JP2001508649A

JP2001508649A - Novel coding sequence from herpes simplex virus type 2

Info

Publication number: JP2001508649A
Application number: JP52166998A
Authority: JP
Inventors: エッサー，クラウス・マックス; チャン，ジョン・ワイ; ダブロースキー―アマラル，クリスティン・エレン; デルベッキオ，アルフレッド・マイケル; ディロン，スーザン・ビー; リアリー，ジェフリー・ジョゼフ; サットン，デイビッド
Original assignee: SmithKline Beecham Corp
Current assignee: SmithKline Beecham Corp
Priority date: 1996-11-04
Filing date: 1997-10-31
Publication date: 2001-07-03
Also published as: WO1998020016A1; EP0948508A1; CA2270282A1; EP0948508A4

Abstract

(57)【要約】本発明は、新規に同定されたＨＳＶ−２ポリヌクレオチドおよびかかるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド；かかるポリヌクレオチドおよびポリペプチドの使用、ならびにかかるポリヌクレオチドおよびポリペプチドの製造および該ポリヌクレオチドで形質転換された組換え宿主細胞に関する。また本発明は、かかるポリヌクレオチドまたはポリペプチドの生合成または作用の阻害、ならびに治療におけるかかる阻害剤の使用にも関する。 (57) [Summary] The present invention relates to newly identified HSV-2 polynucleotides and polypeptides encoded by such polynucleotides; the use of such polynucleotides and polypeptides; and the production and transformation of such polynucleotides and polypeptides. To a recombinant host cell. The invention also relates to inhibiting the biosynthesis or action of such polynucleotides or polypeptides, as well as the use of such inhibitors in therapy.

Description

【発明の詳細な説明】２型単純ヘルペスウイルス由来の新規コーディング配列発明の分野本発明は、新たに同定された２型単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ−２）ポリヌクレオチド、かかるポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド、かかるポリヌクレオチドおよびポリペプチドの使用、ならびにかかるポリヌクレオチドおよびポリペプチドの製造、およびポリヌクレオチドで形質転換された宿主細胞に関する。また本発明は、かかるポリヌクレオチドまたはポリペプチドの生合成または作用の阻害、およびウイルス感染または関連疾病の治療におけるかかる阻害の利用にも関する。発明の背景ヘルペスウイルスは２０面体のエンベロープを有するウイルス粒子であり、直鎖状２本鎖ＤＮＡゲノムを含んでいる。現在、８種のヒトヘルペスウイルスが単離されており、免疫無防備状態における準臨床的ないし致命的な疾病までの種々の疾病状態の原因であることがわかっている。通常には、１のヒトヘルペスウイルスである２型単純ヘルペスウイルスは***渉により獲得され、性器ヘルペスとして反られる症状を引き起こす。２次的性器ヘルペスの再発頻度は感染個体あたり１年に１ないし６回である。米国において、性器ＨＳＶ−２感染は１００万ないし６００万人において見られる。あまり高頻度ではないが、ＨＳＶ−２感染はコールドソアー（cold sores）として見られるハルペス***を生じる。ＨＡＶ−２に関する一般的情報は、Herpes Simplex Viruses，In:”Field’s Virology”，3rd ed.，Lippincott-Raven Publ，pp2297-2342(1996);Magder，L. S.，et al.，New．England J．Med．321:7-12(1989);and”The Human Herpesvir uses”，Roizman，B．et al.，eds．Raven Press，New York，(1993)（参照により本明細書に記載されているものとみなす）のごとき種々の文献に見られる。現在、ＨＳＶ−２に対する防御ワクチンはない。個体はウイルス感染し続け、完全に満足できる抗ウイルス剤またはワクチンは利用できない。よって、ＨＳＶ −２は大きな公衆の健康問題である。予防および治療的ワクチンならびに抗ＨＳＶ−２剤およびかかる方法において有用な試薬の同定方法が必要とされる。ＨＳＶ−２ポリヌクレオチドおよび蛋白の活性を転調させ、感染細胞中の多数の感染性ウイルス粒子を複製し産生するウイルスの能力に影響を及ぼす化合物の同定方法が必要である。ＨＳＶ−２感染を他のヘルペスウイルス感染から識別する方法およびキットも必要である。発明の概要これらの目的のために、本発明は、ポリペプチド、特に、表１〜４に示すアミノ酸配列と、１型単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ−１）のごとき他のウイルス蛋白の既知アミノ酸配列との比較により新規ＨＳＶ−２ポリペプチドであると同定されたポリペプチドを提供する。本明細書記載の読み枠（ＯＲＦ）によりコードされるポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド、またはそのフラグメント、アナログもしくは誘導体を提供することが本発明のさらなる目的である。本発明の特に好ましい具体例において、ポリヌクレオチドは、表１〜４に示す配列においてＨＳＶ−２蛋白をコードする領域を含むポリヌクレオチド、またはそのフラグメント、アナログもしくは誘導体がある。本発明のもう１つの特に好ましい具体例において、表１に示すアミノ酸配列を含む新規ＨＳＶ−２蛋白、またはそのフラグメント、アナログもしくは誘導体がある。本発明のもう１つの態様によれば、寄託されたＨＳＶ−２のＳＢ５株中に含まれるＨＳＶ−２ポリヌクレオチドにより発現可能な成熟ポリペプチドをコードしている単離核酸分子が提供される。本発明のさらなる態様は、ＨＳＶ−２蛋白をコードする単離核酸分子が提供され、それにはｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡが包含される。本発明のさらなる具体例において、生物学的、診断学的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なその変種、アナログもしくは誘導体、またはそのフラグメント、さらには変種、アナログおよび誘導体のフラグメント、ならびにそれらを含む組成物がある。本発明の特に好ましい具体例には、ＨＳＶ−２蛋白の天然の対立遺伝子変種およびそれによりコードされるポリペプチドがある。本発明のもう１つの態様において、本明細書においてＨＳＶ−２起源の新規ポリペプチド、ならびに生物学的、診断学的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なそのフラグメント、変種および誘導体、ならびにフラグメントの変種および誘導体、ならびに上記のもののアナログ、ならびにそれらを含む組成物が提供される。本発明のこのおよび他の態様の好ましい具体例によれば、ウイルス感染の検出に有用な、ＨＳＶ−２配列にハイブリダイゼーションするプローブが提供される。例えば疾病の治療のために、治療または予防目的で用いられうるＨＳＶ−２ポリペプチドまたはそのフラグメント、あるいは抗ウイルス剤またはワクチンとしてのＨＳＶ−２ポリペプチドまたはそのフラグメントが提供され、該疾病の治療には、ウイルス感染に対する免疫を宿主に付与することにより治療も含まれる。本発明のもう１つの態様によれば、本発明ポリヌクレオチドの、治療または予防目的の使用、特に、遺伝学的免疫のための使用が提供される。本発明の特に好ましい態様において、治療または予防用途の、天然に存在するＨＳＶ−２遺伝子によりコードされるＨＳＶ−２ポリペプチド変種がある。本発明のもう１つの目的は、上記ポリペプチド、ポリペプチドフラグメント、変種および誘導体、変種および誘導体のフラグメント、ならびにそれらのアナログを提供することである。本発明のこの態様の好ましい具体例において、ポリヌクレオチドをコードしている、外来性のＨＳＶ−２を発現可能に導入された宿主細胞を、宿主中でのＨＳＶ−２発現のための条件下で培養し、ついで、発現されたポリペプチドを回収することを含む、上記ＨＳＶ−２ポリペプチドの製造方法が提供される。本発明のもう１つの目的によれば、特に、研究、生物学、臨床、診断、予防および治療目的の上記ポリペプチドおよびポリヌクレオチドを用いた製品、組成物、プロセスおよび方法が提供される。本発明のさらにもう１つの態様において、抗ウイルス剤として有用な、かかるポリペプチドに対する阻害剤が提供される。詳細には、かかるポリペプチドに対する抗体が提供される。この点において、特に好ましい具体例において、抗体はＨＳＶ−２に対して選択的である。本発明のさらなる態様において、インビトロ、エクスビボ、およびインビボで細胞または多細胞生物に投与される、ＨＳＶ−２ポリヌクレオチドまたはＨＳＶ −２ポリペプチドを含む組成物が提供される。本発明のこの態様の好ましい具体例において、ＨＳＶ−２ポリペプチドを宿主内で発現させて免疫学的応答を生起させるための、ＨＳＶ−２ポリヌクレオチドを含む組成物が提供され、好ましくは、かかる宿主においてＨＳＶ−２または関連生物に対する免疫を生起させるための組成物である。本発明の他の目的、特徴、利点および態様は以下の説明から当業者に明らかであろう。しかしながら、以下の説明および個々の実施例は、本発明の好ましい具体例の説明のためだけに記載される。開示された本発明の精神および範囲内の種々の変更および修飾は、以下の説明および本開示の他の部分を読めば当業者に容易に明らかである。発明の詳細な説明表１〜３は、ＨＳＶ−２のＳＢ５株のＤＮＡ２を配列決定することにより導出される配列を集めることにより調製される「コンティグ（contigs）」の一方の鎖のヌクレオチド配列を示す。本明細書において、総括的にコンティグとは、この生物のゲノムの８５％ないし９０％以上をいう。表１、２および３はそれぞれ、ＨＳＶ−２のＳＢ５株のＤＮＡを別けて示したものである。表１〜３は読み枠（ＯＲＦ）のヌクレオチド配列も示し、それらは各コンティグ中に存在する推定ＤＮＡコーディング配列である。表１〜４は、これらのＯＲＦによりコードされるポリペプチドの推定アミノ酸配列ならびにＮＣＢＩ非リダンダント(non-redundant)蛋白データベース中の蛋白に対する配列相同体も示す。各ＯＲＦはＨＳＶ−２遺伝子を示すが、いくつかの場合、ＯＲＦは実際には当該ＯＲＦよりも長い遺伝子に由来するものである。適当な開始および終止コドンを伴う読み枠（ＯＲＦ）を含む配列については、発現されたら、コードされる蛋白を抗ウイルス剤シクリーニングの標的として使用できる。さらに、好ましくはコードされる蛋白のアミノ末端領域、またはそのすぐに上流の領域をコードするＤＮＡ配列を用いて、目的コーディング配列の発現を制御するためのアンチセンス配列を構築することもできる。さらにそのうえ、本明細書開示の多くの配列は、コーディング配列の上流および下流の領域も提供する。これらの配列は、ウイルス遺伝子発現制御のための調節エレメントの源として有用である。便利には、かかる配列を、制限酵素の作用または化学合成により得て、例えば、プロモーター同定株中に導入する。これらの株は制限部位下流に位置するリポーター構造遺伝子配列を含み、その結果、活性プロモーターが挿入された場合、リポーター遺伝子が発現されるであろう。上記の各配列を用いてもよいが、本発明はさらに、特に有用な標的遺伝子を同定するためのいくつかの手段を提供する。これらのアプローチの第１のものは、関連生物中の配列の合致を検索するための適当なデータベースを用いる。よって、相同体が存在する場合、この遺伝子のＨＳＶ−２様形態のものは類似の役割を果たす可能性がある。例えば、別の生物の細胞表面蛋白に対する相同体として同定されたＨＳＶ−２蛋白はワクチン候補として有用であろう。かかる相同性が本明細書開示配列に対して確認された場合、表中のコーディング配列とともにそれらを報告する。多くの方法を用いて、それ自体生存に必要な遺伝子、あるいは感染の確立／維持に必要な遺伝子を同定することができる。これらの方法の１つによる未知ＯＲＦの同定は、その機能に関するさらなる情報を与え、スクリーニング標的としてさらに発展させるためのかかるＯＲＦの選択を可能にする。簡単に説明すると、これらのアプローチには、温度感受性変異株の作成（Weller，S．K．et al.，Vi rology 130:290-305(1983)）、ウイルス遺伝子の部位特異的挿入または欠失、インタクトなＤＮＡ分子と挿入または欠失および選択可能マーカーを含むＤＮＡフラグメントとの間の相同配列による二重組み換え（Post，L．E.，et al.，Cell 25:227-232(1981)）およびトランスポソンを用いる挿入突然変異により得られた組み換え分子の選択による方法、標的プラスミドＤＮＡ中へのＤＮＡファージｍｉｎｉＭｕのランダム挿入を利用する方法（Jenkins，F．J.，et al.，Proc．Na tl．Acad．Sci．USA 82:4773-4777(1985)）等がある。これらの各方法は、個々の適用により長所または短所を有する。当業者は、使用目的に最も関連のあるアプローチを選択するであろう。例えば、いくつかの遺伝子が感染に必須であるが、感染の開始のみに必要であることが確認された場合、それらの産物は、確立され、慢性化した感染の治療のために開発される抗ウイルスの標的としてはあまり魅力的でないであろう。本発明ＯＥＦに関して適用した場合、これらの方法は、感染中に発現されるウイルス蛋白、抗ウイルス療法において有用な阻害剤の同定を可能にする。用語以下の説明は、本明細書、とりわけ実施例において汎用される特定の用語の理解を容易にするために示すものである。本明細書で用いるＨＳＶ−２結合分子は、例えば酵素基質、細胞膜成分および古典的なレセプターを含め、本発明のｓｐｓＢポリペプチドまたはポリヌクレオチドと特異的に結合または相互作用する分子またはイオンをいう。本発明のポリペプチドと、結合または相互作用分子を含め、そのような分子間の結合は、本発明のポリペプチドに対して独占的であることが好ましく、またはその結合は本発明のポリペプチドに高度に特異的であることもまた好ましく、またはその結合は本発明のポリペプチドを包含する蛋白群に高度に特異的であることも好ましく、または本発明のポリペプチドを含む、少なくともその一つが数種の蛋白に特異的であってもよい。結合分子はまた、本発明のポリペプチドに特異的に結合する抗体および抗体由来の物質をも包含する。「遺伝学的エレメント」は、一般に、ポリペプチドをコードする領域、もしくは複製、転写もしくは翻訳、もしくは宿主細胞においてポリペプチドを発現するのに重要なその他の過程を制御するポリヌクレオチド領域を含むポリヌクレオチド、またはポリペプチドをコードする領域およびそれらに機能的に連結した発現を制御する領域の両方を含むポリヌクレオチドを意味する。遺伝学的エレメントは、エピソームエレメント、すなわち、宿主細胞ゲノムと物理的に独立した分子として、複製するベクター内に含まれていてもよい。該エレメントはプラスミド内に含まれていてもよい。遺伝学的エレメントはまた、自然の状態ではなく、むしろ単離、クローニングおよび宿主細胞への導入のような操作の後に、精製ＤＮＡの形態で宿主細胞ゲノム内またはとりわけベクター内にも含まれていてもよい。「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列により形質転換もしくはトランスフェクションされた、または形質転換またはトランスフェクションすることのできる細胞である。当該分野にて周知であるように「同一性」または「類似性」は、場合によっては、配列を比較して測定されるような、二つまたはそれ以上のポリペプチド配列間または二つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列間の関係である。当該分野において、「同一性」とはまた、時には、かかる配列の２つの鎖の間の合致により決定されるような２つのポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間の関連性の程度をも意味する。「同一性」および「類似性」は共に容易に算出できる（Co mputational Molecular Biology,Lesk,A.M.編、オックスフォード・ユニバーシティー・プレス、ニューヨーク、1988年;Biocomputing:Informatics and Genome Projects,Smith,D.W.編、アカデミック・プレス、ニューヨーク、1993年;Comput er Analysis of Sequence Data,パートI,Griffin,A.M.およびGriffin,H.G.編、ヒューマナ・プレス、ニュージャージー、1994年；Sequence Analysis in Molec ular Biology,von Heinje,G.、アカデミック・プレス、1987年;およびSequence Analysis Primer,Gribskov,M.およびDevereux,J.編、Ｍストックトン・プレス、ニューヨーク、1991年）。２つのポリヌクレオチドまたは２つのポリペプチド間の同一性および類似性を測定するための多くの方法がある一方で、その両方の用語は当業者に周知である(Sequence Analysis in Molecular Biology,von Heinje ，G.，Academic Press,1987;Squence Analysis Primer，Gribskov，M.およびDev ereux，J.,編、M Stockton Press，New York,1991;およびCarillo，H.,およびLi pman，D.，SIAM J.，Applied Math.，48:1073(1988))。２つの配列間で同一性または類似性を測定するのに通常用いられる方法は、Carillo，H.およびLipman，D .，SIAM J.Applied Math.，48:1073(1988)に開示されている方法を包含するが、これらに限定されるものではない。同一性を決定するための好ましい方法は、試験する２つの配列間で最も良く適合するように設計される。同一性および類似性を測定する方法は、コンピュータープログラムに集成されている。二つの配列間の同一性および類似性を測定する好ましいコンピュータープログラム法は、ＧＣＧプログラムパッケージ（Devereux，J.ら、Nucleic Acids Research 12(1):387 （1984）、BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atschul，S．F.ら、J．Molec．Biol．2 15：403（1990）））を包含するが、これらに限定されるものではない。一例として、対照ヌクレオチド配列に対して、例えば少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを挙げると、そのポリヌクレオチド配列が対照ヌクレオチド酸配列のヌクレオチド１００個ごとに５個までのヌクレオチドの変化を含みうることを除き、そのポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は対照配列と同一である。言い換えると、対照酸配列に対して少なくとも９５％同一であるヌクレオチド配列を有するポリペプチドを得るためには、対照配列中の５％までのヌクレオチドが欠失または別のヌクレオチドと置換されていてもよく、あるいは対照配列中の全ヌクレオチドのうち５％までの数のヌクレオチドが対照配列に挿入されたものであってもよい。対照配列のこれらの変異は、対照ヌクレオチド配列の５’または３’末端位置に存在していてもよく、あるいはそれらの末端位置の間のいずれかの位置に存在していてもく、対照配列のヌクレオチドに散在していてもよく、あるいは対照配列内の１個またはそれ以上の一連の群となっていてもよい。同様に、対照アミノ酸配列に対して少なくとも例えば９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドを例に挙げると、そのポリペプチド配列が対照アミノ酸配列のアミノ酸１００個ごとに５個までのアミノ酸の変化を含みうることを除き、そのポリペプチドのアミノ酸配列は対照配列と同一である。言い換えると、対照アミノ酸配列に対して少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドを得るためには、対照配列中のアミノ酸の５％までが欠失または他のアミノ酸と置換していてもよく、あるいは対照配列中の全アミノ酸のうち５％までの数のアミノ酸が対照配列中に挿入されたものであってもよい。対照配列におけるこれらの変化は、対照アミノ酸配列のアミノまたはカルボキシ末端位置に存在してもよく、あるいはそれらの末端間のいずれかの位置に存在してもよく、対照配列中に散在していてもよく、あるいは対照配列内で１個またはそれ以上の一連の群をなしていてもよい。「単離」とは、「人工的に」天然の状態から変化させられた、すなわち、天然物の場合、その本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行われたことを意味する。例えば、生体に天然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単離」されていないが、その天然状態で共存する物質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、本明細書に用いる用語としての「単離」がなされている。例えば、ポリヌクレオチドに関して、「単離」なる用語は、天然の染色体および細胞から分離されていることを意味する。単離の一部として、または単離の後に、かかるポリヌクレオチドは、例えば、突然変異誘発のために、ＤＮＡなどの他のポリヌクレオチドに結合し、宿主における伸長および発現のために、融合蛋白を形成したりすることができる。単離ポリヌクレオチドは単独で、またはベクターなどの他のポリヌクレオチドと結合して、培養物中または全生物中の宿主細胞に導入できる。培養物中または全生物中の宿主細胞に導入されたかかるＤＮＡも本明細書に用いる用語である、「単離」されたといえる。というのはこれらは天然の形態または環境にはないからである。同様に、ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、組成物、例えば、培地処方、例えば細胞にポリヌクレオチドまたはポリペプチドを導入するための溶液、化学的または酵素的反応のための組成物または溶液中に生じさせてもよく、これらは自然には存在しない組成物であり、本明細書に用いる用語の「単離」されたポリヌクレオチドまたはポリペプチドの範囲内である。「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、または修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、いずれのポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチドをも意味する。従って、例えば、本明細書で用いるポリヌクレオチドは、とりわけ一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領域の混合物または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本鎖もしくはより典型的には二本鎖もしくは三本鎖、または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を意味する。加えて、本明細書で用いるポリヌクレオチドは、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。かかる領域における鎖は同一の分子または異なる分子由来のものでよい。この領域はこれらの分子の一つまたはそれ以上の全てを含んでいてもよいが、より典型的にはいくつかの分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一つは、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。本明細書で用いる場合、「ポリヌクレオチド」なる用語は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも、該用語を本明細書が意図するろところの「ポリヌクレオチド」である。さらに、イノシン等の普通でない塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡ（二つの例だけを示す）も、かかる用語を本明細書で用いる場合の「ポリヌクレオチド」である。当業者に既知の多くの有用な目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの修飾がなされていることは、明らかであろう。「ポリヌクレオチド」なる用語は、本明細書で用いる場合、ポリヌクレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的に修飾した形態、ならびにウイルス、とりわけ単純型細胞および複雑型細胞を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を包含する。ポリペプチドは、しばしば、オリゴヌクレオチド（複数でも可）と称される短鎖ポリヌクレオチドを包含する。本明細書で用いる「ポリペプチド」は、以下に記載する全てのポリペプチドを包含する。ポリペプチドの基本的な構造は周知であり、非常に多くのテキストおよび当該分野の他の発行物に記載されている。これに関連して、この用語は、本明細書において、ペプチド結合により直鎖で互いに結合している２個またはそれ以上のアミノ酸を含むいずれかのペプチドまたは蛋白をいうのに用いる。本明細書で用いる場合、この用語は、当該分野で通常例えばペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称される短鎖、および多くの型があり、当該分野で一般的に蛋白と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、しばしば、一般に２０種の天然アミノ酸と称される２０種のアミノ酸以外のアミノ酸を含有し、末端アミノ酸を含め、多くのアミノ酸は、プロセッシングおよび他の翻訳後修飾のような自然の工程により所定のポリペプチドで修飾されたものが含まれるが、当業者に周知の化学的修飾技術によっても修飾できることは理解されよう。ポリペプチドに自然に起こる一般的な修飾でさえ余り多すぎて、余すところなく掲示することはできないが、基礎的なテキストおよびさらに詳細な論文ならびに多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当業者に周知である。本発明のポリペプチドに施すことができる既知の修飾には、例を挙げると、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋形成、シスチン形成、ピログルタミン酸塩形成、ホルミル化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白加水分解プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸付加、およびユビキチネーションがある。かかる修飾は当業者に周知であり、科学文献に非常に詳細に記載されている。いくつかの特に一般的な修飾、例えば糖鎖形成、脂質結合、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマーカルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰリボシル化は最も基礎的なテキスト、例えばProteins-Structure and Molecular Pro perties、第２版、T．E．Creighton、W．H．Freeman and Company、ニューヨーク（1993）に記載されている。例えば、Posttranslational Covalent Modificat ion of Proteins、B．C．Johnson編、アカデミック・プレス、ニューヨーク（19 83）のWold，F.，Posttranslational Protein Modifications：Perspective and Prospects、1〜12頁；Seifterら、Meth．Enzymol．182:626-646（1990）および Rattanら、Protein Synthesis：Posttranslational Modifications and Aging， Ann．N．Y．Acad．Sci．663:48-62（1992）で提供される論文などの多くの詳細な論文が、本主題に利用できる。ポリペプチドはいつも完全に直鎖であるとは限らないということは周知であり、前記した通りであると理解されよう。例えばポリペプチドはユビキチン化の結果分岐していてもよく、一般には、天然のプロセッシング事象を含む翻訳後の事象、および天然では起こらない人為的操作によりもたらされる事象の結果、分岐のある、または分岐のない環状にできる。環状、分岐および分岐した環状ポリペプチドは、非翻訳天然のプロセッシングにより、および同様に全く合成的な方法で合成できる。修飾はペプチド骨格、アミノ酸側鎖およびアミノまたはカルボキシル末端を含め、ポリペプチドのどこででも起こり得る。実際、共有結合の修飾による、ポリペプチドのアミノまたはカルボキシル基またはその両方の遮断は、天然および合成ポリペプチドに共通し、かかる修飾は同様に本発明のポリペプチドにも存在し得る。例えば、イー・コリ（E.coli ）または他の細胞で作られるポリペプチドのアミノ末端残基は、蛋白溶解のプロセッシングの前にほとんど必ずＮ−ホルミルメチオニンになるであろう。ペプチドの翻訳後の修飾の間に、ＮＨ₂末端においてメチオニン残基を除去できる。従って、本発明は、本発明蛋白のメチオニン含有およびメチオニン不含の両方のアミノ末端変種の使用を意図する。ポリペプチドに起こる修飾はしばしばそれの作り方に影響される。例えば、宿主にクローン化遺伝子を発現することにより作られるポリペプチドでは、修飾の特性および程度は、大部分、宿主細胞の翻訳後修飾能力およびポリペプチドアミノ酸配列に存在する修飾シグナルにより決定される。例えば、周知のように、糖鎖形成はイー・コリのような細菌宿主では起こらないことがはしばしばである。従って、糖鎖形成が望ましい場合、ポリペプチドを、糖鎖形成宿主、一般に、真核細胞にて発現させるべきである。昆虫細胞は、しばしば、哺乳動物細胞と同じ翻訳後糖鎖形成を行う；この理由で昆虫細胞発現系が、とりわけ、糖鎖形成の本来のパターンを有する哺乳動物蛋白を効率よく発現するように開発されている。同様の考察が他の修飾にも適用される。修飾の同一の型が、所定のポリペプチドのいくつかの部位で、同じまたは異なる程度で存在し得ることは理解されよう。また、所定のポリペプチドは多くの型の修飾を有していてもよい。一般に、本明細書で用いる場合、「ポリペプチド」なる用語は、全てのこのような修飾、特に宿主細胞においてポリヌクレオチドを発現することにより合成したポリペプチドに存在する修飾を包含する。本明細書中で使用される「変種（複数でも可）」なる語は、各々、対照標準のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと異なるが、本質的な特性を保持しているポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。ポリヌクレオチドの典型的な変種は、別の対照標準のポリヌクレオチドとヌクレオチド配列において異なっている。変種のヌクレオチド配列における変化は、対照標準のポリヌクレオチドによってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列と変わっていてもよいし、または変わっていなくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後述するように、対照標準の配列によってコードされたポリペプチドにおいて、アミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種は、別の対照標準のポリペプチドとはアミノ酸配列において異なっている。一般に、差異は、対照標準のポリペプチドとその変種の配列が全体的に非常に類似しており、多くの領域においては同一であるように限定される。変種および対照標準のポリペプチドは、一またはそれ以上の置換、付加、欠失のいずれかの組み合わせによって、アミノ酸配列において異なってもよい。置換または挿入されたアミノ酸残基は、遺伝コードによってコードされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するものであってもよく、または天然に存在することが知られていない変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法または直接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によって作られてもよい。寄託物ＨＳＶ−２のＳＢ５株は、１９９６年１０月３１日に、受託番号ＶＲ−２５４６としてAmerican Type Culture Collectionに寄託された。この寄託物はブダペスト条約を遵守したものである。特許が発行されると何らの制限または条件もなく、最終的に株は分譲される。寄託は当業者の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条のもとに要求されるような、寄託が実施可能要件であることを承認するものではない。寄託物を製造、使用または販売するためにはライセンスが必要であるが、そのようなライセンスはここでは賦与されていない。ウイルス株およびゲノム本明細書開示のヌクレオチド配列を当該分野で知られた合成化学的手法により得ることができ、あるいはＤＮＡ調合物を本マイ開示の個々の配列から構築したプローブでプローブすることによりＨＳＶ−２のＳＢ５株から得ることもできる。別法として、開示配列由来のオリゴヌクレオチドを、ＰＣＲによるウイルスゲノム源由来の配列のクローニングにおけるＰＣＲプライマーとして作用させることもできる。かかる配列もまた、感染段階の診断および病原体が達成した感染のタイプの診断に有用である。本発明は、新規ＨＳＶ−２ポリペプチドおよびそれをコードするポリヌクレオチド、特に、以下にさらに詳細に説明するものに関する。本発明は、特に、表１〜４に示すヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を有するＨＳＶ−２分子、ならびにＡＴＣＣＶＲ−２５４６から単離可能なＤＮＡのＨＳＶ−２ヌクレオチド配列およびアミノ酸配列に関する(該生物およびそのＤＮＡを本明細書において「寄託生物」または「寄託生物のＤＮＡ」という)。表１〜４に示すヌクレオチド配列およびアミノ酸配列は寄託生物のＤＮＡを配列決定することにより得られたということが理解されよう。それゆえ、寄託クローンの配列は、それ（およびそれがコードする配列）と表中の配列との間の矛盾について支配的である。また本発明は、本明細書開示のさらなるポリヌクレオチド配列にも関し、それらは本明細書開示のＤＮＡから転写されたＲＮＡであるが、蛋白のまで転写されても、されなくいてもよい。かかるポリヌクレオチドはＨＳＶ−１および他のヘルペスウイルスにおいて知られている。ポリヌクレオチド本発明の一つの態様によれば、表１〜４の推定アミノ酸配列を有するＨＳＶ− ２ポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチドを提供する。これらのポリペプチドが表１、２または３に示すものの１つであることが好ましい。当業者は、表１〜４に示すＯＲＦスタートおよびストップ位置を参照することにより、かかる好ましいポリヌクレオチドの配列を容易に決定することができる。表１〜３に示すポリヌクレオチド配列のごとき本明細書にて提供される情報を用いて、ＨＳＶ−２ポリペプチドをコードする本発明のポリヌクレオチドを、標準的なクローニングおよびスクリーニングの手法を用いて得てもよい。表１〜３に示すＤＮＡ配列を用いて蛋白をコードするポリヌクレオチドを得るためには、典型的には、イー・コリまたはいくつかの他の適当な宿主中のＨＳＶ−２のＳＢ５株の染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーを、表１〜３の配列に由来する、好ましくは１７量体またはそれ以上の長さの、放射標識したオリゴヌクレオチドでプローブする。ついで、該プローブと同一のＤＮＡを有するクローンは、非常に厳密な洗浄操作に付すことにより区別できる。元の配列から設計された配列決定プライマーで同定された個々のクローンを配列決定することにより、該配列を両方向に伸長し、完全遺伝子配列を決定することが可能である。都合よくは、かかる配列決定をプラスミドクローンから調製された変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施する。適当な技術については、Maniatis,T.、Fritsch,E.F.およびSambrookら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual，第２版；コールド．スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク（1989）；（ハイブリダイゼーションによるスクリーニング１．９０および変性二本鎖ＤＮＡ鋳型の配列決定１３.７０を参照のこと）に記載されている。表１、２および３に示す各ＤＮＡ配列は、少なくとも表１〜３に示すのとほぼ同数のアミノ酸残基を有する蛋白をコードする少なくとも１つの読み枠を含む。各読み枠ん９おスタートおよびストップコドンは、表１、２および３に示す各ポリヌクレオチドの最初の３個および最後の３個のヌクレオチドである。文献に報告された配列と表の配列とを比較することにより示されるように、本発明の特定のＨＳＶ−２配列はヘルペスファミリーの他の蛋白をコードする配列に高王手機に関連している。そのうえ、本発明の特定のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは既知のものに構造的に関連している。これらの蛋白は、既知蛋白のなかでも、表１、２、３および４に示す相同体に対して最大の相同性を示す。本発明は、表１〜３の各コーディング配列に対してその全長にわたり同一であるポリヌクレオチド配列を提供する。さらに、本発明は、成熟ポリペプチドのコーディング配列自体；成熟ポリペプチドのコーディング配列および付加コーディング配列、例えばプレ、プロ、プレプロ蛋白配列等のリーダーまたは分泌配列をコードするコーディング配列；付加非コーディング配列と一緒に、前記した付加コーディング配列と共にまたはなしで、例えば、限定するものではないが、転写にて役割を果たす転写された非翻訳配列(例えば、終止シグナルを含む)などの非コーディング配列５’および３’配列、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡ安定性エレメント、付加機能を供給する配列などの付加アミノ酸をコードする付加コーディング配列を有する成熟ポリペプチドのコーディング配列を包含するが、これらに限定されるものではない。かくして、例えば、該ポリペプチドは、融合ポリペプチドの精製を促す、ペプチドなどのマーカー配列に融合していてもよい。本発明のこの態様のある具体例において、マーカー配列はヘキサ−ヒスチジンペプチド、例えば、とりわけｐＱＥベクター(キアゲン・インコーポレーティッド(Qiag en,Inc.)より得られるタグであり、多くが市販により入手可能である。例えば、 Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.,USA，86:821-824（1989）に記載されるように、ヘキサ−ヒスチジンは融合蛋白の通常の精製法を提供する。インフルエンザ・ヘマググルチニン・蛋白由来のエピトープに対応する、ＨＡタグもまた融合蛋白の生成に使用でき、これについては例えばWilsonら、Cell，37：767（1984）に記載されている。本発明のポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子およびその天然において関連している遣伝学的エレメントからなるポリヌクレオチドを包含するが、これに限定されるものではない。本発明はまた、式：Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ［式中、分子の５’末端のＸは水素であり、分子の３’末端のＹは水素または金属であり、Ｒ₁およびＲ₃はいずれかの核酸残基、ｎおよび／またはｍは１ないし３０００の整数またはゼロ、Ｒ₂は本発明核酸配列、特に、表１、２および３に示す群から選択される核酸配列あるいはまた表１、２、３および４に示す群から選択されるＯＲＦ配列（読み枠番号により表示される）である。Ｒ₂は５’末端残基がその左側でＲ₁に結合し、その３’末端残基がその右側でＲ₃に結合するように方向付けられる。ｍおよび／またはｎが１より大きい場合、Ｒ₁および／またはＲ₂のいずれかで表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいずれであってもよく、ヘテロポリマーが好ましい。好ましい具体例において、ｎおよび／またはｍは１から１０００、または２０００もしくは３０００までの整数である。前記によれば、本明細書で用いる「ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」なる用語は、本発明のポリペプチド、特にウイルス性、さらに詳細には、表１、２、３または４に示すアミノ酸配列を有する、ＨＳＶ−２のポリペプチドをコードする配列を有するポリヌクレオチド包含する。この用語は、さらにコーディングおよび／または非コーディング配列を含有していてもよい、付加領域と共に該ポリペプチドをコードする単一の連続領域または不連続領域（例えば、組み込まれたファージもしくは挿入配列またはエディティング（editing）により分断される）を含む、ポリヌクレオチドを包含する。本発明はさらに、表１、２、３および４の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドのフラグメント、アナログおよび誘導体をコードする、本明細書で前記したポリヌクレオチドの変種に関する。本発明ポリヌクレオチドのフラグメントである変種を用いて本発明の全長ポリヌクレオチドを合成してもよい。本発明ポリヌクレオチドはｍＲＮＡのごときＲＮＡ形態、あるいは例えばｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡを包含するＤＮＡ形態(クローニングにより得られるか、あるいは化学合成またはそれらの方法の組み合わせにより得られる)であってよい。ＤＮＡは２本鎖または１本鎖であってよい。１本鎖ＤＮＡはセンス鎖としても知られるコーディング鎖であってもよく、またアンチセンス鎖としても知られる非コーディング鎖であってもよい。ポリペプチドをコードするコーディング配列は、表１〜４に示すポリヌクレオチドのコーディング配列と同じであってもよい。また、異なる配列のポリヌクレオチドであってもよく、遺伝暗号の縮重の結果して表１〜４のポリペプチドをコードするものであってもよい。特に好ましい具体例は、表１、２、３および／または４のポリペプチドのアミノ酸配列を有するポリペプチド変種をコードするポリヌクレオチドであり、そのうち、数個、わずかな、５〜１０、１〜５、１〜３、２、１または０個のアミノ酸残基がいずれかの組み合わせで置換、欠失または付加されているアミノ酸配列を有する。中でもとりわけ好ましいものは、サイレント置換、付加および欠失であり、かかるポリヌクレオチドの特性および活性を変えないものである。本発明のさらに好ましい具体例は、表１、２、３または４に示すアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの全長にわたって少なくとも５０％、６０％または７０％の同一性を有するポリヌクレオチドおよびそのようなポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドである。また、最も好ましいものは、寄託株のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して全長にわたって少なくとも８０％の同一性を有する領域を含むポリヌクレオチドおよびそれと相補的なポリヌクレオチドである。この点で、その同じものと全長にわたって少なくとも９０％の同一性を有するポリヌクレオチドが特に好ましく、中でも少なくとも９５％の同一性を有するものが特に好ましい。さらには、少なくとも９５％の同一性を有するものの中で少なくとも９７％の同一性を有するものがより好ましく、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％の同一性を有するものが特に好ましい。少なくとも９９％の同一性を有するものがより好ましい。好ましい具体例は、下記のものからなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチドである：表１、２、３または４のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して少なくとも５０％の同一性を有するポリヌクレオチドであって、ＨＳＶ−２以外の原核生物種から得られるもの；ならびに表１、２、３または４のアミノ酸配列に対して少なくとも５０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＨＳＶ−２以外の原核生物種から得られるもの。好ましい具体例は、表１、２、３または４のＤＮＡによってコードされている成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。さらに本発明は、上記配列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関する。この点において、本発明は、特に、厳密な条件下で上記ポリヌクレオチドとハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関する。本明細書で用いる場合、「厳密な条件」および「厳密なハイブリダイゼーション条件」という語は、ハイブリダイゼーションが、配列間に少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％の同一性がある場合にのみ起こることを意味する。厳密なハイブリダイゼーション条件の一例として、５０％ホルムアルデヒド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭＮａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５ｘデンハート（Denhardt’s）溶液、１０％硫酸デキストランおよび２０μｇ／ｍｌ変性切断サケ***ＤＮＡを含む溶液中、４２℃で一夜インキュベーションし、ついでハイブリダイゼーション支持体を０．１ｘＳＳＣ（約６５℃）で洗浄することが挙げられる。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は公知であり、Sambrookら、MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANUAL，Second Edition，Cold Spring Harbor，N.Y．（1989）、特に、第11章に例示されている。本発明により提供されるポリヌクレオチド配列に関して溶液ハイブリダイゼーションを用いてもよい。また本発明は、厳密な条件下で、上記ポリヌクレオチド配列またはそのフラグメントを有するプローブを用いて表１、２、３または４に示すポリヌクレオチド配列に対する完全遺伝子を含む適当なライブラリーをスクリーニングし、ついで、上記ＤＮＡ配列を単離することにより得ることのできるポリヌクレオチド配列を必須として含むポリヌクレオチドを提供する。かかるポリヌクレオチドを得るために有用なフラグメントは、例えば、上記の本発明ポリヌクレオチドをＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用ハイブリダイゼーションプローブとして使用して、表１、２、３または４に示すポリヌクレオチドに非常に類似した配列を有する他の遺伝子のｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離してもよい。そのようなプローブは、一般に、少なくとも１５個のヌクレオチド残基または塩基対を含むであろう。好ましくは、そのようなプローブは少なくとも３０個のヌクレオチド残基または塩基対を有し、５０個またはそれ未満のヌクレオチド残基または塩基対を有していてもよい。例えば、表１、２、３または４に示すポリヌクレオチドを含む、あるいはそれらからなる各遺伝子のコーディング領域は、表１、２、３または４のＤＮＡ配列を使用してスクリーニングしてオリゴヌクレオチド・プローブを合成することにより単離できる。ついで、本発明の遺伝子の配列と相補性の配列を有する標識したオリゴヌクレオチドを用いてｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーをスクリーニングし、ライブラリーのどのメンバーがプローブとハイブリダイゼーションするか決定する。表１、２、３または４に示すポリヌクレオチドまたはポリペプチドの配列に由来するオリゴヌクレオチドである本発明のポリヌクレオチドは、本明細書に記載の方法に使用できるが、好ましくはＰＣＲに使用し、本明細書で同定したポリヌクレオチドが全体として、または部分的に感染組織において細菌中で転写されるか否か測定する。そのような配列はまた、病原体が達した感染の段階およびタイプの診断においても有用性がある。また、本発明は、成熟蛋白に、さらなるアミノまたはカルボキシ末端アミノ酸が加わるか、成熟ポリペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例えば、成熟形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。このような配列は、とりわけ、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッシングにおいて役割を果たし、蛋白を運び、蛋白の半減期を長くしたり、短くしたり、あるいは分析または生産のための蛋白の取り扱いを容易にすることができる。インビボで一般的なように、該付加アミノ酸は細胞酵素により成熟蛋白からプロセッシングにより除かれる。一またはそれ以上のプロ配列に融合したポリペプチドの成熟形態を有する前駆体蛋白は該ポリペプチドの不活性形でもよい。プロ配列がそのような不活性前駆体から除かれると、一般に活性化される。プロ配列のいくらかまたは全体を、活性化の前に除去できる。一般に、そのような前駆体はプロ蛋白と称される。ＤＮＡは、本発明ＨＳＶ−２をコードするｍＲＮＡの転写を指令する機能を有するプロモーター領域を含んでいてもよい。かかるプロモーターは独立して、組み換え発現系において異種遺伝子の転写を指令することに有用である。ポリアデニル化およびスプライシングシグナル配列がポリヌクレオチド配列中に存在してもよく、異種遺伝子発現ベクターおよび構築物中において遺伝子発現シグナルとして有用でありうる。例えば、本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを、研究試薬および疾病（特に、ポリヌクレオチドアッセイに関して後述するヒトの疾病）の治療および診断方法の発見のための材料として使用してもよい。オリゴヌクレオチドである本発明ポリヌクレオチドを、本発明にて同定されるＨＳＶ−２遺伝子が全体的または部分的に感染組織中に存在するかまたは転写されているかどうかを調べるための本明細書記載の方法において、核酸増幅プライマーとして、例えばＰＣＲプライマーとして用いてもよい。かかる配列もまた、病原体が達成した感染段階および感染のタイプの診断において有用であろう。本発明ポリヌクレオチドに関して上記した使用のほかに、下記用法も本発明により企図される。特に、本明細書開示のポリヌクレオチドまたはその部分をプローブとして用いて、例えば、ノーザンブロット、ヌクレアーゼ保護およびプライマー伸長実験により、生産的および潜伏したＨＳＶ−２感染の間に合成されたｍＲＮＡ転写物を発見してもよい。ついで、新規転写物は、ゲノム配列からは直接推定できない新たなＨＳＶ−２蛋白の発見を導くことがある。配列またはその部分を用いて、アンチセンス機構に基づくウイルス複製阻害方法および新規療法を発見してもよい。配列またはその部分を、設計されたＤＮＡ−またはＲＮＡ−含有オリゴヌクレオチドを得るための基礎として用い、２本鎖ＤＮＡを用いて分析道具、診断薬または治療薬として使用される３本鎖を形成してもよい。核酸配列またはその部分を用いて、診断またはスクリーニングに有用な細胞系を得ることができる。ＤＮＡ配列を用いて、ウイルスゲノムを例えばｌａｃＺまたは緑色経口蛋白のごときマーカー遺伝子と置換することに有用な制限酵素部位を予想することができる。かかる置換は、ウイルスの生活環における遺伝子の生物学的役割の決定において有用である。これらの遺伝子ノックアウト実験は、高品質薬剤発見の標的（必須遺伝子）またはＨＳＶ−２ウイルスベクターによる遺伝子治療の目的のための外来遺伝子の良好な位置（非必須遺伝子）である可能性のある遺伝子の発見に有用である。かかる遺伝子置換は、例えば、修飾ウイルスの病原性を未修飾ウイルスの病原性と比較することにより、あるいはｌａｃＺのごときマーカー遺伝子を容易に同定することにより、毒性因子の発見にも有用である。ポリペプチドさらに本発明は、表１〜４のアミノ酸配列により定義されるポリペプチドの推定アミノ酸配列を有するＨＳＶ−２ポリペプチドに関する。また本発明は、これらのポリペプチドのフラグメント、アナログおよび誘導体にも関する。用語「フラグメント」、「誘導体」および「アナログ」は、本発明ポリペプチドについていう場合、ポリペプチドと同じ生物学的機能または活性を本質的に保持しているポリペプチドを意味する。ネイティブなＨＳＶ−２蛋白の活性の少なくとも９５％の活性を保持しているフラグメント、誘導体およびアナログが好ましい。よって、アナログは、プロ蛋白部分の開裂により活性成熟ポリペプチドが生じることにより活性化されうるプロ蛋白を包含する。本発明ポリペプチドは組み換えポリペプチド、天然ポリペプチドまたは合成ポリペプチドであってよい。特定の好ましい具体例において、それは組み換えポリペプチドである。本発明ポリペプチドのフラグメント、誘導体またはアナログは、（ｉ）１個またはそれ以上のアミノ酸残基が保存的または非保存的アミノ酸残基(好ましくは、保存的アミノ酸残基)により置換されており、かかる置換アミノ酸残基が遺伝学的コードによりコーオされていても、いなくてもよいもの、あるいは（ｉｉ）１個またはそれ以上のアミノ酸残基が置換基を含むもの、あるいは（ｉｉｉ）成熟ポリペプチドが別の化合物（例えば、ポリペプチドの半減期を延長させる化合物（例、ポリエチレングリコール））に融合しているもの、あるいは（ｉｖ）さらなるアミノ酸（例えば、リーダー配列または分泌配列または成熟ポリペプチドもしくはプロ蛋白配列の精製に用いられる配列）が成熟ポリペプチドに融合しているもの。かかるフラグメント、誘導体およびアナログは、当業者により、本明細書記載の教示より得られるものである。好ましい変種としては、保存的アミノ酸置換により変化したものがある。かかる置換は、ポリペプチド中のアミノ酸を類似の特性の別のアミノ酸により置換するものである。典型的には、保存的置換には、脂肪族アミノ酸Ａｌａ、Ｖａｌ、ＬｅｕおよびＩｌｅ間の置換、ヒドロキシ残基ＳｅｒおよびＴｈｒの相互置換、酸性残基ＡｓｐおよびＧｌｕの交換、アミド残基ＡｓｎおよびＧｌｎの置換、塩基性残基ＬｙｓおよびＡｒｇの交換、ならびに芳香族残基Ｐｈｅ、Ｔｙｒ間の置換がある。この点において、さらに好ましい具体例は、１個またはそれ以上の本発明ＨＳＶ−２ポリペプチドのアミノ酸配列を有する変種、アナログおよびフラグメントであり、少しの、５ないし１０個、１ないし５個、３、２、１個のアミノ酸残基が置換、付加または欠失（それらはＨＳＶ−２蛋白の特性および活性を変化させない）されている、あるいはされていないものを包含する。また、この点において、保存的置換が特に好ましい。最も好ましいのは、置換のない、表１〜４のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。本発明はまた、Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ［式中、アミノ末端のＸは水素であり、カルボキシル末端のＹは水素または金属であり、Ｒ₁およびＲ₃はいずれかのアミノ酸残基または修飾アミノ酸残基であり、ｍおよび／またはｎは１〜２０００の整数または０であり、Ｒ₂は本発明のアミノ酸配列、特に表１、２、３および４に示す群から選択されるアミノ酸配列を意味する］で示されるポリペプチドからなる、あるいはかかるポリペプチドを含むポリペプチドを包含する。上記の式中、Ｒ₂は、アミノ末端残基がその左側にあってＲ₁に共有結合し、そのカルボキシ末端残基がその右側にあってＲ₃に共有結合するように方向づけられる。ｍおよび／またはｎが１より大きい場合、Ｒ₁またはＲ₃のいずれかでで表されるアミノ酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいずれであってもよく、ヘテロポリマーが好ましい。本発明の他の好ましい具体例は、ｍおよび／またはｎが１ないし１０００または２０００の間の整数である。本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、好ましくは、単離形態で、しかも好ましくは、均一に精製された形態で提供される。本発明のポリペプチドは、表１〜４のポリペプチドの１つまたはそれ以上に対して少なくとも６０％、７０％または８０％の同一性を有するポリペプチド、好ましくは表１〜４のポリペプチドの１つまたはそれ以上に対して少なくとも９０％の同一性、さらに好ましくは表１〜４のポリペプチドの１つまたはそれ以上に対して少なくとも９５％の類似性（さらに好ましくは表１〜４のポリペプチドの１つまたはそれ以上に対して少なくとも９５％の同一性）、そのうえさらに好ましくは図２（配列番号２）のポリペプチドに対して少なくとも９５％の類似性（そのうえさらに好ましくは９５％の同一性）を有するポリペプチドを包含し、また一般に少なくとも３０個のアミノ酸、さらに好ましくは少なくとも５０個の連続アミノ酸を含むポリペプチドのそのような部分を有する、かかるポリペプチドの部分も包含する。本発明のポリペプチドについて上記した使用に加え、以下の適用もまた本発明の意図するところである。なかでも、酵素的活性または構造的機能性を有する本明細書で開示するポリペプチドまたはその一部は、スクリーニングおよび治療のためにこれらのタンパク質の源として有用である。かかるポリペプチドを、例えば、公知の機能を有するタンパク質（例えば、ヘリカーゼ、キナーゼ、プロテアーゼ）をコードするＨＳＶＩポリペプチドに対する相同性により同定してもよい。相同性マッチにより予想される機能性に基づく、スクリーニングまたは治療用の本発明のポリペプチドの使用は、本発明の特に好ましい態様である。本発明の寄託株ＡＴＣＣＶＲ−２５２６由来のポリペプチドもまた、公のドメインにおいて他のＨＳＶ−２株由来の配列との比較に用いることができ、たとえば、本発明のポリペプチドの株ＨＧ５２との比較は、毒性因子の発見において有用である、というのは、ＨＧ５２はマウスおよびモルモット感染モデルにおいて無毒であり、ＨＳＶ−ＳＢ５は毒性であるからである。同様に、株ＭＳおよびＳＢ５巻の動物モデルにおいてＣＮＳ病因において大きく異なるため、株ＭＳ由来の公のドメインホモログは、毒性因子の発見に有用である。標準的なアミノ酸の一文字および三文字標記に加えて、用語「Ｘ」または「Ｘａａ」も用いる。「Ｘ」または「Ｘａａ」は、２０個の天然のアミノ酸のいずれがポリペプチド配列の指定された位置に存在してもよいことを意味する。フラグメント本発明のポリペプチドのフラグメントまたは部分は、ペプチド合成により対応する完全長のポリペプチドを製造するのに用いることができる；したがって、該フラグメントは、完全長のポリペプチドを製造するための中間体として利用することができる。本発明のポリヌクレオチドのフラグメントまたは部分を用いて本発明の完全長のポリヌクレオチドを合成することができる。また、本発明のこの態様のうち好ましい具体例は、ＨＳＶ−２のフラグメント、とりわけ表１−４に列挙したアミノ酸配列を有するＨＳＶ−２のフラグメントおよびその変種または誘導体を有してなるポリペプチドである。この点において、フラグメントは、全体として、前記したＨＳＶ−２ポリペプチドおよびその変種または誘導体のアミノ酸配列と部分的に同じであるが、全てが同じではない、アミノ酸配列を有するポリペプチドである。かかるフラグメントは、「自立しており」、すなわち、他のアミノ酸またはポリペプチドの一部ではなく、または融合していてもよく、あるいはフラグメントが一部分もしくは一領域を形成する大型のポリペプチド内に含まれていてもよい。大型のペプチド内に含まれる場合、ここでいうフラグメントは、最も好ましくは、単一の連続した領域を形成してもよい。しがし、数個のフラグメントは、単一のより大型のポリペプチドに含まれていてもよい。例えば、ある種の好ましい具体例は、宿主中で発現させるように設計された前駆体のポリペプチド中に含まれ、ＨＳＶ−２フラグメントのアミノ末端に融合した異種プレ−およびプロ−ポリペプチド領域を有し、該フラグメントのカルボキシル末端に融合した付加的な領域を有するＨＳＶ−２ポリペプチドのフラグメントに関する。したがって、本明細書にて意図する一の態様のフラグメントは、ＨＳＶ−２より由来の融合ポリペプチドまたは融合タンパク質の一部をいう。本発明のポリペプチドフラグメントの代表例は、例えば、約５−１５、１０− ２０、１５−４０、３０−５５、４１−７５、４１−８０、４１−９０，５０− １００、７５−１００、９０−１１５、１００−１２５および１１０−１４０、１２０−１５０、２００−３００、１−１７５、１−６００または１−１０００個のアミノ酸の長さである。言及することのできる本発明のポリペプチドフラグメントの代表例は、２０−２００個のアミノ酸のフラグメントである。この意味において、「約」とは、片方または両端において、特記された数およびそれよりも数個、５個、４個、３個、２個または１個だけアミノ酸が多いかまたは少ない範囲を含む。なかでも、本発明の特に好ましいフラグメントは、ＨＳＶ−２の末端切断変異体である。末端切断変異体には、表１−４のアミノ酸配列を有するＨＳＶ−２ポリペプチド、またはアミノ末端またはカルボキシ末端を含む連続する一連の残基を含む連続する一連の残基（すなわち、連続する領域、一部または部分）の欠失、または、ダブル末端切断変異体として、１つがアミノ末端を含み、１つがカルボキシル末端を含む、２つの連続する一連の残基の欠失を除く、その改変体もしくは誘導体が包含される。上記した範囲の大きさを有するフラグメントもまた、末端切断フラグメントの好ましい具体例であり、一般に、特に好ましいフラグメントである。宿主細胞における本発明のポリペプチドの崩壊形態もまた好ましい。本発明のこの態様においてまた好ましいものは、ＨＳＶ−２の構造的または機能的特性により特徴付けられるフラグメントである。この点において本発明の好ましい具体例には、ＨＳＶ−２のアルファ−ヘリックスおよびアルファ−ヘリックス形成領域（「アルファ−領域」）、ベータ−シートおよびベータ−シート形成領域（「ベータ−領域」）、ターンおよびターン形成領域（「ターン−領域」）、コイルおよびコイル形成領域（「コイル−領域」）、親水性領域、疎水性領域、アルファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、表面形成領域および高い抗原インデックス領域が包含される。さらに好ましい領域は、ＨＳＶ−２の活性を媒介するものである。この点においてもっとも好ましいものは、同様な活性または改善された活性または減少された望ましくない活性を含め、特定のＨＳＶ−２タンパク質の化学的、生物化学的または他の活性を有するフラグメントである。常套的に、周知の方法によりフラグメントを作成し、フラグメントの活性を、本明細書において挙げるような慣用のアッセイにおいて天然のタンパク質と比較する。この点においてより好ましいものは、配列において、位置において、または両方の配列において、表１に示す関連ポリペプチドなどの関連ポリペプチドの活性領域に相同性を有する領域を含むフラグメントである。これらの点において特に好ましいフラグメントは、上記したような末端切断フラグメントである。さらに好ましいポリヌクレオチドフラグメントは動物、特にヒトにおいて、抗原性または免疫原性であるものである。本発明は、なかでも、上記したフラグメントをコードするポリヌクレオチド、フラグメントをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチド、特にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、フラグメントをコードするポリヌクレオチドを増幅するためのＰＣＲプライマーなどのポリヌクレオチドである。これらの点において、好ましいポリヌクレオチドは、上記した好ましいフラグメントに対応するものである。ベクター、宿主細胞、発現本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたは複数のポリヌクレオチドを含むベクター、本発明のベクターで遺伝子操作される宿主細胞および組換え技術による本発明のポリペプチドの製造にも関する。宿主細胞は、遺伝子操作して、ポリヌクレオチドを組み込み、本発明のポリペプチドを発現することができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、トランスベクション、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、トランスダクション、スクレープ・ローディング、弾道導入、感染または他の方法により行うことができる。かかる方法は多くの標準的実験室マニュアル、例えば、Davisら、Basic Methods in Molecular Biology，(1986)およびSambrookら、Molecular Cloning;A Laborator y Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク（1989）に記載されている。宿主細胞内のポリヌクレオチド構築物を従来の方法に用いて、組換え配列によりコードされる遺伝子産物を製造することができる。また、本発明のポリペプチドは従来のペプチド合成により合成的に製造できる。成熟蛋白は、哺乳動物細胞、酵母、細菌または他の細胞中、適当なプロモーターの制御下で発現させることができる。無細胞翻訳系を用いて、本発明のＤＮＡ構築物に由来するＲＮＡを用いてかかる蛋白を製造することもできる。原核および真核生物宿主で用いる適当なクローニングおよび発現ベクターは、Sambrookら、Molecular Cloning：A Laboratory Manual,第２版、コールド．スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク（1989）に記載されている。本発明のこの態様によれば、ベクターは、例えば、プラスミドベクター、一本鎖または二本鎖ファージベクター、一本鎖または二本鎖ＲＮＡまたはＤＮＡウイルスベクターであってもよい。プラスミドは、一般に、当業者に馴染みの標準的命名法に従って、小文字ｐを前に、および／または大文字および／または数字が続くようにデザインされている。本明細書に記載の出発プラスミドは、市販されているか、汎用されているか、または周知の公知操作を常套的に適用することにより利用可能なプラスミドより構築することができる。本発明に従って用いることのできる、多くのプラスミドおよび他のクローニングおよび発現ベクターが周知であり、当業者であれば容易に利用することもできる。ある点において、とりわけ好ましいベクターは、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチの発現のためのベクターである。一般に、かかるベクターは、発現させるべきポリヌクレオチドに機能的に連結した、宿主における発現に有効なシス作用調節領域を含む。適当なトランス作用性因子は宿主により供給されるか、補足ベクターにより供給されるか、または宿主への導入時にベクター自身により供給されるかのいずれかである。この点におけるある好ましい具体例では、ベクターは特異的発現を提供する。かかる特異的発現は、誘導可能な発現であるか、もしくはあるタイプの細胞でのみ起こる発現であるか、または誘導可能かつ細胞特異的な発現であってもよい。誘導可能なベクターのうち、特に好ましいベクターは、温度および栄養添加物などの操作が容易である環境因子により発現を誘導できるベクターである。本発明のこの態様に適当な種々ベクターは、原核および真核宿主で用いられる構成的および誘導可能な発現ベクターを含め、当業者に周知であり、かつ慣用されている。非常に多くの種類の発現ベクターを用いて、本発明のポリペプチドを発現できる。かかるベクターには、とりわけ染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクター、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキュロウイルス、ＳＶ４０などのパポバウイルス、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、ニワトリポックスウイルス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来のベクター、ならびにコスミドおよびファージミド (phagemids)のプラスミドおよびバクテリオファージ遺伝的エレメント由来のベクターのごとき、その組み合わせに由来するベクターがあり、全て本発明のこの態様に準じた発現に用いることができる。一般に、宿主にてポリペプチドを発現するためにポリヌクレオチドを保持、伸長または発現するのに適したいずれのベクターも、この点における発現に使用できる。適当なＤＮＡ配列は、例えば、Sambrookら、Molecular Cloning；A Laborator y Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク（1989）に記載されている方法などの種々の周知かつ慣用的技法によりベクターに挿入できる。発現ベクターにおけるＤＮＡ配列は、例えば、プロモーターを含め、適当な発現調節配列（複数でも可）に機能的に連結し、ｍＲＮＡ転写を指令する。かかるプロモーターの代表例としては、ファージラムダＰＬプロモーター、イー・コリ・ｌａｃ、ｔｒｐおよびｔａｃプロモーター、ＳＶ４０初期および後期プロモーターならびにレトロウイルスＬＴＲのプロモーターが挙げられるが、これらに限定されない。一般に、発現構築物は転写開始および終止部位を含み、転写された領域では翻訳のためのリボソーム結合部位を含む。構築物により発現される成熟転写物のコーディング部分は、開始部分に翻訳開始ＡＵＧ、そして翻訳されるべきポリペプチドの終末部分に適当に位置する終止コドンを含む。加えて、構築物は、発現を制御および誘起する調節領域を含有してもよい。一般に、多くの常套手段によれば、かかる領域は、転写、例えばとりわけ転写因子、レプレッサー結合部位および終止部位を調節することにより機能するであろう。増幅および発現のためのベクターは、一般に、選択可能なマーカーおよび増幅領域、例えば、Sambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク（1989）に記載されている領域を有するであろう。適当な宿主の代表例は、細菌細胞、例えばストレプトコッカス（連鎖球菌）、スタフィロコッカス（ブドウ球菌）、イー・コリ（大腸菌）、ストレプトマイセスおよびバチルス・ズブチリス細胞；真菌細胞、例えば酵母細胞およびアスペルギルス細胞；昆虫細胞、例えばドロソフィラＳ２およびスポドプテラＳｆ９細胞；動物細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボーウェス（Bows）黒色腫細胞；ならびに植物細胞を包含する。市販されている以下のベクターを例示として示す。細菌中で使用するのに好ましいベクターには、キアゲン（Qiagen）より入手可能なｐＱＥ７０、ｐＱＥ６０およびｐＱＥ−９；ストラタジン（Stratagene）より入手可能なｐＢＳベクター、ファージェスクリプト(Phagescript)ベクター、ブルースクリプト(Bluescript )ベクター、ｐＮＨ８Ａ、ｐＮＨ１６ａ、ｐＮＨ１８ＡおよびｐＮＨ46Ａ；ならびにファルマシア（Pharmacia）より入手可能なｐｔｒｃ９９ａ、ｐＫＫ２２３ −３、ｐＫＫ２３３−３、ｐＤＲ５４０、ｐＲＩＴ５；およびｐＢＲ３２２（ＡＴＣＣ３７０１７）がある。好ましい真核生物ベクターには、ストラタジンより入手可能なｐＷＬＮＥＯ、ｐＳＶ２ＣＡＴ、ｐＯＧ４４、ｐＸＴ１およびｐＳＧ；ならびにファルマシアより入手可能なｐＳＶＫ３、ｐＢＰＶ、ｐＭＳＧおよびｐＳＶＬがある。これらのベクターは単に多くの市販されている周知のベクターを例示するために列挙してあるにすぎず、本発明のこの態様に従って使用するのに、当業者に入手可能なベクターである。宿主にて本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドを、例えば、導入、保持、伸長または発現するのに適した他のプラスミドまたはベクターが、本発明のこの態様において使用できることは理解されよう。制限部位または候補プロモーターフラグメント、すなわちプロモーターを有するかもしれないフラグメントを導入するための部位の下流に、プロモーター領域を欠いたリポーター転写ユニット、例えばクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（「ＣＡＴ」）転写ユニットを含有するベクターを用いて、いずれか望ましい遺伝子からプロモーター領域を選択することができる。周知のように、プロモーター含有フラグメントをｃａｔ遺伝子の上流の制限部位でベクターに導入すると、ＣＡＴ活性の産生を引き起こし、その活性は標準的なＣＡＴアッセイにより検出できる。ｐＫＫ２３２−８およびｐＣＭ７などのこの目的に適するベクターが周知であり、容易に入手可能である。本発明のポリヌクレオチドを発現するためのプロモーターには、周知の容易に入手できるプロモーターのみならず、リポーター遺伝子を用いて前記の技術により容易に得ることができるプロモーターもある。本発明に係るポリヌクレオチドおよびポリペプチドの発現に適した公知の原核生物プロモーターには、E.coliのｌａｃＩおよびｌａｃＺならびにプロモーター、Ｔ３およびＴ７プロモーター、ｇｐｔプロモーター、ラムダＰＲ、ＰＬプロモーターおよびｔｒｐプロモーターがある。この点において適当な公知の真核生物プロモーターには、ＣＭＶ即時型プロモーター、ＨＳＶチミジンキナーゼプロモーター、初期および後期ＳＶ４０プロモーター、レトロウイルスＬＴＲのプロモーター、例えばラウス肉腫ウイルス（「ＲＳＶ」）のプロモーターならびにメタロチオネインプロモーター例えばマウス・メタロチオネイン−Ｉプロモーターがある。組換え発現ベクターは、例えば、複製起点、好ましくは、高発現遺伝子に由来し、下流の構造配列の転写を指令するプロモーターおよびベクターに暴露した後の細胞を含有するベクターの単離を可能とする選択可能なマーカーを含む。本発明のポリペプチドの異種構造配列をコードする本発明のポリヌクレオチドを、一般に、標準法を用いてベクターに挿入し、発現用プロモーターに機能的に連結させる。ポリヌクレオチドを、転写開始部位がリボソーム結合部位に対して適当に５’側にあるように位置させる。リボソーム結合部位は、発現させるべきポリペプチドの翻訳を開始するＡＵＧの５’側にある。一般に、開始コドン（通常にはＡＵＧ）から始まり、リボソーム結合部位および開始ＡＵＧの間にある、他の読み枠はない。また、一般に、ポリペプチドの末端に翻訳停止コドンがあり、真核生物宿主で用いられる構築物中に、ポリアデニル化シグナルがあるであろう。転写領域の３’末端に適当に配置される転写終止シグナルはまた、ポリヌクレオチド構築物に含まれていてもよい。翻訳蛋白を、小胞体、ペリプラスム空間または細胞外環境へ分泌するために、適当な分泌シグナルが発現するポリペプチドに組み込まれていてもよい。これらのシグナルはポリペプチドに内在性であってもよく、または異種シグナルであってもよい。ポリペプチドは、修飾された形態、例えば融合蛋白の形態で発現してもよく、分泌シグナルのみならず付加的な異種機能性領域を有していてもよい。このように、例えば付加アミノ酸、特に荷電アミノ酸の領域を、ポリペプチドのＮ−末端に付加し、精製中またはその後の操作および貯蔵中の、宿主細胞内での安定性および持続性を改善する。また、精製を容易にするために、ポリペプチドに領域を付加することもできる。かかる領域はポリペプチドの最終的な調製の前に除去できる。ペプチド部分をポリペプチドに付加し、とりわけ、分泌または放出を誘起し、安定性を改善するかまたは精製を容易にするのは、当該分野でよくあることであり、慣用される技術である。好ましい融合蛋白は、ポリペプチドを可溶化または精製するのに有用な免疫グロブリンに由来する異種領域を含む。例えばＥＰ −Ａ−０４６４５３３（カナダ国の対応特許２０４５８６９）は、免疫グロブリン分子の定常領域の種々の部分と、別の蛋白またはその一部とからなる融合蛋白を開示する。薬物の開発において、例えば、蛋白を、高処理能力スクリーニングアッセイの目的で抗体のＦｃ部分と融合させ、アンタゴニストを同定することができる。D.Bennettら、Journal of Molecular Recognition,8巻：52-58（1995 ）およびK.Johansonら、The Journal of Biological Chemistry,270巻(16)：94 59-9471（1995）を参照のこと。ついで、典型的には、細胞を遠心分離により収穫し、物理的または化学的手段により破壊し、得られた粗抽出物をさらに精製するために保存する。蛋白の発現に用いた微生物細胞は、凍結−融解サイクル、ソニケーション、機械的破壊または細胞溶解剤の使用を含め、常法により破壊でき、かかる方法は当業者に周知である。哺乳動物発現ベクターは、複製起点、適当なプロモーターおよびエンハンサーを有していてもよく、さらにいずれかの必須リボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライスドナー部位およびアクセプター部位、転写終止配列および発現に必要な５’非転写配列を有していてもよい。ｓｐｓＢポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール沈殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマトグラフィーを含む、周知方法により、組換え細胞培養物から回収かつ精製できる。最も好ましくは、高性能液体クロマトグラフィーを精製に用いる。ポリペプチドが単離および／または精製中に変性する場合、再び活性なコンホーメーションを得るために、蛋白を再生するための周知の技術を用いてもよい。ポリヌクレオチドアッセイ本発明はまた、例えば診断用試薬として相補的ポリヌクレオチドを検出するためのＨＳＶ−２ポリヌクレオチドの使用にも関する。真核生物、特に哺乳動物、特にヒトにおいてＨＳＶ−２ポリヌクレオチドを検出することにより、疾患の診断方法が得られるであろう。ＨＳＶ−２に感染した真核生物（本明細書において「個体」とも称する）、特に哺乳動物、特にヒトを、種々の技術により、ＤＮＡまたはＲＮＡレベルで検出できる。診断用の核酸は感染した個体の細胞および組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚から入手できる。ゲノムＤＮＡは検出に直接使用してもよく、または分析前にＰＣＲを用いて酵素的に増幅させてもよい（Saikiら、Nature324：163-166（1986））。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた同様に用いることができる。一例として、ＨＳＶ−２をコードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを用いて、ＨＳＶ−２の存在および／または発現を同定および分析できる。ＰＣＲを用いて、真核生物、特に哺乳動物、特にヒトに存在する原核生物の株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけできる。例えば、対照標準の配列の遺伝子型と比較し、増幅産物の大きさの変化により欠失および挿入を検出できる。点突然変異は増幅したＤＮＡを放射性標識したＨＳＶ− ２ＲＮＡに、また別法として放射性標識したＨＳＶ−２アンチセンスＤＮＡにハイブリダイゼーションさせることにより同定できる。完全に対合する配列は、ＲＮaseＡ消化により、または融解温度の差異により、誤対合二重らせんと区別できる。対照標準の遺伝子および突然変異を有する遺伝子間の配列の違いはまた、直接的ＤＮＡ配列決定により明らかにすることもできる。加えて、クローン化ＤＮＡセグメントを特異的ＤＮＡセグメントを検出するためのプローブとして用いることができる。かかる方法の感度は、ＰＣＲまたは別の増幅法を適宜使用することにより、非常に増強させることができる。例えば、配列決定プライマーを二本鎖ＰＣＲ生成物または修飾ＰＣＲにより生じた一本鎖鋳型分子と共に用いる。配列決定は、放射標識したヌクレオチドを用いる従来の方法により、または蛍光タグを用いる自動配列決定法により行うことができる。ＤＮＡ配列の差異に基づく遺伝的特徴付けは、変性剤を含むまたは含まないゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動度の変化を検出することにより達成できる。小さな配列の欠失および挿入は高分解ゲル電気泳動により可視化できる。種々の配列のＤＮＡフラグメントは、その個々の融解または部分的融解温度によって、種々のＤＮＡフラグメントの移動がゲル中の異なる位置で遅くなる、変性ホルムアミド勾配ゲル上にて区別できる（例えばMeyersら、Science,230:1242（1985 ）参照）。特異的な位置での配列の変化はまた、ＲＮaseおよびＳ１保護などのヌクレアーゼ保護アッセイまたは化学的切断法によって明らかにすることができる(例えば、cottonら、Proc.Natl.Acad.Sci.,USA,85:4397-4401（1985）)。このように、ハイブリダイゼーション、ＲＮase保護、化学的切断、直接的ＤＮＡ配列決定または制限酵素の使用、例えば、制限フラグメント長多形性(restr iction fragment length polymorphism「ＲＦＬＰ」）およびゲノムＤＮＡのサザンブロッティングなどの方法により、特異的ＤＮＡ配列を検出できる。従来のゲル電気泳動法およびＤＮＡ配列決定法に加えて、突然変異をまたインシトゥ分析（in situ analysis）により検出することもできる。本発明の遺伝子の突然変異または多形型を有する細胞をまた、例えば、抗原型決定を可能とする種々の技法により、ＤＮＡレベルで検出することもできる。診断用核酸を感染個体細胞、血液、尿、唾液、組織生検および剖検材料（これらに限らない）または上記もしくは他の源から単離され培養されたウイルスから得ることができる。ウイルスＤＮＡを検出に直接しよしてもよく、あるいは分析前にＰＣＲ（Saiki et al.，Nature，324:163-166(1986)）を用いて酵素により増幅してもよい。ＲＴ−ＰＣＲを突然変異を検出するのに使用できる。ＲＴ−ＰＣＲを、例えば、GeneScanなどの自動検出系と組み合わせて用いるのが特に好ましい。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用いることができる。一例として、ＨＳＶ−２をコードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを変異を同定および分析するのに用いることができる。例えば、欠失および挿入を、増幅生成物のサイズ変化により検出することができる（正常遺伝子型と比較する）。増幅ＤＮＡを放射性標識ＲＮＡまたは放射性標識アンチセンスＤＮＡ配列とハイブリダイゼーションさせることにより点突然変異を同定することができる。ＲＮａｓｅＡ消化または融解温度の相異により、完全に合致した配列をミスマッチ２本鎖から区別することができる。これらのプライマーを、個体由来の試料から単離されたＨＳＶ−２ＤＮＡの増幅に使用し、ついで、ＤＮＡ配列を調べる種々の手法に供してもよい。このようにして、ＤＮＡ中の変異を検出することができる。ポリペプチドアッセイ本発明はまた、正常および異常なレベルの測定を含め、細胞および組織中のＨＳＶ−２蛋白のレベルを検出するための定量および診断アッセイなどの診断アッセイに関する。このように、例えば、正常な対照標準の組織サンプルと比較し、ＨＳＶ−２蛋白の過剰発現を検出することについて本発明に係る診断アッセイを用いて、感染の存在を検出することができる。宿主由来のサンプル中のＨＳＶ− ２蛋白のレベルを測定するために用いることができるアッセイ技法は当業者に周知である。かかるアッセイ方法は、ラジオイムノアッセイ、競争結合アッセイ、ウエスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイを包含する。このうちＥＬＩＳＡが好ましい。ＥＬＩＳＡアッセイではまず、ＨＳＶ−２に特異的な抗体、好ましくはモノクローナル抗体を調製する。加えて、一般に、モノクローナル抗体に結合するリポーター抗体が調製される。リポーター抗体は放射活性、蛍光または酵素試薬、この例においてはセイヨウワサビ・ペルオキシダーゼなどの検出可能な試薬に結合する。抗体ポリペプチド、そのフラグメントもしくは他の誘導体、またはそのアナログ、またはそれらを発現する細胞は、それらに対する抗体を生成する免疫原として用いることができる。本発明は、例えば、モノクローナルおよびポリクローナル抗体、キメラ、一本鎖およびヒト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントまたはＦａｂ発現ライブラリーの産物を包含する。発明の配列に対応するポリペプチドに対して得られる抗体は、ポリペプチドを、動物に直接注射するかまたは該ポリペプチドを動物、好ましくはヒト以外の動物に投与することにより得ることができる。このようにして得られた抗体はポリペプチドその物と結合する。この方法ではポリペプチドのフラグメントのみをコードする配列でさえも、元のポリペプチド全体に結合する抗体の生成に用いることができる。かかる抗体を用いて、ポリペプチドを発現する組織から該ポリペプチドを単離することができる。モノクローナル抗体を調製するには、連続的細胞系培養により産生される抗体を提供する当該分野において公知のいずれかの技術を用いることができる。例えば、Kohler,G.およびMilstein,C.,Nature,256：495-497（1975）；Kozborら、Im munology Today,4：72（1983））；Coleら、Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,Alan R Liss,Inc.、77-96頁（1985）に記載の方法などの種々の方法が挙げられる。一本鎖抗体の生成のために記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）を適用して、本発明の免疫原性ポリペプチド産物に対する一本鎖抗体を産生することができる。また、トランスジェニックマウスまたは他の哺乳動物などの他の生物を用いて、本発明の免疫原性ポリペプチド産物に対するヒト化抗体を発現させることができる。別法として、ファージディスプレイ技術を利用して、抗ＳｐｓＢの保持に関してスクリーニングしたヒト由来のリンパ球のＰＣＲ増幅したｖ−遺伝子のレパートリー由来の、または未処理のライブラリー由来のポリペプチドに対する結合活性を有する抗体遺伝子を選択することができる(McCafferty,J.ら、Nature 348： 552-554（1990）；Marks,J.ら、Biotechnology 10：779-783（1992））。これらの抗体の親和性は、チェーンシャフリング（chain shuffling）（Clackson,T.ら、Nature 352：624-628（1991））により改善することもできる。２つの抗原結合ドメインがあるならば、各ドメインを、「二特異的」抗体と称される、異なるエピトープに向けることができる。前記の抗体を用いて、本発明のポリペプチドを発現するクローンを単離もしくは同定し、アフィニティクロマトグラフィーにより該抗体を単離および／または精製するための固体支持体に結合させることで、該ポリペプチドを精製することができる。従って、とりわけＨＳＶ−２に対する抗体を用いて、感染、特にウイルス感染、詳細にはＨＳＶ−２感染を抑制および／または治療してもよく、あるいは抗生物質療法の有効性をモニターしてもよい。ポリペプチド誘導体は、本発明の特定の態様を形成する、抗原的に、エピトープ的にまたは免疫学的に等価な誘導体を包含する。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導体」なる用語は、本発明に従って、蛋白またはポリペプチドに対して生成された場合、病原体および哺乳動物宿主間での即時的な物理的相互作用を妨げるある種の抗体により特異的に認識されるであろうポリペプチドまたはそれの同等物を包含する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」なる用語は、脊椎動物において抗体を誘起させるのに適した処方にて用いた場合、抗体が病原体および哺乳動物宿主間での即時的な物理的相互作用を妨げるように作用するペプチドまたはその同等物を包含する。ポリペプチド、例えば抗原的または免疫学的に等価な誘導体またはその融合蛋白は、マウスまたはその他の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫するための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチドに安定性を付与できる。抗原は、例えば、接合することにより、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ・血清アルブミン(ＢＳＡ)またはキーホール・リムペット・ヘモシアニン(keyhole limpe t haemocyanin：ＫＬＨ）に結合させることができる。別法として、蛋白もしくはポリペプチド、またはその抗原的もしくは免疫学的に等価なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原性ペプチドは、免疫原生を改良するために十分な抗原性を有しており、キャリヤーを使用しなくてすむ。抗体またはその誘導体を修飾して、個体における免疫原性を低下させるのが好ましい。例えば、個体がヒトである場合、抗体は「ヒト化」されているのが最も好ましく；その場合、ハイブリドーマ由来の抗体の相補性決定領域（複数でも可）がヒト・モノクローナル抗体に移されており、例えば、Jones，P.ら、Nature 321：522-525（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273（1991）に記載されている。上記抗体試薬は、抗体抑制の研究、免疫沈降の研究、スーパーシフトの研究および類似の手法により、遺伝子の生物学的役割の評価にも有用である。こえっらの研究は、薬剤標的として有用でありうる新規蛋白：蛋白相互作用に発見を導く可能性がある。上記抗体試薬は、、ＤＮＡ配列からは予想できない新規ウイルス蛋白の同定を導く可能性があり、該蛋白は新規薬剤標的となりうる。ＨＳＶ−２結合分子およびアッセイ：本発明は、また、ＨＳＶ−２に結合する結合分子のごとき分子の同定方法を提供する。結合タンパク質のごときＨＳＶ−２に結合するタンパク質をコードする遺伝子は、当業者に既知の多数の方法、例えば、リガンドパンニングおよびＦＡＣＳソーティングによって同定できる。かかる方法は、例えば、Coliganら、Cur rent Protocols in Immunology 1(2)：Chapter 5（1991）のごとき多くの研究室マニュアルに記載されている。例えば、発現クローニングをこの目的に使用してもよい。そのために、ポリアデニル化ＲＮＡを細胞発現ＨＳＶ−２から調製し、ｃＤＮＡライブラリーを該ＲＮＡから作成し、ライブラリーをプールに分け、プールをＨＳＶ−２を発現していない細胞中に個々にトランスフェクトする。次いで、トランスフェクトした細胞を標識化ＨＳＶ−２に曝露する。ＨＳＶ−２は、放射性ヨウ素化または部位− 特異的プロテインキナーゼの認識部位の封入の標準的方法を包含する様々なよく知られた技術によって標識できる。曝露後、細胞を固定し、ＨＳＶ−２の結合を測定する。これらの手法は、従来、ガラススライド上で行われる。別法で、標識化リガンドを、結合分子のごときそれが結合する分子を発現する細胞から調製された膜または膜抽出物のごとき細胞抽出物に光親和性結合できる。架橋物質をポリアクリルアミドゲル電気泳動（「ＰＡＧＥ」）によって分解し、Ｘ線フィルムに曝露する。リガンド結合を含有する標識化複合体を切り出し、ペプチドフラグメントに分解し、タンパク質微量配列決定に処することができる。微量配列決定から得られたアミノ酸配列を用いて、特有または縮重オリゴヌクレオチドプローブを設計して、ｃＤＮＡライブラリーをスクリーンし、推定の結合分子をコードする遺伝子を同定することができる。また、本発明のポリペプチドを用いて、細胞または無細胞調製物においてＨＳＶ−２結合分子のＨＳＶ−２結合能力を評価することができる。また、本発明のポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞調製物、化学ライブラリーおよび天然物混合物において小型分子基質およびリガンドの結合を評価してもよい。これらの基質およびリガンドは、天然基質およびリガンドであってもよく、または、構造的もしくは機能的模倣物であってもよい。本発明は、また、本明細書中で標的として選択されるタンパク質を干渉する薬物を同定するための薬物のスクリーニング方法であって、試験薬物によるタンパク質の活性の干渉を測定することからなる方法を提供する。例えば、選択されたタンパク質が触媒活性を有するならば、適当な精製および処方後に、酵素活性は、その天然基質を転換する能力に従い得る。異なる化学的に合成された試験化合物または天然物を酵素活性のかかるアッセイに組み込むことによって、天然物と拮抗するまたは他の方法で酵素活性を阻害する添加物を検出することができる。本発明は、また、それにより同定されるアクチベーターおよびインヒビターに関する。本発明の別の態様は、遺伝的免疫化におけるポリヌクレオチドの使用に関し、好ましくは、プラスミドＤＮＡの筋肉への直接的注射(Wolffら、Hum．Mol．Gene t．1:363(1992)；Manthorpeら、Hum．Gene Ther．4:419(1963))、特異的タンパク質担体と複合したＤＮＡのデリバリー(Wuら、J．Biol．Chem．264:16985(1989 ))、ＤＮＡとリン酸カルシウムの共沈(Benvenisty & Reshef，Proc．Nat’l．Ac ed．Sci．USA，83:9551(1986))、様々な形態のリポソーム中のＤＮＡの被包(Kan edaら、Science 243:375(1989))、粒子爆撃(Tangら、Nature 356:152(1992));Ei senbraunら、DNA Cell Biol．12:791(1993)およびクローン化レトロウイルスベクターを用いるイン・ビボ感染（Seegerら、Proc．Nat’l Acad．Sci．USA，91: 5849(1984)）のごとき適当なデリバリー方法を用いるであろう。筋肉トランスフェクションに適当なプロモーターは、ＣＭＶ、ＲＳＶ、ＳＲａ、アクチン、ＭＣＫ、アルファグロビン、アデノウイルスおよびジヒドロホレートレダクターゼを包含する。治療または予防において、活性化剤、すなわち、ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは本発明のインヒビターを注射可能な組成物、例えば、滅菌水性分散液、好ましくは等張液として患者に投与してもよい。ワクチン本発明の別の態様は、個体、特に哺乳動物において免疫学的応答を誘発する方法であって、該個体を感染、特にＨＳＶ−２感染から保護するための抗体を生産するのに十分なＨＳＶ−２ポリペプチド、またはその抗原性フラグメントもしくは変種を個体に接種することからなる方法に関する。本発明のまた別の態様は、個体において免疫学的応答を誘発する方法であって、遺伝子治療によって、該個体を疾患から保護するための抗体を生産するための免疫学的応答を誘発するために、ＨＳＶ−２、またはそのフラグメントもしくは変種をイン・ビボで発現するためのＨＳＶ−２をコードする遺伝子、またはその抗原性フラグメントもしくは変種をデリバーすることからなる方法に関する。本発明のさらなる態様は、宿主内に免疫学的応答を誘発可能なまたは誘発している宿主に導入する場合、ＨＳＶ−２またはそれからコードされるタンパク質に対する免疫学的応答を誘発する免疫学的組成物であって、該ＨＳＶ−２またはそれからコードされるタンパク質をコードし、発現するＤＮＡを含んでなる組換えＨＳＶ−２またはそれからコードされるタンパク質を含んでなる組成物に関する。ＨＳＶ−２またはそのフラグメントは、それ自身で抗体を産生できないが、第１のタンパク質の安定化ならびに免疫的および保護的性質を有するであろう融合タンパク質の生産が可能なコ−タンパク質と融合してもよい。該融合組換えタンパク質は、好ましくは、さらに、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベータ−ガラクトシダーゼのごとき抗原性コ−タンパク質、タンパク質を可溶化し、その生産および精製を容易にする比較的大きなコ−タンパク質を含んでもよい。さらに、コ−タンパク質は、免疫系の全身性の刺激を提供する意味で、アジュバントとして作用し得る。コ−タンパク質は、第１タンパク質のアミノまたはカルボキシ末端のいずれかに結合し得る。本発明は、また、適当な担体と一緒に免疫原性組換えタンパク質を含んでなるワクチン製剤も包含する。タンパク質は胃で分解され得るので、好ましくは、皮下、筋内、静脈内または皮内投与を包含する局所投与する。非経口投与に適当な製剤は、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤および個体の体液、好ましくは血液と等張の製剤を与える溶質を含有してもよい水性および非水性の滅菌注射溶液；ならびに懸濁化剤または濃化剤を含んでもよい水性および非−水性滅菌懸濁液を包含する。製剤は、単位投与量または複数の投与量容器、例えば、密閉アンプルおよびバイアル中に与えられ、使用直前に滅菌液体担体の添加のみ必要な凍結乾燥状態で貯蔵してもよい。ワクチン製剤は、また、水中油型系および当該分野で既知な他の系のごとき製剤の免疫原性を増加させるアジュバント系を包含する。投与量は、ワクチンの特異的活性に依存し、慣用的な実験によって難なく測定できる。本発明は、特定のＨＳＶ−２ポリペプチドに関して記載するが、天然タンパク質ならびに組換えタンパク質の免疫原性に実質的に影響を与えない付加、欠失または置換を有する類似のタンパク質（例えば、７５％以上相同な配列を有する）のフラグメントを包含することが理解されるべきである。組成物本発明は、また、前記のポリヌクレオチドまたはポリペプチドあるいはインヒビターを含んでなる組成物に関する。従って、本発明のポリペプチドは、非−滅菌または滅菌担体または細胞、組織もしくは生物用担体（例えば、対照に投与するための適当な医薬担体）と一緒に使用してもよい。このような組成物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明のポリペプチド、および医薬上許容できる担体または賦形剤からなる。このような担体は、食塩水、緩衝食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノールおよびそれらの組み合わせを包含するが、これらに限定するものではない。処方は投与法に適合させなければならない。キット本発明はさらに、前記した本発明の組成物の成分を１またはそれ以上を充填した１またはそれ以上の容器からなる診断用および医薬用パックおよびキットに関する。このような容器（複数でも可）に、医薬または生物学的生成物の製造、使用または販売を規制する政府機関により規定された形態の、ヒトへの投与用の産物の製品、使用または販売に関する該政府機関の承認を示す注意書きを添付することができる。投与本発明のポリペプチドおよび他の化合物は、単独でまたは治療用化合物などの他の化合物と組み合わせて用いることができる。医薬組成物は、例えば、とりわけ局所、経口、経肛門、経膣、静脈内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内または皮内の経路を含め、効果的な、都合のよい方法で投与できる。一般的には、特定の症状の治療または予防に有効な量の医薬組成物を投与する。症状、その重さ、投与経路、合併症等を考慮して、各治療様式および症状に関する標準的方法により、最適用量を決定する。治療において、あるいは治療薬として、有効成分を注射可能組成物として、例えば、滅菌水性分散物（好ましくは等張）として個体に投与してもよい。別法として、組成物を局所投与用、例えば軟膏、クリーム、ローション、点眼薬、点耳薬、洗口剤、含浸包帯および縫合糸およびエアロゾルとして処方してもよく、適当な慣用的添加物（例えば、保存料、薬剤浸透を促進する溶媒、軟膏およびクリーム中の保湿剤等がある）を含有してもよい。かかる局所処方は適合する慣用的探知、例えば、クリームまたは軟膏基材、およびローション用にはエタノールまたはオレイルアルコールを含有してもよい。かかる担体は処方重量の１％ないし９８％を占めてもよく、より通常には、処方の約８０％までを占めるであろう。哺乳動物、特にヒトに投与するには、一日の活性薬剤の用量は、０.０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにしても、個体に最も適した実際の用量は医者により決定され、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも本発明の範囲内である。別法として、本発明の組成物は挿入直前に内在装置を浸すのに使用できる。便利には、ワクチン組成物は注射可能形態である。慣用的アジュバントを用いて免疫応答を促進してもよい。ワクチン投与に適する用量は０．５〜５ｍｇ／ｋｇの抗原であり、かかる用量を、好ましくは、１日１〜３回、１〜３週間にわたり投与する。指示した用量範囲で、本発明の化合物では、その化合物の適当な個体への投与を妨げる、有害な毒作用は何も観察されない。下記実施例の理解を容易にするために、特定の頻出方法および／または用語を説明する。実施例１超−精製単純ヘルペス２ウイルスＤＮＡの調製：このプロトコールは、配列決定用の、単純ヘルペスウイルスタイプ２株ＳＢ５ＤＮＡの調製を記載する。これは、両者とも修飾されている２つのプロトコールの組み合わせである。パートＩは、宿主細胞ＤＮＡからのウイルスＤＮＡの粗精製を記載し(Hirt，B.，J．Mol．Biol．26:365-369(1967))、パートＩＩは、塩化セシウム（ＣｓＣｌ）勾配を介するウイルスＤＮＡの超−精製を記載する(Vinog rad J,et al.，Proc．Nat’l．Acad．Sci.(USA)2:902-910(1963))。Ｉ．宿主ＤＮＡからのウイルスＤＮＡの分離（Hirt¹からの修飾）事前にローラーボトル（１×１０⁸細胞／ボトル）に播いたベロ細胞（ＡＴＣＣＣＣＬ８１）の融合性単一層を、ＨＢＳＳ中、ＭＯＩ＝０．０１でＨＳＶ −２株ＳＢ５で感染させた。１時間後、ウイルス接種物を回収し、正常な培地を添加した（ＤＭＥＭ、１０％ＦＣＳ）。感染の約４０〜４８時間後、感染した単一層を破片として集め、１０ｍｌの冷１×ＰＢＳ中に置いた。続く工程用に、感染細胞の３つのローラーボトルを合した（３×１０⁸細胞）。細胞を、２０００ｇ×５分で回転させた。上澄を除去し、細胞ペレットに２５ｍｌのＤＮＡ抽出緩衝液を添加した（０．２５％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１０ｍＭＥＤＴＡ、１０ｍＭＴｒｉｓｐＨ８．０）。溶解物を室温で１０分間混合した。ついで、溶解物に１ｍｌの５ＭＮａＣｌ（０．２Ｍ最終濃度）を添加し、さらに１５分間撹拌した。溶解物を１０，０００ｇで３０分間、４℃にて遠心分離した。ウイルスＤＮＡを含む上澄を取り、主に染色体ＤＮＡを含むペレットを廃棄した。上澄に、ＳＤＳを最終濃度０．５％に、プロテイナーゼＫを最終濃度１５０ｕｇ／ｍｌとなるように、添加した。これを４５℃にて２時間インキュベートした。２時間後、２．５容積の１００％エタノールを添加した。ウイルスＤＮＡを一晩−２０℃にて沈澱させた。沈澱物を１０，０００ｇにて３０分間、４℃にて遠心分離した。ペレットを７０％エタノールで一度洗浄し、３０分間空気乾燥させた。ついで、ペレットを２５０μｌのＴＥ（１０ｍＭＴｒｉｓ、ｐＨ７．５、２ｍＭＥＤＴＡ）中に再懸濁した。ＲＮａｓｅＡを最終濃度１０μｇ／ｍｌにまで添加し、３７℃にて１時間インキュベートした。ＳＤＳおよびプロテイナーゼＫをついで添加し（上記したように）、３７℃にて一晩インキュベートした。ＤＮＡをフェノール抽出し（２回）、クロロホルム抽出し（１回）、１／１０容積の３Ｍ酢酸ナトリウムおよび２．５容積の１００％エタノールを沈澱物に添加し、一晩−２０℃にて沈澱させた。翌日、沈澱物を１５，０００ｇ×２０分でスピンダウンさせた。ペレットを１回、７０％エタノールで洗浄し、簡単に空気乾燥させ、１ｍｌのＴＥに再懸濁した。ＩＩ．ＣｓＣｌ勾配によるウイルスＤＮＡの超精製（Vinogradら、前掲からの修飾）上記で調製したＤＮＡを含む５７％ｗ／ｗの塩化セシウム溶液を以下のように作成した：１ｍｌの上記で調製したウイルスＤＮＡに、９ｍｌのＴＥを全量が正確に１０ｍｌになるように添加した。これに、１３．２６ｇのＣｓＣｌを添加し溶解した。この溶液を超遠心チューブに添加し、ＶＴｉ４０ローター中で、３５，０００ｒｐｍで７２時間、２５℃にて回転させた。遠心分離後、チューブを勾配コレクター上に置き、底にあけた穴を介して、１５滴のフラクションを回収した。４つのチューブ毎の屈折率を屈折率測定器で調べた。ウイルスＤＮＡは、屈折率＝１．４０３〜１．４０１の間であった。Goldin A.L，et al.，J．Virol．＿ :50-58からのＨＳＶ DNAの密度範囲。Boyant density（ρ）＝ａη^25°−ｂ、ここで、係数ａおよびｂは、ＣｓＣｌについてそれぞれ１０．８６０１および１３．４９７４であり、η＝屈折率である（Isco tables，a handbook of data for biologic al and physical scientist，Isco，Inc．Lincoln，NE，ninth ed．1987）。適当なフラクションをプールし、３ＬのＴＥに対して、しばしば変えながら、一晩透析した。最終ＤＮＡ調製物を、１／１０容積の３Ｍ酢酸ナトリウムおよび２．５容積の１００％エタノールで沈澱させることにより濃縮した。ＤＮＡをＴＥ中に再懸濁し、ＯＤ_260/280読み取りを行った。ついで、ＤＮＡをSambrook，J et al．(1989)Chapter 13（前掲）に示されるように、または例えば、Applied Biosystems/Perkin Elmer，Foster City，CAなどの製造者のプロトコールにより自動化ＤＮＡ配列決定により、配列決定を行った。本発明の特定の好ましい個々のポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列を以下の表に要約する。表１、２および３は、３つの異なる配列決定の結果を表す。表４は、表３のＯＲＦによりコードされるポリペプチドを表す。表１は、本発明のポリヌクレオチドおよびＯＲＦによりコードされるポリペプチドを提供し、各ＯＲＦのポリヌクレオチド開始および終止位置は表において各所定のポリペプチドについて上記したポリヌクレオチド配列に相関する配列番号により示される。加えて、各ＯＲＦがコードするポリペプチド配列は、それがコードされるポリヌクレオチド配列のコンティグ番号とマッチするコンティグ番号で標識される。開始ポリヌクレオチド番号が終止ポリヌクレオチド番号よりも大きいＯＲＦの場合、そのポリペプチドの翻訳は表において示される鎖に相補的なヌクレオチド鎖上で開始する。多くの場合、個々のコンティグにマップされる１より多くのＯＲＦがある。コンティグアセンブリーを、公に利用可能なPharpプログラム、P.Green，University of Washington，WA.，U.S.Aを用いて行った。ＯＲＦ予測を、公に利用可能なGenMarkプログラム、Georgia Tech Research Cor p.，Georgia Tech，GA，U.S.A.を用いて行った。公知のタンパク質に対するポリペプチド配列のホモロジーもまた示す。これらのホモロジーを、J．Collins，Bi ocomputing Research Unit，University of Edinburghによる公共のデータベースMpsrch_pp，release 2.1（IntelliGenetics，Inc.により配給される）を用いて調べた。別々に行った配列決定から得られた表２は、本発明のポリヌクレオチドおよびＯＲＦによりコードされるポリペプチドを提供し、各ＯＲＦのポリヌクレオチド開始および終止位置は表において各所定のポリペプチドについて上記したポリヌクレオチド配列に相関する配列番号により示される。各々のＯＲＦがコードするポリペプチド配列は、それがコードされる、上記したポリヌクレオチド配列のコンティグ番号と一致するコンティグ番号で標識される。ヌクレオチド開始番号が終止番号よりも大きいＯＲＦの場合、そのポリペプチドの翻訳は表において示される鎖に相補的なヌクレオチド鎖上で開始する。コンティグアセンブリーを、公に利用可能なSequencher 3.0，Gene Codes Corp.，Ann Arbor MI，USA、ソフトウェアプログラムを用いて行った。ＯＲＦ予測を、共共で利用可能なGenMarkプログラム（表１参照）を用いて行った。公知のタンパク質に対するポリペプチド配列のホモロジーを示す。これらのホモロジーは、公に利用可能なMpsrchプログラム（表１参照）を用いて調べた。別々に行った配列決定から得られた表３は、本発明のポリヌクレオチドおよびＯＲＦによりコードされるポリペプチドを提供し、各ＯＲＦのポリヌクレオチド開始および終止位置は表において各所定のポリペプチドについて上記したポリヌクレオチド配列に相関する配列番号により示される。各々のＯＲＦがコードするポリペプチド配列は、それがコードされる、上記したポリヌクレオチド配列のコンティグ番号と一致するコンティグ番号で標識される。開始ポリヌクレオチド番号が終止番号よりも大きいＯＲＦには、そのポリペプチドの翻訳は表において示される鎖に相補的なヌクレオチド鎖上で開始する。コンティグアセンブリーを、公に利用可能なPharpプログラム（表１参照）を用いて行った。ＯＲＦ予測を、公に利用可能なGenMarkソフトウェアプログラム（表１参照）を用いて行った。公知のタンパク質に対するポリペプチド配列のホモロジーを示す。これらのホモロジーは、公共のデータベースMpsrch_pp（表１参照）と比較して調べた。表４は、１より多くの開始部位(Ｎ−末端メチオニル残基)を有するとしてGenM arkプログラム(表１参照)により予測される表３のポリヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドのＯＲＦ配列を提供する。これらのＯＲＦのコンティグ番号ならびにポリヌクレオチド開始および終止部位は、コンティグ番号および表３のポリヌクレオチド配列番号と相関する。 DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION Novel coding sequence from herpes simplex virus type 2 Field of the invention The present invention relates to a newly identified herpes simplex virus type 2 (HSV-2) polynucleotide. Nucleotides, polypeptides encoded by such polynucleotides, such Uses of polynucleotides and polypeptides, and such polynucleotides And polypeptide production, and host cells transformed with the polynucleotide About. The invention also relates to the biosynthesis of such polynucleotides or polypeptides. Or inhibition of action, and such inhibition in the treatment of viral infections or related diseases. It also concerns the use of harm. Background of the Invention Herpes virus is a virus particle with an icosahedral envelope, It contains a linear double-stranded DNA genome. At present, eight human herpesviruses are simply Isolated to a subclinical or fatal disease in an immunocompromised state It is known to be the cause of the disease state. Usually, one human herpes Lupus herpes simplex virus type 2 was acquired by sexual intercourse and Cause warped symptoms. Recurrence frequency of secondary genital herpes depends on infected individuals 1 to 6 times a year. Genital HSV-2 infection is one million in the United States Found in 6 million people. Although not very frequent, HSV-2 infection Produces Harpes lips, seen as cold sores. For general information on HAV-2, see Herpes Simplex Viruses, In: "Field's". Virology ”, 3rd ed., Lippincott-Raven Publ, pp2297-2342 (1996); Magder, L. S., etal.,New. England J. Med. 321: 7-12 (1989); and ”The Human Herpesvir uses ”, Roizman, B. et al., eds. Raven Press, New York, (1993) (see reference). (Referred to as described herein). Currently, there is no protective vaccine against HSV-2. Individuals continue to be infected with the virus, No completely satisfactory antiviral agent or vaccine is available. Therefore, HSV -2 is a major public health problem. Prophylactic and therapeutic vaccines and anti-HS There is a need for methods of identifying V-2 agents and reagents useful in such methods. HS Modulates the activity of V-2 polynucleotides and proteins, resulting in multiple infections in infected cells To identify compounds that affect the ability of a virus to replicate and produce infectious virions Law is needed. Methods for distinguishing HSV-2 infection from other herpesvirus infections And kits are also required. Summary of the Invention For these purposes, the invention relates to polypeptides, in particular the amino acids shown in Tables 1-4. Acid sequence and other viral proteins such as herpes simplex virus type 1 (HSV-1). Identified as a novel HSV-2 polypeptide by comparison with white known amino acid sequence Provided polypeptides. Encodes a polypeptide encoded by the open reading frame (ORF) described herein. Or a fragment, analog or derivative thereof Providing is a further object of the present invention. In particularly preferred embodiments of the present invention, the polynucleotides are set forth in Tables 1-4. A polynucleotide comprising a sequence that encodes an HSV-2 protein in sequence, or There are fragments, analogs or derivatives thereof. In another particularly preferred embodiment of the present invention, the amino acid sequence shown in Table 1 is A novel HSV-2 protein, or a fragment, analog or derivative thereof. is there. According to another aspect of the present invention, it is included in the deposited HSV-2 strain SB5. Encoding a mature polypeptide expressible by the HSV-2 polynucleotide Provided are isolated nucleic acid molecules. A further aspect of the invention provides an isolated nucleic acid molecule encoding an HSV-2 protein. It includes mRNA, cDNA, genomic DNA. The present invention Biologically, diagnostically, prophylactically, clinically or therapeutically useful in certain embodiments. Variants, analogs or derivatives thereof, or fragments and even variants thereof , Analogs and derivatives of fragments and compositions containing them. Particularly preferred embodiments of the present invention include natural allelic variants and HSV-2 proteins. And the polypeptides encoded thereby. In another aspect of the present invention, there is provided herein a novel polypeptide of HSV-2 origin. Biologically, diagnostically, prophylactically, clinically or therapeutically Fragments, variants and derivatives thereof, and variants of fragments and Derivatives, and analogs of the above, as well as compositions comprising them, are provided. It is. According to a preferred embodiment of this and other aspects of the invention, detection of a viral infection Probes that hybridize to the HSV-2 sequence are provided that are useful for . HSV-2 polypeptides that can be used for therapeutic or prophylactic purposes, eg, for the treatment of disease As a repeptide or a fragment thereof, or as an antiviral agent or vaccine All HSV-2 polypeptides or fragments thereof are provided for treating said disease. Also includes treatment by conferring immunity against a viral infection to the host. According to another aspect of the present invention, the treatment or prophylaxis of the polynucleotide of the present invention. Use is provided for protective purposes, especially for genetic immunity. In a particularly preferred embodiment of the invention, a naturally occurring, therapeutic or prophylactic use. There are HSV-2 polypeptide variants encoded by the HSV-2 gene. Another object of the present invention is to provide the above polypeptides, polypeptide fragments, Variants and derivatives, fragments of variants and derivatives, and analogs thereof Is to provide In a preferred embodiment of this aspect of the invention, the polynucleotide encoding A host cell into which exogenous HSV-2 can be expressed, Culture under conditions for V-2 expression, then recover the expressed polypeptide A method for producing the above HSV-2 polypeptide is provided. According to another object of the invention, in particular, research, biology, clinical, diagnostic, preventive and And compositions using the above polypeptides and polynucleotides for therapeutic and therapeutic purposes , Processes and methods are provided. In yet another embodiment of the present invention, such a useful as an antiviral agent. An inhibitor for a polypeptide is provided. In particular, for such polypeptides Antibodies are provided. In this regard, in a particularly preferred embodiment, the antibody is It is selective for HSV-2. In further aspects of the invention, in vitro, ex vivo and in vivo HSV-2 polynucleotide or HSV administered to a cell or multicellular organism Compositions comprising -2 polypeptides are provided. Preferred embodiments of this aspect of the invention In an example, the HSV-2 polypeptide is expressed in a host to generate an immunological response. A composition comprising an HSV-2 polynucleotide is provided, Has been shown to raise immunity against HSV-2 or related organisms in such hosts. It is a composition for. Other objects, features, advantages and aspects of the present invention will be apparent to those skilled in the art from the following description. There will be. However, the following description and specific examples are not intended to They are described only for illustrative purposes. Species within the spirit and scope of the disclosed invention Various changes and modifications will occur to those skilled in the art upon reading the following description and other portions of the present disclosure. It is easily apparent. Detailed description of the invention Tables 1-3 are derived by sequencing DNA2 of HSV-2 SB5 strain. One of the "contigs" prepared by collecting the sequences 1 shows the nucleotide sequence of the strand. In this specification, contigs are generally referred to as 85% to 90% or more of the genome of an organism. Tables 1, 2 and 3 respectively , HSV-2 and SB5 strain DNA. Tables 1-3 also show the nucleotide sequence of the open reading frame (ORF), which is Is the predicted DNA coding sequence present in the tag. Tables 1-4 show these ORs Deduced amino acid sequence of polypeptide encoded by F Also shows sequence homologues to proteins in non-redundant protein database . Each ORF represents the HSV-2 gene, but in some cases the ORF is actually It is derived from a gene longer than the ORF. Appropriate start and stop codons For sequences containing an open reading frame (ORF) with White can be used as a target for antiviral screening. Furthermore, preferably Encodes the amino-terminal region of the encoded protein, or a region immediately upstream Antisense for controlling expression of a coding sequence of interest using a DNA sequence Can also be constructed. Furthermore, many of the sequences disclosed herein are Also, regions upstream and downstream of the coding sequence are provided. These arrays are It is useful as a source of regulatory elements for controlling the expression of the lus gene. Conveniently, Such a sequence can be obtained by the action of a restriction enzyme or by chemical synthesis, for example, the promoter -Introduce into the identified strain. These strains contain reporter structures downstream of the restriction site. Gene sequence and, as a result, an active promoter inserted, The gene will be expressed. Although each of the above sequences may be used, the present invention further provides a particularly useful target gene. Provide some means for determining The first of these approaches is: Use an appropriate database to search for sequence matches in related organisms. Therefore If the homolog is present, the HSV-2-like form of this gene plays a similar role. Could do it. For example, as a homologue to a cell surface protein of another organism. Set The identified HSV-2 protein will be useful as a vaccine candidate. Such homology is If confirmed against the sequence disclosed in the specification, these should be included along with the coding sequence in the table. Report. Many methods may be used to establish genes necessary for survival or to establish / maintain infection. Genes required for maintenance can be identified. Unknown OR by one of these methods Identification of F provides more information about its function and as a screening target It allows the selection of such ORFs for further development. Briefly, These approaches include the generation of temperature sensitive mutants (Weller, S.K. et al., Vi rology 130: 290-305 (1983)), site-specific insertion or deletion of viral genes, Contact DNA molecules and DNA fragments containing insertions or deletions and selectable markers Double recombination with a homologous sequence to the fragment (Post, LE, et al., Cell 25: 227-232 (1981)) and by insertional mutagenesis using transposons. Method by selection of recombinant molecules, DNA phage into target plasmid DNA Methods using random insertion of iniMu (Jenkins, FJ, et al., Proc. Na tl. Acad. Sci. USA 82: 4773-4777 (1985)). Each of these methods is individually Has advantages or disadvantages due to the application of Those skilled in the art will recognize the most relevant Would choose a approach. For example, some genes are essential for infection If it is determined that they are necessary only for the initiation of infection, their products are established. As antiviral targets developed for the treatment of chronic infections Will not be attractive. When applied with respect to the OEF of the present invention, these methods are compatible with those expressed during infection. Irs protein, which allows the identification of inhibitors useful in antiviral therapy. the term The following description is an explanation of certain terms that are commonly used herein, particularly in the examples. It is provided for ease of solution. HSV-2 binding molecules as used herein include, for example, enzyme substrates, cell membrane components and SpsB polypeptides or polynucleotides of the invention, including classical receptors A molecule or ion that specifically binds or interacts with the tide. The poly of the present invention The binding between the peptide and such molecules, including binding or interacting molecules, is It is preferred that the binding is exclusive to the It is also preferred that the polypeptide be highly specific for the It is also preferably highly specific to a group of proteins including the polypeptide of the present invention, Or at least one of them comprising a polypeptide of the invention is specific for several proteins It may be. A binding molecule can also be an anti-binding agent that specifically binds a polypeptide of the invention. Also encompasses substances from the body and antibodies. A "genetic element" generally refers to a region or Replicates, transcribes or translates, or expresses a polypeptide in a host cell Polynucleotide containing a polynucleotide region that controls other processes important for DNA Or regions encoding polypeptides and expression operably linked thereto A polynucleotide that includes both regions that control Genetic element Are episomal elements, molecules that are physically independent of the host cell genome. May be contained in a vector to be replicated. The element is a plasmid May be included within. Genetic elements are also not natural After manipulations such as isolation, cloning and introduction into host cells, purified DN It may be contained in the host cell genome in form A or especially in the vector. . A “host cell” is transformed or transfected with an exogenous polynucleotide sequence. Transfected or transformed or transfected It is a cell that can be cut. As is well known in the art, "identity" or "similarity" Are two or more polypeptide sequences, as determined by comparing the sequences A relationship between or between two or more polynucleotide sequences. The field "Identity" also sometimes refers to the identity between two strands of such a sequence. Relationship between two polypeptide or polynucleotide sequences as determined Also means the degree of Both "identity" and "similarity" can be easily calculated (Co mputational Molecular Biology, Lesk, A.M.ed., Oxford University Tea Press, New York, 1988; Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D.W.ed., Academic Press, New York, 1993; Comput er Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A.M. and Griffin, H.G. Humana Press, New Jersey, 1994; Sequence Analysis in Molec ular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987; and Sequence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J. Ed., M Stockton Press, New York, 1991). Between two polynucleotides or two polypeptides While there are many ways to measure the identity and similarity of The terms are well known to those skilled in the art (Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje , G., Academic Press, 1987; Squence Analysis Primer, Gribskov, M. and Dev. ereux, J., Ed., M Stockton Press, New York, 1991; and Carillo, H., and Li. pman, D., SIAM J., Applied Math., 48: 1073 (1988)). Identity between the two sequences Or methods commonly used to determine similarity are described in Carillo, H. and Lipman, D. , Including the method disclosed in SIAM J. Applied Math., 48: 1073 (1988), It is not limited to these. The preferred method for determining identity is It is designed to best fit between the two sequences tested. Identity and similarity Methods for measuring are summarized in computer programs. Between two arrays A preferred computer program method for determining the identity and similarity of G program package (Devereux, J. et al., Nucleic Acids Research 12 (1): 387 (1984), BLASTP, BLASTN and FASTA (Atschul, SF et al., J. Molec. Biol. 2). 15: 403 (1990))), but is not limited thereto. With one example Have, for example, at least 95% identity to a control nucleotide sequence. Polynucleotides having a nucleotide sequence of Up to 5 nucleotides per 100 nucleotides of the control nucleotide acid sequence Nucleotide sequence of the polynucleotide except that it may contain a leotide change. Rows are identical to control sequences. In other words, at least 95 relative to the control acid sequence To obtain a polypeptide having a nucleotide sequence that is% identical, the control sequence Even if up to 5% of the nucleotides have been deleted or replaced with another nucleotide Yokua Alternatively, up to 5% of all nucleotides in the control sequence It may be inserted into a column. These mutations in the control sequence are May be present at the 5 'or 3' terminal position of the peptide sequence, or It may be present at any position between the end positions and may be scattered by nucleotides in the control sequence. Or a series of one or more groups within a control sequence. It may be. Similarly, at least, for example, 95% identity to the control amino acid sequence. For example, a polypeptide having an amino acid sequence having one character The peptide sequence has up to 5 amino acid changes for every 100 amino acids in the control amino acid sequence. Except that the amino acid sequence of the polypeptide is identical to the control sequence. is there. In other words, those that are at least 95% identical to the control amino acid sequence. To obtain a polypeptide having a amino acid sequence, 5% of the amino acids in the control sequence May be deleted or substituted with other amino acids, or all Up to 5% of the amino acids are inserted into the reference sequence; Is also good. These changes in the control sequence are due to the amino or amino acids of the control amino acid sequence. It may be present at the ruboxyl terminal position, or any position between those terminals May be interspersed in the control sequence, or may be present in the control sequence A series of one or more groups may be formed. "Isolated" is "artificially" altered from its natural state, i.e., In the case of goods, changes and / or removals from their original environment Means For example, polynucleotides or polypeptides naturally occurring in living organisms Is not `` isolated, '' but is isolated from materials that coexist in its natural state. The same polynucleotide or polypeptide is referred to as “unit” as the term is used herein. Separation "has been made. For example, with respect to a polynucleotide, the term "isolated" , Which is separated from the natural chromosomes and cells. As part of the isolation Or after isolation, such polynucleotides may be, for example, mutagenized. Binds to other polynucleotides, such as DNA, and elongates and develops in the host. For realization, a fusion protein can be formed. The isolated polynucleotide is Alone or in combination with other polynucleotides such as vectors, Can be introduced into host cells in all organisms. Introduce host cells in culture or in whole organisms Such DNA that has been isolated is also said to be "isolated", a term used herein. For they are not in their natural form or environment. Similarly, Polinu Nucleotides and polypeptides can be added to compositions, for example, media formulations, for example, cells. Solution for introducing a nucleotide or polypeptide, chemical or enzymatic It may occur in a composition or solution for the reaction, which is naturally occurring. A composition that does not include the term "isolated" polynucleotide or the term used herein. Or within the scope of the polypeptide. "Polynucleotide (s)" generally refers to unmodified RNA Or modified RNA or DNA, It also means polyribonucleotide or polydeoxyribonucleotide. Follow Thus, for example, polynucleotides used herein may be, inter alia, single-stranded and double-stranded. Strand DNA, a mixture of single and double stranded regions or single, double and triple stranded DNA, single and double stranded RNA, and a mixture of single and RNA, a mixture of double-stranded regions, single-stranded or more typically double-stranded or DNA and DNA which may be triple-stranded, or a mixture of single-stranded and double-stranded regions A hybrid molecule including RNA is meant. In addition, the polynucs used herein Reotide is a triple-stranded region containing RNA or DNA or both RNA and DNA. Means area. The chains in such regions are from the same or different molecules Is fine. This region may include all one or more of these molecules. But more typically involves only one region of some molecules. Triple helix area One of the offspring is often an oligonucleotide. As used herein In some cases, the term "polynucleotide" refers to one or more modified bases. And DNA or RNA as described above. Thus, stability or Is also used herein for DNA or RNA having a backbone modified for other reasons. Is the "polynucleotide" where intended. In addition, ordinary inosine DNA or RNA containing a non-base or a modified base such as a tritylated base (two Only two examples are shown), but "polynucleotide" as such terms are used herein. ". DNA and RNA that provide many useful purposes known to those of skill in the art. It will be apparent that numerous modifications have been made. "Polynucleoti The term "do", as used herein, refers to such a chemical , Enzymatically or metabolically modified forms, as well as viruses, especially simple cells Includes DNA and RNA chemical forms characteristic of cells, including and complex cells Include. Polypeptides are often referred to as oligonucleotide (s). Short polynucleotides. As used herein, "polypeptide" refers to any of the polypeptides described below. Include. The basic structure of a polypeptide is well known and there is a great deal of text and And other publications in the field. In this context, the term In the specification, two or two linearly linked to each other by a peptide bond Used to refer to any peptide or protein containing the above amino acids. This specification As used herein, the term is commonly used in the art, for example, peptides, oligopeptides And oligomers, also known as oligomers and short chains, and are common in the art. Means both long chains referred to as proteins. Polypeptides are often generally 20 Amino acids other than the 20 amino acids referred to as natural amino acids, Many amino acids, including amino acids, are not processed or otherwise post-translationally modified. Include those modified with a given polypeptide by natural processes, but those skilled in the art It will be understood that modifications can also be made by known chemical modification techniques. Polypepti There are too many general modifications that occur naturally in the Basic texts and more detailed dissertations as well as numerous studies They are well described in the literature and are well known to those skilled in the art. Polype of the present invention Known modifications that can be made to a peptide include, for example, acetylation, acylation. , ADP-ribosylation, amidation, flavin covalent bond, heme moiety covalent bond , Nucleotide or nucleotide derivative covalent bond, lipid or lipid derivative Covalent bond, covalent bond of phosphotidylinositol, cross-linking, cyclization, disulphide Bond formation, demethylation, covalent crosslink formation, cystine formation, pyroglutamic acid Salt formation, formylation, gamma-carboxylation, sugar chain formation, GPI anchor form , Hydroxylation, iodination, methylation, myristoylation, oxidation, protein hydrolysis Processing, phosphorylation, prenylation, racemization, selenoylation, sulphation, Transfer RNA-mediated amino acid addition to proteins, including guinylation, and ubiquitin There is an option. Such modifications are well known to those skilled in the art and have been described in great detail in the scientific literature. Have been. Some particularly common modifications, such as glycosylation, lipid binding, sulfation, Gamma-carboxylation, hydroxylation, and ADP-ribosylation of glutamic acid residues Silation is the most basic text, such as Proteins-Structure and Molecular Pro perties, 2nd edition, T. E. Creighton, W.S. H. Freeman and Company, New York (1993). For example, Posttranslational Covalent Modificat ion of Proteins, B. C. Johnson, Academic Press, New York (19 83) Wold, F., Posttranslational Protein Modifications: Perspective and Prospects, pp. 1-12; Seifter et al., Meth. Enzymol. 182: 626-646 (1990) and Rattan et al., Protein Synthesis: Posttranslational Modifications and Aging, Ann. N. Y. Acad. Sci. 663: 48-62 (1992) with many details such as the paper provided Papers are available for this subject. Polypeptides are not always completely linear It is well known that this is not the case. For example, Ripeptides may be branched as a result of ubiquitination, and are generally Post-translational events, including soching events, and human manipulations that do not occur in nature The resulting event can result in a ring with or without branches. Annular, Branched and branched cyclic polypeptides are non-translated by natural processing, And similarly can be synthesized in a totally synthetic manner. Modification is peptide backbone, amino acid side Can occur anywhere in the polypeptide, including the chain and the amino or carboxyl terminus. Can get. In fact, the amino or carboxy of the polypeptide may be modified by covalent modifications. Blocking of the hydroxyl group or both is common to natural and synthetic polypeptides and Decoration can also be present in a polypeptide of the invention. For example, E. coli ) Or the amino-terminal residues of polypeptides made in other cells It will almost always be N-formylmethionine before sessing. Pepti During post-translational modification of_TwoMethionine residues can be removed at the termini. Obedience Thus, the present invention provides both methionine-containing and methionine-free proteins of the protein of the present invention. The use of the mino-terminal variant is contemplated. Modifications that occur in a polypeptide are often Is affected by For example, by expressing the cloned gene in the host For polypeptides that are modified, the nature and extent of modification is largely determined by the post-translational Determined by the decorating ability and the modification signals present in the polypeptide amino acid sequence You. For example, as is well known, glycosylation occurs in bacterial hosts such as E. coli. Often not. Therefore, when glycosylation is desired, the polypeptide Should be expressed in glycosylation hosts, generally eukaryotic cells. Insect cells Often performs the same post-translational glycosylation as mammalian cells; for this reason insect cell expression System efficiently produces, among other things, mammalian proteins with the original pattern of glycosylation. It has been developed to manifest. Similar considerations apply to other modifications. Modification A type may be present at the same or varying degrees at several sites in a given polypeptide. It will be understood that it is possible. Also, a given polypeptide may have many types of modifications. It may be. Generally, as used herein, the term "polypeptide" ,all Such modifications, particularly by expressing the polynucleotide in a host cell. And modifications present in the synthesized polypeptide. The term "variant (s)" as used herein is each reference to a reference standard. Differs from polynucleotide or polypeptide, but retains essential properties It is a polynucleotide or a polypeptide. Typical variants of a polynucleotide Differs in nucleotide sequence from another reference polynucleotide . Changes in the nucleotide sequence of the variant are not dependent on the reference polynucleotide. May be or may not be the same as the amino acid sequence of the encoded polypeptide. You don't have to. Nucleotide changes are determined by reference control, as described below. Amino acid substitutions, additions, deletions, fusions in the polypeptide encoded by the sequence. Can result in breaks and breaks. A typical variant of a polypeptide is a variant of another control. It differs in amino acid sequence from a polypeptide. Generally, the difference The sequences of the reference polypeptide and its variants are overall very similar and have many regions Are limited to be the same. Variant and control polypeptides , One or more substitutions, additions, deletions in any combination The amino acid sequence may differ. Substituted or inserted amino acid residues It may or may not be coded by code. Polynucleotide Or variant of the polypeptide is naturally occurring, such as an allelic variant. Or a variant that is not known to occur in nature. Po Non-naturally occurring variants of oligonucleotides and polypeptides may be obtained by mutagenesis or by mutagenesis. May be made by direct synthesis or other recombinant methods known to those skilled in the art. Deposit The HSV-2 SB5 strain was deposited on October 31, 1996 with accession number VR-254. No. 6 was deposited with the American Type Culture Collection. This deposit complies with the Budapest Treaty. What happens when a patent is issued The shares will ultimately be sold without any restrictions or conditions. Deposit is for the convenience of those skilled in the art Deposits as provided under 35 U.S.C. 112 It does not acknowledge that it is an enforceable requirement. A license is required to manufacture, use, or sell the deposit, No such license has been granted here. Virus strains and genomes The nucleotide sequences disclosed herein can be prepared by synthetic chemistry techniques known in the art. Alternatively, DNA formulations can be constructed from individual sequences of the present disclosure. HSV-2 can be obtained from SB5 strain by probing with a probe. . Alternatively, oligonucleotides derived from the disclosed sequences can be It can act as a PCR primer in the cloning of sequences from nome sources. Can also be. Such sequences are also useful in diagnosing the stage of infection and for the infection achieved by the pathogen. Useful for types of diagnosis. The present invention relates to novel HSV-2 polypeptides and polynucleotides encoding the same. It relates to tides, especially those described in further detail below. The present invention is described in particular in Table 1. An HSV-2 molecule having the nucleotide sequence and amino acid sequence of Nucleotide sequence of DNA that can be isolated from ATCC VR-2546 Sequence and amino acid sequence (the organism and its DNA are referred to herein as Deposited organism "or" DNA of the deposited organism "). Nucleotide sequences shown in Tables 1-4 And that the amino acid sequence was obtained by sequencing the DNA of the deposited organism. Will be understood. Therefore, the sequence of the deposited clone (The coding sequence) and the sequences in the table. The invention also relates to additional polynucleotide sequences disclosed herein, wherein Are RNAs transcribed from the DNA disclosed herein, but are transcribed to proteins. It may or may not be done. Such polynucleotides are useful for HSV-1 and other Known for the Lupes virus. Polynucleotide According to one aspect of the present invention, HSV- having the deduced amino acid sequence of Tables 1-4. An isolated polynucleotide encoding two polypeptides is provided. These polypes Preferably, the peptide is one of those shown in Table 1, 2 or 3. Those skilled in the art By referring to the ORF start and stop positions shown in Tables 1-4, More preferable polynucleotide sequences can be easily determined. Information provided herein such as the polynucleotide sequences shown in Tables 1-3 A polynucleotide of the invention encoding an HSV-2 polypeptide can be used as a marker. It may be obtained using standard cloning and screening techniques. Tables 1-3 In order to obtain a polynucleotide encoding a protein using the DNA sequence shown in Typically, the SB of HSV-2 in E. coli or some other suitable host A library of 5 chromosomal DNA clones was derived from the sequences in Tables 1-3. Radiolabeled oligonucleotides, preferably 17 mer or longer Probe with Subsequently, clones having the same DNA as the probe Can be distinguished by subjecting them to a strict washing operation. Sequence designed from the original sequence By sequencing the individual clones identified with the constant primer, the sequence was It is possible to extend in both directions and determine the complete gene sequence. Conveniently Such sequencing was performed using denatured double-stranded DNA prepared from plasmid clones. Give. For suitable techniques, see Maniatis, T., Fritsch, E.F. and Sambrook et al. , Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2nd edition; Cold. spring· Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York (1989); (Screening by hybridization 1.90 and Sequencing of a denatured double-stranded DNA template (see 13.70). Each of the DNA sequences shown in Tables 1, 2 and 3 is at least substantially as shown in Tables 1-3. It includes at least one open reading frame encoding a protein having the same number of amino acid residues. The start and stop codons for each reading frame 9 are as shown in Tables 1, 2 and 3. The first three and last three nucleotides of the oligonucleotide. As shown by comparing the sequence reported in the literature with the sequence in the table, Certain HSV-2 sequences of the invention are sequences encoding other proteins of the herpes family. Related to the High King Machine. Moreover, certain polynucleotides of the invention and Polypeptides are structurally related to known ones. These proteins are known proteins Among them, it shows the highest homology to the homologs shown in Tables 1, 2, 3 and 4. The invention is identical for each coding sequence in Tables 1-3 over its entire length. The polynucleotide sequence. In addition, the present invention provides a Coding sequence itself; coding sequence of mature polypeptide and additional coding A leader or secretory sequence such as a pre, pro, preproprotein sequence, etc. Coding sequence to be encoded; addition as described above, together with additional non-coding sequence With or without coding sequences, for example, but not limited to, transcription Such as transcribed untranslated sequences (e.g., including a termination signal) Coding sequence 5 'and 3' sequences, ribosome binding site, mRNA stability Additional codes that encode additional amino acids such as Coding sequences for mature polypeptides having a However, the present invention is not limited to this. Thus, for example, the polypeptide may be a fusion polypeptide. It may be fused to a marker sequence such as a peptide that facilitates peptide purification. Departure In certain embodiments of this embodiment, the marker sequence is a hexa-histidine peptide. For example, pQE vectors (Qiagen, Inc. en, Inc.), many of which are commercially available. For example, Gentz et al., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 86: 821-824 (1989); Hex-histidine provides a conventional method for purifying fusion proteins. Flu The HA tag corresponding to the epitope derived from the magglutinin protein is also a fusion protein. Can be used for generation, as described, for example, in Wilson et al., Cell, 37: 767 (1984). It is listed. The polynucleotides of the present invention also include structural genes and their naturally occurring genes. Including polynucleotides of related genetic elements in However, the present invention is not limited to this. The present invention also provides a compound of the formula: X- (R₁)_m− (R_Two)-(R_Three)_n-Y Wherein X at the 5 'end of the molecule is hydrogen and Y at the 3' end of the molecule is hydrogen or gold. Genus and R₁And R_ThreeIs any nucleic acid residue, n and / or m is 1 to An integer of 3000 or zero, R_TwoCorrespond to the nucleic acid sequences of the invention, in particular, Tables 1, 2 and 3. A nucleic acid sequence selected from the group shown or from the group shown in Tables 1, 2, 3 and 4 ORF sequence to be selected (indicated by reading frame number). R_TwoIs the 5 'end The residue is R₁And the 3 'terminal residue has R_ThreeWill join Oriented. If m and / or n is greater than 1, R₁And / or Or R_TwoThe chain of nucleic acid residues represented by either It may be any of a mer, and a heteropolymer is preferred. In a preferred example And n and / or m is 1 to 1000, or 2000 or 3000 Is an integer up to. According to the above, the term "polynucleotide encoding a polypeptide" used herein is used. The term `` do '' refers to polypeptides of the invention, especially viral, and more particularly, An HSV-2 polypeptide having the amino acid sequence of 1, 2, 3, or 4, Encompasses a polynucleotide having a coding sequence. This term is Together with additional regions, which may contain coding and / or non-coding sequences. A single continuous or discontinuous region encoding the polypeptide (eg, The inserted phage or inserted sequence or editing ). The present invention further relates to polypeptides having the deduced amino acid sequences of Tables 1, 2, 3, and 4. Encoding fragments, analogs and derivatives of tides, as hereinbefore described Related to variants of the polynucleotide. A fragment of the polynucleotide of the present invention. The full length polynucleotides of the invention may be synthesized using any of the variants. The polynucleotides of the present invention may be in the form of RNA, such as mRNA, or for example, cD DNA forms including NA and genomic DNA (obtained by cloning Or by chemical synthesis or a combination of these methods) Good. DNA can be double-stranded or single-stranded. Single-stranded DNA is the sense strand Coding strand, also known as the antisense strand. Non-coding strand. The coding sequences encoding the polypeptides are the polynucleotides shown in Tables 1-4. It may be the same as the coding sequence of the tide. In addition, polynuclei with different sequences The polypeptides of Tables 1 to 4 may be co-degraded as a result of the degeneracy of the genetic code. May be loaded. Particularly preferred embodiments are amino acids of the polypeptides of Tables 1, 2, 3, and / or 4. A polynucleotide that encodes a polypeptide variant having an amino acid sequence; Of which several, a few, 5-10, 1-5, 1-3, 2, 1 or 0 amino Amino acid sequence in which an acid residue is substituted, deleted or added in any combination Having. Especially preferred among these are silent substitutions, additions and deletions. And does not alter the properties and activities of such polynucleotides. More preferred specific examples of the present invention are the amino acid sequences shown in Table 1, 2, 3 or 4. At least along the entire length of the polynucleotide encoding the polypeptide having Polynucleotides having 50%, 60% or 70% identity and A polynucleotide complementary to such a polynucleotide. Also most preferred Are full length relative to the polynucleotide encoding the polypeptide of the deposited strain. A polynucleotide comprising a region having at least 80% identity and It is a complementary polynucleotide. In this regard, the same thing Polynucleotides having at least 90% identity are particularly preferred, Those with at least 95% identity are particularly preferred. Furthermore, at least Among those having 95% identity, those having at least 97% identity are better. More preferably, among them at least 98% and at least 99% identity Are particularly preferred. Those with at least 99% identity are more preferred. Preferred embodiments are polynucleotide sequences selected from the group consisting of: An isolated polynucleotide comprising a sequence: the amino acid sequence of Table 1, 2, 3 or 4 At least 50% the same as the polynucleotide encoding the containing polypeptide. A homologous polynucleotide obtained from a prokaryotic species other than HSV-2. And at least 5 relative to the amino acid sequence of Table 1, 2, 3 or 4 A polypeptide comprising an amino acid sequence having 0% identity, wherein the polypeptide comprises HSV-2 or less. Obtained from other prokaryotic species. Preferred embodiments are encoded by the DNA of Table 1, 2, 3 or 4. Polypeptides that retain substantially the same biological function or activity as the mature polypeptide Is a polynucleotide encoding a code. The present invention further relates to polynucleotides that hybridize to the above sequences. Related. In this regard, the present invention particularly relates to the polynucleotides described above under stringent conditions. And polynucleotides that hybridize with the polynucleotide. As used herein The terms "stringent conditions" and "stringent hybridization conditions" Hybridization is at least 95%, preferably at least between sequences Also means that it only occurs if there is 97% identity. Strict hybridization As an example of the conditions for the formation, 50% formaldehyde, 5 × SSC (150 m M NaCl, 15 mM trisodium citrate), 50 mM sodium phosphate ( pH 7.6), 5x Denhardt's solution, 10% dextran sulfate And in a solution containing 20 μg / ml denatured cut salmon sperm DNA at 42 ° C. overnight. And then hybridize the hybridization support to 0.1 x SSC (approx. (65 ° C.). Hybridization and washing conditions Are known and described in Sambrook et al., MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, Second. Edition, Cold Spring Harbor, N.Y. (1989), especially as exemplified in Chapter 11. You. Solution hybridization for polynucleotide sequences provided by the invention May be used. The present invention also provides the polynucleotide sequence or its flag under stringent conditions. The polynucleotide shown in Table 1, 2, 3 or 4 using a probe having a fragment Screen an appropriate library containing the complete gene for the sequence, then , A polynucleotide sequence obtainable by isolating the above DNA sequence Are provided as essential components. Obtain such a polynucleotide Fragments useful for, for example, the polynucleotides of the invention described above as RNA , Used as a hybridization probe for cDNA and genomic DNA And has a sequence very similar to the polynucleotide shown in Table 1, 2, 3 or 4. CDNA and genomic clones of other genes may be isolated. Such a Lobes generally comprise at least 15 nucleotide residues or base pairs. There will be. Preferably, such probes will have at least 30 nucleotides remaining. Having groups or base pairs, 50 or less nucleotide residues or base pairs May be provided. For example, comprising or comprising a polynucleotide set forth in Tables 1, 2, 3 or 4. The coding region of each gene consisting of To synthesize oligonucleotide probes by screening More isolated. Then, a label having a sequence complementary to the sequence of the gene of the present invention was used. Live cDNA, genomic DNA or mRNA using oligonucleotides Rally and which members of the library hybridize to the probe Decide if you want to dise. Based on the sequence of the polynucleotide or polypeptide shown in Table 1, 2, 3 or 4. The polynucleotide of the invention, which is an incoming oligonucleotide, is described herein. The method is preferably used for PCR, and the polynucleotide identified herein is preferably used. Nucleotides are transcribed in bacteria in whole or partially infected tissues Or not. Such sequences may also affect the stage of infection reached by the It is also useful in the diagnosis of pumps. The present invention also provides the mature protein with additional amino or carboxy terminal amino acids. Or additional amino acids within the mature polypeptide (eg, the mature form (Wherein has more than one polypeptide chain) Provide leotide. Such sequences are, inter alia, proteins from the precursor to the mature form. Plays a role in white processing, carries protein, increases protein half-life Shorter, shorter, or easier to handle proteins for analysis or production. Can be As is common in vivo, the added amino acids are It is removed from the mature protein by processing. A precursor having a mature form of the polypeptide fused to one or more prosequences The body protein may be an inactive form of the polypeptide. Pro sequence is such an inactive precursor When removed from the body, they are generally activated. Use some or all of the prosequence Can be removed prior to incarnation. Generally, such precursors are called proproteins. DNA has a function of directing transcription of mRNA encoding HSV-2 of the present invention. May be included. Such promoters are independently It is useful for directing the transcription of a heterologous gene in a recombinant expression system. Polyade Nylation and splicing signal sequences are present in the polynucleotide sequence Gene expression signals may be used in heterologous gene expression vectors and constructs. Can be useful. For example, the polynucleotides and polypeptides of the present invention can be used as research reagents and diseases. (Especially human diseases described below with respect to polynucleotide assays) and It may be used as a material for finding a diagnostic method. The polynucleotide of the present invention, which is an oligonucleotide, is identified in the present invention. The HSV-2 gene is wholly or partially present in the infected tissue or transcribed In the method described herein for determining whether It may be used as a primer, for example, as a PCR primer. Such an arrangement also The pathogen will be useful in diagnosing the stage of infection and the type of infection achieved. In addition to the uses described above for the polynucleotides of the present invention, the following uses are also contemplated by the present invention. More contemplated. In particular, the polynucleotides or portions thereof disclosed herein may be pro- For example, Northern blot, nuclease protection and primer Mer elongation experiments showed that m synthesized during productive and latent HSV-2 infection. RNA transcripts may be found. The new transcript is then directly This may lead to the discovery of new HSV-2 proteins that cannot be predicted. Array or its part Using antisense mechanisms to inhibit viral replication and novel therapies May be found. Sequences or portions thereof are designed to contain DNA- or RNA- Used as the basis for obtaining oligonucleotides and analyzed using double-stranded DNA It may form a triple strand used as a tool, diagnostic or therapeutic agent. Nucleic acid sequence Or use parts thereof to obtain cell lines useful for diagnosis or screening Can be. Using the DNA sequence, the viral genome can be transformed into, for example, lacZ or green Predict restriction enzyme sites useful for replacing marker genes such as oral proteins be able to. Such substitutions have a biological role for the gene in the viral life cycle. Is useful in determining These gene knockout experiments have been Of gene therapy with apparent targets (essential genes) or HSV-2 viral vectors Objective Genes that may be good locations (non-essential genes) for foreign genes Useful to see. Such gene replacement can, for example, unmodify the pathogenicity of the modified virus By comparing with the pathogenicity of the virus or by using a marker such as lacZ The easy identification of genes is also useful for finding virulence factors. Polypeptide Further, the present invention relates to the derivation of polypeptides defined by the amino acid sequences of Tables 1-4. HSV-2 polypeptide having a constant amino acid sequence. The invention also provides fragments, analogs and derivatives of these polypeptides. Related to The terms "fragment", "derivative" and "analog" When referring to a polypeptide, it has the same biological function or activity as the polypeptide. Essentially means a retained polypeptide. Of native HSV-2 protein Fragments, derivatives and analogs that retain at least 95% of the activity Logs are preferred. Thus, the analog is activated by the cleavage of the proprotein moiety. Includes proproteins that can be activated by the production of the peptide. The polypeptide of the present invention may be a recombinant polypeptide, a natural polypeptide or a synthetic polypeptide. It may be a polypeptide. In certain preferred embodiments, it is a recombinant poly Is a peptide. The fragment, derivative or analog of the polypeptide of the present invention may be (i) one or more. Or more amino acid residues are conservative or non-conservative amino acid residues (preferably , A conservative amino acid residue). That may or may not be coded by the scientific code, or (ii) One or more amino acid residues comprising a substituent, or (iii) A mature polypeptide may be a compound (eg, a compound that increases the half-life of the polypeptide). (Eg, polyethylene glycol)) or (iv) Amino acids (eg, leader or secretory sequence or mature polypeptide) Or the sequence used to purify the proprotein sequence) fused to the mature polypeptide What you have. Such fragments, derivatives and analogs can be It is obtained from the teachings in the detailed description. Preferred variants are those that are altered by conservative amino acid substitutions. Heel Substitutions replace an amino acid in a polypeptide with another amino acid of similar characteristics. Things. Typically, conservative substitutions include the aliphatic amino acids Ala, Val, Substitution between Leu and Ile, mutual substitution of hydroxy residues Ser and Thr, Exchange of acidic residues Asp and Glu, substitution of amide residues Asn and Gln, salt Exchange of basic residues Lys and Arg, and substitution between aromatic residues Phe, Tyr There is exchange. In this regard, more preferred embodiments include one or more of the HSs of the present invention. Variants, analogs and fragments having the amino acid sequence of V-2 polypeptide And a small number of 5 to 10, 1 to 5, 3, 2, 1 amino acid residues Are substitutions, additions or deletions, which alter the properties and activities of the HSV-2 protein. Not included) or not. Also in this respect Thus, conservative substitutions are particularly preferred. Most preferred are the unsubstituted a It is a polypeptide having a amino acid sequence. The present invention also provides X- (R₁)_m− (R_Two)-(R_Three)_n-Y Wherein X at the amino terminal is hydrogen and Y at the carboxyl terminal is hydrogen or metal And R₁And R_ThreeIs any amino acid residue or a modified amino acid residue , M and / or n are an integer from 1 to 2000 or 0;_TwoOf the present invention Amino acid sequence, especially an amino acid sequence selected from the group shown in Tables 1, 2, 3 and 4 means] Or a polypeptide comprising or comprising such a polypeptide Includes tide. In the above formula, R_TwoMeans that the amino terminal residue is on the left₁To Covalently linked, with the carboxy terminal residue on the right_ThreeWill be covalently bonded to Oriented. If m and / or n is greater than 1, R₁Or R_Threeof The chain of amino acid residues represented by either is a heteropolymer or homopolymer And a heteropolymer is preferred. Other preferred components of the present invention Exemplary is where m and / or n is an integer between 1 and 1000 or 2000. You. The polypeptides and polynucleotides of the present invention are preferably in isolated form. Or preferably, it is provided in a homogeneously purified form. The polypeptide of the present invention may correspond to one or more of the polypeptides in Tables 1-4. Polypeptides having at least 60%, 70% or 80% identity, preferably Preferably at least 90 for one or more of the polypeptides of Tables 1-4. % Identity, more preferably one or more of the polypeptides in Tables 1-4. At least 95% similarity (more preferably the polypeptides of Tables 1-4) At least 95% identity to one or more), and even more preferred Or at least 95% similarity to the polypeptide of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2) And more preferably 95% identity). Generally at least 30 amino acids, more preferably at least 50 amino acids. Such polypeptides having such a portion of the polypeptide comprising contiguous amino acids Is also included. In addition to the uses described above for the polypeptides of the invention, the following applications are also of the invention Is the intention of Above all, books with enzymatic activity or structural functionality The polypeptides or portions thereof disclosed herein can be used for screening and therapeutic purposes. Therefore, it is useful as a source of these proteins. Such a polypeptide, for example, For example, proteins having known functions (eg, helicase, kinase, protea May be identified by homology to the HSVI polypeptide encoding . Screening or therapeutic based on the functionality expected from the homology match The use of a polypeptide of the invention is a particularly preferred embodiment of the invention. Of the present invention Polypeptides from the deposited strain ATCC VR-2526 are also found in the public domain. Can be used for comparison with sequences derived from other HSV-2 strains. Comparison of the polypeptide of the present invention with strain HG52 is useful in the discovery of virulence factors. HG52 is non-toxic in mouse and guinea pig infection models And HSV-SB5 are toxic. Similarly, the dynamics of stock MS and SB5 Public domain from strain MS because of significant differences in CNS pathogenesis in product models. I Homologs are useful for finding virulence factors. In addition to the standard one-letter and three-letter amino acid designations, the term "X" or "X "aa" is also used. “X” or “Xaa” is any of the 20 natural amino acids May be present at a specified position in the polypeptide sequence. Fragment Fragments or portions of the polypeptides of the present invention can be accommodated by peptide synthesis Which can be used to produce full-length polypeptides; Fragments serve as intermediates for producing full-length polypeptides be able to. Using a fragment or portion of the polynucleotide of the present invention to The full length polynucleotides of the invention can be synthesized. A preferred specific example of this aspect of the present invention is a fragment of HSV-2. In particular, fragments of HSV-2 having the amino acid sequences listed in Tables 1-4 And a variant or derivative thereof. In this regard, the fragment is entirely comprised of the HSV-2 polypeptide described above. Partially identical to the amino acid sequence of tide and its variants or derivatives, but all Are not the same, are polypeptides having an amino acid sequence. Such fragments are "self-supporting," that is, other amino acids or polypeptides. May be part of, or fused to, a polypeptide, or may be a fragment May be contained in a large polypeptide that forms a part or a region. . When included within a large peptide, the fragment referred to herein is most preferably May form a single continuous area. However, several fragments are simply It may be included in one larger polypeptide. For example, certain preferred A specific example is included in a precursor polypeptide designed to be expressed in a host. Heterologous pre- and propo-polymer fused to the amino terminus of the HSV-2 fragment An additional peptide fused to the carboxyl terminus of the fragment HSV-2 polypeptide fragment having a region. Therefore, the book The fragment of one aspect contemplated herein is a fusion polypeptide derived from HSV-2. Refers to a portion of a peptide or fusion protein. Representative examples of polypeptide fragments of the present invention include, for example, about 5-15, 10- 20, 15-40, 30-55, 41-75, 41-80, 41-90, 50- 100, 75-100, 90-115, 100-125 and 110-140, 120-150, 200-300, 1-175, 1-600 or 1-1000 Amino acids in length. Polypeptide flags of the invention that can be mentioned A typical example of a fragment is a fragment of 20-200 amino acids. In this sense, “about” means at one or both ends the number or number specified. And several, four, three, two, or one more amino acids Or a small range. Among them, a particularly preferred fragment of the present invention is a truncation mutation of HSV-2. Body. Truncated mutants include HSV-2 polypeptides having the amino acid sequences of Tables 1-4. A contiguous series of residues including the amino or carboxy terminus Deletion of a contiguous series of residues (ie, contiguous regions, parts or portions) containing , Alternatively, as a double-terminal truncation mutant, one contains an amino terminus and one is a carbohydrate. Variants or variants thereof, except for the deletion of two consecutive series of residues, including the xyl terminus Include derivatives. Fragments having a size in the above range are also Preferred embodiments of truncated fragments, generally generally preferred fragments It is. Also preferred are disrupted forms of the polypeptides of the present invention in host cells. Also preferred in this aspect of the invention are HSV-2 structural or functional Fragments characterized by functional properties. In this regard, the present invention is advantageous. Preferred examples include the HSV-2 alpha-helix and alpha-helix. Area ("alpha-area"), beta-sheet and beta-sheet form Region ("beta-region"), turn and turn-forming region ("turn-region") ), Coils and coil forming regions ("coil-regions"), hydrophilic regions, hydrophobic regions Region, alpha amphipathic region, beta amphipathic region, surface forming region and high antigen An index area is included. More preferred regions are those that mediate the activity of HSV-2. In this regard Most preferred is a similar activity or an improved activity or reduced activity. Chemical and biochemical properties of certain HSV-2 proteins, including Or a fragment having another activity. Conventionally, flashing is performed by well-known methods. Fragment, and the activity of the fragment can be determined using conventional methods as listed herein. In comparison with the native protein. More preferred in this regard Are shown in Table 1 in sequence, at position, or in both sequences Including regions having homology to the active region of related polypeptides such as related polypeptides This is a fragment. Particularly preferred fragments in these respects are those described above. A truncated fragment as described above. More preferred polynucleotide sequence A fragment is one which is antigenic or immunogenic in an animal, especially a human. The present invention includes, among others, a polynucleotide encoding the fragment described above, Polynucleotide that hybridizes to the polynucleotide encoding the fragment Tides, especially polynucleotides that hybridize under stringent conditions, PCR primers for amplifying a polynucleotide encoding a fragment And the like. In these respects, preferred polynucleotides The code corresponds to the preferred fragment described above. Vectors, host cells, expression The invention also includes the polynucleotide or polynucleotides of the invention. Vector, host cells genetically engineered with the vectors of the invention and recombinant technology. And the production of the polypeptide of the invention. The host cell may be genetically engineered to incorporate the polynucleotide and produce the polypeptide of the present invention. The peptide can be expressed. Introduction of the polynucleotide into the host cell Acid transfection, DEAE-dextran mediated transfer Injection, transvection, microinjection, cationic lipid mediated Transfection, electroporation, transduction, sucre This can be done by loop loading, ballistic introduction, infection or other methods. Such methods are described in many standard laboratory manuals, for example, Davis et al., Basic Methods. in Molecular Biology, (1986) and Sambrook et al., Molecular Cloning; A Laborator y Manual, 2nd edition; Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York (1989). Using the polynucleotide constructs in the host cell in a conventional manner, The encoded gene product can be produced. Further, the polypeptide of the present invention Can be produced synthetically by conventional peptide synthesis. The mature protein is derived from a suitable promoter in mammalian cells, yeast, bacteria or other cells. Can be expressed under the control of Using the cell-free translation system, the DNA of the present invention Such proteins can also be produced using RNA from the construct. Prokaryotic and Suitable cloning and expression vectors for use in E. coli and eukaryotic hosts are described in Sambrook et al. , Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd edition, Cold. spring· Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York (1989). According to this aspect of the invention, the vector may be, for example, a plasmid vector, a single vector. Single or double stranded phage vector, single or double stranded RNA or DNA It may be a lus vector. Plasmids are generally standard plasmids familiar to those of skill in the art. According to the nomenclature, lowercase p is preceded and / or uppercase and / or numbers are It is designed to last. The starting plasmids described herein are commercially available. Or commonly used or well-known operations It can be constructed from more available plasmids. Use according to the invention Many plasmids and other cloning and expression vectors are available It is known and can be easily utilized by those skilled in the art. In some respects, particularly preferred vectors are polynucleotides and polynucleotides of the invention. And vectors for expression of polypeptides. Generally, such vectors are Operatively linked to the polynucleotide to be expressed, effective for expression in the host. Includes cis-acting regulatory region. Is a suitable trans-acting factor supplied by the host? Supplied by a supplementary vector or by the vector itself upon introduction into the host. Is supplied. In certain preferred embodiments in this regard, the vectors provide for specific expression. Such specific expression may be inducible expression or in certain types of cells. Expression or inducible and cell-specific expression. Among the inducible vectors, particularly preferred vectors are temperature and nutrient additives. It is a vector whose expression can be induced by environmental factors that are easy to operate. The present invention A variety of vectors suitable for this embodiment of the invention are constitutive and used in prokaryotic and eukaryotic hosts. And is well known and commonly used by those skilled in the art, including inducible expression vectors. . Numerous types of expression vectors can be used to express the polypeptides of the present invention. You. Such vectors include vectors derived from chromosomes, episomes and viruses, among others. E.g., from bacterial plasmids, from bacteriophages, transposons Origin, yeast episome origin, insertion element origin, yeast chromosome element origin, For example, baculovirus, papovavirus such as SV40, vaccinia virus , Adenovirus, chicken poxvirus, pseudorabies virus and retro Vectors derived from viruses such as viruses, and cosmids and phagemids (phagemids) plasmids and vectors derived from bacteriophage genetic elements. There are vectors derived from the combination, such as It can be used for expression according to the embodiment. Generally, the polypeptide is expressed in the host Any vector suitable to hold, extend or express a polynucleotide to Vector can also be used for expression in this regard. Suitable DNA sequences are described, for example, in Sambrook et al., Molecular Cloning; A Laborator. y Manual, 2nd edition; Cold Spring Harbor Laboratory Press, The method described in Cold Spring Harbor, New York (1989) And can be inserted into the vector by various well-known and conventional techniques. The DNA sequence in the expression vector may be any suitable expression, including, for example, a promoter. It is operably linked to the current regulatory sequence (s) and directs mRNA transcription. Take Representative examples of the promoter include the phage lambda PL promoter and E. coli. Lac, trp and tac promoters, SV40 early and late promoters And the promoter of the retroviral LTR, but are not limited to these. Not determined. In general, expression constructs will contain transcription initiation and termination sites, and Contains a ribosome binding site for translation. A copy of the mature transcript expressed by the construct The coding part consists of a translation initiation AUG at the start and a polypepto be translated. It includes a stop codon appropriately located at the terminal portion of the tide. In addition, the construct may contain regulatory regions that control and induce expression. one Generally, according to many conventional means, such regions will be transcribed, eg, transcription factors, especially Will function by regulating the repressor binding and termination sites . Vectors for amplification and expression generally include selectable markers and amplification Regions, eg, Sambrook et al., Molecular Cloning; A Laboratory Manual, 2nd edition. ; Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Sprit Harbor, New York (1989) will have the area listed . Representative examples of suitable hosts include bacterial cells, such as Streptococcus, Staphylococcus (Staphylococcus), E. coli (E. coli), Streptomyces And Bacillus subtilis cells; fungal cells such as yeast cells and Asper Gils cells; insect cells such as Drosophila S2 and Spodoptera Sf9 cells Animal cells such as CHO, COS, HeLa, C127, 3T3, BHK, 2; 93 and Bowes melanoma cells; and plant cells. The following commercially available vectors are provided as examples. Preferred for use in bacteria New vectors include pQE70, pQE60 available from Qiagen. And pQE-9; pBS vectors available from Stratagene , Phagescript vector, Bluescript ) Vectors, pNH8A, pNH16a, pNH18A and pNH46A; Ptrc99a, pKK223 available from Pharmacia -3, pKK233-3, pDR540, pRIT5; and pBR322 (A TCC37017). Preferred eukaryotic vectors include those from stratadine. Available pWLNEO, pSV2CAT, pOG44, pXT1 and pSG And pSVK3, pBPV, pMSG available from Pharmacia and There is pSVL. These vectors are simply a number of well-known commercially available vectors. Are merely listed to illustrate, and may be used in accordance with this aspect of the invention. And vectors available to those skilled in the art. In the host, the polynucleotide of the invention Or other suitable for introducing, retaining, extending or expressing the polypeptide or polypeptide. It is understood that plasmids or vectors can be used in this aspect of the invention Let's do it. Has a restriction site or candidate promoter fragment, ie, a promoter Downstream of the site for the introduction of fragments that may Reporter transcription unit lacking, for example, chloramphenicol acetyl tran Using a vector containing a spherase ("CAT") transcription unit, Alternatively, the promoter region can be selected from the desired gene. As you know A promoter-containing fragment into a vector at a restriction site upstream of the cat gene Upon introduction, it causes the production of CAT activity, which activity is reduced to standard CAT assays. B. Suitable for this purpose such as pKK232-8 and pCM7 Vectors are well known and are readily available. Generate the polynucleotide of the present invention. The only promoters that can be used are the well-known and readily available promoters. A promoter which can be easily obtained by the above-described technique using a reporter gene. There are also data. Known prokaryotes suitable for expression of polynucleotides and polypeptides according to the invention Biological promoters include E. coli lacI and lacZ and promoters. , T3 and T7 promoters, gpt promoter, lambda PR, PL promoter And the trp promoter. Known eukaryotic promoters suitable in this regard include the CMV immediate early promoter. Promoter, HSV thymidine kinase promoter, early and late SV40 promoter The promoter of the retroviral LTR, such as the Rous sarcoma virus ("" RSV ") and metallothionein promoters such as mice -There is a metallothionein-I promoter. The recombinant expression vector is, for example, derived from an origin of replication, preferably, a highly expressed gene. After exposure to promoters and vectors that direct transcription of downstream structural sequences And a selectable marker that allows isolation of the vector containing the cells. Polynucleotide of the invention encoding a heterologous structural sequence of the polypeptide of the invention Is generally inserted into a vector using standard methods, and a functional promoter is inserted into the expression promoter. Connect. Polynucleotides whose transcription initiation site is relative to the ribosome binding site Position it appropriately on the 5 'side. Ribosome binding site should be expressed 5 'to the AUG that initiates translation of the polypeptide. In general, the start codon Always starts with AUG) and is between the ribosome binding site and the starting AUG, There are no other reading frames. Also, generally, there is a translation stop codon at the end of the polypeptide. There may be polyadenylation signals in the constructs used in eukaryotic hosts. U. A transcription termination signal suitably located at the 3 'end of the transcribed region may also be a polynucleotide. It may be included in a leotide construct. To secrete translated proteins into the endoplasmic reticulum, periplasmic space or extracellular environment, An appropriate secretion signal may be incorporated into the expressed polypeptide. these Signal may be endogenous to the polypeptide or may be a heterologous signal. You may. The polypeptide may be expressed in a modified form, for example in the form of a fusion protein, It may have not only secretion signals but also additional heterologous functional regions. like this In addition, for example, a region of an additional amino acid, particularly a charged amino acid, is added to the N-terminal And stability in host cells during purification or subsequent manipulation and storage. And improve sustainability. In addition, to facilitate purification, a region is added to the polypeptide. It can also be added. Such regions can be removed prior to final preparation of the polypeptide. Wear. Attach peptide moieties to polypeptides and, among other things, induce secretion or release And improving stability or facilitating purification are common in the art. This is a commonly used technique. Preferred fusion proteins solubilize the polypeptide. Or heterologous regions derived from immunoglobulins useful for purification. For example, EP -A-0464 533 (corresponding to Canadian patent 20458869) is an immunoglobulin. A fusion protein consisting of various parts of the constant region of a phosphorus molecule and another protein or part thereof. Disclose white. In drug development, for example, proteins can be screened with high-throughput screening Fusion with the Fc portion of an antibody for the purpose of immunoassay to identify antagonists Can be. D. Bennett et al., Journal of Molecular Recognition, 8: 52-58 (1995 ) And K. Johanson et al., The Journal of Biological Chemistry, 270 (16): 94. See 59-9471 (1995). The cells are then typically harvested by centrifugation and removed by physical or chemical means. And save the resulting crude extract for further purification. The microbial cells used for protein expression were subjected to freeze-thaw cycles, sonication, It can be disrupted by conventional methods, including mechanical disruption or the use of cell lysing agents, and such methods are It is well known to traders. Mammalian expression vectors contain an origin of replication, a suitable promoter and enhancer. And any of the essential ribosome binding sites, polyadenyl Sites, splice donor and acceptor sites, transcription termination sequences and It may have the currently required 5 'non-transcribed sequence. The spsB polypeptide can be obtained by ammonium sulfate or ethanol precipitation, acid extraction, Anion or cation exchange chromatography, phosphocellulose chromatography Luffy, hydrophobic interaction chromatography, affinity chromatography -, Hydroxylapatite chromatography and lectin chromatography And can be recovered and purified from recombinant cell culture by well known methods, including most Preferably, high performance liquid chromatography is used for purification. Polypeptide If denatured during separation and / or purification, regain active conformation To this end, well-known techniques for regenerating proteins may be used. Polynucleotide assay The present invention also provides for the detection of complementary polynucleotides, for example, as diagnostic reagents. It also relates to the use of HSV-2 polynucleotides for Eukaryotes, especially mammals, In particular, by detecting HSV-2 polynucleotides in humans, diagnosis of disease can be achieved. A disconnect method will be obtained. Eukaryotes infected with HSV-2 (as used herein Individuals), particularly mammals, especially humans, can be prepared by various techniques using DNA Alternatively, it can be detected at the RNA level. Diagnostic nucleic acids are derived from infected cells and cells. Available from tissues, such as bone, blood, muscle, cartilage and skin. Genomic DNA is May be used directly for extraction, or may be amplified enzymatically using PCR prior to analysis. Good (Saiki et al., Nature 324: 163-166 (1986)). RNA or cDNA also It can be used similarly. As an example, complementary to a nucleic acid encoding HSV-2 The presence and / or expression of HSV-2 can be identified and And analyze. Using PCR to be present in eukaryotes, especially mammals, especially humans Prokaryotic strains can be characterized by genotyping prokaryotic genes. example For example, compared to the genotype of the reference sequence, deletions And insertions can be detected. Point mutations were obtained by radiolabeling the amplified DNA with HSV- 2 to RNA and alternatively to radiolabeled HSV-2 antisense DNA. It can be identified by hybridization. A perfectly matched array is Differentiated from mismatched duplexes by RNase A digestion or by differences in melting temperatures it can. Sequence differences between control genes and genes with mutations can also be directly Can also be revealed by quantitative DNA sequencing. In addition, cloned DNA Use the segment as a probe to detect specific DNA segments. Can be. The sensitivity of such a method is to use PCR or another amplification method as appropriate , Can be greatly enhanced. For example, double-stranded sequencing primers For use with PCR products or single-stranded template molecules generated by modified PCR. Array The determination may be by conventional methods using radiolabeled nucleotides or by fluorescent tags Can be performed by an automatic sequencing method using Genetic characterization based on DNA sequence differences can be performed with or without denaturing agents. By detecting changes in electrophoretic mobility of DNA fragments in the DNA fragment . Small sequence deletions and insertions can be visualized by high resolution gel electrophoresis. varied DNA fragments of the sequence Denaturing plasmids where the movement of various DNA fragments is slow at different locations in the gel. Discrimination on muamide gradient gels (eg Meyers et al., Science, 230: 1242 (1985) )reference). Sequence changes at specific locations may also result in nucleases such as RNase and S1 protection. Can be revealed by a protease protection assay or a chemical cleavage method (e.g., For example, cotton et al., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 85: 4397-4401 (1985)). Thus, hybridization, RNase protection, chemical cleavage, direct D Use of NA sequencing or restriction enzymes, such as restriction fragment length polymorphism (restr iction fragment length polymorphism (RFLP)) and genomic DNA A specific DNA sequence can be detected by a method such as zam blotting. In addition to traditional gel electrophoresis and DNA sequencing, mutations can also be introduced. It can also be detected by in situ analysis. Cells having a mutation or polymorphism in the gene of the invention may also be Detection can also be made at the DNA level by various techniques that allow the determination. Examination Disruptive nucleic acids can be used in infected cells, blood, urine, saliva, tissue biopsies, and autopsy material. But not limited to) or obtained from a virus isolated and cultured from the above or other sources be able to. Viral DNA may be used directly for detection, or prior to analysis. Enzymatic amplification using PCR (Saiki et al., Nature, 324: 163-166 (1986)) May be. RT-PCR can be used to detect mutations. RT-PCR Is, for example, particularly preferably used in combination with an automatic detection system such as GeneScan . RNA or cDNA can also be used for PCR or RT-PCR for the same purpose. Can be. As an example, a PCR primer complementary to a nucleic acid encoding HSV-2 The mer can be used to identify and analyze mutations. For example, deletion and Insertions can be detected by changes in the size of the amplification product (normal genotype and Compare). The amplified DNA is converted to radiolabeled RNA or radiolabeled antisense DN. Identifying point mutations by hybridizing with the A sequence it can. Due to RNase A digestion or melting temperature difference, perfectly matched sequence It can be distinguished from mismatched duplexes. These primers are derived from the individual Used to amplify the HSV-2 DNA isolated from the sample of It may be subjected to various methods to be examined. In this way, a mutation in DNA is detected. be able to. Polypeptide assays The present invention also includes the determination of H in cells and tissues, including measurement of normal and abnormal levels. Diagnostic assays such as quantitative and diagnostic assays to detect SV-2 protein levels About Say. Thus, for example, compared to a normal control tissue sample, A diagnostic assay according to the present invention for detecting overexpression of HSV-2 protein Can be used to detect the presence of an infection. HSV in host-derived sample Assay techniques that can be used to determine levels of two proteins, are known to those of skill in the art. Is knowledge. Such assays include radioimmunoassays, competitive binding assays, Includes Western blot analysis and ELISA assay. ELI SA is preferred. In the ELISA assay, first, an antibody specific to HSV-2 was used. Preferably, a monoclonal antibody is prepared. In addition, in general, monoclonal antibodies A reporter antibody that binds to is prepared. Reporter antibodies can be radioactive, fluorescent or Is an enzyme reagent, in this example, horseradish peroxidase, etc. Binds to functional reagents. antibody A polypeptide, a fragment or other derivative thereof, or an analog thereof, Alternatively, cells expressing them can be used as immunogens to generate antibodies against them. Can be. The invention provides, for example, monoclonal and polyclonal anti- , Chimeric, single chain and humanized antibodies, and Fab fragments or Fa b Includes the product of an expression library. An antibody obtained against a polypeptide corresponding to the sequence of the present invention can Injection of the polypeptide directly into the animal or the polypeptide is administered to an animal, preferably a non-human animal. It can be obtained by administering to a substance. The antibody thus obtained is Binds to the peptide itself. In this method, only fragments of the polypeptide are copied. Even sequences that encode antibodies can be used to generate antibodies that bind to the entire original polypeptide. Can be. Using such an antibody, the polypeptide is expressed from a tissue expressing the polypeptide. H Can be isolated. To prepare monoclonal antibodies, antibodies produced by continuous cell line cultures Any technique known in the art that provides example See Kohler, G. and Milstein, C., Nature, 256: 495-497 (1975); Kozbor et al., Im. munology Today, 4:72 (1983)); Cole et al., Monoclonal Antibodies and Cancer. Various methods such as the method described in Therapy, Alan R Liss, Inc., pp. 77-96 (1985) are available. No. The technique described for the production of single chain antibodies (US Pat. No. 4,946,778) Applied to produce single chain antibodies to the immunogenic polypeptide products of the invention. Can be. It can also be used in transgenic mice or other mammals such as other mammals. To express a humanized antibody against the immunogenic polypeptide product of the present invention. Can be Alternatively, use of phage display technology to retain anti-SpsB Of the PCR-amplified v-gene of human-derived lymphocytes screened by PCR Binding activity to polypeptides from trees or from untreated libraries Antibody genes that have the ability to be selected can be selected (McCafferty, J. et al., Nature 348: 552-554 (1990); Marks, J. et al., Biotechnology 10: 779-783 (1992)). these Affinity of antibodies is determined by chain shuffling (Clackson, T. et al.). , Nature 352: 624-628 (1991)). If there are two antigen binding domains, each domain is called a "bispecific" antibody Can be directed to different epitopes. Using the above-described antibodies, clones expressing the polypeptide of the present invention can be isolated or isolated. Is identified and the antibody is isolated by affinity chromatography and / or Purifying the polypeptide by binding to a solid support for purification. Can be. Thus, infection, especially viral infection, using antibodies against HSV-2, among others. May specifically inhibit and / or treat HSV-2 infection, or The effectiveness of substance therapy may be monitored. Polypeptide derivatives may be antigenically, epitopically forming certain aspects of the invention. And immunologically equivalent derivatives. As used herein, "antigenically The term "equivalent derivative" is used according to the present invention to refer to a protein or polypeptide. If produced, prevents immediate physical interaction between the pathogen and the mammalian host. Or a polypeptide that would be specifically recognized by certain antibodies Includes equivalents. As used herein, the term "immunologically equivalent derivative" When used in a formulation suitable for inducing antibodies in vertebrates, antibodies A paper that acts to prevent immediate physical interaction between the body and the mammalian host. And peptides or equivalents thereof. Polypeptides such as antigenically or immunologically equivalent derivatives or fusion proteins thereof White is used to immunize mice or other animals, such as rats or chickens. Can be used as an antigen. Fusion proteins can confer stability on a polypeptide. Anti The progenitor is, for example, conjugated to an immunogenic carrier protein, such as bovine serum. Albumin (BSA) or keyhole limpet hemocyanin (keyhole limpe t haemocyanin (KLH). Alternatively, the protein or Multiplexing of a polypeptide, or its antigenically or immunologically equivalent polypeptide Multiple antigenic peptides, including copies, provide sufficient antigenicity to improve immunogenicity Has no need to use a carrier. The antibody or derivative thereof is preferably modified to reduce immunogenicity in the individual. Good. For example, if the individual is a human, the antibody is most likely "humanized". Preferably; in this case, the complementarity-determining region (a plurality may be included) of the antibody derived from the hybridoma. ) Has been transferred to human monoclonal antibodies; see, for example, Jones, P. et al., Nature. 321: 522-525 (1986) or Tempest et al., Biotechnology 9: 266-273 (1991). It is listed. The above antibody reagents are used for antibody suppression studies, immunoprecipitation studies, Can also be useful in assessing the biological role of genes You. Koekura's research suggests a novel protein-protein interaction that could be useful as a drug target Could lead to a discovery. The above antibody reagent cannot be predicted from the DNA sequence May lead to the identification of novel viral proteins, which may be novel drug targets . HSV-2 binding molecules and assays: The present invention also provides a method for identifying a molecule, such as a binding molecule that binds to HSV-2. Offer. Encodes a protein that binds to HSV-2, such as a binding protein The gene can be prepared in a number of ways known to those skilled in the art, such as ligand panning and FA. Can be identified by CS sorting. Such methods are described, for example, in Coligan et al., Cur. Many laboratories such as rent Protocols in Immunology 1 (2): Chapter 5 (1991) It is described in the manual. For example, expression cloning may be used for this purpose. For that, Polya Denylated RNA was prepared from cell-expressed HSV-2 and a cDNA library was prepared using the R NA, make library into pools, pool pools expressing HSV-2 Transfect individually into cells without. Then, the transfected cells The cells are exposed to labeled HSV-2. HSV-2 is radioiodinated or site- A variety of well-known methods, including standard methods for inclusion of recognition sites for specific protein kinases It can be labeled by known techniques. After exposure, cells were fixed and HSV-2 binding was determined. Measure. These techniques are conventionally performed on glass slides. Alternatively, the labeled ligand expresses a molecule to which it binds, such as a binding molecule Photoaffinity binding to cell extracts, such as membranes or membrane extracts prepared from cells . The cross-linked material is resolved by polyacrylamide gel electrophoresis ("PAGE"). , X-ray film. Cutting out the labeled complex containing the ligand binding, Decomposes into peptide fragments and can be subjected to protein microsequencing . Using amino acid sequences obtained from microsequencing, unique or degenerate oligonucleotides can be used. Design a leotide probe to screen the cDNA library and make The gene encoding the combined molecule can be identified. The polypeptides of the present invention can also be used to prepare HS or The HSV-2 binding ability of the V-2 binding molecule can be evaluated. Also, using the polypeptide of the present invention, for example, cells, cell-free preparations, chemical Evaluation of small molecule substrates and ligand binding in libraries and natural product mixtures May be valued. These substrates and ligands are natural substrates and ligands. Or it may be a structural or functional mimic. The present invention also relates to a drug that interferes with a protein selected as a target herein. A method for screening a drug for identifying a substance, comprising: A method comprising measuring interference with polypeptide activity. For example, selected If the protein has catalytic activity, after appropriate purification and formulation, the enzymatic activity will , According to its ability to convert natural substrates. Different chemically synthesized test compounds Products or natural products into such assays of enzymatic activity, Additives that antagonize or otherwise inhibit enzyme activity can be detected. The present invention also relates to activators and inhibitors identified thereby. Related. Another aspect of the invention relates to the use of a polynucleotide in genetic immunization, Preferably, direct injection of plasmid DNA into muscle (Wolff et al., Hum. Mol. Gene). t. 1: 363 (1992); Manthorpe et al., Hum. Gene Ther. 4: 419 (1963)), specific tamper Delivery of DNA conjugated to protein carriers (Wu et al., J. Biol. Chem. 264: 16985 (1989) )), Co-precipitation of DNA and calcium phosphate (Benvenisty & Reshef, Proc. Nat'l. Ac ed. Sci. USA, 83: 9551 (1986)), encapsulation of DNA in various forms of liposomes (Kan eda et al., Science 243: 375 (1989)), particle bombardment (Tang et al., Nature 356: 152 (1992)); Ei senbraun et al., DNA Cell Biol. 12: 791 (1993) and cloned retroviral vectors. In vivo infection using a vector (Seeger et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA, 91: 5849 (1984)). Muscle transfer Suitable promoters for CMV, CMV, RSV, SRa, actin, MC K, alpha globin, adenovirus and dihydrofolate reductase Include. In treatment or prevention, the activator, i.e., polypeptide, polynucleotide, Injectable compositions of the tides or inhibitors of the invention, for example, sterile aqueous dispersions It may be administered to a patient, preferably as an isotonic solution. vaccine Another aspect of the invention is a method of eliciting an immunological response in an individual, particularly a mammal. Producing an antibody to protect the individual from infection, particularly HSV-2 infection. Sufficient HSV-2 polypeptide, or an antigenic fragment or Relates to a method comprising inoculating a variety with an individual. Another aspect of the present invention is a A method of eliciting an immunological response in an individual, the method comprising: To elicit an immunological response to produce antibodies to protect the body from disease Expressing HSV-2, or a fragment or variant thereof, in vivo For encoding HSV-2, or an antigenic fragment or A method comprising delivering the variant. A further aspect of the invention is a method capable of eliciting or eliciting an immunological response in a host. HSV-2 or the protein encoded thereby, An immunological composition which elicits an immunological response against said HSV-2 or said HSV-2. Recombination comprising DNA to encode and express a protein encoded therefrom A composition comprising HSV-2 or a protein encoded therefrom. . HSV-2 or a fragment thereof cannot produce antibodies on its own, but 1 stabilization and fusion that will have immunological and protective properties It may be fused with a co-protein capable of producing the protein. The fusion recombinant tan Preferably, the protein further comprises glutathione-S-transferase (GS T) or antigenic co-proteins, such as beta-galactosidase, proteins A relatively large co-protein that solubilizes the quality and facilitates its production and purification. May be included. In addition, co-proteins are intended to provide systemic stimulation of the immune system. In taste, it can act as an adjuvant. The co-protein is the first protein It can be attached to either the amino or carboxy terminus. The invention also comprises the immunogenic recombinant protein together with a suitable carrier. Vaccine formulations are also included. Since the protein can be broken down in the stomach, Administer locally, including subcutaneous, intramuscular, intravenous or intradermal administration. Suitable for parenteral administration The formulation is made isotonic with antioxidants, buffers, bacteriostats and body fluids of the individual, preferably blood Aqueous and non-aqueous sterile injectable solutions which may contain solutes which provide the formulation; Includes aqueous and non-aqueous sterile suspensions which may contain suspending or thickening agents . The formulations may be presented in unit or multi-dose containers, for example, sealed ampules and In a lyophilized state given in the vial and requiring only the addition of a sterile liquid carrier immediately before use May be stored. Vaccine formulations are also available in oil-in-water systems and others known in the art. And adjuvant systems that increase the immunogenicity of the formulation, such as Dosage is , Depending on the specific activity of the vaccine and can be determined without difficulty by routine experimentation. Although the present invention is described with respect to particular HSV-2 polypeptides, the native protein Additions or deletions that do not substantially affect the quality or immunogenicity of the recombinant protein. Or a similar protein having a substitution (eg, having a sequence that is 75% or more homologous) Should be understood to encompass fragments of Composition The present invention also relates to the aforementioned polynucleotide or polypeptide or inhibitor. A composition comprising bitter. Therefore, the polypeptide of the present invention is non-destructive. Sterile or sterile carriers or carriers for cells, tissues or organisms (eg, administered to a control) (A suitable pharmaceutical carrier). Such a composition, for example, A solvent additive or a therapeutically effective amount of a polypeptide of the invention, and a pharmaceutically acceptable Or excipients. Such carriers include saline, buffered saline, Includes strose, water, glycerol, ethanol and combinations thereof However, the present invention is not limited to these. The prescription must be adapted to the method of administration No.kit The present invention may further comprise one or more of the components of the composition of the present invention described above. Diagnostic and pharmaceutical packs and kits comprising one or more containers. I do. In such container (s), manufacture or use a pharmaceutical or biological product. Products for human administration in a form prescribed by governmental agencies that regulate Attach a notice indicating the agency's approval of the product, use or sale of the product be able to.Administration The polypeptides and other compounds of the present invention can be used alone or as a therapeutic compound. It can be used in combination with other compounds. Pharmaceutical compositions include, for example, topical, oral, anal, vaginal, intravenous, peritoneal, among others. Effective and convenient methods, including intra, intramuscular, subcutaneous, intranasal or intradermal routes Can be administered. Generally, a pharmaceutical composition is administered in an amount effective to treat or prevent a particular condition. . Consider each symptom, its severity, administration route, complications, etc. Optimal doses will be determined by standard methods used. The active ingredient may be used as an injectable composition in therapy or as a therapeutic, e.g. For example, they may be administered to an individual as a sterile aqueous dispersion (preferably isotonic). Alternatively, the composition may be administered topically, such as an ointment, cream, lotion, eye drop Also prescribed as medicines, ear drops, mouthwashes, impregnated bandages and sutures and aerosols Well, suitable customary additives (eg preservatives, solvents to enhance drug penetration, ointments and ointments) And humectants in creams). Such topical formulations are compatible Conventional detection, such as cream or ointment bases, and It may contain knol or oleyl alcohol. Such carriers have a formulation weight of 1 % To 98%, more usually up to about 80% of the formulation. There will be. For administration to mammals, especially humans, the daily dose of active agent is 0.01 mg. / Kg to 10 mg / kg, typically about 1 mg / kg. In any case, The actual dosage most appropriate for the individual will be determined by a physician, and will reflect the age, weight and It depends on the answer. The above doses are exemplary of the average case. Of course, more For some individuals, higher or lower dose ranges are appropriate and are within the scope of the present invention. Alternatively, the compositions of the present invention can be used to bathe an indwelling device immediately prior to insertion. Conveniently, the vaccine composition is in an injectable form. Using a conventional adjuvant To enhance the immune response. A suitable dose for vaccine administration is 0.5-5 mg / kg of antigen; Is preferably administered 1 to 3 times a day for 1 to 3 weeks. At the indicated dose range, for compounds of the present invention, administration of the compound to an appropriate individual No harmful poisoning effects are observed, which hinders. Certain frequent methods and / or terms are used in order to facilitate understanding of the following examples. explain. Example 1Preparation of Ultra-Purified Herpes Simplex 2 Virus DNA: This protocol describes a herpes simplex virus type 2 strain SB5 for sequencing. The preparation of DNA is described. This is two protocols, both modified It is a combination of Part I is the crude purification of viral DNA from host cell DNA. (Hirt, B., J. Mol. Biol. 26: 365-369 (1967)). Ultra-purification of viral DNA via a cesium (CsCl) gradient is described (Vinog rad J, et al., Proc. Nat'l. Acad. Sci. (USA) 2: 902-910 (1963)). I. Isolation of viral DNA from host DNA (Hirt¹Modification from) Roller bottle in advance (1 × 10⁸Vero cells (ATC) seeded on cells / bottle The confluent monolayer of C CCL 81) was prepared in HBSS at MOI = 0.01 with HSV -Infected with strain SB5. One hour later, the virus inoculum is collected and normal medium is removed. Added (DMEM, 10% FCS). About 40-48 hours after infection, the infected monolayer was collected as debris and 10 ml of cold Placed in 1 × PBS. Combine three roller bottles of infected cells for subsequent steps (3 × 10⁸cell). Cells were spun at 2000 g × 5 minutes. Remove the supernatant Then, 25 ml of DNA extraction buffer was added to the cell pellet (0.25% Trit). onX-100, 10 mM EDTA, 10 mM Tris pH 8.0). The lysate was mixed for 10 minutes at room temperature. The lysate was then added to 1 ml of 5M NaCl. (0.2M final concentration) was added and stirred for another 15 minutes. The lysate was centrifuged at 10,000 g for 30 minutes at 4 ° C. Viral DNA And the pellet containing mainly chromosomal DNA was discarded. In the supernatant, SDS was brought to a final concentration of 0.5% and proteinase K was brought to a final concentration of 150 u. g / ml. This was incubated at 45 ° C. for 2 hours. . After 2 hours, 2.5 volumes of 100% ethanol were added. Remove viral DNA Precipitated at -20 ° C overnight. The precipitate was centrifuged at 10,000 g for 30 minutes at 4 ° C. 7 pellets Washed once with 0% ethanol and air dried for 30 minutes. Then add 2 pellets Resuspend in 50 μl TE (10 mM Tris, pH 7.5, 2 mM EDTA) It became cloudy. RNase A was added to a final concentration of 10 μg / ml and incubated at 37 ° C. for 1 hour. Cubbed. SDS and proteinase K were then added (as described above) and brought to 37 ° C. And incubated overnight. The DNA was extracted with phenol (2 times), extracted with chloroform (1 time), 1/10 Add volume of 3M sodium acetate and 2.5 volumes of 100% ethanol to the precipitate And precipitated overnight at -20 ° C. The next day, the precipitate was removed at 15,000 g for 20 minutes. Spin down. Wash the pellet once with 70% ethanol and briefly air Dry and resuspend in 1 ml TE. II. Ultrapurification of viral DNA by CsCl gradient (modified from Vinograd et al., Supra). Decoration) A 57% w / w cesium chloride solution containing the DNA prepared above was prepared as follows. Created: To 1 ml of the viral DNA prepared above, add 9 ml of TE exactly 10 times. ml. To this, 13.26 g of CsCl was added and dissolved. . This solution was added to an ultracentrifuge tube and 35,000 in a VTi40 rotor. Spin at 25 ° C. for 72 hours at rpm. After centrifugation, place the tube on the gradient collector and place 1 through the hole drilled in the bottom. Five drop fractions were collected. The refractive index of each of the four tubes was examined with a refractometer. Viral DNA is refracted The rate = 1.403-1.401. Goldin A.L,et al.,J. Virol. _ : Density range of HSV DNA from 50-58. Boyant density (ρ) = aη^{25 °}-B, this Where the coefficients a and b are 10.8601 and 13 respectively for CsCl. . 497 4 and η = refractive index (Isco tables, a handbook of data for biologic al and physical scientist, Isco, Inc. Lincoln, NE, ninth ed. 1987). Pool the appropriate fractions and, for 3L TE, change frequently, Dialyzed overnight. The final DNA preparation is made up with 1/10 volume of 3M sodium acetate and 2.5 volumes Concentrated by precipitation with 100% ethanol. Resuspend DNA in TE And OD_260/280A reading was taken. The DNA was then transferred to Sambrook, J et al. (1989) Shown in Chapter 13 (supra) Or, for example, Applied Biosystems / Perkin Elmer, Foster City, CA Perform sequencing by automated DNA sequencing according to any manufacturer's protocol Was. Specific preferred individual polynucleotide and polypeptide sequences of the present invention are set forth below. It is summarized in the table below. Tables 1, 2 and 3 represent the results of three different sequencings. Table 4 represents the polypeptide encoded by the ORF of Table 3. Table 1 shows the polynucleotides of the invention and the polypeptides encoded by the ORFs. And the polynucleotide start and end positions of each ORF are listed in the table for each SEQ ID NO: correlating to the polynucleotide sequence described above for a given polypeptide Is indicated by In addition, the polypeptide sequence encoded by each ORF may Contig number that matches the contig number of the polynucleotide sequence to be loaded Marked with. Starting polynucleotide number is greater than ending polynucleotide number In the case of a critical ORF, the translation of the polypeptide is complementary to the chain indicated in the table. Start on the nucleotide chain. Often one is mapped to an individual contig There are more ORFs. Connect the contig assembly to a publicly available Phharp Program, P. Green, University of Washington, WA., U.S.A. ORF Forecasting to the Publicly Available GenMark Program, Georgia Tech Research Cor p., Georgia Tech, GA, U.S.A. Poly to known proteins The homology of the peptide sequence is also shown. These homologies are described in J.A. Collins, Bi ocomputing Research Unit, the public database of the University of Edinburgh Using Mpsrch_pp, release 2.1 (distributed by IntelliGenetics, Inc.) I checked. Table 2 obtained from separately performed sequencing shows the polynucleotides of the invention and Providing polypeptides encoded by the ORFs, the polynucleotide of each ORF The start and end positions are as described above for each given polypeptide in the table. Indicated by the SEQ ID NO correlating to the nucleotide sequence. Each ORF codes The polypeptide sequence is a copy of the polynucleotide sequence described above that encodes it. Are labeled with a contig number that matches the contig number. Nucleotide start number For ORFs greater than the stop number, translation of the polypeptide is indicated in the table. Starting on the nucleotide strand complementary to the strand to be synthesized. Contig assembly 3.0, Gene Codes Corp., Ann Arbor MI, USA, software available for This was performed using a wear program. ORF prediction is performed using a jointly available GenMark This was performed using a program (see Table 1). Polypeptides against known proteins Shows sequence homology. These homologies are available in publicly available Mpsrch programs. The test was carried out using a ram (see Table 1). Table 3, obtained from sequencing performed separately, shows polynucleotides of the invention and Providing polypeptides encoded by the ORFs, the polynucleotide of each ORF The start and end positions are as described above for each given polypeptide in the table. Indicated by the SEQ ID NO correlating to the nucleotide sequence. Each ORF codes The polypeptide sequence is a copy of the polynucleotide sequence described above that encodes it. Are labeled with a contig number that matches the contig number. Starting polynucleotide number For ORFs whose number is greater than the stop number, translation of that polypeptide is indicated in the table. Starting on the nucleotide strand that is complementary to the strand to be created. Contig assembly, This was done using the publicly available Phharp program (see Table 1). ORF prediction Performed using the publicly available GenMark software program (see Table 1). 1 shows the homology of polypeptide sequences to known proteins. These homo Was examined in comparison with the public database Mpsrch_pp (see Table 1). Table 4 lists GenM as having more than one start site (N-terminal methionyl residue). according to the polynucleotide sequences of Table 3 predicted by the ark program (see Table 1) The ORF sequence of the encoded polypeptide is provided. Conti of these ORFs The contig number and the polynucleotide start and stop sites Correlates with the polynucleotide sequence numbers in Table 3.

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ａ６１Ｐ 31/22 Ｃ０７Ｋ 14/035 Ｃ０７Ｋ 14/035 16/08 16/08 Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/19 1/19 1/21 1/21 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ 5/10 21/08 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ 21/08 Ｇ０１Ｎ 33/15 ＺＣ１２Ｑ 1/68 33/50 ＺＧ０１Ｎ 33/15 33/566 33/50 Ａ６１Ｋ 37/02 33/566 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ａ (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＣＡ，ＪＰ，ＵＳ (72)発明者チャン，ジョン・ワイアメリカ合衆国19406ペンシルベニア州キング・オブ・プルシア、ウエスト・デカルブ・パイク570番、アパートメント210 (72)発明者ダブロースキー―アマラル，クリスティン・エレンアメリカ合衆国19365ペンシルベニア州パークスバーグ、モスコウ・ロード4090番 (72)発明者デルベッキオ，アルフレッド・マイケルアメリカ合衆国19380ペンシルベニア州ウエスト・チェスター、メトロ・コート 668番 (72)発明者ディロン，スーザン・ビーアメリカ合衆国19425ペンシルベニア州チェスター・スプリングズ、テュラモア・サークル1209番 (72)発明者リアリー，ジェフリー・ジョゼフアメリカ合衆国19087ペンシルベニア州ウェイン、ジェネラル・スコット・ロード 521番 (72)発明者サットン，デイビッドアメリカ合衆国19087ペンシルベニア州ウェイン、ウッドストリーム・ドライブ59 番──────────────────────────────────────────────────続き Continued on the front page (51) Int.Cl. ⁷ Identification symbol FI Theme coat ゛ (Reference) A61P 31/22 C07K 14/035 C07K 14/035 16/08 16/08 C12N 1/15 C12N 1/15 1 / 19 1/19 1/21 1/21 C12P 21/02 C 5/10 21/08 C12P 21/02 C12Q 1/68 A 21/08 G01N 33/15 Z C12Q 1/68 33/50 Z G01N 33 / 15 33/566 33/50 A61K 37/02 33/566 C12N 5/00 A (81) Designated countries EP (AT, BE, CH, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, (LU, MC, NL, PT, SE), CA, JP, US (72) Inventor Chang, John Wye United States 19406 King of Prussia, PA, West DeKalb Pike 570, Apartment 2 10 (72) Inventor Dabrowski-Amalal, Christine Ellen United States 19365 No. 4090, Moscow Road, Parksburg, PA 1972 Inventor Delvecchio, Alfred Michael United States 19380 Metro Court, West Chester, PA 19668 No. 72 Inventor Dillon, Susan Bee United States 19425 Tullamore Circle, Chester Springs, PA 19209 No. 72 Inventor Really, Jeffrey Joseph United States 19087 Wayne, PA, General Scott Road 521 (72) Sutton, David 19087 Woodstream Drive, Wayne, PA 19087

Claims

【特許請求の範囲】１．（ａ）表１、２、３または４のアミノ酸配列を含むポリペプチドコードしているポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド；（ｂ）寄託株ＶＲ−２５４６のＨＳＶ−２中に含まれる遺伝子により発現される成熟ポリペプチドをコードしており、配列決定されて表１、２または３のポリヌクレオチド配列が得られたポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド；（ｃ）表１、２、３または４のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；（ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド；および（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリヌクレオチドの少なくとも１５個の連続した塩基を含むポリヌクレオチドからなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド。２．ポリヌクレオチドがＤＮＡである請求項１のポリヌクレオチド。３．ポリヌクレオチドがＲＮＡである請求項１のポリヌクレオチド。４．表１、２および３に示す核酸配列からなる群より選択される核酸配列を含む請求項２のポリヌクレオチド。５．表１に示すアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項２のポリヌクレオチド。６．請求項１のポリヌクレオチドを含むベクター。７．請求項６のベクターを含む宿主細胞。８．請求項７の宿主細胞から上記ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチドを発現させることを含む、ポリペプチドの製造方法。９．ポリペプチドまたはフラグメントの製造方法であって、該ポリペプチドまたはフラグメントの生成に十分な条件下で請求項７の宿主細胞を培養することを含む方法。１０．表１、２、３および４に示すアミノ酸配列またはそのフラグメントからなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド。１１．表１、２、３および４に示すアミノ酸配列またはそのフラグメントからなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド。１２．請求項１０のポリペプチドに対する抗体。１３．請求項１０のポリペプチドの活性または発現に対するアンタゴニストまたはアゴニスト。１４．治療上有効量の請求項１０のポリペプチドを個体に投与することを含む、個体の疾病の治療または予防方法。１５．治療上有効量の請求項１３のアンタゴニストを個体に投与することを含む、ウイルスポリペプチドの阻害を医薬的に必要とする個体の治療方法。１６．個体における請求項１０のポリペプチドの発現または活性に関連した疾病の診断方法であって、（ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定すること、および／または（ｂ）個体由来の試料中の該ポリペプチドの存在または量について分析することを含む方法。１７．請求項１０のポリペプチドを阻害または活性化する化合物の同定方法であって、（ａ）化合物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条件下で、ポリペプチドを有してなる組成物とスクリーニングすべき化合物とを接触させて化合物の相互作用を評価し（かかる相互作用はポリペプチドと化合物との相互作用に応答した検出可能シグナルを提供しうる第２の成分に関連したものである）；（ｂ）化合物とポリペプチドとの相互作用により生じるシグナルの存在または不存在を検出することにより、化合物がポリペプチドを活性化または阻害するかどうかを決定することを含む方法。１８．哺乳動物における免疫学的応答を誘導する方法であって、抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせて動物を疾病から防御するに十分な請求項１０のポリペプチドまたはその変種を哺乳動物に接種することを含む方法。１９．哺乳動物における免疫学的応答を誘導する方法であって、インビボにて該ポリペプチドを発現させるために、核酸ベクターを送達し、請求項１０のポリペプチドまたはその変種の発現を指令し、免疫学的応答を誘発して抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせて動物を疾病から防御することを含む方法。２０．該ヌクレオチドが：（ａ）表１、２、３または４のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して少なくとも９０％の同一性を有するポリヌクレオチド；（ｂ）寄託株ＶＲ−２５４６のＨＳＶ−２に含まれる遺伝子により発現される同じ成熟ポリペプチドをコードしており、配列決定されて表１、２または３のポリヌクレオチド配列が得られたポリヌクレオチドに対して少なくとも９０％の同一性を有するポリヌクレオチド；（ｃ）表１、２、３または４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；（ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド；および（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリヌクレオチドの少なくとも１５個の連続した塩基を含むポリヌクレオチドからなる群より選択される、請求項１の単離ポリヌクレオチド。２１．（ａ）表１、２、３または４のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して少なくとも９５％の同一性を有するポリヌクレオチド；（ｂ）寄託株ＶＲ−２５４６のＨＳＶ−２中に含まれる遺伝子により発現される同じ成熟ポリペプチドをコードしており、配列決定されて表１、２または３のポリヌクレオチド配列が得られたポリヌクレオチドに対して少なくとも９５％の同一性を有するポリヌクレオチド；（ｃ）表１、２、３または４のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；（ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド；および（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリヌクレオチドの少なくとも１５個の連続した塩基を含むポリヌクレオチドからなる群より選択される、請求項１の単離ポリヌクレオチド。２２．（ａ）表１、２、３または４のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して少なくとも５０％の同一性を有するポリヌクレオチドであって、ＨＳＶ−２以外の原核生物種から得られるポリヌクレオチド；（ｂ）表１、２、３または４のアミノ酸配列に対して少なくとも５０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、ＨＳＶ−２以外の原核生物種から得られるポリヌクレオチド；および（ｃ）（ａ）または（ｂ）のポリヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチドからなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド。２３．表１、２、３または４に示すアミノ酸配列の１つを有する単離ポリペプチド。２４．請求項１のアミノ酸配列の１つをコードする単離核酸およびストリンジェントな条件下でそれにハイブリダイゼーションしうる核酸配列。２５．請求項２４の核酸配列を含む組み換えベクターおよびそれを用いて形質転換またはトランスフェクションされた宿主細胞。２６．候補化合物を請求項１０のポリペプチドと接触させ、ついで、該ポリペプチドの生物学的活性を阻害しうる化合物を選択することを含む、抗ウイルス化合物の同定方法。２７．請求項２６の方法により同定される抗ウイルス化合物。２８．表１、２、３または４に示すアミノ酸配列またはそのフラグメントを有する単離ポリペプチド。２９．請求項２８のアミノ酸配列の１つをコードする単離核酸およびストリンジェントな条件下でそれにハイブリダイゼーションしうる核酸配列。３０．候補化合物を請求項２８のポリペプチドと接触させ、ついで、該ポリペプチドの生物学的活性を阻害しうる化合物を選択することを含む、抗ウイルス化合物の同定方法。[Claims] 1. (A) a polypeptide encoding the amino acid sequence of Table 1, 2, 3 or 4; Polynucleotide having at least 70% identity to the polynucleotide Otide; (B) expressed by a gene contained in HSV-2 of the deposited strain VR-2546 Which encodes a mature polypeptide and has been sequenced and expressed in Table 1, 2 or 3 At least 70% identical to the polynucleotide from which the nucleotide sequence was obtained A polynucleotide having a property; (C) at least 70% identity to the amino acid sequence of Table 1, 2, 3 or 4 A polynucleotide encoding a polypeptide comprising an amino acid sequence having a property; (D) a polynucleotide complementary to (a), (b) or (c). Nucleotides; and (E) at least one of the polynucleotides of (a), (b), (c) or (d); Polynucleotide containing 15 consecutive bases An isolated polynucleotide comprising a polynucleotide sequence selected from the group consisting of: 2. 2. The polynucleotide according to claim 1, wherein the polynucleotide is DNA. 3. The polynucleotide of claim 1, wherein the polynucleotide is RNA. 4. Contains nucleic acid sequences selected from the group consisting of the nucleic acid sequences shown in Tables 1, 2 and 3. The polynucleotide of claim 2. 5. Tables containing amino acid sequences selected from the group consisting of the amino acid sequences shown in Table 1. 3. The polynucleotide of claim 2, which encodes a repeptide. 6. A vector comprising the polynucleotide of claim 1. 7. A host cell comprising the vector of claim 6. 8. The polynucleotide encoded by the polynucleotide from the host cell of claim 7. A method for producing a polypeptide, comprising expressing a polypeptide. 9. A method for producing a polypeptide or fragment, the method comprising: Or culturing the host cell of claim 7 under conditions sufficient to produce fragments. Including methods. 10. From the amino acid sequences shown in Tables 1, 2, 3 and 4 or fragments thereof Has at least 70% identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of: A polypeptide comprising an amino acid sequence. 11. From the amino acid sequences shown in Tables 1, 2, 3 and 4 or fragments thereof A polypeptide comprising an amino acid sequence selected from the group consisting of: 12. An antibody against the polypeptide of claim 10. 13. An antagonist to the activity or expression of the polypeptide of claim 10. Or agonist. 14． Administering to the individual a therapeutically effective amount of the polypeptide of claim 10. A method of treating or preventing a disease in an individual. 15. Administering to the individual a therapeutically effective amount of the antagonist of claim 13. A method for treating an individual in need of a pharmaceutically inhibitor of a viral polypeptide. 16. A disease associated with the expression or activity of the polypeptide of claim 10 in an individual. A method of diagnosing a disease, (A) determining the nucleic acid sequence encoding the polypeptide; and / or Or (B) analyzing for the presence or amount of the polypeptide in a sample from the individual. When A method that includes 17． A method for identifying a compound that inhibits or activates the polypeptide of claim 10. So, (A) under conditions that allow the interaction between the compound and the polypeptide, Contacting a composition comprising a peptide with a compound to be screened Of the interaction between the polypeptide and the compound. Associated with a second component capable of providing a detectable signal). (B) the presence of a signal generated by the interaction between the compound and the polypeptide or Whether the compound activates or inhibits the polypeptide by detecting its absence Determine whether A method that includes: 18. A method for inducing an immunological response in a mammal, comprising the steps of: Or sufficient to elicit a T cell immune response to protect the animal from disease. Or a variant thereof is inoculated into a mammal. 19. A method for inducing an immunological response in a mammal, comprising the steps of: A nucleic acid vector is delivered to express the polypeptide, wherein the polypeptide of claim 10 is expressed. Directs the expression of the peptide or variant thereof, elicits an immunological response and Alternatively, a method comprising generating a T cell immune response to protect the animal from disease. 20. The nucleotide is: (A) encodes a polypeptide comprising the amino acid sequence of Table 1, 2, 3 or 4 Polynucleotides having at least 90% identity to polynucleotides ; (B) expressed by the gene contained in HSV-2 of the deposited strain VR-2546 It encodes the same mature polypeptide and has been sequenced and At least 90% identical to the polynucleotide from which the oligonucleotide sequence was obtained. A polynucleotide having one sex; (C) at least 90% identity to the amino acid sequence of Table 1, 2, 3 or 4 A polynucleotide encoding a polypeptide comprising an amino acid sequence having a property; (D) a polynucleotide complementary to (a), (b) or (c). Nucleotides; and (E) at least one of the polynucleotides of (a), (b), (c) or (d); Polynucleotide containing 15 consecutive bases The isolated polynucleotide of claim 1, wherein the isolated polynucleotide is selected from the group consisting of: 21. (A) encodes a polypeptide comprising the amino acid sequence of Table 1, 2, 3 or 4 A polynucleotide having at least 95% identity to the polynucleotide ; (B) expressed by a gene contained in HSV-2 of the deposited strain VR-2546 Encoding the same mature polypeptide, which has been sequenced and The polynucleotide sequence is at least 95% relative to the resulting polynucleotide; A polynucleotide having identity; (C) at least 95% identical to the amino acid sequence of Table 1, 2, 3 or 4 A polynucleotide encoding a polypeptide comprising an amino acid sequence having a property; (D) a polynucleotide complementary to (a), (b) or (c). Nucleotides; and (E) at least one of the polynucleotides of (a), (b), (c) or (d); Polynucleotide containing 15 consecutive bases The isolated polynucleotide of claim 1, wherein the isolated polynucleotide is selected from the group consisting of: 22. (A) encodes a polypeptide comprising the amino acid sequence of Table 1, 2, 3 or 4 Polynucleotides having at least 50% identity to polynucleotides A polynucleotide obtained from a prokaryotic species other than HSV-2; (B) at least 50% identity to the amino acid sequence of Table 1, 2, 3 or 4 Polynucleotide encoding a polypeptide comprising an amino acid sequence having A polynucleotide obtained from a prokaryotic species other than HSV-2; (C) Polynucleotides complementary to the polynucleotide of (a) or (b) Tide An isolated polynucleotide comprising a polynucleotide sequence selected from the group consisting of: 23. An isolated polypeptide having one of the amino acid sequences shown in Table 1, 2, 3 or 4. Chid. 24. An isolated nucleic acid and a stringent encoding one of the amino acid sequences of claim 1. A nucleic acid sequence capable of hybridizing to it under transient conditions. 25. A recombinant vector comprising the nucleic acid sequence of claim 24 and a trait using the same. A transformed or transfected host cell. 26. Contacting a candidate compound with the polypeptide of claim 10; Antiviralization, including selecting compounds that can inhibit the biological activity of the peptide How to identify compounds. 27. An antiviral compound identified by the method of claim 26. 28. Having the amino acid sequence shown in Table 1, 2, 3 or 4 or a fragment thereof; Isolated polypeptide. 29. 29. An isolated nucleic acid and a string encoding one of the amino acid sequences of claim 28. A nucleic acid sequence capable of hybridizing to it under mild conditions. 30. Contacting a candidate compound with the polypeptide of claim 28; Antiviralization, including selecting compounds that can inhibit the biological activity of the peptide How to identify compounds.