ES2267828T3 - Polimeros que se adsorben sobre superficies y su uso para tratar superficies hidrofobas o hidrofilas. - Google Patents
Polimeros que se adsorben sobre superficies y su uso para tratar superficies hidrofobas o hidrofilas. Download PDFInfo
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Abstract
Un método de disminuir la adsorción de un material orgánico a una superficie, que comprende las etapas de: a) proporcionar una mezcla de fluido que contiene un material orgánico; b) añadir una cantidad efectiva de un polímero de adsorción a superficie a dicha muestra de fluido, donde dicho polímero de adsorción a superficie es un co-polímero de bloque que contiene óxidos de polipropileno y óxidos de polietileno; c) poner en contacto dicha muestra de fluido que contiene dicho material orgánico y dicho polímero de adsorción a superficie; y d) realizar una operación de fluidos; donde dicho polímero de adsorción a superficie: (i) se une no covalentemente a dicha superficie (ii) reduce la cantidad de adsorción de dicho material orgánico a dicha superficie; y (iii) no es uno de los reactivos de dicha operación de fluidos, o se añade en exceso respecto de la cantidad normalmente añadida a dicha muestra de fluido.
Description
Polímeros que se adsorben sobre superficies y su
uso para tratar superficies hidrófobas o hidrófilas.
Esta invención se refiere a métodos para reducir
la adsorción de materiales orgánicos (por ejemplo péptidos,
proteínas, ácidos nucleicos, y células), sobre superficies
hidrófobas o hidrófilas (por ejemplo, superficies poliméricas). La
invención también se refiere a dispositivos, recipientes y aparatos
(por ejemplo placas de microtitulación, canales de microfluido y
kits), que han sido tratados mediante tales métodos, y los métodos
para realizar operaciones de fluidos.
Los materiales biológicos tales como péptidos,
proteínas, ácidos nucleicos, y células, frecuentemente se almacenan,
se transfieren o se hacen reaccionar en dispositivos o aparatos
tales como placas de múltiples pocillos, tubos de microcentrífuga y
pipetas, hechas de plástico u otros materiales no polares. Es una
observación común que los compuestos biológicos se adsorben o se
unen a las superficies de dichos dispositivos. Esto es verdad
también para los materiales orgánicos que muestran alguna
hidrofobia en una solución acuosa, por ejemplo los compuestos de
acridinio, PCBs, etc.
Para muchas aplicaciones, tal unión es no
deseable. Por ejemplo, la unión da como resultado la pérdida de
materiales valiosos, tales como enzimas o anticuerpos, y puede dar
como resultado variaciones en la dispensación de materiales
orgánicos, especialmente cuando están implicados volúmenes pequeños.
La unión de proteínas, células y plaquetas a superficies hidrófobas
es también una preocupación en una variedad de procedimientos de
manejo de sangre.
Como resultado de estas consideraciones, se han
hecho importantes esfuerzos para proporcionar métodos para reducir
la unión de proteínas y otros compuestos orgánicos a diversas
superficies. Ejemplos de las aproximaciones que se han considerado
pueden encontrarse en Caldwell et al., Patente de EE. UU. Nº
5.516.703; Ding et al., Publicación de Solicitud
Internacional WO 94/03544; Amiji et al., Biomaterials,
13:682-692, 1992; J. Andrade, "Principles of
Protein Adsorption", en Surface and Interfacial Aspects of
Biomedical Polymers, J. Andrade ed., Volumen 2, Plenum Press, New
York, 1-80, 1985; Lee et al., Polymeric
Mater. Sci. Eng., 57:613-617, 1987; Lee et
al., Journal of Biomedical Materials Research,
23:351-368, 1989; Lee et al., Biomaterials,
11:455-464, 1990; Lee et al., Prog. Polym.
Sci., 20:1043-1079, 1995; Merril et al.,
ASAIO Journal, 6:60-64, 1983; Okano et al.,
Journal of Biomedical Material Research,
20:1035-1047, 1986; Okkerna et al., J.
Biomater. Sci. Poymer Edn., 1:43-62, 1989; Owens
et al., Journal of Cell Science, 87:667-675,
1987; Rabinow et al., J. Biomater. Sci. Polymer Edn.,
6:91-109, 1994; Schroen et al., Journal of
Membrane Science, 80:265-274, 1993; Sheu et
al., J. Adhesion Sci. Technol., 6:995-1009,
1992; Shimada et al., Polymer Journal,
15:649-656, 1983; y Thurow et al.,
Diabetologia, 27:212-218; 1984.
De particular interés es el tratamiento de
dispositivos de pequeños volúmenes de reacción que permiten
múltiples reacciones bajo una variedad de condiciones. Tales
avances se han hecho en la tecnología de la microfluídica y de las
placas de microtitulación, por lo tanto, existe una necesidad de
métodos para tratar estos dispositivos para disminuir la
contaminación, aumentar los rendimientos de la reacción y ahorrar en
reactivos valiosos.
La microfluídica implica utilizar microcanales
en lugar de tubos de ensayo o microplacas, para llevar a cabo los
análisis y las reacciones. Estos microcanales o microcircuitos están
incluidos en silicio, cuarzo, cristal, cerámica o plástico. El
tamaño de estos canales está en el orden de micrómetros, mientras
que los volúmenes de reacción están en el orden de nanolitros o
microlitros. El principio es guiar a los medios de reacción, que
contienen reactivos y muestras, hacia las zonas que corresponden a
las diferentes etapas del protocolo. La integración de reactores,
columnas de cromatografía, sistemas de electroforesis capilar y
sistemas de detección en miniatura en estos sistemas de
microfluidos, permite la automatización de protocolos complejos
mediante su integración en una plataforma única. Estos
"laboratorios sobre chips" han hecho posible obtener resultados
que son eficientes en términos de velocidad de reacción, en
términos de economía de producto y en términos de miniaturización,
lo que permite el desarrollo de dispositivos portátiles. Se han
obtenido también resultados remarcables para la integración y
automatización de protocolos complejos, tales como protocolos
bioquímicos o de biología molecular, que frecuentemente requieren
numerosas manipulaciones. Estas manipulaciones comprenden en
particular mezclar reactivos y muestras, controlar la temperatura de
la reacción, llevar a cabo ciclos térmicos y detección. Wolley
et al., (Anal. Chem., 68, 4081-4086, 1996),
por ejemplo, describe la integración de un microrreactor de PCR, un
sistema de electroforesis capilar y un detector, en un único
dispositivo. Se ha descrito un dispositivo sobre un chip, que
permite la integración de una etapa para mezclar los reactivos y
una reacción enzimática, por Hadd et al., (Anal. Chem., 69,
3407-3412, 1997). Este dispositivo proporciona un
microcircuito de canales y reservorios dentro de un sustrato de
cristal, y el movimiento y la mezcla de los líquidos tiene lugar
mediante electrocinética. Se han descrito numerosos sistemas de
microfluidos para la integración de protocolos y de análisis, en
particular en la solicitud de patente internacional WO 98/45481.
Una de las grandes dificultades para implementar
estos dispositivos reside en la elevada adsorción de muestras y
reactivos sobre la superficie de los canales durante el movimiento
de los líquidos a través de los canales. En general, los
dispositivos de microfluidos contienen canales de un intervalo de
tamaño de micrómetros, que tienen razones de superficie a volumen
grandes (\sim10-100 veces mayores que una razón de
superficie a volumen en las placas de microtitulación
convencionales). Esto lleva a un aumento de la importancia de las
propiedades/calidad/química de las superficies en los dispositivos
de microfluidos. Al mismo tiempo, las muestras biológicas (por
ejemplo, muestras de proteínas, o mezclas de reacción tales como
mezclas de PCR, mezclas de LCR, mezclas de microsecuenciación
(MIS), etc.), son mezclas complejas de moléculas grandes y pequeñas
de diferentes polaridades (por ejemplo, moléculas de DNA y proteína,
dNTPs, ddNTPs, marcadores fluorescentes, etc.), que pueden tener una
fuerte afinidad por los sustratos sólidos, así como por las
interfaces líquido/líquido y líquido/aire. Las proteínas en
particular son conocidas por adsorberse de forma importante a los
materiales de sílice (Righetti, P.G., ed., 1996, Capillary
Electrophoresis in Analytical Biotechnology, CRC series in
Analytical Biotechnology, CRC Press, Boca Raton). Por estas
razones, las superficies de los dispositivos de microfluidos se
desactivan antes de que se realicen las reacciones biológicas en
tales microestructuras. La desactivación de una superficie reduce la
adsorción de materiales orgánicos sobre la superficie. Sin la
desactivación de las superficies, las reacciones biológicas
generalmente no pueden realizarse sobre microcanales de silicio
(sílice) [Shoffner, M.A. et al., Nucleic Acids Res. 24:
375-379 (1996) y Chang, j. et al., Nucleic
Acids Res. 24: 380-385 (1996)].
Se han mostrado varias posibilidades para
desactivación de las superficies. Generalmente, la estrategia de
desactivación depende del material del que está hecho el dispositivo
de microfluidos. Por ejemplo, las superficies de sílice (chips de
silicio) pueden hacerse funcionales químicamente, por ejemplo, a
través de reacciones de silanización (Snyder, L.R., Kirkland, J.J.,
Introduction to modern chromatography,
Wiley-Interscience, 1979, New York; Shoffner, M.A.
et al., Nucleic Acid Res 24: 375-379 (1996);
y Kopp, M. et al., Science, 280: 1046-1048
(1998)). Los chips silanizados pueden utilizarse directamente para
reacciones biológicas o pueden modificarse posteriormente, mediante
la preparación de una cubierta de polímero sobre la superficie.
La desactivación de las superficies utilizando
cubiertas incluye dos aproximaciones: cubiertas covalentes y no
covalentes. La estabilidad de las cubiertas covalentes, algunas de
las cuales son denominadas brochas de polímero, y de las capas de
polímero adsorbido depende de tres factores: (a) la estabilidad
química de la superficie, (b) la estabilidad de la interacción
polímero-superficie, y (c) la estabilidad química
del polímero que se utiliza para una modificación de la superficie.
Generalmente, con respecto a la estabilidad de una única
interacción polímero/superficie (a), un puente covalente (cubierta
covalente) es más estable que una interacción polímero/superficie
no covalente (una fracción de una unidad k_{\beta}T, donde
k_{\beta} es la constante de Boltzman y T es la temperatura) en
las capas de polímero adsorbido. Sin embargo, debido al gran número
de segmentos (a veces más del 10% del número total de
segmentos/monómeros en un polímero) que interactúan con una
superficie en las capas de polímero adsorbido, la energía total de
adsorción por una única molécula de polímero puede ser muy grande,
alcanzando varias unidades k_{\beta}T y ocasionando así que la
adsorción del polímero sea virtualmente irreversible.
Las cubiertas covalentes han implicado el
crecimiento de una cadena de polímero de una superficie de sílice
hecha funcional [Hjerten, S., J. Chromatogr., 347,
191-198 (1985); y Cobb, K.A. et al., Anal.
Chem., 62: 2478-2483 (1990)], y/o la inserción de
una cadena de polímero sobre una superficie de sílice [Herren, B.J.
et al., J. Colloid Interface Sci., 115:46 (1987); y
Balachander, N. et al., Langmuir 6:1621 (1990), Burns, N.L.
et al., Langmuir 11:2768 (1995)]. La desactivación de la
superficie a través de reacciones químicas implica la formación de
uniones covalentes entre grupos funcionales sobre una superficie
(-OH) y un reactivo silano o una molécula de polímero hecha
funcional [por ejemplo, un polietilén-glicol (PEG)
silanizado]. Esta modificación química de superficies, llevada a
cabo frecuentemente en disolventes orgánicos, consume tiempo y
requiere varias etapas sintéticas antes de completarse. Así, esta
estrategia de desactivación de superficies es generalmente cara y
no está bien adaptada para modificar grandes cantidades de chips de
una manera sencilla. Las uniones químicas covalentes (especialmente
los puentes "-Si-O-X"), son
susceptibles a la hidrólisis (por ejemplo, a un pH alcalino), que
degrada las cubiertas covalentes a lo largo del tiempo [Cobb, K.A.
et al., Anal. Chem., 62, 2478-2483 (1990)].
Como estas cubiertas no pueden regenerarse fácilmente, la vida de
dichas superficies, y consecuentemente la de los dispositivos
completos, es finita y la reproducibilidad día a día de la calidad
de una superficie en un dispositivo de microfluidos modificada
químicamente es pobre. Además, es difícil mantener una
reproducibilidad lote a lote, debido a, por ejemplo, las impurezas
de la superficie y/o el control de la humedad de los disolventes
orgánicos utilizados.
Otra posibilidad para desactivar una superficie
de microfluídica con una cubierta no covalente, es la adsorción de
albúmina sérica bovina (BSA) sobre una superficie. La BSA se ha
utilizado con éxito para desactivaciones de superficie en chips de
PCR [Northrup, M.A., Anal. Chem., 70: 918-922
(1998); Waters, L.C. et al., Anal. Chem., 70:
158-162 (1998); y Waters, L.C. et al., Anal.
Chem., 70:5172-5176 (1998)]. La BSA se adsorbe sobre
sílice, satura los lugares de adsorción de la superficie, y permite
la realización de reacciones biológicas en dispositivos con altas
relaciones superficie a volumen. Sin embargo, la BSA se
desnaturaliza a temperaturas superiores a 55-65ºC
y, consecuentemente, puede coagularse y formar agregados grandes
(dependiendo de la concentración de BSA) [Wetzel, R. et al.,
Eur. J. Biochem. 104: 469-478 (1980); y Oakes, J.,
J. Chem. Soc. Faraday, 172: 228-237 (1976)]. Esta
coagulación (desnaturalización) de la BSA a una temperatura elevada
es irreversible, es decir, la BSA no se vuelve a disolver en
soluciones acuosas cuando se disminuye la temperatura. Cuando las
reacciones biológicas se realizan de un modo estático (no en un
flujo líquido), por ejemplo en micro-pocillos, la
superficie de desactivación mediante BSA es robusta, y funciona bien
[Northrup, M.A., Anal. Chem. 70: 918-922 (1998),
Waters, L.C., Anal. Chem., 70: 158-162 (1998); y
Waters, L.C., Anal. Chem., 70: 5172-5176 (1998)].
Sin embargo, cuando las reacciones biológicas se llevan a cabo en un
flujo (es decir, hay un estrés de rozamiento que no es cero en la
interfaz sólido/líquido) y en canales pequeños, los agregados
grandes de BSA pueden ser arrastrados corriente abajo en una
solución y, eventualmente, bloquear un microcanal o un capilar.
Así, la desventaja de utilizar BSA para la desactivación de
superficies en dispositivos de microfluidos, en los que los
reactivos se trasportan de un lugar a otro mediante un flujo
líquido, es el cambio en la solubilidad de la BSA en un intervalo de
temperatura utilizado comúnmente para reacciones biológicas (PCR,
LCR, MIS, etc.).
Shoffner et al., Nucleic Acids Research,
1996, Vol. 24, Nº 2, páginas 375-379, describen la
pasivación de una superficie de chips microfabricados de cristal de
silicio para PCR. La pasivación de los chips de PCR utilizando un
agente de silanización, seguida de un tratamiento con polímero (con
poli-alfa-alanina;
poli-L-ácido aspártico, poliglicina,
poli-L-leucina,
poli-DL-fenilalanina,
poli-DL-triptófano,
poli-L-lisina, polivinilpirrolidona,
ácido poliadenílico, o polimaledimida), aparentemente da como
resultado una amplificación buena, pero inconsistente. Sin embargo,
ninguna de las mezclas de PCR (véase página 376 de ese mismo
documento) contiene ningún polímero. Es más, los dispositivos son
recubiertos con polímero antes de que la reacción de PCR
tenga lugar - véase, por ejemplo, la sección titulada "Surface
Treatments of Silicon Powder", que abarca las páginas 375 y 376.
El polímero no se añade directamente a la muestra de fluido
que contiene los reactivos. En lugar de esto, el dispositivo en el
que se va a tener lugar la reacción es tratado y/o recubierto con el
polímero antes de que la reacción se lleve a cabo.
El Documento
EP-A-1 016 864 (Affymetrix Inc)
describe procedimientos para la microfabricación de dispositivos
para PCR-CE de pequeño volumen completamente
integrados, hechos de cristal o materiales similares. Para su uso,
los dispositivos utilizan una cubierta de superficie de
poliacrilamida lineal, junto con la adición de BSA a la solución de
tampón de amplificación. Véase el párrafo [0011] en la página 2 de
ese mismo documento. Aunque el dispositivo (un chip de PCR) esta
recubierto con polímero, la poliacrilamida no se añade directamente
a la solución de tampón de amplificación. La BSA solo está presente
en la solución de tampón de amplificación. El polímero no se
añade directamente en la muestra de fluido que contiene los
reactivos. En su lugar, el dispositivo en el que la reacción va a
tener lugar se trata y/o se recubre con el polímero antes de
que la reacción se lleve a cabo.
Amiji et al., Biomaterials, 1992, Vol.
13, Nº 10, páginas 682-692, describen la utilización
de una polidimetilacrilamida (PDMA) de cadena corta, para formar
una cubierta dinámica sobre la superficie interna de los capilares
utilizados para electroforesis, para suprimir el flujo
electro-osmótico y las interacciones
DNA-pared capilar. Específicamente, la superficie
de un capilar es recubierta utilizando una solución de PDMA como un
medio tamizador (véase, por ejemplo, la página 188, columna
izquierda, líneas 25-35). Los capilares son primero
enjuagados con solución de PDMA, y después las muestras se inyectan
en los capilares (véase página 191, columna izquierda, líneas
8-17). Entre carreras, los capilares se enjuagan con
agua y después con PDMA. El polímero no se añade directamente
a la muestra de fluido que contiene los reactivos. En su lugar, el
dispositivo en el que la reacción va a tener lugar se trata y/o se
recubre con el polímero antes de que la reacción se lleve a
cabo. Adicionalmente, en ninguna parte de este documento se describe
ningún método en el que las muestras y/o las zonas de separación
contienen el polímero (PDMA); en su lugar, este documento solo
enseña métodos en los que un microcanal se recubre con PDMA
antes de inyectar las zonas de separación y/o las zonas de
muestra de fluido.
Ren et al., Analytical Biochemistry,
1999, Vol. 276, Nº 2, páginas 188-194, describen la
prevención de la adsorción de proteína y la adhesión de plaquetas
sobre superficies, mediante copolímeros de
tri-bloque de PEO/PPO/PEO (polímeros Pluronics®).
Las superficies (cubre portaobjetos de cristal DDS o película LDPE)
se tratan con polímero Pluronics®, se dejan permanecer, y después se
aclaran antes de permitir a las plaquetas extenderse sobre las
superficies tratadas con Pluronics®. El polímero no se añade
directamente a la muestra de fluido que contiene las plaquetas. En
su lugar, las superficies se tratan y/o se recubren con el polímero
antes de añadir las plaquetas.
Aunque hasta el momento se ha discutido la
utilización de polímeros para prevenir la adsorción de muestras y
reactivos a las superficies de microfluidos, pueden aplicarse las
mismas técnicas a otras superficies, tales como superficies hechas
de silicio, cuarzo, cristal, cerámica o plástico (polimérico), y
otras interfaces (es decir, interfaces líquido/líquido y
líquido/aire). Estas superficies pueden incluir, pero no se limitan
a, las superficies de aparatos utilizados para almacenamiento,
dispensación, o reacción de muestras de fluido, tales como tubos de
ensayo, placas de multipocillos, pipetas, puntas de pipeta, placas
de microtitulación, pocillos de reacción o tubos de
microcentrífuga.
Dichas técnicas de tratamiento tienen una
particular aplicación para las placas de microtiitulación, porque
éstas se utilizan para reacciones biológicas que requieren
frecuentemente etapas sucesivas en el mismo pocillo de reacción, en
pequeños volúmenes. Por ejemplo, el proceso de genotipaje mediante
el método de extensión de base única, requiere tres reacciones
biológicas sucesivas (es decir, reacción en cadena de la polimerasa
(PCR), purificación enzimática y microsecuenciación (MIS)). Así, es
eficaz y beneficioso realizar dos o más reacciones sucesivas en el
mismo pocillo de una única placa de microtitulación. En tales casos,
debe asegurarse que no existe contaminación entre las reacciones, y
que las biomoléculas de las reacciones previas no contaminan las
reacciones subsiguientes. Sin embargo, esto ha demostrado ser
difícil de conseguir debido a la elevada adsorción de biomoléculas
residuales sobre las superficies de la placa de microtitulación, o a
la elevada concentración de tales moléculas en las interfaces
líquido/líquido o líquido/aire.
Muchos aparatos, tales como las placas de
microtitulación son no polares, mientras que las biomoléculas (por
ejemplo las muestras de proteína, o las mezclas de reacción tales
como los reactivos de PCR y MIS), son mezclas complejas de
moléculas grandes y pequeñas de diferentes polaridades (por ejemplo,
moléculas de DNA y proteína, dNTPs, ddNTPs, marcadores
fluorescentes, etc.), que frecuentemente tienen una potente afinidad
por los sustratos sólidos. La adsorción de las biomoléculas sobre
la superficie de la placa de microtitulación hace que esas
biomoléculas no sean accesibles o sean menos accesibles a las
enzimas durante las reacciones biológicas.
\newpage
Un problema comúnmente encontrado es la
adsorción de desoxinucleótidos (dNTPs) sobre la superficie de las
placas de microtitulación, particularmente durante los procesos de
genotipaje. La adsorción de los dNTPs añadidos durante la primera
etapa de un procedimiento de genotipaje (es decir, la PCR) sobre la
superficie de una placa de microtitulación, los hacen menos
accesibles a la fosfatasa alcalina de gamba (SAP) durante las etapas
posteriores (es decir, la purificación enzimática), y los dNTPs
adsorbidos no son desfosforilados. Como los dNTPs se liberan de la
superficie de una placa de microtitualación a temperaturas elevadas
(por ejemplo, durante la desnaturalización de las enzimas EXO y SAP
o durante los ciclos de temperatura de las reacciones MIS), ellos
pueden contaminar dramáticamente la tercera etapa del proceso de
genotipaje (es decir, la MIS). Como resultado, el producto
oligonucleótido de la MIS puede extenderse más de una base (dNTPs);
así los ddNTPs específicos de un SNP, marcados fluorescentemente,
pueden incorporarse incorrectamente en el producto oligonucleótido
varias bases aguas abajo del lugar SNP de interés.
Consecuentemente, esto puede llevar a errores en el genotipaje (por
ejemplo, una muestra homozigota puede aparecer como heterozigota),
cuando se emplea una técnica de detección sin capacidad de
discriminación de tamaño. Sin embargo, la prolongación adicional de
un oligonucleótido de MIS por los dNTPs retenidos en una PCR,
produce una disminución de una señal específica que puede ser una
desventaja para cualquier técnica de detección empleada.
Otra desventaja relacionada con la adsorción de
biomoléculas sobre la superficie de una placa de microtitulación,
es la disminución del rendimiento de las reacciones biológicas. La
adsorción de biomoléculas valiosas da como resultado una
disminución del rendimiento del producto deseado. En un esfuerzo
para evitar la pérdida de reactivos por la adsorción,
frecuentemente se aumentan las concentraciones de los reactivos,
para saturar los lugares de adsorción sobre las superficies de la
placa. Sin embargo, esta no es una solución económica para prevenir
la adsorción.
Una posibilidad para prevenir la contaminación,
es transferir las muestras a una nueva placa de microtitulación
entre las dos reacciones sucesivas. En el caso de un proceso de
genotipaje, la PCR se lleva a cabo en una placa de microtitulación,
y la purificación enzimática seguida de la MIS se lleva a cabo en
otra placa de microtitulación. Sin embargo, este método de prevenir
la contaminación no es completamente efectivo, ya que alrededor del
10% de las reacciones de MIS están todavía contaminadas por los
dNTPs sobrantes de las reacciones de PCR (datos de Genset,
Departamento de Análisis Genómicos). Esta contaminación se hace más
evidente cuando las reacciones se llevan a cabo en volúmenes muy
pequeños (por ejemplo, placas de alta densidad), ya que el número
de interacciones de moléculas de la solución a granel con las
superficies aumenta rápidamente cuando el volumen de reacción
disminuye. Además, es técnicamente más conveniente y más barato
utilizar un método que no requiera la transferencia de las muestras
a una nueva placa de microtitualación.
Existe por lo tanto una necesidad de un método
de desactivar las superficies que proporcione buena reproducibilidad
día a día de la calidad de una superficie en el mismo chip, placa
de microtitulación u otra superficie, que proporcione una
superficie estable a las temperaturas relevantes para las
aplicaciones biológicas, y que no incluya procesos de síntesis
complicados y caros.
La invención proporciona métodos para utilizar
polímeros para adsorción competitiva a una superficie, para
disminuir la adsorción de materiales orgánicos (por ejemplo
biomoléculas) de muestras de fluido (por ejemplo acuosas) sobre
dichas superficies. Alternativamente, la invención proporciona
métodos de utilización de polímeros para disminuir la adsorción de
materiales orgánicos sobre interfaces líquido/aire o
líquido/líquido. Dichas superficies pueden estar hechas de silicio,
cuarzo, cristal, cerámicas o plásticos tales como por ejemplo,
poliestireno, polipropileno, metacrilato de polimetilo, cloruro de
polivinilo, polietileno, policarbonato, polisulfona,
fluorpolímeros, poliamidas, polimetilsiloxanos, poliuretano,
polisulfona, politetrafluoroetileno, y elastómeros. Estas
superficies pueden incluir, pero no se limitan a, las superficies de
aparatos tales como los dispositivos o recipientes utilizados para
el almacenamiento, dispensación, o reacción de muestras de fluido.
Tales aparatos comprenden, pero no se limitan a, tubos de ensayo,
placas de multipocillos, pipetas, puntas de pipeta, placas de
microtitulación, pocillos de reacción, microcanales, aparatos de
microfluidos, capilares y tubos de microcentrífuga. La invención
además incluye métodos para realizar operaciones de fluidos sobre
dichas superficies, de tal forma que la adsorción de materiales
orgánicos en una muestra de fluido se minimice mediante la
introducción de polímeros de adsorción a superficie. Las operaciones
de fluidos incluyen, pero no se limitan a, reacciones,
incubaciones, diluciones, titulaciones, purificaciones, detecciones,
mezclas, ensayos de unión, ensayos de cribado de fármacos, y
ensayos de mediciones (por ejemplo mediciones de cinética). También
se prefieren operaciones de fluido que incluyen una enzima. Las
muestras de fluido incluyen, pero no se limitan a, mezclas de
reacción, tales como mezclas de PCR, mezclas de LCR, mezclas de
reacción de extensión de cebador y mezclas de reacción de
genotipaje (por ejemplo, mezcla de microsecuenciación). Las muestras
de fluido preferidas son las muestras de fluido acuosas. Los
materiales orgánicos incluyen biomoléculas, tales como ácidos
nucleicos (por ejemplo, DNA, RNA, polinucleótidos, oligonucleótidos,
nucleótidos, dNTPs tales como dATP, dTTP, dCTP, dGTP, y ddNTPs
tales como ddATP, ddTTP, ddCTP, ddGTP), aminoácidos (por ejemplo
proteínas, polipéptidos, péptidos, aminoácidos tales como
aspartato, glutamato, lisina, arginina, histidina, alanina, valina,
leucina, isoleucina, fenilalanina, metionina, triptófano, prolina,
serina, treonina, asparagina, glutamina, glicina, cisteína y
tirosina), lípidos, compuestos químicos (por ejemplo marcadores
fluorescentes), y más específicamente receptores o anticuerpos y
sus ligandos, células y factores de crecimiento, inhibidores de
crecimiento, enzimas y sustratos. Preferiblemente, las biomoléculas
pueden comprender mezclas complejas de moléculas grandes y pequeñas
de diferentes polaridades, tales como las moléculas listadas
anteriormente, que pueden tener una potente afinidad por varias
superficies. Cualquier tipo o especie de superficies, aparatos,
operaciones de fluidos o materiales orgánicos listados
anteriormente, puede ser específicamente incluido o excluido de las
realizaciones de la invención.
Los métodos de la invención también se refieren
a realizaciones que permiten la regeneración dinámica de superficies
en las que las muestras de fluido corren secuencialmente en un
aparato, tal como un dispositivo o recipiente (por ejemplo, un
microcanal). Además, los métodos de la invención se refieren a
realizaciones que permiten operaciones de fluidos posteriores, que
pueden llevarse a cabo secuencialmente sobre la misma superficie, de
tal forma que la contaminación se minimiza y los rendimientos de las
reacciones se maximizan.
La introducción de polímeros de adsorción a
superficie, que se unen no covalentemente a una superficie, previene
la adsorción no deseable de materiales orgánicos sobre la
superficie, reduciendo así la contaminación, y aumentando los
rendimientos de la reacción. Preferiblemente, la superficie es de
polaridad menor que la polaridad de una muestra de fluido acuosa.
Tales cubiertas no covalentes tienen varias ventajas importantes con
respecto a las cubiertas químicas (covalentes), utilizadas en las
operaciones de fluidos: los métodos de desactivación no covalentes
no implican síntesis química complicada y que consume mucho tiempo,
y por lo tanto son baratos y están bien adaptados para modificar de
una manera sencilla grandes cantidades de aparatos para
almacenamiento, dispensación o reacción de muestras de fluido.
En un primer aspecto, la invención abarca un
método para disminuir la adsorción de un material orgánico sobre
una superficie, que comprende: a) añadir una muestra de fluido que
contiene dicho material orgánico y un polímero de adsorción a
superficie a dicha superficie. En una realización preferida, la
superficie está hecha de silicio, cuarzo, cristal o plástico (por
ejemplo, poliestireno, polipropileno, metacrilato de polimetilo,
cloruro de polivinilo, polietileno, policarbonato, polisulfona,
fluorpolímeros, poliamidas, polidimetilsiloxanos, poliuretano,
polisulfona, politetrafluoroetileno, y elastómeros). Además, el
material orgánico es una mezcla compleja de moléculas grandes y
pequeñas de diferentes polaridades tales como las biomoléculas
listadas anteriormente, que pueden tener una potente afinidad por
la superficie del aparato. Una muestra de fluido puede comprender
una mezcla de reacción, tal como una mezcla de reacción de PCR, una
mezcla de LCR, una mezcla de reacción de extensión de cebador o una
mezcla de reacción de genotipaje (por ejemplo, mezcla de
microsecuenciación (MIS)). El polímero de adsorción a superficie es
un copolímero de bloque que contiene óxidos de polipropileno y
óxidos de polietileno.
En otro aspecto, la invención abarca un método
para disminuir al adsorción de material orgánico sobre una
superficie que comprende: (a) obtener una muestra de fluido que
contiene un material orgánico; (b) añadir una cantidad efectiva de
un polímero de adsorción a superficie a dicha muestra de fluido; (c)
poner en contacto dicha muestra de fluido que contiene dicho
material orgánico y dicho polímero de adsorción a superficie, con
una superficie; y (d) llevar a cabo una o más operaciones de
fluidos. Las muestras de fluido preferidas no contienen normalmente
ningún polímero de adsorción a superficie de la presente invención,
antes de que se lleve a cabo uno de los métodos de la invención.
Alternativamente, las muestras de fluido pueden contener
normalmente un polímero de adsorción a superficie de la presente
invención antes de la realización de uno de los métodos de la
invención. Las operaciones de fluidos preferidas son operaciones de
fluido que no incluyen normalmente ningún polímero de adsorción a
superficie de la presente invención. Otras operaciones de fluidos
preferidas son reacciones en las que dicho polímero de adsorción a
superficie no es uno de los reactivos, o en las que dicho polímero
de adsorción a superficie no tiene efecto activador o inhibidor
sobre los reactivos. Otras operaciones de fluido todavía preferidas
son reacciones en las que dicho polímero de adsorción a superficie
no es necesario para que la reacción ocurra. Alternativamente, el
polímero de adsorción a superficie puede ser uno de los reactivos
de la operación de fluido. Alternativamente, el polímero de
adsorción a superficie se añade en exceso, en masa o en polaridad,
comparado con lo que sería necesario o utilizado normalmente para
llevar a cabo una operación de fluido. Preferiblemente, el polímero
de adsorción a superficie está en al menos un exceso de 2, 3, 4, 5,
6, 7, 8, 9, 10, 20, 50, 100, 500, 1000, 5000, ó 10.000 veces más que
lo que sería necesario para llevar a cabo la reacción en la que el
polímero de adsorción a superficie es un reactivo, o a la cantidad
normalmente utilizada cuando el polímero de adsorción a superficie
no es un reactivo. En una realización preferida, dicha superficie
es parte de un aparato que se utiliza para almacenamiento,
dispensación o reacción de muestras de fluido, y puede incluir,
pero no se limita a, un microcanal, un tubo de ensayo, una placa de
multipocillos, una pipeta, una punta de pipeta, una placa de
microtitualación, un pocillo de reacción, un microcanal o un tubo de
microcentrífuga.
Todavía en otro aspecto, la invención abarca un
método para disminuir la adsorción de un material orgánico sobre la
superficie de un aparato, que comprende: (a) proporcionar un aparato
que contiene o que consiste esencialmente en una superficie; (b)
añadir una muestra de fluido que contiene dicho material orgánico y
un polímero de adsorción a superficie a dicho aparato, donde dicho
polímero de adsorción a superficie es capaz de unirse no
covalentemente a dicha superficie; y (c) llevar a cabo una o más
operaciones de fluido en el mismo dicho aparato.
En otro aspecto, la invención abarca un método
para seleccionar la cantidad de un polímero de adsorción a
superficie que se añade a una operación de fluido, que comprende las
etapas de: (a) proporcionar un aparato que contiene o consiste
esencialmente en una superficie; (b) añadir una muestra de fluido
que contiene un material orgánico y un polímero de adsorción a
superficie a dicho aparato, donde dicho polímero de adsorción a
superficie es capaz de unirse no covalentemente a dicha superficie;
(c) llevar a cabo una o más operaciones de fluido en el mismo dicho
aparato; y (d) seleccionar la cantidad óptima de dicho polímero de
adsorción a superficie capaz de obtener el rendimiento más alto.
Preferiblemente, dicha superficie tiene menor polaridad que la
polaridad de la muestra de fluido. Preferiblemente, dicha operación
de fluido es una PCR.
En otro aspecto, la invención abarca un método
para seleccionar la cantidad de un polímero de adsorción a
superficie que se añade a una operación de fluido, que comprende las
etapas de: (a) proporcionar un aparato que contiene o consiste
esencialmente en una superficie; (b) añadir una muestra de fluido
que contiene un material orgánico y un polímero de adsorción a
superficie a dicho aparato, donde dicho polímero de adsorción a
superficie es capaz de unirse no covalentemente a dicha superficie;
(c) realizar una o más operaciones de fluido en el mismo dicho
aparato; y (d) seleccionar la cantidad óptima de dicho polímero de
adsorción a superficie para disminuir la adsorción o la
contaminación al máximo. Opcionalmente, dicha contaminación de las
operaciones de fluido posteriores da como resultado la presencia de
dNTPs no deseados, debido a la adsorción a una superficie.
Preferiblemente, dicha superficie tiene una polaridad menor que la
polaridad de dicha muestra de fluido. Preferiblemente, dicha
operación de fluido es una microsecuenciación, y dicha contaminación
o adsorción se detecta por la presencia de artefactos de
secuenciación.
En otro aspecto, la invención abarca un kit, que
contiene: (a) una muestra de fluido para llevar a cabo una
operación de fluido; (b) un polímero de adsorción a superficie en
una solución acuosa; y (c) una nota que recomienda la cantidad de
dicho polímero de adsorción a superficie que debería añadirse a la
muestra de fluido. Opcionalmente, dicho kit contiene también un
aparato que consiste esencialmente en una superficie. Opcionalmente,
dicho polímero de adsorción a superficie está contenido en la
mezcla de reacción. Preferiblemente, la cantidad recomendada de
dicho polímero de adsorción a superficie que debe añadirse a la
muestra de fluido se selecciona utilizando uno de los métodos de la
presente invención. Preferiblemente, dicho kit es un kit de
genotipaje.
Todavía en otro aspecto, la invención abarca una
mezcla de reacción para realizar operaciones de fluido, donde dicha
mezcla de reacción contiene un polímero de adsorción a superficie de
la presente invención, y donde la cantidad de dicho polímero de
adsorción a superficie que está contenido en dicha mezcla de
reacción se selecciona utilizando los métodos de la presente
invención. Preferiblemente, la mezcla de reacción es una mezcla de
reacción de PCR, una mezcla de LCR, una mezcla de reacción de
extensión de cebador o una mezcla de reacción de genotipaje (por
ejemplo, una mezcla de microsecuenciación (MIS)).
En las realizaciones preferidas, la invención
abarca un método de mantener o regenerar dinámicamente la cubierta
de polímero adsorbido sobre la superficie de un microcanal, que
comprende: (a) proporcionar un canal dispuesto en un sustrato; (b)
introducir en dicho canal al menos dos zonas de muestra de fluido,
donde cada una de dichas dos zonas de muestra de fluido contiene
una muestra de fluido de interés; y (c) proporcionar al menos una
zona de separación de fluidos, localizada entre dos de dichas zonas
de muestra de fluido, donde dicha al menos una zona de separación
de fluidos o al menos una zona de muestra de fluido, contiene un
polímero de adsorción a superficie capaz de unirse no
covalentemente a una superficie de dicho canal. Opcionalmente, al
menos una zona de muestra de fluido contiene un polímero de
adsorción a superficie. Opcionalmente, al menos una zona de
separación de fluidos contiene un polímero de adsorción a
superficie. Opcionalmente, al menos dos zonas de muestra de fluido
están sustancialmente libres de dicho polímero de adsorción a
superficie. Opcionalmente, al menos una zona de separación de
fluidos y al menos una zona de muestra de fluido contienen un
polímero de adsorción a superficie. Opcionalmente, cada una de
dichas zonas de muestra de fluido contiene un polímero de adsorción
a superficie. Opcionalmente, cada zona de separación de fluidos
contiene un polímero de adsorción a superficie. Opcionalmente, cada
zona de separación de fluidos y cada zona de muestra de fluido
contiene un polímero de adsorción a superficie. Opcionalmente, al
menos cualquier número entero entre 1 y 100 de zonas de muestra de
fluido se proporcionan en un canal, donde cada número entero puede
estar específicamente incluido o excluido de las realizaciones de
la presente invención. Opcionalmente, al menos una zona de muestra
de fluido y dicha al menos una zona de separación de fluidos están
fluyendo en el canal.
En otros aspectos, la invención abarca un método
para tratar la superficie de un microcanal, que comprende: (a)
proporcionar un canal dispuesto en un sustrato; (b) introducir en
dicho canal una primera zona de fluido, donde dicha primera zona de
fluido contiene un polímero de adsorción a superficie capaz de
unirse no covalentemente a la superficie de dicho canal; y (c)
introducir secuencialmente en dicho canal una segunda zona de fluido
que contiene una muestra de fluido de interés, donde dicha segunda
zona de fluido está sustancialmente libre de dicho polímero de
adsorción a superficie cuando se introduce en dicho canal, La
superficie se refiere a la interfaz entre el microcanal y la zona de
fluido.
En todavía otros aspectos, la invención abarca
un método para mantener o regenerar dinámicamente la cubierta de
polímero adsorbida sobre la superficie de un microcanal, que
comprende: (a) proporcionar un canal dispuesto en un sustrato; y
(b) introducir en dicho canal al menos dos zonas de muestra de
fluido, donde cada una de dichas al menos dos zonas de muestra de
fluido, contiene un polímero de adsorción a superficie capaz de
unirse no covalentemente a la superficie de dicho canal.
En las realizaciones preferidas de la invención,
se proporcionan al menos 2 zonas de fluido o zonas de muestra de
fluido en un canal individual. En las realizaciones particularmente
preferidas, se proporcionan al menos cualquier número entero entre
5 y 1000 de zonas de fluido o zonas de muestra de fluido, en un
canal individual. Preferiblemente, las zonas de fluido o zonas de
muestra de fluido adyacentes se separan por al menos una zona de
separación de fluidos.
Cuando las muestras de fluido y el polímero de
adsorción a superficie van a ser proporcionados en presencia las
unas del otro, pueden introducirse las muestras de fluido y las
soluciones de polímero en un aparato de la invención, bien como una
mezcla, o bien separadamente; las muestras y los polímeros
introducidos separadamente, pueden mezclarse en el aparato.
En las realizaciones preferidas, la solución de
polímero fluye a través del canal. Preferiblemente, como se
describirá más adelante, la solución de polímero se hace fluir a
través del canal en forma de flujo continuo. En los métodos más
preferidos, el movimiento de un fluido tal como una solución, una
zona de muestra de fluido o una zona de separación de fluidos, en
un canal, se efectúa mediante gradiente de presión. Opcionalmente,
el movimiento de dicha solución se efectúa mediante un sistema
electro-osmótico, electrocinético,
electro-hidrodinámico o de gradiente de
temperatura.
En más aspectos, la invención se refiere a un
método para realizar una operación de fluido en un aparato, que
comprende: (a) introducir una solución que contiene un polímero de
adsorción a superficie en el aparato, de tal forma que el polímero
se adsorba no covalentemente sobre la superficie del aparato; (b)
introducir una muestra de fluido en dicho aparato; y (c) llevar a
cabo una operación de fluido en dicho aparato. Preferiblemente,
dicho aparato es una placa de microtitulación o un aparato de
microfluidos.
La invención también abarca microcanales y
dispositivos de microfluidos que contienen canales tratados según
los métodos de la invención. Específicamente, la invención se
refiere a un canal o a un dispositivo de microfluídica que contiene
un sustrato y al menos un canal dispuesto en dicho sustrato, donde
el canal ha adsorbido no covalentemente un polímero de adsorción a
superficie según la invención. Preferiblemente, el canal tiene una
anchura entre alrededor de 1 \mum y alrededor de 3 mm.
Preferiblemente, dicho sustrato consiste esencialmente en silicio,
cuarzo, cristal, cerámica o plástico tal como, por ejemplo,
poliestireno, polipropileno, metacrilato de polimetilo, cloruro de
polivinilo, polietileno, policarbonato, polisulfona, fluorpolímeros,
poliamidas, polidimetilsiloxanos, poliuretano, polisulfona,
politetrafluoroetileno, y elastómeros.
Los dispositivos de microfluídica de la
invención pueden además contener medios para crear un gradiente de
presión a lo largo de dicho canal, afectando de esta forma al
movimiento del fluido en dicho canal, y/o medios de regulación de la
temperatura, para controlar la temperatura del fluido en dicho
canal.
Los métodos de la invención además comprenden
realizar al menos una operación de fluido en dicho canal y/o dicho
dispositivo. Los métodos de la invención son particularmente
adecuados para realizar operaciones de fluido secuenciales. Los
métodos de la invención pueden comprender realizar al menos
cualquier número entero entre 2 y 1000 operaciones de fluido en un
canal o aparato.
En otro aspecto, la invención abarca la
utilización de un polímero de adsorción a superficie en una muestra
de fluido para realizar una operación de fluido en un aparato.
Opcionalmente, dicha etapa de realización de una operación de
fluido comprende realizar una operación seleccionada de un grupo que
consiste en una reacción, incubación, dilución, titulación,
purificación, detección y ensayo de cribado de fármaco, ensayos de
unión, y ensayos de mediciones (por ejemplo, mediciones de
cinética).
En más realizaciones preferidas de los métodos,
sistemas y aparatos de la invención, una muestra de fluido o
muestra de fluido de interés contiene al menos un analito de
ensayo o un reactivo. Más preferiblemente, una muestra de fluido
contiene un material orgánico. Preferiblemente, dicho
material orgánico es una biomolécula, donde dicha biomolécula
puede seleccionarse de un grupo que consiste en ácidos nucleicos
(por ejemplo, DNA, RNA, polinucleótidos, oligonucleótidos,
nucleótidos, dNTPs tales como dATP, dTTP, dCTP, dGTP, y ddNTPs,
tales como ddATP, ddTTP, ddCTP, ddGTP), aminoácidos (por ejemplo
polipéptidos, péptidos, aminoácidos tales como aspartato,
glutamato, lisina, arginina, histidina, alanina, valina, leucina,
isoleucina, fenilalanina, metionina, triptófano, prolina, serina,
treonina, asparagina, glutamina, glicina, cisteína y tirosina),
lípidos, compuestos químicos, y más específicamente receptores o
anticuerpos y sus ligandos, células y factores de crecimiento,
inhibidores de crecimiento, enzimas y sustratos. Dichas biomoléculas
pueden contener mezclas complejas de moléculas grandes y pequeñas de
diferentes polaridades (por ejemplo, moléculas de ácidos nucleicos y
proteínas, dNTPs, ddNTPs, marcadores fluorescentes, etc.),
que pueden tener una potente afinidad por los sustratos sólidos.
Cualquier número de biomoléculas puede incluirse o excluirse como
especie individual de la invención. En otros aspectos, una muestra
de fluido puede contener una mezcla de reacción, tal como una mezcla
de reacción de PCR, una mezcla de LCR, una mezcla de reacción de
extensión de cebador o una mezcla de reacción de genotipaje (por
ejemplo, mezcla de microsecuenciación (MIS)), cualquiera de las
cuales puede incluirse o excluirse como especie de la invención.
Los métodos, sistemas y aparatos de la invención
pueden utilizarse ventajosamente de acuerdo con un amplio rango de
operaciones de fluido, algunas de las cuales se describen
aquí más adelante. En algunos aspectos, la etapa de realización de
una operación de fluido puede comprender realizar una operación de
fluido seleccionada de un grupo que consiste en una reacción,
incubación, dilución, titulación, purificación, detección, ensayo
de mezcla y cribado de fármaco, cualquiera de las cuales puede
incluirse o excluirse como especie de la invención. En las
realizaciones preferidas de la invención, la operación de fluido
comprende realizar una reacción bioquímica. Más
específicamente, una reacción bioquímica puede comprender una
reacción de extensión de cebador, ciclado de temperatura, reacción
de amplificación de ácido nucleico, o purificación enzimática,
cualquiera de las cuales puede incluirse o excluirse como especie
de la invención. Las reacciones de ciclado de temperatura
particularmente preferidas incluyen las reacciones de PCR o MIS.
Cualquier número o combinación de operaciones de fluido puede
realizarse según los métodos de la invención. En un aspecto, se
utiliza un aparato para una única operación de fluido, mientras que
en otros aspectos, se realizan al menos 2 operaciones de fluido
secuenciales en un canal o aparato de la invención.
Preferiblemente, dichas operaciones de fluido secuenciales se
realizan en el mismo canal o aparato de la invención. En una
realización preferida, la invención se dirige a operaciones de
fluido en volúmenes de menos de cualquier número entero entre 20 y
0,1 \mul. Cualquier número entero puede ser específicamente
incluido o excluido de las realizaciones de la presente
invención.
\newpage
Las superficies preferidas que forman un
aparato de la invención, están hechas de o consisten esencialmente
en cristal, cuarzo, silicio, metales o plásticos, cualquiera de los
cuales puede incluirse o excluirse como especie de la invención.
Preferiblemente dicho plástico es polimérico, y, más
preferiblemente, dicho plástico polimérico es un polímero de varias
polaridades. La superficie puede ser polar, no polar, hidrófila o
hidrófoba. Las superficies preferidas son superficies hidrófobas
polares, superficies hidrófobas no polares, superficies hidrófilas
polares, y superficies hidrófilas no polares, cualquiera de las
cuales puede incluirse o excluirse como especie de la invención.
Todavía más preferiblemente, el polímero se selecciona del grupo que
consiste en poliestireno, polipropileno, metacrilato de polimetilo,
cloruro de polivinilo, polietileno, policarbonato, polisulfona,
fluorpolímeros, poliamidas, polidimetilsiloxanos, poliuretano,
polisulfona, politetrafluoroetileno, y elastómeros, cualquiera de
los cuales puede incluirse o excluirse como especie de la invención.
Como aquí se utiliza, el término sustrato se refiere a la
superficie estructural bajo un recubrimiento o cubierta (por
ejemplo, una cubierta de polímero). En la presente invención, pueden
disponerse microcanales en un sustrato o los aparatos pueden estar
hechos de un sustrato. En una realización preferida, el término
aparato se utiliza aquí de forma intercambiable con
dispositivo o recipiente. Los aparatos de la
invención se utilizan para almacenamiento, dispensación o reacción
de muestras de fluido. Dichos aparatos comprenden tanto dispositivos
y recipientes tales como canales dispuestos en un sustrato, o tubos
de ensayo, placas de multipocillos, pipetas, puntas de pipeta,
placas de microtitulación, pocillos de reacción, microcanales,
aparatos de microfluidos, capilares y tubos de ensayo de
microcentrífuga, placas de multipocillo, puntas de pipeta, placas de
microtitulación, pocillos de reacción, tubos de microcentrífuga,
microcanales y similares que contienen dicha superficie, cualquiera
de las cuales puede incluirse o excluirse como especie de la
invención. Preferiblemente, dicho canal es un microcanal. Los
microcanales de la invención, incluyendo los microcanales dispuestos
en los dispositivos de microfluidos de la invención, tienen
preferiblemente una anchura de entre alrededor de 1 \mum y
alrededor de 3 mm.
En ciertos aspectos, la superficie de dichos
dispositivos, recipientes o aparatos, es una superficie no tratada;
preferiblemente una superficie no silanizada cuando se utiliza un
sustrato de silicio. Dicha superficie puede ser hidrófoba o
hidrófila. En otros aspectos, la superficie puede ser pretratada
antes del tratamiento con un polímero según la invención.
La invención también se refiere a dispositivos
de microfluido que comprenden pocillos de reacción, y a operaciones
de fluido llevadas a cabo en un pocillo de reacción. En una
realización, la invención comprende hacer fluir una muestra de
fluido a través de, o realizar una operación de fluido en, un canal
tratado según los métodos de la invención, y realizar una reacción
bioquímica en un pocillo de reacción tratado según los métodos de la
invención. Preferiblemente, dicho pocillo de reacción está en una
placa de microtitulación. Más preferiblemente, dichas placas de
microtitualación son placas de microtitulación de polipropileno, Las
placas de microtitulación de la invención preferiblemente son
placas de microtitulación de alta densidad, tales como las placas de
microtitulación que tienen 96, 384,1536 o más pocillos.
En realizaciones particularmente preferidas de
la invención, el polímero de adsorción a superficie en un
polímero soluble en agua o un polímero soluble en líquido no polar;
en otras realizaciones preferidas el polímero de adsorción a
superficie es un polímero no cargado. Preferiblemente, el polímero
es un polímero de adsorción a sílice. En más realizaciones
preferidas, el polímero tiene un peso molecular de al menos 1 x
10^{3}, 5 x 10^{3}, 1 x 10^{4}, 1 x 10^{3}, 5 x 10^{4}, 1
x 10^{5}, 5 x 10^{5}, 1 x 10^{6} ó 5 x 10^{6} daltons. Más
preferiblemente, el polímero tiene un peso molecular de al menos 1 x
10^{6} daltons. El polímero puede estar en una solución acuosa o
no acuosa. En una realización más preferida, el polímero de
adsorción a superficie tiene una mayor afinidad por la superficie
que las biomoléculas de la muestra de fluido. Más preferiblemente,
la energía de adsorción total por una única molécula de polímero
alcanza al menos una o más unidades k_{B}T.
Además de los métodos y aparatos de la
invención, la invención también abarca composiciones que contienen
los polímeros de adsorción a superficie de la invención. Incluidas,
por ejemplo, como se describirá aquí más adelante, están las
composiciones que contienen un polímero de adsorción a superficie
según la invención y una muestra de fluido de interés, donde el
polímero de adsorción a superficie no es uno de los reactivos.
Estas composiciones pueden, por ejemplo, prepararse y proporcionarse
posteriormente como una mezcla, a un aparato de la invención.
La invención además comprende la utilización de
un polímero de adsorción a superficie, en particular para realizar
una operación de fluido en un microcanal o un aparato de plástico,
donde el polímero de adsorción a superficie no es uno de los
reactivos de la operación de fluido, o donde dicho polímero de
adsorción a superficie no tiene efecto activador o inhibidor sobre
los reactivos, o donde dicho polímero de adsorción a superficie no
es necesario para que ocurra la reacción. El polímero de adsorción a
superficie puede utilizarse como un aditivo en una mezcla que
contiene una muestra, por ejemplo sobre la cual se va a realizar una
operación de fluido. Preferiblemente, dicha operación de fluido es
una operación seleccionada del grupo que consiste en una etapa de
mezclado, una reacción, una incubación, una dilución, una
titulación, una detección, un ensayo de cribado de fármaco, un
ensayo de unión, y un ensayo de mediciones (por ejemplo, medición de
cinética). Más preferiblemente, la operación de fluido es una
reacción bioquímica; más preferiblemente, la reacción bioquímica
incluye ciclado de temperatura.
La Figura 1 muestra una representación de la
interacción de las cadenas de polímero en dos regímenes diferentes,
con el entrecruzamiento entre ellas como función de la concentración
de polímero.
La Figura 2 muestra un homopolímero de adsorción
a superficie adsorbido sobre un sustrato sólido en una conformación
de cola-asa-tren.
La Figura 3 muestra la conformación de un
homopolímero adsorbido sobre una superficie de un canal.
La Figura 4 muestra la concentración de polímero
(c), como función de la distancia del polímero (x) desde la
superficie sobre la cual está adsorbido. Los polímeros adsorbidos
forman una capa que está hecha de una región proximal, una central
y una distal, que tienen diferentes sensibilidades a los detalles de
las interacciones polímero-superficie.
La Figura 5 muestra el efecto de la adición de
un copolímero sobre la intensidad de la señal específica obtenida
después de un proceso de genotipaje llevado a cabo como se describe
en el Ejemplo 1.
La Figura 6 muestra el efecto de la adición de
un copolímero sobre la especificidad de la señal obtenida después de
un proceso de genotipaje llevado a cabo como se describe en el
Ejemplo 1.
Las operaciones de fluido, particularmente las
reacciones biológicas, requieren frecuentemente etapas sucesivas en
el mismo aparato, en pequeños volúmenes, para maximizar la
eficiencia y minimizar el coste. Por ejemplo, el genotipaje mediante
extensión de base única requiere tres reacciones biológicas
sucesivas [es decir, reacción en cadena de la polimerasa (PCR),
purificación enzimática y microsecuenciación (MIS)]. Así, es
eficiente y beneficioso llevar a cabo dos o más reacciones
sucesivas en el mismo aparato. En tales casos, debe asegurarse que
no haya contaminación entre las reacciones debida a la adsorción, y
que las biomoléculas de las reacciones previas no contaminen las
reacciones posteriores debido a la adsorción no deseada. Sin
embargo, esto puede ser difícil de conseguir, debido a la elevada
adsorción de las biomoléculas residuales sobre las superficies de
los aparatos.
De este modo, la invención proporciona métodos
para disminuir la adsorción de materiales orgánicos sobre varias
superficies utilizando polímeros de adsorción a superficie.
Específicamente, los métodos para realizar operaciones de fluidos,
que incluyen la adición de polímeros de adsorción a superficie que
se unen no covalentemente a una superficie, previniendo así la
adsorción no deseable de moléculas orgánicas sobre dicha superficie.
La invención también proporciona aparatos y sistemas (por ejemplo,
kits) que contienen polímeros de adsorción a superficie. Además, la
presente invención proporciona un método para tratar la superficie
de canales de microfluidos, en el que las superficies de
microfluídica se recubren para la desactivación, y en el que este
recubrimiento puede regenerarse fácilmente. Los polímeros de
adsorción a superficie de la invención son estables a las
temperaturas y condiciones requeridas para las reacciones
biológicas, especialmente en aplicaciones que incluyen ciclado de
temperatura o polimerización de polinucleótidos o polipéptidos.
El método de desactivación de superficie de la
invención, también proporciona un medio para el recubrimiento
dinámico de una superficie con un polímero de adsorción a
superficie. Preferiblemente, la superficie no ha sido pretratada
para reducir la adsorción de materiales orgánicos sobre la
superficie. El método de recubrimiento dinámico permite a una
superficie regenerarse tan frecuentemente como sea necesario,
aumentando la vida de un aparato que contiene la superficie, y
aumentar la reproducibilidad lote a lote de cualquier superficie de
la invención. Este método también evita la necesidad de un
pretratamiento especial de la superficie.
Como aquí se utiliza, el término sustrato
se refiere a la superficie estructural bajo una cubierta o
recubrimiento (por ejemplo, una cubierta de polímero). Un sustrato
puede ser silicio, cuarzo, cristal, cerámica o plástico (por
ejemplo, poliestireno, polipropileno, metacrilato de polimetilo,
cloruro de polivinilo, polietileno, policarbonato, polisulfona,
fluorpolímeros, poliamidas, polimetilsiloxanos, poliuretano,
polisulfona, politetrafluoroetileno, y elastómeros).
Preferiblemente, un sustrato plástico contiene poliestireno. En la
presente invención, los microcanales pueden disponerse en un
sustrato o los dispositivos pueden estar hechos de un sustrato.
Preferiblemente, el sustrato es un plástico de polaridad menor que
la polaridad de la muestra de fluido acuosa.
Como aquí se utiliza, el término aparato incluye
los términos dispositivo y recipiente, que se utilizan
de forma intercambiable con aparato a lo largo de toda la
solicitud. Un aparato se refiere a cualquier elemento, herramienta,
o componente diseñado para un uso o propósito específico. Dichos
usos incluyen almacenamiento, dispensación o reacción de muestras,
preferiblemente muestras de fluido. Ejemplos de aparatos incluyen,
pero no se limitan a, microcanales, aparatos de microfluidos,
capilares, tubos de ensayo, placas de multipocillo, pipetas, puntas
de pipeta, placas de microtitulación, pocillos de reacción y tubos
de microcentrífuga.
Como aquí se utiliza, la expresión placa de
microtitulación se refiere a una placa de multipocillo utilizada
para almacenamiento y/o reacción de muestras de fluido o para
realizar operaciones de fluido. Típicamente, las placas están
hechas de sustratos tales como silicio, cuarzo, cristal, cerámica o
plástico, y contienen 96, 384, 1536, o más pocillos. Las mismas
placas de microtitulación pueden utilizarse para realizar
operaciones de fluido sucesivas. Preferiblemente, dichas
operaciones de fluido son reacciones bioquímicas, tales como
ciclados de temperatura (por ejemplo, PCR), purificación
enzimáticas, reacción de extensión de cebador (por ejemplo,
MIS).
Como aquí se utiliza, el término canal
abarca el término microcanal. También, como aquí se utiliza, un
sustrato de microfluídica se refiere a un sustrato sólido en
el que se dispone un microcanal. Un dispositivo de microfluídica
comprende un sustrato de microfluídica, que típicamente contiene más
de un microcanal, y opcionalmente comprende otros componentes o
características relacionadas con la realización de operaciones de
fluido, tales como reservorios, puertos de entrada/salida, así como
aparatos de detección, medios de almacenamiento de reactivos y de
distribución, medios de regulación de la temperatura, etc.
Basada en el nuevo método de desactivación, la
invención también proporciona métodos de conducir operaciones de
fluidos, particularmente reacciones químicas y bioquímicas, y
particularmente operaciones de fluidos que comprenden manipulaciones
de fluidos que contienen biomoléculas.
Una operación de fluido, como aquí se
utiliza, se refiere a cualquier manipulación de un fluido que
implique el movimiento de fluidos o la realización de tareas en
fase líquida. Las operaciones de fluidos incluyen, pero no se
limitan a, reacciones, incubaciones, separaciones, diluciones,
titulaciones, mezclas, purificaciones, detecciones, ensayos de
cribado de fármaco, ensayos de unión, ensayos de mediciones (por
ejemplo mediciones de cinética), así como cualquier operación que
incluye generalmente un gran número de manipulaciones sucesivas, y
cualquier manipulación de fluido en la que el fluido contiene un
analito de ensayo, reactivo o biomolécula, particularmente cuando el
analito de ensayo o el reactivo es una biomolécula.
Como aquí se utiliza, una reacción
química o reacción bioquímica se refiere a un proceso en
el que una o más sustancias se trasforman químicamente o
bioquímicamente en una o más sustancias diferentes (por ejemplo:
reactivo + reactivo(s) - opcionalmente cualquier
catalizador(es) \rightarrow producto(s). Una
reacción bioquímica es típicamente una reacción mediada por, o que
incluye, una biomolécula.
Una mezcla de reacción se refiere a una
mezcla única que contiene los componentes necesarios para que una
reacción química o bioquímica tenga lugar. Ejemplos incluyen, pero
no se limitan a, mezclas de PCR y mezclas de MIS.
Como aquí se utiliza, una muestra de fluido o
muestra de fluido de interés, abarca pero no se limita a,
cualquier molécula sobre la cual se va a realizar una operación de
fluido, abarcando cualquier biomolécula o molécula química, Una
muestra de fluido o muestra de fluido de interés incluye pero no se
limita a, un analito de ensayo o un reactivo. La expresión
analito de ensayo abarca una sustancia que es medida en un
procedimiento analítico, que puede incluir productos químicos así
como biomoléculas. Un reactivo se refiere a un reactivo en
una reacción química o bioquímica.
Como aquí se utiliza, una biomolécula se
refiere a una molécula orgánica que es sintetizada por un organismo
vivo, y sus derivados, variantes y fragmentos. Las biomoléculas
preferidas son macromoléculas. Otras biomoléculas preferidas
comprenden, pero no se limitan a, ácidos nucleicos (por ejemplo,
DNA, RNA, polinucleótidos, oligonucleótidos, nucleótidos, dNTPs
tales como dATP, dTTP, dCTP, dGTP, y ddNTPs tales como ddATP, ddTTP,
ddCTP, ddGTP), aminoácidos (por ejemplo proteínas, polipéptidos,
péptidos, aminoácidos tales como aspartato, glutamato, lisina,
arginina, histidina, alanina, valina, leucina, isoleucina,
fenilalanina, metionina, triptófano, prolina, serina, treonina,
asparagina, glutamina, glicina, cisteína y tirosina) y lípidos.
Cualquier género o especie de la invención puede incluirse o
excluirse de las realizaciones de la invención.
En un primer aspecto de la invención, se
proporciona un polímero de adsorción a superficie no cargado,
soluble en agua, para modificaciones de la superficie de tubos de
ensayo, placas de multipocillo, pipetas, puntas de pipeta, placas
de microtitulación, pocillos de reacción, microcanales, aparatos de
microfluidos, capilares y tubos de microcentrífuga, etc.,
particularmente para utilizar en dispositivos de microfluidos y
dispositivos de plástico tales como placas de microtitulación.
Preferiblemente, la solubilidad del polímero, en contraste con la
BSA, no cambia dramáticamente con el intervalo de temperatura
importante para las reacciones biológicas (es decir,
37-94ºC). La modificación de la superficie de los
canales en los dispositivos de microfluidos hace a estos
microdispositivos adecuados para las reacciones químicas o
bioquímicas. El peso molecular de los polímeros de adsorción a
superficie puede ser importante para la estabilidad de la capa de
polímero adsorbido, Aunque pueden elegirse polímeros de cualquier
peso molecular, los polímeros preferiblemente tienen un peso
molecular de más de 1 x 10^{6} daltons, lo que mejora la
estabilidad de la capa de polímeros adsorbidos a temperaturas
elevadas. Los polímeros que tienen un peso molecular de alrededor de
1 x 10^{6} daltons y superiores, son particularmente útiles para
aplicaciones biológicas, particularmente reacciones que incluyen
ciclado de temperatura. Los polímeros se describen mejor aquí.
Como aquí se utiliza, el término polímero
se refiere a una molécula compuesta de subunidades monoméricas más
pequeñas enlazadas juntas covalentemente. El término polímero
abarca el término homopolímero, que se refiere a un polímero hecho
de un solo tipo de monómero, así como al término copolímero, que se
refiere a un polímero hecho de dos o más tipos de monómero.
El polímero puede introducirse en una superficie
como una solución de polímero, preferiblemente como un aditivo en
una muestra de fluido, por ejemplo, una muestra de reacción. El
polímero puede introducirse solo en un disolvente, o en combinación
con, por ejemplo, una biomolécula, producto químico o célula. La
concentración útil de polímero para las modificaciones de la
superficie está preferiblemente en el intervalo entre alrededor de
0,001% y alrededor de 5% (peso/volumen). Una concentración preferida
está alrededor de 0,1% (peso/volumen). Como se describe mejor aquí
en la sección titulada "Polímeros y Soluciones", se apreciará
que la concentración de polímero, la longitud del polímero y la
viscosidad de la solución que contiene el polímero, pueden adaptarse
para adecuarse a diferentes canales y operaciones de fluidos.
\newpage
Los polímeros de la invención tienen varias
ventajas sobre los métodos de desactivación de superficie utilizadas
previamente, por ejemplo son solubles en agua en un intervalo de
temperatura importante para las reacciones biológicas, mientras que
la BSA se desnaturaliza y se vuelve menos polar (más hidrófoba) a
temperaturas elevadas (>-60ºC); no están cargadas; y son
químicamente moléculas más simples que la BSA, lo que disminuye la
probabilidad de interacciones inespecíficas entre la superficie
modificada y los reactivos.
Los aparatos, dispositivos y recipientes, más
específicamente los sustratos de los que están hechos, pueden tener
cualquier forma, ejemplos de los cuales se describen mejor aquí. Por
ejemplo, los plásticos pueden utilizarse para hacer canales
tubulares, tales como en los capilares colocados a voluntad en
cualquier sitio. Los canales tubulares o los canales generalmente
dispuestos en una capa fina de sustrato se utilizan por ejemplo en
dispositivos de almacenamiento líquido o distribución, para
utilizar con sistemas de microfluídica, tales como los pipetadores
de capilares, los capilares utilizados para transferir muestras de
fluido a un microcanal o a un dispositivo de microfluidos, o
dispositivos de almacenamiento separados que contienen canales de
almacenamiento y/o reservorios de fluido, incluyendo dispositivos
como los descritos para introducir muestras de fluido en un
microcanal en la Publicación de Patente Internacional Nº WO
00/21666. Aunque los microcanales pueden utilizarse para realizar
una amplia variedad de operaciones de fluidos, se apreciará que los
polímeros y métodos relacionados con la desactivación de las
superficies de los canales son especialmente ventajosos para
operaciones de fluidos que incluyen ciclado de temperatura, tales
como la PCR y la extensión de cebador de nucleótido único, así como
la manipulación general de proteínas, particularmente cuando las
proteínas van a ser sometidas a una o más temperaturas diferentes.
En aspectos preferidos, los dispositivos de microfluidos contendrán
entonces un medio de regulación de la temperatura, particularmente
un medio para el ciclado de la temperatura de los contenidos de un
canal. Preferiblemente, los dispositivos de microfluido tendrán un
medio de movimiento del fluido, que incluye la creación de un
gradiente de presión a través de uno o más canales. Los dispositivos
de microfluidos, incluyendo los medios relacionados de regulación
de la temperatura, los medios de movimiento de fluidos, así como las
operaciones de fluidos se describen mejor aquí.
Se proporcionan varios métodos diferentes para
adsorber un polímero sobre una superficie. Se presentan aquí más
descripciones concernientes a los principios de la adsorción de
polímeros. En un ejemplo, la solución de polímero se añade a la
muestra de fluido antes de añadir la muestra de fluido al
dispositivo de la invención. En otro ejemplo, una solución de
polímero, en presencia o ausencia de una muestra de fluido, tal como
una que contiene un analito de ensayo o un reactivo, se hace fluir a
través de un canal de tal forma que el polímero se adsorba a la
superficie del canal. Preferiblemente, el movimiento de la solución
de polímero se efectúa mediante la creación de un gradiente de
presión, tal como el que puede proporcionarse con una jeringa, una
bomba peristáltica y/o gas presurizado. Una vez que el canal está
recubierto con el polímero, cualquier número de muestras de fluido
pueden hacerse pasar a través del canal secuencialmente. Se
describen mejor aquí los medios para inyectar la solución de
polímero, los fluidos que están sometidos a las operaciones de
fluido, y los medios de movimiento de fluidos. También se describen
mejor aquí los dispositivos de microfluidos que pueden utilizarse
según los métodos de la invención. Se apreciará que pueden
utilizarse una variedad de sustratos de canales, geometrías de
canales, y componentes para el almacenamiento, manejo, inyección y/o
detección de muestras de fluido, según los métodos de la
invención.
Cualquier superficie que ha sido tratada con un
polímero según la invención, puede regenerarse con una solución
fresca de polímero de adsorción a superficie. El proceso de
recubrimiento descrito anteriormente puede repetirse a cualquier
tiempo deseado, haciendo fluir una solución de polímero a través del
canal. La solución de polímero puede hacerse fluir a través del
canal al mismo tiempo (es decir, en presencia de) una muestra de
fluido de interés, o puede hacerse fluir a través del canal antes
de la introducción de más muestras. En realizaciones
particularmente preferidas, la invención incluye un método de
recubrimiento dinámico. El método de recubrimiento dinámico incluye
regenerar la superficie del canal a intervalos regulares, para
mantener una calidad de superficie consistente cuando un canal se
utiliza repetidamente. Esto es especialmente valioso para
aplicaciones de microfluidos en las que se introducen muchas
muestras secuencialmente en un canal.
Como aquí se utiliza, una muestra de fluido
individual inyectada en un canal forma lo que se denomina como una
zona de muestra de fluido. Pueden inyectarse secuencialmente
varias zonas de muestra de fluido, por ejemplo. En ciertas
realizaciones, es preferible separar las zonas de muestra de fluido,
para prevenir la mezcla de los contenidos de la zona,
proporcionando una zona de separación de fluidos entre las zonas de
muestra de fluido.
En un primer ejemplo de los métodos de la
invención, se proporcionan secuencialmente una, dos o más zonas de
muestra de fluido a un canal. En dicha realización, el polímero de
adsorción a superficie se proporciona en la zona de muestra de
fluido. El polímero de adsorción a superficie puede proporcionarse
en cada zona de muestra de fluido, o solo en ciertas zonas de
muestra de fluido o a intervalos adecuados.
En otras realizaciones, el polímero de adsorción
a superficie se proporciona en una, o en dos o más zonas de muestra
de fluido, pero no en una(s) zona(s) de separación de
fluidos. En otra realización, el polímero de adsorción a superficie
se proporciona en una, dos o más zonas de separación de fluidos,
pero no en la(s) zona(s) de muestra de fluido. En
otra realización, el polímero se proporciona en al menos una zona de
separación de fluidos, pero está esencialmente ausente al menos de
una zona de muestra de fluido. En todavía otra realización, el
polímero se proporciona en al menos una zona de separación de
fluidos y en al menos una zona de muestra de fluido.
El polímero de adsorción a superficie puede
incluirse con una muestra de fluido, e introducirse en un canal
como una mezcla. Alternativamente, una solución de polímero de
adsorción a superficie y una muestra de fluido pueden introducirse
en un canal común a través de puertos de entrada separados, o
introducirse simultáneamente a través de un puerto común. El
polímero de adsorción a superficie puede utilizarse como un aditivo
en una mezcla de reacción. Después de la inyección, la solución
puede hacerse fluir a través del canal, preferiblemente en un modo
de flujo continuo, de tal forma que la solución de polímero de
adsorción a superficie regenerará la superficie del canal.
La concentración del polímero de adsorción a
superficie puede optimizarse según una operación de fluido
específica, o preferiblemente una reacción bioquímica específica.
En general, la concentración de polímero debería minimizarse de tal
forma que la viscosidad del medio fluido en el canal no aumente
dramáticamente, y que la cantidad de polímero de adsorción a
superficie utilizada no sea excesiva. Para seleccionar la
concentración óptima de polímero, pueden realizarse reacciones
bioquímicas en un dispositivo de microfluidos, con concentraciones
variables de polímero. Por ejemplo, utilizando un protocolo como el
mostrado en el Ejemplo 2, una concentración óptima de polímero
puede seleccionarse fácilmente, determinando las concentraciones de
polímero que proporcionan un producto de calidad o rendimiento
adecuados.
La invención también proporciona métodos de
llevar a cabo varias manipulaciones de fluidos, en un canal
recubierto con un polímero de adsorción a superficie de la
invención. En los métodos de recubrimiento dinámico, la realización
de operaciones de fluidos, particularmente las reacciones
bioquímicas, incluyen proporcionar un fluido que contiene un
analito de ensayo o un reactivo, preferiblemente una biomolécula,
una mezcla de reacción o una proteína, a un canal, en presencia de
un polímero de adsorción a superficie. Cuando se llevan a cabo
operaciones de fluidos secuenciales en el mismo canal, el polímero
de adsorción a superficie no tiene que añadirse a cada operación de
fluido o a cada unidad de fluido, pero puede añadirse solo a cada
segunda, tercera, cuarta, quinta, sexta o veinteava operación de
fluido, por ejemplo.
Por lo tanto, pueden llevarse a cabo una amplia
variedad de operaciones de fluido. Los métodos para llevar a cabo
operaciones de fluidos incluyen llevar a cabo reacciones,
incubaciones, separaciones, diluciones, titulaciones,
purificaciones, detecciones, ensayos de cribado de fármacos,
mezclas, ensayos de unión, ensayos de medición (por ejemplo,
mediciones de cinética), así como cualquier operación que incluya
generalmente un gran número de manipulaciones sucesivas, y
cualquier manipulación de fluido en la que la muestra de fluido
contenga un analito de ensayo o un reactivo, particularmente cuando
el analito de ensayo o el reactivo es una biomolécula, y más
preferiblemente cuando el analito de ensayo o el reactivo es un
ácido nucleico o un aminoácido.
La invención proporciona un polímero de
adsorción a superficie no cargado, soluble en agua, para
modificaciones de la superficie de canales, tales como canales de
capilares colocados a voluntad en cualquier sitio, y en
dispositivos de microfluídica. Preferiblemente, el polímero tiene
una solubilidad que no cambia dramáticamente dentro de un intervalo
de temperatura relevante para las reacciones biológicas (por
ejemplo, entre alrededor de 20-100ºC o más
preferiblemente entre alrededor de 37-94ºC).
Preferiblemente, se especifica un polímero de adsorción a
sílice.
La síntesis de polímeros puede llevarse a cabo
según los métodos conocidos en la técnica. Ejemplos de métodos de
síntesis de polímeros adecuados se describen en Odian, Principles of
Polimerization, 3ª Edición (John Wiley, NY, 1991).
Los copolímeros de bloque de PPG y PEG
(copolímeros de bloque PPG-PEG-PPG y
PEG-PPG-PEG), o EO y PO, están
disponibles comercialmente. Los copolímeros de bloque
(EO-PO-EO y
PO-EO-PO) SYNPERONIC, PLURONIC® y
PLURONIC®R, están disponibles por ejemplo de BASF, Ludwigshafen,
Alemania.
Como aquí se discute, se proporcionan varios
métodos diferentes para adsorber un polímero sobre una superficie.
En un ejemplo, una solución de polímero, en presencia o ausencia de
una muestra de fluido, se hace fluir a través de un canal, de tal
forma que el polímero se adsorba a la superficie del canal. La
concentración de polímero es minimizada típicamente de tal forma
que la viscosidad del medio fluido en el canal no aumente
dramáticamente, y que la cantidad del polímero de adsorción a
superficie utilizada no sea excesiva. En el caso en el que la
solución de polímero contenga un analito de ensayo o un reactivo, se
apreciará que deben tenerse en consideración la influencia de la
viscosidad de las soluciones de polímero sobre la cinética de
cualquier posible reacción biológica. Preferiblemente, la viscosidad
de la solución de polímero se selecciona de tal forma que no afecte
a la reacción biológica.
Una molécula de polímero (tal como PDMA, DNA,
etc.), se comporta como un espiral al azar, con su radio de giro
R_{g} proporcional a la raíz cuadrada de la longitud de contorno
de la cadena L (o número de monómeros N): L=N.l y R_{g} \sim
L^{1/2}.I^{1/2} ó R \sim N^{1/2}.l, donde l es la
longitud de un monómero. Consecuentemente, una molécula de polímero
parece mucho menor en tamaño que si estuviera completamente
estirada.
Una solución de polímero, en general, a una
temperatura dada y en un disolvente dado, puede caracterizarse por
la concentración de masa del polímero C, su masa molecular media
M_{w} y por la viscosidad de la solución del
polímero \eta.
polímero \eta.
\newpage
Con respecto a la concentración de la solución
del polímero, uno puede reconocer tres diferentes regímenes: (a)
diluido; (b) semi-diluido; y (c) concentrado. En el
régimen diluido, las cadenas de polímero se aislan una de otra, en
buenos disolventes en los que son preferibles las interacciones
polímero/disolvente. Según aumenta la concentración de una solución
de polímero por encima de una concentración crítica (C*), las
cadenas de polímero se vuelven complicadas. Los regímenes diluido
(C<C*) y semi-diluido (C>C*), con el
entrecruzamiento entre ellas (C\simC*), se muestran en la Figura
1. Claramente, el dintel (concentración crítica), no es agudo, pero
se define como una región de entrecruzamiento entre los dos
regímenes. A partir de argumentos de escalada, se espera que C* sea
comparable con la concentración local dentro de una única espiral de
polímero.
En un buen disolvente esto implica:
(1)C\text{*}
\sim N/R_{g}{}^{3} = a^{-3} N^{l-3\gamma} = a^{-3}
N^{-4/5}
donde N es el número de
monómeros en una espiral de polímero, R_{g}^{3} es el
volumen de una espiral de polímero y \alpha es la longitud de
persistencia del polímero. La longitud de persistencia de una
molécula de polímero define su flexibilidad. El significado físico
de la longitud de persistencia es que una memoria de una dirección
de cadena se retiene solo sobre escalas de longitud más cortas que
l (la memoria de una dirección de cadena se pierde sobre
escalas de longitud mayores que l). En términos más
prácticos, la concentración del dintel superpuesto se relaciona con
la viscosidad intrínseca de una solución de polímero
como:
(2)C\text{*} =
1,5/[\eta]
La viscosidad intrínseca de una solución de
polímero se obtiene extrapolando una viscosidad reducida
\eta_{red} = (\eta - \eta_{s})/\eta_{s} a
concentración de polímero cero (Sun S.F., Physical Chemistry of
Macromolecules, Wiley-Interscience, John Wiley and
sons, Inc. New York, 1994). La viscosidad intrínseca de una solución
de polímero está también relacionada con el peso molecular del
polímero a través de la relación de Mark-Houwink:
[\eta] = KM_{w}^{\alpha}, donde K y \alpha son los
coeficientes de Mark-Houwink.
Para C<C*, la solución de polímero puede
verse como un sistema diluido de espirales de polímero. Las
espirales de polímero se comportan como esferas duras. Esto viene
del hecho de que cuando dos espirales se fuerzan a superponerse en
un buen disolvente, cada contacto polímero/polímero trae una energía
de orden k_{\beta}T (donde k_{\beta} es la constante de
Boltzman, y T es la temperatura). Como deben ocurrir muchos
contactos entre las espirales de polímero superpuestas, la energía
de superposición global es de varios k_{\beta}T, volviéndose la
exponencial de Boltzman muy pequeña y, consecuentemente, las
espirales de polímero no se superponen unas a otras.
En el régimen semi-diluido
(C>C*), las espirales de polímero se superponen unas con otras, y
las soluciones de polímero se comportan como una red dinámica. Todas
las propiedades termodinámicas (por ejemplo, energías locales,
entropías, etc.), de dichas soluciones son controladas solo por la
concentración de la solución C y no por la longitud de una
cadena de polímero N. La escala de longitud importante de
tales redes dinámicas es una distancia media entre diferentes
cadenas de polímero (un tamaño de malla medio). El tamaño de malla
dinámica S de una solución de polímero puede derivarse a partir de
argumentos de escalada para C\simC* y es inversamente proporcional
a la concentración de la solución del polímero C^{9} (solo
cuando C>C*):
(3)S \sim
R_{g}
(C\text{*}/C)^{3/4}
Los coeficientes de difusión de las moléculas
están relacionados con su tamaño, la viscosidad del medio en el que
difunden y la temperatura, a través de la relación de
Einstein-Stokes:
(4)D =
k_{\beta}T/6 \pi \eta
R
donde D es un coeficiente de
difusión molecular, \eta es la viscosidad de una solución de
polímero y R es el radio molecular. Es evidente que los coeficientes
de difusión de las moléculas biológicas disminuirán con un aumento
en la viscosidad de la solución. La viscosidad de las soluciones de
polímeros \eta en el régimen diluido (C<C*) depende linealmente
de la concentración de polímero (\eta\sim C), pero su
dependencia se vuelve no lineal (es decir \eta\simC^{\alpha},
donde \alpha>l en los regímenes semi-diluidos
(C>C*). Así, la difusión de los reactivos biológicos puede
afectarse dramáticamente con un pequeño cambio en la concentración
de polímero en los regímenes semi-diluidos
(C>C*).
(5)D =
k_{\beta}T/6\pi
C^{\alpha}R
Preferiblemente, la concentración bruta de una
solución de polímero utilizada para modificación de superficies que
contiene una mezcla de reactivos está por debajo del dintel
superpuesto de concentración C*, El dintel superpuesto de
concentración disminuye con un aumento en el tamaño del polímero, lo
que sugiere que cuando se utilizan polímeros grandes (M_{w} >
10^{6}) para modificaciones de superficie, deben emplearse
soluciones de polímero de baja concentración (C_{bulk}<1%).
La adsorción de polímero sobre superficies
ocurre si la interacción entre el polímero y la superficie es más
favorable que la del disolvente con la superficie. Así, incluso los
polímeros que son altamente solubles en un disolvente (por ejemplo,
en agua), pueden adsorberse sobre un sustrato sólido, si el sustrato
sólido "prefiere" interactuar con el polímero en vez de con
las moléculas de disolvente. Una forma simple de predecir si un
polímero disuelto en un disolvente dado va a adsorberse sobre una
superficie, es medir la tensión de superficie de un disolvente puro
\gamma_{s} (por ejemplo agua), y de un polímero puro
\gamma_{p}. Cuando \gamma_{s} > \gamma_{p}, se espera
que el polímero se adsorba sobre la superficie cuando se disuelva en
el disolvente particular. Hay dos factores principales que
determinan la adsorción del polímero sobre una superficie. Un primer
factor es una interacción (una energía que favorece la adsorción del
polímero) sólida sustrato/monómero (la parte más pequeña de un
polímero). Un segundo factor es la reducción de los estados
conformacionales del polímero a los del sustrato (disminución de la
entropía de la cadena). Esto es debido a la impenetrabilidad del
sustrato para monómeros, y es la energía que intenta mantener al
polímero alejado de la superficie. Además, las interacciones
revulsivas monómero/monómero en un buen disolvente favorecen el
alejamiento del polímero de una superficie (es decir, las
interacciones de volumen excluido tienden a aumentar el grosor de
las capas de polímero adsorbido en buenos disolventes). La fuerza
de la adsorción del polímero es así dada por la relación de las
fuerzas atractivas y repulsivas.
Las capas de polímero adsorbido son estables
cuando están construidas a partir de polímeros grandes. Por ejemplo,
las interacciones polímero/superficie son relativamente débiles
(una fracción de unidad k_{\beta}T) en las capas de polímero
adsorbido. Sin embargo, debido al gran número de segmentos que
interactúan con una superficie, que pueden ser más del 10% del
número total de segmentos/monómeros en un polímero, la energía total
de adsorción por una única molécula de polímero puede ser muy
grande, alcanzando varias unidades k_{\beta}T, haciendo así la
adsorción del polímero virtualmente irreversible, particularmente
cuando se emplean polímeros largos. Además, los polímeros largos
adsorbidos sobre superficies tienen más grados de libertad que los
cortos, lo que da como resultado coberturas de superficie más
estables. Sin embargo, se ha demostrado en experimentos (Thies, C.,
J. Phys. Chem. 70 (1976) 3783, y Cohen-Stuart, J.
et al., J. Polymer Sci. (Phys.), 18 (1980) 559), que los
polímeros adsorbidos sobre superficies pueden intercambiarse con
polímeros en solución bruta. La primera observación mostraba que
los polímeros cortos adsorbidos sobre una superficie pueden ser
reemplazados por polímeros grandes si están presentes en solución
bruta, y también sugiere que las capas de polímeros adsorbidos
hechas de polímeros grandes son más estables que las construidas a
partir de polímeros cortos. Consecuentemente, Phefferkorn, E.,
et al., (J. Polymer Sci. (Phys.), 23 (1985) 1997) mostraron
que el intercambio entre cadenas de polímeros adsorbidas sobre una
superficie y cadenas idénticas en la solución bruta, está gobernado
por una cinética de segundo orden:
(6)(polímero
adsorbido)* + (polímero libre) \rightarrow (polímero libre)* +
(polímero
adsorbido)
lo que sugiere que la tasa de
de-adsorción es proporcional a la concentración de
cadenas de polímero sobre la superficie C* y en la solución bruta
C(-dC*/dt = kC*C, donde k es una
constante).
Una propiedad significativa de una capa de
polímero adsorbido es la potente interacción de repulsión entre
moléculas de polímero vecinas. Esto significa que cuando el número
de polímeros sobre una superficie aumenta, la energía de atracción
entre una superficie (con polímeros) y el polímero adsorbido
disminuye. En otras palabras, la "calidad" de la superficie
está siendo cambiada por los polímeros adsorbidos, de tal modo que
la calidad de la superficie no es la misma para el primer polímero
que se adsorbe sobre una superficie y para la molécula de polímero
nª. Existe una cobertura (concentración, C_{.e}) finita
(equilibrio) para una superficie, por cadenas de polímero. Cuando
se adsorben más polímeros sobre una superficie que la que está dada
por la cobertura de equilibrio, la energía libre de estas moléculas
se vuelve mayor que la energía libre de los polímeros en solución
bruta, y se de-adsorben rápidamente. En otras
palabras, hay una fuerza restauradora que mantiene la cobertura de
equilibrio constante. La condición de cobertura de equilibrio casi
constante se denomina la condición de saturación. La condición de
saturación hace que las moléculas de polímero puedan escapar de una
capa adsorbida solo cuando los polímeros de una solución bruta los
reemplazan inmediatamente, para mantener constante C_{e}.
El polímero único adsorbido sobre un sustrato
sólido se describe en términos de conformación de
cola-asa-tren, representada en la
Figura 2. Los segmentos de polímero que pertenecen a los trenes se
pegan a una superficie, mientras que los segmentos de las colas y
las asas están en solución. La conformación de un polímero adsorbido
no se altera sobre una longitud del orden del grosor (D) de la capa
adsorbida. Sobre escalas de mucha más longitud, el polímero se rompe
en burbujas de polímero no correlacionadas, como se muestra en la
Figura 3.
Los polímeros adsorbidos forman una capa que
está formada por tres regiones: proximal (muy sensible a los
detalles de las interacciones polímero-sólido),
central (esta capa es similar a sí misma, es decir la dependencia
concentración versus distancia (normal a la superficie), está
gobernada por una ley de poder) y distal (controlada por unas pocas
asas y colas), como se muestra en la Figura 4. La capa de polímero
(Figura 4) que se forma sobre una superficie previene las
interacciones y, consecuentemente, la adsorción de las moléculas
biológicas con/a una superficie a través de una repulsión estérica
(entrópica).
El lector apreciará que el peso molecular medio
del polímero puede variar, dependiendo de las aplicaciones
desarrolladas para el microcanal. En ciertas realizaciones, las
soluciones de polímero tienen un peso molecular medio de al menos 1
x 10^{3}, 5 x 10^{3}, 1 x 10^{4}, 5 x 10^{4}, 1 x 10^{5},
5 x 10^{5}, 1 x 10^{6} ó 5 x 10^{6} daltons. En las
realizaciones preferidas, el peso molecular de los polímeros de
adsorción a superficie es superior a 1 x 10^{6} daltons,
mejorando así la estabilidad del polímero adsorbido, debido al
aumento en la entropía (aleatoriedad) de la cadena sobre la
superficie, comparada con las moléculas de polímero cortas (<1 x
10^{6} daltons). El aumento de la estabilidad de las capas de
polímero adsorbido construidos a partir de polímeros largos, es
importante para protocolos con temperatura cambiante/ciclada (por
ejemplo, reacciones de PCR y MIS). En general, los polímeros pueden
de-adsorberse de una superficie cuando aumenta la
temperatura debido a un aumento en la energía termal
(aleatorización) del sistema.
Como se describe mejor aquí, la molécula de
adsorción a superficie, preferiblemente un polímero listado aquí,
puede proporcionarse junto con una muestra, una analito de ensayo, o
preferiblemente con una biomolécula, y preferiblemente como un
aditivo a una mezcla de reacción. En otras realizaciones, la
molécula de adsorción a superficie se proporciona en una solución
esencialmente en ausencia de una muestra particular, un analito de
ensayo, una biomolécula o una mezcla de reacción, preferiblemente
para regenerar una superficie entre analitos de ensayo en el mismo
microcanal. Una solución de polímero generalmente también
comprenderá una solución de tampón adecuada, pero esto no es un
requisito.
Preferiblemente, la concentración de este
polímero en solución para modificaciones de superficie, está en el
intervalo de entre alrededor de 0,001% y alrededor de 5%
(peso/volumen).
La calidad de la adsorción a superficie de un
polímero puede determinarse según métodos bien conocidos. La
cobertura de la superficie total por un polímero (número de
monómeros/cm^{2} de superficie), y el grosor de la capa de
polímero adsorbido puede probarse fácilmente mediante mediciones
hidrodinámicas (de Gennes, P.G., Advances in Colloid and Interface
Sci. 27:189-209 (1987)), o mediante elipsometría
(Asma, R., Bashara, N., Ellipsometry and Polarizad Light, North
Holland, 1977; Charmet, J.C., de Gennes, P.G., J. Opt. Soc. Am. 73:
1777 (1983).
En experimentos hidrodinámicos, una partícula
coloidal de radio R que se mueve en la capa de polímero con una
velocidad V, encontrará una fuerza de fricción
(6\pi\eta(R+e_{H})V), donde e_{H} es un grosor
hemodinámico de la capa de polímero adsorbido. En experimentos
elipsométricos, la reflectancia residual de una luz polarizada en
plano en el ángulo Brewster depende de la cobertura de la superficie
total (es decir, el coeficiente de reflectancia desaparece cuando no
hay polímero adsorbido sobre una superficie). Con elipsometría, es
posible determinar el grosor de la película en el intervalo de
1-1000 Angströms. Técnicas más elaboradas para
estudios de capas de polímeros emplean, por ejemplo, ondas
evanescentes (Allain. C., et al., Phys. Rev. Lett. 49: 1694
(1982)), o la dispersión de neutrones (Barnett, K. et al.,
The effects of Polymers on Dispersion Stability, Tadros, J., ed.,
Academic Press, 1982). Adicionalmente, las propiedades viscosas y
elásticas de las capas de polímero adsorbidas sobre superficies
pueden estudiarse mediante aparatos de fuerza de superficie (SFA)
[Israelachvili, J.N. et al., Faraday Trans. I, 74:975 (1978);
Klein, J. et al., Nature 300: 429 (1982); Klein, J., et
al., Nature 308: 836 (1984); y Dhinijwala, A., et al.,
Macromolecules 30: 1079-1085 (1997).
En una realización, un canal se pone en contacto
con una solución de polímero antes de ponerse en contacto el canal
con un analito de ensayo o un reactivo. Por ejemplo, una solución de
polímero se hace fluir a través de un canal de tal forma que el
polímero se adsorba a la superficie del canal. Preferiblemente, la
solución se hace fluir mediante la creación de un gradiente de
presión a lo largo del canal, tal como la que puede crearse a través
del uso de una presión o vacío basado en una jeringa de inyección u
otro medio de liberación de fluido adecuado. Alternativamente, un
canal, particularmente un canal tal como los de los capilares
colocados a voluntad en cualquier sitio, puede colocarse
directamente dentro de una solución de polímero; la solución de
polímero penetrará entonces en el canal por capilaridad, o puede
introducirse en el canal mediante un gradiente de presión.
Una vez que el canal está recubierto con el
polímero, puede introducirse en el canal una solución que contiene
una muestra de fluido de interés, por ejemplo como parte de una
operación de fluido deseada.
Cualquier superficie adecuada sobre la que se ha
adsorbido una cubierta de polímero puede regenerarse o mantenerse
con una cubierta de polímero de adsorción a superficie nueva según
la invención. El proceso de recubrimiento descrito anteriormente
puede repetirse a los tiempos deseados, haciendo fluir una solución
de polímero a través del canal. Así, en realizaciones
particularmente preferidas, la invención implica un método de
recubrimiento dinámico. Usando el método de recubrimiento dinámico,
una superficie de un canal puede regenerarse o mantenerse durante
el uso, para proporcionar una calidad de superficie consistente
cuando un canal se utiliza múltiples veces, es decir, realizando
operaciones de fluidos secuenciales en un canal, también denominadas
en serie.
En una realización, el polímero de adsorción a
superficie se utiliza como aditivo para un fluido que contiene una
muestra de fluido de interés. Un polímero de adsorción a superficie
se añade a cada volumen de líquido introducido en el canal, o cada
2º, 3º, 4º, 5º, 6º, 8º, 10º, 20º, 50º ó 100º fluido. Por ejemplo, en
un proceso ejemplar de la invención, el polímero de adsorción a
superficie se añade a una mezcla de PCR, a una mezcla de
purificación de exonucleasa/fosfatasa alcalina de gamba (EXO/SAP), y
a una mezcla de microsecuenciación (MIS). El polímero de adsorción
a superficie se adsorbe sobre una superficie y forma una capa de
polímero en una interfaz sólido/líquido. La concentración del
polímero en la capa adsorbida sobre una superficie alcanza un valor
de equilibrio. La concentración de polímero para modificaciones de
superficie estará típicamente en el intervalo de desde alrededor de
0,001% hasta alrededor de 5% (peso/volumen). Preferiblemente, la
concentración de polímero está en el intervalo entre alrededor de
0,01% y alrededor de 1% (peso/volumen). Sin embargo, se apreciará
que la concentración de equilibrio del polímero adsorbido depende,
entre otros factores, de la temperatura y del material de la
superficie del canal, y que la concentración del polímero en
solución puede así optimizarse mejor según la aplicación
particular.
Como se describió anteriormente, un volumen de
fluido introducido en un canal puede denominarse como zona de
fluido, como en el caso de inyección en un canal secuencialmente.
Las zonas de fluido pueden contener o consistir en cualquier fluido
adecuado, incluyendo, pero no limitándose a, por ejemplo, agua o
solución de tampón. Una zona de fluido puede también contener una
muestra. Las zonas de fluido, particularmente las zonas de fluido
que contienen muestras (zonas de muestra de fluido), pueden
separarse mediante zonas de separación de fluidos, para
disminuir la difusión de las muestras, o pueden simplemente
introducirse una después de otra, de tal forma que tenga lugar
alguna difusión. En realizaciones preferidas, las operaciones de
fluido se llevan a cabo secuencialmente en un canal.
Preferiblemente, al menos 2, 3, 5, 10, 15, 20,
30, 50, 100, 200 ó 200 zonas de fluido secuenciales se proporcionan
en un canal. El polímero de adsorción a superficie puede así
proporcionarse en al menos una zona de fluido que contiene una
muestra, o en al menos una zona de separación de fluidos.
Preferiblemente, el polímero de adsorción a superficie está
presente en al menos 2, 3, 5, 10, 15, 20, 30, 50, 100, 200 ó 1000
muestras o zonas de muestra de fluido, o en al menos 2, 3, 5, 10,
15, 20, 30, 50, 100, 200 ó 1000 zonas de separación de fluidos. En
otras realizaciones, el polímero de adsorción a superficie se
proporciona en al menos 2, 3, 5, 10, 15, 20, 30, 50, 100, 200 ó 1000
zonas de separación de fluidos, y está ausente de al menos una, o
todas, de las zonas de muestra de fluido. Alternativamente, el
polímero de adsorción a superficie se proporciona en ambas, una
zona de muestra de fluido y una zona de separación de fluidos.
Preferiblemente, el polímero de adsorción a superficie está presente
en al menos 2, 3, 5, 10, 15, 20, 30, 50, 100, 200 ó 1000 zonas de
muestra de fluido y en al menos 2, 3, 5, 10, 15, 20, 30, 50, 100,
200 ó 1000 zonas de separación de fluidos. Preferiblemente, el
polímero de adsorción a superficie está presente en todas las zonas
de separación de fluidos.
Se apreciará que un canal puede ser pretratado
con una solución de polímero (por ejemplo, un canal se pone en
contacto con una solución de polímero antes de ponerse en contacto
el canal con un analito de ensayo o un reactivo). Alternativamente,
las operaciones de fluidos que comprenden muestras de fluido a las
que se ha añadido polímero pueden llevarse a cabo sin pretratamiento
del canal con la solución del polímero.
En un ejemplo, los canales (varios cientos con
tamaño en el intervalo de \mu) de un dispositivo de microfluidos
de silicio se rellenan con una solución de PDMA (\sim10 \mul) de
concentración optimizada (por ejemplo, 0,1% presente), y se
equilibran durante 10 minutos. Posteriormente, las zonas de muestra
de fluido alternantes, que contienen PDMA (0,1% peso/volumen), y
las zonas de separación de fluidos no polares, se impulsan a través
del dispositivo. Cada zona de muestra de fluido contiene componentes
biológicos (es decir, muestras de proteína, mezclas de reacción de
PCR, EXO/SAP o MIS) y PDMA. Así, la superficie de un dispositivo de
microfluidos se pre-recubre antes de que las
muestras que contienen los componentes biológicos entren en el
sistema, y entonces la PDMA se proporciona en cada zona de fluido
que contiene una muestra biológica, para regenerar la superficie del
canal para cada reacción.
Se apreciará que el polímero de adsorción a
superficie puede introducirse en el canal por cualquier medio
adecuado. El polímero puede introducirse como una mezcla con una
muestra, o separadamente a través de puertos de entrada comunes o
separados.
El sustrato de microfluídica puede tomar
múltiples formas. El sustrato puede ser una capa de sustrato fina
rodeando un canal, como en los sustratos tubulares, tal como los
capilares de polímero o de sílice fundido actualmente disponibles.
En otras realizaciones, los sustratos están en un sustrato plano, en
los que se disponen uno o múltiples canales. Típicamente, se
fabrican hendiduras en el sustrato plano, y se cierran con un
elemento de cubierta o un segundo sustrato que contiene hendiduras
complementarias. En realizaciones preferidas, los dispositivos de
microfluidos contienen tales sistemas de microcanales integrados, en
los que múltiples canales están dispuestos en un único sustrato de
microfluídica.
Los sustratos pueden ser de cualquier material
adecuado. Los materiales de sustrato preferidos son sustratos
basados en sílice, tales como sílice, silicio, cristal, cuarzo. Los
materiales de sustrato adecuados también incluyen metales, así como
polímeros tales como plásticos, incluyendo poliestireno,
polipropileno, metacrilato de polimetilo, cloruro de polivinilo,
polietileno, policarbonato, polisulfona, fluorpolímeros, poliamidas,
polimetilsiloxanos, poliuretano, polisulfona, politetrafluoroetileno
(Teflón^{TM}), y elastómeros, por ejemplo. Otros sustratos
adecuados son conocidos en la técnica, y también pueden utilizarse.
Los sustratos pueden tener superficies no modificadas, o pueden
estar tratadas de tal forma que se modifiquen las propiedades de la
superficie; por ejemplo, puede llevarse a cabo una etapa de
silanización en sustratos de silicio antes de su uso en operaciones
de fluidos.
Los sustratos con microcanales dispuestos en
ellos pueden utilizarse en una variedad de aplicaciones, como se
describe mejor aquí. Por ejemplo, pueden utilizarse microcanales
para el movimiento de fluidos dentro de un canal de reacción, para
el movimiento de fluidos hacia un canal de reacción o cámara en un
dispositivo de microfluidos, en una muestra o medio de distribución
de reactivo (por ejemplo, para el movimiento de fluidos de o desde
un dispositivo), o para el almacenamiento de fluidos para utilizarse
en un dispositivo (por ejemplo, un dispositivo de
microfluídica).
Un ejemplo de un dispositivo de microfluídica
que puede utilizarse según la presente invención se muestra en el
Documento WO 0107159.
Los canales pueden tener cualquier geometría
adecuada, y pueden estar dispuestos en un dispositivo de
microfluidos en cualquier formato adecuado. Los canales también
pueden tener cualquiera de una variedad de diferentes formas de
sección, incluyendo canales tubulares, canales rectangulares,
canales romboidales, canales hemisféricos o similares, o incluso
formas más arbitrarias, tales como las que pueden resultar de
técnicas de fabricación menos precisas, por ejemplo, la ablación
por láser. Típicamente, la forma de un canal capilar variará
dependiendo del tipo de sustrato utilizado y del método de
fabricación. Por ejemplo, en capilares típicos de sílice fundido,
el canal capilar puede ser tubular. En sistemas que emplean
sustratos planos, por otra parte, los canales tendrán típicamente
una forma de sección romboidal, rectangular o hemisférica,
dependiendo del material de sustrato y el método de fabricación de
los canales.
Una variedad de técnicas de fabricación son bien
conocidas en la técnica de producir sistemas de canales
microfabricados. Por ejemplo, cuando tales dispositivos utilizan
sustratos encontrados comúnmente en la industria de los
semiconductores, son fácilmente aplicables los métodos de
fabricación regularmente empleados en esas industrias, por ejemplo
fotolitografía, atacado químico húmedo, deposición de vapor química,
pulverización por bombardeo iónico, electroformación, etc.
Similarmente, están también fácilmente disponibles métodos para
fabricar tales dispositivos en sustratos poliméricos, incluyendo
moldeo por inyección, impresión en seco, ablación por láser,
técnicas de LIGA y similares. Otras técnicas de fabricación útiles
incluyen técnicas de laminación o capas, utilizadas para
proporcionar estructuras de microescala intermedias, para definir
elementos de un dispositivo de microescala particular. Las técnicas
están también descritas en Sorba K. Ghandi, VLSI Principles: Silicon
and Gallium Arsenide, NY, Wiley.
Típicamente, los canales tendrán una dimensión
de sección interna, por ejemplo anchura, profundidad, o diámetro,
de entre alrededor de 1 \mum y alrededor de 3 mm, teniendo la
mayoría de los canales una dimensión de sección de desde alrededor
de 10 \mum hasta alrededor de 1000 \mum.
En aspectos particularmente preferidos, se
utilizan sustratos de microfluido planos, que emplean múltiples
canales integrados. Los dispositivos de microfluidos planos
generalmente emplean una red de canales integrados fabricada en la
superficie de un sustrato plano. Un segundo sustrato, que puede o no
tener allí formados canales complementarios, se coloca sobre la
superficie del primero para cubrir y sellar los canales, definiendo
así los canales.
Los canales pueden disponerse de tal forma que
los canales se comuniquen en una o más intersecciones, como en
realizaciones en los que los reservorios de fluidos o los canales de
alimentación comunican con una operación de fluido, o reacción, o
canal primarios, como en la Patente de EE. UU. Nº 5.858.195.
Alternativamente, los canales pueden disponerse de tal forma que no
se comuniquen con otros canales. Los canales pueden estar dispuestos
esencialmente en una línea recta, o tener giros, tal como en los
canales de serpentina. En ciertas realizaciones, un gran número de
canales se disponen en paralelo, para llevar a cabo un gran número
de análisis paralelos simultáneamente.
Un dispositivo de microfluídica puede contener
también pocillos de reacción. Por ejemplo, una muestra de fluido
puede hacerse fluir a través de un canal tratado según la invención
hasta un pocillo de reacción, y después se lleva a cabo una
reacción en el pocillo de reacción. El líquido puede entonces
hacerse fluir más lejos, por ejemplo hacia una salida, otra cámara
de reacción, reservorio de almacenamiento, etc.
Como aquí se utiliza, un sistema de movimiento
de fluidos es un sistema para mover o hacer fluir fluidos a través
de un microcanal. Los sistemas de movimiento de fluidos conocidos
incluyen sistemas basados en presión o vacío, sistemas de
electrocinética, electro-osmótica y
electro-hidrodinámica (Documento WO 98/45481 y
Patente de EE. UU. Nº 6.046.056), así como medios de movimiento de
gradiente de calor (Patente de EE. UU. Nº 6.057.149). En
realizaciones preferidas, se utilizan medios de movimiento de
fluidos basados en presión o vacío, que pueden ser efectuados por
un amplio rango de mecanismos, incluyendo el uso de microbombas,
microválvulas y jeringas. Los medios de movimiento de fluidos pueden
efectuar uno o varios movimientos de fluidos sucesivos, o pueden
efectuar el movimiento de fluidos en flujo continuo a través de un
canal.
Debido a la estabilidad de la cubierta de
polímero a temperaturas elevadas y en condiciones de temperatura
cambiantes, la invención también se lleva a cabo ventajosamente en
dispositivos de microfluídica que tienen un medio de regulación de
la temperatura que es capaz de calentar y/o enfriar los contenidos
de un canal.
Opcionalmente, el dispositivo también puede
contener un amplio rango de componentes adicionales, tales como
medios de interfaz (por ejemplo, jeringa) para asistir en la
introducción de una muestra fluida en un canal, otro dispositivo de
microfluido, reservorio, almacenamiento de fluidos, dispositivo de
distribución, etc. Un ejemplo de un aparato para introducir
muestras fluidas en un microcanal se describe en la Publicación de
Patente Internacional Nº WO 00/21666. Los dispositivos pueden
opcionalmente tener uno o más reservorios para el almacenamiento de
componentes fluidos tales como reactivos, analitos de ensayo, etc.
El dispositivo puede incluir una zona de detección en la que puede
monitorizarse una señal de una muestra o una reacción bioquímica, y
opcionalmente medios de detección para medir la señal.
Los métodos de la invención, y los canales
cubiertos de polímero y los dispositivos de microfluidos que
contienen los canales pueden utilizarse ventajosamente en un amplio
intervalo de operaciones de fluidos.
Las operaciones de fluidos incluyen, entre otras
operaciones, mezclar, llevar a cabo reacciones, incubaciones,
separaciones, diluciones, titulaciones, purificaciones, detecciones,
mezclas, ensayos de unión, ensayos de mediciones (por ejemplo
mediciones de cinética) y ensayos de cribado de fármacos. Las
operaciones de fluidos también incluyen generalmente someter a un
fluido a una o varias temperaturas. Las operaciones de fluidos
también incluyen operaciones que implican generalmente un gran
número de manipulaciones sucesivas. Las operaciones de fluidos
también incluyen cualquier manipulación de fluidos en la que el
fluido contiene una muestra, tal como un analito de ensayo o un
reactivo, particularmente cuando el analito de ensayo o el reactivo
es una biomolécula, y más preferiblemente cuando el analito de
ensayo o el reactivo es un ácido nucleico o un aminoácido. Varios
ejemplos de operaciones de fluidos que pueden llevarse a cabo en
microcanales se describen en la Publicación de Patente
Internacional Nº WO 98/45481. Los ejemplos preferidos de operaciones
de fluidos también incluyen la manipulación de proteínas en un
canal, tal como en el campo de la proteómica, aplicaciones
ejemplares de la cual se presentan en el Documento WO 0107159.
En un ejemplo, los dispositivos de microfluidos
se utilizan para realizar manipulaciones de fluidos de reactivos,
tal como para la combinación de reactivos para una mezcla de
reacción, las porciones de reactivos en diferentes composiciones.
En un aspecto, pueden realizarse diluciones de muestras o reactivos
en pequeños volúmenes, particularmente diluciones realizadas de
forma seriada. En otro ejemplo, pueden realizarse titulaciones, tal
como la titulación de un ensayo para la normalización del ensayo.
Por ejemplo, los diversos componentes de un ensayo pueden titularse
para definir el intervalo dinámico en el que los componentes
individuales están en el intervalo que permite obtener resultados
cuantitativos. No limitados a los reactivos y a los analitos de
ensayo, los dispositivos de microfluidos pueden también utilizarse
para la manipulación de células, como se describe en la Publicación
de Patente Internacional Nº WO 99/67639. Los canales y los
dispositivos de microfluidos pueden también utilizarse en ensayos
de cribado de fármacos, que generalmente implican la mezcla de
varios componentes, la incubación y el análisis de un resultado en
una etapa de detección. Se apreciará que puede utilizarse cualquier
reactivo o analito de ensayo deseado; los ejemplos incluyen, pero no
se limitan a, ácidos nucleicos, aminoácidos, lípidos, compuestos
químicos, y más específicamente receptores o anticuerpos y sus
ligandos, células y factores de crecimiento y factores inhibidores,
y enzimas y sustratos. Los dispositivos de microfluidos pueden
también utilizarse para la detección de cualquier analito de ensayo
deseado, como en los ensayos diagnósticos. Por ejemplo, un analito
de ensayo tal como una muestra de ácido nucleico o proteína, puede
hacerse pasar a través de un canal en el que un aparato de detección
determina la presencia o ausencia de una señal particular. Un
dispositivo de microfluidos puede además contener un canal o medios
para la separación de los componentes, tal como mediante
electroforesis. En ciertas realizaciones, se proporciona un polímero
de adsorción a superficie en presencia de una matriz de separación.
En otras realizaciones, el polímero de adsorción a superficie se
proporciona en una solución, esencialmente en ausencia de una matriz
de separación. El polímero de adsorción a superficie puede también
proporcionarse en presencia o ausencia de dicho canal de partículas
libres (por ejemplo silicio), al que el polímero de adsorción a
superficie es capaz de unirse.
También se apreciará que los canales y los
dispositivos de microfluidos de la invención son ventajosos para
muchos tipos de reacciones bioquímicas. Particularmente porque los
recubrimientos de polímeros de adsorción a superficie de la
invención son estables a las elevadas temperaturas necesarias para
muchas reacciones, y porque los recubrimientos son estables a
través del intervalo de temperaturas encontradas en las reacciones
de termociclación, la invención es muy adecuada para reacciones
tales como la amplificación de ácidos nucleicos y las reacciones de
extensión de cebador, tales como la secuenciación o varios tipos de
genotipaje. Los dispositivos y procesos según la invención hacen
posible llevar a cabo, en flujo continuo, protocolos bioquímicos que
incluyen una etapa con ciclado térmico. La invención es
particularmente muy adecuada para realizar la reacción en cadena de
la polimerasa (PCR), que es ampliamente utilizada en análisis
genético.
La invención, que puede utilizarse en análisis
genético, puede utilizarse también, sin embargo, para numerosos
protocolos en el terreno de la bioquímica y la biología molecular.
Así, en una realización preferida, la invención comprende un método
de conducir una reacción bioquímica, en la que se forma o se
proporciona una mezcla de reacción en un canal recubierto con un
polímero de adsorción a superficie, y se lleva a cabo una
termociclación en dicha mezcla de reacción. Ejemplos de protocolos
preferidos que requieren ciclado de temperatura y que se derivan de
la técnica de PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa), incluyen
RT-PCR, PCR específica de alelo, y TaqMan PCR
[Molecular Cloning to Genetic Engineering, White, B.A. Ed., en
Methods in Molecular Biology 67: Humana Press, Totowa (1997),
y la publicación titulada "PCR Methods and Applications", Cold
Spring Harbor Laboratory Press (1991)]. También son conocidas
técnicas de LCR (Reacción en Cadena de la Ligasa), tales como LCR,
Gap LCR, RT-LCR, Asymetric Gap LCR
(RT-AGLCR), Marshall R.I. et al. (PCR
Methods and Applications 4:80-84, 1994, el
Ensayo de Ligación de Oligonucleótidos (OLA) y
PCR-OLA [Nikiforov, T., Anal Biochem
227(1):201-9 (1995)], [Marshall, R.I., PCR
Methods Appl. 4(2):80-4 (1994)], [Nickerson,
D.A. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA
87(22):8923-7 (1990)]. También se conocen las
reacciones de secuenciación cíclica que utilizan clones o reacciones
de PCR, así como reacciones de microsencuenciación (extensión de
cebador de nucleótido único) (Cohen, D., Publicación de Patente
Internacional Nº WO 91/02087).
El ejemplo mejor conocido de una reacción de
ciclado de temperatura que puede llevarse a cabo es la amplificación
de ácidos nucleicos. Un método preferido en la técnica es la PCR,
que incluye la utilización de una hebra de una muestra de secuencia
de ácido nucleico, para generar complementos de la hebra,
complementos que servirán posteriormente como moldes de ácido
nucleico para posteriores reacciones de ciclado. Generalmente, dos
secuencias de cebadores complementarias a diferentes extremos del
fragmento de ácido nucleico diana que se va a generar, se permiten
hibridarse, o reasociarse, con la muestra de ácido nucleico. Cuando
se incuban en presencia de una enzima polimerasa y trifosfatos de
nucleósidos, los cebadores se extienden a lo largo de la secuencia
diana en la dirección del cebador opuesto. Los cebadores extendidos
son después disociados del molde de ácido nucleico elevando la
temperatura, y el proceso se repite.
Otras reacciones preferidas para llevarse a cabo
según la invención son las reacciones de secuenciación. Se conocen
varias técnicas diferentes para la secuenciación de ácidos
nucleicos, incluyendo el método de terminación de cadena didesoxi de
Sanger (Sanger et al., PNAS USA 74:5463-5467
(1977)), la secuenciación mediante hibridación (Drmanac et
al., Patente de EE. UU. Nº 5.202.231), y el método de
degradación química de Maxam-Gilbert. La
secuenciación en un microcanal se describe en la Publicación de
Patente Internacional Nº WO 98/45481.
En una realización, la invención proporciona un
método de disminuir la adsorción de materiales orgánicos sobre la
superficie de los aparatos de plástico, que comprende: (a) añadir a
una muestra fluida un polímero contenido en una solución acuosa; y
(b) realizar una o más operaciones de fluidos en dicho aparato de
plástico. Alternativamente, los métodos de la presente invención
pueden aplicarse para disminuir la adsorción de materiales orgánicos
sobre cualquier otra interfaz polar/no polar (por ejemplo,
interfaces agua/aceite o agua/aire).
Los métodos de la invención son especialmente
útiles cuando se realizan operaciones de fluidos en pequeños
volúmenes. Cuando se trabaja con volúmenes pequeños, la frecuencia
de interacción de moléculas orgánicas con la interfaz (por ejemplo,
la interfaz líquido/sólido entre la superficie de un dispositivo de
plástico y la mezcla de reacción, la interfaz líquido/líquido entre
el aceite y una mezcla de reacción, o una interfaz agua/aire), se
vuelve no insignificante, como consecuencia de la disminución de la
distancia que las moléculas tienen para alcanzar la interfaz. Las
escalas de frecuencia de interacción con volúmenes, para una
geometría esférica, como V^{1/3} y, al mismo tiempo, la razón
interfaz a volumen (IVR) aumenta con la disminución de volumen (IVR
\sim V^{1}). Consecuentemente, la probabilidad de la adsorción
de moléculas orgánicas aumenta dramáticamente cuando se trabaja en
pequeños volúmenes. Así, el método de la presente invención se
dirige preferiblemente a realizar operaciones de fluidos en
volúmenes de menos de un número entero comprendido entre 20 y 0,1
\mul.
La disminución de la adsorción de materiales
orgánicos sobre la superficie de aparatos de plástico utilizando el
método de la invención, puede dirigirse a aumentar el rendimiento de
las reacciones bioquímicas. La cantidad óptima de polímero que
debería añadirse a una mezcla de reacción dada de un volumen dado,
puede determinarse por un método que comprende las etapas de (i)
añadir a la mezcla de reacción diferentes cantidades de dicho
polímero contenido en una solución acuosa; (ii) realizar la reacción
en un dispositivo de plástico, y (iii) determinar la cantidad de
polímero que debería añadirse para obtener el máximo
rendimiento.
La disminución de la adsorción de materiales
orgánicos sobre la superficie de dispositivos de plástico utilizando
el método de la invención, también puede dirigirse a disminuir la
contaminación de operaciones de fluido posteriores por moléculas
orgánicas procedentes de la primera operación de fluidos. La
cantidad óptima de polímero que debería añadirse a una muestra de
fluido dada de un volumen dado, puede determinarse mediante un
método que comprende: (a) añadir a la primera muestra de fluido
diferentes cantidades de dicho polímero contenido en una solución
acuosa; (b) realizar las sucesivas operaciones de fluidos en un
dispositivo de plástico, y (c) determinar la cantidad de polímero
que debería añadirse para obtener la mínima contaminación de las
sucesivas operaciones de fluido por moléculas orgánicas procedentes
de la primera operación de fluidos. En una realización preferida de
la invención, dicha contaminación contiene la presencia no deseada
de trifosfatos de desoxinucleótidos (dNTPs).
Los métodos de la invención pueden utilizarse
para disminuir la adsorción de un amplio rango de moléculas
orgánicas sobre la superficie de los dispositivos de plástico. Por
ejemplo, las moléculas orgánicas comprenden ácidos nucleicos,
aminoácidos, lípidos y moléculas químicas. Los métodos de la
invención pueden utilizarse según un amplio rango de operaciones de
fluidos realizadas en dispositivos de plástico, incluyendo, pero no
limitándose a reacciones, incubaciones, diluciones, titulaciones,
purificaciones, detecciones, mezclas, ensayos de unión, ensayos de
mediciones (por ejemplo, mediciones de cinética) y ensayos de
cribado de fármacos. Cualquier número o combinación de operaciones
de fluidos puede realizarse según los métodos de la invención. Más
específicamente, las sucesivas operaciones de fluidos pueden
comprender realizar un proceso de genotipaje que consiste en
reacción en cadena de la polimerasa (PCR), purificación enzimática
utilizando fosfatasa alcalina de gamba (SAP) y microsecuenciación
(MIS). Particularmente preferida como primera operación de fluidos
es la PCR.
Los métodos de la invención pueden utilizarse
para realizar operaciones de fluidos en una amplia variedad de
dispositivos de plástico. Tales dispositivos incluyen, pero no se
limitan a, tubos de ensayo, placas de multipocillo, placas de
microtitulación, puntas de pipeta, pocillos de reacción y tubos de
microcentrífuga. Tales dispositivos pueden estar hechos de, por
ejemplo, siliconas (p.ej. polidimetilsiloxanos),
polimetilmetacrilato, poliuretano, polivinilcloruro, poliestireno,
polisulfona, policarbonato, politetrafluoroetileno, polipropileno,
polietileno, polimetilpenteno, polietileno, fluoropolímeros y
elastómeros. En una realización preferida, el método de la presente
invención se dirige a realizar operaciones de fluidos en placas de
microtitulación, que son utilizadas comúnmente en una variedad de
procedimientos biológicos. En general, una reacción biológica se
lleva a cabo en un pocillo de una placa de microtitulación. Sin
embargo, algunos procesos requieren reacciones sucesivas, y es por
lo tanto eficaz y beneficioso disminuir la adsorción de materiales
orgánicos sobre la superficie de los pocillos de las placas de
microtitulación, para realizar dos o más reacciones sucesivas en el
mismo pocillo de una única placa de microtitulación. En
realizaciones particularmente preferidas, los métodos de la
presente invención se dirigen a operaciones de fluidos sucesivas
realizadas en placas de microtitulación de alta densidad, por
ejemplo placas de 96, 384, 1536 o más pocillos.
La invención también se refiere a kits para
realizar operaciones de fluidos en dispositivos de plástico,
utilizando los métodos de la presente invención. Tales kits
comprenden (a) una composición acuosa que contiene un polímero como
el que se describe aquí; (b) reactivos para realizar operaciones de
fluidos; y (c) una nota recomendando la cantidad de dicha
composición que debería añadirse a los reactivos. Alternativamente,
el polímero puede estar contenido en los reactivos. El kit puede
dirigirse a realizar una única operación de fluidos o a un proceso
que comprende varias operaciones de fluidos. La composición que
contiene dicho polímero puede añadirse a todos los reactivos, o al
menos a un reactivo, para realizar cualquiera de las operaciones de
fluidos. En realizaciones particularmente preferidas, el kit que
utiliza el método de la presente invención es un kit para realizar
PCR, o para realizar un proceso que comprende una reacción de PCR.
Todavía más preferiblemente, el kit que utiliza los métodos de la
presente invención es un kit para realizar procesos de
genotipaje.
Aunque las realizaciones preferidas de la
invención han sido ilustradas y descritas, se apreciará que pueden
realizarse varios cambios por cualquier experto en la técnica, sin
apartarse del ámbito de la invención, como se define en las
reivindicaciones anejas.
Ejemplo de referencia
1
Un polímero preferido, PDMA, se sintetizó según
el siguiente protocolo. Se disolvieron 2,8 g de
N,N-dimetilacrilamida en 30 ml de agua MiliQ, y se
desgasaron durante 2 horas con nitrógeno. Posteriormente, una pareja
redox que consiste en metabisulfito sódico (Na_{2}S_{2}O_{5},
0,451 ml, concentración de 2,5 g/l) y persulfato amónico
(Na_{2}S_{2}O_{8}, 0,451 ml, concentración de 20 g/l) se
añadió a solución de acrilamida. La solución se dejó polimerizar
durante 3 horas bajo agitación permanente. (Viovy, J.-L., Hourdet,
D., Sudor, J., Patente Francesa Nº 98 16676; J. Sudor et
al., Electrophoresis, 2001, 22:720-28). La
polidimetilacrilamida (PDMA) polimerizada se purificó mediante
ultrafiltración (Milipore, EE. UU.) con una membrana que tenía un
corte de peso molecular de 100.000 daltons. La PDMA purificada se
secó en congelación durante la noche.
Ejemplo de referencia
2
Sustratos de microfluidos de silicio que tenían
canales dispuestos en ellos, se enjuagaron con agua caliente
(\sim90ºC) antes de su utilización. Cada canal (con un volumen de
10 \mul) se enjuagó con 1 ml de agua mediante una jeringa de
polipropileno de 5 ml. Los sustratos se secaron después utilizando
la jeringa para impulsar aire a través de los canales.
Se utilizó una micropipeta de 10 \mul para
rellenar los canales con mezcla de PCR. La punta del cono de la
pipeta se colocó a la entrada de los canales y se inyectaron 10
\mul de mezcla dentro de los canales.
Los canales que iban a ser recubiertos con PDMA
recibieron una mezcla de PCR que contenía MgCl_{2} (2 mM),
nucleótidos dATP, dGTP, dCTP, dTTP (200 \muM cada uno), cebadores
directo e inverso (300 nM cada uno), TaqGold (Perkin Elmer) (0,04
U/\mul), DNA (1 ng/\mul), PDMA (0,1%) y H_{2}O.
Los canales que iban a ser recubiertos con BSA
recibieron una mezcla de PCR que contenía MgCl_{2} (2 mM),
nucleótidos dATP, dGTP, dCTP, dTTP (200 \muM cada uno), cebadores
directo e inverso (300 nM cada uno), TaqGold (Perkin Elmer) (0,04
U/\mul), DNA (1 ng/\mul), BSA (0,5%) y H_{2}O.
Se utilizó una lámina de aluminio adhesiva para
sellar los canales, para prevenir la evaporación durante el
termociclado. La lámina se puso solo en la cara superior del chip.
La cara inferior del chip se dejó "limpia", para proporcionar
la mejor transferencia térmica durante el termociclado.
Una vez sellado, el chip se colocó sobre un
bloque plano en un termociclador Tetrade (MJ Research). Se puso una
minúscula gota de aceite entre el chip y el bloque plano, para
proporcionar un mejor contacto térmico y, como consecuencia, una
mejor transferencia de calor.
El chip con la mezcla de PCR se sometió a
ciclado, después de la preactivación de la Taq polimerasa (94ºC
durante 10 minutos), durante 35 ciclos de 30 segundos a 94ºC, 60
segundos a 55ºC y 30 segundos a 72ºC.
\newpage
La mezcla se recuperó después de los canales, y
el resultado se analizó mediante electroforesis en gel (gel de
agarosa), y mediante cuantificación del DNA de doble cadena con la
tinción fluorescente PicoGreen intercalada.
El protocolo descrito a continuación permite
realizar un procedimiento de genotipaje en una placa de
microtitulación de 384 pocillos, sin cambiar de pocillo.
Se preparó una mezcla de PCR con el
co-polímero de bloque Synperonic P105 (concentración
final de 0,5%), 2 \mul de DNA (1 ng/\mul), 2 \mul de TaqGold
(0,02 U/\mul) y 2 \mul de cebadores de PCR (300 nM). Se preparó
una mezcla de purificación con 4 \mul de SAP (0,4 U/\mul) y 4
\mul de EXO (0,2 U/\mul). Se preparó una mezcla de MIS con 8
\mul de Thermosequenase (0,05 U/\mul), 8 \mul de
oligonucleótidos de MIS (0,5 \mum) y 8 \mul de ddNTPS marcados
(9 nM).
Se añadieron 2 \mul de mezcla de PCR al
pocillo de una placa de microtitulación. La placa de
microtitulación, después de preactivación de la Taq polimerasa (94ºC
durante 10 minutos), se sometió a ciclado durante 35 ciclos de 30
segundos a 94ºC, 60 segundos a 55ºC y 30 segundos a 72ºC. Se realizó
una etapa de elongación al final del ciclado (72ºC durante 7
minutos). Se añadieron 2 \mul de mezcla de purificación al mismo
pocillo, y la placa de microtitulación se incubó durante 30 minutos
a 37ºC y durante 10 minutos a 94ºC. Finalmente, se añadieron 4
\mul de mezcla de MIS al mismo pocillo, y la placa de
microtitulación se incubó durante 1 minuto a 94ºC, y se sometió a
ciclado durante 20 ciclos de 15 segundos a 55ºC, 5 segundos a 72ºC y
10 segundos a 94ºC.
Utilizando el programa propiedad de Genset, se
analizó la señal fluorescente del procedimiento de
microsecuenciación. Sin embargo, un problema comúnmente encontrado
en el procedimiento de genotipaje es la adsorción de
desoxinucleótidos (dNTPs), sobre la superficie de las placas de
microtitulación, particularmente durante el proceso de genotipaje.
La adsorción de los dNTPs añadidos durante la primera etapa del
procedimiento de genotipaje (por ejemplo, PCR), sobre la superficie
de una placa de microtitulación, los hace menos accesibles a la
fosfatasa alcalina de gamba (SAP), durante las etapas posteriores
(por ejemplo, purificación enzimática), y los dNTPs adsorbidos no
se desfosforilan. Como los dNTPs se liberan de la superficie de la
placa de microtitulación a temperatura elevada (por ejemplo, durante
la desnaturalización de las enzimas EXO y SAP o durante el ciclado
de temperatura de las reacciones de MIS), éstos contaminan
dramáticamente la tercera etapa del proceso de genotipaje (es
decir, MIS). Como resultado, el producto oligonucleótido de MIS
puede extenderse más de una base (dNTPs); así, los ddNTPs SNP
específicos marcados fluorescentemente pueden incorporarse
incorrectamente al producto oligonucleótido, varias bases aguas
abajo del lugar SNP de interés, creando señales no específicas
(Véanse Figuras 5 y 6).
Claims (10)
1. Un método de disminuir la adsorción de un
material orgánico a una superficie, que comprende las etapas de:
- a)
- proporcionar una mezcla de fluido que contiene un material orgánico;
- b)
- añadir una cantidad efectiva de un polímero de adsorción a superficie a dicha muestra de fluido, donde dicho polímero de adsorción a superficie es un co-polímero de bloque que contiene óxidos de polipropileno y óxidos de polietileno;
- c)
- poner en contacto dicha muestra de fluido que contiene dicho material orgánico y dicho polímero de adsorción a superficie; y
- d)
- realizar una operación de fluidos;
donde dicho polímero de adsorción a
superficie:
- (i)
- se une no covalentemente a dicha superficie
- (ii)
- reduce la cantidad de adsorción de dicho material orgánico a dicha superficie; y
- (iii)
- no es uno de los reactivos de dicha operación de fluidos, o se añade en exceso respecto de la cantidad normalmente añadida a dicha muestra de fluido.
2. Un método según la reivindicación 1, en
el que el peso molecular de dicho polímero de adsorción a superficie
es de al menos 5 x 10^{4}, 1 x 10^{5}, 5 x 10^{5}, 1 x
10^{6} ó 5 x 10^{6} daltons.
3. Un método según las reivindicaciones 1 ó
2, en el que dicho polímero de adsorción a superficie comprende un
polímero seleccionado de: poliestireno, polipropileno, metacrilato
de polimetilo, cloruro de polivinilo, penteno de polimetilo,
polietileno, policarbonato, polisulfona, fluoropolímeros,
poliamidas, siliconas, y elastómeros.
4. Un método según una cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 3, en el que:
- a)
- dicha muestra de fluido es una solución acuosa; o
- b)
- dicha muestra de fluido es una solución no acuosa; o
- c)
- dicha operación de fluido es una reacción de PCR o una reacción de extensión de cebador; o
- d)
- dicho material orgánico contiene dNTPs; o
- e)
- dicho polímero de adsorción a superficie tiene un peso molecular de al menos 1 x 10^{5} daltons; o
- f)
- dicha superficie es parte de una placa de microtitulación; o
- g)
- dicha superficie es parte de un canal; o
- h)
- dicha operación de fluido se realiza en un dispositivo de microfluídica; o
- i)
- dicho material orgánico es ácidos nucleicos, dNTPs, ddNTPs, aminoácidos, proteínas, lípidos, o compuestos químicos.
5. Un método según una cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 4, en el que dicho material orgánico se
selecciona de: ácidos nucleicos, aminoácidos, lípidos, marcadores
fluorescentes, receptores, anticuerpos, ligandos de receptores,
ligandos de anticuerpos, células, factores de crecimiento,
inhibidores de crecimiento, enzimas, y sustratos de enzimas.
6. Un método de determinar la cantidad de
un polímero de adsorción a superficie para ser añadido a una
operación de fluidos según una cualquiera de las reivindicaciones 1
a 5, que comprende las etapas de:
- a)
- proporcionar un aparato que contiene una superficie;
- b)
- añadir una muestra de fluido y un polímero de adsorción a superficie a dicho aparato, donde dicho polímero de adsorción a superficie es un co-polímero de bloque que contiene óxidos de polipropileno y óxidos de polietileno;
- c)
- realizar una o más operaciones de fluidos en el mismo dicho aparato; y
- d)
- determinar la cantidad óptima de dicho polímero de adsorción a superficie capaz de obtener el máximo rendimiento de reacción o la mínima cantidad de adsorción de dicho material orgánico a dicha superficie.
7. Un método según la reivindicación 6, en
el que el peso molecular de dicho polímero de adsorción a superficie
es de al menos 5 x 10^{4}, 1 x 10^{5}, 5 x 10^{5}, 1 x
10^{6} ó 5 x 10^{6} daltons.
8. Un método de mantener o regenerar
dinámicamente una cubierta de polímero adsorbido sobre una
superficie de un microcanal, que comprende las etapas de:
- a)
- proporcionar un canal dispuesto en un sustrato
- b)
- introducir en dicho canal al menos dos muestras de fluido, creando así dos zonas de muestra de fluido, donde cada una de dichas al menos dos muestras de fluido contienen una muestra de interés; y
- c)
- proporcionar al menos una zona de separación de fluidos localizada entre dos de dichas zonas de muestra de fluido;
donde:
- (i)
- al menos una zona de muestra de fluido contiene un polímero de adsorción a superficie, o
- (ii)
- al menos una zona de separación contiene un polímero de adsorción a superficie, o
- (iii)
- al menos una zona de separación y al menos una zona de muestra de fluido contiene un polímero de adsorción a superficie, o
- (iv)
- cada una de dichas zonas de muestra de fluido contiene un polímero de adsorción a superficie, o
- (v)
- cada zona de separación contiene un polímero de adsorción a superficie, o
- (vi)
- cada zona de separación y cada zona de muestra de fluido contiene un polímero de adsorción a superficie;
donde dicho polímero de adsorción a
superficie es un co-polímero de bloque que contiene
óxidos de polipropileno y óxidos de
polietileno.
9. Un método según la reivindicación 8, en
el que:
- a)
- al menos una primera zona de muestra de fluido contiene dicho polímero de adsorción a superficie, que es capaz de unirse no covalentemente a una superficie de dicho canal; o
- b)
- al menos una zona de separación de fluidos está localizada entre dos zonas de muestra de fluido que contienen una muestra de interés.
10. Un método según las reivindicaciones 8 ó 9,
en el que el peso molecular de dicho polímero de adsorción a
superficie es de al menos 5 x 10^{4}, 1 x 10^{5}, 5 x 10^{5},
1 x 10^{6}, ó 5 x 10^{6} daltons.
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