JP2002183153A - 生理現象関連遺伝子情報の提供装置、その提供方法及びその提供を行うためのプログラムを格納した記録媒体 - Google Patents
生理現象関連遺伝子情報の提供装置、その提供方法及びその提供を行うためのプログラムを格納した記録媒体Info
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Landscapes
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- Information Retrieval, Db Structures And Fs Structures Therefor (AREA)
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Abstract
(57)【要約】 （修正有）
【課題】 特定の遺伝子群を分類させたゲノムデータベ
ースに基づき、ユーザから提供された遺伝子の発現頻度
を計算して、関連遺伝子情報を提供する。 【解決手段】 ユーザからの遺伝子情報に対して、遺伝
子の発現頻度を含む生理現象関連遺伝子を提供する生理
現象関連遺伝子提供装置２０は、ユーザからの遺伝子情
報を受けるユーザデータ管理ユニット３０と、複数の生
理現象関連遺伝子群からなり、各生理現象関連遺伝子群
を予め分類させたゲノムデータベース５１，５２，５３
を有する生理現象関連ゲノムデータベース５０と、ユー
ザから提供された前記遺伝子情報を照合し、分類された
ゲノムデータベースに属する遺伝子と一致する遺伝子情
報に含まれる遺伝子の数をカウントして遺伝子の発現頻
度を計算する計算手段を有する演算ユニット４０とを含
む。遺伝子の発現頻度を含む生理現象関連遺伝子を出力
させる出力手段とを有する。
ースに基づき、ユーザから提供された遺伝子の発現頻度
を計算して、関連遺伝子情報を提供する。 【解決手段】 ユーザからの遺伝子情報に対して、遺伝
子の発現頻度を含む生理現象関連遺伝子を提供する生理
現象関連遺伝子提供装置２０は、ユーザからの遺伝子情
報を受けるユーザデータ管理ユニット３０と、複数の生
理現象関連遺伝子群からなり、各生理現象関連遺伝子群
を予め分類させたゲノムデータベース５１，５２，５３
を有する生理現象関連ゲノムデータベース５０と、ユー
ザから提供された前記遺伝子情報を照合し、分類された
ゲノムデータベースに属する遺伝子と一致する遺伝子情
報に含まれる遺伝子の数をカウントして遺伝子の発現頻
度を計算する計算手段を有する演算ユニット４０とを含
む。遺伝子の発現頻度を含む生理現象関連遺伝子を出力
させる出力手段とを有する。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、生理現象関連遺伝
子情報の提供装置に係り、より詳細には、ユーザからの
遺伝子情報の提供を受け、生理現象関連ゲノムデータベ
ースに基づいて、遺伝子の発現頻度を含む生理現象関連
遺伝子情報の提供を行う装置、その提供方法及びその提
供を行うためのにプログラムを格納した記録媒体に関す
るものである。
子情報の提供装置に係り、より詳細には、ユーザからの
遺伝子情報の提供を受け、生理現象関連ゲノムデータベ
ースに基づいて、遺伝子の発現頻度を含む生理現象関連
遺伝子情報の提供を行う装置、その提供方法及びその提
供を行うためのにプログラムを格納した記録媒体に関す
るものである。
【０００２】
【従来の技術】遺伝子の本体であるＤＮＡの塩基配列を
解析する技術として、ノーザンブロッティング法やディ
フェレンシアルハイブリダイゼーションなどが従来から
公知であるが、サンプルを一つずつ解析していたので、
膨大な時間と労力が必要とされていた。近年、迅速な解
析方法として、病気に関連する遺伝子の有無などを調べ
る診断器具である、ＤＮＡチップやマイクロアレイなど
が注目されている。ＤＮＡチップとは、基板に固定した
何通りもの塩基配列と未知のＤＮＡを反応させてＤＮＡ
の塩基配列を決定させるものであり、数千個以上の異な
る遺伝子（ＤＮＡの断片）を高密度に整列させてある。
血液や細胞を処理したサンプルをチップ上に流すと、特
定の遺伝子とチップ上のＤＮＡ断片が結合して、同じ遺
伝子配列を有する遺伝子を割り出すことができる。
解析する技術として、ノーザンブロッティング法やディ
フェレンシアルハイブリダイゼーションなどが従来から
公知であるが、サンプルを一つずつ解析していたので、
膨大な時間と労力が必要とされていた。近年、迅速な解
析方法として、病気に関連する遺伝子の有無などを調べ
る診断器具である、ＤＮＡチップやマイクロアレイなど
が注目されている。ＤＮＡチップとは、基板に固定した
何通りもの塩基配列と未知のＤＮＡを反応させてＤＮＡ
の塩基配列を決定させるものであり、数千個以上の異な
る遺伝子（ＤＮＡの断片）を高密度に整列させてある。
血液や細胞を処理したサンプルをチップ上に流すと、特
定の遺伝子とチップ上のＤＮＡ断片が結合して、同じ遺
伝子配列を有する遺伝子を割り出すことができる。
【０００３】機能が既知の遺伝子、具体的には癌に関連
する遺伝子用のチップに患者の細胞や組織から採取した
試料を落とし、試料中の遺伝子チップ上の遺伝子と結合
すれば、その患者は癌に関連する遺伝子を有することが
判明する。遺伝子の機能が解明されている場合には、特
定の遺伝子と病気との関連性がはっきりするが、それ以
外の場合には有効ではない。
する遺伝子用のチップに患者の細胞や組織から採取した
試料を落とし、試料中の遺伝子チップ上の遺伝子と結合
すれば、その患者は癌に関連する遺伝子を有することが
判明する。遺伝子の機能が解明されている場合には、特
定の遺伝子と病気との関連性がはっきりするが、それ以
外の場合には有効ではない。
【０００４】ある病気と関連する遺伝子は、その病気の
種類に応じて幾つも存在する。生体内では、遺伝子は単
独で働いているわけでなく、相互作用することによっ
て、その機能を発揮している。例えば、ある遺伝子は別
の遺伝子を活性化させ、その活性化された遺伝子はまた
別の遺伝子を抑制したりする。
種類に応じて幾つも存在する。生体内では、遺伝子は単
独で働いているわけでなく、相互作用することによっ
て、その機能を発揮している。例えば、ある遺伝子は別
の遺伝子を活性化させ、その活性化された遺伝子はまた
別の遺伝子を抑制したりする。
【０００５】最近、遺伝子と疾患との関係を、遺伝子の
分類に基づき求めようとする報告がされている。具体的
には、Tavazoiらは、遺伝子ネットワークアーティテク
チャの組織的決定を行い、その中で酵母のｍＲＮＡの明
確な発現パターンを発見し、それから各発現パターンに
特異なＤＮＡ配列パターンを確認している（Nature Gen
etics, Vol. 22 281-285, July 1999）。さらに、機能
的分類内での遺伝子の発現確率を求め、その発現確率に
基づき、同じ機能的分類内での遺伝子のグループ分けを
報告している。
分類に基づき求めようとする報告がされている。具体的
には、Tavazoiらは、遺伝子ネットワークアーティテク
チャの組織的決定を行い、その中で酵母のｍＲＮＡの明
確な発現パターンを発見し、それから各発現パターンに
特異なＤＮＡ配列パターンを確認している（Nature Gen
etics, Vol. 22 281-285, July 1999）。さらに、機能
的分類内での遺伝子の発現確率を求め、その発現確率に
基づき、同じ機能的分類内での遺伝子のグループ分けを
報告している。
【０００６】また、Scherfらは、ヒトの６０の癌細胞系
統での遺伝子発現プロファイルを、ｃＤＮＡマイクロア
レイを利用して評価し、遺伝子発現と薬活性パターンと
の相関を報告している（Nature Gene, Vol. 24, 236-24
4, March 2000）。
統での遺伝子発現プロファイルを、ｃＤＮＡマイクロア
レイを利用して評価し、遺伝子発現と薬活性パターンと
の相関を報告している（Nature Gene, Vol. 24, 236-24
4, March 2000）。
【０００７】遺伝子の情報は病気の素因を知るだけでな
く、今後は、治療薬の開発の手がかりにもなる。そのよ
うな背景のもと、例えば、ある薬をマウスなどに投与し
た際に、マウス体内で同時に発現している遺伝子は、そ
の生体内で共通の制御を受けている、例えば、同じ転写
因子によって発現している可能性があるので、特定の遺
伝子群がどのように共通に制御され、どのように変化す
るかということがわかれば、その遺伝子群の動きからそ
の機能の予測することが可能となる。かかる情報は、新
薬開発にはますます重要性が増してくる。
く、今後は、治療薬の開発の手がかりにもなる。そのよ
うな背景のもと、例えば、ある薬をマウスなどに投与し
た際に、マウス体内で同時に発現している遺伝子は、そ
の生体内で共通の制御を受けている、例えば、同じ転写
因子によって発現している可能性があるので、特定の遺
伝子群がどのように共通に制御され、どのように変化す
るかということがわかれば、その遺伝子群の動きからそ
の機能の予測することが可能となる。かかる情報は、新
薬開発にはますます重要性が増してくる。
【０００８】
【発明が解決しようとする課題】本発明は上述の点に鑑
みてなされたものであり、ユーザからのＤＮＡチップ等
を用いた実験により得られた遺伝子に関する実験結果か
ら、生理現象に関係する遺伝子群を予め分類させたゲノ
ムデータベースに基づき、ユーザから提供された遺伝子
の生理現象に関連した発現頻度を計算し、生理現象関連
遺伝子情報を提供することを目的とする。
みてなされたものであり、ユーザからのＤＮＡチップ等
を用いた実験により得られた遺伝子に関する実験結果か
ら、生理現象に関係する遺伝子群を予め分類させたゲノ
ムデータベースに基づき、ユーザから提供された遺伝子
の生理現象に関連した発現頻度を計算し、生理現象関連
遺伝子情報を提供することを目的とする。
【０００９】
【課題を解決するための手段】請求項１に係る発明は、
ユーザからの遺伝子情報に対して、遺伝子の発現頻度を
含む生理現象関連遺伝子情報を提供する生理現象関連遺
伝子情報の提供装置であって、ユーザからの前記遺伝子
情報を受けるユーザデータ管理ユニットと、複数の生理
現象関連遺伝子群からなり、各生理現象関連遺伝子群を
予め分類させたゲノムデータベースを有する生理現象関
連ゲノムデータベースと、前記分類されたゲノムデータ
ベースに基づき、ユーザから提供された前記遺伝子情報
を照合し、前記分類されたゲノムデータベースに属する
遺伝子と一致する前記遺伝子情報に含まれる遺伝子の数
をカウントして遺伝子の発現頻度を計算する計算手段を
有する演算ユニットとを含み、前記ユーザデータ管理ユ
ニットは前記演算ユニットにて計算されたデータをユー
ザ毎に保存する保存手段と、前記遺伝子の発現頻度を含
む生理現象関連遺伝子情報を出力する出力手段とを有す
る生理現象関連遺伝子情報の提供装置を特徴としたもの
である。
ユーザからの遺伝子情報に対して、遺伝子の発現頻度を
含む生理現象関連遺伝子情報を提供する生理現象関連遺
伝子情報の提供装置であって、ユーザからの前記遺伝子
情報を受けるユーザデータ管理ユニットと、複数の生理
現象関連遺伝子群からなり、各生理現象関連遺伝子群を
予め分類させたゲノムデータベースを有する生理現象関
連ゲノムデータベースと、前記分類されたゲノムデータ
ベースに基づき、ユーザから提供された前記遺伝子情報
を照合し、前記分類されたゲノムデータベースに属する
遺伝子と一致する前記遺伝子情報に含まれる遺伝子の数
をカウントして遺伝子の発現頻度を計算する計算手段を
有する演算ユニットとを含み、前記ユーザデータ管理ユ
ニットは前記演算ユニットにて計算されたデータをユー
ザ毎に保存する保存手段と、前記遺伝子の発現頻度を含
む生理現象関連遺伝子情報を出力する出力手段とを有す
る生理現象関連遺伝子情報の提供装置を特徴としたもの
である。
【００１０】請求項２の発明は、請求項１の発明におい
て、前記生理現象関連遺伝子群が、マウスの脳の虚血に
関連する遺伝子群と、ラットの肝臓の虚血に関連する遺
伝子群と、ラットの皮膚の虚血に関連する遺伝子群と、
アポトーシスに関連する遺伝子群とからなることを特徴
としたものである。
て、前記生理現象関連遺伝子群が、マウスの脳の虚血に
関連する遺伝子群と、ラットの肝臓の虚血に関連する遺
伝子群と、ラットの皮膚の虚血に関連する遺伝子群と、
アポトーシスに関連する遺伝子群とからなることを特徴
としたものである。
【００１１】請求項３の発明は、請求項１の発明におい
て、前記ゲノムデータベースの分類には、塩基配列に基
づいた分類と、アミノ酸配列に基づいた分類と、アノテ
ーション分類のためのテキスト情報に基づいた分類とを
含むことを特徴としたものである。
て、前記ゲノムデータベースの分類には、塩基配列に基
づいた分類と、アミノ酸配列に基づいた分類と、アノテ
ーション分類のためのテキスト情報に基づいた分類とを
含むことを特徴としたものである。
【００１２】請求項４の発明は、請求項１の発明におい
て、前記予め分類されたゲノムデータベースがユーザに
より選択可能であることを特徴したものである。
て、前記予め分類されたゲノムデータベースがユーザに
より選択可能であることを特徴したものである。
【００１３】請求項６の発明は、請求項１の発明におい
て、前記ユーザデータ管理ユニットが前記生理現象関連
ゲノムデータベースの各分類のゲノムデータベースが有
するタグ付けエンジンと接続し、よって生理現象関連遺
伝子群に関係なく、ユーザによりゲノムデータベースが
選択可能であることを特徴としたものである。
て、前記ユーザデータ管理ユニットが前記生理現象関連
ゲノムデータベースの各分類のゲノムデータベースが有
するタグ付けエンジンと接続し、よって生理現象関連遺
伝子群に関係なく、ユーザによりゲノムデータベースが
選択可能であることを特徴としたものである。
【００１４】請求項６の発明は、請求項１の発明におい
て、通信ネットワークを介してユーザ端末と接続してい
ることを特徴としたものである。
て、通信ネットワークを介してユーザ端末と接続してい
ることを特徴としたものである。
【００１５】請求項７の発明は、請求項１の発明におい
て、前記ユーザデータ管理ユニットが前記出力に対して
料金を徴収する課金手段とをさらに含むことを特徴とし
たものである。
て、前記ユーザデータ管理ユニットが前記出力に対して
料金を徴収する課金手段とをさらに含むことを特徴とし
たものである。
【００１６】請求項８の発明は、請求項１の発明におい
て、前記生理現象関連遺伝子情報には、注目する遺伝子
の塩基配列リストを含むことを特徴としたものである。
請求項９に係る発明は、ユーザからの遺伝子情報に対し
て、遺伝子の発現頻度を含む生理現象関連遺伝子情報の
提供方法であって、ユーザから提供された遺伝子情報の
アクセッション番号を確認する確認工程と、ユーザが生
理現象関連ゲノムデータベースを構成する生理現象関連
遺伝子群の予め分類されているゲノムデータベースを選
択する選択工程と、ユーザから提供された前記遺伝子情
報に含まれる遺伝子と、ユーザが選択した前記ゲノムデ
ータベースに属する遺伝子とを照合する照合工程と、前
記照合工程の結果、前記遺伝子情報に含まれる遺伝子と
前記選択されたゲノムデータベースに属する遺伝子とが
一致した遺伝子の数をカウントするカウント工程と、前
記遺伝子の数を用いて下記の式に従い、
て、前記生理現象関連遺伝子情報には、注目する遺伝子
の塩基配列リストを含むことを特徴としたものである。
請求項９に係る発明は、ユーザからの遺伝子情報に対し
て、遺伝子の発現頻度を含む生理現象関連遺伝子情報の
提供方法であって、ユーザから提供された遺伝子情報の
アクセッション番号を確認する確認工程と、ユーザが生
理現象関連ゲノムデータベースを構成する生理現象関連
遺伝子群の予め分類されているゲノムデータベースを選
択する選択工程と、ユーザから提供された前記遺伝子情
報に含まれる遺伝子と、ユーザが選択した前記ゲノムデ
ータベースに属する遺伝子とを照合する照合工程と、前
記照合工程の結果、前記遺伝子情報に含まれる遺伝子と
前記選択されたゲノムデータベースに属する遺伝子とが
一致した遺伝子の数をカウントするカウント工程と、前
記遺伝子の数を用いて下記の式に従い、
【００１７】
【数５】 遺伝子の発現頻度のデフォルト値を計算する計算工程
と、前記計算された遺伝子の発現頻度のデフォルト値を
ユーザに出力する出力工程とを含むことを特徴としたも
のである。
と、前記計算された遺伝子の発現頻度のデフォルト値を
ユーザに出力する出力工程とを含むことを特徴としたも
のである。
【００１８】請求項１０の発明は、請求項９において、
前記計算工程後に、ユーザが選択したゲノムデータベー
スに属する遺伝子の数をユーザの選択に応じて変化させ
て、下記の式に従い、
前記計算工程後に、ユーザが選択したゲノムデータベー
スに属する遺伝子の数をユーザの選択に応じて変化させ
て、下記の式に従い、
【００１９】
【数６】 前記遺伝子の発現頻度のデフォルト値を最適化させて最
適値を計算させる最適化工程をさらに含むことを特徴と
したものである。
適値を計算させる最適化工程をさらに含むことを特徴と
したものである。
【００２０】請求項１１の発明は、請求項９の発明にお
いて、前記生理現象関連遺伝子群が、マウスの脳の虚血
に関連する遺伝子群と、ラットの肝臓の虚血に関連する
遺伝子群と、ラットの皮膚の虚血に関連する遺伝子群
と、アポトーシスに関連する遺伝子群とからなることを
特徴としたものである。
いて、前記生理現象関連遺伝子群が、マウスの脳の虚血
に関連する遺伝子群と、ラットの肝臓の虚血に関連する
遺伝子群と、ラットの皮膚の虚血に関連する遺伝子群
と、アポトーシスに関連する遺伝子群とからなることを
特徴としたものである。
【００２１】請求項１２の発明は、請求項９の発明にお
いて、前記ゲノムデータベースの分類には、塩基配列に
基づいた分類と、アミノ酸配列に基づいた分類と、アノ
テーション分類のためのテキスト情報に基づいた分類と
を含むことを特徴としたものである。
いて、前記ゲノムデータベースの分類には、塩基配列に
基づいた分類と、アミノ酸配列に基づいた分類と、アノ
テーション分類のためのテキスト情報に基づいた分類と
を含むことを特徴としたものである。
【００２２】請求項１３の発明は、請求項９の発明にお
いて、通信ネットワークを介してユーザ端末と接続して
いることを特徴としたものである。
いて、通信ネットワークを介してユーザ端末と接続して
いることを特徴としたものである。
【００２３】請求項１４に係る発明は、ユーザから入力
された遺伝子情報に含まれる遺伝子のアクセッション番
号を確認させる手順と、生理現象関連遺伝子群の予め分
類されたゲノムデータベースをユーザにより選択させる
手順と、前記選択されたゲノムデータベースに属する遺
伝子と前記遺伝子情報に含まれる遺伝子とを照合させる
手順と、前記照合結果に基づき、前記ゲノムデータベー
スに属する遺伝子と前記遺伝子情報に含まれる遺伝子と
が一致した遺伝子の数をカウントし、前記遺伝子の数を
用いて上記の式（Ｉ）に従い、遺伝子の発現頻度のデフ
ォルト値を計算させる手順と、をコンピュータに実行さ
せるプログラムを記録した、コンピュータ読取り可能な
記録媒体を特徴としたものである。
された遺伝子情報に含まれる遺伝子のアクセッション番
号を確認させる手順と、生理現象関連遺伝子群の予め分
類されたゲノムデータベースをユーザにより選択させる
手順と、前記選択されたゲノムデータベースに属する遺
伝子と前記遺伝子情報に含まれる遺伝子とを照合させる
手順と、前記照合結果に基づき、前記ゲノムデータベー
スに属する遺伝子と前記遺伝子情報に含まれる遺伝子と
が一致した遺伝子の数をカウントし、前記遺伝子の数を
用いて上記の式（Ｉ）に従い、遺伝子の発現頻度のデフ
ォルト値を計算させる手順と、をコンピュータに実行さ
せるプログラムを記録した、コンピュータ読取り可能な
記録媒体を特徴としたものである。
【００２４】請求項１５の発明は、請求項１４の発明に
おいて、前記遺伝子の発現頻度のデフォルト値を計算さ
せる手順の後に、ユーザの選択した前記ゲノムデータベ
ースに属する遺伝子の数をユーザの選択に応じて変化さ
せて、上記の式（ＩＩ）に従い、前記遺伝子の発現頻度
のデフォルト値を最適化させた最適化値を計算させる手
順を、さらに実行させる記録媒体を特徴としたものであ
る。
おいて、前記遺伝子の発現頻度のデフォルト値を計算さ
せる手順の後に、ユーザの選択した前記ゲノムデータベ
ースに属する遺伝子の数をユーザの選択に応じて変化さ
せて、上記の式（ＩＩ）に従い、前記遺伝子の発現頻度
のデフォルト値を最適化させた最適化値を計算させる手
順を、さらに実行させる記録媒体を特徴としたものであ
る。
【００２５】上記した各手段は、次のように作用する。
【００２６】請求項１に記載の発明によれば、生理現象
関連遺伝子情報の提供装置に、ユーザからの前記遺伝子
情報を受けるユーザデータ管理ユニットと、複数の生理
現象関連遺伝子群からなり、各生理現象関連遺伝子群を
予め分類されたゲノムデータベースを有する生理現象関
連ゲノムデータベースと、前記分類ゲノムデータベース
に基づき、ユーザから提供された前記遺伝子情報を照合
し、前記分類されたゲノムデータベースに属する遺伝子
と一致する前記遺伝子情報に含まれる遺伝子の数をカウ
ントして遺伝子の発現頻度を計算する計算手段を有する
演算ユニットとを設けることにより、ユーザからの遺伝
子情報に対して、遺伝子の発現頻度を含む生理現象関連
遺伝子情報を提供することができる。
関連遺伝子情報の提供装置に、ユーザからの前記遺伝子
情報を受けるユーザデータ管理ユニットと、複数の生理
現象関連遺伝子群からなり、各生理現象関連遺伝子群を
予め分類されたゲノムデータベースを有する生理現象関
連ゲノムデータベースと、前記分類ゲノムデータベース
に基づき、ユーザから提供された前記遺伝子情報を照合
し、前記分類されたゲノムデータベースに属する遺伝子
と一致する前記遺伝子情報に含まれる遺伝子の数をカウ
ントして遺伝子の発現頻度を計算する計算手段を有する
演算ユニットとを設けることにより、ユーザからの遺伝
子情報に対して、遺伝子の発現頻度を含む生理現象関連
遺伝子情報を提供することができる。
【００２７】請求項２に記載の発明によれば、上記生理
現象関連遺伝子群が、マウスの脳の虚血に関連する遺伝
子群と、ラットの肝臓の虚血に関連する遺伝子群と、ラ
ットの皮膚の虚血に関連する遺伝子群と、アポトーシス
に関連する遺伝子群とからなることにより、ユーザに特
定の生理現象と関連する遺伝子情報を提供することがで
きる。
現象関連遺伝子群が、マウスの脳の虚血に関連する遺伝
子群と、ラットの肝臓の虚血に関連する遺伝子群と、ラ
ットの皮膚の虚血に関連する遺伝子群と、アポトーシス
に関連する遺伝子群とからなることにより、ユーザに特
定の生理現象と関連する遺伝子情報を提供することがで
きる。
【００２８】請求項３に記載の発明によれば、前記ゲノ
ムデータベースの分類には、塩基配列に基づく分類と、
アミノ酸配列に基づく分類と、アノテーション分類のた
めのテキスト情報に基づく分類とを含ませることによ
り、各分類と関連した遺伝子情報を提供することができ
る。
ムデータベースの分類には、塩基配列に基づく分類と、
アミノ酸配列に基づく分類と、アノテーション分類のた
めのテキスト情報に基づく分類とを含ませることによ
り、各分類と関連した遺伝子情報を提供することができ
る。
【００２９】請求項４に記載の発明によれば、予め群類
されたゲノムデータベースをユーザにより選択可能とす
ることにより、ユーザの注目する分類に関係する遺伝子
情報を提供することが可能となる。
されたゲノムデータベースをユーザにより選択可能とす
ることにより、ユーザの注目する分類に関係する遺伝子
情報を提供することが可能となる。
【００３０】請求項５に記載の発明によれば、ユーザデ
ータ管理ユニットが生理現象関連ゲノムデータベースの
各分類のゲノムデータベースが有するタグ付けエンジン
と接続していることにより、生理現象関連遺伝子群に関
係なく、ユーザの関心のあるゲノムデータベースを選択
可能とすることができる。
ータ管理ユニットが生理現象関連ゲノムデータベースの
各分類のゲノムデータベースが有するタグ付けエンジン
と接続していることにより、生理現象関連遺伝子群に関
係なく、ユーザの関心のあるゲノムデータベースを選択
可能とすることができる。
【００３１】請求項６に記載の発明によれば、生理現象
関連遺伝子情報の提供装置が通信ネットワークを介して
ユーザコンピュータと接続していることにより、遠隔地
にいるユーザに遺伝子情報を提供することが可能とな
る。
関連遺伝子情報の提供装置が通信ネットワークを介して
ユーザコンピュータと接続していることにより、遠隔地
にいるユーザに遺伝子情報を提供することが可能とな
る。
【００３２】請求項７に記載の発明によれば、ユーザデ
ータ管理ユニットに料金を徴収する課金手段を設けるこ
とにより、遺伝子情報の提供料金請求用の請求書を発行
することが可能となる。
ータ管理ユニットに料金を徴収する課金手段を設けるこ
とにより、遺伝子情報の提供料金請求用の請求書を発行
することが可能となる。
【００３３】請求項８に記載の発明によれば、生理現象
関連遺伝子情報には、ユーザが注目する遺伝子の塩基配
列が含まれることにより、ユーザに遺伝子のより具体的
情報を提供することができる。
関連遺伝子情報には、ユーザが注目する遺伝子の塩基配
列が含まれることにより、ユーザに遺伝子のより具体的
情報を提供することができる。
【００３４】請求項９に記載の発明によれば、ユーザか
らの遺伝子情報に対して、遺伝子の発現頻度を含む生理
現象関連遺伝子情報の提供方法が、ユーザから提供され
た遺伝子情報のアクセッション番号を確認する確認工程
と、ユーザが生理現象関連ゲノムデータベースを構成す
る生理現象関連遺伝子群の予め分類されているゲノムデ
ータベースを選択する選択工程と、ユーザから提供され
た前記遺伝子情報に含まれる遺伝子と、ユーザが選択し
た前記ゲノムデータベースに属する遺伝子とを照合する
照合工程と、前記照合工程の結果、前記遺伝子情報に含
まれる遺伝子と前記選択されたゲノムデータベースに属
する遺伝子とが一致した遺伝子の数をカウントするカウ
ント工程と、前記遺伝子の数を用いて上記の式（Ｉ）に
従い、遺伝子の発現頻度のデフォルト値を計算する計算
工程と、前記計算された遺伝子の発現頻度のデフォルト
値をユーザに出力する出力工程とからなることにより、
ユーザからの遺伝子情報に含まれる遺伝子の発現頻度を
計算し、その計算結果をユーザに提供することが可能と
なる。
らの遺伝子情報に対して、遺伝子の発現頻度を含む生理
現象関連遺伝子情報の提供方法が、ユーザから提供され
た遺伝子情報のアクセッション番号を確認する確認工程
と、ユーザが生理現象関連ゲノムデータベースを構成す
る生理現象関連遺伝子群の予め分類されているゲノムデ
ータベースを選択する選択工程と、ユーザから提供され
た前記遺伝子情報に含まれる遺伝子と、ユーザが選択し
た前記ゲノムデータベースに属する遺伝子とを照合する
照合工程と、前記照合工程の結果、前記遺伝子情報に含
まれる遺伝子と前記選択されたゲノムデータベースに属
する遺伝子とが一致した遺伝子の数をカウントするカウ
ント工程と、前記遺伝子の数を用いて上記の式（Ｉ）に
従い、遺伝子の発現頻度のデフォルト値を計算する計算
工程と、前記計算された遺伝子の発現頻度のデフォルト
値をユーザに出力する出力工程とからなることにより、
ユーザからの遺伝子情報に含まれる遺伝子の発現頻度を
計算し、その計算結果をユーザに提供することが可能と
なる。
【００３５】請求項１０に記載の発明によれば、生理現
象関連遺伝子情報の提供方法において、前記計算工程後
に、ユーザが選択した前記ゲノムデータベースに属する
遺伝子の数をユーザの選択に応じて変化させて、上記の
式（ＩＩ）に従い、前記遺伝子の発現頻度のデフォルト
値を最適化させて最適値を計算させる最適化工程をさら
に含ませることにより、例えば、遺伝子の発現頻度の値
が小さい場合には、関連する遺伝子の数を絞り、ユーザ
が選択したゲノムデータベースの生理現象関連遺伝子群
と関連する発現機能等に関するより有意な情報を提供す
ることができる。
象関連遺伝子情報の提供方法において、前記計算工程後
に、ユーザが選択した前記ゲノムデータベースに属する
遺伝子の数をユーザの選択に応じて変化させて、上記の
式（ＩＩ）に従い、前記遺伝子の発現頻度のデフォルト
値を最適化させて最適値を計算させる最適化工程をさら
に含ませることにより、例えば、遺伝子の発現頻度の値
が小さい場合には、関連する遺伝子の数を絞り、ユーザ
が選択したゲノムデータベースの生理現象関連遺伝子群
と関連する発現機能等に関するより有意な情報を提供す
ることができる。
【００３６】請求項１１に記載の発明によれば、前記生
理現象関連遺伝子群は、マウスの脳の虚血に関連する遺
伝子群と、ラットの肝臓の虚血に関連する遺伝子群と、
ラットの皮膚の虚血に関連する遺伝子群と、アポトーシ
スに関連する遺伝子群からなる生理現象関連ゲノムデー
タベースを有することにより、ユーザに特定の生理現象
と関連する遺伝子情報を提供することができる。
理現象関連遺伝子群は、マウスの脳の虚血に関連する遺
伝子群と、ラットの肝臓の虚血に関連する遺伝子群と、
ラットの皮膚の虚血に関連する遺伝子群と、アポトーシ
スに関連する遺伝子群からなる生理現象関連ゲノムデー
タベースを有することにより、ユーザに特定の生理現象
と関連する遺伝子情報を提供することができる。
【００３７】請求項１２に記載の発明によれば、前記ゲ
ノムデータベースの分類には、塩基配列に基づく分類
と、アミノ酸配列に基づく分類と、アノテーション分類
のためのテキスト情報に基づく分類とを含ませることに
より、各分類と関連した遺伝子情報を提供することがで
きる。
ノムデータベースの分類には、塩基配列に基づく分類
と、アミノ酸配列に基づく分類と、アノテーション分類
のためのテキスト情報に基づく分類とを含ませることに
より、各分類と関連した遺伝子情報を提供することがで
きる。
【００３８】請求項１３に記載の発明によれば、通信ネ
ッワークを介してユーザ端末と接続していることによ
り、遠隔地にいるユーザにも生理現象関連遺伝子情報を
提供することができる。
ッワークを介してユーザ端末と接続していることによ
り、遠隔地にいるユーザにも生理現象関連遺伝子情報を
提供することができる。
【００３９】請求項１４に記載の発明によれば、コンピ
ュータ読取り可能な記録媒体に、ユーザから入力された
遺伝子情報のアクセッション番号を確認させる手順と、
生理現象関連ゲノムデータベースを構成する生理現象関
連遺伝子分を予め分類させたゲノムデータベースを選択
させる手順と、前記選択されたゲノムデータベースに属
する遺伝子と前記遺伝子情報に含まれる遺伝子とを照合
させる手順と、前記照合結果に基づき、前記ゲノムデー
タベースに属する遺伝子と前記遺伝子情報に含まれる遺
伝子とが一致した遺伝子の数をカウントし、前記遺伝子
の数を用いて上記の式（Ｉ）に従い、遺伝子の発現頻度
のデフォルト値を計算させる手順とを、コンピュータに
実行させるプログラムを記録させることにより、生理現
象関連遺伝子の提供を行うことが可能となる。
ュータ読取り可能な記録媒体に、ユーザから入力された
遺伝子情報のアクセッション番号を確認させる手順と、
生理現象関連ゲノムデータベースを構成する生理現象関
連遺伝子分を予め分類させたゲノムデータベースを選択
させる手順と、前記選択されたゲノムデータベースに属
する遺伝子と前記遺伝子情報に含まれる遺伝子とを照合
させる手順と、前記照合結果に基づき、前記ゲノムデー
タベースに属する遺伝子と前記遺伝子情報に含まれる遺
伝子とが一致した遺伝子の数をカウントし、前記遺伝子
の数を用いて上記の式（Ｉ）に従い、遺伝子の発現頻度
のデフォルト値を計算させる手順とを、コンピュータに
実行させるプログラムを記録させることにより、生理現
象関連遺伝子の提供を行うことが可能となる。
【００４０】請求項１５に記載の発明によれば、コンピ
ュータ読取り可能な記録媒体に、前記遺伝子の発現確立
のデフォルト値を計算させる手順の後に、ユーザの選択
した前記ゲノムデータベースに属する遺伝子の数をユー
ザの選択に応じて変化させて、上記の式（ＩＩ）に従
い、前記遺伝子の発現頻度のデフォルト値を最適化させ
た最適化値を計算させる手順とを、コンピュータに実行
させるプログラムを記録させることにより、例えば、遺
伝子の発現頻度の値が小さい場合には、関連する遺伝子
の数を絞り、ユーザが選択したゲノムデータベースの生
理現象関連遺伝子群と関連する発現機能等に関するより
有意な情報を提供することができる。
ュータ読取り可能な記録媒体に、前記遺伝子の発現確立
のデフォルト値を計算させる手順の後に、ユーザの選択
した前記ゲノムデータベースに属する遺伝子の数をユー
ザの選択に応じて変化させて、上記の式（ＩＩ）に従
い、前記遺伝子の発現頻度のデフォルト値を最適化させ
た最適化値を計算させる手順とを、コンピュータに実行
させるプログラムを記録させることにより、例えば、遺
伝子の発現頻度の値が小さい場合には、関連する遺伝子
の数を絞り、ユーザが選択したゲノムデータベースの生
理現象関連遺伝子群と関連する発現機能等に関するより
有意な情報を提供することができる。
【００４１】
【発明の実施の形態】次に、本発明の実施の形態につい
て図面とともに説明する。
て図面とともに説明する。
【００４２】図１は、本発明の一つの実施態様である、
生理現象関連遺伝子情報の提供装置を通信ネットワーク
を介してユーザと接続した構成を示す。ユーザ端末１０
１〜１０ｎから、ユーザのＤＮＡチップ等の遺伝子情報
が、通信ネットワークを介して生理現象関連遺伝子情報
の提供装置２０に送信される。ユーザ端末１０１〜１０
ｎは、通常の又は汎用端末であればよい。さらに、ユー
ザは端末を介して、後述するゲノムデータベースを選択
する信号をも送信する。その後、ユーザ提供の遺伝子情
報及びユーザの選択したゲノムデータベースに基づき、
生理現象関連遺伝子情報の提供装置２０により解析され
た遺伝子情報をユーザに送り返す。
生理現象関連遺伝子情報の提供装置を通信ネットワーク
を介してユーザと接続した構成を示す。ユーザ端末１０
１〜１０ｎから、ユーザのＤＮＡチップ等の遺伝子情報
が、通信ネットワークを介して生理現象関連遺伝子情報
の提供装置２０に送信される。ユーザ端末１０１〜１０
ｎは、通常の又は汎用端末であればよい。さらに、ユー
ザは端末を介して、後述するゲノムデータベースを選択
する信号をも送信する。その後、ユーザ提供の遺伝子情
報及びユーザの選択したゲノムデータベースに基づき、
生理現象関連遺伝子情報の提供装置２０により解析され
た遺伝子情報をユーザに送り返す。
【００４３】ユーザが提供する遺伝子情報は、ＤＮＡチ
ップにより分析された遺伝子情報が好ましい。使用する
ことができるＤＮＡチップとしては、以下のものに限定
されるわけではないが、基板上に直接ＤＮＡを合成する
ことにより作製されたオリゴＤＮＡマイクロアレイ（合
成型ＤＮＡチップともいう）、予め調製したＤＮＡを基
板上に固定したＤＮＡマイクロアレイ（貼り付け型ＤＮ
Ａチップともいう）を用いることができる。遺伝子を同
定するために、好ましくは、高い検出感度・精度・再現
性の得られる合成型ＤＮＡチップ、例えばオリゴＤＮＡ
マイクロアレイ（アフィメトリックス社製、GeneChip）
を用いる。本発明では、インターネットとのリンクを考
慮すれば、ＤＮＡチップの遺伝子解析に必要な構成要素
を一式組込んだ市販のシステムを利用することができ
る。かかるシステムとしては、アフィメトリックス社製
のGeneChip解析システムがある。本GeneChip解析システ
ムには、得られた遺伝子データを効率的に利用するため
のバイオインフォマティクスツールとして、GeneChip L
aboratory Information Management System(LIMS)及びB
eneChip Expresion Data Mining Tool(EDMTTM)が併設さ
れ、データを遺伝子関連解析技術の標準化のためのオ−
プンコンソーシアム（GATC）によって定められた形式の
SQL対応データベースへ出力され、インターネットへリ
ンクすることを可能としている。
ップにより分析された遺伝子情報が好ましい。使用する
ことができるＤＮＡチップとしては、以下のものに限定
されるわけではないが、基板上に直接ＤＮＡを合成する
ことにより作製されたオリゴＤＮＡマイクロアレイ（合
成型ＤＮＡチップともいう）、予め調製したＤＮＡを基
板上に固定したＤＮＡマイクロアレイ（貼り付け型ＤＮ
Ａチップともいう）を用いることができる。遺伝子を同
定するために、好ましくは、高い検出感度・精度・再現
性の得られる合成型ＤＮＡチップ、例えばオリゴＤＮＡ
マイクロアレイ（アフィメトリックス社製、GeneChip）
を用いる。本発明では、インターネットとのリンクを考
慮すれば、ＤＮＡチップの遺伝子解析に必要な構成要素
を一式組込んだ市販のシステムを利用することができ
る。かかるシステムとしては、アフィメトリックス社製
のGeneChip解析システムがある。本GeneChip解析システ
ムには、得られた遺伝子データを効率的に利用するため
のバイオインフォマティクスツールとして、GeneChip L
aboratory Information Management System(LIMS)及びB
eneChip Expresion Data Mining Tool(EDMTTM)が併設さ
れ、データを遺伝子関連解析技術の標準化のためのオ−
プンコンソーシアム（GATC）によって定められた形式の
SQL対応データベースへ出力され、インターネットへリ
ンクすることを可能としている。
【００４４】ユーザは、本人の行った遺伝子実験結果に
ついて、その遺伝子群の機能の予測を行いたいと願って
いる利用者である。ユーザ提供の遺伝子情報は、以下に
限定されるものではないが、実験動物（例えば、マウ
ス、ラット、モルモット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、
ウシ）や、ヒト由来の生体組織（例えば、血液組織、脳
組織、心臓組織、肝臓組織）を用いることができる。
ついて、その遺伝子群の機能の予測を行いたいと願って
いる利用者である。ユーザ提供の遺伝子情報は、以下に
限定されるものではないが、実験動物（例えば、マウ
ス、ラット、モルモット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、
ウシ）や、ヒト由来の生体組織（例えば、血液組織、脳
組織、心臓組織、肝臓組織）を用いることができる。
【００４５】生理現象関連遺伝子情報の提供装置２０に
は、ユーザの当該関連遺伝子情報の提供を受ける資格の
有無等の情報が格納されている。したがって、本発明に
よる生理現象関連遺伝子情報の提供を受ける資格を有し
ていないユーザは、この時点で、以後の処理ができなく
なる。
は、ユーザの当該関連遺伝子情報の提供を受ける資格の
有無等の情報が格納されている。したがって、本発明に
よる生理現象関連遺伝子情報の提供を受ける資格を有し
ていないユーザは、この時点で、以後の処理ができなく
なる。
【００４６】生体内の遺伝子は単独で機能しているので
はなく、遺伝子同士が相互作用している。本願で使用す
る用語「生理現象関連遺伝子」とは、特定の生理現象、
例えばある病気状態での生体内で発現している遺伝子が
共通の制御を受けていると考えられる、関連性のある遺
伝子のことをいう。
はなく、遺伝子同士が相互作用している。本願で使用す
る用語「生理現象関連遺伝子」とは、特定の生理現象、
例えばある病気状態での生体内で発現している遺伝子が
共通の制御を受けていると考えられる、関連性のある遺
伝子のことをいう。
【００４７】図２は、本発明による生理現象関連遺伝子
情報の提供装置２０の略図である。前記装置２０は、ユ
ーザデータ管理ユニット３０と、演算ユニット４０と、
生理現象関連ゲノムデータベース５０とを有している。
ユーザデータ管理ユニット３０はユーザから提供された
遺伝子情報を受け、さらに後述する遺伝子の発現頻度に
関するデータを保存する保存手段と、前記遺伝子の発現
頻度を含む生理現象関連遺伝子情報を提供する出力手段
とを有する。さらに、ユーザデータ管理ユニット３０
は、前記生理現象関連遺伝子情報の提供に際して課金す
る課金手段をも有する。
情報の提供装置２０の略図である。前記装置２０は、ユ
ーザデータ管理ユニット３０と、演算ユニット４０と、
生理現象関連ゲノムデータベース５０とを有している。
ユーザデータ管理ユニット３０はユーザから提供された
遺伝子情報を受け、さらに後述する遺伝子の発現頻度に
関するデータを保存する保存手段と、前記遺伝子の発現
頻度を含む生理現象関連遺伝子情報を提供する出力手段
とを有する。さらに、ユーザデータ管理ユニット３０
は、前記生理現象関連遺伝子情報の提供に際して課金す
る課金手段をも有する。
【００４８】上記出力手段は図示してないが、表示装置
を含む。表示方法は、ユーザが選択した生理現象関連ゲ
ノムデータベースに関連して、二次元若しくは三次元に
も表示され得る。
を含む。表示方法は、ユーザが選択した生理現象関連ゲ
ノムデータベースに関連して、二次元若しくは三次元に
も表示され得る。
【００４９】前記生理現象関連ゲノムデータベース５０
は、複数の生理現象関連遺伝子群を含み、各生理現象関
連遺伝子群はゲノムデータベースに予め分類されてい
る。具体的には、本発明の生理現象関連ゲノムデータベ
ース５０には、マウスの脳に虚血、ラットの肝臓の虚
血、ラットの皮膚の虚血、アポトーシス等の生理現象関
連遺伝子群が含まれている。しかし、今後の研究成果か
ら、生理現象との関連性において遺伝子の働きが解明さ
れたものも、本発明による生理現象関連ゲノムデータベ
ースに加えることは可能である。
は、複数の生理現象関連遺伝子群を含み、各生理現象関
連遺伝子群はゲノムデータベースに予め分類されてい
る。具体的には、本発明の生理現象関連ゲノムデータベ
ース５０には、マウスの脳に虚血、ラットの肝臓の虚
血、ラットの皮膚の虚血、アポトーシス等の生理現象関
連遺伝子群が含まれている。しかし、今後の研究成果か
ら、生理現象との関連性において遺伝子の働きが解明さ
れたものも、本発明による生理現象関連ゲノムデータベ
ースに加えることは可能である。
【００５０】図２に示す生理現象関連ゲノムデータベー
ス５０は、一つの生理現象関連遺伝子群を、塩基配列に
基づき分類されたゲノムデータベース（５１）と、アミ
ノ酸配列に基づき分類されたゲノムデータベース（５
３）と、アノテーション分類のためのテキスト情報とに
基づき分類されたゲノムデータベース（５５）とを有す
る。各分類に基づくゲノムデータベースには、それぞれ
タグ付けエンジン５２、５４、５６を備えてある。これ
により、別の生理現象関連遺伝子群を上記分類に基づい
たものと交換可能となる。例えば、マウスの脳の虚血に
係わる遺伝子群の塩基配列に基づく分類と、ラットの肝
臓の虚血に係わるアミノ酸配列に基づく分類とを基に、
後述するように、本発明による遺伝子の発現頻度を計算
させることも可能である。各種分類に基づくゲノムデー
タベース５１、５３、５５は、遺伝子情報を提供したユ
ーザにより、ゲノムデータベースセレクター６０を介し
て選択される。
ス５０は、一つの生理現象関連遺伝子群を、塩基配列に
基づき分類されたゲノムデータベース（５１）と、アミ
ノ酸配列に基づき分類されたゲノムデータベース（５
３）と、アノテーション分類のためのテキスト情報とに
基づき分類されたゲノムデータベース（５５）とを有す
る。各分類に基づくゲノムデータベースには、それぞれ
タグ付けエンジン５２、５４、５６を備えてある。これ
により、別の生理現象関連遺伝子群を上記分類に基づい
たものと交換可能となる。例えば、マウスの脳の虚血に
係わる遺伝子群の塩基配列に基づく分類と、ラットの肝
臓の虚血に係わるアミノ酸配列に基づく分類とを基に、
後述するように、本発明による遺伝子の発現頻度を計算
させることも可能である。各種分類に基づくゲノムデー
タベース５１、５３、５５は、遺伝子情報を提供したユ
ーザにより、ゲノムデータベースセレクター６０を介し
て選択される。
【００５１】塩基配列に基づく分類及びアミノ酸配列に
基づく分類は、Ｋ−ｍｅａｎｓ法や自律組織化モデル法
（ＳＯＭ）として公知である。かかる分類手法はユーク
リッド距離に基づいて、本発明のゲノムデータベースを
クラスタライズさせる。アノテーション分類のためのテ
キスト情報とは、キーワードで検索した際に、関連する
遺伝子群との相関性を示唆するものである。具体的に
は、タンパク質分解に関係する遺伝子群をキーワードと
すれば、ユーザから提供された遺伝子情報を、上記テキ
スト情報に基づく分類から特定のタンパク質分解に寄与
する遺伝子群との関連性を与えるものである。さらに、
ユーザにより提供された遺伝子情報と、ユーザの選択し
た予め分類されたゲノムデータベースに属する遺伝子と
を基に、後述するように、演算ユニット４０にて、遺伝
子の発現頻度を計算させる。
基づく分類は、Ｋ−ｍｅａｎｓ法や自律組織化モデル法
（ＳＯＭ）として公知である。かかる分類手法はユーク
リッド距離に基づいて、本発明のゲノムデータベースを
クラスタライズさせる。アノテーション分類のためのテ
キスト情報とは、キーワードで検索した際に、関連する
遺伝子群との相関性を示唆するものである。具体的に
は、タンパク質分解に関係する遺伝子群をキーワードと
すれば、ユーザから提供された遺伝子情報を、上記テキ
スト情報に基づく分類から特定のタンパク質分解に寄与
する遺伝子群との関連性を与えるものである。さらに、
ユーザにより提供された遺伝子情報と、ユーザの選択し
た予め分類されたゲノムデータベースに属する遺伝子と
を基に、後述するように、演算ユニット４０にて、遺伝
子の発現頻度を計算させる。
【００５２】本発明により提供される生理現象関連遺伝
子情報に含まれる遺伝子の発現頻度とは、遺伝子の発現
の度合いをユーザの選択したゲノムデータベースに従
い、その分類されたゲノムデータベースに含まれる遺伝
子の中で、どのくらい発現しているという割合を指標す
るものである。また、本発明により提供される生理現象
関連遺伝子情報には、ユーザが注目する遺伝子の塩基配
列リストをも含まれる。
子情報に含まれる遺伝子の発現頻度とは、遺伝子の発現
の度合いをユーザの選択したゲノムデータベースに従
い、その分類されたゲノムデータベースに含まれる遺伝
子の中で、どのくらい発現しているという割合を指標す
るものである。また、本発明により提供される生理現象
関連遺伝子情報には、ユーザが注目する遺伝子の塩基配
列リストをも含まれる。
【００５３】次に、遺伝子の発現頻度の計算方法を説明
する。
する。
【００５４】遺伝子の発現頻度は、ユーザの選択した予
め分類されたゲノムデータベース５１、５３、５５に基
づき、その分類毎の遺伝子の数ｆとし、ユーザの実験に
供した全遺伝子の数をｇとし、さらにユーザ選択のゲノ
ムデータベースに属する遺伝子の数ｎとすると、今着目
している遺伝子がユーザの選択した分類にｋだけ含まれ
るとした場合、発現頻度Ｐは、
め分類されたゲノムデータベース５１、５３、５５に基
づき、その分類毎の遺伝子の数ｆとし、ユーザの実験に
供した全遺伝子の数をｇとし、さらにユーザ選択のゲノ
ムデータベースに属する遺伝子の数ｎとすると、今着目
している遺伝子がユーザの選択した分類にｋだけ含まれ
るとした場合、発現頻度Ｐは、
【００５５】
【数７】 により計算され、遺伝子の発現頻度のデフォルト値を得
ることができる。
ることができる。
【００５６】上記Ｐ値が大きいほど、有意と解釈され、
ユーザは、選択した分類とユーザから提供された遺伝子
情報との関連性が得られる。具体的には、上記計算の結
果得られたＰ値としては、２０以上、好ましくは４以上
ならば有意の値である。
ユーザは、選択した分類とユーザから提供された遺伝子
情報との関連性が得られる。具体的には、上記計算の結
果得られたＰ値としては、２０以上、好ましくは４以上
ならば有意の値である。
【００５７】仮に、Ｐ値が４以下ならば、ユーザが前記
ｎ値を変化させることにより、Ｐ値が４以上の値となる
ように、Ｐ値のデフォルト値を最適化させることができ
る。前記ｎ値を変化させることにより、下記の式に従
い、
ｎ値を変化させることにより、Ｐ値が４以上の値となる
ように、Ｐ値のデフォルト値を最適化させることができ
る。前記ｎ値を変化させることにより、下記の式に従
い、
【００５８】
【数８】 ユーザから提供された遺伝子情報と生理現象とのより近
接する関連性を得ることができる。
接する関連性を得ることができる。
【００５９】上記のようにして計算されたＰ値及び最適
化Ｐ値は、ユーザ毎にユーザデータ管理ユニットに保存
される。ユーザデータユニットは、さらに課金手段を備
えており、上記Ｐ値を提供するにあたり、予め登録した
ユーザに対して、関連遺伝子情報の提供に関する費用を
請求する。デフォルト又は最適化Ｐ値を提供するあた
り、ユーザに要望により、関連遺伝子情報のリストをも
提供することが可能である。
化Ｐ値は、ユーザ毎にユーザデータ管理ユニットに保存
される。ユーザデータユニットは、さらに課金手段を備
えており、上記Ｐ値を提供するにあたり、予め登録した
ユーザに対して、関連遺伝子情報の提供に関する費用を
請求する。デフォルト又は最適化Ｐ値を提供するあた
り、ユーザに要望により、関連遺伝子情報のリストをも
提供することが可能である。
【００６０】以下、図３のフローチャートを参照して、
本発明の生理現象関連遺伝子情報の提供装置の動作につ
いて説明する。
本発明の生理現象関連遺伝子情報の提供装置の動作につ
いて説明する。
【００６１】生理現象関連遺伝子情報の提供装置２０
は、ユーザからの遺伝子情報の提供を受け、ユーザデー
タが入力される（Ｓ１０）。ユーザは事前に登録されて
おり、本発明の生理現象関連遺伝子情報の提供を受ける
資格の有することは、既に前記装置２０にて確認したも
のとする。
は、ユーザからの遺伝子情報の提供を受け、ユーザデー
タが入力される（Ｓ１０）。ユーザは事前に登録されて
おり、本発明の生理現象関連遺伝子情報の提供を受ける
資格の有することは、既に前記装置２０にて確認したも
のとする。
【００６２】ユーザから提供を受けた遺伝子情報は、各
遺伝子のアクセッション番号が確認される（Ｓ２０）。
このアクセッション番号とは、GenBankのものを利用す
る。
遺伝子のアクセッション番号が確認される（Ｓ２０）。
このアクセッション番号とは、GenBankのものを利用す
る。
【００６３】次に、工程３０にて、ユーザは生理現象関
連遺伝子群の予め分類させたゲノムデータベースを選択
する。上記ゲノムデータベースの分類には、前記したよ
うに、３種類の分類が存在する。
連遺伝子群の予め分類させたゲノムデータベースを選択
する。上記ゲノムデータベースの分類には、前記したよ
うに、３種類の分類が存在する。
【００６４】ユーザからの遺伝子情報の提供と、ユーザ
選択のゲノムデータベースに基づき、演算ユニットに
て、ユーザ提供の遺伝子情報とユーザ選択のゲノムデー
タベースに属する遺伝子との照合を行う（Ｓ４０）。そ
の照合の結果、前記遺伝子情報に含まれる遺伝子と、前
記選択されたゲノムデータベースに属する遺伝子とが一
致した遺伝子の数をカウントする。その一致した遺伝子
のカウント数を基に、上記の式（Ｉ）により遺伝子の発
現頻度のデフォルト値を計算させる（Ｓ５０）。
選択のゲノムデータベースに基づき、演算ユニットに
て、ユーザ提供の遺伝子情報とユーザ選択のゲノムデー
タベースに属する遺伝子との照合を行う（Ｓ４０）。そ
の照合の結果、前記遺伝子情報に含まれる遺伝子と、前
記選択されたゲノムデータベースに属する遺伝子とが一
致した遺伝子の数をカウントする。その一致した遺伝子
のカウント数を基に、上記の式（Ｉ）により遺伝子の発
現頻度のデフォルト値を計算させる（Ｓ５０）。
【００６５】その計算結果を一度ユーザに出力する。つ
まり、ユーザの表示装置の表示させる。その際の表示
は、前記したように、ユーザが選択したゲノムデータベ
ースの数に応じて、２次元若しくは３次元で表示され
る。
まり、ユーザの表示装置の表示させる。その際の表示
は、前記したように、ユーザが選択したゲノムデータベ
ースの数に応じて、２次元若しくは３次元で表示され
る。
【００６６】ユーザは自分が注目する遺伝子を選択し、
その結果を観察し、満足のいくものであれば、本発明の
生理現象関連遺伝子情報の提供は終了する（Ｓ８０）。
その結果を観察し、満足のいくものであれば、本発明の
生理現象関連遺伝子情報の提供は終了する（Ｓ８０）。
【００６７】しかし、その結果を基に、さらに他のゲノ
ムデータベースで生理現象と関連した情報を入手したけ
れば、工程Ｓ９０にて別のゲノムデータベースを選択
し、工程Ｓ３０に戻り、同じ手続きにより演算を行わせ
て、情報提供を受けることができる。
ムデータベースで生理現象と関連した情報を入手したけ
れば、工程Ｓ９０にて別のゲノムデータベースを選択
し、工程Ｓ３０に戻り、同じ手続きにより演算を行わせ
て、情報提供を受けることができる。
【００６８】また、ゲノムデータベースの変更を望ま
ず、同じ選択したゲノムデータベースに属する遺伝子の
数をユーザが自由に選択することにより、上記の式（Ｉ
Ｉ）により、得られた遺伝子の発現頻度のデフォルト値
を最適化させることも可能である（Ｓ１００）。その
際、通常、前記遺伝子の数を減らす、つまり遺伝子を絞
り、ユーザは生理現象とのより一層の関連性を求める。
ず、同じ選択したゲノムデータベースに属する遺伝子の
数をユーザが自由に選択することにより、上記の式（Ｉ
Ｉ）により、得られた遺伝子の発現頻度のデフォルト値
を最適化させることも可能である（Ｓ１００）。その
際、通常、前記遺伝子の数を減らす、つまり遺伝子を絞
り、ユーザは生理現象とのより一層の関連性を求める。
【００６９】本発明によれば、ユーザ提供の遺伝子情報
を適当な記録媒体に記録し、予め分類されたゲノムデー
タベースを比較データとして用いることができる。記録
する記録媒体としては、磁気テープ、ＣＤ−ＲＯＭ、Ｉ
Ｃカード、ＲＡＭなどあらゆるタイプの記録媒体が挙げ
られる。具体的には、ユーザからの被検試料に含まれる
遺伝子のアクセッション番号を確認する。ユーザの選択
したゲノムデータベースに属する遺伝子とユーザからの
遺伝子情報に含まれる遺伝子とを照合し、同じであれ
ば、ユーザに被検試料中に含まれる遺伝子の数を計数す
る。
を適当な記録媒体に記録し、予め分類されたゲノムデー
タベースを比較データとして用いることができる。記録
する記録媒体としては、磁気テープ、ＣＤ−ＲＯＭ、Ｉ
Ｃカード、ＲＡＭなどあらゆるタイプの記録媒体が挙げ
られる。具体的には、ユーザからの被検試料に含まれる
遺伝子のアクセッション番号を確認する。ユーザの選択
したゲノムデータベースに属する遺伝子とユーザからの
遺伝子情報に含まれる遺伝子とを照合し、同じであれ
ば、ユーザに被検試料中に含まれる遺伝子の数を計数す
る。
【００７０】次いで、その遺伝子の数を利用して、上記
の式（Ｉ）により遺伝子の発現頻度を計算する。
の式（Ｉ）により遺伝子の発現頻度を計算する。
【００７１】以上の手順を実行させるプログラムを記録
させた記録媒体は、生理現象関連遺伝子情報の提供には
有用である。当該プログラムは、ユーザから入力された
遺伝子情報のアクセッション番号を確認させる手順と、
生理現象関連ゲノムデータベースを構成する生理現象関
連遺伝子群を予め分類させたゲノムデータベースを選択
させる手順と、前記選択されたゲノムデータベースに属
する遺伝子と前記遺伝子情報に含まれる遺伝子とを照合
させる手順と、前記照合結果に基づき、前記ゲノムデー
タベースに属する遺伝子と前記遺伝子情報に含まれる遺
伝子とが一致した遺伝子の数をカウントし、前記遺伝子
の数を用いて上記の式（Ｉ）により遺伝子の発現頻度の
デフォルト値を計算させる手順とを含む。
させた記録媒体は、生理現象関連遺伝子情報の提供には
有用である。当該プログラムは、ユーザから入力された
遺伝子情報のアクセッション番号を確認させる手順と、
生理現象関連ゲノムデータベースを構成する生理現象関
連遺伝子群を予め分類させたゲノムデータベースを選択
させる手順と、前記選択されたゲノムデータベースに属
する遺伝子と前記遺伝子情報に含まれる遺伝子とを照合
させる手順と、前記照合結果に基づき、前記ゲノムデー
タベースに属する遺伝子と前記遺伝子情報に含まれる遺
伝子とが一致した遺伝子の数をカウントし、前記遺伝子
の数を用いて上記の式（Ｉ）により遺伝子の発現頻度の
デフォルト値を計算させる手順とを含む。
【００７２】ユーザからの被検試料の遺伝子を、上記プ
ログラムがインストールされたコンピュータを用いて解
析することにより、生理現象関連遺伝子情報を提供する
ことが可能となる。
ログラムがインストールされたコンピュータを用いて解
析することにより、生理現象関連遺伝子情報を提供する
ことが可能となる。
【００７３】さらに、当該プログラムには、前記遺伝子
の発現頻度のデフォルト値を計算させる手順の後に、ユ
ーザの選択した前記ゲノムデータベースに属する遺伝子
の数をユーザの選択に応じて変化させて、上記の式（Ｉ
Ｉ）により、前記遺伝子の発現頻度のデフォルト値を最
適化させた最適化値を計算させる手順を含む。これによ
り、より一層関連性のある生理現象関連遺伝子情報を提
供することが可能となる。
の発現頻度のデフォルト値を計算させる手順の後に、ユ
ーザの選択した前記ゲノムデータベースに属する遺伝子
の数をユーザの選択に応じて変化させて、上記の式（Ｉ
Ｉ）により、前記遺伝子の発現頻度のデフォルト値を最
適化させた最適化値を計算させる手順を含む。これによ
り、より一層関連性のある生理現象関連遺伝子情報を提
供することが可能となる。
【００７４】
【実施例】以下に実施例を挙げて本発明をさらに説明す
るが、本発明は以下の実施例に限定されるものではな
い。
るが、本発明は以下の実施例に限定されるものではな
い。
【００７５】［実施例１］試験動物であるマウスに薬剤
を投与させた。薬剤は既知のものでも、まだその薬剤の
働きが完全に解明されていなくてもかまわない。投与後
２４時間経過後に、前記マウスを死滅させ、両側海馬を
取りだし、直ちに凍結保存した。次いで、凍結サンプル
１ｇからPoly(A)+mRNAを約２μｇを抽出した。その後、
逆転写酵素によってｃＤＮＡを合成し、インビトロ転写
によってビオチン標識されたｃＤＮＡを調製した。標識
ｃＲＮＡをＭｇ２+存在下で熱処理することによって、
約５０merのサイズに断片化した。内部標準を標識後、
標品に添加し、GeneChip Mu6500（アフィメトリックス
社製）に注入した。オーブン中でハイブリダイゼーショ
ン後、Fluidicステーション中で洗浄した。GeneArrayス
キャナーでチップの情報を取り込んだ。得られたデータ
をバイオインフォーマティクスのシステムを用いて処理
し、ユーザは関心のある遺伝子情報を入手した。
を投与させた。薬剤は既知のものでも、まだその薬剤の
働きが完全に解明されていなくてもかまわない。投与後
２４時間経過後に、前記マウスを死滅させ、両側海馬を
取りだし、直ちに凍結保存した。次いで、凍結サンプル
１ｇからPoly(A)+mRNAを約２μｇを抽出した。その後、
逆転写酵素によってｃＤＮＡを合成し、インビトロ転写
によってビオチン標識されたｃＤＮＡを調製した。標識
ｃＲＮＡをＭｇ２+存在下で熱処理することによって、
約５０merのサイズに断片化した。内部標準を標識後、
標品に添加し、GeneChip Mu6500（アフィメトリックス
社製）に注入した。オーブン中でハイブリダイゼーショ
ン後、Fluidicステーション中で洗浄した。GeneArrayス
キャナーでチップの情報を取り込んだ。得られたデータ
をバイオインフォーマティクスのシステムを用いて処理
し、ユーザは関心のある遺伝子情報を入手した。
【００７６】その後、本発明の生理現象関連遺伝子情報
の提供装置に、前記遺伝子情報を通信ネットワークを介
して送信した。その際に、ユーザはマウスの脳の虚血に
関連し、塩基配列に基づいて分類されたゲノムデータベ
ースを選択した。本発明による前記装置の解析の結果を
図４に示す。
の提供装置に、前記遺伝子情報を通信ネットワークを介
して送信した。その際に、ユーザはマウスの脳の虚血に
関連し、塩基配列に基づいて分類されたゲノムデータベ
ースを選択した。本発明による前記装置の解析の結果を
図４に示す。
【００７７】図４から、塩基配列に基づて予め分類され
たゲノムデータベースのクラスター（ＣＬ）１から３０
に着目し、ユーザからの遺伝子情報に含まれる遺伝子と
の照合の結果、各ＣＬに含まれるユーザ提供の遺伝子の
数が、クラスター構成遺伝子数に記載されている。本図
をユーザの端末に表示した。その中で、トランスポータ
関連遺伝子の数と、GeneBank登録のアクセション番号が
示されている。図４には、各ＣＬのトランスポータ関連
遺伝子が、ＲＮＡ合成、タンパク質分解、細胞接着因
子、ＤＮＡの複製、神経伝達、筋肉収縮に関係する遺伝
子の発現頻度が示され、ＣＬ５のトランスポータ関連遺
伝子がタンパク質分解と関連性があることが示唆され
る。
たゲノムデータベースのクラスター（ＣＬ）１から３０
に着目し、ユーザからの遺伝子情報に含まれる遺伝子と
の照合の結果、各ＣＬに含まれるユーザ提供の遺伝子の
数が、クラスター構成遺伝子数に記載されている。本図
をユーザの端末に表示した。その中で、トランスポータ
関連遺伝子の数と、GeneBank登録のアクセション番号が
示されている。図４には、各ＣＬのトランスポータ関連
遺伝子が、ＲＮＡ合成、タンパク質分解、細胞接着因
子、ＤＮＡの複製、神経伝達、筋肉収縮に関係する遺伝
子の発現頻度が示され、ＣＬ５のトランスポータ関連遺
伝子がタンパク質分解と関連性があることが示唆され
る。
【００７８】図４は、塩基配列に基づて予め分類された
ゲノムデータベースを一つ選択したが、塩基配列だけで
なく、アミノ酸配列に基づて予め分類されたゲノムデー
タベースと及びアノテーション分類にためのテキスト情
報に基づて分類されたゲノムデータベースとを利用し
て、３つの座標軸に基づいて解析することも可能であ
る。
ゲノムデータベースを一つ選択したが、塩基配列だけで
なく、アミノ酸配列に基づて予め分類されたゲノムデー
タベースと及びアノテーション分類にためのテキスト情
報に基づて分類されたゲノムデータベースとを利用し
て、３つの座標軸に基づいて解析することも可能であ
る。
【発明の効果】上述の如く、本発明によれば、ユーザ提
供の遺伝子情報を生理現象関連遺伝子情報の提供装置に
提示し、ユーザの関心のある分類に基づき、生理現象関
連遺伝子情報の提供を行うことが可能である。
供の遺伝子情報を生理現象関連遺伝子情報の提供装置に
提示し、ユーザの関心のある分類に基づき、生理現象関
連遺伝子情報の提供を行うことが可能である。
【図１】本発明の一つの実施例による生理現象関連遺伝
子情報の提供装置を、通信ネットワークを介してユーザ
と接続した構成を示す図である。
子情報の提供装置を、通信ネットワークを介してユーザ
と接続した構成を示す図である。
【図２】本発明による生理現象関連遺伝子情報の提供装
置の構成の例を説明する図である。
置の構成の例を説明する図である。
【図３】本発明による生理現象関連遺伝子情報の提供に
おけるフローチャートを示す。
おけるフローチャートを示す。
【図４】本発明による生理現象関連遺伝子情報の提供に
おける、一つの実施例の結果を示す図である。
おける、一つの実施例の結果を示す図である。
１０１〜１０ｎ ユーザ端末 ２０ 生理現象関連遺伝子情報の提供装
置 ３０ ユーザデータ管理ユニット ４０ 演算ユニット ５０ 生理現象ゲノムデータベース ５１、５３、５５ 予め分類されたゲノムデータベー
ス ５２、５４、５６ タグ付けエンジン ６０ ゲノムデータベースセレクタ
置 ３０ ユーザデータ管理ユニット ４０ 演算ユニット ５０ 生理現象ゲノムデータベース ５１、５３、５５ 予め分類されたゲノムデータベー
ス ５２、５４、５６ タグ付けエンジン ６０ ゲノムデータベースセレクタ
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｇ０１Ｎ 33/566 33/566 37/00 １０２ 37/00 １０２ Ｇ０６Ｆ 17/60 １２６Ｚ Ｇ０６Ｆ 17/60 １２６ 19/00 ６００ 19/00 ６００ Ｃ１２Ｎ 15/00 Ｆ (72)発明者 小松 文明 埼玉県川口市幸町３−10−２ 株式会社バ イオ医療情報内 Ｆターム(参考） 4B024 AA11 AA19 AA20 BA80 CA01 HA14 HA19 4B029 AA07 AA23 FA15 5B075 KK07 KK13 KK33 KK37 ND03 ND20 ND22 ND34 NR02 NR12 PP30 PQ02 PQ20 PQ36 UU19
Claims (15)
- 【請求項１】 ユーザからの遺伝子情報に対して、遺伝
子の発現頻度を含む生理現象関連遺伝子情報を提供する
生理現象関連遺伝子情報の提供装置であって、 ユーザからの前記遺伝子情報を受けるユーザデータ管理
ユニットと、 複数の生理現象関連遺伝子群からなり、各生理現象関連
遺伝子群を予め分類させたゲノムデータベースを有する
生理現象関連ゲノムデータベースと、 前記分類されたゲノムデータベースに基づき、ユーザか
ら提供された前記遺伝子情報を照合し、前記分類された
ゲノムデータベースに属する遺伝子と一致する前記遺伝
子情報に含まれる遺伝子の数をカウントして遺伝子の発
現頻度を計算する計算手段を有する演算ユニットとを含
み、 前記ユーザデータ管理ユニットは前記演算ユニットにて
計算されたデータをユーザ毎に保存する保存手段と、前
記遺伝子の発現頻度を含む生理現象関連遺伝子情報を出
力する出力手段とを有することを特徴とする、生理現象
関連遺伝子情報の提供装置。 - 【請求項２】 前記生理現象関連遺伝子群は、マウスの
脳の虚血に関連する遺伝子群と、ラットの肝臓の虚血に
関連する遺伝子群と、ラットの皮膚の虚血に関連する遺
伝子群と、アポトーシスに関連する遺伝子群とからなる
ことを特徴とする、請求項１に記載の生理現象関連遺伝
子情報の提供装置。 - 【請求項３】 前記ゲノムデータベースの分類には、塩
基配列に基づいた分類と、アミノ酸配列に基づいた分類
と、アノテーション分類のためのテキスト情報に基づい
た分類とを含むことを特徴とする、請求項１に記載の生
理現象関連遺伝子情報の提供装置。 - 【請求項４】 前記予め分類されたゲノムデータベース
はユーザにより選択可能であることを特徴とする、請求
項１に記載の生理現象関連遺伝子情報の提供装置。 - 【請求項５】 前記ユーザデータ管理ユニットは前記生
理現象関連ゲノムデータベースの各分類のゲノムデータ
ベースが有するタグ付けエンジンと接続し、よって生理
現象関連遺伝子群に関係なく、ユーザによりゲノムデー
タベースが選択可能であることを特徴とする、請求項１
に記載の生理現象関連遺伝子情報の提供装置。 - 【請求項６】 通信ネットワークを介してユーザ端末と
接続していることを特徴とする、請求項１に記載の生理
現象関連遺伝子情報の提供装置。 - 【請求項７】 前記ユーザデータ管理ユニットは、前記
出力に対して料金を徴収する課金手段とをさらに含むこ
とを特徴とする、請求項１に記載の生理現象関連遺伝子
情報の提供装置。 - 【請求項８】 前記生理現象関連遺伝子情報には、注目
する遺伝子の塩基配列リストを含むことを特徴とする、
請求項１記載の生理現象関連遺伝子情報の提供装置。 - 【請求項９】 ユーザからの遺伝子情報に対して、遺伝
子の発現頻度を含む生理現象関連遺伝子情報の提供方法
であって、 ユーザから提供された遺伝子情報のアクセッション番号
を確認する確認工程と、 ユーザが生理現象関連ゲノムデータベースを構成する生
理現象関連遺伝子群の予め分類されているゲノムデータ
ベースを選択する選択工程と、 ユーザから提供された前記遺伝子情報に含まれる遺伝子
と、ユーザが選択した前記ゲノムデータベースに属する
遺伝子とを照合する照合工程と、 前記照合工程の結果、前記遺伝子情報に含まれる遺伝子
と前記選択されたゲノムデータベースに属する遺伝子と
が一致した遺伝子の数をカウントするカウント工程と、 前記遺伝子の数を用いて下記の式に従い、 【数１】 遺伝子の発現頻度のデフォルト値を計算する計算工程
と、 前記計算された遺伝子の発現頻度のデフォルト値をユー
ザに出力する出力工程と、を含むことを特徴とする生理
現象関連遺伝子情報の提供方法。 - 【請求項１０】 前記計算工程後に、ユーザが選択した
前記ゲノムデータベースに属する遺伝子の数をユーザの
選択に応じて変化させて、下記の式に従い、 【数２】 前記遺伝子の発現頻度のデフォルト値を最適化させて最
適値を計算させる最適化工程をさらに含む、請求項９に
記載の生理現象関連遺伝子情報の提供方法。 - 【請求項１１】 前記生理現象関連遺伝子群は、マウス
の脳の虚血に関連する遺伝子群と、ラットの肝臓の虚血
に関連する遺伝子群と、ラットの皮膚の虚血に関連する
遺伝子群と、アポトーシスに関連する遺伝子群とからな
ることを特徴とする、請求項９に記載の生理現象関連遺
伝子情報の提供方法。 - 【請求項１２】 前記ゲノムデータベースの分類には、
塩基配列に基づいた分類と、アミノ酸配列に基づいた分
類と、アノテーション分類のためのテキスト情報に基づ
いた分類とを含むことを特徴とする、請求項９に記載の
生理現象関連遺伝子情報の提供方法。 - 【請求項１３】 通信ネットワークを介してユーザ端末
と接続していることを特徴とする、請求項９に記載の生
理現象関連遺伝子情報の提供方法。 - 【請求項１４】 ユーザから入力された遺伝子情報に含
まれる遺伝子のアクセッション番号を確認させる手順
と、 生理現象関連ゲノムデータベースを構成する生理現象関
連遺伝子群を予め分類させたゲノムデータベースをユー
ザにより選択させる手順と、 前記選択されたゲノムデータベースに属する遺伝子と前
記遺伝子情報に含まれる遺伝子とを照合させる手順と、 前記照合結果に基づき、前記ゲノムデータベースに属す
る遺伝子と前記遺伝子情報に含まれる遺伝子とが一致し
た遺伝子の数をカウントし、前記遺伝子の数を用いて下
記の式に従い、 【数３】 遺伝子の発現頻度のデフォルト値を計算させる手順と、
をコンピュータに実行させるプログラムを記録した、コ
ンピュータ読取り可能な記録媒体。 - 【請求項１５】 前記遺伝子の発現頻度のデフォルト値
を計算させる手順の後に、ユーザの選択した前記ゲノム
データベースに属する遺伝子の数をユーザの選択に応じ
て変化させて、下記の式に従い、 【数４】 前記遺伝子の発現頻度のデフォルト値を最適化させた最
適化値を計算させる手順を、さらに実行させる請求項１
４に記載の記録媒体。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2000384200A JP3440270B2 (ja) | 2000-12-18 | 2000-12-18 | 生理現象関連遺伝子情報の提供装置、その提供方法及びその提供を行うためのプログラムを格納した記録媒体 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2000384200A JP3440270B2 (ja) | 2000-12-18 | 2000-12-18 | 生理現象関連遺伝子情報の提供装置、その提供方法及びその提供を行うためのプログラムを格納した記録媒体 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2002183153A true JP2002183153A (ja) | 2002-06-28 |
| JP3440270B2 JP3440270B2 (ja) | 2003-08-25 |
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ID=18851717
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2000384200A Expired - Fee Related JP3440270B2 (ja) | 2000-12-18 | 2000-12-18 | 生理現象関連遺伝子情報の提供装置、その提供方法及びその提供を行うためのプログラムを格納した記録媒体 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JP3440270B2 (ja) |
Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JPWO2004046996A1 (ja) * | 2002-11-18 | 2006-03-16 | 株式会社日立製作所 | 塩基配列関連情報を用いた情報処理システム |
| US7912650B2 (en) | 2001-05-25 | 2011-03-22 | Hitachi, Ltd. | Information processing system using nucleotide sequence-related information |
| JP2013024880A (ja) * | 2011-07-22 | 2013-02-04 | Sysmex Corp | 分析システム、分析装置およびサーバコンピュータ |
| JP2018077886A (ja) * | 2012-07-06 | 2018-05-17 | ナント ホールディングス アイピー，エルエルシー | ヘルスケア解析ストリーム管理 |
-
2000
- 2000-12-18 JP JP2000384200A patent/JP3440270B2/ja not_active Expired - Fee Related
Cited By (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
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