JP2002540790A

JP2002540790A - Compounds for the treatment and diagnosis of lung cancer and methods for their use

Info

Publication number: JP2002540790A
Application number: JP2000609568A
Authority: JP
Inventors: スティーブンジー．リード，; マイケルジェイ．ロデス，; ラオドーモハマス，; ヘザーセクリスト，
Original assignee: コリクサコーポレイション
Priority date: 1999-04-02
Filing date: 2000-03-30
Publication date: 2002-12-03
Also published as: AU4185100A; WO2000060077A2; HK1045332A1; WO2000060077A3; EP1187915A2

Abstract

(57)【要約】肺癌のような癌の治療および診断のための組成物および方法が開示される。組成物は、１つ以上の肺腫瘍タンパク質、その免疫原性部分またはこのような部分をコードするポリヌクレオチドを含み得る。あるいは、治療組成物は、肺腫瘍タンパク質を発現する抗原提示細胞、またはこのようなタンパク質を発現する細胞に特異的なＴ細胞を含み得る。このような組成物は、例えば、肺癌のような疾患の予防および処置のために使用され得る。サンプルにおいて、肺腫瘍タンパク質、またはこのようなタンパク質をコードするｍＲＮＡを検出する工程に基づく診断方法もまた、提供される。 (57) [Summary] Compositions and methods for the treatment and diagnosis of cancer, such as lung cancer, are disclosed. The composition can include one or more lung tumor proteins, immunogenic portions thereof, or polynucleotides encoding such portions. Alternatively, the therapeutic composition may include antigen presenting cells that express a lung tumor protein, or T cells specific for cells that express such a protein. Such compositions can be used, for example, for the prevention and treatment of diseases such as lung cancer. Also provided are diagnostic methods based on detecting in a sample a lung tumor protein, or mRNA encoding such a protein.

Description

【発明の詳細な説明】DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION

【０００１】（技術分野）本発明は、一般に、肺癌の処置のための組成物および方法に関する。本発明は
、より詳細には、肺腫瘍組織にて優先的に発現されるヌクレオチド配列、および
このようなヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドに関する。本発
明のヌクレオチド配列およびポリペプチドは、肺癌の処置のためのワクチンおよ
び薬学的組成物において使用され得る。TECHNICAL FIELD The present invention relates generally to compositions and methods for treating lung cancer. The invention more particularly relates to nucleotide sequences that are preferentially expressed in lung tumor tissue, and polypeptides encoded by such nucleotide sequences. The nucleotide sequences and polypeptides of the invention can be used in vaccines and pharmaceutical compositions for treating lung cancer.

【０００２】（発明の背景）肺癌は、米国における男性および女性の両方の間の癌での死亡の主な原因であ
り、ここで１９９４年には、１７２，０００人の新たな症例が報告されている。
診断時の疾患状態にかかわらず、全ての肺癌の患者の間の５年生存率は、たった
１３％である。これは、この疾患がなお局在化している間に検出される症例の間
の４６％の５年生存率とは対照的である。しかし、肺癌の患者のうち１６％のみ
が、この疾患が広がる前に、発見されている。BACKGROUND OF THE INVENTION Lung cancer is the leading cause of cancer death between both men and women in the United States, where 172,000 new cases were reported in 1994. ing.
Regardless of the disease state at diagnosis, the 5-year survival rate among all lung cancer patients is only 13%. This is in contrast to the 5-year survival rate of 46% among cases detected while the disease is still localized. However, only 16% of patients with lung cancer were found before the disease spread.

【０００３】初期の検出は、困難である。なぜなら、臨床症状は、しばしば、この疾患が進
行状態に達するまで観察されないからである。現在では、診断は、胸部Ｘ線の使
用、痰に含まれる細胞型の分析、および気管支路の光ファイバー試験によって補
助される。処置レジメンは、癌の型および段階によって決定され、そして手術、
放射線療法および／または化学療法が挙げられる。この疾患に対する治療へのか
なりの研究にもかかわらず、肺癌は、処置するのが困難なままである。[0003] Early detection is difficult. Because clinical symptoms are often not observed until the disease has reached an advanced state. Currently, diagnosis is aided by the use of chest x-rays, analysis of cell types contained in sputum, and fiber optic tests of the bronchial tract. The treatment regimen is determined by the type and stage of the cancer, and
Radiation therapy and / or chemotherapy. Despite considerable research into therapies for this disease, lung cancer remains difficult to treat.

【０００４】従って、肺癌のための改善されたワクチン、処置方法および診断技術について
、当該分野において必要性が存在する。[0004] Therefore, there is a need in the art for improved vaccines, treatment methods and diagnostic techniques for lung cancer.

【０００５】（発明の要旨）簡潔に述べると、本発明は、癌（例えば、肺癌）の治療および診断に対する化
合物および方法を提供する。１つの局面において、本発明は、肺腫瘍（ｔｕｍｏ
ｒ）タンパク質の少なくとも部分を含むポリペプチド、またはその改変体を提供
する。改変体が抗原特異的抗血清と反応する能力は、実質的に消失されないよう
に、特定の部分および他の改変体は、免疫原性である。特定の実施形態において
、このポリペプチドは、（ａ）配列番号２１８〜２２２、２２４〜２２６、２４
９、２５０、２５３、２５６、２６６、２７６、２７７、２８２、２８５、２９
３、２９５、２９８、２９９、３０１、３０４、３０６、３１６、３２１、３２
６、３３３、３３６、３３７、３４２、３５３、３５９、３６１、３６４、３６
９、３７２、３７３、３７７、３７９および３８６に列挙される配列；（ｂ）配
列番号２１８〜２２２、２２４〜２２６、２４９、２５０、２５３、２５６、２
６６、２７６、２７７、２８２、２８５、２９３、２９５、２９８、２９９、３
０１、３０４、３０６、３１６、３２１、３２６、３３３、３３６、３３７、３
４２、３５３、３５９、３６１、３６４、３６９、３７２、３７３、３７７、３
７９および３８６に列挙される配列の改変体；ならびに（ａ）または（ｂ）の配
列の相補体、からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードさ
れる配列を含む。SUMMARY OF THE INVENTION Briefly, the present invention provides compounds and methods for the treatment and diagnosis of cancer (eg, lung cancer). In one aspect, the invention relates to a lung tumor (tumo).
r) Provide a polypeptide comprising at least a portion of a protein, or a variant thereof. Certain portions and other variants are immunogenic such that the ability of the variant to react with the antigen-specific antiserum is not substantially abolished. In certain embodiments, the polypeptide comprises: (a) SEQ ID NOs: 218-222, 224-226, 24
9, 250, 253, 256, 266, 276, 277, 282, 285, 29
3,295,298,299,301,304,306,316,321,32
6, 333, 336, 337, 342, 353, 359, 361, 364, 36
9, 372, 373, 377, 379 and 386; (b) SEQ ID NOs: 218 to 222, 224 to 226, 249, 250, 253, 256, 2
66, 276, 277, 282, 285, 293, 295, 298, 299, 3
01, 304, 306, 316, 321, 326, 333, 336, 337, 3
42, 353, 359, 361, 364, 369, 372, 373, 377, 3
79 and 386; and a sequence encoded by a polynucleotide sequence selected from the group consisting of: the complement of the sequence of (a) or (b).

【０００６】本発明はさらに、上記のポリヌクレオチド、またはその部分（例えば、肺腫瘍
タンパク質の少なくとも１５個の連続するアミノ酸残基をコードする部分）をコ
ードするポリヌクレオチド、このようなポリヌクレオチドを含む発現ベクター、
ならびにこのような発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトされた宿主
細胞を提供する。[0006] The invention further includes polynucleotides encoding the above polynucleotides, or portions thereof (eg, portions encoding at least 15 contiguous amino acid residues of a lung tumor protein), including such polynucleotides. Expression vector,
And a host cell transformed or transfected with such an expression vector.

【０００７】他の局面において、本発明は、上記のポリペプチドまたはポリヌクレオチド、
および生理学的に受容可能なキャリアを含む薬学的組成物を提供する。[0007] In another aspect, the present invention provides a polypeptide or polynucleotide as described above,
And a pharmaceutical composition comprising a physiologically acceptable carrier.

【０００８】本発明の関連する局面において、ワクチンが提供される。このようなワクチン
は、上記のポリペプチドまたはポリヌクレオチド、および免疫刺激剤を含む。[0008] In a related aspect of the invention, a vaccine is provided. Such a vaccine comprises a polypeptide or polynucleotide as described above, and an immunostimulant.

【０００９】本発明はさらに、以下：（ａ）肺腫瘍タンパク質に特異的に結合する抗体また
はその抗原結合フラグメント；および（ｂ）生理学的に受容可能なキャリア、を
含む薬学的組成物を提供する。[0009] The present invention further provides a pharmaceutical composition comprising: (a) an antibody or antigen-binding fragment thereof that specifically binds to a lung tumor protein; and (b) a physiologically acceptable carrier. .

【００１０】さらなる局面において、本発明は、以下：（ａ）上記のポリペプチドを発現す
る抗原提示細胞、および（ｂ）薬学的に受容可能なキャリアまたは賦形剤、を含
む薬学的組成物を提供する。抗原提示細胞としては、樹状細胞、マクロファージ
、単球、線維芽細胞、およびＢ細胞が挙げられる。[0010] In a further aspect, the present invention provides a pharmaceutical composition comprising: (a) an antigen presenting cell that expresses a polypeptide as described above, and (b) a pharmaceutically acceptable carrier or excipient. provide. Antigen presenting cells include dendritic cells, macrophages, monocytes, fibroblasts, and B cells.

【００１１】関連する局面において、以下：（ａ）上記のポリペプチドを発現する抗原提示
細胞、および（ｂ）免疫刺激剤、を含むワクチンが、提供される。In a related aspect, there is provided a vaccine comprising: (a) an antigen presenting cell that expresses the polypeptide described above, and (b) an immunostimulatory agent.

【００１２】本発明はさらに、他の局面において、上記の少なくとも１つのポリペプチドを
含む融合タンパク質、およびこのような融合タンパク質をコードするポリヌクレ
オチドを提供する。[0012] The invention further provides, in another aspect, a fusion protein comprising at least one polypeptide as described above, and a polynucleotide encoding such a fusion protein.

【００１３】関連する局面において、生理学的に受容可能なキャリアと組み合わせて、融合
タンパク質または融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む薬学的組
成物が、提供される。In a related aspect, there is provided a pharmaceutical composition comprising the fusion protein or a polynucleotide encoding the fusion protein in combination with a physiologically acceptable carrier.

【００１４】他の局面において、免疫刺激剤と組み合わせて、融合タンパク質、または融合
タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むワクチンがさらに、提供される
。In another aspect, there is further provided a vaccine comprising the fusion protein, or a polynucleotide encoding the fusion protein, in combination with an immunostimulatory agent.

【００１５】さらなる局面において、本発明は、患者において癌の発達を阻害するための方
法を提供する。この方法は、上記の薬学的組成物またはワクチンを患者に投与す
る工程を包含する。[0015] In a further aspect, the invention provides a method for inhibiting the development of cancer in a patient. The method comprises administering to the patient a pharmaceutical composition or vaccine as described above.

【００１６】本発明はさらに、他の局面において、生物学的サンプルから腫瘍細胞を取り出
す方法を提供する。この方法は、生物学的サンプルと、肺腫瘍タンパク質と特異
的に反応するＴ細胞とを接触させる工程であって、この接触させる工程は、この
サンプルからこのタンパク質を発現している細胞を取り出すことを可能にするに
十分な条件下および時間で行われる、工程、を包含する。The present invention further provides, in another aspect, a method for removing tumor cells from a biological sample. The method comprises the steps of contacting a biological sample with T cells that specifically react with a lung tumor protein, wherein the contacting comprises removing cells expressing the protein from the sample. Performed under conditions and for a time sufficient to allow

【００１７】関連する局面において、患者における癌の発達を阻害するための方法が、提供
される。この方法は、上記の処理された生物学的サンプルを患者に投与する工程
を包含する。[0017] In a related aspect, a method is provided for inhibiting the development of cancer in a patient. The method comprises administering the treated biological sample to a patient.

【００１８】他の局面において、肺腫瘍タンパク質に特異的なＴ細胞を刺激および／または
増殖（ｅｘｐａｎｄ）するための方法がさらに、提供される。この方法は、以１
以上の以下：（ｉ）上記のポリペプチド；（ｉｉ）このようなポリペプチドをコ
ードするポリヌクレオチド；および／または（ｉｉｉ）このようなポリペプチド
を発現する抗原提示細胞と、Ｔ細胞とを、Ｔ細胞の刺激および／または増殖を可
能にするに十分な条件下および時間で接触させる工程を包含する。上記の調製さ
れたＴ細胞を含む単離されたＴ細胞集団もまた、提供される。In another aspect, there is further provided a method for stimulating and / or expanding T cells specific for a lung tumor protein. This method is as follows:
The following: (i) the above-mentioned polypeptide; (ii) a polynucleotide encoding such a polypeptide; and / or (iii) an antigen-presenting cell expressing such a polypeptide and a T cell. Contacting under conditions and for a time sufficient to permit stimulation and / or expansion of T cells. Also provided is an isolated T cell population comprising the prepared T cells described above.

【００１９】さらなる局面において、本発明は、患者における癌の発達を阻害するための方
法を提供する。この方法は、有効量の上記Ｔ細胞集団を患者に投与する工程を包
含する。In a further aspect, the invention provides a method for inhibiting the development of a cancer in a patient. The method comprises administering to the patient an effective amount of the T cell population.

【００２０】本発明はさらに、患者における癌の発達を阻害するための方法を提供する。こ
この方法は、以下の工程：（ａ）患者から単離されたＣＤ４⁺および／またはＣ
Ｄ８⁺Ｔ細胞と、１以上の以下：（ｉ）肺腫瘍タンパク質の少なくとも免疫原性
部分を含むポリペプチド；（ｉｉ）このようなポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド；および（ｉｉｉ）このようなポリペプチドを発現した抗原提示細胞
、とをインキュベートする工程；ならびに（ｂ）有効量の増殖したＴ細胞を患者
に投与して、それによって患者における癌の発達を阻害する工程、を包含する。
増殖した細胞は、患者への投与前にクローニングされてもよいが、必ずしもそう
である必要はない。[0020] The invention further provides a method for inhibiting the development of cancer in a patient. The method comprises the following steps: (a) CD4 ⁺ and / or C4 isolated from a patient
D8 ⁺ T cells and one or more of the following: (i) a polypeptide comprising at least an immunogenic portion of a lung tumor protein; (ii) a polynucleotide encoding such a polypeptide; and (iii) such a polypeptide. Incubating the peptide with an antigen-presenting cell that expressed the peptide; and (b) administering an effective amount of the expanded T cells to the patient, thereby inhibiting the development of cancer in the patient.
The expanded cells may be, but need not be, cloned prior to administration to the patient.

【００２１】さらなる局面において、本発明は、患者における癌の存在または非存在を決定
するための方法を提供する。この方法は、以下：（ａ）患者から得られた生物学
的サンプルと、上記のポリペプチドに結合する結合剤とを接触させる工程；（ｂ
）このサンプルにおいて、この結合剤に結合するポリペプチドの量を検出する工
程；および（ｃ）このポリペプチドの量と、予め決定されたカットオフ値とを比
較して、それにより、患者における癌の存在または非存在を決定する工程、を包
含する。好ましい実施形態において、この結合剤は、抗体であり、より好ましく
は、モノクローナル抗体である。この癌は、肺癌であり得る。[0021] In a further aspect, the invention provides a method for determining the presence or absence of cancer in a patient. The method comprises the steps of: (a) contacting a biological sample obtained from a patient with a binding agent that binds to the polypeptide;
C) detecting the amount of polypeptide that binds to the binding agent in the sample; and Determining the presence or absence of In a preferred embodiment, the binding agent is an antibody, more preferably, a monoclonal antibody. The cancer may be a lung cancer.

【００２２】本発明はまた、他の局面において、患者における癌の進行をモニターするため
の方法を提供する。このような方法は、以下の工程：（ａ）初期の時点で患者か
ら得られた生物学的サンプルと、上記のポリペプチドに結合する結合剤とを接触
させる工程；（ｂ）このサンプルにおいて、この結合剤に結合するポリペプチド
の量を検出する工程；（ｃ）その後の時点で患者から得られた生物学的サンプル
を使用して、（ａ）および（ｂ）の工程を繰り返す工程；ならびに（ｄ）工程（
ｃ）において検出されたポリペプチドの量と、工程（ｂ）において検出される量
とを比較して、それによって、患者における癌の進行をモニターする工程、を包
含する。The invention also provides, in another aspect, a method for monitoring the progression of a cancer in a patient. Such a method comprises the steps of: (a) contacting a biological sample obtained from a patient at an earlier time with a binding agent that binds to the polypeptide; Detecting the amount of polypeptide that binds to the binding agent; (c) repeating the steps (a) and (b) using a biological sample obtained at a later time from the patient; and (D) Step (
comparing the amount of polypeptide detected in c) with the amount detected in step (b), thereby monitoring the progression of cancer in the patient.

【００２３】本発明はさらに、他の局面において、患者における癌の存在または非存在を決
定するための方法を提供する。この方法は、以下の工程：（ａ）患者から得られ
た生物学的サンプルと、肺腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイ
ブリダイズするオリゴヌクレオチドとを接触させる工程；（ｂ）このサンプルに
おいて、このオリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチド、好ま
しくはｍＲＮＡのレベルを検出する工程；ならびに（ｃ）このオリゴヌクレオチ
ドにハイブリダイズするポリヌクレオチドのレベルと、予め決定されたカットオ
フ値とを比較して、それによって患者における癌の存在または非存在を決定する
工程、を包含する。特定の実施形態において、ｍＲＮＡの量は、例えば、上記の
ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、またはこのようなポリヌクレオチ
ドの相補体にハイブリダイズする、少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライ
マーを使用するポリメラーゼ連鎖反応を介して検出される。他の実施形態におい
て、ｍＲＮＡの量は、上記のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、また
はこのようなポリヌクレオチドの相補体にハイブリダイズするオリゴヌクレオチ
ドプローブを用いるハイブリダイゼーション技術を使用して、検出される。The invention further provides, in another aspect, a method for determining the presence or absence of cancer in a patient. The method comprises the steps of: (a) contacting a biological sample obtained from a patient with an oligonucleotide that hybridizes to a polynucleotide encoding a lung tumor protein; (b) Detecting the level of a polynucleotide, preferably mRNA, that hybridizes to the oligonucleotide; and (c) comparing the level of the polynucleotide that hybridizes to the oligonucleotide with a predetermined cut-off value. Determining the presence or absence of cancer in the patient. In certain embodiments, the amount of mRNA is determined, for example, by a polymerase chain reaction using at least one oligonucleotide primer that hybridizes to a polynucleotide encoding a polypeptide described above, or the complement of such a polynucleotide. Is detected via In other embodiments, the amount of mRNA is detected using hybridization techniques using a polynucleotide encoding a polynucleotide described above, or an oligonucleotide probe that hybridizes to the complement of such a polynucleotide. .

【００２４】関連する局面において、患者における癌の進行をモニターするための方法が、
提供される。この方法は、以下の工程：（ａ）患者から得られた生物学的サンプ
ルと、肺腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオ
リゴヌクレオチドとを接触させる工程；（ｂ）このサンプルにおいて、このオリ
ゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を検出する工程；（
ｃ）その後の時点で患者から得られた生物学的サンプルを使用して、工程（ａ）
および（ｂ）を繰り返す工程；ならびに（ｄ）工程（ｃ）において検出されるポ
リヌクレオチドの量と、工程（ｂ）において検出される量とを比較して、それに
より患者における癌の進行をモニターする工程、を包含する。In a related aspect, a method for monitoring cancer progression in a patient comprises:
Provided. The method comprises the steps of: (a) contacting a biological sample obtained from a patient with an oligonucleotide that hybridizes to a polynucleotide encoding a lung tumor protein; (b) Detecting the amount of polynucleotide that hybridizes to the oligonucleotide; (
c) using a biological sample obtained from the patient at a later point in time,
Repeating steps (b) and (d) comparing the amount of polynucleotide detected in step (c) with the amount detected in step (b), thereby monitoring the progression of cancer in the patient Performing the steps of:

【００２５】さらなる局面において、本発明は、上記のポリペプチドに結合する抗体（例え
ば、モノクローナル抗体）、およびこのような抗体を含む診断キットを提供する
。上記の１以上のオリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーを含む診断キッ
トもまた、提供される。[0025] In a further aspect, the present invention provides antibodies (eg, monoclonal antibodies) that bind to the above-described polypeptides, and diagnostic kits containing such antibodies. Diagnostic kits comprising one or more oligonucleotide probes or primers as described above are also provided.

【００２６】本発明のこれらの局面および他の局面は、以下の詳細な説明および添付の図面
を参照すると明らかである。本明細書中に開示される全ての参考文献は、各々が
個別に援用されるのと同様に、本明細書によってそれらの全体において参考とし
て援用される。（配列識別名（ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ））配列番号１は、Ｌ３６３Ｃｌ．ｃｏｎｓについての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２は、Ｌ２６３Ｃ２．ｃｏｎｓについての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３は、Ｌ２６３Ｃ２ｃについての決定されたｃＤＮＡ配列である。配
列番号４は、Ｌ２６３Ｃｌ．ｃｏｎｓについての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号５は、Ｌ２６３Ｃｌｂについての決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６は、Ｌ１６４Ｃ２．ｃｏｎｓについての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号７は、Ｌ１６４Ｃｌ．ｃｏｎｓについての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号８は、Ｌ３６６Ｃｌａについての決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９は、Ｌ２６０Ｃｌ．ｃｏｎｓについての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号１０は、Ｌ１６３Ｃｌｃについての決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１は、Ｌ１６３Ｃｌｂについての決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２は、Ｌ２５５Ｃｌ．ｃｏｎｓについての決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。配列番号１３は、Ｌ２５５Ｃｌｂについての決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４は、Ｌ３５５Ｃｌ．ｃｏｎｓについての決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。配列番号１５は、Ｌ３６６Ｃｌ．ｃｏｎｓについての決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。配列番号１６は、Ｌ１６３Ｃｌａについての決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７は、ＬＴ８６−１についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１８は、ＬＴ８６−２についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１９は、ＬＴ８６−３についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２０は、ＬＴ８６−４についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２１は、ＬＴ８６−５についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２２は、ＬＴ８６−６についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２３は、ＬＴ８６−７についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２４は、ＬＴ８６−８についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２５は、ＬＴ８６−９についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２６は、ＬＴ８６−１０についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２７は、ＬＴ８６−１１についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２８は、ＬＴ８６−１２についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２９は、ＬＴ８６−１３についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号３０は、ＬＴ８６−１４についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号３１は、ＬＴ８６−１５についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号３２は、ＬＴ８６−１についての予測されたアミノ酸配列である。[0026] These and other aspects of the invention will be apparent with reference to the following detailed description and accompanying drawings. All references disclosed herein are hereby incorporated by reference in their entirety, as if each were individually incorporated. (Sequence identification name (identifier)) SEQ ID NO: 1 is L363Cl. The determined cDNA sequence for cons. SEQ ID NO: 2 is L263C2. The determined cDNA sequence for cons. SEQ ID NO: 3 is the determined cDNA sequence for L263C2c. SEQ ID NO: 4 shows L263Cl. The determined cDNA sequence for cons. SEQ ID NO: 5 is the determined cDNA sequence for L263Clb.
SEQ ID NO: 6 shows L164C2. The determined cDNA sequence for cons. SEQ ID NO: 7 shows L164Cl. The determined cDNA sequence for cons. SEQ ID NO: 8 is the determined cDNA sequence for L366Cla.
SEQ ID NO: 9 shows L260Cl. The determined cDNA sequence for cons. SEQ ID NO: 10 is the determined cDNA sequence for L163Clc.
SEQ ID NO: 11 is the determined cDNA sequence for L163Clb.
SEQ ID NO: 12 shows L255Cl. The determined cDNA sequence for cons. SEQ ID NO: 13 is the determined cDNA sequence for L255Clb.
SEQ ID NO: 14 is L355Cl. The determined cDNA sequence for cons. SEQ ID NO: 15 is L366Cl. The determined cDNA sequence for cons. SEQ ID NO: 16 is the determined cDNA sequence for L163Cla.
SEQ ID NO: 17 is the determined cDNA sequence for LT86-1. SEQ ID NO: 18 is the determined cDNA sequence for LT86-2. SEQ ID NO: 19 is the determined cDNA sequence for LT86-3. SEQ ID NO: 20 is the determined cDNA sequence for LT86-4. SEQ ID NO: 21 is the determined cDNA sequence for LT86-5. SEQ ID NO: 22 is the determined cDNA sequence for LT86-6. SEQ ID NO: 23 is the determined cDNA sequence for LT86-7. SEQ ID NO: 24 is the determined cDNA sequence for LT86-8. SEQ ID NO: 25 is the determined cDNA sequence for LT86-9. SEQ ID NO: 26 is the determined cDNA sequence for LT86-10. SEQ ID NO: 27 is the determined cDNA sequence for LT86-11. SEQ ID NO: 28 is the determined cDNA sequence for LT86-12. SEQ ID NO: 29 is the determined cDNA sequence for LT86-13. SEQ ID NO: 30 is the determined cDNA sequence for LT86-14. SEQ ID NO: 31 is the determined cDNA sequence for LT86-15. SEQ ID NO: 32 is the predicted amino acid sequence for LT86-1.

【００２７】配列番号３３は、ＬＴ８６−２についての予測されたアミノ酸配列である。
配列番号３４は、ＬＴ８６−３についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号３５は、ＬＴ８６−４についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号３６は、ＬＴ８６−５についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号３７は、ＬＴ８６−６についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号３８は、ＬＴ８６−７についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号３９は、ＬＴ８６−８についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号４０は、ＬＴ８６−９についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号４１は、ＬＴ８６−１０についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号４２は、ＬＴ８６−１１についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号４３は、ＬＴ８６−１２についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号４４は、ＬＴ８６−１３についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号４５は、ＬＴ８６−１４についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号４６は、ＬＴ８６−１５についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号４７は、（ｄＴ）₁₂ＡＧプライマーである。配列番号４８は、プライマーである。配列番号４９は、Ｌ８６Ｓ−３についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である。配列番号５０は、Ｌ８６Ｓ−１２についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号５１は、Ｌ８６Ｓ−１６についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号５２は、Ｌ８６Ｓ−２５についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号５３は、Ｌ８６Ｓ−３６についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号５４は、Ｌ８６Ｓ−４０についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号５５は、Ｌ８６Ｓ−４６についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号５６は、Ｌ８６Ｓ−３についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号５７は、Ｌ８６Ｓ−１２についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号５８は、Ｌ８６Ｓ−１６についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号５９は、Ｌ８６Ｓ−２５についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号６０は、Ｌ８６Ｓ−３６についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号６１は、Ｌ８６Ｓ−４０についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号６２は、Ｌ８６Ｓ−４６についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号６３は、Ｌ８６Ｓ−３０についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号６４は、Ｌ８６Ｓ−４１についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号６５は、ＬＴ８６−９の５’末端から予測されたアミノ酸配列である。配列番号６６は、ＬＴ８６−４についての決定された伸長ｃＤＮＡ配列である。配列番号６７は、ＬＴ８６−４についての予測された伸長アミノ酸配列である。配列番号６８は、ＬＴ８６−２０についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号６９は、ＬＴ８６−２１についての決定された３’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号７０は、ＬＴ８６−２２についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号７１は、ＬＴ８６−２６についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号７２は、ＬＴ８６−２７についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号７３は、ＬＴ８６−２０についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号７４は、ＬＴ８６−２１についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号７５は、ＬＴ８６−２２についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号７６は、ＬＴ８６−２６についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号７７は、ＬＴ８６−２７についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号７８は、Ｌ８６Ｓ−１２についての決定された伸長ｃＤＮＡ配列である
。配列番号７９は、Ｌ８６Ｓ−３６についての決定された伸長ｃＤＮＡ配列である
。配列番号８０は、Ｌ８６Ｓ−４６についての決定された伸長ｃＤＮＡ配列である
。配列番号８１は、Ｌ８６Ｓ−１２についての予測された伸長アミノ酸配列である
。配列番号８２は、Ｌ８６Ｓ−３６についての予測された伸長アミノ酸配列である
。配列番号８３は、Ｌ８６Ｓ−４６についての予測された伸長アミノ酸配列である
。配列番号８４は、Ｌ８６Ｓ−６についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である。配列番号８５は、Ｌ８６Ｓ−１１についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号８６は、Ｌ８６Ｓ−１４についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号８７は、Ｌ８６Ｓ−２９についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号８８は、Ｌ８６Ｓ−３４についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号８９は、Ｌ８６Ｓ−３９についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号９０は、Ｌ８６Ｓ−４７についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号９１は、Ｌ８６Ｓ−４９についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号９２は、Ｌ８６Ｓ−５１についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号９３は、Ｌ８６Ｓ−６についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号９４は、Ｌ８６Ｓ−１１についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号９５は、Ｌ８６Ｓ−１４についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号９６は、Ｌ８６Ｓ−２９についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号９７は、Ｌ８６Ｓ−３４についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号９８は、Ｌ８６Ｓ−３９についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号９９は、Ｌ８６Ｓ−４７についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１００は、Ｌ８６Ｓ−４９についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１０１は、Ｌ８６Ｓ−５１についての予測されたアミノ酸配列であ
る。配列番号１０２は、ＳＬＴ−Ｔ１についての決定されたＤＮＡ配列である。配列番号１０３は、ＳＬＴ−Ｔ２についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１０４は、ＳＬＴ−Ｔ３についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１０５は、ＳＬＴ−Ｔ５についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１０６は、ＳＬＴ−Ｔ７についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１０７は、ＳＬＴ−Ｔ９についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１０８は、ＳＬＴ−Ｔ１０についての決定された５’ｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号１０９は、ＳＬＴ−Ｔ１１についての決定された５’ｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号１１０は、ＳＬＴ−Ｔ１２についての決定された５’ｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号１１１は、ＳＬＴ−Ｔ１についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１１２は、ＳＬＴ−Ｔ２についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１１３は、ＳＬＴ−Ｔ３についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１１４は、ＳＬＴ−Ｔ１０についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１１５は、ＳＬＴ−Ｔ１２についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１１６は、ＳＡＬＴ−Ｔ３についての決定された５’ｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号１１７は、ＳＡＬＴ−Ｔ４についての決定された５’ｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号１１８は、ＳＡＬＴ−Ｔ７についての決定された５’ｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号１１９は、ＳＡＬＴ−Ｔ８についての決定された５’ｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号１２０は、ＳＡＬＴ−Ｔ９についての決定された５’ｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号１２１は、ＳＡＬＴ−Ｔ３についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１２２は、ＳＡＬＴ−Ｔ４についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１２３は、ＳＡＬＴ−Ｔ７についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１２４は、ＳＡＬＴ−Ｔ８についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１２５は、ＳＡＬＴ−Ｔ９についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１２６は、ＰＳＬＴ−１についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１２７は、ＰＳＬＴ−２についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１２８は、ＰＳＬＴ−７についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１２９は、ＰＳＬＴ−１３についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１３０は、ＰＳＬＴ−２７についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１３１は、ＰＳＬＴ−２８についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１３２は、ＰＳＬＴ−３０についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１３３は、ＰＳＬＴ−４０についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１３４は、ＰＳＬＴ−６９についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１３５は、ＰＳＬＴ−７１についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１３６は、ＰＳＬＴ−７３についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１３７は、ＰＳＬＴ−７９についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１３８は、ＰＳＬＴ−０３についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１３９は、ＰＳＬＴ−０９についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１４０は、ＰＳＬＴ−０１１についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号１４１は、ＰＳＬＴ−０４１についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号１４２は、ＰＳＬＴ−６２についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１４３は、ＰＳＬＴ−６についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１４４は、ＰＳＬＴ−３７についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１４５は、ＰＳＬＴ−７４についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号１４６は、ＰＳＬＴ−０１０についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号１４７は、ＰＳＬＴ−０１２についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号１４８は、ＰＳＬＴ−０３７についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号１４９は、ＳＡＬ−３についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である。配列番号１５０は、ＳＡＬ−２４についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１５１は、ＳＡＬ−２５についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１５２は、ＳＡＬ−３３についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１５３は、ＳＡＬ−５０についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１５４は、ＳＡＬ−５７についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１５５は、ＳＡＬ−６６についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１５６は、ＳＡＬ−８２についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１５７は、ＳＡＬ−９９についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１５８は、ＳＡＬ−１０４についての決定された５’ｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号１５９は、ＳＡＬ−１０９についての決定された５’ｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号１６０は、ＳＡＬ−５についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である。配列番号１６１は、ＳＡＬ−８についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である。配列番号１６２は、ＳＡＬ−１２についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１６３は、ＳＡＬ−１４についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１６４は、ＳＡＬ−１６についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１６５は、ＳＡＬ−２３についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１６６は、ＳＡＬ−２６についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１６７は、ＳＡＬ−２９についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１６８は、ＳＡＬ−３２についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１６９は、ＳＡＬ−３９についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１７０は、ＳＡＬ−４２についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１７１は、ＳＡＬ−４３についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１７２は、ＳＡＬ−４４についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１７３は、ＳＡＬ−４８についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１７４は、ＳＡＬ−６８についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１７５は、ＳＡＬ−７２についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１７６は、ＳＡＬ−７７についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１７７は、ＳＡＬ−８６についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１７８は、ＳＡＬ−８８についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１７９は、ＳＡＬ−９３についての決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。配列番号１８０は、ＳＡＬ−１００についての決定された５’ｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号１８１は、ＳＡＬ−１０５についての決定された５’ｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号１８２は、ＳＡＬ−３についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１８３は、ＳＡＬ−２４についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１８４は、ＳＡＬ−２５についての第１の予測されたアミノ酸配列であ
る。配列番号１８５は、ＳＡＬ−２５についての第２の予測されたアミノ酸配列であ
る。配列番号１８６は、ＳＡＬ−３３についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１８７は、ＳＡＬ−５０についての第１の予測されたアミノ酸配列であ
る。配列番号１８８は、ＳＡＬ−５７についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１８９は、ＳＡＬ−６６についての第１の予測されたアミノ酸配列であ
る。配列番号１９０は、ＳＡＬ−６６についての第２の予測されたアミノ酸配列であ
る。配列番号１９１は、ＳＡＬ−８２についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１９２は、ＳＡＬ−９９についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１９３は、ＳＡＬ−１０４についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１９４は、ＳＡＬ−５についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１９５は、ＳＡＬ−８についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１９６は、ＳＡＬ−１２についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１９７は、ＳＡＬ−１４についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１９８は、ＳＡＬ−１６についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号１９９は、ＳＡＬ−２３についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２００は、ＳＡＬ−２６についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２０１は、ＳＡＬ−２９についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２０２は、ＳＡＬ−３２についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２０３は、ＳＡＬ−３９についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２０４は、ＳＡＬ−４２についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２０５は、ＳＡＬ−４３についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２０６は、ＳＡＬ−４４についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２０７は、ＳＡＬ−４８についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２０８は、ＳＡＬ−６８についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２０９は、ＳＡＬ−７２についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２１０は、ＳＡＬ−７７についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２１１は、ＳＡＬ−８６についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２１２は、ＳＡＬ−８８についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２１３は、ＳＡＬ−９３についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２１４は、ＳＡＬ−１００についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２１５は、ＳＡＬ−１０５についての予測されたアミノ酸配列である。配列番号２１６は、ＳＡＬ−５０についての第２の予測されたアミノ酸配列であ
る。配列番号２１７は、ＳＳＬＴ−４についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２１８は、ＳＳＬＴ−９についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２１９は、ＳＳＬＴ−１０についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２２０は、ＳＳＬＴ−１２についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２２１は、ＳＳＬＴ−１９についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２２２は、ＳＳＬＴ−３１についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２２３は、ＳＳＬＴ−３８についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２２４は、ＬＴ４６９０−２についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号２２５は、ＬＴ４６９０−３についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号２２６は、ＬＴ４６９０−２２についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２２７は、ＬＴ４６９０−２４についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２２８は、ＬＴ４６９０−３７についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２２９は、ＬＴ４６９０−３９についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２３０は、ＬＴ４６９０−４０についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２３１は、ＬＴ４６９０−４１についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２３２は、ＬＴ４６９０−４９についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２３３は、ＬＴ４６９０−５５についての決定された３’ｃＤＮＡ配列
である。配列番号２３４は、ＬＴ４６９０−５５についての決定された５’ｃＤＮＡ配列
である。配列番号２３５は、ＬＴ４６９０−５９についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２３６は、ＬＴ４６９０−６３についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２３７は、ＬＴ４６９０−７１についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２３８は、２ＬＴ−３についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２３９は、２ＬＴ−６についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２４０は、２ＬＴ−２２についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２４１は、２ＬＴ−２５についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２４２は、２ＬＴ−２６についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２４３は、２ＬＴ−３１についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２４４は、２ＬＴ−３６についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２４５は、２ＬＴ−４２についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２４６は、２ＬＴ−４４についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２４７は、２ＬＴ−５４についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２４８は、２ＬＴ−５５についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２４９は、２ＬＴ−５７についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２５０は、２ＬＴ−５８についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２５１は、２ＬＴ−５９についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２５２は、２ＬＴ−６２についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２５３は、２ＬＴ−６３についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２５４は、２ＬＴ−６５についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２５５は、２ＬＴ−６６についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２５６は、２ＬＴ−７０についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２５７は、２ＬＴ−７３についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２５８は、２ＬＴ−７４についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２５９は、２ＬＴ−７６についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２６０は、２ＬＴ−７７についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２６１は、２ＬＴ−７８についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２６２は、２ＬＴ−８０についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２６３は、２ＬＴ−８５についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２６４は、２ＬＴ−８７についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２６５は、２ＬＴ−８９についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２６６は、２ＬＴ−９４についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２６７は、２ＬＴ−９５についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２６８は、２ＬＴ−９８についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２６９は、２ＬＴ−１００についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２７０は、２ＬＴ−１０３についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２７１は、２ＬＴ−１０５についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２７２は、２ＬＴ−１０７についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２７３は、２ＬＴ−１０８についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２７４は、２ＬＴ−１０９についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２７５は、２ＬＴ−１１８についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２７６は、２ＬＴ−１２０についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２７７は、２ＬＴ−１２１についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２７８は、２ＬＴ−１２２についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２７９は、２ＬＴ−１２４についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２８０は、２ＬＴ−１２６についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２８１は、２ＬＴ−１２７についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２８２は、２ＬＴ−１２８についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２８３は、２ＬＴ−１２９についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２８４は、２ＬＴ−１３３についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２８５は、２ＬＴ−１３７についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２８６は、ＬＴ４６９０−７１についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２８７は、ＬＴ４６９０−８２についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２８８は、ＳＳＬＴ−７４についての決定された全長ｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号２８９は、ＳＳＬＴ−７８についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２９０は、ＳＣＣ１−８についての決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号２９１は、ＳＣＣ１−１２についての決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９２は、ＳＣＣ１−３３６についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号２９３は、ＳＣＣ１−３４４についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号２９４は、ＳＣＣ１−３４５についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号２９５は、ＳＣＣ１−３４６についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号２９６は、ＳＣＣ１−３４８についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号２９７は、ＳＣＣ１−３５０についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号２９８は、ＳＣＣ１−３５２についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号２９９は、ＳＣＣ１−３５４についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３００は、ＳＣＣ１−３５５についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３０１は、ＳＣＣ１−３５６についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３０２は、ＳＣＣ１−３５７についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３０３は、ＳＣＣ１−５０１についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３０４は、ＳＣＣ１−５０３についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３０５は、ＳＣＣ１−５１３についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３０６は、ＳＣＣ１−５１６についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３０７は、ＳＣＣ１−５１８についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３０８は、ＳＣＣ１−５１９についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３０９は、ＳＣＣ１−５２２についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３１０は、ＳＣＣ１−５２３についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３１１は、ＳＣＣ１−５２５についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３１２は、ＳＣＣ１−５２７についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３１３は、ＳＣＣ１−５２９についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３１４は、ＳＣＣ１−５３０についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３１５は、ＳＣＣ１−５３１についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３１６は、ＳＣＣ１−５３２についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３１７は、ＳＣＣ１−５３３についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３１８は、ＳＣＣ１−５３６についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３１９は、ＳＣＣ１−５３８についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３２０は、ＳＣＣ１−５３９についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３２１は、ＳＣＣ１−５４１についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３２２は、ＳＣＣ１−５４２についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３２３は、ＳＣＣ１−５４６についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３２４は、ＳＣＣ１−５４９についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３２５は、ＳＣＣ１−５５１についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３２６は、ＳＣＣ１−５５２についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３２７は、ＳＣＣ１−５５４についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３２８は、ＳＣＣ１−５５８についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３２９は、ＳＣＣ１−５５９についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３３０は、ＳＣＣ１−５６１についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３３１は、ＳＣＣ１−５６２についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３３２は、ＳＣＣ１−５６４についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３３３は、ＳＣＣ１−５６５についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３３４は、ＳＣＣ１−５６６についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３３５は、ＳＣＣＩ−５６７についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３３６は、ＳＣＣＩ−５６８についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３３７は、ＳＣＣ１−５７０についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３３８は、ＳＣＣ１−５７２についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３３９は、ＳＣＣ１−５７５についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３４０は、ＳＣＣ１−５７６についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３４１は、ＳＣＣ１−５７７についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３４２は、ＳＣＣ１−５７８についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３４３は、ＳＣＣ１−５８２についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３４４は、ＳＣＣ１−５８３についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３４５は、ＳＣＣ１−５８６についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３４６は、ＳＣＣ１−５８８についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３４７は、ＳＣＣ１−５９０についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３４８は、ＳＣＣｌ−５９１についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３４９は、ＳＣＣ１−５９２についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３５０は、ＳＣＣ１−５９３についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３５１は、ＳＣＣ１−５９４についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３５２は、ＳＣＣＩ−５９５についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３５３は、ＳＣＣ１−５９６についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３５４は、ＳＣＣ１−５９８についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３５５は、ＳＣＣ１−５９９についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３５６は、ＳＣＣＩ−６０２についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３５７は、ＳＣＣ１−６０４についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３５８は、ＳＣＣ１−６０５についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３５９は、ＳＣＣ１−６０６についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３６０は、ＳＣＣ１−６０７についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３６１は、ＳＣＣ１−６０８についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３６２は、ＳＣＣ１−６１０についての決定されたｃＤＮＡ配列である
。配列番号３６３は、クローンＤＭＳ７９Ｔ１についての決定されたｃＤＮＡ配列
である。配列番号３６４は、クローンＤＭＳ７９Ｔ２についての決定されたｃＤＮＡ配列
である。配列番号３６５は、クローンＤＭＳ７９Ｔ３についての決定されたｃＤＮＡ配列
である。配列番号３６６は、クローンＤＭＳ７９Ｔ５についての決定されたｃＤＮＡ配列
である。配列番号３６７は、クローンＤＭＳ７９Ｔ６についての決定されたｃＤＮＡ配列
である。配列番号３６８は、クローンＤＭＳ７９Ｔ７についての決定されたｃＤＮＡ配列
である。配列番号３６９は、クローンＤＭＳ７９Ｔ９についての決定されたｃＤＮＡ配列
である。配列番号３７０は、クローンＤＭＳ７９Ｔ１０についての決定されたｃＤＮＡ配
列である。配列番号３７１は、クローンＤＭＳ７９Ｔ１１についての決定されたｃＤＮＡ配
列である。配列番号３７２は、クローン１２８Ｔ１についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３７３は、クローン１２８Ｔ２についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３７４は、クローン１２８Ｔ３についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３７５は、クローン１２８Ｔ４についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３７６は、クローン１２８Ｔ５についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３７７は、クローン１２８Ｔ７についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３７８は、クローン１２８Ｔ９についての決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。配列番号３７９は、クローン１２８Ｔ１０についての決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。配列番号３８０は、クローン１２８Ｔ１１についての決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。配列番号３８１は、クローン１２８Ｔ１２についての決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。配列番号３８２は、クローンＮＣＩＨ６９Ｔ３についての決定されたｃＤＮＡ配
列である。配列番号３８３は、クローンＮＣＩＨ６９Ｔ５についての決定されたｃＤＮＡ配
列である。配列番号３８４は、クローンＮＣＩＨ６９Ｔ６についての決定されたｃＤＮＡ配
列である。配列番号３８５は、クローンＮＣＩＨ６９Ｔ７についての決定されたｃＤＮＡ配
列である。配列番号３８６は、クローンＮＣＩＨ６９Ｔ９についての決定されたｃＤＮＡ配
列である。配列番号３８７は、クローンＮＣＩＨ６９Ｔ１０についての決定されたｃＤＮＡ
配列である。配列番号３８８は、クローンＮＣＩＨ６９Ｔ１１についての決定されたｃＤＮＡ
配列である。配列番号３８９は、クローンＮＣＩＨ６９Ｔ１２についての決定されたｃＤＮＡ
配列である。[0027] SEQ ID NO: 33 is the predicted amino acid sequence for LT86-2.
SEQ ID NO: 34 is the predicted amino acid sequence for LT86-3. SEQ ID NO: 35 is the predicted amino acid sequence for LT86-4. SEQ ID NO: 36 is the predicted amino acid sequence for LT86-5. SEQ ID NO: 37 is the predicted amino acid sequence for LT86-6. SEQ ID NO: 38 is the predicted amino acid sequence for LT86-7. SEQ ID NO: 39 is the predicted amino acid sequence for LT86-8. SEQ ID NO: 40 is the predicted amino acid sequence for LT86-9. SEQ ID NO: 41 is the predicted amino acid sequence for LT86-10. SEQ ID NO: 42 is the predicted amino acid sequence for LT86-11. SEQ ID NO: 43 is the predicted amino acid sequence for LT86-12. SEQ ID NO: 44 is the predicted amino acid sequence for LT86-13. SEQ ID NO: 45 is the predicted amino acid sequence for LT86-14. SEQ ID NO: 46 is the predicted amino acid sequence for LT86-15. SEQ ID NO: 47 is (dT) ₁₂ AG primer. SEQ ID NO: 48 is a primer. SEQ ID NO: 49 is the determined 5 'cDNA sequence for L86S-3. SEQ ID NO: 50 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-12
. SEQ ID NO: 51 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-16
. SEQ ID NO: 52 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-25
. SEQ ID NO: 53 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-36
. SEQ ID NO: 54 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-40
. SEQ ID NO: 55 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-46
. SEQ ID NO: 56 is the predicted amino acid sequence for L86S-3. SEQ ID NO: 57 is the predicted amino acid sequence for L86S-12. SEQ ID NO: 58 is the predicted amino acid sequence for L86S-16. SEQ ID NO: 59 is the predicted amino acid sequence for L86S-25. SEQ ID NO: 60 is the predicted amino acid sequence for L86S-36. SEQ ID NO: 61 is the predicted amino acid sequence for L86S-40. SEQ ID NO: 62 is the predicted amino acid sequence for L86S-46. SEQ ID NO: 63 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-30
. SEQ ID NO: 64 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-41
. SEQ ID NO: 65 is the amino acid sequence predicted from the 5 'end of LT86-9. SEQ ID NO: 66 is the determined extended cDNA sequence for LT86-4. SEQ ID NO: 67 is the predicted extended amino acid sequence for LT86-4. SEQ ID NO: 68 is the determined 5 ′ cDNA sequence for LT86-20
. SEQ ID NO: 69 is the determined 3 ′ cDNA sequence for LT86-21
. SEQ ID NO: 70 is the determined 5 ′ cDNA sequence for LT86-22
. SEQ ID NO: 71 is the determined 5 ′ cDNA sequence for LT86-26
. SEQ ID NO: 72 is the determined 5 ′ cDNA sequence for LT86-27
. SEQ ID NO: 73 is the predicted amino acid sequence for LT86-20. SEQ ID NO: 74 is the predicted amino acid sequence for LT86-21. SEQ ID NO: 75 is the predicted amino acid sequence for LT86-22. SEQ ID NO: 76 is the predicted amino acid sequence for LT86-26. SEQ ID NO: 77 is the predicted amino acid sequence for LT86-27. SEQ ID NO: 78 is the determined extended cDNA sequence for L86S-12
. SEQ ID NO: 79 is the determined extended cDNA sequence for L86S-36
. SEQ ID NO: 80 is the determined extended cDNA sequence for L86S-46
. SEQ ID NO: 81 is the predicted extended amino acid sequence for L86S-12
. SEQ ID NO: 82 is the predicted extended amino acid sequence for L86S-36
. SEQ ID NO: 83 is the predicted extended amino acid sequence for L86S-46
. SEQ ID NO: 84 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-6. SEQ ID NO: 85 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-11
. SEQ ID NO: 86 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-14
. SEQ ID NO: 87 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-29
. SEQ ID NO: 88 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-34
. SEQ ID NO: 89 is the determined 5 'cDNA sequence for L86S-39
. SEQ ID NO: 90 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-47
. SEQ ID NO: 91 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-49
. SEQ ID NO: 92 is the determined 5 ′ cDNA sequence for L86S-51
. SEQ ID NO: 93 is the predicted amino acid sequence for L86S-6. SEQ ID NO: 94 is the predicted amino acid sequence for L86S-11. SEQ ID NO: 95 is the predicted amino acid sequence for L86S-14. SEQ ID NO: 96 is the predicted amino acid sequence for L86S-29. SEQ ID NO: 97 is the predicted amino acid sequence for L86S-34. SEQ ID NO: 98 is the predicted amino acid sequence for L86S-39. SEQ ID NO: 99 is the predicted amino acid sequence for L86S-47. SEQ ID NO: 100 is the predicted amino acid sequence for L86S-49. SEQ ID NO: 101 is the predicted amino acid sequence for L86S-51.
You. SEQ ID NO: 102 is the determined DNA sequence for SLT-T1. SEQ ID NO: 103 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SLT-T2
. SEQ ID NO: 104 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SLT-T3
. SEQ ID NO: 105 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SLT-T5
. SEQ ID NO: 106 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SLT-T7
. SEQ ID NO: 107 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SLT-T9
. SEQ ID NO: 108 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SLT-T10
You. SEQ ID NO: 109 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SLT-T11
You. SEQ ID NO: 110 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SLT-T12
You. SEQ ID NO: 111 is the predicted amino acid sequence for SLT-T1. SEQ ID NO: 112 is the predicted amino acid sequence for SLT-T2. SEQ ID NO: 113 is the predicted amino acid sequence for SLT-T3. SEQ ID NO: 114 is the predicted amino acid sequence for SLT-T10. SEQ ID NO: 115 is the predicted amino acid sequence for SLT-T12. SEQ ID NO: 116 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SALT-T3
You. SEQ ID NO: 117 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SALT-T4
You. SEQ ID NO: 118 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SALT-T7
You. SEQ ID NO: 119 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SALT-T8
You. SEQ ID NO: 120 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SALT-T9
You. SEQ ID NO: 121 is the predicted amino acid sequence for SALT-T3. SEQ ID NO: 122 is the predicted amino acid sequence for SALT-T4. SEQ ID NO: 123 is the predicted amino acid sequence for SALT-T7. SEQ ID NO: 124 is the predicted amino acid sequence for SALT-T8. SEQ ID NO: 125 is the predicted amino acid sequence for SALT-T9. SEQ ID NO: 126 is the determined cDNA sequence for PSLT-1. SEQ ID NO: 127 is the determined cDNA sequence for PSLT-2. SEQ ID NO: 128 is the determined cDNA sequence for PSLT-7. SEQ ID NO: 129 is the determined cDNA sequence for PSLT-13. SEQ ID NO: 130 is the determined cDNA sequence for PSLT-27. SEQ ID NO: 131 is the determined cDNA sequence for PSLT-28. SEQ ID NO: 132 is the determined cDNA sequence for PSLT-30. SEQ ID NO: 133 is the determined cDNA sequence for PSLT-40. SEQ ID NO: 134 is the determined cDNA sequence for PSLT-69. SEQ ID NO: 135 is the determined cDNA sequence for PSLT-71. SEQ ID NO: 136 is the determined cDNA sequence for PSLT-73. SEQ ID NO: 137 is the determined cDNA sequence for PSLT-79. SEQ ID NO: 138 is the determined cDNA sequence for PSLT-03. SEQ ID NO: 139 is the determined cDNA sequence for PSLT-09. SEQ ID NO: 140 is the determined cDNA sequence for PSLT-011
. SEQ ID NO: 141 is the determined cDNA sequence for PSLT-041
. SEQ ID NO: 142 is the determined cDNA sequence for PSLT-62. SEQ ID NO: 143 is the determined cDNA sequence for PSLT-6. SEQ ID NO: 144 is the determined cDNA sequence for PSLT-37. SEQ ID NO: 145 is the determined cDNA sequence for PSLT-74 SEQ ID NO: 146 is the determined cDNA sequence for PSLT-010
. SEQ ID NO: 147 is the determined cDNA sequence for PSLT-012
. SEQ ID NO: 148 is the determined cDNA sequence for PSLT-037
. SEQ ID NO: 149 is the determined 5 'cDNA sequence for SAL-3. SEQ ID NO: 150 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-24
. SEQ ID NO: 151 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-25
. SEQ ID NO: 152 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-33
. SEQ ID NO: 153 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-50
. SEQ ID NO: 154 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-57
. SEQ ID NO: 155 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-66
. SEQ ID NO: 156 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-82
. SEQ ID NO: 157 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-99
. SEQ ID NO: 158 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-104
You. SEQ ID NO: 159 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-109
You. SEQ ID NO: 160 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-5. SEQ ID NO: 161 is the determined 5 'cDNA sequence for SAL-8. SEQ ID NO: 162 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-12
. SEQ ID NO: 163 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-14
. SEQ ID NO: 164 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-16
. SEQ ID NO: 165 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-23
. SEQ ID NO: 166 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-26
. SEQ ID NO: 167 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-29
. SEQ ID NO: 168 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-32
. SEQ ID NO: 169 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-39
. SEQ ID NO: 170 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-42
. SEQ ID NO: 171 is the determined 5 'cDNA sequence for SAL-43
. SEQ ID NO: 172 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-44
. SEQ ID NO: 173 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-48
. SEQ ID NO: 174 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-68
. SEQ ID NO: 175 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-72
. SEQ ID NO: 176 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-77
. SEQ ID NO: 177 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-86
. SEQ ID NO: 178 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-88
. SEQ ID NO: 179 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-93
. SEQ ID NO: 180 is the determined 5 ′ cDNA sequence for SAL-100
You. SEQ ID NO: 181 is the determined 5 'cDNA sequence for SAL-105
You. SEQ ID NO: 182 is the predicted amino acid sequence for SAL-3. SEQ ID NO: 183 is the predicted amino acid sequence for SAL-24. SEQ ID NO: 184 is the first predicted amino acid sequence for SAL-25
You. SEQ ID NO: 185 is the second predicted amino acid sequence for SAL-25
You. SEQ ID NO: 186 is the predicted amino acid sequence for SAL-33. SEQ ID NO: 187 is the first predicted amino acid sequence for SAL-50
You. SEQ ID NO: 188 is the predicted amino acid sequence for SAL-57. SEQ ID NO: 189 is the first predicted amino acid sequence for SAL-66.
You. SEQ ID NO: 190 is the second predicted amino acid sequence for SAL-66
You. SEQ ID NO: 191 is the predicted amino acid sequence for SAL-82. SEQ ID NO: 192 is the predicted amino acid sequence for SAL-99. SEQ ID NO: 193 is the predicted amino acid sequence for SAL-104. SEQ ID NO: 194 is the predicted amino acid sequence for SAL-5. SEQ ID NO: 195 is the predicted amino acid sequence for SAL-8. SEQ ID NO: 196 is the predicted amino acid sequence for SAL-12. SEQ ID NO: 197 is the predicted amino acid sequence for SAL-14. SEQ ID NO: 198 is the predicted amino acid sequence for SAL-16. SEQ ID NO: 199 is the predicted amino acid sequence for SAL-23. SEQ ID NO: 200 is the predicted amino acid sequence for SAL-26. SEQ ID NO: 201 is the predicted amino acid sequence for SAL-29. SEQ ID NO: 202 is the predicted amino acid sequence for SAL-32. SEQ ID NO: 203 is the predicted amino acid sequence for SAL-39. SEQ ID NO: 204 is the predicted amino acid sequence for SAL-42. SEQ ID NO: 205 is the predicted amino acid sequence for SAL-43. SEQ ID NO: 206 is the predicted amino acid sequence for SAL-44. SEQ ID NO: 207 is the predicted amino acid sequence for SAL-48. SEQ ID NO: 208 is the predicted amino acid sequence for SAL-68. SEQ ID NO: 209 is the predicted amino acid sequence for SAL-72. SEQ ID NO: 210 is the predicted amino acid sequence for SAL-77. SEQ ID NO: 211 is the predicted amino acid sequence for SAL-86. SEQ ID NO: 212 is the predicted amino acid sequence for SAL-88. SEQ ID NO: 213 is the predicted amino acid sequence for SAL-93. SEQ ID NO: 214 is the predicted amino acid sequence for SAL-100. SEQ ID NO: 215 is the predicted amino acid sequence for SAL-105. SEQ ID NO: 216 is the second predicted amino acid sequence for SAL-50
You. SEQ ID NO: 217 is the determined cDNA sequence for SSLT-4. SEQ ID NO: 218 is the determined cDNA sequence for SSLT-9 SEQ ID NO: 219 is the determined cDNA sequence for SSLT-10. SEQ ID NO: 220 is the determined cDNA sequence for SSLT-12. SEQ ID NO: 221 is the determined cDNA sequence for SSLT-19. SEQ ID NO: 222 is the determined cDNA sequence for SSLT-31. SEQ ID NO: 223 is the determined cDNA sequence for SSLT-38. SEQ ID NO: 224 is the determined cDNA sequence for LT4690-2
. SEQ ID NO: 225 is the determined cDNA sequence for LT4690-3
. SEQ ID NO: 226 is the determined cDNA sequence for LT4690-22
You. SEQ ID NO: 227 is the determined cDNA sequence for LT4690-24
You. SEQ ID NO: 228 is the determined cDNA sequence for LT4690-37
You. SEQ ID NO: 229 is the determined cDNA sequence for LT4690-39
You. SEQ ID NO: 230 is the determined cDNA sequence for LT4690-40
You. SEQ ID NO: 231 is the determined cDNA sequence for LT4690-41
You. SEQ ID NO: 232 is the determined cDNA sequence for LT4690-49
You. SEQ ID NO: 233 is the determined 3 ′ cDNA sequence for LT4690-55
It is. SEQ ID NO: 234 is the determined 5 ′ cDNA sequence for LT4690-55
It is. SEQ ID NO: 235 is the determined cDNA sequence for LT4690-59
You. SEQ ID NO: 236 is the determined cDNA sequence for LT4690-63
You. SEQ ID NO: 237 is the determined cDNA sequence for LT4690-71
You. SEQ ID NO: 238 is the determined cDNA sequence for 2LT-3. SEQ ID NO: 239 is the determined cDNA sequence for 2LT-6. SEQ ID NO: 240 is the determined cDNA sequence for 2LT-22. SEQ ID NO: 241 is the determined cDNA sequence for 2LT-25. SEQ ID NO: 242 is the determined cDNA sequence for 2LT-26. SEQ ID NO: 243 is the determined cDNA sequence for 2LT-31. SEQ ID NO: 244 is the determined cDNA sequence for 2LT-36. SEQ ID NO: 245 is the determined cDNA sequence for 2LT-42. SEQ ID NO: 246 is the determined cDNA sequence for 2LT-44. SEQ ID NO: 247 is the determined cDNA sequence for 2LT-54. SEQ ID NO: 248 is the determined cDNA sequence for 2LT-55. SEQ ID NO: 249 is the determined cDNA sequence for 2LT-57. SEQ ID NO: 250 is the determined cDNA sequence for 2LT-58. SEQ ID NO: 251 is the determined cDNA sequence for 2LT-59. SEQ ID NO: 252 is the determined cDNA sequence for 2LT-62. SEQ ID NO: 253 is the determined cDNA sequence for 2LT-63. SEQ ID NO: 254 is the determined cDNA sequence for 2LT-65. SEQ ID NO: 255 is the determined cDNA sequence for 2LT-66. SEQ ID NO: 256 is the determined cDNA sequence for 2LT-70. SEQ ID NO: 257 is the determined cDNA sequence for 2LT-73. SEQ ID NO: 258 is the determined cDNA sequence for 2LT-74. SEQ ID NO: 259 is the determined cDNA sequence for 2LT-76. SEQ ID NO: 260 is the determined cDNA sequence for 2LT-77. SEQ ID NO: 261 is the determined cDNA sequence for 2LT-78. SEQ ID NO: 262 is the determined cDNA sequence for 2LT-80. SEQ ID NO: 263 is the determined cDNA sequence for 2LT-85. SEQ ID NO: 264 is the determined cDNA sequence for 2LT-87. SEQ ID NO: 265 is the determined cDNA sequence for 2LT-89. SEQ ID NO: 266 is the determined cDNA sequence for 2LT-94. SEQ ID NO: 267 is the determined cDNA sequence for 2LT-95. SEQ ID NO: 268 is the determined cDNA sequence for 2LT-98. SEQ ID NO: 269 is the determined cDNA sequence for 2LT-100. SEQ ID NO: 270 is the determined cDNA sequence for 2LT-103. SEQ ID NO: 271 is the determined cDNA sequence for 2LT-105. SEQ ID NO: 272 is the determined cDNA sequence for 2LT-107. SEQ ID NO: 273 is the determined cDNA sequence for 2LT-108. SEQ ID NO: 274 is the determined cDNA sequence for 2LT-109. SEQ ID NO: 275 is the determined cDNA sequence for 2LT-118. SEQ ID NO: 276 is the determined cDNA sequence for 2LT-120. SEQ ID NO: 277 is the determined cDNA sequence for 2LT-121. SEQ ID NO: 278 is the determined cDNA sequence for 2LT-122. SEQ ID NO: 279 is the determined cDNA sequence for 2LT-124. SEQ ID NO: 280 is the determined cDNA sequence for 2LT-126. SEQ ID NO: 281 is the determined cDNA sequence for 2LT-127. SEQ ID NO: 282 is the determined cDNA sequence for 2LT-128. SEQ ID NO: 283 is the determined cDNA sequence for 2LT-129. SEQ ID NO: 284 is the determined cDNA sequence for 2LT-133. SEQ ID NO: 285 is the determined cDNA sequence for 2LT-137. SEQ ID NO: 286 is the determined cDNA sequence for LT4690-71
You. SEQ ID NO: 287 is the determined cDNA sequence for LT4690-82
You. SEQ ID NO: 288 is the determined full length cDNA sequence for SSLT-74
You. SEQ ID NO: 289 is the determined cDNA sequence for SSLT-78. SEQ ID NO: 290 is the determined cDNA sequence for SCC1-8. SEQ ID NO: 291 is the determined cDNA sequence for SCC1-12.
SEQ ID NO: 292 is the determined cDNA sequence for SCC1-336
. SEQ ID NO: 293 is the determined cDNA sequence for SCC1-344
. SEQ ID NO: 294 is the determined cDNA sequence for SCC1-345
. SEQ ID NO: 295 is the determined cDNA sequence for SCC1-346
. SEQ ID NO: 296 is the determined cDNA sequence for SCC1-348
. SEQ ID NO: 297 is the determined cDNA sequence for SCC1-350
. SEQ ID NO: 298 is the determined cDNA sequence for SCC1-352
. SEQ ID NO: 299 is the determined cDNA sequence for SCC1-354
. SEQ ID NO: 300 is the determined cDNA sequence for SCC1-355
. SEQ ID NO: 301 is the determined cDNA sequence for SCC1-356
. SEQ ID NO: 302 is the determined cDNA sequence for SCC1-357
. SEQ ID NO: 303 is the determined cDNA sequence for SCC1-501
. SEQ ID NO: 304 is the determined cDNA sequence for SCC1-503
. SEQ ID NO: 305 is the determined cDNA sequence for SCC1-513
. SEQ ID NO: 306 is the determined cDNA sequence for SCC1-516
. SEQ ID NO: 307 is the determined cDNA sequence for SCC1-518
. SEQ ID NO: 308 is the determined cDNA sequence for SCC1-519
. SEQ ID NO: 309 is the determined cDNA sequence for SCC1-522
. SEQ ID NO: 310 is the determined cDNA sequence for SCC1-523
. SEQ ID NO: 311 is the determined cDNA sequence for SCC 1-525
You. SEQ ID NO: 312 is the determined cDNA sequence for SCC1-527
. SEQ ID NO: 313 is the determined cDNA sequence for SCC 1-529
You. SEQ ID NO: 314 is the determined cDNA sequence for SCC1-530
. SEQ ID NO: 315 is the determined cDNA sequence for SCC 1-531
You. SEQ ID NO: 316 is the determined cDNA sequence for SCC1-532
. SEQ ID NO: 317 is the determined cDNA sequence for SCC 1-533
You. SEQ ID NO: 318 is the determined cDNA sequence for SCC1-536
. SEQ ID NO: 319 is the determined cDNA sequence for SCC1-538
. SEQ ID NO: 320 is the determined cDNA sequence for SCC1-539
. SEQ ID NO: 321 is the determined cDNA sequence for SCC1-541
. SEQ ID NO: 322 is the determined cDNA sequence for SCC1-542
. SEQ ID NO: 323 is the determined cDNA sequence for SCC1-546
. SEQ ID NO: 324 is the determined cDNA sequence for SCC1-549
. SEQ ID NO: 325 is the determined cDNA sequence for SCC1-551
. SEQ ID NO: 326 is the determined cDNA sequence for SCC1-552
. SEQ ID NO: 327 is the determined cDNA sequence for SCC1-554
. SEQ ID NO: 328 is the determined cDNA sequence for SCC1-558
. SEQ ID NO: 329 is the determined cDNA sequence for SCC1-559
. SEQ ID NO: 330 is the determined cDNA sequence for SCC1-561
. SEQ ID NO: 331 is the determined cDNA sequence for SCC1-562
. SEQ ID NO: 332 is the determined cDNA sequence for SCC1-564
. SEQ ID NO: 333 is the determined cDNA sequence for SCC1-565
. SEQ ID NO: 334 is the determined cDNA sequence for SCC1-566
. SEQ ID NO: 335 is the determined cDNA sequence for SCI-567
. SEQ ID NO: 336 is the determined cDNA sequence for SCI-568
. SEQ ID NO: 337 is the determined cDNA sequence for SCC1-570
. SEQ ID NO: 338 is the determined cDNA sequence for SCC1-572
. SEQ ID NO: 339 is the determined cDNA sequence for SCC1-575
. SEQ ID NO: 340 is the determined cDNA sequence for SCC1-576
. SEQ ID NO: 341 is the determined cDNA sequence for SCC1-577
. SEQ ID NO: 342 is the determined cDNA sequence for SCC 1-578
You. SEQ ID NO: 343 is the determined cDNA sequence for SCC1-582
. SEQ ID NO: 344 is the determined cDNA sequence for SCC1-583
. SEQ ID NO: 345 is the determined cDNA sequence for SCC1-586
. SEQ ID NO: 346 is the determined cDNA sequence for SCC1-588
. SEQ ID NO: 347 is the determined cDNA sequence for SCC 1-590
You. SEQ ID NO: 348 is the determined cDNA sequence for SCCl-591
. SEQ ID NO: 349 is the determined cDNA sequence for SCC 1-592
You. SEQ ID NO: 350 is the determined cDNA sequence for SCC1-593
. SEQ ID NO: 351 is the determined cDNA sequence for SCC1-594
. SEQ ID NO: 352 is the determined cDNA sequence for SCI-595
. SEQ ID NO: 353 is the determined cDNA sequence for SCC1-596
. SEQ ID NO: 354 is the determined cDNA sequence for SCC1-598
. SEQ ID NO: 355 is the determined cDNA sequence for SCC1-599
. SEQ ID NO: 356 is the determined cDNA sequence for SCI-602
. SEQ ID NO: 357 is the determined cDNA sequence for SCC1-604
. SEQ ID NO: 358 is the determined cDNA sequence for SCC1-605
. SEQ ID NO: 359 is the determined cDNA sequence for SCC1-606
. SEQ ID NO: 360 is the determined cDNA sequence for SCC1-607
. SEQ ID NO: 361 is the determined cDNA sequence for SCC1-608
. SEQ ID NO: 362 is the determined cDNA sequence for SCC1-610
. SEQ ID NO: 363 is the determined cDNA sequence for clone DMS79T1
It is. SEQ ID NO: 364 is the determined cDNA sequence for clone DMS79T2
It is. SEQ ID NO: 365 is the determined cDNA sequence for clone DMS79T3
It is. SEQ ID NO: 366 is the determined cDNA sequence for clone DMS79T5
It is. SEQ ID NO: 367 is the determined cDNA sequence for clone DMS79T6
It is. SEQ ID NO: 368 is the determined cDNA sequence for clone DMS79T7
It is. SEQ ID NO: 369 is the determined cDNA sequence for clone DMS79T9
It is. SEQ ID NO: 370 is the determined cDNA sequence for clone DMS79T10.
Column. SEQ ID NO: 371 is the determined cDNA sequence for clone DMS79T11.
Column. SEQ ID NO: 372 is the determined cDNA sequence for clone 128T1.
You. SEQ ID NO: 373 is the determined cDNA sequence for clone 128T2
You. SEQ ID NO: 374 is the determined cDNA sequence for clone 128T3
You. SEQ ID NO: 375 is the determined cDNA sequence for clone 128T4
You. SEQ ID NO: 376 is the determined cDNA sequence for clone 128T5
You. SEQ ID NO: 377 is the determined cDNA sequence for clone 128T7.
You. SEQ ID NO: 378 is the determined cDNA sequence for clone 128T9
You. SEQ ID NO: 379 is the determined cDNA sequence for clone 128T10
is there. SEQ ID NO: 380 is the determined cDNA sequence for clone 128T11
is there. SEQ ID NO: 381 is the determined cDNA sequence for clone 128T12
is there. SEQ ID NO: 382 is the determined cDNA sequence for clone NCIH69T3.
Column. SEQ ID NO: 383 shows the determined cDNA sequence for clone NCIH69T5.
Column. SEQ ID NO: 384 is the determined cDNA sequence for clone NCIH69T6.
Column. SEQ ID NO: 385 is the determined cDNA sequence for clone NCIH69T7.
Column. SEQ ID NO: 386 is the determined cDNA sequence for clone NCIH69T9.
Column. SEQ ID NO: 387 is the determined cDNA for clone NCIH69T10
Is an array. SEQ ID NO: 388 is the determined cDNA for clone NCIH69T11
Is an array. SEQ ID NO: 389 is the determined cDNA for clone NCIH69T12
Is an array.

【００２８】（発明の詳細な説明）上記のように、本発明は、一般的に、癌（例えば肺癌）の治療および診断のた
めの組成物および方法に関する。本明細書中に記載される組成物は、肺腫瘍ポリ
ペプチド、そのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、結合剤（例
えば、抗体）、抗原提示細胞（ＡＰＣ）および／または免疫系細胞（例えば、Ｔ
細胞）を含み得る。本発明のポリペプチドは、一般的に、肺腫瘍タンパク質もし
くはその改変体の少なくとも一部（例えば、免疫原性部分）を含む。「肺腫瘍タ
ンパク質」は、本明細書中に提供される代表的なアッセイを使用して決定される
場合、正常な組織における発現のレベルよりも少なくとも２倍、および好ましく
は少なくとも５倍より大きなレベルにおいて肺腫瘍細胞中で発現されるタンパク
質である。特定の肺腫瘍タンパク質は、肺癌で苦しむ患者の抗血清と検出可能（
ＥＬＩＳＡまたはウエスタンブロットのような免疫アッセイの範囲内で）に反応
する腫瘍タンパク質である。本発明のポリヌクレオチドは、一般的に、そのよう
なポリペプチドの全てもしくは一部をコードするＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列、
あるいはそのような配列に対して相補的であるＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列を含
む。抗体は、一般的に、上記のポリペプチドと結合し得る免疫系タンパク質もし
くはその抗原結合フラグメントである。抗原提示細胞としては、上記のようなポ
リペプチドを発現する、樹状細胞、マクロファージ、単球、線維芽細胞およびＢ
細胞が挙げられる。そのような組成物内で使用され得るＴ細胞は、一般的に、上
記のようなポリペプチドに対して特異的であるＴ細胞である。DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION As noted above, the present invention generally relates to compositions and methods for the treatment and diagnosis of cancer (eg, lung cancer). The compositions described herein include a lung tumor polypeptide, a polynucleotide encoding such a polypeptide, a binding agent (eg, an antibody), an antigen presenting cell (APC) and / or an immune system cell (eg, , T
Cells). Polypeptides of the invention generally include at least a portion (eg, an immunogenic portion) of a lung tumor protein or a variant thereof. "Lung tumor protein" is at least two-fold, and preferably at least 5-fold greater than the level of expression in normal tissue, as determined using the representative assays provided herein. Is a protein expressed in lung tumor cells. Certain lung tumor proteins are detectable with antisera from patients suffering from lung cancer (
Tumor proteins that respond to immunoassays such as ELISA or Western blot). A polynucleotide of the invention generally comprises a DNA or RNA sequence encoding all or a portion of such a polypeptide,
Alternatively, it includes a DNA or RNA sequence that is complementary to such a sequence. Antibodies are generally immune system proteins or antigen-binding fragments thereof that can bind to the above-described polypeptides. Examples of antigen presenting cells include dendritic cells, macrophages, monocytes, fibroblasts and B cells
Cells. T cells that can be used in such compositions are generally those that are specific for a polypeptide as described above.

【００２９】本発明は、ヒト肺腫瘍タンパク質の発見に基づいている。特定の腫瘍タンパク
質をコードするポリヌクレオチドの配列が、配列番号１〜３１、４９〜５５、６
３、６４、６６、６８〜７２、７８〜８０、８４〜９２および２１７〜３８９に
て提供される。The present invention is based on the discovery of a human lung tumor protein. The sequence of a polynucleotide encoding a particular oncoprotein is SEQ ID NOS: 1-31, 49-55, 6
3, 64, 66, 68-72, 78-80, 84-92 and 217-389.

【００３０】（肺腫瘍タンパク質ポリヌクレオチド）本明細書中に記載される、肺腫瘍タンパク質もしくはその一部または他の改変
体をコードする任意のポリヌクレオチドが本発明に含まれる。好ましいポリヌク
レオチドは、少なくとも１５個の連続ヌクレオチド、好ましくは少なくとも３０
個の連続ヌクレオチド、およびより好ましくは少なくとも４５個の連続ヌクレオ
チドを含み、そのポリヌクレオチドは肺腫瘍タンパク質の一部をコードする。よ
り好ましくは、ポリヌクレオチドは、肺腫瘍タンパク質の免疫原性部分をコード
する。そのような任意の配列に対するポリヌクレオチド相補鎖もまた、本発明に
含まれる。ポリヌクレオチドは、一本鎖（コードもしくはアンチセンス）または
二本鎖であり得、そしてＤＮＡ（ゲノム、ｃＤＮＡもしくは合成）またはＲＮＡ
分子であり得る。ＲＮＡ分子としては、ＨｎＲＮＡ分子（イントロンを含み、１
対１（ｏｎｅ−ｔｏ−ｏｎｅ）様式におけるＤＮＡ分子に対応する）およびｍＲ
ＮＡ分子（イントロンを含まない）が挙げられる。さらなるコード配列または非
コード配列が、本発明のポリヌクレオチドの範囲内に存在してもよいし、しなく
ともよく、そしてポリヌクレオチドは、他の分子および／または支持材料と連結
されてもよく、されなくともよい。Lung Tumor Protein Polynucleotides Any polynucleotide described herein that encodes a lung tumor protein or a portion or other variant thereof is included in the invention. Preferred polynucleotides have at least 15 contiguous nucleotides, preferably at least 30
And more preferably at least 45 contiguous nucleotides, wherein the polynucleotide encodes a portion of a lung tumor protein. More preferably, the polynucleotide encodes an immunogenic portion of a lung tumor protein. The polynucleotide complement to any such sequence is also included in the invention. A polynucleotide can be single-stranded (coding or antisense) or double-stranded and can be DNA (genomic, cDNA or synthetic) or RNA
It can be a molecule. RNA molecules include HnRNA molecules (including introns,
Corresponding to the DNA molecule in a one-to-one fashion) and mR
NA molecules (without introns). Additional coding or non-coding sequences may or may not be present within the polynucleotide of the invention, and the polynucleotide may be linked to other molecules and / or support materials, It does not have to be done.

【００３１】ポリヌクレオチドは、ネイティブな配列（すなわち、肺腫瘍タンパク質または
その一部をコードする内因性配列）を含み得るか、またはそのような配列の改変
体を含み得る。ポリヌクレオチド改変体は、１つ以上の置換、付加、欠失および
／または挿入を含み得、その結果、コードされたポリペプチドの免疫原性が、ネ
イティブな腫瘍タンパク質と比較して減少される。コードされたポリペプチドの
免疫原性に対する効果は、一般的に、本明細書中に記載されるように評価され得
る。改変体は、ネイティブな肺腫瘍タンパク質またはその一部をコードするポリ
ヌクレオチド配列に対して、好ましくは、少なくとも約７０％同一性、より好ま
しくは少なくとも約８０％同一性および最も好ましくは少なくとも約９０％同一
性を示す。[0031] The polynucleotide may comprise a native sequence (ie, an endogenous sequence encoding a lung tumor protein or a portion thereof), or may comprise a variant of such a sequence. Polynucleotide variants may contain one or more substitutions, additions, deletions and / or insertions, such that the immunogenicity of the encoded polypeptide is reduced as compared to the native oncoprotein. The effect on the immunogenicity of the encoded polypeptide can generally be assessed as described herein. The variant preferably has at least about 70% identity, more preferably at least about 80% identity, and most preferably at least about 90% identity to the polynucleotide sequence encoding the native lung tumor protein or a portion thereof. Indicates identity.

【００３２】２つのヌクレオチド配列またはポリペプチド配列は、以下に記載のように最大
の対応でアラインするときに２つの配列中のヌクレオチドまたはアミノ酸の配列
が同じである場合、「同一」であるといわれる。２つの配列間の比較は、代表的
には、比較ウインドウによって配列を比較して、配列類似性の局所的領域を同定
および比較することによって行われる。本明細書中で使用される「比較ウインド
ウ」とは、少なくとも約２０の連続する位置、通常は３０〜約７５、４０〜約５
０の連続する位置のセグメントをいう。ここで、配列は、２つの配列が必要に応
じてアラインされた後、同じ数の連続する位置の参照配列に対して比較され得る
。[0032] Two nucleotide or polypeptide sequences are said to be "identical" if the sequence of nucleotides or amino acids in the two sequences is the same when aligned for maximum correspondence as described below. . Comparisons between two sequences are typically performed by comparing the sequences by a comparison window to identify and compare local regions of sequence similarity. As used herein, a “comparison window” refers to at least about 20 contiguous positions, usually 30 to about 75, 40 to about 5
It refers to a segment at 0 consecutive positions. Here, the sequences can be compared to a reference sequence at the same number of consecutive positions after the two sequences are aligned as needed.

【００３３】比較のための配列の最適なアラインメントは、Ｌａｓｅｒｇｅｎｅｓｕｉｔ
ｅｏｆｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｓｏｆｔｗａｒｅ（ＤＮＡＳＴＡＲ
，Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）のＭｅｇａｌｉｇｎプログラムを用い、デ
フォルトパラメーターを使用して行われ得る。このプログラムは、以下の参考文
献に記載されるいくつかのアラインメントスキームを含む：The optimal alignment of the sequences for comparison is the Lasergene suite
e of bioinformatics software (DNASTAR
, Inc. , Madison, WI) using the Default program. This program includes several alignment schemes described in the following references:

【００３４】[0034]

【表１】好ましくは、「配列同一性のパーセント割合」は、少なくとも２０の位置の比
較ウインドウによって、２つの最適にアラインされた配列を比較することによっ
て決定される。ここで、比較ウインドウ中のポリヌクレオチド配列またはポリペ
プチド配列の部分は、２つの配列の最適なアラインメントについて参照配列（こ
れは、付加または欠失を有さない）と比較して、２０％以下、通常は５〜１５％
、または１０〜１２％の付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含み得る。こ
のパーセント割合は、位置の数（ここで、同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が
両方の配列で生じて、マッチした位置の数を得る）を決定し、参照配列中の位置
の総数（すなわち、ウインドウサイズ）でマッチした位置の数を割り、そして結
果に１００をかけて配列同一性のパーセント割合を得ることによって計算される
。[Table 1] Preferably, the "percentage sequence identity" is determined by comparing two optimally aligned sequences with a comparison window of at least 20 positions. Here, the portion of the polynucleotide or polypeptide sequence in the comparison window is less than 20% compared to the reference sequence (which has no additions or deletions) for an optimal alignment of the two sequences, Usually 5-15%
Or 10-12% additions or deletions (i.e., gaps). This percentage ratio determines the number of positions (where the same nucleobase or amino acid residue occurs in both sequences to get the number of matched positions) and the total number of positions in the reference sequence (ie, (Window size) and is calculated by dividing the number of matched positions by 100 and multiplying the result by 100 to get the percent sequence identity.

【００３５】あるいは、改変体はまた、ネイティブな遺伝子もしくはその一部または相補鎖
に対して実質的に相同であり得る。そのようなポリヌクレオチド改変体は、中程
度のストリンジェントな条件下において、天然に存在するネイティブな肺腫瘍タ
ンパク質（もしくは相補鎖配列）をコードするＤＮＡ配列とハイブリダイズし得
る。適切に中程度のストリンジェントな条件は、５×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ
、１．０ｍＭＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）の溶液中での予備洗浄；５０℃〜６５℃
、５×ＳＳＣ、一晩のハイブリダイゼーション；次いで０．１％ＳＤＳを含む
、２×、０．５×、および０．２×ＳＳＣで、６５℃で２０分、それぞれ２回洗
浄を含む。Alternatively, the variant may also be substantially homologous to the native gene or a part or complementary strand thereof. Such polynucleotide variants can hybridize under moderately stringent conditions to a DNA sequence encoding a naturally occurring native lung tumor protein (or complementary sequence). Suitable moderately stringent conditions are 5 × SSC, 0.5% SDS
Pre-washing in a solution of 1.0 mM EDTA (pH 8.0);
5 × SSC, overnight hybridization; followed by two washes with 2 ×, 0.5 ×, and 0.2 × SSC with 0.1% SDS at 65 ° C. for 20 minutes each.

【００３６】遺伝子コードの縮重の結果として、本明細書中に記載されるようなポリペプチ
ドをコードする多くのヌクレオチド配列が存在するということが当業者に理解さ
れる。これらのポリヌクレオチドのいくつかが、任意のネイティブな遺伝子のヌ
クレオチド配列に対して最少の相同性を有する。それにもかかわらず、コドンの
使用頻度の差異に起因して変化するポリヌクレオチドが、特に本発明により意図
される。さらに、本明細書中に提供されるポリヌクレオチド配列を含む遺伝子の
対立遺伝子は、本発明の範囲内である。対立遺伝子は、１つ以上の変異（例えば
、ヌクレオチドの欠失、付加および／または置換）の結果として変更される内因
性遺伝子である。生じたｍＲＮＡおよびタンパク質は、変更された構造または機
能を有してもよく、有さなくともよい。対立遺伝子は、標準的な技術（例えば、
ハイブリダイゼーション、増幅および／またはデータベース配列比較）を使用し
て同定され得る。It is understood by those skilled in the art that as a result of the degeneracy of the genetic code, there are many nucleotide sequences that encode a polypeptide as described herein. Some of these polynucleotides have minimal homology to the nucleotide sequence of any native gene. Nevertheless, polynucleotides that change due to differences in codon usage are specifically contemplated by the present invention. In addition, alleles of the genes comprising the polynucleotide sequences provided herein are within the scope of the invention. An allele is an endogenous gene that is altered as a result of one or more mutations (eg, nucleotide deletions, additions and / or substitutions). The resulting mRNA and protein may or may not have an altered structure or function. Alleles are identified using standard techniques (eg,
Hybridization, amplification and / or database sequence comparison).

【００３７】ポリヌクレオチドは、任意の種々の技術を使用して調製され得る。例えば、ポ
リヌクレオチドは、以下により詳細に記載されるように、腫瘍関連発現（すなわ
ち、本明細書中で提供される代表的なアッセイを使用して決定された、正常な組
織においてより肺腫瘍において少なくとも２倍多い発現）についてのｃＤＮＡの
マイクロアレイのスクリーニングによって、同定され得る。このようなスクリー
ンは、Ｓｙｎｔｅｎｉマイクロアレイ（ＰａｌｏＡｌｔｏ，ＣＡ）を使用し、
製造業者の説明書に従って、（そして、本質的に、Ｓｃｈｅｎａら，Ｐｒｏｃ．
Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９３：１０６１４−１０６１９，１９９
６およびＨｅｌｌｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９
４：２１５０−２１５５，１９９７に記載されるように）実施され得る。あるい
は、ポリペプチドを、本明細書中に記載されるタンパク質を発現する細胞（例え
ば、肺腫瘍細胞）から調製されるｃＤＮＡから増幅し得る。このようなポリヌク
レオチドは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を介して増幅され得る。このアプ
ローチのために、配列特異的プライマーは、本明細書中に提供される配列に基づ
いて設計され得、そして購入され得るか、または合成され得る。[0037] Polynucleotides can be prepared using any of a variety of techniques. For example, polynucleotides can be expressed in tumor-associated expression (ie, in lung tumors as compared to normal tissues, as determined using the representative assays provided herein), as described in more detail below. (At least 2 times more expression) can be identified by screening of a microarray of cDNAs. Such screens use Synteni microarrays (Palo Alto, CA)
According to the manufacturer's instructions (and, essentially, Schena et al., Proc.
Natl. Acad. Sci. USA 93: 10614-10619, 199
6 and Heller et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 9
4: 2150-2155, 1997). Alternatively, polypeptides can be amplified from cDNA prepared from cells expressing the proteins described herein (eg, lung tumor cells). Such polynucleotides can be amplified via the polymerase chain reaction (PCR). For this approach, sequence-specific primers can be designed based on the sequences provided herein and can be purchased or synthesized.

【００３８】増幅された部分は、周知技術を使用して適切なライブラリー（例えば、肺腫瘍
ｃＤＮＡライブラリー）から、全長遺伝子を単離するために使用され得る。この
ような技術において、ライブラリー（ｃＤＮＡまたはゲノム）は、増幅に適切な
１以上のポリヌクレオチドプローブまたはポリヌクレオチドプライマーを使用し
てスクリーニングされる。好ましくは、ライブラリーは、より大きい分子を含む
ようにサイズ選択される。ランダムプライムライブラリーもまた、遺伝子の５’
領域および上流領域を同定するために好ましくあり得る。ゲノムライブラリーは
、イントロンおよび伸長５’配列を得るために好ましい。The amplified portion can be used to isolate a full-length gene from a suitable library (eg, a lung tumor cDNA library) using well known techniques. In such techniques, libraries (cDNAs or genomes) are screened using one or more polynucleotide probes or primers suitable for amplification. Preferably, the library is size-selected to include larger molecules. The random prime library also contains the 5 '
It may be preferable to identify regions and upstream regions. Genomic libraries are preferred for obtaining intron and extended 5 ′ sequences.

【００３９】ハイブリダイゼーション技術のために、部分配列が、周知技術を使用して標識
され得る（例えば、³²Ｐを用いるニックトランスレーションまたは末端標識によ
って）。次いで、細菌ライブラリーまたはバクテリオファージライブラリーは、
変性させた細菌コロニーを含むフィルター（またはファージプラークを含む菌叢
）にその標識プローブを用いてハイブリダイズさせることによってスクリーニン
グする（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａ
ｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬ
ａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９
８９を参照のこと）。ハイブリダイズしたコロニーまたはプラークを、選択そし
て拡大し、そのＤＮＡをさらなる分析のために単離する。ｃＤＮＡクローンを、
例えば、その部分配列由来のプライマーおよびベクター由来のプライマーを使用
するＰＣＲによって分析し、付加配列の量を決定し得る。制限地図および部分配
列を作製し、１以上の重複クローンを同定し得る。次いで、完全配列を、標準的
技術（これは、一連の欠失クローンを作製する工程を包含し得る）を使用して決
定し得る。次いで、得られた重複配列を、単一の連続する配列にアセンブルする
。全長ｃＤＮＡ分子は、周知技術を使用して、適切なフラグメントを連結するこ
とによって作製し得る。For hybridization techniques, the subsequence can be labeled using well known techniques (eg, by nick translation or end labeling with ³² P). The bacterial library or bacteriophage library is then
Screening is performed by hybridizing a filter (or a flora containing phage plaques) containing denatured bacterial colonies with the labeled probe (Sambrook et al., Molecular Cloning: A La).
boratemanual, Cold Spring Harbor L
laboratories, Cold Spring Harbor, NY, 19
89). Hybridized colonies or plaques are selected and expanded, and the DNA is isolated for further analysis. cDNA clone
For example, it can be analyzed by PCR using a primer derived from the partial sequence and a primer derived from the vector to determine the amount of the additional sequence. Restriction maps and subsequences can be generated to identify one or more overlapping clones. The complete sequence can then be determined using standard techniques, which may involve making a series of deletion clones. The resulting overlapping sequence is then assembled into a single contiguous sequence. Full-length cDNA molecules can be made by ligating the appropriate fragments using well known techniques.

【００４０】あるいは、部分ｃＤＮＡ配列から全長コード配列を得るための、多くの増幅技
術が存在する。このような技術において、増幅は、一般に、ＰＣＲを介して行わ
れる。任意の種々の市販のキットを使用して、この増幅工程を行い得る。プライ
マーは、例えば、当該分野で周知のソフトウェアを使用して設計され得る。プラ
イマーは、好ましくは、２２〜３０ヌクレオチド長であり、少なくとも５０％の
ＧＣ含量を有し、そして約６８℃〜７２℃の温度で標的配列にアニールする。こ
の増幅された領域を、上記のように配列決定し得、そして重複配列を、連続する
配列にアセンブルし得る。Alternatively, many amplification techniques exist for obtaining full-length coding sequences from partial cDNA sequences. In such a technique, amplification is generally performed via PCR. This amplification step can be performed using any of a variety of commercially available kits. Primers can be designed, for example, using software well known in the art. The primer is preferably 22-30 nucleotides in length, has a GC content of at least 50%, and anneals to the target sequence at a temperature of about 68C to 72C. The amplified region can be sequenced as described above, and overlapping sequences can be assembled into contiguous sequences.

【００４１】１つのこのような増幅技術は、逆ＰＣＲである（Ｔｒｉｇｌｉａら、Ｎｕｃｌ
．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．１６：８１８６，１９８８を参照のこと）。逆ＰＣＲは
、制限酵素を使用して、遺伝子の既知の領域におけるフラグメントを作製する。
次いで、このフラグメントを、分子内連結によって環状化し、そしてこのフラグ
メントを、その既知領域由来の異なるプライマーを用いるＰＣＲのテンプレート
として使用する。代替的アプローチにおいて、部分配列に隣接する配列を、リン
カー配列に対するプライマーおよび既知領域に特異的なプライマーを用いる増幅
によって、回収し得る。この増幅された配列を、代表的には、同じリンカープラ
イマーおよび既知領域に特異的な第２のプライマーを用いる２回目の増幅に供す
る。この手順の変形型（これは、その既知配列から反対方向への伸長を開始する
２つのプライマーを使用する）が、ＷＯ９６／３８５９１に記載される。別のこ
のような技術は、「ｃＤＮＡ末端の迅速増幅」すなわちＲＡＣＥとして公知であ
る。この技術は、ポリＡ領域またはベクター配列とハイブリダイズする、内部プ
ライマーおよび外部プライマーの使用を包含し、既知配列の５’側および３’側
の配列を同定する。さらなる技術としては、捕捉ＰＣＲ（Ｌａｇｅｒｓｔｒｏｍ
ら、ＰＣＲＭｅｔｈｏｄｓＡｐｐｌｉｃ．１：１１１−１９，１９９１）お
よびウォーキングＰＣＲ（Ｐａｒｋｅｒら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１
９：３０５５−６０，１９９１）が挙げられる。増幅を使用する他の方法もまた
、全長ｃＤＮＡ配列を得るために使用され得る。One such amplification technique is inverse PCR (Triglia et al., Nucl.
. Acids Res. 16: 8186, 1988). Inverse PCR uses restriction enzymes to create fragments in known regions of the gene.
The fragment is then circularized by intramolecular ligation and the fragment is used as a template for PCR with different primers from its known region. In an alternative approach, sequences flanking the subsequence may be recovered by amplification using primers for the linker sequence and primers specific for the known region. The amplified sequence is typically subjected to a second round of amplification using the same linker primer and a second primer specific for the known region. A variant of this procedure, which uses two primers to initiate extension in the opposite direction from its known sequence, is described in WO 96/38591. Another such technique is known as "rapid amplification of cDNA ends" or RACE. This technique involves the use of internal and external primers that hybridize to a polyA region or vector sequence to identify sequences 5 'and 3' to a known sequence. Further techniques include capture PCR (Lagerstrom).
Et al., PCR Methods Applic. 1: 111-19, 1991) and walking PCR (Parker et al., Nucl. Acids. Res. 1).
9: 3055-60, 1991). Other methods that use amplification can also be used to obtain full-length cDNA sequences.

【００４２】特定の例において、発現配列タグ（ＥＳＴ）データベース（例えば、ＧｅｎＢ
ａｎｋから利用可能なデータベース）に提供された配列の分析によって全長ｃＤ
ＮＡ配列を得ることが可能である。重複ＥＳＴについての検索は、一般に、周知
のプログラム（例えば、ＮＣＢＩＢＬＡＳＴ検索）を使用して実施され得、そ
してそのようなＥＳＴを使用して、連続した全長配列を製作し得る。In certain instances, an expressed sequence tag (EST) database (eg, GenB
analysis of the sequence provided in the database available from Ank).
It is possible to obtain NA sequences. Searches for duplicate ESTs can generally be performed using well-known programs (eg, NCBI BLAST search), and such ESTs can be used to generate contiguous full-length sequences.

【００４３】肺腫瘍タンパク質の部分をコードするｃＤＮＡ分子の特定の核酸配列は、配列
番号１〜３１、４９〜５５、６３、６４、６６、６８〜７２、７８〜８０、８４
〜９２および２１７〜３８９に提供される。Particular nucleic acid sequences of cDNA molecules encoding portions of the lung tumor protein are SEQ ID NOs: 1-31, 49-55, 63, 64, 66, 68-72, 78-80, 84
~ 92 and 217-389.

【００４４】ポリヌクレオチド改変体は、当該分野で公知の任意の方法（化学合成（例えば
、固相ホスホラミダイト化学合成による）を含む）によって一般的に調製され得
る。ポリヌクレオチド配列における改変はまた、標準的な変異誘発技術（例えば
、オリゴヌクレオチド指向性部位特異的変異誘発（Ａｄｅｌｍａｎら、ＤＮＡ
２：１８３，１９８３を参照のこと）を使用して導入され得る。あるいは、ＲＮ
Ａ分子は、肺腫瘍タンパク質をコードするＤＮＡ配列またはその部分のインビト
ロまたはインビボ転写によって生成され得るが、但し、ＤＮＡは、適切なＲＮＡ
ポリメラーゼプロモーター（例えば、Ｔ７またはＳＰ６）を用いて、ベクターに
組み込まれている。特定の部分を使用して、本明細書中に記載されるように、コ
ードされたポリペプチドを調製し得る。さらに、またはあるいは、部分を、コー
ドされたポリペプチドが、インビボで生成されるように、患者に投与し得る（例
えば、抗原提示細胞（例えば、樹状細胞）を、肺腫瘍ポリペプチドをコードする
ｃＤＮＡ構築物でトランスフェクトし、そしてトランスフェクトされた細胞を患
者に投与することによって）。[0044] Polynucleotide variants can generally be prepared by any method known in the art, including chemical synthesis (eg, by solid phase phosphoramidite chemical synthesis). Modifications in the polynucleotide sequence may also be made by standard mutagenesis techniques, such as oligonucleotide-directed site-directed mutagenesis (Adelman et al., DNA
2: 183, 1983). Or RN
A molecule can be produced by in vitro or in vivo transcription of a DNA sequence encoding a lung tumor protein or a portion thereof, provided that the DNA is a suitable RNA
It is integrated into a vector using a polymerase promoter (eg, T7 or SP6). Certain moieties can be used to prepare the encoded polypeptides as described herein. Additionally or alternatively, portions can be administered to a patient such that the encoded polypeptide is produced in vivo (eg, antigen-presenting cells (eg, dendritic cells) encode a lung tumor polypeptide). by transfecting with the cDNA construct and administering the transfected cells to the patient).

【００４５】コード配列に相補的な配列（すなわち、アンチセンスポリヌクレオチド）の部
分もまた、プローブとして、または遺伝子発現を調節するために、使用され得る
。アンチセンスＲＮＡに転写され得るｃＤＮＡ構築物もまた、組織の細胞に導入
されて、アンチセンスＲＮＡの産生を容易にし得る。アンチセンスポリヌクレオ
チドを、本明細書に記載されるように使用して、腫瘍タンパク質の発現を阻害し
得る。アンチセンス技術を使用して、三本鎖へリックス形成を介する遺伝子発現
を制御し得、この三本鎖へリックス形成は、ポリメラーゼ、転写因子、または調
節因子の結合に対して、十分に開かせるダブルへリックスの能力を損なう（Ｇｅ
ｅら，ＨｕｂｅｒおよびＣａｒｒ，ＭｏｌｅｃｕｌａｒａｎｄＩｍｍｕｎｏ
ｌｏｇｉｃＡｐｐｒｏａｃｈｅｓ，ＦｕｔｕｒａＰｕｂｌｉｓｈｉｎｇＣ
ｏ．（Ｍｔ．Ｋｉｓｃｏ，ＮＹ；１９９４）を参照のこと）。あるいは、アンチ
センス分子は、遺伝子の制御領域（例えば、プロモーター、エンハンサー、また
は転写開始部位）とハイブリダイズし、そして遺伝子の転写をブロックするよう
に設計されるか；または転写物のリボソームへの結合を阻害することによって翻
訳をブロックするように設計され得る。[0045] Portions of the sequence that are complementary to the coding sequence (ie, an antisense polynucleotide) can also be used as probes or to regulate gene expression. A cDNA construct that can be transcribed into antisense RNA can also be introduced into cells of a tissue to facilitate production of antisense RNA. Antisense polynucleotides can be used as described herein to inhibit oncoprotein expression. Antisense technology can be used to control gene expression through triple-stranded helix formation, which opens up well for binding of polymerases, transcription factors, or regulators. Impair the ability of double helix (Ge
e et al., Huber and Carr, Molecular and Immuno.
logical Approaches, Futura Publishing C
o. (See Mt. Kisco, NY; 1994)). Alternatively, an antisense molecule is designed to hybridize to a regulatory region of a gene (eg, a promoter, enhancer, or transcription initiation site) and block transcription of the gene; or binding of the transcript to ribosomes Can be designed to block translation by inhibiting.

【００４６】コード配列の一部分、または相補配列の一部分はまた、プローブまたはプライ
マーとして、遺伝子発現を検出するように設計され得る。プローブは、種々のレ
ポーター群（例えば、放射性核種および酵素）を用いて標識され得、そして好ま
しくは、少なくとも１０ヌクレオチド長、より好ましくは、少なくとも２０ヌク
レオチド長、およびなおより好ましくは、少なくとも３０ヌクレオチド長である
。上記のプライマーは、好ましくは、２２〜３０ヌクレオチド長である。A portion of the coding sequence, or a portion of the complementary sequence, may also be designed as a probe or primer to detect gene expression. Probes may be labeled with various reporters (eg, radionuclides and enzymes), and preferably are at least 10 nucleotides in length, more preferably at least 20 nucleotides in length, and even more preferably at least 30 nucleotides in length. It is. The above primers are preferably 22-30 nucleotides in length.

【００４７】任意のポリヌクレオチドをさらに改変して、インビボでの安定性を増加し得る
。可能な改変としては、５’末端および／または３’末端での隣接配列の付加；
骨格中のホスホジエステラーゼ結合に代わる、ホスホロチオエートまたは２’Ｏ
−メチルの使用；ならびに／または、非通常塩基（例えば、イノシン、クエオシ
ンおよびワイブトシン、ならびにアデニン、シチジン、グアニン、チミンおよび
ウリジンの、アセチル形態、メチル形態、チオ形態、および他の改変形態）の含
有が挙げられるが、これらに限定されない。[0047] Any polynucleotide may be further modified to increase stability in vivo. Possible modifications include the addition of flanking sequences at the 5 'and / or 3'end;
Phosphorothioate or 2'O instead of phosphodiesterase linkage in the backbone
-Use of methyl; and / or the inclusion of unusual bases (e.g., acetyl, methyl, thio, and other modified forms of inosine, queosin and wibutosin, and adenine, cytidine, guanine, thymine and uridine). But not limited thereto.

【００４８】本明細書中に記載されるヌクレオチド配列は、確立された組換えＤＮＡ技術を
使用して、種々の他のヌクレオチド配列に結合され得る。例えば、ポリヌクレオ
チドは、種々のクローニングベクター（プラスミド、ファージミド、λファージ
誘導体およびコスミドを含む）のいずれかにクローニングされ得る。特定の目的
のベクターとしては、発現ベクター、複製ベクター、プローブ生成ベクターおよ
び配列決定ベクターが挙げられる。一般的に、ベクターは、少なくとも１つの生
物において機能的な複製起点、簡便な制限エンドヌクレアーゼ部位および１以上
の選択可能なマーカーを含む。他のエレメントは、所望される用途に依存し、当
業者に明らかである。The nucleotide sequences described herein can be joined to a variety of other nucleotide sequences using established recombinant DNA techniques. For example, a polynucleotide can be cloned into any of a variety of cloning vectors, including plasmids, phagemids, lambda phage derivatives and cosmids. Vectors of particular interest include expression vectors, replication vectors, probe generation vectors and sequencing vectors. Generally, a vector contains an origin of replication functional in at least one organism, a convenient restriction endonuclease site, and one or more selectable markers. Other elements will be apparent to those skilled in the art, depending on the desired application.

【００４９】特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは、哺乳動物の細胞内への侵入、
およびその細胞内での発現を可能にするように処方され得る。このような処方物
は、以下に記載のような、治療目的に特に有用である。当業者は、標的細胞にお
けるポリヌクレオチドの発現を達成するための多くの方法が存在し、そして任意
の適切な方法が使用され得ることを認識する。例えば、ポリヌクレオチドは、ウ
イルスベクター（例えば、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイル
ス、あるいはワクシニアウイルスまたは他のポックスウイルス（例えば、トリポ
ックスウイルス）が挙げられるが、限定されない）に組み込まれ得る。ＤＮＡを
このようなベクターに組み込むための技術は、当業者に周知である。レトロウイ
ルスベクターはさらに、選択可能なマーカーの遺伝子（形質導入された細胞の同
定または選択を補助する）および／または標的部分（特定の標的細胞上のレセプ
ターに対するリガンドをコードする遺伝子）を、移入するか、または組み込んで
、ベクターを標的特異的にし得る。標的化はまた、当業者に公知の方法によって
、抗体を使用して達成され得る。[0049] In certain embodiments, the polynucleotide is capable of entering a mammalian cell,
And its expression in cells. Such formulations are particularly useful for therapeutic purposes, as described below. One of skill in the art will recognize that there are many ways to achieve expression of a polynucleotide in a target cell, and that any suitable method can be used. For example, a polynucleotide can be incorporated into a viral vector, such as, but not limited to, an adenovirus, an adeno-associated virus, a retrovirus, or a vaccinia virus or other poxvirus (eg, an avian poxvirus). Techniques for incorporating DNA into such vectors are well known to those skilled in the art. Retroviral vectors further transfer a selectable marker gene (to aid in the identification or selection of transduced cells) and / or a target moiety (a gene encoding a ligand for a receptor on a particular target cell). Or may be incorporated to make the vector target specific. Targeting can also be accomplished using antibodies, by methods known to those skilled in the art.

【００５０】治療目的のための他の処方物としては、コロイド分散系（例えば、高分子複合
体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズおよび脂質ベース系（水中油滴型エ
マルジョン、ミセル、混合ミセル、およびリポソームを含む））が挙げられる。
インビトロおよびインビボにおける送達ビヒクルとしての使用のために好ましい
コロイド系は、リポソーム（すなわち、人工膜ベシクル）である。このような系
の調製および使用は、当該分野で周知である。Other formulations for therapeutic purposes include colloidal dispersion systems such as polymer complexes, nanocapsules, microspheres, beads and lipid-based systems (oil-in-water emulsions, micelles, mixed micelles, and Liposomes)).
A preferred colloidal system for use as a delivery vehicle in vitro and in vivo is a liposome (ie, an artificial membrane vesicle). The preparation and use of such systems is well known in the art.

【００５１】（肺腫瘍ポリペプチド）本発明の文脈において、ポリペプチドは、本明細書中に記載されるように、肺
腫瘍タンパク質またはその改変体の少なくとも免疫原性部分を含み得る。上記の
ように、「肺腫瘍タンパク質」は、肺腫瘍細胞によって発現されるタンパク質で
ある。肺腫瘍タンパク質であるタンパク質はまた、肺癌を有する患者からの抗血
清を用いる免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）において、検出可能に反応する
。本明細書に記載されるようなポリペプチドは、任意の長さであり得る。ネイテ
ィブタンパク質および／または異種配列由来のさらなる配列が存在し得、そして
そのような配列は、さらに、免疫原性特性または抗原特性を有し得る（しかし、
有する必要はない）。Lung Tumor Polypeptide In the context of the present invention, a polypeptide may include at least an immunogenic portion of a lung tumor protein or a variant thereof, as described herein. As described above, a "lung tumor protein" is a protein expressed by lung tumor cells. Proteins that are lung tumor proteins also detectably react in immunoassays using antisera from patients with lung cancer (eg, ELISA). A polypeptide as described herein can be of any length. There may be additional sequences from the native protein and / or heterologous sequence, and such sequences may further have immunogenic or antigenic properties (but
Need not have).

【００５２】本明細書中で使用される場合、「免疫原性部分」は、Ｂ細胞表面抗原レセプタ
ーおよび／またはＴ細胞表面抗原レセプターによって認識される（すなわち、特
異的に結合される）タンパク質の部分である。このような免疫原性部分は、一般
に、肺腫瘍タンパク質またはその改変体の、少なくとも５アミノ酸残基、より好
ましくは、少なくとも１０アミノ酸残基、なおより好ましくは、少なくとも２０
アミノ酸残基を含む。特定の好ましい免疫原性部分は、Ｎ末端リーダー配列およ
び／または膜貫通ドメインが欠失されたペプチドを含む。他の好ましい免疫原性
部分は、成熟タンパク質と比較して、少ないＮ末端欠失および／またはＣ末端欠
失（例えば、１〜３０アミノ酸、好ましくは５〜１５アミノ酸）を含み得る。[0052] As used herein, an "immunogenic portion" of a protein that is recognized (ie, specifically bound) by a B cell surface antigen receptor and / or a T cell surface antigen receptor. Part. Such immunogenic portions generally comprise at least 5 amino acid residues, more preferably at least 10 amino acid residues, even more preferably at least 20 amino acid residues of a lung tumor protein or a variant thereof.
Contains amino acid residues. Certain preferred immunogenic portions include peptides in which the N-terminal leader sequence and / or transmembrane domain has been deleted. Other preferred immunogenic portions can include fewer N-terminal and / or C-terminal deletions (eg, 1-30 amino acids, preferably 5-15 amino acids) compared to the mature protein.

【００５３】免疫原性部分は、一般的にＰａｕｌ，ＦｕｎｄａｍｅｎｔａｌＩｍｍｕｎｏ
ｌｏｇｙ，第３版、２４３−２４７（ＲａｖｅｎＰｒｅｓｓ，１９９３）およ
びそこに引用される参考文献に要約されるような周知技術を使用して、同定され
得る。このような技術は、抗原特異的な抗体、抗血清および／あるいはＴ細胞株
またはＴ細胞クローンと反応する能力についてポリペプチドをスクリーニングす
る工程を含む。本明細書中で使用される場合、抗血清および抗体は、それらが抗
原に特異的に結合する（すなわち、これらが、ＥＬＩＳＡまたは他の免疫アッセ
イにおいてそのタンパク質と反応し、無関係なタンパク質とは検出可能に反応し
ない）場合、「抗原特異的」である。このような抗血清および抗体は、本明細書
中に記載されるように、そして周知技術を使用して調製され得る。ネイティブの
肺腫瘍タンパク質の免疫原性部分は、（例えば、ＥＬＩＳＡおよび／またはＴ細
胞反応性アッセイにおいて）その全長ポリペプチドの反応性よりも実質的に小さ
くないレベルで、このような抗血清および／またはＴ細胞と反応する部分である
。免疫原性部分は、このようなアッセイにおいて、その全長ポリペプチドの反応
性と類似またはそれより大きいレベルで反応し得る。このようなスクリーニング
は、一般的に、当業者に周知の方法（例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ，Ａ
ｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，ＣｏｌｄＳ
ｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８に記載のような技
術）を使用して行われ得る。例えば、ポリペプチドを固体支持体に固定し、そし
て患者の血清を接触させて、その血清中の抗体をその固定されたポリペプチドに
結合させ得る。次いで、結合されなかった血清を除去し、結合された抗体を、例
えば、¹²⁵Ｉ標識化プロテインＡを使用して検出し得る。[0053] The immunogenic portion is generally comprised of Paul, Fundamental Immuno.
, 3rd edition, 243-247 (Raven Press, 1993) and well-known techniques as summarized in the references cited therein. Such techniques include screening polypeptides for the ability to react with antigen-specific antibodies, antisera, and / or T cell lines or T cell clones. As used herein, antisera and antibodies are those which specifically bind to an antigen (ie, they react with the protein in an ELISA or other immunoassay and are not detected by irrelevant proteins). Is "antigen specific". Such antisera and antibodies can be prepared as described herein and using well-known techniques. The immunogenic portion of the native lung tumor protein has levels of such an antiserum and / or Or it is a part that reacts with T cells. The immunogenic moiety may react in such assays at a level similar to or greater than the reactivity of the full-length polypeptide. Such screening is generally performed using methods well known to those of skill in the art (eg, Harlow and Lane, A .;
ntbodies: A Laboratory Manual, Cold S
Spring Harbor Laboratory, 1988). For example, the polypeptide can be immobilized on a solid support and the serum of a patient contacted to bind the antibodies in the serum to the immobilized polypeptide. Unbound serum can then be removed and bound antibody detected using, for example, ¹²⁵ I-labeled protein A.

【００５４】上記のように、組成物は、ネイティブの肺腫瘍タンパク質の改変体を含み得る
。本明細書中で使用される場合、ポリペプチド「改変体」は、ネイティブの肺腫
瘍タンパク質と、１以上の置換、欠失、付加および／または挿入において異なる
ポリペプチドであり、その結果、そのポリペプチドの免疫原性が、実質的には減
少されない。言い換えると、抗原特異的な抗血清と反応する改変体の能力は、そ
のネイティブタンパク質と比較して、増強されても、または変化されなくてもよ
く、あるいは、そのネイティブタンパク質と比較して、５０％未満、そしてより
好ましくは、２０％未満に減少されてもよい。このような改変体は、一般に、本
明細書中に記載のように、上記ポリペプチド配列の１つを改変し、この改変ポリ
ペプチドの抗原特異的な抗体または抗血清との反応性を評価することによって同
定され得る。好ましい改変体は、１つ以上の部分（例えば、Ｎ末端リーダー配列
または膜貫通ドメイン）が取り除かれた改変体を含む。他の好ましい改変体は、
小さな部分（例えば、１〜３０アミノ酸、好ましくは５〜１５アミノ酸）が、成
熟タンパク質のＮ末端および／またはＣ末端から取り除かれた改変体を含む。As described above, the compositions may include variants of the native lung tumor protein. As used herein, a polypeptide "variant" is a polypeptide that differs from a native lung tumor protein in one or more substitutions, deletions, additions and / or insertions, such that the polypeptide The immunogenicity of the peptide is not substantially reduced. In other words, the ability of the variant to react with the antigen-specific antiserum may be enhanced or unaltered as compared to the native protein, or may be increased by 50% as compared to the native protein. %, And more preferably, less than 20%. Such variants generally modify one of the above polypeptide sequences and evaluate the reactivity of the modified polypeptide with an antigen-specific antibody or antiserum, as described herein. Can be identified by Preferred variants include those in which one or more portions (eg, N-terminal leader sequence or transmembrane domain) have been removed. Other preferred variants are
A small portion (e.g., 1-30 amino acids, preferably 5-15 amino acids) includes variants that have been removed from the N-terminal and / or C-terminal of the mature protein.

【００５５】ポリペプチド改変体は、好ましくは、少なくとも約７０％、より好ましくは、
少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５％の、同定された
ポリペプチドに対する同一性（上記のように決定された）を示す。[0055] The polypeptide variant is preferably at least about 70%, more preferably
Shows at least about 90%, and most preferably at least about 95%, identity to the identified polypeptide (as determined above).

【００５６】好ましくは、改変体は、保存的置換を含む。「保存的置換」は、あるアミノ酸
が、類似の特性を有する別のアミノ酸と置換されている置換であり、その結果、
ペプチド化学の当業者は、そのポリペプチドの二次構造および疎水性親水性（ｈ
ｙｄｒｏｐａｔｈｉｃ）性質が、実質的に変化されないことを予測する。アミノ
酸置換は、一般に、残基の極性、電荷、溶解性、疎水性、親水性および／または
両親媒性性質の類似性に基づいて作製され得る。例えば、負に荷電したアミノ酸
としては、アスパラギン酸およびグルタミン酸；正に荷電したアミノ酸としては
、リジンおよびアルギニン；および類似の親水性値を有する非荷電の極性頭部を
有するアミノ酸としては、ロイシン、イソロイシンおよびバリン；グリシンおよ
びアラニン；アスパラギンおよびグルタミン；ならびにセリン、トレオニン、フ
ェニルアラニンおよびチロシンが挙げられる。保存的変化を示し得るアミノ酸の
他のグループとしては、（１）ａｌａ、ｐｒｏ、ｇｌｙ、ｇｌｕ、ａｓｐ、ｇｌ
ｎ、ａｓｎ、ｓｅｒ、ｔｈｒ；（２）ｃｙｓ、ｓｅｒ、ｔｙｒ、ｔｈｒ；（３）
ｖａｌ、ｉｌｅ、ｌｅｕ、ｍｅｔ、ａｌａ、ｐｈｅ；（４）ｌｙｓ、ａｒｇ、ｈ
ｉｓ；および（５）ｐｈｅ、ｔｙｒ、ｔｒｐ、ｈｉｓが挙げられる。改変体はま
た、またはあるいは、非保存的変化を含み得る。好ましい実施形態において、改
変体ポリペプチドは、５以下のアミノ酸の置換、欠失または付加によって、ネイ
ティブの配列とは異なる。改変体はまた（またはあるいは）、例えば、ポリペプ
チドの免疫原性、二次構造および疎水性親水性性質に最小限の影響しか有さない
アミノ酸の欠失または付加によって、改変され得る。Preferably, the variant comprises a conservative substitution. A "conservative substitution" is one in which one amino acid has been replaced with another amino acid having similar properties, such that
One skilled in the art of peptide chemistry will appreciate the secondary structure and hydrophobicity (h
It is expected that the hydrpathic properties will not be substantially changed. Amino acid substitutions generally can be made based on the similarity of the polarity, charge, solubility, hydrophobicity, hydrophilicity, and / or amphipathic nature of the residues. For example, negatively charged amino acids include aspartic acid and glutamic acid; positively charged amino acids include lysine and arginine; and amino acids having an uncharged polar head with similar hydrophilicity values include leucine and isoleucine. And valine; glycine and alanine; asparagine and glutamine; and serine, threonine, phenylalanine and tyrosine. Other groups of amino acids that may exhibit conservative changes include (1) ala, pro, gly, glu, asp, gl
n, asn, ser, thr; (2) cys, ser, tyr, thr; (3)
val, ile, leu, met, ala, phe; (4) lys, arg, h
and (5) phe, tyr, trp, his. Variants may also or alternatively include non-conservative changes. In a preferred embodiment, the variant polypeptide differs from the native sequence by 5 or fewer amino acid substitutions, deletions or additions. Variants may also (or alternatively) be modified, for example, by deletion or addition of amino acids that have minimal impact on the immunogenicity, secondary structure and hydrophobic hydrophilic properties of the polypeptide.

【００５７】上記のように、ポリペプチドは、タンパク質のＮ末端にシグナル（または、リ
ーダー）配列を含み得、これは、翻訳と同時に、または翻訳後に、そのタンパク
質の転移を指向する。このポリペプチドはまた、このポリペプチドの合成、精製
または同定を容易にするために、またはこのポリペプチドの固体支持体への結合
を増強するために、リンカー配列または他の配列（例えば、ポリＨｉｓ）に結合
体化され得る。例えば、ポリペプチドは、免疫グロブリンＦｃ領域に結合体化さ
れ得る。As noted above, a polypeptide may include a signal (or leader) sequence at the N-terminus of the protein, which directs translocation of the protein, either simultaneously or post-translationally. The polypeptide may also be used to facilitate synthesis, purification or identification of the polypeptide, or to enhance binding of the polypeptide to a solid support, such as a linker sequence or other sequence (eg, poly-His). ) Can be conjugated. For example, a polypeptide can be conjugated to an immunoglobulin Fc region.

【００５８】ポリペプチドは、任意の種々の周知技術を使用して調製され得る。上記のＤＮ
Ａ配列によってコードされる組換えポリペプチドは、当業者に公知の任意の種々
の発現ベクターを使用して、ＤＮＡ配列から容易に調製され得る。発現は、組換
えポリペプチドをコードするＤＮＡ分子を含む発現ベクターで形質転換またはト
ランスフェクトされた、任意の適切な宿主細胞において達成され得る。適切な宿
主細胞としては、原核生物、酵母、および高等真核生物の細胞が挙げられる。好
ましくは、使用される宿主細胞は、Ｅ．ｃｏｌｉ、酵母または哺乳動物細胞株（
例えば、ＣＯＳまたはＣＨＯ）である。組換えタンパク質または組換えポリペプ
チドを培養培地中に分泌する適切な宿主／ベクター系からの上清は、市販のフィ
ルターを使用して、最初に濃縮され得る。濃縮後、この濃縮物を、適切な精製基
質（例えば、アフィニティー基質またはイオン交換樹脂）に適用し得る。最終的
に、１以上の逆相ＨＰＬＣ工程を使用して、組換えポリペプチドをさらに精製し
得る。[0058] Polypeptides can be prepared using any of a variety of well-known techniques. The above DN
Recombinant polypeptides encoded by the A sequence can be readily prepared from the DNA sequence using any of a variety of expression vectors known to those of skill in the art. Expression can be achieved in any suitable host cell, which has been transformed or transfected with an expression vector containing a DNA molecule encoding the recombinant polypeptide. Suitable host cells include prokaryotic, yeast, and higher eukaryotic cells. Preferably, the host cell used is E. coli. coli, yeast or mammalian cell lines (
For example, COS or CHO). Supernatants from a suitable host / vector system that secretes the recombinant protein or polypeptide into the culture medium can be first concentrated using commercially available filters. After concentration, the concentrate can be applied to a suitable purification substrate (eg, an affinity substrate or an ion exchange resin). Finally, the recombinant polypeptide may be further purified using one or more reverse phase HPLC steps.

【００５９】約１００アミノ酸未満、そして一般に、約５０アミノ酸未満のアミノ酸を有す
る部分および他の改変体もまた、当業者に周知の技術を使用して、合成手段によ
って生成され得る。例えば、このようなポリペプチドは、任意の市販の固相技術
（例えば、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ固相合成法（ここでは、アミノ酸が連続的に付
加されて、アミノ酸鎖を成長させる））を使用して、合成され得る。Ｍｅｒｒｉ
ｆｉｅｌｄ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８５：２１４９−２１４６，１９６
３を参照のこと。ポリペプチドの自動合成のための装置は、ＰｅｒｋｉｎＥｌ
ｍｅｒ／ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓＤｉｖｉｓｉｏｎ（Ｆｏｓｔ
ｅｒＣｉｔｙ，ＣＡ）のような供給者から市販され、そして製造業者の説明書
に従って操作され得る。[0059] Moieties and other variants with less than about 100 amino acids, and generally less than about 50 amino acids, can also be produced by synthetic means, using techniques well known to those skilled in the art. For example, such polypeptides can be synthesized using any commercially available solid-phase technique, such as Merrifield solid-phase synthesis, where amino acids are added sequentially to grow amino acid chains. Can be done. Merri
field, J.M. Am. Chem. Soc. 85: 2149-2146,196
See No. 3. Equipment for automated synthesis of polypeptides is available from Perkin El.
mer / Applied BioSystems Division (Fost
(City, CA) and can be operated according to the manufacturer's instructions.

【００６０】ある特定の実施形態において、ポリペプチドは、本明細書中に記載の複数のポ
リペプチドを含むか、または本明細書に記載の少なくとも１つのポリペプチドお
よび関連しない配列（例えば、公知の腫瘍タンパク質）を含む融合タンパク質で
あり得る。例えば、融合パートナーは、Ｔヘルパーエピトープ（免疫学的融合パ
ートナー）、好ましくはヒトによって認識されるＴヘルパーエピトープを提供す
る際に補助し得るか、またはネイティブの組換えタンパク質より高い収量でタン
パク質（発現エンハンサー）を発現する際に補助し得る。特定の好ましい融合パ
ートナーは、免疫学的融合パートナーおよび発現増強融合パートナーの両方であ
る。他の融合パートナーは、タンパク質の溶解性を増加するように、またはタン
パク質が所望の細胞内コンパートメントに標的化されることを可能にするように
選択され得る。なおさらなる融合パートナーには、親和性タグ（これは、タンパ
ク質の精製を容易にする）が挙げられる。In certain embodiments, the polypeptide comprises a plurality of polypeptides described herein, or at least one polypeptide described herein and an unrelated sequence (eg, a known sequence). (Oncoprotein). For example, a fusion partner may assist in providing a T helper epitope (an immunological fusion partner), preferably a T helper epitope recognized by humans, or may provide a higher yield of protein (expression) than native recombinant protein. Enhancer). Certain preferred fusion partners are both immunological and expression enhancing fusion partners. Other fusion partners can be selected to increase the solubility of the protein or to allow the protein to be targeted to a desired intracellular compartment. Still further fusion partners include affinity tags, which facilitate protein purification.

【００６１】融合タンパク質は、一般に、標準的な技術（例えば、化学的結合体化）を使用
して調製され得る。好ましくは、融合タンパク質は、発現系において、組換えタ
ンパク質として発現され、非融合タンパク質と比較して、増加したレベルの産生
を可能にする。手短に言うと、このポリペプチド成分をコードするＤＮＡ配列を
、別々にアセンブルし得、そして適切な発現ベクターに連結し得る。１つのポリ
ペプチド成分をコードするＤＮＡ配列の３’末端は、ペプチドリンカーを用いて
または用いずに、第２のポリペプチド成分をコードするＤＮＡ配列の５’末端に
、これらの配列のリーディングフレームが同じ相にあるように連結される。この
ことが、両方の成分ポリペプチドの生物学的活性を保持する単一の融合タンパク
質への翻訳を可能にする。[0061] Fusion proteins can generally be prepared using standard techniques, such as chemical conjugation. Preferably, the fusion protein is expressed as a recombinant protein in an expression system, allowing for increased levels of production as compared to the non-fusion protein. Briefly, the DNA sequences encoding the polypeptide components can be assembled separately and ligated into an appropriate expression vector. The 3 'end of the DNA sequence encoding one polypeptide component is located at the 5' end of the DNA sequence encoding the second polypeptide component, with or without a peptide linker, and the reading frame of these sequences is They are connected so that they are in the same phase. This allows translation of both component polypeptides into a single fusion protein that retains the biological activity.

【００６２】ペプチドリンカー配列は、各ポリペプチドがその二次構造および三次構造へと
折り畳まれるのを保証するために十分な距離で第一および第二のポリペプチド構
成要素を隔てるために用いられ得る。このようなペプチドリンカー配列は、当該
分野で周知の標準的な技術を用いて融合タンパク質中に組み込まれる。適切なペ
プチドリンカー配列は、以下の因子に基づいて選択され得る：（１）フレキシブ
ルな伸長したコンホメーションを採る能力；（２）第一および第二のポリペプチ
ド上の機能的なエピトープと相互作用し得る二次構造を採ることができないこと
；および（３）ポリペプチドの機能的なエピトープと反応し得る疎水性または荷
電した残基の無いこと。好ましいペプチドリンカー配列は、Ｇｌｙ、Ａｓｎおよ
びＳｅｒ残基を含む。ＴｈｒおよびＡｌａのような中性に近い他のアミノ酸もま
た、リンカー配列に用いられ得る。リンカーとして有用に用いられ得るアミノ酸
配列は、Ｍａｒａｔｅａら、Ｇｅｎｅ４０：３９−４６、１９８５；Ｍｕｒｐ
ｈｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８３：８２５８−８
２６２、１９８６；米国特許第４，９３５，２３３号および米国特許第４，７５
１，１８０号に開示されるアミノ酸配列を含む。リンカー配列は、一般的に１か
ら約５０アミノ酸長であり得る。リンカー配列は、第一および第二のポリペプチ
ドが、機能的ドメインを分離するため、および立体的な干渉を防ぐために用いら
れ得る非必須Ｎ末端アミノ酸領域を有する場合、必要とされない。A peptide linker sequence may be used to separate the first and second polypeptide components a sufficient distance to ensure that each polypeptide folds into its secondary and tertiary structure. . Such a peptide linker sequence is incorporated into the fusion protein using standard techniques well known in the art. Suitable peptide linker sequences can be selected based on the following factors: (1) the ability to adopt a flexible, extended conformation; (2) interact with functional epitopes on the first and second polypeptides. The inability to adopt a functional secondary structure; and (3) the absence of hydrophobic or charged residues capable of reacting with functional epitopes of the polypeptide. Preferred peptide linker sequences include Gly, Asn and Ser residues. Other near neutral amino acids such as Thr and Ala can also be used in the linker sequence. Amino acid sequences that can be usefully used as linkers are described in Maratea et al., Gene 40: 39-46, 1985;
hy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83: 8258-8
262, 1986; U.S. Pat. Nos. 4,935,233 and 4,753.
1,180. Linker sequences can generally be from 1 to about 50 amino acids in length. A linker sequence is not required if the first and second polypeptides have a non-essential N-terminal amino acid region that can be used to separate functional domains and prevent steric interference.

【００６３】連結されたＤＮＡ配列は、適切な転写または翻訳調節エレメントに作動可能に
連結される。ＤＮＡの発現を担う調節エレメントは、第一のポリペプチドをコー
ドするＤＮＡ配列の５’側にのみ位置する。同様に、翻訳および転写終結シグナ
ルを終了するために必要とされる停止コドンは、第二のポリペプチドをコードす
るＤＮＡ配列の３’側にのみ存在する。[0063] The ligated DNA sequence is operably linked to appropriate transcriptional or translational regulatory elements. The regulatory element responsible for the expression of the DNA is located only 5 'to the DNA sequence encoding the first polypeptide. Similarly, the stop codon required to terminate translation and transcription termination signals is present only 3 'to the DNA sequence encoding the second polypeptide.

【００６４】本発明のポリペプチドを関係のない免疫原性タンパク質とともに含む融合タン
パク質もまた提供される。好ましくは、免疫原性タンパク質は、リコール（ｒｅ
ｃａｌｌ）応答を惹起し得る。このようなタンパク質の例としては、破傷風タン
パク質、結核タンパク質および肝炎タンパク質が挙げられる（例えば、Ｓｔｏｕ
ｔｅら、ＮｅｗＥｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．、３３６：８６−９１（１９９７）を
参照のこと）。[0064] Fusion proteins comprising a polypeptide of the invention together with an unrelated immunogenic protein are also provided. Preferably, the immunogenic protein is recalled (re
call) to elicit a response. Examples of such proteins include tetanus protein, tuberculosis protein and hepatitis protein (eg, Stou
te et al., New Engl. J. Med. 336: 86-91 (1997)).

【００６５】好ましい実施形態において、免疫学的融合パートナーは、グラム陰性の細菌Ｈ
ａｅｍｏｐｈｉｌｕｓｉｎｆｌｕｅｎｚａＢの表面タンパク質である、プロ
テインＤ（ＷＯ９１／１８９２６）に由来する。好ましくは、プロテインＤ誘
導体は、ほぼ３分の１の最初のタンパク質（例えば、最初のＮ末端１００〜１１
０アミノ酸）を含み、そしてプロテインＤ誘導体は、脂質化（ｌｉｐｉｄａｔｅ
ｄ）され得る。特定の好ましい実施形態において、リポタンパク質Ｄ融合パート
ナーの最初の１０９残基は、さらなる外因性Ｔ細胞エピトープを有するポリペプ
チドを提供するように、そしてＥ．ｃｏｌｉ中の発現レベルを増加する（従って
、発現エンハンサーとして機能する）ように、Ｎ末端に含まれる。脂質テールは
、抗原提示細胞への抗原の最適な提示を保証する。他の融合パートナーは、イン
フルエンザウイルス由来の非構造タンパク質、ＮＳ１（血球凝集素）を含む。代
表的に、Ｎ末端の８１アミノ酸が用いられるが、Ｔヘルパーエピトープを含む異
なるフラグメントが用いられてもよい。In a preferred embodiment, the immunological fusion partner is a Gram-negative bacterial H
It is derived from protein D (WO 91/18926), which is a surface protein of aemophilus influenza B. Preferably, the protein D derivative has approximately one third of the first protein (eg, the first N-terminal 100-11
0 amino acids) and the protein D derivative is lipidated (lipidate).
d) can be done. In certain preferred embodiments, the first 109 residues of the lipoprotein D fusion partner are to provide a polypeptide with an additional exogenous T cell epitope, and Included at the N-terminus to increase expression levels in E. coli (and thus function as expression enhancers). The lipid tail ensures optimal presentation of the antigen to antigen presenting cells. Other fusion partners include the non-structural protein from influenza virus, NS1 (hemagglutinin). Typically, the N-terminal 81 amino acids are used, but different fragments containing a T helper epitope may be used.

【００６６】別の実施形態において、免疫学的融合パートナーは、ＬＹＴＡとして公知のタ
ンパク質、またはその部分（好ましくはＣ末端部分）である。ＬＹＴＡは、アミ
ダーゼＬＹＴＡ（ＬｙｔＡ遺伝子によりコードされる；Ｇｅｎｅ４３：２６５
〜２９２，１９８６）として公知のＮ−アセチル−Ｌ−アラニンアミダーゼを合
成するＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来である。ＬＹＴ
Ａは、ペプチドグリカン骨格中の特定の結合を特異的に分解する自己溶解素であ
る。ＬＹＴＡタンパク質のＣ末端ドメインは、コリンまたはいくつかのコリンア
ナログ（例えば、ＤＥＡＥ）への親和性についての原因である。この性質は、融
合タンパク質の発現のために有用なＥ．ｃｏｌｉＣ−ＬＹＴＡ発現プラスミド
の開発のために開発された。アミノ酸末端でＣ−ＬＹＴＡフラグメントを含むハ
イブリッドタンパク質の精製が、記載されている（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
１０：７９５〜７９８，１９９２）。好ましい実施形態において、ＬＹＴＡの
反復部分は、融合タンパク質に組み込まれ得る。反復部分は、残基１７８で開始
するＣ末端領域中に見出される。特に好ましい反復部分は、残基１８８〜３０５
を組み込む。In another embodiment, the immunological fusion partner is a protein known as LYTA, or a portion thereof (preferably a C-terminal portion). LYTA is an amidase LYTA (encoded by the LytA gene; Gene 43: 265).
292, 1986) from Streptococcus pneumoniae which synthesizes an N-acetyl-L-alanine amidase. LYT
A is an autolysin that specifically degrades certain bonds in the peptidoglycan backbone. The C-terminal domain of the LYTA protein is responsible for the affinity for choline or some choline analogs (eg, DEAE). This property makes E. coli useful for expression of fusion proteins. E. coli C-LYTA expression plasmid. Purification of hybrid proteins containing a C-LYTA fragment at the amino acid terminus has been described (Biotechnology).
10: 795-798, 1992). In a preferred embodiment, the repeat portion of LYTA can be incorporated into a fusion protein. The repeat portion is found in the C-terminal region starting at residue 178. Particularly preferred repeats are residues 188-305
Incorporate.

【００６７】一般に、本明細書に記載されるようなポリペプチド（融合タンパク質を含む）
およびポリヌクレオチドが単離される。「単離された」ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドは、その元来の環境から取り出されたものである。例えば、天然に
存在するタンパク質は、それが天然の系中で共存する物質のいくつかまたは全て
から分離されている場合、単離されている。好ましくは、このようなポリペプチ
ドは、少なくとも約９０％純粋、より好ましくは少なくとも約９５％純粋、そし
て最も好ましくは少なくとも約９９％純粋である。ポリヌクレオチドは、例えば
、それが天然の環境の一部でないベクターにクローニングされる場合、単離され
ていると考えられる。In general, polypeptides as described herein, including fusion proteins
And the polynucleotide is isolated. An "isolated" polypeptide or polynucleotide is one that has been removed from its original environment. For example, a naturally occurring protein has been isolated if it has been separated from some or all of the coexisting materials in the natural system. Preferably, such polypeptides are at least about 90% pure, more preferably at least about 95% pure, and most preferably at least about 99% pure. A polynucleotide is considered to be isolated if, for example, it is cloned into a vector that is not part of its natural environment.

【００６８】（結合剤）本発明は、さらに肺腫瘍タンパク質に特異的に結合する因子（例えば、抗体お
よびその抗原結合フラグメント）をさらに提供する。本明細書において用いる場
合、抗体またはその抗原結合フラグメントは、肺腫瘍タンパク質と検出可能レベ
ルで反応し（例えば、ＥＬＩＳＡにおいて）、そして類似の条件下で無関係のタ
ンパク質とは検出可能に反応しない場合、肺腫瘍タンパク質に「特異的に結合す
る」といわれる。本明細書において用いる場合、「結合（ｂｉｎｄｉｎｇ）」は
、「複合体」が形成されるような２つの別々の分子間の非共有結合をいう。結合
する能力は、例えば、複合体の形成についての結合定数を決定することにより評
価され得る。結合定数は、複合体の濃度を成分濃度の積で割って得られる値であ
る。一般に、２つの化合物は、複合体形成の結合定数が約１０³Ｌ／ｍｏｌを超
える場合、本発明の文脈中で「結合している」といわれる。結合定数は、当該分
野で周知の方法を用いて決定され得る。(Binding Agent) The present invention further provides an agent (eg, an antibody and an antigen-binding fragment thereof) that specifically binds to a lung tumor protein. As used herein, an antibody or antigen-binding fragment thereof reacts with a detectable level with a lung tumor protein (eg, in an ELISA) and does not detectably react with an unrelated protein under similar conditions. It is said to "specifically bind" to lung tumor proteins. As used herein, "binding" refers to a non-covalent bond between two separate molecules such that a "complex" is formed. The ability to bind can be assessed, for example, by determining the binding constant for complex formation. The binding constant is a value obtained by dividing the complex concentration by the product of the component concentrations. In general, two compounds are said to be "bound" in the context of the present invention if the binding constant for complex formation is greater than about 10 ³ L / mol. Binding constants can be determined using methods well known in the art.

【００６９】結合剤は、本明細書において提供される代表的アッセイを用いて、ガン（例え
ば、肺ガン）を有する患者と有さない患者の間でさらに区別され得る。言い換え
れば、肺腫瘍タンパク質に結合する抗体または他の結合剤は、疾患を有する少な
くとも約２０％の患者においてはガンの存在を示すシグナルを生成し、そしてガ
ンを有さない少なくとも約９０％の個体においては疾患の存在しないことを示す
ネガティブなシグナルを生成する。結合剤がこの要件を満たすか否かを決定する
ために、ガンを有する患者およびガンを有さない（標準的臨床試験を用いて決定
した場合）患者由来の生物学的サンプル（例えば、血液、血清、尿、および／ま
たは腫瘍生検）は、この結合剤に結合するポリペプチドの存在について、本明細
書に記載のようにアッセイされ得る。疾患を有するサンプルおよび疾患を有さな
い統計的に有意な数のサンプルをアッセイすべきであることが明白である。それ
ぞれの結合剤は、上記の基準を満たすべきであるが；当業者は、結合剤が感受性
を改善する組み合わせで用いられ得ることを認識する。Binders can be further differentiated between patients with and without cancer (eg, lung cancer) using the representative assays provided herein. In other words, an antibody or other binding agent that binds to a lung tumor protein produces a signal indicating the presence of cancer in at least about 20% of patients with the disease, and at least about 90% of individuals without cancer Produces a negative signal indicating the absence of disease. To determine whether the binder meets this requirement, a biological sample (e.g., blood, etc.) from a patient with cancer and a patient without cancer (as determined using standard clinical trials) Serum, urine, and / or tumor biopsies) can be assayed for the presence of the polypeptide binding to the binding agent as described herein. It is clear that a sample with disease and a statistically significant number of samples without disease should be assayed. Although each binder should meet the above criteria; those skilled in the art will recognize that binders can be used in combinations that improve sensitivity.

【００７０】上記の要件を満たす任意の因子が結合因子であり得る。例えば、結合剤はリボ
ソーム（ペプチド成分を伴うかまたは伴わない）、ＲＮＡ分子またはポリペプチ
ドであり得る。好ましい実施形態において、結合剤は、抗体またはその抗原結合
フラグメントである。抗体は、当業者に公知の任意の種々の技術により調製され
得る。例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ＡＬａ
ｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬ
ａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８を参照のこと。一般に、組換え抗体の産生を可能
にするために、細胞培養技術（本明細書中に記載のモノクローナル抗体の産生を
含む）によってか、または適切な細菌細胞宿主または哺乳動物細胞宿主への抗体
遺伝子のトランスフェクションを介して、抗体は産生され得る。１つの技術では
、ポリペプチドを含む免疫原は、任意の広範な種々の哺乳動物（例えば、マウス
、ラット、ウサギ、ヒツジ、またはヤギ）にまず注射される。この工程で、本発
明のポリペプチドは、改変なしの免疫原として働く。あるいは、特に、相対的に
短いポリペプチドについて、このポリペプチドがキャリアタンパク質（例えば、
ウシ血清アルブミンまたはキーホールリンペットヘモシアニン）に結合する場合
、優れた免疫応答が惹起され得る。この免疫原は、好ましくは所定のスケジュー
ル（１回以上のブースター免疫を組み込む）に従って、動物宿主に注射され、そ
してこの動物は、定期的に採血される。次いで、このポリペプチドに特異的なポ
リクローナル抗体は、例えば、安定な固体支持体に結合しているポリペプチドを
用いるアフィニティークロマトグラフィーにより、このような抗血清から精製さ
れ得る。[0070] Any agent that satisfies the above requirements can be a binding agent. For example, the binding agent can be a ribosome (with or without a peptide component), an RNA molecule or a polypeptide. In a preferred embodiment, the binding agent is an antibody or an antigen-binding fragment thereof. Antibodies can be prepared by any of a variety of techniques known to those of skill in the art. For example, Harlow and Lane, Antibodies: A La
boratemanual, Cold Spring Harbor L
lab, 1988. Generally, the antibody genes may be prepared by cell culture techniques (including the production of the monoclonal antibodies described herein) or by suitable bacterial or mammalian cell hosts to allow for the production of recombinant antibodies. Antibodies can be produced through transfection of In one technique, an immunogen comprising a polypeptide is first injected into any of a wide variety of mammals (eg, a mouse, rat, rabbit, sheep, or goat). In this step, the polypeptide of the present invention acts as an unmodified immunogen. Alternatively, especially for relatively short polypeptides, the polypeptide may be a carrier protein (eg,
When bound to bovine serum albumin or keyhole limpet hemocyanin), an excellent immune response can be elicited. The immunogen is injected into an animal host, preferably according to a predetermined schedule (incorporating one or more booster immunizations), and the animals are bled periodically. A polyclonal antibody specific for the polypeptide can then be purified from such antisera, for example, by affinity chromatography using the polypeptide bound to a stable solid support.

【００７１】目的の抗原性ポリペプチドについて特異的なモノクローナル抗体は、例えば、
ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．６：５１
１−５１９、１９７６の技術、ならびにその改良型を使用して調製され得る。手
短に言うと、これらの方法は、所望の特異性（すなわち、目的のポリペプチドと
の反応性）を有する抗体を産生し得る不死化細胞株の調製を包含する。このよう
な細胞株は、例えば、上記のように、免疫された動物から得られた脾臓細胞から
産生され得る。次いで、脾臓細胞は、例えば、ミエローマ細胞融合パートナー（
好ましくは、免疫された動物と同系のもの）との融合によって不死化される。種
々の融合技術が使用され得る。例えば、脾臓細胞およびミエローマ細胞は、非イ
オン性界面活性剤と数分間組み合わせられ得、次いで、ハイブリッド細胞の増殖
を支持するが、ミエローマ細胞の増殖を支持しない選択培地上で低密度でプレー
トされる。好ましい選択技術は、ＨＡＴ（ヒポキサンチン、アミノプテリン、チ
ミジン）選択を使用する。十分な時間（通常約１〜２週間）後、ハイブリッドの
コロニーが観察される。単一コロニーが選択され、そしてそれらの培養上清が、
ポリペプチドに対する結合活性について試験される。高い反応性および特異性を
有するハイブリドーマが好ましい。[0071] Monoclonal antibodies specific for the antigenic polypeptide of interest include, for example,
See Kohler and Milstein, Eur. J. Immunol. 6:51
1-519, 1976, as well as modifications thereof. Briefly, these methods involve the preparation of immortalized cell lines that can produce antibodies with the desired specificity (ie, reactivity with the polypeptide of interest). Such cell lines can be produced, for example, from spleen cells obtained from the immunized animal, as described above. The spleen cells are then transformed, for example, into a myeloma cell fusion partner (
Preferably, it is immortalized by fusion with an immunized animal. Various fusion techniques can be used. For example, spleen cells and myeloma cells can be combined with a non-ionic detergent for several minutes and then plated at low density on a selective medium that supports the growth of hybrid cells but does not support the growth of myeloma cells. . A preferred selection technique uses HAT (hypoxanthine, aminopterin, thymidine) selection. After a sufficient time (usually about 1-2 weeks), hybrid colonies are observed. Single colonies were selected and their culture supernatant was
Tested for binding activity to the polypeptide. Hybridomas with high reactivity and specificity are preferred.

【００７２】モノクローナル抗体を、増殖しているハイブリドーマコロニーの上清から単離
し得る。さらに、種々の技術（例えば、適切な脊椎動物宿主（例えば、マウス）
の腹膜腔へのハイブリドーマ細胞株の注入）が、収量を増大させるために利用さ
れ得る。次いで、モノクローナル抗体を、腹水または血液から収集し得る。夾雑
物を、通常の技術（例えば、クロマトグラフィー、ゲル濾過、沈殿、および抽出
）によって抗体から除去し得る。本発明のポリペプチドを、例えば、アフィニテ
ィークロマトグラフィー工程における精製工程において使用し得る。[0072] Monoclonal antibodies can be isolated from the supernatant of growing hybridoma colonies. In addition, various techniques (eg, suitable vertebrate hosts (eg, mice)
Injection of the hybridoma cell line into the peritoneal cavity) can be used to increase the yield. Monoclonal antibodies can then be collected from ascites or blood. Contaminants can be removed from the antibody by conventional techniques (eg, chromatography, gel filtration, precipitation, and extraction). The polypeptide of the present invention can be used, for example, in a purification step in an affinity chromatography step.

【００７３】特定の実施形態において、抗体の抗原結合フラグメントの使用が好ましい。こ
のようなフラグメントは、標準的な技術を使用して調製され得るＦａｂフラグメ
ントを含む。手短に言うと、免疫グロブリンを、プロテインＡビーズカラム上の
アフィニティークロマトグラフィー（ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂ
ｏｄｉｅｓ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ、ＣｏｌｄＳｐｒｉｎ
ｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８８）によってウサギ血清から
精製し得、そしてパパインによって消化して、ＦａｂフラグメントおよびＦｃフ
ラグメントを産生し得る。ＦａｂフラグメントおよびＦｃフラグメントは、プロ
テインＡビーズカラム上のアフィニティークロマトグラフィーによって分離され
得る。In certain embodiments, the use of an antigen-binding fragment of an antibody is preferred. Such fragments include Fab fragments that can be prepared using standard techniques. Briefly, immunoglobulins were purified by affinity chromatography on protein A bead columns (Harlow and Lane, Antib.
odies: A Laboratory Manual, Cold Spring
g Harbor Laboratory, 1988) and can be digested with papain to produce Fab and Fc fragments. Fab and Fc fragments can be separated by affinity chromatography on a Protein A bead column.

【００７４】本発明のモノクローナル抗体は、１つ以上の治療薬剤に結合され得る。この点
において適切な薬剤は、放射性核種、分化誘導剤、薬物、毒素、およびその誘導
体を含む。好ましい放射性核種には、⁹⁰Ｙ、¹²³Ｉ、¹²⁵Ｉ、¹³¹Ｉ、¹⁸⁶Ｒｅ、¹⁸ ⁸ Ｒｅ、²¹¹Ａｔ、および²¹²Ｂｉが含まれる。好ましい薬物には、メトトレキセ
ート、ならびにピリミジンアナログおよびプリンアナログが含まれる。好ましい
分化誘導剤には、ホルボールエステルおよび酪酸が含まれる。好ましい毒素には
、リシン、アブリン、ジフテリア毒素、コレラ毒素、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ
）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ体外毒素、Ｓｈｉｇｅｌｌａ毒素、およびアメリカ
ヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質が含まれる。[0074] The monoclonal antibodies of the invention can be conjugated to one or more therapeutic agents. Suitable agents in this regard include radionuclides, differentiation inducers, drugs, toxins, and derivatives thereof. Preferred radionuclides include ^{^{^{90 Y, 123 I, 125 I}}} , 131 I, 186 Re, 18 8 Re, 211 At, and ²¹² Bi. Preferred drugs include methotrexate, and pyrimidine and purine analogs. Preferred differentiation inducers include phorbol esters and butyric acid. Preferred toxins include ricin, abrin, diphtheria toxin, cholera toxin, gelonin.
), Pseudomonas exotoxin, Shigella toxin, and pokeweed antiviral proteins.

【００７５】治療剤は、直接的にかまたは間接的にかのいずれかで（例えば、リンカー基を
介して）適切なモノクローナル抗体にカップリング（例えば、共有結合によって
）され得る。薬剤と抗体との間の直接的な反応は、各々が互いに反応し得る置換
基を有する場合に可能である。例えば、一方の求核基（例えば、アミノ基または
スルフヒドリル基）は、他方のカルボニル含有基（例えば、無水物もしくは酸ハ
ロゲン化物）または良好な遊離基（例えば、ハロゲン化物）を含むアルキル基と
反応し得る。Therapeutic agents can be coupled (eg, via a covalent bond) to the appropriate monoclonal antibody, either directly or indirectly (eg, via a linker group). A direct reaction between the agent and the antibody is possible if each has substituents that can react with each other. For example, one nucleophilic group (eg, an amino group or a sulfhydryl group) reacts with an alkyl group containing the other carbonyl-containing group (eg, an anhydride or an acid halide) or a good free group (eg, a halide). I can do it.

【００７６】あるいは、リンカー基を介して治療剤と抗体とをカップリングさせることが所
望され得る。リンカー基は、結合の可能性を妨げることを回避するために、抗体
を薬剤から隔てるためのスペーサーとして機能し得る。リンカー基はまた、薬剤
または抗体上の置換基の化学的反応性を増加させるために働き得、従ってカップ
リング効率を増大させる。化学的反応性の増大はまた、薬剤または薬剤上の官能
基の使用を容易にし得、これはさもなければ可能ではない。Alternatively, it may be desirable to couple the therapeutic agent and the antibody via a linker group. The linker group may function as a spacer to separate the antibody from the drug to avoid hindering the possibility of binding. Linker groups can also serve to increase the chemical reactivity of substituents on drugs or antibodies, thus increasing coupling efficiency. Increased chemical reactivity may also facilitate the use of the drug or functional groups on the drug, which would not otherwise be possible.

【００７７】種々の二官能性または多官能性試薬、ホモ官能性とヘテロ官能性との両方（例
えば、ＰｉｅｒｃｅＣｈｅｍｉｃａｌＣｏ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬのカ
タログ中に記載されるもの）が、リンカー基として使用され得ることが当業者に
は明らかである。カップリングは、例えば、アミノ基、カルボキシル基、スルフ
ヒドリル基、または酸化された炭水化物残基を介してもたらされ得る。このよう
な方法論を記載する多数の参考文献（例えば、Ｒｏｄｗｅｌｌらに対する米国特
許第４，６７１，９５８号）が存在する。A variety of bifunctional or polyfunctional reagents, both homofunctional and heterofunctional (eg, those described in the catalog of Pierce Chemical Co., Rockford, IL) are used as linker groups. It will be clear to those skilled in the art that Coupling can be effected, for example, via an amino group, a carboxyl group, a sulfhydryl group, or an oxidized carbohydrate residue. There are numerous references describing such methodologies (eg, US Pat. No. 4,671,958 to Rodwell et al.).

【００７８】本発明の免疫結合体の抗体部分がないときに治療剤がより強力である場合、細
胞中への内部移行の間に、またはその際に切断可能なリンカー基を使用すること
が望ましくあり得る。多数の異なる切断可能なリンカー基が記載されてきた。こ
れらのリンカー基からの薬剤の細胞内放出についての機構は、ジスルフィド結合
の還元（例えば、Ｓｐｉｔｌｅｒへの米国特許第４，４８９，７１０号）、感光
性結合の照射（例えば、Ｓｅｎｔｅｒらへの米国特許第４，６２５，０１４号）
、誘導体化されたアミノ酸側鎖の加水分解（例えば、Ｋｏｈｎらへの米国特許第
４，６３８，０４５号）、血清補体媒介性加水分解（例えば、Ｒｏｄｗｅｌｌら
への米国特許第４，６７１，９５８号）、および酸触媒加水分解（例えば、Ｂｌ
ａｔｔｌｅｒらへの米国特許第４，５６９，７８９号）による切断を含む。If the therapeutic agent is more potent in the absence of the antibody portion of the immunoconjugate of the invention, it may be desirable to use a cleavable linker group during or during internalization into the cell. possible. A number of different cleavable linker groups have been described. Mechanisms for the intracellular release of drugs from these linker groups include disulfide bond reduction (eg, US Pat. No. 4,489,710 to Spitler), irradiation of photosensitive bonds (eg, US Pat. (Patent No. 4,625,014)
, Hydrolysis of derivatized amino acid side chains (eg, US Pat. No. 4,638,045 to Kohn et al.), Serum complement-mediated hydrolysis (eg, US Pat. No. 4,671, to Rodwell et al.). 958), and acid-catalyzed hydrolysis (eg, Bl
US Pat. No. 4,569,789 to Attler et al.).

【００７９】１つより多い薬剤を抗体にカップリングさせることが望ましくあり得る。１つ
の実施形態において、複数の薬剤の分子が１つの抗体分子にカップリングされる
。別の実施形態において、１つより多い型の薬剤が１つの抗体にカップリングさ
れ得る。特定の実施形態に関わらず、１つより多い薬剤を有する免疫結合体は、
種々の方法で調製され得る。例えば、１つより多い薬剤が、抗体分子に直接的に
カップリング抗体分子に直接的にカップリングされ得るか、または付着のための
複数の部位を提供するリンカーが使用され得る。あるいは、キャリアが使用され
得る。It may be desirable to couple more than one agent to the antibody. In one embodiment, multiple drug molecules are coupled to one antibody molecule. In another embodiment, more than one type of agent may be coupled to one antibody. Regardless of the particular embodiment, the immunoconjugate having more than one agent is
It can be prepared in various ways. For example, more than one agent can be directly coupled to the antibody molecule, or a linker that provides multiple sites for attachment can be used. Alternatively, a carrier can be used.

【００８０】キャリアは、種々の方法（直接的にかまたはリンカー基を介するかのいずれか
の共有結合を含む）で薬剤を保有し得る。適切なキャリアには、アルブミンのよ
うなタンパク質（例えば、Ｋａｔｏらへの米国特許第４，５０７，２３４号）、
ペプチド、およびアミノデキストランのような多糖類（例えば、Ｓｈｉｈらへの
米国特許第４，６９９，７８４号）を含む。キャリアはまた、例えばリポソーム
ベシクル内に、非共有結合によってかまたはカプセル化によって、薬剤を保有し
得る（例えば、米国特許第４，４２９，００８号および同第４，８７３、０８８
号）。放射性核種薬剤に特異的なキャリアは、放射性ハロゲン化低分子およびキ
レート化合物を含む。例えば、米国特許第４，７３５，７９２号は、代表的な放
射性ハロゲン化低分子およびそれらの合成を開示する。放射性核種キレートは、
金属、または金属酸化物、放射性核種を結合するためのドナー原子として窒素原
子および硫黄原子を含むキレート化合物から形成され得る。例えば、Ｄａｖｉｓ
ｏｎらへの米国特許第４，６７３，５６２号は、代表的なキレート化合物および
それらの合成を開示する。The carrier can carry the drug in a variety of ways, including covalently, either directly or through a linker group. Suitable carriers include proteins such as albumin (eg, US Pat. No. 4,507,234 to Kato et al.),
And polysaccharides such as aminodextran (eg, US Pat. No. 4,699,784 to Shih et al.). Carriers can also carry the drug, for example, non-covalently or by encapsulation, in liposome vesicles (eg, US Pat. Nos. 4,429,008 and 4,873,088).
issue). Carriers specific for radionuclide drugs include small radiohalogenated molecules and chelating compounds. For example, US Pat. No. 4,735,792 discloses representative radiohalogenated small molecules and their synthesis. Radionuclide chelates are
Metals or metal oxides can be formed from chelating compounds containing nitrogen and sulfur atoms as donor atoms for binding radionuclides. For example, Davis
U.S. Pat. No. 4,673,562 to on et al. discloses representative chelates and their synthesis.

【００８１】抗体および免疫結合体についての投与の種々の経路が使用され得る。代表的に
は、投与は、静脈内、筋肉内、皮下、または切除した腫瘍の基底での投与である
。抗体／免疫結合体の正確な用量は、使用される抗体、腫瘍上の抗原密度、およ
び抗体のクリアランスの速度に依存して変化することは明白である。Various routes of administration for antibodies and immunoconjugates can be used. Typically, administration is intravenous, intramuscular, subcutaneous, or at the base of a resected tumor. Obviously, the exact dose of antibody / immunoconjugate will vary depending on the antibody used, the antigen density on the tumor, and the rate of clearance of the antibody.

【００８２】（Ｔ細胞）免疫治療組成物はまた（あるいは）肺腫瘍タンパク質に特異的なＴ細胞を含み
得る。このような細胞は、一般的に、標準的手順を使用してインビトロまたはエ
キソビボで調製され得る。例えば、Ｔ細胞は、市販の細胞分離システム（例えば
、ＩＳＯＬＥＸ^TMシステム（ＮｅｘｅｌｌＴｈｒａｐｅｕｔｉｃｓＩｎｃ．
，Ｉｒｖｉｎｅ，ＣＡから入手可能（米国特許第５，２４０，８５６号；米国特
許第５，２１５，９２６号；ＷＯ８９／０６２８０；ＷＯ９１／１６１１６およ
びＷＯ９２／０７２４３もまた参照のこと））を使用して、患者の骨髄、末梢血
、あるいは骨髄または末梢血の画分中から単離され得る。あるいは、Ｔ細胞は、
関連または無関連のヒト、非ヒト哺乳動物、細胞株または培養物から誘導され得
る。T Cells The immunotherapeutic composition may also (or alternatively) include T cells specific for lung tumor proteins. Such cells can generally be prepared in vitro or ex vivo using standard procedures. For example, T cells can be purchased from commercially available cell separation systems (eg, the ISOLEX ^™ system (Nexell Therapeutics Inc.).
, Irvine, CA (US Pat. No. 5,240,856; US Pat. No. 5,215,926; WO 89/06280; see also WO 91/16116 and WO 92/07243). Can be isolated from bone marrow, peripheral blood, or a fraction of bone marrow or peripheral blood of a patient. Alternatively, the T cells
It can be derived from a related or unrelated human, non-human mammal, cell line or culture.

【００８３】Ｔ細胞は、肺腫瘍ポリペプチド、肺腫瘍ポリペプチドをコードするポリヌクレ
オチドおよび／またはこのようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞（ＡＰＣ
）を用いて刺激され得る。このような刺激は、このポリペプチドに特異的である
Ｔ細胞の生成を可能にする条件下およびそれに十分な時間で行われる。好ましく
は、肺腫瘍ポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、送達ビヒクル（例えば、ミ
クロスフェア）中に存在して、特異的Ｔ細胞の生成を容易にする。T cells are derived from lung tumor polypeptides, polynucleotides encoding lung tumor polypeptides and / or antigen presenting cells (APCs) that express such polypeptides.
). Such stimulation is performed under conditions and for a time sufficient to permit the generation of T cells specific for the polypeptide. Preferably, the lung tumor polypeptide or polynucleotide is in a delivery vehicle (eg, microspheres) to facilitate the generation of specific T cells.

【００８４】Ｔ細胞が、肺腫瘍ポリペプチドで被覆された標的細胞またはこのポリペプチド
をコードする遺伝子を発現する標的細胞を殺傷する場合、このＴ細胞は、肺腫瘍
ポリペプチドに特異的であるとみなされる。Ｔ細胞特異性は、任意の種々の標準
的技術を使用して評価され得る。例えば、クロム放出アッセイまたは増殖アッセ
イにおいて、ネガティブコントロールと比較して、溶解および／または増殖にお
いて２倍を超える増加の刺激指数は、Ｔ細胞特異性を示す。このようなアッセイ
は、例えば、Ｃｈｅｎら、ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．５４：１０６５−１０７０，
１９９４に記載されるように、実行され得る。あるいは、Ｔ細胞の増殖の検出は
、種々の公知の技術によって達成され得る。例えば、Ｔ細胞増殖は、ＤＮＡ合成
の速度の増加を測定することによって検出され得る（例えば、トリチウム化チミ
ジンでＴ細胞の培養物をパルス標識し、ＤＮＡに取り込まれたトリチウム化チミ
ジンの量を測定することによって）。３〜７日間の肺腫瘍ポリペプチド（１００
ｎｇ／ｍｌ〜１００μｇ／ｍｌ、好ましくは、２００ｎｇ／ｍｌ〜２５μｇ／ｍ
ｌ）との接触は、Ｔ細胞の増殖において少なくとも２倍の増加を生じるはずであ
る。２〜３時間の上記のような接触は、標準的なサイトカインアッセイを使用し
て測定されるように、Ｔ細胞の活性化を生じ、ここで、サイトカイン（例えば、
ＴＮＦまたはＩＦＮ−γ）放出のレベルの２倍の増加は、Ｔ細胞の活性化を示す
（Ｃｏｌｉｇａｎら、ＣｕｒｒｅｎｔＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＩｍｍｕｎ
ｏｌｏｇｙ，第１巻、ＷｉｌｅｙＩｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ（Ｇｒｅｅｎｅ
１９９８）を参照のこと）。肺腫瘍ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたはポリ
ペプチド発現ＡＰＣに対して活性化されたＴ細胞は、ＣＤ４⁺および／またはＣ
Ｄ８⁺であり得る。肺腫瘍タンパク質特異的Ｔ細胞は、標準的な技術を使用して
増殖され得る。好ましい実施形態において、Ｔ細胞は、患者または関連するドナ
ーもしくは無関連のドナーのいずれかから誘導され、そして刺激および増殖後に
その患者に投与される。When a T cell kills a target cell coated with a lung tumor polypeptide or a target cell expressing a gene encoding the polypeptide, the T cell is considered to be specific for the lung tumor polypeptide. It is regarded. T cell specificity can be assessed using any of a variety of standard techniques. For example, a stimulation index of more than a 2-fold increase in lysis and / or proliferation compared to a negative control in a chromium release or proliferation assay indicates T cell specificity. Such assays are described, for example, in Chen et al., Cancer Res. 54: 1065-1070,
It can be performed as described in 1994. Alternatively, detection of T cell proliferation can be achieved by various known techniques. For example, T cell proliferation can be detected by measuring an increase in the rate of DNA synthesis (eg, pulse labeling of T cell cultures with tritiated thymidine and measuring the amount of tritiated thymidine incorporated into DNA. By). 3-7 days of lung tumor polypeptide (100
ng / ml to 100 μg / ml, preferably 200 ng / ml to 25 μg / m
Contacting with l) should result in at least a 2-fold increase in T cell proliferation. Contact for 2-3 hours as described above results in T cell activation, as measured using a standard cytokine assay, wherein the cytokine (eg,
A two-fold increase in the level of TNF or IFN-γ release indicates T cell activation (Coligan et al., Current Protocols in Immun).
ology, Volume 1, Wiley Interscience (Greene)
1998)). T cells activated against lung tumor polypeptide, polynucleotide or polypeptide-expressing APCs are CD4 ⁺ and / or C
D8 ⁺ . Lung tumor protein-specific T cells can be expanded using standard techniques. In a preferred embodiment, the T cells are derived from the patient or either a related or unrelated donor and are administered to the patient after stimulation and expansion.

【００８５】治療目的で、肺腫瘍ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたはＡＰＣに応答して
増殖するＣＤ４⁺Ｔ細胞またはＣＤ８⁺Ｔ細胞は、インビトロまたはインビボのい
ずれかで大量に増殖され得る。このようなＴ細胞のインビトロでの増殖は、種々
の方法において達成され得る。例えば、Ｔ細胞は、Ｔ細胞増殖因子（例えば、イ
ンターロイキン−２）および／または肺腫瘍ポリペプチドを合成する刺激細胞の
添加を伴うかまたは伴わずに、肺腫瘍ポリペプチドまたはこのようなポリペプチ
ドの免疫原性部分に対応する短いペプチドに再曝露され得る。あるいは、肺腫瘍
タンパク質の存在下で増殖する１つ以上のＴ細胞は、クローニングによって大量
に増殖され得る。細胞をクローニングするための方法は、当該分野で周知であり
、そしてこれには限界希釈が挙げられる。For therapeutic purposes, CD4 ⁺ or CD8 ⁺ T cells that grow in response to lung tumor polypeptides, polynucleotides or APCs can be expanded in large quantities, either in vitro or in vivo. In vitro expansion of such T cells can be achieved in various ways. For example, a T cell may be a lung tumor polypeptide or such a polypeptide, with or without the addition of a T cell growth factor (eg, interleukin-2) and / or a stimulator cell that synthesizes a lung tumor polypeptide. Can be re-exposed to a short peptide corresponding to the immunogenic portion of Alternatively, one or more T cells that grow in the presence of a lung tumor protein can be expanded in large quantities by cloning. Methods for cloning cells are well known in the art, and include limiting dilution.

【００８６】（薬学的組成物およびワクチン）特定の局面では、本明細書中に開示されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、
Ｔ細胞および／または結合剤を、薬学的組成物または免疫原性組成物（すなわち
、ワクチン）中に組み込み得る。薬学的組成物は、１つ以上のこのような化合物
および生理的に受容可能なキャリアを含む。ワクチンは、１つ以上のこのような
化合物および免疫刺激薬を含み得る。免疫刺激薬は、外因性の抗原に対する免疫
応答を増強または強化する任意の物質であり得る。免疫刺激薬の例としては、ア
ジュバント、生分解性ミクロスフェア（例えば、ポリ乳酸ガラクチド（ｐｏｌｙ
ｌａｃｔｉｃｇａｌａｃｔｉｄｅ）およびリポソーム（この中に、化合物が取
り込まれる；例えば、Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ、米国特許第４，２３５，８７７号を
参照のこと）が挙げられる。ワクチン調製物は、一般的に、例えば、Ｍ．Ｆ．Ｐ
ｏｗｅｌｌおよびＭ．Ｊ．Ｎｅｗｍａｎ編、「ＶａｃｃｉｎｅＤｅｓｉｇｎ（
ｔｈｅｓｕｂｕｎｉｔａｎｄａｄｊｕｖａｎｔａｐｐｒｏａｃｈ）」、
ＰｌｅｎｕｍＰｒｅｓｓ（ＮＹ、１９９５）に記載される。本発明の範囲内に
ある薬学的組成物およびワクチンはまた、生物学的に活性または不活性であり得
る他の化合物を含み得る。例えば、他の腫瘍抗原の１つ以上の免疫原性部分は、
組成物またはワクチンにおいて、融合ポリペプチドに組み込まれてかまたは個々
の化合物としてのいずれかで存在し得る。(Pharmaceutical Compositions and Vaccines) In certain aspects, the polypeptides, polynucleotides, and polypeptides disclosed herein;
T cells and / or binding agents can be incorporated into pharmaceutical or immunogenic compositions (ie, vaccines). Pharmaceutical compositions comprise one or more such compounds and a physiologically acceptable carrier. A vaccine may include one or more such compounds and an immunostimulant. An immunostimulant can be any substance that enhances or enhances the immune response to an exogenous antigen. Examples of immunostimulants include adjuvants, biodegradable microspheres (eg, polylactide galactide (poly)
lactide and liposomes, into which the compound is incorporated; see, eg, Fullerton, US Pat. No. 4,235,877. Vaccine preparations are generally described, for example, in M. F. P
owell and M.W. J. Newman, "Vaccine Design (
the subunit and adjuvant approach) ",
Plenum Press (NY, 1995). Pharmaceutical compositions and vaccines within the scope of the present invention may also include other compounds that may be biologically active or inactive. For example, one or more immunogenic portions of another tumor antigen
In a composition or vaccine, it can be either incorporated into the fusion polypeptide or present as an individual compound.

【００８７】薬学的組成物またはワクチンは、上記のような１つ以上のポリペプチドをコー
ドするＤＮＡを含み得、その結果、このポリペプチドはインサイチュで生成され
る。上記のように、ＤＮＡは、当業者に公知の種々の任意の送達系（核酸発現系
、細菌性発現系、およびウイルス性発現系を含む）において存在し得る。多数の
遺伝子送達技術（例えば、Ｒｏｌｌａｎｄ，Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｔｈｅｒａｐ．
ＤｒｕｇＣａｒｒｉｅｒＳｙｓｔｅｍｓ１５：１４３−１９８，１９９８
、およびそこに引用される参考文献によって記載される技術）が当該分野におい
て周知である。適切な核酸発現系は、患者における発現のために必要なＤＮＡ配
列を含む（例えば、適切なプロモーターおよび終結シグナル）。細菌性送達系は
、細胞表面上でポリペプチドの免疫原性部分を発現するかまたはこのようなエピ
トープを分泌する細菌（例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ−Ｃａｌｍｅｔｔｅ−Ｇｕｅ
ｒｒｉｎ）の投与を含む。好ましい実施形態では、ウイルス性発現系（例えば、
ワクシニアもしくは他のポックスウイルス、レトロウイルス、またはアデノウイ
ルス）を使用してＤＮＡを導入し得る。このウイルス発現系は、非病原性（欠損
性）で複製能力のあるウイルスの使用を含み得る。適切な系は、例えば、以下に
おいて開示される：Ｆｉｓｈｅｒ−Ｈｏｃｈら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ
．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８６：３１７−３２１、１９８９；Ｆｌｅｘｎｅｒら、Ａｎ
ｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．５６９：８６−１０３、１９８９；Ｆｌｅｘｎ
ｅｒら、Ｖａｃｃｉｎｅ８：１７−２１、１９９０；米国特許第４，６０３，
１１２号、同第４，７６９，３３０号、および同第５，０１７，４８７号；ＷＯ
８９／０１９７３；米国特許第４，７７７，１２７号；ＧＢ２，２００，６
５１；ＥＰ０，３４５，２４２；ＷＯ９１／０２８０５；Ｂｅｒｋｎｅｒ、
Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ６：６１６−６２７、１９８８；Ｒｏｓｅｎｆｅ
ｌｄら、Ｓｃｉｅｎｃｅ２５２：４３１−４３４、１９９１；Ｋｏｌｌｓら、
Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９１：２１５−２１９、１９
９４；Ｋａｓｓ−Ｅｉｓｌｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ
ＳＡ９０：１１４９８−１１５０２、１９９３；Ｇｕｚｍａｎら、Ｃｉｒｃｕ
ｌａｔｉｏｎ８８：２８３８−２８４８、１９９３；およびＧｕｚｍａｎら、
Ｃｉｒ．Ｒｅｓ．７３：１２０２−１２０７、１９９３。このような発現系にＤ
ＮＡを組み込む技術は、当業者に周知である。ＤＮＡはまた、例えば、Ｕｌｍｅ
ｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ２５９：１７４５−１７４９、１９９３において記載さ
れ、そしてＣｏｈｅｎ、Ｓｃｉｅｎｃｅ２５９：１６９１−１６９２、１９９
３によって概説されるように、「裸」であり得る。裸のＤＮＡの取り込みは、生
分解性ビーズ（これは、細胞に効率的に輸送される）上にＤＮＡをコーティング
することによって増加され得る。A pharmaceutical composition or vaccine can include DNA encoding one or more polypeptides as described above, such that the polypeptides are produced in situ. As noted above, DNA may be present in any of a variety of delivery systems known to those of skill in the art, including nucleic acid expression systems, bacterial expression systems, and viral expression systems. Numerous gene delivery technologies (eg, Rolland, Crit. Rev. Therap.
Drug Carrier Systems 15: 143-198, 1998
And the techniques described by the references cited therein) are well known in the art. Suitable nucleic acid expression systems contain the necessary DNA sequences for expression in the patient (eg, a suitable promoter and termination signal). Bacterial delivery systems express bacteria that express the immunogenic portion of the polypeptide on the cell surface or secrete such epitopes (eg, Bacillus-Calmette-Gue).
rrin). In a preferred embodiment, a viral expression system (eg,
Vaccinia or other poxvirus, retrovirus, or adenovirus) can be used to introduce DNA. The viral expression system may involve the use of a non-pathogenic (defective), replication-competent virus. Suitable systems are disclosed, for example, in Fisher-Hoch et al., Proc. Natl. Acad
. Sci. USA 86: 317-321, 1989; Flexner et al., An.
n. N. Y. Acad. Sci. 569: 86-103, 1989; Flexn.
er et al., Vaccine 8: 17-21, 1990; U.S. Patent 4,603.
Nos. 112, 4,769,330 and 5,017,487; WO
89/01973; U.S. Pat. No. 4,777,127; GB 2,200,6
51; EP 0,345,242; WO 91/02805; Berkner,
Biotechniques 6: 616-627, 1988; Rosenfe
Id et al., Science 252: 431-434, 1991; Kolls et al.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91: 215-219, 19
94; Kass-Eisler et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U
SA 90: 11498-11502, 1993; Guzman et al., Circu.
ration 88: 2838-2848, 1993; and Guzman et al.
Cir. Res. 73: 1202-1207, 1993. In such an expression system, D
Techniques for incorporating NA are well known to those skilled in the art. DNA can also be, for example, Ulme
r et al., Science 259: 1745-1749, 1993, and Cohen, Science 259: 1691-1692,199.
As outlined by 3, may be "naked". Naked DNA uptake can be increased by coating the DNA on biodegradable beads, which are efficiently transported into cells.

【００８８】当業者に公知の任意の適切なキャリアが、本発明の薬学的組成物において使用
され得るが、キャリアの型は、投与の様式に依存して変化する。本発明の組成物
は、任意の適切な投与の様式（例えば、局所的投与、経口投与、経鼻投与、静脈
内投与、頭蓋内投与、腹腔内投与、皮下投与、または筋内投与を含む）のために
処方され得る。非経口投与（例えば、皮下注射）については、キャリアは、好ま
しくは、水、生理食塩水、アルコール、脂肪、ろう、または緩衝液を含む。経口
投与については、任意の上記のキャリアまたは固体キャリア（例えば、マンニト
ール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、ナトリウムサッカリ
ン、タルク、セルロース、グルコース、スクロース、および炭酸マグネシウム）
を使用し得る。生分解性ミクロスフェア（例えば、ポリラクテートポリグリコレ
ート）もまた、本発明の薬学的組成物のためのキャリアとして使用され得る。適
切な生分解性ミクロスフェアは、例えば、米国特許第４，８９７，２６８号およ
び同第５，０７５，１０９号に開示される。[0088] While any suitable carrier known to those of skill in the art may be used in the pharmaceutical compositions of the invention, the type of carrier will vary depending on the mode of administration. The compositions of the present invention can be administered in any suitable mode of administration, including, for example, topical, oral, nasal, intravenous, intracranial, intraperitoneal, subcutaneous, or intramuscular administration. May be prescribed for For parenteral administration (eg, subcutaneous injection), the carrier preferably includes water, saline, alcohol, fat, wax, or a buffer. For oral administration, any of the above carriers or a solid carrier (eg, mannitol, lactose, starch, magnesium stearate, sodium saccharin, talc, cellulose, glucose, sucrose, and magnesium carbonate)
Can be used. Biodegradable microspheres, such as polylactate polyglycolate, can also be used as carriers for the pharmaceutical compositions of the present invention. Suitable biodegradable microspheres are disclosed, for example, in U.S. Patent Nos. 4,897,268 and 5,075,109.

【００８９】このような組成物はまた、緩衝液（例えば、中性の緩衝化生理食塩水またはリ
ン酸緩衝化生理食塩水）、炭水化物（例えば、グルコース、マンノース、スクロ
ースまたはデキストラン）、マンニトール、タンパク質、ポリペプチドまたはア
ミノ酸（例えば、グリシン）、抗酸化剤、キレート剤（例えば、ＥＤＴＡまたは
グルタチオン）、アジュバント（例えば、水酸化アルミニウム）および／または
保存剤（防腐剤）を含み得る。あるいは、本発明の組成物は、凍結乾燥剤として
処方され得る。化合物はまた、周知の技術を用いてリポソーム内にカプセル化さ
れ得る。Such compositions may also include buffers (eg, neutral buffered saline or phosphate buffered saline), carbohydrates (eg, glucose, mannose, sucrose or dextran), mannitol, proteins. , Polypeptides or amino acids (eg, glycine), antioxidants, chelating agents (eg, EDTA or glutathione), adjuvants (eg, aluminum hydroxide), and / or preservatives (preservatives). Alternatively, the compositions of the present invention may be formulated as a lyophilizer. Compounds can also be encapsulated in liposomes using well known techniques.

【００９０】任意の種々の免疫賦活薬が、本発明のワクチンに使用され得る。例えば、アジ
ュバントが含まれ得る。ほとんどのアジュバントは、抗原を迅速な異化から防御
するように設計された物質（例えば、水酸化アルミニウムまたは鉱油）および免
疫応答の刺激因子（例えば、リピドＡ（脂質Ａ）、Ｂｏｒｔａｄｅｌｌａｐｅ
ｒｔｕｓｓｉｓまたはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ
由来のタンパク質）を含む。適切なアジュバントは、例えば、フロイント不完全
アジュバント（Ｆｒｅｕｎｄ’ｓＩｎｃｏｍｐｌｅｔｅＡｄｊｕｖａｎｔ）
およびフロイント完全アジュバント（Ｆｒｅｕｎｄ’ｓＣｏｍｐｌｅｔｅＡ
ｄｊｕｖａｎｔ）（ＤｉｆｃｏＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｄｅｔｒｏｉｔ，
ＭＩ）；ＭｅｒｃｋＡｄｊｕｖａｎｔ６５（ＭｅｒｃｋａｎｄＣｏｍｐ
ａｎｙ，Ｉｎｃ．，Ｒａｈｗａｙ，ＮＪ）；アルミニウム塩（例えば、水酸化ア
ルミニウムゲル（ミョウバン）またはリン酸アルミニウム）；カルシウム、鉄、
または亜鉛の塩；アシル化したチロシンの不溶性懸濁液；アシル化した糖；カチ
オンとして（ｃａｔｉｏｎｉｃａｌｌｙ）かまたはアニオンとして（ａｎｉｏｎ
ｉｃａｌｌｙ）誘導される多糖類；ポリフォスファーゼン；生分解性ミクロスフ
ェア、モノホスホリルリピドＡおよびｑｕｉｌＡとして市販されている。サイ
トカイン（例えば、ＧＭ−ＣＳＦまたはインターロイキン−２、インターロイキ
ン−７もしくはインターロイキン−１２）もまた、アジュバントとして使用され
得る。[0090] Any of a variety of immunostimulants can be used in the vaccines of the present invention. For example, an adjuvant may be included. Most adjuvants are substances (eg, aluminum hydroxide or mineral oil) designed to protect the antigen from rapid catabolism and stimulators of the immune response (eg, lipid A (lipid A), Bortadella pe
rtussis or Mycobacterium tuberculosis
Derived proteins). Suitable adjuvants include, for example, Freund's Incomplete Adjuvant.
And Freund's Complete Adjuvant (Freund's Complete A)
djuvant) (Difco Laboratories, Detroit,
MI); Merck Adjuvant 65 (Merck and Comp)
any, Inc. , Rahway, NJ); aluminum salts (eg, aluminum hydroxide gel (alum) or aluminum phosphate); calcium, iron,
Or a salt of zinc; an insoluble suspension of acylated tyrosine; an acylated sugar; either cationically or anionically (anion).
ially) derived polysaccharides; polyphosphazenes; commercially available as biodegradable microspheres, monophosphoryl lipid A and quil A. Cytokines such as GM-CSF or interleukin-2, interleukin-7 or interleukin-12 can also be used as adjuvants.

【００９１】本明細書中で提供されるワクチンにおいて、アジュバンド組成物は、好ましく
は、優勢にＴｈ１型の免疫応答を誘導するように設計される。高レベルのＴｈ１
型サイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、ＩＬ−２およびＩＬ−１２
）は、投与された抗原に対する細胞媒介性免疫応答の誘導を好む傾向にある。対
照的に、高レベルのＴｈ２型サイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ
−６およびＩＬ−１０）は、体液性免疫応答の誘導を好む傾向にある。本明細書
中に提供されるワクチンの適用に従って、患者は、Ｔｈ１型応答およびＴｈ２型
応答を誘導する免疫応答を支持する。応答が優勢にＴｈ１型である好ましい実施
形態において、Ｔｈ１型サイトカインのレベルは、Ｔｈ２型サイトカインのレベ
ルよりもはるかに高い程度まで増加する。これらのサイトカインのレベルは、標
準的アッセイを使用して容易に評価され得る。サイトカインのファミリーの総説
については、ＭｏｓｍａｎｎおよびＣｏｆｆｍａｎ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕ
ｎｏｌ．７：１４５−１７３、１９８９を参照のこと。[0091] In the vaccines provided herein, the adjuvant composition is preferably designed to induce a predominantly Th1-type immune response. High level Th1
Type cytokines (eg, IFN-γ, TNF-α, IL-2 and IL-12
) Tend to favor the induction of a cell-mediated immune response to the administered antigen. In contrast, high levels of Th2-type cytokines (eg, IL-4, IL-5, IL
-6 and IL-10) tend to favor the induction of a humoral immune response. In accordance with the application of the vaccine provided herein, the patient supports an immune response that induces a Th1-type response and a Th2-type response. In a preferred embodiment where the response is predominantly Th1 type, the level of Th1 type cytokine is increased to a much higher level than the level of Th2 type cytokine. The levels of these cytokines can be easily assessed using standard assays. For a review of the family of cytokines, see Mosmann and Coffman, Ann. Rev .. Immu
nol. 7: 145-173, 1989.

【００９２】Ｔｈ１型優勢の応答を誘発する使用のための好ましいアジュバンドは、例えば
、モノホスホリルリピドＡ、好ましくは３−ｄｅ−Ｏ−アシル化モノホスホリル
リピドＡ（３Ｄ−ＭＰＬ）とアルミニウム塩との組み合わせを含む。ＭＰＬアジ
ュバンドは、ＲｉｂｉＩｍｍｕｎｏＣｈｅｍＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｃ．（
Ｈａｍｉｌｔｏｎ，ＭＴ）から入手可能である（米国特許第４，４３６，７２７
号；同第４，８７７，６１１号；同第４，８６６，０３４号および同第４，９１
２，０９４号を参照のこと）。ＣｐＧ含有オリゴヌクレオチド（ここで、ＣｐＧ
ジヌクレオチドはメチル化されていない）はまた、Ｔｈ１優勢の応答を誘導する
。このようなオリゴヌクレオチドは周知であり、そして例えばＷＯ９６／０２５
５５に記載される。別の好ましいアジュバンドは、サポニン、好ましくはＱＳ２
１であり、これは単独でか、または他のアジュバンドと組み合わせて使用され得
る。例えば、増強された系は、モノホスホリルリピドＡとサポニン誘導体との組
み合わせ（例えば、ＷＯ９４／００１５３に記載されるような、ＱＳ２１と３Ｄ
−ＭＰＬとの組み合わせ、またはＷＯ９６／３３７３９に記載されるような、Ｑ
２１がコレステロールで抑制（ｑｕｅｎｃｈ）される、あまり反応発生的（ｒｅ
ａｃｔｏｇｅｎｉｃ）でない組成物）を含む。他の好ましい処方物は、水の油乳
濁液およびトコフェロールを含む。水の油乳濁液中にＱＳ２１、３Ｄ−ＭＰＬお
よびトコフェロールを含む特に強力なアジュバンド処方物は、ＷＯ９５／１７２
１０に記載されている。本明細書中に提供される任意のワクチンは、抗原、免疫
応答エンハンサーおよび適切なキャリアまたは賦形剤を組み合わせて得られる周
知の方法を使用して調製され得る。A preferred adjuvant for use in eliciting a Th1-type predominant response is, for example, monophosphoryl lipid A, preferably 3-de-O-acylated monophosphoryl lipid A (3D-MPL) and an aluminum salt. Including combinations of MPL adjuvant is available from Ribi ImmunoChem Research Inc. (
Hamilton, MT) (US Pat. No. 4,436,727).
Nos. 4,877,611; 4,866,034 and 4,91.
2,094). CpG-containing oligonucleotide (where CpG
The dinucleotide is not methylated) also induces a Th1 predominant response. Such oligonucleotides are well known and are described, for example, in WO 96/025.
55. Another preferred adjuvant is saponin, preferably QS2
1, which can be used alone or in combination with other adjuvants. For example, the enhanced system is a combination of monophosphoryl lipid A and a saponin derivative (eg, QS21 and 3D as described in WO 94/00153).
-In combination with MPL or Q as described in WO 96/33739
21 is quenched by cholesterol, less responsive (re
non-actogenic). Other preferred formulations include oil-in-water emulsions and tocopherol. A particularly potent adjuvant formulation comprising QS21, 3D-MPL and tocopherol in an oil emulsion in water is described in WO 95/172.
10. Any of the vaccines provided herein can be prepared using well-known methods resulting from combining antigens, immune response enhancers and appropriate carriers or excipients.

【００９３】本明細書において記載される組成物は、徐放性処方物（すなわち、投与後、化
合物の緩徐な放出をもたらすカプセル、スポンジ、またはゲル（例えば、多糖類
からなる）のような処方物）の一部として投与され得る。このような処方物は一
般に、周知の技術を用いて調製され得、そして例えば、経口、直腸または皮下移
植によってか、あるいは所望の標的部位への移植によって投与され得る。徐放性
処方物は、キャリアマトリックスに分散され、そして／または速度制御膜に囲ま
れる貯蔵所内に含まれる、ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは抗体を含み得
る。このような処方物内での使用のためのキャリアは、生体適合性であり、そし
てまた生分解性であり得る；好ましくは、この処方物は比較的一定レベルの活性
成分の放出を提供する。徐放性処方物内に含まれる活性な化合物の量は、移植の
部位、放出の速度および予期される期間、ならびに処置または予防されるべき状
態の性質に依存する。The compositions described herein may be formulated in a sustained release formulation (ie, a capsule, sponge, or gel (eg, consisting of a polysaccharide) that provides a slow release of compound after administration). Article). Such formulations may generally be prepared using well known techniques and may be administered, for example, by oral, rectal or subcutaneous implantation, or by implantation at a desired target site. Sustained-release preparations may include the polypeptide, polynucleotide or antibody dispersed in a carrier matrix and / or contained in a reservoir surrounded by a rate controlling membrane. Carriers for use in such formulations are biocompatible and may also be biodegradable; preferably, the formulations provide a relatively constant level of active ingredient release. The amount of active compound included in a sustained release formulation depends on the site of implantation, the rate and expected duration of release, and the nature of the condition to be treated or prevented.

【００９４】任意の種々の送達ビヒクルは、薬学的組成物およびワクチン内で使用され、腫
瘍細胞を標的とする抗原特異性免疫応答の生成を容易にし得る。送達ビヒクルは
、抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、単球
、および有効なＡＰＣであるように操作され得る他の細胞）を含む。このような
細胞は、抗原を提示する能力を増大するように、Ｔ細胞応答の活性化および／ま
たは維持を改良するように、それ自体で抗腫瘍効果を有するように、そして／あ
るいは受け手（すなわち、一致するＨＬＡハプロタイプ）と免疫学的に適合性で
あるように遺伝学的に改変され得るが、改変される必要はない。ＡＰＣは、一般
に、種々の生物学的な流体および器官（腫瘍および腫瘍周辺組織を含む）のいず
れかから単離され得、そして自己細胞、同種異系細胞、同系細胞、または異種細
胞であり得る。[0094] Any of a variety of delivery vehicles can be used in pharmaceutical compositions and vaccines to facilitate the generation of an antigen-specific immune response that targets tumor cells. Delivery vehicles include antigen presenting cells (APCs), such as dendritic cells, macrophages, B cells, monocytes, and other cells that can be manipulated to be effective APCs. Such cells may have an antitumor effect on their own, such as increasing their ability to present antigen, improving activation and / or maintenance of a T cell response, and / or having a recipient (ie, , A matching HLA haplotype), but need not be genetically modified to be immunologically compatible. APCs can generally be isolated from any of a variety of biological fluids and organs, including tumors and peritumoral tissues, and can be autologous, allogeneic, syngeneic, or xenogeneic. .

【００９５】本発明の特定の好ましい実施形態は、抗原提示細胞として、樹状細胞またはそ
の前駆細胞を使用する。樹状細胞は、高度に強力なＡＰＣであり（Ｂａｎｃｈｅ
ｒｅａｕおよびＳｔｅｉｎｍａｎ、Ｎａｔｕｒｅ３９２：２４５−２５１、１
９９８）、そして予防的または治療的な抗腫瘍免疫性を誘発するための生理学的
アジュバンドとして有効であることが示されてきた（Ｔｉｍｍｅｒｍａｎおよび
Ｌｅｖｙ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．５０：５０７−５２９、１９９９を参照の
こと）。一般に、樹状細胞は、それらの代表的な形状（インサイチュでは星状、
インビトロでは目に見える顕著な細胞質プロセス（樹枝状結晶）を有する）、高
い効率で抗原を取り込み、処理し、そして提示するそれらの能力、および未処置
の（ｎａｉｖｅ）Ｔ細胞応答を活性化するそれらの能力に基づいて同定され得る
。もちろん樹状細胞は、インビボまたはエキソビボで樹状細胞上に通常見出され
ない特定の細胞表面レセプターまたはリガンドを発現するように操作され得、こ
のような改変樹状細胞は本発明によって意図される。樹状細胞の代替として、分
泌小胞抗原装荷樹状細胞（ｓｅｃｒｅｔｅｄｖｅｓｉｃｌｅｓａｎｔｉｇｅ
ｎ−ｌｏａｄｅｄｄｅｎｄｒｉｔｉｃｃｅｌｌ）（エキソソーム（ｅｘｏｓ
ｏｍｅ）と呼ばれる）がワクチン内で使用され得る（Ｚｉｔｖｏｇｅｌら、Ｎａ
ｔｕｒｅＭｅｄ．４：５９４−６００，１９９８を参照のこと）。[0095] Certain preferred embodiments of the present invention use dendritic cells or their precursor cells as antigen presenting cells. Dendritic cells are highly potent APCs (Banche
Reau and Steinman, Nature 392: 245-251, 1
998), and has been shown to be effective as a physiological adjuvant to elicit prophylactic or therapeutic anti-tumor immunity (Timmerman and Levy, Ann. Rev. Med. 50: 507-529; 1999). In general, dendritic cells have their typical shape (star-like in situ,
Have significant cytoplasmic processes (dendrites) visible in vitro), their ability to take up, process and present antigens with high efficiency, and those that activate a naive T cell response Can be identified based on their ability. Of course, dendritic cells can be engineered to express particular cell surface receptors or ligands not normally found on dendritic cells in vivo or ex vivo, and such modified dendritic cells are contemplated by the present invention. As an alternative to dendritic cells, secreted vesicle antigen-loaded dendritic cells (secreted vesicles antigen)
n-loaded dendritic cell) (exosome (exos)
ome)) can be used in vaccines (Zitvogel et al., Na
cure Med. 4: 594-600, 1998).

【００９６】樹状細胞および前駆細胞は、末梢血、骨髄、腫瘍浸潤細胞、腫瘍周辺組織浸潤
細胞、リンパ節、脾臓、皮膚、臍帯血、または他の適切な組織もしくは流体から
得られ得る。例えば、樹状細胞は、末梢血から収集された単球の培養物に、ＧＭ
−ＣＳＦ、ＩＬ−４、ＩＬ−１３および／またはＴＮＦαのようなサイトカイン
の組み合わせを添加することによってエキソビボで分化され得る。あるいは、末
梢血、臍帯血または骨髄から収集されたＣＤ３４陽性細胞は、培養培地にＧＭ−
ＣＳＦ、ＩＬ−３、ＴＮＦα、ＣＤ４０リガンド、ＬＰＳ、ｆｌｔ３リガンドお
よび／または樹状細胞の成熟、および増殖を誘導する他の成分の組み合わせを添
加することによって、樹状細胞に分化され得る。[0096] Dendritic cells and progenitor cells can be obtained from peripheral blood, bone marrow, tumor infiltrating cells, peritumoral tissue infiltrating cells, lymph nodes, spleen, skin, umbilical cord blood, or other suitable tissues or fluids. For example, dendritic cells can be used in GM cultures of monocytes collected from peripheral blood.
-Can be differentiated ex vivo by adding a combination of cytokines such as CSF, IL-4, IL-13 and / or TNFα. Alternatively, CD34-positive cells collected from peripheral blood, umbilical cord blood or bone marrow are GM-
Dendritic cells can be differentiated by adding a combination of CSF, IL-3, TNFα, CD40 ligand, LPS, flt3 ligand and / or other components that induce dendritic cell maturation and proliferation.

【００９７】樹状細胞は、「未熟」細胞および「成熟」細胞として都合良く分類され、この
ことは、２つの充分に特徴付けられた表現型の間を区別する単純な方法を与える
。しかしこの学名は、あらゆる可能な分化の中間段階を排除するように解釈され
るべきではない。未熟な樹状細胞は、抗原の取り込みおよび処理の高い能力を有
するＡＰＣとして特徴付けられ、この能力は、Ｆｃγレセプター、マンノースレ
セプター、およびＤＥＣ−２０５マーカーの高度な発現と相関する。成熟表現型
は、代表的に、クラスＩおよびクラスＩＩＭＨＣ、接着分子（例えば、ＣＤ５
４およびＣＤ１１）ならびに同時刺激性分子（例えば、ＣＤ４０、ＣＤ８０、Ｃ
Ｄ８６および４−１ＢＢ）のようなＴ細胞活性化の原因である細胞表面分子の高
度な発現ではなく、これらのマーカーのより低い発現によって特徴付けられる。[0097] Dendritic cells are conveniently classified as "immature" and "mature" cells, which provides a simple way to distinguish between the two well-characterized phenotypes. However, this name should not be construed as excluding any possible intermediate stages of differentiation. Immature dendritic cells are characterized as APCs that have a high capacity for antigen uptake and processing, and this capacity correlates with high expression of Fcγ receptor, mannose receptor, and DEC-205 markers. Mature phenotypes are typically class I and class II MHC, adhesion molecules (eg, CD5
4 and CD11) and costimulatory molecules (eg, CD40, CD80, C
It is characterized by lower expression of these markers, rather than high expression of cell surface molecules responsible for T cell activation such as D86 and 4-1BB).

【００９８】ＡＰＣは、一般に、肺腫瘍タンパク質（またはその部分もしくは他の改変体）
をコードするポリヌクレオチドを用いてトランスフェクトされ得、その結果、肺
癌ポリペプチドまたはその免疫原性部分が細胞表面上に発現される。このような
トランスフェクションはエキソビボで生じ得、次いでこのようなトランスフェク
トされた細胞を含む組成物またはワクチンは、本明細書中に記載されるように、
治療目的のために使用され得る。あるいは、細胞を提示する樹状または他の抗原
を標的とする遺伝子送達ビヒクルが、患者に投与され得、インビボで起こるトラ
ンスフェクションを生じる。樹状細胞のインビボおよびエキソビボでのトランス
フェクションは、例えば、ＷＯ９７／２７４４４７に記載される方法、またはＭ
ａｈｖｉら、ＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙａｎｄｃｅｌｌＢｉｏｌｏｇｙ７５
：４５６−４６０、１９９７によって記載される遺伝子銃アプローチのような当
該分野で公知の任意の方法を使用して一般に実施され得る。樹状細胞の抗原装荷
は、樹状細胞または前駆細胞を、肺癌ポリペプチド、ＤＮＡ（裸のもしくはプラ
スミドベクター中の）またはＲＮＡ；あるいは抗原発現性組換え細菌またはウイ
ルス（例えば、牛痘、鶏痘、アデノウイルスまたはレンチウイルスのベクター）
とインキュベートすることによって達成され得る。装荷の前に、ポリペプチドは
、Ｔ細胞補助（例えば、キャリア分子）を提供する免疫学的パートナーに共有結
合され得る。あるいは、樹状細胞は、単独でかまたはポリペプチドの存在下で、
結合していない免疫学的パートナーと同調（ｐｕｌｓｅ）され得る。[0098] APCs generally comprise a lung tumor protein (or a portion or other variant thereof).
Can be transfected, such that the lung cancer polypeptide or an immunogenic portion thereof is expressed on the cell surface. Such transfection can occur ex vivo, and a composition or vaccine comprising such transfected cells can then be obtained as described herein.
Can be used for therapeutic purposes. Alternatively, a gene delivery vehicle targeting a dendritic or other antigen presenting cells can be administered to the patient, resulting in transfection occurring in vivo. In vivo and ex vivo transfection of dendritic cells can be performed, for example, by the methods described in WO 97/27447, or by M
Ahvi et al., Immunology and cell Biology 75.
: 456-460, 1997, and can be generally performed using any method known in the art, such as the gene gun approach. Antigen loading of dendritic cells can be achieved by transforming dendritic cells or progenitor cells into lung cancer polypeptides, DNA (naked or in a plasmid vector) or RNA; or antigen-expressing recombinant bacteria or viruses (eg, cowpox, fowlpox, Adenovirus or lentivirus vector)
Can be achieved by incubating with Prior to loading, the polypeptide may be covalently linked to an immunological partner that provides T cell help (eg, a carrier molecule). Alternatively, the dendritic cells, alone or in the presence of the polypeptide,
It can be pulsed with an unbound immunological partner.

【００９９】（癌治療）本発明のさらなる局面において、本明細書において記載される組成物は、癌（
例えば、肺癌）の免疫治療に用いられ得る。このような方法において、薬学的組
成物およびワクチンが、代表的に患者に投与される。本明細書において用いられ
る場合、「患者」とは、任意の温血動物、好ましくはヒトをいう。患者は、癌に
感染していてもいなくてもよい。従って、上記の薬学的組成物およびワクチンは
、癌の発生を予防するために、または癌に罹患した患者を処置するために用いら
れ得る。癌は、当該分野で一般に受け入れられている基準（悪性腫瘍の存在を含
む）を用いて診断される。薬学的組成物およびワクチンは、初期腫瘍の外科的除
去のおよび／または放射線治療剤もしくは従来の化学療法剤の投与の前にか、ま
たはその後に投与され得る。(Cancer Therapy) In a further aspect of the present invention, the compositions described herein comprise a cancer (
For example, it can be used for immunotherapy of lung cancer). In such methods, pharmaceutical compositions and vaccines are typically administered to the patient. As used herein, "patient" refers to any warm-blooded animal, preferably a human. The patient may or may not be infected with cancer. Accordingly, the pharmaceutical compositions and vaccines described above can be used to prevent the development of cancer or to treat patients suffering from cancer. Cancer is diagnosed using criteria generally accepted in the art, including the presence of malignancy. Pharmaceutical compositions and vaccines may be administered prior to or after surgical removal of primary tumors and / or administration of radiation or conventional chemotherapeutic agents.

【０１００】特定の実施形態において、免疫療法は、能動的免疫療法であり得、この療法に
おいて処置は、免疫応答改変剤（例えば、本明細書中で開示されたポリペプチド
およびポリヌクレオチド）の投与で腫瘍に対して反応する内因性宿主免疫系のイ
ンビボ刺激に依存する。In certain embodiments, the immunotherapy can be an active immunotherapy, in which the treatment involves administration of an immune response modifier (eg, the polypeptides and polynucleotides disclosed herein). And in vivo stimulation of the endogenous host immune system to respond to tumors.

【０１０１】他の実施形態において、免疫療法は、受動的免疫療法であり得、この療法にお
いて処置は、確立された腫瘍免疫反応性を有する因子（例えば、効果細胞または
抗体）の送達（抗腫瘍効果を直接的または間接的に媒介し得、そしてインタクト
な宿主免疫系に依存する必要はない）を含む。効果細胞の例としては、上記のよ
うなＴ細胞、本明細書中に提供されるポリペプチドを発現するＴリンパ球（例え
ば、ＣＤ８⁺細胞傷害性Ｔリンパ球およびＣＤ４⁺Ｔヘルパー腫瘍浸潤性リンパ球
）、キラー細胞（例えば、ナチュラルキラー細胞およびリンホカイン活性化キラ
ー細胞）、Ｂ細胞および抗原提示細胞（例えば、樹状細胞およびマクロファージ
）が挙げられる。本明細書中に列挙されるポリペプチドに特異的なＴ細胞レセプ
ターおよび抗体レセプターは、養子免疫療法のために他のベクターまたは効果細
胞中にクローニングされ、発現され、そして移入され得る。本明細書に提供され
るポリペプチドはまた、受動免疫療法のための抗体または抗イディオタイプ抗体
（上記および米国特許第４，９１８，１６４号に記載される）を生成するために
用いられ得る。In other embodiments, the immunotherapy can be a passive immunotherapy, in which treatment involves delivery of an agent (eg, effector cells or antibodies) with established tumor immunoreactivity (anti-tumor Effects may be mediated directly or indirectly, and need not depend on the intact host immune system). Examples of effector cells include T cells as described above, T lymphocytes that express the polypeptides provided herein (eg, CD8 ⁺ cytotoxic T lymphocytes and CD4 ⁺ T helper tumor infiltrating lymphocytes). Spheres), killer cells (eg, natural killer cells and lymphokine-activated killer cells), B cells and antigen presenting cells (eg, dendritic cells and macrophages). T cell and antibody receptors specific for the polypeptides listed herein can be cloned, expressed, and transferred into other vectors or effector cells for adoptive immunotherapy. The polypeptides provided herein can also be used to generate antibodies or anti-idiotype antibodies for passive immunotherapy (described above and in US Pat. No. 4,918,164).

【０１０２】効果細胞は、通常、本明細書中に記載されるように、インビトロでの増殖によ
り養子免疫治療のために十分な量で得られ得る。単一の抗原特異的効果細胞を、
インビボでの抗原認識の保持しながら数十億まで増殖させるための培養条件は当
該分野で周知である。このようなインビトロの培養条件は代表的に、しばしばサ
イトカイン（例えば、ＩＬ−２）および***しない支持細胞の存在下で、抗原で
の間欠刺激を用いる。上で述べたように、本明細書中で提供される免疫反応性ポ
リペプチドは、抗原特異的Ｔ細胞培養を急速に増殖するために用いられ、免疫治
療に十分な数の細胞を生成し得る。詳細には、抗原提示細胞（例えば、樹状細胞
、マクロファージ、単球、繊維芽細胞、またはＢ細胞）は、当該分野で周知の標
準的技術を用いて、免疫反応性ポリペプチドでパルスされ得るか、または１つ以
上のポリヌクレオチドでトランスフェクトされ得る。例えば、抗原提示細胞は、
組換えウイルスまたは他の発現系における発現を増大するのに適切なプロモータ
ーを有するポリヌクレオチドでトランスフェクトされ得る。治療において使用す
るための培養された効果細胞は、増殖されかつ広範に流通され得、そしてインビ
ボで長期間生存され得なければならない。培養された効果細胞が、インビボで増
殖し、そしてＩＬ−２を補充された抗原での反復刺激によって、長期間、多数生
存しするように誘導され得ることが研究で示されている（例えば、Ｃｈｅｅｖｅ
ｒら、ＩｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌＲｅｖｉｅｗｓ１５７：１７７、１９９
７を参照のこと）。The effector cells can usually be obtained in sufficient quantities for adoptive immunotherapy by in vitro expansion, as described herein. A single antigen-specific effector cell,
Culture conditions for growing to billions while retaining antigen recognition in vivo are well known in the art. Such in vitro culture conditions typically employ intermittent stimulation with antigen, often in the presence of cytokines (eg, IL-2) and non-dividing feeder cells. As mentioned above, the immunoreactive polypeptides provided herein can be used to rapidly expand antigen-specific T cell cultures and produce a sufficient number of cells for immunotherapy. . In particular, antigen presenting cells (eg, dendritic cells, macrophages, monocytes, fibroblasts, or B cells) can be pulsed with an immunoreactive polypeptide using standard techniques well known in the art. Or may be transfected with one or more polynucleotides. For example, antigen presenting cells
It can be transfected with a polynucleotide having a suitable promoter to increase expression in a recombinant virus or other expression system. Cultured effector cells for use in therapy must be able to grow and distribute widely, and be capable of long-term survival in vivo. Studies have shown that cultured effector cells can be expanded in vivo and induced to survive in large numbers over a prolonged period by repeated stimulation with an antigen supplemented with IL-2 (eg, Cheve
et al., Immunological Reviews 157: 177,199.
7).

【０１０３】あるいは、本明細書において列挙されるポリペプチドを発現するベクターは、
患者から得られた抗原提示細胞に導入され得、そして同じ患者に戻す移植のため
にエキソビボでクローン的に増殖され得る。トランスフェクトされた細胞は、当
該分野で公知の任意の手段（好ましくは、静脈投与、腔内投与、腹腔内投与、ま
たは腫瘍内投与による滅菌形態）を用いて患者に再導入され得る。Alternatively, a vector that expresses a polypeptide listed herein is
It can be introduced into antigen-presenting cells obtained from a patient and clonally expanded ex vivo for transplantation back to the same patient. The transfected cells can be reintroduced into the patient using any means known in the art, preferably in a sterile form by intravenous, intraperitoneal, intraperitoneal, or intratumoral administration.

【０１０４】本明細書中に開示される治療的組成物の投与の経路および頻度、ならびに投薬
量は、個々人で異なり、そして標準的技術を用いて容易に確立され得る。概して
、薬学的組成物およびワクチンは、注射（例えば、皮内、筋肉内、静脈内、また
は皮下）により、経鼻的に（例えば、吸引により）または経口的に、投与され得
る。好ましくは、５２週間にわたって１〜１０用量の間が投与され得る。好まし
くは、１ヶ月の間隔で６用量が投与され、そしてブースター（追加）ワクチン接
種がその後定期的に与えられ得る。交互のプロトコールが個々の患者に適切であ
り得る。適切な用量は、上記のように投与された場合、抗腫瘍免疫応答を促進し
得、そして基底（すなわち、未処置）レベルより少なくとも１０〜５０％上であ
る、化合物の量である。このような応答は、患者内の抗腫瘍抗体を測定すること
によってか、または患者の腫瘍細胞を殺傷し得る細胞溶解性効果細胞のワクチン
依存性のインビトロでの生成によってモニターされ得る。このようなワクチンは
また、ワクチン接種されていない患者と比較すると、ワクチン接種された患者に
おいて、改善された臨床的結果（例えば、より頻繁な症状の軽減、完全もしくは
部分的に疾患を有さないか、またはより長く疾患を有さない生存）を導く免疫応
答を生じ得るはずである。一般に、１つ以上のポリペプチドを含む薬学的組成物
およびワクチンについて、用量中に存在する各ポリペプチドの量は、宿主の体重
（ｋｇ）あたり、約２５μｇ〜５ｍｇにわたる。適切な用量サイズは、患者の大
きさで変化するが、代表的には約０．１ｍＬ〜約５ｍＬの範囲である。The route and frequency of administration of the therapeutic compositions disclosed herein, as well as the dosage, will vary from individual to individual and can be readily established using standard techniques. In general, pharmaceutical compositions and vaccines may be administered by injection (eg, intradermal, intramuscular, intravenous, or subcutaneous), nasally (eg, by inhalation) or orally. Preferably, between 1 and 10 doses can be administered over a 52 week period. Preferably, 6 doses are administered at monthly intervals, and booster (boost) vaccinations can then be given periodically thereafter. Alternate protocols may be appropriate for individual patients. A suitable dose is that amount of a compound that, when administered as described above, can promote an anti-tumor immune response and is at least 10-50% above basal (ie, untreated) levels. Such responses can be monitored by measuring anti-tumor antibodies in the patient or by vaccine-dependent in vitro generation of cytolytic effect cells that can kill the patient's tumor cells. Such vaccines may also have improved clinical outcomes (eg, more frequent symptom relief, complete or partial disease freeness in vaccinated patients when compared to unvaccinated patients) Or could produce an immune response that would lead to longer disease-free survival). Generally, for pharmaceutical compositions and vaccines that include one or more polypeptides, the amount of each polypeptide present in the dose will range from about 25 μg to 5 mg / kg of host body weight. Suitable dose sizes will vary with the size of the patient, but will typically range from about 0.1 mL to about 5 mL.

【０１０５】一般に、適切な投薬量および処置レジメンは、治療的および／または予防的利
点を提供するのに十分な量の活性薬剤を提供する。このような応答は、処置され
ていない患者に比較して、処置された患者において、改善された臨床的結果（例
えば、より頻繁な寛解、完全なまたは部分的な、あるいはより長い疾患なしでの
生存）を確立することによってモニターされ得る。肺腫瘍タンパク質に対する既
存の免疫応答における増加は、一般的に、改善された臨床的結果と関連する。こ
のような免疫応答は、一般的に、標準的な増殖アッセイ、細胞障害性アッセイま
たはサイトカインアッセイを使用して評価され得、これは、処置の前または後に
患者から得られるサンプルを使用して行われ得る。In general, a suitable dosage and treatment regime will provide a sufficient amount of the active agent to provide a therapeutic and / or prophylactic benefit. Such a response may result in improved clinical outcome (eg, more frequent remissions, complete or partial, or longer disease-free) in treated patients compared to untreated patients. Survival) can be monitored. Increases in pre-existing immune responses to lung tumor proteins are generally associated with improved clinical outcome. Such an immune response can generally be assessed using standard proliferation, cytotoxicity, or cytokine assays, which are performed using samples obtained from the patient before or after treatment. Can be.

【０１０６】（癌を検出するための方法）一般的に、癌は、患者から得られた生物学的サンプル（例えば、血液、血清、
尿、および／または腫瘍生検）における１つ以上の肺腫瘍タンパク質および／ま
たはこのようなタンパク質をコードするポリヌクレオチドの存在に基づいて患者
において検出され得る。言い換えると、このようなタンパク質は、肺癌のような
癌の存在または非存在を示すためのマーカーとして使用され得る。さらに、この
ようなタンパク質は、他の癌の検出に有用であり得る。本明細書に提供される結
合剤が、一般的に、生物学的サンプル中の薬剤に結合する抗原のレベルの検出を
可能にする。ポリヌクレオチドプライマーおよびプローブは、腫瘍タンパク質を
コードするｍＲＮＡのレベルを検出するために使用され得、これもまた、癌の存
在または非存在を示す。一般に、肺癌の配列は、正常な組織におけるよりも、腫
瘍組織において少なくとも３倍高いレベルで存在する。Methods for Detecting Cancer In general, cancer refers to a biological sample obtained from a patient (eg, blood, serum,
Urine, and / or tumor biopsy) can be detected in a patient based on the presence of one or more lung tumor proteins and / or polynucleotides encoding such proteins. In other words, such a protein can be used as a marker to indicate the presence or absence of a cancer, such as a lung cancer. In addition, such proteins may be useful for detecting other cancers. The binding agents provided herein generally allow for the detection of the level of antigen binding to the agent in a biological sample. Polynucleotide primers and probes can be used to detect levels of mRNA encoding an oncoprotein, which also indicates the presence or absence of a cancer. Generally, lung cancer sequences are present at at least three times higher levels in tumor tissue than in normal tissue.

【０１０７】サンプル中のポリペプチドマーカーを検出するために結合剤を使用するための
、当業者に公知の種々のアッセイ型式が存在する。例えば、Ｈａｒｌｏｗおよび
Ｌａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｒｕａｌ，
ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８を参
照のこと。一般的に、患者における癌の存在または非存在は、（ａ）患者から得
られた生物学的サンプルを結合剤と接触させる工程；（ｂ）結合剤に結合するポ
リペプチドのレベルをサンプルにおいて検出する工程；および（ｃ）ポリペプチ
ドのレベルと所定のカットオフ値とを比較する工程によって決定され得る。There are a variety of assay formats known to those skilled in the art for using binding agents to detect polypeptide markers in a sample. See, for example, Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Marual,
See Cold Spring Harbor Laboratory, 1988. Generally, the presence or absence of cancer in the patient is determined by (a) contacting a biological sample obtained from the patient with a binding agent; (b) detecting the level of polypeptide binding to the binding agent in the sample. And (c) comparing the level of the polypeptide to a predetermined cutoff value.

【０１０８】好ましい実施形態において、このアッセイは、結合するためおよびサンプルの
残りからポリペプチドを除くために固体支持体上に固定化された結合剤の使用を
含む。次いで、結合されたポリペプチドは、レポーター基を含み、結合剤／ポリ
ペプチド複合体に特異的に結合する検出試薬を使用して検出され得る。このよう
な検出試薬は、例えば、ポリペプチドまたは抗体に特異的に結合する結合剤ある
いは結合剤に特異的に結合する他の薬剤（例えば、抗免疫グロブリン、タンパク
質Ｇ、タンパク質Ａまたはレクチン）を含み得る。あるいは、競合アッセイが、
使用され得、ここで、ポリペプチドは、レポーター基で標識され、そしてサンプ
ルと結合剤のインキュベーション後にその固定化結合剤に結合し得る。サンプル
の成分が、標識ポリペプチドの結合剤への結合を阻害する程度は、サンプルの固
定化結合剤との反応性を示す。このようなアッセイにおける使用に適切なポリペ
プチドは、上記のような、全長肺腫瘍タンパク質および結合剤が結合するその部
分を含む。In a preferred embodiment, the assay involves the use of a binding agent immobilized on a solid support to bind and to remove the polypeptide from the rest of the sample. The bound polypeptide can then be detected using a detection reagent that contains a reporter group and binds specifically to the binding agent / polypeptide complex. Such detection reagents include, for example, a binding agent that specifically binds to the polypeptide or antibody or another agent that specifically binds to the binding agent (eg, anti-immunoglobulin, protein G, protein A or lectin). obtain. Alternatively, the competition assay
Can be used, where the polypeptide is labeled with a reporter group and can bind to the immobilized binder after incubation of the binder with the sample. The extent to which the components of the sample inhibit the binding of the labeled polypeptide to the binding agent indicates the reactivity of the sample with the immobilized binding agent. Polypeptides suitable for use in such assays include the full length lung tumor proteins and portions thereof to which binding agents bind, as described above.

【０１０９】固体支持体は、腫瘍タンパク質が付着され得る当業者に公知の任意の物質であ
り得る。例えば、固体支持体は、マイクロタイタープレートにおける試験ウェル
あるいはニトロセルロースまたは他の適切な膜であり得る。あるいは、その支持
体は、ビーズまたはディスク（例えば、ガラス、ファイバーグラス、ラテックス
、またはプラスチック物質（例えば、ポリスチレン、またはポリ塩化ビニル））
であり得る。その支持体はまた、磁気粒子または光ファイバーセンサー（例えば
、米国特許第５，３５９，６８１号に記載のような）であり得る。結合剤は、当
業者に公知の種々の技術を使用して固体支持体上に固定化され得、これは特許お
よび科学文献に十分に記載されている。本発明の状況において、用語「固定化」
とは、非共有結合的な会合（例えば、吸着）および共有結合的な付着（これは、
薬剤と支持体上の官能基との間で直接連結され得るかまたは架橋剤を用いる連結
であり得る）の両方をいう。マイクロタイタープレートのウェル、または膜への
吸着による固定化は好ましい。このような場合、吸着は、適切な緩衝液中で固体
支持体に適切な時間で結合剤を接触させることによって達成され得る。接触時間
は、温度によって変化するが、代表的には、約１時間から約１日の間である。一
般的には、約１０ｎｇ〜約１０μｇ、そして好ましくは約１００ｎｇ〜約１μｇ
の範囲の量の結合剤とプラスチックマイクロタイタープレート（例えば、ポリス
チレンまたはポリ塩化ビニル）のウェルを接触させることは、適切な量の結合剤
を固定化するのに十分である。The solid support can be any substance known to those skilled in the art to which the tumor protein can be attached. For example, the solid support can be a test well in a microtiter plate or nitrocellulose or other suitable membrane. Alternatively, the support may be a bead or disk (eg, glass, fiberglass, latex, or plastic material (eg, polystyrene or polyvinyl chloride))
Can be The support can also be a magnetic particle or a fiber optic sensor (eg, as described in US Pat. No. 5,359,681). Binders can be immobilized on a solid support using various techniques known to those skilled in the art, which are well described in the patent and scientific literature. In the context of the present invention, the term "immobilization"
Are non-covalent associations (eg, adsorption) and covalent attachments (which
Which can be directly linked between the drug and the functional group on the support or can be linked using a cross-linking agent). Immobilization by adsorption to the wells of a microtiter plate or to a membrane is preferred. In such cases, adsorption can be achieved by contacting the binding agent with the solid support in a suitable buffer at the appropriate time. Contact time varies with temperature, but is typically between about 1 hour and about 1 day. Generally, about 10 ng to about 10 μg, and preferably about 100 ng to about 1 μg
Contacting the wells of a plastic microtiter plate (eg, polystyrene or polyvinyl chloride) with an amount of binder in the range of is sufficient to immobilize a suitable amount of binder.

【０１１０】固体支持体への結合剤の共有結合的付着は、一般に、支持体および結合剤上の
官能基（例えば、水酸基またはアミノ基）の両方と反応する二官能性試薬と支持
体を最初に反応させることによって達成され得る。例えば、この結合剤は、ベン
ゾキノンを用いるかまたは結合パートナー上のアミンおよび活性水素と支持体上
のアルデヒド基との縮合によって、適切なポリマーコーティングを有する支持体
に、共有結合的に付着され得る（例えば、ＰｉｅｒｃｅＩｍｍｕｎｏｔｅｃｈ
ｎｏｌｏｇｙＣａｔａｌｏｇａｎｄＨａｎｄｂｏｏｋ、１９９１、Ａ１２
−Ａ１３を参照のこと）。[0110] Covalent attachment of a binder to a solid support generally involves first supporting the support with a bifunctional reagent that reacts with both functional groups (eg, hydroxyl or amino groups) on the support and the binder. Can be achieved by reacting For example, the binder can be covalently attached to a support with a suitable polymer coating using benzoquinone or by condensation of an amine and active hydrogen on the binding partner with an aldehyde group on the support ( For example, Pierce Immunotech
noology Catalog and Handbook, 1991, A12
-A13).

【０１１１】特定の実施形態において、このアッセイは、２抗体サンドイッチアッセイであ
る。本アッセイは、最初に、固体支持体（通常、マイクロタイタープレートのウ
ェル）上で固定化されている抗体をサンプルと接触させて、サンプル内のポリペ
プチドを固定化抗体に結合させることによって実施され得る。次いで、非結合サ
ンプルは固定化ポリペプチド−抗体複合体から除去され、そして検出試薬（好ま
しくは、そのポリペプチド上の異なる部位に結合し得る第２の抗体）（レポータ
ー基を含む）が添加される。次いで、固体支持体に結合したままである検出試薬
の量が、特定のレポーター基に関して適切な方法を用いて決定される。[0111] In certain embodiments, the assay is a two-antibody sandwich assay. The assay is performed by first contacting the antibody immobilized on a solid support (usually the wells of a microtiter plate) with the sample and binding the polypeptides in the sample to the immobilized antibody. obtain. The unbound sample is then removed from the immobilized polypeptide-antibody complex, and a detection reagent (preferably a second antibody capable of binding to a different site on the polypeptide) (containing a reporter group) is added. You. The amount of detection reagent that remains bound to the solid support is then determined using appropriate methods for the particular reporter group.

【０１１２】より詳細には、一旦抗体が上記のように支持体上に固定化されると、支持体上
の残りのタンパク質結合部位は、典型的にはブロックされる。任意の適切なブロ
ック剤（例えば、ウシ血清アルブミンまたはＴｗｅｅｎ２０^TM（ＳｉｇｍａＣ
ｈｅｍｉｃａｌＣｏ．，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ））は、当業者に公知である
。固定化抗体は次いで、サンプルとインキュベートされ、そしてポリペプチドを
この抗体に結合させる。インキュベーションの前に、このサンプルは適切な希釈
液（例えば、リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ））で希釈され得る。概して、適
切な接触時間（すなわち、インキュベーション時間）は、肺癌を有する個体から
得られたサンプル内のポリペプチドの存在を検出するのに十分な時間である。好
ましくは、この接触時間は、結合ポリペプチドと非結合ポリペプチドとの間の平
衡で達成されたレベルの少なくとも約９５％である結合レベルを達成するのに十
分な時間である。当業者は、ある時間にわたって起こる結合レベルをアッセイす
ることによって、平衡に達するまでに必要な時間が容易に決定され得ることを認
識する。室温では、一般に、約３０分間のインキュベーション時間で十分である
。More specifically, once the antibody is immobilized on a support as described above, the remaining protein binding sites on the support are typically blocked. Any suitable blocking agent (eg, bovine serum albumin or Tween20 ^™ (Sigma C
chemical Co. , St. Louis, MO)) are known to those skilled in the art. The immobilized antibody is then incubated with the sample, and the polypeptide is allowed to bind to the antibody. Prior to incubation, the sample may be diluted with a suitable diluent, such as phosphate buffered saline (PBS). Generally, a suitable contact time (ie, incubation time) is a time sufficient to detect the presence of the polypeptide in a sample obtained from an individual with lung cancer. Preferably, the contact time is sufficient to achieve a binding level that is at least about 95% of the level achieved at equilibrium between the bound and unbound polypeptide. One of skill in the art will recognize that by assaying the level of binding that occurs over time, the time required to reach equilibrium can be readily determined. At room temperature, an incubation time of about 30 minutes is generally sufficient.

【０１１３】次いで、非結合サンプルが、適切な緩衝液（例えば、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０ ^TM を含むＰＢＳ）を用いて固体支持体を洗浄することによって除去され得る。レ
ポーター基を含む第２の抗体が次いで、固体支持体に添加され得る。好ましいレ
ポーター基は、上記の基を含む。[0113] The unbound sample is then run in a suitable buffer (eg, 0.1% Tween 20). ^TM (PBS containing PBS). Les
A second antibody containing a porter group can then be added to the solid support. Preferred
Porter groups include those described above.

【０１１４】次いで、検出試薬が、結合されたポリペプチドを検出するのに十分な量の時間
、固定化抗体−ポリペプチド複合体とインキュベートされる。適切な量の時間は
、一般に、ある時間にわたって起こる結合のレベルをアッセイすることによって
決定され得る。次いで、非結合の検出試薬は除去され、そして結合した検出試薬
は、レポーター基を用いて検出される。レポーター基を検出するために使用され
る方法は、レポーター基の性質に依存する。放射性基について、一般的には、シ
ンチレーション計数法またはオートラジオグラフィー法が適切である。分光法は
、色素、発光基および蛍光基を検出するために使用され得る。ビチオンは、異な
るレポーター基（一般に、放射性もしくは蛍光基または酵素）に結合されたアビ
ジンを使用して検出され得る。酵素レポーター基は、一般に、基質の添加（一般
には、特定の時間の間）、続いて反応産物の分光分析または他の分析により検出
され得る。The detection reagent is then incubated with the immobilized antibody-polypeptide complex for a time sufficient to detect the bound polypeptide. An appropriate amount of time can generally be determined by assaying the level of binding that occurs over a period of time. The unbound detection reagent is then removed and the bound detection reagent is detected using a reporter group. The method used to detect the reporter group depends on the nature of the reporter group. For radioactive groups, scintillation counting or autoradiography is generally appropriate. Spectroscopy can be used to detect dyes, luminescent and fluorescent groups. Bithion can be detected using avidin conjugated to a different reporter group (generally a radioactive or fluorescent group or an enzyme). Enzyme reporter groups can generally be detected by addition of a substrate (generally for a specific period of time), followed by spectroscopic or other analysis of the reaction product.

【０１１５】癌（例えば、肺癌）の存在または非存在を決定するために、固体支持体に結合
したままのレポーター基から検出されるシグナルが、一般に、所定のカットオフ
値と対応するシグナルと比較される。１つの好ましい実施形態において、癌の検
出のためのカットオフ値は、固定化抗体を、癌を有さない患者由来のサンプルと
インキュベートした際に得られた平均シグナル値である。概して、所定のカット
オフ値を３標準偏差上回るシグナルを生じるサンプルが、癌に対して陽性とみな
される。代わりの好ましい実施形態において、このカットオフ値は、Ｓａｃｋｅ
ｔｔら、ＣｌｉｎｉｃａｌＥｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ：ＡＢａｓｉｃＳｃ
ｉｅｎｃｅｆｏｒＣｌｉｎｉｃａｌＭｅｄｉｃｉｎｅ，ＬｉｔｔｌｅＢ
ｒｏｗｎａｎｄＣｏ．，１９８５，１０６〜７頁の方法に従って、レシーバ
ーオペレーターカーブ（ＲｅｃｅｉｖｅｒＯｐｅｒａｔｏｒＣａｒｖｅ）を
使用して決定される。簡単に言うと、本実施形態において、このカットオフ値は
、診断試験結果について各可能なカットオフ値に対応する真の陽性割合（すなわ
ち、感度）および偽陽性割合（１００％−特異性）の対のプロットから決定され
得る。プロット上の上方左手角に最も近いカットオフ値（すなわち、最大領域を
囲む値）が、最も正確なカットオフ値であり、そして本方法によって決定された
カットオフ値より高いシグナルを生ずるサンプルが陽性と見なされ得る。あるい
は、カットオフ値は、偽陽性割合を最小にするためにプロットに沿って左へシフ
トされ得るか、または偽陰性割合を最小にするために右へシフトされ得る。概し
て、本方法によって決定されたカットオフ値より高いシグナルを生ずるサンプル
が、癌に対して陽性と見なされる。To determine the presence or absence of a cancer (eg, lung cancer), the signal detected from the reporter group, which remains bound to the solid support, is generally compared to a signal corresponding to a predetermined cutoff value. Is done. In one preferred embodiment, the cut-off value for detecting cancer is the average signal value obtained when the immobilized antibody was incubated with a sample from a patient without cancer. Generally, a sample that produces a signal that is 3 standard deviations above a predetermined cutoff value is considered positive for cancer. In an alternative preferred embodiment, this cutoff value is
tt et al., Clinical Epidemiology: A Basic Sc.
ence for Clinical Medicine, Little B
row and Co. , 1985, pp. 106-7, using a Receiver Operator Carve. Briefly, in this embodiment, this cutoff value is a measure of the true positive rate (ie, sensitivity) and false positive rate (100% -specificity) corresponding to each possible cutoff value for the diagnostic test result. It can be determined from paired plots. The cutoff value closest to the upper left hand corner on the plot (ie, the value surrounding the largest area) is the most accurate cutoff value, and the sample producing a signal higher than the cutoff value determined by the method is positive. Can be considered. Alternatively, the cutoff value may be shifted left along the plot to minimize false positive rates, or may be shifted right to minimize false negative rates. Generally, samples that produce a signal above the cut-off value determined by the present method are considered positive for cancer.

【０１１６】関連の実施形態において、このアッセイは、フロースルー試験形式またはスト
リップ試験形式で実行される（ここで、結合剤は、ニトロセルロースのような膜
上で固定化される）。フロースルー試験では、サンプル内のポリペプチドは、サ
ンプルが膜を通過するにつれて固定化抗体に結合する。次いで、第２の標識化さ
れた結合剤が、この第２の結合剤を含む溶液がその膜を介して流れるにつれて、
結合剤−ポリペプチド複合体と結合する。次いで、結合した第２の結合剤の検出
は、上記のように実行され得る。ストリップ試験形式では、結合剤が結合される
膜の一端をサンプルを含む溶液中に浸す。このサンプルは、膜に沿って、第２の
結合剤を含む領域を通って、そして固定化結合剤の領域まで移動する。固定化抗
体の領域での第２の結合剤の濃度が、癌の存在を示す。代表的には、その部位で
の第２の結合剤の濃度は、視覚的に読みとられ得るパターン（例えば、線）を生
成する。このようなパターンを示さないことは陰性の結果を示す。概して、この
膜上に固定化される結合剤の量は、生物学的サンプルが、上記の形式において、
２抗体サンドイッチアッセイにおいて陽性シグナルを生じるのに十分であるレベ
ルのポリペプチドを含む場合、視覚的に識別可能なパターンを生じるように選択
される。このようなアッセイにおける使用に好ましい結合剤は、抗体およびその
抗原結合フラグメントである。好ましくは、膜上に固定化される抗体の量は、約
２５ｎｇ〜約１μｇの範囲であり、そしてより好ましくは、約５０ｎｇ〜約５０
０ｎｇの範囲である。このような試験は、代表的には、非常に少ない量の生物学
的サンプルを用いて実行され得る。In a related embodiment, the assay is performed in a flow-through or strip test format, where the binder is immobilized on a membrane such as nitrocellulose. In a flow-through test, the polypeptide in the sample binds to the immobilized antibody as the sample passes through the membrane. Then, the second labeled binding agent, as the solution containing the second binding agent flows through the membrane,
Binds to the binder-polypeptide complex. The detection of the bound second binding agent can then be performed as described above. In a strip test format, one end of the membrane to which the binder is bound is immersed in a solution containing the sample. The sample travels along the membrane, through the area containing the second binder, and to the area of immobilized binder. The concentration of the second binding agent in the region of the immobilized antibody indicates the presence of a cancer. Typically, the concentration of the second binding agent at the site produces a pattern (eg, a line) that can be read visually. Not displaying such a pattern indicates a negative result. Generally, the amount of binder immobilized on the membrane will be such that the biological sample, in the format described above,
If the level of polypeptide is sufficient to produce a positive signal in a two-antibody sandwich assay, it is selected to produce a visually discernable pattern. Preferred binding agents for use in such assays are antibodies and antigen-binding fragments thereof. Preferably, the amount of antibody immobilized on the membrane ranges from about 25 ng to about 1 μg, and more preferably, from about 50 ng to about 50 ng.
The range is 0 ng. Such tests can typically be performed with very small amounts of biological sample.

【０１１７】もちろん、本発明の腫瘍タンパク質または結合剤との使用に適する多数の他の
アッセイ手順が存在する。上記の記載は、例示のみを意図する。例えば、上記手
順が、肺腫瘍ポリペプチドを使用するために容易に改変され得て、生物学的サン
プル内でこのようなポリペプチドに結合する抗体を検出し得ることが当業者に明
かである。このような肺腫瘍タンパク質特異的抗体の検出は、癌の存在と相関す
る。Of course, there are a number of other assay procedures suitable for use with the oncoproteins or binders of the invention. The above description is intended by way of example only. For example, it will be apparent to one of skill in the art that the above procedure can be readily modified to use lung tumor polypeptides and detect antibodies that bind to such polypeptides in a biological sample. Detection of such lung tumor protein-specific antibodies correlates with the presence of cancer.

【０１１８】あるいは、癌はまた、生物学的サンプル中の肺腫瘍タンパク質と特異的に反応
するＴ細胞の存在に基づいて検出され得る。特定の方法では、患者から単離され
たＣＤ４⁺Ｔ細胞および／またはＣＤ８⁺Ｔ細胞を含む生物学的サンプルは、肺腫
瘍ポリペプチド、このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよび
／またはこのようなポリペプチドの少なくとも免疫原性部分を発現するＡＰＣと
ともにインキュベートされ、そしてＴ細胞の特異的活性化の存在または非存在が
検出される。適切な生物学的サンプルとしては、単離されたＴ細胞が挙げられる
がこれらに限定されない。例えば、Ｔ細胞は、慣用技術によって（例えば、末梢
血リンパ球のＦｉｃｏｌｌ／Ｈｙｐａｑｕｅ密度勾配遠心分離法によって）患者
から単離され得る。Ｔ細胞は、２〜９日間（代表的に４日間）、３７℃にてポリ
ペプチド（例えば、５〜２５μｇ／ｍｌ）とともにインビトロでインキュベート
され得る。別のアリコートのＴ細胞サンプルを、コントロールとして役立てるた
めに、肺腫瘍ポリペプチドの非存在下でインキュベートすることが所望され得る
。ＣＤ４⁺Ｔ細胞に関して、活性化は好ましくは、Ｔ細胞の増殖を評価すること
によって検出される。ＣＤ８⁺Ｔ細胞に関しては、活性化は好ましくは、細胞溶
解活性を評価することによって検出される。疾患のない患者におけるよりも少な
くとも２倍高い増殖レベルおよび／または少なくとも２０％高い細胞溶解活性レ
ベルは、患者における癌の存在を示す。Alternatively, cancer can also be detected based on the presence of T cells that specifically react with lung tumor proteins in a biological sample. In certain methods, a biological sample comprising CD4 ⁺ and / or CD8 ⁺ T cells isolated from a patient comprises a lung tumor polypeptide, a polynucleotide encoding such a polypeptide, and / or And incubated with an APC that expresses at least an immunogenic portion of the specific polypeptide, and the presence or absence of specific activation of T cells is detected. Suitable biological samples include, but are not limited to, isolated T cells. For example, T cells can be isolated from a patient by conventional techniques (eg, by Ficoll / Hypaque density gradient centrifugation of peripheral blood lymphocytes). T cells can be incubated in vitro with a polypeptide (eg, 5-25 μg / ml) at 37 ° C. for 2-9 days (typically 4 days). It may be desirable to incubate another aliquot of the T cell sample in the absence of the lung tumor polypeptide to serve as a control. For CD4 ⁺ T cells, activation is preferably detected by assessing T cell proliferation. For CD8 ⁺ T cells, activation is preferably detected by assessing cytolytic activity. A level of proliferation at least 2-fold higher and / or a level of cytolytic activity at least 20% higher than in a patient without the disease is indicative of the presence of cancer in the patient.

【０１１９】上記のように、癌はまた、あるいは、生物学的サンプル中の肺腫瘍タンパク質
をコードするｍＲＮＡレベルに基づいて検出され得る。例えば、少なくとも２つ
のオリゴヌクレオチドプライマーをポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づくア
ッセイにおいて用いて、生物学的サンプルに由来する肺腫瘍ｃＤＮＡの一部を増
幅し得、ここで、オリゴヌクレオチドプライマーのうちの少なくとも１つは、肺
腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドに特異的である（すなわち、ハイ
ブリダイズする）。次いで、増幅されたｃＤＮＡが、当該分野で周知の技術（例
えば、ゲル電気泳動）を用いて分離され、そして検出される。同様に、肺腫瘍タ
ンパク質をコードするポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするオリゴヌ
クレオチドプローブをハイブリダイゼーションアッセイにおいて用いて、生物学
的サンプル中でこの腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドの存在を検出
し得る。As described above, cancer can also, or alternatively, be detected based on the level of mRNA encoding a lung tumor protein in a biological sample. For example, at least two oligonucleotide primers can be used in a polymerase chain reaction (PCR) -based assay to amplify a portion of a lung tumor cDNA from a biological sample, wherein at least one of the oligonucleotide primers One is specific (ie, hybridizes) to a polynucleotide encoding a lung tumor protein. The amplified cDNA is then separated and detected using techniques well known in the art (eg, gel electrophoresis). Similarly, an oligonucleotide probe that specifically hybridizes to a polynucleotide encoding a lung tumor protein can be used in a hybridization assay to detect the presence of a polynucleotide encoding the tumor protein in a biological sample.

【０１２０】アッセイ条件下でのハイブリダイゼーションを可能にするために、オリゴヌク
レオチドのプライマーおよびプローブは、少なくとも１０ヌクレオチド、そして
好ましくは少なくとも２０ヌクレオチドの長さの、肺腫瘍タンパク質をコードす
るポリヌクレオチドの一部に対して少なくとも約６０％、好ましくは少なくとも
約７５％、そしてより好ましくは少なくとも約９０％の同一性を有するオリゴヌ
クレオチド配列を含むべきである。好ましくは、オリゴヌクレオチドプライマー
および／またはプローブは、上記に規定されるような、中程度にストリンジェン
トな条件下で、本明細書中に開示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオ
チドにハイブリダイズする。本明細書中に記載される診断方法において有用に用
いられ得るオリゴヌクレオチドのプライマーおよび／またはプローブは、好まし
くは、少なくとも１０〜４０ヌクレオチドの長さである。好ましい実施形態にお
いて、オリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号１〜３１、４９〜５５、６３
、６４、６６、６８〜７２、７８〜８０、８４〜９２、および２１７〜３８９に
記載される配列を有するＤＮＡ分子の少なくとも１０の連続するヌクレオチド、
より好ましくは少なくとも１５の連続するヌクレオチドを含む。ＰＣＲに基づく
アッセイおよびハイブリダイゼーションアッセイの両方についての技術は、当該
分野で周知である（例えば、Ｍｕｌｌｉｓら，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒ
ｂｏｒＳｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．，５１：２６３，１９８７；Ｅｒｌ
ｉｃｈ編，ＰＣＲＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＳｔｏｃｋｔｏｎＰｒｅｓｓ，Ｎ
Ｙ，１９８９を参照のこと）。To enable hybridization under the conditions of the assay, oligonucleotide primers and probes may comprise at least 10 nucleotides, and preferably at least 20 nucleotides in length, of a polynucleotide encoding a lung tumor protein. It should contain an oligonucleotide sequence having at least about 60%, preferably at least about 75%, and more preferably at least about 90% identity to a portion. Preferably, the oligonucleotide primers and / or probes will hybridize under moderately stringent conditions to a polynucleotide encoding a polypeptide disclosed herein, as defined above. Oligonucleotide primers and / or probes that can be usefully used in the diagnostic methods described herein are preferably at least 10 to 40 nucleotides in length. In a preferred embodiment, the oligonucleotide primers are SEQ ID NOs: 1-31, 49-55, 63
, 64, 66, 68-72, 78-80, 84-92, and at least 10 contiguous nucleotides of a DNA molecule having the sequences set forth in 217-389.
More preferably it comprises at least 15 contiguous nucleotides. Techniques for both PCR-based and hybridization assays are well known in the art (eg, Mullis et al., Cold Spring Har).
bor Symp. Quant. Biol. , 51: 263, 1987; Erl.
ich, PCR Technology, Stockton Press, N
Y, 1989).

【０１２１】１つの好ましいアッセイは、ＲＴ−ＰＣＲを用い、ここでは、ＰＣＲは、逆転
写に関連して適用される。代表的に、ＲＮＡは生物学的サンプル（例えば、生検
組織）から抽出され、そして逆転写されてｃＤＮＡ分子を生成する。少なくとも
１つの特異的プライマーを用いるＰＣＲ増幅は、ｃＤＮＡ分子を生成し、このｃ
ＤＮＡ分子は、例えば、ゲル電気泳動を用いて分離および可視化され得る。増幅
は、試験患者および癌に罹患していない個体から採取された生物学的サンプルに
ついて行われ得る。増幅反応は、２桁の大きさにおよぶいくつかのｃＤＮＡ希釈
物について行われ得る。癌でないサンプルのいくつかの希釈物と比較して２倍以
上の、試験患者サンプルの同じ希釈物における発現増加は、代表的に、陽性とみ
なされる。One preferred assay uses RT-PCR, where PCR is applied in connection with reverse transcription. Typically, RNA is extracted from a biological sample (eg, biopsy tissue) and reverse transcribed to produce a cDNA molecule. PCR amplification using at least one specific primer generates a cDNA molecule,
DNA molecules can be separated and visualized using, for example, gel electrophoresis. Amplification can be performed on biological samples taken from test patients and individuals who do not have cancer. Amplification reactions can be performed on several cDNA dilutions, ranging in size by two orders of magnitude. An increase in expression in the same dilution of the test patient sample that is more than 2-fold compared to several dilutions of the non-cancerous sample is typically considered positive.

【０１２２】別の実施形態において、開示された組成物は、癌の進行についてのマーカーと
して使用され得る。この実施形態において、癌の診断について上記に記載される
ようなアッセイは、経時的に実行され得、そして反応性ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドのレベルの変化を評価し得る。例えば、このアッセイは、６ケ月〜
１年の期間の間２４〜７２時間毎に実行され得、そしてその後、必要に応じて実
行され得る。一般に、癌は、検出されるこのポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ドのレベルが経時的に増大する患者において進行している。対照的に、癌は、反
応性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドのレベルが一定のままであるか、また
は時間とともに減少するかのいずれかである場合、進行していない。In another embodiment, the disclosed compositions can be used as markers for cancer progression. In this embodiment, assays such as those described above for the diagnosis of cancer may be performed over time and assess changes in the level of a reactive polypeptide or polynucleotide. For example, this assay can be
It may be performed every 24-72 hours for a period of one year, and thereafter may be performed as needed. Generally, cancer has progressed in a patient whose detected levels of the polypeptide or polynucleotide increase over time. In contrast, a cancer has not progressed if the level of the reactive polypeptide or polynucleotide either remains constant or decreases over time.

【０１２３】特定のインビボ診断アッセイは、腫瘍上で直接実施され得る。１つのこのよう
なアッセイは、腫瘍細胞を結合剤と接触させる工程を包含する。次いで、結合さ
れた結合剤は、レポーター基によって直接的または間接的に検出され得る。この
ような結合剤はまた、組織学的な用途において使用され得る。あるいは、ポリヌ
クレオチドプローブは、このような用途において使用され得る。Certain in vivo diagnostic assays can be performed directly on tumors. One such assay involves contacting a tumor cell with a binding agent. The bound binding agent can then be detected directly or indirectly by the reporter group. Such binders can also be used in histological applications. Alternatively, polynucleotide probes can be used in such applications.

【０１２４】上記のように、感度を改善するために、複数の肺腫瘍タンパク質マーカーは、
所定のサンプル内でアッセイされ得る。本明細書中に提供される種々のタンパク
質に特異的な結合剤が単一のアッセイにおいて組み合わせられ得ることは明かで
ある。さらに、複数のプライマーまたはプローブが同時に用いられ得る。腫瘍タ
ンパク質マーカーの選択は、最適な感度をもたらす組み合わせを決定する慣用実
験に基づき得る。さらに、または代替として、本明細書中に提供される腫瘍タン
パク質のアッセイは、他の公知の腫瘍抗原に対するアッセイと組み合わせられ得
る。As noted above, to improve sensitivity, multiple lung tumor protein markers are
It can be assayed in a given sample. It is clear that the binding agents specific for the various proteins provided herein can be combined in a single assay. Further, multiple primers or probes can be used simultaneously. Selection of tumor protein markers can be based on routine experimentation to determine the combination that yields optimal sensitivity. Additionally or alternatively, the assays for tumor proteins provided herein can be combined with assays for other known tumor antigens.

【０１２５】（診断キット）本発明はさらに、上記の診断方法のうちのいずれかにおいて使用するためのキ
ットを提供する。このようなキットは代表的に、診断アッセイを行うに必要な２
以上の構成要素を備える。構成要素は、化合物、試薬、容器および／または器具
であり得る。例えば、キット内の１つの容器は、肺腫瘍タンパク質に特異的に結
合するモノクローナル抗体またはそのフラグメントを含み得る。このような抗体
またはフラグメントは、上記のように支持体材料に付着されて提供され得る。１
以上のさらなる容器は、アッセイにおいて使用される要素（例えば、試薬または
緩衝液）を封入し得る。このようなキットはまた、あるいは、抗体結合の直接的
または間接的な検出に適切なレポーター基を含む上記のような検出試薬を備え得
る。(Diagnostic Kit) The present invention further provides a kit for use in any of the above diagnostic methods. Such kits typically include the two components required to perform a diagnostic assay.
It has the above components. A component can be a compound, reagent, container and / or device. For example, one container in the kit may contain a monoclonal antibody or a fragment thereof that specifically binds to a lung tumor protein. Such antibodies or fragments may be provided attached to a support material as described above. 1
These additional containers may enclose components (eg, reagents or buffers) used in the assay. Such a kit may also, alternatively, comprise a detection reagent as described above comprising a reporter group suitable for direct or indirect detection of antibody binding.

【０１２６】あるいは、キットは、生物学的サンプル中の肺腫瘍タンパク質をコードするｍ
ＲＮＡレベルを検出するように設計され得る。このようなキットは一般に、肺腫
瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズする、上記のよう
な、少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのプローブまたはプライマーを備える
。このようなオリゴヌクレオチドは、例えば、ＰＣＲまたはハイブリダイゼーシ
ョンアッセイにおいて用いられ得る。このようなキット内に存在し得るさらなる
構成要素としては、肺腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドの検出を容
易にする、第２のオリゴヌクレオチドおよび／または診断試薬もしくは容器が挙
げられる。Alternatively, the kit comprises a kit encoding a lung tumor protein in a biological sample.
It can be designed to detect RNA levels. Such kits generally include at least one oligonucleotide probe or primer, as described above, that hybridizes to a polynucleotide encoding a lung tumor protein. Such oligonucleotides can be used, for example, in a PCR or hybridization assay. Additional components that may be present in such a kit include a second oligonucleotide and / or a diagnostic reagent or container that facilitates detection of a polynucleotide encoding a lung tumor protein.

【０１２７】以下の実施例は、例示のために提供され、そして限定のためではない。The following examples are provided by way of illustration and not by way of limitation.

【０１２８】（実施例）（実施例１）（ディファレンシャルディスプレイＲＴ−ＰＣＲを使用する、肺腫瘍特異的ｃ
ＤＮＡ配列の調製）本実施例は、ディファレンシャルディスプレイスクリーニングを使用する、肺
腫瘍特異的ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ分子の調製を例示する。EXAMPLES Example 1 Lung Tumor-Specific c Using Differential Display RT-PCR
Preparation of DNA Sequences This example illustrates the preparation of a cDNA molecule encoding a lung tumor-specific polypeptide using differential display screening.

【０１２９】組織サンプルを、患者からサンプルを取り出した後に病理学によって確認され
た肺癌を患う患者の肺腫瘍および正常組織から調製した。正常なＲＮＡおよび腫
瘍ＲＮＡを、このサンプルから抽出して、そしてｍＲＮＡを単離して、そして（
ｄＴ）₁₂ＡＧ（配列番号４７）アンカー３’プライマーを使用して、ｃＤＮＡに
変換した。次いで、ディファレンシャルディスプレイＰＣＲを、無作為に選択さ
れたプライマー（配列番号４８）を使用して行った。増幅条件は、１．５ｍＭ
ＭｇＣｌ₂、２０ｐｍｏｌのプライマー、５００ｐｍｏｌｄＮＴＰおよび１ユ
ニットのＴａｑＤＮＡポリメラーゼ（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ、Ｂｒａｎｃ
ｈｂｕｒｇ，ＮＪ）を含む標準的な緩衝液であった。４０サイクルの増幅を、９
４℃で３０秒間の変性、４２℃で１分間のアニーリングおよび７２℃で３０秒間
の伸長を使用して行った。腫瘍のＲＮＡフィンガープリントパターンに特異的で
あることが繰り返し観察されたバンドを、銀染色ゲルから切り出して、ｐＧＥＭ
−Ｔベクター（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）にサブクローニングし
て、そして配列決定した。単離された３’配列は、配列番号１〜１６において提
供されている。[0129] Tissue samples were prepared from lung tumors and normal tissues of patients with lung cancer identified by pathology after removing the samples from the patients. Normal RNA and tumor RNA are extracted from this sample and mRNA is isolated and (
dT) ₁₂ AG (SEQ ID NO: 47) anchor 3 ′ primer was used to convert to cDNA. Then, a differential display PCR was performed using randomly selected primers (SEQ ID NO: 48). Amplification conditions were 1.5 mM
MgCl ₂ , 20 pmol of primer, 500 pmol of dNTP and 1 unit of Taq DNA polymerase (Perkin-Elmer, Brand
hburg, NJ). 40 cycles of amplification, 9
Denaturation at 4 ° C. for 30 seconds, annealing at 42 ° C. for 1 minute and extension at 72 ° C. for 30 seconds were performed. Bands that were repeatedly observed to be specific for the RNA fingerprint pattern of the tumor were excised from silver stained gels and pGEM
Subcloned into -T vector (Promega, Madison, WI) and sequenced. The isolated 3 'sequences are provided in SEQ ID NOs: 1-16.

【０１３０】ＢＬＡＳＴＮプログラムを使用する、公的なデータベースの配列に対するこれ
らの配列の比較は、配列番号１〜１１において提供されている配列に対して有意
な相同性を示さなかった。本発明者らの知識が及ぶ限り、単離されたＤＮＡ配列
のいずれもが、正常な肺組織よりもヒト肺腫瘍組織において、より高いレベルで
発現されることが以前に示されていなかった。Comparison of these sequences to sequences in public databases using the BLASTN program showed no significant homology to the sequences provided in SEQ ID NOs: 1-11. To the best of our knowledge, none of the isolated DNA sequences had previously been shown to be expressed at higher levels in human lung tumor tissue than in normal lung tissue.

【０１３１】（実施例２）（肺腫瘍抗原をコードするＤＮＡ配列を同定するための患者血清の使用）本実施例は、自系の患者血清を用いる肺腫瘍サンプルの発現スクリーニングに
よる、肺腫瘍抗原をコードするｃＤＮＡ配列の単離を例示する。Example 2 Use of Patient Sera to Identify DNA Sequences Encoding Lung Tumor Antigen This example demonstrates the use of lung tumor antigens by screening expression of lung tumor samples using autologous patient sera. 2 illustrates the isolation of a cDNA sequence encoding

【０１３２】ヒト肺腫瘍指向性ｃＤＮＡ発現ライブラリーを、ＬａｍｂｄａＺＡＰＥｘ
ｐｒｅｓｓ発現系（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，ＬａＪｏｌｌａ，ＣＡ）を用いて
構築した。このライブラリーの総ＲＮＡを、後期（ｌａｔｅ）ＳＣＩＤマウスに
接種したヒト扁平上皮肺癌腫から採取して、そしてポリＡ＋ＲＮＡを、Ｍｅｓｓ
ａｇｅＭａｋｅｒキット（ＧｉｂｃｏＢＲＬ．Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，
ＭＤ）を使用して単離した。得られたライブラリーを、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（Ｍ
ｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ
，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃｏｌ
ｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ，ＮＹ、１９８９）に記載されるように、Ｅ．
ｃｏｌｉ吸着自系患者血清を使用してスクリーニングした（ここで２次抗体は、
ＮＢＴ／ＢＣＩＰ（ＧｉｂｃｏＢＲＬ）で発色する、アルカリホスファターゼ
に結合体化したヤギ抗ヒトＩｇＧ−Ａ−Ｍ（Ｈ＋Ｌ）である）。免疫反応性抗原
を発現している陽性プラークを、精製した。プラークからのファージミドをレス
キューして、そしてこのクローンのヌクレオチド配列を、決定した。A human lung tumor-directed cDNA expression library was constructed using Lambda ZAP Ex.
A press expression system (Stratagene, La Jolla, CA) was used. Total RNA from this library was taken from human squamous cell lung carcinoma inoculated into late SCID mice and poly A + RNA was
age Maker kit (Gibco BRL. Gaithersburg,
MD). The resulting library was used in Sambrook et al. (M
olecular Cloning: A Laboratory Manual
, Cold Spring Harbor Laboratories, Col
d Spring Harbor, NY, 1989).
Escherichia coli was screened using E. coli-adsorbed autologous patient serum (where the secondary antibody was
Goat anti-human IgG-AM (H + L) conjugated to alkaline phosphatase, developed with NBT / BCIP (Gibco BRL)). Positive plaques expressing immunoreactive antigen were purified. Phagemid from the plaque was rescued and the nucleotide sequence of this clone was determined.

【０１３３】１５個のクローン（本明細書中以降、ＬＴ８６−１〜ＬＴ８６−１５といわれ
る）を単離した。ＬＴ８６−１〜ＬＴ８６−８およびＬＴ８６−１０〜ＬＴ８６
−１５の単離されたｃＤＮＡ配列を、それぞれ、配列番号１７〜２４および２６
〜３１に提供し、ここで対応する推定アミノ酸配列を、それぞれ、配列番号３２
〜３９および４１〜４６に提供する。ＬＴ８６−９の決定されたｃＤＮＡ配列を
、配列番号２５に提供し、ここで３’端および５’端の対応する推定アミノ酸配
列を、それぞれ、配列番号４０および６５に提供する。これらの配列を、上記の
遺伝子バンクにおける配列と比較した。クローンＬＴ８６−３、ＬＴ８６−６〜
ＬＴ８６−９、ＬＴ８６−１１〜ＬＴ８６−１３およびＬＴ８６−１５（それぞ
れ、配列番号１９、２２〜２５、２７〜２９および３１）は、以前に同定された
発現配列タグ（ＥＳＴ）にいくらかの相同性を示すことが見出され、ここでクロ
ーンＬＴ８６−６、ＬＴ８６−８、ＬＴ８６−１１、ＬＴ８６−１２およびＬＴ
８６−１５は、互いに同様または同一であるようであった。クローンＬＴ８６−
３は、ヒト転写リプレッサーといくらかの相同性を示すことが見出された。クロ
ーンＬＴ８６−６、８、９、１１、１２および１５は、酵母ＲＮＡＰｏｌＩ
Ｉ転写調節メディエーターにいくらかの相同性を示すことが見出された。クロー
ンＬＴ８６−１３は、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓロイシンアミノペプチダーゼといくら
かの相同性を示すことが見出された。クローンＬＴ８６−９は、２つのインサー
トを含むようであり、ここで５’配列は、以前に同定された、インターフェロン
αにより誘導されるＰ２７のアンチセンス配列に対する相同性を示し、そして３
’配列は、ＬＴ８６−６に類似である。クローンＬＴ８６−１４（配列番号３０
）は、トリトラックス（ｔｒｉｔｈｏｒａｘ）遺伝子に対していくらかの相同性
を示すことが見出され、そして「ＲＧＤ」細胞接着配列、およびペニシリンの加
水分解において機能するβ−ラクタマーゼＡ部位を有する。クローンＬＴ８６−
１、ＬＴ８６−２、ＬＴ８６−４、ＬＴ８６−５およびＬＴ８６−１０（それぞ
れ、配列番号１７、１８、２０、２１および２６）は、以前に同定された遺伝子
といくらかの相同性を示すことが見出された。ＬＴ８６−４についてその後に決
定された伸長ｃＤＮＡ配列を、配列番号６６に提供し、ここで対応する推定アミ
ノ酸配列を、配列番号６７に提供する。15 clones (hereinafter referred to as LT86-1 to LT86-15) were isolated. LT86-1 to LT86-8 and LT86-10 to LT86
SEQ ID NOs: 17-24 and 26, respectively.
-31, wherein the corresponding deduced amino acid sequence is set forth in SEQ ID NO: 32, respectively.
~ 39 and 41-46. The determined cDNA sequence of LT86-9 is provided in SEQ ID NO: 25, where the corresponding deduced amino acid sequences at the 3 ′ and 5 ′ ends are provided in SEQ ID NOs: 40 and 65, respectively. These sequences were compared to the sequences in the gene bank described above. Clone LT86-3, LT86-6 ~
LT86-9, LT86-11 to LT86-13 and LT86-15 (SEQ ID NOs: 19, 22 to 25, 27 to 29 and 31, respectively) have some homology to previously identified expressed sequence tags (ESTs). Where clones LT86-6, LT86-8, LT86-11, LT86-12 and LT
86-15 appeared similar or identical to each other. Clone LT86-
3 was found to show some homology with the human transcription repressor. Clone LT86-6, 8, 9, 11, 12 and 15 are yeast RNA Pol I
It has been found that it exhibits some homology to the I transcription regulatory mediator. Clone LT86-13 is C.I. elegans leucine aminopeptidase was found to show some homology. Clone LT86-9 appears to contain two inserts, where the 5 'sequence shows homology to the previously identified antisense sequence of P27 induced by interferon alpha, and 3
'The sequence is similar to LT86-6. Clone LT86-14 (SEQ ID NO: 30)
) Was found to show some homology to the trithorax gene and has an "RGD" cell adhesion sequence, and a β-lactamase A site that functions in the hydrolysis of penicillin. Clone LT86-
1, LT86-2, LT86-4, LT86-5 and LT86-10 (SEQ ID NOs: 17, 18, 20, 21 and 26, respectively) show some homology with previously identified genes. Was issued. The subsequently determined extended cDNA sequence for LT86-4 is provided in SEQ ID NO: 66, where the corresponding deduced amino acid sequence is provided in SEQ ID NO: 67.

【０１３４】その後の研究は、５個のさらなるクローン（ＬＴ８６−２０、ＬＴ８６−２１
、ＬＴ８６−２２、ＬＴ８６−２６およびＬＴ８６−２７といわれる）の単離を
もたらした。ＬＴ８６−２０、ＬＴ８６−２２、ＬＴ８６−２６およびＬＴ８６
−２７について決定された５’ｃＤＮＡ配列を、それぞれ、配列番号６８および
７０〜７２に提供し、ここでＬＴ８６−２１について決定された３’ｃＤＮＡ配
列を、配列番号６９に提供する。ＬＴ８６−２０、ＬＴ８６−２１、ＬＴ８６−
２２、ＬＴ８６−２６およびＬＴ８６−２７についての対応する推定アミノ酸配
列を、それぞれ、配列番号７３〜７７に提供する。ＬＴ８６−２２およびＬＴ８
６−２７は、互いに高度に類似することが見出された。上記の遺伝子バンクにお
ける配列に対するこれらの配列の比較は、ＬＴ８６−２２およびＬＴ８６−２７
に対する有意な相同性を示さなかった。ＬＴ８６−２０、ＬＴ８６−２１および
ＬＴ８６−２６は、以前に同定された遺伝子に対する相同性を示すことが見出さ
れた。Subsequent studies revealed five additional clones (LT86-20, LT86-21).
, LT86-22, LT86-26 and LT86-27). LT86-20, LT86-22, LT86-26 and LT86
The 5 'cDNA sequence determined for -27 is provided in SEQ ID NOs: 68 and 70-72, respectively, where the 3' cDNA sequence determined for LT86-21 is provided in SEQ ID NO: 69. LT86-20, LT86-21, LT86-
22, the corresponding deduced amino acid sequences for LT86-26 and LT86-27 are provided in SEQ ID NOs: 73-77, respectively. LT86-22 and LT8
6-27 were found to be highly similar to each other. Comparison of these sequences to sequences in the above gene bank was performed for LT86-22 and LT86-27.
Did not show significant homology to LT86-20, LT86-21 and LT86-26 were found to show homology to previously identified genes.

【０１３５】さらなる研究において、ｃＤＮＡ発現ライブラリーを、ＬａｍｂｄａＺＡＰ
Ｅｘｐｒｅｓｓ発現ベクター（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）において、肺小細胞癌
腫細胞株由来のｍＲＮＡを使用して調製して、そして２つの肺小細胞癌腫の患者
の血清のプールを用いて、上記のようにスクリーニングした。この血清プールを
、Ｅ．ｃｏｌｉ溶解物を用いて吸着させ、そしてヒトＰＢＭＣ溶解物を、血清に
添加して、正常組織に見出されるタンパク質に対する抗体をブロックした。７３
個のクローンを単離した。これらのクローンの決定されたｃＤＮＡ配列を、配列
番号２９０〜３６２に提供する。配列番号２８９〜２９２、２９４、２９６〜２
９７、３００、３０２、３０３、３０５、３０７〜３１５、３１７〜３２０、３
２２〜３２５、３２７〜３３２、３３４、３３５、３３８〜３４１、３４３〜３
５２、３５４〜３５８、３６０および３６２の配列は、以前に同定された遺伝子
といくらかの相同性を示すことが見出された。配列番号２９３、２９５、２９８
、２９９、３０１、３０４、３０６、３１６、３２１、３２６、３３３、３３６
、３３７、３４２、３５３、３５９および３６１の配列は、以前に同定されたＥ
ＳＴに対していくらかの相同性を示すことが見出された。In a further study, a cDNA expression library was constructed using Lambda ZAP.
Prepared using mRNA from a small cell lung carcinoma cell line in an Expression expression vector (Stratagene) and screened as above using pools of sera from two small cell lung carcinoma patients. This serum pool was used for E. coli. E. coli lysates were adsorbed and human PBMC lysates were added to serum to block antibodies to proteins found in normal tissues. 73
Clones were isolated. The determined cDNA sequences of these clones are provided in SEQ ID NOs: 290-362. SEQ ID NOs: 289-292, 294, 296-2
97, 300, 302, 303, 305, 307 to 315, 317 to 320, 3
22-325, 327-332, 334, 335, 338-341, 343-3
The sequences of 52, 354-358, 360 and 362 were found to show some homology to previously identified genes. SEQ ID NOs: 293, 295, 298
, 299, 301, 304, 306, 316, 321, 326, 333, 336
, 337, 342, 353, 359 and 361 have the previously identified E
It was found to show some homology to ST.

【０１３６】（実施例３）（肺腫瘍抗原をコードするＤＮＡ配列を同定するためのマウス抗血清の使用）本実施例は、マウス抗腫瘍血清を用いて肺腫瘍ｃＤＮＡライブラリーをスクリ
ーニングすることによる、肺腫瘍抗原をコードするｃＤＮＡ配列の単離を例示す
る。Example 3 Use of Mouse Antiserum to Identify DNA Sequences Encoding Lung Tumor Antigen This example is based on screening a lung tumor cDNA library with mouse antitumor sera. Illustrates the isolation of a cDNA sequence encoding a lung tumor antigen.

【０１３７】指向性ｃＤＮＡ肺腫瘍発現ライブラリーを、上記の実施例２に記載されるよう
に調製した。血清を、後期接種ヒト扁平上皮細胞および腺癌腫瘍を含むＳＣＩＤ
マウスから得た。これらの血清をプールして、そして正常マウスに注射して、抗
肺腫瘍血清を生成した。およそ２００，０００ＰＦＵを、この抗血清を使用して
、未増幅ライブラリーからスクリーニングした。ヤギ抗マウスＩｇＧ−Ａ−Ｍ（
Ｈ＋Ｌ）アルカリホスファターゼ２次抗体の使用により、ＮＢＴ／ＢＣＩＰ（Ｂ
ＲＬＬａｂｓ．）で発色させ、およそ４０の陽性クローンを、同定した。ファ
ージを精製して、そして原核生物または真核生物の細胞での発現のために、ファ
ージミドを、ｐＢＬ−ＣＭＶベクター中にインサートを有する９つのクローンに
ついて切り出した。A directional cDNA lung tumor expression library was prepared as described in Example 2 above. SCID containing late inoculated human squamous epithelial cells and adenocarcinoma tumors
Obtained from mice. These sera were pooled and injected into normal mice to generate anti-lung tumor sera. Approximately 200,000 PFU was screened from the unamplified library using this antiserum. Goat anti-mouse IgG-AM (
(H + L) alkaline phosphatase secondary antibody allows the use of NBT / BCIP (B
RL Labs. ) And approximately 40 positive clones were identified. Phages were purified and phagemids were excised for nine clones with inserts in the pBL-CMV vector for expression in prokaryotic or eukaryotic cells.

【０１３８】単離されたクローンのうち７つ（本明細書中以降、Ｌ８６Ｓ−３、Ｌ８６Ｓ−
１２、Ｌ８６Ｓ−１６、Ｌ８６Ｓ−２５、Ｌ８６Ｓ−３６、Ｌ８６Ｓ−４０およ
びＬ８６Ｓ−４６といわれる）について決定されたｃＤＮＡ配列を、配列番号４
９〜５５に提供し、ここで対応する推定アミノ酸配列を、それぞれ、配列番号５
６〜６２に提供する。残りの２つのクローン（本明細書中以降、Ｌ８６Ｓ−３０
およびＬ８６Ｓ−４１といわれる）についての５’ｃＤＮＡ配列を、配列番号６
３および６４に提供する。Ｌ８６Ｓ−３６およびＬ８６Ｓ−４６は、同じ遺伝子
を示すことがその後に決定された。上記の公的データベー−スにおける配列に対
するこれらの配列の比較は、クローンＬ８６Ｓ−３０、Ｌ８６Ｓ−３６およびＬ
８６Ｓ−４６（それぞれ、配列番号６３、５３および５５）に対して有意な相同
性を示さなかった。Ｌ８６Ｓ−１６（配列番号５１）は、胎児肺および生殖細胞
腫瘍において以前に同定されたＥＳＴに対していくらかの相同性を示すことが見
出された。残りのクローンは、以前に同定されたヒト遺伝子に対して、少なくと
もいくらかの程度の相同性を示すことが見出された。Ｌ８６Ｓ−１２、Ｌ８６Ｓ
−３６およびＬ８６Ｓ−４６についてその後に決定された伸長ｃＤＮＡ配列を、
それぞれ、配列番号７８〜８０に提供し、ここで対応する推定アミノ酸配列を、
配列番号８１〜８３に提供する。Seven of the clones isolated (hereinafter L86S-3, L86S-
12, L86S-16, L86S-25, L86S-36, L86S-40 and L86S-46), the cDNA sequence determined for SEQ ID NO: 4
9-55, wherein the corresponding deduced amino acid sequences are set forth in SEQ ID NO: 5, respectively.
6-62. The remaining two clones (hereinafter L86S-30)
And referred to as L86S-41).
3 and 64. L86S-36 and L86S-46 were subsequently determined to represent the same gene. Comparison of these sequences to the sequences in the above public databases was performed using clones L86S-30, L86S-36 and L86S-36.
No significant homology to 86S-46 (SEQ ID NOs: 63, 53 and 55, respectively). L86S-16 (SEQ ID NO: 51) was found to show some homology to ESTs previously identified in fetal lung and germ cell tumors. The remaining clones were found to show at least some degree of homology to previously identified human genes. L86S-12, L86S
The subsequently determined extended cDNA sequences for -36 and L86S-46 were
Each is provided in SEQ ID NOs: 78-80, wherein the corresponding deduced amino acid sequences are:
Provided in SEQ ID NOs: 81-83.

【０１３９】その後の研究により、さらなる９つのクローン（Ｌ８６Ｓ−６、Ｌ８６Ｓ−１
１、Ｌ８６Ｓ−１４、Ｌ８６Ｓ−２９、Ｌ８６Ｓ−３４、Ｌ８６Ｓ−３９、Ｌ８
６Ｓ−４７、Ｌ８６Ｓ−４９およびＬ８６Ｓ−５１といわれる）についての５’
ｃＤＮＡ配列（それぞれ、配列番号８４〜９２）の決定がもたらされた。対応す
る推定アミノ酸配列を、それぞれ、配列番号９３〜１０１に提供する。Ｌ８６Ｓ
−３０、Ｌ８６Ｓ−３９およびＬ８６Ｓ−４７は、互いに類似することが見出さ
れた。上記の遺伝子バンクにおける配列とのこれらの配列の比較は、Ｌ８６Ｓ−
１４に対して有意な相同性を示さなかった。Ｌ８６Ｓ−２９は、以前に同定され
たＥＳＴに対していくらかの相同性を示すことが見出された。Ｌ８６Ｓ−６、Ｌ
８６Ｓ−１１、Ｌ８６Ｓ−３４、Ｌ８６Ｓ−３９、Ｌ８６Ｓ−４７、Ｌ８６Ｓ−
４９およびＬ８６Ｓ−５１は、以前に同定された遺伝子に対していくらかの相同
性を示すことが見出された。Subsequent studies have shown that nine additional clones (L86S-6, L86S-1
1, L86S-14, L86S-29, L86S-34, L86S-39, L8
6S-47, referred to as L86S-49 and L86S-51).
This resulted in the determination of the cDNA sequence (SEQ ID NOs: 84-92, respectively). The corresponding deduced amino acid sequences are provided in SEQ ID NOs: 93-101, respectively. L86S
-30, L86S-39 and L86S-47 were found to be similar to each other. Comparison of these sequences with the sequences in the above gene bank was performed using the L86S-
No significant homology to 14. L86S-29 was found to show some homology to previously identified ESTs. L86S-6, L
86S-11, L86S-34, L86S-39, L86S-47, L86S-
49 and L86S-51 were found to show some homology to previously identified genes.

【０１４０】さらなる研究において、指向性ｃＤＮＡライブラリーを、Ｓｔｒａｔａｇｅｎ
ｅキットをＬａｍｂｄａＺＡＰＥｘｐｒｅｓｓベクターとともに使用して構
築した。このライブラリーについての総ＲＮＡを、２つの初代扁平上皮肺腫瘍か
ら単離して、そしてポリＡ＋ＲＮＡを、オリゴｄＴカラムを使用して単離した。
抗血清を、ヒト扁平上皮肺癌腫を移植した３匹のＳＣＩＤマウス由来の血清のプ
ールを使用して、正常マウスにおいて発達させた。およそ７００，０００ＰＦＵ
を、Ｅ．ｃｏｌｉ吸着マウス抗ＳＣＩＤ腫瘍血清を用いて、未増幅ライブラリー
からスクリーニングした。陽性クローンを、上記のように同定した。ファージを
精製して、そして原核生物および真核生物の細胞における発現のために、ファー
ジミドを、ｐＢＫ−ＣＭＶベクター中にインサートを有する１８０個のクローン
について切り出した。In a further study, a directional cDNA library was constructed using Stratagen.
The e-kit was constructed using the Lambda ZAP Express vector. Total RNA for this library was isolated from two primary squamous lung tumors and poly A + RNA was isolated using an oligo dT column.
Antisera were developed in normal mice using a pool of sera from three SCID mice implanted with human squamous cell lung carcinoma. About 700,000 PFU
To E. Screening was performed from an unamplified library using E. coli-adsorbed mouse anti-SCID tumor serum. Positive clones were identified as described above. Phages were purified and phagemids were excised for 180 clones with inserts in the pBK-CMV vector for expression in prokaryotic and eukaryotic cells.

【０１４１】単離されたクローンのうち２３個について決定されたｃＤＮＡ配列を、配列番
号１２６〜１４８に提供する。上記の公的データベースにおける配列とのこれら
の配列の比較は、配列番号１３９および１４３〜１４８の配列に対して有意な相
同性を示さなかった。配列番号１２６〜１３８および１４０〜１４２の配列は以
前に同定されたヒトポリヌクレオチド配列に対して相同性を示すことが見出され
た。The determined cDNA sequences for 23 of the isolated clones are provided in SEQ ID NOs: 126-148. Comparison of these sequences to the sequences in the public databases described above showed no significant homology to the sequences of SEQ ID NOs: 139 and 143-148. The sequences of SEQ ID NOs: 126-138 and 140-142 were found to show homology to previously identified human polynucleotide sequences.

【０１４２】（実施例４）（ＳＣＩＤマウスから調製した肺腫瘍ライブラリーをスクリーニングするため
のマウス抗血清の使用）本実施例は、マウス抗腫瘍血清を用いて、ＳＣＩＤマウスから調製された肺腫
瘍ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングすることによる、肺腫瘍抗原をコード
するｃＤＮＡ配列の単離を例示する。Example 4 Use of Mouse Antiserum to Screen a Lung Tumor Library Prepared from SCID Mice This example demonstrates the use of mouse antitumor serum to prepare lung tumors from SCID mice. 2 illustrates the isolation of a cDNA sequence encoding a lung tumor antigen by screening a cDNA library.

【０１４３】指向性ｃＤＮＡ肺腫瘍発現ライブラリーを、ＳｔｒａｔａｇｅｎｅキットをＬ
ａｍｂｄａＺＡＰＥｘｐｒｅｓｓベクターとともに使用して調製した。この
ライブラリーについての総ＲＮＡを、ＳＣＩＤマウスにおいて増殖された後期接
種肺腺癌から採取した。ポリＡ＋ＲＮＡを、ＭｅｓｓａｇｅＭａｒｋｅｒＫ
ｉｔ（Ｇｉｂｃｏ，ＢＲＬ）を使用して単離した。血清を、肺腺癌を移植した２
匹のＳＣＩＤマウスから得た。これらの血清をプールして、そして正常マウスに
注射して、抗肺腫瘍血清を生成した。およそ７００，０００ＰＦＵを、Ｅ．ｃｏ
ｌｉ吸着マウス抗ＳＣＩＤ腫瘍血清を用いて、未増幅ライブラリーからスクリー
ニングした。陽性クローンを、ＮＢＴ／ＢＣＩＰ（ＧｉｂｃｏＢＲＬ）で発色
する、ヤギ抗マウスＩｇＧ−Ａ−Ｍ（Ｈ＋Ｌ）アルカリホスファターゼ２次抗体
を用いて同定した。ファージを精製して、そして原核生物および真核生物の細胞
における発現のために、ファージミドを、ｐＢＫ−ＣＭＶベクター中にインサー
トを有する１００個のクローンについて切り出した。The directional cDNA lung tumor expression library was prepared using the Stratagene kit
Prepared for use with the ambda ZAP Express vector. Total RNA for this library was taken from late inoculated lung adenocarcinoma grown in SCID mice. Poly A + RNA was transferred to Message Marker K
It was isolated using it (Gibco, BRL). Serum was transplanted with lung adenocarcinoma 2
Obtained from one SCID mouse. These sera were pooled and injected into normal mice to generate anti-lung tumor sera. Approximately 700,000 PFU was co
Screened from the unamplified library with li-adsorbed mouse anti-SCID tumor serum. Positive clones were identified using a goat anti-mouse IgG-AM (H + L) alkaline phosphatase secondary antibody, developed with NBT / BCIP (Gibco BRL). Phages were purified and phagemids were excised for 100 clones with inserts in the pBK-CMV vector for expression in prokaryotic and eukaryotic cells.

【０１４４】単離されたクローンのうち３３個について決定された５’ｃＤＮＡ配列を、配
列番号１４９〜１８１に提供する。配列番号１４９、１５０、１５２〜１５４、
１５６〜１５８および１６０〜１８１について対応する推定アミノ酸配列は、そ
れぞれ、配列番号１８２、１８３、１８６、１８８〜１９３および１９４〜２１
５において提供されている。配列番号１５１のクローン（ＳＡＬ−２５といわれ
る）は、２つのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含むことが見出され
た。これらのＯＲＦによりコードされる推定アミノ酸配列を、配列番号１８４お
よび１８５に提供する。配列番号１５３のクローン（ＳＡＬ−５０といわれる）
は、配列番号１８７および２１６の推定アミノ酸配列をコードする２つのオープ
ンリーディングフレームを含むことが見出された。同様に、配列番号１５５のク
ローン（ＳＡＬ−６６といわれる）は、配列番号１８９および１９０の推定アミ
ノ酸配列をコードする２つのオープンリーディングフレームを含むことが見出さ
れた。公的データベースにおける配列との単離された配列の比較は、配列番号１
５１、１５３および１５４の配列に対して有意な相同性を示さなかった。配列番
号１４９、１５２、１５６、１５７および１５８の配列は、以前に単離された発
現配列タグ（ＥＳＴ）に対していくらかの相同性を示すことが見出された。配列
番号１５０、１５５および１５９〜１８１の配列は、ヒトにおいて以前に同定さ
れた配列に対して相同性を示すことが見出された。The 5 ′ cDNA sequence determined for 33 of the isolated clones is provided in SEQ ID NOs: 149-181. SEQ ID NOs: 149, 150, 152-154,
The corresponding deduced amino acid sequences for 156-158 and 160-181 are SEQ ID NOs: 182, 183, 186, 188-193 and 194-21, respectively.
5 is provided. The clone of SEQ ID NO: 151 (referred to as SAL-25) was found to contain two open reading frames (ORFs). The deduced amino acid sequences encoded by these ORFs are provided in SEQ ID NOs: 184 and 185. Clone of SEQ ID NO: 153 (referred to as SAL-50)
Was found to contain two open reading frames encoding the predicted amino acid sequences of SEQ ID NOs: 187 and 216. Similarly, the clone of SEQ ID NO: 155 (referred to as SAL-66) was found to contain two open reading frames encoding the predicted amino acid sequences of SEQ ID NOs: 189 and 190. Comparison of the isolated sequence with a sequence in a public database was performed using SEQ ID NO: 1
No significant homology was found to the 51,153 and 154 sequences. The sequences of SEQ ID NOs: 149, 152, 156, 157, and 158 were found to show some homology to previously isolated expressed sequence tags (ESTs). The sequences of SEQ ID NOs: 150, 155 and 159-181 were found to show homology to previously identified sequences in humans.

【０１４５】上記の手順を使用して、２つの指向性ｃＤＮＡライブラリー（ＬＴ４６−９０
およびＬＴ８６−２１といわれる）を、ＳＣＩＤマウスにおいて増殖された２つ
の後期接種肺扁平上皮癌腫から調製して、そしてヒト扁平上皮肺癌腫を移殖され
たＳＣＩＤマウスから得た血清を用いてスクリーニングした。単離されたクロー
ンについて決定されたｃＤＮＡ配列を、配列番号２１７〜２３７および２８６〜
２８９に提供する。配列番号２８６は、ＬＴ４６９０−７１（配列番号２３７）
のより長い配列であることが見出された。公的データベースにおける配列とこれ
らの配列との比較は、配列番号２１９、２２０、２２５、２２６、２８７および
２８８の配列に対して既知の相同性を示さなかった。配列番号２１８、２２１、
２２２および２２４の配列は、未知の機能の以前に同定された配列に対していく
らかの相同性を示すことが見出された。配列番号２３６の配列は、既知のマウス
ｍＲＮＡ配列に対する相同性を示すことが見出された。配列番号２１７、２２３
、２２７〜２３７、２８６および２８９の配列は、既知のヒトＤＮＡおよび／ま
たはＲＮＡ配列に対していくらかの相同性を示した。Using the above procedure, two directional cDNA libraries (LT46-90
And LT86-21) were prepared from two late inoculated lung squamous cell carcinomas grown in SCID mice and screened using sera from SCID mice transfected with human squamous cell lung carcinomas . The cDNA sequences determined for the isolated clones are set forth in SEQ ID NOs: 217-237 and 286-
289. SEQ ID NO: 286 is LT4690-71 (SEQ ID NO: 237)
Was found to be a longer sequence. Comparisons of these sequences with sequences in public databases showed no known homology to the sequences of SEQ ID NOs: 219, 220, 225, 226, 287 and 288. SEQ ID NOs: 218, 221,
The 222 and 224 sequences were found to show some homology to previously identified sequences of unknown function. The sequence of SEQ ID NO: 236 was found to show homology to known mouse mRNA sequences. SEQ ID NOs: 217, 223
227-237, 286 and 289 showed some homology to known human DNA and / or RNA sequences.

【０１４６】上記の技術を使用するさらなる研究において、上記のｃＤＮＡライブラリーの
うち１つ（ＬＴ８６−２１）を、Ｅ．ｃｏｌｉ吸着マウス抗ＳＣＩＤ腫瘍血清で
スクリーニングした。この血清を、ヒト扁平上皮肺癌腫を移植したＳＣＩＤマウ
スから採取した３つの血清のプールで免疫した正常マウスから得た。単離された
クローンについて決定されたｃＤＮＡ配列を、配列番号２３８〜２８５に提供す
る。公的データベースにおける配列とのこれらの配列の比較は、配列番号２５３
、２６０、２７７および２８５の配列に対して有意な相同性を示さなかった。配
列番号２４９、２５０、２５６、２６６、２７６および２８２の配列は、以前に
単離された発現配列タグ（ＥＳＴ）に対していくらかの相同性を示すことが見出
された。配列番号２３８〜２４８、２５１、２５２、２５４、２５５、２５７〜
２５９、２６１〜２６３、２６５、２６７〜２７５、２７８〜２８１、２８３お
よび２８４の配列は、以前に同定されたＤＮＡまたはＲＮＡ配列に対していくら
かの相同性を示すことが見出された。In a further study using the above technique, one of the above cDNA libraries (LT86-21) was purchased from E. coli. Screened with E. coli-adsorbed mouse anti-SCID tumor serum. This serum was obtained from normal mice immunized with a pool of three sera collected from SCID mice transplanted with human squamous cell lung carcinoma. The determined cDNA sequence for the isolated clone is provided in SEQ ID NOs: 238-285. Comparison of these sequences to sequences in public databases was performed using SEQ ID NO: 253
, 260, 277 and 285 did not show significant homology. The sequences of SEQ ID NOs: 249, 250, 256, 266, 276, and 282 were found to show some homology to previously isolated expressed sequence tags (ESTs). SEQ ID NOs: 238-248, 251, 252, 254, 255, 257-
The sequences of 259, 261-263, 265, 267-275, 278-281, 283, and 284 were found to show some homology to previously identified DNA or RNA sequences.

【０１４７】（実施例５）（肺腫瘍ポリペプチドの組織特異性の決定）遺伝子特異的プライマーを使用して、代表的な肺腫瘍ポリペプチドについての
ｍＲＮＡ発現レベルを、ＲＴ−ＰＣＲを使用することにより種々の正常組織およ
び腫瘍組織において試験した。Example 5 Determination of Tissue Specificity of Lung Tumor Polypeptides Using gene-specific primers, mRNA expression levels for representative lung tumor polypeptides were determined using RT-PCR. Tested in various normal and tumor tissues.

【０１４８】簡潔には、総ＲＮＡを、Ｔｒｉｚｏｌ試薬を使用して、種々の正常組織および
腫瘍組織から抽出した。第１鎖の合成を、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔＩＩ逆転写
酵素（ＢＲＬＬｉｆｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を４２℃で１時間用いて
、２μｇの総ＲＮＡを使用して行った。次いで、ｃＤＮＡを、遺伝子特異的プラ
イマーを用いるＰＣＲによって増幅した。ＲＴ−ＰＣＲの半定量的性質を保障す
るために、β−アクチンを、試験した各組織に対する内部コントロールとして使
用した。ｃＤＮＡの１：３０希釈物１μｌを用いて、β−アクチンテンプレート
の線形範囲増幅を可能にして、そして初期コピー数における差異を反映するに十
分な感度であった。これらの条件を使用して、β−アクチンレベルを、各組織か
らの各逆転写反応について決定した。ＤＮＡ混入を、ＤＮａｓｅ処理によって、
かつ逆転写酵素を添加することなく調製された第１鎖ｃＤＮＡを使用する場合の
陰性ＰＣＲの結果を確認することによって最小化した。Briefly, total RNA was extracted from various normal and tumor tissues using Trizol reagent. First strand synthesis was performed using SuperScript II reverse transcriptase (BRL Life Technologies) at 42 ° C. for 1 hour, using 2 μg of total RNA. The cDNA was then amplified by PCR using gene-specific primers. To guarantee the semi-quantitative properties of RT-PCR, β-actin was used as an internal control for each tissue tested. Using 1 μl of a 1:30 dilution of the cDNA allowed linear range amplification of the β-actin template and was sensitive enough to reflect differences in initial copy number. Using these conditions, β-actin levels were determined for each reverse transcription reaction from each tissue. DNA contamination is achieved by DNase treatment.
And, it was minimized by confirming the negative PCR results when using the first strand cDNA prepared without adding reverse transcriptase.

【０１４９】ｍＲＮＡ発現レベルを、５つの異なる型の腫瘍組織（３人の患者由来の肺扁平
上皮腫瘍、肺腺癌、前立腺腫瘍、結腸腫瘍および肺腫瘍）、ならびに異なる正常
組織（４人の患者由来の肺、前立腺、脳、腎臓、肝臓、卵巣、骨格筋、皮膚、小
腸、心筋、網膜および精巣を含む）において試験した。Ｌ８６Ｓ−４６は、肺扁
平上皮腫瘍、結腸腫瘍および前立腺腫瘍において高いレベルで発現されることが
見出され、そして試験した他の組織では検出不能であった。Ｌ８６Ｓ−５は、肺
腫瘍サンプルおよび４つの正常肺サンプルのうちの２つで発現されることが見出
されたが、試験した他の正常組織または腫瘍組織で発現されることが見出されな
かった。Ｌ８６Ｓ−１６は、正常な肝臓および正常な胃を除く全ての組織で発現
されることが見出された。リアルタイムＰＣＲを使用して、Ｌ８６Ｓ−４６は、
肺扁平上皮組織および正常な扁桃で過剰発現されることが見出され、ここで発現
は、試験した全ての他の組織では低いかまたは検出不能であった。[0149] mRNA expression levels were measured for five different types of tumor tissue (lung squamous cell tumor, lung adenocarcinoma, prostate tumor, colon tumor and lung tumor from three patients), as well as different normal tissues (four patients). (Including lung, prostate, brain, kidney, liver, ovary, skeletal muscle, skin, small intestine, myocardium, retina and testis). L86S-46 was found to be expressed at high levels in lung squamous cell, colon and prostate tumors and was undetectable in other tissues tested. L86S-5 was found to be expressed in lung tumor samples and two of the four normal lung samples but not in other normal or tumor tissues tested Was. L86S-16 was found to be expressed in all tissues except normal liver and normal stomach. Using real-time PCR, L86S-46
It was found to be overexpressed in lung squamous epithelial tissue and normal tonsil, where expression was low or undetectable in all other tissues tested.

【０１５０】（実施例６）（肺腫瘍抗原をコードするＤＮＡ配列の単離）扁平上皮細胞肺腫瘍形成に潜在的に関与する抗原をコードするＤＮＡ配列を、
以下の通りに単離した。Example 6 Isolation of DNA Sequences Encoding Lung Tumor Antigens DNA sequences encoding antigens potentially involved in squamous cell lung tumorigenesis were:
Isolated as follows.

【０１５１】肺腫瘍指向性ｃＤＮＡ発現ライブラリーを、ＬａｍｂｄａＺＡＰＥｘｐｒ
ｅｓｓ発現系（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，ＬａＪｏｌｌａ，ＣＡ）を用いて構築
した。このライブラリーについての総ＲＮＡを、２つのヒト扁平上皮肺癌腫のプ
ールから採取して、そしてポリＡ＋ＲＮＡを、オリゴｄＴセルロース（Ｇｉｂｃ
ｏＢＲＬ、Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）を使用して単離した。ファージ
ミドを、無作為にレスキューして、そして単離されたクローンのｃＤＮＡ配列を
決定した。A lung tumor-directed cDNA expression library was constructed using Lambda ZAP Expr.
It was constructed using an ess expression system (Stratagene, La Jolla, CA). Total RNA for this library was taken from two pools of human squamous cell lung carcinoma and poly A + RNA was converted to oligo dT cellulose (Gibc).
o BRL, Gaithersburg, MD). The phagemid was rescued randomly and the cDNA sequence of the isolated clone was determined.

【０１５２】クローンＳＬＴ−Ｔ１について決定されたｃＤＮＡ配列を、配列番号１０２に
提供し、ここでクローンＳＬＴ−Ｔ２、ＳＬＴ−Ｔ３、ＳＬＴ−Ｔ５、ＳＬＴ−
Ｔ７、ＳＬＴ−Ｔ９、ＳＬＴ−Ｔ１０、ＳＬＴ−Ｔ１１およびＳＬＴ−Ｔ１２に
ついて決定された５’ｃＤＮＡ配列を、それぞれ、配列番号１０３〜１１０に提
供する。ＳＬＴ−Ｔ１、ＳＬＴ−Ｔ２、ＳＬＴ−Ｔ３、ＳＬＴ−Ｔ１０およびＳ
ＬＴ−Ｔ１２について対応する推定アミノ酸配列を、それぞれ、配列番号１１１
〜１１５に提供する。上記の公的データベースにおける配列に対する、ＳＬＴ−
Ｔ２、ＳＬＴ−Ｔ３、ＳＬＴ−Ｔ５、ＳＬＴ−Ｔ７、ＳＬＴ−Ｔ９およびＳＬＴ
−Ｔ１１についての配列の比較は、有意な相同性を示さなかった。ＳＬＴ−Ｔ１
０およびＳＬＴ−Ｔ１２についての配列は、ヒトにおいて以前に同定された配列
に対して、いくからの相同性を示すことが見出された。The determined cDNA sequence for clone SLT-T1 is provided in SEQ ID NO: 102, where clones SLT-T2, SLT-T3, SLT-T5, SLT-
The 5 'cDNA sequences determined for T7, SLT-T9, SLT-T10, SLT-T11 and SLT-T12 are provided in SEQ ID NOs: 103-110, respectively. SLT-T1, SLT-T2, SLT-T3, SLT-T10 and S
The corresponding deduced amino acid sequence for LT-T12 was, respectively, SEQ ID NO: 111
To 115. SLT- against sequences in the above public database
T2, SLT-T3, SLT-T5, SLT-T7, SLT-T9 and SLT
Sequence comparisons for -T11 showed no significant homology. SLT-T1
The sequences for 0 and SLT-T12 were found to show some homology to previously identified sequences in humans.

【０１５３】ＳＬＴ−Ｔ１の配列は、未知のタンパク質機能のＰＡＣクローンに対して、い
くらかの相同性を示すことが決定された。ＳＬＴ−Ｔ１のｃＤＮＡ配列（配列番
号１０２）は、ミューテーター（ｍｕｔａｔｏｒ）（ＭＵＴＴ）ドメインを含む
ことが見出された。このようなドメインは、ＡからＧへのトランスバージョンを
引き起こし得る、損傷したグアニンのＤＮＡからの除去において機能することが
公知である（例えば、ｅｌ−Ｄｅｉｒｙ，Ｗ．Ｓ．１９９７Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉ
ｎ．Ｏｎｃｏｌ．９：７９〜８７；Ｏｋａｍｏｔｏ，Ｋ．ら、１９９６Ｉｎｔ
．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ６５：４３７〜４１；Ｗｕ，Ｃ．ら、１９９５Ｂｉｏｃ
ｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２１４：１２３９〜４５；Ｐ
ｏｒｔｅｒ，Ｄ．Ｗ．ら、１９９６Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．Ｔｏｘｉｃｏｌ．９：
１３７５〜８１を参照のこと）。従って、ＳＬＴ−Ｔ１は、ＤＮＡ修復における
破壊によって引き起こされるか、またはそれに付随する肺癌の、遺伝子治療によ
る処置において有用であり得る。The sequence of SLT-T1 was determined to show some homology to PAC clones of unknown protein function. The cDNA sequence of SLT-T1 (SEQ ID NO: 102) was found to contain a mutator (MUTT) domain. Such domains are known to function in the removal of damaged guanine from DNA, which can cause an A to G transversion (eg, el-Deiry, WS. 1997 Curr. Opi.
n. Oncol. 9: 79-87; Okamoto, K .; Et al., 1996 Int.
. J. Cancer 65: 437-41; Wu, C.I. Et al., 1995 Bioc
hem. Biophys. Res. Commun. 214: 1239-45; P
orter, D.E. W. Et al., 1996 Chem. Res. Toxicol. 9:
1375-81). Thus, SLT-T1 may be useful in the treatment of lung cancer caused by or associated with DNA repair by gene therapy.

【０１５４】さらなる研究において、腺癌肺腫瘍形成に潜在的に関与する抗原をコードする
ＤＮＡ配列を、以下の通りに単離した。ヒト肺腫瘍指向性ｃＤＮＡ発現ライブラ
リーを、ＬａｍｂｄａＺＡＰＥｘｐｒｅｓｓ発現系（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ
，ＬａＪｏｌｌａ，ＣＡ）を用いて構築した。このライブラリーについての総
ＲＮＡを、後期ＳＣＩＤマウスに接種したヒト腺癌から採取して、そしてポリＡ
＋ＲＮＡを、ＭｅｓｓａｇｅＭａｒｋｅｒキット（ＧｉｂｃｏＢＲＬ、Ｇａ
ｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）を使用して単離した。ファージミドを、無作為に
レスキューして、そして単離されたクローンのｃＤＮＡ配列を決定した。In a further study, DNA sequences encoding antigens potentially involved in adenocarcinoma lung tumorigenesis were isolated as follows. A human lung tumor-directed cDNA expression library was prepared using the Lambda ZAP Express expression system (Stratagene).
, La Jolla, CA). Total RNA for this library was taken from human adenocarcinoma inoculated into late SCID mice and
+ RNA was transferred to a Message Marker kit (Gibco BRL, Ga
itersburg, MD). The phagemid was rescued randomly and the cDNA sequence of the isolated clone was determined.

【０１５５】５つの単離されたクローン（ＳＡＬＴ−Ｔ３、ＳＡＬＴ−Ｔ４、ＳＡＬＴ−Ｔ
７、ＳＡＬＴ−Ｔ８およびＳＡＬＴ−Ｔ９といわれる）について決定された５’
ｃＤＮＡ配列を、配列番号１１６〜１２０に提供し、ここで対応する推定アミノ
酸配列を、配列番号１２１〜１２５に提供する。ＳＡＬＴ−Ｔ３は、以前に同定
されたヒトトランスデューシン様エンハンサータンパク質ＴＬＥ２に対して９８
％の同一性を示すことが見出された。ＳＡＬＴ−Ｔ４は、マウスＨβ５８遺伝子
のヒトホモログのようである。ＳＡＬＴ−Ｔ７は、ヒト３−メルカプトピルビン
酸スルファートランスフェラーゼに対して９７％の同一性を有することが見出さ
れ、そしてＳＡＬＴ−Ｔ８は、ヒトインターフェロン誘導性タンパク質１−８Ｕ
に対して相同性を示すことが見出された。ＳＡＬＴ−Ｔ９は、ヒトムチンＭＵＣ
５Ｂに対して、およそ９０％の同一性を示す。The five isolated clones (SALT-T3, SALT-T4, SALT-T
7, referred to as SALT-T8 and SALT-T9)
The cDNA sequences are provided in SEQ ID NOs: 116-120, where the corresponding deduced amino acid sequences are provided in SEQ ID NOs: 121-125. SALT-T3 binds 98% to the previously identified human transducin-like enhancer protein TLE2.
% Identity. SALT-T4 appears to be a human homolog of the mouse Hβ58 gene. SALT-T7 was found to have 97% identity to human 3-mercaptopyruvate sulfotransferase, and SALT-T8 was a human interferon-inducible protein 1-8U.
Was found to show homology to SALT-T9 is a human mucin MUC
It shows approximately 90% identity to 5B.

【０１５６】小細胞肺癌腫の発生に潜在的に関与する抗原をコードするｃＤＮＡ配列を、以
下の通りに単離した。ｃＤＮＡ発現ライブラリーを、ＬａｍｂｄａＺＡＰＥ
ｘｐｒｅｓｓ発現系（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，ＬａＪｏｌｌａ，ＣＡ）を用い
て、小細胞肺癌腫細胞株ＮＣＩＨ６９、ＮＣＩＨ１２８およびＤＭＳ７９（Ａｍ
ｅｒｉｃａｎＴｙｐｅＣｕｌｔｕｒｅＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓ
ｓａｓ，ＶＡから全て入手可能）由来のｍＲＮＡを使用して単離した。ファージ
ミドを無作為にレスキューして、そして２７個の単離されたクローンのｃＤＮＡ
配列を決定した。決定されたｃＤＮＡ配列の比較は、配列番号３７２および３７
３の配列に対して有意な相同性を示さなかった。配列番号３６４、３６９、３７
７、３７９および３８６の配列は、以前に同定されたＥＳＴに対していくらかの
相同性を示した。残りの２０個のクローンの配列は、以前に同定された遺伝子に
対していくらかの相同性を示した。これらのクローンのｃＤＮＡ配列は、配列番
号３６３、３６５〜３６８、３７０、３７１、３７４〜３７６、３７８、３８０
〜３８５および３８７〜３８９において提供されており、ここで配列番号３６３
、３６６〜３６８、３７０、３７５、３７６、３７８、３８０〜３８２、３８４
および３８５は、全長配列である。[0156] A cDNA sequence encoding an antigen potentially involved in the development of small cell lung carcinoma was isolated as follows. The cDNA expression library was converted to Lambda ZAP E
Using the xpress expression system (Stratagene, La Jolla, CA), small cell lung carcinoma cell lines NCIH69, NCIH128 and DMS79 (Am
erican Type Culture Collection, Manas
(all available from Sas, VA). Phagemid was rescued randomly and the cDNAs of the 27 isolated clones
The sequence was determined. A comparison of the determined cDNA sequences is shown in SEQ ID NOs: 372 and 37.
3 showed no significant homology to the sequence. SEQ ID NOs: 364, 369, 37
The sequences 7, 379 and 386 showed some homology to previously identified ESTs. The sequences of the remaining 20 clones showed some homology to previously identified genes. The cDNA sequences of these clones are shown in SEQ ID NOs: 363, 365-368, 370, 371, 374-376, 378, 380.
-385 and 387-389, wherein SEQ ID NO: 363
, 366-368, 370, 375, 376, 378, 380-382, 384
And 385 are the full length sequences.

【０１５７】（実施例７）（ポリペプチドの合成）ポリペプチドは、ＨＰＴＵ（Ｏ−ベンゾトリアゾール−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−
テトラメチルウロニウム（ｔｅｔｒａｍｅｔｈｙｌｕｒｏｎｉｕｍ）ヘキサフル
オロホスフェート）活性化を用いるＦＭＯＣ化学を使用する、ＰｅｒｋｉｎＥ
ｌｍｅｒ／ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓＤｉｖｉｓｉｏｎ４３０
Ａペプチド合成機で合成され得る。Ｇｌｙ−Ｃｙｓ−Ｇｌｙ配列は、結合体化、
固定表面への結合、またはペプチド標識の方法を提供するために、ペプチドのア
ミノ末端に付着され得る。固体支持体からのペプチドの切断は、以下の切断混合
物を使用して行われ得る：トリフルオロ酢酸：エタンジチオール：チオアニソー
ル：水：フェノール（４０：１：２：２：３）。２時間の切断後に、ペプチドは
、冷メチル−ｔ−ブチル−エーテル中で沈殿され得る。次いで、このペプチドペ
レットは、０．１％トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）を含む水中に溶解され得、そし
てＣ１８逆相ＨＰＬＣによる精製前に凍結乾燥され得る。０％〜６０％アセトニ
トリル勾配（０．１％ＴＦＡを含む）の水（０．１％ＴＦＡを含む）は、ペ
プチドを溶出するために使用され得る。純粋な画分の凍結乾燥後に、ペプチドは
、エレクトロスプレー（ｅｌｅｃｔｒｏｓｐｒａｙ）または他の型の質量分析を
使用して、そしてアミノ酸分析によって特徴付けられ得る。(Example 7) (Synthesis of polypeptide) The polypeptide was HPTU (O-benzotriazole-N, N, N ', N'-
Perkin E using FMOC chemistry with tetramethyluronium (hexafluorophosphate) activation
lmer / Applied Biosystems Division 430
It can be synthesized on an A peptide synthesizer. The Gly-Cys-Gly sequence is conjugated,
It can be attached to the amino terminus of the peptide to provide a method of attachment to an immobilized surface, or peptide labeling. Cleavage of the peptide from the solid support can be performed using the following cleavage mixture: trifluoroacetic acid: ethanedithiol: thioanisole: water: phenol (40: 1: 2: 2: 3). After cleavage for 2 hours, the peptide can be precipitated in cold methyl-t-butyl-ether. The peptide pellet can then be dissolved in water containing 0.1% trifluoroacetic acid (TFA) and lyophilized before purification by C18 reverse phase HPLC. A 0% to 60% acetonitrile gradient (containing 0.1% TFA) in water (containing 0.1% TFA) can be used to elute the peptide. After lyophilization of the pure fractions, the peptides can be characterized using electrospray or other types of mass spectrometry and by amino acid analysis.

【０１５８】（実施例８）（Ｔ細胞発現クローニングによる、肺腫瘍抗原をコードするＤＮＡ配列の単離
および特徴付け）肺腫瘍抗原はまた、Ｔ細胞発現クローニングによって同定され得る。腫瘍特異
的Ｔ細胞の１つの供給源は、ヒト患者から外科的に切り出された腫瘍からである
。Example 8 Isolation and Characterization of Lung Tumor Antigen Encoding DNA Sequences by T Cell Expression Cloning Lung tumor antigens can also be identified by T cell expression cloning. One source of tumor-specific T cells is from tumors that have been surgically excised from human patients.

【０１５９】非小細胞肺癌腫をミンスして、そして数時間、酵素により消化して、腫瘍細胞
および浸潤性リンパ球（腫瘍浸潤性Ｔ細胞、すなわちＴＩＬ）を放出させた。こ
の細胞を、ＨＢＳＳ緩衝液中で洗浄して、そしてＦｉｃｏｌｌ（１００％／７５
％／ＨＢＳＳ）不連続勾配に通して、非生存細胞から腫瘍細胞およびリンパ球を
分離した。２つのバンドをこの界面から回収した（７５％／ＨＢＳＳ界面の上側
のバンドは、主に腫瘍細胞を含み、一方、１００％／７５％／ＨＢＳＳ界面の下
側のバンドは、大部分のリンパ球を含んだ）。ＴＩＬを、１０ｎｇ／ｍｌＩＬ
−７および１００Ｕ／ｍｌＩＬ−２を補充した培養培地を含む２４ウェルプレ
ート、あるいは抗ＣＤ３モノクローナル抗体ＯＫＴ３で予めコーティングした２
４ウェルプレートのいずれかで、培養において増殖させた。得られたＴＩＬ培養
物を、ＦＡＣＳ分析によって分析して、ＣＤ８＋Ｔ細胞が高い割合を占め（ゲー
トした（ｇａｔｅｄ）集団の９０％を超える）、ＣＤ４＋細胞は、低い割合のみ
を占めたことを確認した。Non-small cell lung carcinomas were minced and digested with enzymes for several hours to release tumor cells and infiltrating lymphocytes (tumor infiltrating T cells, or TILs). The cells are washed in HBSS buffer and Ficoll (100% / 75
% / HBSS) to separate tumor cells and lymphocytes from non-viable cells. Two bands were collected from this interface (the upper band at the 75% / HBSS interface mainly contains tumor cells, while the lower band at the 100% / 75% / HBSS interface represents the majority of lymphocytes. Included). TIL at 10 ng / ml IL
24-well plate containing culture medium supplemented with -7 and 100 U / ml IL-2, or 2 previously coated with anti-CD3 monoclonal antibody OKT3
Grow in culture in any of the 4 well plates. The resulting TIL cultures were analyzed by FACS analysis to confirm that CD8 + T cells accounted for a high percentage (more than 90% of the gated population) and CD4 + cells accounted for only a low percentage. .

【０１６０】さらに、非小細胞肺癌腫細胞を、腫瘍細胞株を樹立する標準的な技術を使用し
て、培養において増殖させた。これは、免疫組織化学分析によって肺癌腫細胞株
であることが後に確認された。この腫瘍細胞株を、ヒトＣＤ８０を発現するレト
ロウイルスベクターで形質導入して、そしてＦＡＣＳ分析によって特徴付けして
、ＣＤ８０、ならびにクラスＩおよびＩＩＭＨＣ分子の高発現レベルを確認し
た。In addition, non-small cell lung carcinoma cells were grown in culture using standard techniques for establishing tumor cell lines. This was later confirmed by immunohistochemical analysis to be a lung carcinoma cell line. This tumor cell line was transduced with a retroviral vector expressing human CD80 and characterized by FACS analysis to confirm high expression levels of CD80 and class I and II MHC molecules.

【０１６１】肺腫瘍に対するＴＩＬの特異性を、ＩＮＦ−γおよび／またはＴＮＦ−αサイ
トカイン放出アッセイによって確認した。２１日の培養物からのＴＩＬ細胞を、
自系または同種異系腫瘍細胞、ＥＢＶ不死化ＬＣＬまたはコントロール細胞株Ｄ
ａｕｄｉおよびＫ５６２のいずれかとともに同時培養して、そしてこの培養上清
を、サイトカンの存在について、ＥＬＩＳＡによってモニターした。ＴＩＬは、
自系腫瘍を特異的に認識したが、同種異系腫瘍を特異的に認識しなかった。さら
に、ＥＢＶ不死化ＬＣＬまたはコントロール細胞株については認識しなかった。
このことは、ＴＩＬ株が、腫瘍特異的であり、そして同系ＭＨＣ分子により提示
される腫瘍抗原を潜在的に認識していることを示す。The specificity of TILs for lung tumors was confirmed by INF-γ and / or TNF-α cytokine release assays. TIL cells from the 21-day culture were
Autologous or allogeneic tumor cells, EBV immortalized LCL or control cell line D
Co-cultured with either Audi and K562, and the culture supernatant was monitored by ELISA for the presence of cytocan. TIL is
It specifically recognized autologous tumors, but not allogeneic tumors. In addition, EBV immortalized LCL or control cell lines were not recognized.
This indicates that the TIL strain is tumor specific and potentially recognizes tumor antigens presented by syngeneic MHC molecules.

【０１６２】この特徴付けられた腫瘍特異的ＴＩＬ株を、２０Ｕ／ｍｌのＩＬ−２の存在下
で、照射したＥＢＶ形質転換ＬＣＬおよびＰＢＬフィーダー細胞を含む培養物に
おいて、可溶性抗ＣＤ３抗体を使用するＴ細胞発現クローニングに適切な数まで
増殖させた。増殖したＴＩＬ株からのクローンを、標準的な限界希釈技術によっ
て生成した。詳細には、ＴＩＬ細胞を、９６ウェルＵ字底プレート中に０．５細
胞／ウェルにて播種して、そして５０Ｕ／ｍｌＩＬ−２の存在下で、ＣＤ８０
形質導入自系腫瘍細胞、ＥＢＶ形質転換ＬＣＬ、およびＰＢＬフィーダー細胞で
刺激した。これらのクローンを、⁵¹Ｃｒ微量細胞毒性（ｍｉｃｒｏｃｙｔｏｔｏ
ｘｉｃｉｔｙ）およびＩＦＮ−γバイオアッセイによって腫瘍特異性についてさ
らに分析した。ＴＩＬクローンによって認識されるＭＨＣ制限エレメントは、抗
体ブロッキング研究によって決定され得る。[0162] This characterized tumor-specific TIL line is used in a culture containing irradiated EBV transformed LCL and PBL feeder cells in the presence of 20 U / ml IL-2 using a soluble anti-CD3 antibody. Propagated to the appropriate number for T cell expression cloning. Clones from grown TIL strains were generated by standard limiting dilution techniques. Specifically, TIL cells were seeded at 0.5 cells / well in a 96-well U-bottom plate and CD80 in the presence of 50 U / ml IL-2.
Stimulated with transduced autologous tumor cells, EBV transformed LCL, and PBL feeder cells. These clones were transformed with ⁵¹ Cr microcytotoxicity.
xicity) and IFN-γ bioassay were further analyzed for tumor specificity. The MHC restriction elements recognized by a TIL clone can be determined by antibody blocking studies.

【０１６３】上記のように調製したＣＴＬ株またはクローンは、腫瘍特異的抗原を同定する
ために用いられ得る。例えば、患者に由来する自系線維芽細胞またはＬＣＬは、
腫瘍ポリペプチドを発現する標的細胞を生成するために、肺腫瘍ｃＤＮＡライブ
ラリーに由来するポリヌクレオチドフラグメントでトランスフェクトまたは形質
導入され得る。ＭＨＣの状況において腫瘍ポリペプチドを発現する標的細胞は、
ＣＴＬ株またはクローンによって認識され、このことは、サイトカイン検出アッ
セイによってモニターされ得るＴ細胞活性化を生じる。次いで、標的細胞によっ
て発現されており、かつ腫瘍特異的ＣＴＬによって認識される腫瘍遺伝子が、単
離され得る。The CTL lines or clones prepared as described above can be used to identify tumor-specific antigens. For example, autologous fibroblasts or LCL from a patient
To generate target cells that express a tumor polypeptide, they can be transfected or transduced with a polynucleotide fragment from a lung tumor cDNA library. Target cells that express tumor polypeptides in the context of MHC include:
Recognized by CTL lines or clones, which results in T cell activation that can be monitored by cytokine detection assays. The oncogene expressed by the target cell and recognized by the tumor-specific CTL can then be isolated.

【０１６４】前述から、本発明の特定の実施形態が、例示の目的のために本明細書中に記載
されているが、種々の改変が、本発明の精神および範囲から逸脱することなくな
され得ることが理解される。From the foregoing, while certain embodiments of the invention have been described herein for purposes of illustration, various modifications may be made without departing from the spirit and scope of the invention. It is understood that.

【配列表】 [Sequence list]

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ａ６１Ｋ 39/395 Ａ６１Ｋ 48/00 ４Ｃ０８４ 45/00 Ａ６１Ｐ 35/00 ４Ｃ０８５ 48/00 Ｃ０７Ｋ 14/82 ４Ｃ０８６Ａ６１Ｐ 35/00 16/32 ４Ｈ０４５Ｃ０７Ｋ 14/82 19/00 16/32 Ｃ１２Ｎ 1/15 19/00 1/19 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/21 1/19 Ｃ１２Ｑ 1/02 1/21 1/68 Ａ 5/10 Ｇ０１Ｎ 33/53 ＤＣ１２Ｑ 1/02 Ｍ 1/68 33/566 Ｇ０１Ｎ 33/53 33/574 Ａ 33/577 Ｂ 33/566 33/58 Ａ 33/574 Ｚ 33/577 Ｃ１２Ｐ 21/08 33/58 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ 5/00 Ａ // Ｃ１２Ｐ 21/08 Ａ６１Ｋ 37/02 (31)優先権主張番号０９／４７６，２３５ (32)優先日平成11年12月30日(1999．12．30) (33)優先権主張国米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号０９／５１８，８０９ (32)優先日平成12年３月３日(2000．3．3) (33)優先権主張国米国（ＵＳ） (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ，ＺＷ )，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＧ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ，ＤＺ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ (72)発明者モハマス，ラオドーアメリカ合衆国ワシントン 98118，シアトル，サウスモーガン 4205 (72)発明者セクリスト，ヘザーアメリカ合衆国ワシントン 98199，シアトル， 35ティーエイチアベニューダブリュー−3844 Ｆターム(参考） 2G045 AA24 AA26 CB01 CB26 DA12 DA13 DA14 DA36 DA78 FB02 FB03 FB07 4B024 AA01 AA12 BA36 CA04 CA06 CA07 DA02 FA06 GA11 HA12 HA15 4B063 QA19 QQ08 QQ43 QQ58 QR08 QR42 QR56 QS25 QS34 QX02 4B064 AG27 CA10 CA20 CC24 DA14 4B065 AA90X AA93Y AB01 BA02 CA24 CA45 CA46 4C084 AA02 AA14 BA01 CA27 MA17 MA34 MA44 MA52 MA59 MA66 NA14 ZB262 4C085 AA03 AA13 BB01 CC21 DD63 DD88 EE01 EE03 EE06 FF02 FF20 FF30 GG02 GG03 GG04 GG05 GG08 4C086 AA01 EA16 MA01 4H045 AA10 AA11 AA30 CA41 DA76 EA28 EA51 FA72 FA74 ──────────────────────────────────────────────────続き Continued on the front page (51) Int.Cl. ⁷ Identification symbol FI Theme coat ゛ (Reference) A61K 39/395 A61K 48/00 4C084 45/00 A61P 35/00 4C085 48/00 C07K 14/82 4C086 A61P 35 / 00 16/32 4H045 C07K 14/82 19/00 16/32 C12N 1/15 19/00 1/19 C12N 1/15 1/21 1/19 C12Q 1/02 1/21 1/68 A 5/10 G01N 33/53 D C12Q 1/02 M 1/68 33/566 G01N 33/53 33/574 A 33/577 B 33/566 33/58 A 33/574 Z 33/577 C12P 21/08 33/58 C12N 15/00 ZNAA 5/00 A // C12P 21/08 A61K 37/02 (31) Priority claim number 09 / 476,235 (32) Priority date December 30, 1999 (December 30, 1999) ( 33) Priority claim country United States (US) (31) Priority claim number 09 / 518,8 09 (32) Priority Date March 3, 2000 (2000.3.3) (33) Priority Claimed States United States (US) (81) Designated States EP (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE), OA (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG), AP (GH, GM, KE, LS, MW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW), EA (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU) , TJ, TM), AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ , EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, K , KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW (72) Inventor Mohamas, Laodeau United States Washington 98118, Seattle, South Morgan 4205 (72) ) Inventor Secrist, Heather USA 9898 Washington, Seattle, 35 T Ave. QA19 QQ08 QQ43 QQ58 QR08 QR42 QR56 QS25 QS34 QX02 4B064 AG27 CA10 CA20 CC24 DA14 4B065 AA90X AA93Y AB01 BA02 CA24 CA45 CA46 4C084 AA02 AA14 BA01 CA27 MA17 MA34 MA44 MA52 MA59 MA 66 NA14 ZB262 4C085 AA03 AA13 BB01 CC21 DD63 DD88 EE01 EE03 EE06 FF02 FF20 FF30 GG02 GG03 GG04 GG05 GG08 4C086 AA01 EA16 MA01 4H045 AA10 AA11 AA30 CA41 DA76 EA28 EA51 FA72 FA74

Claims

【特許請求の範囲】[Claims]

【請求項１】肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１つの
免疫原性部分を含む、単離されたポリペプチドであって、ここで該腫瘍タンパク
質は、以下：（ａ）以下の配列番号：【化１】に列挙される配列；（ｂ）以下の配列番号：【化２】のいずれか１つに列挙される配列に対して中程度にストリンジェントな条件下で
ハイブリダイズする配列；および（ｃ）（ａ）または（ｂ）の配列の相補鎖、からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配
列を含む、ポリペプチド。1. An isolated polypeptide comprising at least one immunogenic portion of a lung oncoprotein, or a variant thereof, wherein the oncoprotein has the following sequence: (a) Number: (B) the following SEQ ID NO: A sequence that hybridizes under moderately stringent conditions to a sequence listed in any one of the following: and (c) a complementary strand of the sequence of (a) or (b). A polypeptide comprising an amino acid sequence encoded by the polynucleotide sequence.

【請求項２】請求項１に記載の単離されたポリペプチドであって、ここで
該ポリペプチドは、以下の配列番号：【化３】のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配
列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド
。2. The isolated polypeptide of claim 1, wherein said polypeptide has the following SEQ ID NO: A polypeptide comprising an amino acid sequence encoded by a polynucleotide sequence listed in any one of the preceding claims or the complement of any of said polynucleotide sequences.

【請求項３】肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１５ア
ミノ酸残基をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、該改変体は抗原
特異的抗血清と反応する改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上
の置換、欠失、付加および／または挿入において異なり、ここで該腫瘍タンパク
質は、以下の配列番号：【化４】のいずれか１つに列挙される配列または該配列のいずれかの相補鎖を含むポリヌ
クレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、ポリヌクレオチド。3. An isolated polynucleotide encoding at least 15 amino acid residues of a lung tumor protein, or a variant thereof, wherein the variant has the ability of the variant to react with an antigen-specific antiserum. Differing in one or more substitutions, deletions, additions and / or insertions that are not substantially reduced, wherein the oncoprotein has the following SEQ ID NO: Or an amino acid sequence encoded by a polynucleotide comprising the complementary strand of any of the sequences set forth in any of the preceding claims.

【請求項４】肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、をコードする単離さ
れたポリヌクレオチドであって、ここで該腫瘍タンパク質は、以下の配列番号：【化５】のいずれか１つに列挙される配列、または該配列のいずれかの相補鎖を含むポリ
ヌクレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、ポリヌクレオチド。4. An isolated polynucleotide encoding a lung tumor protein, or a variant thereof, wherein said tumor protein has the following SEQ ID NO: Or a amino acid sequence encoded by a polynucleotide comprising the complementary strand of any of the sequences.

【請求項５】単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチド
が、以下の配列番号：【化６】のいずれか１つに列挙される配列を含む、ポリヌクレオチド。5. An isolated polynucleotide, wherein said polynucleotide has the following SEQ ID NO: A polynucleotide comprising the sequence recited in any one of the preceding claims.

【請求項６】単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチド
が、中程度にストリンジェントな条件下で、以下の配列番号：【化７】のいずれか１つに列挙される配列に対してハイブリダイズする配列を含む、ポリ
ヌクレオチド。6. An isolated polynucleotide, which under moderately stringent conditions has the following SEQ ID NO: A polynucleotide that comprises a sequence that hybridizes to a sequence listed in any one of the above.

【請求項７】請求項３〜６のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドと相
補的な、単離されたポリヌクレオチド。7. An isolated polynucleotide which is complementary to the polynucleotide according to any one of claims 3 to 6.

【請求項８】請求項３〜８のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドを含
む、発現ベクター。An expression vector comprising the polynucleotide according to any one of claims 3 to 8.

【請求項９】請求項８に記載の発現ベクターを用いて形質転換またはトラ
ンスフェクトされた宿主細胞。9. A host cell transformed or transfected with the expression vector according to claim 8.

【請求項１０】以下の配列番号：【化８】のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチド
配列のいずれかの相補鎖、によりコードされるアミノ酸配列を含む肺腫瘍タンパ
ク質に特異的に結合する、単離された抗体、またはその抗原結合フラグメント。10. The following SEQ ID NO: An isolated antibody that specifically binds to a lung tumor protein comprising an amino acid sequence encoded by a polynucleotide sequence listed in any one of the following, or the complement of any of the polynucleotide sequences: Its antigen binding fragment.

【請求項１１】請求項１に記載の少なくとも１つのポリペプチドを含む、
融合タンパク質。11. It comprises at least one polypeptide according to claim 1,
Fusion protein.

【請求項１２】請求項１１に記載の融合タンパク質であって、ここで該融
合タンパク質は、該融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを用いてトラ
ンスフェクトされた宿主細胞において、該融合タンパク質の発現を増大する発現
エンハンサーを含む、融合タンパク質。12. The fusion protein of claim 11, wherein the fusion protein increases expression of the fusion protein in a host cell transfected with a polynucleotide encoding the fusion protein. A fusion protein comprising an expression enhancer that expresses

【請求項１３】請求項１１に記載の融合タンパク質であって、ここで該融
合タンパク質は、請求項１に記載のポリペプチド内に存在しないＴヘルパーエピ
トープを含む、融合タンパク質。13. The fusion protein of claim 11, wherein the fusion protein comprises a T helper epitope that is not present in the polypeptide of claim 1.

【請求項１４】前記融合タンパク質がアフィニティータグを含む、請求項
１１に記載の融合タンパク質。14. The fusion protein according to claim 11, wherein said fusion protein comprises an affinity tag.

【請求項１５】請求項１１に記載の融合タンパク質をコードする、単離さ
れたポリヌクレオチド。15. An isolated polynucleotide encoding the fusion protein of claim 11.

【請求項１６】薬学的組成物であって、該薬学的組成物は、生理学的に受
容可能なキャリア、および以下：（ａ）請求項１に記載のポリペプチド；（ｂ）請求項３に記載のポリヌクレオチド；（ｃ）請求項１０に記載の抗体；（ｄ）請求項１１に記載の融合タンパク質；および（ｅ）請求項１５に記載のポリヌクレオチド、からなる群より選択される少なくとも１つの成分を含む、薬学的組成物。16. A pharmaceutical composition, which comprises a physiologically acceptable carrier, and: (a) a polypeptide according to claim 1; (b) a polypeptide according to claim 3. (C) the antibody according to claim 10; (d) the fusion protein according to claim 11; and (e) the polynucleotide according to claim 15, at least one selected from the group consisting of: A pharmaceutical composition comprising two components.

【請求項１７】免疫促進剤および以下：（ａ）請求項１に記載のポリペプチド；（ｂ）請求項３に記載のポリヌクレオチド；（ｃ）請求項１０に記載の抗体；（ｄ）請求項１１に記載の融合タンパク質；および（ｅ）請求項１５に記載のポリヌクレオチド、からなる群より選択される少なくとも１つの成分を含む、ワクチン。17. An immunostimulant and the following: (a) the polypeptide of claim 1; (b) the polynucleotide of claim 3; (c) the antibody of claim 10; A vaccine comprising the fusion protein of claim 11; and (e) at least one component selected from the group consisting of: the polynucleotide of claim 15.

【請求項１８】前記免疫促進剤がアジュバントである、請求項１７に記載
のワクチン。18. The vaccine according to claim 17, wherein said immunostimulant is an adjuvant.

【請求項１９】前記免疫促進剤が主にＩ型応答を誘導する、請求項１７に
記載のワクチン。19. The vaccine according to claim 17, wherein said immunostimulant induces a predominantly type I response.

【請求項２０】患者において癌の発達を阻害する方法であって、該方法は
、請求項１６に記載の薬学的組成物の有効量を患者に投与する工程を包含する、
方法。20. A method of inhibiting the development of cancer in a patient, comprising administering to the patient an effective amount of the pharmaceutical composition of claim 16.
Method.

【請求項２１】患者において癌の発達を阻害する方法であって、該方法は
、請求項１７に記載のワクチンの有効量を患者に投与する工程を包含する、方法
。21. A method of inhibiting the development of cancer in a patient, the method comprising administering to the patient an effective amount of the vaccine of claim 17.

【請求項２２】薬学的に受容可能なキャリアまたは賦形剤と組み合わせて
、請求項１に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞を含む、薬学的組成物
。22. A pharmaceutical composition comprising an antigen presenting cell that expresses the polypeptide of claim 1 in combination with a pharmaceutically acceptable carrier or excipient.

【請求項２３】前記抗原提示細胞が樹状細胞またはマクロファージである
、請求項２２に記載の薬学的組成物。23. The pharmaceutical composition according to claim 22, wherein the antigen-presenting cells are dendritic cells or macrophages.

【請求項２４】肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１つ
の免疫原性部分を含むポリペプチドを発現する抗原提示細胞を含むワクチンであ
って、ここで該腫瘍タンパク質は、免疫促進剤と組み合わせて、以下：（ａ）配列番号：２１７−３８９に列挙される配列；（ｂ）中程度にストリンジェントな条件下で、配列番号：２１７−３８９のい
ずれか１つに列挙される配列に対してハイブリダイズする配列；および（ｃ）（ｉ）または（ｉｉ）の配列の相補鎖、からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配
列を含む、ワクチン。24. A vaccine comprising an antigen presenting cell expressing a polypeptide comprising at least one immunogenic portion of a lung tumor protein, or a variant thereof, wherein the tumor protein comprises an immunostimulant and In combination, the following: (a) the sequence recited in SEQ ID NOs: 217-389; (b) under moderately stringent conditions, the sequence recited in any one of SEQ ID NOs: 217-389 And (c) a complementary strand of the sequence of (i) or (ii), and an amino acid sequence encoded by a polynucleotide sequence selected from the group consisting of:

【請求項２５】前記免疫促進剤がアジュバントである、請求項２４に記載
のワクチン。25. The vaccine according to claim 24, wherein said immunostimulant is an adjuvant.

【請求項２６】前記免疫促進剤が主にＩ型応答を誘導する、請求項２４に
記載のワクチン。26. The vaccine of claim 24, wherein the immunostimulant induces a predominantly type I response.

【請求項２７】前記抗原提示細胞が樹状細胞である、請求項２４に記載の
ワクチン。27. The vaccine according to claim 24, wherein said antigen presenting cells are dendritic cells.

【請求項２８】患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該
方法は、肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１つの免疫原性部
分を含むポリペプチド、を発現する抗原提示細胞の有効量を患者に投与する工程
であって、ここで該腫瘍タンパク質は、以下：（ａ）配列番号：２１７−３８９に列挙される配列；（ｂ）中程度にストリンジェントな条件下で、配列番号：２１７−３８９のい
ずれか１つに列挙される配列に対してハイブリダイズする配列；および（ｃ）配列番号：２１７−３８９のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチ
ドによりコードされる（ｉ）または（ｉｉ）の配列の相補鎖、からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配
列を含む、工程、およびそれによって該患者における癌の発達を阻害する工程、
を包含する、方法。28. A method for inhibiting the development of cancer in a patient, the method comprising expressing a polypeptide comprising at least one immunogenic portion of a lung tumor protein, or a variant thereof. Administering an effective amount of presenting cells to the patient, wherein the oncoprotein comprises the following: (a) the sequence listed in SEQ ID NOs: 217-389; (b) moderately stringent conditions A sequence that hybridizes to a sequence listed in any one of SEQ ID NOs: 217-389; and (c) encoded by a polynucleotide listed in any one of SEQ ID NOs: 217-389. A complementary strand of the sequence of (i) or (ii), comprising an amino acid sequence encoded by a polynucleotide sequence selected from the group consisting of: Step of inhibiting the development of cancer in the patient Te,
A method comprising:

【請求項２９】前記抗原提示細胞が樹状細胞である、請求項２８に記載の
方法。29. The method of claim 28, wherein said antigen presenting cells are dendritic cells.

【請求項３０】前記癌が肺癌である、請求項２０、２１および２８のいず
れか１項に記載される、方法。30. The method according to any one of claims 20, 21 and 28, wherein said cancer is lung cancer.

【請求項３１】生物学的サンプルから腫瘍細胞を除去するための方法であ
って、該方法は、肺腫瘍タンパク質と特異的に反応するＴ細胞と生物学的サンプ
ルを接触させる工程を包含し、ここで該腫瘍タンパク質が以下：（ｉ）配列番号：２１７−３８９のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチ
ド；および（ｉｉ）該ポリヌクレオチドの相補鎖；からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配
列を含み、ここで該接触工程が、該サンプルから抗原を発現している細胞の除去
を可能にするのに十分な条件下および時間で実施される、方法。31. A method for removing tumor cells from a biological sample, the method comprising contacting the biological sample with T cells that specifically react with a lung tumor protein; Wherein the oncoprotein is a polynucleotide sequence selected from the group consisting of: (i) a polynucleotide listed in any one of SEQ ID NOs: 217-389; and (ii) a complementary strand of the polynucleotide. Wherein the contacting step is performed under conditions and for a time sufficient to allow removal of cells expressing the antigen from the sample.

【請求項３２】前記生物学的サンプルが血液またはその画分である、請求
項３１に記載の方法。32. The method of claim 31, wherein said biological sample is blood or a fraction thereof.

【請求項３３】患者における癌の発達を阻害するための方法であって、請
求項３１に記載の方法に従って処置された生物学的サンプルを患者に投与する工
程を包含する、方法。33. A method for inhibiting the development of cancer in a patient, comprising administering to the patient a biological sample treated according to the method of claim 31.

【請求項３４】肺腫瘍タンパク質に特異的なＴ細胞を、刺激および／また
は増殖するための方法であって、該方法は、Ｔ細胞の刺激および／または増殖を
可能にするのに十分な条件下および時間で、Ｔ細胞を、以下：（ａ）肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、の少なくとも免疫原性部分を含む
ポリペプチドであって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下：（ｉ）配列番号２１７〜３８９に列挙される配列；（ｉｉ）配列番号２１７〜３８９のいずれか１つに列挙される配列に対して、
中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列；および（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）の配列の相補鎖；からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸
配列を含む、ポリペプチド；（ｂ）（ａ）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；ならびに（ｃ）（ａ）のポリペプチドを発現する抗原提示細胞；からなる群より選択される少なくとも１つの成分と接触させる工程を包含する、
方法。34. A method for stimulating and / or expanding T cells specific for a lung tumor protein, said method comprising conditions sufficient to permit stimulation and / or expansion of T cells. Below and at time, a T cell is a polypeptide comprising at least an immunogenic portion of: (a) a lung tumor protein, or a variant thereof, wherein the tumor protein comprises: A sequence listed in SEQ ID NOs: 217 to 389; (ii) a sequence listed in any one of SEQ ID NOs: 217 to 389,
An amino acid sequence encoded by a polynucleotide sequence selected from the group consisting of: a sequence that hybridizes under moderately stringent conditions; and (iii) the complement of the sequence of (i) or (ii). Contacting with at least one component selected from the group consisting of: a polypeptide; (b) a polynucleotide encoding the polypeptide of (a); and (c) an antigen presenting cell expressing the polypeptide of (a). Including,
Method.

【請求項３５】請求項３４に記載の方法に従って調製されるＴ細胞を含む
、単離されたＴ細胞集団。35. An isolated T cell population comprising T cells prepared according to the method of claim 34.

【請求項３６】患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該
方法は、請求項３５に記載のＴ細胞集団の有効量を患者に投与する工程を包含す
る、方法。36. A method for inhibiting the development of cancer in a patient, the method comprising administering to the patient an effective amount of the T cell population of claim 35.

【請求項３７】患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該
方法は、以下の工程：（ａ）患者から単離されたＣＤ４⁺および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞を、以下から
なる群より選択される少なくとも１つの成分と共にインキュベートし、その結果
Ｔ細胞が増殖する工程：（ｉ）肺腫瘍タンパク質またはその改変体の、少なくとも１つの免疫原性部分
を含むポリペプチドであって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下からなる群よ
り選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、
ポリペプチド：（１）配列番号２１７〜３８９に列挙される配列；（２）配列番号２１７〜３８９のいずれか１つに列挙される配列に対して、
中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列；および（３）（１）または（２）の配列の相補鎖；（ｉｉ）（ｉ）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および（ｉｉｉ）（ｉ）のポリペプチドを発現する抗原提示細胞；ならびに（ｂ）該増殖したＴ細胞の有効量を該患者に投与する工程であって、それにより
該患者における癌の発達を阻害する、工程を包含する、方法。37. A method for inhibiting the development of cancer in a patient, the method comprising: (a) isolating CD4 ⁺ and / or CD8 + T cells isolated from the patient, comprising: Incubating with at least one component selected from the above so that the T cells proliferate: (i) a polypeptide comprising at least one immunogenic portion of a lung tumor protein or a variant thereof, wherein The oncoprotein comprises an amino acid sequence encoded by a polynucleotide sequence selected from the group consisting of:
Polypeptides: (1) the sequences listed in SEQ ID NOs: 217 to 389; (2) the sequences listed in any one of SEQ ID NOs: 217 to 389,
A sequence that hybridizes under moderately stringent conditions; and (3) a complementary strand of the sequence of (1) or (2); (ii) a polynucleotide encoding the polypeptide of (i); and (iii) (I) antigen-presenting cells expressing the polypeptide of (b); and (b) administering to the patient an effective amount of the expanded T cells, thereby inhibiting the development of cancer in the patient. Including, methods.

【請求項３８】患者における癌の発達を阻害するための方法であって、以
下の工程：（ａ）患者から単離されたＣＤ４⁺および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞を、以下から
なる群より選択される少なくとも１つの成分と共にインキュベートし、その結果
Ｔ細胞が増殖する工程：（ｉ）肺腫瘍タンパク質、またはその改変体の、少なくとも１つの免疫原性部
分を含むポリペプチドであって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下からなる群
より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む
、ポリペプチド：（１）配列番号２１７〜３８９に列挙される配列；（２）配列番号２１７〜３８９のいずれか１つに列挙される配列に対して、
中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列；および（３）（１）または（２）の配列の相補鎖；（ｉｉ）（ｉ）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および（ｉｉｉ）（ｉ）のポリペプチドを発現する抗原提示細胞；（ｂ）少なくとも１つの増殖した細胞をクローニングして、クローンＴ細胞を提
供する工程；ならびに（ｃ）該クローンＴ細胞の有効量を患者に投与する工程であって、それによって
該患者における癌の発達を阻害する、工程を包含する、方法。38. A method for inhibiting the development of a cancer in a patient, comprising: (a) selecting CD4 ⁺ and / or CD8 + T cells isolated from the patient from the group consisting of: Incubating with at least one component so that T cells proliferate: (i) a polypeptide comprising at least one immunogenic portion of a lung tumor protein, or a variant thereof, wherein the tumor comprises A polypeptide, wherein the protein comprises an amino acid sequence encoded by a polynucleotide sequence selected from the group consisting of: (1) a sequence listed in SEQ ID NOs: 217 to 389; (2) any of SEQ ID NOs: 217 to 389 Or for an array listed in one
A sequence that hybridizes under moderately stringent conditions; and (3) a complementary strand of the sequence of (1) or (2); (ii) a polynucleotide encoding the polypeptide of (i); and (iii) (B) cloning at least one expanded cell to provide a cloned T cell; and (c) administering to the patient an effective amount of the cloned T cell. And thereby inhibiting the development of cancer in said patient.

【請求項３９】患者における癌の存在または非存在を決定するための方法
であって、以下の工程：（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、肺腫瘍タンパク質に結合する結合
剤に接触させる工程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、配列番号２１７〜
３８９のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオ
チド配列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程；
（ｂ）該サンプルにおいて、該結合剤に結合するポリペプチドの量を検出する工
程；および（ｃ）該ポリペプチドの量を所定のカットオフ値と比較し、それから該患者にお
ける癌の存在または非存在を決定する工程、を包含する、方法。39. A method for determining the presence or absence of cancer in a patient, comprising the steps of: (a) applying a biological sample obtained from the patient to a binding agent that binds to a lung tumor protein. Contacting wherein the oncoprotein is SEQ ID NO: 217-
389, comprising an amino acid sequence encoded by a polynucleotide sequence recited in any one of 389 or the complement of any of said polynucleotide sequences;
(B) detecting, in the sample, the amount of the polypeptide that binds to the binding agent; and (c) comparing the amount of the polypeptide to a predetermined cutoff value, and then determining the presence or absence of cancer in the patient. Determining the presence.

【請求項４０】前記結合剤が抗体である、請求項３９に記載の方法。40. The method of claim 39, wherein said binding agent is an antibody.

【請求項４１】前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項４２に記載
の方法。41. The method of claim 42, wherein said antibody is a monoclonal antibody.

【請求項４２】前記癌が肺癌である、請求項３９に記載の方法。42. The method of claim 39, wherein said cancer is lung cancer.

【請求項４３】患者における癌の進行をモニターするための方法であって
、以下の工程：（ａ）患者から、第１の時点で得られた生物学的サンプルを、肺腫瘍タンパク質
に結合する結合剤に接触させる工程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、配
列番号２１７〜３８９のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または
該ポリヌクレオチド配列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列
を含む、工程；（ｂ）該サンプルにおいて、該結合剤に結合するポリペプチドの量を検出する工
程；（ｃ）該患者から、次の時点で得られた生物学的サンプルを使用して、工程（ａ
）および（ｂ）を繰り返す工程；ならびに（ｄ）工程（ｃ）において検出された該ポリペプチドの量を、工程（ｂ）におい
て検出された該量と比較し、それから該患者における該癌の進行をモニターする
工程、を包含する、方法。43. A method for monitoring the progression of cancer in a patient, comprising: (a) binding a biological sample obtained from the patient at a first time point to a lung tumor protein. Contacting with a binding agent, wherein the oncoprotein is encoded by a polynucleotide sequence listed in any one of SEQ ID NOs: 217-389 or a complement of any of the polynucleotide sequences. (B) detecting, in the sample, the amount of polypeptide that binds to the binding agent; (c) using a biological sample obtained from the patient at the next time point. And the step (a)
) And (b); and (d) comparing the amount of the polypeptide detected in step (c) with the amount detected in step (b), and then progressing the cancer in the patient. Monitoring the method.

【請求項４４】前記結合剤が抗体である、請求項４３に記載の方法。44. The method of claim 43, wherein said binding agent is an antibody.

【請求項４５】前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項４４に記載
の方法。45. The method of claim 44, wherein said antibody is a monoclonal antibody.

【請求項４６】前記癌が肺癌である、請求項４３に記載の方法。46. The method of claim 43, wherein said cancer is lung cancer.

【請求項４７】患者における癌の存在または非存在を決定するための方法
であって、以下の工程：（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、肺腫瘍タンパク質をコードするポ
リヌクレオチドに対してハイブリダイズするオリゴヌクレオチドに接触させる工
程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、配列番号２１７〜３８９のいずれか
１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配列のいずれ
かの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程；（ｂ）該サンプルにおいて、該オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする
該ポリヌクレオチドの量を検出する工程；および（ｃ）該オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする該ポリヌクレオチドの
量を所定のカットオフ値と比較し、それから該患者における癌の存在または非存
在を決定する工程、を包含する、方法。47. A method for determining the presence or absence of cancer in a patient, comprising the steps of: (a) converting a biological sample obtained from the patient into a polynucleotide encoding a lung tumor protein. Contacting the oligonucleotide with a hybridizing oligonucleotide, wherein the oncoprotein is a polynucleotide sequence listed in any one of SEQ ID NOs: 217-389 or the complement of any of the polynucleotide sequences. (B) detecting the amount of the polynucleotide that hybridizes to the oligonucleotide in the sample; and (c) hybridizing to the oligonucleotide. Comparing the amount of the polynucleotide to a predetermined cut-off value, Determining the presence or absence of cancer in the subject.

【請求項４８】前記オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする前記
ポリヌクレオチドの量が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して決定される、請求項
４７に記載の方法。48. The method of claim 47, wherein the amount of said polynucleotide that hybridizes to said oligonucleotide is determined using a polymerase chain reaction.

【請求項４９】前記オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする前記
ポリヌクレオチドの量が、ハイブリダイゼーションアッセイを使用して決定され
る、請求項４７に記載の方法。49. The method of claim 47, wherein the amount of said polynucleotide that hybridizes to said oligonucleotide is determined using a hybridization assay.

【請求項５０】患者における癌の進行をモニターするための方法であって
、以下の工程：（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、肺腫瘍タンパク質をコードするポ
リヌクレオチドに対してハイブリダイズするオリゴヌクレオチドに接触させる工
程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、配列番号２１７〜３８９のいずれか
１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配列のいずれ
かの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程；（ｂ）該サンプルにおいて、該オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする
ポリヌクレオチドの量を検出する工程；（ｃ）該患者から、次の時点で得られた生物学的サンプルを使用して、工程（ａ
）および（ｂ）を繰り返す工程；ならびに（ｄ）工程（ｃ）において検出された該ポリヌクレオチドの量を、工程（ｂ）に
おいて検出された該量と比較し、それから該患者における該癌の進行をモニター
する工程、を包含する、方法。50. A method for monitoring the progression of cancer in a patient, comprising the steps of: (a) hybridizing a biological sample obtained from the patient to a polynucleotide encoding a lung tumor protein. Contacting a soybean oligonucleotide, wherein the oncoprotein is encoded by a polynucleotide sequence listed in any one of SEQ ID NOs: 217-389 or a complement of any of the polynucleotide sequences. (B) detecting in the sample the amount of polynucleotide that hybridizes to the oligonucleotide in the sample; (c) biology obtained from the patient at the next time point Step (a)
) And (b); and (d) comparing the amount of the polynucleotide detected in step (c) with the amount detected in step (b), and then progressing the cancer in the patient. Monitoring the method.

【請求項５１】前記オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする前記
ポリヌクレオチドの量が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して決定される、請求項
５０に記載の方法。51. The method of claim 50, wherein the amount of said polynucleotide that hybridizes to said oligonucleotide is determined using a polymerase chain reaction.

【請求項５２】前記オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする前記
ポリヌクレオチドの量が、ハイブリダイゼーションアッセイを使用して決定され
る、請求項５０に記載の方法。52. The method of claim 50, wherein the amount of said polynucleotide that hybridizes to said oligonucleotide is determined using a hybridization assay.

【請求項５３】診断キットであって、以下：（ａ）請求項１０に記載の１つ以上の抗体；および（ｂ）レポーター基を含む検出試薬、を備える、キット。53. A diagnostic kit, comprising: (a) one or more antibodies of claim 10; and (b) a detection reagent comprising a reporter group.

【請求項５４】前記抗体が固体支持体上に固定化される、請求項５３に記
載のキット。54. The kit of claim 53, wherein said antibody is immobilized on a solid support.

【請求項５５】前記検出試薬が、抗免疫グロブリン、プロテインＧ、プロ
テインＡまたはレクチンを含む、請求抗５３に記載のキット。55. The kit of claim 53, wherein said detection reagent comprises anti-immunoglobulin, protein G, protein A or lectin.

【請求項５６】前記レポーター基が、放射性同位体、蛍光基、発光基、酵
素、ビオチンおよび色素粒子からなる群より選択される、請求項５３に記載のキ
ット。56. The kit of claim 53, wherein said reporter group is selected from the group consisting of radioisotopes, fluorescent groups, luminescent groups, enzymes, biotin and dye particles.

【請求項５７】肺腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドに対して
、中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする１０〜４０の連続し
たヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドであって、ここで、該腫瘍タンパク質
が、以下の配列番号：【化９】のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチド
のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、オリゴヌクレオ
チド。57. An oligonucleotide comprising 10-40 contiguous nucleotides that hybridizes under moderately stringent conditions to a polynucleotide encoding a lung oncoprotein, wherein the oncoprotein is Has the following SEQ ID NO: Or an oligonucleotide comprising an amino acid sequence encoded by any complementary strand of said polynucleotide.

【請求項５８】請求項５７に記載のオリゴヌクレオチドであって、ここで
該オリゴヌクレオチドが、以下の配列番号：【化１０】のいずれか１つに列挙される１０〜４０の連続したヌクレオチドを含む、オリゴ
ヌクレオチド。58. The oligonucleotide of claim 57, wherein said oligonucleotide has the following SEQ ID NO: An oligonucleotide comprising 10 to 40 contiguous nucleotides as listed in any one of the preceding claims.

【請求項５９】診断キットであって、以下：（ａ）請求項５８に記載のオリゴヌクレオチド；および（ｂ）ポリメラーゼ連鎖反応またはハイブリダイゼーションアッセイにおける使
用のための診断試薬、を備える、キット。59. A diagnostic kit, comprising: (a) the oligonucleotide of claim 58; and (b) a diagnostic reagent for use in a polymerase chain reaction or hybridization assay.