JP2013510886A - キナーゼ阻害剤 - Google Patents

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Abstract

オレフィン部分を有するキナーゼ阻害剤を使用してキナーゼを阻害する方法が開示される。

Description

関連出願の相互参照
本願は、米国特許法１．１１９（ｅ）の下での２００９年１１月１６日に出願された米国出願第６１／２６１，６９６号および２０１０年４月３０日に出願された米国出願第６１／３３０，２７１号の利益を主張し、これらの各々はすべての目的のためにその全体が参照により組み込まれる。
連邦政府によって資金援助された研究開発の下で行われた発明に対する権利に関する言及
本発明は、米国国立衛生研究所（ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ）によって贈られたＧＭ０７１４３４の下で政府の援助を用いてなされた。政府は本発明において特定の権利を有する。
発明の背景
ヒトゲノムは、プロテインキナーゼをコードしている少なくとも５００個の遺伝子を含有する。実際、プロテインキナーゼ遺伝子は、すべてのヒトの遺伝子の約２％を構成する。プロテインキナーゼは、すべてのヒトタンパク質の３０％までを修飾し、細胞経路、特に、シグナル伝達に関与する細胞経路の大部分を調節する。
細胞上の深刻な効果のため、プロテインキナーゼの活性は高度に調節されている。確かに、調節されていないプロテインキナーゼ活性は、細胞増殖、細胞移動、および細胞死の制御に関連する疾患、特に、癌を頻繁に引き起こしている。現在、多くの研究が、様々な疾患を治療するために特定のキナーゼを阻害することが可能な薬物を見い出すために行われている。グリベック（Ｇｌｅｅｖｅｃ）（イマチニブ）およびイレッサ（Ｉｒｅｓｓａ）（ゲフィチニブ）を含むこのような薬物のいくつかは、すでに臨床使用されている。効力および選択性を増加させるために、キナーゼ活性部位においてシステインとの共有結合を形成する不可逆的求電子性阻害剤が開発された。これらの不可逆的キナーゼ阻害剤のいくつかは現在臨床試験中である（例えば、ネラチニブ、トボック（ｔｏｖｏｋ））。しかし、タンパク質への阻害剤の不可逆的な結合を通してのタンパク質の阻害は、疾患を治療するために使用されるときには、毒性および／または免疫原性の問題をしばしばもたらす。従って、毒性のリスクを最小化しながら、キナーゼを阻害するための可逆的キナーゼ阻害剤が必要とされている。本発明は、当該分野におけるこれらの必要性およびその他の必要性に取り組むものである。
第１の態様において、キナーゼ阻害剤が提供される。ある実施形態において、このキナーゼ阻害剤は化学式Ｉの構造を有する：
Figure 2013510886
化学式Ｉにおいて、Ｒ１は置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、または置換もしくは非置換ヘテロアリールである。
Ｌ１は結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｎ−、−Ｏ−、−Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３Ｒ２）Ｏ−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３Ｒ２）Ｎ−、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。記号ｎは０、１、または２である。
Ｌ２は結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｔ−、−Ｏ−、−Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３ＡＲ２Ａ）Ｏ−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３ＡＲ２Ａ）Ｎ−、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。記号ｔは０、１、または２である。
Ｌ３およびＬ３Ａは、独立して、結合、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。記号ｗは、０、１、または２である。
Ｒ２およびＲ２Ａは、独立して、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、または置換もしくは非置換ヘテロアリールである。
Ｅは電子求引基であるか、またはＬ２と一緒になって電子求引基を形成する。
別の態様において、プロテインキナーゼを阻害する方法が提供される。これらの方法には、本発明で提供される有効量のキナーゼ阻害剤と、プロテインキナーゼを接触させることが含まれる。このキナーゼ阻害剤は、化学式Ｉまたは化学式ＩＩの構造（または本明細書に記載されているその実施形態のいずれか）を有し得る。
別の態様において、キナーゼ活性に関連する疾患の治療が必要な被験体において、キナーゼ活性に関連する疾患を治療する方法。この方法は、本発明に提供される有効量のキナーゼ阻害剤を被験体に投与することを含む。このキナーゼ阻害剤は、化学式Ｉまたは化学式ＩＩの構造（または本明細書に記載されているその実施形態のいずれか）を有し得る。
図１Ａは、ヒトＲＳＫ２ ＣＴＤを、ＤＭＳＯまたは化合物１−４と共に室温で１時間温置した後の質量スペクトル分析結果を提供する。 図１Ｂは、ヒトＲＳＫ２ ＣＴＤを、化合物５−８と共に室温で１時間温置した後の質量スペクトル分析結果を提供する。 図２は、本明細書に開示される化合物による阻害およびそれに続く透析後のＲＳＫ２ ＣＴＤのキナーゼ活性の回復を示す。凡例：化合物６：格子模様；化合物７：白ボックス；化合物１：黒ボックス；化合物９：斜線縞。 図３は、フルオロメチルケトン化合物９（ＦＭＫ）を用いる競合的標識によって測定された、インタクトにフォールディングされたＲＳＫ２ ＣＴＤから解離されたシアノアクリラートまたはシアノアクリルアミド（化合物４−７）を示す。左上のパネル：空のＲＳＫ２ ＣＴＤのＦＭＫラベリングの時間経過。右上のパネル：可逆的共有結合性阻害剤（ｉｎｈｉｂｉｔｓ）、化合物４−７の解離の時間経過。下のパネル：示された化合物についての解離半減期（分）の表提示。 図４は、ＵＶ／可視光分光光度法による、ＲＳＫ２と化合物７との間の共有結合形成の形成およびその逆転を示す。上のパネル：ａ）Ｃ４３６Ｖ ＲＳＫ２；ｂ）ＷＴ ＲＳＫ２；ｃ）ＷＴ ＲＳＫ２プラスプロテイナーゼＫ；ｄ）ＷＴ ＲＳＫ２プラスＳＤＳ；およびｅ）ＷＴ ＲＳＫ２プラスグアニジンＨＣｌとの反応後に化合物７に起因する標準化された吸収（４００ｎｍ）。中のパネル：緩衝液中単独で、またはＲＳＫ２もしくはＲＳＫ２プラスプロテイナーゼＫの存在下での（３時間の温置）化合物７のＵＶ／可視光スペクトル。下のパネル：緩衝液中単独で、またはＲＳＫ２もしくはＲＳＫ２プラスＳＤＳの存在下での（１分間の温置）化合物７のＵＶ／可視光スペクトル。 図５Ａは、３Ｍ グアニジンＨＣｌとの化合物７の温置の質量スペクトル分析を示す。 図５Ｂは、３Ｍ グアニジンＨＣｌの添加前に、ＲＳＫ２ ＣＴＤと温置された化合物７の温置の質量スペクトル分析を示す。 図６は、ＨＥＫ−２９３細胞中で化合物５−７および化合物９によるＲＳＫ２のＳｅｒ３８６の自己リン酸化の阻害を示す。凡例：ＦＭＫ９（化合物９）：白ボックス；化合物７：黒ボックス；化合物６：灰色のボックス；化合物５：斜線縞。下のパネル：本明細書に記載されるような、ホスホ−Ｓｅｒ３８６ ＲＳＫ２および抗ＨＡ抗体を用いるウェスタンブロット分析。 図７は、本明細書に記載されるように得られたＸ線結晶学的構造に基づいて、ＲＳＫ２のＣｙｓ−４３６への化合物６、１２、または１５の結合の様式を示す（それぞれ、上、中、および下のパネル）。 図８は、ＲＳＫ２のＣｙｓ−４３６への化合物４０の結合（上のパネル）およびｃＳｒｃのＣｙｓ−３４５への化合物５５の結合の様式を示す。 図９は、反応混合液の希釈の前後での１Ｈ ＮＭＲスペクトルを示す。 図１０は、シアノアクリルアミド吸収スペクトルおよび希釈前後での吸収の値のグラフ表示を示す。
発明の詳細な説明
Ｉ．定義
本明細書で使用される略号は、化学分野および生物分野の中でそれらの慣用的な意味を有する。本明細書に示される化学構造および化学式は、化学分野において知られている化学原子価数の標準的な規則に従って解釈される。
置換基が、左から右に向けて書かれたそれらの慣用的な化学式によって特定されるとき、これらは、右から左に向けて構造を書くことから生じる化学的に同一の置換基を等しく包含し、例えば、−ＣＨ２Ｏ−は−ＯＣＨ２−と等価である。
他に言及されない場合、「アルキル」という用語は、それ自体または別の置換基の一部として、指定された数の炭素原子を有する（すなわち、Ｃ１−Ｃ１０は１〜１０個の炭素を意味する）、完全に飽和しているか、モノ不飽和またはポリ不飽和であってもよく、二価および多価基を含むことができる、直鎖（すなわち、分枝ではない）または分枝鎖、またはそれらの組み合わせを意味する。飽和炭化水素基の例には、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、ｔ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、（シクロヘキシル）メチルなどの基、例えば、ｎ−ペンチル、ｎ−ヘキシル、ｎ−ヘプチル、ｎ−オクチルなどの同族体および異性体が挙げられるがこれらに限定されない。不飽和アルキル基は、１つ以上の二重結合または三重結合を有するものである。不飽和アルキル基の例には、ビニル、２−プロペニル、クロチル、２−イソペンテニル、２−（ブタジエニル）、２，４−ペンタジエニル、３−（１，４−ペンタジエニル）、エチニル、１−および３−プロピニル、３−ブチニル、およびより高級な同族体および異性体が挙げられるがこれらに限定されない。アルコキシは、酸素リンカー（−Ｏ−）を介して分子の残りに結合しているアルキルである。
「アルキレン」という用語は、それ自体、または別の置換基の一部として、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２−によって例示されるがこれに限定されない、アルキルから誘導された二価の基を意味し、「ヘテロアルキレン」として以下に記載される基をさらに含む。典型的には、アルキル（またはアルキレン）基は１〜２４個の炭素原子を有し、本発明においては、１０個以下の炭素原子を有する基が好ましい。「低級アルキル」または「低級アルキレン」は、一般的には８個以下の炭素原子を有する、より短い鎖のアルキルまたはアルキレン基である。
「ヘテロアルキル」という用語は、他に言及されない限り、それ自体または別の用語と組み合わせて、少なくとも１個の炭素原子、ならびに、Ｏ、Ｎ、Ｐ、Ｓｉ、およびＳからなる群より選択される少なくとも１個のヘテロ原子からなる、安定な直鎖もしくは分枝鎖、または環状の炭化水素基、またはそれらの組み合わせを意味し、ここで、窒素原子および硫黄原子は任意に酸化されてもよく、窒素ヘテロ原子は任意に四級化され得る。ヘテロ原子Ｏ、Ｎ、ＰおよびＳならびにＳｉは、ヘテロアルキル基の任意の内部位置、またはアルキル基がその分子の残りに結合されている位置に配置され得る。例には、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＨ−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ３、−ＣＨ２−Ｓ−ＣＨ２−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２、−Ｓ（Ｏ）−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｓ（Ｏ）２−ＣＨ３、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｏ−ＣＨ３、−Ｓｉ（ＣＨ３）３、−ＣＨ２−ＣＨ＝Ｎ−ＯＣＨ３、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ３、Ｏ−ＣＨ３、−Ｏ−ＣＨ２−ＣＨ３、および−ＣＮが挙げられるがこれらに限定されない。例えば、−ＣＨ２−ＮＨ−ＯＣＨ３などのように２個までのヘテロ原子が連続し得る。同様に、「ヘテロアルキレン」という用語は、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｓ−ＣＨ２−ＣＨ２−および−ＣＨ２−Ｓ−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＨ−ＣＨ２−によって例示されるがこれらに限定されない、それ自体、または別の置換基の一部としての、ヘテロアルキルから誘導された二価の基を意味する。ヘテロアルキレン基については、ヘテロ原子はまた、鎖の末端のいずれかまたはその両方を占めることができる（例えば、アルキレンオキシ、アルキレンジオキシ、アルキレンアミノ、アルキレンジアミノなど）。なおさらに、アルキレンおよびヘテロアルキレン連結基については、連結基の方向は、連結基の化学式が書かれている方向によって暗示されない。例えば、化学式−Ｃ（Ｏ）２Ｒ’−は、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ’−と−Ｒ’Ｃ（Ｏ）２−の両方を表す。上記に記載されるように、ヘテロアルキル基は、本明細書で使用される場合、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’、−ＮＲ’Ｒ”、−ＯＲ’、−ＳＲ’、および／または−ＳＯ２Ｒ’などのヘテロ原子を通して分子の残りに結合される基を含む。「ヘテロアルキル」が列挙され、次に−ＮＲ’Ｒ”などのような特定のヘテロアルキル基の列挙が続く場合、ヘテロアルキルおよび−ＮＲ’Ｒ’’という用語は冗長ではなく、または相互に排他的であることが理解される。むしろ、特定のヘテロアルキル基は明確さを加えるために列挙される。従って、「ヘテロアルキル」という用語は、本明細書では、−ＮＲ’Ｒ”などのような特定のヘテロアルキル基を除外するものとして解釈されるべきではない。
「シクロアルキル」および「ヘテロシクロアルキル」という用語は、それら自体、または他の用語と組み合わせて、他に言及されない限り、それぞれ、「アルキル」および「ヘテロアルキル」の環状バージョンを表す。加えて、ヘテロシクロアルキルについては、ヘテロ原子は、複素環が分子の残りに結合される位置を占めることができる。シクロアルキルの例には、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、１−シクロヘキセニル、３−シクロヘキセニル、シクロヘプチルなどが挙げられるがこれらに限定されない。ヘテロシクロアルキルの例には、１−（１，２，５，６−テトラヒドロピリジル）、１−ピペリジニル、２−ピペリジニル、３−ピペリジニル、４−モルホリニル、３−モルホリニル、テトラヒドロフラン−２−イル、テトラヒドロフラン−３−イル、テトラヒドロチエン−２−イル、テトラヒドロチエン−３−イル、１−ピペラジニル、２−ピペラジニルなどが挙げられるがこれらに限定されない。「シクロアルキレン」および「ヘテロシクロアルキレン」は、単独でまたは別の置換基の一部として、それぞれ、シクロアルキルおよびヘテロシクロアルキルから誘導された二価基を意味する。
「ハロ」または「ハロゲン」という用語は、他に言及されない限り、それ自体または別の置換基の一部として、フッ素、塩素、臭素、またはヨウ素原子を意味する。加えて、「ハロアルキル」のような用語は、モノハロアルキルおよびポリハロアルキルを含むことを意味し、例えば、「ハロ（Ｃ１−Ｃ４）アルキル」という用語は、フルオロメチル、ジフルオロメチル、トリフルオロメチル、２，２，２−トリフルオロエチル、４−クロロブチル、３−ブロモプロピルなどを含むがこれらに限定されないことを意味する。
「アシル」という用語は、Ｒが置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、または置換もしくは非置換ヘテロアリールである、−Ｃ（Ｏ）Ｒを意味する。
「アリール」という用語は、他に言及されない限り、単環、または一緒に縮合しているか（すなわち、縮合環アリール）または共有結合的に連結している多環（好ましくは１〜３個の環）であり得る、多価不飽和、芳香族、炭化水素置換基を意味する。縮合環アリールは、縮合環の少なくとも１個がアリール環である、一緒に縮合した多環をいう。「ヘテロアリール」という用語は、Ｎ、Ｏ、およびＳから選択される１〜４個のヘテロ原子を含有するアリール基（または環）をいい、ここで、窒素および硫黄原子は任意に酸化され、窒素原子（１個または複数）は任意に四級化される。従って、「ヘテロアリール」という用語は、縮合環ヘテロアリール基を含む（すなわち、縮合環の少なくとも１個がヘテロ芳香族環である、一緒に縮合した多環）。５，６−縮合環ヘテロアリーレンとは、１個の環が５個のメンバーを有し、他の環が６個のメンバーを有し、そして少なくとも１個の環がヘテロアリール環である、一緒に縮合した２個の環をいう。同様に、６，６−縮合環ヘテロアリーレンとは、１個の環が６個のメンバーを有し、他の環が６個のメンバーを有し、そして少なくとも１個の環が１個のヘテロアリール環である、一緒に縮合した２個の環をいう。そして６，５−縮合環ヘテロアリーレンとは、１個の環が６個のメンバーを有し、他の環は５個のメンバーを有し、そして少なくとも１個の環はヘテロアリール環である、一緒に縮合した２個の環をいう。ヘテロアリール基は、炭素またはヘテロ原子を通して分子の残りに結合できる。アリールおよびヘテロアリール基の非限定的な例には、フェニル、１−ナフチル、２−ナフチル、４−ビフェニル、１−ピロリル、２−ピロリル、３−ピロリル、３−ピラゾリル、２−イミダゾリル、４−イミダゾリル、ピラジニル、２−オキサゾリル、４−オキサゾリル、２−フェニル−４−オキサゾリル、５−オキサゾリル、３−イソオキサゾリル、４−イソオキサゾリル、５−イソオキサゾリル、２−チアゾリル、４−チアゾリル、５−チアゾリル、２−フリル、３−フリル、２−チエニル、３−チエニル、２−ピリジル、３−ピリジル、４−ピリジル、２−ピリミジル、４−ピリミジル、５−ベンゾチアゾリル、プリニル、２−ベンゾイミダゾリル、５−インドリル、１−イソキノリル、５−イソキノリル、２−キノキサリニル、５−キノキサリニル、３−キノリル、および６−キノリルが挙げられる。上記に記述されたアリールおよびヘテロアリール環系の各々についての置換基は、以下に記載される受容可能な置換基の群より選択される。「アリーレン」および「ヘテロアリーレン」は、単独でまたは別の置換基の一部として、それぞれ、アリールおよびヘテロアリールから誘導される二価基を意味する。
簡潔さのために、「アリール」という用語は、他の用語と組み合わせて使用されるとき（例えば、アリールオキシ、アリールチオキシ、アリールアルキル）、上記に定義されたようなアリール環とヘテロアリール環の両方を含む。従って、「アリールアルキル」という用語は、炭素原子（例えば、メチレン基）が、例えば、酸素原子によって置き換えられているアルキル基（例えば、フェノキシメチル、２−ピリジルオキシメチル、３−（１−ナフチルオキシ）プロピルなど）を含む、アリール基がアルキル基に結合されている基（例えば、ベンジル、フェネチル、ピリジルメチルなど）を含むことを意味する。
本明細書で使用される場合、「オキソ」という用語は、炭素原子に二重結合で結合されている酸素を意味する。
本明細書で使用される場合、「アルキルスルホニル」という用語は、Ｒ’が上記に定義されたアルキル基である、化学式−Ｓ（Ｏ２）−Ｒ’を有する部分を意味する。Ｒ’は特定の数の炭素を有し得る（例えば、「Ｃ１−Ｃ４アルキルスルホニル」）。
上記の用語の各々は（例えば、「アルキル」、「ヘテロアルキル」、「アリール」、および「ヘテロアリール」）、示された基の置換型と非置換型の両方を含むことを意味する。基の各型についての好ましい置換基は以下に提供される。
アルキル基およびヘテロアルキル基（アルキレン、アルケニル、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニル、アルキニル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルケニル、およびヘテロシクロアルケニルとしばしば呼ばれる基を含む）についての置換基は、０から（２ｍ’＋１）の範囲の数である、−ＯＲ’、＝Ｏ、＝ＮＲ’、＝Ｎ−ＯＲ’、−ＮＲ’Ｒ”、−ＳＲ’、−ハロゲン、−ＳｉＲ’Ｒ”Ｒ”’、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−ＣＯ２Ｒ’、−ＣＯＮＲ’Ｒ”、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ’Ｒ”、−ＮＲ”Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−ＮＲ’−Ｃ（Ｏ）ＮＲ”Ｒ”‘、−ＮＲ”Ｃ（Ｏ）２Ｒ’、−ＮＲ−Ｃ（ＮＲ’Ｒ”Ｒ’”）＝ＮＲ””、−ＮＲ−Ｃ（ＮＲ’Ｒ”）＝ＮＲ’”、−Ｓ（Ｏ）Ｒ’、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ’、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ’Ｒ”、−ＮＲＳＯ２Ｒ’、−ＣＮ、および−ＮＯ２から選択される種々の基の１種以上であり得るがこれらに限定されず、ここで、ｍ’はこのような基における炭素原子の総数である。Ｒ’、Ｒ”、Ｒ”‘、およびＲ”“は、各々好ましくは独立して、水素、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール（例えば、１−３個のハロゲンで置換されたアリール）、置換もしくは非置換アルキル、アルコキシもしくはチオアルコキシ基、またはアリールアルキル基をいう。本発明の化合物が複数のＲ基を含むとき、例えば、Ｒ基の各々はこれらの基が複数存在するときＲ’、Ｒ”、Ｒ’”、およびＲ””基であるように独立して選択される。Ｒ’およびＲ”が同じ窒素原子に結合されるとき、これらは、窒素原子と合わさって４−、５−、６−、または７−員環を形成することができる。例えば、−ＮＲ’Ｒ”は、１−ピロリジニルおよび４−モルホリニルを含むことを意味するがこれらに限定されない。上記の置換基の議論から、当業者は、「アルキル」という用語が、ハロアルキル（例えば、−ＣＦ３および−ＣＨ２ＣＦ３）およびアシル（例えば、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ３、−Ｃ（Ｏ）ＣＦ３、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＯＣＨ３など）などの、水素基以外の基に結合された炭素原子を含む基を含むことを意味する。
アルキル基について記載された置換基と同様に、アリール基およびヘテロアリール基についての置換基は、０から芳香族環系の空いている価数の合計までの範囲の数で、変化され、例えば、ハロゲン、−ＯＲ’、−ＮＲ’Ｒ”、−ＳＲ’、−ハロゲン、−ＳｉＲ’Ｒ”Ｒ”‘、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−ＣＯ２Ｒ’、−ＣＯＮＲ’Ｒ”、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ’Ｒ”、−ＮＲ”Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−ＮＲ’−Ｃ（Ｏ）ＮＲ”Ｒ’”、−ＮＲ”Ｃ（Ｏ）２Ｒ’、−ＮＲ−Ｃ（ＮＲ’Ｒ”Ｒ’”）＝ＮＲ””、−ＮＲ−Ｃ（ＮＲ’Ｒ”）＝ＮＲ’”、−Ｓ（Ｏ）Ｒ’、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ’、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ’Ｒ”、−ＮＲＳＯ２Ｒ’、−ＣＮ、および−ＮＯ２、−Ｒ’、−Ｎ３、−ＣＨ（Ｐｈ）２、フルオロ（Ｃ１−Ｃ４）アルコキシ、およびフルオロ（Ｃ１−Ｃ４）アルキルから選択され；ここで、Ｒ’、Ｒ”、Ｒ”‘、およびＲ””は、好ましくは、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、および置換もしくは非置換ヘテロアリールから独立して選択される。本発明の化合物が複数のＲ基を含むとき、例えば、Ｒ基の各々は、これらの基が複数存在するときＲ’、Ｒ”、Ｒ’”、およびＲ”“基であるように独立して選択される。
アリールまたはヘテロアリール環の隣接する原子上の２個の置換基は化学式−Ｔ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＲＲ’）ｑ−Ｕ−の環を任意に形成してもよく、ここで、ＴおよびＵは、独立して、−ＮＲ−、−Ｏ−、−ＣＲＲ’−、または単結合であり、そしてｑは０〜３の整数である。あるいは、アリールまたはヘテロアリール環の隣接する原子上の２個の置換基は化学式−Ａ−（ＣＨ２）ｒ−Ｂ−の置換基で任意に置き換えられてもよく、ここで、ＡおよびＢは、独立して、−ＣＲＲ’−、−Ｏ−、−ＮＲ−、−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ’−、または単結合であり、そしてｒは１〜４の整数である。このように形成された新たな環の１個の単結合は任意に二重結合で置き換えられ得る。あるいは、アリールまたはヘテロアリール環の隣接する原子上の２個の置換基は化学式−（ＣＲＲ’）ｓ−Ｘ’−（Ｃ’’Ｒ’’’）ｄ−の置換基で任意に置き換えられてもよく、ここで、ｓおよびｄは、独立して、０〜３の整数であり、そしてＸ’は−Ｏ−、−ＮＲ’−、−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、または−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ’−である。置換基Ｒ、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’”は、好ましくは、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、および置換もしくは非置換ヘテロアリールから独立して選択される。
本明細書で使用される場合、「ヘテロ原子」または「環ヘテロ原子」という用語は、酸素（Ｏ）、窒素（Ｎ）、硫黄（Ｓ）、リン（Ｐ）、およびケイ素（Ｓｉ）を含むことを意味する。
本明細書で使用される場合、「置換基」は、以下の部分から選択される基を意味する：
（Ａ）−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＳＨ、−ＣＮ、−ＣＦ３、−ＮＯ２、オキソ、ハロゲン、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、ならびに
（Ｂ）
（ｉ）オキソ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＳＨ、−ＣＮ、−ＣＦ３、−ＮＯ２、ハロゲン、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、ならびに
（ｉｉ）：
（ａ）オキソ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＳＨ、−ＣＮ、−ＣＦ３、−ＮＯ２、ハロゲン、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、ならびに
（ｂ）オキソ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＳＨ、−ＣＮ、−ＣＦ３、−ＮＯ２、ハロゲン、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、および非置換ヘテロアリールから選択された少なくとも１個の置換基で置換された、アルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、またはヘテロアリール
から選択される少なくとも１個の置換基で置換されるアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、およびヘテロアリール
から選択される少なくとも１個の置換基で置換されているアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、およびヘテロアリール。
本明細書で使用される場合、「サイズが限定された置換基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ）」または「サイズが限定された置換分基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ ｇｒｏｕｐ）」という用語は、各置換もしくは非置換アルキルは置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ２０アルキルであり、各置換もしくは非置換ヘテロアルキルは置換もしくは非置換２〜２０員ヘテロアルキルであり、各置換もしくは非置換シクロアルキルは置換もしくは非置換Ｃ４−Ｃ８シクロアルキルであり、そして各置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキルは置換もしくは非置換４−８員ヘテロシクロアルキルである、「置換基」について上記に記載されたすべての置換基から選択される基を意味する。
本明細書で使用される場合、「低級置換基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ）」または「低級置換分基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ ｇｒｏｕｐ）」は、各置換もしくは非置換アルキルは置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ８アルキルであり、各置換もしくは非置換ヘテロアルキルは置換もしくは非置換は２−８員ヘテロアルキルであり、各置換もしくは非置換シクロアルキルは置換もしくは非置換Ｃ５−Ｃ７シクロアルキルであり、そして各置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキルは置換もしくは非置換５−７員ヘテロシクロアルキルである、「置換基」について上記に記載されたすべての置換基から選択される基を意味する。
「薬学的に受容可能な塩」という用語は、本明細書に記載される化合物上で見い出される特定の置換基に依存して、比較的非毒性の酸または塩基ともに調製される活性化合物の塩を含むことを意味する。本発明の化合物が比較的酸性の官能基を含有するとき、塩基付加塩は、混ぜものがないかまたは適切な不活性溶媒中にあるかのいずれかである、有効量の所望の塩基と、中性型のこのような化合物を接触させることによって得ることができる。薬学的に受容可能な塩基付加塩の例には、ナトリウム、カリウム、カルシウム、アンモニウム、有機アミノ、またはマグネシウムの塩、または同様の塩が挙げられる。本発明の化合物が比較的塩基性の官能基を含有するとき、酸付加塩は、混ぜものがないかまたは適切な不活性溶媒中にあるかのいずれかである、有効量の所望の酸と、中性型のこのような化合物を接触させることによって得ることができる。薬学的に受容可能な酸付加塩の例には、塩酸、臭化水素酸、硝酸、炭酸、一水素炭酸、リン酸、一水素リン酸、二水素リン酸、硫酸、一水素硫酸、ヨウ化水素酸、または亜リン酸などのような無機酸から誘導されるもの、ならびに酢酸、プロピオン酸、イソ酪酸、マレイン酸、マロン酸、安息香酸、コハク酸、スベリン酸、フマル酸、乳酸、マンデル酸、フタル酸、ベンゼンスルホン酸、ｐ−トリルスルホン酸、クエン酸、酒石酸、シュウ酸、メタンスルホン酸などのような比較的無毒性の有機酸から誘導される塩が挙げられる。アルギニン酸塩などのアミノ酸の塩、およびグルクロン酸またはガラクツロン酸（ｇａｌａｃｔｕｎｏｒｉｃ ａｃｉｄ）などのような有機酸の塩もまた含まれる（例えば、Ｂｅｒｇｅ ｅｔ ａｌ．，“Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓａｌｔｓ”，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９７７，６６，１−１９を参照のこと）。本発明のある特定の化合物は、化合物が塩基付加塩または酸付加塩のいずれかに転換されることを許容する塩基性官能基と酸性官能基の両方を含有する。
従って、本発明の化合物は、塩として、例えば、薬学的に受容可能な酸とともに存在し得る。本発明はこのような塩を含む。このような塩の例には、塩酸塩、臭化水素酸塩、硫酸塩、メタンスルホン酸塩、硝酸塩、マレイン酸塩、酢酸塩、クエン酸塩、フマル酸塩、酒石酸塩（例えば、（＋）−酒石酸、（−）−酒石酸、またはラセミ混合物を含むその混合物）、コハク酸塩、安息香酸塩、およびグルタミン酸などのアミノ酸との塩が挙げられる。これらの塩は当業者に公知の方法によって調製され得る。
中性型の化合物は、塩を塩基または酸と接触させること、および慣用的な様式で親の化合物を単離することによって好ましく再生される。親の型の化合物は、極性溶媒中での溶解度などの特定の物理的特性の点で、様々な塩型とは異なる。
塩型に加えて、本発明は、プロドラッグ型である化合物を提供する。本明細書に記載される化合物のプロドラッグは、本発明の化合物を提供するために生理学的条件下で化学変化を容易に受ける化合物である。加えて、プロドラッグは、エキソビボ環境において、化学的または生化学的方法によって本発明の化合物に転換できる。例えば、プロドラッグは、適切な酵素または化学試薬を有する経皮パッチリザーバー中に配置されたときに、本発明の化合物にゆっくりと転換できる。
本発明の特定の化合物は、非溶媒和型ならびに水和物型を含む溶媒和型で存在できる。一般的には、溶媒和型は、非溶媒和型と等価であり、本発明の範囲内に包含される。本発明の特定の化合物は、複数の結晶型またはアモルファス型で存在し得る。一般的に、すべての物理型が本発明によって意図される用途のために等価であり、本発明の範囲内にあることが意図される。
本発明の特定の化合物は、不斉炭素原子（光学中心）または二重結合を保有し；ラセミ体、ジアステレオマー、互変異性体、幾何異性体、および個々の異性体は本発明の範囲内に包含される。本発明の化合物は、合成および／または単離するために不安定過ぎる、当該分野において公知であるものを含まない。
本発明の化合物はまた、このような化合物を構成する１個以上の原子に、原子の同位体の非天然的な比率を含有し得る。例えば、これらの化合物は、例えば、トリチウム（３Ｈ）、ヨウ素−１２５（１２５Ｉ）、または炭素−１４（１４Ｃ）などの放射性同位元素で放射性標識され得る。本発明の化合物のすべての同位体のバリエーションは、放射性であるか否かに関わらず、本発明の範囲内に包含される。
本明細書に提供される化合物の置換基が「Ｒ置換される」（例えば、Ｒ７置換される）場合、置換基は、１個以上のＲ基と名付けられた基（例えば、Ｒ７）で適切に置換されることを意味する。ある実施形態において、置換基は、１個のみのＲ基と名付けられた基で置換される。
「治療すること」または「治療」という用語は、軽減；寛解；徴候を減少するかまたは傷害、病理、もしくは状態を患者に対してより耐容性にすること；変性または衰退の速度を遅くすること；変性の最終点をより弱体化すること；患者の身体的または精神的な健康を改善することなどの任意の客観的または主観的パラメーターを含む、傷害、病理、または状態の治療または改善における任意の成功の指標をいう。徴候の治療または改善は、身体検査、神経精神病学的検査、および／または精神鑑定の結果を含む、客観的または主観的パラメーターに基づくことができる。例えば、本明細書に提示される特定の方法は、癌の発生を減少させることによって、その増殖を阻害する際に、およびまたは癌の緩解を引き起こす際に、首尾よく癌を治療する。
「有効量」は、疾患の徴候の治療、予防、もしくは減少に寄与するため、またはキナーゼ阻害剤の非存在と比較して、プロテインキナーゼの活性を阻害するために、十分なキナーゼ阻害剤の量である。疾患治療に関連して列挙される場合、「有効量」は「治療有効量」とも呼ばれ得る。徴候の減少（およびこの語句の文法的な等価物）は、これらの徴候の重篤度もしくは頻度の減少、またはこれらの徴候の除去を意味する。薬物の「予防有効量」は、被験体に投与されたときに、意図された予防効果を有する、例えば、疾患の発症（もしくは再発）を予防もしくは遅延し、または疾患もしくはその徴候の発症（もしくは再発）の可能性を減少させる薬物の量である。完全な予防効果は、必ずしも１用量の投与によって起こることではなく、一連の投薬後にのみ起こる可能性がある。従って、予防有効量は、１回以上の投与で投与され得る。本明細書で使用される場合、「活性減少量」とは、アンタゴニストの非存在下と比較して、酵素の活性を減少するために必要とされるアンタゴニストの量をいう。本明細書で使用される場合、「機能破壊量」とは、アンタゴニストの非存在下と比較して、破骨細胞または白血球の機能を破壊するために必要とされるアンタゴニストの量をいう。
「キナーゼ」、「プロテインキナーゼ」などの用語は、リン酸基をドナー分子（例えば、ＡＴＰ）から基質に転移させる酵素をいう。リン酸基をドナーから基質に転移させるプロセスは、通常、リン酸化として知られている。タンパク質リン酸化との関連における「基質」という用語は、リン酸基を受容し、従って、リン酸化される化合物（例えば、タンパク質）をいう。
ＩＩ．キナーゼ阻害剤
第１の態様において、キナーゼ阻害剤が提供される。これらのキナーゼ阻害剤は、典型的には、可逆的キナーゼ阻害剤である。ある実施形態において、これらのキナーゼ阻害剤は化学式Ｉの構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式Ｉにおいて、Ｒ１は、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ１Ａ−Ｒ１Ａである。Ｒ１Ａは、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｌ１−Ｒ１および／またはＲ１は、キナーゼＡＴＰ結合部位の中に適合するように、および／またはキナーゼＡＴＰ結合部位の中のアミノ酸（例えば、キナーゼＡＴＰ結合部位部分）に結合するように一般的に設計される。
Ｌ１は、結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｎ−、−Ｏ−、−Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３Ｒ２）Ｏ−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３Ｒ２）Ｎ−、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。記号ｎは、０、１、または２である。ある実施形態において、Ｌ１は結合である。Ｌ１Ａは、結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３’Ｒ２’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｎ’−、−Ｏ−、−Ｎ（Ｌ３’Ｒ２’）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３’Ｒ２’）Ｏ−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３’Ｒ２’）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３’Ｒ２’）Ｎ−、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。記号ｎ’は、０、１、または２である。
Ｌ２は、結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｔ−、−Ｏ−、−Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３ＡＲ２Ａ）Ｏ−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３ＡＲ２Ａ）Ｎ−、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。記号ｔは、０、１、または２である。
Ｌ３、Ｌ３’、およびＬ３Ａは、独立して、結合、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。記号ｗは、０、１、または２である。
Ｒ２、Ｒ２’、およびＲ２Ａは、独立して、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、または置換もしくは非置換ヘテロアリールである。
Ｅは電子求引基であるか、またはＬ２と一緒になって電子求引基を形成する（例えば、−Ｌ２−Ｅは電子求引基を形成し得る）。ある実施形態において、Ｅは、Ａ環またはＲ４であり、ここで、Ｒ４およびＡ環は以下に定義される通りである。従って、Ｅは、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ５Ａ−Ｒ４Ａであり得る。Ｅはまた、水素、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２３Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり得る。ある実施形態において、Ｅは、置換もしくは非置換ヘテロアリール（例えば、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアリール）または置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル（例えば、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル）である。
−Ｌ２−Ｅが電子求引基である、ある実施形態において、Ｅは単に水素であり得る。「電子求引基」という用語は、化学反応中心から負電荷を吸引することによって、すぐ近くの化学反応中心上で作用する静電力を修飾する化学置換基をいう。従って、電子求引基は、反応中心から離れるように電子を求引する。結果として、反応中心は、電子求引基の非存在におけるよりも、部分的により正に荷電する。ある実施形態において、化学反応中心は、炭素−炭素二重結合（オレフィン）を形成する２個の炭素の一方である。ある実施形態において、化学反応中心は、−Ｌ１−Ｒ１に結合されたオレフィン炭素である。電子求引基は、このオレフィン炭素から離れるように電荷または電子を求引するように機能し、それによって、オレフィン炭素電子を欠乏状態にする（電子求引基の非存在と比較して）。この電子欠乏性オレフィン炭素は、それによって、キナーゼ活性部位のシステインのスルフヒドリルなどの電子が豊富な化学基に向かってより反応性にされる。
Ｅおよび−Ｌ２−Ｅは、典型的には、キナーゼ活性部位のシステインのスルフヒドリルに可逆的に結合するように反応中心のオレフィン炭素からの電子を十分に求引する置換基である（例えば、キナーゼが完全に変性されるかまたは部分的に変性されるときに測定可能に可逆的に結合する）。反応中心のオレフィン炭素とキナーゼ活性部位のシステインのスルフヒドリル（またはチオール化合物代用物）の間の結合の可逆性を試験する方法は、以下に提供されるアッセイおよび実施例において提供される。
ある実施形態において、−Ｌ２−Ｅは、以下に示される化学式の１つに示される通りである。例えば、化学式ＩＩにおいて、−Ｌ２−Ｅは−Ｃ（Ｏ）Ｘ（Ｌ４−Ｒ３）ｚ（Ｌ５−Ｒ４）であり、化学式ＩＩＩｃにおいて―Ｌ２−ＮＲ３Ｒ４であり、化学式ＩＩＩｃにおいて、−Ｌ２−Ｅは−ＷＮＲ３Ｒ４である、などである。従って、−Ｌ２−Ｅは、本明細書に提供される化学式に示される通りであってもよく、本明細書に提供される−Ｌ１−Ｒ１の定義および実施形態と組み合わせ得る。同様に、−Ｌ１−Ｒ１は、本明細書に提供される化学式に示される通りであってもよく（例えば、化学式ＩＩＩａ〜ＩＩＩｅ、ここで、−Ｌ１−Ｒ１はピロロピリミジニルを含む）、本明細書に提供されるような−Ｌ２−Ｅの定義と組み合わせ得る。
反応中心から電子を求引することが可能である基のいくつかの非限定的な例には、−ＮＯ２、−Ｎ（Ｒ２）、−Ｎ（Ｒ３）＋、−Ｎ（Ｈ３）＋、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ３Ｒ’、−Ｓ（Ｏ２）Ｒ’（スルホン）、−Ｓ（Ｏ）Ｒ’（スルホキシド）、−Ｓ（Ｏ２）ＮＨ２（スルホンアミド）、−ＳＯ２ＮＨＲ’、−ＳＯ２ＮＲ’２、−ＰＯ（ＯＲ’）２、−ＰＯ３Ｈ２、−ＰＯ（ＮＲ’２）２、ピリジニル（２−、３−、４−）、ピラゾリル、インダゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、ベンゾチアゾリル、オキサゾリル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾオキサゾリル、イソオキサゾリル、ベンゾイソイソオキサゾリル、トリアゾリル、ベンゾトリアゾリル、キノリニル、イソキノリニル、キナゾリニル、ピリミジニル、５または６員ヘテロアリールに任意に縮合された、Ｃ−Ｎ二重結合を有する、５または６−員ヘテロアリール、ピリジニル Ｎ−オキシド、−ＣＭ≡Ｎ、−ＣＸ’３、−Ｃ（Ｏ）Ｘ’、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＯＲ’、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ’、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’２、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）ＯＲ’’、およびＸ’が挙げられるがこれらに限定されず、ここで、Ｘ’は、独立して、ハロゲン（例えば、クロロまたは（ｏｆ）フルオロ）であり、Ｒ、Ｒ’、およびＲ’’は、独立して、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、置換もしくは非置換ヘテロアリール、または同様の置換基（例えば、置換基、サイズが限定された置換基、または低級置換基）である。「電子求引基」という用語は、当該分野で知られているような「電子供与基」から区別される。
従って、ある実施形態において、本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤（例えば、上記の化学式Ｉまたは以下に提供される化学式の化合物）は、可逆的キナーゼ阻害剤であり、プロテインキナーゼが、変性されていない、部分的に変性されている、または完全に変性されているときに、プロテインキナーゼから測定可能に解離し得る。ある実施形態において、共有結合性可逆的キナーゼ阻害剤は、プロテインキナーゼが、完全に変性され、または部分的に変性されているときにのみ、プロテインキナーゼから測定可能に解離するが、プロテインキナーゼがインタクトであるときにはプロテインキナーゼから測定可能には解離せず、または、プロテインキナーゼがインタクトであるときには、プロテインキナーゼが完全にまたは部分的に変性されているときの解離と比較して、少なくとも１０倍、１×１０２倍、１×１０３倍、１×１０４倍、１×１０５倍、１×１０６倍、１×１０７倍、１×１０８倍、１×１０９倍、１×１０１０倍、ゆっくりと解離する（本明細書では「共有結合性可逆的変性キナーゼ阻害剤」と呼ばれる）。ある実施形態において、６Ｎ グアニジン、１％ ＳＤＳ、５０％ ＭｅＣＮ、または同様のタンパク質変性剤などの変性溶液中に、数秒間または数分間（例えば、３０〜１２０秒間、６０秒間など）置かれたときに、プロテインキナーゼは、変性されるかまたは完全に変性される（すなわち、インタクトではない）。ある実施形態において、本明細書に記載される可逆的キナーゼ阻害剤は、キナーゼ活性部位システイン残基への共有結合後、６Ｎ グアニジン、１％ ＳＤＳ、５０％ ＭｅＣＮ、または同様のタンパク質変性剤を用いるキナーゼの変性／アンフォールディングの数秒または数分以内にキナーゼから解離することが可能である。
本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤のある実施形態において、Ｌ１が結合でありかつＲ１が（３−（４−アミノ−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）プロパン−１−オール）−６−イルであるならば、−Ｌ２−Ｅは−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２ではない。他の実施形態において、Ｌ１が結合でありかつＲ１が置換４−アミノ ピロロピリミジニルである場合、−Ｌ２−Ｅは−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２ではない。他の実施形態において、Ｌ１が結合でありかつＲ１が置換ピロロピリミジニルである場合、−Ｌ２−Ｅは−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２ではない。特定の実施形態において、Ｌ１が結合でありかつＲ１が置換もしくは非置換ピロロピリミジニルである場合、−Ｌ２−Ｅは−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２ではない。他の実施形態において、Ｒ１が置換もしくは非置換ピロロピリミジニルである場合、−Ｌ２−Ｅは−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２ではない。
他の実施形態において、−Ｌ２−Ｅは−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２ではない。他の実施形態において、−Ｌ２−Ｅは−Ｃ（Ｏ）ＯＨ、または−Ｃ（Ｏ）ＯＲ’’ではなく、ここで、Ｒ’’は、非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキル（例えば、メチルなどの非置換Ｃ１−Ｃ５アルキル）である。ある実施形態において、−Ｌ２−Ｅは−Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＣＨ３）２または−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ３）ではない。
上記の化学式Ｉまたは以下に提供される化学式のある実施形態において、Ｒ１およびＲ１Ａは、独立して、Ｒ７−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換アリール、またはＲ７−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。
Ｒ７は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリール、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ６−Ｒ７Ａである。Ｌ６は、−Ｏ−、−ＮＨ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）ｍ−、または−Ｓ（Ｏ）ｍＮＨ−であり、ここで、ｍは、０、１、または２である。
Ｒ７Ａは、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリール、またはＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ８は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ９−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ９−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ９−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ９−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ９−置換もしくは非置換アリール、Ｒ９−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ９−Ｒ９Ａである。ある実施形態において、Ｒ８は、独立して、−ＯＨまたは非置換アルキルである。Ｌ９は、−Ｏ−、−ＮＨ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）ｍ’−、または−Ｓ（Ｏ）ｍ’ＮＨ−であり、ここで、ｍ’は、０、１、または２である。
Ｒ９Ａは、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１０−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１０−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１０−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１０−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１０−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１０−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ９は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１０−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１０−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１０−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１０−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１０−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１０−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ１０は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである。
ある実施形態において、Ｒ１およびＲ１Ａは、独立して、少なくとも２個（例えば、２〜４個）の環窒素を有する、Ｒ７−置換もしくは非置換６，５縮合環ヘテロアリール、Ｒ７−置換もしくは非置換５，６縮合環ヘテロアリール、Ｒ７−置換もしくは非置換５，５縮合環ヘテロアリール、Ｒ７−置換もしくは非置換６，６縮合環ヘテロアリール、またはＲ７−置換もしくは非置換５もしくは６員ヘテロアリールである。特定の実施形態において、Ｒ１およびＲ１Ａは、独立して、Ｒ７−置換フェニル、Ｒ７−置換ピペリジニル、Ｒ７−置換６−員ヘテロシクロアルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換６，５縮合環ヘテロアリール、Ｒ７−置換もしくは非置換５，６縮合環ヘテロアリールである。Ｒ７は、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリール、またはＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ６−Ｒ７Ａであり得る。Ｒ７Ａは、Ｒ８−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリール、またはＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり得る。Ｌ６は、−Ｏ−、−ＮＨ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）ｍ−、または−Ｓ（Ｏ）ｍＮＨ−であり得る。Ｒ８−ＯＨまたはＲ９−置換もしくは非置換アルキルであり得る。ある関連する実施形態において、Ｒ７は、独立して、Ｒ８−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリール、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ６−Ｒ７Ａである。他の関連する実施形態において、Ｒ７は、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールまたは−Ｌ６−Ｒ７Ａである。Ｌ６は−Ｃ（Ｏ）−であり得る。Ｒ７ＡはＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり得る。
ある実施形態において、Ｒ１またはＲ１Ａは、Ｒ７−置換もしくは非置換ヘテロアリールなどの置換もしくは非置換ヘテロアリールである。ヘテロアリールは、置換もしくは非置換ピロロピリミジニル、置換もしくは非置換インドリル、置換もしくは非置換ピラゾリル、置換もしくは非置換インダゾリル、置換もしくは非置換イミダゾリル、置換もしくは非置換チアゾリル、置換もしくは非置換ベンゾチアゾリル、置換もしくは非置換オキサゾリル、置換もしくは非置換ベンゾイミダゾリル、置換もしくは非置換ベンゾオキサゾリル、置換もしくは非置換イソオキサゾリル、置換もしくは非置換ベンゾイソイソオキサゾリル、置換もしくは非置換トリアゾリル、置換もしくは非置換ベンゾトリアゾリル、置換もしくは非置換キノリニル、置換もしくは非置換イソキノリニル、置換もしくは非置換キナゾリニル、置換もしくは非置換ピリミジニル、置換もしくは非置換ピリジニル Ｎ−オキシド、置換もしくは非置換フラニル、置換もしくは非置換チオフェニル、置換もしくは非置換ベンゾフラニル、置換もしくは非置換ベンゾチオフェニル、置換もしくは非置換イミダゾ［１，２ｂ］ピリダジニルであり得る。ある実施形態において、Ｒ１またはＲ１Ａは、置換もしくは非置換６，５縮合環ヘテロアリール、置換もしくは非置換５，６縮合環ヘテロアリール、置換もしくは非置換５，５縮合環ヘテロアリール、または置換もしくは非置換６，６縮合環ヘテロアリールである。他の実施形態において、Ｒ１またはＲ１Ａは、少なくとも２個（例えば、２〜４個）の環窒素を有する、置換もしくは非置換５もしくは６員ヘテロアリールである。上記に議論されたように、任意のＲ１置換基は、この段落に列挙された置換基を含む、Ｒ７−置換されたものであり得る。
Ｒ１および／または−Ｌ１−Ｒ１は、キナーゼＡＴＰ結合部位部分であるように一般的に設計される。Ｒ１および／または−Ｌ１−Ｒ１がｓｐ２炭素を介して化合物の残りに結合されている、化学式Ｉの化合物において、この化合物の安定性が改善されていることもまた本発明において見い出された。本明細書で使用される場合、「キナーゼＡＴＰ結合部位部分」は、キナーゼＡＴＰ結合部位の中で適合可能であり、および／またはキナーゼＡＴＰ結合部位の中でアミノ酸に結合可能である部分である。キナーゼＡＴＰ結合部位は、幅広い種々のキナーゼについて周知であり、当該分野において一般的に利用されるコンピューターモデリング技術を使用してキナーゼの一次アミノ酸構造から容易に決定され得る。特定の実施形態において、−Ｌ１−Ｒ１は、キナーゼＡＴＰ結合部位部分であり、電子欠乏オレフィン炭素は、キナーゼ活性部位システインのスルフヒドリルに結合する。従って、ある実施形態において、本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤は、プロテインキナーゼの少なくとも２個の点に結合する：ＡＴＰ結合部位部分の中の少なくとも１個の残基およびキナーゼ活性部位システインのスルフヒドリルである。ある実施形態において、−Ｌ１−Ｒ１は化学式：
Figure 2013510886
 を有さない。
他の実施形態において、−Ｌ１−Ｒ１は、ヒドロキシルで置換されたフェニルではない。ある実施形態において、−Ｌ１−Ｒ１は、置換もしくは非置換ヘテロアリールまたは置換もしくは非置換ヘテロアリーレン基を含む。
ある実施形態において、Ｌ１−Ｒ１および／またはＲ１は、置換もしくは非置換アリールまたは置換もしくは非置換ヘテロアリールである。他の実施形態において、Ｌ１は結合でありかつＲ１は置換もしくは非置換アリールまたは置換もしくは非置換ヘテロアリールである。他の実施形態において、Ｌ１は、置換もしくは非置換アリーレンまたは置換もしくは非置換ヘテロアリーレンでありかつＲ１またはＲ１Ａは、置換もしくは非置換アリールまたは置換もしくは非置換ヘテロアリールである。例えば、Ｌ１は、置換もしくは非置換アリーレンであってもよく、そしてＲ１またはＲ１Ａは、置換または非置換ヘテロアリールであり得る。関連する実施形態において、Ｌ１Ａは、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−ＳＯ２−、−Ｓ−、−Ｏ−、−ＮＨ−、または−ＳＯ２ＮＨ−である。
ある実施形態において、Ｌ１は結合でありかつＲ１はＲ７−置換フェニルである。ある関連する実施形態において、Ｒ７は−Ｌ６−Ｒ７ＡまたはＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり、ここで、Ｒ７ＡはＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。あるさらなる関連する実施形態において、Ｌ６は結合または−Ｃ（Ｏ）−である。他の関連する実施形態において、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールは、Ｒ８−置換もしくは非置換６，５縮合環ヘテロアリールまたはＲ８−置換もしくは非置換５，６縮合環である。
他の実施形態において、Ｌ１は結合でありかつＲ１はＲ７−置換フェニル、Ｒ７−置換ピペリジニル、Ｒ７−置換ピペリジニル、Ｒ７−置換ピロリジニル、Ｒ７−置換ピペリジニル、Ｒ７−置換アゼパニル、またはＲ７−置換アゼチジニルである。ある関連する実施形態において、Ｒ７は、−Ｌ６−Ｒ７ＡまたはＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり、ここで、Ｒ７Ａは、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。あるさらなる関連する実施形態において、Ｌ６は結合または−Ｃ（Ｏ）−である。他の関連する実施形態において、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールは、Ｒ８−置換もしくは非置換６，５縮合環ヘテロアリールまたはＲ８−置換もしくは非置換５，６縮合環である。
ある実施形態において、Ｌ１は置換もしくは非置換アリーレン（例えば、フェニレン）でありかつＲ１またはＲ１Ａは置換もしくは非置換ヘテロアリール（例えば、Ｒ７−置換）である。他の実施形態において、Ｌ１は置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。
上記の化学式Ｉまたは以下に提供される化学式のある実施形態において、Ｌ１は、結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｎ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３Ｒ２）Ｏ−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３Ｒ２）Ｎ−、Ｒ１１−置換もしくは非置換アルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換シクロアルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換アリーレン、またはＲ１１−置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。Ｌ１Ａは結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３’Ｒ２’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｎ’−、−Ｏ−、−Ｎ（Ｌ３’Ｒ２’）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３’Ｒ２’）Ｏ−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３’Ｒ２’）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３’Ｒ２’）Ｎ−、Ｒ１１−置換もしくは非置換アルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換シクロアルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換アリーレン、またはＲ１１−置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり得る。
Ｌ１およびＬ１Ａはまた、独立して、結合、Ｒ１１−置換もしくは非置換アルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換シクロアルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換アリーレン、またはＲ１１−置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり得る。
Ｒ１１は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１２−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１２−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１２−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１２−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１２−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１２−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ１２は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１３−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１３−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１３−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１３−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１３−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１３−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ１３は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１４−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１４−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１４−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１４−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１４−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１４−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ１４は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである。
Ｌ２は、結合、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｔ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｃ（Ｏ）−−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３Ｒ２））−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３Ｒ２）Ｎ−、Ｒ１９−置換もしくは非置換アルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換シクロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換アリーレン、またはＲ１９−置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり得る。
Ｒ１９は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２０−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２０−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２０−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２０−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２０−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２０−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ２０は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２１−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２１−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２１−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２１−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２１−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２１−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ２１は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２２−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２２−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２２−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２２−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２２−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２２−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ２２は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである。
ある実施形態において、Ｌ３、Ｌ３’、およびＬ３Ａは、独立して、結合、Ｒ２７−置換もしくは非置換アルキレン、Ｒ２７−置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、Ｒ２７−置換もしくは非置換シクロアルキレン、Ｒ２７−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、Ｒ２７−置換もしくは非置換アリーレン、またはＲ２７−置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。Ｒ２７は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２８−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２８−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２８−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２８−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２８−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ２８は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２９−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２９−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２９−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２９−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２９−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２９−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ２９は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ３０−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ３０−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ３０−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ３０−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ３０−置換もしくは非置換アリール、またはＲ３０−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ３０は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである。
ある実施形態において、Ｒ２、Ｒ２’、およびＲ２Ａは、独立して、水素、Ｒ１５−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１５−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１５−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１５−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１５−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１５−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。
Ｒ１５は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１６−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換アリール、Ｒ１６−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ７−Ｒ１５Ａである。Ｌ７は、独立して、−Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）ｙ−、または−Ｓ（Ｏ）ｙＮＨ−であり、ここで、ｙは、０、１、または２である。Ｒ１５Ａは、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１６−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換アリール、Ｒ１６−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ１６は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１７−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１７−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１７−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１７−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１７−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１７−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ１７は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１８−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１８−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１８−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１８−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１８−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ１８は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は化学式ＩＩの構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＩＩに関して、Ｗは−Ｃ（Ｏ）−または−Ｓ（Ｏ）２−であり、ＸはＯまたはＮであり、かつｚは０または１であり、しかし、ＸがＯであるならば、ｚは０であるという条件である。Ｌ１およびＲ１は、化学式Ｉについて上記に開示されたのと同様に定義される。ある実施形態において、ＸはＮである。他の実施形態において、ＸはＯである。
Ｒ３は、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、または置換もしくは非置換ヘテロアリールである。
Ｒ４は、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ５Ａ−Ｒ４Ａである。Ｒ４Ａは、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ３およびＲ４は、Ｘと一緒に結合されて、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキルまたは置換もしくは非置換ヘテロアリールを形成し得る。Ｒ３およびＲ４Ａは、Ｘと一緒に結合されて、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキルまたは置換もしくは非置換ヘテロアリールを形成し得る。
Ｌ４およびＬ５は、独立して、結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｔ−、−Ｏ−、−Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３ＡＲ２Ａ）Ｏ−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３ＡＲ２Ａ）Ｎ−、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。Ｌ３Ａ、Ｒ２Ａ、ｔは上記に定義されるのと同様である。Ｌ５Ａは、結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３Ａ’Ｒ２Ａ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｔ’−、−Ｏ−、−Ｎ（Ｌ３Ａ’Ｒ２Ａ’）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３Ａ’Ｒ２Ａ’）Ｏ−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３Ａ’Ｒ２Ａ’）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３Ａ’Ｒ２Ａ’）Ｎ−、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。記号ｔ’は、０、１、または２である。
Ｒ２Ａ’は、独立して、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、または置換もしくは非置換ヘテロアリールである。ある実施形態において、Ｒ２Ａ’は、独立して、水素、Ｒ１５−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１５−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１５−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１５−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１５−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１５−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ１５は、上記に定義された通りである。
Ｌ３Ａ’は、独立して、結合、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。ある実施形態において、Ｌ３Ａ’は、結合、Ｒ２７−置換もしくは非置換アルキレン、Ｒ２７−置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、Ｒ２７−置換もしくは非置換シクロアルキレン、Ｒ２７−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、Ｒ２７−置換もしくは非置換アリーレン、またはＲ２７−置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。Ｒ２７は、上記に定義された通りである。
ある実施形態において、Ｌ４およびＬ５は、独立して、結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｔ−、−Ｏ−、−Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３ＡＲ２Ａ）Ｏ−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３ＡＲ２Ａ）Ｎ−、Ｒ１９−置換もしくは非置換アルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換シクロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換アリーレン、またはＲ１９−置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。ある実施形態において、Ｌ５Ａは、結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３Ａ’Ｒ２Ａ’）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｔ’−、−Ｏ−、−Ｎ（Ｌ３Ａ’Ｒ２Ａ’）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３Ａ’Ｒ２Ａ’）Ｏ−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３Ａ’Ｒ２Ａ’）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３Ａ’Ｒ２Ａ’）Ｎ−、Ｒ１９−置換もしくは非置換アルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換シクロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換アリーレン、またはＲ１９−置換もしくは非置換ヘテロアリーレンである。Ｒ１９は、上記に定義された通りである。
ある実施形態において、Ｌ５−Ｒ４またはＬ４−Ｒ３の少なくとも一方は、置換もしくは非置換ヘテロアリールまたは置換もしくは非置換ヘテロアリーレンを含む。ある実施形態において、Ｌ５−Ｒ４またはＬ４−Ｒ３の一方は、置換もしくは非置換ヘテロアリールまたは置換もしくは非置換ヘテロアリーレンを含む。ある実施形態において、Ｌ５−Ｒ４またはＬ４−Ｒ３の一方は水素である。
ある実施形態において、Ｌ１が結合でありかつＲ１が（３−（４−アミノ−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）プロパン−１−オール）−６−イルであるならば、Ｒ３およびＲ４の少なくとも一方は水素ではない。
化学式Ｉまたは化学式ＩＩのある実施形態において、Ｒ１またはＲ１Ａは、Ｒ７−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換アリール、またはＲ７−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり、ここで、Ｒ７は上記に定義された通りである。
ある実施形態において、Ｒ３は、水素、Ｒ２３−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２３−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２３−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２３−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２３−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２３−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。
Ｒ２３は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２４−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換アリール、Ｒ２４−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ８−Ｒ２３Ａ’である。Ｌ８は、独立して、−Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）ｐ−、または−Ｓ（Ｏ）ｐＮＨ−であり、ここで、ｐは、０、１、または２である。Ｒ２３Ａ’は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２４−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換アリール、Ｒ２４−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ２４は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２５−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２５−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２５−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２５−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２５−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２５−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ２５は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２６−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２６−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２６−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２６−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２６−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２６−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ２６は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである。
ある実施形態において、Ｒ３およびＲ４はＸと一緒に結合されて、置換もしくは非置換ヘテロアリールまたは置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル（例えば、Ｒ２３−置換もしくは非置換ヘテロアリールまたはＲ２３−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル）を形成する。ある実施形態において、Ｒ３およびＲ４はＸと一緒に結合されて、４−８員置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキルまたは５−６員置換もしくは非置換ヘテロアリール（例えば、そのＲ２３−置換種）を形成する。ある実施形態において、Ｒ３およびＲ４はＸと一緒に結合されて、４−７員置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキルまたは５−６員置換もしくは非置換ヘテロアリール（例えば、そのＲ２３−置換種）を形成する。ある実施形態において、Ｒ３およびＲ４はＸと一緒に結合されて、５−７員置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキルまたは５−６員置換もしくは非置換ヘテロアリール（例えば、そのＲ２３−置換種）を形成する。ある実施形態において、Ｒ３およびＲ４はＸと一緒に結合されて、置換もしくは非置換モルホリノ、置換もしくは非置換チオモルホリノ（またはその酸化された環）、置換もしくは非置換ピリジニル、置換もしくは非置換ピラジニル（ｐｙｒａｚｙｉｎｙｌ）、置換もしくは非置換ピロリジニル、置換もしくは非置換ピペリジニル、置換もしくは非置換ピペリジニル、置換もしくは非置換ピロリジニル、置換もしくは非置換アゼパニル、または置換もしくは非置換アゼチジニル（例えば、そのＲ２３−置換された置換基）を形成する。
化学式ＩＩに関するある実施形態において、Ｒ４およびＲ４Ａは、水素、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２３Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。ある実施形態において、Ｒ４およびＲ４Ａは水素ではない。
Ｒ２３Ａは、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換アリール、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ７Ａ−Ｒ２４Ｂである。Ｌ７Ａは、独立して、−Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）ｙ’−、または−Ｓ（Ｏ）ｙ’ＮＨ−であり、ここで、ｙ’は、０、１、または２である。Ｒ２４Ｂは、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換アリール、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ２４Ａは、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２５Ａ−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２５Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２５Ａ−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２５Ａ−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２５Ａ−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２５Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ２５Ａは、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２６Ａ−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２６Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２６Ａ−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２６Ａ−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２６Ａ−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２６Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ２６Ａは、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである。
ある実施形態において、Ｒ４またはＲ４ＡはＲ２３Ａ−置換もしくは非置換アルキルである。ある実施形態において、Ｒ３は、置換もしくは非置換ピリジニル（２−、３−、４−）、置換もしくは非置換ピラゾリル、置換もしくは非置換インダゾリル、置換もしくは非置換イミダゾリル、置換もしくは非置換チアゾリル、置換もしくは非置換ベンゾチアゾリル、置換もしくは非置換オキサゾリル、置換もしくは非置換ベンゾイミダゾリル、置換もしくは非置換ベンゾオキサゾリル、置換もしくは非置換イソオキサゾリル、置換もしくは非置換ベンゾイソイソオキサゾリル、置換もしくは非置換トリアゾリル、置換もしくは非置換ベンゾトリアゾリル、置換もしくは非置換キノリニル、置換もしくは非置換イソキノリニル、置換もしくは非置換キナゾリニル、置換もしくは非置換ピリミジニル、置換もしくは非置換ピリジニル Ｎ−オキシド、または５もしくは６員ヘテロアリールに任意に縮合された、少なくとも１個の環窒素を有する置換もしくは非置換５もしくは６員ヘテロアリール（例えば、Ｃ−Ｎ二重結合）である。先行する文における置換基が置換されているある実施形態において、置換基はＲ１５−置換されている。
さらに化学式ＩＩの構造を有する化合物に関して、ある実施形態において、Ｌ１、Ｌ４、およびＬ５は、独立して、結合であり、そしてＲ１は、Ｒ７−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換アリール、またはＲ７−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。ある実施形態において、Ｒ７は、独立して、−ＮＨ２、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリール、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ６−Ｒ７Ａである。Ｌ６は−Ｃ（Ｏ）−であり得る。Ｒ７ＡはＲ８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリール、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり得る。Ｒ８は−ＯＨまたはＲ９−置換もしくは非置換アルキルであり得る。Ｒ４は水素またはＲ１５−置換もしくは非置換アルキルであってもよく、そしてＲ３は水素またはＲ２３−置換もしくは非置換アルキルであり得る。Ｒ３およびＲ４はＸと一緒に任意に結合されて、４−７員（例えば、５−７員）ヘテロシクロアルキル（例えば、そのＲ２３置換種）を形成し得る。
ある実施形態において、Ｒ７は、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ６−Ｒ７Ａである。Ｌ４は、−Ｃ（Ｏ）−であってもよく、そしてＲ７Ａは、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ７、Ｒ８、Ｌ６、Ｒ７Ａは上記に定義されたものと同様である。
ある実施形態において、化学式ＩまたはＩＩの構造を有する化合物において、Ｒ１はＲ７−置換フェニルである。ある関連する実施形態において、Ｒ７は、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールまたは−Ｌ６−Ｒ７Ａである。Ｌ６は、−Ｃ（Ｏ）−であってもよく、Ｒ７ＡはＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり得る。化学式ＩＩのさらなる実施形態において、Ｒ３およびＲ４は水素である。
ある実施形態において、Ｒ７は、Ｒ８−置換もしくは非置換プリニル、Ｒ８−置換もしくは非置換ピリミジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換イミダゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換ピリミジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換１Ｈ−インダゾリル、またはＲ８−置換もしくは非置換７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジニルである。Ｒ７はまた、Ｒ８−置換もしくは非置換ピロロピリミジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換インドリル、Ｒ８−置換もしくは非置換ピラゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換インダゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換イミダゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換チアゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換ベンゾチアゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換オキサゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換ベンゾイミダゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換ベンゾオキサゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換イソオキサゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換ベンゾイソイソオキサゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換トリアゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換ベンゾトリアゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換キノリニル、Ｒ８−置換もしくは非置換イソキノリニル、Ｒ８−置換もしくは非置換キナゾリニル、Ｒ８−置換もしくは非置換ピリミジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換ピリジニル Ｎ−オキシド、Ｒ８−置換もしくは非置換フラニル、Ｒ８−置換もしくは非置換チオフェニル、Ｒ８−置換もしくは非置換ベンゾフラニル、Ｒ８−置換もしくは非置換ベンゾチオフェニル、Ｒ８−置換もしくは非置換イミダゾ［１，２ｂ］ピリダジニルであり得る。ある実施形態において、Ｒ１は、Ｒ８−置換もしくは非置換６，５ 縮合環ヘテロアリール、Ｒ８−置換もしくは非置換５，６ 縮合環ヘテロアリール、Ｒ８−置換もしくは非置換５，５ 縮合環ヘテロアリール、またはＲ８−置換もしくは非置換６，６ 縮合環ヘテロアリールである。他の実施形態において、Ｒ１は、少なくとも２個（例えば、２〜４個）の環窒素を有するＲ８−置換もしくは非置換５または６員ヘテロアリールである。
特定の実施形態において、Ｒ７は、−Ｌ４−Ｒ７ＡおよびＲ７Ａは、Ｒ８−置換もしくは非置換１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジニルである。
特定の実施形態において、Ｘは、Ｎ、およびＲ１は、Ｒ７−置換６−員ヘテロシクロアルキルである。Ｒ７はＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり得る。Ｒ１はＲ７−置換ピペリジニルであり得る。Ｒ７は、Ｒ８−置換もしくは非置換プリニル、Ｒ８−置換もしくは非置換ピリミジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換イミダゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換ピリミジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換１Ｈ−インダゾリル、またはＲ８−置換もしくは非置換７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジニルであり得る。特定の実施形態において、Ｒ３およびＲ４は水素である。
なおさらなる実施形態において、Ｒ１は、Ｒ７−置換もしくは非置換６，５縮合環ヘテロアリール、またはＲ７−置換もしくは非置換５，６縮合環ヘテロアリールである。Ｒ７は、−ＮＨ２、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリールであり、そしてＲ８は、独立して、−ＯＨまたは非置換アルキルであり得る。他の実施形態において、Ｒ１は、Ｒ７−置換もしくは非置換インダゾリル、またはＲ７−置換もしくは非置換７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジニルである。特定の実施形態において、Ｒ３およびＲ４は水素である。
化学式ＩまたはＩＩの構造を有する化合物の特定の実施形態において、Ｒ１は、Ｒ７−置換もしくは非置換インダゾール、またはＲ７−置換もしくは非置換７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジニルであり、Ｒ３は非置換アルキルであり、そしてＲ４は水素である。さらなる実施形態において、Ｒ３はフェニルメチルであり、そしてＲ４は水素である。ある実施形態において、Ｒ３およびＲ４はＮと結合してＲ２３−置換もしくは非置換ピロリジニルを形成する。
化学式ＩまたはＩＩの構造を有する化合物を意図する特定の実施形態において、ＸはＯであり、Ｒ１は、Ｒ７−置換もしくは非置換６，５縮合環ヘテロアリール、またはＲ７−置換もしくは非置換５，６縮合環ヘテロアリールである。Ｒ７は−ＮＨ２、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、またはＲ８−置換もしくは非置換アリールであり得る。Ｒ８は−ＯＨまたは非置換アルキルであり、そしてＲ３は非置換アルキルであり得る。特定のさらなる実施形態において、Ｒ１は、Ｒ７−置換７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジンであり、そしてＲ７は、−ＮＨ２、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、またはＲ８−置換もしくは非置換フェニルである。
ある実施形態において、化学式ＩＩの−Ｃ（Ｏ）Ｘ（Ｌ４−Ｒ３）ｚ（Ｌ５−Ｒ４）置換基は電子求引基である。従って、−Ｃ（Ｏ）Ｘ（Ｌ４−Ｒ３）ｚ（Ｌ５−Ｒ４）は、それが結合されるオレフィン部分から負電荷を求引可能である。ある実施形態において、−Ｃ（Ｏ）Ｘ（Ｌ４−Ｒ３）ｚ（Ｌ５−Ｒ４）は、オレフィン炭素と、本明細書で議論されるようなキナーゼ活性部位システインのスルフヒドリルとの間にチオール付加物が形成することを可能にするために、この置換基が結合されるオレフィン部分から負電荷を十分に求引することが可能である。
化学式Ｉおよび化学式ＩＩの特定の実施形態において、Ｒ１は置換もしくは非置換ヘテロアリールである。他の実施形態において、Ｒ１は、置換もしくは非置換ピラゾロピリミジニル（例えば、Ｒ７−置換もしくは非置換ピラゾロピリミジニル）である。他の実施形態において、Ｒ１は、置換もしくは非置換ピロロピリミジニル（例えば、Ｒ７−置換もしくは非置換ピロロピリミジニル）である。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤はこの構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＩＩＩａにおいて、ｚは１〜４の整数である。Ｌ１、Ｌ２、およびＲ７は上記に定義したのと同様である。ある実施形態において、Ｌ１は結合である。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＩＩＩｂにおいて、ｚは１〜４の整数である。Ｌ１、Ｌ２、Ｒ３、Ｒ４、およびＲ７は、上記に記載されたのと同様である。ある実施形態において、Ｌ１は結合である。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＩＩＩｃにおいて、Ｗは、−Ｃ（Ｏ）−または−Ｓ（Ｏ）２−、ｚは１〜４の整数である。Ｌ１、Ｒ３、Ｒ４、およびＲ７は上記に定義された通りである。ある実施形態において、Ｌ１は結合である。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＩＩＩｄにおいて、Ｗは、−Ｃ（Ｏ）−または−Ｓ（Ｏ）２−であり、ｚは１〜４の整数である。Ｌ１、Ｌ２、Ｒ３、Ｒ４、およびＲ７は上記に定義された通りである。ある実施形態において、Ｌ１は結合である。ある実施形態において、ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は、化合物４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、および５０である。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＩＩＩｅにおいて、Ｗは、−Ｃ（Ｏ）−または−Ｓ（Ｏ）２−であり、ｗは、１〜５の整数（例えば、１）である。Ｌ１、Ｌ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ７、およびＲ８は上記に定義された通りである。
化学式Ｉまたは化学式ＩＩの別の実施形態において、Ｌ１は、置換もしくは非置換アリーレンである。ある実施形態において、Ｌ１は置換もしくは非置換フェニレンである。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＩＶａにおいて、Ｒ１、Ｌ２、Ｅ、およびＲ１１は上記に定義された通りである。記号ｑは１〜４の整数である。ある実施形態において、Ｒ１１は水素である。ある実施形態において、Ｒ１は置換もしくは非置換ヘテロアリールである。さらなる実施形態において、Ｒ１は置換もしくは非置換ピロロピリミジンである。化学式ＩＶａの特定の実施形態において、Ｒ１は置換もしくは非置換ヘテロアリールであり、ｑは０であり、そしてＬ１は置換もしくは非置換フェニレンである。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＩＶｂにおいて、Ｒ７、Ｌ２、Ｅ、およびＲ１１は上記に定義された通りである。記号ｑは０〜４の整数である。ある実施形態において、Ｒ１１は水素である。記号ｚは１〜４の整数である。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＩＶｃにおいて、Ｒ７、Ｌ２、およびＥは上記に定義された通りである。記号ｚは１〜４の整数である。さらなる実施形態において、Ｅは−ＮＲ３Ｒ４（上記に定義された通り）である。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＩＶｄにおいて、Ｒ７、Ｌ２、Ｒ３、およびＲ４は上記に定義された通りである。記号ｚは１〜４の整数である。さらなる実施形態において、Ｌ２は−Ｃ（Ｏ）−である。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＩＶｅにおいて、Ｗは、−Ｃ（Ｏ）−または−Ｓ（Ｏ）２−、Ｒ７、Ｒ３、およびＲ４は上記に定義された通りである。記号ｚは１〜４の整数である。ある実施形態において、Ｒ７は、独立して、−ＮＨ２、または置換もしくは非置換アリールである。ある実施形態において、一方のＲ７は−ＮＨ２であり、そして他方のＲ７は置換アリールである。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＩＶｆにおいて、Ｗは、−Ｃ（Ｏ）−または−Ｓ（Ｏ）２−、Ｒ７、Ｒ３、およびＲ４は上記に定義された通りである。特定のさらなる実施形態において、Ｒ３およびＲ４は、独立して、水素、非置換または置換アルキルであり、または一緒に結合して、置換もしくは非置換ヘテロアルキルを形成する。Ｒ７は置換もしくは非置換フェニルであり得る。ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は、化合物５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、または６１である。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式（Ｖａ）において、Ｒ１、Ｌ２、およびＥは上記に定義された通りである。特定の実施形態において、Ｅは−ＮＲ３Ｒ４である（上記に定義された通り）。Ｌ２−Ｃ（Ｏ）−であり得る。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式Ｖｂにおいて、Ｗは、−Ｃ（Ｏ）−または−Ｓ（Ｏ）２−、Ｒ１、Ｒ３、およびＲ４は上記に定義された通りである。特定の実施形態において、Ｒ１は置換アルキルである。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式Ｖｃにおいて、Ｗは、−Ｃ（Ｏ）−または−Ｓ（Ｏ）２−であり、Ｒ３およびＲ４は上記に定義された通りである。特定の実施形態において、キナーゼ阻害剤は化合物３８または３９である。
ある実施形態において、Ｒ１は置換もしくは非置換インダゾリルであり、そしてキナーゼ阻害剤は以下の化学式ＶＩａの構造を有し、ここで、Ｒ７は、本明細書に定義された通りである。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の化学式を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＶＩａにおいて、Ｌ２、ＥおよびＲ７は上記に定義された通りである。記号ｚは、１〜４の整数である。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の化学式を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＶＩｂにおいて、Ｗは、−Ｃ（Ｏ）−または−Ｓ（Ｏ）２−、Ｒ３、Ｒ４、およびＲ７は上記に定義された通りである。記号ｚは１〜４の整数である。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の化学式を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＶＩｃにおいて、Ｗは、−Ｃ（Ｏ）−または−Ｓ（Ｏ）２−、Ｒ３、Ｒ４、およびＲ７は上記に定義された通りである。ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は、化合物３７、４０、４１、または４２である。
化学式Ｉの別の実施形態において、Ｌ１は置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレンであり、Ｌ２は−Ｃ（Ｏ）−である。さらなる実施形態において、Ｒ１は置換もしくは非置換ヘテロアリールであり、Ｅは−ＮＲ３Ｒ４である。ある実施形態において、Ｌ１はピペリジニルである。さらなる実施形態において、Ｒ１はプリニルである。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は以下の化学式を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式（ＶＩＩ）において、Ｗは−Ｃ（Ｏ）−または−Ｓ（Ｏ）２−であり、Ｒ３およびＲ４は上記に定義された通りである。ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は化合物３６である。
キナーゼ阻害剤は（本明細書に議論されるような）可逆的キナーゼ阻害剤であり得る。ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は、（本明細書に議論されるような）可逆的変性キナーゼ阻害剤である。ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は、（本明細書に議論されるような）共有結合性可逆的キナーゼ阻害剤である。他の実施形態において、キナーゼ阻害剤は、（本明細書に議論されるような）共有結合性可逆的変性キナーゼ阻害剤である。そして特定の実施形態において、キナーゼ阻害剤は、（本明細書に議論されるような）チオール共有結合性可逆的変性キナーゼ阻害剤である。
ある実施形態において、本明細書に提供される化学式の化合物、およびその実施形態は、ｐＨ ７．５で（例えば、３７℃のリン酸緩衝化生理食塩水中で）安定である。化学式ＩまたはＩＩの化合物、およびその実施形態がｐＨ ７．５で安定である、ある実施形態において、この化合物は、６時間、１２時間、２４時間、または４８時間よりも長い半減期を有する。本明細書に提供される化学式の化合物、およびその実施形態がｐＨ ７．５で安定である、ある実施形態において、化合物は１２時間よりも長い半減期を有する。本明細書に提供される化学式の化合物、およびその実施形態がｐＨ ７．５で安定である、ある実施形態において、化合物は２４時間よりも長い半減期を有する。本明細書に提供される化学式の化合物、およびその実施形態がｐＨ ７．５で安定である、ある実施形態において、化合物は４８時間よりも長い半減期を有する。特定の実施形態において、本明細書に提供される化学式の化合物、およびその実施形態は、細胞内でキナーゼ阻害を示す。ある実施形態において、この細胞は、原核生物細胞または真核生物細胞である。この細胞は、真核生物細胞（例えば、原生動物細胞、真菌細胞、植物細胞、または動物細胞）であり得る。ある実施形態において、この細胞は、ヒト細胞、ウシ細胞、ブタ細胞、ウマ細胞、イヌ細胞およびネコ細胞、マウス細胞、またはラット細胞などの哺乳動物細胞である。ある実施形態において、この細胞はヒト細胞である。この細胞は、器官または生物体の一部を形成し得る。特定の実施形態において、この細胞は、器官または生物体の一部を形成しない。
ある実施形態において、本明細書に提供される化学式の化合物中で上記に記載される各置換基は、少なくとも１個の置換基で置換される。より具体的には、ある実施形態において、本明細書に提供される化学式の化合物中で上記に記載される、置換アルキル、置換ヘテロアルキル、置換シクロアルキル、置換ヘテロシクロアルキル、置換アリール、置換ヘテロアリール、置換アルキレン、置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンの各々は、少なくとも１個の置換基で置換される。他の実施形態において、これらの基の少なくとも１個またはすべてが、少なくとも１個のサイズが限定された置換基で置換される。あるいは、これらの基の少なくとも１個またはすべてが、少なくとも１個の低級置換基で置換される。
本明細書に提供される化学式の化合物の他の実施形態において、各置換もしくは非置換アルキルは置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ２０アルキルであり、各置換もしくは非置換ヘテロアルキルは置換もしくは非置換２−２０員ヘテロアルキルであり、各置換もしくは非置換シクロアルキルは置換もしくは非置換Ｃ４−Ｃ８シクロアルキルであり、各置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキルは置換もしくは非置換４−８員ヘテロシクロアルキルであり、各置換もしくは非置換アルキレンは置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ２０アルキレンであり、各置換もしくは非置換ヘテロアルキレンは置換もしくは非置換２−２０員ヘテロアルキレンであり、各置換もしくは非置換シクロアルキレンは置換もしくは非置換Ｃ４−Ｃ８シクロアルキレンであり、そして各置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレンは置換もしくは非置換４−８員ヘテロシクロアルキレンである。
あるいは、各置換もしくは非置換アルキルは置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ８アルキルであり、各置換もしくは非置換ヘテロアルキルは置換もしくは非置換２−８員ヘテロアルキルであり、各置換もしくは非置換シクロアルキルは置換もしくは非置換Ｃ５−Ｃ７シクロアルキルであり、各置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキルは置換もしくは非置換５−７員ヘテロシクロアルキルであり、各置換もしくは非置換アルキレンは置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ８アルキレンであり、各置換もしくは非置換ヘテロアルキレンは置換もしくは非置換２−８員ヘテロアルキレンであり、各置換もしくは非置換シクロアルキレンは置換もしくは非置換Ｃ５−Ｃ６シクロアルキレンであり、そして各置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレンは置換もしくは非置換５−７員ヘテロシクロアルキレンである。
ある実施形態において、本明細書に提供される化学式の化合物は、以下の表１およびまたは表２ａ−２ｅに示される１種以上の化合物である。他の実施形態において、化合物は、以下の１種以上である：
Figure 2013510886
Figure 2013510886
Figure 2013510886
Figure 2013510886
Figure 2013510886
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は化学式ＶＩＩＩの構造を有する：
Figure 2013510886
 。
化学式ＶＩＩＩおよび本明細書に提供される他の化学式において、Ａ環は、Ｒ３１−置換もしくは非置換ヘテロアリールなどの置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ１およびＬ１は上記に定義された通りである。
Ｒ３１は、上記に定義されたＲ２３Ａであるか、または水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ３３−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換アリール、またはＲ３３−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。
Ｒ３３は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ３４−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ３４−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ３４−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ３４−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ３４−置換もしくは非置換アリール、またはＲ３４−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。
Ｒ３４は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ３５−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ３５−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ３５−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ３５−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ３５−置換もしくは非置換アリール、またはＲ３５−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。
Ｒ３５は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は化学式ＩＸの構造を有する：
Figure 2013510886
化学式ＩＸにおいて、Ａ環は、上記に示されるようなＲ３１−置換もしくは非置換ヘテロアリールなどの置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ１およびＬ１は上記に定義された通りである。
上記の化学式ＶＩＩＩおよびＩＸのある実施形態において、Ａ環は、Ｒ３１−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。上記の化学式ＶＩＩＩおよびＩＸのある実施形態において、Ａ環は、５員Ｒ３１−置換もしくは非置換ヘテロアリールまたは６員Ｒ３１−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は化学式Ｘａの構造を有する：
Figure 2013510886
化学式Ｘａにおいて、Ｘ１が結合の点ではないとき、Ｘ１は、−Ｃ（Ｒ３１Ｒ３２）−、−Ｎ（Ｒ３１）−、−Ｓ−または−Ｏ−である。Ｘ１が結合の点であるとき、Ｘ１は、Ｃ（Ｒ３１）またはＮである。Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５は、結合の点ではないとき、独立して、−Ｃ（Ｒ３１）＝または−Ｎ＝である。Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、またはＸ５が結合の点であるとき、結合の点であるＸ２、Ｘ３、Ｘ４、またはＸ５はＣである。Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５の少なくとも１個が炭素ではない（すなわち、適切に、−Ｃ（Ｒ３１Ｒ３２）−、Ｃ（Ｒ３１）または−Ｃ（Ｒ３１）＝ではない）。例えば、ある実施形態において、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５の少なくとも１個が窒素である（すなわち、適切に、−Ｎ（Ｒ３１）−または−Ｎ＝）。典型的には、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５の少なくとも２個が炭素である（例えば、−Ｃ（Ｒ３１Ｒ３２）−、Ｃ（Ｒ３１）、または−Ｃ（Ｒ３１）＝）。
Ｒ３１は、上記に定義された通りである。Ｒ３２は、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ３３−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換アリール、またはＲ３３−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｒ３３は上記に開示されるように定義される。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は化学式Ｘｂの構造を有する：
Figure 2013510886
化学式Ｘｂ’において、Ｘ１は、Ｃ（Ｒ３１）またはＮである。Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５は、独立して、−Ｃ（Ｒ３１）＝または−Ｎ＝であり、しかし、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５の少なくとも１個がＮであるという条件である。典型的には、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５の少なくとも２個が炭素である。化学式Ｘｂ’’において、Ｘ２はＣである。Ｘ１は、−Ｃ（Ｒ３１Ｒ３２）−、−Ｎ（Ｒ３１）−、−Ｓ−、または−Ｏ−である。Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５は、独立して、−Ｃ（Ｒ３１）＝または−Ｎ＝であり、しかし、Ｘ１、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５の少なくとも１個は炭素ではないという条件である。Ｌ１、Ｒ１、およびＲ３１は上記に開示されるように定義される。典型的には、Ｘ１、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５の少なくとも１個が炭素である。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は化学式Ｘｃの構造を有する：
Figure 2013510886
化学式Ｘｃにおいて、Ｘ３およびＸ５は、独立して、−Ｃ（Ｒ３１）＝である。Ｌ１、Ｒ１、およびＲ３１は上記に定義された通りである。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は化学式Ｘｄの構造を有する：
Figure 2013510886
化学式Ｘｄにおいて、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５は、独立して、−Ｃ（Ｒ３１）＝である。Ｌ１、Ｒ１、およびＲ３１は上記に開示されるように定義される。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は化学式Ｘｅの構造を有する：
Figure 2013510886
化学式Ｘｅにおいて、Ｘ４およびＸ５は、独立して、−Ｃ（Ｒ３１）＝である。Ｘ２はＣである。Ｌ１、Ｒ１、およびＲ３１は上記に開示されるように定義される。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は化学式Ｘｆの構造を有する：
Figure 2013510886
化学式Ｘｆにおいて、Ｘ４およびＸ５は、独立して、−Ｃ（Ｒ３１）＝である。Ｌ１、Ｒ１、およびＲ３１は上記に開示されるように定義される。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は化学式ＸＩａの構造を有する：
Figure 2013510886
化学式ＸＩａにおいて、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、およびＸ１０は、独立して、−Ｃ（Ｒ３１）＝、−Ｎ＝、または
Figure 2013510886
 であり、しかし、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、およびＸ１０の少なくとも１個が、Ｎまたは
Figure 2013510886
 であるという条件である。Ｌ１、Ｒ１、およびＲ３１は上記に開示されるように定義される。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は化学式ＸＩｂの構造を有する：
Figure 2013510886
化学式ＸＩｂにおいて、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ９、およびＸ１０は、独立して、−Ｃ（Ｒ３１）＝である。Ｘ８は、Ｎまたは
Figure 2013510886
 である。Ｌ１、Ｒ１、およびＲ３１は上記に開示されるように定義される。
ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は化学式ＸＩｃの構造を有する：
Figure 2013510886
化学式ＸＩｃにおいて、Ｘ６、Ｘ８、Ｘ９、およびＸ１０は、独立して、−Ｃ（Ｒ３１）＝である。Ｘ７は、Ｎまたは
Figure 2013510886
 である。Ｌ１、Ｒ１、およびＲ３１は上記に開示されるように定義される。
上記の化学式ＶＩＩＩおよびＩＸのある実施形態において、Ａ環は、Ｒ３１−置換もしくは非置換フリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換チエニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピロリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換イミダゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピラゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換オキサゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換イソオキサゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換チアゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換イソチアゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換トリアゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換オキサジアゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピリジル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピリミジル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピリダジニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピロリニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピラジニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換テトラゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換フラニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ジヒドロチエノ−ピラゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換チアナフテニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換カルバゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾチエニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾフラニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換インドリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換キノリニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾトリアゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾチアゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾオキサゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾイミダゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換イソキノリニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換イソインドリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換アクリジニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾイサゾリルである。Ｒ３１は上記に開示されるように定義される。
上記の化学式ＶＩＩＩ、ＩＸ、Ｘａ−Ｘｆ、およびＸＩａ−ＸＩｃのある実施形態において、Ｒ１は、Ｒ７−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換アリール、またはＲ７−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。Ｌ１は結合である。
ある実施形態において、化学式Ｉの化合物は、下記の表１、表２ａ−２ｅに示される１種以上の化合物、または以下の化合物である：
Figure 2013510886
当該分野において一般的に知られている化学合成技術および実施例セクションに示されている合成技術を使用して、当業者は、化学式Ｉの化合物を合成することが可能である。別の態様において、可逆的キナーゼ阻害剤を作製する方法が提供される。この方法は、以下の化学式を有する置換基を含むために公知の非可逆的または不可逆的キナーゼ阻害剤を修飾する工程を含む：
Figure 2013510886
Figure 2013510886
。
Ｗ、Ｌ２、Ｌ４、Ｌ５、Ｅ、Ｒ３、Ｒ４、Ａ環、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、およびｚは上記に定義された通りである。記号
Figure 2013510886
 は、化合物の残りまたは固体支持体への置換基の結合の点を表す。
別の態様において、本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤に結合されたタンパク質を含むタンパク質付加物が提供される。ある実施形態において、付加物は以下の化学式を有する：
Figure 2013510886
Figure 2013510886
Figure 2013510886
Figure 2013510886
。
タンパク質付加物の化学式中の記号（例えば、Ｗ、Ｅ、Ｒ１、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ７、Ｒ１１、Ａ環、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０など）は上記に定義された通りである。記号Ｑはタンパク質（例えば、ペプチド）を表す。典型的には、Ｑに結合された硫黄はシステインアミノ酸の一部を形成する。ある実施形態において、阻害剤化合物に連結されたシステインは、ＢＴＫのＣｙｓ−４８１、ＪＡＫ３のＣｙｓ−９０９、またはＲＳＫ２のＣｙｓ−４３６である。
ＩＩＩ．プロテインキナーゼを阻害する方法
別の態様において、プロテインキナーゼを阻害する方法が提供される。これらの方法は、プロテインキナーゼを有効量の本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤と接触させることを含む。キナーゼ阻害剤は、本明細書に提供される化学式の構造（または上記のその任意の実施形態）を有し得る。ある実施形態において、プロテインキナーゼを阻害する方法は細胞の中で行われる。従って、特定の実施形態において、細胞の中でプロテインキナーゼを阻害する方法が提供される。この方法は、有効量の本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤と細胞を接触させることを含む。キナーゼ阻害剤は、本明細書に提供される化学式の構造（または上記のその任意の実施形態）を有し得る。ある実施形態において、この細胞は原核生物細胞または真核生物細胞である。この細胞は真核生物細胞（例えば、原生動物細胞、真菌細胞、植物細胞、または動物細胞）であり得る。ある実施形態において、この細胞は、ヒト細胞、ウシ細胞、ブタ細胞、ウマ細胞、イヌ細胞およびネコ細胞、マウス細胞、またはラット細胞などの哺乳動物細胞である。ある実施形態において、細胞はヒト細胞である。この細胞は、器官または生物体の一部を形成し得る。特定の実施形態において、この細胞は、器官または生物体の一部を形成しない。
キナーゼ阻害剤は可逆的キナーゼ阻害剤であり得る。可逆的キナーゼ阻害剤はキナーゼ阻害剤であり、本明細書に開示されるように（例えば、本明細書に提供される化学式の化合物およびその実施形態）、プロテインキナーゼがインタクトであり（すなわち、変性されていない）または変性されるとき（例えば、部分的に変性され、または完全に変性されるとき）、プロテインキナーゼから測定可能に解離可能である。「変性」キナーゼは、キナーゼ活性を保持するために十分な三次構造または二次構造を有さないキナーゼである。「インタクトな」キナーゼは、キナーゼ活性を保持するために十分な三次構造または二次構造を有するキナーゼである。従って、ある実施形態において、プロテインキナーゼを阻害する方法はプロテインキナーゼを可逆的キナーゼ阻害剤と接触させて、可逆的キナーゼ阻害剤が活性部位システイン残基に可逆的に結合することを許容し、それによって、プロテインキナーゼを阻害することを含む。
ある実施形態において、可逆的キナーゼ阻害剤は、プロテインキナーゼが変性されたときのみに、測定可能にプロテインキナーゼから解離するが、プロテインキナーゼがインタクトであるときには、プロテインキナーゼから測定可能に解離しない（または、プロテインキナーゼが変性されたときの解離と比較して、少なくとも１倍、１×１０２倍、１×１０３倍、１×１０４倍、１×１０５倍、１×１０６倍、１×１０７倍、１×１０８倍、１×１０９倍、１×１０１０倍遅く解離する）。プロテインキナーゼが変性されたときのみに、プロテインキナーゼから測定可能に解離する（または、プロテインキナーゼが変性されたときの解離と比較して、少なくとも１倍、１×１０２倍、１×１０３倍、１×１０４倍、１×１０５倍、１×１０６倍、１×１０７倍、１×１０８倍、１×１０９倍、１×１０１０倍遅く解離する）が、プロテインキナーゼがインタクトであるときにはプロテインキナーゼから測定可能に解離しない可逆的キナーゼ阻害剤は、本明細書では「可逆的変性キナーゼ阻害剤」と呼ばれる。キナーゼからの解離後、可逆的変性キナーゼ阻害剤は同じかまたは別のキナーゼに結合できる。
特定の実施形態において、プロテインキナーゼを阻害する方法は、プロテインキナーゼをキナーゼ阻害剤と接触させることを含み、ここで、キナーゼ阻害剤は、１００ｎＭ未満の阻害定数でプロテインキナーゼを阻害する。そして、プロテインキナーゼ阻害剤が可逆的プロテインキナーゼ阻害剤である場合、プロテインキナーゼを阻害する方法は、プロテインキナーゼを可逆的キナーゼ阻害剤と接触させることを含み、ここで、可逆的キナーゼ阻害剤は、１００ｎＭ未満の阻害定数でプロテインキナーゼを阻害する。
キナーゼ（本明細書ではプロテインキナーゼとも呼ばれる）が本明細書に記載されるキナーゼ阻害剤を使用して阻害される場合、キナーゼ阻害剤の非存在下でのキナーゼの活性と比較して、キナーゼ阻害剤と接触させたときに、キナーゼ活性（すなわち、基質分子（例えば、タンパク質基質）のリン酸化）が減少されるという意味である。ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は、キナーゼ活性を、１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２５倍、５０倍、１００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、５０００倍、１０，０００倍、１００，０００倍、５００，０００倍、１，０００，０００倍、またはそれ以上減少させる。ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は、１００μＭ、１０μＭ、５μＭ、１μＭ、５００ｎＭ、２５０ｎＭ、１００ｎＭ、７５ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭ、１０ｎＭ、１ｎＭ、５００ｐＭ、２５０ｐＭ、１００ｐＭ、７５ｐＭ、５０ｐＭ、２５ｐＭ、１０ｐＭ、または１ｐＭ未満の阻害定数（Ｋｉ）でキナーゼの活性を阻害する。ある実施形態において、キナーゼ阻害剤は、実施例のセクションに示される条件下で測定されたときに、１００μＭ、１０μＭ、５μＭ、１μＭ、５００ｎＭ、２５０ｎＭ、１００ｎＭ、７５ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭ、１０ｎＭ、１ｎＭ、５００ｐＭ、２５０ｐＭ、１００ｐＭ、７５ｐＭ、５０ｐＭ、２５ｐＭ、１０ｐＭ、または１ｐＭ未満のＩＣ５０でキナーゼの活性を阻害する。
本明細書に提供される可逆的キナーゼ阻害剤が活性部位システイン残基に可逆的に結合する場合、可逆的結合は、活性部位システイン残基と可逆的キナーゼ阻害剤との間に形成される。典型的には、可逆的結合は共有結合である。本明細書で使用される場合、「共有結合性可逆的キナーゼ阻害剤」とは、キナーゼと共有結合を形成する可逆的キナーゼ阻害剤である。共有結合性可逆的キナーゼ阻害剤が活性部位システイン残基と可逆的結合を形成する場合、共有結合性可逆的キナーゼ阻害剤は、本明細書では、「チオール共有結合性可逆的キナーゼ阻害剤」といわれる。ある実施形態において、共有結合性可逆的キナーゼ阻害剤は、プロテインキナーゼが変性されたときにのみプロテインキナーゼから測定可能に解離されるが、しかし、プロテインキナーゼがインタクトであるとき、プロテインキナーゼから測定可能に解離されない（またはプロテインキナーゼが完全にまたは部分的に変性されるときの解離と比較して、少なくとも１倍、１×１０２倍、１×１０３倍、１×１０４倍、１×１０５倍、１×１０６倍、１×１０７倍、１×１０８倍、１×１０９倍、１×１０１０倍遅く解離する）（本明細書では、「共有結合性可逆的変性キナーゼ阻害剤」と呼ばれる）。ある実施形態において、プロテインキナーゼは、６Ｎ グアニジン、１％ ＳＤＳ、５０％ ＭｅＣＮ、または同様のタンパク質変性剤などの変性溶液中に、数秒間または数分間（例えば、３０〜１２０秒間、例えば、６０秒間）置かれるときに変性される（すなわち、インタクトではない）。活性部位システイン残基と可逆的結合を形成する共有結合性可逆的変性キナーゼ阻害剤は、「チオール共有結合性可逆的変性キナーゼ阻害剤」と称される。
ある実施形態において、チオール共有結合性可逆的キナーゼ阻害剤は、システインスルフヒドリル基と、本明細書に提供される化学式の化合物の炭素−炭素二重結合（すなわち、オレフィン）の一部を形成する炭素原子の間で結合を形成する。従って、ある実施形態において、活性部位システインスルフヒドリル基の硫黄原子の電子は、炭素−炭素二重結合（オレフィン）の電子欠乏炭素原子を攻撃する。ある実施形態において、炭素−炭素二重結合の電子欠乏炭素原子は、本明細書に提供される化学式のキナーゼ阻害剤の電子求引シアノ基および電子求引−Ｌ２−Ｅ置換基またはその実施形態（すなわち、−Ｌ１−Ｒ１に結合された炭素）に対して末端である。このようにして、チオール付加物が形成される（例えば、システインとのマイケル反応）。従って、ある実施形態において、オレフィン部分に結合されたシアノ基および−Ｌ２−Ｅ電子求引基の組み合わせは、活性部位システイン残基とチオール付加物を形成するオレフィンの反応性を増加する。ある実施形態において、得られるチオール付加物は、約ｐＨ ２〜約ｐＨ ７（例えば、約ｐＨ ３）で安定である。ある実施形態において、本明細書に記載される可逆的キナーゼ阻害剤は、本明細書に記載されるようなキナーゼ活性部位システイン残基への共有結合性結合の後で、６Ｎ グアニジン、１％ ＳＤＳ、５０％ ＭｅＣＮ、または同様のタンパク質変性剤を用いてキナーゼを変性／アンフォールディングした後、数秒間または数分間以内にキナーゼから解離することが可能である。
ある実施形態において、活性部位システインスルフヒドリル基に向けたオレフィンの反応性を増加させることに加えて、シアノおよび−Ｌ２−Ｅ電子求引基は、形成されるチオール付加物の可逆性を増加するように機能する。従って、ある実施形態において、本明細書に示される可逆的キナーゼ阻害剤は完全に可逆的である。「完全に可逆的」という用語は、可逆的キナーゼ阻害剤は、キナーゼが変性されていない条件下で測定可能な解離速度を示すことを意味する。ある実施形態において、本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤は、完全には可逆的ではない（すなわち、キナーゼがインタクトである条件下で測定可能な解離速度を示さない）。解離は、透析および質量スペクトル分析を含む任意の適切な手段を使用して測定され得る。解離を測定する特定の方法は以下の実施例のセクションに示されている。
ある実施形態において、可逆的変性キナーゼ阻害剤は、可逆的変性キナーゼ阻害剤が阻害する（または特異的に阻害する）プロテインキナーゼ以外の細胞成分に可逆的に結合する。この細胞成分は、ＧＳＨ、標的とされるキナーゼではないタンパク質またはタンパク質フラグメント（例えば、活性部位システインを含まないか、またはＡＴＰ結合部位に十分に近接している活性部位システインを含まないキナーゼ）、標的とされるキナーゼのタンパク質フラグメント（例えば、可逆的変性キナーゼ阻害剤がキナーゼから解離するように、キナーゼと可逆的キナーゼ変性キナーゼ阻害剤の結合点の数が減少されるように消化されたキナーゼ）であり得る。従って、ある実施形態において、可逆的変性キナーゼ阻害剤は、キナーゼが部分的にまたは完全に消化されているキナーゼから測定可能に解離される。可逆的変性キナーゼ阻害剤が阻害するインタクトな全長プロテインキナーゼ以外の細胞成分から、可逆的変性キナーゼ阻害剤が測定可能に解離する能力は、免疫原性毒性の減少を含む、毒性の減少を提供し得る。特定の実施形態において、可逆的変性キナーゼ阻害剤の−Ｌ１−Ｒ１基は、キナーゼＡＴＰ結合部位部分および電子欠乏オレフィン炭素であり、炭素はキナーゼ活性部位システインのスルフヒドリルに結合する。従って、ある実施形態において、本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤は、プロテインキナーゼの少なくとも２つの点に結合する：ＡＴＰ結合部位部分の中の少なくとも１個の残基およびキナーゼ活性部位システインのスルフヒドリルである。
ある実施形態において、生理学的濃度のグルタチオン（例えば、５または１０ｍＭ ＧＳＨ）は、例えば、本明細書に提供される可逆的キナーゼ阻害剤がプロテインキナーゼを阻害する能力に対して測定可能な効果がほとんどないか、または測定可能な効果が全くない（例えば、可逆的（ｅｖｅｒｓｉｂｌｅ）変性キナーゼ阻害剤はＧＳＨにのみ可逆的に結合し、それによって、標的キナーゼへの結合を増加することが可能である）。ある実施形態において、可逆的キナーゼ阻害剤のＩＣ５０またはＫｉは、生理学的濃度のグルタチオン（例えば、５または１０ｍＭ ＧＳＨ）の存在下で、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０１％または０．００１％を超えずに増加される。他の実施形態において、可逆的キナーゼ阻害剤のＩＣ５０またはＫｉは、生理学的濃度のグルタチオン（例えば、５または１０ｍＭ ＧＳＨ）の存在によって、測定可能に増加されない。ある実施形態において、生理学的濃度のグルタチオン（例えば、５または１０ｍＭ ＧＳＨ）は、本明細書に提供される可逆的キナーゼ阻害剤がプロテインキナーゼを阻害する能力に対して測定可能な効果がほとんどないか、または測定可能な効果が全くなく、ここで、可逆的キナーゼ阻害剤は低濃度で存在する（例えば、１００ｎＭ、７５ｎＭ、５０ｎＭ、２５ｎＭ、１０ｎＭ、５ｎＭ、３ｎＭ、１ｎＭ、５００ｐＭ、２５０ｐＭ、１００ｐＭ、７５ｐＭ、５０ｐＭ、２５ｐＭ、１０ｐＭ、または１ｐＭ未満）。ある実施形態において、生理学的濃度のグルタチオン（例えば、５または１０ｍＭ ＧＳＨ）は、本明細書に提供される可逆的キナーゼ阻害剤がプロテインキナーゼを阻害する能力に対して測定可能な効果がほとんどないか、または測定可能な効果が全くなく、ここで、可逆的キナーゼ阻害剤は、１０ｎＭ、５ｎＭ、４ｎＭ ３ｎＭ、２ｎＭ、または１ｎＭ未満の濃度で存在する。特定の実施形態において、生理学的濃度のグルタチオン（例えば、５または１０ｍＭ ＧＳＨ）は、本明細書に提供される可逆的キナーゼ阻害剤がタンパク質を阻害する能力に対して測定可能な効果がほとんどないか、または測定可能な効果が全くない。
ある実施形態において、生理学的濃度のアデノシン三リン酸（例えば、１ｍＭ ＡＴＰ）は、本明細書に提供される可逆的キナーゼ阻害剤がプロテインキナーゼを阻害する能力に対して測定可能な効果がほとんどないか、または測定可能な効果が全くない。ある実施形態において、可逆的キナーゼ阻害剤のＩＣ５０またはＫｉは、生理学的濃度のアデノシン三リン酸（例えば、１ｍＭ ＡＴＰ）の存在下で、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０１％または０．００１％を超えずに増加される。他の実施形態において、可逆的キナーゼ阻害剤のＩＣ５０またはＫｉは、生理学的濃度のアデノシン三リン酸（例えば、１ｍＭ ＡＴＰ）の存在によって、測定可能に増加されない。
特定の実施形態において、本明細書に提供される可逆的キナーゼ阻害剤は、ＧＳＨと可逆的に反応する。特定の実施形態において、本明細書に提供される可逆的キナーゼ阻害剤は、迅速かつ可逆的にＧＳＨと反応する。従って、特定の実施形態において、本明細書に提供される可逆的キナーゼ阻害剤は、活性部位システイン残基に可逆的に結合しながら（例えば、１０ｎＭ、５ｎＭ、４ｎＭ ３ｎＭ、２ｎＭまたは１ｎＭ未満の濃度で）、ＧＳＨと可逆的に反応する（例えば、迅速かつ可逆的に）。ＧＳＨは生理学的濃度であり得る（例えば、５−１０ｍＭ）。いかなる特定のメカニズムの理論によっても束縛されないが、本明細書に提供される可逆的キナーゼ阻害剤が、細胞のグルタチオンと迅速かつ可逆的に反応する能力は、可逆的キナーゼ阻害剤の求電子的性質から、大部分の標的とされていない細胞タンパク質を保護すると考えられている。
プロテインキナーゼは任意の適切なキナーゼであり得る。ある実施形態において、プロテインキナーゼは活性部位にシステイン残基を含む。プロテインキナーゼ活性部位は、プロテインキナーゼ基質がリン酸化されるプロテインキナーゼの部分である。キナーゼ活性部位は、典型的には、基質に結合するアミノ酸残基（本明細書では、キナーゼ活性部位結合残基とも呼ばれる）、および触媒性リン酸化反応に関与するアミノ酸残基（本明細書では、キナーゼ活性部位触媒残基とも呼ばれる）を含有するポケットまたは割れ目である。本明細書に提供される可逆的キナーゼ阻害剤は、キナーゼ活性部位に適合すること、およびキナーゼが基質をリン酸化する能力を破壊することによって、キナーゼ触媒作用を阻害することが可能である。多くのプロテインキナーゼの活性部位は、構造決定（例えば、Ｘ線結晶学技術または三次元ＮＭＲ技術）を通して当該分野において公知である。三次元構造が決定されていない場合、プロテインキナーゼの活性部位の構造は、当該分野において一般的に知られているコンピューターソフトウェアモデリングプログラムを使用して一次アミノ酸配列によって決定され得る。
本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤を使用して阻害されるプロテインキナーゼには、当該分野において公知であるような、セリン／スレオニン特異的プロテインキナーゼ、チロシン特異的プロテインキナーゼ、受容体型チロシンキナーゼ、受容体結合型チロシンキナーゼ、ヒスチジン特異的プロテインキナーゼ、およびアスパラギン酸／グルタミン酸特異的プロテインキナーゼが挙げられるがこれらに限定されない。ある実施形態において、キナーゼは、チロシンプロテインキナーゼまたはセリン／スレオニンプロテインキナーゼである。キナーゼの例には、ＳＲＣ、ＹＥＳ、ＦＧＲ、ＣＨＫ２、ＦＧＦＲ１−４、ＢＴＫ、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ４、ＨＥＲ３、ＪＡＫ３、ＰＬＫ１−３、ＭＰＳ１、ＲＯＮ、ＭＥＫ１／２、ＥＲＫ１／２、ＶＥＧＦＲ、ＫＩＴ、ＫＤＲ、ＰＤＧＦＲ、ＦＬＴ３、ＣＤＫ８、ＭＥＫ７、ＲＯＲ１、ＲＳＫ１−４、ＭＳＫ１／２、ＭＥＫＫ１、ＮＥＫ２、ＭＥＫ５、ＭＮＫ１／２、ＭＥＫ４、ＴＧＦｂＲ２、ＺＡＰ７０、ＷＮＫ１−４、ＢＭＸ、ＴＥＣ、ＴＸＫ、ＩＴＫ、ＢＬＫ、ＭＫ２／３、ＬＩＭＫ１、ＴＮＫ１、ＣＤＫ１１、ｐ７０Ｓ６Ｋｂ、ＥｐｈＢ３、ＺＡＫ、およびＮＯＫが挙げられる。
ＩＶ．疾患を治療する方法
別の態様において、キナーゼ活性に関連する疾患を、治療の必要がある被験体において治療する方法が提供される。この方法は、本明細書に提供される化学式の構造を有する有効量の（例えば、治療有効量の）化合物（または上記のようなその実施形態）を被験体に投与することを含む。
ある実施形態において、キナーゼ活性と関連する疾患は慢性疾患である。この疾患は、癌、てんかん、ＨＩＶ感染、自己免疫疾患（例えば、関節炎）、虚血性疾患（例えば、心臓発作または脳卒中）、脳卒中、神経変性疾患、代謝性または炎症性疾患であり得る。特定の実施形態において、疾患は、例えば、脳、胸部、子宮頸部、結腸、膵臓、頭頸部、肝臓、腎臓、肺、非小細胞肺、前立腺、黒色腫、中皮腫、卵巣、肉腫、胃、子宮、および髄芽腫の癌などの、白血病、癌腫、肉腫を含む癌である。さらなる例には、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、卵巣癌、横紋筋肉腫、原発性血小板血症、原発性マクログロブリン血症、原発性脳腫瘍、悪性膵臓インスリノーマ、悪性カルチノイド、膀胱癌、前癌性皮膚病変、精巣癌、リンパ腫、甲状腺癌、神経芽細胞腫、食道癌、泌尿生殖器癌、悪性高カルシウム血症、子宮内膜癌、副腎皮質癌、内分泌性膵臓および外分泌性膵臓の新生物が挙げられる。ある実施形態において、疾患は、肝臓癌、結腸癌、乳癌、黒色腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、または非小細胞肺癌である。ある実施形態において、疾患は、転移している癌である。ある実施形態において、疾患は、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、多発性硬化症、強皮症、または多発性筋炎である。ある実施形態において、疾患は、糖尿病、肥満、または脂質障害である。ある実施形態において、疾患は、感染性因子によって引き起こされ、例えば、細菌、寄生生物、またはウイルスによって引き起こされ得る。ある実施形態において、疾患は、心筋梗塞、脳卒中、またはぜんそくなどのように急性である。ある実施形態において、疾患は、パーキンソン病または筋萎縮性側索硬化症である。
Ｖ．アッセイ
当該分野において公知である技術および本明細書に提供される指針を使用して、候補キナーゼ阻害剤は、任意の公知のプロテインキナーゼを阻害する阻害剤の能力について容易にアッセイされ得る。例えば、本明細書に提供される化学式の構造を有する候補キナーゼ阻害剤またはその実施形態は、キナーゼ活性部位結合残基および／またはキナーゼ活性部位触媒残基の間の潜在的な結合接触を評価するために、コンピューターモデリング技術を使用して最初にアッセイされ得る。このようなコンピューターモデリング技術はまた、インシリコ技術と呼ばれる。上記に議論されたように、キナーゼ活性部位結合残基および／またはキナーゼ活性部位触媒残基は、一次アミノ酸構造が知られている任意のキナーゼについて、公知であるか、または容易に決定される。特に、コンピューターモデリング技術は、チオール付加物を形成するために、電子欠乏オレフィン炭素を用いて、キナーゼ活性部位システイン残基と反応する候補キナーゼ阻害剤の能力を評価するために利用され得る。例えば、キナーゼ阻害剤電子欠乏オレフィン炭素が、キナーゼ活性部位システインスルフヒドリルの１０Å以内にある場合、キナーゼ阻害剤の効力および／または選択性は改善されるかもしれない（例えば、１０００−１０，０００倍）。
同様に、コンピューターモデリング技術は、ステアリン酸の衝突を起こすことなく、候補キナーゼ阻害剤がキナーゼ活性部位に適合する能力を評価するために使用され得る。上記のように、ある実施形態において、−Ｒ１または−Ｌ−Ｒ１は、キナーゼＡＴＰ結合部位の中に適合し、および／またはキナーゼＡＴＰ結合部位の中のアミノ酸残基と接触する。それゆえに、コンピューターモデリング技術は、−Ｒ１または−Ｌ−Ｒ１がキナーゼＡＴＰ結合部位の中に適合し、および／またはキナーゼＡＴＰ結合部位の中でアミノ酸残基と接触する能力を評価するために使用され得る。上記のコンピューターモデリング技術は、本明細書に提供される化学式の構造またはその実施形態の中で様々な一般的な化学骨格を有する候補キナーゼ阻害剤のキナーゼ阻害能力を評価するために使用され得る。このようにして、新たなクラスの化学骨格が、インビトロ活性アッセイを実施する前に、コンピューターモデリングを使用して評価され得る。
インビトロアッセイもまた、本明細書に提供される化学式の構造またはその実施形態を有する候補キナーゼ阻害剤のキナーゼ阻害特性を評価するために使用され得る。インビトロキナーゼアッセイは当該分野において周知である。大量のキナーゼパネルについての結合アッセイを使用する、大量のキナーゼ阻害剤候補を迅速に評価するための高スループット技術が公知でありかつ有用である。例えば、Ｋａｒａｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００８ Ｊａｎ；２６（１）：１２７−３２を参照のこと。
キナーゼ触媒活性を減少させる化合物はまた、組換えまたは天然に存在するもののいずれかである、生物学的に活性なプロテインキナーゼを使用して同定および試験され得る。プロテインキナーゼは、ネイティブ細胞中に見い出され、インビトロで単離され、または細胞中で同時発現もしくは発現されることができる。特定のプロテインキナーゼが特定の基質を特異的にリン酸化する。特定の基質が公知である場合、候補キナーゼ阻害剤が特定の基質のリン酸化を減少させる能力がアッセイされ得る。一般的なまたは非特異的なキナーゼ基質が利用され得る。
本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤はまた、活性部位システインを含有しないキナーゼの変異体を阻害する阻害剤の能力についてインビトロで試験され得る。活性部位システインを含有しないキナーゼの変異体の触媒活性を減少させる能力を有さずに（または測定可能に減少させる能力を有さずに）、活性部位システインを有するキナーゼの触媒活性を減少させるキナーゼ阻害剤の能力は、活性部位システインに結合することによってキナーゼを阻害するキナーゼ阻害剤を示している。例えば、ＲＳＫ２のＣ４３６Ｖ変異体は、野生型ＲＳＫ２に対して強力な阻害活性を示す特定のキナーゼ阻害剤（ＩＣ５０＞１０μＭ）に対して抵抗性であり得る。この結果は、ＲＳＫ２阻害がＣｙｓ４３６と阻害剤の間の共有結合性結合の形成を必要とするという結論を支持する。
上記のように、Ｅおよび−Ｌ２−Ｅは、典型的には、キナーゼ活性部位（ｃｉｔｅ）システインのスルフヒドリルに可逆的に結合するために、反応中心オレフィン炭素から電子を十分に求引する置換基である（例えば、キナーゼが部分的にまたは完全に変性されるとき）。本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤はまた、プロテインキナーゼから（例えば、部分的にまたは完全に変性）またはチオール化合物（例えば、２−メルカプトエタノール（ＢＭＥ））からのキナーゼ阻害剤の会合と解離を測定することによって、プロテインキナーゼの活性部位システインに可逆的に結合するキナーゼ阻害剤の能力についてインビトロで試験され得る。本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤の反応中心炭素がキナーゼ活性部位（ｃｉｔｅ）システインのスルフヒドリルに可逆的に結合する能力は、透析、質量スペクトル分析、ＮＭＲ、およびＵＶ検出を含む任意の適切な手段を使用して測定され得る（より詳細には実施例のセクションを参照のこと）。例えば、キナーゼ阻害剤は、ＢＭＥなどのチオール化合物の結合を検出することによってアッセイされ得る。結合は、典型的にはチオール化合物への結合の際によりＵＶ活性でなくなる化合物のＵＶ検出を使用して、またはプロトンＮＭＲを使用して結合を検出することによって、評価され得る。典型的には、アッセイは、チオール化合物を滴定すること、および終点の結合検出パラメーター（例えば、ＵＶ活性またはプロトンＮＭＲ）の変化を調べることによって実施される。可逆性は希釈によって評価される。特定の例は、実施例のセクションにおいて以下に提供される（実施例８２を参照のこと）。
本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤はまた、ｐＨ ７．５におけるそれらの安定性についてインビトロで試験され得る。任意の適切な方法が、ｐＨ ７．５において本明細書で示される阻害剤の安定性を測定するために使用されてよい。適切な方法には、例えば、ＬＣ−ＭＳ（例えば、ＨＰＬＣ−ＭＳ）、ならびに、キナーゼ阻害剤が発色団を有する場合には、ＵＶ吸収の変化を測定することが挙げられる。ＵＶ吸収は、高スループット技術（例えば、大量のキナーゼ阻害剤を同時にスキャンするためのマルチウェルプレート）を使用して測定され得る。安定性は、ｐＨ ７．５、３７℃のリン酸緩衝化生理食塩水を使用して評価され得る。６時間、１２時間、２４時間、または４８時間よりも長い半減期を有する化合物が選択され得る。
細胞アッセイもまた、本明細書に提供される化学式の構造またはその実施形態を有する候補キナーゼ阻害剤のキナーゼ阻害特性を評価するために使用され得る。細胞アッセイには、植物細胞および動物細胞（例えば、哺乳動物細胞）を含む、任意の適切な供給源からの細胞が含まれる。細胞アッセイはまた、ヒト細胞中で実施され得る。キナーゼ阻害の細胞アッセイは当該分野において周知であり、キナーゼ阻害剤が細胞に送達され（例えば、エレクトロポレーション、受動拡散、マイクロインジェクションなどによって）、キナーゼ活性の終点が測定され、例えば、細胞基質のリン酸化の量、細胞タンパク質の発現の量、または特定のキナーゼの触媒活性によって影響を受けることが知られている細胞表現型の何らかの他の変化が測定される方法が含まれる。例えば、特定の細胞基質のリン酸化は、特異的な検出抗体またはリン酸化された細胞基質、続いて、ウェスタンブロッティング技術および任意の適切な手段（例えば、蛍光標識された抗体の蛍光検出）を使用する可視化を使用して評価され得る。
阻害剤の非存在下での活性と比較して、本明細書に開示されるキナーゼ阻害剤の存在下でのプロテインキナーゼ触媒活性の減少を測定することは、以下の実施例のセクションに記載されるアッセイなどの、当該分野において公知である種々の方法を使用して実施され得る。キナーゼ活性の活性をアッセイするための他の方法は当該分野において公知である。適切なアッセイ方法の選択は、十分に当業者の能力の範囲内にある。
インビトロでおよび／または細胞中でキナーゼ触媒活性を減少させることが可能であるキナーゼ阻害剤が一旦同定されると、これらの化合物は、これらが動物モデル（例えば、動物全体または動物の器官）においてキナーゼ活性を選択的に阻害する能力についてさらに試験され得る。従って、キナーゼ阻害剤は、特定のキナーゼ活性に関連する表現型の検出可能な変化を引き起こす阻害剤の能力について、細胞モデルまたは動物モデルにおいてさらに試験され得る。細胞培養に加えて、動物モデルは、例えば、動物モデルにおける癌を治療する阻害剤の能力について、キナーゼの阻害剤を試験するために使用され得る。
ＶＩ．薬学的製剤
別の態様において、本発明は、本発明のキナーゼ阻害剤化合物、または薬学的に受容可能な賦形剤（例えば、担体）と組み合わせたキナーゼ阻害剤化合物を含む、薬学的組成物を提供する。
薬学的組成物には、本明細書に開示される阻害剤の光学異性体、ジアステレオマー、または薬学的に受容可能な塩が含まれる。例えば、ある実施形態において、薬学的組成物には、本発明の化合物および薬学的に受容可能な塩としてのクエン酸が含まれる。薬学的組成物に含まれるキナーゼ阻害剤は、上記に記載されるように、担体部分に共有結合され得る。あるいは、薬学的組成物に含まれるキナーゼ阻害剤は、担体部分に共有結合されなくてもよい。
本明細書で使用される場合、「薬学的に適切な担体」とは、抽出物と有害に反応しない、腸内または非経口的な適用のために適切な薬学的賦形剤、例えば、薬学的に、生理学的に、受容可能な、有機、または無機の担体物質をいう。適切な薬学的に受容可能な担体には、水、塩溶液（例えば、リンガー液）、アルコール、オイル、ゼラチンおよび炭水化物、例えば、ラクトース、アミロース、またはデンプン、脂肪酸エステル、ヒドロキシメチルセルロース、およびポリビニルピロリドンが挙げられる。このような調製物は滅菌でき、所望される場合、本発明の化合物と有害に反応しない、滑剤、保存剤、安定剤、湿潤剤、乳化剤、浸透圧に影響を与えるための塩、緩衝剤、着色料、および／または芳香物質などの補助剤と混合できる。
本発明の化合物は、患者に単独で投与でき、または同時投与できる。同時投与は、個別にまたは組み合わせて（１種より多くの化合物）の化合物の同時または連続的な投与を含むことを意味する。従って、調製物はまた、所望される場合、他の活性物質とともに合わせることができる（例えば、代謝性分解を減少させるため）。
Ａ．製剤
本発明のキナーゼ阻害剤は、広範な種々の経口、非経口、および局所的剤形で調製および投与され得る。従って、本発明の化合物は、注射（例えば、静脈内、筋肉内、皮内、皮下、十二指腸内、または腹腔内）によって投与できる。また、本明細書に記載される化合物は、吸入によって、例えば、鼻内に投与できる。加えて、本発明の化合物は、経皮的に投与できる。複数の投与の経路（例えば、筋肉内、経口、経皮的）が本発明の化合物を投与するために使用できることもまた想定される。従って、本発明は、薬学的に受容可能な担体または賦形剤、および１種以上の本発明の化合物を含む薬学的組成物もまた提供する。
本発明の化合物から薬学的組成物を調製するために、薬学的に受容可能な担体は固体または液体のいずれかであり得る。固体型調製物には、散剤、錠剤、丸薬、カプセル、カシェ剤、坐剤、および分散可能な顆粒が挙げられる。固体担体は、希釈剤、芳香剤、結合剤、保存剤、錠剤崩壊剤、またはカプセル化材料としてもまた作用する、１種以上の物質であり得る。
散剤中では、担体は微細に分割された固体であり、これは、微細に分割された活性成分と混合されている。錠剤中では、活性成分は、適切な割合で必要な結合特性を有する担体と混合され、所望の形状およびサイズで詰め込まれている。
散剤および錠剤は、好ましくは、５％〜７０％の活性化合物を含有している。適切な担体は、炭酸マグネシウム、ステアリン酸マグネシウム、タルク、糖、ラクトース、ペクチン、デキストリン、デンプン、ゼラチン、トラガカント、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、低融点ワックス、ココアバターなどである。「調製物」という用語は、カプセルを提供する担体としてのカプセル化材料を伴う活性化合物の製剤を含むことを意図し、このカプセルでは、活性成分が、他の担体を伴ってまたは伴わずに、担体によって囲まれており、従って、それと結合している。同様に、カシェ剤およびロゼンジが含まれる。錠剤、散剤、カプセル、丸薬、カシェ剤、およびロゼンジは、経口投与のために適切な固体剤形として使用できる。
坐剤を調製するために、脂肪酸グリセリドまたはココアバターの混合物などの低融点ワックスは最初に融解され、撹拌しながらその中に活性成分が均質に分散される。次いで、融解した均質混合物は好都合なサイズの型に注がれ、冷却され、それによって固化する。
液体型調製物には、溶液、懸濁液、およびエマルジョン、例えば、水または水／プロピレングリコール溶液が挙げられる。非経口注射のために、液体調製物は、ポリエチレングリコール水溶液中の溶液中で製剤化できる。
非経口適用が必要とされるかまたは所望されるとき、本発明の化合物のための特に適切な混合物は、注射用の滅菌溶液、好ましくは、油性または水性溶液、ならびに懸濁液、エマルジョン、または坐剤を含む移植物である。特に、非経口投与のための担体には、デキストロース、生理食塩水、純水、エタノール、グリセロール、プロピレングリコール、ピーナッツオイル、ゴマ油、ポリオキシエチレン−ブロックポリマーなどの水溶液が挙げられる。アンプルは好都合な単位剤形である。本発明の化合物はまた、リポソームに組み込むことができ、または経皮ポンプまたはパッチを経由して投与できる。本発明における使用のために適切な薬学的混合物には、例えば、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（１７ｔｈ Ｅｄ．，Ｍａｃｋ Ｐｕｂ．Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ、ＰＡ）およびＷＯ ９６／０５３０９に記載されているものが挙げられ、これらの両方の教示は参照により組み込まれる。
経口使用のために適切な水溶液は、水の中に活性成分を溶解すること、および所望されるように適切な着色剤、香料、安定剤、および濃厚剤を加えることによって調製できる。経口使用のために適切な水性懸濁液は、天然または合成のゴム、樹脂、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、および他の周知の懸濁剤などの粘性材料とともに、水中の微細に分割された活性成分を分散することによって作製できる。
経口投与のために、使用直前に液体剤形調製物に転換されることが意図されている固体型調製物もまた挙げられる。このような液体剤形には、溶液、懸濁液、およびエマルジョンが挙げられる。これらの調製物は、活性成分に加えて、着色剤、香料、緩衝剤、人工および天然の甘味料、分散剤、濃厚剤、溶解剤などを含有し得る。
薬学的調製物は、好ましくは、単位剤形である。このような剤形において、調製物は、適切な量の活性成分を含有する単位用量に下位分割される。単位剤形はパッケージ化された調製物であり得、このパッケージは、個別の量の調製物を含有し、例えば、充填された錠剤、カプセル、およびバイアルまたはアンプル中の散剤である。また、単位剤形は、カプセル、錠剤、カシェ剤、またはロゼンジであり得、またはこれは、パッケージ型の適切な数のこれらのいずれかであり得る。
単位用量調製物中の活性成分の量は、特定の適用および活性成分の効力に従って、０．１ｍｇ〜１００００ｍｇ、より典型的には、１．０ｍｇ〜１０００ｍｇ、最も典型的には、１０ｍｇ〜５００ｍｇで変動または調整され得る。この組成物はまた、所望される場合、他の適合可能な治療剤も含有できる。
ある化合物は、水に限られた溶解性を有し得、それゆえに、組成物中に界面活性剤または他の適切な共溶媒を必要とする可能性がある。このような共溶媒には、Ｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ ２０、６０、および８０；Ｐｌｕｒｏｎｉｃ Ｆ−６８、Ｆ−８４、およびＰ−１０３；シクロデキストリン；およびポリオキシル ３５ キャスターオイルが挙げられる。このような共溶媒は、典型的には、約０．０１重量％から約２重量％までの間のレベルで利用される。
単純な水溶液よりも高い粘度は、製剤の懸濁液もしくはエマルジョンの成分の物理的分離を減少させるため、および／またはさもなくば製剤を改善するために、製剤を分散させる際に変動性を減少させるために所望され得る。このような粘度上昇剤には、例えば、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、コンドロイチン硫酸およびその塩、ヒアルロン酸およびその塩、前述の組み合わせが挙げられる。このような剤は、典型的には、約０．０１重量％から約２重量％の間のレベルで利用される。
本発明の組成物は、持続放出および／または快適さを提供するための成分をさらに含んでもよい。このような成分には、高分子量の、アニオン性粘膜模倣ポリマー、ゲル化ポリサッカリド、および微細に分割された薬物担体物質が挙げられる。これらの成分は、米国特許第４，９１１，９２０号；同第５，４０３，８４１号；同第５，２１２，１６２号；および同第４，８６１，７６０号においてより詳細に議論されている。これらの特許の全体の内容は、すべての目的のために、それらの全体が参照により組み込まれる。
Ｂ．有効な投薬量
本発明によって提供される薬学的組成物には、活性成分が治療有効量、すなわち、その意図される目的を達成するために有効な量で含有される組成物が含まれる。特定の適用のために有効な実際の量は、とりわけ、治療される状態に依存する。例えば、癌を治療するための方法において投与されるとき、このような組成物は、所望の結果（例えば、被験体における癌細胞の数を減少させること）を達成するために有効な量の活性成分を含有する。
哺乳動物に投与される投薬量および頻度（単回または複数回用量）は、キナーゼの活性の増加を生じる疾患、哺乳動物が別の疾患に罹患しているか否か、および投与の経路；レシピエントのサイズ、齢、性別、健康、体重、肥満度指数、および食事；治療される疾患（例えば、癌）の徴候の性質および程度、同時治療の型、治療される疾患からの合併症、または他の健康関連の問題を含む種々の因子に依存して、変動できる。他の治療レジメンまたは薬剤は、本発明の方法および化合物と合わせて使用できる。
本明細書に記載される任意の化合物について、治療有効量は、細胞培養アッセイから最初に決定できる。標的濃度は、例えば、記載される方法を使用して測定されるような、キナーゼ触媒活性のレベルを減少可能である活性化合物の濃度である。
ヒトにおける使用のための治療有効量は、動物モデルから決定され得る。例えば、ヒトのための用量は、動物において有効であることが見い出された濃度を達成するように処方できる。ヒトにおける投薬量は、上記のように。キナーゼ阻害をモニターすること、および投薬量を上方または下方に調整することによって調整できる。
投薬量は、患者の要求および利用される化合物に依存して変動され得る。患者に投与される用量は、本発明の文脈においては、長期的に患者における有益な治療応答をもたらすために十分であるべきである。用量のサイズはまた、任意の有害な副作用の存在、性質、および程度によって決定される。一般的に、治療は、化合物の最適用量よりも少ない、より少ない投薬量で開始される。その後、投薬量は、状況下で最適な効果に到達するまで、少量増分ずつ増加される。本発明の１つの実施形態において、投薬量範囲は、０．００１％〜１０％ ｗ／ｖである。別の実施形態において、投薬量範囲は０．１％〜５％ ｗ／ｖである。
投薬量および間隔は、治療される特定の臨床兆候のために有効である投与される化合物のレベルを提供するために個別に調整できる。このことは、個別の疾患状態の重篤度と釣り合っている治療レジメンを提供する。
本明細書に提供される教示を利用して、実質的な毒性を引き起こさず、さらに特定の患者によって実証される臨床徴候を治療するために完全に有効である、有効な予防的または治療的な治療レジメンが計画できる。この計画には、化合物の効力、相対的なバイオアベイラビリティー、患者の体重、有害な副作用の存在および重篤度、好ましい投与の様式、ならびに選択された薬剤の毒性プロフィールなどの要因を考慮することにより、活性化合物の注意深い選択を包含するべきである。
Ｃ．毒性
特定の化合物についての毒性と治療効果の間の比率は、その治療指数であり、ＬＤ５０（５０％の集団において致死的である化合物の量）とＥＤ５０（５０％の集団において有効である化合物の量）の間の比率として表現できる。高い治療指数を示す化合物が好ましい。細胞培養アッセイおよび／または動物研究から得られた治療指数データは、ヒトにおける使用のために一定範囲の投薬量を処方する際に使用できる。このような化合物の投薬量は、好ましくは、毒性がほとんどないかまたは全くないＥＤ５０を含む一定範囲の血漿濃度中にある。投薬量は、利用される剤形および利用される投与の経路に依存して、この範囲内で変動し得る。例えば、Ｆｉｎｇｌ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎ：Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｃｈ．１，ｐ．ｌ，１９７５を参照のこと。正確な処方、投与の経路、および投薬量は、患者の状態および化合物が使用される特定の方法を考慮して、個々の医師によって選択できる。
Ｄ．さらなる薬剤および治療様式
ある実施形態において、本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤は、他の治療剤または治療様式と組み合わせて使用され得る。ある実施形態において、さらなる治療剤は抗癌剤である。治療剤は、化学療法剤、生物製剤、ホルモン療法剤、または本明細書に提供される化学式（またはその実施形態）のキナーゼ阻害剤ではないキナーゼ阻害剤であり得る。さらなる治療剤は、さらに、アルキル化剤、アントラサイクリン、モノクローナル抗体、サイトカイン、ヌクレオシドアナログ、プレドニゾン、タキサン、エストロゲン、プロゲステロン、ホルモンアンタゴニスト、ビンカアルカロイド、代謝拮抗物質などであり得る。
ある実施形態において、本明細書に提供されるキナーゼ阻害剤は、放射線治療および外科手術などの他の治療様式と組み合わせて使用され得る。
ＶＩＩ．実施例
以下の実施例は、例証するために提供され、特許請求された発明を限定するためではない。
一般的な化学的方法。低分解能エレクトロスプレーイオン化質量スペクトル（ＥＳＩ＋−ＭＳ）は、Ｗａｔｅｒｓ Ｍｉｃｒｏｍａｓｓ ＺＱ ４０００分光光度計上で記録された。ＬＣ／ＭＳ（ＭＳ：ＥＳＩ＋）は、Ｘｔｅｒｒａ ＭＳ Ｃ１８カラム（Ｗａｔｅｒｓ）を使用して、０．２ｍｌ 分−１の流速で（２１０ｎｍ、２６０ｎｍ、および／または３５０ｎｍにてモニター）、Ｗａｔｅｒｓ ＡｌｌｉａｎｃｅＨＴ ＬＣ／ＭＳ上で実施された。空気および水感受性の反応について、ガラス器具は、使用前にオーブンまたは炎で乾燥させ、そして反応はアルゴン下で実施された。ジクロロメタン、ジメチルホルムアミド、メタノール、テトラヒドロフラン、トルエン、およびジイソプロピルアミンは、Ｇｌａｓｓ Ｃｏｎｔｏｕｒ，Ｉｎｃ．（Ｌａｇｕｎａ Ｂｅａｃｈ，ＣＡ）によって製造された溶媒精製システムを使用して乾燥された。他のすべての溶媒はＡＣＳ化学グレード（Ｆｉｓｈｅｒ）のものであり、他に示されない限り、さらなる精製なしで使用された。分析用および調製用の薄層クロマトグラフィーが、シリカゲル６０ Ｆ２５４ ガラスプレート（ＥＭ Ｓｃｉｅｎｃｅ）を用いて実施された。フラッシュクロマトグラフィーは、２３０−４００メッシュのシリカゲル（Ｓｅｌｅｃｔｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）とともに実施された。調製用高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）は、ＣＯＭＢＩ−Ａ Ｃ１８調製用カラム（Ｐｅｅｋｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して、１０ ｍｌ 分−１の流速を用いて（２１０ｎｍおよび２６０ｎｍでモニターされる）、Ｐｒｏｓｔａｒ ２１０（Ｖａｒｉａｎ）上で実施された。
ＪＡＫ２およびＪＡＫ３ キナーゼアッセイのための一般的手順。活性ＪＡＫ２（ヒト、残基 ８０８−末端）およびＪＡＫ３（ヒト、残基７８１−末端）はＭｉｌｌｉｐｏｒｅから購入された。８ｍＭ ＨＥＰＥＳ、ｐＨ ７．０、２００μＭ ＥＤＴＡ、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、０．２ｍｇ／ｍＬ ＢＳＡ、１００μＭ ＡＴＰ、および１０ｍＭ ＧＳＨ中の活性キナーゼ（３ｎＭ）は、室温で３０分間、阻害剤（８または１０通りの濃度、二連で）とともに前保温された。キナーゼ反応は、０．３μＣｉ／μＬのγ−３２Ｐ−ＡＴＰ（６０００Ｃｉ／ｍｍｏｌ、ＮＥＮ）および１００μＭ ペプチド基質（ＪＡＫ３用にＪＡＫ３−ｔｉｄｅまたはＪＡＫ２用にＰＤＫ−ｔｉｄｅ、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）の添加によって開始され、そして室温で３０分間温置された。キナーゼ活性は、ホスホセルロースのシートに各反応の５μＬをスポットすることによって決定された。各ブロットは、１％ ＡｃＯＨ溶液で１回、０．１％ Ｈ３ＰＯ４溶液で２回、そしてＭｅＯＨで１回洗浄された（各洗浄あたり５−１０分間）。乾燥されたブロットは、ストレージ蛍光スクリーンに３０分間曝露され、そしてＴｙｐｈｏｏｎ ｉｍａｇｅｒ（ＧＥ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）によってスキャンされた。データはＳＰＯＴプログラム（Ｋｎｉｇｈｔ，Ｚ．ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，２（１０），２４５９−６６）を使用して定量され、そしてＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ４．０ソフトウェアを使用してプロットされた。
Ｂｔｋ キナーゼアッセイのための一般的手順。Ｂｔｋ（ヒト、全長）は購入され（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログ番号ＰＶ３３６３）、製品の資料に特定されるように使用された。Ｂｔｋ（２ｎＭ 最終濃度）は、室温で３０分間、阻害剤（６または１０通りの濃度、二連で）とともに前保温された。キナーゼ反応は、０．１６μＣｉ／μＬのγ−３２Ｐ−ＡＴＰ（６０００Ｃｉ／ｍｍｏｌ、ＮＥＮ）および０．２ｍｇ／ｍＬ 基質（ポリ［Ｇｌｕ：Ｔｙｒ］、４：１ Ｇｌｕ：Ｔｙｒ）の添加によって開始され、室温で３０分間温置された。キナーゼ活性は、ホスホセルロースのシートに各反応の６μＬをスポットすることによって決定された。各ブロットは、１％ ＡｃＯＨ溶液で１回、０．１％ Ｈ３ＰＯ４溶液で２回、そしてＭｅＯＨで１回洗浄された（各洗浄あたり５−１０分間）。乾燥されたブロットは、ストレージ蛍光スクリーンに３０分間曝露され、そしてＴｙｐｈｏｏｎ ｉｍａｇｅｒ（ＧＥ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）によってスキャンされた。データはＩｍａｇｅＱｕａｎｔ（ｖ．５．２、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ）を使用して定量され、そしてＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ４．０ソフトウェアを使用してプロットされた。
実施例１．３−（４−（９Ｈ−プリン−６−イル）フェニル）−２−シアノアクリルアミド
Figure 2013510886
 ６ｍＬ ＴＨＦ中の１−テトラヒドロピラン−１−イル−６−（ｐ−ホルミルフェニル）プリン（Ｄｏｎａｌｄ，Ａ．ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００７，５０、２２８９−２２９２）（１７０ｍｇ、０．５５ｍｍｏｌ）の溶液に、２０滴の１Ｎ ＨＣｌ水溶液が加えられた。この反応物は室温で一晩撹拌された。１８時間後、白色沈殿が形成し、ＴＬＣによる測定では、すべての出発材料が消費された。この反応物はＥｔＯＡｃで希釈され、飽和ＮａＨＣＯ３で洗浄され、そして有機層はＮａ２ＳＯ４で乾燥された。ロータリーエバポレーションは、１００ｍｇ（８１％）の２を明黄色固形物として与え、これは、さらなる精製なしで続行された。計算精密質量：２２４．０７、Ｍ／ｚ 実測値：２２５．３（Ｍ＋Ｈ）＋。
ＴＨＦ（０．５ｍＬ）中の脱保護された６−（ｐ−ホルミルフェニル）−プリン（１０．９ｍｇ、０．０４９ｍｍｏｌ）、２−シアノアセトアミド（５．４ｍｇ、０．０６４ｍｍｏｌ）、およびＰＰｈ３（１３ｍｇ、０．０４９ｍｍｏｌ）のスラリーが密封バイアル中で８０℃に加熱された。この混合物は８０℃で１２時間撹拌され、そして真空中で濃縮された。残渣は９：１ ＣＨ２Ｃｌ２：ＭｅＯＨを用いるシリカ上のクロマトグラフィーに供され、９．６ｍｇ（８７％）の３−（４−（９Ｈ−プリン−６−イル）フェニル）−２−シアノアクリルアミド（Ｅ／Ｚ異性体の混合物）を明黄色固形物として与えた。計算精密質量：２９０．０９、Ｍ／ｚ 実測値：２９１．３（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例２．４−（１−トシル−１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−イル）ベンズアルデヒド
Figure 2013510886
 ５：１ ジオキサン：水（２ｍＬ）中の３−ブロモ−１−トシル−１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン（１００ｍｇ、０．２９ｍｍｏｌ）、４−ホルミルフェニルボロン酸（６６ｍｇ、０．４４ｍｍｏｌ）およびＫ２ＣＯ３（１２６ｍｇ、０．８７ｍｍｏｌ）のスラリーは、マイクロ波バイアル中で３０分間アルゴンで脱気された。Ｐｄ（ＰＰｈ３）４（３３ｍｇ、０．０２９ｍｍｏｌ）が加えられ、容器はアルゴンでパージされた。バイアルはマイクロ波リアクター中で１５０℃に１５分間加熱され、室温まで冷却され、ＥｔＯＡｃで希釈され、水で洗浄され、有機層はＮａ２ＳＯ４で乾燥され、そして真空中で濃縮された。残渣は１：１ ヘキサン：ＥｔＯＡｃを用いるシリカ上でのクロマトグラフィーに供され、９２ｍｇ（８６％）の４−（１−トシル−１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−イル）ベンズアルデヒドを黄色固形物として与えた。
実施例３．４−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−イル）ベンズアルデヒド
Figure 2013510886
 ２：１ ＴＨＦ：ＭｅＯＨ（２ｍＬ）中の４−（１−トシル−１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−イル）ベンズアルデヒド（１６２ｍｇ、０．４５ｍｍｏｌ）の溶液に、Ｃｓ２ＣＯ３（４３５ｍｇ、１．３４ｍｍｏｌ）が加えられた。この溶液は、炭酸塩塩基の添加の際に黄色になり、室温で１８時間撹拌された。ＴＬＣによってモニターされた、出発物質の完全な消費後、明オレンジ色溶液が真空中で濃縮され、残渣は１０ｍＬの水に取られ、そして得られたスラリーは３０分間激しく撹拌された。黄色の沈殿物は、濾過され、水で洗浄され、そして真空下で乾燥されて、７４ｍｇの４−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−イル）ベンズアルデヒドを明るい黄色固形物として与えた。計算精密質量：２２２．０８、Ｍ／ｚ 実測値：２２３．３（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例４．３−（４−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−イル）フェニル）−２−シアノアクリルアミド
Figure 2013510886
 １：１ ＴＨＦ：ＭｅＯＨ中の４−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−イル）ベンズアルデヒド（８ｍｇ、０．０３６ｍｍｏｌ）のスラリーに、２−シアノアセトアミド（４ｍｇ、０．０４３ｍｍｏｌ）およびＰＰｈ３（５ｍｇ、０．０１８ｍｍｏｌ）が加えられた。この反応混合物は８０℃に４８時間加熱され、ＬＣＭＳによってモニターされた生成物の顕著な発生後に、反応物は濃縮され、そして少量のＴＨＦ中に取られた。ＥｔＯＨが加えられ、そして得られた黄色沈殿は濾過され、真空中で乾燥されて、１．２ｍｇの３−（４−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−イル）フェニル）−２−シアノアクリルアミド（Ｅ／Ｚ 異性体の混合物）を明るい黄色固形物として与えた。計算精密質量：２８８．３０、Ｍ／ｚ 実測値：２８９．３（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例５．３−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−カルボニル）ベンズアルデヒド
Figure 2013510886
 ７−アザインドール（１８２ｍｇ、１．５ｍｍｏｌ）およびＡｌＣｌ３（９４５ｍｇ、７．４ｍｍｏｌ）は、フレーム乾燥させた丸底フラスコの中で、アルゴン下で乾燥ＣＨ２Ｃｌ２（５０ｍＬ）の中に合わせられた。不均一な黄色混合物は室温で１時間撹拌され、その時点で、３−ホルミルベンゾイルクロリド（５０５ｍｇ、２．９ｍｍｏｌ）が、陽圧のアルゴン下で、シリンジを介して滴下して加えられた。この混合物は、ゆっくりと半透明の黄色溶液になった。室温でのさらに２時間の撹拌後、過剰の酸塩化物をクエンチするために、ＭｅＯＨ（〜２０ｍＬ）がゆっくりと加えられた。溶媒は真空中で除去され、そして残渣は、９：１ ＥｔＯＡｃ：ＭｅＯＨを用いるシリカ上のクロマトグラフィーに供され、４２ｍｇ（１１％）の３−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−カルボニル）ベンズアルデヒドを白色固形物として与えた。計算精密質量：２５０．０７、Ｍ／ｚ 実測値：２５１．３（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例６．３−（３−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−カルボニル）フェニル）−２−シアノアクリルアミド
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（１ｍＬ）中の３−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−カルボニル）ベンズアルデヒド（１９．５ｍｇ、０．０８ｍｍｏｌ）の溶液に、２−シアノアセトアミド（１５ｍｇ、０．１７ｍｍｏｌ）およびピペリジン（１０μＬ、０．０９６ｍｍｏｌ）が加えられ、このスラリーは、白色沈殿の発生を伴いながら、８０℃で３時間撹拌された。この沈殿は濾過によって収集され、１．５ｍｇ（６％）の３−（３−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−カルボニル）フェニル）−２−シアノアクリルアミド（Ｅ／Ｚ 異性体の混合物）を白色固形物として与えた。計算精密質量：３１６．１０、Ｍ／ｚ 実測値：３１７．３（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例７．２−シアノ−３−（１Ｈ−インダゾール−５−イル）アクリルアミド
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（２ｍＬ）中の５−ホルミル−１Ｈ−インダゾール（１０２．５ｍｇ、０．７ｍｍｏｌ）の溶液に、２−シアノアセトアミド（７５ｍｇ、０．９ｍｍｏｌ）およびピペリジン（２０μＬ、０．２ｍｍｏｌ）が加えられた。この反応物は室温で１８時間撹拌され、続いて、スパチュラ先端量のシアノアセトアミドの添加を行った。この反応物はさらに３時間撹拌され、黄色固形物が沈殿し始めた。この反応物は濾過され、固形物がＴＨＦで洗浄され、そして真空中で乾燥されて、６５ｍｇ（４４％）の２−シアノ−３−（１Ｈ−インダゾール−５−イル）アクリルアミド（Ｅ／Ｚ 異性体の混合物）を黄色固形物として与えた。計算精密質量：２１２．０７、Ｍ／ｚ 実測値：２１３．４（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例８．３−（１Ｈ−インダゾール−５−イル）−２−（ピロリジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（２ｍＬ）中の６−ホルミル−１Ｈ−インダゾール（１１５ｍｇ、０．８ｍｍｏｌ）の溶液に、２−シアノ−Ｎ−イソプロピルアセトアミド（１００ｍｇ、０．７ｍｍｏｌ）およびＤＢＵ（１３０μＬ、１．０５ｍｍｏｌ）が加えられた。得られた茶色溶液は、室温で１８時間撹拌され、ＴＬＣによってモニターされた。さらなるスパチュラ先端量の２−シアノ−Ｎ−イソプロピルアセトアミドが加えられ、この反応物は、最小限のさらなる生成物の発生を伴って、さらに１８時間撹拌された。この反応物は濃縮され、少量のＥｔＯＡｃ中に取られ、そして調製用ＴＬＣによって精製されて、４３ｍｇ（２０％）の３−（１Ｈ−インダゾール−６−イル）−２−（ピロリジン−１−カルボニル）アクリロニトリル（Ｅ／Ｚ 異性体の混合物）をアモルファス黄褐色固形物として与えた。計算精密質量：２６６．１２、Ｍ／ｚ 実測値：２６７．５（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例９．２−シアノ−３−（１Ｈ−インダゾール−６−イル）アクリルアミド
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（２ｍＬ）中の６−ホルミル−１Ｈ−インダゾール（１０２．５ｍｇ、０．７ｍ
ｍｏｌ）の溶液に、２−シアノアセトアミド（７８．２ｍｇ、０．７ｍｍｏｌ）およびピ
ペリジン（５０μＬ、０．５ｍｍｏｌ）が加えられた。この反応物は、白色沈殿の生成を伴いながら、室温で１８時間撹拌された。この反応物は濾過され、固形物はＴＨＦで洗浄され、そして真空中で乾燥されて、６９ｍｇ（４６％）の２−シアノ−３−（１Ｈ−インダゾール−６−イル）アクリルアミド（Ｅ／Ｚ 異性体の混合物）を白色固形物として与えた。計算精密質量：２１２．０７、Ｍ／ｚ 実測値：２１３．４（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例１０．２−シアノ−３−（１Ｈ−インダゾール−６−イル）−Ｎ−メチルアクリルアミド
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（１ｍＬ）中の６−ホルミル−１Ｈ−インダゾール（１０３．５ｍｇ、０．７ｍｍｏｌ）の溶液に、２−シアノ−Ｎ−メチルアセトアミド（７０ｍｇ、０．７ｍｍｏｌ）およびＤＢＵ（１３０μＬ、１．０５ｍｍｏｌ）が加えられた。ＤＢＵを添加してすぐに、黄色のスラリーが透明なオレンジ色溶液になり、オレンジ色沈殿の急速な発生が続いた。室温での１時間の撹拌後、反応物は濃縮され、少量の１：１ ＥｔＯＡｃ：Ｈ２Ｏ中に取られ、そして残渣を壊すために激しく超音波処理された。得られた固形物は濾過され、ＥｔＯＡｃおよびＨ２Ｏで洗浄され、そして乾燥されて、２１ｍｇ（１３％）の２−シアノ−３−（１Ｈ−インダゾール−６−イル）−Ｎ−メチルアクリルアミド（Ｅ／Ｚ 異性体の混合物）を黄褐色固形物として与えた。計算精密質量：２２６．０９、Ｍ／ｚ 実測値：２２７．４（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例１１．２−シアノ−３−（１Ｈ−インダゾール−６−イル）−Ｎ−イソプロピルアクリルアミド
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（１ｍＬ）中の６−ホルミル−１Ｈ−インダゾール（１０１．５ｍｇ、０．７ｍｍｏｌ）の溶液に、２−シアノ−Ｎ−イソプロピルアセトアミド（９９．９ｍｇ、０．８ｍｍｏｌ）およびＤＢＵ（１３０μＬ、１．０５ｍｍｏｌ）が加えられた。１時間後、出発物質の完全な消費が観察され、ＴＬＣによってモニターされた。反応物はＥｔＯＡｃで希釈され、Ｈ２Ｏおよびブラインで洗浄された。明るい沈殿が形成されるまで、残りの有機層にヘキサンがゆっくりと加えられ、この沈殿は濾過によって収集されて、４８ｍｇ（２７％）の２−シアノ−３−（１Ｈ−インダゾール−６−イル）−Ｎ−イソプロピルアクリルアミド（Ｅ／Ｚ 異性体の混合物）を白色固形物として与えた。
実施例１２．（１−（９Ｈ−プリン−６−イル）ピペリジン−４−イル）メタノール
Figure 2013510886
 ６−クロロプリン（５０９ｍｇ、３．２ｍｍｏｌ）、４−ピペリジンメタノール（７３７ｍｇ、６．４ｍｍｏｌ）、およびＥｔ３Ｎ（２．２５ｍＬ、２５．６ｍｍｏｌ）がｎ−ＢｕＯＨ（３０ｍＬ）に溶解され、そして密封容器中で１００℃に加熱された。明オレンジ色溶液は一晩加熱され、室温まで冷却され、そして濃縮されて黄褐色固形物を与えた。残渣は３：１ ヘキサン：ＭｅＯＨ（１０ｍＬ）で粉砕され、そして真空中で乾燥されて、４０１ｍｇ（５７％）の（１−（９Ｈ−プリン−６−イル）ピペリジン−４−イル）メタノールを明るい白色固形物として与えた。
実施例１３．１−（９Ｈ−プリン−６−イル）ピペリジン−４−カルボアルデヒド
Figure 2013510886
 （１−（９Ｈ−プリン−６−イル）ピペリジン−４−イル）メタノール（２５０ｍｇ、１．１ｍｍｏｌ）およびデス−マーチンペルヨージナン（７００ｍｇ、１．６５ｍｍｏｌ）が乾燥ＣＨ２Ｃｌ２（３０ｍＬ）中で合わせられ、このスラリーは、黄色の不均質溶液になるまで激しく撹拌された。ＣＨ２Ｃｌ２（２０ｍＬ）中の水（２０μＬ）が反応物に滴下して加えられ、これは、〜１モル当量の水の添加の際に濁った。３０分間のさらなる激しい撹拌後、この反応混合物はＥｔＯＡｃ（〜１００ｍＬ）中で希釈され、そして１：１ 飽和ＮａＳ２Ｏ４：ＮａＨＣＯ３、水、およびブラインで洗浄された。水層はＥｔＯＡｃで戻し抽出され、合わせた有機層はＮａ２ＳＯ４で乾燥され、そして濃縮された。残渣は９：１ ＣＨ２Ｃｌ２：ＭｅＯＨを用いるシリカ上でのクロマトグラフィーに供され、１２４ｍｇ（４８％）の１−（９Ｈ−プリン−６−イル）ピペリジン−４−カルボアルデヒドをワックス状の無色固形物として与えた。
実施例１４．３−（１−（９Ｈ−プリン−６−イル）ピペリジン−４−イル）−２−シアノアクリルアミド
Figure 2013510886
 １−（９Ｈ−プリン−６−イル）ピペリジン−４−カルボアルデヒド（１１．２ｍｇ、０．０４８ｍｍｏｌ）、２−シアノアセトアミド（６ｍｇ、０．０７１ｍｍｏｌ）、およびＰＰｈ３（６ｍｇ、０．０２３ｍｍｏｌ）はＴＨＦ（１ｍＬ）中で合わされ、密封バイアル中で８０℃に加熱された。１８時間の加熱後、白色沈殿が形成したが、ＴＬＣは有意な量の出発物質の存在を示した。スパチュラ先端量の２−シアノアセトアミドが反応物に加えられ、これはさらに８０℃で１８時間撹拌された。この反応物は冷却され、そして沈殿は濾過によって収集されて、６ｍｇ（４６％）の３−（１−（９Ｈ−プリン−６−イル）ピペリジン−４−イル）−２−シアノアクリルアミド（Ｅ／Ｚ異性体の混合物）を白色固形物として与えた。計算精密質量：２９７．１３、Ｍ／ｚ 実測値：２９８．３（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例１５．２−（２−オキソ−２−ｐ−トリルエチル）イソインドリン−１，３−ジオン
Figure 2013510886
 ２−ブロモ−１−ｐ−トリルエタノン（２０ｇ、９３．８ｍｍｏｌ）は１００ｍＬ ＤＭＦ中に溶解された。フタルアミドカリウム（１９．９ｇ、１０３．２ｍｍｏｌ）が加えられ、反応物は室温で３時間撹拌された。反応物はＣＨ３Ｃｌで総容積２００ｍＬに希釈され、生成物が溶液から沈殿した。沈殿した生成物は濾過によって収集された。残りの濾液は濃縮され、１００ｍＬ ＣＨ３Ｃｌに再溶解され、次いで水、飽和炭酸水素ナトリウム、およびブラインで洗浄された。水層はＣＨ２Ｃｌ２＋１０％ ＭｅＯＨで抽出され、得られた有機層はＮａ２ＳＯ４で乾燥され、そして真空中で濃縮された。得られた２−（２−オキソ−２−ｐ−トリルエチル）イソインドリン−１，３−ジオンの総量は２４．４ｇ（９４％収率）であった。
実施例１６．２−アミノ−４−ｐ−トリル−１Ｈ−ピロール−３−カルボニトリル
Figure 2013510886
 ＭｅＯＨ（２２．５ｍＬ）／４８％ ｗ／ｖ ＮａＯＨ水溶液（３．５ｍＬ）／Ｈ２Ｏ（７．５ｍＬ）中のマロノニトリル（１．２３ｇ、１８．６ｍｍｏｌ）の溶液に、２−（２−オキソ−２−ｐ−トリルエチル）イソインドリン−１，３−ジオン（４ｇ、１４．３ｍｍｏｌ）が加えられた。この反応混合物は室温で３時間撹拌され、その後、生成物は溶液から沈殿した。固形物が濾過によって収集され、水で洗浄された。残りの濾液に水が加えられ、得られた沈殿は濾過され、そして生成物と合わせられた。固形生成物は真空下で一晩乾燥され、２．３ｇ（８２％収率）の２−アミノ−４−ｐ−トリル−１Ｈ−ピロール−３−カルボニトリルを得た。
実施例１７．メチル Ｎ−３−シアノ−４−ｐ−トリル−１Ｈ−ピロール−２−イルホルムイミダート
Figure 2013510886
 オルトギ酸トリエチル（１０ｍｌ）中の２−アミノ−４−ｐ−トリル−１Ｈ−ピロール−３−カルボニトリル（２．３ｇ、１１．６ｍｍｏｌ）の溶液に無水酢酸（１１０μｌ、１．１ｍｍｏｌ）が加えられ、そしてこの混合物は１時間還流された。室温まで冷却後、溶媒が真空中で除去された。２．８８ｇ（９９％収率）の粗メチル Ｎ−３−シアノ−４−ｐ−トリル−１Ｈ−ピロール−２−イルホルムイミダートがトルエンを用いて共沸的に乾燥され、そして続けて直接次の工程に進んだ。
実施例１８．Ｎ’−（３−シアノ−４−ｐ−トリル−１Ｈ−ピロール−２−イル）ホルムイミドアミド
Figure 2013510886
 粗メチル Ｎ−３−シアノ−４−ｐ−トリル−１Ｈ−ピロール−２−イルホルムイミダート（２．８８ｇ、１１．５ｍｍｏｌ）は、ＭｅＯＨ（８０ｍＬ）中の７Ｎ ＮＨ３に溶解し、ふた付きの丸底フラスコの中で室温で４時間撹拌された。溶媒は真空中で除去され、そして粗Ｎ’−（３−シアノ−４−ｐ−トリル−１Ｈ−ピロール−２−イル）ホルムイミドアミド生成物は高真空で一晩乾燥され、２．２７ｇ（８８％収率）の生成物を得た。
実施例１９．５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン
Figure 2013510886
 Ｎ’−（３−シアノ−４−ｐ−トリル−１Ｈ−ピロール−２−イル）ホルムイミドアミド（２．２７ｇ、１０．２ｍｍｏｌ）はＭｅＯＨ（３０ｍＬ）に溶解され、そして加熱して還流された。ナトリウムメトキシド（１．５ｍ、ＭｅＯＨ中２５重量％、５．１ｍｍｏｌ）が加えられ、反応物は３時間還流で撹拌され、その後、生成物は溶液から沈殿した。室温まで冷却後、固形物が濾過によって単離され、高真空下で乾燥されて、２．３ｇ（１００％）の純粋な５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミンを黄褐色固形物として得た。
実施例２０．７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン
Figure 2013510886
 ＤＭＦ（１２０ｍＬ）中の５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン（５．０１ｇ、２２．３ｍｍｏｌ）の０℃のスラリーに、ＮａＨ（０．９８ｇの６０％油分散物、２４．６ｍｍｏｌ）が加えられ、そして得られた混合物は室温まであたためられた。３０分間の撹拌後、３−（ｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピルヨーダイド（７．３８ｇ、２４．６ｍｍｏｌ）が１０分間にわたって滴下して加えられた。さらに４時間の撹拌後、反応は１００ｍｌ水を加えることによってクエンチされ、沈殿した生成物は濾過され、高真空下で乾燥され、７．７８ｇ（８８％収率）の７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミンを得た。計算精密質量 ３９６．２３；実測値 ３９７．５ ［Ｍ＋Ｈ］＋。
実施例２１．６−ブロモ−７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン
Figure 2013510886
 ＤＭＦ（２０ｍＬ）中の７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン（１．２２ｇ、３ｍｍｏｌ）の溶液に、Ｎ−ブロモスクシンイミド（０．６５ｇ、３．６ｍｍｏｌ）が加えられ、そしてこの混合物は、光から保護されて２４時間撹拌された。反応物はＥｔＯＡｃ（２５ｍＬ）で希釈され、水およびブラインで洗浄された。合わせた有機画分は無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥され、濾過され、濃縮され、そしてフラッシュカラムクロマトグラフィー（４０％ 酢酸エチル／ヘキサン）によって精製され、０．９ｇ（６２％収率）の６−ブロモ−７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミンを得た。計算精密質量：４７４．１５；実測値４７５［Ｍ］＋および４７７［Ｍ＋２］＋。
実施例２２．７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−６−ビニル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン
Figure 2013510886
 トルエン（３０ｍＬ）中の６−ブロモ−７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン（１．０ｇ、２．１ｍｍｏｌ）の溶液に、トリブチルビニルスズ（０．８ｍＬ、２．７３ｍｍｏｌ）が加えられた。アルゴンガスで１０分間溶液をバブリングした。テトラキス（トリフェニルホスフィン）パラジウム（２４４ｍｇ、０．２１ｍｍｏｌ）が迅速に加えられ、アルゴンガスでさらに１０分間溶液をバブリングした。次いで、反応物は３時間還流して撹拌された。反応物はセライトを通して濾過され、濾液が濃縮された。生成物は５０％ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン中のフラッシュカラムクロマトグラフィーによって精製され、明黄色残渣を与え、これはベンゼンから凍結乾燥され、７５７ｍｇ（８５％収率）の７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−６−ビニル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミンを明黄色粉末として得た。計算精密質量 ４２２．２５； 実測値 ４２３．１ ［Ｍ＋Ｈ］＋。
実施例２３．４−アミノ−７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド
Figure 2013510886
 ３：１ ＴＨＦ：Ｈ２Ｏ（１１．３ｍＬ）中の７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−６−ビニル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン（７６０ｍｇ、１．８ｍｍｏｌ）の溶液に、アルゴン下で、四酸化オスミウム（１．７５ｍＬ、０．１８ｍｍｏｌ、ｔ−ＢｕＯＨ中２．５％）が滴下して加えられた。反応物はアルゴン下にて室温で２０分間撹拌された。過ヨウ素酸ナトリウム（８６０ｍｇ、３．６ｍｍｏｌ、２．４ｍＬ 温水に溶解）が、３０分間の時間にわたって反応物に加えられた。反応物は室温で１．５時間撹拌され、次いで、酢酸エチルで希釈された。有機層は飽和チオ硫酸ナトリウム水溶液で洗浄され、そして水層は酢酸エチルで戻し抽出された。合わせた有機層は硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして濃縮された。残渣は５０％ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン中のフラッシュカラムクロマトグラフィーによって精製されて、４１７ｍｇ（５５％収率）の黄色がかった油状物が得られ、これは静置した際に固化した。計算精密質量 ４２４．２３；実測値 ４２５．１［Ｍ＋Ｈ］＋。
実施例２４．メチル ３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノアクリラート
Figure 2013510886
 乾燥ＴＨＦ（１．５ｍＬ）中の４−アミノ−７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド（５２ｍｇ、０．１２３ｍｍｏｌ）の溶液に、ＤＢＵ（２２μｌ、０．１４７ｍｍｏｌ）およびメチル ２−シアノアセタート（１３ｍｇ、０．１３５ｍｍｏｌ）が加えられた。この反応物は室温で１時間撹拌され、その後転換が９０％に達した。反応物は濃縮され、残渣は５０％ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン中の調製用薄層クロマトグラフィーによって精製され、５１ｍｇ（８０％収率）のＴＢＳ−保護されたシアノアクリラートを黄色フィルムとして得た。ＴＨＦ（１．５ｍＬ）中のＴＢＳ−保護されたシアノアクリラート（５１ｍｇ、０．０９８ｍｍｏｌ）の溶液に、１Ｎ ＨＣｌ水溶液（５００μｌ）が加えられた。この反応物は室温で１時間撹拌され、次いで酢酸エチルで希釈された。有機層は飽和炭酸水素ナトリウム水溶液およびブラインで洗浄され、次いで硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして濃縮された。黄色残渣が、メタノール／ヘキサン（１：３）からの沈殿によって精製されて、１２ｍｇ（２５％収率）のメチル ３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノアクリラート（Ｅ／Ｚ 異性体の混合物）を黄色固形物として得た。計算精密質量 ３９１．１６；実測値 ３９２．０［Ｍ＋Ｈ］＋。
実施例２５．ｔｅｒｔ−ブチル ３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノアクリラート
Figure 2013510886
 乾燥ＴＨＦ（２ｍＬ）中の４−アミノ−７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド（１００ｍｇ、０．２３５ｍｍｏｌ）の溶液に、ＤＢＵ（４５μｌ、０．３０６ｍｍｏｌ）およびｔｅｒｔ−ブチル ２−シアノアセタート（３４μｌ、０．２３５ｍｍｏｌ）が加えられた。反応物は室温で２時間撹拌され、その後これは酢酸エチルで希釈された。有機層は０．１Ｎ ＨＣｌ水溶液およびブラインで洗浄され、次いで硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして濃縮された。残渣は５０％ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン中のフラッシュカラムクロマトグラフィーによって、次いでＨＰＬＣ精製（３５分間にわたる３０−１００％ ＭｅＯＨのグラジエント、１０ｍＬ ｍｉｎ−１の流速、保持時間９．３４分）によって精製され、２１．３ｍｇ（２１％収率）のｔｅｒｔ−ブチル ３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノアクリラート（Ｅ／Ｚ 異性体の混合物）を得た。化学式：Ｃ２４Ｈ２７Ｎ５Ｏ３ 計算精密質量 ４３３．２１；実測値 ４３４．１［Ｍ＋Ｈ］＋。
実施例２６．３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノアクリルアミド
Figure 2013510886
 乾燥ＴＨＦ（２ｍＬ）およびイソプロパノール（１ｍＬ）中の４−アミノ−７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド（１２０ｍｇ、０．２８３ｍｍｏｌ）溶液に、ピペリジン（２８μｌ、０．２８３ｍｍｏｌ）および２−シアノアセトアミド（２３ｍｇ、０．２８３ｍｍｏｌ）が加えられた。この反応物は室温で１６時間撹拌され、その後さらに等量の２−シアノアセトアミドおよびピペリジンが加えられた。１０日後、反応物は酢酸エチルで希釈され、そして有機層は水で洗浄され、次いで硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして濃縮された。粗残渣は３ｍＬ 乾燥ＴＨＦ中に溶解され、そして１．２ｍＬの１Ｎ ＨＣｌが加えられた。反応物は１．５時間撹拌され、次いで酢酸エチルで希釈された。有機層は飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で、続いてブラインで洗浄され、次いで硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして濃縮された。残渣は３−５％ ＭｅＯＨ／ＤＣＭ中のフラッシュカラムクロマトグラフィーによって精製され、３８ｍｇ（４２％収率）の３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノアクリルアミド（Ｅ／Ｚ 異性体の混合物）を黄色粉末として得た。計算精密質量：３７６．１６；実測値 ３７７．４［Ｍ＋Ｈ］＋。
実施例２７．２−シアノ−Ｎ−ベンジルアセトアミド
Figure 2013510886
 ＤＭＦ中のジイソプロピルエチルアミン（５０６μｌ、３ｍｍｏｌ）およびベンジルアミン（３２７μｌ、３ｍｍｏｌ）の撹拌溶液に、シアノ酢酸（８５ｍｇ、１ｍｍｏｌ）、ＥＤＣ（６２５ｍｇ、３ｍｍｏｌ）、およびＨＯＢｔ（２０８ｍｇ、１．５ｍｍｏｌ）が加えられた。この反応物は室温で一晩撹拌された。次いで、この反応物はエーテルで希釈され、そして有機層は１Ｎ ＨＣｌで２回およびブラインで１回洗浄された。有機層は硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そしてロータリーエバポレーションで濃縮された。透明な残渣はベンゼンから凍結乾燥されて、２４ｍｇ（１４％収率）のオフホワイト粉末が得られ、これはさらなる精製を必要としなかった。
実施例２８．２−シアノ−Ｎ−イソプロピルアセトアミド．
Figure 2013510886
 ０℃の撹拌シアノ酢酸メチル（２．０ｇ、２０ｍｍｏｌ）に、１０℃より下の温度を維持しながら、イソプロピルアミン（１．７ｍＬ、２０ｍｍｏｌ）が滴下して加えられた。反応物は０℃で１時間撹拌され、その後、２ｍｌの１５％ ＮａＯＨ水溶液が加えられ、反応物は室温で５分間撹拌された。この混合物は酢酸エチルで希釈され、そして水で洗浄された。有機層は硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして濃縮されて、１．０６ｇ（４２％収率）の白色固形物が得られ、これはさらなる精製を必要としなかった。参考文献：Ｂａｓｈｅｅｒ，Ａ．ｅｔ．ａｌ．Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．（２００７），７２：５２９７−５３１２。
実施例２９．３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−Ｎ−ベンジル−２−シアノアクリルアミド
Figure 2013510886
 乾燥ＴＨＦ（１ｍＬ）中の４−アミノ−７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド（５８ｍｇ、０．１３８ｍｍｏｌ）の溶液に、ピペリジン（２９μｌ、０．２７６ｍｍｏｌ）およびＮ−ベンジルシアノアセトアミド（２４ｍｇ、０．１３８ｍｍｏｌ）が加えられた。この反応物は、室温で２日間撹拌され、その後、転換が５０％に達し、そして停止した。この反応物は濃縮され、そして残渣は５０％ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン中のフラッシュカラムクロマトグラフィーによって精製されて黄色粉末が得られ、これはＴＨＦ（１ｍＬ）に溶解され、１００μｌ １Ｎ ＨＣｌが加えられた。この反応物は、室温で１時間撹拌され、酢酸エチルで希釈され、そして層が分離された。有機層は飽和炭酸水素ナトリウム水溶液、続いてブラインで洗浄され、次いで硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして濃縮され、１００％ ＥｔＯＡｃ−５％ ＭｅＯＨ／ＥｔＯＡｃで溶出するフラッシュカラムクロマトグラフィーによって黄色油状物が精製されて黄色残渣が得られ、これはベンゼンから凍結乾燥されて、９．８ｍｇ（４６％収率）の３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−Ｎ−ベンジル−２−シアノアクリルアミド（Ｅ／Ｚ 異性体の混合物）が黄色粉末として得られた。計算精密質量：４６６．２１；実測値：４６７．５［Ｍ＋Ｈ］＋。
実施例３０．３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ−イソプロピルアクリルアミド
Figure 2013510886
 乾燥ＴＨＦ（１．５ｍＬ）中の４−アミノ−７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド（１００ｍｇ、０．２３６ｍｍｏｌ）の溶液に、ピペリジン（５０μｌ、０．４７６ｍｍｏｌ）およびＮ−イソプロピル シアノアセトアミド（６０ｍｇ、０．４７６ｍｍｏｌ）が加えられた。この反応物は室温で４日間撹拌され、その後転換は５０％に達した。この反応物は濃縮され、残渣は５０％ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン中のフラッシュカラムクロマトグラフィーによって精製されて、黄色泡状物が得られ、これはＴＨＦ（１ｍＬ）および１Ｎ ＨＣｌ（１００μｌ）に溶解された。この反応物は室温で１．５時間撹拌され、酢酸エチルで希釈され、そして層が分離された．有機層は飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で、続いてブラインで洗浄され、次いで硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして濃縮された。黄色油状物は、１００％ ＥｔＯＡｃ−５％ ＭｅＯＨ／ＥｔＯＡｃで溶出するフラッシュカラムクロマトグラフィーによって精製されて黄色油状物が得られ、これはベンゼンから凍結乾燥されて、２６ｍｇ（５４％収率）の３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ−イソプロピルアクリルアミド（Ｅ／Ｚ 異性体の混合物）を黄色粉末として得た。計算精密質量：４１８．２１；実測値：４１９．５［Ｍ＋Ｈ］＋。
実施例３１．６−ブロモ−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン
Figure 2013510886
 ５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン（１．５ｇ、６．７ｍｍｏｌ）は熱ＤＭＦ中に溶解され、次いで、室温まで冷却された。濁った懸濁液はアルゴン下で撹拌され、ＮＢＳ（１．４ｇ、８．０４ｍｍｏｌ）が２０分間にわたって少しづつ加えられるときに光から保護された。添加の１時間後、溶液は透明になり、沈殿が形成し始めた。２時間後、反応物は濾過され、固形物はＤＭＦで洗浄された。合わせた濾液は濃縮され、水中で１０分間撹拌されて、第２の収穫固形物を与えた。灰色の固形物が合わせられ、１．４６４ｇ（７２％収率）を得た。
実施例３２．５−ｐ−トリル−６−ビニル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン
Figure 2013510886
 ６−ブロモ−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン（５００ｍｇ、１．６５ｍｍｏｌ）の撹拌溶液に、トリブチルビニルスタンナン（５７９μｌ、１．９８ｍｍｏｌ）が加えられ、そしてこの溶液は５分間脱気された。パラジウム テトラキストリフェニルホスフィン（１３４ｍｇ、０．１１６ｍｇ）が加えられ、この反応物は還流に供され、一晩撹拌された。この反応混合物はセライトのパッドを通して濾過され、固形物は熱トルエンで３回洗浄された。濾液は濃縮され、残渣はＥｔＯＡｃ／ヘキサンから再結晶されて、１９０ｍｇ（４６％収率）の灰色固形物を得た。
実施例３３．（Ｅ）−３−（４−アミノ−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノアクリルアミド
Figure 2013510886
 ｔｅｒｔ−ブタノール（１３６μｌ、０．０１３ｍｍｏｌ）中の四酸化オスミウムの２．５％溶液（ｗ／ｖ）が、３：１ ＴＨＦ／Ｈ２Ｏ（５．２ｍＬ）中の５−ｐ−トリル−６−ビニル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン（１９０ｍｇ、０．６８ｍｍｏｌ）の撹拌溶液に加えられた。この懸濁液は室温で１０分間撹拌され、続いて、１ｍＬのＨ２Ｏに懸濁されたＮａＩＯ４（２６２ｍｇ、１．２２４ｍｍｏｌ）の滴下での添加を行った。次いで、この反応物は室温で一晩撹拌された。この反応物は酢酸エチルで希釈され、飽和チオ硫酸ナトリウム水溶液でクエンチされた。有機層は分離され、水層は酢酸エチルで３回抽出された。合わせた有機層は濃縮されて黄色固形物が得られ、これは２：１ イソプロパノール／ＴＨＦ（３ｍＬ）に溶解された。この溶液にシアノアセトアミド（３０ｍｇ、０．３５９ｍｍｏｌ）およびピペリジン（３５μｌ、０．３５９ｍｍｏｌ）が加えられた。この反応物は室温で一晩撹拌され、その間、黄色沈殿が形成した。これは濾過され、４６ｍｇ（４１％収率、２段階）の２−シアノ−３−（７−ｐ−トリル−５Ｈ−ピロロ［３，２−ｄ］ピリミジン−６−イル）アクリルアミドを得た。計算精密質量：３１８．１２；実測値：３１９．００［Ｍ＋Ｈ］＋。
実施例３４．（Ｅ）−３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 フレーム乾燥したフラスコに、ｔｅｒｔ−ブチル ７−（３−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）プロピル）−６−ホルミル−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−イルカルバマート（２１８ｍｇ、０．４１６ｍｍｏｌ）、（トリフェニルホスホルアニリデン）アセトニトリル（５００．９ｍｇ、１．６６４ｍｍｏｌ）、および乾燥ＣＨ２Ｃｌ２（１０ｍＬ）が加えられた。この反応物は、アルゴン下にて室温で１６時間撹拌され、その後この反応物は濃縮され、そして粗残渣は２５％ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン中のフラッシュカラムクロマトグラフィーによって精製され、１９６ｍｇ（８７％収率）の３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）アクリロニトリルを異性体の混合物として得た。３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）アクリロニトリル（８０ｍｇ、０．１３９ｍｍｏｌ）は２ｍＬ ＣＨ２Ｃｌ２に溶解され、０℃まで冷却され、その後２ｍＬのＴＦＡが加えられた。この反応物は、０℃で１時間撹拌され、次いで室温まで到達した。１６時間後、この反応物は濃縮され、そして粗残渣は３ｍＬ 乾燥ＴＨＦに溶解され、そして１ｍＬの１Ｎ ＨＣｌが加えられた。この反応物は１５時間撹拌され、次いで酢酸エチルで希釈され、そして有機層は飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で、続いてブラインによって洗浄され、次いで硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして濃縮された。残渣は３％ ＭｅＯＨ／ＤＣＭ中のフラッシュカラムクロマトグラフィーによって精製され、９．１ｍｇ（１９％収率）の（Ｅ）−３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）アクリロニトリルおよび２４．６ｍｇ（５３％収率）の（Ｚ）−３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）アクリロニトリルを得た。化学式Ｃ１９Ｈ１９Ｎ５Ｏ 計算精密質量：３３３．１６；実測値 ３３４．５［Ｍ＋Ｈ］＋。
実施例３５．３−（１−（９Ｈ−プリン−６−イル）ピペリジン−４−イル）−２−シアノ−Ｎ−メチルアクリルアミド
Figure 2013510886
 １−（９Ｈ−プリン−６−イル）ピペリジン−４−カルボアルデヒド（１７ｍｇ、０．０８６ｍｍｏｌ）、２−シアノ−メチルアセトアミド（１１ｍｇ、０．１１２ｍｍｏｌ）、およびＰＰｈ３（２８ｍｇ、０．１０６ｍｍｏｌ）はＴＨＦ（１ｍＬ）中で合わされ、密封バイアル中で１１０℃に加熱された。加熱の１８時間後、この反応混合物はＥｔＯＡｃ（２ｍＬ）で希釈され、水（１ｍＬ）で洗浄された。有機層は濃縮され、そして調製用ＴＬＣ（９：１ ＣＨ２Ｃｌ２：ＭｅＯＨで溶出）に供されて、６ｍｇ（２３％）の３−（１−（９Ｈ−プリン−６−イル）ピペリジン−４−イル）−２−シアノ−Ｎ−メチルアクリルアミドを白色固形物として与えた。計算精密質量：３１１．１５、Ｍ／ｚ 実測値：３１２．０５（Ｍ＋Ｈ）＋
実施例３６．２−シアノ−３−（１Ｈ−インダゾール−５−イル）−Ｎ，Ｎ−ジメチルアクリルアミド
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（１ｍＬ）中の６−ホルミル−１Ｈ−インダゾール（１０１ｍｇ、０．７ｍｍｏｌ）の溶液に、２−シアノ−Ｎ−ジメチルアセトアミド（８０ｍｇ、０．７ｍｍｏｌ）およびＤＢＵ（６７μＬ、０．７ｍｍｏｌ）が加えられた。得られた茶色溶液は室温で１８時間、続いて６０℃で４時間撹拌された。出発物質が残っていたので、この反応物はさらに１８時間撹拌され、最小限のさらなる生成物の発生を伴った。この反応物は濃縮され、少量のＥｔＯＡｃの中に取られ、得られた白色沈殿は濾過によって収集され、３０ｍｇの２−シアノ−３−（１Ｈ−インダゾール−５−イル）−Ｎ，Ｎ−ジメチルアクリルアミド（１９％）を白色固形物として与えた。計算精密質量：２４０．１０、Ｍ／ｚ 実測値：２４１．０９（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例３７．３−（３−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−カルボニル）フェニル）−２−シアノ−Ｎ−メチルアクリルアミド
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（１ｍＬ）中の３−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−カルボニル）ベンズアルデヒド（４７ｍｇ、０．２ｍｍｏｌ）の溶液に、２−シアノアセトアミド（１９ｍｇ、０．２ｍｍｏｌ）およびＤＢＵ（２０μＬ、０．２ｍｍｏｌ）が加えられ、このスラリーは室温で５分間撹拌された。ガム状の沈殿が壁に付着しないように数滴のＭｅＯＨがこの反応物に加えられ、この反応物は一晩撹拌され、黄色がかった沈殿の発生を伴った。この沈殿は濾過によって収集され、８ｍｇ（１２％）の３−（３−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−カルボニル）フェニル）−２−シアノ−Ｎ−メチルアクリルアミドを白色固形物として与えた。計算精密質量：３３０．１１、Ｍ／ｚ 実測値：３３１．０５（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例３８．３−（３−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−カルボニル）フェニル）−２−シアノ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアクリルアミド
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（１ｍＬ）中の３−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−カルボニル）ベンズアルデヒド（４７ｍｇ、０．２ｍｍｏｌ）の溶液に、２−シアノアセトアミド（１９ｍｇ、０．２ｍｍｏｌ）およびＤＢＵ（２０μＬ、０．２ｍｍｏｌ）が加えられ、このスラリーは室温で数時間撹拌され、この時点で茶色スラリーは透明な黄色溶液になった。翌日、この反応物は茶色のワックス状固形物まで濃縮され、ＥｔＯＡｃ：ＭｅＯＨ（２：１）に再懸濁され、そして得られた沈殿は濾過によって収集され、１２ｍｇ（１７％）の３−（３−（１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジン−３−カルボニル）フェニル）−２−シアノ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアクリルアミドを白色固形物として与えた。計算精密質量：３４４．１３、Ｍ／ｚ 実測値：３４５．０９（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例３９．３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−カルボアルデヒド
Figure 2013510886
 ３−ヨード−５−ホルミルインダゾール（２１０ｍｇ、０．７３５ｍｍｏｌ）、トリメトキシフェニルボロン酸（１８７ｍｇ、０．８８２ｍｍｏｌ）、およびＫ２ＣＯ３（３０９ｍｇ、２．２１ｍｍｏｌ）は５：１ ジオキサン：Ｈ２Ｏ（２ｍＬ）中で合わされ、アルゴンのバブリングを用いて２０分間脱気された。Ｐｄ（ＰＰｈ３）４（１２３ｍｇ、０．１０６ｍｍｏｌ）が加えられ、この反応容器はアルゴンでパージされた。この反応物は、１５０℃で１５分間、マイクロ波照射された。粗反応混合物はＥｔＯＡｃ（２０ｍＬ）で希釈され、１Ｍ ＨＣｌ（１０ｍＬ）、Ｈ２Ｏ（１０ｍＬ）、およびブライン（１０ｍＬ）で洗浄され、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥され、そして濃縮された。残渣はシリカ上で精製され、３：２ Ｈｅｘ：ＥｔＯＡｃで溶出され、そして生成物を含有する不純物画分は黄色固形物まで濃縮された。この黄色固形物はＥｔＯＡｃに懸濁され、白色固形物が濾過されて、１４０ｍｇ（８３％）の３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−カルボアルデヒドとして白色固形物を与えた。
実施例４０．２−シアノ−３−（３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−イル）アクリルアミド
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（１ｍＬ）中の３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−カルボアルデヒド（５２．０ｍｇ、０．１６ｍｍｏｌ）および２−シアノアセトアミド（１３．２ｍｇ、０．１６ｍｍｏｌ）の溶液に、ＤＢＵ（１６μＬ、０．１６ｍｍｏｌ）が加えられた。ＤＢＵの添加に際して無色溶液が明るい黄色になり、１５分間の経過時間にわたってゆっくりと明るい赤色になった。４時間後、この反応混合物はＥｔＯＡｃ（１０ｍＬ）に取られ、１Ｍ ＨＣｌ（１０ｍＬ）、ＮａＨＣＯ３（１０ｍＬ）、およびブライン（１０ｍＬ）で洗浄された。有機層は濃縮され、９：１ ＣＨ２Ｃｌ２：ＭｅＯＨで溶出する調製用ＴＬＣによって精製され、５．３ｍｇ（９％）の２−シアノ−３−（３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−イル）アクリルアミドを明るい黄色固形物として与えた。計算精密質量：３７８．１３、Ｍ／ｚ 実測値：３７９．０３（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例４１．２−シアノ−Ｎ−メチル−３−（３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−イル）アクリルアミド
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（１ｍＬ）中の３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−カルボアルデヒド（３０ｍｇ、０．１００ｍｍｏｌ）および２−シアノ−Ｎ−メチルアセトアミド（９．６ｍｇ、０．１００ｍｍｏｌ）の溶液に、ＤＢＵ（１０μＬ、０．１０ｍｍｏｌ）が加えられた。ＤＢＵの添加に際して無色溶液が明るい黄色になり、１５分間の経過時間にわたってゆっくりと明るい赤色になった。４時間後、この反応混合物はＥｔＯＡｃ（１０ｍＬ）に取られ、１Ｍ ＨＣｌ（１０ｍＬ）、ＮａＨＣＯ３（１０ｍＬ）、およびブライン（１０ｍＬ）で洗浄された。有機層は濃縮され、９：１ ＣＨ２Ｃｌ２：ＭｅＯＨで溶出する調製用ＴＬＣによって精製され、１７ｍｇ（４３％）の２−シアノ−Ｎ−メチル−３−（３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−イル）アクリルアミドを明るい黄色固形物として与えた。計算精密質量：３９２．１５、Ｍ／ｚ 実測値：３９３．０７（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例４２．２−シアノ−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−（３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−イル）アクリルアミド
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（１ｍＬ）中の３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−カルボアルデヒド（５０ｍｇ、０．１６ｍｍｏｌ）および２−シアノ−Ｎ−メチルアセトアミド（１７．６ｍｇ、０．１６ｍｍｏｌ）の溶液に、ＤＢＵ（１６μＬ、０．１６ｍｍｏｌ）が加えられた。ＤＢＵの添加に際して無色溶液が明るい黄色になり、１５分間の経過時間にわたってゆっくりと明るい赤色になった。４時間後、この反応混合物はＥｔＯＡｃ（１０ｍＬ）に取られ、１Ｍ ＨＣｌ（１０ｍＬ）、ＮａＨＣＯ３（１０ｍＬ）、およびブライン（１０ｍＬ）で洗浄された。有機層は濃縮され、９：１ ＣＨ２Ｃｌ２：ＭｅＯＨで溶出する調製用ＴＬＣによって精製され、１７ｍｇ（２６％）の２−シアノ−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−（３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−イル）アクリルアミドを明るい黄色固形物として与えた。計算精密質量：４０６．１６、Ｍ／ｚ 実測値：４０７．０５（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例４３．４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド
Figure 2013510886
 ジクロロメタン（１２ｍＬ）中の４−ジ−ｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボニルアミノ−７−（３−ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド（１．４３ｇ、２．２８ｍｍｏｌ）の溶液に、ＴＦＡ（５ｍＬ）が加えられた。この反応混合物は大気温度で１２時間維持され、次いで減圧下で濃縮された。残渣はＴＨＦ（１２ｍＬ）に再溶解され、１Ｍ ＨＣｌ水溶液（４ｍＬ）が加えられた。反応混合物は大気温度で２４時間撹拌され、次いでＥｔＯＡｃ（５０ｍＬ）およびＮａＨＣＯ３飽和水溶液（５０ｍＬ）で希釈された。相は分離され、水相はＥｔＯＡｃ（５０ｍＬ）で抽出された。合わせた有機抽出物はブライン（５０ｍＬ）で洗浄され、次いで減圧下で濃縮された。残渣はベンゼン（５０ｍＬ）とともに共沸され、真空中で乾燥されて０．９９ｇの脱保護アルデヒド（湿）を与え、これはさらなる精製なしで使用された。
実施例４４．アゼチジン（Ｘ＝Ｈ）、および３−ヒドロキシアゼチジン（Ｘ＝ＯＨ）シアノアセトアミド
Figure 2013510886
 ＥｔＯＨ（６ｍＬ）中のエチルシアノアセタート（１．０当量）、アゼチジン（Ｘ＝Ｈ）、または３−ヒドロキシアゼチジン（Ｘ＝ＯＨ）塩酸塩（１．１当量）およびトリエチルアミン（１．５当量）は８０℃で６時間加熱された。この反応混合物は濃縮され、そして残渣はＥｔＯＡｃ（２５ｍＬ）とＤＩ水（２５ｍＬ）の間で分配された。水相はＥｔＯＡｃ（２×３０ｍＬ）で抽出された。合わせた有機抽出物は乾燥され（Ｎａ２ＳＯ４）、そして濃縮されて残渣を与え、これはシリカゲルクロマトグラフィー（Ｘ＝Ｈについては４：１ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン；Ｘ＝ＯＨについては１６：１ ＥｔＯＡｃ／ＭｅＯＨ）によって精製され、所望のシアノアセトアミドを与えた。エチルシアノアセタート（５５０ｍｇ、４．８６ｍｍｏｌ）およびアゼチジン塩酸塩（５００ｍｇ）は１９６．５ｍｇ（３３％収率）のアゼチジンシアノアセトアミドを与えた。エチルシアノアセタート（４６９．４ｍｇ、４．１５ｍｍｏｌ）および３−ヒドロキシアゼチジン塩酸塩（５００ｍｇ）は８９ｍｇ（１５％収率）のアゼチジンシアノアセトアミドを与えた。
実施例４５．シアノアクリルアミドの合成
Figure 2013510886
 シアノアクリルアミド誘導体の合成のための一般的手順：４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド（１．０当量）、適切なシアノアセトアミド（１．２−１．５当量）、およびＤＢＵ（１．５−２．０当量）は、ＴＨＦ（２ｍＬ）中、大気温度で１−３日間撹拌された。次いで、反応混合物は濃縮され、調製用ＴＬＣによって精製されて、シアノアクリルアミドを（Ｅ）−および（Ｚ）−異性体の混合物として与えた。
実施例４５ａ．３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアクリルアミド
Figure 2013510886
 Ｎ、Ｎ−ジメチルシアノアセトアミドから調製される化合物。Ｂａｓｈｅｅｒ，Ａ．；Ｙａｍａｔａｋａ，Ｈ．；Ａｍｍａｌ，Ｓ．Ｃ．；Ｒａｐｐｏｐｏｒｔ、Ｚ．Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．２００７，７２，５２９７−５３１２を参照のこと。収率：３３．８ｍｇ（２４％、Ｅ：Ｚ＝１．７：１）。ＥＳＩ−ＭＳ：４０５．２（ＭＨ＋）
実施例４５ｂ．３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ−（１−ヒドロキシ−２−メチルプロパン−２−イル）アクリルアミド
Figure 2013510886
 ２−シアノ−Ｎ−（１−ヒドロキシ−２−メチルプロパン−２−イル）アセトアミドから調製される化合物。Ｓａｎｔｉｌｌｉ，Ａ．Ａ．；Ｏｓｄｅｎｅ，Ｔ．Ｓ．Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．１９６４，２９，２０６６−２０６８を参照のこと。収率：１７．２ｍｇ（３９％）、ＥＳＩ−ＭＳ：４４９．２（ＭＨ＋）
実施例４５ｃ．３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ，Ｎ−ジエチルアクリルアミド
Figure 2013510886
 Ｎ，Ｎ−ジエチルシアノアセトアミドから調製される化合物。Ｗａｎｇ，Ｋ．；Ｎｇｕｙｅｎ，Ｋ．；Ｈｕａｎｇ、Ｙ．；Ｄｏｍｌｉｎｇ、Ａ．Ｊ．Ｃｏｍｂ．Ｃｈｅｍ．２００９，１１，９２０−９２７を参照のこと。収率：９．２ｍｇ（８％）、ＥＳＩ−ＭＳ：４３３．２（ＭＨ＋）
実施例４５ｄ．３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（ピロリジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 Ｎ−（２−シアノアセチル）ピロリジンから調製される化合物。Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．、同上を参照のこと。収率：１．６ｍｇ（３％）、ＥＳＩ−ＭＳ：４３１．２（ＭＨ＋）
実施例４５ｅ．３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（アゼチジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 収率：１６．５ｍｇ（３２％）、ＥＳＩ−ＭＳ：４１７．２（ＭＨ＋）。
実施例４５ｆ．３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（３−ヒドロキシアゼチジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 収率：２０．１ｍｇ（３８％）、ＥＳＩ−ＭＳ：４３３．２（ＭＨ＋）。
実施例４５ｇ．（Ｅ）−３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（４−メチルピペラジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 Ｎ−（２−シアノアセチル）−Ｎ’−メチルピペラジンから調製される化合物。Ｐｒｏｅｎｃａ，Ｆ．；Ｃｏｓｔａ，Ｍ．Ｇｒｅｅｎ Ｃｈｅｍ．２００８，１０，９９５−９９８を参照のこと。収率：１５．７ｍｇ（２５％）、ＥＳＩ−ＭＳ：４６０．２（ＭＨ＋）
実施例４６．３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ−シクロプロピルアクリルアミド
Figure 2013510886
 あらかじめ０−５℃に冷却されたＴＨＦ（２．２ｍＬ）中の４−ｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボニルアミノ−７−（３−ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド（１０１ｍｇ、０．１９２５ｍｍｏｌ）およびＮ−シクロプロピルシアノアセトアミド３（４７．８ｍｇ、２．０当量）の溶液に、ＤＢＵ（５８μＬ、２．０当量）が加えられた。この反応混合物は大気温度まであたためられ、１時間撹拌され、そして−２０℃で１２時間維持された。反応混合物は濃縮され、シリカゲルクロマトグラフィー（２：１ ヘキサン／ＥｔＯＡｃ）によって精製されて、５３．２ｍｇ（Ｅ：Ｚ＝２：１、４４％収率）の中間体である保護されたシアノアクリルアミドを黄色油状物として与えた。この油状物はＣＨ２Ｃｌ２（３ｍＬ）に溶解され、そしてＴＦＡ（１．５ｍＬ）が加えられた。２０−２５℃で１６時間後、反応混合物は濃縮され、そして残渣はＴＨＦ（６ｍＬ）に再溶解され、そして１Ｍ ＨＣｌ水溶液（２ｍＬ）が加えられた。反応混合物は大気温度で８時間維持され、次いで、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（２０ｍＬ）およびブライン（３０ｍＬ）でクエンチされ、そしてＥｔＯＡｃ（３×５０ｍＬ）で抽出された。合わせたＥｔＯＡｃ抽出物は乾燥され（ＭｇＳＯ４）、濃縮され、そして与えられた油状物は調製用ＴＬＣ（３：１ トルエン／ＩＰＡ、０．５ｃｍプレート、２回の溶出）によって精製されて、シアノアクリルアミド（２６ｍｇ、２段階に対して７４％収率）を黄色油状物として与えた。
実施例４７．１−（４−クロロフェニル）−２−（３−（ヒドロキシメチル）フェニルアミノ）エタノン
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した１００ｍＬ丸底フラスコに、３−アミノベンジルアルコール（１．５８ｇ、１２．８５ｍｍｏｌ）、炭酸カリウム（３．０５ｇ、２２．１ｍｍｏｌ）、およびＮ，Ｎ’−ジメチルホルムアミド（１０ｍＬ）が仕込まれた。スラリーは、２−ブロモ−４’−クロロアセトフェノン（２．８５ｇ、１２．２ｍｍｏｌ）を少量ずつ加えながら撹拌された。この混合物は室温で２時間撹拌された。この反応物は水（８０ｍＬ）で希釈され、得られた沈殿は濾過によって収集され、水で洗浄され、そして真空中で乾燥されて、生成物（２．８９ｇ、８６％収率）を提供した。
実施例４８．２−アミノ−４−（４−クロロフェニル）−１−（３−（ヒドロキシメチル）フェニル）−１Ｈ−ピロール−３−カルボニトリル
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した２５０ｍＬ丸底フラスコに、１−（４−クロロフェニル）−２−（３−（ヒドロキシメチル）フェニルアミノ）エタノン（２．８８ｇ、１０．４ｍｍｏｌ）、水酸化カリウム（８５％）（１．８ｇ、２７ｍｍｏｌ）、マロノニトリル（１．３２ｇ、２０ｍｍｏｌ）、水（５ｍＬ）、およびメタノール（５０ｍＬ）が仕込まれた。この混合物は１．５時間還流され、その時間の間、沈殿が形成した。この混合物は水（５０ｍＬ）で希釈され、そして沈殿が濾過によって収集され、水で洗浄され、そして真空中で乾燥され、生成物（１．６８ｇ、５０％収率）を提供した。
実施例４９．（３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）メタノール
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した２５０ｍＬ丸底フラスコに、２−アミノ−４−（４−クロロフェニル）−１−（３−（ヒドロキシメチル）フェニル）−１Ｈ−ピロール−３−カルボニトリル（１．６０ｇ、４．９ｍｍｏｌ）、トリエチルオルトホルマート（５ｍＬ）、およびｐ−トルエンスルホン酸一水和物（５ｍｇ）が仕込まれた。この溶液は４５分間、１００℃に加熱された。過剰のトリエチルオルトホルマートは減圧下で除去され、得られた油状物は真空中で手短に乾燥された。この得られた固形物に、アンモニア（メタノール中７Ｍ、２０ｍＬ）が加えられ、そしてフラスコは固く蓋をされた。この溶液は室温で３時間撹拌された。この溶液は減圧下で濃縮され、そしてメタノール（１０ｍＬ）に再溶解された。この溶液は８０℃に加熱され、そしてナトリウムメトキシド（メタノール中２５％ ｗ／ｖ、１ｍＬ）が滴下して加えられた。この混合物は２時間還流され、室温まで冷却され、そして水の添加によってクエンチされた。この溶液は酢酸エチル（３×５０ｍＬ）で抽出された。有機層は硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして減圧下で濃縮された。得られた油状物はＳｉ−ゲルクロマトグラフィー（１：１ ＥｔＯＡｃ／Ｈｅｘ−１００％ ＥｔＯＡｃで溶出）によって精製された。中間体生成物を含有する画分は合わされ、そして減圧下で濃縮された。得られた赤色−茶色油状物はメタノール（５０ｍＬ）に溶解され、そして塩酸、１Ｍ（５０ｍＬ）が加えられた。この溶液は室温で１時間撹拌された。この溶液は酢酸エチルと水の間で分配され、酢酸エチルで抽出された。有機層は硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして減圧下で濃縮されて、生成物を明黄色固形物として産生した。
実施例５０．３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）ベンズアルデヒド
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した２０ｍＬバイアルに、（３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）メタノール（１４５ｍｇ、０．４ｍｍｏｌ）、トリエチルアミン（０．４ｍＬ、２．８ｍｍｏｌ）、およびジメチルスルホキシド（２ｍＬ）が仕込まれた。ＤＭＳＯ（１．２ｍＬ）中の三酸化硫黄ピリジン（２００ｍｇ、１．３ｍｍｏｌ）の溶液がこのバイアルに加えられ、得られた溶液は室温で１時間撹拌された。塩酸（１Ｍ、１０ｍＬ）が加えられ、この溶液はさらに１０分間撹拌された。得られた沈殿は濾過によって収集され、水で洗浄され、そして真空中で乾燥されて、生成物を、白色固形物として提供した（１６２ｍｇ、＞９９％収率）。
実施例５１（Ｅ）−３−（３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）−２−シアノアクリルアミド．
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した２０ｍＬバイアルに、３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）ベンズアルデヒド（１３ｍｇ、０．０４ｍｍｏｌ）、２−シアノアセトアミド（４ｍｇ、０．０５ｍｍｏｌ）、１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エン（５ｍｇ、０．０３ｍｍｏｌ）、およびテトラヒドロフラン（１ｍＬ）が仕込まれた。反応混合物は５０℃に２４時間加熱された。出発物質は薄層クロマトグラフィーによる測定では残っていた。従って、ピペリジニウムアセタート（５ｍｇ、０．０３ｍｍｏｌ）および２−プロパノール（０．５ｍＬ）が加えられ、溶液はさらに６０℃で２４時間加熱された。得られた溶液は、希ＮａＨＣＯ３とＥｔＯＡｃの間で分配された。この溶液はＥｔＯＡｃで抽出され、有機層は硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして減圧下で濃縮された。得られた残渣はＳｉ−ゲルクロマトグラフィー（３：１ ＥｔＯＡｃ／Ｈｅｘ−１００％ ＥｔＯＡｃで溶出）によって精製され、白色固形物（２ｍｇ、１３％収率）として生成物を産生した。計算精密質量：４１４．１０．Ｍ／ｚ 実測値：４１５．１（Ｍ＋Ｈ）＋
実施例５２．（Ｅ）−３−（３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）−２−シアノ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアクリルアミド
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した２０ｍＬバイアルに、３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）ベンズアルデヒド（３５ｍｇ、０．１０ｍｍｏｌ）、Ｎ，Ｎ’−ジメチル−２−シアノアセトアミド（１２ｍｇ、０．１１ｍｍｏｌ）、１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エン（５ｍｇ、０．０３ｍｍｏｌ）、および２−プロパノール（１ｍＬ）が仕込まれた。この反応混合物は２４時間、６０℃に加熱された。薄層クロマトグラフィーによる測定では、出発物質のみが存在していたので、この溶液は８０℃でさらに２４時間加熱された。この溶液は減圧下で濃縮され、得られた残渣はＤＭＳＯ（０．８ｍＬ）に再溶解され、そして生成物はＲＰ−ＨＰＬＣ（グラジエント：２５分間にわたって、２０−９５％ ＭｅＣＮ／０．１％ ＴＦＡを含む水 保持時間〜６．８分）によって精製された。生成物含有画分は合わされ、溶媒は減圧下で除去され、そして得られた固形物はＳｉ−ゲルクロマトグラフィー（ＥｔＯＡｃで溶出）によって精製された。生成物は白色固形物として収集する（６．１ｍｇ、１４％収率）。計算精密質量：４４２．１３． Ｍ／ｚ 実測値：４４３．０（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例５３．（Ｅ）−３−（３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）−２−（アゼチジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した２０ｍＬバイアルに、３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）ベンズアルデヒド（１５ｍｇ、０．０４ｍｍｏｌ）、３−（アゼチジン−１−イル）−３−オキソプロパンニトリル（１２ｍｇ、０．１ｍｍｏｌ）、１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エン（５ｍｇ、０．０３ｍｍｏｌ）、および２−プロパノール（１ｍＬ）が仕込まれた。この反応混合物は６０℃で２４時間加熱された。この溶液は減圧下で濃縮され、得られた残渣はＳｉ−ゲルクロマトグラフィー（１００％ ＥｔＯＡｃ−１０％ ＭｅＯＨ／ＥｔＯＡｃで溶出）によって精製された。生成物は白色固形物（１６ｍｇ、８２％収率）として収集する。計算精密質量：４５４．１３．Ｍ／ｚ 実測値：４５５．０（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例５４．（Ｅ）−３−（３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）−２−（ピロリジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した２０ｍＬバイアルに、３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）ベンズアルデヒド（１５ｍｇ、０．０４ｍｍｏｌ）、３−オキソ−３−（ピロリジン−１−イル）プロパンニトリル（１４ｍｇ、０．１ｍｍｏｌ）、１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エン（５ｍｇ、０．０３ｍｍｏｌ）、および２−プロパノール（１ｍＬ）が仕込まれた。この反応混合物は６０℃に２４時間加熱された。この溶液は減圧下で濃縮され、そして得られた残渣はＳｉ−ゲルクロマトグラフィー（１００％ ＥｔＯＡｃ−１０％ ＭｅＯＨ／ＥｔＯＡｃで溶出）によって精製された。生成物を白色固形物として収集する（１２ｍｇ、５９％収率）。計算精密質量：４６８．１５。Ｍ／ｚ 実測値：４６９．１（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例５５．（Ｅ）−３−（３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）−２−（３−ヒドロキシアゼチジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した２０ｍＬバイアルに、３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）ベンズアルデヒド（１５ｍｇ、０．０４ｍｍｏｌ）、３−（３−ヒドロキシアゼチジン−１−イル）−３−オキソプロパンニトリル（１４ｍｇ、０．１ｍｍｏｌ）、１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エン（５ｍｇ、０．０３ｍｍｏｌ）、および２−プロパノール（１ｍＬ）が仕込まれた。この反応混合物は６０℃に２４時間加熱された。この溶液は減圧下で濃縮され、そして得られた残渣はＳｉ−ゲルクロマトグラフィー（１００％ ＥｔＯＡｃ−１０％ ＭｅＯＨ／ＥｔＯＡｃで溶出）によって精製された。生成物は白色固形物として収集された（１３ｍｇ、６４％収率）。計算精密質量：４７０．１３。 Ｍ／ｚ 実測値：４７１．０（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例５６．（Ｅ）−３−（３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）−２−（４−メチルピペラジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した２０ｍＬバイアルに、３−（４−アミノ−５−（４−クロロフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）ベンズアルデヒド（１６ｍｇ、０．０５ｍｍｏｌ）、３−（４−メチルピペラジン−１−イル）−３−オキソプロパンニトリル（１７ｍｇ、０．１１ｍｍｏｌ）、１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エン（５ｍｇ、０．０３ｍｍｏｌ）、および２−プロパノール（１ｍＬ）が仕込まれた。反応混合物は６０℃に２４時間加熱された。薄層クロマトグラフィーによる測定では、出発物質のみが存在していたので、この溶液はさらに２４時間、７０℃に加熱された。この溶液は減圧下で濃縮され、得られた残渣はＤＭＳＯ（０．８ｍＬ）に再溶解され、そして生成物はＲＰ−ＨＰＬＣ（グラジエント：２５分間にわたって、５−８０％ ＭｅＣＮ／０．１％ ＴＦＡを含む水）によって精製された。生成物は白色固形物として収集する（３ｍｇ、１３％収率）。計算精密質量：４９７．１７。Ｍ／ｚ 実測値：４９８．１（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例５７．２−（３−（ヒドロキシメチル）フェニルアミノ）−１−（４−フェノキシフェニル）エタノン
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した１００ｍＬ丸底フラスコに、３−アミノベンジルアルコール（１．３ｇ、１０．６ｍｍｏｌ）、炭酸カリウム（１．４ｇ、１０．１ｍｍｏｌ）、およびＮ，Ｎ’−ジメチルホルムアミド（１５ｍＬ）が仕込まれた。このスラリーは、２−ブロモ−４’−クロロアセトフェノン（３．０４ｇ、１０．４ｍｍｏｌ）を少量ずつ加えながら撹拌された。この混合物は５０℃に加熱され、２時間撹拌された。この反応混合物はＥｔＯＡｃと水の間で分配され、次いでＥｔＯＡｃで抽出された。有機層が合わされ、硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして減圧下で濃縮された。得られた残渣はＳｉ−ゲルクロマトグラフィー（１：３ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン−１：１ ＥｔＯＡｃ／ヘキサンで溶出）によって精製された。生成物は白色固形物として収集された（１．３９ｇ、４０％収率）。
実施例５８．２−アミノ−１−（３−（ヒドロキシメチル）フェニル）−４−（４−フェノキシフェニル）−１Ｈ−ピロール−３−カルボニトリル
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した丸底フラスコに、２−（３−（ヒドロキシメチル）フェニルアミノ）−１−（４−フェノキシフェニル）エタノン（１．３９ｇ、４．１７ｍｍｏｌ）、水（３ｍＬ）に溶解された水酸化カリウム（８５％）（０．８ｇ、１２ｍｍｏｌ）、マロノニトリル（０．５０ｇ、７．６ｍｍｏｌ）、およびメタノール（１５ｍＬ）が仕込まれた。この混合物は８０℃に２時間加熱された。この反応混合物はＥｔＯＡｃと水の間で分配され、次いでＥｔＯＡｃで抽出された。有機層は合わされ、硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして減圧下で濃縮された。得られた残渣はＳｉ−ゲルクロマトグラフィーによって精製され、生成物を提供した（０．９１ｇ、５７％収率）。計算精密質量：３８１．１５。Ｍ／ｚ 実測値：３８２．１（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例５９．（３−（４−アミノ−５−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）メタノール
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した１００ｍＬ丸底フラスコに、２−アミノ−１−（３−（ヒドロキシメチル）フェニル）−４−（４−フェノキシフェニル）−１Ｈ−ピロール−３−カルボニトリル ２−アミノ−４−（４−クロロフェニル）−１−（３−（ヒドロキシメチル）フェニル）−１Ｈ−ピロール−３−カルボニトリル（０．９１ｇ、２．７ｍｍｏｌ）、トリエチルオルトホルマート（３ｍＬ）、およびｐ−トルエンスルホン酸一水和物（１０ｍｇ）が仕込まれた。この溶液は１００℃に１．５時間加熱された。反応混合物はＥｔＯＡｃと水の間で分配された。有機層は５％ ＮａＨＣＯ３で洗浄され、次いで硫酸ナトリウム乾燥され、濾過され、そして減圧下で濃縮された。得られた残渣はＳｉ−ゲルクロマトグラフィー（２０％−４０％ ＥｔＯＡｃ／Ｈｅｘで溶出）によって精製された。得られた油状物は減圧下で濃縮され、アンモニア／メタノール溶液（７Ｍ、１０ｍＬ）に再溶解され、そしてフラスコは固く蓋をされ、室温で一晩撹拌された。反応混合物は減圧下で濃縮され、アンモニア／メタノール溶液（７Ｍ、１０ｍＬ）に再溶解され、そしてフラスコは固く蓋をされ、室温でさらに２時間撹拌された。この溶液は減圧下で濃縮され、メタノール（２０ｍＬ）に再溶解され、そしてナトリウムメトキシド（メタノール中２５％ ｗ／ｖ、１ｍＬ）が加えられた。この混合物は２時間撹拌され、室温まで冷却され、そして塩酸（１Ｍ、１０ｍＬ）の添加によりクエンチされた。この溶液は室温で１時間撹拌された。この反応溶液は炭酸水素ナトリウムの添加によって中和され、次いで、酢酸エチル（３×５０ｍＬ）で抽出された。有機層は硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして減圧下で濃縮された。得られた油状物はＳｉ−ゲルクロマトグラフィー（１００％ ＥｔＯＡｃ−１０％ ＭｅＯＨ／ＥｔＯＡｃで溶出）によって精製されて、生成物を明黄色固形物として（０．３８ｇ、３８％収率）産生した。
実施例６０．３−（４−アミノ−５−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）ベンズアルデヒド
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した２０ｍＬバイアルに、（３−（４−アミノ−５−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）メタノール（２０７ｍｇ、０．５１ｍｍｏｌ）、トリエチルアミン（０．５ｍＬ、３．６ｍｍｏｌ）、およびジメチルスルホキシド（２．５ｍＬ）が仕込まれた。ＤＭＳＯ（１．５ｍＬ）中の三酸化硫黄ピリジン（２４５ｍｇ、１．６ｍｍｏｌ）の溶液がバイアルに加えられ、得られた溶液は室温で１時間撹拌された。塩酸（１Ｍ、５ｍＬ）が加えられ、そしてこの溶液はさらに５分間撹拌された。得られた溶液はＥｔＯＡｃと水の間で分配され、そして有機層は塩酸（１Ｍ、２×）、炭酸水素ナトリウム（５％、１×）、水（３×）、およびブライン（１×）で洗浄された。次いで、有機層は硫酸ナトリウムで乾燥され、濾過され、そして減圧下で濃縮された。得られた残渣はＳｉ−ゲルクロマトグラフィー（１００％ ＥｔＯＡｃ−１０％ ＭｅＯＨ／ＥｔＯＡｃで溶出）によって精製され、生成物を白色固形物として提供した（１４１ｍｇ、６８％収率）。計算精密質量：４０６．１４。Ｍ／ｚ 実測値：４０７．１（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例６１．（Ｅ）−３−（３−（４−アミノ−５−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）−２−シアノ−アクリルアミドの合成のための一般的方法
実施例６１ａ．（Ｅ）−３−（３−（４−アミノ−５−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）−２−シアノ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアクリルアミド
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した２０ｍＬバイアルに、３−（４−アミノ−５−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）ベンズアルデヒド（２０ｍｇ、０．０５ｍｍｏｌ）、適切なシアノアセトアミド（０．０５ｍｍｏｌ）、１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エン（５ｍｇ、０．０３ｍｍｏｌ）、および２−プロパノール（１ｍＬ）が仕込まれた。この反応混合物は６０℃に１８時間加熱された。この溶液は減圧下で濃縮され、そして得られた残渣はＤＭＳＯ（０．８ｍＬ）に再溶解され、そして生成物はＲＰ−ＨＰＬＣ（グラジエント：２５分間にわたる２０−９５％ ＭｅＣＮ／０．１％ ＴＦＡを含む水）によって精製された。生成物は白色固形物である（４．２ｍｇ、１７％収率）。計算精密質量：５００．２０。Ｍ／ｚ 実測値：５０１．３（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例６１ｂ．（Ｅ）−３−（３−（４−アミノ−５−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）−２−（４−メチルピペラジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 上記の手順を利用して、この名前の化合物が合成された。この化合物は白色固形物であった（９．２ｍｇ、３４％収率）。計算精密質量：５５５．２４。Ｍ／ｚ 実測値：５５６．１（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例６１ｃ．（Ｅ）−３−（３−（４−アミノ−５−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）−２−（３−ヒドロキシアゼチジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 上記の手順を利用して、この名前の化合物が合成された。この化合物は白色固形物である（９．７ｍｇ、３７％収率）。計算精密質量：５２８．１９。Ｍ／ｚ 実測値：５２９．２（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例６１ｄ．（Ｅ）−３−（３−（４−アミノ−５−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）−２−シアノアクリルアミド
Figure 2013510886
 上記の手順を利用して、この名前の化合物が合成された。この化合物は明黄色固形物である（６．８ｍｇ、２９％収率）。計算精密質量：４７２．１６。Ｍ／ｚ 実測値：４７３．０（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例６２．２−シアノ−Ｎ−（２−ヒドロキシエチル）アセトアミド
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した１００ｍＬ丸底フラスコに、メチルシアノアセタート（４．９４ｇ、４９．９ｍｍｏｌ）およびエタノールアミン（３．０１ｇ、４９．８ｍｍｏｌ）が仕込まれた。この反応混合物は室温で２時間撹拌され、その時点で溶液は減圧下で濃縮され、真空中で乾燥されて、生成物を白色固形物として産生した（６．９１ｇ、＞９９％収率）。
実施例６３．（Ｅ）−３−（３−（４−アミノ−５−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）−２−シアノ−Ｎ−（２−ヒドロキシエチル）アクリルアミド
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した４ｍＬバイアルに、３−（４−アミノ−５−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）ベンズアルデヒド（９ｍｇ、０．０２ｍｍｏｌ）、２−シアノ−Ｎ−（２−ヒドロキシエチル）アセトアミド（４ｍｇ、０．０３ｍｍｏｌ）、ピペリジニウムアセタート（１ｍｇ、０．０１ｍｍｏｌ）、および２−プロパノール（０．５ｍＬ）が仕込まれた。反応混合物は６０℃で２４時間加熱された。溶液は減圧下で濃縮され、得られた残渣はＳｉ−ゲルクロマトグラフィー（１００％ ＥｔＯＡｃ−１０％ ＭｅＯＨ／ＥｔＯＡｃで溶出）によって精製されて生成物を産生し、これはＲＰ−ＨＰＬＣ（グラジエント：２５分間にわたって２０−９５％ ＭｅＣＮ／０．１％ ＴＦＡを含む水）によってさらに精製されて生成物を白色固形物として産生した（３．１ｍｇ、２７％収率）。計算精密質量：５１６．１９。Ｍ／ｚ 実測値：５１７．０（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例６４．阻害定数の決定
方法。ＲＳＫ２ ＣＴＤおよび Ｈｉｓ６−ＥＲＫ２は記載されたように発現および精製された（Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０８：１３１８）。ＲＳＫ２ ＣＴＤのＣ４３６Ｖ変異体はＱｕｉｋｃｈａｎｇｅ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）によって生成され、以前に記載されたようにキナーゼ活性アッセイにおいてＷＴＲＳＫ２ ＣＴＤを区別できなかった。ＷＴおよびＣ４３６ＶＲＳＫ２ ＣＴＤ（１０μＭ）は、２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ［ｐＨ ８．０］、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、２．５ｍＭ Ｔｒｉｓ（２−カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）、０．２ｍｇ／ｍＬ ＢＳＡ、および２００μＭ ＡＴＰ中で、２２℃で３０分間、Ｈｉｓ６−ＥＲＫ２（１０μＭ）によって活性化された。２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ［ｐＨ ８．０］、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、２．５ｍＭ Ｔｒｉｓ（２−カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）、０．２５ｍｇ／ｍＬ ＢＳＡ、および１００μＭ ＡＴＰ中の活性化ＲＳＫ２ ＣＴＤ（５ｎＭ）は、阻害剤とともに（１０通りの濃度、二連で）、３０分間前保温された。キナーゼ反応は５μＣｉの［γ−３２Ｐ］ＡＴＰ（６０００ Ｃｉ／ｍｍｏｌ、ＮＥＮ）および１６７μＭ ペプチド基質（ＲＲＱＬＦＲＧＦＳＦＶＡＫ）（配列番号１）の添加によって開始され、室温で３０分間実施された。キナーゼ活性は、０．１％ Ｈ３ＰＯ４中の１Ｍ ＮａＣｌであらかじめ洗浄されたニトロセルロースの乾燥シートに５μＬの各反応物をスポットすることによって決定された。このニトロセルロースシートは、１％ ＡｃＯＨ溶液で１回、０．１％ Ｈ３ＰＯ４中の１Ｍ ＮａＣｌ溶液で２回（洗浄あたり５−１０分間）洗浄された。乾燥されたブロットは、ストレージ蛍光スクリーンに３０分間曝露され、そしてＴｙｐｈｏｏｎ ｉｍａｇｅｒ（ＧＥ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）によってスキャンされた。データはＳＰＯＴプログラム（Ｋｎｉｇｈｔ，Ｚ．ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，２，２４５９−６６）を使用して定量され、そしてＩＣ５０値はＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ４．０ソフトウェアを使用して決定された。
結果。表１は、ＷＴＲＳＫ２およびＣ４３６Ｖ ＲＳＫ２ Ｃ末端キナーゼドメイン（ＣＴＤ）に向けた求電子性ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン１−８についての半数阻害濃度（ＩＣ５０、μＭ）を提供する。化合物４−６は、１０ｍＭ 還元型グルタチオン（ＧＳＨ）の存在下で、ＲＳＫ２ ＣＴＤ阻害についてさらに試験された。シアノアクリラート／シアノアクリルアミド４−６と可逆的に反応すること（化合物４−６とのＧＳＨ反応は３５０−４００ｎＭにおいてＵＶ／可視光分光学によってモニターされた）、およびＲＳＫ２ ＣＴＤの濃度の１００万倍で存在することにも関わらず、グルタチオンは４−６の阻害効力に対して効果を有さなかった。Ｃｙｓ４３６と、４−８のシアノアクリラート部分およびシアノアクリルアミド部分の求電子性β−炭素との間の共有結合的な付加物の形成と一致して、システイン−４３６からバリンへの変異（Ｃ４３６Ｖ）は、阻害効力の＞１０００倍の損失を生じた。最後に、シアノアクリラートおよびシアノアクリルアミド４−８は、より慣用的なマイケルアクセプター（ビニルケトン、アクリラートエステル、アクリロニトリル）に基づく化合物１−３よりも有意に強力である。Ｎ／ｄ、測定されず。
Figure 2013510886
実施例６５．化合物１−８とのＲＳＫ２ ＣＴＤ反応の質量スペクトル測定
方法。ＲＳＫ２ ＣＴＤ（ヒトＲＳＫ２、３９９−７４０）はＥ．ｃｏｌｉ中でＨｉｓ６−タグ化融合タンパク質として発現され、Ｎｉ／ＮＴＡアフィニティークロマトグラフィーによって精製され、続いてＨｉｓ６−タグの切断およびサイズ排除クロマトグラフィーによるさらなる精製を行った。ＲＳＫ２ ＣＴＤ（５μＭ）は、緩衝液（２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ［ｐＨ ８．０］、１００ｍＭ ＮａＣｌ、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２）中、室温で１時間、示された化合物（２５μＭ、５当量）とともに温置された。反応は等量の０．４％ ギ酸を加えることによって停止され、サンプルは液体クロマトグラフィー（Ｍｉｃｒｏｔｒａｐ Ｃ１８ Ｐｒｏｔｅｉｎカラム［Ｍｉｃｈｒｏｍ Ｂｉｏｒｅｓｏｕｒｃｅｓ］、５％ ＭｅＣＮ、０．２％ ギ酸、０．２５ｍＬ／分；９５％ ＭｅＣＮ、０．２％ ギ酸で溶出）およびインラインＥＳＩ質量スペクトル測定（ＬＣＴ Ｐｒｅｍｉｅｒ、Ｗａｔｅｒｓ）によって分析された。ＲＳＫ２ ＣＴＤの分子量および求電子性ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン付加物はＭａｓｓＬｙｎｘデコンボリューションソフトウェアを用いて決定され、そしてヒストグラム形式で示された。
結果。図１Ａおよび図１Ｂに示されるように、ＲＳＫ２阻害剤としてのそれらのより高い効力にも関わらず、シアノアクリラートおよびシアノアクリルアミド４−８は、高解像度質量スペクトル分析によって示されるように、ＲＳＫ２ Ｃ末端キナーゼドメイン（ＣＴＤ）を不可逆的には修飾しない。ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン１−３は従来的な求電子性「弾頭」を含有し、そして予測されるように、ＲＳＫ２と不可逆的１：１付加物を形成した。この結論は、ＲＳＫ２ ＣＴＤの分子量プラス求電子性化合物の分子量に対応する質量スペクトルにおける新たなピークの形成によって支持される（図１Ａ）。アクリラート２およびアクリロニトリル３によるＲＳＫ２ ＣＴＤの修飾は、アクリラート／アクリロニトリル弾頭の固有のより低い求電子性に起因して、エノン１と比較していくぶん遅いことに注目のこと。
化合物１−３とは対照的に、シアノアクリラートおよびシアノアクリルアミド阻害剤４−８は、非修飾ＲＳＫ２ ＣＴＤに対応する質量スペクトルにおける単一ピークの存在によって示されるように、ＲＳＫ２ ＣＴＤとの不可逆的付加物を形成しなかった。不可逆的ＲＳＫ２修飾の欠如にも関わらず、化合物４−８は、不可逆的阻害剤１−３よりも顕著により強力なＲＳＫ２キナーゼ活性の阻害剤である（表１）。ＲＳＫ２のＣｙｓ４３６Ｖａｌ変異体（Ｃ４３６Ｖ）は化合物４−８に対して〜１０００倍感度が低く（表１）、強力な阻害はＣｙｓ４３６を必要とすることを実証した。まとめると、これらのデータは、そのすべてがシアノアクリラートまたはシアノアクリルアミド求電子剤を含有する化合物４−８は、シアノアクリラート／シアノアクリルアミド部分の求電子性β炭素と、ＲＳＫ２のＣｙｓ４３６の間で可逆的共有結合を形成することによって、ＲＳＫ２キナーゼ活性を阻害することを示唆する。このクラスの求電子剤（シアノアクリラートおよびシアノアクリルアミド）についての阻害の可逆的共有結合メカニズムについてのさらなる証拠は以下に提供される。
実施例６６．透析に際してのＲＳＫ２ ＣＴＤ活性の回復
方法。示されたピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン（１μＭ）は、２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ［ｐＨ ８．０］、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、２．５ｍＭ Ｔｒｉｓ（２−カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）、０．２５ｍｇ／ｍＬ ＢＳＡ、および１００μＭ ＡＴＰを含有する緩衝液中のＲＳＫ２ ＣＴＤ（５０ｎＭ、１当量ののＥＲＫ２で事前に活性化された）の溶液に加えられた。室温で６０分後、反応物は透析カセット（０．１−０．５ｍＬ Ｓｌｉｄｅ−Ａ−Ｌｙｚｅｒ，ＭＷＣＯ １０ ｋＤａ，Ｐｉｅｒｃｅ）に移され、そして４℃で２Ｌの緩衝液（２０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ［ｐＨ ８．０］、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭ ＤＴＴ）に対して透析された。透析緩衝液は２時間後に交換され、次いで実験の最後まで、２４時間ごとに交換された。アリコートが透析カセットから２４時間ごとに取り出され、液体窒素中ですばやく凍結され、そして引き続いて三連でＲＳＫ２キナーゼ活性について分析された。各サンプルのキナーゼ活性は、その時点についてのＤＭＳＯ対照に標準化され、平均±ＳＤで表現された。
結果。図２に示されるように、ＲＳＫ２ ＣＴＤキナーゼ活性は、透析の際に、ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン６および７による阻害から回復し、６および７が可逆的阻害剤であることを示す。図２におけるデータは、４℃における徹底的な透析の際に、ＲＳＫ２キナーゼ活性が、過剰の（２０当量、１．０μＭ）シアノアクリルアミド６（〜６０％回復）および７（〜２５％回復）による阻害から時間依存的な様式で回復することを示す。従って、シアノアクリルアミド６および７は、これらの条件下で（４℃における透析）、ゆっくりと解離するそれぞれ、〜３日間および＞４日間の解離半減期を有するＲＳＫ２の可逆的阻害剤である。解離は室温ではより迅速であり、不可逆的競合因子の存在下で完了まで進行することに注目のこと（図３を参照のこと）。シアノアクリルアミド６および７で観察されるキナーゼ活性の部分的な回復とは対照的に、ＲＳＫ２ ＣＴＤは、４日間の透析の間、エノン１およびフルオロメチルケトン９によって完全に阻害されたままであり、これらの化合物が不可逆的阻害剤であることをさらに実証する。これらの結果はＬＣＭＳデータと一貫しており、これは、エノン１（図１Ａ）およびフルオロメチルケトン９（図３）がＲＳＫ２と不可逆的に反応するのに対し、シアノアクリラートおよびシアノアクリルアミドは不可逆的ＲＳＫ２付加物を形成しないことを示す。シアノアクリラート−およびシアノアクリルアミド−置換ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジンが、ゆっくりと解離する、完全に可逆的なＲＳＫ２との複合体を形成するという、さらなる証拠が図３に提供されている。
実施例６７．可逆的共有結合性阻害剤の解離反応速度論
方法。２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ［ｐＨ ８．０］、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、１００ｍＭ ＮａＣｌ、２．５ｍＭ Ｔｒｉｓ（２−カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）、および０．２ｍｇ／ｍＬ ＢＳＡ中のＲＳＫ２ ＣＴＤ（５μＭ）は、室温で６０分間、１０μＭ 阻害剤 １、４−７（またはＤＭＳＯ対照）とともに前保温された。次いで、ＦＭＫ９（１００μＭ）が加えられ、アリコートが異なる時点で取り出され（０．５−１５００分）そしてすぐに等量の０．４％ ギ酸と混合することによってクエンチされた。図１に示されるように、サンプルはＬＣＴ Ｐｒｅｍｉｅｒ質量分析装置およびＭａｓｓＬｙｎｘデコンボリューションソフトウェアを用いてＬＣＭＳによって分析された。空のＲＳＫ２ ＣＴＤ（４−７との前処理の場合；エノン１との前処理は予測された質量シフトを生じ、これはＦＭＫ付加後に変化しなかった）およびＦＭＫ−修飾ＲＳＫ２ ＣＴＤに対応するピークは各時点で積分され、パーセントＦＭＫ付加物が時間の関数としてプロットされた（図３の左側のグラフに示される「解離％」）。図３の右側のグラフは、任意の競合因子の非存在下におけるＦＭＫ標識反応速度論を示す。反応速度論データ（ＦＭＫ付加物％対時間）は単一指数関数に適合され（ＰＲＩＳＭ ４．０）、表に示される解離半減期を得た。対照実験は、Ｃ４３６Ｖ ＲＳＫ２が、これらの条件下でＦＭＫ９によって修飾されなかったことを示した。
結果。図３に示されるように、シアノアクリラート／シアノアクリルアミド４−７は、フルオロメチルケトン９を用いる競合標識によって測定されるように、インタクトなフォールディングされたＲＳＫ２ ＣＴＤから数時間の半減期で解離する。多くのモル濃度過剰のフルオロメチルケトン９（１００μＭ、２０当量；図３における「ＦＭＫ」）は、ＲＳＫ２ ＣＴＤのＬＣＭＳ分析によって明らかにされるように（図３、左上のグラフ）、迅速かつ不可逆的にＲＳＫ２ ＣＴＤを修飾した（ｔ１／２＜２分間）。対照的に、ＲＳＫ２ ＣＴＤがシアノアクリラート／シアノアクリルアミド４−７（２．０当量）と最初に処理されたとき、引き続くＦＭＫ９（１００μＭ、２０当量）との処理から得られた修飾ははるかに遅く、４２−２４５分の半減期（ｔ１／２）を生じた（図３、右上のグラフ）。ＦＭＫ９によるアポ−ＲＳＫ２ ＣＴＤの修飾は２分未満で起こるので、化合物４−７にあらかじめ結合したＲＳＫ２の観察されたＦＭＫ修飾速度は、あらかじめ結合したシアノアクリラート／シアノアクリルアミドの解離速度にほぼ等しい。慣用的なマイケルアクセプターであるメチルビニルケトン１は、これらの条件下では解離せず、そしてＦＭＫ標識は２４時間後でさえ観察されなかった（図３）。これらのデータは図２における透析実験と一致しており、シアノアクリラートｓ／シアノアクリルアミド４−７が、１−４時間の解離半減期で、インタクトな機能的ＲＳＫ２ ＣＴＤから、ゆっくりと、しかし完全に解離することを明らかにする。これらのデータは、シアノアクリラート／シアノアクリルアミド阻害剤の「オフレート」がエステル置換基およびアミド置換基を修飾することによって調整できることをさらに明らかにする。Ｎ−イソプロピルシアノアクリルアミドは最も遅いオフレートを有し、これは、インビトロおよび細胞ベースのアッセイにおける強力なＲＳＫ２阻害活性と一致する（表１および図６を参照のこと）。
実施例６８．Ｃｙｓ４３６と化合物７の間の共有結合形成
方法。リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）中のシアノアクリルアミド７（１．０当量、１００−２００μＭ）の溶液に、ＷＴＲＳＫ２ ＣＴＤ、Ｃ４３６ＶＲＳＫ２ ＣＴＤ（１．５当量）、または緩衝液単独が加えられた。室温で１０分後、ＵＶ／可視光吸収スペクトルが取得された（ＮａｎｏＤｒｏｐ １０００ Ｓｐｅｃｔｒｏｐｈｏｔｏｍｅｔｅｒ）。ＳＤＳ（最終濃度２％）、グアニジン（最終濃度３Ｍ、ｐＨ ８）、またはプロテイナーゼＫ（ＲＳＫ２ ＣＴＤに基づき０．０２当量）が加えられ、そしてＵＶ／可視光吸収スペクトルは室温で１分後（ＳＤＳ、グアニジニウムＨＣｌ）または３７℃で３時間後（プロテイナーゼＫ）に記録された。プロテイナーゼＫおよびＳＤＳ添加実験からのスペクトルは、中および下のパネルに示される。各実験において、４００ｎｍにおける吸収値は、緩衝液単独におけるシアノアクリルアミド７の値に標準化され、棒グラフ上にプロットされた。対照実験は、ＳＤＳ、グアニジン、またはプロテイナーゼＫのいずれも、４００ｎｍにおいてシアノアクリルアミド７の吸収スペクトルに影響を与えなかったことを示した。
結果。図４において示されるように、Ｃｙｓ４３６とシアノアクリルアミド７の間の共有結合は、ＲＳＫ２の変性またはタンパク質消化の際に数秒以内に逆転する。本発明者らは、ＵＶ／可視光吸収スペクトル測定によって、ＲＳＫ２とシアノアクリルアミド７の間の共有結合の形成および逆転をモニターした。シアノアクリルアミド７は、ヘテロ芳香族系に結合体化されたシアノアクリルアミド部分について予測されるように、〜４００ｎＭ（図４、中および下のパネル）のピークを伴って、可視光を吸収する。シアノアクリルアミド７への過剰のＲＳＫ２ ＣＴＤ（１．５当量）の添加は、４００ｎＭピークの完全な消失を生じ、Ｃｙｓ４３６の求核攻撃によるシアノアクリルアミド発色団の破壊を示す。対照的に、Ｃ４３６Ｖ変異を有するＲＳＫ２ ＣＴＤの添加は、シアノアクリルアミド７の吸収スペクトルに効果を有さなかった（図４、棒グラフ）。この対照はさらに、ＲＳＫ２のＣｙｓ４３６と、化合物７のシアノアクリルアミド部分の求電子性β炭素との間の共有結合の形成から４００ｎｍピークの喪失が生じるという本発明者らの解釈を実証する。
本発明者らは、シアノアクリルアミド７に結合されたＲＳＫ２ キナーゼドメインのフォールディング状態を破壊する３つの独立した方法を使用した：（１）０．０２当量のプロテイナーゼＫ（「Ｐｒｏｔ Ｋ」）、フォールディングしたタンパク質を小さなペプチドに消化する非特異的プロテイナーゼ、（２）２％ ドデシル硫酸ナトリウム（「ＳＤＳ」）、十分に特徴付けられているタンパク質変性界面活性剤、および（３）３Ｍ グアニジンＨＣｌ（「Ｇｕａｎ」）、多くのタンパク質のネイティブ三次元フォールディングを破壊するカオトロープ。３つすべてのタンパク質変性剤は４００ｎｍ吸収ピークの再出現を生じ、このことはＣｙｓ４３６とシアノアクリルアミド７の間の共有結合が破壊されたことを示す。ＲＳＫ２変性（ＳＤＳおよびグアニジンＨＣｌによる）またはタンパク質分解性消化（〜３時間にわたって０．０２当量のプロテイナーゼＫを用いる完全消化）と同時に、共有結合の逆転が数秒以内に起こった。プロテイナーゼＫおよびＳＤＳを用いる実験について、吸収スペクトルは、それぞれ、中のパネルおよび下のパネルに示される（異なる濃度のシアノアクリルアミド７が使用されたので、絶対吸収値は２つの実験で異なる）。３つすべての条件についての吸収値は緩衝液単独中でのシアノアクリルアミド７の吸収に標準化され、そして棒グラフの中で示される。図５は同様の実験から誘導されたＬＣＭＳクロマトグラムを示し、シアノアクリルアミド７とＲＳＫ２ ＣＴＤの間で形成された共有結合性複合体へのタンパク質変性剤の添加が、シアノアクリルアミド７の定量的な遊離を生じることを立証する。
本発明者らのデータは、一旦、タンパク質がアンフォールドし、および／またはタンパク質分解的に消化されると（おそらく、免疫反応の遅延を誘発するための前提条件である）、共有結合が反応速度論的および熱力学的に不安定になり、急速に解離するので、シアノアクリルアミド阻害剤が細胞タンパク質との永続的な共有結合性付加物を形成しそうにないことを示唆する。本発明者らは、シアノアクリルアミド７とＲＳＫ２ ＣＴＤの間の高親和性（ナノモル濃度〜ピコモル濃度）複合体を伴うこの挙動を実証し、ここでは、解離半減期が、フォールディング状態の〜３時間から、キナーゼドメインの変性の際の１分間未満まで変化した。これらの観察と一致して、豊富なシステイン含有ペプチドであるグルタチオンは、（１）希釈の際のシアノアクリラート／シアノアクリルアミド発色団の急速な回復、および（２）１０ｍＭ グルタチオンの存在下の摂動していないＲＳＫ２阻害効力（表１）によって示されるような、迅速に解離される化合物４−８との共有結合性付加物を形成する（ＵＶ／可視光分光学によって示される）。タンパク質のフォールディング状態に対するタンパク質チオール／求電子付加物の共有結合的解離の速度の依存性は、本発明者らの知見によれば、記載されていなかった。
実施例６９．ＲＳＫ２ ＣＴＤ／化合物７複合体の変性後の化合物７の回復
方法。シアノアクリルアミド７（２５０μＭ）は、ＲＳＫ２ ＣＴＤ（３００μＭ）の非存在下または存在下で、総量５０μｌで、１０分間温置された。塩酸グアニジン（５０μＬ、６Ｍ、ｐＨ ８）が加えられ、内容物はおだやかに１分間混合され、その後アセトニトリルが最終濃度５０％まで加えられた。溶液は濾過され（０．２μｍ孔径）、そしてＬＣＭＳ（２０μＬ 注入、Ｗａｔｅｒｓ ＸＴｅｒｒａ ＭＳ Ｃ１８カラム、２０分間にわたる５−７０％ ＭｅＣＮ／水＋０．１％ ギ酸；Ｗａｔｅｒｓ ２６９５ Ａｌｌｉａｎｃｅ Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎｓ Ｍｏｄｕｌｅ，Ｗａｔｅｒｓ Ｍｉｃｒｏｍａｓｓ ＺＱ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｅｒ）によって分析された。
結果。図５Ａおよび図５Ｂに描かれるように、図４に示されるスペクトル測定データと一致して、ＬＣＭＳ分析は、３Ｍ グアニジンとのＲＳＫ２ ＣＴＤ／シアノアクリルアミド７複合体の変性後にシアノアクリルアミド７の定量的回復を明らかにした。第１のクロマトグラム（図５Ａ）（λ＝３５０ｎＭ）は、３Ｍ グアニジンＨＣｌを有する緩衝液に溶解されたシアノアクリルアミド７を示す。第２のクロマトグラム（図５Ｂ）（λ＝３５０ｎＭ）は、ＲＳＫ２ ＣＴＤ／シアノアクリルアミド７複合体の３Ｍ グアニジンＨＣｌでの処理後に純粋なシアノアクリルアミド７の回復を示す。それぞれ、シアノアクリルアミド７のＥ−およびＺ−異性体に対応する２つの主要なピークが両方のサンプルにおいて観察された。ピーク面積は対照サンプルとＲＳＫ２ ＣＴＤ処理サンプルで同様であり、グアニジンを用いる変性後にシアノアクリルアミド７の定量的回復を示す。各ピークのＭＳ分析は、Ｅ−またはＺ−シアノアクリルアミド７としてその同一性を確認した（計算ＭＷ，４１８．２；実測値［Ｍ＋Ｈ］，４１９．１）。
実施例７０．ＲＳＫ２のＳｅｒ３８６自己リン酸化の阻害
方法。７５ｃｍ２フラスコ（〜８０％コンフルエント）中のＨＥＫ−２９３細胞は、製造業者のプロトコールに従ってＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、ＨＡ−タグ化ＲＳＫ２をコードするｐＭＴ２発現ベクターでトランスフェクトされた。１２時間後、細胞はトリプシン処理され、１０％血清を有するＤＭＥＭ中で、ウェルあたり６００，０００細胞で、６ウェルプレートに播種された。さらに１６時間後、細胞は４時間血清枯渇にされ、次いで、無血清ＤＭＥＭ中で２時間、示された濃度の阻害剤で処理された。阻害剤処理後、細胞はホルボールミリスチン酸アセタート（ＰＭＡ）（１００ｎｇ／ｍｌ）で３０分間刺激され、次いで、２ｍＬ 冷ＰＢＳで洗浄され、そして−８０℃でプレート上に凍結された。細胞は融解され、そしてプロテアーゼ阻害剤（Ｃｏｍｐｌｅｔｅ，Ｒｏｃｈｅ）およびホスファターゼ（Ｃｏｃｋｔａｉｌ １および２、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）阻害剤を有する、８０μＬの溶解緩衝液（２０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ ｐＨ ７．９、４５０ｍＭ ＮａＣｌ、２５％グリセロール、３ｍＭ ＭｇＣｌ２、０．５ｍＭ ＥＤＴＡ）にこすり取られた。溶解物は遠心分離によって清澄化され、Ｂｒａｄｆｏｒｄアッセイ定量を介して標準化された。Ｌａｅｍｍｌｉサンプル緩衝液が溶解物に加えられ、そしてタンパク質は１０％ ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分離され、ホスホ−Ｓｅｒ３８６ＲＳＫ２抗体（１：５００希釈、ウサギｍＡｂ、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ＃９３３５）および抗ＨＡ抗体（１：１０００希釈、１２ＣＡ５マウスモノクローナル、Ｒｏｃｈｅ）を用いるウェスタンブロットによって分析された。画像はＬＩ−ＣＯＲ Ｏｄｙｓｓｅｙ画像化システム（ＬＩ−ＣＯＲ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）上で記録され、バンド強度はＬＩ−ＣＯＲソフトウェアを使用して積分された。各条件について、ホスホ−Ｓｅｒ３８６シグナル対ＨＡ−ＲＳＫ２シグナルの比率が計算され、ＤＭＳＯ対照値のパーセンテージ（＋ＰＭＡ）として表現された。これらのデータはグラフ中に提示されている。
結果。図６に描かれるように、シアノアクリラート５ならびにシアノアクリルアミド６および７は、哺乳動物細胞におけるＲＳＫ２のＳｅｒ３８６自己リン酸化を阻害する。Ｎ−イソプロピルシアノアクリルアミド７が試験されたすべての阻害剤の中で最も強力であったのに対して（ＩＣ５０＜３０ｎＭ）、シアノアクリルアミド６は弱い活性を有した（ＩＣ５０〜１０００ｎＭ）ことに注目のこと。データは、シアノアクリラート阻害剤およびシアノアクリルアミド阻害剤が細胞透過性であり、高い細胞内濃度のＡＴＰおよびグルタチオンと競合するために十分に強力であることを示す。
実施例７１．治療的に関連するタンパク質の阻害のための活性化オレフィンの一般的な有用性の決定
方法。ＲＳＫ２ キナーゼアッセイについては、上記の実施例６４を参照のこと。全長ヒトＴ１７５Ａ ＮＥＫ２（「ＮＥＫ２」と呼ばれる）は、以前に記載されたように（Ｋｎａｐｐ Ｓ．ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．，２００７，２８２：６８３３−６８４２）発現および精製された。ＮＥＫ２のＣ２２Ｖ変異体はＱｕｉｋｃｈａｎｇｅ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）によって生成され、キナーゼ活性アッセイにおいてＮＥＫ２とは区別できなかった。２０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ、ｐＨ ７．６、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．２ｍｇ／ｍＬ ＢＳＡ、および１００μＭ ＡＴＰ中のＮＥＫ２キナーゼ（６０ｎＭ）は、室温で３０分間、阻害剤（８−１０通りの濃度、二連）と前保温された。キナーゼ反応は、０．４μＣｉ／μＬのγ−３２Ｐ−ＡＴＰ（６０００Ｃｉ／ｍｍｏｌ、ＮＥＮ）および２．３７ｍｇ／ｍＬ β−カゼイン（Ｓｉｇｍａ）の添加によって開始され、室温で３０分間温置された。
２０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ、ｐＨ ７．６、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．２ｍｇ／ｍＬ ＢＳＡ、および１００μＭ ＡＴＰ中のヒトＰＬＫ１（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，カタログ番号１４−７７７Ｍ）（７．２ｎＭ）は、室温で３０分間、阻害剤（８−１０通りの濃度、二連）と前保温された。キナーゼ反応は、０．４μＣｉ／μＬのγ−３２Ｐ−ＡＴＰ（６０００Ｃｉ／ｍｍｏｌ、ＮＥＮ）および０．５ｍｇ／ｍＬ 脱リン酸化α−カゼイン（Ｓｉｇｍａ）の添加によって開始され、室温で３０分間温置された。キナーゼ活性は、０．１％ Ｈ３ＰＯ４中の１Ｍ ＮａＣｌであらかじめ洗浄されたニトロセルロースの乾燥シートに５μＬの各反応物をスポットすることによって決定された。各キナーゼ反応をブロットした後、このニトロセルロースシートは、１％ ＡｃＯＨ溶液で１回洗浄された。キナーゼ活性は、０．１％ Ｈ３ＰＯ４中の１Ｍ ＮａＣｌであらかじめ洗浄されたニトロセルロースの乾燥シートに５μＬの各反応物をスポットすることによって決定された。このニトロセルロースシートは、１％ ＡｃＯＨ溶液で１回、０．１％ Ｈ３ＰＯ４中の１Ｍ ＮａＣｌ溶液で２回（洗浄あたり５−１０分間）洗浄された。乾燥されたブロットは、ストレージ蛍光スクリーンに３０分間曝露され、そしてＴｙｐｈｏｏｎ ｉｍａｇｅｒ（ＧＥ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）によってスキャンされた。データはＳＰＯＴプログラム（Ｋｎｉｇｈｔ，Ｚ．ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，２，２４５９−６６）を使用して定量され、そしてＩＣ５０値はＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ４．０ソフトウェアを使用して決定された。
結果。治療関連タンパク質の阻害のためのシステイン標的化部分としての、シアノアクリルアミドを含む活性化オレフィン（「マイケルアクセプター」）の一般的有用性を試験するために、本発明者らは、キナーゼ阻害薬物（例えば、アザインドール、インダゾール、ピリジン、ピラゾール、ビアリール）において共通して見い出される複素環で置換されたシアノアクリルアミドのパネルを合成した。本発明者らはまた、ニトリルを有する炭素上で置換されてなかったか（表２ａ、エントリー２８および３０）またはニトリルを有する炭素上で非カルボキサミド電子求引基で置換されたか（表２ａ、エントリー１９−２１、３１、３２）のいずれかであった、アクリロニトリルを合成した。これらの新規化合物は、以下のキナーゼ：ＷＴＲＳＫ２、Ｃ４３６Ｖ ＲＳＫ２、ＷＴ ＮＥＫ２、Ｃ２２Ｖ ＮＥＫ２、および／またはＰＬＫ１をインビトロで阻害するそれらの能力について評価された。これらのキナーゼの野生型バージョンのすべてが、「グリシンリッチ」ループに対してすぐＣ末端である、ＡＴＰ結合部位の類似の位置においてシステインを有することに注目のこと。
これらのデータから、本発明者らは、（１）複素環の構造を変化させることが、シアノアクリルアミドおよびアクリロニトリルのキナーゼ阻害強度および選択性に劇的に影響を与えると結論付ける。従って、これらの比較的単純な「フラグメント」（ＭＷ＜３００）さえ険しい構造−活性相関を示す。（２）ニトリルを有する炭素上の第２の電子求引基で置換されたアクリロニトリルは（例えば、カルボキサミド）、ニトリルを有する炭素上の水素を含有する単純なアクリロニトリルよりもより強力である（表２ａにおけるエントリー３０対３１および２２；表１におけるエントリー３対４−８を比較のこと）。（３）試験では、ＲＳＫ２およびＮＥＫ２のＣｙｓからＶａｌへの変異体はＷＴ酵素よりも１０−１００倍感受性が低く、これは、それぞれ、ＲＳＫ２およびＮＥＫ２のＣｙｓ４３６およびＣｙｓ２２の共有結合的修飾を含む阻害メカニズムと一致する。この概念は、表２ａからの２種の異なるシアノアクリルアミドフラグメントに結合したＲＳＫ２のｘ線共結晶構造によってさらに支持された。この構造は、ＲＳＫ２のＣｙｓ４３６がシアノアクリルアミド部分の求電子性β−炭素と共有結合を形成することを明白に示す（図７を参照のこと）。
Figure 2013510886
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実施例７２．ＲＳＫ２ ＣＴＤ ＡＴＰ部位におけるＸ線結晶学および結合モデル
方法。ＲＳＫ２ ＣＴＤは上記のように発現および精製され（図１Ａおよび図１Ｂについての説明を参照のこと）、２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ ｐＨ ８．０、５０ｍＭ ＮａＣｌ中で２０ｍｇ／ｍｌまで濃縮された。次いで、シアノアクリルアミド６、１２、または１５（１００％ ＤＭＳＯ中の１０ｍＭ ストック溶液１μｌ）が１９μｌのＲＳＫ２ ＣＴＤに加えられて、５％ ＤＭＳＯ中の１９ｍｇ／ｍｌタンパク質および０．５ｍＭ 阻害剤を得た。次いで、１μｌのタンパク質／阻害剤複合体を０．１Ｍ ＨＥＰＥＳ ｐＨ ７．０、１０％ ＰＥＧ３３５０、５０ｍＭ 硫酸アンモニウムから構成される１μｌの沈殿溶液と２０℃で混合することにより、複合体の結晶が懸滴中で成長された。典型的には、結晶は、１−２日間で最大寸法まで成長した。次いで、結晶は凍結防止溶液（ＬＶ Ｃｒｙｏ Ｏｉｌ，Ｍｉｔｅｇｅｎ ＬＬＣ，Ｉｔｈａｃａ，ＮＹ）に移され、１００°Ｋの液体窒素の流れの中で凍結された。これらの結晶は空間群Ｐ４１２１２に属し、単位セルパラメーターはａ＝４７．５Å；ｂ＝４７．５Å；ｃ＝２９１．５Åであった。すべてのデータセットは、Ｌａｗｒｅｎｃｅ Ｂｅｒｋｅｌｅｙ Ｎａｔｉｏｎａｌ ＬａｂｏｒａｔｏｒｙにおけるＡｄｖａｎｃｅｄ Ｌｉｇｈｔ Ｓｏｕｒｃｅの８．２．１ビームライン上で収集された。回折データは積分され、プログラムＸＤＳ（Ｋａｂｓｈ、Ｗ．１９９３）でスケールが合わされた。ＲＳＫ２ ＣＴＤ／阻害剤複合体の構造は、２．４Å（シアノアクリルアミド６）、２．１Å（シアノアクリルアミド１２）、および２．１Å（シアノアクリルアミド１５）までのデータ、ならびにＰｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ構造２ｑｒ８を、プログラムＭｏｌＲｅｐ（Ｖａｇｉｎ ｅｔ ａｌ．，１９９７）における検索モデルとして使用する分子置換によって解決し、続いて、数回ラウンドの手動の再構築と、プログラムＣＯＯＴ（Ｅｍｓｌｅｙ Ｐ、Ｃｏｗｔａｎ Ｋ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．２００４）およびＲＥＦＭＡＣ５（ＧＮ，Ｖａｇｉｎ ＡＡ，Ｄｏｄｓｏｎ ＥＪ．Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．１９９７）を用いる拘束リファインメントを行った。
シアノアクリルアミドは、３つの異なるキナーゼ阻害剤骨格に付け足されたときに、ＲＳＫ２ ＣＴＤのＡＴＰ結合ポケットに結合し、Ｃｙｓ−４３６と共有結合を形成する。本発明者らは、３種のシアノアクリルアミド阻害剤：ピロロ−ピリミジン６（表１）、アザインドール１２（表２）、およびインダゾール１５（表２）に結合したＲＳＫ２ ＣＴＤの共結晶構造を解決した。これらの化合物は、ＲＳＫ２キナーゼ活性の強力な阻害剤であり、そしてＣｙｓ−４３６からＶａｌへの変異は、顕著な抵抗性を付与する（表１および表２）。６、１２、および１５の共結晶構造は、キナーゼ／阻害剤共結晶構造において典型的に観察される非共有結合性相互作用；例えば、阻害剤におけるヘテロ原子と、ＲＳＫ２ Ｍｅｔ−４９６のバックボーンＮＨの間の水素結合を明らかにする。各シアノアクリルアミド阻害剤について、Ｃｙｓ−４３６のチオールとシアノアクリルアミド部分のβ−炭素の間の共有結合は明確に見ることができる（図７、ＰｙＭｏｌとの構造配位ファイルから作製）。表２に提示されたデータに加えて、図７に示される共結晶構造は、ニトリルを有する炭素上で電子求引基（例えば、カルボキサミド）で置換されるとき、アクリロニトリルが、活性部位システインとの可逆的共有結合を作る強力な阻害剤（ナノモル濃度親和性）を達成するために多様なキナーゼ結合骨格に付加できる、「ポータブル」システイン−標的化部分であるという概念を支持する。インダゾール化合物４０の、ＲＳＫ２のＣｙｓ−４３６への結合は、図８の上のパネルに描かれている。
実施例７３．ｃＳｒｃのクローニング、タンパク質発現、精製、および結晶化
ニワトリｃＳｒｃ（Ｓ３４５Ｃ変異体）のキナーゼドメインは、記載されたように発現および精製され（Ｂｌａｉｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００７）、そして２０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ ７．５、１００ｍＭ ＮａＣｌ、１ｍＭ ＤＴＴ、５％グリセロール中で３ｍｇ／ｍｌまで濃縮された。タンパク質（３ｍｇ／ｍＬ）は、氷上で、２％ ＤＭＳＯを有する阻害剤（２００μＭ）とともに１０分間温置された。次いで、複合体の結晶は、１μｌのタンパク質／阻害剤−複合体を、１００ｍＭ ＭＥＳ、５０ｍＭ ＮａＯＡｃ、２％ ＰＥＧ（４０００）、ｐＨ ６．５から構成される１μｌの沈殿溶液と２０℃で混合することによって、懸滴中で成長された。典型的には、結晶は、薄層として、１−２日の間に最大寸法まで成長した。次いで、結晶は、２５％グリセロールを補充した母液からなる凍結防止溶液に移され、１００Ｋで液体窒素の流れの中で凍結された。
データ収集および構造解決。結晶は空間群Ｐ１に属し、単位セルパラメーターａ＝４２．０Å；ｂ＝６３．２Å；ｃ＝７３．１Å；α＝１００．９ｏ；β＝９０．８ｏ；γ＝９０．０ｏを有した。すべてのデータセットは、Ｂｅｒｋｅｌｅｙ Ｎａｔｉｏｎａｌ ＬａｂｏｒａｔｏｒｙにおけるＡｄｖａｎｃｅｄ Ｌｉｇｈｔ Ｓｏｕｒｃｅの８．２．１．ｂｅａｍｌｉｎｅ上で収集された。回折データは積分され、プログラムＸＤＳ（Ｋａｂｓｈ、Ｗ．１９９３）でスケールを合わせた。ｃＳＲＣ／阻害剤複合体の構造は、２．３Åまでのデータおよび構造３ｅｎ４をプログラムＭｏｌＲｅｐにおける検索モデルとして使用する分子置換によって解決され、続いて、数回の手動の再構築と、プログラムＣＯＯＴおよびＲＥＦＭＡＣ５を用いる拘束リファインメントを行った。ピロロピリミジン（ｐｙｒｉｍｄｉｎｅ）化合物５５からｃＳｒｃのＣｙｓ−３４５への結合は、図８の下のパネルに描かれている。
実施例７４．ｃＳｒｃキナーゼアッセイの一般的手順
野生型およびＳ３４５Ｃ変異体ｃＳｒｃキナーゼドメインは、記載されたように発現および精製された（Ｂｌａｉｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００７）。精製されたｃＳｒｃキナーゼ（２ｎＭ 最終濃度）は、２００μＭ ＡＴＰ、および１ｍｇ／ｍＬ ＢＳＡを有するキナーゼ反応緩衝液（２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ ｐＨ ７．４、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２ ０．２ｍＭ ＥＤＴＡ）中で、阻害剤とともに（６または１０通りの濃度、二連で）、室温で３０分間、前保温された。キナーゼ反応は０．０５μＣｉ／μＬのγ−３２Ｐ−ＡＴＰ（６０００ Ｃｉ／ｍｍｏｌ、ＮＥＮ）および０．１ｍＭ 基質ペプチド（ＬＥＩＹＧＥＦＫＫＫ）（配列番号２）の添加によって開始され、室温で３０分間温置された。キナーゼ活性は、ホスホセルロースのシートに６μＬの各反応物をスポットすることによって決定された。各ブロットは、１％ ＡｃＯＨ溶液で１回、０．１％ Ｈ３ＰＯ４溶液で２回、そしてＭｅＯＨで１回洗浄された（洗浄あたり５−１０分間）。乾燥されたブロットは、ストレージ蛍光スクリーンに３０分間曝露され、そしてＴｙｐｈｏｏｎ ｉｍａｇｅｒ（ＧＥ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）によってスキャンされた。データはＩｍａｇｅＱｕａｎｔ（ｖ．５．２、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ）を使用して定量され、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ４．０ソフトウェアを使用してプロットされた。
実施例７５．２−シアノ−Ｎ−（１−ヒドロキシ−２−メチルプロパン−２−イル）−３−（３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−イル）アクリルアミド
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（１ｍＬ）中の３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−カルボアルデヒド（４８ｍｇ、０．１６ｍｍｏｌ）および２−シアノ−Ｎ−（１−ヒドロキシ−２−メチルプロパン−２−イル）アセトアミド（２３ｍｇ、０．１６ｍｍｏｌ）の溶液に、ＤＢＵ（１６μＬ、０．１６ｍｍｏｌ）が加えられた。１時間後、無色溶液はゆっくりと明るいオレンジ色になった。この反応混合物は濃縮され、調製用ＴＬＣによって精製され、ＥｔＯＡｃで溶出されて、４４ｍｇ（６１％）の２−シアノ−Ｎ−（１−ヒドロキシ−２−メチルプロパン−２−イル）−３−（３−（３，４，５−トリメトキシフェニル）−１Ｈ−インダゾール−５−イル）アクリルアミドを明るい黄色固形物として与えた。計算精密質量：４５０．１９、Ｍ／ｚ 実測値：４５１．２３（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例７６．３−（ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インダゾール−５−カルボアルデヒド
Figure 2013510886
 ３−ヨード−５−ホルミルインダゾール（２０６ｍｇ、０．７３５ｍｍｏｌ）、ピリジン−３−イルボロン酸（１０６ｍｇ、０．８８２ｍｍｏｌ）、およびＫ２ＣＯ３（３３０ｍｇ、２．２１ｍｍｏｌ）は５：１ ジオキサン：Ｈ２Ｏ（２ｍＬ）中で合わせられ、そして２０分間アルゴンをバブリングして脱気された。Ｐｄ（ＰＰｈ３）４（９１ｍｇ、０．０７４ｍｍｏｌ）が加えられ、そしてこの反応容器に再度アルゴンがパージされた。この反応物は、１３０℃で４５分間、マイクロ波照射された。粗反応混合物はＥｔＯＡｃ（２０ｍＬ）で希釈され、そして１Ｍ ＨＣｌ（２０ｍＬ）で２回洗浄された。合わせた水性洗浄液は１Ｍ ＮａＯＨで中和され、そして３回に分けたＥｔＯＡｃ（７５ｍＬ）で抽出され、これは減圧下で濃縮され、４２ｍｇ（２６％）の３−（ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インダゾール−５−カルボアルデヒドを黄色固形物として与えた。
実施例７７．２−シアノ−３−（３−（ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インダゾール−５−イル）アクリルアミド
Figure 2013510886
 ＴＨＦ（１ｍＬ）中の３−（ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インダゾール−５−カルボアルデヒド（３０ｍｇ、０．１３４ｍｍｏｌ）および２−シアノ−Ｎ−メチルアセトアミド（１２ｍｇ、０．１３４ｍｍｏｌ）の溶液に、ＤＢＵ（１３μＬ、０．１３４ｍｍｏｌ）が加えられた。ＤＢＵの添加に際して、無色スラリーはゆっくりと明るい黄色および可溶性になった。すべての固形物が溶解したとき、粗反応混合物は濃縮され、９５：５：１ ＥｔＯＡｃ：ＭｅＯＨ：ＴＥＡで溶出される調製用ＴＬＣによって精製されて、７ｍｇ（１８％）の２−シアノ−３−（３−（ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インダゾール−５−イル）アクリルアミドを明るい黄色固形物として与えた。計算精密質量：２８９．１０、Ｍ／ｚ 実測値：２９０．０１（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例７８．（Ｅ）−３−（３−（４−アミノ−５−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）フェニル）−２−シアノ−Ｎ−（１−ヒドロキシ−２−メチルプロパン−２−イル）アクリルアミド
Figure 2013510886
 磁気撹拌棒を装着した４ｍＬバイアルに、３−（４−アミノ−５−（４−フェノキシフェニル）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）ベンズアルデヒド（５ｍｇ、０．０１ｍｍｏｌ）、２−シアノ−Ｎ−（１−ヒドロキシ−２−メチルプロパン−２−イル）アセトアミド（５ｍｇ、０．０３ｍｍｏｌ）、ピペリジニウムアセタート（２ｍｇ、０．０２ｍｍｏｌ）、および２−プロパノール（０．５ｍＬ）が仕込まれた。この反応混合物は６０℃に２４時間加熱された。この溶液は減圧下で濃縮され、得られた残渣はＳｉ−ゲルクロマトグラフィー（１００％ ＥｔＯＡｃ−１０％ ＭｅＯＨ／ＥｔＯＡｃで溶出）によって精製されて生成物を産生し、これは、ＲＰ−ＨＰＬＣ（グラジエント：２５分間にわたる２０−９５％ ＭｅＣＮ／０．１％ ＴＦＡを有する水）によってさらに精製されて、生成物を白色固形物として産生した（１．５ｍｇ、２２％収率）。計算精密質量：５４４．２２。Ｍ／ｚ 実測値：５４５．０（Ｍ＋Ｈ）＋。
実施例７９．４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド
Figure 2013510886
 ジクロロメタン（１２ｍＬ）中の４−ジ−ｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボニルアミノ−７−（３−ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド（１．４３ｇ、２．２８ｍｍｏｌ）の溶液に、ＴＦＡ（５ｍＬ）が加えられた。この反応混合物は大気温度で１２時間維持され、次いで減圧下で濃縮された。残渣はＴＨＦ（１２ｍＬ）に再溶解され、１Ｍ ＨＣｌ水溶液（４ｍＬ）が加えられた。この反応混合物は大気温度で２４時間撹拌され、次いでＥｔＯＡｃ（５０ｍＬ）および飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（５０ｍＬ）で希釈された。相が分離され、水相がＥｔＯＡｃ（５０ｍＬ）で抽出された。合わせた有機抽出物はブライン（５０ｍＬ）で洗浄され、次いで減圧下で濃縮された。残渣はベンゼン（５０ｍＬ）とともに共沸され、そして真空中で乾燥されて、０．９９ｇの脱保護アルデヒド（湿）を与え、これはさらなる精製なしで使用された。
実施例８０．シアノアセトアミドおよびヘテロアリールアセトニトリルの合成
３−モルホリノ−３−オキソプロパンニトリル、２−シアノ−Ｎ−（２−（ジメチルアミノ）エチル）−Ｎ−メチルアセトアミド（Ｗａｎｇ、Ｋ．；Ｎｇｕｙｅｎ、Ｋ．；Ｈｕａｎｇ，Ｙ．；Ｄｏｍｌｉｎｇ，Ａ．Ｊ．Ｃｏｍｂ．Ｃｈｅｍ．２００９，１１、９２０−９２７）および２−シアノ−Ｎ−（１，３−ジヒドロキシ−２−メチルプロパン−２−イル）アセトアミド（Ｓａｎｔｉｌｌｉ，Ａ．Ａ．；Ｏｓｄｅｎｅ，Ｔ．Ｓ．Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．１９６４、２９，２０６６−２０６８）は先に記載されたように合成された。
１．４−シアノメチルピリジン−１−オキシド
Figure 2013510886
 クロロホルム（１２ｍＬ）中の４−シアノメチルピリジン塩酸塩（６８９．２ｍｇ、４．４５８ｍｍｏｌ）のスラリーに、Ｈ２Ｏ（２ｍＬ）中のＮａＨＣＯ３（５３８ｍｇ、５．３５ｍｍｏｌ、１．４当量）が加えられ、発泡をもたらした。一旦、ガスの発生が弱まったら、メタ−クロロ過安息香酸（１．２５ｇ、６．６９ｍｍｏｌ、１．６当量）一度に加えられた。この反応混合物は大気温度で２４時間撹拌され、次いで、シリカゲルで濃縮され、そしてシリカゲルクロマトグラフィー（ＣＨ２Ｃｌ２中１２．５−２５％ ＩＰＡ）によって精製されて、１２９ｍｇ（２２％収率）のＮ−オキシドを赤色半固形物として与えた。
２．２−シアノ−Ｎ−（２−ヒドロキシエチル）−Ｎ−メチルアセトアミド
Figure 2013510886
 エタノール（１２ｍＬ）中のメチルシアノアセタート（６．２７ｇ、６３．３ｍｍｏｌ）の溶液に、２−（メチルアミノ）エタノール（５．６ｍＬ、６９．６ｍｍｏｌ、１．１当量）が加えられた。この反応混合物は７０℃で４時間加熱され、次いで大気温度に冷却され、減圧下で濃縮された。シリカゲルクロマトグラフィーの粗残渣（ＥｔＯＡｃ）は８．７６ｇ（９７％収率）の２−シアノ−Ｎ−（２−ヒドロキシエチル）−Ｎ−メチルアセトアミドを琥珀色油状物として与えた。
３．Ｎ−ｔｅｒｔ−ブチル−２−シアノアセトアミド
Figure 2013510886
 ０℃に冷却されたＣＨ２Ｃｌ２（２０ｍＬ）中のｔｅｒｔ−ブチルアミン（３．７ｍＬ、３５．４ｍｍｏｌ、２．０当量）および炭酸ナトリウム（３．７５ｇ、３５．４ｍｍｏｌ、２．０当量）のスラリーに、５分間にわたって、ＣＨ２Ｃｌ２（１０ｍＬ）中の塩化クロロアセチル（１．４ｍＬ、１７．７ｍｍｏｌ、１．０当量）が加えられた。一旦添加が完了すると、この反応混合物は大気温度まであたためられ、４５分間撹拌され、次いで濾過された。フィルターケーキはＣＨ２Ｃｌ２（５０ｍＬ）で洗浄された。合わせた濾液および洗浄液は濃縮されて、中間体ｔｅｒｔ−ブチル−２−クロロアセトアミドを白色固形物として与え、これは続けてさらなる精製なしで次の工程に進んだ。ｔｅｒｔ−ブチル−２−クロロアセトアミドはＤＭＦ（１２ｍＬ）に溶解され、２．３１ｇ（３５．４ｍｍｏｌ、２．０当量）の微細に破砕されたＫＣＮが加えられた。反応混合物は７０℃で２時間加熱され、次いで濾過された。フィルターケーキはＥｔＯＡｃ（２×３０ｍＬ）で洗浄された。合わせた洗浄液および濾液は濃縮されて、琥珀色油状物を与えた。シリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン中４０％ ＥｔＯＡｃ）による精製は、ＤＭＦを不純物として有する半固形物としてｔｅｒｔ−ブチル−２−シアノアセトアミドを与えた。この半固形物はＥｔＯＡｃ（１００ｍＬ）に溶解され、そして水で洗浄された（３×７０ｍＬ）。合わせた水洗浄液はＥｔＯＡｃ（１００ｍＬ）で抽出された。合わせたＥｔＯＡｃ溶液はブライン（７０ｍＬ）で洗浄され、乾燥され（ＭｇＳＯ４）、そして濃縮され、分析的に純粋なｔｅｒｔ−ブチル−２−シアノアセトアミド（１．８８ｇ、７６％収率、２段階）をオフホワイト固形物として与えた。
４．Ｎ−１−アダマンチル−２−シアノアセトアミド
Figure 2013510886
 ＣＨ２Ｃｌ２（１７ｍＬ）中の１−アダマンチルアミン（２．８０ｇ、１８．５ｍｍｏｌ、１．５当量）および炭酸ナトリウム（２．６２ｇ、２４．７ｍｍｏｌ、２．０当量）のスラリーに、２０〜２５℃で、ＣＨ２Ｃｌ２（５ｍＬ）中の塩化クロロアセチル（１．２４ｍＬ、１２．３ｍｍｏｌ、１．０当量）の溶液が５分間にわたって加えられた。一旦添加が完了すると、この反応混合物は１０分間撹拌され、より効率的な撹拌のためにＣＨ２Ｃｌ２（１０ｍＬ）で希釈された。２時間後、この反応混合物は濾過された。フィルターケーキはＣＨ２Ｃｌ２（２０ｍＬ）で洗浄された。合わせた濾液および洗浄液は濃縮されて、中間体１−アダマンチル−２−クロロアセトアミドを白色固形物として与え、これは続けてさらなる精製なしで次の工程に進んだ。１−アダマンチル−２−クロロアセトアミドはＤＭＦ（６ｍＬ）に溶解され、１．６１ｇ（２４．７ｍｍｏｌ、２．０当量）の微細に破砕されたＫＣＮが加えられた。反応混合物は７０℃に１４時間加熱され、次いで大気温度まで冷却された。この反応混合物はＥｔＯＡｃ（１００ｍＬ）で希釈され、水（３×６０ｍＬ）で洗浄された。合わせた水洗浄液はＥｔＯＡｃ（７０ｍＬ）で抽出された。合わせたＥｔＯＡｃ溶液はブライン（１００ｍＬ）で洗浄され、乾燥され（ＭｇＳＯ４）、そして濃縮され、残渣を与えた。シリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン中２５％ ＥｔＯＡｃ）による精製は、１−アダマンチル−２−クロロアセトアミド（５００ｍｇ、１８％収率）および１−アダマンチル−２−シアノアセトアミド（４９１ｍｇ、１８％収率、２段階）を白色固形物として与えた。
５．１−シアノ−Ｎ−イソプロピルメタンスルホンアミド
Figure 2013510886
 ０−５℃に冷却されたＴＨＦ（２０ｍＬ）中の１−シアノメタンスルホニルクロリド（Ｓａｍｍｅｓ，Ｍ．Ｐ．；Ｗｙｌｉｅ，Ｃ．Ｍ．；Ｈｏｇｇｅｔｔ，Ｊ．Ｇ．Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．（Ｃ），１９７１，２１５１−２１５５）（３．２５ｇ，２３．３ｍｍｏｌ，１．０当量）の溶液に、１０分間にわたって、イソプロピルアミン（５．０ｍＬ、５８．２ｍｍｏｌ、２．５当量）が加えられた。次いで、この反応混合物は大気温度まであたためられた。１２時間後、この反応混合物はセライトを通して濾過された。フィルターケーキはＭｅＣＮ（５０ｍＬ）で洗浄された。洗浄液は濾液と合わせられ、濃縮されて残渣を与え、これは、シリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン中２５％ ＥｔＯＡｃ）による精製後に、１．５５ｇ（４１％収率）の１−シアノ−Ｎ−イソプロピルメタンスルホンアミドを琥珀色油状物として与えた。
６．アリル−２−（２−シアノアセトアミド）−２−メチルプロパノアート
Figure 2013510886
 アリルアルコール（３０ｍＬ）中の２−アミノ−２−メチルプロパン酸（Ａｉｂ、２．０５ｇ、１９．９ｍｍｏｌ）およびｐ−トルエンスルホン酸一水和物（５．１１ｇ、２６．９ｍｍｏｌ、１．３５当量）のスラリーが９０℃に２４時間加熱され、次いで、大気温度に冷却された。この反応混合物は濃縮されてアリルアルコールを除去し、次いでＣＨ２Ｃｌ２（１００ｍＬ）および飽和炭酸ナトリウム水溶液（１００ｍＬ）で希釈された。相は分離され、水相はＣＨ２Ｃｌ２（１００ｍＬ）で抽出された。合わせた有機抽出物はブライン（１００ｍＬ）で洗浄され、乾燥され（Ｎａ２ＳＯ４）そして濃縮され、粗Ａｉｂ−アリルエステル（２．８４ｇ、定量的収率）を茶色油状物として与え、これは続けてさらなる精製なしで次の工程に進んだ。
０−５℃に冷却されたＣＨ２Ｃｌ２（８ｍＬ）中のシアノ酢酸（５００ｍｇ、５．８８ｍｍｏｌ、１．０当量）、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（３．１ｍＬ、１７．６ｍｍｏｌ、３．０当量）およびＡｉｂ−アリルエステル（１．２６ｇ、８．８２ｍｍｏｌ、１．５当量）の溶液に、３分間にわたって、ＣＨ２Ｃｌ２（７ｍＬ）中のＮ，Ｎ’−ジシクロヘキシルカルボジイミド（１．８２ｇ、８．８２ｍｍｏｌ、１．５当量）の溶液が加えられた。この反応混合物は０−５℃で４０分間撹拌され、次いで大気温度まであたためられた。２４時間後、この反応混合物はＥｔＯＡｃ（１００ｍＬ）で希釈され、０．５Ｍ ＨＣｌ（５０ｍＬ）で洗浄され、そして有機相はセライトを通して濾過されて、沈殿された固形物を除去した。濾液はブライン（５０ｍＬ）で洗浄され、乾燥され（Ｎａ２ＳＯ４）、そして濃縮されて、茶色固形物を与え、これはシリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン中５０％ ＥｔＯＡｃ）によって精製されて、６４８ｍｇ（５３％収率）のアリル−２−（２−シアノアセトアミド）−２−メチルプロパノアートを白色固形物として与えた。
７．２−シアノ−Ｎ’，Ｎ’−ジメチルアセトヒドラジド
Figure 2013510886
 ２−プロパノール（１２ｍＬ）中のメチルシアノアセタート（５．４８ｇ、５５．３ｍｍｏｌ、１．０当量）の溶液に、Ｎ，Ｎ−ジメチルヒドラジン（８．４ｍＬ、１１０．６ｍｍｏｌ、２．０当量）が加えられた。この反応混合物は大気温度で２０時間撹拌され、次いで濃縮されて赤色固形物を与え、これはＥｔ２Ｏ（５０ｍＬ）中でスラリー化され、濾過され、そして乾燥され、ヒドラジドをオレンジ色赤色固形物として与えた（４．５２ｇ、６４％収率）。シリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン中５０％ ＥｔＯＡｃ、次いでＥｔＯＡｃ）による固形物の一部のさらなる精製は、１．６８ｇの分析的純度のヒドラジドをオフホワイト固形物として与えた。
８．２−シアノ−Ｎ−メトキシアセトアミド
Figure 2013510886
 ２−プロパノール（５ｍＬ）中のメチルシアノアセタート（１．２１ｇ、１２．２ｍｍｏｌ、１．０当量）およびＯ−メチルヒドロキシルアミン塩酸塩（２．０２ｇ、２４．２ｍｍｏｌ、１．９当量）のスラリーに、トリエチルアミン（５．１ｍＬ、３６．３ｍｍｏｌ、３．０当量）が加えられた。この反応混合物は７０℃に３時間加熱され、次いで加熱して濾過された。フィルターケーキは２−プロパノール（３×５ｍＬ）で洗浄された。合わせた洗浄液および濾液は濃縮され、与えられた残渣はシリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン中７０％ ＥｔＯＡｃ）によって精製され、２−シアノ−Ｎ−メトキシアセトアミド（６７３ｍｇ、４８％収率）を白色固形物として与えた。
９．２−（１Ｈ−ピラゾール−１−イル）アセトニトリル
Figure 2013510886
 ＭｅＣＮ（２１ｍＬ）中のピラゾール（１．０４ｇ、１５．３ｍｍｏｌ、１．０当量）および炭酸セシウム（７．４７ｇ、２２．９ｍｍｏｌ、１．５当量）のスラリーに、３分間にわたって、クロロアセトニトリル（１．１６ｍＬ、１８．３ｍｍｏｌ、１．２当量）が加えられた。この反応混合物は大気温度で２時間撹拌され、そして濾過された。フィルターケーキはＭｅＣＮ（２×２０ｍＬ）で洗浄された。合わせた濾液および洗浄液は濃縮され、得られた残渣はシリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン中２５％ ＥｔＯＡｃ）によって精製され、１．２３ｇ（７５％収率）の２−（１Ｈ−ピラゾール−１−イル）アセトニトリルを無色油状物として与えた。
１０．２−（１Ｈ−１，２，３−トリアゾール−１−イル）アセトニトリル
Figure 2013510886
 ＭｅＣＮ（８ｍＬ）中の１Ｈ−１，２，３−トリアゾール（２６１．４ｍｇ、３．７９ｍｍｏｌ、１．０当量）および炭酸カリウム（７８５ｍｇ、５．６８ｍｍｏｌ、１．５当量）のスラリーに、３分間にわたって、ＭｅＣＮ（４ｍＬ）中のブロモアセトニトリル（３０３μＬ、４．５４ｍｍｏｌ、１．２当量）の溶液が加えられた。この反応混合物は、大気温度で２時間撹拌され、そして濾過された。フィルターケーキはＭｅＣＮ（３０ｍＬ）で洗浄された。合わせた濾液および洗浄液は濃縮され、得られた残渣はシリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン中５０％ ＥｔＯＡｃ）によって精製され、２１１ｍｇ（５２％収率）の２−（１Ｈ−１，２，３−トリアゾール−１−イル）アセトニトリルを無色油状物として与えた。
１１．アゼチジン（Ｘ＝Ｈ）シアノアセトアミド、および３−ヒドロキシアゼチジン（Ｘ＝ＯＨ）シアノアセトアミド
Figure 2013510886
 ＥｔＯＨ（６ｍＬ）中のエチルシアノアセタート（１．０当量）、アゼチジン（Ｘ＝Ｈ）、または３−ヒドロキシアゼチジン（Ｘ＝ＯＨ）塩酸塩（１．１当量）およびトリエチルアミン（１．５当量）は８０℃で６時間加熱された。反応混合物は濃縮され、残渣はＥｔＯＡｃ（２５ｍＬ）とＤＩ水（２５ｍＬ）の間で分配された。水相はＥｔＯＡｃ（２×３０ｍＬ）で抽出された。合わせた有機抽出物は乾燥され（Ｎａ２ＳＯ４）、そして濃縮されて残渣を与え、これはシリカゲルクロマトグラフィー（Ｘ＝Ｈについては４：１ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン；Ｘ＝ＯＨについては１６：１ ＥｔＯＡｃ／ＭｅＯＨ）によって精製されて、所望のシアノアセトアミドを与えた。
エチルシアノアセタート（５５０ｍｇ、４．８６ｍｍｏｌ）およびアゼチジン塩酸塩（５００ｍｇ）は１９６．５ｍｇ（３３％収率）のアゼチジンシアノアセトアミドを与えた。
エチルシアノアセタート（４６９．４ｍｇ、４．１５ｍｍｏｌ）および３−ヒドロキシアゼチジン塩酸塩（５００ｍｇ）は８９ｍｇ（１５％収率）のアゼチジンシアノアセトアミドを与えた。
実施例８１．シアノアクリルアミドまたはヘテロアリールアクリロニトリルの合成
Figure 2013510886
 シアノアクリルアミドまたはヘテロアリールアクリロニトリル誘導体の合成のための一般的手順：４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド（１．０当量）、適切なシアノアセトアミド、またはヘテロアリールアセトニトリル（１．２−１．５当量）、およびＤＢＵ（１．５−２．０当量）は、ＴＨＦまたはＤＭＦ（２ｍＬ）中で、大気温度で１−３日間撹拌された。次いで、この反応混合物は濃縮され、調製用ＴＬＣまたはＨＰＬＣによって精製されて、シアノアクリルアミドまたはヘテロアリールアクリロニトリルを（Ｅ）−および（Ｚ）−異性体の混合物として与えた。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（モルホリン−４−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 収率：１２．１ｍｇ（２１％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：４４７．７（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（ピリジン−４−イル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 収率：７．３ｍｇ（２５％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：４１１．７（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−Ｎ−ｔｅｒｔ−ブチル−２−シアノアクリルアミド
Figure 2013510886
 収率：１９．９ｍｇ（３８％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：４３３．２（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ−（２−（ジメチルアミノ）エチル）−Ｎ−メチルアクリルアミド
Figure 2013510886
 収率：９．８ｍｇ（２９％）。ＥＳＩ−ＭＳ：４６２．５（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ−（２−ヒドロキシエチル）−Ｎ−メチルアクリルアミド
Figure 2013510886
 収率：２．３ｍｇ（５％）。ＥＳＩ−ＭＳ：４３５．６（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ−（１，３−ジヒドロキシ−２−メチルプロパン−２−イル）アクリルアミド
Figure 2013510886
 収率：１２．３ｍｇ（３５％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：４６４．５（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−１−イル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 収率：７．１ｍｇ（２７％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：４０１．５（ＭＨ＋）。
２−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−１−シアノ−Ｎ−イソプロピルエタンスルホンアミド
Figure 2013510886
 収率：１７．８ｍｇ（４９％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：４５５．５（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−Ｎ−（１−アダマンチル）−２−シアノアクリルアミド
Figure 2013510886
 収率：１１．３ｍｇ（２７％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：５１１．６（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（４−メチルチアゾール−２−イル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 収率：１２．７ｍｇ（４８％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：４３１．５（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（１Ｈ−ピラゾール−１−イル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 収率：６．６ｍｇ（２５％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：４００．３（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（１Ｈ−１，２，３−トリアゾール−１−イル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 収率：５．２ｍｇ（２１％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：４０１．５（ＭＨ＋）。
アリル−２−（３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノアクリルアミド）−２−メチルプロパノアート
Figure 2013510886
 収率：１１．１ｍｇ（１９％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：５０３．６（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（ピリジン−３−イル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 収率：２１．３ｍｇ（６２％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：４１１．３（ＭＨ＋）。
４−（２−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−１−シアノビニル）ピリジン １−オキシド
Figure 2013510886
 収率：３．３ｍｇ（７％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：４２７．７（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ’，Ｎ’−ジメチルアクリロヒドラジド
Figure 2013510886
 収率：６．１ｍｇ（１８％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：４２０．５（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ−メトキシアクリルアミド
Figure 2013510886
 収率：１９ｍｇ（４９％収率）。ＥＳＩ−ＭＳ：４０７．４（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアクリルアミド
Ｎ，Ｎ−ジメチルシアノアセトアミド（Ｂａｓｈｅｅｒ，Ａ．；Ｙａｍａｔａｋａ，Ｈ．；Ａｍｍａｌ，Ｓ．Ｃ．；Ｒａｐｐｏｐｏｒｔ，Ｚ．Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．２００７，７２、５２９７−５３１２）から調製された。
Figure 2013510886
 収率：３３．８ｍｇ（２４％、Ｅ：Ｚ＝１．７：１）。ＥＳＩ−ＭＳ：４０５．２（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ−（１−ヒドロキシ−２−メチルプロパン−２−イル）アクリルアミド
２−シアノ−Ｎ−（１−ヒドロキシ−２−メチルプロパン−２−イル）アセトアミド（Ｓａｎｔｉｌｌｉ，Ａ．Ａ．；Ｏｓｄｅｎｅ，Ｔ．Ｓ．Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．１９６４，２９，２０６６−２０６８）から調製された。
Figure 2013510886
 収率：１７．２ｍｇ（３９％）、ＥＳＩ−ＭＳ：４４９．２（ＭＨ＋）
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ，Ｎ−ジエチルアクリルアミド
Ｎ，Ｎ−ジエチルシアノアセトアミド（Ｗａｎｇ，Ｋ．；Ｎｇｕｙｅｎ，Ｋ．；Ｈｕａｎｇ，Ｙ．；Ｄｏｍｌｉｎｇ，Ａ．Ｊ．Ｃｏｍｂ．Ｃｈｅｍ．２００９，１１，９２０−９２７）から調製された。
Figure 2013510886
 収率：９．２ｍｇ（８％）、ＥＳＩ−ＭＳ：４３３．２（ＭＨ＋）
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（ピロリジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Ｎ−（２−シアノアセチル）ピロリジン（Ｗａｎｇ，Ｋ．；Ｎｇｕｙｅｎ，Ｋ．；Ｈｕａｎｇ，Ｙ．；Ｄｏｍｌｉｎｇ，Ａ．Ｊ．Ｃｏｍｂ．Ｃｈｅｍ．２００９，１１，９２０−９２７）から調製された。
Figure 2013510886
 収率：１．６ｍｇ（３％）、ＥＳＩ−ＭＳ：４３１．２（ＭＨ＋）
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（アゼチジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 収率：１６．５ｍｇ（３２％）、ＥＳＩ−ＭＳ：４１７．２（ＭＨ＋）
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（３−ヒドロキシアゼチジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Figure 2013510886
 収率：２０．１ｍｇ（３８％）、ＥＳＩ−ＭＳ：４３３．２（ＭＨ＋）
（Ｅ）−３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−（４−メチルピペラジン−１−カルボニル）アクリロニトリル
Ｎ−（２−シアノアセチル）−Ｎ’−メチルピペラジン（Ｐｒｏｅｎｃａ，Ｆ．；Ｃｏｓｔａ，Ｍ．Ｇｒｅｅｎ Ｃｈｅｍ．２００８，１０，９９５−９９８）から調製された。
Figure 2013510886
 収率：１５．７ｍｇ（２５％）、ＥＳＩ−ＭＳ：４６０．２（ＭＨ＋）
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ−シクロプロピルアクリルアミド
Figure 2013510886
 ０−５℃にあらかじめ冷却されたＴＨＦ（２．２ｍＬ）中の４−ｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボニルアミノ−７−（３−ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−カルボアルデヒド（１０１ｍｇ、０．１９２５ｍｍｏｌ）およびＮ−シクロプロピルシアノアセトアミド３（４７．８ｍｇ、２．０当量）の溶液に、ＤＢＵ（５８μＬ、２．０当量）が加えられた。この反応混合物は大気温度まであたためられ、１時間撹拌され、次いで−２０℃で１２時間維持された。この反応混合物は濃縮され、そしてシリカゲルクロマトグラフィー（２：１ ヘキサン／ＥｔＯＡｃ）によって精製されて、５３．２ｍｇ（Ｅ：Ｚ＝２：１、４４％収率）の中間体保護化シアノアクリルアミドを黄色油状物として与えた。この油状物はＣＨ２Ｃｌ２（３ｍＬ）に溶解され、ＴＦＡ（１．５ｍＬ）が加えられた。２０−２５℃で１６時間後、反応混合物は濃縮され、残渣はＴＨＦ（６ｍＬ）に再溶解され、そして１Ｍ ＨＣｌ水溶液（２ｍＬ）が加えられた。反応混合物は大気温度で８時間維持され、次いで、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（２０ｍＬ）およびブライン（３０ｍＬ）でクエンチされ、そしてＥｔＯＡｃ（３×５０ｍＬ）で抽出された。合わせたＥｔＯＡｃ抽出物は乾燥され（ＭｇＳＯ４）、濃縮され、そして与えられた油状物は調製用ＴＬＣ（３：１ トルエン／ＩＰＡ、０．５ｃｍプレート、２回の溶出）によって精製され、シアノアクリルアミド（２６ｍｇ、２段階にわたって７４％収率）を黄色油状物として与えた。ＥＳＩ−ＭＳ：４１７．１（ＭＨ＋）。
１−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２，２−ジフルオロエタノン
Figure 2013510886
 ＣＨ２Ｃｌ２（２ｍＬ）中の対応するジ−ｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボニルアミノ ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシジフルオロメチルケトン（３９．０ｍｇ、５７．８μｍｏｌ）の溶液に、ＴＦＡ（２ｍＬ）が加えられた。この反応混合物は大気温度で１７時間維持され、次いで濃縮され、残渣はＴＨＦ（３ｍＬ）に再溶解された。ＨＣｌ（１Ｍ、１ｍＬ）が加えられ、この反応混合物は大気温度で１２時間撹拌され、次いで、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（５ｍＬ）でクエンチされ、そしてＥｔＯＡｃ（３×１０ｍＬ）で抽出された。合わせた有機抽出物は乾燥され（Ｎａ２ＳＯ４）、そして濃縮されて白色固形物を与え、これはＭｅＣＮ（１０ｍＬ）中でスラリーとされた。この懸濁液は濾過され、濾液は濃縮されて、ジフルオロメチルケトン（６．９ｍｇ、３３％収率、２段階）を白色固形物として与えた。ＥＳＩ−ＭＳ：３６１．３（ＭＨ＋）。
３−（４−アミノ−７−（３−ヒドロキシプロピル）−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル）−２−シアノ−Ｎ−イソプロピルプロパンアミド
Figure 2013510886
 ＭｅＯＨ（１．８ｍＬ）中の対応するシアノアクリルアミド（３１．７ｍｇ、７５．８μｍｏｌ）の溶液に、氷ＡｃＯＨ（０．２ｍＬ）が、続いてシアノ水素化ホウ素ナトリウム（１４．３ｍｇ、２２７μｍｏｌ、３．０当量）が加えられた。この反応混合物は大気温度で２４時間撹拌され、次いで濃縮され、そして残渣は調製用ＨＰＬＣ（２０分間にわたる、Ｈ２Ｏ中０．１％ ＴＦＡ：ＭｅＣＮ中０．１％ ＴＦＡ、９５：５−２０：８０ ｖ／ｖグラジエント）によって精製されて、所望のアミド（９．８ｍｇ、２４％収率）を無色油状物として与えた。ＥＳＩ−ＭＳ：４２１．５（ＭＨ＋）。
実施例８２．求電子性ニトリル−置換オレフィンへの可逆的チオール付加のためのアッセイ
Figure 2013510886
 重水素置換されたリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ−ｄ）は、４０ｍＬ Ｄ２Ｏ中のＮａＣｌ（４００ｍｇ）、ＫＣｌ（１０ｍｇ）、Ｎａ２ＤＰＯ４（３０．７ｍｇ）、およびＫＤ２ＰＯ４（９．７ｍｇ）の溶解によって調製された。溶液のｐＨは、ＮａＯＤ（Ｄ２Ｏ中の溶液）およびＤ２Ｏ中のＤＣｌを使用して、７．４に調整された。
０．７５ｍＬのＤＭＳＯ−ｄ６中のシアノアクリラートＡ（５．１ｍｇ、２７．３μｍｏｌ）の溶液に、ＰＢＳ−ｄ（０．２５ｍＬ）中の４００ｍＭ ２−メルカプトエタノール（ＢＭＥ）の溶液が加えられた。１Ｈ ＮＭＲによるこの反応混合物の分析は、チオール付加物Ｂへの＞９５％転換を示した。
出発シアノアクリラート対付加物の比率は、シアノアクリラートＡの８．３０ｐｐｍの診断ピークおよびチオエーテルＢの４．５２ｐｐｍの診断ピークの積分によって容易に決定できる。
シアノアクリラートＡ：
１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ３：１ ｖ／ｖ ＤＭＳＯ−ｄ６：ＰＢＳ−ｄ）：δ８．３０（ｓ， １Ｈ）、７．９１（ｍ， ２Ｈ）、７．６０−７．４９（ｍ， ３Ｈ）、３．７８（ｓ， ３Ｈ）。
ＢＭＥの付加は以下の共鳴を有する付加物Ｂ（のジアステレオマーの約６１：３９混合物）の形成を引き起こす：
１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， ３：１ ｖ／ｖ ＤＭＳＯ−ｄ６：ＰＢＳ−ｄ）： ７．４１ （ｍ， １Ｈ）， ７．３５−７．２８ （ｍ， ４Ｈ）， ４．５２ （ｓ， １Ｈ）， ３．６４ （ｓ， ３Ｈ， メジャーなジアステレオマー）， ３．５６ （ｓ， ３Ｈ， マイナーなジアステレオマー）， ３．４６ （ｔ， Ｊ ＝ ６．３Ｈｚ， ２Ｈ， メジャーなジアステレオマー， 過剰なＢＭＥについてのシグナルと重複）， ３．３８ （ｔ， Ｊ ＝ ６．７Ｈｚ， ２Ｈ， マイナーなジアステレオマー）， ２．５８−２．４０ （ｍ， ２Ｈ， 過剰なＢＭＥについてのシグナルと重複）。チオール付加物の形成は、以下の実験によって実証されるように、可逆的であることが見い出された。
０．７５ｍＬのＤＭＳＯ−ｄ６中のシアノアクリラートＡ（１７．１ｍｇ、９１．４μｍｏｌ）の溶液に、ＰＢＳ−ｄ（０．２５ｍＬ）中の４００ｍＭ ＢＭＥの溶液が加えられた。１Ｈ ＮＭＲによる反応混合物の分析は、８５：１５比率のチオール付加物Ｂ対出発シアノアクリラートＡを示した。次いで、反応混合物は、９００μＬの３：１ ｖ／ｖ ＤＭＳＯ−ｄ６：重水素置換ＰＢＳへの１００μＬの反応混合物の添加によって１０倍希釈された。１Ｈ ＮＭＲによる溶液の分析は、５３：４７比率のチオール付加物Ｂ対出発シアノアクリラートＡを示した；シアノアクリラートＡ対付加物Ｂの比率は、シアノアクリラートＡについての診断ピーク８．３０ｐｐｍおよびチオエーテルＢについての診断ピーク４．５２ｐｐｍの積分によって決定された（図９）。
実施例８３．ＵＶ／可視光分光光度法によるチオール可逆性アッセイ
Figure 2013510886
 ＢＭＥとのＵＶ活性求電子剤の可逆的反応は、Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘ Ｍ５（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ，Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ ＣＡ）ＵＶ−ＶＩＳ分光光度計を使用して、２０℃にて２５０−５００ｎｍの範囲にわたって、分光光度法的に特徴付けすることができる。平衡反応は、上記に描かれた等量のＮ−イソプロピルシアノアクリルアミド（ＰＢＳ、ｐＨ ７．４中４００μＭ溶液）を、２−メルカプトエタノールの溶液（ＰＢＳ、ｐＨ ７．４中１００ｍＭ ＢＭＥ溶液）と混合することにより開始された。
溶液Ｃ（ＰＢＳ ｐＨ ７．４中２００μＭ シアノアクリルアミド、対照）およびＤ（２００μＭ シアノアクリルアミドプラスＰＢＳ ｐＨ ７．４中５０ｍＭ ＢＭＥ）は、４００ｎｍにおけるシアノアクリルアミド吸収ピークをモニターすることにより、分光光度学的に分析された（Ｃｏｓｔａｒ透明平底９６ウェルプレート、各反応についてウェルあたり１００μＬ）。このピークの消失（溶液Ｄ、図２）はＢＭＥとの反応を示す。次いで、溶液Ｄは、１０μＬのアリコートを９０μＬのＰＢＳ（ｐＨ ７．４）またはＰＢＳ（ｐＨ ７．４）中５０ｍＭ ＢＭＥのいずれかと混合することにより、１０倍希釈された。溶液Ｃもまた、ＰＢＳ（ｐＨ ７．４）中で１０倍希釈され、これは吸収シグナルについての参照として使用された。ＰＢＳへの溶液Ｄの希釈は、４００ｎｍにおけるシアノアクリルアミド吸収の急速な回復（数秒以内）を生じ、ＢＭＥ−シアノアクリルアミド付加物の急速な逆転を示した。これらのデータは、上記のＮＭＲアッセイと一貫している。３００ｎｍより上の波長において光を吸収する求電子剤（例えば、シアノアクリルアミド）については、ＮＭＲよりも分光光度学的アッセイが便利であり、高スループット形式（例えば、９６ウェルプレート）でより容易に実施される。
上記の実施例は本発明を例証するために提供されるが、その範囲を限定するためではない。本発明の他の変形は当業者に容易に明白であり、添付の特許請求の範囲によって包含される。本明細書に引用されるすべての刊行物、データベース、Ｇｅｎｂａｎｋ配列、特許、および特許出願は参照により組み込まれる。

Claims (46)

  1. プロテインキナーゼを阻害する方法であって、前記プロテインキナーゼを、有効量の可逆的キナーゼ阻害剤と接触させること、および前記可逆的キナーゼ阻害剤を活性部位システイン残基に可逆的に結合させることによって、前記プロテインキナーゼを阻害することを含み、
    ここで、前記可逆的キナーゼ阻害剤が化学式Ｉ：
    Figure 2013510886
     の構造を有し、
    ここで
    Ｒ１は、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、または置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｌ１は、結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｎ−、−Ｏ−、−Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３Ｒ２）Ｏ−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３Ｒ２）Ｎ−、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり；
    Ｌ２は、結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｔ−、−Ｏ−、−Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＬ３ＡＲ２Ａ）Ｏ−、−ＳＯ２Ｎ（Ｌ３ＡＲ２Ａ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＮＬ３ＡＲ２Ａ）Ｎ−、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり；
    ｎおよびｔは、独立して、０、１または２であり；
    Ｌ３およびＬ３Ａは、独立して、結合、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり、ここで、ｗは、０、１または２であり；
    Ｒ２およびＲ２Ａは、独立して、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、または置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｅは電子求引基であり；
    ここで、前記プロテインキナーゼが、変性されておらず、部分的に変性されており、または完全に変性されているときに、前記可逆的キナーゼ阻害剤は、前記プロテインキナーゼから測定可能に解離し；ならびに
    Ｌ１が結合でありかつＲ１が（３−（４−アミノ−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）プロパン−１−オール）−６−イルであるならば、−Ｌ２−Ｅが−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２ではない、
    方法。
  2. 請求項１に記載の方法であって、前記可逆的キナーゼ阻害剤が化学式：
    Figure 2013510886
     を有し、
    ここで、
    Ｗは、−Ｃ（Ｏ）−または−Ｓ（Ｏ）２−であり；
    ｚは０または１であり；
    ＸはＯまたはＮであり、ここで、ＸがＯであるならば、ｚは０であり；
    Ｒ３およびＲ４は、独立して、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、または置換もしくは非置換ヘテロアリールであり、ここで、Ｒ３およびＲ４は、任意にＸと一緒に結合されて、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキルまたは置換もしくは非置換ヘテロアリールを形成し；
    Ｌ１、Ｌ４、およびＬ５は、独立して、結合、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり；ならびに
    Ｌ１が結合でありかつＲ１が（３−（４−アミノ−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）プロパン−１−オール）−６−イルであるならば、Ｒ３およびＲ４の少なくとも１つが水素ではない、
    方法。
  3. 請求項１に記載の方法であって、前記可逆的キナーゼ阻害剤が化学式：
    Figure 2013510886
     を有し、
    ここで、
    Ａ環が置換もしくは非置換ヘテロアリールである、
    方法。
  4. 請求項３に記載の方法であって、前記Ａ環は５員環Ｒ３１−置換もしくは非置換ヘテロアリールまたは６員環Ｒ３１−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり、
    Ｒ３１は、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ３３−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換アリール、またはＲ３３−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ３３は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ３４−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ３４−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ３４−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ３４−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ３４−置換もしくは非置換アリール、またはＲ３４−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ３４は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ３５−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ３５−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ３５−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ３５−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ３５−置換もしくは非置換アリール、またはＲ３５−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；および
    Ｒ３５は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである、
    方法。
  5. 請求項３に記載の方法であって、前記可逆的キナーゼ阻害剤が化学式：
    Figure 2013510886
     を有し、
    ここで、
    Ａ環は置換もしくは非置換ヘテロアリールである、
    方法。
  6. 請求項３に記載の方法であって、Ａ環が、Ｒ３１−置換もしくは非置換フリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換チエニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピロリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換イミダゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピラゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換オキサゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換イソオキサゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換チアゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換イソチアゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換トリアゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換オキサジアゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピリジル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピリミジル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピリダジニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピロリニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ピラジニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換テトラゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換フラニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ジヒドロチエノ−ピラゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換チアナフテニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換カルバゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾチエニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾフラニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換インドリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換キノリニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾトリアゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾチアゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾオキサゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾイミダゾリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換イソキノリニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換イソインドリル、Ｒ３１−置換もしくは非置換アクリジニル、Ｒ３１−置換もしくは非置換ベンゾイサゾリルであり、
    Ｒ３１は、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ３３−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ３３−置換もしくは非置換アリール、またはＲ３３−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ３３は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ３４−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ３４−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ３４−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ３４−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ３４−置換もしくは非置換アリール、またはＲ３４−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ３４は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ３５−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ３５−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ３５−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ３５−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ３５−置換もしくは非置換アリール、またはＲ３５−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；および
    Ｒ３５は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである、
    方法。
  7. 請求項１に記載の方法であって、ここで
    Ｒ１は、Ｒ７−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換アリール、またはＲ７−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ７は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリール、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ６−Ｒ７Ａであり；
    Ｌ６は、−Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）ｍ−、または−Ｓ（Ｏ）ｍＮＨ−であり；
    ｍは０、１、または２であり；
    Ｒ７Ａは、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリール、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ８は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ９−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ９−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ９−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ９−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ９−置換もしくは非置換アリール、またはＲ９−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ９は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１０−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１０−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１０−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１０−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１０−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１０−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；および
    Ｒ１０は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである、
    方法。
  8. 請求項１に記載の方法であって、ここで
    Ｌ１は、結合、Ｒ１１−置換もしくは非置換アルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換シクロアルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、Ｒ１１−置換もしくは非置換アリーレン、またはＲ１１−置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり；
    Ｒ１１は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１２−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１２−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１２−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１２−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１２−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１２−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ１２は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１３−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１３−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１３−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１３−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１３−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１３−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ１３は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１４−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１４−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１４−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１４−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１４−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１４−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；および
    Ｒ１４は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである、
    方法。
  9. 請求項１に記載の方法であって、ここで
    Ｒ２は、水素、Ｒ１５−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１５−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１５−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１５−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１５−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１５−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ１５は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１６−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換アリール、Ｒ１６−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ７−Ｒ１５Ａであり；
    Ｌ７は、−Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）ｙ−、または−Ｓ（Ｏ）ｙＮＨ−であり；
    ｙは、０、１、または２であり；
    Ｒ１５Ａは、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１６−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１６−置換もしくは非置換アリール、Ｒ１６−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ１６は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１７−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１７−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１７−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１７−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１７−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１７−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ１７は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ１８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ１８−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ１８−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ１８−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ１８−置換もしくは非置換アリール、またはＲ１８−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；および
    Ｒ１８は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである、
    方法。
  10. 請求項２に記載の方法であって、ここで
    Ｒ４は、水素、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２３Ａ−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２３Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアリールである。ある実施形態において、Ｒ４およびＲ４Ａは水素ではなく；
    Ｒ２３Ａは、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換アリール、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ７Ａ−Ｒ２４Ｂであり；
    Ｌ７Ａは、独立して、−Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）ｙ’−、または−Ｓ（Ｏ）ｙ’ＮＨ−であり；
    ｙ’は、０、１、または２であり；
    Ｒ２４Ｂは、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換アリール、Ｒ２４Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ２４Ａは、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２５Ａ−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２５Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２５Ａ−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２５Ａ−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２５Ａ−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２５Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ２５Ａは、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２６Ａ−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２６Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２６Ａ−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２６Ａ−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２６Ａ−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２６Ａ−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ２６Ａは、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである、
    方法。
  11. 請求項１に記載の方法であって、ここで
    Ｌ２は、結合、Ｒ１９−置換もしくは非置換アルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換シクロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換アリーレン、またはＲ１９−置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり；
    Ｒ１９は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２０−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２０−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２０−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２０−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２０−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２０−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ２０は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２１−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２１−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２１−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２１−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２１−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２１−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ２１は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２２−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２２−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２２−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２２−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２２−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２２−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；および
    Ｒ２２は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである、
    方法。
  12. 請求項２に記載の方法であって、ここで
    Ｌ５は、結合、Ｒ１９−置換もしくは非置換アルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換シクロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、Ｒ１９−置換もしくは非置換アリーレン、またはＲ１９−置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり；
    Ｒ１９は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２０−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２０−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２０−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２０−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２０−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２０−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ２０は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２１−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２１−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２１−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２１−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２１−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２１−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ２１は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２２−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２２−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２２−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２２−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２２−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２２−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；および
    Ｒ２２は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである、
    方法。
  13. 請求項２に記載の方法であって、ここで
    Ｒ３は、水素、Ｒ２３−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２３−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２３−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２３−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２３−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２３−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ２３は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２４−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換アリール、Ｒ２４−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ８−Ｒ２３Ａ’であり；
    Ｌ８は、−Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）ｐ−、または−Ｓ（Ｏ）ｐＮＨ−であり；
    ｐは、０、１、または２であり；
    Ｒ２３Ａ’は、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２４−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２４−置換もしくは非置換アリール、Ｒ２４−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ２４は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２５−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２５−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２５−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２５−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２５−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２５−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ２５は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２６−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２６−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２６−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２６−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２６−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２６−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；および
    Ｒ２６は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである、
    方法。
  14. 請求項１に記載の方法であって、ここで
    Ｌ３は、結合、Ｒ２７−置換もしくは非置換アルキレン、Ｒ２７−置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、Ｒ２７−置換もしくは非置換シクロアルキレン、Ｒ２７−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、Ｒ２７−置換もしくは非置換アリーレン、またはＲ２７−置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり；
    Ｒ２７は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２８−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２８−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２８−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２８−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２８−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ２８は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ２９−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ２９−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ２９−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ２９−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ２９−置換もしくは非置換アリール、またはＲ２９−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ２９は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、Ｒ３０−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ３０−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ３０−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ３０−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ３０−置換もしくは非置換アリール、またはＲ３０−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；および
    Ｒ３０は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＦ３、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、または非置換ヘテロアリールである、
    方法。
  15. 請求項２に記載の方法であって、
    ここで
    Ｒ１は、Ｒ７−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換アリール、またはＲ７−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｌ１、Ｌ４、およびＬ５は、独立して、結合であり；
    Ｒ７は、独立して、−ＮＨ２、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリール、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ４−Ｒ７Ａであり；
    Ｌ４は−Ｃ（Ｏ）−であり；
    Ｒ７Ａは、独立して、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリール、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ８は、独立して、−ＯＨまたはＲ９−置換もしくは非置換アルキルであり；
    Ｒ４は、水素またはＲ１５−置換もしくは非置換アルキルであり；
    Ｒ３は、水素またはＲ２３−置換もしくは非置換アルキルであり；あるいは
    Ｒ３およびＲ４は、任意に、Ｘと一緒に結合して４−７員ヘテロシクロアルキルを形成する
    方法。
  16. Ｒ８が、独立して、−ＯＨまたは非置換アルキルである、請求項１５に記載の方法。
  17. ＸがＮである、請求項１５に記載の方法。
  18. ＸがＯである、請求項１５に記載の方法。
  19. Ｒ４がＲ１５−置換もしくは非置換アルキルである、請求項１８に記載の方法。
  20. 請求項９に記載の方法であって、
    ここで
    Ｒ１は、Ｒ７−置換フェニル、Ｒ７−置換６員ヘテロシクロアルキル、Ｒ７−置換もしくは非置換６，５縮合環ヘテロアリール、またはＲ７−置換もしくは非置換５，６縮合環ヘテロアリールであり；
    Ｒ７は、独立して、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリール、またはＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ６−Ｒ７Ａであり；
    Ｒ７Ａは、独立して、Ｒ８−置換もしくは非置換シクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリール、またはＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｌ６は、−Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）ｍ−、または−Ｓ（Ｏ）ｍＮＨ−であり；
    Ｒ８は、独立して、−ＯＨ、またはＲ９−置換もしくは非置換アルキルであり；および
    ｍは、０、１、または２である、
    方法。
  21. 請求項２０に記載の方法であって、
    ここで
    Ｒ７は、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリール、または−Ｌ６−Ｒ７Ａであり；
    Ｌ６は−Ｃ（Ｏ）−であり；および
    Ｒ７ＡはＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールである、
    方法。
  22. 前記可逆的キナーゼ阻害剤が１００ｎＭ未満の阻害定数で前記プロテインキナーゼを阻害する、請求項１から２１の一項に記載の方法。
  23. 前記プロテインキナーゼが、Ｒｓｋ、Ｎｅｋ、Ｍｅｋｋ１、ＭＳＫ１、またはＰｌｋである、請求項１または２２のいずれかに記載の方法。
  24. キナーゼ活性と関連する疾患を、処置の必要がある被験体において処置する方法であって、治療有効量の化学式（Ｉ）：
    Figure 2013510886
     の構造を有する化合物を前記被験体に投与することを含み、
    ここで
    Ｒ１は、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、または置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｌ１およびＬ２は、独立して、結合、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｎ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ（Ｌ３Ｒ２）−、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり；
    Ｌ３は、独立して、結合、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり；
    Ｒ２は、独立して、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、または置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｅは電子求引基であり；
    ここで、Ｌ１が結合でありかつＲ１が（３−（４−アミノ−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）プロパン−１−オール）−６−イルであるならば、Ｒ２およびＲ３の少なくとも１つは水素ではない、
    方法。
  25. 前記疾患または障害が、癌、自己免疫、ＨＩＶ感染、または炎症である、請求項２４に記載の方法。
  26. 化学式：
    Figure 2013510886
     を有する化合物であって、
    ここで
    Ｗは−Ｃ（Ｏ）−または−Ｓ（Ｏ）２−であり；
    ｚは０または１であり；
    ＸはＯまたはＮであり、ここで、ＸがＯであるならば、ｚは０であり；
    Ｒ１は、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、または置換もしくは非置換ヘテロアリールであり；
    Ｒ３およびＲ４は、独立して、水素、置換もしくは非置換アルキル、置換もしくは非置換ヘテロアルキル、置換もしくは非置換シクロアルキル、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換アリール、または置換もしくは非置換ヘテロアリールであり、ここで、Ｒ３およびＲ４は、Ｘと一緒に任意に結合されて、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキルまたは置換もしくは非置換ヘテロアリールを形成し；
    Ｌ１、Ｌ４、およびＬ５は、独立して、結合、置換もしくは非置換アルキレン、置換もしくは非置換ヘテロアルキレン、置換もしくは非置換シクロアルキレン、置換もしくは非置換ヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換アリーレン、または置換もしくは非置換ヘテロアリーレンであり；および
    ここで、Ｌ１が結合でありかつＲ１が（３−（４−アミノ−５−ｐ−トリル−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル）プロパン−１−オール）−６−イルであるならば、Ｒ３およびＲ４の少なくとも１つは水素ではない、
    化合物。
  27. ＸがＮである、請求項２６の化合物。
  28. 請求項２７に記載の化合物であって、ここで
    Ｒ１はＲ７−置換フェニルであり；
    Ｒ７はＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールまたは−Ｌ６−Ｒ７Ａであり、ここで、Ｌ６は、−Ｃ（Ｏ）−であり、ならびにＲ７ＡはＲ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールである、
    化合物。
  29. Ｒ３およびＲ４が水素である、請求項２８に記載の化合物。
  30. Ｒ７が、Ｒ８−置換もしくは非置換プリニル、Ｒ８−置換もしくは非置換ピリミジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換イミダゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換ピリミジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換１Ｈ−インダゾリル、またはＲ８−置換もしくは非置換７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジニルである、請求項２８に記載の化合物。
  31. 請求項２８に記載の化合物であって、ここで
    Ｒ７は、−Ｌ４−Ｒ７Ａであり；および
    Ｒ７Ａは、Ｒ８−置換もしくは非置換１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジニルである、
    化合物。
  32. 請求項２７に記載の化合物であって、ここで
    Ｒ１は、Ｒ７−置換６員ヘテロシクロアルキルであり；および
    Ｒ７は、Ｒ８−置換もしくは非置換ヘテロアリールである、
    化合物。
  33. 請求項３２に記載の化合物であって、ここで
    Ｒ１は、Ｒ７−置換ピペリジンであり；および
    Ｒ７は、Ｒ８−置換もしくは非置換プリニル、Ｒ８−置換もしくは非置換ピリミジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換イミダゾリル、Ｒ８−置換もしくは非置換１Ｈ−ピロロ［２，３−ｂ］ピリジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換ピリミジニル、Ｒ８−置換もしくは非置換１Ｈ−インダゾリル、またはＲ８−置換もしくは非置換７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジニルである、
    化合物。
  34. Ｒ３およびＲ４が水素である、請求項３３に記載の化合物。
  35. 請求項２７に記載の化合物であって、ここで
    Ｒ１は、Ｒ７−置換もしくは非置換６，５縮合環ヘテロアリール、またはＲ７−置換もしくは非置換５，６縮合環ヘテロアリールであり；
    Ｒ７は、独立して、−ＮＨ２、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリールであり；および
    Ｒ８は、独立して、−ＯＨまたは非置換アルキルである、
    化合物。
  36. Ｒ１が、Ｒ７−置換もしくは非置換インダゾリル、またはＲ７−置換もしくは非置換７Ｈピロロ［２，３−ｄ］ピリミジニルである、請求項３５に記載の化合物。
  37. Ｒ３およびＲ４が水素である、請求項３６に記載の化合物。
  38. 請求項３６に記載の化合物であって、
    ここで
    Ｒ３が非置換アルキルであり；および
    Ｒ４が水素である、
    化合物。
  39. 請求項３６に記載の化合物であって、
    ここで、
    Ｒ３がフェニルメチルであり；および
    Ｒ４が水素である、
    化合物。
  40. Ｒ３およびＲ４がＮと結合されてＲ２３−置換もしくは非置換ピロリジニルを形成する、請求項３６に記載の化合物。
  41. ＸがＯである、請求項２６に記載の化合物。
  42. 請求項４１に記載の化合物であって、ここで
    Ｒ１は、Ｒ７−置換もしくは非置換６，５縮合環ヘテロアリール、またはＲ７−置換もしくは非置換５，６縮合環ヘテロアリールであり；
    Ｒ７は、独立して、−ＮＨ２、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、Ｒ８−置換もしくは非置換アリールであり；および
    Ｒ８は、独立して、−ＯＨまたは非置換アルキルであり；および
    Ｒ３は、非置換アルキルである、
    化合物。
  43. 請求項４２に記載の化合物であって、
    ここで
    Ｒ１は、Ｒ７−置換７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジニルであって；および
    Ｒ７は、−ＮＨ２、Ｒ８−置換もしくは非置換アルキル、またはＲ８−置換もしくは非置換フェニルである、
    化合物。
  44. 化学式：
    Figure 2013510886
     を有する化合物であって、
    ここで
    Ａ環は置換もしくは非置換ヘテロアリールである、
    化合物。
  45. 構造：
    Figure 2013510886
    Figure 2013510886
    Figure 2013510886
    Figure 2013510886
    を有する、請求項２６に記載の化合物。
  46. 構造：
    Figure 2013510886
     を有する、請求項４４に記載の化合物。
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