JP2015033006A - 画像処理装置、画像処理方法、画像処理プログラム及び顕微鏡システム - Google Patents
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Abstract
【課題】顕微鏡を用いて撮像された画像に含まれる被写体の動きブレを補正する画像処理装置を提供する。
【解決手段】長時間露光画像取得部120は、例えば発光画像といった動きブレを含む長時間露光で撮像された長時間露光画像を取得する。短時間露光画像取得部110は、長時間露光画像の前後に撮像された、例えば位相差画像といった動きブレが含まれない短時間露光画像を取得する。動き推定部130は、長時間露光画像の前後に撮像された短時間露光画像に基づいて、被写体の動きを推定する。PSF設定部142は、被写体の動き推定結果に基づいて、PSFを設定する。デコンボリューション部144は、PSFを用いて、長時間露光画像に含まれる動きブレを補正するデコンボリューションを行う。
【選択図】図1
【解決手段】長時間露光画像取得部120は、例えば発光画像といった動きブレを含む長時間露光で撮像された長時間露光画像を取得する。短時間露光画像取得部110は、長時間露光画像の前後に撮像された、例えば位相差画像といった動きブレが含まれない短時間露光画像を取得する。動き推定部130は、長時間露光画像の前後に撮像された短時間露光画像に基づいて、被写体の動きを推定する。PSF設定部142は、被写体の動き推定結果に基づいて、PSFを設定する。デコンボリューション部144は、PSFを用いて、長時間露光画像に含まれる動きブレを補正するデコンボリューションを行う。
【選択図】図1
Description
本発明は、顕微鏡を用いて撮像された被写体の動きブレを補正する画像処理装置、画像処理方法、画像処理プログラム及び顕微鏡システムに関する。
生物学分野や医学分野の研究において、細胞等の生体試料の生物学的活性をレポータアッセイにより検出する技術が広く利用されてきた。レポータアッセイでは、活性を調べたい細胞の遺伝子を、例えば蛍光発現・発光を伴うレポーター遺伝子(緑色蛍光タンパク質GFPやルシフェラーゼ遺伝子等)に置き換え、その生物学的活性を表す蛍光、発光強度を観測することにより可視化することができるようになる。レポータアッセイによれば、例えば生体試料と調べたい生体関連物質とを画像化して、生体試料内外における発現量や形状特徴の変化を経時的に観察することができる。
発光試料の撮像では、発光が極めて微弱で、発光試料を撮像するには長時間露光条件による撮影が必須となるため、長時間露光撮影による被写体である細胞の動きを反映した一般にモーションブラーと呼ばれる動きブレが発生しやすく、安定して鮮明な画像を撮影することは難しい。
長時間露光において発生するブレによる画像劣化を抑制する画像処理装置に係る技術が、例えば特許文献1に開示されている。この画像処理装置には、動き検出回路と、エンハンサ制御回路と、アパーチャ補正用エンハンサとが設けられている。動き検出回路は、フレーム間の相対的な動きずれ量を含む動き情報を検出する。エンハンサ制御回路は、この動き情報を用いて、アパーチャ補正用エンハンサの動作を制御する。エンハンサ制御回路は、シャッター速度が遅い程、及び相対的な位置ずれ量が大きい程、エンハンス量が増すように利得を制御する。この画像処理装置は、被写体の形状として元々なまっているエッジと画像ブレによりなまってしまったエッジとを区別し、各々のエッジに適切なエンハンスを施すことで、長時間露光により発生する被写体のブレを補正する。
特許文献1の画像処理装置は、前フレームの長時間露光画像と現フレームの長時間露光画像との間の相対的な画像のずれ量を検出している。このため、各々の画像に含まれる動きブレを算出するのは困難である。
顕微鏡を用いて長時間露光により被写体を撮像する際にも、被写体の動きブレによる画像劣化が少ない鮮明な画像の取得が望まれる。
そこで本発明は、顕微鏡を用いて撮像された画像に含まれる被写体の動きブレを補正する画像処理装置、画像処理方法、画像処理プログラム及び顕微鏡システムを提供することを目的とする。
前記目的を果たすため、本発明の一態様によれば、画像処理装置は、長時間露光によって撮像された動きブレを含む被写体の顕微鏡画像である長時間露光画像を取得する長時間露光画像取得部と、短時間露光によって撮像された前記被写体の顕微鏡画像である短時間露光画像を取得する短時間露光画像取得部と、前記短時間露光画像に基づいて、前記被写体の動きを推定する動き推定部と、前記動き推定部が推定した前記被写体の動きに基づいて、前記長時間露光画像に含まれる前記被写体の前記動きブレを補正するブレ補正部とを備える。
前記目的を果たすため、本発明の一態様によれば、画像処理方法は、長時間露光によって撮像された動きブレを含む被写体の顕微鏡画像である長時間露光画像を取得することと、短時間露光によって撮像された前記被写体の顕微鏡画像である短時間露光画像を取得することと、前記短時間露光画像に基づいて、前記被写体の動きを推定することと、前記被写体の動きに基づいて、前記長時間露光画像に含まれる前記被写体の前記動きブレを補正することとを含む。
前記目的を果たすため、本発明の一態様によれば、画像処理プログラムは、コンピュータに、長時間露光によって撮像された動きブレを含む被写体の顕微鏡画像である長時間露光画像を取得することと、短時間露光によって撮像された前記被写体の顕微鏡画像である短時間露光画像を取得することと、前記短時間露光画像に基づいて、前記被写体の動きを推定することと、前記被写体の動きに基づいて、前記長時間露光画像に含まれる前記被写体の前記動きブレを補正することとを実行させる。
前記目的を果たすため、本発明の一態様によれば、顕微鏡システムは、長時間露光による被写体の長時間露光画像と短時間露光による前記被写体の短時間露光画像とを取得する顕微鏡撮像部と、前記短時間露光画像に基づいて、前記被写体の動きを推定する動き推定部と、前記動き推定部が推定した前記被写体の動きに基づいて、前記長時間露光画像に含まれる前記被写体の動きブレを補正するブレ補正部とを備える。
本発明によれば、顕微鏡を用いて撮像された画像に含まれる被写体の動きブレを補正する画像処理装置、画像処理方法、画像処理プログラム及び顕微鏡システムを提供できる。
本発明の一実施形態について説明する。生物学分野や医学分野の研究において、細胞等の生体試料の生物学的活性をレポータアッセイにより検出する技術が広く利用されてきた。レポータアッセイでは、活性を調べたい細胞の遺伝子を、例えば蛍光発現・発光を伴うレポーター遺伝子(緑色蛍光タンパク質GFPやルシフェラーゼ遺伝子等)に置き換え、その生物学的活性を表す蛍光、発光強度を観測することにより可視化することができるようになり、例えば生体試料と調べたい生体関連物質とを画像化して、生体試料内外における発現量や形状特徴の変化を経時的に観察することができる。また、具体的にレポーター物質としての蛍光や発光を用いる観察を利用する研究分野では、試料内のタンパク質分子の動的な機能発現を捉えるためにタイムラプス(微速度撮影)が行われている。
蛍光試料のタイムラプス撮影の場合、励起光を照射し続けることで蛍光試料から発せられる光量が時間の経過とともに減少するという性質があるため、空間分解能の高い鮮明な画像を短い露出時間で撮ることができるが、定量的な評価に利用できる安定した画像を経時的に撮ることが困難である。
一方、発光試料を対象としたタイムラプスによる動的変化の経時的観察においては、蛍光を用いた撮像と異なり励起光を照射する必要がなく、空間分解能は低いが、定量的評価に利用可能な安定した画像を経時的に撮ることができ、これまで発光試料からの発光量の測定やその形状観察が行われている。
発光試料は、細胞に電気パルスをかけることで細胞内に発光遺伝子(ルシフェラーゼ遺伝子)を導入する電気穿孔法などにより生成され、ルシフェラーゼ遺伝子が導入された細胞の観察では、ルシフェラーゼ遺伝子の発現の強さ(具体的には発現量)や発現の分布から細胞形状を調べるために、ルシフェラーゼ活性に因る細胞からの発光量の測定が行われている。
しかしながら、発光試料の撮像では、発光が極めて微弱で、発光試料を撮像するには長時間露光条件による撮影が必須となるため、長時間露光撮影による被写体である細胞の動きを反映した一般にモーションブラーと呼ばれる動きブレが発生しやすく、安定して鮮明な画像を撮影することは難しい。
そこで本実施形態に係る画像処理装置は、被写体の動きブレを補正する。本実施形態に係る画像処理装置について、図1を参照して説明する。本実施形態に係る画像処理装置としての画像処理部100は、短時間露光画像取得部110と、長時間露光画像取得部120と、動き推定部130と、ブレ補正部140とを備える。
長時間露光画像取得部120は、長時間露光によって撮像された動きブレを含む被写体の顕微鏡画像である長時間露光画像を取得する。ここで、被写体は例えば発光試料であり得る。また、長時間露光画像は、例えばこの発光試料を長時間露光によって撮影した発光画像であり得る。短時間露光画像取得部110は、短時間露光によって撮像された被写体の顕微鏡画像である短時間露光画像を取得する。ここで、短時間露光画像は、例えば位相差顕微鏡によって取得された位相差画像であり得る。
動き推定部130は、短時間露光画像に基づいて、被写体の動きを推定する。ブレ補正部140は、動き推定部130が推定した被写体の動きに基づいて、長時間露光画像に含まれる被写体の動きブレを補正する。このように、画像処理部100は、顕微鏡を用いて撮像された画像に含まれる被写体の動きブレを補正することができる。
次に、本実施形態に係る画像処理装置としての画像処理部100を含む顕微鏡システム1について説明する。顕微鏡システム1の構成例の概要を図1に示す。図1に示すように、顕微鏡システム1は、顕微鏡200と、顕微鏡画像を取得するための撮像部300と、撮像部300で取得された画像を処理する画像処理部100と、制御部400とを備える。制御部400は、顕微鏡システム1の各部の動作を制御する。このため、制御部400は、顕微鏡200、撮像部300、画像処理部100といった各部と接続している。
顕微鏡200は、細胞の長時間露光画像及び短時間露光画像を得るために、複数の顕微鏡方式で機能する。例えば、顕微鏡200は、長時間露光画像の取得に際して、発光顕微鏡として機能し、短時間露光画像の取得に際して、位相差顕微鏡として機能してもよい。顕微鏡200は、光源装置210を含む。光源装置210は、顕微鏡観察で用いられる照明光を射出する。ここで、図1には、光源装置210から射出された光の光路が破線によって模式的に示されている。例えば、顕微鏡200を位相差顕微鏡として機能させる場合には、光源装置210から射出された光の光軸上には、順に、リング絞り220と、コンデンサ230と、ステージ240と、対物レンズ250と、位相板リング260と、結像用レンズ270とが設けられている。標本である例えば細胞は、ステージ240上に設置される。リング絞り220及び位相板リング260は、位相差画像を取得するために必要な光学素子である。したがって、短時間露光画像の取得にあたって、位相差顕微鏡以外の方式を用いる場合には、リング絞り220と、位相板リング260は必ずしも配置する必要はない。
顕微鏡200には、観察手法切替部280が設けられている。観察手法切替部280は、長時間露光画像を取得するための方式と、短時間露光画像を取得するための方式と、を切り替える。例えば、短時間露光画像の取得に際して、位相差顕微鏡の方式を利用する場合には、観察手法切替部280は、制御部400、リング絞り220及び位相板リング260と接続している。また、短時間露光画像の取得に際して、位相差顕微鏡の方式を利用する場合には、観察手法切替部280は、制御部400の制御下で、リング絞り220及び位相板リング260を、顕微鏡の光軸上に挿入したり、光軸上から抜き取ったりする。
短時間露光画像として位相差画像を取得する際には、観察手法切替部280は、リング絞り220及び位相板リング260を光軸上に挿入する。標本は、リング絞り220及びコンデンサ230等を介して光源装置210から射出された照明光で照明される。このとき、対物レンズ250による標本の拡大像は、位相板リング260及び結像用レンズ270等を介して後述する撮像部300の撮像素子310上に結像する。
位相差顕微鏡は、光の回折現象を利用した顕微方式であり、異なる屈折率を持つ物質間を透過する光の位相差(光路差)をコントラストとした画像を得ることができる。位相差顕微鏡を用いた観察では、背景領域と試料との境界線上においてハロ(アーティファクト)と呼ばれる強いコントラストが発生する。位相差顕微鏡によって細胞を観察するとき、このハロは、主に背景領域と個々の細胞領域との境界部分にオーラ状の光として出現する。このため、位相差顕微鏡は、透明な細胞や微生物等を対象物とする観察に適している。位相差顕微鏡によれば、短時間露光によって細胞の境界が明瞭であるブレの無い鮮明な位相差画像が得られる。本実施形態では、短時間露光画像は、動きブレをほとんど含まない画像である。
一方、長時間露光画像として発光画像を取得する際には、観察手法切替部280は、リング絞り220及び位相板リング260を光軸上から抜き取る。このとき、照明光は標本には照射されない。標本から発せられた光は、対物レンズ250及び結像用レンズ270等を介して撮像素子310上に結像する。
発光顕微鏡は、例えばルシフェラーゼ遺伝子を導入した細胞に発現する発光タンパク質に基づいて発せられる微弱な光を高感度で捉える。このため、長時間露光による撮影や、冷却CCDカメラや明るい光学系が用いられてもよい。発光画像の取得では、蛍光画像の取得の場合と異なり、検出において励起光が必要とされない。このため、発光顕微鏡によれば、細胞へのダメージが抑制されつつ標識された物質に係る画像が取得され得る。ただし、長時間露光中に観察対象の細胞が移動する場合、得られる画像に動きブレが含まれることがある。本実施形態において、長時間露光画像は、補正されることが求められる動きブレを含み得る画像である。
撮像部300は、例えば冷却CCDカメラといった、顕微鏡200による拡大像を撮像するための装置である。撮像部300には、撮像素子310が設けられている。また、撮像部300には、露光時間切替部320が設けられている。露光時間切替部320は、制御部400の制御下で、撮像素子310によって行われる撮像の露光時間を調整する。撮像素子310は、露光時間切替部320の制御下で、短時間露光によって短時間露光画像を取得し、長時間露光によって長時間露光画像を取得する。このように、顕微鏡200と撮像部300とは、被写体の長時間露光画像と短時間露光画像とを取得する顕微鏡撮像部380を形成する。
画像処理部100は、短時間露光画像取得部110と、長時間露光画像取得部120と、動き推定部130と、ブレ補正部140とを備える。短時間露光画像取得部110は、撮像部300の撮像素子310から、短時間露光画像を取得し、この画像を動き推定部130に送信する。長時間露光画像取得部120は、撮像素子310から長時間露光画像を取得し、この画像をブレ補正部140に送信する。
動き推定部130は、注目する長時間露光画像である発光画像の前後に取得された短時間露光画像に基づいて、動き推定処理を行う。すなわち、動き推定部130は、注目する細胞の移動前の位置と移動後の位置とを算出する。ブレ補正部140は、PSF設定部142と、デコンボリューション部144とを含む。PSF設定部142は、移動前後の細胞位置に基づいて、細胞の動きに対応するPSF(Point Spread Function;点拡がり関数)を設定する。デコンボリューション部144は、長時間露光画像取得部120から取得した長時間露光画像に対して、PSF設定部142から取得したPSFを用いて、デコンボリューションを行い、ブレ補正を実施する。ブレ補正された発光画像は、顕微鏡システム1に設けられている記録部410に記録される。
本実施形態に係る顕微鏡システム1の動作について説明する。ここでは、標本はルシフェラーゼ遺伝子が導入された培養細胞であるものとする。この細胞標本は、ルシフェリンが添加され発光する状態でステージ240上に設置される。顕微鏡システム1は、この細胞をタイムラプス(微速度撮影)によって、複数の時点において撮像する。本実施形態では、短時間露光画像の取得と、長時間露光画像の取得とが交互に行われる。短時間露光画像として、位相差画像を取得する場合には、光路にリング絞り220及び位相板リング260が挿入され、露光時間が例えば1秒である短時間露光が行われる。一方、長時間露光画像として、発光画像を取得する場合には、光路からリング絞り220及び位相板リング260は抜き取られ、露光時間が例えば3600秒である長時間露光が行われる。
以降説明のため、N回目に撮像された短時間露光画像をPi(N)とし、N回目に撮像された長時間露光画像をLi(N)と表記する。各画像は交互に、Pi(1)→Li(1)→・・・→Pi(N)→Li(N)→Pi(N+1)→Li(N+1)→Pi(N+2)→・・・の順に撮影されるものとする。短時間露光画像の撮影と長時間露光画像の撮影とのタイミングを図2のタイミングチャートに模式的に示す。
本実施形態における画像処理部100の処理について図3に示すフローチャートを参照して説明する。ステップS10において画像処理部100の短時間露光画像取得部110は、撮像素子310から短時間露光画像Pi(1)を取得する。短時間露光画像取得部110は、取得した短時間露光画像を動き推定部130に送信する。
ステップS10の処理が行われるタイミングは、例えば制御部400によって制御される。すなわち、制御部400は、顕微鏡撮像部380に短時間露光方式によって細胞標本の撮像を行わせ、画像処理部100に撮像された画像を取得させる。このとき、制御部400の制御下で、露光時間切替部320は撮像素子310による露光時間を例えば1秒に設定する。具体的には、短時間露光方式が、例えば位相差顕微鏡方式の場合には、観察手法切替部280はリング絞り220と位相板リング260とを光路上に挿入する。この状態で、撮像素子310は、撮像動作を行ってステージ240上の細胞標本の短時間露光画像を取得する。撮像素子310は取得した短時間露光画像を短時間露光画像取得部110に送信し、短時間露光画像取得部110はこの短時間露光画像を取得する。
ステップS20において画像処理部100の長時間露光画像取得部120は、撮像素子310から長時間露光画像を取得する。長時間露光画像取得部120は、取得した長時間画像をデコンボリューション部144に送信する。
ステップS20の処理が行われるタイミングは、例えば制御部400によって制御される。すなわち、制御部400は、顕微鏡撮像部380に長時間露光方式によって細胞標本の撮像を行わせ、画像処理部100に撮像された画像を取得させる。このとき、制御部400の制御下で、露光時間切替部320は撮像素子310による露光時間を例えば3600秒に設定する。具体的には、短時間露光方式において、位相差顕微鏡方式を用いている場合には、観察手法切替部280はリング絞り220と位相板リング260とを光路上から取り除く。この状態で、撮像素子310は、撮像動作を行ってステージ240上の細胞標本の発光画像を取得する。撮像素子310は取得した長時間露光画像を長時間露光画像取得部120に送信し、長時間露光画像取得部120はこの長時間露光画像を取得する。
ステップS30において画像処理部100の短時間露光画像取得部110は、ステップS10の場合と同様に、短時間露光画像を取得し、動き推定部130に出力する。
ステップS40において画像処理部100の動き推定部130は、注目する長時間露光画像の前後に取得された短時間露光画像に基づいて、動き推定処理を行う。すなわち、注目する長時間露光画像をLi(N)としたときに、動き推定部130は、まず長時間露光画像Li(N)の直前に撮像された短時間露光画像Pi(N)に対して公知の領域分割法を適用し、短時間露光画像Pi(N)における各細胞の境界線を特定する。動き推定部130は、この境界線に囲まれた領域を細胞領域として確定する。同様に、動き推定部130は、長時間露光画像Li(N)の直後に撮像された短時間露光画像Pi(N+1)に対して公知の領域分割法を適用し、画像中の各細胞領域を確定する。領域分割法としては、例えばウォータシェッド法、レベルセット法、グラフカット法等が用いられ得る。
動き推定部130は、細胞領域を確定したPi(N)とPi(N+1)とに対して所定の追跡手法を用いて、注目細胞の移動前の位置と移動後の位置とを特定する。所定の追跡手法として、例えばテンプレートマッチングが用いられ得る。テンプレートマッチングでは、動き推定部130は、短時間露光画像Pi(N)において例えば注目細胞の細胞領域を囲む所定サイズの矩形領域をテンプレート領域Tiとして設定する。このテンプレート領域Tiの中心位置を、短時間露光画像Pi(N)における細胞の位置とする。動き推定部130は、短時間露光画像Pi(N+1)について、画像内の全ての画素の各々に対して、当該画素を中心としたテンプレート領域Tiとサイズが等しい矩形領域Bi(x)を設定する。ここで、xは、位置ベクトル(x1,x2)を示す。x1はPi(N+1)における横座標を示し、0<x1<横幅である。x2はPi(N+1)における縦座標を示し、0<x2<縦幅である。動き推定部130は、テンプレート領域Tiと矩形領域Bi(x)との類似度を算出する。類似度として、例えばSum of Squared Difference(SSD)が用いられ得る。
動き推定部130は、テンプレート領域Tiと最も類似度が高い、すなわち、誤差が小さい矩形領域Bi(x)の位置xを短時間露光画像Pi(N+1)における注目細胞の移動後の位置であると推定する。このように、動き推定部130は、テンプレート領域Tiの中心を移動前における細胞の位置x(N)とし、矩形領域Bi(N+1)の中心を移動後における細胞の位置x(N+1)とする。動き推定部130は、x(N)とx(N+1)とを、ブレ補正部140に含まれるPSF設定部142に送信する。
ステップS50において画像処理部100のPSF設定部142は、移動前の細胞位置x(N)と移動後の細胞位置x(N+1)とに基づいて、細胞の動きに対応するPSF(Point Spread Function;点拡がり関数)を設定する。すなわち、PSF設定部142は、まず、注目細胞の動きは等速の直線的な運動であると仮定して、次式(1)に基づいて、注目細胞の速度ベクトルを算出する。
ここで、Ltは、長時間露光画像を取得する際の露光時間を表す。続いて、PSF設定部142は、PSF(x(N))を次式(2)に基づいて算出する。
ここで、GFσ(α)は、所定のガウス関数であり、デルタ関数の代わりとして用いられている。また、t(N)はPi(N)の撮影直後の時間を表し、t(N+1)はPi(N+1)の撮影直前の時間を表す。PSF設定部142は、算出したPSF(x(N))をデコンボリューション部144に送信する。
ステップS60において画像処理部100のデコンボリューション部144は、デコンボリューション処理を行う。すなわち、デコンボリューション部144は、長時間露光画像取得部120から取得した長時間露光画像Li(N)に対して、PSF設定部142から取得したPSF(x(N))を用いて、デコンボリューションを行う。このようにして、デコンボリューション部144は、長時間露光画像Li(N)に含まれる動く細胞を長時間露光で撮像することにより発生する動きブレを取り除く。
デコンボリューション部144は、まず、長時間露光画像Li(N)に対して公知の領域分割法を適用して、細胞領域を確定する。この細胞領域の確定は、ステップS40において動き推定部130が位相差画像に対して行う細胞領域の確定と同様に行われる。デコンボリューション部144は、次に例えば逆フィルタ、又はウィーナーフィルタ等による補正処理といった公知の手法によって、デコンボリューション処理を行う。逆フィルタによる補正処理では、画像の劣化過程、すなわち、動きブレの発生過程を次式(3)のようにモデル化する。
ここで、f(x)は劣化前の原画像を表し、g(x)はブレにより劣化が発生した劣化画像を表し、h(x)は劣化過程を表す空間フィルタである。式(3)に対してフーリエ変換を行うと、次式(4)が得られる。
ここで、
G(u)=ζ[g(x)]、
H(u)=ζ[h(x)]、
F(u)=ζ[f(x)]
であり、ζ[α]はフーリエ変換を表す。
G(u)=ζ[g(x)]、
H(u)=ζ[h(x)]、
F(u)=ζ[f(x)]
であり、ζ[α]はフーリエ変換を表す。
このとき、次式(5)に示すようなH(u)の逆フィルタHinvを考える。
逆フィルタHinvをG(u)に適用することにより、次式(6)のようにF(u)が得られる。
得られたF(u)を逆フーリエ変換することで、劣化前の原画像f(x)が得られる。
本実施形態では、デコンボリューション部144は、空間フィルタh(x)にPSF設定部142が設定したPSF(x(N))を用いる。PSF(x(N))を用いることによって、デコンボリューション部144は、長時間露光中に細胞が移動することに伴い発生する動きブレを補正できる。このように動きブレが補正された補正後長時間露光画像Li(N)´は、記録部410に記録される。
ステップS70において画像処理部100は、次フレームがあるか否かを判定する。次フレームがあると判定されたとき、処理はステップS20に戻る。画像処理部100は、次フレームについて同様に、動きブレを補正する。ステップS70において、次フレームがないと判定されたとき、処理は終了する。
なお、長時間露光画像Li(N+1)に対する動きブレの補正におけるステップS40の処理では、上述の演算のうち一部を削減できる。例えば、長時間露光画像Li(N+1)の直前に撮像された短時間露光画像Pi(N+1)の細胞領域は、長時間露光画像Li(N)に対する動きブレの補正におけるステップS40の処理で既に算出されている。そこで、動き推定部130は、長時間露光画像Li(N+1)に対する動きブレの補正におけるステップS40において改めて短時間露光画像Pi(N+1)の細胞領域を算出せずに、既に算出された短時間露光画像Pi(N+1)の細胞領域を用いてもよい。
微弱な光を捉える長時間露光画像は、長時間露光により取得せざるを得ない。したがって、長時間露光画像には、長時間露光による動きブレが含まれやすい。本実施形態によれば、長時間露光画像の取得の前後に撮像した短時間露光が用いられることで、被写体の動きが推定され、被写体の動きブレが補正される。その結果、動きブレを含まない明瞭な長時間露光画像が取得され得る。
なお、本実施形態では、短時間露光画像として位相差画像を例示した。しかしながら、これに限らない。短時間露光画像として、例えば微分干渉顕微鏡(Differential interference contrast microscope;DIC)を用いて取得される微分干渉画像が利用されてもよい。微分干渉画像の特徴は、位相差画像の画質的特徴と類似している。また、短時間露光画像として、他の明視野顕微鏡を用いて取得される種々の顕微鏡画像が利用されても勿論よい。
また、本実施形態では、長時間露光画像として発光画像を例示した。しかしながら、これに限らない。長時間露光画像として、蛍光顕微鏡を用いて取得される蛍光画像が対象とされてもよい。蛍光イメージングにおいても、細胞へのダメージや蛍光試料の退色を避けるために、弱いレーザ強度を有する弱励起光が利用されて長時間露光撮影が行われることがある。このような蛍光イメージングでは、発光画像と類似した動きブレを含む画像が得られる。このような動きブレを含む蛍光画像を対象として、本実施形態に係るブレ補正が行われてもよい。発光画像や蛍光画像に限らず、長時間露光によって動きブレが含まれる種々の画像が本実施形態に係る画像処理の対象となる。
また、本実施形態では、タイムラプスで長時間露光画像が複数取得される例を示したが、1枚の長時間露光画像とその前後に取得された2枚の短時間露光画像があれば、その長時間露光画像の動きブレが除去され得る。
また、本実施形態では、画像処理部100は、顕微鏡撮像部380が取得した画像をその都度取得している。しかしながらこれに限らず、画像処理部100は、例えば予め取得されて記録装置に記録されている長時間露光画像と短時間露光画像とを含む画像群を取得して、同様のブレ補正処理を行ってもよい。
なお、例えば図3を参照して説明した画像処理部100による処理は、プログラムによって実現され得る。このプログラムは、例えばパーソナルコンピュータといった情報処理装置にインストールされることで機能する。このようなプログラムは、例えば記録媒体などに記録されて提供されることもあるし、インターネットなどの通信を介して提供されることもある。
以上、一実施形態に基づいて本発明を説明したが、本発明は上述した実施形態に限定されるものではなく、本発明の要旨の範囲内で、種々の変形及び応用が可能なことは勿論である。さらに、上述した実施形態には種々の段階の発明が含まれており、開示した複数の構成要件の適当な組み合わせにより種々の発明が抽出され得る。例えば、実施形態に示す全構成要件からいくつかの構成要件が削除されても、発明が解決しようとする課題の欄で述べた課題が解決でき、発明の効果の欄で述べられている効果が得られる場合には、この構成要件が削除された構成も発明として抽出され得る。
1…顕微鏡システム、100…画像処理部、110…短時間露光画像取得部、120…長時間露光画像取得部、130…動き推定部、140…ブレ補正部、142…PSF設定部、144…デコンボリューション部、200…顕微鏡、210…光源装置、220…リング絞り、230…コンデンサ、240…ステージ、250…対物レンズ、260…位相板リング、270…結像用レンズ、280…観察手法切替部、300…撮像部、310…撮像素子、320…露光時間切替部、380…顕微鏡撮像部、400…制御部、410…記録部。
Claims (22)
- 長時間露光によって撮像された動きブレを含む被写体の顕微鏡画像である長時間露光画像を取得する長時間露光画像取得部と、
短時間露光によって撮像された前記被写体の顕微鏡画像である短時間露光画像を取得する短時間露光画像取得部と、
前記短時間露光画像に基づいて、前記被写体の動きを推定する動き推定部と、
前記動き推定部が推定した前記被写体の動きに基づいて、前記長時間露光画像に含まれる前記被写体の前記動きブレを補正するブレ補正部と
を備える画像処理装置。 - 前記長時間露光画像と前記短時間露光画像とは、異なる顕微鏡方式で取得された顕微鏡画像である、請求項1に記載の画像処理装置。
- 前記短時間露光画像は、
前記長時間露光画像の撮像以前に撮像された第1の短時間露光画像と、
前記長時間露光画像の撮像以後に撮像された第2の短時間露光画像と、
を含み、
前記動き推定部は、前記第1の短時間露光画像と前記第2の短時間露光画像とに基づいて、前記被写体の動きを推定する、
請求項1又は2に記載の画像処理装置。 - 前記長時間露光画像は、発光顕微鏡又は蛍光顕微鏡によって取得された画像である、請求項1乃至3のうち何れか1項に記載の画像処理装置。
- 前記短時間露光画像は、位相差顕微鏡又は微分干渉顕微鏡によって取得された画像である、請求項1乃至4のうち何れか1項に記載の画像処理装置。
- 前記動き推定部は、テンプレートマッチング処理を用いて前記被写体の動きを推定する、請求項1乃至5のうち何れか1項に記載の画像処理装置。
- 前記ブレ補正部は、
前記被写体の動きに基づいて、前記被写体の動きに対応する点拡がり関数を算出し、
前記点拡がり関数を用いたデコンボリューション処理により前記被写体の動きブレを補正する、
請求項1乃至6のうち何れか1項に記載の画像処理装置。 - 長時間露光によって撮像された動きブレを含む被写体の顕微鏡画像である長時間露光画像を取得することと、
短時間露光によって撮像された前記被写体の顕微鏡画像である短時間露光画像を取得することと、
前記短時間露光画像に基づいて、前記被写体の動きを推定することと、
前記被写体の動きに基づいて、前記長時間露光画像に含まれる前記被写体の前記動きブレを補正することと
を含む画像処理方法。 - 前記長時間露光画像と前記短時間露光画像とは、異なる顕微鏡方式で取得された顕微鏡画像である、請求項8に記載の画像処理方法。
- 前記短時間露光画像は、
前記長時間露光画像の撮像以前に撮像された第1の短時間露光画像と、
前記長時間露光画像の撮像以後に撮像された第2の短時間露光画像と、
を含み、
前記被写体の動きを推定することは、前記第1の短時間露光画像と前記第2の短時間露光画像とに基づく、
請求項8又は9に記載の画像処理方法。 - 前記長時間露光画像は、発光顕微鏡又は蛍光顕微鏡によって取得された画像である、請求項8乃至10のうち何れか1項に記載の画像処理方法。
- 前記短時間露光画像は、位相差顕微鏡又は微分干渉顕微鏡によって取得された画像である、請求項8乃至11のうち何れか1項に記載の画像処理方法。
- コンピュータに、
長時間露光によって撮像された動きブレを含む被写体の顕微鏡画像である長時間露光画像を取得することと、
短時間露光によって撮像された前記被写体の顕微鏡画像である短時間露光画像を取得することと、
前記短時間露光画像に基づいて、前記被写体の動きを推定することと、
前記被写体の動きに基づいて、前記長時間露光画像に含まれる前記被写体の前記動きブレを補正することと
を実行させるための画像処理プログラム。 - 前記長時間露光画像と前記短時間露光画像とは、異なる顕微鏡方式で取得された顕微鏡画像である、請求項13に記載の画像処理プログラム。
- 前記短時間露光画像は、
前記長時間露光画像の撮像以前に撮像された第1の短時間露光画像と、
前記長時間露光画像の撮像以後に撮像された第2の短時間露光画像と、
を含み、
前記被写体の動きを推定することは、前記第1の短時間露光画像と前記第2の短時間露光画像とに基づく、
請求項13又は14に記載の画像処理プログラム。 - 前記長時間露光画像は、発光顕微鏡又は蛍光顕微鏡によって取得された画像である、請求項13乃至15のうち何れか1項に記載の画像処理プログラム。
- 前記短時間露光画像は、位相差顕微鏡又は微分干渉顕微鏡によって取得された画像である、請求項13乃至16のうち何れか1項に記載の画像処理プログラム。
- 長時間露光による被写体の長時間露光画像と短時間露光による前記被写体の短時間露光画像とを取得する顕微鏡撮像部と、
前記短時間露光画像に基づいて、前記被写体の動きを推定する動き推定部と、
前記動き推定部が推定した前記被写体の動きに基づいて、前記長時間露光画像に含まれる前記被写体の動きブレを補正するブレ補正部と
を備える顕微鏡システム。 - 前記顕微鏡撮像部は、
前記長時間露光画像を取得する第1の顕微鏡と、
前記短時間露光画像を取得する第2の顕微鏡と、
前記第1の顕微鏡と前記第2の顕微鏡とを切替える観察手法切替部と
を含む請求項18に記載の顕微鏡システム。 - 前記短時間露光画像は、
前記長時間露光画像の撮像以前に撮像された第1の短時間露光画像と、
前記長時間露光画像の撮像以後に撮像された第2の短時間露光画像と、
を含み、
前記動き推定部は、前記第1の短時間露光画像と前記第2の短時間露光画像とに基づいて、前記被写体の動きを推定する、
請求項18又は19に記載の顕微鏡システム。 - 前記顕微鏡撮像部は、前記長時間露光画像を取得する発光顕微鏡又は蛍光顕微鏡を含む、請求項18乃至20のうち何れか1項に記載の顕微鏡システム。
- 前記顕微鏡撮像部は、前記短時間露光画像を取得する位相差顕微鏡又は微分干渉顕微鏡を含む、請求項18乃至21のうち何れか1項に記載の顕微鏡システム。
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2013
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