JP2018125019A - 画像処理装置及び画像処理方法 - Google Patents

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皓 菅原
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Abstract

【課題】いわゆる機械学習を活用することでユーザ個人の能力に依存することなく、多種多様な画像処理及び分類を実現する画像処理装置を提供する。【解決手段】画像処理装置900は、解析対象画像を含む複数のデータセットを入力する入力部と、データセットから特徴量を抽出する特徴抽出部と、複数のデータセットと解析対象画像の関係および特徴量に基づいて分類条件を出力する分類条件出力部と、分類対象画像を分類条件に従って分類する分類部と、解析対象画像を学習画像データとして、分類条件を学習分類条件データとして学習し、学習画像データと学習分類条件データを分類条件出力部に提供する学習部とを備える。【選択図】図9

Description

本発明は、画像処理に用いられる画像処理装置、画像処理方法、画像処理プログラム、画像分類装置、及び画像解析支援装置に関するものである。
生命科学の医療や製薬分野の開発における顕微鏡画像、医療施設のMRI(磁気共鳴画像装置)まであらゆるシーンで画像が利用されている。近年では約9割の論文に画像が用いられ、明視野顕微鏡、蛍光顕微鏡、電気泳動の画像がそれぞれ4〜5割ほど用いられている。昨今、電子顕微鏡などの撮像装置の高度化が進み、1秒間に何千枚もの画像が撮影できるようになった。また、近年の技術の進歩に伴い、画像解析方法及び画像分類方法も急速に多様化している。しかし、その一方で研究者は膨大な画像処理に相当の時間を費やす必要が生じ、さらにその処理には相当な知識量及び経験値を要し、その個人の能力に依存しているという問題もあった。
このような問題を鑑み開発された技術として、例えば特許文献1に提案される技術がある。当該特許文献1では、予め学習させたニューラルネットワークを用いて画像内の細胞の分類や解析を行なう。
特開2004−340738号公報
しかしながら、特許文献1に記載の細胞分類装置においては予め学習させたニューラルネットワークを用いるため、近年の技術の進歩に伴う画像解析方法及び画像分類方法の急速な多様化に対応できるものではなかった。また、従来の細胞分析装置においては、ユーザが画像の解析及び分類を行うには、高い個人の能力、例えば相当な知識量又は経験値を必要としていた。
本発明はこのような事情に鑑みてなされたものであり、その目的は、相当な知識量又は経験値を有さない人が画像の解析及び分類をする場合に、それを支援し、さらにいわゆる機械学習を活用することで多種多様な画像処理及び分類にも対応することが可能な画像処理装置を提供するものである。
本発明の一実施形態の画像処理装置は、解析対象画像を含む複数のデータセットを入力する入力部と、データセットから特徴量を抽出する特徴抽出部と、複数のデータセットと解析対象画像の関係および特徴量に基づいて分類条件を出力する分類条件出力部と、分類対象画像を分類条件に従って分類する分類部と、解析対象画像を学習画像データとして、分類条件を学習分類条件データとして学習し、学習画像データと学習分類条件データを分類条件出力部に提供する学習部とを備えることを特徴とする。
本発明によれば、学習部において学習された学習画像データと学習処理過程データに基づき、最適な処理過程を出力し、画像解析方法及び画像分類方法の急速な多様化に対応できるとともに、個人の能力を問わず適切な画像処理を行うことができる。
本発明の第1の実施形態による画像処理装置の機能を示すブロック図である。 画像処理部の動作を説明するためのフローチャートである。 画像処理部において処理された解析結果画像を表示する図である。 一括処理部の動作を説明するためのフローチャートである。 学習部の動作を説明するためのフローチャートである。 統計解析部の動作を説明するためのフローチャートである。 一括処理部において出力される被写体に関する解析結果の一例を表示する図である。 統計解析部において出力される統計解析結果の一例を表示する図である。 本発明の第2の実施形態による画像処理装置の機能を示すブロック図である。 分類条件出力部の動作を説明するためのフローチャートである。 分類部において分類された分類対象画像の一例を表示する図である。
(第1の実施形態)
<画像処理装置の構成>
図1は本発明の第1の実施形態による画像処理装置の機能を示すブロック図である。
画像処理装置100は入力部101と、画像処理部102と、記憶部103と、一括処理部104と、学習部105と、統計解析部106と、を備えている。当該画像処理装置100は、バーチャルスライド等の組織・細胞画像取得装置内に実装しても良いし、組織・細胞画像取得装置とネットワークを介して接続されるサーバー内に実装しても良い。画像処理装置100は、例えばディスプレイ、プリンタ等のデバイスである出力装置107に接続されている。
画像処理装置100における、入力部101、画像処理部102、記憶部103、一括処理部104、及び学習部105は、プログラムによって実現しても良いし、モジュール化して実現しても良い。また、以下においては、前記各処理部を動作主体として記述するが、CPUを動作主体とし、CPUがプログラムとしての各処理部を実行するように読み替えても良い。なお、前記各処理部はいわゆるクラウド上に置かれても良い。
入力部101には解析対象画像が入力される。解析対象画像は例えば、光学顕微鏡を用いて、細胞、細胞内構造、生物組織等の生物試料を撮像して得られる画像等であるが、顕微鏡にビルトインされたカメラ等の撮像手段が、所定時間間隔で撮像した、JPG、Jpeg2000、PNG、TIFF形式等の符号化された静止画像データ等を取得して、その画像を解析対象画像としても良い。また、入力部101には、MotionJPEG、MPEG、H.264、HD/SDI形式等の動画像データから、所定間隔のフレームの静止画像データを抜き出して、その画像が解析対象画像として入力されても良い。更に、入力部101には、撮像手段がバスやネットワーク等を介して取得した画像が解析対象画像として入力されても良い。
画像処理部102は、入力部101に入力された解析対象画像から、複数の特徴量を抽出し、これに応じた最適な学習処理過程データを後述する学習部105から抽出する。さらに、画像処理部102は前記最適な学習処理過程データに基づき、入力部101に入力された解析対象画像に対し処理を行い、前記処理の組合せである解析結果画像を出力装置107に表示させる。また、画像処理部102は解析結果画像とユーザの任意の選択により決定した処理過程を記憶部103に出力する
記憶部103は、画像処理部102より出力された解析結果画像と処理過程をキャッシュメモリにより一時的に記憶する。
一括処理部104は、記憶部103に一時的に記憶された処理過程を抽出し、前記処理過程に基づき、入力部101に入力された複数の処理対象画像を一括で処理し、被写体に関する解析結果を出力装置107に表示させる。
学習部105は、記憶部103に一時的に記憶された解析対象画像と処理過程を抽出し、これらを学習する。さらに学習した学習画像データと学習処理過程データを、画像処理部102に提供する。
統計解析部106は、一括処理部104により出力された被写体に関する解析結果に対し、統計解析を行い、統計解析結果を出力装置107表示させる。
出力装置107は、例えばディスプレイ、プリンタ等のデバイスで構成され、解析結果画像や統計解析結果を表示する。
このように本実施形態の画像処理装置100では、学習部105において学習された学習画像データと学習処理データを用いて、ユーザの目的に合った処理過程を出力し、複数の処理対象画像を一括で処理し、統計解析することを特徴とする。
<画像処理装置の動作>
以下、各要素の動作について詳細に説明する。
入力部101は、入力された解析対象画像を画像処理部102へ出力し、入力された処理対象画像については一括処理部104へ出力する。なお、入力部101に解析対象画像として入力される画像と処理対象画像として入力される画像は異なるものである。
画像処理部102は解析対象画像から、複数の特徴量を算出する。前記特徴量には、被写体の形状に由来する形状特徴量と、その被写体のテクスチャに由来するテクスチャ特徴量とが含まれる。
本実施形態におけるテクスチャ特徴量は、解析対象画像を最低輝度から最高輝度にかけての輝度範囲を18段階に均等に分割して得られる16種の閾値で二値化して得られた白黒画像群(16種)のそれぞれについて白領域及び黒領域を抽出することにより撮像対象の面積、周長、個数、及び複雑度などの形態パラメータを測定し、各形態パラメータについて16種の画像群全体における統計量(平均、最大、分散、中央値)を算出して得られた数値群であり、多重形状特徴量と呼べるものを含む。なお、これらの形状特徴量の抽出は、グレースケール画像に対して行う他、前処理としてSobelフィルタを作用させて得た境界画像に対しても行う。
また、画像全体の輝度に基づいて算出される値であって、平均輝度、最大輝度、輝度の分散、輝度のヒストグラム、及び隣接画素間の輝度の関係性(差及び積)に着目した数値群であって、輝度特徴量と呼べるものも含む。画像処理部102によって抽出される特徴量としては表1に掲げるものが挙げられる。
また、例えば、解析対象画像の撮像対象が細胞の染色体である場合、形状特徴量(形態パラメータ)としては表2に掲げるものが挙げられ、テクスチャ特徴量としては表3に掲げるものが挙げられる。
画像処理部102は算出した解析対象画像の特徴量を用いて、学習部105から最適な学習処理データを抽出する。画像処理部102は抽出した学習処理データに基づき、最適な処理を組合せ、解析結果画像を出力装置107に表示させる。ここで処理とは、例えばグレースケール化、白黒反転、二値化、穴埋め、オープニング、輪郭抽出等であるが、これらに限られない。さらに、画像処理部102は、ユーザの選択により決定した処理過程と解析対象画像を記憶部に出力する。
記憶部103は、画像処理部102により出力された処理過程と解析対象画像をいわゆるキャッシュメモリに一時的に記憶する。記憶部103は、入力部101に複数の処理対象画像が入力され、前記複数の処理対象画像が一括処理部104に出力されると、一括処理部104に処理過程を出力し、同時に学習部105に処理過程と解析対象画像を出力する。
一括処理部104は入力部101から複数の処理対象画像を取得し、記憶部103から、処理過程を取得する。一括処理部104は前記処理過程を用いて、複数の処理対象画像を一括で処理する。一括処理部104は一括処理が完了した複数の処理対象画像から、被写体に関する解析結果を出力し、出力装置107に表示させる。前記被写体に関する解析結果は、例えば、被写体が細胞である場合、全ての処理対象画像内の細胞の個数の合計であっても良いがこれに限られない。また、例えば突起を有する細胞の個数と突起を有さない細胞の個数等、複数種類の細胞のそれぞれの個数等複数の数値を含む場合もある。さらに、一括処理部104は前記被写体に関する解析結果の数値等を、表やグラフとして出力装置107に出力することもできる。
学習部105は、記憶部103から処理過程と解析対象画像を取得すると、前記処理過程を学習処理過程データとして、解析対象画像を学習画像データとして、学習する。前記学習は、例えば、従来技術である機械学習の技術を用いて行われる。なお、学習画像データには特徴量が含まれるものとする。
統計解析部106は、一括処理部104によって出力された被写体に関する解析結果を取得し、これらのデータに対して統計解析を行い、統計解析結果を出力装置107に表示させる。ここで統計解析とは、例えば平均値の算出、標準偏差の算出、有意差検定等のことであるが、これらに限られない。
<各処理部における処理手順>
図2は画像処理部102の動作を説明するためのフローチャートである。
S201において、画像処理部102は解析対象画像から複数の前述の特徴量を算出し、これに応じた最適な学習処理過程データを学習部105から抽出する。
画像処理部102は解析対象画像の特徴量が近似する後述の学習画像データを選定し、その学習処理過程データを最適な学習処理過程データとして学習部から抽出する。
S202において、画像処理部102は入力部101に入力された解析対象画像に対し処理を行う。画像処理部102は学習処理過程データに基づき、最適な前述の処理を組合せ、解析結果画像を出力装置107に表示させる。
図3は画像処理部102において処理された解析結果画像の表示の一例を示す図である。301は入力された解析対象画像である。302は前記解析対象画像にグレースケール化処理を施した画像である。303は前記画像302に白黒反転処理を施した画像群であって、3031は302を白黒反転した画像、3032は白黒反転していない画像である。ユーザは3031又は3032のうちから解析の目的に合ったいずれかを選択する。本図においては、ユーザは3032を選択したことを示す。304は前記画像3032に二値化処理を施した画像群であって、3041〜3044はそれぞれ異なる閾値で二値化した画像である。305は画像3042に穴埋め処理を施した画像群であって、3051〜3053はそれぞれ異なる穴埋めした画像である。306は画像3052にオープニング処理を施した画像群であって、3061〜3063はそれぞれ異なるオープニングした画像である。307は画像3062に輪郭抽出処理を施した画像である。ユーザは304〜307においても目的にあった画像をそれぞれ選択する。
図3において前記解析結果画像の表示は、最適順、一例として特徴量が近似する学習処理過程データに基づく解析結果画像の順に表示されても良いが、それ以外の順序であっても良い。特徴量が近似する順に表示される場合、画像処理部102はそれぞれの処理において、左側に最適な処理の解析結果画像を表示させる。これにより、ユーザは相当の知識や経験を有していなくとも、目的に合った処理を選択することができる。
S203において、ユーザは前述の通り表示された解析結果画像から、目的に合った処理を任意で選択する。前記選択により、処理過程の組合せが決定し、処理過程が出力される。
S204において、画像処理部102は解析結果画像と処理過程を記憶部103に出力する。記憶部103は前述のとおり、画像処理部102より出力された解析結果画像と処理過程をキャッシュメモリにより一時的に記憶する。
図4は一括処理部104の動作を説明するためのフローチャートである。
S401において、ユーザは一括処理する複数の処理対象画像を入力部101に入力する。前記複数の画像は1000枚を超える枚数であっても良い。
S402において、一括処理部104は記憶部103に一時的に記憶された処理過程を抽出し、設定する。
S403において、一括処理部104は設定された処理過程に基づき、前記複数の処理対象画像を一括で処理し、被写体に関する解析結果を出力する。このとき、前記被写体に関する解析結果に対する数値、表、グラフ等を出力装置107に表示させることもできる。図7は前記被写体に関する解析結果の一例であって、前記一括処理された複数の処理対象画像内の細胞個数の分布表を示す図である。
図5は学習部105の動作を説明するためのフローチャートである。
S501において、学習部105は記憶部103に一時的に記憶された解析対象画像と処理過程を抽出し、解析対象画像を学習画像データとして、処理過程を学習処理過程データとして学習する。学習部は例えば、従来技術である機械学習の技術を用いて、前記学習を行う。
S502において、学習部105は最適な学習画像データと学習処理過程データを画像処理部102に出力する。前記最適な学習画像データと学習処理過程データの選定は、前述のとおり解析対象画像の特徴量に基づいて行われる。
図6は統計解析部106の動作を説明するためのフローチャートである。
統計解析部106は前記被写体に関する解析結果に対し統計解析を行い、数値、表、グラフ等の統計解析結果を出力装置107に表示させる。
S601において、統計解析部106は一括処理部により出力された被写体に関する解析結果を設定する。
S602において、統計解析部106は前記被写体に関する解析結果に含まれる複数の数値に対し、平均値の算出、標準偏差の算出、有意差検定等の統計解析を行う。なお、統計解析はこれらに限られない。ユーザは、どのような統計解析を行うか任意に選択することができる。図8は統計解析結果の一例であって、一括処理した細胞個数の平均値と誤差を表示した図である。
以上により、画像解析方法の急速な多様化に対応できるとともに、ユーザの知識量や経験値を問わず、膨大な枚数の処理対象画像に対しても、迅速に処理し、かつ統計解析まで行うことができる。
(第2の実施形態)
次に、第2の実施形態による画像処理装置について説明する。第2の実施形態による画像処理装置の基本構成のうち、第1の実施形態と同様である部分についてはその詳細な説明を省略する。
<画像処理装置の構成>
図9は本発明の第2の実施形態による画像処理装置900の機能を示すブロック図である。
画像処理装置は入力部901と、特徴抽出部902と、分類条件出力部903と、分類部904と、学習部905と、を備えている。画像処理装置900は、例えばディスプレイ、プリンタ等のデバイスである出力装置906に接続されている。
入力部901は、解析対象画像を含む複数のデータセットが入力される。ここで、解析対象画像は第1の実施形態と同様の画像であっても良い。
ユーザは複数の解析対象画像を分類の目的に沿った任意の複数グループに分別する。これをデータセットとして入力部901に入力する。例えば、ユーザが複数の画像を突起を有する細胞画像と突起を有さない細胞画像とに分類しようとする場合、ユーザは突起を有する細胞画像のみを含むデータセットと突起を有さない細胞画像のみを含むデータセットをそれぞれ入力部901に入力する。
特徴抽出部902は前記データセットから特徴量を抽出し、特徴量データを分類条件出力部903へ出力し、解析対象画像を学習部905に出力する。
分類条件出力部903は、特徴抽出部902から、データセットの特徴量を取得し、これに基づいて、学習部905から最適な学習分類条件データを抽出する。分類条件出力部903は最適な学習分類条件データを用いて分類条件を出力する。
分類部904は、入力部901から取得した分類対象画像を、分類条件出力部903から取得した分類条件に基づいて分類し、例えば、図11に示すような分類タグ1103と解析結果を出力装置906に表示させる。さらに、分類部904は、分類条件を学習部905に出力する。
学習部905は、特徴抽出部から取得した解析画像を学習画像データとして、分類条件出力部903から取得した分類条件を学習分類条件データとして学習し、最適な学習分類条件データを分類条件出力部903に出力する。
<画像処理装置の動作>
以下、各要素の動作について詳細に説明する。
入力部901は、入力された解析対象画像を含む複数のデータセットを特徴抽出部902へ出力し、入力された分類対象画像については分類部904へ出力する。なお、入力部901に解析対象画像として入力される画像と分類対象画像として入力される画像は異なるものである。
特徴抽出部902は、前記データセットから特徴量を抽出する。ひとつのデータセットが複数の解析対象画像を含む場合、特徴抽出部902はそれぞれの解析対象画像から特徴量を算出する。複数の解析対象画像が時系列の場合、特徴抽出部902は、タイムポイント毎に別々の画像へと分解し、その分解された画像毎に特徴量を抽出することにより、各タイムポイントについての特徴群を分類条件出力部903へ出力する。
特徴抽出部902は、解析対象画像が複数の蛍光波長で撮像したマルチバンド画像の場合(例えば、細胞の核と微小管とをそれぞれ赤色と緑色とで蛍光標識して、これらの両方を撮像した画像の場合など)、各バンドに分解した上でグレースケール画像群を生成し、そのグレースケール画像のそれぞれについて特徴量の抽出を実行し、分類条件出力部903へ出力する。
特徴抽出部902は、特徴量の抽出が完了したデータセットの解析対象画像を学習部905に出力する。前記解析対象画像のデータには特徴量に関する情報が含まれるものとする。
分類条件出力部903は、データセットと特徴量の関係及び特徴量に基づいて分類条件を出力する。具体的には、分類条件出力部903は特徴抽出部902からデータセットの特徴量を取得し、前記特徴量を用いて、学習部905から最適な学習分類条件データを抽出する。分類条件出力部903は、データセットの特徴量が近似する学習分類条件データを選定し、その学習分類条件データとデータセットの特徴量に基づいて分類条件を分類部904に出力する。
分類部904は、入力部901から分類対象画像を取得し、分類条件出力部903から、分類条件を取得する。分類部904は、前記分類条件を用いて、分類対象画像を適切なグループに分類し、例えば、図11に示すような分類タグ1103と解析結果を出力装置906に表示させる。さらに、分類部904は、分類条件を学習部905に提供する。
学習部905は、特徴抽出部から取得した解析画像を学習画像データとして、分類条件出力部903から取得した分類条件を学習分類条件データとして学習し、最適な学習分類条件データを分類条件出力部903に出力する。学習部905は第1の実施形態と同様に例えば、従来技術である機械学習の技術を用いて、前記学習を行う。
図10は分類条件出力部903の動作を説明するためのフローチャートである。
S1001において、分類条件出力部903は特徴抽出部902からデータセットの特徴量を抽出する。
分類条件出力部903はそれぞれのデータセットの特徴量を比較し、その特徴量の複数の組み合わせパターンの中から画像分類に適した組合せパターンを選択するまで、処理を繰り返し実行する。この処理の繰り返しにより、各データセットのクラスタリングが行われることになる。
ここでクラスタリングとは、外的基準なしに自動的に分類を行うことをいい、いわゆる「教師なし分類法」とよばれるものをいう。クラスタリングでは、分類すべきデータの集まりにおいて、任意の複数のデータ間に関連性を示す尺度が定義されているとし、データの集まりをいくつかの塊(クラスタ)に分割し、それぞれのクラスタの中で、データ間の関連性が高く、異なるクラスタ間では関連性が低くなるようにグループ分けを行うようになっている。したがって、クラスタリングの結果を基にすれば、各画像データは、外的基準を設定するための事前処理を必要とせずに、関連性の高い画像データ同士が同一のクラスタに属するといったように分類されることになる。
S1002において、分類条件出力部903は前記クラスタリングの結果に基づき、学習部905から最適な学習分類条件データを抽出する。
S1003において、分類条件出力部903は最適な学習分類条件データと前記クラスタリングの結果に基づき、分類条件を出力する。
S1004において、分類条件出力部903は分類条件を学習分類条件データとして学習部905に提供し、学習させる。前記学習分類条件データは前記解析対象画像と前記特徴量を含んでいても良い。学習された学習分類条件データは、分条件出力時に分類条件903に出力される。
図11は分類部904において分類された分類対象画像の一例を表示する図である。本図では、ユーザが複数の画像を突起を有する細胞画像と突起を有さない細胞画像に分類することを目的として、前記画像処理祖装置900を使用した場合に出力装置906に表示される画面の一例を示したものである。1101は突起を有さない細胞画像として分類された分類対象画像の一群を示している。1102は突起を有する細胞画像として分類された分類対象画像の一群を示している。
図11においては全ての分類対象画像を表示しているが、分類対象画像の一部を省略し、表示させることもできる。
以上により、画像分類方法の急速な多様化に対応できるとともに、ユーザの知識量や経験値を問わず、従来技術よりも高い精度でユーザの分類目的に沿った分類条件を出力することができる。
100…画像処理装置、101…入力部、102…画像処理部、103…記憶部、104…一括処理部、105…学習部、106…統計解析部、107…出力装置、900…画像処理装置、901…入力部、902…特徴抽出部、903…分類条件出力部、904…分類部、905…学習部、906…出力装置

Claims (5)

  1. 解析対象画像を含む複数のデータセットを入力する入力部と、
    前記データセットから特徴量を抽出する特徴抽出部と、
    前記複数のデータセットと前記解析対象画像の関係および前記特徴量に基づいて分類条件を出力する分類条件出力部と、
    分類対象画像を前記分類条件に従って分類する分類部と、
    前記解析対象画像を学習画像データとして、前記分類条件を学習分類条件データとして学習し、前記学習画像データと前記学習分類条件データを前記分類条件出力部に提供する学習部とを備える
    ことを特徴とする画像処理装置。
  2. 前記分類条件出力部は、前記学習部から最適な前記学習分類条件データを抽出し、抽出された前記学習分類条件データに基づいて前記分類条件を出力する
    ことを特徴とする請求項1に記載の画像処理装置。
  3. 前記学習分類条件データは、前記解析対象画像と前記特徴量を含む
    ことを特徴とする請求項1又は2に記載の画像処理装置。
  4. 前記分類条件出力部は、前記学習画像データ、前記学習分類条件データ、前記特徴量のうち最適な情報を選択し、選択された前記情報に基づいて分類条件を出力する
    ことを特徴とする請求項3に記載の画像処理装置。
  5. 解析対象画像を含む複数のデータセットを入力する入力工程と、
    前記データセットから特徴量を抽出する特徴抽出工程と、
    前記複数のデータセットと前記解析対象画像の関係および前記特徴量に基づいて分類条件を出力する分類条件出力工程と、
    分類対象画像を前記分類条件に従って分類する分類工程と、
    前記解析対象画像を学習画像データとして、前記分類条件を学習分類条件データとして学習し、前記学習画像データと前記学習分類条件データを提供する工程とを備える
    ことを特徴とする画像処理方法。
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