JP2003521071A - 生物医学的リソースへの統合されたアクセス - Google Patents

生物医学的リソースへの統合されたアクセス

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JP2003521071A
JP2003521071A JP2001555385A JP2001555385A JP2003521071A JP 2003521071 A JP2003521071 A JP 2003521071A JP 2001555385 A JP2001555385 A JP 2001555385A JP 2001555385 A JP2001555385 A JP 2001555385A JP 2003521071 A JP2003521071 A JP 2003521071A
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Abstract

(57)【要約】 ゲノム研究をゲノム・データ・オブジェクトのオンライン解析を介して実行するシステムおよび方法を提供する。新しい技術情報モデルおよび実施機構がゲノム視覚化および解析ツールを、ゲノム・データ・オブジェクトを複数のデータベースに渡って(かつそれらの内部で)リンクする能力と結合する。これにより、従来のインターネット・アクセス・プロセスを使用して可能ではなかったインタラクティブ性に備え、またゲノム研究の効果をさらに高めるデータ統合にも備える。ビジネス・プロセスがデータベースへのアクセス方法、特に商用有料データベースをコントロールし、本発明によるシステムを使用する研究者がアクセス制限の追跡に関与する必要がなくなる。

Description

【発明の詳細な説明】 【0001】 (発明の背景) 1.発明の分野 本発明は、一般に、データ処理の分野に関する。より詳細には、本発明は、ゲ
ノム研究の効率を高める目的で、統合された手法で様々な生化学的データ・リソ
ースにアクセスするための、インターネットの使用法に関する。 【0002】 2.背景情報 全ての生物のほぼ全ての細胞は、その生存期間全体にわたってその生物を作り
出しかつその細胞構造および活性を調整するための、1組の完全な命令を含んで
いる。この命令の集合体をゲノムと呼ぶ。 【0003】 ゲノムは、クロモソームと呼ばれる明確に区別される顕微鏡的単位で構成され
ている。クロモソームは、デオキシリボ核酸(DNA)のコイル状の糸である。
DNAの各糸は、共に巻き付けられ対をなして二重らせんを形成する2本の長い
ヌクレオチドの鎖からなる。ヒト・ゲノムは、これら35億対のヌクレオチドで
構成される。 【0004】 所与のDNA鎖は、タンパク質を産生するための細胞命令を含んでいる。これ
らの命令は、DNA鎖内で、遺伝子と呼ばれるヌクレオチド塩基の特定の配列の
形をとる。科学者は、これら基本的な遺伝単位80,000〜100,000個
がヒト・ゲノム内に存在すると推定している。タンパク質は、広く様々な生理学
的な仕事をする。これらは、消化や呼吸、免疫応答、熱およびエネルギーの生成
、細胞内および細胞外での流体の移動などのプロセスを促進させる。 【0005】 ある種のほとんどのメンバーは、同じ遺伝子集合を有する。しかし、各個体独
自の特徴は、その個体の遺伝子を含むヌクレオチドの配列のわずかな変異から生
じる。個体の独自の特徴を定めるこれらのわずかな遺伝的変異は、多形性と呼ば
れる。平均すると、ある種の任意の2つの個体のDNAは、約0.1%だけ異な
ることになる。 【0006】 突然変異と呼ばれる別のクラスの変異も生じる。多形的変異と突然変異原的変
異の両方は、タンパク質の産生を阻害しまたはタンパク質の通常の機能を変化さ
せることにより個体に有害である可能性がある。ほとんどの疾病は、これらのタ
イプの遺伝的変異から生じる。 【0007】 ゲノミクスは、ゲノム内の核酸配列の研究である。ゲノム調査の目的は、ヌク
レオチドの配列を決定し、それらが含む全ての遺伝子の機能を理解し、個体性を
定め疾病を生み出す遺伝的変異を明確にすることである。 【0008】 ゲノミクスは、広範囲にわたり適用される。これらは、研究作業の最も基本的
な事項から、診断に有用であるという展望に至るまで適用される。 【0009】 新薬の開発を制限する重要な因子は、そのために新薬を開発することができる
既知の標的分子の数が限定されることである。疾病標的分子は、薬物によって影
響を受ける可能性があるものであり、体内で、後続の所望の生物学的反応を引き
起こす。歴史的に見ると、新しい標的分子を発見するプロセスは、試行錯誤的な
発見手法に頼っていたため極めて遅く、非常に費用がかかっていた。ゲノム研究
は、薬物設計者が問題の標的分子に直接進むことができるので、試行錯誤への依
存を減少させることになる。このため、薬物開発にゲノム研究を適用することに
よって、新しくより良い薬物が、より迅速にかつ少ないコストで生成される。 【0010】 ゲノム研究が医薬品産業を助けることができる別の方法は、薬理ゲノム学の新
興分野にある。薬理ゲノム学は、より個人に向けた薬物療法を開発するために、
薬物治療の効果−すなわちどのくらいうまく個体が特定の薬物を吸収し、特定の
薬物を代謝するか−に影響を与える可能性がある患者間での遺伝的変異の識別に
焦点を当てている。ほぼ全ての製薬会社は、所与の薬剤が全ての人々に同じ効果
を発揮しないという増加しつつある証拠に対する反動で、薬理ゲノム学的ユニッ
トを開発している。 【0011】 特に、薬理ゲノム学は、少なくとも3つの異なる有用な適用例を提供すると考
えられている。すなわち、 患者群の選択プロセスを改善することによって、臨床試験の成功率を高めるこ
と、 既存の薬物の新たな用法を明らかにすること、および 薬物の使用により適した集団を特定することによって、薬物試験に依然失敗し
たことがある薬物を救済することである。救済すべき薬物候補には、特定のサブ
集団で拒絶反応をもたらしたものが含まれる。 【0012】 分子中毒学は、ゲノム研究の恩恵を受けることができる別の技術領域である。
薬物による有害な副作用の結果、毎年約220万人の米国人が入院している。こ
のような有害な(かつしばしば予測できない作用により)、年間100,000
人を超える米国人が死亡している。例えば、一部では肝臓に損傷を引き起こし、
一部は腎臓に有害である。すでに利用可能な、薬物に関する臓器特異的な遺伝子
発現プロフィルによって、研究者は、新薬化合物の毒性をより確かに調査するこ
とが可能になる。 【0013】 さらに、代謝経路に関連する多形情報と組み合わせた遺伝子発現データにより
、個々の患者が様々な投薬レベルの薬物に反応するという方法の重要な指標が提
供され、それによって、治療による望ましくない副作用が著しく低減される。 【0014】 リスク・アセスメントは、ゲノミクスの恩恵を受ける診断の主要な領域である
。歴史的に見て、誰かが特定の疾病に特有の危険に曝されているかどうかの予測
は、血圧やコレステロール・レベルなど身体の一般的指標を測定することに焦点
を当てている。これらの測定値は一般的な生理現象を反映しているが、個々の患
者の疾病に関する具体的な遺伝的基礎事項を説明していない。その結果、これら
の診断検査法では疾病の根本的な原因が見分けられず、患者に対する医療を脅か
し、訴訟のリスクが増大する可能性がある。 【0015】 新たなゲノム・ベースの診断は、特定の遺伝子および疾病に関連する患者のあ
らゆる変化を見ることによって、特定の疾病にかかる個々のリスクを決定するこ
とに焦点を当てることになる。これらの新しい診断では、特定の疾病にかかると
いう患者の潜在的なリスクのより正確なアセスメントを提供することによって、
はるかに良い予防的ケアが可能になると考えられる。 【0016】 個人向けの医療は、ゲノミクスの恩恵を受ける診断の別の主要な領域である。
ゲノム情報は、個々の遺伝的構成を特定する分子診断検査法を開発するために、
入手可能である。これらの診断検査法は、医師が各患者ごとに療法を確立するこ
とができるため、医療に大きな変革をもたらし、すなわち個人向け医療が可能に
ある。 【0017】 例えば細胞レベルでそれぞれ明らかに異なる多くのタイプの癌は、それにもか
かわらず、同様の症状を示す。症状は、1つの遺伝的タイプの癌と別のタイプの
癌で類似する可能性があるので、効果的な治療を処方するには、癌遺伝子および
それらの相互作用について可能な限り全てを知ることが重要である。 【0018】 別の例として、医師は、副作用が最小限に抑えられた最も有効な薬物を選択す
るのを助けるため、分子/ゲノム試験を使用することができる。その結果、この
手法により、患者はオーダーメード医療を受けることができ、病気の期間を短縮
することができ、最終的には、より良くより長い人生を送ることができるように
なる。 【0019】 健康管理の他、農業の分野もゲノム研究の恩恵を受けると考えられる。植物お
よび動物の疾病を診断することができ、それらの疾病をターゲットにした治療を
開発することができることによって、より良い農産物が生産され、収量が増大す
する。例えば、耐病性または病虫害抵抗性の植物株からの遺伝情報と非耐性株を
比較し、好ましい形質に関する選択的育種プログラムを使用することにより、世
界中の様々な農業地域で利用可能な新種の株の数を著しく増大させ、かつそのよ
うな新種の株を非常にうまく成功させることができる。これは、食品の量を増加
させるだけではなく、食品の栄養の質も高めるという、重要な意味合いを持つ。 【0020】 ゲノム情報から重要な恩恵を受けると考えられるその他の分野には、法医学、
獣医学、繊維生産、廃棄物制御、環境改善が含まれる。 【0021】 ゲノム研究に関して予測された前述の有益な結果のいずれかを達成するのに著
しい障害は、全体がふるいにかけられて研究されるゲノム情報の量の全体の大き
さである。誇張ではなく、全体がふるいにかけられて研究される入手可能な生の
核酸配列データは、想像を絶するほど膨大である。さらに、新たに配列決定され
たDNA鎖は逐次記録されるので、データ本体は日々大きくなる(事実上)。ゲ
ノム・データが膨大であるので、これはコンピュータを介して記憶され、処理さ
れ、操作される。 【0022】 バイオインフォマティクスは、生物学的情報を検索し、処理し、分析するため
にコンピュータを使用することである。このデータ処理の分野は、現在、薬物の
発見および開発に重要と考えられている。科学者は、従来の「ウェットな(we
t)」生物学を、定量分析、データベースの比較、およびコンピュータ・アルゴ
リズムで補っている。このように生物学の研究は、少なくとも事前に仮想環境で
行われ、その後、科学者が実験室で実際に行う。バイオインフォマティクスのツ
ールおよびサービスは、遺伝子発見、疾病経路の理解、新しい疾病標的の特定、
および疾病に対する遺伝子配列の変異の発見および相関関係も含め、薬物の発見
および開発の全ての段階で、医薬品およびバイオテクノロジーの研究者を補助す
る。 【0023】 残念ながら、ゲノム情報にアクセスする従来の手段は、データを計算上透過的
な方法で解析あるいは研究することができる総合的かつ容易なアクセスには備え
ていない。ゲノム情報は幅広い種類のデータベースに蓄積されており、その一部
は公用(無料で使用可能)であり、一部は商用(有料で使用可能)であり、一部
はメーカ独自(外部の者とは共有されない「企業内」のリソース)である。 【0024】 図1を参照すると、公用102および専用104のゲノム・データベース、な
らびに探索ツール106がオンラインで使用可能である。ユーザ110がインタ
ーフェイス・デバイス112を使用してデータベース102、104および探索
ツール106にアクセスする。インターフェイス・デバイス112はデータ・ア
クセス・ポータル・サイト120と、インターネット接続130を介して通信す
る。ポータル120はデータベース102、104および探索ツール106への
接続を、インターネット140を介して行う。ユーザ110がゲノム研究リソー
ス102、104、106にアクセスするためのもう1つの動作モードは、直列
にインターネット接続を介して、ポータル120を使用しないものである。(こ
の簡素化された接続のモードは図示しない)。インターフェイス・デバイス11
2は通常、シン・クライアント・ブラウザ・アプリケーションの実施である。 【0025】 各データベースは、生物学的データを含むデータ・オブジェクトからなる。デ
ータ・オブジェクトはデータベース毎に、それらが含む生物学的データのタイプ
に関して、かつそれらのフォーマットに関して異なる。したがって、複数のデー
タベースからのデータの研究には、研究者が一意のデータ構造において提示され
たデータおよび各特定のデータベースのデータ内容を解釈する方法を学ぶことが
必要である。これは著しい不都合である。 【0026】 したがって、必要とされるものは、多様なゲノム・データベース(それぞれが
異なるフォーマットのゲノム・データ・オブジェクトを含む)からのデータを自
動的に解釈し、それがユーザに予測可能で容易に認識可能なフォーマットで提示
されるようにする、バイオインフォマティックス視覚化ツールである。 【0027】 加えて、多様な格納フォーマットが異なるデータベースによって使用されるの
で、自動解析ツールを使用して解析されるデータ・オブジェクトの多数を、それ
らの固有のフォーマットから、使用される自動解析ツールが認識可能であるフォ
ーマットに変換しなければならない。これはさらに不都合である。 【0028】 したがって、必要とされるものは、多様なゲノム・データベース(それぞれが
異なるフォーマットのゲノム・データ・オブジェクトを含む)からのデータを自
動的に翻訳し、それが一様なフォーマットによる解析機構に提示されるようにす
る、バイオインフォマティックス・ソフトウェア・ツールである。 【0029】 さらに、データ・オブジェクトのペアが互いに著しい関係を有することが発見
されたとき、それらの間のリンキング関係を確立するための従来のメカニズム(
手動で注記をそれ自体に書き込む以外のもの)はない。このようなメカニズムは
、データ・オブジェクトのペアが2つのまったく異なるデータベースにおいて発
見される場合、存在しないことがもっとも著しい。 【0030】 したがって、必要とされるものは、データ・オブジェクトが多様なデータベー
スから引き出され、かつ多様なフォーマットおよび内容のタイプを有するときで
さえ、ユーザがこれらのデータ・オブジェクトの間のリンキング関係を確立する
ことができるソフトウェア機構である。 【0031】 さらに、インターネット・データベース・ホストによって、あるいは中央イン
ターネット・ポータルによって提供されたハイパー・テキスト・マークアップ言
語(HTML)のゲノム・データ・ファイルにアクセスかつこれをナビゲートす
る既存の方法には、重大な制限がある。1つには、データの操作および/または
解析について可能なインタラクティブ性がない。このインタラクティブ性は、研
究効果に関して重大なものである。 【0032】 したがって、必要とされるものは、ユーザがゲノム・データ・ファイルに、イ
ンターネットを介して、これらのファイルがHTML(通常行われるもの)の形
式であるか、データを表示することができる他のフォーマットであるかに関わら
ず、インタラクティブにアクセスかつこれをナビゲートすることができるソフト
ウェア機構である。 【0033】 (発明の概要) 本発明の目的は、データを多様なゲノム・データベース(それぞれが異なるフ
ォーマットのゲノム・データ・オブジェクトを含む)からのデータを自動的に解
釈し、それがユーザに予測可能で容易に認識可能なフォーマットで提示されるよ
うにする、バイオインフォマティックス視覚化ツールを提供することである。 【0034】 本発明のもう1つの目的は、多様なゲノム・データベース(それぞれが異なる
フォーマットのゲノム・データ・オブジェクトを含む)からのデータを自動的に
翻訳し、それが一様なフォーマットによる解析機構に提示されるようにする、バ
イオインフォマティックス・ソフトウェア・プロセスおよびシステムを提供する
ことである。 【0035】 本発明のさらにもう1つの目的は、データ・オブジェクトが多様なデータベー
スから引き出され、かつ多様なフォーマットおよび内容のタイプを有するときで
さえ、ユーザがこれらのデータ・オブジェクトの間のリンキング関係を確立する
ことができるソフトウェア・プロセスおよびシステムを提供することである。 【0036】 本発明のさらにもう1つの目的は、ユーザがHTML(または他のフォーマッ
ト)のゲノム・データ・ファイルに、インターネットを介してインタラクティブ
にアクセスかつこれをナビゲートすることができるソフトウェア・プロセスおよ
びシステムを提供することである。 【0037】 本発明のさらなる目的は、複数のゲノム・データベースへのシームレスなアク
セスおよびインタラクティブ性を、それらのデータベースのうち1つまたは複数
が商用(すなわち、有料の)データベースである場合でさえ可能にするためのビ
ジネス・プロセスを提供することである。 【0038】 上記の目的のうちいくつかは、ローカル・ゲノム・データベースシステムと、
かつ1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと電子的に通
信するデータ処理システムによって可能とされる。このデータ処理システムは、
ユーザがゲノム・データ・オブジェクトをグラフィカルに表示することができる
グラフィカル・ユーザ・インターフェイスを含む。これはまた、ゲノム・データ
・オブジェクト・リンカ、および1つまたは複数のゲノム・データ・オブジェク
トを解決するリンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバを含み、このオブジ
ェクトは、ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまたは複数の
リモート・ゲノム・データベース・システムにおいて発見されたデータ・オブジ
ェクトの中からの、対象ゲノム・データ・オブジェクトに関してリンカブルであ
る。リンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバによって解決される解決済ゲ
ノム・データ・オブジェクトが、データ・オブジェクト・リンカによって対象ゲ
ノム・データ・オブジェクトにリンクされ、解決済ゲノム・データ・オブジェク
トおよび対象ゲノム・データ・オブジェクトがそれぞれグラフィカル・ユーザ・
インターフェイスに提供されるようになる。 【0039】 上記の目的のうちいくつかはまた、ローカル・ゲノム・データベース・システ
ムと、かつ1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと電子
的に通信する、ゲノム研究を実行するためのシステムによっても可能とされる。
このシステムは、ユーザにゲノム・データ・オブジェクトのグラフィカル・ビュ
ーを提示する手段、ならびに、ゲノム・データ・オブジェクトを互いにリンクす
る手段を含む。このシステムはさらに、ゲノム・データ・オブジェクトを、ロー
カル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノ
ム・データベース・システムにおいて発見されたゲノム・データ・オブジェクト
の中からの、対象ゲノム・データ・オブジェクトに関して解決する手段を含む。
解決する手段によって解決される解決済ゲノム・データ・オブジェクトが、リン
クする手段によって対象ゲノム・データ・オブジェクトにリンクされ、解決済ゲ
ノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・データ・オブジェクトがそれぞ
れ印刷する手段に提供されるようになる。 【0040】 上記の目的のうちいくつかが可能とされるもう1つの方法は、ゲノム研究を対
象ゲノム・データ・オブジェクトに関して、ローカル・ゲノム・データベースお
よび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベースをリソースとして使用し
て実行する方法によるものである。この方法は、リンカブル・ゲノム・データ・
オブジェクトを、ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまたは
複数のリモート・ゲノム・データベース・システムの中からの、対象ゲノム・デ
ータ・オブジェクトに関して、ゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォー
マットに関わらず、解決する動作を含む。加えて、この方法は、対象ゲノム・デ
ータ・オブジェクトを、リンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトにリンクし
て、リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットを形成する動作を含む。さ
らに、この方法は、リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットをローカル
・ゲノム・データベースに格納する動作を含む。 【0041】 上記の目的のうちいくつかが可能とされるさらにもう1つの方法は、ゲノム研
究において使用するための、上記のような方法を実施するコンピュータ・システ
ムによるものである。 【0042】 上記の目的のうち1つは、新しい技術情報モデルおよび実施機構によって可能
とされる。これは、ゲノム視覚化および解析ツールを、ゲノム・データ・オブジ
ェクトを複数のデータベースに渡って(かつそれらの内部で)リンクする能力と
結合することによって実施される。 【0043】 上記の目的のうちもう1つは、複数のゲノム・データベースへのアクセスを管
理する方法によって可能とされ、このときゲノム・データベースはローカル・ゲ
ノム・データベース、公用ゲノム・データベースおよび商用ゲノム・データベー
スを含む。この方法は、リンカブル・データ・オブジェクトを対象データ・オブ
ジェクトに関して解決するステップ、および、さらに解決済データ・オブジェク
トを対象ゲノム・データ・オブジェクトにリンクするステップを含む。公用ゲノ
ム・データベースから解決されるリンカブル・データ・オブジェクトは、その中
に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず
解決され、アクセス・コストについての制限がない。商用ゲノム・データベース
から解決されるリンカブル・データ・オブジェクトは、その中に格納されたゲノ
ム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず解決され、商用ゲ
ノム・データベースについての適用可能な所定のアクセス取り決めを受けて解決
される。 【0044】 上記の目的のうちいくつかが可能とされるさらにもう1つの方法は、コンピュ
ータが複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理することができる、コン
ピュータ・プログラム製品による。複数のゲノム・データベースは、ローカル・
ゲノム・データベース、公用ゲノム・データベースおよび商用ゲノム・データベ
ースを含む。コンピュータ・プログラム製品は、コンピュータが所定の動作を実
行できるようにするためのソフトウェア命令、およびソフトウェア命令を実施す
るコンピュータ可読媒体である。所定の動作には、上述の方法による動作が含ま
れる。 【0045】 本発明の一態様は、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、Basi
c Local Aligned Search Tool(BLAST)探索
の結果、およびMEDLINEなどの医療データベースからのエントリなど、ゲ
ノム・データを格納するためのローカル・データベースである。 【0046】 本発明の別の態様は視覚化および解析機構である。視覚化および解析は好まし
くはダイアログ・ボックスを介して提供され、パラメータをBLAST探索用に
設定できるようにし、テキストベースの探索を配列データベースからなるように
することができ、かつ文献探索をデータベースで行うことができるようにする。
リンカは、核酸配列、アミノ酸配列、BLAST探索結果、MEDLINEエン
トリなどを共にリンクするために含まれる。すべてのタイプのゲノム/生物医学
情報は、ビューアおよびエディタ・コンポーネントを組み込むグラフィカル・イ
ンターフェイスを介して視覚化される。 【0047】 本発明のさらにもう1つの態様は、データベース・オブジェクトの間のリンク
を解決するプログラミング・モジュールを有するインターネット・コネクタであ
る。このコネクタは、ローカル・データベースまたはリモート・インターネット
・サーバを調べて、求められているデータ・オブジェクトを得る。 【0048】 本発明の追加の目的および利点は、以下の詳細な説明を添付の図面と共に読む
ことによって明らかになるであろう。 【0049】 (発明の詳細な説明) 本発明を考察する1つの方法は、シン・クライアント・ブラウザおよびシン・
ポータル(図1を参照)を使用して、研究者にゲノム研究リソースへのアクセス
を提供する従来の手法が断念されることである。その代わりに、出願人は、イン
タラクティブなインターフェイスをリソースと共に提供するシステムの効果が増
すことを発見した。このインタラクティブ性は、ゲノム研究の効果を増すために
重要である。本発明を考察するもう1つの方法は、技術情報モデルおよび実施機
構としてである。本発明のインタラクティブ性の態様は、データ・オブジェクト
のリンキングおよびその視覚化および解析の態様の組合せによって提供される。 【0050】 中間および最終結果を格納するためのローカル・データベースに加えて、本発
明は視覚化および解析の態様を有する。視覚化は高度な形式において提供され、
これは配列および他の分子を、人の知覚に直観的にアピールするグラフィカル・
プレゼンテーションにおいて示すものである。インタラクティブ性に加えて、ユ
ーザが容易にデータを統合(すなわち、リンク)し、統合されたデータをローカ
ル・データベースに格納するための機能がとても有用である。 【0051】 本発明の好ましい実施形態において提供される追加の機能性は、リモートでイ
ンターネットを介するのではなくユーザ・インターフェイスで直接使用可能なフ
ルスケール解析ツールおよびアルゴリズムである。フルスケール解析では、DN
Aをタンパク質、酵素およびオリゴ・データ・セット、BLAST結果、MED
LINE Entrezデータおよびアミノ酸に鑑みて評価することができる。 【0052】 本発明の視覚化および解析の態様を提供することができるソフトウェア製品の
一実施例は、North Bethesda、MarylandのInforM
ax,Inc.のVectorNTI(商標)製品である。 【0053】 本発明の好ましい実施形態によるもう1つの態様は、インターネットを介して
複数のデータベース(たとえば、NCBI、Entrez、PubMed、SR
S)に接触する解決システムを使用して、統合されたデータベース探索を提供す
ることである。 【0054】 図2を参照すると、公用202および専用204のデータベース、および様々
な研究ツール206がオンラインで使用可能である。また、研究リソースとして
使用可能なものは、ユーザ210がローカル・データベース・システム208に
格納する以前の研究結果および他のメーカ独自のデータである。従来技術のよう
に、インターネット220が、様々なリモートのリソース202、204、20
6にアクセスするための通信媒介として使用される。しかし、従来技術とは対照
的に、まったく異なるツールのセットが、研究を行うために使用される。 【0055】 ユーザ210がユーザ・インターフェイス230を利用し、これは視覚化シス
テム232およびデータ・セット・リンキング機構234(以下、短く「リンカ
」とする)を含む。リンカ234は、ユーザが、互いの関係においてさらに研究
するために互いに関連付ける価値があると見なすデータ・セットの統合に備える
。そのようにリンクされたデータ・セットは、解析ツールおよびアルゴリズム2
40を使用してより綿密に検査あるいは解析することができる。本発明と共に使
用するために含める有用な解析ツールおよびアルゴリズムの実施例は、BioP
lot(商標)、AlignX(商標)およびContigExpress(商
標)であり、これらはすべてNorth Bethesda、MDのInfor
Max,Inc.の製品である。BLASTなど、いくつかの他の使用可能な解
析ツールも有効に使用することができる。 【0056】 この検査および解析手順は、それら自体を、それらが導出された元のデータ・
セットにリンクすることができる結果となる。ローカル・データベース208が
使用されて、統合されたデータ・セットおよび後の研究についての結果がユーザ
210またはその同僚によって格納される。後の研究を、追加のコンピュータ解
析の形式にすることができ、あるいは、結果が十分に有望であると見なされた場
合、生物学研究所におけるものにすることができる。 【0057】 リンキングについての候補は、リンカブル・データ・オブジェクト解決システ
ム250によって識別される。リンカブル・データ・オブジェクト解決システム
250はインターネット220を介して、様々な探索ツール206およびデータ
ベース202、204のいずれにもアクセスして、ユーザ210が関心のあるも
のとして識別した対象データ・オブジェクトに関連するデータ・オブジェクトに
ついて探索する。解決システム250はリンクを確立しない。むしろ、解決シス
テム250は、インターネットを介して閲覧するために使用可能である莫大なデ
ータの集まりから、対象データ・オブジェクトに関連する妥当な確率を有するべ
きデータ・オブジェクトを識別する。 【0058】 解決システム250による探索を制限かつガイドするため、パーミッショニン
グおよびアカウンティング・モジュール260が解決システム250に、アクセ
ス取り決めが確立ている公用202またはこれらの商用データベース204であ
るデータベースのみにアクセスするように指示する。パーミッショニングおよび
アカウンティング・モジュール260のアカウンティングの態様は、商用データ
ベース204の使用に関するアクセス時間、持続時間および権限付与の記録を保
持する。 【0059】 本発明の装置の態様に加えて、方法も本発明のいくつかの態様を形成する。本
発明によるゲノム研究を実行するための方法は、最初にリンカブル・ゲノム・デ
ータ・オブジェクトを解決することによって、次いで、リンカブル・ゲノム・デ
ータ・オブジェクトを対象ゲノム・データ・オブジェクトとリンクして、リンク
済ゲノム・データ・オブジェクトのセットを形成することによって実施される。
解決の動作は対象ゲノム・データ・オブジェクトに関して、1つまたは複数のリ
モート・ゲノム・データベースをリソースとして使用して実行される。オプショ
ナルで、ローカル・ゲノム・データベースもリンカブル・ゲノム・データ・オブ
ジェクトの解決において使用される。解決の動作は、ゲノム・データ・オブジェ
クトのデータ・フォーマットに関わらず実行され、これは、ゲノム・データ・オ
ブジェクトが様々なデータベースにおいて発見される可能性があるからである。
ゲノム・データ・オブジェクトがリンクされた後、これらがリンク済ゲノム・デ
ータ・オブジェクトとしてローカル・ゲノム・データベースに格納されることが
好ましい。 【0060】 本発明のもう1つの態様は、ビジネス・プロセスを表すことであり、このとき
、商用データベースについての所定のアクセス取り決めが、研究ステップをガイ
ドするために使用され、これらのデータベースへのアクセスが、このプロセスを
使用する研究者/ユーザの観点からまったくシームレスとなる。この結果、公用
、商用ならびにローカル(場合によってはメーカ独自の)の複数のゲノム・デー
タベースへのアクセスを管理するプロセスとなる。このプロセスは、リンカブル
・データ・オブジェクトを、対象データ・オブジェクトに関して解決するステッ
プ、および、さらに解決済データ・オブジェクトを対象ゲノム・データ・オブジ
ェクトにリンクするステップを含む。公用ゲノム・データベースから解決された
リンカブル・データ・オブジェクトは、その中に格納されたゲノム・データ・オ
ブジェクトのデータ・フォーマットに関わらず解決され、アクセス・コストにつ
いての制限はない。商用ゲノム・データベースから解決されたリンカブル・デー
タ・オブジェクトは、その中に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデー
タ・フォーマットに関わらず解決され、商用ゲノム・データベースについての適
用可能な所定のアクセス取り決めを受けて解決される。 【0061】 本発明を好ましい実施形態に関して記載したが、様々な修正および改良を、記
載した実施形態に、本発明の範囲から逸脱することなく行うことができることは
理解されよう。本発明の範囲は、付属の特許請求の範囲によって限定される。 【図面の簡単な説明】 【図1】 ブラウザを使用して、ポータルを介してインターネット・データベース・リソ
ースにアクセスする従来の構成を例示する図である。 【図2】 本発明の一実施形態による、インターネット・データベース・リソースへの統
合されたアクセスを例示する図である。
【手続補正書】 【提出日】平成14年8月26日(2002.8.26) 【手続補正1】 【補正対象書類名】明細書 【補正対象項目名】特許請求の範囲 【補正方法】変更 【補正の内容】 【特許請求の範囲】 【請求項1】 ローカル・データベース・システムと通信し、かつ1つまた
は複数のリモート・データベース・システムと通信するデータ処理システムであ
って、 ユーザがデータ・オブジェクトをグラフィカルに表示することができるグラフ
ィカル・ユーザ・インターフェイスと、 データ・オブジェクト・リンカと、 1つまたは複数のデータ・オブジェクトを解決するリンカブル・データ・オブ
ジェクト・リゾルバとを含み、このオブジェクトは、ローカル・データベース・
システムおよび1つまたは複数のリモート・データベース・システムにおいて発
見されたデータ・オブジェクトの中からの対象データ・オブジェクトに関してリ
ンカブルであり、 リンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバによって解決された、解決済デ
ータ・オブジェクトが、データ・オブジェクト・リンカによって対象データ・オ
ブジェクトにリンクされ、解決済データ・オブジェクトおよび対象データ・オブ
ジェクトがそれぞれグラフィカル・ユーザ・インターフェイスに提供される、デ
ータ処理システム。 【請求項2】 ローカル・ゲノム・データベース・システムと電子的に通信
し、かつ1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと電子的
に通信するデータ処理システムであって、 ユーザがゲノム・データ・オブジェクトをグラフィカルに表示することができ
るグラフィカル・ユーザ・インターフェイスと、 ゲノム・データ・オブジェクト・リンカと、 1つまたは複数のゲノム・データ・オブジェクトを解決するリンカブル・デー
タ・オブジェクト・リゾルバとを含み、このオブジェクトは、ローカル・ゲノム
・データベース・システムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベ
ース・システムにおいて発見されたデータ・オブジェクトの中からの対象ゲノム
・データ・オブジェクトに関してリンカブルであり、 リンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバによって解決された、解決済ゲ
ノム・データ・オブジェクトが、データ・オブジェクト・リンカによって対象ゲ
ノム・データ・オブジェクトにリンクされ、解決済ゲノム・データ・オブジェク
トおよび対象ゲノム・データ・オブジェクトがそれぞれグラフィカル・ユーザ・
インターフェイスに提供される、データ処理システム。 【請求項3】 1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システ
ムと、ネットワークを介して通信する、請求項2に記載のデータ処理システム。 【請求項4】 1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システ
ムと、ネットワークのネットワークを介して通信する、請求項2に記載のデータ
処理システム。 【請求項5】 1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システ
ムと、インターネットを介して通信する、請求項2に記載のデータ処理システム
。 【請求項6】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・デ
ータ・オブジェクトがそれぞれ、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド
、BLAST探索の結果および医療データからなるグループから選択されたデー
タ・タイプのものである、請求項2に記載のデータ処理システム。 【請求項7】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・デ
ータ・オブジェクトが異なるデータ・タイプのものである、請求項6に記載のデ
ータ処理システム。 【請求項8】 ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つまた
は複数のリモート・ゲノム・データベース・システムがそれぞれ、核酸配列、ア
ミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データから
なるグループから選択されるタイプのデータ・オブジェクトを含む、請求項2に
記載のデータ処理システム。 【請求項9】 グラフィカル・ユーザ・インターフェイスが、核酸配列、ア
ミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データをグ
ラフィカルに示す機能を有する、請求項2に記載のデータ処理システム。 【請求項10】 ゲノム・データ・オブジェクト・リンカが、異なるデータ
・タイプのものであるゲノム・データ・オブジェクトをリンクする、請求項2に
記載のデータ処理システム。 【請求項11】 ゲノム研究を実行するためのシステムであって、このシス
テムはローカル・ゲノム・データベース・システムと電子的に通信し、かつ1つ
または複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと電子的に通信し、 ユーザにゲノム・データ・オブジェクトのグラフィカル・ビューを提示する手
段と、 ゲノム・データ・オブジェクトを互いにリンクする手段と、 ゲノム・データ・オブジェクトを、ローカル・ゲノム・データベース・システ
ムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムにおいて
発見されたゲノム・データ・オブジェクトの中からの、対象ゲノム・データ・オ
ブジェクトに関して解決する手段とを含み、 解決する手段によって解決された解決済ゲノム・データ・オブジェクトが、リ
ンクする手段によって対象ゲノム・データ・オブジェクトにリンクされ、解決済
ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・データ・オブジェクトがそれ
ぞれ提示する手段に提供される、ゲノム研究を実行するためのシステム。 【請求項12】 1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・シス
テムと、インターネットを介して通信する、請求項11に記載のゲノム研究を実
行するためのシステム。 【請求項13】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象の解決済
ゲノム・データ・オブジェクトがそれぞれ、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌ
クレオチド、BLAST探索の結果および医療データからなるグループから選択
されたデータ・タイプのものである、請求項11に記載のゲノム研究を実行する
ためのシステム。 【請求項14】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象の解決済
ゲノム・データ・オブジェクトが異なるデータ・タイプのものである、請求項1
3に記載のゲノム研究を実行するためのシステム。 【請求項15】 ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つま
たは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムがそれぞれ、核酸配列、
アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データか
らなるグループから選択されるタイプのデータ・オブジェクトを含む、請求項1
1に記載のゲノム研究を実行するためのシステム。 【請求項16】 提示する手段が、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレ
オチド、BLAST探索の結果および医療データをグラフィカルに示す機能を有
する、請求項11に記載のゲノム研究を実行するためのシステム。 【請求項17】 リンクする手段が、異なるデータ・タイプのものであるゲ
ノム・データ・オブジェクトをリンクする、請求項11に記載のゲノム研究を実
行するためのシステム。 【請求項18】 ローカル・ゲノム・データベースおよびリモート・ゲノム
・データベースをリソースとして使用した、対象ゲノム・データ・オブジェクト
に関するゲノム研究に適合されたコンピュータ・システムであって、 プロセッサと、 メモリとを含み、このメモリはプロセッサと電子的に通信し、 リンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトを、ローカル・ゲノム・データベ
ースおよびリモート・ゲノム・データベースの中からの、対象ゲノム・データ・
オブジェクトに関して、ゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマット
に関わらず、解決するステップと、 対象ゲノム・データ・オブジェクトを、リンカブル・ゲノム・データ・オブジ
ェクトにリンクして、リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットを形成す
るステップと、 リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットをローカル・ゲノム・データ
ベースに格納するステップとをコンピュータ・システムが実行できるように適合
されたソフトウェア命令を含む、コンピュータ・システム。 【請求項19】 ローカル・ゲノム・データベースおよび1つまたは複数の
リモート・ゲノム・データベースをリソースとして使用して、対象ゲノム・デー
タ・オブジェクトに関してゲノム研究を実行する方法であって、 リンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトを、ローカル・ゲノム・データベ
ースおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベースの中からの、対象
ゲノム・データ・オブジェクトに関して、ゲノム・データ・オブジェクトのデー
タ・フォーマットに関わらず、解決すること、 対象ゲノム・データ・オブジェクトを、リンカブル・ゲノム・データ・オブジ
ェクトにリンクして、リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットを形成す
ること、および リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットをローカル・ゲノム・データ
ベースに格納することを含む、ゲノム研究を実行する方法。 【請求項20】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・
データ・オブジェクトがそれぞれ、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチ
ド、BLAST探索の結果および医療データからなるグループから選択されたデ
ータ・タイプのものである、請求項19に記載のゲノム研究を実行する方法。 【請求項21】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・
データ・オブジェクトが異なるデータ・タイプのものである、請求項20に記載
のゲノム研究を実行する方法。 【請求項22】 ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つま
たは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムがそれぞれ、核酸配列、
アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データか
らなるグループから選択されるタイプのデータ・オブジェクトを含む、請求項1
9に記載のゲノム研究を実行する方法。 【請求項23】 グラフィカル・ユーザ・インターフェイスを提供して、対
象ゲノム・データ・オブジェクトおよび解決済ゲノム・データ・オブジェクトを
、それらが核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結
果または医療データであるかに関わらず、グラフィカルに示すことをさらに含む
、請求項19に記載のゲノム研究を実行する方法。 【請求項24】 リンクする動作が、異なるデータ・タイプのものであるゲ
ノム・データ・オブジェクトをリンクする、請求項19に記載のゲノム研究を実
行する方法。 【請求項25】 複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理する方法
であって、複数のゲノム・データベースはローカル・ゲノム・データベース、公
用ゲノム・データベースおよび商用ゲノム・データベースを含み、 1つまたは複数のリンカブル・データ・オブジェクトを対象データ・オブジェ
クトに関して解決すること、および、 1つまたは複数の解決済データ・オブジェクトを前記対象ゲノム・データ・オ
ブジェクトにリンクすることを含み、 1つまたは複数のリンカブル・データ・オブジェクトが公用ゲノム・データベ
ースから、その中に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォー
マットに関わらず、アクセス・コストについての制限がなく解決され、 1つまたは複数のリンカブル・データ・オブジェクトが商用ゲノム・データベ
ースから、その中に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォー
マットに関わらず、商用ゲノム・データベースについての所定のアクセス取り決
めを受けて解決される、複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理する方
法。 【請求項26】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・
データ・オブジェクトがそれぞれ、核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチ
ド、BLAST探索の結果および医療データからなるグループから選択されたデ
ータ・タイプのものである、請求項25に記載の複数のゲノム・データベースへ
のアクセスを管理する方法。 【請求項27】 解決済ゲノム・データ・オブジェクトおよび対象ゲノム・
データ・オブジェクトが異なるデータ・タイプのものである、請求項26に記載
の複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理する方法。 【請求項28】 ローカル・ゲノム・データベース・システムおよび1つま
たは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムがそれぞれ、核酸配列、
アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結果および医療データか
らなるグループから選択されるタイプのデータ・オブジェクトを含む、請求項2
5に記載の複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理する方法。 【請求項29】 グラフィカル・ユーザ・インターフェイスを提供して、対
象ゲノム・データ・オブジェクトおよび解決済ゲノム・データ・オブジェクトを
、それらが核酸配列、アミノ酸配列、オリゴヌクレオチド、BLAST探索の結
果または医療データであるかに関わらず、グラフィカルに示すことをさらに含む
、請求項25に記載の複数のゲノム・データベースへのアクセスを管理する方法
。 【請求項30】 リンクする動作が、異なるデータ・タイプのものであるゲ
ノム・データ・オブジェクトをリンクする、請求項25に記載の複数のゲノム・
データベースへのアクセスを管理する方法。 【請求項31】 コンピュータが、ローカル・ゲノム・データベースおよび
リモート・ゲノム・データベースをリソースとして使用して、対象ゲノム・デー
タ・オブジェクトに関してゲノム研究を実行できるようにするためのコンピュー
タ・プログラム製品であって、 コンピュータが所定の動作を実行できるようにするためのソフトウェア命令と
、 ソフトウェア命令を実施するコンピュータ可読媒体とを含み、 所定の動作は、 リンカブル・ゲノム・データ・オブジェクトを、ローカル・ゲノム・データベ
ースおよびリモート・ゲノム・データベースの中からの、対象ゲノム・データ・
オブジェクトに関して、ゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォーマット
に関わらず、解決する動作と、 対象ゲノム・データ・オブジェクトを、リンカブル・ゲノム・データ・オブジ
ェクトにリンクして、リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットを形成す
る動作と、 リンク済ゲノム・データ・オブジェクトのセットをローカル・ゲノム・データ
ベースに格納する動作とを含む、コンピュータ・プログラム製品。 【請求項32】 コンピュータが複数のゲノム・データベースへのアクセス
を管理できるようにするためのコンピュータ・プログラム製品であって、複数の
ゲノム・データベースは、ローカル・ゲノム・データベース、公用ゲノム・デー
タベースおよび商用ゲノム・データベースを含み、 コンピュータが所定の動作を実行できるようにするためのソフトウェア命令と
、 ソフトウェア命令を実施するコンピュータ可読媒体とを含み、 所定の動作は、 1つまたは複数のリンカブル・データ・オブジェクトを対象データ・オブジェ
クトに関して解決する動作と、 1つまたは複数の解決済データ・オブジェクトを前記対象ゲノム・データ・オ
ブジェクトにリンクする動作とを含み、 1つまたは複数のリンカブル・データ・オブジェクトが公用ゲノム・データベ
ースから、その中に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォー
マットに関わらず、アクセス・コストについての制限がなく解決され、 1つまたは複数のリンカブル・データ・オブジェクトが商用ゲノム・データベ
ースから、その中に格納されたゲノム・データ・オブジェクトのデータ・フォー
マットに関わらず、商用ゲノム・データベースについての所定のアクセス取り決
めを受けて解決される、コンピュータ・プログラム製品。 【請求項33】 ローカル・ゲノム・データベース・システムと電子的に通
信し、かつ1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベース・システムと電子
的に通信するデータ処理システムであって、 ユーザがゲノム・データ・オブジェクトをグラフィカルに表示することができ
るグラフィカル・ユーザ・インターフェイスと、 ゲノム・データ・オブジェクト・リンカと、 1つまたは複数のゲノム・データ・オブジェクトを解決するリンカブル・デー
タ・オブジェクト・リゾルバとを含み、このオブジェクトは、ローカル・ゲノム
・データベース・システムおよび1つまたは複数のリモート・ゲノム・データベ
ース・システムにおいて発見されたデータ・オブジェクトの中からの対象ゲノム
・データ・オブジェクトに関してリンカブルであり、さらに、 グラフィカル・ユーザ・インターフェイスに統合された1つまたは複数のゲノ
ム解析ツールとを含み、 リンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバによって解決された、解決済ゲ
ノム・データ・オブジェクトが、データ・オブジェクト・リンカによって対象ゲ
ノム・データ・オブジェクトにリンクされ、解決済ゲノム・データ・オブジェク
トおよび対象ゲノム・データ・オブジェクトがそれぞれグラフィカル・ユーザ・
インターフェイスに提供されて、1つまたは複数のゲノム解析ツールを介した解
析を受けるようにされる、データ処理システム。

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 【請求項1】 ローカル・データベース・システムと通信し、かつ1つまた
    は複数のリモート・データベース・システムと通信するデータ処理システムであ
    って、 ユーザがデータ・オブジェクトをグラフィカルに表示することができるグラフ
    ィカル・ユーザ・インターフェイスと、 データ・オブジェクト・リンカと、 1つまたは複数のデータ・オブジェクトを解決するリンカブル・データ・オブ
    ジェクト・リゾルバとを含み、このオブジェクトは、ローカル・データベース・
    システムおよび1つまたは複数のリモート・データベース・システムにおいて発
    見されたデータ・オブジェクトの中からの対象データ・オブジェクトに関してリ
    ンカブルであり、 リンカブル・データ・オブジェクト・リゾルバによって解決された、解決済デ
    ータ・オブジェクトが、データ・オブジェクト・リンカによって対象データ・オ
    ブジェクトにリンクされ、解決済データ・オブジェクトおよび対象データ・オブ
    ジェクトがそれぞれグラフィカル・ユーザ・インターフェイスに提供される、デ
    ータ処理システム。
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