ES2586683T3 - Grupo protector novedoso para sintetizar ARN y derivados del mismo - Google Patents

Grupo protector novedoso para sintetizar ARN y derivados del mismo Download PDF

Info

Publication number
ES2586683T3
ES2586683T3 ES10817185.1T ES10817185T ES2586683T3 ES 2586683 T3 ES2586683 T3 ES 2586683T3 ES 10817185 T ES10817185 T ES 10817185T ES 2586683 T3 ES2586683 T3 ES 2586683T3
Authority
ES
Spain
Prior art keywords
group
ribonucleotide
compound
ribonucleoside
derivative
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
ES10817185.1T
Other languages
English (en)
Inventor
Takeshi Wada
Mamoru Shimizu
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Wave Life Sciences Japan Inc
Original Assignee
Wave Life Sciences Japan Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Wave Life Sciences Japan Inc filed Critical Wave Life Sciences Japan Inc
Application granted granted Critical
Publication of ES2586683T3 publication Critical patent/ES2586683T3/es
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
    • C07F9/02—Phosphorus compounds
    • C07F9/547—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/6558—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing at least two different or differently substituted hetero rings neither condensed among themselves nor condensed with a common carbocyclic ring or ring system
    • C07F9/65586—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing at least two different or differently substituted hetero rings neither condensed among themselves nor condensed with a common carbocyclic ring or ring system at least one of the hetero rings does not contain nitrogen as ring hetero atom
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
    • C07F9/02—Phosphorus compounds
    • C07F9/547—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/6561—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing systems of two or more relevant hetero rings condensed among themselves or condensed with a common carbocyclic ring or ring system, with or without other non-condensed hetero rings
    • C07F9/65616—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing systems of two or more relevant hetero rings condensed among themselves or condensed with a common carbocyclic ring or ring system, with or without other non-condensed hetero rings containing the ring system having three or more than three double bonds between ring members or between ring members and non-ring members, e.g. purine or analogs
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
    • C07F9/02—Phosphorus compounds
    • C07F9/547—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/6564—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having phosphorus atoms, with or without nitrogen, oxygen, sulfur, selenium or tellurium atoms, as ring hetero atoms
    • C07F9/6581—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having phosphorus atoms, with or without nitrogen, oxygen, sulfur, selenium or tellurium atoms, as ring hetero atoms having phosphorus and nitrogen atoms with or without oxygen or sulfur atoms, as ring hetero atoms
    • C07F9/6584—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having phosphorus atoms, with or without nitrogen, oxygen, sulfur, selenium or tellurium atoms, as ring hetero atoms having phosphorus and nitrogen atoms with or without oxygen or sulfur atoms, as ring hetero atoms having one phosphorus atom as ring hetero atom
    • C07F9/65842—Cyclic amide derivatives of acids of phosphorus, in which one nitrogen atom belongs to the ring
    • C07F9/65844—Cyclic amide derivatives of acids of phosphorus, in which one nitrogen atom belongs to the ring the phosphorus atom being part of a five-membered ring which may be condensed with another ring system
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/06—Pyrimidine radicals
    • C07H19/067—Pyrimidine radicals with ribosyl as the saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/16—Purine radicals
    • C07H19/167—Purine radicals with ribosyl as the saccharide radical
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
    • Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
    • Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
    • Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)

Abstract

Ribonucleósido o ribonucleótido, o un derivado del mismo, en el que el átomo de oxígeno del grupo 2'- hidroxilo está protegido con un grupo protector, en el que el grupo protector se representa por la siguiente fórmula general (I):**Fórmula** en la que, el átomo de oxígeno unido con * representa un átomo de oxígeno del grupo 2'-hidroxilo de un ribonucleósido, o un ribonucleótido o un derivado del mismo; R1 y R2 representan ambos un átomo de hidrógeno, R3 y R4 representan un átomo de hidrógeno, y R5 y R6 representan independientemente un grupo alquilo C1-6 fluorosustituido, en el que el derivado es un ribonucleósido protegido, un ribonucleótido protegido, un oligonucleótido, un compuesto ribonucleotídico reactivo usado para la síntesis de oligonucleótidos, o un compuesto nucleotídico o compuesto oligonucleotídico inmovilizado en una fase sólida y protegido con uno o más grupos protectores.

Description

5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
DESCRIPCION
Grupo protector novedoso para sintetizar ARN y derivados del mismo Campo tecnico
La presente invencion se refiere a un ribonucleosido o un ribonucleotido, o un derivado del mismo, en el que el atomo de ox^geno del grupo 2'-hidroxilo esta protegido con un grupo protector.
Tecnica anterior
Los acidos oligorribonucleicos tienen una variedad de utilidades tales como aplicabilidad como principios activos de medicamentos para controlar la expresion de genes incluyendo ARN antisentido e iARN, asf como aplicabilidad como sondas de ARN para analisis de genes. Los acidos oligorribonucleicos pueden prepararse generalmente mediante el metodo de smtesis en fase solida usando un compuesto de fosforoamidita (J. Am. Chem. Soc., 109, 7845, 1987). Sin embargo, puesto que la p-D-ribosa del ribonucleotido que constituye el acido ribonucleico tiene un grupo hidroxilo en la posicion 2 (en la memoria descriptiva, este grupo hidroxilo se denomina “grupo 2'-hidroxilo” para ribonucleotidos y derivados de los mismos, asf como para ribonucleosidos y derivados de los mismos), la produccion de acidos oligorribonucleicos basados en el metodo de smtesis en fase solida tiene el problema de que el rendimiento de produccion esta significativamente influido por el tipo de grupo protector para este grupo 2'- hidroxilo, a diferencia de los metodos para producir acidos desoxirribonucleicos (ADN).
Como grupos protectores del grupo 2'-hidroxilo usados para la preparacion de acido oligorribonucleico, se conocen grupos protectores de tipo sililo tales como grupo terc-butildimetilsililo (TBDMS) y grupo triisopropilsililo (TIPS) descritos en la publicacion mencionada anteriormente (J. Am. Chem. Soc., 109, 7845, 1987). En particular, puesto que puede retirarse TBDMS mediante tratamiento con iones fluoruro en condiciones neutras, el grupo protector se ha usado ampliamente en la preparacion de acidos oligorribonucleicos. Sin embargo, cuando se usa TBDMS como un grupo protector del grupo 2'-hidroxilo, TBDMS puede translocarse a un grupo 3'-hidroxilo en el momento de la fosforoamidacion del grupo 3'-hidroxilo. Ademas, puesto que el grupo TBDMS es tridimensionalmente voluminoso, el grupo tambien tiene un problema de eficacia reducida de reaccion de condensacion para generar un enlace nucleotfdico debido a un impedimento esterico.
Tambien se conoce que el uso del grupo 1-(2-cianoetoxi)etilo (CEE) proporcionado como un grupo protector de tipo acetal (Helvetica Chimica Acta, 81, 1545, 1998; Tetrahedron Lett., 45, 9529, 2004) como grupo protector del grupo 2'-hidroxilo logra una preparacion de acidos oligorribonucleicos eficaz (publicacion de patente internacional WO2005/23828). Sin embargo, tambien se conoce que un grupo protector de tipo acetal es generalmente inestable a los acidos, por tanto no puede asegurarse suficiente estabilidad para la smtesis de cadenas largas, y el acrilonitrilo producido en el sistema de reaccion en el momento de la desproteccion produce una reaccion secundaria con los restos de nucleobase. Ademas, puesto que este grupo protector tiene un centro asimetrico, el grupo tambien tiene el problema de que un producto de reaccion se convierte en una mezcla de diastereomeros tras la introduccion del grupo protector, y por tanto se vuelve diffcil la identificacion del compuesto objetivo.
Con el fin de resolver los problemas anteriores, se ha propuesto un grupo protector representado por -CH2-O-CH2- CH2-WG1 como grupo protector del grupo 2'-hidroxilo usado en la preparacion de acidos oligorribonucleicos (publicacion de patente internacional WO2006/22323, WG1 en la formula representa un grupo electroaceptor), y un grupo protector que usa un grupo ciano como el grupo electroaceptor representado por WG1 (-CH2-O-CH2-CH2-CN, este grupo protector tambien puede denominarse “CEM”) se da a conocer espedficamente en la publicacion mencionada anteriormente. Este grupo protector tiene el rasgo distintivo caractenstico de que el grupo tiene un impedimento esterico pequeno, y puede retirarse mediante tratamiento con ion fluoruro en condiciones neutras. Sin embargo, este grupo protector tambien tiene el problema de que la eficacia de retirada en el momento del tratamiento con iones fluoruro no es completamente satisfactoria, y se requiere un control de contenido en agua estricto en un disolvente usado para el procedimiento de retirada del grupo protector, que es indeseable desde un punto de vista de coste de fabricacion. Ademas, como en el caso del grupo CEE, se conoce que se genera acrilonitrilo en el sistema de reaccion en el momento de la desproteccion para producir una reaccion secundaria con los restos de nucleobase, y por tanto, es esencial la adicion de un eliminador al sistema de reaccion, lo que produce problemas desde los puntos de vista de coste de fabricacion y carga sobre el medio ambiente.
Referencias de la tecnica anterior
Documentos de patente:
Documento de patente 1: Publicacion de patente internacional WO2006/22323 Documento de patente 2: Publicacion de patente internacional WO2005/23828 Documentos no de patente
Documento no de patente 1: J. Am. Chem. Soc., 109, 7845, 1987
5
10
15
20
25
30
35
40
45
Documento no de patente 2: Helvetica Chimica Acta, 81, 1545, 1998 Documento no de patente 3: Tetrahedron Lett., 45, 9529, 2004 Sumario de la invencion
Objeto que va a lograrse mediante la invencion
Un objeto de la presente invencion es proporcionar un grupo protector para el grupo 2'-hidroxilo de un ribonucleosido, un ribonucleotido o un derivado del mismo usado para la produccion de acidos oligorribonucleicos y similares.
Mas espedficamente, el objeto de la presente invencion es proporcionar un grupo protector tal como se menciono anteriormente que es estable en las condiciones de reaccion del ciclo de smtesis de acidos nucleicos, y tiene un impedimento esterico pequeno, y que puede retirarse en condiciones suaves usando iones fluoruro como base (Chem. Rev., 80, 429, 1980), o que puede retirarse en presencia de un eliminador nucleofilo tal como un reactivo de sililacion, o en condiciones fuertemente basicas.
Medios para lograr el objeto
Los inventores de la presente invencion llevaron a cabo diversas investigaciones para lograr el objeto mencionado anteriormente, y como un resultado, encontraron que un grupo protector representado por la siguiente formula general (I) tema propiedades superiores porque el grupo era estable en las condiciones de reaccion del ciclo de smtesis de acidos nucleicos y el grupo tema un impedimento esterico pequeno, y porque el grupo podfa retirarse muy eficaz y rapidamente mediante tratamiento con iones fluoruro en condiciones suaves, y podfa retirarse facilmente incluso en presencia de agua, lo que permite el uso de un disolvente habitualmente disponible, per se, en el procedimiento de desproteccion sin ninguna consideracion particular con respecto al contenido en humedad del disolvente. Ademas, tambien encontraron que el grupo podfa retirarse rapidamente incluso en condiciones fuertemente basicas en presencia de un eliminador nucleofilo tal como un reactivo de sililacion. La presente invencion se logro partiendo de la base de los hallazgos mencionados anteriormente.
Por tanto la presente invencion proporciona un ribonucleosido o un ribonucleotido, o un derivado del mismo, en el que el atomo de oxfgeno del grupo 2'-hidroxilo esta protegido con un grupo protector, en el que el grupo protector se representa por la siguiente formula general (I):
imagen1
en la que, el atomo de oxfgeno unido con * representa un atomo de oxfgeno del grupo 2'-hidroxilo de un ribonucleosido, o un ribonucleotido o un derivado del mismo; R1 y R2 representan ambos un atomo de hidrogeno, R3 y R4 representan un atomo de hidrogeno, y R5 y R6 representan independientemente un grupo alquilo C1-6 fluorosustituido,
en el que el derivado es un ribonucleosido protegido, un ribonucleotido protegido, un oligonucleotido, un compuesto ribonucleotidico reactivo usado para la smtesis de oligonucleotidos, o un compuesto nucleotidico o compuesto oligonucleotidico inmovilizado en una fase solida y protegido con uno o mas grupos protectores.
Segun realizaciones preferidas de la invencion mencionada anteriormente, se proporcionan los ribonucleosidos o ribonucleotidos, o derivados de los mismos, mencionados anteriormente, en los que R5 y R6 representan el mismo grupo alquilo C1-6 fluorosustituido; en los que R5 y R6 representan el mismo grupo perfluoro(alquilo C1-6); o en los que tanto R5 como R6 representan un grupo trifluorometilo.
Segun una realizacion preferida de la invencion mencionada anteriormente, tambien se proporciona el ribonucleosido o ribonucleotido, o derivado del mismo, mencionado anteriormente, que es un compuesto de fosforoamidita.
Por consiguiente, se proporciona un ribonucleosido, un ribonucleotido, o un derivado del mismo, en el que el atomo de oxfgeno del grupo 2'-hidroxilo esta protegido con el grupo protector mencionado anteriormente.
Los ejemplos preferidos del derivado de ribonucleotido o ribonucleosido incluyen un compuesto de fosforoamidita representado por la siguiente formula general (II):
imagen2
en la que, B representa una nucleobase natural o no natural que puede tener un grupo protector; R1, R2, R3, R4, R5 y R6 tienen los mismos significados que los definidos anteriormente; R11 representa un grupo tritilo que puede tener un sustituyente (dos grupos fenilo de los tres grupos fenilo que constituyen el grupo tritilo pueden unirse entre sf 5 mediante un atomo de oxfgeno para formar un anillo de xanteno); R12 y R13 representan independientemente un grupo alquilo C1-6, o R12 y R13 pueden unirse entre s^ para formar un anillo de 5 0 6 miembros saturado (este anillo puede tener uno o dos o mas atomos de oxfgeno o atomos de azufre como atomos que constituyen el anillo); R14 y R15 representan independientemente un atomo de hidrogeno o un grupo alquilo C1-6, siempre que R14 pueda unirse a R13 para formar un anillo de 5 06 miembros; R16 representa un grupo electroaceptor, o cuando R14 se une a R13 para 10 formar un anillo de 5 0 6 miembros, R16 representa un grupo ciano, un grupo nitro, un grupo alquilsulfonilo, un atomo de halogeno, un grupo alquilo C1-6 fluorosustituido, o un atomo de hidrogeno; y R17 y R18 representan un atomo de hidrogeno o un grupo alquilo C1-6, o R16, R17 y R18 se unen entre si para representar un grupo arilo junto con el atomo de carbono al que se unen.
Como aspectos aun adicionales, la presente invencion proporciona un metodo para preparar un acido 15 oligorribonucleico usando el compuesto de fosforoamidita mencionado anteriormente.
La presente invencion tambien proporciona un reactivo para proteger el grupo 2'-hidroxilo de un ribonucleosido, un ribonucleotido, o un derivado del mismo, que comprende un compuesto representado por la siguiente formula general (III):
[Formula 3]
20
25
imagen3
[en la formula, R3 R4, R5 y R6 tienen los mismos significados que los definidos anteriormente, R21 representa un grupo hidroxilo, R22-S-C(R1)(R2)-O- (en la formula, R22 representa un grupo alquilo C1-6, y R1 y R2 tienen los mismos significados que los definidos anteriormente), o X-C(R1)(R2)-O- (en la formula, X representa un grupo saliente, y R1 y R2 tienen los mismos significados que los definidos anteriormente)]. Los ejemplos preferidos del grupo saliente incluyen un atomo de cloro, un atomo de bromo, un grupo alquilsulfonilo tal como grupo metanosulfonilo, un grupo arilsulfonilo tal como grupo p-toluenosulfonilo, y similares.
Se proporciona adicionalmente un metodo para introducir el grupo protector segun la formula general (I) en la que R1 a R6 tienen el mismo significado que anteriormente, que comprende la etapa de hacer reaccionar el reactivo que comprende un compuesto representado por la siguiente formula general (III):
30
R5 R6
imagen4
R3 R4
en la que, R3, R4, R5 y R6 tienen los mismos significados que los definidos anteriormente, en la que R21 es un grupo hidroxilo
y un ribonucleosido, un ribonucleotido o un derivado del mismo del cual el grupo 2'-hidroxilo esta protegido con un grupo alquiltiometilo C1-6,
35 en el que el derivado es un ribonucleosido protegido, un ribonucleotido protegido, un oligonucleotido, un compuesto ribonucleotidico reactivo usado para la srntesis de oligonucleotidos, o un compuesto nucleotidico o compuesto oligonucleotidico inmovilizado en una fase solida y protegido con uno o mas grupos protectores y un metodo para
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
introducir el grupo protector segun la formula general (I) en la que R1 a R6 tienen el mismo significado que anteriormente, que comprende la etapa de hacer reaccionar el reactivo que comprende un compuesto representado por la siguiente formula general (III):
3 4 5 6 21 22
en la que, R , R , R y R tienen los mismos significados que los definidos anteriormente, R representa R -S- C(R1)(R2)-O- (en la formula, R22 representa un grupo alquilo Ci-6, y R1 y R2 tienen los mismos significados que los definidos anteriormente), o XC( R1)(R2)-O- (en la formula, X representa un atomo de cloro, atomo de bromo, un grupo alquilsulfonilo o un grupo arilsulfonilo, y R1 y R2 tienen los mismos significados que los definidos anteriormente) y un ribonucleosido, un ribonucleotido o un derivado del mismo del cual el grupo 2'-hidroxilo no esta protegido, en el que el derivado es un ribonucleosido protegido, un ribonucleotido protegido, un oligonucleotido, un compuesto ribonucleotfdico reactivo usado para la smtesis de oligonucleotidos, o un compuesto nucleotfdico o compuesto oligonucleotfdico inmovilizado en una fase solida y protegido con uno o mas grupos protectores.
Efecto de la invencion
El grupo protector representado por la formula general (I) mencionada anteriormente es estable en las condiciones de reaccion del ciclo de smtesis de acidos nucleicos y teniendo un impedimento esterico pequeno, y puede retirarse muy eficazmente en un tiempo corto mediante, por ejemplo, un tratamiento con un compuesto de fluor en condiciones suaves. Por tanto, el grupo tiene propiedades ideales como grupo protector para el grupo 2'-hidroxilo de un ribonucleosido, un ribonucleotido, o un derivado del mismo. El grupo protector mencionado anteriormente tambien tiene una propiedad superior porque el grupo puede retirarse facilmente incluso en presencia de agua, y puede usarse un disolvente normalmente disponible sin ningun tratamiento para la etapa de desproteccion particularmente de manera independiente del contenido en humedad del disolvente. Por tanto, el grupo tiene una propiedad deseable desde un punto de vista de ahorrar en coste de fabricacion. Ademas, el grupo puede retirarse rapidamente incluso en condiciones fuertemente basicas en presencia de un eliminador nucleofilo tal como un reactivo de sililacion, y por tanto, el grupo tambien tiene la ventaja de que el grupo hara que sean innecesarias multiples etapas de desproteccion tal como se usa en metodos convencionales mediante la eleccion de manera apropiada de la combinacion de grupos protectores.
Modos para llevar a cabo la invencion
El atomo de oxfgeno unido con * en la formula general (I) mencionada anteriormente representa un atomo de oxfgeno del grupo 2'-hidroxilo de un ribonucleosido, un ribonucleotido, o un derivado del mismo.
En la memoria descriptiva, la base que constituye el ribonucleosido, ribonucleotido, o derivado de los mismos no esta particularmente limitada, y puede usarse cualquier base natural o no natural. Por ejemplo, pueden usarse bases de pirimidina tales como citosina y uracilo, y bases de purina tales como adenina y guanina. Como base, tambien pueden usarse bases modificadas tales como 5-metilcitosina, 5-hidroximetilcitosina, 5-fluorouracilo, 5-metiluracilo, 2- tiouracilo, 6-azauracilo, 5-hidroxiuracilo, 2,6-diaminopurina, 8-azaadenina, 8-azaguanina e isoguanina.
Las bases mencionadas anteriormente pueden tener uno o dos o mas sustituyentes arbitrarios. Los tipos, el numero y las posiciones de sustitucion de los sustituyentes no estan particularmente limitados, y cuando existen dos o mas sustituyentes, pueden ser iguales o diferentes. Los ejemplos de los sustituyentes incluyen, por ejemplo, un atomo de halogeno, grupo oxo, grupo tioxo, grupo nitro, grupo nitroso, grupo ciano, grupo isociano, grupo cianato, grupo tiocianato, grupo isocianato, grupo isotiocianato, grupo hidroxilo, grupo sulfanilo, grupo carboxilo, grupo sulfanilcarbonilo, grupo oxalo, grupo mesoxalo, grupo tiocarboxilo, grupo ditiocarboxilo, grupo carbamoflo, grupo tiocarbamoflo, grupo sulfo, grupo sulfamoflo, grupo sulfino, grupo sulfinamoflo, grupo sulfeno, grupo sulfenamoflo, grupo fosfono, grupo hidroxifosfonilo, un grupo alquilo C1 a C6, un grupo alquenilo C2 a C6 (por ejemplo, grupo vinilo, grupo alilo, grupo 1-propenilo, y similares), un grupo alquinilo C2 a C6 (por ejemplo, grupo etinilo, grupo 1-propinilo, y similares), un grupo alquilideno C1 a C6, un grupo arilo C6 a C10, un grupo aralquilo C7 a C12 (por ejemplo, grupo
bencilo, grupo fenetilo, grupo 1-naftilmetilo, grupo 2-naftilmetilo, y similares), un grupo aralquilideno C7 a C12 (por ejemplo, grupo bencilideno, grupo fenetilideno, grupo 1-naftilmetilideno, grupo 2-naftilmetilideno, y similares), un grupo alcoxilo C1 a C6, un grupo ariloxilo C6 a C10 (por ejemplo, grupo fenoxilo, grupo 1-naftiloxilo, grupo 2-naftiloxilo, y similares), un grupo aralquiloxilo C7 a C12 (por ejemplo, grupo benciloxilo, grupo (1-naftilmetil)oxilo, grupo (2- naftilmetil)oxilo, y similares), un grupo alquilsulfanilo C1 a C6 (por ejemplo, grupo metilsulfanilo, grupo etilsulfanilo, y similares), un grupo arilsulfanilo C6 a C10 (por ejemplo, grupo fenilsulfanilo, grupo 1-naftilsulfanilo, grupo 2- naftilsulfanilo, y similares), un grupo aralquiloxisulfanilo C7 a C12 (por ejemplo, grupo bencilsulfanilo, grupo (1- naftilmetil)sulfanilo, grupo (2-naftilmetil)sulfanilo, y similares), un grupo alcanoflo C1 a C6 (por ejemplo, grupo acetilo, grupo propionilo, grupo n-butirilo, grupo pivaloflo, y similares), un grupo aroflo C6 a C10 (por ejemplo, grupo benzoflo, grupo 1-naftoflo, grupo 2-naftoflo, y similares), un grupo alquilsulfonilo C1 a C6 (por ejemplo, grupo metanosulfonilo, grupo etanosulfonilo, grupo propanosulfonilo, y similares), un grupo arilsulfonilo C6 a C10 (por ejemplo, grupo
imagen5
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
bencenosulfonilo, grupo 1-naftalenosulfonilo, grupo 2-naftalenosulfonilo, y similares), un grupo alcoxicarbonilo C1 a Ca, grupo amino, grupo hidrazino, grupo hidrazono, grupo diazenilo, grupo ureido, grupo tioureido, grupo guanidino, grupo carbamoimidoflo (grupo amidino), grupo azido, grupo imino, grupo hidroxiamino, grupo hidroxiimino, grupo aminoxilo, grupo diazo, grupo semicarbazino, grupo semicarbazono, grupo alofanilo, grupo hidantoflo, grupo fosfano, grupo fosforoso, grupo fosfo, grupo borilo, grupo sililo, grupo estannilo, grupo selanilo, grupo oxido, un grupo heteroarilo, un grupo heterodclico parcial o completamente saturado que consiste en un grupo heteroarilo una parte o todos los dobles enlaces de los cuales estan reemplazados por enlaces sencillos, y similares, pero los sustituyentes no se limitan a estos ejemplos.
Los sustituyentes ejemplificados anteriormente pueden ademas estar sustituidos con uno o dos o mas tipos de otros sustituyentes. Los ejemplos de tales sustituyentes incluyen, por ejemplo, un grupo alquilo C1 a Ca halogenado (por ejemplo, grupo clorometilo, grupo diclorometilo, grupo triclorometilo, grupo difluorometilo, grupo trifluorometilo, grupo 2,2,2-trifluoroetilo, grupo pentafluoroetilo, y similares), un grupo alcoxilo C1 a Ca halogenado (por ejemplo, grupo trifluorometoxilo, grupo pentafluoroetoxilo, y similares), un grupo alquilo C1 a Ca carboxi-sustituido (por ejemplo, grupo carboximetilo, grupo carboxietilo, y similares), un grupo amino C1 a Ca alquil-sustituido (por ejemplo, grupo metilamino, grupo etilamino, y similares), y similares, pero los sustituyentes no se limitan a estos ejemplos.
Como ribonucleosido, puede usarse un compuesto que consiste en D-ribosa a la cual se une la base mencionada anteriormente, preferiblemente citidina, uridina, adenosina, guanosina o similar, y como ribonucleotido, puede usarse un compuesto que consiste en un ribonucleosido al cual se une acido fosforico en la posicion 3' mediante un enlace ester, preferiblemente citidina 3'-fosfato, uridina 3'-fosfato, adenosina 3'-fosfato, guanosina 3'-fosfato y similares. Los ejemplos del derivado de ribonucleosido incluyen, por ejemplo, un ribonucleosido protegido, y similares, y los ejemplos del derivado de ribonucleotido incluyen, por ejemplo, ribonucleotido protegido, un oligonucleotido (por ejemplo, los que contienen aproximadamente de 2 a 100 unidades de nucleotido), un compuesto ribonucleotfdico reactivo usado para la smtesis de oligonucleotidos (por ejemplo, compuestos de fosforoamidita usados en la smtesis de fase solida, y similares), diversos tipos de productos intermedios de produccion usados en la smtesis de oligonucleotidos (por ejemplo, un compuesto nucleotfdico o compuesto oligonucleotfdico inmovilizado en una fase solida y protegido con uno o mas grupos protectores), y similares, pero los derivados no se limitan a estos ejemplos. Ademas, el derivado de ribonucleosido o ribonucleotido puede ser, por ejemplo, un compuesto que tiene uno o dos o mas sustituyentes arbitrarios seleccionados de los explicados para la base mencionada anteriormente. Los tipos, el numero y las posiciones de sustitucion de los sustituyentes no estan particularmente limitados, y cuando existen dos o mas sustituyentes, pueden ser iguales o diferentes.
Cuando el ribonucleosido o ribonucleotido tiene un grupo protector, se entiende que el compuesto tiene uno o dos o mas grupos protectores arbitrarios distintos del grupo protector representado por la formula general (I) mencionada anteriormente, y estos grupos protectores se usan como grupos protectores para grupos distintos del grupo 2'- hidroxilo. Los ejemplos del grupo protector que puede usarse en un ribonucleosido o ribonucleotido incluyen, por ejemplo, grupos protectores para grupo amino, grupo hidroxilo, y similares. Y para estos grupos protectores, puede hacerse referencia a publicaciones tales como Green et al., Protective Groups in Organic Synthesis, 3a edicion, 1999, John Wiley & Sons, Inc.
En la formula general (I), tanto R1 como R2 son atomos de hidrogeno.
R3 y R4 representan independientemente un atomo de hidrogeno.
R5 y Ra representan independientemente un grupo alquilo Ci-a fluorosustituido. Preferiblemente puede usarse un grupo perfluoroalquilo, y puede usarse mas preferiblemente un grupo trifluorometilo. El grupo protector que tiene los mismos grupos perfluoro(alquilo Ci-a) que R5 y Ra confieren propiedades fluorosas al compuesto protegido para hacer que la separacion y purificacion del producto sea mas facil, y por tanto es ventajoso desde un punto de vista industrial.
Los ejemplos de realizaciones preferidas del grupo protector representado por la formula general (I) incluyen el grupo protector en el que tanto R1 como R2 son atomos de hidrogeno, tanto R3 como R4 son atomos de hidrogeno, y R5 y Ra son los mismos grupos alquilo C1-a fluoro-sustituidos, los ejemplos de mas realizaciones preferidas del mismo incluyen el grupo protector en el que tanto R1 como R2 son atomos de hidrogeno, tanto R3 como R4 son atomos de hidrogeno, y R5 y Ra son los mismos grupos perfluoro(alquilo C1-a), y los ejemplos de realizaciones particularmente preferidas del mismo incluyen el grupo protector en el que tanto R1 como R2 son atomos de hidrogeno, tanto R3 como R4 son atomos de hidrogeno, y ambos R5 y Ra son grupos trifluorometilo. Sin embargo, el grupo protector de la presente invencion no se limita a las realizaciones espedficas mencionadas anteriormente. Los grupos protectores de las realizaciones mencionadas anteriormente no tienen un carbono asimetrico. Por consiguiente, un producto de reaccion tras haberse introducido con los grupos anteriores no se obtiene como una mezcla de diastereomeros, y por tanto, tambien son ventajosos desde un punto de vista de facil identificacion de un compuesto objetivo.
Aunque no estan particularmente limitados los medios para introducir el grupo protector representado por la formula general (I) mencionada anteriormente en el grupo 2'-hidroxilo de un ribonucleosido, un ribonucleotido, o un derivado del mismo, habitualmente es deseable proteger cualquier grupo funcional reactivo distinto del grupo 2'-hidroxilo con
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
grupos protectores arbitrarios antes de la reaccion. Tales grupos protectores pueden elegirse e introducirse apropiadamente haciendo referencia a publicaciones, por ejemplo, Green et al., Protective Groups in Organic Synthesis, 3a edicion, 1999, John Wiley & Sons, Inc., y similares.
Cuando se usa un compuesto representado por la formula general (III) mencionada anteriormente en la que R21 es un grupo hidroxilo, generalmente puede introducirse el grupo protector mencionado anteriormente de manera facil haciendo reaccionar el compuesto representado por la formula general (III) mencionada anteriormente con un ribonucleosido, un ribonucleotido, o un derivado del mismo del cual el grupo 2'-hidroxilo esta protegido con un grupo alquiltiometilo C1-6. La reaccion mencionada anteriormente puede llevarse a cabo en condiciones anhidras en presencia de un agente oxidante tal como un acido o N-yodosuccinimida (NIS). Por ejemplo, la reaccion puede llevarse a cabo en presencia de un disolvente aprotico, por ejemplo, un disolvente de tipo eter tal como tetrahidrofurano (THF), y tamices moleculares (MS) como agente deshidratante. Como acido, por ejemplo, puede usarse un acido tal como trifluorometanosulfonato de trimetilsililo. En la reaccion mencionada anteriormente, se somete a yodacion el atomo de azufre del grupo alquiltio en el grupo tiocetal, y despues se genera un compuesto de cetal en el que se introduce el grupo protector representado por la formula general (I) mencionada anteriormente mediante reemplazo con el grupo hidroxilo del compuesto de alcohol representado por la formula general (III) mencionada anteriormente. La reaccion puede llevarse a cabo, por ejemplo, usando tamices moleculares 4A o similares a una temperatura de reaccion de aproximadamente de -50 a -40°C. Sin embargo, debe entenderse que las condiciones de reaccion para la introduccion del grupo protector representado por la formula general (I) no se limitan a las especificadas anteriormente, y pueden elegirse apropiadamente por los expertos en la tecnica.
Ademas, cuando se usa un compuesto representado por la formula general (III) mencionada anteriormente en la que R21 no es un grupo hidroxilo, la reaccion puede llevarse a cabo como una reaccion de sustitucion habitual. En el caso del compuesto en el que R es el grupo representado como R -S-C(R )(R )-O-, la reaccion puede llevarse a cabo en un disolvente aprotico tal como tetrahidrofurano en presencia de tamices moleculares, acido trifluorometanosulfonico, N-yodosuccinimida, o similares, y en el caso del compuesto en el que R21 es un grupo representado como X-C(R1)(R2)-O-, la reaccion puede llevarse a cabo en un disolvente aprotico tal como 1,2- dicloroetano en presencia de dicloruro de dibutilestano, diisopropiletilamina, o similares. Sin embargo, las condiciones de reaccion no se limitan a estas condiciones.
Un ejemplo tfpico del procedimiento de reaccion que usa un compuesto representado por la formula general (III) mencionada anteriormente en la que R21 es un grupo hidroxilo se muestra a continuacion. Sin embargo, el alcance de la presente invencion no se limita al metodo mostrado en el siguiente esquema. En el esquema, Me representa un grupo metilo, Et representa un grupo etilo, DIBAL representa hidruro de diisobutilaluminio, Ur representa una base de uracilo, TMSOTf representa trifluorometanosulfonato de trimetilsililo, MS4A representa tamices moleculares 4A, THF representa tetrahidrofurano y NIS representa N-yodosuccinimida. Ademas, se muestra un metodo espedfico para preparar el compuesto (1) mencionado en el esquema en los ejemplos.
[Formula 4]
imagen6
Los ejemplos preferidos de un derivado de ribonucleotido que tiene el grupo protector representado por la formula general (I) incluyen un compuesto de fosforoamidita representado por la formula general (II) mencionada anteriormente. En la formula general (II), B representa la nucleobase explicada anteriormente, y R1, R2, R3, R4, R5 y R6 tienen los mismos significados como los explicados anteriormente. R11 representa un grupo tritilo que puede tener un sustituyente. Los ejemplos del grupo tritilo que tienen un sustituyente incluyen un grupo tritilo en el que uno o mas grupos fenilo que constituyen el grupo tritilo, preferiblemente dos o mas grupos fenilo de este tipo, tienen cada uno un grupo alcoxilo tal como un grupo metoxilo en la posicion para. Sin embargo, la presente invencion no se limita a la realizacion espedfica anterior. Ademas, dos de los tres grupos fenilo que constituyen el grupo tritilo pueden unirse entre sf mediante un atomo de oxfgeno para formar un anillo de xanteno. Un ejemplo de un caso de este tipo es que el grupo tritilo forma un grupo 9-fenilxanten-9-ilo (grupo pixilo), y el uso del grupo pixilo constituye una realizacion preferida.
R y R representan independientemente un grupo alquilo C1-6. Ademas, R y R pueden unirse entre sf para formar un anillo de 5 o 6 miembros saturado. El anillo formado por R12, R13 y el grupo amino al que se unen pueden tener uno o dos o mas atomos de oxfgeno o atomos de azufre como atomos que constituyen el anillo. Los ejemplos
5
10
15
20
25
30
35
del sistema de anillo saturado que va a formarse incluyen, por ejemplo, pirrolidin-1-ilo, piperidin-1-ilo, morfolin-1-ilo, tiomorfolin-1-ilo y similares, pero los sistemas de anillo no se limitan a estos ejemplos.
R14 y R15 representan independientemente un atomo de hidrogeno o un grupo alquilo C1-6, y se prefiere que representen un atomo de hidrogeno. R13 y R14 pueden unirse entre sf para formar un anillo de 5 o 6 miembros. Incluso cuando R12 y R13 se unen entre sf para formar un anillo de 5 o 6 miembros saturado, R13 y R14 pueden unirse entre sf para formar un anillo de 5 o 6 miembros, y como resultado, para formar un grupo bidclico que contiene el anillo formado por R12 y R13 y el anillo formado por R13 y R14
Los ejemplos del grupo electroaceptor representado por R16 incluyen, por ejemplo, un grupo ciano, un grupo nitro, un grupo alquilsulfonilo, un atomo de halogeno y un grupo alquilo C1-6 fluorosustituido (por ejemplo, un grupo perfluoro(alquilo C1-6) tal como grupo trifluorometilo y similares), pero los grupos no se limitan a estos ejemplos. El grupo ciano puede usarse preferiblemente como R16. Cuando R13 y R14 se unen entre sf para formar un anillo de 5 o 6 miembros, R16 representa un grupo electroaceptor o un atomo de hidrogeno, preferiblemente un atomo de hidrogeno. R17 y R18 representan un atomo de hidrogeno o un grupo alquilo C1-6, y se prefiere que ambos representen un atomo de hidrogeno.
Ademas, tambien se prefiere que R , R y R se unan entre si para formar un grupo arilo junto con el atomo de carbono al que se unen. El grupo arilo puede ser un grupo fenilo sustituido o no sustituido, o similar, y el grupo fenilo sustituido puede ser, por ejemplo, un grupo fenilo halogenado, un grupo nitrofenilo, grupo trifluorometilfenilo, o similar, pero los grupos no se limitan a estos ejemplos. El grupo arilo es preferiblemente un grupo fenilo no sustituido.
Los compuestos de fosforoamidita de la presente invencion incluyen estereoisomeros arbitrarios (isomeros opticos, diastereoisomeros, y similares) en formas puras o formas no puras, mezclas arbitrarias de estereoisomeros, y similares. Ademas, cuando los compuestos de fosforoamidita de la presente invencion forman sales, tales sales de formas arbitrarias tambien se engloban dentro del alcance de la presente invencion. Ademas, hidratos o solvatos de los compuestos en forma libre o en forma de sal arbitraria tambien se engloban dentro del alcance de la presente invencion.
Los ejemplos preferidos del compuesto de fosforoamidita incluyen un compuesto representado por la siguiente formula (IIA) en la que R16, R17 y R18 se unen entre si para formar un grupo fenilo junto con el atomo de carbono al que se unen. Sin embargo, el compuesto de fosforoamidita no se limita al siguiente compuesto. Los sfmbolos usados en la formula tienen los mismos significados que los definidos anteriormente.
[Formula 5]
imagen7
Compuestos de fosforoamidita preferidos englobados dentro del alcance de la formula general (IIA) se muestran a continuacion. Sin embargo, los compuestos representados por la formula general (IIA) no se limitan a estos ejemplos (en las formulas, Me representa un grupo metilo y Ph representa un grupo fenilo).
[Formula 6]
imagen8
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
Puede producirse eficazmente un acido oligorribonucleico usando un compuesto de fosforoamidita representado por la formula general (II) mencionada anteriormente.
Por ejemplo, un metodo para preparar un acido oligorribonucleico usando un compuesto de fosforoamidita que tiene un grupo protector representado como -CH2-O-CH2-CH2-WG1 como un grupo protector para la posicion 2' se muestra espedficamente en la publicacion de patente internacional WO2006/22323. La preparacion de un acido oligorribonucleico usando un compuesto de fosforoamidita representado por la formula general (II) mencionada anteriormente puede llevarse a cabo segun el metodo dado a conocer en la publicacion de patente internacional WO2006/22323 mencionada anteriormente. La divulgacion al completo de la publicacion de patente internacional WO2006/22323 mencionada anteriormente se incorpora al presente documento como referencia como divulgacion de esta memoria descriptiva. En particular, la repeticion de procedimientos de las etapas A a G y las etapas A a D se explican espedficamente para acidos oligorribonucleicos representados por la formula general (3) en los parrafos [0025] a [0033] de la publicacion de patente internacional mencionada anteriormente, y puede prepararse un acido oligorribonucleico usando el compuesto de fosforoamidita de la presente invencion segun la explicacion mencionada anteriormente, per se, excepto por la diferencia en el grupo protector del grupo 2'-hidroxilo en el compuesto de fosforoamidita de la presente invencion. Ademas, las definiciones de los terminos usados en la explicacion anterior tales como “portador de fase solida”, “ligador” y “acido” son las mismas que las usadas en la publicacion de patente internacional mencionada anteriormente.
Ademas, la publicacion de patente internacional WO2005/23828 da a conocer un metodo para preparar un derivado de ribonucleotido usando un ribonucleotido del cual el grupo 2'-hidroxilo esta protegido con un grupo 1-(2- cianoetoxi)etilo (CEE), y pueden prepararse diversos derivados de ribonucleotido segun el metodo dado a conocer en la publicacion de patente internacional WO2005/23828 mencionada anteriormente usando un derivado de ribonucleotido introducido con el grupo protector representado por la formula general (I) mencionada anteriormente. La divulgacion al completo de la publicacion de patente internacional WO2005/23828 mencionada anteriormente se incorpora al presente documento como referencia como divulgacion de esta memoria descriptiva.
Ademas, en los metodos dados a conocer en estas publicaciones, pueden seleccionarse apropiadamente los reactivos de reaccion y las condiciones de reaccion, y pueden anadirse modificaciones o alteraciones apropiadas segun se requiera, y debe entenderse que esta seleccion, modificaciones y alteraciones pueden llevarse a cabo facilmente por los expertos en la tecnica dentro de actividades creativas de rutina.
El grupo protector representado por la formula general (I) mencionada anteriormente puede retirarse facilmente, por ejemplo, permitiendo que un compuesto de fluor tal como fluoruro de tetrabutilamonio reaccione con el grupo. Como disolvente, puede usarse un disolvente aprotico tal como tetrahidrofurano, N-metilpirrolidona, piridina y sulfoxido de dimetilo, o una mezcla arbitraria de los mismos, pero los disolventes no se limitan a estos ejemplos. Puede permitirse que el compuesto de fluor reaccione con el grupo protector en una cantidad molar de 100 a 500 veces partiendo de la base del grupo protector que va a retirarse, y la reaccion avanza a una temperatura aproximadamente de 0 a 80°C, preferiblemente a temperatura ambiente, en el plazo de aproximadamente varios minutos a varias horas. Ademas, tambien pueden usarse para la retirada del grupo protector representado por la formula general (I) mencionada anteriormente, por ejemplo, una base organica fuerte tal como 1,8- diazabiciclo[5.4.0]undec-7-eno (DBU) y disolucion de amoniaco concentrada en etanol.
Ademas, para la retirada del grupo protector en el momento de smtesis de un oligomero, tambien son eficaces medios para permitir que una base fuerte reaccione con el grupo protector en presencia de un eliminador nucleofilo tal como un reactivo de sililacion, ademas de los medios de permitir que iones fluoruro tales como fluoruro de tetrabutilamonio mencionado anteriormente reaccionen con el grupo protector. Los ejemplos del reactivo de sililacion incluyen N,O-bistrimetilsililacetamida (BSA), N,O-bistrimetilsililtrifluoroacetamida (BSTFA), clorotrimetilsilano, 1,1,1,3,3,3-hexametildisilazano, y similares, pero los reactivos no se limitan a estos ejemplos. Los ejemplos de la base fuerte incluyen, por ejemplo, DBU, N-metilpirrolidina, piperidina, trietilamina, diisopropiletilamina, y similares, pero las bases no se limitan a estos ejemplos. Ademas, los ejemplos del disolvente incluyen un disolvente aprotico tal como acetonitrilo, tetrahidrofurano y N-metilpirrolidona, pero los disolventes no se limitan a estos ejemplos.*
Ejemplos
La presente invencion se explicara mas espedficamente con referencia a los ejemplos. Sin embargo, el alcance de la presente invencion no se limita a los siguientes ejemplos.
Las abreviaturas usadas en los ejemplos son tal como sigue.
ac: acetilo
bz: benzoflo
BFEM: 2-bis(trifluorometil)etoximetilo CPG: vidrio de poro controlado
DBU: 1,8-diazabiciclo[5.4.0]undec-7-eno DCA: acido dicloroacetico DCM: diclorometano, CH2CI2 DMTr: 4,4'-dimetoxitritilo 5 HCP: poliestireno altamente reticulado
NIS: N-yodosuccinimida pac: fenoxiacetilo TBS: terc-butildimetilsililo TBDPS: terc-butildifenilsililo 10 TFA: acido trifluoroacetico
TMSOTf: trifluorometanosulfonato de trimetilsililo Z-NT: 3-nitro-1H-1,2,4-triazol-1-carboxilato de bencilo Me: metilo OMe: metoxilo 15 Ejemplo 1
(a) 2'-O-(2-Trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropildisiloxano-1,3-di-il)uridina (1u)
[Formula 7]
imagen9
Se seco 2'-O-metiltiometil-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropildisiloxano-1,3-di-il)uridina (136,7 mg, 250 |imol, Journal of 20 Fluorine Chemistry, 24, pags. 531-533, 1984) mediante coevaporacion repetida con tolueno seco, y finalmente se disolvio en tetrahidrofurano (1,5 ml). A la disolucion, se anadieron 2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanol (250 |il, 750 |imol) y tamices moleculares 4A, y se enfrio la mezcla de reaccion hasta -78°C. Se anadieron NIS (67,5 mg, 300 |immol) y TMSOTf (45 |il, 250 |immol) a la mezcla de reaccion. Tras agitar durante 10 minutos, la mezcla se calento hasta 0°C, y la agitacion se continuo durante 1 hora. Despues se extinguio la reaccion con Et3N (75 |il). Se 25 diluyo la mezcla de reaccion con cloroformo (25 ml), y se lavo sucesivamente con Na2S2O3 acuoso saturado (25 ml) y NaHCO3 acuoso saturado (25 ml). Se seco la fase organica sobre Na2SO4, se filtro para separar Na2SO4 y se concentro. Se purifico el residuo mediante cromatograffa en gel de sflice (eluyente: acetato de etilo:n-hexano = 1:5) para dar el compuesto objetivo 1u (130 mg, 76%) como espuma blanca.
1H RMN (300 MHz, CDCh) 8 9,61 (1H, sa), 7,90 (1H, d, J = 8,1 Hz), 5,73 (1H, s), 5,70 (1H, dd, J = 8,1, 2,0 Hz), 5,01 30 (1H, d, J = 6,9 Hz), 4,99 (1H, d, J = 6,9 Hz), 4,32-4,09 (5H, m), 4,05-3,94 (2H, m), 3,47-3,26 (1H, m), 1,18-0,95 (28H,
m)
13C RMN (75,5 MHz, CDCh) 8 163,7, 150,2, 139,1, 123,1 (2C, q, J = 286,1 Hz), 101,8, 94,7, 89,0, 81,7, 78,3, 68,0,
61,3, 59,2, 48,7 (1C, quintuplete, J = 27,9 Hz), 17,4, 17,3, 17,3, 17,2, 16,9, 16,8, 16,8, 16,7, 13,2, 13,1, 12,8, 12,5
MALDI TOF-MS m/z calculado para C26H42F6N2NaOsSi2+ [M+Na]+ 703,23, encontrado 703,90.
35 (b) 2'-O-(2-Trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)-5'-O-(4,4'-dimetoxitritil)uridina (2u)
5
10
15
20
25
[Formula 8]
imagen10
Se anadieron Et3N^3HF (121 |il, 739 |imol) y Et3N (53 |il, 380 |imol) a una disolucion del compuesto 1u (121 mg,
211 |imol) en tetrahidrofurano seco (2 ml), y se agito la mezcla durante 50 minutos a temperatura ambiente. Se seco la mezcla de reaccion a presion reducida, se disolvio el residuo en un disolvente mixto de cloroformo y piridina (10 ml, 1:1, v/v), se lavo la disolucion con agua (3 x 3 ml) y se extrajo de nuevo la fase acuosa con cloroformo (2 x 5 ml). Se combinaron las fases organicas, se secaron sobre Na2SO4, y, tras separarse Na2SO4 mediante filtracion, se concentraron para dar 2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)uridina. Se seco la 2'-O-(2-trifluorometil- 3,3,3-trifluoropropanoximetil)uridina en bruto mediante coevaporacion repetida con piridina seca y se disolvio en piridina seca (2 ml). A la mezcla se le anadio DMTr-Cl (78,9 mg, 232 |imol). Tras agitarse la mezcla de reaccion a temperatura ambiente durante 15 horas, se extinguio la reaccion con metanol (500 |il) y se agito adicionalmente la mezcla de reaccion durante 30 minutos. Se seco la disolucion a presion reducida, se disolvio el residuo en cloroformo (5 ml) y se lavo con NaHCO3 acuoso al 5% (3 x 5 ml). Se extrajo de nuevo la fase acuosa con cloroformo (3 x 5 ml) y se seco la fase organica combinada sobre Na2SO4, se filtro para separar Na2SO4, y se seco a presion reducida. Se purifico el residuo mediante cromatograffa en gel de sflice (eluyente: del 0 al 1,5% de metanol en diclorometano) para dar el compuesto objetivo 2u (118 mg, el 90% durante 2 etapas) como espuma blanca.
1H RMN (300 MHz, CDCla) 8 8,68 (1H, sa), 7,99 (1H, d, J = 8,4 Hz), 7,41-7,20 (9H, m), 6,85 (4H, d, J = 8,7 Hz), 5,97 (1H, d, J = 2,1 Hz), 5,31 (1H, dd, J = 8,4, 2,1 Hz), 5,07 (1H, d, J = 7,2 Hz), 4,89 (1H, d, J = 7,2 Hz), 4,52-4,42 (1H, m), 4,26 (1H, dd, J = 5,1,2,1 Hz), 4,08-3,94 (3H, m), 3,80 (6H, s), 3,61 (1H, dd, J = 11,4, 2,1 Hz), 3,53 (1H, dd, J =
11,4, 2,7 Hz), 3,28-3,20 (1H, m), 2,31 (1H, d, J = 8,1 Hz)
13C RMN (75,5 MHz, CDCla) 8 162,7, 158,8, 158,8, 150,0, 144,2, 139,8, 135,2, 135,0, 130,2, 130,1, 128,1, 128,1, 127,3, 122,9 (2C, q, J = 280,6 Hz), 113,3, 102,3, 95,3, 87,8, 87,3, 80,1, 68,8, 61,8, 61,3, 55,3, 48,9 (1C, quintuplete, J = 27,9 Hz)
MALDI TOF-MS m/z calculado para C35H34F6N2NaOg+ [M+Na]+ 763,21, encontrado 763,73.
(c) 3'-O-(2-Cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de 2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)-5'-O-(4,4'- dimetoxitritil)uridina (3u)
[Formula 9]
imagen11
5
10
15
20
25
30
35
40
A una disolucion del compuesto 2u (259 mg, 350 |imol) y N,N-diisopropiletilamina (183 |il, 1,05 mmol) en diclorometano (3,5 ml), se le anadio gota a gota N,N,-diisopropilclorofosforamidita de 2-cianoetilo (166 mg, 700 |imol). Se agito la mezcla a temperatura ambiente durante 1 hora, despues se diluyo con acetato de etilo (35 ml), y se lavo con una disolucion de NaHCO3 al 5% (3 x 35 ml). Se extrajo de nuevo la fase acuosa con acetato de etilo (1 x 30 ml) y se seco la fase organica combinada sobre Na2SO4, se filtro para separar Na2SO4 y se seco a presion reducida. Se purifico el residuo mediante cromatograffa en gel de sflice (eluyente: acetato de etilo: n-hexano = 3:7, que contema el 0,5% de piridina). Las fracciones que conteman 3u se recogieron y se lavaron con una disolucion de NaHCO3 al 5% (3 x 35 ml). Se extrajo de nuevo la fase acuosa con acetato de etilo (1 x 30 ml) y se seco la fase organica combinada sobre Na2SO4, se filtro para separar Na2SO4 y se seco a presion reducida para dar el compuesto objetivo 3u (279 mg, 85%) como espuma blanca.
1H RMN (300 MHz, CDCla) 8 8,64 (1H, sa), 8,00 (0,5H, d, J = 8,4 Hz, diastereomero), 7,96 (0,5H, d, J = 8,4 Hz, diastereomero), 7,44-7,21 (9H, m), 6,88-6,80 (4H, m), 6,00 (1H, d, J = 2,7 Hz), 5,28 (0,5H, d, J = 8,4 Hz, diastereomero), 5,22 (0,5H, d, J = 8,4 Hz, diastereomero), 5,00 (0,5H, d, J = 6,9 Hz, diastereomero), 4,92 (0,5H, d, J = 7,2 Hz, diastereomero), 4,89 (0,5H, d, J = 7,2 Hz, diastereomero), 4,87 (0,5H, d, J = 6,9 Hz, diastereomero), 4,624,50 (1H, m), 4,40-4,34 (1H, m), 4,21 (1H, dd, J = 17,7, 6,9 Hz), 4,10 (1H, dt, J = 11,0, 4,5 Hz), 4,03-3,23 (8H, m), 3,80 (6H, 2s, diastereomero), 2,63 (1H, t, J = 6,0 Hz, diastereomero), 2,43 (1H, t, J = 6,2 Hz, diastereomero), 1,221,10 (11H, m), 1,02 (3H, d, J = 6,9 Hz)
13C RMN (75,5 MHz, CDCh) 8 163,4, 158,7, 150,4, 150,4, 144,2, 144,0, 139,8, 135,1, 135,0, 135,0, 134,8, 130,2,
127,9, 127,9, 127,2, 123,1 (2C, q, J = 284,9 Hz), 117,5, 117,3, 113,2, 102,3, 95,1, 94,9, 88,2, 88,0, 87,1, 87,0, 82,4,
82,1, 82,0, 78,4, 78,2, 78,2, 70,6, 70,3, 70,1, 69,9, 61,7, 61,5, 61,0, 61,0, 58,3, 58,0, 57,8, 55,2, 55,2, 48,6 (1C, quintuplete, J = 27,9 Hz), 43,3, 43,2, 43,1, 43,1, 24,6, 24,5, 24,4, 24,3, 20,3, 20,2, 20,1
31PNMR (121,5 MHz, CDCl3) 8 152,1 (0,5P, s, diastereomero), 150,8 (0,5P, s, diastereomero)
ESI TOF-MS m/z calculado para C44H52F6N4O10P+ [M+H]+ 941,33, encontrado 941,45.
Ejemplo 2
(a) N6-Acetil-2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropildisiloxano-1,3-di-il) adenosina (1a)
[Formula 10]
imagen12
Este compuesto se sintetizo de la misma manera que la usada para el compuesto 1u usando N6-acetil-2'-O- metiltiometil-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropildisiloxano-1,3-di-il)adenosina en vez de 2'-O-metiltiometil-3',5'-O-(1,1,3,3- tetraisopropildisiloxano-1,3-di-il)uridina. El rendimiento fue del 65% (espuma blanca).
1H RMN (300 MHz, CDCh) 8 8,63 (1H, s), 8,55 (1H, sa), 8,32 (1H, s), 6,08 (1H, s), 5,10 (1H, d, J = 7,2 Hz), 4,96 (1H, d, J = 7,2 Hz), 4,67 (1H, dd, J = 9,6, 4,5 Hz), 4,48 (1H, d, J = 4,5 Hz), 4,34-4,14 (3H, m) 4,08-3,96 (2H, m), 3,53-3,38 (1H, m), 2,62 (3H, s), 1,16-0,92 (28H, m)
13C RMN (75,5 MHz, CDCh) 8 170,4, 152,3, 150,1, 149,2, 140,75, 123,0 (2C, q, J = 281,8 Hz), 122,3, 95,0, 88,7,
81,5, 78,1, 69,0, 61,4, 59,5, 49,0 (1C, quintuplete, J = 27,9 Hz), 25,7, 17,4, 17,3, 17,2, 17,0, 16,9, 16,9, 16,8, 13,3,
12,9, 12,8, 12,6
MALDI TOF-MS m/z calculado para C2gH45F6N5NaOySi2+ [M+Na]+ 768,27, encontrado 768,81.
(b) N6-Acetil-2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)-5'-O-(4,4'-dimetoxitritil)adenosina (2a)
[Formula 11]
5
10
15
20
25
imagen13
Este compuesto se sintetizo de la misma manera que la usada para el compuesto 2u usando el compuesto 1a en vez del compuesto 1u. El rendimiento fue del 81% (durante 2 etapas, espuma blanca).
1H RMN (300 MHz, CDCl3) 8 9,15 (1H, sa), 8,59 (1H, s), 8,24 (1H, s), 7,47-7,15 (9H, m), 6,79 (4H, d, J = 8,7 Hz), 6,23 (1H, d, J = 4,5 Hz), 4,93 (1H, t, J = 4,5 Hz), 4,86 (2H, s), 4,62-4,54 (1H, m), 4,30-4,24 (1H, m), 3,94 (1H, dd, J =
11,0, 5,1 Hz), 3,83 (1H, dd, J =11,0, 4,5 Hz), 3,76 (6H, s), 3,55 (1H, dd, J = 10,8, 3,0 Hz), 3,45 (1H, dd, J = 10,8, 3,9 Hz), 3,26-3,10 (1H, m), 3,08 (1H, d, J = 5,4 Hz), 2,59 (3H, s)
13C RMN (75,5 MHz, CDCh) 8 170,5, 158,6, 152,4, 150,8, 149,2, 144,3, 141,4, 135,5, 135,4, 130,0, 128,1, 127,9,
127,7, 127,0, 122,8 (2C, q, J = 281,5 Hz), 122,1, 113,2, 95,8, 87,1, 86,8, 84,0, 80,1, 70,4, 62,8, 61,7, 55,2, 48,8 (1C, quintuplete, J = 27,9 Hz), 25,7
MALDI TOF-MS m/z calculado para C38H37F6N5NaOs+ [M+Na]+ 828,24, encontrado 828,83.
(c) 3'-O-(2-Cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de N6-acetil-2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)-5'- O-(4,4'-dimetoxitritil)adenosina (3a)
[Formula 12]
imagen14
Este compuesto se sintetizo de la misma manera que la usada para el compuesto 3u usando el compuesto 2a en vez del compuesto 2u. El rendimiento fue del 70% (espuma blanca).
1H RMN (300 MHz, CDCla) 8 8,83 (1H, sa), 8,59 (1H, s), 8,23 (0,5H, s, diastereomero), 8,23 (0,5H, s, diastereomero), 7,48-7,10 (9H, m), 6,86-6,72 (4H, m), 6,21 (0,5H, d, J = 4,8 Hz, diastereomero), 6,17 (0,5H, d, J = 5,1 Hz, diastereomero), 5,06-4,62 (4H, m), 4,44-4,30 (1H, m), 3,86-3,50 (5H, m), 3,78 (3H, s, diastereomero), 3,77 (3H, s, diastereomero), 3,44-3,32 (1H, m), 3,30-3,08 (1H, m), 2,64-2,56 (1H, m, diastereomero), 2,60 (1,5H, s, diastereomero), 2,42-2,32 (1H, m, diastereomero), 2,35 (1,5h, s, diastereomero), 1,14-1,00 (14H, m)
l3C RMN (75,5 MHz, CDCh) 8 170,4, 158,6, 152,3, 150,9, 149,2, 144,4, 144,3, 141,7, 141,6, 135,5, 135,4, 135,4,
130,1, 130,1, 128,2, 128,2, 127,8, 127,0, 122,8 (2C, q, J = 282,9 Hz), 122,1, 117,5, 117,3, 113,1, 95,2, 87,4, 87,3,
86,7, 86,7, 83,8, 83,2, 83,2, 78,0, 77,7, 77,6, 71,5, 71,4, 71,3, 71,1, 62,5, 61,5, 58,5, 58,3, 58,0, 57,8, 55,2, 55,2, 48,7 (1C, quintuplete, J = 27,9 Hz), 43,4, 43,2, 43,1,25,6, 24,7, 24,6, 24,4, 20,3, 20,2, 20,2, 20,1
5
10
15
20
25
31P RMN (121,5 MHz, CDCI3) 8 151,7 (0,5P, s, diastereomero), 151,6 (0,5P, s, diastereomero)
ESI TOF-MS m/z calculado para C47H55F6NyOgP+ [M+H]+ 1006,37, encontrado 1006,39.
Ejemplo 3
(a) N4-Acetil-2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropildisiloxano-1,3-di-il) citidina (1c)
[Formula 13]
imagen15
Este compuesto se sintetizo de la misma manera que la usada para el compuesto 1u usando N4-acetil-2'-O- metiltiometil-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropildisiloxano-1,3-di-il)citidina en vez de 2'-O-metiltiometil-3',5'-O-(1,1,3,3- tetraisopropildisiloxano-1,3-di-il)uridina. El rendimiento fue del 62% (espuma blanca).
1H RMN (300 MHz, CDCla) 8 9,20 (1H, sa), 8,31 (1H, d, J = 7,5 Hz), 7,41 (1H, d, J = 7,5 Hz), 5,77 (1H, s), 5,12 (1H, d, J = 6,9 Hz), 4,98 (1H, d, J = 6,9 Hz), 4,32-3,94 (7H, m), 3,50-3,34 (1H, m), 2,24 (3H, s), 1,11-0,88 (28H, m)
13C RMN (75,5 MHz, CDCla) 8 171,2, 163,4, 154,8, 144,0, 123,1 (2C, q, J = 281,5 Hz), 96,6, 94,7, 89,9, 81,9, 78,3,
67,6, 61,3, 59,3, 48,8 (1C, quintuplete, J = 27,6 Hz), 24,7, 17,5, 17,4, 17,3, 17,2, 16,9, 16,9, 16,8, 13,2, 13,1, 12,8, 12,5
MALDI TOF-MS m/z calculado para C28H45F6N3NaOaSi2+ [M+Na]+ 744,25, encontrado 744,97.
(b) N4-Acetil-2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)-5'-O-(4,4'-dimetoxitritil)citidina (2c)
[Formula 14]
imagen16
Este compuesto se sintetizo de la misma manera que la usada para el compuesto 2u usando el compuesto 1c en vez del compuesto 1u. El rendimiento fue del 94% (durante 2 etapas, espuma blanca).
1H RMN (300 MHz, CDCh) 8 9,34 (1H, sa), 8,49 (1H, d, J = 7,5 Hz), 7,46-7,22 (9H, m), 7,13 (1H, d, J = 7,5 Hz), 6,87 (4H, d, J = 9,3 Hz), 5,94 (1H, s), 5,26 (1H, d, J = 6,9 Hz), 4,93 (1H, d, J = 6,9 Hz), 4,50-4,38 (1H, m), 4,24 (1H, d, J = 5,1 Hz), 4,12-3,92 (3H, m), 3,81 (6H, s), 3,66 (1H, dd, J = 11,3, 3,0 Hz), 3,54 (1H, dd, J = 11,3, 2,4 Hz), 3,40-3,22 (1H, m), 2,45 (1H, d, J = 9,6 Hz), 2,21 (3H, s)
5
10
15
20
25
13C RMN (75,5 MHz, CDCI3) 8 170,7, 162,9, 158,7, 158,7, 155,0, 144,6, 144,2, 135,4, 135,2, 130,1, 128,1, 128,1,
127,2, 122,9 (2C, q, J = 285,2 Hz), 113,3, 96,9, 94,9, 89,5, 87,1, 82,9, 79,8, 67,8, 61,5, 60,7, 55,2, 48,8 (1C, quintuplete, J = 27,9 Hz), 24,7
MALDI TOF-MS m/z calculado para C37H37F6N3NaOg+ [M+Na]+ 804,23, encontrado 804,85.
(c) 3'-O-(2-Cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de N4-acetil-2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)-5'- O-(4,4'-dimetoxitritil)citidina (3c)
[Formula 15]
imagen17
Este compuesto se sintetizo de la misma manera que la usada para el compuesto 3u usando el compuesto 2c en vez del compuesto 2u. El rendimiento fue del 86% (espuma blanca).
1H RMN (300 MHz, CDCls) 8 10,35 (1H, sa), 8,56 (0,7H, d, J = 7,8 Hz, diastereomero), 8,49 (0,3H, d, J = 7,8 Hz, diastereomero), 7,48-7,24 (9H, m), 7,05 (0,7H, d, J = 7,8 Hz, diastereomero), 6,95 (0,3H, d, J = 7,8 Hz, diastereomero), 6,90-6,81 (4H, m), 5,98 (1H, s), 5,08-4,96 (2H, m), 4,60-4,42 (1H, m), 4,32-3,98 (4H, m), 3,81 (4,2H,
s, diastereomero), 3,80 (1,8H, s, diastereomero), 3,76-3,40 (5H, m), 2,64-2,54 (0,6H, m, diastereomero), 2,42 (1,4H,
t, J = 6,3 Hz, diastereomero), 2,23 (2,1H, s, diastereomero), 2,22 (0,9H, s, diastereomero), 1,21-0,96 (14H, m)
13C RMN (75,5 MHz, CDCla) 8 170,9, 170,8, 163,2, 163,1, 158,7, 154,8, 144,5, 144,0, 143,9, 135,2, 135,1, 135,0,
135,0, 130,2, 130,2, 128,3, 127,9, 127,2, 123,2 (2C, q, J = 282,1 Hz), 117,4, 117,3, 113,2, 96,9, 95,1, 94,7, 90,0,
89,9, 87,1, 87,0, 81,8, 81,7, 81,6, 81,5, 78,6, 78,4, 70,2, 69,9, 68,9, 68,7, 61,5, 61,3, 60,4, 60,2, 58,3, 58,0, 57,8,
55.2, 55,1, 48,8 (1C, quintuplete, J = 27,9 Hz), 46,1, 43,2, 43,0, 29,6, 29,3, 24,6, 24,6, 24,6, 24,5, 24,5, 24,4, 24,3,
24.3, 20,2, 20,2, 20,1
31P RMN (121,5 MHz, CDCls) 8 152,4 (0,3P, s, diastereomero), 150,5 (0,7P, s, diastereomero);
ESI TOF-MS m/z calculado para C46H55F6N5O10P+ [M+H]+ 982,36, encontrado 982,43.
Ejemplo 4
(a) N2-Fenoxiacetil-2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropildisiloxano-1,3-di- il)guanosina (1g)
[Formula 16]
imagen18
Este compuesto se sintetizo de la misma manera que la usada para el compuesto 1u usando N2-fenoxiacetil-2'-O- metiltiometil-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropildisiloxano-1,3-di-il)guanosina en vez de 2'-O-metiltiometil-3',5'-O-(1,1,3,3- tetraisopropildisiloxano-1,3-di-il)uridina. El rendimiento fue del 53% (espuma blanca).
5 1H RMN (300 MHz, CDCls) 8 11,85 (1H, sa), 9,15 (1H, sa), 8,06 (1H, s), 7,36 (2H, t, J = 7,8 Hz), 7,10 (1H, t, J = 7,8
Hz), 6,97 (2H, d, J = 7,8 Hz), 5,94 (1H, s), 5,08 (1H, d, J = 7,2 Hz), 5,00 (1H, d, J = 7,2 Hz), 4,71 (2H, s), 4,55 (1H, dd, J = 9,6, 4,5 Hz), 4,38-3,92 (6H, m), 3,28-3,10 (1H, m), 1,20-0,70 (28H, m)
13C RMN (75,5 MHz, CDCla) 8 169,6, 156,4, 155,2, 146,7, 146,3, 136,7, 130,0, 123,1, 122,9 (2C, q, J = 281,5 Hz), 114,8, 94,8, 87,5, 81,4, 78,8, 68,8, 67,1, 61,4, 59,5, 48,8 (1C, quintuplete, J = 27,9 Hz), 17,4, 17,3, 17,2, 17,0, 16,9, 10 16,9, 16,8, 13,3, 13,0, 12,9, 12,6
MALDI TOF-MS m/z calculado para C35H49F6N5NaO9Si2+ [M+Na]+ 876,29, encontrado 876,94.
(b) N2-Fenoxiacetil-2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)-5'-O-(4,4'-dimetoxitritil)guanosina (2g)
[Formula 17]
imagen19
15 Este compuesto se sintetizo de la misma manera que la usada para el compuesto 2u usando el compuesto 1g en vez del compuesto 1u. El rendimiento fue del 64% (durante 2 etapas, espuma blanca).
1H RMN (300 MHz, CDCh) 8 11,82 (1H, sa), 9,07 (1H, sa), 7,84 (1H, s), 7,46-7,14 (11H, m), 7,08 (1H, t, J = 7,5 Hz), 6,91 (2H, d, J = 7,5 Hz), 6,79 (4H, d, J = 8,7 Hz), 6,05 (1H, d, J = 5,4 Hz), 4,83 (2H, dd, J = 10,8, 7,2 Hz), 4,74 (1H, t, J = 5,1 Hz), 4,62 (2H, s), 4,54-4,46 (1H, m), 4,28-4,21 (1H, m), 3,98 (1H, dd, J = 11,1, 5,4 Hz), 3,82 (1H, dd, J = 11,1, 20 4,8 Hz), 3,76 (6H, s), 3,46 (1H, dd, J = 10,8, 3,0 Hz), 3,40 (1H, dd, J = 10,8, 4,2 Hz), 3,20-3,02 (1H, m), 2,90 (1H, sa)
13C RMN (75,5 MHz, CDCh) 8 169,5, 158,6, 156,3, 155,2, 147,9, 146,4, 144,3, 137,3, 135,4, 135,3, 130,0, 123,0,
129,1, 128,1, 128,0, 127,1, 123,0, 122,8 (2C, q, J = 282,3 Hz), 114,8, 113,2, 113,1, 95,8, 86,8, 85,7, 84,1,80,4, 70,7,
66,8, 63,3, 61,7, 55,2, 48,7(1C, quintuplete, 27,9 Hz)
MALDI TOF-MS m/z calculado para C44H41F6N5NaO-i0+ [M+Na]+ 936,26, encontrado 937,01.
25 (c) 3'-O-(2-Cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de N2-fenoxiacetil-2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-
trifluoropropanoximetil)-5'-O-(4,4'-dimetoxitritil)guanosina (3g)
[Formula 18]
5
10
15
20
25
imagen20
Este compuesto se sintetizo de la misma manera que la usada para el compuesto 3u usando el compuesto 2g en vez del compuesto 2u. El rendimiento fue del 51% (espuma blanca).
1H RMN (300 MHz, CDCls) 8 7,88 (0,5H, s, diastereomero), 7,87 (0,5H, s, diastereomero), 7,45-7,16 (11H, m), 7,07 (1H, t, J = 7,5 Hz), 6,93 (1H, d, J = 8,7 Hz, diastereomero), 6,88 (1H, d, J = 8,7 Hz, diastereomero), 6,81 (2H, d, J = 2,3 Hz, diastereomero), 6,78 (2H, d, J = 2,3 Hz, diastereomero), 6,07 (0,5H, d, J = 6,0 Hz, diastereomero), 6,01 (0,5H, d, J = 6,3 Hz, diastereomero), 4,92-4,78 (2H, m), 4,75-4,68 (1H, m), 4,63-4,54 (2H, m), 4,41-4,35 (0,5H, m, diastereomero), 4,32-4,35 (0,5H, m, diastereomero), 4,04-3,28 (7H, m), 3,77 (6H, s), 3,18-3,00 (1H, m), 2,65 (1H, t, J = 6,3 Hz, diastereomero), 2,35 (1H, t, J = 6,3 Hz, diastereomero), 1,44-1,00 (14H, m)
13C RMN (75,5 MHz, CDCla) 8 169,7, 169,5, 158,6, 156,5, 156,5 155,6, 148,1, 146,7, 146,6, 144,3, 144,2, 137,5,
137,2, 135,5, 135,4, 135,2, 130,1, 130,0, 130,0, 129,9, 128,2, 128,0, 128,0, 127,9, 127,1, 122,8 (2C, q, J = 279,7 Hz), 122,8, 122,8, 122,2, 122,0, 117,5, 117,3, 114,8, 113,2, 113,2, 95,2, 95,1, 86,8, 86,7, 85,8, 85,7, 84,2, 83,8, 83,8,
78,6, 77,8, 77,7, 71,9, 71,7, 71,4, 71,2, 66,9, 63,1, 61,6, 58,7, 58,5, 57,8, 57,5, 55,2, 55,2, 52,8, 48,6 (1C, quintuplete, J = 27,9 Hz), 45,9, 43,4, 43,2, 43,0, 29,7, 24,7, 24,6, 24,5, 24,4, 20,3, 20,2, 20,1,20,1
31P RMN (121,5 MHz, CDCh) 8 151,7 (0,5P, s, diastereomero), 151,6 (0,5P, s, diastereomero);
ESI TOF-MS m/z calculado para C5aH59F6N7O11P+ [M+H]+ 1114,39, encontrado 1114,50.
Ejemplo 5
(a) 5'-O-(4,4'-Dimetoxitritil)-2'-O-,3'-O-bis(benciloxicarbonil)uridina (4u)
[Formula 19]
imagen21
A una disolucion de 5'-O-(4,4'-dimetoxitritil)uridina (300 mg, 500 |imol) en diclorometano/NaHCO3 acuoso al 5% (1:1, v/v, 5 ml) se anadio Z-NT (400 mg, 1,5 mmol) e i-Pr2NEt (900 |il, 5,0 mmol), y se agito la mezcla durante 1 hora. La mezcla de reaccion se diluyo con diclorometano (10 ml) y se lavo con NaHCO3 acuoso al 5% (3 x 10 ml). Se extrajo de nuevo la fase acuosa con diclorometano (10 ml) y se seco la fase organica combinada sobre Na2SO4, se filtro para separar Na2SO4, y se seco a presion reducida. Se purifico el residuo mediante cromatograffa en gel de sflice (eluyente: del 0 al 2% de metanol en diclorometano) para dar el compuesto objetivo 4u (370 mg, el 93%) como
5
10
15
20
25
30
espuma blanca.
1H RMN (300 MHz, CDCI3) 8 7,91 (1H, sa), 7,70 (1H, d, J = 8,4 Hz), 7,40-7,22 (19H, m), 6,88-6,81 (4H, m), 6,23 (1H, d, J = 5,4 Hz), 5,56-5,46 (2H, m), 5,33-5,27 (1H, m), 5,19 (1H, d, J = 12,0 Hz), 5,14 (1H, d, J = 12,0 Hz), 5,12 (2H, s), 4,32-4,28 (1H, m), 3,80 (6H, s), 3,58-3,42 (2H, m).
(b) 2'-O-,3'-O-Bis(benciloxicarbonil)uridina (5u)
[Formula 20]
imagen22
A una disolucion del compuesto 4u (370 mg, 460 |imol) en diclorometano (50 ml) se anadio DCA (1,5 ml). Se agito la mezcla durante 10 minutos, y se lavo con NaHCO3 acuoso al 5% (3 x 50 ml). Se extrajo de nuevo la fase acuosa con diclorometano (10 ml) y se seco la fase organica combinada sobre Na2SO4, se filtro para separar Na2SO4, y se seco a presion reducida. Se purifico el residuo mediante cromatograffa en gel de s^lice (eluyente: del 0 al 4% de metanol en diclorometano) para dar el compuesto objetivo 5u (200 mg, el 87%) como espuma blanca.
1H RMN (300 MHz, CDCh) 8 8,48 (1H, sa), 7,52 (1H, d, J = 8,2 Hz), 7,37-7,33 (10H, m), 5,86 (1H, d, J = 6,0 Hz), 5,75 (1H, d, J = 8,2 Hz), 5,59 (1H, dd, J = 6,0, 5,4 Hz), 5,45 (1H, dd, J = 5,4, 3,0 Hz), 5,13 (2H, s), 5,12 (2H, d, J = 0,6 Hz), 4,32-4,26 (1H, m), 4,00-3,78 (2H, m), 2,94-2,86 (1H, m).
(c) Fosfato de 2-cianoetilo y 5'-O-(4,4'-dimetoxitritil)-2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)uridin-3'-ilo y 2'-O-,3'-O-bis(benciloxicarbonil)uridin-5'-ilo (6uu)
[Formula 21]
imagen23
El compuesto 3u (52,7 mg, 56 |imol) y el compuesto 5u (24,6 mg, 48 |imol) se secaron mediante coevaporacion repetida con tolueno seco, y finalmente se disolvieron en acetonitrilo seco (500 |il). A la disolucion, se le anadio tetrazol (7,9 mg, 114 |imol), y la reaccion se dejo a temperatura ambiente durante 3 horas. Despues se anadio hidroperoxido de terc-butilo (40 |il, 70% en agua) a la mezcla de reaccion, y se agito adicionalmente la mezcla durante 30 minutos. La mezcla de reaccion se diluyo con diclorometano (25 ml), y se lavo con NaHCO3 acuoso al 5% (2 x 25 ml). Se extrajo de nuevo la fase acuosa con diclorometano (2 x 25 ml) y se seco la fase organica combinada sobre Na2SO4, se filtro para separar Na2SO4 y se seco a presion reducida. Se purifico el residuo mediante cromatograffa en gel de sflice (eluyente: del 0 al 4% de metanol en diclorometano, que contema piridina al 0,5%) para dar el compuesto objetivo 6uu (52,9 mg, el 81%) como espuma blanca.
1H RMN (300 MHz, CDCh) 8 9,65-9,50 (2H, m), 7,78 (1H, d, J = 7,8 Hz), 7,40-7,15 (19H, m), 7,09 (1H, d, J = 8,1 Hz), 6,90-6,80 (4H, m), 6,01 (1H, t, J = 4,8 Hz), 5,82-5,52 (2H, m), 5,51-5,42 (2H, m), 5,34-5,26 (1H, m), 5,16-4,98 (4H, m), 4,96-4,78 (2H, m), 4,64-4,54 (1H, m), 4,44-3,90 (9H, m), 3,82-3,52 (6H, m), 3,64-3,46 (2H, m), 3,34-3,14 (1H, m),
5
10
15
20
25
30
2,80-2,52 (2H, m)
31P RMN (121,5 MHz, CDCI3) 8 -1,5 (0,5P, s, diastereomero), -1,7 (0,5P, s, diastereomero).
(d) Fosfato de 2-cianoetilo y 2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)uridin-3'-ilo y 2'-O-,3'-O- bis(benciloxicarbonil)uridin-5'-ilo (7uu)
[Formula 22]
A una disolucion del compuesto 6uu (52,9 mg, 39 |imol) en diclorometano (4 ml) se le anadio DCA (120 |il). Se agito la mezcla a temperatura ambiente durante 15 minutos y se lavo con NaHCO3 acuoso al 5% (2 x 5 ml). Se extrajo de nuevo la fase acuosa con diclorometano (5 ml) y se seco la fase organica combinada sobre Na2SO4, se filtro para separar Na2SO4 y se seco a presion reducida. Se purifico el residuo mediante cromatograffa en gel de sflice (eluyente: del 1 al 4% de metanol en diclorometano) para dar el compuesto objetivo 7uu (33,0 mg, el 79%) como espuma blanca.
1H RMN (300 MHz, CDCh) 8 10,26-9,84 (2H, m), 7,88 (0,5H, d, J = 8,1 Hz, diastereomero), 7,85 (0,5H, d, J = 8,7 Hz, diastereomero), 7,36-7,26 (11H, m), 5,94 (0,5H, d, J = 5,4 Hz, diastereomero), 5,91 (0,5H, d, J = 4,8 Hz, diastereomero), 5,80-5,48 (5H, m), 5,18-5,00 (4H, m), 4,90-4,77 (2H, m), 4,68-4,22 (7H, m), 4,08-3,76 (4H, m), 3,403,22 (1H, m), 2,81-2,67 (2H, m), 2,09 (1H, sa)
31P RMN (121,5 MHz, CDCh) 8 -0,9 (0,5P, s, diastereomero), -2,5 (0,5P, s, diastereomero).
(e) Fosfato de 2-cianoetilo y 2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3-trifluoropropanoximetil)uridin-3'-ilo y uridin-5'-ilo (8uu)
[Formula 23]
A una disolucion del compuesto 7uu (55,0 mg, 51,6 |imol) en metanol (1,0 ml) se le anadio Pd(OH)2 al 20%/C (10 mg), y se agito la mezcla vigorosamente durante la noche a temperatura ambiente bajo atmosfera de hidrogeno. Se filtro la mezcla de reaccion a traves de un lecho de Celite y se seco el filtrado a presion reducida para dar el compuesto objetivo 8uu (40 mg, 97%) como espuma blanca
1H RMN (300 MHz, CD3OD) 8 8,03 (0,5H, d, J = 2,1 Hz, diastereomeros), 8,01 (0,5H, d, J = 1,8 Hz, diastereomeros), 7,71 (0,5H, d, J = 7,8 Hz, diastereomeros), 7,67 (0,5H, d, J = 7,8 Hz, diastereomeros), 6,20-6,08 (1H, m), 5,90-5,70 (3H, m), 5,12-5,04 (1H, m), 4,92-4,82 (1H, m), 4,64-4,28 (10H, m), 4,26-4,10 (2H, m), 4,10-3,86 (2H, m), 3,86-3,68 (2H, m), 3,34-3,28 (1H, m), 2,98-2,88 (2H, m), 1,29 (1H, sa)
MALDI TOF-MS m/z calculado para C26H30F6N5NaO-i5P+ [M+Na]+ 820,13, encontrado 820,30.
Ejemplo 6
imagen24
imagen25
5
10
15
20
25
30
3'-O-((3S,3aR)-3-Fenilhexahidropirrolo[1,2-c][1,3,2]oxazafosfol-1-il)-N6-acetil-2'-O-(2-trifluorometil-3,3,3- trifluoropropanoximetil)-5'-O-(4,4'-dimetoxitritil)adenosina ((Sp)-9a)
[Formula 24]
imagen26
Se seco el compuesto 2a (163,8 mg, 200 |imol) mediante coevaporaciones repetidas con piridina seca y tolueno seco, y se disolvio en tetrahidrofurano seco (600 |il). Se anadieron sucesivamente Et3N (141 |il, 1 mmol) y una disolucion de (3S,3aR)-1-cloro-3-fenilhexahidropirrolo[1,2-c][1,3,2]oxazafosfol (disolucion 0,5 M en tetrahidrofurano, 800 |il, 400 |imol) gota a gota a la disolucion a -78°C con agitacion. Se agito la mezcla a temperatura ambiente durante 40 minutos, despues se vertio en NaHCO3 acuoso saturado enfriado con hielo (20 ml), y se extrajo con cloroformo (20 ml). La fase organica se lavo con NaHCO3 acuoso saturado enfriado con hielo (2 x 20 ml), y la fase acuosa combinada se extrajo de nuevo con cloroformo (20 ml). Se seco la fase organica combinada sobre Na2SO4, se filtro para separar Na2SO4 y se seco a presion reducida. Se purifico el residuo mediante cromatograffa en gel de silice (eluyente: acetato de etilo:n-hexano = 1:3 que contema Et3N al 0,5%) para dar el compuesto objetivo (Sp)-9a (130,4 mg, 63%) como espuma blanca.
1H RMN (300 MHz, CDCh) 8 8,58 (1H, s), 8,23 (1H, s), 7,50-7,12 (14H, m), 6,80 (4H, d, J = 9,0 Hz), 6,21 (1H, d, J = 4,2 Hz), 5,77 (1H, d, J = 6,3 Hz), 5,04-4,86 (1H, m), 4,82 (1H, d, J = 7,2 Hz), 4,69 (1H, d, J = 7,2 Hz), 4,44-4,32 (1H, m), 3,92-3,36 (5H, m), 3,78 (6H, s), 3,18-2,98 (2H, m), 2,61 (3H, s), 1,80-1,50 (2H, m), 1,34-0,78 (4H, m)
31P RMN (121,5 MHz, CDCh) 8 157,2.
Ejemplo 7
Mediante el uso del compuesto 1u o el compuesto 2u obtenido en el ejemplo 1, se examinaron las condiciones de eliminacion del grupo protector. La concentracion de sustrato fue de 0,1 M, siempre que la concentracion de sustrato para los numeros de reaccion 4, 5, 7 y 8 fuera de 10 mM. Se llevaron a cabo las reacciones a temperatura ambiente, y se confirmo el avance de las reacciones mediante cromatograffa en capa fina. Las condiciones de reaccion y los resultados se muestran en la tabla 1 (en la tabla, Me representa un grupo metoxilo, TBAF representa fluoruro de tetrabutilamonio, THF representa tetrahidrofurano, DBU representa 1,8-diazabiciclo[5.4.0]undec-7-eno, TMSC1 representa cloruro de trimetilsililo, EtOH representa etanol, Et3N representa trietilamina, DCA representa acido dicloroacetico, DCM representa diclorometano y TFA representa acido trifluoroacetico). Los resultados mostrados en la tabla 1 revelaron que el grupo protector de la presente invencion podfa retirarse de manera extremadamente rapida en condiciones suaves permitiendo que un compuesto de fluor tal como fluoruro de tetrabutilamonio actuara sobre el, y fuera estable en condiciones acidas.
[Tabla 1]
imagen27
entrada
condiciones resultados a
1
TBAF 1 M / THF 100% desprotegido (<1 min)
2
DBU 0,5 M / CH3CN 100% desprotegido (2 h)
3
DBU 0,5 M / CH3CN-TMSCl (9:1, v/v) 100% desprotegido (30 min)
4 b
NH3-EtOH conc. (3:1, v/v) 100% desprotegido (1 h)
5 b
NH3 2 M / EtOH ta, estable
6
Et3N-3HF 1 M estable (>1 dfa)
7 b
DCA al 3%/DCM estable (>1 d^a)
8 b
TFA al 1%/DCM 5% desprotegido (12 h)
Aplicabilidad industrial
El grupo protector representado por la formula general (I) mencionada anteriormente es estable en las condiciones de reaccion de los ciclos de smtesis de acidos nucleicos y tiene un impedimenta esterico pequeno, y puede retirarse muy eficazmente en un tiempo corto mediante tratamiento con, por ejemplo, un compuesto de fluor en condiciones 5 suaves. Por tanto, el grupo tiene caractensticas ideales como grupo protector para el grupo 2'-hidroxilo de un ribonucleosido, un ribonucleotido, o un derivado del mismo, y puede usarse para la smtesis industrial de acidos nucleicos.

Claims (5)

  1. 5
    10
  2. 2.
    15
  3. 3.
  4. 4.
    20 5.
  5. 6.
    25
    30
    REIVINDICACIONES
    Ribonucleosido o ribonucleotido, o un derivado del mismo, en el que el atomo de ox^geno del grupo 2'- hidroxilo esta protegido con un grupo protector, en el que el grupo protector se representa por la siguiente formula general (I):
    imagen1
    en la que, el atomo de oxfgeno unido con * representa un atomo de oxfgeno del grupo 2'-hidroxilo de un ribonucleosido, o un ribonucleotido o un derivado del mismo; R1 y R2 representan ambos un atomo de hidrogeno, R3 y R4 representan un atomo de hidrogeno, y R5 y R6 representan independientemente un grupo alquilo C1-6 fluorosustituido,
    en el que el derivado es un ribonucleosido protegido, un ribonucleotido protegido, un oligonucleotido, un compuesto ribonucleotfdico reactivo usado para la smtesis de oligonucleotidos, o un compuesto nucleotfdico o compuesto oligonucleotfdico inmovilizado en una fase solida y protegido con uno o mas grupos protectores.
    Ribonucleosido o ribonucleotido, o un derivado del mismo segun la reivindicacion 1, en el que R5 y R6 representan el mismo grupo alquilo C1-6 fluorosustituido.
    Ribonucleosido o ribonucleotido, o un derivado del mismo segun la reivindicacion 1, en el que R5 y R6 representan el mismo grupo perfluoro(alquilo C1-6).
    Ribonucleosido o ribonucleotido, o un derivado del mismo segun la reivindicacion 1, en el que ambos R5 y R6 son grupos trifluorometilo.
    Ribonucleosido o ribonucleotido, o un derivado del mismo segun la reivindicacion 1, que es un compuesto de fosforoamidita.
    Ribonucleosido o ribonucleotido, o un derivado del mismo segun la reivindicacion 5, en el que el compuesto de fosforoamidita es un compuesto representado por la siguiente formula general (II):
    imagen2
    en la que, B representa una nucleobase natural o no natural que puede tener un grupo protector; R1, R2, R3, R4, R5 y R6 tienen los mismos significados que los definidos anteriormente; R11 representa un grupo tritilo que puede tener un sustituyente (dos grupos fenilo de los tres grupos fenilo que constituyen el grupo tritilo pueden unirse entre sf mediante un atomo de oxfgeno para formar un anillo de xanteno); R12 y R13 representan independientemente un grupo alquilo C1-6, o R12 y R13 pueden unirse entre sf para formar un anillo de 5 o 6 miembros saturado (este anillo puede tener uno o dos o mas atomos de oxfgeno o atomos de azufre como atomos que constituyen el anillo); R14 y R15 representan independientemente un atomo de hidrogeno o un grupo alquilo C1-6, siempre que R14 pueda unirse a R13 para formar un anillo de 5 o 6 miembros; R16 representa un grupo electroaceptor, o cuando R14 se une a R13 para formar un anillo de 5 o 6 miembros, R16 representa un grupo ciano, un grupo nitro, un grupo alquilsulfonilo, un atomo de halogeno, un grupo alquilo C1-6 fluorosustituido, o un atomo de hidrogeno; y R17 y R18 representan un atomo de hidrogeno o un grupo alquilo C1-6, o R , R y R se unen entre sf para representar un grupo arilo junto con el atomo de carbono al que se unen.
    Ribonucleosido o ribonucleotido, o un derivado del mismo segun la reivindicacion 6, que es un compuesto representado por la siguiente formula (IIA):
    5
    10
    15
    20
    25
    30
    imagen3
    en la que los sfmbolos tienen los mismos significados que los definidos anteriormente.
    Metodo para preparar un acido oligorribonucleico, que usa el compuesto de fosforoamidita segun la reivindicacion 6 o 7.
    Metodo para introducir el grupo protector segun la formula general (I) en la que R1 a R6 tienen el mismo significado que en la reivindicacion 1, que comprende la etapa de hacer reaccionar el reactivo que comprende un compuesto representado por la siguiente formula general (III):
    imagen4
    en la que, R3, R4, R5 y R6 tienen los mismos significados que los definidos anteriormente, en la que R21 es un grupo hidroxilo y un ribonucleosido, un ribonucleotido o un derivado de los mismos de los cuales el grupo 2'-hidroxilo esta protegido con un grupo alquiltiometilo C1-6,
    en el que el derivado es un ribonucleosido protegido, un ribonucleotido protegido, un oligonucleotido, un compuesto ribonucleotfdico reactivo usado para la smtesis de oligonucleotidos, o un compuesto nucleotidico o compuesto oligonucleotidico inmovilizado en una fase solida y protegido con uno o mas grupos protectores.
    Metodo para introducir el grupo protector segun la formula general (I) en la que R1 a R6 tienen el mismo significado que en la reivindicacion 1, que comprende la etapa de hacer reaccionar el reactivo que comprende un compuesto representado por la siguiente formula general (III):
    imagen5
    en la que, R3, R4, R5 y R6 tienen los mismos significados que los definidos anteriormente, R21 representa R22-SC(R1)(R2)-O- (en la formula, R22 representa un grupo alquilo C1-6, y R1 y R2 tienen los mismos significados que los definidos anteriormente), o X-C(R1)(R2)-O- (en la formula, X representa un atomo de cloro, atomo de bromo, un grupo alquilsulfonilo o un grupo arilsulfonilo, y R1 y R2 tienen los mismos significados que los definidos anteriormente)
    y un ribonucleosido, un ribonucleotido o un derivado del mismo del cual el grupo 2'-hidroxilo no esta protegido,
    en el que el derivado es un ribonucleosido protegido, un ribonucleotido protegido, un oligonucleotido, un compuesto ribonucleotfdico reactivo usado para la smtesis de oligonucleotidos, o un compuesto nucleotfdico o compuesto oligonucleotfdico inmovilizado en una fase solida y protegido con uno o mas grupos protectores.
ES10817185.1T 2009-09-16 2010-09-15 Grupo protector novedoso para sintetizar ARN y derivados del mismo Active ES2586683T3 (es)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US24287709P 2009-09-16 2009-09-16
US242877P 2009-09-16
PCT/JP2010/065900 WO2011034072A1 (ja) 2009-09-16 2010-09-15 Rna及びその誘導体合成のための新規保護基

Publications (1)

Publication Number Publication Date
ES2586683T3 true ES2586683T3 (es) 2016-10-18

Family

ID=43758673

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
ES10817185.1T Active ES2586683T3 (es) 2009-09-16 2010-09-15 Grupo protector novedoso para sintetizar ARN y derivados del mismo

Country Status (6)

Country Link
US (1) US8470987B2 (es)
EP (1) EP2479182B8 (es)
JP (2) JP5878758B2 (es)
CN (1) CN102574888A (es)
ES (1) ES2586683T3 (es)
WO (1) WO2011034072A1 (es)

Families Citing this family (48)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2370451B1 (en) 2008-12-02 2016-11-16 Wave Life Sciences Japan, Inc. Method for the synthesis of phosphorus atom modified nucleic acids
AU2010270714B2 (en) 2009-07-06 2015-08-13 Wave Life Sciences Ltd. Novel nucleic acid prodrugs and methods use thereof
US8470987B2 (en) * 2009-09-16 2013-06-25 Chiralgen, Ltd. Protective group for synthesis of RNA and derivative
EP2620428B1 (en) 2010-09-24 2019-05-22 Wave Life Sciences Ltd. Asymmetric auxiliary group
US8822671B2 (en) * 2010-11-30 2014-09-02 The University Of Tokyo 2'-O-modified RNA
JP6128529B2 (ja) 2011-07-19 2017-05-17 ウェイブ ライフ サイエンシズ リミテッドＷａｖｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｌｔｄ． 官能化核酸の合成のための方法
CN104661664B (zh) 2012-07-13 2020-07-03 波涛生命科学有限公司 手性控制
EP2872485B1 (en) 2012-07-13 2020-12-16 Wave Life Sciences Ltd. Asymmetric auxiliary group
US9617547B2 (en) 2012-07-13 2017-04-11 Shin Nippon Biomedical Laboratories, Ltd. Chiral nucleic acid adjuvant
US8859754B2 (en) * 2012-07-31 2014-10-14 Ased, Llc Synthesis of deuterated ribo nucleosides, N-protected phosphoramidites, and oligonucleotides
US10322173B2 (en) 2014-01-15 2019-06-18 Shin Nippon Biomedical Laboratories, Ltd. Chiral nucleic acid adjuvant having anti-allergic activity, and anti-allergic agent
JPWO2015108047A1 (ja) 2014-01-15 2017-03-23 株式会社新日本科学 免疫誘導活性を有するキラル核酸アジュバンド及び免疫誘導活性剤
WO2015108048A1 (ja) 2014-01-15 2015-07-23 株式会社新日本科学 抗腫瘍作用を有するキラル核酸アジュバンド及び抗腫瘍剤
CA2936712A1 (en) 2014-01-16 2015-07-23 Meena Chiral design
MA43072A (fr) 2015-07-22 2018-05-30 Wave Life Sciences Ltd Compositions d'oligonucléotides et procédés associés
IL258230B (en) 2015-10-09 2022-09-01 Wave Life Sciences Ltd Oligonucleotide preparations and methods thereof
WO2017160741A1 (en) 2016-03-13 2017-09-21 Wave Life Sciences Ltd. Compositions and methods for phosphoramidite and oligonucleotide synthesis
KR102522059B1 (ko) 2016-04-18 2023-04-14 사렙타 쎄러퓨틱스 인코퍼레이티드 안티센스 올리고머, 및 산성 알파-글루코시다제 유전자와 연관된 질환을 치료하기 위한 이의 사용 방법
CA3022303A1 (en) 2016-04-29 2017-11-02 Sarepta Therapeutics, Inc. Oligonucleotide analogues targeting human lmna
MA45270A (fr) 2016-05-04 2017-11-09 Wave Life Sciences Ltd Compositions d'oligonucléotides et procédés associés
CN109562122A (zh) 2016-06-03 2019-04-02 波涛生命科学有限公司 寡核苷酸、组合物及其方法
MX2018016052A (es) 2016-06-30 2019-05-02 Sarepta Therapeutics Inc Oligomeros de omision de exon para distrofia muscular.
ES2881434T3 (es) * 2016-11-14 2021-11-29 Univ Tokyo Science Found Compuesto polimerizable, compuesto y método para producir oligómero de boranofosfato
JP7296882B2 (ja) 2016-11-23 2023-06-23 ウェイブ ライフ サイエンシズ リミテッド ホスホラミダイト及びオリゴヌクレオチド合成のための組成物及び方法
EP3554552B1 (en) 2016-12-19 2022-08-17 Sarepta Therapeutics, Inc. Exon skipping oligomer conjugates for muscular dystrophy
PL3554553T3 (pl) 2016-12-19 2022-11-07 Sarepta Therapeutics, Inc. Koniugaty oligomerów z pominięciem egzonu w dystrofii mięśniowej
EP4122497B1 (en) 2016-12-19 2024-04-10 Sarepta Therapeutics, Inc. Exon skipping oligomer conjugates for muscular dystrophy
US11603532B2 (en) 2017-06-02 2023-03-14 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotide compositions and methods of use thereof
CN110997692A (zh) 2017-06-02 2020-04-10 波涛生命科学有限公司 寡核苷酸组合物及其使用方法
JP7402696B2 (ja) 2017-06-21 2023-12-21 ウェイブ ライフ サイエンシズ リミテッド 合成のための化合物、組成物、及び方法
SG11202000274RA (en) 2017-08-08 2020-02-27 Wave Life Sciences Ltd Oligonucleotide compositions and methods thereof
SG11202000276YA (en) 2017-09-18 2020-04-29 Wave Life Sciences Ltd Technologies for oligonucleotide preparation
EA201991450A1 (ru) 2017-09-22 2019-12-30 Сарепта Терапьютикс, Инк. Конъюгаты олигомеров для пропуска экзона при мышечной дистрофии
US20210145852A1 (en) 2017-09-28 2021-05-20 Sarepta Therapeutics, Inc. Combination Therapies for Treating Muscular Dystrophy
WO2019067975A1 (en) 2017-09-28 2019-04-04 Sarepta Therapeutics, Inc. POLYTHERAPIES FOR TREATING MUSCLE DYSTROPHY
EP3687519A1 (en) 2017-09-28 2020-08-05 Sarepta Therapeutics, Inc. Combination therapies for treating muscular dystrophy
SG11202001783YA (en) 2017-10-12 2020-03-30 Wave Life Sciences Ltd Oligonucleotide compositions and methods thereof
WO2019079637A2 (en) 2017-10-18 2019-04-25 Sarepta Therapeutics, Inc. ANTISENSE OLIGOMERIC COMPOUNDS
US11401296B2 (en) 2018-04-24 2022-08-02 Sumitomo Chemical Company, Limited Amidite compound and method for producing polynucleotide using said compound
US10765760B2 (en) 2018-05-29 2020-09-08 Sarepta Therapeutics, Inc. Exon skipping oligomer conjugates for muscular dystrophy
EP4219717A3 (en) 2018-06-13 2023-12-20 Sarepta Therapeutics, Inc. Exon skipping oligomers for muscular dystrophy
TW202020153A (zh) 2018-07-27 2020-06-01 美商薩羅塔治療公司 用於肌肉萎縮症之外顯子跳躍寡聚物
WO2020123574A1 (en) 2018-12-13 2020-06-18 Sarepta Therapeutics, Inc. Exon skipping oligomer conjugates for muscular dystrophy
EP3955966A1 (en) 2019-04-18 2022-02-23 Sarepta Therapeutics, Inc. Compositions for treating muscular dystrophy
US20240116977A1 (en) * 2019-10-11 2024-04-11 Sumitomo Chemical Company, Limited Method for producing nucleic acid oligomers
EP4271695A2 (en) * 2020-12-31 2023-11-08 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. 2'-modified nucleoside based oligonucleotide prodrugs
CA3233242A1 (en) 2021-09-30 2023-04-06 Sarepta Therapeutics, Inc. Antisense oligonucleotides having one or more abasic units
WO2024064237A2 (en) 2022-09-21 2024-03-28 Sarepta Therapeutics, Inc. Dmd antisense oligonucleotide-mediated exon skipping efficiency

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DD133885B1 (de) * 1978-01-04 1981-02-25 Hans Lehmann Mittel zur bekaempfung von phytopathogenen bakterien und pilzen
US4542142A (en) 1982-11-22 1985-09-17 Roussel Uclaf Insecticidal cyclopropane carboxylic acid derivatives with 3-unsaturated-side chain
GB0306820D0 (en) * 2003-03-25 2003-04-30 Ici Plc Polymerisation of ethylenically unsaturated monomers
WO2005023828A1 (ja) * 2003-09-02 2005-03-17 Takeshi Wada リボヌクレオチド又はリボヌクレオチド誘導体の製造方法
JP4865544B2 (ja) * 2004-03-25 2012-02-01 株式会社キラルジェン 立体規則性の高いリボヌクレオチド類縁体及びデオキシリボヌクレオチド類縁体の製造法
WO2006022323A1 (ja) * 2004-08-26 2006-03-02 Nippon Shinyaku Co., Ltd. ホスホロアミダイト化合物及びオリゴｒｎａの製法
WO2007064291A1 (en) * 2005-11-30 2007-06-07 Jyoti Chattopadhyaya Method and compounds for rna synthesis
US8470987B2 (en) * 2009-09-16 2013-06-25 Chiralgen, Ltd. Protective group for synthesis of RNA and derivative

Also Published As

Publication number Publication date
EP2479182A1 (en) 2012-07-25
US20110178284A1 (en) 2011-07-21
JPWO2011034072A1 (ja) 2013-02-14
JP5878758B2 (ja) 2016-03-08
JP2016164141A (ja) 2016-09-08
EP2479182A4 (en) 2013-05-08
CN102574888A (zh) 2012-07-11
WO2011034072A1 (ja) 2011-03-24
EP2479182B1 (en) 2016-05-25
EP2479182B8 (en) 2016-07-13
US8470987B2 (en) 2013-06-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
ES2586683T3 (es) Grupo protector novedoso para sintetizar ARN y derivados del mismo
ES2862073T3 (es) Grupo auxiliar asimétrico
EP3904365B1 (en) Chemical compounds
AU2022204691B2 (en) Synthesis of substantially diastereomerically pure phosphate protides
ES2927212T3 (es) Análogos de dioxano de uridina para el tratamiento de cáncer
WO2005028494A1 (ja) ５&#39;-ホスフィチル化モノマーおよびh-ホスホネートオリゴヌクレオチド誘導体の製造方法
EP3137478B1 (en) Phosphorous protecting groups and methods of preparation and use thereof
WO2005005450A1 (ja) 環状ビスジヌクレオシドの合成方法
JP2011088935A (ja) リン原子修飾ヌクレオチド類縁体の製造のための光学活性ヌクレオシド３’−ホスホロアミダイト
JP2020011932A (ja) アルコキシフェニル誘導体、ヌクレオシド保護体およびヌクレオチド保護体、オリゴヌクレオチド製造方法、ならびに、置換基除去方法
JP2024054157A (ja) 修飾ヌクレオシドホスホロアミダイト
WO2019021945A1 (ja) 可視光域で光架橋可能な光応答性ヌクレオチドアナログ
US5807837A (en) Composition and method for the treatment or prophylaxis of viral infections using modified oligodeoxyribonucleotides
US8614312B2 (en) Method for preparing nucleotides and related analogues by synthesis on soluble substrate, and biological tools thus prepared
WO2016110761A1 (en) PROCESS FOR PRODUCING 1-β-D-ARABINOFURANOSYLCYTOSINE AND 2,2&#39;-O-CYCLOCYTIDINE
JP7433684B1 (ja) 疑似固相保護基、それを用いたヌクレオシド保護体又はオリゴヌクレオチド保護体、オリゴアミダイト前駆体の製造方法
JPH069682A (ja) レトロウイルス感染用治療薬としてのポリヌクレオチドホスホロジチオエート
WO2022194924A1 (en) Chiral synthons for the synthesis of chiral phosphorothioates
CN115315430A (zh) 使用了链段型亚磷酰胺化合物的核酸合成法
EA045540B1 (ru) Модифицированные нуклеозидные амидофосфиты
JP2007077043A (ja) ピロリン酸アナログ及びピロリン酸アナログ合成方法
JP2022177332A (ja) オリゴヌクレオチドを製造する方法