JP2003511393A - アンチセンス組成物および癌処置法 - Google Patents

アンチセンス組成物および癌処置法

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Abstract

(57)【要約】 本発明において、幹細胞にて優先的に発現されるmRNAを指向されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物が記載される。本発明においてまた、このような組成物で幹細胞を処置して、系統を方向付けられた前駆細胞およびそれらの子孫の数を増加するための方法、および/または癌細胞の増殖を遅らせるための方法も記載される。本発明において、このような組成物およびアンチセンスオリゴヌクレオチド処理した幹細胞の医薬としてもまた記載される。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】 (発明の分野) 本発明は、造血幹細胞の分化を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチド組成
物、およびこのような組成物で幹細胞を処理して、系統(lineage)を方
向付けられた前駆細胞およびそれらの子孫の数を増加するため、および/または
癌細胞の増殖を遅らせるための方法に関する。このような組成物およびアンチセ
ンスオリゴヌクレオチド処理した幹細胞の医薬としての使用もまた記載される。
【0002】 (参考文献)
【0003】
【化1】 (発明の背景) 造血幹細胞(HSC)は、多能性前駆細胞であり、これは、移植可能であり、
自己複製し得、そして多系統の可能性を有する細胞として特徴付けられた。HS
Cの分化は、このような多系統の可能性の喪失、および対応する系統の方向付け
を生じる。移植研究によって示されるように、HSCはインビボでの自己再生を
生じ、ここで、単一のHSCは、免疫不全マウスの骨髄を再増殖(repopu
late)したことが示された(KellerおよびSnodgrass、19
90)(Smithら、1991;Osawaら、1996もまた参照のこと)
。造血幹細胞は、組換えレトロウイルスで感染され得、かつ遺伝子治療について
の細胞性標的として働き得ることもまた、示された(また、Schmidt−W
olf,I.Gら、1991)。
【0004】 骨髄増殖性疾患、血球増殖性疾患、および自己免疫疾患を含むがこれに限らな
い、様々な細胞に基づく疾患に罹患した患者は、しばしば特定の系統の細胞の数
において不均衡を有する。さらに、化学療法または放射線治療を受けている患者
は、しばしば造血欠損を有する。
【0005】 上記の病理学的状態のいずれかに罹患している患者における造血細胞のプロセ
スの調節は、多くの医療的有用性を有し、そしてこのような細胞は、遺伝子操作
ベースの治療についての標的であるということになる(Wilson,J.D.
ら、1991)。
【0006】 細胞の発生に関する遺伝子の発現の阻害は、阻害された遺伝子の発現に依存し
ない方向に向けて発生プロセスを改変するために使用された。細胞の発生に関す
る遺伝子の阻害は、アンチセンス技術を使用して達成された。
【0007】 アンチセンスオリゴヌクレオチドは、目的の標的タンパク質の合成に特異的に
干渉するように設計され得ることが示された(Moffat,1991)。15
〜20塩基のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、通常、哺乳動物ゲノムにおけ
る1つの相補的配列を有するに十分な長さである。さらに、これらのアンチセン
スオリゴヌクレオチドは、それらの標的mRNAとよくハイブリダイズする(C
ohenら、1991)。
【0008】 これらの疎水性に起因して、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、リン脂質膜
とよく相互作用し(Akhtar,Sら、1991)、そして細胞の原形質膜と
の相互作用に続いて、オリゴヌクレオチドは、生存細胞内に能動輸送されること
が示唆された(Loke,S.L.ら、1989;Yakubov,L.A.ら
、1989;Anderson,C.M.ら、1999)。
【0009】 細胞の発生に関する遺伝子の阻害は、アンチセンス技術を使用して達成された
が、天然に存在するオリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼ感受性ホスホジエステ
ル骨格を有する。
【0010】 このような天然に存在するオリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼによる分解に
対して耐性にするように改変(例えば、ホスホジエステル結合の代わりに、メチ
ルホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合またはホスホアミデート結合
)され得る(SpitzerおよびEckstein,1988;Bakerら
、1990;Hudziak,1996)。
【0011】 非イオン性メチルホスホネートアナログは、増加した細胞性取り込みを示すこ
とが予期された(Blakeら、1985)。しかし、アンチセンスメチルホス
ホネートは、インビトロでN−ras発現を阻害し得ないことが示された(Ti
ddら、1988)。一方、いくつかの癌遺伝子mRNAのインビトロでの翻訳
は、ホスホジエステルアンチセンスオリゴヌクレオチドおよび/またはホスホロ
チオエートアンチセンスオリゴヌクレオチドによって首尾よくブロックされた。
例えば、McManawayら、1990およびWatsonら、1991(阻
害);Reedら、1990(bcl−2阻害);Calabrettら、19
91(myb阻害);Szczylikら、1991(bcr−abl阻害)を
参照のこと。
【0012】 モルホリノ(morpholino)オリゴヌクレオチドは、RNA標的に対
する高結合親和性を示し、荷電していない骨格は細胞への取り込みを支持し、そ
して非特異的結合相互作用を減少することが示された(例えば、Summert
onら、1997を参照のこと)。
【0013】 治療目的について、造血幹細胞に特異的に作用する薬剤を使用して造血幹細胞
分化を調節する手段を提供することが所望される。
【0014】 (発明の要旨) 本発明は、幹細胞の分化を促進するための方法および組成物を提供する。好ま
しい局面において、本発明は、幹細胞に翻訳優先的に発現されるmRNAに指向
されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物を提供する。
【0015】 本発明のアンチセンスオリゴマーは、典型的には以下の1つ以上によって特徴
付けられる:(1)約12から25塩基長;(2)実質的に荷電していない骨格
;(3)50℃より高いTmで、標的RNAの相補的配列と高い親和性でハイブ
リダイズする能力;(4)ヌクレアーゼ耐性;(5)細胞内への能動輸送能力ま
たは促進(facilitated)輸送能力;および(6)図2A−Aから2
E−Eで示された構造からなる群から選択される構造。
【0016】 別の好ましい局面において、アンチセンスオリゴマーは、配列番号1、配列番
号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、および配列番号7、
配列番号10、配列番号11および配列番号12として示された群より選択され
る配列を有する。ここで、これらの化合物は、それぞれEVI−1ジンクフィン
ガー遺伝子、血清除去応答(serum deprivation respo
nse)(SDR)遺伝子、マルチメリン(multimerin)遺伝子、組
織トランスグルタミナーゼ遺伝子、Fe65遺伝子、RAB27遺伝子、ヒトJ
agged2遺伝子、ヒトNotch1(Tan−1)遺伝子、ヒトNotch
2遺伝子、ヒトNotch3遺伝子およびマウスNotch1遺伝子によって転
写されるmRNAに対して標的化される。
【0017】 1つの好ましい実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、配列番号1に
示される配列を有する。
【0018】 本発明はさらに、被験体由来の濃縮された幹細胞含有細胞集団を得、このアン
チセンスオリゴマー処理の前に存在する系統を方向付けられた前駆細胞およびそ
れらの子孫の数と比較して、系統を方向付けられた前駆細胞およびそれらの子孫
の集団の数を少なくとも2倍、4倍、8倍または8倍より多く増加するために有
効な条件下で、これらの細胞をエキソビボで上記のアンチセンスオリゴマーの1
つ以上に暴露するプロセスによって調製された、アンチセンスオリゴマー処理し
た幹細胞組成物を提供する。このような系統を方向付けられた前駆細胞およびそ
れらの子孫は、代表的には、好中球、血小板、リンパ球、赤血球または単球であ
る。
【0019】 本方法の1つの適用において、幹細胞は、多能性造血幹細胞であり、そして本
発明のアンチセンスオリゴマー組成物によるHSCの処理は、静止期からのこの
ようなHSCの転移を促進し、より分化した細胞(例えば、単球、顆粒球、血小
板、リンパ球および赤血球細胞)の数の増加、ならびに好ましくは好中球および
/または血小板における増加を生じる。
【0020】 いくつかの場合において、被験体は、癌患者であり、本発明の1つ以上のアン
チセンスオリゴマーでの処理は、癌細胞の総数または細胞集団における腫瘍の総
負荷を減少するために効果的である。
【0021】 本発明はさらに、被験体において癌を処置する際の医薬としての使用、および
被験体において癌を処置するための医薬を製造する際のこのような組成物の使用
のための、上記のような細胞組成物を提供する。
【0022】 本発明のこれらおよび他の、目的および特徴は、以下の詳細な説明が添付の図
面および実施例と組合わせて読まれる場合に、より十分に明白となる。
【0023】 (発明の詳細な説明) (I.定義) 下記の用語は、本明細書中で使用される場合、他に示さなければ以下の意味を
有する。
【0024】 本明細書中で使用される場合、用語「造血幹細胞を濃縮した細胞集団」とは、
本明細書中で記載されるポジティブおよびネガティブ選択技術を用いて得られた
細胞集団をいう。ここで造血幹細胞は、LTR−HSCまたはSTR−HSCで
あり得る。
【0025】 本明細書中で使用される場合、用語「長期再増殖造血幹細胞」および「LTR
−HSC」とは、移植可能であり、そして分化の際、完全に免疫抑制されたレシ
ピエントに移植された場合に、不確定の期間造血細胞の全ての系統に寄与する造
血幹細胞をいう。LTR−HSCはクローン死滅をしない。
【0026】 本明細書中で使用される場合、用語「短期再増殖造血幹細胞」または「STR
−HSC」とは、移植可能であり、そして免疫抑制されたレシピエントに移植さ
れた場合に、約1週間から6ヶ月間造血細胞の全ての系統に寄与し、次いでクロ
ーン死滅をするマウス造血幹細胞をいう。
【0027】 用語「クローン死滅」とは、本明細書中で使用される場合、単一の造血幹細胞
およびその細胞のクローン増殖によって産生された全ての子孫の最終分化をいい
、その結果、もはや最初のクローンから娘細胞が産生されない。
【0028】 用語「多能性造血幹細胞」とは、全ての可能性のある細胞系統へ分化し得る造
血幹細胞をいう。
【0029】 本明細書中で使用される場合、用語「高増殖能コロニー形成細胞」または「H
PP−CFC」とは、造血幹細胞に関して本明細書中で使用される場合、ラット
rSCF、マウスrIL−3およびヒトrIL−6に応答して増殖するマウス細
胞をいう。この細胞は、寒天またはメチルセルロースのような半固体培地で、あ
るいは単一の細胞として液体培養液中で増殖し、そして1mmより大きな直径を
有し、一般的には密集した多中心を備えて1クローンあたり100,000個よ
り多くの細胞を有するマクロクローン(macroclones)を形成する。
この集団は全てのマウスHSCを含むが、全てのHPP−CFCがHSCである
わけではなく、HPP−CFCアッセイはLTR−HSCの特異的アッセイでは
ない。対照的に、低増殖能(LPP)クローンは、1クローンあたり2から10
0,000の細胞を含む。
【0030】 本明細書中で使用される場合、「系統を方向付けられた造血幹細胞」は、全て
の細胞系統ではなく、1つ以上の特定の細胞系統に方向付けられるために十分に
分化した造血幹細胞である。
【0031】 本明細書中で使用される場合、用語「lin−」または「系統枯渇(line
age−depleted)」とは、T細胞、B細胞、好中球、単球および赤血
球に特異的な細胞表面抗原を発現せず、そして「YW25.12.7」抗体によ
って認識される抗原を発現しない細胞集団をいう(例えばBertoncell
o Iら、1991を参照のこと)。
【0032】 本明細書中で使用される場合、用語「発生」、「分化」および「成熟」とは交
換可能に使用され、そして複数の細胞系統へ分化する可能性を有する段階から、
1つ以上の規定された系統へ方向付けられた、より分化した細胞になる、細胞の
発達をいう。
【0033】 本明細書中で使用される場合、用語「精製された」とは、造血幹細胞に関して
、それらが天然に特定の組織(例えば骨髄または末梢血)において共に通常見い
出される、他の型の細胞のいくつかまたは全てと比較して濃縮(単離または精製
)されたHSCをいう。一般的に、HSCの「精製された」集団は、Hoech
st33342とローダミン123の両方を用いた低レベル染色に加えて、濃度
勾配分画、系統枯渇、およびc−kitおよびSca−1発現のポジティブ選択
に供されている。
【0034】 本明細書中で使用される場合、用語「アンチセンスオリゴヌクレオチド」およ
び「アンチセンスオリゴマー」とは交換可能に使用され、そしてヌクレオチド塩
基の配列および、アンチセンスオリゴマーがRNA中の標的配列とワトソン−ク
リック塩基対形成によってハイブリダイズし、標的配列内でRNA:オリゴマー
へテロ二重鎖を形成する(代表的には、mRNAと)ことを可能にする、サブユ
ニット−サブユニット骨格をいう。このオリゴマーは、標的配列と正確な配列相
補性または近い相補性を有し得る。そのようなアンチセンスオリゴマーは、標的
配列を含むmRNAの翻訳をブロックまたは阻害し得、および/または(1)そ
のmRNAのスプライシング改変体を生成するようにmRNAのプロセッシング
を改変し得る。アンチセンスオリゴマーは遺伝子の転写を阻害し得、二本鎖配列
または一本鎖配列に結合し得、そしてそれがハイブリダイズする配列に「指向さ
れた」と言われ得る。
【0035】 本発明で使用するアンチセンスオリゴヌクレオチドの例示的な構造は、図1A
〜Eで示したβモルホリノサブユニット型を含む。ポリマーは1つ以上の結合型
を含み得ることが認められる。
【0036】 図1のサブユニットAは、図2のA−Aで示す5原子反復ユニット骨格を形成
する、1原子のリン含有結合を含む。ここでモルホリノ環は、1原子ホスホンア
ミド結合によって結合する。
【0037】 図1のサブユニットBは、図2のB−Bで示すような、6原子反復ユニット骨
格のために設計される。構造Bにおいて、5’モルホリノ炭素をリン基に結合し
ている原子Yは、硫黄、窒素、炭素、または好ましくは酸素であり得る。リンか
らぶら下がるX部分は、以下のいずれかであり得る:フッ素;アルキルまたは置
換アルキル;アルコキシまたは置換アルコキシ;チオアルコキシまたは置換チオ
アルコキシ;または環状構造を含む、非置換窒素、モノ置換窒素、またはジ置換
窒素。
【0038】 図1のサブユニットC〜Eは、図2のC−CからE−Eで示すような、7原子
ユニット長骨格のために設計される。構造Cにおいて、X部分は構造Bと同様で
あり、そして部分Yは、メチレン、硫黄、または好ましくは酸素であり得る。構
造Dにおいて、XおよびYの部分は、構造Bと同様である。構造Eにおいて、X
は構造Bと同様であり、そしてYはO、S、またはNRである。図1A−Eで示
した全てのサブユニットにおいて、ZはOまたはSであり、そしてPiまたはPj はアデニン、シトシン、グアニンまたはウラシルである。
【0039】 本明細書中で使用される場合、「モルホリノオリゴマー」は、典型的なポリヌ
クレオチドと水素結合し得る塩基を支持する骨格を有するポリマー分子を指す。
ここでポリマーは五炭糖骨格部分、そしてより具体的にはヌクレオチドおよびヌ
クレオシドに典型的なホスホジエステル結合によって結合したリボース骨格を欠
くが、その代わりに環の窒素を含みその環の窒素により結合する。好ましい「モ
ルホリノ」オリゴヌクレオチドは、図2Bで示す形式のモルホリノサブユニット
構造から構成される。ここで(i)その構造は、1から3原子長のリンを含む結
合によって結合され、1つのサブユニットのモルホリノ窒素を隣接するサブユニ
ットの5’環外炭素に結合して、そして(ii)PiおよびPjは、塩基特異的水
素結合によって、ポリヌクレオチドの塩基と結合するのに有効な、プリンまたは
ピリミジンの塩基対形成部分である。
【0040】 本発明のこの好ましい局面を、図2Bに示す。それはホスホロジアミデート結
合で結合した2つのそのようなサブユニットを示す。モルホリノリゴヌクレオチ
ド(アンチセンスオリゴマーを含む)は、例えば共有に係る米国特許第5,69
8,685号、同第5,217,866号、同第5,142,047号、同第5
,034,506号、同第5,166,315号、同第5,185,444号、
同第5,521,063号、および同第5,506,337号において詳述され
ている。
【0041】 本明細書中で使用される場合、「ヌクレアーゼ耐性」オリゴマー分子(オリゴ
マー)は、その骨格がホスホジエステル結合のヌクレアーゼ切断に感受性でない
ものである。例示的なヌクレアーゼ耐性アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチ
オエートおよびホスフェート−アミンDNA(pnDNA)(両方とも荷電した
骨格を有する)、ならびにメチルホスホネート、モルホリノ、およびペプチド核
酸(PNA)オリゴヌクレオチド(これらは全て荷電していない骨格を有し得る
)のような、オリゴヌクレオチドアナログである。
【0042】 本明細書中で使用される場合、オリゴヌクレオチドまたはアンチセンスオリゴ
マーは、オリゴマーが標的に実質的に37℃より高い、好ましくは少なくとも5
0℃、そして典型的には60℃−80℃またはそれより高いTmで、生理的条件
下でハイブリダイズする場合、標的ポリヌクレオチドに「特異的にハイブリダイ
ズする」。そのようなハイブリダイゼーションは、好ましくは、規定されたイオ
ン強度およびpHで特定の配列に関する熱融解温度(T[m])より約10℃、そ
して好ましくは約5℃低く選択される、ストリンジェントなハイブリダイゼーシ
ョン条件に対応する。所定のイオン強度およびpHで、T[m]は、標的配列の5
0%が相補的なポリヌクレオチドにハイブリダイズする温度である。
【0043】 2つの一本鎖ポリヌクレオチド間で逆平行の配置でハイブリダイゼーションが
起こる場合、ポリヌクレオチドは、お互いに「相補的である」と記載される。二
本鎖ポリヌクレオチドが、別のポリヌクレオチドと「相補的」であり得るのは、
第1のポリヌクレオチドの鎖の一本と第2ポリヌクレオチドの鎖の一本との間に
ハイブリダイゼーションが起こる場合である。相補性(1つのポリヌクレオチド
が別のものと相補的である度合い)は、一般的に受け入れられた塩基対形成のル
ールによって、お互いに水素結合を形成することが期待される、向かい合う鎖に
おける塩基の割合に関して定量可能である。
【0044】 本明細書中で使用される場合、用語「アナログ」とは、オリゴマーに関して、
参照オリゴマーのものと同様の構造的性質と化学的性質の両方を有する物質を意
味する。
【0045】 本明細書中で使用される場合、配列が第1の配列であるポリヌクレオチドが、
生理的条件下で第2のポリヌクレオチド配列に特異的に結合するか、または特異
的にハイブリダイズする場合、第1の配列は第2の配列に関して「アンチセンス
配列」である。
【0046】 本明細書中で使用される場合、「標的RNAを含む塩基特異的細胞内結合事象
」とは、細胞内における標的RNA配列へのオリゴマーの配列特異的結合をいう
。例えば、一本鎖ポリヌクレオチドは、配列が相補的な一本鎖ポリヌクレオチド
に特異的に結合し得る。
【0047】 本明細書中で使用される場合、「ヌクレアーゼ耐性ヘテロ二重鎖」とは、遍在
性の細胞内ヌクレアーゼおよび細胞外ヌクレアーゼによるインビボ分解に耐性で
ある、その相補的標的へのアンチセンスオリゴマーの結合によって形成されたヘ
テロ二重鎖を指す。
【0048】 本明細書中で使用される場合、mRNAまたは他の核酸配列に関する用語「標
的」は、造血幹細胞に優先的に発現されるmRNAまたは他の核酸配列をいう。
優先的に発現されるとは、より分化した細胞において同一の遺伝子が発現される
よりも高い程度、造血幹細胞において標的RNAが発現される遺伝子由来である
こと、または造血幹細胞に対して特異的でありそしてより分化した細胞において
検出可能ではない発現を意味する。
【0049】 本明細書中で使用される場合、用語「発現の調節」とは、オリゴヌクレオチド
に関して、アンチセンスオリゴヌクレオチド(オリゴマー)が、発現またはRN
Aの翻訳に干渉することよって、所定のタンパク質の発現を増強または抑制する
能力をいう。増強されたタンパク質発現の場合、アンチセンスオリゴマーはサプ
レッサー遺伝子(例えば腫瘍抑制遺伝子)の発現をブロックし得る。減少された
タンパク質発現の場合、アンチセンスオリゴマーは、所定の遺伝子の発現を直接
ブロックし得るか、またはその遺伝子から転写されたRNAの加速された分解に
寄与し得る。
【0050】 本明細書中で使用される場合、用語「腫瘍」および「癌」とは、増殖制御の喪
失を示し、そして異常に大きな細胞クローンを形成する、細胞をいう。腫瘍また
は癌の細胞は一般的に、接触阻止を喪失し、そして侵襲性であり得、そして/ま
たは転移する能力を有し得る。
【0051】 本明細書中で使用される場合、アンチセンスオリゴマーに関して「有効な量」
とは、単回投与または一連の投与の一部のいずれかとして哺乳動物被験体に投与
される、選択された標的核酸配列の発現を阻害するのに有効な、アンチセンスオ
リゴマーの量をいう。本明細書中で使用される場合、個体または細胞の「処理」
は、個体または細胞の天然の経過を変える試みで使用される、あらゆる型の介入
である。処置は、例えば薬学的組成物の投与を含むがこれに限らず、そして予防
的にか、または病理的な事象の開始または病院因子との接触に続いてかのいずれ
かで行われ得る。
【0052】 本明細書中で使用される場合、用語「改善された治療結果」とは、癌患者に関
して、癌細胞または固形腫瘍の増殖の遅延または縮小、または癌細胞の全細胞数
または全腫瘍負荷量の減少をいう。
【0053】 (II.アンチセンスオリゴヌクレオチド) 本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチド因子は、標的mRNA配列とのハイ
ブリダイゼーションのためのヌクレオチド塩基を提示するヌクレオチド間骨格結
合によって連結されるヌクレオチドサブユニットを含む。これらの因子の塩基配
列は、造血幹細胞において優先的に発現されるmRNAの一部に相補的(アンチ
センス)である。優先的に発現されるとは、より分化した細胞において同一の遺
伝子が発現されるよりも高い程度、造血幹細胞において標的RNAが発現される
遺伝子由来であること、または造血幹細胞に対して特異的でありそしてより分化
した細胞において検出可能ではない発現を意味する。
【0054】 (A.アンチセンスオリゴヌクレオチドの型) 15−20塩基のアンチセンスオリゴヌクレオチドが、通常哺乳動物ゲノムに
おいて1つの相補的配列を有するのに十分な長さである。それに加えて、少なく
とも17ヌクレオチド長の長さを有するアンチセンス化合物が、その標的mRN
Aによくハイブリダイズすることが示された(Cohenら、1991)。
【0055】 アンチセンスオリゴヌクレオチドによる発現の阻害を説明する2つの一般的な
メカニズムが提案された(例えばAgrawalら、1990;Bonhamら
、1995;およびBoudvillainら、1997を参照のこと)。
【0056】 第1に、オリゴヌクレオチドとmRNAとの間に形成されたヘテロ二重鎖は、
RNアーゼH(mRNAの切断を導く)の基質である。この種類に属するか、ま
たは属すると提案されたオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート、ホスホト
リエステル、およびホスホジエステル(未修飾「天然」オリゴヌクレオチド)を
含む。そのような化合物は一般的に高い活性を示し、そしてホスホロチオエート
は現在、アンチセンス適用において最も広く採用されているオリゴヌクレオチド
である。しかし、これらの化合物は、細胞タンパク質に対する非特異的結合(G
eeら、1998)、および非標的RNAヘテロ二重鎖の不適当なRNアーゼ切
断(Gilesら、1993)による望ましくない副作用を産生しがちである。
【0057】 「立体ブロッカー」またはあるいは「RNアーゼH不活性」または「RNアー
ゼH耐性」と呼ばれる、2番目の種類のオリゴヌクレオチドアナログは、RNア
ーゼHの基質として作用することが観察されておらず、そして標的RNAの形成
、核細胞質輸送、または翻訳を立体的に阻害することによって作用すると考えら
れる。この種類は、メチルホスホネート(Toulmeら、1996)、モルホ
リノリゴヌクレオチド、ペプチド核酸(PNA)、2’−O−アリル修飾オリゴ
ヌクレオチドまたは2’−O−アルキル修飾オリゴヌクレオチド(Bonham
、1995)、およびN3’P5’ホスホロアミデート(Gee、1998)を
含む。
【0058】 天然に存在するオリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼによる分解に感受性のホ
スホジエステル骨格を有するが、この骨格の特定の修飾は、そのような分解に対
する天然オリゴヌクレオチドの耐性を増加させる(例えばSpitzerおよび
Eckstein、1988を参照のこと)。
【0059】 候補アンチセンスオリゴマーを、それぞれ3H−ロイシンおよび3H−チミジン
の取り込みによって測定される、タンパク質およびDNA合成に対する影響のよ
うな、急性および慢性の細胞毒性に関して、周知の方法によって評価する。それ
に加えて、様々なコントロールオリゴヌクレオチド、例えばセンス、ナンセンス
、またはスクランブルアンチセンス配列、またはミスマッチ塩基を含む配列を、
候補アンチセンスオリゴマーの結合特異性を確認するために。そのような試験の
結果は、遺伝子発現の特異的なアンチセンス阻害効果を無差別の抑制から見分け
るために重要である(例えばBennettら、1995を参照のこと)。よっ
て、アンチセンスオリゴマーの非標的配列への非特異的結合を制限するために、
配列を必要なだけ修飾し得る。
【0060】 標的RNAとのヘテロ二重鎖の形成における、所定のアンチセンスオリゴマー
分子の有効性を、当該分野で公知のスクリーニング法によって決定し得る。例え
ば、オリゴマーを、を発現する細胞培養とインキュベートし、そして標的RNA
に対する効果を、(1)当業者に公知の手順を用いて、標的配列および非標的配
列とのヘテロ二重鎖形成の存在または非存在をモニターするか、(2)RT−P
CRまたはノーザンブロットのような標準的な技術によって決定される標的mR
NAの量をモニターするか、または(3)ELISAまたはウェスタンブロッテ
ィングのような標準的な技術によって決定される標的タンパク質の量をモニター
することによって評価する。(例えばPariら、1995;Anderson
ら、1996を参照のこと) 本発明の方法で使用する典型的なアンチセンスオリゴマーは、モルホリノオリ
ゴマー(図2A−D)、ペプチド核酸およびメチルホスホネートオリゴマーを含
む。
【0061】 (1.モルホリノアンチセンスオリゴヌクレオチド) 好ましいアンチセンスオリゴヌクレオチドは、実質的に荷電していない骨格を
有するヌクレアーゼ耐性オリゴマーであり、そして特に選択されたmRNA標的
配列の領域に相補的な塩基配列に加えて、オリゴマーのヌクレオチドサブユニッ
トと、標的RNAとオリゴマーとの相補的塩基間のワトソン−クリック塩基対形
成によってオリゴマーが標的RNA配列に結合し得るような、それらの間の結合
とによって規定されるオリゴマー骨格を有するモルホリノオリゴマーである。
【0062】 モルホリノオリゴマーの合成、構造および結合の特徴は、米国特許第5,69
8,685号、同第5,217,866号、同第5,142,047号、同第5
,034,506号、同第5,166,315号、同第5,521,063号お
よび同第5,506,337号に詳述されている。
【0063】 好ましいオリゴマーは、上記で引用した特許で示された形式のモルホリノサブ
ユニットから構成され、ここで(i)モルホリノ基は、1から3原子長の、1つ
のサブユニットのモルホリノ窒素を隣接するサブユニットの5’環外炭素に連結
している、実質的に荷電していない結合によって結合しており、そして(ii)
モルホリノ基に結合している塩基は、塩基特異的水素結合によってポリヌクレオ
チドの塩基に結合するのに有効な、プリンまたはピリミジン塩基対形成部分であ
る。プリンまたはピリミジン塩基対形成部分は、典型的にはアデニン、シトシン
、グアニン、ウラシルまたはチミンである。そのようなオリゴマーの調製は、米
国特許第5,185,444号(SummertonおよびWeller、19
93)に詳しく記載されている。様々な型の非イオン性結合を、モルホリノ骨格
を構築するために使用し得る。モルホリノオリゴマーは、非特異的アンチセンス
活性を示さないかまたはほとんど示さず、良好な水溶性を与え、ヌクレアーゼに
反応を示さず、そして低い製造コストを有するように設計される(Summer
tonおよびWeller、1997b)。
【0064】 (2.ペプチド核酸(PNA)) 天然に存在するオリゴヌクレオチドに見られるホスホジエステル骨格は、強力
な構造DNA模倣物に必須ではなく、そして2重らせん構造に必要でさえないこ
と、そしてペプチド核酸またはタンパク質核酸(PNA)が有効なDNA模倣物
として機能し得ることが示された(Nielsen、1995)。
【0065】 PNAは、骨格が構造的にデオキシリボース骨格と類似形のDNAアナログで
ある。それは、N−(2−アミノエチル)グリシンユニットからなり、それにピ
リミジンまたはプリン塩基が結合している。天然ピリミジンおよびプリン塩基を
含むPNAは、ワトソン−クリック塩基対形成ルールに従って、相補的なオリゴ
ヌクレオチドにハイブリダイズし、そして塩基対認識に関してDNAを模倣する
(Egholmら、1993)。PNAの骨格は、ホスホジエステル結合ではな
くペプチド結合で形成され、それらをアンチセンス適用にふさわしくする。その
骨格は荷電しておらず、通常より高い熱安定性を示すPNA/DNA二重鎖また
はPNA/RNA二重鎖を生じる。PNAは、ヌクレアーゼまたはプロテアーゼ
によって認識されない。しかし、PNAアンチセンス薬剤は、おそらく細胞への
取り込み(輸送)のために、細胞培養において遅い膜通過を示すことが観察され
た(例えばArdhammar Mら、1999を参照のこと)。
【0066】 (3.メチルホスホネートオリゴヌクレオチド) メチルホスホネートオリゴヌクレオチドは、荷電しておらず、そして従って荷
電したオリゴヌクレオチドに比べて増強された細胞取り込みを示すことが予測さ
れる(Blakeら、1985)。しかし、メチルホスホネートアンチセンスオ
リゴマーは、インビトロでN−rasの発現を阻害できないことが示された(T
iddら、1988)。対照的に、いくつかの癌遺伝子mRNAのインビトロに
おける翻訳は、ホスホジエステルアンチセンスオリゴヌクレオチドおよび/また
はホスホロチオエートアンチセンスオリゴヌクレオチドによって首尾良くブロッ
クされることが示された(:McManawayら、1990;Watsonら
、1991;bcl−2:Reedら、1990;myb:Calabrett
ら、1991;bcr−ab:Szczylikら、1991)。メチルホスホ
ネートオリゴマーの合成は複数の工程を必要とし、それは臨床適用においてその
ような構造を使用する、実用的な有用性を制限し得る。
【0067】 (4.好ましいアンチセンスオリゴマー) 目的の遺伝子の関連する領域から転写されるmRNAが、一般的にアンチセン
スオリゴヌクレオチドの標的となるが、いくつかの場合には、二重鎖DNAの主
溝部位への配列特異的結合のために設計された非イオン性プローブを用いて、二
本鎖DNAが標的となり得る。そのような型のプローブは、米国特許第5,16
6,315号(SummertonおよびWeller、1992)に記載され
ており、そして一般的に本明細書中で、標的遺伝子の発現を阻害する能力に関し
て、アンチセンスオリゴマーと呼ばれる。
【0068】 本発明の方法において、アンチセンスオリゴマーは、37℃より実質的に高い
、例えば少なくとも50℃および好ましくは60℃−80℃のTmで、生理的条
件下で幹細胞(例えば、HSC)において優先的に発現されるRNA配列の領域
にハイブリダイズするように設計される。このオリゴマーは、核酸に対して高い
結合親和性を有するように設計され、そして標的配列に100%相補的であり得
るか、またはオリゴマーと標的配列との間に形成されるヘテロ二重鎖が、細胞か
ら体液への移行の間に、細胞ヌクレアーゼの作用および他の方式の分解に耐える
のに十分安定である限り、例えば対立遺伝子変異体を適応させるように、ミスマ
ッチを含み得る。ミスマッチは、もし存在するなら、ハイブリッド二重鎖の中心
よりも末端領域に向かってより不安定ではない。許されるミスマッチの数は、二
重鎖安定性のよく理解された原則に従って、オリゴマーの長さ、二本鎖中でのG
:C塩基対の割合、および二重鎖におけるミスマッチの位置に依存する。
【0069】 そのようなアンチセンスオリゴマーは、標的配列に100%相補的である必要
はないが、その標的の発現が調節されるように、標的配列に安定におよび特異的
に結合することが有効である。良好な特異性とあわせて安定で有効な結合を可能
にするオリゴマーの適当な長さは、約8−40ヌクレオチド塩基ユニット、およ
び好ましくは約12−25ヌクレオチドである。標的との塩基対特異性は維持さ
れると仮定して、標的塩基との縮重塩基対形成を可能にするオリゴマー塩基も企
図される。
【0070】 一般的に、本発明のアンチセンス法を用いた遺伝子発現の調節のための標的は
、幹細胞において優先的に発現されるmRNAを含む。しかし、いくつかの場合
には、1つ以上のイニシエーターまたはプロモーター部位、イントロンまたはエ
キソン連結部位、3’非翻訳領域、および5’非翻訳領域を含む、そのmRNA
の他の領域が標的となり得る。それに加えて、スプライシングされたおよびされ
ていないRNAがどちらも、本発明の方法で使用するアンチセンスオリゴマーを
設計するための鋳型となり得る。
【0071】 要約すると、上記のように本発明のアンチセンスオリゴマーは、一般に、幹細
胞において優先的に発現されるmRNAの開始コドンにまたがる配列を有し、こ
のことは、この化合物が、AUG mRNA開始部位ならびに隣接5’塩基およ
び隣接3’塩基を含む標的RNAの領域に対して相補的な配列を含むことを意味
する。この化合物が指向されるmRNAの領域はまた、標的配列として本明細書
中でいわれる。アンチセンスが結合するmRNAは、プロセシング前(スプライ
シング前)のmRNAであり得、この場合、アンチセンス化合物は正確なスプラ
イシングに干渉するように働き、翻訳されたタンパク質の短縮型形態を導き得る
か、またはプロセシングされたmRNAに結合して翻訳の阻害を導き得る。
【0072】 本発明の方法で使用する好ましいアンチセンスオリゴマーは、好ましくは以下
のものを含む1つ以上の性質を有する:(1)実質的に荷電していない骨格(例
えばUhlmannら、1990)、(2)標的RNAの相補的配列と高い親和
性で、すなわち37℃より実質的に高い、好ましくは少なくとも50℃、そして
典型的には60℃−80℃またはそれより高いTmでハイブリダイズする能力、
(3)少なくとも8塩基、一般的には約8−40塩基、好ましくは12−25塩
基のサブユニットの長さ、(4)ヌクレアーゼ耐性(Hudziakら、199
6)および(5)(i)ホスホロチオエートアンチセンスオリゴマーとの競合的
結合、および/または(ii)検出可能なリポーターを細胞内へ輸送する能力に
よって示されるような、能動輸送能力または促進輸送能力。
【0073】 好ましい局面では、アンチセンスオリゴマーは、以下にさらに示されるように
、配列番号1〜配列番号7、および配列番号10〜配列番号12からなる群より
選択される配列を含む。
【0074】 (III.造血幹細胞組成物) (A.造血幹細胞を得る方法) 成体において、多能性造血幹細胞の大多数が骨髄中で見られる。しかしながら
、少数だが、かなりの数のこのような細胞が末梢循環、肝臓、および脾臓におい
て見出され得る。
【0075】 本発明の方法に使用する造血幹細胞はヒト骨髄、ヒト新生児臍帯血、胎児肝臓
、または適切な動員後の成人ヒト末梢血由来でありうる。
【0076】 サイトカインを含む特定の化合物で被験体を処理することにより、造血幹細胞
の頻度が劇的に増加し得る。主に、移植がより迅速に行うことができるので、そ
のような動員された処理末梢血造血幹細胞は、移植手順において骨髄由来造血幹
細胞に対する重要な代替物となっている。(Tanaka,ら、1999を参照
すること。)例えば、一つ以上の顆粒球コロニー刺激因子(G−CSF)、幹細
胞因子(SCF)、トロンボポエチン(TPO)および化学療法薬剤(つまり、
シクロホスファミド)を使用してそのような動員を達成し得る。
【0077】 造血幹細胞単離に関する多くの方法が当該分野で既知であり、これには、一般
に、骨髄、新生児臍帯血、胎児肝臓または成人ヒト末梢血からの造血幹細胞獲得
が含まれる。一旦獲得したら、密度勾配分離、または、パンニング法、FACS
および磁気ビーズ分離などのような技術によるポジティブまたはネガティブ選択
を用いた免疫アフィニティー精製の一つ以上を行い、造血幹細胞集団を濃縮する
。そのような濃縮するステップに続いて、その細胞集団を表現型に関して、およ
び機能面に関してさらに特徴付ける。
【0078】 密度勾配で濃縮した、系統の枯渇した骨髄細胞の画分を選択すること、および
更に、DNA結合色素(Hoechst33342)に低レベルで結合し、ミト
コンドリア結合色素(Rhodamine123)(Wolfら、1993)に
低レベルで結合する細胞に対する1ステップ蛍光表示式細胞分取器(FACS)
分画化に基づいた細胞集団を選択することにより、高増殖能コロニー形成細胞(
HPP−CFC,インビトロ)の特徴を持つ始原的造血細胞を単離し得るという
ことが先行研究により示されている。最近、HPP−CFCの規定された部分集
団が移植可能であり、HPP−CFCを生じる細胞の部分集団が、エキソビボで
複製し得るLTR−HSCであることが示されている(例えば、Yagiら、1
999を参照のこと)。
【0079】 (B.造血幹細胞組成物の特徴付け) 造血幹細胞は、歴史的に、自己再生可能であり、そして任意の造血系統の娘細
胞を生じる能力を保持し得る、移植可能細胞として定義されてきた。系統を方向
付けられた前駆細胞は、造血幹細胞由来のより分化した細胞として定義される。
【0080】 造血幹細胞を特徴付ける表現型マーカーが、広範な議論および多くの刊行物に
おける主題であった。今までのところ、どのマーカーがマウスまたはヒトの造血
幹細胞に対して決定的なものであるかということに関して意見の一致がみられて
いない。
【0081】 本明細書中で、CD34抗原発現についてネガティブであり、CD117(c
−kit)抗原発現についてポジティブであり、DNA結合色素Hoechst
33342(Ho−33342)およびミトコンドリア結合色素であるRhod
amine123(Rh−123)(Wolfら、1993)との低レベル結合
性を示す、密度勾配により濃縮された系統枯渇された骨髄細胞の蛍光表示式細胞
分取器(FACS)による選択を行い、LTR−HSCをマウスから単離し、特
徴付けしている。この単離細胞集団が移植可能であり、非分画化骨髄細胞と共に
移植した場合、致死的放射線照射したレシピエントでの再増殖が可能であること
が示されている。
【0082】 STR−HSC集団を、FACS分取により選択し得、系統のマーカーを発現
せず(lin−)、c−kit(CD117)、ScalおよびCD34に関し
てポジティブで、DNA結合色素Hoechst33342(Ho−33342
)に対して低レベル結合性を示し、ミトコンドリア結合色素であるRhodam
ine123(Rh−123)に対して高レベル結合性を示す、軽密度勾配濃縮
された骨髄細胞として、本明細書中で、表現型の面で定義する。
【0083】 造血幹細胞を検出および特徴付けするために使用する機能的読み出しには、細
胞培養における(インビトロ)特定のアッセイ条件下でコロニーを形成する能力
が含まれる。典型的な圧制には、長期間培養開始細胞(LTCIC)アッセイ(
Pettengell Rら、1994)および、高増殖能コロニー形成細胞(
HPP−CFC)アッセイが含まれる。(例えば、Yagiら、1999を参照
すること。)。上記のように、さらなる機能的特徴付けには、長期再増殖造血幹
細胞(LTR−HSC)および短期再増殖造血幹細胞(STR−HSC)につい
てのインビボアッセイが含まれる。
【0084】 造血幹細胞は、しばしば、上記で定義したように、高増殖能コロニー形成細胞
(HPP−CFC)圧制における活性により機能的に特徴付けられる。
【0085】 HPP−CFCは以下により特徴付けされる:(1)インビボでの、細胞毒性
を持つ薬剤である5−フルオロウラシル処理に対する相対的耐性、(2)致死的
放射線照射されたマウスの骨髄を再増殖可能な細胞との高い相関性、(3)適切
な条件下でマクロファージ、顆粒球、巨核球および赤血球系統の細胞を生じる能
力、および(4)多因子反応性(例えば、McNiece,1990を参照する
こと)。
【0086】 本発明の方法に使用する造血幹細胞は、実施例1で記載するように、濃縮され
る。実施例2でさらに記載するように、それらの細胞は、また、HPP−CFC
アッセイ(インビトロ)およびLTR−HSCs(インビボ)についてのアッセ
イにおいても機能的に特徴付けされた。
【0087】 造血幹細胞培養に対する好適なサイトカインには、一つ以上のインターロイキ
ン3(IL−3)、インターロイキン(IL−6)、インターロイキンー11(
IL−11)、インターロイキンー12(IL−12)、幹細胞因子(SFC)
、例えばWO91/05795で記載されている初期作用性造血因子(earl
y acting hematopoietic factor)、およびトロ
ンボポエチン(TPO)が含まれる。
【0088】 完全な免疫抑制後のマウスLTR−HSCを用いた長期再形成(recons
titute)には、これにより長期再増殖細胞が宿主を再増殖するのに十分に
分化するまで完全に免疫抑制された宿主を生存させることを可能にする最初の(
持続しないが)移植を提供するために、あまり分化していない長期再増殖細胞と
ともに非分画化骨髄細胞を移植することが必要であることが示された(例えば、
Jonesら、1990を参照すること)。LTR−HSCは完全免疫抑制後の
宿主の造血系を効果的に再増殖するために数ヶ月を要し得る。
【0089】 モノクローナル抗体をドナー細胞とレシピエント細胞との区別を行うために使
用し得るような、つまりFACS解析および/またはFACS分取によって区別
し得るようなCD45遺伝子座で類似遺伝子的である、CD45.1として定義
されるドナー造血幹細胞およびCD45.2として定義されるレシピエント造血
幹細胞を用いることにより、マウス造血再形成研究においてドナーおよびレシピ
エントの細胞を区別するためにいくつかの方法を開発してきた。そのような検出
方法において、CD45.1ドナー細胞分化がレシピエントの造血系再増殖に十
分な程度生じるまでマウスの生存を維持させるために、レシピエントマウスに十
分なCD45.2ポジティブ骨髄細胞を注入する。STR−HSCからのLTR
−HSCを区別するため、およびレシピエント細胞からドナー細胞を区別するた
めに、そのような方法を使用し得る。
【0090】 一旦、造血幹細胞集団を得たら、その細胞をすぐに使用し得るか、または、そ
の細胞を後に凍結融解し例えば患者への投与に使用し得るように、標準的な条件
下で液体窒素により凍結し長期間保存し得る。その細胞は通常、10%DMSO
、50%ウシ胎仔血清(FCS)、および40%細胞培養培地中で保存する。
【0091】 (IV.核酸標的) 本発明は、一般に、細胞の発生または分化に関するヒト遺伝子に対して指向さ
れる合成アンチセンスオリゴヌクレオチド、およびこれらを使用する方法に関す
る。特に、本発明は、幹細胞(好ましくは、造血幹細胞(HSC))の分化に関
するヒト遺伝子から転写されたmRNAに対して指向されるアンチセンスオリゴ
ヌクレオチドに関する。
【0092】 より発達した細胞においてよりも幹細胞において高度に発現される例示的な遺
伝子は、実施例1にさらに記載されるような当業者によって慣用的に使用される
技術を使用して、表示的(representational)差示的分析(R
DA)および遺伝子発現フィンガープリンティング(GEF)によって同定され
た(例えば、Matz MVおよびLukyanov SA、Nucleic
Acids Res 26(24):5537−43,1998を参照のこと)
【0093】 本発明を実施するために好ましいアンチセンス標的は、幹細胞に優先的に発現
される転写物(例えば、EVI−1ジンクフィンガー遺伝子、血清除去応答遺伝
子、マルチメリン遺伝子、組織トランスグルタミナーゼ遺伝子、FE65遺伝子
、RAB27遺伝子、Jagged2遺伝子、Notch1遺伝子、Notch
2遺伝子、およびNotch3遺伝子)を含む。特に興味深いものは、ヒト造血
幹細胞において優先的に発現されるこれらの配列である。
【0094】 一般に、本発明のアンチセンスオリゴマーを使用する遺伝子発現の調節につい
ての標的は、目的の所定の遺伝子についてのmRNA翻訳開始コドンにわたる配
列を含む。しかし、いくつかの場合において、イニシエータ部位またはプロモー
ター部位、イントロンまたはエクソン連結部位、3’−非翻訳領域ならびに5’
−非翻訳領域の1つ以上を含むmRNAの他の領域が、標的化され得る。さらに
、スプライシングされたRNAおよびスプライシングされなかったRNAの両方
は、本明細書中に記載されるアンチセンスオリゴマーに対する標的として働き得
る。
【0095】 ジンクフィンガータンパク質コード遺伝子は、細胞の増殖および分化の制御に
関与し、したがって候補癌遺伝子であることが示された。ジンクフィンガー遺伝
子(例えば、EVI−1)は、種々の腫瘍型(マウスおよびヒトの骨髄性白血病
を含む)に関連した(Morishitaら、1998;Fichelsonら
、1992)。造血細胞の終末分化はまた、ジンクフィンガー遺伝子発現のダウ
ンレギュレーションに関与した。EVI−1遺伝子は、本来異所性のウイルス挿
入部位として検出され、そして核ジンクフィンガーDNA結合タンパク質をコー
ドする。EVI−1遺伝子は、いくつかの白血病およびリンパ腫を含む造血悪性
疾患において過剰発現される(Ohyashikiら、1994;Toyama
ら、1996)。さらに、EVI−1 RNA発現またはタンパク質発現は、以
下において検出された:腎細胞株;子宮内膜癌細胞株;正常マウス卵母細胞;腎
細胞;急性骨髄性白血病(ALM)および脊髄形成異常のサブセット;卵巣腫瘍
、正常卵巣および卵巣の細胞株;一般的遺伝疾患であるユーイング肉腫;および
種々の他の非造血性の癌(例えば、Brooksら、1996)。EVI−1は
、その過剰発現、構成的発現または構造変化がヒト白血病の発達において役割を
担い得る、関連する癌遺伝子であることが示唆されている(Ogawaら、19
96)。
【0096】 本発明の実施における使用のためのEVI−1に対する例示的オリゴマーアン
チセンスは、配列番号1として示され、そしてGenBankアクセッション番
号S69002(ヒト、ヌクレオチド2650−2670)およびMMEVI1
A(マウス、ヌクレオチド256−276)で見出される配列に基づいて設計さ
れた。
【0097】 ホスファチジルセリン結合タンパク質をコードするヒト血清除去応答遺伝子(
SDR)は、クローニングされ、そしてヒトゲノムにおいて2q32〜q33に
マップされた(Gustincichら、1999)。マウス系に類似して、イ
ンビトロでのSDR mRNA発現は、血清枯渇したヒト線維芽細胞において増
加され、そして同調性の細胞周期再エントリーの間にダウンレギュレートされる
。SDRは、心臓および肺において見出される最大レベルを有して、広範な種々
のヒト組織において発現される。
【0098】 本発明の実施における使用のためのSDRに対する例示的オリゴマーアンチセ
ンスは、配列番号2として示され、そしてGenBankアクセッション番号S
67386(マウス、ヌクレオチド109−128)で見出される配列に基づい
て設計された。
【0099】 マルチメリンは、独特のcDNA配列を有する高分子量タンパク質である。こ
れは、血小板、巨核球および内皮細胞中に蓄えられ、そして接着性タンパク質ま
たは細胞外マトリクスタンパク質として機能するようである。マルチメリンは、
生合成の間に広範囲のNグリコシル化、蛋白質分解プロセシングおよび重合を受
け、そして大きな、変動性のサイズのホモマルチマーを形成する鎖間(inte
rchain)ジスルフィド結合によって連結されるサブユニットからなる(H
aywardおよびKelton,1995;Hayward 1997)。
【0100】 本発明の実施における使用のためのマルチメリンに対する例示的オリゴマーア
ンチセンスは、配列番号3として示され、そしてGenBankアクセッション
番号U27109(ヒト、ヌクレオチド60−80)で見出される配列に基づい
て設計された。
【0101】 組織トランスグルタミナーゼは、アポトーシスの間に誘導されそして活性化さ
れる酵素である。これは、潜伏性のTGF−βを活性型に変換することが示され
(Nunesら、1997)、そして細胞内タンパク質のCa(2+)依存性架
橋に関連し、細胞内にSDS不溶性タンパク質足場(scaffold)の形成
を導き、プログラム化された細胞死を起こす。抗体を使用してオートクラインで
HSCの表面に発現したTGF−βをブロックした場合、細胞は、増殖因子の非
存在下で生存することが見出された。アンチセンスの方向にある、組織トランス
グルタミナーゼについてのcDNAでのヒト細胞のトランスフェクションは、自
然なおよび誘導されたアポトーシスの減少を生じることが示されている(Aut
uoriら、1998)。
【0102】 本発明の実施における使用のためのトランスグルタミナーゼに対する例示的オ
リゴマーアンチセンスは、配列番号4として示され、そしてGenBankアク
セッション番号S81734(ヒト、ヌクレオチド123−142)で見出され
る配列に基づいて設計された。
【0103】 FE65は、アルツハイマーβアミロイドタンパク質前駆体(APP)に結合
する脳に豊富なタンパク質であり、これは、蛋白質分解プロセッシング後に、ア
ルツハイマーのアミロイド斑の主要な成分であるAβに変換される。FE65と
APPとの相互作用を阻害する因子は、アミロイド斑形成を阻止または遅延しえ
ることが示唆された(Sabo,1999;Russo,1998)。
【0104】 本発明の実施における使用のためのFE65に対する例示的オリゴマーアンチ
センスは、配列番号5として示され、そしてGenBankアクセッション番号
L77864(ヒト、ヌクレオチド92−111)で見出される配列に基づいて
設計された。
【0105】 RAB27遺伝子は、Ram(Rab27とも呼ばれる)として同定された細
胞質のタンパク質をコードする。これは、膜アンカーおよび特定のタンパク質−
タンパク質相互作用の決定基として働く、GTP結合タンパク質のファミリーの
プレニル化されたメンバーである(Nagata,1989)。これらは、血小
板、メラノサイト、および特定の他の組織における分泌経路およびエンドサイト
ーシス経路での小胞輸送を調節することが示され、そしてコロイデレミアにおけ
る網膜の分解に関連することが見い出された(Seabraら、1995)。
【0106】 本発明の実施における使用のためのRAB27に対する例示的オリゴマーアン
チセンスは、配列番号6として示され、そしてGenBankアクセッション番
号AF125393(ヒト、ヌクレオチド227−246)で見出される配列に
基づいて設計された。
【0107】 Notchシグナル伝達経路は、線虫からヒトまでの範囲にわたる動物におけ
る細胞の分化の制御に関係した。研究は、Jagged2遺伝子が、Notch
1と相互作用する膜結合型レセプターをコードし、そして前駆細胞(proge
nitor cell)の分化を同調するようにインビボで機能し得ることを示
した(Luoら、1997)。ヒトにおいて、notchシグナリングはまた、
白血病ならびにAlagilleおよびCADASILとして公知の2つの遺伝
性症候群において関係した。Notchリガンド(ヒトJagged2(HJ2
))を含む)は、特定の新生物性組織においてアップレギュレートされることが
見出された(Grayら、1999)。
【0108】 本発明の実施における使用のためのJagged2に対する例示的オリゴマー
アンチセンスは、配列番号7として示され、そしてGenBankアクセッショ
ン番号AF003521(ヒト、ヌクレオチド22−41)で見出される配列に
基づいて設計された。
【0109】 Notch遺伝子ファミリーのメンバーは、多くの系において多能性前駆体に
よって細胞の運命決定を媒介することが示された。TAN−1(Notch1)
はCD34+造血前駆体に発現されることが示された(例えば、Milner
LAら、1994、ならびにMilner LAおよびBigas A,199
9を参照のこと)。
【0110】 Notch2、Notch3およびNotch1にアンチセンスな例示的オリ
ゴマーは、それぞれ配列番号10、配列番号11および配列番号12であり、本
発明の実施における使用のために、GenBankアクセッション番号X801
15およびX79439(ヒト:ヌクレオチド215−235およびヌクレオチ
ド1−20)ならびにGenBankアクセッション番号AJ238029(マ
ウス:ヌクレオチド231−250)で認められる配列に基づいて設計された。
本発明の実施における使用のための例示的なヒトNotch1オリゴマーは、G
enBankアクセッション番号M73980で認められる配列に基づいて設計
され得る。
【0111】 (V.本発明の方法および組成物) 本発明は、高いTm、細胞へ能動的に容易に輸送され得るか、または細胞への
輸送が促進され得る、高アフィニティーで相補的または相補的に近い、核酸配列
と結合可能であるという特徴を持つ、安定で、実質的に電荷を持たないアンチセ
ンスオリゴマーを幹細胞へ適用可能であり、また、インビトロまたはインビボの
いずれかで被験者において、その細胞での標的核酸の発現が調節され、その結果
細胞発生が調節されるという発見に基づいたものである。1つの好ましい手法に
おいて、標的は、幹細胞(好ましくは、HSC)に優先的に発現されるmRNA
に対するmRNA翻訳開始コドンにわたる配列である。
【0112】 多くの癌治療レジメンにより、患者の免疫抑制が引き起こされ、患者は感染に
対して防御不可能な状態となる。免疫抑制に対する補助的な治療には、患者が感
染因子にさらされないように患者を保護的に隔離すること、例えば抗ウイルス剤
および抗真菌剤などの抗生物質投与、および/または貧血、血小板減少症(低血
小板数)、または好中球減少症(低好中球数)を治療するための断続的な輸血が
含まれ得る。
【0113】 多数の形の癌を含む様々な障害の処置に対して、化学療法および/または放射
線療法と組み合わせて、末梢血および/または骨髄由来の造血幹細胞移植が益々
使用される。
【0114】 造血幹細胞を濃縮した細胞集団を用いる現在の移植手順および/または骨髄移
植はまた、特に好中球および血小板不足をしばしば起こす患者において、患者の
造血系が、移植した後、再構築されるまでに過剰な時間を要するという問題を抱
えている。
【0115】 好中球は、感染に対する宿主の保護に関連するものである。しばしば、化学療
法または放射線治療後に、およそ3−4週間の間、またはそれ以上の期間にわた
って患者は好中球数が不足し、その結果、易感染状態になる。
【0116】 傷害を受けた部位での効果的な血液凝固のために血小板が必要である。しばし
ば、化学療法、放射線療法、造血幹細胞含有率を高めた細胞集団の移植、または
骨髄移植の後、およそ4−6週間の間、またはそれ以上の期間にわたって患者の
血小板数が不十分になり、その結果、患者は打撲傷が残りやすく、過剰な出血が
起こりやすくなる。
【0117】 本方法の好ましい適用において、被験体はヒト被験体である。被験体は、癌患
者、特に造血悪性疾患(特に、多能性造血幹細胞の拡張または機能不全(例えば
、慢性骨髄性白血病(CML)、真性赤血球増加(PV)、原発性(prima
ry)骨髄線維症(ME)、再生不良性貧血、本態性血小板血症(ET)および
種々の他の型の白血病)によって特徴付けられる悪性疾患)を有するとして診断
された患者であり得る。本発明は、被験体由来の濃縮された幹細胞含有細胞集団
を得、系統を方向付けられた前駆細胞およびそれらの子孫の集団を増加する、お
よび/またはこの細胞集団における癌細胞の総数または腫瘍の総負荷を減少する
ために効果的な条件下で、これらの細胞をエキソビボで上記のアンチセンスオリ
ゴマーの1つ以上に暴露するプロセスによって調製された、アンチセンスオリゴ
マー処理した幹細胞組成物を提供する。
【0118】 さらに、本発明は、任意の条件の処置(ここで、幹細胞の分化促進が、処置中
の被験体に改善された治療上の成果を生じるために効果的である)に適用可能で
ある。
【0119】 (A.本発明のアンチセンスオリゴマーでの細胞の処置) 造血幹細胞は、本明細書中に記載された方法を使用して移植が必要な患者(例
えば、癌患者)から得られ得、濃縮され得、インビトロ(エキソビボ)で処理さ
れ得、そしてその患者に戻され得る。一般に、このような造血幹細胞移植は、代
表的な治療レジメン(すなわち、放射線治療および/または化学療法)と組合わ
せて実施される。
【0120】 本方法の実践において、造血幹細胞を、インビトロ(エキソビボ)で、幹細胞
に優先的に発現される核酸配列に対してアンチセンスである1以上のオリゴヌク
レオチドにて処理し、その後、対象者に対して投与し得る。この被験体は、幹細
胞を採取した同じ個人(自己移植)または、異なる個人(同種移植)であり得る
。同種移植において、他方に対するドナーおよびレシピエント細胞両方の免疫反
応を最小限にするために、ドナーおよびレシピエントは、HLA抗原の類似性に
基づいて適合させられる。
【0121】 ある局面において、本発明は、HSCの集団を得て、それらをエキソビボにお
いて、幹細胞に優先的に発現する相補的またはほぼ相補的な核酸配列に対して高
親和性を有する、1以上のヌクレアーゼ耐性アンチセンスオリゴマーに曝露する
ことによって、造血幹細胞の発生を調節する方法に関する。
【0122】 本発明の方法は、より成熟な表現型へと幹細胞の分化を促進するために適切な
条件下で、本明細書中に記載されたアンチセンスオリゴマーの1つ以上に対して
造血幹細胞に暴露することによって、より分化した細胞(すなわち系統を方向付
けられた前駆細胞およびそれらの子孫)(例えば、単球、顆粒球、血小板、リン
パ球および赤血球)を産生するために効果的である。このようなアンチセンスオ
リゴヌクレオチド処理した幹細胞は、医薬としての有用性、特に被験体において
癌を処置する際の医薬としての使用を認める。
【0123】 関連した局面において、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用して
、引き続く患者へのインビボ投与のための、インビトロ(エキソビボ)での特定
の系統の生存可能な細胞数の増加を得うる。一般に、幹細胞は、1以上の本発明
のアンチセンスオリゴヌクレオチドを標的細胞集団の増殖および分化を促進する
ために効果的な1以上の増殖因子とともに含む培地中で培養される。
【0124】 1つの好ましい実施形態において、エキソビボアンチセンスオリゴマー(例え
ば、EVI−1処理した造血幹細胞)を、被験体における癌の処置の際の医薬と
して使用する。本発明はさらに、被験体における癌を処置するための医薬の製造
でのこのような組成物の使用を(例えば、化学療法または放射線治療に引き続く
、患者の循環における好中球および血小板の両方の数を迅速に増加するための手
段として)提供する。
【0125】 1つの局面において、一旦抽出されそして濃縮されたら、幹細胞(例えば、H
SC)は、1以上のサイトカインおよび1以上の本明細書中に記載されるアンチ
センスオリゴマーの存在下でエキソビボで培養され得る。このようなアンチセン
スオリゴマー処理した造血幹細胞組成物は、以下を含むがこれらに限定されない
種々の適用における有用性を認める:特定の系統を方向付けられた前駆細胞およ
びそれらの子孫の集団(すなわち、数)をエキソビボで拡大または増加し、引き
続く被験体へインビボ投与すること、ならびに、癌細胞の増殖を阻害または停止
すること(ここで、癌は造血幹細胞集団に関連する)。
【0126】 このようなエキソビボ培養について好ましいサイトカインとしては、IL−3
、IL−6、SCFおよびTPOが挙げられる。本発明の方法における使用につ
いての造血幹細胞集団は、好ましくはヒトおよび同種の両方、または自己である
【0127】 幹細胞は、造血幹細胞移植が必要な患者または同種ドナーから得られ得る。
【0128】 1つの手法において、本発明の方法は、生存可能な分化細胞(例えば、単球、
顆粒球、血小板、リンパ球および赤血球細胞)の数における、アンチセンスオリ
ゴマーに暴露する前に存在する造血幹細胞の数より少なくとも2倍多い増加を生
じる。例示的なアンチセンスオリゴマーは、EVI−1ジンクフィンガー遺伝子
、血清除去応答(SDR)遺伝子、マルチメリン遺伝子、組織トランスグルタミ
ナーゼ遺伝子、FE65遺伝子、RAB27遺伝子、Jagged2遺伝子、N
otch1遺伝子、Notch2遺伝子、およびNotch3の1つ以上を標的
化する。
【0129】 好ましくは、本明細書中に記載される方法を使用して、造血肝細胞を1以上の
本発明のアンチセンスオリゴマーに暴露することによって、アンチセンスオリゴ
マーへの暴露の前に存在する系統を方向付けられた前駆細胞およびそれらの子孫
の数と比較して少なくとも4倍〜8倍、そして好ましくは、8倍またはそれ以上
に増加した、分化した細胞集団を生じる。
【0130】 この実施形態の好ましい局面において、1以上の本発明のアンチセンスオリゴ
マーを伴うHSCの処置によって、アンチセンスオリゴマーへの暴露の前に存在
する特定の系統の細胞数と比較して少なくとも4倍〜8倍、そして好ましくは、
8倍またはそれ以上である特定の系統の細胞数の増加を生じる。
【0131】 分化されかつ方向付けられた前駆細胞(例えば、単球、顆粒球、血小板、リン
パ球および赤血球)の数の少なくとも2倍、4倍、8倍、または8倍より多い増
加を得、引き続き(本明細書中に記載されるように)1以上のアンチセンスオリ
ゴヌクレオチドに暴露するために必要とされる培養時間は、因子の数に依存して
変動する。産生された細胞の数および品質に影響し得る例示的な因子は、細胞供
給源(組織供給源および細胞が採取される被験体の健康を含む)、培養条件、開
始集団における幹細胞の割合などを含む。
【0132】 明らかなように、種々の細胞系統の細胞における増加は、造血肝細胞の分化よ
り生じる。特に、多数の好中球および血小板は、本発明の方法を使用して得られ
得る。
【0133】 一旦、大多数の細胞(すなわち、特定の系統の細胞)を得たら、その細胞をす
ぐに使用し得るか、または、その細胞を後に凍結融解し例えば患者への投与に使
用し得るように、標準的な条件下で液体窒素により凍結し長期間保存し得る。細
胞は通常、10%DMSO、50%ウシ胎仔血清(FCS)、および40%細胞
培養液中で保存する。
【0134】 (B.インビボでのアンチセンスオリゴマーの投与) 別の局面において、本発明は、治療的に有効量のアンチセンスオリゴヌクレオ
チド含有組成物を患者(好ましくは、癌患者)に投与することにより、インビボ
でこの患者における幹細胞の発生を調節する方法に関する。ここで、アンチセン
スオリゴマーは、幹細胞に優先的に発現される遺伝子産物の発現を調節する。
【0135】 このようなインビボでのアンチセンスオリゴマーの投与はまた、癌細胞もしく
は固形腫瘍の増殖の遅延もしくは減衰、または癌細胞の総数もしくは腫瘍の総負
荷の減少をもたらすことによって、および/あるいは被験体の末梢循環における
系統を方向付けられた前駆細胞およびそれらの子孫の数を増加することによって
、被験体の治療効果を改善するために効果的であり得る。
【0136】 1つの実施形態において、被験体は、癌と診断された。この実施形態において
、造血幹細胞において優先的に発現される核酸配列に相補的な1つ以上のアンチ
センスオリゴマーは、被験体における癌細胞の総数もしくは腫瘍の総負荷の減少
を生じるために効果的な様式で被験体に投与される。
【0137】 別の実施形態において、被験体は、増加した数の分化した造血幹細胞(例えば
、好中球および/または血小板)を必要とする(例えば、化学療法または放射線
治療後)。
【0138】 この実施形態において、造血幹細胞において優先的に発現される核酸配列に相
補的な1つ以上のアンチセンスオリゴマーは、被験体の末梢循環における好中球
および血小板の両方の数の増加を生じるために効果的な様式で被験体に投与され
る。
【0139】 好ましい手法において、アンチセンスオリゴヌクレオチド組成物は、患者の末
梢血液における系統を方向付けられた前駆細胞およびそれらの子孫の数を、アン
チセンスオリゴヌクレオチド組成物の投与の前に患者の末梢血液において存在す
る系統を方向付けられた前駆細胞およびそれらの子孫の数と比較して少なくとも
2倍、好ましくは4倍、より好ましくは8倍または8倍より高く増加するために
十分な濃度でおよび期間にわたって投与される。このような増加は、系統を方向
付けられた前駆細胞およびそれらの子孫の総数または系統を方向付けられた前駆
細胞およびそれらの子孫の特定の型(例えば、好中球および/または血小板)の
数においてであり得る。
【0140】 本発明の方法を使用したこのようなアンチセンスオリゴマーの被験体へのイン
ビボ投与は、(1)アンチセンス投与の持続時間、用量および頻度、(2)処置
において使用された1つ以上のアンチセンスオリゴマー、および(3)被験体の
全身状態、に依存して、被験体の末梢循環における系統を方向付けられた前駆細
胞およびそれらの子孫の集団を増加する手段を提供し得る、および/または癌細
胞もしくは固形腫瘍の増殖の遅延または減衰をもたらし得るか、あるいは、癌細
胞の総数または腫瘍の総負荷における減少をもたらし得ることが理解される。
【0141】 (1.患者の処置) 核酸標的へのアンチセンスオリゴマーの効果的な送達は、本発明の方法の重要
な局面である。本発明に従う、このような経路のアンチセンスオリゴマー送達は
、経口経路および非経口経路(例えば、静脈内、皮下的、腹腔内および筋肉内、
ならびに吸入および経皮的送達)を含む種々の全身性経路を含むがこれらに限定
されない。
【0142】 造血幹細胞にオリゴマーを送達するため、または血流中に薬物を導入するため
に効果的な任意の方法もまた意図されることは明らかである。
【0143】 アンチセンスオリゴマーの経皮的送達は、例えば局所投与に適応される薬学的
に受容可能なキャリアの使用によって達成され得る。モルホリノオリゴマー送達
の1例は、PCT特許出願WO97/40854に記載される。
【0144】 1つの好ましい実施形態において、オリゴマーは、薬学的に受容可能なキャリ
アに含まれ、経口的に送達されるモルホリノオリゴマーである。この実施形態の
さらなる局面において、モルホリノアンチセンスオリゴヌクレオチドは、短期間
にわたる規則的な間隔で(例えば、毎日、2週間以下にわたって)投与される。
しかし、いくつかの場合において、アンチセンスオリゴマーは、長期間にわたっ
て断続的に投与される。
【0145】 代表的には、アンチセンスオリゴマーの1以上の用量は、一般には、約1週間
または2週間の期間にわたる規則的な間隔で投与される。経口投与についての好
ましい用量は、(成人体重70kgに基づいて)患者当たり約1mgオリゴマー
〜患者当たり約25mgオリゴマーである。いくつかの場合において、患者当た
り25mgオリゴマーより多くの用量が必要であり得る。IV投与について、好
ましい用量は、患者当たり約0.5mgオリゴマーから患者当たり約10mgオ
リゴマー(体重70kgの成人を基にしている)である。
【0146】 少なくとも200−400nMのアンチセンスオリゴマーのピーク血中濃度を
引き起こすのに十分な量のアンチセンス化合物を通常投与する。
【0147】 通常、本方法には、適切な薬学的担体、目的の核酸標的配列の発現阻害に効果
的なアンチセンス薬剤量での被験者への投与が含まれる。
【0148】 続いて、生理学的に許容可能な任意の便宜的なビヒクルにおいて本発明のアン
チセンスオリゴヌクレオチド組成を投与し得る。そのようなオリゴヌクレオチド
組成物には、当業者により採用される任意の様々な標準的で生理学的に許容可能
な担体が含まれ得る。そのような薬学的担体の例には、生理食塩水、リン酸緩衝
化生理食塩水(PBS)、水、エタノール水溶液、油/水乳濁液のような乳濁液
、トリグリセリド乳濁剤、加湿剤、錠剤およびカプセルが含まれるがこれに限ら
ない。適切な生理学的許容可能な担体の選択が、選択した投与形態に依存して様
々であるということが理解される。
【0149】 ある例において、細胞へのアンチセンスオリゴヌクレオチド取り込みを促進す
るためにリポソームを使用し得る(例えば、Williams,1996;La
ppalainenら、1994;Uhlmannら、1990;Gregor
iadis,1979)を参照のこと)。例えば、WO93/01286で記述
されているように、アンチセンスオリゴマー投与のためのビヒクルとしてヒドロ
ゲルをも使用し得る。あるいは、ミクロスフェアまたは微粒子にてオリゴヌクレ
オチドを投与し得る。(例えば、WuおよびWu、(1987)を参照すること
)。
【0150】 この適用の範囲内で、持続的放出組成もまた考慮される。これらには、フィル
ムまたはマイクロカプセルなどのような成形加工品の形を取る半浸透可能なポリ
マー性マトリックスが含まれ得る。
【0151】 本発明の方法のアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果的なインビボ処置レジ
メンが、処置下の被験体の状態ならびに投与頻度および経路に従って様々である
ということが理解される。従って、そのようなインビボ治療は、一般に、治療成
果を最善にするために、処置する状態に適切な試験によってモニターすることお
よび用量または治療レジメンにおける対応する調節が必要である。
【0152】 本発明は、造血幹細胞をより成熟した表現型への分化を促進するために適切な
条件下で造血幹細胞を本明細書中で記述したアンチセンスオリゴマーに曝露する
ことにより、造血幹細胞(例えば、単球、顆粒球、血小板、リンパ球および赤血
球)からより分化した細胞を産生する方法を提供する。
【0153】 本発明はさらに、停止期またはG0期由来のHSCを細胞周期に向けて開放す
る手段を提供する。
【0154】 治療レジメンには、アンチセンスオリゴマー処理した幹細胞の投与、および/
または被験体への本明細書中に記載のアンチセンスオリゴマーの1つ以上の直接
投与が含まれ得る。そのような投与を同時または連続的に行いうる。ある場合に
おいて、同じまたは類似した状態によって診断された個人を処置するために、一
つ以上の化学療法、放射線療法および当業者が代表的に使用する他の薬剤で患者
をさらに処置し得る。そのようなさらなる処置は、被験体へのアンチセンスオリ
ゴの直接投与および/またはアンチセンスオリゴマー処理した幹細胞の投与に関
して同時、連続的または交互であり得る。
【0155】 (2.処置のモニタリング) 例えば、処置下の被験体の循環系における細胞表現型に対する従来のFACS
アッセイによって、このような処置に応じて被験体の末梢循環における様々な系
統(例えば、系統を方向付けられた前駆細胞およびそれらの子孫)の細胞数変化
をモニターするために、本明細書中に記載される方法を含む所与の治療レジメン
の効力をモニターし得る。
【0156】 表現型分析は、一般に分析されるべき細胞型(例えば、好中球、血小板、リン
パ球、赤血球(erthryrocyte)または単球)に特異的なモノクロー
ナル抗体を用いて実施される。そのような表現型分析におけるモノクローナル抗
体の使用を、細胞分析を目的として当業者は慣用的に使用する。特定の細胞型に
特異的なモノクローナル抗体は、市販される。
【0157】 造血幹細胞は、上記で詳述したような表現型における特徴を持つ。そのような
表現型分析は通常、例えば、(1)造血幹細胞(LTCIC,敷石(cobbl
estone)形成アッセイおよびHPP−CFCsに対するアッセイ)、(2
)顆粒球または好中球(培養液がG−CSFまたはGM−CSFを含む、クロー
ンアガーまたはメチルセルロースアッセイ)、(3)巨核球(培養液がTPO、
IL−3、IL−6およびIL−11を含む、クローナルアガーまたはメチルセ
ルロースアッセイ)、および(4)赤血球系細胞(EPOおよびSCFまたは、
EPO,SCFおよびIL−3)を含む培養液中でのクローンアガーまたはメチ
ルセルロースアッセイ)など、それぞれ特定の関心ある細胞型に対して生物学的
アッセイと組み合わせて行われる。
【0158】 そのような表現型および生物学的アッセイの正確な性質が、処置を行う状態お
よびその処置が造血幹細胞の集団またはあるいくつかの特定系統の細胞の集団を
促進するように向けられるかどうかに依存して様々であることが理解される。
【0159】 被験体が特定の型の癌を有するとして診断されている場合、癌の状態はまた、
癌細胞または固形腫瘍の増殖の遅延または減衰が生じるか否かを決定するためか
、または、癌細胞の総数もしくは固形腫瘍の総負荷の減少が検出できるかを決定
するために、処置下の癌の型に適切な診断技術を用いてモニターされる。癌治療
の分野における専門家(practitioner)によって慣用的に使用され
る技術は、1以上の生検、超音波、X線、磁気共鳴画像化(MRI)、分析また
は骨髄吸引などを含む。
【0160】 示されるように、上記の表現型および生物学的アッセイの結果に基づいて、ア
ンチセンスオリゴマー処置レジメンを調整し得る(用量、頻度、経路など)。
【0161】 (C.本発明の組成物) 本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドおよびこれらを含む薬学的組成物は
、異常な細胞増殖の阻害および癌細胞の増殖の遅延または停止に有用である。
【0162】 本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、特定の癌を有する患者の処置に
おいて、癌細胞または固形腫瘍の増殖の遅延もしくは減衰、または癌細胞の数も
しくは腫瘍の総負荷における減少によって明示されるような、癌細胞の増殖を遅
延するかまたは停止するための細胞***および/または癌細胞の分化特性の調節
について有用であり得る。換言すると、癌細胞は、このような癌細胞を取り囲む
非癌細胞の正常な増殖または発達に対して有害な効果がほとんどないかまたは全
くなく、減数されるかまたは除去される。
【0163】 本発明の実施に好ましいアンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的配列を含む
mRNAの翻訳をブロックするかまたは阻害する;そして/またはmRNAのス
プライシングされた改変体を産生するためにmRNAのプロセシングを改変する
【0164】 本発明に従う例示的な好ましいアンチセンスオリゴヌクレオチドは、造血幹細
胞に優先的に発現されるがより成熟した細胞には発現されない配列のAUG開始
コドンにわたる配列に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、以下に
よって例示される:(1)配列番号1として示される配列によって例示される、
ヒトEVI−1ジンクフィンガー遺伝子のAUG開始コドンにわたる配列に相補
的なアンチセンスオリゴヌクレオチド;(2)配列番号2として示される配列に
よって例示される、ヒト血清除去応答遺伝子のAUG開始コドンにわたる配列に
相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド;(3)配列番号3として示される配
列によって例示される、ヒトマルチメリン遺伝子のAUG開始コドンにわたる配
列に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド;(4)配列番号4として示され
る配列によって例示される、ヒト組織トランスグルタミナーゼ遺伝子のAUG開
始コドンにわたる配列に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド;(5)配列
番号5として示される配列によって例示される、ヒトFE65のAUG開始コド
ンにわたる配列に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド;(6)配列番号6
として示される配列によって例示される、ヒトRAB27遺伝子のAUG開始コ
ドンにわたる配列に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド;(7)配列番号
7として示される配列によって例示される、ヒトJagged2遺伝子のAUG
開始コドンにわたる配列に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド;ヒトNo
tch1(Tan−1)遺伝子のAUG開始コドンにわたる配列に相補的なアン
チセンスオリゴヌクレオチド;ならびに、それぞれ配列番号12、10および1
1として示される配列によって例示される、マウスNotch1遺伝子、ヒトN
otch2遺伝子およびNotch3遺伝子のAUG開始コドンにわたる配列に
相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0165】 (VI.有用性) 本明細書中に記載されるような1以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドで処
理した造血幹細胞(例えば、HSC)は、様々な適用において有用性が認められ
る。例えば、幹細胞は、未成熟な細胞(例えば、特定の疾患状態(例えば、癌)
に関連する造血幹細胞)の分化を促進するために使用され得る。さらに、幹細胞
は、これらの細胞の成熟および分化を提供することによって、種々の造血幹細胞
系統での被験体の再生(repopulating)のための細胞の供給源とし
て使用され得る。
【0166】 本発明のアンチセンスオリゴマーは、細胞の成熟および分化を促進するために
効果的である。例えば、エキソビボでアンチセンスオリゴマー処理した幹細胞は
、系統を方向付けられた前駆細胞およびそれらの子孫の拡大した集団を生成する
ために使用されるべく働き得る。例えば、本発明は、造血肝細胞から、より分化
した細胞(例えば、単球、顆粒球、血小板、リンパ球および赤血球)を産生する
手段を提供する。
【0167】 本明細書中に記載される1以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドでのHSC
の処理は、休止期(静止期)またはG0期から細胞周期へとHSCを開放するた
めの手段をさらに提供する。従って、これに関する造血機能不全についての処置
をさらに提供する。
【0168】 このようなエキソビボでの拡大した細胞集団は、患者に再投与される場合、自
己および同種の造血移植(engraftment)の両方において有用性を認
める。
【0169】 このような方法は、新生物形成疾患の処置において使用され得、そして処置下
の患者における癌細胞または固形腫瘍の増殖の遅延もしくは減衰、または癌細胞
の総数もしくは腫瘍の総負荷の減少、および/あるいは放射線または化学療法に
続く機能的造血系のより迅速な回復(例えば、好中球および血小板細胞集団のよ
り迅速な回復)を生じるために効果的であり得る。
【0170】 癌患者の処置のための例示的な治療レジメンは、化学療法、放射線治療、また
は被験体の癌を処置するために当該分野において公知の他の処置法とともに、本
明細書中に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドで造血肝細胞をエキソビ
ボにて処置することを含む。
【0171】 次の実施例は説明するものであるが、どのようにも本発明を限定することを意
図するものではない。
【0172】 (実施例1:分化関連mRNAの同定) cDNAライブラリーを、休止期の動物(quiescent animal
)由来のLTR−造血幹細胞およびわずかに分化した細胞(STR−HSC)か
ら作製し、そしてmRNA発現プロファイルを比較した。LTR−造血幹細胞に
おいて優先的に発現される遺伝子を、遺伝子発現フィンガープリンティング(G
EF)およびレプリゼンテーショナル差示的分析(RDA)を使用して検出した
【0173】 mRNA発現パターンを、GEFおよびRDAを使用して、分画されていない
骨髄(unf BM)、系統特異的モノクローナル抗体と結合したDynal
Beadsを使用して系統を方向付けられた細胞を除去することによって選択さ
れた細胞の集団、および、短期(short term)再生(repopul
ating)HSC(STR−HSC)または長期(long term)再生
HSC(LTR−HSC)として特徴付けられた造血幹細胞について比較した。
【0174】 LTR−HSCに優先的に発現される7つのmRNAを同定し、そしてさらに
以下に特徴付けた:表1に示されるような、EVI−1ジンクフィンガー遺伝子
、血清除去応答遺伝子、マルチメリン遺伝子、組織トランスグルタミナーゼ遺伝
子、FE65遺伝子、RAB27遺伝子およびヒトJagged2遺伝子。
【0175】
【表1】 (実施例2:造血幹細胞の単離およびアンチセンスオリゴヌクレオチドでの処
置) マウス造血幹細胞を、1.080g/ml Nycodenz分離培地(Ny
comed Pharma AS OSLO,Norway)を使用する密度分
離、次いで、系統特異的モノクローナル抗体を使用するDynal Bead除
去を用いるlin−細胞集団の単離、次いで、以下での染色を実施して、分画さ
れていない骨髄を開始材料とする骨髄から得た:(1)c−kitおよびSca
1に対する抗体;(2)ヨー化プロピジウム(propidium iodid
e)(PI);および(3)色素(Hoescht 33342、Rhodam
ine 123)。細胞をFACSに供し、そして2つの集団を以下の表現型マ
ーカーに基づいて選択した:(A)Sca1+、c−kit+、lin−、低い
Hoescht 33342(Holow)、低いRhodamine 123(
Rhlow)、およびPIネガティブの細胞(LTR−HSC)、または(B)S
ca1+、c−kit+、lin−細胞(STR−HSC)。
【0176】 上記のように特徴付けられたLTR−HSCについて濃縮された25の細胞を
、インターロイキン−6(IL−6)および幹細胞因子(SCF)を含みアンチ
センスオリゴマーを伴うかまたは伴わない培地に直接ソートし、そして5日後に
HPP−CFC形成についてアッセイした。
【0177】
【表2】 このアッセイの結果は、EVI−1に対するアンチセンスへの細胞の暴露によ
って1μMほどの低い濃度でHPP−CFCの減少が生じることを示す。このこ
とは、(平均±SEMとして報告された結果を用いて)表2および図3に詳細さ
れるように造血肝細胞の分化または成熟を示す。
【0178】 本明細書中に示される結果は、特徴的造血幹細胞表現型から造血幹細胞の分化
を促進する際の、幹細胞において優先的に発現される配列に相補的なアンチセン
スオリゴマーの有用性を示す。
【0179】
【化2】
【配列表】
【図面の簡単な説明】
【図1】 図1A〜Eは、ポリマーを形成するために適切な5原子(A)、6原子(B)
、および7原子(C〜E)結合基を有する、いくつかの好ましいモルホリノサブ
ユニットを示す。
【図2】 図2A−Aから2E−Eは、それぞれ図1のサブユニットA〜Eを用いて構築
した、例示的なモルホリノリゴヌクレオチドの反復サブユニット部分を示す。
【図3】 図3は、インビトロアッセイにおけるHSC分化についての結果を示す。ここ
で、5日目における、クローン原性細胞(中空バー)およびHPP−CFC(斜
線バー)の数に対する種々の濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を示
す。ここで、クローン原性細胞を、所定のセットの培養条件下で増殖しかつクロ
ーンを形成する細胞として規定する。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) C12N 5/10 C12N 15/00 ZNAA 15/09 ZNA 5/00 B (72)発明者 イバーセン, パトリック エル. アメリカ合衆国 オレゴン 97330, コ ーバリス, エヌ.ダブリュー. フェア オークス プレイス 5902 Fターム(参考) 4B024 AA01 CA02 CA12 DA02 HA17 4B065 AA91X AB01 CA44 4C084 AA13 NA14 ZA51 ZB26 4C086 AA01 AA02 EA16 MA02 MA05 NA14 ZA51 ZB26 4C087 AA01 AA02 BB44 BB63 ZA51 ZB26

Claims (13)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 実質的に荷電していない骨格によって特徴付けられるアンチ
    センスオリゴマーを含む組成物であって、該オリゴマーは、幹細胞にて優先的に
    発現される遺伝子のmRNA翻訳開始コドンにまたがる配列に指向される、組成
    物。
  2. 【請求項2】 アンチセンスオリゴマー処理した幹細胞組成物であって、以
    下のプロセス: (a)被験体から幹細胞含有細胞集団を得る工程; (b)造血幹細胞について該細胞集団を濃縮するために効果的な様式で該細胞
    集団を処理する工程;および (c)該濃縮された幹細胞集団を、実質的に荷電していない骨格によって特徴
    付けられる1以上のアンチセンスオリゴマーに、系統を方向付けられた前駆細胞
    およびそれらの子孫の集団を少なくとも2倍増加するために効果的な条件下にて
    、エキソビボで暴露する工程であって、該1以上のアンチセンスオリゴマーは幹
    細胞にて優先的に発現されるmRNAに指向される、工程、 によって調製される、組成物。
  3. 【請求項3】 請求項2に記載の組成物であって、1以上のアンチセンスオ
    リゴマーでの前記処理が、該アンチセンスオリゴマー処理の前に存在する系統を
    方向付けられた前駆細胞およびそれらの子孫の数と比較して、系統を方向付けら
    れた前駆細胞およびそれらの子孫の集団の数を少なくとも8倍増加するために十
    分な濃度および時間で実施される、組成物。
  4. 【請求項4】 請求項2または3に記載のアンチセンスオリゴマー処理した
    幹細胞組成物であって、ここで、前記被験体が癌患者であって、前記1以上のア
    ンチセンスオリゴマーでの処理が、前記細胞集団における癌細胞の総数または総
    腫瘍荷重を減少するために効果的である、組成物。
  5. 【請求項5】 請求項2または3に記載の組成物であって、前記系統を方向
    付けられた前駆細胞およびそれらの子孫が、好中球、血小板、リンパ球、赤血球
    および単球からなる群より選択される、組成物。
  6. 【請求項6】 請求項5に記載の組成物であって、前記系統を方向付けられ
    た前駆細胞およびそれらの子孫が、好中球および血小板である、組成物。
  7. 【請求項7】 請求項1〜6のいずれか1項に記載の組成物であって、前記
    アンチセンスオリゴマーが、以下: (a)50℃より高いTmを有し高親和性で標的RNAの相補的配列とハイブ
    リダイズする能力; (b)ヌクレアーゼ耐性;および (c)細胞への能動輸送または促進輸送についての能力、 によって特徴付けられる、組成物。
  8. 【請求項8】 請求項1〜7のいずれか1項に記載の組成物であって、前記
    アンチセンスオリゴマーが約12〜25塩基の長さを有する、組成物。
  9. 【請求項9】 請求項1〜8のいずれか1項に記載の組成物であって、前記
    アンチセンスオリゴマー骨格が図2A−A〜図2E−Eに示される構造からなる
    群より選択される構造を有する、組成物。
  10. 【請求項10】 請求項1〜9のいずれか1項に記載の組成物であって、前
    記アンチセンスオリゴマーが、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号
    4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号10、配列番号11および
    配列番号12からなる群より選択される配列を有する、組成物。
  11. 【請求項11】 請求項10に記載の組成物であって、前記アンチセンスオ
    リゴマーが配列番号1として示される配列を有する、組成物。
  12. 【請求項12】 被験体における癌を処置する際の医薬として使用するため
    の、請求項1〜11のいずれか1項に記載の組成物。
  13. 【請求項13】 被験体における癌を処置するための医薬の製造のための、
    請求項1〜12のいずれか1項に記載の組成物の使用。
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