DE20316651U1

DE20316651U1 - Analysis and management of molecular data and sequences

Info

Publication number: DE20316651U1
Application number: DE20316651U
Authority: DE
Original assignee: Emler, Stefan
Current assignee: SMARTGENE GMBH, CH
Priority date: 2002-02-15
Filing date: 2003-02-17
Publication date: 2004-02-12
Anticipated expiration: 2013-02-18
Also published as: WO2003069534A3; DE10206406A1; WO2003069534A2; EP1479027A2; AU2003210293A1

Abstract

Umgebung zur Analyse molekularer Sequenzen, mit:
– einem zentralen Computersystem,
– wenigstens einem Endbenutzercomputersystem,
– einem Netzwerk für Datenkommunikation zwischen dem zentralen Computersystem und dem wenigstens einen Endbenutzercomputersystem,
– einer Datenbank, die dem zentralen Computersystem zugeordnet ist und wenigstens eine Referenzmolekularsequenz oder -datensatz umfasst, wobei
– das zentrale Computersystem ausgelegt ist, wenigstens eine von dem wenigstens einen Endbenutzercomputersystem übertragene Probensequenz oder Datensatz in der Datenbank zur Analyse in Relation zu der wenigstens einen Referenzmolekularsequenz oder -datensatz zu speichern.Environment for analyzing molecular sequences, with:
- a central computer system,
- at least one end user computer system,
A network for data communication between the central computer system and the at least one end user computer system,
A database which is assigned to the central computer system and comprises at least one reference molecular sequence or data set, wherein
- The central computer system is designed to store at least one sample sequence or data record transmitted by the at least one end user computer system in the database for analysis in relation to the at least one reference molecular sequence or data record.

Description

Gebiet der ErfindungField of the Invention

Die vorliegende Erfindung betrifft das Gebiet der Analyse und Verwaltung von molekularen Daten und DNA/RNA/Protein-SequenzenThe present invention relates to the field of analysis and management of molecular data and DNA / RNA / protein sequences

Hintergrund der ErfindungBackground of the Invention

Molekulare Diagnostik, die auf einer genetischen Analyse und Genomanalyse von Genen von Patienten oder Genen von Mikroorganismen basiert, ist in der heutigen Medizin ein schnell wachsendes Gebiet. Da es die Technologie ermöglicht, Sequenzanalysen und eine Detektion von genetischen Profilen in automatisierter und schneller Weise durchzuführen, sind diese Tests für routinemäßige medizinische Diagnose und Umgang mit Krankheiten verfügbar geworden. Die Technologie beschäftigt sich jedoch nicht nur mit Tests und Reaktionsstoffen, sondern stellt eine zunehmend komplexe Menge an Informationen bereit, die unter Verwendung der üblichen Mittel und Erfahrung des Personals gehandhabt werden können, die Laboratorien und Ärzten zur Verfügung stehen. Datenverwaltung und Datenanalyse sind daher zum Engpass molekularer Diagnostik in Laboratorien und Praxen von Ärzten geworden.Molecular diagnostics based on a genetic analysis and genome analysis of genes from patients or Genes based on microorganisms is one in today's medicine fast growing area. Since technology enables Sequence analysis and detection of genetic profiles in automated and to do it faster, are these tests for routine medical Diagnosis and management of diseases have become available. The technology employed not only with tests and reactants, but also an increasingly complex amount of information is available under Using the usual Means and experience of the staff can be managed Laboratories and doctors to disposal stand. Data management and data analysis are therefore a bottleneck molecular diagnostics in laboratories and medical practices.

Beispielsweise kann die Infektion mit dem HIV angeführt werden, der AIDS verursacht: HIV ist als tödliche Virusinfektion aufgrund der erfolgreichen Behandlung mit antiviralen Medikamenten zu einer chronischen Krankheit geworden. Diese Behandlung wird im Allgemeinen in frühen Stadien der Infektion begonnen, um durch HIV verursachte Immundefizite zu verhindern oder umzukehren. Zu Behandlungszwecken wird im Allgemeinen ein "Cocktail" einiger Medikamente mit unterschiedlichen aktiven Komponenten verschrieben. Die Medikamente werden jeden Tag verabreicht und die Gesamtdauer der Behandlung hängt von deren Wirkung ab und wurde bisher nicht definiert. Parameter zum Überwachen der Behandlung sind: Der allgemeine Status des Patienten, die virale Belastung im Blut, die Anzahl von CD4-Zellen und aufgrund von Nebenwirkungen Leber- und andere Parameter.For example, the infection led with the HIV that causes AIDS: HIV is due to be a deadly viral infection the successful treatment with antiviral drugs to a chronic Become sick. This treatment is generally in the early stages the infection started to cause immune deficiencies caused by HIV prevent or reverse. For treatment purposes in general a "cocktail" of some drugs with different active ones Components prescribed. The drugs are administered every day and the total duration of treatment depends on its effect and has not yet been defined. Treatment monitoring parameters are: The general status of the patient, the viral load in the blood, the number of CD4 cells and due to liver side effects and other parameters.

Auch wenn eine Anti-HIV-Behandlung sehr erfolgreich sein kann, weist der Virus selbst eine große Fähigkeit auf, zu mutieren, und er kann sich in einen gegenüber Medikamenten resistenten Genotyp umwandeln, indem er einfach seine Targetgene für das entsprechende Medikament ändert.Even if anti-HIV treatment can be very successful, the virus itself has a great ability on to mutate, and he can become one versus medication convert resistant genotype by simply targeting its genes for the appropriate drug changes.

In den meisten Fällen werden die Revertase oder die Protease unter Verwendung von Medikamenten ermittelt, für andere Targets kommen jetzt aber neue Medikamente auf den Markt. Mutationen der Targetgensequenzen können unter dem Behandlungsdruck auftreten und würden dann das Virusisolat gegenüber dem verwendeten Medikament resistent machen. Da eine Mutation von HIV in eine resistente Variante einen Anstieg viraler Replikation und daher aufgrund einer Abnahme der Immunabwehr von Patienten möglicherweise zu einem tödlichen Ausgang führen kann, überwachen Ärzte die Behandlung unter Verwendung der obengenannten Parameter zuzüglich des durch Bestimmen von Genotypen erhaltenen Virusresistenzprofils sorgfältig.In most cases, the revertase or the protease is determined using medication for others But new drugs are now coming onto the market. Mutations of the Target gene sequences can occur under the treatment pressure and would then isolate the virus from the make the drug used resistant. Because a mutation from HIV in a resistant variant an increase in viral replication and therefore may be due to a decrease in patients' immune defenses to a fatal outcome to lead can, doctors monitor the Treatment using the above parameters plus the virus resistance profile obtained by determining genotypes carefully.

Ein Nachweis einer möglichen Resistenz codierenden Mutation hilft ihnen die Behandlung hinsichtlich einer wirksameren, individuellen Medikamentenkombination einzustellen. Die Bestimmung von HIV-Genotypen wird ein in zunehmendem Maß wichtiges Werkzeug der Behandlung von HIV-Patienten und daher fordern Ärzte auf der gesamten Welt dieses als Routinetest an, der durch fachkundige Krankenhauslaboratorien oder Laboratorien in Privatbesitz durchgeführt wird. Der Umgang mit Daten von Genotypbestimmungen ist jedoch für die Laboratorien sowie für die angeschlossenen Ärzte schwierig, weil sie normalerweise keine entsprechende IT-Infrastruktur zur Verwaltung von Sequenzen und zum Umgang mit komplexen Daten und Analysen besitzen.Evidence of a possible Resistance coding mutation helps them with treatment a more effective, individual combination of medications. The determination of HIV genotypes is becoming increasingly important Tool for the treatment of HIV patients and therefore doctors demand all over the world as a routine test carried out by specialized hospital laboratories or privately owned laboratories. Dealing with data from Genotype determination is however for the laboratories as well as for the affiliated doctors difficult because they usually do not have an appropriate IT infrastructure for managing sequences and handling complex data and have analysis.

Aufgabe der ErfindungObject of the invention

Im Allgemeinen besteht die Aufgabe der vorliegenden Erfindung darin, Lösungen bereitzustellen, die eine Analyse von molekularen Daten und Sequenzen verbessern.Generally there is the task of the present invention in providing solutions that improve analysis of molecular data and sequences.

Kurzbeschreibung der ErfindungBrief description of the invention

Um das obige Problem zu lösen, stellt die vorliegende Erfindung eine Umgebung gemäß Anspruch 1 bereit.To solve the above problem, poses the present invention provides an environment according to claim 1.

Weitere Lösungen und Ausführungsformen der folgenden Erfindung sind in den weiteren Ansprüchen definiert.Other solutions and embodiments of the following invention are defined in the further claims.

Kurzbeschreibung der FigurenBrief description of the figures

Bei der folgenden Beschreibung bevorzugter Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung wird auf die beigefügten Zeichnungen Bezug genommen, in denen:In the following description of preferred embodiments of the present invention, reference is made to the accompanying drawings, in which: which:

1 eine funktionelle Anordnung des erfindungsgemäßen Systems veranschaulicht, 1 illustrates a functional arrangement of the system according to the invention,

2 bis 19 beispielhafte graphische Benutzerschnittstellen der erfindungsgemäßen Umgebung veranschaulichen. 2 to 19 illustrate exemplary graphical user interfaces of the environment according to the invention.

Beschreibung bevorzugter AusführungsformenDescription of preferred embodiments

Bei der folgenden Beschreibung folgender Ausführungsformen wird auf die Bestimmung von Genotypen und die Resistenzanalyse hinsichtlich HIV Bezug genommen. Es ist festzustellen, dass diese Ausführungsformen, insbesondere Softwaremerkmale, Hardwaremerkmale damit in Verbindung stehende Konfigurationen und Implementierungen, gezeigte graphische Benutzerschnittstellen, gezeigte Sequenzen, Mutationen, Targets und molekulare Strukturen, lediglich der Veranschaulichung dienen, die vorliegende Erfindung aber in keiner Weise einschränken sollen. Als veranschaulichendes Beispiel wird ferner auf das integriere Datenbanknetzwerksystem IDNS^TM(Integrated Database Network System) zum Bestimmen von HIV-Genotypen Bezug genommen, ohne dadurch eine Einschränkung der vorliegenden Erfindung zu beabsichtigen.In the following description of the following embodiments, reference is made to the determination of genotypes and the resistance analysis with regard to HIV. It should be noted that these embodiments, in particular software features, are related to hardware features Configurations and implementations, shown graphical user interfaces, shown sequences, mutations, targets and molecular structures are only for the purpose of illustration, but are not intended to limit the present invention in any way. As an illustrative example, reference is also made to the Integrated Database Network System (IDNS ^™ ) for determining HIV genotypes without intending to limit the present invention.

1 Allgemeine Merkmale des IDNS^TM für HIV IDNS^TM, das integrierte Datenbanknetzwerksystem, stellt die folgenden Merkmale bereit: – Es kann durch eine einfache Bookmark in einem Internet-Browser auf jedem mit dem Internet verbundenen Computer implementiert werden; es ist kein spezielles Rechnersystem (Workstation) erforderlich. – Es stellt einen kundenspezifischen, an Anwendungen angepassten Datenmanagementservice bereit. – Es verwaltet Sequenzdaten, auch von genetischen HIV-Medikamentenzielen. – Es verwaltet andere mit den Sequenztargets verknüpften Daten (z. B. virale Last, Anzahl von CD4-Zellen, Behandlungsvorschrift, viraler Phänotyp,...). – Es hält Sequenzen und damit in Verbindung stehende Daten zum Vergleich mit früheren Fällen, zur Behandlungsfortsetzung (Resistenzentwicklung unter Behandlung,...) und zur Dokumentation verfügbar. – Es erlaubt eine einfache und zuverlässige Analyse von Sequenzen zum Nachweis behandlungsrelevanter Mutationen. – Es kann auch in einem späteren Stadium auf andere genetische Targets erweitert werden. – Es kann gleichzeitig Zugriffe von unterschiedlichen Stellen aus bewerkstelligen. – Es erlaubt eine Vernetzung und eine Datenerfassung sowie gemeinsame Datenbenutzung mit anderen Zentren. – Es kann mit Laborprogrammen von Kunden oder mit Expertenprogrammen für Behandlungsratschläge verbunden werden. – Es ist einfach zu verwenden und benötigt keine Kenntnis in Bioinformatik, Informatik oder Programmiersprachen. – Es kann von Labortechnikern zur Dateneingabe und routinemäßigen Datenanalyse verwendet werden. – Es bewerkstelligt Datensicherung, Zugriffe, Zugriffsschutz, Datensicherheit ausgehend von seinem zentralen Server gemäß individuellen Kundenanforderungen ohne Einbeziehung von Kundenpersonal. – Es implementiert Aktualisierungen (Updates) und Verbesserungen (Upgrades) ferngesteuert und auch Anfragen ohne Eingriff vor Ort. – Es spart "Arbeitszeit" !1 General features of the IDNS ^TM for HIV IDNS ^TM , the integrated database network system, provides the following features: - It can be implemented by a simple bookmark in an Internet browser on any computer connected to the Internet; no special computer system (workstation) is required. - It provides a customer-specific data management service adapted to applications. - It manages sequence data, including genetic HIV drug targets. - It manages other data linked to the sequence targets (e.g. viral load, number of CD4 cells, treatment instructions, viral phenotype, ...). - It keeps sequences and related data available for comparison with previous cases, for continuation of treatment (development of resistance under treatment, ...) and for documentation. - It allows simple and reliable analysis of sequences to detect treatment-relevant mutations. - It can also be expanded to other genetic targets at a later stage. - It can manage access from different locations at the same time. - It allows networking and data acquisition as well as data sharing with other centers. - It can be combined with customer laboratory programs or expert programs for treatment advice. - It is easy to use and requires no knowledge of bioinformatics, computer science or programming languages. - It can be used by laboratory technicians for data entry and routine data analysis. - It accomplishes data backup, access, access protection, data security starting from its central server according to individual customer requirements without the involvement of customer personnel. - It implements updates and upgrades remotely and also requests without intervention on site. - It saves "working time"!
Das IDNS^TM stellt eine Umgebung zum Datenmanagement und zur Datenanalyse dar, die über das Internet bereitgestellt werden. Sein Backbone besteht aus drei Basismodulen: Eine serverbasierte SQL-Datenbank, ein Benutzermanagementmodul und ein Modul zur Definition von Anwendungen. Über diese drei Module kann das IDNS^TM jedem Benutzer weltweit eine Anwendungs- (Krankheit-) spezifische Plattform bereitstellen; die Plattform kann auf die Kundenanforderungen speziell angepasst sein, wobei Passworte den Zugriff schützen und ihn auf die Kundendaten beschränken (Benutzermanagement). Das IDNS^TM kann mittels hinsichtlich von Datensätzen gesetzten Kennzeichnungsinformationen (Flags) Kunden in die Lage versetzen, sich miteinander Netzwerk zu bilden, und ermöglicht es diesen, ausgewählte Daten gemeinsam zu nutzen und online zu kommunizieren. Das IDNS^TM ist ein ideales Werkzeug für Studien von mehreren Zentren, zur Datenerhebung, zur Zusammenarbeit über große Distanzen zwischen Forschungszentren, wobei jedem Teilnehmer die erforderlichen spezifischen Werkzeuge und Datenformate bereitgestellt werden. Das IDNS^TM stellt auch Referenzdatenbanken bereit, die von geschützten oder öffentlichen Datenbanken erhalten werden.The IDNS ^TM is an environment for data management and data analysis that is provided over the Internet. Its backbone consists of three basic modules: a server-based SQL database, a user management module and a module for defining applications. These three modules enable the IDNS ^{TM to} provide an application (disease) specific platform to every user worldwide; the platform can be specially adapted to customer requirements, with passwords protecting access and restricting it to customer data (user management). The IDNS ^TM can enable customers to form networks with one another by means of identification information (flags) set with regard to data records, and enables them to share selected data and to communicate online. The IDNS ^TM is an ideal tool for multi-center studies, data collection, long-distance collaboration between research centers, providing each participant with the required specific tools and data formats. The IDNS ^{TM also} provides reference databases obtained from protected or public databases.
2 Webpage-Login: Benutzername / Passwort: Zugang zu Anwendungsspezifischen Plattformen des IDNS^TM Das integrierte Datenbanknetzwerksystem (IDNS^TM) ist eine Datenbankumgebung mit einer internetbasierten Benutzerschnittstelle. Über das Internet wird unter Verwendung personalisierter Passworte auf das IDNS^TM zugegriffen. Die Übertragung des Login und des Passwortes wird verschlüsselt und Passworte können regelmäßig geändert werden. Login, Zugriffszeit, Dauer, Vorgänge und, falls benötigt, die IP-Adresse des Computers, von wo der Zugriff herrührt, wird insgesamt für eine gewünschte oder vorgegebene Zeitdauer aufgezeichnet, z. B. bis zu einem Jahr.2 Webpage login: User name / password: Access to application-specific platforms of the IDNS ^TM The integrated database network system (IDNS ^TM ) is a database environment with an internet-based user interface. The IDNS ^{TM is} accessed over the Internet using personalized passwords. The transmission of the login and password is encrypted and passwords can be changed regularly. Login, access time, duration, processes and, if required, the IP address of the computer from which the access originates are recorded overall for a desired or predetermined period of time, e.g. B. up to a year.
2.1 Personalisierter Login und Sicherheit Ein benutzerspezifischer Login und ein persönliches Passwort erlauben unmittelbaren Zugriff auf alle Datenplattformen des IDNS^TM, für den der Benutzer eine berechtigte Zugriffsautorisierung hat. Das persönliche Passwort liefert maximale Sicherheit, indem Verschlüsselungstechnologien verwendet werden. Dieses Passwort darf niemals mitgeteilt werden. Eine standardmäßige Lizenzvereinbarung kann beispielsweise bis zu drei Benutzer mit persönlichen Passworten umfassen und kann erweitert werden, um mehr Benutzer zu versorgen. Das IDNS^TM zeichnet jeden durch einen Benutzer durchgeführten Zugriff auf. Die von Benutzern ausgeführten Aktivitäten, Modifikationen oder Analysen, die während der Sitzung (Session) vorgenommen werden, werden aufgezeichnet und für ein Jahr gespeichert. Schließlich kann der Zugriffscomputer zurückverfolgt werden und IP-Adressen von Servern oder Zugriffscomputern können ebenfalls aufgezeichnet werden. Somit kann der Zugriff auf das IDNS^TM auf bestimmte Computer beschränkt werden, falls der Benutzer höhere Sicherheitsstandards fordert. Der gesicherte Zugriff auf das IDNS^TM ermöglicht im Nachgang, eine vollständige Dokumentation der durchgeführten Schritte zu erzeugen, um ein zum Qualitätsmanagement unerlässliches Ergebnis zu erhalten, oder wenn mit dem IDNS^TM erhaltene Studienergebnisse Überwachungsbehörden, wie z. B. der FDA (Federal Drug Administration), vorgelegt werden, wo eine Aufzeichnung von Weiterentwicklungen gefordert wird. Probleme und nicht autorisierte Aktivitäten können erkannt, nachverfolgt werden, wobei Lösungen vorgesehen sind, wenn Verunreinigungen oder andere Faktoren unerwartete Ergebnisse verursachen.2.1 Personalized login and security A user-specific login and a personal password allow direct access to all data platforms of the IDNS ^TM , for which the user has authorized access authorization. The personal password provides maximum security by using encryption technologies. This password must never be communicated. For example, a standard license agreement can include up to three users with personal passwords and can be expanded to serve more users. The IDNS ^TM records every access performed by a user. The activities, modifications, or analyzes performed by users during the session are recorded and saved for one year. Finally, the access computer can be traced and IP addresses of servers or access computers can also be recorded. Thus, access to the IDNS ^TM can be restricted to certain computers if the user demands higher security standards. Secure access to the IDNS ^TM subsequently enables a complete documentation of the steps carried out to be obtained in order to obtain a result that is essential for quality management, or if surveillance results obtained with the IDNS ^TM are supervisory authorities such as B. the FDA (Federal Drug Administration), where a record of further developments is required. Problems and unauthorized activity can be identified, tracked, and solutions provided if contamination or other factors cause unexpected results.
2.2 Zugriff bei Experise unterschiedlichen Niveaus Abgesehen von der Sicherheit sollen persönliche Passworte bei dem IDNS^TM eine Zugriffsautorisierung garantieren, die spezifisch auf die Rolle des Benutzers und seine Expertise angepasst ist. Einem Labortechniker würde es beispielweise ermöglicht, Sequenzen hinzuzufügen und zu analysieren, könnte aber nicht in die Lage versetzt werden, Sequenzen zu modifizieren oder zu löschen, um Fehler zu vermeiden. Ein Epidemiologe würde berechtigt sein, vorhandene Daten statistisch zu analysieren, könnte diese aber nicht modifizieren. Der Leiter eines Projekts oder anderes autorisiertes Personal sind in der Lage, Einträge ohne Einschränkung hinzuzufügen, zu modifizieren und zu löschen. Zugriffsstufen auf bestimmte Gebiete können auf die speziellen Anforderungen des Forschungsprojekts oder des einbezogenen Personals angepasst werden. Bei Studien von mehreren Zentren erlaubt es das IDNS^TM, externen Mitarbeitern Zugriff auf gemeinsam genutzte Studiendaten zu gewähren, während Zugriff auf andere, nicht gemeinsam genutzte Labordaten auf dazu berechtigtes, internes Laborpersonal beschränkt ist.2.2 Access at different levels of expertise In addition to security, personal passwords at IDNS ^{TM should} guarantee access authorization that is specifically adapted to the role of the user and his expertise. For example, a laboratory technician would be able to add and analyze sequences, but could not be able to modify or delete sequences to avoid errors. An epidemiologist would be entitled to statistically analyze existing data, but could not modify it. Project leaders or other authorized personnel are able to add, modify and delete entries without restriction. Access levels to certain areas can be adapted to the special requirements of the research project or the staff involved. For studies from multiple centers, the IDNS ^TM allows external staff to access shared study data, while access to other, non-shared laboratory data is restricted to authorized, internal laboratory staff.
2.3 Zugriffsmöglichkeit auf Datenplattformen des IDNS^TM Zugriff auf das IDNS^TM über das Internet ist für 24 Stunden, sieben Tage in der Woche garantiert und Benutzer können auf einfache und bequeme Weise von jedem Computer darauf zugreifen, der mit dem Internet verbunden ist. Es ist außerdem möglich, in einem Institut an mehreren Computern gleichzeitig zu arbeiten, wodurch Wartelisten für Analysen vermieden werden, die von unterschiedlichen Personen durchgeführt werden sollen. Dies schafft ein effizienteres Mittel, Daten in zeitliche angemessener Weise zu akquirieren. Zugriffe sind hinsichtlich der Anzahl oder Dauer nicht beschränkt; dies versetzt Benutzer in die Lage, ihre Daten auf bequeme Weise ohne Einschränkung zu handhaben, und macht das IDNS^TM in besonderer Weise annehmlich und kosteneffizient.2.3 Accessibility to IDNS ^TM data platforms Access to the IDNS ^TM via the Internet is guaranteed for 24 hours, seven days a week and users can access it easily and conveniently from any computer that is connected to the Internet. It is also possible to work on several computers at the same time in an institute, which avoids waiting lists for analyzes to be carried out by different people. This creates a more efficient means of acquiring data in a timely manner. Access is not limited in number or duration; this enables users to handle their data in a convenient, unrestricted manner and makes the IDNS ^TM particularly convenient and cost effective.
2.4 Ungültige Logins Nach einer vorgegebenen Anzahl fehlgeschlagener aufeinanderfolgender Loginversuche (z. B. drei fehlgeschlagene aufeinanderfolgende Loginversuche) wird das IDNS^TM automatisch alle folgenden Logins blockieren. Der Benutzer hat dann die Möglichkeit, den Login erneut zu aktivieren, indem er eine E-Mail zu dem Systembetreiber sendet. Diese Funktion ist ausgelegt, um zu verhindern, dass ein nicht autorisierter Benutzer unter Verwendung mehrerer Versuche auf die Datenplattform zugreift.2.4 Invalid logins After a predetermined number of failed successive login attempts (e.g. three failed successive login attempts), the IDNS ^{TM will} automatically block all subsequent logins. The user then has the option of reactivating the login by sending an email to the system operator. This feature is designed to prevent an unauthorized user from using multiple attempts to access the data platform.
3 IDNS 3.0 Benutzermanager und Anwendungsmanager Der IDNS 3.0 Benutzermanager und Anwendungsmanager stellt die folgenden Merkmale bereit: – Jeder Benutzerzugriff auf die Datenbank des IDNS^TM wird von dem Anwendungsmanager und dem Benutzermanager gesteuert. – Der Anwendungsmanager definiert, auf welche Anwendungen ein Benutzer zugreifen kann (HIV, Bakterien 16s, Pocken, etc.), sowie die für den speziellen Benutzer relevanten Werkzeuge, Referenzdatenbanken und Werkzeugparameter. – Der Benutzermanager definiert die Zugriffsrechte, die verfügbaren Datensätze (d. h. Probendatensätze), Zugehörigkeiten und Datenmitbenutzungsrechte für jeden Benutzer. Die funktionelle Anordnung des Benutzermanagers und des Anwendungsmanagers hinsichtlich der Datenbank- und Systembenutzer und hinsichtlich von Endbenutzercomputersystemen, die auf das System zugreifen, ist in 1 veranschaulicht.3 IDNS 3.0 User Manager and Application Manager The IDNS 3.0 User Manager and Application Manager provides the following features: - Every user access to the IDNS ^TM database is controlled by the Application Manager and the User Manager. - The application manager defines which applications a user can access (HIV, bacteria 16s, smallpox, etc.), as well as the tools, reference databases and tool parameters relevant to the specific user. - The user manager defines the access rights, the available data records (ie sample data records), affiliations and data sharing rights for each user. The functional arrangement of the user manager and the application manager with regard to the database and system users and with regard to end-user computer systems which access the system is shown in FIG 1 illustrated.
3.1 Zugang zum Benutzermanager Der IDNS 3.0 Benutzermanager ist ein hochsicheres, internetbasiertes System (siehe 1) zum Verwalten von IDNS 3.0 Benutzerrechten. Über dieses Werkzeug können neue IDNS 3.0 Datenbanken schnell und effektiv implementiert sowie diejenigen modifiziert werden, die bereits vorhanden sind, wobei die Verwendung des IDNS 3.0 überwacht werden kann. Für einen ersten Zugriff auf das System interagiert ein Benutzer mit dem in 2 veranschaulichten Benutzermanagerzugang.3.1 Access to the user manager The IDNS 3.0 user manager is a highly secure, internet-based system (see 1 ) to manage IDNS 3.0 user rights. Using this tool, new IDNS 3.0 databases can be implemented quickly and effectively, and those that already exist can be modified, whereby the use of IDNS 3.0 can be monitored. For the first access to the system, a user interacts with the in 2 illustrated user manager access.
3.2 Hauptmenü des Benutzermanagers Sobald man sich innerhalb des Benutzermanagers befindet, kann auf die verschiedenen Funktionen über das in 3 gezeigte Hauptmenü des Benutzermanagers zugegriffen.3.2 Main menu of the user manager As soon as you are within the user manager, you can access the various functions via the in 3 shown the main menu of the user manager.
3.3 Targetmenü Das Targetmenü ermöglicht es, wie durch die in 4 gezeigte Targetanzeige des Benutzermanagers, die zu steuernden IDNS 3.0 Referenzdatenbanken zu bezeichnen.3.3 Target menu The target menu enables, as shown by the in 4 shown target display of the user manager to designate the IDNS 3.0 reference databases to be controlled.
3.4 Datensatzmenü Die verschiedenen Referenzdatensätze und privaten Datensätze werden über das 5 gezeigte Datensatzmenü verwaltet. Abhängig von Zusammenarbeit zwischen Gruppen können die Datensätze entweder nicht öffentlich sein oder gemeinsam genutzt werden.3.4 Dataset menu The various reference datasets and private datasets are accessed via the 5 the data record menu shown is managed. Depending on collaboration between groups, the records may either not be public or shared.
3.5 Datensatzgruppen Die Datensatzgruppenanzeige ermöglicht es, die verschiedenen Datensätze gemeinsam zu gruppieren, wobei, wie in 6 veranschaulicht, Benutzern Zugriff auf eine Gruppe von Datensätzen erlaubt wird.3.5 Record groups The record group display enables the different records to be grouped together, whereby, as in 6 illustrates how users are allowed access to a group of records.
3.6 Anwendungen Über die Anwendungsanzeige (siehe 7) werden die speziellen Plattformen, Referenzwebsites, Werkzeuge und Werkzeugparameter des IDNS 3.0 definiert. Anfängliche Einstellungen zur Definition des Zugriffs auf Referenz- und Probedatensätze sind ebenfalls enthalten.3.6 Applications Via the application display (see 7 ) the special platforms, reference websites, work tools and tool parameters of IDNS 3.0 defined. Initial settings to define access to reference and sample records are also included.
3.7 Unternehmen Der Unternehmensabschnitt enthält Einzelheiten der Kundenunternehmen des IDNS 3.0. Zur Wiedergabe für einen Benutzer verwendet das System die in 8 gezeigte Unternehmensanzeige des Benutzermanagers.3.7 Companies The company section contains details of the customer companies of IDNS 3.0. For playback for a user, the system uses the in 8th shown company advertisement of the user manager.
3.8 Benutzer Definitionen der einzelnen Benutzer des IDNS 3.0 sind in dem Benutzerabschnitt gespeichert und können über die in 9 veranschaulichte Benutzeranzeige des Benutzermanagers wiedergegeben werden. Einzelheiten umfassen den Namen des Benutzers, Login-Informationen, Kontaktinformationen und das Unternehmen, zu dem ein Benutzer gehört.3.8 User definitions of the individual users of IDNS 3.0 are stored in the user section and can be accessed via the in 9 illustrated user display of the user manager. Details include the user's name, login information, contact information, and the company a user belongs to.
3.9 Aktivitätsaufzeichnung Wie der in 10 gezeigte Benutzermanager-Aktivitätsaufzeichnungsbildschirm ermöglicht er einem Bediener des Benutzermanagers, die Verwendung des IDNS 3.0 zu überwachen. Jedes Mal, wenn auf das IDNS zugegriffen wird, werden die relevanten Einzelheiten, wie z. B. das Datum, der Benutzer, welche Anwendung, die IP-Adresse des verwendeten Computers, etc., zu der Liste auf der rechten Seite des Bildschirms hinzugefügt. Die Aktivitätsaufzeichnung kann auch durchsucht werden, um eine genauere Wiedergabe von Informationen zuzulassen, wobei es beispielsweise ein Durchsuchen hinsichtlich von Unternehmen ermöglicht, die für das spezielle Unternehmen relevanten Einzelheiten wiederzugeben. Dies ist ebenfalls in 10 veranschaulicht.3.9 Activity record Like the one in 10 shown user manager activity record screen, it enables a user manager operator to monitor the use of the IDNS 3.0. Every time the IDNS is accessed, the relevant details, such as B. the date, the user, which application, the IP address of the computer used, etc., added to the list on the right side of the screen. The activity record can also be browsed to allow more accurate reproduction of information, for example, a company search enables the details relevant to the particular company to be displayed. This is also in 10 illustrated.
4 Die Homepage und das Hauptmenü einer Datenplattform des IDNS^TM für HIV Die Zugangsseite oder sogenannte "Homepage" einer Benutzerplattform ist die erste Internetseite, die nach dem Login auftaucht (siehe 11). Ihr Design ist einfach gehalten, um den Zugriff auf Daten- und Datenmanagementfunktionen einfach zu machen. Es werden lediglich die Zugriffe auf Datenbanken und Funktionen gezeigt, die von dem Benutzer angefordert wurden. Diese Seite ist daher nicht mit unnötigen Werkzeugen und Positionen überladen. Eine klare Trennung von Referenzdaten und Probendaten im Besitz eines Benutzers macht das Datenmanagement und den Zugriff auf Datenbanken einfach und zuverlässig. Die Auslegung und logische Struktur der Internetseiten des IDNS bleibt für unterschiedliche Benutzer und Anwendungen ähnlich; dies ermöglicht es Benutzern, zwischen unterschiedlichen Anwendungen und Plattformen des IDNS^TM umzuschalten, ohne dabei Zeit zur Eingewöhnung zu verlieren.4 The homepage and the main menu of a data platform of the IDNS ^TM for HIV The access page or so-called "homepage" of a user platform is the first website that appears after login (see 11 ). Their design is kept simple to make access to data and data management functions easy. Only the accesses to databases and functions that have been requested by the user are shown. This page is therefore not overloaded with unnecessary tools and positions. A clear separation of reference data and sample data in the possession of a user makes data management and access to databases easy and reliable. The design and logical structure of the IDNS website remains similar for different users and applications; this enables users to switch between different applications and platforms of the IDNS ^TM without losing time to get used to it.
4.1 Allgemeines Layout Der obere Abschnitt der Plattform trägt das Logo eines Benutzers und zeigt dessen Name für die ablaufende Sitzung (siehe 12). Der untere Abschnitt zeigt allgemeine Werkzeuge für administrative Zwecke und zur Kommunikation. Das zentrale Hauptmenü, das Zugriff auf die Referenz- und Kundendatenbanken erlaubt, wird in den Abschnitten 5 und 6 diskutiert.4.1 General layout The upper section of the platform bears the logo of a user and shows his name for the current session (see 12 ). The lower section shows general tools for administrative and communication purposes. The central main menu, which allows access to the reference and customer databases, is discussed in sections 5 and 6.
4.2 Datenbankinformation Benutzer des IDNS^TM und Labormanager können Überprüfungen hinsichtlich von Nummern für gesamte Sequenzeinträge und/oder Probeneinträge durchführen; diese Funktionen ermöglichen es, eine Übersicht der entsprechenden Datenplattform und der Aktivitäten des Labors zu geben.4.2 Database information IDNS ^TM users and laboratory managers can check numbers for entire sequence entries and / or sample entries; these functions make it possible to provide an overview of the corresponding data platform and the activities of the laboratory.
4.3 Links Betätigen des "Link"-Knopfs öffnet eine Internetseite mit kundenspezifischen Hyperlinks, auf die der Benutzer unmittelbar zugreifen kann. Diese Funktion ermöglicht es dem Benutzer, die wichtigen Internetseiten zu organisieren und diese mit Hyperlinkverknüpfungsoperationen zu versehen. Hyperlinks machen diese Internetseiten schnell und einfach verfügbar. Der Bediener des Systems sorgt dafür, diese Hyperlinks regelmäßig zu aktualisieren und zu evaluieren, wobei er auf Anregung hin neue Internetseiten integrieren kann. Hyperlinks können gemäß dem Profil einer Plattform und Bedürfnissen von Benutzern angepasst und erweitert werden.4.3 Left Actuate of the "Link" button opens a website with customer-specific hyperlinks to which the User can access immediately. This function makes it possible the user to organize the important websites and these with hyperlink operations to provide. Hyperlinks make these websites fast and simply available. The System operator ensures update these hyperlinks regularly and to evaluate, whereupon he suggested new websites can integrate. Hyperlinks can according to the profile of a Platform and needs be customized and expanded by users.
4.4 E-Mails Diese Funktion ermöglicht es, E-Mail-Adressen aller einzelnen Benutzer, die in ein Projekt, ein Netzwerk oder eine Studie eingebunden sind, einzugeben und zu speichern und deren Kontaktinformationen allen Projektteilnehmern verfügbar zu machen. Durch einfaches Klicken auf diese E-Mail-Adresse kann der Benutzer Kollegen außerhalb seines Instituts kontaktieren und Probleme oder Erfahrungen austauschen.4.4 Emails This feature enables email addresses all individual users in a project, network or a study are involved, enter and save and their Contact information available to all project participants do. By simply clicking on this email address, the user can Colleagues outside contact his institute and exchange problems or experiences.
4.5 Logout Mit der Logout-Funktion kann sich der Benutzer selbst von der PLattform des IDNS^TM ausloggen, wenn er mit seiner Arbeit fertig ist. Wenn nach einer längeren Zeitdauer ohne Aktivität kein Ausloggen stattfindet, wird das System ein Ausloggen automatisch durchführen (das Zeitlimit kann speziell definiert werden). Dies ist eine weitere Schicht der Datenbanksicherheit und sollte Zugriffe nicht autorisierter Personen vermeiden.4.5 Logout With the logout function, the user can log out of the IDNS ^TM platform when he has finished his work. If there is no logout after a long period of inactivity, the system will log out automatically (the time limit can be specifically defined). This is another layer of database security and should avoid unauthorized access.
4.6 Logo An der rechten oberen Bildschirmkante wird das entsprechende Logo des Benutzers oder seiner/ihrer Institution zusammen mit einem Hyperlink wiedergegeben, der, falls verfügbar, unmittelbar eine Verbindung zu der entsprechenden Homepage der Institution herstellt.4.6 Logo At the top right edge of the screen that is corresponding logo of the user or his / her institution together reproduced with a hyperlink that, if available, immediately establishes a connection to the corresponding homepage of the institution.
4.7 Hyperlink des IDNS zur Homepage von SmartGene Das Logo des Systembetreibers führt zu dessen Homepage. Die Homepage liefert allgemeine Informationen und Informationen über laufende oder abgeschlossene Entwicklungen hinsichtlich des IDNS^TM und stellt Links zu einem Kundenservice bereit. Die Homepage trägt Informationen über die den Kunden bereitgestellten Dienstleistungen und präsentiert neue Softwarewerkzeuge, die auf Anforderung hin in vorhandene IDNS^TM-Plattformen integriert werden können.4.7 Hyperlink of the IDNS to the SmartGene homepage. The system operator's logo leads to his homepage. The homepage provides general information and information about ongoing or completed developments regarding the IDNS ^TM and provides links to customer service. The homepage carries and presents information about the services provided to customers New software tools that can be integrated into existing IDNS ^TM platforms upon request.
5 Die blaue Datenbank – Referenzsequenzdatenbank Die Referenzsequenzdatenbank, die "blaue Datenbank" in dem IDNS^TM, enthält Referenzsequenzen, mit denen Sequenzen von Patienten oder Proben verglichen werden können. Bei den meisten Plattformen des IDNS^TM für HIV wird die NL43-Übereinstimmungssequenz für HIV als Referenzsequenz verwendet, da sie durch verschiedene Expertengruppen regelmäßig evaluiert und aktualisiert wird. Die NL43-Sequenzen werden hinsichtlich der neuestens Literatur aktualisiert und heben die Positionen mittels blauer Farbe hervor, die gemäß den Ratschlägen von Expertengruppen anfällig für Therapieresistenzen sind. Die Referenzsequenzen bestimmen den Leserahmen und daher die genauen Positionen möglicher Mutationen analysierter Sequenzen von Proben. Andere Referenzsequenzen, die regional dominierende Varianten wiedergeben, können nach einer Validierung durch Experten der Referenzdatenbank hinzugefügt werden und dann zum Vergleich verwendet werden. Neue Referenzdatenbanken für neue Targets können zu einem späteren Zeitpunkt hinzugefügt werden, wodurch der Benutzer in die Lage versetzt wird, sein Datenmanagement auf den neuesten Stand seiner wissenschaftlichen Arbeiten zu halten.5 The blue database - reference sequence database The reference sequence database, the "blue database" in the IDNS ^TM , contains reference sequences with which sequences of patients or samples can be compared. Most IDNS ^TM platforms for HIV use the NL43 match sequence for HIV as a reference sequence because it is regularly evaluated and updated by various expert groups. The NL43 sequences are updated with the latest literature and highlight the positions with a blue color, which according to the advice of expert groups are susceptible to therapy resistance. The reference sequences determine the reading frame and therefore the exact positions of possible mutations of analyzed sequences of samples. Other reference sequences that represent regionally dominant variants can be added to the reference database after validation by experts and then used for comparison. New reference databases for new targets can be added later, enabling the user to keep their data management up to date with their scientific work.
5.1 Analysewerkzeuge für die Referenzsequenzdatenbank Analysewerkzeuge in den Plattformen des IDNS^TM für HIV können hinsichtlich spezieller Benutzeranforderungen und Kundenspezifikation variieren; benutzerspezifische Anwendungsplattformen zeigen lediglich Analysewerkzeuge, die von dem Benutzer für seine speziellen Anforderungen angefordert wurden. Unten befindet sich eine Beschreibung typischer Funktionen.5.1 Analysis tools for the reference sequence database Analysis tools in the platforms of the IDNS ^TM for HIV can vary with regard to special user requirements and customer specifications; user-specific application platforms only show analysis tools that have been requested by the user for his special requirements. Below is a description of typical functions.
5.2 "Search mutations" ("Suche Mutationen") "Search mutations" detektiert und identifiziert Mutationen einer speziellen Sequenz einer Probe im Vergleich mit der gewählten Referenzsequenz (siehe 13). Jede Sequenz, die der Benutzer in das "search mutations"-Feld einbringt, wird mit der bereits in der Referenzdatenbank gespeicherten Referenzsequenz verglichen. Der Vergleich wird durch identische Positionen angebende vertikale Balken als paarweise Gruppierung wiedergegeben. Mutationen der Sequenz werden auf einfache Weise erkannt, identifiziert (mittels Mausklick) und automatisch in die entsprechende Aminosäure mit der Aminosäurenposition umgewandelt. Mutierte Aminosäuren und -positionen können dann durch einen weiteren Mausklick auf "store mutations" ("speichere Mutationen") in der Probensequenzdatei gespeichert werden. Diese Funktion berücksichtigt auch Löschungen und Einfügungen, die hier nicht die korrekte Positionierung von Mutationen stören sollten. "Search mutations" wird durch das "quick search mutations"-Werkzeug (Werkzeug für "Schnelle Suche von Mutationen") aus dem Menü der Probendatenbank vervollständigt, dass eine Mutationsanalyse bereits aufgezeichneter Probensequenzen erlaubt.5.2 "Search mutations""Searchmutations" detects and identifies mutations of a specific sequence of a sample in comparison with the selected reference sequence (see 13 ). Each sequence that the user enters into the "search mutations" field is compared with the reference sequence already stored in the reference database. The comparison is represented by vertical bars indicating identical positions as a pairing grouping. Mutations in the sequence are easily recognized, identified (by mouse click) and automatically converted into the corresponding amino acid with the amino acid position. Mutated amino acids and positions can then be saved in the sample sequence file by clicking the "store mutations" button again. This function also takes deletions and insertions into account, which should not interfere with the correct positioning of mutations. "Search mutations" is completed by the "quick search mutations" tool from the menu of the sample database that allows a mutation analysis of already recorded sample sequences.
5.3 "Add reference sequence" ("Füge Referenzsequenz hinzu") Diese Funktion ermöglicht es erfahrenen Benutzern, neue, zusätzliche Referenzsequenzen, wie z. B. regional dominante Virusunterarten, einzugeben und zu speichern. Die RT-Gensequenz und die Proteasegensequenz können als getrennte Sequenzen oder als ein Strang zusammen mit den damit verknüpften Informationen, wie z. B. Ursprung und Eigenheit, eingegeben werden. Eingeben und Zuordnen von Referenzsequenzen ist auf Experten mit speziellen Zugriffsrechten beschränkt. Standardmäßig kann auf die internationale Referenzsequenz "NL43" in der Referenzdatenbank zugegriffen werden.5.3 "Add reference sequence" This Function enables experienced users, new, additional reference sequences, such as B. enter and save regionally dominant virus subspecies. The RT gene sequence and the protease gene sequence can be used as separate sequences or as a strand together with the information associated with it, such as e.g. B. origin and peculiarity can be entered. Enter and assign of reference sequences is on experts with special access rights limited. By default, can to the international reference sequence "NL43" in the reference database be accessed.
5.4 "Delete reference sequence" ("Lösche Referenzsequenz") Hier können autorisierte Experten/Benutzer Referenzsequenzen löschen.5.4 "Delete reference sequence" Here can authorized experts / users delete reference sequences.
5.5 "Edit reference sequence" ("Bearbeite Referenzsequenz") Durch Editieren (Bearbeiten) einer Datei von Referenzsequenzen kann der erfahrene Benutzer die Sequenz modifizieren, neue Mutationsstellen einfügen, Kommentare hinzufügen oder ändern; diese Funktion ist typischerweise mittels eines Logins auf qualifiziertes Personal begrenzt, um Fehler bei Interpretation von Daten zu vermeiden (siehe 14). Targetsequenzen für HIV-Medikamente können entweder in getrennter Weise (RT und Proteasewerten) oder als kontinuierlicher Strang eingege ben werden; hier ist der einzelne Eintrag als Beispiel kommentiert. Andere Sequenztargets können hinzugefügt werden, wie z. B. gp41, p17,... Die HIV-Plattform des IDNS^TM kann mehr als acht unterschiedliche Sequenztargets handhaben; dies macht es für die laufende Entwicklung bei einer Überwachung von Medikamentenresistenzen, der Patientenversorgung und für weitere Aspekte der HIV-Forschung flexibel.5.5 "Edit reference sequence" By editing (editing) a file of reference sequences, the experienced user can modify the sequence, insert new mutation sites, add or change comments; this function is typically limited to qualified personnel by means of a login in order to avoid errors when interpreting data (see 14 ). Target sequences for HIV drugs can either be entered separately (RT and protease values) or as a continuous strand; here the individual entry is commented as an example. Other sequence targets can be added, such as: B. gp41, p17, ... The IDNS ^TM HIV platform can handle more than eight different sequence targets; this makes it flexible for ongoing development in drug resistance monitoring, patient care and other aspects of HIV research.
5.6 "Reference nb" / "Sequences added" ("Referenz nb" / "Hinzugefügte Sequenzen") Eine öffentlich verfügbare Referenzsequenz der Genbank EMBL oder von anderen öffentlichen Datenbanken wird mit ihrer Zugriffsnummer bereitgestellt, unter der die Sequenz veröffentlicht wurde. Wenn eine laborinterne Referenzsequenz eingegeben wird, wird diese die von dem Labor vergebene Bezeichnung zusätzlich des Datums des Eintrags der Registrierung sein.5.6 "Reference nb" / "Sequences added" ("Reference nb" / "Added Sequences") A public one available Reference sequence from the EMBL gene bank or from other public Databases are provided with their access number, at who publishes the sequence has been. If an internal reference sequence is entered, If this is the name given by the laboratory in addition to the Date of registration entry.
5.7 "Definition" / "Last update" ("Definition" / "Letzte Aktualisierung") "Definition" / "Last update" geben den Ursprung der Referenzsequenz (z. B. Sequenz erhalten vom Isolat XY Westafrika) und das Datum der letzten Aktualisierung an.5.7 "Definition" / "Last update"("Definition" / "Last update") "Definition" / "Last update" indicate the origin of the reference sequence (e.g. sequence obtained from the isolate XY West Africa) and the date of the last update.
5.8 "Source" ("Quelle") "Source" gibt an, wo der Referenzsequenzeintrag herstammt: z. B. Labor XY oder Expertengruppe / Veröffentlichung / Zeitschrift.5.8 "Source" "Source" indicates where the reference sequence entry comes from: z. B. Labor XY or expert group / publication / journal.
5.9 "RT sequence" ("RT-Sequenz") Revertase-(RT)-Sequenz von HIV: Kodiert die Gene des Reverteaseenzyms bei HIV. RT transkribiert die virale RNA in DNA nach dem Eintritt des Virus in die Zelle. Die Transkription macht das Virusgenom mit der Gast-DNA kompatibel und erlaubt eine Integration in das Genom des Wirts. Dieses Enzym ist retrovirusspezifisch und daher ein bevorzugtes Target vieler antiviraler Medikamente (RT-Inhibitoren, Nukleosid-Analoga). Die Sequenz kann zusammen mit ihren zugeordneten Informationen in die entsprechenden Felder kopiert und dann aufgezeichnet werden, wenn die Internetseite geschlossen wird.5.9 "RT sequence" Revertase- (RT) sequence of HIV: encodes the genes of the revertease enzyme in HIV. RT transcribed the viral RNA in DNA after the virus enters the cell. The transcription makes the virus genome compatible with the guest DNA and allows integration into the genome of the host. This enzyme is retrovirus specific and therefore a preferred target of many antiviral drugs (RT inhibitors, Nucleoside analogues). The sequence can be associated with it Information copied into the appropriate fields and then recorded when the website is closed.
5.10 "PR sequence" ("PR-Sequenz") Protease-(PR)-Sequenz von HIV: Kodiert das Gen des HIV-Proteaseenzyms. Dieses Enzym spaltet die HIV-Proteine nach deren Reproduktion in der Zelle des Wirts und macht folglich eine Vereinigung infektiöser Viruspartikel möglich. Anti-HIV-Medikamente, die sogenannten "Proteaseinhibitoren", haben dieses Enzym zum Ziel.5.10 "PR sequence" Protease (PR) sequence of HIV: encodes the gene of the HIV protease enzyme. This enzyme cleaves the HIV proteins after their reproduction in the host's cell and consequently enables a union of infectious virus particles. Anti-HIV drugs that So-called "protease inhibitors" have the target of this enzyme.
5.11 "RT and PR mutations" ("RT- und PR-Mutationen") Bekannte Unterschiede (Mutationen) in der RT und Protease dieser speziellen Referenzsequenz hinsichtlich der NL 43-Übereinstimmungsreferenzsequenz; z. B. Mutationen einer regionalen dominanten Variante hinsichtlich NL43.5.11 "RT and PR mutations" Known Differences (mutations) in the RT and protease of this particular Reference sequence for the NL 43 match reference sequence; z. B. Mutations of a regional dominant variant regarding NL43.
5.12 "Remarks" ("Anmerkungen") Dieses Feld ist zum Eingeben von Anmerkungen und Kommentaren zu einer speziellen Referenzsequenz vorgesehen. "Free Text" (freier Text) kann zum Erläutern der Sequenzen und des hervorgebrachten Isolat oder anderer relevanter Informationen hinzugefügt werden, der für die Probe wichtig ist.5.12 "Remarks" This field is for input of annotations and comments on a special reference sequence. "Free Text" can be used to explain the sequences and the produced isolate or other relevant information is added, the for the sample is important.
5.13 Aktualisierungen von Referenzdatenbanken, Referenzdaten von Kunden Referenzdatenbanken für alle Sequenztargets können entworfen werden und veröffentlichte Sequenzen oder Sequenzen im Besitz von Benutzern integrieren. Regelmäßige – automatisierte – Aktualisierungen von Referenzdatenbanken hinsichtlich veröffentlichter Daten von öffentlichen Datenbanken gewährleisten einen aktuellen Qualitätsstandard des Sequenzanalyseverfahrens und verringern die Arbeitsbelastung des Laborpersonals beachtlich. Referenzsequenzen im Besitz von Kunden wären ein integraler Teil der entsprechenden Datenbank, werden aber nicht mit anderen Kunden gemeinsam genutzt, bis das einreichende Labor anders entscheidet.5.13 Updates to reference databases, reference data of customers Reference databases for all sequence targets can be designed be and published Integrate sequences or sequences owned by users. Regular - automated - updates of reference databases regarding published data from public Ensure databases a current quality standard the sequence analysis process and reduce the workload of the laboratory staff. Reference sequences owned by customers would be one integral part of the corresponding database, but will not shared with other customers until the submitting laboratory decides differently.
6 Die Rote Datenbank – Probensequenzdatenbank Die "rote Datenbank" ist die Datenbank mit von einem Kunden erzeugten Proben. In dem IDNS^TM hat jedes Labor eigene Datenbanken, auf die durch dessen Laborpersonal frei zugegriffen werden kann und anderen Benutzern des IDNS^TM nicht zur Verfügung stehen. Auf Anforderung können diese Datenbank oder Untergruppen derselben ("Studiendatenbank") mit Datenbanken anderer Laboratorien verbunden und in eine "Sammlungs"- Datenbank für Kooperationen mehrerer Zentren integriert werden. Die Probendatenbank speichert die Probendaten und Patientensequenzen, die in dem Labor erzeugt und dem IDNS^TM übergeben werden. Patientennamen, Patientenadressen oder andere Daten, die verwendet werden können, um Patienten wieder aufzufinden, werden nicht in dem IDNS^TM gespeichert. Für diesen Zweck wird unter Verwendung einer allgemeinen Schlüsselnummer eine Verbindung zu einem Krankenhaus/Laborinternen Datensystem erzeugt. Um die Probendatenbank zu verwalten, wird der Benutzer mit individuell angepassten und hinsichtlich von Anwendungen optimierten Funktionen versorgt, die ausgelegt sind, um die Daten, die Sequenzen zu analysieren, die Daten zu exportieren und andere Benutzer/Mitarbeiter über Ergebnisse zu informieren, etc. Die Probendatenbank erfüllt die Funktion eines Datenarchivs und versorgt den Benutzer mit Teilen dieser Datenbank, die gemeinsam mit anderen Instituten oder Laboratorien benutzt werden können. Bei Studien von mehreren Zentren können Daten gesammelt und über eine zentralisierte Stelle, die als "switch-board" (Vermittlung) bezeichnet wird, geteilt werden. Diejenigen mit Zugriff auf die (Vermittlung zentraler Netzwerkknoten) haben keinen Zugriff um die Datenbank zum modifizieren, auch wenn die Daten unstimmig sind. Wenn der eingebende Benutzer später entscheidet, die Daten zu modifizieren werden sie an der Vermittlungsstelle und an anderen Benutzerstellen automatisch aktualisiert, wobei aufgezeichnet wird, wenn dies aufgetreten ist. Die Entscheidung, welche Daten anderen Instituten oder der Vermittlungsstelle verfügbar gemacht werden, wird mittels eines Mausklicks durch den Benutzer getroffen. Diese Vorgehensweise meidet den Aufwand und die Gefahr, dass zwei Datenmanagementsysteme vorhanden sind: Eine für eigene und eine für Studienzwecke. Diese Funktionen sind unten genauer erläutert.6 The Red Database - Sample Sequence Database The "red database" is the database with samples generated by a customer. In the IDNS ^TM , each laboratory has its own databases, which can be freely accessed by its laboratory staff and are not available to other users of the IDNS ^TM . Upon request, this database or subgroups of the same ("study database") can be linked to databases of other laboratories and integrated into a "collection" database for cooperation between several centers. The sample database stores the sample data and patient sequences that are generated in the laboratory and transferred to the IDNS ^TM . Patient names, patient addresses, or other data that can be used to find patients are not stored in the IDNS ^TM . For this purpose, a connection to a hospital / laboratory internal data system is created using a general key number. In order to manage the sample database, the user is provided with individually adapted and application-optimized functions which are designed to analyze the data, the sequences, to export the data and to inform other users / employees about results, etc. The Sample database fulfills the function of a data archive and supplies the user with parts of this database that can be used together with other institutes or laboratories. In studies from multiple centers, data can be collected and shared through a centralized office called a "switch-board". Those with access to (switching central network nodes) have no access to modify the database, even if the data is inconsistent. If the input user later decides to modify the data, it is automatically updated at the exchange and at other user sites, and is recorded when this has occurred. The user decides which data will be made available to other institutes or the switching center with the click of a mouse. This procedure avoids the effort and the risk that two data management systems are available: one for your own and one for study purposes. These functions are explained in more detail below.
6.1 Analyse- und Managementwerkzeuge für die Probensequenzdatenbank Wie bei der Referenzdatenbank können verfügbare Funktionen kundenspezifisch ausgeführt sein, um den Bedürfnissen von den Benutzern gerecht zu werden.6.1 Analysis and management tools for the sample sequence database How at the reference database available functions customized be to the needs to cater to users.
6.2 "Quick search mutations" (" Schnelle Suche von Mutationen") Mit dieser automatisierten Funktion können Mutationen der Probe eines Patienten schnell erhalten werden, indem die Patientensequenz mit NL43 verglichen wird. Unter "Quick search mutations" (siehe 14) kann der Benutzer jede Sequenz eines HIV-Isolats mit der Proben- oder Patientennummer suchen und diese automatisch mit der entsprechend aktiven Referenzfrequenz vergleichen (siehe Bezugnahme " blaue Datenbasis"). Die Funktion " Quick search mutations" untersucht getrennt die RT- und Proteasesequenz einer Probe. Diese Funktion ermöglicht es, die ausgewählte Sequenz relativ zu der Referenzsequenz auszurichten, wobei alle Mutationen sowie alle Löschungen und Einfügungen identifiziert werden. Diese Variationen werden automatisch (optional) oder durch den Benutzer aufgezeichnet und relativ zu dem Leserahmen in Aminosäuren mit der entsprechenden Aminosäureposition übersetzt. Dies wird in einer Zwischenablage angezeigt. IUPAC-Nukleotid-Positionen werden ebenfalls erkannt, wobei entsprechende Alternativaminosäuren durch "/" getrennt angegeben werden. Die Funktion "Quick search mutations" reduziert die frühe arbeitsreiche Präparation einer Sequenz auf weniger als eine Minute bei höchst möglicher Sicherheit (sie erkennt Mutationen, die bereits gespeichert sind, der Cursor übersieht keine Mutationen und Positionen, die für bekannte Resistenzen bekannt sind, blau unterstrichen sind) und mit vollständiger Flexibilität (der Benutzer wählt relevante Mutationen aus). Wenn alle Mutationen erkannt und in einer Zwischenablage einzeln aufgeführt sind, können sie unmittelbar in der entsprechenden Probendatei gespeichert werden. Gleichzeitig werden frühere Mutationen gelöscht und daher werden Verdoppelungen oder Übertragungsfehler vermieden. Ärzte, Laborpersonal oder Schwestern, die keine Kenntnis in der Virusgenetik oder der Molekularbiologie haben müssen, können auch die Funktion "Quick search mutations" nutzen. Daher wird das Benutzerspektrum beträchtlich erweitert. Allgemeine Funktionen, die in diesem Abschnitt zu finden sind, sind unten beschrieben.6.2 "Quick search mutations" With this automated function, mutations of a patient's sample can be quickly obtained by comparing the patient sequence with NL43. Under "Quick search mutations" (see 14 ) the user can use any sample of an HIV isolate with the sample or patient number search and compare them automatically with the corresponding active reference frequency (see reference "blue database"). The "Quick search mutations" function separately examines the RT and protease sequence of a sample. This function makes it possible to align the selected sequence relative to the reference sequence, whereby all mutations as well as all deletions and insertions are identified. These variations are recorded automatically (optionally) or by the user and translated relative to the reading frame into amino acids with the corresponding amino acid position. This is shown on a clipboard. IUPAC nucleotide positions are also recognized, corresponding alternative amino acids being indicated separately by "/". The "Quick search mutations" function reduces the early, busy preparation of a sequence to less than a minute with the greatest possible security (it recognizes mutations that have already been saved, the cursor does not overlook mutations and positions that are known for known resistances, underlined in blue) and with complete flexibility (the user selects relevant mutations). When all mutations have been recognized and individually listed on a clipboard, they can be saved immediately in the corresponding sample file. At the same time, previous mutations are deleted and duplications or transmission errors are avoided. Doctors, laboratory staff or nurses who do not need to be familiar with viral genetics or molecular biology can also use the "Quick search mutations" function. Therefore, the range of users is expanded considerably. General functions found in this section are described below.
6.3 "Search Sample" ("Suche Probe") Die Funktion "search Sample" (suche Probe) gibt hier die Bezeichnung von Patienten des Hospitals oder eines Netzwerks an. Sie kann auch als "Patienten-ID-Nummer" verwendet werden.6.3 "Search Sample" The function "search Sample "gives the name of the patient 's patient Hospitals or a network. It can also be used as a "patient ID number" be used.
6.4 "Patient label" ("Patientenkennung") Eine andere Patienten-ID (Identifikation) kann auch als Laborkennung oder Studienkennung bezeichnet werden. Alle Kennungen können gemäß den Anforderungen des Kunden bezeichnet und definiert werden (Anzahl von Positionen). Mit der Funktion "Patient label" kann das Laborpersonal die Patientennummer oder eine eindeutige Identifikation eingeben, ohne dabei den Patientennamen oder andere private Daten offen zu legen.6.4 "Patient label" Another patient ID (Identification) can also be used as a laboratory identifier or study identifier be designated. All identifiers can be made according to the customer's requirements be designated and defined (number of positions). With the "Patient label" function allows laboratory staff to display the patient number or enter a unique identification without entering the patient's name or disclose other private information.
6.5 "Lab label" / "Sample tag" ("Laborkennung" / "Probenbezeichnung") Diese Funktion kann als Laborbezeichnung an der Probe verwendet werden (z. B. Röhrchen Nr. 1, 2, 3, 4, 5).6.5 "Lab label" / "Sample tag" ("Laboratory identifier" / "Sample name") This Function can be used as a laboratory name on the sample (e.g. tubes No. 1, 2, 3, 4, 5).
6.6 "From Sample date" / "To sample date"? ("Von Probendatum" / "bis Probendatum" ?) Definiert eine Zeitperiode zum Bearbeiten von Proben: z. B. alle Proben vom 1. April bis zum 30. Juni für Überwachungsstudien, etc.6.6 "From Sample date" / "To sample date"? ("From sample date" / "until sample date"?) Defines a time period for editing of samples: e.g. B. All samples from April 1 through June 30 for surveillance studies, Etc.
6.7 "From sequence date" / "To sequence date"? ("Von Sequenzdatum" / "zu Sequenzdatum" ?) Diese Funktion definiert eine Zeitperiode zum Bearbeiten von Sequenzergebnissen: z. B. alle Proben vom 1. April bis zum 30. Juni zum Labormanagement (z 8. Genauigkeitsüberprüfung des Sequenzers, Bestimmung der Arbeitsbelastung,...).6.7 "From sequence date" / "To sequence date"? ("From sequence date" / "to sequence date"?) This function defines a time period to edit sequence results: e.g. B. all samples from the 1st April to June 30 for laboratory management (e.g. 8th accuracy check of the Sequencers, determination of workload, ...).
6.8 "Studies" (Studien) Laborpersonal kann auswählen, in welchem Forschungsprogramm der Eintrag teilnehmen soll. Sequenzen können in mehreren Studiendatenbanken gespeichert werden, ohne dabei Eingabevorgänge zu duplizieren. Untergruppen einer Studie können getrennt verwaltet und anderen Laboratorien in einem Kooperationsnetzwerk offengelegt werden.6.8 "Studies" Laboratory staff can choose in which research program the entry should participate in. sequences can can be stored in several study databases without duplicating input processes. Subgroups of a study can be separated managed and other laboratories in a cooperation network be disclosed.
6.9 "Empty RT", "Empty PR" ("Leere RT", "Leere PR") Diese Funktion wählt Probeneinträge aus, wo RT- oder PR-Sequenzen bis jetzt noch nicht eingegeben wurden; dieses Werkzeug versetzt Laborpersonal in die Lage, auf einfache Weise Arbeiten zu überprüfen, die derzeit nicht vollständig abgeschlossen sind.6.9 "Empty RT", "Empty PR" ("Empty RT", "Empty PR") This Function selects sample entries from where RT or PR sequences have not yet been entered; this tool enables laboratory personnel to easily Way to check work that currently not complete Are completed.
6.10 "Sort by" ("Sortiere nach") Patientenproben können nach Kohortennummern / Sequenzdaten / Probendaten und auch für eine bestimmte Zeitdauer (siehe oben Probendatum von – bis) sortiert werden. Dies ermöglicht es, Proben spezifisch wiederzuerlangen und Proben in Relation zu setzen, z. B. alle Proben eines Patienten nach Datum sortiert.6.10 "Sort by" Patient samples can be taken after Cohort numbers / sequence data / sample data and also for a specific one Time period (see sample date from - to above). This allows specifically recovering samples and relating samples, z. B. All samples of a patient sorted by date.
6.11 "RT mutation" / "PR mutation" ("RT-Mutation" / "PR-Mutation") Hier können bestimmte Mutationen gesucht werden (eine zu einem Zeitpunkt), z. B. 215Y in RT-Sequenzen. Die Funktion "Search for similiar Samples" (Suche nach vergleichbaren Proben) dient zusätzlich dazu, um bestimmte Sequenzmuster zu suchen. Sie kann auch nach neuen Mutationen in der Probendatenbank suchen und diese mit entdeckten Sequenzen vollständig vergleichen.6.11 "RT mutation" / "PR mutation" ("RT mutation" / "PR mutation") Here can certain mutations are searched for (one at a time), e.g. B. 215Y in RT sequences. The "Search for similiar samples" function Samples) also serves to search for specific sequence patterns. You can also look for new ones Find mutations in the sample database and discover them with Sequences completely to compare.
6.12 "Search for similiar Samples" ("Suche nach vergleichbaren Proben") Unter "Search for similiar Sample" (siehe 15, 16, 17) wird ein Sequenzmuster in allen Probensequenzen der Laborprobendatenbank gesucht: Die Suchsequenz wird durch einfaches Kopieren und Einfügen in das zugeordnete Feld ausgestattet mit einer Referenznummer kopiert und dann in einem zweiten Schritt mit der gesamten Probendatenbank verglichen. Probensequenzen, die der Suchsequenzen ähnlich sind, werden einzeln aufgeführt und gemäß dem Grad der Ähnlichkeit organisiert und paarweise gruppiert wiedergegeben. Aus einer "Hit-list" (Trefferliste), die zusätzlich zu den Gruppierungen nach einzelnen Aufträgen aufgeschlüsselt ist, kann der Benutzer die Probensequenz durch anklicken derselben auswählen, die in diesem Zusammenhang von besonderem Interesse ist. Diese Sequenzen können dann unmittelbar in einem mehrfachen Abgleich ohne weiteres Formatieren miteinander verglichen werden (siehe auch "Align sequences"). Die Kombinatisimilar on von "Search for Samples" und der unmittelbaren Mehrfachabgleichfunktion erlaubt einen schnellen und sicheren Vergleich mehrerer Probensequenzen bei deutlichem Komfort und Zeitvorteil für den Benutzer. Interessierende Mutationsmuster werden erkennbar und beispielsweise hinsichtlich epidemiologischer Aspekte oder der Erkennung neuerer Mutationsstellen beispielsweise unter Einfluss einer Therapie augenfällig.6.12 "Search for similiar samples" under "Search for similiar samples" (see 15 . 16 . 17 ) a sequence pattern is searched for in all sample sequences of the laboratory sample database: The search sequence is copied by simply copying and pasting into the assigned field equipped with a reference number and then compared in a second step with the entire sample database. Sample sequences that are similar to the search sequences are listed individually and organized according to the degree of similarity and are grouped in pairs. From a "hit list", which is broken down in addition to the groupings according to individual orders, the user can select the sample sequence by clicking on it, which is of particular interest in this context. These sequences can then be immediately in one multiple adjustments can be compared without further formatting (see also "Align sequences"). The combination of "Search for Samples" and the direct multiple adjustment function enables a quick and safe comparison of several sample sequences with clear convenience and time savings for the user. Interesting mutation patterns become recognizable and, for example, with regard to epidemiological aspects or the detection of newer mutation sites, for example under the influence of therapy, are striking.
6.13 "Add _Sample sequence" ("Füge Probensequenz hinzu") "Add sample sequence" dient dazu, neue Proben und ihre Sequenzen in das IDNS^TMeinzugeben und darin zu speichern (siehe 18). Neue Proben werden mit einer Patientennummer, einer Labornummer und einem Probendatum und einem Sequenzdatum ausgestattet. Diese Parameter können individuell zugeschnitten und auf die Laborbedingungen angepasst werden. Neue Sequenzen werden unmittelbar aus dem entsprechenden Programm zur Herstellung von Sequenzen als Textfile kopiert und in das entsprechende Fenster eingefügt. Wiederum kann ein Kommentar als freier Text hinzugefügt werden. Eine weitere wichtige Option besteht in den Vergleichen von Proben mit speziellen Studien, die von dem Benutzer frei definiert und auf Anfrage hin von Smart Gene implementiert werden können. Studien erzeugen Datenuntergruppen aus zugeordneten Eingaben der Probendatenbank, die wiederum mit anderen Laboratorien gemeinsam genutzt oder getrennt verwaltet werden können. Diese Funktion dient zur Zusammenstellung von Forschungsprogrammen oder Studien mehrerer Zentren, wobei es nicht notwendig ist, dass der Benutzer die Daten zweimal verwalten muss. Proben oder Sequenzen, die bestimmten Studien zugeordnet sind, werden für alle Benutzer automatisch angepasst, wenn der erste Benutzer, der die Sequenz eingegeben hat, diese nachträglich ändert.6.13 "Add _S ample sequence"("Add sample sequence") "Add sample sequence" is used to enter new samples and their sequences into the IDNS ^TM and to save them (see 18 ). New samples are provided with a patient number, a laboratory number and a sample date and a sequence date. These parameters can be individually tailored and adapted to the laboratory conditions. New sequences are immediately copied from the corresponding sequence creation program as a text file and pasted into the corresponding window. Again, a comment can be added as free text. Another important option is to compare samples with special studies that can be freely defined by the user and implemented by Smart Gene on request. Studies generate data subgroups from assigned entries in the sample database, which in turn can be shared with other laboratories or managed separately. This function is used to compile research programs or studies from several centers, and it is not necessary for the user to have to manage the data twice. Samples or sequences that are assigned to specific studies are automatically adjusted for all users if the first user who entered the sequence subsequently changes it.
6.14 "Edit Sample sequence" ("Bearbeite Probensequenz") Diese Funktion ermöglicht es dem Benutzer, Proben und Sequenzen gemäß bestimmten Kriterien zu sortieren oder diese in Gruppen zusammenzufassen (siehe 19). Gleichzeitig können Proben zusammen mit unterschiedlichen Kriterien in Listen organisiert, ausgedruckt und einzelne Proben, falls erforderlich, bearbeitet und modifiziert werden. Die Funktion "Edit sample sequence" erlaubt auch die spezielle Verwaltung von Studien als Untergruppe der Probendatenbank. Funktionen zum Bearbeiten, z. B. die Modifikation von Proben und Sequenzen, kann auf bestimmte Benutzergruppen eingeschränkt sein; damit können auch externe Benutzer für klinische Forschungszwecke die Datenbank benutzen, ohne dabei gleichzeitig die Daten zu gefährden.6.14 "Edit Sample sequence" This function enables the user to sort samples and sequences according to certain criteria or to group them together (see 19 ). At the same time, samples can be organized and printed out in lists together with different criteria, and individual samples can be edited and modified if necessary. The "Edit sample sequence" function also allows the special administration of studies as a subgroup of the sample database. Editing functions, e.g. B. the modification of samples and sequences can be restricted to certain user groups; This means that external users can also use the database for clinical research purposes without endangering the data.
6.15 "Delete Sample sequence" ("Lösche Probesequenz") Die Funktion "Delete sample sequence" kann verwendet werden, um Probeneinträge, aber auch die zugeordneten Sequenzen zu löschen. Diese Funktion kann für nicht autorisierte Benutzer gesperrt sein, um nicht beabsichtigte Manipulation und Löschung von Einträgen zu verhindern.6.15 "Delete Sample Sequence" The "Delete sample sequence" function can be used to make sample entries, however also delete the assigned sequences. This function can for not authorized users may be locked to prevent unintended manipulation and deletion of entries to prevent.
6.16 "Align sequences" ("Gleiche Sequenzen ab") Die Funktion "Align sequences" wird für den speziellen Vergleich einzelner Sequenzen verwendet, die unter Verwendung der Funktion "Align sequences" nach einzelnen Einträgen aufgeführt oder als Liste vorhanden sind und dann unter Verwendung eines Mausklicks ausgewählt werden und dadurch zum Abgleich bereit sind. Die Liste zum Abgleichen von Sequenzen kann einige Listen/Seiten aufweisen, wobei einzelne Sequenzen wiederum gelöscht werden können. Mit dieser Funktion können beispielsweise alle Sequenzen eines Patienten oder einer Gruppe von Patienten miteinander verglichen werden. Daher kann die Entwicklung von Resistenzen bei einer Therapie beobachtet werden. Diese Funktion ist insbesondere für Ärzte und zur Entwicklung von Medikamenten wichtig, da die Mutationshäufigkeit bei einer Therapie und die Wahrscheinlichkeit der Entwicklung einer Medikamentenresistenz ermittelt werden kann.6.16 "Align sequences" The function "Align sequences" is used for used the special comparison of individual sequences under Using the "Align sequences" function listed after individual entries or are available as a list and then using a mouse click selected and are ready for comparison. The list to match Sequences can have some lists / pages, with individual ones Sequences in turn deleted can be. With this function can for example all sequences of a patient or a group be compared by patients. Hence the development of resistance to therapy can be observed. this function is especially for doctors and important for drug development because of the mutation frequency in therapy and the likelihood of developing drug resistance can be determined.
7 Datenspeicherschutz / Sicherung Alle Probendaten, die auf dem gesicherten Server des IDNS^TM gehandhabt werden, werden automatisch auf einem zweiten separaten Festplattenlaufwerk gesichert. Nach zwölf Stunden wird auf einem zweitem Server eine Sicherungskopie erzeugt. Monatlich und auf Kundenanfrage (optional) wird eine CD-Rom mit den kundenspezifischen Daten erzeugt und dem Kunden zugesendet. Verschiedene andere Optionen zum Datenschutz sind in dem IDNS^TM verfügbar.7 Data storage protection / backup All sample data that is handled on the secured server of the IDNS ^TM is automatically saved on a second separate hard disk drive. After twelve hours, a backup copy is created on a second server. A CD-Rom with the customer-specific data is generated monthly and upon customer request (optional) and sent to the customer. Various other data protection options are available in the IDNS ^TM .
7.1. Datenübertragung In dem IDNS^TM werden keine persönlichen Daten gespeichert, die eine Zurückverfolgung zu einem speziellen Patienten ermöglichen könnten (Name, Adresse etc.). Die Datenübertragung ist unter Verwendung einer HTTPS-Verschlüsselung mit 128 Bit gesichert und lässt keinen Filter und Zugriff auf Passworte etc. zu.7.1. Data transmission The IDNS ^TM does not store any personal data that could allow tracing back to a specific patient (name, address, etc.). The data transmission is secured using HTTPS encryption with 128 bits and does not allow a filter and access to passwords etc.
7.2 Sicherung und Datenspeicherung Ohne Eingriff seitens des Benutzers führt das IDNS^TM automatisch Sicherungen auf einem zweitem Serverfestplattenlaufwerk eines anderen Computers durch. Alle 24 Stunden wird eine Kopie des gesamten Datenbanksystems gemacht und zu einem Server in einem anderen Gebäude übertragen, wodurch Datenverlust und Beschädigung im Fall einer physikalischen Zerstörung eines Servers vermieden werden. Auf Anfrage können Benutzer des IDNS^TM für eine minimale Gebühr Kopien ihrer Probendatenbanken auf CD-Rom erhalten.7.2 Backup and data storage Without user intervention, the IDNS ^TM automatically performs backups on a second server hard drive of another computer. Every 24 hours, a copy of the entire database system is made and transferred to a server in another building, which prevents data loss and damage in the event of physical destruction of a server. Upon request, IDNS ^TM users can receive copies of their sample databases on CD-Rom for a minimal fee.
7.3 Zugriff auf auf einem Server des IDNS^TM gespeicherte Daten Der Zugriffsschutz des IDNS^TM über personalisierte Passworte erlaubt keinem Benutzer den allgemeinen Zugriff auf alle Daten auf dem Server des IDNS^TM, begrenzt dessen Zugriffsprivilegien aber auf die Daten, die er zu sehen berechtigt ist. Keine Person außerhalb des technischen Personals des Systembetreibers hat größere Zugriffsprivilegien; physikalischer Zugriff auf Server wird durch eine sichere Serveranordnung in verschlossenen Abteilungen und durch spezielle Passworte für das Serverwartungspersonal eingeschränkt. Gesicherter Daten- und Serverzugriff wird durch das Passwortsystem und dessen Zugriffsversuchsbegrenzung erreicht; folglich können Hacker nicht einfach durch mehrfache Versuch sich einzuloggen, in das IDNS^TM gelangen. Firewalls zu dem Schweizer akademischen Netzwerk an der EPFL (Eidgenössische Technische Hochschule Lausanne / CH) und mehrere Firewalls innerhalb des Netzwerks des Systembetreibers verhindern nicht autorisierten Zugriff auf das interne Netzwerk und dessen Server-Managementmöglichkeiten.7.3 Access to data stored on an IDNS ^TM server The IDNS ^TM's access protection via personalized passwords does not allow any user general access to all data on the IDNS ^TM server, but limits its access privileges to the data that they are authorized to see. No one outside of the technical staff of the system operator has greater access privileges; physical access to servers is restricted by a secure server arrangement in locked departments and by special passwords for server maintenance personnel. Secure data and server access is achieved through the password system and its access attempt limitation; consequently, hackers cannot get into IDNS ^TM simply by multiple attempts to log in. Firewalls to the Swiss academic network at EPFL (Eidgenössische Technische Hochschule Lausanne / CH) and several firewalls within the system operator's network prevent unauthorized access to the internal network and its server management options.
7.4 Datenbesitz Auf Servern des IDNS^TM gespeicherte Probendaten gehören dem Kunden, der sie abgelegt hat; Fragen hinsichtlich des Datenbesitzes bezüglich Patienten und Dritten sind für den Systembetreiber nicht relevant. Der Systembetreiber kann für Datenbankwartungsvorgänge und für interne technische Entwicklung auf Benutzerdaten zugreifen. SmartGene wird Daten Dritten nicht offen legen. In Netzwerken mit mehreren Zentren können Benutzer lediglich ihre eigenen Daten modifizieren und auf diese zugreifen; nur im Fall einer Plattform zum Sammeln von Daten bei einer Konfiguration für mehrere Zentren können speziell berechtigte Benutzer aus dem Team zur Überwachung einer Studien Zugriff auf die gesamten Studienuntergruppen erhalten.7.4 Data ownership Sample data stored on IDNS ^TM servers belongs to the customer who saved them; Questions regarding data ownership regarding patients and third parties are not relevant for the system operator. The system operator can access user data for database maintenance processes and for internal technical development. SmartGene will not disclose data to third parties. In multi-center networks, users can only modify and access their own data; only in the case of a platform for collecting data in a configuration for multiple centers can specially authorized users from the team for monitoring a study have access to the entire study subgroups.
7.5. Erweiterter Datenschutz Als zusätzliche Merkmale für einen erhöhten Datenschutz kann IDNS^TM die folgenden Lösungen anbieten: – regelmäßiges Ändern von Passworten – auf zertifizierte IP-Adressen begrenzter Multicenter – Verwendung einer SmartCard ^®-Technologie anstelle von Passworten – Konfiguration und Installation benutzerspezifischer IDNS^TM-Server entweder an Stellen innerhalb des Systems oder im Intranet des Benutzers.7.5. Extended data protection As additional features for increased data protection, IDNS ^TM can offer the following solutions: - Regular changing of passwords - Multicenter limited to certified IP addresses - Use of SmartCard ^® technology instead of passwords - Configuration and installation of user-specific IDNS ^TM servers either in places within the system or on the user's intranet.

Claims

Umgebung zur Analyse molekularer Sequenzen, mit: – einem zentralen Computersystem, – wenigstens einem Endbenutzercomputersystem, – einem Netzwerk für Datenkommunikation zwischen dem zentralen Computersystem und dem wenigstens einen Endbenutzercomputersystem, – einer Datenbank, die dem zentralen Computersystem zugeordnet ist und wenigstens eine Referenzmolekularsequenz oder -datensatz umfasst, wobei – das zentrale Computersystem ausgelegt ist, wenigstens eine von dem wenigstens einen Endbenutzercomputersystem übertragene Probensequenz oder Datensatz in der Datenbank zur Analyse in Relation zu der wenigstens einen Referenzmolekularsequenz oder -datensatz zu speichern.Environment for analyzing molecular sequences, with: - one central computer system, - at least an end user computer system, - a network for data communication between the central computer system and the at least one end user computer system, - one Database that is assigned to the central computer system and at least comprises a reference molecular sequence or data set, wherein - the central Computer system is designed, at least one of the at least transmitted an end user computer system Sample sequence or data record in the database for analysis in relation to the at least one reference molecular sequence or data set save.

Umgebung nach Anspruch 1, bei der – das zentrale Computersystem ausgelegt ist, eine von dem Endbenutzercomputersystem zu dem zentralen Computersystem übertragene Molekularsequenz oder Datensatz in Relation zu der wenigstens einen Referenzmolekularsequenz oder -datensatz zu analysieren.Environment according to claim 1, wherein - the central computer system is configured, one from the end user computer system to the central one Computer system transmitted Molecular sequence or data set in relation to the at least one Analyze reference molecular sequence or data set.

Umgebung nach einem der vorigen Ansprüche, bei der – das zentrale Computersystem ausgelegt ist, Zugriffe des wenigstens einen Endbenutzercomputersystems auf die Datenbank zu steuern.Environment according to one of the preceding claims, in which - the central Computer system is designed, accesses of the at least one end user computer system to control the database.

Umgebung nach einem der vorigen Ansprüche, bei der – wenigstens eine öffentliche Referenzmolekularsequenz oder -datensatz umfasst, auf die von einem Benutzer über das wenigstens ein Endbenutzercomputersystem zugegriffen werden kann, wenn der zugreifende Benutzer bei dem zentralen Computersystem registriert ist.Environment according to one of the preceding claims, in which - at least a public Reference molecular sequence or data set that is referred to by a user via the at least one end user computer system can be accessed, when the accessing user registers with the central computer system is.

Umgebung nach einem der vorigen Ansprüche, bei der – die Datenbank wenigstens eine personalisierte Referenzmolekularsequenz oder -datensatz umfasst, auf die nur durch einen Benutzer über das wenigstens ein Endbenutzercomputersystem zugegriffen werden kann, wenn der zugreifende Benutzer bei dem zentralen Computersystem als Benutzer registriert ist, der der wenigstens einen personalisierten Referenzmolekularsequenz oder -datensatz zugeordnet ist.Environment according to one of the preceding claims, in which - database at least one personalized reference molecular sequence or data set to which only one user can access the at least one end user computer system can be accessed when the accessing user is at the central Computer system is registered as a user who is the least a personalized reference molecular sequence or data set assigned.

Umgebung nach einem der vorigen Ansprüche, bei der – das zentrale Computersystem ausgelegt ist, eine von dem wenigstens ein Endbenutzercomputersystem übertragene Probenmolekularsequenz oder -datensatz in der Datenbank als personalisierte Mole kularsequenz oder -datensatz zum späteren Zugriff durch einen Benutzer, der hinsichtlich der gespeicherten personalisierten Molekularsequenz oder -datensatz als autorisiert registriert ist, über ein Endbenutzercomputersystem zu speichern.Environment according to one of the preceding claims, in which - the central Computer system is designed, one transmitted by the at least one end user computer system Sample molecular sequence or record in the database as personalized Molecular sequence or data record for later access by a user, the stored personalized molecular sequence or record is registered as authorized, via a Store end-user computer system.

Umgebung nach einem der vorigen Ansprüche, bei der – das zentrale Computersystem ausgelegt ist, eine von dem wenigstens einen Endbenutzercomputersystem übertragene Probenmolekularsequenz oder -datensatz in der Datenbank als öffentliche Molekularsequenz oder -datensatz zum späteren Zugriff durch einen Benutzer zu speichern, der hinsichtlich von Zugriffen auf die Datenbank als autorisiert registriert ist.Environment according to one of the preceding claims, in which - the central computer system is designed, one of the at least one end user computer system-stored sample molecular sequence or data record in the database as a public molecular sequence or data record for later access by a user who is registered as authorized to access the database.

Umgebung nach einem der vorigen Ansprüche, bei der – das zentrale Computersystem ausgelegt ist, eine auf dem wenigstens einen Endbenutzercomputersystem wiederzugebende Benutzerschnittstelle bereitzustellen.Environment according to one of the preceding claims, in which - the central Computer system is designed, one on the at least one end user computer system provide user interface to be played back.

Umgebung nach Anspruch 8, bei der – das zentrale Computersystem ausgelegt ist, die Benutzerschnittstelle zu steuern.Environment according to claim 8, wherein - the central computer system is designed to control the user interface.

Umgebung nach Anspruch 8 oder 9, bei der – das zentrale Computersystem ausgelegt ist, die Benutzerschnittstelle in Übereinstimmung mit von einem Benutzer spezifizierten Anforderungen nur einem Endbenutzercomputersystem bereitzustellen, das von diesem Benutzer verwendet wird.Environment according to claim 8 or 9, wherein - the central Computer system is designed to match the user interface with user specified requirements of only one end user computer system to be used by this user.

Umgebung nach einem der vorigen Ansprüche, bei der – das zentrale Computersystem ausgelegt ist, das Speichern von und/oder den Zugriff auf und/oder das Analysieren von und/oder das Wiedererlangen der wenigstens einen Referenzmolekularsequenz oder – datensatz und/oder von dem wenigstens eine Endbenutzercomputersystem übertragene Probemolekularsequenzen oder -datensätzen in Übereinstimmung mit benutzerspezifizierten Anforderungen zu steuern.Environment according to one of the preceding claims, in which - the central Computer system is designed to store and / or access on and / or analyzing and / or regaining at least a reference molecular sequence or data set and / or from that at least one sample molecular sequences transmitted to an end user computer system or records in accordance with control user-specific requirements.