JP2005506971A - Ｍｒｐ１に基づいたがんの改善治療の手段及び方法 - Google Patents

Abstract

本発明は、イリノテカン又はその誘導体の、本発明によるポリヌクレオチドを含む変異アレルのある遺伝子型を有する患者において、がん、特に結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がんを治療するための医薬組成物の調製への使用に関する。好ましくは、前記ポリヌクレオチドに含まれるヌクレオチドの欠失、付加、及び／又は置換は、対応する野生型アレルに比べて、変異アレルの発現を改変させるか、又は対応する野生型アレルによりコードされるポリペプチドに比べて、変異アレルによりコードされるポリペプチドの活性を改変させる。最後に、本発明は、結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、又は膵臓がんに罹患している被検者に適正な療法を選択する方法に関する。

Description

【技術分野】
【０００１】
本発明は、イリノテカン（ＣＰＴ−１１）又はその誘導体のようなカンプトテシン薬物の、本発明によるポリヌクレオチドを含む変異アレルのある遺伝子型を有する患者において、がん、特に結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がんを治療するための医薬組成物の調製への使用に関する。好ましくは、前記ポリヌクレオチドに含まれるヌクレオチドの欠失、付加、及び／又は置換は、対応する野生型アレルに比べて、変異アレルの発現を改変させるか、又は対応する野生型アレルによりコードされるポリペプチドに比べて、変異アレルによりコードされるポリペプチドの活性を改変させる。最後に、本発明は、結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、又は膵臓がんに罹患している被検者に適正な療法を選択する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
イリノテカンは、細胞傷害性アルカロイド、カンプトテシン（ＣＰＴ）の半合成類似体であり、これは、東洋の樹木である Camptotheca acuminate より得られる。カンプトテシンは、可逆性の一本鎖断裂を引き起こすことによりＤＮＡ中の捩れたひずみを解放するトポイソメラーゼＩ酵素を特異的に阻害することによって抗新生物活性を示す［D'Arpa, et al., 1989, Biochim Biophys Acta 989: 163-77, Horwitz et al., 1973, Cancer Res 33: 2834-6］。イリノテカンとその活性代謝物、ＳＮ−３８は、トポイソメラーゼＩ−ＤＮＡ複合体へ結合し、これら一本鎖断裂の再連結を妨げる［Kawato, et al., 1991, Cancer Res 51: 4187-91］。イリノテカンは、カンプトテシン部分とジピペリジノ側鎖の間にあるカルバメート結合のカルボキシルエステラーゼ仲介性の切断によりイリノテカンから生じる、親油性代謝物、ＳＮ−３８（７−エチル−１０−ヒドロキシカンプトテシン）の水溶性プロドラッグとして役立つ［Tsuji, et al., 1991, J Pharmacobidyn 14: 341-9］。カルボキシエステラーゼ−２は、薬理学的濃度でこの加水分解に関与する主要酵素である［Humerickhouse, et al., 2000, Cancer Res 60: 1182-92］。トポイソメラーゼ阻害とイリノテカンに関連した一本鎖断裂は、主にＳＮ−３８により引き起こされる［Kawato, et al., 1991, Cancer Res 51: 4187-91］。イリノテカンの投与は、齧歯動物由来のがんを担うマウスと様々な組織型のヒトがん異種移植片において抗腫瘍効果をもたらした［Furuta, et al., 1988, 癌と化学療法 15: 2757-60, Giovanella, et al., 1989, Science 246: 1046-8, Giovanella, et al., 1991, Cancer Res 51: 3052-5, Hawkins, 1992, Oncology (Huntingt) 6: 17-23, Kunimoto, et al., 1987, Cancer Res 47: 5944-7］。
【０００３】
イリノテカンはまた、ＣＹＰ３Ａ４及びＣＹＰ３Ａ５により酸化される［Haaz et al., 1998, Drug Metab Dispos 26: 769-74, Kuhn, 1998, Oncology (Huntingt) 12: 39-42, Santos, et al., 2000, Clin Cancer Res 6: 2012-20, Rivory, et al., 1996, Cancer Res 56: 3689-94］。ＳＮ−３８の主要な消失経路はグルクロン酸との抱合であり、対応するグルクロニド（ＳＮ−３８Ｇ）を生じる［Atsumi, et al., 1991, Xenobiotica 21: 1159-69］。ＳＮ−３８Ｇは、腸の微生物叢により脱抱合され、ＳＮ−３８を生じると報告されている［Kaneda, et al., 1990, Cancer Res 50: 1715-20］。ＳＮ−３８のグルクロン酸抱合（glucuronidation）は、ＭＲＰ１及びＵＧＴ１Ａ７により仲介される［Iyer, et al., 1998, J Clin Invest 101: 847-54, Ciotti, et al., 1999, Biochem Biophys Res Commun 260: 199-202］。物質収支試験は、全体投薬量の６４％が糞中***され、胆汁***の重要な役割を確認した［Slatter, et al., 2000, Drug Matab Dispos 28: 423-33］。種々の試験は、多剤耐性タンパク質１（ＭＲＰ１）がイリノテカンとその代謝物の主要な輸送体であり［Kuhn, 1998, Oncology (Huntingt) 12: 39-42, Chen, et al., 1999, Mol Pharmacol 55: 921-8, Chu, et al., 1997, Cancer Res 57: 1934-8, Chu, et al., 1997, J Pharmacol Exp Ther 281: 304-14］、その胆汁***を促進し、そこで副作用を引き起こすが、イリノテカンの***にはＰ−糖タンパク質も参画する［Chu, et al., 1998, Cancer Res 58: 5137-43, Chu, et al., 1999, Drug Metab Dispos 27: 440-1, Chu, et al., 1999, J Pharmacol Exp Ther 288: 735-41, Mattern, et al., 1993, Oncol Res 5: 467-74, Hoki, et al., 1997, Cancer Chemother Pharmacol 40: 433-8, Sugiyama, et al., 1998, Cancer Chemother Pharmacol 42: S44-9］ことを示唆している。
【０００４】
カンプトテシンへの細胞抵抗性と、即ち、イリノテカンの治療応答性は、細胞内カルボキシルエステラーゼ活性とトポイソメラーゼＩの切断活性に関連付けられてきた［van Ark-Otte, et al., 1998, Br J Cancer 77: 2171-6, Guichard, et al., 1999, Br J Cancer 80: 364-70］。
【０００５】
こうしたカンプトテシン薬物、例えばイリノテカンの使用は、明らかに用量依存性の骨髄抑制と、嘔吐、吐気、腹部疼痛、及び下痢を含む胃腸毒性により制限されていて、これら副作用は致命的となる場合がある。イリノテカン療法の主要な用量制限毒性は下痢であり、これは８８％までの患者に起こり、その程度がＳＮ−３８グルクロン酸抱合により決定されるＳＮ−３８の胆汁***［Gupta, et al., 1994, Cancer Res 54: 3723-5, Gupta, et al., 1997, J Clin Oncol 15: 1502-10］に従属する、腸のＳＮ−３８蓄積に依存する［van Ark-Otte, et al., 1998, Br J Cancer 77: 2171-6, Guichard, et al., 1999, Br J Cancer 80: 364-70, Araki, et al., 1993, Jpn J Cancer Res 84: 697-702］。骨髄抑制は、イリノテカンとＳＮ−３８の両方の濃度−時間曲線下面積に関連付けられた［Sasaki, et al., 1995, Jpn J Cancer Res 86: 101-10］。
【０００６】
イリノテカンは、１９９７年に５−フルオロウラシル療法へ抵抗性の転移性結直腸がん患者に対して承認されたものの、その治療利益は依然として疑わしいままである。最近、２０００名を超える患者が関わる結直腸がんに関する２つの大規模臨床試験が国立がん研究所（ＮＣＩ）により中止させられたのは、治療の最初の６０日間のうちにイリノテカンの毒性に関連した死亡率がほとんど３倍増加したためである。死因は、下痢及び吐気に関連した脱水症状と好中球減少症に関連した敗血症であった［2001, arznei-telegramm 32: 58］。イリノテカンががんそのものに対して有効であることは証明されたが、短期の毒性のために、すべての患者が長期生存の恩恵を受けられるわけではない。従って、イリノテカン毒性に罹患する可能性が最も高い患者を同定することがきわめて望ましい。
【０００７】
現在、患者は、はじめは６０〜１２５ｍｇ／ｍ²のイリノテカンの標準用量で、他の抗新生物薬と組み合わせて３〜４週投薬のいくつかのクールで投与されるほとんどの治療スケジュールに従って治療され、後続の用量は、治療に対する個々の患者の忍容性に基づいて、２５〜５０ｍｇ／ｍ²の増量で調整される。イリノテカン関連の毒性からの回復のために１〜２週間治療が遅延してよいが、患者が回復しなければ、治療を中断しなければならない。忍容不能な毒性が発現しなければ、患者が治療利益を体験し続ける限りにおいて、追加クールを伴う治療を際限なく継続する。応答率は、腫瘍の種類により、１０％未満〜ほぼ９０％まで変動する。しかしながら、治療応答を評価し、代替療法を考慮するには少なくとも６〜８週を要する。従って、患者に適正な投与量を見出すことは、単調で、時間の浪費であり、生命を脅かす有害効果のリスクを招くことになる。治療から恩恵を受けない患者がこうしたリスクを受けることは不必要であろうし、さらに、これらの患者が適切な治療を受けないうちに貴重な時間が浪費される。
【０００８】
さらに、多くの化学療法剤で観察されるように、療法に対する細胞の耐性を発現するリスクは、細胞がイリノテカンのような化学療法剤へ次善の曝露を受けているときに増加する。
【０００９】
胆汁***の阻害剤（例えば、ＭＲＰ及びＰ−糖タンパク質）やＵＧＴ１Ａ１の誘発剤を用いた薬物動態モジュレーションがカンプトテシン関連毒性を抑制するためのツールとして示唆された［Gupta, et al., 1996, Cancer Res 56: 1309-14, Gupta, et al., 1997, Cancer Chemother Pharmacol 39: 440-4］。シクロスポリンＡ及びフェノバルビタールと組み合わせたイリノテカンの臨床試験の予備データは、カンプトテシン関連の下痢を制限することに関してはいくらかの有望な結果を示すが［Ratain, 2000, Clin Cancer Res 6: 3393-4］、シクロスポリンＡ及びフェのバルビタールのような薬物との併用治療は、有害事象及び薬物相互作用の追加リスクを招く。
【００１０】
ＳＮ−３８及びＳＮ−３８Ｇのいずれの薬物動態にも、おそらくはイリノテカンの代謝経路における患者間の差異に起因する［Rivory, et al., 1997, Clin Cancer Res 3: 1261-6］、大きな患者間の変動性が存在する［Canal, et al., 1996, J Clin Oncol 14: 2688-95］。さらに、ギルバート症候群を有する患者では重篤なイリノテカン毒性が報告されている［Wasserman, et al., 1997, Ann Oncol 8: 1049-51］。必然的に、ＵＧＴ１Ａ１活性が低い患者ではイリノテカン毒性のリスクが高まるという、イリノテカンの代謝への遺伝素質が示唆されてきた［Iyer, et al., 1998, J Clin Invest 101: 847-54, Ando, et al., 1998, Ann Oncol 9: 845-7］。ＵＧＴ１Ａ１プロモーターにおける共通の多型［Monaghan, et al., 1996, Lancet 347: 578-81］が、ＳＮ−３８の in vitro グルクロン酸抱合に関連付けられ［Iyer, et al., 1999, Clin Pharmacol Ther 65: 576-82］、症例コントロール試験からその可能な臨床使用が示唆された［Ando, et al., 2000, Cancer Res 60: 6921-6］。しかしながら、イリノテカン関連の毒性がＵＧＴ１Ａ１遺伝子型により予測されたのは、冒された患者の少数（＜１５％）でしかなかった。
【００１１】
まとめると、カンプトテシンをベースとする療法の治療効果及び安全性を有意に向上させて治療に起因する致命的なことを回避すること、不必要な耐性の発現を回避すること、そして有害事象や治療遅延に関連した入院コストを低下させることは、きわめて望ましいであろう。しかしながら、イリノテカンの毒性を抑制して治療効果を高めるための受容された機序は、現在１つも利用可能でない。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
このように、本発明の根底にある技術課題は、がん、好ましくは結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がんの有効な治療のために改善された手段及び方法を提供することであり、それにより上記の望ましくない副作用を回避することができる。
【課題を解決するための手段】
【００１３】
本発明の根底にある技術課題は、特許請求の範囲に特徴づけられる態様により解決される。
従って、本発明は、
（ａ）配列番号１６９、１７０、１７３、１７４、１７７、１７８、１８１、１８２、１８５、１８６、１８９、１９０、１９３、１９４、１９７、１９８、２０１、２０２、２０５、２０６、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２１８、２２１、２２２、２２５、２２６、２２９、２３０、２３３、２３４、２３７、２３８、２４１、２４２、２４５、２４６、２４９、２５０、２５３、２５４、２５７、２５８、２６１、２６２、２６５、２６６、２６９、２７０、２７３、２７４、２７７、２７８、２８１、２８２、２８５、２８６、２８９、２９０、２９３、２９４、２９７、２９８、３０１、３０２、３０５、３０６、３０９、３１０、３１３、３１４、３１７、３１８、３２１、３２２、３２５、３２６、３２９、３３０、３３３、及び／又は３３４のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号６００、６０２、及び／又は６０４のいずれか１つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）多剤耐性タンパク質１（ＭＲＰ１）遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５７９９８、５７８５３、５３２８２、及び／又は３９５０８位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６６７、１３７６４７、１３７７１０、１２４６６７、及び／又は３８６４６位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の２７２５８、２７１５９、３４２１８、３４２１５、５５４７２、及び／又は３４２０６〜３４２０７位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の２１１３３、１４００８、１８０６７、１７９７０、１７９００、及び／又は１８１９５位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の７９、８８、及び／又は２４９位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５及び／又は２５９位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２５２７７）の１５０７２７及び／又は３３５５１位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２８）の１７４位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２９）の２４８及び／又は２５８位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１８８４、１６２５、１１６３、３８１、２３３、１８９、４４０、及び／又は１７２０〜１７２３位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６９２７、及び／又は４３７／４３８位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの挿入、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の５５１５６／５５１５７位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＲＰ１遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の２１１３３、１４００８、及び／又は１８１９５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の２７２５８及び／又は３４２１８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の７９位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５７９９８及び／又は５７８５３位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６６７及び／又は１３７６４７位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２５２７７）の１５０７２７及び／又は３３５５１位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２９）の２４８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１８８４、１６２５、２３３、及び／又は１８９位に対応する位置にＡ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の３９５０８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１７９００、１８０６７、及び／又は１８１９５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２８）の１７４位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の４４０及び／又は１１６３位に対応する位置にＴ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の８８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の２７１５９、５５４７２、及び／又は３４２１５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１２４６６７及び／又は３８６４６位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５３２８２位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７７１０位に対応する位置にＣ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の２４９位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２９）の２５８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の２５９位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の３８１位に対応する位置にＧ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１７９７０位に対応する位置にＴの欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の３４２０６〜３４２０７位に対応する位置にＡＴの欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１７２０〜１７２３位に対応する位置にＧＧＴＡの欠失、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６／９２７位に対応する位置にＴの挿入、及び／又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の４３７／４３８位に対応する位置にＴＣＣＴＴＣＣの挿入、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の５５１５６／５５１５７位に対応する位置にＴＧＧＧＧＣの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドあって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の６００、６０２、及び／又は６０４位に対応する位置でアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；
（ｆ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドであって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の２３９位に対応する位置でＰｈｅからＣｙｓへ、及び／又はＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の４３３位に対応する位置でＡｒｇからＳｅｒへ、及び／又はＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の７２３位に対応する位置でＡｒｇからＧｌｎへのアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；
から成る群より選択されるポリヌクレオチドを含む変異アレルがあるゲノムを有する被検者において、がん、特に、結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がんを治療するための医薬組成物の調製へのイリノテカン又はその誘導体の使用に関する。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１４】
本発明により使用される用語「イリノテカン又はその誘導体」は、好ましくは、一般構造式：
【００１５】
【化１】

【００１６】
を特徴とし、米国特許ＵＳ０５１０６７４２、ＵＳ０５３４０８１７、ＵＳ０５３６４８５８、ＵＳ０５４０１７４７、ＵＳ０５４６８７５４、ＵＳ０５５５９２３５、及びＵＳ０５６６３１７７にさらに記載される物質を意味する。さらに、用語「イリノテカン又はその誘導体」には、カンプトテシンの類似体及び誘導体も含まれる。利用可能なカンプトテシン類似体の種類及び範囲は当業者に周知であり、数多くのテキスト、例えば、［Hawkins, 1992, Oncology (Huntingt) 6: 17-23, Burris, et al., 1994, Hematol Oncol Clin North Am 8: 333-55, Slichenmyer, et al., 1993, J Natl Cancer Inst 85: 271-91, Slichenmyer, et al., 1994, Cancer Chemother Pharmacol 34: S53-7］に記載されている。活性カンプトテシン類似体の具体例は、六環式カンプトテシン類似体、９−ニトロカンプトテシン、９−若しくは１０−置換アミノ、ハロゲン、又はヒドロキシル基を有する２０Ｓ配置のカンプトテシン類似体、７−置換水溶性カンプトテシン、９−置換カンプトテシン、（ＲＳ）−２０−デオキシアミノ−７−エチル−１０−メトキシカンプトテシンのようなＥ環修飾カンプトテシン、及び１０−置換カンプトテシン類似体である［Emerson, et al., 1995, Cancer Res 55: 603-9, Ejima, et al., 1992, Chem Pharm Bull (Tokyo) 40: 683-8, Sugimori, et al., 1994, J Med Chem 37: 3033-9, Wall, et al., 1993, J Med Chem 36: 2689-700, Wani, et al., 1980, J Med Chem 23: 554-60, Kingsbury, et al., 1991, J Med Chem 34: 98-107］。同様の治療活性を有する様々な他のカンプトテシン類似体が記載されている［Hawkins, 1992, Oncology (Huntingt) 6: 17-23, Burris and Fields, 1994, Hematol Oncol Clin North Am 8: 333-55, Slichenmyer, et al., 1993, J Natl Cancer Inst 85: 271-91, Slichenmyer, et al., 1994, Cancer Chemother Pharmacol 34: S53-7］。カンプトテシン類似体を合成するのに適した方法が記載されている［Emerson, et al., 1995, Cancer Res 55: 603-9, Ejima, et al., 1992, Chem Pharm Bull (Tokyo) 40: 683-8, Sugimori, et al., 1994, J Med Chem 37: 3033-9, Wall, et al., 1993, J Med Chem 36: 2689-700, Wani, et al., 1980, J Med Chem 23: 554-60, Kingsbury, et al., 1991, J Med Chem 34: 98-107, Sugasawa, et al., 1976, J Med Chem 19: 675-9］。
【００１７】
前記物質は、記載されるように、例えば、結直腸がん、非小細胞及び小細胞肺がん、食道がん、腎細胞がん、卵巣がん、乳がん、膵臓がん、扁平細胞がん、白血病、及びリンパ腫に治療上有用であることが知られている［Kawato, et al., 1991, Cancer Res 51: 4187-91, Furuta, et al., 1988, 癌と化学療法 15: 2757-60, Hawkins, 1992, Oncology (Huntingt) 6: 17-23, Slichenmyer, et al., 1993, J Natl Cancer Inst 85: 271-91, Slichenmyer, et al., 1994, Cancer Chemother Pharmacol 34: S53-7, Tsuruo, et al., 1988, Cancer Chemother Pharmacol 21: 71-4, Wiseman, et al., 1996, Drugs 52: 606-23, Gottlieb, et al., 1970, Cancer Chemother Rep 54: 461-70, Negoro, et al., 1991, J Natl Cancer Inst 83: 1164-8, Rowinsky et al., 1994, Cancer Res 54: 427-36］。また、本発明の使用に含まれるのは、化学修飾により得ることができる、上記物質の誘導体であり、ここで前記誘導体は、本発明の使用に治療上同等によく適している。本発明の物質の誘導体が本発明の使用に治療上同等によく適しているかどうかを決定するには、当該技術分野で周知の生物学的アッセイを行うことができる。そうしたアッセイは、例えば、［Kawato, et al., 1991, Cancer Res 51: 4187-91, Furuta, et al., 1988, 癌と化学療法 15: 2757-60, Giovanella, et al., 1989, Science 246: 1046-8, Giovanella, et al., 1991, Cancer Res 51: 3052-5, Kunimoto, et al., 1987, Cancer Res 47: 5944-7, Mattern, et al., 1993, Oncol Res 5: 467-74, Tsuruo, et al., 1988, Cancer Chemother Pharmacol 21: 71-4, Burris, et al., 1992, J Natl Cancer Inst 84: 1816-20, Friedman et al., 1994, Cancer Chemother Pharmacol 34: 171-4］に記載されている。
【００１８】
上記の出版物に記載される化合物はいずれも本発明に使用可能であると考えられる。
イリノテカンは、結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がんの治療に特によく適していることが示されてきた。従って、最も好ましくは、本発明により使用される物質は、イリノテカンである。
【００１９】
本明細書に使用される用語「医薬組成物」は、本発明の物質と、場合により１以上の製剤的に許容される担体を含む。本発明の物質は、製剤的に許容される塩として製剤化してもよい。許容される塩は、酢酸塩、メチルエステル、ＨＣｌ、硫酸塩、塩化物、等を含む。医薬組成物は、薬物投与に慣用的に使用される経路、例えば、経口、局所、非経口、又は吸入により簡便に投与することができる。該物質は、慣用法に従って薬物を標準的な医薬担体と組み合わせることによって調製される慣用の剤形で投与してよい。これらの手順は、諸成分を適宜所望の調製物へ混合、造粒及び圧縮、又は溶解することを伴う場合がある。製剤的に許容される担体又は希釈剤の形状及び特性は、それと組み合わされる有効成分の量、投与の経路、並びに他の周知のパラメータにより指定されると理解される。担体は、製剤の他の成分と融和して、そのレシピエントにとって有害でないという意味で「許容」されなければならない。利用される医薬担体は、例えば、固体でも液体でもよい。固形担体の例は、乳糖、白陶土、ショ糖、タルク、ゼラチン、寒天、ペクチン、アカシア、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、等である。液体担体の例は、リン酸緩衝化生理食塩水溶液、シロップ、落花生油及びオリーブ油のようなオイル、水、乳濁液、様々な種類の湿潤剤、無菌溶液、等である。同様に、担体又は希釈剤には、当該技術分野で周知の、単独か又はワックスと混合したモノステアリン酸グリセリル又はジステアリン酸グリセリルのような時間遅延材料を含めてよい。本発明による物質は、所望の効果を達成するために様々な手段で投与可能である。前記物質は、単独でか又は医薬調製物として製剤化されて、治療される被検者へ経口、局所、非経口、又は吸入のいずれかで投与可能である。さらに、該物質は、共通の医薬組成物中の又は個別の医薬組成物として他の物質と組み合わせて投与可能である。
【００２０】
希釈剤は、上記組合せの生物学的活性に影響を及ぼさないように選択する。そのような希釈剤の例は、蒸留水、生理食塩水、リンゲル溶液、デキストロース溶液、及びハンクス溶液である。さらに、医薬組成物若しくは製剤はまた、他の担体、アジュバント、又は無毒、非治療的、非免疫原性の安定化剤、等を含めてよい。治療有効量は、症状又は状態を改善する、本発明による物質の量を意味する。こうした化合物の治療効力及び毒性は、細胞培養物又は実験動物における標準的な製薬上の方法、例えば、ＥＤ₅₀（集団の５０％に治療上有効な用量）とＬＤ₅₀（集団の５０％に対して致死性の用量）により決定することができる。治療効果と毒性効果との間の用量比が治療指数であり、それは、ＬＤ₅₀／ＥＤ₅₀の比として表すことができる。
【００２１】
投与量方式は、担当医と、他の臨床上の要因により、好ましくは上記の方法のいずれか１つに従って、決定される。医療技術において周知のように、どの患者の投与量も、患者のサイズ、体表面積、年齢、投与される特定の化合物、性別、投与時間及び投与経路、一般健康状態、及び同時投与される他の薬物を含む、多くの因子に依存する。進行は、定期的な評価によりモニターすることができる。
【００２２】
典型的な用量は、例えば、５〜１００ｍｇの範囲であってよいが、この例示範囲未満か又はそれを超える用量も、特に上記の因子を考慮すれば、想定される。一般に、医薬組成物の定期的な投与としての治療方式は、１μｇ〜１０ｍｇ単位／日の範囲であるべきである。治療方式が連続注入であれば、それはまた、それぞれ１μｇ〜１０ｍｇ単位／ｋｇ体重／分の範囲であるべきである。進行は、定期的な評価によりモニターすることができる。しかしながら、被検者や投与の形式によって、投与物質の量は、体表ｍ²あたり約１ｍｇ〜約５００ｍｇ、通常２０〜２００ｍｇを提供するために、広い範囲にわたり変動してもよい。
【００２３】
本明細書に言及される医薬組成物及び製剤は、本発明の使用により少なくとも１回投与される。しかしながら、前記医薬組成物及び製剤は、１回より多く、例えば週１回、隔週〜非限定的数の週まで投与してよい。
【００２４】
本発明による物質の特定の製剤は、製剤技術の分野で周知のやり方で調製され、通常、本明細書の上記に言及される少なくとも１つの活性物質を、混合物中に含むか、又は製剤的に許容される担体若しくは希釈剤と一緒にする他のやり方で含む。そのような製剤を作製するには、通常、活性物質を担体と混合するか又は希釈剤により希釈する、あるいはカプセル、サシェ、カシェ、紙、又は他の好適な容器若しくはビヒクルに封入するか又は被包化する。担体は、固体、半固体、ゲルベース若しくは液体の材料であってよく、有効成分には、ビヒクル、賦形剤、又は媒体として役立つ。前記好適な担体は、上記のものと、当該技術分野に周知の他のものを含む。例えば、「レミントン製薬科学（Remington's Pharmaceutical Sciences）」マック・パブリッシング・カンパニー、ペンシルヴェニア州イーストン、を参照のこと。製剤は、錠剤、カプセル剤、坐剤、溶液剤、懸濁液剤、等の形態を含む投与の様式に利用することができる。
【００２５】
投薬上の奨励事項を、間違った薬物を間違った患者へ間違った用量で処方することを回避する情報とともに製品ラベルに示しておけば、考慮される患者群に応じた用量調整を処方者が予め行うことができる。
【００２６】
用語「治療する」は、治療された被検者又は疾患集団における、疾患症状の緩和、即ち、症状の退縮又はそのような症状の進行阻害を意味する。前記疾患の緩和は、疾患に随伴する臨床症状（例えば、腫瘍サイズ）の度合いによりモニターすることができる。本発明は治療される患者の１００％において有効ではないかもしれないが、統計的に有意な（ｐ値は０．０５以下）数の患者を治療するのに有効である。前記の被検者数が有意であるかどうかは、スチューデントのｔ検定、χ²検定、ＭａｎｎとＷｈｉｔｎｅｙによるＵ検定、Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ検定（Ｈ検定）、Ｊｏｎｃｋｈｅｅｒｅ−Ｔｅｒｐｓｔｒａ検定、又はＷｉｌｃｏｘｏｎ検定のような統計検定により判定することができる。
【００２７】
本発明にはまた、米国特許、ＵＳ０５１０６７４２、ＵＳ０５３４０８１７、ＵＳ０５３６４８５８、ＵＳ０５４０１７４７、ＵＳ０５４６８７５４、ＵＳ０５５５９２３５、及びＵＳ０５６６３１７７にある医薬組成物に関連して記載されるすべての態様が含まれる。
【００２８】
用語「結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がん」は、がんに関連した疾患及び調節異常を含む。本発明の使用に含まれる好ましい疾患は、結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がんである。前記疾患及び調節異常は、当該技術分野で周知であり、随伴症状が例えば「ステッドマン」のような標準の教科書に記載されている。
【００２９】
本発明の意味で使用される用語「被検者」は、動物、好ましくは本明細書において以下に特定されるもの、及びヒトを含む。
本明細書に使用される用語「変異アレル」は、本明細書において以下に記載される、ＭＲＰ１遺伝子に対応する１以上のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを意味する。それぞれの個別被検者は、ＭＲＰ１遺伝子の少なくとも２つのアレルを保有し、ここで前記アレルは、識別可能であるか又は同一である。本発明の使用によれば、変異アレルは、本明細書において以下に特定される少なくとも１以上のポリヌクレオチドを含む。前記ポリヌクレオチドは、第一の変異アレルの調節又は機能に対して相乗的な影響を及ぼす場合がある。好ましくは、本発明の使用による変異アレルは、本明細書において特定される少なくとも２つのポリヌクレオチドを含む。
【００３０】
本発明の文脈において、用語「ポリヌクレオチド」又は「ポリペプチド」は、本発明の使用により特定されるポリヌクレオチド又はポリペプチドの様々な変異体を意味する。前記変異体は、本明細書において特定されるポリヌクレオチド又はポリペプチドの基準（reference）又は野生型配列、及び構造又は組成においてそれと異なる変異体を含む。ポリヌクレオチドについての基準若しくは野生型配列は、Ｇｅｎｂａｎｋ受入番号：ＧＩ：８８５０２３５、ＧＩ：１１１１８７４０、ＧＩ：１０２８１４５１、ＧＩ：１１１７７４５２、ＧＩ：１０２８１４５１、ＧＩ：６７０６０３７、Ｕ９１３１８、ＧＩ：７２０９４５１、ＡＣ０２６４５２、ＡＣ００３０２６、Ｕ９１３１８、ＡＦ０２２８３０、ＧＩ：７２０９４５１、ＡＣ０２６４５２、ＡＣ００３０２６、ＡＣ０２５２７７、ＡＦ０２２８２８、ＡＦ０２２８２９、ＡＦ０２２８３１、Ｕ０７０５０、ＡＣ００３０２６、ＡＣ００２４５７、ＡＣ００５０６８、Ｍ２９４４５、及びＧＩ：１１２２５２５９であるか、又はポリペプチドについては受入番号（Ｐｉｄ Ｎｏ）：Ｇ８８５０２３６、Ｇ２８２８２０６、Ｇ２５０６１１８、及びＧ１２６４４１１８である。構造又は組成における差異は、通常、ヌクレオチド又はアミノ酸の置換、付加、及び／又は欠失により生じる。
【００３１】
好ましくは、本発明の使用により言及される前記ヌクレオチド置換、付加、又は欠失は、ポリヌクレオチドの対応アミノ酸に１以上の変化をもたらす。変異ポリヌクレオチド又はポリペプチドはまた、前記ポリヌクレオチド又はポリペプチドの断片を含む。このポリヌクレオチド又はポリペプチド、及びその上記断片は、例えば、不十分な、及び／又は改変した薬物取込みを含む、ＭＲＰ１機能不全又は調節異常に関連することを特徴とする。本発明による好ましい欠失は、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１７９７０位、及び／又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の３４２０６〜３４２０７位に対応する位置でのＴ又はＡＴの欠失であり、好ましい挿入は、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の４３７／４３８位に対応する位置でのＴＣＣＴＴＣＣ、及び／又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の５５１５６／５５１５７位に対応する位置でのＴＧＧＧＧＣの挿入である。
【００３２】
本発明にはまた、ＷＯ９９５７３２２、ＷＯ０１０９１８３、又はＵＳ５７８６３４４にあるポリヌクレオチドに関連して記載されるあらゆる態様が包含される。
本明細書に使用される用語「ハイブリダイズする」は、ＭＲＰ１の機能不全又は調節異常に関連する、上記ポリヌクレオチド又はその部分へハイブリダイズすることが可能であるポリヌクレオチドを意味する。従って、前記ハイブリダイズするポリヌクレオチドも前記機能不全及び調節異常に関連する。好ましくは、ＭＲＰ１の機能不全又は調節異常に関連する上記ポリヌクレオチド又はその部分へハイブリダイズすることが可能な前記ポリヌクレオチドは、ＭＲＰ１の機能不全又は調節異常に関連するポリヌクレオチド又はその部分と少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９５％、又は少なくとも１００％同一である。故に、前記ポリヌクレオチドは、ＲＮＡ調製物のノーザンブロット解析又はＤＮＡ調製物のサザンブロット解析におけるプローブとして有用であり得るか、又はそのそれぞれのサイズに応じて、ＰＣＲ解析におけるオリゴヌクレオチドプライマーとして使用可能である。また、本発明の使用にしたがい含まれるのは、例えば電気泳動移動度シフトアッセイ（ＥＭＳＡ）によりＤＮＡ−タンパク質相互作用を解析するのに有用である、ハイブリダイズするポリヌクレオチドである。好ましくは、前記ハイブリダイズするポリヌクレオチドは、長さが少なくとも１０、より好ましくは少なくとも１５のヌクレオチドを含むが、プローブとして使用されるハイブリダイズするポリヌクレオチドは、好ましくは、長さが少なくとも１００、より好ましくは少なくとも２００、又は最も好ましくは少なくとも５００のヌクレオチドを含む。
【００３３】
当該技術分野では、核酸分子を用いたハイブリダイゼーション実験の実施方法は周知であるので、当業者には、本発明にしたがいどのようなハイブリダイゼーション条件を使用すべきかがわかる。こうしたハイブリダイゼーション条件は、「分子クローニング、実験マニュアル（Molecular Cloning, A Laboratory Manual）」コールドスプリングハーバーラボラトリー（１９８９）Ｎ．Ｙ．のような標準の教科書に言及されている。本発明の使用にしたがい好ましいのは、ＭＲＰ１の機能不全又は調節異常に関連する上記ポリヌクレオチド又はその部分にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることが可能である、即ち、本発明のＭＲＰ１ポリペプチドとは異なるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドのような関連のないポリヌクレオチドへは交差ハイブリダイズしない、ポリヌクレオチドである。
【００３４】
さらに、被検者が本明細書の上記により言及されるポリヌクレオチドを含むかどうかを決定する方法は、当該技術分野で周知である。前記方法を行うには、単離細胞又は組織のような生体材料を含む試料を前記被検者から取ることが必要であろう。さらに、当該技術分野で公知の方法は、例えば、ＰＣＲベースの技術、ＰＦＬＰベースの技術、ＤＮＡ配列決定をベースとする技術、ハイブリダイゼーション技術、一本鎖ＤＮＡ高次構造多型（ＳＳＣＰ）、変性勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、ミスマッチ切断検出、ヘテロ二本鎖解析、質量分析法に基づいた技術、ＨＰＬＣベースの技術、プライマー伸長をベースとする技術、及び５’−ヌクレアーゼアッセイをベースとする技術を含む。１以上の上記特定ポリヌクレオチドが存在するか否かを決定するために使用すべき好ましくて簡便な方法は、被検者から血液細胞を単離して、その血液細胞から単離されるゲノムＤＮＡについてＰＣＲベースのアッセイを実施し、それにより、ＰＣＲを使用して、本明細書の上記に特定される前記ポリヌクレオチド又はその部分が存在しているか又は非存在であるかを決定することである。前記方法は、以下及び「実施例」において、より詳しく記載する。
【００３５】
本明細書に使用される用語「対応する」は、ある位置が、それぞれ前述のヌクレオチド及びアミノ酸の番号だけでは決定されないことを意味する。欠失、置換されているか、又は１以上の追加ヌクレオチドを含む場合がある、本発明の使用による所定のヌクレオチド又はアミノ酸の位置は、遺伝子又はポリペプチドの他の場所での欠失やヌクレオチド又はアミノ酸の付加により変動する場合がある。従って、本発明による「対応する位置」では、ヌクレオチド又はアミノ酸が指定の番号においては異なるかもしれないが、それでも類似の隣接ヌクレオチド又はアミノ酸を有する場合があると理解すべきである。交換されているか、欠失されているか、又は追加のヌクレオチド又はアミノ酸を含む場合がある、前記ヌクレオチド又はアミノ酸も、用語「対応する位置」により含まれる。前記ヌクレオチド又はアミノ酸は、例えば、その隣接物と一緒に、遺伝子発現の調節、対応するＲＮＡの安定性、又はＲＮＡ編集に関与し得る配列を生じるとともに、本発明のタンパク質の機能性ドメイン若しくはモチーフをコードする場合がある。
【００３６】
例えば、「１７９７０位〜１７９７０位」は、前記ポリヌクレオチドが、１７９７０位と前記ポリヌクレオチドの対応する野生型バージョンの１７９７０位との間で欠失している１以上の欠失ヌクレオチドを含むことを意味する。同じことが、必要な変更を加えて、同じフォーマットで作成される上記態様において言及される他のすべての位置へ適用される。
【００３７】
例えば、「１２２２位／１２２３位」は、前記ポリヌクレオチドが、１２２２位と前記ポリヌクレオチドの対応する野生型バージョンの１２２３位との間に挿入される１以上の追加ヌクレオチドを含むことを意味する。同じことが、必要な変更を加えて、同じフォーマットで作成される上記態様、即ち、スラッシュ（／）により分離された２つの連続した位置番号において言及される他のすべての位置番号へ適用される。
【００３８】
本発明により、ＭＲＰ１遺伝子の遺伝変異（ＭＲＰ１遺伝子の異なるアレル）の形式及び集団分布が、多くの異なる個体に由来するヒトの前記遺伝子の関連領域の配列解析により解析されている。ＭＲＰ１遺伝子を含む、あらゆる遺伝子の個々の遺伝子構成をもつ個体のゲノムＤＮＡが個体の血液試料から容易に精製可能であることは、周知の事実である。そこで、これらの個別ＤＮＡ試料を使用して、該血液試料を提供した個体中に存在するＭＲＰ１遺伝子のアレルの配列組成を解析する。配列解析は、前記遺伝子の関連領域のＰＣＲ増幅、次にＰＣＲ産物の精製、それに続く、確立した方法（例えば、ＡＢＩダイターミネーターサイクル配列決定法）での自動化ＤＮＡ配列決定により行った。
【００３９】
ヒト血液ゲノムＤＮＡ由来のＰＣＲ産物の直接ＤＮＡ配列決定により個々の遺伝子型を決定し、ＭＲＰ１遺伝子の新規変異体を同定する試みにおいて考慮しなければならない１つの重要なパラメータは、それぞれのヒトが（通常、ごくわずかな異常な例外を除き）それぞれの常染色体遺伝子に２つの遺伝子コピーをもつ（二倍性）という事実である。そのために、配列の評価においては、ホモ接合配列変異だけでなくヘテロ接合変異も明白に同定することができるように十分配慮しなければならない。ＭＲＰ１遺伝子の多型（ホモ接合及びヘテロ接合）の同定及び特性決定における異なる工程の詳細は以下の「実施例」に記載する。
【００４０】
過去２０年にわたり、遺伝的不均一性は、薬物応答における変動の重要な根源としてますます認識されている。多くの科学通信（Meyer, Ann. Rev. Pharmacol. Toxicol. 37 (1997), 269-296 及び West, J. Clin. Pharmacol. 37 (1997), 635-648）は、ある薬物がある患者では他の患者よりよく効くか、又はきわめて有毒になる場合さえあり、薬物に対する患者の応答のそのような変動は、分子ベースのことに相関している可能性があることを明瞭に示している。この「ゲノム薬理」の概念は薬物への応答と患者の遺伝子プロフィールとの間の相関性に注目する（Marshall, Nature Biotechnology, 15 (1997), 954-957; Marshall, Nature Biotechnology, 15 (1997), 1249-1252）。薬物療法に関する集団変異の背景において、ゲノム薬理は、特定薬物に対して副作用を伴わずに応答することができる患者の同定及び選択に有用なツールとして提唱されてきた。この同定／選択は、例えば患者の血液中の白血球由来ＤＮＡの遺伝子型を決定することによる遺伝的多型性の分子診断と疾患の特性決定に基づいてよい（Bertz, Ckin. Pharmacokinet. 32 (1997), 210-256; Engel, J. Chromatogra. B. Biomed. Appl. 678 (1996), 93-103）。米国の健康維持組織や多くのヨーロッパ諸国の政府医療サービスのような医療の創設者にとって、このゲノム薬理学のアプローチは、医療を改善することと、不要な医薬品の開発、無効な医薬品、及び薬物投与による副作用により引き起こされる、医療に関連したコストを削減することの両方の方法になり得る。
【００４１】
本発明の変異遺伝子における突然変異は、アミノ酸の欠失、挿入、及び特に置換を、単独又は組み合わせてもたらすことがある。当然ながら、野生型や他の突然変異型においてそのような突然変異を遺伝子工学的にもたらすことも可能である。前記遺伝子のＤＮＡ配列にそうした修飾を導入する方法は当業者に周知である；例えば、Sambrook,「分子クローニング：実験マニュアル（Molecular Cloning: A Laboratory Manual）」、コールドスプリングハーバーラボラトリー（１９８９）Ｎ．Ｙ．を参照のこと。
【００４２】
本発明のポリペプチドのアミノ酸配列における改変の種類の検討には、インターネットから入手可能であるＢＲＡＳＭＯＬのようなプログラムが使用可能である。さらに、他の適正なコンピュータ・プログラムを使用して、折り畳みのシミュレーションや構造モチーフのコンピュータ再設計を行うことができる（Olszewski, Proteins 25 (1996), 286-299; Hoffman, Comput. Appl. Biosci. 11 (1995), 675-679）。詳細なタンパク質モデルのコンホメーションやエネルギーの解析にコンピュータが使用可能である（Monge, J. Mol. Biol. 247 (1995), 995-1012; Renouf, Adv. Exp. Med. Biol. 376 (1995), 37-45）。これらの解析は、特別な突然変異が薬物の代謝、結合、阻害、治療作用の仲介、及び／又は輸送に及ぼす影響の同定に使用することができる。さらに、本発明の使用において特定されるポリペプチドによりコードされるポリペプチドの改変された構造に関する知識に基づいて、より効率的に代謝、修飾、輸送、消失、及び／又は結合させることができる、上記に言及される物質の誘導体を設計して合成することができる。それにより、本明細書に言及される物質に基づいて、本発明の１以上のポリヌクレオチドの存在を特徴とする遺伝子型を有する被検者における結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がんの治療により有効である薬物又はプロドラッグを設計することができる。
【００４３】
通常、本発明の使用により言及されるポリヌクレオチドによりコードされるタンパク質のアミノ酸配列中の前記アミノ酸の欠失、付加、又は置換は、１以上のヌクレオチドの置換、挿入、又は欠失、又はこれらの組合せによる。好ましくは、前記ヌクレオチドの置換、挿入、又は欠失は、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の３２９位に対応する位置でＰｈｅからＣｙｓへ、４３３位に対応する位置でＡｒｇからＳｅｒへ、及び／又は７２３位に対応する位置でＡｒｇからＧｌｕへのＭＲＰ１遺伝子のアミノ酸置換をもたらす場合がある。本明細書に記載の使用により言及されるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドは、本発明により言及される突然変異により改変された生物学的特性を有する。前記改変された特性の例は、実効化され得るポリペプチドの安定性又はポリペプチドの量であり、例えば、改変された薬物代謝又は改変された薬物輸送又は改変された基質特異性又は改変された触媒活性（例えば、薬物代謝の不足や薬物を代謝する能力の完全な喪失、又は薬物を代謝する能力の亢進を特徴とする）、又は改変された輸送活性（例えば、薬物輸送の不足や薬物を輸送する能力の完全な喪失を特徴とする）、又は改変された基質結合性（例えば、改変された薬物作用を特徴とする）、又は改変された輸送の阻害若しくは誘導、又は受容体や他の標的分子への改変された結合性（例えば、シグナル伝達経路の改変された活性化を特徴とする）、又は改変されたタンパク質若しくは酵素機能をもたらす。これらの改変された特性は、本発明の使用により治療される被検者の、上記に言及される物質への損なわれた薬理学的応答をもたらす。さらに、本明細書に特定される変異アレルによりコードされるポリペプチドの前記改変された特性により、該物質は、被検者にとって危険又は有害であるか、又は望ましくない副作用を引き起こす物質の誘導体をもたらすように化学修飾される場合がある。
【００４４】
本発明により検出されるＭＲＰ１遺伝子中の突然変異を表１及び２に列挙する。当業者に明らかであるように、本明細書に特定されるポリヌクレオチドに関する遺伝的知識を使用して、患者の遺伝子型を正確で信頼し得るほどに特性決定することができる。
【００４５】
有利には、イリノテカン又はその誘導体に基づいた予防若しくは治療の手段は、前記遺伝的知識を考慮するときに、より有効に適用することができる。被検者の遺伝子構成に関する知識により、前記物質の望ましくない副作用は回避することができて、有効であるが有害ではない投与量を個別に計算することができる。さらに、上記によれば、ある既定の薬物が異常な効果を引き起こす症例において、被検者の個別の遺伝子構成に関する知識に基づいて適切な個別の療法を設計することができる。この個別設計（tailored）療法は、治療耐性の出現を回避するにも適しているだろう。前記耐性は、様々な化学療法剤を用いるがん化学療法における１つの重大な問題であり、このことは当該技術分野で周知である。故に、本発明の使用は、本明細書の上記に言及される物質の既知の治療上望ましい効果に基づいた治療適用の改善をもたらすが、これは前記物質の適正な投与量及び／又は適正な誘導体で被検者を個別に治療することが可能だからである。それにより、望ましくない、有害又は有毒な効果が有効に回避される。さらに、本発明の使用は、本明細書の上記に言及される物質の既知の治療上望ましい効果に基づいた治療適用の改善をもたらすが、これは、前記物質を用いた療法から利益を受ける可能性が最も高い被検者を薬物療法の開始に先立って同定し、そういう患者だけを前記物質の適正な投与量及び／又は適正な誘導体で治療することが可能だからである。それにより、前記物質を用いた治療に反応しない被検者（無応答者）の不要で潜在的に有害な治療と、次善の薬物投薬による薬剤耐性の発現を回避することができる。
【００４６】
本発明により、驚くべきことに、ＭＲＰ１遺伝子に対応する変異アレルがイリノテカン又はその誘導体の投与に対する前記被検者の薬理学的応答を改変させることを見出した。故に、本発明の使用により、本明細書に言及される疾患及び障害をより有効に治療することができて、それによる前記療法の手段は被検者にとってより簡便である。さらに、本明細書の上記に言及される物質の投与を含む治療手段の適用可能性を効率的に予測することができる。
【００４７】
本発明の使用の好ましい態様において、前記変異アレルは：
（ａ）配列番号１８１、２０９、２１７、２０５、２７７、２８１、３０１、３２５、２２９、１９３、３１３、２９３、又は２５３のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号６００のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＭＲＰ１遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６４７位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５３２８２位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の２４９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の２５９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１２４６６７位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の３８１、４４０、１６２５位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の３４２１８位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１８０６７又は１７９００位に対応する位置に置換、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６／９２７位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＲＰ１遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６４７位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１８０６７又は１７９００位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の４４０位に対応する位置にＴ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１２４６６７位に対応する位置にＣ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５３２８２位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の２４９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の２５９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の３８１位に対応する位置にＧ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の３４２１８位、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１６２５位に対応する位置にＡ、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６／９２７位に対応する位置にＴの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドあって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の３２９位に対応する位置でアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；
（ｆ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドであって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の３２９位に対応する位置でＰｈｅからＣｙｓへのアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；
から成る群より選択されるポリヌクレオチドを含む。
【００４８】
より好ましくは、前記変異アレルは：
（ａ）配列番号２０９、２０５、２７７、２８１、３０１、又は３２５のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号６００のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＭＲＰ１遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の２４９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の２５９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１２４６６７位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の３８１位に対応する位置に置換、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６／９２７位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＲＰ１遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１２４６６７位に対応する位置にＣ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の２４９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の２５９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の３８１位に対応する位置にＧ、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６／９２７位に対応する位置にＴの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドあって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の３２９位に対応する位置でアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；並びに
（ｆ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドであって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の３２９位に対応する位置でＰｈｅからＣｙｓへのアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；
から成る群より選択されるポリヌクレオチドを含む。
【００４９】
上記になされた用語の説明及び解釈は、必要な変更を加えて、適用することができる。
本発明はまた：
（ａ）本明細書に言及されるポリヌクレオチドを含む変異アレルが存在するか否かを決定すること；及び
（ｂ）治療に有効な投与量のイリノテカンを被検者へ投与すること
を含む、結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がんを治療する方法に関する。
【００５０】
本発明の使用に従って使用される定義は、必要な変更を加えて、上記の方法へ適用される。さらに、本発明の使用により記載されるすべての態様は、必要な変更を加えて、本発明の方法へ適用してよい。さらに、本発明の方法にまた含まれるのは、当業者がその知識と本明細書全体で言及される文書のような先行技術に基づいて造作なくなし得る前記方法のさらなる発展のすべてである。
【００５１】
本発明の使用の好ましい態様において、前記ポリヌクレオチドに含まれるヌクレオチドの欠失、付加、及び／又は置換は、対応する野生型アレルに比べて、変異アレルの発現を改変させる。上記に論じたように、本発明の使用により言及されるアレルは、ＭＲＰ１遺伝子に対応する。当該技術分野では、遺伝子がアミノ酸配列をコードする構造要素だけでなく、前記遺伝子の発現の調節に関与する調節要素を含むことが周知である。構造要素は、アミノ酸配列をコードするか、又はアミノ酸配列をコードしないが、それでも、例えばＲＮＡの安定性やＲＮＡの核内輸送を調節することによってＲＮＡ機能に関わるＲＮＡをコードする場合があるエクソンにより表される。
【００５２】
遺伝子の調節要素は、プロモーター要素又はエンハンサー要素を含む場合があり、このいずれも遺伝子発現の転写制御に関わる可能性がある。当該技術分野では、プロモーターが遺伝子の構造要素の上流に見出されることが周知である。しかしながら、エンハンサー要素のような調節要素は、遺伝子の座全体にわたり分布していることがわかる場合がある。前記要素は、例えば、イントロン、つまり遺伝子のエクソンを分離するゲノムＤＮＡの領域に存在する場合がある。プロモーター若しくはエンハンサー要素は、前記プロモーター若しくはエンハンサー要素を含む遺伝子の調節に関与するポリペプチドを誘引又は結合することが可能であるポリヌクレオチド断片に対応する。例えば、前記遺伝子の調節に関与するポリペプチドは、いわゆる転写因子を含む。
【００５３】
前記イントロンは、適切な遺伝子発現に必要とされるさらなる調節要素を含む場合がある。イントロンは、通常、遺伝子のエクソンと一緒に転写され、エクソンとイントロンの両方の配列を含有する新生（nascent）ＲＮＡ転写物を生じる。イントロンにコードされるＲＮＡ配列は、通常、ＲＮＡスプライシングとして知られるプロセスにより除去される。しかしながら、前記プロセスはまた、ＲＮＡ転写物上に存在する調節配列を必要とし、前記調節配列はイントロンによりコードされる場合がある。
【００５４】
さらに、転写制御と適切なＲＮＡプロセシング及び／又は安定性の制御における機能の他に、遺伝子の調節配列は、遺伝子座の遺伝的安定性の制御にも関与する場合がある。前記要素は、例えば、組換え事象を制御するか、又はＤＮＡのある種の構造や染色体中のＤＮＡの配置を維持するのに役立つ。
【００５５】
故に、一塩基多型（single nucleotide polymorphisms）は、上記のようにアミノ酸配列をコードする遺伝子のアレルのエクソン中だけでなく、上記に論じたプロセスに関与する調節領域中でも起こり得る。本発明の使用により言及されるポリヌクレオチドに含まれる多型は、ＭＲＰ１遺伝子の亢進又は抑制された発現、遺伝子のＲＮＡ転写物の安定化、及び一次ＲＮＡ転写物のプロセシングの改変を伴う機序によりＭＲＰ１タンパク質の発現レベルに影響を及ぼすことができる。
【００５６】
その野生型対照物へ比較したときの変異アレルの発現の改変を決定する方法は、当該技術分野で周知であり、特に本明細書の上記に言及したもの、例えば、ＰＣＲベースの技術、ＰＦＬＰベースの技術、ＤＮＡ配列決定をベースとする技術、ハイブリダイゼーション技術、一本鎖コンホメーション多型（ＳＳＣＰ）、変性勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、ミスマッチ切断検出、ヘテロ二本鎖解析、質量分析法に基づいた技術、ＨＰＬＣベースの技術、プライマー伸長をベースとする技術、及び５’−ヌクレアーゼアッセイをベースとする技術を含む。野生型及び変異体のアレルの発現レベルをそれぞれ決定するための前記方法を実施するに先立って、単離細胞又は組織のような生物学的材料を含む試料を被検者から入手することが必要であろう。本発明の使用による「発現の改変」は、野生型アレルの発現が変異アレルの発現と有意に異なることを意味する。有意差は、スチューデントのｔ検定、χ²検定、又はＭａｎｎとＷｈｉｔｎｅｙによるＵ検定といった標準の統計手法により決定してよい。さらに、当業者は、上記や当該技術分野で知られた他の統計手法を個別に造作なく採用してよい。
【００５７】
本発明の使用のより好ましい態様において、前記発現の改変は、発現の増加又は低下である。
本発明に言及されるアレルの発現が、対応する野生型アレルに比べて増加しているか又は減少しているかを決定するには、ＰＣＲベースの技術、ＰＦＬＰベースの技術、ＤＮＡ配列決定をベースとする技術、ハイブリダイゼーション技術、一本鎖コンホメーション多型（ＳＳＣＰ）、変性勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、ミスマッチ切断検出、ヘテロ二本鎖解析、質量分析法に基づいた技術、ＨＰＬＣベースの技術、プライマー伸長をベースとする技術、及び５’−ヌクレアーゼアッセイをベースとする技術のような周知の方法を適用してよい。上記に論じたように、本発明の使用において言及される変異アレルの発現レベルを決定するには、細胞又は組織を含む試料を被検者から入手することが必要であろう。発現の減少又は増加は、上記アッセイにおける変異体対野生型のアレルの発現レベルの有意差を特徴とする。変異アレルの検出可能発現の非存在も、発現低下に含まれる。
【００５８】
本発明の使用のさらに好ましい態様において、前記ポリヌクレオチドに含まれるヌクレオチドの欠失、付加、及び／又は置換は、対応する野生型アレルによりコードされるポリペプチドに比べて、変異アレルによりコードされるポリペプチドの活性を改変させる。
【００５９】
上記に論じたように、本明細書に特定され、ＭＲＰ１遺伝子のコード領域に対応するポリヌクレオチドを含む変異アレルは、前記変異アレルによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列に影響を及ぼす。故に、変異ポリペプチドは、その対応する野生型対照物に比べて、改変した生物学的及び／又は免疫学的特性を示す。本発明の使用による好ましい変異ポリペプチドは、改変された生物学的活性（即ち、低下、亢進、又は完全に喪失した触媒活性をもたらす改変された酵素機能、又は低下、亢進、又は完全に喪失した輸送機能をもたらす改変された輸送機能、又は、シグナル伝達経路の改変された活性化、又は輸送体若しくは酵素の機能の阻害を改変させる、受容体や他の薬物標的への改変された結合性）を示すものである。野生型及び変異体のポリペプチドの活性をそれぞれ決定するための前記方法を実施するに先立って、単離細胞又は組織のような生物学的材料を含む試料を被検者から入手することが必要であろう。変異ポリペプチドがその野生型の対応する対照物に比べて活性又は発現レベルが改変されているかどうかは、当該技術分野で周知の標準技術により決定することができる。そのような標準技術は、例えば、ＥＬＩＳＡベースのアッセイ、ＲＩＡベースのアッセイ、ＨＰＬＣベースのアッセイ、質量分析法をベースとするアッセイ、ウェスタンブロット解析、又は、ＭＲＰ１について当該技術分野で知られ、［Keppler, et al., 1997, Biol Chem 378: 787-91, Suzuki, et al., 1994, Adv Prostaglandin Thromboxane Leukot Res 22: 83-9, Scheffer, et al., 2000, Cancer Res 60: 5269-77, Konig, et al., 1999, Biochim Biophys Acta 1461: 377-94, Kool, et al., 1997, Cancer Res 57: 3537-47, Bakos, et al., 2000, Mol Pharmacol 57: 760-8, Keppler, et al., 1998, Chem Biol Interact 112: 153-61, Leier, et al., 2000, Kidney Int 57: 1636-42, Evers, et al., 2000, Br J Cancer 83: 366-74, Evers, et al., 2000, Br J Cancer 83: 375-83］に記載されているアッセイを含む場合がある。
【００６０】
本発明の使用による「活性の改変」は、野生型ポリペプチドの活性が変異ポリペプチドから有意に異なることを意味する。有意差は、上記に言及される標準的な統計手法により決定することができる。
【００６１】
最も好ましくは、前記活性の改変は、活性の低下又は増加である。
発現の増加又は減少について論じたように、活性の減少又は増加は、本明細書に言及されるアッセイにおける、野生型ポリペプチドに対する変異体の活性の有意差を特徴とする。変異アレルの検出可能な活性の非存在も、減少した活性に含まれる。
【００６２】
さらに、本発明の使用のさらに好ましい態様において、前記被検者は動物である。
上記のように、本発明の使用による被検者には動物が含まれる。本明細書に使用される用語「動物」にはすべての動物、好ましくは脊椎動物科に属する動物、より好ましくは哺乳動物が含まれる。さらに、動物は、遺伝子導入（transgenesis）及び相同的組換えを含む周知の技術により遺伝子工学的に処理し、上記に言及される１以上のポリヌクレオチドを前記動物のゲノムへ取込ませてよい。遺伝子工学処理動物を含む前記動物は、本明細書に言及される物質又はその誘導体、好ましくはイリノテカンに基づいた薬物又はプロドラッグの薬理学的効果を研究するために使用することができる。
【００６３】
上記により、最も好ましくは、前記動物はマウス又はラットである。前記動物は、Giovanella, et al., 1991, Cancer Res 51: 3052-5, Kunimoto et al., 1987, Cancer Res 47: 5944-7, Kaneda, et al., 1990, Cancer Res 50: 1715-20 に詳しく記載されるように、本発明の使用により言及される物質又は誘導体の薬理特性をアッセイするのに特によく適している。
【００６４】
好ましくは、前記マウスは、機能性ＭＲＰ１を欠いている。当該技術分野では、機能性シトクロムＰ４５０、ＭＲＰ１、又はＭＤＲ１を欠く前記マウスがいかにして入手可能であるかが周知である。例えば、前記マウスは、ＭＲＰ１については Rappa, et al., 2000, Biochemistry 39: 3304-10, Schinkel, 1998, Int J Clin Pharmacol Ther 36: 9-13, Schinkel, et al., 2000, Pharmacogenetics 10: 583-90 に記載されるように相同的組換えにより産生してよい。
【００６５】
さらに、本発明の使用の別の好ましい態様において、前記被検者はヒトである。
特に、本発明は、上記から明らかであるように、ヒトへ適用可能である。本発明の使用は、結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がん罹患患者において副作用を治療又は予防するために適用することが可能である。上記の物質又はその誘導体の薬理効果はヒトにおいて周知である。しかしながら、従来の療法は患者の個別の遺伝子組成を考慮しない。人種集団は異なる遺伝的背景を有し、それは変異アレルの機能又は調節に影響を及ぼし、それにより、本発明による薬物又はプロドラッグの基礎として使用される物質又は誘導体に対する患者の薬理学的応答を改変させる場合がある。
【００６６】
上記のことに照らし、最も好ましくは、前記ヒトがアフリカ人又はアジア人である。
アジアの人口集団（１６％）は、白人（３９％）に比べて、より低い頻度のＵＧＴ１Ａ１低発現体（low expressor）遺伝子型（ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：１１１１８７４０）の１７４９９０〜１７４９９３位に対応する位置でのホモ接合野生型）を示すので、イリノテカン毒性に罹患する可能性がより少ない。一方、このアレルは、アフリカ人（４３％）においてより一般的であるが、彼らは、そのホモ接合遺伝子型が７％で起こる別の低発現体のアレル（ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：１１１１８７４０）の１７４９８９／１７４９９０位に対応する位置でのＴＡ挿入）を追加的に有する。故に、アフリカ人は、イリノテカン関連の有害事象により感受性がある（［Beutler, et al., 1998, Proc Natl Acad Sci U S A 95: 8170-4, Lampe, et al., 1999, Pharmacogenetics 9: 341-9, Hall, et al., 1999, Pharmacogenetics 9: 591-9］からの人口頻度データ）。
【００６７】
本発明はまた、結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がん罹患患者に適正な療法を選択する方法に関し、前記方法は：
（ａ）被検者から入手した試料中の前記被検者のゲノムにおける上記に言及される変異アレルが存在するか否かを決定すること；及び
（ｂ）（ａ）で得られた結果に基づいて前記被検者に適正な療法を選択すること
を含む。
【００６８】
上記になされた用語の定義及び説明は、必要な変更を加えて、上記の方法へ適用される。
本明細書に使用される用語「適正療法」は、本発明により物質が選択され、前記物質が一定の投与量で被検者へ投与されることを意味し、ここで前記物質と前記投与量は、本明細書の使用により言及される変異アレルが存在するか否かに関する知識に基づいて選択される。前記物質と該物質の前記投与量は、一方では、それらが結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がんを治療するのに最も有効であるように、他方では、それらが有毒又は望ましくない副作用を引き起こさないように選択される。
【００６９】
上記から明らかであるように、適正療法を選択するための前提条件は、本発明の使用により言及される変異アレルが存在するか否かに関する知識である。故に、本発明の方法には、前記被検者から入手した試料における前記変異アレルが存在するか否かの決定が含まれる。被検者により入手される試料は、単離細胞又は組織のような、前記変異アレルが存在するか否かの決定に適している生物学的材料を含む。本発明の方法の変異アレルが存在するか否かの決定の方法は、本明細書の上記に言及される方法を含む。
【００７０】
本発明の方法により、被検者、好ましくは、結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がんに罹患しているヒトへの適正療法を効率的に選択することが可能である。それにより、誤った医薬品に基づいた患者の誤った治療と、がん療法への耐性の発現のようなその結果、及びそれに続く医療費の増加を有効に回避することができる。さらに、高リスクである患者は、初回投薬に先立って治療から除外することが可能である、及び／又は、薬物療法の開始に先立って、投与量を個人の遺伝子組成に従って調整することが可能である。また、上記輸送体遺伝子（例、ＭＲＰ１）の阻害剤を、遺伝的に規定される患者亜集団に適用してもよい。このように、時間浪費の高額な薬物モニタリングをベースとする用量決定をせずに、有害効果を回避して、最適な薬物レベルにより速やかに達することができる。これにより、疾患の医療コストと間接コストを抑えることができる（例えば、患者の入院の期間短縮と頻度低下）。
【００７１】
本発明には以下の２７項も含まれる。上記になされた定義と説明は、必要な変更を加えて、以下の特許請求の範囲を特徴付けるために使用される用語へ適用される。
１． がん罹患患者を治療するためにイリノテカンを使用する方法であって：
（ａ）該患者がＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルをがん性組織に有するかどうかを決定すること；
（ｂ）変異アレルの１以上を有する患者において、変異アレルを有する患者を治療するのに十分であるイリノテカンの量を該患者へ投与することを含み、該量が、ＭＲＰ１遺伝子中の患者のアレルを考慮せずに投与される量に比較して増やされるか又は減らされる、前記方法。
【００７２】
２． がんが、結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、又は膵臓がんである、第１項に記載の方法。
３． （ａ）１以上の変異アレルが患者のＭＲＰ１遺伝子産物の発現を低下させ、それにより患者へ投与されるイリノテカンの量が毒性を避けるために減らされる；又は
（ｂ）１以上の変異アレルが患者のＭＲＰ１遺伝子産物の発現を増加させ、それにより患者へ投与されるイリノテカンの量が効力を高めるために増やされる、第２項に記載の方法。
【００７３】
４． １以上の変異アレルがＭＲＰ１遺伝子のプロモーター領域にある、第３項に記載の方法。
５． １以上の変異アレルがＭＲＰ１遺伝子のコード領域にある、第３項に記載の方法。
【００７４】
６． １以上の変異アレルがＭＲＰ１遺伝子のプロモーター領域にもコード領域にもない、第３項に記載の方法。
７． １以上の変異アレルがＭＲＰ１遺伝子のプロモーター領域とコード領域の両方にある、第３項に記載の方法。
【００７５】
８． １以上の変異アレルが：
（ａ）配列番号１６９、１７０、１７３、１７４、１７７、１７８、１８１、１８２、１８５、１８６、１８９、１９０、１９３、１９４、１９７、１９８、２０１、２０２、２０５、２０６、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２１８、２２１、２２２、２２５、２２６、２２９、２３０、２３３、２３４、２３７、２３８、２４１、２４２、２４５、２４６、２４９、２５０、２５３、２５４、２５７、２５８、２６１、２６２、２６５、２６６、２６９、２７０、２７３、２７４、２７７、２７８、２８１、２８２、２８５、２８６、２８９、２９０、２９３、２９４、２９７、２９８、３０１、３０２、３０５、３０６、３０９、３１０、３１３、３１４、３１７、３１８、３２１、３２２、３２５、３２６、３２９、３３０、３３３、及び／又は３３４のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号６００、６０２、及び／又は６０４のいずれか１つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）多剤耐性タンパク質１（ＭＲＰ１）遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５７９９８、５７８５３、５３２８２、及び／又は３９５０８位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６６７、１３７６４７、１３７７１０、１２４６６７、及び／又は３８６４６位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の２７２５８、２７１５９、３４２１８、３４２１５、５５４７２、及び／又は３４２０６〜３４２０７位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の２１１３３、１４００８、１８０６７、１７９７０、１７９００、及び／又は１８１９５位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の７９、８８、及び／又は２４９位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５及び／又は２５９位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２５２７７）の１５０７２７及び／又は３３５５１位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２８）の１７４位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２９）の２４８及び／又は２５８位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１８８４、１６２５、１１６３、３８１、２３３、１８９、４４０、及び／又は１７２０〜１７２３位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６９２７、及び／又は４３７／４３８位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの挿入、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の５５１５６／５５１５７位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＲＰ１遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の２１１３３、１４００８、及び／又は１８１９５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の２７２５８及び／又は３４２１８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の７９位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５７９９８及び／又は５７８５３位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６６７及び／又は１３７６４７位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２５２７７）の１５０７２７及び／又は３３５５１位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２９）の２４８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１８８４、１６２５、２３３、及び／又は１８９位に対応する位置にＡ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の３９５０８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１７９００、１８０６７、及び／又は１８１９５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２８）の１７４位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の４４０及び／又は１１６３位に対応する位置にＴ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の８８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の２７１５９、５５４７２、及び／又は３４２１５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１２４６６７及び／又は３８６４６位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５３２８２位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７７１０位に対応する位置にＣ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の２４９位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２９）の２５８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の２５９位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の３８１位に対応する位置にＧ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１７９７０位に対応する位置にＴの欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の３４２０６〜３４２０７位に対応する位置にＡＴの欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１７２０〜１７２３位に対応する位置にＧＧＴＡの欠失、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６／９２７位に対応する位置にＴの挿入、及び／又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の４３７／４３８位に対応する位置にＴＣＣＴＴＣＣの挿入、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の５５１５６／５５１５７位に対応する位置にＴＧＧＧＧＣの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドあって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の６００、６０２、及び／又は６０４位に対応する位置でアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；
（ｆ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドであって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の２３９位に対応する位置でＰｈｅからＣｙｓへ、及び／又はＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の４３３位に対応する位置でＡｒｇからＳｅｒへ、及び／又はＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の７２３位に対応する位置でＡｒｇからＧｌｎへのアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；
から成る群より選択されるポリヌクレオチドを含む、第３項に記載の方法。
【００７６】
９． １以上の変異アレルが：
（ａ）配列番号１８１、２０９、２１７、２０５、２７７、２８１、３０１、３２５、２２９、１９３、３１３、２９３、又は２５３のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号６００のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＭＲＰ１遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６４７位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５３２８２位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の２４９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の２５９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１２４６６７位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の３８１、４４０、１６２５位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の３４２１８位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１８０６７又は１７９００位に対応する位置に置換、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６／９２７位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＲＰ１遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６４７位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１８０６７又は１７９００位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の４４０位に対応する位置にＴ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１２４６６７位に対応する位置にＣ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５３２８２位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の２４９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の２５９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の３８１位に対応する位置にＧ、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の３４２１８位、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１６２５位に対応する位置にＡ、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６／９２７位に対応する位置にＴの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドあって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の３２９位に対応する位置でアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；並びに
（ｆ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドであって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の３２９位に対応する位置でＰｈｅからＣｙｓへのアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；
から成る群より選択されるポリヌクレオチドを含む、第８項に記載の方法。
【００７７】
１０． １以上の変異アレルが患者のＭＲＰ１遺伝子産物の発現を低下させ、それにより患者へ投与されるイリノテカンの量が減らされる、第８項に記載の方法。
１１． １以上の変異アレルが患者のＭＲＰ１遺伝子産物の発現を増加させ、それにより患者へ投与されるイリノテカンの量が増やされる、第８項に記載の方法。
【００７８】
１２． １以上の変異アレルが患者のＭＲＰ１遺伝子産物の発現を低下させ、それにより患者へ投与されるイリノテカンの量が減らされる、第９項に記載の方法。
１３． １以上の変異アレルが患者のＭＲＰ１遺伝子産物の発現を増加させ、それにより患者へ投与されるイリノテカンの量が増やされる、第９項に記載の方法。
【００７９】
１４． 患者がＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルを有するかどうかを決定することを含む、患者がイリノテカンを用いた治療に対して中毒反応のリスクがあるかどうかを決定する方法。
【００８０】
１５． 患者へ投与するイリノテカンの量を減らすことをさらに含む、第１４項に記載の方法。
１６． がん罹患患者へイリノテカンを投与するための最適治療方式を決定する方法であって：
（ａ）該患者がＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルを有するかどうかを決定すること；
（ｂ）変異アレルの１以上を有する患者において、イリノテカンの量を、ＭＲＰ１遺伝子中の患者のアレルを考慮せずに投与される量に比較して増やすか又は減らすことを含む、前記方法。
【００８１】
１７． ＭＲＰ１遺伝子産物の発現レベルが一般集団より低いので、イリノテカンへの高い感受性を示すような、ＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルを有する患者においてがんを治療する方法であって、減らした量のイリノテカンを該患者へ投与することを含む、前記方法。
【００８２】
１８． ＭＲＰ１遺伝子産物の発現レベルが一般集団より高いので、イリノテカンへの耐性又は耐性素質を示すような、ＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルを有する患者においてがんを治療する方法であって、増やした量のイリノテカンを該患者へ投与することを含む、前記方法。
【００８３】
１９． 耐性又は耐性素質を示す変異アレルを有する患者をＭＲＰ１阻害剤で治療する、第１８項に記載の方法。
２０． ＭＲＰ１阻害剤が、ＳＤＺ−ＰＳＣ ８３３、ＳＤＺ ２８０−４４６、ＭＫ５７１、ＭＳ２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、ベラパミル、ベンズブロマロン、ジピリダモール、フロセミド、γ−ＧＳ（ナフチル）システイニル−グリシンジエチルエステル、ゲニステイン、キニジン、リファンピシン、ＲＵ４８６、スルフィンピラゾンから成る群より選択される、第１９項に記載の方法。
【００８４】
２１． ＭＲＰ１遺伝子産物のがん性細胞における発現レベルの変化をアッセイすることによって治療の間に患者をモニターすることをさらに含み、それによりＭＲＰ１遺伝子産物の発現レベルの増加を、患者へ投与するイリノテカンの量の増加により補填する、第１７項に記載の方法。
【００８５】
２２． 患者においてがんを治療する方法であって、有効量のイリノテカンを該患者へ体内投与することを含み、ここで治療方式は、患者のＭＲＰ１遺伝子の遺伝子型に基づいて変更される、前記方法。
【００８６】
２３． がんに罹患している患者の集団を治療する方法であって：
（ａ）該患者がＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルを有するかどうかを、患者一人一人のベースで決定すること；
（ｂ）変異アレルの１以上を有する患者において、変異アレルを有する患者を治療するのに十分であるイリノテカンの量を該患者へ投与することを含み、該量が、ＭＲＰ１遺伝子中の患者のアレルを考慮せずに投与される量に比較して増やされるか又は減らされる、前記方法。
【００８７】
２４． がん罹患患者においてイリノテカンへの感受性を予測する方法であって、該患者がＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルを有するかどうかを決定することを含み、該アレルはがん性細胞が少量又は多量のＭＲＰ１遺伝子産物を発現することを示し、それにより低い発現はイリノテカンへの高い感受性を示し、高い発現はイリノテカンへの耐性又は耐性素質を示す、前記方法。
【００８８】
２５． 耐性又は耐性素質を示す遺伝子型を有する患者をＭＲＰ１阻害剤で治療する、第２４項に記載の方法。
２６． ＭＲＰ１阻害剤が、ＳＤＺ−ＰＳＣ ８３３、ＳＤＺ ２８０−４４６、ＭＫ５７１、ＭＳ２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、ベラパミル、ベンズブロマロン、ジピリダモール、フロセミド、γ−ＧＳ（ナフチル）システイニル−グリシンジエチルエステル、ゲニステイン、キニジン、リファンピシン、ＲＵ４８６、スルフィンピラゾンから成る群より選択される、第２５項に記載の方法。
【００８９】
２７． 耐性又は耐性素質を示す遺伝子型を有する患者を、がん性細胞におけるＭＲＰ１遺伝子産物の発現レベルをアッセイすることによって、治療の間にモニターする、第２６項に記載の方法。
【００９０】
本明細書の上記に言及される「発現低下」には、機能性遺伝子産物をコードする転写物の有意に減少した量だけでなく、活性を有さないか又は有意に減少した活性を有する遺伝子産物をコードする転写物の正常量又は上昇量さえ含まれる。
【００９１】
「ＭＤＲ１遺伝子中の患者のアレルを考慮せずに投与される量に比較して」は、遺伝子型を考慮せずにその必要な患者へ標準量が定常的に投与されることを意味する。そうした一般的な患者の集団は、正常な遺伝子型、即ち野生型の遺伝子型を有するとみなされる。
【００９２】
さらに、本発明には、ＭＲＰ１の発現レベル（以下、発現プロフィールと呼ぶ）、又はＭＲＰ１タンパク質のタンパク質レベル（以下、タンパク質プロフィールと呼ぶ）、又は前記タンパク質の活性レベル（以下、活性プロフィールと呼ぶ）を決定することを含む、療法を改善及び／又は変更する方法が含まれる。
【００９３】
本発明の文脈において言及される用語「発現レベル」は、ＰＬＡ２のようなハウスキーピング遺伝子の転写物の量に対する、検出可能量のＭＲＰ１遺伝子の転写物の検出可能な量を意味する。転写物の量は、ノーザン解析、ＲＮＡアーゼ保護アッセイ、Ｔａｑ−Ｍａｎ解析を含むＰＣＲベースの技術を含む、標準的な分子生物学の技術によって決定することができる。好ましくは、この決定は、付帯の実施例４及び５に記載のように行ってよい。用語「発現プロフィール」は、ＭＲＰ１遺伝子の発現レベルを決定し、該発現レベルを基準標準品と比べることを意味する。基準標準品として、好ましくは、そのゲノムに各遺伝子の上記野生型アレルを有する被検者の細胞又は組織より転写物を入手する。
【００９４】
用語「タンパク質レベル」は、ＰＬＡ２のようなハウスキーピング遺伝子によりコードされるタンパク質の量に対する、検出可能量のＭＲＰ１を意味する。タンパク質の量は、ウェスタン解析、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、又は当該技術分野で知られる他の抗体ベースの技術のような標準的な生化学の技術により決定することができる。用語「タンパク質プロフィール」は、上記タンパク質のパネルのタンパク質レベルを決定し、該タンパク質レベルを基準標準品と比べることを意味する。基準標準品として、好ましくは、そのゲノムに各遺伝子の上記野生型アレルを有する被検者の細胞又は組織よりタンパク質を入手する。
【００９５】
用語「活性レベル」は、（例えば、ＭＲＰ１遺伝子の対応する野生型アレルによりコードされるタンパク質の）好適な基準標準品に比べた活性に対する、本発明に開示されるこれら遺伝子のアレル変異体によりコードされるＭＲＰ１の検出可能な生物学的活性を意味する。上記タンパク質についての生物学的アッセイは当該技術分野で周知であり、Hallo et al., Anticancer Res. 1998, 18: 2981-7 に記載されている。基準標準品として、好ましくは、そのゲノムに各遺伝子の上記野生型アレルを有する被検者の細胞又は組織よりタンパク質を入手する。
【００９６】
上記の方法は、好ましくは、（ｉ）腫瘍療法の特定の段階の間に患者より腫瘍試料を入手する工程；及び（ｉｉ）ＭＲＰ１の発現プロフィール、タンパク質プロフィール、又は活性プロフィールを決定する工程を含む。発現プロフィールに基づいて、臨床医は、効率的に療法を採択することができる。このことは、とりわけ、投与量の調整を含み、及び／又はＭＲＰ１阻害剤の投与が含まれる。好ましくは、前記阻害剤は、以下の阻害剤の群より選択される：ＳＤＺ−ＰＳＣ ８３３、ＳＤＺ ２８０−４４６、ＭＫ５７１、ＭＳ２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、ベラパミル、ベンズブロマロン、ジピリダモール、フロセミド、γ−ＧＳ（ナフチル）システイニル−グリシンジエチルエステル、ゲニステイン、キニジン、リファンピシン、ＲＵ４８６、スルフィンピラゾン、三環系イソオキサゾール（例、ＬＹ ４０２９１３）（http://bigfoot.med.unc.edu/watkinsLab/intesinfo.htm, Paul Watkins, ノースカロライナ大学）。
【００９７】
最後に、本発明には、患者が、本発明の文脈において言及される薬物に対して耐性を発現したかどうかを決定する方法が含まれる。前記方法は、（ｉ）腫瘍療法の特定の段階の間に患者より腫瘍試料を入手する工程；及び（ｉｉ）ＭＲＰ１の発現レベルを決定する工程を含む。各遺伝子の発現は、実施例４及び５の記載又は上記の記載のように決定してよい。前記発現プロフィールの評価に基づいて、臨床医は、より効率的に療法を採択することができる。このことは、とりわけ、投与量の調整を含み、及び／又は上記のようなＭＲＰ１阻害剤の投与が含まれる。
【００９８】
本明細書に引用される文書（製造業者の仕様書、指示書、等を含む）は、いずれも参照により本明細書に援用される。
本願において配列同定番号（配列番号）により言及される核酸配列及びアミノ酸配列を以下の表１、２に収載する。多型ヌクレオチドの位置について、以下の代用文字を核酸配列において使用する：Ｒ、Ｇ、又はＡ；Ｙ、Ｔ又はＣ；Ｍ、Ａ又はＣ；Ｋ、Ｇ又はＴ；Ｓ、Ｇ又はＣ；Ｗ、Ａ又はＴ。
【００９９】
アミノ酸配列は１文字記号で示す。多型アミノ酸位置の文字Ｘは、修飾アミノ酸又はその対応する野生型アミノ酸を示す（受入番号を参照のこと）。
さらに、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号を参照することにより本明細書に言及されるすべての核酸及びアミノ酸の配列を以下の図４〜２９に示す。
【０１００】
【表１−１】

【０１０１】
【表１−２】

【０１０２】
【表１−３】

【０１０３】
【表１−４】

【０１０４】
【表１−５】

【０１０５】
【表１−６】

【０１０６】
【表１−７】

【０１０７】
【表１−８】

【０１０８】
【表１−９】

【０１０９】
【表１−１０】

【０１１０】
【表１−１１】

【０１１１】
【表１−１２】

【０１１２】
【表１−１３】

【０１１３】
【表１−１４】

【０１１４】
【表１−１５】

【０１１５】
【表１−１６】

【０１１６】
【表２−１】

【０１１７】
【表２−２】

【０１１８】
【表２−３】

【０１１９】
【表２−４】

【０１２０】
【表２−５】

【０１２１】
本発明を、以下の生物学的実施例を参照にして説明するが、これは単に例示であって、本発明の範囲を制限するものと解釈してはならない。
【実施例１】
【０１２２】
ＭＤＲ１遺伝子（受入番号：Ｍ２９４４５）の１７６位に対応する位置でのＣからＴへの置換の表現型上の影響
ＭＤＲ１エクソン２６ＳＮＰ Ｃ３４３５Ｔとも呼ばれるＭＤＲ１遺伝子（受入番号：Ｍ２９４４５）の１７６位に対応する位置での単一ヌクレオチドＣからＴへの置換の、腸のＰ−糖タンパク質（ＰＧＰ）発現に及ぼす影響を検討するために、シュツットガルトのマーガレット・フィッシャーボッシュ博士研究所の臨床薬理学部門で、２１名の生検試料と十二指腸の小腸上皮細胞調製物を定量的免疫組織化学とウェスタンブロットにより検討した。この結果を図１に示す。Ｔアレルのホモ接合保有者（ＭＤＲ１遺伝子（受入番号：Ｍ２９４４５）の１７６位に対応する位置にＴを有する）は、Ｃアレルのホモ接合保有者（ＭＤＲ１遺伝子（受入番号：Ｍ２９４４５）の１７６位に対応する位置にＣを有する）に比べて、有意により高いＰＧＰレベルを示した。ヘテロ接合遺伝子型を有する個体は、中間レベルのＰＧＰ発現を示した。
【０１２３】
さらに、ジゴキシンの腸取込みに関連する薬物動態に対するＭＤＲ１遺伝子型の影響をベルリン大学医療センター、Ｃｈａｒｉｔｅでの臨床試験において検討した。定常状態での最大ジゴキシン血液レベル（Ｃｍａｘ）は、ジゴキシンの経口適用後の１４名の健常ボランティアのＭＤＲ１ ３４３５Ｃ＞Ｔ遺伝子型に相関していた。図２は、Ｔアレルについてホモ接合であるボランティアがＣ／Ｃ遺伝子型を有するボランティアより統計的に有意に低いジゴキシンレベルを示すことを示し（ｐ＝０．００６，Ｍａｎｎ Ｗｈｉｔｎｅｙ Ｕ検定）、ジゴキシン薬物動態に対するこの多型の影響を反映する。
【実施例２】
【０１２４】
ＭＲＰ１基質を用いた治療中のＭＲＰ１発現及び副作用とＭＲＰ１多型の相関性
ＭＲＰ１遺伝子における機能性の多型は輸送活性に影響を及ぼし、それが結果としてＭＲＰ１基質薬物の血漿レベル及び／又は細胞内濃度を変調させる。そのような薬物のレベルが増加すると副作用をもたらす場合があるのに対し、レベルが減少すると、治療以下の薬物レベルと治療の失敗をもたらす場合がある。ＭＲＰ１多型は、ＭＲＰ１基質薬物で治療される患者における薬物関連有害効果の発生と治療効力に相関した。症例コントロール試験において、ＭＲＰ１ ＳＮＰの頻度分布を、シスプラチン関連の腎毒性に罹患した患者の群と抗がん剤により引き起こされる腎及び肝毒性を有する患者の群、健常対照者の群との間で比較した。さらに、既知のＭＲＰ１ ｍＲＮＡレベルの試料をＭＲＰ１遺伝子型についてスクリーニングした。抗がん治療の間に腎及び肝毒性を示す患者の群における結果を、１つのＭＲＰ１ ＳＮＰについて以下の表に収載する：
【０１２５】
【表３】

【０１２６】
対照試料とは対照的に、Ａアレル（ＭＲＰ１遺伝子、受入番号：ＡＣ０２５２７７の１５０７２７位による位置でのＧからＡへの置換）は、健常対照に比べて、薬物関連の腎及び肝臓副作用に罹患している患者で統計的に有意に（ｐ＝０．０４４、χ²検定）過剰表出していたので、これにより上記副作用を予測した。
【０１２７】
さらに、２つのＭＲＰ１ ＳＮＰ、９５Ｔ＞Ｃ（配列番号２０９、２１０、２１１、及び２１２、ＭＲＰ１遺伝子、受入番号：ＡＦ００２２８３１の９６位に対応する位置でのＴからＣへのヌクレオチド置換）と２５９Ａ＞Ｇ（配列番号２７７、２７８、２７９、及び２８０、ＭＲＰ１遺伝子、受入番号：ＡＦ０２２８３１の２５９位に対応する位置でのＡからＧへのヌクレオチド置換）について、リファンピシン適用の前と後でのｍＲＮＡ発現とＭＲＰ１遺伝子型の関連性を検出した。これらのＳＮＰは連鎖していて、１つのアレルを形成する。図３に例示されるように、２つの独立した実験（リファンピシン誘導の有無）において、突然変異アレル（ＭＲＰ１ｍｕｔ，ＭＲＰ１遺伝子、受入番号：ＡＦ０２２８３１の９５位にＣ、２５９位にＧ）は、減少したＭＲＰ１ ｍＲＮＡ発現に、そして野生型アレル（ＭＲＰ１ｗｔ，ＭＲＰ１遺伝子、受入番号：ＡＦ０２２８３１の９５位にＴ、２５９位にＡ）は、増加したＭＲＰ１発現に統計的に有意に相関している。
【０１２８】
ＭＲＰ１ ｍＲＮＡ含量におけるこの差異は、ＭＲＰ１遺伝子型に関連した個体間の差異に基づくので、これらＳＮＰの解析は、ＭＲＰ１発現レベルについて、そしてＭＲＰ１基質薬物の治療アウトカムと有害効果を予測するのに、診断及び予後の上できわめて有用である。
【実施例３】
【０１２９】
投与量の算出
イリノテカンの治療効力と有害効果は、親化合物及び活性代謝物（例えば、ＳＮ−３８）の血漿レベル及び細胞内濃度、即ち、ＣＹＰ３Ａ５及びＭＲＰ１に関連した代謝により制御されるプロセス、並びにＭＲＰ１及びＭＤＲ１に関連した輸送プロセスに依存する［Atsumi, et al., 1991, Xenobiotica 21: 1159-69, Iyer, et al., 1998, J Clin Invest 101: 847-54, Ciotti, et al., 1999, Biochem Biophys Res Commun 260: 199-202, Santos, et al., 2000, Clin Cancer Res 6: 2012-20, Kuhn, 1998, Oncology (Huntingt) 12: 39-42, Chen, et al., 1999, Mol Pharmacol 55: 921-8, Chu, et al., 1997, Cancer Res 57: 1934-8, Chu, et al., 1997, J Pharmacol Exp Ther 281: 304-14; Chu, et al., 1998, Cancer Res 58: 5137-43, Chu, et al., 1999, Drug Metab Dispos 27: 440-1, Chu, et al., 1999, J Pharmacol Exp Ther 288: 735-41, Mattern, et al., 1993, Oncol Res 5: 467-74, Hoki, et al., 1997, Cancer Chemother Pharmacol 40: 433-8, Sugiyama, et al., 1998, Cancer Chemother Pharmacol 42: S44-9］。例えば、ＭＲＰ１は、細胞の解毒系の一部としてグルクロノシルトランスフェラーゼと緊密に作用し、ＳＮ−３８Ｇのようなグルクロノシル抱合体を輸送することが知られている［Konig et al., 1999, Biochim Biophys Acta 1461: 377-394, Kerb et al., 2001, Pharmacogenomics 2: 51-64］。例えば、ＳＮ−３８Ｇが細胞から胆汁へ輸送される程度は、その形成の速度に大いに影響を及ぼす。ＳＮ−３８の効率的な解毒には、ＭＲＰ１による抱合とグルクロニドの輸送という両方のプロセスが必要である。
【０１３０】
ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（受入番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の４７５１８Ｔ＞Ｃ（配列番号１３７、１３８、１３９、及び１４０）及び９７３６Ａ＞Ｇ（配列番号１４９、１５０、１５１、１５２）のヌクレオチド置換とＣＹＰ３Ａ５遺伝子（受入番号：ＧＩ：１１１７７４５２）の１４５６０１Ｔ＞Ｇ（配列番号１４１、１４２、１４３、１４４）及び１４５９２９Ａ＞Ｇ（配列番号１４５、１４６、１４７、及び１４８）のヌクレオチド置換は、高いＣＹＰ３Ａ５発現に関連したアレルを生じ、故に、イリノテカンのより高い代謝不活性化に関連する。このアレルを有する個体は、強い新陳代謝体（extensive metabolizers; ＥＭ）であるので、残りの弱い新陳代謝体（poor metabolizers; ＰＭ）とは対照的に、イリノテカンの毒性に罹患する可能性はより低い。１つの高発現体（high expresser）と１つの低発現体（low expresser）に関連したアレルを１つずつ有する人々は、中間の新陳代謝体（ＩＭ）とみなされる。
【０１３１】
ＭＤＲ１遺伝子（受入番号：Ｍ２９４４５）の１７６Ｃ＞Ｔヌクレオチド置換（配列番号２１７、２１８、２１９、及び２２０）は低いＰＧＰ発現に関連した低い薬物流出に関連し、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５Ｔ＞Ｃ（配列番号２０９、２１０、２１１、及び２１２）及び２５９Ａ＞Ｇ（配列番号２７７、２７８、２７９、及び２８０）ヌクレオチド置換は低いｍＲＮＡ発現に関連し、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｍ２９４４５）の１５０７２７Ｇ＞Ａヌクレオチド置換（配列番号２１７、２１８、２１９、及び２２０）は低いＰＧＰ発現に関連した低い薬物流出に関連し、そして、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２５２７７）の１５０７２７Ｇ＞Ａヌクレオチド置換（配列番号２１７、２１８、２１９、及び２２０）は有害効果に関連する。故に、低い輸送体の発現に関連したアレルを担う個体は、有毒化合物を細胞から一掃することがさほど可能ではない。輸送と代謝はいずれも遺伝子の量に依存したやり方で影響を受ける。それぞれの輸送タンパク質の低い発現に関連したアレルの数に従って、個体は、各遺伝子の強い輸送能力（ＥＴ）、中間の輸送能力（ＩＴ）又は弱い輸送能力（ＰＴ）のいずれかを有するとして分類することができる。
【０１３２】
イリノテカンでの治療の開始に先立つ遺伝子検査により、患者のＭＤＲ１及びＭＲＰ１に関連した輸送能力を予測することができる。有害効果への個別リスクは、ＰＭ及び／又はＰＴアレルの数に依存する。ＣＹＰ３Ａ５及びＭＲＰ１のＰＭ関連のアレルとＭＤＲ１及びＭＲＰ１のＰＴ関連のアレルを有する個体は、イリノテカンの毒性に罹患するリスクが最も高い。
【０１３３】
この知識に基づいて、ＣＹＰ２Ｄ６、ＣＹＰ２Ｃ９、及びＣＹＰ２Ｃ１９の基質薬物について、Brockmoller et al. (2000, Pharmacogenomics 1: 125) に示されるように、初回投薬に先立って、初期用量を調整してよい。
【０１３４】
用量調整は、得点システムを使用して行うことができる。それぞれのＰＭ又はＰＴ関連アレルについて、ある一定のスコアを割り当てる。例えば、ＭＲＰ１ ＰＭアレルの２２６Ａ（配列番号９、１０、１１、１２、５４０、５４１）及び７０１Ａ（配列番号２５、２６、２７、２８、５５４、５５５）には２のスコアを割り当て、ＣＹＰ３Ａ５ ＰＭ関連アレル（４７５２３Ｔ＋３５６４９Ａ＋１４５６０１Ｔ＋１４５９２９Ａ、４７５２３Ｔ＋３５６４９Ｇ＋１４５６０１Ｇ＋１４５９２９Ｇ、及び４７５２３Ｃ＋３５６４９Ａ＋１４５６０１Ｔ＋１４５９２９Ａ）、ＭＤＲ１低発現アレル１７６Ｔ（配列番号４１７、４１８、４１９、及び４２０）、ＭＲＰ１低発現アレルの１５０７２７Ａ（配列番号２１７、２１８、２１９、及び２２０）及び２５９Ｇ（配列番号２７７、２７８、２７９、及び２８０）、ＭＲＰ１ １５０７２７Ａアレル（配列番号２１７、２１８、２１９、及び２２０）には１のスコアを割り当てる。遺伝子型決定の後で、このスコアをまとめ、この総和によりイリノテカン投与量を調整する。それぞれの単一スコアが１０％の用量低下に対応する。即ち、１のスコアは１０％、２のスコアは２０％、３のスコアは３０％、等の用量低下に対応する。
【実施例４】
【０１３５】
培養条件と生物学的アッセイ
ヒト上皮子宮頚がん細胞系ＫＢ３−１と２つのサブクローン（ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）及びＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５））、並びに膀胱がん細胞系ＲＴ１１２とサブクローン（ＲＴ１１２（ＭＤＲ１⁺，ＭＲＰ１））を、ＮａＨＣＯ₃ ３．７ｇ／ｌ、Ｄ−グルコース ４．５ｇ／ｌ、Ｎ−アセチル−Ｌ−アラニル−Ｌ−グルタミン １．０２８ｇ／ｌを含み、１０％胎仔ウシ血清、１ｍＭピルビン酸Ｎａ、及び１％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改良イーグル培地（ＤＭＥＭ）において培養した。ヒト結腸がん細胞系ＬＳ１７４Ｔは、Ｌ−グルタミン、塩酸ピリドキシン、及びフェノールレッドのない２５ｍＭ Ｈｅｐｅｓ緩衝液を含有し、１０％胎仔ウシ血清、１ｍＭピルビン酸Ｎａ、及び１％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改良イーグル培地において培養した。すべての細胞を５％ ＣＯ₂を含む加湿空気において３７℃でインキュベートした。
【０１３６】
薬物
イリノテカン（ＣＰＴ−１１）とその活性代謝物ＳＮ−３８は、ファルマシアにより提供された。ストック溶液の調製のために、この物質をメタノールに溶かし、ＣＰＴ−１１については１０ｍｇ／ｍｌ、ＳＮ−３８については１ｍｇ／ｍｌとし、４℃で遮光保存した。ＰＢＳと細胞培養基においてより低い濃度の希釈液を調製した。Ｒ−ベラパミルは、ＳＩＧＭＡより提供され、ＤＭＳＯに溶かして５０ｍｇ／ｍｌとし、さらにＰＢＳにおいて希釈した。
【０１３７】
薬物での細胞の処理
処理に先立つ２４時間前に細胞を９６ウェル培養プレートに播いた。異なる増殖速度を考慮して、ＫＢ３−１及びＲＴ１１２の細胞は７００細胞／ウェルで、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１⁺，ＭＲＰ１）は１０００細胞／ウェルで、ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）及びＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５）は１２００細胞／ウェルで播いた。ＬＳ１７４Ｔは、１．０ｘ１０⁴細胞／ウェルで播いた。培養基の用時調製系列希釈液、ＣＰＴ−１１については０、０．５、１、２．５、５、７．５、１０、２５、５０、７５、１００、及び２００μｇ／ｍｌ、ＳＮ−３８については０、０．１、０．２５、０．５、１．５、１０、２５、５０、７５、１００、及び２００ｎｇ／ｍｌで細胞を処理した。４つのウェルを同じ薬物希釈液で処理した。５％ ＣＯ₂の加湿空気において細胞を３７℃で３日間インキュベートした。
【０１３８】
ＭＤＲ１阻害実験では、各薬物希釈液の２つのウェルに１０μｇ／ｍｌの最終濃度となるようにＲ−ベラパミルを加えた。
細胞毒性アッセイ
市販のＭＴＳアッセイ系（プロメガ、マジソン、アメリカ）を使用し、製造業者の指示書に従って、増殖阻害と細胞死を判定した。薬物を加えてから３日後、９６ウェル培養プレートの各ウェルへ２０μｌの複合ＭＴＳ／ＰＭＳ溶液を加えた。このプレートを５％ ＣＯ₂の加湿空気において３７℃で少なくとも４５分間インキュベートし、４９２ｎｍでの吸光度を測定した。各プレートの未処理対照細胞の吸光度の値を１００％増殖として設定し、残る薬物処理細胞の増殖を算出するために使用した。培養プレートの未処理細胞は、増殖及び生存が影響を受けない対照として役立った。
【０１３９】
細胞増殖の５０％阻害をもたらす薬物濃度をＩＣ₅₀と定義した。
ＲＮＡ調製とｃＤＮＡ合成
上記の実験に使用するそれぞれの細胞バッチより、製造業者の指示書に従って、オリゴ−ｄＴ磁気ビーズ（μＭＡＣＳ ｍＲＮＡ単離キット；Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃｈ）により細胞溶解液からメッセンジャーＲＮＡを単離した。各細胞系の２５０ｎｇ ｍＲＮＡを、Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ ＩＩ逆転写酵素（ギブコＢＲＬ）を含む２０μｌ ｃＤＮＡ合成反応液に適用した。このｃＤＮＡの希釈液は、転写物特異的な増幅反応の鋳型として役立った。
【０１４０】
ＰＣＲプライマーと反応条件
表３に示すように、０．５ユニットのＴａｑポリメラーゼ（Ｑｉａｇｅｎ）、２００μＭヌクレオチドミックス、５μｌ ｃＤＮＡ鋳型希釈液、及び０．２μＭ遺伝子特異的プライマーを有する２５μｌ 反応液においてＰＣＲを設定した。すべての反応は、サイクル数だけが異なる同一の増幅条件下（表３）、９４℃で２分のプレ変性、次いで増幅には、９４℃で４５秒の変性、６２℃で４５秒のアニーリング、及び７２℃で４５秒の伸長で実行したが、ＭＲＰ１は、２分間のより長い伸長を必要とした。
【０１４１】
【表４】

【実施例５】
【０１４２】
イリノテカン代謝に関与する遺伝子の発現
ヒト膀胱がん細胞系ＲＴ１１２、そのサブクローンＲＴ１１２（ＭＤＲ１，ＭＲＰ１）、ヒト上皮子宮頚がん細胞系ＫＢ３−１と２つのサブクローン、ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）及びＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５）、並びに結腸がん細胞系ＬＳ１７４Ｔ（ＡＴＣＣ ＣＬ−１８８）よりメッセンジャーＲＮＡを単離した。これらのｍＲＮＡをｃＤＮＡへ逆転写し、転写物特異的増幅反応における鋳型として適用し、イリノテカンの輸送及び代謝に関与する遺伝子（ＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＵＧＴ１Ａ、ＭＲＰ１、ＣＹＰ３Ａ４、ＣＹＰ３Ａ５）の発現レベルを決定した。ハウスキーピング遺伝子、ホスホリパーゼＡ２（ＰＬＡ２）の増幅を、この反応において比較可能なｃＤＮＡ量の対照として使用した。
【０１４３】
図２９の増幅反応は、がん細胞系のＲＴ１１２、ＫＢ３−１、及びＬＳ１７４Ｔが、それぞれＭＤＲ１の無発現か、又はごく低い発現を有することを示す。ＲＴ１１２（ＭＤＲ１，ＭＲＰ１）はＲＴ１１２のサブクローンであり、Seemann et al. (Urol Res 1995; 22: 353-360) に記載されるように、細胞傷害薬への抵抗性で選択されたものであり、中等度に増加したＭＤＲ１発現を特徴とする。薬剤抵抗性サブクローンのＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）及びＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５）は、同様に、ＭＤＲ１基質への曝露により元のＫＢ３−１細胞系から派生した。これらのサブクローンは、高度に増加したＭＤＲ１発現を特徴とする。それらは、元のＫＢ３−１細胞より２０倍より多い転写物を示し、非常に高いＭＤＲ１活性を示唆する。ＭＲＰ１はすべての細胞系で同一のレベルで発現される。ＵＧＴ１Ａ酵素の転写物は、ＲＴ１１２、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１，ＭＲＰ１）、及びＬＳ１７４Ｔ細胞においてのみ存在する。ＭＲＰ１は、ＲＴ１１２においてごく弱く発現され、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１，ＭＲＰ１）においてより強く発現され、ＬＳ１７４Ｔ細胞において最高の発現を示す。ＣＹＰ３Ａ４は、ＬＳ１７４Ｔにおいてのみごく少量検出された。ＲＴ１１２細胞、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１，ＭＲＰ１）、及びＬＳ１７４Ｔは、機能的に不活性なスプライス変異体と機能的に活性なＣＹＰ３Ａ５の転写物のヘテロ接合発現を示す。対照的に、ＫＢ３−１及びＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）細胞は、活性ＣＹＰ３Ａ５転写物のみを有し、ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５）は、活性ＣＹＰ３Ａ５転写物の最高の発現を示し、後者が最高のＣＹＰ３Ａ５活性を有することを示唆した。
【実施例６】
【０１４４】
ＭＤＲ１及びＣＹＰ３Ａ５活性がないか又は低い結腸及び他の表皮がん細胞系は、ＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８に対して感受性である。
結腸がん細胞系ＬＳ１７４Ｔ、子宮頚がん細胞系ＫＢ３−１、及び膀胱がん細胞系ＲＴ１１２を、処理に先立つ２４時間前に９６ウェル培養プレートに播いた。上記のように、各細胞系の４つのウェルをＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８の系列希釈液とともにインキュベートし、解析した。図３０は、ＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８で処理すると、３つの表皮がん細胞系がいずれも増殖を停止して死滅することを示す。ＣＰＴ−１１が５０％阻害をもたらす濃度（ＩＣ₅₀）は、ＬＳ１７４Ｔ細胞で１．５μｇ／ｍｌ、ＲＴ１１２細胞で２．５μｇ／ｍｌ、そしてＫＢ３−１細胞で５μｇ／ｍｌである。ＣＰＴ−１１の活性代謝物、ＳＮ−３８は、１０³倍低い濃度で同じ程度の増殖阻害と細胞死を引き起こすので、ＣＰＴ−１１より１０００倍高い効力を示す。ＳＮ−３８のＩＣ₅₀は、ＬＳ１７４Ｔ細胞で５ｎｇ／ｍｌ、ＲＴ１１２細胞で４ｎｇ／ｍｌ、そしてＫＢ３−１細胞で２５ｎｇ／ｍｌである。
【０１４５】
上記の結果は、３つの表皮細胞系が、異なる組織から派生したのに、いずれもＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８の処理に同様に感受性があることを示す。このことはまた、ＭＤＲ１を発現しないか又はきわめて低いレベルを発現するがん細胞（図２９）がＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８により効率的に殺傷され得ることを示す（図３０）。
【実施例７】
【０１４６】
ＭＤＲ１活性は、ＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８に対するがん細胞の抵抗性に相関する。
ＫＢ３−１と、その強くＭＤＲ１を発現するサブクローンのＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）及びＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５）の細胞を、処理に先立つ２４時間前に９６ウェル培養プレートに播いた。上記のように、各細胞系の４つのウェルをＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８の系列希釈液とともにインキュベートし、処理した。ＭＤＲ１の高発現体であるＫＢ３−１サブクローン（ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）及びＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５））の阻害曲線（図３１）は、ＭＤＲ１の低発現体であるＫＢ３−１細胞系（ＫＢ３−１）に比べて、ＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８に対して有意により高い抵抗性を示す（図２９）。ＣＰＴ−１１のＩＣ₅₀は、ＫＢ３−１細胞での５μｇ／ｍｌからＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）細胞での８５μｇ／ｍｌとＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５）細胞での２００μｇ／ｍｌへと、１７〜４０倍増加する。ＳＮ−３８のＩＣ₅₀は、ＫＢ３−１細胞での２５ｎｇ／ｍｌからＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）細胞での２００ｎｇ／ｍｌとＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５）細胞での＞２００ｎｇ／ｍｌへと、少なくとも８倍増加する。
【０１４７】
ＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８はＭＤＲ１の基質であり、故に、ＭＤＲ１活性により細胞から除去される。ＭＤＲ１発現レベルは、ＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８に対する腫瘍細胞の感受性に逆相関する。従って、高いＭＤＲ１発現体の表現型を有する細胞の殺傷には、ずっと高い濃度のＣＰＴ−１１を必要とする。
【実施例８】
【０１４８】
ＭＲＰ１活性は、ＳＮ−３８に対する感受性に相関し、ＣＰＴ−１１に対する感受性に相関しない。
ＲＴ１１２細胞とそのサブクローンのＲＴ１１２（ＭＤＲ１，ＭＲＰ１）との間でＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８感受性を比較した。上記のように、各細胞系の４つのウェルをＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８の系列希釈液とともにインキュベートし、処理した。
【０１４９】
ＣＰＴ−１１に対する感受性の違いは、図３２Ａに示されるように、ごくわずかである。ＲＴ１１２（ＭＤＲ１，ＭＲＰ１）細胞の４μｇ／ｍｌ ＣＰＴ−１１というＩＣ₅₀は、ＲＴ１１２細胞（２．５μｇ／ｍｌのＩＣ₅₀）に比べて２倍高い。ＭＤＲ１を発現しないＲＴ１１２細胞とは対照的に、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１，ＭＲＰ１）細胞は、中間量のＭＤＲ１を発現し、このことにより、ＣＰＴ−１１感受性のわずかであるが有意な増加を説明することができる。ＳＮ−３８で処理後のＲＴ１１２（４ｎｇ／ｍｌのＩＣ₅₀）及びＲＴ１１２（ＭＤＲ１，ＭＲＰ１）細胞（７５ｎｇ／ｍｌのＩＣ₅₀）の間にはずっと顕著な差異が存在する（図３２Ｂ）。ＲＴ１１２（ＭＤＲ１，ＭＲＰ１）細胞系のこの１９倍高い抵抗性は、ＲＴ１１２細胞よりもＲＴ１１２（ＭＤＲ１，ＭＲＰ１）においてより高いレベルで発現されるＭＲＰ１の追加の解毒効果により説明することができる（図２９）。ＳＮ−３８とは対照的に、ＣＰＴ−１１は、ＵＧＴにより代謝されない。故に、ＣＰＴ−１１関連の毒性はＭＲＰ１発現により影響を受けず、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１，ＭＲＰ１）細胞におけるＵＧＴの抵抗性亢進能力は、ＳＮ−３８の適用によってのみ検出される。
【実施例９】
【０１５０】
ＭＤＲ１阻害は、ＭＤＲ１低発現性ではなく、ＭＤＲ１高発現性のがん細胞においてＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８に対する増感剤として役立つ。
ＫＢ３−１細胞とそのサブクローンのＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）及びＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５）のＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８に対する感受性を、特異的な阻害剤のＲ−ベラパミルを使用してＭＤＲ１機能を遮断した後で評価した。上記のように、各細胞系の４つのウェルをＣＰＴ−１１、ＳＮ−３８の系列希釈液とともにインキュベートし、解析した。２つのウェルをＭＤＲ１阻害剤のＲ−ベラパミルで追加的に処理した。図３３は、Ｒ−ベラパミルの追加が、ＭＤＲ１の低発現体であるＫＢ３−１細胞のＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８感受性に対してはごくわずかな効果しか及ぼさないことを示す（「Ｒ−ベラパミルなし」でのＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８のＩＣ₅₀がそれぞれ５μｇ／ｍｌ及び２５ｎｇ／ｍｌであるのに対し、「Ｒ−ベラパミルあり」でのＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８のＩＣ₅₀はそれぞれ４．５μｇ／ｍｌ及び１５ｎｇ／ｍｌである）。対照的に、ＭＤＲ１発現細胞のＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）及びＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５）のＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８に対する感受性は、Ｒ−ベラパミルを用いたＭＤＲ１輸送機能の阻害の後で８倍及び１０倍高くなった。ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）細胞でのＣＰＴ−１１のＩＣ₅₀は、「Ｒ−ベラパミルなし」の８５μｇ／ｍｌから「Ｒ−ベラパミルあり」の１０μｇ／ｍｌへ減少し、ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５）細胞においては、「Ｒ−ベラパミルなし」の２００μｇ／ｍｌから「Ｒ−ベラパミルあり」の２５μｇ／ｍｌへ減少した。ＳＮ−３８処理の間のＭＤＲ１阻害の効果は、これらＭＤＲ１高発現体の細胞においてずっと強く、Ｒ−ベラパミルがＭＤＲ１輸送を完全に遮断すると、それらはＫＢ３−１と同じくらい感受性になった。
【０１５１】
上記の結果は、ＭＤＲ１活性ががん細胞のＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８抵抗性に関連していて、ＭＤＲ１の阻害がこれらの細胞を感作するので、それらがより低い薬物濃度でより効率的に殺傷されることを明示する。
【実施例１０】
【０１５２】
ＣＹＰ３Ａ５活性はＣＰＴ−１１への抵抗性に影響を及ぼす。
ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）及びＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５）の細胞は、そのＣＹＰ３Ａ５の量が異なる（図２９）。上記のように、各細胞系の４つのウェルをＣＰＴ−１１、ＳＮ−３８の系列希釈液とともにインキュベートし、解析した。２つのウェルをＭＤＲ１阻害剤のＲ−ベラパミルで追加的に処理した。
【０１５３】
ＭＤＲ１活性がＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８に対する細胞の感受性の主要な決定因子であるので、これらＭＤＲ１高発現体の細胞系におけるＭＤＲ１活性を特異的なＭＤＲ１阻害剤のＲ−ベラパミルの過剰量を使用して完全に遮断し、ＭＤＲ１の干渉がない状態で、ＣＰＴ−１１及びＳＮ−３８感受性に対するＣＹＰ３Ａ５の影響を解析した。
【０１５４】
高ＣＹＰ３Ａ５発現体の細胞系、ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺，ＣＹＰ３Ａ５）は、２５μｇ／ｍｌのＩＣ₅₀であり、１０μｇ／ｍｌのＩＣ₅₀を示すＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）よりＣＰＴ−１１に対して２．５倍抵抗する（図３４）。ＳＮ−３８に対するその感受性に関しては、これら２つの細胞系の間で差異を観察することができない。
【０１５５】
上記の実験は、ＳＮ−３８とは対照的に、ＣＰＴ−１１への抵抗性に対するＣＹＰ３Ａ５発現の有意な影響を明示する。ＳＮ−３８ではなくてＣＰＴ−１１がＣＹＰ３Ａ５遺伝子により代謝されるので、ＣＹＰ３Ａ５活性がＳＮ−３８の毒性に何の影響も及ぼさなかったことにより、このＣＹＰ３Ａ５の効果がさらに確かめられる。
【実施例１１】
【０１５６】
ＭＤＲ１遺伝子型決定は、遺伝子型に基づいた予測と薬剤抵抗性のモニタリングによりイリノテカンの治療効力を改善する。
イリノテカンの治療効力及び有害効果は、親化合物及び活性代謝物（例、ＳＮ−３８）の血漿レベルと腫瘍細胞内濃度に依存する。ＭＤＲ１遺伝子は、イリノテカンのＰＧＰ依存性膜浸透を制御し［Luo et al., Drug Metab Dispos 2002, 30: 763-770; Jansen et al., Br J Cancer 1998, 77: 359-65; Chu et al., J Pharmacol Exp Ther 1999, 288, 735-41; Sugiyama et al., Cancer Chemother Pharmacol 1998, 42 Suppl: S44-9］、故に、その全身アベイラビリティと細胞内蓄積の重要な決定因子である。ＭＤＲ１遺伝子（受入番号：Ｍ２９４４５）の１７６Ｃ＞Ｔヌクレオチド置換（配列番号２１７、２１８、２１９、及び２２０）は低いＰＧＰ発現に関連した低い薬物流出に関連し、この置換を担う患者は、２つの理由でイリノテカン治療へ応答する可能性がより高い：１）小腸上皮細胞中のＰＧＰ量がより少ないために、より多くのイリノテカンが腸障壁を通過して体内に入り、より多くのイリノテカンがその作用部位である腫瘍に到達することを引き起こす。２）腫瘍細胞膜中のＰＧＰ量がより少ないために、より多くのイリノテカンが腫瘍細胞中へ浸透し、その細胞傷害効果を発揮する。今日使用されている標準的なイリノテカンの用量は、化学療法の第一サイクルのうちにほとんどの腫瘍細胞をきわめて有効に殺傷し、薬剤抵抗性の腫瘍細胞がごくわずかに生存し、忍容し得る有害事象を伴うだけである。これらの患者においては、薬剤抵抗性の機序からは独立して、生存する細胞の数があまりに少ないので、イリノテカン療法へもはや応答しない薬剤抵抗性腫瘍へ進展することはない。
【０１５７】
高発現体のＭＤＲ１遺伝子型（ＭＤＲ１遺伝子、受入番号：Ｍ２９４４５の１７６位がヌクレオチドＣである）を有する患者は、イリノテカン治療へ応答する可能性がより低い。十分に有効な腫瘍細胞の殺傷を達成して薬剤抵抗性腫瘍の発現を防ぐには、より高い用量が必要となろう。しかしながら、イリノテカン投与量の上昇は、忍容し得ない有害事象（例、下痢、好中球減少症、又は血栓塞栓性の合併症）の発生のために制限される。あるいは、イリノテカン治療の効力は、ＰＧＰ阻害剤の追加により改善することができる。ＰＧＰ阻害剤は、ＭＤＲ１高発現体の患者においてＰＧＰ機能を有効に遮断し、イリノテカンが腫瘍細胞中に濃縮し、ＭＤＲ１低発現体の患者と同じくらい有効な細胞毒性を発揮することを可能にする。必然的に、遺伝子型としてはＭＤＲ１高発現体の患者が、表現型としてはＭＤＲ１低発現体と同等になる。
【０１５８】
ＭＤＲ１遺伝子の低いか又は高い発現体のアレルの数に従って、個体は、高い輸送能力（ＥＴ、２つの高発現体アレル）、中間の輸送能力（ＩＴ、一方が高発現体で他方が低発現体のアレル）又は弱い輸送能力（ＰＴ、２つの低発現体アレル）のいずれかを有するとして分類することができる。イリノテカンでの治療の開始に先立つ遺伝子検査により、患者をＥＴ、ＩＴ、又はＰＴとして分類し、患者のＭＤＲ１に関連した輸送能力を予測することができる。不十分な抗がん治療への個別リスクは、ＭＤＲ１高発現体アレルの数とともに増加する。ＥＴ遺伝子型の個体はイリノテカンへの不十分な応答に罹患するリスクが最も高く、薬剤抵抗性腫瘍を発現させるリスクが最も高い。ＥＴ患者は、イリノテカンに加えてＰＧＰ阻害剤で治療し、有害事象と化学療法に関連した薬剤抵抗性の発現についてより綿密にモニターすべきである。さらに、薬剤抵抗性の腫瘍を発現するリスクがあるこれらの患者は、化学療法の各サイクルの間に腫瘍生検を採取し、引き続き腫瘍細胞を薬剤抵抗性について個別にプロファイリングすることから益する場合がある。
【図面の簡単な説明】
【０１５９】
【図１】２１名のボランティアにおいて、ウェスタンブロット解析により決定した、腸のＭＤＲ１発現とエクソン２６ＳＮＰの相関性を示す。ボックスプロットは、ＭＤＲ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ 受入番号：Ｍ２９４４５）の１７６位に対応する位置でＭＤＲ１ ３４３５Ｃ＞Ｔにより集合した、ＭＤＲ１発現の分布を示す。Ｔアレルは、ｐ−糖タンパク質のより低い発現に関連していた。
【図２】臨床試験に参加した１４名の健常ボランティアにおいて、定常状態でのジゴキシンのピーク血漿レベルをもたらすジゴキシン取込みとＭＤＲ１ ３４３５Ｃ＞Ｔの相関性を示す［Johne et al., 1999, Clin. Pharmacol. Ther 66: 338-345］。最大ジゴキシンレベルは、Ｔ及びＣのアレルそれぞれのホモ接合である２群間で統計的に有意に異なっていた（ｐ＝０．００６，Ｍａｎｎ Ｗｈｉｔｎｅｙ Ｕ検定）。
【図３】２つの独立した実験に由来する、健常ボランティアからの十二指腸生検における、リファンピシン適用の前後でのＭＲＰ１ ｍＲＮＡ含量と遺伝子型（ｗｔ／ｗｔ：１；ｗｔ／ｍｕｔ及びｍｕｔ／ｍｕｔ：２）の相関性を示す。リファンピシンでの処理は、ＭＲＰ１ ｍＲＮＡ発現に影響を及ぼさなかった（ｐ＜０．００１，一対ｔ検定）。ＭＲＰ１遺伝子型のＭＲＰ１ ｍＲＮＡレベルとの関連には強い傾向が検出された（ｐ＝０．０８６，Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ検定）。
【図４】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図５】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図６】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図７】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図８】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図９】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図１０】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図１１】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図１２】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図１３】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図１４】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図１５】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図１６】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図１７】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図１８】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図１９】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図２０】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図２１】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図２２】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図２３】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図２４】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図２５】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図２６】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図２７】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図２８】本明細書に言及される核酸及びアミノ酸の配列を示す。
【図２９】がん腫細胞系においてイリノテカン代謝に関連する遺伝子の発現プロフィールを示す。この半定量的ＲＴ−ＰＣＲは、アンプリコンに対して右に示す遺伝子の転写物の量を示す。ＰＣＲ産物は、アガロース電気泳動により解析し、臭化エチジウムで染色した。各断片のサイズを左側に塩基対（ｂｐ）で示す。
【図３０】上皮がん腫細胞系ＬＳ１７４Ｔ（結腸）、ＫＢ３−１（頚部）、及びＲＴ１１２（膀胱）を用いた、ＣＰＴ−１１（Ａ）及びＳＮ−３８（Ｂ）についての増殖阻害曲線を示す。ＣＰＴ−１１の濃度は０〜２００μｇ／ｍｌに及び、ＳＮ−３８の濃度は０〜２００ｎｇ／ｍｌに及んだ。細胞は３日間処理した。それぞれの濃度のデータは、少なくとも３つのウェルの平均値である。
【図３１】上皮子宮頚がん腫細胞系ＫＢ３−１と多量のＭＤＲ１を発現する２つのサブクローン、ＫＢ３−１（ＭＤＲ１）及びＫＢ３−１（ＭＤＲ１，ＣＹＰ３Ａ５）を用いた、ＣＰＴ−１１（Ａ）及びＳＮ−３８（Ｂ）についての増殖阻害曲線を示す。ＣＰＴ−１１の濃度は０〜２００μｇ／ｍｌに及び、ＳＮ−３８の濃度は０〜２００ｎｇ／ｍｌに及んだ。細胞は３日間処理した。それぞれの濃度のデータは、少なくとも３つのウェルの平均値と標準偏差である。
【図３２】膀胱がん細胞系ＲＴ１１２と、ＭＤＲ１とより多い量のＭＲＰ１を発現するそのサブクローン、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１，ＭＲＰ１）を用いた、ＣＰＴ−１１（Ａ）及びＳＮ−３８（Ｂ）についての増殖阻害曲線を示す。ＣＰＴ−１１の濃度は０〜２００μｇ／ｍｌに及び、ＳＮ−３８の濃度は０〜２００ｎｇ／ｍｌに及んだ。細胞は３日間処理した。それぞれの濃度のデータは、少なくとも３つのウェルの平均値と標準偏差である。
【図３３】Ｒ−ベラパミルによるＭＤＲ１の阻害を伴う、ＣＰＴ−１１（Ａ）及びＳＮ−３８（Ｂ）についての増殖阻害曲線を示す。上皮子宮頚がん腫細胞系ＫＢ３−１と多量のＭＤＲ１を発現する２つのサブクローン、ＫＢ３−１（ＭＤＲ１）及びＫＢ３−１（ＭＤＲ１，ＣＹＰ３Ａ５）について、Ｒ−ベラパミルによるＭＤＲ１阻害の薬物感受性に対する影響を試験した。ＣＰＴ−１１の濃度は０〜２００μｇ／ｍｌに、ＳＮ−３８の濃度は０〜２００ｎｇ／ｍｌに及び、Ｒ−ベラパミルは、１０μｇ／ｍｌ（＋Ｖ）の最終濃度となるように加えた。細胞は３日間処理した。それぞれの濃度のデータは、２つのウェルの平均値である。
【図３４】Ｒ−ベラパミルによるＭＤＲ１の阻害を伴う、ＣＰＴ−１１（Ａ）及びＳＮ−３８（Ｂ）についての増殖阻害曲線を示す。薬剤抵抗性に対するＭＤＲ１の効果を回避するために、細胞をＲ−ベラパミルで同時に処理した。そのＣＹＰ３Ａ５発現において異なるＫＢ３−１（ＭＤＲ１）とＫＢ３−１（ＭＤＲ１，ＣＹＰ３Ａ５）について、ＭＤＲ１の阻害後に残る抵抗性を試験した。ＣＰＴ−１１の濃度は０〜２００μｇ／ｍｌに、ＳＮ−３８の濃度は０〜２００ｎｇ／ｍｌに及び、Ｒ−ベラパミルは、１０μｇ／ｍｌ（＋Ｖ）の最終濃度となるように加えた。細胞は３日間処理した。それぞれの濃度のデータは、２つのウェルの平均値である。

Claims (37)

1. がん罹患患者を治療するためにイリノテカンを使用する方法であって：
   （１）該患者がＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルをがん性組織有するかどうかを決定すること；
   （２）変異アレルの１以上を有する患者において、変異アレルを有する患者を治療するのに十分であるイリノテカンの量を該患者へ投与することを含み、該量が、ＭＲＰ１遺伝子中の患者のアレルを考慮せずに投与される量に比較して増やされるか又は減らされる、前記方法。
2. がんが、結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、又は膵臓がんである、請求項１に記載の方法。
3. （１）１以上の変異アレルが患者のＭＲＰ１遺伝子産物の発現を低下させ、それにより患者へ投与されるイリノテカンの量が毒性を避けるために減らされる；又は
   （２）１以上の変異アレルが患者のＭＲＰ１遺伝子産物の発現を増加させ、それにより患者へ投与されるイリノテカンの量が効力を高めるために増やされる、請求項２に記載の方法。
4. １以上の変異アレルがＭＲＰ１遺伝子のプロモーター領域にある、請求項３に記載の方法。
5. １以上の変異アレルがＭＲＰ１遺伝子のコード領域にある、請求項３に記載の方法。
6. １以上の変異アレルがＭＲＰ１遺伝子のプロモーター領域にもコード領域にもない、請求項３に記載の方法。
7. １以上の変異アレルがＭＲＰ１遺伝子のプロモーター領域とコード領域の両方にある、請求項３に記載の方法。
8. １以上の変異アレルが：
   （ａ）配列番号１６９、１７０、１７３、１７４、１７７、１７８、１８１、１８２、１８５、１８６、１８９、１９０、１９３、１９４、１９７、１９８、２０１、２０２、２０５、２０６、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２１８、２２１、２２２、２２５、２２６、２２９、２３０、２３３、２３４、２３７、２３８、２４１、２４２、２４５、２４６、２４９、２５０、２５３、２５４、２５７、２５８、２６１、２６２、２６５、２６６、２６９、２７０、２７３、２７４、２７７、２７８、２８１、２８２、２８５、２８６、２８９、２９０、２９３、２９４、２９７、２９８、３０１、３０２、３０５、３０６、３０９、３１０、３１３、３１４、３１７、３１８、３２１、３２２、３２５、３２６、３２９、３３０、３３３、及び／又は３３４のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
   （ｂ）配列番号６００、６０２、及び／又は６０４のいずれか１つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
   （ｃ）多剤耐性タンパク質１（ＭＲＰ１）遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５７９９８、５７８５３、５３２８２、及び／又は３９５０８位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６６７、１３７６４７、１３７７１０、１２４６６７、及び／又は３８６４６位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の２７２５８、２７１５９、３４２１８、３４２１５、５５４７２、及び／又は３４２０６〜３４２０７位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の２１１３３、１４００８、１８０６７、１７９７０、１７９００、及び／又は１８１９５位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の７９、８８、及び／又は２４９位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５及び／又は２５９位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２５２７７）の１５０７２７及び／又は３３５５１位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２８）の１７４位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２９）の２４８及び／又は２５８位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１８８４、１６２５、１１６３、３８１、２３３、１８９、４４０、及び／又は１７２０〜１７２３位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６９２７、及び／又は４３７／４３８位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの挿入、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の５５１５６／５５１５７位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
   （ｄ）ＭＲＰ１遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の２１１３３、１４００８、及び／又は１８１９５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の２７２５８及び／又は３４２１８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の７９位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５７９９８及び／又は５７８５３位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６６７及び／又は１３７６４７位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２５２７７）の１５０７２７及び／又は３３５５１位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２９）の２４８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１８８４、１６２５、２３３、及び／又は１８９位に対応する位置にＡ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の３９５０８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１７９００、１８０６７、及び／又は１８１９５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２８）の１７４位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の４４０及び／又は１１６３位に対応する位置にＴ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の８８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の２７１５９、５５４７２、及び／又は３４２１５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１２４６６７及び／又は３８６４６位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５３２８２位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７７１０位に対応する位置にＣ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の２４９位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２９）の２５８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の２５９位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の３８１位に対応する位置にＧ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１７９７０位に対応する位置にＴの欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の３４２０６〜３４２０７位に対応する位置にＡＴの欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１７２０〜１７２３位に対応する位置にＧＧＴＡの欠失、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６／９２７位に対応する位置にＴの挿入、及び／又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の４３７／４３８位に対応する位置にＴＣＣＴＴＣＣの挿入、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の５５１５６／５５１５７位に対応する位置にＴＧＧＧＧＣの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
   （ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドあって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の６００、６０２、及び／又は６０４位に対応する位置でアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；
   （ｆ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドであって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の２３９位に対応する位置でＰｈｅからＣｙｓへ、及び／又はＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の４３３位に対応する位置でＡｒｇからＳｅｒへ、及び／又はＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の７２３位に対応する位置でＡｒｇからＧｌｎへのアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；
   から成る群より選択されるポリヌクレオチドを含む、請求項３に記載の方法。
9. １以上の変異アレルが：
   （ａ）配列番号１８１、２０９、２１７、２０５、２７７、２８１、３０１、３２５、２２９、１９３、３１３、２９３、又は２５３のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
   （ｂ）配列番号６００のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
   （ｃ）ＭＲＰ１遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６４７位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５３２８２位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の２４９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の２５９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１２４６６７位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の３８１、４４０、１６２５位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の３４２１８位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１８０６７又は１７９００位に対応する位置に置換、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６／９２７位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
   （ｄ）ＭＲＰ１遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６４７位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１８０６７又は１７９００位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の４４０位に対応する位置にＴ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１２４６６７位に対応する位置にＣ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５３２８２位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の２４９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の２５９位、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の３８１位に対応する位置にＧ、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の３４２１８位、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１６２５位に対応する位置にＡ、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６／９２７位に対応する位置にＴの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
   （ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドあって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の３２９位に対応する位置でアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；並びに
   （ｆ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドであって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の３２９位に対応する位置でＰｈｅからＣｙｓへのアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；
   から成る群より選択されるポリヌクレオチドを含む、請求項８に記載の方法。
10. １以上の変異アレルが患者のＭＲＰ１遺伝子産物の発現を低下させ、それにより患者へ投与されるイリノテカンの量が減らされる、請求項８に記載の方法。
11. １以上の変異アレルが患者のＭＲＰ１遺伝子産物の発現を増加させ、それにより患者へ投与されるイリノテカンの量が増やされる、請求項８に記載の方法。
12. １以上の変異アレルが患者のＭＲＰ１遺伝子産物の発現を低下させ、それにより患者へ投与されるイリノテカンの量が減らされる、請求項９に記載の方法。
13. １以上の変異アレルが患者のＭＲＰ１遺伝子産物の発現を増加させ、それにより患者へ投与されるイリノテカンの量が増やされる、請求項９に記載の方法。
14. 患者がＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルを有するかどうかを決定することを含む、患者がイリノテカンを用いた治療に対して中毒反応のリスクがあるかどうかを決定する方法。
15. 患者へ投与するイリノテカンの量を減らすことをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
16. がん罹患患者へイリノテカンを投与するための最適治療方式を決定する方法であって：
    （１）該患者がＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルを有するかどうかを決定すること；
    （２）変異アレルの１以上を有する患者において、イリノテカンの量を、ＭＲＰ１遺伝子中の患者のアレルを考慮せずに投与される量に比較して増やすか又は減らすことを含む、前記方法。
17. ＭＲＰ１遺伝子産物の発現レベルが一般集団より低いので、イリノテカンへの高い感受性を示すような、ＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルを有する患者においてがんを治療する方法であって、減らした量のイリノテカンを該患者へ投与することを含む、前記方法。
18. ＭＲＰ１遺伝子産物の発現レベルが一般集団より高いので、イリノテカンへの耐性又は耐性素質を示すような、ＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルを有する患者においてがんを治療する方法であって、増やした量のイリノテカンを該患者へ投与することを含む、前記方法。
19. 耐性又は耐性素質を示す変異アレルを有する患者をＭＲＰ１阻害剤で治療する、請求項１８に記載の方法。
20. ＭＲＰ１阻害剤が、ＳＤＺ−ＰＳＣ ８３３、ＳＤＺ ２８０−４４６、ＭＫ５７１、ＭＳ２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、ベラパミル、ベンズブロマロン、ジピリダモール、フロセミド、γ−ＧＳ（ナフチル）システイニル−グリシンジエチルエステル、ゲニステイン、キニジン、リファンピシン、ＲＵ４８６、スルフィンピラゾンから成る群より選択される、請求項１９に記載の方法。
21. ＭＲＰ１遺伝子産物のがん性細胞における発現レベルの変化をアッセイすることによって治療の間に患者をモニターすることをさらに含み、それによりＭＲＰ１遺伝子産物の発現レベルの増加を、患者へ投与するイリノテカンの量の増加により補填する、請求項１７に記載の方法。
22. 患者においてがんを治療する方法であって、有効量のイリノテカンを該患者へ体内投与することを含み、ここで治療方式は、患者のＭＲＰ１遺伝子の遺伝子型に基づいて変更される、前記方法。
23. がん罹患患者の集団を治療する方法であって：
    （１）該患者がＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルを有するかどうかを、患者一人一人のベースで決定すること；
    （２）変異アレルの１以上を有する患者において、変異アレルを有する患者を治療するのに十分であるイリノテカンの量を該患者へ投与することを含み、該量が、ＭＲＰ１遺伝子中の患者のアレルを考慮せずに投与される量に比較して増やされるか又は減らされる、前記方法。
24. がんに罹患している患者においてイリノテカンへの感受性を予測する方法であって、該患者がＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異アレルを有するかどうかを決定することを含み、該アレルはがん性細胞が少量又は多量のＭＲＰ１遺伝子産物を発現することを示し、それにより低い発現はイリノテカンへの高い感受性を示し、高い発現はイリノテカンへの耐性又は耐性素質を示す、前記方法。
25. 耐性又は耐性素質を示す遺伝子型を有する患者をＭＲＰ１阻害剤で治療する、請求項２４に記載の方法。
26. ＭＲＰ１阻害剤が、ＳＤＺ−ＰＳＣ ８３３、ＳＤＺ ２８０−４４６、ＭＫ５７１、ＭＳ２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、ベラパミル、ベンズブロマロン、ジピリダモール、フロセミド、γ−ＧＳ（ナフチル）システイニル−グリシンジエチルエステル、ゲニステイン、キニジン、リファンピシン、ＲＵ４８６、スルフィンピラゾンから成る群より選択される、請求項２５に記載の方法。
27. 耐性又は耐性素質を示す遺伝子型を有する患者を、がん性細胞におけるＭＲＰ１遺伝子産物の発現レベルをアッセイすることによって、治療の間にモニターする、請求項２６に記載の方法。
28. （ａ）配列番号１６９、１７０、１７３、１７４、１７７、１７８、１８１、１８２、１８５、１８６、１８９、１９０、１９３、１９４、１９７、１９８、２０１、２０２、２０５、２０６、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２１８、２２１、２２２、２２５、２２６、２２９、２３０、２３３、２３４、２３７、２３８、２４１、２４２、２４５、２４６、２４９、２５０、２５３、２５４、２５７、２５８、２６１、２６２、２６５、２６６、２６９、２７０、２７３、２７４、２７７、２７８、２８１、２８２、２８５、２８６、２８９、２９０、２９３、２９４、２９７、２９８、３０１、３０２、３０５、３０６、３０９、３１０、３１３、３１４、３１７、３１８、３２１、３２２、３２５、３２６、３２９、３３０、３３３、及び／又は３３４のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
    （ｂ）配列番号６００、６０２、及び／又は６０４のいずれか１つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
    （ｃ）多剤耐性タンパク質１（ＭＲＰ１）遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５７９９８、５７８５３、５３２８２、及び／又は３９５０８位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６６７、１３７６４７、１３７７１０、１２４６６７、及び／又は３８６４６位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の２７２５８、２７１５９、３４２１８、３４２１５、５５４７２、及び／又は３４２０６〜３４２０７位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の２１１３３、１４００８、１８０６７、１７９７０、１７９００、及び／又は１８１９５位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の７９、８８、及び／又は２４９位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５及び／又は２５９位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２５２７７）の１５０７２７及び／又は３３５５１位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２８）の１７４位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２９）の２４８及び／又は２５８位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１８８４、１６２５、１１６３、３８１、２３３、１８９、４４０、及び／又は１７２０〜１７２３位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの置換又は欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６９２７、及び／又は４３７／４３８位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの挿入、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の５５１５６／５５１５７位に対応する位置に少なくとも１つのヌクレオチドの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
    （ｄ）ＭＲＰ１遺伝子へハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の２１１３３、１４００８、及び／又は１８１９５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の２７２５８及び／又は３４２１８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の７９位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５７９９８及び／又は５７８５３位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７６６７及び／又は１３７６４７位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２５２７７）の１５０７２７及び／又は３３５５１位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２９）の２４８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１８８４、１６２５、２３３、及び／又は１８９位に対応する位置にＡ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の３９５０８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１７９００、１８０６７、及び／又は１８１９５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２８）の１７４位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の４４０及び／又は１１６３位に対応する位置にＴ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の８８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の９５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の２７１５９、５５４７２、及び／又は３４２１５位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１２４６６７及び／又は３８６４６位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＧＩ：７２０９４５１）の５３２８２位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ０２６４５２）の１３７７１０位に対応する位置にＣ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３０）の２４９位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８２９）の２５８位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＦ０２２８３１）の２５９位に対応する位置、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の３８１位に対応する位置にＧ、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ９１３１８）の１７９７０位に対応する位置にＴの欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の３４２０６〜３４２０７位に対応する位置にＡＴの欠失、又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の１７２０〜１７２３位に対応する位置にＧＧＴＡの欠失、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の９２６／９２７位に対応する位置にＴの挿入、及び／又はＭＲＰ１遺伝子（受入番号：Ｕ０７０５０）の４３７／４３８位に対応する位置にＴＣＣＴＴＣＣの挿入、ＭＲＰ１遺伝子（受入番号：ＡＣ００３０２６）の５５１５６／５５１５７位に対応する位置にＴＧＧＧＧＣの挿入を有している、前記ポリヌクレオチド；
    （ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドあって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の６００、６０２、及び／又は６０４位に対応する位置でアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；
    （ｆ）ＭＲＰ１ポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドであって、前記ポリペプチドは、ＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の２３９位に対応する位置でＰｈｅからＣｙｓへ、及び／又はＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の４３３位に対応する位置でＡｒｇからＳｅｒへ、及び／又はＭＲＰ１ポリペプチド（受入番号：Ｇ２８２８２０６）の７２３位に対応する位置でＡｒｇからＧｌｎへのアミノ酸置換を含む、前記ポリヌクレオチド；
    から成る群より選択されるポリヌクレオチドを含む変異アレルがあるゲノムを有する被検者において、結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がんを治療するための医薬組成物の調製へのイリノテカン又はその誘導体の使用。
29. 前記ポリヌクレオチドに含まれるヌクレオチドの欠失、付加、及び／又は置換が、対応する野生型アレルに比べて変異アレルの発現を改変させる、請求項２８に記載の使用。
30. 前記発現の改変が発現の低下又は増加である、請求項２９に記載の使用。
31. 前記ポリヌクレオチドに含まれるヌクレオチドの欠失、付加、及び／又は置換が対応する野生型アレルによりコードされるポリペプチドに比べて変異アレルによりコードされるポリペプチドの活性を改変させる、請求項２８に記載の使用。
32. 前記活性の改変が活性の低下又は増加である、請求項３１に記載の使用。
33. 前記被検者が動物である、請求項２８〜３２のいずれか１項に記載の使用。
34. 前記被検者がマウスである、請求項３３に記載の使用。
35. 前記被検者がヒトである、請求項２８〜３２のいずれか１項に記載の使用。
36. 前記ヒトがアフリカ人かアジア人である、請求項３５に記載の使用。
37. 結直腸がん、子宮頚がん、胃がん、肺がん、悪性神経膠腫、卵巣がん、及び膵臓がんに罹患している被検者に適正な療法を選択する方法であって：
    （ａ）被検者から入手した試料中の前記被検者のゲノムにおける請求項２８で特定される変異アレルが存在するか否かを決定すること；及び
    （ｂ）（ａ）で得られた結果に基づいて前記被検者に適正な療法を選択することを含む、前記方法。

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