JP2007212449A - キャピラリ電気泳動装置及び電気泳動方法 - Google Patents

キャピラリ電気泳動装置及び電気泳動方法 Download PDF

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Abstract

【課題】
キャピラリ交換毎の波長校正データの取得を不要にし、且つ、感度、デー取得の同時性を確保し、擬似信号を低減することができるキャピラリ電気泳動装置を提供することにある。
【解決手段】
本発明は、キャピラリの交換毎にキャピラリの位置を検出し、キャピラリの位置ずれを検出するキャピラリ電気泳動装置に関する。本発明によると、キャピラリ電気泳動装置には、キャピラリ位置測定用光源が設けられている。キャピラリ位置測定用光源からの光をキャピラリに照射し、2次元検出器によってキャピラリの像を検出することによって、キャピラリの位置の偏差を求める。キャピラリの位置の偏差に基づいて、2次元検出器におけるデータ取得領域を設定し、又は、基準位置のキャピラリから求めた基準蛍光スペクトルを修正する。
【選択図】図1

Description

本発明は核酸やタンパク質等を電気泳動によって分離分析する電気泳動装置に関し、特に、キャピラリ電気泳動装置に関する。
キャピラリ電気泳動装置では、一般に、励起用光源としてレーザ光源が用いられる。しかしながら、近年、キャピラリ電気泳動装置の低価格化を目的として、励起用光源として発光ダイオード(LED)を用いることが提案されている。特許文献1には、発光ダイオード(LED)を使用する電気泳動装置が開示されている。
また、特許文献2や3には、キャピラリ軸と垂直にレーザ光を照射する方法ではなく、キャピラリ軸方向に励起光を照射する電気泳動装置が提案されている。励起光は、キャピラリ内を伝播し、キャピラリ中を移動する検出目的物質をその位置に関係なく励起する。
広範囲の励起領域つまり検出領域を得るので、装置の高感度化が可能となる。その線状の発光部からの検出光を回折格子によって分光し、2次元検出器によって検出する。
また、特許文献4及び5には、従来の波長校正データの取得方法の例が記載されている。
また、非特許文献1には、回折格子の代わりに複数のフィルタを用いる方法が開示されている。
US2003/0178312−A1 特開平5−52810 特許第2833119号 US6,821,402 US6,863,791 シー・コーネル他;バイオテクニクス 5巻、648頁(1987年)(C.Connell et.al.;BioTechniques5,342(1987))
本願発明者が鋭意検討した結果、次のような課題が判明した。
特許文献2や3に開示の技術においては、キャピラリ自身が励起部兼検出部となるので、キャピラリの交換により検出位置がずれるといった問題が生じる。従って、キャピラリ交換毎に、波長校正データの取得が必要である。波長校正データが不正確であると、分析処理において、波長ずれに起因した擬似信号が生じる。波長ずれが大きくなると、擬似信号も大きくなり、分析結果の信頼性が低下する。
また、特許文献4や5に開示された波長校正データの取得方法は、既知のサンプルを実際に電気泳動させる必要があるため、操作者にとっては、大変な手間となっている。
また、非特許文献1に開示された方法では、複数のフィルタを回転させるため、感度及びデータ取得の同時性を確保することが困難である。
つまり、回折格子を用いる方法では、感度及びデータ取得の同時性を確保することができるが、キャピラリ交換毎の波長校正データの取得が必要である。一方、複数のフィルタを用いる方法では、キャピラリ交換毎の波長校正データの取得は不要であるが、感度及びデータ取得の同時性を確保することができない。
本発明の目的は、キャピラリ交換毎の波長校正データの取得を不要にし、且つ、感度、データ取得の同時性を確保し、擬似信号を低減することができるキャピラリ電気泳動装置を提供することにある。
本発明は、キャピラリの交換毎にキャピラリの位置を検出し、キャピラリの位置ずれを検出するキャピラリ電気泳動装置に関する。
本発明によると、キャピラリ電気泳動装置には、キャピラリ位置測定用光源が設けられている。キャピラリ位置測定用光源からの光をキャピラリに照射し、2次元検出器によってキャピラリの像を検出することによって、キャピラリの位置の偏差を求める。
キャピラリの位置の偏差に基づいて、2次元検出器におけるデータ取得領域を設定し、又は、基準位置のキャピラリから求めた基準蛍光スペクトルを修正する。
本発明によると、キャピラリ交換毎に波長校正データの取得を行う必要がなく、また、信号強度及び信号取得の同時性も損なわず、擬似信号を低減することが可能となる。
以下、上記及びその他の本発明の新規な特徴と利益を、図面を参酌して説明する。ただし、図面はもっぱら解説のためのものであって、本発明の範囲を限定するものではない。
図1Aに示すように、本例のキャピラリ電気泳動装置は、キャピラリアレイ101、照射光学ユニット121、検出光学ユニット131、オートサンプラユニット141、泳動媒体充填ユニット150、電源ユニット110、及び、温度制御ユニット161を有する。本例のキャピラリ電気泳動装置は、泳動媒体が充填された複数本のキャピラリを用い、各キャピラリに試料を導入し、試料中の試料成分を電気泳動分離し、分析する。例えば、DNA含有試料を有する複数のサンプルを同時に分析し、塩基配列を解析する。
キャピラリアレイ101は、複数のキャピラリ102から構成されている。図1の例では、2本のキャピラリ102から構成されているが、1本であってもよく、4本、8本等であってもよい。キャピラリ102は、内径が数十〜数百ミクロン、外径が数百ミクロンの石英製の細管であり、強度を向上させるために表面がポリイミドによってコーティングされている。光を伝播させる部分では、フッ素コーティングでもよい。
キャピラリアレイ101は、着脱可能な交換部材であり、所定回数の分析によって品質が劣化し、分離能が低下したとき、新品に交換される。また、測定手法を変更し、キャピラリ102の長さを変更する必要がある場合には、長さが異なるキャピラリアレイ101に交換する。それによって、キャピラリ102の長さを任意に調節することができる。
キャピラリアレイ101は、励起光が照射される照射部103、試料を導入するための試料導入端105、及び、複数本のキャピラリを束ねて形成されたキャピラリヘッド108を有する。試料導入端105は試料導入部104によって保持される。
図1Bに示すように、キャピラリ102の先端には中空電極106が挿入され、その先端は中空電極106から少し突出している。中空電極106は、例えば、ステンレス製パイプである。キャピラリヘッド108は泳動媒体充填ユニット150に接続されている。
照射光学ユニット121は、光源123、第1の集光レンズ124、照射用フィルタ125、及び、第2の集光レンズ126を有する。
照射部103では、キャピラリ102はガラス基板107上に支持されている。照射光学ユニット121からの励起光はキャピラリ102に照射される。光源123は、キャピラリアレイ101の照射部103に照射する励起光122を発生する。光源123として、通常、レーザ光源が用いられるが、本例では、発光ダイオード(LED)を用いる。
第1の集光レンズ124は光源123からの励起光122を集光する。照射用フィルタ125は、励起光122より不要な波長成分をカットする。第2の集光レンズ126は、励起光122を集光する。第2の集光レンズ126によって集光された光はキャピラリ
102に照射される。本例によると、励起光はキャピラリの軸線に沿って、又は、キャピラリの軸線に対して所定の角度にて傾斜して照射される。
キャピラリ102内にて電気泳動によって分離された試料成分に励起光122を照射する。試料成分に標識された蛍光体は、試料成分毎に異なる波長の光を放出する。この光は、検出光学ユニット131によって検出される。
検出光学ユニット131は、第1カメラレンズ132、検出フィルタ133、回折格子134、第2カメラレンズ135、及び、2次元検出器136を有する。検出光学ユニット131の詳細に後に図3を参照して説明する。
オートサンプラユニット141は、サンプル容器143、バッファ容器144、洗浄容器145、及び、廃液容器146を、試料導入部104の直下に搬送する。
サンプル容器143は、複数の微量試料を保持する容器であり、試料導入時に試料導入部104の直下に搬送される。試料は、例えば、4種類のヌクレオシド塩基分子が蛍光標識された、多数の適当な長さ(大きさ)の核酸を含む溶液である。
サンプル容器143は、例えば、数10μLの試料を保持することができるウェルを24行16列備えたサンプルプレートに、樹脂製のシートであるセプタを乗せ、それをホルダとクリップで挟むように構成されている。セプタは、ウェルに対応する位置に通常は密閉状態の貫通孔を有し、ウェル中の試料の蒸発を防止する。試料導入時には貫通孔を介して試料導入端105が試料に接触することができる。また、セプタの上面に保護フィルムを貼り付け、試料蒸発を防止することもできる。
バッファ容器144は、試料導入端105を浸す緩衝液を保持する容器であり、泳動分析時、試料導入部104の直下に搬送される。また、装置の待機中にも、泳動分析時と同様に試料導入部104の直下に搬送され、試料導入端105を緩衝液に浸し、キャピラリ102内の泳動媒体の乾燥を防止する。
洗浄容器145は、試料導入端105を洗浄する洗浄液を保持する容器であり、泳動媒体充填時、予備泳動時、及び試料導入の後に、試料導入部104の直下に搬送される。試料導入端105を、洗浄容器中の洗浄液に浸すことによって、試料導入端105を洗浄し、コンタミネーションを回避することができる。
廃液容器146は、使用済の泳動媒体を保持する容器であり、泳動媒体充填時に試料導入部104の直下に搬送される。泳動媒体充填時に、試料導入端105から排出される使用済の泳動媒体を受け入れる。
泳動媒体充填ユニット150は、ポリマ充填ブロック151、シリンジ152、チューブ153、電磁弁154、及び、陽極バッファ容器112を有し、分析開始前に新しい泳動媒体をキャピラリ102内に自動的に充填する。
ポリマ充填ブロック151は、ポリマ流路155を有する。ポリマ流路155は、泳動媒体によって満たされたシリンジ152と、電磁弁154を備えたチューブ153に連通している。チューブ153の他端は、陽極バッファ容器112に保持された緩衝液に浸されている。キャピラリヘッド108は、耐圧気密を維持しながらポリマ充填ブロック151に装着される。
電源ユニット110は、15kV前後の高電圧を発生する高圧電源111を含む。高圧電源111の負極は中空電極106に接続され、正極は電流計114を介して接地されている。尚、陽極電極113の一端は陽極バッファ容器112内の緩衝液に浸けられており、他端は接地されている。
泳動媒体充填ユニット150を用いてキャピラリ102内に泳動媒体を充填する方法を簡単に説明する。試料導入部104の直下に廃液容器146を配置し、電磁弁154を閉じ、シリンジ152のプランジャを押す。それによって、シリンジ152内の泳動媒体が、ポリマ流路155を経由して、キャピラリヘッド108からキャピラリ102内に流入する。キャピラリ102内の使用済泳動媒体は、試料導入端105から排出され、廃液容器146にて受け入れられる。
キャピラリ102内に試料を導入する方法を簡単に説明する。キャピラリ102、ポリマ流路155及びチューブ153の内部を泳動媒体で満たす。試料導入部104の直下にサンプル容器143を配置し、サンプル容器143のウェルに保持された試料に試料導入端105を浸し、電磁弁154を開く。これによって、高圧電源111の正極と負極の間に、中空電極106、サンプル容器143中の試料、キャピラリ102内の泳動路、ポリマ充填ブロック151のポリマ流路155、チューブ153、陽極バッファ容器112内の緩衝液、及び、陽極電極113からなる通電路が形成される。そして、中空電極106を負電位、陽極電極113を正電位として、この通電路にパルス電圧を印加する。これによって、ウェル内に存在する負に帯電する試料成分、例えばDNAが、試料導入端105から泳動路に導入される。尚、試料の導入方法は、電気泳動に限定されず、圧力や分注によって試料を泳動路に導入してもよい。
泳動分析時は、試料導入部104の直下にバッファ容器144を配置し、バッファ容器144に保持された緩衝液に試料導入端105を浸す。これによって、高圧電源111の正極と負極の間に、中空電極106、バッファ容器144中の緩衝液、キャピラリ102内の泳動路、ポリマ充填ブロック151のポリマ流路155、チューブ153、陽極バッファ容器112内の緩衝液、及び、陽極電極113からなる通電路が形成される。中空電極106を負電位、陽極電極113を正電位として、この通電路に、15kV前後の高電圧を印加する。これによって、照射部103から試料導入部104の方向に電界が生じ、泳動路に導入された負に帯電する試料成分が、照射部103の方向に電気泳動する。
温度制御ユニット161は、試料成分の泳動速度に影響を与える泳動路の温度を制御する。本例の温度制御ユニットは、図示しない恒温槽内にキャピラリ102を収容する。そして、ペルチェ等の温度制御機構によって一定温度に保たれた空気を、ファン等の送風機構によって恒温槽内を循環させ、キャピラリ102を所定温度に保持する。
本例では、更に、キャピラリ102が配列されたガラス基板107と検出光学ユニット131の間に、キャピラリ位置測定用光源127が設けられている。キャピラリ位置測定用光源127は、単一波長を照射する光源であり、例えば、レーザダイオードであってよい。キャピラリ交換毎に、キャピラリ位置測定用光源127によって、キャピラリ102を照射する。キャピラリ102の反射光は、検出光学ユニット131によって検出される。2次元検出器136上にキャピラリ102の反射像を結像させ、キャピラリの位置を正確に測定する。それによって、キャピラリ交換時のキャピラリ102の位置ずれ又は傾斜を測定することができる。
キャピラリ102に位置ずれ又は傾斜があると、2次元検出器136の画面上の蛍光スペクトルは、ずれて表示される。しかしながら、本例ではキャピラリ102のずれ又は傾斜が測定されているため、蛍光スペクトルのずれを補正することができる。こうして、キャピラリ交換時の新たな波長校正データの取得は不要となる。
図2を参照して、照射部103を詳細に説明する。図2Aに示すように、キャピラリヘッド108に近い位置にて、ガラス基板107が設けられている。図2Bに示すように、複数のキャピラリ102は、ガラス基板107上に配列されている。各キャピラリ102は、ガラス基板107上にて、互いにある程度平行に、且つ、ガラス基板に対して実質的に平行に配列されている。ある程度とは、数度の傾斜があってもよいことを意味し、実質的にとは、精度誤差に収まる程度であることを意味する。
照射光学ユニット121からの励起光は、キャピラリ102の軸方向に沿って、又は、キャピラリ102の軸方向に対して所定の角度にて傾斜した方向に沿って照射される。照射部103では、キャピラリ102のポリイミド皮膜は除去されている。従って、励起光は、複数のキャピラリ102の外面を全反射してキャピラリ102内をそれぞれ伝播し、各キャピラリ102内の試料を同時に励起する。キャピラリ102内を伝播する励起光によって、キャピラリ102内の試料は、数mmから数十mmの範囲にて、蛍光を発生する。こうして本例では、線状の発光部位を形成する。
キャピラリ102内の試料から発生した蛍光は、図1に示したように、キャピラリ102の軸方向に対して垂直な方向に沿って配置された検出光学ユニット131によって検出される。
図3を参照して検出光学ユニット131を説明する。図3Aに示すように、検出光学ユニット131は、第1カメラレンズ132、検出フィルタ133、回折格子134、第2カメラレンズ135、及び、2次元検出器136を含む。本例では、波長分散方法として、回折格子134を用いる。キャピラリ102の発光部位から放出された蛍光は、第1カメラレンズ132によって、平行光束になる。この平行光束は、検出フィルタ133に導かれる。検出フィルタ133は、分析に使用する波長領域の蛍光のみを透過させる。検出フィルタ133を透過した蛍光は、回折格子134によって波長分散され、第2カメラレンズ135によって、2次元検出器136上に結像される。2次元検出器136は、例えば、CCDカメラである。2次元検出器136からの画像信号は、コンピュータによって処理され、試料の分析がなされる。
図3Bは、2次元検出器136によって得られた画像を示す。本例では、2本のキャピラリに対応して2つの画像が得られる。この画像の横軸は波長分散方向、縦軸はキャピラリの軸方向である。
尚、回折格子134の代わりに、プリズムを適宜組み合わせた波長分散手段を用いてもよい。2次元検出器136は、CCDカメラの代わりに、1次元検出器、フォトマル、フォトダイオード等、及び、光学機構を適宜組み合わせて構成したものであってもよい。
以下に、本発明によるキャピラリ電気泳動装置によってキャピラリの位置を測定し、キャピラリの位置に基づいて、蛍光スペクトルのずれを補正する方法を説明する。第1の方法では、データ取得領域を設定する。第2の方法では、波長校正データとして取得した基準蛍光スペクトルを補正する。ここでは、1本のキャピラリを用い、4色の蛍光色素を用いた場合を説明する。
図4は、赤色レーザダイオードの特性を示す。本例では、キャピラリ位置測定用光源127として、赤色レーザダイオードを用いる。赤色レーザダイオードは、ピーク波長が655nm、半値幅が約2nmの発光帯域が狭い単色光源である。
図5は、波長校正データとして取得した基準蛍光スペクトルを示す。ここでは、4色の蛍光色素、dR110、dR6G、dTAMRA、dROXを用いる。4色の蛍光色素からの蛍光は回折格子134によって波長分散されてスペクトルとなる。実際の分析では、これらの基準蛍光スペクトルを用いる。こうして、DNAサンプルの検出光から4色の蛍光スペクトルを分離し、4種類のDNAを正確に同定することができる。
図6を参照してキャピラリの位置ずれに起因する波長シフトを説明する。2次元検出器136に結像された蛍光スペクトルの像の位置は、キャピラリ102と2次元検出器136の相対的な位置によって決まる。2次元検出器136は固定されているものとする。キャピラリの交換によってキャピラリ102の位置が変わると、2次元検出器136の画像上の蛍光スペクトル像の形状は変化しないが、その位置は、波長分散方向又はキャピラリ軸方向に平行移動する。
図6の太線の曲線61は、キャピラリ102が基準位置にあるときの2次元検出器136に結像した蛍光スペクトル像を示す。基準位置とは、波長校正データ取得時のキャピラリ102の位置である。
縦軸は信号強度、横軸は波長である。但し、横軸の波長の目盛は、波長校正データ取得時に設定されたものである。従って、横軸は、2次元検出器136の画像における波長分散方向の位置を表す。図6の細線の曲線62は、キャピラリ102の位置が波長分散方向に移動した場合の2次元検出器136上に結像した蛍光スペクトル像を示す。キャピラリ102の位置が変わると、蛍光スペクトル像は波長方向にシフトする。この現象は、キャピラリアレイ101の取り付け交換の際に生じる。
波長校正データとして取得した基準蛍光スペクトル像の位置に対して分析時の蛍光スペクトル像の位置がずれた状態で、データ取得し、分析を行うと、DNAサンプルからの蛍光スペクトルを正確に分離することができない。例えば、蛍光色素dR110の蛍光を検出する場合、dR6Gの蛍光信号が擬似信号として発生し、分析の信頼性が低下する。蛍光スペクトルのずれが大きければ大きいほど、擬似信号は大きくなり、分析の精度は悪くなる。
そこで、本発明では、分析時のキャピラリ102の位置を正確に測定し、蛍光スペクトル像が、波長校正データとして取得した基準蛍光スペクトル像とずれないように、所定の操作を行う。これについては後に説明する。
図7を参照して、キャピラリの位置を測定する方法を説明する。図7Aは、キャピラリ位置測定用光源127をキャピラリ102に照射したとき、2次元検出器136の画像上のキャピラリの像を示し、縦軸はキャピラリ軸方向の位置、横軸は波長分散方向の位置である。図7Bは、キャピラリの像のスペクトルであり、縦軸は光強度、横軸は波長である。本例では、キャピラリ位置測定用光源127として、単一波長光源である赤色レーザダイオードを用いる。従って、キャピラリ102からの反射光を回折格子134によって分光しても、単一波長の像及びスペクトルが得られる。図7Bのスペクトルにおける2本のピークは、キャピラリ102の外面における反射光を表す。2つのピーク間の距離は、キャピラリ102の外径と同一である。
本例では、外径が326μmのキャピラリを用いた。ピーク間の距離は、約330μmである。図7のキャピラリの像又はスペクトルより、2次元検出器136の画像上におけるキャピラリの中心位置を示す波長が得られる。本例では、キャピラリ軸方向に関してある程度の長さの画像を取得することができるので、キャピラリの位置ずれを正確に得ることができるばかりでなく、キャピラリの傾斜角を正確に得ることができる。
図8を参照して、2次元検出器136によって得られる画像上におけるデータ取得領域の設定方法を説明する。図8は、図7Aと同様であり、キャピラリ位置測定用光源127からの光をキャピラリ102に照射したとき、2次元検出器136の画像上のキャピラリの像81を示し、縦軸はキャピラリ軸方向の位置、横軸は2次元検出器136の画像上の波長方向の位置を表す。
先ず、データ取得領域の横方向の範囲の設定方法を説明する。上述のように、キャピラリ位置測定用光源127として赤色レーザダイオードを用いることによって、2次元検出器136の画像上におけるキャピラリ中心位置が求められる。このキャピラリ中心位置は、キャピラリ位置測定用光源127の波長655nmを表す。即ち、2次元検出器136によって得られた2次元像における波長655nmの位置を特定することができる。波長655nmの位置に基づいて、2次元検出器136上におけるデータ取得領域を設定することができる。
分析実験では、分析波長領域は予め決まっている。例えば、分析波長領域が525nm〜715nmであるとする。波長655nmの位置に基づいて、波長525nmの位置及び波長715nmの位置を特定する。例えば、2次元検出器136として、1画素が2nmに相当する分解能を有するCCDを用いるものとする。波長655nmと波長525nmの差は、130nmであり、これは65画素に相当する。従って、波長655nmの位置より65画素左側にずれた位置が、波長525nmを表す。同様に、波長655nmと波長715nmの差は、60nmであり、これは30画素に相当する。従って、波長655nmの位置より30画素右側にずれた位置が、波長715nmを表す。尚、分析波長領域525nm〜715nmは95画素に相当する。即ち、波長655nmの位置より65画素左側にずれた位置から30画素右側にずれた位置までを、2次元検出器136におけるデータ取得領域として設定する。ここでは、分析波長領域が525nm〜715nmの場合を説明したが、他の分析波長領域であっても同様にデータ取得領域が求められる。
本発明によると、2次元検出器136上におけるデータ取得領域をキャピラリ位置測定用光源127の波長655nmを基準として設定するので、予め設定された分析波長領域におけるスペクトル像を得ることができる。
データ取得領域の横方向の範囲が設定されると、次に、データ取得領域の縦方向の範囲を設定する。2次元検出器136の画像領域を、横軸に平行な線によって複数の領域に等分する。本例では、5つのデータ取得領域82を設定する。
図9を参照して、本発明によるキャピラリ電気泳動装置を使用した分析方法の第1の例を説明する。図9Aはキャピラリ102が基準位置にある場合を示す。基準位置とは、波長校正データ取得時におけるキャピラリの位置のことである。基準位置では、キャピラリ102は、位置ずれ、傾斜がない。左から順に、キャピラリ102の配置状態、キャピラリの像91を示す画像201、波長校正データとして取得された基準蛍光スペクトル92を示す画像202である。画像202では、5つのデータ取得領域が設定されている。
図9Bは、キャピラリの交換によって、キャピラリ102の位置が、基準位置より、波長分散方向にずれた場合を示す。左から順に、キャピラリ102の配置状態、キャピラリの像93を示す画像203、分析試料の蛍光スペクトル94を示す画像204である。画像204では、5つのデータ取得領域が設定されている。尚、図9Aの画像201におけるキャピラリの像91の位置と図9Bの画像203におけるキャピラリの像93の位置は異なるため、図9Bの画像204におけるデータ取得領域の位置は、図9Aの画像202におけるデータ取得領域の位置より横方向にずれている。
図9Cは、キャピラリの交換によって、キャピラリ102が、波長校正データ取得時における位置より、キャピラリ軸に対して傾斜した場合を示す。左から順に、キャピラリ102の配置状態、キャピラリの像95を示す画像205、分析試料の蛍光スペクトル96を示す画像206である。
キャピラリ102がキャピラリ軸に対して傾斜した場合は、キャピラリ102が複数の短い部分からなると考え、各部分が順に波長分散方向にずれた場合を想定すればよい。本例では、画像は、縦方向に5つのデータ取得領域に分割されている。従って、キャピラリ102を、5つのデータ取得領域に対応するように5つの部分に分割し、各部分が波長分散方向にずれた場合を想定すればよい。但し、各部分のずれ量は、画像の縦方向の中心位置では0であり、中心位置から離れるに従って大きくなる。
図9Dは、各データ取得領域から取り出した蛍光スペクトル71のグラフ207である。図9Aの画像202に含まれる5つのデータ取得領域から波長校正データとして5個の基準蛍光スペクトルが得られる。同様に、図9Bの画像204に含まれる5つのデータ取得領域から5個の蛍光スペクトルが得られる。図9Cの画像206に含まれる5つのデータ取得領域から5個の蛍光スペクトルが得られる。図9Aの5つのスペクトルと、図9Bの5つのスペクトルは、キャピラリ軸方向に分割したデータ取得領域ごとに同一になる。図9Aの5つのスペクトルと、図9Cの5つのスペクトルは、縦方向の分割数に依存して若干異なるものの、擬似信号は小さくなる。細かく分割すればするほど、擬似信号は小さくなる。
以上説明したように本発明によると、キャピラリの交換によって、キャピラリの位置ずれが生じた場合でも、又は、キャピラリが傾斜した場合でも、キャピラリの位置を測定し、それに基づいてデータ取得領域を設定するので、波長校正データとして取得した基準蛍光スペクトルと同一の位置にて蛍光スペクトルが得られる。従って、キャピラリの交換毎に波長校正データを取得する必要がない。また、こうして得られた蛍光スペクトルを用いることにより擬似信号を防ぐことができる。
なお、キャピラリの発光部位は、温度制御ユニット161の影響によって、熱膨張をする場合がある。そこで、キャピラリの位置の測定は、温度制御ユニット161の温度が安定し、キャピラリの位置が固定した後、分析データ取得直前に行うのがよい。
図10を参照して、本発明によるキャピラリ電気泳動装置を使用した分析方法の第1の例の操作の詳細手順を説明する。ステップ200にて、波長校正データの取得を行う。波長校正データの取得は通常出荷前に製造工場にて行う。例えば4色の蛍光色素によって標識された波長校正済みのDNAサンプルを電気泳動させ、基準蛍光スペクトルを取得する。こうして波長校正データとして基準蛍光スペクトルが得られると、以下のように電気泳動分析を行う。
電気泳動分析の基本的手順は、ステップ201の分析前準備、ステップ202の分析開始、ステップ203の泳動媒体充填、ステップ204の予備泳動、ステップ205の試料導入、ステップ206Aのキャピラリの位置測定及びデータ取得領域の設定、ステップ207の電気泳動、及び、ステップ208の分析を含み、ユーザ側にて行う。
オペレータは、ステップ201の分析前準備を行う。キャピラリ102が劣化している場合、又は、キャピラリ102の長さを変更する必要がある場合、キャピラリアレイ101を交換する。ここではキャピラリの交換を行ったものとする。先ず、バッファ容器144と陽極バッファ容器112に、緩衝液を満たす。緩衝液は、例えば、電気泳動用として市販されている電解質液である。次に、サンプル容器143のウェル内に、分析対象である試料を分注する。試料は、例えば、DNAのPCR産物である。また、洗浄容器145に洗浄液を分注する。洗浄液は、例えば、純水である。また、シリンジ152内に、泳動媒体を注入する。泳動媒体は、例えば、電気泳動用として市販されているポリアクリルアミド系分離ゲルである。
オペレータは、ステップ202の分析開始を行う。ステップ203の泳動媒体充填では、キャピラリ102内に新しい泳動媒体を充填し、泳動路を形成する。先ず、オートサンプラユニットによって、廃液容器146を試料導入部104の直下に搬送する。次に、シリンジ152を駆動して、キャピラリ102内に新しい泳動媒体を充填し、使用済の泳動媒体を廃液容器146に廃棄する。最後に、オートサンプラユニットによって、洗浄容器145を試料導入部104の直下に搬送し、洗浄液に試料導入端105を浸し、泳動媒体によって汚れた試料導入端105を洗浄する。
ステップ204の予備泳動では、泳動媒体に所定の電圧を印加し、泳動媒体を電気泳動に適した状態にする。先ず、オートサンプラユニットによって、バッファ容器144を試料導入部104の直下に搬送し、緩衝液に試料導入端105を浸し、通電路を形成する。
次に、電源ユニットによって、泳動媒体に数〜数十キロボルト程度の電圧を数〜数十分間印加する。それによって、泳動媒体は電気泳動に適した状態となる。最後に、オートサンプラユニットによって、洗浄容器145を試料導入部104の直下に搬送し、洗浄液に試料導入端105を浸し、緩衝液によって汚れた試料導入端105を洗浄液によって洗浄する。
ステップ205の試料導入では、試料成分を泳動路に導入する。先ず、オートサンプラユニットによって、サンプル容器143を試料導入部104の直下に搬送し、サンプル容器143のウェル内に保持された試料に試料導入端105を浸す。これによって、通電路が形成され、泳動路に試料成分を導入することができる状態となる。電源ユニットによって、パルス電圧を通電路に印加し、泳動路に試料成分を導入する。最後に、オートサンプラユニットによって、洗浄容器145を試料導入部104の直下に搬送し、洗浄液に試料導入端105を浸し、試料によって汚れた試料導入端105を洗浄液によって洗浄する。
ステップ206Aでは、キャピラリの位置測定及びデータ取得領域の設定を行う。キャピラリの位置測定では、キャピラリ位置測定用光源127を用いて、キャピラリの位置を測定する。データ取得領域の設定では、キャピラリの位置に基づいて2次元検出器136のデータ取得領域を設定する。ステップ206Aの詳細は図9を参照して説明した。
ステップ207の電気泳動では、電気泳動によって、試料中に含まれる各試料成分を分離分析する。まず、オートサンプラユニットによって、バッファ容器144を試料導入部104の直下に搬送し、緩衝液に試料導入端105を浸し、通電路を形成する。次に、電源ユニットによって、通電路に15kV前後の高電圧を印加し、泳動路に電界を発生させる。
発生した電界によって、泳動路内の試料成分は、各試料成分の性質に依存した速度で照射部103へ移動する。つまり、試料成分は、その移動速度の差によって分離される。そして、照射部103に到達した試料成分から順番に検出される。例えば、試料が、塩基長の異なるDNAを多数含む場合は、その塩基長によって移動速度に差が生じ、塩基長の短いDNAから順に照射部103に到達する。照射部103にて励起光を照射する。蛍光標識された各DNAの末端塩基配列は照射部103に到達した順に蛍光を発生する。
2次元検出器136によって蛍光スペクトルが検出される。蛍光スペクトルの検出は、ステップ206Aにて設定したデータ取得領域に基づいて行う。
ステップ208の分析では、ステップ200にて得られた波長校正データを利用して、電気泳動によって得られたデータを正規化し、目的とする波長分散データを得る。波長校正データが不正確であると、擬似信号が生じ、分析結果の信頼性が低下する。
予定していたデータを取り終えたら処理を終了する。電圧印加を停止し、泳動分析を終了する。以上が、一連の分析手順である。更に分析を実施したい場合には、ステップ203の泳動媒体充填から分析手順を繰り返す。他の分析を実施する場合には、ステップ201の分析前準備から分析手順を繰り返す。いずれにしても、ステップ200の波長校正データの取得は繰り返さない。
図11を参照して、本発明によるキャピラリ電気泳動装置を使用した分析方法の第2の例を説明する。本例では、キャピラリの交換によってキャピラリの位置が変化したとき、キャピラリの位置を測定し、それに基づいて、波長校正データを補正する。即ち、データ取得領域を設定する代わりに波長校正データ取得時の基準蛍光スペクトルを補正する。こうして補正した基準蛍光スペクトルは、キャピラリの交換時に新たに取得したなら得られたであろう波長校正データと実質的に同一である。
図11Aはキャピラリ102が基準位置にある場合を示す。即ち、波長校正データ取得時におけるキャピラリ102を示す。左から順に、キャピラリ102の配置状態、キャピラリの像91及び波長校正データとして取得された基準蛍光スペクトル92を示す画像301、画像301から得た基準蛍光スペクトル71のグラフ302、である。
画像301では、5つのデータ取得領域が設定されている。本例では、データ取得領域は固定されており、キャピラリ102の位置に基づいて設定されたものではない。この5つのデータ取得領域は、例えば、2次元検出器136の画像上に予め設定されたものである。
各データ取得領域より基準蛍光スペクトルのグラフが得られるが、それらは光学系の収差による違いはあるもののほぼ同一である。従って、グラフ302には、波長校正データとして取得された基準蛍光スペクトル71のグラフの1つを示す。
図11Bはキャピラリの交換によって、キャピラリ102の位置が、基準位置より波長分散方向にずれた場合を示す。左から順に、キャピラリ102の配置状態、キャピラリの像93及び分析試料の蛍光スペクトル94を示す画像303、画像303から得た分析試料の蛍光スペクトル72のグラフ304、補正後の分析試料の蛍光スペクトル73のグラフ305、である。画像303のデータ取得領域は画像301のデータ取得領域と同一である。
各データ取得領域より分析試料の蛍光スペクトルのグラフが得られるが、それらは光学系の収差による違いはあるもののほぼ同一である。従って、グラフ304には、分析試料の蛍光スペクトル72のグラフの1つを示す。
グラフ304にて示す蛍光スペクトル72のグラフの位置は、グラフ302にて示す基準蛍光スペクトル71の位置よりずれている。このずれ量は、画像301のキャピラリの像91の位置と画像303のキャピラリの像93の位置の間のずれ量に相当する。このずれ量だけ、グラフ302の基準蛍光スペクトル71を横方向に移動させることによりグラフ305にて示す補正後の基準蛍光スペクトル73が得られる。
図11Cは、キャピラリの交換によって、キャピラリ102が、基準位置よりキャピラリ軸に対して傾斜した場合を示す。左から順に、キャピラリ102の配置状態、キャピラリの像95及び分析試料の蛍光スペクトル96を示す画像306、画像306から得た分析試料の蛍光スペクトル74、76のグラフ307、309、補正後の分析試料の蛍光スペクトル75、77のグラフ308、310である。画像306のデータ取得領域は画像301のデータ取得領域と同一である。
5つのデータ取得領域における分析試料の蛍光スペクトル96は、キャピラリ102の傾斜に対応してずれている。5つのデータ取得領域から5つの蛍光スペクトルが得られるがそれらは互いに横方向にずれている。グラフ307は、最上段のデータ取得領域から得た蛍光スペクトルであり、グラフ309は、最下段のデータ取得領域から得た蛍光スペクトルである。
グラフ307にて示す蛍光スペクトル74のグラフの位置は、グラフ302にて示す蛍光スペクトル71の位置より横方向にずれている。このずれ量は、画像301のキャピラリの像91の位置と画像306の最上段のデータ取得領域におけるキャピラリの像95の位置の間のずれ量に相当する。このずれ量だけグラフ302の基準蛍光スペクトル71のグラフを横方向左側に移動させることによって、補正後の基準蛍光スペクトル75のグラフ308が得られる。
同様に、グラフ309にて示す蛍光スペクトル76のグラフの位置は、グラフ302にて示す基準蛍光スペクトル71の位置より横方向にずれている。このずれ量は、画像301のキャピラリの像91の位置と画像306の最下段のデータ取得領域におけるキャピラリの像95の位置の間のずれ量に相当する。このずれ量だけグラフ302にて示す基準蛍光スペクトル71のグラフを横方向右側に移動させることによって、補正後の基準蛍光スペクトル77のグラフ310が得られる。
但し、各データ取得領域におけるキャピラリの像95は傾斜しているため、キャピラリの像95の位置は、各データ取得領域におけるキャピラリの像95の中心の位置を求めることによって得る。
こうして本例では、波長校正データとして取得した基準蛍光スペクトルを、キャピラリの位置ずれ量又は傾斜に基づいて修正する。この修正後の基準蛍光スペクトルを用いて分析を行うため、キャピラリ交換毎に波長校正データを取得する必要はない。
電気泳動にて得られた蛍光スペクトルの分析処理に、補正後の基準蛍光スペクトルを用いることにより、擬似信号の発生を防止することができる。
図12を参照して、本発明によるキャピラリ電気泳動装置を使用した分析方法の第2の例の操作の詳細手順を説明する。ステップ200にて、波長校正データの取得を行う。波長校正データの取得は通常出荷前に製造工場にて行う。例えば4色の蛍光色素によって標識された波長校正済みのDNAサンプルを電気泳動させ、基準蛍光スペクトルを取得する。こうして波長校正データとして基準蛍光スペクトルが得られると、以下のように電気泳動分析を行う。
電気泳動分析の基本的手順は、ステップ201の分析前準備、ステップ202の分析開始、ステップ203の泳動媒体充填、ステップ204の予備泳動、ステップ205の試料導入、ステップ206Bのキャピラリの位置測定及び波長校正データの補正、ステップ207の電気泳動、及び、ステップ208の分析を含み、ユーザ側にて行う。
ステップ201の分析前準備、ステップ202の分析開始、ステップ203の泳動媒体充填、ステップ204の予備泳動、ステップ205の試料導入、及び、ステップ207の電気泳動は、図10を参照して説明した。
ステップ206Bでは、キャピラリの位置測定及び波長校正データの補正を行う。キャピラリの位置測定では、キャピラリ位置測定用光源127を用いて、キャピラリの位置を測定する。波長校正データの補正では、キャピラリの位置に基づいて波長校正データを補正する。
ステップ208の分析では、ステップ206Bにて得られた波長校正データを利用して、電気泳動によって得られたデータを正規化し、目的とする波長分散データを得る。
図13を参照して、キャピラリ位置測定用光源の他の例を説明する。本例ではキャピラリ位置測定用光源171は、ある程度の発光波長帯域を有する。このような光源として、例えば、発光ダイオード(LED)、Neランプ等がある。図13Aに示すように、キャピラリ位置測定用光源171の出力側に、キャピラリ位置測定用フィルタ172が設けられている。キャピラリ位置測定用フィルタ172は、キャピラリ位置測定用光源171の発光波長帯域のうちの所定の波長領域を遮断する。こうしてキャピラリ位置測定用フィルタ172を透過した光は、キャピラリ102の表面を反射し、第1カメラレンズ132に到達する。
図13Bは、キャピラリ位置測定用光源171の発光波長帯域を示し、図13Cは、キャピラリ位置測定用フィルタ172の透過特性を示す。このフィルタ特性は、温度に依存しないため、温度変化による光源の波長シフトの影響を受けない。
キャピラリ位置測定用フィルタ172は所定の狭い波長領域を通過させるバンドパスフィルタであってよいが、所定の波長より大きい波長領域を通過させるロングパスフィルタであってもよい。バンドパスフィルタを用いる場合、図7に示したような狭い波長領域のスペクトルが得られるから、このスペクトルの位置よりキャピラリ102の位置を特定することができる。ロングパスフィルタを用いる場合、所定の波長位置より大きい波長領域のスペクトルが得られるから、このスペクトルの開始位置よりキャピラリ102の位置を特定することができる。
図14を参照して、本発明のキャピラリ電気泳動装置の他の例を説明する。本例のキャピラリ電気泳動装置では、キャピラリ102の発光部位からの蛍光は、キャピラリの末端から放出される。検出光学ユニット131は、キャピラリの末端からの蛍光を検出することができるように、キャピラリの軸線方向に沿って配置されている。
光源123からの励起光122は、キャピラリ102を照射し、検出光は、キャピラリの末端から放出される。この検出光は、泳動媒体充填ユニット150の検出窓181を経由して検出光学ユニット131に達する。
本例の検出光学ユニット131は、第1カメラレンズ132、検出フィルタ133、プリズム182、第2カメラレンズ135、及び、2次元検出器136を含む。本例では、波長分散素子として、回折格子の代わりにプリズム182を用いる。キャピラリ102の末端から放出された蛍光は、第1カメラレンズ132によって、平行光束になる。この平行光束は、検出フィルタ133に導かれる。検出フィルタ133は、分析に使用する波長領域の蛍光のみ透過する。検出フィルタ133を透過した蛍光は、プリズム182によって波長分散され、第2カメラレンズ135によって、2次元検出器136上に結像される。2次元検出器136は、例えば、CCDカメラである。2次元検出器136からの画像信号は、コンピュータによって処理され、試料の分析がなされる。
本例のキャピラリ電気泳動装置においても、キャピラリの交換によってキャピラリの位置がずれることがある。しかしながら、上述の方法によって、2次元検出器のデータ取得領域を設定し、又は、波長校正データとして取得した基準蛍光スペクトルを補正することにより、キャピラリの位置ずれに起因した擬似信号の発生を防止することができる。
以上、本発明の例を説明したが、本発明はこれに限定されるものではなく、特許請求の範囲に記載された発明の範囲にて様々な変更が可能であることは当業者に理解される。各実施例を適宜組み合わせることも、本発明の範囲である。
キャピラリ電気泳動装置の概略を示す斜視図である。 キャピラリ電気泳動装置のキャピラリの照射部の概略を示す斜視図である。 キャピラリ電気泳動装置の検出光学ユニットの概略を示す斜視図である。 キャピラリ電気泳動装置のキャピラリ位置測定用光源の波長特性を示す図である。 キャピラリ電気泳動装置による波長校正データとして取得した基準蛍光スペクトルを示す図である。 キャピラリ電気泳動装置において、キャピラリの位置ずれに起因した蛍光スペクトルのシフトを説明するための説明図である。 キャピラリ電気泳動装置において、キャピラリの位置を検出するための画像の例を示す。 キャピラリ電気泳動装置において、2次元検出器による画像にてデータ取得領域を設定する方法を示す図である。 キャピラリ電気泳動装置を使用した分析方法の第1の例を説明するための説明図である。 キャピラリ電気泳動装置を使用した分析方法の第1の例の操作の詳細手順を示す図である。 キャピラリ電気泳動装置を使用した分析方法の第2の例を説明するための説明図である。 キャピラリ電気泳動装置を使用した分析方法の第2の例の操作の詳細手順を示すための説明図である。 キャピラリ電気泳動装置のキャピラリ位置測定用光源の他の例を示す図である。 キャピラリ電気泳動装置の他の例の概略を示す斜視図である。
符号の説明
101 キャピラリアレイ
102 キャピラリ
103 照射部
104 試料導入部
105 試料導入端
106 中空電極
107 ガラス基板
108 キャピラリヘッド
110 電源ユニット
111 高圧電源
112 陽極バッファ容器
113 陽極電極
114 電流計
121 照射光学ユニット
122 励起光
123 光源
124 集光レンズ
125 照明用フィルタ
126 集光レンズ
127 キャピラリ位置測定用光源
131 検出光学ユニット
132 第1カメラレンズ
133 検出フィルタ
134 回折格子
135 第2カメラレンズ
136 2次元検出器
141 オートサンプラユニット
143 サンプル容器
144 バッファ容器
145 洗浄容器
146 廃液容器
150 泳動媒体充填ユニット
151 ポリマ充填ブロック
152 シリンジ
153 チューブ
154 電磁弁
155 ポリマ流路
161 温度制御ユニット
171 キャピラリ位置測定用光源
172 キャピラリ位置測定用フィルタ
181 検出窓
182 プリズム

Claims (19)

  1. 交換可能なキャピラリと;
    該キャピラリに励起光を照射する照射光学系と;
    上記キャピラリからの蛍光を分光させる波長分散素子と、該波長分散素子から得られる蛍光スペクトル像を検出する2次元検出器と、を有する検出光学系と;
    を有するキャピラリ電気泳動装置において、
    上記キャピラリを交換したとき上記キャピラリの軸方向の基準位置に対する上記キャピラリの位置の偏差を検出することを特徴とするキャピラリ電気泳動装置。
  2. 請求項1記載のキャピラリ電気泳動装置において、
    キャピラリ位置測定用光源を設け、上記キャピラリ位置測定用光源からの光を上記キャピラリに照射し、上記2次元検出器によって上記キャピラリの像を検出することによって、上記キャピラリの位置の偏差を検出することを特徴とするキャピラリ電気泳動装置。
  3. 請求項1記載のキャピラリ電気泳動装置において、上記偏差に基づいて上記2次元検出器におけるデータ取得領域を設定し、該データ取得領域において試料の蛍光スペクトル像を検出することを特徴とするキャピラリ電気泳動装置。
  4. 請求項3記載のキャピラリ電気泳動装置において、上記データ取得領域はキャピラリ軸方向に沿って並んだ複数のデータ取得領域からなり、各データ取得領域は波長分散方向の範囲とキャピラリ軸方向の範囲によって確定されていることを特徴とするキャピラリ電気泳動装置。
  5. 請求項3記載のキャピラリ電気泳動装置において、上記キャピラリが上記基準位置に対して波長分散方向にずれている場合には、上記データ取得領域は、波長分散方向に上記偏差に相当する距離だけ移動されていることを特徴とするキャピラリ電気泳動装置。
  6. 請求項3記載のキャピラリ電気泳動装置において、上記キャピラリが上記基準位置に対して傾斜している場合には、上記データ取得領域は、上記傾斜に相当する角度にて傾斜していることを特徴とするキャピラリ電気泳動装置。
  7. 請求項2記載のキャピラリ電気泳動装置において、上記2次元検出器による上記キャピラリの像の位置に上記キャピラリ位置測定用光源の波長が対応するように上記2次元検出器の画像に波長の目盛を設定し、予め与えられた分析波長範囲の長波長端と短波長端を上記波長の目盛によって読み取ることにより、上記分析波長範囲に対応したデータ取得領域を設定することを特徴とするキャピラリ電気泳動装置。
  8. 請求項1記載のキャピラリ電気泳動装置において、上記偏差に基づいて上記基準位置における蛍光スペクトルの位置を補正することを特徴とするキャピラリ電気泳動装置。
  9. 請求項2記載のキャピラリ電気泳動装置において、上記キャピラリ位置測定用光源は、単一波長光源を含むことを特徴とするキャピラリ電気泳動装置。
  10. 請求項2記載のキャピラリ電気泳動装置において、上記キャピラリ位置測定用光源は、所定の発光波長帯域を有する光源と該光源からの光のうち所定の波長領域を遮断するフィルタを有することを特徴とするキャピラリ電気泳動装置。
  11. 請求項1記載のキャピラリ電気泳動装置において、上記照射光学系は上記キャピラリの軸線に沿った方向から又は上記キャピラリの軸線に対して所定の角度傾斜した方向から上記キャピラリに励起光を照射することを特徴とするキャピラリ電気泳動装置。
  12. 請求項1記載のキャピラリ電気泳動装置において、上記照射光学系は励起光源として発光ダイオードを有することを特徴とするキャピラリ電気泳動装置。
  13. 請求項1記載のキャピラリ電気泳動装置において、上記基準位置は出荷時に実施される波長校正データの取得時における上記キャピラリの位置であることを特徴とするキャピラリ電気泳動装置。
  14. 交換可能なキャピラリと;
    該キャピラリに励起光を照射する照射光学部と;
    上記キャピラリ内を電気泳動する試料からの蛍光を検出する検出光学部と;
    該検出光学部によって検出された試料の蛍光スペクトルより試料を分析する分析部と; 上記キャピラリを交換したとき上記キャピラリの位置を検出する位置検出部と;
    を有し、
    上記分析部は、上記キャピラリの軸方向の基準位置に対する上記キャピラリの位置の偏差に基づいて試料の分析を行うことを特徴とする分析装置。
  15. 請求項14記載の分析装置において、
    上記検出光学部は上記キャピラリの偏差に基づいてデータ取得領域を設定することを特徴とする分析装置。
  16. 請求項14記載の分析装置において、
    上記検出光学部は上記キャピラリの偏差に基づいて上記キャピラリが基準位置にあるときに取得した波長校正データを補正することを特徴とする分析装置。
  17. 試料をキャピラリ内に電気泳動させ、上記キャピラリに励起光を照射し、上記キャピラリからの蛍光を分光させて蛍光スペクトルを生成し、該蛍光スペクトルを2次元検出器によって検出し、該検出結果に基づいて試料を分析するキャピラリ電気泳動方法において、 上記キャピラリを交換したとき、上記キャピラリの位置を検出することと、
    上記キャピラリの基準位置に対する上記キャピラリの位置の偏差を測定することと、を含むキャピラリ電気泳動方法。
  18. 請求項17記載のキャピラリ電気泳動方法において、
    上記偏差に基づいて上記2次元検出器におけるデータ取得領域を設定し、該データ取得領域において分析試料の蛍光スペクトル像を検出することを特徴とするキャピラリ電気泳動方法。
  19. 請求項17記載のキャピラリ電気泳動方法において、
    上記偏差に基づいて上記基準位置における蛍光スペクトル像の位置を補正することを特徴とするキャピラリ電気泳動方法。
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