EA036958B1 - Composition comprising blautia bacterial strains for reducing the level of pathogenic enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract - Google Patents
Composition comprising blautia bacterial strains for reducing the level of pathogenic enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract Download PDFInfo
- Publication number
- EA036958B1 EA036958B1 EA201990275A EA201990275A EA036958B1 EA 036958 B1 EA036958 B1 EA 036958B1 EA 201990275 A EA201990275 A EA 201990275A EA 201990275 A EA201990275 A EA 201990275A EA 036958 B1 EA036958 B1 EA 036958B1
- Authority
- EA
- Eurasian Patent Office
- Prior art keywords
- composition
- strain
- blautia
- enterobacteriaceae
- bacterial strain
- Prior art date
Links
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
- A61K35/74—Bacteria
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A23—FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
- A23L—FOODS, FOODSTUFFS, OR NON-ALCOHOLIC BEVERAGES, NOT COVERED BY SUBCLASSES A21D OR A23B-A23J; THEIR PREPARATION OR TREATMENT, e.g. COOKING, MODIFICATION OF NUTRITIVE QUALITIES, PHYSICAL TREATMENT; PRESERVATION OF FOODS OR FOODSTUFFS, IN GENERAL
- A23L33/00—Modifying nutritive qualities of foods; Dietetic products; Preparation or treatment thereof
- A23L33/10—Modifying nutritive qualities of foods; Dietetic products; Preparation or treatment thereof using additives
- A23L33/135—Bacteria or derivatives thereof, e.g. probiotics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
- A61K9/0012—Galenical forms characterised by the site of application
- A61K9/0053—Mouth and digestive tract, i.e. intraoral and peroral administration
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
- A61K9/14—Particulate form, e.g. powders, Processes for size reducing of pure drugs or the resulting products, Pure drug nanoparticles
- A61K9/19—Particulate form, e.g. powders, Processes for size reducing of pure drugs or the resulting products, Pure drug nanoparticles lyophilised, i.e. freeze-dried, solutions or dispersions
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
- A61K9/48—Preparations in capsules, e.g. of gelatin, of chocolate
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
- A61P1/10—Laxatives
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
- A61P1/12—Antidiarrhoeals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/04—Antibacterial agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K2035/11—Medicinal preparations comprising living procariotic cells
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Mycology (AREA)
- Nutrition Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Polymers & Plastics (AREA)
- Physiology (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Oncology (AREA)
- Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Область техникиTechnology area
Данное изобретение относится к области композиций, содержащих бактериальные штаммы, выделенные из пищеварительного тракта млекопитающих, и использованию таких композиций для лечения болезни.This invention relates to the field of compositions containing bacterial strains isolated from the digestive tract of mammals, and the use of such compositions for the treatment of disease.
Известный уровень техникиPrior art
Считается, что кишечник человека in utero является стерильным, но сразу после рождения он подвергается воздействию большого количества микроорганизмов от матери и из окружающей среды. После этого происходит динамический период микробной колонизации и сукцессии, зависящий от таких факторов как способ родов, окружающая среда, питание и генотип хозяина, которые коллективно влияют на состав микробиоты кишечника, особенно в ранний период жизни. Впоследствии микробиота стабилизируется и становится схожей с микробиотой взрослых людей [1]. Микробиота кишечника человека содержит более 1500 разных филотипов, среди которых количественно доминируют два основных бактериальных типа (филума) - Bacteroidetes и Firmicutes [2-3]. Успешные симбиотические отношения, возникающие в результате бактериальной колонизации кишечника человека, привели к развитию широкого спектра метаболических, структурных, защитных и других полезных функций. Повышенная метаболическая активность колонизированного кишечника обеспечивает разложение иначе трудноперевариваемых компонентов пищи с образованием побочных продуктов, являющихся важным источником питательных веществ для хозяина и обеспечивающих дополнительные полезные эффекты для здоровья. Схожим образом иммунологическая важность микробиоты кишечника является общепризнанной и была подтверждена на примере безмикробных животных, имеющих расстройства иммунной системы, которая функционально восстанавливается после введения комменсальных бактерий [4-6].The human intestine is believed to be sterile in utero, but immediately after birth it is exposed to a large number of microorganisms from the mother and from the environment. This is followed by a dynamic period of microbial colonization and succession, depending on factors such as mode of birth, environment, nutrition, and host genotype, which collectively affect the composition of the gut microbiota, especially during early life. Subsequently, the microbiota is stabilized and becomes similar to the microbiota of adults [1]. The human intestinal microbiota contains more than 1500 different phylotypes, among which two main bacterial types (phyla), Bacteroidetes and Firmicutes, are quantitatively dominant [2-3]. Successful symbiotic relationships resulting from bacterial colonization of the human intestine have led to the development of a wide range of metabolic, structural, protective and other beneficial functions. The increased metabolic activity of the colonized intestine allows for the degradation of otherwise indigestible food components to form by-products that are an important source of nutrients for the host and provide additional health benefits. Similarly, the immunological importance of the gut microbiota is generally recognized and has been confirmed in microbial-free animals with disorders of the immune system, which is functionally restored after the introduction of commensal bacteria [4-6].
Значительные изменения состава микробиоты были задокументированы при желудочно-кишечных расстройствах, таких как воспалительная болезнь кишечника (ВБК). Например, уровни бактерий кластера XIVa Clostridium и кластера XI Clostridium (F. prausnitzii) у пациентов с ВБК понижены, в то время как численность Е. coli увеличивается, что позволяет предположить сдвиг баланса между симбионтами и патобионтами в кишечнике [7-11].Significant changes in microbiota composition have been documented in gastrointestinal disorders such as inflammatory bowel disease (IBD). For example, the levels of Clostridium cluster XIVa and Clostridium cluster XI (F. prausnitzii) in IBD patients are decreased, while the number of E. coli increases, suggesting a shift in the balance between symbionts and pathobionts in the intestine [7-11].
В знак признания потенциального положительного эффекта, который определенные бактериальные штаммы могут оказывать на кишечник животного, различные штаммы были предложены для использования при лечении разных болезней (см., например, [12-15]). Ряд штаммов, включая преимущественно штаммы Lactobacillus и Bifidobacterium, были предложены для использования при лечении различных кишечных расстройств (см. обзор [16]). Штаммы рода Blautia были также предложены для использования при модулировании бактериального баланса пищеварительной экосистемы у пациентов с СРК (WO 01/85187). Однако взаимосвязи между различными бактериальными штаммами и разными болезнями и точные эффекты конкретных бактериальных штаммов на кишечник и на системном уровне и на какиелибо конкретные типы болезней изучены плохо.In recognition of the potential beneficial effect that certain bacterial strains can have on the intestines of an animal, different strains have been proposed for use in the treatment of various diseases (see, for example, [12-15]). A number of strains, including mainly the Lactobacillus and Bifidobacterium strains, have been proposed for use in the treatment of various intestinal disorders (see review [16]). Strains of the genus Blautia have also been proposed for use in modulating the bacterial balance of the digestive ecosystem in IBS patients (WO 01/85187). However, the relationships between different bacterial strains and different diseases and the exact effects of specific bacterial strains on the gut and at the systemic level and on any specific types of diseases are poorly understood.
Существует потребность в изучении потенциальных эффектов кишечных бактерий с целью разработки новых методов лечения, использующих кишечные бактерии.There is a need to study the potential effects of gut bacteria in order to develop new therapies that use gut bacteria.
US 2010/0247489 описывает использование минеральных питательных веществ для лечения расстройств пищеварения. US '789 предлагает также возможное использование многочисленных разных родов бактерий, включая Enterobacteriaceae, для предотвращения и уменьшения образования газа в ободочной кишке, таким образом, этот документ предполагает, что увеличение численности Enterobacteriaceae spp. в желудочно-кишечном тракте может быть использовано для лечения определенных болезней. US '789 не описывает каких-либо способов снижения численности Enterobacteriaceae spp.US 2010/0247489 describes the use of mineral nutrients for the treatment of digestive disorders. US '789 also suggests the possible use of numerous different genera of bacteria, including Enterobacteriaceae, to prevent and reduce the formation of gas in the colon, thus this document suggests that an increase in the number of Enterobacteriaceae spp. in the gastrointestinal tract can be used to treat certain diseases. US '789 does not describe any way to reduce the number of Enterobacteriaceae spp.
WO 2016/086206 предполагает, что бактерии порядка Clostridiales, включая Enterobacteriaceace spp., могут быть использованы для лечения или предотвращения дисбиоза. WO 2016/086206 не содержит ни предположения о том, что снижение уровня Enterobacteriaceace spp. в желудочно-кишечном тракте может быть использовано для лечения болезней, ни каких-либо предположений, каким образом может быть достигнуто снижение уровня Enterbacteriaceace spp.WO 2016/086206 suggests that bacteria of the order Clostridiales, including Enterobacteriaceace spp., Can be used to treat or prevent dysbiosis. WO 2016/086206 does not suggest that a decrease in the level of Enterobacteriaceace spp. in the gastrointestinal tract can be used to treat disease, no suggestion is made as to how the level of Enterbacteriaceace spp. can be reduced.
WO 2012/142605 предполагает возможность лечения ряда разных болезней комбинацией микроорганизмов. WO '605 предлагает возможное использование большого числа бактериальных видов, но WO '605 не содержит описания того, каким образом какой-либо из предложенных бактериальных видов может быть использован для лечения какой-либо из указанных болезней.WO 2012/142605 suggests the possibility of treating a number of different diseases with a combination of microorganisms. WO '605 suggests the possible use of a large number of bacterial species, but WO' 605 does not describe how any of the proposed bacterial species can be used to treat any of these diseases.
Сущность изобретенияThe essence of the invention
Авторы изобретения разработали новые терапии для лечения и предотвращения болезней, ассоциированных с Enterobacteriaceae, в частности Е. coli. В частности, авторы изобретения определили, что бактериальные штаммы из рода Blautia могут быть эффективными при снижении уровня Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте. Как описано в примерах, пероральное введение композиций, содержащих Blautia hydrogenotrophica, может снижать уровень Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте, включая Е. coli, и может излечивать или предотвращать болезни, ассоциированные с Enterobacteriaceae или Е. coli. Таким образом, в первом варианте реализации, изобретение предусматривает композицию, содержащую бактериальный штамм рода Blautia, для использования в способе снижения уровня Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте.The inventors have developed new therapies for the treatment and prevention of diseases associated with Enterobacteriaceae, in particular E. coli. In particular, the inventors have determined that bacterial strains from the genus Blautia can be effective in reducing the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract. As described in the examples, oral administration of compositions containing Blautia hydrogenotrophica can reduce the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract, including E. coli, and can cure or prevent diseases associated with Enterobacteriaceae or E. coli. Thus, in a first embodiment, the invention provides a composition comprising a bacterial strain of the genus Blautia for use in a method for reducing the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract.
- 1 036958- 1 036958
В предпочтительных вариантах реализации всех аспектов изобретения Enterobacteriaceae представляют собой Е. coli. В предпочтительных вариантах реализации всех аспектов изобретения бактериальный штамм принадлежит к Blautia hydrogenotrophica и предпочтительно представляет собой бактерию, депонированную с номером доступа DSM 10507/14294.In preferred embodiments of all aspects of the invention, the Enterobacteriaceae are E. coli. In preferred embodiments of all aspects of the invention, the bacterial strain belongs to Blautia hydrogenotrophica and is preferably a bacterium deposited with DSM accession number 10507/14294.
В предпочтительных вариантах реализации изобретение предусматривает композицию, содержащую бактериальный штамм рода Blautia, для использования в способе лечения или предотвращения болезни, ассоциированной с инфекцией Enterobacteriaceae, такой как инфекция Е. coli. В определенных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для использования при лечении или предотвращении диареи, гастроэнтерита, инфекции мочевыводящих путей или менингита новорожденных. В определенных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для использования при лечении или предотвращении инфекции Enterobacteriaceae, такой как инфекция Е. coli.In preferred embodiments, the invention provides a composition comprising a bacterial strain of the genus Blautia for use in a method for treating or preventing a disease associated with an Enterobacteriaceae infection, such as E. coli infection. In certain embodiments, the compositions of the invention are for use in the treatment or prevention of diarrhea, gastroenteritis, urinary tract infection, or neonatal meningitis. In certain embodiments, the compositions of the invention are for use in treating or preventing an infection with Enterobacteriaceae, such as E. coli infection.
В дополнительных предпочтительных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для использования с целью снижения уровня Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте, предпочтительно уровня Е. coli, при лечении или предотвращении СРК, болезни Крона, язвенного колита, функциональной диспепсии, диареи, гастроэнтерита, инфекции мочевыводящих путей или менингита новорожденных.In further preferred embodiments, the compositions of the invention are intended for use to reduce the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract, preferably E. coli, in the treatment or prevention of IBS, Crohn's disease, ulcerative colitis, functional dyspepsia, diarrhea, gastroenteritis, urinary tract infection or meningitis of the newborn.
Авторы изобретения разработали новые терапии для лечения и предотвращения диареи. В частности, авторы изобретения определили, что бактериальные штаммы из рода Blautia могут эффективно уменьшать диарею. Как описано в примерах, пероральное введение композиций, содержащих Blautia hydrogenotrophica, может уменьшать диарею у пациентов с синдромом раздраженного кишечника (СРК).The inventors have developed new therapies for the treatment and prevention of diarrhea. In particular, the inventors have determined that bacterial strains from the genus Blautia can effectively reduce diarrhea. As described in the examples, oral administration of compositions containing Blautia hydrogenotrophica can reduce diarrhea in patients with irritable bowel syndrome (IBS).
В предпочтительных вариантах реализации изобретения, бактериальный штамм в композиции принадлежит к Blautia hydrogenotrophica. Также могут быть использованы близкородственные штаммы, такие как бактериальные штаммы, имеющие последовательность 16s pPHK, по меньшей мере на 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичную последовательности 16s pPHK бактериального штамма Blautia hydrogenotrophica. Предпочтительно бактериальный штамм имеет последовательность 16s pPHK, по меньшей мере на 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичную SEQ ID NO: 5. Наиболее предпочтительно бактериальный штамм в композиции представляет собой штамм Blautia hydrogenotrophica, депонированный с номером доступа DSM 10507/14294.In preferred embodiments of the invention, the bacterial strain in the composition belongs to Blautia hydrogenotrophica. Closely related strains may also be used, such as bacterial strains having a 16s rRNA sequence at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5 or 99.9% identical to the 16s rRNA sequence of the bacterial strain Blautia hydrogenotrophica. Preferably, the bacterial strain has a 16s rRNA sequence at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5 or 99.9% identical to SEQ ID NO: 5. Most preferably, the bacterial strain in the composition is Blautia hydrogenotrophica strain deposited with DSM access number 10507/14294.
В дополнительных вариантах реализации изобретения бактериальный штамм в композиции принадлежит к Blautia stercoris. Также могут быть использованы близкородственные штаммы, такие как бактериальные штаммы, имеющие последовательность 16s pPHK, по меньшей мере на 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичную последовательности 16s pPHK бактериального штамма Blautia stercoris. Предпочтительно бактериальный штамм имеет последовательность 16s pPHK, по меньшей мере на 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичную SEQ ID NO: 1 или 3. Предпочтительно идентичность последовательности определяют по отношению к SEQ ID NO: 3. Предпочтительно бактериальный штамм для использования по изобретению имеет последовательность 16s pPHK, представленную SEQ ID NO: 3.In additional embodiments of the invention, the bacterial strain in the composition belongs to Blautia stercoris. Closely related strains can also be used, such as bacterial strains having a 16s rRNA sequence at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5 or 99.9% identical to the 16s pRNA sequence of the bacterial strain Blautia stercoris. Preferably, the bacterial strain has a 16s pRNA sequence at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5 or 99.9% identical to SEQ ID NO: 1 or 3. Preferably, sequence identity is determined with respect to SEQ ID NO: 3. Preferably, the bacterial strain for use in the invention has the 16s pRNA sequence represented by SEQ ID NO: 3.
В дополнительных вариантах реализации изобретения бактериальный штамм в композиции принадлежит к Blautia wexlerae. Также могут быть использованы близкородственные штаммы, такие как бактериальные штаммы, имеющие последовательность 16s pPHK, по меньшей мере на 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичную последовательности 16s pPHK бактериального штамма Blautia wexlerae. Предпочтительно бактериальный штамм имеет последовательность 16s pPHK, по меньшей мере на 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичную SEQ ID NO: 2 или 4. Предпочтительно идентичность последовательности определяют по отношению к SEQ ID NO: 4. Предпочтительно бактериальный штамм для использования по изобретению имеет последовательность 16s pPHK, представленную SEQ ID NO: 4.In additional embodiments of the invention, the bacterial strain in the composition belongs to Blautia wexlerae. Closely related strains can also be used, such as bacterial strains having a 16s rRNA sequence at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5 or 99.9% identical to the 16s rRNA sequence of the Blautia wexlerae bacterial strain. Preferably, the bacterial strain has a 16s pRNA sequence at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5 or 99.9% identical to SEQ ID NO: 2 or 4. Preferably, sequence identity is determined with respect to SEQ ID NO: 4. Preferably, the bacterial strain for use in the invention has the 16s pRNA sequence represented by SEQ ID NO: 4.
В определенных вариантах реализации композиция по изобретению предназначена для перорального введения. Пероральное введение штаммов по изобретению может эффективно снижать уровень Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте. Также пероральное введение удобно для пациентов и практикующих врачей и позволяет обеспечить доставку в и/или частичную или полную колонизацию кишечника.In certain embodiments, a composition of the invention is for oral administration. Oral administration of the strains of the invention can effectively reduce the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract. Also, oral administration is convenient for patients and practitioners and allows delivery to and / or partial or complete colonization of the intestine.
В определенных вариантах реализации композиция по изобретению содержит один или несколько фармацевтически приемлемых эксципиентов или носителей.In certain embodiments, a composition of the invention comprises one or more pharmaceutically acceptable excipients or carriers.
В определенных вариантах реализации композиция по изобретению содержит бактериальный штамм, подвергнутый лиофилизации. Лиофилизация представляет собой эффективную и удобную методику приготовления стабильных композиций, позволяющих обеспечить доставку бактерий, и продемонстрировала возможность получения эффективных композиций в примерах.In certain embodiments, a composition of the invention comprises a lyophilized bacterial strain. Lyophilization is an efficient and convenient technique for the preparation of stable compositions that allow delivery of bacteria, and has demonstrated the possibility of obtaining effective compositions in the examples.
В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает пищевой продукт, содержащий композицию, описанную выше.In certain embodiments, the invention provides a food product containing the composition described above.
В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает композицию вакцины, содержащей композицию, описанную выше.In certain embodiments, the invention provides a vaccine composition comprising a composition as described above.
Дополнительно изобретение предусматривает способ снижения уровня Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте и тем самым лечение или предотвращение болезней, ассоциированных с Enterobacteriaceae, включающий введения композиции, содержащей бактериальный штамм рода Blautia.Additionally, the invention provides a method for reducing the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract and thereby treating or preventing diseases associated with Enterobacteriaceae, comprising administering a composition containing a bacterial strain of the genus Blautia.
- 2 036958- 2 036958
Краткое описание графических материаловBrief description of graphic materials
Фиг. 1. Измерение популяции BH методом кПЦР (количественной ПЦР), показывающее увеличение численности BH в дни 14 и 28 для крыс HMI-CPK (инокулированных кишечной микробиотой человека, больного СРК), получавших лиофилизат BH.FIG. 1. Measurement of the BH population by qPCR (quantitative PCR) showing an increase in BH on days 14 and 28 for HMI-CPK rats (inoculated with human intestinal microbiota with IBS) treated with BH lyophilisate.
Фиг. 2. Исследования дозирования на крысах HIM (инокулированных кишечной микробиотой человека) - количественное определение В. hydrogenotrophica методом ОТ-ПЦР в образцах фекалий крыс HIM-здорового человека (инокулированных кишечной микробиотой здорового человека), получавших разные концентрации бактериальных видов.FIG. 2. Dosing studies in HIM rats (inoculated with human intestinal microbiota) - quantitative determination of B. hydrogenotrophica by RT-PCR in fecal samples from healthy HIM rats (inoculated with healthy human intestinal microbiota) treated with different concentrations of bacterial species.
Фиг. 3. Время пассажа В. hydrogenotrophica после перорального введения (109/день) крысам HIMздорового человека.FIG. 3. Time of passage of B. hydrogenotrophica after oral administration (10 9 / day) in healthy human HIM rats.
Фиг. 4. Сравнение уровней В. hydrogenotrophica, присутствующих в фекальных и цекальных образцах крыс HIM-здорового человека (количественное определение методом ОТ-ПЦР) после 14 дней введения - В. hydrogenotrophica вводят в количестве 1010/день/крысу.FIG. 4. Comparison of levels of B. hydrogenotrophica present in fecal and cecal samples from HIM-healthy rats (quantified by RT-PCR) after 14 days of administration - B. hydrogenotrophica was administered at 10 10 / day / rat.
Фиг. 5. Эффект введения В. hydrogenotrophica на состав микробиоты в фекалиях крыс, ассоциированных с микробиотой здорового человека. Введение 1010 В. hydrogenotrophica/день в течение 14 дней (результаты для фекальной микробиоты от 2 здоровых людей (20 крыс HIM) - анализ методом кПЦР).FIG. 5. Effect of B. hydrogenotrophica administration on microbiota composition in feces of rats associated with the microbiota of a healthy person. Administration of 10 10 B. hydrogenotrophica / day for 14 days (results for fecal microbiota from 2 healthy individuals (20 HIM rats) - qPCR analysis).
Фиг. 6. Влияние введения В. hydrogenotrophica на микробные популяции крыс HIM-CPK.FIG. 6. Effect of B. hydrogenotrophica administration on microbial populations of HIM-CPK rats.
Фиг. 7а. Изменение уровней Blautia hydrogenotrophica в микробиоте пациента во время и после лечения с использованием Blautix.FIG. 7a. Changes in patient microbiota levels of Blautia hydrogenotrophica during and after treatment with Blautix.
Фиг. 7b. Изменение уровней Enterobacteria в микробиоте пациента во время и после лечения с использованием Blautix.FIG. 7b. Changes in patient microbiota levels of Enterobacteria during and after treatment with Blautix.
Фиг. 8. Результаты определения Cmax методом дыхательного водородного теста для дня 1, дня 2, дня 15 и дня 16 для пациентов с СРК, получавших Blautix (фиг. 8а), и пациентов с СРК, получавших плацебо (фиг. 8b); фиг. 8с представляет собой график, сравнивающий процент получавших Blautix пациентов со снижением водорода между средним для дней 15 и 16 и средним для дней 1 и 2, с процентом пациентов со снижением водорода между этими моментами времени, получавших плацебо.FIG. 8. Results of C max determination by the hydrogen breath test for day 1, day 2, day 15 and day 16 for IBS patients treated with Blautix (FIG. 8a) and IBS patients treated with placebo (FIG. 8b); fig. 8c is a graph comparing the percentage of Blautix treated patients with a decrease in hydrogen between the mean for days 15 and 16 and the mean for days 1 and 2, with the percentage of patients with a decrease in hydrogen between these time points receiving placebo.
Фиг. 9а: парные данные нескорректированных и скорректированных дыхательных водородных тестов в день 1 и день 15 для пациентов с СРК, получавших Blautix; фиг. 9b: график, сравнивающий средние нескорректированные результаты дыхательного водородного теста в день 1 и день 15 для группы лечения с использованием Blautix; фиг. 9с: график, сравнивающий средние скорректированные результаты дыхательного водородного теста в день 1 и день 15 для группы лечения с использованием Blautix.FIG. 9a: Paired data from unadjusted and corrected hydrogen breath tests on Day 1 and Day 15 for IBS patients treated with Blautix; fig. 9b: Graph comparing the mean uncorrected hydrogen breath test results on Day 1 and Day 15 for the Blautix treatment group; fig. 9c: Graph comparing the mean corrected hydrogen breath test results on Day 1 and Day 15 for the Blautix treatment group.
Фиг. 10а: парные данные нескорректированных и скорректированных дыхательных водородных тестов в день 1 и день 15 для пациентов с СРК, получавших плацебо; фиг. 10b: график, сравнивающий средние нескорректированные результаты дыхательного водородного теста в день 1 и день 15 для группы плацебо; фиг. 10с: график, сравнивающий средние скорректированные результаты дыхательного водородного теста в день 1 и день 15 для группы плацебо.FIG. 10a: Paired data from unadjusted and corrected hydrogen breath tests on Day 1 and Day 15 for IBS patients receiving placebo; fig. 10b: Graph comparing the mean uncorrected hydrogen breath test results on Day 1 and Day 15 for the placebo group; fig. 10c: Graph comparing the adjusted mean adjusted hydrogen breath test results on Day 1 and Day 15 for the placebo group.
Фиг. 11. Графики, сравнивающие средние результаты дыхательного водородного теста в день 1 и день 15 для группы лечения с использованием Bautix (Verum (группа препарата с действующими веществами)) и группы плацебо (фиг. 11а: нескорректированный уровень водорода; фиг. 11b: скорректированный уровень водорода).FIG. 11. Graphs comparing the average results of the hydrogen breath test on Day 1 and Day 15 for the Bautix treatment group (Verum (drug group with active substances)) and placebo group (Fig. 11a: uncorrected hydrogen level; Fig. 11b: corrected level hydrogen).
Фиг. 12. Оценка популяции В. hydrogenotrophica методом кПЦР в образцах фекалий крыс НМАСРК (ассоциированных с микробиотой человека, больного СРК), получавших или не получавших композицию, содержащую В. Hydrogenotrophica (BlautiX), в течение 28 дней.FIG. 12. Evaluation of the population of B. hydrogenotrophica by qPCR in fecal samples from HMASPK rats (associated with human microbiota, IBS patient), receiving or not receiving the composition containing B. Hydrogenotrophica (BlautiX) for 28 days.
Фиг. 13. Подсчет бактерий в образцах фекалий крыс НМА-СРК после введения В. hydrogenotrophica (BlautiX) по сравнению с контрольным раствором.FIG. 13. Bacterial counts in fecal samples from HMA-CPK rats after administration of B. hydrogenotrophica (BlautiX) versus control solution.
Фиг. 14. Изменение симптомов пациентов на протяжении периода дозирования (дни 1-16) клинических испытаний фазы I.FIG. 14. Changes in patient symptoms during the dosing period (days 1-16) of phase I clinical trials.
Фиг. 15. Изменение симптомов пациентов на протяжении периода вымывания клинических испытаний фазы I.FIG. 15. Changes in patients' symptoms during the washout period of phase I clinical trials.
Раскрытие изобретенияDisclosure of invention
Бактериальные штаммыBacterial strains
Композиции по изобретению содержат бактериальный штамм рода Blautia. Примеры демонстрируют, что бактерии этого рода являются пригодными для снижения уровня Enterobacteriaceae в желудочнокишечном тракте, в частности Е. coli. Предпочтительные бактериальные штаммы принадлежат к видам Blautia hydrogenotrophica, Blautia stercoris и Blautia wexlerae. Другими предпочтительными бактериальными штаммами для использования по изобретению являются Blautia producta, Blautia coccoides и Blautia hansenii. Наиболее предпочтительными являются Blautia hydrogenotrophica, особенно бактерия, депонированная с номером доступа DSM 10507/14294.The compositions according to the invention contain a bacterial strain of the genus Blautia. The examples demonstrate that bacteria of this genus are useful in reducing the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract, in particular E. coli. Preferred bacterial strains belong to the species Blautia hydrogenotrophica, Blautia stercoris and Blautia wexlerae. Other preferred bacterial strains for use in the invention are Blautia producta, Blautia coccoides and Blautia hansenii. Most preferred are Blautia hydrogenotrophica, especially a bacterium deposited with DSM accession number 10507/14294.
Примеры штаммов Blautia для использования по изобретению включают Blautia hydrogenotrophica, В. stercoris, В. faecis, В. coccoides, В. glucerasea, В. hansenii, В. luti, В. producta, В. schinkii и В. wexlerae. Виды Blautia представляют собой грампозитивные неподвижные бактерии, которые могут быть коккоподобными или овальными, и все являются облигатными анаэробами, продуцирующими уксусную кислотуExamples of Blautia strains for use in the invention include Blautia hydrogenotrophica, B. stercoris, B. faecis, B. coccoides, B. glucerasea, B. hansenii, B. luti, B. producta, B. schinkii and B. wexlerae. Blautia spp. Are gram-positive immotile bacteria that can be coccoid or oval, and all are obligate anaerobes that produce acetic acid
- 3 036958 в качестве основного конечного продукта ферментации глюкозы [17]. Blautia могут быть выделены из кишечника человека, хотя В. producta был выделен из септического образца.- 3 036958 as the main end product of glucose fermentation [17]. Blautia can be isolated from the human intestine, although B. producta was isolated from a septic sample.
Blautia hydrogenotrophica (прежнее название Ruminococcus hydrogenotrophicus) был выделен из кишечников млекопитающих, является строго анаэробным и метаболизирует Н2/СО2 до ацетата, что может быть важно для питания и здоровья человека. Типовым штаммом Blautia hydrogenotrophica является S5a33=DSM 10507=JCM 14656. Генная последовательность 16S рРНК штамма S5a36 Blautia hydrogenotrophica имеет номер доступа GenBank X95624.1 (приведена в данном документе как SEQ ID NO: 5). Этот типичный штамм Blautia hydrogenotrophica описан в [17] и [18]. Штамм S5a33 и штамм S5a36 соответствуют двум субклонам штамма, выделенного из образца фекалий здорового субъекта. Они демонстрируют одинаковую морфологию, физиологию и метаболизм и имеют идентичные последовательности 16s рРНК. Таким образом, в некоторых вариантах реализации Blautia hydrogenotrophica для использования по изобретению имеет последовательность 16s рРНК в соответствии с SEQ ID NO: 5.Blautia hydrogenotrophica (formerly Ruminococcus hydrogenotrophicus) was isolated from the intestines of mammals, is strictly anaerobic and metabolizes H2 / CO2 to acetate, which may be important for human nutrition and health. A typical Blautia hydrogenotrophica strain is S5a33 = DSM 10507 = JCM 14656. The 16S rRNA gene sequence of Blautia hydrogenotrophica strain S5a36 has GenBank accession number X95624.1 (cited herein as SEQ ID NO: 5). This typical Blautia hydrogenotrophica strain is described in [17] and [18]. Strain S5a33 and strain S5a36 correspond to two subclones of a strain isolated from a fecal sample from a healthy subject. They show the same morphology, physiology and metabolism and have identical 16s rRNA sequences. Thus, in some embodiments, Blautia hydrogenotrophica for use in the invention has a 16s rRNA sequence in accordance with SEQ ID NO: 5.
Бактерия Blautia hydrogenotrophica, депонированная с номером доступа DSM 10507, а также с номером доступа DSM 14294 была протестирована в примерах и также называется в данном документе штаммом BH. Штамм BH был депонирован в Немецкой коллекции микроорганизмов и клеточных культур (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH, Mascheroder Weg 1b, 38124 Braunschweig, Germany) 26 января 1996 г. как Ruminococcus hydrogenotrophicus с номером доступа DSMZ 10507, а также с номером доступа DSMZ 14294 как S5a33 14 мая 2001 г. Депозитарием была INRA Laboratoire de Microbiologie CR de Clermont-Ferrand/Theix 63122 Saint Genes Champanelle, France. Права владения на депонированные материалы перешли к 4D Pharma Plc путем переуступки.The bacteria Blautia hydrogenotrophica deposited with accession number DSM 10507 as well as accession number DSM 14294 has been tested in the examples and is also referred to herein as strain BH. The BH strain was deposited in the German Collection of Microorganisms and Cell Cultures (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH, Mascheroder Weg 1b, 38124 Braunschweig, Germany) on January 26, 1996 as Ruminococcus hydrogenotrophicus with accession number DSMZ 10507, and 1429 with accession number DSMZ as S5a33 on 14 May 2001. The depositary was INRA Laboratoire de Microbiologie CR de Clermont-Ferrand / Theix 63122 Saint Genes Champanelle, France. Ownership of the deposited materials passed to 4D Pharma Plc by assignment.
Генная последовательность 16S рРНК штамма GAM6-1T Blautia stercoris имеет номер доступа GenBank HM626177 (приведена в данном документе как SEQ ID NO: 1). Типичный пример штамма Blautia stercoris описан в [19]. Типовым штаммом Blautia wexlerae является WAL 14507=ATCC BAA-1564=DSM 19850 [17]. Генная последовательность 16S рРНК штамма WAL 14507 Т Blautia wexlerae имеет номер доступа GenBank EF036467 (приведена в данном документе как SEQ ID NO: 2). Этот типичный штамм Blautia wexlerae описан в [17].The 16S rRNA gene sequence of Blautia stercoris strain GAM6-1T has GenBank accession number HM626177 (referred to herein as SEQ ID NO: 1). A typical example of the Blautia stercoris strain is described in [19]. A typical Blautia wexlerae strain is WAL 14507 = ATCC BAA-1564 = DSM 19850 [17]. The 16S rRNA gene sequence of Blautia wexlerae strain WAL 14507 T has GenBank accession number EF036467 (referred to herein as SEQ ID NO: 2). This typical Blautia wexlerae strain is described in [17].
Предпочтительным штаммом Blautia stercoris является штамм, депонированный с номером доступа NCIMB 42381, который также называется в данном документе штаммом 830. Последовательность 16s рРНК штамма 830 представлена как SEQ ID NO: 3. Штамм 830 был депонирован в международном депозитарии NCIMB, Ltd. (Ferguson Building, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland) фирмой GT Biologics Ltd. (Life Sciences Innovation Building, Aberdeen, AB25 2ZS, Scotland) 12 марта 2015 г. как Blautia stercoris 830, и ему был присвоен номер доступа NCIMB 42381. GT Biologics Ltd. впоследствии изменила название на 4D Pharma Research Limited.The preferred Blautia stercoris strain is the strain deposited with accession number NCIMB 42381, which is also referred to herein as strain 830. The 16s rRNA sequence of strain 830 is shown as SEQ ID NO: 3. Strain 830 was deposited with the international depository NCIMB, Ltd. (Ferguson Building, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland) by GT Biologics Ltd. (Life Sciences Innovation Building, Aberdeen, AB25 2ZS, Scotland) March 12, 2015 as Blautia stercoris 830, and was assigned accession number NCIMB 42381. GT Biologics Ltd. subsequently changed its name to 4D Pharma Research Limited.
Предпочтительным штаммом Blautia wexlerae является штамм, депонированный с номером доступа NCIMB 42486, который также называется в данном документе штаммом MRX008. Последовательность 16s рРНК штамма MRX008 представлена как SEQ ID NO: 4. Штамм MRX008 был депонирован в международном депозитарии NCIMB, Ltd. (Ferguson Building, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland) фирмой 4D Pharma Research Ltd. (Life Sciences Innovation Building, Aberdeen, AB25 2ZS, Scotland) 16 ноября 2015 г. как Blaqutia/Ruminococcus MRx0008, и ему был присвоен номер доступа NCIMB 42486.A preferred Blautia wexlerae strain is the strain deposited with accession number NCIMB 42486, which is also referred to herein as strain MRX008. The 16s rRNA sequence of the MRX008 strain is shown as SEQ ID NO: 4. The MRX008 strain was deposited with the international depository NCIMB, Ltd. (Ferguson Building, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland) by 4D Pharma Research Ltd. (Life Sciences Innovation Building, Aberdeen, AB25 2ZS, Scotland) November 16, 2015 as Blaqutia / Ruminococcus MRx0008 and assigned accession number NCIMB 42486.
Ожидается, что бактериальные штаммы, близкородственные со штаммом, протестированным в примерах, также будут эффективно снижать уровень Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте, в частности Е. coli. В определенных вариантах реализации бактериальный штамм для использования по изобретению имеет последовательность 16s рРНК, по меньшей мере на 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичную последовательности 16s pPHK бактериального штамма Blautia hydrogenotrophica.It is expected that bacterial strains closely related to the strain tested in the examples will also effectively reduce the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract, in particular E. coli. In certain embodiments, the bacterial strain for use in the invention has a 16s rRNA sequence that is at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5, or 99.9% identical to the 16s rRNA sequence of the Blautia hydrogenotrophica bacterial strain.
Предпочтительно бактериальный штамм для использования по изобретению имеет последовательность 16s pPHK, по меньшей мере на 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичную SEQ ID NO: 5.Preferably, the bacterial strain for use in the invention has a 16s rRNA sequence at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5 or 99.9% identical to SEQ ID NO: 5.
В определенных вариантах реализации, бактериальный штамм для использования по изобретению имеет последовательность 16s pPHK, по меньшей мере на 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичную последовательности 16s pPHK бактериального штамма Blautia stercoris. Предпочтительно бактериальный штамм для использования по изобретению имеет последовательность 16s pPHK, по меньшей мере на 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичную SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 3. Предпочтительно идентичность последовательности определяют по отношению к SEQ ID NO: 3. Предпочтительно бактериальный штамм для использования по изобретению имеет последовательность 16s pPHK, представленную SEQ ID NO: 3. В определенных вариантах реализации бактериальный штамм для использования по изобретению имеет последовательность 16s pPHK, по меньшей мере на 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичную последовательности 16s pPHK бактериального штамма Blautia wexlerae. Предпочтительно бактериальный штамм для использования по изобретению имеет последовательность 16s pPHK, по меньшей мере на 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичную SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 4. Предпочтительно идентичность последовательности определяют по отношению к SEQ ID NO: 4. Предпочтительно бактериальный штамм для использования по изобретению имеет последовательность 16s pPHK, представленную SEQ ID NO: 4.In certain embodiments, the bacterial strain for use in the invention has a 16s rRNA sequence that is at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5, or 99.9% identical to the 16s rRNA sequence of the Blautia stercoris bacterial strain. Preferably, the bacterial strain for use in the invention has a 16s pRNA sequence at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5 or 99.9% identical to SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 3. Preferably sequence identity is defined with respect to SEQ ID NO: 3. Preferably, the bacterial strain for use in the invention has a 16s pRNA sequence set forth in SEQ ID NO: 3. In certain embodiments, the bacterial strain for use in the invention has a 16s pRNA sequence of at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5 or 99.9% identical to the 16s rRNA sequence of the bacterial strain Blautia wexlerae. Preferably, the bacterial strain for use in the invention has a 16s rRNA sequence at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5 or 99.9% identical to SEQ ID NO: 2 or SEQ ID NO: 4. Preferably, sequence identity determined with respect to SEQ ID NO: 4. Preferably, the bacterial strain for use in the invention has the 16s pRNA sequence shown by SEQ ID NO: 4.
Бактериальные штаммы, являющиеся биотипами бактерии, депонированной с номером доступаBacterial strains that are biotypes of bacteria deposited with accession number
- 4 036958- 4 036958
DSM 10507/14294, или биотипами бактерий, депонированных с номерами доступа NCIMB 42381 иDSM 10507/14294, or biotypes of bacteria deposited with accession numbers NCIMB 42381 and
NCIMB 42486, как ожидается, также будут эффективно снижать уровень Enterobacteriaceae в желудочнокишечном тракте, в частности Е. coli. Биотип представляет собой близкородственный штамм, имеющий такие же или очень схожие физиологические и биохимические характеристики.NCIMB 42486 is also expected to effectively reduce the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract, in particular E. coli. A biotype is a closely related strain that has the same or very similar physiological and biochemical characteristics.
Штаммы, представляющие собой биотипы бактерии, депонированной с номером доступа DSM 10507/14294, NCIMB 42381 или NCIMB 42486, и являющиеся пригодными для использования по изобретению, могут быть идентифицированы путем секвенирования других нуклеотидных последовательностей бактерии, депонированной с номером доступа DSM 10507/14294, NCIMB 42381 или NCIMB 42486. Например, может быть секвенирован по существу полный геном, и штамм биотипа для использования по изобретению может иметь по меньшей мере 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичности последовательностей по меньшей мере в 80% его полного генома (например, по меньшей мере в 85, 90, 95 или 99% или в его полном геноме). Например, в некоторых вариантах реализации штамм биотипа имеет по меньшей мере 98% идентичности последовательностей по меньшей мере в 98% его генома или по меньшей мере 99% идентичности последовательностей в 99% его генома. Другие пригодные последовательности для использования при идентификации штаммов биотипа могут включать hsp60 или повторные последовательности, такие как BOX, ERIC, (GTG)5, или REP или [20]. Штаммы биотипа могут иметь последовательности по меньшей мере с 95, 96, 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичности последовательностей с соответствующей последовательностью бактерии, депонированной с номером доступа DSM 10507/14294, NCIMB 42381 или NCIMB 42486. В некоторых вариантах реализации штамм биотипа имеет последовательность с по меньшей мере 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичности последовательностей с соответствующей последовательностью штамма Blautia hydrogenotrophica, депонированного как DSM 10507/14294, и содержит последовательность 16s pPHK, которая по меньшей мере на 99% идентична (например, по меньшей мере на 99,5% или по меньшей мере на 99,9% идентична) SEQ ID NO: 5. В некоторых вариантах реализации штамм биотипа имеет последовательность по меньшей мере с 97, 98, 99, 99,5 или 99,9% идентичности последовательностей с соответствующей последовательностью штамма Blautia hydrogenotrophica, депонированного как DSM 10507/14294, и имеет последовательность 16s pPHK в соответствии с SEQ ID NO: 5.Strains that are biotypes of the bacterium deposited with accession number DSM 10507/14294, NCIMB 42381 or NCIMB 42486 and are suitable for use in the invention can be identified by sequencing other nucleotide sequences of the bacterium deposited with accession number DSM 10507/14294, NCIMB 42381 or NCIMB 42486. For example, a substantially complete genome can be sequenced and a biotype strain for use in the invention can have at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5, or 99.9% sequence identity of at least in 80% of its entire genome (for example, at least 85, 90, 95 or 99% or in its entire genome). For example, in some embodiments, a biotype strain has at least 98% sequence identity in at least 98% of its genome, or at least 99% sequence identity in 99% of its genome. Other suitable sequences for use in identifying biotype strains may include hsp60 or repeated sequences such as BOX, ERIC, (GTG) 5 , or REP or [20]. Strains of the biotype may have sequences with at least 95, 96, 97, 98, 99, 99.5 or 99.9% sequence identity with the corresponding sequence of the bacterium deposited with DSM accession number 10507/14294, NCIMB 42381 or NCIMB 42486. B In some embodiments, the biotype strain has a sequence with at least 97, 98, 99, 99.5, or 99.9% sequence identity with the corresponding sequence of the Blautia hydrogenotrophica strain deposited as DSM 10507/14294 and contains a 16s pRNA sequence that is at least at least 99% identical (e.g., at least 99.5%, or at least 99.9% identical) to SEQ ID NO: 5. In some embodiments, the biotype strain has a sequence of at least 97, 98, 99 , 99.5 or 99.9% sequence identity with the corresponding sequence of the Blautia hydrogenotrophica strain deposited as DSM 10507/14294 and has the 16s rRNA sequence according to SEQ ID NO: 5.
Альтернативно штаммы, представляющие собой биотипы бактерии, депонированной с номером доступа DSM 10507/14294, NCIMB 42381 или NCIMB 42486, и являющиеся пригодными для использования по изобретению могут быть идентифицированы путем использования депозита с номером доступа DSM 10507/14294, депозита с номером доступа NCIMB 42381 или депозита с номером доступа NCIMB 42486 и проведения анализа рестрикционных фрагментов и/или анализа ПЦР, например методами флуоресцентного анализа полиморфизма длин амплифицированных фрагментов (FAFLP) и фингерпринтинга с использованием ПЦР амплификации повторяющихся последовательностей межгенных палиндромов (repetitive DNAelement (rep)-PCR fingerprinting), или белкового профилирования, или частичного секвенирования рДНК 16S или 23s. В предпочтительных вариантах реализации такие методики могут быть использованы для идентификации других штаммов Blautia hydrogenotrophica, Blautia stercoris или Blautia wexlerae.Alternatively, strains that are biotypes of bacteria deposited with accession number DSM 10507/14294, NCIMB 42381 or NCIMB 42486 and are suitable for use in the invention can be identified using deposit accession number DSM 10507/14294, deposit accession number NCIMB 42381 or deposit with accession number NCIMB 42486 and performing restriction fragment analysis and / or PCR analysis, for example, by methods of fluorescence analysis of amplified fragment length polymorphism (FAFLP) and fingerprinting using PCR amplification of repeated sequences of intergenic palindromes (repetitive DNAelement (repinting) -PCR or protein profiling, or partial 16S or 23s rDNA sequencing. In preferred embodiments, such techniques can be used to identify other strains of Blautia hydrogenotrophica, Blautia stercoris, or Blautia wexlerae.
В определенных вариантах реализации штаммы, представляющие собой биотипы бактерии, депонированной с номером доступа DSM 10507/14294, NCIMB 42381 или NCIMB 42486, и пригодные для использования по изобретению, являются штаммами, обеспечивающими такие же характеристики (pattern), как и бактерия, депонированная с номером доступа DSM 10507/14294, NCIMB 42381 или NCIMB 42486, при проведении анализа методом рестрикционного анализа амплифицированных рибосомальных ДНК (ARDRA), например с использованием рестрикционного фермента Sau3AI (примеры методов и руководство приведены, например, в [21]). Альтернативно штаммы биотипа идентифицируются как штаммы, имеющие такой же характер ферментации углеводов, как и бактерия, депонированная с номером доступа DSM 10507/14294, NCIMB 42381 или NCIMB 42486.In certain embodiments, strains that are biotypes of a bacterium deposited with accession number DSM 10507/14294, NCIMB 42381, or NCIMB 42486 and suitable for use in the invention are strains that provide the same pattern as the bacterium deposited with accession number DSM 10507/14294, NCIMB 42381 or NCIMB 42486, when analyzing by restriction analysis of amplified ribosomal DNA (ARDRA), for example using the restriction enzyme Sau3AI (examples of methods and guidance are given, for example, in [21]). Alternatively, strains of the biotype are identified as having the same carbohydrate fermentation pattern as the bacterium deposited with accession number DSM 10507/14294, NCIMB 42381 or NCIMB 42486.
Другие штаммы Blautia, пригодные для использования в композициях и способах по изобретению, такие как биотипы бактерии, депонированной с номером доступа DSM 10507/14294, NCIMB 42381 или NCIMB 42486, могут быть идентифицированы с использованием любого пригодного способа или стратегии, включая анализы, описанные в примерах. Например, штаммы для использования по изобретению могут быть идентифицированы путем культивации бактерий и введения крысам для тестирования методом анализа растяжения (distension assay). В частности, бактериальные штаммы, имеющие схожие характеристики роста, тип метаболизма и/или поверхностные антигены с бактерией, депонированной с номером доступа DSM 10507/14294, NCIMB 42381 или NCIMB 42486, могут быть пригодными для использования по изобретению. Полезный штамм будет иметь сопоставимую модулирующую активность микробиоты со штаммом DSM 10507/14294, NCIMB 42381 или NCIMB 42486. В частности, штамм биотипа будет вызывать эффекты воздействия на Enterobacteriaceae, сопоставимые эффектами, продемонстрированными в примерах, которые могут быть идентифицированы с использованием протоколов культивации и введения, описанных в примерах.Other Blautia strains suitable for use in the compositions and methods of the invention, such as biotypes of bacteria deposited with accession number DSM 10507/14294, NCIMB 42381, or NCIMB 42486, can be identified using any suitable method or strategy, including the assays described in examples. For example, strains for use in the invention can be identified by culturing bacteria and administering to rats for testing by a distension assay. In particular, bacterial strains having similar growth characteristics, metabolic patterns and / or surface antigens to bacteria deposited with accession number DSM 10507/14294, NCIMB 42381 or NCIMB 42486 may be suitable for use in the invention. A useful strain will have comparable microbiota modulating activity with DSM 10507/14294, NCIMB 42381, or NCIMB 42486. In particular, a biotype strain will produce effects on Enterobacteriaceae comparable to those shown in the examples, which can be identified using culture and administration protocols described in the examples.
Особенно предпочтительным штаммом по изобретению является штамм Blautia hydrogenotrophica, депонированный с номером доступа DSM 10507/14294. Он является типичным штаммом BH, которыйA particularly preferred strain according to the invention is the Blautia hydrogenotrophica strain deposited with accession number DSM 10507/14294. It is a typical BH strain that
- 5 036958 был использован для тестирования в примерах и продемонстрировал эффективное снижение уровня Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте, в частности Е. coli. Таким образом, изобретение предусматривает клетку, такую как выделенная клетка, штамма Blautia hydrogenotrophica, депонированного с номером доступа DSM 10507/14294, или ее производную для использования в терапии, в частности при болезнях, описанных в данном документе.- 5,036958 was used for testing in the examples and demonstrated an effective reduction in the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract, in particular E. coli. Thus, the invention provides a cell, such as an isolated cell, of the Blautia hydrogenotrophica strain deposited with accession number DSM 10507/14294, or a derivative thereof, for use in therapy, in particular in the diseases described herein.
Производными штамма, депонированного с номером доступа DSM 10507/14294, NCIMB 42381 или NCIMB 42486, могут быть дочерний штамм (потомство) или штамм, выращенный (субклонированный) из исходного. Производный штамм по изобретению может быть модифицирован, например, на генетическом уровне, без потери биологической активности. В частности, производный штамм по изобретению является терапевтически активным. Производный штамм будет иметь модулирующую активность микробиоты, сопоставимую с исходным штаммом DSM 10507/14294, NCIMB 42381 или NCIMB 42486. В частности, производный штамм будет вызывать эффекты воздействия на Enterobacteriaceae, сопоставимые с эффектами, продемонстрированными в примерах, которые могут быть идентифицированы с использованием протоколов культивации и введения, описанных в примерах. Производное DSM 10507/14294 будет обычно биотипом штамма DSM 10507/14294. Производное NCIMB 42381 будет обычно биотипом штамма NCIMB 42381. Производное NCIMB 42486 будет обычно биотипом штамма NCIMB 42486.Derivatives of the strain deposited with accession number DSM 10507/14294, NCIMB 42381 or NCIMB 42486 may be a daughter strain (progeny) or a strain grown (subcloned) from the parent strain. The derived strain according to the invention can be modified, for example, at the genetic level, without loss of biological activity. In particular, the derived strain according to the invention is therapeutically active. The derived strain will have a microbiota modulating activity comparable to the original strain DSM 10507/14294, NCIMB 42381 or NCIMB 42486. In particular, the derived strain will produce effects on Enterobacteriaceae comparable to those shown in the examples, which can be identified using the protocols cultivation and introduction described in the examples. The derivative DSM 10507/14294 will usually be the biotype of strain DSM 10507/14294. Derivative NCIMB 42381 will usually be the biotype of strain NCIMB 42381. Derivative NCIMB 42486 will usually be the biotype of strain NCIMB 42486.
Ссылки на клетки штамма Blautia hydrogenotrophica, депонированного с номером доступа DSM 10507/14294, охватывают любые клетки, имеющие такие же характеристики безопасности и терапевтической эффективности, как и штаммы, депонированные с номером доступа DSM 10507/14294, и такие клетки входят в объем изобретения. Ссылки на клетки штамма Blautia stercoris, депонированного с номером доступа NCIMB 42381, охватывают любые клетки, имеющие такие же характеристики безопасности и терапевтической эффективности, как и штаммы, депонированные с номером доступа NCIMB 42381, и такие клетки входят в объем изобретения. Ссылки на клетки штамма Blautia wexlerae, депонированного с номером доступа NCIMB 42486, охватывают любые клетки, имеющие такие же характеристики безопасности и терапевтической эффективности, как и штаммы, депонированные с номером доступа NCIMB 42486, и такие клетки входят в объем изобретения.References to cells of the Blautia hydrogenotrophica strain deposited with accession number DSM 10507/14294 encompass any cells having the same safety and therapeutic efficacy characteristics as strains deposited with accession number DSM 10507/14294, and such cells are within the scope of the invention. References to cells of the Blautia stercoris strain deposited with accession number NCIMB 42381 encompass any cells having the same safety and therapeutic efficacy characteristics as strains deposited with accession number NCIMB 42381, and such cells are within the scope of the invention. References to cells of the Blautia wexlerae strain deposited with accession number NCIMB 42486 encompass any cells having the same safety and therapeutic efficacy characteristics as strains deposited with accession number NCIMB 42486, and such cells are within the scope of the invention.
В предпочтительных вариантах реализации бактериальные штаммы в композициях по изобретению являются жизнеспособными и способны частично или полностью колонизировать кишечник.In preferred embodiments, the bacterial strains in the compositions of the invention are viable and capable of partially or completely colonizing the intestine.
Терапевтическое применениеTherapeutic Uses
В определенных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для использования с целью снижения уровня Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте. Повышенные уровни Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте ассоциированы с многочисленными патологическими состояниями и болезнями, и примеры демонстрируют, что композиции по изобретению могут эффективно снижать уровень Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте.In certain embodiments, the compositions of the invention are intended for use to reduce the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract. Increased levels of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract are associated with numerous pathological conditions and diseases, and the examples demonstrate that the compositions of the invention can effectively reduce the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract.
В предпочтительных вариантах реализации всех аспектов изобретения Enterobacteriaceae представляет собой Е. coli.In preferred embodiments of all aspects of the invention, the Enterobacteriaceae is E. coli.
Таким образом, предпочтительно композиции по изобретению предназначены для использования с целью снижения уровня Е. coli в желудочно-кишечном тракте.Thus, preferably, the compositions of the invention are intended for use to reduce the level of E. coli in the gastrointestinal tract.
В определенных вариантах реализации, Enterobacteriaceae представляет собой патогенный штамм, такой как Е. coli О157:Н7, О104:Н4, O121, O26, O103, O111, O145, О104:Н21 или О104:Н4.In certain embodiments, Enterobacteriaceae is a pathogenic strain such as E. coli O157: H7, O104: H4, O121, O26, O103, O111, O145, O104: H21, or O104: H4.
В альтернативных вариантах реализации Enterobacteriaceae является комменсальным или непатогенным штаммом. Повышенные уровни таких Enterobacteriaceae могут способствовать таким состояниям, как СРК и болезнь Крона, и примеры демонстрируют, что композиции по изобретению могут оказывать эффект уменьшения численности Enterobacteriaceae в контексте СРК.In alternative embodiments, Enterobacteriaceae is a commensal or non-pathogenic strain. Elevated levels of such Enterobacteriaceae can contribute to conditions such as IBS and Crohn's disease, and the examples demonstrate that compositions of the invention can have the effect of reducing the number of Enterobacteriaceae in the context of IBS.
В определенных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для использования при лечении или предотвращении болезни, ассоциированной с инфекцией Enterobacteriaceae, такой как инфекция Е. coli. В определенных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для использования при лечении или предотвращении диареи, гастроэнтерита, инфекции мочевыводящих путей или менингита новорожденных. В таких вариантах реализации Enterobacteriaceae может быть патогенным штаммом.In certain embodiments, the compositions of the invention are for use in the treatment or prevention of a disease associated with an Enterobacteriaceae infection, such as E. coli infection. In certain embodiments, the compositions of the invention are for use in the treatment or prevention of diarrhea, gastroenteritis, urinary tract infection, or neonatal meningitis. In such embodiments, the Enterobacteriaceae may be a pathogenic strain.
В определенных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для использования при лечении или предотвращении болезни, ассоциированной с повышенными уровнями Enterobacteriaceae, таких как Е. coli. В определенных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для использования при лечении или предотвращении диареи, гастроэнтерита, инфекции мочевыводящих путей или менингита новорожденных. В таких вариантах реализации Enterobacteriaceae может быть комменсальным или непатогенным штаммом.In certain embodiments, compositions of the invention are for use in the treatment or prevention of a disease associated with elevated levels of Enterobacteriaceae, such as E. coli. In certain embodiments, the compositions of the invention are for use in the treatment or prevention of diarrhea, gastroenteritis, urinary tract infection, or neonatal meningitis. In such embodiments, the Enterobacteriaceae may be a commensal or non-pathogenic strain.
В некоторых вариантах реализации патогенез болезни или состояния поражает кишечник. В некоторых вариантах реализации патогенез болезни или состояния не поражает кишечник. В некоторых вариантах реализации патогенез болезни или состояния не локализован в кишечнике. В некоторых вариантах реализации лечение или предотвращение производится в месте, отличном от кишечника. В некоторых вариантах реализации лечение или предотвращение производится в кишечнике, а также в месте, от- 6 036958 личном от кишечника. В определенных вариантах реализации болезнь или состояние являются системными.In some embodiments, the pathogenesis of the disease or condition involves the intestine. In some embodiments, the pathogenesis of the disease or condition does not involve the intestine. In some embodiments, the pathogenesis of the disease or condition is not localized to the intestine. In some embodiments, treatment or prevention is performed at a site other than the intestine. In some embodiments, the treatment or prevention is performed in the intestine as well as at a site away from the intestine. In certain embodiments, the disease or condition is systemic.
В определенных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для использования при лечении или предотвращении инфекции Enterobacteriaceae, такой как инфекция Е. coli. В предпочтительных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для использования при лечении или предотвращении инфекции желудочно-кишечного тракта, и в частности слепой кишки. В таких вариантах реализации Enterobacteriaceae может быть патогенным штаммом.In certain embodiments, the compositions of the invention are for use in treating or preventing an infection with Enterobacteriaceae, such as E. coli infection. In preferred embodiments, the compositions of the invention are for use in the treatment or prevention of an infection of the gastrointestinal tract, and in particular the cecum. In such embodiments, the Enterobacteriaceae may be a pathogenic strain.
В некоторых вариантах реализации уровень Enterobacteriaceae снижается в стуле субъекта. В некоторых вариантах реализации уровень Enterobacteriaceae снижается в образце стула, взятом у субъекта. В некоторых вариантах реализации уровень Enterobacteriaceae снижается в дистальном отделе кишечника субъекта. В некоторых вариантах реализации уровень Enterobacteriaceae снижается в слепой кишке. В некоторых вариантах реализации уровень Enterobacteriaceae снижается в ободочной кишке. В некоторых вариантах реализации уровень Enterobacteriaceae снижается в прямой кишке. В некоторых вариантах реализации уровень Enterobacteriaceae снижается в тонкой кишке.In some embodiments, the level of Enterobacteriaceae is decreased in the subject's stool. In some embodiments, the level of Enterobacteriaceae is reduced in a stool sample from a subject. In some embodiments, the level of Enterobacteriaceae is decreased in the distal intestine of the subject. In some embodiments, the level of Enterobacteriaceae is reduced in the cecum. In some embodiments, the level of Enterobacteriaceae is decreased in the colon. In some embodiments, the level of Enterobacteriaceae is decreased in the rectum. In some embodiments, the level of Enterobacteriaceae is decreased in the small intestine.
В предпочтительных вариантах реализации изобретение предусматривает композицию, содержащую бактериальный штамм рода Blautia, для использования при лечении инфекций, вызываемых патогенными Enterobacteriaceae.In preferred embodiments, the invention provides a composition comprising a bacterial strain of the genus Blautia for use in the treatment of infections caused by pathogenic Enterobacteriaceae.
В предпочтительных вариантах реализации изобретение предусматривает композицию, содержащую бактериальный штамм рода Blautia, для использования при лечении инфекции Е. coli.In preferred embodiments, the invention provides a composition comprising a bacterial strain of the genus Blautia for use in the treatment of E. coli infection.
В предпочтительных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для использования с целью снижения уровня Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте, предпочтительно уровня Е. coli, при лечении или предотвращении болезни, ассоциированной с повышенными уровнями Enterobacteriaceae, такой как СРК, болезнь Крона, неспецифический язвенный колит, функциональная диспепсия, диарея, гастроэнтерит, инфекция мочевыводящих путей или менингит новорожденных. Известно, что Enterobacteriaceae, и в частности Е. coli, являются потенциальными инициаторами или, как известно, усугубляют болезнь Крона и неспецифический язвенный колит [22-24], поэтому эффект, продемонстрированный в примерах для композиций по изобретению, может быть полезным при лечении этих состояний.In preferred embodiments, the compositions of the invention are for use to reduce the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract, preferably E. coli, in the treatment or prevention of a disease associated with elevated levels of Enterobacteriaceae, such as IBS, Crohn's disease, ulcerative colitis. functional dyspepsia, diarrhea, gastroenteritis, urinary tract infection, or neonatal meningitis. It is known that Enterobacteriaceae, and in particular E. coli, are potential initiators or are known to aggravate Crohn's disease and ulcerative colitis [22-24], therefore the effect demonstrated in the examples for the compositions of the invention may be useful in the treatment of these states.
В определенных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для использования при лечении или предотвращении СРК, болезни Крона, язвенного колита, функциональной диспепсии, диареи, гастроэнтерита, инфекции мочевыводящих путей или менингита новорожденных путем снижения уровня Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте.In certain embodiments, the compositions of the invention are for use in treating or preventing IBS, Crohn's disease, ulcerative colitis, functional dyspepsia, diarrhea, gastroenteritis, urinary tract infection, or neonatal meningitis by reducing the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract.
В предпочтительных вариантах реализации композиции по изобретению содержат бактерию, депонированную с номером доступа DSM 10507/14294, и предназначены для использования с целью снижения уровня Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте при лечении болезни Крона, язвенного колита, функциональной диспепсии или наиболее предпочтительно СРК. В дополнительных предпочтительных вариантах реализации композиции по изобретению содержат бактерию, депонированную с номером доступа DSM 10507/14294, и предназначены для использования при лечении или предотвращении болезни Крона, язвенного колита, функциональной диспепсии или наиболее предпочтительно СРК, путем снижения уровня Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте.In preferred embodiments, the compositions of the invention comprise a bacterium deposited with accession number DSM 10507/14294 and are intended for use to reduce the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract in the treatment of Crohn's disease, ulcerative colitis, functional dyspepsia, or most preferably IBS. In further preferred embodiments, the compositions of the invention comprise a bacterium deposited with accession number DSM 10507/14294 and are intended for use in the treatment or prevention of Crohn's disease, ulcerative colitis, functional dyspepsia, or most preferably IBS, by reducing the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract. ...
В определенных вариантах реализации композицию вводят в комбинации с антибиотиком, таким как фторхинолон, азитромицин, ципрофлоксацин или рифаксимин. В определенных вариантах реализации, композицию вводят в комбинации с дегидратирующим средством, таким как регидратирующий раствор для перорального введения. Композиция по изобретению может быть введена одновременно с антибиотиком или дегидратирующим средством или последовательно с антибиотиком или дегидратирующим средством.In certain embodiments, the composition is administered in combination with an antibiotic such as fluoroquinolone, azithromycin, ciprofloxacin, or rifaximin. In certain embodiments, the composition is administered in combination with a dehydrating agent, such as an oral rehydration solution. The composition of the invention can be administered concurrently with an antibiotic or dehydrating agent, or sequentially with an antibiotic or dehydrating agent.
В определенных вариантах реализации композиции предназначены для использования у пациентов, которые демонстрируют или, как ожидается, будут демонстрировать повышенные уровни Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте, например по сравнению со здоровым субъектом или популяцией здоровых субъектов.In certain embodiments, the compositions are for use in patients who exhibit, or are expected to exhibit, increased levels of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract, for example, as compared to a healthy subject or a population of healthy subjects.
В определенных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для использования в способе лечения, предотвращения или снижения колонизации желудочно-кишечного тракта Enterobacteriaceae.In certain embodiments, the compositions of the invention are for use in a method for treating, preventing, or reducing colonization of the gastrointestinal tract by Enterobacteriaceae.
В некоторых вариантах реализации композиция по изобретению предназначена для использования в способе снижения уровня Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте у субъекта, имеющего повышенный уровень водорода в своем дыхании по сравнению со здоровым субъектом. В некоторых вариантах реализации композиция по изобретению предназначена для использования при снижении уровня водорода в дыхании субъекта, который демонстрирует или, как ожидается, будет демонстрировать повышенный уровень Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте. Субъект предпочтительно представляет собой субъекта с диагнозом СРК, болезни Крона, язвенного колита, функциональной диспепсии, диареи, гастроэнтерита, инфекции мочевыводящих путей или менингита новорожденных и/или инфекции, вызываемой патогенными Enterobacteriaceae, например Е. coli. Примеры показывают, что лече- 7 036958 ние композицией по изобретению снижает уровень водорода, детектируемый в дыхательных водородных тестах. Соответственно уровни водорода предпочтительно оценивают с использованием дыхательного водородного теста. Дыхательный водородный тест хорошо известен специалистам и, таким образом, квалифицированный специалист будет знать, как проводить такой тест. В некоторых вариантах реализации, пациенту вводят лактулозу в качестве субстрата для проведения теста.In some embodiments, a composition of the invention is for use in a method for reducing the level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract in a subject having an increased level of hydrogen in their respiration compared to a healthy subject. In some embodiments, the composition of the invention is for use in reducing the respiratory hydrogen level of a subject that exhibits, or is expected to exhibit, an increased level of Enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract. The subject is preferably a subject diagnosed with IBS, Crohn's disease, ulcerative colitis, functional dyspepsia, diarrhea, gastroenteritis, urinary tract infection or neonatal meningitis and / or an infection with pathogenic Enterobacteriaceae, eg E. coli. The examples show that treatment with a composition according to the invention reduces the level of hydrogen detected in breath hydrogen tests. Accordingly, hydrogen levels are preferably assessed using a hydrogen breath test. The hydrogen breath test is well known in the art and thus the skilled person will know how to perform such a test. In some embodiments, lactulose is administered to the patient as a test substrate.
Дыхательный водородный тест также является полезным инструментом для контроля эффективности или вероятной эффективности снижения уровня Enterobacteriaceae и лечения или профилактики с использованием композиции по изобретению. Например, снижение уровня водорода, детектируемого в дыхании субъекта после лечения композицией по изобретению, может указывать на то, что лечение оказывает эффект снижения уровня, терапевтический или профилактический эффект. Соответственно в некоторых вариантах реализации способы и применение изобретения дополнительно включают контроль уровня водорода в дыхании субъекта в ходе и/или после лечения композицией по изобретению и тем самым оценку эффективности или вероятной эффективности снижения уровня, лечения или профилактики. Например, уровни водорода могут контролироваться в один или несколько (например, 1, 2, 3, 4 или более 4) моментов времени, например, включая моменты времени до начала лечения, в начале лечения, в ходе лечения, в конце лечения и/или после лечения, по желанию. В некоторых вариантах реализации уровень водорода в дыхании субъекта в конце и/или после периода дозирования (во время которого субъекту вводят композицию) сравнивают с уровнем в начале и/или до периода дозирования, и снижение уровня указывает на эффективность или вероятную эффективность снижения уровня, лечения или профилактики. Например, в вариантах реализации, в которых период дозирования составляет 16 дней, может быть желательным проводить измерения в день 1 и день 16, или, например, в день 1, день 2, день 15 и день 16. В некоторых вариантах реализации проводят множество измерений и определяют среднее для полученных таким образом результатов измерений (например, среднее для дня 1 и дня 2 и среднее для дня 15 и дня 16). В некоторых вариантах реализации, снижение уровня водорода Cmax на по меньшей мере 40 ppm (млн-1) указывает на то, что снижение уровня, лечение или профилактика являются эффективными или вероятно эффективными. В некоторых вариантах реализации уровень водорода в дыхании субъекта измеряют только один раз, например в конце или после лечения, и определение того, что уровень имеет значение, равное или близкое к предварительно заданному уровню, указывает на то, что снижение уровня, лечение или профилактика, вероятно, были эффективными. Дыхательный водородный тест является стандартным анализом и, таким образом, предварительно заданные уровни известны специалистам.The breath hydrogen test is also a useful tool for monitoring the efficacy or likely efficacy of reducing Enterobacteriaceae and treating or preventing a composition of the invention. For example, a decrease in the level of hydrogen detectable in the breath of a subject after treatment with a composition of the invention may indicate that the treatment has a level-lowering, therapeutic or prophylactic effect. Accordingly, in some embodiments, the methods and use of the invention further comprise monitoring the breathing hydrogen level of the subject during and / or after treatment with a composition of the invention and thereby assessing the effectiveness or likely effectiveness of level reduction, treatment, or prevention. For example, hydrogen levels can be monitored at one or more (eg, 1, 2, 3, 4, or more than 4) points in time, for example, including time points before treatment, at the beginning of treatment, during treatment, at the end of treatment and / or after treatment, if desired. In some embodiments, the level of hydrogen in the subject's breath at the end and / or after the dosing period (during which the subject is administered the composition) is compared to the level at the beginning and / or prior to the dosing period, and a decrease in the level indicates the effectiveness or likely effectiveness of reducing the level, treatment or prevention. For example, in embodiments in which the dosing period is 16 days, it may be desirable to take measurements on day 1 and day 16, or, for example, on day 1, day 2, day 15 and day 16. In some embodiments, multiple measurements are taken. and determining the average of the measurements thus obtained (eg, average for day 1 and day 2 and average for day 15 and day 16). In some embodiments, the hydrogen reduction of C max levels for at least 40 ppm (mn -1) indicates that the decline in the treatment or prevention are effective or probably effective. In some embodiments, the respiration hydrogen level of the subject is measured only once, for example, at the end of or after treatment, and the determination that the level has a value equal to or close to a predetermined level indicates that a decrease in the level, treatment or prevention, were probably effective. The breath hydrogen test is a standard assay and thus predetermined levels are known in the art.
Лечение или профилактика могут относиться, например, к уменьшению тяжести симптомов или снижению частоты обострений, или уменьшению набора факторов (triggers), являющихся проблемными для пациента.Treatment or prevention can refer, for example, to decreasing the severity of symptoms or reducing the frequency of exacerbations, or reducing the set of factors (triggers) that are problematic for the patient.
Уровни Enterobacteriaceae можно детектировать в фекалиях пациента, с использованием стандартных методик, таких как методики кПЦР, используемые в примерах.Enterobacteriaceae levels can be detected in a patient's feces using standard techniques such as the qPCR techniques used in the examples.
Способы введенияAdministration methods
Предпочтительно композиции по изобретению предназначены для введения в желудочнокишечный тракт для обеспечения доставки и/или частичной или полной колонизации кишечника бактериальным штаммом по изобретению. Обычно композиции по изобретению вводят перорально, но они могут быть введены ректально, интраназально или буккальным или сублингвальным путями.Preferably, the compositions of the invention are intended for administration to the gastrointestinal tract to provide delivery and / or partial or complete colonization of the intestine with the bacterial strain of the invention. Typically, the compositions of the invention are administered orally, but they can be administered rectally, intranasally, or by buccal or sublingual routes.
В определенных вариантах реализации композиции по изобретению могут быть введены в виде губки (foam), спрея или геля.In certain embodiments, compositions of the invention may be administered as a foam, spray, or gel.
В определенных вариантах реализации композиции по изобретению могут быть введены в виде суппозитория, такого как ректальный суппозиторий, например в форме какао-масла, синтетического твердого жира (например, суппоцир (suppocire), витепсол (witepsol)), глицерожелатина, полиэтиленгликоля или композиции глицеринового мыла (soap glycerin).In certain embodiments, the compositions of the invention may be administered as a suppository, such as a rectal suppository, for example, in the form of cocoa butter, synthetic tallow (eg, suppocire, witepsol), glycerol gelatin, polyethylene glycol, or glycerin soap composition (soap glycerin).
В определенных вариантах реализации композицию по изобретению вводят в желудочно-кишечный тракт через трубку, такую как назогастральный зонд, орогастральный зонд, желудочный зонд, еюностомический зонд (J tube), чрескожная эндоскопическая гастростомия (ЧЭГ), или отверстие, такое как отверстие в стенке грудной клетки, обеспечивающее доступ к желудку, тощей кишке, и другие пригодные отверстия доступа.In certain embodiments, a composition of the invention is administered into the gastrointestinal tract through a tube such as a nasogastric tube, orogastric tube, gastric tube, jejunostomy tube (J tube), percutaneous endoscopic gastrostomy (PEG), or an opening such as an opening in the chest wall cells that provide access to the stomach, jejunum, and other suitable access openings.
Композиции по изобретению могут быть введены одноразово или они могут вводиться последовательно по схеме лечения. В определенных вариантах реализации композиции по изобретению предназначены для ежедневного введения. Примеры демонстрируют, что ежедневное введение обеспечивает успешную колонизацию и клиническую пользу.The compositions of the invention can be administered in a single dose, or they can be administered sequentially in a treatment regimen. In certain embodiments, the compositions of the invention are for daily administration. The examples demonstrate that daily administration provides successful colonization and clinical benefit.
В определенных вариантах реализации композиции по изобретению вводят регулярно, например ежедневно, через день или еженедельно, на протяжении длительного периода времени, такого как на протяжении по меньшей мере одной недели, двух недель, одного месяца, двух месяцев, шести месяцев или одного года. Примеры демонстрируют, что введение BH может не приводить к постоянной колонизации кишечника, поэтому регулярное введение на протяжении длительных периодов времени может обеспечивать большую терапевтическую пользу.In certain embodiments, the compositions of the invention are administered regularly, eg, daily, every other day, or weekly, over an extended period of time, such as for at least one week, two weeks, one month, two months, six months, or one year. The examples demonstrate that administration of BH may not lead to permanent colonization of the intestine, therefore, regular administration over long periods of time can provide great therapeutic benefits.
- 8 036958- 8 036958
В некоторых вариантах реализации композиции по изобретению вводят в течение 7, 14, 16, 21 или дней или не более 7, 14, 16, 21 или 28 дней. Например, в некоторых вариантах реализации композиции по изобретению вводят в течение 16 дней.In some embodiments, compositions of the invention are administered for 7, 14, 16, 21, or days, or no more than 7, 14, 16, 21, or 28 days. For example, in some embodiments, compositions of the invention are administered over a period of 16 days.
В определенных вариантах реализации изобретения лечение в соответствии с изобретением сопровождается оценкой микробиоты кишечника пациента. Лечение может быть повторено, если доставка и/или частичная или полная колонизация штаммом по изобретению не будут достигнуты и, таким образом, эффект не наблюдается, или лечение может быть прекращено, если доставка и/или частичная или полная колонизация будут успешными, и эффект наблюдается.In certain embodiments, treatment in accordance with the invention is accompanied by an assessment of the patient's gut microbiota. Treatment can be repeated if delivery and / or partial or complete colonization with the strain of the invention is not achieved and thus no effect is observed, or treatment can be discontinued if delivery and / or partial or complete colonization is successful and the effect is observed ...
В определенных вариантах реализации композиция по изобретению может быть введена беременному животному, например млекопитающему, такому как человеку, с целью предупреждения развития повышенных уровней Enterobacteriaceae у ребенка/детеныша in utero и/или после его рождения.In certain embodiments, a composition of the invention can be administered to a pregnant animal, eg, a mammal, such as a human, to prevent the development of elevated levels of Enterobacteriaceae in the infant / young in utero and / or after birth.
Композиции по изобретению могут быть введены пациенту с установленным диагнозом повышенных уровней Enterobacteriaceae или болезни или состояния, ассоциированных с повышенными уровнями Enterobacteriaceae, или который был идентифицирован как имеющий риск повышенных уровней Enterobacteriaceae. Композиции могут также быть введены в качестве профилактической меры для предотвращения развития повышенных уровней Enterobacteriaceae у здорового пациента.The compositions of the invention can be administered to a patient diagnosed with elevated levels of Enterobacteriaceae or a disease or condition associated with elevated levels of Enterobacteriaceae, or who has been identified as at risk of elevated levels of Enterobacteriaceae. The compositions can also be administered as a prophylactic measure to prevent the development of elevated levels of Enterobacteriaceae in a healthy patient.
Композиции по изобретению могут быть введены пациенту, который был идентифицирован как имеющий аномальную микробиоту кишечника. Например, у пациента может наблюдаться пониженная колонизация Blautia или их отсутствие, и в частности Blautia hydrogenotrophica, Blautia stercoris или Blautia wexlerae.The compositions of the invention can be administered to a patient who has been identified as having abnormal intestinal microbiota. For example, the patient may have reduced or no colonization of Blautia, and in particular Blautia hydrogenotrophica, Blautia stercoris or Blautia wexlerae.
Композиции по изобретению могут быть введены в виде пищевого продукта, такого как питательная добавка.The compositions of the invention can be administered in the form of a food product such as a nutritional supplement.
В общем композиции по изобретению предназначены для лечения людей, хотя они могут быть использованы для лечения животных, включая моногастрических млекопитающих, таких как домашняя птица, свиньи, кошки, собаки, лошади или кролики. Композиции по изобретению могут быть пригодными для улучшения роста и продуктивности (performance) животных. При введении животным может быть использовано введение через желудочный зонд.In general, the compositions of the invention are intended to treat humans, although they can be used to treat animals, including monogastric mammals such as poultry, pigs, cats, dogs, horses or rabbits. The compositions of the invention may be useful for improving the growth and performance of animals. When administered to animals, gavage may be employed.
В некоторых вариантах реализации субъект, которому должна быть введена композиция, представляет собой взрослого человека. В некоторых вариантах реализации субъект, которому должна быть введена композиция, представляет собой младенца человека.In some embodiments, the subject to which the composition is to be administered is an adult. In some embodiments, the subject to which the composition is to be administered is a human infant.
КомпозицииCompositions
В общем композиция по изобретению содержит бактерии. В предпочтительных вариантах реализации изобретения, композиция приготовлена в лиофилизированной форме. Например, композиция по изобретению может содержать гранулы или желатиновые капсулы, например, твердые желатиновые капсулы, содержащие бактериальный штамм по изобретению.In general, the composition of the invention contains bacteria. In preferred embodiments of the invention, the composition is prepared in lyophilized form. For example, a composition according to the invention may contain granules or gelatin capsules, for example hard gelatin capsules, containing the bacterial strain of the invention.
Предпочтительно, композиция по изобретению содержит лиофилизированные бактерии. Лиофилизация бактерий является хорошо отработанной процедурой и соответствующие рекомендации приведены, например, в работах [25-27]. Примеры демонстрируют, что композиции лиофилизата являются особенно эффективными.Preferably, the composition according to the invention contains lyophilized bacteria. Lyophilization of bacteria is a well-established procedure and recommendations are given, for example, in [25-27]. The examples demonstrate that lyophilisate compositions are particularly effective.
Альтернативно, композиция по изобретению может содержать живую активную бактериальную культуру. Примеры демонстрируют, что культуры бактерий по изобретению являются терапевтически эффективными.Alternatively, the composition of the invention may comprise a live, active bacterial culture. The examples demonstrate that the bacterial cultures of the invention are therapeutically effective.
В некоторых вариантах реализации бактериальный штамм в композиции по изобретению не был инактивирован, например не был инактивирован нагреванием. В некоторых вариантах реализации бактериальный штамм в композиции по изобретению не был убит, например не был убит нагреванием. В некоторых вариантах реализации, бактериальный штамм в композиции по изобретению не был ослаблен, например не был ослаблен нагреванием. Например, в некоторых вариантах реализации, бактериальный штамм в композиции по изобретению не был убит, инактивирован и/или ослаблен. Например, в некоторых вариантах реализации бактериальный штамм в композиции по изобретению является живым. Например, в некоторых вариантах реализации бактериальный штамм в композиции по изобретению является жизнеспособным. Например, в некоторых вариантах реализации бактериальный штамм в композиции по изобретению способен частично или полностью колонизировать кишечник. Например, в некоторых вариантах реализации бактериальный штамм в композиции по изобретению является жизнеспособным и способен частично или полностью колонизировать кишечник.In some embodiments, the bacterial strain in the composition of the invention has not been inactivated, eg, has not been inactivated by heat. In some embodiments, the bacterial strain in the composition of the invention has not been killed, for example, has not been killed by heat. In some embodiments, the bacterial strain in the composition of the invention has not been attenuated, such as not attenuated by heat. For example, in some embodiments, the bacterial strain in the composition of the invention has not been killed, inactivated, and / or attenuated. For example, in some embodiments, the bacterial strain in the composition of the invention is live. For example, in some embodiments, the bacterial strain in the composition of the invention is viable. For example, in some embodiments, a bacterial strain in a composition of the invention is capable of partially or completely colonizing the intestine. For example, in some embodiments, the bacterial strain in the composition of the invention is viable and capable of partially or completely colonizing the intestine.
В некоторых вариантах реализации композиция содержит смесь живых бактериальных штаммов и убитых бактериальных штаммов.In some embodiments, the composition comprises a mixture of live bacterial strains and killed bacterial strains.
В предпочтительных вариантах реализации композиция по изобретению инкапсулирована для обеспечения возможности доставки бактериального штамма в кишечник. Инкапсулирование защищает композицию от деградации до доставки в целевую область путем, например разрыва в результате химических или физических воздействий, таких как давление, ферментативная активность, или физическое разрушение, которое может инициироваться изменениями pH. Может быть использован любой пригодный способ инкапсулирования. Типичные примеры методик инкапсулирования включают захват в по- 9 036958 ристой матрице, присоединение или адсорбцию на поверхностях твердого носителя, самоагрегацию путем флокуляции или с помощью сшивающих агентов, и механическое удерживание за микропористой мембраной или в микрокапсуле. Рекомендации по инкапсулированию, которые могут быть полезными для приготовления композиций по изобретению, приведены, например, в источниках [28-29].In preferred embodiments, the composition of the invention is encapsulated to allow delivery of the bacterial strain to the intestine. Encapsulation protects the composition from degradation prior to delivery to the target area by, for example, rupture due to chemical or physical influences such as pressure, enzymatic activity, or physical destruction, which can be initiated by changes in pH. Any suitable encapsulation method can be used. Typical examples of encapsulation techniques include entrapment in a porous matrix, attachment or adsorption to surfaces of a solid support, self-aggregation by flocculation or with crosslinking agents, and mechanical retention behind a microporous membrane or microcapsule. Encapsulation guidelines that may be useful for preparing compositions of the invention are given, for example, in references [28-29].
Композиция может быть введена перорально и может иметь форму таблетки, капсулы или порошка. Инкапсулированные продукты являются предпочтительными, потому что Blautia представляют собой анаэробы. Другие ингредиенты (такие как, например, витамин C), могут быть включены в качестве поглотителей кислорода и пребиотических субстратов для улучшения доставки и/или частичной или полной колонизации и выживания in vivo. Альтернативно пробиотическая композиция по изобретению может быть введена перорально в виде пищевого или питательного продукта, такого как ферментированный молочный продукт на основе молока или сыворотки, или в виде фармацевтического продукта.The composition can be administered orally and can be in the form of a tablet, capsule or powder. Encapsulated products are preferred because Blautia are anaerobic. Other ingredients (such as, for example, vitamin C) can be included as oxygen scavengers and prebiotic substrates to improve delivery and / or partial or complete colonization and in vivo survival. Alternatively, the probiotic composition of the invention can be administered orally as a food or nutritional product such as a fermented milk product based on milk or whey, or as a pharmaceutical product.
Композиция может быть составлена как пробиотик.The composition can be formulated as a probiotic.
Композиция по изобретению включает терапевтически эффективное количество бактериального штамма по изобретению. Терапевтически эффективное количество бактериального штамма является достаточным для оказания положительного воздействия на пациента. Терапевтически эффективное количество бактериального штамма может быть достаточным для обеспечения доставки и/или частичной или полной колонизации кишечника пациента.The composition of the invention comprises a therapeutically effective amount of a bacterial strain of the invention. A therapeutically effective amount of the bacterial strain is sufficient to have a beneficial effect on the patient. A therapeutically effective amount of the bacterial strain may be sufficient to provide delivery and / or partial or complete colonization of the patient's intestine.
Пригодная ежедневная доза бактерий, например для взрослого человека, может составлять от примерно 1х103 до примерно 1 х 1011 колониеобразующих единиц (КОЕ); например, от примерно 1х107 до примерно 1 х 1010 КОЕ; в другом примере от примерно 1х106 до примерно 1 х 1010 КОЕ; в другом примере от примерно 1х107 до примерно 1х 1011 КОЕ; в другом примере от примерно 1х 108 до примерно 1х 1010 КОЕ; в другом примере от примерно 1х 108 до примерно 1х 1011 КОЕ.A suitable daily dose of bacteria, for example for an adult, may be from about 1 x 10 3 to about 1 x 10 11 colony forming units (CFU); for example, from about 1 x 10 7 to about 1 x 10 10 CFU; in another example, from about 1 x 10 6 to about 1 x 10 10 CFU; in another example, from about 1 x 10 7 to about 1 x 10 11 CFU; in another example, from about 1 x 108 to about 1 x 10 10 CFU; in another example, from about 1 x 108 to about 1 x 10 11 CFU.
В определенных вариантах реализации доза бактерий составляет по меньшей мере 109 клеток в день, например по меньшей мере 1010, по меньшей мере 1011 или по меньшей мере 1012 клеток в день.In certain embodiments, the dose of bacteria is at least 10 9 cells per day, such as at least 10 10 , at least 10 11, or at least 10 12 cells per day.
В определенных вариантах реализации, композиция содержит бактериальный штамм в количестве от примерно 1х106 до примерно 1х1011 КОЕ/г по отношению к весу композиции; например, от примерно 1 х 108 до примерно 1х 1010 КОЕ/г. Доза может составлять, например, 1, 3, 5 и 10 г.In certain embodiments, the composition comprises a bacterial strain in an amount of from about 1x10 6 to about 1x10 11 CFU / g, based on the weight of the composition; for example, from about 1 x 108 to about 1 x 10 10 CFU / g. The dose can be, for example, 1, 3, 5 and 10 g.
Типично пробиотик, такой как композиция по изобретению, необязательно объединяют по меньшей мере с одним пригодным соединением-пребиотиком. Соединение-пребиотик обычно представляет собой неперевариваемый углевод, такой как олиго-или полисахарид, или сахароспирт, который не разлагается или не всасывается в верхнем отделе пищеварительного тракта. Известные пребиотики включают коммерческие продукты, такие как инулин и трансгалактоолигосахариды.Typically, a probiotic, such as a composition of the invention, is optionally combined with at least one suitable prebiotic compound. The prebiotic compound is usually a non-digestible carbohydrate such as an oligo- or polysaccharide or sugar alcohol that is not degraded or absorbed in the upper digestive tract. Known prebiotics include commercial products such as inulin and transgalacto-oligosaccharides.
В определенных вариантах реализации пробиотическая композиция по данному изобретению включает соединение-пребиотик в количестве от примерно 1 до примерно 30 мас.% по отношению к общему весу композиции (например, от 5 до 20 мас.%). Углеводы могут быть выбраны из группы, состоящей из фруктоолигосахаридов (или FOS), короткоцепочечных фруктоолигосахаридов, инулина, изомальтолигосахаридов, пектинов, ксилоолигосахаридов (или XOS), хитозанолигосахаридов (или COS), бетаглюканов, модифицированных аравийской камедью (arable gum) и резистентных крахмалов, полидекстрозы, D-тагатозы, акациевых волокон (acacia fibers), волокон рожкового дерева (carob), овса и цитрусовых. В одном аспекте пребиотики представляют собой короткоцепочечные фруктоолигосахариды (для простоты обозначаются далее кц-FOS (FOSs-с.с.)); указанные кц-FOS являются неперевариваемыми углеводами, обычно получаемыми путем конверсии свекловичного сахара и содержащими молекулу сахарозы, с которой связаны три молекулы глюкозы.In certain embodiments, the probiotic composition of this invention comprises a prebiotic compound in an amount of from about 1 to about 30 wt% based on the total weight of the composition (eg, 5 to 20 wt%). Carbohydrates can be selected from the group consisting of fructo-oligosaccharides (or FOS), short-chain fructo-oligosaccharides, inulin, isomaltoligosaccharides, pectins, xylo-oligosaccharides (or XOS), chitosanoligosaccharides (or COS), aravidiachiumsaccharides, modified araviducans, modified , D-tagatose, acacia fibers, carob, oats and citrus fibers. In one aspect, the prebiotics are short-chain fructo-oligosaccharides (hereinafter referred to as cc-FOS (FOSs-c.c.)); these cc-FOS are non-digestible carbohydrates, usually obtained by conversion of beet sugar, and contain a sucrose molecule to which three glucose molecules are linked.
Композиции по изобретению могут содержать фармацевтически приемлемые эксципиенты или носители. Примеры таких пригодных эксципиентов приведены в источнике [30]. Приемлемые для терапевтического применения носители или разбавители хорошо известны в фармацевтике и описаны, например, в источнике [31]. Примеры пригодных носителей включают лактозу, крахмал, глюкозу, метилцеллюлозу, стеарат магния, маннит, сорбит и т.п. Примеры пригодных разбавителей включают этанол, глицерин и воду. Выбор фармацевтического носителя, эксципиента или разбавителя может проводиться с учетом предполагаемого пути введения и стандартной фармацевтической практики. Фармацевтические композиции могут содержать в качестве или в дополнение к носителю, эксципиенту или разбавителю, любое пригодное связующее (связующие), смазывающее вещество (вещества), суспендирующий агент (агенты), покровное вещество (вещества), солюбилизатор(ы). Примеры пригодных связующих включают крахмал, желатин, природные сахара, такие как глюкоза, безводную лактозу, сыпучую лактозу, беталактозу, сахаристые вещества кукурузы, природные и синтетические камеди, такие как гуммиарабик, трагакант или альгинат натрия, карбоксиметилцеллюлозу и полиэтиленгликоль. Примеры пригодных смазывающих веществ включают олеат натрия, стеарат натрия, стеарат магния, бензоат натрия, ацетат натрия, хлорид натрия и т.п. Консерванты, стабилизаторы, красители и даже вкусовые агенты могут быть предусмотрены в фармацевтической композиции. Примеры консервантов включают бензоат натрия, сорбиновую кислоту, цистеин и сложные эфиры п-оксибензойной кислоты, например в некоторых вариантах реализации консервант выбирают из бензоата натрия, сорбиновой кислоты и сложных эфиров п- 10 036958 оксибензойной кислоты. Также могут быть использованы антиоксиданты и суспендирующие агены. Дополнительным примером пригодного носителя является сахароза. Дополнительным примером консерванта является цистеин.Compositions of the invention may contain pharmaceutically acceptable excipients or carriers. Examples of such suitable excipients are given in reference [30]. Suitable carriers or diluents for therapeutic use are well known in the pharmaceutical industry and are described, for example, in the source [31]. Examples of suitable carriers include lactose, starch, glucose, methylcellulose, magnesium stearate, mannitol, sorbitol, and the like. Examples of suitable diluents include ethanol, glycerin, and water. The choice of pharmaceutical carrier, excipient, or diluent can be made in accordance with the intended route of administration and standard pharmaceutical practice. The pharmaceutical compositions may contain, as or in addition to the carrier, excipient or diluent, any suitable binder (s), lubricant (s), suspending agent (s), coating agent (s), solubilizer (s). Examples of suitable binders include starch, gelatin, natural sugars such as glucose, anhydrous lactose, bulk lactose, betalactose, corn sugars, natural and synthetic gums such as gum arabic, tragacanth or sodium alginate, carboxymethyl cellulose and polyethylene glycol. Examples of suitable lubricants include sodium oleate, sodium stearate, magnesium stearate, sodium benzoate, sodium acetate, sodium chloride and the like. Preservatives, stabilizers, colorants and even flavoring agents can be provided in the pharmaceutical composition. Examples of preservatives include sodium benzoate, sorbic acid, cysteine, and p-hydroxybenzoic acid esters, for example, in some embodiments, the preservative is selected from sodium benzoate, sorbic acid, and p-10 036958 hydroxybenzoic acid esters. Antioxidants and suspending agents can also be used. An additional example of a suitable carrier is sucrose. An additional example of a preservative is cysteine.
Композиции по изобретению могут быть составлены в виде пищевого продукта. Например, пищевой продукт может обеспечивать питательную пользу в дополнение к терапевтическому эффекту по изобретению, такую как у питательной добавки. Аналогично композиция пищевого продукта может быть составлена таким образом, чтобы она усиливала вкус композиции по изобретению или делала композицию более привлекательной для употребления за счет большего ее сходства с обычным компонентом пищи, а не с фармацевтической композицией. В определенных вариантах реализации композицию по изобретению составляют в виде продукта на основе молока. Термин продукт на основе молока означает любой жидкий или полутвердый продукт на основе молока или сыворотки, имеющий различное содержание жиров. Продукт на основе молока может быть, например, коровьим молоком, козьим молоком, овечьим молоком, снятым молоком, цельным молоком, молоком, восстановленным из сухого молока и сыворотки без какой-либо переработки, или переработанным продуктом, таким как йогурт, простокваша, свернувшееся молоко, кислое молоко, кислое цельное молоко, пахта и другие кислые молочные продукты. Другая важная группа включает молочные напитки, такие как напитки из сыворотки, кисломолочные продукты, сгущенное молоко, заменители грудного молока (infant) или молоко для детского питания (baby milks); молочные напитки со вкусовыми добавками (flavoured milks), мороженое; содержащие молоко пищевые продукты, такие как сласти.The compositions of the invention can be formulated as a food product. For example, a food product can provide a nutritional benefit in addition to a therapeutic effect of the invention, such as a nutritional supplement. Likewise, the food composition can be formulated to enhance the taste of the composition of the invention or to make the composition more palatable by making it more similar to a conventional food ingredient rather than a pharmaceutical composition. In certain embodiments, the composition of the invention is formulated as a milk-based product. The term milk-based product means any liquid or semi-solid milk or whey product having different fat content. A milk-based product can be, for example, cow's milk, goat's milk, sheep's milk, skim milk, whole milk, milk reconstituted from milk powder and whey without any processing, or a processed product such as yogurt, sour milk, curdled milk , sour milk, sour whole milk, buttermilk, and other sour dairy products. Another important group includes dairy drinks such as whey drinks, fermented milk products, condensed milk, breast milk substitutes (infant), or baby milks; flavored milks, ice cream; milk-containing foods such as sweets.
В некоторых вариантах реализации композиции по изобретению содержат один или несколько бактериальных штаммов рода Blautia и не содержат бактерий какого-либо другого рода или содержат только минимальное (de minimis) или биологически незначимое количество бактерий другого рода.In some embodiments, the compositions of the invention comprise one or more bacterial strains of the genus Blautia and do not contain bacteria of any other genus, or contain only a minimal (de minimis) or biologically insignificant amount of bacteria of another genus.
В определенных вариантах реализации композиции по изобретению содержат один бактериальный штамм или вид и не содержат каких-либо других бактериальных штаммов или видов. Такие композиции могут содержать только минимальное или биологически незначимое количество других бактериальных штаммов или видов. Такие композиции могут быть культурой, по существу не содержащей других видов организмов (species of organism). В некоторых вариантах реализации такие композиции могут быть лиофилизатом, по существу не содержащим других видов организмов.In certain embodiments, the compositions of the invention comprise a single bacterial strain or species and do not contain any other bacterial strains or species. Such compositions may contain only minimal or biologically insignificant amounts of other bacterial strains or species. Such compositions can be a culture that is substantially free of other species of organism. In some embodiments, such compositions may be a lyophilisate substantially free of other organisms.
В определенных вариантах реализации композиции по изобретению содержат один или несколько бактериальных штаммов рода Blautia, например Blautia hydrogenotrophica, и не содержат какого-либо другого бактериального рода, или содержат только минимальное или биологически незначимое количество бактерий другого рода. В определенных вариантах реализации композиции по изобретению содержат один вид Blautia, например Blautia hydrogenotrophica, и не содержат каких-либо других бактериальных видов, или содержат только минимальное или биологически незначимое количество бактерий другого вида. В определенных вариантах реализации композиции по изобретению содержат один штамм Blautia, например Blautia hydrogenotrophica, и не содержат каких-либо других бактериальных штаммов или видов, или содержат только минимальное или биологически незначимое количество бактерий другого штамма или вида.In certain embodiments, the compositions of the invention comprise one or more bacterial strains of the genus Blautia, for example Blautia hydrogenotrophica, and do not contain any other bacterial genus, or contain only minimal or biologically insignificant amounts of bacteria of another genus. In certain embodiments, the compositions of the invention comprise one Blautia species, eg, Blautia hydrogenotrophica, and do not contain any other bacterial species, or contain only minimal or biologically insignificant amounts of another species of bacteria. In certain embodiments, the compositions of the invention comprise a single Blautia strain, such as Blautia hydrogenotrophica, and do not contain any other bacterial strains or species, or contain only minimal or biologically insignificant amounts of bacteria of a different strain or species.
В некоторых вариантах реализации композиции по изобретению содержат более одного бактериального штамма или вида. Например, в некоторых вариантах реализации, композиции по изобретению содержат более одного штамма одного и того же вида (например, более 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40 или 45 штаммов) и необязательно не содержат бактерий каких-либо других видов. В некоторых вариантах реализации композиции по изобретению содержат менее 50 штаммов одного и того же вида (например, менее 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 12, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4 или 3 штаммов) и необязательно не содержат бактерий каких-либо других видов. В некоторых вариантах реализации, композиции по изобретению содержат 1-40, 1-30, 1-20, 1-19, 1-18, 1-15, 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2, 2-50, 2-40, 2-30, 2-20, 2-15, 2-10, 2-5, 6-30, 6-15, 16-25 или 31-50 штаммов одного и того же вида и необязательно не содержат бактерий каких-либо других видов. В некоторых вариантах реализации композиции по изобретению содержат более одного вида из одного и того же рода (например, более 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 15, 17, 20, 23, 25, 30, 35 или 40 видов) и необязательно не содержат бактерий любого другого рода. В некоторых вариантах реализации композиции по изобретению содержат менее 50 видов из одного и того же рода (например, менее 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 12, 10, 8, 7, 6, 5, 4 или 3 и необязательно не содержат бактерий любого другого рода. В некоторых вариантах реализации композиции по изобретению содержат 1-50, 1-40, 1-30, 1-20, 1-15, 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2, 2-50, 2-40, 2-30, 2-20, 2-15, 210, 2-5, 6-30, 6-15, 16-25, или 31-50 видов из одного и того же рода и необязательно не содержат бактерий любого другого рода. Изобретение включает любые комбинации вышеописанных вариантов.In some embodiments, the compositions of the invention comprise more than one bacterial strain or species. For example, in some embodiments, compositions of the invention comprise more than one strain of the same species (e.g., more than 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30 , 35, 40 or 45 strains) and optionally does not contain any other species of bacteria. In some embodiments, the compositions of the invention comprise less than 50 strains of the same species (e.g., less than 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 12, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, or 3 strains) and optionally does not contain any other species of bacteria. In some embodiments, the compositions of the invention comprise 1-40, 1-30, 1-20, 1-19, 1-18, 1-15, 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1 -6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2, 2-50, 2-40, 2-30, 2-20, 2-15, 2-10, 2-5, 6-30 , 6-15, 16-25 or 31-50 strains of the same species and optionally does not contain any other species of bacteria. In some embodiments, the compositions of the invention comprise more than one species from the same genus (e.g., more than 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 15, 17, 20, 23 , 25, 30, 35 or 40 species) and optionally does not contain bacteria of any other kind. In some embodiments, the compositions of the invention comprise less than 50 species from the same genus (e.g., less than 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 12, 10, 8, 7, 6, 5, 4 or 3 and optionally does not contain bacteria of any other kind In some embodiments, the compositions of the invention comprise 1-50, 1-40, 1-30, 1-20, 1-15, 1-10, 1-9, 1-8 , 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2, 2-50, 2-40, 2-30, 2-20, 2-15, 210, 2-5 , 6-30, 6-15, 16-25, or 31-50 species are of the same genus and optionally does not contain bacteria of any other genus The invention includes any combination of the above.
В некоторых вариантах реализации композиция содержит микробный консорциум. Например, в некоторых вариантах реализации композиция содержит бактериальный штамм Blautia в составе микробного консорциума. Например, в некоторых вариантах реализации бактериальный штамм Blautia присутствует в комбинации с одним или несколькими (например, по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 10, 15 или 20) другими бактериальными штаммами из других родов, с которыми он может существовать симбиотически in vivo в кишечнике. Например, в некоторых вариантах реализации композиция содержит бактериальныйIn some embodiments, the composition comprises a microbial consortium. For example, in some embodiments, the composition comprises a Blautia bacterial strain in a microbial consortium. For example, in some embodiments, the Blautia bacterial strain is present in combination with one or more (e.g., at least 2, 3, 4, 5, 10, 15, or 20) other bacterial strains from other genera with which it can exist symbiotically in vivo in the intestine. For example, in some embodiments, the composition comprises a bacterial
- 11 036958 штамм Blautia hydrogenotrophica в комбинации с бактериальным штаммом из другого рода. В некоторых вариантах реализации микробный консорциум содержит два или больше бактериальных штаммов, полученных из образца фекалий одного организма, например человека. В некоторых вариантах реализации микробный консорциум не встречается вместе в природе. Например, в некоторых вариантах реализации микробный консорциум содержит бактериальные штаммы, полученные из образцов фекалий по меньшей мере двух разных организмов. В некоторых вариантах реализации два разных организма принадлежат к одному и тому же виду, например два разных человека. В некоторых вариантах реализации два разных организма представляют собой младенца человека и взрослого человека. В некоторых вариантах реализации два разных организма представляют собой человека и млекопитающее, не являющееся человеком.- 11 036958 strain Blautia hydrogenotrophica in combination with a bacterial strain from another genus. In some embodiments, the microbial consortium comprises two or more bacterial strains obtained from a faecal sample from one organism, such as a human. In some embodiments, the microbial consortium does not occur together in nature. For example, in some embodiments, the microbial consortium comprises bacterial strains obtained from fecal samples from at least two different organisms. In some embodiments, the two different organisms are of the same species, such as two different humans. In some embodiments, the two different organisms are a human infant and an adult. In some embodiments, the two different organisms are a human and a non-human mammal.
В некоторых вариантах реализации композиция по изобретению дополнительно содержит бактериальный штамм, имеющий такие же характеристики безопасности и терапевтической эффективности, как и штамм Blautia hydrogenotrophica, депонированный с номером доступа DSM 10507/14294, но не являющийся штаммом Blautia hydrogenotrophica, депонированным с номером доступа DSM 10507/14294, или не являющийся Blautia hydrogenotrophica, или не являющийся Blautia.In some embodiments, the composition of the invention further comprises a bacterial strain having the same safety and therapeutic efficacy characteristics as the Blautia hydrogenotrophica strain deposited with accession number DSM 10507/14294, but is not the Blautia hydrogenotrophica strain deposited with accession number DSM 10507 / 14294, or non-Blautia hydrogenotrophica, or non-Blautia.
В некоторых вариантах реализации, когда композиция по изобретению содержит более одного бактериального штамма, вида или рода, индивидуальные бактериальные штаммы, виды или роды могут быть предназначены для раздельного, одновременного или последовательного введения. Например, композиция может содержать все из более чем одного бактериального штамма, вида или рода, или бактериальные штаммы, виды или роды могут храниться раздельно и вводиться раздельно, одновременно или последовательно. В некоторых вариантах реализации более чем один бактериальные штаммы, виды или роды хранятся раздельно, но смешиваются перед использованием.In some embodiments, when the composition of the invention contains more than one bacterial strain, species, or genus, the individual bacterial strains, species, or genera can be designed for separate, simultaneous, or sequential administration. For example, the composition can contain all of more than one bacterial strain, species or genus, or bacterial strains, species or genera can be stored separately and administered separately, simultaneously or sequentially. In some embodiments, more than one bacterial strains, species, or genera are kept separate but mixed prior to use.
В некоторых вариантах реализации бактериальный штамм для использования по изобретению получают из фекалий взрослого человека. В некоторых вариантах реализации, когда композиция по изобретению содержит более одного бактериального штамма, все бактериальные штаммы получают из фекалий взрослого человека или, если присутствуют другие бактериальные штаммы, то они присутствуют только в минимальных количествах. Бактерии могут выращиваться в культуре после получения из фекалий взрослого человека и использоваться в композиции по изобретению.In some embodiments, the bacterial strain for use in the invention is obtained from the faeces of an adult. In some embodiments, when the composition of the invention contains more than one bacterial strain, all bacterial strains are obtained from adult feces or, if other bacterial strains are present, they are present only in minimal amounts. The bacteria can be grown in culture after being obtained from adult feces and used in the composition of the invention.
В некоторых вариантах реализации один или несколько бактериальных штаммов Blautia является/являются единственным терапевтически активным агентом (агентами) в композиции по изобретению. В некоторых вариантах реализации бактериальный штамм (штаммы) в композиции является/являются единственным терапевтически активным агентом (агентами) в композиции по изобретению.In some embodiments, one or more Blautia bacterial strains is / are the only therapeutically active agent (s) in the composition of the invention. In some embodiments, the bacterial strain (s) in the composition is / are the only therapeutically active agent (s) in the composition of the invention.
Композиции для использования в соответствии с изобретением могут нуждаться в разрешении на продажу или не требовать такого разрешения.Compositions for use in accordance with the invention may or may not require marketing authorization.
В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, в которой указанный бактериальный штамм является лиофилизированным. В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, в которой указанный бактериальный штамм подвергнут распылительной сушке. В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, в которой бактериальный штамм лиофилизирован или подвергнут распылительной сушке, и в которой он является живым. В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, в которой бактериальный штамм лиофилизирован или подвергнут распылительной сушке, и в которой он является жизнеспособным. В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, в которой бактериальный штамм лиофилизирован или подвергнут распылительной сушке, и в которой он способен частично или полностью колонизировать кишечник. В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, в которой бактериальный штамм лиофилизирован или подвергнут распылительной сушке и в которой он является жизнеспособным и способен частично или полностью колонизировать кишечник.In certain embodiments, the invention provides a pharmaceutical composition as defined above, wherein said bacterial strain is lyophilized. In certain embodiments, the invention provides the aforementioned pharmaceutical composition wherein said bacterial strain has been spray dried. In certain embodiments, the invention provides a pharmaceutical composition as defined above in which the bacterial strain has been lyophilized or spray dried and in which it is alive. In certain embodiments, the invention provides the aforementioned pharmaceutical composition in which the bacterial strain has been lyophilized or spray dried and in which it is viable. In certain embodiments, the invention provides a pharmaceutical composition as defined above in which the bacterial strain has been lyophilized or spray dried and in which it is capable of partially or completely colonizing the intestine. In certain embodiments, the invention provides a pharmaceutical composition as defined above in which the bacterial strain is lyophilized or spray dried and in which it is viable and capable of partially or completely colonizing the intestine.
В некоторых случаях лиофилизированный или подвергнутый распылительной сушке бактериальный штамм восстанавливают перед введением. В некоторых случаях восстановление осуществляют с помощью разбавителя, описанного в данном документе.In some cases, the lyophilized or spray dried bacterial strain is reconstituted prior to administration. In some cases, the reduction is carried out using the diluent described in this document.
Композиции по изобретению могут содержать фармацевтически приемлемые эксципиенты, разбавители или носители.Compositions of the invention may contain pharmaceutically acceptable excipients, diluents or carriers.
В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает фармацевтическую композицию, содержащую бактериальный штамм по изобретению; фармацевтически приемлемый эксципиент, носитель или разбавитель; причем количество бактериального штамма является достаточным для снижения уровней Enterobacteriaceae и/или лечения расстройства, ассоциированного с повышенными уровнями Enterobacteriaceae, при введении нуждающемуся в этом субъекту; причем расстройство является ассоциированным с повышенными уровнями Enterobacteriaceae, таким как болезнь Крона, неспецифический язвенный колит, функциональная диспепсия или, более предпочтительно, СРК, или диарея, гастроэнтерит, инфекция мочевыводящих путей, или менингит новорожденных.In certain embodiments, the invention provides a pharmaceutical composition comprising a bacterial strain of the invention; a pharmaceutically acceptable excipient, carrier or diluent; moreover, the amount of bacterial strain is sufficient to reduce levels of Enterobacteriaceae and / or treat a disorder associated with increased levels of Enterobacteriaceae, when administered to a subject in need thereof; the disorder being associated with increased levels of Enterobacteriaceae, such as Crohn's disease, ulcerative colitis, functional dyspepsia, or more preferably IBS, or diarrhea, gastroenteritis, urinary tract infection, or neonatal meningitis.
В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевти- 12 036958 ческую композицию, в которой количество бактериального штамма составляет от примерно 1х103 до примерно 1х 1011 колониеобразующих единиц на грамм веса композиции.In certain embodiments, the invention provides a pharmaceutical composition as defined above, wherein the amount of the bacterial strain is from about 1 x 10 3 to about 1 x 10 11 colony forming units per gram of composition weight.
В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, в которой композицию вводят в дозе 1, 3, 5 или 10 г.In certain embodiments, the invention provides a pharmaceutical composition as defined above wherein the composition is administered at a dose of 1, 3, 5, or 10 g.
В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, в которой композицию вводят способом, выбранным из группы, состоящей из перорального, ректального, подкожного, назального, буккального и сублингвального.In certain embodiments, the invention provides a pharmaceutical composition as defined above, wherein the composition is administered by a method selected from the group consisting of oral, rectal, subcutaneous, nasal, buccal, and sublingual.
В определенных вариантах реализации, изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, содержащую носитель, выбранный из группы, состоящей из лактозы, крахмала, глюкозы, метилцеллюлозы, стеарата магния, маннита и сорбита.In certain embodiments, the invention provides a pharmaceutical composition as defined above comprising a carrier selected from the group consisting of lactose, starch, glucose, methylcellulose, magnesium stearate, mannitol, and sorbitol.
В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, содержащую разбавитель, выбранный из группы, состоящей из этанола, глицерина и воды.In certain embodiments, the invention provides the above pharmaceutical composition comprising a diluent selected from the group consisting of ethanol, glycerol and water.
В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, содержащую эксципиент, выбранный из группы, состоящей из крахмала, желатина, глюкозы, безводной лактозы, сыпучей лактозы, бета-лактозы, сахаристого вещества кукурузы, гуммиарабика, трагаканта, альгината натрия, карбоксиметилцеллюлозы, полиэтиленгликоля, олеата натрия, стеарата натрия, стеарата магния, бензоата натрия, ацетата натрия и хлорида натрия.In certain embodiments, the invention provides the above pharmaceutical composition comprising an excipient selected from the group consisting of starch, gelatin, glucose, anhydrous lactose, bulk lactose, beta-lactose, corn sugar, gum arabic, tragacanth, sodium alginate, carboxymethyl cellulose, polyethylene sodium oleate, sodium stearate, magnesium stearate, sodium benzoate, sodium acetate and sodium chloride.
В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, дополнительно содержащую по меньшей мере что-то одно из консерванта, антиоксиданта и стабилизатора.In certain embodiments, the invention provides the above pharmaceutical composition further comprising at least one of a preservative, an antioxidant, and a stabilizer.
В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, содержащую консервант, выбранный из группы, состоящей из бензоата натрия, сорбиновой кислоты и сложных эфиров п-оксибензойной кислоты.In certain embodiments, the invention provides the above pharmaceutical composition comprising a preservative selected from the group consisting of sodium benzoate, sorbic acid, and p-hydroxybenzoic acid esters.
В определенных вариантах реализации предусматривается фармацевтическая композиция по изобретению, причем композиция не содержит каких-либо минеральных веществ или, более конкретно, не содержит каких-либо металлов с атомным числом более 33, например композиция не содержит какихлибо минеральных веществ из группы, состоящей из селена, молибдена, вольфрама, соединений селена, соединений молибдена и соединений вольфрама.In certain embodiments, a pharmaceutical composition of the invention is provided, wherein the composition does not contain any minerals, or more specifically does not contain any metals with an atomic number greater than 33, for example, the composition does not contain any minerals from the group consisting of selenium, molybdenum, tungsten, selenium compounds, molybdenum compounds and tungsten compounds.
В определенных вариантах реализации изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, в которой указанный бактериальный штамм является лиофилизированным.In certain embodiments, the invention provides a pharmaceutical composition as defined above, wherein said bacterial strain is lyophilized.
В определенных вариантах реализации, изобретение предусматривает вышеуказанную фармацевтическую композицию, причем при хранении композиции в запечатанном контейнере при температуре примерно 4 или примерно 25°С, и помещении контейнера в атмосферу с 50% относительной влажности, по меньшей мере 80% бактериального штамма при измерении в колониеобразующих единицах сохраняется после периода времени, составляющего по меньшей мере примерно 1, 3, 6 месяцев; 1, 1,5, 2, 2,5 или 3 года.In certain embodiments, the invention provides the above pharmaceutical composition, wherein the composition is stored in a sealed container at a temperature of about 4 or about 25 ° C, and the container is placed in an atmosphere with 50% relative humidity, at least 80% of the bacterial strain as measured in colony forming units persist after a period of time of at least about 1, 3, 6 months; 1, 1.5, 2, 2.5 or 3 years.
В некоторых вариантах реализации предусматривается композиция по изобретению в запечатанном контейнере, содержащем композицию, описанную в данном документе. В некоторых вариантах реализации запечатанный контейнер представляет собой саше или флакон. В некоторых вариантах реализации предусматривается композиция по изобретению в шприце, содержащем композицию, описанную в данном документе.In some embodiments, a composition of the invention is provided in a sealed container containing the composition described herein. In some embodiments, the sealed container is a sachet or vial. In some embodiments, a composition of the invention is provided in a syringe containing the composition described herein.
Композиция по данному изобретению может в некоторых вариантах реализации предусматриваться в виде фармацевтической композиции. Например, композиция может иметь вид таблетки или капсулы. В некоторых вариантах реализации капсула представляет собой желатиновую капсулу (gel-cap).The composition of this invention may, in some embodiments, be provided as a pharmaceutical composition. For example, the composition can be in the form of a tablet or capsule. In some embodiments, the capsule is a gel-cap.
В некоторых вариантах реализации композиции по изобретению вводят перорально. Пероральное введение может включать проглатывание, в результате чего состав поступает в желудочно-кишечный тракт, и/или буккальное, лингвальное или сублингвальное введение, при котором состав поступает в кровоток прямо изо рта.In some embodiments, the compositions of the invention are administered orally. Oral administration can include swallowing, whereby the formulation enters the gastrointestinal tract, and / or buccal, lingual, or sublingual administration, whereby the formulation enters the bloodstream directly from the mouth.
Фармацевтические композиции, пригодные для перорального введения, включают твердые прессованные массы (solid plugs), твердые микродисперсные материалы, полутвердые и жидкие материалы (включая многофазные или дисперсные системы), такие как таблетки; мягкие или твердые капсулы, содержащие материалы, состоящие из множества отдельных частиц или нанодисперсные материалы, жидкости (например, водные растворы), эмульсии или порошки; сосательные таблетки (включая наполненные жидкостью); жвачки; гели; быстродиспергирующиеся лекарственные формы; пленки; каплеты (ovules); спреи; и буккальные/мукоадгезивные пластыри.Pharmaceutical compositions suitable for oral administration include solid plugs, solid microdispersed materials, semi-solid and liquid materials (including multiphase or dispersed systems) such as tablets; soft or hard capsules containing multiparticulate materials or nanoparticulate materials, liquids (eg, aqueous solutions), emulsions or powders; sucking tablets (including those filled with liquid); gum; gels; fast-dispersing dosage forms; films; caplets (ovules); sprays; and buccal / mucoadhesive patches.
В некоторых вариантах реализации фармацевтическая композиция представляет собой энтеросолюбильную композицию (enteric formulation), т.е. желудочно-резистентную композицию (например, устойчивую к желудочному pH), пригодную для доставки композиции по изобретению в кишечник путем перорального введения. Энтеросолюбильные композиции могут быть особенно полезны в тех случаях, когда бактерии или другой компонент композиции являются чувствительными к кислоте, например склон- 13 036958 ны к деградации в условиях желудка.In some embodiments, the pharmaceutical composition is an enteric formulation, i.e. a gastro-resistant composition (eg, resistant to gastric pH), suitable for delivering a composition of the invention to the intestine by oral administration. Enteric compositions can be especially useful where the bacteria or other component of the composition is acid sensitive, for example prone to degradation under gastric conditions.
В некоторых вариантах реализации энтеросолюбильная композиция включает энтеросолюбильное покрытие. В некоторых вариантах реализации композиция представляет собой лекарственную форму с энтеросолюбильным покрытием. Например, композиция может быть таблеткой с энтеросолюбильным покрытием или капсулой с энтеросолюбильным покрытием и т.п. Энтеросолюбильное покрытие может быть обычным энтеросолюбильным покрытием, например обычным покрытием для таблетки, капсулы и т.п. для пероральной доставки. Композиция может включать пленочное покрытие, например тонкопленочный слой энтеросолюбильного полимера, например нерастворимого в кислоте полимера.In some embodiments, the enteric composition comprises an enteric coating. In some embodiments, the composition is an enteric coated dosage form. For example, the composition can be an enteric coated tablet or an enteric coated capsule and the like. The enteric coating may be a conventional enteric coating, for example a conventional tablet, capsule and the like coating. for oral delivery. The composition may include a film coating, such as a thin film layer of an enteric polymer, such as an acid insoluble polymer.
В некоторых вариантах реализации энтеросолюбильная композиция является энтеросолюбильной по своей природе, например желудочно-резистентной, без необходимости использования энтеросолюбильного покрытия. Таким образом, в некоторых вариантах реализации композиция представляет собой энтеросолюбильную композицию, не содержащую энтеросолюбильного покрытия. В некоторых вариантах реализации композиция представляет собой капсулу, изготовленную из терможелирующегося (thermogelling) материала. В некоторых вариантах реализации терможелирующийся материал представляет собой целлюлозный материал, такой как метилцеллюлоза, гидроксиметилцеллюлоза или гидроксипропилметилцеллюлоза (ГПМЦ). В некоторых вариантах реализации капсула включает оболочку, не содержащую какого-либо пленкообразующего полимера. В некоторых вариантах реализации капсула включает оболочку и оболочка содержит гидроксипропилметилцеллюлозу и не содержит какого-либо пленкообразующего полимера (см., например, [32]). В некоторых вариантах реализации, композиция по своей природе является энтеросолюбильной капсулой (например, Vcaps® фирмы Capsugel).In some embodiments, the enteric composition is enteric in nature, eg, gastro-resistant, without the need for an enteric coating. Thus, in some embodiments, the composition is an enteric composition that does not contain an enteric coating. In some embodiments, the composition is a capsule made from a thermogelling material. In some embodiments, the thermosetting material is a cellulosic material such as methylcellulose, hydroxymethylcellulose, or hydroxypropylmethylcellulose (HPMC). In some embodiments, the capsule includes a shell that does not contain any film-forming polymer. In some embodiments, the capsule includes a shell and the shell contains hydroxypropyl methylcellulose and does not contain any film-forming polymer (see, for example, [32]). In some embodiments, the composition is inherently an enteric capsule (eg, Vcaps® from Capsugel).
В некоторых вариантах реализации композиция представляет собой мягкую капсулу. Мягкие капсулы представляют собой капсулы, которые могут благодаря добавкам размягчителей, таких как, например, глицерин, сорбит, мальтит и полиэтиленгликоли, присутствующих в оболочке капсулы, обладать определенной эластичностью и деформируемостью. Мягкие капсулы могут быть получены, например, на основе желатина или крахмала. Мягкие капсулы на основе желатина являются коммерчески доступными от различных поставщиков. В зависимости от способа введения, такого как, например, пероральный или ректальный, мягкие капсулы могут иметь различные формы, они могут быть, например, круглыми, овальными, продолговатыми или торпедообразными. Мягкие капсулы могут быть получены обычными способами, такими как, например, с использованием процесса Шерера (Scherer) (метод прессования), процесса Accogel (метод прессования) или капельного процесса или процесса выдувания (blowing).In some embodiments, the composition is a soft capsule. Soft capsules are capsules that can, due to the addition of softeners such as, for example, glycerin, sorbitol, maltitol and polyethylene glycols, present in the capsule shell, have a certain elasticity and deformability. Soft capsules can be obtained, for example, based on gelatin or starch. Gelatin soft capsules are commercially available from a variety of suppliers. Depending on the route of administration, such as, for example, oral or rectal, soft capsules can have various shapes, they can be, for example, round, oval, oblong or torpedo-shaped. Soft capsules can be prepared by conventional methods such as, for example, using the Scherer process (pressing method), the Accogel process (pressing method), or a drip or blowing process.
Способы культивированияCultivation methods
Бактериальные штаммы для использования в данном изобретении могут культивироваться с использованием стандартных микробиологических методик, как описано, например, в источниках [33-35].Bacterial strains for use in the present invention can be cultured using standard microbiological techniques, as described, for example, in references [33-35].
Твердая или жидкая среда, используемая для культуры, может быть, например, агаром YCFA (дрожжевой экстракт-гидролизат казеина-жирные кислоты) или средой YCFA. Среда YCFA может содержать (на 100 мл, приблизительные значения): казитон (1,0 г), дрожжевой экстракт (0,25 г), NaHCO3 (0,4 г), цистеин (0,1 г), K2HPO4 (0,045 г), KH2PO4 (0,045 г), NaCl (0,09 г), (NH4)2SO4 (0,09 г), MgSO4-7H2O (0,009 г), CaCl2 (0,009 г), резазурин (0,1 мг), гемин (1 мг), биотин (1 мкг), кобаламин (1 мкг), паминобензойную кислоту (3 мкг), фолиевую кислоту (5 мкг) и пиридоксамин (15 мкг).The solid or liquid medium used for the culture can be, for example, YCFA (yeast extract-casein fatty acid hydrolyzate) agar or YCFA medium. YCFA medium may contain (per 100 ml, approximate values): casiton (1.0 g), yeast extract (0.25 g), NaHCO3 (0.4 g), cysteine (0.1 g), K 2 HPO 4 (0.045 g), KH2PO4 (0.045 g), NaCl (0.09 g), (NH 4 ) 2 SO 4 (0.09 g), MgSO 4 -7H 2 O (0.009 g), CaCl 2 (0.009 g) , resazurin (0.1 mg), hemin (1 mg), biotin (1 mcg), cobalamin (1 mcg), paminobenzoic acid (3 mcg), folic acid (5 mcg) and pyridoxamine (15 mcg).
Общие положенияGeneral Provisions
В практике данного изобретения будут использоваться, если не указано иное, обычные методы химии, биохимии, молекулярной биологии, иммунологии и фармакологии, доступные квалифицированным специалистам. Такие методики подробно описаны в литературе. См., например, источники [36-43] и т.д.In the practice of this invention, unless otherwise indicated, conventional methods of chemistry, biochemistry, molecular biology, immunology and pharmacology available to those skilled in the art will be used. Such techniques are described in detail in the literature. See, for example, sources [36-43], etc.
Термин содержащий охватывает включающий, а также состоящий из, например композиция, содержащая X, может состоять исключительно из X, или может что-то включать дополнительно, например X+Y.The term comprising encompasses an inclusive as well as consisting of, for example, a composition containing X, may consist exclusively of X, or may further include something, such as X + Y.
Термин примерно по отношению к численному значению х является необязательным и означает, например, x±10%.The term about in relation to the numerical value x is optional and means, for example, x ± 10%.
Выражение по существу не исключает полностью, например, композиция, которая по существу не содержит Y, может совершенно не содержать Y. При необходимости, выражение по существу может быть опущено в формуле изобретения (definition of the invention).An expression as such does not completely exclude, for example, a composition that is essentially free of Y may be completely free of Y. If necessary, an expression as such may be omitted from the definition of the invention.
Ссылки на процент идентичности последовательностей между двумя нуклеотидными последовательностями означают, что при выравнивании процентное содержание (percentage) нуклеотидов при сравнении двух последовательностей будет одинаковым. Такое выравнивание и процент гомологии или идентичность последовательностей могут быть определены с использованием компьютерных программ, известных специалистам в данной области техники, например, описанных в разделе 7.7.18 источника [44]. Предпочтительное выравнивание определяют по алгоритму поиска гомологии Смита-Уотермана (Smith-Waterman) с использованием нечеткого (affine) поиска разрывов со штрафом за открытие гэпа 12 и штрафом за продолжение гэпа 2, матрицы BLOSUM 62. Алгоритм поиска гомологии Смита-Уотермана раскрыт в источнике [45].References to percent sequence identity between two nucleotide sequences means that when aligned, the percentage of nucleotides when comparing the two sequences will be the same. Such alignment and percent homology or sequence identity can be determined using computer programs known to those skilled in the art, for example, described in section 7.7.18 of the source [44]. The preferred alignment is determined by the Smith-Waterman homology search algorithm using an affine gap search with a gap opening penalty of 12 and a gap extension penalty of 2, the BLOSUM 62 matrix. The Smith-Waterman homology search algorithm is disclosed in [ 45].
Если не указано конкретно, процесс или способ, включающий множество стадий, может включатьUnless specifically indicated, a multi-step process or method may include
- 14 036958 дополнительные стадии в начале или в конце способа, или может включать дополнительные промежуточные стадии. Также стадии могут быть объединены, пропущены или проведены в альтернативном порядке, при необходимости.- 14 036958 additional stages at the beginning or at the end of the process, or may include additional intermediate stages. Also the steps can be combined, skipped or performed in an alternative order, if necessary.
В данном документе описаны различные варианты реализации изобретения. Следует понимать, что признаки, указанные в каждом варианте реализации, могут быть объединены с другими указанными признаками, для получения дополнительных вариантов реализации. В частности, варианты реализации, выделенные в данном документе как пригодные, типичные или предпочтительные, могут быть объединены друг с другом (за исключением случаев, когда они являются взаимоисключающими).Various embodiments of the invention are described herein. It should be understood that the features specified in each embodiment may be combined with other specified features to provide additional options for implementation. In particular, embodiments identified herein as suitable, typical, or preferred may be combined with each other (unless they are mutually exclusive).
Способы осуществления изобретенияModes for carrying out the invention
Пример 1. Введение бактериальных инокулятов крысам, несущим микробиоту кишечника человека, больного СРКExample 1. Administration of bacterial inoculums to rats carrying the intestinal microbiota of a human patient with IBS
Резюме.Summary.
Крыс инокулируют фекальной микробиотой человека, больного СРК. Крысам затем вводят композиции, содержащие бактериальные штаммы по изобретению и анализируют колонизацию Blautia hydrogenotrophica.Rats are inoculated with the faecal microbiota of a human IBS patient. The rats are then injected with compositions containing the bacterial strains of the invention and assayed for colonization by Blautia hydrogenotrophica.
Штамм.Strain.
Blautia hydrogenotrophica (BH), штамм DSM 10507/14294.Blautia hydrogenotrophica (BH) strain DSM 10507/14294.
Композиции и введение.Compositions and introduction.
Лиофилизат BH - вводят с помощью желудочного зонда.Lyophilisate BH - administered by gastric tube.
Контрольный раствор вводят с помощью желудочного зонда.The control solution is administered by gavage.
Крысы.Rats.
Инокулированные кишечной микробиотой человека, больного СРК.Inoculated with intestinal microbiota of a person with IBS.
Схема исследований.Research scheme.
День 14 - крыс инокулируют кишечной микробиотой человека, больного СРК.Day 14 - Rats are inoculated with intestinal microbiota of a human with IBS.
Дни 0-28 - ежедневная доза лиофилизата BH или контрольного раствора.Days 0-28 - Daily dose of BH lyophilisate or control solution.
Дни 0, 14 и 28 - кПЦР популяции BH в образцах фекалий.Days 0, 14 and 28 - qPCR of the BH population in fecal samples.
Результаты.Results.
Фиг. 1 изображает результаты анализа методом кПЦР популяции BH в образцах фекалий крыс, получавших контрольный раствор (СРК) или лиофилизат BH (СРК+BH). Наблюдалось увеличение популяции BH в дни 14 и 28 у крыс, получавших лиофилизат BH, что подтверждает успешную колонизацию.FIG. 1 depicts the results of qPCR analysis of the BH population in fecal samples from rats treated with control solution (CPK) or BH lyophilisate (CPK + BH). An increase in the BH population was observed on days 14 and 28 in rats receiving BH lyophilisate, confirming successful colonization.
Выводы.Findings.
Введение композиций, содержащих Blautia hydrogenotrophica, приводило к успешной колонизации.The introduction of compositions containing Blautia hydrogenotrophica resulted in successful colonization.
Пример 2. Введение бактериального лиофилизата здоровым крысам и эффект на Enterobacteriaceae.Example 2. Administration of bacterial lyophilisate to healthy rats and effect on Enterobacteriaceae.
Были исследованы эффекты введения лиофилизата штамма DSM 10507/14294 Blautia hydrogenotrophica (BH) на крыс HIM-здорового человека (инокулированных микробиотой кишечника здорового человека), и результаты представлены на фиг. 2-5. Дополнительные подробности, касающиеся экспериментов, приведены выше в описании фигур. Фиг. 2 изображает, что пригодная доза BH для крыс составляет 109 клеток в день или больше. Фиг. 3 изображает, что в этих экспериментах BH не колонизируют постоянно пищеварительный тракт крыс. Фиг. 4 изображает, что BH присутствует преимущественно в слепой кишке. Неожиданно фиг. 5 изображает, что введение BH индуцирует статистически значимое снижение Enterobacteriaceae в фекалиях крыс, детектируемое методом кПЦР.The effects of administration of a lyophilisate of strain DSM 10507/14294 Blautia hydrogenotrophica (BH) on HIM-healthy rats (inoculated with intestinal microbiota of a healthy person) were investigated and the results are shown in FIG. 2-5. Additional experimental details are provided above in the description of the figures. FIG. 2 depicts that a suitable dose of BH in rats is 10 9 cells per day or more. FIG. 3 depicts that in these experiments, BH did not permanently colonize the digestive tract of rats. FIG. 4 depicts that BH is present predominantly in the cecum. Surprisingly, FIG. 5 depicts that BH administration induces a statistically significant decrease in Enterobacteriaceae in rat feces, as detected by qPCR.
Пример 3. Введение бактериального лиофилизата в крысиной модели СРК.Example 3. Administration of a bacterial lyophilisate in a rat model of IBS.
Были дополнительно исследованы эффекты введения лиофилизата штамма DSM 10507/14294 Blautia hydrogenotrophica (BH) в крысиной модели СРК. Безмикробных крыс инокулировали образцами фекалий от пациентов С-СРК (с запором) или U-CPK (несубтипированные). Результаты приведены на фиг. 6, и дополнительные подробности, касающиеся экспериментов, приведены выше в описании фигур.Were further investigated the effects of the introduction of lyophilisate strain DSM 10507/14294 Blautia hydrogenotrophica (BH) in a rat model of IBS. Microbial-free rats were inoculated with fecal samples from C-IBS (constipated) or U-CPK (unsubtyped) patients. The results are shown in FIG. 6, and additional experimental details are set forth above in the description of the figures.
Фиг. 6 подтверждает, что введение лиофилизата BH вызывает статистически значимое снижение Enterobacteriaceae, которые представлены преимущественно Е. coli. Как и ожидалось, также наблюдается увеличение BH.FIG. 6 confirms that administration of BH lyophilisate causes a statistically significant reduction in Enterobacteriaceae, which are predominantly represented by E. coli. As expected, an increase in BH is also observed.
Пример 4. Сравнение Blautia hydrogenotrophica в микробиоте пациентов.Example 4. Comparison of Blautia hydrogenotrophica in the microbiota of patients.
Были проведены клинические испытания фазы I, в которых Blautia hydrogenotrophica (Blautix, штамм, депонированный с номером доступа DSM 10507/14294) вводили людям с синдромом раздраженного кишечника (СРК). Пациентам вводили Blautix на протяжении периода дозирования (дни 1-16), с периодом вымывания в дни 19-23. Было найдено, что Blautix является безопасным и хорошо переносимым. Blautia hydrogenotrophica (Blautix) в микробиоте пациентов измеряли в день 1, день 16 и в конце исследований (EOS), со следующими результатами.Phase I clinical trials have been conducted in which Blautia hydrogenotrophica (Blautix, strain deposited with accession number DSM 10507/14294) was administered to people with irritable bowel syndrome (IBS). Patients received Blautix over the dosing period (days 1-16), with a washout period on days 19-23. Blautix has been found to be safe and well tolerated. Blautia hydrogenotrophica (Blautix) in patient microbiota was measured on day 1, day 16 and at the end of the study (EOS), with the following results.
- 15 036958- 15 036958
Таблица 1Table 1
Анализ выявил тенденции изменения уровней Blautia hydrogenotrophica в образцах стула пациентов (см. фиг. 7а). Участники, получавшие Blautix, имели повышенные уровни бактерий в своих образцах стула после периода дозирования (день 16). Это демонстрирует успешную доставку Blautix в кишечник. Уровни возвращались к нормальным после периода вымывания (конец исследований; EOS). Таким образом, Blautix не колонизирует кишечник постоянно после прекращения дозирования. Оба наблюдения согласуются с доклинической моделью.Analysis revealed trends in Blautia hydrogenotrophica levels in patient stool samples (see FIG. 7a). Participants receiving Blautix had increased levels of bacteria in their stool samples after the dosing period (day 16). This demonstrates the successful delivery of Blautix to the intestines. Levels returned to normal after a washout period (end of studies; EOS). Thus, Blautix does not permanently colonize the intestines after dosing is stopped. Both observations are consistent with the preclinical model.
Пример 5. Сравнение Enterobacteria в микробиоте пациентов.Example 5. Comparison of Enterobacteria in the microbiota of patients.
Проводили также измерения Enterobacteria в микробиоте пациентов в ходе клинических испытаний фазы I в день 1, день 16 и в конце исследований, со следующими результатами.________________Enterobacteria were also measured in the microbiota of patients during phase I clinical trials on day 1, day 16, and at the end of the studies, with the following results.
Анализ выявил тенденции изменения уровней Enterobacteria в образцах стула пациентов (см. фиг. 7b). Пациенты с СРК, получавшие Blautix, продемонстрировали снижение Enterobacteria. Это согласуется с наблюдениями доклинической модели.The analysis revealed trends in Enterobacteria levels in patient stool samples (see FIG. 7b). IBS patients treated with Blautix showed a decrease in Enterobacteria. This is consistent with the observations of the preclinical model.
Пример 6. Результаты дыхательного водородного теста.Example 6. Results of a breath hydrogen test.
Уровни водорода в дыхании являются биомаркером активности Blautix - механизм его действия (МоА) связан с метаболизмом эндогенного H2 для продуцирования ацетата. Людям вводили лактулозу и определяли уровни водорода (Н2) (Cmax) в образцах, взятых в четыре момента времени: день 1, день 2, день 15 и день 16. Нескорректированные результаты для водорода конвертировали в скорректированные результаты для водорода.Respiratory hydrogen levels are a biomarker of Blautix activity - its mechanism of action (MoA) is linked to the metabolism of endogenous H2 to produce acetate. People were injected with lactulose and hydrogen (H 2 ) (C max ) levels were determined in samples taken at four time points: day 1, day 2, day 15, and day 16. Uncorrected hydrogen results were converted to corrected hydrogen results.
Некоторые пациенты были исключены из анализа. Было три причины, по которым субъекты не включались в анализ методом дыхательного водородного теста: 1) они имели результат дыхательного водородного теста СМАХ <20 в один из четырех дней взятия образцов и потому считались не отвечающими на тест; 2) они были продуцентами метана (определялись как продуцирующие больше метана, чем водорода в дыхательном тесте), это влияет на водородный ответ; и/или 3) было получено сильно отклоняющееся значение в дыхательном водородном тесте (232 ppm). Субъекты 3.12 (Blautix), 3.24 (Blautix),Some patients were excluded from the analysis. There were three reasons why subjects were not included in the hydrogen breath test: 1) they had a CMAX hydrogen breath test <20 on one of the four sampling days and were therefore considered not responding; 2) they were methane producers (defined as producing more methane than hydrogen in the breath test), this affects the hydrogen response; and / or 3) a highly outliers in the hydrogen breath test (232 ppm) were obtained. Subjects 3.12 (Blautix), 3.24 (Blautix),
- 16 036958- 16 036958
4.07 (Blautix) были исключены как не отвечающие. Субъекты 3.03 (Blautix) и 3.08 (плацебо) были исключены как продуценты метана (4.07, указанный как исключенный выше, был также продуцентом метана).4.07 (Blautix) were excluded as not responding. Subjects 3.03 (Blautix) and 3.08 (placebo) were excluded as methane producers (4.07, indicated as excluded above, was also a methane producer).
Субъект 4.09 (плацебо) был исключен из-за сильно выпадающего значения.Subject 4.09 (placebo) was excluded due to highly outliers.
Скорректированные результаты анализа водорода для конца периода дозирования (дни 15/16) сравнивали с базовой линией (дни 1/2). У 10 из 12 пациентов (83%), получавших Blautix, наблюдалось снижение уровней водорода за этот период (фиг. 8а и 8с). В отличие от этого, 3 из 6 (50%) пациентов, получавших плацебо, имели пониженные уровни водорода (фиг. 8b и 8с).The corrected hydrogen analysis results for the end of the dosing period (days 15/16) were compared to the baseline (days 1/2). 10 of 12 patients (83%) treated with Blautix experienced a decrease in hydrogen levels during this period (Figs. 8a and 8c). In contrast, 3 out of 6 (50%) placebo patients had reduced hydrogen levels (Figs. 8b and 8c).
Фиг. 9 изображает нескорректированные и скорректированные результаты определения водорода для экспериментальной группы, получавшей Blautix (Verum (группа препарата с действующими веществами)), вместе со статистическим анализом результатов. Было обнаружено, что средние значения для нескорректированного и скорректированного Н2 различаются между днем 1 и днем 15. После 13,5 дней эксперимента, детектировалось статистически значимое (р<0,05) снижение Н2 в дыхательном тесте с определением Cmax после стимуляции лактулозой. В отличие от этого, в группе плацебо средние значения для дня 1 и дня 15 были эквивалентными (р>0,05) (фиг. 10). Таким образом, среднее значение в экспериментальной группе (также называемой группа VERUM), снижается между днем 1 и днем 15, в то время как среднее для группы плацебо является эквивалентным в день 1 и день 15 как для нескорректированных результатов определения водорода, так и для скорректированных результатов определения водорода (фиг. 11).FIG. 9 depicts uncorrected and corrected hydrogen results for the Blautix treatment group (Verum (active ingredient group)) together with a statistical analysis of the results. The mean values for uncorrected and corrected H 2 were found to differ between day 1 and day 15. After 13.5 days of the experiment, a statistically significant (p <0.05) decrease in H 2 was detected in the breath test with C max determination after stimulation with lactulose ... In contrast, in the placebo group, the mean values for day 1 and day 15 were equivalent (p> 0.05) (Fig. 10). Thus, the mean in the experimental group (also called the VERUM group) declines between day 1 and day 15, while the mean for the placebo group is equivalent on day 1 and day 15 for both uncorrected hydrogen measurements and the results of the determination of hydrogen (Fig. 11).
Пример 7. Испытания на стабильность.Example 7. Tests for stability.
Композицию, описанную в данном документе, содержащую по меньшей мере один бактериальный штамм, описанный в данном документе, хранят в запечатанном контейнере при температуре 25 или 4°С, и контейнер помещают в атмосферу с 30, 40, 50, 60, 70, 75, 80, 90 или 95% относительной влажности. По истечении 1, 2, 3, 6 месяцев; 1, 1,5, 2, 2,5 или 3 лет должно сохраняться по меньшей мере 50, 60, 70, 80 или 90% бактериального штамма, по результатам измерения колониеобразующих единиц в соответствии со стандартными протоколами.The composition described herein, containing at least one bacterial strain described herein, is stored in a sealed container at a temperature of 25 or 4 ° C, and the container is placed in an atmosphere with 30, 40, 50, 60, 70, 75, 80, 90 or 95% RH. After 1, 2, 3, 6 months; For 1, 1.5, 2, 2.5 or 3 years, at least 50, 60, 70, 80 or 90% of the bacterial strain should be retained, as measured by colony forming units according to standard protocols.
Пример 8. Способность В. hydrogenotrophica изменять микробиоту в модели крыс, ассоциированных с микробиотой человека (крыс НМА).Example 8. Ability of B. hydrogenotrophica to alter the microbiota in a rat model associated with human microbiota (HMA rats).
Резюме.Summary.
Группы по 16 безмикробных крыс (включающие 8 крыс в контрольной группе и 8 крыс в экспериментальной группе) инокулировали фекальной микробиотой человека, больного СРК (крысы НМАСРК). Было проведено три последовательных эксперимента с использованием образцов фекалий от 3 разных пациентов с СРК. Две другие группы крыс (n=10) инокулировали образцами фекалий здорового субъекта (n=2 субъекта; 2 группы крыс НМА-здорового человека) в качестве контроля. Таким образом, использовали 24 крысы, ассоциированных с СРК-микробиотой (контроль), 24 крысы, ассоциированных с СРК-микробиотой, получавших Blautix, и 20 крыс, ассоциированных с микробиотой здорового человека. Половине крыс НМА-СРК затем вводили в течение 28 дней композицию, содержащую бактериальный штамм В. hydrogenotrophica по изобретению, в то время как другая половина животных получала контрольный раствор. В день 28 после введения анализировали уровни тех микроорганизмов из фекальной микробиоты, для которых ранее наблюдались изменения у пациентов с СРК.Groups of 16 microbial-free rats (including 8 rats in the control group and 8 rats in the experimental group) were inoculated with the fecal microbiota of a human IBS patient (HMASPK rats). Three consecutive experiments were conducted using fecal samples from 3 different IBS patients. Two other groups of rats (n = 10) were inoculated with fecal samples from a healthy subject (n = 2 subjects; 2 groups of HMA-healthy rats) as controls. Thus, 24 rats associated with the IBS microbiota (control), 24 rats associated with the IBS microbiota treated with Blautix, and 20 rats associated with the healthy human microbiota were used. Half of the HMA-CPK rats were then injected for 28 days with the composition containing the bacterial B. hydrogenotrophica strain of the invention, while the other half received the control solution. On day 28 after administration, the levels of those microorganisms from the fecal microbiota for which changes were previously observed in patients with IBS were analyzed.
Штамм.Strain.
Blautia hydrogenotrophica (BH), штамм DSM 10507V14294.Blautia hydrogenotrophica (BH), strain DSM 10507V14294.
Композиция и введение.Composition and introduction.
Лиофилизат BH суспендировали в стерильном растворе минеральных солей до концентрации 1010 бактерий/мл. Вводили ежедневно по 2 мл этой суспензии на крысу НМА-СРК с помощью желудочного зонда на протяжении 28 дней.The BH lyophilisate was suspended in a sterile mineral salt solution to a concentration of 10 10 bacteria / ml. 2 ml of this suspension was injected daily into an HMA-CPK rat using a gastric tube for 28 days.
Контрольный раствор представлял собой стерильный раствор минеральных солей, который вводили ежедневно (2 мл на крысу) с помощью желудочного зонда контрольной группе крыс НМА-СРК.The control solution was a sterile mineral salt solution that was administered daily (2 ml per rat) by gavage to the control group of HMA-CPK rats.
Крысы.Rats.
Самцов безмикробных крыс (в возрасте 10 недель) инокулировали фекальной микробиотой человека, больного СРК (крысы НМА-СРК). Шестнадцать крыс инокулировали одним и тем же инокулятом фекалий человека. Проводили три последовательных эксперимента с образцами фекалий от трех разных субъектов с СРК. Две другие группы по десять крыс инокулировали образцами фекалий от 2 здоровых субъектов (контрольные группы нормо-чувствительности).Male non-microbial rats (10 weeks old) were inoculated with the fecal microbiota of a human IBS patient (HMA-IBS rats). Sixteen rats were inoculated with the same human feces inoculum. Three consecutive experiments were performed with fecal samples from three different subjects with IBS. Two other groups of ten rats were inoculated with fecal samples from 2 healthy subjects (norm-sensitivity control groups).
Схема исследований.Research scheme.
День 14 - инокуляция безмикробных крыс фекальной микробиотой человека.Day 14 - Inoculation of germ-free rats with human fecal microbiota.
Дни 0-28 - ежедневная доза лиофилизата BH (экспериментальная группа) или контрольный раствор (контрольная группа) с помощью желудочного зондаDays 0-28 - daily dose of BH lyophilisate (experimental group) or control solution (control group) by gavage
Дни 0, 14 и 28 - взятие образцов фекалий для микробного анализа: кПЦР для оценки популяции BH и других комменсальных групп микроорганизмов и подсчет функциональных групп микроорганизмов с использованием селективных сред и строго анаэробного метода.Days 0, 14 and 28 - collection of faecal samples for microbial analysis: qPCR to assess the population of BH and other commensal groups of microorganisms and the calculation of functional groups of microorganisms using selective media and strictly anaerobic method.
Результаты.Results.
На фиг. 12 представлены результаты анализа методом кПЦР популяции В. hydrogenotrophica в об- 17 036958 разцах фекалий крыс НМА-СРК, получавших контрольный раствор или лиофилизат BH. Значимое увеличение популяции BH наблюдалось в конце периода введения (D28) у крыс, получавших лиофилизатFIG. 12 shows the results of qPCR analysis of a population of B. hydrogenotrophica in 17 036958 samples of feces from HMA-CPK rats treated with a control solution or BH lyophilisate. A significant increase in the BH population was observed at the end of the dosing period (D28) in rats receiving the lyophilisate
BH, что подтверждает успешную доставку BH в ободочную кишку.BH, which confirms the successful delivery of BH to the colon.
На фиг. 13 изображен эффект введения В.hydrogenotrophica на определенные микроорганизмы фекальной микробиоты, для которые ранее наблюдались изменения у пациентов с СРК. Уровень видов Enterobacteriaceae снижался после введения В. hydrogenotrophica.FIG. 13 depicts the effect of B. hydrogenotrophica administration on certain microorganisms in the faecal microbiota, for which changes were previously observed in patients with IBS. The level of Enterobacteriaceae species decreased after the introduction of B. hydrogenotrophica.
Выводыfindings
Введение Blautia hydrogenotrophica приводило к снижению Enterobacteriaceae.The introduction of Blautia hydrogenotrophica resulted in a decrease in Enterobacteriaceae.
Пример 9. Изменение симптомов у пациентов в ходе клинических испытаний фазы I.Example 9 Symptom Changes in Patients During Phase I Clinical Trials
Были проведены клинические испытания фазы I, в которых Blautia hydrogenotrophica (Blautix, штамм, депонированный с номером доступа DSM 10507, а также с номером доступа DSM 14294) вводили людям с синдромом раздраженного кишечника (СРК). Пациентам вводили Blautix на протяжении периода дозирования (дни 1-16), с периодом вымывания в дни 19-23. Было найдено, что Blautix является безопасным и хорошо переносимым.Phase I clinical trials have been conducted in which Blautia hydrogenotrophica (Blautix, strain deposited with accession number DSM 10507 as well as accession number DSM 14294) was administered to people with irritable bowel syndrome (IBS). Patients received Blautix over the dosing period (days 1-16), with a washout period on days 19-23. Blautix has been found to be safe and well tolerated.
Контролировались четыре симптома, одним из которых была диарея. В ходе исследований регистрировали, испытывают ли пациенты улучшение, отсутствие изменений или ухудшение каждого из этих симптомов. Результаты для пациентов, получавших Blautix, сравнивали с результатами, полученными для пациентов, которым вводили плацебо. Контроль симптомов проводили в три момента времени: день 1, день 15/16 и в конце испытаний. Результаты приведены на фиг. 14 и 15.Four symptoms were monitored, one of which was diarrhea. The studies recorded whether patients experienced an improvement, no change, or worsening of each of these symptoms. Results for patients receiving Blautix were compared with those obtained for patients receiving placebo. Symptom control was performed at three time points: day 1, day 15/16 and at the end of the trial. The results are shown in FIG. 14 and 15.
При сравнении описываемых пациентами симптомов в день 16 с базовыми показателями 1 дня 82% из 17 пациентов с СРК, получавших Blautix, сообщили об улучшении симптомов (фиг. 14). Улучшение симптомов, одним из которых была диарея, поддерживает использование Blautix для лечения или предотвращения диареи.When comparing patient reported symptoms on Day 16 to a baseline of Day 1, 82% of 17 IBS patients treated with Blautix reported an improvement in symptoms (FIG. 14). Improvement of symptoms, one of which was diarrhea, supports the use of Blautix to treat or prevent diarrhea.
50% пациентов, получавших плацебо, сообщили об улучшении симптомов (фиг. 14). Высокие показатели реакции на плацебо являются установленным явлением в клинических исследованиях СРК. Ксифаксан (Xifaxan) недавно получил разрешение на использование для лечения СРК на основании значительно меньших улучшений по сравнению с плацебо (см.:http://www.accessdata.fda.gov/spl/data/5ab6fceb4d22-4480-81fc-8bc28c16770d/5ab6fceb-4d22-4480-81fc-8bc28c 16770d.xml).50% of patients receiving placebo reported improvement in symptoms (Fig. 14). High response rates to placebo are well established in clinical trials of IBS. Xifaxan was recently approved for the treatment of IBS on the basis of significantly smaller improvements over placebo (see: http://www.accessdata.fda.gov/spl/data/5ab6fceb4d22-4480-81fc-8bc28c16770d/5ab6fceb -4d22-4480-81fc-8bc28c 16770d.xml).
На основании приведенного тут описания ожидалось ухудшение симптомов при завершении исследований (дни 19-23) по сравнению с симптомами в момент завершения введения препарата (день 16). Такое ухудшение симптомов наблюдалось в клинических испытаниях фазы I: 41% пациентов с СРК сообщили об ухудшении симптомов после прекращения приема Blautix (фиг. 15). Ухудшение симптомов, одним из которых была диарея, после прекращения приема Blautix, таким образом, также поддерживает использование Blautix при лечении или предотвращении диареи.Based on the description provided herein, a worsening of symptoms was expected at study completion (days 19-23) compared to symptoms at completion of dosing (day 16). This worsening of symptoms was observed in phase I clinical trials: 41% of IBS patients reported worsening of symptoms after discontinuation of Blautix (Fig. 15). Worsening of symptoms, one of which was diarrhea, after discontinuation of Blautix thus also supports the use of Blautix in the treatment or prevention of diarrhea.
- 18 036958- 18 036958
Последовательности.Sequences.
- 19 036958- 19 036958
tacgttcccgtacgttcccg
1321 ggtcttgtac acaccgcccg tcacaccatg ggagtcagta acgcccgaag tc1321 ggtcttgtac acaccgcccg tcacaccatg ggagtcagta acgcccgaag tc
SEQ ID NO :2 (Ген 16S рибосомальной РНК штамма WAL 14507 Blautia wexlerae, частичная последовательность - EF036467)SEQ ID NO: 2 (16S ribosomal RNA gene of WAL 14507 Blautia wexlerae, partial sequence - EF036467)
- 20 036958- 20 036958
aacaaggtaacaaggt
SEQ ID NO:3 (Консенсусная последовательность 16s pPHK штамма 830 Blautia stercoris)SEQ ID NO: 3 (Consensus sequence of 16s pRNA of Blautia stercoris strain 830)
TTTKGTCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTTTTTKGTCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTT
- 21 036958- 21 036958
ACGACAGAACCTTCGGGGGAAGATGTAAGGGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGT AACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTA TCGCATGATACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTG GAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTG GGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAA ACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGG GAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATA CGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGAGCAAGTC TGATGTGAAAGGCTGGGGCTTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTTTTCTTGAGTGCCGGA GAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCG AAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAG ATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTG CCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAA TTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTAC CAAGTCTTGACATCGATCTGACCGGTTCGTAATGGAACCTTTCCTTCGGGACAGAGAAGACAGG TGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAAC CCCTATCGTCAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTGAGGAGACTGCCAGGGATAACCTGG AGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAA TGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGCCCGCGAGGGGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTC GGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTC GCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCC GAAGTCAGTGACCCAACCTTAGGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGATTGATAACTGGGGTGAAGT CTAGGGGGTACGACAGAACCTTCGGGGGAAGATGTAAGGGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGT AACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTA TCGCATGATACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTG GAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTG GGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAA ACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGG GAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATA CGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGAGCAAGTC TGATGTGAAAGGCTGGGGCTTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTTTTCTTGAGTGCCGGA GAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCG AAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAG ATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTG CCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAA TTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTAC CAAGTCTTGACATCGATCTGACCGGTTCGTAATGGAACCTTTCCTTCGGGACAGAGAAGACAGG TGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGT GTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAAC CCCTATCGTCAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTGAGGAGACTGCCAGGGATAACCTGG AGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAA TGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGCCCGCGAGGGGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTC GGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTC GCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCC GAAGTCAGTGACCCAACCTTAGGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGATTGATAACTGGGGTGAAGT CTAGGGGGT
SEQ ID NO:4 (Консенсусная последовательность 16s pPHK штамма MRX008 Blautia wexlerae)SEQ ID NO: 4 (Consensus sequence of 16s pRNA of Blautia wexlerae strain MRX008)
TTCATTGAGACTTCGGTGGATTTAGATTCTATTTCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGG TAACCTGCCTTATACAGGGGGATAACAGTCAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGA GCTGCATGGCTCAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCTTGTT GGTGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATT GGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGA AACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAG GGAAGATAGTGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT ACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTGTGGCAAGT CTGATGTGAAAGGCATGGGCTCAACCTGTGGACTGCATTGGAAACTGTCATACTTGAGTGCCGG AGGGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGC GAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTATTCATTGAGACTTCGGTGGATTTAGATTCTATTTCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGG TAACCTGCCTTATACAGGGGGATAACAGTCAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGA GCTGCATGGCTCAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCTTGTT GGTGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATT GGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGA AACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAG GGAAGATAGTGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT ACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTGTGGCAAGT CTGATGTGAAAGGCATGGGCTCAACCTGTGGACTGCATTGGAAACTGTCATACTTGAGTGCCGG AGGGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGC GAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTA
- 22 036958- 22 036958
GATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCNGGGGAGCATGGCTCTTCGG TGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGG AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCT TACCAAGTCTTGACATCCGCCTGACCGATCCTTAACCGGATCTTTCCTTCGGGACAGGCGAGAC AGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGC AACCCCTATCCTCAGTAGCCAGCATTTAAGGTGGGCACTCTGGGGAGACTGCCAGGGATAACCT GGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTAC AATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGATCGTGAGATGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGT TCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATG CCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCNGGGGAGCATGGCTCTTCGG TGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGG AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCT TACCAAGTCTTGACATCCGCCTGACCGATCCTTAACCGGATCTTTCCTTCGGGACAGGCGAGAC AGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGC AACCCCTATCCTCAGTAGCCAGCATTTAAGGTGGGCACTCTGGGGAGACTGCCAGGGATAACCT GGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTAC AATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGATCGTGAGATGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGT TCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATG CCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGC
С C GAAG T CAG T GAC С TAAC T G CAAAGAAG GAG С T G С C GAAC C GAAG T CAG T GAC C TAAC T G CAAAGAAG GAG C T G C C GAA
SEQ ID NO:5 (Ген 16S рибосомальной РНК штамма S5a36 Blautia hydrogenotrophica, частичная последовательность - X95624.1)SEQ ID NO: 5 (Gene 16S ribosomal RNA strain S5a36 Blautia hydrogenotrophica, partial sequence - X95624.1)
- 23 036958 taactgacgt- 23 036958 taactgacgt
ccgaaggtggccgaaggtgg
1441 gactgataac tggggtga1441 gactgataac tggggtga
Список литературы.List of references.
[1] Spor et al. (2011) Nat Rev Microbiol. 9(4):279-90.[1] Spor et al. (2011) Nat Rev Microbiol. 9 (4): 279-90.
[2] Eckburg et al. (2005) Science. 10;308 (5728) :1635-8.[2] Eckburg et al. (2005) Science. 10; 308 (5728): 1635-8.
[3] Tap et al. (2009), Environ Microbiol, 11(10) :2574-84.[3] Tap et al. (2009) Environ Microbiol 11 (10): 2574-84.
[4] Macpherson et al. (2001) Microbes Infect. 3(12):1021-35[4] Macpherson et al. (2001) Microbes Infect. 3 (12): 1021-35
[5] Macpherson et al. (2002) Cell Mol Life Sci (12) :2088-96.[5] Macpherson et al. (2002) Cell Mol Life Sci (12): 2088-96.
[6] Mazmanian et al. (2005) Cell 15; 122(1) :107-18.[6] Mazmanian et al. (2005) Cell 15; 122 (1): 107-18.
[7] Frank et al. (2007) PNAS 104(34):13780-5.[7] Frank et al. (2007) PNAS 104 (34): 13780-5.
[8] Scanlan et al. (2006) J Clin Microbiol. 44(11) :3980-8.[8] Scanlan et al. (2006) J Clin Microbiol. 44 (11): 3980-8.
- 24 036958- 24 036958
[9] Kang et al. (2010) Inflamm Bowel Dis. 16(12):2034-42.[9] Kang et al. (2010) Inflamm Bowel Dis. 16 (12): 2034-42.
[10] Machiels et al. (2013) Gut. 63(8):1275-83.[10] Machiels et al. (2013) Gut. 63 (8): 1275-83.
[11] Lopetuso et al. (2013), Gut Pathogens, 5: 23[11] Lopetuso et al. (2013), Gut Pathogens, 5:23
[12] WO 2013/050792[12] WO 2013/050792
[13] WO 03/046580[13] WO 03/046580
[14] WO 2013/008039[14] WO 2013/008039
[15] WO 2014/167338[15] WO 2014/167338
[16] Lee and Lee (2014) World J Gastroenterol. 20(27) : 8886-8897.[16] Lee and Lee (2014) World J Gastroenterol. 20 (27): 8886-8897.
[17] Liu et al. (2008) Int J Syst Evol Microbiol 58, 18961902 .[17] Liu et al. (2008) Int J Syst Evol Microbiol 58, 18961902.
[18] Bernalier et al. (1996) Arch. Microbiol. 166 (3), 176183.[18] Bernalier et al. (1996) Arch. Microbiol. 166 (3), 176183.
[19] Park et al. (2012) Int J Syst Evol Microbiol. 62 (Pt 4) :776-9.[19] Park et al. (2012) Int J Syst Evol Microbiol. 62 (Pt 4): 776-9.
[20] Masco et al. (2003) Systematic and Applied Microbiology, 26:557-563.[20] Masco et al. (2003) Systematic and Applied Microbiology 26: 557-563.
[21] Srutkova et al. (2011) J. Microbiol. Methods, 87(1):10-6.[21] Srutkova et al. (2011) J. Microbiol. Methods, 87 (1): 10-6.
Microbiol., 54, 9-24.Microbiol., 54, 9-24.
[26] Cryopreservation and Freeze-Drying Protocols, ed. by[26] Cryopreservation and Freeze-Drying Protocols, ed. by
Day and McLellan, Humana Press.Day and McLellan, Humana Press.
[27] Leslie et al. (1995) Appl. Environ. Microbiol. 61, 3592-3597.[27] Leslie et al. (1995) Appl. Environ. Microbiol. 61, 3592-3597.
[28] Mitropoulou et al. (2013) J Nutr Metab. (2013) 716861.[28] Mitropoulou et al. (2013) J Nutr Metab. (2013) 716861.
[29] Kailasapathy et al. (2002) Curr Issues Intest[29] Kailasapathy et al. (2002) Curr Issues Intest
Microbiol. 3(2) :39-48.Microbiol. 3 (2): 39-48.
[30] Handbook of Pharmaceutical Excipients, 2nd Edition, (1994) , Edited by A Wade and PJ Weller[30] Handbook of Pharmaceutical Excipients, 2nd Edition, (1994), Edited by A Wade and PJ Weller
[31] Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing[31] Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing
- 25 036958- 25 036958
Co. (A. R. Gennaro edit. 1985)Co. (A. R. Gennaro edit. 1985)
[32] US 2016/0067188[32] US 2016/0067188
[33] Handbook of Microbiological· Media, Fourth Edition (2010) Ronald Atlas, CRC Press.[33] Handbook of Microbiological · Media, Fourth Edition (2010) Ronald Atlas, CRC Press.
[34] Maintaining Cultures for Biotechnology and Industry (1996) Jennie C. Hunter-Cevera, Academic Press[34] Maintaining Cultures for Biotechnology and Industry (1996) Jennie C. Hunter-Cevera, Academic Press
[35] Strobel (2009) Methods Mol Biol. 581:247-61.[35] Strobel (2009) Methods Mol Biol. 581: 247-61.
[36] Gennaro (2000) Remington: The Science and Practice of[36] Gennaro (2000) Remington: The Science and Practice of
Pharmacy. 20th edition, ISBN: 0683306472.Pharmacy. 20th edition, ISBN: 0683306472.
[37] Molecular Biology Techniques: An Intensive Laboratory[37] Molecular Biology Techniques: An Intensive Laboratory
Course, (Ream et al., eds., 1998, Academic Press).Course, (Ream et al., Eds., 1998, Academic Press).
[38] Methods In Enzymology (S. Colowick and N. Kaplan, eds., Academic Press, Inc.)[38] Methods In Enzymology (S. Colowick and N. Kaplan, eds., Academic Press, Inc.)
[39] Handbook of Experimental Immunology, Vols. I IV (D.M.[39] Handbook of Experimental Immunology, Vols. I IV (D.M.
Weir and C.C. Blackwell, eds, 1986, Blackwell ScientificWeir and C.C. Blackwell, eds, 1986, Blackwell Scientific
Publications)Publications)
[40] Sambrook et al. (2001) Molecular Cloning: A Laboratory[40] Sambrook et al. (2001) Molecular Cloning: A Laboratory
Manual, 3rd edition (Cold Spring Harbor Laboratory Press) .Manual, 3rd edition (Cold Spring Harbor Laboratory Press).
[41] Handbook of Surface and Colloidal Chemistry (Birdi,[41] Handbook of Surface and Colloidal Chemistry (Birdi,
K.S. ed., CRC Press, 1997)K.S. ed., CRC Press, 1997)
[42] Ausubel et al. (eds) (2002) Short protocols in molecular biology, 5th edition (Current Protocols).[42] Ausubel et al. (eds) (2002) Short protocols in molecular biology, 5th edition (Current Protocols).
[43] PCR (Introduction to Biotechniques Series), 2nd ed.[43] PCR (Introduction to Biotechniques Series), 2nd ed.
(Newton & Graham eds., 1997, Springer Verlag)(Newton & Graham eds., 1997, Springer Verlag)
[44] Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel et al., eds., 1987) Supplement 30[44] Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel et al., Eds., 1987) Supplement 30
[45] Smith & Waterman (1981) Adv. Appl. Math. 2: 482-489.[45] Smith & Waterman (1981) Adv. Appl. Math. 2: 482-489.
Claims (12)
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
GBGB1703552.8A GB201703552D0 (en) | 2017-03-06 | 2017-03-06 | Compositions comprising bacterial strains |
PCT/GB2017/052076 WO2018011593A1 (en) | 2016-07-13 | 2017-07-13 | Compositions comprising bacterial strains |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
EA201990275A1 EA201990275A1 (en) | 2019-05-31 |
EA036958B1 true EA036958B1 (en) | 2021-01-20 |
Family
ID=58543962
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
EA201990275A EA036958B1 (en) | 2017-03-06 | 2017-07-13 | Composition comprising blautia bacterial strains for reducing the level of pathogenic enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract |
Country Status (2)
Country | Link |
---|---|
EA (1) | EA036958B1 (en) |
GB (1) | GB201703552D0 (en) |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2001085187A1 (en) * | 2000-05-11 | 2001-11-15 | Institut National De La Recherche Agronomique (Inra) | Use of hydrogenotrophic acetogenic strains for preventing or treating digestive disorders |
WO2002007741A1 (en) * | 2000-07-25 | 2002-01-31 | Borody Thomas J | Probiotic recolonisation therapy |
US20100247489A1 (en) * | 2006-12-22 | 2010-09-30 | Saur-Brosch Roland | Use of a composition made of mineral nutrients and optionally acetogenic and/or butyrogenic bacteria in order to avoid or reduce the formation of gas in the large intestine of a mammal and the resulting abdominal problems |
WO2012142605A1 (en) * | 2011-04-15 | 2012-10-18 | Samaritan Health Services | Rapid recolonization deployment agent |
WO2016057671A1 (en) * | 2014-10-07 | 2016-04-14 | University Of Virginia Patent Foundation | Compositions and methods for preventing and treating infection |
US20160184370A1 (en) * | 2013-02-04 | 2016-06-30 | Seres Therapeutics, Inc. | Compositions and Methods |
-
2017
- 2017-03-06 GB GBGB1703552.8A patent/GB201703552D0/en not_active Ceased
- 2017-07-13 EA EA201990275A patent/EA036958B1/en unknown
Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2001085187A1 (en) * | 2000-05-11 | 2001-11-15 | Institut National De La Recherche Agronomique (Inra) | Use of hydrogenotrophic acetogenic strains for preventing or treating digestive disorders |
WO2002007741A1 (en) * | 2000-07-25 | 2002-01-31 | Borody Thomas J | Probiotic recolonisation therapy |
US20100247489A1 (en) * | 2006-12-22 | 2010-09-30 | Saur-Brosch Roland | Use of a composition made of mineral nutrients and optionally acetogenic and/or butyrogenic bacteria in order to avoid or reduce the formation of gas in the large intestine of a mammal and the resulting abdominal problems |
WO2012142605A1 (en) * | 2011-04-15 | 2012-10-18 | Samaritan Health Services | Rapid recolonization deployment agent |
US20160184370A1 (en) * | 2013-02-04 | 2016-06-30 | Seres Therapeutics, Inc. | Compositions and Methods |
WO2016057671A1 (en) * | 2014-10-07 | 2016-04-14 | University Of Virginia Patent Foundation | Compositions and methods for preventing and treating infection |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
C. LIU, S. M. FINEGOLD, Y. SONG, P. A. LAWSON: "Reclassification of Clostridium coccoides, Ruminococcus hansenii, Ruminococcus hydrogenotrophicus, Ruminococcus luti, Ruminococcus productus and Ruminococcus schinkii as Blautia coccoides gen. nov., comb. nov., Blautia hansenii comb. nov., Blautia hydrogenotrophica comb. nov., Blautia luti comb. nov", INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, SOCIETY FOR GENERAL MICROBIOLOGY, vol. 58, no. 8, 1 August 2008 (2008-08-01), pages 1896 - 1902, XP055005236, ISSN: 14665026, DOI: 10.1099/ijs.0.65208-0 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EA201990275A1 (en) | 2019-05-31 |
GB201703552D0 (en) | 2017-04-19 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US10967010B2 (en) | Compositions comprising bacterial strains | |
EA035949B1 (en) | Use of a composition comprising bacterial blautia hydrogenotrophica strain and method of treating or preventing visceral hypersensitivity | |
EA036958B1 (en) | Composition comprising blautia bacterial strains for reducing the level of pathogenic enterobacteriaceae in the gastrointestinal tract | |
EA037069B1 (en) | Pharmaceutical composition comprising bacteria of the genus blautia for treating diseases of the intestine | |
OA19092A (en) | Compositions comprising bacterial strains. |