ES2914727T3 - Algoritmos y métodos para evaluar los criterios clínicos tardíos en el cáncer de próstata - Google Patents
Algoritmos y métodos para evaluar los criterios clínicos tardíos en el cáncer de próstata Download PDFInfo
- Publication number
- ES2914727T3 ES2914727T3 ES18707504T ES18707504T ES2914727T3 ES 2914727 T3 ES2914727 T3 ES 2914727T3 ES 18707504 T ES18707504 T ES 18707504T ES 18707504 T ES18707504 T ES 18707504T ES 2914727 T3 ES2914727 T3 ES 2914727T3
- Authority
- ES
- Spain
- Prior art keywords
- patient
- score
- group
- risk
- gps
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 115
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 59
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 title claims abstract description 59
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 title description 16
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 122
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 75
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 72
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims abstract description 30
- 101000640851 Homo sapiens 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase 2 Proteins 0.000 claims abstract description 20
- 101000830894 Homo sapiens Targeting protein for Xklp2 Proteins 0.000 claims abstract description 20
- 102100024813 Targeting protein for Xklp2 Human genes 0.000 claims abstract description 20
- 102100033875 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase 2 Human genes 0.000 claims abstract description 19
- 230000002411 adverse Effects 0.000 claims abstract description 15
- 239000003098 androgen Substances 0.000 claims abstract description 14
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims abstract description 14
- 230000004044 response Effects 0.000 claims abstract description 14
- 102100036533 Glutathione S-transferase Mu 2 Human genes 0.000 claims abstract description 13
- 101001071691 Homo sapiens Glutathione S-transferase Mu 2 Proteins 0.000 claims abstract description 13
- 101000605528 Homo sapiens Kallikrein-2 Proteins 0.000 claims abstract description 13
- 101001062754 Homo sapiens Protein FAM13C Proteins 0.000 claims abstract description 13
- 101000864793 Homo sapiens Secreted frizzled-related protein 4 Proteins 0.000 claims abstract description 13
- 102100038356 Kallikrein-2 Human genes 0.000 claims abstract description 13
- 102100030559 Protein FAM13C Human genes 0.000 claims abstract description 13
- 101000818517 Homo sapiens Zinc-alpha-2-glycoprotein Proteins 0.000 claims abstract description 12
- 102100030052 Secreted frizzled-related protein 4 Human genes 0.000 claims abstract description 12
- 102100021144 Zinc-alpha-2-glycoprotein Human genes 0.000 claims abstract description 12
- 230000008520 organization Effects 0.000 claims abstract description 12
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 claims abstract description 12
- 102100033601 Collagen alpha-1(I) chain Human genes 0.000 claims abstract description 11
- 101001059150 Homo sapiens Gelsolin Proteins 0.000 claims abstract description 11
- 101000851892 Homo sapiens Tropomyosin beta chain Proteins 0.000 claims abstract description 11
- 108010029483 alpha 1 Chain Collagen Type I Proteins 0.000 claims abstract description 11
- 102100028953 Gelsolin Human genes 0.000 claims abstract description 10
- 101000913557 Homo sapiens Filamin-C Proteins 0.000 claims abstract description 10
- 102100036471 Tropomyosin beta chain Human genes 0.000 claims abstract description 10
- 102100026560 Filamin-C Human genes 0.000 claims abstract description 9
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims abstract description 7
- 102100030401 Biglycan Human genes 0.000 claims abstract description 7
- 101001126865 Homo sapiens Biglycan Proteins 0.000 claims abstract description 7
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 63
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 claims description 34
- JMANVNJQNLATNU-UHFFFAOYSA-N oxalonitrile Chemical compound N#CC#N JMANVNJQNLATNU-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 29
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 29
- 230000034994 death Effects 0.000 claims description 19
- 238000010240 RT-PCR analysis Methods 0.000 claims description 18
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 14
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 claims description 13
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 claims description 12
- QYAPHLRPFNSDNH-MRFRVZCGSA-N (4s,4as,5as,6s,12ar)-7-chloro-4-(dimethylamino)-1,6,10,11,12a-pentahydroxy-6-methyl-3,12-dioxo-4,4a,5,5a-tetrahydrotetracene-2-carboxamide;hydrochloride Chemical compound Cl.C1=CC(Cl)=C2[C@](O)(C)[C@H]3C[C@H]4[C@H](N(C)C)C(=O)C(C(N)=O)=C(O)[C@@]4(O)C(=O)C3=C(O)C2=C1O QYAPHLRPFNSDNH-MRFRVZCGSA-N 0.000 claims description 7
- 108010016281 ADP-Ribosylation Factor 1 Proteins 0.000 claims description 7
- 102100034341 ADP-ribosylation factor 1 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100022961 ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial Human genes 0.000 claims description 7
- 102100031629 COP9 signalosome complex subunit 1 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100026127 Clathrin heavy chain 1 Human genes 0.000 claims description 7
- 101000975151 Homo sapiens ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial Proteins 0.000 claims description 7
- 101000940485 Homo sapiens COP9 signalosome complex subunit 1 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000912851 Homo sapiens Clathrin heavy chain 1 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000579123 Homo sapiens Phosphoglycerate kinase 1 Proteins 0.000 claims description 7
- KJWZYMMLVHIVSU-IYCNHOCDSA-N PGK1 Chemical compound CCCCC[C@H](O)\C=C\[C@@H]1[C@@H](CCCCCCC(O)=O)C(=O)CC1=O KJWZYMMLVHIVSU-IYCNHOCDSA-N 0.000 claims description 7
- 102100028251 Phosphoglycerate kinase 1 Human genes 0.000 claims description 7
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 claims description 7
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 claims description 7
- 238000001794 hormone therapy Methods 0.000 claims description 6
- 238000011301 standard therapy Methods 0.000 claims description 4
- 239000012829 chemotherapy agent Substances 0.000 claims description 2
- 230000009194 climbing Effects 0.000 claims 1
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 82
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 38
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 37
- 108010072866 Prostate-Specific Antigen Proteins 0.000 description 32
- 102100038358 Prostate-specific antigen Human genes 0.000 description 32
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 30
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 26
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 25
- 239000000047 product Substances 0.000 description 23
- 238000011472 radical prostatectomy Methods 0.000 description 23
- 108091008053 gene clusters Proteins 0.000 description 20
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 18
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 16
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 16
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 15
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 15
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 15
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 15
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 14
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 14
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 14
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 13
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 12
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 12
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 11
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 11
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 10
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 10
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 10
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 10
- 238000003196 serial analysis of gene expression Methods 0.000 description 10
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 9
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 9
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 9
- 230000008859 change Effects 0.000 description 9
- 238000013461 design Methods 0.000 description 9
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 9
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 9
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 9
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 9
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 9
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 9
- 238000009167 androgen deprivation therapy Methods 0.000 description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 8
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 8
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 8
- 230000008569 process Effects 0.000 description 8
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 8
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 8
- 239000000463 material Substances 0.000 description 7
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 6
- 101000933461 Escherichia coli (strain K12) Beta-glucuronidase Proteins 0.000 description 6
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 6
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 6
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 6
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 6
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 6
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 6
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 6
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 5
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 5
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 5
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 5
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 5
- -1 for example Proteins 0.000 description 5
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 5
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 5
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 5
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 5
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 5
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 4
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000013500 data storage Methods 0.000 description 4
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 4
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 4
- 238000002710 external beam radiation therapy Methods 0.000 description 4
- 230000006870 function Effects 0.000 description 4
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 4
- 238000010841 mRNA extraction Methods 0.000 description 4
- 238000000491 multivariate analysis Methods 0.000 description 4
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 4
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 4
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 4
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 4
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 4
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 3
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 3
- 102100040356 Angio-associated migratory cell protein Human genes 0.000 description 3
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 3
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 3
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 3
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- 101000964180 Homo sapiens Angio-associated migratory cell protein Proteins 0.000 description 3
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 3
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 3
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 3
- 238000002725 brachytherapy Methods 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 3
- 238000011257 definitive treatment Methods 0.000 description 3
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 3
- 238000002224 dissection Methods 0.000 description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 230000001394 metastastic effect Effects 0.000 description 3
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 3
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 3
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 3
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 3
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 3
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 3
- 238000002271 resection Methods 0.000 description 3
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 3
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 3
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 3
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 3
- 210000002536 stromal cell Anatomy 0.000 description 3
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 3
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 2
- 208000005443 Circulating Neoplastic Cells Diseases 0.000 description 2
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 2
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 2
- 208000007433 Lymphatic Metastasis Diseases 0.000 description 2
- 108700011259 MicroRNAs Proteins 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- 238000010802 RNA extraction kit Methods 0.000 description 2
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 2
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 2
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 2
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 2
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 2
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 2
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 2
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 2
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- 229960000633 dextran sulfate Drugs 0.000 description 2
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 2
- 101150031548 ecm gene Proteins 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- 230000002962 histologic effect Effects 0.000 description 2
- 230000002055 immunohistochemical effect Effects 0.000 description 2
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 2
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 2
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 2
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 2
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 2
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 2
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 2
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 2
- 238000011228 multimodal treatment Methods 0.000 description 2
- 238000013188 needle biopsy Methods 0.000 description 2
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 2
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 2
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 2
- 230000002980 postoperative effect Effects 0.000 description 2
- 208000023958 prostate neoplasm Diseases 0.000 description 2
- XKMLYUALXHKNFT-UHFFFAOYSA-N rGTP Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)C(O)C1O XKMLYUALXHKNFT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 2
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 2
- 210000001625 seminal vesicle Anatomy 0.000 description 2
- 239000001488 sodium phosphate Substances 0.000 description 2
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 238000011277 treatment modality Methods 0.000 description 2
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 2
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 2
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 2
- RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K trisodium phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])([O-])=O RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 2
- 201000010653 vesiculitis Diseases 0.000 description 2
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N 1-methylethyl 11-methoxy-3,7,11-trimethyl-2,4-dodecadienoate Chemical compound COC(C)(C)CCCC(C)CC=CC(C)=CC(=O)OC(C)C NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000007469 Actins Human genes 0.000 description 1
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 1
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 241001559589 Cullen Species 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 1
- 241000238557 Decapoda Species 0.000 description 1
- 206010059866 Drug resistance Diseases 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000014061 Extranodal Extension Diseases 0.000 description 1
- 229920001917 Ficoll Polymers 0.000 description 1
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 102000001399 Kallikrein Human genes 0.000 description 1
- 108060005987 Kallikrein Proteins 0.000 description 1
- 229940124041 Luteinizing hormone releasing hormone (LHRH) antagonist Drugs 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 108091027974 Mature messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 241000713869 Moloney murine leukemia virus Species 0.000 description 1
- ZDZOTLJHXYCWBA-VCVYQWHSSA-N N-debenzoyl-N-(tert-butoxycarbonyl)-10-deacetyltaxol Chemical compound O([C@H]1[C@H]2[C@@](C([C@H](O)C3=C(C)[C@@H](OC(=O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)OC(C)(C)C)C=4C=CC=CC=4)C[C@]1(O)C3(C)C)=O)(C)[C@@H](O)C[C@H]1OC[C@]12OC(=O)C)C(=O)C1=CC=CC=C1 ZDZOTLJHXYCWBA-VCVYQWHSSA-N 0.000 description 1
- 206010061309 Neoplasm progression Diseases 0.000 description 1
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 238000009004 PCR Kit Methods 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 1
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 1
- 108010026552 Proteome Proteins 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 108700005075 Regulator Genes Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 230000018199 S phase Effects 0.000 description 1
- 102000012479 Serine Proteases Human genes 0.000 description 1
- 108010022999 Serine Proteases Proteins 0.000 description 1
- 108010020713 Tth polymerase Proteins 0.000 description 1
- 238000001772 Wald test Methods 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000011256 aggressive treatment Methods 0.000 description 1
- 230000001548 androgenic effect Effects 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 238000011888 autopsy Methods 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 230000002146 bilateral effect Effects 0.000 description 1
- 239000003150 biochemical marker Substances 0.000 description 1
- 238000003766 bioinformatics method Methods 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 238000009534 blood test Methods 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 description 1
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 1
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 1
- BMQGVNUXMIRLCK-OAGWZNDDSA-N cabazitaxel Chemical compound O([C@H]1[C@@H]2[C@]3(OC(C)=O)CO[C@@H]3C[C@@H]([C@]2(C(=O)[C@H](OC)C2=C(C)[C@@H](OC(=O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)OC(C)(C)C)C=3C=CC=CC=3)C[C@]1(O)C2(C)C)C)OC)C(=O)C1=CC=CC=C1 BMQGVNUXMIRLCK-OAGWZNDDSA-N 0.000 description 1
- 229960001573 cabazitaxel Drugs 0.000 description 1
- AIYUHDOJVYHVIT-UHFFFAOYSA-M caesium chloride Chemical compound [Cl-].[Cs+] AIYUHDOJVYHVIT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000002775 capsule Substances 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 108700021031 cdc Genes Proteins 0.000 description 1
- 230000022131 cell cycle Effects 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 1
- 230000009087 cell motility Effects 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 1
- 210000001608 connective tissue cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 1
- 230000001351 cycling effect Effects 0.000 description 1
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 1
- 210000004292 cytoskeleton Anatomy 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000000432 density-gradient centrifugation Methods 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000030609 dephosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006209 dephosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 229960003668 docetaxel Drugs 0.000 description 1
- 238000002651 drug therapy Methods 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- 210000002889 endothelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 1
- 239000000834 fixative Substances 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000003500 gene array Methods 0.000 description 1
- 238000003633 gene expression assay Methods 0.000 description 1
- 238000011223 gene expression profiling Methods 0.000 description 1
- 238000007429 general method Methods 0.000 description 1
- 101150054900 gus gene Proteins 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000012151 immunohistochemical method Methods 0.000 description 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 238000007373 indentation Methods 0.000 description 1
- 210000004969 inflammatory cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000011221 initial treatment Methods 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 230000010189 intracellular transport Effects 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 1
- 230000002934 lysing effect Effects 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 238000001819 mass spectrum Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012775 microarray technology Methods 0.000 description 1
- 210000003632 microfilament Anatomy 0.000 description 1
- 238000000386 microscopy Methods 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 1
- 108010050062 mutacin GS-5 Proteins 0.000 description 1
- 230000009826 neoplastic cell growth Effects 0.000 description 1
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 210000003463 organelle Anatomy 0.000 description 1
- 238000002638 palliative care Methods 0.000 description 1
- 210000003668 pericyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000011458 pharmacological treatment Methods 0.000 description 1
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 1
- 230000035790 physiological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 239000001267 polyvinylpyrrolidone Substances 0.000 description 1
- 235000013855 polyvinylpyrrolidone Nutrition 0.000 description 1
- 229920000036 polyvinylpyrrolidone Polymers 0.000 description 1
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 230000002035 prolonged effect Effects 0.000 description 1
- 208000017497 prostate disease Diseases 0.000 description 1
- 230000004952 protein activity Effects 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 210000000664 rectum Anatomy 0.000 description 1
- 238000007670 refining Methods 0.000 description 1
- 230000022983 regulation of cell cycle Effects 0.000 description 1
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 1
- 230000006335 response to radiation Effects 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000000630 rising effect Effects 0.000 description 1
- 238000012502 risk assessment Methods 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000009118 salvage therapy Methods 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 229960000714 sipuleucel-t Drugs 0.000 description 1
- FQENQNTWSFEDLI-UHFFFAOYSA-J sodium diphosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O FQENQNTWSFEDLI-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- 239000012064 sodium phosphate buffer Substances 0.000 description 1
- 229940048086 sodium pyrophosphate Drugs 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 210000005070 sphincter Anatomy 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 238000013517 stratification Methods 0.000 description 1
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 235000019818 tetrasodium diphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001577 tetrasodium phosphonato phosphate Substances 0.000 description 1
- 101150021540 tpx2 gene Proteins 0.000 description 1
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 1
- HRXKRNGNAMMEHJ-UHFFFAOYSA-K trisodium citrate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O HRXKRNGNAMMEHJ-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 229940038773 trisodium citrate Drugs 0.000 description 1
- 230000005751 tumor progression Effects 0.000 description 1
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 1
- 201000002327 urinary tract obstruction Diseases 0.000 description 1
- 239000002699 waste material Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
- G16B25/10—Gene or protein expression profiling; Expression-ratio estimation or normalisation
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
- G16H50/30—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for calculating health indices; for individual health risk assessment
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Public Health (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Databases & Information Systems (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Data Mining & Analysis (AREA)
- Primary Health Care (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Image Processing (AREA)
- Measuring And Recording Apparatus For Diagnosis (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Abstract
Un método para asignar un riesgo relativo de resultado clínico adverso en un paciente con cáncer de próstata, que comprende: (a) medir, en una muestra biológica que contiene células cancerosas obtenidas del paciente, los niveles de transcritos de ARN de los siguientes genes: BGN, COL1A1, SFRP4, FLNC, GSN, TPM2, GSTM2, FAM13C, KLK2, AZGP1, SRD5A2, y TPX2; (b) normalizar los niveles de transcritos de ARN de los genes para obtener niveles de expresión génica normalizados; (c) calcular una puntuación cuantitativa (QS) para el paciente, en la que la puntuación cuantitativa se calcula como sigue, donde los símbolos de los genes que aparecen abajo representan los niveles de expresión génica normalizados para cada gen respectivo: (i) calcular una puntuación cuantitativa no sellada (QSu) como sigue: QSu = 0,735*Puntuación del grupo de respuesta estromal -0,368* Puntuación del grupo de organización celular -0,352* Puntuación del grupo de andrógenos + 0,095* Puntuación del grupo de proliferación Donde: La puntuación del grupo de respuesta estromal = 0,527*BGN + 0,457*COL1A1 + 0,156*SFRP4 La puntuación del grupo de organización celular = 0,163*FLNC + 0,504*GSN + 0,421TPM2 + 0,394*GSTM2 La puntuación del grupo de andrógenos = 0,634*FAM13C + 1 079*KLK2 + 0,642*AZGP1 + 0,997*SRD5A2 La puntuación del grupo de proliferación = TPX2 Thresh donde el SRD5A2 Thresh y el TPX2 Thresh se calculan a través de un umbral de la siguiente manera: **(Ver fórmula)** (d) asignar al paciente a un grupo de puntuación cuantitativa, donde (i) el paciente se asigna a un grupo de puntuación inferior si la QS del paciente es < a un umbral de 18, 19, 20, 21, o 22; y (ii) el paciente se asigna a un grupo de puntuación alta si la QS del paciente es > a un umbral de 38, 39, 40, 41, o 42 y (iii) el paciente es asignado a un grupo de puntuación media si la QS del paciente es > a un umbral de 18, 19, 20, 21, o 22 y si el paciente no se encuentra dentro del grupo de puntuación alta.
Description
DESCRIPCIÓN
Algoritmos y métodos para evaluar los criterios clínicos tardíos en el cáncer de próstata
Campo técnico
La presente divulgación se refiere a los usos de un algoritmo de test Genomic Prostate Score™ (GPS™) basado en la expresión de múltiples genes para la evaluación de diversos criterios clínicos en pacientes con cáncer de próstata, como el riesgo de recurrencia clínica (CR) también referidos aquí como metástasis, recurrencia bioquímica (BCR), metástasis a distancia (Mets) y muerte por cáncer de próstata (PCD) y, en algunas realizaciones, para determinar las opciones de tratamiento clínico para pacientes con cáncer de próstata de riesgo bajo y medio.
Introducción
La introducción del cribado del antígeno prostático específico (PSA) en 1987 permitió el diagnóstico y el tratamiento agresivo de muchos casos de cáncer de próstata indolente que nunca habrían llegado a ser clínicamente significativos o habrían causado la muerte. Esto se debe a que la historia natural del cáncer de próstata en la mayoría de los casos es indolente y, aunque no se trate, no progresaría en el transcurso de la vida de un hombre hasta causarle sufrimiento o la muerte. Mientras que aproximadamente la mitad de los hombres desarrollan un cáncer de próstata invasivo a lo largo de su vida (según los estudios de autopsias) (B. Halpert et al, Cancer 16: 737-742 (1963); B. Holund, Scand J Urol Nephrol 14: 29-35 (1980); S. Lundberg et al., Scand J Urol Nephrol 4: 93-97 (1970); M. Yin et al., J Urol 179: 892-895 (2008)), so5lo el 17% será diagnosticado de cáncer de próstata y solo el 3% morirá de cáncer de próstata. Hechos y cifras del cáncer. Atlanta, GA: American Cancer Society (2010); JE Damber et al., Lancet 371: 1710-1721 (2008).
Sin embargo, actualmente, un alto porcentaje de los hombres a los que se les diagnostica un cáncer de próstata, incluso de bajo riesgo, son tratados con prostatectomía radical (RP) inmediata o con radioterapia definitiva. MR Cooperberg et al., J Clin Oncol 28: 1117-1123 (2010); MR Cooperberg et al., J Clin Oncol 23: 8146-8151 (2005). Surgery and radiation therapy reduce the risk of recurrence and death from prostate cancer (AV D'Amico et al., Jama 280: 969-974 (1998); M Han et al., Urol Clin North Am 28: 555-565 (2001); WU Shipley et al., Jama 281: 1598-1604 (1999); AJ Stephenson et al., J Clin Oncol 27: 4300-4305 (2009)), pero las estimaciones del número de hombres que deben ser tratados para evitar una muerte por cáncer de próstata oscilan entre 12 y 100. A Bill-Axelson et al., J Natl Cancer Inst 100: 1144-1154 (2008); J Hugosson et al., Lancet Oncol 11: 725-732 (2010); LH Klotz et al., Can J Urol 13 Suppl 1: 48-55 (2006); S Loeb et al., J Clin Oncol 29: 464-467 (2011); FH Schroder et al., N Engl J Med 360: 1320-1328 (2009). Este sobretratamiento del cáncer de próstata tiene un coste tanto en términos económicos como de toxicidad. Por ejemplo, la mayoría de los hombres que se someten a una prostatectomía radical sufren incontinencia e impotencia como resultado del procedimiento (MS Litwin et al., Cancer 109: 2239-2247 (2007); MG Sanda et al., N Engl J Med 358: 1250-1261 (2008), y hasta un 25% de los hombres se arrepienten de su elección de tratamiento para el cáncer de próstata. FR Schroeck et al., Eur Urol 54: 785-793 (2008).
Una de las razones del sobretratamiento del cáncer de próstata es la falta de mecanismos pronósticos adecuados para distinguir a los hombres que necesitan una terapia definitiva inmediata de aquellos que son candidatos apropiados para aplazar una terapia inmediata y someterse a una vigilancia activa. Por ejemplo, de los hombres que parecen tener una enfermedad de bajo riesgo según los resultados de la estadificación clínica, el PSA previo al tratamiento y la puntuación de Gleason de la biopsia, y que han sido tratados con vigilancia activa en los protocolos, entre el 30 y el 40% experimentan una progresión de la enfermedad (diagnosticada por un aumento del PSA, una mayor puntuación de Gleason en una biopsia repetida o una progresión clínica) durante los primeros años de seguimiento, y algunos de ellos pueden haber perdido la oportunidad de beneficiarse de una terapia curativa. HB Carter et al., J Urol 178: 2359-2364 and discussion 2364-2355 (2007); MA Dall'Era et al., Cancer 112: 2664-2670 (2008); L Klotz et al., J Clin Oncol 28: 126-131 (2010). Además, de los hombres que parecen ser candidatos a vigilancia activa, pero que se someten a una prostatectomía inmediata en cualquier caso, el 30-40% que se somete a cirugía presenta una enfermedad de mayor riesgo que la esperada, definida por tener un grado alto (puntuación de Gleason de 3+4 o superior) o una enfermedad no confinada en un órgano (extensión extracapsular (ECE) o afectación de la vesícula seminal (SVI)). SL et al., J Urol 181: 1628-1633 and discussion 1633-1624 (2009); CR Griffin et al., J Urol 178: 860-863 (2007); PW Mufarrij et al., J Urol 181: 607-608 (2009).
En la actualidad, las estimaciones del riesgo de recurrencia y las decisiones de tratamiento en el cáncer de próstata se basan principalmente en los niveles de PSA y/o en la clasificación y el estadio clínico del tumor. Aunque se ha demostrado que el estadio clínico del tumor está relacionado de forma significativa con el resultado, suficiente para ser incluido en los informes de patología, la Declaración de Consenso del Colegio de Patólogos Americanos señaló que existen variaciones en el enfoque de la adquisición, interpretación, informes y análisis de esta información. C. Compton, et al., Arch Pathol Lab Med 124:979-992 (2000). Como consecuencia, los métodos de estadificación patológica existentes han sido criticados por falta de reproducibilidad y, por tanto, pueden proporcionar estimaciones imprecisas del riesgo de cada paciente individual.
Para proporcionar más información que ayude a determinar la probabilidad del resultado clínico, se han realizado estudios para buscar marcadores de expresión génica que puedan predecir la probabilidad de recurrencia clínica, y se han desarrollado y comercializado algoritmos que evalúan, por ejemplo, los niveles de expresión de múltiples genes. E. Klein et al., Eur Urol 66: 550-560 (2014); J. Cullen, et al., Eur Urol 68: 123 131 (2015); Publicación de patente internacional N° WO 2013/116144. La presente divulgación se refiere a los métodos de uso de un ensayo que mide los niveles de expresión de al menos 12 genes diferentes de diversos subconjuntos de genes, por ejemplo, como medio de determinación, para pacientes considerados en un grupo de riesgo muy bajo, bajo, medio o alto en base a otros parámetros, sus riesgos relativos de determinados eventos a más largo plazo, como la recurrencia clínica (CR), la recurrencia bioquímica (BCR), la metástasis a distancia (Mets) y la muerte por cáncer de próstata (PCD). En algunas realizaciones, el resultado de la puntuación prostática genómica (GPS) de un paciente, combinado con sus características clínicas y patológicas, lo sitúa en una categoría de riesgo diferente a su grupo de riesgo clínico original. En algunas realizaciones, esto perfila e individualiza aún más el riesgo estimado de un paciente de enfermedad agresiva y permite mejorar los planes de tratamiento para los pacientes. El documento US 2013/196321 A1 divulga un método para predecir la probabilidad de un resultado clínico para un paciente con cáncer de próstata.
Síntesis
La invención se expone en el conjunto de reivindicaciones adjuntas. La presente divulgación, en algunas realizaciones, incluye métodos para predecir la probabilidad de un resultado clínico adverso en un paciente con cáncer de próstata, como BCR, Mets y PCD, que comprenden: (a) medir, en una muestra biológica que contiene células cancerosas obtenidas del paciente, los niveles de transcritos de ARN de los siguientes genes: BGN, COL1A1, SFRP4, FLNC, GSN, TPM2, GSTM2, FAM13C, KLK2, AZGP1, SRD5A2, y TPX2; (b) (b) normalizar los niveles de transcritos de ARN de los genes para obtener niveles de expresión génica normalizados; (c) calcular una puntuación cuantitativa (QS) del paciente, como un resultado de GPS según se describe en este documento; (d) asignar al paciente a un grupo de puntuación cuantitativa, donde (i) el paciente se asigna a un grupo de puntuación más baja si la QS del paciente es < o < un umbral de 38, 39, 40, 41, o 42; y (ii) el paciente se asigna a un grupo de puntuación alta si la QS del paciente es > o > un umbral de 38, 39, 40, 41, o 42; y opcionalmente (e) predecir el riesgo de un resultado clínico adverso para el paciente como CR, BCR, Mets, y PCD, en base al grupo de puntuación del paciente, donde el grupo de puntuación más baja indica un menor riesgo de resultado clínico adverso que un grupo de puntuación alta. En algunas realizaciones, en la parte (d), el paciente se asigna a un grupo de puntuación más baja si la QS del paciente es < o < 40; y (ii) el paciente se asigna a un grupo de puntuación alta si la QS del paciente es > o > 40. En algunas realizaciones, en la parte (d), el paciente se asigna a un grupo de puntuación más baja si la QS del paciente es < 40; y (ii) el paciente se asigna a un grupo de puntuación alta si la QS del paciente es > 40. En algunas realizaciones, para un paciente en el grupo de puntuación más baja de la parte (d)(i), el paciente se asigna a un grupo de puntuación baja si la QS del paciente es < o < un umbral adicional de 18, 19, 20, 21, o 22 y se asigna a un grupo de puntuación media si la QS del paciente es > o > o un umbral de 18, 19, 20, 21, o 22 y si el paciente no está dentro del grupo de puntuación alta. En algunas realizaciones, para un paciente en el grupo de puntuación más baja de la parte (d)(i), el paciente se asigna a un grupo de puntuación baja si la QS del paciente es < o < 20 y se asigna a un grupo de puntuación media si la QS del paciente es > o > 20 y si el paciente no entra en el grupo de puntuación alta. En algunas realizaciones, para un paciente en el grupo de puntuación más baja de la parte (d)(i), el paciente se asigna a un grupo de puntuación baja si la QS del paciente es < 20 y se asigna a un grupo de puntuación media si la QS del paciente es > 20 y si el paciente no entra en el grupo de puntuación alta. Así, en algunas realizaciones, los pacientes se clasifican en los tres grupos siguientes: QS< 20, QS < 20 pero <40, y QS > 40. En cualquiera de las realizaciones, la QS puede ser una GPS como se describe en este documento.
En algunas realizaciones de los métodos anteriores, el paciente es un paciente de riesgo muy bajo o bajo, medio o alto. En algunas de estas realizaciones, el paciente es un paciente de riesgo muy bajo o bajo, medio o alto según una o ambas clasificaciones de a Ua /EAU o NCCN. En algunas realizaciones, el método comprende además proporcionar un informe con la puntuación cuantitativa del paciente y el grupo de puntuación. En algunas realizaciones, los niveles de transcritos de ARN están normalizados frente al menos un gen de referencia elegido entre GUS, ARF1, ATP5E, CLTC, GPS1 y PGK1. En algunas realizaciones, la muestra biológica es una muestra fresca, congelada o fijada y sumergida en parafina. En algunas realizaciones, los niveles de transcritos de ARN se determinan utilizando la reacción de cadena de polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) cuantitativa. En algunas realizaciones, el método comprende además determinar el tratamiento para el paciente en base al grupo de puntuación cuantitativa del paciente. En algunas realizaciones, el resultado clínico adverso es uno o más de recurrencia clínica (CR), recurrencia bioquímica (BCR), metástasis a distancia (Mets), o muerte por cáncer de próstata (PCD).
La presente divulgación también abarca métodos para asignar un riesgo relativo de resultado clínico adverso a un paciente con cáncer de próstata de riesgo bajo o medio, que comprenden: (a) medir, en una muestra biológica que contiene células cancerosas obtenidas del paciente, los niveles de transcritos de ARN de los siguientes genes: BGN, COL1A1, SFRP4, FLNC, GSN, TPM2, GSTM2, FAM13C, KLK2, AZGP1, SRD5A2, y TPX2; (b) normalizar los niveles de transcritos de ARN de los genes para obtener niveles de expresión génica normalizados; (c) calcular una puntuación cuantitativa (QS) del paciente, como un resultado de GPS como se describe en este documento; y (d) asignar al paciente a un grupo de puntuación cuantitativa, donde (i) el
paciente se asigna a un grupo de puntuación más baja si la QS del paciente es < o < un umbral de 38,39,40,41, o 42; y (ii) el paciente se asigna a un grupo de puntuación alta si la QS del paciente es > o > un umbral de 38, 39, 40, 41, o 42. En algunas realizaciones, en la parte (d), el paciente se asigna a un grupo de puntuación más baja si la QS del paciente es < o < 40; y (ii) el paciente se asigna a un grupo de puntuación alta si la QS del paciente es > o > 40. En algunas realizaciones, en la parte (d), el paciente se asigna a un grupo de puntuación más baja si la QS del paciente es < 40; y (ii) el paciente se asigna a un grupo de puntuación alta si la QS del paciente es > 40. En algunas realizaciones, para un paciente en el grupo de puntuación más baja de la parte (d)(i), el paciente se asigna a un grupo de puntuación baja si la QS del paciente es < o < un umbral adicional de 18, 19, 20, 21, o 22 y se asigna a un grupo de puntuación media si la QS del paciente es > o > o un umbral de 18, 19, 20, 21, o 22 y si el paciente no está dentro del grupo de puntuación alta. En algunas realizaciones, para un paciente en el grupo de puntuación más baja de la parte (d)(i), el paciente se asigna a un grupo de puntuación baja si la QS del paciente es < o < 20 y se asigna a un grupo de puntuación media si la QS del paciente es > o > 20 y si el paciente no entra en el grupo de puntuación alta. En algunas realizaciones, para un paciente en el grupo de puntuación más baja de la parte (d)(i), el paciente se asigna a un grupo de puntuación baja si la QS del paciente es < 20 y se asigna a un grupo de puntuación media si la QS del paciente es > 20 y si el paciente no entra en el grupo de puntuación alta. En cualquiera de las realizaciones, la QS puede ser una GPS como se describe en este documento.
En algunas realizaciones, el paciente es un paciente de riesgo medio. En algunas de estas realizaciones, el paciente es un paciente de riesgo medio según una o ambas clasificaciones de AUA/EAU o NCCN. En algunas realizaciones, el método comprende además proporcionar un informe con la puntuación cuantitativa del paciente y el grupo de puntuación. En algunas realizaciones, los niveles de transcritos de ARN están normalizados frente al menos un gen de referencia elegido entre GUS, ARF1, ATP5E, CLTC, GPS1 y PGK1. En algunas realizaciones, la muestra biológica es una muestra fresca, congelada o fijada y sumergida en parafina. En algunas realizaciones, los niveles de transcritos de ARN se determinan utilizando la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) cuantitativa. En algunas realizaciones, el método comprende además determinar el tratamiento para el paciente en base al grupo de puntuación cuantitativa del paciente. En algunas realizaciones, el paciente es un paciente de riesgo medio y, si el paciente está en el grupo de puntuación alta, el método comprende además afinar la estimación de riesgo del paciente como similar a un paciente de riesgo alto, y opcionalmente, si el paciente está en el grupo de puntuación más baja, el método comprende mantener la clasificación del paciente como un paciente de riesgo medio. En algunas realizaciones, el método comprende además, si el paciente está en el grupo de puntuación alta, tratar al paciente con una terapia multimodal o con una terapia estándar para un paciente de riesgo alto. En algunas realizaciones, la terapia multimodal comprende (a) la administración de al menos un agente de terapia hormonal y/o (b) la administración de al menos un agente de inmunoterapia, y/o (c) la administración de al menos un agente de quimioterapia y/o (d) cirugía, y/o (e) radiación, es decir, cualquier combinación de (a)-(e). En algunas realizaciones, si el paciente está en el grupo de puntuación baja, el método comprende además tratar o gestionar al paciente con vigilancia activa.
La presente divulgación también abarca métodos de tratamiento de un paciente con cáncer de próstata de riesgo medio determinado para tener una puntuación cuantitativa según los métodos anteriores en el grupo de puntuación alta, que comprenden la administración al paciente de una terapia multimodal. En algunas realizaciones, la terapia multimodal comprende (a) la administración de al menos un agente de terapia hormonal y/o (b) la administración de al menos un agente de inmunoterapia, y/o (c) la administración de al menos un agente de quimioterapia y/o (d) cirugía, y/o (e) radiación, y/o (f) cualquier combinación de (a)-(e).
Descripción de las ilustraciones
La Fig. 1A muestra la proporción de sujetos con cáncer de próstata que se mantuvieron libres de metástasis durante un periodo de 20 años dentro de cada uno de los cuatro grupos de riesgo de las NCCN (Directrices Nacionales de la Práctica Clínica en Oncología) (muy bajo, bajo, medio y alto). Se analizaron un total de 259 sujetos. La Fig. 1B muestra la proporción de sujetos en esos cuatro grupos que no experimentaron muerte por cáncer de próstata (PCD) durante el mismo periodo de 20 años.
La Fig. 2A muestra la distribución de los 259 sujetos con cáncer de próstata en los grupos de riesgo de las NCCN y proporciona el número de sujetos en cada uno de los grupos de riesgo muy bajo bajo, riesgo medio y riesgo alto, y muestra el rango y la media de la puntuación de próstata global (Gp s ) para cada uno de los grupos. La Fig.2B muestra la distribución de las puntuaciones del grupo androgénico en cada uno de los grupos de riesgo de las NCCN.
La Fig. 3 muestra el riesgo de metástasis a 10 años frente a la GPS en los grupos de riesgo según las NCCN de muy bajo bajo, medio y alto.
La Fig. 4 muestra el riesgo de muerte a 10 años frente a la GPS en los grupos de riesgo según las NCCN de muy bajo bajo, medio y alto.
La Fig. 5 muestra las ratios de riesgo estandarizadas para la GPS y las puntuaciones subyacentes de los grupos de estroma, organización celular, andrógenos, y proliferación asociadas a la predicción de metástasis (Mets; panel izquierdo) y muerte por cáncer de próstata (PCD; panel derecho).
Definiciones
Salvo que se definan de otro modo, los términos técnicos y científicos utilizados en este documento tienen el mismo significado que comúnmente entendería una persona con conocimientos ordinarios en la materia a la que pertenece esta invención. Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2nd ed., J. Wiley & Sons (New York, NY 1994), y March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4th ed., John Wiley & Sons (New York, NY 1992), proporcionan a un experto en la materia una guía general de muchos de los términos utilizados en la presente solicitud.
Un experto en la materia reconocerá muchos métodos y materiales similares o equivalentes a los descritos aquí, que podrían utilizarse en la práctica de la presente invención. De hecho, la presente invención no se limita en modo alguno a los métodos y materiales aquí descritos. Para los fines de la invención, los siguientes términos se definen a continuación.
Los términos "tumor" y "lesión", tal como se utilizan aquí, se refieren a todo crecimiento y proliferación celular neoplásica, ya sea maligna o benigna, y a todas las células y tejidos precancerosos y cancerosos. Aquellos expertos en la materia se percatarán de que una muestra de tejido tumoral puede comprender múltiples elementos biológicos, como una o más células cancerosas, células parciales o fragmentadas, tumores en diversos estadios, tejido circundante de apariencia histológicamente normal, y/o tejido macro o microdisecado.
Los términos "cáncer" y "canceroso" se refieren o describen la condición fisiológica en los mamíferos que se caracteriza típicamente por un crecimiento celular no regulado. Los ejemplos de cáncer en la presente divulgación incluyen el cáncer del tracto urogenital, como el cáncer de próstata.
Tal como se utiliza aquí, el término "cáncer de próstata" se utiliza en el sentido más amplio y se refiere a todos los estadios y todas las formas de cáncer que derivan del tejido de la glándula prostática.
La estadificación del cáncer ayuda al médico a evaluar el grado de avance de la enfermedad y a planificar un tratamiento para el paciente. La estadificación puede realizarse clínicamente (estadificación clínica) mediante la exploración física, análisis de sangre o la respuesta a la radioterapia, y/o patológicamente (estadificación patológica) basada en la cirugía, como la prostatectomía radical. Según el sistema de estadificación de tumores, ganglios y metástasis (TNM) del American Joint Committee on Cancer (AJCC), AJCC Cancer Staging Manual (7a Ed., 2010), los distintos estadios del cáncer de próstata se definen como sigue: Tumor: T1: tumor clínicamente inaparente no palpable ni visible por la imagen, T1a: hallazgo histológico incidental del tumor en el 5% o menos del tejido reseccionado, T1b: hallazgo histológico incidental del tumor en más del 5% del tejido reseccionado, T1c: tumor identificado por biopsia con aguja; T2: tumor confinado dentro de la próstata, T2a: el tumor afecta a la mitad de un lóbulo o menos, T2b: el tumor afecta a más de la mitad de un lóbulo, pero no a ambos lóbulos, T2c: el tumor afecta a ambos lóbulos; T3: el tumor se extiende a través de la cápsula prostática, T3a: extensión extracapsular (unilateral o bilateral), T3b: el tumor invade la vesícula(s) seminal; t 4: el tumor está fijado o invade estructuras adyacentes distintas de las vesículas seminales (cuello de la vejiga, esfínter externo, recto, músculos elevadores o pared pélvica). Generalmente, el estadio T clínico (cT) es T1 o T2 y el estadio T patológico (pT) es T2 o superior, Ganglio: NO: sin metástasis en los ganglios linfáticos regionales; Nl: metástasis en los ganglios linfáticos regionales. Metástasis: M0: sin metástasis a distancia; Ml: metástasis a distancia presente.
El sistema de clasificación de Gleason se utiliza para ayudar a evaluar el pronóstico de los hombres con cáncer de próstata. Junto con otros parámetros, se incorpora a una estrategia de estadificación del cáncer de próstata, que predice el pronóstico y ayuda a guiar la terapia. Se otorga una "puntuación" o "grado" de Gleason al cáncer de próstata en función de su aspecto microscópico. Los tumores con una puntuación de Gleason baja suelen crecer con la suficiente lentitud como para no suponer una amenaza significativa para los pacientes durante su vida. Estos pacientes pueden ser controlados mediante una "espera vigilante" o una "vigilancia activa" a lo largo del tiempo. Los cánceres con una puntuación de Gleason más alta pueden ser más agresivos y tener un peor pronóstico, y estos pacientes suelen ser tratados con cirugía (por ej., prostatectomía radical) y, en algunos casos, con otras terapias (por ej., radiación, hormonas, ultrasonidos, quimioterapia). Las puntuaciones (o sumas) de Gleason comprenden los grados de los dos patrones tumorales más comunes. Estos patrones se denominan patrones de Gleason 1-5, siendo el patrón 1 el más diferenciado. La mayoría presenta una combinación de patrones. Para obtener una puntuación o grado de Gleason, el patrón dominante se suma al segundo patrón más prevalente para obtener un número entre 2 y 10. Los grados de Gleason son los siguientes: GGG1 (GS<6), GGG2 (GS 3+4=7), GGG3 (GS 4+ 3=7), GGG4 (GS 4+4=8, GS 3+5=8, GS 5+5=8) y GGG5 (GS 9 o 10).
Grupos de estadios: Estadio I: Tla NO M0 G1; Estadio II: (T1a NO M0 G2-4) o (T1 b, c, T1, T2, NO M0 cualquier G); Estadio III: T3 NO M0 cualquier G; Estadio IV: (T4 NO M0 cualquier G) o (cualquier T N1 M0 cualquier G) o (cualquier T cualquier N M1 cualquier G).
El término "mejora", tal como se utiliza aquí, se refiere a un aumento en el grado de Gleason determinado a partir de la biopsia para el grado de Gleason determinado de la prostatectomía radical (RP). Por ejemplo, la mejora incluye un cambio en el grado de Gleason de 3+3 o 3+4 en la biopsia a 3+4 o más en la RP. El término "mejora significativa" o "mejora 2", tal y como se utiliza aquí, se refiere a un cambio en el grado de Gleason de
3+3 o 3+4 determinado a partir de la biopsia a 4+3 o superior, o a la afectación de los vasos seminales (SVI), o a la afectación extracapsular (ECE) determinada de la RP.
El término "grado alto", tal como se utiliza aquí, se refiere a la puntuación de Gleason de >=3+4 o >=4+3 en la RP. El término "grado bajo", tal como se utiliza aquí, se refiere a una puntuación de Gleason de 3+3 en la RP. En una realización particular, la enfermedad de "grado alto" se refiere a una puntuación de Gleason de al menos un patrón mayor 4, patrón menor 5 o patrón terciario 5.
El término "aumento de estadio", tal y como se utiliza aquí, se refiere a un aumento del estadio del tumor desde la biopsia hasta el estadio del tumor en la RP. Por ejemplo, el aumento de estadio es un cambio en el estadio del tumor desde el estadio clínico T1 o T2 en la biopsia al estadio patológico T3 en la RP.
El término "enfermedad no confinada en órgano", tal como se utiliza aquí, se refiere a tener una enfermedad en estadio patológico T3 en la RP. El término "órgano confinado", tal como se utiliza aquí, se refiere a un estadio patológico pT2 en la RP. El término "enfermedad de grado alto o no confinada en órgano" se refiere a un cáncer de próstata con una puntuación de Gleason de al menos un patrón mayor 4, patrón menor 5 o patrón terciario 5, o estadio patológico T3.
El término "patología adversa" o "AP", tal como se utiliza aquí, se refiere a una enfermedad de grado alto, como se ha definido antes o a enfermedad no confinada en órgano, como se ha definido antes. En una realización particular, "patología adversa" se refiere al cáncer de próstata con una puntuación de Gleason de >=3+4 o >=4+3 o GS>4+3 y/o estadio patológico T3.
Los pacientes con cáncer de próstata pueden ser ubicados en "grupos de riesgo" particulares o "clasificaciones de riesgo" en base a determinados sistemas de clasificación de riesgo reconocidos proporcionados por la Asociación Urológica Americana (AUA) o las Directrices Nacionales de la Práctica Clínica en Oncología (NCCN) o al sistema de puntuación de Evaluación de Riesgo de Cáncer de Próstata (CAPRA) desarrollado por UCSF. Así, en general, el término "clasificación de riesgo" o "grupo de riesgo" significa una agrupación de sujetos basada en un conjunto de factores pronósticos como el nivel de PSA, la puntuación de Gleason y el estadio clínico, y similares, que se han clasificado para tener un nivel similar de riesgo de resultados clínicos negativos, como bajo, medio o alto.
Por ejemplo, según las directrices de la AUA2007, un paciente de "riesgo bajo" es aquel que tiene un nivel de antígenos prostáticos (PSA) de 10 ng/mL o menos, una puntuación de Gleason de 6 o menos y un estadio clínico de T1c o T2a. Un paciente de "riesgo alto" según la AUA tiene un PSA de > 20 ng/mL, o una puntuación de Gleason de 8 a 10, o un estadio clínico de T2c. Un paciente de "riesgo medio" según la AUA tiene un PSA de > 10 ng/mL a 20 ng/mL, o una puntuación de Gleason de 7, o un estadio clínico de T2b, pero que no presenta ninguna de las condiciones de "riesgo alto". Según las directrices NCCN para el cáncer de próstata (versión 2.2017), un paciente de "riesgo muy bajo" tiene un estadio de T1c, una puntuación de Gleason inferior o igual a 6, un PSA inferior a 10 ng/mL, una densidad de PSA inferior a 0,15 ng/mL/g, y menos de 3 núcleos de biopsia de próstata positivos, con menos o igual al 50% de cáncer en cada núcleo. Un paciente de "riesgo bajo" según las directrices NCCN tiene un estadio clínico de T1-T2a, una puntuación de Gleason inferior o igual a 6 y un PSA inferior a 10 ng/mL. Un paciente de "riesgo alto" según las directrices NCCN tiene un estadio clínico de T3a, o una puntuación de Gleason de 8-10, o un PSA de > 20 ng/mL. Un paciente de "riesgo medio" según las directrices NCCN tiene un grado clínico de T2b-T2c, o una puntuación de Gleason de 7, o un PSA de 10-20 ng/mL. La puntuación CAPRA se calcula a partir de la edad en el momento del diagnóstico, el PSA en el momento del diagnóstico, la puntuación de Gleason de la biopsia, el estadio clínico y el porcentaje de núcleos de biopsia afectados con cáncer, y se asigna una puntuación a cada variable para obtener una puntuación resultante. Una puntuación CAPRA de 0-2 indica un riesgo bajo, una puntuación de 3-5 indica un riesgo medio y una puntuación de 6-10 indica un riesgo alto. La referencia, por ejemplo, a un paciente de "riesgo medio" en este documento sin indicar el sistema de puntuación utilizado (por ej., AUA, NCCN o CAPRA) se refiere a un paciente que entra en el grupo de riesgo medio de al menos uno de esos sistemas. Igualmente, la referencia a un paciente de "riesgo bajo" sin referencia a un sistema concreto significa un paciente que entra dentro del grupo de riesgo bajo o muy bajo de al menos uno de esos sistemas. La referencia a un paciente de "riesgo alto" sin referencia a un sistema particular significa un paciente que entra dentro del grupo de riesgo alto de al menos uno de esos sistemas.
Una "terapia estándar", tal como se utiliza aquí, como una terapia estándar para un paciente de riesgo alto o un paciente de riesgo bajo, se refiere a uno o más tipos de terapia recomendados por organismos como la AUA o NCCN para dichos pacientes.
Tal como se utiliza aquí, los términos "vigilancia activa" y "espera vigilante" comprenden el seguimiento estrecho del estado de un paciente sin administrar ningún tratamiento hasta que aparecen o cambian los síntomas. El término "espera vigilante" engloba la renuncia al tratamiento definitivo del tumor primario de próstata y administrar un tratamiento paliativo únicamente para la progresión local o metastásica si ésta se produce, como la resección transuretral de la próstata, el tratamiento de la obstrucción del tracto urinario, terapia hormonal y radioterapia para paliar posibles lesiones metastásicas. El término "vigilancia activa" se refiere a un programa de seguimiento clínico regular del paciente que no incluye tratamiento quirúrgico, radiación o farmacológico inicial, con el objetivo de controlar al paciente para detectar cualquier cambio
posterior que sugiera la necesidad de un tratamiento definitivo, como la cirugía, la radiación y/o el tratamiento farmacológico. La vigilancia activa abarca, por ejemplo, pruebas periódicas de PSA, biopsias periódicas y otras pruebas periódicas diseñadas para evaluar el estadio del tumor y el riesgo de progresión del mismo.
Tal y como se utiliza aquí, el término "cirugía" se aplica a los métodos quirúrgicos realizados para la extirpación del tejido canceroso, incluyendo la linfadenectomía pélvica, la prostatectomía radical (RP), la resección transuretral de la próstata (TURP), la escisión, la disección y la biopsia/extracción del tumor. El tejido tumoral o las secciones utilizadas para el análisis de expresión génica pueden haberse obtenido por cualquiera de estos métodos.
Tal y como se utilizan aquí, los términos "muestra biológica que contiene células cancerosas" o "muestra biológica que contiene células tumorales" se refieren indistintamente a una muestra que comprende material tumoral obtenido de un paciente con cáncer. El término abarca muestras de tejido tumoral, por ejemplo, tejido obtenido por prostatectomía radical y tejido obtenido por biopsia, como por ejemplo, una biopsia de núcleo o una biopsia con aguja fina. La muestra biológica puede ser fresca, congelada o una muestra de tejido fijada y sumergida en cera de parafina, como una muestra de tejido fijada en formalina y sumergida en parafina. Una muestra biológica también abarca los fluidos corporales que contienen células cancerosas, como sangre, plasma, suero, orina y similares. Además, el término "muestra biológica que contiene células cancerosas" abarca una muestra que comprende células tumorales obtenidas de sitios distintos al tumor primario, por ej., células tumorales circulantes. El término también abarca células que son la progenie de las células tumorales del paciente, por ej., muestras de cultivos celulares derivadas de células tumorales primarias o células tumorales circulantes. El término abarca además muestras que pueden comprender material proteico o de ácido nucleico desprendido de las células tumorales in vivo, por ej., médula ósea, sangre, plasma, suero y similares. El término también abarca las muestras que han sido enriquecidas en células tumorales o manipuladas de otra forma tras su obtención y muestras que comprenden polinucleótidos y/o polipéptidos que se han obtenido de material tumoral de un paciente.
El término "pronóstico" se utiliza aquí para referirse a la probabilidad de que un paciente con cáncer muera por causa atribuible al cáncer o a la progresión, incluyendo la recurrencia, la diseminación metastásica y la resistencia a los medicamentos, de una enfermedad neoplásica como el cáncer de próstata. Por ejemplo, un "buen pronóstico" incluiría la supervivencia a largo plazo sin recurrencia y un "mal pronóstico" incluiría la recurrencia del cáncer.
El término "recurrencia" se utiliza aquí para referirse a la recurrencia local o a distancia (es decir, metástasis a distancia) del cáncer y abarca tanto la "recurrencia clínica" como la "recurrencia bioquímica".
El término "recurrencia clínica" o "CR" se refiere a una recurrencia como la recurrencia local o la metástasis a distancia según se detecte, por ejemplo, en una biopsia de seguimiento u otro procedimiento clínico.
El término "recurrencia bioquímica" o "BCR" se refiere a la recurrencia detectada sobre la base de un cambio en un marcador bioquímico como el PSA. En algunas realizaciones, un nivel inicial de PSA posquirúrgico de > 0,2 ng/mL seguido de un nivel de PSA confirmatorio de > 0,2 ng/mL en una prueba posterior indica BCR.
El término "muerte por cáncer de próstata" o "PCD" se refiere a la muerte de un paciente atribuida al cáncer de próstata, incluyendo la recurrencia de un cáncer de próstata identificado previamente en el paciente.
El término "metástasis a distancia" o "Mets" se refiere a la recurrencia del cáncer en un punto a distancia del tumor de próstata original, como en los huesos o en uno o más ganglios linfáticos distantes o en otro órgano o tejido no prostático.
El término "intervalo libre de recurrencia clínica (cRFI)" se utiliza aquí como el tiempo transcurrido desde la cirugía hasta la primera recurrencia clínica o la muerte debida a la recurrencia clínica del cáncer de próstata. Si el seguimiento finalizó sin que se produjera la recurrencia clínica, o se produjeron otros cánceres primarios o la muerte antes de la recurrencia clínica, el tiempo hasta el cRFI se considera censurado; cuando esto ocurre, la única información que se conoce es que hasta el tiempo de censura no se ha producido la recurrencia clínica en ese sujeto. Las recurrencias bioquímicas no se tienen en cuenta a la hora de calcular el cRFI.
El término "intervalo libre de recurrencia bioquímica (bRFI)" se utiliza aquí para referirse al tiempo transcurrido desde la cirugía hasta la primera recurrencia bioquímica del cáncer de próstata. Si la recurrencia clínica se produjo antes de la recurrencia bioquímica, el seguimiento finalizó sin que se produjera el bRFI, o se produjeron otros cánceres primarios o la muerte antes de la recurrencia bioquímica, el tiempo hasta la recurrencia bioquímica se considera censurado en el primero de ellos. En la práctica, el cálculo de las medidas de tiempo hasta el evento citado anteriormente puede variar de un estudio a otro dependiendo de la definición de los eventos que se consideren censurados.
Tal como se utiliza aquí, el término "nivel de expresión" o "nivel" de un gen se refiere al nivel de expresión de un transcrito de ARN del gen o de su producto de traducción polipeptídica. Tal como se utiliza aquí, el término "nivel normalizado" o "nivel de expresión normalizado" de un gen se refiere al nivel de expresión de un transcrito de ARN del gen o de su producto de traducción polipeptídica después de la normalización frente al nivel de expresión de uno o más genes de referencia.
Los términos "producto génico" o "producto de expresión" se utilizan aquí para referirse a los productos de transcripción (transcritos) de ARN (ácido ribonucleico) del gen, incluyendo el ARNm, y los productos de traducción polipeptídica de dichos transcritos de ARN. Un producto génico puede ser, por ejemplo, un ARN no empalmado, un ARNm, una variante de empalme de ARNm, un microARN, un ARN fragmentado, un polipéptido, un polipéptido modificado postraduccionalmente, una variante de empalme, etc.
El término "transcripción de ARN", tal como se utiliza aquí, se refiere a los productos de transcripción de ARN de un gen, incluyendo, por ejemplo, ARNm, un ARN no empalmado, un ARNm variante de empalme, un microARN y un ARN fragmentado. Salvo que se indique lo contrario, cada nombre de gen utilizado en el presente documento corresponde al símbolo oficial asignado al gen y proporcionado por Entrez Gene (URL: www (punto) ncbi (punto) nlm (punto) gov (barra) sitios (barra) entrez) a partir de la fecha de presentación de esta solicitud.
El término "microarray" se refiere a una disposición ordenada de elementos de array hibridables, por ej., sondas de oligonucleótidos o polinucleótidos, sobre un sustrato.
El término "polinucleótido" se refiere generalmente a cualquier polirribonucleótido o polideoxribonucleótido, que puede ser ARN o ADN no modificado o ARN o ADN modificado. Así, por ejemplo, los polinucleótidos tal y como se definen aquí incluyen, entre otros, ADN de hebra simple y doble, ADN que incluye regiones de hebra simple y doble, ARN de hebra simple y doble, y ARN que incluye regiones de hebra simple y doble, moléculas híbridas que comprenden ADN y ARN que pueden ser de hebra simple o, más típicamente, de hebra doble o incluir regiones de hebra simple y doble. Además, el término "polinucleótido", tal y como se utiliza aquí, se refiere a regiones de triple hebra que comprenden ARN o ADN o ambos Las hebras de estas regiones pueden ser de la misma molécula o de moléculas diferentes. Las regiones pueden incluir la totalidad de una o más de las moléculas, pero lo más típico es que solo impliquen una región de algunas de las moléculas. Una de las moléculas de una región triple helicoidal suele ser un oligonucleótido. El término "polinucleótido" incluye específicamente ADNc. El término incluye ADN (incluyendo cADN) y ARN que contienen una o más bases modificadas. Por lo tanto, el ADN o ARN con estructuras modificadas a efectos de estabilidad o por otras razones, son "polinucleótidos" tal y como se entiende ese término en este documento. Además, el ADN o ARN que comprenden bases inusuales, como la inosina, o bases modificadas, como las bases tritiadas, se incluyen dentro del término "polinucleótidos" tal y como se define aquí. En general, el término "polinucleótido" abarca todas las formas químicas, enzimáticas y/o metabólicamente modificadas de polinucleótidos no modificados, así como las formas químicas de ADN y ARN características de los virus y las células, incluyendo células simples y complejas.
El término "oligonucleótido" se refiere a un polinucleótido relativamente corto, incluyendo, entre otros, desoxirribonucleótidos monocatenarios, ribonucleótidos monocatenarios o bicatenarios, híbridos de ARNrADN y ADN de doble hebra. Los oligonucleótidos, como los oligonucleótidos de sonda de ADN de hebra simple, a menudo se sintetizan por métodos químicos, por ejemplo utilizando sintetizadores de oligonucleótidos automatizados disponibles en el mercado. Sin embargo, los oligonucleótidos pueden hacerse con una variedad de otros métodos, incluyendo técnicas mediadas por ADN recombinante in vitro y por expresión de ADN en células y organismos.
El término "Ct", tal como se utiliza aquí, se refiere al ciclo umbral, el número de ciclo en la reacción de la cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR) en el que la fluorescencia generada dentro de un pocillo de reacción supera el umbral definido, es decir, el punto durante la reacción en el que se ha acumulado un número suficiente de amplicones para alcanzar el umbral definido.
El término "Cp", tal como se utiliza aquí, se refiere al "punto de cruce". El valor Cp se calcula determinando las segundas derivadas de las curvas completas de amplificación de qPCR y su valor máximo. El valor Cp representa el ciclo en el que el aumento de la fluorescencia es mayor y donde comienza la fase logarítmica de una PCR.
El término "umbralización" se refiere a un procedimiento utilizado para considerar las relaciones no lineales entre las mediciones de expresión génica y la respuesta clínica, así como para reducir aún más la variación en las puntuaciones notificadas del paciente. Cuando se aplica el umbral, todas las mediciones por debajo o por encima de un valor umbral se ajustan a ese valor umbral. Podría examinarse una relación no lineal entre la expresión génica y el resultado utilizando suavizadores o splines cúbicos para modelar la expresión génica en el intervalo libre de recurrencia utilizando el modelo de regresión PH de Cox o en el estado de patología adversa utilizando la regresión logística. D. Cox, Journal of the Royal Statistical Society, Series B 34:187-220 (1972). La variación en las puntuaciones notificadas del paciente podría ser examinada como una función de la variabilidad en la expresión génica en el límite de cuantificación y/o detección para un gen en particular. Tal como se utiliza aquí, el término "amplicón" se refiere a piezas de ADN que se han sintetizado mediante técnicas de amplificación, como las reacciones de cadena de polimerasa (PCR) y las reacciones de cadena de ligasa. La "rigurosidad" de las reacciones de hibridación es fácilmente determinable por un experto en la materia, y generalmente es un cálculo empírico que depende de la longitud de la sonda, la temperatura de lavado y la concentración de sales. En general, las sondas más largas requieren temperaturas más altas para una hibridación adecuada, mientras que las sondas más cortas necesitan temperaturas más bajas. La hibridación
depende generalmente de la capacidad del ADN desnaturalizado para volver a unirse cuando las hebras complementarias están presentes en un entorno por debajo de su temperatura de fusión. Cuanto mayor sea el grado de homología deseado entre la sonda y la secuencia hibridable, mayor será la temperatura relativa que se pueda utilizar. Como resultado, se deduce que las temperaturas relativas más altas tenderían a hacer las condiciones de reacción más estrictas, mientras que las temperaturas más bajas lo harían menos. Para más detalles y explicaciones sobre la rigurosidad de las reacciones de hibridación, ver Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology (Wiley Interscience Publishers, 1995).
"Condiciones rigurosas" o "condiciones de alta rigurosidad", tal como se definen aquí, suelen (1) emplear una fuerza iónica baja y una temperatura alta para el lavado, por ejemplo cloruro de sodio 0,015 M/0,0015 M citrato de sodio/0,1% dodecil sulfato de sodio a 50°C; (2) emplear durante la hibridación un agente desnaturalizador, como formamida, por ejemplo, 50% (v/v) de formamida con 0,1% de albúmina de suero bovino/0,1% de Ficoll/0,1% polivinilpirrolidona/50 mM de tampón fosfato de sodio a pH 6. 5 con 750 mM de cloruro de sodio, 75 mM de citrato de sodio a 42°C; o (3) emplear 50% de formamida, 5 x SSC (0,75 M de NaCI, 0,075 M de citrato de sodio), 50 mM de fosfato de sodio (pH 6,8), 0,1% de pirofosfato de sodio, 5 x de solución de Denhardt, ADN de esperma de salmón sonicado (50 pg/ml), 0,1% de SDS y 10% de sulfato de dextrano a 42°C, con lavados a 42 °C en 0,2 x SSC (cloruro de sodio/citrato de sodio) y 50% de formamida, seguido de un lavado de alta intensidad consistente en 0,1 x SSC con EDTA a 55°C.
Las "condiciones moderadamente estrictas" pueden identificarse como las descritas por Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, New York: Cold Spring Harbor Press, 1989, e incluyen el uso de una solución de lavado y condiciones de hibridación (por ej., temperatura, fuerza iónica y %SDS) menos estrictas que las descritas anteriormente. Un ejemplo de condiciones moderadamente estrictas es la incubación de una noche a 37°C en una solución que comprende: 20% de formamida, 5 x SSC (150 mM de NaCI, 15 mM de citrato trisódico), 50 mM de fosfato de sodio (pH 7.6), 5 x solución de Denhardt, 10% de sulfato de dextrano y 20 mg/ml de ADN de esperma de salmón desnaturalizado, seguido del lavado de los filtros en 1 x SSC a unos 37-50°C. El profesional experto reconocerá cómo ajustar la temperatura, la fuerza iónica, etc. según se necesite para acomodar factores como la longitud de la sonda y similares.
Los términos "empalme" y "empalme de ARN" se utilizan indistintamente y se refieren al procesamiento de ARN que elimina los intrones y une los exones para producir ARNm maduro con secuencia de codificación continua que se traslada al citoplasma de una célula eucariota.
Los términos "correlacionado" y "asociado" se utilizan indistintamente aquí para referirse a la asociación, ya sea entre dos entidades medidas o calculadas o, alternativamente, entre una entidad medida o calculada (por ej., puntuación de Gleason, nivel de PSA, resultado de GPS) y un evento (por ej., CR, PCD).
Un "cartucho" se refiere a una estructura física que contiene reactivos para procesar una muestra, como reactivos para detectar los niveles de transcripción de ARN de una muestra. En algunas realizaciones, las reacciones como el termociclaje y el tratamiento de la muestra, como la extracción de ARN, pueden tener lugar dentro de un cartucho. Un "pocillo" comprendido dentro de un cartucho puede ser una cámara, hendidura, superficie específica u otro tipo de área específica que puede contener reactivos particulares como cebadores y/o sondas para realizar una PCR u otras reacciones químicas.
Un "sistema basado en ordenador" se refiere a un sistema de hardware, software y medio de almacenamiento de datos utilizado para analizar información. El hardware mínimo de un sistema basado en un ordenador de paciente comprende una unidad central de procesamiento (CPU), y hardware para la entrada de datos, la salida de datos (por ej., pantalla) y el almacenamiento de datos. Una persona con conocimientos ordinarios puede apreciar fácilmente que cualquier sistema basado en ordenador actualmente disponible y/o sus componentes son adecuados para el uso en relación con los métodos de la presente divulgación. El medio de almacenamiento de datos puede comprender cualquier fabricación que incluya la grabación de la presente información según se describe más arriba, o un dispositivo de acceso a la memoria que pueda acceder a dicha fabricación.
La "grabación" de datos, programación u otra información en un medio legible por ordenador se refiere a un proceso de almacenamiento de información, utilizando cualquiera de los métodos conocidos en la técnica. Puede elegirse cualquier estructura de almacenamiento de datos conveniente, basada en los medios utilizados para acceder a la información almacenada. Se pueden usar una variedad de programas y formatos de procesadores de datos para el almacenamiento, por ej., un archivo de texto de procesamiento de palabras, un formato de base de datos, etc.
Un "procesador" o "medio informático" hace referencia a cualquier combinación de hardware y/o software que realice las funciones que se le exigen. Por ejemplo, un procesador adecuado puede ser un microprocesador digital programable, como los disponibles en forma de controlador electrónico, ordenador central, servidor u ordenador personal (de sobremesa o portátil). Cuando el procesador es programable, la programación adecuada puede comunicarse desde una ubicación remota al procesador, o guardarse previamente en un producto de programa informático (como un medio de almacenamiento legible por ordenador portátil o fijo, ya sea basado en un dispositivo magnético, óptico o de estado sólido). Por ejemplo, un medio magnético o un
disco óptico puede portar la programación, y puede ser leído por un lector adecuado que se comunique con cada procesador en su estación correspondiente.
Métodos basados en algoritmos, el algoritmo gps y subconjuntos de genes
La presente invención proporciona un ensayo de diagnóstico molecular basado en algoritmos para determinar los riesgos relativos de resultados clínicos particulares en un paciente con cáncer de próstata y para asignar pacientes a grupos de tratamiento particulares basados en la puntuación obtenida del ensayo.
En algunas realizaciones, la presente divulgación se refiere a métodos para obtener una puntuación cuantitativa basada en el nivel de expresión de cada uno de los siguientes genes: BGN, COL1A1, SFRP4, FLNC, GSN, GSTM2, TPM2, TPX2, AZGP1, FAM13C, KLK2, y SRD5A2, y uno o más genes de referencia. En algunas realizaciones, la puntuación cuantitativa se escala en un rango de 0 a 100 para obtener una Puntuación Global de Próstata (GPS). En algunas realizaciones, la puntuación cuantitativa se utiliza para predecir el riesgo relativo de un criterio de valoración clínica para un paciente, como CR, BCR, Mets y PCD. En algunas realizaciones, el criterio clínico se considera a partir de un periodo de tiempo particular, como 3 años, 5 años o 10 años.
En algunas realizaciones, los métodos incluyen la determinación de si la GPS del paciente está por encima o por debajo de un valor umbral particular que sugiere niveles particulares de riesgo para un resultado clínico adverso o para varios criterios clínicos tales como CR, BCR, Mets, y PCD. En algunas realizaciones, el valor umbral es de 18-22, como 18, 19, 20, 21 o 22 y en algunas realizaciones es de 38-42, como 38, 39, 40, 41 o 42 y en algunas realizaciones se consideran ambos valores umbral. En algunas realizaciones, el valor umbral es 20 y en algunas realizaciones es 40 y en algunas realizaciones se consideran ambos valores de 20 y 40. Tal como se utiliza aquí, una "puntuación cuantitativa" se refiere generalmente a un valor numérico calculado aritméticamente o matemáticamente para ayudar a simplificar o revelar o informar el análisis de información cuantitativa más compleja, como la correlación de ciertos niveles de expresión de los genes o subconjuntos de genes en una probabilidad de un parámetro de resultado clínico particular para un paciente con cáncer de próstata. Una puntuación cuantitativa puede determinarse mediante la aplicación de un algoritmo específico. En algunas realizaciones del presente documento, se puede determinar una puntuación cuantitativa para un subconjunto particular de genes o un grupo de genes (es decir, una "puntuación de grupo de genes"). La formación de grupos, además, puede facilitar la ponderación matemática de la contribución de varios niveles de expresión de genes o subconjuntos de genes a la puntuación cuantitativa. La ponderación de un gen o grupo de genes que representa un proceso fisiológico o una característica celular componente puede reflejar la contribución de ese proceso o característica a la patología del cáncer y al resultado clínico, como CR, BCR, Mets y PCD.
La GPS se calcula a partir de los datos del nivel de expresión de un conjunto de genes que comprende cada uno de los siguientes genes: BGN, COL1A1, SFRP4, FLNC, GSN, GSTM2, TPM2, TPX2, AZGP1, FAM13C, KLK2, y SRD5A2, y para al menos un gen de referencia como uno o más de GUS, ARF1, ATP5E, CLTC, GPS1, y PGK1.
Los genes analizados pueden colocarse en subconjuntos de genes particulares como parte del algoritmo. Los subconjuntos de genes de la presente divulgación incluyen, por ejemplo, un grupo de genes de respuesta estromal, un grupo de genes de proliferación, un grupo de genes de señalización de andrógenos y un grupo de genes de organización celular. Los grupos de genes de respuesta estromal y de proliferación comprenden genes asociados con un peor resultado cuando se sobreexpresan, mientras que los grupos de genes de señalización de andrógenos y de organización celular comprenden genes asociados con peores resultados cuando se infraexpresan.
El subconjunto de genes al que se hace referencia aquí como "grupo de genes de respuesta estromal" (también llamado "grupo de genes ECM" o "grupo de genes estromales") incluye los genes b Gn , COLIA1 y SFRP4. Los genes de este grupo pueden ser sintetizados predominantemente por las células estromales y pueden estar implicados en la respuesta estromal o pueden coexpresarse con los genes del grupo de genes ECM. Las "células estromales" se denominan aquí células de tejido conectivo que constituyen la estructura de soporte de los tejidos biológicos. Las células estromales incluyen fibroblastos, células inmunitarias, pericitos, células endoteliales y células inflamatorias. El "grupo de genes de organización celular' (también llamado "grupo de genes de migración" o "grupo de genes de regulación de la migración" o "grupo de genes del citoesqueleto") incluye los genes FLNC, GSN, GSTM2 y TPM2. Estos genes pueden comprender genes y genes coexpresados que forman parte de una red dinámica de microfilamentos de actina y proteínas accesorias y que, por lo tanto, proporcionan soporte intracelular a las células, generan las fuerzas físicas para el movimiento y la división celular, y facilitan el transporte intracelular de vesículas y orgánulos celulares.
El "grupo de genes de andrógenos" (también llamado "grupo de genes PSA" y "grupo de genes reguladores de PSA") incluye los genes AZGP1, FAM13C, KLK2, AR, ERG y SRD5A2. Estos genes pueden incluir genes que son miembros de la familia de la calicreína de serina proteasas (por ej., calicreína 3 [PSA]), y genes que se coexpresan con genes del grupo de genes de andrógenos.
El "grupo de genes de proliferación" (también llamado "grupo de genes de ciclo celular") comprende el gen TPX2. Este grupo de genes incluye genes que pueden estar involucrados con funciones del ciclo celular como
la proliferación celular y el control del ciclo celular, por ej., el punto de control/transición de fase G1 a fase S, y genes que se coexpresan con dichos genes.
En algunas realizaciones, se puede seleccionar un algoritmo seleccionado de los algoritmos RSO a RS27 de la Tabla 5B de WO 2013/116144 y opcionalmente escalar entre 0 y 100 para obtener una puntuación cuantitativa a partir de la cual evaluar a un paciente, por ejemplo, para determinar el riesgo relativo de un criterio de valoración clínica como CR, BCR, Mets o PCD. En algunas realizaciones, el conjunto de genes comprende al menos un gen de cada uno de los grupos de respuesta estromal, de organización celular, de andrógenos y de proliferación. En algunas realizaciones, el algoritmo puede modificarse, por ejemplo, para añadir o eliminar uno o más genes de uno o más de los grupos de genes mencionados anteriormente, o para añadir otro grupo de genes. En algunas realizaciones, el criterio clínico se considera a partir de un periodo de tiempo particular, como 3 años, 5 años o 10 años.
Cálculo de GPS
En algunas realizaciones, el resultado cuantitativo es la GPS. El resultado de la GPS puede calcularse en una escala de 0 a 100, y puede derivarse de las mediciones de expresión génica normalizadas de referencia como sigue. La GPS no sellada (GPSu) puede calcularse como:
GPSu = 0,735*Puntuación del grupo de respuesta estromal -0,368*Puntuación del grupo de organización celular -0,352*Puntuación del grupo de andrógenos 0,095*Puntuación del grupo de proliferación
Donde:
La puntuación del grupo de respuesta estromal = 0,527*BGN 0,457*COL1A1 0,156*SFRP4
La puntuación del grupo de organización celular = 0,163TLNC 0,504*GSN 0,421 TPM2 0,394*GSTM2 La puntuación del grupo de andrógenos = 0,634*FAM13C 1,079*KLK2 0,642*AZGP1 0,997*SRD5A2 Thresh La puntuación del grupo de proliferación = TPX2 Thresh
donde el SRD5A2 Thresh y el TPX2 Thresh se calculan a través de un umbral de la siguiente manera:
SRD5A2 Thresh = {SR|” 2 si SRD5A2 < 5,5
en caso contrario
TPX2 Thresh = { ^ ,0 sí TPX2 < 5,0
TPX2 en caso contrario
GPSu se puede entonces escalar para estar entre 0 y 100 como sigue:
f 0 si 13,4 x (GPSu+ 10,5) < 0
GPS(escalada) = {13,4 x (GPSu 10,5) si 0 < 13,4 x (GPSu 10,5) < 100
I 100 si 13,4 X (GPSu 10,5) > 100
GPS (escalada) es el valor de GPS.
Una vez que se obtiene el valor o resultado de la GPS de un paciente, la puntuación puede clasificarse en grupos particulares de GPS utilizando puntos de corte o umbrales preespecificados, como puntos de corte en el rango de 18-22, como 18, 19, 20, 21 o 22 y/o en el rango de 38-42, como 38, 39, 40, 41 o 42. Estos puntos de corte pueden definirse en base a análisis estadísticos de los riesgos de CR, BCR, Mets y PCD frente al resultado de GPS, como se describe en los ejemplos siguientes.
En algunas realizaciones, un paciente se puede colocar en dos grupos basados en un punto de corte en el rango de 18-22, como 18, 19, 20, 21, o 22, donde un grupo es considerado por debajo del punto de corte si el resultado de GPS es menor o alternativamente menor o igual al punto de corte y el otro grupo es considerado por encima del punto de corte si el resultado de GPS es mayor o alternativamente mayor o igual al punto de corte. Así, por ejemplo, un grupo de GPS baja podría ser uno con una GPS < 20 (o < 18, < 19, < 21, < 22, dependiendo de dónde se establezca el punto de corte) y un grupo de GPS alta podría ser uno con una GPS > 20 (o > 18, > 19, > 21, > 22, dependiendo de dónde se establezca el punto de corte). O, alternativamente, un grupo de GPS baja podría ser uno con una GPS < 20 y un grupo de GPS alta podría ser uno con una GPS > 20 (o < 18, < 19, < 21, < 22, y > 18, > 19, > 21, > 22, dependiendo de dónde se establezca el punto de corte). En algunas realizaciones, un punto de corte de 20 define un grupo de GPS baja y un grupo de GPS más alta, de manera que aquellos con un resultado de GPS < 20 recaen en el grupo de GPS baja y aquellos con un resultado de GPS > 20 recaen en el grupo de GPS más alta.
En algunas realizaciones, se utiliza un punto de corte en el rango de 38-42 para significar un grupo de GPS baja y un grupo de GPS alta. Así, por ejemplo, un grupo de GPS baja podría ser uno con una GPS < 40 (o <
38, < 39, < 41, < 42, dependiendo de dónde se establezca el punto de corte) y un grupo de GPS alta podría ser uno con una GPS > 40 (> 41, > 42, dependiendo de dónde se establezca el punto de corte). O, alternativamente, un grupo de GPS baja podría ser uno con una GPS < 40 y un grupo de GPS alta podría ser uno con una GPS > 40 (o < 41, < 42, y > 38, > 39, > 41, > 42, dependiendo de dónde se establezca el punto de corte). En algunas realizaciones, un punto de corte de 40 define un grupo de GPS baja y un grupo de GPS más alta, de manera que aquellos con un resultado de GPS < 40 recaen en el grupo de GPS baja y aquellos con un resultado de GPS > 40 recaen en el grupo de GPS más alta.
Aplicación del algoritmo gps a determinados grupos de riesgo de cáncer de próstata
El tratamiento de los pacientes con cáncer de próstata puede, en algunos casos, basarse al menos en parte en si el paciente ha sido clasificado según uno o más de los estándares AUS, NCCN o CAPRA, como de riesgo muy bajo, bajo, medio o alto para resultados clínicos negativos. Como se ha indicado antes, estas clasificaciones tienen en cuenta múltiples factores, como el estadio o grado del tumor, los niveles de PSA y la puntuación de Gleason.
Por ejemplo, los tratamientos disponibles para los pacientes con cáncer de próstata incluyen la cirugía, como la prostatectomía radical (RP), la resección transuretral de la próstata (TURp ), la escisión, la disección y la biopsia/extracción del tumor. La disección de los ganglios linfáticos pélvicos (PLND) también puede realizarse junto con la RP en algunos casos, como cuando preocupa que hayan de prevenirse futuras metástasis. En algunos casos puede realizarse radioterapia (RT), como radioterapia de haz externa (EBRT), braquiterapia primaria u otros tipos de braquiterapia. En algunos casos, el paciente puede ser tratado con fármacos, como agentes de privación de andrógenos (terapia de privación de andrógenos o ADT), que generalmente comprenden antagonistas de LHRH. La ADT puede administrarse en algunos casos antes, durante y/o después de la RT, por ejemplo. En pacientes de riesgo alto, por ejemplo, la ADT puede administrarse durante un periodo prolongado, como por ejemplo durante 1,2,3 o más años después de la RT. En algunos casos, también se pueden prescribir agentes de inmunoterapia y quimioterapia, como docetaxel, cabazitaxel o sipuleucel-T. Los pacientes de menor riesgo también pueden ser tratados únicamente mediante vigilancia activa y pueden, por ejemplo, mantenerse en vigilancia activa salvo o hasta que haya evidencia de un cambio en el estado de su tumor. Los pacientes de edad avanzada o aquellos para los que la esperanza de vida es corta también pueden ser tratados simplemente con una espera vigilante con intervenciones paliativas cuando sea necesario.
Se pueden hacer diferentes elecciones de tratamiento según el nivel de riesgo del paciente y las recomendaciones asociadas, por ejemplo, directrices AUA o NCCN. Por ejemplo, los pacientes de riesgo muy bajo pueden ser tratados mediante vigilancia activa o, si su esperanza de vida es corta, mediante espera vigilante. Los pacientes de riesgo bajo pueden ser tratados, por ejemplo, mediante vigilancia activa, pero también mediante RP con PLND opcional en particular si un tumor localizado puede ser extirpado por completo, o mediante RT como EBRT o braquiterapia, o mediante alguna otra forma de tratamiento de "modalidad única" (es decir, una forma de tratamiento como la cirugía o la radiación en lugar de una combinación de ambas). Los pacientes de riesgo medio pueden ser tratados, por ejemplo, con RP y PLND opcional, mediante RT con ADT opcional, o mediante una combinación de cirugía, radioterapia y tratamiento farmacológico opcional. Estos pacientes pueden ser tratados con una terapia "multimodal", es decir, con una combinación de diferentes formas de tratamiento, como RT y ADT. Los pacientes de riesgo alto pueden ser tratados, por ejemplo, con una terapia multimodal como EBRT y un tratamiento de ADT a largo plazo, por ejemplo durante 1, 2 o 3 años después de la RT, y a veces con quimioterapia si el paciente está lo suficientemente en forma para soportar el tratamiento. Los pacientes de riesgo alto también pueden ser tratados quirúrgicamente si las condiciones lo justifican.
Por tanto, en algunas realizaciones de los presentes métodos, el paciente ha sido colocado previamente en un grupo de riesgo muy bajo, bajo, medio o alto según las normas de AUA, NCCN o CAPRA. En algunas realizaciones, la obtención de un resultado de GPS u otra puntuación cuantitativa a partir de un método descrito en este documento puede ser útil para determinar una estrategia de tratamiento adecuada para el paciente.
Por ejemplo, en algunas realizaciones, se obtiene un resultado de GPS para un paciente de riesgo muy bajo o bajo y el método comprende determinar en qué grupo de resultados de GPS recae el paciente, por ej., un grupo bajo o alto utilizando un punto de corte entre 18 y 22 o un punto de corte entre 38 y 42, o ambos puntos de corte. En algunas realizaciones, se obtiene un resultado de GPS para un paciente de riesgo alto y el método comprende determinar en qué grupo de resultados de GPS recae el paciente, por ej., un grupo bajo o alto utilizando un punto de corte entre 18 y 22 o un punto de corte entre 38 y 42, o ambos puntos de corte. En algunas realizaciones, se obtiene un resultado de GPS para un paciente de riesgo medio y el método comprende determinar en qué grupo de resultados de GPS recae el paciente, por ej., un grupo bajo o alto utilizando un punto de corte entre 18 y 22 o un punto de corte entre 38 y 42, o ambos puntos de corte.
En algunas realizaciones que implican a un paciente de riesgo medio, la determinación de una puntuación cuantitativa basada en los métodos aquí descritos puede utilizarse para clasificar aún más el riesgo relativo del paciente de un resultado clínico negativo. Por ejemplo, en algunas realizaciones, un paciente de riesgo medio con un resultado de GPS superior a 38, 39, 40, 41 o 42 o superior o igual a 38, 39, 40, 41 o 42 indica que el paciente tiene un riesgo relativamente alto de criterios clínicos negativos como CR, BCR, Mets y PCD en comparación con los pacientes de riesgo medio en su conjunto. En algunas realizaciones, un paciente de riesgo
medio con un resultado de GPS superior a 38, 39, 40, 41 o 42 o superior o igual a 38, 39, 40, 41 o 42 indica que el paciente tiene un riesgo de criterios clínicos negativos como CR, BCR, Mets y PCD similar al de los pacientes de riesgo alto en su conjunto. Por ejemplo, un paciente de riesgo medio con un resultado de GPS superior a 40 o superior o igual a 40 puede indicar que el paciente tiene un riesgo de criterios clínicos negativos como CR, BCR, Mets y PCD similar al de los pacientes de riesgo alto en su conjunto. En algunas realizaciones, esta información puede afectar al tratamiento de ese paciente de riesgo medio. Por ejemplo, dicho paciente puede ser tratado según las recomendaciones de tratamiento para pacientes de riesgo alto y puede, por ejemplo, recibir un tratamiento multimodal como RT combinado con ADT y opcionalmente quimioterapia o inmunoterapia. Por otra parte, en algunas realizaciones, un paciente de riesgo medio con un resultado de GPS inferior a 38, 39, 40, 41 o 42 o inferior o igual a 38, 39, 40, 41 o 42 indica que el paciente tiene un riesgo relativamente más bajo de criterios clínicos negativos como CR, BCR, Mets y PCD en comparación con los pacientes de riesgo medio en su conjunto. En algunas realizaciones, para un paciente de riesgo medio, un resultado de GPS inferior a 40 o inferior o igual a 40 puede indicar que el paciente tiene un menor riesgo relativo de criterios clínicos negativos como CR, BCR, Mets y PCD en comparación con los pacientes de riesgo medio en su conjunto. En tales casos, el paciente puede ser tratado con vigilancia activa, al menos inicialmente, en lugar de con cirugía, o puede ser tratado con una sola modalidad de tratamiento, como la cirugía o la radiación sola. En algunas realizaciones, por ejemplo en el caso de un paciente de riesgo medio, un resultado de GPS inferior a 18, 19, 20, 21 o 22, o inferior o igual a 18, 19, 20, 21 o 22, indica un riesgo relativamente bajo de criterios clínicos negativos, como CR, BCR, Mets y PCD. En algunas realizaciones, por ejemplo en el caso de un paciente de riesgo medio, un resultado de GPS inferior a 20 o inferior o igual a 20 indica un riesgo relativamente bajo de criterios clínicos negativos como CR, BCR, Mets y PCD. En estos casos, por ejemplo, el paciente puede ser tratado con vigilancia activa, al menos inicialmente, en lugar de con cirugía o radiación. En algunas realizaciones, un paciente de riesgo medio puede tener un resultado de GPS que se encuentre entre estos puntos de corte superior e inferior. En tales casos, el paciente puede ser tratado con vigilancia activa, al menos inicialmente, en lugar de con cirugía, o puede ser tratado con una sola modalidad de tratamiento, como la cirugía o la radiación sola. Por tanto, la GPS puede permitir la segregación de los pacientes de riesgo medio en dos o tres subgrupos de mayor y menor riesgo para criterios clínicos negativos. En consecuencia, en algunas realizaciones, tras la determinación del resultado de GPS y el análisis de la agrupación del paciente, puede producirse un cambio en la estrategia de tratamiento. En otras realizaciones, una estrategia de tratamiento inicial puede basarse, al menos en parte, en una combinación del grupo de riesgo (por ej., AUA, NCCN o CAPrA) y el resultado de GPS.
Métodos de ensayo de los niveles de expresión de un producto génico
En esta especificación se exponen varios enfoques tecnológicos para la determinación de los niveles de expresión de los genes divulgados, incluyendo, entre otros, RT-PCR, microarrays, secuenciación de alto rendimiento, análisis serial de expresión génica (SAGE) y expresión génica digital (DGE), que se comentarán en detalle más adelante. En aspectos particulares, el nivel de expresión de cada gen puede determinarse en relación con diversas características de los productos de expresión del gen, incluyendo exones, intrones, epítopos proteicos y actividad proteica.
El producto de expresión a ensayar puede ser, por ejemplo, ARN o un polipéptido. El producto de expresión puede estar fragmentado. Por ejemplo, el ensayo puede utilizar cebadores complementarios a las secuencias diana de un producto de expresión y, por tanto, podría medir los transcritos completos, así como los productos de expresión fragmentados que contienen la secuencia diana. Se proporciona más información en la Tabla A de la Publicación de Patente Internacional N° WO2013/116144. El producto de expresión de ARN puede ensayarse directamente o mediante la detección de un producto de ADNc resultante de un método de amplificación basado en PCR, por ej., la reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa cuantitativa (qRT-PCR). (Ver, por ej., Patente Americana N° 7,587,279). El producto de expresión polipeptídica puede ensayarse mediante técnicas de inmunohistoquímica (IHC) y proteómica. Además, tanto los productos de expresión de ARN como de polipéptidos también pueden ensayarse utilizando microarrays. Los métodos de elaboración de perfiles de expresión génica incluyen métodos basados en el análisis de hibridación de polinucleótidos, métodos basados en la secuenciación de polinucleótidos y métodos basados en la proteómica. Los métodos ejemplares conocidos en la técnica para la cuantificación de la expresión de ARN en una muestra incluyen el northern blotting y la hibridación in situ (Parker & Barnes, Methods in Molecular Biology 106:247-283(1999)); los ensayos de protección de ARNse (Hod, Biotechniques 13:852-854 (1992)); y los métodos basados en PCR, como PCR de transcripción inversa (RT-PCR) (Weis et al., Trends in Genetics 8:263-264 (1992)). Se pueden emplear anticuerpos que puedan reconocer dúplex específicos de secuencia, incluyendo dúplex de ADN, dúplex de ARN y dúplex híbridos de ADN-ARN o dúplex de ADN-proteína. Los métodos representativos para el análisis de la expresión génica basados en la secuenciación incluyen el Análisis Serial de Expresión Génica (SAGE), y el análisis de la expresión génica por secuenciación masiva paralela de firmas (MPSS). Pueden utilizarse otros métodos conocidos en la técnica.
Transcripción inversa PCR (RT-PCR)
Típicamente, el ARNm se aísla de una muestra de ensayo. El material de partida es típicamente ARN total aislado de un tumor humano, normalmente de un tumor primario Opcionalmente, se pueden utilizar tejidos normales del mismo paciente como control interno. Dicho tejido normal puede ser tejido de apariencia
histológica normal adyacente a un tumor. El ARNm se puede extraer de una muestra de tejido, por ejemplo, de una muestra fresca, congelada (por ej., congelada en fresco) o sumergida en parafina y fijada (por ej., fijada en formalina).
Los métodos generales para la extracción de ARNm son conocidos en la técnica y se divulgan en libros de texto estándar de biología molecular, incluyendo Ausubel et al., Current Protocols of Molecular Biology, John Wiley and Sons (1997). Los métodos para la extracción de ARN de tejidos sumergidos en parafina se divulgan, por ejemplo, en Rupp y Locker, Lab Invest. 56:A67 (1987), y De Andres et al., BioTechniques 18:42044 (1995). En particular, el aislamiento del ARN puede realizarse utilizando un kit de purificación, un conjunto de tampones y una proteasa de fabricantes comerciales, como Qiagen, de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Por ejemplo, el ARN total de células en cultivo puede aislarse utilizando minicolumnas RNeasy® de Qiagen. Otros kits de aislamiento de ARN disponibles en el mercado son MasterPure™ Complete DNA y RNA Purification Kit (EPICENTRE®, Madison, Wl), y Paraffin Block RNA Isolation Kit (Ambion, Inc.). El ARN total de las muestras de tejido puede aislarse utilizando RNA Stat-60 (Tel-Test). El ARN preparado a partir del tumor puede aislarse, por ejemplo, mediante centrifugación de gradiente de densidad con cloruro de cesio.
La muestra que contiene el ARN se somete entonces a transcripción inversa para producir ADNc a partir de la plantilla de ARN, seguida de la amplificación exponencial en una reacción de PCR. Las dos transcriptasas inversas más utilizadas son la transcriptasa inversa del virus de la mieloblastosis de Avilo (AMV-RT) y la transcriptasa inversa del virus de la leucemia murina de Moloney (MMLV-RT). El paso de la transcripción inversa se suele cebar con cebadores específicos, hexámeros aleatorios o cebadores oligo-dT 15, dependiendo de las circunstancias y del objetivo del perfil de expresión. Por ejemplo, el ARN extraído puede transcribirse inversamente utilizando un kit de PCR de ARN GeneAmp (Perkin Elmer, CA, EE.UU.), siguiendo las instrucciones del fabricante. El ADNc derivado puede utilizarse entonces como plantilla en la reacción de PCR posterior.
Los métodos basados en PCR utilizan una polimerasa de ADN termoestable dependiente de ADN, como una polimerasa de ADN Taq. Por ejemplo, la PCR Taq Man® utiliza típicamente la actividad 5'-nucleasa de polimerasa Taq oTth para hidrolizar una sonda de hibridación unida a su amplicón diana, pero puede utilizarse cualquier enzima con actividad de nucleasa equivalente. Se utilizan dos cebadores de oligonucleótidos para generar un amplicón típico de un producto de reacción de PCR. Se puede diseñar un tercer oligonucleótido, o sonda, para facilitar la detección de una secuencia de nucleótidos del amplicón ubicada entre los sitios de hibridación de los dos cebadores de PCR. La sonda puede estar marcada de forma detectable, por ej., con un colorante reporter, y además puede estar provista tanto de un colorante fluorescente como de un colorante fluorescente quencher, como en una configuración de sonda Taqman®. Cuando se utiliza una sonda Taqman®, durante la reacción de amplificación, la enzima polimerasa Taq ADN escinde la sonda de manera dependiente de la plantilla. Los fragmentos resultantes de la sonda se disocian en la solución, y la señal del colorante reporter liberado queda libre del efecto de extinción del segundo fluoróforo. Se libera una molécula de colorante reporter por cada nueva molécula sintetizada, y la detección del colorante reporter no atenuado proporciona la base para la interpretación cuantitativa de los datos.
RT-PCR TaqMan® puede realizarse utilizando equipos disponibles en el mercado, como, por ejemplo, plataformas de alto rendimiento como el ABI PRISM 7700 Sequence Detection System® (Perkin-Elmer-Applied Biosystems, Foster City, CA, EE.UU.), o LightCycler® (Roche Molecular Biochemicals, Mannheim, Alemania). En una realización preferida, el procedimiento se ejecuta en un sistema de PCR en tiempo real LightCycler® 480 (Roche Diagnostics), que es una plataforma cicladora basada en placas de micropocillos.
Los datos del ensayo de la 5'-Nucleasa se expresan inicialmente como un ciclo umbral ("Ct"). Los valores de fluorescencia se registran durante cada ciclo y representan la cantidad de producto amplificado hasta ese punto de la reacción de amplificación. El ciclo umbral (Ct) se describe generalmente como el punto en el que la señal fluorescente se registra por primera vez como estadísticamente significativa. Alternativamente, los datos pueden expresarse como un punto de cruce ("Cp"). El valor Cp se calcula determinando las segundas derivadas de las curvas completas de amplificación de qPCR y su valor máximo. El valor Cp representa el ciclo en el que el aumento de la fluorescencia es mayor y donde comienza la fase logarítmica de una PCR.
Para minimizar los errores y el efecto de variación entre muestras, la RT-PCR suele realizarse utilizando un estándar interno. El gen estándar interno ideal (también denominado gen de referencia) se expresa a un nivel bastante constante entre los tejidos cancerosos y no cancerosos del mismo origen (es decir, un nivel que no es significativamente diferente entre los tejidos normales y los cancerosos), y no se ve significativamente afectado por el tratamiento experimental (es decir, no muestra una diferencia significativa en el nivel de expresión en el tejido relevante como resultado de la exposición a la quimioterapia), y se expresa a un nivel bastante constante entre el mismo tejido tomado de diferentes pacientes. Por ejemplo, los genes de referencia útiles en los métodos aquí divulgados no deben mostrar niveles de expresión significativamente diferentes en la próstata cancerosa en comparación con el tejido prostático normal. Los genes de referencia ejemplares utilizados para la normalización comprenden uno o más de los siguientes genes: GUS, AAMP, ARF1, ATP5E, CLTC, GPS1 y PGK1. Las mediciones de expresión genética pueden normalizarse en relación con la media de uno o más (por ej., 2, 3, 4, 5 o más) genes de referencia. Las mediciones de expresión normalizadas por
referencia pueden variar de 2 a 15, donde un aumento de una unidad generalmente refleja un aumento de 2 veces en la cantidad de ARN.
La PCR en tiempo real es compatible tanto con la PCR competitiva cuantitativa, en la que se utiliza un competidor interno para cada secuencia objetivo para la normalización, como con la PCR comparativa cuantitativa que utiliza un gen de normalización contenido en la muestra, o un gen constitutivo para la RT-PCR. Para más detalles, ver, por ej., Held et al., Genome Research 6:986-994 (1996).
Los pasos de un protocolo representativo para el uso en los métodos de la presente divulgación utilizan tejidos fijados y sumergidos en parafina como fuente de ARN. Por ejemplo, el aislamiento del ARNm, la purificación, la extensión del cebador y la amplificación pueden realizarse de acuerdo con los métodos disponibles en la técnica. (Ver, por ej., Godfrey et al. J. Molec. Diagnostics 2: 84-91 (2000); Specht et al., Am. J. Pathol. 158: 419-29 (2001)). Brevemente, un proceso representativo comienza con el corte de secciones de unos 10 pm de espesor de muestras de tejido tumoral sumergidas en parafina. Después se extrae el ARN y se eliminan las proteínas y el ADN de la muestra que contiene el ARN. Tras el análisis de la concentración de ARN, el ARN se transcribe de forma inversa utilizando cebadores específicos de genes, seguido de la RT-PCR para obtener productos de amplificación del ADNc.
Diseño de cebadores y sondas de PCR basados en Intron
Los cebadores y sondas de PCR se pueden diseñar en base a las secuencias de exón o intrón presentes en el transcrito del ARNm del gen de interés. El diseño del cebador/sonda se puede hacer mediante programas informáticos disponibles comercialmente, como el programa DNA BLAT desarrollado por Kent, W.J., Genome Res. 12(4):656-64 (2002), o mediante el software BLAST incluyendo sus variaciones.
Cuando sea necesario o se desee, las secuencias repetitivas de la secuencia diana pueden enmascararse para mitigar las señales no específicas. Algunas herramientas ejemplares para lograr esto incluyen el programa Repeat Masker disponible online a través del Baylor College of Medicine, que examina las secuencias de ADN frente a una biblioteca de elementos repetitivos y devuelve una secuencia de consulta en la que los elementos repetitivos están enmascarados. Las secuencias de intrones enmascaradas pueden utilizarse para diseñar secuencias de cebadores y sondas utilizando cualquier paquete de diseño de cebadores/sondas disponibles comercialmente o de otro modo, como Primer Express (Applied Biosystems); MGB assay-by-design (Applied Biosystems); Primer3 (Steve Rozen y Helen J. Skaletsky (2000) Primer3 en la WWW para usuarios generales y para programadores biólogos. Ver S. Rrawetz, S. Misener, Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology, pp. 365-386 (Humana Press).
Otros factores que pueden influir en el diseño del cebador de PCR son la longitud del cebador, la temperatura de fusión (Tm) y el contenido de G/C, la especificidad, las secuencias complementarias del cebador y la secuencia del extremo 3'. En general, los cebadores de PCR óptimos tienen generalmente una longitud de 17 30 bases, y contienen aproximadamente un 20-80%, como, por ejemplo, aprox. un 50-60% de bases G+C, y presentan Tm entre 50 y 80 °C, por ej., aprox. 50 a 70 °C.
Para más orientación sobre el diseño de cebadores y sondas PCR, ver, por ej., Dieffenbach, CW. et al, "General Concepts for PCR Primer Design" en: PCR Primer, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1995, pp. 133-155; Innis and Gelfand, "Optimization of PCRs" en: PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications, CRC 25 Press, London, 1994, pp. 5-11; y Plasterer, T.N. Primerselect: Primerand probe design. Methods Mol. Biol. 70:520-527 (1997).
La Tabla A de la Publicación de la Patente Internacional N° WO2013/116144 proporciona más información sobre las secuencias de cebadores, sondas y amplicones que pueden utilizarse con los genes aquí divulgados. Sistema MassARRAY®
En los métodos basados en MassARRAY, como el método ejemplar desarrollado por Sequenom, Inc. (San Diego, CA), tras el aislamiento del ARN y la transcripción inversa, el ADNc obtenido se inyecta con una molécula de ADN sintético (competidor), que coincide con la región de ADNc diana en todas las posiciones, excepto en una sola base, y sirve como estándar interno. La mezcla de ADNc/competidor se amplifica por PCR y se somete a un tratamiento de enzima fosfatasa alcalina de camarón (SAP) posterior a la p Cr , que provoca la desfosforilación de los nucleótidos restantes. Tras la inactivación de la fosfatasa alcalina, los productos de la PCR del competidor y el ADNc se someten a la extensión del cebador, lo que genera distintas señales de masa para los productos de la PCR derivados del competidor y del ADNc. Tras la purificación, estos productos se distribuyen en una matriz de chips, que está precargada con los componentes necesarios para el análisis con espectrometría de masa de tiempo de vuelo de ionización-desorción láser asistida por matriz (MALDI-TOF MS). El ADNc presente en la reacción se cuantifica entonces analizando las ratios de las áreas pico en el espectro de masa generado. Para más detalles, ver, por ej. Ding and Cantor, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100:3059-3064 (2003).
Otros métodos basados en PCR
Otras técnicas basadas en PCR que pueden utilizarse en los métodos aquí descritos son, por ejemplo, la tecnología Bead-Array® (lllumina, San Diego, CA; Oliphant et al., Discovery of Markers for Disease
(Supplement to Biotech-niques), junio de 2002; Ferguson et al, Analytical Chemistry 72:5618 (2000)); BeadsArray for Detection of Gene Expression® (BADGE), que utiliza el sistema disponible comercialmente Luminexl 00 LabMAP® y múltiples microesferas codificadas por colores (Lu-so minex Corp., Austin, TX) en un ensayo rápido de expresión génica (Yang et al., Genome Res. 11:1888-1898 (2001)); y análisis de perfiles de expresión de alta cobertura (HiCEP) (Fukumura et al., Nucl. Acids. Res. 31(16) e94 (2003).
Microarrays
Los niveles de expresión de un gen o microarray de interés también pueden evaluarse mediante la técnica de microarray. En este método, las secuencias de polinucleótidos de interés (incluyendo ADNc y oligonucleótidos) se distribuyen en un sustrato. A continuación, las secuencias dispuestas se ponen en contacto en condiciones adecuadas para la hibridación específica con ADNc marcado detectablemente generado a partir del ARN de una muestra de ensayo. Al igual que en el método de RT-PCR, la fuente de ARN suele ser el ARN total aislado de una muestra tumoral y, opcionalmente, de tejido normal del mismo paciente como control interno o líneas celulares. El ARN puede extraerse, por ejemplo, de muestras de tejido congeladas o sumergidas en parafina y fijadas (por ejemplo, fijadas en formalina).
Por ejemplo, los insertos amplificados de PCR de clones de ADNc de un gen que se va a analizar se aplican a un sustrato en un array denso. Normalmente se aplican al sustrato al menos 10.000 secuencias de nucleótidos. Por ejemplo, los genes del microarray, inmovilizados en el microchip con 10.000 elementos cada uno, son adecuados para la hibridación en condiciones estrictas. Las sondas de ADNc marcadas con fluorescencia pueden generarse mediante la incorporación de nucleótidos fluorescentes por transcripción inversa del ARN extraído de los tejidos de interés. Las sondas de ADNc marcadas aplicadas al chip hibridan con especificidad en cada punto de ADN en el array. Tras el lavado en condiciones estrictas para eliminar las sondas unidas de forma no específica, el chip se escanea mediante microscopía láser confocal o mediante otro método de detección, como una cámara CCD. La cuantificación de la hibridación de cada elemento de la matriz permite evaluar la abundancia del ARN correspondiente.
Con la fluorescencia de doble color, las sondas de ADNc marcadas por separado y generadas a partir de dos fuentes de ARN se hibridan por parejas en el array. La abundancia relativa de transcritos de las dos fuentes correspondientes a cada gen especificado se determina así simultáneamente. La escala miniaturizada de la hibridación permite una evaluación cómoda y rápida del patrón de expresión de un gran número de genes. Se ha demostrado que estos métodos tienen la sensibilidad necesaria para detectar transcritos raros, que se expresan en unas pocas copias por célula, y para detectar de forma reproducible al menos diferencias de aproximadamente dos veces en los niveles de expresión (Schena et at, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(2): 106 149 (1996)). El análisis de microarrays puede realizarse con equipos comerciales, siguiendo los protocolos del fabricante, como por ejemplo, utilizando la tecnología GenChip® de Affymetrix, o la tecnología de microarrays de Incyte.
Análisis en serie de expresión génica (SAGE)
El análisis en serie de expresión génica (SAGE) es un método que permite el análisis simultáneo y cuantitativo de un gran número de transcripciones génicas, sin necesidad de proporcionar una sonda de hibridación individual para cada transcripción. Primero, se genera una etiqueta de secuencia corta (alrededor de 10-14 pb) que contiene suficiente información para identificar de forma única un transcrito, siempre que la etiqueta se obtenga de una posición única dentro de cada transcrito. Después, muchos transcritos se unen para formar largas moléculas en serie, que pueden secuenciarse, revelando la identidad de las múltiples etiquetas simultáneamente. El patrón de expresión de cualquier población de transcritos puede evaluarse cuantitativamente determinando la abundancia de las etiquetas individuales e identificando el gen correspondiente a cada etiqueta. Para más detalles, ver, por ej. Velculescu et al., Science 270:484-87 (1995); y Velculescu et al., Cell 88:243-51 (1997).
Análisis de la expresión génica mediante secuenciación del ácido nucleico
Las tecnologías de secuenciación de ácidos nucleicos son métodos adecuados para el análisis de la expresión génica. El principio subyacente a estos métodos es que el número de veces que se detecta una secuencia de ADNc en una muestra está directamente relacionado con la expresión relativa del ARN correspondiente a esa secuencia. Estos métodos se denominan a veces Expresión Génica Digital (DGE) para reflejar la propiedad numérica discreta de los datos resultantes. Los primeros métodos que aplicaron este principio fueron el Análisis Serial de Expresión Génica (SAGE) y la Secuenciación de Firma Masivamente Paralela (MPSS). Ver, por ej., S. Brenner, et al., Nature Biotechnology 18(6):630-634 (2000). Más recientemente, la llegada de las tecnologías de secuenciación de "siguiente generación" ha hecho que la DGE sea más sencilla, de mayor rendimiento y más asequible. Como resultado, un mayor número de laboratorios puede utilizar la DGE para analizar la expresión de más genes en más muestras de pacientes individuales de lo que era posible anteriormente. Ver, por., J. Marioni, Genome Research 18(9): 1509-1517(2008); R. Morin, Genome Research 18(4):610-621 (2008); A. Mortazavi, Nature Methods 5(7):621-628 (2008); N. Cloonan, Nature Methods 5(7):613-619 (2008).
Aislamiento de ARN de fluidos corporales
Se han descrito métodos para aislar el ARN para el análisis de expresión de sangre, plasma y suero (ver, por ej., K. Enders, et al., Clin Chem 48,1647-53 (2002) (y las referencias citadas ahí) y orina (ver, por ej., R. Boom, et al., J Clin Microbiol. 28, 495-503 (1990) y las referencias citadas ahí).
Inmunohistoquímica
Los métodos de inmunohistoquímica también son adecuados para detectar los niveles de expresión de genes y se aplican al método aquí divulgado. Los anticuerpos (por ej., anticuerpos monoclonales) que se unen específicamente a un producto génico de un gen de interés pueden utilizarse en dichos métodos. Los anticuerpos pueden detectarse mediante el marcado directo de los propios anticuerpos, por ejemplo, con etiquetas radiactivas, etiquetas fluorescentes, etiquetas de hapteno como biotina, o una enzima como la peroxidasa de rábano o la fosfatasa alcalina. Alternativamente, se puede utilizar un anticuerpo primario no marcado junto con un anticuerpo secundario marcado específico para el anticuerpo primario. Los protocolos y kits de inmunohistoquímica son bien conocidos en la técnica y están disponibles comercialmente.
Proteómica
El término "proteoma" se define como la totalidad de las proteínas presentes en una muestra (por ej., tejido, organismo o cultivo celular) en un momento determinado. La proteómica incluye, entre otras cosas, el estudio de los cambios globales de la expresión de proteínas en una muestra (también denominada "proteómica de expresión"). La proteómica suele incluir los siguientes pasos: (1) separación de las proteínas individuales en una muestra mediante electroforesis en gel 2-D (2-D PAGE); (2) identificación de las proteínas individuales recuperadas del gel, por ej., mediante espectrometría de masas o secuenciación N- terminal, y (3) análisis de los datos mediante bioinformática.
Descripción general del aislamiento, purificación y amplificación del ARNm
Los pasos de un protocolo representativo para perfilar la expresión génica utilizando tejidos fijados y sumergidos en parafina como fuente de ARN, incluyendo el aislamiento de ARNm, la purificación, la extensión del cebador y la amplificación se proporcionan en varios artículos de revistas publicados. (Ver, por ej., T.E. Godfrey, et al. J. Molec. Diagnostics 2: 84-91 (2000); K. Specht et al., Am. 15 J. Pathol. 158: 419-29 (2001), M. Cronin, et al., Am J Pathol 164:35-42 (2004)). Brevemente, un proceso representativo comienza con el corte de una sección de muestra de tejido (por ejemplo, unos 10 pm de grosor de una muestra de tejido tumoral sumergida en parafina). A continuación se extrae el ARN y se eliminan las proteínas y el ADN. Tras el análisis de la concentración de ARN, se realiza la reparación del ARN si se desea. La muestra puede someterse entonces a un análisis, por ej., mediante transcripción inversa con promotores específicos de genes, seguida de RT-PCR.
Análisis estadísticos
Un experto en la materia reconocerá que hay muchos métodos estadísticos que pueden utilizarse para determinar si existe una relación significativa entre un resultado clínico de interés (por ej., recurrencia) y GPS u otra puntuación de prueba de diagnóstico.
Por ejemplo, las pruebas de hipótesis pueden ser reportadas usando valores p de doble lado. Para investigar si hay una relación significativa de los resultados (por ej., CR, BCR, Mets, PCD) con entidades particulares medidas o calculadas, se pueden utilizar modelos de riesgos proporcionales de Cox (PH) utilizando estimadores de pseudoprobabilidad parcial ponderados al máximo y se pueden notificar los valores p de las pruebas de Wald de la hipótesis nula de que la ratio de riesgos (HR) es una.
Normalización de los niveles de expresión
Los datos de expresión utilizados en los métodos aquí divulgados pueden ser normalizados. La normalización se refiere a un proceso para corregir (es decir, normalizar), por ejemplo, las diferencias en la cantidad de ARN y la variabilidad en la calidad del ARN obtenido de una muestra, para eliminar fuentes no deseadas de variación sistemática en las mediciones de Ct o Cp, y similares. Con respecto a los experimentos de RT-PCR que implican muestras de tejido guardadas y sumergidas en parafina, por ejemplo, las fuentes de variación sistemática pueden incluir el grado de degradación del ARN en relación con la edad de la muestra del paciente y el tipo de fijador utilizado para guardar la muestra. Otras fuentes de variación sistemática son atribuibles a las condiciones de procesamiento del laboratorio.
Los ensayos pueden proporcionar normalización mediante la incorporación de la expresión de ciertos genes de referencia, que no difieren significativamente en los niveles de expresión bajo las condiciones pertinentes. Los genes de referencia a modo de ejemplo divulgados aquí incluyen genes constituidos. (Ver, por ej., E. Eisenberg, et al., Trends in Genetics 19(7): 362-365 (2003).) En general, los genes de referencia son típicamente genes que se sabe que no muestran una expresión significativamente diferente en el cáncer de próstata en comparación con el tejido de próstata no canceroso, y rastrean las diversas condiciones de la muestra y del proceso, por lo que proporcionan la normalización de los efectos extraños. En realizaciones a modo de ejemplo, uno o más de los siguientes genes se utilizan como genes de referencia por los que se
normalizan los datos de expresión de ARNm: GUS, AAMP, ARF1, ATP5E, CLTC, GPS1, y PGK1. La media ponderada calibrada de CT o Cp para cada uno de los genes de prueba, como BGN, COL1A 1 , SFRP4, TPX2, AZGP1, FAM13C, KLK2, SRD5A2, FLNC, GSN, GSTM2 y TPM2, puede normalizarse en relación con la media de cinco o más genes de referencia La normalización puede, en otras realizaciones, basarse alternativamente en la señal media o mediana (Ct o Cp) de todos los genes ensayados o de un gran subconjunto de los mismos (enfoque de normalización global).
Aquellos expertos en la materia reconocerán que la normalización puede lograrse de numerosas formas, y las técnicas descritas antes solo pretenden ser ejemplares, no exhaustivas.
Estandarización de los niveles de expresión
Los datos de expresión utilizados en los métodos aquí divulgados pueden ser estandarizados. La estandarización se refiere a un proceso para poner efectivamente todos los genes en una escala comparable. Esto se realiza porque algunos genes mostrarán más variación (un rango más amplio de expresión) que otros. La estandarización se realiza dividiendo cada valor de expresión por su desviación estándar en todas las muestras para ese gen. Las ratios de riesgo se interpretan entonces como el cambio proporcional en el riesgo del criterio clínico (recurrencia clínica, recurrencia biológica, muerte por cáncer de próstata o muerte por cualquier causa) por el aumento de la desviación estándar en la expresión.
Kits de la invención
Los materiales para el uso en los métodos de la presente invención son adecuados para la preparación de kits producidos de acuerdo con procedimientos establecidos. La presente divulgación proporciona, por tanto, kits que comprenden agentes, que pueden incluir sondas y/o cebadores específicos o selectivos de genes, para cuantificar la expresión de los genes divulgados para predecir el resultado pronóstico o la respuesta al tratamiento. Dichos kits pueden contener opcionalmente reactivos para la extracción de ARN de muestras tumorales, en particular muestras de tejido fijadas y sumergidas en parafina y/o reactivos para la amplificación de ARN. Además, los kits pueden comprender opcionalmente el reactivo o reactivos con una descripción o etiqueta identificativa o instrucciones relativas al uso en los métodos de la presente invención. Los kits pueden incluir contenedores (incluyendo placas de microlitros adecuadas para el uso en una implementación automatizada del método), cada uno con uno o más de los diversos materiales o reactivos (típicamente en forma concentrada) utilizados en los métodos, incluyendo, por ejemplo, columnas cromatográficas, micromatrices prefabricadas, tampones, los trifosfatos de nucleótidos apropiados (por ej., dATP, dCTP, dGTP y dTTP; o rATP, rCTP, rGTP y UTP), transcriptasa inversa, ADN polimerasa, ARN polimerasa, y una o más sondas y cebadores de la presente invención (por ej., poli(T) de longitud adecuada o cebadores aleatorios unidos a un promotor reactivo con la ARN polimerasa). Los algoritmos matemáticos utilizados para estimar o cuantificar la información pronóstica o predictiva también son componentes potenciales adecuados de los kits.
En algunas realizaciones, un kit puede comprender los reactivos necesarios para determinar los niveles de determinados transcritos de ARN en una muestra de paciente mediante RT-PCR. Por ejemplo, en algunas realizaciones, un kit puede comprender un cartucho u otra estructura física similar que comprende al menos un pocillo (que puede constituir un canal, cámara, área o superficie) que comprende uno o más cebadores para determinar los niveles de transcritos de ARN de uno o más de los genes Bg N, COL1A1, SFRP4, TPX2, Az Gp 1 , FAM13C, KLK2, SRD5A2, FLNC, GSN, GSTM2 y TPM2. En algunas realizaciones, los cebadores están unidos a uno o más pocillos en el cartucho. En algunas realizaciones, cada pocillo puede comprender cebadores para dos, tres, cuatro, cinco o seis genes diferentes, por ejemplo, utilizando cebadores marcados con diferentes colores. En algunas realizaciones, al menos un pocillo comprende al menos un cebador para determinar los niveles de transcripción de ARN de uno o más genes de referencia. En algunas realizaciones, el gen de referencia comprende el gen GUS. En otras realizaciones, el gen de referencia comprende uno o más de GUS, AAMP, ARF1, ATP5E, CLTC, GPS1 y PGK1. En algunas realizaciones, los cebadores contenidos en el cartucho comprenden cebadores para determinar los niveles de transcritos de ARN de un conjunto de genes que consiste en BGN, COL1A1, SFRP4, TPX2, AZGP1, FAM13C, KLK2, SRD5A2, FLNC, GSN, GSTM2 y TPM2 y de uno o más genes de referencia. En algunas realizaciones, el cartucho comprende además reactivos de amplificación como tampones, trifosfatos de nucleótidos (por ej., dATP, dCTP, dGTP y dTTP; o rATP, rCTP, rGTP y UTP), transcriptasa inversa, ADN polimerasa y/o ARN polimerasa. En algunas realizaciones, el cartucho forma parte de un sistema que comprende uno o más componentes que introducen estos reactivos en los pocillos del cartucho. En algunas realizaciones, el ARN se extrae de la muestra y el ARN extraído se aplica al cartucho. En otras realizaciones, no se necesita ningún paso de extracción y la muestra se aplica directamente al cartucho. Los cartuchos de muestra y los sistemas asociados que pueden utilizarse para determinar los niveles de transcripción de ARN en este documento se describen en la publicación internacional N° WO2006/136990 y su patente estadounidense asociada, N° 9.568.424.
En algunas realizaciones, el cartucho comprende al menos un pocillo que comprende cebadores donde se realiza el termociclaje, así como uno o más pocillos para introducir, lisar y/o lavar la muestra. En algunas realizaciones, la estructura general del cartucho también comprende bombas, válvulas, pocillos de proceso y depósitos de fluidos y residuos, lo que permite llevar a cabo el tratamiento de la muestra y las reacciones de RT-PCR y la detección asociada de los niveles de transcripción de ARN de genes particulares en el cartucho.
En algunas realizaciones que utilizan un sistema de cartucho, el sistema es capaz de determinar los niveles de transcripción de ARN utilizando el ARN de la muestra y los cebadores y reactivos comprendidos en el cartucho, y el sistema también incluye un software capaz de determinar los niveles de transcripción de ARN normalizados asociados y calcular cualquier puntuación cuantitativa asociada, como una puntuación GPS. En algunas realizaciones, el sistema es capaz de determinar además si el paciente tiene un riesgo bajo, medio o alto de resultado clínico adverso, como el riesgo de recurrencia clínica (CR), recurrencia bioquímica (BCR), metástasis a distancia (Mets) y muerte por cáncer de próstata (PCD), emplazando la puntuación cuantitativa del paciente (por ej., la puntuación GPS) en el rango de riesgo bajo, medio o alto apropiado, como se describe en este documento. En algunas realizaciones, el sistema también es capaz de crear un informe que proporcione la puntuación cuantitativa del paciente.
Informes
Los métodos de esta invención, cuando se practican con fines de diagnóstico comercial, generalmente producen un informe o resumen de la información obtenida a partir de los métodos aquí descritos. Por ejemplo, un informe puede incluir información relativa a los niveles de expresión de uno o más genes, el resultado de la GPS, la comparación del resultado de la GPS con determinados umbrales o puntos de corte y/o con la puntuación media de los pacientes de próstata, así como otra información sobre el paciente, como las directrices AUA o NCCN u otro grupo de riesgo reconocido, y la información utilizada para emplazar al paciente en dicho grupo de riesgo, como el nivel de PSA, la puntuación de Gleason, etc. Los métodos e informes de esta invención pueden incluir además el almacenamiento del informe en una base de datos. El método puede crear un registro en una base de datos para el sujeto y rellenar el registro con datos. El informe puede ser un informe en papel, un informe de audio o un registro electrónico. El informe puede mostrarse y/o almacenarse en un dispositivo informático (por ej., un dispositivo portátil, un ordenador de sobremesa, un dispositivo inteligente, un sitio web, etc.). Se contempla que el informe se proporcione a un médico y/o al paciente. La recepción del informe puede incluir además el establecimiento de una conexión de red con un ordenador servidor que incluye los datos y el informe y la solicitud de los datos y el informe al ordenador servidor.
Programa informático
Los valores de los ensayos descritos más arriba, como los datos de expresión, pueden ser calculados y almacenados de forma manual. Alternativamente, los pasos descritos anteriormente pueden ser realizados total o parcialmente por un producto de programa informático. La presente invención proporciona un producto de programa informático que incluye un medio de almacenamiento legible por ordenador que tiene un programa informático almacenado en su interior. El programa puede, cuando se lee mediante un ordenador, ejecutar cálculos relevantes basados en valores obtenidos del análisis de una o más muestras biológicas de un individuo (por ej., niveles de expresión genética, normalización, estandarización, umbralización y conversión de valores de ensayos a una puntuación y/o representación en forma de texto o gráfica del estadio del tumor y la información relacionada). El producto de programa informático tiene almacenado un programa informático para realizar el cálculo.
La presente divulgación proporciona sistemas para ejecutar el programa descrito antes, cuyo sistema generalmente incluye: a) un entorno informático central; b) un dispositivo de entrada, conectado operativamente al entorno informático, para recibir datos del paciente, donde los datos del paciente pueden incluir, por ejemplo, el nivel de expresión u otro valor obtenido de un ensayo utilizando una muestra biológica del paciente, o datos de microarrays, como se ha descrito en detalle anteriormente; c) un dispositivo de salida, conectado al entorno informático, para proporcionar información a un usuario (por ej., personal médico); y d) un algoritmo ejecutado por el entorno informático central (por ej., un procesador), en el que el algoritmo se ejecuta en base a los datos recibidos por el dispositivo de entrada, y en el que el algoritmo calcula una puntuación de expresión, un umbral u otras funciones descritas aquí. Los métodos proporcionados por la presente invención también pueden ser automatizados en su totalidad o en parte.
Habiendo descrito la invención, la misma se entenderá más fácilmente mediante la referencia a los siguientes Ejemplos, que se proporcionan a modo de ilustración, y no pretenden limitar la invención de ningún modo.
Ejemplos
Ejemplo 1: Riesgo de Recurrencia Clínica (CR) y Muerte por Cáncer de Próstata (PCD) asociado con un resultado de GPS < 20
Se analizaron dos grandes cohortes longitudinales de cáncer de próstata para estimar el riesgo de CR y PCD para GPS < o > 20 unidades en una escala de 0 a 100. Los datos de paciente de E. Klein et al., Eur Urol 66: 550-560 (2014) y J. Cullen, et al., Eur Urol 68: 123-131 (2015) fueron analizados para establecer el riesgo de CR ad PCD asociado a un punto de corte de GPS preestablecido de 20. Ver E. Klein et al., Eur Urol 66: 550 560 (2014), Tabla 1, y J. Cullen, et al., Eur Urol 68: 123-131 (2015), Tabla 1, para más detalles sobre las características basales de los pacientes de este estudio.
Los pacientes se dividieron en función del valor de la GPS (ya sea < 20 o > 20). Los análisis de regresión de Cox tuvieron en cuenta los pesos de muestreo de la cohorte. Dado que la GPS se elaboró utilizando los cocientes de riesgos estandarizados de Klein (std HR, HR para 1 cambio de desviación estándar (SD) en la
covariable) para GPS y las curvas de supervivencia de CR y PCD para los 2 grupos se estimaron corrigiendo la regresión en la media (RM).
De los 402 pacientes de Cullen (media de seguimiento de 5,2 años), solo 5 pacientes desarrollaron metástasis y los 5 tenían una GPS > 20. De los 426 pacientes de Klein, con una media de seguimiento de 6,6 años, hubo 109 CR (incluyendo tanto metástasis a distancia como recurrencias locales) y 39 PCD, pero solo uno de estos pacientes tenía una GPS < 20. Comparativamente, el 28% de los pacientes de Klein tenían una GPS < 20. La GPS fue un predictor significativo tanto para CR (HR estándar 2,50 (Ci 95% 1,99, 3,15, p < 50 0,001, HR estándar corregido por RM 2,16, FDR < 0,1%) como para PCD (HR estándar 2,90 (CI 95% 2,06, 4,06, p < 0,001, HR estándar corregido por RM 1,96, FDR < 0,1%) tras el ajuste por grupo de riesgo de AUA. Como se muestra en la tabla siguiente, los hombres con cáncer de próstata de riesgo medio (AUA) y un resultado de GPS de < 20 tienen un riesgo corregido por RM de 2,6% y 0,7% a 10 años de CR y PCD, respectivamente. Los hombres con un cáncer de próstata de riesgo medio (AUA) y un resultado de GPS de > 20 tienen mayores riesgos estimados a 10 años corregidos por RM de CR y PCD. Estos resultados sugieren que los hombres en los grupos de riesgo muy bajo, bajo o medio de NCCN y un resultado de GPS < 20 pueden ser candidatos adecuados para la vigilancia activa en lugar de un tratamiento definitivo inmediato.
Tabla 1
Ejemplo 2: Resultados de GPS de < 40 y > 40 y Riesgo de Metástasis a Distancia y Muerte por Cáncer de Próstata en Pacientes con Cáncer de Próstata
Se eligió una selección inicial de 259 pacientes de un gran sistema de salud de EE.UU de 1995 a 2010 integrado basado en la comunidad de 6184 pacientes con cáncer de próstata con riesgo NCCN de muy bajo a alto. Específicamente, de entre 6.184 pacientes elegibles, se seleccionaron 404 en base a un esquema de muestreo de cohortes preespecificado, entre ellos, de 334 pacientes se disponía de tejidos de biopsia disponibles. Se excluyeron 14 (4%) por inelegibilidad clínica, 41 (12%) por tumor insuficiente o tipo de tumor incorrecto. De los 279 restantes, se obtuvieron resultados de GPS válidos para 259 (93%) pacientes, lo que representa la población evaluable final. Los 259 pacientes incluyeron 5 en el grupo de riesgo muy bajo, 35 en el grupo de riesgo bajo, 160 en el grupo de riesgo medio y 57 en el grupo de riesgo alto. La siguiente tabla proporciona las características de los 259 pacientes evaluables.
Tabla 2
( Continuación )
Los 259 pacientes evaluables incluyeron 79 (proporción ponderada = 8,8 %) con metástasis a distancia y 180 sin metástasis. Los 259 pacientes evaluables incluyeron 64 PCD (proporciones ponderadas 0,8%) y 195 sin PCD.
Se determinaron las estimaciones de metástasis a distancia (Mets) y muerte por cáncer de próstata (PCD) a diez años para cada uno de los grupos de riesgo de pacientes y se obtuvieron los resultados de la GPS. (Ver Figs. 1A-1B y 2A-2B para los detalles.) La GPS media para los 259 pacientes fue de 31 y la puntuación media fue de 28, como se muestra en la siguiente tabla.
Tabla 3
Para el grupo de riesgo bajo y muy bajo de 40 pacientes, la puntuación media fue de 22, para el grupo riesgo medio de 160 pacientes, la media fue de 29, y para el grupo de riesgo alto de 57 pacientes, la media fue de 43. En un análisis de multivariantes (MVA) considerando la GPS frente a la puntuación de Gleason, el grupo de riesgo de NCCN, el grupo de riesgo de AUA o la puntuación Capra, se halló que la GPS se asociaba significativamente con el riesgo a 10 años de Mets (metástasis a distancia) y PCD con valores p de < 0,001 a 0,007. Ver las tablas abajo para los detalles. Ver también Fig. 3.
Tabla 4: Asociación de GPS Factores Clínicos con Mets, la GPS es significativa en todos los MVA (análisis de multivariantes)
Biop. 0,010 <=6 
( Continuación )
Tabla 5: Asociación de GPS con PCD en el modelo multivariables, la GPS es significativa además de los nomogramas clínicos
El resultado de la GPS también se mantuvo significativamente asociado a PCD (valor p = 0,004) en un modelo multivariantes ajustando factores clínicos como la edad en el momento del diagnóstico, la puntuación de Gleason, el nivel de PSA en el momento del diagnóstico y el porcentaje de núcleos de biopsia positivos. Ver la tabla abajo para los detalles.
Tabla 6: Asociación de GPS con PCD en el modelo multivariables
Además, el análisis de los datos de los 160 pacientes de riesgo medio de NCCN mostró que los pacientes con un resultado de GPS de > 40 (24%) tenían un riesgo de metástasis a 5 años similar al de los pacientes de riesgo alto. Específicamente, el 84% de estos pacientes estaban libres de metástasis a los 5 años, mientras que el 85% de los pacientes de riesgo alto, independientemente del resultado de GPS, estaban libres de metástasis a los 5 años, y el 97% de los pacientes de riesgo medio con un resultado de GPS de < 40 estaban libres de metástasis a los 5 años. Además, los pacientes de riesgo alto de NCCN con una GPS < 40 (el 41% del grupo de riesgo alto estudiado) tenían un riesgo de metástasis a distancia a los 5 años similar al de los pacientes de riesgo medio clínicamente. Específicamente, se estimó que esos pacientes estaban libres de metástasis en un 96% a los 5 años, mientras que todos los pacientes de riesgo medio estaban libres de metástasis en un 94% a los 5 años. Por el contrario, los pacientes de riesgo alto con una GPS > 40 solo estaban libres de metástasis en un 59% a los 5 años.
Las puntuaciones individuales de los grupos de genes (respuesta estromal, organización celular, señalización de andrógenos y proliferación) también se determinaron y analizaron frente a la aparición de Mets y PCD. Ver la Fig. 5: las puntuaciones de los grupos de genes y la aparición de Mets y PCD sigue siendo la esperada en base a las asociaciones de las puntuaciones de los grupos de genes con otras variables como CR.
En general, los resultados demuestran que la GPS es un predictor significativo del riesgo de metástasis y PCD tras una prostatectomía radical para los pacientes con cáncer de próstata de riesgo clínico bajo, medio y alto, que la asociación entre la GPS y el tiempo hasta la metástasis y PCD sigue siendo significativa después de ajustar las covariables clínicas y patológicas, incluyendo los grupos de riesgo clínico de NCCN, AUA y CAPRA, y que la GPS añade información pronóstica más allá de los factores pronósticos clinicopatológicos convencionales y mejora la estratificación del riesgo en el momento del diagnóstico. Además, dentro del grupo de riesgo medio de NCCN, la GPS fue un predictor significativo de los resultados. En particular, aquellos con un resultado de GPS superior a 40 tenían un riesgo de metástasis a distancia a 5 años similar al de los pacientes de riesgo alto clínicamente. Como resultado, estos pacientes del grupo de riesgo medio con GPS > 40 pueden ser candidatos adecuados para un tratamiento más intensificado, como un tratamiento multimodal.
La correlación entre la GPS y la recurrencia bioquímica (BCR) también se estudió en este grupo de pacientes. Para los fines del estudio, un evento de BCR después de la cirugía se definió de acuerdo con la directriz AUA de 2007 como (1) un nivel de PSA posterior a la cirugía de > 0,2 ng/mL con un nivel de PSA confirmatorio sucesivo de > 0,2 ng/mL, donde la fecha de BCR es la primera fecha de PSA; o (2) el inicio de radiación de rescate o terapia hormonal después de un nivel de PSA en aumento > 0,1 ng/mL, donde la fecha de BCR es la fecha de la terapia de rescate. El estudio encontró una asociación significativa entre el valor de la GPS por 20 unidades y la BCR (HR 2,50; HR 95% C11,62, 3,85, Wald Chisq 17,00; valor p Wald < 0,0001) en los 259 pacientes estudiados en un modelo univariante.
Tabla 7: Asociación de factores clínicos con la BCR
nomogramas clínicos
Tabla 9: Asociación de la GPS con la BCR en el modelo multivariables
La asociación siguió siendo significativa (p < 0,001) en un modelo multivariante considerando las puntuaciones de NCCN, AUA y Capra, así como el resultado de la GPS. Ver Tabla 4 para los detalles. La asociación también siguió siendo significativa tras ajustar por factores como el estadio Tc, la puntuación de Gleason y el PSA en el momento del diagnóstico. Ver Tabla 5 para los detalles.
Ejemplo 3: Resultados de la GPS de < 40 y > 40 y Riesgo de Recurrencia Clínica (CR) y Recurrencia Bioquímica (BCR) en Pacientes con Cáncer de Próstata
En dos estudios más, los datos del paciente de E. Klein et al., Eur Urol 66: 550-560 (2014) y J. Cullen, et al., Eur Urol 68: 123-131 (2015) se analizaron para considerar cómo un resultado de GPS por encima o por debajo de 40 se correlaciona con BCR y CR en pacientes de riesgo medio. Ver también E. Klein et al., Eur Urol 66: 550-560 (2014), Tabla 1, y J. Cullen, et al., Eur Urol 68: 123-131 (2015), Tabla 1, para más detalles sobre las características basales de los pacientes en estos estudios.
Un estudio de pacientes con cáncer de próstata de una base de datos de la Clínica Cleveland (CC) descrito en E. Klein et al., Eur Urol 66: 550-560 (2014) demostró que los pacientes del grupo de riesgo medio de AUA con GPS < 40 tenían un riesgo estimado de recurrencia clínica (CR) corregido por RM a los 10 años del 4,7%, mientras que los pacientes de riesgo medio de AUA con GPS > 40 tenían un riesgo estimado de CR corregido por RM a los 10 años del 16,9%. Los pacientes del grupo de riesgo alto de AUA tenían un riesgo estimado de CR corregido por RM a los 10 años del 18,2%, independientemente del resultado de la GPS. Por tanto, los grupos de riesgo medio y alto de GPS tuvieron riesgos similares de CR a los 10 años.
Los pacientes del grupo de riesgo medio de AUA con GPS <40 también tenían un riesgo estimado de recurrencia bioquímica (BCR) corregido por RM (umbral de PSA de 0,2) a los 3 años del 15,7% y a los 5 años
del 23,6%, mientras que los pacientes de riesgo medio de AUA con GPS > 40 tenían un riesgo estimado de BCR corregido por r M a los 3 años del 33,5% y a los 5 años del 47,1%. Los pacientes del grupo de riesgo alto de AUA tenían un riesgo estimado de BCR corregido por RM a los 3 años del 32,9% y a los 5 años del 45,4%, independientemente del resultado de la GPS. De nuevo, los grupos de riesgo medio y alto de GPS tuvieron riesgos similares de BCR a los 3 y 5 años.
En un análisis similar de pacientes de un estudio de la base de datos del Center for Prostate Disease Research (CPDR) descrito en J. Cullen, et al., Eur Urol 68: 123-131 (2015), se evaluó un grupo de 139 pacientes de riesgo medio de NCCN para considerar el resultado de la GPS frente al riesgo de BCR a 3 o 5 años. Los pacientes de riesgo medio con una GPS de < 40 (61 % de los pacientes) tenían un riesgo de BCR a 3 años (umbral de PSA de 0,2) del 8,0 % y un riesgo de BCR a 5 años del 16,1 %. Por el contrario, los que tenían un PSA > 40 tenían un riesgo de BCR a 3 años del 27,4 % y un riesgo de BCR a 5 años del 36,0 %. Estos resultados son similares a los de los pacientes del estudio CC/Klein.
Claims (15)
1.Un método para asignar un riesgo relativo de resultado clínico adverso en un paciente con cáncer de próstata, que comprende:
(a) medir, en una muestra biológica que contiene células cancerosas obtenidas del paciente, los niveles de transcritos de ARN de los siguientes genes: BGN, COL1A1, SFRP4, FLNC, GSN, TPM2, GSTM2, FAM13C, KLK2, AZGP1, SRD5A2, y TPX2;
(b) normalizar los niveles de transcritos de ARN de los genes para obtener niveles de expresión génica normalizados;
(c) calcular una puntuación cuantitativa (QS) para el paciente, en la que la puntuación cuantitativa se calcula como sigue, donde los símbolos de los genes que aparecen abajo representan los niveles de expresión génica normalizados para cada gen respectivo:
(i) calcular una puntuación cuantitativa no sellada (QSu) como sigue:
QSu = 0,735*Puntuación del grupo de respuesta estromal -0,368* Puntuación del grupo de organización celular -0,352* Puntuación del grupo de andrógenos 0,095* Puntuación del grupo de proliferación
Donde:
La puntuación del grupo de respuesta estromal = 0,527*BGN 0,457*COL1A1 0,156*SFRP4
La puntuación del grupo de organización celular = 0,163*FLNC 0,504*GSN 0,421TPM2 0,394*GSTM2 La puntuación del grupo de andrógenos = 0,634*FAM13C 1079*KLK2 0,642*AZGP1 0,997*SRD5A2 La puntuación del grupo de proliferación = TPX2 Thresh
donde el SRD5A2 Thresh y el TPX2 Thresh se calculan a través de un umbral de la siguiente manera:
SRD5A2 Thresh = 
sí SRD5A2 < 5-5
en caso contrario
TPX2 Thresh = { ^ J -0 sí TPX2 < 5-0
en caso contrario
0 si 13-4 x (QSu+ 10-5) < 0
QS(escalada) = {13-4 x (GPSu 10-5) si 0 < 13-4 x (QSu 10-5) < 100
100 si 13-4 X (QSu 10-5) > 100
(d) asignar al paciente a un grupo de puntuación cuantitativa, donde (i) el paciente se asigna a un grupo de puntuación inferior si la QS del paciente es < a un umbral de 18, 19, 20, 21, o 22; y (ii) el paciente se asigna a un grupo de puntuación alta si la QS del paciente es > a un umbral de 38, 39, 40, 41, o 42 y (iii) el paciente es asignado a un grupo de puntuación media si la QS del paciente es > a un umbral de 18, 19, 20, 21, o 22 y si el paciente no se encuentra dentro del grupo de puntuación alta.
2. El método de la reivindicación 1 comprende además: (e) predecir una probabilidad de resultado clínico adverso para el paciente basándose en el grupo de puntuación del paciente, donde un grupo de puntuación más baja indica un menor riesgo de resultado clínico adverso que un grupo de puntuación alta.
3. El método de la reivindicación 1 o 2, donde, en la parte(d), el paciente se asigna a un grupo de puntuación alta si la QS del paciente es>40, preferentemente donde el paciente se asigna a un grupo de puntuación alta si la QS del paciente es > 40.
4. El método de la reivindicación 1 o 2, donde, para un paciente en el grupo de puntuación inferior de la parte (d)(i), el paciente se asigna a un grupo de puntuación baja si la QS del paciente es < 20 y se asigna a un grupo de puntuación media si la QS del paciente es > 20 y si el paciente no está dentro del grupo de puntuación alta.
5. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-4, donde el paciente es un paciente de riesgo bajo o muy bajo, medio o alto, preferentemente donde el paciente es un paciente de riesgo bajo o muy bajo, medio o alto según una o ambas clasificaciones de la AUA o NCCN.
6. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, donde el método comprende además proporcionar un informe que proporciona la puntuación cuantitativa del paciente y grupo de puntuación.
7. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-6, donde los niveles de transcritos de ARN se normalizan frente a al menos un gen de referencia elegido entre ARF1, ATP5E, CLTC, GPS1 y PGK1.
8. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-7, donde la muestra biológica es una muestra fresca, congelada o una muestra fijada y sumergida en parafina.
9. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, donde los niveles de transcritos de ARN se determinan utilizando la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) cuantitativa.
10. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-9, donde el método comprende además determinar el tratamiento para el paciente en base al grupo de puntuación cuantitativa del paciente.
11. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-10, donde el resultado clínico adverso es uno o más de los siguientes: recurrencia clínica (CR), recurrencia bioquímica (BCR), metástasis a distancia (Mets) o muerte por cáncer de próstata (PCD).
12. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-11, donde el paciente es un paciente de riesgo medio y donde, si el paciente está en el grupo de puntuación alta, se reclasifica al paciente como paciente de riesgo alto, y opcionalmente, si el paciente está en el grupo de puntuación más baja, se mantiene la clasificación del paciente como paciente de riesgo medio.
13. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-12, comprendiendo además, determinar el tratamiento para el paciente en base al grupo de puntuación cuantitativa del paciente, donde si el paciente está en el grupo de puntuación alta, determinar que el paciente sea tratado con terapia multimodal o con terapia estándar para un paciente de riesgo alto o, particularmente donde la terapia multimodal comprende (a) la administración de al menos un agente de terapia hormonal (b) la administración de al menos un agente de inmunoterapia, y/o (c) la administración de al menos un agente de quimioterapia.
14. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-12, donde, si el paciente está en el grupo de puntuación baja, se gestiona al paciente con vigilancia activa.
15. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-12, que comprende además, determinar el tratamiento de un paciente con cáncer de próstata de riesgo medio, donde si el paciente está en el grupo de puntuación alta, determinar que el paciente sea tratado con terapia multimodal, en particular donde la terapia multimodal comprende (a) la administración de al menos un agente de terapia hormonal (b) la administración de al menos un agente de inmunoterapia, y/o (c) la administración de al menos un agente de quimioterapia.
Applications Claiming Priority (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201762458474P | 2017-02-13 | 2017-02-13 | |
| US201762473204P | 2017-03-17 | 2017-03-17 | |
| US201762578622P | 2017-10-30 | 2017-10-30 | |
| PCT/US2018/017790 WO2018148642A1 (en) | 2017-02-13 | 2018-02-12 | Algorithms and methods for assessing late clinical endpoints in prostate cancer |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| ES2914727T3 true ES2914727T3 (es) | 2022-06-15 |
Family
ID=61283339
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| ES18707504T Active ES2914727T3 (es) | 2017-02-13 | 2018-02-12 | Algoritmos y métodos para evaluar los criterios clínicos tardíos en el cáncer de próstata |
Country Status (14)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20200040400A1 (es) |
| EP (1) | EP3580357B1 (es) |
| JP (1) | JP7239477B2 (es) |
| KR (1) | KR102376220B1 (es) |
| CN (1) | CN110291206A (es) |
| AU (1) | AU2018219354B2 (es) |
| BR (1) | BR112019016652A2 (es) |
| CA (1) | CA3049844C (es) |
| CO (1) | CO2019008649A2 (es) |
| ES (1) | ES2914727T3 (es) |
| IL (1) | IL267911B2 (es) |
| MX (1) | MX2019009027A (es) |
| SG (2) | SG10201912097QA (es) |
| WO (1) | WO2018148642A1 (es) |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2019221930A1 (en) * | 2018-05-16 | 2019-11-21 | Opko Diagnostics, Llc | Methods for detecting prostate cancer pathology associated with adverse outcomes |
| CN109306867B (zh) * | 2018-11-19 | 2022-04-05 | 中国石油天然气股份有限公司 | 一种冲积扇沉积储层构型单元自动识别方法 |
| WO2021213494A1 (en) | 2020-04-23 | 2021-10-28 | YatHing Biotechnology Company Limited | Methods related to the diagnosis of prostate cancer |
| KR102497196B1 (ko) | 2020-09-08 | 2023-02-07 | (주)유로테크 | 전립선암 진단 점수 계산 방법 및 그 용도 |
Family Cites Families (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US7587279B2 (en) | 2004-07-06 | 2009-09-08 | Genomic Health | Method for quantitative PCR data analysis system (QDAS) |
| US20080275652A1 (en) * | 2005-05-13 | 2008-11-06 | Universite Libre De Bruxelles | Gene-based algorithmic cancer prognosis |
| EP1896180B1 (en) | 2005-06-23 | 2011-11-23 | Biocartis SA | Cartridge, system and method for automated medical diagnostics |
| EP2407554A1 (en) * | 2010-07-14 | 2012-01-18 | Fundacio Institut de Recerca de l'Hospital Universitari Vall d'Hebron | Methods and kits for the diagnosis of prostate cancer |
| EP3739595A3 (en) | 2012-01-31 | 2021-01-27 | Genomic Health, Inc. | Gene expression profile algorithm and test for determining prognosis of prostate cancer |
| US9200328B1 (en) * | 2012-03-14 | 2015-12-01 | New York University | Methods and kits for diagnosing the prognosis of cancer patients |
| DK3303618T3 (da) * | 2015-05-29 | 2019-12-16 | Koninklijke Philips Nv | Fremgangsmåder til prognose af prostatacancer |
-
2018
- 2018-02-12 MX MX2019009027A patent/MX2019009027A/es unknown
- 2018-02-12 CA CA3049844A patent/CA3049844C/en active Active
- 2018-02-12 BR BR112019016652-1A patent/BR112019016652A2/pt unknown
- 2018-02-12 AU AU2018219354A patent/AU2018219354B2/en active Active
- 2018-02-12 ES ES18707504T patent/ES2914727T3/es active Active
- 2018-02-12 SG SG10201912097QA patent/SG10201912097QA/en unknown
- 2018-02-12 JP JP2019542696A patent/JP7239477B2/ja active Active
- 2018-02-12 CN CN201880011757.7A patent/CN110291206A/zh active Pending
- 2018-02-12 KR KR1020197023192A patent/KR102376220B1/ko active IP Right Grant
- 2018-02-12 SG SG11201906318WA patent/SG11201906318WA/en unknown
- 2018-02-12 EP EP18707504.9A patent/EP3580357B1/en active Active
- 2018-02-12 WO PCT/US2018/017790 patent/WO2018148642A1/en unknown
- 2018-02-12 US US16/485,203 patent/US20200040400A1/en active Pending
-
2019
- 2019-07-08 IL IL267911A patent/IL267911B2/en unknown
- 2019-08-09 CO CO2019008649A patent/CO2019008649A2/es unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP2020507320A (ja) | 2020-03-12 |
| BR112019016652A2 (pt) | 2020-03-31 |
| CO2019008649A2 (es) | 2019-10-31 |
| EP3580357A1 (en) | 2019-12-18 |
| SG10201912097QA (en) | 2020-02-27 |
| WO2018148642A1 (en) | 2018-08-16 |
| SG11201906318WA (en) | 2019-08-27 |
| IL267911A (en) | 2019-09-26 |
| KR102376220B1 (ko) | 2022-03-21 |
| JP7239477B2 (ja) | 2023-03-14 |
| MX2019009027A (es) | 2020-01-27 |
| US20200040400A1 (en) | 2020-02-06 |
| IL267911B1 (en) | 2023-04-01 |
| IL267911B2 (en) | 2023-08-01 |
| CN110291206A (zh) | 2019-09-27 |
| EP3580357B1 (en) | 2022-04-27 |
| AU2018219354B2 (en) | 2024-06-27 |
| CA3049844A1 (en) | 2018-08-16 |
| CA3049844C (en) | 2022-06-28 |
| KR20190113814A (ko) | 2019-10-08 |
| AU2018219354A1 (en) | 2019-07-25 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP7042784B2 (ja) | 遺伝子発現を用いた前立腺癌の予後を定量化する方法 | |
| ES2812105T3 (es) | Algoritmo y evaluación del perfil de expresión génica para determinar el pronóstico del cáncer de próstata | |
| ES2735993T3 (es) | Métodos para predecir el resultado clínico del cáncer | |
| JP2016104014A (ja) | 結腸直腸癌の再発および化学療法に対する応答の可能性における遺伝子発現プロファイルアルゴリズムおよび試験 | |
| ES2914727T3 (es) | Algoritmos y métodos para evaluar los criterios clínicos tardíos en el cáncer de próstata | |
| JP2007532113A (ja) | 化学療法剤に対する応答を予測するための遺伝子発現マーカー | |
| ES2829415T3 (es) | Algoritmo de perfil de expresión génica para calcular una puntuación de recurrencia para un paciente con cáncer de riñón | |
| AU2017268510A1 (en) | Method for using gene expression to determine prognosis of prostate cancer | |
| US20110287958A1 (en) | Method for Using Gene Expression to Determine Colorectal Tumor Stage |