ES2550652T3 - Identificación de tumores y tejidos - Google Patents

Abstract

Un método para clasificar una muestra que contiene células como que contiene de células tumorales de un tipo de tejido, comprendiendo dicho método la determinación de los niveles de expresión de cinco a 49 secuencias transcritas de células en una muestra que contiene células obtenidas de un sujeto humano, y comparar los niveles de expresión con los niveles de expresión de las mismas secuencias transcritas en una pluralidad de tipos de tejido tumoral conocidos, y clasificar la muestra como que contiene células tumorales de un tipo de tejido de la pluralidad de tipos de tejido tumoral conocidos, en la que las cinco a 49 secuencias transcritas no se seleccionan basándose en sus valores de correlación, o una clasificación basada en los valores de correlación, con los tipos de tejido tumoral.

Description

Identificación de tumores y tejidos

5 Campo de la invención

La presente invención se refiere al uso de expresión genética para clasificar tumores humanos. La clasificación se realiza mediante el uso de perfiles, o patrones de expresión genética, de aproximadamente 5 a 49 secuencias expresadas que se correlacionan con tumores que surgen a partir de ciertos tejidos así como que se correlacionan con ciertos tipos de tumor. La invención también proporciona el uso de aproximadamente 5 a 49 secuencias genéticas específicas, cuya expresión se correlaciona con fuente de tejido y tipo de tumor en diversos cánceres. Los perfiles de expresión genética, ya sea realizados en formatos de expresión de ácidos nucleicos, expresión de proteínas, u otros formatos de expresión, se pueden usar para determinar una muestra que contiene células como que contiene células tumorales de un tipo de tejido o a partir de un origen de tejido para permitir una identificación

15 más precisa del cáncer y por lo tanto el tratamiento del mismo así como el pronóstico del sujeto a partir del que se obtuvo la muestra.

Antecedentes de la invención

El documento de patente WO 03/041562 informa de métodos para la clasificación de tipos de enfermedades basándose en clasificadores algorítmicos usados para realizar grandes conjuntos de datos. Golub et al., (Science 1999 286: 531-7) informa de un enfoque para la clasificación del cáncer basándose en el control de la expresión genética mediante micromatrices de ADN y aplica el enfoque a leucemias agudas humanas. El documento de patente WO 2005/059109 describe la identificación de una firma molecular que comprende genes se asocian muy de

25 cerca con mutaciones en el supresor de tumor PTEN. El conjunto de la matriz de U133 del genoma humano de GeneChip de Affymetrix (HG-U133A) es una matriz de oligonucleótidos de alta densidad que consiste en dos matrices de GeneChip y que contiene conjuntos de sondas que representan más de 39.000 transcritos derivados de aproximadamente 33.000 genes humanos.

Sumario de la invención

La presente invención se refiere a un método para clasificar una muestra que contiene células como que contiene células tumorales de un tipo de tejido, comprendiendo dicho método: determinación de los niveles de expresión de 5 a 49 secuencias transcritas de células en una muestra que contiene células obtenidas de un sujeto humano, y 35 comparación de los niveles de expresión con los niveles de expresión de las mismas secuencias transcritas en una pluralidad de tipos de tejido de tumor conocidos, y clasificación de la muestra como que contiene células tumorales de un tipo de tejido de la pluralidad de tipos de tejido tumoral conocidos, en el que las cinco a 49 secuencias transcritas no se seleccionan basándose en sus valores de correlación, o una clasificación basada en los valores de correlación, con los tipos de tejido tumoral. La invención proporciona de este modo la capacidad para clasificar tumores en las condiciones del mundo real afrontadas por hospitales y otros laboratorios que realizan ensayos en muestras clínicas de FFPE. Las muestras pueden ser de una muestra de tumor primario o de un tumor que ha surgido de una metástasis de otro tumor. Como alternativa, la muestra puede ser una muestra citológica, tal como, pero no se limita a, células en una muestra de sangre. En algunos casos de una muestra de tumor, los tumores pueden no haber experimentado clasificación mediante técnicas de patología tradicionales, se pueden haber

45 clasificado inicialmente pero se desea una confirmación, o se han clasificado como un "carcinoma de origen primario desconocido" (CUP) o "tumor de origen desconocido" (TUO) o "tumor primario desconocido". La necesidad de confirmaciones particularmente relevante a la vista de las estimaciones de mala clasificación de un 5% a un 10 % usando técnicas convencionales. Por lo tanto, se puede visualizar que la invención proporciona un medio para la identificación del cáncer, o CID.

En un primer aspecto de la invención, la clasificación se realiza mediante el uso de perfiles, o patrones de expresión genética de 5 a 49 secuencias expresadas. Los perfiles de expresión genética, ya sea realizados en expresión de ácidos nucleicos, expresión de proteínas, u otros marcadores de expresión genética, se pueden usar para determinar una muestra que contiene células como que contiene células tumorales de un tipo de tejido o de un

55 origen de tejido para permitir una identificación más precisa del cáncer y por lo tanto un tratamiento del mismo así como el pronóstico del sujeto a partir del que se obtuvo la muestra.

En algunas realizaciones, la invención se usa para su clasificación entre al menos 34 o al menos 39 tipos de tumor con una precisión significativa en una instalación clínica. La invención se basa en parte en el descubrimiento sorprendente e inesperado de que 5 a 49 secuencias expresadas en el genoma humano son capaces de clasificarse entre al menos 34, o al menos 39, tipos de tumor, así como subconjuntos de esos tipos de tumor, de una forma significativa. Indicado de forma diferente, la invención se basa en parte en el descubrimiento de que no es necesario usar un aprendizaje supervisado para identificar secuencias genéticas que se expresan en correlación con diferentes tipos de tumor. Por lo tanto, la invención se basa en parte en el reconocimiento de que cualquiera de 5 a 49 65 secuencias expresadas, incluso una colección aleatoria de secuencias expresadas, tiene la capacidad de clasificación, y de este modo se pueden usar para clasificar, una célula como que es una célula tumoral de un tejido

u origen tisular. Además, se necesitan secuencias relativamente poco expresadas para su clasificación entre diferentes tipos de tumor. La proporción de sus fuentes expresadas con respecto al número de tipos de tumor que se pueden clasificar, basándose en los niveles de expresión de las secuencias, varía de 1:2 a 5:2 o superior como se demuestra en el presente documento.

5 En otro aspecto, la invención proporciona la clasificación de una muestra que contiene células como que contiene una célula de tumor de un tipo u origen de tejido mediante la determinación de los niveles de expresión de 5 a 49 secuencias transcritas a continuación la clasificación de la muestra que contiene células como que contiene una célula tumoral de una pluralidad (dos o más) tipos de tumor. Para la clasificación entre 34 y 39 tipos de tumor, y subconjuntos de los mismos, se pueden usar tan pocas como cualquiera de 5 secuencias expresadas para proporcionar clasificación de una manera significativa. Se descubrió que no era necesario que las secuencias expresadas fueran las de los niveles de expresión con las que se correlacionaban de forma evidente o elevada (directamente, o indirectamente a través de correlación con otra secuencia expresada) con cualquiera de los tipos de tumor. Por lo tanto, la invención proporciona, en otra realización más, el uso de los niveles de expresión genética,

15 cuyos niveles de expresión no están correlacionados fuertemente con la clasificación real de la muestra de tumor en particular, como una de las 5 a 49 secuencias transcritas. Todos los genes seleccionados pueden ser tales no correlacionados, o solamente una parte de los genes pueden está uno correlacionados, por lo general al menos un 90 %, 85 %, 75 %, 50 % o un 25 %, así como partes que entran dentro de los intervalos creados mediante el uso de cualquiera de dos de los ejemplos puntuales mencionados anteriormente como puntos finales de un intervalo.

La invención se pone en práctica mediante la determinación de los niveles de expresión de secuencias genéticas en la que no es necesario que las secuencias se hayan seleccionado basándose en una correlación de sus niveles de expresión con los tipos de tumor a clasificar. Por lo tanto, como un ejemplo limitante, no es necesario que las secuencias genéticas se seleccionen basándose en sus valores de correlación con tipos de tumor o una clasificación

25 basada en los valores de correlación. Además, la invención se puede poner en práctica con el uso de niveles de expresión genética que no se correlacionan necesariamente con uno o más de otros niveles de expresión genética usados para la clasificación. Por lo tanto, en algunas realizaciones, la capacidad del nivel de la expresión de una secuencia expresada para funcionar en la clasificación no es redundante con (es independiente de) la capacidad de al menos otro nivel de expresión genética usado para la clasificación.

La invención se puede aplicar para identificar el origen de un cáncer en un paciente en una gran diversidad de casos que incluyen, pero no se limitan a, identificación del origen de un cáncer en una instalación clínica. En algunas realizaciones, la identificación se realiza mediante la clasificación de una muestra que contiene células conocida porque contiene células cancerígenas, pero se desconoce el origen de esas células. En otras realizaciones, la

35 identificación se realiza mediante la clasificación de la muestra que contiene células como que contiene una o más células cancerígenas seguido de identificación del origen u orígenes de esa célula o células cancerígenas. En otras realizaciones, la invención se pone en práctica con una muestra de un sujeto con historia previa de cáncer, y la identificación se realiza mediante la clasificación de la célula ya sea como que es cáncer a partir de un origen previo de cáncer o un nuevo origen. Algunas realizadas en sanciones incluyen aquellas en las que se encontraron múltiples cánceres en el mismo órgano o tejido y la invención se usa para determinar el origen de cada cáncer, así como si los cánceres tienen el mismo origen.

La invención también se basa en parte en el descubrimiento de que los niveles de expresión de secuencias genéticas en particular se pueden usar para clasificar entre tipos de tumor con mayor precisión que los niveles de 45 expresión de un grupo aleatorio de secuencias genéticas. En una realización, la invención proporciona el uso de niveles de expresión de 5 a 49 secuencias expresadas de un primer conjunto de 74 secuencias expresadas en el genoma humano para clasificar entre al menos 39 tipos de tumor con una precisión significativa. Por lo tanto, la invención proporciona la identificación y uso de patrones de expresión genética (o perfiles o "firmas") basados en las 5 a 49 secuencias expresadas como correlacionadas con al menos los 39 tipos de tumor. La invención también proporciona el uso de 5 a 49 de las 74 de estas secuencias expresadas para clasificar entre subconjuntos de los 39 tipos de tumor. La proporción de secuencias expresadas con respecto al número de tipos de tumor, de 2 a 39, que se pueden clasificar basándose en los niveles de expresión de los intervalos de las secuencias de aproximadamente

1:2 a aproximadamente 5:2 con mayor precisión que el uso de un grupo aleatorio de secuencias expresadas.

Dependiendo del número de tipos de tumor, las precisiones que varían de aproximadamente un 7 5% a un 95 % se 55 pueden conseguir fácilmente.

En otra realización, la invención proporciona el uso de niveles de expresión de 5 a 49 secuencias expresadas de un segundo conjunto de 90 secuencias expresadas en el genoma humano para clasificar entre al menos 39 tipos de tumor, o subconjuntos de los mismos, con precisión significativa. 38 de las secuencias en este segundo conjunto están presentes en el primer conjunto de 74 secuencias. Los niveles de expresión de las 5 a 49 secuencias en el segundo conjunto se pueden usar de la misma manera que se describe para el primer conjunto de 74 secuencias. Dependiendo del número de tipos de tumor, se pueden conseguir precisiones que varían de aproximadamente un 75 % a aproximadamente un 95 %.

65 La invención también se basa en parte en el descubrimiento de que el uso de 5 a 49 secuencias expresadas para clasificar entre 53 tipos de tumor, que incluyen (pero no se limitan a) los 34 y 39 tipos que se describen en el

presente documento, se limitaba al número de muestras disponibles de algunos tipos de tumor. Como se indica en lo sucesivo en el presente documento, la precisión se une al número de muestras disponibles de cada tipo de tumor de modo que la capacidad para clasificar tipos de tumor adicionales se consigue fácilmente mediante la aplicación del aumento de números de cada tipo de tumor. Por lo tanto, aunque la invención se ejemplifica mediante el uso en la

5 clasificación entre 34 o 39 tipos de tumor así como subconjuntos de las 34 o 39, también se pueden usar de 5 a 49 secuencias expresadas para clasificar entre todos los tipos de tumor con la inclusión de muestras de los tipos de tumor adicionales. Por lo tanto, la invención también proporciona la clasificación de un tumor como que es un tipo más allá de los 34 o 39 tipos que se describen en el presente documento.

La invención se basa en los niveles de expresión de las secuencias genéticas en un conjunto de células tumorales conocidas de diferentes tejidos y de diferentes tipos de tumor. Estos perfiles de expresión genética (de secuencias genéticas en los diferentes células/tipos de tumor conocidos), ya sea incluidos en expresión de ácidos nucleicos, expresión de proteínas, u otros formatos de expresión, se pueden comparar con los niveles de expresión de las mismas secuencias en una muestra de tumor desconocido para identificar la muestra como que contiene un tipo en

15 particular y/o un origen en particular o tipo de célula en particular. La invención proporciona, tal como en una instalación clínica, las ventajas de una identificación más precisa de un cáncer y por lo tanto el tratamiento del mismo así como el diagnóstico, incluyendo supervivencia y/o probabilidad de aparición del cáncer después del tratamiento, del sujeto a partir del que se obtuvo la muestra.

La invención se basa adicionalmente en parte en el descubrimiento de que el uso de 5 a 49 secuencias expresadas como se describe en el presente documento como capaz de clasificar entre dos o más tipos de tumor elimina de forma necesaria y eficaz uno o más tipos de tumor desde la consideración durante la clasificación. Esto refleja la falta de la necesidad de genes seleccionados con niveles de expresión que se correlaciona en gran medida los tipos de tumor dentro del intervalo del sistema de clasificación. Indicado de forma diferente, la invención se puede poner

25 en práctica con una pluralidad de genes cuyos niveles de expresión no se correlacionan en gran medida con ninguno de los tipos de tumor individuales o tipos múltiples en el grupo de tipos de tumor que se están clasificando. Esto se produce como contraste con respecto a otros enfoques que se basan en la selección y los de genes muy correlacionados, que probablemente no "excluyen" otros tipos de tumor en oposición a la "inclusión" de un tipo de tumor basado en la correlación positiva.

La clasificación de la muestra tumoral como uno de los posibles tipos de tumor que se describen en el presente documento para la exclusión de otros tipos de tumor se realiza por supuesto basándose en un nivel de confianza como se describe a continuación. Cuando el nivel de confianza es bajo, o se prefiere un aumento en el nivel de confianza, la clasificación se puede realizar simplemente al nivel de un origen de tejido o tipo de célula en particular

35 para el tumor en la muestra. Como alternativa, y cuando una muestra de tumor no se clasifica rápidamente con un solo tipo de tumor, la invención permite la clasificación de la muestra como uno de unos cuantos posibles tipos de tumor que se describen en el presente documento. Esto proporciona de forma ventajosa la capacidad de reducir el número de posibles tipos de tejidos, tipos de células, y tipos de tumor desde los que se consideran para la selección y administración de terapia al paciente a partir de que se obtuvo la muestra.

Por lo tanto, la invención proporciona un medio no subjetivo para la identificación del agente de tejido y/o tipo de tumor de uno o más cánceres de un sujeto afectado. Cuando anteriormente se ha usado una interpretación subjetiva para determinar la fuente de tejido y/o tipo de tumor, así como el diagnóstico y/o tratamiento del cáncer basándose en esa determinación, la presente invención proporciona patrones de expresión genética objetivos, que se pueden 45 usar solos o en combinación con criterios subjetivos para proporcionar una identificación más precisa de la clasificación del cáncer. La invención se aplica de forma particularmente ventajosa muestras de tumores secundarios

o con metástasis, pero también se puede usar con la invención cualquier muestra que contiene células (incluyendo una muestra de tumor primario) para la que se determina preferentemente la fuente de tejido y/o tipo de tumor mediante criterios objetivos. Por supuesto, la última determinación de la clase se puede realizar basándose en una combinación de criterios objetivos y no objetivos (o subjetivos/parcialmente subjetivos).

La invención incluye su uso como parte del cuidado clínico o médico de un paciente. Por lo tanto, además del uso de un perfil de expresión de genes como se describe en el presente documento para someter a ensayo una muestra que contiene células de un sujeto afectado con cáncer para determinar la fuente de tejido y/o tipo de tumor del

55 cáncer, el perfil también se puede usar como parte de un método para determinar el diagnóstico del cáncer del sujeto. La clasificación del tumor/cáncer y/o el diagnóstico se puede usar para seleccionar o determinar o alterar el tratamiento terapéutico para dicho sujeto. Por lo tanto, los métodos de clasificación de la invención se pueden dirigir hacia el tratamiento de la enfermedad, que se diagnostica totalmente o en parte basándose en la clase. Dado el diagnóstico, para tratar el cáncer se puede usar la administración de un agente o terapia antitumoral apropiados, o la detención o la alternancia de un agente o terapia antitumoral.

Otros métodos clínicos incluyen los implicados en la provisión de cuidados médicos a un paciente basándose en una clasificación como se describe en el presente documento. En algunas realizaciones, los métodos se refieren a la provisión de servicios de diagnóstico basándose en niveles de expresión de secuencias genéticas, con o sin ilusión 65 de una interpretación de los niveles para la clasificación de células de una más. En algunas realizaciones, el método de provisión de un servicio diagnóstico de la invención va precedido por una determinación de una necesidad del

servicio. En otras realizaciones, el método incluye actuaciones en el control del de la realización del servicio así como actuaciones en la solicitud o recepción de reembolso por la realización del servicio.

Los detalles de una o más organizaciones de la invención se exponen en las figuras adjuntas y la distinción que 5 sigue a continuación. Otras características, objetos, y ventajas de la invención serán evidentes a partir de las figuras y la descripción detallada, y a partir de las reivindicaciones.

Definiciones

Como se usa en el presente documento, un "gen" es un polinucleótido que codifica un producto específico, ya sea ARN o tenga una naturaleza proteica. Se observa que más de un polinucleótido puede ser capaz de codificar un producto específico. El término incluye alelos y polimorfismos de un gen que codifica el mismo producto, o un análogo funcionalmente asociado del mismo (incluyendo ganancia, pérdida, o modulación de la función), basándose en la ubicación del cromosoma y la capacidad para recombinación durante la mitosis normal.

15 Como se usa en el presente documento, una "secuencia" o "secuencia genética" es una molécula de ácido nucleico

o polinucleótido formada por un orden específico de bases de nucleótidos. El término incluye la ordenación de las bases que codifican un producto específico (es decir "región de codificación"), ya sea ARN o con una naturaleza proteica. Se observa que más de un polinucleótido puede ser capaz de codificar un producto específico. También se observa que pueden existir alelos y polimorfismos de las secuencias genéticas humanas y may se pueden usar en la práctica de la invención para identificar el nivel o niveles de expresión de las secuencias genéticas o un alelo o polimorfismo del mismo. La identificación de un alelo o polimorfismo depende en parte en la ubicación del cromosoma y la capacidad de recombinación durante la mitosis.

25 Los términos "correlacionar" o "correlación" o equivalentes de los mismos se refieren a una asociación entre expresión de uno o más genes y otro suceso, tal como, pero no se limita a, fenotipo o característica fisiológicos, tal como tipo de tumor.

Un "polinucleótido" es una forma polimérica de nucleótidos de cualquier longitud, ya sea ribonucleótidos o desoxirribonucleótidos. Este término se refiere solamente a la estructura primaria de la molécula. Por lo tanto, este término incluye ADN y ARN bi y monocatenario. También incluye tipos conocidos de modificaciones que incluyen marcas conocidas en la técnica, metilación, "protecciones", sustitución de uno o más de los nucleótidos de origen natural con un análogo, y modificaciones internucleótidos tales como uniones sin carga (por ejemplo, fosforotioatos, fosforoditioatos, etc.), así como formas no modificadas del polinucleótido.

35 El término "amplificar" se usa en su sentido amplio para hacer referencia a que la creación de un producto de amplificación se puede realizar de forma enzimática con ADN o ARN polimerasas. "Amplificación", como se usa en el presente documento, se refiere generalmente al proceso de producción de múltiples copias de una secuencia deseada, en particular las de una muestra. "Múltiples copias" hace referencia al menos 2 copias. No es necesario que una "copia" haga referencia necesariamente a complementariedad de secuencias o identidad con la secuencia molde perfectas. Por lo general se conocen en la técnica algunos métodos para amplificación de ARNm, e incluyen PCR de transcripción inversa (RT-PCR) y PCR cuantitativa (o Q-PCR) o PCR en tiempo real. Como alternativa, el ARN se puede marcar directamente como el ADNc correspondiente mediante métodos conocidos en la técnica.

45 Por "que corresponde", se hace referencia a que una molécula de ácido nucleico comparte una cantidad sustancial de identidad de secuencia con otra molécula de ácido nucleico. Cantidad sustancial se refiere al menos un 95 %, normalmente al menos un 98 % y más habitualmente al menos un 99 %, y la identidad de la secuencia se determina usando el algoritmo BLAST, como se describe en Altschul et al. (1990), J. Mol. Biol. 215: 403-410 (usando el ajuste por defecto publicado, es decir los parámetros w = 4, t = 17).

Una "micromatriz" es una matriz lineal o de dos dimensiones o tridimensional (y fase sólida) de regiones específicas, cada una de las cuales tiene un área definida, formada en la superficie de un soporte sólido tal como, pero no se limita a, membranas de vidrio, plástico, o sintéticas. La densidad de las regiones específicas en una micromatriz se determina mediante los números totales de polinucleótidos inmovilizados a detectar en la superficie de un solo 55 soporte en fase sólida, tal como de al menos aproximadamente 50/cm2, al menos aproximadamente 100/cm2, o al menos aproximadamente 500/cm2, hasta aproximadamente 1.000/cm2 o superior. Las matrices pueden contener menos de aproximadamente 500, aproximadamente 1000, aproximadamente 1500, aproximadamente 2000, aproximadamente 2500, o aproximadamente 3000 polinucleótidos inmovilizados en total. Como se usa en el presente documento, una micromatriz de ADN es una matriz de sondas de oligonucleótidos o polinucleótidos colocadas en un chip u otras superficies usadas para su hibridación con polinucleótidos amplificados o clonados a partir de una muestra. Dado que se conoce la posición de cada grupo de sondas en particular en la matriz, las identidades de los polinucleótidos de la muestra se pueden determinar basándose en su unión a una posición en particular en la micromatriz. Como una alternativa para el uso de una micromatriz, en la práctica de la invención se puede usar una matriz de cualquier tamaño, que incluye una colocación de una o más posiciones de una colocación 65 de dos dimensiones o tridimensional en una fase sólida para detectar la expresión de una sola secuencia genética. En algunas realizaciones, una micromatriz para uso con la presente invención se puede preparar mediante técnicas

fotolitográficas (tales como síntesis de sondas de ácidos nucleicos en la superficie del extremo en la posición 3’) o mediante síntesis de ácidos nucleicos seguido de deposición en una superficie sólida.

Dado que la invención se basa en la identificación de la expresión genética, algunas realizaciones de la invención

5 determinan la expresión mediante hibridación de ARNm, o una versión amplificada o clonada del mismo, de una muestra celular con respecto a un polinucleótido que es único para una secuencia genética en particular. Los polinucleótidos de este tipo contienen al menos aproximadamente 16, al menos aproximadamente 18, al menos aproximadamente 20, al menos aproximadamente 22, al menos aproximadamente 24, al menos aproximadamente 26, al menos aproximadamente 28, al menos aproximadamente 30, o al menos aproximadamente 32 pares de bases consecutivas de una secuencia genética que no se encuentra en otras secuencias genéticas. El término "aproximadamente" como se ha usado en la frase anterior se refiere a un aumento o disminución de 1 a partir del valor numérico indicado. Otras realizaciones son polinucleótidos de al menos o aproximadamente 50, al menos o aproximadamente 100, al menos aproximadamente o 150, al menos o aproximadamente 200, al menos o aproximadamente 250, al menos o aproximadamente 300, al menos o aproximadamente 350, al menos o

15 aproximadamente 400, al menos o aproximadamente 450, o al menos o aproximadamente 500 bases consecutivas de una secuencia que no se encuentra en otras secuencias genéticas. El término "aproximadamente" como se ha acusado en la frase mencionada anteriormente se refiere a un aumento o disminución de un 10 % a partir del valor numérico indicado. Por supuesto que los polinucleótidos más largos pueden contener faltas de coincidencias menores (por ejemplo, mediante la presencia de mutaciones) que no influyen en la hibridación con los ácidos nucleicos de una muestra. Tales polinucleótidos también se pueden denominar sondas de polinucleótidos que son capaces de hibridarse con secuencias de los genes, o porciones únicas de los mismos, que se describen en el presente documento. Tales polinucleótidos se pueden marcar para ayudar en su detección. Las secuencias pueden ser las de ARNm codificado por los genes, el ADNc correspondiente a tales ARNm, y/o versiones amplificadas de tales secuencias. En algunas realizaciones de la invención, las sondas de polinucleótidos se inmovilizan en una

25 matriz, otros dispositivos de soporte sólido, o en aplicaciones puntuales individuales que localizan las ondas.

En otras realizaciones de la invención, toda o parte de una secuencia genética se fue amplificar y detectar mediante métodos tales como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y variaciones de la misma, tal como, pero no se limitan a, PCR cuantitativa(Q-PCR), PCR por transcripción inversa (RT-PCR), y PCR en tiempo real (que incluye, como un medio para medir las cantidades iniciales de ARNm, copias para cada secuencia en una muestra), opcionalmente RT-PCR en tiempo real o Q-PCR en tiempo real. Tales métodos usarían uno o dos cebadores que son complementarios con partes de una secuencia genética, en los que los cebadores se usan para cebar la síntesis de ácidos nucleico. Los ácidos nucleicos recién sintetizados se marcan opcionalmente y se pueden detectar directamente o mediante hibridación con un polinucleótido de la invención. Los ácidos nucleicos recién sintetizados

35 se pueden poner en contacto con polinucleótidos (que contienen secuencias) de la invención en condiciones que permiten su hibridación. Algunos métodos adicionales para detectar la expresión de ácidos nucleicos expresados incluyen ensayos de protección de ARNsa, que incluyen y liquidaciones en fase líquida, e hibridación de células in situ.

Como alternativa, y en realizaciones adicionales de la invención, la expresión genética se puede determinar mediante análisis de proteína expresada en una muestra de células de interés mediante el uso de uno o más anticuerpos específicos para uno o más epítopos de productos genéticos individuales (proteínas), o fragmentos proteolíticos de los mismos, en dicha muestra celular o en un fluido del organismo de un sujeto. La muestra celular puede ser una de células epiteliales de cáncer de mama enriquecidas a partir de la sangre de un sujeto, tal como

45 mediante el uso de anticuerpos marcados frente a marcadores de superficie celular seguido de clasificación celular activada con fluorescencia (FACS). Tales anticuerpos se pueden marcar para permitir su detección después de su unión con el producto genético. Algunas metodologías de detección adecuadas para uso en la práctica de la invención incluyen, pero no se limitan a, inmunohistoquímica de muestras que contienen células o tejidos, ensayos de inmunoabsorción ligados a enzimas (ELISA) que incluyen ensayos de sándwich de anticuerpos de muestras de tejidos que contienen células o muestras de sangre, espectroscopía de masas, y inmuno-PCR.

Los términos "marca" o "marcado" se refieren a una composición capaz de producir una señal detectable indicativa de la presencia de la molécula marcada. Algunas marcas adecuadas incluyen radioisótopos, cromóforos de nucleótidos, enzimas, sustratos, moléculas fluorescentes, restos quimioluminiscentes, partículas magnéticas, restos

55 bioluminescentes, y similares. Como tal, una marca es cualquier composición detectable por medios espectroscópicos, fotoquímicos, bioquímicos, inmunoquímicos, eléctricos, ópticos o químicos.

El término "soporte" se refiere a soportes convencionales tales como perlas, partículas, varillas, fibras, filtros, membranas y soportes de silano o silicato tales como placas de vidrio.

"Expresión" y "expresión genética" incluyen transcripción y/o traducción de material de ácido nucleico.

Como se usa en el presente documento, la expresión "que comprende" y sus afines se usan en su sentido inclusivo; es decir; equivalente a la expresión "que incluye" y sus afines correspondientes.

65 Algunas condiciones que "permiten" que se produzca un suceso o condiciones que son "adecuadas" para que se

produzca un suceso, tales como hibridación, extensión de la hebra, y similares, o condiciones "adecuadas" son condiciones que no evitan que tales sucesos se produzcan. Por lo tanto, estas condiciones permiten, aumentan, facilitan, y/o conducen al suceso. Tales condiciones, se conocen en la técnica y se describen en el presente documento, dependen de, por ejemplo, la naturaleza de la secuencia de nucleótidos, temperatura, y condiciones del

5 tampón. Estas condiciones también dependen de qué suceso se desea, tal como hibridación, escisión, extensión la transcripción de la hebra.

"Mutación en la secuencia", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier alteración de la secuencia en la secuencia de un gen de interés que se desvela en el presente documento en comparación con una secuencia de reference. Una mutación en la secuencia incluye cambios de un solo nucleótido, o alteraciones de más de un nucleótido en una secuencia, debido mecanismos tales como sustitución, supresión o inserción. Como se usa en el presente documento el polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) también es una mutación de la secuencia como se usa el presente documento. Dado que la presente invención se basa en el nivel relativo de expresión genética, en la práctica de la invención también se pueden someter a ensayo algunas mutaciones en regiones de no codificación de

15 genes como se desvelan el presente documento.

"Detección" o "que detecta" incluyen cualquier medio de detección, incluyendo la determinación directa e indirecta del nivel de expresión genética y cambios en el mismo.

A menos que se defina de otro modo, todos los términos técnicos y científicos usados en el presente documento tienen el mismo significado como normalmente lo entiende un experto habitual en la materia a la que pertenece la presente invención.

Breve descripción de las figuras

25 La Figura 1 muestra una representación de la aptitud para la capacidad para usar los niveles de expresión de subconjuntos de un conjunto de 100 secuencias genéticas expresadas para clasificar entre 39 tipos de tumor y subconjuntos de los mismos. Se usaron algunos niveles de expresión de combinaciones aleatorias de 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, y 49 (se toma muestra de cada una 10 veces) de las 100 secuencias con datos de tipos de tumor y a continuación se usaron para predecir conjuntos aleatorios del ensayo de muestras de tumor (se toma muestra de cada una 10 veces) que varían de 2 a 39 ticos. Una representación de los números de tipos de tumor (eje x) con respecto a las precisiones de predicción (eje y) para resultados que gustan de 5 a 49 genes se muestran como ejemplos no limitantes. Los datos del uso de 5 genes dan como resultado la curva más cercana al eje x mientras que los datos del uso de 49 genes dan como resultado la curva más alejada del eje x. Generalmente, la precisión

35 aumenta con números más elevados de secuencias genéticas, en las que de 30 a 49 secuencias genéticas (las tres curvas más alejadas del eje x) proporcionan aproximadamente el mismo nivel de precisión.

La Figura 2 muestra una presentación alternativa de los datos usados con respecto a la Figura 1. Se muestra un representación de los números de secuencias genéticas usadas, que varían de 5-49 (y en el eje x), con respecto a las precisiones de predicción (eje y) para diversos números representativos de tipos de tumor. Líneas representadas, desde la parte superior a la inferior, son los resultados de 2, 10, 20, 30, y 39 tipos de tumor, respectivamente.

La Figura 3 proporciona un análisis adicional de la aptitud para usar los niveles de expresión de subconjuntos de un conjunto de 100 secuencias genéticas seleccionadas de forma aleatoria expresadas para clasificar entre 39 tipos de

45 tumor. Los datos usados con las Figuras 1 y 2 se presentan en una representación del número de tipos de tumor frente al número de secuencias genéticas usadas con precisiones de predicción de un 55-70 % se muestran como ejemplos no limitantes. Generalmente, la precisión aumenta con números más elevados de secuencias genéticas.

La Figura 4 muestra una representación de la aptitud para la capacidad para usar los niveles de expresión de partes de un primer conjunto de 74 secuencias genéticas expresadas para clasificar entre 39 tipos de tumor y subconjuntos de los mismos. Se usaron niveles de expresión de combinaciones aleatorias de 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, y 49 (se toma muestra de cada una 10 veces) de las 74 secuencias con datos de tipos de tumor y a continuación se usaron para predecir conjuntos aleatorios de ensayo de muestras de tumor (se toma muestra de cada una 10 veces) que varían de 2 a 39 tipos. Una representación de números de tipos de tumor frente a precisiones de predicción para

55 resultados usando de 5 a 49 genes se muestra como ejemplos no limitantes. Las líneas representadas, de la parte superior a la inferior, son los resultados de 49, 40, 30, 20, 10, y secuencias genéticas, respectivamente.

La Figura 5 muestra una presentación alternativa de los datos usados con respecto a la Figura 4. Se muestra una representación de números de secuencias genéticas usadas, que varía de 5-49, frente a precisiones de predicción para diversos números representativos de tipos de tumor. Las líneas representadas, de la parte superior a la inferior, son los resultados de 2, 10, 20, 30, y 39 tipos de tumor, respectivamente.

La Figura 6 es análoga a la Figura 3 excepto en la presentación de los datos usados con las Figuras 4 y 5.

65 La Figura 7 muestra una representación de la aptitud para la capacidad para usar los niveles de expresión de subconjuntos de un conjunto de 90 secuencias genéticas expresadas para clasificar entre 39 tipos de tumor y

subconjuntos de los mismos. Se usaron niveles de expresión de combinaciones aleatorias de 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, y 49 (se toma muestra de cada una 10 veces) de las 90 secuencias con datos de tipos de tumor y a continuación se usaron para predecir conjuntos de ensayo aleatorios usados para predecir conjuntos de ensayo aleatorios de muestras de tumor (se toma muestra de cada una 10 veces) que varían de 2 a 39 tipos. Se muestra

5 una representación de números de tipos de tumor frente a precisiones de predicción para resultados usando de 5 a 49 genes como ejemplos no limitantes. Las líneas representadas, de la parte superior a la inferior, son los resultados de 49, 40, 30, 20, 10, y secuencias genéticas, respectivamente.

La Figura 8 muestra una presentación alternativa de los datos usados con respecto a la Figura 7. Se muestra una representación de números de secuencias genéticas usadas, que varían de 5-49, frente a precisiones de predicción para diversos números representativos de tipos de tumor. Las líneas representadas, de la parte superior a la inferior, son los resultados de 2, 10, 20, 30, y 39 tipos de tumor, respectivamente.

La Figura 9 es análoga a las Figuras 3 y 6 excepto en la presentación de los datos usados con las Figuras 7 y 8.

15 Las Figuras 10A-10D muestran un "árbol" que clasifica tipos de tumor incluidos en el presente documento así como tipos de tumor conocidos adicionales. Se construyó principalmente de acuerdo con "Cancer, Principles and Practice of Oncology, (DeVito, Hellman y Rosenberg), 6º edición". Por lo tanto, comenzando con un "tumor de origen desconocido" (o "tuo"), las primeras posibilidades son que se trata ya sea de un origen de célula germinal o de célula no germinal. Si se trata del primero, entonces puede ser de origen en ovario o testículo. Dentro de los de origen en el testículo, el tumor puede ser de origen seminoma o de "otro" origen.

Si el tumor es de un origen en célula no germinal, entonces es cualquiera de un origen epitelial o no epitelial. Si es el primero, entonces es cualquiera de origen escamoso o no escamoso. Los tumores de origen escamoso tienen origen

25 en el cuello uterino, esófago, laringe, pulmón, o piel. Los tumores de origen no escamoso tienen origen en la vejiga urinaria, mama, carcinoide de intestino, colangiocarcinoma, digestivo, riñón, hígado, pulmón, próstata, sistema reproductor, células cutáneas-basales, o tiroides-folicular-papilar. Entre los de origen digestivo, los tumores tienen origen en el intestino delgado y grueso, adenocarcinoma de estómago, conducto biliar, esófago, vesícula biliar, y páncreas. Los tumores de origen en el esófago pueden ser de cualquiera de los tipos de esófago de Barrett o adenocarcinoma. De los tumores con origen en el sistema reproductor, pueden tener su origen en el tipo de adenocarcinoma de cuello uterino, tumor endometrial, u ovario. Los tumores con origen en el ovarios son de los tipos transparente, seroso, mucinoso, y endometrioide.

Si el tumor no tiene origen epitelial, entonces tiene origen en la glándula adrenal, cerebro, GIST (tumor del estroma

35 gastrointestinal), linfoma, meningioma, mesotelioma, sarcoma, melanoma de piel, o medular de tiroides. Entre los linfomas, son de tipo de linfocitos B, de Hodgkin, o linfocitos T. Entre los sarcomas, son de los tipos leimiosarcoma, osteosarcoma, sarcoma de tejido blando, MFH de tejido blando (histiocitoma fibroso maligno), sarcoma sinovial de tejido blando, sarcoma de Ewing de tejido blando, fibrosarcoma de tejido blando, y rabdomiosarcoma de tejido blando.

Descripción detallada de los modos para poner en práctica la invención

La presente invención proporciona métodos para el uso de información de la expresión genética para clasificar tumores de una manera más objetiva de lo posible con técnicas de patología convencionales. Por lo tanto, en un

45 primer aspecto, la invención proporciona un método para clasificar una muestra que contiene células como que contiene células tumorales de un tipo de tejido, comprendiendo dicho método:

determinar los niveles de expresión de 5 a 49 secuencias transcritas de células en una muestra que contiene células obtenidas de un sujeto humano, y

comparar los niveles de expresión con los niveles de expresión de las mismas secuencias transcritas en una pluralidad de tipos de tejido de tumor conocidos, y

clasificar la muestra como que contiene células tumorales de un tipo de tejido de la pluralidad de tipos de tejido 55 tumoral conocidos,

en el que las cinco a 49 secuencias transcritas no se seleccionan basándose en sus valores de correlación, o una clasificación basada en los valores de correlación, con los tipos de tejido tumoral.

Como se usa en el presente documento, "una pluralidad" se refiere al estado de dos o más.

La clasificación se basa en una comparación de los niveles de expresión de las 5 la 49 secuencias transcritas en las células de la muestra para sus niveles de expresión en muestras tumorales conocidas y/o muestras conocidas que no son tumorales. Como alternativa, la clasificación se basa en una comparación de los niveles de expresión de las 65 5 a 49 secuencias transcritas para la expresión de secuencias de referencia en las mismas muestras, con respecto a, o basándose en, la misma comparación en muestras tumorales conocidas y/o muestras no tumorales conocidas.

Por lo tanto, como un ejemplo no limitante, los niveles de expresión de las secuencias genéticas se puede determinar en un conjunto de muestras tumorales conocidas para proporcionar una base de datos frente a las que se comparan los niveles de expresión detectados o determinados en una muestra que contiene células de un sujeto. El nivel o niveles de expresión de la secuencia o secuencias genéticas en una muestra también se comparan con el

5 nivel o niveles de expresión de dicha secuencia o secuencias en células normales o no cancerígenas, preferentemente a partir de la misma muestra un sujeto. Como se describe a continuación y en realizaciones de la invención usando Q-PCR o Q-PCR en tiempo real, se pueden usarlos niveles de expresión se pueden comparar con los niveles de expresión de genes de referencia en la misma muestra o una proporción de los niveles de expresión.

En la práctica, el método usa una proporción, de secuencias transcritas con respecto al número de tipos de tumor clasificados, que varía de de aproximadamente 1:2 a aproximadamente 5:2 o más elevada. Indicado de forma diferente, la proporción del número de niveles de expresión necesaria con respecto al número de tipos de tumor que se pueden clasificar basándose en esos niveles, varía de aproximadamente 1:2 a aproximadamente 1:1 a aproximadamente 3:2 a aproximadamente 2:1 a aproximadamente 5:2 o más elevada. Esto se refleja mediante la

15 capacidad para usar tanto como aproximadamente 20 niveles de expresión para clasificar entre 39 tipos de tumor (véase la Figura 6). Por lo tanto, y basándose en los datos como se muestra en las Figuras 1-9, la invención se puede poner en práctica con 5 a 49 secuencias genéticas dentro de la proporción de genes evaluados con respecto a tumores clasificados.

La selección de 5 a 49 secuencias genéticas a usar puede ser aleatoria, o mediante selección basándose en diversos criterios. Como un ejemplo no limitante, las secuencias genéticas se pueden seleccionar basándose en el aprendizaje no supervisado, incluyendo técnicas de agrupamiento. Como otro ejemplo no limitante, la selección se puede realizar para reducir o eliminar la redundancia con respecto a su capacidad para clasificar el tipo de tumor. Por ejemplo, algunas secuencias genéticas se seleccionan basándose en la falta de correlación entre su expresión y

25 la expresión de una u otras secuencias genéticas más usadas para la clasificación. Esto se consigue mediante la evaluación del nivel de expresión de cada secuencia genética en el conjunto de datos de expresión la correlación, a través de la pluralidad de muestras, con el nivel de expresión de cada gen en el conjunto de datos para producir una matriz de correlación de coeficientes de correlación. Estas determinaciones de la correlación se pueden realizar directamente, entre la expresión de cada par de secuencias genéticas, o indirectamente, sin comparación directa entre los valores de expresión de cada par de secuencias genéticas.

Se puede usar una diversidad de metodologías de correlación en la correlación de datos de expresión de secuencias genéticas individuales dentro del conjunto de datos. Algunos ejemplos no limitantes incluyen métodos paramétricos y no paramétricos así como metodologías basadas en información mutua y enfoques no lineales. Los ejemplos no

35 limitantes de enfoques para metálicos incluyen correlación de Pearson (o r de Pearson, también denominada correlación lineal o de producto-momento) y correlación de coseno. Algunos ejemplos no limitantes de métodos no paramétricos incluyen correlación de R de Spearman (orden de clasificación), correlación de Tau de Kendall, y la estadística Gamma. Cada metodología de correlación se puede usar para determinar el nivel de correlación entre las expresiones de secuencias genéticas individuales en el conjunto de datos. La correlación de todas las secuencias con todas las demás secuencias es lo que se prevé considerar más fácilmente como una matriz. Usando correlación de Pearson como un ejemplo la limitante, el coeficiente de correlación r en el método se usa como el indicador del nivel de correlación. Cuando se usan otros métodos de correlación, se puede usar el coeficiente de correlación análogo a r, junto con el reconocimiento de niveles de correlación equivalentes que corresponden a r que son de o de aproximadamente 0,25 o que son de o aproximadamente 0,5.

45 El coeficiente de correlación se puede seleccionar como se desee para reducir el número de secuencias genéticas correlacionadas con diversos números. En algunas realizaciones de la invención que usan r, el valor del coeficiente seleccionado puede ser de aproximadamente 0,25 o superior, aproximadamente 0,3 o superior, aproximadamente 0,35 o superior, aproximadamente 0,4 o superior, aproximadamente 0,45 o superior, o aproximadamente 0,5 o superior. La selección de un valor del coeficiente se refiere a que cuando la expresión entre secuencias genéticas en el conjunto de datos se correlaciona con ese valor o uno más elevado, éstas posiblemente no están incluidas en un subconjunto de la invención. Por lo tanto, en algunas realizaciones, el método comprende la exclusión o eliminación (que no se usa para la clasificación) de una o más secuencias genéticas que se expresan en correlación, por encima de un coeficiente de correlación deseado, con otra secuencia genética en el conjunto de datos de tipos de tumor. Sin

55 embargo, se señala que puede haber situaciones de secuencias genéticas que no se correlacionan con ninguna otra secuencia genética, en cuyo caso no se eliminan necesariamente de su uso en la clasificación.

Por lo tanto, en la práctica de la invención se pueden usar los niveles de expresión de las secuencias genéticas, en los que más de aproximadamente un 10 %, más de aproximadamente un 20 %, más de aproximadamente un 30 %, más de aproximadamente un 40 %, más de aproximadamente un 50 %, más de aproximadamente un 60 %, más de aproximadamente un 70 %, más de aproximadamente un 80 %, o más de aproximadamente un 90 % de los niveles no se correlaciona con el de otra de las secuencias genéticas usadas. La correlación entre niveles de expresión se puede basar en un valor inferior a aproximadamente 0,9, aproximadamente 0,8, aproximadamente 0,7, aproximadamente 0,6, aproximadamente 0,5, aproximadamente 0,4, aproximadamente 0,3, o aproximadamente 0,2. 65 La capacidad para clasificar entre clases con exclusión de los niveles de expresión de algunas secuencias genéticas está presente porque la expresión de las secuencias genéticas en el subconjunto se correlaciona con la expresión

de las secuencias genéticas excluidas del subconjunto. De modo que no se perdió información alguna porque la información basada en la expresión de las secuencias genéticas excluidas todavía se representa mediante secuencias retenidas en el subconjunto. Por lo tanto, la expresión de las secuencias genéticas del subconjunto tiene un contenido de información relevante con las propiedades y/o características (o fenotipo) de una célula. Esto tiene

5 aplicación e importancia para la clasificación de clases de tipos de tumores adicionales no incluidos como parte del conjunto de datos de expresión genética original que se puede clasificar mediante el uso de un subconjunto de la invención porque se basa en la redundancia de la información entre la expresión de secuencias en el subconjunto y secuencias expresadas en esas clases adicionales. Por lo tanto, la invención se puede usar para clasificar células como que son de un tipo de tumor mas allá de la pluralidad de clases conocidas usadas para generar el conjunto de datos de expresión genética original.

También se puede usar la selección de secuencias genéticas basándose en la reducción de la correlación de la expresión con respecto a un tipo de tumor en particular. Esto también refleja un descubrimiento de la presente invención, basándose en la observación de que los niveles de expresión que eran los que estaban más

15 correlacionados con uno o más tipos de tumor no era necesariamente de un valor mayor en la clasificación entre diferentes tipos de tumor. Esto se refleja tanto en la capacidad para usar secuencias genéticas seleccionadas de forma aleatoria para la clasificación así como el uso de secuencias en particular, como se describe en el presente documento, que no se expresa con la correlación más significativa con uno o más tipos de tumor. Por lo tanto, la invención se puede poner en prácticas sin selección de secuencias genéticas basándose en los valores de P más significativos o una clasificación basándose en la correlación de la expresión genética y uno o más tipos de tumor. Por lo tanto, la invención se puede poner en práctica sin el uso de metodologías basadas en clasificación, tales como el ensayo de H de Kruskal-Walles.

Las secuencias genéticas usadas en la práctica de la invención pueden incluir las que se ha observado que se

25 expresan en correlación con tipos de tumor en particular, tal como la expresión del receptor de estrógenos, que se ha observado que se expresa en correlación con algunos cánceres de mama y ovario. En algunas realizaciones de la invención, sin embargo, la invención se pone en práctica con el uso del nivel de expresión de al menos una secuencia genética que anteriormente no se ha identificado como que está asociada con ninguno de los tipos de tumor que se están clasificando. Por lo tanto, la invención se puede poner en práctica sin ninguna de las secuencias genéticas que anteriormente se han asociado poco relacionado con la expresión en los 2 o más (hasta 39 o más) tipos de tumor con los que se puede clasificar una muestra que contiene células.

Aunque la invención se describe principalmente con respecto a sujetos humanos, también se pueden usar muestras de otros sujetos. Todo lo que es necesario es la capacidad para evaluar los niveles de expresión de secuencias

35 genéticas en una pluralidad de muestras de tumor conocidas de modo que se pueden comparar los niveles de expresión en una muestra desconocida o de ensayo. Por lo tanto, la invención se puede aplicar a muestras de cualquier organismo para los que están disponibles una pluralidad de secuencias expresadas, y una pluralidad de muestras de tumor conocidas. Un ejemplo la limitante es la aplicación de la invención a muestras de ratón, basándose en las disponibilidad del genoma de ratón para permitir la detección de secuencias de murino expresadas y la disponibilidad de muestras de tumor de ratón conocidas para obtener muestras conocidas. Por lo tanto, la invención se contempla para uso con otras muestras, que incluyen las de mamíferos, primates, y animales usados en ensayos clínicos (tales como ratas, ratones, conejos, perros, gatos, y chimpancés) como ejemplos no limitantes.

Aunque la invención se pone en práctica fácilmente con el uso de muestras que contienen células, en la práctica de

45 la invención se puede usar cualquier muestra que contiene ácido nucleico que se puede someter al ensayo para niveles de expresión genética. Sin limitar la invención como una muestra de la invención puede ser una de la que se sospecha o se sabe que contiene células tumorales. Como alternativa, una muestra de la invención puede ser una "muestra de tumor" o "muestra que contiene tumor" o "muestra que contiene células tumorales" de tejido o fluido aislado de un individuo del que se sospecha que está afectado con, o en riesgo de desarrollar, cáncer. Los ejemplos no limitantes de muestras para uso con la invención incluyen una muestra clínica, tal como, pero no se limita a, una muestra fija, una muestra recién preparada, o una muestra congelada. La muestra puede ser un aspirado, una muestra citológica (incluyendo sangre u otro fluido corporal), o una muestra de ensayo de tejido, que incluye al menos alguna información con respecto al contenido in situ de las células en la muestra de ensayo, siempre y cuando las células o ácidos nucleicos apropiados estén disponibles para determinación de los niveles de expresión

55 genética. La invención se basa en parte en el descubierto de que los resultados obtenidos con secciones de tejido congelado se pueden aplicar de forma válida a la situación con muestras de tejido o células fijos y se puede extender a muestras recién preparadas.

Algunos ejemplos no limitantes de muestras fijas incluyen las que se fijan con formalina o formaldehído (incluyendo muestras de FFPE), con Boudin, glutaldehído, acetona, alcoholes, o cualquier otro agente fijador, tal como los que se usan para fijar muestras de células o tejidos para inmunohistoquímica (IHC). Otros ejemplos incluyen agentes fijadores que precipitan ácidos nucleicos y proteínas asociados con células. Dadas las posibles complicaciones de la manipulación de muestras de ensayo de tejido congeladas, tal como la necesidad de mantener su estado congelado, la invención se puede poner en práctica con muestras no congeladas, tales como muestras fijas, muestras recién 65 preparadas, que incluyen células de sangre o de otro fluido o tejido corporal, y muestras tratadas mínimamente. En algunas aplicaciones de la invención, la muestra no se ha clasificado usando técnicas convencionales de patología,

tales como, pero no se limitan a, ensayos basados en inmunohistoquímica.

En algunas realizaciones de la invención, la muestra se clasifica como que contiene una célula tumoral de un tipo seleccionado entre los siguientes 53, y subconjuntos de los mismos: Adenocarcinoma de Mama, Adenocarcinoma de 5 cuello uterino, Adenocarcinoma de Esófago, Adenocarcinoma de Vesícula Biliar, Adenocarcinoma de Pulmón, Adenocarcinoma de Páncreas, Adenocarcinoma de Intestino Delgado-Grueso, Adenocarcinoma de Estómago, Astrocitoma, Carcinoma de Células Basales de la Piel, Colangiocarcinoma de Hígado, Adenocarcinoma de Células Transparentes de Ovario, Linfoma Linfocitos B Grandes y Difusos, Carcinoma Embrionario de Testículos, CarcinomaEndometrioide de Útero, Sarcoma de Ewings, Carcinoma Folicular de Tiroides, Tumor del Estromal Gastrointestinal, Tumor de Células Germinales de Ovario, Tumor de Células Germinales de Testículo, Glioblastoma Multiforme, Carcinoma Hepatocelular de Hígado, Linfoma de Hodgkin, Carcinoma de Pulmón, Leiomiosarcoma, Liposarcoma, Carcinoma Lobular de Mama, Histiocitoma Fibroso Maligno, Carcinoma Medular de Tiroides, Melanoma, Meningioma, Mesotelioma de Pulmón, Adenocarcinoma Mucinoso de Ovario, Miofibrosarcoma, Tumor de Intestino Neuroendocrino, Oligodendroglioma, Osteosarcoma, Carcinoma Papilar de Tiroides, Feocromocitoma, Carcinoma de

15 Células Renales de Riñón, Rabdomiosarcoma, Seminoma de Testículo, Adenocarcinoma Seroso de Ovario, Carcinoma Microcítico de Pulmón, Carcinoma de Células Escamosas de Cuello Uterino, Carcinoma de Células Escamosas de Esófago, Carcinoma de Células Escamosas de Laringe, Carcinoma de Células Escamosas de Pulmón, Carcinoma de Células Escamosas de Piel, Sarcoma Sinovial, Linfoma de Linfocitos T, y Carcinoma de Células Transicionales de Vejiga.

En otras realizaciones de la invención, la muestra se clasifica como que contiene una célula tumoral de un tipo seleccionado entre los siguientes 34, y subconjuntos de los mismos: adrenal, cerebro, mama, carcinoide-intestinal, cuello uterino (células escamosas), colangiocarcinoma, endometrio, células germinales, GIST (tumor del estroma gastrointestinal), riñón, leiomiosarcoma, hígado, pulmón (adenocarcinoma, macrocítico), pulmón (microcítico),

25 pulmón (escamoso), linfoma (linfocitos B), Linfoma (Hodgkins), meningioma, mesotelioma, osteosarcoma, ovario (células transparentes), ovario (células serosas), páncreas, próstata, piel (células basales), piel (melanoma), intestino grueso y delgado; tejido blando (liposarcoma); tejido blando (MFH o Histiocitoma Fibroso Maligno), tejido blando (Sarcoma sinovial), testículo (seminoma), tiroides (folicular-papilar), tiroides (carcinoma medular), y vejiga urinaria.

En otras realizaciones de la invención, la muestra se clasifica como que contiene una célula tumoral de un tipo seleccionado entre los siguientes 39, y subconjuntos de los mismos: glándula adrenal, cerebro, mama, carcinoideintestinal, adenocarcinoma de cuello uterino, escamoso de cuello uterino, endometrio, vesícula biliar, ovario de células germinales, GIST, riñón, leiomiosarcoma, hígado, adenocarcinoma macrocítico de pulmón, pulmón

35 microcítico, escamoso de pulmón, linfoma de linfocitos B, linfoma de Hodgkin, linfoma de linfocitos T, meningioma, mesotelioma, osteosarcoma, células transparentes de ovario, células serosas de ovario, páncreas, próstata, células basales de piel, melanoma de piel, escamoso de piel, intestino grueso y delgado, liposarcoma de tejido blando, MFH de tejido blando, sarcoma sinovial de tejido blando, adenocarcinoma de estómago, distintos de testículo (o no seminoma), seminoma de testículo, folicular y papilar de tiroides (folicular-papilar tiroides-folicular-papilar, medular de tiroides, y vejiga urinaria.

Los métodos de la invención también se pueden aplicar para clasificar una muestra como que contiene células como que contiene una célula tumoral de un tumor de un subconjunto de cualquiera de los conjuntos mencionados anteriormente. El tamaño del subconjunto normalmente será pequeño, formado por dos, tres, cuatro, cinco, seis, 45 siete, ocho, nueve, o diez de los tipos de tumor que se han descrito anteriormente. Como alternativa, el tamaño del subconjunto puede ser cualquier número entero hasta el tamaño total del conjunto. Por lo tanto, algunas realizaciones de la invención incluyen una clasificación entre 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, o 52 de los tipos mencionados anteriormente. En algunas realizaciones, el subconjunto estará formado por tipos de tumor que son del mismo tipo de tejido u órgano. Como alternativa, el subconjunto estará formado por tipos de tumor de diferentes tejidos u órganos. En algunas realizaciones, el subconjunto incluirá uno o más tipos seleccionados entre glándulas adrenales, cerebro, carcinoide-intestinal, adenocarcinoma de cuello uterino, escamoso de cuello uterino, vesícula biliar, ovario de células germinales, GIST, leiomiosarcoma, hígado, meningioma, osteosarcoma, células basales de piel, escamoso de piel, liposarcoma de tejido blando, MFH de tejido blando, sarcoma sinovial de tejido blando,

55 distintos de testículo (o no seminoma), seminoma de testículo, folicular y papilar de tiroides, y medular de tiroides.

La clasificación entre subconjuntos de los tipos de tumor mencionados anteriormente se demuestra con los resultados que se muestran en las Figuras 1-9, en las que los niveles de expresión de unas pocas como aproximadamente 5 o más secuencias genéticas se pueden usar para clasificar entre muestras aleatorias de 2 tipos de tumor entre aquéllas en el conjunto de los 39 enumerados anteriormente. Se pueden usar algunos niveles de expresión de tan pocos como de aproximadamente 20 a 49 para clasificar entre los 39 tipos de tumor con grados variables de precisión. La invención se puede poner en práctica con los niveles de expresión de aproximadamente 10 o más, aproximadamente 15 o más, aproximadamente 20 o más, aproximadamente 25 o más, aproximadamente 30 o más, aproximadamente 35 o más, aproximadamente 40 o más, o aproximadamente 45 o más para 49 65 secuencias transcritas tal como se encuentran en el "transcriptoma" humano (parte transcrita del genoma). La invención también se puede poner en práctica con niveles de expresión de aproximadamente 10-20 o más,

aproximadamente 20-30 o más, aproximadamente 30-40 o más, aproximadamente 40-50 o más, o 49 secuencias transcritas. En algunas realizaciones de la invención, los genes transcritos se pueden escoger de forma aleatoria o pueden incluir todas hubo algunas de las secuencias genéticas específicas que se desvelan en el presente documento. Como se demuestra en el presente documento, se puede realizar una clasificación con precisiones de

5 aproximadamente un 55 %, aproximadamente un 60 %, aproximadamente un 65 %, aproximadamente un 70 %, aproximadamente un 75 %, aproximadamente un 80 %, aproximadamente un 85 %, aproximadamente un 90 %, o aproximadamente un 95 % o superior mediante el uso de la presente invención.

En otras realizaciones, los niveles de expresión genética de otras secuencias genéticas se pueden determinar junto con las determinaciones de los niveles de expresión que se han descrito anteriormente para uso en la clasificación. Un ejemplo no limitante de esto se observa en el caso de una plataforma basada en micromatriz para determinar la expresión genética, en la que también se mide la expresión de otras secuencias genéticas. Cuando esos otros niveles de expresión no se usan en la clasificación, se pueden considerar los resultados de "exceso" de secuencias transcritas y no es crítico para la práctica la invención. Como alternativa, y cuando esos otros niveles de expresión

15 se usan en la clasificación, éstos se encuentran dentro del alcance de la invención, en la que la descripción del uso de números de secuencias en particular no excluye necesariamente el uso de niveles de expresión de secuencias adicionales. En algunas realizaciones, la invención incluye el uso de un nivel o niveles de expresión de una o más secuencias genéticas en "exceso" secuencias genéticas, tal como las que pueden proporcionar información redundante con respecto a una o más de otras secuencias genéticas usadas en un método de la invención.

Dado que la clasificación de la muestra cómo que contiene células de uno de los tipos de tumor mencionados anteriormente de forma inherente también clasifica el origen del sitio del tejido u órgano de la muestra, los métodos de la invención se pueden aplicar a la clasificación de la muestra de tumor como que es de un sitio de tejido u órgano en particular del paciente. Esta solicitud de la invención es particularmente útil en casos en los que la

25 muestra es de un tumor que es el resultado de metástasis por otro tumor. En algunas realizaciones de la invención, la muestra de cómo se clasifica como es uno de los siguientes 24: Adrenal, Vejiga, Hueso, Cerebro, Mama, Cuello Uterino, Endometrio, Esófago, Vesícula Biliar, Riñón, Laringe, Hígado, Pulmón, Ganglio Linfático, Ovario, Páncreas, Próstata, piel, Tejido Blando, Intestino Delgado/Grueso, Estómago, Testículo, Tiroides, y Útero.

Aunque la invención también proporciona clasificación como uno de los tipos de tumor mencionados anteriormente basándose en comparaciones con los niveles de expresión de secuencias en los 39 tipos de tumor, es posible que se desee un nivel de confianza más elevado en la clasificación. Si se prefiere un aumento en la confianza de la clasificación, la clasificación se puede ajustar para identificar la muestra de tumor como que tiene un origen en particular o tipo de célula como se muestra en la Figura 10. Por lo tanto, se puede realizar un aumento de la

35 confianza como intercambio para una disminución en la especificidad como para un tipo de tumor mediante la identificación del origen o del tipo de célula.

La clasificación de una muestra que contiene células como que tiene una célula tumoral de uno de los 39 tipos de tumor mencionados anteriormente de forma inherente también clasifica el origen del sitio del tejido u órgano de la muestra. Por ejemplo, la identificación de la muestra como que es de tipo de célula escamosa de tumor escamoso de cuello uterino clasifica necesariamente el tumor como que tiene su origen en el cuello uterino, (y por lo tanto con un origen epitelial en lugar de no epitelial) como se muestra en la Figura 10. También se refiere a que el tumor no tenía necesariamente un origen en células germinales. Por lo tanto, los métodos de la invención se pueden aplicar para la clasificación de la muestra de tumor como que son de un sitio de tejido u órgano en particular de un sujeto o

45 paciente. Esta aplicación de la invención es particularmente útil en casos en los que la muestra es de un tumor que es el resultado de metástasis por otro tumor.

La práctica de la invención para clasificar una muestra que contiene células como que tiene una célula tumoral de uno de los tipos mencionados anteriormente se realiza mediante el uso de un algoritmo de clasificación apropiado que usa aprendizaje supervisado para aceptar 1) los niveles de expresión de las secuencias genéticas en una pluralidad de tipos de tumor conocidos como un conjunto de entrenamiento y 2) los niveles de expresión de los mismos genes en una o mas células de una muestra para clasificar la muestra como que tiene células de uno de los tipos de tumor. Un análisis adicional de esto se proporciona en la sección de Ejemplos en el presente documento. Los niveles de expresión se pueden proporcionar basándose en las señales en cualquier formato, incluyendo

55 expresión de ácidos nucleicos o expresión de proteínas como se describe en el presente documento.

Como sería evidente para el experto en la materia, el intervalo de clasificación se ve influido por el número de tipos de tumor así como el número de muestras para cada tipo de tumor. Pero dada una serie de muestras adecuadas del intervalo total de tumores humanos como se proporciona el presente documento, la invención se aplica fácilmente para la clasificación de esos tipos de tumor así como tipos adicionales.

Los ejemplos no limitantes de algoritmos de clasificación que se pueden usar en la práctica de la invención incluyen algoritmos de aprendizaje supervisado, algoritmos de aprendizaje con máquina, análisis de discriminación lineal, algoritmos de selección de atributos, y redes neurales artificiales (ANN). En realizaciones preferentes de la

65 invención, se usa un algoritmo de clasificación basado en la distancia, tal como el algoritmo vecinal más cercano a k (KNN), o máquina de director de soporte (SVM).

El uso de KNN se realiza en algunas realizaciones de la invención y se analiza adicionalmente como un ejemplo no representativo. El KNN se puede usar para analizar los datos de expresión de los genes en un "conjunto de entrenamiento" de muestras de tumor conocidas se incluyen los 39 de los tipos de tumor que se describen en el presente documento. El conjunto de datos de entrenamiento se puede comparar a continuación con los datos de

5 expresión para los mismos genes en una muestra que contiene células. Los niveles de expresión de los genes en la muestra se comparan a continuación con el conjunto de datos de entrenamiento a través de KNN para identificar las muestras tumorales con los patrones de expresión más similares. Como un ejemplo no limitante, los cinco "vecinos más cercanos" se pueden identificar y los tipos de tumor de los mismos usados para clasificar la muestra de tumor desconocido. Por supuesto que se pueden usar otros números de "vecinos más cercanos". Algunos ejemplos no limitantes incluyen menos de 5, aproximadamente 7, aproximadamente 9, o aproximadamente 11 o más "vecinos más cercanos".

Como un ejemplo hipotético, si los cinco "vecinos más cercanos" de una muestra desconocida son cuatro linfomas de linfocitos B y un linfoma de linfocitos T, entonces la clasificación de la muestra como que es de un linfoma de

15 linfocitos B se puede realizar con gran precisión. Esto se ha usado con una precisión de un 84 % una precisión más elevada, tal como de un 90 %, tal como se describe en los Ejemplos.

La capacidad de clasificación se puede combinar con la naturaleza inherente del esquema de clasificación para proporcionar un medio para aumentar la confianza de la clasificación tumoral en ciertas situaciones. Por ejemplo, si los cinco "vecinos más cercanos" de una muestra son tres tumores de células transparentes de ovario y dos tumores serosos de ovario, la confianza se puede aumentar simplemente tratando los tumores como si fueran de origen de ovario y se trata al sujeto o paciente (a partir de que se obtuvo la muestra) en consecuencia. Véase la Figura 10. Se trata de un ejemplo de compensación de la especificidad a favor del aumento de la confianza. Esto proporciona el beneficio añadido de abordar la posibilidad de que la muestra desconocida era de un tumor mucinoso o

25 endometrioide. Por supuesto, el experto con experiencia es libre de tratar el tumor como uno o ambos de estas dos posibilidades más probables y proceder de acuerdo con esa determinación.

Dado que el linaje del desarrollo de células tumorales en ciertos tipos de tumor (por ejemplo, células germinales) puede ser complejo y puede implicar múltiples tipos celulares, puede parecer que la Figura 10 está sobresimplificada. Sin embargo, sirve como una buena base para relación a una histopatología conocida y sirve como un " árbol de guía" para analizar y relación a firmas de expresión genéticas asociadas a tumores.

La naturaleza inherente del esquema de clasificación también proporciona un medio para aumentar la confianza de la clasificación tumoral en casos en los que los "vecinos más cercanos" son ambiguos. Por ejemplo, si los cinco

35 "vecinos más cercanos" eran uno de vejiga urinaria, uno de mama, uno de riñón, uno de hígado, y uno de próstata, la clasificación simplemente puede ser la de un tumor de células escamosas. Tal determinación se puede realizar con una confianza significativa y el sujeto o paciente a partir de que se obtuvo la muestra se puede tratar en consecuencia. Sin quedar ligado por la teoría, y ofrecido solamente para mejorar la comprensión de la invención, los últimos dos ejemplos reflejan las similitudes en la expresión genética de células de un tipo celular y/u origen de tejidos similares.

Realizaciones de la invención incluyen el uso de los métodos y materiales que se describen en el presente documento para identificar el origen de un cáncer de un paciente. Por lo tanto, dada una muestra que contiene células tumorales, el origen del tejido de las células tumorales se identifica mediante el uso de la presente invención.

45 Un ejemplo no limitante se encuentra en el caso de un objeto con un ganglio linfático inflamado que contiene células cancerígenas. Las células pueden ser de un tejido órgano que drena en el ganglio linfático o puede provenir de otra fuente de tejido. La presente invención se puede usar para clasificar las células como que son de un tipo de tumor o tejido (u origen) en particular que permite la identificación de la fuente de las células cancerígenas. En un ejemplo no limitante alternativo, la muestra (tal como la que un ganglio linfático) contiene células, que primero se someten a ensayo mediante el uso de la invención para clasificar al menos una célula como que es una célula tumoral de un tipo u origen de tejido. A continuación esto se usa para identificar la fuente de las células cancerígenas en la muestra. Ambos de estos son ejemplos del uso ventajoso de la invención para ahorrar tiempo, esfuerzo y costes en el uso de otros ensayos de diagnóstico de cáncer.

55 En otras realizaciones, la invención se pone en práctica con una muestra de un sujeto con una historia anterior de cáncer. Como un ejemplo no limitante, se puede encontrar una muestra que contiene células (del ganglio linfático o de cualquier parte) del sujeto que contiene células cancerígenas de modo que la presente invención se puede usar para determinar si las células son del mismo tejido o de uno diferente del cáncer anterior. Esta aplicación de la invención también se puede usar para identificar un nuevo tumor primario, tal como el caso en el que se encuentran nuevas células cancerígenas en el hígado de un sujeto que anteriormente presentaban cáncer de mama. La invención se puede usar para identificar las nuevas células cancerígenas como que son el resultado de metástasis del cáncer de mama anterior (o de otro tipo de tumor, ya se haya identificado anteriormente o no) o como una nueva aparición primaria de cáncer de hígado. La invención también se aplicará muestras de un tejido u órgano en las que se encuentran múltiples cánceres para determinar el origen de cada cáncer, así como si los cánceres tienen el

65 mismo origen.

Aunque la invención se puede poner en práctica con el uso de niveles de expresión de un grupo aleatorio de secuencias genéticas expresadas, la invención también proporciona secuencias genéticas a modo de ejemplo para uso en la práctica de la invención. La invención incluye un primer grupo de 74 secuencias genéticas de las que aproximadamente de 5 a 49 se pueden usar en la práctica de la invención. Las 5 a 49 secuencias genéticas se

5 pueden usar junto con la determinación de niveles de expresión de secuencias adicionales siempre y cuando los niveles de expresión de las secuencias genéticas del conjunto de 74 se usen en la clasificación. Un ejemplo limitante de tales realizaciones de la invención es en el que la expresión de aproximadamente 5 a 49 de las 74 secuencias genéticas se mide junto con los niveles de expresión de una pluralidad de otras secuencias, tal como mediante el uso de una plataforma basada en micromatriz usada para realizar la invención. Cuando estos otros niveles de expresión no se usan en la clase, se pueden considerar los resultados de un "exceso" de secuencias transcritas y no es crítico para la práctica de la invención. Como alternativa, y cuando esos otros niveles de expresión se usan en la clasificación, éstos están dentro del alcance de la invención, en la que el uso de las secuencias que se han descrito anteriormente no excluye necesariamente el uso de niveles de expresión de secuencias adicionales.

15 Las secuencias de ARNm que corresponden a un conjunto de 74 secuencias genéticas para uso en la práctica de la invención se proporcionan en el Apéndice 1 adjunto (Listado de Secuencias) junto con información de identificación adicional. El listado de la información de identificación, que incluye números de referencia y otra información, se proporciona mediante lo siguiente.

>Hs.73995_ARNm_1 gi|190403|gb|M60502.1|PERFILHUM ARNm de profilagrina humana, extremo en la posición 3’ poliA = 1 >Hs.75236_ARNm_4 gi|14280328|gb|AY033998.1| Homo sapiens poliA = 3 >Hs.299867_ARNm_1 gi|4758533|ref|NM_004496.1| factor nuclear 3 de hepatocitos de Homo sapiens, alfa (HNF3A),

25 ARNm poliA = 3 >Hs.285401_contig1 AI147926|AI880620|AA768316|AA761543|AA279147|AI216016|AI738663|N79248|AI 684489|AA960845|AI718599|AI379138|N29366|BF002507|AW044269|R34339|R66326 |H04648|R67467|AI523112|BF941500 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.182507_ARNm_1 gi|15431324|ref|NM_002283.2| queratina de Homo sapiens, pelo, básico, 5 (KRTHB5), ARNm poliA = 3 >Hs.292653_contigl AI200660|AW014007|AI341199|AI692279|AI393765|AI378686|AI695373|AW292108| T10352|R44346|AW47040

35 8|AX380925|BF93 8983|AW003704|H08077|F03 856|H08075|F 08895|AW468398|AI865976|H22568|AI858374|AI216499 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.97616_ARNm_3 gi|12654852|gb|BC001270.1|BC001270 clon de Homo sapiens MGC:5069 IMAGE:3458016 poliA = 3 >Hs.123078_ARNm_3 gi|14328043|gb|BC009237.1|BC009237 clon de Homo sapiens MGC:2216 IMAGE:2989823 poliA = 3 >Hs.285508_contig1 AW194680|BF939744|BF516467 poliA = 1 poliA = 1 >Hs.183274_contig1 BF437393|BF064008|BF509951|AW134603|AI277015|AI803254|AA887915|BF054958|

45 AI004413|AI393911|AI278517|AW612644|AI492162|AI309226|AI863671|AA448864| AI640165|AA479926|AA461188|AA780161|IBF591180|AI918020|AI758226|AI291375| BF001845|BF003064|AI337393|AI522206|BE856784|BF001760|AI280300 FLAG=1 poliA = 2 WARN poliA = 3 >Hs.334841_ARNm_3 gi|14290606|gb|BC009084.1|BC009084 clon de Homo sapiens MGC:9270 IMAGE:3853674 poliA = 3 >Hs.3321_contig1 AI804745|AI492375|AA594799|BE672611|AA814147|AA722404|AW170088|D11718|BG 153444|AI680648|AA063561|BE219054|AI590287|R55185|AI479167|AI796872|AI01 8324|AI701122|BE218203|AA905336|AI681917|BI084742|A2480008|AI217994|AI40 1468 poliA = 2 poliA = 3

55 >Hs.306216_singlete1 AW083022 poliA = 1 poliA = 2 >Hs.99235_contig1 AA456140|AI167259|AA450056 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.169172_ARNm_2 gi|2274961|emb|AJ000388.1|HSCANPX ARNm de Homo sapiens para proteasa de tipo calpaína CANPX poliA = 3 >Hs.351486_ARNm_1 gi|16549178|dbj|AK054605.1|AK054605 ADNc de FLJ30043 fis de Homo sapiens, clon 3NB692001548 poliA = 0 >Hs.153504_contig2 BE962007|AW016349|AW016358|AW139144|AA932969|AI025620|AI688744|AI865632| AA854291|AA932970|AU156702|AI634439|AA152496|AI539557|AI123490|AI613215|

65 AI318363|AW105672|AA843483|AI366889|AW181938|AI813801|AI433695|AA934772| N72230|AI760632|BE858965|AW058302|AI760087|AI682077|AA886672|AI350384|AW

243848|AW300574|BE466359|AI859529|AI921588|BF062899|BE855597|BE617708 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.199354_singlete1 AI669760 poliA = 1 poliA = 2 >Hs.162020_contig1 AW291189|AA505872 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.30743_ARNm_3 gi|18201906|ref|NM_006115.2| antígeno en melanoma expresado preferentemente de Homo sapiens (PRAME), ARNm poliA = 3 >Hs.271580_contigl AI632869|AW338882|AW338875|AW613773|AI982899|AW193151|BE206353|BE208200| AI811548|AW264021 poliA = 2poliA = 3 >Hs.69360_ARNm_2 gi|14250609|gb|BC008764.1|BC008764 clon de Homo sapiens MGC:1266 IMAGE:3347571 poliA = 3 >Hs.30827_contig1 H07885|N39347|W85913|AA583408|W86449 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.211593_contig2 BF592799|AI570478|AA234440|R40214|BE501078|AW593784|AI184050|AI284161|W7 2149|AW780437|AI247981|AW241273|H60824 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.155097_ARNm_1 gi|15080385|gb|BC011949.1|BC011949 clon de Homo sapiens MGC:9006 IMAGE:3863603 poliA = 3 >Hs.5163_ARNm_1 gi|15990433|gb|BC015582.1|BC015582 clon de Homo sapiens MGC:23280 IMAGE:4637504 poliA = 3 >Hs.55150_ARNm_1 gi|17068414|gb|BC017586.1|BC017586 clon de Homo sapiens MGC:26610 IMAGE:4837506 poliA = 3 >Hs.170177_contig3 AI620495|AW291989|AA780896|AA976262|AI298326|BF111862|AW591523|AI922518| AI480280|BF589437|AA600354|AI886238|AA035599|H90049|BF112011|N52601|AI57 0965|AI565367|AW768847|H90073|BE504361|N45292|AI632075|AA679729|AW168052 |AI978827|AI968410|AI669255|N45300|AI651256|AI698970|AI521256|AW078614|A I802070|AI885947|AI342534|AI653624|AW243936|T16586|R15989|AI289789|AI871 636|AI718785|AW148847 poliA = 2poliA = 3 >Hs.184601_ARNm_5 gi|4426639|gb|AF104032.1|AF104032 Homo sapiens poliA = 2 >Hs.351972_singlete1 AA865917 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.5366_ARNm_2 gi|15277845|gb|BC012926.1|BC012926 clon de Homo sapiens MGC:16817 IMAGE:3853503 poliA = 3 >Hs.18140_contig1 AI685931|AA410954|T97707|AA706873|AI911572|AW614616|AA548520|AW027764|BF 511251|AI914294|AW151688 poliA = 1 poliA = 1 >Hs.133196_contig2 BF224381|BE467992|AW137689|AI695045|AW207361|BF445141|AA405473 poliA = 2 WARN poliA = 3 >Hs.63325_ARNm_5 gi|15451939|ref|NM_019894.1| proteasa transmembrana de Homo sapiens, serina 4 (TMPRSS4), ARNm poliA = 3 >Hs.250692_ARNm_2 gi|184223|gb|M95585.1|HUMHLF ARNm de factor de leucemia hepática (HLF) humana, completo cds poliA = 3 >Hs.250726_singlete4 AW298545 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.79217_ARNm_2 gi|16306657|gb|BC001504.1|BC001504 clon de Homo sapiens MGC:2273 IMAGE:3505512 poliA = 3 >Hs.47986_ARNm_1 gi|13279253|gb|BC004331.1|BC004331 clon de Homo sapiens MGC:10940 IMAGE:3630835 poliA = 3 >Hs.94367_ARNm_1 gi|10440200|dbj|AK027147.1|AK027147 ADNc de Homo sapiens: FLJ23494 fis, clon LNG01885 poliA = 3 >Hs.49215_contig1 BI493248|N66529|AA452255|BI492877|AW196683|AI963900|BF478125|AI421654|BE 466675 poliA = 1 poliA = 1 >Hs.281587_contig2 R61469|R15891|AA007214|R61471|AI014624|N69765|AW592075|H09780|AA709038|A I335898|AI559229|F09750|R49594|H11055|T72573|AA935558|AA988654|AA826438| AI002431|AI299721 poliA = 1poliA = 2 >Hs.79378_ARNm_1 gi|16306528|ref|NM_003914.21 ciclina A1 de Homo sapiens (CCNA1), ARNm poliA = 3 >Hs.156469_contig2 AI341378|AI670817|AI701687|AI335022|AW235883|AI948598|AA446356 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.6631_ARNm_1 gi|7020430|dbj|AK000380.1|AK000380 ADNc de Homo sapiens FLJ20373 fis, clon HEP19740 poliA = 3 >Hs.155977_contig1 AI309080|AI313045 poliA = 1 WARN poliA = 1 >Hs.95197_ARNm_4 gi|5817138|emb|AL110274.1|HSM800829 ARNm de Homo sapiens; ADNc

DKFZp564I0272 (del clon DKFZp564I0272) poliA = 3 >Hs.48956_contigl N64339|AI569513|AI694073 poliA = 1 poliA = 1 >Hs.118825_ARNm_10 gi|1495484|emb|X96757.1|HSSAPKK3 ARNm de H. sapiens para quinasa de quinasa MAP poliA = 3 >Hs.135118_contig3 AI683181|AI082848|AW770198|AI333188|AI873435|AW169942|AI806302|AW340718| BF196955|AA909720 poliA = 1poliA = 2 >Hs.171857_ARNm_1 gi|13161080|gb|AF332224.1|AF332224 ARNm de proteína de testículo de Homo sapiens, cds parcial poliA = 3 >Hs.18910_ARNm_3 gi|12804464|gb|BC001639.1|BC001639 clon de Homo sapiens MGC:1944 IMAGE:2959372 poliA = 3 >Hs.194774_ARNm_1 gi|16306633|gb|BC001492.1|BC001492 clon de Homo sapiens MGC:1774 IMAGE:3510004 poliA = 3 >Hs.127428_ARNm_2 gi|16306818|gb|BC006537.1|BC006537 clon de Homo sapiens MGC:1934 IMAGE:2987903 poliA = 3 >H8.126852_contig1 AI802118|BF197404|BF224434|AA931964|AW236083|AI253119|AW614335|AI671372| AI793240|AW006851|AI953604|AI640505|AI633982|AW195809|AI493069|AW058576| AW293622 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.28149_ARNm_1 gi|14714936|gb|BC010626.1|BC010626 clon de Homo sapiens MGC:17687 IMAGE:3865868 poliA = 3 >Hs.35453_ARNm_3 gi|7018494|emb|AL157475.1|HSM802461 ARNm de Homo sapiens; ADNc DKFZp761G151 (del clon DKFZp761G151); cds parcial poliA = 3 >Hs.180570_contig1 R08175|AA707224|AA699986|R11209|W89099|T98002|AA494546 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.196270_ARNm_1 gi|11545416|gb|AF283645.1|AF283645 cromosoma 8 map 8q21 de Homo sapiens poliA = 3 >Hs.9030_ARNm_3 gi|12652600|gb|BC000045.1|BC000045 clon de Homo sapiens MGC:2032 IMAGE:3504527 poliA = 3 >Hs.1282_ARNm_3 gi|4559405|ref|NM_000065.1| componente 6 del complemento Homo sapiens (C6), ARNm poliA = 1 >Hs.268562_ARNm_2 gi|15341874|gb|BC013117.1|BC013117 clon de Homo sapiens MGC:8711 IMAGE:3882749 poliA = 3 >Hs.151301_ARNm_3 gi|16041747|gb|BC015754.1|BC015754 clon de Homo sapiens MGC:23085 IMAGE:4862492 poliA = 3 >Hs.111_contig1 AA946776|AW242338|H24274|AI078616 poliA = 1 poliA = 2 >Hs.150753__contig1 AI123582|AI288234 poliA = 0 poliA = 0 >Hs.82109_ARNm_1 gi|14250611|gb|BC008765.1|BC008765 clon de Homo sapiens MGC:1622 IMAGE:3347793 poliA = 3 >Hs.44276_ARNm_2 gi|12654896|gb|BC001293.1|BC001293 clon de Homo sapiens MGC:5259 IMAGE:3458115 poliA = 3 >Hs.2142_ARNm_4 gi|13325274|gb|BC004453.1|BC004453 clon de Homo sapiens MGC:4303 IMAGE:2819400 poliA = 3 >Hs.180908_contig1 AA846824|AW611680|AA846182|AA846342|AA846360 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.89436_ARNm_1 gi|16507959|ref|NM_004063.2| cadherina 17 de Homo sapiens, cadherina LI (hígadointestino) (CDH17), ARNm poliA = 1 >Hs.151544_ARNm_8 gi|3153107|emb|AL023657.1|HSDSHP ADNc de SH2D1A de Homo sapiens, conocido anteriormente como DSHP poliA = 3 >Hs.1657_contig4 AW473119|AA164586|AI540656|AI758480|AI810941|AI978964|AI675862|AI784397| AW591562|AW514102|AI888116|AI983175|AI634735|AI669577|AI202659|AI910598| AI961352|AI565481|AI886254|AI538838|AA291749|AW571455|AI370308|AI274727| AW473925|AW514787|AI273871|AW470552|AI524356|AI888281|AW089672|AI952766| AW440601|AX654044|AW438839|AI972926 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.35984_ARNm_1 gi|6049161|gb|AF133587.1|AF133587 cromosoma 22 map 22q11.2 de Homo sapiens poliA = 3 >Hs.334534_ARNm_2 gi|17389403|gb|BC017742.1|BC017742 Homo sapiens, clon IMAGE:4391536, ARNm

poliA = 3 >Hs.60162_ARNm_1 gi|10437644|dbj|AK025181.1|AK025181 ADNc de Homo sapiens: FLJ21528 fis, clon COL05977 poliA = 3

5 Como lo entendería un experto en la materia, la detección de la expresión de cualquiera de las secuencias identificadas anteriormente, o las secuencias proporcionadas en los Apéndices adjuntos (Listado de Secuencias) se puede realizar mediante la detección de la expresión de cualquier parte o fragmento apropiados de estas secuencias. Preferentemente, las partes son lo suficientemente grandes como para contener secuencias únicas con respecto a otras secuencias expresadas en una muestra que contiene células. Además, la persona experta reconocería que las secuencias desveladas representan una hebra de una molécula bicatenaria y cualquier hebra se puede detectar como un indicador de la expresión de las secuencias desveladas. Esto continúa porque las secuencias desveladas se expresan como moléculas de ARN en células que se convierten preferentemente en moléculas de ADNc para facilitar la manipulación y la detección. Las moléculas de ADNc resultantes pueden tener las secuencias del ARN expresado así como las de la hebra complementaria a las mismas. Por lo tanto, se puede

15 detectar cualquiera de la hebra de la secuencia del ARN o la hebra complementaria. Por supuesto, también es posible detectar el ARN expresado sin conversión en ADNc.

En algunas realizaciones de la invención, los niveles de expresión de las secuencias genéticas se mide mediante la detección de las secuencias expresadas en una muestra que contiene células como que se indican a los siguientes oligonucleótidos, que corresponden a las secuencias mencionadas anteriormente como se indica con los números de referencia que se proporcionan.

>AF133587

CCCGGATCGCCATCAGTGTCATCGAGTTCAAACCCTGAGCCCTTCATTCACCTCTGTGAG

25 >BC017742 TGCCCTTGCTCTGTGTCATCTCAGTCATTTGACTTAGAAAGTGCCCTTCAAAAGGACCCT >BF437393 GGAGGGAGGGCTAATTATATATTTTGTTGTTCCTCTATACTTTGTTCTGTTGTCTGCGCC >AI620495 CAGTTTGGATTGTATAATAACGCCAAGCCCAGTTGTAGTCGTTTGAGTGCAGTAATGAAA >AK000380 AAATCAGAGTAACCCTTTCTGTATTGAGTGCAGTGTTTTTTACTCTTTTCTCATGCACAT >BC009237 TGCCTGGCACAAAGAAGGAAGAATATAAATGATAGTTCGACTCGTCTGTGGAAGAACTTA

35 >BC008765 AGTCTTTTGCTTTTGGCAAAACTCTACTTAATCCAATGGGTTTTTCCCTGTACAGTAGAT >BC001504 GGTTACTGTGGGTGGAATAGTGGAGGCCTTCAACTGATTAGACAAGGCCCGCCCACATCT >NM_019894 TAAAATGCACTGCCCTACTGTTGGTATGACTACCGTTACCTACTGTTGTCATTGTTATTA >BF224381 TTCTCTTTTGGGGGCAAACACTATGTCCTTTTCTTTTTCTAGATACAGTTAATTCCTGGA >AL157475 AAGACCCACACCCTGTAGCAATACCAAGTGCTATTACATAATCAATGGACGATTTATACT

45 >AY033998 AGTGTTGCAAGTTTCCTTTAAAACCAACAAAGCCCACAAGTCCTGAATTTCCCATTCTTA >H07885 GTCACTGTCATAGCAGCTGTGATTTCACAAGGAAGGGTGCTGCAGGGGGACCTGGTTGAT >NM_004496 TTTCATCCAGTGTTATGCACTTTCCACAGTTGGTGTTAGTATAGCCAGAGGGTTTCATTA >AA846824 GGGAAGTAGGGATTATTCGTTTAAATTCAATCGCGAGCACCAAGTCGGACTGGCCGGGGA >BC017586 GGGACCAGGCCCTGGGACAGCCATGTGGCTCCAAATGACTAAATGTCAGCTCAAAAACCA

55 >AA456140 TCCGTTTATGGAGGCAATTCCATATCCTTTCTTGAACGCACATTCAGCTTACCCCAGAGA >NM_002283 AGAGTTAAGCCACTTCCTGGGTCTCCTTCTTATGACTGTCTATGGGTGCATTGCCTTCTG >AL023657 GTGGCCTGAGTAATGCATTATGGGTGGTTTACCATTTCTTGAGGTAAAAGCATCACATGA >B001639 ACACATGCATGTGTCTGTGTATGTGTGAATGTGAGAGAGACACAGCCCTCCTTTCAGAAG >BC015754 TCTGTAACTGCACAACCCTGGGGTTTGCTGCAGAGCTATTTCTTTCCATGTAAAGTAGTG

65 >AF332224 AAACACTCTTTCCGACTCCAGAGGAGAAGCTGGCAGCTCTCTGTAAGAAATATGCTGATC

>BC001270 GCTTCCTCTATCGCCCAATGCAAAATCGATGAAATGGGGAGTTCTCTGGGCCAGGCCACA >AI147926 GTAGAATCCTCTGTTCATAATGAACAAGATGAACCAATGTGGATTAGAAAGAAGTCCGAG

5 >AW298545 CTGTTTTAAAACTGAATGGCACGAAATTGTTTTCCTCAACTCGGAGATTCCTGTATGGAG >AI802118 AATAAATAGTAGCTCTGCTGATGATGACGTTGATAACCAAACTGTTCTGTGGTCTTAAGT >AI683181 CAAACAGCCCGGTCTTGATGCAGGAGAGTCTGGAAAAGGAAGAAAATGGTTTCAGTTTCA >M95585 AACATGGACCATCCAAATTTATGGCCGTATCAAATGGTAGCTGAAAAAACTATATTTGAG >AK027147 TTGTAATCATGCCAATTCCAGATCAATAACTGCATGTCTGTTCTTTGGTAGAAATAGCTT

15 >AW291189 AAAGATTATTAACCCAAATCACCTTTCTTGCTTACTCCAGATGCCTCAGCCTCTGATATA >AI632869 GACTTCCTTTAGGATCTCAGGCTTCTGCAGTTCTCATGACTCCTACTTTTCATCCTAGTC >BC006537 CTGTATATTTTGCAATAGTTACCTCAAGGCCTACTGACCAAATTGTTGTGTTGAGATGAT >R61469 TGTTCAAACAGACTTTAACCTCTGCATCATACTTAACCCTGCGACATGCGTACAGTATGC >BC009084 TGAGTCATATACATTTACTGACCACTGTTGCTTGTTGCTCACTGTGCTGCTTTTCCATGA

25 >N64339 CTGAAATGTGGATGTGATTGCCTCAATAAAGCTCGTCCCCATTGCTTAAGCCTTCAAAAA >AI200660 ATCAAGAAAACCTAATCTTCTGACTCCCAGGCCAGGATGTTTTATTTCTCACATCATGTC >AK054605 TTCATTTCCAAACATCATCTTTAAGACTCCAAGGATTTTTCCAGGCACAGTGGCTCATAC >NM_006115 AGTTAGAAATAGAATCTGAATTTCTAAAGGGAGATTCTGGCTTGGGAAGTACATGTAGGA >X96757 CAATTTTCTTTTTACTCCCCCTCTTAAGGGGGCCTTGGAATCTATAGTATAGAATGAACT

35 >AI804745 GGGTGGAGTTTCAGTGAGAATAAACGTGTCTGCCTTTGTGTGTGTGTATATATACAGAGA >AJ000388 CTCGCTCATTTTTTACCATGTTTTCCAGTCTGTTTAACTTCTGCAGTGCCTTCACTACAC >BC008764 CTTTGGGCCGAGCACTGAATGTCTTGTACTTTAAAAAAATGTTTCTGAGACCTCTTTCTA >AI309080 CTGGACCCTTGGAGCAGTGTTGTGTGAACTTGCCTAGAACTCTGCCTTCTCCGTTGTCAA >AA865917 CCACCTCCTTCGACCTCCACTGCGCCCCACCTCCCTGCCTGTGTGTGTTATTTCAAAGGA

45 >AA946776 TCTGGCTGGTGGCCTGCGCGAGGGTGCAGTCTTACTTAAAAGACTTTCAGTTAATTCTCA >AF104032 AGATGCTGTCGGCACCATGTTTATTTATTTCCAGTGGTCATGCTCAGCCTTGCTGCTCTG >AW194680 TCCTTCCTCTTCGGTGAATGCAGGTTATTTAAACTTTGGGAAATGTACTTTTAGTCTGTC >BC001293 GTCCTGTCCCTGTCTGGGAGTTGTGTTATTTAAAGATATTCTGTATGTTGTATCTTTTGC >BE962007 ATTATATTTCAGGTGTCCTGAACAGGTCACTAGACTCTACATTGGGCAGCCTTTAAATAT

55 >BI493248 AGGAATGGTACTACCGTTCCAGATTTTCTGTAATTGCTTCTGCAAAGTAATAGGCTTCTT >AF283645 CTGTACCCAAAGGATGCCAGAATACTAGTATTTTTATTTATCGTAAACATCCACGAGTGC >AI669760 ATTGCCCCCCTAACCAATCATGCAAACTTTTCCCCCCCTGGGGTAATTCACCAGTTAAAA >B001492 CCCACAGTATTTAATGCCCTGTCAGTCCCTTCTAGTCTGACTCAATGGTAACTTGCTGTA >BC004453 AAAACCAACTCTCTACTACACAGGCCTGATAACTCTGTACGAGGCTTCTCTAACCCCTAG

65 >BC010626 CTCAGACTGGGCTCCACACTCTTGGGCTTCAGTCTGCCCATCTGCTGAATGGAGACAGCA

>B013117 CCTAATGGGGATTCCTCTGGTTGTTCACTGCCAAAACTGTGGCATTTTCATTACAGGAGA >BC011949 CACTCACAATTGTTGACTAAAATGCTGCCTTTAAAACATAGGAAAGTAGAATGGTTGAGT

5 >AW083022 CTTTGAAGGGCTGCTGCACATTGTTGAATCCATCGACCTTTAGCTGCAATGGGATCTCTA >R08175 TGCCTCATCGATATTATAGGGGTCCATCACAACCCAACTGTGTGGCCGGATCCTGAGTCT >NM_000065 AAAACAGACAAAAGCCTTTGCCTTCATGAAGCATACATTCATTCAGGGGTAGACACACAA >AK025181 TAACAAACAAAGGCAGTAGCTCATCACTTGGGTAGCAGGTACCCATTTTAGGACCCTACA >NM_003914 ATATCAGAAGTGCCAATAATCGTCATAGGCTTCTGCACGTTGGATCAACTAATGTTGTTT

15 >AI123582 ATCATAGCCCAACCATGTGAGAAGAAGGAGAAGGCCCCCCTTTCTTCATTAATCTGAAAA >BC004331 GCAGACCATTCTATCATACCTGGCAGGGCTTCTGTTTTATTTTGTAGGCTGGATGCTACC >AI341378 ACTACAAGCCTCTTGTTTTTCACCAAAACCCTACATCTCAGGCTTACTAATTTTTGTGAT >NM_004063 GCCATGCATACATGCTGCGCATGTTTTCTTCATTCGTATGTTAGTAAAGTTTTGGTTATT >BC012926 CACCTATTTATTTTACCTCTTTCCCAAACCTGGAGCATTTATGCCTAGGCTTGTCAAGAA

25 >AL110274 GTGGACATAGCCACTAACCAACTAGTTACCTTTGGACTGCAACAAAAAATGTGAAAATGA >AW473119 ACTTGTAAACCTCTTTTGCACTTTGAAAAAGAATCCAGCGGGATGCTCGAGCACCTGTAA >AI685931 AATTCTCTATAAACGGTTCACCAGCAAACCACCAATACATTCCATTGTTTGCCTAGAGAG >BF592799 AATGGCCCATGCATGCTGTTTGCAGCAGTCAATTGAGTTGAATTAGAATTCCAACCATAC >BC000045 GAGCTCAGTACTTGCCCTGTGAAAATCCCAGAAGCCCCCGCTGTCAATGTTCCCCATCCA

35 >BC015582 ATGAAGCGGAATTAGGCTCCCGAGCTAAGGGACTCGCCTAGGGTCTCACAGTGAGTAGGA >M60502 AGTGGCTATATCAACATCAGGGCTAGCACATCTTTCTCTATTATCCTTCTATTGGAATTC

La invención también proporciona un segundo grupo de 90 secuencias genéticas de las que de 5 a 49 se pueden usar en la parte de la invención. Las 5 a 49 secuencias genéticas se pueden usar junto con la determinación de los niveles de expresión de secuencias adicionales siempre y cuando los niveles de expresión de las secuencias genéticas del conjunto de 90 se usan en la clasificación. Un ejemplo en la limitante de tales realizaciones de la invención es cuando la expresión de 5 a 49 de las 90 secuencias genéticas se mide junto con los niveles de

45 expresión de una pluralidad de otras secuencias, tal como mediante el uso de una plataforma basada en micromatriz usada para realizar la invención. Cuando esos otros niveles de expresión no se usan en la clasificación, estos se pueden considerar los resultados de un "exceso" de secuencias transcritas y no es crítico para la práctica de la invención. Como alternativa, y cuando esos otros niveles de expresión se usan en la clasificación, éstos están dentro del alcance de la invención, en la que el uso de las secuencias que se han descrito anteriormente no excluye necesariamente el uso de niveles de expresión de secuencias adicionales.

38 miembros del conjunto de 90 se incluyen en el primer conjunto de 74 que se ha descrito anteriormente. Los números de referencia de estos miembros en común entre los dos conjuntos son AA456140, AA846824, AA946776, AF332224, AI620495, AI632869, AI802118, AI804745, AJ000388, AK025181, AK027147, AL157475, AW194680,

55 AW291189, AW298545, AW473119, BC000045, BC001293, BC001504, BC004453, BC006537, BC008765, BC009084, BC011949, BC012926, BC013117, BC015754, BE962007, BF224381, BF437393, BI493248, M60502, NM_000065, NM_003914, NM_004063, NM_004496, NM_006115, y R61469. Las secuencias de ARNm que corresponden a miembros del conjunto de 90 quien están presentes en el conjunto de 74 secuencias genéticas también se proporcionan en el Apéndice 2 adjunto (Listado de Secuencias) junto con información de identificación adicional. El listado de la información de identificación para estos 52 miembros únicos mediante números de referencia, y como las secuencias de oligonucleótidos correspondientes que se pueden usar en la práctica de la invención, proporciona con lo siguiente.

>R15881

65 ACTTCTGGTGATGATAAAAATGGTTTTATCACCCAGATGTGAAAGAAGCTGCCTGTTTAC >AI041545

GTGGTTCTGTAAAAACGCAGAGGAAAAGAGCCAGAAGGTTTCTGTTTAATGCATCTTGCC >NM_024423 TTTATAAGGAAGCAGCTGTCTAAAATGCAGTGGGGTTTGTTTTGCAATGTTTTAAACAGA >AB038160

5 CTTATGAAGCTGGCCGGGCCACTCACGTTCAATGGTACATCTGGGTCTCTATGTGGTTCT >AK026790 GTGAGCGAGCATTTCCCATAGCTAACCCTATTCTCTTAGTCTTTCAAAATGTAGAATGGG >BC012727 CTTTACACCTGATAAAATATTTTGCGAAGAGAGGTGTTCTTTTTCCTTACTGGTGCTGAA >BC016451 GCATACATCTCATCCACAGGGGAAGATAAAGATGGTCACACAAACAGTTTCCATAAAGAT >H09748 TGAGTTCAGCATGTGTCTGTCCATTTCATTTGTACGCTTGTTCAAAACCAAGTTTGTTCT >NM_006142

15 AAGACCGAGACTGAGGGAAAGCATGTCTGCTGGGTGTGACCATGTTTCCTCTCAATAAAG >AF191770 GGCATCTGGCCCCTGGTAGCCAGCTCTCCAGAATTACTTGTAGGTAATTCCTCTCTTCAT >NM_006378 TGGATGTTTGTGCGCGTGTGTGGACAGTCTTATCTTCCAGCATGATAGGATTTGACCATT >BC006819 TCCTGGCAGAGCCATGGTCCCAGGCTTCCCAAAAGTGTTTGTGGCAATTATTCCCCTAGG >X79676 TTTGATGATAGCAGACATTGTTACAAGGACATGGTGAGTCTATTTTTAATGCACCAATCT >BC006811

25 TTCTTCCAGTTGCACTATTCTGAGGGAAAATCTGACACCTAAGAAATTTACTGTGAAAAA >NM_000198 GAACAATTGTGGTCTCTCTTAACTTGAGGTTCTCTTTTGACTAATAGAGCTCCATTTCCC >AF301598 GTTAAGTGTGGCCAAGCGCACGGCGGCAAGTTTTCAAGCACTGAGTTTCTATTCCAAGAT >NM_002847 CGGCCTACTGAGCGGACAGAATGATGCCAAAATATTGCTTATGTCTCTACATGGTATTGT >NM_004062 CAGGGTGTTTGCCCAATAATAAAGCCCCAGAGAACTGGGCTGGGCCCTATGGGATTGGTA >AW118445

35 TGTACAGTTTGGTTGTTGCTGTAAATATGGTAGCGTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTCATGC >BC002551 TACCAAACTGGGACTCACAGCTTTATTGGGCTTTCTTTGTGTCTTGTGTGTTTCTTTTAT >AA765597 CATTGAGGTTTGGATGGTGGCAGGTAAAACAGAAAGGCAAGATGTCATCTGACATTAGGC >AL137761 AGTTCAGCACTGTGGTTATCATTGGTGATGCCAGAAAACATTAGTAGACTTAGACAATTG >X78202 TAAAATTTCTTGATTGTGACTATGTGGTCATATGCCCGTGTTTGTCACTTACAAAAATGT >AK025615

45 AGCCATCTGGTGTGAAGAACTCTATATTTGTATGTTGAGAGGGCATGGAATAATTGTATT >BC001665 CTTATTGTCACTGGTTAAGAACTTGGCGAGATTGAAGGGCTTTTGTTATTGTTGTTGGAT >AI985118 CTTTCTAGTGAGCTAACCGTAACAGAGAGCCTACAGGATACACGTGAGATAATGTCACGT >AL039118 TTGTCTTAAAATTTCTTGATTGTGATACTGTGGTCATATGCCCGTGTTTGTCACTTACAA >AA782845 CCTGGGGGAAAGGGGCATTCATGACCTGAACTTTTTAGCAAATTATTATTCTCAGTTTCC >BC016340

55 TTCATTAACAGTACTAAGTGGAAGGGATCTGCAGATTCCAAATTGGAATAAGCTCTATCA >AA745593 CCAATGCAGAAGAGTATTAAGAAAGATGCTCAAGTCCCATGGCACAGAGCAAGGCGGGCA >NM_004967 CAAGGCTACGATGGCTATGATGGTCAGAATTACTACCACCACCAGTGAAGCTCCAGCCTG >BF510316 AGCTCACAGCTGGACAGGTGTTGTATATAGAGTGGAATCTCTTGGATGCAGCTTCAAGAA >AA993639 TCCAAAGTAGAAAGGGTTCTTTTAGAAAACTTGAAGAATGTGCCTCCTCTTAGCATCTGT >AV656862

65 GATGCATTTTTCAGTCCCTTTTCAGAGCAAATGCTTTTGCAATGGTAGTAATGTTTAGTT >X69699

CCTGTGGGGCTTCTCTCCTTGATGCTTCTTTCTTTTTTTAAAGACAACCTGCCATTACCA >BC013282 TTGCACTAAGTCATGCTGTTTCCTCAAAGAAGCTTTGTTTTTTGTTAACGTATTACTCAG >AI457360

5 CTGGATCCCAGGCCCTGGCACCCCTCAGGAAATACAAGAAAAAGAATATTCACATCTGTT >AW445220 TTAGAGGGGCCACCTATCAACTCATCAGTGTTCAAAGAATATGCTGGGAGCATGGGTGAG >AF038191 GGCCCATTTATGTCCCTCATGTCTCTAGATTTTCTCGTCACCCAGCCTCAAAAATATATG >X05615 TCCCCAAAAACCTCACCCGAGGCTGCCCACTATGGTCATCTTTTTCTCTAAAATAGTTAC >BC005364 GAAATTCCTCACACCTTGCACCTTCCCTACTTTTCTGAATTGCTATGACTACTCCTTGTT >AK025701

15 TGTCTGTCCACCACGAGATGGGAGGAGGAGAAAAAGCGGTACGATGCCTTCCTGACCTCA >BF446419 GTCTTATCTCTCAGGGGGGGTTTAAGTGCCGTTTGCAATAATGTCGTCTTATTTATTTAG >AK025470 CCGAGTAGTATGGGTCTCTGTGTGAGAAACCAGGAGATATTTTCATCTTGTTCGGAAATA >BE552004 TTGTGCAAAAGTCCCACAACCTTTCTGGATTGATAGTTTGTGGTGAAATAAACAATTTTA >H05388 TCCAGTATTCTGCAGGGCCAGTCAGTTGTACAGAAGTTGGAATATTCTGTTCCAGAATTA >NM_033229

25 GTCTCGAACAGCGGTTGTTTTTACTTTATTTATCTTAGGCCCTCAGCTCCCTGACGTCCT >BC010437 AGTGAATCTTTTCCTCTTGGTAGCATCAACACTGGGGATAAATCAGAACCATTCTGTGGA >AI952953 TGAGAGCCCAGAACAAGAAGGAGCAGAAGGGCACTTTGACCTTCATTATTATGAAAATCA >R45389 GGAAGAACTGATGCTTGCTGCTAACTAAAGTTTTGGATGTATCGATTTAGAGAACCAATT >NM_001337 GAATGAGAGAATAAGTCATGTTCCTTCAAGATCATGTACCCCAATTTACTTGCCATTACT >AI499593

35 TACGGAAAGGAAACAGGTTATACTCTTAGATTTAAAAAGTGAAAGAAACTGCAGGCGCCT

En algunas realizaciones de la invención, los niveles de expresión de las secuencias genéticas se mide mediante la detección de las secuencias expresadas en una muestra que contiene células como que se intrigan a los oligonucleótidos mencionados anteriormente, que corresponden a secuencias en los Apéndices (Listado de Secuencias) como se indica con los números de referencia por.

En realizaciones adicionales, la invención proporciona el uso de cualquier número de las secuencias genéticas del conjunto de 74 poder conjunto de 90 en los métodos de la invención. Por lo tanto, en cualquier parte de 1 a todas las 49 secuencias genéticas usadas en la invención puede ser de cualquiera o de ambos de los conjuntos mencionados

45 anteriormente. De modo que para una, dos, tres, cuatro, o cinco, o más de las 5 a 49 secuencias pueden ser el conjunto de 74 o del conjunto de 90. De forma análoga, y cuando se usa de 10 a 49 secuencias, seis, siete, ocho, nueve, o diez de las secuencias pueden ser de uno de estos conjuntos.

Como se usa en el presente documento, una "muestra de tumor" o "muestra que contiene tumor" o "muestra que contiene célula tumoral" o variantes de las mismas, se refieren a muestras que contienen células de tejido o de fluido aisladas de un individuo del que se sospecha que está afectado con, o en riesgo de desarrollar, cáncer. Las muestras pueden contener células tumorales que se pueden aislar mediante métodos conocidos otros métodos apropiados según lo considere deseable el médico experto. Éstos incluyen, pero no se limitan a, microdisección, microdisección mediante captura por láser (LCM), o microdisección con láser (LMD) antes de su uso en la presente

55 invención. Como alternativa, se pueden usar células sin diseccionar dentro de una "sección" de tejido. Los ejemplos no limitantes de tales muestras incluyen aislados primarios (a diferencia de células cultivadas) y se pueden recoger mediante cualquier medio no invasivo o mínimamente invasivo, que incluye, pero no se limita a, lavado ductal, aspiración con aguja fina, biopsia con aguja, los dispositivos y métodos que se describen en la Patente de Estados Unidos Nº 6.328.709, o cualquier otro medio adecuado reconocido en la técnica. Como alternativa, la muestra se puede recoger mediante un método invasivo, que incluye, pero no se limita a, biopsia quirúrgica.

La detección y medida de las secuencias transcritas se puede conseguir mediante una diversidad de medios conocidos en la técnica o según lo considere apropiado el médico experto. Básicamente, se puede usar cualquier método de ensayo siempre y cuando el ensayo refleje, de forma cuantitativa como cualitativa, la expresión de la

65 secuencia transcrita que se está detectando.

La capacidad para clasificar muestras de tumor se proporciona mediante el reconocimiento de la relevancia del nivel de expresión de las secuencias genéticas (ya sean seleccionadas de forma aleatoria o específicas) y no mediante la forma del ensayo usado para determinar el nivel de expresión real. Un ensayo de la invención puede usar cualquier característica de identificación de una secuencia genética individual como se desvela en el presente documento

5 siempre y cuando el ensayo refleje, de forma cuantitativa o cualitativa, la expresión del gen en el "transcriptoma" (la fracción transcrita de genes en un genoma) o el "proteoma" (la fracción traducida de genes expresados en un genoma). Algunos ensayos adicionales incluyen los basados en la detección de fragmentos de polipéptido del miembro o miembros relevantes del proteoma. Los ejemplos no limitantes de este último incluye en la detección de fragmentos proteolíticos encontrados en un fluido biológico, tal como sangre o suero. Algunas características de identificación incluyen, pero no se limitan a, secuencias de ácidos nucleicos únicas usadas para codificar (ADN), o expresar (ARN), dicho gen o epítopos específicos para, o actividades de, una proteína codificada mediante una secuencia genética.

Los medios adicionales incluyen la detección de la amplificación de ácidos nucleicos como indicativo del aumento de

15 los niveles de expresión e inactivación, supresión, o metilación de ácidos nucleicos, como indicativo de una disminución de los niveles de expresión. Indicado de forma diferente, la invención se puede poner en práctica sometiendo al ensayo uno o más aspectos del molde o moldes de ADN subyacen a la expresión de cada secuencia genética, del ARNm usado como un producto intermedio para expresar la secuencia, o del producto proteico expresado mediante la secuencia, así como fragmentos proteolíticos de tales productos. Como tal, la detección de la presencia de, cantidad de, estabilidad de, o degradación (incluyendo tasa) de, tal ADN, ARN y moléculas proteicas se puede usar en la práctica de la invención.

En algunas realizaciones, toda o parte de una secuencia genética se puede amplificar y detectar mediante métodos tales como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y variaciones de la misma, tales como, pero no se limitan

25 a, PCR cuantitativa (Q-PCR), PCR por transcripción inversa (RT-PCR), y PCR en tiempo real (que incluye un medio para medir las cantidades iniciales de copias de ARNm para cada secuencia en una muestra), opcionalmente RT-PCR en tiempo real o Q-PCR en tiempo real. Tales métodos usarían uno o dos cebadores que son complementarios con partes de una secuencia genética, en la que los celadores se usan para cebar la síntesis de ácidos nucleicos. Los ácidos nucleicos recién sintetizados se marcan opcionalmente y se pueden detectar directamente o mediante hibridación con un polinucleótido de la invención. Los ácidos nucleicos recién sintetizados se pueden poner en contacto con polinucleótidos (que contienen secuencias genéticas) de la invención en condiciones que permitan su hibridación. Algunos métodos adicionales para detectar la expresión de ácidos nucleicos expresados incluyen ensayos de protección de ARNsa, que incluyen hibridación es en fase líquida, e hibridación de células in situ.

35 Como alternativa, la expresión de secuencias genéticas en muestras de FFPE se puede detectar cómo se desvela en la patente de Estados Unidos Nº US-7.504.214 presentada el 2 de diciembre de 2003, y el documento de Patente de Estados Unidos Nº US-20050239083 A1, presentado el 6 de febrero de 2004. En resumen, la expresión de toda o parte de una secuencia genética expresada o transcrita se puede detectar mediante el uso de detección mediada por hibridación (tal como, pero no limitada a, tecnología basada en micromatriz, perla, o partícula) o detección mediada por PCR cuantitativa (tal como, pero no limitada a, PCR en tiempo real y PCR de transcriptasa inversa) como ejemplos no limitantes. La expresión de todo o parte de un polipéptido expresado se puede detectar mediante el uso de técnicas de inmunohistoquímica u otra detección mediada por anticuerpos (tal como, pero no se limita a, el uso de anticuerpos marcados que se unen de forma específica al menos parte del polipéptido con respecto a otros polipéptidos) como ejemplos no limitantes. Algunos medios adicionales para análisis de la expresión genéticas están

45 disponibles, incluyendo detección de la expresión dentro de un ensayo para expresión genética global, o casi global, en una muestra (por ejemplo, como parte de un análisis de formación de perfiles de expresión genética tal como en una micromatriz). Algunos ejemplos no limitantes son la amplificación de ARN lineal y los que se describen en la Patente de Estados Unidos Nº 6.794.141 (presentada el 25 de octubre de 2001).

En realizaciones que usan un ensayo basado en ácidos nucleicos para determinar la expresión se incluye la inmovilización de una o más secuencias genéticas en un soporte sólido, que incluye, pero no se limita a, un sustrato sólido como una matriz o a tecnología basada en perlas o perla como se conoce en la técnica. Como alternativa, también se pueden usar ensayos de expresión basados en solución conocidos en la técnica. La secuencia o secuencias genéticas inmovilizadas pueden estar en forma de polinucleótidos que son únicos o de otro modo 55 específicos para el gen o genes de modo que los polinucleótido serían capaces de hibridarse con el ADN o ARN de dicho gen o genes. Estos polinucleótidos pueden ser la longitud completa del gen o genes o pueden ser secuencias cortas de los genes (hasta un nucleótido más corta que la secuencia de longitud completa conocida en la técnica mediante supresión del extremo en la posición 5’ o 3’ de la secuencia) que se interrumpen de forma mínima opcionalmente (tal como mediante pares de bases no complementarias desemparejadas o insertadas) de modo que la hibridación con un ADN o ARN correspondiente a los genes no se ve afectada. En algunas realizaciones, los polinucleótidos usados son del extremo en la posición 3’ del gen, tal como dentro de aproximadamente 350, aproximadamente 300, aproximadamente 250, aproximadamente 200, aproximadamente 150, aproximadamente 100, o aproximadamente 50 nucleótidos a partir de la señal de poliadenilación o sitio de poliadenilación de un gen o secuencia expresada. También se pueden usar polinucleótidos que contienen mutaciones con respecto a las 65 secuencias de los genes desvelados siempre y cuando la presencia de las mutaciones todavía permita la hibridación Para producir una señal detectable. Por lo tanto, la práctica de la presente invención no se ve afectada por la

presencia de faltas de coincidencias menores entre las secuencias desveladas y las expresadas por células de una muestra de un sujeto. Un ejemplo no limitante de la existencia de tales faltas de coincidencias se observa en casos de polimorfismo de secuencias entre individuos de una especie, tal como pacientes humanos individuales dentro de Homo sapiens.

5 Como observarán los expertos en la materia, algunas secuencias genéticas incluyen tramos de poli A en la posición 3’ (o poli T en la hebra complementaria) que no contribuyen a la singularidad de las secuencias desveladas. Por lo tanto, la invención se puede poner en práctica con secuencias genéticas que carecen de tramos de poli A en la posición 3’ (o poli T). La singularidad de las secuencias desveladas se refiere a las partes o totalidades de las secuencias que se encuentran solamente en ácidos nucleicos, incluyendo secuencias únicas encontradas en la parte sin traducir en la posición 3’ de las mismas. Algunas secuencias únicas para la práctica de la invención son las que contribuyen a las secuencias consenso para los genes de modo que las secuencias públicas serán útiles en la detección de la expresión en una diversidad de individuos en lugar de ser específicas para un polimorfismo presente en algunos individuos. Como alternativa, se pueden usar secuencias únicas para un individuo o una subpoblación.

15 Las secuencias únicas pueden tener las longitudes de los polinucleótidos de la invención como se describe en el presente documento.

En realizaciones adicionales de la invención, se usan polinucleótidos que tienen secuencias presentes en las regiones sin traducir y/o no codificantes en la posición 3’ de secuencias genéticas para detectar los niveles de expresión en nuestras que contienen células de la invención. Tales polinucleótidos pueden contener opcionalmente secuencias encontradas en las partes en la posición 3’ de las regiones de codificación de secuencias genéticas. Algunos polinucleótidos que contienen una combinación de secuencias de las regiones de codificación y no codificantes en la posición 3’ tienen preferentemente las secuencias colocadas de forma contigua, sin intervención de secuencia o secuencias heterólogas.

25 Como alternativa, la invención se puede poner en práctica con polinucleótidos que tiene secuencias presentes en las regiones sin traducir y/o no codificantes en la posición 5’ de las secuencias genéticas para detectar el nivel de expresión en células y muestras de la invención. Tales polinucleótidos pueden contener opcionalmente secuencias encontradas en las partes en la posición 5’ de las regiones de codificación. Algunos polinucleótidos que contienen una combinación de secuencias de las regiones de codificación y no codificación en la posición 5’ pueden tener las secuencias colocadas de forma contigua, sin intervención de secuencia o secuencias heterólogas. La invención también se puede poner en práctica con secuencias presentes en las regiones de codificación de secuencias genéticas.

35 Los polinucleótidos de algunas realizaciones contienen secuencias de regiones sin traducir y/o no codificantes en la posición 3’ o 5’ de al menos aproximadamente 16, al menos aproximadamente 18, al menos aproximadamente 20, al menos aproximadamente 22, al menos aproximadamente 24, al menos aproximadamente 26, al menos aproximadamente 28, al menos aproximadamente 30, al menos aproximadamente 32, al menos aproximadamente 34, al menos aproximadamente 36, al menos aproximadamente 38, al menos aproximadamente 40, al menos aproximadamente 42, al menos aproximadamente 44, o al menos aproximadamente 46 nucleótidos consecutivos. El término "aproximadamente" como se ha usado en la frase anterior se refiere a un aumento o disminución de 1 a partir del valor numérico indicado. Otras realizaciones usan polinucleótidos que contienen secuencias de al menos o aproximadamente 50, al menos o aproximadamente 100, al menos o aproximadamente 150, al menos o aproximadamente 200, al menos o aproximadamente 250, al menos o aproximadamente 300, al menos o

45 aproximadamente 350, o al menos o aproximadamente 400 nucleótidos consecutivos. El término "aproximadamente" no se usa en la frase mencionada anteriormente se refiere a un aumento o disminución de un 10 % A partir del valor numérico indicado.

Las secuencias del extremo en la posición 3’ o 5’ de las regiones de codificación genética tal como se encuentran en los polinucleótidos de la invención tienen las mismas longitudes que las que se han descrito anteriormente, excepto en que se verían limitadas de forma natural por la longitud de la región de codificación. El extremo en la posición 3’ de una región de codificación puede incluir secuencias de hasta la mitad de la posición 3’ de la región de codificación. Por el contrario, el extremo en la posición 5’ de una región de codificación puede incluir secuencias de hasta la mitad de la posición 5’ de la región de codificación. Por supuesto, las secuencias que se han descrito

55 anteriormente, o las regiones de codificación y los polinucleótidos que contienen partes de las mismas, se pueden usar en su totalidad.

En otra realización de la invención, se pueden usar polinucleótidos que contienen supresiones de nucleótidos a partir del extremo en la posición 5’ y/o 3’ de las secuencias genéticas. Las supresiones son preferentemente de 1-5, 5-10, 10-15, 15-20, 20-25, 25-30, 30-35, 35-40, 40-45, 45-50, 50-60, 60-70, 70-80, 80-90, 90-100, 100-125, 125-150, 150175, o 175-200 nucleótidos a partir del extremo en la posición 5’ y/o 3’, aunque el alcance de las supresiones estaría limitado de forma natural por la longitud de las secuencias y la necesidad para ser capaz de usar los polinucleótidos para la detección de niveles de expresión.

65 Otros polinucleótidos de la invención a partir del extremo en la posición 3’ de las secuencias genéticas incluyen los de los cebadores y sondas opcionales para PCR cuantitativa. Preferentemente, los cebadores y sondas son los que

amplifican una región menor que aproximadamente 750, menor de aproximadamente 700, menor de aproximadamente 650, menor de aproximadamente 6000, menor de aproximadamente 550, menor de aproximadamente 500, menor de aproximadamente 450, menor de aproximadamente 400, menor de aproximadamente 350, menor de aproximadamente 300, menor de aproximadamente 250, menor de

5 aproximadamente 200, menor de aproximadamente 150, menor de aproximadamente 100, o menor de aproximadamente 50 nucleótidos a partir de la señal de poliadenilación o sitio de poliadenilación de un gen o secuencia expresada. El tamaño de un amplicón de PCR de la invención puede tener cualquier tamaño, incluyendo al menos o aproximadamente 50, al menos o aproximadamente 100, al menos aproximadamente o 150, al menos o aproximadamente 200, al menos o aproximadamente 250, al menos o aproximadamente 300, al menos o aproximadamente 350, o al menos o aproximadamente 400 nucleótidos consecutivos, todos con la inclusión de la parte complementaria de los cebadores de PCR usados.

Otros polinucleótidos para uso en la práctica de la invención incluyen los que tienen una homología suficiente para las secuencias genéticas para detectar su expresión mediante el uso de técnicas de hibridación. Tales

15 polinucleótidos tienen preferentemente aproximadamente o un 95 %, aproximadamente o un 96 %, aproximadamente o un 97 %, aproximadamente o un 98 %, o aproximadamente o un 99 % de identidad con las secuencias genéticas a usar. La identidad se determina usando el algoritmo BLAST, como se ha descrito anteriormente. Los otros polinucleótidos para uso en la práctica de la invención también se pueden describir sobre la base de la capacidad para hibridarse con los polinucleótidos de la invención en condiciones rigurosas de aproximadamente un 30 % en v/v a aproximadamente un 50 % de formamida y sal de aproximadamente 0,01 M a aproximadamente 0,15 M para hibridación y sal de aproximadamente 0,01 M a aproximadamente 0,15 M para condiciones de lavado de aproximadamente 55 ºC a aproximadamente 65 ºC o superior, o condiciones equivalentes a las mismas.

25 En una realización más de la invención, una población de moléculas de ácidos nucleicos monocatenarios que comprenden una o ambas hebras de una secuencia genética humana se proporciona como una sonda de modo que al menos una porción de dicha población se puede hibridar con una o ambas hebras de una molécula de ácido nucleico amplificada de forma cuantitativa a partir de ARN de una célula o muestra de la invención. La población puede ser solamente de la hebra antisentido de una secuencia genética humana de modo que una hebra sentido de una molécula de, o amplificada de, una célula se puede hibridar con una parte de dicha población. La población comprende preferentemente una cantidad lo suficientemente en exceso de dicha una o ambas hebras de una secuencia genética humana en comparación con la cantidad de moléculas de ácidos nucleicos expresadas (o amplificadas) que contienen una secuencia genética complementaria.

35 La invención también proporciona un método de clasificación de una muestra de tumor humano mediante la detección los niveles de expresión de aproximadamente 5 a 49 secuencias transcritas en una muestra que contiene ácido nucleico o célula obtenida de un sujeto humano, y clasificación de la muestra cómo que contiene una célula tumoral de un tipo de tumor encontrado en seres humanos hasta la exclusión de uno u otros tipos de tumor humano más. En algunas realizaciones, el método se puede usar para clasificar una muestra como que es, o tiene células de, uno de los 53 tipos de tumor que se han enumerado anteriormente para la exclusión de uno o más de los otros

52. En otras realizaciones, el método se usa para clasificar una muestra como que es, o tiene células de, uno de los 34 tipos de tumor que se han enumerado anteriormente para la exclusión de uno o más de los otros 33 tipos de tumor. En otras realizaciones, el método se usa para clasificar una muestra como que es, o tiene células de, uno de los 39 tipos de tumor que se han enumerado anteriormente para la exclusión de uno o más de los otros 38 tipos de

45 tumor.

También se desvela un método para la clasificación de muestras de tumor como que son de un subconjunto de los posibles tipos de tumor que se describen en el presente documento mediante la detección de los niveles de expresión de 50 o más secuencias transcritas en una muestra de tumor que contiene ácidos nucleicos obtenida partir de un sujeto humano, y clasificación de la muestra como que es una de una serie de tipos de tumor encontrados en seres humanos para la función de uno otros tipos de tumor más. En algunas realizaciones de la invención, el número de los otros tipos de tumor es de 1 a aproximadamente 3, más preferentemente de 1 a aproximadamente 5, de 1 a aproximadamente 7, o de 1 a aproximadamente 9 o aproximadamente 10. En otras realizaciones, el número de tipos de tumor son todos del mismo origen de tejido urbano tal como los que se han

55 enumerado anteriormente. Este aspecto de la invención se relaciona con el análisis anterior de la Figura 10 y de la especificidad de la compensación a favor del aumento de confianza, y se puede aplicar de forma ventajosa a situaciones en las que la clasificación de una muestra de un solo tipo de tumor tiene un nivel de precisión o rendimiento que se puede mejorar mediante la clasificación de la muestra como una de un subconjunto de posibles tipos de tumor.

En realizaciones adicionales, la invención se puede poner en práctica mediante el análisis de la expresión genética de poblaciones de células individuales o células homogéneas que se han analizado minuciosamente a partir de, o de otro modo aislado o purificado a partir de, células contaminantes de la muestra como presentes en una biopsia sencilla. Una de las ventajas proporcionadas por estas realizaciones es que las células no tumorales, contaminantes 65 (tales como linfocitos de infiltración u otras células del sistema inmune) se pueden retirar para que estén libres de influir en los genes identificados por el análisis posterior de los niveles de expresión genética como se proporciona

en el presente documento. Tal contaminación está presente cuando una biopsia se usa para generar perfiles de expresión genética.

En otras realizaciones de la invención que usan Q-PCR o Q-PCR de transcriptasa inversa como la plataforma de

5 ensayo, los niveles de expresión de las secuencias genéticas de la invención se pueden comparar con los niveles de expresión de genes de referencia en la misma muestra o se puede usar una proporción de niveles de expresión. Esto proporciona un medio para "normalizar" los datos de expresión para comparación de datos en una pluralidad de tipos de tumor conocidos y una muestra que contiene células a someter a ensayo. Aunque se puede usar una diversidad de genes de referencia, la invención también se ponen en práctica con el uso de 8 secuencias genéticas de referencia en particular que se identificaron para su uso con el conjunto de 39 tipos de tumor. Además, la Q-PCR se puede realizar completamente buen parte con el uso de un formato multiplex.

Las secuencias de ARNm que corresponden a las 8 secuencias de referencia se proporcionan en los Apéndices adjuntos (Listado de Secuencias) junto con información de identificación adicional. El listado de la información de

15 identificación, que incluye números de referencia y otra información, se proporciona mediante lo siguiente.

>Hs.77031_ARNm_1 gi|16741772|gb|BC016680.1|BC016680 clon de Homo sapiens MGC:21349 IMAGE:4338754 poliA = 3 >Hs.775.41_ARNm_1 gi|12804364|gb|BC003043.1|BC003043 clon de Homo sapiens MGC:4370 IMAGE:2822973 poliA = 3 >Hs.7001_ARNm_1 gi|6808256|emb|AL137727.1|HSM802274 ARNm de Homo sapiens; ADNc DKFZp434M0519

25 (del clon DKFZp434M0519); cds parcial poliA = 3 >Hs.302144_ARNm_1 gi|11493400|gb|AF130047.1|AF130047 clon de Homo sapiens FLB3020 poliA = 0 >Hs.26510_ARNm_2 gi|1345385|gb|AF308803.1|AF308803 cromosoma 15 map 15q26 de Homo sapiens poliA = 3 >Hs.324709_ARNm_2 gi|12655026|gb|BC001361.1|BC001361 clon de Homo sapiens MGC:2474 IMAGE:3050694 poliA = 2 >Hs.65756_ARNm_3 gi|3641494|gb|AF035154.1|AF035154 cromosoma 16 map 16p13.3 de Homo sapiens poliA = 3 >Hs.165743_ARNm_2 gi|13543889|gb|BC006091.1|BC006091 clon de Homo sapiens MGC:12673

35 IMAGE:3677524 poliA = 3

La detección de la expresión de cualquiera de las secuencias de referencia mencionadas anteriormente se puede realizar mediante la misma o diferente metodología que para las otras secuencias genéticas que se han descrito anteriormente. En algunas realizaciones de la invención, los niveles de expresión de las secuencias genéticas se miden mediante la detección de secuencias expresadas en una muestra que contiene células con que se hibridan con los oligonucleótidos siguientes, que corresponden a las secuencias mencionadas anteriormente, se indica mediante los números de referencia que se proporcionan.

45 >BC006091 TCATCTTCACCAAACCAGTCCGAGGGGTCGAAGCCAGACACGAGAGGAAGAGGGTCCTGG >BC003043 CTCTGCTCCTGCTCCTGCCTGCATGTTCTCTCTGTTGTTGGAGCCTGGAGCCTTGCTCTC >AF130047 TGCTCCCGGCTGTCCTCCTCTCCTCTTCCCTAGTGAGTGGTTAATGAGTGTTAATGCCTA >AF035154 CCCCATCTCTAAAACCAGTAAATCAGCCAGCGAATACCCGGAAGCAAGATGCACAGGCGG >BC001361 CCAGAAACAAGGAAGAGGAAAGACAAAGGGAAGGGACGGGAGCCCTGGAGAAGCCCGACC

55 >AF308803 AAGTACAACCCATGCTGCTAAGATGCGAGCAGGAAGAGGCATCCTTTGCTAAATCCTGTT >BC016680 ACCTCACCCCTGCCCGGCCCAAGCTCTACTTGTGTACAGTGTATATTGTATAATAGACAA >AL137727 TTCCCTTAATTCCTCCTCCCGACCTTTTTTACCCCCCCAGTTGCAGTATTTAACTGGGCT

En un aspecto adicional, los métodos proporcionados por la presente invención también se pueden automatizar total

o parcialmente. Éstos incluyen la realización de la invención en software. Algunos ejemplos no limitantes incluyen instrucciones ejecutables con procesador en uno o más dispositivos de almacenamiento de lectura por ordenador en

65 los que dichas instrucciones dirigen la clasificación de las muestras de tumor basándose en los niveles de expresión genética como se describe en el presente documento. Se contemplan instrucciones adicionales ejecutables con

procesador en uno o más sistemas dispositivos de almacenamiento de lectura por ordenador en los que dichas instrucciones provocan la representación y/o manipulación, a través de un dispositivo de salida de ordenador, del proceso o resultados de un método de clasificación.

5 La invención incluye realizaciones de software y hardware en las que los datos de expresión genética de un conjunto de secuencias genéticas en una pluralidad de tipos de tumor conocidos se realizan como un conjunto de datos. En algunas realizaciones, el conjunto de datos de expresión genética se usa para la práctica de un método de la invención. La invención también proporciona medios y sistemas relacionados con ordenadores para realizar los métodos que se desvelan en el presente documento. En algunas realizaciones, se proporciona un aparato para clasificar una muestra que contiene células. Tal aparato puede comprender una entrada de búsqueda configurada para recibir un almacenamiento de la búsqueda configurado para almacenar un conjunto de datos de expresión genética, como se describe en el presente documento, recibidos a partir de una entrada de búsqueda; y un módulo para acceder a los datos de almacenamiento y usarlos en un algoritmo de clasificación como se describe en el presente documento. El aparato puede comprender adicionalmente un almacenamiento en serie para los resultados

15 del algoritmo de clasificación, opcionalmente con un módulo para acceder a los datos y usarlos a partir del almacenamiento en serie en un algoritmo de salida como se describe en el presente documento.

Las etapas del método, proceso, o algoritmo que se describe en conexión con las realizaciones que se desvelan en el presente documento se pueden realizar directamente en hardware, en un módulo de software ejecutado con un procesador, o en una combinación de los dos. Las diversas etapas o actos en un método o proceso se pueden realizar en el orden mostrado, o se pueden realizar en cualquier otro orden. Además, se puede omitir una o más etapas del proceso o método o se puede añadir una o más etapas del proceso a los métodos y procesos. Se puede añadir una etapa, lo que, o acción adicional al comienzo, final, o elementos existentes de intervención de los métodos y procesos.

25 Un aspecto adicional de la invención proporciona el uso de la presente invención con respecto a actividades clínicas. En algunas realizaciones, la determinación o medida de la expresión genética como se describe en el presente documento se realiza como parte de la provisión de cuidado médico a un paciente, que incluye la provisión de servicios de diagnóstico como soporte a la provisión de cuidado médico. Por lo tanto la invención incluye un método en el cuidado médico de un paciente, método que comprende la determinación o medida de niveles de expresión de las secuencias genéticas en una muestra que contiene células obtenida a partir de un paciente como se describe en el presente documento. El método puede comprender adicionalmente la clasificación de la muestra, basándose en la determinación/medida, incluyendo una célula tumoral o un tipo de tumor u origen de tejido de una manera como se describe en el presente documento. La determinación y/o clasificación puede ser para uso con respecto a cualquier

35 aspecto o realización de la invención como se describe en el presente documento.

La determinación o medida de niveles de expresión puede ir precedida por una diversidad de acciones relacionadas. En algunas realizaciones, la medida va precedida por una determinación o diagnóstico de uso de tu mano como con necesidad de dicha medida. La medida puede ir precedida por una determinación de una necesidad de la medida, tal como la de un doctor en medicina, enfermera otro proveedor o profesional de cuidados para la salud, o las personas que trabajan bajo su instrucción, o personal que asegura u organización de mantenimiento de la salud en la aprobación de la realización de la medida como una base para realizar el reembolso o pago por la realización.

La medida también puede ir precedida por los actos necesarios para la medida real. Algunos ejemplos no limitantes

45 incluyen la obtención real de una muestra que contiene células de un sujeto humano; o la recepción de la muestra que contiene células; o sección de una muestra que contiene células; o aislamiento de células de una muestra que contiene células; u obtención de ARN de células de una muestra que contiene células; o ARN de transcripción inversa de células de una muestra que contiene células. La muestra puede ser cualquiera de las que se describen en el presente documento para la práctica de la invención.

También se desvela un método para ordenar, o recibir una orden para, la realización de un método en el cuidado médico de un paciente u otro método de la invención. La orden la puede realizar un doctor en medicina, una enfermera, u otro proveedor de cuidados para la salud, o las personas que trabajan bajo sus instrucciones, a la vez que la recepción, directa o indirectamente, la puede realizar cualquier persona que realiza el método con métodos.

55 La orden se puede realizar mediante cualquier medio de comunicación, que incluye comunicación que está escrita, oral, electrónica, digital, analógica, telefónica, en persona, por fax, por correo electrónico, o de otro modo pasa a través de una jurisdicción dentro de los Estados Unidos.

También se desvelan métodos para el procesamiento de reembolso o pago por un ensayo, tal como el método mencionado anteriormente en el cuidado médico de un paciente u otro método de la invención. Un método para el procesamiento de reembolso o pago puede comprender la indicación de que 1) el pago se ha recibido, o 2) el pago lo realizará otro pagador, o 3) el pago permanece sin pagar en papel o en una base de datos después de la realización de un método de detección, determinación o medida del nivel de expresión de la invención. La base de datos puede estar en cualquier forma, con formularios electrónicos tales como bases de datos implementadas por 65 ordenador incluidas dentro del alcance de la invención. La indicación puede estar en forma de un código (tal como un código CPT) en papel o en la base de datos. El "otro pagador" puede ser cualquier persona o entidad más allá de

los conocidos desde el momento en el que se realizó una solicitud previa de reembolso o pago.

Como alternativa, el método puede comprender la recepción del reembolso o pago por la realización técnica o real del método mencionado anteriormente en el cuidado médico de un paciente; para la interpretación de los resultados

5 de dicho método; o para cualquier otro método de la invención. Por supuesto, la invención también incluye realizaciones que comprenden la instrucción de otra persona o equipo para recibir el reembolso o pago. La orden puede ser mediante cualquier medio de comunicación, que incluyen los que se han descrito anteriormente. La recepción puede ser de cualquier entidad, que incluye una compañía de seguros, organización de mantenimiento de la salud, agencia de salud gubernamental, o un paciente como ejemplos no limitantes. El pago se puede realizar totalmente o en parte. En el caso de un paciente, el pago se puede realizar en forma de pago parcial conocido como copago.

En otra realización más, el método puede comprender el reenvío o haber reenviado una solicitud de reembolso o pago a una compañía de seguros, organización para el mantenimiento de la salud, agencia de salud gubernamental,

15 o a un paciente para la realización del método mencionó anteriormente el cuidado médico de un paciente u otro método de la invención. La solicitud puede ser mediante cualquier medio de comunicación, que incluye los que se han descrito anteriormente.

En una realización más, el método puede comprender la recepción de indicaciones de aprobación de pago, o de negación de pago, por la realización del método mencionado anteriormente en el cuidado médico de un paciente u otro método de la invención. Tal indicación puede venir de cualquier persona o equipo al que se realizó una solicitud de reembolso o pago. Algunos ejemplos no limitantes incluyen una compañía de seguros, organización de mantenimiento de la salud, o una agencia de salud gubernamental, tal como Medicare o Medicaid como ejemplos no limitantes. La indicación se puede realizar mediante cualquier medio de comunicación, incluyendo los que se han

25 descrito anteriormente.

Una realización adicional es en la que el método comprende el envío de una solicitud de reembolso por la realización del método mencionado anteriormente en el cuidado médico de un paciente otro método de la invención. Tal solicitud se puede realizar mediante cualquier medio de comunicación, que incluye los que se han descrito anteriormente. La solicitud se puede haber realizado a una compañía de seguros, organización de mantenimiento de la salud, agencia de salud federal, o el paciente para el que se realizó el método.

Un método adicional comprende la indicación de la necesidad de reembolso o pago en un formulario o en una base de datos por la realización del método mencionado anteriormente en el cuidado médico de un paciente u otro

35 método de la invención. Como alternativa, el método puede indica simplemente la realización del método. La base de datos puede estar en cualquier forma, con formularios electrónicos tales como una base de datos implementada por ordenador incluida dentro del alcance de la invención. La indicación se puede realizar en forma de un código (tal como un código CPT) en papel o en la base de datos.

En los métodos mencionados anteriormente para el cuidado médico de un paciente u otro método de la invención, el método puede comprender el informe de los resultados del método, opcionalmente a una instalación de cuidados de la salud, un proveedor o profesional de cuidados de la salud, un doctor, una enfermera, o personal trabajando para los mismos. El informe también se puede proporcionar directa o indirectamente al paciente. El informe puede ser mediante cualquier medio de comunicación, que incluye los que se han descrito anteriormente.

45 También se describen kits para la determinación o medida de niveles de expresión genética en una muestra que contiene células como se describe en el presente documento. Un kit por lo general comprenderá uno o más reactivos para detectar la expresión genética como se describe en el presente documento para la práctica de la presente invención. Algunos ejemplos no limitantes incluyen sondas o cebadores de polinucleótidos para la detección de niveles de expresión, una o más enzimas usadas en los métodos de la invención, y uno o más tubos para uso en la práctica de la invención. En algunas realizaciones, el kit incluirá una matriz, o medio sólido capaz de su montaje en una matriz, para la detección de la expresión genética como se describe en el presente documento. En otras realizaciones, el kit puede comprender uno o más anticuerpos que son inmunorreactivos con epítopos presentes en un polipéptido que indica la expresión de una secuencia genética. En algunas realizaciones, el

55 anticuerpo será un fragmento de anticuerpo.

Un kit también puede incluir materiales con instrucciones que desvelan o que describen el uso del kit o un cebador o sonda de la presente invención en un método de la invención como se proporciona en el presente documento. Un kit también puede incluir componentes adicionales para facilitar la aplicación en particular para la que está diseñado el kit. Por lo tanto, por ejemplo, un kit puede contener adicionalmente medios para detectar la marca (por ejemplo, sustratos enzimáticos para marcas enzimática es, conjuntos de filtros para detectar marcas fluorescentes, marcas secundarias apropiadas tales como una anti-ratón-HRP de oveja, o similares). Un kit puede incluir adicionalmente tampones y otros reactivos reconocidos para uso en un método de la invención.

65 Habiendo descrito ahora por lo general la invención, la misma se entenderá más fácilmente a través de la referencia a los siguientes ejemplos que se proporcionan a modo de ilustración, y no pretenden ser limitantes de la presente

invención, a menos que se especifique.

Ejemplos

5 Ejemplo 1: Capacidad de información de conjuntos de genes aleatorios

Se sometieron a ensayos subconjuntos de 100 secuencias genéticas expresadas seleccionadas de forma aleatoria usadas para clasificarse entre 39 tipos de tumor para su capacidad para clasificarse entre subconjuntos de los 39 tipos de tumor. Los niveles de expresión de combinaciones aleatorias de 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, y 49 (se toma muestra de cada combinación 10 veces) de las 100 secuencias expresadas se usaron con datos de tipos de tumor y a continuación se usaron para predecir conjuntos aleatorios de ensayo de muestras de tumor (se toma muestra de cada uno 10 veces) que varían de 2 a los 39 tipos. La Figura 1 muestra la capacidad de clasificación de diversos conjuntos de genes que se muestran con respecto al número de tipos de tumor clasificados. Como se esperaba, se necesita un número de secuencias genéticas más elevado para clasificar los tipos de tumor con

15 precisiones más elevadas. La Figura 2 muestra el rendimiento de la clasificación para diversos números de tipos de tumores con respecto al número de secuencias genéticas usadas.

Los números de referencia en GenBank de las 100 secuencias genéticas son AF269223, BC006286, AK025501, AJ002367, AI469140, AW013883, NM_001238, AI476350, BC006546, AI041212, BF724944, AI376951, R56211, BC006393, X13274, BC001133, N62397, BC000885, AK001588, AK057901, AF146760, AI951287, AK025604, BC007581, BC015025, R43102, AW449550, AI922539, AI684144, AI277662, BC015999, AW444656, BC011612, BC015401, BF447279, BC009956, AL050163, BC001248, BE672684, AL137353, BC001340, U45975, BE856598, BC009060, AL137728, AA713797, AL583913, AK054617, AI028262, AI753041, BG939593, AL080179, AA814915, AF31798, AI961568, BC009849, AK021603, BC012561, AI570494, BC006973, AW294857, BC004952, AK026535,

25 AI923614, AW082090, AI005513, AF339768, AK023167, AF169693, AF076249, BC007662, BC015520, AI814187, AI565381, AW271626, AK024120, AF139065, BC014075, AI887245, AF2S7081, AI767898, AF070634, AF155132, X69804, U65579, NM_004933, AI655104, AW131780, AI650407, AF131774, AA814057, AJ311123, BC009702, AF264036, AL161961, AJ010857, AF106912, AK023542, AF073518, y D83032. Se hizo un índice de 1 a 100, y los conjuntos aleatorios representativos usados en la invención son los que siguen a continuación:

Para 2 genes, los genes 33 y 63, los genes 17 y 72, los genes 64 y 21, los genes 48 y 25, los genes 88 y 54, los genes 80 y 32, los genes 24 y 99, los genes 14 y 31, los genes 80 y 23, y genes 18 y 34 se usaron como los 10 conjuntos aleatorios. Para 5 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 27, 97, 56, 88, y 50. En el conjunto 2, se usaron los genes

35 24, 26, 35, 48, y 83. En el conjunto 3, se usaron los genes 46, 62, 75, 91, y 2. En el conjunto 4, se usaron los genes 19, 61, 34, 87, y 13. En el conjunto 5, se usaron los genes 56, 32, 66, 20, y 55. En el conjunto 6, se usaron los genes 90, 21, 6, 78, y 66. En el conjunto 7, se usaron los genes 73, 47, 3, 82, y 86. En el conjunto 8, se usaron los genes 74, 39, 13, 7, y 67. En el conjunto 9, se usaron los genes 34, 1, 24, 85, y 62. En el conjunto 10, se usaron los genes 23, 89, 15, 54, y 98. Para 10 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 11, 58, 90, 40, 20, 44, 10, 78, 72, y 74. En el conjunto 2, se usaron los genes 79, 71, 42, 48, 93, 56, 55, 14, 92, y 52. En el conjunto 3, se usaron los genes 62, 53, 52, 19, 98, 26, 76, 65, 33, y 40. En el conjunto 4, se usaron genes 94, 8, 16, 99, 58, 19, 97, 92, 76, y 86. En el conjunto 5, se usaron los genes 18, 97, 16, 94, 84, 52, 11, 24, 89, y 92. En el conjunto 6, se usaron los genes 12, 42, 45, 51, 2, 75, 63, 28, 13, y 58. En el conjunto 7, se usaron los genes 67, 98, 55, 32, 82, 42, 2, 45, 37, y 23. En el conjunto

45 8, se usaron los genes 40, 43, 69, 68, 13, 97, 35, 3, 44, y 42. En el conjunto 9, se usaron los genes 69, 47, 96, 80, 100, 50, 42, 26, 65, y 17. En el conjunto 10, se usaron los genes 83, 84, 69, 67, 19, 85, 35, 11, 70, y 64. Para 15 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 98, 81, 43, 63, 18, 56, 19, 97, 47, 13, 48, 99, 75, 45, y 83. En el conjunto 2, se usaron los genes 5, 72, 31, 59, 81, 40, 92, 3, 23, 50, 57, 74, 62, 21, y 93. En el conjunto 3, se usaron los genes 11, 69, 91, 100, 38, 1, 73, 64, 90, 26, 62, 2, 37, 23, y 18. En el conjunto 4, se usaron los genes 76, 9, 53, 4, 11, 41, 77, 44, 87, 51, 54, 49, 43, 56, y 67. En el conjunto 5, se usaron los genes 55, 34, 13, 89, 52, 74, 96, 80, 48, 22, 31, 39, 43, 91, y 54. En el conjunto 6, se usaron los genes 59, 88, 15, 90, 4, 73, 93, 7, 10, 18, 98, 83, 43, 3, y 5. En el conjunto 7, se usaron los genes 68, 91, 77, 33, 88, 94, 95, 41, 46, 27, 36, 51, 97, 7, y 2. En el conjunto 8, se usaron los genes 7, 10, 78, 40, 70, 84, 55, 1, 98, 22, 99, 91, 8, 17, y 89. En el conjunto 9, se usaron los genes 65, 10, 38, 8, 77, 98, 37, 43, 93, 99, 86, 16, 82, 27, y 9. En el conjunto 10, se

55 usaron los genes 97, 27, 78, 38, 24, 19, 55, 47, 77, 13, 45, 25, 43, 70, y 68. Para 20 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 41, 94, 38, 76, 35, 65, 92, 26, 49, 7, 85, 54, 77, 66, 98, 15, 86, 69, 70, y 67. En el conjunto 2, se usaron los genes 43, 87, 1, 81, 7, 14, 94, 28, 25, 55, 100, 41, 18, 47, 96, 89, 26, 53, 29, y 32. En el conjunto 3, se usaron los genes 48, 80, 90, 99, 50, 98, 36, 91, 6, 41, 61, 96, 74, 66, 9, 5, 16, 18, 20, y 1. En el conjunto 4, se usaron los genes 49, 58, 73, 24, 94, 22, 41, 52, 18, 19, 63, 91, 74, 37, 59, 95, 53, 87, 72, y 13. En el conjunto 5, se usaron los genes 67, 74, 2, 98, 46, 69, 5, 42, 22, 66, 60, 20, 100, 80, 24, 76, 63, 9, 39, y 15. En el conjunto 6, se usaron los genes 10, 74, 50, 92, 69, 68, 52, 56, 63, 71, 11, 17, 29, 64, 88, 59, 25, 94, 35, y 57. En el conjunto 7, se usaron los genes 97, 72, 16, 19, 14, 42, 70, 31, 29, 13, 22, 37, 95, 69, 87, 39, 18, 81, 58, y 100. En el conjunto 8, se usaron los genes 5, 3, 18, 91, 77, 19, 82, 31, 92, 22, 93, 45, 76, 84, 46, 100, 53, 99, 89, y 42. En el conjunto 9, se usaron los genes 62, 3, 85, 37, 34, 93, 52, 40, 74, 25, 86, 57, 33, 60,

65 20, 77, 78, 17, 28, y 13. En el conjunto 10, se usaron los genes 22, 26, 23, 39, 35, 10, 43, 32, 65, 38, 54, 45, 8, 17, 90, 20, 83, 60, 6, y 58.

Para 25 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 21, 28, 50, 27, 8, 48, 74, 80, 38, 96, 71, 15, 89, 84, 32, 26, 55, 36, 29, 68, 13, 7, 18, 63, y 72. En el conjunto 2, se usaron los genes 61, 38, 59, 92, 3, 80, 33, 68, 79, 70, 44, 26, 95, 63, 85, 27, 60, 43, 75, 96, 42, 99, 58, 48, y 91. En el conjunto 3, se usaron los genes 75, 83, 78, 5, 99, 56, 26, 36, 57, 23, 37, 28, 88, 16, 63, 2, 72, 59, 9, 80, 52, 91, 62, 3, y 27. En el conjunto 4, se usaron los genes 48, 75, 84, 83, 88, 29, 13, 9, 98, 6, 31, 63, 45, 5, 51, 52, 39, 22, 100, 91, 74, 12, 94, 21, y 8. En el conjunto 5, se usaron los genes 79, 84, 47, 43, 26, 37, 46, 19, 85, 91, 2, 10, 81, 89, 38, 71, 17, 57, 7, 93, 31, 87, 29, 78, y 73. En el conjunto 6, se usaron los genes 62, 93, 83, 42, 97, 96, 78, 98, 47, 22, 67, 48, 89, 95, 24, 81, 16, 45, 8, 90, 66, 64, 2, 3, y 58. En el conjunto 7, se usaron los genes 100, 34, 58, 28, 104, 35, 88, 76, 6, 30, 83, 81, 67, 36, 39, 87, 66, 45, 20, 15, 86, 56, 55, y 95. En el conjunto 8, se usaron los genes 17, 43, 50, 63, 47, 58, 95, 32, 79, 60, 16, 91, 86, 22, 97, 21, 9, 55, 72, 78, 77, 45, 100, 14, y 30. En el conjunto 9, se usaron los genes 24, 67, 60, 94, 59, 14, 70, 84, 8, 89, 63, 23, 39, 11, 81, 42, 33, 3, 12, 93, 54, 35, 78, 73, y 90. En el conjunto 10, se usaron los genes 11, 2, 19, 62, 13, 51, 30, 80, 81, 82, 52, 34, 67, 57, 25, 95, 93, 39, 26, 48, 44, 89, 61, 17, y 18. Para 30 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 30, 97, 54, 21, 34, 9, 56, 71, 62, 14, 24, 23, 89, 61, 76, 41, 29, 67, 94, 22, 88, 4, 40, 33, 38, 78, 82, 66, 84, y 100. En el conjunto 2, se usaron los genes 89, 41, 56, 43, 98, 44, 35, 26, 19, 86, 15, 67, 8, 69, 3, 76, 48, 17, 55, 31, 25, 91, 72, 36, 18, 82, 37, 50, 9, y 75. En el conjunto 3, se usaron los genes 28, 39, 78, 15, 65, 93, 66, 29, 88, 35, 49, 69, 50, 9, 53, 80, 81, 95, 76, 44, 48, 64, 83, 11, 70, 33, 73, 96, 56, y 92. En el conjunto 4, se usaron los genes 4, 2, 19, 6, 11, 84, 94, 44, 60, 37, 29, 97, 53, 83, 98, 45, 65, 9, 85, 35, 20, 89, 10, 17, 23, 74, 70, 41, 18, y 76. En el conjunto 5, se usaron los genes 27, 4, 43, 1, 10, 95, 88, 74, 77, 47, 63, 81, 31, 9, 41, 100, 87, 57, 8, 79, 24, 6, 26, 20, 55, 61, 34, 42, 25, y 39. En el conjunto 6, se usaron los genes 47, 67, 98, 56, 37, 44, 5, 70, 48, 12, 20, 86, 83, 89, 27, 59, 19, 54, 69, 97, 43, 71, 58, 82, 8, 50, 51, 10, 25, y 72. En el conjunto 7, se usaron los genes 100, 99, 37, 58, 44, 60, 39, 3, 59, 96, 50, 68, 94, 69, 83, 90, 17, 4, 5, 67, 88, 56, 29, 79, 23, 1, 38, 25, 49, y 74. En el conjunto 8, se usaron los genes 26, 23, 58, 47, 6, 68, 41, 31, 16, 64, 19, 75, 36, 32, 87, 2, 12, 97, 73, 21, 53, 78, 15, 94, 1, 20, 79, 81, 70, y 7. En el conjunto 9, se usaron los genes 61, 48, 78, 75, 12, 36, 37, 66, 91, 2, 92, 32, 8, 26, 6, 82, 14, 68, 4, 88, 39, 89, 43, 41, 40, 87, 69, 74, 42, y 9. En el conjunto 10, se usaron los genes 58, 99, 60, 39, 50, 25, 22, 57, 48, 85, 24, 10, 97, 68, 36, 38, 93, 62, 52, 56, 34, 18, 32, 64, 95, 81, 74, 88, 61, y 96. Para 35 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 52, 68, 22, 92, 43, 75, 20, 62, 15, 76, 99, 61, 64, 36, 12, 66, 24, 21, 31, 88, 25, 6, 93, 91, 55, 74, 69, 90, 23, 4, 80, 72, 97, 58, y 1. En el conjunto 2, se usaron los genes 48, 21, 68, 16, 96, 10, 1, 69, 36, 20, 3, 14, 59, 53, 12, 84, 90, 17, 9, 65, 4, 32, 75, 81, 88, 37, 38, 5, 94, 60, 64, 45, 7, 43, y 55. En el conjunto 3, se usaron los genes 33, 95, 59, 86, 83, 76, 36, 55, 90, 22, 62, 98, 34, 46, 4, 87, 5, 66, 38, 78, 97, 100, 71, 25, 30, 2, 21, 99, 12, 54, 9, 81, 32, y 52. En el conjunto 4, se usaron los genes 27, 64, 40, 59, 63, 100, 50, 19, 1, 10, 96, 2, 34, 28, 67, 26, 87, 41, 57, 33, 11, 94, 66, 82, 6, 52, 55, 84, 47, 97, 83, 80, 62, y 5. En el conjunto 5, se usaron los genes 99, 86, 92, 72, 83, 48, 79, 46, 91, 2, 90, 9, 23, 44, 85, 31, 38, 81, 76, 54, 71, 14, 3, 13, 62, 11, 39, 4, 95, 36, 20, 30, 75, 63, y 51. En el conjunto 6, se usaron los genes 41, 89, 81, 29, 86, 95, 34, 42, 50, 9, 45, 21, 64, 84, 74, 91, 69, 98, 57, 79, 39, 87, 93, 63, 26, 82, 2, 59, 30, 71, 83, 38, 77, 24, y 73. En el conjunto 7, se usaron los genes 87, 60, 59, 98, 43, 38, 28, 64, 29, 92, 22, 27, 40, 33, 69, 71, 73, 79, 15, 70, 32, 90, 76, 93, 6, 50, 55, 9, 49, 54, 36, 5, 48, 19, y 10. En el conjunto 8, se usaron los genes 100, 70, 98, 79, 91, 23, 37, 29, 73, 65, 78, 31, 3, 11, 30, 51, 16, 40, 95, 94, 62, 38, 67, 39, 82, 72, 22, 5, 87, 57, 6, 75, 35, 99, y 46. En el conjunto 9, se usaron los genes 46, 61, 59, 86, 29, 74, 56, 89, 52, 26, 54, 20, 84, 97, 33, 71, 14, 36, 38, 49, 28, 60, 19, 90, 11, 42, 87, 92, 82, 21, 94, 3, 22, 2, y 39. En el conjunto 10, se usaron los genes 31, 76, 77, 27, 72, 38, 42, 36, 53, 82, 61, 39, 98, 81, 34, 80, 22, 100, 8, 32, 17, 21, 28, 56, 59, 29, 55, 5, 62, 40, 90, 87, 24, 68, y 37. Para 40 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 64, 50, 46, 22, 51, 6, 47, 12, 2, 30, 45, 7, 63, 55, 91, 90, 80, 49, 71, 8, 79, 82, 77, 76, 97, 5, 95, 11, 32, 70, 20, 62, 38, 26, 41, 58, 44, 87, 35, y 23. En el conjunto 2, se usaron los genes 44, 26, 16, 12, 30, 45, 71, 90, 37, 68, 32, 70, 58, 43, 51, 6, 62, 92, 87, 20, 56, 5, 47, 48, 86, 29, 98, 22, 59, 76, 8, 79, 64, 14, 50, 3, 54, 83, 96 y 80. En el conjunto 3, se usaron los genes 20, 34, 57, 70, 39, 15, 25, 33, 78, 51, 87, 46, 67, 80, 28, 52, 66, 72, 22, 88, 96, 3, 90, 6, 82, 42, 41, 94, 85, 61, 54, 84, 14, 9, 81, 19, 7, 91, 23, y

40. En el conjunto 4, se usaron los genes 61, 46, 64, 71, 35, 58, 100, 23, 95, 17, 87, 68, 54, 8, 50, 4, 27, 49, 47, 52, 53, 28, 24, 34, 45, 2, 89, 48, 3, 65, 42, 9, 92, 36, 6, 84, 51, 60, 77, y 94. En el conjunto 5, se usaron los genes 28, 97, 21, 43, 22, 89, 94, 87, 99, 5, 4, 20, 13, 61, 37, 42, 72, 62, 7, 12, 31, 23, 60, 98, 48, 38, 53, 56, 29, 69, 26, 82, 24, 74, 86, 10, 67, 2, 47, y 46. En el conjunto 6, se usaron los genes 12, 74, 96, 77, 78, 72, 53, 87, 47, 29, 40, 98, 52, 22, 69, 3, 58, 97, 60, 48, 55, 80, 57, 39, 50, 89, 71, 9, 63, 5 1, 21, 23, 73, 32, 20, 19, 25, 5, 38, y 46. En el conjunto 7, se usaron los genes 88, 79, 54, 44, 37, 36, 32, 91, 47, 50, 60, 92, 82, 80, 46, 19, 98, 20, 76, 29, 9, 95, 2, 77, 97, 74, 90, 73, 100, 1, 34, 85, 24, 71, 57, 99, 68, 13, 43, y 53. En el conjunto 8, se usaron los genes 23, 39, 7, 64, 20, 27, 69, 43, 38, 89, 50, 3, 16, 79, 83, 72, 65, 66, 32, 30, 100, 82, 28, 22, 54, 84, 53, 75, 59, 37, 34, 49, 12, 86, 71, 97, 26, 88, 70, y 57. En el conjunto 9, se usaron los genes 74, 96, 80, 39, 40, 82, 38, 56, 35, 93, 55, 73, 44, 17, 81, 27, 2, 83, 65, 89, 76, 8, 18, 45, 58, 77, 14, 49, 21, 6, 4, 92, 33, 13, 12, 88, 98, 24, 84, y 36. En el conjunto 10, se usaron los genes 35, 77, 48, 62, 26, 12, 41, 68, 81, 5, 37, 70, 28, 72, 50, 83, 64, 99, 74, 57, 84, 76, 52, 14, 87, 97, 3, 31, 73, 58, 44, 24, 15, 66, 45, 91, 4, 32, 46, y 49. Para 45 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 52, 97, 84, 72, 96, 34, 18, 38, 88, 80, 91, 49, 71, 64, 93, 26, 62, 40, 68, 29, 67, 39, 60, 9, 13, 74, 95, 99, 27, 47, 25, 45, 31, 8, 69, 17, 75, 53, 51, 12, 23, 1, 6, 30, y 50. En el conjunto 2, se usaron los genes 97, 80, 55, 32, 94, 84, 28, 3, 6, 48, 17, 41, 65, 37, 79, 34, 61, 83, 35, 49, 27, 38, 43, 2, 24, 77, 25, 71, 58, 14, 8, 30, 46, 98, 82, 75, 22, 72, 26, 74, 93, 66, 73, 1, y 53. En el conjunto 3, se usaron los genes 64, 45, 38, 92, 23, 74, 66, 60, 100, 3, 82, 20, 54, 11, 19, 16, 80, 86, 14, 75, 62, 10, 52, 47, 13, 31, 35, 53, 41, 9, 79, 39, 17, 22, 99, 58, 46, 83, 43, 40, 44, 90, 95, 12, y 81. En el conjunto 4, se usaron los genes 20, 66, 9, 24, 16, 76, 99, 42, 86, 58, 15, 93, 48, 28, 26, 50, 68, 12, 2, 37, 82, 36, 27, 57, 45, 41, 32, 1, 52, 54, 30, 39, 7, 100, 59, 23, 94, 75, 8, 60, 55, 34, 38, 29, y 87. En el conjunto 5, se usaron los genes 66, 88, 73, 53, 51, 69, 36,

87, 78, 40, 58, 76, 31, 65, 56, 42, 100, 68, 5, 18, 17, 91, 45, 22, 74, 82, 1, 44, 67, 43, 10, 63, 79, 92, 6, 72, 80, 75, 9, 30, 19, 61, 99, 3, y 38. En el conjunto 6, se usaron los genes 75, 66, 84, 59, 9, 70, 100, 27, 79, 41, 73, 67, 23, 39, 28, 68, 21, 69, 38, 72, 86, 82, 36, 46, 77, 34, 47, 54, 13, 16, 7, 88, 22, 26, 4, 89, 55, 24, 61, 12, 35, 50, 95, 92, y 80. En el conjunto 7, se usaron los genes 59, 86, 10, 29, 53, 88, 43, 64, 11, 13, 19, 17, 36, 65, 73, 94, 20, 51,

5 80, 24, 66, 83, 44, 47, 21, 6, 52, 82, 69, 54, 100, 28, 18, 34, 35, 30, 74, 91, 49, 46, 60, 5, 38, 71,y 2. En el conjunto 8, se usaron los genes 77, 32, 55, 44, 6, 98, 94, 19, 10, 71, 72, 85, 67, 75, 78, 88, 90, 58, 89, 27, 69, 42, 31, 47, 1, 37, 52, 7, 57, 45, 11, 83, 49, 46, 34, 64, 14, 24, 87, 9, 56, 8, 20, 36, y 15. En el conjunto 9, se usaron los genes 4, 27, 83, 61, 46, 15, 35, 26, 51, 54, 23, 38, 100, 7, 42, 58, 44, 8, 22, 37, 20, 89, 56, 91, 70, 29, 11, 19, 87, 99, 21, 65, 72, 75, 49, 40, 45, 30, 43, 48, 63, 3, 18, 74, y 1. En el conjunto 10, se usaron los genes 68, 19, 90, 52, 55, 23, 17, 53, 3, 2, 74, 82, 26, 88, 48, 6, 8, 43, 15, 73, 57, 67, 85, 91, 13, 44, 81, 1, 75, 33, 51, 21, 4, 41, 77, 86, 40, 18, 31, 78, 92, 10, 64, 99, y 69.

Se realizó la clasificación de subconjuntos de los 39 tipos de tumores con el uso de selecciones aleatorias de tipos de tumor del grupo de 39. Los niveles de expresión de los conjuntos de secuencias genéticas como se describe en

15 el presente documento se usaron para clasificar combinaciones aleatorias de tipos de tumor. Se usaron diferentes conjuntos aleatorios de tipos de tumor con cada uno de los conjuntos de 100, 74, y 90 secuencias genéticas como se describe en estos ejemplos. Algunos ejemplos representativos, y no limitantes de conjuntos aleatorios de 2 a 20 tipos de tumor usa dos como sigue a continuación, en los que se hizo un índice del conjunto de 1 a 39 de los 39 tipos de tumor.

Para 2 tipos de tumor, el conjunto 1 usó los tipos 26 y 16. El conjunto 2 usó los tipos 8 y 5. El conjunto 3 usó los tipos 39 y 8. El conjunto 4 puso los tipos 27 y 23. El conjunto 5 usó los tipos 8 y 19. El conjunto 6 usó los tipos 12 y 21. El conjunto 7 usó los tipos 30 y 15. El conjunto 8 usó los tipos 30 y 5. El conjunto 9 usó los tipos 18 y 22. El conjunto 10 usó los tipos 27 y 26.

25 Para 4 tipos de tumor, el conjunto 1 usó los tipos 20, 35, 15 y 7. El conjunto 2 usó los tipos 36, 1, 28 y 19. El conjunto 3 usó los tipos 13, 4, 12 y 21. El conjunto 4 usó los tipos 12, 33, 14 y 28. El conjunto 5 usó los tipos 6, 28, 5 y 37. El conjunto 6 usó los tipos 5, 25, 36 y 15. El conjunto 7 usó los tipos 12, 26, 21 y 19. El conjunto 8 usó los tipos 19, 3, 20 y 17. El conjunto 9 usó los tipos 18, 10, 8 y 9. El conjunto 10 usó los tipos 28, 20, 2 y 22.

Para 6 tipos de tumor, el conjunto 1 usó los tipos 27, 3, 10, 39, 11 y 20. El conjunto 2 usó los tipos 33, 10, 20, 32, 13 y 19. El conjunto 3 usó los tipos 31, 27, 18, 39, 8 y 16. El conjunto 4 usó los tipos 25, 28, 10, 12, 7 y 39. El conjunto 5 usó los tipos 14, 13, 28, 24, 30 y 36. El conjunto 6 usó los tipos 9, 24, 8, 17, 36 y 26. El conjunto 7 usó los tipos 20, 1, 34, 26, 6 y 19. El conjunto 8 usó los tipos 12, 13, 3, 17, 34 y 22. El conjunto 9 usó los tipos 7, 1, 17, 13, 20 y 34. El

35 conjunto 10 usó los tipos 5, 11, 25, 29, 28 y 35.

Para 8 tipos de tumor, el conjunto 1 usó los tipos 34, 33, 28, 3, 23, 25, 9 y 29. El conjunto 2 usó los tipos 27, 8, 38, 28, 20, 14, 12 y 9. El conjunto 3 usó los tipos 29, 21, 19, 1, 13, 26, 11 y 31. El conjunto 4 usó los tipos 25, 17, 7, 20, 34, 8, 28 y 10. El conjunto 5 usó los tipos 36, 28, 35, 26, 2, 8, 29 y 7. El conjunto 6 usó los tipos 10, 23, 2, 27, 33, 21, 25 y 35. El conjunto 7 usó los tipos 10, 18, 38, 2, 6, 7, 19 y 32. El conjunto 8 usó los tipos 11, 37, 6, 28, 3, 9, 2 y 16. El conjunto 9 usó los tipos 22, 2,, 10, 8, 17, 19 y 33. El conjunto 10 usó los tipos 35, 39, 8, 10, 37, 4, 36 y 6.

Para 10 tipos de tumor, el conjunto 1 usó los tipos 25, 10, 26, 2, 32, 31, 39, 23, 22 y 18. El conjunto 2 usó los tipos 12, 35, 6, 16, 20, 3, 39, 36, 11 y 2. El conjunto 3 usó los tipos 34, 1, 15, 29, 5, 39, 2, 12, 25 y 18. El conjunto 4 usó

45 los tipos 10, 8, 14, 18, 31, 19, 23, 20, 32 y 33. El conjunto 5 usó los tipos 10, 18, 37, 15, 4, 35, 33, 24, 39 y 20. El conjunto 6 usó los tipos 22, 16, 4, 3, 18, 21, 1, 25, 37 y 13. El conjunto 7 usó los tipos 14, 6, 28, 18, 11, 13, 2, 32, 33 y 19. El conjunto 8 usó los tipos 39, 2, 38, 4, 34, 8, 25, 6, 32 y 35. El conjunto 9 usó los tipos 3, 10, 11, 16, 6, 15, 18, 14, 12 y 26. El conjunto 10 usó los tipos 24, 25, 21, 9, 36, 29, 20, 39, 10 y 37.

Para 12 tipos de tumor, el conjunto 1 usó los tipos 26, 20, 4, 12, 2, 31, 38, 18, 16, 39, 3 y 33. El conjunto 2 usó los tipos 25, 16, 4, 9, 29, 27, 14, 24, 21, 7, 23 y 2. El conjunto 3 usó los tipos 31, 18, 23, 13, 25, 1, 29, 21, 35, 10, 32 y

39. El conjunto 4 usó los tipos 8, 34, 23, 9, 35, 14, 25, 21, 2, 33, 18 y 28. El conjunto 5 usó los tipos 6, 11, 21, 8, 5, 7, 19, 32, 3, 13, 36 y 9. El conjunto 6 usó los tipos 12, 33, 14, 26, 27, 15, , 2, 21, 36, 35, 9 y 39. El conjunto 7 usó los tipos 26, 29, 32, 17, 31, 19, 6, 5, 20, 34, 2 y 24. El conjunto 8 usó los tipos 17, 12, 8, 22, 28, 9, 27, 29, 14, 35, 4 y 32.

55 El conjunto 9 usó los tipos 29, 9, 36, 23, 33, 18, 21, 35, 3, 6, 2 y 1.El conjunto 10 usó los tipos 1, 3, 35, 29, 22, 27, 8, 23, 2, 36, 14 y19.

Para 14 tipos de tumor, el conjunto 1 usó los tipos 9, 26, 38, 25, 31, 3, 15, 14, 17, 33, 12, 35, 39 y 16. El conjunto 2 usó los tipos 1, 26, 16, 25, 20, 12, 14, 37, 38, 24, 23, 33, 27 y 35. El conjunto 3 usó los tipos 11, 21, 35, 38, 32; 34, 27, 39, 16, 15, 4, 5, 13 y 18. El conjunto 4 usó los tipos 27, 5, 13, 28, 18, 17, 15, 20, 29, 37, 21, 36, 25 y 14. El conjunto 5 usó los tipos 5, 12, 17, 9, 25, 21, 33, 37, 8, 15, 24, 3, 34 y 28. El conjunto 6 usó los tipos 11, 19, 34, 26, 9, 6, 32, 14, 27, 29, 30, 16, 24 y 17. El conjunto 7 usó los tipos 31, 26, 11, 18, 19, 20, 9, 8, 5, 36, 12, 6, 27 y 38. El conjunto 8 usó los tipos 20, 17, 11, 5, 15, 9, 2, 39, 34, 24, 27, 26, 35 y 10. El conjunto 9 usó los tipos 1, 14, 39, 30, 17, 6, 10, 35, 31, 33, 15, 29, 32 y 7. El conjunto 10 usó los tipos 1, 19, 24, 28, 34, 12, 13, 18, 32, 11, 14, 21, 22 y 25.

65 Para 16 tipos de tumor, el conjunto 1 usó los tipos 27, 15, 8, 12, 6, 20, 26, 19, 25, 2, 37, 38, 7, 39, 4 y 33. El conjunto

2 usó los tipos 17, 18, 28, 5, 6, 31, 25, 13, 8, 20, 37, 36, 35, 9, 23 y 27. El conjunto 3 usó los tipos 23, 37, 34, 14, 16, 27, 32, 33, 21, 38, 4, 30, 24, 22, 17 y 25. El conjunto 4 usó los tipos 7, 37, 38, 21, 34, 31, 32, 25, 10, 36, 19, 11, 6, 26, 18 y 35. El conjunto 5 usó los tipos9, 32, 12, 24, 20, 13, 38, 21, 39, 23, 36, 18, 37, 22, 5 y 3. El conjunto 6 usó los tipos 14, 21, 5, 17, 6, 20, 18, 35, 22, 10, 3, 23, 13, 2, 34 y 26. El conjunto 7 usó los tipos 1, 8, 19, 6, 9, 39, 28, 18, 13,

5 31, 14, 16, 37, 12, 3 y 25. El conjunto 8 usó los tipos 32, 36, 28, 38, 9, 33, 2, 5, 4, 11, 19, 18, 13, 8, 12 y 3. El conjunto 9 usó los tipos 9, 14, 10, 5, 28, 32, 23, 6, 39, 3, 17, 8, 19, 1, 31 and12. El conjunto 10 usó los tipos 4, 34, 11, 6, 38, 19, 7, 20, 23, 3, 25, 37, 26, 1, 15 y 12.

Para 18 tipos de tumor, el conjunto 1 usó los tipos 15, 24, 39, 35, 7, 30, 16, 13, 20, 3, 26, 4, 12, 10, 34, 25, 21 y 28. El conjunto 2 usó los tipos 21, 23, 29, 11, 10, 19, 13, 28, 4, 20, 17, 24, 30, 12, 39, 34, 31 y 9. El conjunto 3 usó los tipos 7, 17, 27, 6, 30, 8, 22, 2, 32, 26, 21, 14, 4, 38, 1, 35, 16 y 28. El conjunto 4 usó los tipos 17, 13, 20, 33, 10, 3, 16, 22, 1, 38, 2, 9, 28, 5, 6, 19, 12and 11. El conjunto 5 usó los tipos 4, 35, 21, 25, 18, 17, 8, 14, 31, 30, 9, 1, 2, 23, 36, 29, 32 y 37. El conjunto 6 usó los tipos 17, 34, 2, 18, 19, 15, 16, 13, 4, 24, 5, 35, 6, 22, 28, 37, 38 y 1. El conjunto 7 usó los tipos 34, 26, 12, 25, 27, 3, 17, 7, 2, 32, 9, 36, 21, 18, 22, 8, 20 y 29. El conjunto 8 usó los tipos 12, 34, 38,

15 25, 17, 22, 14, 39, 10, 7, 31, 2, 3, 11, 29, 30, 16 y 24. El conjunto 9 usó los tipos 13, 26, 27, 14, 5, 10, 8, 7, 16, 30, 37, 4, 6, 35, 28, 1, 36 y 20. El conjunto 10 usó los tipos 15, 2, 17, 23, 26, 28, 36, 38, 12, 6, 19, 37, 20, 14, 9, 39, 11 y

21.

Para 20 tipos de tumor, el conjunto 1 usó los tipos 25, 13, 21, 15, 37, 20, 12, 28, 9, 10, 26, 22, 14, 24, 16, 7, 39, 34, 33 y 4. El conjunto 2 usó los tipos 20, 17, 10, 27, 19, 28, 5, 1, 23, 21, 38, 7, 13, 22, 32, 31, 9, 4, 3 y 24. El conjunto 3 usó los tipos 17, 13, 7, 20, 11, 38, 34, 3, 15, 12, 5, 39, 9, 10, 4, 35, 27, 6, 21 y 33. El conjunto 4 usó los tipos 6, 13, 17, 26, 1, 7, 33, 5, 10, 32, 3, 23, 35, 4, 14, 28, 12, 38, 8 y 27. El conjunto 5 usó los tipos 10, 23, 9, 38, 5, 29, 12, 27, 25, 6, 7, 26, 37, 31, 24, 36, 19, 15, 16 y 11. El conjunto 6 usó los tipos 30, 24, 21, 11, 23, 25, 8, 9, 7, 31, 27, 5, 14, 29, 1, 19, 16, 12, 22 y 17. El conjunto 7 usó los tipos 26, 13, 23, 19, 22, 11, 25, 21, 33, 20, 6, 17, 2, 10, 31, 34, 27,

25 37, 7 y 9. El conjunto 8 usó los tipos 30, 1, 38, 7, 31, 37, 11, 25, 6, 19, 28, 33, 7, 29, 10, 27, 16, 3, 14 y 15. El conjunto 9 usó los tipos 15, 19, 26, 24, 5, 33, 11, 2, 13, 18, 31, 22, 32, 20, 23, 6, 10, 25, 36 y 3. El conjunto 10 usó los tipos 24, 25, 21, 29, 14, 18, 31, 2, 20, 39, 23, 9, 38, 12, 6, 32, 22, 26, 33 y 7.

Ejemplo 4: Conjuntos de genes especificados

Un primer conjunto de 74 genes y un segundo conjunto de 90 genes, en los que los dos conjuntos tienen 38 miembros en común, se usaron en la práctica de la invención.

Subconjuntos aleatorios de aproximadamente 5 a 49 miembros del conjunto de 74 secuencias genéticas expresadas

35 se evaluaron de manera análoga a la que se ha descrito en el Ejemplo 3. De nuevo, los niveles de expresión de combinaciones aleatorias de 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, y 49 (se tomara muestra de cada combinación 10 veces) de las 74 secuencias expresadas se usaron con datos de los tipos de tumor y a continuación se usaron para predecir los conjuntos de muestras de tumor aleatorios del ensayo (se toma muestra de cada una 10 veces) que varía de 2 a los 39 tipos. Los datos resultantes se muestran en las Figuras 4-6.

Se hizo un índice de los miembros de las 74 secuencias genéticas de 1 a 74, y los conjuntos aleatorios representativos usados en la invención son los que siguen a continuación:

Para 2 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 64 y 6. Para el conjunto 2, se usaron los genes 64 y 13.

45 Para el conjunto 3, se usaron los genes 67 y 51. Para el conjunto 4, se usaron los genes 51 y 29. Para el conjunto 5, se usaron los genes 46 y 12. Para el conjunto 6, se usaron los genes 68 y 65. Para el conjunto 7, se usaron los genes 6 y 28. Para el conjunto 8, se usaron los genes 9 y 55. Para el conjunto 9, se usaron los genes 55 y 71. Para el conjunto 10, se usaron los genes 63 y 39. Para 5 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 8, 64, 50, 54, y 4. En el conjunto 2, se usaron los genes 39, 17, 45, 34, y 15. En el conjunto 3, se usaron los genes 10, 4, 61, 21, y 55. En el conjunto 4, se usaron los genes 59, 37, 21, 23, y 64. En el conjunto 5, se usaron los genes 69, 8, 25, 59, y 63. En el conjunto 6, se usaron los genes 45, 71, 19, 59, y 38. En el conjunto 7, se usaron los genes 21, 43, 14, 48, y 30. En el conjunto 8, se usaron los genes 73, 35, 36, 10, y 9. En el conjunto 9, se usaron los genes 62, 28, 11, 70, y 64. En el conjunto10, los se usaron genes 8, 16, 70, 18, y 59.

55 Para 10 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 49, 72, 38, 68, 52, 21, 1, 10, 2, y 40. En el conjunto 2, se usaron los genes 54, 70, 28, 64, 68, 41, 44, 20, 7, y 2. En el conjunto 3, se usaron los genes 71, 49, 51, 11, 18, 53, 8, 42, 36, y 58. En el conjunto 4, se usaron los genes 72, 15, 35, 3, 23, 8, 2, 48, 22, y 65. En el conjunto 5, se usaron los genes 44, 19, 6, 22, 38, 5, 37, 9, 30, y 14. En el conjunto 6, se usaron los genes 15, 27, 3, 10, 31, 19, 44, 39, 48, y 46. En el conjunto 7, se usaron los genes 70, 30, 9, 33, 63, 71, 32, 34, 20, y 7. En el conjunto 8, se usaron los genes 45, 29, 54, 58, 15, 21, 68, 5, 42, y 62. En el conjunto 9, se usaron los genes 74, 17, 66, 46, 10, 8, 63, 5, 24, y 2. En el conjunto 10, se usaron los genes 33, 2, 34, 19, 60, 71, 42, 51, 70, y 66. Para 15 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 13, 22, 26, 67, 64, 40, 68, 71, 4, 28, 24, 33, 46, 69, y 41. En el conjunto 2, se usaron los genes 10, 1, 14, 70, 71, 64, 46, 67, 45, 48, 65, 74, 34, 49, y 37. En el conjunto 3, se usaron los genes 58, 30, 44, 40, 51, 36, 33, 60, 39, 21, 54, 64, 25, 13, y 35. En el conjunto 4, se usaron los genes

65 63, 70, 60, 32, 31, 16, 49, 65, 38, 5, 72, 47, 40, 2, y 46. En el conjunto 5, se usaron los genes 43, 6, 40, 13, 39, 72, 68, 41, 27, 73, 36, 25, 33, 34, y 1. En el conjunto 6, se usaron los genes 68, 67, 71, 59, 73, 62, 31, 43, 7, 44,

21, 48, 54, 58, y 6. En el conjunto 7, se usaron los genes 16, 50, 61, 62, 27, 2, 21, 1, 41, 28, 68, 35, 17, 47, y 46. En el conjunto 8, se usaron los genes 27, 18, 44, 66, 2, 20, 53, 64, 46, 70, 57, 7, 51, 10, y 45. En el conjunto 9, se usaron los genes 65, 8, 43, 23, 50, 46, 21, 41, 44, 3, 31, 17, 7, 66, y 70. En el conjunto 10, se usaron los genes 16, 14, 61, 51, 39, 33, 43, 31, 53, 65, 74, 42, 29, 9, y 11. Para 20 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 14, 60, 6, 71, 74, 16, 62, 39, 56, 44, 32, 72, 18, 42, 66, 49, 1, 9, 69, y 21. En el conjunto 2, se usaron los genes 23, 1, 7, 27, 26, 71, 12, 4, 22, 69, 62, 44, 6, 25, 57, 28, 33, 9, 21, y 51. En el conjunto 3, se usaron los genes 46, 48, 29, 54, 55, 69, 73, 47, 6, 27, 24, 21, 15, 43, 45, 7, 62, 25, 22, y 74. En el conjunto 4, se usaron los genes 12, 65, 24, 73, 45, 57, 49, 63, 61, 1, 58, 10, 2, 18, 8, 51, 67, 69, 59, y 13. En el conjunto 5, se usaron los genes 33, 43, 9, 52, 54, 38, 8, 16, 48, 1, 39, 60, 17, 6, 15, 66, 68, 63, 37, y 42. En el conjunto 6, se usaron los genes 43, 19, 44, 28, 56, 34, 66, 42, 73, 40, 65, 38, 54, 20, 51, 37, 30, 35, 53, y 61. En el conjunto 7, se usaron los genes 61, 6, 20, 4, 34, 53, 70, 38, 35, 46, 36, 16, 1, 23, 68, 12, 59, 71, 65, y 14. En el conjunto 8, se usaron los genes 25, 68, 69, 3, 33, 49, 19, 56, 54, 4, 32, 6, 45, 16, 67, 52, 65, 14, 12, y 40. En el conjunto 9, se usaron los genes 47, 7, 36, 32, 61, 74, 14, 45, 26, 51, 69, 12, 41, 42, 64, 25, 27, 57, 23, y 58. En el conjunto 10, se usaron los genes 27, 13, 3, 17, 51, 7, 37, 43, 20, 12, 52, 21, 25, 2, 5, 32, 62, 47, 4, y 26. Para 25 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 57, 61, 31, 38, 3, 7, 72, 43, 32, 23, 28, 71, 48, 17, 2, 49, 10, 30, 66, 12, 69, 41, 20, 63, y 68. En el conjunto 2, se usaron los genes 18, 54, 47, 57, 24, 42, 66, 46, 16, 58, 37, 60, 62, 9, 2, 27, 36, 52, 13, 32, 45, 6, 43, 21, y 56. En el conjunto 3, se usaron los genes 47, 48, 52, 16, 56, 54, 42, 37, 17, 41, 35, 21, 6, 9, 63, 10, 49, 68, 23, 25, 70, 3, 58, 2, y 31. En el conjunto 4, se usaron los genes 50, 10, 25, 16, 68, 15, 29, 73, 27, 63, 3, 17, 28, 66, 19, 13, 4, 9, 36, 48, 23, 57, 59, 26, y 14. En el conjunto 5, se usaron los genes 40, 39, 43, 49, 66, 15, 14, 29, 36, 21, 19, 44, 72, 58, 69, 12, 11, 9, 37, 46, 32, 51, 3, 24, y 6. En el conjunto 6, se usaron los genes 42, 49, 44, 32, 46, 35, 70, 40, 3, 21, 11, 67, 25, 56, 37, 43, 60, 55, 16, 27, 30, 53, 63, 23, y 33. En el conjunto 7, se usaron los genes 70, 27, 68, 17, 64, 65, 18, 69, 10, 67, 42, 23, 48, 14, 31, 11, 55, 25, 52, 34, 13, 45, 12, 29, y 47. En el conjunto 8, se usaron los genes 48, 10, 17, 27, 25, 55, 12, 62, 30, 65, 15, 49, 70, 14, 54, 24, 33, 26, 50, 60, 6, 40, 67, 11, y 2. En el conjunto 9, se usaron los genes 41, 47, 24, 59, 7, 44, 2, 67, 12, 19, 13, 17, 35, 56, 28, 14, 61, 15, 60, 58, 1, 64, 31, 45, y 23. En el conjunto 10, se usaron los genes 42, 72, 41, 38, 57, 27, 4, 13, 9, 43, 34, 28, 8, 62, 64, 46, 12, 70, 21, 66, 16, 7, 48, 3, y 54. Para 30 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 16, 47, 67, 9, 22, 10, 64, 72, 46, 6, 60, 74, 3, 68, 57, 63, 14, 54, 58, 30, 28, 18, 70, 73, 52, 39, 34, 61, 12, 21. En el conjunto 2, se usaron los genes 18, 1, 44, 24, 68, 26, 62, 10, 47, 67, 37, 55, 32, 35, 34, 14, 49, 30, 17, 16, 51, 45, 74, 31, 9, 57, 66, 39, 53, y 8. En el conjunto 3, se usaron los genes 58, 45, 55, 39, 22, 32, 9, 49, 31, 13, 51, 56, 28, 12, 3, 59, 74, 35, 42, 67, 69, 47, 66, 18, 52, 57, 43, 5, 26, y 4. En el conjunto 4, se usaron los genes 45, 1, 74, 12, 17, 23, 59, 27, 38, 40, 72, 56, 50, 20, 52, 32, 5, 16, 9, 21, 60, 64, 49, 70, 30, 61, 6, 10, 31, y 24. En el conjunto 5, se usaron los genes 60, 53, 7, 32, 73, 25, 69, 48, 17, 45, 16, 3, 14, 9, 37, 41, 72, 43, 68, 39, 20, 51, 59, 23, 6, 15, 74, 19, 31, y 66. En el conjunto 6, se usaron los genes 47, 54, 9, 38, 60, 33, 40, 12, 57, 45, 26, 56, 11, 27, 67, 25, 69, 59, 68, 7, 61, 72, 23, 21, 28, 48, 29, 65, 37, y 15. En el conjunto 7, se usaron los genes 21, 42, 30, 57, 65, 59, 53, 74, 45, 66, 68, 41, 19, 24, 8, 10, 61, 43, 38, 67, 37, 47, 40, 22, 63, 35, 70, 72, 5, y 6. En el conjunto 8, se usaron los genes 58, 11, 28, 36, 24, 34, 53, 9, 44, 23, 51, 70, 22, 17, 15, 59, 5, 60, 1, 64, 21, 50, 35, 52, 31, 43, 38, 39, 32, y 62. En el conjunto 9, se usaron los genes 43, 30, 63, 7, 60, 40, 39, 1, 48, 17, 69, 57, 6, 62, 19, 38, 36, 13, 66, 64, 25, 31, 65, 47, 27, 16, 53, 68, 37, y

41. En el conjunto 10, se usaron los genes 22, 17, 4, 2, 37, 16, 49, 7, 63, 64, 14, 15, 74, 43, 25, 54, 46, 50, 53, 67, 39, 62, 59, 10, 55, 72, 65, 52, 58, y 19. Para 35 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 4, 43, 55, 49, 13, 26, 32, 21, 18, 50, 14, 20, 65, 7, 24, 52, 58, 8, 30, 37, 54, 71, 2, 31, 44, 61, 66, 67, 28, 39, 10, 70, 17, 19, y 45. En el conjunto 2, se usaron los genes 14, 13, 67, 21, 48, 28, 69, 47, 50, 3, 68, 63, 22, 41, 60, 61, 5, 44, 56, 65, 7, 66, 15, 6, 45, 2, 36, 5, 30, 72, 34, 46, 24, 29, y 12. En el conjunto 3, se usaron los genes67, 25, 58, 11, 17, 16, 3, 69, 21, 1, 59, 26, 72, 41, 47, 2, 34, 24, 10, 19, 33, 5, 50, 9, 71, 20, 62, 8, 68, 61, 23, 37, 35, 60, y 32. En el conjunto 4, se usaron los genes 5, 30, 14, 1, 59, 27, 28, 51, 55, 61, 18, 37, 17, 73, 6, 44, 67, 12, 35, 11, 53, 72, 70, 25, 21, 7, 34, 13, 74, 43, 52, 39, 54, 2, y

19. En el conjunto 5, se usaron los genes 56, 64, 58, 35, 1, 23, 43, 4, 73, 28, 54, 6, 51, 68, 49, 37, 16, 71, 3, 21, 48, 69, 70, 10, 26, 22, 50, 44, 2, 60, 38, 40, 66, 63, y 65. En el conjunto 6, se usaron los genes 72, 49, 51, 44, 19, 28, 1, 11, 3, 40, 33, 41, 70, 29, 48, 62, 50, 4, 47, 60, 68, 10, 61, 32, 20, 13, 22, 59, 65, 64, 67, 21, 35, 39, y 24. En el conjunto 7, se usaron los genes 14, 35, 31, 20, 8, 59, 50, 15, 52, 62, 19, 30, 71, 68, 72, 47, 38, 74, 36, 49, 73, 22, 41, 25, 69, 16, 32, 24, 51, 43, 65, 3, 6, 53, y 29. En el conjunto 8, se usaron los genes 22, 44, 23, 9, 26, 56, 72, 59, 35, 61, 51, 69, 64, 30, 53, 27, 11, 55, 39, 67, 48, 28, 14, 10, 8, 12, 40, 24, 57, 34, 50, 32, 42, 41,y 38. En el conjunto 9, se usaron los genes 15, 7, 27, 6, 67, 9, 26, 57, 30, 37, 58, 23, 42, 11, 36, 52, 32, 29, 62, 21, 41, 61, 64, 18, 40, 35, 66, 1, 2, 56, 16, 3, 55, 10, y 51. En el conjunto 10, se usaron los genes 9, 14, 71, 25, 44, 37, 49, 46, 66, 53, 7, 33, 22, 12, 73, 50, 27, 24, 13, 5, 41, 51, 61, 16, 28, 56, 23, 20, 10, 8, 70, 48, 42, 52, y 34. Para 40 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 26, 36, 43, 30, 62, 19, 20, 51, 41, 71, 1, 63, 10, 56, 65, 17, 15, 50, 5, 35, 4, 54, 12, 70, 48, 31, 47, 37, 34, 8, 3, 69, 40, 44, 46, 59, 61, 74, 23, 27. En el conjunto 2, se usaron los genes 1, 4, 38, 24, 37, 69, 21, 52, 13, 2, 63, 51, 30, 16, 27, 58, 74, 20, 32, 53, 59, 31, 50, 10, 42, 8, 54, 36, 5, 47, 70, 41, 12, 46, 28, 19, 35, 9, 61, y 48. En el conjunto 3, se usaron los genes 35, 48, 40, 47, 20, 67, 57, 72, 15, 17, 46, 37, 9, 2, 60, 30, 65, 49, 29, 64, 16, 21, 7, 74, 61, 11, 58, 71, 62, 23, 24, 55, 3, 53, 52, 27, 18, 50, 25, y 66. En el conjunto 4, se usaron los genes 35, 10, 59, 19, 27, 40, 30, 4, 9, 52, 2, 29, 26, 41, 55, 17, 13, 53, 71, 63, 58, 44, 45, 62, 70, 16, 64, 48, 43, 8, 38, 72, 49, 37, 18, 36, 74, 42, 46, y 54. En el conjunto 5, se usaron los genes 16, 61, 1, 10, 20, 51, 22, 6, 43, 65, 66, 24, 30, 9, 14, 40, 32, 74, 18, 71, 15, 28, 52, 31, 56, 55, 23, 4, 58, 36, 60, 54, 25, 63, 27, 64, 50, 29, 44, y 45. En el conjunto 6, se usaron los genes 15, 30, 3, 50, 61, 47, 13, 48, 45, 17, 46, 10, 28, 37, 8, 54, 9, 5, 63, 18, 39, 49, 34, 68, 14, 23, 43, 11, 1, 51, 56, 67, 20, 57, 6, 19, 25, 31, 21, y 12. En el

conjunto 7, se usaron los genes 45, 73, 53, 29, 35, 56, 70, 51, 30, 59, 49, 22, 6, 43, 28, 31, 40, 4, 66, 25, 37, 19, 12, 65, 26, 74, 46, 50, 23, 62, 17, 69, 36, 41, 34, 27, 67, 7, 24, y 13. En el conjunto 8, se usaron los genes 62, 30, 38, 41, 18, 13, 49, 71, 68, 47, 50, 70, 66, 5, 23, 33, 27, 56, 6, 7, 34, 28, 26, 58, 53, 46, 16, 52, 72, 42, 10, 54, 67, 64, 12, 8, 19, 57, 73, y 17. En el conjunto 9, se usaron los genes 11, 32, 48, 54, 42, 67, 13, 53, 21, 44, 57, 22, 40,

5 12, 5, 29, 69, 37, 17, 39, 45, 73, 60, 26, 14, 72, 4, 59, 24, 46, 18, 51, 36, 61, 35, 9, 19, 16, 38, y 28. En el conjunto 10, se usaron los genes 58, 1, 55, 59, 11, 63, 3, 26, 49, 69, 34, 47, 65, 46, 14, 39, 5, 67, 16, 66, 64, 38, 44, 32, 15, 22, 19, 71, 23, 52, 45, 53, 48, 8, 60, 73, 9, 30, 25, y 37. Para 45 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 26, 21, 17, 34, 19, 27, 6, 61, 24, 42, 3, 60, 70, 43, 54, 13, 9, 20, 28, 58, 12, 23, 33, 4, 63, 56, 67, 1, 11, 68, 41, 59, 45, 5, 48, 32, 10, 44, 16, 65, 51, 62, 22, 38, y 74. En el conjunto 2, se usaron los genes 21, 41, 67, 5, 51, 53, 28, 25, 31, 60, 52, 17, 50, 11, 29, 45, 2, 32, 71, 13, 68, 22, 74, 33, 48, S6, 62, 42, 26, 14, 61, 23, 9, 46, 66, 10, 64, 59, 54, 69, 27, 47, 44, 34, y 40. En el conjunto 3, se usaron los genes 68, 48, 43, 74, 17, 4, 49, 34, 38, 60, 12, 42, 18, 5, 51, 32, 1, 57, 9, 11, 30, 13, 37, 15, 29, 33, 44, 20, 55, 70, 45, 41, 24, 56, 35, 52, 59, 7, 25, 2, 31, 64, 71, 22, y 39. En el conjunto 4, se usaron los genes 44, 61, 51, 69, 65, 72, 29, 57, 40, 62, 66, 63, 67, 55, 74, 14, 56, 11, 16, 58, 1, 15, 3, 48, 42, 7, 8, 30, 18, 19, 23, 60, 4,

15 10, 21, 43, 12, 37, 32, 25, 22, 50, 34, 59, y 2. En el conjunto 5, se usaron los genes 67, 54, 33, 41, 5, 61, 3, 10, 2, 71, 73, 53, 25, 42, 44, 23, 9, 38, 45, 62, 32, 46, 40, 8, 66, 49, 16, 24, 68, 69, 21, 52, 20, 6, 48, 11, 57, 39, 22, 31, 63, 36, 34, 35, y 17. En el conjunto 6, se usaron los genes 43, 45, 19, 17, 4, 58, 37, 7, 42, 52, 2, 62, 25, 66, 24, 15, 22, 74, 68, 67, 8, 1, 33, 70, 31, 50, 64, 14, 61, 51, 6, 38, 35, 39, 72, 5, 27, 36, 11, 18, 12, 48, 46, 54, y 71. En el conjunto 7, se usaron los genes 41, 45, 58, 11, 66, 26, 53, 13, 60, 4, 65, 18, 67, 73, 28, 55, 56, 57, 29, 68, 23, 19, 42, 17, 22, 62, 61, 10, 43, 64, 38, 71, 7, 40, 16, 34, 74, 12, 37, 8, 63, 44, 49, 47, y 3. En el conjunto 8, se usaron los genes 47, 40, 59, 14, 50, 71, 1, 57, 19, 28, 6, 34, 68, 4, 30, 20, 31, 33, 38, 39, 17, 41, 24, 65, 70, 61, 3, 35, 45, 11, 9, 8, 73, 42, 26, 23, 46, 72, 25, 64, 16, 53, 62, 18, y 7. En el conjunto 9, se usaron los genes 61, 5, 69, 22, 7, 17, 26, 13, 2, 30, 55, 33, 47, 14, 59, 32, 9, 44, 23, 45, 42, 25, 15, 57, 48, 50, 1, 68, 18, 72, 46, 73, 67, 36, 63, 60, 28, 21, 20, 8, 29, 35, 37, 38, y 71. En el conjunto 10, se usaron los genes 22, 31, 58, 50, 64, 11, 17,

25 67, 41, 2, 21, 4, 61, 70, 54, 3, 71, 25, 40, 43, 69, 38, 9, 73, 45, 16, 34, 10, 7, 52, 35, 19, 66, 24, 5, 60, 18, 14, 59, 32, 68, 15, 56, 63, y 65.

Un experimento similar se realizó con subconjuntos aleatorios de aproximadamente 5 a 49 miembros del conjunto de 90 secuencias genéticas expresadas. De nuevo, los niveles de expresión de combinaciones aleatorias de 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, y 49 (se toma muestra de cada combinación 10 veces) de las 90 secuencias expresadas se usaron con datos de los tipos de tumor y se usaron a continuación para predecir los conjuntos aleatorios del ensayo de muestras de tumor (se toma muestra de cada una 10 veces) quedarían de 2 a los 39 tipos. Los datos resultantes se muestran en las Figuras 7-9.

35 Se hizo un índice de los miembros de las 90 secuencias genéticas de 1 a 90, y los conjuntos aleatorios representativos usados en la invención son los que siguen a continuación:

Para 2 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 30 y 72. Para el conjunto 2, se usaron los genes 65 y 88. Para el conjunto 3, se usaron los genes 76 y 88. Para el conjunto 4, se usaron los genes 5 y 86. Para el conjunto 5, se usaron los genes 30 y 32. Para el conjunto 6, se usaron los genes 6 y 59. Para el conjunto 7, se usaron los genes 57 y 2. Para el conjunto 8, se usaron los genes 49 y 28. Para el conjunto 9, se usaron los genes 37 y 35. Para el conjunto 10, se usaron los genes 34 y 18. Para 5 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 1, 83, 59, 36, 66, y 88. En el conjunto 2, se usaron los genes 58, 13, 59, 22, y 64. En el conjunto 3, se usaron los genes 46, 72, 51, 88, y 14. En el conjunto 4, se usaron los

45 genes 23, 74, 22, 27, y 20. En el conjunto 5, se usaron los genes 58, 54, 78, 87, y 50. En el conjunto 6, se usaron los genes 59, 6, 56, 78, y 9. En el conjunto 7, se usaron los genes 30, 78, 69, 83, y 21. En el conjunto 8, se usaron los genes 5, 39, 54, 56, y 55. En el conjunto 9, se usaron los genes 9, 70, 54, 67, y 43. En el conjunto 10, se usaron los genes 80, 81, 63, 90, y 53. Para 10 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 70, 17, 45, 5, 2, 37, 6, 76, 39, y 14. En el conjunto 2, se usaron los genes 54, 16, 80, 26, 15, 45, 50, 8, 73, y 48. En el conjunto 3, se usaron los genes 66, 87, 31, 74, 37, 45, 19, 1, 70, y 7. En el conjunto 4, se usaron los genes 85, 17, 78, 61, 23, 59, 27, 18, 58, y 24. En el conjunto 5, se usaron los genes 44, 89, 36, 76, 49, 3, 21, 24, 38, y 69. En el conjunto 6, se usaron los genes 32, 72, 55, 2, 86, 81, 53, 45, 17, y 74. En el conjunto 7, se usaron los genes 27, 55, 62, 33, 32, 84, 21, 45, 23, y 7. En el conjunto 8, se usaron los genes 62, 45, 68, 31, 69, 39, 33, 63, 19, y 22. En el conjunto 9, se usaron los genes 71,

55 39, 11, 56, 88, 80, 37, 77, 62, y 35. En el conjunto 10, se usaron los genes 38, 83, 41, 47, 66, 87, 10, 4, 88, y 22. Para 15 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 61, 17, 64, 14, 1, 41, 72, 47, 69, 48, 49, 70, 12, 20, y 35. En el conjunto 2, se usaron los genes 26, 49, 69, 31, 84, 42, 24, 56, 82, 12, 29, 2, 21, 15, y 71. En el conjunto 3, se usaron los genes 54, 62, 8, 32, 58, 65, 39, 44, 35, 22, 34, 77, 43, 83, y 75. En el conjunto 4, se usaron los genes 62, 50, 57, 80, 28, 83, 32, 56, 14, 2, 3, 48, 67, 79, y 72. En el conjunto 5, se usaron los genes 55, 58, 77, 68, 90, 76, 17, 72, 85, 34, 43, 33, 62, 6, y 64. En el conjunto 6, se usaron los genes 41, 63, 90, 9, 25, 35, 2, 14, 65, 87, 11, 36, 10, 79, y 17. En el conjunto 7, se usaron los genes 69, 89, 77, 33, 71, 4, 6, 46, 72, 13, 68, 81, 31, 50, y

32. En el conjunto 8, se usaron los genes 29, 69, 34, 47, 32, 52, 63, 73, 23, 25, 33, 10, 37, 17, y 55. En el conjunto 9, se usaron los genes 24, 13, 45, 17, 51, 48, 20, 30, 29, 40, 53, 19, 88, 76, y 28. En el conjunto 10, se usaron los genes 86, 33, 19, 4, 84, 25, 78, 29, 88, 10, 7, 67, 85, 45, y 8.

65 Para 20 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 57, 78, 43, 50, 14, 71, 56, 25, 80, 31, 88, 4, 49, 13, 3, 38, 32, 8, 52, y 75. En el conjunto 2, se usaron los genes 84, 46, 23, 85, 55, 82, 56, 83, 48, 89, 8, 60, 21, 40, 20, 17,

87, 24, 34, y 39. En el conjunto 3, se usaron los genes 72, 88, 53, 46, 82, 9, 34, 21, 76, 24, 14, 35, 90, 31, 58, 30, 15, 41, 7, y 28. En el conjunto 4, se usaron los genes 22, 62, 21, 3, 45, 50, 58, 72, 69, 82, 49, 42, 47, 9, 15, 59, 17, 24, 40, y 52. En el conjunto 5, se usaron los genes 71, 18, 74, 53, 43, 75, 76, 54, 63, 64, 10, 5, 90, 51, 31, 58, 28, 35, 70, y 23. En el conjunto 6, se usaron los genes 7, 30, 77, 25, 17, 16, 35, 68, 56, 37, 78, 87, 45, 8, 42, 82, 72, 23, 58, y 54. En el conjunto 7, se usaron los genes 3, 58, 67, 5, 87, 62, 56, 88, 73, 50, 22, 52, 10, 60, 57, 42, 46, 26, 7, y 82. En el conjunto 8, se usaron los genes 63, 19, 22, 13, 82, 12, 44, 52, 8, 90, 35, 81, 79, 15, 83, 76, 51, 27, 45, y 56. En el conjunto 9, se usaron los genes 65, 34, 76, 81, 58, 86, 83, 46, 40, 55, 48, 42, 57, 70, 21, 72, 71, 17, 22, y 24. En el conjunto 10, se usaron los genes 34, 74, 2, 53, 76, 73, 19, 72, 88, 87, 44, 70, 40, 39, 22, 45, 83, 77, 30, y 46. Para 25 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 13, 77, 22, 85, 58, 8, 23, 2, 40, 81, 50, 31, 14, 41, 21, 52, 6, 74, 11, 17, 83, 7, 9, 19, 18. En el conjunto 2, se usaron los genes 3, 12, 8, 87, 34, 75, 31, 88, 77, 39, 40, 60, 54, 9, 37, 5, 51, 53, 32, 35, 66, 4, 26, 59, y 29. En el conjunto 3, se usaron los genes 29, 41, 44, 56, 88, 72, 90, 6, 19, 63, 42, 24, 49, 70, 39, 17, 82, 13, 9, 4, 51, 40, 22, 71, y 25. En el conjunto 4, se usaron los genes 70, 82, 55, 43, 40, 32, 16, 13, 22, 41, 7, 85, 46, 42, 73, 76, 14, 60, 50, 72, 5, 81, 67, 57, y 83. En el conjunto 5, se usaron los genes 88, 83, 53, 26, 29, 4, 38, 71, 11, 66, 14, 89, 39, 34, 84, 41, 7, 64, 87, 3, 67, 43, 50, 79, y 6. En el conjunto 6, se usaron los genes 88, 16, 83, 4, 7, 39, 56, 82, 10, 20, 87, 79, 3, 35, 76, 49, 43, 11, 74, 13, 48, 22, 64, 34, y

89. En el conjunto 7, se usaron los genes 6, 64, 39, 50, 44, 46, 61, 28, 79, 43, 35, 85, 48, 9, 59, 47, 57, 5, 24, 33, 80, 11, 42, 20, y 26. En el conjunto 8, se usaron los genes 59, 24, 46, 33, 50, 71, 53, 21, 86, 10, 75, 23, 74, 60, 43, 22, 16, 62, 85, 79, 81, 34, 73, 2, y 1. En el conjunto 9, se usaron los genes 68, 11, 64, 54, 37, 28, 44, 73, 83, 89, 2,41, 59, 75, 21, 23, 88, 71, 34, 29, 1, 47, 84, 60, y 72. En el conjunto 10, se usaron los genes 5, 12, 60, 84, 32, 58, 70, 2, 38,41, 24, 13, 85, 10, 49, 90, 55, 81, 39, 27, 65, 56, 31, 34, y 57. Para 30 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 24, 88, 10, 69, 64, 8, 19, 54, 80, 70, 11, 9, 29, 56, 36, 79, 30, 65, 2, 58, 23, 74, 41, 16, 77, 4, 78, 14, 85, y 32. En el conjunto 2, se usaron los genes 73, 27, 19, 52, 87, 51, 63, 4, 76, 64, 90, 81, 42, 47, 9, 62, 40, 65, 83, 30, 39, 59, 10, 11, 54, 44, 43, 6, 86, y 41. En el conjunto 3, se usaron los genes 28, 47, 41, 8, 24, 54, 26, 49, 61, 17, 46, 64, 20, 16, 1, 33, 82, 79, 85, 5, 86, 69, 31, 65, 83, 7, 67, 35, 48, y 57. En el conjunto 4, se usaron los genes 13, 21, 83, 35, 47, 57, 8, 66, 75; 17, 38, 70, 39, 23, 9, 1, 2, 28, 68, 81, 36, 80, 52, 22, 44, 37, 85, 15, 72, y 86. En el conjunto 5, se usaron los genes 81, 20, 36, 89, 13, 14, 46, 58, 59, 62, 28, 7, 1, 25, 35; 83, 26, 50, 51, 15, 16, 56, 71, 5, 47, 6, 78, 80, 85, y 84. En el conjunto 6, se usaron los genes 68, 74, 73, 89, 38, 72, 33, 35, 15, 79, 3, 37, 23, 67, 10, 62, 64, 77, 44, 60, 75, 7, 51, 12, 46, 76, 81, 26, 42, y 6. En el conjunto 7, se usaron los genes 34, 55, 62, 40, 78, 35, 76, 30, 21, 77, 46, 71, 66, 69, 63, 81, 51, 38, 84, 53, 82, 89, 29, 14, 36, 45, 60, 7, 52, y 27. En el conjunto 8, se usaron los genes 56, 12, 35, 79, 57, 4, 16, 9, 24, 58, 40, 72, 80, 67, 23, 76, 88, 69, 52, 78, 32, 47, 14, 46, 64, 83, 17, 59, 81, y 20. En el conjunto 9, se usaron los genes 73, 27, 12, 58, 54, 62, 48, 43, 16, 41, 49, 84, 9, 75, 13, 50, 19, 3, 76, 78, 56, 68, 71, 25, 24, 60, 18, 35, 45, y 51. En el conjunto 10, se usaron los genes 82, 21, 24, 85, 51, 18, 72, 28, 89, 22, 34, 4, 53, 75, 83, 23, 50, 5, 42, 13, 88, 63, 40, 64, 38, 35, 39, 44, 59, y 70. Para 35 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 2, 69, 70, 89, 9, 11, 5, 17, 63, 18, 12, 59, 58, 85, 26, 71, 61, 10, 3, 1, 22, 79, 84, 30, 48, 82, 38, 44, 56, 42, 88, 6, 60, 14, y 28. En el conjunto 2, se usaron los genes 84, 81, 88, 46, 12, 50, 38, 78, 62, 48, 19, 43, 26, 66, 4, 20, 40, 58, 9, 52, 87, 47, 6, 55, 21, 75, 31, 77, 57, 53, 45, 34, 30, 32, y 39. En el conjunto 3, se usaron los genes 6, 3, 22, 89, 8, 78, 87, 71, 42, 63, 18, 40, 68, 77, 64, 88, 5, 58, 43, 72, 80, 10, 21, 56, 11, 59, 61, 2, 19, 76, 30, 20, 14, 69, y 35. En el conjunto 4, se usaron los genes 55, 42, 89, 41, 56, 33, 24, 28, 15, 61, 63, 18, 90, 60, 35, 76, 70, 52, 8, 1, 64, 23, 13, 39, 71, 31, 3, 81, 10, 34, 66, 44, 16, 7, y 78. En el conjunto 5, se usaron los genes 59, 58, 12, 50, 47, 42, 28, 22, 76, 54, 1, 18, 7, 53, 68, 73, 20, 67, 14, 72, 23, 13, 39, 10, 70, 55, 45, 17, 31, 51, 80, 3, 24, 30, y 46. En el conjunto 6, se usaron los genes 53, 66, 26, 3, 73, 47, 61, 63, 51, 41, 29, 5, 19, 10, 57, 22, 64, 11, 34, 89, 43, 24, 31, 60, 27, 76, 17, 86, 70, 81, 50, 46, 36, 14, y 45. En el conjunto 7, se usaron los genes 18, 88, 90, 13, 73, 81, 64, 56, 84, 2, 4, 22, 3, 25, 35, 54, 89, 86, 27, 41, 6, 34, 38, 14, 74, 36, 59, 8, 40, 55, 42, 83, 39, 44, y 60. En el conjunto 8, se usaron los genes 46, 32, 22, 15, 67, 89, 14, 5, 70, 39, 49, 9, 84, 71, 12, 78, 27, 86, 26, 57, 20, 43, 58, 87, 42, 8, 31, 1, 54, 62, 69, 40, 29, 52, y 64. En el conjunto 9, se usaron los genes 3, 39, 55, 25, 90, 10, 9, 77, 62, 78, 18, 12, 58, 51, 22, 67, 7, 61, 59, 35, 52, 4, 65, 38, 32, 71, 87, 88, 63, 50, 73, 70, 44, 45, y 84. En el conjunto 10, se usaron los genes 65, 54, 51, 38, 40, 5, 43, 71, 34, 30, 22, 6, 36, 64, 63, 13, 70, 85, 21, 88, 77, 86, 79, 66, 25, 18, 26, 19, 76, 56, 23, 60, 75, 2, y 49. Para 40 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 81, 80, 68, 77, 17, 71, 34, 33, 48, 88, 90, 32, 23, 2, 38, 59, 75, 82, 50, 56, 12, 36, 6, 87, 72, 37, 26, 15, 35, 66, 13, 76, 55, 3, 78, 18, 52, 47, 73, y 20. En el conjunto 2, se usaron los genes 11, 65, 27, 44, 88, 49, 55, 57, 1, 72, 9, 28, 56, 67, 13, 58, 42, 36, 8, 31, 40, 14, 26, 35, 62, 22, 19, 84, 78, 21, 2, 41, 74, 71, 52, 30, 25, 76, 85, y 63. En el conjunto 3, se usaron los genes 50, 22, 10, 54, 9, 51, 15, 34, 29, 35, 76, 89, 33, 6, 88, 56, 36, 70, 87, 40, 83, 62, 1, 42, 25, 78, 30, 26, 44, 60, 69, 47, 49, 31, 18, 59, 37, 52, 61, y 17. En el conjunto 4, se usaron los genes 27, 33, 7, 89, 36, 59, 48, 42, 66, 39, 90, 52, 2, 14, 30, 80, 9, 56, 21, 87, 65, 67, 41, 73, 82, 20, 4, 46, 5, 84, 88, 15, 44, 58, 78, 85, 3, 64, 6, y 8. En el conjunto 5, se usaron los genes 43, 24, 86, 29, 46, 90, 40, 1, 71, 57, 12, 84, 69, 19, 42, 62, 28, 35, 5, 63, 52, 17, 39, 4, 67, 81, 50, 47, 61, 54, 87, 70, 77, 6, 10, 38, 37, 79, 31, y 36. En el conjunto 6, se usaron los genes 28, 5, 78, 85, 16, 20, 36, 52, 43, 29, 67, 83, 12, 79, 84, 8, 81, 46, 11, 3, 54, 86, 10, 60, 71, 51, 39, 53, 59, 69, 44, 61, 7, 56, 27, 50, 66, 70, 1, y 25. En el conjunto 7, se usaron los genes 39, 47, 48, 24, 25, 3, 41, 16, 65, 73, 63, 14, 70, 57, 12, 64, 90, 23, 27, 38, 66, 71, 54, 21, 83, 28, 72, 53, 11, 30, 80, 15, 6, 88, 89, 85, 81, 61, 78, y 34. En el conjunto 8, se usaron los genes 61, 8, 57, 16, 24, 64, 48, 36, 58, 28, 27, 40, 70, 77, 25, 76, 52, 35, 62, 4, 60, 7, 54, 37, 11, 20, 72, 34, 56, 78, 10, 86, 51, 29, 84, 47, 30, 21, 59, y 67. En el conjunto 9, se usaron los genes 67, 3, 83, 33, 35, 26, 25, 79, 68, 19, 18, 84, 14, 58, 66, 57, 1, 2, 27, 64, 23, 24, 76, 81, 17, 37, 38, 30, 45, 75, 49, 39, 5, 53, 43, 15, 51, 40, 69, y 12. En el conjunto 10, se usaron los genes 39, 77, 29, 70, 85, 45, 54, 79, 31, 43, 15, 11, 47, 83, 76, 21, 67, 14, 4, 19, 49,

42, 18, 13, 12, 7, 88, 8, 3, 35, 81, 55, 71, 60, 72, 57, 46, 40, 56, y 32. Para 45 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 7, 63, 45, 87, 19, 55, 36, 42, 9, 4, 79, 68, 46, 35, 40, 80, 59, 58, 38, 17, 50, 30, 13, 39, 33, 84, 34, 64, 2, 57, 24, 88, 65, 16, 53, 18, 28, 8, 60, 15, 43, 73, 77, 20, y 78. En el conjunto 2, se usaron los genes 70, 19, 81, 68, 38, 35, 48, 9, 53, 11, 73, 42, 54, 28, 32, 40, 60, 88, 25, 7, 67, 17,

5 36, 51, 44, 46, 10, 89, 14, 80, 39, 41, 27, 8, 75, 47, 61, 57, 59, 76, 86, 65, 63, 74, y 77. En el conjunto 3, se usaron los genes 55, 24, 63, 17, 32, 81, 2, 67, 51, 85, 27, 46, 60, 90, 25, 35, 58, 11, 47, 33, 73, 3, 74, 52, 15, 86, 6, 78, 36, 66, 57, 13, 49, 28, 75, 70, 4, 77, 43, 26, 61, 64, 20, 1, y 23. En el conjunto 4, se usaron los genes 49, 72, 13, 51, 55, 11, 29, 5, 43, 44, 40, 6, 38, 67, 47, 35, 36, 28, 81, 24, 80, 32, 16, 88, 63, 87, 86, 79, 21, 1, 30, 10, 62, 58, 23, 12, 78, 26, 69, 56, 85, 42, 17, 84, y 39. En el conjunto 5, se usaron los genes 53, 33, 18, 65, 22, 83, 50, 88, 76, 40, 82, 68, 85, 5, 63, 45, 78, 16, 42, 54, 27, 66, 70, 74, 7, 51, 89, 64, 49, 37, 84, 86, 34, 39, 80, 31, 61, 87, 69, 4, 81, 30, 14, 41, y 29. En el conjunto 6, se usaron los genes 7, 60, 38, 14, 73, 9, 79, 81, 22, 10, 85, 51, 40, 87, 3, 26, 57, 56, 12, 72, 39, 59, 63, 28, 64, 71, 69, 21, 67, 48, 50, 66, 46, 88, 11, 13, 24, 8, 58, 75, 2, 41, 5, 44, y 55. En el conjunto 7, se usaron los genes 15, 65, 31, 19, 11, 38, 2, 9, 64, 66, 22, 35, 49, 3, 77, 43, 32, 56, 39, 54, 80, 21, 6, 40, 27, 86, 10, 16, 70, 30, 85, 23, 26, 4, 55, 73, 42, 13, 41, 68, 29, 57, 28, 72, y 58. En el

15 conjunto 8, se usaron los genes 83, 27, 9, 62, 84, 78, 13, 5, 74, 55, 12, 34, 58, 3, 67, 57, 24, 45, 42, 47, 75, 25, 29, 44, 46, 61, 56, 70, 86, 37, 14, 49, 60, 89, 28, 72, 59, 38, 2, 81, 50, 7, 6, 21, y 82. En el conjunto 9, se usaron los genes 7, 10, 35, 14, 79, 66, 33, 52, 16, 55, 68, 59, 57, 19, 11, 47, 22, 38, 61, 30, 71, 50, 63, 88, 53, 80, 6, 54, 77, 21, 37, 84, 9, 65, 12, 49, 40, 73, 76, 2, 28, 29, 3, 72, y 18. En el conjunto 10, se usaron los genes 12, 19, 9, 80, 84, 15, 7, 2, 39, 21, 48, 40, 51, 69, 74, 83, 5, 66, 27, 26, 89, 60, 4, 86, 41, 44, 35, 10, 76, 53, 63, 16, 37, 79, 11, 42, 68, 3, 59, 82, 77, 73, 85, 67,y 14. Para 49 genes, en el conjunto 1, se usaron los genes 84, 47, 56, 1, 18, 21, 57, 54, 27, 89, 44, 85, 64, 10, 77, 34, 65, 66, 80, 70, 46, 23, 53, 61, 24, 81, 43, 35, 30, 74, 83, 51, 20, 17, 72, 4, 49, 68, 60, 28, 67, 19, 42, 55, 73, 36, 7, 39, y 33. En el conjunto 2, se usaron los genes 47, 29, 58, 36, 21, 53, 40, 7, 83, 77, 24, 89, 71, 64, 60, 4, 37, 86, 27, 57, 62, 63, 72, 1, 88, 78, 68, 17, 51, 16, 82, 42, 81, 18, 32, 49, 55, 10, 11, 66, 35, 23, 70, 20, 61, 25, 48, 43, y

25 54. En el conjunto 3, se usaron los genes 54, 2, 62, 67, 44, 25, 8, 53, 86, 33, 75, 32, 45, 76, 43, 65, 59, 58, 42, 64, 47, 78, 3, 57, 71, 88, 14, 23, 51, 83, 1, 41, 7, 56, 40, 20, 39, 72, 70, 19, 5, 35, 50, 82, 37, 48, 15, 31, y 16. En el conjunto 4, se usaron los genes 35, 65, 48, 43, 69, 62, 64, 74, 82, 39, 37, 1, 88, 45, 66, 12, 79, 55, 38, 84, 17, 30, 25, 26, 89, 56, 28, 57, 59, 34, 85, 14, 47, 44, 41, 19, 60, 20, 73, 2, 63, 75, 49, 80, 58, 77, 27, 54, y 29. En el conjunto 5, se usaron los genes 64, 51, 36, 12, 84, 24, 65, 47, 88, 26, 10,19, 73, 90, 35, 53, 18, 55, 80, 70, 79, 82, 87, 77, 15, 85, 83, 7, 72, 1, 6, 57, 38, 45, 74, 33, 62, 86, 31, 69, 27, 14, 4, 29, 54, 44, 63, 78, y 42. En el conjunto 6, se usaron los genes 24, 39, 85, 42, 88, 32, 65, 23, 6, 75, 53, 77, 64, 90, 13, 82, 47, 31, 48, 8, 78, 67, 63, 44, 26, 40, 14, 34, 18, 59, 2, 17, 20, 56, 83, 68, 86, 9, 38, 73, 89, 55, 29, 69, 72, 16, 28, 51, y 81. En el conjunto 7, se usaron los genes 32, 70, 57, 67, 1, 73, 52, 38, 65, 83, 5, 40, 49, 31, 66, 85, 6, 82, 12, 48, 89, 3, 19, 41, 62, 16, 46, 61, 24, 18, 55, 30, 33, 56, 68, 20, 81, 10, 86, 9, 15, 63, 78, 22, 75, 14, 13, 43, y 77. En el conjunto

35 8, se usaron los genes 17, 30, 47, 85, 7, 3, 6, 35, 76, 77, 25, 86, 36, 75, 44, 29, 69, 60, 63, 64, 82, 51, 19, 68, 41, 28, 73, 18, 10, 26, 42, 78, 67, 12, 80, 33, 13, 57, 38, 87, 49, 59, 74, 50, 90, 46, 8, 81, y 4. En el conjunto 9, se usaron los genes 19, 76, 42, 36, 66, 21, 8, 28, 22, 15, 56, 5, 2, 86, 17, 62, 23, 1, 80, 73, 52, 83, 32, 65, 44, 82, 35, 60, 47, 90, 74, 9, 84, 50, 4, 77, 55, 57, 19, 71, 25, 48, 81, 53, 34, 38, 3, 37, y 16. En el conjunto 10, se usaron los genes 84, 87, 3, 41, 36, 71, 33, 57, 85, 26, 53, 22, 82, 31, 2, 45, 24, 18, 37, 35, 77, 20, 63, 25, 6, 17, 58, 7, 9, 49, 28, 76, 79, 67, 13, 80, 66, 5, 43, 4, 74, 75, 21, 86, 23, 39, 42, 27, y 54.

Ejemplo 5: Detección basada en PCR

Como se ha indicado anteriormente, la determinación o medida de la expresión genética se puede realizar mediante

45 PCR, tal como el uso de PCR cuantitativa. La detección de la expresión de aproximadamente 5 a 49 secuencias expresadas en el genoma humano se puede usar en tales realizaciones de la invención. Además, también se pueden usar los niveles de expresión de aproximadamente 5 a 49 secuencias genéticas en el conjunto de 74, el conjunto de 90, o una combinación del conjunto de los dos (con un total de 126 secuencias genéticas dada la presencia de 38 secuencias genéticas en común entre los dos conjuntos). La invención contempla el uso de PCR cuantitativa para medir los niveles de expresión, como se ha descrito anteriormente, de aproximadamente 5 a 49 de 87 secuencias genéticas, todas las cuales están presentes en cualquiera del conjunto de 74 o el conjunto de 90. De las 87 secuencias genéticas, 60 están presentes en el conjunto de 74, y 63 están presentes en el conjunto de 90. Los identificadores/números de referencia de las 87 secuencias genéticas son AA456140, AA745593, AA765597, AA782845, AA865917, AA946776, AA993639, AB038160, AF104032, AF133587, AF301598, AF332224, AI041545,

55 AI147926, AI309080, AI341378, AI457360, AI620495, AI632869, AI683181, AI685931, AI802118, AI804745, AI952953, AI985118, AJ000388, AK025181, AK027147, AK054605, AL023657, AL039118, AL110274, AL157475, AW118445, AW194680, AW291189, AW298545, AW445220, AW473119, AY033998, BC000045, BC001293, BC001504, BC001639, BC002551, BC004331, BC004453, BC005364, BC006537, BC006811, BC006819, BC008764, BC008765, BC009084, BC009237, BC010626, BC011949, BC012926, BC013117, BC015754, BC017586, BE552004, BE962007, BF224381, BF437393, BF446419, BF592799, BI493248, H05388, H07885, H09748, M95585, N64339, NM_000065, NM_001337, NM_003914, NM_004062, NM_004063, NM_004496, NM_006115, NM_019894, NM_033229, R15881, R45389, R61469, X69699, y X96757.

El uso de aproximadamente 5 a 49 de estas secuencias en la práctica de la invención puede incluir el uso de los

65 niveles de expresión medidos para secuencias genéticas de referencia como se describe en el presente documento. En algunas realizaciones, las secuencias genéticas de referencia son una o más de las 8 que se desvelan en el

presente documento. La invención contempla el uso de una o más de las secuencias de referencia identificadas como AF308803, AL137727, BC003043, BC006091, y BC016680 en realizaciones de la invención basadas en PCR

o QPCR. Por supuesto, las 5 de estas secuencias de referencia también se pueden usar en combinación.

5 Habiendo descrito ahora totalmente la presente invención, los expertos en la materia observarán que la misma se puede realizar dentro de un amplio intervalo de parámetros, concentraciones, y condiciones equivalentes sin apartarse del alcance de la invención y sin experimentación indebida.

Aunque la presente invención se ha descrito en conexión con realizaciones específicas de la misma, se entenderá

10 que se pueden realizar modificaciones adicionales. La presente solicitud pretende cubrir cualquier variación, uso, o adaptación de la invención siguiendo, en general, los principios de la invención e incluyendo tales desviaciones de la presente divulgación ya que forman parte del conocimiento o la práctica habitual dentro de la técnica a la que pertenece la invención y como tal se puede aplicar a las características esenciales que se han expuesto anteriormente en el presente documento.

15 APÉNDICE 1

Apéndice de secuencias de ARNRNA (Listado de Secuencias)

20 >Hs.73995_ARNm_1 gi|190403|gb|M60502.1|PERFILHUM ARNm de profilagrina humana, extremo en la posición 3’ poli = 1

>Hs.75236_ARNm_4 gi|14280328|gb|AY033998.1| Homo sapiens poliA = 3

>Hs.299867_ARNm_1 gi|4758533|ref|NM_004496.1| factor nuclear 3 de hepatocitos de Homo sapiens, alfa (HNF3A), ARNm poliA = 3

>Hs.285401_contig1 AI147926|AI880620|AA768316|AA761543|AA279147|AI216016|AI738663|N79248|AI 684489|AA960845|AI718599|AI379138|N29366|BF002507|AW044269|R34339|R66326 |H04648|R67467|AI523112|BF941500 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.182507_ARNm_1 gi|15431324|ref|NM_002283.2|queratina de Homo sapiens, pelo, básico, 5 (KRTHB5), ARNm poliA = 3

>Hs.292653_contig1 AI200660|AW014007|AI341199|AI692279|AI393765|AI378686|AI695373|AW292108|

T10352|R44346|AW470408|AI380925|BF938983|AW003704|H08077|F03856|H08075|F 08895|AW468398|AI865976|H22568|AI858374|AI216499 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.97616_ARNm_3 gi|12654852|gb|BC001270.1|BC001270 clon de Homo sapiens MGC:5069 IMAGE:3458016 poliA = 3

>Hs.123078_ARNm_3 gi|14328043|gb|BC009237.1|BC009237 clon de Homo sapiens MGC:2216 IMAGE:2989823 poliA = 3

>Hs.285508_contig1 AW194680|BF939744|BF516467 poliA = 1 poliA = 1

10 >Hs.183274_contig1 BF437393|BF064008|BF509951|AW134603|AI277015|AI803254|AA887915|BF054958| AI004413|AI393911|AI278517|AW612644|AI492162|AI309226|AI863671|AA448864| AI640165|AA479926|AA461188|AA780161|BF591180|AI918020|AI758226|AI291375|

15 BF001845|BF003064|AI337393|AI522206|BE856784|BF001760|AI280300 FLAG = 1 poliA = 2 WARN poliA = 3

>Hs.334841_ARNm_3 gi|14290606|gb|BC009084.1|BC009084 clon de Homo sapiens MGC:9270 IMAGE:3853674 poliA = 3

>Hs.3321_contig1 A1804745|AI492375|AA594799|BE672611|AA814147|AA722404|AW170088|D11718|BG 153444|AI680648|AA063561|BE219054|AI590287|R55185|AI479167|AI796872|AI01 8324|AI701122|BE218203|AA905336|AI681917|BI084742|AI480008|AI217994|AI40 1468 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.306216_singlete1 AW083022 poliA = 1 poliA = 2

>Hs.99235_contig1 AA456140|AI167259|AA450056 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.169172_ARNm_2 gi|2274961|emb|AJ000388.1|HSCANPX ARNm de Homo sapiens para proteasa de tipo calpaína CANPX poliA = 3

>Hs.351486_ARNm_1 gi|16549178|dbj|AK054605.1|AK054605 ADNc de Homo sapiens FLJ30043 fis, clon 3NB692001548 poliA = 0

>Hs.153504_contig2 BE962007|AW016349|AW016358|AW139144|AA932969|AI025620|AI688744|AI865632| AA854291|AA932970|AU156702|AI634439|AA152496|AI539557|AI123490|AI613215| AI318363|AW105672|AA843483|AI366889|AW181938|AI813801|AI433695|AA934772| N72230|AI760632|BE858965|AW058302|AI760087|AI682077|AA886672|AI350384|AW

243848|AW300574|BE466359|AI859529|AI921588|BF062899|BE855597|BE617708 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.199354_singlete1 AI669760 poliA = 1 poliA = 2

>Hs.162020_contig1 AW2911891AA505872 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.30743_ARNm_3 gi|18201906|ref|NM_006115.2| antígeno en melanoma expresado preferentemente en Homo sapiens (PRAME), ARNm poliA = 3

>Hs.271580_contig1 AI632869|AW338882|AW338875|AW613773|AI982899|AW193151|BE206353|BE208200| AI811548|AW264021 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.69360_ARNm_2 gi|14250609|gb|BC008764.1|BC008764 clon de Homo sapiens MGC:1266 IMAGE:3347571 10 poliA = 3

>Hs.30827_contig1 H07885|N39347|W85913|AA583408|W86449 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.211593_contig2 BF592799|AI570478|AA234440|R40214|BE501078|AW593784|AI184050|AI284161|W7 2149|AW780437|AI247981|AW241273|H60824 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.5163_ARNm_1 gi|15990433|gb|BC015582.1|BC015582 clon de Homo sapiens MGC:23280 IMAGE:4637504 poliA = 3

>Hs.55150_ARNm_1 gi|17068414|gb|BC017586.1|BC017586 clon de Homo sapiens MGC:26610 IMAGE:4837506 poliA = 3

>Hs.170177_contig3 AI620495|AW291989|AA780896|AA976262|AI298326|BF111862|AW591523|AI922518|

5 AI480280|BF589437|AA600354|AI886238|AA035599|H90049|BF112011|N52601|AI57 0965|AI565367|AW768847|H90073|BE504361|N45292|AI632075|AA679729|AW168052 |AI978827|AI968410|AI669255|N45300|AI651256|AI698970|AI521256|AW078614|A I802070|AI885947|AI342534|AI653624|AW243936|T16586|R15989|AI289789|AI871 636|AI718785|AW148847 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.184601_ARNm_5 gi|4426639|gb|AF104032.1|AF104032 Homo sapiens poliA = 2

>Hs.351972_singletel AA865917 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.5366_ARNm_2 gi|15277845|gb|BC012926.1|BC012926 clon de Homo sapiens MGC:16817 IMAGE:3853503 poliA = 3

>Hs.18140_contigl AI685931|AA410954|T97707|AA706873|AI911572|AW614616|AA548520|AW027764|BF 511251|AI914294|AW151688 poliA = 1 poliA = 1

>Hs.133196_contig2 BF224381|BE467992|AW137689|AI695045|AW207361|BF445141|AA405473 poliA = 2 WARN poliA = 3

>Hs.63325_ARNm_5 gi|15451939|ref|NM_019894.1| proteasa transmembrana de Homo sapiens, serina 4 (TMPRSS4), ARNm poliA = 3

>Hs.250692_ARNm_2 gi|184223|gb|M95585.1|HUMHLF ARNm de factor de leucemia hepática (HLF) humana, cds completa poliA = 3

>Hs.250726 singlete4 AW298545 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.79217_ARNm_2 gi|16306657|gb|BC001504.1|BC001504 clon de Homo sapiens MGC:2273 IMAGE:3505512 poliA = 3

>Hs.47986_ARNm_1 gi|13279253|gb|BC004331.1|BC004331 Homo sapiens MGC:10940 IMAGE:3630835 poliA = 3

>Hs.94367_ARNm_1 gi|10440200|dbj|AK027147.1|AK027147 ADNc de Homo sapiens: FLJ23494 fis, clon LNG01885 poliA = 3

>Hs.49215_contig1 BI493248|N66529|AA452255|BI492877|AW196683|AI963900|BF478125|AI421654|BE 466675 poliA = 1 poliA = 1

>Hs.281587_contig2 R61469|R15891|AA007214|R61471|AI014624|N69765|AW592075|H09780|AA709038|A I335898|AI559229|F09750|R49594|H11055|T72573|AA935558|AA988654|AA826438| AI002431|AI299721 poliA = 1 poliA = 2

>Hs.79378_ARNm_1 gi|16306528|ref|NM_003914.2| ciclina A1 de Homo sapiens (CCNA1), ARNm poliA = 3

>Hs.156469_contig2 AI341378|AI670817|AI701687|AI335022|AW235883|AI948598|AA446356 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.6631_ARNm_1 gi|7020430|dbj|AK000380.1|AK000380 ADNc de Homo sapiens FLJ20373 fis, clon HEP19740 poliA = 3

>Hs.155977_contig1 AI309080|AI313045 poliA = 1 WARN poliA = 1

>Hs.95197_ARNm_4 gi|5817138|emb|AL110274.1|HSM800829 ARNm de Homo sapiens; ADNc DKFZp564I0272 (del clon DKFZp564I0272) poliA = 3

>Hs.48956_contig1 N64339|AI569513|AI694073 poli = 1 poliA = 1

>Hs.118825_ARNm_10 gi|1495484|emb|X9675.1|HSSAPKK3 ARNm de H. sapiens para quinasa de quinasa MAP poliA = 3

>Hs.135118_contig3 AI683181|AI082848|AW770198|AI333188|AI873435|AW169942|AI806302|AW340718| BF196955|AA909720 poliA = 1 poliA = 2 >Hs.171857_ARNm_1 gi|13161080|gb|AF332224.1|AF332224 ARNm de proteína de testículo de Homo sapiens, cds parcial poliA = 3

>Hs.18910_ARNm_3 gi|12804464|gb|BC001639.1|BC001639.1| clon de Homo sapiens MGC:1944 IMAGE:2959372 poliA = 3

>Hs.194774_ARNm_1 gi|16306633|gb|BC001492.1|BC001492 clon de Homo sapiens MGC:1774 IMAGE:3510004 poliA = 3

>Hs.127428_ARNm_2 gi|16306818|gb|BC006537.1|BC006537 clon de Homo sapiens MGC:1934 IMAGE:2987903 poliA = 3

>Hs.126852_contig1 AI802118|BF197404|BF224434|AA931964|AW236083|AI253119|AW614335|AI671372| AI793240|AW006851|AI953604|AI640505|AI633982|AW195809|AI493069|AW058576| AW293622 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.28149_ARNm_1 gi|14714936|gb|BC010626.1|BC010626 clon de Homo sapiens MGC:17687 IMAGE:3865868 poliA = 3

>Hs.35453_ARNm_3 gi|7018494|emb|AL157475.1|HSM802461 ARNm de Homo sapiens; ADNc DKFZp761G151 (del clon DKFZp761G151); cds parcial poliA = 3

>Hs.180570_contig1 R08175|AA707224|AA699986|R11209|W89099|T98002|AA494546 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.196270_ARNm_1 gi|11545416|gb|AF283645.1|AF283645 cromosoma 8 map 8q21 de Homo sapiens poliA = 3

>Hs.9030_ARNm_3 gi|12652600|gb|BC00045.1|BC000045 clon de Homo sapiens MGC:2032 IMAGE:3504527 poliA = 3

>Hs.1282_ARNm_3 gi|4559405|ref|NM_000065.1| componente 6 de complemento de Homo sapiens (C6), ARNm poliA = 1

>Hs.268562_ARNm_2 gi|15341874|gb|BC013117.1|BC013117 clon de Homo sapiens MGC:8711 IMAGE:3882749 poliA = 3

>Hs.151301_ARNm_3 gi|16041747|gb|BC015754.1|BC015754 clon de Homo sapiens MGC:23085 IMAGE:4862492 poliA = 3

>Hs.111_contig1 AA946776|AW24238|H24274|AI078616 poliA = 1 poliA = 2

>Hs.150753_contig1 AI123582|AI288234 poliA = 0 poliA = 0

>Hs.82109_ARNm_1 gi|14250611|gb|BC008765.1|BC008765 clon de Homo sapiens MGC:1622 IMAGE:3347793 poliA = 3

>Hs.44276_ARNm_2 gi|12654896|gb|BC001293.1|BC001293 clon de Homo sapiens MGC:5259 IMAGE:3458115 poliA = 3

>Hs.2142_ARNm_4 gi|13325274|gb|BC004453.1|BC004453 clon de Homo sapiens MGC:4303 IMAGE:2819400 poliA = 3

>Hs.180908_contig1 AA846824|AW611680|AA846182|AA846342|AA846360 poliA = 2 poliA = 3

>Hs.89436_ARNm_1 gi|16507959|ref|NM_004063.2| cadherina 17 de Homo sapiens, cadherina LI (hígadointestino) (CDH17), ARNm poliA = 1

>Hs.151544_ARNm_8 gi|3153107|emb|AL023657.1|HSDSHP ADNc de SH2D1A de Homo sapiens, conocido anteriormente como DSHP poliA = 3

>Hs.1657_contig4 AW473119|AA164586|AI540656|AI758480|AI810941|AI978964|AI675862|AI784397| AW591562|AW514102|AI888116|AI983175|AI634735|AI669577|AI202659|AI910598| AI961352|AI565481|AI886254|AI538838|AA291749|AW571455|AI370308|AI274727| AW473925|AW514787|AI273871|AW470552|AI524356|AI888281|AW089672|AI952766| AW440601|AI654044|AW438839|AI972926 poliA = 2 poliA = 3 >Hs.35984_ARNm_1 gi|6049161|gb|AF133587.1|AF133587 cromosoma 22 map 22q11.2 de Homo sapiens poliA = 3

>Hs.334534_ARNm_2 gi|17389403|gb|C017742.1|BC017742 Homo sapiens, clon IMAGE:4391536, ARNm poliA = 3

>Hs.60162_ARNm_1 gi|10437644|dbj|AK025181.1|AK025181 ADNc de Homo sapiens: FLJ21528 fis, clon COL05977 poliA = 3

_APPENDIX 2 >NM_004967

>NM_002847

>BC002551 >AL039118

>NM_000198 >H05388

>NM_004062 >AA782845 >AI457360

>BF446419

>BC006819

>AA765597 >X78202 >AK026790 >BC012727 >R45389

>BC006811 >X05615

>X79676

>NM_006142

>AW445220 >AK025701

>NM_033229

>AV656862

>AI499593

>AI952953

>AK025470

>NM_006378

>AA993639

>BE552004 >BC010437 >R15881 >AF191770

>BC005364 >NM_001337

>AI041545

>NM_024423

>AA745593

>AI985118 >AB038160

>X69699 >AK025615

>AW118445

>AL137761 >AF038191 >BC016340 >BC013282 >H09748 >BC001665 >BC016451

>BF510316

>AF301598

>Hs.77031_ARNm_1 gi|16741772|gb|BC016680.1|BC016680 clon de Homo sapiens MGC:21349 IMAGE:4338754 poliA = 3

>Hs.77541_ARNm_1 gi|12804364|gb|BC003043.1|BC003043 clon de Homo sapiens MGC:4370 IMAGE:2822973 poliA = 3

>Hs.7001_ARNm_1 gi|6808256|emb|AL137727.1|HSM802274 ARNm de Homo sapiens; ADNc DKFZp434M0519 (del clon DKFZp434M0519); cds parcial poliA = 3

>Hs.302144_ARNm_1 gi|11493400|gb|AF130047.1|AF130047 clon de Homo sapiens FLB3020 poliA = 0

>Hs.26510_ARNm_2 gi|11345385|gb|AF308803.1|AF308803 cromosoma 15 map 15q26 de Homo sapiens poliA = 3

>Hs.324709_ARNm_2 gi|12655026|gb|BC001361.1|BC001361 clon de Homo sapiens MGC:2474 IMAGE:3050694 poliA = 2

>Hs.65756_ARNm_3 gi|3641494|gb|AF035154.1|AF035154 cromosoma de Homo sapiens 16 map 16p13.3 poliA = 3

>Hs.165743_ARNm_2 gi|13543889|gb|BC006091.1|BC006091 clon de Homo sapiens MGC:12673 IMAGE:3677524 poliA = 3

Claims (19)

1. REIVINDICACIONES

   1.

   Un método para clasificar una muestra que contiene células como que contiene de células tumorales de un tipo de tejido, comprendiendo dicho método la determinación de los niveles de expresión de cinco a 49 secuencias transcritas de células en una muestra que contiene células obtenidas de un sujeto humano, y comparar los niveles de expresión con los niveles de expresión de las mismas secuencias transcritas en una pluralidad de tipos de tejido tumoral conocidos, y clasificar la muestra como que contiene células tumorales de un tipo de tejido de la pluralidad de tipos de tejido tumoral conocidos, en la que las cinco a 49 secuencias transcritas no se seleccionan basándose en sus valores de correlación, o una clasificación basada en los valores de correlación, con los tipos de tejido tumoral.

2. 2.

   El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que la proporción, de secuencias transcritas con respecto al número de tipos de tumor, usada en dicha clasificación es aproximadamente 5:2 o superior.

3. 3.

   El método de la reivindicación 2, en el que dicha proporción es hasta aproximadamente 20:1.

4. 4.

   El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-3, que comprende adicionalmente la determinación de los niveles de expresión de un exceso del número de secuencias transcritas, más allá del número basado en dicha proporción y el número de tipos de tumor.

5. 5.

   El método de la reivindicación 4, en el que dichos niveles de expresión se determinan mediante el uso de una micromatriz.

6. 6.

   El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-5, en el que dicha clasificación se realiza usando un algoritmo de clasificación basado en la distancia.

7. 7.

   El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-6, en el que dichas cinco a 49 secuencias transcritas comprenden dos o más seleccionadas del conjunto de genes que se muestran en el Apéndice 1 de la descripción.

8. 8.

   El método de la reivindicación 7, en el que dichas cinco a 49 secuencias transcritas comprenden cinco o más seleccionadas del conjunto de genes que se muestran en el Apéndice 1 de la descripción.

9. 9.

   El método de la reivindicación 6, en el que dicho algoritmo de clasificación basado en la distancia es el algoritmo vecinal más cercano a k (KNN) o algoritmo de máquina de vector de soporte (SVM).

10. 10.

    El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-9, en el que dicha determinación comprende la amplificación de todas o parte de las secuencias transcritas, o transcripción inversa y marcado de ARN que corresponde a dichas secuencias transcritas.

11. 11.

    El método de la reivindicación 10, en el que dicha amplificación comprende amplificación de ARN lineal o PCR cuantitativa.

12. 12.

    El método de la reivindicación 10, en el que dicha amplificación es de las secuencias presentes dentro de 600 nucleótidos de los sitios de poliadenilación de los transcritos.

13. 13.

    El método de la reivindicación 10, en el que dicha amplificación es amplificación de PCR cuantitativa de al menos 50 nucleótidos de los transcritos.

14. 14.

    El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-9, en el que dichas secuencias transcritas se seleccionan para que no sean redundantes.

15. 15.

    El método de la reivindicación 14, que comprende adicionalmente la determinación de los niveles de expresión de un exceso del número de secuencias transcritas que son redundantes a las usadas para dicha clasificación.

16. 16.

    El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-15, en el que dicha muestra es una muestra clínica de un paciente humano.

17. 17.

    El método de la reivindicación 16, en el que dicha muestra es una muestra fijada.

18. 18.

    El método de la reivindicación 17, en el que dicha muestra es una muestra embebida en parafina, fijada con a formalina (FFPE).

19. 19.

    El método de la reivindicación 1, que comprende adicionalmente, antes de dicha determinación de los niveles de expresión de cinco a 49 secuencias transcritas, diagnóstico de un sujeto humano como en necesidad de dicha determinación; o recepción de una muestra que contiene células obtenida a partir de un sujeto humano; o

    sección de una muestra que contiene células obtenida de un sujeto humano; o aislamiento de células de una muestra que contiene células obtenidas de un sujeto humano; u obtención de ARN de células de una muestra que contiene células obtenida de un sujeto humano.

    5 20. El método de la reivindicación 1, en el que dicha pluralidad de tipos de tejido tumoral comprende tumor de glándula adrenal, tumor de mama, tumor intestinal carcinoide, adenocarcinoma del cuello uterino, tumor del cuello uterino de origen escamoso, tumor de vesícula biliar, tumor de ovario de origen en células germinales, células transparentes de ovario, serosas de ovario, tumor del estroma gastrointestinal (GIST), leiomiosarcoma, tumor de hígado, tumor de pulmón de células microcíticas, tumor de pulmón escamoso, adenocarcinoma de pulmón

    10 macrocítico, meningioma, osteosarcoma, tumor de ovario de origen en células transparentes, tumor de ovarios de origen en células serosas, tumor de piel de células basales, tumor de piel de células escamosas, liposarcoma de tejido blando, histiocitoma fibroso maligno de tejido blando (MFH), tumor sinovial de sarcoma de tejido blando, tumor de testículos por seminoma, tumor de testículos no seminoma, carcinoma folicular o papilar de la tiroides, y carcinoma medular de la tiroides.