JP2005524090A - 生物学的試料のための光線画像分析 - Google Patents
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Abstract
Description
図6の光線40に沿って位置するピクセルに対応するピクセル強度レベルデータのグラフを図8に示す。図7の光線40に沿って位置するピクセルに対応するピクセル強度レベルデータのグラフを図9に示す。これらの各グラフでは、青色チャネルの画像データを点線で示し、緑色のチャネルの画像データを実線で示す。ピクセル強度レベル(例えば、12ビットのデジタル化方式を用いて測定される)を核44内のシード点48からの半径方向距離の関数としてプロットする。各光線に対する強度レベル情報は、画像取得機器14により取り込まれる2次元画像から抽出することができる。
42 細胞
44 核
48 シード点
50 交差点
Claims (33)
- 細胞を含む試料のデジタル画像データを分析するための方法であって、前記細胞が核を含み、前記方法が、
画像データを分析して核の少なくとも1つを識別する段階と、
前記画像データの一部に関連付けられた、前記核に関連する複数の半径方向光線を定める段階と、
前記光線に関連する前記画像データに関する計算を行う段階と、
を含む方法。 - 前記細胞が、異なる波長で蛍光を発する蛍光マーカでラベルされており、前記方法が更に、前記画像データを走査型レーザ顕微鏡で取得する段階を含む請求項1に記載の方法。
- 前記核に関連する前記光線を前記核内の共通の位置に起点を有するように定める段階を更に含む請求項1に記載の方法。
- 前記核が境界を有し、前記方法が更に、前記光線の起点が前記核の境界にあるように該核に関連する前記光線を定める段階を更に含む請求項1に記載の方法。
- ユーザに光線終端基準を指定する機会を提供する段階を更に含む請求項1に記載の方法。
- 前記光線の長さが、ユーザ指定の長さにより決定されることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 別の細胞の核に交差する各光線が交差点で終端するよう前記光線が更に定められることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記各光線が、前記核から外向きに延び、光線に関連する画像データの強度レベルが任意の強度レベル閾値より低くなると終端するように、前記光線が更に定められることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記画像データが複数のチャネルのデータを含み、前記各データが異なる波長の光と関連し、前記画像データを分析して前記核を識別する段階が前記チャネルの1つの画像データを分析して前記核を識別する段階を含み、前記光線に関する前記画像データの計算を行う段階が前記別のチャネルの少なくとも1つに対する画像データの計算を行う段階を含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記光線に関連する前記画像データの計算を行う段階が、各光線に対して該光線に沿う前記画像データのピーク強度を計算する段階を含む請求項1に記載の方法。
- 前記画像データが各々が関連ピクセル強度レベルを有する複数のピクセルを含み、計算を行う段階が各光線に対して該光線のピーク強度レベルを有する前記ピクセルの位置を識別する段階を含む請求項1に記載の方法。
- 前記細胞が細胞境界を有し、前記方法が前記核内のシード点を識別する段階を更に含み、前記光線が前記シード点から前記細胞境界に向かって延びることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記光線に関連する画像データの計算を行う段階が、統計的計算を行う段階を含む請求項1に記載の方法。
- 前記画像に対するピーク強度値が各光線に沿う特定の位置にあり、前記光線に関連する前記画像データの計算を行う段階が、少なくとも前記ピーク強度値の位置に基づく標準偏差を計算する段階を含む請求項1に記載の方法。
- 前記光線が互いに等間隔の角度に配置される請求項1に記載の方法。
- 前記核が境界を有し、前記光線が前記核内の起点から始まると共に外向き方向に放射して前記光線が前記核境界に位置する少なくとも1つのピクセルを通過するように定められることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記画像データが複数のピクセルを含み、前記核が境界を有し、各光線が、前記核境界のピクセルから始まって任意の核の全ての光線が前記核内の共通点に戻って投射されるような方向に前記核から離れて延びる請求項1に記載の方法。
- 前記画像データが複数のチャネルに対するデータを含み、該データの各々が異なる波長の光に関連し、前記光線に関連する前記画像データの計算を行う段階が、前記チャネルの1つに対して画像データの計算を行う段階と、このチャネルに対する前記画像データに対する計算結果を用いて前記チャネルの別のチャネルの画像データの計算を行う段階とを含む請求項1に記載の方法。
- 前記画像データが複数のチャネルに対するデータを含み、該データの各々が異なる波長の光に関連し、前記光線に関連する画像データの計算を行う段階が、前記チャネルの1つに対して前記画像データの計算を行って前記光線に沿うピーク強度の位置を識別する段階と、前記識別されたピーク強度位置で前記チャネルの別のチャネルの画像データの計算を行う段階とを含む請求項1に記載の方法。
- 前記画像データが複数のチャネルに対するデータを含み、該データの各々が異なる波長の光に関連し、前記光線に関連する前記画像データの計算を行う段階が、
前記チャネルの1つに対する前記画像データの計算を行って前記光線に沿うピーク強度位置を識別する段階と、前記識別されたピーク強度位置で前記チャネルの少なくとも他の1つに対する前記画像データの計算を行い、前記識別されたピーク強度位置での強度と光線起点ピクセル強度との比率を求める段階を含む請求項1に記載の方法。 - 前記光線に関連する前記画像データの計算を行う段階が、
前記光線に関連する前記画像データの計算を行って各光線に沿うピーク強度位置を識別する段階と、
各光線の前記識別されたピーク強度位置での強度と該光線に対する光線起点ピクセル強度との比率を求める段階と、
を含む請求項1に記載の方法。 - 前記画像データが複数のチャネルに対するデータを含み、該データの各々が異なる波長の光に関連し、前記光線に関連する前記画像データの計算を行う段階が、
前記チャネルの1つに対して画像データの計算を行って前記光線に沿うピーク強度の位置を識別する段階と、
前記識別されたピーク強度位置で前記チャネルの別の1つに対する画像データの計算を行い、前記識別されたピーク強度位置での強度と平均光線ピクセル強度との比率を求める段階と、
を含む請求項1に記載の方法。 - 前記光線に関連する画像データの計算を行う段階が、
前記光線に関連する前記画像データの計算を行って前記光線に沿う前記ピーク強度位置を識別する段階と、
前記識別されたピーク強度の位置での強度と平均光線ピクセル強度との比率を求める段階と、
を含む請求項1に記載の方法。 - 前記光線に関連する前記画像データの計算を行う段階が、
化学又は生物学的実体で活性化される前に前記試料に対して前記光線に関連する前記画像データの計算を行う段階と、
前記化学又は生物学的実体で活性化した後に、前記同じ試料に対して前記光線に関連する前記画像データの計算を行う段階と、
前記画像データ内のどの変化が、前記試料を前記化学又は生物学的実体で活性化したことによるものかを計算する段階と、
を含む請求項1に記載の方法。 - 前記光線に関連する前記画像データの計算を行う段階が、前記核に関連する前記光線のどれが有効であるかを求める段階を含み、各有効な光線は起点と終端点との間にユーザ指定の数より多いピクセルを含み、前記計算を行う段階が更に、ユーザ指定の数より多い有効光線を有する核に対して前記光線に関連する前記画像データの計算を行う段階を含む請求項1に記載の方法。
- 前記各光線が、一方の端部に光線起点を有し且つ他方の端部に外側端部を有し、前記光線に関連する前記画像データの計算を行う段階が、前記光線に関連するピクセルに対して平均強度重み付け配分を求めることによって、0〜1の範囲の値を有する正規化半径パラメータを計算する段階を含み、前記ピクセルの強度重み付け配分が前記光線の外側端部より前記光線起点に向かってより重くする場合には前記正規化半径パラメータの値が1より0に近づき、前記ピクセルの前記強度重み付け配分が前記光線起点より前記光線の外側端部に向かってより重くする場合には前記正規化半径パラメータの値が0より1に近くなるようにすることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 細胞を含む試料のデジタル画像データを分析するための方法であって、前記細胞が核を含み、前記画像データが複数のチャネルに対するデータを含み、該データの各々が異なる波長の光に関連し、前記各核に関連する複数の半径方向の光線が存在し、前記画データの一部が前記光線に関連しており、前記方法が、
前記チャネルのうちの第1のチャネルの前記画像データを解析して複数の核を識別する段階と、
前記チャネルのうちの第2のチャネルの前記各識別した核に関連する複数のピクセルの強度を計算する段階と、
前記第2のチャネル内の前記核に関連するピクセルの前記強度が、ユーザが定義した閾値より大きいか又は小さい細胞に対して前記光線に関連する前記画像データの計算を行う段階と、
を含む方法。 - 細胞を含む試料のデジタル画像データを分析するための方法であって、前記細胞が核を含み、前記画像データが複数のチャネルに対するデータを含み、該データの各々が異なる波長の光に関連し、前記各核に関連する複数の半径方向の光線が存在し、前記画データの一部が前記光線に関連しており、前記方法が、
前記チャネルのうちの第1のチャネルの前記画像データを解析して前記核の少なくとも任意の1つを識別する段階と、
前記チャネルの第2のチャネルの前記任意の核に関連する複数のピクセルの強度を計算する段階と、
前記第2のチャネルのピクセル強度の計算結果を用いて、前記チャネルの第3のチャネルの前記光線に関連する前記画像データに行った計算結果を正規化する段階と、
を含む方法。 - 核が含まれる細胞を含む試料のデジタル画像データを取得する画像取得機器と、
前記画像を分析して前記核の少なくとも1つを識別し、前記核に関連する複数の半径方向の光線を定め、前記画像データの幾つかが前記光線に関連し、前記光線に関連する前記画像データの計算を行うように構成されたプロセッサと、
を備えるシステム。 - 前記細胞が異なる波長で蛍光を発する蛍光マーカでラベルされ、前記画像取得システムが多波長走査型レーザ顕微鏡を備えることを特徴とする請求項29に記載のシステム。
- 前記プロセッサは更に、前記光線が確実に他の核に侵入しないように構成されることを特徴とする請求項29に記載のシステム。
- 前記画像データが複数のチャネルに対するデータを含み、該データの各々が異なる波長の光に関連し、前記プロセッサが更に、前記チャネルの1つに対する前記画像データを分析して前記核を識別し、前記チャネルの別の1つに対する前記画像データの計算を行うように構成されることを特徴とする請求項29に記載のシステム。
- 前記画像データが複数のチャネルに対するデータを含み、該データの各々が異なる波長の光に関連し、前記プロセッサが更に、前記チャネルの1つに対する前記画像データを分析して前記核を識別し、前記光線に関連するピクセル強度画像データの計算を行うことを含む、前記チャネルの別の1つに対する前記画像データの計算を行うように構成されることを特徴とする請求項29に記載のシステム。
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