JP2019504624A - 核酸配列決定のための新規アダプターおよび使用法 - Google Patents
核酸配列決定のための新規アダプターおよび使用法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2019504624A JP2019504624A JP2018539334A JP2018539334A JP2019504624A JP 2019504624 A JP2019504624 A JP 2019504624A JP 2018539334 A JP2018539334 A JP 2018539334A JP 2018539334 A JP2018539334 A JP 2018539334A JP 2019504624 A JP2019504624 A JP 2019504624A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- adapter
- barcode
- nucleic acid
- pool
- stranded portion
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1065—Preparation or screening of tagged libraries, e.g. tagged microorganisms by STM-mutagenesis, tagged polynucleotides, gene tags
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
- C12Q1/6855—Ligating adaptors
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Heterocyclic Carbon Compounds Containing A Hetero Ring Having Oxygen Or Sulfur (AREA)
Abstract
Description
さらに別の態様において、本発明は、核酸を配列決定する方法であって:試料中の各核酸に、一方の端に二本鎖部分、そして反対側の端に2つのハイブリダイズ不能鎖を含む一本鎖部分を含み、そして少なくとも1つのプライマー結合部位ならびに一本鎖部分の第一の鎖上の第一のバーコードおよび第二の鎖上の第二のバーコードをさらに含む、アダプターを連結し、ここでプール中の各アダプター上の第一および第二のバーコードは既知の関係にあり、核酸鎖の少なくとも一部の配列ならびに第一および第二のバーコードの配列を決定し、第一のバーコードを含有する核酸鎖の配列、および第二のバーコードを含有する核酸鎖の配列を比較して、完全には相補性でない配列を同定し、完全には相補性でない配列が、少なくとも1つの実験エラーを含有することを決定する工程を含む、前記方法である。方法は、配列決定の前に、連結された核酸を増幅して、第一および第二のバーコードを含有する別個の二本鎖配列を得る工程をさらに含むことも可能である。少なくとも1つの実験エラーを含有すると決定された配列を、配列決定結果から除外することも可能である。方法は、同じバーコードおよび核酸の同じゲノム座標を含有する配列をグループ分けし、グループ内の配列を比較して、非同一配列を同定し、そして非同一配列が少なくとも1つの実験エラーを含有することを決定する工程をさらに含むことも可能である。方法で用いる試料はセルフリーDNAを含有することも可能である。
用語「アダプター」は、核酸分子の一端または両端に付着可能なポリヌクレオチドを指す。アダプターは、二本鎖領域のみを含むことも可能であるし、または一本鎖領域もまた含むことも可能である。二本鎖領域は、2つの核酸鎖のハイブリダイズ可能な部分によって形成され、一方、一本鎖領域は、同じ2つの核酸鎖のハイブリダイズ不能な部分によって形成される。ハイブリダイズ不能部分はオープンである(Y型アダプター)ことも可能であるし、または未結合5’および3’末端を連結することによって、共有的に閉鎖していることも可能である(ダンベル型アダプター)。Y型アダプターの場合、アダプターの一本鎖部分は、ときに、「フォーク」と称され、一方、二本鎖部分は、ときに、「ステム」と称される。
用語「試料」は、被験体から単離される任意の生物学的試料を指す。例えば、試料には、体組織または体液が含まれることも可能である。試料はまた、腫瘍試料であることも可能である。試料は、被験体から直接、以前切除されるかまたは抜き取られた試料から、あるいは環境から(例えば法医学試料)得られることも可能である。
本発明には、核酸の一分子配列決定のためのアダプターが含まれる。核酸分子にコンジュゲート化されたアダプターを図1に示す。次世代シークエンシング(NGS)または超並列シークエンシング(MPS)と称される現在の核酸配列決定法は、試料中の各個々の分子の捕捉、場合によって増幅および配列決定を伴う。場合による増幅は、捕捉前、捕捉後、またはその両方であることも可能である。NGSは、さらに、普遍的配列決定プライマー、および場合によって普遍的増幅前プライマーを伴う。普遍的プライマー用の結合部位を生成するため、各ターゲット核酸分子をアダプターにコンジュゲート化する。アダプターは、典型的には、ターゲット核酸分子の両側にコンジュゲート化され、そして普遍的プライマー用の結合部位および配列決定に必要な他の配列を含有する。アダプターは、ターゲット分子が由来する試料をユニークに同定するバーコード(試料IDまたはSID)を含有することも可能である。アダプターは、各ターゲット分子をユニークに同定するバーコード(ユニーク分子IDまたはUID)を含有することも可能である。SIDおよびUIDは、別個に存在することも可能であるし、または単一バーコードに統合されることも可能である。
Claims (15)
- 一方の端に二本鎖部分、そして反対側の端に2つのハイブリダイズ不能鎖を含む一本鎖部分を含み、そして少なくとも1つのプライマー結合部位および各一本鎖部分中の少なくとも1つのバーコードをさらに含む、アダプター。
- 前記プライマー結合部位が一本鎖部分中にある、請求項1のアダプター。
- アダプターのプールであって、各アダプターが、一方の端に二本鎖部分、そして反対側の端に2つのハイブリダイズ不能鎖を含む一本鎖部分を含み、そして少なくとも1つのプライマー結合部位および各一本鎖部分中の少なくとも1つのバーコードをさらに含み、該プール中の各アダプター上のバーコードが既知の関係にある、前記プール。
- 前記アダプターの1つの鎖上のバーコードが少なくとも1編集距離離れている、請求項3のアダプターのプール。
- バーコード間の前記関係が逆相補性である、請求項3のアダプターのプール。
- バーコード間の前記関係が相補性である、請求項3のアダプターのプール。
- バーコード間の前記関係が参照表に捉えられている、請求項3のアダプターのプール。
- 請求項3のアダプターのプールを含む製品。
- 前記プールが単一バイアル中に含有される、請求項8の製品。
- 核酸を配列決定する方法であって:
a)試料中の各核酸に、一方の端に二本鎖部分、そして反対側の端に2つのハイブリダイズ不能鎖を含む一本鎖部分を含み、そして少なくとも1つのプライマー結合部位ならびに一本鎖部分の第一の鎖上の第一のバーコードおよび第二の鎖上の第二のバーコードをさらに含む、アダプターを連結し、ここでプール中の各アダプター上の該第一および該第二のバーコードは既知の関係にある、
b)核酸鎖の少なくとも一部ならびに第一および第二のバーコードの配列を決定し、
c)第一のバーコードを含有する核酸鎖の配列、および第二のバーコードを含有する核酸鎖の配列を比較して、完全には相補性でない配列を同定し、
d)完全には相補性でない配列が、少なくとも1つの実験エラーを含有することを決定する
工程を含む、前記方法。 - 配列決定の前に、連結された核酸を増幅して、第一および第二のバーコードを含有する別個の二本鎖配列を得る工程をさらに含む、請求項10の方法。
- 少なくとも1つの実験エラーを含有すると決定された配列を、配列決定結果から除外する、請求項10の方法。
- 同じバーコードおよび核酸の同じゲノム座標を含有する配列をグループ分けし、グループ内の配列を比較して、非同一配列を同定し、そして該非同一配列が少なくとも1つの実験エラーを含有することを決定する工程をさらに含む、請求項10の方法。
- 前記試料がセルフリーDNAを含有する、請求項10の方法。
- 核酸配列決定のためのアダプターのプールを作製する方法であって、核酸の一本鎖を対になる方式でアニーリングさせて、一方の端に二本鎖部分、そして反対側の端に2つのハイブリダイズ不能鎖を含む一本鎖部分を含み、そして少なくとも1つのプライマー結合部位および各一本鎖部分中の少なくとも1つのバーコードをさらに含む、アダプターを形成する工程を含む、ここでアニーリングの前に、核酸の該一本鎖を、アダプターの該プール中のバーコード間に既知の関係を確立する方式で組み合わせる、前記方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201662288903P | 2016-01-29 | 2016-01-29 | |
US62/288,903 | 2016-01-29 | ||
PCT/EP2017/051588 WO2017129647A1 (en) | 2016-01-29 | 2017-01-26 | A novel adaptor for nucleic acid sequencing and method of use |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2019504624A true JP2019504624A (ja) | 2019-02-21 |
JP6714709B2 JP6714709B2 (ja) | 2020-06-24 |
Family
ID=57890833
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018539334A Active JP6714709B2 (ja) | 2016-01-29 | 2017-01-26 | 核酸配列決定のための新規アダプターおよび使用法 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US20180334709A1 (ja) |
EP (1) | EP3408406B1 (ja) |
JP (1) | JP6714709B2 (ja) |
CN (1) | CN108474026A (ja) |
ES (1) | ES2924487T3 (ja) |
WO (1) | WO2017129647A1 (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2022131285A1 (ja) | 2020-12-15 | 2022-06-23 | ジェノダイブファーマ株式会社 | Dnaサンプルのシーケンスにおけるアダプター結合効率を評価する方法 |
Families Citing this family (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DK3645717T3 (da) * | 2017-06-27 | 2021-11-08 | Hoffmann La Roche | Modulære nukleinsyreadaptere |
US11555185B2 (en) | 2018-12-19 | 2023-01-17 | New England Biolabs, Inc. | Target enrichment |
EP4179113A1 (en) | 2020-07-08 | 2023-05-17 | F. Hoffmann-La Roche AG | Targeted depletion of non-target library molecules using poison primers during target capture of next-generation sequencing libraries |
WO2024046992A1 (en) | 2022-09-02 | 2024-03-07 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Improvements to next-generation target enrichment performance |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2013181170A1 (en) * | 2012-05-31 | 2013-12-05 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Method for accurate sequencing of dna |
WO2015100427A1 (en) * | 2013-12-28 | 2015-07-02 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for detecting genetic variants |
Family Cites Families (20)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6395887B1 (en) | 1995-08-01 | 2002-05-28 | Yale University | Analysis of gene expression by display of 3'-end fragments of CDNAS |
EP2460889B1 (en) * | 2002-10-11 | 2013-11-20 | Erasmus Universiteit Rotterdam | Nucleic acid amplification primers for PCR-based clonality studies of BCL2-IGH rearrangements |
WO2004087916A1 (ja) * | 2003-03-28 | 2004-10-14 | Japan As Represented By Director General Of National Rehabilitation Center For Persons With Disabilities | cDNA合成方法 |
US20060223122A1 (en) * | 2005-03-08 | 2006-10-05 | Agnes Fogo | Classifying and predicting glomerulosclerosis using a proteomics approach |
GB2424946A (en) * | 2005-04-05 | 2006-10-11 | Stratec Biomedical Systems Ag | A detection system for substance binding using up-converting fluorescent probes |
WO2009133466A2 (en) * | 2008-04-30 | 2009-11-05 | Population Genetics Technologies Ltd. | Asymmetric adapter library construction |
US10388403B2 (en) * | 2010-01-19 | 2019-08-20 | Verinata Health, Inc. | Analyzing copy number variation in the detection of cancer |
EP2529026B1 (en) * | 2010-01-25 | 2013-11-13 | Rd Biosciences Inc. | Self-folding amplification of target nucleic acid |
EP2531608B1 (en) * | 2010-02-05 | 2020-08-19 | Siemens Healthcare Diagnostics Inc. | Methods for increasing multiplex level by externalization of passive reference in polymerase chain reactions |
ES2623859T3 (es) * | 2010-03-04 | 2017-07-12 | Miacom Diagnostics Gmbh | FISH múltiple mejorada |
CA2834291A1 (en) * | 2011-04-25 | 2012-11-01 | Biorad Laboratories, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid analysis |
WO2012162161A1 (en) * | 2011-05-20 | 2012-11-29 | Phthisis Diagnostics | Microsporidia detection system and method |
EP2788509B1 (en) * | 2011-12-09 | 2018-07-11 | Adaptive Biotechnologies Corporation | Diagnosis of lymphoid malignancies and minimal residual disease detection |
WO2013134261A1 (en) * | 2012-03-05 | 2013-09-12 | President And Fellows Of Harvard College | Systems and methods for epigenetic sequencing |
DK2970951T3 (da) * | 2013-03-13 | 2019-05-13 | Illumina Inc | Fremgangsmåder til nukleinsyresekventering |
AU2015210705B2 (en) * | 2014-01-31 | 2020-11-05 | Integrated Dna Technologies, Inc. | Improved methods for processing DNA substrates |
WO2015131107A1 (en) * | 2014-02-28 | 2015-09-03 | Nugen Technologies, Inc. | Reduced representation bisulfite sequencing with diversity adaptors |
WO2015191815A1 (en) * | 2014-06-13 | 2015-12-17 | Life Technologies Corporation | Multiplex nucleic acid amplification |
EP3191628B1 (en) * | 2014-09-12 | 2022-05-25 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Identification and use of circulating nucleic acids |
US10844428B2 (en) * | 2015-04-28 | 2020-11-24 | Illumina, Inc. | Error suppression in sequenced DNA fragments using redundant reads with unique molecular indices (UMIS) |
-
2017
- 2017-01-26 JP JP2018539334A patent/JP6714709B2/ja active Active
- 2017-01-26 CN CN201780008365.0A patent/CN108474026A/zh active Pending
- 2017-01-26 WO PCT/EP2017/051588 patent/WO2017129647A1/en active Application Filing
- 2017-01-26 ES ES17701499T patent/ES2924487T3/es active Active
- 2017-01-26 EP EP17701499.0A patent/EP3408406B1/en active Active
-
2018
- 2018-07-27 US US16/048,196 patent/US20180334709A1/en not_active Abandoned
-
2022
- 2022-12-19 US US18/068,157 patent/US20230124718A1/en active Pending
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2013181170A1 (en) * | 2012-05-31 | 2013-12-05 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Method for accurate sequencing of dna |
WO2015100427A1 (en) * | 2013-12-28 | 2015-07-02 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for detecting genetic variants |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2022131285A1 (ja) | 2020-12-15 | 2022-06-23 | ジェノダイブファーマ株式会社 | Dnaサンプルのシーケンスにおけるアダプター結合効率を評価する方法 |
KR20230121076A (ko) | 2020-12-15 | 2023-08-17 | 제노다이브 파마 가부시키가이샤 | Dna 샘플의 시퀀스에 있어서의 어댑터 결합 효율을평가하는 방법 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP3408406B1 (en) | 2022-06-15 |
CN108474026A (zh) | 2018-08-31 |
US20180334709A1 (en) | 2018-11-22 |
US20230124718A1 (en) | 2023-04-20 |
WO2017129647A1 (en) | 2017-08-03 |
EP3408406A1 (en) | 2018-12-05 |
JP6714709B2 (ja) | 2020-06-24 |
ES2924487T3 (es) | 2022-10-07 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US10907207B2 (en) | Methods for analyzing nucleic acids | |
US20220073909A1 (en) | Methods and compositions for rapid nucleic library preparation | |
CN110191961B (zh) | 制备经不对称标签化的测序文库的方法 | |
JP6525473B2 (ja) | 複製物配列決定リードを同定するための組成物および方法 | |
JP2021168659A (ja) | 次世代ゲノムウォーキングのための方法ならびに関連する組成物およびキット | |
US20230124718A1 (en) | Novel adaptor for nucleic acid sequencing and method of use | |
JP2020521486A (ja) | シングルセルトランスクリプトームの増幅法 | |
JP6924779B2 (ja) | トランスポザーゼランダムプライミング法によるdna試料の調製 | |
JP2016520326A (ja) | マルチプレックス配列決定のための分子バーコード化 | |
KR20230083269A (ko) | 핵산 분석을 위한 조성물 및 방법 | |
US20170175182A1 (en) | Transposase-mediated barcoding of fragmented dna | |
JP2020530270A (ja) | ゲノム再編成検出のための配列決定方法 | |
US20130053253A1 (en) | Region of Interest Extraction and Normalization Methods | |
US20190185933A1 (en) | Detection and quantification of rare variants with low-depth sequencing via selective allele enrichment or depletion | |
WO2012032510A1 (en) | Primers for amplifying dna and methods of selecting same | |
JP2022553164A (ja) | 3’オーバーハングを修復する方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20180806 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20191021 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200120 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20200601 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20200605 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6714709 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |