JP2019518437A - 多重/最適化ミスマッチ増幅(moma)−がんの評価のためのリアルタイムpcr - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、35 U.S.C.§119(e)の元で、2016年4月29日に出願された米国仮出願第62/330,043号の出願日の利益を主張し、この仮出願の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本発明は、対象からの試料中の非天然核酸の量を評価するための、方法および組成物に関する。本明細書で提供される方法および組成物は、がんなどの状態のリスクを決定するために使用することができる。本発明はさらに、非天然無細胞デオキシリボ核酸(がん特異的無細胞DNAなどの非天然無細胞DNA)の量を評価するための、多重/最適化ミスマッチ増幅(MOMA)を使用した、方法および組成物に関する。
一側面において、対象からの試料中のがん特異的核酸の量を評価する方法が、提供される。一態様において、方法は、1以上の一塩基バリアント(SNV)標的のそれぞれについて、試料またはその一部について、少なくとも2つのプライマー対を用いてポリメラーゼ連鎖反応(PCR)定量アッセイなどの増幅に基づいた定量アッセイを実施することを含み、ここで各プライマー対は、フォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、ここで少なくとも2つのプライマー対の1つは、プライマーにおいて、SNV標的の1つのアレルに対して3’末端から2番目のミスマッチを含むが、SNV標的の別のアレルに対して3’二重ミスマッチを含み、かつSNV標的の1つのアレルを特異的に増幅し、少なくとも2つのプライマー対のもう1つは、SNV標的の別のアレルを増幅し、PCR定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイから結果を得るまたは提供し、試料中のがん特異的核酸の量を決定することを含む。
本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、方法はさらに、結果に基づいて試料中のがん特異的核酸の量を決定することを含む。本明細書で提供される方法、組成物またはキットのいずれか1つの一態様において、結果は、試料中のがん特異的核酸の量を含む。
一側面において、対象からの試料中のがん特異的核酸の量を評価する方法であって、1以上の一塩基バリアント(SNV)標的のそれぞれについて、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイから結果を得ることを含み、少なくとも2つのプライマー対を用いて、試料またはその一部に実施される方法であって、ここで各プライマー対は、フォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、ここで少なくとも2つのプライマー対の1つは、プライマーにおいて、SNV標的の1つのアレルに対して3’末端から2番目のミスマッチを、しかしSNV標的の別のアレルに対しては3’二重ミスマッチを含み、かつSNV標的の1つのアレルを特異的に増幅し、少なくとも2つのプライマー対の別のものはSNV標的の別のアレルを特異的に増幅し、結果に基づいてがん特異的核酸の量を評価する方法が、提供される。
本明細書で提供される方法、組成物またはキットのいずれか1つの一態様において、少なくとも2つのプライマー対のうちの別のプライマー対もまた、プライマーにおいてSNV標的の別のアレルに対して3’末端から2番目のミスマッチを、しかしSNV標的の1つのアレルに対して3’二重ミスマッチを含み、かつSNV標的の別のアレルを特異的に増幅する。
本明細書で提供される方法、組成物またはキットのいずれか1つの一態様において、結果は、PCR定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果である。本明細書で提供される方法、組成物またはキットのいずれか1つの一態様において、量は、PCR定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果に基づいている。
本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、方法はさらに、PCR定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果を選択することを含む。本明細書で提供される方法、組成物またはキットのいずれか1つの一態様において、選択された情報提供的結果は、平均化されている。
本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、方法はさら複数のSNV標的を得ることを含む。本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、方法はさらに、1以上のSNV標的のそれぞれについて少なくとも2つのプライマー対を得ることを含む。
本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、方法はさらに、対象におけるがんの遺伝子型を得ることを含む。
本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、がん特異的核酸は、がん特異的無細胞DNAである。
本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、方法はさらに、試料中のがん特異的核酸の量に基づいて、対象におけるリスクを決定することを含む。本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、リスクはがんに関連するリスクである。本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、がん特異的核酸の量が閾値より大きい場合に、リスクは増加している。本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、がん特異的核酸の量が閾値より少ない場合に、リスクは減少している。
本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、方法はさらに、がん特異的核酸の量に基づいて、対象の処置について情報を提供することを含む。
本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、方法はさらに、経時的または後の時点での対象におけるがん特異的核酸の量をモニタリングすることまたはモニタリングを示唆することを含む。本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、方法はさらに、がん特異的核酸の量に基づいて、対象に投与される処置の効果を評価することを含む。本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、処置は、がんの処置である。
本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、1以上またはすべてのPCR定量アッセイにおけるプローブは、ミスマッチプライマーと同じ鎖上にあり、反対の鎖上にはない。
一側面において、1以上のがん特異的SNV標的のそれぞれについて、プライマー対を含む、組成物またはキットであって、ここで各プライマー対は、プライマーにおいてSNV標的の1つのアレルに対して3’末端から2番目のミスマッチを、しかしSNV標的の別のアレルに対しては3’二重ミスマッチを含み、かつSNV標的の1つのアレルを特異的に増幅し、ここで1以上のSNV標的が提供される。
本明細書で提供される組成物またはキットのいずれか1つの一態様において、組成物またはキットはさらに、1以上のがん特異的核酸のそれぞれについて、別のプライマー対を含み、ここで別のプライマー対は、SNV標的の別のアレルを特異的に増幅する。
本明細書で提供される方法、組成物またはキットのいずれか1つの一態様において、プライマーにおいて、SNV標的のそれぞれについて、別のプライマー対もまた、SNV標的の別のアレルに対して、3’末端から2番目のミスマッチを、しかしSNV標的の1つのアレルに対して3’二重ミスマッチを含み、かつSNV標的の別のアレルを特異的に増幅する。
本明細書で提供される組成物またはキットのいずれか1つの一態様において、組成物またはキットはさらに使用説明書を含む。本明細書で提供される組成物またはキットのいずれか1つの一態様において、使用説明書は、がんのリスクのある、がんを有する、またはがんを有すると疑いのある対象からの試料中のがん特異的核酸の量を決定するためまたは評価するための説明書である。
一側面において、本明細書で提供される方法のいずれか1つに基づいて、がん特異的核酸の量を得ること、および、がんのリスクがある、がんを有する、がんを有すると疑わしい、または以前にがんを有していた対象におけるリスクをレベルまたは量に基づいて評価することを含む方法が、提供される。
本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、処置、処置または非処置についての情報は、評価されたリスクに基づいて選択され、または対象に提供される。本明細書で提供される方法のいずれか1つの一態様において、方法はさらに、対象におけるがん特異的核酸の量を経時的にモニタリングすることまたはモニタリングを示唆することを含む。提供される方法のいずれか1つの一態様において、方法はさらに、後の時点でのものなど、対象からの別の試料を得ることおよび本明細書で提供される方法のいずれか1つのものなどの、テストを試料に実施することを含む。
提供される方法、組成物またはキットのいずれか1つの一態様において、ミスマッチされたプライマー(単数または複数)は、フォワードプライマー(単数または複数)である。提供される方法、組成物またはキットのいずれか1つの一態様において、各SNV標的についてのプライマー対のリバースプライマーは同じである。
一態様において、本明細書で提供される方法についてのいずれか1つの態様は、提供される組成物、キットまたはレポートのいずれか1つについての態様であり得る。一態様において、本明細書で提供される、組成物、キットまたはレポートについてのいずれか1つの態様は、本明細書で提供される方法のいずれか1つについての態様であり得る。
本開示の側面は、試料中の非天然核酸の高感度の検出および/または定量化のための方法に関する。非天然DNAなどの非天然核酸は、がんを含む様々な状況において個体に存在してもよい。本開示は、がんのリスクのある、またはがんであるといった対象から得た試料中の非天然無細胞DNA濃度などの非天然核酸を検出、分析および/または定量するための技術を提供する。
本明細書で使用される「情報提供的なSNV標的」は、本明細書で提供されるプライマーを用いて増幅が発生するものであり、その結果が情報提供的なものである。本明細書で提供される「情報提供的な結果」は、試料中の非天然核酸および/または天然核酸のレベルを定量化するために使用され得る結果である。いくつかの態様において、情報提供的な結果は、「コールなし」または誤ったコール結果と思われる結果を除外する。情報提供的な結果から、アレルのパーセンテージが、提供される方法のいずれか1つのいくつかの態様において、検量線を用いて算出され得る。提供される方法のいずれか1つのいくつかの態様において、非天然核酸および/または天然核酸の量は、それぞれ非天然核酸および/または天然核酸についての情報提供的な結果全体の平均値を表す。
PCR反応溶液の温度は、所定のサイクル数の間、変性状態、アニーリング状態、および伸長状態の間で順次循環させることができる。実際の時間および温度は、酵素、プライマーおよび標的に依存性であり得る。任意の所与の反応について、変性状態は、ある態様において約70℃から約100℃までの範囲であり得る。さらに、アニーリング温度および時間は、標的核酸内の特定の座位に結合するプライマーの特異性および効率に影響を及ぼし得、特定のPCR反応にとって重要であってもよい。任意の所与の反応について、アニーリング状態は、ある態様において約20℃から約75℃までの範囲であり得る。いくつかの態様において、アニーリング状態は、約46℃から64℃までであり得る。ある態様において、アニーリング状態は、室温(例えば、約20℃から約25℃まで)で行うことができる。
PCRアッセイからのアレルの量の定量化は、本明細書で提供されるように、または当業者に明らかな他のようにして、実施することができる。一例として、増幅トレースを、一貫性および堅牢な定量化のために分析する。内部標準を使用して、Ct値(Cycle threshold)を入力核酸(例えば、DNA)の量に翻訳してもよい。アレルの量は、性能(performant)アッセイの平均として算出することができ、遺伝子型について調整することができる。広範囲の効果的な増幅は、低濃度核酸の成功した検出を示す。
本明細書で提供される方法のいずれか1つのいくつかの態様において、増幅前ステップが実施される。例示的なかかる増幅方法は以下の通りであり、かかる方法は、本明細書で提供される方法のいずれか1つに含めることができる。約15ngの無細胞血漿DNAを、約13個の標的とQ5 DNAポリメラーゼを用いてPCRで増幅する;ここでプールされたプライマーは合計で4μMであった。試料を、約25サイクルに供する。反応は合計で25μlである。増幅後、試料は、AMPUREビーズクリーンアップ、ビーズ精製、または簡単にExoSAP−IT(商標)もしくはZymoを含む、いくつかのアプローチを用いて洗浄することができる。
キットの各組成物は、液体形態(例えば、溶液)、固体形態(例えば、乾燥粉末)などで提供されてもよい。キットはいくつかの場合において、任意の形態における使用説明書を含んでよく、これは本発明の組成物と関連して提供され、使用説明書が本発明の組成物と関連していることを当業者が認識するような様式のものである。使用説明書は、本明細書で提供される方法のいずれか1つを実施するための使用説明書を含んでもよい。使用説明書は、組成物および/またはキットに付随する他の組成物の、使用、改変、混合、希釈、保存、投与、組み立て、保管、包装および/または調製のための使用説明書を含んでもよい。使用説明書は、かかる使用説明書を含むのに好適な媒体として当業者により認識され得る任意の形態で提供されてよく、例えば、任意の様式で提供される書面または発表、口頭、聴覚的(例えば、電話による)、デジタル、光学的、視覚的(例えば、ビデオテープ、DVDなど)、または電子通信(インターネットまたはウェブベースの通信を含む)を含んでもよい。
また、本発明の態様は、その一例が提供されている、1つ以上の方法として実装されてもよい。方法の一部として実行される行為は、任意の適切な手段で順序付けられる。したがって、図示されていない順序で行為が実施される態様が構成されてもよく、これは、例示的な態様において連続的な行為として示されている場合でも、いくつかの行為を同時に実行することを含んでよい。
本明細書で使用される語法および専門用語は、説明目的のものであり、限定的であると見なされるべきではない。「含む(including)」、「含む(comprising)」、「有する」、「含有する(containing)」、「伴う(involving)」、およびそれらの変形の使用は、その後に列挙される項目および追加の項目を包含することを意味する。
本発明のいくつかの態様を詳細に説明したので、当業者には様々な改変および改良が容易に思い浮かぶであろう。かかる改変および改良は、本発明の精神および範囲内にあることが意図される。したがって、前述の説明は単なる例示に過ぎず、限定を意図するものではない。以下の説明は、本明細書で提供される方法の例を提供する。
この例示的アッセイは、対象の血液試料中に存在するCS cf−DNAのパーセンテージを決定するために設計される。この態様において、対象の血液試料をEDTAチューブに収集し、遠心分離して血漿とバフィーコート(buffy coat)を分離する。血漿およびバフィーコートを2つの別個の15mLコニカルチューブに等分し、凍結させることができる。血漿試料は定量的遺伝子型決定(qGT)に使用することができ、バフィーコートは対象の基本的遺伝子型決定(bGT)に使用することができる。
プロセスの第1ステップは、血漿試料から無細胞DNA(qGTに使用される)を、バフィーコート、全血、または組織試料からゲノムDNA(gDNA)(bGTに使用される)を、抽出することであり得る。cfDNAの全量は、qPCRによって決定し、標的濃度に対して標準化することができる。このプロセスはcf−DNA定量として知られている。UV分光光度法を使用してgDNAを定量し、標準化することができる。15ngのDNAは、一般に正確で有効な結果を提供する。
多重ライブラリーの生成
KRASおよびp53についての標的を含む、13のがん特異的標的の多重ライブラリーは、約15ngの入力鋳型DNAおよびQ5 high-fidelity DNA polymerase(New England Biolabs)を用いて25サイクルの反応において調製し、4μMの最終濃度の膵がんプライマーをもたらした。サイクルのプロトコルは以下のとおりであった:98℃で30秒間を1サイクル;98℃で10秒間、60℃で20秒間、72℃で30秒間を25サイクル、72℃で2分間を1サイクル;次いで反応物は4℃で保存した。反応物は、ExoSAP−IT(商標)(Thermo Fisher Scientific)で洗浄し、1X保存溶液(0.18XTBEおよび0.2μg/ul BSA)にて1:1でオーバーレイした(overlayed)。
無細胞DNA(cf−DNA)は、2人の転移性膵がん患者および1人の健康な対照から単離した。スパイク−イン対照鋳型;TAI5は、反応ごとに4500コピーで99:1(VV:RR)混合物として追加した。細胞株ゲノムDNA(gDNA)(HD272;Horizon Diagnostics, Cambridge, UK)は、変異ヒトKRASエクソン2バリアントDNA(50%変異DNA)について使用した。野生型(WT)DNA(100% WT DNA)と共に、前記2つは、ヒトゲノムDNA試料をつくるために使用した。これらの再構成されたDNAは、無細胞DNA(cf−DNA)をシミュレートするために超音波処理され、0.25%と50%の間の範囲の理論上のアレル頻度を生成する。
いくつかの態様において、上述の診断技術は、1つ以上のソフトウェアファシリティを実行する1つ以上の計算機器を介して実施され、経時的に対象の試料を分析し、試料中の核酸(無細胞DNAなど)を測定し、1つ以上の試料に基づく診断結果を生み出すことができる。図6は、いくつかの態様が動作することができるコンピュータシステムの例を示しているが、態様は図6に示すタイプのシステムでの動作に限定されないことを理解されたい。
いくつかの態様において、診断ファシリティは、対象802および/または臨床医804または別の臨床医であってもよい臨床医によって操作されてもよい1つ以上の他の計算機器814(装置814A、814Bを含む)に診断またはユーザーインターフェースをアウトプットしてもよい。診断ファシリティは、ネットワーク(単数または複数)812を介して診断および/またはユーザーインターフェースをデバイス814に送信することができる。
Claims (72)
- 対象からの試料中のがん特異的核酸の量を評価する方法であって、方法が、
1以上の一塩基バリアント(SNV)標的のそれぞれについて、試料またはその一部に対して、少なくとも2つのプライマー対を用いた、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイを実施すること、ここで各プライマー対はフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、少なくとも2つのプライマー対の1つは、プライマーにおいてSNV標的の1つのアレルに対して3’末端から2番目のミスマッチを、しかしSNV標的の別のアレルに対しては、3’二重ミスマッチを含み、かつSNV標的の1つのアレルを特異的に増幅し、少なくとも2つのプライマー対のもう1つは、SNV標的の別のアレルを特異的に増幅する、
およびPCR定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイからの結果を得るかまたは提供して、試料中のがん特異的核酸の量を決定すること、
を含む、前記方法。 - 結果がレポートで提供される、請求項1に記載の方法。
- 方法がさらに、試料中のがん特異的核酸の量を、結果に基づいて決定することを含む、請求項1または2に記載の方法。
- 結果が、試料中のがん特異的核酸の量を含む、請求項1または2に記載の方法。
- 対象からの試料中のがん特異的核酸の量を評価する方法であって、方法が:
1以上の一塩基バリアント(SNV)標的それぞれについて、試料またはその一部に対して実施した、少なくとも2つのプライマー対を用いた、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイからの結果を得ること、ここで各プライマー対は、フォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、少なくとも2つのプライマー対の1つは、プライマーにおいてSNV標的の1つの1つのアレルに対して3’末端から2番目のミスマッチを、しかしSNV標的の別のアレルに対しては3’二重ミスマッチを含み、かつSNV標的の1つのアレルを特異的に増幅し、少なくとも2つのプライマー対のもう1つは、SNV標的の別のアレルを特異的に増幅する、および
がん特異的核酸の量を、結果に基づいて評価すること、
を含む、前記方法。 - 試料中のがん特異的核酸の量が、PCR定量アッセイなどの、増幅に基づいた定量アッセイの結果に基づく、請求項5に記載の方法。
- 結果がレポートから得られる、請求項5または6に記載の方法。
- 少なくとも2つのプライマー対のもう1つのプライマー対もまた、プライマーにおいてSNV標的の別のアレルに対して3’末端から2番目のミスマッチを、しかしSNV標的の1つのアレルに対して3’二重ミスマッチを含み、かつSNV標的の別のアレルを特異的に増幅する、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 量が、アッセイで測定された野生型または総核酸に対するがん特異的核酸の比率またはパーセンテージである、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
- 結果が、PCR定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果である、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 量が、PCR定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果に基づく、請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 方法がさらに、PCR定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果を選択することを含む、請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。
- 選択された情報提供的結果が、平均化されている、請求項12に記載の方法。
- PCR定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果が、対象の遺伝子型に基づいて選択されている、請求項12または13に記載の方法。
- 方法がさらに、対象の遺伝子型を得ることを含む、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 方法がさらに、多数のSNV標的を得ることを含む、請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法。
- 方法がさらに、1以上のSNV標的のそれぞれについて少なくとも2つのプライマー対を得ることを含む、請求項1〜16のいずれか1項に記載の方法。
- 1以上のSNV標的が、少なくとも1つのSNV標的である、請求項1〜17のいずれか1項に記載の方法。
- 1以上のSNV標的が、少なくとも2つのSNV標的である、請求項1〜18のいずれか1項に記載の方法。
- 1以上のSNV標的が、少なくとも3つのSNV標的である、請求項1〜19のいずれか1項に記載の方法。
- 1以上のSNV標的が、少なくとも4つのSNV標的である、請求項1〜20のいずれか1項に記載の方法。
- 1以上のSNV標的が、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14または15のSNV標的である、請求項1〜21のいずれか1項に記載の方法。
- 1以上のSNV標的が、それぞれ同じ種類のがんに特異的である、請求項1〜22のいずれか1項に記載の方法。
- 1以上のSNV標的のうちの1以上が、膵がんに特異的である、請求項1〜22のいずれか1項に記載の方法。
- 1以上のSNV標的が、KRAS遺伝子および/またはp53遺伝子におけるSNV標的を含む、請求項1〜24のいずれか1項に記載の方法。
- 1以上のSNV標的が、それぞれ対象におけるがんに特異的である、請求項1〜22のいずれか1項に記載の方法。
- 方法がさらに、対象におけるがんの遺伝子型を得ることを含む、請求項26に記載の方法。
- 少なくとも1つのSNV標的が、1種類のがんに特異的であり、少なくとも1つの他のSNV標的が、別の種類のがんに特異的である、請求項19〜22のいずれか1項に記載の方法。
- 1以上のSNV標的が、1、2、3、4または5種類以上のがんに特異的である、またはがん特異的変異と関連した1、2、3、4または5つ以上の遺伝子を由来とする、請求項19〜22のいずれか1項に記載の方法。
- 試料中のがん特異的核酸の量が、少なくとも0.25%である、請求項1〜29のいずれか1項に記載の方法。
- 試料中のがん特異的核酸の量が、少なくとも0.5%である、請求項30に記載の方法。
- 試料中のがん特異的核酸の量が、少なくとも0.75%である、請求項31に記載の方法。
- 試料中のがん特異的核酸の量が、少なくとも1%である、請求項32に記載の方法。
- 試料中のがん特異的核酸の量が、少なくとも2%である、請求項33に記載の方法。
- 試料中のがん特異的核酸の量が、少なくとも5%である、請求項34に記載の方法。
- がん特異的核酸が、がん特異的無細胞(cell-free)DNAである、請求項1〜35のいずれか1項に記載の方法。
- PCR定量アッセイが、リアルタイムPCRアッセイまたはデジタルPCRアッセイである、請求項1〜36のいずれか1項に記載の方法。
- 方法がさらに、対象におけるリスクを試料中のがん特異的核酸の量に基づいて、決定することを含む、請求項1〜37のいずれか1項に記載の方法。
- リスクが、がんに関連したリスクである、請求項38に記載の方法。
- がん特異的核酸の量が、閾値よりも大きい場合に、リスクが増加している、請求項38または39に記載の方法。
- がん特異的核酸の量が、閾値よりも少ない場合に、リスクが減少している、請求項38または39に記載の方法。
- 方法がさらに、対象の処置をがん特異的核酸の量に基づいて選択することを含む、請求項1〜41のいずれか1項に記載の方法。
- 方法がさらに、がん特異的核酸の量に基づいて対象を処置することを含む、請求項1〜42のいずれか1項に記載の方法。
- 方法がさらに、がん特異的核酸の量に基づいて対象の処置について情報を提供することを含む、請求項1〜43のいずれか1項に記載の方法。
- 方法がさらに、経時的または後の時点での対象におけるがん特異的核酸の量をモニタリングすることまたはモニタリングを示唆することを含む、請求項1〜44のいずれか1項に記載の方法。
- 方法がさらに、対象に投与する処置の効果を、がん特異的核酸の量に基づき評価することを含む、請求項1〜45のいずれか1項に記載の方法。
- 処置が、がんの処置である、請求項42〜46のいずれか1項に記載の方法。
- 試料またはその一部を提供するまたは取得することをさらに含む、請求項1〜47のいずれか1項に記載の方法。
- 核酸を試料から抽出することをさらに含む、請求項1〜48のいずれか1項に記載の方法。
- 増幅前ステップを実施することをさらに含む、請求項1〜49のいずれか1項に記載の方法。
- 試料が、血液、血漿または血清を含む、請求項1〜50のいずれか1項に記載の方法。
- 組成物またはキットであって、
1以上のがん特異的SNV標的それぞれについてのプライマー対を含み、ここで各プライマー対は、プライマーにおいてSNV標的の1つのアレルに対して3’末端から2番目のミスマッチを、しかしSNV標的の別のアレルに対しては3’二重ミスマッチを含み、かつSNV標的の1つのアレルを特異的に増幅する、ここで1以上のSNV標的を含む、
前記組成物またはキット。 - 1以上のがん特異的SNV標的のそれぞれについて別のプライマー対をさらに含み、ここで別のプライマー対がSNV標的の別のアレルを増幅する、請求項52の組成物またはキット。
- 1以上のがん特異的SNV標的が、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14または15のSNV標的である、請求項52または53に記載の組成物またはキット。
- がん特異的SNV標的が、それぞれ同じ種類のがんに特異的である、請求項52〜54のいずれか1項に記載の組成物またはキット。
- 1以上のSNV標的のうち1以上が、膵がんに特異的である、請求項52〜54のいずれか1項に記載の組成物またはキット。
- がん特異的SNV標的が、KRAS遺伝子および/またはp53遺伝子におけるSNV標的を含む、請求項52〜54いずれか1項に記載の組成物またはキット。
- がん特異的SNV標的が、対象におけるがんにそれぞれ特異的である、請求項52〜54のいずれか1項に記載の組成物またはキット。
- 少なくとも1つのSNV標的が、1つの種類のがんに特異的であり、少なくとも1つの他のSNV標的が、別の種類のがんに特異的である、請求項52〜54のいずれか1項に記載の組成物またはキット。
- 1以上のSNV標的が、1、2、3、4または5を超える種類のがんの種類に特異的である、または1、2、3、4または5を超えるがん特異的変異に関連した遺伝子に由来したものである、請求項52〜54のいずれか1項に記載の組成物またはキット。
- SNV標的のそれぞれについて、別のプライマー対もまた、プライマーにおいてSNV標的の別のアレルに対して3’末端から2番目のミスマッチを、しかしSNV標的の1つのアレルに対して3’二重ミスマッチを含み、かつSNV標的の別のアレルを特異的に増幅する、請求項53〜60のいずれか1項に記載の組成物またはキット。
- 緩衝液をさらに含む、請求項52〜61のいずれか1項に記載の組成物またはキット。
- ポリメラーゼをさらに含む、請求項52〜62のいずれか1項に記載の組成物またはキット。
- プローブをさらに含む、請求項52〜63のいずれか1項に記載の組成物またはキット。
- プローブが蛍光プローブである、請求項64に記載の組成物またはキット。
- 使用説明書をさらに含む、請求項52〜65のいずれか1項に記載の組成物またはキット。
- 使用説明書が、がんまたはがんを有すると疑いのある対象からの試料中のがん特異的核酸の量を決定するまたは評価するための説明書である、請求項66に記載の組成物またはキット。
- 請求項1〜51のいずれか1項に記載の方法で使用するための、請求項52〜67のいずれか1項に記載の組成物またはキット。
- 本明細書で提供される方法のいずれか1つで使用するための、請求項52〜67のいずれか1項に記載の組成物またはキット。
- 方法であって、
請求項1〜51のいずれか1項に記載の方法に基づいてがん特異的核酸の量を得ること、および
がんのリスクがある、がんを有する、がんを有すると疑いのある、または、以前にがんを有していた対象において、リスクを、レベルまたは量に基づいて評価すること、
を含む、前記方法。 - 処置または処置もしくは無処置に関する情報が、評価されたリスクに基づいて対象について選択されるかまたは提供される、請求項70に記載の方法。
- 方法がさらに、対象におけるがん特異的核酸の量を経時的にモニタリングすることまたはモニタリングを示唆することを含む、請求項70または71に記載の方法。
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