JP2019500043A5 - - Google Patents
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Description
均等物
当業者は、本明細書に記載される本発明の具体的な実施形態の多くの均等物を認識し、またはルーチンに過ぎない実験を用いて確認することができるであろう。本発明は具体的な態様を参照して開示されているが、本発明の他の態様および変形形態が当業者によって本発明の真の趣旨および範囲から逸脱することなく考案され得ることは明らかである。添付の特許請求の範囲は、かかる態様および均等な変形形態の全てを含むものと解釈されることが意図される。
また、本発明は以下を提供する。
[1]
tracrとcrRNAとを含むgRNA分子であって、前記crRNAは、BCL11A遺伝子(例えば、ヒトBCL11a遺伝子)、BCL11aエンハンサー(例えば、ヒトBCL11aエンハンサー)、またはHFPH領域(例えば、ヒトHPFH領域)の標的配列に相補的な標的化ドメインを含む、gRNA分子。
[2]
前記標的配列は、前記BCL11A遺伝子のものであり、かつ前記標的化ドメインは、配列番号1〜配列番号85または配列番号400〜配列番号1231のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[3]
前記標的配列は、BCL11aエンハンサーのものであり、かつ前記標的化ドメインは、配列番号1232〜配列番号1499のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[4]
前記標的配列は、BCL11aエンハンサーのものであり、かつ前記標的化ドメインは、配列番号182〜配列番号277または配列番号334〜配列番号341のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[5]
前記標的化ドメインは、配列番号341、配列番号246、配列番号248、配列番号247、配列番号245、配列番号249、配列番号244、配列番号199、配列番号251、配列番号250、配列番号334、配列番号185、配列番号186、配列番号336、または配列番号337のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[4]に記載のgRNA分子。
[6]
前記標的化ドメインは、配列番号247、配列番号248、配列番号335、配列番号336、配列番号337、または配列番号338のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[4]に記載のgRNA分子。
[7]
前記標的化ドメインは、配列番号248または配列番号338のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[4]に記載のgRNA分子。
[8]
前記標的化ドメインは、配列番号248を含む、例えばそれからなる、[4]に記載のgRNA分子。
[9]
前記標的化ドメインは、配列番号338を含む、例えばそれからなる、[4]に記載のgRNA分子。
[10]
前記標的配列は、BCL11aエンハンサーのものであり、かつ標的化ドメインは、配列番号278〜配列番号333のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[11]
前記標的化ドメインは、配列番号318、配列番号312、配列番号313、配列番号294、配列番号310、配列番号319、配列番号298、配列番号322、配列番号311、配列番号315、配列番号290、配列番号317、配列番号309、配列番号289、または配列番号281のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[10]に記載のgRNA分子。
[12]
前記標的化ドメインは、配列番号318を含む、例えばそれからなる、[10]に記載のgRNA分子。
[13]
前記標的配列は、BCL11aエンハンサーのものであり、かつ前記標的化ドメインは、配列番号1596〜配列番号1691のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[14]
前記標的化ドメインは、配列番号1683、配列番号1638、配列番号1647、配列番号1609、配列番号1621、配列番号1617、配列番号1654、配列番号1631、配列番号1620、配列番号1637、配列番号1612、配列番号1656、配列番号1619、配列番号1675、配列番号1645、配列番号1598、配列番号1599、配列番号1663、配列番号1677、または配列番号1626のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[13]に記載のgRNA分子。
[15]
前記標的配列は、HFPH領域(例えば、フランス型HPFH領域)のものであり、かつ前記標的化ドメインは、配列番号86〜配列番号181、配列番号1500〜配列番号1595、または配列番号1692〜配列番号1761のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[16]
前記標的化ドメインは、配列番号100、配列番号165、配列番号113、配列番号99、配列番号112、配列番号98、配列番号1580、配列番号106、配列番号1503、配列番号1589、配列番号160、配列番号1537、配列番号159、配列番号101、配列番号162、配列番号104、配列番号138、配列番号1536、配列番号1539、配列番号1585のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[15]に記載のgRNA分子。
[17]
前記標的化ドメインは、配列番号98、配列番号100、配列番号1505、配列番号1589、配列番号1700、または配列番号1750のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[15]に記載のgRNA分子。
[18]
前記標的化ドメインは、配列番号100、配列番号165、または配列番号113のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[15]に記載のgRNA分子。
[19]
前記標的化ドメインは、前記記載される標的化ドメイン配列のいずれか1つの17、18、19、20、21、22、23、または24個の連続する核酸を含む、例えばそれからなる、[2]〜[18]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[20]
前記記載される標的化ドメイン配列のいずれか1つの17、18、19、20、21、22、23、または24個の連続する核酸は、前記記載される標的化ドメイン配列の3’末端に配置された17、18、19、20、21、22、23、または24個の連続する核酸である、[16]に記載のgRNA分子。
[21]
前記記載される標的化ドメイン配列のいずれか1つの17、18、19、20、21、22、23、または24個の連続する核酸は、前記記載される標的化ドメイン配列の5’末端に配置された17、18、19、20、21、22、23、または24個の連続する核酸である、[16]に記載のgRNA分子。
[22]
前記記載される標的化ドメイン配列のいずれか1つの17、18、19、20、21、22、23、または24個の連続する核酸は、前記記載される標的化ドメイン配列の5’核酸または3’核酸のいずれも含まない、[16]に記載のgRNA分子。
[23]
前記標的化ドメインは、前記記載される標的化ドメイン配列からなる、[2]〜[22]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[24]
前記crRNAの一部分と前記tracrの一部分とは、ハイブリダイズして、配列番号6584または6585を含むフラッグポールを形成する、[1]〜[23]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[25]
前記フラッグポールは、前記フラッグポールの前記crRNA部分の3’側に位置する第1のフラッグポール伸長部をさらに含み、前記第1のフラッグポール伸長部は、配列番号6586を含む、[24]に記載のgRNA分子。
[26]
前記フラッグポールは、前記フラッグポールの前記crRNA部分の3’側に位置する第2のフラッグポール伸長部および存在する場合には前記第1のフラッグポール伸長部をさらに含み、前記第2のフラッグポール伸長部は、配列番号6587を含む、[24]または[25]に記載のgRNA分子。
[27]
前記tracrは、配列番号6660または配列番号6661を含む、[1]〜[26]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[28]
前記tracrは、配列番号7812を含み、任意選択で3’末端に追加の1、2、3、4、5、6、または7個のウラシル(U)ヌクレオチドをさらに含む、[1]〜[26]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[29]
前記crRNAは、5’から3’に、[標的化ドメイン]−:
a)配列番号6584;
b)配列番号6585;
c)配列番号6605;
d)配列番号6606;
e)配列番号6607;
f)配列番号6608;または
g)配列番号7806
を含む、[1]〜[28]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[30]
前記tracrは、5’から3’に、
a)配列番号6589;
b)配列番号6590;
c)配列番号6609;
d)配列番号6610;
e)配列番号6660;
f)配列番号6661;
g)配列番号7812;
h)配列番号7807;
i)(配列番号7808;
j)配列番号7809;
k)3’末端に少なくとも1、2、3、4、5、6または7個のウラシル(U)ヌクレオチド、例えば1、2、3、4、5、6、または7個のウラシル(U)ヌクレオチドをさらに含む前記a)〜j)のいずれか;
l)3’末端に少なくとも1、2、3、4、5、6または7個のアデニン(A)ヌクレオチド、例えば1、2、3、4、5、6、または7個のアデニン(A)ヌクレオチドをさらに含む前記a)〜k)のいずれか;または
m)5’末端に(例えば、5’側端に)少なくとも1、2、3、4、5、6または7個のアデニン(A)ヌクレオチド、例えば1、2、3、4、5、6、または7個のアデニン(A)ヌクレオチドをさらに含む前記a)〜l)のいずれか
を含む、[1]〜[23]または[29]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[31]
前記標的化ドメインと前記tracrとは、別個の核酸分子に配置され、前記標的化ドメインを含む前記核酸分子は配列番号6607を含み、配列番号6607は任意選択で前記標的化ドメインのすぐ3’側に配置され、および前記tracrを含む前記核酸分子は、配列番号6660を含む、例えばそれからなる、[1]〜[23]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[32]
前記フラッグポールの前記crRNA部分は、配列番号6607または配列番号6608を含む、[27]または[28]に記載のgRNA分子。
[33]
前記tracrは、配列番号6589または6590と、任意選択で、第1のフラッグポール伸長部が存在する場合、配列番号6589または6590の5’側に配置された第1のtracr伸長部とを含み、前記第1のtracr伸長部は、配列番号6591を含む、[1]〜[26]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[34]
前記標的化ドメインと前記tracrとは、別個の核酸分子に配置される、[1]〜[33]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[35]
前記標的化ドメインと前記tracrとは、単一の核酸分子に配置され、前記tracrは、前記標的化ドメインの3’側に配置される、[1]〜[33]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[36]
前記標的化ドメインの3’側かつ前記tracrの5’側に配置されたループをさらに含む、[35]に記載のgRNA分子。
[37]
前記ループは、配列番号6588を含む、[36]に記載のgRNA分子。
[38]
5’から3’に、[標的化ドメイン]−:
(a)配列番号6601;
(b)配列番号6602;
(c)配列番号6603;
(d)配列番号6604;
(e)配列番号7811;または
(f)3’末端に1、2、3、4、5、6または7個のウラシル(U)ヌクレオチドをさらに含む前記(a)〜(e)のいずれか
を含む、[1]〜[23]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[39]
前記標的化ドメインと前記tracrとは、単一の核酸分子に配置され、前記核酸分子は、前記標的化ドメインと配列番号7811とを含み、例えばそれからなり、配列番号7811は任意選択で前記標的化ドメインのすぐ3’側に配置される、[1]〜[40]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[40]
前記gRNA分子を含む前記核酸分子の1つまたは任意選択で2つ以上は、
a)前記1つまたは複数の核酸分子の3’末端における1つ以上、例えば3つのホスホロチオエート修飾;
b)前記1つまたは複数の核酸分子の5’末端における1つ以上、例えば3つのホスホロチオエート修飾;
c)前記1つまたは複数の核酸分子の前記3’末端における1つ以上、例えば3つの2’−O−メチル修飾;
d)前記1つまたは複数の核酸分子の前記5’末端における1つ以上、例えば3つの2’−O−メチル修飾;
e)前記1つまたは複数の核酸分子の末端から4番目、末端から3番目、および末端から2番目の3’残基の各々における2’O−メチル修飾;
f)前記1つまたは複数の核酸分子の末端から4番目、末端から3番目、および末端から2番目の5’残基の各々における2’O−メチル修飾;または
f)これらの任意の組み合わせ
を含む、[1]〜[39]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[41]
配列:
(a)配列番号342;
(b)配列番号343;または
(c)配列番号1762
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[42]
(a)配列番号344を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号344を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号345を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号345を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[43]
配列:
(a)配列番号347;
(b)配列番号348;または
(c)配列番号1763
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[44]
(a)配列番号349を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号349を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号350を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号350を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[45]
配列:
(a)配列番号351;
(b)配列番号352;または
(c)配列番号1764
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[46]
(a)配列番号353を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号353を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号354を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号354を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[47]
配列:
(a)配列番号355;
(b)配列番号356;または
(c)配列番号1765
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[48]
(a)配列番号357を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号357を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号358を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号358を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[49]
配列:
(a)配列番号359;
(b)配列番号360;または
(c)配列番号1766
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[50]
(a)配列番号361を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号361を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号362を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号362を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[51]
配列:
(a)配列番号363;
(b)配列番号364;または
(c)配列番号1767
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[52]
(a)配列番号365を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号365を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号366を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号366を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[53]
配列:
(a)配列番号367;
(b)配列番号368;または
(c)配列番号1768
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[54]
(a)配列番号369を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号369を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号370を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号370を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[55]
配列:
(a)配列番号371;
(b)配列番号372;または
(c)配列番号1769
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[56]
(a)配列番号373を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号373を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号374を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号374を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[57]
配列:
(a)配列番号375;
(b)配列番号376;または
(c)配列番号1770
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[58]
(a)配列番号377を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号377を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号378を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号378を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[59]
配列:
(a)配列番号379;
(b)配列番号380;または
(c)配列番号1771
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[60]
(a)配列番号381を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号381を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号382を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号382を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[61]
配列:
(a)配列番号383;
(b)配列番号384;または
(c)配列番号1772
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[62]
(a)配列番号385を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号385を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号386を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号386を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[63]
配列:
(a)配列番号387;
(b)配列番号388;または
(c)配列番号1773
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[64]
(a)配列番号389を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号389を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号390を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号390を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[65]
配列:
(a)配列番号391;
(b)配列番号392;または
(c)配列番号1774
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[66]
(a)配列番号393を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号393を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号394を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号394を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[67]
配列:
(a)配列番号395;
(b)配列番号396;または
(c)配列番号1775
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[68]
(a)配列番号397を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号397を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号398を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号398を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[69]
前記gRNA分子を含むCRISPRシステム(例えば、本明細書に記載されるとおりのRNP)が細胞に導入されると、インデルは、前記gRNA分子の前記標的化ドメインと相補的な前記標的配列にまたはその近傍に形成される、[1]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[70]
前記インデルは、GATA−1またはTAL−1結合部位のヌクレオチドを含まない、[69]に記載のgRNA分子。
[71]
前記gRNA分子を含むCRISPRシステム(例えば、本明細書に記載されるとおりのRNP)が細胞の集団に導入されると、インデルは、前記集団の細胞の少なくとも約40%、例えば少なくとも約50%、例えば少なくとも約60%、例えば少なくとも約70%、例えば少なくとも約80%、例えば少なくとも約90%、例えば少なくとも約95%、例えば少なくとも約96%、例えば少なくとも約97%、例えば少なくとも約98%、例えば少なくとも約99%において、前記gRNA分子の前記標的化ドメインと相補的な前記標的配列にまたはその近傍に形成される、[1]〜[70]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[72]
前記gRNA分子を含むCRISPRシステム(例えば、本明細書に記載されるとおりのRNP)が細胞の集団に導入されると、GATA−1またはTAL−1結合部位のヌクレオチドを含まないインデルは、前記集団の細胞の少なくとも約20%、例えば少なくとも約30%、例えば少なくとも約35%、例えば少なくとも約40%、例えば少なくとも約45%、例えば少なくとも約50%、例えば少なくとも約55%、例えば少なくとも約60%、例えば少なくとも約65%、例えば少なくとも約70%、例えば少なくとも約75%、例えば少なくとも約80%、例えば少なくとも約85%、例えば少なくとも約90%、例えば少なくとも約95%、例えば少なくとも約99%において、前記gRNA分子の前記標的化ドメインと相補的な前記標的配列にまたはその近傍に形成される、[1]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[73]
前記インデルは、前記集団の細胞の少なくとも約30%、例えば少なくとも約40%、例えば少なくとも約50%、例えば少なくとも約60%、例えば少なくとも約70%、例えば少なくとも約80%、例えば少なくとも約90%、例えば少なくとも約95%、例えば少なくとも約96%、例えば少なくとも約97%、例えば少なくとも約98%、例えば少なくとも約99%において、図25、表15、表26、表27または表37のいずれかに挙げられるインデルである、[71]または[72]に記載のgRNA分子。
[74]
前記細胞の集団中において最も高頻度で検出される3つのインデルは、図25、表15、表26、表27または表37のいずれかに挙げられる任意のgRNA分子に関連するインデルを含む、[71]〜[73]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[75]
前記インデルは、次世代シーケンシング(NGS)によって計測されるとおりである、[69]〜[74]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[76]
前記gRNA分子を含むCRISPRシステム(例えば、本明細書に記載されるとおりのRNP)が細胞に導入されると、胎児ヘモグロビンの発現は、前記細胞またはその子孫、例えばその赤血球系子孫、例えばその赤血球細胞子孫において増加する、[1]〜[75]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[77]
胎児ヘモグロビンの発現は、前記細胞またはその子孫、例えばその赤血球系子孫、例えばその赤血球細胞子孫において少なくとも約20%、例えば少なくとも約30%、例えば少なくとも約40%、例えば少なくとも約50%、例えば少なくとも約60%、例えば少なくとも約70%、例えば少なくとも約80%、例えば少なくとも約90%、例えば少なくとも約95%、例えば少なくとも約96%、例えば少なくとも約97%、例えば少なくとも約98%、例えば少なくとも約99%増加する、[76]に記載のgRNA分子。
[78]
前記細胞またはその子孫、例えばその赤血球系子孫、例えばその赤血球細胞子孫は、1細胞当たり少なくとも約6ピコグラム(例えば、少なくとも約7ピコグラム、少なくとも約8ピコグラム、少なくとも約9ピコグラム、少なくとも約10ピコグラム、または約8〜約9ピコグラム、または約9〜約10ピコグラム)の胎児ヘモグロビンを産生する、[76]または[77]に記載のgRNA分子。
[79]
前記gRNA分子を含むCRISPRシステム(例えば、本明細書に記載されるとおりのRNP)が細胞に導入されると、オフターゲットインデル、例えば次世代シーケンシングおよび/またはヌクレオチド挿入アッセイによって検出可能なとおりのオフターゲットインデルは、前記細胞において形成されない、[1]〜[78]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[80]
前記gRNA分子を含むCRISPRシステム(例えば、本明細書に記載されるとおりのRNP)が細胞の集団に導入されると、オフターゲットインデル、例えば次世代シーケンシングおよび/またはヌクレオチド挿入アッセイによって検出可能なとおりのオフターゲットインデルは、前記細胞の集団の細胞の約5%超、例えば約1%超、例えば約0.1%超、例えば約0.01%超において検出されない、[1]〜[78]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[81]
前記細胞は、哺乳動物細胞、霊長類細胞またはヒト細胞であり、例えばヒト細胞である(または細胞の集団はそれを含む)、[69]〜[80]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[82]
前記細胞は、HSPCである(または細胞の集団はそれを含む)、[81]に記載のgRNA分子。
[83]
前記HSPCは、CD34+である、[82]に記載のgRNA分子。
[84]
前記HSPCは、CD34+CD90+である、[83]に記載のgRNA分子。
[85]
前記細胞は、前記細胞が投与される患者にとって自己由来である、[69]〜[84]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[86]
前記細胞は、前記細胞が投与される患者にとって同種異系由来である、[69]〜[84]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[87]
1)[1]〜[86]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子(第1のgRNA分子を含む)、およびCas9分子;
2)[1]〜[86]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子(第1のgRNA分子を含む)、およびCas9分子をコードする核酸;
3)[1]〜[86]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子(第1のgRNA分子を含む)をコードする核酸、およびCas9分子;
4)[1]〜[86]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子(第1のgRNA分子を含む)をコードする核酸、およびCas9分子をコードする核酸;または
5)前記1)〜4)のいずれか、および鋳型核酸;または
6)前記1)〜4)のいずれか、および鋳型核酸をコードする配列を含む核酸
を含む組成物。
[88]
Cas9分子をさらに含む、[1]〜[86]のいずれか一項に記載の第1のgRNA分子を含む組成物。
[89]
前記Cas9分子は、活性または不活性化膿レンサ球菌(s.pyogenes)Cas9である、[87]または[88]に記載の組成物。
[90]
前記Cas9分子は、配列番号6611を含む、[87]〜[89]のいずれか一項に記載の組成物。
[91]
前記Cas9分子は、
(a)配列番号7821;
(b)配列番号7822;
(c)配列番号7823;
(d)配列番号7824;
(e)配列番号7825;
(f)配列番号7826;
(g)配列番号7827;
(h)配列番号7828;
(i)配列番号7829;
(j)配列番号7830;または
(k)配列番号7831
を含む、例えばそれからなる、[87]〜[89]のいずれか一項に記載の組成物。
[92]
前記第1のgRNA分子およびCas9分子は、リボ核タンパク質複合体(RNP)に存在する、[88]〜[91]のいずれか一項に記載の組成物。
[93]
第2のgRNA分子;第2のgRNA分子および第3のgRNA分子;または第2のgRNA分子、任意選択で第3のgRNA分子、および任意選択で第4のgRNA分子をさらに含み、前記第2のgRNA分子、前記任意選択の第3のgRNA分子、および前記任意選択の第4のgRNA分子は、[1]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子であり、前記組成物の各gRNA分子は、異なる標的配列と相補的である、[87]〜[92]のいずれか一項に記載の組成物。
[94]
前記第1のgRNA分子、前記第2のgRNA分子、前記任意選択の第3のgRNA分子、および前記任意選択の第4のgRNA分子の2つ以上は、同じ遺伝子または領域内の標的配列と相補的である、[93]に記載の組成物。
[95]
前記第1のgRNA分子、前記第2のgRNA分子、前記任意選択の第3のgRNA分子、および前記任意選択の第4のgRNA分子は、20000ヌクレオチド以下、10000ヌクレオチド以下、6000以下、5000ヌクレオチド以下、4000以下、1000ヌクレオチド以下、500ヌクレオチド以下、400ヌクレオチド以下、300ヌクレオチド以下、200ヌクレオチド以下、100ヌクレオチド以下、90ヌクレオチド以下、80ヌクレオチド以下、70ヌクレオチド以下、60ヌクレオチド以下、50ヌクレオチド以下、40ヌクレオチド以下、30ヌクレオチド以下、20ヌクレオチド以下または10ヌクレオチド以下離れた標的配列と相補的である、[93]または[94]に記載の組成物。
[96]
前記第1のgRNA分子、前記第2のgRNA分子、前記任意選択の第3のgRNA分子、および前記任意選択の第4のgRNA分子の2つ以上は、異なる遺伝子または領域内の標的配列と相補的である、[93]に記載の組成物。
[97]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、前記第1のgRNA分子および第2のgRNA分子は、
(a)[4]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;
(b)[5]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;
c)[6]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;または
(d)[7]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;または
(e)[41]〜[56]のいずれか一項に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的である、[94]または[95]に記載の組成物。
[98]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、前記第1のgRNA分子および第2のgRNA分子は、
(a)[10]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;または
(b)[11]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的である、[94]または[95]に記載の組成物。
[99]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、前記第1のgRNA分子および第2のgRNA分子は、
(a)[13]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;または
(b)[14]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的である、[94]または[95]に記載の組成物。
[100]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、前記第1のgRNA分子および第2のgRNA分子は、
(a)[16]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;
(b)[17]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;
(c)[18]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;または
(d)[57]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的である、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[101]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[4]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[5]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[6]に記載のgRNA分子から選択されるか、(d)[7]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(e)[41]〜[56]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択され;および
(2)前記第2のgRNA分子は、(a)[10]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(b)[11]に記載のgRNA分子から選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[102]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[4]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[5]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[6]に記載のgRNA分子から選択されるか、(d)[7]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(e)[41]〜[56]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択され;および
(2)前記第2のgRNA分子は、(a)[13]に記載のgRNA分子から選択され、(b)[14]に記載のgRNA分子から選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[103]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[4]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[5]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[6]に記載のgRNA分子から選択されるか、(d)[7]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(e)[41]〜[56]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択され;および
(2)前記第2のgRNA分子は、(a)[16]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[17]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[18]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(d)[57]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[104]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[10]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(b)[11]に記載のgRNA分子から選択され;および
(2)前記第2のgRNA分子は、(a)[13]に記載のgRNA分子から選択され、(b)[14]に記載のgRNA分子から選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[105]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[10]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(b)[11]に記載のgRNA分子から選択され;および
(2)前記第2のgRNA分子は、(a)[16]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[17]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[18]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(d)[57]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[106]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[13]に記載のgRNA分子から選択され、(b)[14]に記載のgRNA分子から選択され;および
(2)前記第2のgRNA分子は、(a)[16]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[17]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[18]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(d)[57]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[107]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[16]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[17]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[18]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(d)[57]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択され;および(2)前記第2のgRNA分子は、βグロビン遺伝子の標的配列に相補的な標的化ドメインを含むか、または
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[4]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[5]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[6]に記載のgRNA分子から選択されるか、(d)[7]に記載のgRNA分子から選択されるか、(e)[41]〜[56]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択されるか、(f)[10]に記載のgRNA分子から選択されるか、(g)[11]に記載のgRNA分子から選択されるか、(h)[13]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(i)[14]に記載のgRNA分子から選択され;および(2)前記第2のgRNA分子は、βグロビン遺伝子の標的配列に相補的な標的化ドメインを含む、[96]に記載の組成物。
[108]
前記第1のgRNA分子および前記第2のgRNA分子は、[41]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子から独立して選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[109]
前記組成物の前記gRNA分子成分に関して、第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とからなる、[87]〜[108]のいずれか一項に記載の組成物。
[110]
前記gRNA分子の各々は、本明細書に記載されるCas9分子、例えば[90]または[91]に記載のCas9分子と共にリボ核タンパク質複合体(RNP)中にある、[87]〜[109]のいずれか一項に記載の組成物。
[111]
鋳型核酸を含み、前記鋳型核酸は、前記第1のgRNA分子の前記標的配列にまたはその近傍にあるヌクレオチドに対応するヌクレオチドを含む、[87]〜[110]のいずれか一項に記載の組成物。
[112]
前記鋳型核酸は、
(a)ヒトβグロビン、例えば突然変異G16D、E22AおよびT87Qの1つ以上を含むヒトβグロビン、もしくはその断片;または
(b)ヒトγグロビン、もしくはその断片
をコードする核酸を含む、[111]に記載の組成物。
[113]
エレクトロポレーションに好適な媒体中に製剤化される、[87]〜[112]のいずれか一項に記載の組成物。
[114]
前記gRNA分子の各々は、本明細書に記載されるCas9分子と共にRNP中にあり、前記RNPの各々は、約10μM未満、例えば約3μM未満、例えば約1μM未満、例えば約0.5μM未満、例えば約0.3μM未満、例えば約0.1μM未満の濃度である、[87]〜[113]のいずれか一項に記載の組成物。
[115]
[1]〜[68]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子をコードする核酸配列。
[116]
前記核酸は、前記1つ以上のgRNA分子をコードする前記配列に作動可能に連結されたプロモーターを含む、[115]に記載の核酸配列。
[117]
前記プロモーターは、RNAポリメラーゼIIまたはRNAポリメラーゼIIIによって認識されるプロモーターである、[116]に記載の核酸配列。
[118]
前記プロモーターは、U6プロモーターまたはHIプロモーターである、[117]に記載の核酸配列。
[119]
前記核酸は、Cas9分子をさらにコードする、[115]〜[118]のいずれか一項に記載の核酸配列。
[120]
前記Cas9分子は、配列番号6611、配列番号7821、配列番号7822、配列番号7823、配列番号7824、配列番号7825、配列番号7826、配列番号7827、配列番号7828、配列番号7829、配列番号7830、または配列番号7831のいずれかを含む、[119]に記載の核酸配列。
[121]
前記核酸は、Cas9分子をコードする前記配列に作動可能に連結されたプロモーターを含む、[119]または[120]に記載の核酸配列。
[122]
前記プロモーターは、EF−1プロモーター、CMV IE遺伝子プロモーター、EF−1αプロモーター、ユビキチンCプロモーター、またはホスホグリセリン酸キナーゼ(PGK)プロモーターである、[121]に記載の核酸配列。
[123]
[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸を含むベクター。
[124]
前記ベクターは、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター、単純ヘルペスウイルス(HSV)ベクター、プラスミド、ミニサークル、ナノプラスミド、およびRNAベクターからなる群から選択される、[123]に記載のベクター。
[125]
細胞(例えば、細胞の集団)を前記細胞内の標的配列でまたはその近傍で改変する(例えば、核酸の構造(例えば、配列)を改変する)方法であって、前記細胞(例えば、細胞の集団)を、
1)[1]〜[68]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子、およびCas9分子;
2)[1]〜[68]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子、およびCas9分子をコードする核酸;
3)[1]〜[68]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子をコードする核酸、およびCas9分子;
4)[1]〜[68]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子をコードする核酸、およびCas9分子をコードする核酸;
5)前記1)〜4)のいずれか、および鋳型核酸;
6)前記1)〜4)のいずれか、および鋳型核酸をコードする配列を含む核酸;
7)[87]〜[114]のいずれか一項に記載の組成物;または
8)[123]または[124]に記載のベクター
と接触させる(例えば、それに導入する)ステップを含む方法。
[126]
前記gRNA分子または前記gRNA分子をコードする核酸と、前記Cas9分子または前記Cas9分子をコードする核酸とは、単一の組成物に製剤化される、[125]に記載の方法。
[127]
前記gRNA分子または前記gRNA分子をコードする核酸と、前記Cas9分子または前記Cas9分子をコードする核酸とは、2つ以上の組成物に製剤化される、[125]に記載の方法。
[128]
前記2つ以上の組成物は、同時にまたは逐次的に送達される、[127]に記載の方法。
[129]
前記細胞は、動物細胞である、[125]〜[128]のいずれか一項に記載の方法。
[130]
前記細胞は、哺乳動物細胞、霊長類細胞またはヒト細胞である、[125]〜[128]のいずれか一項に記載の方法。
[131]
前記細胞は、造血幹細胞・前駆細胞(HSPC)(例えば、HSPCの集団)である、[130]に記載の方法。
[132]
前記細胞は、CD34+細胞である、[125]〜[131]のいずれか一項に記載の方法。
[133]
前記細胞は、CD34+CD90+細胞である、[125]〜[132]のいずれか一項に記載の方法。
[134]
前記細胞は、CD34+細胞に関して富化された細胞の集団を含む組成物中に配置される、[125]〜[133]のいずれか一項に記載の方法。
[135]
前記細胞(例えば、細胞の集団)は、骨髄、動員末梢血または臍帯血から単離されている、[125]〜[134]のいずれか一項に記載の方法。
[136]
前記細胞は、前記細胞が投与される患者にとって自己由来または同種異系由来である、[125]〜[135]のいずれか一項に記載の方法。
[137]
前記改変は、前記1つ以上のgRNA分子の前記標的化ドメインと相補的なゲノムDNA配列にまたはその近傍にインデルをもたらす、[125]〜[136]のいずれか一項に記載の方法。
[138]
前記インデルは、図25、表15、表26、表27または表37に示されるインデルである、[137]に記載の方法。
[139]
前記インデルは、約40ヌクレオチド未満、例えば30ヌクレオチド未満、例えば20ヌクレオチド未満、例えば10ヌクレオチド未満の挿入または欠失である、[137]または[138]に記載の方法。
[140]
前記インデルは、単一のヌクレオチド欠失である、[139]に記載の方法。
[141]
細胞の集団をもたらし、前記集団の細胞の少なくとも約50%、例えば少なくとも約60%、例えば少なくとも約70%、例えば少なくとも約80%、例えば少なくとも約90%(例えば、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%)は、改変されている、例えばインデルを含む、[137]〜[140]のいずれか一項に記載の方法。
[142]
前記改変は、赤血球系統の分化細胞(例えば、赤血球細胞)への分化能を有する細胞(例えば、細胞の集団)をもたらし、前記分化細胞は、胎児ヘモグロビンの増加したレベル、例えば非改変細胞(例えば、細胞の集団)と比べて胎児ヘモグロビンの増加したレベルを呈する、[125]〜[141]のいずれか一項に記載の方法。
[143]
前記改変は、分化細胞の集団、例えば赤血球系統の細胞の集団(例えば、赤血球細胞の集団)への分化能を有する細胞の集団をもたらし、前記分化細胞の集団は、F細胞の増加した割合、例えば非改変細胞の集団と比べてF細胞の増加した割合(例えば、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、または少なくとも約40%高い)を有する、[125]〜[142]のいずれか一項に記載の方法。
[144]
前記改変は、分化細胞、例えば赤血球系統の細胞(例えば、赤血球細胞)への分化能を有する細胞をもたらし、前記分化細胞は、1細胞当たり少なくとも約6ピコグラム(例えば、少なくとも約7ピコグラム、少なくとも約8ピコグラム、少なくとも約9ピコグラム、少なくとも約10ピコグラム、または約8〜約9ピコグラム、または約9〜約10ピコグラム)の胎児ヘモグロビンを産生する、[125]〜[142]のいずれか一項に記載の方法。
[145]
[125]〜[144]のいずれか一項に記載の方法によって改変された細胞。
[146]
[125]〜[144]のいずれか一項に記載の方法によって得ることが可能な細胞。
[147]
[1]〜[68]のいずれか一項に記載の第1のgRNA分子、または[87]〜[114]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、または[123]もしくは[124]に記載のベクターを含む細胞。
[148]
Cas9分子を含む、[147]に記載の細胞。
[149]
前記Cas9分子は、配列番号6611、配列番号7821、配列番号7822、配列番号7823、配列番号7824、配列番号7825、配列番号7826、配列番号7827、配列番号7828、配列番号7829、配列番号7830、または配列番号7831のいずれかを含む、[148]に記載の細胞。
[150]
[1]〜[68]のいずれか一項に記載の第2のgRNA分子、または[1]〜[68]のいずれか一項に記載の第2のgRNA分子をコードする核酸を含むか、それを含んでいたか、またはそれを含むことになり、前記第1のgRNA分子および第2のgRNA分子は、同一でない標的化ドメインを含む、[145]〜[149]のいずれか一項に記載の細胞。
[151]
胎児ヘモグロビンの発現は、gRNA分子を含むように修飾されていない同じ細胞型の細胞またはその子孫と比べて前記細胞またはその子孫(例えば、その赤血球系子孫、例えばその赤血球細胞子孫)において増加する、[145]〜[150]のいずれか一項に記載の細胞。
[152]
分化細胞、例えば赤血球系統の細胞(例えば、赤血球細胞)への分化能を有し、前記分化細胞は、胎児ヘモグロの増加したレベル、例えばgRNA分子を含むように修飾されていない同じタイプの細胞と比べて胎児ヘモグロの増加したレベルを呈する、[145]〜[150]のいずれか一項に記載の細胞。
[153]
前記分化細胞(例えば、赤血球系統の細胞、例えば赤血球細胞)は、少なくとも約6ピコグラム(例えば、少なくとも約7ピコグラム、少なくとも約8ピコグラム、少なくとも約9ピコグラム、少なくとも約10ピコグラム、または約8〜約9ピコグラム、または約9〜約10ピコグラム)の胎児ヘモグロビンを、例えばgRNA分子を含むように修飾されていない同じタイプの細胞と比べて、産生する、[152]に記載の細胞。
[154]
幹細胞増殖剤と接触されていた、[145]〜[153]のいずれか一項に記載の細胞。
[155]
前記幹細胞増殖剤は、化合物1、化合物2、化合物3、化合物4、またはこれらの組み合わせ(例えば、化合物1および化合物4)である、[154]に記載の細胞。
[156]
前記幹細胞増殖剤は、化合物4である、[155]に記載の細胞。
[157]
[1]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子の前記標的化ドメインと相補的なゲノムDNA配列にまたはその近傍にインデルを含む細胞、例えば[145]〜[156]のいずれか一項に記載の細胞。
[158]
前記インデルは、図25、表15、表26、表27または表37に示されるインデルである、[157]に記載の細胞。
[159]
前記インデルは、約40ヌクレオチド未満、例えば30ヌクレオチド未満、例えば20ヌクレオチド未満、例えば10ヌクレオチド未満の挿入または欠失である、[157]または[158]に記載の細胞。
[160]
前記インデルは、単一のヌクレオチド欠失である、[157]〜[159]のいずれか一項に記載の細胞。
[161]
動物細胞である、[145]〜[160]のいずれか一項に記載の細胞。
[162]
哺乳動物細胞、霊長類細胞またはヒト細胞である、[161]に記載の細胞。
[163]
造血幹細胞・前駆細胞(HSPC)(例えば、HSPCの集団)である、[145]〜[162]のいずれか一項に記載の細胞。
[164]
CD34+細胞である、[145]〜[163]のいずれか一項に記載の細胞。
[165]
CD34+CD90+細胞である、[164]に記載の細胞。
[166]
前記細胞(例えば、細胞の集団)は、骨髄、動員末梢血または臍帯血から単離されている、[145]〜[165]のいずれか一項に記載の細胞。
[167]
前記細胞が投与される患者にとって自己由来である、[145]〜[166]のいずれか一項に記載の細胞。
[168]
前記細胞が投与される患者にとって同種異系由来である、[145]〜[166]のいずれか一項に記載の細胞。
[169]
[145]〜[168]のいずれか一項に記載の細胞を含む細胞の集団。
[170]
前記集団の細胞の少なくとも約50%、例えば少なくとも約60%、例えば少なくとも約70%、例えば少なくとも約80%、例えば少なくとも約90%(例えば、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%)は、[145]〜[168]のいずれか一項に記載の細胞である、[169]に記載の細胞の集団。
[171]
分化細胞の集団、例えば赤血球系統の細胞の集団(例えば、赤血球細胞の集団)への分化能を有し、前記分化細胞の集団は、F細胞の増加した割合、例えば同じタイプの修飾されていない細胞の集団と比べてF細胞の増加した割合(例えば、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、または少なくとも約40%高い)を有する、[169]または[170]に記載の細胞の集団。
[172]
前記分化細胞の集団のF細胞は、1細胞当たり平均で少なくとも約6ピコグラム(例えば、少なくとも約7ピコグラム、少なくとも約8ピコグラム、少なくとも約9ピコグラム、少なくとも約10ピコグラム、または約8〜約9ピコグラム、または約9〜約10ピコグラム)の胎児ヘモグロビンを産生する、[171]に記載の細胞の集団。
[173]
1)少なくとも1e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される前記患者の体重kg、
2)少なくとも2e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される前記患者の体重kg、
3)少なくとも3e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される前記患者の体重kg、
4)少なくとも4e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される前記患者の体重kg、または
5)2e6〜10e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される前記患者の体重kg
を含む、[169]〜[172]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[174]
前記集団の細胞の少なくとも約40%、例えば少なくとも約50%(例えば、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、または少なくとも約90%)は、CD34+細胞である、[169]〜[173]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[175]
前記集団の細胞の少なくとも約10%、例えば少なくとも約15%、例えば少なくとも約20%、例えば少なくとも約30%は、CD34+CD90+細胞である、[174]に記載の細胞の集団。
[176]
骨髄に由来する、[169]〜[175]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[177]
哺乳動物細胞、例えばヒト細胞を含む、例えばそれからなる、[169]〜[176]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[178]
前記細胞の集団が投与される患者に対して自己由来である、[169]〜[177]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[179]
前記細胞の集団が投与される患者に対して同種異系由来である、[169]〜[177]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[180]
[145]〜[168]のいずれか一項に記載の細胞または[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団を含む組成物。
[181]
薬学的に許容可能な媒体、例えば凍結保存に好適である薬学的に許容可能な媒体を含む、[180]に記載の組成物。
[182]
異常ヘモグロビン症を治療する方法であって、[145]〜[168]のいずれか一項に記載の細胞、[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団、または[180]もしくは[181]に記載の組成物を患者に投与するステップを含む方法。
[183]
哺乳動物における胎児ヘモグロビン発現を増加させる方法であって、[145]〜[168]のいずれか一項に記載の細胞、[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団、または[180]もしくは[181]に記載の組成物を患者に投与するステップを含む方法。
[184]
前記異常ヘモグロビン症は、β−サラセミアまたは鎌状赤血球症である、[182]に記載の方法。
[185]
細胞(例えば、細胞の集団)を調製する方法であって、
(a)細胞(例えば、細胞の集団)(例えば、HSPC(例えば、HSPCの集団))を提供するステップ;
(b)幹細胞増殖剤を含む細胞培養培地中で前記細胞(例えば、前記細胞の集団)をエキソビボで培養するステップ;および
(c)[1]〜[68]のいずれか一項に記載の第1のgRNA分子、[1]〜[68]のいずれか一項に記載の第1のgRNA分子をコードする核酸分子、[87]〜[114]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、または[123]もしくは[124]に記載のベクターを前記細胞に導入するステップ
を含む方法。
[186]
前記ステップ(c)の導入の後、前記細胞(例えば、細胞の集団)は、分化細胞(例えば、分化細胞の集団)、例えば赤血球系統の細胞(例えば、赤血球系統の細胞の集団)、例えば赤血球細胞(例えば、赤血球細胞の集団)への分化能を有し、前記分化細胞(例えば、分化細胞の集団)は、増加した胎児ヘモグロビン、例えばステップ(c)に供されていない同じ細胞と比べて増加した胎児ヘモグロビンを産生する、[185]に記載の方法。
[187]
前記幹細胞増殖剤は、化合物1、化合物2、化合物3、化合物4またはこれらの組み合わせ(例えば、化合物1および化合物4)である、[185]または[186]に記載の方法。
[188]
前記幹細胞増殖剤は、化合物4である、[187]に記載の方法。
[189]
前記細胞培養培地は、トロンボポエチン(Tpo)、Flt3リガンド(Flt−3L)、およびヒト幹細胞因子(SCF)を含む、[185]〜[188]のいずれか一項に記載の方法。
[190]
前記細胞培養培地は、ヒトインターロイキン−6(IL−6)をさらに含む、[189]に記載の方法。
[191]
前記細胞培養培地は、トロンボポエチン(Tpo)、Flt3リガンド(Flt−3L)、およびヒト幹細胞因子(SCF)をそれぞれ約10ng/mL〜約1000ng/mLの範囲の濃度で含む、[189]または[190]に記載の方法。
[192]
前記細胞培養培地は、トロンボポエチン(Tpo)、Flt3リガンド(Flt−3L)、およびヒト幹細胞因子(SCF)をそれぞれ約50ng/mLの濃度、例えば50ng/mLの濃度で含む、[191]に記載の方法。
[193]
前記細胞培養培地は、ヒトインターロイキン−6(IL−6)を約10ng/mL〜約1000ng/mLの範囲の濃度で含む、[190]〜[192]のいずれか一項に記載の方法。
[194]
前記細胞培養培地は、ヒトインターロイキン−6(IL−6)を約50ng/mLの濃度、例えば50ng/mLの濃度で含む、[193]に記載の方法。
[195]
前記細胞培養培地は、幹細胞増殖剤を約1nM〜約1mMの範囲の濃度で含む、[185]〜[194]のいずれか一項に記載の方法。
[196]
前記細胞培養培地は、幹細胞増殖剤を約1μM〜約100μMの範囲の濃度で含む、[195]に記載の方法。
[197]
前記細胞培養培地は、幹細胞増殖剤を約50μM〜約75μMの範囲の濃度で含む、[196]に記載の方法。
[198]
前記細胞培養培地は、幹細胞増殖剤を約50μMの濃度、例えば50μMの濃度で含む、[197]に記載の方法。
[199]
前記細胞培養培地は、幹細胞増殖剤を約75μMの濃度、例えば75μMの濃度で含む、[197]に記載の方法。
[200]
前記ステップ(b)の培養は、前記ステップ(c)の導入の前の培養期間を含む、[185]〜[199]のいずれか一項に記載の方法。
[201]
前記ステップ(c)の導入の前の前記培養期間は、少なくとも12時間、例えば約1日〜約3日の期間であり、例えば約1日〜約2日の期間であり、例えば約2日の期間である、[200]に記載の方法。
[202]
前記ステップ(b)の培養は、前記ステップ(c)の導入の後の培養期間を含む、[185]〜[201]のいずれか一項に記載の方法。
[203]
前記ステップ(c)の導入の後の前記培養期間は、少なくとも12時間、例えば約1日〜約10日の期間であり、例えば約1日〜約5日の期間であり、例えば約2日〜約4日の期間であり、例えば約2日の期間であり、または約3日の期間であり、または約4日の期間である、[202]に記載の方法。
[204]
前記細胞の集団は、少なくとも4倍、例えば少なくとも5倍、例えば少なくとも10倍、例えばステップ(b)によって培養されていない細胞と比べて、増殖する、[185]〜[203]のいずれか一項に記載の方法。
[205]
前記ステップ(c)の導入は、エレクトロポレーションを含む、[185]〜[204]のいずれか一項に記載の方法。
[206]
前記エレクトロポレーションは、1〜5パルス、例えば1パルスを含み、各パルスは、700ボルト〜2000ボルトの範囲のパルス電圧であり、かつ10ms〜100msの範囲のパルス持続時間を有する、[205]に記載の方法。
[207]
前記エレクトロポレーションは、1パルスを含む、[206]に記載の方法。
[208]
前記パルス電圧は、1500〜1900ボルトの範囲、例えば1700ボルトである、[206]または[207]に記載の方法。
[209]
前記パルス持続時間は、10ms〜40msの範囲、例えば20msである、[206]〜[208]のいずれか一項に記載の方法。
[210]
ステップ(a)で提供される前記細胞(例えば、細胞の集団)は、ヒト細胞(例えば、ヒト細胞の集団)である、[185]〜[209]のいずれか一項に記載の方法。
[211]
ステップ(a)で提供される前記細胞(例えば、細胞の集団)は、骨髄、末梢血(例えば、動員末梢血)または臍帯血から単離されたものである、[210]に記載の方法。
[212]
ステップ(a)で提供される前記細胞(例えば、細胞の集団)は、骨髄から単離されたものである、例えば異常ヘモグロビン症に罹患している患者の骨髄から単離されたものである、[211]に記載の方法。
[213]
ステップ(a)で提供される前記細胞の集団は、CD34+細胞に関して富化されたものである、[185]〜[212]のいずれか一項に記載の方法。
[214]
前記ステップ(c)の導入の後、前記細胞(例えば、細胞の集団)は、凍結保存される、[185]〜[213]のいずれか一項に記載の方法。
[215]
前記ステップ(c)の導入の後、前記細胞(例えば、細胞の集団)は、前記第1のgRNA分子の前記標的化ドメインと相補的なゲノムDNA配列にまたはその近傍にインデルを含む、[185]〜[214]のいずれか一項に記載の方法。
[216]
前記インデルは、図25、表15、表26、表27または表37に示されるインデルである、[132]に記載の方法。
[217]
前記ステップ(c)の導入の後、前記細胞の集団の細胞の少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%または少なくとも約99%は、前記第1のgRNA分子の前記標的化ドメインと相補的なゲノムDNA配列にまたはその近傍にインデルを含む、[185]〜[216]のいずれか一項に記載の方法。
[218]
前記細胞の集団の細胞の各々における前記インデルは、図25、表15、表26、表27または表37に示されるインデルである、[217]に記載の方法。
[219]
[185]〜[218]のいずれか一項に記載の方法によって得ることが可能な細胞(例えば、細胞の集団)。
[220]
異常ヘモグロビン症を治療する方法であって、[219]に記載の細胞(例えば、細胞の集団)を含む組成物をヒト患者に投与するステップを含む方法。
[221]
ヒト患者における胎児ヘモグロビン発現を増加させる方法であって、[219]に記載の細胞(例えば、細胞の集団)を含む組成物を前記ヒト患者に投与するステップを含む方法。
[222]
前記異常ヘモグロビン症は、β−サラセミアまたは鎌状赤血球症である、[220]に記載の方法。
[223]
前記ヒト患者は、前記ヒト患者の体重1kg当たり少なくとも約1e6個の[219]に記載の細胞、例えば前記ヒト患者の体重1kg当たり少なくとも約1e6個の[219]に記載のCD34+細胞を含む組成物を投与される、[220]〜[222]のいずれか一項に記載の方法。
[224]
前記ヒト患者は、前記ヒト患者の体重1kg当たり少なくとも約2e6個の[219]に記載の細胞、例えば前記ヒト患者の体重1kg当たり少なくとも約2e6個の[219]に記載のCD34+細胞を含む組成物を投与される、[223]に記載の方法。
[225]
前記ヒト患者は、前記ヒト患者の体重1kg当たり約2e6〜約10e6個の[219]に記載の細胞、例えば前記ヒト患者の体重1kg当たり少なくとも約2e6〜約10e6個の[219]に記載のCD34+細胞を含む組成物を投与される、[223]に記載の方法。
[226]
薬剤として用いられる、[1]〜[86]のいずれか一項に記載のgRNA分子、[87]〜[114]または[180]もしくは[181]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、[123]または[124]に記載のベクター、[145]〜[168]または[219]のいずれか一項に記載の細胞、あるいは[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[227]
薬剤の製造に用いられる、[1]〜[86]のいずれか一項に記載のgRNA分子、[87]〜[114]または[180]もしくは[181]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、[123]または[124]に記載のベクター、[145]〜[168]または[219]のいずれか一項に記載の細胞、あるいは[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[228]
疾患の治療に用いられる、[1]〜[86]のいずれか一項に記載のgRNA分子、[87]〜[114]または[180]もしくは[181]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、[123]または[124]に記載のベクター、[145]〜[168]または[219]のいずれか一項に記載の細胞、あるいは[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[229]
疾患の治療に用いられ、前記疾患は、異常ヘモグロビン症である、[1]〜[86]のいずれか一項に記載のgRNA分子、[87]〜[114]または[180]もしくは[181]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、[123]または[124]に記載のベクター、[145]〜[168]または[219]のいずれか一項に記載の細胞、あるいは[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[230]
疾患の治療に用いられ、前記異常ヘモグロビン症は、β−サラセミアまたは鎌状赤血球症である、[1]〜[86]のいずれか一項に記載のgRNA分子、[87]〜[114]または[180]もしくは[181]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、[123]または[124]に記載のベクター、[145]〜[168]または[219]のいずれか一項に記載の細胞、または[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
当業者は、本明細書に記載される本発明の具体的な実施形態の多くの均等物を認識し、またはルーチンに過ぎない実験を用いて確認することができるであろう。本発明は具体的な態様を参照して開示されているが、本発明の他の態様および変形形態が当業者によって本発明の真の趣旨および範囲から逸脱することなく考案され得ることは明らかである。添付の特許請求の範囲は、かかる態様および均等な変形形態の全てを含むものと解釈されることが意図される。
また、本発明は以下を提供する。
[1]
tracrとcrRNAとを含むgRNA分子であって、前記crRNAは、BCL11A遺伝子(例えば、ヒトBCL11a遺伝子)、BCL11aエンハンサー(例えば、ヒトBCL11aエンハンサー)、またはHFPH領域(例えば、ヒトHPFH領域)の標的配列に相補的な標的化ドメインを含む、gRNA分子。
[2]
前記標的配列は、前記BCL11A遺伝子のものであり、かつ前記標的化ドメインは、配列番号1〜配列番号85または配列番号400〜配列番号1231のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[3]
前記標的配列は、BCL11aエンハンサーのものであり、かつ前記標的化ドメインは、配列番号1232〜配列番号1499のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[4]
前記標的配列は、BCL11aエンハンサーのものであり、かつ前記標的化ドメインは、配列番号182〜配列番号277または配列番号334〜配列番号341のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[5]
前記標的化ドメインは、配列番号341、配列番号246、配列番号248、配列番号247、配列番号245、配列番号249、配列番号244、配列番号199、配列番号251、配列番号250、配列番号334、配列番号185、配列番号186、配列番号336、または配列番号337のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[4]に記載のgRNA分子。
[6]
前記標的化ドメインは、配列番号247、配列番号248、配列番号335、配列番号336、配列番号337、または配列番号338のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[4]に記載のgRNA分子。
[7]
前記標的化ドメインは、配列番号248または配列番号338のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[4]に記載のgRNA分子。
[8]
前記標的化ドメインは、配列番号248を含む、例えばそれからなる、[4]に記載のgRNA分子。
[9]
前記標的化ドメインは、配列番号338を含む、例えばそれからなる、[4]に記載のgRNA分子。
[10]
前記標的配列は、BCL11aエンハンサーのものであり、かつ標的化ドメインは、配列番号278〜配列番号333のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[11]
前記標的化ドメインは、配列番号318、配列番号312、配列番号313、配列番号294、配列番号310、配列番号319、配列番号298、配列番号322、配列番号311、配列番号315、配列番号290、配列番号317、配列番号309、配列番号289、または配列番号281のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[10]に記載のgRNA分子。
[12]
前記標的化ドメインは、配列番号318を含む、例えばそれからなる、[10]に記載のgRNA分子。
[13]
前記標的配列は、BCL11aエンハンサーのものであり、かつ前記標的化ドメインは、配列番号1596〜配列番号1691のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[14]
前記標的化ドメインは、配列番号1683、配列番号1638、配列番号1647、配列番号1609、配列番号1621、配列番号1617、配列番号1654、配列番号1631、配列番号1620、配列番号1637、配列番号1612、配列番号1656、配列番号1619、配列番号1675、配列番号1645、配列番号1598、配列番号1599、配列番号1663、配列番号1677、または配列番号1626のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[13]に記載のgRNA分子。
[15]
前記標的配列は、HFPH領域(例えば、フランス型HPFH領域)のものであり、かつ前記標的化ドメインは、配列番号86〜配列番号181、配列番号1500〜配列番号1595、または配列番号1692〜配列番号1761のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[16]
前記標的化ドメインは、配列番号100、配列番号165、配列番号113、配列番号99、配列番号112、配列番号98、配列番号1580、配列番号106、配列番号1503、配列番号1589、配列番号160、配列番号1537、配列番号159、配列番号101、配列番号162、配列番号104、配列番号138、配列番号1536、配列番号1539、配列番号1585のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[15]に記載のgRNA分子。
[17]
前記標的化ドメインは、配列番号98、配列番号100、配列番号1505、配列番号1589、配列番号1700、または配列番号1750のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[15]に記載のgRNA分子。
[18]
前記標的化ドメインは、配列番号100、配列番号165、または配列番号113のいずれか1つを含む、例えばそれからなる、[15]に記載のgRNA分子。
[19]
前記標的化ドメインは、前記記載される標的化ドメイン配列のいずれか1つの17、18、19、20、21、22、23、または24個の連続する核酸を含む、例えばそれからなる、[2]〜[18]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[20]
前記記載される標的化ドメイン配列のいずれか1つの17、18、19、20、21、22、23、または24個の連続する核酸は、前記記載される標的化ドメイン配列の3’末端に配置された17、18、19、20、21、22、23、または24個の連続する核酸である、[16]に記載のgRNA分子。
[21]
前記記載される標的化ドメイン配列のいずれか1つの17、18、19、20、21、22、23、または24個の連続する核酸は、前記記載される標的化ドメイン配列の5’末端に配置された17、18、19、20、21、22、23、または24個の連続する核酸である、[16]に記載のgRNA分子。
[22]
前記記載される標的化ドメイン配列のいずれか1つの17、18、19、20、21、22、23、または24個の連続する核酸は、前記記載される標的化ドメイン配列の5’核酸または3’核酸のいずれも含まない、[16]に記載のgRNA分子。
[23]
前記標的化ドメインは、前記記載される標的化ドメイン配列からなる、[2]〜[22]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[24]
前記crRNAの一部分と前記tracrの一部分とは、ハイブリダイズして、配列番号6584または6585を含むフラッグポールを形成する、[1]〜[23]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[25]
前記フラッグポールは、前記フラッグポールの前記crRNA部分の3’側に位置する第1のフラッグポール伸長部をさらに含み、前記第1のフラッグポール伸長部は、配列番号6586を含む、[24]に記載のgRNA分子。
[26]
前記フラッグポールは、前記フラッグポールの前記crRNA部分の3’側に位置する第2のフラッグポール伸長部および存在する場合には前記第1のフラッグポール伸長部をさらに含み、前記第2のフラッグポール伸長部は、配列番号6587を含む、[24]または[25]に記載のgRNA分子。
[27]
前記tracrは、配列番号6660または配列番号6661を含む、[1]〜[26]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[28]
前記tracrは、配列番号7812を含み、任意選択で3’末端に追加の1、2、3、4、5、6、または7個のウラシル(U)ヌクレオチドをさらに含む、[1]〜[26]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[29]
前記crRNAは、5’から3’に、[標的化ドメイン]−:
a)配列番号6584;
b)配列番号6585;
c)配列番号6605;
d)配列番号6606;
e)配列番号6607;
f)配列番号6608;または
g)配列番号7806
を含む、[1]〜[28]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[30]
前記tracrは、5’から3’に、
a)配列番号6589;
b)配列番号6590;
c)配列番号6609;
d)配列番号6610;
e)配列番号6660;
f)配列番号6661;
g)配列番号7812;
h)配列番号7807;
i)(配列番号7808;
j)配列番号7809;
k)3’末端に少なくとも1、2、3、4、5、6または7個のウラシル(U)ヌクレオチド、例えば1、2、3、4、5、6、または7個のウラシル(U)ヌクレオチドをさらに含む前記a)〜j)のいずれか;
l)3’末端に少なくとも1、2、3、4、5、6または7個のアデニン(A)ヌクレオチド、例えば1、2、3、4、5、6、または7個のアデニン(A)ヌクレオチドをさらに含む前記a)〜k)のいずれか;または
m)5’末端に(例えば、5’側端に)少なくとも1、2、3、4、5、6または7個のアデニン(A)ヌクレオチド、例えば1、2、3、4、5、6、または7個のアデニン(A)ヌクレオチドをさらに含む前記a)〜l)のいずれか
を含む、[1]〜[23]または[29]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[31]
前記標的化ドメインと前記tracrとは、別個の核酸分子に配置され、前記標的化ドメインを含む前記核酸分子は配列番号6607を含み、配列番号6607は任意選択で前記標的化ドメインのすぐ3’側に配置され、および前記tracrを含む前記核酸分子は、配列番号6660を含む、例えばそれからなる、[1]〜[23]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[32]
前記フラッグポールの前記crRNA部分は、配列番号6607または配列番号6608を含む、[27]または[28]に記載のgRNA分子。
[33]
前記tracrは、配列番号6589または6590と、任意選択で、第1のフラッグポール伸長部が存在する場合、配列番号6589または6590の5’側に配置された第1のtracr伸長部とを含み、前記第1のtracr伸長部は、配列番号6591を含む、[1]〜[26]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[34]
前記標的化ドメインと前記tracrとは、別個の核酸分子に配置される、[1]〜[33]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[35]
前記標的化ドメインと前記tracrとは、単一の核酸分子に配置され、前記tracrは、前記標的化ドメインの3’側に配置される、[1]〜[33]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[36]
前記標的化ドメインの3’側かつ前記tracrの5’側に配置されたループをさらに含む、[35]に記載のgRNA分子。
[37]
前記ループは、配列番号6588を含む、[36]に記載のgRNA分子。
[38]
5’から3’に、[標的化ドメイン]−:
(a)配列番号6601;
(b)配列番号6602;
(c)配列番号6603;
(d)配列番号6604;
(e)配列番号7811;または
(f)3’末端に1、2、3、4、5、6または7個のウラシル(U)ヌクレオチドをさらに含む前記(a)〜(e)のいずれか
を含む、[1]〜[23]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[39]
前記標的化ドメインと前記tracrとは、単一の核酸分子に配置され、前記核酸分子は、前記標的化ドメインと配列番号7811とを含み、例えばそれからなり、配列番号7811は任意選択で前記標的化ドメインのすぐ3’側に配置される、[1]〜[40]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[40]
前記gRNA分子を含む前記核酸分子の1つまたは任意選択で2つ以上は、
a)前記1つまたは複数の核酸分子の3’末端における1つ以上、例えば3つのホスホロチオエート修飾;
b)前記1つまたは複数の核酸分子の5’末端における1つ以上、例えば3つのホスホロチオエート修飾;
c)前記1つまたは複数の核酸分子の前記3’末端における1つ以上、例えば3つの2’−O−メチル修飾;
d)前記1つまたは複数の核酸分子の前記5’末端における1つ以上、例えば3つの2’−O−メチル修飾;
e)前記1つまたは複数の核酸分子の末端から4番目、末端から3番目、および末端から2番目の3’残基の各々における2’O−メチル修飾;
f)前記1つまたは複数の核酸分子の末端から4番目、末端から3番目、および末端から2番目の5’残基の各々における2’O−メチル修飾;または
f)これらの任意の組み合わせ
を含む、[1]〜[39]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[41]
配列:
(a)配列番号342;
(b)配列番号343;または
(c)配列番号1762
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[42]
(a)配列番号344を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号344を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号345を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号345を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[43]
配列:
(a)配列番号347;
(b)配列番号348;または
(c)配列番号1763
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[44]
(a)配列番号349を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号349を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号350を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号350を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[45]
配列:
(a)配列番号351;
(b)配列番号352;または
(c)配列番号1764
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[46]
(a)配列番号353を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号353を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号354を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号354を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[47]
配列:
(a)配列番号355;
(b)配列番号356;または
(c)配列番号1765
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[48]
(a)配列番号357を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号357を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号358を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号358を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[49]
配列:
(a)配列番号359;
(b)配列番号360;または
(c)配列番号1766
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[50]
(a)配列番号361を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号361を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号362を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号362を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[51]
配列:
(a)配列番号363;
(b)配列番号364;または
(c)配列番号1767
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[52]
(a)配列番号365を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号365を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号366を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号366を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[53]
配列:
(a)配列番号367;
(b)配列番号368;または
(c)配列番号1768
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[54]
(a)配列番号369を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号369を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号370を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号370を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[55]
配列:
(a)配列番号371;
(b)配列番号372;または
(c)配列番号1769
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[56]
(a)配列番号373を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号373を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号374を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号374を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[57]
配列:
(a)配列番号375;
(b)配列番号376;または
(c)配列番号1770
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[58]
(a)配列番号377を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号377を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号378を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号378を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[59]
配列:
(a)配列番号379;
(b)配列番号380;または
(c)配列番号1771
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[60]
(a)配列番号381を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号381を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号382を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号382を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[61]
配列:
(a)配列番号383;
(b)配列番号384;または
(c)配列番号1772
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[62]
(a)配列番号385を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号385を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号386を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号386を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[63]
配列:
(a)配列番号387;
(b)配列番号388;または
(c)配列番号1773
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[64]
(a)配列番号389を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号389を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号390を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号390を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[65]
配列:
(a)配列番号391;
(b)配列番号392;または
(c)配列番号1774
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[66]
(a)配列番号393を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号393を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号394を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号394を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[67]
配列:
(a)配列番号395;
(b)配列番号396;または
(c)配列番号1775
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[68]
(a)配列番号397を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;
(b)配列番号397を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr;
(c)配列番号398を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号6660を含む、例えばそれからなるtracr;または
(d)配列番号398を含む、例えばそれからなるcrRNA、および配列番号346を含む、例えばそれからなるtracr
を含む、例えばそれからなる、[1]に記載のgRNA分子。
[69]
前記gRNA分子を含むCRISPRシステム(例えば、本明細書に記載されるとおりのRNP)が細胞に導入されると、インデルは、前記gRNA分子の前記標的化ドメインと相補的な前記標的配列にまたはその近傍に形成される、[1]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[70]
前記インデルは、GATA−1またはTAL−1結合部位のヌクレオチドを含まない、[69]に記載のgRNA分子。
[71]
前記gRNA分子を含むCRISPRシステム(例えば、本明細書に記載されるとおりのRNP)が細胞の集団に導入されると、インデルは、前記集団の細胞の少なくとも約40%、例えば少なくとも約50%、例えば少なくとも約60%、例えば少なくとも約70%、例えば少なくとも約80%、例えば少なくとも約90%、例えば少なくとも約95%、例えば少なくとも約96%、例えば少なくとも約97%、例えば少なくとも約98%、例えば少なくとも約99%において、前記gRNA分子の前記標的化ドメインと相補的な前記標的配列にまたはその近傍に形成される、[1]〜[70]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[72]
前記gRNA分子を含むCRISPRシステム(例えば、本明細書に記載されるとおりのRNP)が細胞の集団に導入されると、GATA−1またはTAL−1結合部位のヌクレオチドを含まないインデルは、前記集団の細胞の少なくとも約20%、例えば少なくとも約30%、例えば少なくとも約35%、例えば少なくとも約40%、例えば少なくとも約45%、例えば少なくとも約50%、例えば少なくとも約55%、例えば少なくとも約60%、例えば少なくとも約65%、例えば少なくとも約70%、例えば少なくとも約75%、例えば少なくとも約80%、例えば少なくとも約85%、例えば少なくとも約90%、例えば少なくとも約95%、例えば少なくとも約99%において、前記gRNA分子の前記標的化ドメインと相補的な前記標的配列にまたはその近傍に形成される、[1]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[73]
前記インデルは、前記集団の細胞の少なくとも約30%、例えば少なくとも約40%、例えば少なくとも約50%、例えば少なくとも約60%、例えば少なくとも約70%、例えば少なくとも約80%、例えば少なくとも約90%、例えば少なくとも約95%、例えば少なくとも約96%、例えば少なくとも約97%、例えば少なくとも約98%、例えば少なくとも約99%において、図25、表15、表26、表27または表37のいずれかに挙げられるインデルである、[71]または[72]に記載のgRNA分子。
[74]
前記細胞の集団中において最も高頻度で検出される3つのインデルは、図25、表15、表26、表27または表37のいずれかに挙げられる任意のgRNA分子に関連するインデルを含む、[71]〜[73]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[75]
前記インデルは、次世代シーケンシング(NGS)によって計測されるとおりである、[69]〜[74]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[76]
前記gRNA分子を含むCRISPRシステム(例えば、本明細書に記載されるとおりのRNP)が細胞に導入されると、胎児ヘモグロビンの発現は、前記細胞またはその子孫、例えばその赤血球系子孫、例えばその赤血球細胞子孫において増加する、[1]〜[75]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[77]
胎児ヘモグロビンの発現は、前記細胞またはその子孫、例えばその赤血球系子孫、例えばその赤血球細胞子孫において少なくとも約20%、例えば少なくとも約30%、例えば少なくとも約40%、例えば少なくとも約50%、例えば少なくとも約60%、例えば少なくとも約70%、例えば少なくとも約80%、例えば少なくとも約90%、例えば少なくとも約95%、例えば少なくとも約96%、例えば少なくとも約97%、例えば少なくとも約98%、例えば少なくとも約99%増加する、[76]に記載のgRNA分子。
[78]
前記細胞またはその子孫、例えばその赤血球系子孫、例えばその赤血球細胞子孫は、1細胞当たり少なくとも約6ピコグラム(例えば、少なくとも約7ピコグラム、少なくとも約8ピコグラム、少なくとも約9ピコグラム、少なくとも約10ピコグラム、または約8〜約9ピコグラム、または約9〜約10ピコグラム)の胎児ヘモグロビンを産生する、[76]または[77]に記載のgRNA分子。
[79]
前記gRNA分子を含むCRISPRシステム(例えば、本明細書に記載されるとおりのRNP)が細胞に導入されると、オフターゲットインデル、例えば次世代シーケンシングおよび/またはヌクレオチド挿入アッセイによって検出可能なとおりのオフターゲットインデルは、前記細胞において形成されない、[1]〜[78]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[80]
前記gRNA分子を含むCRISPRシステム(例えば、本明細書に記載されるとおりのRNP)が細胞の集団に導入されると、オフターゲットインデル、例えば次世代シーケンシングおよび/またはヌクレオチド挿入アッセイによって検出可能なとおりのオフターゲットインデルは、前記細胞の集団の細胞の約5%超、例えば約1%超、例えば約0.1%超、例えば約0.01%超において検出されない、[1]〜[78]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[81]
前記細胞は、哺乳動物細胞、霊長類細胞またはヒト細胞であり、例えばヒト細胞である(または細胞の集団はそれを含む)、[69]〜[80]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[82]
前記細胞は、HSPCである(または細胞の集団はそれを含む)、[81]に記載のgRNA分子。
[83]
前記HSPCは、CD34+である、[82]に記載のgRNA分子。
[84]
前記HSPCは、CD34+CD90+である、[83]に記載のgRNA分子。
[85]
前記細胞は、前記細胞が投与される患者にとって自己由来である、[69]〜[84]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[86]
前記細胞は、前記細胞が投与される患者にとって同種異系由来である、[69]〜[84]のいずれか一項に記載のgRNA分子。
[87]
1)[1]〜[86]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子(第1のgRNA分子を含む)、およびCas9分子;
2)[1]〜[86]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子(第1のgRNA分子を含む)、およびCas9分子をコードする核酸;
3)[1]〜[86]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子(第1のgRNA分子を含む)をコードする核酸、およびCas9分子;
4)[1]〜[86]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子(第1のgRNA分子を含む)をコードする核酸、およびCas9分子をコードする核酸;または
5)前記1)〜4)のいずれか、および鋳型核酸;または
6)前記1)〜4)のいずれか、および鋳型核酸をコードする配列を含む核酸
を含む組成物。
[88]
Cas9分子をさらに含む、[1]〜[86]のいずれか一項に記載の第1のgRNA分子を含む組成物。
[89]
前記Cas9分子は、活性または不活性化膿レンサ球菌(s.pyogenes)Cas9である、[87]または[88]に記載の組成物。
[90]
前記Cas9分子は、配列番号6611を含む、[87]〜[89]のいずれか一項に記載の組成物。
[91]
前記Cas9分子は、
(a)配列番号7821;
(b)配列番号7822;
(c)配列番号7823;
(d)配列番号7824;
(e)配列番号7825;
(f)配列番号7826;
(g)配列番号7827;
(h)配列番号7828;
(i)配列番号7829;
(j)配列番号7830;または
(k)配列番号7831
を含む、例えばそれからなる、[87]〜[89]のいずれか一項に記載の組成物。
[92]
前記第1のgRNA分子およびCas9分子は、リボ核タンパク質複合体(RNP)に存在する、[88]〜[91]のいずれか一項に記載の組成物。
[93]
第2のgRNA分子;第2のgRNA分子および第3のgRNA分子;または第2のgRNA分子、任意選択で第3のgRNA分子、および任意選択で第4のgRNA分子をさらに含み、前記第2のgRNA分子、前記任意選択の第3のgRNA分子、および前記任意選択の第4のgRNA分子は、[1]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子であり、前記組成物の各gRNA分子は、異なる標的配列と相補的である、[87]〜[92]のいずれか一項に記載の組成物。
[94]
前記第1のgRNA分子、前記第2のgRNA分子、前記任意選択の第3のgRNA分子、および前記任意選択の第4のgRNA分子の2つ以上は、同じ遺伝子または領域内の標的配列と相補的である、[93]に記載の組成物。
[95]
前記第1のgRNA分子、前記第2のgRNA分子、前記任意選択の第3のgRNA分子、および前記任意選択の第4のgRNA分子は、20000ヌクレオチド以下、10000ヌクレオチド以下、6000以下、5000ヌクレオチド以下、4000以下、1000ヌクレオチド以下、500ヌクレオチド以下、400ヌクレオチド以下、300ヌクレオチド以下、200ヌクレオチド以下、100ヌクレオチド以下、90ヌクレオチド以下、80ヌクレオチド以下、70ヌクレオチド以下、60ヌクレオチド以下、50ヌクレオチド以下、40ヌクレオチド以下、30ヌクレオチド以下、20ヌクレオチド以下または10ヌクレオチド以下離れた標的配列と相補的である、[93]または[94]に記載の組成物。
[96]
前記第1のgRNA分子、前記第2のgRNA分子、前記任意選択の第3のgRNA分子、および前記任意選択の第4のgRNA分子の2つ以上は、異なる遺伝子または領域内の標的配列と相補的である、[93]に記載の組成物。
[97]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、前記第1のgRNA分子および第2のgRNA分子は、
(a)[4]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;
(b)[5]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;
c)[6]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;または
(d)[7]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;または
(e)[41]〜[56]のいずれか一項に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的である、[94]または[95]に記載の組成物。
[98]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、前記第1のgRNA分子および第2のgRNA分子は、
(a)[10]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;または
(b)[11]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的である、[94]または[95]に記載の組成物。
[99]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、前記第1のgRNA分子および第2のgRNA分子は、
(a)[13]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;または
(b)[14]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的である、[94]または[95]に記載の組成物。
[100]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、前記第1のgRNA分子および第2のgRNA分子は、
(a)[16]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;
(b)[17]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;
(c)[18]に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的であるか;または
(d)[57]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子から独立して選択され、かつ異なる標的配列に相補的である、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[101]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[4]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[5]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[6]に記載のgRNA分子から選択されるか、(d)[7]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(e)[41]〜[56]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択され;および
(2)前記第2のgRNA分子は、(a)[10]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(b)[11]に記載のgRNA分子から選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[102]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[4]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[5]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[6]に記載のgRNA分子から選択されるか、(d)[7]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(e)[41]〜[56]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択され;および
(2)前記第2のgRNA分子は、(a)[13]に記載のgRNA分子から選択され、(b)[14]に記載のgRNA分子から選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[103]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[4]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[5]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[6]に記載のgRNA分子から選択されるか、(d)[7]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(e)[41]〜[56]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択され;および
(2)前記第2のgRNA分子は、(a)[16]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[17]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[18]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(d)[57]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[104]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[10]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(b)[11]に記載のgRNA分子から選択され;および
(2)前記第2のgRNA分子は、(a)[13]に記載のgRNA分子から選択され、(b)[14]に記載のgRNA分子から選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[105]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[10]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(b)[11]に記載のgRNA分子から選択され;および
(2)前記第2のgRNA分子は、(a)[16]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[17]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[18]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(d)[57]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[106]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[13]に記載のgRNA分子から選択され、(b)[14]に記載のgRNA分子から選択され;および
(2)前記第2のgRNA分子は、(a)[16]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[17]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[18]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(d)[57]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[107]
第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とを含み、
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[16]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[17]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[18]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(d)[57]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択され;および(2)前記第2のgRNA分子は、βグロビン遺伝子の標的配列に相補的な標的化ドメインを含むか、または
(1)前記第1のgRNA分子は、(a)[4]に記載のgRNA分子から選択されるか、(b)[5]に記載のgRNA分子から選択されるか、(c)[6]に記載のgRNA分子から選択されるか、(d)[7]に記載のgRNA分子から選択されるか、(e)[41]〜[56]のいずれか一項に記載のgRNA分子から選択されるか、(f)[10]に記載のgRNA分子から選択されるか、(g)[11]に記載のgRNA分子から選択されるか、(h)[13]に記載のgRNA分子から選択されるか、または(i)[14]に記載のgRNA分子から選択され;および(2)前記第2のgRNA分子は、βグロビン遺伝子の標的配列に相補的な標的化ドメインを含む、[96]に記載の組成物。
[108]
前記第1のgRNA分子および前記第2のgRNA分子は、[41]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子から独立して選択される、[94]〜[96]のいずれか一項に記載の組成物。
[109]
前記組成物の前記gRNA分子成分に関して、第1のgRNA分子と第2のgRNA分子とからなる、[87]〜[108]のいずれか一項に記載の組成物。
[110]
前記gRNA分子の各々は、本明細書に記載されるCas9分子、例えば[90]または[91]に記載のCas9分子と共にリボ核タンパク質複合体(RNP)中にある、[87]〜[109]のいずれか一項に記載の組成物。
[111]
鋳型核酸を含み、前記鋳型核酸は、前記第1のgRNA分子の前記標的配列にまたはその近傍にあるヌクレオチドに対応するヌクレオチドを含む、[87]〜[110]のいずれか一項に記載の組成物。
[112]
前記鋳型核酸は、
(a)ヒトβグロビン、例えば突然変異G16D、E22AおよびT87Qの1つ以上を含むヒトβグロビン、もしくはその断片;または
(b)ヒトγグロビン、もしくはその断片
をコードする核酸を含む、[111]に記載の組成物。
[113]
エレクトロポレーションに好適な媒体中に製剤化される、[87]〜[112]のいずれか一項に記載の組成物。
[114]
前記gRNA分子の各々は、本明細書に記載されるCas9分子と共にRNP中にあり、前記RNPの各々は、約10μM未満、例えば約3μM未満、例えば約1μM未満、例えば約0.5μM未満、例えば約0.3μM未満、例えば約0.1μM未満の濃度である、[87]〜[113]のいずれか一項に記載の組成物。
[115]
[1]〜[68]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子をコードする核酸配列。
[116]
前記核酸は、前記1つ以上のgRNA分子をコードする前記配列に作動可能に連結されたプロモーターを含む、[115]に記載の核酸配列。
[117]
前記プロモーターは、RNAポリメラーゼIIまたはRNAポリメラーゼIIIによって認識されるプロモーターである、[116]に記載の核酸配列。
[118]
前記プロモーターは、U6プロモーターまたはHIプロモーターである、[117]に記載の核酸配列。
[119]
前記核酸は、Cas9分子をさらにコードする、[115]〜[118]のいずれか一項に記載の核酸配列。
[120]
前記Cas9分子は、配列番号6611、配列番号7821、配列番号7822、配列番号7823、配列番号7824、配列番号7825、配列番号7826、配列番号7827、配列番号7828、配列番号7829、配列番号7830、または配列番号7831のいずれかを含む、[119]に記載の核酸配列。
[121]
前記核酸は、Cas9分子をコードする前記配列に作動可能に連結されたプロモーターを含む、[119]または[120]に記載の核酸配列。
[122]
前記プロモーターは、EF−1プロモーター、CMV IE遺伝子プロモーター、EF−1αプロモーター、ユビキチンCプロモーター、またはホスホグリセリン酸キナーゼ(PGK)プロモーターである、[121]に記載の核酸配列。
[123]
[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸を含むベクター。
[124]
前記ベクターは、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター、単純ヘルペスウイルス(HSV)ベクター、プラスミド、ミニサークル、ナノプラスミド、およびRNAベクターからなる群から選択される、[123]に記載のベクター。
[125]
細胞(例えば、細胞の集団)を前記細胞内の標的配列でまたはその近傍で改変する(例えば、核酸の構造(例えば、配列)を改変する)方法であって、前記細胞(例えば、細胞の集団)を、
1)[1]〜[68]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子、およびCas9分子;
2)[1]〜[68]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子、およびCas9分子をコードする核酸;
3)[1]〜[68]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子をコードする核酸、およびCas9分子;
4)[1]〜[68]のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子をコードする核酸、およびCas9分子をコードする核酸;
5)前記1)〜4)のいずれか、および鋳型核酸;
6)前記1)〜4)のいずれか、および鋳型核酸をコードする配列を含む核酸;
7)[87]〜[114]のいずれか一項に記載の組成物;または
8)[123]または[124]に記載のベクター
と接触させる(例えば、それに導入する)ステップを含む方法。
[126]
前記gRNA分子または前記gRNA分子をコードする核酸と、前記Cas9分子または前記Cas9分子をコードする核酸とは、単一の組成物に製剤化される、[125]に記載の方法。
[127]
前記gRNA分子または前記gRNA分子をコードする核酸と、前記Cas9分子または前記Cas9分子をコードする核酸とは、2つ以上の組成物に製剤化される、[125]に記載の方法。
[128]
前記2つ以上の組成物は、同時にまたは逐次的に送達される、[127]に記載の方法。
[129]
前記細胞は、動物細胞である、[125]〜[128]のいずれか一項に記載の方法。
[130]
前記細胞は、哺乳動物細胞、霊長類細胞またはヒト細胞である、[125]〜[128]のいずれか一項に記載の方法。
[131]
前記細胞は、造血幹細胞・前駆細胞(HSPC)(例えば、HSPCの集団)である、[130]に記載の方法。
[132]
前記細胞は、CD34+細胞である、[125]〜[131]のいずれか一項に記載の方法。
[133]
前記細胞は、CD34+CD90+細胞である、[125]〜[132]のいずれか一項に記載の方法。
[134]
前記細胞は、CD34+細胞に関して富化された細胞の集団を含む組成物中に配置される、[125]〜[133]のいずれか一項に記載の方法。
[135]
前記細胞(例えば、細胞の集団)は、骨髄、動員末梢血または臍帯血から単離されている、[125]〜[134]のいずれか一項に記載の方法。
[136]
前記細胞は、前記細胞が投与される患者にとって自己由来または同種異系由来である、[125]〜[135]のいずれか一項に記載の方法。
[137]
前記改変は、前記1つ以上のgRNA分子の前記標的化ドメインと相補的なゲノムDNA配列にまたはその近傍にインデルをもたらす、[125]〜[136]のいずれか一項に記載の方法。
[138]
前記インデルは、図25、表15、表26、表27または表37に示されるインデルである、[137]に記載の方法。
[139]
前記インデルは、約40ヌクレオチド未満、例えば30ヌクレオチド未満、例えば20ヌクレオチド未満、例えば10ヌクレオチド未満の挿入または欠失である、[137]または[138]に記載の方法。
[140]
前記インデルは、単一のヌクレオチド欠失である、[139]に記載の方法。
[141]
細胞の集団をもたらし、前記集団の細胞の少なくとも約50%、例えば少なくとも約60%、例えば少なくとも約70%、例えば少なくとも約80%、例えば少なくとも約90%(例えば、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%)は、改変されている、例えばインデルを含む、[137]〜[140]のいずれか一項に記載の方法。
[142]
前記改変は、赤血球系統の分化細胞(例えば、赤血球細胞)への分化能を有する細胞(例えば、細胞の集団)をもたらし、前記分化細胞は、胎児ヘモグロビンの増加したレベル、例えば非改変細胞(例えば、細胞の集団)と比べて胎児ヘモグロビンの増加したレベルを呈する、[125]〜[141]のいずれか一項に記載の方法。
[143]
前記改変は、分化細胞の集団、例えば赤血球系統の細胞の集団(例えば、赤血球細胞の集団)への分化能を有する細胞の集団をもたらし、前記分化細胞の集団は、F細胞の増加した割合、例えば非改変細胞の集団と比べてF細胞の増加した割合(例えば、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、または少なくとも約40%高い)を有する、[125]〜[142]のいずれか一項に記載の方法。
[144]
前記改変は、分化細胞、例えば赤血球系統の細胞(例えば、赤血球細胞)への分化能を有する細胞をもたらし、前記分化細胞は、1細胞当たり少なくとも約6ピコグラム(例えば、少なくとも約7ピコグラム、少なくとも約8ピコグラム、少なくとも約9ピコグラム、少なくとも約10ピコグラム、または約8〜約9ピコグラム、または約9〜約10ピコグラム)の胎児ヘモグロビンを産生する、[125]〜[142]のいずれか一項に記載の方法。
[145]
[125]〜[144]のいずれか一項に記載の方法によって改変された細胞。
[146]
[125]〜[144]のいずれか一項に記載の方法によって得ることが可能な細胞。
[147]
[1]〜[68]のいずれか一項に記載の第1のgRNA分子、または[87]〜[114]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、または[123]もしくは[124]に記載のベクターを含む細胞。
[148]
Cas9分子を含む、[147]に記載の細胞。
[149]
前記Cas9分子は、配列番号6611、配列番号7821、配列番号7822、配列番号7823、配列番号7824、配列番号7825、配列番号7826、配列番号7827、配列番号7828、配列番号7829、配列番号7830、または配列番号7831のいずれかを含む、[148]に記載の細胞。
[150]
[1]〜[68]のいずれか一項に記載の第2のgRNA分子、または[1]〜[68]のいずれか一項に記載の第2のgRNA分子をコードする核酸を含むか、それを含んでいたか、またはそれを含むことになり、前記第1のgRNA分子および第2のgRNA分子は、同一でない標的化ドメインを含む、[145]〜[149]のいずれか一項に記載の細胞。
[151]
胎児ヘモグロビンの発現は、gRNA分子を含むように修飾されていない同じ細胞型の細胞またはその子孫と比べて前記細胞またはその子孫(例えば、その赤血球系子孫、例えばその赤血球細胞子孫)において増加する、[145]〜[150]のいずれか一項に記載の細胞。
[152]
分化細胞、例えば赤血球系統の細胞(例えば、赤血球細胞)への分化能を有し、前記分化細胞は、胎児ヘモグロの増加したレベル、例えばgRNA分子を含むように修飾されていない同じタイプの細胞と比べて胎児ヘモグロの増加したレベルを呈する、[145]〜[150]のいずれか一項に記載の細胞。
[153]
前記分化細胞(例えば、赤血球系統の細胞、例えば赤血球細胞)は、少なくとも約6ピコグラム(例えば、少なくとも約7ピコグラム、少なくとも約8ピコグラム、少なくとも約9ピコグラム、少なくとも約10ピコグラム、または約8〜約9ピコグラム、または約9〜約10ピコグラム)の胎児ヘモグロビンを、例えばgRNA分子を含むように修飾されていない同じタイプの細胞と比べて、産生する、[152]に記載の細胞。
[154]
幹細胞増殖剤と接触されていた、[145]〜[153]のいずれか一項に記載の細胞。
[155]
前記幹細胞増殖剤は、化合物1、化合物2、化合物3、化合物4、またはこれらの組み合わせ(例えば、化合物1および化合物4)である、[154]に記載の細胞。
[156]
前記幹細胞増殖剤は、化合物4である、[155]に記載の細胞。
[157]
[1]〜[68]のいずれか一項に記載のgRNA分子の前記標的化ドメインと相補的なゲノムDNA配列にまたはその近傍にインデルを含む細胞、例えば[145]〜[156]のいずれか一項に記載の細胞。
[158]
前記インデルは、図25、表15、表26、表27または表37に示されるインデルである、[157]に記載の細胞。
[159]
前記インデルは、約40ヌクレオチド未満、例えば30ヌクレオチド未満、例えば20ヌクレオチド未満、例えば10ヌクレオチド未満の挿入または欠失である、[157]または[158]に記載の細胞。
[160]
前記インデルは、単一のヌクレオチド欠失である、[157]〜[159]のいずれか一項に記載の細胞。
[161]
動物細胞である、[145]〜[160]のいずれか一項に記載の細胞。
[162]
哺乳動物細胞、霊長類細胞またはヒト細胞である、[161]に記載の細胞。
[163]
造血幹細胞・前駆細胞(HSPC)(例えば、HSPCの集団)である、[145]〜[162]のいずれか一項に記載の細胞。
[164]
CD34+細胞である、[145]〜[163]のいずれか一項に記載の細胞。
[165]
CD34+CD90+細胞である、[164]に記載の細胞。
[166]
前記細胞(例えば、細胞の集団)は、骨髄、動員末梢血または臍帯血から単離されている、[145]〜[165]のいずれか一項に記載の細胞。
[167]
前記細胞が投与される患者にとって自己由来である、[145]〜[166]のいずれか一項に記載の細胞。
[168]
前記細胞が投与される患者にとって同種異系由来である、[145]〜[166]のいずれか一項に記載の細胞。
[169]
[145]〜[168]のいずれか一項に記載の細胞を含む細胞の集団。
[170]
前記集団の細胞の少なくとも約50%、例えば少なくとも約60%、例えば少なくとも約70%、例えば少なくとも約80%、例えば少なくとも約90%(例えば、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%)は、[145]〜[168]のいずれか一項に記載の細胞である、[169]に記載の細胞の集団。
[171]
分化細胞の集団、例えば赤血球系統の細胞の集団(例えば、赤血球細胞の集団)への分化能を有し、前記分化細胞の集団は、F細胞の増加した割合、例えば同じタイプの修飾されていない細胞の集団と比べてF細胞の増加した割合(例えば、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、または少なくとも約40%高い)を有する、[169]または[170]に記載の細胞の集団。
[172]
前記分化細胞の集団のF細胞は、1細胞当たり平均で少なくとも約6ピコグラム(例えば、少なくとも約7ピコグラム、少なくとも約8ピコグラム、少なくとも約9ピコグラム、少なくとも約10ピコグラム、または約8〜約9ピコグラム、または約9〜約10ピコグラム)の胎児ヘモグロビンを産生する、[171]に記載の細胞の集団。
[173]
1)少なくとも1e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される前記患者の体重kg、
2)少なくとも2e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される前記患者の体重kg、
3)少なくとも3e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される前記患者の体重kg、
4)少なくとも4e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される前記患者の体重kg、または
5)2e6〜10e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される前記患者の体重kg
を含む、[169]〜[172]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[174]
前記集団の細胞の少なくとも約40%、例えば少なくとも約50%(例えば、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、または少なくとも約90%)は、CD34+細胞である、[169]〜[173]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[175]
前記集団の細胞の少なくとも約10%、例えば少なくとも約15%、例えば少なくとも約20%、例えば少なくとも約30%は、CD34+CD90+細胞である、[174]に記載の細胞の集団。
[176]
骨髄に由来する、[169]〜[175]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[177]
哺乳動物細胞、例えばヒト細胞を含む、例えばそれからなる、[169]〜[176]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[178]
前記細胞の集団が投与される患者に対して自己由来である、[169]〜[177]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[179]
前記細胞の集団が投与される患者に対して同種異系由来である、[169]〜[177]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[180]
[145]〜[168]のいずれか一項に記載の細胞または[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団を含む組成物。
[181]
薬学的に許容可能な媒体、例えば凍結保存に好適である薬学的に許容可能な媒体を含む、[180]に記載の組成物。
[182]
異常ヘモグロビン症を治療する方法であって、[145]〜[168]のいずれか一項に記載の細胞、[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団、または[180]もしくは[181]に記載の組成物を患者に投与するステップを含む方法。
[183]
哺乳動物における胎児ヘモグロビン発現を増加させる方法であって、[145]〜[168]のいずれか一項に記載の細胞、[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団、または[180]もしくは[181]に記載の組成物を患者に投与するステップを含む方法。
[184]
前記異常ヘモグロビン症は、β−サラセミアまたは鎌状赤血球症である、[182]に記載の方法。
[185]
細胞(例えば、細胞の集団)を調製する方法であって、
(a)細胞(例えば、細胞の集団)(例えば、HSPC(例えば、HSPCの集団))を提供するステップ;
(b)幹細胞増殖剤を含む細胞培養培地中で前記細胞(例えば、前記細胞の集団)をエキソビボで培養するステップ;および
(c)[1]〜[68]のいずれか一項に記載の第1のgRNA分子、[1]〜[68]のいずれか一項に記載の第1のgRNA分子をコードする核酸分子、[87]〜[114]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、または[123]もしくは[124]に記載のベクターを前記細胞に導入するステップ
を含む方法。
[186]
前記ステップ(c)の導入の後、前記細胞(例えば、細胞の集団)は、分化細胞(例えば、分化細胞の集団)、例えば赤血球系統の細胞(例えば、赤血球系統の細胞の集団)、例えば赤血球細胞(例えば、赤血球細胞の集団)への分化能を有し、前記分化細胞(例えば、分化細胞の集団)は、増加した胎児ヘモグロビン、例えばステップ(c)に供されていない同じ細胞と比べて増加した胎児ヘモグロビンを産生する、[185]に記載の方法。
[187]
前記幹細胞増殖剤は、化合物1、化合物2、化合物3、化合物4またはこれらの組み合わせ(例えば、化合物1および化合物4)である、[185]または[186]に記載の方法。
[188]
前記幹細胞増殖剤は、化合物4である、[187]に記載の方法。
[189]
前記細胞培養培地は、トロンボポエチン(Tpo)、Flt3リガンド(Flt−3L)、およびヒト幹細胞因子(SCF)を含む、[185]〜[188]のいずれか一項に記載の方法。
[190]
前記細胞培養培地は、ヒトインターロイキン−6(IL−6)をさらに含む、[189]に記載の方法。
[191]
前記細胞培養培地は、トロンボポエチン(Tpo)、Flt3リガンド(Flt−3L)、およびヒト幹細胞因子(SCF)をそれぞれ約10ng/mL〜約1000ng/mLの範囲の濃度で含む、[189]または[190]に記載の方法。
[192]
前記細胞培養培地は、トロンボポエチン(Tpo)、Flt3リガンド(Flt−3L)、およびヒト幹細胞因子(SCF)をそれぞれ約50ng/mLの濃度、例えば50ng/mLの濃度で含む、[191]に記載の方法。
[193]
前記細胞培養培地は、ヒトインターロイキン−6(IL−6)を約10ng/mL〜約1000ng/mLの範囲の濃度で含む、[190]〜[192]のいずれか一項に記載の方法。
[194]
前記細胞培養培地は、ヒトインターロイキン−6(IL−6)を約50ng/mLの濃度、例えば50ng/mLの濃度で含む、[193]に記載の方法。
[195]
前記細胞培養培地は、幹細胞増殖剤を約1nM〜約1mMの範囲の濃度で含む、[185]〜[194]のいずれか一項に記載の方法。
[196]
前記細胞培養培地は、幹細胞増殖剤を約1μM〜約100μMの範囲の濃度で含む、[195]に記載の方法。
[197]
前記細胞培養培地は、幹細胞増殖剤を約50μM〜約75μMの範囲の濃度で含む、[196]に記載の方法。
[198]
前記細胞培養培地は、幹細胞増殖剤を約50μMの濃度、例えば50μMの濃度で含む、[197]に記載の方法。
[199]
前記細胞培養培地は、幹細胞増殖剤を約75μMの濃度、例えば75μMの濃度で含む、[197]に記載の方法。
[200]
前記ステップ(b)の培養は、前記ステップ(c)の導入の前の培養期間を含む、[185]〜[199]のいずれか一項に記載の方法。
[201]
前記ステップ(c)の導入の前の前記培養期間は、少なくとも12時間、例えば約1日〜約3日の期間であり、例えば約1日〜約2日の期間であり、例えば約2日の期間である、[200]に記載の方法。
[202]
前記ステップ(b)の培養は、前記ステップ(c)の導入の後の培養期間を含む、[185]〜[201]のいずれか一項に記載の方法。
[203]
前記ステップ(c)の導入の後の前記培養期間は、少なくとも12時間、例えば約1日〜約10日の期間であり、例えば約1日〜約5日の期間であり、例えば約2日〜約4日の期間であり、例えば約2日の期間であり、または約3日の期間であり、または約4日の期間である、[202]に記載の方法。
[204]
前記細胞の集団は、少なくとも4倍、例えば少なくとも5倍、例えば少なくとも10倍、例えばステップ(b)によって培養されていない細胞と比べて、増殖する、[185]〜[203]のいずれか一項に記載の方法。
[205]
前記ステップ(c)の導入は、エレクトロポレーションを含む、[185]〜[204]のいずれか一項に記載の方法。
[206]
前記エレクトロポレーションは、1〜5パルス、例えば1パルスを含み、各パルスは、700ボルト〜2000ボルトの範囲のパルス電圧であり、かつ10ms〜100msの範囲のパルス持続時間を有する、[205]に記載の方法。
[207]
前記エレクトロポレーションは、1パルスを含む、[206]に記載の方法。
[208]
前記パルス電圧は、1500〜1900ボルトの範囲、例えば1700ボルトである、[206]または[207]に記載の方法。
[209]
前記パルス持続時間は、10ms〜40msの範囲、例えば20msである、[206]〜[208]のいずれか一項に記載の方法。
[210]
ステップ(a)で提供される前記細胞(例えば、細胞の集団)は、ヒト細胞(例えば、ヒト細胞の集団)である、[185]〜[209]のいずれか一項に記載の方法。
[211]
ステップ(a)で提供される前記細胞(例えば、細胞の集団)は、骨髄、末梢血(例えば、動員末梢血)または臍帯血から単離されたものである、[210]に記載の方法。
[212]
ステップ(a)で提供される前記細胞(例えば、細胞の集団)は、骨髄から単離されたものである、例えば異常ヘモグロビン症に罹患している患者の骨髄から単離されたものである、[211]に記載の方法。
[213]
ステップ(a)で提供される前記細胞の集団は、CD34+細胞に関して富化されたものである、[185]〜[212]のいずれか一項に記載の方法。
[214]
前記ステップ(c)の導入の後、前記細胞(例えば、細胞の集団)は、凍結保存される、[185]〜[213]のいずれか一項に記載の方法。
[215]
前記ステップ(c)の導入の後、前記細胞(例えば、細胞の集団)は、前記第1のgRNA分子の前記標的化ドメインと相補的なゲノムDNA配列にまたはその近傍にインデルを含む、[185]〜[214]のいずれか一項に記載の方法。
[216]
前記インデルは、図25、表15、表26、表27または表37に示されるインデルである、[132]に記載の方法。
[217]
前記ステップ(c)の導入の後、前記細胞の集団の細胞の少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%または少なくとも約99%は、前記第1のgRNA分子の前記標的化ドメインと相補的なゲノムDNA配列にまたはその近傍にインデルを含む、[185]〜[216]のいずれか一項に記載の方法。
[218]
前記細胞の集団の細胞の各々における前記インデルは、図25、表15、表26、表27または表37に示されるインデルである、[217]に記載の方法。
[219]
[185]〜[218]のいずれか一項に記載の方法によって得ることが可能な細胞(例えば、細胞の集団)。
[220]
異常ヘモグロビン症を治療する方法であって、[219]に記載の細胞(例えば、細胞の集団)を含む組成物をヒト患者に投与するステップを含む方法。
[221]
ヒト患者における胎児ヘモグロビン発現を増加させる方法であって、[219]に記載の細胞(例えば、細胞の集団)を含む組成物を前記ヒト患者に投与するステップを含む方法。
[222]
前記異常ヘモグロビン症は、β−サラセミアまたは鎌状赤血球症である、[220]に記載の方法。
[223]
前記ヒト患者は、前記ヒト患者の体重1kg当たり少なくとも約1e6個の[219]に記載の細胞、例えば前記ヒト患者の体重1kg当たり少なくとも約1e6個の[219]に記載のCD34+細胞を含む組成物を投与される、[220]〜[222]のいずれか一項に記載の方法。
[224]
前記ヒト患者は、前記ヒト患者の体重1kg当たり少なくとも約2e6個の[219]に記載の細胞、例えば前記ヒト患者の体重1kg当たり少なくとも約2e6個の[219]に記載のCD34+細胞を含む組成物を投与される、[223]に記載の方法。
[225]
前記ヒト患者は、前記ヒト患者の体重1kg当たり約2e6〜約10e6個の[219]に記載の細胞、例えば前記ヒト患者の体重1kg当たり少なくとも約2e6〜約10e6個の[219]に記載のCD34+細胞を含む組成物を投与される、[223]に記載の方法。
[226]
薬剤として用いられる、[1]〜[86]のいずれか一項に記載のgRNA分子、[87]〜[114]または[180]もしくは[181]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、[123]または[124]に記載のベクター、[145]〜[168]または[219]のいずれか一項に記載の細胞、あるいは[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[227]
薬剤の製造に用いられる、[1]〜[86]のいずれか一項に記載のgRNA分子、[87]〜[114]または[180]もしくは[181]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、[123]または[124]に記載のベクター、[145]〜[168]または[219]のいずれか一項に記載の細胞、あるいは[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[228]
疾患の治療に用いられる、[1]〜[86]のいずれか一項に記載のgRNA分子、[87]〜[114]または[180]もしくは[181]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、[123]または[124]に記載のベクター、[145]〜[168]または[219]のいずれか一項に記載の細胞、あるいは[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[229]
疾患の治療に用いられ、前記疾患は、異常ヘモグロビン症である、[1]〜[86]のいずれか一項に記載のgRNA分子、[87]〜[114]または[180]もしくは[181]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、[123]または[124]に記載のベクター、[145]〜[168]または[219]のいずれか一項に記載の細胞、あるいは[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
[230]
疾患の治療に用いられ、前記異常ヘモグロビン症は、β−サラセミアまたは鎌状赤血球症である、[1]〜[86]のいずれか一項に記載のgRNA分子、[87]〜[114]または[180]もしくは[181]のいずれか一項に記載の組成物、[115]〜[122]のいずれか一項に記載の核酸、[123]または[124]に記載のベクター、[145]〜[168]または[219]のいずれか一項に記載の細胞、または[169]〜[179]のいずれか一項に記載の細胞の集団。
Claims (77)
- tracrとcrRNAとを含むgRNA分子であって、前記crRNAは、ヒトBCL11a遺伝子、ヒトBCL11aエンハンサー、またはヒトHPFH領域の標的配列に相補的な標的化ドメインを含む、gRNA分子。
- (a)前記標的配列は、前記ヒトBCL11A遺伝子のものであり、かつ前記標的化ドメインは、配列番号1〜配列番号85もしくは配列番号400〜配列番号1231のいずれか1つまたはその断片を含むか;
(b)前記標的配列は、前記ヒトBCL11aエンハンサーのものであり、かつ前記標的化ドメインは、配列番号182〜配列番号277、もしくは配列番号278〜配列番号333、もしくは配列番号334〜配列番号341、もしくは配列番号1232〜配列番号1499、もしくは配列番号1596〜配列番号1691のいずれか1つまたはその断片を含むか;または
(c)前記標的配列は、前記ヒトHFPH領域のものであり、かつ前記標的化ドメインは、配列番号86〜配列番号181、配列番号1500〜配列番号1595、もしくは配列番号1692〜配列番号1761のいずれか1つまたはその断片を含む、請求項1に記載のgRNA分子。 - (a)前記標的化ドメインは、配列番号338、配列番号248、配列番号253、配列番号341、配列番号246、配列番号247、配列番号245、配列番号249、配列番号244、配列番号199、配列番号251、配列番号250、配列番号334、配列番号185、配列番号186、配列番号336、もしくは配列番号337のいずれか1つまたはその断片を含むか;
(b)前記標的化ドメインは、配列番号318、配列番号312、配列番号313、配列番号294、配列番号310、配列番号319、配列番号298、配列番号322、配列番号311、配列番号315、配列番号290、配列番号317、配列番号309、配列番号289、もしくは配列番号281のいずれか1つまたはその断片を含むか;または
(c)前記標的化ドメインは、配列番号1683、配列番号1638、配列番号1647、配列番号1609、配列番号1621、配列番号1617、配列番号1654、配列番号1631、配列番号1620、配列番号1637、配列番号1612、配列番号1656、配列番号1619、配列番号1675、配列番号1645、配列番号1598、配列番号1599、配列番号1663、配列番号1677、もしくは配列番号1626のいずれか1つまたはその断片を含むか;または
(d)標的化ドメインは、配列番号100、配列番号165、配列番号113、配列番号99、配列番号112、配列番号98、配列番号1505、配列番号1580、配列番号106、配列番号1503、配列番号1589、配列番号160、配列番号1537、配列番号159、配列番号101、配列番号162、配列番号104、配列番号138、配列番号1536、配列番号1539、配列番号1585、配列番号1700、もしくは配列番号1750のいずれか1つまたはその断片を含む、請求項1に記載のgRNA分子。 - 5’から3’に、[前記標的化ドメイン]−:
(a)配列番号6601;
(b)配列番号6602;
(c)配列番号6603;
(d)配列番号6604;
(e)配列番号7811;または
(f)3’末端に1、2、3、4、5、6または7個のウラシル(U)ヌクレオチドをさらに含む前記(a)〜(e)のいずれか
を含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載のgRNA分子。 - 前記gRNA分子の前記核酸分子の1つ以上は、
(a)前記1つまたは複数の核酸分子の3’末端における1つ以上のホスホロチオエート修飾;
(b)前記1つまたは複数の核酸分子の5’末端における1つ以上のホスホロチオエート修飾;
(c)前記1つまたは複数の核酸分子の前記3’末端における1つ以上の2’−O−メチル修飾;
(d)前記1つまたは複数の核酸分子の前記5’末端における1つ以上の2’−O−メチル修飾;
(e)前記1つまたは複数の核酸分子の末端から4番目、末端から3番目、および末端から2番目の3’残基の各々における2’O−メチル修飾;
(f)前記1つまたは複数の核酸分子の末端から4番目、末端から3番目、および末端から2番目の5’残基の各々における2’O−メチル修飾;または
(g)これらの任意の組み合わせ
を含む、請求項1〜4のいずれか一項に記載のgRNA分子。 - (a)配列番号342;
(b)配列番号343;
(c)配列番号1762;
(d)配列番号344を含むcrRNA、および配列番号6660を含むtracr;
(e)配列番号344を含むcrRNA、および配列番号346を含むtracr;
(f)配列番号345を含むcrRNA、および配列番号6660を含むtracr;
(g)配列番号345を含むcrRNA、および配列番号346を含むtracr;
(h)配列番号347;
(i)配列番号348;
(j)配列番号1763;
(k)配列番号349を含むcrRNA、および配列番号6660を含むtracr;
(l)配列番号349を含むcrRNA、および配列番号346を含むtracr;
(m)配列番号350を含むcrRNA、および配列番号6660を含むtracr;または
(n)配列番号350を含むcrRNA、および配列番号346を含むtracr
を含む、請求項1に記載のgRNA分子。 - (a)請求項1〜6のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子、およびCas9分子;
(b)請求項1〜6のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子、およびCas9分子をコードする核酸配列;
(c)請求項1〜6のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子をコードする核酸配列、およびCas9分子;
(d)請求項1〜6のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子をコードする核酸配列、およびCas9分子をコードする核酸配列;
(e)前記a)〜d)のいずれか、および鋳型核酸;または
(f)前記a)〜d)のいずれか、および鋳型核酸をコードする配列を含む核酸
を含む組成物。 - 前記Cas9分子は、活性または不活性化膿レンサ球菌(s.pyogenes)Cas9である、請求項7に記載の組成物。
- 前記Cas9分子は、配列番号6611またはそれと少なくとも95%の配列相同性を有する配列を含む、請求項7に記載の組成物。
- 前記Cas9分子は、
(a)配列番号7821;
(b)配列番号7822;
(c)配列番号7823;
(d)配列番号7824;
(e)配列番号7825;
(f)配列番号7825の88位にロイシン(C88L)をさらに含み、かつ配列番号7825の582位にグルタミン酸(C582E)を含む配列番号7825;
(g)配列番号7826;
(h)配列番号7827;
(i)配列番号7828;
(j)配列番号7829;
(k)配列番号7830;または
(l)配列番号7831
を含む、請求項7に記載の組成物。 - 前記gRNA分子および前記Cas9分子は、リボ核タンパク質複合体(RNP)に存在する、請求項7〜10のいずれか一項に記載の組成物。
- 第2のgRNA分子、または第2のgRNA分子および第3のgRNA分子をさらに含み、前記組成物の各gRNA分子は、異なる標的配列と相補的である、請求項7〜11のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記gRNA分子の各々は、前記Cas9分子と共にリボ核タンパク質複合体(RNP)中にある、請求項12に記載の組成物。
- 鋳型核酸を含み、前記鋳型核酸は、
(a)ヒトβグロビンもしくはその断片;または
(b)ヒトγグロビンもしくはその断片
をコードする核酸配列を含む、請求項7〜13のいずれか一項に記載の組成物。 - エレクトロポレーションに好適な媒体中に製剤化される、請求項7〜14のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記gRNA分子の各々は、前記Cas9分子と共にRNP中にあり、前記RNPの各々は、約10μM未満の濃度である、請求項7〜15のいずれか一項に記載の組成物。
- 請求項1〜6のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子をコードする核酸配列。
- 請求項17に記載の核酸を含むベクター。
- 細胞内の1つ以上のgRNA分子の標的配列でまたはその近傍で前記細胞を改変する方法であって、前記細胞を、
(a)請求項1〜6のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子、およびCas9分子;
(b)請求項1〜6のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子、およびCas9分子をコードする核酸;
(c)請求項1〜6のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子をコードする核酸、およびCas9分子;
(d)請求項1〜6のいずれか一項に記載の1つ以上のgRNA分子をコードする核酸、およびCas9分子をコードする核酸;
(e)前記(a)〜(d)のいずれか、および鋳型核酸;
(f)前記(a)〜(d)のいずれか、および鋳型核酸をコードする配列を含む核酸;
(g)請求項7〜16のいずれか一項に記載の組成物;または
(h)請求項18に記載のベクター
と接触させるステップを含む方法。 - 前記細胞は、哺乳類細胞、霊長類細胞またはヒト細胞である、請求項19に記載の方法。
- 前記細胞は、造血幹細胞・前駆細胞(HSPC)である、請求項20に記載の方法。
- 前記細胞は、CD34+細胞である、請求項19〜21のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞は、CD34+CD90+細胞である、請求項19〜21のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞は、CD34+細胞に関してエンリッチされた細胞の集団を含む組成物中に配置される、請求項19〜23のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞は、骨髄、動員末梢血または臍帯血から単離されたものである、請求項19〜24のいずれか一項に記載の方法。
- 前記改変は、前記1つ以上のgRNA分子の前記標的配列にまたはその近傍にインデルをもたらす、請求項19〜25のいずれか一項に記載の方法。
- 前記インデルは、図25、表15、表26、表27または表37に示されるインデルである、請求項26に記載の方法。
- 細胞の集団をもたらし、前記集団の前記細胞の少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%が改変される、請求項19〜27のいずれか一項に記載の方法。
- 前記改変は、赤血球系統の分化細胞の集団への分化能を有する細胞の集団をもたらし、前記分化細胞の集団は、非改変細胞の集団と比べて胎児ヘモグロビンの増加したレベルを呈する、請求項19〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 前記分化細胞の集団は、前記非改変細胞の集団と比べてF細胞の増加した割合を有する、請求項19〜29のいずれか一項に記載の方法。
- 前記分化細胞の集団は、1細胞当たり平均で少なくとも約6ピコグラム、少なくとも約7ピコグラム、少なくとも約8ピコグラム、少なくとも約9ピコグラム、少なくとも約10ピコグラム、約8〜約9ピコグラム、または約9〜約10ピコグラムの胎児ヘモグロビンを産生する、請求項29または30に記載の方法。
- 請求項19〜31のいずれか一項に記載の方法によって改変された細胞。
- 請求項1〜6のいずれか一項に記載の第1のgRNA分子、または請求項7〜16のいずれか一項に記載の組成物、請求項17に記載の核酸、または請求項18に記載のベクターを含む細胞。
- 前記細胞またはその子孫において、胎児ヘモグロビンの発現が、前記gRNA分子、または前記組成物、または前記核酸、または前記ベクターを含まない同じ細胞型の細胞またはその子孫と比べて増加している、請求項33に記載の細胞。
- 前記細胞またはその子孫は、少なくとも約6ピコグラム、少なくとも約7ピコグラム、少なくとも約8ピコグラム、少なくとも約9ピコグラム、少なくとも約10ピコグラム、約8〜約9ピコグラム、または約9〜約10ピコグラムの胎児ヘモグロビンを産生する、請求項34に記載の細胞。
- 幹細胞増殖剤と接触した、請求項32〜35のいずれか一項に記載の細胞。
- 前記幹細胞増殖剤は、化合物1、化合物2、化合物3、化合物4、またはこれらの組み合わせである、請求項36に記載の細胞。
- 図25、表15、表26、表27または表37に示されるインデルを含む細胞。
- 哺乳類細胞、霊長類細胞またはヒト細胞である、請求項33〜38のいずれか一項に記載の細胞。
- 造血幹細胞・前駆細胞(HSPC)である、請求項33〜39のいずれか一項に記載の細胞。
- CD34+細胞である、請求項33〜40のいずれか一項に記載の細胞。
- CD34+CD90+細胞である、請求項41に記載の細胞。
- 前記細胞は、骨髄、動員末梢血または臍帯血から単離されたものである、請求項33〜42のいずれか一項に記載の細胞。
- 請求項33〜43のいずれか一項に記載の細胞を含む細胞の集団。
- 前記集団の前記細胞の少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%は、請求項33〜43のいずれか一項に記載の細胞である、請求項44に記載の細胞の集団。
- 分化細胞の集団への分化能を有し、前記分化細胞の集団は、同じタイプの修飾されていない細胞の集団と比べてF細胞の増加した割合を有する、請求項44または45に記載の細胞の集団。
- 前記分化細胞の集団の前記F細胞は、1細胞当たり平均で少なくとも約6ピコグラム、少なくとも約7ピコグラム、少なくとも約8ピコグラム、少なくとも約9ピコグラム、少なくとも約10ピコグラム、約8〜約9ピコグラム、または約9〜約10ピコグラムの胎児ヘモグロビンを産生する、請求項46に記載の細胞の集団。
- (a)少なくとも1e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される患者の体重kg、
(b)少なくとも2e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される患者の体重kg、
(c)少なくとも3e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される患者の体重kg、
(d)少なくとも4e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される患者の体重kg、または
(e)2e6〜10e6のCD34+細胞/前記細胞が投与される患者の体重kg
を含む、請求項44〜47のいずれか一項に記載の細胞の集団。 - 前記集団の前記細胞の少なくとも約40%、少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、または少なくとも約90%は、CD34+細胞である、請求項44〜48のいずれか一項に記載の細胞の集団。
- 前記集団の前記細胞の少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、または少なくとも約30%は、CD34+CD90+細胞である、請求項49に記載の細胞の集団。
- 骨髄、動員末梢血または臍帯血から単離されたものである、請求項44〜50のいずれか一項に記載の細胞の集団。
- 異常ヘモグロビン症を有する患者から単離されたものである、請求項44〜51のいずれか一項に記載の細胞の集団。
- 請求項44〜52のいずれか一項に記載の細胞の集団を含む組成物。
- 凍結保存に好適である薬学的に許容可能な媒体を含む、請求項53に記載の組成物。
- 異常ヘモグロビン症を治療するための、請求項32〜43のいずれか一項に記載の細胞、請求項44〜52のいずれか一項に記載の細胞の集団、または請求項53もしくは54に記載の組成物。
- 前記異常ヘモグロビン症は、β−サラセミアまたは鎌状赤血球症である、請求項55に記載の細胞、細胞の集団または組成物。
- 細胞の集団を調製する方法であって、
(a)細胞の集団を提供するステップ;
(b)幹細胞増殖剤を含む細胞培養培地中で前記細胞の集団をエキソビボで培養するステップ;および
(c)請求項1〜6のいずれか一項に記載の第1のgRNA分子、請求項1〜6のいずれか一項に記載の第1のgRNA分子をコードする核酸分子、請求項7〜16のいずれか一項に記載の組成物、請求項17に記載の核酸、または請求項18に記載のベクターを前記細胞の集団の細胞に導入するステップ
を含む方法。 - 前記幹細胞増殖剤は、化合物1、化合物2、化合物3、化合物4またはこれらの組み合わせである、請求項57に記載の方法。
- 前記細胞培養培地は、前記幹細胞増殖剤を約1nM〜約1mMの範囲の濃度で含む、請求項57または58に記載の方法。
- 前記ステップ(b)の培養は、前記ステップ(c)の導入前の培養期間を含む、請求項57〜59のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ステップ(c)の導入前の前記培養期間は、少なくとも12時間、約1日〜約3日の期間、約1日〜約2日の期間、または約2日の期間である、請求項60に記載の方法。
- 前記ステップ(b)の培養は、前記ステップ(c)の導入後の培養期間を含む、請求項57〜61のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ステップ(c)の導入後の前記培養期間は、少なくとも12時間、約1日〜約10日の期間、約1日〜約5日の期間、約2日〜約4日の期間、約2日の期間、約3日の期間、または約4日の期間である、請求項62に記載の方法。
- 前記細胞の集団は、ステップ(b)によって培養されていない細胞の集団と比べて少なくとも4倍、少なくとも5倍、または少なくとも10倍増殖する、請求項57〜63のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ステップ(c)の導入は、エレクトロポレーションを含む、請求項57〜64のいずれか一項に記載の方法。
- ステップ(a)で提供される前記細胞の集団は、ヒト細胞の集団である、請求項57〜65のいずれか一項に記載の方法。
- ステップ(a)で提供される前記細胞の集団は、骨髄、動員末梢血または臍帯血から単離されたものである、請求項66に記載の方法。
- ステップ(a)で提供される前記細胞の集団は、異常ヘモグロビン症に罹患している患者から単離されたものである、請求項67に記載の方法。
- ステップ(a)で提供される前記細胞の集団は、CD34+細胞に関してエンリッチされたものである、請求項57〜68のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ステップ(c)の導入後、前記細胞の集団は凍結保存される、請求項57〜69のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ステップ(c)の導入後、前記細胞の集団の前記細胞の少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%または少なくとも約99%は、前記組成物の前記第1のgRNA分子の前記標的化ドメインと相補的なゲノムDNA配列にまたはその近傍にインデルを含み、任意選択で、前記インデルは、図25、表15、表26、表27または表37に示されるインデルである、請求項57〜70のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項57〜71のいずれか一項に記載の方法によって得ることが可能な細胞の集団。
- ヒト患者において異常ヘモグロビン症を治療するための、請求項72に記載の細胞の集団を含む組成物。
- 前記異常ヘモグロビン症は、β−サラセミアまたは鎌状赤血球症である、請求項73に記載の組成物。
- 前記ヒト患者の体重1kg当たり少なくとも約1e6個のCD34+細胞を含む、請求項73または74に記載の組成物。
- 薬剤として用いられる、請求項1〜6のいずれか一項に記載のgRNA分子、請求項7〜16または53もしくは54のいずれか一項に記載の組成物、請求項17に記載の核酸、請求項18に記載のベクター、請求項32〜43のいずれか一項に記載の細胞、あるいは請求項44〜52または72のいずれか一項に記載の細胞の集団。
- 薬剤の製造に用いられる、請求項1〜6のいずれか一項に記載のgRNA分子、請求項7〜16または53もしくは54のいずれか一項に記載の組成物、請求項17に記載の核酸、請求項18に記載のベクター、請求項32〜43のいずれか一項に記載の細胞、あるいは請求項44〜52または72のいずれか一項に記載の細胞の集団。
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