JP2006293481A

JP2006293481A - 遺伝子データ解析方法プログラム

Info

Publication number: JP2006293481A
Application number: JP2005110027A
Authority: JP
Inventors: Ko Yugawa; 航湯川
Original assignee: Hitachi Software Engineering Co Ltd
Current assignee: Hitachi Software Engineering Co Ltd
Priority date: 2005-04-06
Filing date: 2005-04-06
Publication date: 2006-10-26

Abstract

【課題】遺伝子データ編集の手間を軽減し、ハプロタイプ解析をスムーズに行うことができる装置を提供すること。
【解決手段】遺伝子データ解析方法は、データベースからHTML形式の遺伝子データを読み出す遺伝子データ読み出しステップと、上記HTML形式の遺伝子データを用いて、個体名の項目欄と遺伝子座の項目欄の交差点に遺伝子型を記載した遺伝子型表を表示装置の画面に表示する表示ステップと、入力装置を介して指示された命令に従って上記HTML形式の遺伝子型データを編集する編集ステップと、上記入力装置からの指示に従って編集後の遺伝子型データに基いてハプロタイプ解析を行う解析ステップと、を有する。
【選択図】図２

Description

本発明は、ハプロタイプを解析するための遺伝子データ解析方法プログラムに関する。

ヒトや動植物のゲノム解読が進み、それに基いて、遺伝子の機能を解析する研究が活発に行われている。そのなかでも特に注目されているのが、ハプロタイプを解析することによって、ゲノムの中から個体の疾患や外形的特徴などの表現型（形質）に関与している遺伝子を探索する研究である。以下、ハプロタイプ解析について説明する。

ハプロタイプ解析
まず、図２３を参照しながら、同種の生物の個体Ａ〜Ｚ間でゲノムを比較した場合を考えてみる。通常、同種の生物の個体はほぼ似通った塩基配列を有しているが、いくつかの個所では異なった塩基を有している。図２３に示す例では、個体Ａ〜Ｚは遺伝子座１及び遺伝子座２において異なる塩基を有している。ここで、遺伝子座(locus)とは、ゲノムの塩基配列における特定の位置のことを言う。

このように個体間でゲノム上の単一の塩基に多型性が見られることをＳＮＰ(Single Nucleotide Polymorphism)と言う。通常は、１つの遺伝子座に２種類の塩基（例えばＡ、Ｔ）が存在しているが、ごくまれに３種類以上の塩基（例えばＡ、Ｔ、Ｇ）が存在していることもある。図２３に示す例では、遺伝子座１にＴを持つ個体が多いので、遺伝子座１ではＴがメジャーでありＡがマイナーであると言う。同様に、遺伝子座２では、ＧがメジャーでありＣがマイナーであるということになる。

ところで、図２４に示すように、多くの生物の個体は、雌性配偶子と雄性配偶子に由来する１組の染色体を有している。１組の染色体上の互いに対応する部位に存在する遺伝子を、それぞれ対立遺伝子(allele)と言い、これらの組み合わせを遺伝子型(genotype)と言う。上記したように、ゲノム上には個体間で塩基配列が異なる部分が存在するので、２つの対立遺伝子は、同じである場合と異なっている場合がある。図２４に示す例では、個体Ａは、遺伝子座１において同種の塩基Ａを有している一方で、遺伝子座２においては異なる塩基Ｇ及びＣを有している。特定の部位の遺伝子に着目したとき、同じ種類の対立遺伝子を２つ持っている状態をホモ接合、異なる種類の対立遺伝子を１つずつ持っている状態をヘテロ接合と言う。

染色体が親から子に伝わる際、減数***によって１組の染色体が交叉しながら伝わるため、遺伝子の組換えが起こる。一般的に、染色体上で距離が離れた２つの遺伝子は組換えが起こりやすく、染色体上で距離が近い２つの遺伝子は組換えが起こりにくいと考えられている。染色体上の２つの遺伝子座における遺伝子が繋がったまま親から子に伝わる傾向があるとき、２つの遺伝子座は連鎖(linkage)していると言う。

雌性又は雄性配偶子由来の１本の染色体上において、複数の連鎖する遺伝子座に存在する対立遺伝子の組み合わせをハプロタイプと言う。例えば、図２４において、個体Ａの染色体の遺伝子座１と遺伝子座２とが連鎖している場合には、一方の染色体上ではＡ−Ｇというハプロタイプを持ち、他方の染色体上ではＡ−Ｃというハプロタイプを持つこととなる。このように、１組２本の染色体を有する個体は、常に１組２つのハプロタイプを持つこととなる。

連鎖する複数の遺伝子座において、ハプロタイプ頻度が患者と健常者との間で有意に違いが認められる場合、そのハプロタイプは疾患に関与していると考えられる。

ハプロタイプの推定
ところで、遺伝子の解析を行う際には、通常、遺伝子座ごとに１組の対立遺伝子、すなわち遺伝子型が特定されるのであるが、この解析結果からは必ずしもハプロタイプが分かるとは限らない。例えば、図２４に示す例において、個体Ａの遺伝子座１にはＡ／Ａという遺伝子型、遺伝子座２にはＧ／Ｃという遺伝子型が存在することが解析されると、一方の染色体上のハプロタイプはＡ−Ｇであり、他方はＡ−Ｃであることが分かる。しかしながら、個体Ｂの遺伝子座１にはＴ／Ａという遺伝子型、遺伝子座２にはＣ／Ｇという遺伝子型が存在することが解析されても、この解析結果から個体Ｂが有するハプロタイプを一意に特定することはできない。図２５は、これを表に纏めたものである。

一般的に、個体の遺伝子型がすべて特定されたとしても、その個体が持つハプロタイプが分かるとは限らない。このことを「相(phase)が特定できない」と言う。直接的にハプロタイプを特定する実験を行うことはできるが、高度で複雑な実験のため多大な時間とコストを要することになってしまう。そこで、ハプロタイプ解析を行う際には、ソフトウェアを用いたハプロタイプを推定する手法が用いられている。ハプロタイプを推定するアルゴリズムとしては、ＥＭアルゴリズムやＣｌａｒｋアルゴリズムなどが知られている。

非特許文献１及び非特許文献２には、ハプロタイプの推定方法が記載されている。また、ハプロタイプ推定をコンピュータ上で行うためのソフトウェアとしては、「ＡＲＬＥＱＵＩＮ」などが知られている。

図２６を参照しながら、実際に研究所等で行われているハプロタイプ解析の処理を説明する。まず実験によって求められた複数個体の遺伝子型データが記述された遺伝子データを実験結果データベース２６００に登録する。登録された遺伝子データは、タブ区切りのテキストファイル２６０２、及び、Webページ形式のデータであるHTML(HyperText Markup Language) ファイル２６０３として、WWWサーバ２６０１に格納される。図２７は、タブ区切りのテキストファイル２６０２として格納された遺伝子データの例を示す。研究者は、遺伝子データ解析装置２６０４上で、WWWサーバ２６０１にあるHTMLファイル形式の遺伝子データ２６０３を確認し、タブ区切りのテキストファイル形式の遺伝子データ２６０２をダウンロードして解析する。

L. Excoffier and M. Slatkin: Maximum-Likelihood Estimation of Molecular Haplotype Frequencies in a Diploid Population: Mol. Biol. Evol., 12(5): 921-927 (1995) A. G. Clark: Inference of Haplotypes from PCR-amplified Samples of Diploid Populations: Mol. Biol. Evol., 7(2): 111-122 (1990)

上述のように、ハプロタイプの解析にはハプロタイプ解析用のソフトウエアが用いられるが、解析対象となる遺伝子データに欠陥があると、正確な解析が行われない。従って、実際には、解析の前に、遺伝子データを修正、削除等の編集を行う必要がある。これを図２８から図３０を用いて説明する。図２８では、個体（person1）の遺伝子座（locus1）の遺伝子型はA/Zとなっている。しかし、対立遺伝子はA、T、G、Cしかないため実験者が登録ミスをしたと考えられる。このようなデータが存在するとハプロタイプ推定が適切に行われない可能性があり、修正する必要がある。

図２９では、個体person3の遺伝子座の欄に0/0が多く記述されている。これは実験の失敗などにより、一部の遺伝子型データが欠損したことを示している。このような個体のデータは、適切にハプロタイプ推定ができない可能性があり、削除する必要がある。

図３０では、locus2において極端にマイナーな対立遺伝子Gが存在する。このような遺伝子座のデータは、実験ミスが原因であると疑われるため、削除する必要がある。

以上説明したように、ハプロタイプの解析を行う前に遺伝子データを編集する必要があることが多い。遺伝子データの編集作業は、図２７に示したテキストファイル形式の遺伝子データを、テキストエディタ等で編集する。こうして編集済の遺伝子データをテキストファイル形式からHTMLファイル形式に変換して保存する。

従って、従来の遺伝子データ解析装置では、図２６に示したように、遺伝子データを、テキストファイル形式とHTMLファイル形式の２つの形式のファイルとして保存する必要ある。

本発明の目的は、ハプロタイプの推定を行う遺伝子データ解析装置において、遺伝子データの編集作業を簡単化することを目的とする。

本発明によると、遺伝子データ解析方法は、データベースからWebページ形式の遺伝子型データを読み出す遺伝子型データ読み出しステップと、
上記Webページ形式の遺伝子型データを用いて、個体名の項目欄と遺伝子座の項目欄の交差点に遺伝子型を記載した遺伝子型表を表示装置の画面に表示する表示ステップと、
入力装置を介して指示された命令に従って上記Webページ形式の遺伝子型データを編集する編集ステップと、
上記入力装置からの指示に従って編集後の遺伝子型データに基いてハプロタイプ解析を行う解析ステップと、
を有し、
上記編集ステップは、上記遺伝子型表のうち、特定の遺伝子型が選択された場合には、該遺伝子型に対応するWebページ形式データが編集の対象となり、特定の個体名が選択された場合には、該個体名に対応するWebページ形式データが編集の対象となり、特定の遺伝子座が選択された場合には、該遺伝子座に対応するWebページ形式データが編集の対象となる。

本発明は、この遺伝子データ解析方法をコンピュータに実行させるためにコンピュータによって読み取り可能なプログラムである。

本発明によると、遺伝子データの編集作業を容易に行うことができるから、適切にハプロタイプ解析を行うことができる。

以下、添付図面を参照しながら、本発明の遺伝子データの解析装置及び方法を実施するための最良の形態を詳細に説明する。図１から図２２は、本発明の実施の形態を例示する図である。

遺伝子データ解析システム及び遺伝子データ解析装置の構成
図１は、本発明の遺伝子データ解析システムの全体構成を示す。遺伝子データ解析システムは、実験結果データベース１００、WWWサーバ１０１、及び、遺伝子データ解析装置１０３を有する。実験結果データベース１００には、実験により判明した複数の個体の遺伝子データが記憶されている。具体的には、各個体の染色体上のＳＮＰが表れる遺伝子座と、そこに存在する遺伝子型とが記憶されている。また、実際の実験データには、実験の失敗などにより一部の遺伝子型データが欠損している場合があるが、欠損データは0/0として記憶されている。WWWサーバ１０１には、遺伝子データ１０２がHTMLファイルとして保持されている。遺伝子データ解析装置１０３は、WWWサーバ１０１にアクセスして、HTML形式の遺伝子データ１０２を取得し、編集作業を行う。本実施の形態ではWebページ形式のデータとしてHTMLファイルを例としてあげているが、本発明はこれに限定されるものではない。

図２は、図１の遺伝子データ解析装置１０３の構成を概略的に示す。遺伝子データ解析装置１０３は、中央処理装置２００、プログラムメモリ２１０、データメモリ２２０、遺伝子データ格納データベース２３０、表示装置２４０、キーボード２４１、マウス２４２などの入出力デバイスを有する。

中央処理装置２００は、ＣＰＵやＭＰＵなどから構成される処理装置であり、本装置の各構成部分の動作を制御し、所定の演算処理を行い、各構成部分間のデータ通信を制御する。中央処理装置２００は、プログラムメモリ２１０に記憶された動作用プログラムに従い、データメモリ２２０をワーキングメモリとして使用して、必要な制御、演算及びデータ送受信の処理を実行することができる。

プログラムメモリ２１０は、中央処理装置２００の動作用プログラムや、制御データ等の固定データなどを記憶するメモリであり、典型的には、半導体メモリ素子などから構成される読み取り専用メモリ（ＲＯＭ）である。

プログラムメモリ２１０は、遺伝子データを表示装置２４０において表示する処理を行う遺伝子データ表示処理部２１１と、ユーザからの操作入力に応じて遺伝子データの編集処理を行う遺伝子データ編集処理部２１２と、ハプロタイプ推定を行うハプロタイプ推定処理部２１６を含む。遺伝子データ編集処理部２１２は、さらに、遺伝子型データを編集する遺伝子型データ編集処理部２１３と、個体のデータを編集する個体データ編集処理部２１４と、遺伝子座のデータを編集する遺伝子座データ編集処理部２１５とを含む。

データメモリ２２０は、中央処理装置２００が利用するデータ等を一時的に記憶するメモリであり、典型的には、半導体メモリ素子や磁気記憶素子などから構成される書き換え可能なメモリ（ＲＡＭ）である。データメモリ２２０は、遺伝子データを編集する際に、遺伝子データ格納データベース２３０からHTML形式の遺伝子データを取得し、遺伝子データ２２１として記憶している。

遺伝子データ格納データベース２３０は、遺伝子データ解析装置１０３がWWWサーバ１０１にアクセスして取得したHTML形式の遺伝子データが保持されている。

表示装置２４０は、ユーザに遺伝子データを表示するための出力デバイスであり、ＣＲＴや液晶ディスプレイなどを用いることができる。キーボード２４１及びマウス２４２は、ユーザから本装置への操作入力を受け付ける入力デバイスである。

遺伝子データの編集方法
以上のように構成された本発明の遺伝子データ解析装置において、遺伝子データを編集および表示する方法を説明する。

図３は、遺伝子データ編集及び表示処理の概要を示すフローチャートである。まず、ステップ３００にて、遺伝子データ解析装置１０３を起動する。それにより、遺伝子データ表示処理部２１１は、図４に示す初期画面を表示する。ステップ３０１にて、解析対象の遺伝子データを取得するために、WWWサーバ上のHTML形式の遺伝子データ存在するURLにアクセスする。実際の処理では、ユーザは、初期画面のアドレス欄４００にURLを入力する。ステップ３０２にて、遺伝子データ編集処理部２１２は、図５に示すような遺伝子データをtableタグで表現したHTML形式のデータを遺伝子データ格納データベース２３０に保存し、データメモリ２２０の中の遺伝子データ２２１として読み込む。

ステップ３０３にて、遺伝子データ表示処理部２１１は、図６に示す遺伝子データの表示画面を表示する。この画面では、図５のHTML形式のデータは、表形式のデータ６００として表示される。ステップ３０４は、ユーザが編集処理を行うか否かの判定ステップである。編集処理を行う場合には、ステップ３０６に進み、編集処理を行わない場合には、ステップ３０５に進む。

ステップ３０６にて、ユーザは、図６の遺伝子データの表示画面にて、編集処理を行うことができる。遺伝子データ編集処理部２１２は、（１）遺伝子型データ、（２）個体データ、（３）遺伝子座データ、の３つのデータに関して編集操作を行うことができる。編集処理が終了すると、ステップ３０３、３０４に戻る。

ステップ３０５にて、ハプロタイプ推定処理部２１６は、ハプロタイプ推定を行う。ユーザは、図６の遺伝子データの表示画面のボタン６０１を押す。それにより、遺伝子データ表示処理部２１１は、図２２に示すハプロタイプ推定の結果表示画面を表示する。

以下、（１）遺伝子型データの編集方法を、図２８、図７から図１１を参照して説明し、（２）個体データの編集方法を、図２９、図１２から図１６を参照して説明し、（３）遺伝子座データの編集方法を、図３０、図１７から図２１を参照しながら説明する。

遺伝子型データの編集方法
図２８の遺伝子データにおいて、person1のlocus1に記述されているA/ZをA/Tに修正する場合を例にとり、図７のフローチャートを説明する。尚、図８の編集手順画面、図９の編集前HTML形式遺伝子データ、図１０の編集後HTML形式遺伝子データ、図１１の編集結果画面、を随時参照する。

ステップ７００にて、ユーザは、図８の編集手順画面上にて、マウスポインタ８００を編集したい画面要素上の位置に移動させて、マウスの右ボタンを押す。ここでは、A/ZをA/Tに修正するのでA/Zの場所にマウスポインタ８００を移動し、マウスの右ボタンを押す。ステップ７０１にて、遺伝子型データ編集処理部２１３は、図９のHTML形式の遺伝子データの内、マウスポインタ８００が指示した座標を含むタグで挟まれた画面要素の内の最下位の階層にある画面要素を選択する。つまり、図９の参照符号９００の部分<td>A/Z</td>を選択する。一方、図８の編集手順画面では、ダイアログ８０１が表示される。ステップ７０２にて、ユーザはこのダイアログ８０１上にて編集作業を行う。ここで、空欄８０２にA、空欄８０３にTを入力してOKボタンを押す。遺伝子型データ編集処理部２１３は、図９のHTMLデータから図１０のHTMLデータに変更する。図１０の編集後HTML形式遺伝子データの参照符号１０００に示すように、A/ZがA/Tに変更されている。編集後のHTMLデータは保存される。図１１の編集結果画面に示すように、person1のlocus1に記述されているA/ZがA/Tに修正されている。

個体データの編集方法
図２９の遺伝子データにおいて、person3のデータを削除する場合を例にとり、図１２のフローチャートを説明する。尚、図１３の編集手順画面、図１４の編集前HTML形式遺伝子データ、図１５の編集後HTML形式遺伝子データ、図１６の編集結果画面、を随時参照する。

ステップ１２００にて、ユーザは、図１３の編集手順画面上にて、マウスポインタ１３００を編集したい画面要素上の位置に移動させて、マウスの右ボタンを押す。ここでは、person3の行を編集するのでperson3の場所にマウスポインタ１３００を移動し、マウスの右ボタンを押す。ステップ１２０１にて、個体データ編集処理部２１４は、図１４のHTML形式の遺伝子データの内、マウスポインタ１３００が指示した座標を含むタグで挟まれた画面要素の内の最下位の階層にある画面要素を選択する。つまり、図１４の参照符号１４００の部分<td>person3</td>を選択する。一方、図１３の編集手順画面では、ダイアログ１３０１が表示される。ユーザはこのダイアログ１３０１上にて編集作業を行う。ステップ１２０２は、編集作業が個体データの削除か又は個体名の変更かの判定ステップである。

単に、個体名を変更する場合は、ステップ１２０３にて、ユーザは、ダイアログ１３０１上のラジオボタン１３０２にチェックして、空欄１３０３に変更後の個体名を入力し、OKボタンを押す。person3の個体データを削除する場合は、ステップ１２０４にて、ユーザは、ダイアログ１３０１上のラジオボタン１３０４にチェックして、OKボタンを押す。個体データ編集処理部２１４は、図１４のHTML形式の遺伝子データの内、マウスポインタ１３００が指示した要素１４００である<td>person3</td>の１階層上の画面要素１４０１の部分<tr aling=center>...</tr>）を選択して削除する。図１５の編集後HTML形式遺伝子データでは、図１４の画面要素１４０１の部分が削除されている。編集後のHTMLデータは保存される。図１６の編集結果画面に示すように、person3の個体データが削除されている。

遺伝子座データの編集方法
図３０の遺伝子データにおいて、locus2のデータを削除する場合を例にとり、図１７のフローチャートを説明する。尚、図１８の編集手順画面、図１９の編集前HTML形式遺伝子データ、図２０の編集後HTML形式遺伝子データ、図２１の編集結果画面、を随時参照する。

ステップ１７００にて、ユーザは、図１８の編集手順画面上にて、マウスポインタ１８００を編集したい画面要素上の位置に移動させて、マウスの右ボタンを押す。ここでは、locus2の列を編集するのでlocus2の場所にマウスポインタ１８００を移動し、マウスの右ボタンを押す。ステップ１７０１にて、遺伝子座データ編集処理部２１５は、図１９のHTML形式の遺伝子データの内、マウスがポイントした座標を含むタグで挟まれた画面要素の内の最下位の階層にある画面要素を選択する。つまり、図１９の参照符号１９００の部分<th>locus2</th>を選択する。一方、図１８の編集手順画面では、ダイアログ１８０１が表示される。ユーザはこのダイアログ１８０１上にて編集作業を行う。ステップ１２０２は、編集作業が遺伝子座データの削除か又は遺伝子座名の変更かの判定ステップである。

単に、遺伝子座名を変更する場合は、ステップ１７０３にて、ユーザは、ダイアログ１８０１上のラジオボタン１８０２にチェックして、空欄１８０３に変更後の遺伝子座名を入力し、OKボタンを押す。locus2の遺伝子座データを削除する場合は、ステップ１７０４にて、ユーザは、ダイアログ１８０１上のラジオボタン１８０４にチェックして、OKボタンを押す。遺伝子座データ編集処理部２１５は、図１９のHTML形式の遺伝子データの内、マウスポインタ１８００が指示した要素１９００に基いて、繰り返し要素１９０１、１９０２、...１９０７、...を選択して削除する。

具体的には、HTMLタグの位置情報を示すXpathを使って繰り返し要素を取得し、削除する。つまり、１９００のXpathであるhtml,0/body,0/table,0/tr,0/th,2/を基準として、１９０１なら、html,0/body,0/table,0/tr,1/td,2/、１９０２なら、html,0/body,0/table,0/tr,2/td,2/、...というように、html,0/body,0/table,0/tr,x/td,2/（xは繰り返し回数）という繰り返し部分を取得して削除する。

図２０の編集後HTML形式遺伝子データでは、図１９の要素１９００〜１９０７の部分が削除されている。編集後のHTMLデータは保存される。図２１の編集結果画面に示すように、locus2のデータが削除されている。

ハプロタイプ推定
上述の編集処理後、ハプロタイプ推定をした結果、図２２のハプロタイプ推定結果画面が表示される。ハプロタイプ推定結果によると、person1は、「A-G-T」と「A-C-C」を、person2は、「T-G-T」と「A-C-T」を、person3は、「A-C-T」と「A-C-T」を、person4は、「T-G-T」と「A-C-T」を、ハプロタイプとして持つと推定されたことを示している。

以上、本発明の遺伝子データの編集及び表示装置について、具体的な実施の形態を示して説明したが、本発明はこれらに限定されるものではない。当業者であれば、本発明の要旨を逸脱しない範囲内において、上記各実施形態又は他の実施形態にかかる発明の構成及び機能に様々な変更・改良を加えることが可能である。

本発明の遺伝子データの編集及び表示装置は、ヒト、ヒト以外の動植物、その他の生物種であって染色体が２倍体、３倍体、４倍体等を形成するものでも利用することができる。
また、SNPだけではなくマイクロサテライトでも利用することができる。

本発明による遺伝子データの解析システムの構成例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置の構成を概略的に示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置における処理の概要を示す流れ図である。本発明の遺伝子データの解析装置における初期画面の例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置におけるHTML形式の遺伝子データの例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置におけるHTML形式の遺伝子データの表示画面の例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置における遺伝子型データの編集手順を示す流れ図である。本発明の遺伝子データの解析装置における遺伝子型データの編集手順画面の例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置における遺伝子型データ編集前HTML形式遺伝子データの例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置における遺伝子型データ編集後HTML形式遺伝子データの例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置における遺伝子型データ編集後の結果表示画面の例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置における個体データの編集手順を示す流れ図である。本発明の遺伝子データの解析装置における個体データの編集手順画面の例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置における個体データ編集前HTML形式遺伝子データの例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置における個体データ編集後HTML形式遺伝子データの例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置における個体データ編集後の結果表示画面の例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置における遺伝子座データの編集手順を示す流れ図である。本発明の遺伝子データの解析装置における遺伝子座データの編集手順画面の例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置における遺伝子座データ編集前HTML形式遺伝子データの例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置における遺伝子座データ編集後HTML形式遺伝子データの例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置における遺伝子座データ編集後の結果表示画面の例を示す図である。本発明の遺伝子データの解析装置におけるハプロタイプ推定の結果表示画面の例を示す図である。染色体上に表れるＳＮＰを説明する図である。染色体上に表れるＳＮＰのハプロタイプについて説明する図である。複数の遺伝子座における遺伝子型の情報からハプロタイプを特定する方法について説明する図である。従来のハプロタイプ解析のシステム構成図である。タブ区切りのテキストファイル形式の遺伝子データである。流れ図である。編集したい遺伝子型データがある遺伝子データの例を示す図である。編集したい個体データがある遺伝子データの例を示す図である。編集したい遺伝子座データがある遺伝子データの例を示す図である。

符号の説明

１００…実験結果データベース、１０１…WWWサーバ、１０２…遺伝子データ、１０３…遺伝子データ解析装置、２００…中央処理装置、２１０…プログラムメモリ、２１１…遺伝子データ表示処理部、２１２…遺伝子データ編集処理部、２１３…遺伝子型データ編集処理部、２１４…個体データ編集処理部、２１５…遺伝子座データ編集処理部、２１６…ハプロタイプ推定処理部、２２０…データメモリ、２２１…遺伝子データ、２３０…遺伝子データ格納データベース、２４０…表示装置、２４１…キーボード、２４２…マウス

Claims

データベースからWebページ形式の遺伝子データを読み出す遺伝子データ読み出しステップと、
上記Webページ形式の遺伝子データを用いて、個体名の項目欄と遺伝子座の項目欄の交差点に遺伝子型を記載した遺伝子型表を表示装置の画面に表示する表示ステップと、
入力装置を介して指示された命令に従って上記Webページ形式形式の遺伝子データを編集する編集ステップと、
上記入力装置からの指示に従って編集後の遺伝子データに基いてハプロタイプ解析を行う解析ステップと、
を有し、
上記編集ステップは、上記遺伝子型表のうち、特定の遺伝子型が選択された場合には、該遺伝子型データに対応するWebページ形式データを編集の対象とし、特定の個体名が選択された場合には、該個体名データに対応するWebページ形式データを編集の対象とし、特定の遺伝子座が選択された場合には、該遺伝子座データに対応するWebページ形式データを編集の対象とすることを特徴とする遺伝子データ解析方法をコンピュータに実行させるためにコンピュータによって読み取り可能なプログラム。