JP2020504709A - 制御された化学量論を有するポリヌクレオチドライブラリおよびその合成 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2016年11月18日に出願された米国仮特許出願第62/424,302号、2017年8月21日に出願された米国仮特許出願第62/548,307号、および2017年9月14日に出願された米国仮特許出願第62/558,666号の利益を主張し、これらの各々は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出され、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる配列表を含んでいる。2017年11月13日に作成された前記ASCIIのコピーは、44854−730_601_SL.txtというファイル名であり、5,304バイトのサイズである。
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、個々の刊行物、特許、または特許出願が参照により組み込まれるように具体的かつ個々に示されているかのような程度で、参照により本明細書に組み込まれる。
98C、30秒
98C、10秒;63C、10秒;72C、10秒;12サイクルを繰り返す
72C、2分
DNAポリメラーゼ1を用いたポリヌクレオチドライブラリの増幅は、15PCRサイクル度に20倍より多くの配列ドロップアウトをもたらした(図29)。
DNAポリメラーゼ1を用いて増幅されたポリヌクレオチドの分布は、DNAポリメラーゼ2で増幅されたポリヌクレオチドの分布より大きかった。
DNAポリメラーゼ1で増幅されたライブラリのポリヌクレオチド分布は、平均値の1.5倍以内に存在する配列の64%を有した。
同じライブラリをDNAポリメラーゼ2で増幅した場合、>89%の配列が平均の1.5倍以内に存在し、DNAポリメラーゼ2で増幅されたライブラリがDNAポリメラーゼ1よりもはるかに低いバイアスを有することを示した。
DNAポリメラーゼ1を用いて増幅されたライブラリに導入されたバイアスは、ポリヌクレオチドライブラリをカバーするのに必要なスクリーニング成果を高める。
ポリヌクレオチドは、対象の標的エクソンの続く捕捉のためのプローブを形成するために、PCRを使用して(または個体フェーズ合成中に直接)、ビオチン等の分子タグに結合される。
プローブをゲノム核酸のライブラリの配列にハイブリダイズし、未結合の配列から分離する。
未結合のプローブを洗い流して、cDNA配列で濃縮された標的ライブラリを残した。
次に、濃縮されたライブラリを、NGSを使用して配列し、および各予測される遺伝子に関する読み取りを、遺伝子を標的とするのに使用されるcDNAプローブの関数として測定する。
Claims (78)
- ポリヌクレオチドライブラリであって、ポリヌクレオチドライブラリは少なくとも5000のポリヌクレオチドを含み、ゲノムフラグメントとのハイブリダイゼーションおよびハイブリダイズされたゲノムフラグメントのシーケンシングに続いて、ポリヌクレオチドライブラリが、ゲノムフラグメントの塩基に関して最大55倍の理論上の読み取り深度のための条件下で、ゲノムフラグメントの塩基の少なくとも90パーセントの少なくとも30倍の読み取り深度を提供するような量で、少なくとも5000のポリヌクレオチドの各々は存在する、ポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、ゲノムフラグメントの塩基に関して最大55倍の理論上の読み取り深度のための条件下で、ゲノムフラグメントの塩基の少なくとも95パーセントの少なくとも30倍の読み取り深度を提供する、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、ゲノムフラグメントの塩基に関して最大55倍の理論上の読み取り深度のための条件下で、ゲノムフラグメントの塩基の少なくとも98パーセントの少なくとも30倍の読み取り深度を提供する、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、ゲノムフラグメントの塩基に関して少なくとも90パーセントの固有の読み取りを提供する、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、ゲノムフラグメントの塩基に関して少なくとも95パーセントの固有の読み取りを提供する、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、平均読み取り深度の約1.5倍以内の読み取り深度を有するゲノムフラグメントの塩基の少なくとも90パーセントを提供する、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、平均読み取り深度の約1.5倍以内の読み取り深度を有するゲノムフラグメントの塩基の少なくとも95パーセントを提供する、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、平均読み取り深度の約1.5倍以内の読み取り深度を有する、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントのGCの割合を有しているゲノムフラグメントの少なくとも90パーセントを提供する、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、平均読み取り深度の約1.5倍以内の読み取り深度を有する、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントの反復配列または二次構造配列の割合を有しているゲノムフラグメントの少なくとも約80パーセントを提供する、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ゲノムフラグメントの各々は、約100塩基から約500塩基の長さである、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドの少なくとも約80パーセントは、ポリヌクレオチドライブラリに関する平均表示の少なくとも約1.5倍以内の量で表示される、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドの少なくとも30パーセントは、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントのGCの割合を有しているポリヌクレオチドを含む、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドの少なくとも約15パーセントは、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントの反復配列または二次構造配列の割合を有しているポリヌクレオチドを含む、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドは、少なくとも1000の遺伝子をコードする、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、少なくとも100,000のポリヌクレオチドを含む、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、少なくとも700,000のポリヌクレオチドを含む、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- 少なくとも5,000のポリヌクレオチドは少なくとも1つのエクソン配列を含む、請求項1に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- 少なくとも700,000のポリヌクレオチドは、総体として単一のエクソン配列を含むポリヌクレオチドの少なくとも1つのセットを含む、請求項16に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- 少なくとも700,000のポリヌクレオチドは少なくとも150,000セットを含む、請求項18に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリであって、ポリヌクレオチドライブラリは少なくとも5000のポリヌクレオチドを含み、ポリヌクレオチドの各々は約20〜200塩基の長さであり、複数のポリヌクレオチドは、少なくとも1000のあらかじめ選択された遺伝子に関して各エクソンからの配列をコードし、各ポリヌクレオチドは分子タグを含み、少なくとも5000のポリヌクレオチドの各々は、ゲノムフラグメントとのハイブリダイゼーションとハイブリダイズされたゲノムフラグメントのシーケンシングに続いて、ポリヌクレオチドライブラリが、ゲノムフラグメントの塩基に関して最大55倍の理論上の読み取り深度のための条件下で、ゲノムフラグメントの塩基の少なくとも90パーセントの少なくとも30倍の読み取り深度を提供するような量で存在する、ポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、ゲノムフラグメントの塩基に関して最大55倍の理論上の読み取り深度のための条件下で、ゲノムフラグメントの塩基の少なくとも95パーセントの少なくとも30倍の読み取り深度を提供する、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、ゲノムフラグメントの塩基に関して最大55倍の理論上の読み取り深度のための条件下で、少なくとも98パーセントのゲノムフラグメントの塩基の少なくとも30倍の読み取り深度を提供する、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、ゲノムフラグメントの塩基に関して少なくとも90パーセントの固有の読み取りを提供する、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、ゲノムフラグメントの塩基に関して少なくとも95パーセントの固有の読み取りを提供する、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、平均読み取り深度の約1.5倍以内の読み取り深度を有するゲノムフラグメントの塩基の少なくとも90パーセントを提供する、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、平均読み取り深度の約1.5倍以内の読み取り深度を有するゲノムフラグメントの塩基の少なくとも95パーセントを提供する、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、平均読み取り深度の約1.5倍以内の読み取り深度を有する、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントのGCの割合を有しているゲノムフラグメントの90パーセントより多くを提供する、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、平均読み取り深度の約1.5倍以内の読み取り深度を有する、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントの反復配列または二次構造配列の割合を有しているゲノムフラグメントの約80パーセントより多くを提供する、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ゲノムフラグメントの各々は、約100塩基から約500塩基の長さである、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドの約80パーセントより多くが、ポリヌクレオチドライブラリに関する平均表示の少なくとも約1.5倍以内の量で表示される、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドの30パーセントより多くが、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントのGCの割合を有しているポリヌクレオチドを含む、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドの約15パーセントより多くが、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントの反復配列または二次構造配列の割合を有しているポリヌクレオチドを含む、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、少なくとも100,000のポリヌクレオチドを含む、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリは、少なくとも700,000のポリヌクレオチドを含む、請求項20に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- 少なくとも700,000のポリヌクレオチドは、総体として単一のエクソン配列を含むポリヌクレオチドの少なくとも1つのセットを含む、請求項34に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- 少なくとも700,000のポリヌクレオチドは少なくとも150,000セットを含む、請求項35に記載のポリヌクレオチドライブラリ。
- ポリヌクレオチドライブラリを生成するための方法であって、該方法は:
a.少なくとも5000のポリヌクレオチドをコードするあらかじめ決定された配列を提供する工程;
b.少なくとも5000のポリヌクレオチドを合成する工程;および
c.ポリヌクレオチドライブラリを形成するためにポリメラーゼで少なくとも5000のポリヌクレオチドを増幅する工程であって、ここで、少なくとも5000のポリヌクレオチドの約80パーセントより多くは、ポリヌクレオチドライブラリに関する平均表示の少なくとも約2倍以内の量で表示される、工程、
を含む、方法。 - 少なくとも5000のポリヌクレオチドの約80パーセントより多くが、ポリヌクレオチドライブラリに関する平均表示の少なくとも約1.5倍以内の量で表示される、請求項37に記載の方法。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドの30パーセントより多くが、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントのGCの割合を有しているポリヌクレオチドを含む、請求項37に記載の方法。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドの約15パーセントより多くが、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントの反復配列または二次構造配列の割合を有しているポリヌクレオチドを含む、請求項37に記載の方法。
- ポリヌクレオチドライブラリは、エラーの補正なしで、あらかじめ決定された配列と比較して、800塩基において1未満の合計エラー率を有する、請求項37に記載の方法。
- あらかじめ決定された配列は、少なくとも700,000のポリヌクレオチドをコードする、請求項37に記載の方法。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドの合成は、面を有する構造において行われ、面は複数のクラスタを含み、各クラスタは複数の遺伝子座を含み;および少なくとも5000のポリヌクレオチドの各々は、複数の遺伝子座のうちの異なる遺伝子座から伸長する、請求項37に記載の方法。
- 複数の遺伝子座はクラスタあたり最大1000の遺伝子座を含む、請求項43に記載の方法。
- 複数の遺伝子座はクラスタあたり最大200の遺伝子座を含む、請求項43に記載の方法。
- ポリヌクレオチドライブラリの増幅のための方法であって、該方法は:
a.少なくとも5000のポリヌクレオチドのための増幅分布を得る工程;
b.少なくとも1つの配列特徴に基づいて2つ以上のビンへと増幅分布の少なくとも5000のポリヌクレオチドをクラスタリングする工程であって、配列特徴はパーセントGC含量、パーセント反復配列含量、またはパーセント二次構造含量である、工程;
c.あらかじめ選択された表示を有するポリヌクレオチドライブラリを生成するために少なくとも1つのビン中のポリヌクレオチドの相対度数を適合させる工程;
d.あらかじめ選択された表示を有するポリヌクレオチドライブラリを合成する工程;および、
e.あらかじめ選択された表示を有するポリヌクレオチドライブラリを増幅する工程、
を含む、方法。 - 少なくとも1つの配列特徴はパーセントGC含量である、請求項46に記載の方法。
- 少なくとも1つの配列特徴はパーセント二次構造含量である、請求項46に記載の方法。
- 少なくとも1つの配列特徴はパーセント反復配列含量である、請求項46に記載の方法。
- 反復配列含量は3つ以上のアデニンを有する配列を含む、請求項49に記載の方法。
- 反復配列含量は、ポリヌクレオチドの少なくとも1つの末端に反復配列を含む、請求項49に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドは、標的配列を結合するために1つ以上のポリヌクレオチド配列の親和性に基づいてビンへとクラスタリングされる、請求項46に記載の方法。
- ビンの下30パーセントにある配列の数は、調整前のビンの下30パーセントにある配列の数と比較して、調整後の下流での適用に少なくとも50%より多くの表示を有する、請求項46に記載の方法。
- ビンの上30パーセントにある配列の数は、調整前のビンの上30パーセントにある配列の数と比較して、調整後の下流での適用に少なくとも50%より多くの表示を有する、請求項46に記載の方法。
- ゲノムDNAのシーケンシングのための方法であって、該方法は:
(a)複数のゲノムのフラグメントに、請求項1−36のいずれか1つに記載のライブラリを接触させる工程;
(b)少なくとも1つの濃縮された標的ポリヌクレオチドを生成するために、ライブラリに結合する少なくとも1つのゲノムフラグメントを濃縮する工程;および、
(c)少なくとも1つの濃縮された標的ポリヌクレオチドを配列決定する工程、
を含む、方法。 - 複数の濃縮された標的ポリヌクレオチドはcDNAライブラリを含む、請求項55に記載の方法。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドは約80〜約200の塩基の長さである、請求項55に記載の方法。
- ゲノムフラグメントの各々は、約100塩基から約500塩基の長さである、請求項55に記載の方法。
- 接触させる工程は溶液中で行なわれる、請求項55に記載の方法。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドはゲノムフラグメントに対して少なくとも部分的に相補的である、請求項55に記載の方法。
- 単離は(i)個体担体上のポリヌクレオチド/ゲノムフラグメントのハイブリダイゼーション対を捕捉する工程;および(ii)濃縮された標的ポリヌクレオチドを生成するために複数のゲノムフラグメントを放出する工程、を含む、請求項55に記載の方法。
- シーケンシングは結果として、ゲノムフラグメントの塩基に関して最大55倍の理論上の読み取り深度のための条件下で、ゲノムフラグメントの塩基の少なくとも95パーセントの少なくとも30倍の読み取り深度をもたらす、請求項55に記載の方法。
- シーケンシングは結果として、ゲノムフラグメントの塩基に関して最大55倍の理論上の読み取り深度のための条件下で、ゲノムフラグメントの塩基の少なくとも98パーセントの少なくとも30倍の読み取り深度をもたらす、請求項55に記載の方法。
- シーケンシングは結果として、ゲノムフラグメントの塩基に関して少なくとも90パーセントの固有の読み取りをもたらす、請求項55に記載の方法。
- シーケンシングは結果として、ゲノムフラグメントの塩基に関して少なくとも95パーセントの固有の読み取りをもたらす、請求項55に記載の方法。
- シーケンシングは結果として、平均読み取り深度の約1.5倍以内の読み取り深度を有するゲノムフラグメントの塩基の少なくとも90パーセントをもたらす、請求項55に記載の方法。
- シーケンシングは結果として、平均読み取り深度の約1.5倍以内の読み取り深度を有するゲノムフラグメントの塩基の少なくとも95パーセントをもたらす、請求項55に記載の方法。
- シーケンシングは結果として、平均読み取り深度の約1.5倍以内の読み取り深度を有する、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントのGCの割合を有しているゲノムフラグメントの少なくとも90パーセントをもたらす、請求項55に記載の方法。
- シーケンシングは結果として、平均読み取り深度の約1.5倍以内の読み取り深度を有する、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントの反復配列または二次構造配列の割合を有しているゲノムフラグメントの少なくとも約80パーセントをもたらす、請求項55に記載の方法。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドの少なくとも約80パーセントが、ポリヌクレオチドライブラリに関する平均表示の少なくとも約1.5倍以内の量で表示される、請求項55に記載の方法。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドの少なくとも30パーセントが、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントのGCの割合を有しているポリヌクレオチドを含む、請求項55に記載の方法。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドの少なくとも約15パーセントが、10パーセントから30パーセントまたは70パーセントから90パーセントの反復配列または二次構造配列の割合を有しているポリヌクレオチドを含む、請求項55に記載の方法。
- 少なくとも5000のポリヌクレオチドは、少なくとも1000の遺伝子をコードする、請求項55に記載の方法。
- ポリヌクレオチドライブラリは、少なくとも100,000のポリヌクレオチドを含む、請求項55に記載の方法。
- ポリヌクレオチドライブラリは、少なくとも700,000のポリヌクレオチドを含む、請求項55に記載の方法。
- 少なくとも5,000のポリヌクレオチドは少なくとも1つのエクソン配列を含む、請求項55に記載の方法。
- 少なくとも700,000のポリヌクレオチドは、総体として単一のエクソン配列を含むポリヌクレオチドの少なくとも1つのセットを含む、請求項75に記載の方法。
- 少なくとも700,000のポリヌクレオチドは少なくとも150,000セットを含む、請求項77に記載の方法。
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WO2021231324A1 (en) * | 2020-05-11 | 2021-11-18 | Personal Genome Diagnostics Inc. | Selective capture of target dna sequences |
EP4158059A1 (en) * | 2020-05-28 | 2023-04-05 | Illumina, Inc. | Comparing copies of polynucleotides with different features |
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BE1029144B1 (fr) * | 2021-02-25 | 2022-09-20 | Oncodna | Méthode de caracterisation d'une tumeur à l'aide d'un séquençage ciblé |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20150056609A1 (en) * | 2012-05-09 | 2015-02-26 | Longhorn Vaccines And Diagnostics, Llc | Next Generation Genomic Sequencing Methods |
US20160032396A1 (en) * | 2013-03-15 | 2016-02-04 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Identification and Use of Circulating Nucleic Acid Tumor Markers |
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US20150056609A1 (en) * | 2012-05-09 | 2015-02-26 | Longhorn Vaccines And Diagnostics, Llc | Next Generation Genomic Sequencing Methods |
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