JP2007293430A - 遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援方法、および、遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置 - Google Patents
遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援方法、および、遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2007293430A JP2007293430A JP2006118013A JP2006118013A JP2007293430A JP 2007293430 A JP2007293430 A JP 2007293430A JP 2006118013 A JP2006118013 A JP 2006118013A JP 2006118013 A JP2006118013 A JP 2006118013A JP 2007293430 A JP2007293430 A JP 2007293430A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- network
- gene
- partial network
- interaction
- partial
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 230000003993 interaction Effects 0.000 title claims abstract description 279
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title claims abstract description 111
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 68
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 252
- 238000003012 network analysis Methods 0.000 claims description 65
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 35
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims description 3
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 claims description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 abstract description 104
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 abstract description 104
- 238000010586 diagram Methods 0.000 abstract description 27
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 abstract 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 52
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 41
- 230000008569 process Effects 0.000 description 34
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 11
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 7
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 7
- 230000009456 molecular mechanism Effects 0.000 description 6
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 5
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 5
- 230000006870 function Effects 0.000 description 5
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 5
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 5
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 4
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 3
- 230000009471 action Effects 0.000 description 3
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 3
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 208000026350 Inborn Genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 239000003181 biological factor Substances 0.000 description 1
- 230000008512 biological response Effects 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 1
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 1
- 230000001186 cumulative effect Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 208000016361 genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 239000004973 liquid crystal related substance Substances 0.000 description 1
- 238000013332 literature search Methods 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000010187 selection method Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B5/00—ICT specially adapted for modelling or simulations in systems biology, e.g. gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
Landscapes
- Physics & Mathematics (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physiology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Management, Administration, Business Operations System, And Electronic Commerce (AREA)
- Information Retrieval, Db Structures And Fs Structures Therefor (AREA)
Abstract
【解決手段】遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置によれば、表示画面1300を表示することができる。表示画面1300の左ペイン1301には、各分析対象部分ネットワークの詳細情報1311が表示されている。詳細情報1311とは、疾患D1〜D9ごとの分析対象部分ネットワークのノード数、エッジ数、および累積被覆率である。詳細情報1311をユーザが見ることにより、分析したい疾患の分析対象部分ネットワークの指定を促すことができる。ここで、たとえば、ユーザが疾患D3を指定した場合、右ペイン1302には、指定された疾患D3に関する部分ネットワークを示すネットワーク図1312が表示される。
【選択図】図13
Description
まず、この発明の実施の形態にかかる遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置のハードウェア構成について説明する。図1は、この発明の実施の形態にかかる遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置のハードウェア構成を示すブロック図である。
つぎに、この発明の実施の形態にかかる疾患説明文書について説明する。図2は、この発明の実施の形態にかかる疾患説明文書を示す説明図である。疾患説明文書200とは、生体イベント(たとえば、疾患に関わる物質の生理作用、生体応答、臨床症状等を含む)を自然言語で体系的に記述された知識体系説明文書である。具体的には、たとえば、章単位、節単位で疾患に関する説明が記述されている。
つぎに、この発明の実施の形態にかかる医学文献DBの記憶内容について説明する。図3は、この発明の実施の形態にかかる医学文献DBの記憶内容を示す説明図である。図3において、医学文献データベース300には、遺伝子間の相互作用などに関する生物学や医学の研究成果等を記載した電子文献A(Ai:i=1〜n)が記憶されている。
つぎに、この発明の実施の形態にかかる関連度DBの記憶内容について説明する。図4は、この発明の実施の形態にかかる関連度DBの記憶内容を示す説明図である。図4において、関連度データベース400には、関連度が記憶されている。
つぎに、この発明の実施の形態にかかる遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置の機能的構成について説明する。図5は、この発明の実施の形態にかかる遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置の機能的構成を示すブロック図である。
つぎに、上述した生成処理部503の詳細な機能的構成について説明する。図7は、生成処理部503の詳細な機能的構成を示すブロック図である。図7において、生成処理部503は、しきい値設定部701と、しきい値調節部702と、検出部703と、部分ネットワーク生成部704と、第1の制約条件設定部705と、部分ネットワーク抽出部706と、和集合ネットワーク生成部707と、被覆度算出部708と、第2の制約条件設定部709と、被覆度判定部710と、から構成されている。
C=Mn1/Mn0・・・(2)
つぎに、上述した選別処理部504の詳細な機能的構成について説明する。図11は、選別処理部504の詳細な機能的構成を示すブロック図である。図11において、選別処理部504は、取得基準エッジ数設定部1101と、エッジ数調節部1102と、部分ネットワーク取得部1103と、重複度算出部1104と、選別基準エッジ数設定部1105と、選別部1106と、から構成されている。
図13および図14は、分析対象部分ネットワークの表示例を示す説明図である。図13において、表示画面1300の左ペイン1301には、各分析対象部分ネットワークの詳細情報1311が表示されている。詳細情報1311とは、具体的には、たとえば、疾患D1〜D9ごとの分析対象部分ネットワークのノード数、エッジ数、および累積被覆率である。
つぎに、この発明の実施の形態にかかる遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置500の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援処理手順の説明に先立って、図5に示した関連度算出部501による関連度算出処理手順について説明する。図15は、図5に示した関連度算出部501による関連度算出処理手順を示すフローチャートである。
つぎに、この発明の実施の形態にかかる遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置500の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援処理手順について説明する。図16は、この発明の実施の形態にかかる遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置500の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援処理手順を示すフローチャートである。図16において、まず初期設定をおこなう(ステップS1601)。
つぎに、上述した部分ネットワーク生成処理手順について説明する。図17は、部分ネットワーク生成処理手順を示すフローチャートである。図17において、まず、関連度Rjkのしきい値TをTmaxとする(ステップS1701)。ここでは、関連度Rjkの上限値はRjk=1であるため、T=1となる。
つぎに、部分ネットワーク選別処理手順について説明する。図18は、部分ネットワーク選別処理手順を示すフローチャートである。図18において、取得基準エッジ数Neを部分ネットワーク集合510内の部分ネットワークのエッジ数のうち最大のエッジ数(Ne=Nmax)に設定する。なお、初期段階では、分析対象部分ネットワーク集合Sは空集合(S=Φ)である(ステップS1801)。
つぎに、図19に示した表示例の場合の出力処理部505による表示処理手順について説明する。図20は、図19に示した表示例の場合の出力処理部505による表示処理手順を示すフローチャートである。図20において、まず、分析対象部分ネットワークの詳細情報1311を表示し(ステップS2001)、詳細情報1311の中から疾患の指定を待ち受ける(ステップS2002:No)。
前記関連度が前記しきい値以上である遺伝子間相互作用を、遺伝子間相互作用ネットワークを構成する遺伝子間相互作用の中から検出する検出工程と、
前記検出工程によって検出された遺伝子間相互作用を前記生体イベントごとに纏めることにより、前記生体イベントごとの部分ネットワークを生成する部分ネットワーク生成工程と、
をコンピュータに実行させることを特徴とする遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム。
前記しきい値調節工程によって低く調節されたしきい値以上である遺伝子間相互作用を、前記遺伝子間相互作用ネットワークを構成する遺伝子間相互作用の中から検出する第2の検出工程と、を前記コンピュータに実行させ、
前記部分ネットワーク生成工程は、
前記第2の検出工程によって検出された遺伝子間相互作用を前記生体イベントごとに纏めることにより、前記生体イベントごとの部分ネットワークを生成することを特徴とする付記1に記載の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム。
前記部分ネットワーク生成工程によって生成された部分ネットワークの中から、前記制約条件設定工程によって設定された制約条件を満足する部分ネットワークを抽出する部分ネットワーク抽出工程と、
を前記コンピュータに実行させることを特徴とする付記1または2に記載の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム。
前記部分ネットワーク生成工程によって生成された前記生体イベントごとの部分ネットワークを纏めることにより、和集合ネットワークを生成する和集合ネットワーク生成工程と、
前記和集合ネットワーク生成工程によって生成された和集合ネットワークが前記遺伝子間相互作用ネットワークにどの程度包含されているかを示す被覆度を算出する被覆度算出工程と、
前記被覆度算出工程によって算出された被覆度が、前記制約条件設定工程によって設定された分析対象の網羅性に関する制約条件を満足するか否かを判定する被覆度判定工程と、を前記コンピュータに実行させ、
前記しきい値調節工程は、
前記被覆度判定工程によって前記制約条件を満足していないと判定された場合、前記しきい値が低くなるように調節することを特徴とする付記1〜3のいずれか一つに記載の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム。
前記取得基準エッジ数設定工程によって設定された取得基準エッジ数が段階的に低くなるように調節するエッジ数調節工程と、
前記部分ネットワークの集合の中から、前記取得基準エッジ数と同一エッジ数の部分ネットワークを取得する部分ネットワーク取得工程と、
前記部分ネットワーク取得工程によって取得された部分ネットワーク(以下、「取得部分ネットワーク」という)と、前記分析対象部分ネットワークの集合との重複度を算出する重複度算出工程と、を前記コンピュータに実行させ、
前記選別工程は、
前記重複度算出工程によって算出された重複度に基づいて、前記取得部分ネットワークを、前記分析対象部分ネットワークまたは前記非分析対象部分ネットワークに選別することを特徴とする付記5に記載の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム。
前記部分ネットワークの中に前記取得基準エッジ数と同一エッジ数の部分ネットワークがない場合、前記取得基準エッジ数を所定数低くし、
前記部分ネットワーク取得工程は、
前記エッジ数調節工程によって所定数低く調節された取得基準エッジ数と同一エッジ数の部分ネットワークを取得することを特徴とする付記6に記載の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム。
前記選別工程は、
前記重複度と前記選別基準エッジ数設定工程によって設定された選別基準エッジ数とに基づいて、前記部分ネットワークを前記分析対象部分ネットワークまたは前記非分析対象部分ネットワークに選別することを特徴とする付記6または7に記載の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム。
前記部分ネットワークのうち一の生体イベントに関する部分ネットワークが指定された場合、前記一の生体イベントに関する部分ネットワークと当該部分ネットワークに類似する部分ネットワークとを合成したネットワークを前記表示画面に表示することを特徴とする付記9に記載の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム。
前記検出工程は、
前記関連度設定工程によって設定された関連度が前記しきい値以上である遺伝子間相互作用を、遺伝子間相互作用ネットワークの中から検出することを特徴とする付記1〜10のいずれか一つに記載の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム。
前記関連度設定工程は、
前記類似度算出工程によって前記電子文献ごとに算出された類似度に基づいて、前記関連度を設定することを特徴とする付記11に記載の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム。
前記関連度が前記しきい値設定工程によって設定されたしきい値以上である遺伝子間相互作用を、遺伝子間相互作用ネットワークを構成する遺伝子間相互作用の中から検出する検出工程と、
前記検出工程によって検出された遺伝子間相互作用を前記生体イベントごとに纏めることにより、前記生体イベントごとの部分ネットワークを生成する部分ネットワーク生成工程と、
を含んだことを特徴とする遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援方法。
前記しきい値調節工程によって所定量低く調節されたしきい値以上である遺伝子間相互作用を、前記遺伝子間相互作用ネットワークを構成する遺伝子間相互作用の中から検出する第2の検出工程と、を含み、
前記部分ネットワーク生成工程は、
前記第2の検出工程によって検出された遺伝子間相互作用を前記生体イベントごとに纏めることにより、前記生体イベントごとの部分ネットワークを生成することを特徴とする付記14に記載の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援方法。
前記関連度が前記しきい値設定手段によって設定されたしきい値以上である遺伝子間相互作用を、遺伝子間相互作用ネットワークを構成する遺伝子間相互作用の中から検出する検出手段と、
前記検出手段によって検出された遺伝子間相互作用を前記生体イベントごとに纏めることにより、前記生体イベントごとの部分ネットワークを生成する部分ネットワーク生成手段と、
を備えることを特徴とする遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置。
前記検出手段は、
前記しきい値調節手段によって低く調節されたしきい値以上である遺伝子間相互作用を、前記遺伝子間相互作用ネットワークを構成する遺伝子間相互作用の中から検出することを特徴とする付記16に記載の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置。
300 医学文献データベース
400 関連度データベース
500 遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置
501 関連度算出部
502 入力部
503 生成処理部
504 選別処理部
505 出力処理部
510 部分ネットワーク集合
511 類似度算出部
512 関連度設定部
701 しきい値設定部
702 しきい値調節部
703 検出部
704 部分ネットワーク生成部
705 第1の制約条件設定部
706 部分ネットワーク抽出部
707 和集合ネットワーク生成部
708 被覆度算出部
709 第2の制約条件設定部
710 被覆度判定部
800,2100 遺伝子間相互作用ネットワーク
1101 取得基準エッジ数設定部
1102 エッジ数調節部
1103 部分ネットワーク取得部
1104 重複度算出部
1105 選別基準エッジ数設定部
1106 選別部
Ai 電子文献
C 被覆度
Ct 指定被覆度
R 関連度
S 分析対象部分ネットワーク集合
T しきい値
Claims (5)
- 生体イベントと遺伝子間相互作用との関連度に関するしきい値を設定するしきい値設定工程と、
前記関連度が前記しきい値設定工程によって設定されたしきい値以上である遺伝子間相互作用を、遺伝子間相互作用ネットワークを構成する遺伝子間相互作用の中から検出する検出工程と、
前記検出工程によって検出された遺伝子間相互作用を前記生体イベントごとに纏めることにより、前記生体イベントごとの部分ネットワークを生成する部分ネットワーク生成工程と、
をコンピュータに実行させることを特徴とする遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム。 - 前記検出工程(以下、「第1の検出工程」という)によって前記しきい値以上の遺伝子間相互作用が検出されなかった場合、前記しきい値設定工程によって設定されたしきい値が低くなるように調節するしきい値調節工程と、
前記しきい値調節工程によって低く調節されたしきい値以上である遺伝子間相互作用を、前記遺伝子間相互作用ネットワークを構成する遺伝子間相互作用の中から検出する第2の検出工程と、を前記コンピュータに実行させ、
前記部分ネットワーク生成工程は、
前記第2の検出工程によって検出された遺伝子間相互作用を前記生体イベントごとに纏めることにより、前記生体イベントごとの部分ネットワークを生成することを特徴とする請求項1に記載の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム。 - 請求項1また2に記載の遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラムを記録した前記コンピュータに読み取り可能な記録媒体。
- 生体イベントと遺伝子間相互作用との関連度に関するしきい値を設定するしきい値設定工程と、
前記関連度が前記しきい値設定手段によって設定されたしきい値以上である遺伝子間相互作用を、遺伝子間相互作用ネットワークを構成する遺伝子間相互作用の中から検出する検出工程と、
前記検出工程によって検出された遺伝子間相互作用を前記生体イベントごとに纏めることにより、前記生体イベントごとの部分ネットワークを生成する部分ネットワーク生成工程と、
を含んだことを特徴とする遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援方法。 - 生体イベントと遺伝子間相互作用との関連度に関するしきい値を設定するしきい値設定手段と、
前記関連度が前記しきい値設定手段によって設定されたしきい値以上である遺伝子間相互作用を、遺伝子間相互作用ネットワークを構成する遺伝子間相互作用の中から検出する検出手段と、
前記検出手段によって検出された遺伝子間相互作用を前記生体イベントごとに纏めることにより、前記生体イベントごとの部分ネットワークを生成する部分ネットワーク生成手段と、
を備えることを特徴とする遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置。
Priority Applications (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2006118013A JP5028847B2 (ja) | 2006-04-21 | 2006-04-21 | 遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援方法、および、遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置 |
US11/783,404 US7930156B2 (en) | 2006-04-21 | 2007-04-09 | Method and apparatus for supporting analysis of gene interaction network, and computer product |
CN200710104440A CN100583111C (zh) | 2006-04-21 | 2007-04-20 | 支持基因相互作用网络分析的方法和设备以及计算机产品 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2006118013A JP5028847B2 (ja) | 2006-04-21 | 2006-04-21 | 遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援方法、および、遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2007293430A true JP2007293430A (ja) | 2007-11-08 |
JP5028847B2 JP5028847B2 (ja) | 2012-09-19 |
Family
ID=38619901
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2006118013A Expired - Fee Related JP5028847B2 (ja) | 2006-04-21 | 2006-04-21 | 遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援方法、および、遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置 |
Country Status (3)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US7930156B2 (ja) |
JP (1) | JP5028847B2 (ja) |
CN (1) | CN100583111C (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2010224913A (ja) * | 2009-03-24 | 2010-10-07 | Mitsubishi Space Software Kk | 遺伝子解析装置、遺伝子解析プログラムおよび遺伝子解析装置の遺伝子解析方法 |
JP2018517192A (ja) * | 2015-03-23 | 2018-06-28 | インターナショナル・ビジネス・マシーンズ・コーポレーションInternational Business Machines Corporation | 生物学的経路の関連性の評価を行うコンピュータ実装方法、コンピュータ・システム、およびコンピュータ・プログラム |
Families Citing this family (13)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20080228699A1 (en) * | 2007-03-16 | 2008-09-18 | Expanse Networks, Inc. | Creation of Attribute Combination Databases |
EP3276526A1 (en) | 2008-12-31 | 2018-01-31 | 23Andme, Inc. | Finding relatives in a database |
KR101165536B1 (ko) * | 2010-10-21 | 2012-07-16 | 삼성에스디에스 주식회사 | 유전자정보 제공 방법 및 이를 위한 유전자정보 서버 그리고 유전자정보 브라우저 프로그램을 기록한 컴퓨터로 읽을 수 있는 기록 매체 |
CN102495976A (zh) * | 2011-12-15 | 2012-06-13 | 江南大学 | 一种土曲霉基因组规模代谢网络模型及其构建方法 |
CA2877426C (en) * | 2012-06-21 | 2024-05-21 | Philip Morris Products S.A. | Systems and methods relating to network-based biomarker signatures |
WO2015051480A1 (en) | 2013-10-09 | 2015-04-16 | Google Inc. | Automatic definition of entity collections |
WO2015051481A1 (en) * | 2013-10-09 | 2015-04-16 | Google Inc. | Determining collection membership in a data graph |
US9690844B2 (en) | 2014-01-24 | 2017-06-27 | Samsung Electronics Co., Ltd. | Methods and systems for customizable clustering of sub-networks for bioinformatics and health care applications |
CN104156603B (zh) * | 2014-08-14 | 2017-02-15 | 中南大学 | 基于蛋白质相互作用网络和蛋白质组学的蛋白质鉴定方法 |
JP6751235B2 (ja) * | 2016-09-30 | 2020-09-02 | 富士通株式会社 | 機械学習プログラム、機械学習方法、および機械学習装置 |
CN108763569A (zh) * | 2018-06-05 | 2018-11-06 | 北京玄科技有限公司 | 文本相似度计算方法及装置、智能机器人 |
CN113555059B (zh) * | 2021-06-25 | 2024-02-02 | 中国科学院南京地理与湖泊研究所 | 环境变化下有机碳和微生物耦合关系的定量方法 |
CN117116356B (zh) * | 2023-10-25 | 2024-01-30 | 智泽童康(广州)生物科技有限公司 | 细胞亚群关联网络图的生成方法、存储介质和服务器 |
Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH0377159A (ja) * | 1989-08-19 | 1991-04-02 | Fujitsu Ltd | 局アダプタ |
JPH09282329A (ja) * | 1996-04-16 | 1997-10-31 | Mitsubishi Electric Corp | 情報検索装置 |
JP2000276478A (ja) * | 1999-03-24 | 2000-10-06 | Nippon Telegr & Teleph Corp <Ntt> | 時系列データの検出方法、その装置およびそのプログラムを記録した記録媒体 |
WO2002023395A1 (fr) * | 2000-09-12 | 2002-03-21 | Institute Of Medicinal Molecular Design. Inc. | Procede de formation d'un reseau a fonction moleculaire |
JP2002091991A (ja) * | 2000-09-20 | 2002-03-29 | Intec Web & Genome Informatics Corp | 遺伝子ネットワーク研究支援システム及び方法 |
JP2003281190A (ja) * | 2002-03-22 | 2003-10-03 | Fumiyoshi Adachi | 汎用データ検索方法 |
JP2004348179A (ja) * | 2003-05-19 | 2004-12-09 | National Institute Of Advanced Industrial & Technology | 人間関係データの作成方法、人間関係データの作成プログラム及び人間関係データの作成プログラムを記録したコンピュータ読取可能な記録媒体 |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP4861573B2 (ja) | 2001-08-02 | 2012-01-25 | 株式会社 ワールドフュージョン | 研究遺伝子産物の重要性を予測するシステム |
EP1547009A1 (en) * | 2002-09-20 | 2005-06-29 | Board Of Regents The University Of Texas System | Computer program products, systems and methods for information discovery and relational analyses |
AU2003298668A1 (en) * | 2002-11-20 | 2004-06-15 | Genstruct, Inc. | Epistemic engine |
-
2006
- 2006-04-21 JP JP2006118013A patent/JP5028847B2/ja not_active Expired - Fee Related
-
2007
- 2007-04-09 US US11/783,404 patent/US7930156B2/en active Active
- 2007-04-20 CN CN200710104440A patent/CN100583111C/zh not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH0377159A (ja) * | 1989-08-19 | 1991-04-02 | Fujitsu Ltd | 局アダプタ |
JPH09282329A (ja) * | 1996-04-16 | 1997-10-31 | Mitsubishi Electric Corp | 情報検索装置 |
JP2000276478A (ja) * | 1999-03-24 | 2000-10-06 | Nippon Telegr & Teleph Corp <Ntt> | 時系列データの検出方法、その装置およびそのプログラムを記録した記録媒体 |
WO2002023395A1 (fr) * | 2000-09-12 | 2002-03-21 | Institute Of Medicinal Molecular Design. Inc. | Procede de formation d'un reseau a fonction moleculaire |
JP2002091991A (ja) * | 2000-09-20 | 2002-03-29 | Intec Web & Genome Informatics Corp | 遺伝子ネットワーク研究支援システム及び方法 |
JP2003281190A (ja) * | 2002-03-22 | 2003-10-03 | Fumiyoshi Adachi | 汎用データ検索方法 |
JP2004348179A (ja) * | 2003-05-19 | 2004-12-09 | National Institute Of Advanced Industrial & Technology | 人間関係データの作成方法、人間関係データの作成プログラム及び人間関係データの作成プログラムを記録したコンピュータ読取可能な記録媒体 |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2010224913A (ja) * | 2009-03-24 | 2010-10-07 | Mitsubishi Space Software Kk | 遺伝子解析装置、遺伝子解析プログラムおよび遺伝子解析装置の遺伝子解析方法 |
JP2018517192A (ja) * | 2015-03-23 | 2018-06-28 | インターナショナル・ビジネス・マシーンズ・コーポレーションInternational Business Machines Corporation | 生物学的経路の関連性の評価を行うコンピュータ実装方法、コンピュータ・システム、およびコンピュータ・プログラム |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20070248977A1 (en) | 2007-10-25 |
JP5028847B2 (ja) | 2012-09-19 |
CN101059824A (zh) | 2007-10-24 |
CN100583111C (zh) | 2010-01-20 |
US7930156B2 (en) | 2011-04-19 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5028847B2 (ja) | 遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援方法、および、遺伝子間相互作用ネットワーク分析支援装置 | |
Barrett et al. | [19] Gene Expression Omnibus: microarray data storage, submission, retrieval, and analysis | |
US8694504B2 (en) | Methods and systems for technology analysis and mapping | |
Morris et al. | DIVA: a visualization system for exploring document databases for technology forecasting | |
US20050192968A1 (en) | Methods and systems for technology analysis and mapping | |
Zhang et al. | TM-align: a protein structure alignment algorithm based on the TM-score | |
US6263287B1 (en) | Systems for the analysis of gene expression data | |
Yan et al. | Topics in dynamic research communities: An exploratory study for the field of information retrieval | |
US20170046398A1 (en) | Methods and systems for technology analysis and mapping | |
JP2008537821A (ja) | 生体分子及び疾患の間の関係に関する証拠を収集するシステム及び方法 | |
US7058643B2 (en) | System, tools and methods to facilitate identification and organization of new information based on context of user's existing information | |
US20050131882A1 (en) | Methods and systems for technology analysis and mapping | |
Glueck et al. | PhenoBlocks: Phenotype comparison visualizations | |
JPH08503091A (ja) | オリゴプローブ設計ステーション:コンピューターによる最適dnaプローブの設計方法 | |
WO2004072866A1 (ja) | データ解析装置 | |
Ringwald et al. | GXD: a Gene Expression Database for the laboratory mouse: current status and recent enhancements | |
US8244480B2 (en) | Computer product, analysis support apparatus, and analysis support method | |
JPWO2003017138A1 (ja) | 生物配列情報の閲覧及び保存方法 | |
EP2113854A1 (en) | Molecular network analysis support program, recording medium storing the program, molecular network analysis support system and molecular network analysis support method | |
Mangan et al. | UCSC genome browser: deep support for molecular biomedical research | |
Bai et al. | BERST: An engine and tool for exploring biomedical entities and relationships | |
Eggers et al. | Mapping medical informatics research | |
US20050066276A1 (en) | Methods for identifying, viewing, and analyzing syntenic and orthologous genomic regions between two or more species | |
Strayer et al. | Interactive network-based clustering and investigation of multimorbidity association matrices with associationSubgraphs | |
Tzitzikas et al. | Using preference-enriched faceted search for species identification |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20081218 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20111213 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20120206 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20120529 |
|
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20120611 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5028847 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20150706 Year of fee payment: 3 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |