JP2005164546A - Microarray having address marker attached thereto - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は多種類のプローブを基板上に結合させ、これらプローブに特異的に結合可能な標的物質の検出を行うマイクロアレイに関する。 The present invention relates to a microarray for detecting a target substance capable of specifically binding to various probes by binding many kinds of probes on a substrate.
近年、固相プローブアレイを用いた標的物質の検出、定量に関する研究、開発が精力的に行われてきている。例えば、米国特許公報5,445,936にはフォトリソグラフィーを用いて作製された固相オリゴヌクレオチドアレイが示されている。一方、PCT公開公報95/25116、米国特許公報5,688,642にはインクジェット法を用いた固相DNAプローブアレイの作製方法が示されている。このような技術の応用として、さまざまなタイプのマイクロアレイが開発され、マトリクス状に並べられたプローブの基板上への配列の仕方等に工夫が重ねられてきた。 In recent years, research and development relating to detection and quantification of target substances using a solid phase probe array have been vigorously conducted. For example, US Pat. No. 5,445,936 shows a solid-phase oligonucleotide array produced using photolithography. On the other hand, PCT Publication No. 95/25116 and US Pat. No. 5,688,642 show a method for producing a solid-phase DNA probe array using an inkjet method. As an application of such a technique, various types of microarrays have been developed, and contrivances have been made on how to arrange probes arranged in a matrix on a substrate.
特に、基板上のスポットのうち比較的少ない数のサイトからしか蛍光が観察されない場合の、プローブ配列のグリッド位置を示すマーカー物質の利用について、ＰＣＴ公開公報00/270896に述べられている。以降このような目的で用いられているマーカーを、本発明と区別するために、グリッドマーカーと呼ぶ。 In particular, PCT Publication No. 00/270896 describes the use of a marker substance indicating the grid position of a probe array when fluorescence is observed only from a relatively small number of sites on the substrate. Hereinafter, the marker used for such a purpose is called a grid marker in order to distinguish it from the present invention.
ところで多種類のプローブを固定したマイクロアレイを用いて標的物質の検出や定量を行う場合、個々のプローブのIDを、局所的な観察からでも把握できることが重要である。特に細部の観察を行うような場合には、基板全体の観察を同時に行うことは困難であり、従来のプローブ配置のように基板全体の中の相対位置としてしか位置を特定できない場合には、観察結果がどのプローブに対応するかを観察の際に逐次確認し、記録しておく必要があった。 By the way, when detecting and quantifying a target substance using a microarray in which various types of probes are fixed, it is important that the ID of each probe can be grasped even from local observation. Especially when observing details, it is difficult to observe the entire substrate at the same time. When the position can be specified only as a relative position in the entire substrate as in the conventional probe arrangement, the observation is performed. It was necessary to sequentially check and record which probe the result corresponds to when observing.
本発明者は各種方法によって作成されたプローブアレイを用いて標的物質の検出、定量等を行う技術について検討を重ねてきた結果、以下のようなこれまでには認識されてこなかった新たな課題を見出すに至った。それは、多種類のプローブが高密度に固定されたマイクロアレイによる標的物質の検出を蛍光観察で行うに際し、基板の一部分のみを高倍率で観察したい場合に、実際に観察しているのが全体のどの部分であるかの把握が困難になることである。 As a result of repeated studies on techniques for detecting and quantifying target substances using probe arrays created by various methods, the present inventor has found the following new problems that have not been recognized so far. I came to find it. When detecting a target substance with a microarray in which many types of probes are fixed at high density by fluorescence observation, when only a part of the substrate is to be observed at a high magnification, what is actually observed is It is difficult to grasp whether it is a part.
マイクロアレイの構成はプローブがマトリックス上に基板に固定されているために、一部分のみを観察した際にはどの部分も類似度が高く、それのみからはどの部分が記録されているのか判断ができない。しかし、一つの基板上に多数のプローブを固定したマイクロアレイが作製される中で、その一部のみを高精細に観察し、記録に残しておく必要がでてきている。例えば、ツァイス社製の共焦点型顕微鏡を用いた場合、高倍率での観察や、多種類波長でレーザー励起ができる反面、そのトレードオフとして狭い視野しか実現されない。この場合観察時にマイクロアレイの端から順番に位置をずらしつつ観察を行ったが、観察する基板が多数枚になる場合には、測定の最中に混乱することも多かった。 Since the probe is fixed to the substrate on the matrix in the structure of the microarray, when only a part is observed, the similarity is high in any part, and it is impossible to determine which part is recorded only from that part. However, while a microarray in which a large number of probes are fixed on one substrate is produced, it is necessary to observe only a part of the microarray and record it in a record. For example, when a confocal microscope manufactured by Zeiss is used, observation at a high magnification and laser excitation at various wavelengths are possible, but only a narrow field of view is realized as a trade-off. In this case, the observation was performed while shifting the position sequentially from the end of the microarray at the time of observation. However, when there were a large number of substrates to be observed, it was often confused during the measurement.
また得られた画像にはその位置情報を記録して保存するが、その場合にも、該記録の紛失や記録の際の間違いなどで情報が不正確になった場合に、観察結果（たとえば蛍光観察の結果としての画像）のみからでは、それらプローブのマイクロアレイ全体の中の位置を確認することはできなかった。 In addition, the obtained image is recorded and stored with its position information. In this case, if the information becomes inaccurate due to loss of the record or an error in recording, the observation result (for example, fluorescence The position of the probe in the entire microarray could not be confirmed only from the image as a result of observation.
本発明はかかる新たな技術課題の認定に基づきなされたものであって、その目的は標的物質の検出や定量等を精度よく行うことのできるマイクロアレイを提供する点にある。 The present invention has been made based on the recognition of such a new technical problem, and an object of the present invention is to provide a microarray capable of accurately detecting and quantifying a target substance.
上記目的を達成することのできるプローブ結合基板は、標的物質に対して特異的に結合可能なプローブが基板表面の第１の位置に結合されているプローブ結合基板において、該第一の位置に属するプローブ群を特定可能な第２や第３の位置に、該プローブ群ごとに異なるアドレス情報をもったマーカー物質が結合されていることを特徴とする。ＰＣＴ公開公報00/270896では、各プローブのグリッド上での位置を示すためにマーカーが用いられていたが、本発明ではそれを発展させて、ブロックごとに異なるアドレス情報を、マーカーの配列に付加するなどして持たせている。 The probe binding substrate that can achieve the above object belongs to the first position in the probe binding substrate in which a probe capable of specifically binding to a target substance is bound to the first position on the substrate surface. A marker substance having different address information for each probe group is bound to the second or third position where the probe group can be specified. In PCT Publication No. 00/270896, a marker is used to indicate the position of each probe on the grid. However, in the present invention, it is developed to add different address information for each block to the marker array. I have it by doing.
上記目的を達成することのできるプローブ結合基板の製造方法は、標的物質に対して特異的に結合可能であり、且つ基板表面が担持している第一の官能基に対して結合可能な第二の官能基を有するプローブを含む液を該基板表面の第１の位置に結合させる工程を有するプローブ結合基板の製造方法において、該第一の官能基と直接若しくは間接的に結合可能な第三の官能基を有するマーカー物質を含む液を、該基板表面の第２や第３の位置に供給し、該マーカー物質を該基板表面の該第２や第３の位置に結合させて、それぞれのプローブ群のアドレスに対応した情報を持たせることを特徴とする。 A method for producing a probe-bonded substrate that can achieve the above-mentioned object is a second method capable of specifically binding to a target substance and binding to a first functional group carried on the substrate surface. In a method for producing a probe-bonded substrate, comprising a step of bonding a liquid containing a probe having a functional group to a first position on the surface of the substrate, a third capable of binding directly or indirectly to the first functional group A liquid containing a marker substance having a functional group is supplied to the second or third position on the substrate surface, and the marker substance is bonded to the second or third position on the substrate surface to thereby each probe. It is characterized by having information corresponding to the group address.
上記目的を達成することのできる標的物質の検出方法は、サンプル中に含まれている可能性のある標的物質に対して特異的に結合するプローブを基板上に互いに独立した複数のスポットとして有し、且つ該基板表面に該スポットの集合としてのプローブ群（ブロック）の全体の中での位置を特定可能な様にアドレスマーカーが付与されているプローブアレイの各々のスポットと、該サンプルとを接触させ、何れかのスポットにおける該プローブと該標的物質との反応物の有無を検出して該サンプル中の該標的物質の有無を検出する方法であって、該反応物の存在が検出された場合に、その反応物が存在するプローブの属するブロックの位置を、該基板表面の該アドレスマーカー物質からの情報を読み取ることで特定することを特徴とする。 A method for detecting a target substance that can achieve the above-described object has a probe that specifically binds to a target substance that may be contained in a sample as a plurality of independent spots on a substrate. And each spot of the probe array to which an address marker is assigned so as to be able to specify the position in the whole probe group (block) as a set of the spots on the substrate surface, and the sample are brought into contact with each other. And detecting the presence / absence of the target substance in the sample by detecting the presence / absence of the reaction substance between the probe and the target substance in any spot, and detecting the presence of the reactant In addition, the position of the block to which the probe in which the reactant exists belongs is specified by reading information from the address marker substance on the substrate surface.
また該検出を行う際に、ブロックごとに順番に検出を行う中で、該アドレスマーカーの情報から該プローブ群の種類を判別し、マイクロアレイ全体の検出結果を構成していくことを特徴とする。 Further, when performing the detection, while performing the detection in order for each block, the type of the probe group is determined from the information of the address marker, and the detection result of the entire microarray is constructed.
この様な発明によれば、基板上の複数のプローブ全体を観察することなく一部のブロックのみを観察した場合でも、観察しているブロックに属するプローブが全体のどの部分であるのかを特定でき、所望のプローブの測定を迅速かつ高精細に行うことができる。 According to such an invention, even when only a part of the blocks is observed without observing the entire plurality of probes on the substrate, it is possible to specify which part of the entire probe belongs to the observed block. The desired probe can be measured quickly and with high definition.
本発明により、ブロックごとの観察であっても、該ブロックがマイクロアレイ上のどの位置に対応するものなのかを把握することが可能になった。これにより、マイクロアレイ上の細部を拡大して観察することが必要な場合でも、標的物質を簡便に、信頼性良く検出することが可能となった。 According to the present invention, it is possible to grasp which position on the microarray the block corresponds to even in the observation for each block. As a result, even when it is necessary to enlarge and observe the details on the microarray, the target substance can be easily and reliably detected.
以下に本発明を図面を用いて詳細に説明する。 The present invention will be described in detail below with reference to the drawings.
図１は基板上に多種のプローブをスポット状に結合させたプローブアレイの構成図である。複数個プローブとマーカー物質のスポットの一群がブロックとしてまとめられ、それが基板上に図のように並んでいる。101はプローブのスポット、102はグリッドマーカーのスポットであって、該プローブのスポット101のグリッド位置を特定可能な様に配置されている。103が本発明によるアドレスマーカーであり、ブロックごとに異なる配置をとることによって、ブロックのみの観察からでも、該ブロックが基板内のどの位置にあるものかを特定できるようになっている。103の位置は、102とは別にその周囲に配置されるものや、102の中に埋め込まれるようなものが可能である。
FIG. 1 is a configuration diagram of a probe array in which various probes are bonded in a spot shape on a substrate. A group of spots of a plurality of probes and marker substances are grouped as a block, and are arranged on the substrate as shown in the figure.
アドレスマーカーのスポット103は、プローブのスポット101やグリッドマーカースポット102と同様に、例えばマーカー物質を含む液体を基板上に、インクジェット法を用いて付与することによって形成可能である。これら各スポットのインクジェット法による形勢を同一の工程で行うことで、プローブのスポット101の行または列と、グリッドマーカー102、アドレスマーカー103の間での位置ずれが生じることを防ぐことができ、好ましい。
Similarly to the
アドレスマーカーとして用いられる物質としては、グリッドマーカーとして用いられる物質と同様、基板上に付与せしめた状態で検出可能な情報（例えば蛍光等）を発するのもであれば特に限定されるものでない。このため、ＰＣＴ公開公報00/270896で述べられているように、フルオレセイン、ローダミンB、テトラメチルローダミン、ローダミンX、テキサスレッド、Cy5などの蛍光色素に、基板上に付着可能なように、基板表面との各々に互いに反応性の高い官能基を導入しておくことが好ましい。 The substance used as the address marker is not particularly limited as long as it emits information (for example, fluorescence or the like) that can be detected in a state of being applied on the substrate, similarly to the substance used as the grid marker. Therefore, as described in PCT Publication No. 00/270896, the surface of the substrate is attached to a fluorescent dye such as fluorescein, rhodamine B, tetramethylrhodamine, rhodamine X, Texas red, Cy5, etc. It is preferable to introduce functional groups highly reactive with each other.
また、マイクロアレイを核酸プローブを用いて構成する場合には、アドレスマーカー物質としてプローブの中の一種を用いることも可能である。但しこの場合には、標的とするサンプル内に必ずそのプローブと反応する核酸が含まれているような、いわゆるポジティブコントロールとなるプローブを用いる必要がある。 Further, when the microarray is configured using a nucleic acid probe, it is possible to use one of the probes as an address marker substance. However, in this case, it is necessary to use a so-called positive control probe in which the target sample always contains a nucleic acid that reacts with the probe.
以下に実施例を挙げて、本発明を具体的に説明する。 The present invention will be specifically described below with reference to examples.
実施例１、２で示すようなアドレスマーカー配置をもつ基板を特開平11-187900号公報に記載の方法に準じて作製した。
（１）基板洗浄
1x3インチ角で厚さが1mmの合成石英基板をラックにいれ、純水で軽くすすぎスピンドライによって乾燥させた後、5分間のUV洗浄を行った。その後洗剤中で2分間超音波洗浄を行い、その後、水洗により洗剤を除去した。純水ですすいだ後、純水中で再び超音波洗浄を2分間行った。
（２）表面処理
アミノ基を結合したシランカップリング剤、N-β-（アミノエチル）-γ-アミノプロピルトリメトキシシラン KBM603（信越化学工業）の0.1％水溶液を室温下で20分攪拌し、上記シラン化合物の分子内のメトキシ基を加水分解した。ついでこの溶液を上記（1）で得た基板にスピンコート法により湿布したのち、150℃に加熱したオーブン中で一時間ベークして、最終的に基板表面にアミノ基を導入した。
A substrate having an address marker arrangement as shown in Examples 1 and 2 was produced according to the method described in JP-A-11-187900.
(1) Substrate cleaning
A synthetic quartz substrate with a 1x3 inch square and a thickness of 1 mm was placed in a rack, rinsed lightly with pure water, dried by spin drying, and then subjected to UV cleaning for 5 minutes. Thereafter, ultrasonic cleaning was performed in a detergent for 2 minutes, and then the detergent was removed by washing with water. After rinsing with pure water, ultrasonic cleaning was again performed in pure water for 2 minutes.
(2) Surface treatment A 0.1% aqueous solution of an amino group-bonded silane coupling agent, N-β- (aminoethyl) -γ-aminopropyltrimethoxysilane KBM603 (Shin-Etsu Chemical Co., Ltd.) was stirred at room temperature for 20 minutes, The methoxy group in the molecule of the silane compound was hydrolyzed. Subsequently, this solution was applied to the substrate obtained in the above (1) by a spin coat method, and then baked in an oven heated to 150 ° C. for 1 hour to finally introduce amino groups onto the substrate surface.
ついでN-マレイミドカプロイオキシスクシニミド（EMCS）1.5mgをヂオキサン１５mLに溶解し、（2）で得た基板にスピンコート法により湿布した。この段階で、シランカップリング剤によって基板表面に担持されているアミノ基とEMCS溶液のスクシイミド基が反応し、基板表面にはEMCS由来のマレイミド基が存在することになる。
（３）核酸プローブDNAの合成
DNA合成業者（ベックス）に依頼して配列番号：１の一本鎖核酸を合成した。
配列番号：１
5' HS-(CH2)6-O-PO2-O-ACT-GGC-CGT-CGT-TTT-ACA 3'
これらのDNAの５’末端には合成時にチオールモディファイア（グレンリサーチ社）を用いる事によってチオール（SH）基を導入した。なお、脱保護、DNAの回収は定法により行い、また、精製にはHPLCを用いた。合成から精製までの一連の工程はすべて合成業者に依頼して行った。
Subsequently, 1.5 mg of N-maleimidocaprooxysuccinimide (EMCS) was dissolved in 15 mL of dioxane, and the substrate obtained in (2) was applied by spin coating. At this stage, the amino group supported on the substrate surface by the silane coupling agent reacts with the succinimide group of the EMCS solution, and the maleimide group derived from EMCS exists on the substrate surface.
(3) Synthesis of nucleic acid probe DNA
A DNA synthesizer (Bex) was requested to synthesize a single-stranded nucleic acid of SEQ ID NO: 1.
SEQ ID NO: 1
5 'HS- (CH 2 ) 6 -O-PO 2 -O-ACT-GGC-CGT-CGT-TTT-ACA 3'
A thiol (SH) group was introduced into the 5 ′ end of these DNAs by using a thiol modifier (Glen Research) at the time of synthesis. Deprotection and DNA recovery were performed by conventional methods, and HPLC was used for purification. All the series of steps from synthesis to purification were performed by a synthesizer.
またマーカーとしては、グリッドマーカー、アドレスマーカー両者とも、テトラメチルローダミン（テトラメチルローダミン タダベリン 化合物IV フナコシ薬品株式会社）に、公開公報00/270896に記載の方法でチオール基を導入したものを用いた。
（４）インクジェット方式によるDNA及びマーカーの吐出 および基板への結合
上記配列の一本鎖DNAを8μMの濃度でグリセリン15.0wt％、尿素15.0wt％、ジエチレングリコール9.0wt％、及びアセチレンアルコール（商品名：アセチレノールEH;川研ファインケミカル（株）社製）0.01wt％を含む溶液のそれぞれ溶解した。マーカーに関しても、DNAと同様に上記の成分をもつクリアインクに溶解した。サーマルジェット法の一種であるバブルジェット法を用いたプリンター(商品名：BJF-850；キヤノン社製)用のプリンターヘッド（商品名：BC-50；キヤノン社製）を数100μｌの溶液を吐出可能とするべく改造し、このヘッドの改造タンク部に上記DNA溶液を注入した。吐出描画機に（3）で作製した基板を装着し、ここにDNA溶液をスポッティングした。なお、スポッティング時の吐出量は4pl/dropletで、スポッティングの範囲は基板の中央部に10mmx10mmの範囲に200dpiすなわち127μmのピッチで吐出した。この条件では、スポッティングされたドットの直径は約50μmであった。
As the marker, both a grid marker and an address marker were prepared by introducing a thiol group into tetramethylrhodamine (tetramethylrhodamine tadaberine compound IV Funakoshi Chemical Co., Ltd.) according to the method described in the published publication 00/270896.
(4) Discharge of DNA and marker by ink jet method and binding to substrate The above single-stranded DNA at the concentration of 8 μM is glycerin 15.0 wt%, urea 15.0 wt%, diethylene glycol 9.0 wt%, and acetylene alcohol (trade name: Each of the solutions containing 0.01 wt% of acetylenol EH (manufactured by Kawaken Fine Chemical Co., Ltd.) was dissolved. The marker was also dissolved in the clear ink having the above components as in the case of DNA. A printer head (trade name: BC-50; manufactured by Canon Inc.) for a printer (trade name: BJF-850; manufactured by Canon Inc.) using a bubble jet method, which is a type of thermal jet method, can discharge several hundred μl of solution. The DNA solution was injected into the modified tank of the head. The substrate prepared in (3) was mounted on the discharge drawing machine, and the DNA solution was spotted here. In addition, the discharge amount at the time of spotting was 4 pl / droplet, and the spotting range was discharged at a pitch of 200 dpi or 127 μm in the range of 10 mm × 10 mm to the center of the substrate. Under this condition, the spotted dot diameter was about 50 μm.
スポッティング終了後、基板を30分間加湿チャンバー内に静置し、ガラス基板表面のマレイミド基と核酸プローブ末端のチオール基とを反応させた。次いで、基板を50ｍMリン酸緩衝液（10mMリン酸緩衝液 pH=7.0、100ｍM NaClを含む）中で保存した。
（５）ハイブリダイゼーション
次に、塩基配列1と相補的な配列をもち、かつ5‘末端にローダミン標識が施された塩基配列2を、（4）で作製した基板とハイブリダイゼーションを行った。
配列番号：2
5' (Rho)-TGT-AAA-ACG-ACG-GCC-AGT 3'
ハイブリダイゼーションは標的DNA（配列２）を５ｎMの濃度で含む上記緩衝液を用い、Genomic Solutions社のハイブリダイゼーション装置を用いて行った。ハイブリのプロトコルは以下に示すとおりである。
1. O-ring Set : 65℃ 3分
2. Introduce Probe : 45℃
3. Hybridization : 45℃ 2時間
4. Wash1 : 45℃ flow 30秒、hold 10秒、3 cycle、source 1
5. Wash2 : 45℃ flow 20秒、hold 10秒、3 cycle、source 2
6. Last Wash3 : 25℃ flow 20秒、hold 10秒、2 cycle、source 3
7. Drain slides : 2分
ここで、洗浄工程（Wash1,2,3）で用いられた洗浄液は以下のとおりである。
After spotting, the substrate was left in a humidified chamber for 30 minutes to react the maleimide group on the surface of the glass substrate with the thiol group at the end of the nucleic acid probe. The substrate was then stored in 50 mM phosphate buffer (10 mM phosphate buffer pH = 7.0, containing 100 mM NaCl).
(5) Hybridization Next, the base sequence 2 having a sequence complementary to the
SEQ ID NO: 2
5 '(Rho) -TGT-AAA-ACG-ACG-GCC-AGT 3'
Hybridization was performed using the above-mentioned buffer containing the target DNA (sequence 2) at a concentration of 5 nM and using a hybridization apparatus of Genomic Solutions. The hybrid protocol is as follows.
1. O-ring Set: 65 ℃ 3 minutes
2. Introduce Probe: 45 ℃
3. Hybridization: 45 ℃ for 2 hours
4. Wash1: 45 ℃ flow 30 seconds, hold 10 seconds, 3 cycle,
5. Wash2: 45 ℃ flow 20 seconds, hold 10 seconds, 3 cycle, source 2
6. Last Wash3: 25 ℃ flow 20 seconds, hold 10 seconds, 2 cycle, source 3
7. Drain slides: 2 minutes Here, the cleaning solutions used in the cleaning process (
Wash1： 2 x SSC, 0.1% SDS
Wash2： 0.1 x SSC, 0.1% SDS
Wash3： 0.1 x SSC
20xSSC：0.3Mクエン酸三ナトリウム＋3.0M塩化ナトリウム
SDS：ドデシル硫酸ナトリウム
（６）蛍光観察
ハイブリダイゼーション終了後、基板を装置からとりはずし、超純水で軽く洗浄したのち、スピンドライによって乾燥した。その後、ツァイス社製の共焦点型顕微鏡LSM510を用いて観察した。この際励起レーザーはヘリウムネオンレーザーで波長543nmを用いた。
観察倍率はFluar10xの対物レンズを使用し、一つのブロックごとに、4x4のタイル処理をして画像を得た。
Wash1: 2 x SSC, 0.1% SDS
Wash2: 0.1 x SSC, 0.1% SDS
Wash3: 0.1 x SSC
20xSSC: 0.3M trisodium citrate + 3.0M sodium chloride
SDS: Sodium dodecyl sulfate (6) fluorescence observation After completion of hybridization, the substrate was removed from the apparatus, washed lightly with ultrapure water, and then dried by spin drying. Thereafter, observation was performed using a confocal microscope LSM510 manufactured by Zeiss. At this time, the excitation laser was a helium neon laser with a wavelength of 543 nm.
Using a Fluar10x objective lens for the observation magnification, images were obtained by tile processing of 4x4 for each block.
グリッドマーカー外部に独立してアドレスマーカーを配置する。 Address markers are arranged independently outside the grid markers.
図２に示すように、アドレスマーカーを、グリッドマーカーのスポットの右横部分に配置した。このとき104は行番号を表し、105は列番号を表している。それ以外のスポットは図１と同様にプローブとグリッドマーカーのスポットを示している。図2において、全プローブは16個のブロックが4行4列に配置されているため、アドレスマーカーは行、列それぞれ1,2,3,4の位置を示している。このとき、アドレスマーカーの位置は、グリッドマーカーの下部から1,2,3,4の位置にあわせてあり、グリッドマーカーを参照して、アドレスマーカーの値を読み取っている。
As shown in FIG. 2, the address marker was placed on the right side of the grid marker spot. At this time, 104 represents a row number, and 105 represents a column number. Other spots indicate the spots of the probe and the grid marker as in FIG. In FIG. 2, since all the probes have 16 blocks arranged in 4 rows and 4 columns, the address markers indicate
グリッドマーカーに埋め込んでアドレスマーカーを配置する。 Place the address marker by embedding it in the grid marker.
図３に示すように、グリッドマーカーの一部をアドレスマーカーとして利用することも可能である。図３では、グリッドマーカー左中央部分の８スポット（106）を利用し、左下４スポットは行に関する、その上４スポットは列に関する情報を付加している。具体的には、一行目にあるブロックの場合には、4スポットのうち1つ目のスポットが抜けていて、4行目にあるブロックの場合には、4つ目のスポットが抜けている。列に関しても同様である。 As shown in FIG. 3, a part of the grid marker can be used as an address marker. In FIG. 3, eight spots (106) in the left center portion of the grid marker are used, and the four spots on the lower left are added to the row, and the upper four spots are added to the column. Specifically, in the case of the block in the first row, the first spot among the four spots is missing, and in the case of the block in the fourth row, the fourth spot is missing. The same applies to the columns.
グリッドマーカーへのアドレス情報の付加に関しては、グリッドのスポットを2ビット（スポットの有無）として扱うことができるため、その方法は多数考えられる。 Regarding the addition of address information to the grid marker, since the grid spot can be handled as 2 bits (presence / absence of a spot), there are many possible methods.
この方法は、実施例１に比べてスペースを削減できるという利点がある。 This method has an advantage that the space can be reduced as compared with the first embodiment.
１０１ プローブスポット
１０２ グリッドマーカースポット
１０３，１０４，１０５，１０６ アドレスマーカースポット
101 Probe spot 102
Claims (6)
6. The microarray according to claim 5, wherein the address marker is regarded as a part of a grid comprising probes, and is observed simultaneously with fluorescence from a probe hybridized with a target substance capable of specifically binding to the probe. Observation method.
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| JP (1) | JP2005164546A (en) |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2008256428A (en) * | 2007-04-03 | 2008-10-23 | Intec Systems Institute Inc | Method for detecting block position of microarray image |
| JP2013167614A (en) * | 2012-02-17 | 2013-08-29 | Sumitomo Bakelite Co Ltd | Method of producing sugar chain array |
| JP2014089148A (en) * | 2012-10-31 | 2014-05-15 | Sumitomo Bakelite Co Ltd | Sugar chain array and method for producing the same |
-
2003
- 2003-12-05 JP JP2003407588A patent/JP2005164546A/en not_active Withdrawn
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2008256428A (en) * | 2007-04-03 | 2008-10-23 | Intec Systems Institute Inc | Method for detecting block position of microarray image |
| JP2013167614A (en) * | 2012-02-17 | 2013-08-29 | Sumitomo Bakelite Co Ltd | Method of producing sugar chain array |
| JP2014089148A (en) * | 2012-10-31 | 2014-05-15 | Sumitomo Bakelite Co Ltd | Sugar chain array and method for producing the same |
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