JP2002181821A - 複数検査多重化用懸濁液およびその懸濁液を用いた複数検査多重化方法 - Google Patents

複数検査多重化用懸濁液およびその懸濁液を用いた複数検査多重化方法

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Abstract

(57)【要約】 【課題】 複数検査多重化用懸濁液およびその懸濁液を
用いた複数検査多重化方法に関し、複数種類の検査を並
行して行うことにより、時間的、空間的に効率的に処理
を行うことができるとともに、各種類間の検査に同一の
条件を設定することができるので、高い信頼性のある検
査を行うことができる複数検査多重化用懸濁液およびそ
の懸濁液を用いた複数検査多重化方法を提供することを
目的とする。 【解決手段】 各検査種類間で相互に識別可能となるよ
うに標識物質で標識化された複数検査種類の検出用物質
群と、各検査種類の検査の内容に応じて検査種類ごとに
前記標識化検出体と結合しまたは結合しないように選ば
れた複数検査種類の結合物質群を、各検査種類ごとに有
する複数検査種類の微粒子群とを含む懸濁液であって、
前記検査種類ごとに、塩基微粒子による標識化検出体の
保持の有無またはその程度を検出することによって、複
数検査種類の検査が前記懸濁液を用いて並行に行われる
ように構成する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、複数検査多重化用
懸濁液およびその懸濁液を用いた複数検査多重化方法に
関する。本発明は、特に、遺伝子、免疫系、タンパク
質、アミノ酸、糖等の生体高分子に関する検査、解析、
分析が要求される分野、例えば、工学分野、食品、農
産、水産加工等の農学分野、薬学分野、衛生、保健、免
疫、疾病、遺伝等の医学分野、化学もしくは生物学等の
理学分野等、あらゆる分野に関係するものである。
【0002】本発明は、特に、遺伝子の変異解析、多型
解析、マッピング、塩基配列解析、発現解析等において
適した複数検査多重化用懸濁液およびその懸濁液を用い
た複数検査多重化方法に関する。
【0003】
【従来の技術】従来、遺伝子プローブ(標識化された特
定のDNAまたはRNA配列)分析を行うために、遺伝
子増幅技術(例えばPCR)を用いて目的の遺伝子配列
を増幅し、ハイブリダイゼーション・ライゲーション検
出法を用いて、ターゲット配列にハイブリダイズされた
プローブの配列が分離され且つ検出されるようにするこ
とにより(例えば、プローブは磁性粒子とアクリジニウ
ムエスエルの組み合わせを含有する)特定の配列が存在
するか否かを決定するものがあった(特表平9−510
878号)。
【0004】この方法は、詳しくは、ターゲットポリ核
酸配列を同定する方法であって、(a)2種類のプロー
ブがライゲーションされたときに、それらのプローブ
が、前記ターゲットポリ核酸の予想配列の一部または全
部に相補的であるようにし、該プローブの一方は、その
プローブが反応混合物から容易に分離され得るようにす
る部分に結合され、さらに、他方のプローブは、ラベル
に結合されるようにし、(b)該プローブをターゲット
ポリ核酸と混合することにより、それらのプローブが該
ターゲットポリ核酸にハイブリダイズするようにし、
(c)ライゲーション用試薬を添加し、(d)反応混合
物を変成することにより、ターゲットポリ核酸からプロ
ーブが分離されるようにし、(e)分離を容易にする前
記部分を利用して、プローブを分離し、さらに、(f)
分離後のプローブを分析して該プローブに前記ラベルが
結合されているか否かを決定するものである。
【0005】
【発明が解決しようとする課題】ところで、上記の遺伝
子プローブ分析方法にあっては、分析は、常に1種類の
塩基配列の検査に限られるものである。そのために、複
数の分析を行うには、上記の方法を、各種類ごとに別途
行う必要がある。そのために、各種類ごとに、容器や、
反応物質や、試薬の多種類を大量に用意する必要や、各
検査毎に容器等を洗浄する必要や、恒温装置等の設備が
必要になったり、各種類ごとに処理を順次行う必要があ
り、処理時間を長く必要とし、また、大きな処理空間や
処理設備を必要とすることになるという問題点を有して
いた。
【0006】また、各種類の検査ごとに種々の手間がか
かるため、処理が煩雑になり、使用者に大きな手間がか
かるという問題点をも有していた。
【0007】さらに、各処理ごとに異なる懸濁液や試薬
等を種類間でクロスコンタミネーションが生じないよう
に用意する必要があるので、処理の管理に大きな手間が
かかることになるという問題点を有していた。
【0008】そこで、本発明は、以上の問題点を解決す
るためになされたものであり、第1の目的は、複数種類
の検査をまとめて並行して行うことにより、その処理時
間のみならず、その作業空間を省き、効率的に処理を行
うことができる複数検査多重化用懸濁液およびその懸濁
液を用いた複数検査多重化方法を提供することである。
【0009】第2の目的は、複数種類の検査をまとめて
並行して行うことにより、各検査ごとには微小な量であ
っても、それらをまとめてバルクな量を扱うことによっ
て、より扱いやすく使い勝手の良い複数検査多重化用懸
濁液およびその懸濁液を用いた複数検査多重化方法を提
供することである。
【0010】第3の目的は、複数種類の検査をまとめて
並行して行うことにより、各検査における共通に必要と
する試薬等の物品や、温度等の環境等の設備、人手を節
約し、検査コストを低下させることができる複数検査多
重化用懸濁液およびその懸濁液を用いた複数検査多重化
方法を提供することである。
【0011】第4の目的は、複数種類の検査をまとめて
並行して行うことにより、各種類の検査に同一の条件を
設定することが可能となり、各種類間で同一条件での検
査結果の比較を行うことができ、これによって各種類間
の本質的な相違点の発見や、信頼性のある精度の高い検
査結果を得ることができる複数検査多重化用懸濁液およ
びその懸濁液を用いた複数検査多重化方法を提供するこ
とである。
【0012】第5の目的は、特に、遺伝物質の塩基配列
の決定等のように大量の情報を得る必要があるために、
多数の単純な処理を繰り返す必要があるような検査や処
理に適した複数検査多重化用懸濁液およびその懸濁液を
用いた複数検査多重化方法を提供することである。
【0013】
【課題を解決するための手段】以上の課題を解決するた
めに、第1の発明は、各検査種類間で相互に識別可能と
なるように標識化された複数検査種類の標識化検出体群
と、各検査種類の検査内容に応じて検査種類ごとに前記
標識化検出体と結合しまたは結合しないように選ばれた
複数検査種類の結合物質を、各検査種類ごとに有する複
数検査種類の微粒子群とを含む懸濁液であって、前記検
査種類ごとに、前記微粒子による前記標識化検出体の保
持の有無またはその程度を検出することによって、複数
検査種類の検査が前記懸濁液を用いて並行して行われる
複数検査多重化用懸濁液である。
【0014】ここで、「検査種類」とは、並行して行お
うとする複数の検査の種類をいう。検査種類は、例え
ば、検査対象物の種類、同一検査対象物における検査部
位の種類によって区別することができる。
【0015】また、「標識化検出体」とは、標識化され
た検出体であり、「検出体」とは、検出に用いられる微
小な固体であって、各検査種類ごとに前記懸濁液中に多
数含まれる。「標識化」は、例えば標識物質と結合する
ことによって行う。標識物質は、光学物質のみならず、
種々の瞬時に定量可能な他の物理量、化学量をもつ物質
によって行っても良い。「保持の程度」は、保持量の多
少、すなわち検出の際の標識の程度を意味し、標識化が
光学的に行われる場合には、例えば光の強度である。
「結合物質を有する」態様としては、結合物質が結合
し、結合物質が付着し、もしくは固定し、結合物質を吸
着し、結合物質を微粒子の表面にコーティングしている
場合、または他物質を媒介にして結合物質を有する場合
を含む。
【0016】本発明によれば、各微粒子ごとに前記結合
物質を介して保持された前記標識化検出体による標識化
の状態を検出しまた検出できないことによって、その標
識によって識別しようとする検査種類を特定し、その検
査種類について種々の情報を容易に得ることができる。
【0017】第2の発明は、第1の発明において、前記
各検査種類の前記標識化検出体は各検査種類の標識物質
とのみ結合することによって標識化され、各検査種類ご
との標識物質の全体は、所定の種類が所定の量比含まれ
たものであって、その種類またはその量比は、各検査種
類ごとに相互に識別可能となるように異なる複数検査多
重化用懸濁液である。ここで、「標識物質」には、例え
ば、蛍光物質等の発光物質、電磁波を発する物質、磁場
を発する物質、電荷をもつ物質等がある。
【0018】第3の発明は、第2の発明において、各検
査種類ごとの標識物質の全体は、各検査種類ごとに前記
標識化検出体の略全てに分配され、1個の標識化検出体
は1種類の標識物質とのみ結合したものである複数検査
多重化用懸濁液である。
【0019】第4の発明は、第1の発明ないし第3の発
明のいずれかにおいて、複数検査種類の検査対象物の構
造の当否を検査する場合には、前記標識化検出体群は、
その検査種類ごとに異なるように標識化された前記検査
対象物群であり、前記結合物質群はその標識化検査対象
物が所定構造を持つ場合のみ結合しうる物質である。
「検査対象物」には遺伝物質、免疫系、タンパク質、ア
ミノ酸、糖等の生体高分子等を含む。
【0020】第5の発明は、第1の発明ないし第3の発
明のいずれかにおいて、各検査種類における検査対象物
の未知の構造の決定を行う検査の場合には、前記標識化
検出体は、未知の前記構造が存在する場合にのみ、前記
結合物質との結合が予想され、相互に異なるように標識
化されたら既知の複数種類の構造体であって、前記結合
物質と結合した該既知の構造体から前記未知の構造の決
定を行う複数検査多重化用懸濁液である。
【0021】第6の発明は、第1の発明ないし第3の発
明のいずれかにおいて、複数検査種類の検査対象物の存
在の有無、またはその存在の程度を検査する場合には、
前記標識化検出体および結合物質は、前記検査対象物を
介してのみ互いに結合するように選ばれた物質である。
【0022】第7の発明は、第4の発明において、遺伝
物質の複数検査種類の所定検査部位の構造の当否を検査
する場合には、前記標識化検出体は、各々、一本鎖の検
査部位が1検査種類ずつ含まれるように切断され、か
つ、標識化されたDNA断片等の遺伝物質であり、各検
査種類の前記結合物質は、正常なまたは異常な構造であ
れば、前記遺伝物質の前記検査部位と結合しまたは結合
しないように選ばれた一本鎖の塩基配列を有する遺伝物
質である。
【0023】第8の発明は、第4の発明または第6の発
明のいずれかにおいて、所定の固定化部位を有する複数
検査種類のタンパク質の所定の検査部位についての構造
の当否、その存在の有無またはその存在の程度を検査す
る場合には、前記標識化検出体は、前記タンパク質であ
って、前記検査部位と特異的に結合しまたは結合しない
ように選ばれた物質を介して前記標識物質で各複数検査
種類毎に相互に識別可能となるように標識化され、前記
結合物質は、前記固定化部位と特異的に結合するように
選ばれた物質である。「物質」には、例えば抗体を含
む。
【0024】第9の発明は、第6の発明において、複数
検査種類の所定塩基配列をもつ遺伝物質について、未知
のDNAを懸濁するDNA抽出液中での存在の有無、ま
たは存在の程度を検査する場合には、前記標識化検出体
群は、各検査種類ごとに多数含まれ、各検査種類ごとに
識別可能となるように標識化され、各検査種類ごとに該
当する塩基配列の合成、増幅を開始する既知の多数の複
数検査種類のプライマー群であり、前記結合物質は、そ
のプライマー群と対をなす複数検査種類のプライマー群
である。
【0025】第10の発明は、第5の発明において、変
異が予想される変異部位を有する遺伝物質の塩基配列を
決定する検査の場合には、前記標識化検出体の各構造体
は、前記プライマーの3’末端もしくはその近傍であっ
て前記変異部位に相当する位置において変異もしくは挿
入が予想される塩基若しくは塩基配列を有しまたは相当
する塩基もしくは塩基配列を有しないプライマーであっ
て、その構造の異なるものを互いに識別可能に標識化さ
せたものであり、前記結合物質は、前記プライマーの
3’末端もしくはその近傍もしくは上流側に離れた前記
変異部位に相当する位置において変異もしくは挿入が予
想される塩基もしくは塩基配列を有しまたは相当する塩
基もしくは塩基配列を有しないプライマーであり、前記
微粒子は、前記構造ごとに前記標識化されたプライマー
を前記プライマーを介して保持する複数検査多重化懸濁
液である。
【0026】ここで、「プライマーの3’末端もしくは
その近傍」としたのは、プライマーの3’末端から離れ
れば離れるほど、その変異部位に相当する位置における
塩基または塩基配列がPCR法による合成、増幅におけ
る影響が小さくなり、その塩基または塩基配列の相違に
拘わらず合成、増幅されるおそれがあるからである。ま
た、「相当する塩基もしくは塩基配列を有しない」と
は、検査対象であるDNAの対応する位置に欠失が存在
する場合のプライマーを意味する。
【0027】第11の発明は、第1の発明ないし第10
の発明のいずれかにおいて、前記微粒子は、磁場等によ
り遠隔操作可能となる複数検査多重化用懸濁液である。
【0028】第12の発明は、第1の発明、第4の発明
または第6の発明のいずれかにおいて、前記標識化検出
体は、複数の検査部位をもつ二本鎖のDNAを、各検査
部位ごとに認識部位と切断部位とにある塩基が重複せ
ず、PCRプライマーに影響を及ぼさない程度に離れて
いるTypeII S制限酵素認識配列を3’末端の上流
側に設けるとともに、標識化された複数検査種類のプラ
イマーと、それと対をなす複数検査種類のプライマーと
を用いてTypeII S制限酵素で処理することによっ
て得られた一端が標識化され、他端に検査部位の突出末
端を有するDNA断片である。
【0029】ここで、「各検査部位ごとに認識部位と切
断部位とにある塩基が重複せず、PCRプライマーに影
響を及ぼさない程度に離れている」とは、好ましくは1
0塩基以上離れている場合をいう。理想的には、20〜
30塩基程度離れているのが良い。しかし、現在知られ
ているTypeII S制限酵素では、最大10〜20塩
基程度である。
【0030】第13の発明は、各検査種類間で相互に識
別可能となるように標識化された複数検査種類の標識化
検出体群を生成する生成工程と、少なくとも、生成され
た複数検査種類の標識化検出体群、および、各検査種類
の検査の内容に応じて検査種類ごとに前記標識化検出体
と結合しまたは結合しないように選ばれた複数検査種類
の結合物質を、各検査種類ごとに有する複数検査種類の
微粒子群を、液中に懸濁させて処理を行う処理工程と、
前記検査種類ごとに、前記微粒子による標識化検出体の
保持の有無またはその程度を検出する検出工程とを有す
ることによって、複数検査種類の検査を並行して行う複
数検査多重化方法である。
【0031】第14の発明は、第13の発明において、
前記生成工程は、各検査種類ごとに、多数の検出体と、
所定の種類が所定の量比含まれた各検査種類の標識物質
とを液中に懸濁させて結合させる工程を有し、前記種類
またはその量比は、各検査種類ごとに相互に識別可能と
なるように異なる複数検査多重化方法である。
【0032】第15の発明は、第14の発明において、
前記生成工程において、各検査種類の標識物質の全体
は、各検査種類ごとの前記標識化検出体の略全てに分配
され、1個の前記標識化検出体は1種類の標識物質との
み結合する工程を有する複数検査多重化方法である。
【0033】第16の発明は、第13の発明ないし第1
5の発明のいずれかにおいて、複数検査種類の検査対象
物の構造の当否を検査する場合には、前記生成工程にお
いて、前記標識化検出体は、各々前記検査対象物を標識
化したものであり、前記検査工程において、前記結合物
質はその検査対象物が所定構造をもつ場合のみ結合しう
る物質である。
【0034】第17の発明は、第13の発明ないし第1
5の発明のいずれかにおいて、各検査種類における検査
対象物の未知の構造の決定を行う検査の場合には、前記
生成工程において、前記標識化検出体は、未知の前記構
造が存在する場合にのみ、前記結合物質との結合が予想
される既知の複数種類の構造体であって、相互に異なる
ように標識化されたものであり、前記結合物質と結合し
た前記既知の構造体から前記未知の構造を決定する複数
検査多重化方法である。
【0035】第18の発明は、第13の発明ないし第1
5の発明のいずれかにおいて、前記検査対象物の存在の
有無および存在の程度を検査する場合には、前記生成工
程および前記検査工程における前記検出体および結合物
質は、前記検査対象物が存在する場合のみ互いに結合す
るように選ばれた物質であり、前記処理工程において
は、前記検査対象物をも懸濁する複数検査多重化方法で
ある。
【0036】第19の発明は、第13の発明ないし第1
5の発明のいずれかにおいて、遺伝物質の複数検査種類
の所定検査部位の構造の当否を検査する場合には、生成
工程において、前記標識化検出体として一本鎖の検査部
位が1検査種類ずつ含まれるように切断され、かつ、標
識化されたDNA断片等の遺伝物質を生成し、各検査種
類の前記結合物質は、正常または異常な構造であれば、
前記遺伝物質の前記検査部位と結合しまたは結合しない
ように選ばれた一本鎖の塩基配列を有する遺伝物質であ
る複数検査多重化方法である。
【0037】第20の発明は、第16の発明において、
前記生成工程は、複数検査種類の検査部位をもつ二本鎖
のDNAと、各検査種類ごとに、一端に結合した標識物
質で標識化され、プライマーの3’末端の下流側にある
検査部位が突出末端となる切断部位をもつTypeII
S制限酵素の認識部位が挿入されたプライマー群と、そ
れと対をなすプライマー群と、を混合してPCRにより
2本鎖DNA断片を増幅する増幅工程と、増幅された前
記DNA断片をTypeII S制限酵素で処理すること
によって、前記標識化検出体として、他端に検査部位の
突出末端を有するDNA断片を生成する酵素反応工程と
を有し、前記処理工程は、各検査種類毎に、前記標識化
検出体の突出末端の塩基配列が正常型である場合に結合
可能な塩基配列をもつ突出末端を有するDNA断片を有
する複数検査種類の微粒子群、および前記標識化検出体
を液中に懸濁して混合しライゲーション反応を行う複数
検査多重化方法である。
【0038】第21の発明は、第18の発明において、
前記生成工程は、各検査種類ごとに識別可能となるよう
に標識化され、各検査種類ごとに、未知の多数のDNA
を懸濁するDNA抽出液中にその塩基配列が存在するか
否かの検査の対象となる既知の複数検査種類のDNA合
成を開始するプライマー群と、それと対をなす複数検査
種類のプライマー群を各検査種類ごとに多数有する微粒
子とを、未知の多数のDNAを懸濁するDNA抽出液中
に懸濁してPCR法により増幅する増幅工程を有する複
数検査多重化方法である。
【0039】第22の発明は、第17の発明において、
各検査種類における変異が予想される変異部位を有する
遺伝物質の塩基配列を決定する検査の場合には、前記増
幅工程は、前記標識化検出体の各構造体として、前記プ
ライマー3’末端もしくはその近傍であって前記変異部
位に相当する位置において変異もしくは挿入が予想され
る塩基もしくは塩基配列を有しまたは相当する塩基もし
くは塩基配列を有しないプライマーであって、その構造
が異なるものを互いに識別可能に標識化させ、前記結合
物質は、前記プライマーの3’末端もしくはその近傍も
しくは上流側に離れた前記変異部位に相当する位置にお
いて変異もしくは挿入が予想される塩基もしくは塩基配
列を有しまたは相当する塩基もしくは塩基配列を有しな
いプライマーを多数有する微粒子とを、未知の多数のD
NAを懸濁するDNA抽出液中に懸濁してPCR法によ
り増幅する複数検査多重化方法である。
【0040】第23の発明は、第13の発明ないし第1
5の発明のいずれかにおいて、所定の固定化部位を有す
る複数検査種類のタンパク質の所定の検査部位について
の構造の当否、その存在の有無またはその存在の程度を
検査する場合には、前記生成工程および前記処理工程に
おける前記標識化検出体は、複数検査種類のタンパク質
であって、前記検査部位と特異的に結合しまたは結合し
ないように選ばれた物質を介して前記標識物質で各複数
検査種類毎に相互に識別可能となるように標識化され、
前記結合物質は、前記固定化部位と特異的に結合するよ
うに選ばれた物質である複数検査多重化方法である。な
お、以上の第13から第23の発明において、前記微粒
子は、例えば、磁性粒子を有し、磁場等により遠隔操作
可能となるものが好ましい。
【0041】
【発明の実施の形態】本発明の実施の形態に係る複数検
査多重化用懸濁液、およびその懸濁液を用いた複数検査
多重化方法を、図面に基づいて以下に説明する。なお、
この実施の形態は特に指定のない限り本発明を制限する
ものと解してはならない。
【0042】図1は、第1の実施の形態に係るその懸濁
液を用いた複数検査多重化方法を示すものである。図1
(a)に示すように、本実施の形態では、例えば、一人
の患者から抽出した遺伝物質である特定の二本鎖の検体
DNA11の複数箇所の検査部位12、13にある塩基
配列をもつ各検査対象の構造が予想される構造と一致す
るか否か、すなわち構造の当否の検査を行うものであ
る。
【0043】前記「検査種類」とは、ここでは検体DN
A11上の位置およびその塩基配列が異なる検査部位1
2、13の種類を意味する。この例では、説明上簡単の
ため、2種類の前記検査部位12、13のみを示し、ま
た、各検査部位12、13の塩基数は2塩基の場合のみ
を示しているが、この種類数およびこの塩基数に限定さ
れるものではない。
【0044】図1(a)は、さらに、一端が2つの種類
の標識物質14、15のどちらかのみと結合し、3’末
端の上流側に設けられ前記検査部位12に切断部位をも
つように、認識部位と切断部位にある塩基とが10塩基
以上離れたTypeII S制限酵素認識配列16を含有
するプライマー17からなるプライマー群18を有す
る。
【0045】また、このプライマー17と対をなし、標
識化のされていないプライマー20からなるプライマー
群21を有している。ここで、前記標識物質14、15
は例えば種類の異なる2種類の蛍光物質である。蛍光物
質には、例えば、FITC(フルオレッセイン イソチ
オシアネート)、ローダミン、イソチオシアネート、I
RD40,Cy3等の誘起物質またはユウロピウム錯体
等の無機物質がある。
【0046】前記検査部位13に対しても、同様にし
て、標識化がされ、前記TypeIIS制限酵素認識配列
を含有するプライマー19からなるプライマー群22を
有する。また、このプライマー19と対をなし、標識化
のされていないプライマー23からなるプライマー群2
4を有する。
【0047】ここで、前記プライマー群18では、前記
標識物質14と結合したプライマー17と、標識物質1
5と結合したプライマー17との量比(各プライマーに
標識物質が略均等に分配されるとすれば、個数比に略相
当する)とは、2対1である。それに対して、プライマ
ー群22では、前記標識物質14と結合したプライマー
19と、標識物質15と結合したプライマー19との量
比は、1対2である。
【0048】次に、図1(b)において、これらの検体
DNA11、プライマー群18およびプライマー群2
1、プライマー群22、およびプライマー群24を混合
し、PCRを実行する。
【0049】すると、図1(b)に示すように、標識化
されたプライマー側末端の近傍にTypeII S制限酵
素認識部位を有する2種類の二本鎖DNA断片群25、
26が並行して合成される。
【0050】次に、図1(c)に示すように、増幅され
た前記DNA断片群25、26をTypeII S制限酵
素で処理することによって、末端に標識物質を有し、他
端に検査部位12の突出末端6を有する多数のDNA断
片からなるDNA断片群27、同様に、他端に検査部位
13の突出末端28を有する多数のDNA断片からなる
DNA断片群29が生成される。このDNA断片群2
7、29が前記複数検査種類の標識化検出体群に相当す
る。以上説明した、図1(a),(b),(c)の各工
程が、前記生成工程に対応する。
【0051】次に、図1(d)に示すように、前記結合
物質として、末端に突出末端30を有するDNA断片3
1を有する微粒子32を用意する。このDNA断片31
の突出末端30は、前記検査部位12の塩基配列が正常
型(検査部位12が正常であった場合にはGAとする)で
あった場合には、それと相補的な突出末端を有する(T
C)。
【0052】これを多数集めたものが前記検査部位12
に対応する微粒子群36である。同様にして、前記結合
物質として、末端に突出末端33をもつDNA断片34
を有する微粒子35を用意する。このDNA断片34の
突出末端33は、前記検査部位13の塩基配列が正常型
(検査部位13が正常であった場合にはACとする)であ
った場合には、それと相補的な突出末端を有する(GT)。
これを多数集めたものが前記検査部位13に対応する微
粒子群37である。なお、前記微粒子32、35には、
各々同種のDNA断片31、34のみを有している。
【0053】図1(c)で生成された,DNA断片群2
7、29と、前記図1(d)において生成された前記微
粒子群36、37を混合し、ライゲーション反応を行
う。これにより、いずれの検査部位12、13も正常型
である場合には、前記微粒子群36、37の各々が有す
る多数の結合物質であるDNA断片31およびDNA断
片34は、各々標識化検出体である多数のDNA断片群
27およびDNA断片群29と結合する。この図1
(d)が前記処理工程に対応する。
【0054】その結合は、多数の物質同士でランダムに
行われるため、統計的誤差を除き検出体の前記標識物質
14および前記標識物質15との量比が維持された状態
で、結合可能な結合物質と結合する。この誤差は、個数
が増加すればするほど小さくなる。
【0055】したがって、図1(e)に示すように、各
々標識物質14および標識物質15は、各検査種類毎に
異なる量比、すなわち、F1:F2=2:1,およびF
1:F2=2:1に限りなく近いいずれかの状態で標識
化された複合粒子38および複合粒子39が得られるこ
とになる。
【0056】一方、いずれかの検査部位12、13が変
異型である場合(dでの配列と異なる場合)には、それ
ぞれ、各複合粒子38または複合粒子39は検出されな
いことになる。
【0057】したがって、1本の反応容器中で上記の反
応を行い、フローサイトメータで検出を行うことによ
り、2種類以上の変異部位を同時に検出することが可能
である。このフローサイトメータによる検出が、前記検
出工程に相当する。
【0058】以上の実施の形態の説明では、検査部位1
2のまたは検査部位13の構造(各々AT,CA)が正常か異
常かであるかを調べるのみであった。もし、各検査部位
12、検査部位13の構造をも特定しようとするのであ
れば、前記構造体として予想される全検査部位の構造に
対応する塩基配列の組み合わせを、前記プライマー群1
8の3’末端またはその近傍に含むプライマー群18を
形成し、相互に識別可能とするように標識化したものを
各検査部位(12、13)ごとに全て互いに異なるよう
に標識化したものを用いることによって行うことができ
る。
【0059】また、以上の説明で用いられた2塩基突出
は、例えばFok I等のTypeII S制限酵素による4塩
基突出末端など、3塩基以上の突出末端を用いることが
可能である。例えば、4塩基突出末端の場合には、異な
る配列として認識が可能な場合の数は256種類とな
り、同時に検出可能な変異部位ある変異からなる検出の
種類の数を増加させることができる。
【0060】続いて、第2の実施の形態に係る複数検査
多重化用懸濁液、およびその懸濁液を用いた複数検査多
重化方法を、図2に基づいて説明する。本実施の形態
は、食品等に汚染されている複数の微生物種の存在を、
その微生物種毎に、1本の反応容器中で反応させること
によって検出するものである。
【0061】図2(a)で、複数の微生物種を含むと予
想される含微生物試料40を用意する。図2(b)にお
いて、この含微生物試料40から、その含微生物試料4
0に含有されている様々な未知の各種検体DNA(DN
A(1)、DNA(2)、DNA(3)等)41を抽出する。
【0062】次に、図2(c)に示すように、前記含微
生物試料40に含有されているか否かの検査の対象とな
る検査対象物が、例えば、2種類(もちろん、3種類以
上の微生物種であっても良い)の微生物種であるとす
る。この2種類が前記検査種類に相当する。
【0063】また、第1の微生物種および第2の微生物
種に各々特有となるように、前記2種類の標識物質を結
合することによって標識化(コード化)されたプライマ
ー43、46を用意する。前記プライマー43、46
は、例えば、一端が2種類の標識物質(例えば蛍光物
質)42、44の一方のみと結合したものを多数用意
し、各々プライマー群45とプライマー群47とする。
このプライマー群45、47が標識化された複数検査種
類の標識化検出体群に相当する。
【0064】但し、プライマー群45では、前記標識物
質42と結合したプライマー43と、標識物質44と結
合したプライマー43との量比(各プライマーに標識物
質が略均等に分配されるとすれば、個数比に略相当す
る)は、2対1である。それに対して、プライマー群4
7では、前記標識物質42と結合したプライマー46
と、標識物質44と結合したプライマー46との量比
は、1対2として互いに異なるように標識化する。この
標識化を行うまでの工程である図2(c)は前記生成工
程に相当する。
【0065】前記結合物質として、前記プライマー4
3、46と対をなすプライマー48、49を微粒子5
0、51に各々固定化されたものを用意する。その際、
同一の前記微粒子50または微粒子51には、同一の配
列を有するプライマー48、またはプライマー49のみ
が固定化されるようにした多数の微粒子50、51から
なる2検査種類の微粒子群52、53を用意する。
【0066】次に、これらのプライマー群45、47お
よび微粒子群52、53を懸濁させた懸濁液に、検査対
象物として図2(b)で示した抽出されたDNA試料を
混合し、PCRを行う。すると、前記試料中に、第1の
微生物種および第2の微生物種が存在していた場合に
は、PCR法により、前記微粒子50、51が有するプ
ライマー48、49と標識化されたプライマー43、4
6によって、図2(d)に示すように標識化された二本
鎖のDNA断片が形成される。
【0067】多数のプライマー43、46と多数のプラ
イマー48、49による二本鎖の形成はランダムに行わ
れるため、統計的誤差を除き標識化検出体の前記標識物
質42および前記標識化検出体の前記標識物質44との
量比が維持された状態で二本鎖が形成される。
【0068】この誤差は、個数が増加すればするほど小
さくなる。したがって、図2(d)に示すように、各々
標識物質42および標識物質44は、各微生物種毎に異
なる量比、すなわち、F1:F2=2:1、およびF
1:F2=2:1に限りなく近いいずれかの状態で標識
化された複合粒子54、55が得られることになる。し
たがって、フローサイトメータを用いた分析によって、
前記量比を検出することによって、これらの複合粒子5
4、55の存在を確認することができる。
【0069】この図2(d)(e)が前記処理工程に相
当し、前記フローサイトメータによる分析が前記検出工
程に相当する。
【0070】一方、いずれかの微生物種が前記試料中に
存在しない場合には、それぞれ、各複合粒子54または
複合粒子55は検出されないことになる。
【0071】続いて、第3の実施の形態に係る複数検査
多重化用懸濁液およびその懸濁液を用いた複数検査多重
化方法を図3に基づいて説明する。
【0072】この実施の形態では、試料中に存在する複
数の異なるタンパク質について、それぞれ構造の変異を
有するか否かの検査を1個の容器中での反応によって可
能とするものである。
【0073】図3(a)に示すように、ヒト等の組織よ
り、タンパク質(P1)60および異なる種類のタンパ
ク質(P2)63を含む粗抽出液を用意する。
【0074】各タンパク質60、63には、後述する微
粒子群77、79に固定化されるべき所定の固定化部位
61、64と、変異があるか否かの構造の当否、もしく
はそれが存在するか否か、またはどのくらい存在するか
否かの存在の程度の検査の対象となる部位である検査部
位62、65とを有する。
【0075】図3(b)に示すように、タンパク質6
0、63の前記検査部位62、65が正常型である場合
に、その検査部位62、65と特異的に結合する標識化
された多数の抗体68、70からなる抗体群69、71
を示す。
【0076】各抗体群69では、前記標識物質66と結
合した抗体68と、標識物質67と結合した抗体68と
の個数の比は、2対1である。それに対して、抗体群7
1では、前記標識物質66と結合した抗体70と、前記
標識物質67と結合した抗体70との個数の比は、1対
2である。
【0077】次に、これらのタンパク質60、63を、
抗体群69、71が懸濁されている懸濁液中に投入して
混合し、反応させる。
【0078】すると図3(c)に示すように、タンパク
質60によって、前記標識物質66、67が2対1とな
るように標識化されたタンパク質群72が得られ、タン
パク質63によって、標識物質66、67が1対2とな
るように標識化されたタンパク質群73が得られる。こ
のタンパク質群72、73は前記標識化検出体群に相当
する。すなわち、図3(a),(b),(c)が前記生
成工程に相当する。
【0079】一方、図3(d)に示すように、前記結合
物質として、前記固定化部位61、64と結合可能な多
数の抗体76、78を多数の微粒子74、75に固定化
させた微粒子群77、79を用意する。但し、同一の粒
子には、同一の抗体のみが固定化されるようにする。
【0080】次にその微粒子群77、79が懸濁する懸
濁液中に、前記標識化されたタンパク質群72、73を
懸濁させて混合する。もし、前記タンパク質60、63
の検査部位62、65が正常型である場合には、図3
(e)に示すような、標識化された複合粒子80、81
が形成される。
【0081】多数の抗体68、71と、多数のタンパク
質60、63との結合はランダムに行われるため、統計
的誤差を除き検出体の前記標識物質66および前記検出
体の前記標識物質67との量比が維持された状態で複合
粒子80、81が形成される。この誤差は、個数が増大
すればする程小さくなる。
【0082】したがって、図3(e)に示すように、各
々標識物質66および67は、各タンパク質毎に異なる
量比、すなわち、F1:F2=2:1、およびF1:F
2=2:1に限りなく近いいずれかの状態で標識化され
ることになる。したがって、フローサイトメータを用い
た1粒子ごとに、前記量比を検出することによって、こ
れらの複合粒子80、81の存在を確認することができ
る。この図3(d)(e)の工程が前記処理工程に相当
し、フローサイトメータによる検出が前記検出工程に相
当する。
【0083】さらに、第3の実施の形態に係る複数検査
多重化用懸濁液およびその懸濁液を用いた複数検査多重
化方法の他の例として、前記抗体68、70に代えて、
発癌に関連するタンパク質の変異した検査部位に特異的
に結合する抗体68、70を選択し、変異の有無によっ
て結合の可否が決定されるようにする。
【0084】この例では、そのような抗体群によって結
合された各複合粒子80、81の蛍光強度を測定するこ
とによって、変異された(発癌に関係する)タンパク質
の有無、そのタンパク質の種類間の量の相違や比若しく
は1タンパク質あたりの変異部位の個数の相違や比を検
出することができる。
【0085】第4の実施の形態に係る複数検査多重化用
懸濁液、およびその懸濁液を用いた複数検査多重化方法
を、図4に基づいて説明する。
【0086】本実施の形態は、第2の実施の形態とし
て、図2で説明した複数検査種類の所定塩基配列をもつ
遺伝物質に、変異が予想される変異部位を有する遺伝物
質が含まれている場合にその変異の構造をも特定するた
めのものである。
【0087】図4(a)は、説明の簡単のために、検体
DNA90に検査部位として1塩基の変異部位91が存
在する場合に、その構造を決定する方法を示す。
【0088】前記標識化検出体の各構造体として、プラ
イマー93の3’末端もしくはその近傍95、97であ
って前記変異部位91に相当する位置において変異が予
想される1塩基A,G,T,Cを各々有する(図4では
説明の簡単のためにAとGのみについて図示している)
多数のプライマー93からなる4種類のプライマー群9
6、98を液中に懸濁したものを用いる。
【0089】各A,G(T,C)を有する各プライマー
群96、98に属する各プライマー93は、1の種類の
標識物質92、94とのみ結合し、各種類ごとに、前記
標識物質92,94と結合した各プライマー群96、9
8は、予め定めた量比、例えば、プライマー群96につ
いては、F1:F2=2:1であり、プライマー群98
についてはF1:F2=1:2である。
【0090】なお、結合物質として、前記プライマー9
3と対をなすプライマー100を用いる。この多数のプ
ライマー100を有する多数の微粒子99は微粒子群1
01を構成する。
【0091】これらのプライマー群96、98、前記微
粒子群101を液中に懸濁させて、PCR法により増幅
し、前記プライマー群96、98のいずれかと結合して
微粒子99に形成された複合体を検出することによっ
て、前記変異部位91の構造を特定することができる。
【0092】図4(b)は、2種類の検体DNA(1)1
02,検体DNA(2)111の各々に変異部位103、
112(説明の簡単上、1塩基の構造をもつとする)が
ある場合に、その変異部位の構造の当否を決定するもの
である。
【0093】本例では、標識化検出体として、標識化さ
れたプライマー105、109とを用意する。前記プラ
イマー105、109は、例えば、一端が2種類の標識
物質(例えば蛍光物質)92、94の一方のみと結合し
たものを多数用意し、各々プライマー群104と、プラ
イマー群110とする。
【0094】プライマー群104では、前記標識物質9
2と結合したプライマー105と、標識物質94と結合
したプライマー105との個数の比は、1対2であり、
標識物質92と結合したプライマー109と、標識物質
94と結合したプライマー109との個数の比は2対1
として互いに異なるように標識化する。
【0095】また、前記結合物質としては、前記プライ
マー105、109と各々対をなすプライマー106、
113であり、その3’末端もしくはその近傍107、
117の前記変異部位103、112に相当する位置に
おいて、変異が予想される1塩基A、Gを各々もつ多数
のプライマー106、113を有する2種類の微粒子9
9からなる微粒子群108、115を用意する。
【0096】この前記プライマー群104、110、検
体DNA(1)102,DNA(2)111、微粒子群10
8、115を液中に懸濁させてPCR法で増幅させる。
その結果、前記DNA(1)またはDNA(2)の変異部位1
03、112が該当する塩基を有する場合のみフローサ
イトメータで前記量比を持った蛍光が観測され、前記変
異部位の構造の当否を決定することができる。
【0097】図4(c)は、説明の簡単のために、検体
DNA121に検査部位として1塩基の変異部位122
が存在する場合に、その構造を決定する方法を示す。
【0098】前記標識化検出体の各構造体として、プラ
イマー116の3’末端もしくはその近傍117、11
9であって、前記変異部位122に相当する位置11
7、119において変異が予想される変異が予想される
塩基A,G,T,C(説明の簡単のためA,Gのみ図
示)を各々有する多数のプライマー116からなる4種
類のプライマー群118、120を用いる。各プライマ
ー群118、120に属する各プライマー116は、1
の種類の標識物質92、94とのみ結合し、各種類ごと
に、前記標識物質92、94と結合した各プライマー群
118、120は、予め定めた量比、例えば、プライマ
ー群118については、F1:F2=2:1であり、プ
ライマー群120についてはF1:F2=2:1であ
る。
【0099】また、第1の微粒子群の例としては、前記
プライマー116と対をなし、その3’末端もしくはそ
の近傍の前記変異部位122に相当する位置124、1
25において、変異が予想される塩基A,G(T、C)
を有する多数のプライマー123を結合物質として用い
る。この多数のプライマー123を有する4種類の微粒
子99からなる微粒子群126、127を用いる。これ
らのプライマー群118、120、検体DNA121,
及び微粒子群126、127を液中に懸濁させてPCR
法により増幅を行うことにより、変異部位122の構造
に対応する蛍光強度比が検出されることになる。また、
全体としての強度を測定することにより、その変異部位
を有するDNAが試料中でどの程度の割合で存在するか
を解析することができる。
【0100】第2の微粒子群の例として、前記プライマ
ー116と対をなし、その3’末端もしくはその近傍の
前記変異部位122に相当する位置124、125にお
いて、変異が予想される塩基A,G(T、C)を有する
多数のプライマー123を結合物質として用いる。この
4種類の多数のプライマー123が同一量比となるよう
に有する1種類の微粒子99からなる微粒子群129を
用いる。これらのプライマー群118、120、検体D
NA121,及び微粒子群129を液中に懸濁させてP
CR法により増幅を行うことにより、変異部位122に
対応する蛍光強度比が検出されることになる。また、全
体としての強度を測定することにより、その変異部位を
有するDNAが試料中でどの程度の割合で存在するかを
解析することができる。
【0101】第3の微粒子群の例として、前記プライマ
ー116と対をなし、その3’末端から離れた内部にあ
って前記変異部位131に相当する位置131におい
て、適当な塩基、例えば、A(G、T、Cでも可、また
はイノシン)を有する1種類の多数のプライマー132
を結合物質として用いる。この多数のプライマー132
を有する微粒子99からなる微粒子群130を用いる。
この例では、変異部位に相当する位置が3’末端から離
れているので、その変異部位に相当する位置にくる塩基
または塩基配列はPCR法による増幅に大きな影響を与
えないので、結合物質を共通のものを用いることができ
る。したがって、第3の微粒子群を用いた場合には第1
の微粒子群の場合に比較して検査処理を簡単化すること
ができる。なお、第1の微粒子群および第3の微粒子群
を用いることによって、他のDNAが存在した状態での
並行検査が可能となる。
【0102】これらのプライマー群118、120、検
体DNA121,及び微粒子群130を液中に懸濁させ
てPCR法により増幅を行うことにより、変異部位12
2の構造に対応する蛍光強度比が検出されることにな
る。また、全体としての強度を測定することにより、そ
の変異部位を有するDNAが試料中でどの程度の割合で
存在するかを解析することができる。
【0103】以上の実施の形態は、本発明をより良く理
解させるために具体的に説明したものであって、別形態
を制限するものではない。したがって、発明の主旨を変
更しない範囲で変更可能である。例えば、以上の説明で
は、説明の便宜上、2検査種類の検査を、2種類の標識
化検出体を用いて検査を多並行して行い、2種類の標識
物質によって標識化したものについて説明したが、この
場合に限られず、3検査種類以上の検査、および3以上
の種類の標識物質を用いて検査を行うことができる。
【0104】以上の例では、標識物質が発光物質の場合
について説明したが、標識物質は、この例に限られず、
磁場、核スピン状態等、種々の瞬時に定量可能な物理量
をもつ物質であっても良い。また、発光物質であって
も、発光波長および発光強度のみならず、発光偏光度、
発光位相、発光寿命等を検出するようにしても良い。
【0105】以上の検査は、DNAに関する多型、微生
物種類の検査、タンパク質の変異に関する場合について
行われているが、これらの例に限られることなく、糖や
アミノ酸等に関する検査にも用いることができるのはい
うまでもない。
【0106】また、抗体以外にも、レクチン、その他の
タンパク質、低分子物質など、検査物質に特異的に結合
する物質を用いることができる。この場合、糖、脂質、
その他の低分子量および高分子量からなる、特異的結合
が可能な種々の物質の検査を行うことが可能である。
【0107】また、以上の例では、変異部位は1塩基ま
たは2塩基の変異の場合についてのみ説明したが、この
例に限られることなく、例えば、3以上の塩基からなる
塩基配列をもつ変異の場合、欠失、挿入がある場合につ
いても適用できることはいうまでもない。さらに、変異
部位の解析方法は、必ずしも複数検査種類の並行検査を
行う場合に限られず、1検査種類の検査のみを行う際に
も使用することができる。
【0108】
【発明の効果】第1の発明または第13の発明によれ
ば、複数検査種類の検査を多重化することによって並行
して実行することができる。したがって、処理時間を短
縮化し、かつ効率化することができるとともに、処理に
必要な作業面積を省略化し、使用する装置はコンパクト
なもので済むことになる。
【0109】また、各検査ごとには微小な量であって
も、それらをまとめてバルクな量を扱うことによって、
より扱いやすく使い勝手が良い。さらに、各検査におけ
る共通に必要とする試薬等の物品や、温度等の環境等の
設備、人手を節約し、検査コストを低下させることがで
きる。
【0110】さらに、各種類の検査に同一の条件を設定
することが可能となり、各種類間で同一条件での検査結
果の比較を行うことができる。これによって各種類間の
本質的な相違点の発見や、信頼性のある精度の高い検査
結果を得ることができる。また、遺伝物質の塩基配列の
決定等のように大量の情報を得る必要があるために、多
数の単純な処理を繰り返す必要があるような検査や処理
を効率的に行う場合に適している。
【0111】第2の発明または第14の発明によれば、
所定の種類が所定の量比含まれた標識物質が各検査種類
間で識別可能となるように異ならせることによって標識
化している。したがって、前述した効果の他に、少数の
種類の標識物質を用いて多数の検査種類間(例えば、数
百、数千、数万種以上)を識別することができるという
効果を奏する。また、各検査種類ごとに多数の関係物質
を懸濁させることによって容易にかつ統計誤差内の正確
で精密な標識化を実現することができる。
【0112】第3の発明または第15の発明によれば、
前述した効果の他に、各検出体ごとに1種類の種類の標
識物質とのみ結合するようにしている。したがって、量
比は個々の微粒子に特異的に結合した標識物質の検出強
度になるので、単に存在の有無のみならず、存在の程度
をも容易に検出することができる。
【0113】第4の発明または第16の発明は、前述し
た効果の他に、例えば、DNAの塩基配列等の構造につ
いて、高い信頼性をもって高い精度で決定することがで
きる。
【0114】第5の発明、第10の発明、第17の発明
または第22の発明によると、前述した効果の他に、複
数検査種類の検査対象物質の未知の構造をも高い精度で
決定することができる。
【0115】第6の発明または第18の発明は、前述し
た効果の他に、例えば、ある試料中に微生物種が存在す
るか否かに関する検査に適用しやすい。これによって、
大腸菌、O-157等の有無の検査を容易かつ確実に実行す
ることができる。
【0116】第7の発明または第19の発明は、前述し
た効果の他に、標識化検出体として、1種類のDNA等
の構造の当否の検査が行われる1本鎖の検査部位が含ま
れるように切断したものを用いている。したがって、D
NAの塩基配列にある複数の変異を並行して効率的にか
つ正確に特定することができる。
【0117】第8の発明または第23の発明によると、
前述した効果の他に、標識化検出体として、1種類のタ
ンパク質の構造の当否、その存在の有無、その存在の程
度の検査が行われるように、検査部位と結合しまたは結
合しないように選ばれた抗体群を介して標識物質で標識
化したものである。これによって、複数種類のタンパク
質の検査部位について、迅速かつ効率的にタンパク質の
変異型の検査を並行して行うことができる。
【0118】第9の発明または第21の発明によれば、
前述した効果の他に、複数検査種類の検査対象物である
未知のDNAが懸濁するDNA抽出液中に遺伝物質が存
在するか否かの検査を並行して迅速かつ効率的に行うこ
とができる。
【0119】第11の発明によれば、前述した効果の他
に、磁性粒子等の遠隔操作可能となる微粒子を用いるこ
とによって、処理を一層効率的かつ容易に行うことがで
きる。
【0120】第12の発明または第20の発明によれ
ば、前述した効果の他に、前記検出体として、複数の検
査部位をもつ二本鎖のDNAを、各検査部位ごとに認識
部位と切断部位とが10塩基対以上離れたTypeII
S制限酵素認識配列を3’末端の上流側に設けるととも
に、標識化された複数の検査種類のプライマーと、それ
と対をなす複数検査種類のプライマーとを用いてTyp
eII S制限酵素で処理することによって得られた一端
が標識化され、他端に検査部位の突出末端を有するDN
A断片である。本発明によれば、TypeII S制限酵
素認識配列を用いることによって、検査部位に悪影響を
与えることなく、任意の位置で二本鎖のDNAを切断す
ることができるので、多様性または汎用性のある検査を
行うことができる。
【図面の簡単な説明】
【図1】本発明の第1の実施の形態に係る懸濁液および
方法の説明図である。
【図2】本発明の第2の実施の形態に係る懸濁液および
方法の説明図である。
【図3】本発明の第3の実施の形態に係る懸濁液および
方法の説明図である。
【図4】本発明の第4の実施の形態に係る懸濁液および
方法の説明図である。
【符号の説明】
11、41、90、102、111、121…検体DN
A 12、13…検査部位 14、15、42、44、66、67、92、94…標
識物質(蛍光物質) 17、19、20、23、43、46、93、105、
109、116…プライマー 18、21、22、24、…プライマー群 25、26、…DNA断片群 31、34…DNA断片(結合物質) 27、29…DNA断片群(標識化検出体群) 32、35、50、51、74、75…微粒子 36、37、52、53、77、79…微粒子群 38、39、54、55、80、81…複合粒子 40…含微生物試料 45、47、96、98、104、110、118、1
20…プライマー群(標識化検出体群または構造体群) 48、49、100、106、113、123、132
…プライマー(結合物質) 60、63…タンパク質 61、64…固定化部位 62、65…検査部位 68、70…抗体 69、71…抗体群 72、73…タンパク質群(標識化検出体群) 76、78…抗体(結合物質)
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) G01N 33/566 C12N 15/00 A (74)上記2名の代理人 100075199 弁理士 土橋 皓 (72)発明者 町田 雅之 茨城県つくば市東1丁目1番3 工業技術 院生命工学工業技術研究所内 (72)発明者 萩原 央子 茨城県つくば市東1丁目1番3 工業技術 院生命工学工業技術研究所内 (72)発明者 田島 秀二 東京都稲城市矢野口1843番地1 プレシジ ョン・システム・サイエンス株式会社内 Fターム(参考) 4B024 AA19 CA01 CA04 CA09 FA10 HA13 HA19 4B063 QA01 QQ42 QQ52 QR32 QR55 QR62 QS03 QS22 QS32 QX02

Claims (23)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 各検査種類間で相互に識別可能となるよ
    うに標識化された複数検査種類の標識化検出体群と、 各検査種類の検査内容に応じて検査種類ごとに前記標識
    化検出体と結合しまたは結合しないように選ばれた複数
    検査種類の結合物質を、各検査種類ごとに有する複数検
    査種類の微粒子群とを含む懸濁液であって、 前記検査種類ごとに、前記微粒子による前記標識化検出
    体の保持の有無またはその程度を検出することによっ
    て、複数検査種類の検査が前記懸濁液を用いて並行して
    行われることを特徴とする複数検査多重化用懸濁液。
  2. 【請求項2】 前記各検査種類の前記標識化検出体は各
    検査種類の標識物質とのみ結合することによって標識化
    され、各検査種類ごとの前記標識物質の全体は、所定の
    種類が所定の量比含まれたものであって、その種類また
    はその量比は、各検査種類ごとに相互に識別可能となる
    ように異なることを特徴とする請求項1に記載の複数検
    査多重化用懸濁液。
  3. 【請求項3】 各検査種類ごとの標識物質の全体は、各
    検査種類ごとに前記標識化検出体の略全てに分配され、
    1個の標識化検出体は1種類の標識物質とのみ結合した
    ものであることを特徴とする請求項2に記載の複数検査
    多重化用懸濁液。
  4. 【請求項4】 複数検査種類の検査対象物の構造の当否
    を検査する場合には、前記標識化検出体群は、その検査
    種類ごとに異なるように標識化された前記検査対象物群
    であり、前記結合物質群はその標識化検査対象物群が所
    定構造をもつ場合のみ結合しうる物質であることを特徴
    とする請求項1ないし請求項3のいずれかに記載の複数
    検査多重化用懸濁液。
  5. 【請求項5】 各検査種類における検査対象物の未知の
    構造の決定を行う検査の場合には、前記標識化検出体
    は、未知の前記構造が存在する場合にのみ、前記結合物
    質との結合が予想され、相互に異なるように標識化され
    た既知の複数種類の構造体であって、前記結合物質と結
    合した該既知の前記構造体から前記未知の構造の決定を
    行うことを特徴とする請求項1ないし請求項3のいずれ
    かに記載の複数検査多重化用懸濁液。
  6. 【請求項6】 複数検査種類の検査対象物の存在の有
    無、またはその存在の程度を検査する場合には、前記標
    識化検出体および結合物質は、前記検査対象物を介して
    のみ互いに結合するように選ばれた物質であることを特
    徴とする請求項1ないし請求項3のいずれかに記載の複
    数検査多重化用懸濁液。
  7. 【請求項7】 遺伝物質の複数検査種類の所定検査部位
    の構造の当否を検査する場合には、前記標識化検出体
    は、各々、一本鎖の検査部位が1検査種類ずつ含まれる
    ように切断され、かつ、標識化されたDNA断片等の遺
    伝物質であり、各検査種類の前記結合物質は、正常また
    は異常な構造であれば、前記遺伝物質の前記検査部位と
    結合しまたは結合しないように選ばれた一本鎖の塩基配
    列を有する遺伝物質であることを特徴とする請求項4に
    記載の複数検査多重化用懸濁液。
  8. 【請求項8】 所定の固定化部位を有する複数検査種類
    のタンパク質の所定の検査部位についての構造の当否、
    その存在の有無またはその存在の程度を検査する場合に
    は、前記標識化検出体は、前記タンパク質であって、前
    記検査部位と特異的に結合しまたは結合しないように選
    ばれた物質を介して前記標識物質で各複数検査種類毎に
    相互に識別可能となるように標識化され、前記結合物質
    は、前記固定化部位と特異的に結合するように選ばれた
    物質であることを特徴とする請求項4または請求項6の
    いずれかに記載の複数検査多重化用懸濁液。
  9. 【請求項9】 複数検査種類の所定塩基配列をもつ遺伝
    物質について、未知のDNAを懸濁するDNA抽出液中
    での存在の有無、または存在の程度を検査する場合に
    は、前記標識化検出体群は、各検査種類ごとに多数含ま
    れ、各検査種類ごとに識別可能となるように標識化さ
    れ、各検査種類ごとに該当する塩基配列の合成、増幅を
    開始する既知の多数の複数検査種類のプライマー群であ
    り、 前記結合物質は、そのプライマー群と対をなす複数検査
    種類のプライマー群であることを特徴とする請求項6に
    記載の複数検査多重化用懸濁液。
  10. 【請求項10】 変異が予想される変異部位を有する遺
    伝物質の塩基配列を決定する検査の場合には、前記標識
    化検出体の各構造体は、前記プライマーの3’末端もし
    くはその近傍であって前記変異部位に相当する位置にお
    いて変異もしくは挿入が予想される塩基もしくは塩基配
    列を有しまたは相当する塩基もしくは塩基配列を有しな
    いプライマーであって、その構造の異なるものを互いに
    識別可能に標識化させたものであり、前記結合物質は、
    前記プライマーの3’末端もしくはその近傍もしくは上
    流側に離れた前記変異部位に相当する位置において変異
    もしくは挿入が予想される塩基もしくは塩基配列を有し
    または相当する塩基もしくは塩基配列を有しないプライ
    マーであり、前記微粒子は、前記構造ごとに前記標識化
    されたプライマーを前記プライマーを介して保持するこ
    とを特徴とする請求項5に記載の複数検査多重化懸濁
    液。
  11. 【請求項11】 前記微粒子は、磁場等により遠隔操作
    可能となるものであることを特徴とする請求項1ないし
    請求項10のいずれかに記載の複数検査多重化用懸濁
    液。
  12. 【請求項12】 前記標識化検出体は、複数の検査部位
    をもつ二本鎖のDNAを、各検査部位ごとに認識部位と
    切断部位とにある塩基が重複せず、PCRプライマーに
    影響を及ぼさない程度に離れているTypeII S制限
    酵素認識配列を3’末端の上流側に設けるとともに、標
    識化された複数検査種類のプライマーと、それと対をな
    す複数検査種類のプライマーとを用いてTypeII S
    制限酵素で処理することによって得られた一端が標識化
    され、他端に検査部位の突出末端を有するDNA断片で
    あることを特徴とする請求項1、請求項4または請求項
    6のいずれかに記載の複数検査多重化用懸濁液。
  13. 【請求項13】 各検査種類間で相互に識別可能となる
    ように標識化された複数検査種類の標識化検出体群を生
    成する生成工程と、少なくとも、生成された複数検査種
    類の標識化検出体群、および、各検査種類の検査の内容
    に応じて検査種類ごとに前記標識化検出体と結合しまた
    は結合しないように選ばれた複数検査種類の結合物質
    を、各検査種類ごとに有する複数検査種類の微粒子群
    を、液中に懸濁させて処理を行う処理工程と、前記検査
    種類ごとに、前記微粒子による標識化検出体の保持の有
    無またはその程度を検出する検出工程とを有することに
    よって、複数検査種類の検査を並行して行うことを特徴
    とする複数検査多重化方法。
  14. 【請求項14】 前記生成工程は、各検査種類ごとに、
    多数の検出体と、所定の種類が所定の量比含まれた各検
    査種類の標識物質とを液中に懸濁させて結合させる工程
    を有し、その種類またはその量比は、各検査種類ごとに
    相互に識別可能となるように異なるものであることを特
    徴とする請求項13に記載の複数検査多重化方法。
  15. 【請求項15】 前記生成工程において、各検査種類の
    標識物質の全体は、各検査種類ごとの前記標識化検出体
    の略全てに分配され、1個の前記標識化検出体は1種類
    の標識物質とのみ結合する工程を有することを特徴とす
    る請求項14に記載の複数検査多重化方法。
  16. 【請求項16】 複数検査種類の検査対象物の構造の当
    否を検査する場合には、前記生成工程において、前記標
    識化検出体は、各々前記検査対象物を標識化したもので
    あり、前記検出工程において、前記結合物質はその検査
    対象物が所定構造をもつ場合のみ結合しうる物質である
    ことを特徴とする請求項13ないし請求項15のいずれ
    かに記載の複数検査多重化方法。
  17. 【請求項17】 各検査種類における検査対象物の未知
    の構造の決定を行う検査の場合には、前記生成工程にお
    いて、前記標識化検出体は、未知の前記構造が存在する
    場合にのみ、前記結合物質との結合が予想される既知の
    複数種類の構造体であって、相互に異なるように標識化
    されたものであり、前記結合物質と結合した前記既知の
    構造体から前記未知の構想を決定することを特徴とする
    請求項13ないし請求項15のいずれかに記載の複数検
    査多重化方法。
  18. 【請求項18】 前記検査対象物の存在の有無および存
    在の程度を検査する場合には、前記生成工程および前記
    検査工程における前記標識化検出体および結合物質は、
    前記検査対象物が存在する場合のみ互いに結合するよう
    に選ばれた物質であり、前記処理工程においては、前記
    検査対象物をも懸濁して処理することを特徴とする請求
    項13ないし請求項15のいずれかに記載の複数検査多
    重化方法。
  19. 【請求項19】 遺伝物質の複数検査種類の所定検査部
    位の構造の当否を検査する場合には、生成工程におい
    て、前記標識化検出体として一本鎖の検査部位が1検査
    種類ずつ含まれるように切断され、かつ、標識化された
    DNA断片等の遺伝物質を生成し、各検査種類の前記結
    合物質は、正常または異常な構造であれば、前記遺伝物
    質の前記検査部位と結合しまたは結合しないように選ば
    れた一本鎖の塩基配列を有する遺伝物質であることを特
    徴とする請求項13ないし請求項15のいずれかに記載
    の複数検査多重化方法。
  20. 【請求項20】 前記生成工程は、複数検査種類の検査
    部位をもつ二本鎖のDNAと、各検査種類ごとに、一端
    に結合した標識物質で標識化され、プライマーの3’末
    端の下流側にある検査部位が突出末端となる切断部位を
    もつTypeII S制限酵素の認識部位が挿入されたプ
    ライマー群と、それと対をなすプライマー群と、を混合
    してPCRにより2本鎖DNA断片を増幅する増幅工程
    と、増幅された前記DNA断片をTypeII S制限酵
    素で処理することによって、前記標識化検出体として、
    他端に検査部位の突出末端を有するDNA断片を生成す
    る酵素反応工程とを有し、 前記処理工程は、各検査種類毎に、前記標識化検出体の
    突出末端の塩基配列が正常型である場合に結合可能な塩
    基配列をもつ突出末端を有するDNA断片を有する複数
    検査種類の微粒子群、および前記標識化検出体群を液中
    に懸濁して混合しライゲーション反応を行うものである
    ことを特徴とする請求項16に記載の複数検査多重化方
    法。
  21. 【請求項21】 前記生成工程は、各検査種類ごとに識
    別可能となるように標識化され、各検査種類ごとに、未
    知の多数のDNAを懸濁するDNA抽出液中にその塩基
    配列が存在するか否かの検査の対象となる既知の複数検
    査種類のDNA合成を開始するプライマー群と、それと
    対をなす複数検査種類のプライマー群を各検査種類ごと
    に多数有する微粒子とを、未知の多数のDNAを懸濁す
    るDNA抽出液中に懸濁してPCR法により増幅する増
    幅工程を有することを特徴とする請求項18に記載の複
    数検査多重化方法。
  22. 【請求項22】 各検査種類における変異が予想される
    変異部位を有する遺伝物質の塩基配列を決定する検査の
    場合には、前記増幅工程は、前記標識化検出体の各構造
    体として、前記プライマー3’末端もしくはその近傍で
    あって前記変異部位に相当する位置において変異もしく
    は挿入が予想される塩基もしくは塩基配列を有しまたは
    相当する塩基もしくは塩基配列を有しないプライマーで
    あって、その構造が異なるものを互いに識別可能に標識
    化させ、前記結合物質は、前記プライマーの3’末端も
    しくはその近傍もしくは上流側に離れた前記変異部位に
    相当する位置において変異もしくは挿入が予想される塩
    基もしくは塩基配列を有しまたは相当する塩基もしくは
    塩基配列を有しないプライマーを多数有する微粒子と
    を、未知の多数のDNAを懸濁するDNA抽出液中に懸
    濁してPCR法により増幅することを特徴とする請求項
    17に記載の複数検査多重化方法。
  23. 【請求項23】 所定の固定化部位を有する複数検査種
    類のタンパク質の所定の検査部位についての構造の当
    否、その存在の有無またはその存在の程度を検査する場
    合には、前記生成工程および前記処理工程における前記
    標識化検出体は、複数検査種類のタンパク質であって、
    前記検査部位と結合しまたは結合しないように選ばれた
    物質を介して前記標識物質で各複数検査種類毎に相互に
    識別可能となるように標識化され、前記結合物質は、前
    記固定化部位と特異的に結合するように選ばれた物質で
    あることを特徴とする請求項13ないし請求項15のい
    ずれかに記載の複数検査多重化方法。
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