JP2019013162A - 大腸癌の異時性転移の有無を予測する方法およびそれに用いるキット - Google Patents
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Abstract
Description
本願発明に係る一実施形態において、大腸癌ステージ2患者の異時性転移の有無を予測する方法では、前記患者から取得した大腸癌組織におけるGNL3L、SLC35A2、UBE2I、IL2RB、及びTYMPから選択される少なくとも1つの遺伝子が用いられる。ここで、GNL3L、SLC35A2、及びUBE2Iは、異時性転移が起きない患者と比較して、異時性転移が発生する大腸癌患者において過剰発現している遺伝子であり、IL2RB、及びTYMPは、異時性転移が起きない患者と比較して、異時性転移が発生する大腸癌患者において発現が低下している遺伝子である。
スコア値=Σ(ΔΔCt(転移あり群で発現量が上昇する遺伝子))−Σ(ΔΔCt(転移あり群で発現量が低下する遺伝子))
そのため、例えばGNL3L遺伝子だけを用いて本願発明に係る方法を実施する場合には、(スコア値)=(ΔΔCt(GNL3L))となる。なお、ΔCtを算出するために用いられるコントロール遺伝子は、ACTB、GAPDH、GUSB、HPRT、TBP等に代表されるハウスキーピング遺伝子等の本技術分野において周知の任意のコントロール遺伝子を用いることができる。
以下に、本発明において用いる実験手法および材料について説明する。なお、本願の一実施形態において、以下の実験手法を用いているが、これら以外の実験手法を用いても、同様の結果を得ることができる。
対象試料は、術後3〜5年を経て予後判定が明瞭であるステージ2大腸癌凍結試料を用いた。
TRIZOLを用いて大腸癌組織からRNAを抽出した。バイオアナライザーによる濃度測定及びクオリティチェックを行い、total RNAを用いてTaqMann Probe(Life Technologies)を用いてreal time PCRを行なった。以下にその手順を示す。
異時性転移予測マーカーの候補となる38遺伝子の発現量を、5つのコントロール遺伝子(ACTB、GAPDH、GUSB、HPRT、TBP)毎に正規化を行った。1マーカー遺伝子あたり5つのデータが得られる。臨床情報から転移あり群と転移なし群とに分類し、それぞれの発現量に差があるかどうかを調べるためT検定を行った。
スコア値=Σ(ΔΔCt(転移あり群で発現量が上昇する遺伝子))−Σ(ΔΔCt(転移なし群で発現量が低下する遺伝子))
38遺伝子と5コントロール遺伝子の発現解析
それぞれの遺伝子の発現量を別個に5つのコントロール遺伝子で正規化を行い、転移あり群と転移なし群とで比較検討した。T検定の結果、5つの遺伝子(GNL3L、SLC35A2、UBE2I、IL2RB、及びTYMP)と3つのコントロールの組み合わせについて、有意差(p<.01)があった(図1)。このうち、5つの遺伝子について、最も有意差のあるコントロールを1つ選択すると、GNL3L vs GAPDH、SLC35A2 vs GAPDH、UBE2I vs GAPDH、IL2RB vs GUSB、TYMP vs GUSBの5つの組み合わせであった。これらの5つの発現情報を用いて、クラスター解析を行なった(図2)。スコア値を−1.9で分類すると、PPV:33.7%、NPV:88.7%、Sensitivity:49.3%、Specificity:80.4%であった。つまり、発現パターンによって転移ありと転移なしとを大まかに分けることが可能であるとわかった。
全症例398(転移あり67、転移なし331)を、トレーニングセット(n=199;転移あり34、転移なし165)とテストセット(n=199;転移あり33、転移なし166)とに分けて解析を行なった。その結果、トレーニングセットにおいてPPV:50.0%、NPV:78.8%、ACC:73.9%で、テストセットにおいてPPV:48.5%、NPV:81.9%、ACC:76.4%であった。
同じ2セット(トレーニングセットとテストセット)の分類サンプルを使って、5遺伝子のうち、2遺伝子を使って判別ができるかどうか検討した。組み合わせは、転移ありの患者で発現が増加している遺伝子と低下している遺伝子との組み合わせで、IL2RBとGNL3L、IL2RBとSLC35A2、IL2RBとUBE2I、TYMPとGNL3L、TYMPとSLC35A2、TYMPとUBE2I、の6つの組み合わせである。
続いて、GNL3L、SLC35A2、UBE2I、IL2RB、及びTYMPの遺伝子について、それぞれ1つの遺伝子だけを用いた場合に異時性転移の有無を確認できるかどうかを検証した。
Claims (8)
- 大腸癌ステージ2患者の異時性転移の有無を予測する方法であって、
前記患者から取得した大腸癌組織におけるGNL3L、SLC35A2、UBE2I、IL2RB、及びTYMPから選択される少なくとも1つの遺伝子の発現量を測定する工程と、
前記測定した発現量から、異時性転移の有無を予測するためのスコアを算出する工程と
を有し、前記算出したスコアが基準値よりも小さい場合に、前記患者に異時性転移が起きないことを示す、方法。 - 請求項1記載の方法において、前記スコアは、前記少なくとも1つの遺伝子の発現量を正規化することによって算出する、方法。
- 請求項1記載の方法において、前記基準値は、異時性転移の有無が判明した大腸癌ステージ2患者から取得された大腸癌組織における、前記測定する工程において用いた遺伝子と同じ遺伝子の発現量に基いて決定される、方法。
- 請求項1記載の方法において、前記測定する工程は、GNL3L、SLC35A2、UBE2I、IL2RB、及びTYMPから選択される2つの遺伝子の発現量を測定する、方法。
- 請求項4記載の方法において、前記2つの遺伝子は、IL2RB及びGNL3L、IL2RB及びSLC35A2、IL2RB及びUBE2I、TYMP及びGNL3L、TYMP及びSLC35A2、並びにTYMP及びUBE2Iからなる群から選択される、方法。
- 請求項1記載の方法において、前記測定する工程は、GNL3L、SLC35A2、UBE2I、IL2RB、及びTYMPのすべての遺伝子の発現量を測定する、方法。
- 請求項1記載の方法において、前記異時性転移は前記組織取得後3年以内における転移である、方法。
- GNL3L、SLC35A2、UBE2I、IL2RB、及びTYMPから選択される少なくとも1つの遺伝子に特異的に結合するプローブを有する、大腸癌ステージ2患者の異時性転移の有無を予測するためキット。
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