増加が示されることで、CAR T細胞が対応抗原陽性細胞に対して傷害作用を有すると言える。また、CAR t細胞の体内抗腫瘍活性を測定してもよい。例えば、本明細書に記載される抗原を用いて免疫不全マウスで異種移植モデルを構築してもよい。過去二十年では、ヒト癌細胞又は腫瘍生検組織を免疫不全の齧歯動物(異種移植モデル)に異種移植し、新規な癌治療剤を開発するための主な前臨床スクリーニングを構成する(Songら、Cancer Res. PMC 2014 Aug 21及びMortonら、Nature Protocols,2,-247-250(2007))。CAR T細胞の体内抗腫瘍活性を評価するために、腫瘍異種移植片を保有する免疫不全マウスをCAR Tの抗腫瘍活性の評価に用いられる(例えば、マウス腫瘍及びマウス血液IFNγ、TNFα等の減少、及び/又はマウスの骨髄/末梢血/脾におけるCAR T滞留時間の減少)。
いくつかの実施形態において、試薬は、CARの細胞外ドメインのリガンドである。特定の実施形態において、試薬は、CARの細胞外ドメインが結合する抗原である。特定の実施形態において、試薬は、上皮成長因子受容体(EGFR)、上皮成長因子受容体の変異体III(EGFRvIII)、ヒト上皮成長因子受容体2(HER2)、メソテリン(MSLN)、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、ジシアロガングリオシド2(GD2)、インターロイキン−13Ra2(IL13Rα2)、グリピカン−3(GPC3)、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、L1細胞接着分子(L1−CAM)、癌抗原125(CA125)、分化クラスター133(CD133)、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、癌・精巣抗原1B(CTAG1B)、ムチン1(MUC1)、葉酸受容体α(FR−α)、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、又はCD4からの少なくとも一種の細胞外ドメインを含む。特定の実施形態において、試薬は、配列番号41〜47及び61〜63のアミノ酸配列の少なくとも一種を含む。特定の実施形態において、試薬は、配列番号55、21、48、49、40、51〜53及び56〜60のアミノ酸配列の少なくとも一種に結合する。特定の実施形態において、試薬は、GCC、B7−H4、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、IL13Rα、her−2、CD19、CD20、CD22、CD123、NY−ESO−1、HIV−I Gag、Lewis Y、Mart−I、gp100、チロシナーゼ、WT−I、h TERI、MUC16、メソテリン、MIC−A、MIC−B、エストロゲン、プロゲステロン、RON、又はULBP/RAETlファミリーの1又は複数のメンバーの少なくとも一種を含む。
いくつかの実施形態において、CARは、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含み、前記細胞内ドメインは、CD3−ζシグナル伝達ドメイン及び共刺激分子のシグナル伝達ドメインを含む。特定の実施形態において、CARの共刺激分子は、CD27、CD28、4−1BB、OX40、CD30、CD40、PD−L ICOS、リンパ球機能関連抗原−I(LFA−1)、CD2、CD7、 LIGHT、NKG2C、又はB7−H3の少なくとも一種を含む。
いくつかの実施形態において、細胞又は単離細胞は、NK細胞、T細胞、又はその組合せである。特定の実施形態において、細胞は、生弱毒化されて複製不全である。特定の実施形態において、γ線照射又は化学的不活性化により、細胞は、生弱毒化されて複製不全である。特定の実施形態において、細胞又は単離された修飾細胞は、被験体の末梢血単核細胞(PBMC)から取得される。特定の実施形態において、細胞は、被験体又は健常ドナーのT細胞である。特定の実施形態において、細胞は、ワクチンとして作製されるT細胞である。特定の実施形態において、細胞は、弱毒化された腫瘍細胞である。特定の実施形態において、細胞は、野生型細胞に比べて同種異系CAR療法に対して低下した免疫原性を有する修飾細胞である。
いくつかの実施形態において、試薬は細胞により発現され、試薬の発現は、誘導性発現系により調節される。特定の実施形態において、試薬は細胞により発現され、試薬の発現は、誘導性自殺遺伝子発現系により調節される。特定の実施形態において、試薬は、可溶性抗原であるので、抗原は細胞から放出される。
いくつかの実施形態は、スペーサードメインを有するCARをコードする単離核酸配列に関する。いくつかの実施形態において、単離核酸配列は、細胞外ドメイン、スペーサードメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞内ドメインを有するCARをコードでき、細胞外ドメインは、腫瘍抗原に結合し、スペーサードメインは、配列番号68又は69のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、単離核酸配列は、細胞外ドメイン、スペーサードメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞内ドメインを有するCARをコードでき、細胞外ドメインは、腫瘍抗原に結合し、スペーサードメインは、配列番号68のアミノ酸配列を含み、膜貫通ドメインは、配列番号72又は75のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態は、単離核酸配列を含むベクター、単離核酸配列を含む細胞に関する。例えば、細胞は、NK細胞、T細胞又はその組合せであってもよい。いくつかの実施形態は、単離核酸配列を有するT細胞集団を含有する組成物に関する。
いくつかの実施形態は、CARを有する細胞を作製するための方法及びその使用に関する。いくつかの実施形態において、前記方法は、被験体において抗腫瘍免疫応答を刺激する、又は病状を治療するために実施されてもよい。前記方法は、単離核酸配列を含むヒトT細胞集団を含有する医薬組成物の有効量を被験体に投与することを含んでもよい。いくつかの実施形態において、前記方法は、単離核酸配列を含む細胞を得ることと、CARの細胞外ドメインが認識する試薬の存在下で前記細胞を培養することとを含んでもよい。いくつかの実施形態において、前記方法は、インビトロでのCAR細胞の作製のために実施されてもよい。前記方法は、細胞を提供することと、単離核酸配列を細胞に導入することでCAR細胞を得ることと、CARの細胞外ドメインが認識する試薬の存在下でCAR細胞を培養することとを含んでもよい。いくつかの実施形態において、前記方法は、CARを発現する細胞を濃縮するために実施されてもよい。前記方法は、細胞を提供することと、単離核酸配列を細胞に導入することでCARを発現する細胞(CAR細胞)とCARを発現しない細胞を得ることと、CARの細胞外ドメインに結合する試薬の存在下でCAR細胞を培養することでCARを発現する細胞を濃縮することとを含んでもよい。
いくつかの実施形態において、抗原結合ドメインは抗体、リガンド又はその抗原結合断片を含む。特定の実施形態において、抗原結合断片はFab又はscFvを含む。特定の実施形態において、腫瘍抗原は、HER2、CD19、CD20、CD22、κ又は軽鎖、CD30、CD33、CD123、CD38、ROR1、ErbB3/4、EGFR、EGFRvIII、EphA2、FAP、癌胎児性抗原、EGP2、EGP40、メソテリン、TAG72、PSMA、NKG2Dリガンド、B7−H6、IL−13受容体α2、IL−11受容体α、MUC1、MUC16、CA9、GD2、GD3、HMW−MAA、CD171、Lewis Y、G250/CAIX、HLA−AI MAGE A1、HLA−A2 NY−ESO−1、PSC1、葉酸受容体−α、CD44v7/8、8H9、NCAM、VEGF受容体、5T4、胎児性AchR、NKG2Dリガンド、CD44v6、TEM1、又はTEM8を含む。特定の実施形態において、細胞内ドメインは、CD27、CD28、4−1BB、OX40、CD30、CD40、PD−1、ICOS、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7−H3、及びそれらのいずれかの組合せからなる群より選択される共刺激分子の細胞内ドメインを含む共刺激シグナル伝達ドメインを含む。特定の実施形態において、細胞内ドメインはCD3ζシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態において、試薬は、CARの細胞外ドメインのリガンドである。特定の実施形態において、試薬は、CARの細胞外ドメインが結合する抗原である。特定の実施形態において、試薬は、抗原の細胞外ドメインである。特定の実施形態において、抗原は、上皮成長因子受容体(EGFR)、上皮成長因子受容体の変異体III(EGFRvIII)、ヒト上皮成長因子受容体2(HER2)、メソテリン(MSLN)、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、ジシアロガングリオシド2(GD2)、インターロイキン−13Ra2(IL13Rα2)、グリピカン−3(GPC3)、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、L1細胞接着分子(L1−CAM)、癌抗原125(CA125)、分化クラスター133(CD133)、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、癌・精巣抗原1B(CTAG1B)、ムチン1(MUC1)、葉酸受容体α(FR−α)、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、又はCD4である。特定の実施形態において、試薬は、CARの細胞外ドメインに結合する抗体である。特定の実施形態において、抗体は、ヒトIgG抗体である。例えば、抗体は、ヒトIgGのFab断片と結合する。特定の実施形態において、試薬は、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、又はCD4からの少なくとも一種の細胞外ドメインを含む。特定の実施形態において、試薬は、配列番号22及び34のアミノ酸配列の少なくとも一種を含む。特定の実施形態において、試薬は、配列番号55、21、48、49、40及び50〜60のアミノ酸配列の少なくとも一種に結合する。特定の実施形態において、試薬は、CARを活性化し、及び/又は細胞の共刺激応答を引き起こす。
例えば、遺伝子を発現する細胞からライブラリーをスクリーニングする方法、遺伝子を含むことが知られているベクターから前記遺伝子を誘導する方法、又は標準技術を使用してそれらを含む細胞及び組織から直接単離する方法など、本分野で既知の組換え方法を用いて所望の分子をコードする核酸配列を得ることができる。或いは、目的とする遺伝子は、クローンの代わりに、合成によって産生されることができる。
本開示の実施形態はさらに、本開示に係るDNAを挿入したベクターに関する。レトロウィルス(例えば、レンチウィルス)から誘導されるベクターは、導入遺伝子の長時間の安定した組込み及びその娘細胞への繁殖が許容されるため、長時間の遺伝子転移を達成するのに適切なツールである。レンチウィルスベクターは、肝細胞などの非増殖細胞を形質導入できるため、マウス白血病ウィルスなどの発がん性レトロウィルスから誘導されるベクターに比べてより多くの利点がある。さらに、免疫原性が低いという付加的利点がある。
CARをコードする天然又は合成核酸の発現は通常、CARポリペプチド又はその一部をコードする核酸を、1又は複数のプロモータに動作可能に連結し、その構築物を発現ベクターに組み込むことによって達成される。このベクターは、真核生物の複製及び組み込みに適用される。典型的なクローニングベクターは、所望の核酸配列の発現を調節するための転写及び翻訳ターミネーター、開始配列及びプロモータを含む。
CARをコードする合成核酸の発現及び哺乳動物細胞への遺伝子移入に関連する更なる情報は、引用によりその全体が組み込まれる米国特許番号US8,906,682に提供されている。
実施形態はさらに、患者に本開示に係る遺伝子改変細胞の有効量を投与することを含む、患者の疾患を治療するための方法に関する。本発明に係る方法によれば、卵巣癌、乳癌、結腸癌、多形膠芽細胞腫、前立腺癌及び白血病などの癌を含む各種の疾患を治療することができる。いくつかの実施形態において、前記方法は、ヒト患者に抗腫瘍有効量のヒトT細胞集団を含む医薬組成物を投与することを含み、前記細胞集団におけるヒトT細胞は、本開示に記載の核酸配列を含むヒトT細胞を包含する。
いくつかの実施形態は、T細胞白血病を治療するための組成物及び方法に関する。修飾細胞は、キメラ抗原受容体(CAR)をコードする核酸配列、及び分化クラスター(CD)に関連する遺伝子の1又は複数のエキソンの破壊を含んでもよい。これらの場合、CARの細胞外ドメインがCD分子を認識する。特定の実施形態において、CD分子は、CD2、CD3、CD4、CD5、CD7、CD8、又はCD52を含む。別の実施形態において、修飾細胞は、CAR NK細胞又はCAR T細胞である。
T細胞白血病には、大顆粒リンパ球性白血病、成人T細胞白血病/リンパ腫、T細胞性前リンパ球性白血病など、T細胞に影響する異なるタイプのリンパ性白血病が含まれる。例えば、成人T細胞白血病/リンパ腫は通常、侵襲性(急速に成長する)T細胞リンパ腫であり、血液(白血病)、リンパ節(リンパ腫)、皮膚又は体の多くの領域で発見される。キメラ抗原受容体T(CAR T)細胞療法は、新しく開発された養子抗腫瘍療法であり、いくつかの白血病(例えば、B細胞リンパ腫及びB細胞慢性リンパ球白血病)を効率的に治療できることが証明された。しかし、同胞殺し(fratricide)という問題で、CAR T標的の通常技術は、CAR T細胞を含むT細胞を損傷する。いくつかの実施形態においては、遺伝子編集技術を用いてT/NK細胞のある遺伝子を修飾する。例えば、ある分化(CD)遺伝子クラスター又は関連遺伝子を修飾することにより、修飾細胞がT細胞腫瘍を殺傷してCAR T/NK細胞の同胞攻撃を避ける。
いくつかの実施形態において、CARは、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含み、細胞外ドメインが抗原に結合する。特定の実施形態において、細胞内ドメインは、CD27、CD28、4−1BB、OX40、CD30、CD40、PD−1、ICOS、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7−H3、及びそれらのいずれかの組合せからなる群より選択される共刺激分子の細胞内ドメインを含む、共刺激シグナル伝達ドメインを包含する。
いくつかの実施形態において、修飾細胞は、CD2、CD3/TCR、CD4、CD5、CD7、CD8、又はCD52遺伝子の生合成又は輸送経路に関連する内在性遺伝子の破壊を含む。特定の実施形態において、CD分子に関連する遺伝子はCD3/TCR遺伝子であり、修飾細胞は、CD3γ、CD3δ、CD3ε、又はCD3ζサブユニットなど、減量されたTCRサブユニット又はCD3サブユニットの少なくとも一種を有する。CD3に関する他の情報及びCD3サブユニット発現の破壊は、「A PCR-Based Method to Genotype Mice Knocked Out for All Four CD3 Subunits,the Standard Recipient Strain for Retrogenic TCR/CD3 Bone Marrow Reconstitution Technology」,Alejandro Ferrer,Adam G. Schrum及びDiana Gil,BioResearch Open Access 2013 2:3,222-226から発見され、この参考文献はその全体が引用により組み込まれる。特定の実施形態において、CD分子に関連する遺伝子はCD3/TCR遺伝子であり、修飾細胞は、減量されたTRAC、CD3γ、CD3δ、又はCD3εサブユニットの少なくとも一種を有する。特定の実施形態において、CD分子に関連する遺伝子はCD3/TCR遺伝子であり、修飾細胞は、低下したTRAC、CD3γ、CD3δ、及びCD3εサブユニットの発現を有する。特定の実施形態において、CARの細胞外ドメインは、CD3又はTCRに結合し、CARを含む細胞によるT細胞応答に比べ、修飾細胞は被験体において減量を引き起こすか、或いは、別の修飾された細胞によるT細胞応答を引き起こさず、前記CARの細胞外ドメインがCD3又はTCRに結合し、内在性CD3/TCRを破壊しない。特定の実施形態において、CARの細胞外ドメインは、配列番号57のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、CARの細胞外ドメインは、配列番号88及び/又は89のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、CD分子はCD3であり、CARの細胞外ドメインは、配列番号57、88、又は89のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、実施形態1〜16のいずれかの修飾細胞であって、T細胞受容体α定常(TRAC)遺伝子(又は核酸配列)上の第1の標的部位と結合する、三つ以上の亜鉛フィンガードメインを含む第1の亜鉛フィンガータンパク(ZFP)と、TRAC遺伝子における第2の標的部位と結合する、三つ以上の亜鉛フィンガードメインを含む第2のZFPと、切断ドメインと、を含む、単離された亜鉛フィンガーヌクレアーゼ(ZFN)を含む修飾細胞である。場合によっては、第1のZFPは、第1のZFPのN端から第1のZFPのC端まで順に配列番号78、77、80、79、78、及び87のアミノ酸配列を含み、第2のZFPは、第2のZFPのN端から第2のZFPのC端まで順に配列番号82、83、86、及び84のアミノ酸配列を含む。他の場合には、第1のZFPは、第1のZFPのN端から第1のZFPのC端まで順に配列番号26、25、26、27、及び28のアミノ酸配列を含み、第2のZFPは、第2のZFPのN端から第2のZFPのC端まで順に配列番号30、31、26、32のアミノ酸配列を含む。場合によっては、第1の標的部位は配列番号81のアミノ酸配列を含み、第2の標的部位は配列番号85のアミノ酸配列を含む。他の場合には、第1の標的部位は配列番号29のアミノ酸配列を含み、第2の標的部位は配列番号33のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、CD分子はCD4であり、CARの細胞外ドメインは配列番号58、90、又は91のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、CD分子はCD4であり、CARの細胞外ドメインは配列番号59、92、又は93のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、CD分子はCD5であり、CARの細胞外ドメインは配列番号94、95、又は96のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、修飾細胞は、CD3/TCR複合体の1又は複数のサブユニットに結合するCARをコードする核酸配列及びCD3/TCR複合体に関連する1又は複数の遺伝子の破壊を含んでもよい。例えば、CD3/TCR複合体は、CD3γ、CD3δ、CD3ε、TCRα、及びTCRβなどの複数のサブユニット又は鎖を含む。特定の実施形態において、CARの細胞外ドメインは、CD3サブユニット(例えば、CD3γ、CD3δ及びCD3εサブユニット)に結合し、修飾細胞は、減量されたTRAC発現又は非発現を含む。場合によっては、CARの細胞外ドメインは、配列番号57、58、59、又は95のアミノ酸配列を含む。場合によっては、修飾細胞は、TRACを標的とする亜鉛フィンガーヌクレアーゼを含み、減量されたTRAC発現又は非発現を含む。
いくつかの実施形態において、前記修飾細胞を作製する方法は、CARをコードする核酸配列を細胞に導入することで修飾細胞を得ることと、細胞又は修飾細胞の遺伝子の1又は複数のエキソンを破壊することとを含んでもよい。
いくつかの実施形態において、医薬組成物は、前記修飾細胞の集団を包含する。
いくつかの実施形態において、T細胞白血病を治療する方法は、被験体に前記修飾細胞の治療有効量を投与することを含んでもよい。いくつかの実施形態において、T細胞白血病は、大顆粒リンパ球性白血病、成人T細胞白血病/リンパ腫又はT細胞性前リンパ球性白血病の少なくとも一種を含む。
いくつかの実施形態において、CD分子を発現する癌を治療する方法は、被験体に前記修飾細胞の治療有効量を投与することを含んでもよい。
いくつかの実施形態において、CD分子を発現する細胞数の減少方法は、CARを含む細胞のCD分子に関連する遺伝子の1又は複数のエキソンを破壊することで破壊されたCAR細胞を得ることと、CD分子を含む細胞を破壊されたCAR細胞の有効量と接触させることとを含んでもよく、CAR細胞に比べ、破壊されたCAR細胞は、増殖及び/又は生存レベルが増加した。いくつかの実施形態において、破壊されたCAR細胞は、前記修飾細胞である。
いくつかの実施形態において、CD分子を発現する細胞数の減少方法は、細胞を前記修飾細胞の有効量と接触させることを含んでもよい。
いくつかの実施形態において、CD分子を発現する細胞の増殖又は活性の抑制方法は、細胞を前記修飾細胞の有効量と接触させることを含んでもよい。
治療可能な癌は、血管新生されていないか、又は未だ実質的に血管新生されていない腫瘍、並びに血管新生腫瘍を含む。癌は、非固形腫瘍(例えば、血液学的腫瘍、例えば、白血病及びリンパ腫)又は固形腫瘍を含み得る。本開示のCARで治療される癌のタイプには、癌腫、芽腫及び肉腫並びに特定の白血病又はリンパ性悪性腫瘍、良性及び悪性腫瘍並びに肉腫、癌腫及び黒色腫等の悪性腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。成人の腫瘍/癌及び小児の腫瘍/癌も含まれる。
血液学的癌は、血液又は骨髄の癌である。血液学的(又は造血性)癌の例には、急性白血病(急性リンパ球白血病、急性骨髄性白血病、急性骨髄性白血病及び骨髄芽球性白血病、前骨髄球性白血病、骨髄単球性白血病、単球性白血病及び赤血白血病など)、慢性白血病(慢性骨髄球性(顆粒球性)白血病、慢性骨髄性白血病及び慢性リンパ球性白血病など)、真性赤血球増加症、リンパ腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫(無痛性及び高悪性度の形態)、多発性骨髄腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、重鎖病、骨髄異形成症候群、有毛細胞白血病及び脊髄形成異常症を含む、白血病が含まれる。
固形腫瘍は、通常嚢胞又は液体領域を含まない、組織の異常な腫瘤である。固形腫瘍は良性又は悪性であり得る。異なるタイプの固形腫瘍は、それらを形成する細胞のタイプに関して命名される(肉腫、癌腫及びリンパ腫など)。肉腫及び癌腫などの固形腫瘍の例には、繊維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨肉腫及び他の肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、リンパ様悪性腫瘍、膵臓癌、乳癌、肺癌、卵巣癌、前立腺癌、肝細胞癌、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、甲状腺髄様癌、甲状腺乳頭癌、褐色細胞腫、皮脂腺癌、乳頭癌、乳頭状腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、ヘパトーマ、胆管癌、絨毛癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、セミノーマ、膀胱癌、黒色腫及びCNS(中枢神経系)腫瘍(例えば、神経膠腫(脳幹神経膠腫及び混合神経膠腫など)、神経膠芽腫(多形性神経膠芽腫とも言う)、星状細胞腫、CNSリンパ腫、胚細胞腫、髄芽細胞腫、シュワン細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫及び脳転移)が含まれる。
例えば、腎細胞癌は、よく見られる悪性腫瘍の1つである。早期腎細胞癌に罹患した患者に対する治療について、外科切除で5年生存率が90%に達する。しかし、末期拡散や転移した末期患者の5年生存率はただ約10%である(参考としてNational Cancer Institute:SEER Stat Fact Sheets:Kidney and Renal Pelvis Cancer. Bethesda,MD:National Cancer Institute.からオンラインで得られる。前回アクセス時間:2017年11月2日)。膵臓癌は、消化管悪性腫瘍であり、非常に悪性で診断も治療も困難である。過去20年では医療技術は大幅改善されたが、膵臓癌の診断や治療ではまだ多くの問題がある。膵臓癌は、初診率が低いので、発見されたときに通常はもう転移した。そのため、20%よりも少ない患者は、外科切除で5年生存率が平均10%より小さい。(American Cancer Society:Cancer Facts and Figures 2018. Atlanta,Ga:American Cancer Society,2018.からオンラインで得られる。前回アクセス時間:2018年1月5日)。尿管癌は、泌尿系における尿路上皮細胞から発展されてきた癌であり、相対的に稀に見える悪性腫瘍である。尿路上皮癌は、早期診断率が高く早期治療が有効であるが、再発率が高い、進展しやすい及び予後が劣る悪性腫瘍である。子宮内膜癌は、子宮内膜に由来する上皮悪性腫瘍である。子宮内膜癌は女性生殖器における三つの悪性腫瘍の1つである。早期患者は5年生存率が62%〜84%であるが、末期患者の治療効果が悪い。乳癌はよく見られる悪性腫瘍であり、女性患者が多く、発症率が非常に高く、医療技術が絶えず改善しているので、乳癌からの生存機会が既に著しく向上し、5年生存率が90%に達することができる。しかし、トリブルネガティブ乳癌に対しては、治療が依然として困難であり、腫瘍細胞の侵襲能が強く、予後が悪い。前立腺癌は、男性生殖系において最もよく見られる癌であり、多数は男性老年患者であり、米国で第2の致命的な癌であり、統計によると、早期前立腺癌の5年生存率が90%達するが、末期前立腺癌患者の5年生存率がただ30%である。食道癌は、食道による癌であり、最近数十年、食道癌の発症率が向上した。予後が悪い主原因は、大部分の患者は通常、診断された時に既に一部末期又は遠隔転移にある。卵巣癌患者の多数(60%)は、末期疾患に罹患したと診断され、その5年生存率が29%である。卵巣癌は全体として5年相対生存率が低い(47%)。結腸直腸癌は、よく見られる悪性腫瘍である。遺伝原因の以外、結腸直腸癌は、高脂肪、高タンパク質及び低繊維の飲食習慣に緊密に相関する。米国などの国では、結腸直腸癌の発症率が非常に高く、5年相対生存率が約60%である。これらの癌の現状をまとめると、癌の治療は未だ先が長く、これらの癌の新規な治療方法の開発が急務である。
本明細書に記載されるように、活性化及び増幅細胞は免疫不全の個体で発生した疾患の治療及び予防のために用いられる。具体的には、本開示に係る遺伝子改変細胞は癌の治療に用いられる。特定の実施形態において、本開示に係る細胞は、発がんリスクがある患者を治療するために用いられる。従って、本開示は、本開示に係る修飾T細胞の治療有効量を投与することを含む、癌の治療又は予防方法を提供する。
本開示に係る修飾T細胞は、単独で、又は希釈剤及び/若しくはIL−2若しくは他のサイトカイン若しくは細胞集団等の他の成分と組み合わせて医薬組成物として投与することができる。簡潔には、本開示に係る医薬組成物は、本明細書に記載の修飾T細胞集団を、1又は複数の薬学的又は生理学的に許容されるベクター、希釈剤又は賦形剤と組み合わせる含むことができる。このような組成物は、中性緩衝食塩水、リン酸塩緩衝食塩水などの緩衝剤;グルコース、マンノース、スクロース又はデキストランのような炭水化物、マンニトール;タンパク質;ポリペプチド又はグリシンなどのアミノ酸;酸化防止剤;EDTA又はグルタチオンなどのキレート剤;アジュバント(例えば水酸化アルミニウム);並びに防腐剤を含むことができる。本開示における組成物は、静脈内投与のために作製されることが好ましい。
本開示に係る医薬組成物は、治療(又は予防)される疾患に適する方式で投与される。臨床試験により適切な用量を決定できるが、投与量及び頻度は、患者の病状及び患者の疾患のタイプと重症度などの因子により決定される。
「免疫学的有効量」、「抗腫瘍有効量」、「腫瘍阻害有効量」又は「治療量」が示される場合、投与される本開示の組成物の正確な量は、患者の年齢、体重、腫瘍の大きさ、感染又は転移の程度及び患者(被験体)の病状の個人差を考慮して、医師によって決定される。本明細書に記載のT細胞を含む医薬組成物は、概して10〜10細胞/kg体重、好ましくは10〜10細胞/kg体重の投与量で投与することができ、これらの範囲内のすべての整数値を含むといえる。T細胞組成物は、これらの投与量で複数回投与することもできる。細胞は、免疫療法において一般に知られている注入技術を用いて投与することができる(例えば、Rosenbergら、New Eng. J. of Med. 319:1676,1988を参照)。特定の患者に対する最適な投与量及び治療計画は、疾患の徴候について患者をモニターし、それに応じて治療を調整することで、医学分野の当業者にとって容易に決定され得る。
特定の実施形態において、必要に応じて、活性化T細胞を被験体に投与し、続いて採血し(又はアフェレーシスを行い)、活性化及び増幅T細胞を回収し、それらを患者に再注入してもよい。このプロセスは数週間ごとに複数回行うことができる。特定の実施形態において、T細胞は、10cc〜400ccの採血から活性化することができる。特定の実施形態において、T細胞は、20cc、30cc、40cc、50cc、60cc、70cc、80cc、90cc、又は100ccの採血から活性化される。理論に束縛されるものではないが、この複数の血液採取/複数の再注入プロトコルを使用して、T細胞の特定の集団を選択することができる。
本明細書に記載される医薬組成物の投与は、エアロゾル吸入、注射、摂取、注入、インプランテーション又はトランスプランテーションを含む任意の好都合な方式で行うことができる。本明細書に記載の組成物は、患者に皮下、皮内、腫瘍内、節内、髄内、筋肉内、静脈内(i.v.)注射によって、又は腹腔内投与することができる。いくつかの実施形態において、本開示のT細胞組成物は、皮内又は皮下注射によって患者に投与される。別の実施形態において、本開示のT細胞組成物は、好ましくは静脈内投与される。T細胞組成物は、腫瘍、リンパ節又は感染部位に直接注射できる。
本開示の特定の実施形態において、本明細書に記載の方法、又はT細胞を治療レベルに増幅させる本分野で公知のほかの方法を用いて活性化及び増幅させた細胞は、限定するものではないが、抗ウィルス療法、MS患者に対するシドフォビル及びインターロイキン−2、シタラビン(ARA−Cともいう)又はナタリズマブ治療、若しくは乾癬患者に対するエファリズマブ治療若しくはPML患者に対する他の治療などの薬剤による治療を含む、任意の数の関連する治療方法と(例えば、その前、同時又は後に)併せて患者に投与される。更なる実施形態において、本開示のT細胞は、化学療法、放射線、免疫抑制剤(例えば、シクロスポリン、アザチオプリン、メトトレキセート、ミコフェノレート及びFK506)、抗体又は他の免疫除去剤(例えば、CAM PATH)、抗CD3抗体又は他の抗体療法、シトキシン、フルダリビン、シクロスポリン、FK506、ラパマイシン、ミコフェノール酸、ステロイド、FR901228、サイトカイン及び放射線照射と組み合わせて使用することができる。これらの薬物は、カルシウム依存性ホスファターゼカルシニューリンを阻害するか(シクロスポリン及びFK506)、又は成長因子誘発シグナル伝達に重要なp70S6キナーゼを阻害する(ラパマイシン)。(Liuら、Cell 66:807-815,1991;Hendersonら、Immun 73:316-321,1991;Biererら、Curr. Opin. Immun 5:763-773,1993;Isoniemi(上記と同様))。いくつかの実施形態において、本開示の細胞組成物は、骨髄移植、T細胞除去療法(フルダラビンなどの化学治療剤を使用する)、体外照射療法(XRT)、シクロホスファミド又は抗体(例えば、OKT3又はCAMPATH)と(例えばその前、同時又はその後に)併せて患者に投与される。別の実施形態において、本開示の細胞組成物は、B細胞除去療法(例えば、リツキサンなどのCD20と反応する試薬)の後に投与される。例えば、いくつかの実施形態において、被験体に対しては、高用量の化学療法及びその後の末梢血幹細胞移植による標準的な治療を受けることができる。特定の実施形態において、移植に続いて、被験体は、本開示の増幅された免疫細胞の注入を受ける。別の実施形態において、増幅された細胞は、外科手術の前又は後に投与される。
患者に投与される上記治療の投与量は、治療される病状の正確な性質及び治療のレシピエントによって変化する。ヒト投与のための投与量のスケーリングは、各種の因子に応じて当業界で受け入れられている実践に従って医師によって行うことができる。
遺伝子改変又は修飾されたT細胞を用いた癌治療の方法の他の情報は、米国特許番号US8,906,682に記載されており、前記米国特許は、その全体が引用により組み込まれる。
いくつかの実施形態は、修飾細胞のインビトロでの作製方法に関する。前記方法は、被験体から細胞サンプルを得ることを含んでもよい。例えば、サンプルは、T細胞又はT細胞の前駆細胞を含んでもよい。前記方法は、少なくとも一種のCARをコードするDNAで細胞をトランスフェクトし、CAR発現を選択的に増強させるT細胞が増殖した培地でCAR細胞集団をエキソビボで培養することを含んでもよい。いくつかの実施形態において、サンプルは、凍結保存したサンプルである。いくつかの実施形態において、細胞サンプルは、臍帯血に由来する。いくつかの実施形態において、細胞サンプルは、被験体の末梢血サンプルに由来する。いくつかの実施形態において、細胞サンプルは、アフェレーシスで得られる。いくつかの実施形態において、細胞サンプルは、静脈穿刺で得られる。いくつかの実施形態において、細胞サンプルはT細胞亜集団である。いくつかの実施形態において、内因性T細胞受容体及び/又は内因性HLAに関するCAR細胞の遺伝子が破壊され、CAR細胞の免疫原性が低下する。
例示的実施形態
以下、例示的実施形態を示す。
1.キメラ抗原受容体(CAR)をコードする核酸配列及び分化クラスター(CD)に関連する遺伝子の1又は複数のエキソンの破壊を含み、CARの細胞外ドメインがCD分子を認識する、修飾細胞。
2.CD分子に関連する遺伝子が、CD2、CD3/TCR、CD4、CD5、CD7、CD8、又はCD52遺伝子を含む、実施形態1に記載の修飾細胞。
3.CAR NK細胞又はCAR T細胞である、実施形態1又は2に記載の修飾細胞。
4.CARは、抗原に結合する細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞内ドメインを含む、実施形態1〜3のいずれかに記載の修飾細胞。
5.細胞内ドメインが、CD27、CD28、4−1BB、OX40、CD30、CD40、PD−1、ICOS、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7−H3、及びそれらのいずれかの組合せからなる群より選択される共刺激分子の細胞内ドメインを含む共刺激シグナル伝達ドメインを包含する、実施形態1〜4のいずれかに記載の修飾細胞。
6.修飾細胞が、CD2、CD3/TCR、CD4、CD5、CD7、CD8、又はCD52遺伝子の生合成又は輸送経路に関連する破壊された内在性遺伝子を有する、実施形態1〜5のいずれかに記載の修飾細胞。
7.CD分子に関連する遺伝子がCD3/TCR遺伝子であり、修飾細胞が減量されたTCRサブユニットの少なくとも一種、或いはCD3γ、CD3δ、CD3ε、又はCD3ζサブユニットの少なくとも一種を有する、実施形態1〜6のいずれかに記載の修飾細胞。
8.CD分子に関連する遺伝子がCD3/TCR遺伝子であり、修飾細胞が減量されたTRAC、CD3γ、CD3δ、又はCD3εサブユニットの少なくとも一種を有する、実施形態1〜7のいずれかに記載の修飾細胞。
9.CD分子に関連する遺伝子がCD3/TCR遺伝子であり、修飾細胞が低下したTRAC、CD3γ、CD3δ、及びCD3εサブユニットの発現を有する、実施形態1〜7のいずれかに記載の修飾細胞。
10.細胞外ドメインがCD3又はTCRに結合し、CARを含む細胞によるT細胞応答に比べ、修飾細胞が、被験体において減量を引き起こすか、或いは、別の修飾細胞によるT細胞応答を引き起こさず、前記CARの細胞外ドメインがCD3又はTCRに結合し、CD3/TCRに関連する遺伝子の1又は複数のエキソンの破壊を有さない、実施形態1〜9のいずれかに記載の修飾細胞。
11.CARの細胞外ドメインが、配列番号57のアミノ酸配列を含む、実施形態1〜10のいずれかに記載の修飾細胞。
12.CARの細胞外ドメインが、配列番号88及び/又は89のアミノ酸配列を含む、実施形態1〜11のいずれかに記載の修飾細胞。
13.CD分子に関連する遺伝子がCD3/TCR遺伝子であり、CARの細胞外ドメインが配列番号57、88又は89のアミノ酸配列を含む、実施形態1〜12のいずれかに記載の修飾細胞。
14.CD分子がCD4であり、CARの細胞外ドメインが配列番号58、90又は91のアミノ酸配列を含む、実施形態1〜13のいずれかに記載の修飾細胞。
15.CD分子がCD4であり、CARの細胞外ドメインが配列番号59、92又は93のアミノ酸配列を含む、実施形態1〜14のいずれかに記載の修飾細胞。
16.CD分子がCD5であり、CARの細胞外ドメインが配列番号94、95又は96のアミノ酸配列を含む、実施形態1〜15のいずれかに記載の修飾細胞。
17.修飾細胞が、T細胞受容体α定常(TRAC)分子における第1の標的部位と結合する、三つ以上の亜鉛フィンガードメインを含む第1の亜鉛フィンガータンパク(ZFP)と、TRAC遺伝子における第2の標的部位と結合する、三つ以上の亜鉛フィンガードメインを含む第2のZFPと、切断ドメインとを含む単離された亜鉛フィンガーヌクレアーゼ(ZFN)を包含し、第1のZFPが、第1のZFPのN端から第1のZFPのC端まで順に配列番号78、77、80、79、78及び87のアミノ酸配列を含み、第2のZFPが、第2のZFPのN端から第2のZFPのC端まで順に配列番号82、83、86及び84のアミノ酸配列を含むか、或いは、第1のZFPが、第1のZFPのN端から第1のZFPのC端まで順に配列番号26、25、26、27及び28のアミノ酸配列を含み、第2のZFPが、第2のZFPのN端から第2のZFPのC端まで順に配列番号30、31、26、32のアミノ酸配列を含み、第1の標的部位が配列番号81のアミノ酸配列を含み、第2の標的部位が配列番号85のアミノ酸配列を含むか、或いは、第1の標的部位が配列番号29のアミノ酸配列を含み、第2の標的部位が配列番号33のアミノ酸配列を含む、実施形態1〜16のいずれかに記載の修飾細胞。
18.CARをコードする核酸配列を細胞に導入することで修飾細胞を得ることと、細胞又は修飾細胞の遺伝子の1又は複数のエキソンを破壊することとを含む、実施形態1〜17のいずれかに記載の修飾細胞の作製方法。
19.実施形態1〜17のいずれかに記載の修飾細胞集団を含む医薬組成物。
20.被験体に実施形態1〜17のいずれかに記載の修飾細胞の治療有効量を投与することを含む方法であって、T細胞白血病が、大顆粒リンパ球性白血病、成人T細胞白血病/リンパ腫又はT細胞性前リンパ球性白血病の少なくとも一種を含む、T細胞白血病を治療する方法。
21.被験体に実施形態1〜17のいずれかに記載の修飾細胞の治療有効量を投与することを含む、CD分子を発現する癌を治療する方法。
22.CARを含む細胞のCD分子に関連する遺伝子の1又は複数のエキソンを破壊することで破壊されたCAR細胞を得ることと、CD分子を含む細胞を破壊されたCAR細胞の有効量と接触させることとを含む方法であって、CAR細胞に比べ、破壊されたCAR細胞は、増殖及び/又は生存レベルが増加した、CD分子を発現する細胞数の減少方法。
23.破壊されたCAR細胞が実施形態2〜17のいずれかに記載の修飾細胞である、実施形態22に記載の方法。
24.細胞を実施形態1〜17のいずれかに記載の修飾細胞の有効量と接触させることを含む、CD分子を発現する細胞数の減少方法。
25.細胞を実施形態1〜17のいずれかに記載の修飾細胞の有効量と接触させることを含む、CD分子を発現する細胞の増殖又は活性の抑制方法。
以下の実施例を参考して本開示をさらに説明する。また、これらの実施例は説明のみを目的として提供しており、他に特定されない限り、制限することを意図するものではない。従って、本開示は、以下の実施例に限定されると決して解釈すべきではなく、本明細書で提供される教示により明らかになる任意のすべての変形を包含すると解釈すべきである。
HEK293T及びK562細胞におけるCARの発現
CD19 CAR又はTSHR CARをコードするレンチウィルスベクターを作製した(Chimeric Receptors Containing CD137 Signal Transduction Domains Mediate Enhanced Survival of T Cells and Increased Antileukemic Efficacy,In Vivo Molecular Therapy、第17巻第8期、1453-1464、2009年8月を参照されたい。前記参考文献は、引用により本明細書に組み込まれる)。
初代T細胞は患者から得られた。レンチウィルスベクターを用いて得られた初代T細胞を形質導入して修飾されたT細胞が得られた。フローサイトメトリーを行って分析することで、初代T細胞におけるCARの発現を決定した。細胞培養、レンチウィルスベクター構築及びフローサイトメトリーに関連する技術は、Control of large,established tumor xenograftswith genetically retargeted human T cells containing CD28 and CD137 domains,PNAS 2009年3月3日、第106巻第9期、3360-3365から発見され、前記参考文献は、引用により本明細書に組み込まれる。
抗CD3/CD28ビーズを含むがCD19 ECDがない培地を用いてT細胞を培養した。形質導入されていないT細胞及びCD19 CAR T細胞の細胞増幅速度を観察し、図1に示した。
CD19細胞外ドメイン(ECD)の存在下でのCAR T細胞の刺激及び増幅
1日目に、CD19 CARをコードするレンチウィルスベクターを用いて初代T細胞を形質導入して修飾されたT細胞が得られ、上記修飾されたT細胞は、抗CD19を発現するCAR T細胞(以下、「CAR T19細胞」と称する)を含む。修飾されたT細胞を二つのグループに分けてそれぞれ培養した。第1グループのCAR T19細胞は、抗CD3とCD28ビーズ及びIL2で、第2グループのCAR T19細胞は、可溶性CD19(例えば、CD19の細胞外ドメイン(ECD)、配列番号41)、抗CD3とCD28ビーズ及びIL2でそれぞれ培養された。第2グループに対しては、最初に可溶性CD19を2マイクログラム用いてCAR T19細胞を500,000個培養し、CAR T19細胞が成長した後可溶性CD19を4マイクログラム用いた。細胞数を計測し、フローサイトメトリーによりCAR+細胞と修飾されたT細胞集団との比率を観察した。細胞集団におけるCARコピー数を計測した。
例えば、22日目に、CAR T細胞とCARを発現しないT細胞とは、異なる程度に成長した。図2の第5列に示すように、第2グループにおけるCAR T19細胞コピー数が第2グループにおけるqPCR分析によるものより高かった。図2の第6列に示すように、第2グループにおけるCAR T19細胞とT細胞との比率が、第1グループにおけるフローサイトメトリー分析を用いた比率より高かった。図3に示すように、縦軸は抗scFv PEを示し、フレーム領域はCAR T19細胞を表す。驚いたことに、培地にCD19 ECDを加えた結果、初期(この初期は約3日目から10日目)のCD19ECD不存在の培養に比べ、形質導入されていないT細胞もCD19 CAR T細胞も明らかな細胞増幅の増加が示されなかった。この時期の後、CD19 CAR T細胞の細胞増幅速度がCD19 ECDの不存在下で培養された細胞の増幅速度より高かった。これらの結果から、CD19は、インビトロでCAR T19細胞の長時間維持を刺激又は増強したが、短時間維持(例えば、10日間以下)に対しては明らかな増強を示さなかったことが分かった。
TSHR ECDの存在下でのCAR T細胞の刺激及び増幅
TSHR CARをコードするレンチウィルスベクターを用いて初代T細胞を形質導入して修飾されたT細胞が得られ、上記修飾されたT細胞は抗TSHRを発現するCAR T細胞(以下、「CAR T−TSHR細胞」と称する)を含む。修飾されたT細胞を凍結して30日間保存した。T細胞の凍結及び凍結T細胞の解凍に関連する技術は、Levineら、Molecular Therapy - Methods & Clinical Development,Molecular Therapy、第4巻、2017年3月17日から発見される。
修飾されたT細胞を解凍して二つのグループに分け、それぞれ培養した。第1グループのCAR T−TSHR細胞は、抗CD3とCD28ビーズ及びIL2で10日間培養し、第2グループのCAR T−TSHR細胞は、様々な濃度の可溶性TSHR(例えば、TSHRの細胞外ドメイン、配列番号34)、抗CD3とCD28ビーズ及びIL2で培養した。第2グループに対しては、CAR T−TSHR細胞500,000個と10、125、500ng/mlの可溶性TSHR ECDとをそれぞれ14日間培養した。フローサイトメトリーによりT細胞集団(図8及び図9)を観察し、顕微鏡でT細胞集団の細胞形態を観察した(図10)。
図8に示すように、TSHR ECD濃度の増加につれ、低SSC−A分散性FSC群が減少した。図8に示すように、第2グループの細胞に500ng/mlの可溶性TSHR ECDを添加したとき、CAR+細胞とCAR T−TSHR細胞との比率(P1)が明らかに増加した。図9及び図10に示すように、添加した抗原(TSHR−ECD)の割合の増加につれ、細胞片が減少し、TSHR ECDの不存在下で培養する場合に比べ、細胞がより良好な状態に保持されたことを示す。MFI(平均蛍光強度)は、細胞集団の平均蛍光位置を指し、数値として算出した。図10に示すように、500ngの抗原の刺激で、CAR蛍光(下の水平軸)が細胞集団の右に移動した。CAR陽性細胞の割合が増加し、強度が増加し、MFI値も向上した。これらの結果から、TSHRは、インビトロでCAR T−TSHR細胞の長時間維持を刺激又は増強したことを示した。
T細胞表現型の観察
T細胞表現型をさらに観察した。開始から30日目に、第2グループ中のCAR T19細胞とT細胞との比率が上昇し続けた(図4におけるP4フレームを参照)。CAR+及びCAR−細胞における記憶細胞マーカーCD62Lを分析し、培養されたT細胞集団の表現型を決定した。第2グループのCAR T19細胞において、T細胞集団の全部又は多数の細胞が記憶細胞の表現型を示した(例えば、CD62L hi)。図5の上の図にはCAR+細胞分析を示し、下の図にはCAR−細胞分析を示した。これらのデータから、CD19がCAR T細胞を誘導して記憶T細胞の表現型を生じさせたことを示した。
第1グループ及び第2グループにおけるCAR T19の機能分析
上述した実施形態を使用して第1グループ及び第2グループのCAR T19細胞を約1〜3週間培養した。その後、CAR T19細胞を洗浄し、CD19を含まない培養物に投入した。これらのCAR T19細胞をK562−CD19(E:T 1:1又は1:10)と共培養した。24時間、48時間、及び72時間後、培養物の上清を回収し、細胞から放出されたIFN−γを測定してCAR T19細胞の機能を決定した。
第1グループにも第2グループにもIFN−γが観察された。図6に示すように、24時間後、第2グループにおけるIFN−γが第1グループよりも明らかに高かった。第1グループにおけるCAR T細胞が低いエネルギー消費状態(例えば、記憶T細胞状態)にあり、細胞を活性化するのに一定の時間がかかる(図6を参照)。これらのデータから、CD19によるCAR T細胞の培養がCAR T細胞からのIFN−γの放出能を増強したことを示した。
CD19の除去によるCAR T19細胞に対する影響
CAR T19細胞をCD19と15日間以上培養した後、第3グループと第4グループに分けた。第3グループ中のCAR T19細胞を可溶性CD19で連続して培養したのに対して、第4グループ中のCAR T19細胞をCD19の不存在下で培養した。図7に示すように(例えば、27日目)、第4グループにおけるCAR+細胞数が第3グループよりも比較的低かった。これらのデータから、CD19がCAR T19細胞の存在の維持に寄与することを示した。
CAR T細胞増幅を促進するCAR及びヒンジドメインの付加アミノ酸の構築
それぞれ、シグナルペプチド(配列番号38)、抗原特異的一本鎖可変断片(scFv)(配列番号55又は21)、ヒンジドメイン(配列番号68、69、70又は71)、膜貫通ドメイン(配列番号72、73、74又は75)、1又は複数の共刺激ドメイン(配列番号3)、CD3−ζ(配列番号40)及びEGFPを連結することにより、各種のCAR(A、B、C及びD)を構築した(図12及び13を参照)。
初代T細胞は、ボランティアの末梢血から得られた。Miltenyi Biotec社からのPan−Tキットを用いて磁気ビーズによるネガティブ選択を行うことにより、末梢血からT細胞を回収した。初代T細胞が単離された翌日、回収されたT細胞を、A、B、C及びD CARを含むレンチウィルス(即ち、Lenti−CARs−IRES−EGFP)により感染させ、CAR T細胞を作製した。
感染させてから14日目、各グループ15,000個のCAR T細胞を回収し、1000ng/mlのCD19抗原(即ち、組換えヒトCD19タンパク質)を用いて培養した。15日間刺激した後、CD19の濃度が400ng/mlとなった。20日間刺激した後、CD19の濃度が200ng/mlとなり約130日間まで維持した。
刺激開始時の2日目、15日目(図14〜17)、17日目(図20)、65日目及び130日目、フローサイトメトリーによりCARの発現及び細胞形態を観察した。抗F(ab2)’−ビオチンとPE−ストレプトアビジン抗体との組合せをCAR発現の検出に用いた。FITCチャンネルをEGFP発現の検出に用い、細胞片及び細胞生存率の検出パラメーターがSSC/FSCであった。
130日目に、K562−RFP−CD19、K562−RFP、及びNalm6細胞を用いて上述した実施形態で維持されたCAR T細胞の機能を調べた。そのうち、K562−RFP−CD19及びNalm6がCD19陽性細胞であり、K562−RFPがCD19陰性細胞である。傷害作用(例えば赤色蛍光)及びサイトカイン放出(例えばIFN−g)を測定することでCAR T細胞の機能を評価した。そして、CAR分子のコピー数を調べた。
図14及び図15には、CD19の存在又は不存在下でのCAR T細胞の共培養の前又は後のフローサイトメトリー結果を示した。CAR T細胞におけるEGFP発現の変化を観察した。CAR分子はEGF付きのCAR−IRES−EGFPであった。そのため、CARを刺激した後、刺激されていないCARに比べ、緑色蛍光がより強かった。図14及び図15に示すように、EGFP−FITCの水平軸にP8フレームにおけるEGFP発現の強度が見出された。図14には、刺激前(第B/Dグループ)及び並行刺激なしのグループ(第A/Cグループ)を示し、図15には、刺激後(第B/Dグループ)及び並行刺激ありのグループ(第A/Cグループ)を示した。
図16及び図17には、CD19の存在又は不存在下でのCAR T細胞の共培養の前又は後の更なるフローサイトメトリー結果を示した。CAR T細胞におけるEGFP発現の変化を観察した。CAR分子はEGF付きのCAR−IRES−EGFPであった。そのため、CARを刺激した後、刺激されていないCARに比べ、緑色蛍光がより強かった。図16及び図17に示すように、垂直軸はCAR−PEを示し、水平軸はEGFP−FITCを示し、CAR分子にはEGFPが付けられていた(例えば、CAR−IRES−EGFP)。また、Q3−UR(左上隅)フレームには、CAR+EGFP+発現の強度を示した。図16には、CD19刺激を受けた後の表現型(第B/Dグループ)及び刺激なしの並行培養での表現型(第A/Cグループ)を示した。図20(図16及び図17に類似)には、17日目の第A及びDグループのフローサイトメトリー結果を示した。これらの結果から、CAR+EGFP+細胞の割合が増加し、これらの細胞が成長し続けたことが分かった。
これらの結果から、CD19刺激が抗CD19 CAR T細胞の成長維持に用いられ(図12及び図13を参照)、CD19刺激がCAR+のT細胞を濃縮又は特異的に刺激することができ(図14〜16を参照)、そしてインビトロでCD19タンパク質がT細胞を活性化させてCAR陽性細胞を連続して成長させて濃縮するために用いられた。
図18及び図19には、CAR T細胞におけるCD4/CD8表現型の変化を示した。この二つの図面には、同じ実験、即ち、CD19による刺激の前又は後の、異なるヒンジのある又はないCAR T細胞のCD8とCD4の比率の変化を示した。従来、抗原の持続的存在下で培養されたCAR T細胞が主にCD4細胞に徐々に転化したことを観察した。図18には、第A及びCグループにおける並行未処理のCAR T細胞表現型のフローサイトメトリー結果を示した。垂直軸はCD8であり、水平軸はCD4であった。左上領域はCD8+T細胞で、右下領域はCD4+T細胞であった。図19は、CD19刺激による細胞のフローサイトメトリー結果であり、CD4細胞の百分率が増加したことを示した。これらの結果から、抗CD19及び他の抗原刺激によりT細胞の組成を変更できることを示した。
図21には、CD19タンパク質で130日間培養された第DグループのCAR T細胞の傷害試験を示した。K562−RFP/k562 CD19−RFP細胞をそれぞれCAR T細胞と共培養し、130日目にその傷害作用を調べた。図21に示すように、右の3列には、1:1及び10:1でK562 CD19−RFP細胞の明らかな傷害が示され、フレームに示すとおりであった。CD19によるCAR T細胞に対するバックグラウンド刺激を考慮し、実験を開始する前、CD19タンパク質を除去し、その代りにCD19を含まないブイヨンを用いた。図21におけるこれらの結果から、CD19と共培養されたCAR T細胞は傷害機能を維持したことが分かった。また、第DグループにおけるこれらのCAR T細胞からのインターフェロンγ(IFN−g)の放出を調べた。図22には、第DグループにおけるCAR T細胞からのIFN−gの放出のフローサイトメトリー結果を示し、コピー数を算出した。第DグループのCAR T細胞をCD19陽性細胞(K562−RFP−CD19、nalm−6)と共培養し、サイトカイン放出を測定した。図22示すように、CD19を用いて130日間共培養されたCAR T細胞がCD19+細胞に対するIFN−gを放出した(図22の左図を参照)。右上の図では、フローサイトメトリー結果よりこれらのCAR T細胞のCAR発現を示した。横軸はEGFPを検出するためのFITCであり、縦軸はCAR分子を検出するためのPEであり、Q3−URによりCAR+EGFP+細胞比率を示した。右下の図には、qPCRにより測定したCAR T細胞のコピー数を示した。これらの結果から、CD19刺激によるCAR T細胞がCD19+細胞に対するIFN−gを放出したことが分かった。また、これらのCAR T細胞は、130日目にCAR陽性細胞表現型が維持された。同様に、CD19は130日目にCAR T細胞の成長を刺激し続けた。CAR+が完全陽性に近くと、コピー数が4より小さくなった。
CAR−Jurkat T細胞傷害試験
Jurkat T細胞にCD19−CARをコードする核酸配列を導入した。傷害試験を行い、傷害機能がない又は弱いと観察した。T細胞マーカーの更なる発現を分析した。CD3を発現したとき、CAR−Jurkat T細胞がCD4の低発現及びCD8の不発現を示した。これらの結果から、腫瘍細胞の成長抑制では、hTERT及び/又はSV40LTをコードする核酸配列を包含する増殖性T細胞がCAR−Jurkat T細胞より優れていることが分かった。
修飾細胞の作製
最初の健常ヒトT細胞(0日目)の単離から、1日目にhTERT単独(「単独」とはこの一種だけを意味する)、SV40LT単独、hTERT+SV40LT、hTERT+マウスCD19CAR、SV40LT+マウスCD19CAR、hTERT+SV40LT+マウスCD19CARでヒトT細胞を感染させた(図23を参照)。計6つのグループを測定した。
FACSによりCD3、CD4、CD8、CD279、mCARの発現を複数回検出した。そして、細胞を培養し、92日目に細胞を分析してmCAR(マウスCAR)を検出した。92日目にmCARを再度転移した。95日目にE:T:1:1、3:1、10:1、30:1の比率で共培養(腫瘍とエフェクターとの共培養)を行った(単位:百万細胞)。
蛍光シグナルを集めることで4時間及び24時間の傷害作用を測定した。24時間後、上清(共培養物)を回収し、IFN−gの放出を測定した。m19CAR(有)とは、感染開始の時に既にm19CARが感染された場合を指す。
図24、図25、及び図26は、複数のT細胞の傷害作用を示す蛍光写真である。K562−CD19は、K562細胞の表面にCD19タンパク質(E:T:30:1及び10:1の比率)を過剰発現することで構築された細胞系であった。結果として、24時間の傷害作用を示した。不死化T細胞は、3日間の前にレンチウィルスに感染されたことで、ラット由来のCARと一緒に転移し、不死化T細胞のCAR発現が許容された。その後、死亡させてIFN−g放出を測定するために、これらの転移した細胞を腫瘍細胞と共培養した。
図24では、K562−CD19単独は、k562−CD19自体の細胞状態(腫瘍自体だけで他の細胞を添加しない)を示す。陰性コントロール10:1では、野生型T細胞を腫瘍細胞(RK562−CD19)と共培養し、傷害作用がない(E:T:10:1の比率)ことを示した。陰性コントロール30:1では、野生型T細胞を腫瘍細胞(RK562−CD19)と共培養し、傷害作用がない(E:T:30:1の比率)ことを示した。陽性コントロールm19CAR(1101):30:1では、CAR T細胞(mCARに感染したT細胞)を腫瘍細胞(RK562−CD19)と共培養し、有意な割合の傷害作用を示した(E:T:30:1の比率)。
図25には、不死化細胞に対する有効性検証を示した。Sv40LT単独+m19CAR(有)10:1について、不死化T細胞をマウスmCARウィルスに感染させて(sv40LTと共に転移して)腫瘍細胞(RK562−CD19)と共培養し、一定の傷害作用を示した(E:T:Sv40lt単独+m19CAR T細胞10部と腫瘍細胞1部の比率)。Sv40LT単独+m19CAR(有)30:1について、不死化T細胞をmCARウィルスに感染させて(sv40LTと共に転移して)腫瘍細胞(RK562−CD19)と共培養し、良好な傷害作用を示した(E:T:30:1:Sv40lt+m19CAR T細胞30部と腫瘍細胞1部の比率)。Sv40LT+hTERT+m19CAR(有)10:1について、不死化T細胞をマウスmCARウィルスに感染させて(sv40LT及びhTERTと共に転移して)腫瘍細胞(RK562−CD19)と共培養し、非常に少ない傷害作用を示した(E:T:10:1:Sv40LT+hTERT+m19CAR T細胞10部と腫瘍1部の比率)。Sv40lt+hTERT+m1 9CAR(有)30:1について、不死化T細胞をmCARウィルスに感染させて(sv40LT及びhTERTと共に転移して)腫瘍細胞(RK562−CD19)と共培養し、傷害作用を示した(E:T:Sv40LT+hTERT+m19CAR T細胞30部と腫瘍細胞1部の比率)。
図26には、不死化細胞に対する安全性検証を示した。Sv40LT単独10:1について、CARウィルスに感染していない(sv40LTと共に転移した)不死化T細胞を腫瘍細胞(RK562−CD19)と共培養し、傷害作用がないことを示した(E:T:Sv40LT T細胞単独10部と腫瘍細胞1部の比率)。Sv40LT単独30:1について、CARウィルスに感染していない(sv40LTと共に転移した)不死化T細胞を腫瘍細胞(RK562−CD19)と共培養し、傷害作用がないことを示した(E:T:Sv40lt T細胞単独30部と腫瘍細胞1部の比率)。hTERT単独10:1について、不死化T細胞を(hTERTと共に転移して)腫瘍細胞(RK562−CD19)と共培養し、傷害作用がないことを示した(E:T:hTERT T細胞単独10部と腫瘍細胞1部の比率)。hTERT単独30:1について、CARウィルスに感染していない(sv40LTと共に転移した)不死化T細胞を腫瘍細胞(RK562−CD19)と共培養し、傷害作用がないことを示した(E:T:hTERT T細胞単独30部と腫瘍細胞1部の比率)。hTERT+SV40LT 10:1について、CARウィルスに感染していない(hTERT及びSV40LTと共に転移した)不死化T細胞を腫瘍細胞(RK562−CD19)と共培養し、傷害作用がないことを示した(E:T:hTERT+SV40LT T細胞10部と腫瘍細胞1部の比率)。hTERT+SV40lt 30:1について、CARウィルスに感染していない(hTERT及びSV40LTと共に転移した)不死化T細胞を腫瘍細胞(RK562−CD19)と共培養し、傷害作用がないことを示した(E:T:hTERT+SV40LT T細胞30部と腫瘍細胞1部の比率)。
図27〜31は、複数の不死化単一細胞のシーケンシング解析を示す図である。分析から、T細胞傷害機能に関連する特定の遺伝子の発現が増加したので、これらのT細胞の細胞毒性が改善されたことが分かった。例えば、野生型T細胞に比べ、不死化T細胞においてGAMAの発現が有意に増加した。
表1には、上記実験に係るDNA及び/又はタンパク質ポリペプチド配列をまとめた。
図1に示すように、CD19 CAR(配列番号21)をコードするレンチウィルスベクター及び配列1又は6を含むレンチウィルスベクター(ef1a−TK−IRES−rtTA−TRE−hTERT:5’から3’まで順に、配列番号:1、2、3、4、5、6、又はef1a−rtTA−TRE−hTERT:5’から3’まで順に、配列番号1、4、5、及び6)で、健常ドナーからの初代T細胞を形質導入して形質導入T細胞が得られ、前記T細胞は1日目に抗CD19 CARを発現した不死化T細胞(以下、「抗CD19 CAR増殖性T細胞」と称する)を含む。抗CD19 CAR増殖性T細胞を各々のグループに分け、様々な濃度のドキシサイクリン(Dox)、CD19細胞外ドメイン(ECD)、及び/又はガンシクロビル(GCV)の存在下で異なる培地で培養した。若干のグループにおいて、CD19 ECD(配列番号22)を培地(1mg/250,000個のCAR T細胞)に添加し、CD19 CARを発現する細胞の百分率が増加した。
第1グループでは、1日目から、形質導入細胞をDox(2μg/ml)含有培地で培養した。42日目に、CD19 ECDを培地に添加した(CAR T細胞500,000個/可溶性CD19 2マイクログラム)。90日目に、形質導入細胞に対してフローサイトメトリー分析を行った。図32は不死化T細胞におけるCAR発現のフローサイトメトリー結果を示す。
第2グループでは、Dox(2μg/ml)含有培地で形質導入細胞を約92日間培養し、2つのサブグループに分けた。92日目に、Doxを第1サブグループから除去し、第2サブグループではDoxを維持した。この2つのサブグループでの細胞成長を観察し、その結果を図33に示した。
第3グループでは、Dox(2μg/ml)及びCD19 ECD(1mg/250,000個のCAR T細胞)を含有する培地で形質導入細胞(ef1a−TK−IRES−rtTA−TRE−hTERT)を培養した。90日目に、様々な濃度のGCVを形質導入細胞に添加した。この2つのサブグループでの細胞成長を観察し、その結果を図34〜36に示した。NTは非形質導入T細胞を表し、GCVの存在下で成長し続けた。DTT細胞は形質導入T細胞を表し、GCVの存在下で成長が悪かった。
第4グループでは、Dox(2μg/ml)及びCD19 ECD(1mg/250,000個のCAR T細胞)を含有する培地で、異なる細胞濃度で形質導入細胞を培養した。90日目に細胞成長を測定し、その結果を図37、図38、及び図44に示した。
第5グループでは、Dox(2μg/ml)及びCD19 ECD(1mg/250,000個のCAR T細胞)を含有する培地で形質導入細胞を培養した。90日目にこれらの細胞に対して傷害試験を行い、その結果を図39に示した。
第6グループでは、形質導入細胞に、TRAC遺伝子での部位特異的変異導入を実現するように構築されたTRAC特異的ZFNを導入した。実質的にはUrnovら(2005) Nature 435(7042):646-651、Lombardoら(2007年11月) Nat Biotechnol. 25(11):1298-306及び米国特許公開番号2008/0131962の書類に開示されるように、各種のZFNを設計してプラスミドベクターに組み込んだ。ZFNは、亜鉛フィンガー結合ドメイン(例えばZFN左及びZFN右結合ドメイン)の各種の組合せを含み、これらの組合せは、表1、表2、及び表3に示された。ZFNの切断ドメインは、遺伝子改変FokI切断ドメイン(配列番号23又は24)を含む。一対のZFNをコードするmRNA(表2を参照)を形質導入細胞に導入し、TCRのα鎖に関連する標的ゲノム遺伝子座を修飾した。CD3の発現を測定し、その結果を図40〜42に示した。
試薬(例えば、ECD CD19)及び/又は増殖的修飾(例えば、hTERT)の貢献を調べた。図44には、異なる条件で各グループのCAR T細胞の細胞成長を示した。A:第1グループ:ECD CD19及びDoxを含む培地で増殖性CD19 CAR T細胞(hTERT)を培養した。第2グループ:Doxを含むがECD CD19を含まない培地で増殖性CD19 CAR T細胞(hTERT)を培養した。第3グループ:Dox及びECD CD19を含まない培地でCD19 CAR T細胞を培養した。B:第1グループ:ECD CD19及びDoxを含まない培地でCD19 CAR T細胞(h19CAR)を培養した。第2グループ:Doxを含むがECD CD19を含まない培地でデュアルスイッチ(デュアルスイッチh19CAR+dox)を有する増殖性CD19 CAR T細胞を培養した。第2グループ:Dox及びECD CD19を含む培地でデュアルスイッチ(デュアルスイッチh19CAR+dox+cd19)を有する増殖性CD19 CAR T細胞を培養した。これらの結果から、試薬及び/又は増殖的修飾がインビトロでのCAR T細胞の長時間維持に寄与することを示した。
抗原発現K562細胞系の構築
各種の抗原をコードする核酸配列を含むレンチウィルスを用いてK562細胞を形質導入して(図39)、標的腫瘍細胞系(k562−CD19腫瘍細胞)を構築した。レンチウィルスはIRES−mCherry(赤色)構築物を含み、前記構築物が抗原の発現を確認するために赤色蛍光をコードする。これらの細胞系から赤色蛍光シグナルが観察され、標的固形腫瘍細胞系を構築することに成功したことを示した(図39)。細胞系の構築技術は、「Chimeric Receptors Containing CD137 Signal Transduction Domains Mediate Enhanced Survival of T Cells and Increased Antileukemic Efficacy」 In Vivo Molecular Therapy、第17巻第8期、1453-1464、2009年8月から発見され、前記参考文献は、引用により本明細書に組み込まれる。K562細胞は、米国タイプカルチャーコレクション(ATCC)から入手した。
CAR T細胞の構築
各種のCARを含むレンチウィルスを用いて初代T細胞を形質導入し、表1に示す異なる抗原を標的とする異なるCAR T細胞系を構築した。若干の実験において、レンチウィルスは、図23に示す核酸配列1〜4又は6を含んでもよい。これらの細胞は健常なヒトドナーから得られた。レンチウィルスはそれぞれ、CAR分子をコードする核酸配列を含み、さらにIRES−mCherry(緑色)構築物を含み、前記構築物がCARの発現を確認するために緑色蛍光をコードする。CARの発現を測定してCAR T細胞系が特異的抗原分子を発現したことを確認した。細胞培養、レンチウィルスベクター構築及びフローサイトメトリーに関連する技術は、「Treatment of Advanced Leukemia in Micewith mRNA-Engineered T Cells」Human Gene Therapy,22:1575-1586(2011年12月)から発見され、前記参考文献は、引用により本明細書に組み込まれる。
T細胞傷害試験
CAR T細胞傷害試験を行ってCAR T細胞の有効性を測定した。健常ヒトドナーの血液サンプルから初代T細胞を得た。図23(図24〜26及び図39)に示すように、CARをコードする核酸配列及び核酸配列1〜4又は6を用いてこれらのT細胞を形質導入し、フローサイトメトリーによりT細胞でのCAR発現を測定した。
対応するヒト抗原をコードする核酸配列でK562細胞をそれぞれ形質導入し、フローサイトメトリーにより抗原発現を測定した。蛍光タンパク質(RFP)をコードする核酸配列で別の抗原発現K562細胞を形質導入して傷害試験分析に用いた。各種のCAR T細胞及び対応するK562細胞を様々なE:T比率(30:1、10:1、3:1、1:1)で24時間インキュベートし、共培養細胞からの赤色蛍光シグナルが観察された。
インビボ抗腫瘍活性
過去二十年では、ヒト癌細胞又は腫瘍生検組織を免疫不全の齧歯動物(異種移植モデル)に異種移植し、新規な癌の治療剤を開発するための主な前臨床スクリーニングを構成する(Songら、Cancer Res. PMC 2014年8月21日、2159-2169及びMortonら、Nature Protocols,2,247-250 (2007))。CAR T細胞の体内抗腫瘍活性を評価するために、腫瘍異種移植片を保有する免疫不全マウスをCAR Tの抗腫瘍活性の評価に用いた。
K562−CD19−RFP細胞は、CD19腫瘍異種移植片を保有する免疫不全マウスを構築するために用いられた。120日目に、K562−PRLR−RFP細胞を免疫不全マウスに尾静脈注射した。122日目又は123日目に、2Gyで免疫不全マウスを放射線照射した。3日目に、免疫不全マウスでは腫瘍細胞の形成が観察された。
123日目に、抗CD19ヒトCAR T細胞(即ち、抗CD19 CAR T)を免疫不全マウスに注入し、免疫不全マウスでは抗腫瘍活性が観察された。本開示に記載の実施形態で抗CD19 CAR T細胞を作製した。注入後から三週間又は四週間後、フローサイトメトリーにより、免疫不全マウスの末梢血を使用してk562−CD19−RFP細胞の存在を評価した。コントロールでは、緩衝液を免疫不全マウスに注入し、免疫不全マウスが四週間から六週間で死亡した。抗CD19 CAR Tを注入した免疫不全マウスについては、k562−CD19−RFP細胞が観察されておらず、免疫不全マウスが正常に動いた。免疫不全マウスでは、ヒトCD3細胞がさらに観察された(図43)。結論として、CAR増殖性T細胞は、マウスで抗腫瘍活性を有する。以下の表4には前記実施形態に関する他の情報を示した。
初代T細胞でのCAR/抗原の発現
初代T細胞は患者から得られた。得られた初代T細胞を2つのグループに分けた。抗TSHR CARをコードする核酸配列(配列番号49)を含むレンチウィルスベクターで第1グループにおける初代T細胞を形質導入した。TSHRをコードする核酸配列(配列番号43)を含むレンチウィルスベクターで第2グループにおける初代T細胞を形質導入した。フローサイトメトリーを行って分析することで、初代T細胞でのCAR及びTSHRの発現をそれぞれ決定した(図45及び図46)。細胞培養、レンチウィルスベクター構築及びフローサイトメトリーに関連する技術は、「Control of large,established tumor xenograftswith genetically retargeted human T cells containing CD28 and CD137 domains」 3360-3365 PNAS 2009年3月3日、第106巻第9期に発見され、前記参考文献は、引用により本明細書に組み込まれる。
インビボでのサイトカイン放出の測定
第1グループ及び第2グループの初代T細胞をマウスに注入した(実験群)。コントロールとして、第1グループの初代T細胞単独又は緩衝液をマウスに注入した(第1コントロール及び第2コントロール)。以下の表5には、細胞注入に関するいくつかのパラメーターを示した。NPGマウスを放射線照射し、所定量のCAR T細胞及び対応するコントロール剤をマウスに注入した。第2コントロールについては、緩衝液をマウスに3回連続して戻した。第1コントロールについては、抗原を発現しないT細胞を3回連続して戻した。実験群については、抗原を発現したT細胞を3回連続して注入した。注入が完了した後、角膜縁静脈からの血液を回収してマウス末梢血におけるT細胞及び因子放出を分析した。その後、マウスを殺し、各臓器におけるT比率/CAR T細胞比率/CAR Tコピー及び他のデータを集めた。そして、サイトカイン放出の測定を行った。実験群及びコントロールについて、マウス末梢血における各種のサイトカイン(例えば、IFNg、IL4、IL2)を測定した。図47〜49に示すように、実験群で放出されたサイトカインは、コントロールよりも量が大きかった。これらの結果から、抗原を発現する細胞の注入により、対応するCAR T細胞のT細胞応答を増強したことを示した。以下の表6には、体内分析のスケジュールを示した。
以上のように、本明細書に記載される治療方法は、他の種又は被験体、例えばヒトに容易に適用される。
本明細書に引用される全ての出版物、特許、及び特許出願はいずれも、それぞれ個々の出版物、特許、又は特許出願が引用により組み込まれると明らかで個々に指示されるように、引用により全体として本明細書に組み込まれる。各種の実施形態により上述した内容を記載したが、本分野の当業者であれば、その精神を逸脱しない範囲で様々な補正、置換、省略及び変更を行うことができると理解すべきである。

Claims (20)

  1. キメラ抗原受容体(CAR)を含む細胞を提供することと、
    前記CARの細胞外ドメインが結合する試薬の存在下で前記細胞を培養して、CAR細胞を得ることと、
    を含む、方法。
  2. CARをコードする核酸配列と、hTERT若しくはSV40LT又はその組合せをコードする核酸配列と、を前記細胞に導入することを更に含む、請求項1に記載の方法。
  3. 前記試薬が前記CARの前記細胞外ドメインに結合して前記CARを含む前記細胞の応答を媒介するか、或いは、前記試薬が前記CARの前記細胞外ドメインが結合する抗原の細胞外ドメインである、請求項1又は2に記載の方法。
  4. 前記抗原が、上皮成長因子受容体(EGFR)、上皮成長因子受容体の変異体III(EGFRvIII)、ヒト上皮成長因子受容体2(HER2)、メソテリン(MSLN)、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、ジシアロガングリオシド2(GD2)、インターロイキン−13Ra2(IL13Rα2)、グリピカン−3(GPC3)、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、L1細胞接着分子(L1−CAM)、癌抗原125(CA125)、分化クラスター133(CD133)、線維芽細胞活性化タンパク質(FAP)、癌・精巣抗原1B(CTAG1B)、ムチン1(MUC1)、葉酸受容体α(FR−α)、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、B細胞成熟抗原(BCMA)、又はCD4である、請求項3に記載の方法。
  5. 前記試薬で培養した後、前記試薬の量と前記CAR細胞の数量との比が1:5000〜1:5(μg/10細胞)である、請求項1又は2に記載の方法。
  6. 培地における前記試薬の濃度が2〜10ng/mlである、請求項1又は2に記載の方法。
  7. 前記CARを含む前記T細胞を提供することは、前記CARをコードする核酸配列を含むベクターを前記T細胞に導入した後、前記試薬の不存在下で前記T細胞を少なくとも8日間培養することを含み、前記試薬の存在下で前記T細胞を培養することは、前記少なくとも8日間後、前記T細胞を培養することを含む、請求項1又は2に記載の方法。
  8. 前記CARを発現する前記CAR細胞と前記CARを発現しない前記細胞との数量比が、前記試薬の不存在下で前記細胞を培養する場合の比より大きい、請求項1又は2に記載の方法。
  9. hTERTをコードする前記核酸配列、SV40LTをコードする核酸、又はその組合せの組込みが、hTERTをコードする前記核酸配列、SV40LTをコードする核酸、又はその組合せのゲノム組込み、及びhTERT、SV40LTをコードする核酸、又はその組合せの構成的発現を含む、請求項1又は2に記載の方法。
  10. hTERT若しくはSV40LT又はその組合せをコードする前記核酸配列の発現が、誘導性発現系により調節される、請求項1又は2に記載の方法。
  11. 自殺遺伝子をコードする核酸配列を前記細胞に導入し、前記自殺遺伝子の発現が許容されるようにヌクレオシド類似体で前記細胞を培養し、前記ヌクレオシド類似体に前記CAR細胞に対する細胞毒性を持たせることを更に含む、請求項1又は2に記載の方法。
  12. 前記CARが、細胞外ドメイン、スペーサードメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞内ドメインを含む、請求項1又は2に記載の方法。
  13. 前記CARの前記スペーサードメインが、配列番号68又は69のアミノ酸配列を含むか、あるいは、前記CARの前記膜貫通ドメインが、配列番号72又は75のアミノ酸配列を含み、前記CARの前記スペーサードメインが、配列番号68のアミノ酸配列を含む、請求項12に記載の方法。
  14. 前記試薬が、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、又はCD4の少なくとも一種の細胞外ドメイン、もしくは、配列番号18〜27のアミノ酸配列の少なくとも一種を含む、請求項1又は2に記載の方法。
  15. 前記試薬が、GCC、B7−H4、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、癌胎児性抗原(CEA)、IL13Rα、her−2、CD19、CD20、CD22、CD123、NY−ESO−1、HIV−I Gag、Lewis Y、Mart−I、gp100、チロシナーゼ、WT−I、h TERI、MUC16、メソテリン、MIC−A、MIC−B、エストロゲン、プロゲステロン、RON、又はULBP/RAETlファミリーの1又は複数のメンバーの細胞外ドメインの少なくとも一種を含む、請求項1又は2に記載の方法。
  16. 前記細胞が、T細胞又はナチュラルキラー(NK)細胞である、請求項1〜15のいずれかに記載の方法。
  17. 請求項1〜16のいずれかに記載の方法で得られる前記CAR細胞を含む、医薬組成物。
  18. hTERTをコードする核酸配列又はSV40LTをコードする核酸又はその組合せを含む修飾されたT細胞であって、hTERTをコードする前記核酸配列又はSV40LTをコードする核酸又はその組合せを前記修飾されたT細胞のゲノムに組み込み、前記修飾されたT細胞が、hTERT、SV40LT、又はその組合せを構成的に発現する、修飾されたT細胞。
  19. 前記修飾されたT細胞が、CARをコードする核酸配列をさらに含み、
    前記修飾されたT細胞が、前記CARが結合する抗原を発現する細胞を抑制でき、
    前記CAR及びhTERT又はSV40LTをコードする前記核酸配列又はその組合せが、別々のポリペプチドの遺伝子生成物として発現される、
    請求項18に記載の修飾されたT細胞。
  20. hTERTをコードする前記核酸配列、SV40LTをコードする核酸又はその組合せの発現が、誘導性発現系によって調節される、及び/又は、前記修飾されたT細胞が、自殺遺伝子をコードする核酸配列を含む、請求項18に記載の修飾されたT細胞。
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