DK3008207T3 - Fremgangsmåde til dråbelagring - Google Patents

Claims (25)

1. Fremgangsmåde til lagring af en strøm af dråber, hvoraf mindst nogle omfatter en eller flere enkelt nukleotider og/eller oligonukleotider og en dråbefluid, kendetegnet ved trinnet nied sekventiel indføring af hver dråbe på en overflade af et substrat på en korresponderende unik placering og yderligere kendetegnet ved, at strømmen af dråber er fremstillet ved en metode der indbefatter trinnene til generering af en ordnet strøm af nukleotider fra analytten ved progressiv pyrophosphorolyse og indfangning af hvert nukleotid i en korresponderende dråbe.

2. Fremgangsmåde ifølge krav 1, kendetegnet ved, at dråberne er indført på overfladen under betingelser, som forhindrer dem i at koalescere.

3. Fremgangsmåde ifølge krav 2, kendetegnet ved, at overfladen af substratet er forsynet med en flerhed af brønde, riller, kanaler, knopper, fordybninger, huller, søjler eller andre fremspring, hvortil dråberne er indført.

4. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, kendetegnet ved, at overfladen er belagt med en væskefilm, der ikke er blandbar med dråbefluiden.

3, Fremgangsmåde ifølge krav 4, kendetegnet ved, at væsken omfattende filmen er mindre tæt end dråbefluiden.

6. Fremgangsmåde ifølge krav 4 eller krav 5, kendetegnet ved, at viskositeten af væsken omfattende filmen tillader dråberne at migrere igennem til substratets overflade.

7. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 4 til 6, kendetegnet ved, at dråbefiuiden er vand eller vandig buffer og væsken omfattende filmen er udvalgt blandt gruppen bestående af fluorcarbonolier, carbonhydridolier, siliconeolier eller flydende monomerer eller polymerer som kan hærdes til at danne en solid transparent matrix ved virkningen af varme eller uv-stråling.

8. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, kendetegnet ved, at mindst en del af overfladen af substratet er tilpasset til at være forholdsvis mere hydrofil end resten.

9. Fremgangsmåde ifølge el hvilket som helst af de foregående krav, kendetegnet ved, at dråberne er indført på overfladen af substratet ved hjælp af et dråbeleveringssystem.

10. Fremgangsmåde ifølge krav 9, kendetegnet ved, at dråbeleveringssystemet indbefatter en dyse omfattende en udgangsåbning som er en anden end cirkulær i tværsnits-profil.

11. Fremgangsmåde ifølge krav 9 eller 10, kendetegnet ved, at dråbeleveringssystemet og overfladen af substratet er bevægelige i forhold til hinanden i mindst en rumlig dimension.

12. Fremgangsmåde ifølge krav 11, kendetegnet ved, at den relative bevægelse af dråbeleveringssystemet og overfladen af substratet er kontrolleret af en mikroprocessor og en servostyret mekanisme,

13. Fremgangsmåde ifølge krav 12, kendetegnet ved, at mikroprocessoren er forsynet med hukommelse til at lagre rækkefølgen og placeringen af hver dråbe.

14. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 9 til 13, kendetegnet ved, at dråberne er leveret til dråbeleveringssystemet i form af et bærermedium indeholdende en strøm, af dråber hvoraf mindst nogle indeholder nukleotiderne eller oligonu-kleotiderne.

15. Fremgangsmåde ifølge krav 14, kendetegnet ved, at bærermediet og væsken omfattende filmen er de samme.

16. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, kendetegnet ved, at nukleotider eller oligonukleotider indeholdt i dråberne er mærket med en eller flere fluoroforer.

17. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, kendetegnet ved, at strømmen af dråber har en nukleotid-rækkefølge korresponderende til den for sekvensen af nukleotider i en prækursorpolynukleotidanalyt.

18. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, kendetegnet ved, at metoden yderligere omfatter trinnet til behandling af hver dråbe for at indfange nukieotidet med et indfangningsmolekyle, som er multipelmærket med fluoroforer i en inaktiv tilstand, som efter indfangning er udsat for enzymatisk nedbrydning,

19. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, kendetegnet ved, at metoden yderligere omfatter trinnet til behandling af hver dråbe for at danne mærkede ampliconer der er karakteristiske for nukieotidet, den indeholder.

20. Fremgangsmåde ifølge krav 19, kendetegnet ved, at amplieoneme er dannet ved en fremgangsmåde udvalgt blandt gruppen bestående af polymerasekædereaktionen, rekombinase-polymeraseamplifikation og rullende-cirkelamplifikation.

21. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 18 til 20, kendetegnet ved, at (1) mindste nogle af dråberne indeholder enkelt nukleotider afledt af analytten og (2) nævnte dråber er leveret til den operative overflade af substratet, før mindst et af de yderligere trin ifølge krav 18 til 20, er udført.

22. Mikrodråbeiagringsapparat kendetegnet ved, at omfatte a. et substrat havende en operativ overflade: b. et middel til generering af en strøm af mikrodråber, der indbefatter trinnet til generering af en ordnet strøm af enkelt nukleotider fra en polynukleotid-anal yt ved progressiv pyrophosphorolyse; c. et dråbeleverings system omfattende en dyse og udgangsåbning til levering af strømmen af mikrodråber, hvoraf mindst nogle af dem omfatter en eller flere enkelt nukleotider og/eller oligonukleotider på korresponderende unikke placeringer på den operative overflade; d. et middel til levering af strømmen af mikrodråher eventuelt i et bærermedium til et indløb til dråbeleveringssystemet og e. en positioneringsmekanisme til bevægelse af et eller begge af substratet og dråbeleveringssystemet i forhold til det andet i planet af den operative overflade,

23, Mikrodråbelagringsapparat ifølge krav 22, kendetegnet ved, at midlerne til levering af strømmen af mikrodråher til dråbeleveringssystemet omfatter en m i krof] ui di sk bane,

24, Mikrodråbelagringsapparat ifølge krav 22 eller 23, kendetegnet ved, at det yderligere omfatter et middel til at lagre den nøjagtige placering i planet, der definerer den operative overflade, ved hvilken en given mi krodråbe er leveret,

25, Mikrodråbelagringsapparat ifølge et hvilket som helst af kravene 22-24, kendetegnet ved, at den operative overflade er præ-belagt med en flydende film inden anvendelse,

26, Mikrodråbelagringsapparat ifølge et hvilket som helst af kravene 22 til 25 omfattende et kabinet indeholdende dråbeleveringssystemet og et kammer tilpasset til at modtage og udstøde substratet,