ES2552343T3 - Un procedimiento para el análisis de cromosomas de células - Google Patents

Un procedimiento para el análisis de cromosomas de células Download PDF

Info

Publication number
ES2552343T3
ES2552343T3 ES10855744.8T ES10855744T ES2552343T3 ES 2552343 T3 ES2552343 T3 ES 2552343T3 ES 10855744 T ES10855744 T ES 10855744T ES 2552343 T3 ES2552343 T3 ES 2552343T3
Authority
ES
Spain
Prior art keywords
crn
chromosomes
value
dna sequences
chromosome
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
ES10855744.8T
Other languages
English (en)
Inventor
Xiuqing Zhang
Zhaoling Xuan
Fang Chen
Fuman Jiang
Jingrong Lin
Peipei Li
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
BGI Genomics Co Ltd
Original Assignee
BGI Genomics Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by BGI Genomics Co Ltd filed Critical BGI Genomics Co Ltd
Application granted granted Critical
Publication of ES2552343T3 publication Critical patent/ES2552343T3/es
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)

Abstract

Un procedimiento de análisis de la información cromosómica de las células muestra, que incluye las etapas de: romper al azar un genoma de ADN de las células muestra para obtener fragmentos de ADN de un tamaño determinado; secuenciar los fragmentos de ADN para obtener secuencias de ADN; alinear estrictamente las secuencias de ADN resultantes contra una secuencia de referencia del genoma humano para obtener información sobre la ubicación de las secuencias de ADN en los cromosomas específicos; determinar un número total de secuencias de ADN resultantes que se encuentran en regiones únicas en un cromosoma N particular; calcular un valor del % de CrN para el cromosoma N, en el que % de CrN >= el número total de secuencias de ADN resultantes situadas en las regiones únicas en el cromosoma N / un número total de secuencias de ADN resultantes situadas en regiones únicas en todos los cromosomas; y determinar si existe una diferencia entre el número de cromosomas en las células muestra y el número de cromosomas en las células estándar en base al valor calculado de % de CN y un valor de referencia de % de CrN para las células estándar, en el que la determinación se realiza mediante la comparación de una "puntuación z_CrN" contra un valor de referencia Z, en el que la puntuación z CrN >= (el % de CrN calculado de las células muestra - un valor medio del % de CrN ) / una desviación estándar del % de CrN, el valor medio del % de CrN determinado en base al % de CrN para al menos 10 muestras de células estándar y la desviación estándar del % de CrN determinada en base a un valor medio de los valores medios del % de CrN para al menos 10 muestras de celulares estándar, en el que el valor de referencia Z >= (media de % de CrN × 0,5 × % X) / desviación estándar de % de CrN, siendo X un número entero entre -100 y 100 ambos incluidos, y En el que un valor absoluto de la puntuación z_CrN es mayor que o igual a 3 y alcanza un valor absoluto del valor de referencia Z, se determina que hay una diferencia del % de X entre el número de cromosomas en las células muestra y el de las células estándar.

Description

imagen1
imagen2
imagen3
imagen4
imagen5
imagen6
imagen7
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
Breve descripción de las figuras
La figura 1 muestra un diagrama de caja representado de conformidad con 53 muestras celulares de detección, en la que la abscisa representa el número de cromosomas, y la ordenada representa el valor de % CrN.
La Figura 1A muestra los cromosomas 1-6, la figura 1B muestra los cromosomas 7 – 12, la figura 1C muestra los cromosomas 13-17, y la figura 1D muestra los cromosomas 18-22.
Descripción detallada de las realizaciones preferidas
La forma de realización de la invención se describirá con detalle en combinación con los siguientes ejemplos. Una persona experta en la técnica apreciará, sin embargo, que los siguientes ejemplos son meramente con la intención de hacer una descripción de la invención y no se considerarían como la limitación del alcance de la invención. Si las condiciones específicas no están especificadas en los ejemplos, estos ejemplos se realizan de acuerdo con las condiciones de uso habitual o con las recomendadas por los fabricantes. Si no se especifican las fuentes de los reactivos o equipos o instrumentos utilizados en la invención, tales como sus fabricantes, todos ellos están disponibles comercialmente. Los conectores utilizados para la secuenciación y el índice de secuencias marcadas proceden del kit Multiplexing Sample Preparation Oligonutide Kit proporcionado por Illumina.
En los siguientes paréntesis está el número de producto de los fabricantes para cada uno de los reactivos o kits.
Ejemplo 1: Análisis cromosómico de células amnióticas no cultivadas
1. Aislamiento y secuenciación de ADN
El ADN de las células amnióticas se aisló de acuerdo con el procedimiento de manipulación de una pequeña cantidad de genoma de Tiangen Micro Kit (DP316) y se cuantificó con Qubit (Invitrogen, el Kit Quant–iT™ dsDNA HS Assay). La cantidad total de ADN aislado varió de 100 ng a 500 ng.
El ADN aislado era o todo el ADN genómico o ADN de tipo frotis degradado parcialmente. Se construyó una biblioteca de ADN conforme al procedimiento estándar de creación de bibliotecas proporcionada por el Illumina / Solexa modificado. Se añadieron adaptadores en ambos extremos de las moléculas de ADN rotas al azar y se unieron con diferentes índices de secuencia marcados. A continuación, estas moléculas se hibridaron con adaptadores complementarios en la superficie de una célula de flujo, y se dejaron agrupar en condiciones particulares. Se llevaron a cabo 36 ciclos de secuenciación en un analizador Illumina Genome Analyzer II, produciendo fragmentos de ADN con 35 pb.
Específicamente, se utilizó Diagenode Bioruptor para romper al azar aproximadamente 100-500ng de ADN aislado de células amnióticas en fragmentos de 300 pb. 100-500ng del ADN roto inicialmente se utilizaron para construir una biblioteca bajo Illumina / Solexa. Véase en la técnica anterior el un procedimiento detallado (manual de Illumina / Solexa para la creación de la biblioteca estándar proporcionado por http://www.illumina.com/). El tamaño de la biblioteca de ADN se determinó por medio del 2100 Bioanalyzer (Agilent) y los fragmentos insertados fueron de 300 pb. Después de la cuantificación exacta mediante QPCR, se realizó la secuenciación.
En el ejemplo, la secuenciación por lotes se realizó en 53 muestras de ADN aisladas de las células amnióticas de acuerdo a Cluster Station and GA II x (SE sequencing) publicados oficialmente por Illumina / Solexa.
2. Alineación y estadística
Consúltese en la técnica anterior (véase el procedimiento Pipeline relativo al manual proporcionado en http://www. illumina. com/), la información sobre secuencias obtenida en la etapa 1 se sometió a un solo proceso Pipeline y se eliminaron las secuencias con baja calidad, lo que en última instancia tuvo como resultado un resultado de la alineación de ELAND contra la secuencia de referencia del genoma humano de NCBI versión 36. A continuación, se analizó estadísticamente el número de las secuencias únicas localizadas en los cromosomas.
Se calculó el % de CrN para 22 cromosomas y los cromosomas X / Y, respectivamente, de 53 muestras y un diagrama de caja (ver figura 2) se ha elaborado en base a los datos El % de CrN para un cromosoma N particular en una muestra concreta M se calcula con la fórmula siguiente:
Porcentaje e un cromosoma particular en la muestra de detección M, el % de CrN= número total de las secuencias únicas contenidas en la muestra M y localizadas en el correspondiente cromosoma de la secuencia de referencia a través del alineamiento (81)/el número total de las secuencias únicas contenidas en la muestra M y localizadas en todos los cromosomas de la secuencia de referencia mediante alineación (82).
3. Análisis de datos
De acuerdo con el diagrama de caja dibujado en la etapa 2, primero se determinó si existía un valor atípico. Es decir, en comparación con los límites superior e inferior, si se una muestra sospechosa se ha desviado lejos del punto que
imagen8
imagen9
imagen10
imagen11
Por otra parte, con el fin de examinar si existía el caso de medio o un cromosoma más en las muestras sospechosas, se asignó a X un valor de 50 o 100 y se calculó el correspondiente valor de referencia cromosómica Z (valor de corte) (véase la tabla 2):
Z = (media_% Cr N x 0,5 x % X) / S.D._% Cr N, en la que N representa los cromosomas 1 ~ 22, X es 50 o 100.
Tabla 2: Determinación del valor de referencia Z (valor de corte) para trisomía en las células de detección
Número de cromosoma
media_% CrN S.D._% CrN Valor de referencia Z
por encima del 50 %
por encima del 100 %
Cr1
7,9307295 0,1159668 17,0969881 34,1939762
Cr2
9,0408152 0,1458970 15,4917815 30,9835629
Cr3
7,3394728 0,1633916 11,2298783 22,4597567
Cr4
6,8980316 0,3000703 5,7470125 11,4940249
Cr5
6,6213096 0,1717845 9,6360687 19,2721373
Cr6
6,3996516 0,1482759 10,7901077 21,5802154
Cr7
5,4613809 0,0819567 16,6593481 33,3186962
Cr8
5,2953272 0,0912159 14,5131676 29,0263351
Cr9
4,0009382 0,0572472 17,4721938 34,9443876
Cr10
4,8192433 0,0693516 17,3725054 34,7450108
Cr11
4,6436180 0,0780559 14,8727280 29,7454561
Cr12
4,6690652 0,0647597 18,0245772 36,0491544
Cr13
3,7325287 0,1346539 6,9298575 13,8597151
Cr14
3,2568057 0,0398485 20,4324240 40,8648480
Cr15
2,8578247 0,0553827 12,9003599 25,8007199
Cr16
2,5948409 0,1465308 4,4271266 8,8542531
Cr17
2,6442999 0,1753843 3,7692929 7,5385857
Cr18
2,9780305 0,0598664 12,4361514 24,8723027
Cr19
1,4242524 0,1868697 1,9054083 3,8108167
Cr20
2,1171964 0,0985564 5,3705200 10,7410400
Cr21
1,2858576 0,0205784 15,6214179 31,2428358
Cr22
1,0872769 0,1204085 2,2574758 4,5149516
CrX-M
4,1819271 0,0615940 –16,9737663 –33,9475326
CrY–M
0,0034667 0,0006359 / /
CrX–V
2,1387665 0,0545815 9,7962061 19,5924123
CrY–V
0,1207910 0,0055482 5,4468013 10,8856025
La puntuación z_CrN para cada cromosoma en las muestras sospechosas se calculó con la siguiente fórmula:
Puntuación z_Cr N = (%Cr N para un cromosoma dado en las muestras de detección – media_% Cr N) / S.D. _% CrN.
Tabla 3: Puntuación z_CrN para cada cromosoma en las muestras sospechosas
Número de cromosoma
Media SD PI P2 P3 P4 P5 P6 P7 P8
Cr1
7,931 0,116 –1,566 0,349 –0,274 2,466 –0,537 –0,733 –0,028 –2,100
Ch2
9,041 0,146 –0,843 0,799 –1,326 –1,063 –0,771 –0,605 –0,341 –0,856
Cr3
7,339 0,163 –0,487 0,498 –1,781 –0,924 –0,346 –0,394 0,256 0,129
Cr4
6,898 0,300 0,238 0,988 –1,045 –1,548 –0,469 –0,177 0,151 0,774
Cr5
6,621 0,172 –0,726 –0,122 –1,514 –1,370 –0,522 –0,501 –0,137 –0,071
Cr6
6,400 0,148 –0,572 0,174 –0,929 –1,521 –0,509 –0,181 –0,281 –0,172
Cr7
5,461 0,082 –0,582 –0,312 –1,889 –1,166 –0,674 0,073 –0,292 –1,247
Cr8
5,295 0,091 –0,618 0,492 –2,122 –2,192 –0,863 –0,406 –1,501 –0,336
Cr9
4,001 0,057 –1,659 0,700 0,747 –2,107 –0,038 –0,916 –0,546 –1,032
Cr10
4,819 0,069 –0,644 –0,051 –0,385 0,131 –0,174 –0,849 –0,997 –0,712
Cr11
4,644 0,078 –2,056 –0,749 –0,513 1,071 –0,147 –0,764 –1,099 –2,300
Cr12
4,669 0,065 –1,121 –0,489 –1,854 –2,140 –0,616 –0,562 –0,137 –0,682
Cr13
3,733 0,135 –0,163 0,544 –1,460 –2,573 –0,515 –0,102 0,514 7,393
Cr14
3,257 0,040 –1,301 –1,548 –1,184 –1,124 –0,268 –1,574 –0,683 –0,763
Cr15
2,858 0,055 –1,966 –1,048 –0,421 0,865 0,465 0,044 1,002 –0,542
Cr16
2,595 0,147 –0,963 –0,739 0,305 0,779 –0,096 –0,336 –0,405 –1,787
Cr17
2,644 0,175 –0,913 –0,766 0,394 0,846 0,278 –0,236 –0,561 –1,736
Cr18
2,978 0,060 –0,111 0,506 –2,574 –0,127 23,853 26,141 24,438 –0,951
Cr19
1,424 0,187 –0,586 –0,664 0,660 0,340 0,191 –0,141 –0,608 –1,489
Cr20
2,117 0,099 –0,907 –0,697 0,211 0,210 –0,002 –0,018 –0,659 –0,023
Cr21
1,286 0,021 27,203 31,507 29,820 21,831 –0,305 –1,262 –0,729 –0,750
Cr22
1,087 0,120 –0,604 –0,743 0,616 0,747 –0,026 –0,220 –0,467 –1,310
CrX–V
2,139 0,055 / 0,650 / / –0,967 –0,678 –1,963 /
CrY–V
0,121 0,006 / –1,117 / / –0,551 0,215 –0,197 /
CrXM
4,182 0,062 –1,347 / –1,428 –2,272 / / / 0,700
CrY–M
0,003 0,001 0,881 / –0,741 0,616 / / / –0,303
Como se muestra en el análisis anterior, las muestras sospechosas fueron 8 en total entre las 53 muestras de
5 detección de células amnióticas, en el que, para los cromosomas en cada una de las muestras sospechosas, se detectaron 8 anomalías del número de cromosoma con el valor absoluto de una puntuación z_CrN mayor de 3 fueron detectados (véase la tabla 3). En concreto, fueron los siguientes:
1) Cr21 para P1, Cr21 para P2, Ch21 para P3, y Cr21 para P4; 2) Ch18 para P5,Cr18 para P6, y Cr18 para P7; y
10 3) Cr13 para P8.
Mediante la comprobación del valor Z obtenida cuando X = 100 en la Tabla 2 se determinó que el número de cromosoma 21 en las muestras P1-P4 y el número del cromosoma 18 en las muestras P5-P7 era uno más que el número de cromosomas correspondientes en las células estándar, respectivamente, y el número del cromosoma 13 en P8 era medio más que el número de cromosomas correspondiente en las células estándar. Es decir, P1-P4
15 fueron T21 (síndrome de Down), y P5-P7 fueron T18 (síndrome de Edwards) y P8 fue T13 mosaico (síndrome del mosaico de Patau). Los resultados eran completamente coherentes con los resultados del análisis tradicional del cariotipo cromosómico.
Ejemplo 2
6 muestras adicionales (Q1-Q6) de células amnióticas se trataron y se secuenciaron de la misma forma que el anterior para producir los datos para el análisis. La puntuación z_CrN se calculó en la media_% CrN y S.D. _% CrN de 30 muestras celulares estándar en el ejemplo 1. Se identificaron 3 muestras positivas en las 6 muestras.
Tabla 4: El % de CrN se 6 muestras de detección (Q1–Q6)
Q1
Q2 Q3 Q4 Q5 Q6
Cr1 %
7,900099 7,781541 7,965013 7,937310 7,835625 7,756449
Cr2 %
9,195581 8,969471 8,998068 9,137041 8,836921 9,014913
Cr3 %
7,389485 7,365766 7,389563 7,452117 7,134356 7,378118
Cr4 %
7,090694 7,005976 6,921334 7,112517 6,510565 7,058824
Cr5 %
6,759707 6,600836 6,604984 6,768853 6,357255 6,605637
Cr6 %
6,541994 6,468799 6,461957 6,545516 6,170975 6,376054
Cr7 %
5,562187 5,423140 5,522745 5,521768 5,342112 5,403700
Cr8 %
5,387074 5,344078 5,357094 5,318220 5,176933 5,275211
Cr9 %
3,946516 3,924984 4,061791 4,037918 4,007161 3,958868
Cr10 %
4,831699 4,680082 4,876470 4,845395 4,798439 4,700673
Cr11 %
4,634992 4,541423 4,682686 4,637077 4,603257 4,462601
Cr12 %
4,727456 4,552861 4,734034 4,700509 4,571935 4,594756
Cr13 %
3,871131 3,749202 3,677764 3,875716 3,475357 3,776552
Cr14 %
3,261377 3,247342 3,285671 3,281681 3,238633 3,207609
Cr15 %
2,875226 2,782605 2,926826 2,866104 2,830466 2,757703
Cr16 %
2,516559 2,443884 2,624248 2,524383 2,665946 2,413713
Cr17 %
2,519897 2,481007 2,684055 2,561488 2,725292 2,495129
Cr18 %
3,026389 2,939323 3,027751 2,994205 2,893438 2,985936
Cr19 %
1,291162 1,240504 1,479644 1,317938 1,482326 1,235699
Cr20 %
2,096249 2,063225 2,174512 2,076472 2,173705 2,049467
Cr21 %
1,290966 1,267192 1,297270 1,291611 1,896099 1,297050
Cr22 %
0,992960 0,989674 1,125718 1,017386 1,164497 0,995698
CrX %
2,173990 4,134076 2,117655 2,177186 4,104752 4,197133
CrY %
0,116611 0,003010 0,003148 0,001590 0,003956 0,002508
Tabla 5: La puntuación z_CrN para 6 muestras calculada a partir de la media–% Cr N y la S.D. _% Cr N de 30 muestras negativas en el ejemplo 1
Número de cromosoma
media SD Q1 Q2 Q3 Q4 Q5 Q6
Cr1
7,9310 0,1160 –0,2664 –1,2884 0,2932 0,0544 –0,8222 –1,5048
Cr2
9,0410 0,1460 1,0588 –0,4899 –0,2941 0,6578 –1,3978 –0,1787
Cr3
7,3390 0,1630 0,3097 0,1642 0,3102 0,6940 –1,2555 0,2400
Cr4
6,8980 0,3000 0,6423 0,3599 0,0778 0,7151 –1,2914 0,5361
Cr5
6,6210 0,1720 0,8064 –0,1172 –0,0931 0,8596 –1,5334 –0,0893
Cr6
6,4000 0,1480 0,9594 0,4649 0,4186 0,9832 –1,5475 –0,1618
Cr7
5,4610 0,0820 1,2340 –0,4617 0,7530 0,7411 –1,4499 –0,6988
Cr8
5,2950 0,0910 1,0118 0,5393 0,6823 0,2552 –1,2974 –0,2175
(continuación)
Número de cromosoma
media SD Q1 Q2 Q3 Q4 Q5 Q6
Cr9
4,0010 0,0570 –0,9559 –1,3336 1,0665 0,6477 0,1081 –0,7392
Cr10
4,8190 0,0690 0,1840 –2,0133 0,8329 0,3825 –0,2980 –1,7149
Cr11
4,6440 0,0780 –0,1155 –1,3151 0,4960 –0,0888 –0,5223 –2,3256
Cr12
4,6690 0,0650 0,8993 –1,7868 1,0005 0,4848 –1,4933 –1,1422
Cr13
3,7330 0,1350 1,0232 0,1200 –0,4092 1,0572 –1,9085 0,3226
Cr14
3,2570 0,0400 0,1094 –0,2414 0,7168 0,6170 –0,4592 –1,2348
Cr15
2,8580 0,0550 0,3132 –1,3708 1,2514 0,1473 –0,5006 –1,8236
Cr16
2,5950 0,1470 –0,5336 –1,0280 0,1990 –0,4804 0,4826 –1,2332
Cr17
2,6440 0,1750 –0,7092 –0,9314 0,2289 –0,4715 0,4645 –0,8507
Cr18
2,9780 0,0600 0,8065 –0,6446 0,8292 0,2701 –1,4094 0,1323
Cr19
1,4240 0,1870 –0,7104 –0,9813 0,2976 –0,5672 0,3119 –1,0070
Cr20
2,1170 0,0990 –0,2096 –0,5432 0,5809 –0,4094 0,5728 –0,6822
Cr21
1,2860 0,0210 0,2365 –0,8956 0,5367 0,2672 29,0523 0,5262
Cr22
1,0870 0,1200 –0,7837 –0,8111 0,3226 –0,5801 0,6458 –0,7609
CrX–V
2,1390 0,0550 0,6362 / –0,3881 0,6943 / /
CrY–M
0,1210 0,0060 –0,7315 / –19,6420 –19,9016 / /
CrX–V
4,1820 0,0620 / –0,7730 –33,2958 –32,3357 –1,2459 0,2441
CrY–V
0,0030 0,0010 / 0,0100 –1,4100 –1,41/ 0,9564 –0,4919
Como se ve por los resultados, Q5 tenía una copia extra del cromosoma 21 en comparación con las células estándar, que era T21; Q3, Q4 carecían de una copia del cromosoma X, que era 45XO (síndrome de Turner). Los resultados eran completamente coherentes con los resultados del análisis tradicional del cariotipo cromosómico.
Aunque los ejemplos de la invención se han descrito con gran detalle, un experto en la técnica comprenderá que, de acuerdo con todas las enseñanzas divulgadas pueden realizarse diversas modificaciones y sustituciones de esos detalles. Todo el alcance de la invención está definido por las reivindicaciones adjuntas y sus equivalentes.

Claims (1)

  1. imagen1
ES10855744.8T 2010-08-13 2010-08-13 Un procedimiento para el análisis de cromosomas de células Active ES2552343T3 (es)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PCT/CN2010/001230 WO2012019323A1 (zh) 2010-08-13 2010-08-13 一种细胞染色体分析方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
ES2552343T3 true ES2552343T3 (es) 2015-11-27

Family

ID=45567260

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
ES10855744.8T Active ES2552343T3 (es) 2010-08-13 2010-08-13 Un procedimiento para el análisis de cromosomas de células

Country Status (7)

Country Link
US (1) US20130210002A1 (es)
EP (1) EP2604700B1 (es)
CN (1) CN103069004B (es)
DK (1) DK2604700T3 (es)
ES (1) ES2552343T3 (es)
HK (1) HK1185112A1 (es)
WO (1) WO2012019323A1 (es)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2014153755A1 (zh) * 2013-03-28 2014-10-02 深圳华大基因研究院 确定胎儿染色体非整倍性的方法、***和计算机可读介质
CN108256296B (zh) * 2017-12-29 2021-05-25 北京科迅生物技术有限公司 数据处理装置

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7659054B1 (en) * 2000-05-23 2010-02-09 Nuvelo, Inc. Methods for genetic analysis of DNA to detect sequence variances
US20030054386A1 (en) * 2001-06-22 2003-03-20 Stylianos Antonarakis Method for detecting diseases caused by chromosomal imbalances
CA2655272C (en) * 2006-06-14 2017-04-18 Living Microsystems, Inc. Rare cell analysis using sample splitting and dna tags
US20100015619A1 (en) * 2006-10-30 2010-01-21 Cytotrend (Beijing) Biotech Engineering Co., Ltd. Method of detecting genomic aberrations for prenatal diagnosis
CA2900927C (en) * 2007-07-23 2018-08-14 The Chinese University Of Hong Kong Diagnosing fetal chromosomal aneuploidy using genomic sequencing
CA3069082C (en) * 2008-09-20 2022-03-22 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by sequencing
US8574842B2 (en) * 2009-12-22 2013-11-05 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Direct molecular diagnosis of fetal aneuploidy

Also Published As

Publication number Publication date
WO2012019323A1 (zh) 2012-02-16
US20130210002A1 (en) 2013-08-15
CN103069004A (zh) 2013-04-24
EP2604700A4 (en) 2013-10-30
EP2604700B1 (en) 2015-07-22
DK2604700T3 (en) 2015-11-02
HK1185112A1 (en) 2014-02-07
EP2604700A1 (en) 2013-06-19
CN103069004B (zh) 2015-03-11

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Mondo et al. Widespread adenine N6-methylation of active genes in fungi
JP6774479B2 (ja) 個別化癌ワクチンおよび癌ワクチンを提供する方法
Berglund et al. Next-generation sequencing technologies and applications for human genetic history and forensics
Triplett et al. Independent allopolyploidization events preceded speciation in the temperate and tropical woody bamboos
Koren et al. Reducing assembly complexity of microbial genomes with single-molecule sequencing
Schubert et al. Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes
Quail et al. A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion Torrent, Pacific Biosciences and Illumina MiSeq sequencers
JP2020128423A (ja) 癌の個別化ワクチン
Mirouze et al. Transposable elements, a treasure trove to decipher epigenetic variation: insights from Arabidopsis and crop epigenomes
Gretarsson et al. Dppa2 and Dppa4 counteract de novo methylation to establish a permissive epigenome for development
WO2017083766A1 (en) High-throughput crispr-based library screening
Groenenberg et al. Reappraisal of the “Molecular phylogeny of Western Palaearctic Helicidae sl (Gastropoda: Stylommatophora)”: when poor science meets GenBank
WO2013071876A1 (zh) 高通量测序文库的构建方法及其应用
Orozco et al. Intergenerational genomic DNA methylation patterns in mouse hybrid strains
Chan Next-generation sequencing methods: impact of sequencing accuracy on SNP discovery
ES2552343T3 (es) Un procedimiento para el análisis de cromosomas de células
González et al. Impact of RNA-seq attributes on false positive rates in differential expression analysis of de novo assembled transcriptomes
WO2019169117A1 (en) Detecting variant alleles in complex, repetitive sequences within whole genome sequencing data sets
Elbasir et al. A deep learning approach reveals unexplored landscape of viral expression in cancer
Yu et al. The first homosporous lycophyte genome revealed the association between the recent dynamic accumulation of LTR-RTs and genome size variation
Chen et al. BisQC: an operational pipeline for multiplexed bisulfite sequencing
Rada-Iglesias et al. Histone H3 lysine 27 trimethylation in adult differentiated colon associated to cancer DNA hypermethylation
Lin et al. Dramatic genotypic difference in, and effect of genetic crossing on, tissue culture-induced mobility of retrotransposon Tos17 in rice
Kopania et al. The contribution of sex chromosome conflict to disrupted spermatogenesis in hybrid house mice
Cheng et al. Reduction of germ cells in the Odysseus null mutant causes male fertility defect in Drosophila melanogaster