JP2016519126A

JP2016519126A - バクテリオファージ療法

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Publication number: JP2016519126A
Application number: JP2016511060A
Authority: JP
Inventors: ダンラス，パスカル; デバルビエクス，ローラント
Original assignee: フェリングベスローテンフェンノートシャップ; アンスティチュパスツール
Priority date: 2013-04-30
Filing date: 2014-04-30
Publication date: 2016-06-30
Anticipated expiration: 2034-04-30
Also published as: HRP20211860T2; CN105407872B; WO2014177622A1; SG11201508897QA; EP2991633B1; PL2991633T3; EP2799063A1; ZA201508212B; CN105407872A; CA2910539C; MY186607A; HK1221164A1; LT2991633T; BR112015027269B1; HUE056968T2; DK3563837T5; CA2910539A1; HUE044431T2; EA201591979A1; US20210386805A1

Abstract

本発明は、炎症性腸疾患の治療のための、（ｉ）接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株において溶菌感染を引き起こす能力のある少なくとも１種のバクテリオファージ株と、（ｉｉ）薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物を提供する。本発明は、接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株において溶菌感染を引き起こす能力のある少なくとも１種のバクテリオファージ株を、必要とする対象に投与し、それによって対象を治療することを含む、炎症性腸疾患を治療する方法をさらに提供する。本発明は、新しいバクテリオファージ株も提供する。【選択図】なし

Description

本発明は、炎症性腸疾患の治療において使用するためのバクテリオファージ療法の分野にある。

バクテリオファージは、特異的な相互作用によって細菌に感染するウイルスである。

限局性腸炎としても知られる、クローン病（ＣＤ：Crohn's disease）は、広範囲の多様な症状を引き起こす、口から肛門までの消化管のあらゆる部分に影響を及ぼしうる腸の炎症性疾患である。これは、主に、腹痛、下痢、嘔吐、または体重減少を引き起こすが、皮膚発疹、関節炎、眼の炎症、疲労、および集中力の欠如などの消化管以外での合併症も引き起こすこともある。

ＣＤの正確な原因はまだ知られていないが、環境的要因と遺伝的素質との組合せによってこの疾患が引き起こされるようである。ＣＤは、身体の免疫系が消化管を攻撃して、炎症を引き起こす、自己免疫疾患であると考えられている；これは、炎症性腸疾患（ＩＢＤ：inflammatory bowel disease）の１種として分類される。

ＣＤを有する患者において、回腸上皮の頂端表面で癌胎児抗原関連細胞接着分子６（ＣＥＡＣＡＭ６：carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6）の異常発現が認められ、ＣＤ回腸損傷に病原性の接着性侵入性大腸菌（ＡＩＥＣ：adherent-invasive Escherichia coli）によってコロニーが形成される。

クローン病のための既知の医薬的または外科的な治療法はない。特に、一般にＩＢＤも、特にＣＤも、病原性の大腸菌（E. coli）を駆除することを目的とする）抗生物質で治療することができない。治療の選択肢は、症状の抑制、寛解の維持、および再発の防止に限定されている。

本発明は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の治療のための、（ｉ）接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株において溶菌感染を引き起こす能力のある少なくとも１種のバクテリオファージ株と、（ｉｉ）薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物を提供する。

本発明は、接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株において溶菌感染を引き起こす能力のある少なくとも１種のバクテリオファージ株を、必要とする対象に投与し、それによって対象を治療することを含む、炎症性腸疾患を治療する方法をさらに提供する。

本発明は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９４の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ１またはその変異体をさらに提供し、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

本発明は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９５の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ２またはその変異体をさらに提供し、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

本発明は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９６の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ３またはその変異体をさらに提供し、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

本発明は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９７の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ４またはその変異体をさらに提供し、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

本発明は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９８の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ５またはその変異体をさらに提供し、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

本発明は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９９の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ６またはその変異体をさらに提供し、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

本発明は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４７００の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ８またはその変異体をさらに提供し、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

本発明は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６７５の下で寄託されたバクテリオファージ株ＣＬＢ＿Ｐ２またはその変異体も使用し、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

本発明の目的では、バクテリオファージ株の変異体は、それが、下記の実施例３に記載の「ＡＩＥＣ株におけるバクテリオファージの感染力のｉｎｖｉｔｒｏアッセイ」の中のＡＩＥＣ株ＬＦ８２、０７０８１、０７０８２、０７０７６および０６０７５のうちの少なくとも１種に対して少なくとも「＋」に機能する場合に、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性を有するとみなされる。好ましい一実施形態では、変異体は、それが、５種すべてのＡＩＥＣ株ＬＦ８２、ＬＦ０６０７５、ＬＦ０７０７６、ＬＦ０７０８１およびＬＦ０７０８２（ＡＩＥＣ株ＬＦ０６０７５、ＬＦ０７０７６、ＬＦ０７０８１およびＬＦ０７０８２は、本明細書において、それぞれ０６０７５、０７０７６、０７０８１および０７０８２とも略記される）に対して少なくとも「＋」に機能する場合に、同一の溶菌活性を有するとみなされる。これらのＡＩＥＣ株は、ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｅＬｉｌｌｅ２−ＤｒｏｉｔｅｔＳａｎｔｅ，４２ＲｕｅＰａｕｌＤｕｅｚ，５９０００Ｌｉｌｌｅ（Ｆｒａｎｃｅ）により、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎに受託番号ＣＮＣＭＩ−４７１２（ＬＦ８２）、ＣＮＣＭＩ−４７１３（ＬＦ０６０７５）、ＣＮＣＭＩ−４７１４（ＬＦ０７０７６）、ＣＮＣＭＩ−４７１５（ＬＦ０７０８１）およびＣＮＣＭＩ−４７１６（ＬＦ０７０８２）の下で寄託されている。

本発明の目的では、バクテリオファージ株Ｐ１からＰ６、Ｐ８およびＣＬＢ＿Ｐ２のうちの１種の変異体は、それが、以下で「主要カプシドタンパク質の同定」の節に記載のような、（Ｐ１からＰ６の変異体については）バクテリオファージｗＶ８または（Ｐ８の変異体については）バクテリオファージＲＢ６９または（ＣＬＢ＿Ｐ２の変異体については）バクテリオファージＪＳ９８の主要カプシドタンパク質と、（ＢＬＡＳＴアルゴリズムによる決定に従って）少なくとも７０％の長さにおける少なくとも８０％の配列同一性、好ましくは、少なくとも８０％の長さにおける少なくとも９０％の配列同一性、より好ましくは、少なくとも９０％の長さにおける完全な配列同一性を有する場合に、前記バクテリオファージ株と同一の表現型特性を有するとみなされる。

好ましい一実施形態では、バクテリオファージの変異体は、そのバクテリオファージと同一の溶菌活性を有する。別の実施形態では、バクテリオファージの変異体は、そのバクテリオファージと同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

本発明は、炎症性腸疾患の治療のための、（ｉ）接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株において溶菌感染を引き起こす能力のある少なくとも１種のバクテリオファージ株と、（ｉｉ）薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物を提供する。

本明細書中で使用される場合、「接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）（ＡＩＥＣ）株」とは、腸の細胞系Ｉ−４０７の細胞培養物において０．１％以上の平均侵入潜在能力を有する大腸菌（E. coli）株を指すと理解されるべきである。換言すれば、以下で「侵入アッセイ」の節に記載の侵入アッセイ（Darfeuille-Michaud et al. (2004), Gastroenterology 127:412-421も参照されたい）に従って試験したときに、ＡＩＥＣ株は、（１００％とみなされる）元の接種量のうちの０．１％以上の侵入指数でＩ−４０７の腸細胞培養物に侵入する能力を有する。

ＡＩＥＣ株の非限定的な例は、ＬＦ８２、（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｅｄ’Ａｕｖｅｒｇｎｅ、４９ＢｏｕｌｅｖａｒｄＦｒａｎｃｏｉｓＭｉｔｔｅｒａｎｄ、６３００１Ｃｌｅｒｍｏｎｔ−Ｆｅｒｒａｎｄ（Ｆｒａｎｃｅ）により、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎに受託番号ＣＮＣＭＩ−４７２３の下で寄託されている）ＬＦ８２ＳＫ、本明細書中の以下の表１に挙げられているもの、ならびに以下に列挙するもの（Darfeuille-Michaud et al. (2004), Gastroenterology 127:412-421参照、特に、４１７ページ、表２）：ＬＦ３１、ＬＦ７１、ＬＦ１２３、ＬＦ１３８、ＬＦ９、ＬＦ１５、ＬＦ２８、ＬＦ５０、ＬＦ６５、ＬＦ１１９、ＬＦ１２８、ＬＦ１３０、ＬＦ７３、ＬＦ１００、ＬＦ１１０、ＬＦ１３４、ＬＦ１０５、ＬＦ４９−２、ＬＢ１１、およびＬＦ４５−２である。一実施形態では、接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株は、ＬＦ８２、０７０８１、０７０８２、０７０７６または０６０７５、特に、ＬＦ８２である。

一実施形態では、接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株は、対象の結腸内に存在する。別の実施形態では、接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株は、対象の回腸内に存在する。さらに別の実施形態では、接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株は、対象の１つ以上の腸管部（小腸および／または大腸）に存在する。

一実施形態では、少なくとも１種のバクテリオファージ株は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９４の下で寄託されたＰ１またはその変異体であり、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

一実施形態では、少なくとも１種のバクテリオファージ株は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９５の下で寄託されたＰ２またはその変異体であり、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

一実施形態では、少なくとも１種のバクテリオファージ株は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９６の下で寄託されたＰ３またはその変異体であり、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

一実施形態では、少なくとも１種のバクテリオファージ株は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９７の下で寄託されたＰ４またはその変異体であり、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

一実施形態では、少なくとも１種のバクテリオファージ株は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９８の下で寄託されたＰ５またはその変異体であり、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

一実施形態では、少なくとも１種のバクテリオファージ株は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９９の下で寄託されたＰ６またはその変異体であり、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

一実施形態では、少なくとも１種のバクテリオファージ株は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４７００の下で寄託されたＰ８またはその変異体であり、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

一実施形態では、少なくとも１種のバクテリオファージ株は、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６７５の下で寄託されたＣＬＢ＿Ｐ２またはその変異体であり、ここで、変異体は、前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する。

一態様では、医薬組成物が、「バクテリオファージカクテル」とも呼ばれる、２種以上のバクテリオファージ株を含むことが想定される。本発明のバクテリオファージカクテルは、Ｐ１、Ｐ２、Ｐ３、Ｐ４、Ｐ５、Ｐ６、Ｐ８およびＣＬＢ＿Ｐ２ならびに同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有するその変異体のうちの２種以上の任意の組合せを含む。好ましくは、特定の対象または対象の群の治療を意図するバクテリオファージカクテル中のバクテリオファージは、駆除するために同定および選択されたＡＩＥＣ株に基づいて選択される。

炎症性腸疾患の非限定的な例は、クローン病（ＣＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ：ulcerative colitis）、これらに限定されないが、顕微鏡的大腸炎、セリアック病および血管炎などの、慢性炎症性腸疾患（慢性ＩＢＤ）である。一実施形態では、ＩＢＤは、ＣＤまたはＵＣである。別の実施形態では、炎症性腸疾患は、手術（ＣＤ患者において小腸の少なくとも一部を除去する手術など）の後の回腸損傷の再発である。再発は、Ｒｕｔｇｅｅｒｔｓスコアによって測定することができる。

一実施形態では、ＩＢＤは、細菌感染に起因しない。この実施形態は、ＩＢＤが、一般に細菌性疾患とみなされていない自己免疫疾患であるという知見に基づいている。あるいは、細菌感染は、ＩＢＤと同時に生じていてもよいが、必ずしも原因因子であるというわけではない。この知見が、本発明の知見、すなわち、細菌に起因しない疾患の治療にバクテリオファージ療法を適用することに驚きを加える。

この理由のために、ＩＢＤを患っている対象の家族に、これらの家族はこの疾患を患っていないにもかかわらず、ＡＩＥＣ株が−一例として−存在しうる。同様に、ＡＩＥＣ株は、以下の表１からもわかるように、ＩＢＤも患っておらず、ＩＢＤを患っている対象とも関係のない対象においても見出されうる。

本明細書中で使用される場合、「治療」とは、その疾患に特徴的な１つ以上の症状の減少；疾患の進行の速度の低下；疾患からの回復、疾患からの治癒、寛解の維持および、再発の防止などの、予防を包含すると理解されるべきである。

本明細書中で使用される場合、「対象」とは、雄性または雌性の対象でありうる。対象は、ヒトまたは他の任意の哺乳動物でありうる。

本発明の医薬組成物の投与量およびレジメンは、達成されるべき治療効果（例えば、ＩＢＤの治療）に必然的に依存することになり、組成物中の特定のバクテリオファージ株、投与の経路、ならびに医薬を投与する個々の対象の年齢および状態によって変化しうる。

ヒトに対しての投与量は、１０^４〜１０^１１プラーク形成単位（ｐｆｕ）のバクテリオファージの用量を含む可能性が高い。望ましい用量は、１日１回の用量としてまたは適切な間隔で投与される反復投与の場合の各用量として表されてもよい。

本発明の文脈において、「薬学的に許容される担体」という用語は、動物またはヒトへの投与用の医薬組成物を製剤化するために一般的に使用されるビヒクルとして定義される、薬学的に許容される、無毒性の担体、増量剤または賦形剤に関する。

本発明の医薬組成物は、薬学的に許容される助剤、および任意に他の治療剤をさらに含んでいてもよい。助剤は、補助成分とも呼ばれ、これらに限定されないが、マトリックス形成剤、増粘剤、結合剤、滑沢剤、ｐＨ調整剤、保護剤、粘性促進剤、ウィッキング剤、非発泡性および発泡性の崩壊剤を含む崩壊剤、界面活性剤、抗酸化剤、湿潤剤、着色料、香味剤、矯味剤、甘味料、保存剤などの、当技術分野における従来のものを包含する。薬学的に許容されるものであることに加えて、助剤は、バクテリオファージを含む、組成物の他の成分と適合するという意味で「許容される」ものでなければならない。

医薬組成物および投与経路は、（頬側、舌下および眼窩内を含む）経口、直腸、経鼻、（経皮を含む）局所、経眼、経耳、経膣、気管支、経肺もしくは（皮下、筋肉内、静脈内、皮内、腹腔内、胸膜腔内、膀胱内およびくも膜下を含む）非経口の投与または植込錠を介する投与に好適なものまたはこれらを介するものを含む。医薬組成物または投与経路は、本発明のバクテリオファージ株の標的化効果を提供するように適合させてもよい。特定の実施形態では、本発明の医薬組成物は、経口で投与される。該組成物は、製薬の技術分野においてよく知られているいかなる方法によって調製されてもよい。こうした方法は、本発明のバクテリオファージ株を薬学的に許容される担体および任意に１種以上の助剤と結合させるステップを含む。

経口投与に好適な医薬組成物は、別個の投与単位（剤形）、例えば、丸剤、錠剤、糖衣剤もしくはカプセル剤などとして、または散剤もしくは顆粒剤として、または液剤もしくは懸濁剤として提供されてもよい。該医薬組成物は、ボーラス剤またはペースト剤として提供されてもよい。これらの組成物は、直腸投与用の坐剤または浣腸剤にさらに加工されていてもよい。

非経口投与のために、好適な組成物としては、水性および非水性の滅菌注射剤などが挙げられる。これらの組成物は、例えば封止されたバイアルおよびアンプルなどの、単位用量または多回用量の容器中で提供されてもよく、使用前に、例えば水などの、無菌の液体担体の添加のみを必要とするフリーズドライ（凍結乾燥）状態で保存されてもよい。

経皮投与には、例えば、ゲル剤、パッチ剤またはスプレー剤が意図されうる。

例えば経鼻吸入による、経肺投与に好適な組成物または製剤としては、計量用量加圧式エアロゾル、ネブライザーまたはインサフレーターによって生成されうる微細なダスト剤またはミスト剤などが挙げられる。

本発明は、本発明の医薬組成物および上記のような使用のための組成物の使用のための説明書を、任意に包装材料と共に含むキットをさらに含む。

以下の実施例において本発明をさらに説明するが、これは、いかなる形であれ、特許請求に係る本発明の範囲を限定することを意図したものではない。

方法
侵入アッセイ
ヒト胎児空腸および回腸由来のＩｎｔｅｓｔｉｎｅ−４０７（Ｉ−４０７）細胞系を、未分化腸上皮細胞のモデルとして使用した。これは、ＦｌｏｗＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（ＦｌｏｗＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓＩｎｃ．、ＭｃＬｅａｎ、ＶＡ）から購入した。

Ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ−４０７細胞を、２４ウェル組織培養プレート（Ｐｏｌｙｌａｂｏ、Ｓｔｒａｓｂｏｕｒｇ、Ｆｒａｎｃｅ）中に４，１０５細胞／ウェルの密度で播種し、２０時間インキュベートした。細胞単層を、ＰＢＳ（ｐＨ７．２）で２回洗浄した。ゲンタマイシン保護アッセイ（Falkow et al. (1987), Rev. Infect. Dis. 9 (Suppl. 5):S450-455）を使用して、上皮細胞の細菌侵入を測定した。各単層を、抗生物質のない１ｍＬの細胞培養培地中に１上皮細胞あたり１０細菌の感染多重度で接種した。５％のＣＯ_２と共に３７℃で３時間のインキュベーション期間後に、単層をＰＢＳで３回洗浄した。１００μｇ／ｍＬのゲンタマイシン（Ｓｉｇｍａ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）を含む新鮮な細胞培養培地を１時間添加して細胞外の細菌を死滅させ、その後、脱イオン水中１％のＴｒｉｔｏｎＸ−１００（Ｓｉｇｍａ）で単層を溶解させた。この濃度のＴｒｉｔｏｎＸ−１００は、細菌の生存率に少なくとも３０分間は影響しなかった。試料を希釈してミューラー・ヒントン寒天平板上に播種し、コロニー形成単位の数を決定した。Ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ−４０７細胞系での大腸菌（E. coli）侵入能力についてのすべての結果を、１００％とみなされる、最初の接種量と比較した細胞内細菌の百分率として表した。すべてのアッセイを別々の実験で少なくとも３回行った。

主要カプシドタンパク質の同定
各バクテリオファージの１０^１１ｐｆｕ／ｍｌの懸濁液６０μｌを１０分間煮沸することによってビリオンタンパク質を得た。２０μｌの懸濁液をプレキャスト４〜１２％ポリアクリルアミドゲルで泳動した。このゲルをクマシーブルーで染色し、主要なバンドを切り出して、トリプシン消化を行い、パスツール研究所のマイクロシークエンシング施設で質量分析によって分析した。

得られたペプチド質量を、タンパク質データベース内の情報と比較し、最も近い既知のタンパク質、すなわち、Ｐ１からＰ６についてはｗＶ８、Ｐ８についてはＲＢ６９、ＣＬＢ＿Ｐ２についてはＪＳ９８が同定された（ｗＶ８の特徴付けについてはA. Villegas et al, Virology Journal 2009, 6:41、ＲＢ６９およびＪＳ９８の特徴付けについてはS. Zuber et al., Journal of Bacteriology 2007, 189:22, 8206を参照されたい）。

バクテリオファージＰ１からＰ６の主要カプシドタンパク質の質量分析から得られたペプチドとのバクテリオファージｗＶ８の主要カプシドタンパク質のアライメント：

バクテリオファージＰ８の主要カプシドタンパク質の質量分析から得られたペプチドとのバクテリオファージＲＢ６９の主要カプシドタンパク質のアライメント：

バクテリオファージＣＬＢ＿Ｐ２の主要カプシドタンパク質の質量分析から得られたペプチドとのバクテリオファージＪＳ９８の主要カプシドタンパク質のアライメント。

実施例１：ＡＩＥＣ株の単離
大腸菌（E. coli）株ＬＦ８２を含む、１６６種の接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）（E. coli）株（表１）を以下のように単離した：ＡＩＥＣ株を、ＣＤ患者、その家族および対照の対象の新鮮な大便から単離した。これらの大便を１０倍希釈で−９まで希釈した。各希釈物を、異なる培地上に播種した。インキュベート後、コロニーを継代培養して、同定し、これらの株を侵入能力について試験した。

詳細には、排出直後に、新鮮な大便を滅菌容器に導入した。湿らせたＡｎａｅｒｏｃｕｌｔ（登録商標）の添加によって雰囲気を嫌気的にした。試料採取の日に試料を処理した。約１ｇの大便を、予め計量したチューブ中の９ｍＬのシステイン化された１／４濃度のリンゲル液に導入した；これらを試料の導入後に再計量し、その正確な重量を決定した（最初の１０倍希釈物）。１０倍希釈をさらに８回行い、０．１ｍＬの各希釈物を、以下の適切な条件でインキュベートされる異なる非選択培地および選択培地上に播種した：嫌気的条件下で１週間インキュベートされるコロンビア血液寒天（ＣＳ）およびＣＳＨ寒天、ＣＯ_２に富んだ雰囲気中で４８時間インキュベートされるＭＲＳ培地、空気中で４８時間インキュベートされるマッコンキーおよびセトリミド寒天。すべてのインキュベーションを３７℃で行った。インキュベート後、コロニーを、計数して、継代培養し、確立された表現型の判定基準によって同定した。

対照の対象がＣＤ患者と同一の性別および年齢であってかつ（家族内でのミクロフローラの差異を考慮に入れて）ＣＤ患者と同様の家族の大きさを有するように、ＣＤ患者と相対して対照の対象を選択した。

プロトコールは、２０００年に地域の倫理委員会によって承認された。患者は、ＩｎｓｔｉｔｕｔＮａｔｉｏｎａｌｄｅｌａＳａｎｔｅｅｔｄｅｌａＲｅｃｈｅｒｃｈｅＭｅｄｉｃａｌｅ（ＩＮＳＥＲＭ）およびＩｎｓｔｉｔｕｔＮａｔｉｏｎａｌｄｅＶｅｉｌｌｅＳａｎｉｔａｉｒｅ（ＩｎＶＳ）の間の同意の下で構成され、ＦｒａｎｃｏｉｓＡｕｐｅｔｉｔＡｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ、ＮｏｒｔｈｗｅｓｔｅｒｎＦｒａｎｃｅのＬｉｏｎ’ｓＣｌｕｂ、ＦｅｒｒｉｎｇＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、ＳｏｃｉｅｔｅＮａｔｉｏｎａｌｅＦｒａｎｃａｉｓｅｄｅＧａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｉｅおよびＬｉｌｌｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＨｏｓｐｉｔａｌによっても支持される、ＥＰＩＭＡＤ登録機関によって追跡された。

ＣＳａｎａ培地は、（１リットルの培地あたり）以下の組成を有する：
− ３９ｇのコロンビア血液寒天ベース（Ｏｘｏｉｄ）
− ５ｇのグルコース
− ０．３ｇのシステインクロロハイドレート
− ５ｇの寒天
− ｐＨ７．０±０．２
この混合物を、１２１℃で１５分間滅菌する。播種の直前に、５％のウマ血液を添加する。

ＣＳＨ培地は、（１リットルの培地あたり）以下の組成を有する：
− ３９ｇのコロンビア血液寒天ベース（Ｏｘｏｉｄ）
− ３ｇのシステインクロロハイドレート
− ｐＨ６．８±０．２
この混合物を、１２１℃で１５分間滅菌する。播種の直前に、２ｍｌの滅菌クエン酸アンモニウム溶液（０．２５ｇ／水１０ｍｌ）を添加する。インキュベート後、システインを使用している（かつ硫化物を放出している）細菌は、この培地上で結果として黒色のコロニーになる。

実施例２：ファージ単離
ファージを汚水から以下のように単離した：汚水を、０．２μｍで濾過し、等量の２×ルリア・ベルターニ（ＬＢ：Luria-Bertani）培地と混合した。この混合物に、ＬＦ８２株の新鮮な培養物を接種し、シェーカー上で３７℃で一晩インキュベートした。クロロホルム（１／１０容量）をこのフラスコに添加し、シェーカー上に１時間置いた。この培地を、１０，０００ｇで１０分間遠心分離した。１ｍｌの上清を回収し、１／１０容量のクロロホルムを添加した。ボルテックスによって短時間混合した後に、このエッペンドルフチューブを７，５００ｇで５分間遠心分離した。この抽出物中にファージが存在するか決定するために、１滴（１０μｌ）の上清をＬＢ寒天平板上に適用して乾燥させた。白金線を使用して、このプレートを、この１滴から残りのプレートを通してストリークし、個々のファージを単離した。１ｍｌの増殖中のＬＦ８２株の培養物を適用して、全プレートを覆った；過剰分を除去し、プレートを３７℃で一晩インキュベートした。１個または２個のプラークを拾い上げ、２００μｌのＳＭバッファー（１０ｍＭＴｒｉｓＨＣｌｐＨ７、ＮａＣｌ２００ｍＭ、ゼラチン０．０３％）中に再懸濁した。２０μｌのクロロホルムを各チューブに添加して、チューブをボルテックスによって短時間混合し、７，５００ｇで５分間遠心分離した。１０μｌの上清をＬＢ平板上に適用して乾燥させ、前述の操作を少なくとも３回繰り返した。単離されたプラークの大半が一度同種になると、最後に再懸濁したプラークの１０μｌを、６００ｎｍでＯＤ０．１の１ｍｌの増殖中のＬＦ８２株の培養物に添加した。この培養チューブを、溶解が生じるまで、３７℃で２から４時間インキュベートした。１／１０容量のクロロホルムの添加後、この培養物をエッペンドルフチューブに移し、７，５００ｇで５分間遠心分離して、４℃に冷却し、それによって一次ストックを得た。このストックの数種類の希釈物を４℃で維持し、これらを使用して、より大量のファージを調製するためにより大量の培養物を感染させた。７種のファージを以下のように得た：
・パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９４の下で寄託されたｖＢ＿ＥｃｏＭ＿ＬＦ８２＿Ｐ１（本明細書中の上記および下記Ｐ１）；
・パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９５の下で寄託されたｖＢ＿ＥｃｏＭ＿ＬＦ８２＿Ｐ２（本明細書中の上記および下記Ｐ２）；
・パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９６の下で寄託されたｖＢ＿ＥｃｏＭ＿ＬＦ８２＿Ｐ３（本明細書中の上記および下記Ｐ３）；
・パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９７の下で寄託されたｖＢ＿ＥｃｏＭ＿ＬＦ８２＿Ｐ４（本明細書中の上記および下記Ｐ４）；
・パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９８の下で寄託されたｖＢ＿ＥｃｏＭ＿ＬＦ８２＿Ｐ５（本明細書中の上記および下記Ｐ５）；
・パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９９の下で寄託されたｖＢ＿ＥｃｏＭ＿ＬＦ８２＿Ｐ６（本明細書中の上記および下記Ｐ６）；および
・パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４７００の下で寄託されたｖＢ＿ＥｃｏＭ＿ＬＦ８２＿Ｐ８（本明細書中の上記および下記Ｐ８）。

パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６７５の下で寄託された、ＣＬＢ＿Ｐ２、およびその単離は、Maura et al. Environmental Microbiology (2012) 14(8), 1844-1854に詳細に記載されている。

Ｐ１からＰ６のファージは、ｗＶ８バクテリオファージファミリーに属する。
Ｐ８は、ＲＢ６９バクテリオファージファミリーに属する。
ＣＬＢ＿Ｐ２は、ＪＳ９８バクテリオファージファミリーに属する。

このｗＶ８、ＲＢ６９およびＪＳ９８バクテリオファージファミリーへの分類は、主要カプシドタンパク質の配列に基づいて行った。

実施例３：ＡＩＥＣ株におけるバクテリオファージの感染力のｉｎｖｉｔｒｏアッセイ
（希釈していないものから１０^−８希釈までの）バクテリオファージ溶液の連続希釈物を表面が１種の細菌によって覆われたペトリ皿に接触させることによってプラークアッセイを行った。３７℃で一晩のインキュベーション後、プラークを計数した。試験した細菌がバクテリオファージを単離するために使用した細菌宿主（参照宿主）であったときには、プラークアッセイによって１００％の効率が示されたと考えた。試験された細菌が元の宿主でなかったときには、次いで、その結果を参照宿主に対する比較によって表した。８０％を超える結果（＋＋＋）は、その細菌が参照宿主と比較して効率の高い宿主であることを意味するのに対し、０．１％および８０％の間の結果（＋＋）は、その細菌が効率的な宿主であることを意味し、０．１％未満であるが０を超える結果（＋）は、その細菌が中程度に効率的な宿主であることを意味し、最後に０（−）は、その細菌が完全に耐性であることを意味する。

結果
表２は、（実施例１において単離された１６６株、表１の中からの）３８株における（実施例２において単離／同定されたような）８種のファージの宿主スペクトルの結果を示している

実施例４：マウスの腸内におけるバクテリオファージのｉｎｖｉｖｏ複製
マウスの腸内におけるバクテリオファージのｉｎｖｉｖｏ複製を以下のように評価した：
最初に、株ＬＦ８２を、それぞれストレプトマイシンおよびカナマイシンに対する耐性を与える２つの抗生物質耐性遺伝子を有するように改変した。この新しい細菌株をＬＦ８２ＳＫと命名し、元のＬＦ８２株と同様であるものとしてその侵入特性を検証した。
各２匹のマウスの３つの群：
群１：コロニー形成されていないマウス＋ファージ
群２：ＬＦ８２ＳＫコロニー形成されたマウス
群３：ＬＦ８２ＳＫコロニー形成されたマウス＋ファージ

ストレプトマイシン（５ｇ／Ｌ）を０日目の３日前にすべての動物の飲料水に添加し、実験にわたって続けた。
０日目に、ＬＦ８２ＳＫを、この株がマウスの腸にコロニー形成できるようにするために、群２および群３に投与した。
４日目に、２００μｌのＰ２＋Ｐ６バクテリオファージのカクテルを、群１および群３に朝に１回および午後に１回投与した（胃管栄養液１０^８ｐｆｕ／ｍｌ）。Ｐ２＋Ｐ６バクテリオファージも飲料水に添加した（１０^８ｐｆｕ／ｍｌ）。５日目の朝に、回腸内および糞便中の細菌およびバクテリオファージの数を評価するためにマウスを屠殺した。

結果：
細菌（大腸菌（E. coli））：
群１：細菌なし；
群２：回腸内 − １０^６ｃｆｕ／器官１ｇ；糞便中 − １０^８ｃｆｕ／器官；
群３：回腸内および糞便中：細菌はファージによってすべて溶菌された。

ファージ：
群１：回腸内 − １０^６ｐｆｕ／器官１ｇ；糞便中 − １０^７ｐｆｕ／器官；
群２：ファージなし
群３：回腸内 − １０^６ｐｆｕ／器官１ｇ；糞便中 − １０^１０ｐｆｕ／器官；

糞便中には、群３において群１におけるよりも１００倍多くのファージがあった。これは、ｉｎｖｉｖｏでのファージの増殖を示している。

実施例５：マウスの腸内におけるバクテリオファージのｉｎｖｉｖｏ複製
マウスの腸内におけるバクテリオファージのｉｎｖｉｖｏ複製を以下のように評価した：
１２匹のマウスを、各４匹のマウスの３つの群に分類した：
群１：コロニー形成されていないマウス＋ファージ
群２：ＬＦ８２ＳＫコロニー形成されたマウス
群３：ＬＦ８２ＳＫコロニー形成されたマウス＋ファージ

ストレプトマイシン（５ｇ／Ｌ）を０日目の３日前にすべての動物の飲料水に添加し、実験にわたって続けた。
０日目に、ＬＦ８２ＳＫを、この株がマウスの腸にコロニー形成できるようにするために、群２および群３のマウスに与えた。
４日目に、バクテリオファージ（それぞれ１０^８ｐｆｕ／ｍＬのＰ２＋Ｐ６＋Ｐ８のカクテル）を、群１および群３の飲料水中に添加した。
５日目に、回腸内および糞便中の細菌およびバクテリオファージの数を評価するためにマウスを屠殺した。３つの群からの１００μｌの回腸のホモジェネートを得て、ＰｒｏｍｅｇａからのＭａｘｗｅｌｌ（登録商標）１６組織ＤＮＡ精製キットを使用して全ＤＮＡを抽出した。

結果：
細菌（大腸菌（E. coli））：
群１：細菌なし；
群２：回腸内 − ３．２・１０^６ｃｆｕ／器官１ｇ；糞便中 − １．２・１０^９ｃｆｕ／糞便１ｇ；
群３：回腸内および糞便中：細菌はファージによってすべて溶菌された。

ファージ：
群１：回腸内 − １．４・１０^６ｐｆｕ／器官１ｇ；糞便中 − ５．２・１０^６ｐｆｕ／糞便１ｇ；
群２：ファージなし
群３：回腸内 − ２．６・１０^６ｐｆｕ／器官１ｇ；糞便中 − １．０・１０^９ｐｆｕ／糞便１ｇ；

糞便中には、群３において群１におけるよりも２００倍多くのファージがあった。これは、ｉｎｖｉｖｏでのファージの増殖を示している。

回腸の区域から抽出したＤＮＡを使用して、２組のプライマーを使用して定量ＰＣＲを行った。１組のプライマー（配列番号３０〜３１）は、試料中に存在する「全細菌」からＤＮＡを増幅する役目をしたのに対して、２組目（配列番号３２〜３３）は、「大腸菌（E. coli）」細菌から特異的にＤＮＡを増幅するために使用した。標準化の後に、結果を、大腸菌（E. coli）対全細菌の比として表した。
群１：ｑＰＣＲ増幅は、全細菌プライマーでは好結果であったが、大腸菌（E. coli）プライマーではそうではなかった。比を算出することはできなかった。
群２：ｑＰＣＲ増幅は、双方の組のプライマーで好結果であった。平均の比は、０．６であった（全細菌の６０％が大腸菌（E. coli）細菌であった）
群３：ｑＰＣＲ増幅は、双方の組のプライマーで好結果であった。平均の比は、０．１であった（全細菌の１０％が大腸菌（E. coli）細菌であった）。１匹のマウスが０．４の比を示したのに対して、他の３匹ははるかに低い値（０．０６；０．０００２；０．００２）を示したことに注目されたい。
結果として、バクテリオファージは、４匹のうちの３匹のマウスにおいて少なくとも１桁の規模でＬＦ８２細菌の回腸コロニー形成のレベルを低下させることができた。

実施例６：バクテリオファージの感染力のｉｎｖｉｖｏアッセイ
野生型（ＷＴ）マウスおよびＣＤ患者から単離されたＬＦ８２大腸菌（E. coli）株に感染したＣＥＡＣＡＭ６マウスにおける試験のためにファージの２種のカクテルを選択する。

ＷＴマウスおよびＣＤ患者から単離されたＬＦ８２大腸菌（E. coli）株に感染したＣＥＡＣＡＭ６マウスの双方に、バクテリオファージをＣＭＣ中で経口胃管栄養法によってマウスに投与する。この種の投与には、多くの利点がある：既知量のバクテリオファージ投与および即時の胃液酸度中和。全試験期間中ファージをマウスに毎日投与する。
− ＬＦ８２投与の５日後にマウスを屠殺する。
− 主要な判定基準：マウスの回腸および結腸の接着性フローラ中のＬＦ８２の定量。
− 副次的な判定基準：
○ 体重の評価
○ 糞便の硬さ。
○ （肉眼的およびバイオ的な）血便の存在
− 管腔フローラ（通常のフローラ＋ＬＦ８２＋ファージ）
○ 死亡時：肉眼的および組織学的な検査、回腸および結腸の接着性フローラ＋ＬＦ８２＋ファージ、
○ 死亡時：肉眼的および組織学的な検査、回腸および結腸の接着性フローラ＋ＬＦ８２＋ファージ、

炎症の生物学的パラメーターをモニターし、腸間膜リンパ節（ＭＬＮ）、肝臓および脾臓におけるバクテリオファージの転位を調査する。

炎症マーカー（ＭＰＯ、炎症促進性サイトカインＩＬ−６、ＩＬ−１２および抗炎症性サイトカインＩＬ−１０）をモニターする。ＭＬＮ、肝臓および脾臓におけるバクテリオファージおよびＡＩＥＣの転位を調査する。

ＬＦ８２株なしでバクテリオファージカクテルを投与されているマウスの糞便においてバクテリオファージ***の経過観察を行う。

実施例７：ＬＦ８２株上でのファージのカクテルのｉｎｖｉｖｏアッセイ。
マウスの腸内におけるバクテリオファージ（Ｐ２＋Ｐ６＋Ｐ８＋ＣＬＢ＿Ｐ２のカクテル）のｉｎｖｉｖｏ複製を以下のように評価した：
２０匹のマウスを、各１０匹のマウスの２つの群に分類した：
群１：ＬＦ８２ＳＫコロニー形成されたマウス
群２：ＬＦ８２ＳＫコロニー形成されたマウス＋ファージ

ストレプトマイシン（５ｇ／Ｌ）を０日目の３日前にすべての動物の飲料水に添加し、実験にわたって続けた。
０日目に、ＬＦ８２ＳＫを、この株がマウスの腸にコロニー形成できるようにするために、双方の群のマウスに与えた。
３日目に、バクテリオファージ（それぞれ１０^８ｐｆｕ／ｍＬのＰ２＋Ｐ６＋Ｐ８＋ＣＬＢ＿Ｐ２のカクテル）を、胃管栄養法によって群２のマウスに与えた。
４日目および７日目に、回腸内、結腸内および糞便中の細菌およびバクテリオファージの数を評価するために各群の５匹のマウスを屠殺した。２つの群からの１００μｌの回腸および結腸のホモジェネートを得て、ＰｒｏｍｅｇａからのＭａｘｗｅｌｌ（登録商標）１６組織ＤＮＡ精製キットを使用して全ＤＮＡを抽出した。

結果：
糞便中のＬＦ８２のレベル：
４日目および７日目にＬＦ８２のレベルは、以下の通りであった：
群１において：７１０^９；１１０^９ｃｆｕ／ｇ
群２において：８１０^７；５１０^８ｃｆｕ／ｇ

糞便中のファージのレベル：
４日目および７日目にファージのレベルは、以下の通りであった：
群１において：なし
群２において：５１０^９；６１０^９ｐｆｕ／ｇ

ファージカクテルの存在下において、糞便中のＬＦ８２のレベルは、その非存在下におけるよりも有意に低かった。これは、このファージカクテルが、マウスの腸内でＬＦ８２に感染できたことを示している。

器官内のＬＦ８２のレベル：
４日目にＬＦ８２のレベルは、以下の通りであった：
群１の回腸内：細菌の１００％が大腸菌（E. coli）（ＬＦ８２）である
群２の回腸内：細菌の２０％が大腸菌（E. coli）（ＬＦ８２）である
群１の結腸内：細菌の４０％が大腸菌（E. coli）（ＬＦ８２）である
群２の結腸内：細菌の２％が大腸菌（E. coli）（ＬＦ８２）である
７日目にＬＦ８２のレベルは、以下の通りであった：
群１の回腸内：細菌の１００％が大腸菌（E. coli）（ＬＦ８２）である
群２の回腸内：細菌の５０％が大腸菌（E. coli）（ＬＦ８２）である
群１の結腸内：細菌の２５％が大腸菌（E. coli）（ＬＦ８２）である
群２の結腸内：細菌の１０％が大腸菌（E. coli）（ＬＦ８２）である

器官内のファージのレベル：
４日目にファージのレベルは、以下の通りであった：
群１の回腸内：なし
群２の回腸内：７１０^８ｐｆｕ／ｇ
群１の結腸内：なし
群２の結腸内：５１０^１０ｐｆｕ／ｇ
７日目にＬＦ８２のレベルは、以下の通りであった：
群１の回腸内：なし
群２の回腸内：７１０^８ｐｆｕ／ｇ
群１の結腸内：なし
群４の結腸内：２１０^８ｐｆｕ／ｇ

２日目および５日目に、ＬＦ８２のレベルは、ファージによって処置された群における回腸内および結腸内の双方で低下した。これは、ファージが、糞便中だけではなく、腸の区域においてＬＦ８２に感染していることを示している。同時に、７日目のファージのレベルは２日目と同じ高さのままであり、唯一の最初の投与後にファージが腸内に数日間存続しうることを示している。

実施例８：バクテリオファージの感染力のｉｎｖｉｖｏアッセイ
ＬＦ８２ＳＫに感染したＣＥＡＣＡＭ６マウスにおけるバクテリオファージ（Ｐ２＋Ｐ６＋Ｐ８のカクテル）の感染力のｉｎｖｉｖｏアッセイを以下のように評価した：
４８匹のマウスを以下のように４つの群に分類した：
群１：コロニー形成されていないマウス（８匹のマウス）
群２：コロニー形成されていないマウス＋ファージ（１２匹のマウス）
群３：ＬＦ８２ＳＫコロニー形成されたマウス（１６匹のマウス）
群４：ＬＦ８２ＳＫコロニー形成されたマウス＋ファージ（１２匹のマウス）

ＤＳＳ（硫酸デキストラン）０．２５％を０日目の３日前に飲料水中に導入し、実験にわたって続けた。
ストレプトマイシン（５ｍｇ）を０日目の１日前にすべての動物に経口胃管栄養法によって投与した。

０日目に、ＬＦ８２ＳＫを、この株がマウスの腸にコロニー形成できるようにするために、群３および群４のマウスに投与した。
１日目に、ファージ（それぞれ１０^７ｐｆｕ／ｍＬのＰ２＋Ｐ６＋Ｐ８のカクテル）を、ＣＭＣ中で経口胃管栄養法によって群２および群４の各マウスに１回投与した。この種の投与には、多くの利点がある：既知量のバクテリオファージ投与および即時の胃液酸度中和。
１日目に、ファージの投与前の回腸内、結腸内および糞便中の細菌の数を評価するために群３からの４匹のマウスを屠殺した。
２日目に、回腸内、結腸内および糞便中の細菌およびバクテリオファージの数を評価するために群１、群２、群３および群４からのそれぞれ４匹、６匹、６匹および６匹のマウスを屠殺した。
５日目に、回腸内、結腸内および糞便中の細菌およびバクテリオファージの数を評価するために群１、群２、群３および群４からのそれぞれ４匹、６匹、６匹および６匹のマウスを屠殺した。

４つの群からの１００μｌの回腸、結腸および糞便のホモジェネートを得て、ＰｒｏｍｅｇａからのＭａｘｗｅｌｌ（登録商標）１６組織ＤＮＡ精製キットを使用して全ＤＮＡを抽出した。
体重、糞便の硬さおよび血便の存在を毎日モニターした。
回腸の区域から抽出したＤＮＡを使用して、１組のプライマー（配列番号４４〜４５）を使用して定量ＰＣＲを行い、ＬＦ８２から特定の遺伝子（ｐＭＴ１）を増幅した。結果を、組織１グラムあたりのこの遺伝子のコピーの数として表した。

ＬＦ８２ｐＭＴ１Ｆ（配列番号４４）ＣＣＡＴＴＣＡＴＧＣＡＧＣＡＧＣＴＣＴＴＴ
ＬＦ８２ｐＭＴ１Ｒ（配列番号４５）ＡＴＣＧＧＡＣＡＡＣＡＴＴＡＧＣＧＧＴＧＴ

結果：
数値は、各群のマウスについて得られた中央値を表している。
群１では、ＬＦ８２もファージも、この実験にわたって検出されなかった。

糞便中のＬＦ８２のレベル：
１日目：群３および群４におけるＬＦ８２のレベルは、それぞれ５１０^９および６１０^９ｃｆｕ／ｇであった
２日目、３日目および５日目にＬＦ８２のレベルは、以下の通りであった：
群３において：３１０^９；５１０^８；５１０^７ｃｆｕ／ｇ
群４において：５１０^５；５１０^５；５１０^３ｃｆｕ／ｇ

糞便中のファージのレベル：
２日目、３日目および５日目にファージのレベルは、以下の通りであった：
群２において：５１０^５ｐｆｕ／ｇ；検出されず；検出されず
群４において：１１０^９；１１０^７；５１０^６ｐｆｕ／ｇ

ファージの存在下において、糞便中のＬＦ８２のレベルは、その非存在下におけるよりも有意に低かった。同時に、ファージのレベルは、ＬＦ８２によってコロニー形成されたマウスにおいてＬＦ８２なしのマウスにおけるよりも有意に高かった。双方のデータにより、ファージが腸内でＬＦ８２に感染できることが確認された。

器官内のＬＦ８２のレベル：
２日目にＬＦ８２のレベルは、以下の通りであった：
群３の回腸内：２１０^６コピーのｐＭＴ１／ｇ
群４の回腸内：８１０^４コピーのｐＭＴ１／ｇ
群３の結腸内：２１０^７コピーのｐＭＴ１／ｇ
群４の結腸内：１１０^５コピーのｐＭＴ１／ｇ
５日目にＬＦ８２のレベルは、以下の通りであった：
群３の回腸内：５１０^４コピーのｐＭＴ１／ｇ
群４の回腸内：８１０^４コピーのｐＭＴ１／ｇ
群３の結腸内：６１０^６コピーのｐＭＴ１／ｇ
群４の結腸内：２１０^５コピーのｐＭＴ１／ｇ

器官内のファージのレベル：
２日目にファージのレベルは、以下の通りであった：
群２の回腸内：検出されず
群４の回腸内：８１０^５ｐｆｕ／ｇ
群２の結腸内：５１０^４ｐｆｕ／ｇ
群４の結腸内：５１０^６ｐｆｕ／ｇ
５日目にＬＦ８２のレベルは、以下の通りであった：
群２の回腸内：検出されず
群４の回腸内：検出されず
群２の結腸内：検出されず
群４の結腸内：２１０^４ｐｆｕ／ｇ

２日目に、ＬＦ８２のレベルは、ファージによって処置された群における回腸内および結腸内の双方で低下した。これは、ファージが、糞便中だけではなく、腸の区域においてＬＦ８２に感染していたことを示している。同時に、ファージのレベルは、ＬＦ８２によってコロニー形成されたマウスにおいてＬＦ８２なしのマウスにおけるよりも有意に高かった。

５日目に、回腸内のＬＦ８２のレベルは、弱すぎて２つの群の間で差が認められなかったが、結腸試料におけるＬＦ８２のレベルは、ファージを投与した群において、投与していない群と比較して依然として低下していた。同時に、本発明者らは、ＬＦ８２によってコロニー形成されたマウスの結腸内のみにおいてファージを検出することができた。これは、ＬＦ８２を減少させるファージの効果が最初の投与後に数日間持続しうることを示している。

この実験において認められたＬＦ８２の高いコロニー形成レベルにもかかわらず、結腸炎の徴候は、いずれの群においても認められなかった。

実施形態
本発明は、特に、以下の実施形態に関する：

１．炎症性腸疾患の治療において使用するための、
（ｉ）接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株において溶菌感染を引き起こす能力のある少なくとも１種のバクテリオファージ株と、
（ｉｉ）薬学的に許容される担体と
を含む、医薬組成物。

２．接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株が、対象の１つ以上の腸管部（小腸および大腸）に存在する、実施形態１に記載の組成物。

３．接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株が、ＬＦ８２、０７０８１、０７０８２、０７０７６または０６０７５である、実施形態１に記載の組成物。

４．炎症性腸疾患が、クローン病もしくは潰瘍性大腸炎または、手術、例えばＣＤ患者において小腸の少なくとも一部を除去する手術の後の回腸損傷の再発である、実施形態１から３のいずれか１つに記載の組成物。

５．パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９４の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ１、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株Ｐ１と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９５の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ２、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株Ｐ２と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９６の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ３、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株Ｐ３と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９７の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ４、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株Ｐ４と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９８の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ５、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株Ｐ５と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９９の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ６、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株Ｐ６と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４７００の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ８、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株Ｐ８と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体、ならびにパスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６７５の下で寄託されたバクテリオファージ株ＣＬＢ＿Ｐ２、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株ＣＬＢ＿Ｐ２と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体のうちの少なくとも１種を含む、実施形態１から４のいずれか１つに記載の組成物。

６．経口投与用である、実施形態１から５のいずれか１つに記載の組成物。

７．パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９４の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ１、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。

８．パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９５の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ２、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。

９．パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９６の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ３、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。

１０．パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９７の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ４、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。

１１．パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９８の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ５、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。

１２．パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９９の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ６、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。

１３．パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４７００の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ８、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。

実施形態
以下に、本願の当初の特許請求の範囲に記載された発明を付記する。
［１］炎症性腸疾患の治療において使用するための、
（ｉ）接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株において溶菌感染を引き起こす能力のある少なくとも１種のバクテリオファージ株と、
（ｉｉ）薬学的に許容される担体と
を含む、医薬組成物。
［２］前記接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株が、対象の１つ以上の腸管部（小腸および大腸）に存在する、［１］に記載の組成物。
［３］前記接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株が、ＬＦ８２、０７０８１、０７０８２、０７０７６または０６０７５である、［１］に記載の組成物。
［４］前記炎症性腸疾患がクローン病である、［１］から［３］のいずれかに記載の組成物。
［５］前記炎症性腸疾患が潰瘍性大腸炎である、［１］から［３］のいずれかに記載の組成物。
［６］前記炎症性腸疾患が、手術、例えばＣＤ患者において小腸の少なくとも一部を除去する手術の後の回腸損傷の再発である、［１］から［３］のいずれかに記載の組成物。
［７］前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９４の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ１またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ１と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１］から［６］のいずれかに記載の組成物。
［８］前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９５の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ２またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ２と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１］から［７］のいずれかに記載の組成物。
［９］前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９６の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ３またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ３と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１］から［８］のいずれかに記載の組成物。
［１０］前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９７の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ４またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ４と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１］から［９］のいずれかに記載の組成物。
［１１］前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９８の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ５またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ５と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１］から［１０］のいずれかに記載の組成物。
［１２］前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９９の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ６またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ６と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１］から［１１］のいずれかに記載の組成物。
［１３］前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４７００の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ８またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ８と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１］から［１２］のいずれかに記載の組成物。
［１４］前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６７５の下で寄託されたバクテリオファージ株ＣＬＢ＿Ｐ２またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株ＣＬＢ＿Ｐ２と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１］から［１３］のいずれかに記載の組成物。
［１５］接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株において溶菌感染を引き起こす能力のある少なくとも１種のバクテリオファージ株を、必要とする対象に投与し、それによって前記対象を治療することを含む、炎症性腸疾患を治療する方法。
［１６］前記接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株が、前記対象の１つ以上の腸管部（小腸および大腸）に存在する、［１５］に記載の方法。
［１７］前記接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株が、ＬＦ８２、本明細書中の表１に示されている株、またはDarfeuille-Michaud et al. (2004), Gastroenterology 127:412-421の表２に示されている株である、［１５］に記載の方法。
［１８］前記炎症性腸疾患がクローン病である、［１５］から［１７］のいずれかに記載の方法。
［１９］前記炎症性腸疾患が潰瘍性大腸炎である、［１５］から［１８］のいずれかに記載の方法。
［２０］前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９４の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ１またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ１と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１５］から［１９］のいずれかに記載の方法。
［２１］前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９５の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ２またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ２と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１５］から［２０］のいずれかに記載の方法。
［２２］前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９６の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ３またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ３と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１５］から［２１］のいずれかに記載の方法。
［２３］前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９７の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ４またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ４と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１５］から［２２］のいずれかに記載の方法。
［２４］前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９８の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ５またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ５と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１５］から［２３］のいずれかに記載の方法。
［２５］前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９９の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ６またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ６と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１５］から［２４］のいずれかに記載の方法。
［２６］前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４７００の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ８またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ８と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１５］から［２５］のいずれかに記載の方法。
［２７］前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６７５の下で寄託されたバクテリオファージ株ＣＬＢ＿Ｐ２またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株ＣＬＢ＿Ｐ２と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、［１５］から［２６］のいずれかに記載の方法。
［２８］前記投与が経口投与である、［１５］から［２７］のいずれかに記載の方法。
［２９］パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９４の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ１、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。
［３０］パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９５の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ２、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。
［３１］パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９６の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ３、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。
［３２］パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９７の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ４、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。
［３３］パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９８の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ５、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。
［３４］パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９９の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ６、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。
［３５］パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４７００の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ８、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。

本発明は、特に、以下の実施形態に関する：

Claims

炎症性腸疾患の治療において使用するための、
（ｉ）接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株において溶菌感染を引き起こす能力のある少なくとも１種のバクテリオファージ株と、
（ｉｉ）薬学的に許容される担体と
を含む、医薬組成物。
前記接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株が、対象の１つ以上の腸管部（小腸および大腸）に存在する、請求項１に記載の組成物。
前記接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株が、ＬＦ８２、０７０８１、０７０８２、０７０７６または０６０７５である、請求項１に記載の組成物。
前記炎症性腸疾患がクローン病である、請求項１から３のいずれか一項に記載の組成物。
前記炎症性腸疾患が潰瘍性大腸炎である、請求項１から３のいずれか一項に記載の組成物。
前記炎症性腸疾患が、手術、例えばＣＤ患者において小腸の少なくとも一部を除去する手術の後の回腸損傷の再発である、請求項１から３のいずれか一項に記載の組成物。
前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９４の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ１またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ１と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１から６のいずれか一項に記載の組成物。
前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９５の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ２またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ２と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１から７のいずれか一項に記載の組成物。
前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９６の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ３またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ３と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１から８のいずれか一項に記載の組成物。
前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９７の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ４またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ４と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１から９のいずれか一項に記載の組成物。
前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９８の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ５またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ５と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１から１０のいずれか一項に記載の組成物。
前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９９の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ６またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ６と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１から１１のいずれか一項に記載の組成物。
前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４７００の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ８またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ８と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１から１２のいずれか一項に記載の組成物。
前記組成物が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６７５の下で寄託されたバクテリオファージ株ＣＬＢ＿Ｐ２またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株ＣＬＢ＿Ｐ２と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１から１３のいずれか一項に記載の組成物。
接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株において溶菌感染を引き起こす能力のある少なくとも１種のバクテリオファージ株を、必要とする対象に投与し、それによって前記対象を治療することを含む、炎症性腸疾患を治療する方法。
前記接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株が、前記対象の１つ以上の腸管部（小腸および大腸）に存在する、請求項１５に記載の方法。
前記接着性侵入性大腸菌（Escherichia coli）株が、ＬＦ８２、本明細書中の表１に示されている株、またはDarfeuille-Michaud et al. (2004), Gastroenterology 127:412-421の表２に示されている株である、請求項１５に記載の方法。
前記炎症性腸疾患がクローン病である、請求項１５から１７のいずれか一項に記載の方法。
前記炎症性腸疾患が潰瘍性大腸炎である、請求項１５から１８のいずれか一項に記載の方法。
前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９４の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ１またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ１と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１５から１９のいずれか一項に記載の方法。
前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９５の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ２またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ２と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１５から２０のいずれか一項に記載の方法。
前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９６の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ３またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ３と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１５から２１のいずれか一項に記載の方法。
前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９７の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ４またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ４と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１５から２２のいずれか一項に記載の方法。
前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９８の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ５またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ５と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１５から２３のいずれか一項に記載の方法。
前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９９の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ６またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ６と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１５から２４のいずれか一項に記載の方法。
前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４７００の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ８またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株Ｐ８と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１５から２５のいずれか一項に記載の方法。
前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６７５の下で寄託されたバクテリオファージ株ＣＬＢ＿Ｐ２またはその変異体を含み、前記変異体が、前記バクテリオファージ株ＣＬＢ＿Ｐ２と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する、請求項１５から２６のいずれか一項に記載の方法。
前記投与が経口投与である、請求項１５から２７のいずれか一項に記載の方法。
パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９４の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ１、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。
パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９５の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ２、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。
パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９６の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ３、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。
パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９７の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ４、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。
パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９８の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ５、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。
パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４６９９の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ６、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。
パスツール研究所のＦｒｅｎｃｈＮａｔｉｏｎａｌＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎｏｆＭｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓに受託番号ＣＮＣＭＩ−４７００の下で寄託されたバクテリオファージ株Ｐ８、またはその変異体であって前記バクテリオファージ株と同一の溶菌活性、好ましくは、同一の溶菌活性および同一の表現型特性を有する変異体。