JP2005202697A - クラスタリングプログラムおよびクラスタリング装置 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】機能が未知のcDNA末端配列と既知配列との相同性を計算する作業と、その計算結果に基づいて分類する作業と、を分離する。また、機能が未知のcDNA末端配列を、既知配列との相同性の程度にしたがって分類する場合に、まず、識別子(配列)毎に個別の配列番号を設定し、さらに、前記cDNA末端配列と、当該cDNA末端配列との相同性が高い既知配列と、をグループ化し、グループ毎に個別のクラスタ番号を設定する。そして、同一の配列番号を共有する複数のクラスタ番号に属するすべての識別子を同一のクラスタメンバーとする処理を行う。ただし、特定のクラスタ番号に属する識別子が他のどのクラスタ番号にも属していない場合(共有なし)には当該特定のクラスタ番号に属する識別子のみでクラスタメンバーを形成する。
【選択図】 図4
Description
cluster_3[1]={0,119978,126329,126352,3,119978,…}
cluster_3[2]={1,119979,132190,4,119979,…}
102 メモリユニット
103 表示ユニット
104 入力ユニット
105 CD−ROMドライブユニット
106 ディスクユニット
107 外部I/Fユニット
200 CD−ROM
配列番号2:AB000096
Claims (8)
- 複数の分類対象配列を相同性に基づいて分類するクラスタリングプログラムであって、
前記分類対象配列に含まれる複数の基準となる配列(基準配列)の識別子と、当該基準配列との相同性が高い配列の識別子と、が対応付けられた状態で記述されたヒットリストを読み出し、当該ヒットリストに基づいて、前記基準配列の識別子と、当該基準配列との相同性が高い配列の識別子と、をグループ化し、グループ毎に個別のクラスタ番号を設定し、さらに、当該クラスタ番号が設定された識別子をソートし、識別子毎に個別の配列番号を設定し、その後、当該配列番号順に、識別子とクラスタ番号と配列番号とを関連付けて記述した配列番号順データを生成する配列番号順データ生成ステップと、
前記配列番号順データを第1の領域に記憶する配列番号順データ記憶ステップと、
前記配列番号順データを読み出し、当該配列番号順データをクラスタ番号順にソートし、当該クラスタ番号順に、識別子とクラスタ番号と配列番号とを関連付けて記述したクラスタ番号順データを生成するクラスタ番号順データ生成ステップと、
前記クラスタ番号順データを第2の領域に記憶するクラスタ番号順データ記憶ステップと、
前記配列番号順データと前記クラスタ番号順データとを読み出し、これらのデータに基づいて、同一の配列番号を共有する複数のクラスタ番号に属するすべての識別子を、同一のクラスタメンバーとする処理を行い、当該クラスタメンバーを構成する識別子を記述したクラスタメンバーリストを生成するクラスタメンバー決定ステップと、
前記クラスタメンバーリストを第3の領域に記憶するクラスタメンバーリスト記憶ステップと、
をコンピュータに実行させることを特徴とするクラスタリングプログラム。 - 機能が未知の複数のcDNA末端配列を、それぞれ、既知配列との相同性計算の結果に基づいて分類するクラスタリングプログラムであって、
前記複数のcDNA末端配列を構成する各cDNA末端配列の識別子と、前記相同性計算結果として得られる既知配列の識別子と、が対応付けられた状態で記述されたヒットリストを読み出し、当該ヒットリストに基づいて、前記cDNA末端配列の識別子と、当該cDNA末端配列との相同性が高い既知配列の識別子と、をグループ化し、グループ毎に個別のクラスタ番号を設定し、さらに、当該クラスタ番号が設定された識別子をソートし、識別子毎に個別の配列番号を設定し、その後、当該配列番号順に、識別子とクラスタ番号と配列番号とを関連付けて記述した配列番号順データを生成する配列番号順データ生成ステップと、
前記配列番号順データを第1の領域に記憶する配列番号順データ記憶ステップと、
前記配列番号順データを読み出し、当該配列番号順データをクラスタ番号順にソートし、当該クラスタ番号順に、識別子とクラスタ番号と配列番号とを関連付けて記述したクラスタ番号順データを生成するクラスタ番号順データ生成ステップと、
前記クラスタ番号順データを第2の領域に記憶するクラスタ番号順データ記憶ステップと、
前記配列番号順データと前記クラスタ番号順データとを読み出し、これらのデータに基づいて、同一の配列番号を共有する複数のクラスタ番号に属するすべての識別子を、同一のクラスタメンバーとする処理を行い、当該クラスタメンバーを構成する識別子を記述したクラスタメンバーリストを生成するクラスタメンバー決定ステップと、
前記クラスタメンバーリストを第3の領域に記憶するクラスタメンバーリスト記憶ステップと、
をコンピュータに実行させることを特徴とするクラスタリングプログラム。 - 前記クラスタメンバー決定ステップでは、
前記クラスタ番号順データに基づいて、特定のクラスタ番号に属するすべての識別子を同一のクラスタメンバーとしてまとめ、さらに、前記配列番号順データを確認した結果、当該クラスタメンバーを構成する識別子が他のクラスタ番号にも属している場合には、前記クラスタ番号順データに基づいて、前記他のクラスタ番号に属するすべての識別子についても同一のクラスタメンバーとして加え、一方で、新たに加えられた識別子が、残りのどのクラスタ番号にも属していない状態になった段階でクラスタメンバーの追加処理を停止し、
以降、前記停止まで一連の処理を、全識別子の分類が完了するまで継続することを特徴とする請求項1または2に記載のクラスタリングプログラム。 - 前記クラスタメンバー決定ステップでは、
特定のクラスタ番号に属する識別子が他のどのクラスタ番号にも属していない場合(共有なし)、当該特定のクラスタ番号に属する識別子のみでクラスタメンバーを形成することを特徴とする請求項1、2または3に記載のクラスタリングプログラム。 - 複数の分類対象配列を相同性に基づいて分類するクラスタリング装置において、
前記分類対象配列に含まれる複数の基準となる配列(基準配列)の識別子と、当該基準配列との相同性が高い配列の識別子と、が対応付けられた状態で記述されたヒットリストを読み出し、当該ヒットリストに基づいて、前記基準配列の識別子と、当該基準配列との相同性が高い配列の識別子と、をグループ化し、グループ毎に個別のクラスタ番号を設定し、さらに、当該クラスタ番号が設定された識別子をソートし、識別子毎に個別の配列番号を設定し、その後、当該配列番号順に、識別子とクラスタ番号と配列番号とを関連付けて記述した配列番号順データを生成する配列番号順データ生成手段と、
前記配列番号順データを記憶する第1の記憶手段と、
前記配列番号順データを読み出し、当該配列番号順データをクラスタ番号順にソートし、当該クラスタ番号順に、識別子とクラスタ番号と配列番号とを関連付けて記述したクラスタ番号順データを生成するクラスタ番号順データ生成手段と、
前記クラスタ番号順データを記憶する第2の記憶手段と、
前記配列番号順データと前記クラスタ番号順データとを読み出し、これらのデータに基づいて、同一の配列番号を共有する複数のクラスタ番号に属するすべての識別子を、同一のクラスタメンバーとする処理を行い、当該クラスタメンバーを構成する識別子を記述したクラスタメンバーリストを生成するクラスタメンバー決定手段と、
前記クラスタメンバーリストを記憶する第3の記憶手段と、
を備えることを特徴とするクラスタリング装置。 - 機能が未知の複数のcDNA末端配列を、それぞれ、既知配列との相同性計算の結果に基づいて分類するクラスタリング装置において、
前記複数のcDNA末端配列を構成する各cDNA末端配列の識別子と、前記相同性計算結果として得られる既知配列の識別子と、が対応付けられた状態で記述されたヒットリストを読み出し、当該ヒットリストに基づいて、前記cDNA末端配列の識別子と、当該cDNA末端配列との相同性が高い既知配列の識別子と、をグループ化し、グループ毎に個別のクラスタ番号を設定し、さらに、当該クラスタ番号が設定された識別子をソートし、識別子毎に個別の配列番号を設定し、その後、当該配列番号順に、識別子とクラスタ番号と配列番号とを関連付けて記述した配列番号順データを生成する配列番号順データ生成手段と、
前記配列番号順データを記憶する第1の記憶手段と、
前記配列番号順データを読み出し、当該配列番号順データをクラスタ番号順にソートし、当該クラスタ番号順に、識別子とクラスタ番号と配列番号とを関連付けて記述したクラスタ番号順データを生成するクラスタ番号順データ生成手段と、
前記クラスタ番号順データを記憶する第2の記憶手段と、
前記配列番号順データと前記クラスタ番号順データとを読み出し、これらのデータに基づいて、同一の配列番号を共有する複数のクラスタ番号に属するすべての識別子を、同一のクラスタメンバーとする処理を行い、当該クラスタメンバーを構成する識別子を記述したクラスタメンバーリストを生成するクラスタメンバー決定手段と、
前記クラスタメンバーリストを記憶する第3の記憶手段と、
を備えることを特徴とするクラスタリング装置。 - 前記クラスタメンバー決定手段は、
前記クラスタ番号順データに基づいて、特定のクラスタ番号に属するすべての識別子を同一のクラスタメンバーとしてまとめ、さらに、前記配列番号順データを確認した結果、当該クラスタメンバーを構成する識別子が他のクラスタ番号にも属している場合には、前記クラスタ番号順データに基づいて、前記他のクラスタ番号に属するすべての識別子についても同一のクラスタメンバーとして加え、一方で、新たに加えられた識別子が、残りのどのクラスタ番号にも属していない状態になった段階でクラスタメンバーの追加処理を停止し、
以降、前記停止まで一連の処理を、全識別子の分類が完了するまで継続することを特徴とする請求項5または6に記載のクラスタリング装置。 - 前記クラスタメンバー決定手段は、
特定のクラスタ番号に属する識別子が他のどのクラスタ番号にも属していない場合(共有なし)、当該特定のクラスタ番号に属する識別子のみでクラスタメンバーを形成することを特徴とする請求項5、6または7に記載のクラスタリング装置。
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WO2012096015A1 (ja) * | 2011-01-11 | 2012-07-19 | 日本ソフトウェアマネジメント株式会社 | 核酸情報処理装置およびその処理方法 |
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